چرا حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) از مدینه راهی کشور ایران شدند؟ 
پس از گذشت یک سال از دعوت و اقامت اجباری امام رضا توسط مأمون در شهر طوس، از آنجایی‌که حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) علاقه بسیاری به برادرشان امام رضا(علیه‌السلام) داشتند و آن حضرت نیز نمی‌توانستند بیش از این دوری از خواهر بزرگوارشان را تحمل کنند ازاین‌روی نامه‌ای به خواهرشان نوشتند و از ایشان دعوت کردند که به شهر طوس مشرف شوند.

حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) هم پس از دریافت نامه به شوق دیدار برادرشان، مدینه را به مقصد طوس ترک کردند. در این سفر پنج‌تن از برادران ایشان به نام‌های فضل، جعفر، هادی، قاسم و زید و تعدادی از برادرزادگان و چند غلام و کنیز ایشان را همراهی کردند. 
 
 هنگامی‌ که موکب حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) و همراهانش به ساوه رسید، عده‌ای از دشمنان سرسخت اهل‌بیت که از اهالی آنجا بودند، به آن‌ها حمله‌ور شدند و همه برادران و برادرزادگان حضرت معصومه به شهادت رسیدند. به عقیده برخی از مورخان امامزادگانی چون سید اسحاق، سید ابوالرضا و سیدعلی‌اصغر در ساوه و هارون بن امام کاظم(علیه‌السلام) در اطراف ساوه، جزو همراهان حضرت معصومه (س) بودند که به دستور مأمون به شهادت رسیدند.
 حضرت معصومه (س) به شهادت رسیدند یا با مرگ طبیعی از دنیا رفتند؟ 
پس‌ازاینکه حضرت فاطمه معصومه(سلام‌الله علیها) در شهر ساوه بیمار شدند و چون در خود توان رفتن به خراسان را نمی‌دیدند و یقین پیدا کردند که دیگر هرگز برادرشان امام رضا(علیه‌السلام) را نخواهد دید، تصمیم گرفتند به شهر قم که از پیش می‏‌دانستند در آنجا به لقای حق خواهد شتافت بروند و چون به قم رسیدند، «موسی بن خزرج» که از شیعیان به شمار می‌رفت حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) را  در سرای خویش در شهر قم منزل داد.

حضرت مدت ١٧ روز در این شهر زندگى كردند و در این مدت دائماً مشغول عبادت و راز و نیاز بودند؛ محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام «بیت النور» هم‌اکنون محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است. 

سرانجام ایشان پس از 17 روز اقامت در شهر قم، در تاریخ 10 ربیع‌الثانی سال 201 هـ. ق در سن 28 سالگی و پیش از آنکه چشم مبارکشان به دیدار برادر گرامی‌شان امام هشتم(علیه‌السلام) روشن شود، در میان اندوه فراوان محبان اهل‌بیت(ع)، از دنیا رفتند. مردم قم هم با تجلیل فراوان، پیکر پاکش را تشییع کردند و او را در باغ بابلان(محل فعلی حرم) به خاک سپردند.
   
 بر اساس روایات امام صادق(علیه‌السلام) می‌فرمایند بهشت دارای هشت در است که سه در آن از قم است و به شفاعت حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) تمامی شیعیان داخل بهشت می‌شوند.»

همچنین امام رضا(علیه‌السلام) فرموده‌اند: هر کس معصومه(سلام‌الله علیها) را در قم زیارت کند، بهشت بر او واجب است. جایگاه معنوی و شأن عظیم حضرت معصومه(سلام‌الله علیها) وی را چنین اعتباری نزد خداوند بخشیده است که زائران و شیعیان او را در صورت شفاعت حضرت(سلام‌الله علیها) به بهشت داخل می‌گرداند.منبع: مرکز مشاوره تبیان
از آنجایی‌که حضرت معصومه (سلام‌الله علیها) علاقه بسیاری به برادرشان امام رضا(علیه‌السلام) داشتند و آن حضرت نیز نمی‌توانستند بیش از این دوری از خواهر بزرگوارشان را تحمل کنند از این‌ روی نامه‌ای به خواهرشان نوشتند و از ایشان دعوت کردند که به شهر طوس مشرف شوند.