در اواخر قرن نهم هجری شاه عباس آن‌ها را برای دفاع از مرزها به سه قسمت تقسیم کرد. قسمتی در مرو برای مقاومت در برابر ازبکان، قسمتی در گنجه و ایروان و قسمت دیگر در قلعه مبارک‌آباد استرآباد (گرگان امروزی) ساکن شدند.

با توجه به سکونت قاجارها در حوزه فرهنگ و تمدن ایران می‌توان آن‌ها را ایرانی شده نامید. قدرت یافتن دودمان قاجار به عهد صفوی و شاه عباس برمی‌گردد. آنان ابتدا در شمال رود ارس ساکن بودند و در آن زمان به دلیل کمک‌های بزرگشان به دربار صفوی، قدرت بیشتری یافتند و سپس دسته‌ای از آنان در غرب استرآباد و دشت گرگان سکنی گزیدند. 

نادرشاه افشار در زمان حکومتش برای جلوگیری از به قدرت رسیدن محمدحسن خان، یوخاری‌باش‌ها که ساکنین بالادست رود گرگان بودند را به حکمرانی منصوب کرد تا با ایجاد شکاف و اختلاف میان طوایف قاجار نگران ناآرامی‌های داخلی نگردد و اشاقی‌باش‌ها زیر نظر ایشان حکومت کردند و محمدحسن خان را به قتل رساندند. 

بنابر نظریه‌ای آقامحمدخان را شیخ علی خان زند خواجه کرد. دلیل آن هم این بود که آقامحمد خان بدون عقد دختر شیخ علی خان با او ازدواج کرد. اما بنابر نظریه معتبرتر نوشته رضا قلی خان هدایت، اخته کردن و خواجگی آقامحمدخان به فرمان عادل شاه جانشین نادرشاه صورت گرفت.

رضاقلی خان هدایت در کتاب تاریخ روضه الصفای ناصری همچنین می‌نویسد که: «بر مستعدان دانش‌پژوه پوشیده مباد که سلطان سعید شهید قاجار محمد حسن خان ابن فتحعلیخان قوانلو را سه فرزند سعادتمند ذکور بوده و ارشد و اکبر آن‌ها نواب آقا محمد خان است و تولد آن جناب سنه یک هزار و پنجاه و چهار در لیله جمعه پانزدهم شعبان المعظم در شهر استرآباد در خانه جناب سعادت مآب آقا سید مفید استرآبادی واقع شد.

 زیرا که در آن ایام نادر شاه افشار بر ایران و خراسان و هندوستان و خوارزم و بخارا و ترکستان و داغستان استیلا یافته بود و نواب محمد حسن‌خان در اقاصی دشت ترکمان متواری بود، لهذا والده نواب آقا محمد خان که همشیره محمد خان قوانلو بود در خانه سید مذکور می‌زیست و این ولادت را پنهان همی خواستند و سید این مولود را به فرزندی خود نسبت داد.آقا محمد نام نهاد و با فرزندان خود همی پرورد… و آقامحمدخان درخانه سید همی بود و به فرزندی سید معروف شد. 

در زمان قتل نادر شاه، آقا محمد خان شش ساله بود. در زمان سلطنت علیقلی‌خان افشار ملقب به عادل‌شاه ارباب سعایت از وی نزد شاه حکایت کردند، جمعی به استرآباد مأمور و او را گرفته قصد قتلش کردند، بعد از توسط و تشفع جمعی به حکم عادل‌شاه ظالم آن جناب را که در مراحل هفت و هشت سالگی مرحله پیما بود به جهت قطع نسل فتحعلیخان و محمد حسن خان و اعدام این دودمان مجبوب نمود؛ و سلطان والاشان محمدحسن خان را بی‌فرزند و ابتر خواست.»

بنیان نهادن حکومت قاجاریهآقا محمد خان در ۱۳ صفر ۱۱۹۳ ه‍.ق (روز درگذشت کریم خان)، هنگامی که در باغ‌های اطراف شیراز به شکار مشغول بود، همین که عمه‌اش او را از مرگ شاه زند آگاه ساخت، فرار کرد و به شتاب خود را به تهران رسانید و در ورامین مدعی سلطنت بر ایران گشت. 

سپس به استرآباد رفت و با کمک سران اشاقه‌باش، براندازی زندیه و رسیدن به قدرت را طراحی نمود و ولایات گرگان و مازندران و گیلان را تحت حکمرانی خویش قرار داد. 

وی در این زمان برای مطیع کردن برادران خود به جنگ با آنان پرداخت و حتی یکبار با شورش برادرش حسین قلی خان تا پای مرگ پیش رفت؛ ولی سرانجام در بندپی-روستای ادملا توسط حاجی خان حلال خور و عباسقلی بیگ لاریجانی و چند برادرش نجات یافت و به استرآباد یعنی زادگاه خویش بازگشت و در همان‌جا تاجگذاری کرد و پایتخت خود را در ابتدای امر استرآباد نهاد و به دستور وی جشن نوروز را با تشریفات زیاد برگزار نمودند.

پس از تسخیر شمال ایران بر آذربایجان و کرمانشاهان نیز دست یافت. حکومت زندیه در جنگ و ستیز میان شاهزادگان زند قرار گرفت ولی سرانجام لطفعلی خان زند با همیاری حاج ابراهیم خان کلانتر شیرازی بر تخت سلطنت نشست.

 آقا محمد خان از آن زمان به مدت ۱۵ سال با لطفعلی خان زند - که جوان بود و شجاع - به جنگ و تعقیب و گریز پرداخت. مهم‌ترین این نبردها، جنگ بابا خان برادرزاده آقا محمد خان در سمیرم و محاصره شیراز است. 

سرانجام آقا محمد خان قدرت نظامی خود را افزایش داد و با کمک حاج ابراهیم خان کلانتر (که به گفته ناصر نجمی معتقد بود لطفعلی خان دلاوری شجاع اما نامناسب برای مملکت‌داری است و آقا محمد خان قابلیت انجام امور سیاسی را داراست و به این جهت دروازه‌های شهر را پنهانی برای او گشود) و حمایت لشکر اردلان (کردستان) به سرداری خسروخان اردلان در ۱۲۰۸ ه‍.ق وارد شیراز شد. 

سرانجام با لشکرکشی آقا محمدخان به شیراز، با نوعی حیله جنگی لطفعلی خان شکست خورد و به کرمان گریخت و در جریان نبرد کرمان به براندازی حکومت پادشاهی زندیه و تشکیل حکومت پادشاهی قاجاریه انجامید.منبع: تاریخ معاصر ایران

دربارهٔ اصل و نسب قاجارها اطلاعات درستی در دست نیست، اما ظاهراً از نژاد ترک بودند. آن‌ها از دوره صفویه در تاریخ ایران پیدا شدند و نسب خود را به مغولان می‌رساندند.