양도가액은 실지거래가액인 경락가액으로 취득가액은 실지거래가액이 불분명하다하여 기준시가로 하여 양도차익을 산정한 이건 과세처분은 위법하나 부동산의 양도당시의 기준시가가 그 실지거래가액인 경락가액보다 높은 이상 위 경락가액을 기초로 양도차익을 산정한 피고의 이건 과세처분은 기준시가에 의한 것보다 원고에게 유리한 것이 되어 결과적으로 원고가 다툴만한 위법사유가 없는 것이다.
주문
원고의 1978년 사업년도 법인세 돈 11,200,683원, 방위세 돈 1,835,548원의 부과처분취소를 구하는 부분의 소를 각하한다.
피고가 1981. 11. 17. 원고에 대하여 한, 1978년 사업년도 법인세 돈 30,101,915원, 방위세 돈 4,944,709원중 법인세 돈 12,228,425원, 방위세 돈 2,084,952원을 초과하는 부분의 과세처분은 이를 취소한다.
원고의 나머지 청구를 기각한다.
소송비용은 4분하여 그 1을 피고의, 나머지를 원고의 각 부담으로 한다.

이유
1. 과세처분의 경위
성립에 다툼이 없는 을 제1호증의 1 내지 을 제16호증의 11 기재에 의하면, 원고는 부동산임대 등을 사업목적으로 하여 설립된 회사로서, 피고는 원고가 1978년 사업년도에 별지 제1목록기재와 같이 그 소유부동산을 양도하여 양도차익이 발생하였고, 그외에 그 소유부동산을 타에 임대하고 임대보증금을 받아, 그 월평균 잔액이 돈 21,845,000원이 되었음에도, 위 양도에 관한 특별부가세와 위 양도차익 및 임대보증금 수입에 대한 법인세를 신고, 납부하지 아니하고, 이에 관한 아무런 기장이나 증빙서류도 갖추지 아니하였다 하여, 위 부동산양도에 관하여는, 법인세법 제59조의2, 제59조의4, 제59조의5에 의하여, 각 기준시가로 계산한, 양도가액 동 15,389,900원에 취득가액 돈 2,885,500원을 차감한 양도차익 돈 12,504,400원에다 양도소득 특별공제액 돈 1,529,009원 및 자본적 지출액 돈 115,420원을 차감하여, 돈 10,859,971원의 특별부가세 과세표준을 산출하고, 그 소정세율 25/100을 곱하여, 산출세액 돈 2,714,992원을 계산한 뒤, 여기에 무신고, 무납부가산세 돈 1,085,996원을 합하여, 특별부가세 돈 3,800,988원을 법인세로서 부과하고, 한편 위 양도차익 돈 12,504,400원 및 임대보증금 수입 돈 21,845,000원은 당해 사업년도 원고의 익금으로 가산하되, 위 임대보증금은 그 소득액을 같은법 제9조 제1항, 같은법시행령 제12조 제1항 제1호 단서 및 같은법 제32조 제3항, 같은법시행령 제93조 제2항에 의하여 위 돈 21,845,000원에 정기예금 이자율인 18.6%를 곱하고, 여기에 다시 업종별 소득표준율인 45%를 곱한 돈 1,828,826원으로 추계하여, 위 양도차익 및 임대소득 합계 돈 14,332,826원을 법인세 과세표준으로 하고, 그 소정세율을 곱하여 산출세액 돈 4,933,130원을 계산한 뒤, 여기에 무신고, 미납부, 공고불이행 가산세 합계 돈 2,466,565원을 합하여 법인세 돈 7,399,695원을 산출하고, 위 세액에 위 특별부가세 돈 3,800,988원을 합하여 법인세로서 돈 11,200,683원을 결정하였고, 아울러 방위세법 제4조, 제9조에 의하여, 위 특별부가세 산출세액 돈 3,800,988원과 법인세 산출세액 돈 7,399,695원에 대한 방위세 돈 1,529,624원, 가산세 돈 305,924원, 합계 돈 1,835,548원을 결정하여, 1981. 11. 17. 이를 원고에게 부과, 고지하였고, 또 피고는 원고가 1979년 사업년도에 별지 제2목록 기재와 같이 그 소유부동산을 양도하여 양도차익이 발생하였고 그외에 그 소유부동산을 타에 임대하고, 위 사업년도에 합계 돈 2,391,030원의 임대료를 받았음에도, 위 양도에 관한 특별부가세와 위 양도차익 및 임대료 수입에 대한 법인세를 신고, 납부하지 아니하고, 이에 관한 아무런 기장이나 증빙서류도 갖추지 아니하였다 하여, 위 부동산양도에 관하여는 법인세법 제59조의2 제3항에 의하여 양도가액은 실지거래가액인 경락가액 돈 46,401,000원으로, 취득가액은 기준시가인 돈 13,561,500원으로 하여, 그 양도차익을 돈 32,839,500원으로 계산하고, 여기에서 취득세, 등록세 및 자본적 지출액 합계 돈 738,503원을 차감하여 특별부가세 과세표준 돈 32,100,997원을 산출한 뒤, 그 과세표준에 같은법 제59조의4에 의한 소정세율 25/100를 곱하여 산출세액 돈 8,025,249원을 계산하고, 여기에 다시 같은법 제59조의5에 의한 무신고, 무납부가산세 돈 3,210,098원을 합하여 특별부가세 돈 11,235,347원을 법인세로서 부과하고, 한편 위 양도차익 돈 32,839,500원에 재산세 및 경락비용 돈 471,180원을 공제한 양도소득 돈 32,368,320원 및 위 임대수익 돈 2,391,030원은 당해 사업년도 원고의 익금으로 가산하되, 위 임대수입은 같은법 제32조 제3항, 같은법시행령 제93조 제2항에 의하여 위 돈 2,391,030원에 업종별 소득표준율 45%를 곱한 돈 1,075,963원을 그 소득으로 보아, 위 양도소득 및 임대소득을 합한 돈 33,444,283원을 법인세과세표준으로 하고, 같은법 제22조에 의한 소정세율을 곱하여 산출세액 돈 12,577,713원을 계산한 뒤, 여기에 무신고, 무납부, 공고불이행가산세 돈 6,288,855원을 합하여 법인세 돈 18,866,568원을 산출하고, 위 세액에 위 특별부가세 돈 11,235,347원을 합하여 법인세로서 돈 30,101,915원을 결정하였고, 아울러 방위세법 제4조, 제9조에 의하여 위 특별부가세 산출세액 돈 8,025,249원과 법인세 산출세액 돈 12,577,713원에 대한 방위세 돈 4,120,591원, 가산세 돈 824,118원, 합계 돈 4,944,709원을 결정하여, 1981. 11. 17. 원고에게 이를 부과, 고지한 사실을 인정할 수 있고 반증없다.
2. 당사자의 주장
원고 소송대리인은, (1) 피고의 이건 1978년 사업년도 및 1979년 사업년도의 각 과세처분에 있어서, 피고는 위 각 부동산의 양도차익을 특별부가세로서 과세하고 있으나, 법인세법 제1조 제1항 단서에 의하면, 특별부가세는 비영리 내국법인에게만 부과되는 것이고, 원고와 같은 영리법인에게는 부과되지 않는 것이므로, 이건 각 법인세 및 방위세액중 특별부가세에 해당하는 부분은 위법하고, (2) 그렇지 않더라도 피고는 위 양도차익을 특별부가세의 과세표준으로 하여 세액을 산출하는 한편, 다시 이를 법인세의 과세표준(법인소득)으로 하여 세액을 산출하여 그 합계액을 법인세로서 부과하고 있는바, 이는 동일한 소득에 대한 2중과세로서 위법한 것이고, (3) 피고의 1978년 사업년도의 과세처분에 있어서, 피고는 기준시가에 의한 양도가액에서 취득가액만을 차감하여 그 양도차익을 계산하였으나, 원고는 위 부동산을 취득한 후, 합계 돈 13,660,000원을 투입하여 이를 매립함으로써, 종래 2 내지 35등급이던 토지를 60등급의 토지로 조성하였는바, 위 매립비용은 필요경비로서 위 양도차익에서 공제하여야 할 것인데도, 피고는 이를 공제하지 아니하였으니, 이건 과세처분은 위법하고, (4) 피고의 1979년 사업년도의 과세처분에 있어서, 피고는 위 부동산의 양도가액은 경락가액으로, 취득가액은 기준시가로 하여 양도차익을 계산함으로써 그 계산방법이 위법할 뿐만 아니라, 원고는 소외 1이 위 부동산을 담보로 은행에서 돈 80,000,000원을 대출받아 그중 돈 40,000,000원은 원고에게 이자없이 빌려주겠다고 원고를 기망함으로써, 이에 속아 1978. 3. 25. 위 부동산에 관하여 채무자를 위 소외 1, 채권자를 소외 주식회사 부산은행, 채권최고액은 돈 120,000,000원으로 하는 근저당권설정등기를 경로하였으나, 위 소외인은 대출받은 돈을 혼자서 사용하고, 원고에게는 한푼도 빌려주지 않았을 뿐더러, 위 대출받은 돈을 기간내 상환하지 못하여, 근저당권자인 위 부산은행이 경매실행을 함으로써 위 부동산은 1979. 6. 29. 소외 2에게 경락되었는데, 그 경락대금은 모두 위 부산은행이 대출원리금으로서 교부받아 갔고, 원고에게는 한푼도 교부되지 않아, 원고로서는 이건 부동산의 양도로 인하여 아무런 수입을 얻은바가 없을 뿐만 아니라, 소외 1은 무자력으로서 그에 대한 구상권채권도 실현될 수 없는 사정에 있음에도 불구하고, 피고는 원고에게 위 양도차익에 해당하는 소득이 있는 것으로 보아 이건 과세처분을 하였으니, 이는 위법하다고 주장하고, 피고는 이를 다투면서, 본안전항변으로 1978년 사업년도의 과세처분에 대한 소는, 원고가 소정의 모든 전치절차를 경우하지 아니하여 부적법하므로 각하되어야 한다고 주장한다.
3. 당원의 판단
(가) 먼저 1978년 사업년도의 과세처분에 관한 이건 소외 적법여부를 보건대, 성립에 다툼이 없는 갑 제15호증의 1 내지 갑 제17호증의 2의 각 기재에 의하면 원고는 1981. 11. 17.에 1978년 및 1979년 사업년도의 각 법인세 및 방위세의 부과처분을 고지받고, 같은해 11. 30. 위 2개의 과세처분에 대한 이의신청을 하였고, 1982. 1. 7.에 위 이의신청을 기각한다는 내용의 같은해 1. 4.자 상주세무서장의 이의결정서를 송달받고, 같은해 3. 5. 다시 이에 대하여 심사청구를 하였고, 같은해 4. 19. 위 심사청구를 기각한다는 내용의 같은해 4. 16.자 국세청장의 심사결정서를 송달받고, 같은해 6. 14. 심판청구를 하였는데, 위 심판청구에 있어서는 1979년 사업년도의 과세처분에 대하여만 불복하고, 1978년 사업년도의 과세처분에는 불복하지 아니하였고, 따라서 국제심판소에서도 1979년 사업년도의 과세처분에 대하여만 판단한 뒤, 같은해 9. 13. 심판청구를 기각하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있고 반증없는바, 이에 의하면, 원고는 1978년 사업년도의 과세처분에 과한 소는, 국세기본법 제56조가 정한 전치절차인 심판청구와 그 결정을 거치지 아니한 것으로서 부적법하다 할 것이므로, 본안에 나아가 판단할 필요없이 각하를 면할 수 없다 할 것이다.
(나) 다음, 1979년 사업년도의 과세처분에 관한 원고 소송대리인의 주장을 판단하건대, 먼저 위 (1) 주장은, 법인세법 제1조 제5항에 의하면, 제1항 내지 제3항에 규정하는 법인이 제59조의2(특별부가세 과세표준)의 규정에 의한 토지등 양도차익이 있을 때에는 이 법에 의한 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다고 규정되어 있고, 특별부가세의 과세대상 법인으로서, 제1항 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인을 규정하고 있는바, 원고가 제1항의 법인에 해당함은 분명하고, 제1항의 법인은 비영리내국법인만을 의미한다고 볼 아무런 근거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유없고, 위 (2)주장에 있어서, 법인이 소유하고 있는 토지 등을 양도하는 경우에 양도가액에서 취득가액을 공제한 고정자산적 처분이익에 대하여는 법인세를 부과하고, 또 다시 그 양도차익에 대하여 특별부과세를 2중으로 부과하고 있음은 원고주장과 같으나, 이는 그와 같이 함으로써 부동산투기를 억제하여 기업의 건전한 발전을 도모케 하려는 취지에서, 법인세법 제59조의2가 특별부가세를 별도로 규정하고 있기 때문이므로, 이에 근거한 이건 과세처분을 위법하다고 할 수 없고, 위 (3)주장은 1978년 사업년도의 과세처분에 관한 것으로서 이건 과세처분과는 관련이 없는 부분이며, 마지막으로 위 (4)주장을 보건대, 우선 특별부가세에 있어서, 특별부가세의 과세대상이 되는 토지 등의 양도는, 토지 등이 유상으로 이전되는 것으로서, 이전의 유상성이 인정되면, 그 소득이 누구에게 처분되었는가를 가리지 않고 있음이 법인세법 제59조의2 제2항에 의하여 분명하므로, 이건 양도대금(경락대금)을 원고가 수령하지 못하고, 소외 주식회사 부산은행이 배당받아 갔다하여도 특별부가세가 부과됨에는 아무런 장애가 될 수 없는 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유없고, 다만 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서는 이건 부동산의 양도(경락)당시 시행되던 법인세법(1980. 12. 13. 개정전) 제59조의2, 제3항에 의하면, 특별부가세의 과세표준인 양도차익은, 양도가액에서 취득가액과 대통령령이 정하는 비용을 공제한 금액으로 하되, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 본다고 규정하고 있는데, 이 규정은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라, 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하라는 취지로 풀이하여야 할 것인바( 대법원 1983. 4. 26. 선고, 82누557 판결 참조) 이 건에 있어서 피고는 양도가액은 실지거래가액인 경락가액으로, 취득가액은 실지거래가액이 불분명하다 하여 기준시가로 하여 양도차익을 산정하였으니, 이 점에서 이건 특별부가세의 과세처분은 위법하다고 할 것이나, 한편 성립에 다툼이 없는 을 제18호증 내지 제24호증의 각 기재에 의하면, 이건 부동산의 양도당시 기준시가는 합계 돈 72,951,780원로서, 그 실지거래가액인 경락가액돈 46,401,000원보다 높은 사실을 인정할 수 있고, 반증없으므로, 위 경락가액을 기초로 양도차익을 산정한 피고의 이건 과세처분은 기준시가에 의한 그것보다 원고에게 유리한 것이 되어 결과적으로 이건 과세처분은 원고가 다툴만한 위법사유가 없는 것에 돌아가므로, 원고의 이 부분 주장도 이유없으며, 다음 법인세에 있어서, 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증의 기재 및 증인 채주엽의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 그 주장과 같이 소외 1에 기망당하여, 위 부동산에 관하여 위 소외 주식회사 부산은행명의의 근저당권설정등기를 경료하였다가, 소외 은행의 경매실행으로 위 부동산이 경락되었는데, 그 경락대금은 모두 위 소외 은행의 채권변제에 충당되고, 원고에게는 한푼도 교부되지 않았으며, 소외 1은 현재 아무런 재산도 없을 뿐만 아니라 위 사기사건으로 1979. 11.경 구속되어 1980. 2. 13. 징역 2년의 실형을 선고받은 사실은 인정할 수 있고 반증없는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 이건 부동산의 경락으로 소외 은행에 대한 물상보증채무를 면하게 되어, 그 한도에서 익금이 발생하였다 할 것이기는 하나, 다른 한편 위 물상보증채무는 원고가 소외 1의 사기로 인하여 아무런 대가를 받음이 없이 부담하게 된 것으로서 결국 이건 경락으로 원고가 얻은 것은 소외 1에 대한 구상금채권 밖에 없는데, 그 또한 소외 1에게 아무런 재산이 없어서 회수불능의 상태여서 실질적으로는 위 경락대금 상당의 손해를 입게 되었음을 알 수 있고, 이와 같은 금액은 법인세법시행령 제12조 제2항 제8호, 제15호, 제21조에 의하여 손금에 산입하여야 할 것이므로, 이를 위 익금가산한 양도차익과 상계하면, 결국 당해년도 원고에게 귀속될 양도차익 상당의 소득은 없는 것이 되므로, 그 소득이 있음은 전제로 한 이건 79년분 법인세과세처분중 위 부분에 대한 과세부분은 위법하다고 할 것이다.
그러므로 위 양도차익 상당의 법인소득을 제외한 앞서 본 임대료소득 돈 1,075,963원 및 고정자산처분 익금 돈 2,130,882원등 합계 돈 3,206,845원,(이 부분은 원고가 다투지 아니한다)에 대한 법인세액을 산출하면, 이는 별지 제3목록 세액계산서기재와 같이 돈 993,078원이 되므로, 1979년도 법인세는 위 세액에 앞서 본 특별부가세 돈 11,235,347원을 합한 돈 12,228,425원이 되고, 이에 대한 방위세는 같은 계산서 기재와 같이 돈 2,084,952원이 됨이 계산상 명백하다.
4. 결 론
그렇다면, 이건 1979년 사업년도 법인세 돈 30,101,915원, 방위세 돈 4,944,709원의 과세처분중 위 인정의 법인세 돈 12,228,425원, 방위세 돈 2,084,952원을 초과하는 부분은 위법하여 취소하여야 할 것인바, 원고의 이건 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 인용하고, 그 나머지는 이유없어 기각하며, 원고의 1978년 사업년도의 법인세 및 방위세의 부과처분취소를 구하는 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제14조, 민사소송법 제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.