Wenn die Zwerchfellhernie vor der Geburt festgestellt wird, sollte die Entbindung in Absprache mit einem spezialisierten Zentrum geplant werden. Nur bei Verlaufsformen mit sehr stark unterentwickelten Lungen wird man einen experimentellen vorgeburtlichen Behandlungsversuch Therapie in utero vorschlagen. Die Auswahl von Ungeborenen mit Zwerchfellhernie zu einer vorgeburtlichen Intervention erfolgt über die sonographische Bestimmung der fetalen Leberposition, der Messung der Lung-to-Head Ratio und von einigen Untersuchern auch durch zusätzliche Bestimmung hämodynamischer Flussänderungen ("Ductus venosus Streaming zur rechten Herzseite"). Häufig wird auch eine kernspintomographische Messung des fetalen Lungenvolumens mit in den Selektionsprozess mit einbezogen. Der vorgeburtliche Eingriff wird auch als minimal-invasiver fetoskopischer Tracheal-Ballonverschluss bezeichnet. Hierbei wird über einen Zeitraum von mehreren Wochen die fetale Luftröhre mittels eines kleinen Latex-Ballons verschlossen. Der therapeutische Effekt auf die fetale Lunge erklärt sich folgendermaßen: Die Lunge produziert vor der Geburt normalerweise Flüssigkeit, die unter anderem auch dazu dient die winzigen Atemwege offenzuhalten. Wenn diese durch den Ballon aufgestaut wird, erweitert sich die Lunge zunächst durch den Flüssigkeitsdruck. Zusätzlich werden durch den Aufstau auch ein starker Wachstumsreiz für die Neubildung von Lungengewebe ausgelöst und die Lungendurchblutung verbessert. In einem zweiten fetoskopischen Eingriff wird der Ballon vor Entbindung auch wieder entfernt. Hierdurch verspricht man sich weitere positive Effekte auf die Lunge (Nachreifen von Surfactant herstellenden Typ II Pneumozyten) sowie ein erleichtertes Entbindungsmanagement.