Aus wissenschaftlicher Sicht ist Zazen ein schwierig zu erforschendes Thema. Wie bereits oben erwähnt geht es um eine Subjektive Erfahrung, die Wissenschaft jedoch, versucht intersubjektiv nachvollziehbare Standpunkte zu erlangen, um so ein möglichst objektives Urteil zu erlangen. Jegliche wissenschaftlichen Schlüsse spiegeln also niemals unbedingt die Erfahrung eines Zazen Praktizierenden wieder, die Wissenschaft versucht lediglich die Ursachen jener subjektiven Erfahrung sichtbar zu machen. So hat man Meditierende mit einem EEG-Gerät untersucht und die Erkenntnis dokumentiert. Interessant erschien den Forschern offenbar der Zusammenhang zwischen Habituation und Zazen-Praxis. Mit hilfe des EEG werden Gehirnwellen sichtbar, maschinell zu einem Graph verarbeitet und verwertbar. Die verschiedenen Erscheinungsformen dieser Wellen werden unterteilt. Interessant für das Experiment sind die sogenannten "Alpha-Wellen". Wann immer ein Mensch geistig tätig ist, also auch dann, wenn er einem Reiz ausgesetzt wird, werden diese Alpha-Wellen unterbrochen. Bei Wiederholung des selben Reizes verflacht diese Blockierung. In der Dokumentation des Experiments wird exemplarisch das Ticken einer Uhr genannt: beim ersten Ticken werden die Alpha-Wellen blockiert, solange man auf das Ticken achtet auch, doch sobald man sich auf etwas anderes konzentriert, hört man das Ticken nicht mehr bewusst, die Alpha-Wellen-Blockierung verflacht: Habituation. Während das Phänomen der Habituation bei Versuchspersonen die kein Zazen praktizieren eintrat, so entfiel es beim Versuch mit einem Zen-Meister. Bei diesem trat eine Blockierung der Alpha-Wellen bei jedem Ticken auf. Zazen verhilft offenbar dem Meditierenden, seine Habituation besser zu kontrollieren.