Having decided to specialise in paediatrics, Aynsley-Green took her clinical training within the hospitals in Oxfordshire, and then moved to the University Children’s Hospital of Zürich to take specialised training as a paediatric endocrinologist.
Nachdem sie sich für die Kinderheilkunde entschieden hatte, absolvierte Aynsley-Green ihre klinische Ausbildung in den Krankenhäusern von Oxfordshire und wechselte dann an das Universitäts-Kinderspital Zürich, um sich zur pädiatrischen Endokrinologin ausbilden zu lassen.