Die wissenschaftliche Qualität der Forschung, die die Auswirkung der Transzendentalen Medition positiv bewerten, wurde kritisiert. Peter Canter und Edzard Ernst von der Universität Exeter haben das vorhandene Datenmaterial zu Transzendentaler Meditation und ihren Auswirkungen auf die geistige Leistungsfähigkeit untersucht. Von über hundert Veröffentlichungen zum Thema erfüllten jedoch nur zehn die Kriterien, die üblicherweise an eine klinische Arbeit gestellt werden. Vier dieser zehn Studien kamen zu positiven, sechs zu teilweise oder vollständig negativen Ergebnissen. Bei allen Studien mit positiven Ergebnissen waren die Probanden gegenüber TM positiv eingestellt, und es wurden passive Kontrollmethoden angewandt. Bei den übrigen Studien hatten die Probanden kein spezifisches Interesse an TM und fünf von ihnen wandten strukturierte Kontrollverfahren an. Die Autoren schließen daraus, dass die positiven Effekte durch eine Erwartungshaltung bedingt seien. Eine behauptete spezifische und kumulative Wirkung von TM auf kognitive Funktionen wird durch die Versuche nicht nachgewiesen.[31][32] Im Editorial The therapeutic effects of meditation des British Medical Journal schrieb Peter Canter allgemein über methodische Probleme bei klinischen Untersuchungen über Meditationswirkungen.[33] Dem widersprach der britische Arzt und TM-Lehrer Roger Chalmers in einem elektronischen Leserbrief an das Journal, in dem er die Studie von Canter und Ernst und ihre Schlüsse kritisierte.