مقایسه روش های استخراج ‏DNA‏ از بافت های ثابت شده در فرمالین

نقطه شروع ‏بسیاری از روش های بیولوژی مولکولی, ‏ضرورت جداسازی DNA‏ با کیفیت عالی است. معمولا کیفیت DNA‏ ‏با ‏عواملی از قبیل عدم آلودگی ناشی ‏ازRNA ‎, پروتئین, لیپید و سایر ساختارهائی که برای آنزیم های برشی و ‏پلی مرازها مزاحمت ایجاد می کنند ‏سنجیده می شود‎‏. معمولا DNA ‏استخراج ‏شده‏ از بلوک های پارافین و بافت های فیکس شده در فرمالین بخاطر اثرات تخریبی وارد شده بر ‏DNA, از کیفیت مطلوبی برخوردار نیستند. هدف از مطالعه, معرفی روش کارآمد در استخراج DNA از بافت های نگهداری شده در فرمالین می باشد. جهت استخراج ‏DNA‏ از بافت های نگهداری شده در فرمالین, دو پروتکل مختلف از کیت Bioneer و کیت طراحی شده General Genomic Extraction ‏توسط نویسندگان مقاله مورد مقایسه قرار گرفتند. ارزیابی کمی و کیفی بر روی ‏DNA‏ های استخراج شده انجام گرفت. جهت تایید و ارزیابی DNA استخراج شده, واکنش ‏PCR‏ با پرایمرهای ژن بتاگلوبین بر روی تمام نمونه ها انجام شد.‏ نتایج آزمایش کیفی و کمی نشان داد که DNA استخراج شده با استفاده از کیت General Genomic Extraction از کمیت و کیفیت مطلوبتری در مقایسه با کیت Bioneer برخوردار بود. میزان تکثیر نمونه ها با پرایمر بتاگلوبین, حاکی از غلظت و خلوص بیشتر DNA استخراج شده با کیت مذکور در مقایسه با کیت Bioneer بود. با توجه به آسیب ناشی از نگهداری بافت در فرمالین, کیت General Genomic Extraction کارایی بیشتری در استخراج DNA داشت. این روش می تواند برای استخراج ‏DNA‏ از بافت های نگهداری شده در فرمالین و بلوک های پارافین به صورت روتین در آزمایشات تحقیقاتی و بالینی مورد استفاده قرار گیرد.