 شهید آیت الله سید مصطفی خمینی در ۲۱ آذر ۱۳۰۹ ه‍ ش برابر با ۲۱ رجب ۱۳۴۹ ه‍ ق در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجاره ای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدری اش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. مادر گرامی اش خانم خدیجه ثقفی در انتخاب این اسم برای فرزندش می گوید:

«من خیلی دوست داشتم که نامش مصطفی باشد و نمی دانم آقا چه دوست داشتند، ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است، بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را محمد گذاشتیم، لقبش را مصطفی و کنیه اش را ابوالحسن گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول (ص ) نشود."

سید مصطفی دیرتر از کودکان دیگر زبان باز کرد، به گونه ای که تا چهار سالگی فقط چند کلمه را می توانست بگوید؛ اما دیری نپایید، او را به مکتب خانه ای در نزدیکی منزلشان گذاشتند. این اقدام تأثیر فراوانی در حرف زدن وی بر جای گذاشت و نگرانی اطرافیانش برطرف شد.

از پانزده سالگی، تحصیل در حوزۀ علمیۀ قم را آغاز کرد. در مدتی کمتر از شش سال، دوره های مقدماتی و سطح را به پایان برد و در سال ۱۳۳۰ش، مشغول به فراگیری درس خارج شد.

او در دورۀ سطح، نزد استادانی چون محمد جواد اصفهانی، محمد صدوقی، مهدی حائری، فقه و اصول را فراگرفت و هم زمان به فراگیری فلسفه نزد سید رضا صدر و شرح منظومۀ حکیم سبزواری نزد شیخ محمد فکور یزدی پرداخت. سپس به فرا گیری اسفار نزد سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و علامه طباطبایی پرداخت و پس از پایان دورۀ این درس، ضمن تدریس اسفار، حاشیه ای هم بر آن نوشت.

حاج آقا حسین طباطبایی بروجردی، سید محمد محقق داماد و امام خمینی، استادان سید مصطفی در مراحل درس خارج فقه و اصول بودند. او در ۲۷ سالگی به اجتهاد رسید.

 سید مصطفی خمینی در سال ۱۳۳۳ و در سن ۲۴ سالگی با دختر شیخ مرتضی حائری ازدواج کرد. مرحومه بانو خدیجه ثقفی، همسر بزرگوار حضرت امام(ره)، ماجرای ازدواج پسر ارشد خود را چنین شرح دادند:

"یک وقت شایع شد که با آقا مرتضی حائری وصلت کرده ایم، به طوری که مصطفی می گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می آید، رفقا می گویند که پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید که دختر آقای حائری را دیده ای؟ من هم کمی توضیح دادم. آقا گفت: چطور است این دروغ را راست کنیم؟ گفتم که هر طوری صلاح می دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود که همان شب بروند برای صحبت؛ بعد به ما خبر دادند که مردها رفته اند و ما زنها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد."

حاصل این ازدواج یک دختر و یک پسر بود مریم پزشک است و در سوئیس زندگی می کند. سید حسین خمینی از نظر سیاسی دیدگاه متفاوتی به انقلابی ها داشت و از حامیان بنی صدر و مجاهدین خلق محسوب می شد، به عراق و آمریکا سفر کرد و در سالهای اخیر به ایران آمده و در قم ساکن شد.

آیت الله حاج سید محمد سجادی اصفهانی، از جمله نزدیکترین یاران و شاگردان شهید آیت الله سید مصطفی خمینی درباره مقام علمی سید مصطفی که در ۲۷ سالگی به مقام اجتهاد رسید، چنین گفته است:

" بنده به ضرس قاطع عرض می کنم مقام علمی ایشان، حتی نزد طلاب حوزه ها هم مجهول است! ایشان بی تردید یکی از علمای بزرگ شیعه و در تقوا و پرهیزکاری کم نظیر بود. ایشان از امام مستقل بود، اما نه در مبانی و لذا یکی از ویژگی های ایشان تشریح، تبیین و تفصیل مبانی اصولی امام است. کسانی که می خواهند مبانی امام در اصول را به طور کامل و دقیق درک کنند، باید «اصول فقه» حاج آقا مصطفی را مطالعه کنند. ایشان در فقه هم آثار بدیعی دارد، از جمله کتاب «البیع» که در آن شرح مبسوطی در باره ولایت فقیه داده است."

آیت الله سجادی سیر و سلوک و تهجّد عرفانی مصطفی را هم چنین شرح می دهد:

"بسیار اهل دل و اهل حال بود و به مرحوم حداد که در کربلا کاسب بود و باطن عجیبی داشت، ارادت می ورزید. با آقای کشمیری هم مراوده داشت و از ایشان ذکر می گرفت. در قم هم که بود با آیت الله بهاءالدینی صمیمی بود. در نجف با حاج آقا دولابی هم رابطه داشت. درباره این نوع موضوعات حرف نمی زد، ولی از حالاتش می شد فهمید که عوالم خاصی دارد. زیارت کردن و عبادتش مثل بقیه نبود. به اباعبدالله(ع) عشق عجیبی داشت و سالی چند بار پای پیاده به کربلا می رفت. به مجالس روضه علاقه زیادی داشت و در آنها شرکت می کرد. در سفرهایی که می رفت، همراهی اش می کردم. گاهی هم شهیدآیت الله مدنی می آمدند. بسیار متواضع، رفیق و خوش سفر بود. شب ها هم دوست داشت مشاعره کند. گاهی هم اشعار امام را می خواند، ولی از دوستان می خواست جایی نقل نکنند! شب ها خیلی کم می خوابید. دهه آخر ماه رمضان را هم همراه با مرحوم اشکوری به مسجد کوفه می رفت و معتکف می شد. دائم الذکر بود."

سید مصطفی از ابتدای نهضت امام خمینی در سال ۱۳۴۲ ش وارد فعالیت های سیاسی شد. پس از دستگیری امام خمینی در قیام ۱۵ خرداد، او برای آزادی امام و ادامۀ نهضت در غیاب وی تلاش زیادی کرد. در این مرحله، اعلامیه هایی تهیه و برای روحانیون می فرستاد و دستورها و پیام های امام خمینی را، که در آن زمان در حبس به سر می برد، به آگاهی طرفداران او می رسانید.

زندان و تبعیدسید مصطفی پس از دستگیری مجدد امام خمینی در ۱۳ آبان سال ۱۳۴۳ ش، که پس از سخنرانی تند و صریح ایشان در اعتراض به تصویب لایحۀ کاپیتولاسیون صورت گرفت، بازاریان قم را ترغیب کرد تا بازار را تعطیل کنند. به دنبال آن، مأموران شهربانی قم و ساواک او را در منزل آیت الله شهاب الدین مرعشی نجفی دستگیر و به زندان قزل قلعه در تهران منتقل کردند. پس از بازداشت سید مصطفی، دادستانی ارتش در ۱۴ آبان ۱۳۴۳ ش به اتهام اقدام بر ضد امنیت ملی برای او قرار بازداشت موقت صادر کرد. ساواک این حکم را در ۸ دی ۱۳۴۳، به شرط اقامت سید مصطفی در ترکیه لغو کرد و او آزاد شد. با این حال، به سبب مخالفت با شرط مذکور، چند روز بعد مجدداً دستگیر و در ۱۴ دی ۱۳۴۳ ش به ترکیه تبعید گردید

سید مصطفی در ترکیه به شهر بورسه، محل تبعید امام خمینی، انتقال داده شد و در این هنگام، سلسله درس هایی را از محضر امام خمینی فراگرفت. او در این مدت تلاش کرد با سپردن تعهداتی مبنی بر عدم مداخله در امور سیاسی، تماس نداشتن با مخالفان حکومت و انتقال محل زندگی خود و خانواده اش از قم به خمین، موافقت ساواک را برای بازگشت به ایران جلب کند، لیکن ساواک به دلیل ترس از پیامدهای احتمالی، مانع از بازگشت او به ایران شد.

سید مصطفی در ۱۳ مهر ۱۳۴۴ ش، همراه امام خمینی به عراق منتقل شد. آنها ابتدا در بغداد و سپس در نجف اقامت گزیدند. این دوره که دوازده سال به طول انجامید، هم زمان با اوج گیری مخالفت ها با حکومت پهلوی در ایران و فعالیت های جنبش آزادی بخش فلسطین بود. موضع سید مصطفی در برابر جنبش آزادی بخش فلسطین تأیید و حمایت عملی از آن بود

سید مصطفی در مبارزه با حکومت پهلوی به مبارزه ای مسلحانه و مردمی اعتقاد داشت، به همین دلیل آموزش نظامی دید و آن را برای دیگر مبارزان ضروری می دانست.

او در سرنگونی حکومت پهلوی با دیگر گروه ها و جمعیت های سیاسی اشتراک نظر داشت، با این حال انگیزه های متفاوت و مستقلش مانع همکاری او با بسیاری از این گروه ها بود. او صریحاً مخالف همکاری با جریان های غیر مذهبی مخالف رژیم بود. همچنین او از اولین کسانی بود که برای تحقق عملی اندیشۀ حکومت اسلامی تلاش کرد و رسالۀ «الاسلام و الحکومة» را در این زمینه نگاشت.

نحوه شهادتآیت الله سید مصطفی خمینی در سحرگاه یکشنبه اول آبان ۱۳۵۶ برابر با نهم ذیقعده ۱۳۹۷ قمری در سن ۴۷ سالگی در منزل خود در نجف اشرف به صورت ناگهانی و مرموز رحلت نمود. با توجه به اینکه امام خمینی(ره) اجازه کالبدشکافی پیکر وی را ندادند، لذا جریان درگذشت وی به صورت رازآلود باقی ماند. با توجه به رازناک ماندن رحلت یا شهادت آیت الله سیدمصطفی خمینی، روایت ها، مستندات و نظرهای نزدیکان وی را به ترتیب تاریخ و اهمیت نظرشان ذکر می کنیم.

اولین کسی که از رحلت سید مصطفی اطلاع پیدا کرد، خادمه منزل وی به نام "صغرا خانم" بود. وی مشاهدات خود را چنین بازگو می کند:

"شب آخر قرار بود برای آقا مصطفی مهمان بیاید. چون دیروقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغرا برو بخواب، من خودم در را باز می کنم. من هم اول به حرم رفتم، نماز خواندم، زیارت کردم، بعد به خانه آمدم و خوابیدم. صبح که طبق معمول، صبحانه آقا را بالا بردم، دیدم آقا روی کتاب دعایشان خم شده اند، فکر کردم که خوابشان برده است، صدایشان کردم و گفتم: آقا... آقا خوابتان برده... که دیدم جواب نمی دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که آقا مصطفی مریض شده است که در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند."

خانم "معصومه حائری"، همسر سید مصطفی، دومین فردی بود که از ماوقع اطلاع یافت. وی حوادث آن روز را چنین بازگو می کند:

"او [حاج آقا مصطفی] مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود؛ هیچ گونه ناراحتی و بیماری نداشت، به همین دلیل برخلاف آنچه شایع کردند سکته قلبی خیلی بعید به نظر می رسید. همان شب که حاج آقا مصطفی شهید شد زودتر از معمول به خانه آمده بود، چون قرار بود که ساعت دوازده، مهمان بیاید و من سخت مریض بودم. آقای دعایی که همسایه ما بود، برای معاینه من دکتر آورد. از طرف دیگر، آقا مصطفی شب ها مطالعه داشت و ما یک ننه داشتیم که اسمش "صغرا" بود، آقا مصطفی به او گفت: برو بخواب، اگر مهمان آمد، من در را باز می کنم. و ما دیگر نفهمیدیم که مهمان ها چه وقت آمدند و کی رفتند و چه شد؟. .. پس از اطلاع از شهادت حاج آقا مصطفی خود را بالای سر او رساندم و دیدم دست های آقا مصطفی بنفش شده است و لکه های بنفش نیز روی سینه و سرشانه هایش دیدم. وی را بلافاصله با کمک آقای دعایی به بیمارستان انتقال دادیم. در آنجا به ما گفتند که حاج آقا مصطفی مسموم شده و دو ساعت است که از دنیا رفته است."

یکی از اولین کسانی که از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح می دهد:

"آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، دیدم، ننه صغری که بسیار مورد احـتـرام ما بود؛ فریاد می کشد و پای برهنه می دود و به سرش می زنـد. من از دیدن این صحنه بسیار متأثر شدم. پیرزن می گفت: خاک بر سرم شد، آقا بدو. من فوق العاده وحشت زده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم؛ چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. سراسیمه رفتم دیدم که آن مرحوم پشت سجاده شان دراز کشیده اند.

ابتدا بسیار تلاش کردم با پزشکان بیمارستان نجف تماس بگیرم ولی ایـن توفیق را نداشتم، بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم، آن هـا آن قـدر آمـادگی نداشتند که یک آمبولانس بفرستند، این لحظات بـرای مـن بـسـیـار سخت می گذشت. آن جا تصمیم گرفتم این خبر را بـدون ایـن کـه ایجاد وحشت و نگرانی کند به منزل امام برسانم ـ ایـن طـور خبرها را باید خیلی حساب شده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبه ای آن جا بود، به او گفتم: به منزل امام مـی روی و فـقـط احمدآقا را خبر می کنی و می گویی خیلی فوری به مـنزل اخوی سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـدیم با یک تاکسی که به زحمت می توانست به کوچه بیاید، ایـشـان را بـه بـیمارستانی منتقل کنیم. متاسفانه در بیمارستان پـزشـک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته اند."

دعایی هم به مشکوک بودن فوت آقا مصطفی بر اساس قرائن اشاره می کند:

"متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته اند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.... در خارج از بیمارستانی که حاج آقا مصطفی را به آنجا انتقال دادیم، یک ماشین نمره تهران بود که پس از شنیدن خبر درگذشت وی به طرف بغداد حرکت کرد."

"سید حسین خمینی"، فرزند حاج آقا مصطفی نیز در رابطه با شهادت پدرش به نکته دیگری اشاره کرده و می گوید:

"در بیمارستان، دکتر "ایاد علی البیر" برای معاینه پدرم آمد و گفت: مع الاسف، وی فوت کرده و مرگش هم عادی نیست. اگر اجازه بدهید بنده جسد را کالبدشکافی کنم و این مسئله را ثابت کنم. دکتر ایادعلی البیر جراح و فارغ التحصیل از دانشگاه سلطنتی لندن بود. پیکر مرحوم والد کالبدشکافی نشد؛ چون آن موقع کالبدشکافی از نظر عرفی، کار منکری به حساب می آمد، شرع هم جوازی برای آن قائل نبود؛ به خصوص که در مورد شخصی مثل مرحوم والد قبح این مسئله بیشتر بود و نوعی بی احترامی محسوب می شد. طبیعی بود که امام(ره) هم، چنین اجازه ای ندهند."

مزار شهید آیت الله سید مصطفی خمینی در نجف اشرف
آیت الله سجادی اصفهانی، همدرس و دوست نزدیک آقا مصطفی هم درباره فوت ناگهانی و مشکوک ایشان، نظری مشابه دیگر نزدیکان دارد:

"یادم هست دو ماه قبل از شهادت ایشان، خواب دیدم پیکرشان به طرز عجیبی وارد حرم مطهر حضرت علی(ع) شد! هر روز پای درس ایشان می رفتم، اما جرئت نداشتم این رؤیا را برای کسی نقل کنم. خانه ام نزدیک خانه ایشان بود. آن روز صبح پدرم آمدند و گفتند: حال حاج آقا مصطفی به هم خورده است و ایشان را به بیمارستان برده اند. برایم خیلی عجیب بود، چون روز قبل نشانه هیچ کسالتی را در ایشان ندیده بودم. به بیمارستان رفتم و به من گفتند: ایشان از دنیا رفته است!"

اما یکی از مشهورترین روایت ها که احتمال شهادت آقاسید مصطفی را سیدعلی اکبر محتشمی پور بیان کرده است که شقّ شهادت بودن فوت آقا مصطفی را پررنگ می کند. محتشمی پور در این زمینه چنین گفته است:

" چند ماه قبل از شهادت وقتی به عیادت آیت الله جزایری یکی از علمای نجف رفته بود حدود ساعت ۱۰ یا ۱۱ شب پسر مرحوم جزایری خدمت حاج آقا مصطفی می رسد و می گوید دو نفر ایرانی آمدند و می خواهند با شما ملاقات کنند. ایشان فرمودند بگویید بیایند بالا. آنها با حاج آقا مصطفی خمینی آرام صحبت می کنند و بعد از آن حاج آقا مصطفی برای دوستان نقل می کنند که آنها گفتند ما اعضای تیمی هستیم که ساواک این تیم را فرستاده است. آنها به حاج آقا می گویند که رأی ساواک برگشته و قبلا می خواستند امام را ترور کنند اما بعدها گفتند که حاج آقا مصطفی را تعقیب و مراقبت کنید و الان برنامه ترور شما در دستور کار است. علت آن هم این است که امام عمر خود را کردند اما خطر جدی برای رژیم شاه شما تشخیص داده شدید و الان ساواک معتقد است اگر امام اعلامیه می دهد و سخنرانی می کند این شما هستید که امام را تحریک می کنید و اگر شما ترور شوید با یک تیر دو نشان زده می شود یکی اینکه امام ساکت می شود و آخر عمرش است و دوم اینکه خطری را که برای آینده رژیم شاهنشاهی وجود دارد شما تشخیص داده شدید. حاج آقا مصطفی خمینی گفتند آنها دنبال این مسأله نیستند؛ این کار هم با نظر ساواک انجام شده تا من را بترسانند تا مانع فعالیت های انقلابی و سیاسی من شوند. لذا حاج آقا مصطفی خمینی هیچ توجهی به این موضوع نکردند بعد که حادثه شهادت ایشان رخ داد و ایشان را به بیمارستان منتقل کردند، مشاهده شد که در سینه و پشت کمر ایشان لکه های بنفش رنگی است یکی از پزشکان ایرانی که از خارج آمده بود گفت اگر اجازه دهید کالبد شکافی انجام دهیم تا مشخص شود آن سمی که به او دادند چه نوع سمی است و قطعا این کار، کار ساواک است اما حضرت امام اجازه کالبد شکافی ندادند. اما برای پزشکان مسلم بود که ایشان به مرگ طبیعی از دنیا نرفته است چراکه به مرز پنجاه سالگی نرسیده بودند و هیچ بیماری نداشتند اما یک مرتبه چراغ عمرشان خاموش شد."

آثار شهادت فرزند امام(ره)فردای شهادت آیت الله مصطفی خمینی حوزه های علمیه نجف در عراق، و قم و تهران تعطیل شد و علمای طراز اول ایران با برگزاری مجالس ختم، یاد و نام این روحانی مبارز را گرامی داشتند. با نگاه به اسناد به جای مانده از ساواک روشن می شود که مسؤولین این سازمان امنیتی به هیچ وجه پیش بینی برپایی مجالس ختم و بزرگداشت این شهید را آن هم با حجمی که در سندهای این کتاب آمده، نمی کردند. به همین جهت مدیریت اداره کل سوم (پرویز ثابتی) با صدور دستورالعملی به مراکز ساواک در شهرهای مختلف از آنان می خواهد که مراقب برپایی مجالس ختم آیت الله سید مصطفی خمینی باشند و اگر تمجیدی از حضرت امام خمینی(ره) شد از برگزاری مجالس جلوگیری کنند. گستره این مجالس در سراسر کشور به نحوی بود که می توان گفت فضای سیاسی کشور در این برهه از زمان تحت تأثیر مستقیم این حادثه و بیشترین دلمشغولی نیروهای امنیتی و انتظامی رژیم شاه متوجه این امر بوده است.

پرویز ثابتی، معاون امنیت داخلی ساواک و چهره مخوف این تشکیلات،که معمولاً تحلیل های ساواک را از حوادث روز می نوشت در بولتنی با عنوان «وضعیت هدفهای ۳۱۲» می نویسد:

"فوت مصطفی خمینی پسر روح الله خمینی در عراق به علت سکته قلبی در تاریخ ۳۰/۷/۳۶ [۳۰/۷/۵۶] مستمسک جدیدی به دست روحانیون افراطی و هواداران آنها داد تا مجدداً زمینه تحریک متعصبین مذهبی را فراهم نمایند. به مناسبت فوت یاد شده مجالس متعددی در تهران و دیگر شهرهای کشور برگزار گردید و روحانیون افراطی فرصتی پیدا کردند تا از متوفی و پدرش تجلیل نمایند. در جریان برگزاری مجالس مذکور تعدادی از وعاظ افراطی مبادرت به عنوان مطالب تحریک آمیز و خلاف مصالح عمومی نمودند و عده ای از متعصبین مذهبی نیز شعارهایی به نفع خمینی و علی شریعتی دادند. نکته حائز توجه در برگزاری مجالس مذکور تعداد مجالس تشکیل شده و هماهنگی کلام روحانیون وعاظی بود که در این مجالس سخنرانی می کردند و این نشان می داد که فعالیتها عموماً در جهت و محور مشخص قرار دارد و متعصبین مذهبی و روحانیون افراطی از کانالهای مختلف با یکدیگر در ارتباط هستند. این هماهنگی و ارتباط در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز درگذشت متوفی در قم و برخی دیگر از شهرهای کشور برپا گردید مجدداً تجلی پیدا کرد ضمن آنکه وسعت تبلیغات گذشته را نیز به همراه داشت. در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز فوت یاد شده در شهر قم برگزار گردید، عده کثیری از طبقات مختلف مردم شهر قم و عده ای از دانشجویان متعصب مذهبی مراکز عالی آموزشی شرکت داشتند که بعد از پایان این مراسم تظاهراتی از طرف عده ای از شرکت کنندگان در مجلس مذکور و خیابانهای شهر قم انجام گرفت و شیشه های شعب بانکها در این شهر توسط اخلالگران شکسته شد. اخلالگران حتی قصد اشغال مدرسه فیضیه را که بعد از تظاهرات اخلالگرانه طلاب علوم دینی در سال ۲۵۳۴ [۱۳۵۴] تعطیل شده بود داشتند که با مقاومت مأمورین انتظامی مواجه و متفرق گردیده اند. در این مجلس قطعنامه ای در ۱۳ ماده نیز قرائت و طی آن بازگشت خمینی به ایران درخواست شده بود."

با شهادت مصطفی، نام حضرت امام که در خفقان سهمگین ستمشاهی جزو نام های ممنوعه بود، دوباره بر سر زبان ها آمد و روحانیون و مردم انقلابی به بهانه شهادت ایشان و در مجالس ختمی که در سرتاسر کشور برگزار می کردند، با ذکر نام امام صلوات می فرستادند.

بیشتر سخنرانان در آغاز سخن، این آیه قرآن را می خواندند: «وَ إِذِ ابْتَلی إِبْراهیمَ رَبُّهُ بِکَلِماتٍ فَأَتَمَّهُنَّ قالَ إِنّی جاعِلُکَ لِلنّاسِ إِمامًا» (بقره: ۱۲۴). آنان با تشبیه امام خمینی به حضرت ابراهیم (ع) که در اثر پیروزی و سربلندی در همه آزمایش های الهی و صبر در برابر قربانی کردن حضرت اسماعیل (ع) به مقام امامت رسیده بود، نام آیت ا... خمینی را به دلیل شکیبایی در شهادت حاج آقا مصطفی، با لقب «امام» می آراستند.

شب هفتم شهادت حاج آقا مصطفی (ره)، همه گروه ها، احزاب و سازمان های سیاسی به شخصیت های مذهبی، عالمان و مجتهدان پیوستند و همه با هم در مسجد ارک تهران، مجلس فاتحه برای شهید حاج آقا مصطفی برگزار کردند. آن شب، مسجد و میدان ارک پُر از جمعیت شد و زنگ خطر برای رژیم پوسیده سلطنتی به صدا درآمد.

با وجود سیاست های بازدارنده ساواک، محافل سوگواری در گوشه و کنار شهرها و مراکز استان ها هر چه با شکوه تر ادامه یافت. گستردگی مجالس عزاداری تا روستاهای ایران پیش رفت و بیش تر مجالس به تظاهرات خیابانی و درگیری منجر شد. شهادت حاج آقا مصطفی، چهل روز عزاداری ملت با وفای ایران را در پی داشت. شعارهای مردم، انقلاب بزرگی را بشارت می داد. مردم با شعار «مرگ بر حکومت یزیدی» خواستار بازگشت امام خمینی بودند. سخنرانی های گویندگان مذهبی در مجالس ختم، ضبط می شد و نوار آن تا نقاط دور دست ایران، پیام انقلاب را به گوش همگان می رساند.

در حالی که رژیم خوشحال بود که امام خمینی (ره) از خاطر مردم و طلاب محو شده است، با شهادت حاج آقا مصطفی (ره)، همه کوشش ها و سیاست هایش نقش بر آب شد؛ زیرا پس از ۱۳ سال ممنوعیت، نامِ امام خمینی (ره) در مجالس و محافل سوگواری متعدد و گوناگون، به نیکی یاد شد و ایشان بیش از پیش در دل ها محبوبیت روز افزون یافت.

این جا بود که سرّ آن تعبیر عجیب حضرت امام، که شهادت فرزند دلبندشان را «لطف خفیه» خداوند خواندند، بر همگان آشکار شد.

واکنش حضرت امام به فقدان فرزند

پس از درگذشت ناگهانی حاج سیدمصطفی، امام در یادداشتی فقدان فرزند ارشد را چنین اعلام کرد:

«بسمه تعالی. انالله و اناالیه راجعون. در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعده الحرام ۱۳۹۷، مصطفی خمینی نور بصرم و مهجهٔ قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. اللهم ارحمه و اغفرله و اسکنه الجنّه بحقّ اولیائک الطّاهرین علیهم الصّلوه و السّلام.»

امام همچنین در پیامی که به مراسم حاج سیدمصطفی در نقاط مختلف ایران ارسال کرد، نوشت:

"این طور قضایا مهم نیست، خیلی پیش می آید، برای همه مردم پیش می آید و خداوند تبارک و تعالی الطافی دارد به ظاهر و الطافی خفیه است. یک الطاف خفیه ای خدای تبارک و تعالی دارد که ما علم به آن نداریم، اطلاعی بر او نداریم، و چون ناقص هستیم از حیث علم، از حیث عمل از هر جهتی ناقص هستیم. از این جهت در این طور اموری که پیش می آید جزع و فزع می کنیم، صبر نمی کنیم، این برای نقصان معرفت ماست به مقام باری تعالی. اگر اطلاع داشتیم از آن الطاف خفیه ای که خدای تبارک و تعالی نسبت به عبادش دارد و «انه لطیف علی العباد» و اطلاع بر آن مسایل داشتیم، در این طور چیزهایی که جزیی است و مهم نیست، آن قدر بی طاقت نبودیم، می فهمیدیم که مصالحی در کار است، یک الطافی در کار است، یک تربیت هایی در کار است."

اوج عرفان در سلوک امام در غم فرزند
سرکار خانم فاطمه طباطبایی، همسر محترمه حاج احمد خمینی و عروس حضرت امام، که خود در جریان از دنیا رفتن آقا مصطفی در نجف حضور داشتند، خاطره ای از رفتار تابناک امام در برخورد با موضوع ذکر کرده اند که خود اوج توسّل و توکل و عرفان حضرت امام را نشان می دهد. خانم طباطبایی نقل می کنند:

" عصر همان روز شمار بیشتری از دوستان حاج آقا مصطفی به خانه امام آمدند. حیاط کوچک، پر از جمعیت شد. همه ضجه می زدند و با صدای بلند گریه می کردند. باز هم امام استوار و با صلابت، نشستند و پس از قرائت آیه ای از قرآن، قدری صحبت کردند و آنها را دلداری دادند و گفتند مرگ مصطفی از الطاف خفیۀ الهی است. پس از آن، به طبقۀ بالا و اتاقی که من در آن نشسته بودم آمدند و با تأثر به من گفتند: من برای شما بسیار ناراحتم. شما مهمان ما هستید. وضعیت بدی پیش آمد و شما ناراحت شدید. داستانی را برایت تعریف می کنم که ببینی بزرگان چگونه بودند و ما چگونه ایم. در یک روز عید، افراد زیادی در خانۀ یکی از عرفا جمع شده بودند تا به وی تبریک بگویند. ناگهان صدای فریادی از اندرونی شنیده می شود. آقا به اندرونی می رود و متوجه می شود پسرش در حوض آب افتاده و خفه شده و آن صدا، فریاد همسرش بوده است. به همسرش می گوید: اکنون مهمان داریم و نباید آنها را ناراحت کنیم. بگذارید اینها بروند و ما عیدشان را خراب نکنیم. خانم هم که مانند همسرش بزرگوار بود تا رفتن مهمانان تحمل می کند. سپس آقا بر می گردد و می گوید: الحمدلله، خیر بود. مراسم عید برگزار می شود و پس از رفتن مهمانان، آقا به دو نفر از دوستان می گوید: شما بمانید، به کمک شما نیازمندم. آن گاه ماجرا را می گوید و پس از آن مشغول کارهای خاک سپاری می شوند. امام پس از چند دقیقه برای اقامه نماز برخاستند، خود را خوش بو ساختند و محاسن شان را شانه زدند و به نماز ایستادند. امام با تأثر همچنان مسلط بر رفتارشان بودند. فردای آن روز به آقای فرقانی سفارش کردند: مبادا پرداخت مربوط به فلانی را که امروز موعد آن است فراموش کنی."منبع:حوزه نت
روز ۱ آبان، برابر با چهلمین سالگرد شهادت آیت الله سیِد مصطفی خمینی، فرزند ارشد بنیانگذار کبیر جمهوری اسلامی ایران است. به یادبود سوابق علمی و مبارزاتی این چهره تابناک تاریخ انقلاب اسلامی، نگاهی اجمالی به زندگی ایشان خواهیم داشت. وقتی امام در واکنش به شهادت فرزند برومند خود، تعبیر «الطاف خفیه» الهی را به کار بردند، بسیاری از نزدیکان و شاگردان ایشان در حیرت فرو رفتند. اما تنها ۴۰ روز باید می گذشت تا سرّ این تعبیر عجیب آشکار شود. ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است."(بیانات رهبر انقلاب در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی)