Die U23 spielte bis zur Saison 2005/06 in der Regionaliga Nord. Bis dahin wurden alle Heimspiele im Südstadion ausgetragen. Das letzte Heimspiel in der RL Nors gegen die II. des HSV wurde bereits wieder im heimischen Franz Kremer Stadion ausgetragen. In den Folgejahren spielte die U23 in der Oberliga alle Spiele wieder im Franz Kremer Stadion. Mit dem Wiederaufsteig in die Regionalliga wurde das Stadion mehrfach umgebaut. Es wurde eine Rasenheizung eingebaut sowie die Stehplätze renoviert und eine neue Zaunanlage sowie ein abgeschlossener Gästeblock gebaut. Somit wurde das Stadion mit einer Kapazität von rund 5350 Zuschauern Rgionalligatauglich. Mit dem Umbau der BayArena zog die zweite von Bayer Leverkusen ins Südstadion um. Der FC meldete das Südstadion seitdem nicht mehr als Ausweichstadion. Inder Saison 2009/2010 wurde das Heimspiel gegen Waldhof Mannheim wegen der erwarteten Zuschauerzahlen ins RheinEnergie Stadion verlegt. Hintegrund war, das der DFB wegen diverser Verfehlungen bei den Derbys gegen Gladbach und Leverkusen ein Gästefanverbot zum Auswärtsspiel in Hoffenheim verhängt hatte.