Bis zum Jahr 2000 gehörte das Genus Papillomavirus zusammen mit dem Genus Polyomavirus zur Familie Papovaviridae, da beide unbehüllte Kapside und eine doppelsträngige DNS besitzen. Die Genome sind jedoch hinsichtlich Größe und Organisation völlig divergent, auch gibt es keine Ähnlichkeiten der Nukleotid- oder Aminosäurensequenzen. Daher bilden die Papillomviren seit dem 7. Reports des "International Committee on Taxonomy of Viruses" (ICTV) des Jahres 2000 die eigene Familie Papillomaviridae