Citing health problems, he resigned from his post and quit active politics in 2000. "President Izetbegovic will be remembered for his historic role in preserving the unity of Bosnia and Herzegovina and establishing the Bosnian state," UN Secretary General Kofi Annan said in a statement of condolence. "Izetbegovic was a very courageous leader for his people," EU foreign policy chief Javier Solana said.
Kao razlog navodeći zdravstvene probleme, 2000. godine napustio je funkciju i povukao se iz aktivne politike. "Predsjednik Izetbegović bit će upamćen po svojoj povijesnoj ulozi u očuvanju jedinstva Bosne i Hercegovine i uspostavi bosanske drzave", istaknuo je u svojoj izjavi sućuti glavni tajnik Ujedinjenih naroda Kofi Annan. "Izetbegović je bio vrlo hrabar čelnik svog naroda", izjavio je visoki predstavnik EU za vanjsku politiku i sigurnost Javier Solana.