갑이 국민권익위원회에 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률(이하 ‘국민권익위원회법’이라 한다)에 따른 신고와 신분보장조치를 요구하였고, 국민권익위원회가 갑의 소속기관 장인 을 시·도선거관리위원회 위원장에게 ‘갑에 대한 중징계요구를 취소하고 향후 신고로 인한 신분상 불이익처분 및 근무조건상의 차별을 하지 말 것을 요구’하는 내용의 조치요구를 한 사안에서, 국가기관 일방의 조치요구에 불응한 상대방 국가기관에 국민권익위원회법상의 제재규정과 같은 중대한 불이익을 직접적으로 규정한 다른 법령의 사례를 찾아보기 어려운 점, 그럼에도 을이 국민권익위원회의 조치요구를 다툴 별다른 방법이 없는 점 등에 비추어 보면, 처분성이 인정되는 위 조치요구에 불복하고자 하는 을로서는 조치요구의 취소를 구하는 항고소송을 제기하는 것이 유효·적절한 수단이므로 비록 을이 국가기관이더라도 당사자능력 및 원고적격을 가진다고 보는 것이 타당하고, 을이 위 조치요구 후 갑을 파면하였다고 하더라도 조치요구가 곧바로 실효된다고 할 수 없고 을은 여전히 조치요구를 따라야 할 의무를 부담하므로 을에게는 위 조치요구의 취소를 구할 법률상 이익도 있다고 본 원심판단을 정당하다고 한 사례.
주문
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고와 피고보조참가인이 부담한다.

이유
피고와 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)의 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 참가인이 제출한 상고이유보충서 등의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 함께 판단한다.
1. 상고이유 제1점 내지 제4점에 대하여
가. 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률 (이하 ‘국민권익위원회법’이라 한다) 제62조는, 누구든지 이 법에 따른 신고 등을 한 이유로 소속기관·단체·기업 등으로부터 징계조치 등 어떠한 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 받지 아니하고(제1항), 그 신고를 한 이유로 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 당하였거나 당할 것으로 예상되는 때에는 국민권익위원회(이하 ‘피고 위원회’라 한다)에 해당 불이익처분의 원상회복·전직·징계의 보류 등 신분보장조치와 그 밖에 필요한 조치(이하 ‘신분보장조치’라 한다)를 요구할 수 있으며(제2항), 그 요구가 있는 경우 피고 위원회는 조사에 착수하여야 하고(제4항), 조사 결과 요구된 내용이 타당하다고 인정한 때에는 요구자의 소속기관의 장, 관계 기관의 장 또는 요구자가 소속한 단체·기업 등의 장(이하 ‘소속기관 등의 장’이라 한다)에게 적절한 조치를 요구할 수 있으며(이하 ‘조치요구’라 한다), 이 경우 피고 위원회로부터 요구를 받은 ‘소속기관 등의 장’은 정당한 사유가 없는 한 이에 따라야 한다(제7항)고 규정하고 있다.
한편 국민권익위원회법은 정당한 사유 없이 피고 위원회의 조치요구를 이행하지 아니한 자를 1천만 원 이하의 과태료에 처하고(제91조 제1항 제3호), 제62조 제1항에 따른 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 한 자가 피고 위원회의 조치요구를 이행하지 아니한 때에는 1년 이하의 징역 또는 1천만 원 이하의 벌금에 처하도록(제90조) 규정하고 있다.
이러한 제반 규정에 의하면 피고 위원회의 조치요구의 상대방으로서 조치요구에 따라야 할 의무의 주체는 ‘소속기관 등의 장’임이 분명하므로, 그러한 조치요구에 불복하고자 하는 ‘소속기관 등의 장’에게는 조치요구를 다툴 수 있는 소송상의 지위를 인정하여야 할 것이다.
나. 그런데 이 사건과 같이 국가기관 사이에 어느 일방(피고 위원회)이 상대방(원고)에 대하여 일정한 의무를 부과하는 내용의 조치요구를 한 사안에서 그 조치요구의 상대방인 국가기관이 이를 다투고자 할 경우, 이는 국가기관 내부의 권한 행사에 관한 것이어서 기관소송의 대상으로 하는 것이 적절해 보이나, 행정소송법은 제45조에서 ‘기관소송은 법률이 정한 경우에 법률에 정한 자에 한하여 제기할 수 있다’고 규정하여 이른바 기관소송 법정주의를 채택하고 있고, 조치요구에 관하여는 국민권익위원회법 등 법률에서 원고에게 기관소송을 허용하는 규정을 두고 있지 아니하므로, 이 사건 조치요구를 이행할 의무를 부담하고 있는 원고로서는 기관소송으로 이 사건 조치요구를 다툴 수는 없다.
또한 이 사건 조치요구는 법률에 근거하여 설립된 행정부 소속의 국무총리 산하 기관인 피고 위원회가 헌법상의 독립기관인 중앙선거관리위원회 산하기관인 원고에 대하여 한 것으로서 정부 조직 내에서 그 처분의 당부에 대한 심사·조정을 할 수 있는 다른 방도가 없을 뿐만 아니라, 피고 위원회는 헌법 제111조 제1항 제4호 소정의 ‘헌법에 의하여 설치된 국가기관’이라고 할 수 없으므로(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌라6 전원재판부 결정 참조), 원고와 피고 위원회 사이에 헌법 제111조 및 헌법재판소법 제62조 제1항에서 정한 권한쟁의심판이 가능해 보이지도 아니한다.
결국 앞서 본 바와 같이 국민권익위원회법이 원고에게 피고 위원회의 조치요구에 따라야 할 의무를 부담시키는 외에 별도로 그 의무를 이행하지 아니할 경우 과태료나 형사처벌의 제재까지 규정하고 있는데, 이와 같이 국가기관 일방의 조치요구에 불응한 상대방 국가기관에게 그와 같은 중대한 불이익을 직접적으로 규정한 다른 법령의 사례를 찾기 어려운 점, 그럼에도 원고가 피고 위원회의 조치요구를 다툴 별다른 방법이 없는 점 등에 비추어 보면, 피고 위원회의 이 사건 조치요구의 처분성이 인정되는 이 사건에서 이에 불복하고자 하는 원고로서는 이 사건 조치요구의 취소를 구하는 항고소송을 제기하는 것이 유효·적절한 수단이라고 할 것이므로, 비록 원고가 국가기관에 불과하더라도 이 사건에서는 당사자능력 및 원고적격을 가진다고 봄이 상당하다.
다. 그리고 참가인이 피고 위원회에 국민권익위원회법에 따른 신고와 신분보장조치 요구를 하였고, 이에 피고 위원회가 참가인의 소속기관의 장인 원고에게 ‘참가인에 대한 중징계요구를 취소하고 향후 신고로 인한 신분상 불이익처분 및 근무조건상의 차별을 하지 말 것을 요구’하는 내용의 이 사건 조치요구를 한 이 사건에서, 원고가 피고 위원회의 조치요구 후 참가인에 대하여 파면처분을 하였다고 하더라도 그로 인하여 이 사건 조치요구가 곧바로 실효된다고 할 수 없고, 원고로서는 이 사건 조치요구를 따라야 할 의무를 여전히 부담한다고 할 것이므로, 원고에게는 이 사건 조치요구의 취소를 구할 법률상 이익도 있다고 할 것이다.
라. 따라서 원심이 이 사건 조치요구의 처분성이 인정됨을 전제로 원고에게 이 사건 조치요구의 취소를 구하는 소를 제기할 당사자능력, 원고적격 및 법률상 이익을 인정한 조치는 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 피고와 참가인이 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해 등의 위법이 없다.
2. 상고이유 제5점, 제6점에 대하여
가. 앞서 본 바와 같이 국민권익위원회법 제62조에 의하면, 누구든지 이 법에 따른 신고를 한 이유로 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 당하였거나 당할 것으로 예상되는 때에는 피고 위원회에 해당 불이익처분의 원상회복·전직·징계의 보류 등 신분보장조치와 그 밖에 필요한 조치를 요구할 수 있고, 피고 위원회는 그 요구에 대하여 조사한 결과 요구된 내용이 타당하다고 인정한 때에는 요구자의 ‘소속기관 등의 장’에게 조치요구를 할 수 있다. 한편 같은 법 제63조는 ‘신고자가 이 법에 의하여 신고한 뒤 제62조 제2항 등에 따라 피고 위원회에 원상회복 등을 요구하는 경우 해당 신고와 관련하여 불이익을 당한 것으로 추정한다’고 규정하고 있다.
그런데 원심판결 이유에 의하면, ① 참가인이 2008. 3. 31. 피고 위원회에 이 사건 신고를 한 사실, ② 중앙선거관리위원회는 ‘참가인이 하남시 주민소환투표와 관련하여 방송 인터뷰를 통하여 선거관리위원회의 입장에 반하여 허위로 진술하고 그 인터뷰 내용이 뉴스에 보도되었다’는 이유로 참가인에 대하여 감사를 실시하려 하였으나, 참가인이 3회에 걸쳐 감사의 연기를 요청하자 감사를 거부한 것으로 간주하여 감사를 종결하고 참가인에 대한 징계의견을 경기도선거관리위원회에 통보한 사실, ③ 경기도선거관리위원회는 2008. 7. 2. 참가인에 대한 이 사건 징계요구를 한 사실, ④ 참가인이 2008. 7. 8. 피고 위원회에 이 사건 징계요구의 취소 및 신분상 불이익의 예방을 구하는 신분보장조치를 요구한 사실, ⑤ 이에 피고 위원회는 2008. 9. 26. 참가인이 국민권익위원회법에 따른 신고 후 이 사건 징계요구와 관련한 신분보장조치를 요구하였으므로 국민권익위원회법 제63조에 따라 참가인이 이 사건 신고와 관련하여 불이익을 당한 것으로 추정된다는 이유로, 참가인의 소속기관의 장인 원고에게 ‘참가인에 대한 이 사건 징계요구를 취소하고, 향후 신고로 인한 신분상 불이익처분 및 근무조건상의 차별을 하지 말 것을 요구’하는 내용의 이 사건 조치요구를 한 사실이 인정된다는 것이다.
나. 이와 같이 피고 위원회는 이 사건 신고 후 이 사건 징계요구와 참가인의 피고 위원회에 대한 신분보장조치 요구가 있었으므로 참가인이 이 사건 신고와 관련하여 이 사건 징계요구라는 불이익을 당한 것으로 추정된다고 보아, 참가인이 국민권익위원회법 제62조 제2항에서 정한 ‘불이익처분의 원상회복’으로 주장한 이 사건 징계요구의 취소를 이 사건 조치요구를 통하여 원고에게 요구하였다는 것이다. 그러나 기록에 의하면 원고의 참가인에 대한 이 사건 징계요구는 ‘참가인이 하남시 주민소환투표와 관련하여 방송 인터뷰를 통하여 선거관리위원회의 입장에 반하여 허위로 진술하고 그 인터뷰 내용이 뉴스에 보도되게 하였다’는 행위를 대상으로 한 것일 뿐이므로, 이 사건 징계요구가 이 사건 신고로 인한 것이 아님이 분명하고, 달리 이 사건 징계요구가 참가인의 이 사건 신고에 따른 것임을 인정할 아무런 자료가 없다.
따라서 국민권익위원회법 제63조에 따라 이 사건 신고 후 이 사건 징계요구와 참가인의 피고 위원회에 대한 신분보장조치 요구가 있어 참가인이 이 사건 신고와 관련하여 이 사건 징계요구라는 불이익을 당한 것으로 추정되었더라도, 이 사건 징계요구가 이 사건 신고로 인한 불이익이 아님이 분명하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 이상 그와 같은 추정은 번복되었다고 할 것이므로, 이 사건 징계요구가 이 사건 신고로 인한 불이익임을 전제로 피고 위원회가 이 사건 조치요구 중 ‘이 사건 징계요구를 취소할 것을 요구’한 부분은 위법하다.
다. 그리고 앞서 본 바와 같이 피고 위원회는 신고자가 신고를 한 이유로 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 당하였거나 당할 것으로 예상되는 때에도 조치요구를 할 수 있다. 그런데 이 사건 징계요구가 이 사건 신고로 인한 것이 아님은 위에서 본 바와 같고, 행정소송에서 특별한 사정이 있는 경우를 제외하면 당해 행정처분의 적법성은 행정청이 이를 주장·증명하여야 할 것임에도(대법원 2001. 1. 16. 선고 99두8107 판결 등 참조) 이 사건 조치요구 당시 참가인이 이 사건 신고를 한 이유로 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 당할 것으로 예상되었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 조치요구 중 ‘향후 신고로 인한 신분상 불이익처분 및 근무조건상의 차별을 하지 말 것을 요구’하는 부분 역시 그 요건을 갖추지 못한 것으로서 위법하다 할 것이다.
라. 원심의 이유 설시에 다소 부적절한 점이 없지 아니하나, 이 사건 조치요구가 위법하다는 원심의 판단은 결론적으로 정당하고, 거기에 피고와 참가인이 상고이유에서 주장하는 바와 같이 국민권익위원회법에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결 결과에 영향을 미친 위법은 없다.
3. 결론
그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자들인 피고와 참가인이 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.