Unter MS-DOS gab es das 'hidden'-Flag schon lange Zeit vor den GUIs, soweit ich mich erinnere hatte es bei einem 'dir' aber keinen Effekt (und auch sonst so ziemlich keinen). Tatsächlich waren wohl erst "Endbenutzer"-GUI-Dateibrowser/-explorer die ersten Anwendungen, die 'hidden'-Dateien tatsächlich nicht anzeigten. Browser für Fachleute ignorieren es (zumindest als Voreinstellung) auch heute noch. (Genauso wie den Blödsinn "Dateinamenserweiterungen bei bekannten Typen ausblenden".)