가. 국세기본법 제45조 제1항, 동법시행령 제25조 제2항, 제10조의2 제1호의 각 규정은 납세자가 법정신고기한내에 법인세과세표준신고를 한 다음 그 신고사항에 누락, 오류가 있음을 발견한 경우 이를 수정할 기회를 주고, 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우(감액수정신고)에는 과세관서는 이를 조사하여 그 결과를 법정기한 내에 통지하는 동시에 갱정할 사항은 갱정할 의무가 있음을 밝힌 것으로서 만약 과세관서가 위 법정기한내에 조사결정하거나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자의 위 법조항에 의한 갱정청구를 과세관서가 거부한 것으로 보아 납세자는 이에 불복할 수 있다고 해석하여야 한다.


나. 세무관서가 과세표준과 세액을 결정한 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있다는 이유로 그 과세표준과 세액을 증액하는 갱정처분을 한 경우에는 먼저된 당초처분은 증액갱정처분속에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 당연히 소멸하고 오직 증액갱정처분만이 쟁송의 대상이 되고 이와 같은 이치는 갱정처분과 재갱정처분 사이에 있어서도 마찬가지로 적용된다.


다. 납세자의 감액수정신고후 세무관서의 증액갱정처분이 있었다고 하더라도 이 경우에는 납세자의 당초의 신고나 감액수정신고는 그 후에 이루어진 세무관서의 증액갱정처분에 흡수·소멸되지 아니하므로 세무관서가 위 감액수정신고에 대하여 법정기한내에 조사결정하거나 통지를 하지 아니하였다면 역시 납세자는 이를 세무관서의 거부처분으로 보아 불복의 대상으로 삼을 수 있다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택한 증거들을 종합하여 원고가 1981.2.25. 피고에게 원고의 서울지점에 대한 1980. 사업연도의 법인세 과세표준액과 세액을 자진신고하였다가 1981.8.25. 원고의 본점경비 중 서울지점에 배분된 금원을 손금에 가산하여 달라는 취지의 감액수정신고를 하고, 한편 피고는 원고의 서울지점에 대한 위 사업연도의 소득금액을 실지조사한 끝에 원고가 수정신고에서 주장한 경비를 손금에 가산하지 아니하고 도리어 원고가 당초에 신고한 금액이외에도 익금에 가산할 금원이 더 있다는 이유로 1981.10.2. 증액갱정처분을 하여 원고에게 추가납부고지서를 송달하고 원고는 이를 같은달 5. 수령한 사실을 인정한 다음 원고의 위 수정신고에 대하여는 피고의 1981.10.2.자 갱정처분으로써 그 결과를 원고에게 통지한 것으로 보아야 하며 따라서 원고가 이를 다투는 행정소송을 제기하려면 위 갱정처분이 원고에게 고지된 같은해 10.5.부터 60일이내에 심사청구를 하는 등 전심절차를 거쳐야 함에도 원고는 위 일자로부터 60일이 경과한 같은해 12.23.에 이르러서야 비로소 심사청구를 국세청장에게 제출하였으니 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다는 이유로 이를 각하하고 있다.
그러나 기록에 비추어 살피건대, 위 증액갱정처분의 산출근거로 보여지는 을 제1호증의 1 내지 12(법인세과세표준금액 및 세액결정결의서등)의 각 기재에 의하더라도 원고가 수정신고한 원고의 본점경비배분에게 대하여 피고가 조사하여 그 결과를 위 갱정처분에 포함시켰다고 볼만한 흔적을 찾아볼 수 없고, 기록에 첨부된 그밖의 모든 자료를 살펴보아도 원고의 위 수정신고 사항에 대하여 피고가 조사결정하거나 원고에게 통지한 사실을 인정할 자료가 없다.
그럼에도 불구하고 원심은 원고의 수정신고 후 피고의 증액갱정처분이 있었다는 사실만으로 원고의 수정신고에 대하여 위 갱정처분으로써 그 결과를 원고에게 통지한 것으로 보아야 한다고 판단하고 있는 바, 원심의 위와 같은 판단조처는 수정신고에 의한 정부의 조사, 결정이나 통지에 관한 법리오해 또는 심리미진의 위법을 저질렀다 할 것이므로 이 점을 탓하는 논지는 이유있다.
2. 그런데 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다는 이유로 이를 각하한 원심의 조처가 위와 같은 이유로 위법하다고 하더라도 이 사건 소에 다른 각하사유가 있다면 결국 판결결과에 영향이 없을 것이므로 다른 각하사유가 있는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다.
먼저, 원고의 1981.8.25.자 감액수정신고에 대하여 피고가 법정기한내에 조사·결정하거나 원고에게 통지하지 않았다고 하여 이를 피고의 거부처분으로 보아 원고가 이를 불복의 대상으로 삼을 수 있는가 하는 점이 문제될 수 있다.
국세기본법 제45조 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법인세의 경우 법정신고기한 경과후 6월내에 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 같은조 제2항은 과세표준 수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일내에 신고인에게 통지하는 동시에 갱정할 사항은 갱정하여야 한다라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제25조 제2항, 제10조의 2 제1호에 의하면 "대통령령이 정하는 국세"에는 법인세가 포함되어 있음을 알 수 있는 바, 위 각 규정은 납세자가 법정신고기한내에 법인세과세표준신고를 한 다음 그 신고사항에 누락·오류가 있음을 발견한 경우 이를 수정할 기회를 주고, 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우(감액수정신고)에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 법정기한내에 통지하는 동시에 갱정할 사항은 갱정할 의무가 있음을 밝힌 것으로서 만약 정부가 위 법정기한내에 조사·결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자의 위 법조항에 의한 갱정청구를 정부가 거부한 것으로 보아 납세자는 이에 불복할 수 있다고 해석해야 할 것이다. (1984.12.15. 개정된 행정소송법에 의하면 부작위위법 확인소송의 대상이 된다)
위와 같이 해석하지 아니하면 납세자의 감액수정신고에 대하여 정부가 조사·결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에 납세자로서는 이를 다툴 길이 막혀 납세자의 권리구제가 불가능하게 되어 정부의 조사·결정 및 통지의무를 규정한 같은법 제45조 제2항은 그 존재의의를 상실하게 될 것이다.
따라서 원고는 원고의 감액수정신고에 대하여 피고의 법정기한내의 조사·결정이나 통지가 없다고 하여 이를 피고의 거부처분으로 보아 이를 불복의 대상으로 삼을 수 있다 할 것이다.
다음, 원고의 1981.2.25.자 당초의 자진신고나 1981.8.25.자 감액수정신고는 그후에 이루어진 피고의 1981.10.2.자 증액갱정처분에 흡수·소멸되어 불복의 대상이 될 수 없고 오직 위 증액갱정처분만이 불복의 대상이 되는가 하는 점이 문제될 수 있다.
세무관서가 과세표준과 세액을 결정한 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있다는 이유로 그 과세표준과 세액을 증액하는 갱정처분을 한 경우에는 먼저된 당초처분은 증액갱정처분속에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 당연히 소멸하고 오직 증액갱정처분만이 쟁송의 대상이 되고 위와 같은 이치는 갱정처분과 재갱정처분 사이에 있어서도 마찬가지로 적용된다고 함이 당원의 판례이다.( 당원 1986.9.23. 선고 85누857 판결; 1984.12.11. 선고 84누225 판결; 1984.4.10. 선고 83누539 판결 참조)
그러나 위 판례들은 세무관서의 당초의 과세처분과 증액갱정처분 또는 증액갱정처분과 증액재갱정처분 사이의 효력관계에 관한 것으로서 이 사건의 경우와 같이 신고납세제 아래에서의 납세자의 당초의 신고나 감액수정신고와 세무관서의 증액갱정처분 사이에 있어서는 다음과 같은 2가지 이유로 그 적용이 없다고 보아야 할 것이다.
첫째로, 납세자의 법인세 자진신고에 의하여 조세채무가 확정된 경우에 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 세무관서가 법인세법 제32조 제2항의 규정에 의하여 갱정처분을 할 수 있는 것과는 별도로 국세기본법 제45조 제2항은 앞서 본 바와 같이 납세자의 감액수정신고에 대한 세무관서의 조사·결정 및 그 통지의무를 규정하고 있는 바, 감액수정신고에 대한 세무관서의 조사·결정이 있었다 하더라도 세무관서가 따로 발견한 오류.탈루에 터잡아 다시 갱정처분을 할 수 있는 것과 마찬가지 이치로 세무관서의 갱정처분이 있었다 하더라도 법정기한내라면 납세자의 감액수정신고에 대한 세무관서의 조사·결정이 가능하고 그 결정(거부처분을 포함하여)에 대하여 납세자가 불복할 수 있다고 해석하는 것이 국세기본법 제45조 제2항의 규정취지에 맞는다 할 것이다.
위와 같이 해석하지 아니하고 납세자의 당초의 신고나 감액수정신고가 세무관서의 증액갱정처분에 흡수·소멸된다고 해석한다면 납세자의 당초의 신고후 세무관서의 증액갱정처분이 있으면 그 이후에는 위 법조항의 기한내라도 납세자의 감액수정신고가 허용되지 않는다고 해석하게 되어 위 법조항의 규정취지에 어긋난다 할 것이다.
둘째로, 피고가 1981.10.2.자 증액갱정처분을 함에 있어서 원고의 1981.8.25.자 감액수정신고사항에 대하여 조사도 하지 아니하고 그 결과를 위 갱정처분에 포함시키지도 아니한 경우 위 갱정처분의 통지를 받은 원고로서는 위 감액수정신고사항에 대하여는 피고의 조사·결정이나 그 통지가 없다고 인식하는 것이 일반적이라 할 것이고 위와 같은 인식이 납세자의 일반적인 조세감정에 맞는다 할 것인데 만약 원고의 당초의 신고나 감액수정신고가 피고의 증액갱정처분에 흡수·소멸된다고 해석한다면 위 갱정처분이 위 감액수정신고사항과는 전혀 관계없는 사항에 관한 것인데도 원고로서는 위 갱정처분에 대한 불복을 통하여 수정신고사항의 당부를 다투어야 할 것인바, 이는 납세자의 일반적인 조세감정에 맞지 않을 뿐만 아니라 납세자가 법정기한까지 수정신고에 대한 세무관서의 결과통지를 기다리고 있는 중에 갱정처분에 대한 불복기간이 경과하여 납세자의 불복의 길이 막히는 등 납세자에게 불측의 손해를 주게 되어 납세자의 권익보호에 미흡하게 된다.
그러므로 앞서든 판례들을 제한적으로 해석하여 원고의 당초의 신고나 감액수정신고와 피고의 증액갱정처분 사이에 있어서는 그 적용이 없다고 봄이 옳고 따라서 원고의 당초의 신고나 감액수정신고는 그 이후에 이루어진 피고의 증액갱정처분에 흡수.소멸되지 아니하므로 원고로서는 원고의 감액수정신고후 피고의 증액갱정처분이 있었다 하더라도 피고가 위 감액수정신고에 대하여 법정기한내에 조사·결정하거나 원고에게 통지를 하지 않았다면 이를 피고의 거부처분으로 보아 불복의 대상으로 삼을 수 있다 할 것이다.
따라서 이 사건 소에는 다른 각하사유도 있다고는 보여지지 아니하므로 앞서 본 원심이 저지른 위법은 판결결과에 영향을 미쳤다 할 것이다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.