Die Wern entspringt nordöstlich des Ortsteiles Pfersdorf der Gemeinde Poppenhausen. Es gibt eine auf Karten ausgewiesene Wernquelle, teilweise auch Aubrunnen genannt, auf etwas über etwa einen Kilometer nordöstlich der Ortsmitte noch auf der Ortsteilgemarkung, die aber durchschnittlich nur ein bis zwei Liter pro Sekunde schüttet und im Sommer vollständig versiegt. Wenige Schritte nach der Quelle mündet aus dem Nordosten der 4,4 km lange Augraben, der wegen seiner höheren Wasserführung und größeren Länge als Oberlauf der Wern angesehen wird und am Südwestrand des selbständigen Dorfes Rannungen auf etwas über entsteht. Dieser Augraben biegt nach etwa 600 Metern vor dem Rannungener Hesselberg in die Zulaufrichtung seines mehr oder weniger beständigen linken Oberlaufes Lein- oder Leimgraben ab, der selbst bis zu 2,0 km lang ist und dann in der Gemarkung der Gemeinde Dittelbrunn etwa 700 Meter nordöstlich des Ortskerns des Dittelbronner Dorfes Pfändhausen nahe der Kreisstraße von dort nach Rannungen auf unter zu laufen beginnt. Der Augraben wurde in den 1930er Jahren als Entwässerungsgraben ausgebaut, seine beiden Oberläufe sind fast überall Weggräben.