@Test
public void testDefineLigand() {

    ILigand ligand = CIPTool.defineLigand(molecule, new VisitedAtoms(), 1, 2);
    Assert.assertEquals(molecule, ligand.getAtomContainer());
    Assert.assertEquals(molecule.getAtom(1), ligand.getCentralAtom());
    Assert.assertEquals(molecule.getAtom(2), ligand.getLigandAtom());
}