[1] 아래에서 보는 바와 같은 자율형 사립고등학교(이하 ‘자사고’라 한다) 제도의 성격, 자사고 지정을 취소하는 과정에서 교육감의 재량을 절차적으로 통제할 필요가 있는 점, 구 초·중등교육법 시행령(2014. 12. 9. 대통령령 제25819호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조의3의 개정이유 등에 비추어 볼 때, 구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 제5항에서 말하는 교육부장관과의 사전 협의는 특별한 사정이 없는 한 교육부장관의 적법한 사전 동의를 의미한다.
① 구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 제5항에 따르면 교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부장관과 협의하여야 한다.
② 자사고는 헌법 제31조 제6항에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않는 학교이고, 자사고 제도의 운영은 국가의 교육정책과도 긴밀하게 관련되며, 자사고의 지정 및 취소는 해당 학교에 재학 중인 학생들과 그 학교에 입학하고자 하는 학생들에게 미치는 영향도 크다. 따라서 자사고의 지정 및 취소는 국가의 교육정책과 해당 지역의 실정 등을 고려하여 신중하게 이루어져야 할 필요가 있다.
③ 초·중등교육법 시행령 제91조의3은 2010. 6. 29. 신설 당시 제4항으로 ‘자사고는 5년 이내로 지정·운영하되, 시·도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 연장할 수 있다’고만 규정하였다가, 2011. 6. 7. 대통령령 제22955호로 개정되면서 제5항으로 ‘교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육과학기술부장관과 협의하여야 한다’고 규정하게 되었다. 이는 종전의 지정기간 연장에 행사되는 재량을 절차적으로 통제할 수 있는 장치를 마련함으로써 자사고를 보다 안정적으로 운영하게 하려는 취지에서 비롯된 것이다.


[2] 지방교육자치에 관한 법률 제3조, 지방자치법 제169조 제1항에 따르면, 시·도의 교육·학예에 관한 사무에 대한 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 교육부장관이 기간을 정하여 서면으로 시정할 것을 명하고, 그 기간에 이행하지 아니하면 이를 취소하거나 정지할 수 있다. 특히 교육·학예에 관한 사무 중 ‘자치사무’에 대한 명령이나 처분에 대하여는 법령 위반 사항이 있어야 한다. 여기서 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되는 경우란, ‘명령·처분이 현저히 부당하여 공익을 해하는 경우’, 즉 합목적성을 현저히 결하는 경우와 대비되는 개념으로서, 교육감의 사무 집행이 명시적인 법령의 규정을 구체적으로 위반한 경우뿐만 아니라 그러한 사무의 집행이 재량권을 일탈·남용하여 위법하게 되는 경우를 포함한다.
주문
원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 원고가 부담한다.

이유
1. 이 사건 직권취소처분의 경위
아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 19호증과 을 제8, 9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
가. 교육부는 자율형 사립고등학교(이하 ‘자사고’라 한다)의 운영 성과 등을 평가하는 데 필요한 기준안을 마련하기 위하여 정책연구와 각 교육청 및 전문가 의견 수렴 절차 등을 거쳐, 2014. 3.경 「자사고 평가지표 표준안 및 ’14년 운영성과 평가 안내」를 발표하였다.
나. 서울특별시교육청은 2014. 4. 위 표준안 및 평가안내를 토대로 「’14 자사고 운영성과 평가 기본계획(안)」을 마련하였는데, 그에 따르면 2010년부터 자사고로 운영된 14개 학교에 대하여 학교 자체평가 및 ‘자율학교등 지정·운영위원회’(이하 ‘위원회’라 한다) 평가를 실시하여 평가점수가 70점 미만인 경우에는 교육부장관과 협의하여 자사고 지정 취소 여부를 결정하도록 되어 있다.
다. 평가 대상이 된 14개 자사고는 위 평가 기본계획(안)에서 정한 평가지표에 따라 2014. 4.경부터 2014. 5.경까지 자체평가를 실시하였고, 위원회는 2014. 6.경 학교 자체평가에 따른 운영성과보고서를 토대로 서면평가, 현장평가, 만족도 조사 등을 실시하였는데, 위와 같은 자체평가 및 위원회 평가(이하 ‘종전 평가’라 한다) 결과 평가점수가 70점에 미달된 자사고는 없었다.
라. 위원회는 2014. 6. 27. 위원회 평가결과 심의안을 가결하고 평가결과를 그 당시 재직 중이던 교육감에게 보고하였으나, 2014. 6. 4. 치러진 제6회 전국동시지방선거에서 ‘자사고를 일반고등학교로 전환하겠다’는 등의 공약을 걸고 당선된 신임 교육감의 취임이 2014. 7. 1.로 예정됨에 따라 평가결과에 대한 교육감의 최종 결재는 이루어지지 않았다.
마. 서울특별시교육청은 신임 교육감이 취임하자 종전 평가지표에 자사고 지정취소 사유 관련 내용을 확대하고, 종전 평가기준의 공교육지표를 재검토하여 타당성과 공정성을 보완하기로 한 후, 2014. 8.경 종전 평가지표의 지표별 중요성을 재평가하여 배점을 조정하고 새로운 평가항목을 추가하는 등으로 새로운 평가지표를 마련한 다음, 종전 평가 당시 작성·제출된 학교별 운영성과보고서와 새로운 평가지표와 관련하여 추가로 제출된 자료 및 교육청이 이미 확보하고 있는 자료를 활용하여 다시 그에 따른 평가(이하 ‘수정 평가’라 한다)를 시행하였다.
바. 원고는 2014. 10. 31. 수정 평가결과에 따라서 70점 미만을 받은 6개 학교(경희고, 배재고, 세화고, 우신고, 이화금란고, 중앙고를 말함, 이하 통틀어 ‘이 사건 학교들’이라 한다)의 자사고 지정을 취소하는 처분(이하 ‘이 사건 지정취소처분’이라 한다)을 하였다.
사. 피고는 2014. 11. 3. 원고에게 ‘이 사건 지정취소처분이 행정절차법과 초·중등교육법 시행령을 위반하였고, 재량권을 일탈·남용하였다’는 이유로 이 사건 지정취소처분을 취소하라는 시정명령을 하였으나 원고가 이에 응하지 않자, 2014. 11. 18. 이 사건 지정취소처분을 직권으로 취소하는 처분(이하 ‘이 사건 직권취소처분’이라 한다)을 하였다.
2. 이 사건 직권취소처분의 위법 여부
가. 협의의무 위반 여부
(1) 원고는 구 초·중등교육법 시행령(2014. 12. 9. 대통령령 제25819호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 시행령’이라 한다) 제91조의3 제5항에서 정한 교육부장관과의 협의는 자사고 지정취소에 관하여 교육부장관의 자문이나 의견을 구하라는 의미일 뿐이므로 자사고 지정을 취소하기 위하여 반드시 교육부장관의 동의를 받아야 하는 것은 아니라고 주장한다.
(2) 아래에서 보는 바와 같은 자사고 제도의 성격, 자사고 지정을 취소하는 과정에서 교육감의 재량을 절차적으로 통제할 필요가 있는 점, 이 사건 시행령 제91조의3의 개정이유 등에 비추어 볼 때, 이 사건 시행령 제91조의3 제5항에서 말하는 교육부장관과의 사전 협의는 특별한 사정이 없는 한 교육부장관의 적법한 사전 동의를 의미한다. 따라서 원고가 피고의 사전 동의를 받지 아니하고 행한 이 사건 지정취소처분은 이 사건 시행령 제91조의3 제5항에 위반하여 위법하므로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
(가) 이 사건 시행령 제91조의3 제5항에 따르면 교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부장관과 협의하여야 한다.
(나) 자사고는 헌법 제31조 제6항에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않는 학교이고, 자사고 제도의 운영은 국가의 교육정책과도 긴밀하게 관련되며, 자사고의 지정 및 그 취소는 해당 학교에 재학 중인 학생들과 그 학교에 입학하고자 하는 학생들에게 미치는 영향도 크다. 따라서 자사고의 지정 및 취소는 국가의 교육정책과 해당 지역의 실정 등을 고려하여 신중하게 이루어져야 할 필요가 있다.
(다) 초·중등교육법 시행령 제91조의3은 2010. 6. 29. 신설 당시 제4항으로 ‘자사고는 5년 이내로 지정·운영하되, 시·도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 연장할 수 있다’고만 규정하였다가, 2011. 6. 7. 대통령령 제22955호로 개정되면서 제5항으로 ‘교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육과학기술부장관과 협의하여야 한다’고 규정하게 되었다. 이는 종전의 지정기간 연장에 행사되는 재량을 절차적으로 통제할 수 있는 장치를 마련함으로써 자사고를 보다 안정적으로 운영하게 하려는 취지에서 비롯된 것이다.
나. 이 사건 지정취소처분의 재량권 일탈·남용 여부
(1) 원고는, 이 사건 수정 평가는 종전 평가 당시 적용된 평가기준을 공정하게 수정하여 절차에 따라 투명하게 이루어졌으므로, 그 평가결과에 따라 이루어진 이 사건 지정취소처분에는 재량권을 일탈·남용하거나 행정절차법을 위반한 흠이 없고, 따라서 피고의 이 사건 직권취소처분은 위법하다고 주장한다.
(2) 지방교육자치에 관한 법률 제3조, 지방자치법 제169조 제1항에 따르면, 시·도의 교육·학예에 관한 사무에 대한 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 교육부장관이 기간을 정하여 서면으로 시정할 것을 명하고, 그 기간에 이행하지 아니하면 이를 취소하거나 정지할 수 있다. 특히 교육·학예에 관한 사무 중 ‘자치사무’에 대한 명령이나 처분에 대하여는 법령 위반 사항이 있어야 한다. 여기서 교육감의 명령이나 처분이 법령에 위반되는 경우라 함은, ‘명령·처분이 현저히 부당하여 공익을 해하는 경우’, 즉 합목적성을 현저히 결하는 경우와 대비되는 개념으로서, 교육감의 사무 집행이 명시적인 법령의 규정을 구체적으로 위반한 경우뿐만 아니라 그러한 사무의 집행이 재량권을 일탈·남용하여 위법하게 되는 경우를 포함한다(대법원 2007. 3. 22. 선고 2005추62 전원합의체 판결 참조).
(3) 이 사건 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고의 이 사건 지정취소처분에는 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
(가) 이 사건 학교들은 자사고 평가에 관한 서울특별시교육청의 「’14 자사고 운영성과 평가 기본계획(안)」을 믿고 그에 따라 평가를 준비하여 학교 운영성과보고서를 작성·제출하는 등 평가에 참여하였고, 그 기준에 따른 종전 평가에서 70점 이상으로 평가될 경우 자신들에 대한 자사고 지정이 취소되지 않을 것이라고 정당하게 신뢰하였다.
(나) 서울특별시교육청은 종전 평가결과에 대한 교육감 결재만 남은 상황에서 신임 교육감이 취임하자, ‘자사고가 지정목적에 맞게 교육과정 등을 운영하였는지 평가하여 내실 있는 학교운영을 유도하고, 지정 목적 달성이 곤란한 학교에 대해서는 지정을 취소함으로써 자사고의 책무성 제고’라는 종전 평가목적을 수정하여, ‘자사고 운영성과 등을 평가하여 지정 목적 달성이 불가능하다고 인정되는 학교에 대해 지정을 취소함으로써 일반고 전성시대를 위한 기반 확보’를 평가의 목적으로 삼은 다음, 그러한 목적 달성에 적합하도록 평가기준을 수정하고, 수정된 평가기준에 따라 다시 평가를 시행하였다.
(다) 수정된 평가기준은 100점 만점으로 예정된 종전 평가기준의 평가항목별 배점과 기본 점수를 낮추고, 새로 ‘교육의 공공성과 학교의 민주적 운영(배점 15점)’이라는 교육청 재량평가 항목을 추가함으로써 사실상 교육청의 재량평가가 자사고 지정취소에 커다란 영향을 끼칠 수밖에 없게 되었다.
(라) 새로운 교육제도는 충분한 검토와 의견수렴을 거쳐 신중하게 시행되어야 하고, 그러한 과정을 거쳐 시행되고 있는 교육제도를 다시 변경하는 것은 관련된 다수의 이해관계인들뿐만 아니라, 국가의 교육시책에 대한 일반 국민의 신뢰에도 큰 영향을 미칠 수 있는 만큼 더욱 조심스럽게 이루어져야 한다. 교육제도의 이러한 특수성에 비추어 볼 때, 이 사건 학교들로서는 ‘자사고 제도의 존치를 전제로 한 내실 있는 학교운영 유도’를 주된 목적으로 하였던 종전 평가기준이 ‘자사고 지정취소를 토대로 일반고 전성시대의 기반 확보’를 목적으로 하는 새로운 평가기준으로 변경될 것이라는 점을 쉽게 예측하기는 어려웠을 것이다. 종전 평가기준과 그에 따른 종전 평가에 대한 이 사건 학교들의 신뢰는 합리적이고 정당한 신뢰로서 공익과의 형량을 거쳐 보호될 수 있다.
(마) ‘공교육의 정상화와 자사고의 바람직한 운영’이라는 공익은 자사고 지정을 유지한 채로 그 운영방식을 개선하는 방법으로도 충분히 달성할 수 있다. 그런데도 원고는 이 사건 지정취소처분을 하였고, 이로 인하여 침해되는 이 사건 학교들의 사익, 즉 이 사건 학교들이 그 신뢰에 반하여 자사고를 더 이상 운영할 수 없게 되는 불이익은 이 사건 지정취소처분을 통하여 달성하려는 공익보다 결코 작다고 할 수 없다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 청구는 정당하지 아니하므로 기각하고, 소송비용은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.