 پایگاه مركز اسناد انقلاب اسلامی: در بخشی از كتاب "زندگی و مبارزات حجت‌الاسلام سید علی اكبر  ابوترابی" كه توسط مركز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است  خاطره ای در خصوص  تبعیت ایشان از آیت الله العظمی خامنه‌ای نقل شده است كه مشروح آن را در زیر می‌خوانید:
"ارادت آقای ابوترابی به  آیت الله خامنه ای به سال های پیش از پیروزی انقلاب باز می گردد. در دوران دفاع مقدس نیز ایشان در ماموریت الهی جهاد در راه خدا ارتباط و همكاری تنگاتنگی با مقام معظم رهبری در اتاق جنگ داشت.در همین رابطه آقای رحمانیان نقل می كنند:" فردای روز رحلت امام خمینی روزنامه های عراق اعلام كرد كه مجلس خبرگان، حضرت آیت الله خامنه ای را به عنوان رهبر انقلاب اسلامی انتخاب كرده است. سید با شنیدن این خبر خوشحال شد و فرمود: به همه بچه ها بگوئید از این به بعد برای سلامتی آیت الله خامنه ای دعا كنند"
ایشان زمانی كه بحث مرجعیت مطرح بود و آیت الله اراكی در بستر بیماری به سر می بردند و به دلیل كهولت سن جانشینی ایشان به مساله ای بحث برانگیز تبدیل شده بود بدون هیچ تردیدی مقام معظم رهبری را اعلم مراجع می دانستند. درباره آن روزها آقای علیدوستی می گویند: "  سید به مناسبتی به قم مشرف شدند و در جلسه ای كه تقریبا با حضور تمام روحانیون آزاده تشكیل شده بود سخنرانی می كردند. پس از سخنرانی دوستان او را همانند نگین انگشتر در میان گرفتند  و شاید اولین سوالشان اتین بود كه به نظرتان تكلیف ما پس از رحلت آیت الله اراكی  چیست و باید چه كنیم ؟ ایشان كه گویی منتظر این سوال بودند شروع به سخنرانی  و گقتند: " من در نامه هایی كه در این چند روزه خدمت آقا نوشتم با عنوان مرجع و ملجا شیعیان نوشتم و خودم نیز در تقلید به ایشان مراجعه نموده ام" سپس برای گفته خود دلایلی آورد و فرمود كه آقا از نظر فقهی در حد دیگران است و عالم  به زمان و آگاه به مسائل روز می باشند  و اصل قضیه این است كه امروز تقویت  نظام است و بنا به فرموده امام حفظ نظام از اوجب واجبات است  و برای شما هم هیچ جای بحث نیست كه باید تلاش كنیم  تا ایشان تقویت گردد در حال حاضر هم باید از ایشان تقلید كنیم."
منبع :مرکز اسناد انقلاب اسلامی
فردای روز رحلت امام خمینی روزنامه های عراق اعلام كرد كه مجلس خبرگان، حضرت آیت الله خامنه ای را به عنوان رهبر انقلاب اسلامی انتخاب كرده است. آقای ابوترابی با شنیدن این خبر خوشحال شد و فرمود: به همه بچه ها بگوئید از این به بعد برای سلامتی آیت الله خامنه ای دعا كنند