Selv om betjeningen af forskellige SEM'er kan variere noget, så gælder det generelt, at man for at opnå den bedste synlighed og opløsning ved materialer med relativt lav atomvægt bør anvende stigende spændinger på 5-10 keV og indstille apparaturet til lille punktstørrelse og kort arbejdsafstand.
Although the operational requirements of different SEMs may vary, generally to obtain the best visibility and resolution, with relatively low atomic weight materials, accelerating voltages of 5-10 keV should be used with a small spot size setting and short working distance.