مرحوم سیدمحمود طالقانی از ابتدای جوانی در فعالیت‌های مختلف سیاسی و اجتماعی حضور داشته. او در مقدمه کتاب تنبیه الامه در مورد آن ایام می‌نویسد: «از آن روزی که اینجانب در این اجتماع چشم گشودم، مردم این سرزمین را زیر تازیانه و چکمه خودخواهان دیدم. هر شامگاهان در خانه منتظر خبری بودیم که امروز چه حوادث تازه‌ای رخ داده و کی دستگیر و تبعید یا کشته شده؟»
سیدمحمود پس از 1320 وارد سیاست شد. آشنایی او با بازرگان و یدالله سحابی فعالیت‌های اجتماعی آنها را دوچندان کرد. در سال 1340 این افراد حزب «نهضت آزادی ایران» را تشکیل دادند. همکاری طالقانی با این افراد او را وارد جریان‌های روشنفکری کرد.
در سال‌های پس از ملی شدن نفت و کودتای 28 مرداد، طالقانی جلسات تفسیر قرآن داشت و در ذیل آن علیه شاه و استبداد و استثمار سخنرانی می‌کرد و این اتفاق باعث شد سالیان زیادی را در زندان و تبعید به سر ببرد.

ریاست شورای انقلاب و سپس عضویت در مجلس بررسی نهایی قانون اساسی، دو سمت رسمی طالقانی بعد از انقلاب اسلامی بود. همچنین او اولین امام‌جمعه موقت تهران بود.
ماه‌های بعد از انقلاب، برای طالقانی همراه با اتفاقاتی بود که جریانات مخالف نظام قصد داشتند او را در برابر امام و انقلاب قرار دهند. اما درایت طالقانی و پشتیبانی امام‌خمینی از او، مانع منحرف کردن این اختلافات به سمت مخالفت با اصل نظام شد. بسیاری از شبهاتی که این ایام درمورد رابطه آیت الله طالقانی و امام خمینی مطرح می‌شود و در آن‌ها سعی می‌کنند که این رابطه را تیره و تار نمایش دهند؛ به دلیل سیلی‌ای است که جریان ضد انقلاب از طالقانی خورد. هر چند هنوز هم عده‌ای معتقدند که طالقانی با رهبران انقلاب مخالف بوده و بعدها از انقلاب پشیمان شده است!

لکه ننگ منافقینشاید اصلی‌ترین بحثی که درمورد تقابل طالقانی و انقلاب گفته می‌شود، رابطه او با سازمان مجاهدین است. برخی تصور می‌کنند که امام و انقلابیون از ابتدا مخالف به قدرت رسیدن مجاهدین و فعالیت اجتماعی آنان بودند. اما اولین بار مردم بودند که نامزدهای سازمان در انتخابات مجلس را دارای صلاحیت ندانسته و آنها را از سیاست دور کردند. پس از آن نیز سازمان نصیحت‌های امام در مورد عدم استفاده از سلاح را گوش نکرده و به ایجاد اختلاف بین رهبران انقلاب ادامه داد. این اتفاق سبب ورود نظام به مسئله و دستگیری آنها شده و همین امر باعث کینه مجاهدین از جمهوری اسلامی شد. 

پس از این اتفاقات، مجاهدین سعی کرد با شعار «پدر طالقانی» و بدست آوردن حمایت او، شخصیتی هم‌وزن امام خمینی عَلَم کند تا بدین شکل ضربه‌ای به انقلاب وارد کنند. خصوصا زمانی که طالقانی به دلیل دستگیری پسرش، به قهر تهران را ترک کرده بود.
اما طالقانی که متوجه قصد آنها شد و پس از دیداری با امام خمینی، اقدام به انتشار پیام مفصلی خطاب به مردم کرد. او در این پیام نوشت که ضدانقلاب، قصد اختلاف‌افکنی میان رهبران دینی دارد. سیدمحمود با اشاره به شخصیت بی‌نظیر امام، شجاعت و قاطعیت ایشان، تأکید کرد که همواره از راه امام خمینی (ره) پیروی کرده و همچنان پیرو این راه است. این سخنرانی برای جریاناتی چون مجاهدین، یک شکست بزرگ بود.

طالقانی تیر آخر را زمانی زد که سازمان مجاهدین قول داد که مبارزه مسلحانه را کنار گذارند، اما به این قول عمل نکردند. به همین دلیل طالقانی دست از حمایت آنها برداشت و به نفع آنها پیامی نفرستاد. حتی در جلسه‌ای خصوصی به نقل از «محمد مهدی جعفری» وقتی رجوی سرزده خدمت مرحوم طالقانی می‌رسد: «مسعود رجوی وارد شد و بدون اینکه به ما اعتنایی بکند به داخل اتاق آقا رفت. همین که داخل شد صدای آقای طالقانی بلند شد، ما سریع دویدیم و به داخل رفتیم. دیدیم که آیت‌الله طالقانی به مسعود تَشَر می‌زند که «بله؛ رفتید با کمونیست‌ها یکی شدید، دیگر من چیکار می‌توانم بکنم» که مسعود رجوی با یک قیافه موش مرده‌ای کنار  ایستاده بود.

بنابراین هر چند طالقانی در دوره‌ای از مجاهدین حمایت کرد، اما زمانی‌که انحراف آنها و تقابل آنها با خط امام را مشاهده کرد، دست از حمایت خود برداشت و بر اصول خود معتقد ماند. 
بازمانده‌های مجاهدین در این سال‌ها سعی می‌کردند که به نحوی اندیشه طالقانی را همچون پیراهن عثمان علیه نظام اسلامی و شخص امام بر چوب زنند و با شعارهایی مثل «پدر طالقانی» ایشان را مصادره به مطلوب کنند. اما راه مرحوم طالقانی و اندیشه ایشان، با اندک تفاوت‌هایی همان راه امام خمینی است و هرگونه تلاشی برای تغییر این واقعیت بیهوده است.

مشورت با مردم یا شورای رهبری؟یکی از مواردی که برخی جریانات علیه جمهوری اسلامی ادعا می‌کنند، نظریه شوراها و دیدگاه طالقانی در این مورد است. به نظر برخی روشنفکران، مسئله شوراها مخالفت با ولایت فقیه است! اما آنچه مورد نظر طالقانی بود، یک سیستمی است که از پایین‌ترین نهادهای اجتماعی بتوان در سیاست‌های کلان اجتماعی و سیاسی اثرگذار بود؛ نه اینکه شورایی برای رهبری جامعه تشکیل شود.
طالقانی در جلد پنجم کتاب «پرتوی از قرآن»، مساله شورا را با توجه به آیات قرآن بیان می‌کند. او در ذیل آیه «وشاورهم فی‌الامر» می‌نویسد: «با آن عواقب سخت و ناگواری که در شورای امر پیش آورد و آن ضربه ملی که بر مسلمانان وارد شد و آن بزرگانی که از دست داد و آن شکاف و تفرقه فکری و جنگی که در اجتماع آنان پدید آمد و نزدیک بود یکسری متلاشی شوند، همه از آثار شورا بود که مدینه را بی‌پناه گذارند و برخلاف نظر شخص آن حضرت به سوی دشمن پیش راندند؛ با همه اینها باز اصل شورا را تحکیم می‌کند.» طالقانی در گزاره فوق به‌رغم اثبات اصل شورا به عنوان اصلی زیربنایی در اسلام، توجه به آرای همه مسلمانان را محور اداره جامعه قرار می‌دهد.
اما تاکید آیت الله طالقانی در خصوص شورا و مباحث مربوط به آن را باید در مبنای فکری ایشان که همان حکومت دینی مبتنی بر مبنای توحیدی و حاکمیت دینی است تعریف و مورد بازشناسی قرار گیرد نه آن طوری‌که برخی ادعا کرده‌اند طالقانی بر نظام شورایی مورد نظر چپ مشروطه خواه اصرار داشته یا معتقد به ولایت شورایی فقیه است. لفظ «شورا» در این بحث یک معنای اشتراکی با چیزی که درخصوص شورایی شدن رهبری است و با آن تفاوت دارد.

بنابراین آنچه طالقانی بیان می‌کند بیش از آنکه نظریه‌ای درخصوص رهبری جامعه باشد، نظریه‌ای در مورد شیوه فعالیت اجتماعی و مشارکت مدنی است.
آنچه در اواخر دهه هفتاد در مورد شوراهای شهر و روستا اتفاق افتاد، نمونه‌ای شبیه به نظر محمود طالقانی بود که در آن مشکلات و دغدغه‌های مردم به کمک اعضای شورا به مقامات بالاتر منتقل می‌شود.
در سال‌های اخیر حواشی زیادی در خصوص رابطه امام با طالقانی وجود داشته است. عده‌ای او را روشنفکری می‌دانند که از ابتدا مخالف انقلاب اسلامی بوده و عده‌ای دیگر ایشان را به پیروی از امام خمینی ابوذر انقلاب می‌دانند که خیلی زود درگذشت.