http___www.irb.hr_Istrazivanja_Zavodi_Zavod-za-fizicku-kemiju_Grupa-za-racunalne-bioznanosti_1.xml
1.1 2.1 3.1 3.2 3.3 4.1 5.1 7.1 8.1 9.1 11.1 12.1 13.1 15.1 16.1 17.1 19.1 20.1 21.1 22.1 24.1 25.1 26.1 27.1 27.2 28.1 30.1 31.1 32.1 33.1 34.1 36.1 37.1 38.1 38.2 39.1 40.1 41.1 42.1
Group for Computational Life Sciences The research interests of the Group for Computational Life Sciences include: (1) The influence of molecular flexibility on (a) the properties and spectroscopy of peptides, (b) the structure and function of proteins, and (c) enzymatic catalysis; (2) The development of the theoretical basis for calculating photoionization spectra of molecules in excited states, with application to biomolecular chromophores; (3) The study of the interaction of functional molecules (hormones, ligands) with biological surfaces (membranes, epithelial tissues, biocompatible crystals); (4) New approaches to studying electron transfer in aqueous solutions; (5) The computational design of new materials. Group for Computational Life Sciences brings together a team of researchers with complementary expertise in computational and theoretical chemistry, biochemistry and biophysics. We are engaged in diverse research projects that connect a wide range of spatial and temporal scales, where electronic and molecular interactions govern cooperative behaviour of complex systems. Scientists that comprise the Group cover the desired range of expertise, such as quantum chemistry (QM), classical molecular dynamics (MD), multiscale hybrid QM/MD approaches and techniques for computing free energy, non-adiabatic dynamics, photochemistry, perturbative quantum mechanical methods, mathematical chemistry, stochastic dynamics, partial differential equations, Langevin formalism, Monte Carlo simulation, Lattice Boltzmann methods and image analysis The group was formed in 2016 by uniting the Theoretical Chemistry Group and the majority of scientists from the Group for Quantum Organic Chemistry. Borislav Kovačević Ivan Ljubić Dr. Sc. Ines Despotović Darko Babić dr.sc. Nađa Došlić Danijela Barić PhD David Matthew Smith Jurica Novak Momir Mališ PhD Marko-Tomislav Cvitaš Ana Sunčana Smith Marin Sapunar Mislav Cvitković mag. phys. Marko Hanževački Nataša Vučemilović-Alagić Željka Medven Korman Josip-Augustin Janeš Jakov Lovrić Christian Rainer Wick Ivana Nikšić-Franjić Josip Vlajčević dipl. ing. Biological Membranes in Action: A Unified Approach to Complexation, Scaffolding and Active Transport – MEMBRANESACT Charge Transfer Processes in Aqueous Media Revisited Computational Solutions in the Life Sciences: The Importance of Molecular Flexibility (CompSoLS-MolFlex) CompSoLS-MolFlex utilizes state-of-the-art computational techniques to address the importance of molecular flexibility across a range of carefully selected examples from the life sciences.more »
1.1 2.1 3.1 4.1 4.2 5.1 5.2 6.1 7.1 8.1 9.1 10.1 11.1 12.1 13.1 14.1 15.1 16.1 17.1 18.1 19.1 20.1 21.1 22.1 23.1 24.1 25.1 26.1 27.1 28.1 29.1 30.1 31.1 32.1 33.1 34.1 35.1 36.1 37.1 38.1 39.1 40.1 41.1 42.1 43.1 44.1 45.1
Grupa za računalne bioznanosti Istraživanja Grupe za računalne bioznanosti usmjerena su u nekoliko glavnih pravaca: (1) istraživanje utjecaja molekulske fleksibilnosti na (a) svojstva i spektroskopiju peptida, (b) strukturu i funkciju proteina, (c) enzimsku katalizu; (2) razvoj teorijske podloge za izračun fotoionizacijskih spektara molekula u pobuđenim stanjima, s primjenom na biomolekularne kromofore; (3) istraživanje interakcije funkcionalnih molekula (npr. hormoni, ligandi) s biološkim površinama (membrane, epitelna tkiva, biokompatibilni kristali); (4) novo poglavlje u procesima prijenosa naboja u vodenim otopinama; (5) računalni dizajn novih materijala. Voditelj laboratorija dr. sc. Borislav Kovačević Tim znanstvenika Grupe za računalne bioznanosti radi na realizaciji istraživačkog programa koji povezuje široke raspone prostornih i vremenskih skala, gdje elektronske i molekularne interakcije reguliraju kooperativno ponašanje na razini složenog sustava. Tim pokriva željeni spektar ekspertiza, kao što su: kvantna kemija (QM), klasična molekulska dinamika (MD), multiskalarni hibridni QM/MD pristupi i tehnike za računanje slobodne energije, neadijabatska dinamika, fotokemija i perturbativne kvantno mehaničke metode, matematička kemija, stohastička dinamika, parcijalne diferencijalne jednadžbe, Langevinov formalizam, Monte Carlo simulacije i Boltzmannova metoda rešetke te analiza slika. Grupa je nastala 2016. godine ujedinjavanjem Grupe za teorijsku kemiju te većine znanstvenika iz Grupe za kvantnu organsku kemiju. Borislav Kovačević dr. sc. Ivan Ljubić dr. sc. Ines Despotović dr. sc. Darko Babić dr.sc. Nađa Došlić dr. sc. Danijela Barić dr. sc. David Matthew Smith dr. sc. Jurica Novak dipl.ing. Momir Mališ dr. sc. Marko-Tomislav Cvitaš dr. sc. Ana Sunčana Smith Mislav Cvitković mag. phys. Marko Hanževački mag. chem. Josip Vlajčević dipl. ing. Nataša Vučemilović-Alagić Željka Medven Korman Adriana Lepur dr.sc. Josip-Augustin Janeš Christian Rainer Wick dr. sc. Biological Membranes in Action: A Unified Approach to Complexation, Scaffolding and Active Transport – MEMBRANESACT Mreže za profesionalno usavršavanje mladih znanstvenika u interdisciplinarnim istraživanjima inovativnih površina i materijala (MIPoMat) Novo poglavlje u procesima prijenosa naboja u vodenim otopinama Računalna rješenja u bioznanostima: Uloga molekulske fleksibilnosti (CompSoLS-MolFlex) Projektom CompSoLS-MolFlex istražuje se uloga molekulske fleksibilnosti suvremenim računalnim postupcima na nizu pažljivo odabranih primjera iz bioznanosti.više »