Having decided to specialise in paediatrics, Aynsley-Green took his clinical training within the hospitals in Oxfordshire, and then moved to the University Children’s Hospital of Zürich to take specialised training as a paediatric endocrinologist.
Nachdem er sich für die Kinderheilkunde entschieden hatte, absolvierte Aynsley-Green seine klinische Ausbildung in den Krankenhäusern von Oxfordshire und wechselte dann an das Universitäts-Kinderspital Zürich, um sich zum pädiatrischen Endokrinologen ausbilden zu lassen.