[1] 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제4조 제3항은 전단에서 과세대상인 양도를 정의하는 한편, 후단에서 "이 경우 부담부증여(상속세법 제29조의4 제2항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다."고 규정하고 있는바, 이 규정 중 괄호 부분은 배우자 또는 직계 존비속 간의 부담부증여로서 구 상속세법(1993. 12. 31. 법률 제4662호로 개정되기 전의 것) 제29조의4 제2항 본문에 해당하는 경우에는 증여세 과세가액에서 당해 채무액이 공제되지 아니하여 이 부분에 대하여도 증여세가 부과될 것이므로 양도소득세 과세대상에서 제외한다는 당연한 법리를 명시한 것이고, 따라서 이에 해당하지 않는 부담부증여에서는 증여가액 중 수증자의 인수채무액에 상당하는 부분은 원칙적으로 양도소득세의 과세대상이 되는 것이므로, 공익사업 등에 자산과 채무를 함께 출연하여 구 상속세법 제8조의2 제1항 본문 제1호에 해당하는 경우에 비록 구 상속세법은 그 출연재산을 증여세 과세가액의 범위에서 제외하고 있지만, 그 출연의 기회에 출연자의 채무를 출연받은 자에게 인수시켰다면 출연자는 이로써 채무를 면하는 이익을 얻게 되는 것이므로, 이를 양도소득세 과세대상에서 제외할 이유가 없어 그 출연으로 인한 인수채무액 상당은 유상양도로서 양도소득세 과세대상이 됨이 마땅하고, 이를 양도소득이 전혀 없는 거래에 대한 과세로서 헌법상 보장되는 재산권을 침해하는 것이라고 할 수 없다.


[2] 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제45조의2는 "법 제4조 제3항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산하는 경우에 취득가액 및 양도가액은 법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다."고 규정하고 있는바, 이는 부담부증여의 경우 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분을 자산의 유상양도로 보는 구 소득세법 제4조 제3항 후단의 취지에 맞게 합리적으로 해석한 것으로서 상위법령에 위배된다고 할 수 없고, 부담부증여 재산에 양도소득세 과세대상인 자산과 과세대상이 아닌 자산이 함께 포함되어 있는 경우에는 과세대상 자산과 과세대상이 아닌 자산의 가액에 따라 각기 안분하여 과세대상 자산에 상응하는 채무액을 그 규정에 따른 양도가액과 취득가액 산정의 기초가 되는 채무액으로 봄이 상당하므로, 같은 취지의 구 소득세법기본통칙(1997. 4. 8. 전문 개정되기 전의 것) 1-113…4(부담부증여에 따른 간주양도)는 법률의 위임에 기초한 것은 아니지만 위와 같은 조세법률에 대한 합리적인 해석의 결과를 규정한 것으로서 타당하다.


[3] 양도가액과 취득가액 산정의 기초가 되는 인수채무액을 산정하기 위하여서는 양도소득세 과세대상 자산의 범위 및 가액의 결정은 양도소득세 과세대상이 아닌 자산과의 관계에서 양자에 동일한 기준을 적용할 수 있는 합리적인 방법에 의하여야 할 것인바, 건물 부속설비는 건물의 일부를 이루는 것이고, 건설가계정은 신축중이던 건물의 가액 상당으로 그 공정이 사회관념상 건물이라고 볼 수 있는 단계에 미치지 못하여 토지의 일부를 이루는 것이므로, 모두 양도소득세 과세대상 자산가액에 포함되고 양도소득세 과세대상이 아닌 자산의 경우와 같은 기준을 적용하여 그 가액을 평가할 수 있다.
주문
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고들의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 본다.
1. 제1, 2, 4, 5점에 대하여
구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제3항은 전단에서 과세대상인 양도를 정의하는 한편, 후단에서 "이 경우 부담부증여(상속세법 제29조의4 제2항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다."고 규정하고 있는바, 이 규정 중 괄호 부분은 배우자 또는 직계 존비속 간의 부담부증여로서 구 상속세법(1993. 12. 31. 법률 제4662호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조의4 제2항 본문에 해당하는 경우에는 증여세 과세가액에서 당해 채무액이 공제되지 아니하여 이 부분에 대하여도 증여세가 부과될 것이므로 양도소득세 과세대상에서 제외한다는 당연한 법리를 명시한 것이고, 따라서 이에 해당하지 않는 부담부증여에서는 증여가액 중 수증자의 인수채무액에 상당하는 부분은 원칙적으로 양도소득세의 과세대상이 되는 것이다. 따라서 공익사업 등에 자산과 채무를 함께 출연하여 구 상속세법 제8조의2 제1항 본문 제1호에 해당하는 경우에 비록 구 상속세법은 그 출연재산을 증여세 과세가액의 범위에서 제외하고 있지만, 그 출연의 기회에 출연자의 채무를 출연받은 자에게 인수시켰다면 출연자는 이로써 채무를 면하는 이익을 얻게 되는 것이므로, 이를 양도소득세 과세대상에서 제외할 이유가 없어 그 출연으로 인한 인수채무액 상당은 유상양도로서 양도소득세 과세대상이 됨이 마땅하고, 이를 양도소득이 전혀 없는 거래에 대한 과세로서 헌법상 보장되는 재산권을 침해하는 것이라고 할 수 없다.
그리고 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2는 "법 제4조 제3항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산하는 경우에 취득가액 및 양도가액은 법 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다."고 규정하고 있는바, 이는 부담부증여의 경우 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분을 자산의 유상양도로 보는 구 소득세법 제4조 제3항 후단의 취지에 맞게 합리적으로 해석한 것으로서 상위법령에 위배된다고 할 수 없고, 부담부증여 재산에 양도소득세 과세대상인 자산과 과세대상이 아닌 자산이 함께 포함되어 있는 경우에는 과세대상 자산과 과세대상이 아닌 자산의 가액에 따라 각기 안분하여 과세대상 자산에 상응하는 채무액을 그 규정에 따른 양도가액과 취득가액 산정의 기초가 되는 채무액으로 봄이 상당하므로, 같은 취지의 구 소득세법기본통칙(1997. 4. 8. 전문 개정되기 전의 것) 1-113…4(부담부증여에 따른 간주양도)는 법률의 위임에 기초한 것은 아니지만 위와 같은 조세법률에 대한 합리적인 해석의 결과를 규정한 것으로서 타당하다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고들은 종래 봉생병원을 공동으로 경영하다가, 1993. 7. 29. 의료법인 정화의료재단을 설립하고, 1993. 8. 30.경 원고들 소유이던 이 사건 부동산을 포함한 병원 경영에 제공된 9,799,491,948원 상당의 각종 자산 및 병원 경영과 관련하여 생긴 3,448,694,516원 상당의 채무를 이 의료법인에 출연하여, 1993. 9. 17. 이 사건 부동산에 관하여 의료법인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 사실, 고정자산 중 양도소득세 과세대상이 되는 토지와 건물의 가액은 8,075,797,908원(건물 부속설비 169,268,088원 및 건설가계정 241,543,820원 포함)인 사실을 각 인정한 다음, 의료법인을 설립하면서 자산을 출연함과 동시에 채무를 인수시킨 것은 부담부증여에 해당한다고 전제한 뒤 구 소득세법기본통칙의 규정을 원용하여 전체 채무액에 '총자산가액에 대한 과세대상 자산가액의 비율'을 곱하여 이른바 유상대가로 보는 채무액을 산정하고 이에 기초하여 구 소득세법시행령 제45조의2가 정한 가액산정방법에 따라 취득가액과 양도가액을 산출하였는바, 이러한 원심의 조치는 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 양도소득세 과세대상이 되는 부담부증여에 관한 법리오해, 과세표준 산정 및 근거과세에 관한 법리오해 또는 재산권의 침해 여부에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
2. 제3점에 대하여
위와 같이 양도가액과 취득가액 산정의 기초가 되는 인수채무액을 산정하기 위하여서는 양도소득세 과세대상 자산의 범위 및 가액의 결정은 양도소득세 과세대상이 아닌 자산과의 관계에서 양자에 동일한 기준을 적용할 수 있는 합리적인 방법에 의하여야 할 것인바, 기록과 이와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 위에서 본 건물 부속설비는 건물의 일부를 이루는 것이고, 건설가계정은 신축중이던 건물의 가액 상당으로 그 공정이 사회관념상 건물이라고 볼 수 있는 단계에 미치지 못하여 토지의 일부를 이루는 것이므로, 모두 양도소득세 과세대상 자산가액에 포함되고 양도소득세 과세대상이 아닌 자산의 경우와 같은 기준을 적용하여 그 가액을 평가한 원심의 인정 및 판단 또한 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 지적하는 바와 같은 양도소득세 과세대상에 관한 법리오해 또는 채증법칙 위반으로 인한 사실오인의 위법이 있다고 할 수 없다.
3. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자들의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.