법인세법 제19조의2 제1항, 제5항, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호, 제3항 제1호, 제2호의 각 규정에 의하면, 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ‘대손금’이라고 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 채권 중에서도 ‘채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권’(이하 ‘회수불능채권’이라 한다)의 손금 산입시기는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도이다. 이와 같이 법인세법령에서 소멸시효가 완성된 외상매출금 등의 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 정하고 있는 것과는 달리, 회수불능채권의 경우에는 손금으로 계상한 때를 기준으로 손금 귀속시기를 정하고 있는 것은 대손금의 형태가 그에 대응한 청구권이 법적으로는 소멸되지 않고 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우이기 때문이다.
그런데 법인세법 시행령 제19조의2 제4항은 ‘제3항 제2호에도 불구하고 법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 제1항 제8호의 규정에 해당하는 대손금을 합병등기일이 속하는 사업연도까지 손금으로 계상하지 아니한 경우 그 대손금은 해당 법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 한다’고 규정하고 있다. 이는 합병 시까지 피합병법인이 대손금으로 계상하지 않은 회수불능채권의 손금 귀속시기를 세무회계상 인식 여부와 관계없이 일률적으로 정함으로써 법인세법 제44조에 정하고 있는 합병에 따른 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 방식과 일치시키기 위한 것이다. 그러므로 합병 당시 채무자의 사업폐지 등으로 피합병법인의 채권 전부를 회수할 수 없다는 사실이 이미 객관적으로 확정되었는데도 회수불능채권을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 계상하지 않았더라도 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제4항에 따라 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 하여야 하고, 이러한 회수불능채권을 피합병법인이 대손금 처리를 하지 않은 데에 고의 또는 중대한 과실이 없다고 하여 달리 볼 것은 아니다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 대손금의 손금산입 주장에 관하여
법인세법 제19조의2 제1항, 제5항, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호, 제3항 제1호, 제2호의 각 규정에 의하면, 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ‘대손금’이라고 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 채권 중에서도 ‘채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권’(이하 ‘회수불능채권’이라 한다)의 손금 산입시기는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도이다. 이와 같이 법인세법령에서 소멸시효가 완성된 외상매출금 등의 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 정하고 있는 것과는 달리, 회수불능채권의 경우에는 손금으로 계상한 때를 기준으로 손금 귀속시기를 정하고 있는 것은 대손금의 형태가 그에 대응한 청구권이 법적으로는 소멸되지 않고 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우이기 때문이다(대법원 1992. 1. 21. 선고 91누1684 판결, 대법원 2002. 9. 24. 선고 2001두489 판결 등 참조).
그런데 법인세법 시행령 제19조의2 제4항은 ‘제3항 제2호에도 불구하고 법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 제1항 제8호의 규정에 해당하는 대손금을 합병등기일이 속하는 사업연도까지 손금으로 계상하지 아니한 경우 그 대손금은 해당 법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 한다’고 규정하고 있다. 이는 합병 시까지 피합병법인이 대손금으로 계상하지 않은 회수불능채권의 손금 귀속시기를 세무회계상 인식 여부와 관계없이 일률적으로 정함으로써 법인세법 제44조에 정하고 있는 합병에 따른 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 방식과 일치시키기 위한 것이다. 그러므로 합병 당시 채무자의 사업폐지 등으로 피합병법인의 채권 전부를 회수할 수 없다는 사실이 이미 객관적으로 확정되었음에도 그 회수불능채권을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 계상하지 않았더라도 그 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제4항에 의하여 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 하여야 하고, 이러한 회수불능채권을 피합병법인이 대손금 처리를 하지 않은 데에 고의 또는 중대한 과실이 없다고 하여 달리 볼 것은 아니다.
원심이 그 판시와 같은 사정을 들어, 피합병법인인 주식회사 씨앤우방(이하 ‘씨앤우방’이라 한다)이 주식회사 이디도시개발에 대하여 가지고 있던 이 사건 채권의 회수불능 사실이 이 사건 합병 당시 이미 객관적으로 확정되었으므로, 그 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호 및 제4항에 따라 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다는 취지로 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 위 규정들의 해석 및 적용에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
2. 신뢰보호원칙 위반 주장에 관하여
원심은 그 판시와 같은 사정을 들어, 과세관청이 ‘이 사건 합병 당시 이 사건 채권의 회수불능이 객관적으로 확정되지 않았다’는 견해를 공적으로 표명하였다고 볼 수 없다고 판단하였다.
관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 신뢰보호원칙에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
3. 가산세 면제의 정당한 사유 주장에 관하여
원심은, 이 사건 채권이 이 사건 합병 당시 이미 회수불가능한 상태가 확정된 채권으로서 씨앤우방에 의하여 대손으로 처리되었어야 한다는 것을 원고가 알았거나 알 수 있었음에도 씨앤우방으로부터 이를 인수하여 대손금으로 손금에 산입하였다는 등의 이유를 들어, 이 사건 가산세 부과처분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.
관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.