Så sent som i 1799, blev præster stadig fængslet eller deporteret til straffekolonier og forfølgelse kun forværret efter den franske hær ledet af general Louis Alexandre Berthier fanget Rom og fængslet pave Pius VI, der ville dø i fangenskab i Valence, Drôme, Frankrig i august 1799.
Pave Pius VI døde i Frankrig.