Mit Kriegsbeginn im September 1939 wurden die meisten Universitäten in Deutschland geschlossen. Jena bildete jedoch eine Ausnahme. Mit Berlin, Leipzig, München und Wien gehörte die Alma Mater Jenensis zu den fünf Universitäten im "Reich", die nur wenige Tage nach Kriegsbeginn ihre Lehre und Forschung fortsetzen durften. Die Uni Jena gehörte auch zu den wenigen Hochschulen, die ihren Betrieb bis Kriegsende aufrechterhalten konnten.