ههمسانه سازی، مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن سکوالن سینتاز1 در شیرین بیان بومی ایران

شیرین بیان (Glycyrrhiza glabra), یکی از مهم ترین گیاهان دارویی است که دارای ترکیبات فعال زیستی مانند ساپونین تری ترپنوئیدها (گلیسیریزین) و فیتواسترول ها است. سکوالن سینتاز (Squalene Synthase), آنزیم (EC 2. 5. 1. 21) متصل به غشا است که دو مولکول فارنسیل دی فسفات را به سکوالن تبدیل می کند. سکوالن پیش ماده اصلی بیوسنتز تری ترپن ها و استرول ها است. در این مطالعه توالی بیان کننده سکوالن سینتاز 1 شیرین بیان بومی ایران در وکتور pTZ57R/T همسانه سازی و ویژگی های بیوانفورماتیکی پلی پپتید با استفاده از نرم افزارها پیش بینی شد. cDNAسکوالن سینتاز 1, 1242 جفت باز دارد و یک پلی پپتید 413 آمینواسیدی را بیان می کند. بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که پلی پپتید سکوالن سینتاز 1 شیرین بیان, بیشترین شباهت را با سکوالن سینتاز 1 جنس Glycyrrhiza دارد. بررسی جایگاه درون سلولی نشان داد که فعالیت پروتئین در ارتباط با شبکه آندوپلاسمی است. وزن مولکولی پروتئین 3/47 کیلودالتون و نقطه ایزوالکتریک آن 18/8 است. در توالی آمینواسیدی دو ناحیه فراغشایی و دو بخش حفاظت شده مشخص شد. ساختار سه بعدی پروتئین با استفاده از نرم افزار I-TASSER پیشگویی شد. در ساختار پروتئین پیشگویی شده, مارپیچ فراغشایی, آمینواسیدهای آب گریز, توالی حفاظت شده و آمینواسیدهای سطح پروتئین با نرم افزار Chimera مشخص شد. الگوی بیان ژن سکوالن سینتاز 1 نشان داد که بیشترین و کمترین بیان به ترتیب مربوط به ریشه و اندام سبز گیاه است.