 پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ شهامت و صراحت امام خمینی در مبارزه با "لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی"، باعث تحرکات فعالان مذهبی شد و دسته‌ها و گروه‌های مختلفی در بازار که از دیرباز پیوندهای نزدیکی با روحانیت داشتند فعالیت خود را نظم بخشیده و وارد مبارزه شدند. در ابتدا سه گروه مذهبی در تهران در قالب "مسجد امین‌‌الدوله"، "مسجد شیخ علی" و "مسجد اصفهانی‌ها" به صورت جداگانه فعالیت می‌کردند تا اینکه این هیئات در اول خرداد 1342 با توصیه امام خمینی ائتلاف کرده و "هیئت موتلفه اسلامی" آغاز به کار کرد. 
در کتاب "تاریخ شفاهی هیئت‌های موتلفه اسلامی" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده، نحوه ائتلاف هیئت‌های مذهبی و تاسیس موتلفه مورد بررسی و واکاوی قرار گرفته است.
هر یک از هیئات مذهبی به طور جداگانه به فعالیت مشغول بودند تا اینکه "حاج مهدی عراقی" تصمیم گرفت با هیئت مسجد شیخ علی ائتلاف کند، لذا از "حاج صادق امانی" و برخی دوستانش دعوت کرد در جلسه‌ای درباره ائتلاف خود صحبت کنند. آنها از فعالیت هیئت اصفهانی‌ها هم مطلع بودند لذا تصمیم گرفتند آنها را نیز به این ائتلاف دعوت کنند. 
حاج مهدی عراقی درباره مقدمات ائتلاف هیئت‌ها می‌گوید: «از بدو حرکتی که روحانیت راجع به انجمن‌های ایالتی و ولایتی شروع می‌کنند، در تهران سه گروه بودند که با همدیگر کار می‌کردند؛ کارهای مذهبی داشتند... فرض کن که مطالعه کتابی داشتند، قرائت قرآنی داشتند، پیک‌نیک‌های جمعی و برنامه اردویی داشتند. از بدو حرکت حاج آقا [امام خمینی] این سه گروه خرده خرده، هر کدام مجزا با همدیگر، با روحانیت یک تماسکی پیدا کرده بودند. یعنی اگر اعلامیه‌ای آقایان می‌دادند به دست یک گروه داده نمی‌شد بلکه یک اعلامیه در چند نسخه تنظیم می‌شد و به دست هر یک از این سه گروه داده می‌شد.
یک دعوتی شد از مرحوم حاج صادق و بعضی از دوستانش. صحبت‌هایی ما با همدیگر کردیم. وقتی ضرر این جدایی را برای همدیگر بیان کردیم احساس کردیم که این جدایی باید از بین برود و به صورت ائتلاف دربیاید. ولی این فکر برای ما پیش آمد که غیر از ما یک گروه دیگری هم هستند که کارها را انجام می‌دهند. بهتر است نمایندگان آن گروه را هم دعوت کنیم و سه گروه با یکدیگر کار کنیم. از نمایندگان آن گروه هم دعوت کردیم. وقتی فواید این جریان را برایشان تشریح کردیم، آمادگی خودشان را اعلام کردند که در یک جبهه واحد کار کنیم و این شد که به نام "جمعیت‌های موتلفه اسلامی" انجام شد. به حساب، این سازمان به وجود آمد.
این سه گروه وقتی که با یکدیگر توافق کردند، گفتند ما این کار را انجام دادیم. حالا باید تائید حاج آقا [حضرت امام] را هم بگیریم. حاج آقا باید موافقت خودش را اعلام کند. ایشان هم تائید فرمودند و هر کسی هم که می‌رفت از حاج آقا سوال می‌کرد. ایشان می‌فرمودند: مسلمان باید تشکیلاتی باشد. مسلمان بدون تشکیلات ارزشی ندارد.»
مدتی از ائتلاف و تأیید امام می‌گذشت که آنها با ایشان ملاقات کردند و سپس تصمیم گرفتند به طور آزمایشی با 12 هیئت دیگر همکاری کنند. پس از شروع همکاری با هیئت‌های جدید، نام "جبهه مسلمانان آزاده" را بر خود گذاشتند. اما مدتی بعد مطلع شدند اعلامیه‌هایی از گروه‌های هم‌نام منتشر و مشکلاتی ایجاد می‌شود. لذا تصمیم گرفتند 4 گروه بر ائتلاف خود باقی بمانند. از این میان یک گروه از ائتلاف خارج و سه گروه دیگر به همکاری با یکدیگر ادامه دهند. 
"حبیب‌الله عسگراولادی" در این باره می‌گوید: «در یک جمعه‌ای خدمت حضرت امام رفتیم. بنده و آقای شفیق به عنوان دو نماینده در جمع رسیدیم. وقتی فرمایشات ایشان تمام شد، اجازه گرفتیم بیرون بیاییم. امام فرمودند: در آن اتاق بمانید. در آن اتاق رفتیم. دیدیم چند نفر از برادرانی که آنها را می‌شناسیم آنجا هستند. با فاصله چند نفر دیگر آمدند و امام تشریف آوردند. فرمودند: آن جوری که من راجع به شما شناخت دارم، شما همه برای خدا کار می‌کنید. همه به قیامت معتقدید. همه به نبوت و امامت معتقدید. همه برای عظمت اسلام، همه برای عزت مسلمین کار می‌کنید. چرا پراکنده باشید؟ مجزا باشید؟ چرا با هم کار نکنید؟ و توصیه‌هایی فرمودند. اما برای اغلب شنوندگان، مشکل بود که به هم اعتماد کنند. در ابتدا به صورت آزمایشی با هیئت‌های دیگر جلسه گذاشتیم. حدوداً شاید دوازده هیئت و بعداً این مجموعه به بیست و هفت، بیست و هشت هیئت رسید. پس از اینکه کار را شروع کردیم، به فکر این افتادیم که با دوازده هیئت، یک شورای مرکزی تشکیل دهیم. و چهار نفر را در ارتباط با مرجع تقلیدمان نماینده کنیم. شهید عراقی، حاج ابوالفضل توکلی، حبیب الله شفیق و بنده. گفتیم ما الان نمی‌توانیم حزب باشیم. باید ویژگی‌های یک حزب را بیابیم. بهتر است که اسم "جبهه" روی خودمان بگذاریم: جبهه مسلمانان آزاده. اولین تجمعی که دور هم جمع شدیم با 12 هیئت به نام "جبهه مسلمانان آزاده" بود. اولین اعلامیه را صادر کردیم. بعد از مدتی فعالیت قسمتی از یک اعلامیه امام را برداشته و به نام "جبهه مسلمانان آزاده" موضع‌گیری کردیم. پس از آن دیدیم اعلامیه جبهه مسلمانان آزاده شعبه تجریش منتشر شد. در صورتی که ما چنین چیزی نداشتیم. اعلامیه جبهه مسلمان آزاده شعبه سی متری و چند جبهه مسلمانان آزاده، بدون اینکه با ما ارتباط داشته باشند همین اعلامیه ما را برداشتند و تکثیر کردند.
تعدادی از مجموعه اینها را از یک هیئت و مسجد دستگیر کردند و بردند. اینها در مدتی که در بازداشت بودند تا بازجویی شوند، یکدیگر را شناختند که جبهه مسلمانان تجریش چه کسانی هستند، جبهه مسلمانان سی متری چه کسانی هستند. اینها به بیست و هفت و بیست و هشت و بیست و نه هیئت به نام جبهه مسلمانان آزاده رسیدند و مورد تأیید امام هم بودند.
یک روز ما چهار نفر ( عسگری، توکلی، شفیق، عراقی) دیدن حضرت امام رفتیم. حضرت امام پس از اینکه صحبت عمومی تمام شد، فرمودند: آن اتاق بمانیم. در آن اتاق رفتیم. متوجه شدیم که از سه گروه دیگر برادران، آنجا هستند و امام تشریف آوردند و فرمودند: همین طور که جلوتر به شما گفتم، این بار هم می‌گویم شما با هم کار کنید. 
حضرت امام فرمودند با هم کار کنید و ما آمدیم سه گروه دور هم نشستیم و توانستیم یک شورای دوازده نفری تشکیل بدهیم و به حضرت امام هم اعلام کردیم که چهار نفر از دوازده نفر رابط با شما هستند که بنده و شهید عراقی، توکلی و شفیق رابط این ائتلاف اسلامی در بین هیئت‌ها با امام شدیم. در اینجا دیگر هیئت‌های موتلفه اسلامی شدیم. ولی هیچ نامگذاری برای خودمان نکردیم. تا روز 13 آبان که بین ما اختلاف افتاد. در این شرایط نمایندگان حضرت امام از روحانیت در درون موتلفه اسلامی مشخص شد. موتلفه در موضعی قرار گرفت که لازمه آن یک اساسنامه بود و همین بزرگان توسط "شهید باهنر"، این اساسنامه را فراهم کردند. برای اینکه نیاز داخلی حوزه‌ها را از نظر معارف برآورده کنیم، استدعا کردیم بحث "انسان و سرنوشت" که شهید مطهری فرموده بودند، جزوه شود و توسط شهید باهنر تدریس شود.»
پس از تأکید امام به همکاری هیئت‌های ائتلافی، آنها در مدت یک ماه جلساتی تشکیل دادند و طرح اولیه تشکیلات خود را تهیه کردند. "ابوالفضل توکلی بینا" که در ملاقات با امام حضور داشته است در این باره می‌گوید: «قبل از تبعید امام در سال ۱۳4۳، یک شب امام از ما دعوت کردند، از بنده و آقای عسگراولادی و آقای عراقی، رفتیم قم. وقتی که شب به قم رفتیم، دیدیم دوستان دیگر هم هستند. دو گروه دیگر هم که مبارزه می‌کردند آنها هم حضور داشتند. گروه مسجد شیخ علی و بچه‌های پل سیمان (اصفهانی ها). بعد امام رو کردند و فرمودند: این عجیب نیست که سه گروه مسلمان دارای یک هدف، جدا از هم کار کنند؟ شما مؤمن هستید، دارای یک هدف هستید، بروید یکی بشوید، با هم باشید. آمدیم نزدیک به یک ماهی جلسه تشکیل دادیم. نهایتا به این نتیجه رسیدیم که از هر گروهی 4 نفر انتخاب شود که شورای مرکزی 12 نفره از سه گروه تشکیل شود و ائتلاف کنیم.»
منبع : مرکز اسناد انقلاب اسلامی



حبیب‌الله عسگراولادی درباره تدوین اساسنامه هیئت‌های موتلفه می‌گوید: پس از 13 آبان 1343 نمایندگان حضرت امام از روحانیت در درون موتلفه اسلامی مشخص شد. موتلفه در موضعی قرار گرفت که لازمه آن یک اساسنامه بود و همین بزرگان توسط "شهید باهنر"، این اساسنامه را فراهم کردند.