Der Name Z-DNA leitet sich vom zickzackartigen Verlauf des Zucker-Phosphat-Rückgrates ab. Diese außergewöhnliche Struktur wird durch die alternierende glykosidische Bindung bei Guanosin (syn) und Cytidin (anti) hervorgerufen. Entsprechend tritt die Z-Form der DNA besonders in Bereichen auf, in denen genannte Basen häufig und alternierend vorkommen (GCGC...).