Die Vollzugsbereiche der Bundeszollverwaltung werden aufgrund ihrer klassischen Filterfunktion und ihren polizeilichen Aufgaben seit jeher immer wieder mit der Bundespolizei verwechselt oder dieser gedanklich zugeordnet (auch andersherum) und auch stets in die Richtung der Polizei gerückt. Hierzu lässt sich sagen: bestimmte Bereiche der Zollverwaltung haben ähnliche Kompetenzen wie bestimmte Bereiche der Landes-/Bundespolizei. Diese nehmen eine Vielzahl von polizeilichen und strafverfolgenden Vollzugsaufgaben wahr. Beispielsweise kann man die Zollfahndung als "Kriminalpolizei der Zollverwaltung" bezeichnen. Nach der Forderung der EU-Kommission vom 28. Juli 2003, den Zoll in eine "Warenpolizei" umzustrukturieren, kommt es regelmäßig zu Diskussionen, ob die Vollzugsbereiche des Zolls in eine "Bundesfinanzpolizei" umstrukturiert werden sollen.