رقاقة التسلسل تسمى أيضا   هي طريقة مستخدمة لتحليل تفاعلات البروتين مع الحمض النووي يجمع   بين المناعة المناعية للكروماتين  وتسلسل الحمض النووي المتوازي بشكل كبير لتحديد مواقع الربط للبروتينات المرتبطة بالحمض النووي يمكن استخدامه لتعيين مواقع الربط بشكل عمومي بالتحديد لأي بروتين مهم في السابق كان    هو الأسلوب الأكثر شيوع المستخدم لدراسة علاقة الحمض النووي بالبروتين الاستخدامات يستخدم   بشكل أساسي لتحديد كيفية تأثير عوامل النسخ والبروتينات الأخرى المرتبطة بالكروماتين على آليات التي تؤثر على النمط الظاهري يعد تحديد كيفية تفاعل البروتينات مع الحمض النووي لتنظيم التعبير الجيني أمر ضروري لفهم العديد من العمليات البيولوجية وحالات الأمراض هذه المعلومات الجينية مكملة للنمط الجيني وتحليل التعبير ينظر إلى تقنية   حالي كبديل لشريحة  التي تتطلب مصفوفة بروتين دقيقة يقدم هذا بالضرورة بعض التحيز حيث يقتصر المصفوفة على عدد محدد من التحقيقات بالمقابل عتقد أن التسلسل أقل تحيز على الرغم من أن التحيز التسلسلي لتقنيات التسلسل المختلفة لم يتم فهمه بشكل كامل حتى الآن مواقع الحمض النووي المحددة في التفاعل الجسدية المباشر مع عوامل النسخ والبروتينات الأخرى يمكن عزلها عن طريق الترسيب المناعي الكروماتين تنتج  مكتبة مواقع الحمض النووي المستهدفة المرتبطة ببروتين مهم في الجسم الحي ستخدم تحليلات التسلسل المتوازي بشكل كبير بالاقتران مع قواعد بيانات تسلسل الجينوم الكامل لتحليل نمط تفاعل أي بروتين مع الحمض النووي أو نمط أي تعديلات كروماتينية جينية يمكن تطبيق ذلك على مجموعة البروتينات والتعديلات القادرة للحصول على  مثل عوامل النسخ والبوليمرات والآلات النسخية والبروتينات الهيكلية وتعديلات البروتين وتعديلات الحمض النووي وكبديل للاعتماد على أجسام مضادة محددة وتم تطوير طرق مختلفة للعثور على مجموعة شاملة لجميع المناطق التنظيمية النشطة في جسيم نووي المستنفدة للنيوكليوم أو النيوكليوسوم في الجينوم مثل    سير العمل رقاقة التسلسل سير عمل رقاقة التسلسل رقاقة  هي وسيلة قوية لإثراء انتقائي لتسلسل الحمض النووي المرتبطة ببروتين معين في الخلايا الحية ومع ذلك فإن الاستخدام الواسع النطاق لهذه الطريقة كان محدودا بسبب عدم وجود طريقة قوية بما فيه الكفاية لتحديد جميع تسلسل الحمض النووي المحسن تعمل عملية  على إثراء مجموعات معينة من بروتين الحمض النووي المتشابك باستخدام جسم مضاد ضد البروتين المستهدف للحصول على وصف جيد لبروتوكول مختبر الرطب من  انظر    ثم تضاف محولات أوليغنيكليوتيد إلى الامتدادات الصغيرة من الحمض النووي التي كانت مرتبطة بالبروتين المستهدف لتمكين التسلسل المتوازي على نطاق واسع التسلسل بعد اختيار الحجم يتم تسلسل جميع شظايا   الناتجة في وقت واحد باستخدام منظم الجينوم يمكن لمسار تسلسلي واحد أن يبحث عن الارتباطات على نطاق الجينوم بدقة عالية مما يعني أنه يمكن تحديد الميزات بدقة على الكروموسومات على النقيض من ذلك تتطلب رقاقة  مجموعات كبيرة من صفائف التجانب لخفض الدقة هناك العديد من طرق التسلسل الجديدة المستخدمة في هذه الخطوة التسلسل يمكن لبعض التقنيات التي تقوم بتحليل التسلسلات استخدام التضخيم العنقودي لشظايا   ذات محول في الركيزة الصلبة لخلية التدفق لإنشاء مجموعات من حوالي نسخة نسيلية لكل منها يتم ترتيب مجموعة الكثافة العالية الناتجة من مجموعات القوالب على سطح خلية التدفق بواسطة برنامج تحليل الجينوم يخضع كل قالب مجموعة التسلسل تلو التوازي في موازاة استخدام نيوكليوتيدات فاصل عكسي المسمى  يتم تسلسل القوالب كل قاعدة على حدة أثناء كل قراءة بعد ذلك يقوم برنامج جمع وتحليل البيانات بمحاذاة تسلسل العينات مع تسلسل جينومي معروف لتحديد شظايا   المطلوبة حساسية تعتمد حساسية هذه التقنية على عمق المدى التسلسلي أي عدد علامات التسلسل المعين وحجم الجينوم وتوزيع العامل المستهدف يرتبط عمق التسلسل مباشرة بالتكلفة إذا كان من الضروري تعيين روابط وفيرة في جينومات كبيرة بحساسية عالية فستكون التكاليف مرتفعة حيث ستكون هناك حاجة إلى عدد كبير للغاية من علامات التسلسل وهذا يتناقض مع رقاقة  حيث لا ترتبط التكاليف بالحساسية وعلى عكس طرق  المستندة إلى مصفوفة البروتين الدقيقة فان دقة اختبار   لا تقتصر على تباعد التحقيقات المحددة مسبق من خلال دمج عدد كبير من القراءات القصيرة يتم الحصول على توطين موقع الربط الدقيق للغاية مقارنة برقاقة  يمكن استخدام بيانات   لتحديد موقع الربط ضمن عشرات قليلة من الأزواج الأساسية لموقع ربط البروتين الفعلي تعد كثافات العلامات في مواقع الربط هي مؤشر جيد على تقارب ارتباط البروتين بالحمض النووي مما يجعل من السهل تحديد ومقارنة الارتباطات المرتبطة للبروتين بمواقع الحمض النووي المختلفة البحوث الحالية رابطة الحمض النووي الحالة تم استخدام   لدراسة أهداف  في خلايا  ثم تمت مقارنة أداء   بطرق تفاعل البروتين والحمض النووي البديلة في     بنية نووية للمروجين باستخدام   تم تحديد أن جينات الخميرة يبدو أنها تحتوي على أقل منطقة محف زة خالية من النيوكليوسوم تبلغ نقطة أساس والتي يمكن أن يبدأ فيها بوليميريز الحمض النووي الريبي النسخ الحفاظ على عامل النسخ تم استخدام   لمقارنة حفظ ال  في الدماغ الأمامي وأنسجة القلب في الفئران الجنينية حدد المؤلفون والتحقق من صحة وظائف القلب من معززات النسخ وقرروا أن معززات النسخ للقلب هي أقل تحفظا من تلك الموجودة في الدماغ الأمامي خلال نفس المرحلة التنموية   على نطاق الجينوم اكتمل تسلسل  على الدودة  لاستكشاف مواقع الربط على نطاق الجينوم التي تضم عاملا من النسخ تم تعيين ما يصل إلى من الجينات المرشحة المشروحة لعوامل النسخ تم تعيين العديد من عوامل النسخ لمناطق الحمض النووي الريبي غير المشفرة وقد تخضع لمتغيرات تطورية أو بيئية كما تم تحديد وظائف بعض عوامل النسخ بعض عوامل النسخ تنظم الجينات التي تتحكم في عوامل النسخ الأخرى لا يتم تنظيم هذه الجينات من قبل عوامل أخرى تعمل معظم عوامل النسخ كأهداف ومنظمين لعوامل أخرى مما يدل على وجود شبكة من التنظيم الاستدلال على الشبكة التنظيمية تم عرض إشارة   لتعديل هيستون على أنها أكثر ارتباط بزخارف عامل النسخ عند المروجين مقارنة بمستوى الحمض النووي الريبي ومن هنا اقترح المؤلف أن استخدام تعديل هيستون يوفر   استدلال أكثر موثوقية للشبكات التنظيمية الجينية مقارنة بالطرق الأخرى القائمة على التعبير يقدم   بديلا   تتمتع بيانات  التجريبية بدرجة عالية من التشابه مع النتائج التي تم الحصول عليها بواسطة   لنفس النوع من التجربة مع أكثر من من القمم في المناطق الجينية المشتركة نظر لأن البيانات عبارة عن قراءة تسلسلية تقدم   خط للتحليل السريع طالما يتوفر تسلسل جينوم عالي الجودة لرسم الخرائط للقراءة ولا يحتوي الجينوم على محتوى متكرر يربك عملية التعيين القدرة على اكتشاف الطفرات في تسلسل مواقع الربط والتي قد تدعم مباشرة أي تغييرات ملحوظة في ربط البروتين وتنظيم الجينات التحليل الحسابي كما هو الحال مع العديد من أساليب التسلسل عالية الإنتاجية تقوم   بإنشاء مجموعات بيانات كبيرة للغاية والتي تتطلب طرق التحليل الحسابية المناسبة للتنبؤ بمواقع ارتباط الحمض النووي من بيانات   تم تطوير طرق الاتصال القصوى الطريقة الأكثر شعبية هو  الذي يصمم تجريبيا حجم التحول لعلامات   ويستخدمه لتحسين الدقة المكانية لمواقع الربط المتوقعة هناك مشكلة حسابية أخرى ذات صلة وهي النداء الذروي التفاضلي الذي يحدد اختلافات كبيرة في إشارات تشيب ساق من ظروف بيولوجية متميزة الجزء المتصل بالذروة التفاضلية يشتمل على اثنين من إشارات   ويحدد الذروة التفاضلية باستخدام نماذج   أمثلة للمتصلين الذروة التفاضلية على مرحلتين هي   انظر أيضا    رقاقة  رقاقة  طرق مماثلة تسلسل    انقسام مستهدف للأجسام المضادة بواسطة   بدلا من  مما يسمح بزيادة نسبة الإشارة إلى الضوضاء أثناء التسلسل   مطابقة ل   لكن تخطي خطوة مناعي   وتسمى أيض   لإيجاد تفاعلات مع  بدلا من    طريقة أخرى لتحديد مواقع الربط لبروتينات ربط الحمض النووي الريبي الخلوية    نفس الهدف والخطوات الأولى ولكن لا يستخدم طرق الربط المتقاطع ويستخدم ميكروأري بدلا من التسلسل  طريقة لإيجاد تسلسل ملزم بالإجماع المنافسة رقاقة لقياس ديناميات استبدال النسبية على الحمض النووي   لقياس الحمض النووي الريبي المرتبط بالحمض النووي الريبي والبروتينات يستخدم   علاج نوكلياز لتحقيق ما يصل إلى قرار واحد الزوج   نسخة محسنة من   لتحقيق ما يصل إلى دقة زوج واحد يستخدم   جسم مضاد لترسيب الهجينة   الثلاثية تقطعت بهم السبل وتسمى    طريقة مشابهة بشكل أساسي لقياس ديناميات ترجمة    يستخدم  لتحديد التسلسل حيث يرتبط عامل النسخ المراجع روابط خارجية كتالوج  تحليل متكامل وموحد ل   للعناصر التنظيمية من مجموعات بيانات   مما يوفر فهرس يتكون من مليون من منظم نسخ يوصف التحليل بالتفصيل في هذه الورقة قاعدة بيانات  قاعدة بيانات لاستكشاف خرائط ربط عامل النسخ من بيانات   يوفر مجموعة بيانات   الأكثر شمول لأنواع وظروف الخلايا الأنسجة المختلفة  أداة تحليل وقاعدة بيانات  هي بيئة تحليل سهلة الاستخدام ويمكن الوصول إليها بحرية لبيانات     وتأتي مع قاعدة بيانات كبيرة من التجارب العامة الجاهزة للتحليل على سبيل المثال لتعديلات ملزمة عوامل النسخ وتاريخ هيستون يتم وصف قاعدة البيانات بالتفصيل في هذه الورقة الفرق الذروة الدعوة دروس لذروة التفاضلية الدعوة مع  التحليل المعلوماتي الحيوي لبيانات   تم توضيح الإرشادات العملية للتحليل الشامل لبيانات   في هذه الورقة  كشف التباين المترابط في مجموعات البيانات اللاجينية باستخدام تحويل    أداة لاكتشاف النمط الاحتمالي في ملفات تعريف إشارة   متعددة أداة للانحدار وتنبؤ الذروة على ملفات تعريف إشارة   متعددة          تصنيف تقانة حيوية تصنيف تقنيات علم الأحياء الجزيئي تصنيف حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين تصنيف طرق البروتين