 
مردی که در سیاست اهل تشکیلات سیاسی بوددر سالهایی که امام‌خمینی به عنوان پیشوای انقلابی مردم ایران و سرسخت‌ترین مخالف رژیم پهلوی در نجف حضور داشت، آیت‌الله صدر نیز اصول مبارزه با رژیم بعث عراق و چارچوب تشکیل یک نظام اسلامی را در سر می‌پروراند. امام‌خمینی در سالهای پایانی دهه 1340 و نیمه اول دهه 50 شمسی در جلسات درس خود در نجف، شاکله نظام سیاسی مبتنی بر «ولایت فقیه» را تدوین می‌کرد. آیت‌الله صدر نیز که پیش از این در قالب «حزب الدعوه الاسلامیه» وارد فعالیت سیاسی شده بود، با توجه به قرابت فکری و سیاسی و علاقه‌ای که به شخصیت امام‌خمینی داشت به موازات آراء ایشان، نظریه حکومت اسلامی خود را با محوریت مرجع شیعه مطرح کرد.

«حزب‌الدعوه الاسلامیه» عراق سالها پیش از این، در واکنش به رشد ملی‌گرایی، سکولاریسم و تبلیغات کمونیستها شکل گرفت. گروهی از علما، از اواخر سال 1957م (1336ه.ش) برای مقابله با این روند رو به گسترش، جلساتی را در خانه «محمدباقر صدر» که در آن زمان یک روحانی23 ساله امّا پرشور و علاقه‌مند به سیاست بود برگزار کردند. آنها معتقد بودند که جوانان باید هویت فکری ـ مذهبی خود را تقویت کرده و از خطرات نفوذ خارجی آگاه باشند. در این میان محمدباقر صدر «اصل اجتهاد» را محور اصلی مواجهه با این خطرات و دارای نقشی سازنده می‌‌دانست.

قرابت فکری خمینی ایران و خمینی عراقدر هنگام ورود امام‌خمینی به نجف، آیت‌الله صدر که هم وزنه علمی و فقهی قابل توجهی در این شهر بود و هم سابقه کار سیاسی و تشکیلاتی داشت، به ایشان اعلام کرد که از هیچ کمکی دریغ نخواهد کرد. همچنین از آنجایی که احساس می‌کرد غربت امام ممکن است برای ایشان سخت و سنگین باشد به شاگردان و حلقه برجسته درس خود تأکید داشت که دروس امام را از دست ندهند. علاوه بر این، آیت‌الله صدر وجود امام را فرصتی مغتنم می‌دانست که باید از وجوه مختلف شخصیتی او بهره برد.

شباهت دیدگاه آیت‌الله صدر و امام‌خمینی در نظریه حکومت اسلامی و شیوه انقلابی هر دو در مواجه با دولتهای وقت ایران و عراق، حساسیت رژیم بعث را برانگیخت. با این حال برخی از انقلابیون ایرانی ساکن نجف از عدم همراهی مستقیم آیت‌الله «محمدباقرصدر» با مخالفان شاه ایران انتقاد کرده و او را مبلغ شیوه غیرانقلابی استادش «آیت‌الله العظمی خویی» می‌دانستند. امّا «امام‌خمینی از این اعتراضها علیه آیت‌الله صدر عصبانی شد، به گونه ای که وقتی خبر این مخالفتها به گوش ایشان رسید، بر زانوی خود زده و بسیار ناراحت شدند».
با  پیروزی انقلاب اسلامی، محمد باقرصدر که پیش از این با کتابهای « اقتصادنا» و «فلسفتنا»  به چهره‌ای شناخته شده در محافل حوزوی و علمی تبدیل شده بود، این بار  حاصل تفکرات سیاسی خود را  نیز در قالب سندی سیاسی در اختیار  امام‌خمینی و انقلابیون ایران گذاشت. چند هفته پس از پیروزی انقلاب، «همسر ایشان به ایران آمده و پانزده رساله درباره موضوعات و مشکلات حکومتی و راه حلهای فقهی حکومتی را تقدیم امام‌خمینی و آیت‌الله بهشتی می‌کند. مسئولان نظام نوپای جمهوری اسلامی نیز لیست بلندی از موضوعات مهم حکومتی تهیه کرده و برای وی به نجف می‌فرستند تا از آنها گره‌گشایی کند. مراوداتی که حساسیت رژیم صدام و اعمال محدودیت برای آیت‌الله صدر را در پی دارد».

پیشنهادهای نظری و سیاسی صدر، تقویت موقعیت مسلط امام‌خمینی  به عنوان« ولی فقیه حکومت اسلامی» را به دنبال داشت. به‌گونه‌ای که  می‌توان گفت «از لحاظ تئوری و عمل «حکومت مرجع»  محمدباقر صدر و «ولایت فقیه» امام‌خمینی با هم مترادف هستند»9 و حتی از او به عنوان یکی از پدرخوانده‌های فکری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نیز یاد می‌شود.

 
انقلاب ایران، الگویی برای آیت‌الله صدربا استقرار نظام جمهوری اسلامی در ایران، تلاش آیت‌الله صدر بر الگوبرداری از این نظام و سرنگونی رژیم بعث عراق قرار گرفت. ایشان به صورت رسمی حمایت کامل خود را از انقلاب اسلامی ایران اعلام کرد و شیعیان عراق را به اطاعت و حمایت از امام‌خمینی فرا می‌خواند. توصیه معروف ایشان به شاگردان و اطرافیان که در «خمینی ذوب شوید همان‌طورکه او در اسلام ذوب شده است» مصداق کامل این همراهی و همدلی است.

 با تظاهرات گسترده‌ای که در خرداد سال1358 با عنوان «انتفاضه ماه رجب»  در شهرهای نجف، کربلا و کوفه با مشارکت جمع زیادی از دانشگاهیان،کارگران،کشاورزان و طلاب به وقوع پیوست، رژیم صدام متوجه قدرت نفوذ آیت‌الله صدر شد. در واکنش به این حرکت، رژیم عراق تعدادی از روحانیون و مبارزان شیعه را اعدام و اخراج کرد که به صدور اعلامیه‌ای از جانب آیت‌الله صدر با این محتوا همراه شد: «در حال حاضر اسلام به انقلاب احتیاج دارد نه رفورم... تنها راه، اقدام موفق در تغییر حاکمان است. بنابراین دعوت ما از این پس انقلابی است و خواهان خیزش برای نجات امت از این وضعیت منحط است».11

این رویکرد، واکنش تند حکومت عراق را در پی داشت. پس از اینکه آیت‌الله صدر درخواست رژیم صدام مبنی بر اعلام برائت از امام‌خمینی و همکاری با حکومت عراق را رد کرد، به همراه خواهرش «بنت الهدی صدر» دستگیر و پس از شکنجه فراوان در نوزدهم فرووردین ماه سال 1359 به شهادت رسید.

 امام‌خمینی با اعلام سه روز عزای عمومی، در پیامی که پس از شهادت وی صادر نمود او را «شخصیتی علمی و مجاهد و از مفاخر حوزه‏‌هاى علمیه و از مراجع دینى و متفکران اسلامی» معرفی کرد و از «ملتهاى اسلامى و خصوصاً ملت شریف عراق و عشایر دجله و فرات و جوانان غیور دانشگاهها و سایر جوانان عزیز عراق خواست که  از کنار این مصائب بزرگ بی‌تفاوت نگذرند».

منبع: موسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران، «خمینی عراق» و انقلاب اسلامی ایران

با استقرار نظام جمهوری اسلامی در ایران، تلاش آیت‌الله صدر بر الگوبرداری از این نظام و سرنگونی رژیم بعث عراق قرار گرفت. ایشان به صورت رسمی حمایت کامل خود را از انقلاب اسلامی ایران اعلام کرد و شیعیان عراق را به اطاعت و حمایت از امام‌خمینی فرا می‌خواند.