양도소득세부과처분을 취소하는 경우 그 형식에 관하여는 국세기본법, 소득세법 등에 규정된 바가 없으므로 부과처분의 취소는 특별한 형식을 요하지 않고 객관적으로 취소의 뜻을 알 수 있는 방법으로 하면 족하며, 과세관청이 양도소득세부과처분을 하였다가 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 당초의 처분은 취소되었다고 볼 것이므로, 과세관청이 양도소득세를 부과·고지하였다가 그 양도가 부동산 매매업의 일환으로 이루어진 것으로서 종합소득세 부과대상에 해당한다고 보아 종합소득세를 부과함에 있어 납세의무자가 이미 납부한 양도소득세 상당액을 공제하고 납세고지서에 그 공제사실을 기재하였다면 위 종합소득세 납세고지에 의하여 당초의 양도소득세등부과처분은 취소되었다고 봄이 상당하고, 비록 당초 양도소득세등부과처분의 취소결정에 의하여 납세의무자에게 지급되어야 할 국세환급가산금 상당액을 공제하지 아니하였다 하여 달리 볼 것은 아니다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유에 대하여
원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고가 소외인들과 공동으로 1989. 8. 23.부터 같은 해 9. 20.까지 사이에 이 사건 각 토지를 양도하고 양도차익 예정신고를 하면서 양도소득세 금 24,589,104원 및 방위세 금 4,917,820원을 납부한 것에 대하여, 피고는 1990. 7. 6.경 원고에 대하여 추가로 납부하여야 할 양도소득세 금 913,337원 및 방위세 금 182,668원을 부과·고지하였다가 그 후 이 사건 각 토지의 양도는 부동산 매매업의 일환으로 이루어진 것으로서 그로 인한 소득은 종합소득세 부과대상이라고 하여 1993. 7. 1. 원고가 그 해에 가구제조업자로서 얻은 별도의 사업소득과 이 사건 각 토지의 양도에 따른 소득을 합산하여 1989년도 귀속 종합소득세 금 216,209,006원과 방위세 금 42,940,446원을 산출한 다음, 원고가 이미 납부한 종합소득세와 양도소득세 등 상당액을 공제하고 납세고지서에 그 공제사실을 기재하여 종합소득세 금 176,751,013원과 방위세 금 35,048,848원을 부과·고지한 사실, 한편 피고는 이 사건 종합소득세 및 방위세부과처분을 할 당시부터 현재에 이르기까지 위 양도소득세 및 방위세부과처분을 명시적으로 취소하거나 감액경정 등의 방법으로 실효시키는 조치를 한 바 없는 사실을 인정한 다음, 이 사건 각 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세부과처분을 하였다가 경정의 방법으로 종합소득세부과처분을 할 수는 없고 일단 양도소득세부과처분을 취소한 후 새로운 종합소득세부과처분을 하여야 한다고 볼 것인데, 이 사건 종합소득세등부과처분에서 당초의 양도소득세 등 기납부세액을 공제한 것으로써 당초의 양도소득세등부과처분을 취소한 것으로 풀이하기는 어렵다 할 것이므로, 이 사건 종합소득세등부과처분은 결국 동일한 과세원인사실에 대한 중복된 부과처분으로서 위법하다고 판단하였다.
양도소득세부과처분을 취소하는 경우 그 형식에 관하여는 국세기본법, 소득세법 등에 규정된 바가 없으므로 부과처분의 취소는 특별한 형식을 요하지 않고 객관적으로 취소의 뜻을 알 수 있는 방법으로 하면 족하다 할 것이며, 과세관청이 양도소득세부과처분을 하였다가 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 당초 처분은 취소되었다고 볼 것이다( 당원 1982. 12. 14. 선고 82누399 판결, 1996. 10. 15. 선고 95누8119 판결 등 참조).
원심이 확정한 바와 같이 피고가 원고에 대한 원심 판시 종합소득세를 부과함에 있어 원고가 이미 납부한 양도소득세 상당액을 공제하고 납세고지서에 그 공제사실을 기재하였다면 위 종합소득세 납세고지에 의하여 피고의 당초 양도소득세등부과처분은 취소되었다고 봄이 상당하다 할 것이고, 비록 피고가 당초 양도소득세등부과처분의 취소결정에 의하여 원고에게 지급되어야 할 국세환급가산금 상당액을 공제하지 아니하였다 하여 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.
그런데도 원심은 이 사건 종합소득세등부과처분에서 당초의 양도소득세 등 기납부세액을 공제한 것으로써 당초의 양도소득세등부과처분을 취소한 것으로 풀이하기는 어렵다 하여 이 사건 종합소득세등부과처분을 중복된 부과처분으로서 위법하다고 판단하였으니 원심판결에는 부과처분의 취소에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 이를 지적하는 논지는 이유가 있다.
그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.