مقایسه کامپیوتری اپیتوپ های نواحی C2-V3-C3 گلیکوپروتئین 120gp ایزوله ایرانی H IV-1 با نواحی همولوگ در زیرگونه های گوناگون این ویروس

در تحقیق حاضر اپیتوپ های پیش بینی شده در نواحی C2-V3-C3 در 120 gp ایزوله ایرانی ویروس 1 HIV- با اپیتوپ های نواحی مشابه در زیرگونه های A تا I این ویروس مقایسه شده اند. از آن جا که نواحی اپیتوپ یک پروتئین مناطقی فاقد ساختمان ثانویه و آب دوست هستند که در تماس با محلول آبی اند از این فاکتورها برای پیش بینی اپیتوپ ها استفاده شد. تعداد نواحی هلیکس (1) و شیت ها (5) در ایزوله ایرانی با تعداد آن ها در زیرگونه F و  Aبرابر بود. روش هوبارد 7 محل بالقوه گلیکوزیلاسیون را در ایزوله ایرانی تعیین کرد. در تمام زیرگونه های دیگر تعداد محل های بالقوه گلیکوزیلاسیون کم تر از 7 بود. در تمام ایزوله ها از جمله ایزوله ایرانی, یک اپیتوپ در یک ناحیه مشابه پیش بینی شد. در تمام نواحی بررسی شده (به جز ایزوله ایرانی و زیرگونه های D و H) یک اپیتوپ طویل واحد در ناحیه ای دیگر پیش بینی شد. در زیرگونه H هیچ اپیتوپی در این ناحیه پیش بینی نشد. در ایزوله ایرانی و در زیرگونه D دو اپیتوپ کوتاه در این ناحیه پیش بینی شد. آنالیز کامپیوتری, شباهت ها و تفاوت های بین موقعیت اپیتوپ های زیرگونه ایرانی و سایر ویروس های HIV-1 پیش بینی کرد. اگر چه ساختار اولیه 120 gp زیرگونه ایرانی به زیرگونه B نزدیک است, برخی تفاوت ها بین ساختار دوم و سوم این ویروس و ساب تیپ B پیش بینی می شوند.