Having decided to specialise in paediatrics, Aynsley-Green took his clinical training within the hospitals in Oxfordshire, and then moved to the University Children’s Hospital of Zürich to take specialised training as a paediatric endocrinologist.
Après avoir décidé de se spécialiser en pédiatrie, Aynsley-Green, fort de sa formation clinique, commença à travailler dans des hôpitaux de l'Oxfordshire avant de travailler au sein de l'Hôpital universitaire pour enfants de Zurich afin d'entamer une formation spécialisée d'endocrinologue pédiatrique.