[1] 구 법인세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항(이하 ‘법률조항’이라 한다)의 입법 취지와 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항, 제158조 제1항의 문언에 비추어 보면, 법률조항에서 정한 증빙미수취 가산세[법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 ‘대통령령으로 정하는 사업자’로부터 재화 또는 용역을 공급받고 구 법인세법 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 증명서류를 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액]가 ‘부가가치세법 또는 소득세법에 따른 사업자등록’을 한 사업자에게서 재화 또는 용역을 공급받을 것을 부과요건으로 한다고 해석할 수 없다.


[2] 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 사건에서 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 가. 구 법인세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제5항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)은 “납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 ‘대통령령으로 정하는 사업자’로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세(이하 ‘증빙미수취 가산세’라 한다)로서 징수하여야 한다.”고 규정하고 있다. 이는 법인세법이 정한 증명서류를 수취하지 아니한 경우에는, 비록 기타의 서류에 의해 비용지출이 인정되어 손금산입이 허용되더라도, 일정 비율로 별도의 증빙미수취 가산세를 부과한다는 취지이다.
그리고 이 사건 법률조항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항, 제158조 제1항은 이 사건 법률조항에서 정한 ‘대통령령으로 정하는 사업자’를 ‘비영리법인 등을 제외한 법인’, ‘간이과세자 등을 제외한 부가가치세법 제2조의 규정에 의한 사업자’, ‘소득세법 제28조의 규정에 의한 사업자 등’을 말한다고 규정하고 있을 뿐, 부가가치세법 또는 소득세법에 따른 사업자등록을 한 사업자로 한정하고 있지 아니하며, 당시 시행 중인 부가가치세법 제2조 및 소득세법 제28조의 규정 역시 마찬가지이다.
이와 같은 이 사건 법률조항의 입법 취지와 관련 조항의 문언에 비추어 보면, 이 사건 법률조항에서 정한 증빙미수취 가산세가 ‘부가가치세법 또는 소득세법에 따른 사업자등록’을 한 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받을 것을 그 부과요건으로 한다고 해석할 수 없다.
나. 한편 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 등 참조).
2. 원심판결 이유 및 적법하게 채택한 증거들에 의하면, ① 원고는 철강산업의 주요 원자재인 철스크랩을 수집·가공하여 철근 제품 등의 제조회사에 다량으로 납품하는 도매업체로서, 2009년부터 2011년 사이에 거래업체들로부터 총 174회에 걸쳐 공급가액 합계 23억 원을 넘는 철스크랩을 공급받아 현대제철 주식회사에 납품한 사실, ② 위 각 거래의 대부분은 거래업체들로 하여금 자체적으로 철스크랩 가공·선별작업을 하여 현대제철 주식회사에 직접 납품하도록 하고, 원고는 현대제철 주식회사에서 발행하는 입고목록 및 입고계량표에 근거하여 물량을 관리하고 대금을 지급하는 이른바 직납거래의 방식으로 이루어진 사실, ③ 진성철강 등 원심판시 매입처(이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)들이 먼저 원고와의 거래를 희망하여 이 사건 거래에 이르게 되었고 단기간 내에 수십 회에 걸쳐 거래가 이루어졌는데, 이 사건 매입처들은 이른바 자료상에 불과하고 실제로 철스크랩을 공급한 거래업체(이하 ‘이 사건 실거래업체’라 한다)별 거래내역이나 그 규모를 구체적으로 특정할 자료는 없는 사실, ④ 그런데 원고는 이 사건 매입처들로부터 매입세금계산서 30장을 받은 후 이를 근거로 이 사건 매입처들로부터 철스크랩을 공급받은 것으로 하여 그 매입액을 손금에 산입하여 각 사업연도 법인세를 신고한 사실 등을 알 수 있다. 그리고 위와 같은 이 사건 철스크랩의 거래 구조, 그 거래 구조에서의 원고의 위치, 거래 횟수 및 규모 등을 종합하여 보면, 경험칙상 이 사건 실거래업체들은 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적으로 반복적인 의사로 재화와 용역을 공급하는 자로 추정된다고 할 수 있다.
이러한 사실관계와 사정 등을 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 달리 이 사건 실거래업체들이 이 사건 법률조항에서 정한 ‘대통령령으로 정하는 사업자’에 해당하지 아니한다고 볼 수 있는 특별한 사정에 관한 증명이 없다면, 위 철스크랩 거래에 대하여 증빙미수취 가산세를 부과한 이 사건 처분이 과세요건을 충족하지 못하여 위법하다고 단정할 수 없다.
3. 그럼에도 이와 달리 원심은, ‘부가가치세법 또는 소득세법에 따른 사업자등록’을 하지 아니한 사업자는 이 사건 법률조항에서 정한 ‘대통령령으로 정하는 사업자’에 해당하지 아니한다는 잘못된 전제에서, 이 사건 실거래업체가 특정되지 아니하여 ‘부가가치세법 또는 소득세법에 따른 사업자등록’을 한 사업자임이 증명되었다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다.
따라서 이러한 원심의 판단에는 이 사건 법률조항에서 증빙미수취 가산세의 과세요건으로 정한 ‘대통령령으로 정하는 사업자’의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장 부분은 이유 있다.
4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하며, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.