http___www.irb.hr_Istrazivanja_Zavodi_Zavod-za-fizicku-kemiju_Laboratorij-za-kemijsku-i-biolosku-kristalografiju_1.xml
1.1 2.1 2.2 2.3 2.4 3.1 3.2 4.1 6.1 8.1
Purine salvage pathway enzymes from Helicobacter pylori and Escherichia coli Helicobacter pylori is a bacterium that colonizes one half of the world population and it is regarded as one of the most invasive human pathogens responsible for development of many diseases. There are two possible pathways that organisms can use to synthesize purines as indispensable building blocks for DNA and RNA synthesis. However, bacterium H. pylori uses the salvage pathway, only. Therefore, we plan to disable H. pylori growth and replication by inhibiting the key enzymes, purine nucleoside phosphorylase and adenylosuccinate synthetase, on this pathway. The proposed project includes the interdisciplinary team with expertise in the research areas of molecular biology and genetics, biochemistry and biophysics, macromolecular crystallography, biological mass spectrometry, molecular modelling, organic synthesis, analytical ultracentrifugation methods, susceptibility testing, and managing ‘big data’ through data integration (extracted from various databases). All equipment necessary to accomplish the proposed research is available in the host institution (Ruđer Bošković Institute) except for analytical ultracentrifuge available by foreign co-worker A. Bzowska (Warsaw, Poland). - Glavni istraživač / voditelj - Ostali suradnici Saša Kazazić, Biserka Kojić-Prodić, Ivana Leščić Ašler, Goran Mikleušević, Vanda Plečko, Zoran Štefanić Biserka Žinić te Agnieszka Bzowska.
1.1 2.1 2.2 3.1 4.1 5.1 5.2 6.1 7.1 8.1 9.1 10.1 11.1 12.1 13.1 14.1 15.1 16.1 17.1 18.1 19.1 20.1 21.1 22.1 23.1 24.1 25.1 26.1 27.1 27.2 28.1 29.1 30.1 31.1 32.1 33.1 34.1 35.1 36.1 37.1 38.1 39.1 40.1
Laboratorij za kemijsku i biološku kristalografiju Istraživanje LKBK je usmjereno na razumijevanje molekularnog prepoznavanja na atomnoj razini, posebice interakcije protein-ligand uporabom metoda rendgenske difrakcije, molekularnog modelranja i spektroskopskih metoda. Cilj istraživanja je biotehnološka i medicinska upotreba bakterijskih lipaza, posebice soja streptomiceta, i biljnog hormona auksina. Snimanje monokristala Odlukom ravnateljice određene su cijene snimanja monokristala na rendgenskom difraktometru Xcalibur Nova R za članove akademske zajednice. Osim kolegama iz akademske zajednice kojima su vrata LKBK-a uvijek otvorena, LKBK nudi suradnju i istraživačkim timovima u industriji, u Hrvatskoj i u inozemstvu. LKBK nudi znanje i iskustvo u pripravi monokristala, prikupljanju podataka rendgenskom difrakcijom, kao i u njihovoj interpretaciji. Aleksandar Višnjevac dr. sc. Ante Bubić mag. chem. Biserka Kojić-Prodić Igor Sabljić Ivana Leščić Ašler dr.sc. Krešimir Molčanov dr. sc. Marija Luić dr. sc. Nives Ivić dipl.ing. Valentina Milašinović Zoran Štefanić dr. sc. Mass spectrometry-based proteomic analysis: characterisation of horseradish esterases and snake venom proteins and mapping of Fusarium parasites Novi metal-organski sustavi s oksalatnim i kinoidnim ligandima s podešenim svojstvima pogodnim za primjenu Cilj projekta je učinkovit i postupan dizajn novih i naprednih funkcionalnih materijala temeljenih na metalo-organskim kompleksima.više » Povezanost fleksibilnosti, aktivnosti i strukture u porodici dipeptidil-peptidaza III U okviru ovog projekta istraživat će se raznolikost u evolucijski sačuvanoj porodici dipeptidil-peptidaza III (porodica metalopeptidaza M49, prema bazi Merops) karakterizacijom njihovih katalitičkih, strukturnih i dinamičkih svojstava. U ostvarenju ciljeva projekta primijenit će se multidisciplinarni pristup u kojem će metode molekularne biologije, biokemije i masene spektrometrije biti dopunjene bioinformatikom, makromolekularnom kristalografijom te molekulskim modeliranjem.više » Protein-ligand međudjelovanja na atomnoj razini Molekularno prepoznavanje i način vezanja liganda i proteina važni su za sve biomolekularne procese, a time i od ključnog značenja za temeljne i primijenjene znanosti.više » Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama Purine salvage pathway enzymes from Helicobacter pylori and Escherichia coli The main goal of the proposed project is to identify new drug targets and accordingly design, prepare and characterise new drugs for Helicobacter pylori eradication.više » Radionica Cambridge Structural database u Zagrebu Rendgenska strukturna analiza Određivanje strukture molekula na atomskoj razini upotrebom rendgenskih zraka - mjerenje difrakcijskih intenziteta "malih" molekula, - mjerenje difrakcijskih intenziteta bioloških makromolekula, - određivanje 3D strukture "malih" molekula - određivanje 3D strukture bioloških makromolekula - interpretacija strukturnih podataka