구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제69조 제2항에서 규정하고 있는 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 감면 규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것이고, 이에 비하여 같은 법 제28조의2와 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제24조의3 제1항의 각 외국납부세액공제규정은 내국법인이 국외원천소득으로서 이미 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 손금산입 또는 세액공제의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것인바, 이와 같은 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정과 외국납부세액공제 규정은 그 각각의 입법 취지와 내용이 서로 다른 것으로서 외국납부세액공제 규정은 국외원천소득이 있어 외국에서 세액을 납부하였거나 납부할 모든 내국법인에 적용되는 규정이고, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정은 내국법인 중 외자를 조달하는 법인에게만 그 자금조달 촉진을 위한 정책적 필요에서 마련된 규정인 점, 만일 외화표시채권의 이자에 대한 법인세감면 규정을 받는 경우에 외국납부세액의 공제를 인정하지 아니한다면 구 조세감면규제법 제88조 제1항의 규정에 의하여 계산된 세액(과세표준의 12/100)과 중복되는 범위 내에서는 국가간의 이중과세의 결과로 되어 외국납부세액의 공제를 규정한 취지에 반하는 점 등에 비추어 보면, 법에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우에는 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면되는 경우에 그 이자에 대한 외국납부세액 공제 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없고, 위 각 규정의 입법 취지가 위와 같이 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생긴 이후 다시 외국납부세액을 공제받아 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 볼 수 없다.
주문
1. 피고가 1998. 3. 16. 원고에 대하여 한 법인세 6,461,460원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
1.처분의 경위
갑 제1, 3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.
가.원고는 금융업을 영위하는 법인으로서 1992 사업연도 법인세를 신고함에 있어서 원고의 미국, 영국, 일본 등 국외지점이 지급받은 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자 합계 381,107,081원에 대하여 구 조세감면규제법(이하 조감법이라고 한다) 제69조 제2항 제1호(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 소정의 법인세 면제 규정을 적용하고, 위 외화표시채권에 대한 이자수입 381,107,081원에 대한 외국납부세액 10,453,125원을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하여 이에 따라 계산된 법인세액을 신고·납부하였다.
나.피고는, 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 외화표시채권의 국외지점 이자소득에 대한 외국납부세액은 같은법 제28조의2에 의하여 손금에 산입될 수 없음을 이유로, 위 10,453,125원에 대한 손금산입을 부인하여 이에 따라 과세표준과 총결정세액을 경정한 다음 1998. 3. 16. 원고의 1992 사업연도 법인세로서 원고가 자진납부한 세액을 공제한 금6,461,460원을 부과·고지하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.
2.처분의 적법 여부
가.당사자의 주장
⑴원고가 이 사건 청구원인사실로서 주장하는 바는 다음과 같다.① 조감법 제69조 제2항에 의한 법인세의 감면 규정은 조세정책상 외화자금 조달의 원활한 지원을 위한 것이고, 같은법 제28조의2 또는 법인세법 제24조의3 제1항(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)에 의한 외국납부세액 공제 규정은 국가간의 이중과세를 조정하기 위한 규정으로서 그 입법취지가 서로 다르고, 위 법인세 감면규정을 적용받는 경우 그 외국납부세액의 공제를 배제하는 규정이 없음에도 불구하고 위 법인세 감면규정이 적용되어 이중과세의 문제가 발생하지 아니한다는 이유만으로 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 위법하다.② 원고는 1998년까지 외화표시채권의 이자소득에 대하여 외국납부세액을 공제받아 왔는데, 피고가 1998년에서야 뒤늦게 그 동안의 비과세관행을 무시하고 소급하여 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 조세법률주의의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반된다.
⑵이에 대하여 피고는, 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 감면은 받는 경우 그로 인하여 이중과세의 문제는 발생할 여지가 없으므로, 이중과세의 방지를 위한 외국납부세액 공제 규정을 적용하는 것은 동일한 소득에 대하여 중복된 공제를 허용하는 것으로서 불합리하고, 피고가 그 동안 위와 같은 경우에 관하여 공적인 견해를 표명한 적이 없어 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 그러한 경우의 세액산정에 관한 업무지침인 재정경제원 예규에 의하여 이 사건 처분을 한 것이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.
나.판 단
⑴ 조감법 제69조 제2항은 “다음 각호의 소득을 지급받는 자에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다”고 규정하면서, 그 제1호에서 “국가·지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료”를 들고 있다.
그리고 같은법 제28조의2는 “내국인은 소득세법 제48조 제1호 또는 법인세법 제16조 제3호의 규정에 불구하고 소득세법 제76조 제1항의 규정에 의한 외국소득세액 전액 또는 법인세법 제24조의3 제1항의 규정에 의한 외국법인세액 전액을 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 소득세법 제76조 또는 법인세법 제24조의3의 규정에 의한 세액공제는 적용하지 아니한다”(손금산입방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다.
한편 법인세법 제24조의3 제1항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 “내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제한다”(세액공제방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다(위 조감법상의 ‘손금산입방식의 외국납부세액 공제 규정’은 1994. 12. 22. 법인세법 및 조세감면규제법의 개정으로 인하여 기존 법인세법상의 ‘세액공제방식의 외국납부세액 공제 규정’과 함께 법인세법 제24조의3 제1항에서 규정하게 되었다).
⑵ 조감법 제69조 제2항에서 규정하고 있는 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 감면규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것이다.이에 비하여 법인세법상의 외국납부세액공제규정은 내국법인이 국외원천소득으로서 이미 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 손금산입 또는 세액공제의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것이다.
이와 같은 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정과 외국납부세액 공제 규정은 그 각각의 입법취지와 내용이 서로 다른 것으로서 외국납부세액 공제 규정은 국외원천소득이 있어 외국에서 세액을 납부하였거나 납부할 모든 내국법인에 적용되는 규정이고, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정은 내국법인 중 외자를 조달하는 법인에게만 그 자금조달 촉진을 위한 정책적 필요에서 마련된 규정인 점, 만일 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면규정을 받는 경우에 외국납부세액의 공제를 인정하지 아니한다면 조감법 제88조 제1항의 규정에 의하여 계산된 세액(과세표준의 12/100)과 중복되는 범위 내에서는 국가간의 이중과세의 결과로 되어 외국납부세액의 공제를 규정한 취지에 반하는 점 등에 비추어 보면, 법에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우에는 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면되는 경우에 그 이자에 대한 외국납부세액 공제 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없고, 위 각 규정의 입법취지가 위와 같이 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생긴 이후 다시 외국납부세액을 공제받아 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 볼 수 없다 할 것이다.
따라서 원고가 외화표시채권의 이자수입에 대하여 조감법상 법인세의 감면을 받았음을 이유로 외국납부세액의 손금산입을 부인하여 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여는 살펴 볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.
3.결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.