Q: Пауза во время цикла c# Если использовать в цикле паузу System.Threading.Thread.Sleep(1000), то на паузу ставится вся программа. Мне нужно, чтобы во время паузы в цикле я мог нажимать на кнопки Windows Forms.

A: Простой пример запуска таймера потом его использования. Первой кнопкой запускаем таймер, который увеличивает i. Второй кнопкой помещаем i в поле.
Таким способом можно решить Вашу проблему. Программа не будет зависать.
public partial class Form1 : Form
{
    public Form1()
    {
        InitializeComponent();
    }
    int i = 0;
    private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
    {
        timer1.Interval = 1000;
        timer1.Enabled = true;
    }

    private void button2_Click(object sender, EventArgs e)
    {
        textBox1.Text = i.ToString();

    }

    private void timer1_Tick(object sender, EventArgs e)
    {
        i++;
    }
}

}
UPD В вашем случае цикла не будет, а будет вызываться нужный код в самом таймере (например там будет вызов функции, которая ранее была у Вас в цикле)
Для остановки цикла можно использовать timer1.Enabled = false; , который вызывать при нажатии кнопки
