Odešel v Göttingen 1899, aby přijal židli na Königsberg, pak v roce 1911 se stal profesorem na Vysoké škole pro sociální a obchodních věd ve Frankfurtu. Tato Akademie se stala univerzita v roce 1914. Schönflies skončil svou kariéru na univerzitě ve Frankfurtu, kde působil jako profesor od roku 1914 do roku 1922 byl rektorem univerzity v relaci 1920-21.
He left Göttingen in 1899 to take up a chair at Königsberg, then in 1911 he became professor at the Academy for Social and Commercial Sciences in Frankfurt. This Academy became a University in 1914. Schönflies ended his career at the University of Frankfurt where he served as professor from 1914 until 1922 being rector of the University in the session 1920-21.