تعارض قرآن و علم در «نقد قرآن» و این نظریه تا آنجا پیشرفت کرد که دین را افیون بشر دانستند و حتی مکتب هایی مانند مارکسیسم در روسیه (شوروی سابق) مسلط شدند و سعی در براندازی دین کردند.
 نمونه ای از این تعارض، در قرون وسطای اروپا و دادگاه های تفتیش عقاید تبلور یافت.
 بررسیاین تعارض، ریشه در اروپا و برخوردمسیحیان با دانشمندان علوم تجربی دارد. بهتر بگوییم این مسئله، در تحریفاتی ریشه دارد که در کتاب مقدس، صورت گرفته و مطالب خلاف علم و حکمت، در تورات و انجیل داخل شده است یا داستان های ساختگی، وحی شمرده شده و بعد از گذشت چند قرن و کشفیات جدید، بطلان آنها اثبات شده است، لذا دانشمندان مسیحی برای حفظ هویت و اعتبار خود و کلیسا سعی کردند هر مطلب علمی را که با محتویات کتاب مقدس مطابقت ندارد، طرد یا گویندة آن را محاکمه و مجازات کنند.
 این مسئله ربطی به قرآن و اسلام ندارد؛ زیرا آموزه های اسلام نه تنها با مطالب و کشفیات علمی تضادی ندارد، بلکه هر چه علوم بشری پیشرفت می کند، حقایق قرآن آشکارتر می شود.
اقسام تعارض علم و دیناول. تعارض واقعی علم و دین
 این تعارض بدان معنا است که گوهر و ذات علم، با دین ناسازگار است، حتی علم و دین در کنار هم جمع نمی شوند؛ پس یک انسان نمی تواند هم متدین و هم دانشمند باشد و ناچار است یکی از دو راه را انتخاب کند. (این نظریه از برتراند راسل نقل شده است). و به عبارت دیگر تعارض واقعی به این معناست که دو گزارة دینی و علمی، هر دو قطعی باشند؛ یعنی دلیل دینی یک نصّ قرآنی باشد و دلیل علمی یک مطلب اثبات شده، همراه با دلیل عقلی و با هم تعارض کامل داشته باشند، به طوری که برطرف شدنی نباشد.
 در این مورد، اعتقاد ما بر این است که تعارض واقعی بین علم و دین وجود ندارد، بلکه این نوع تعارض محال است، زیرا به تعارض عقل و دین منتهی می شود که محال است. (ما درادامة بحث به این مطلب باز می گردیم).
 دوم. تعارض ظاهری بین علم و دین
 این قسم از تعارض بدین معناست که اگرچه گوهر علم و دین تعارض واقعی و حقیقی ندارند، اما گاهی ظواهر دینی، با نظریات علوم، متعارض به نظر می رسد؛ زیرا بعضی از دانشمندان علوم تجربی، نظریه های اثبات نشدة علوم را قطعی می انگارند و هنگامی که مثلاً ملاحظه کردند یک نظریة علمی، با آیات قرآن ناسازگار است، فکر می کنند علم و دین متعارض هستند.
 از طرف دیگر، بعضی مفسران یا متکلمان دینی، در فهم مطالب دین خطا می کنند و فهم خود را قطعی و صحیح می انگارند و گاهی این برداشت دینی با نظریات و مطالب علوم تجربی، در تعارض قرار می گیرد و علم و دین را متعارض می پندارند. (البته دلایل زیادی برای تعارض علم و دین، هست که در ادامه آنها را بر می شماریم) این نوع از تعارض علم و دین پذیرفته است و در ادیان الهی، نمونه های بسیار دارد. در اینجا به طور اختصار راه حل های آن را بررسی می کنیم.
 در اینجا برای توضیح بیشتر مطلب، به بررسی احتمال ها در رابطة علم و دین می پردازیم، زیرا بررسی احتمال های رابطة احکام دینی با نتایج علوم تجربی، برای رفع توهم تعارض علم و دین مفید است.
 در این مورد سه احتمال قابل تصور است:
 الف. احکام دینی علم پذیر:مطالبی که در قرآن یا روایات وجود دارد و علوم آنها را اثبات کرده است.
 مثال: نجاساتی که در اسلام نجس و حرام شمرده شده است، عموماً از لحاظ بهداشتی برای انسان مضر شناخته می شود و پزشکان و متخصصان بهداشت ما را به دوری از آنها توصیه می کنند
 پس در این مورد تطابق کامل بین احکام دینی و علمی وجود دارد و شاید بیشتر موارد احکام اسلام از این نوع باشد.
 ب. احکام دینی علم ستیز: مطالبی در قرآن باشد که با نظریات یا قطعیات علمی ناسازگار و بلکه در تضاد باشد.
 برای مثال: قرآن می فرماید ما هفت آسمان داریم ولی فرض کنید علوم کیهان شناسی ثابت می کنند که صدها کهکشان، در جهان هست که یکی از آنها کهکشان راه شیری است و در این کهکشان هم صدها منظومه وجود دارد که یکی از آنها، منظومة شمسی ماست؛ پس ظاهر آیات با این مطلب علمی ناسازگار است زیرا اگر آسمان را به معنای یک کهکشان بگیریم، تعداد آسمان ها زیادتر از هفت است و اگر همه کهکشان ها را یک آسمان فرض کنیم، از هفت عدد کمتر است.
 این موارد، چند نوع قابل طرح و پاسخ گویی است و به عبارتی، چند احتمال به این شرح وجود دارد:
 اولا: ما در مباحث قبل روشن کردیم که علوم تجربی «قطع مطابق واقع» به ما نمی دهد و چنین ادعایی هم ندارد، بلکه خطاپذیر است و به قول برخی از  دانشمندان افسانه های مفید است.
 بنابراین عقل به ما حکم می کند که دلیل قطعی (ظاهر قرآن) را بر دلیل ظنی (قانون علمی) ترجیح دهیم و تجربة تاریخی هم ثابت کرده است که همین راه صحیح است؛ زیرا در موارد متعدد، نظریات علمی که قرن ها بر جهان علم و افکار دانشمندان حاکم بود، با ظهور وسایل تازه و کشفیات جدید باطل شد که نمونة آن را در هیئت بطلمیوسی یا نظریة ثابت بودن خورشید می بینیم که پس از قرن ها از اعتبار افتاد، ولی قرآن بر خلاف هر دو نظریه قرن ها ایستاد و با صراحت از حرکت خورشید و زمین خبرداد و فرمود
 ثانیاً:اگر یک نظریة علمی با ضمیمه شدن به دلیلی دیگر (مانند حکم عقل) به مرحلة قطع و یقین برسد، این مسئله به تعارض عقل و دین بر می گردد و از مسئله تعارض علم و دین خارج می شود، اما می دانیم که احکام عقلی با احکام دینی تعارض ندارد و اگر تعارضی بین یک حکم عقلی و یک حکم دینی به نظر آید، دارای یکی از دو احتمال زیر است:
 نخست احتمال در مقدمات دلیل عقلی، خطایی صورت گرفته باشد که با ظاهر آیات معارض شده است.
 احتمال دوم اینکه ظاهر آیه یا حکم شرعی مراد نباشد؛ بنابراین با قرینة حکم عقل در ظاهر آیه تصرف می کنیم.
 مثال: در آیاتی که می فرماید آسمانها هفت گانه است، اگر ما یک دلیل علمی قطعی (استقراء تجربی با ضمیمة دلیل عقلی) پیدا کردیم که صدها آسمان داریم یا یک آسمان بیشتر نداریم، تعارض دلیل عقلی و شرع شده است، از این رو با کمک قرینة عقلی در ظاهر دلیل شرعی تصرف می کنیم و می گوییم مراد از هفت، در آیات شریفه تعیین عدد آسمان ها نبوده، بلکه بیان کثرت مورد نظر بوده است، چنانکه مردم هم در محاورات عرفی عدد هفت، صد، هزار و..... را برای بیان کثرت به کار می برند و این بر مبانی روش تفسیر عقلی است که در بحث روش های تفسیری، آن را بیان کردیم.
 به عبارت دیگر تعارض علم و دین به تعارض عقل و دین بر می گردد که این نوع تعارض به سه دلیل محال است. به سه دلیل که به طور خلاصه عبارتند از:
 1. خداوند حکیم و عاقل است و حکم خلاف عقل، صادر نمی کند.
 2. عقل حجت باطنی انسان است و با حجت ظاهری (پیامبر9) تعارض ندارد.
 3. اصل دین به وسیله عقل ثابت می شود و اگر حکم عقل به وسیله نقل باطل شود، اصل دین باطل می گردد.
 به عبارت بهتر، ما در اینجا چند نوع حکم علمی و شرعی داریم:
 الف. احکام دینی ب) احکام علمی
  هنگام تعارض دو احتمال وجود دارد:1. مقدمات دلیل عقل خطا باشد.
 2. خطا در فهم دین باشد، ظاهر دین مراد نیست.
 در این مورد به عنوان شاهد، کلام بعضی از بزرگان و اساتید حوزة علمیه را می آوریم.
 آیت الله مشکینی می فرماید: «در قرآن هرگز چیزی که مخالف عقل و منطق و قطعیت علمی (از طریق مشاهده و تجربه) باشد، وجود ندارد و اگر موضوعی بدین روش و به طور قطع به اثبات رسید، مسلماً قرآن، موافق آن است نه متضاد و مغایر آن، ولی اگر برخلاف واقعیت موضوع گام برداشته باشیم، نهایت امر که نادرست بودن نتیجه تحقیق و اشتباه بودن نظریة معلوم خواهد شد، به خطای خود در این گونه برداشت و استفاده از قرآن، نیز پی خواهیم برد (مانند هیئت قدیم و جدید در علم نجوم)».
 آیت الله صافی گلپایگانی می فرمایند: «آری اگر دلیل قاطع عقلی، بر خلاف ظاهر دلیل نقلی باشد، آن دلیل قطعی به منزلة قرینة عقلیه است بر اینکه ظاهر آن مراد نیست و آنچه ابتدا و بدون توجه به این قرینه از کلام استفاده می شود مقصود نمی باشد»
 استاد جعفر سبحانی می فرماید: «مسئلة تعارض علم و دین، اگر بی پاسخ بماند دین و دینداری را، زیر سؤال برده و آن را متزلزل می سازد. متکلمان مسیحی که ناچارند از کتاب مقدس خود و آیین تثلیث دفاع کنند، این تعارض را پذیرفته و حل آن را، اختلاف قلمروها می دانند.
 در حالی که از نظر متکلمان اسلامی، جریان برخلاف آن است و هرگز (تعارض علم و دین) ممکن نیست و یکی از دو طرف قضیه سست و بی پایه است، یا آنچه را که دین نامیده ایم دین نیست، یا اینکه علم حالت قطعی ندارد»
 ج. احکام دینی علم گریز:یعنی مطالب و احکام تعبدی دینی که در آیات و روایات وارد شده، فراتر از علم است علوم تجربی، دلیلی برای اثبات یا نفی آن ندارد. در این موارد، ناچاریم که ظاهر احکام شرعی را بپذیریم و به آن متعبد شویم، زیرا معارف و علوم بشری، در حال رشد است و هنوز به سرانجام کمال خود نرسیده است، بنابراین نمی توان با صرف نبود دلیل مساعد علمی، یک حکم شرعی را تخطئه کرد.
 و در این مورد در طول تاریخ ادیان الهی، نمونه های بسیاری هست که یک حکم شرعی صادر می شد و بسیاری از دانشمندان از فهم آن قاصر بودند و بعد از قرن ها حکمت و دلیل آن مطلب علمی آشکار می گردید.
 برای مثال: حرام کردن شراب در اسلام و یا احکام بهداشتی دیگر که تا قرن ها علتشان ناشناخته بود، ولی امروزه همة دانشمندان، به مضر بودن آن اعتراف و بشریت را از نوشیدن شراب برحذر می دارند.
 در این زمینه، هنوز هم احکام تعبدی بسیاری در اسلام وجود دارد که هر روز علت یکی از آنها کشف می شود و جهانیان به حقانیت اسلام و قرآن پی می برند.

جمع بندی و نتیجهپس بین احکام شرعی (در اینجا قرآن به طور خاص منظور است) و مطالب علوم تجربی، تعارض و تضادی وجود ندارد و اگر تضاد ظاهری، بین بعضی احکام شرعی و علم در ابتدا به نظر برسد با تأمل و دقت و رفع می شود و در نهایت، بیان شد که تعارض علم و دین، به تعارض عقل و دین منجر می گردد و ثابت شد که این تعارض محال است.منبع:پرسمان
  

برخی بر آنند که علم و دین سرسازگاری ندارند و هر کس باید یکی را انتخاب کند؛ زیرا هر قدر علوم تجربی پیشرفت می کند، دچار تضاد بیشتری با کتاب های مقدس می شود و قضایای یقینی دینی را باطل می سازد. پس بین علم و دین تعارض واقعی وجود دارد.
برای مثال: نظریات گالیله ثابت بودن زمین را که در نظر مسیحیان مسلم بود، باطل کرد و نظریة تکامل داروین، داستان خلقت آدم را بی اعتبار ساخت و به همین ترتیب تحقیقات تاریخی، موجب شد در وحی بودن کتاب مقدس شک ایجاد شود یا غلط بودن تاریخ های آنها ثابت گردد