Nicméně, používání antibiotik v živočišné výrobě, je velmi kontroverzní, a to především kvůli obavám z rostoucí antibakteriální odpor. Food and Drug Administration USA vydala návrh vedení v červnu roku 2010 žádá chovatele hospodářských zvířat antibiotika užívat na svých zvířatech, pouze pokud "to nezbytné pro zajištění zdraví zvířat," ale agentura má ještě přijmout právně vymahatelný akci. Evropská unie zakázala používání antibiotik v krmivech v roce 2006.
However, the use of antibiotics in livestock production is very controversial, largely because of worries about rising antibacterial resistance. The U.S. Food and Drug Administration released a draft guidance in June 2010 asking livestock producers to use antibiotics on their animals only when “necessary for assuring animal health,” but the agency has yet to take legally enforceable action. The European Union banned the use of antibiotics in feed in 2006.