[1] 가산세는 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 본세액에 가산하여 징수하는 독립된 조세로서, 본세에 감면사유가 인정된다고 하여 가산세도 감면대상에 포함되는 것이 아니고, 반면에 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 경우에는 본세 납세의무가 있더라도 가산세는 부과하지 않는다(국세기본법 제2조 제4호, 제47조, 제48조 등 참조).
가산세의 종류에 따라서는 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세도 있으나, 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실 가산세 등은 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우에 이를 따로 부과할 수 없고, 이는 관세의 경우에도 마찬가지이다.


[2] 관세법 제42조 제1항은 “부족한 관세액을 징수할 때”에 “해당 부족세액의 100분의 10”(제1호)과 “해당 부족세액”에 일정한 비율을 곱하여 산정한 금액(제2호)을 가산세로 정하고 있다. 위 각호의 규정에 따른 관세 가산세는 국세기본법의 무신고·과소신고·납부불성실 가산세와 마찬가지로 본세 납세의무가 최종적으로 존재하는 것을 전제로 하는 것으로서, 성질상 그 부과의 기초가 되는 ‘부족한 관세액’이 없는 이상 가산세 납세의무만 따로 인정될 수 없다.
일반적으로 관세의 감면을 받기 위해서는 수입신고 수리 전에 감면신청서를 제출하는 사전신고가 원칙이지만, 관세법령은 부과징수의 경우 “해당 납부고지를 받은 날부터 5일 이내”에 감면신청서를 적법하게 제출할 수 있는 규정을 두고 있다(관세법 시행령 제112조 제2항 제1호). 위와 같이 수입신고 이후에도 일정한 기한 내에 관세의 감면신청을 할 수 있도록 허용하는 취지는 관세법규의 복잡성 등을 고려하여 납세자의 권익을 두텁게 보호하기 위한 것이지, 사전신고 여부에 따라 관세 가산세 납세의무의 존부를 달리 판단할 근거는 없다. 또한 사전신고 시에 잘못이 있었더라도 적법한 기한 내에 이를 보완하여 관세 감면이 유효하게 이루어진 이상 관세법 제42조가 담보하고자 하는 관세액의 정당한 징수와 납세자의 협력의무 이행에 위반이 있었다고 평가할 수도 없다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 사안의 개요와 쟁점
가. 사안의 개요
(1) 원고는 독일 루프트한자(Lufthansa Tecknic AG, 이하 ‘LHT’라고 한다)로부터 항공기 부품 등을 수입하면서 종래 관세법상 세율불균형품목 감면 규정에 의하여 세금을 감면받아 왔는데, 2011. 7. 1. 대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘한-EU FTA’라고 한다)이 발효되자 2011. 7. 1.부터 2013. 2. 17.까지 합계 941건의 항공기 부품 수입에 대해 FTA 협정관세(무관세) 적용을 신청하였고, 그 일부인 616건 수입에 대해서는 예전과 마찬가지로 세율불균형품목 감면도 중복적으로 신청하였다.
(2) 그런데 수입검증 서면조사 결과 LHT가 협정관세 적용 대상의 인증수출자가 아니고 LHT의 송품장 기재에 착오가 있었던 것이 밝혀졌고, 피고는 2013. 6. 27. 원고에게 위 941건의 수입물품 중 세율불균형품목 감면이 함께 신청되지 않은 나머지 325건에 대하여 관세 약 20억 원과 부가가치세 약 29억 원 및 각 가산세 합계 약 10억 5,700만 원(관세 가산세 334,581,380원, 부가가치세 가산세 723,075,120원으로서, 이하 ‘이 사건 가산세’라고 한다)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
(3) 원고는 관세법 시행령 제112조 제2항 제1호 규정에 따른 감면신청서 제출기한 내인 2013. 7. 1. 위 325건 수입물품에 대하여 세율불균형품목 감면 신청을 하였다. 피고는 2013. 7. 26. 원고에게 그에 대한 관세와 부가가치세의 각 본세를 감면하여 환급하였으나, 이 사건 가산세는 돌려주지 않았다.
(4) 이에 원고는 이 사건 가산세 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 제1심과 원심은 가산세 부과가 위법하다고 판단하였다. 피고가 이에 불복하여, 가산세는 본세와 독립하여 부과·징수할 수 있어 다른 규정에 의해 본세가 감면되었더라도 이 사건 가산세는 납부하여야 한다고 주장하면서 상고를 제기하였다.
나. 쟁점
이 사건의 주된 쟁점은 관세와 부가가치세의 본세 납세 의무가 인정되지 않을 때 가산세 납세의무만을 따로 인정할 수 있는지 여부이다.
2. 상고이유 제1점에 관하여
과세처분의 위법을 다투는 조세행정소송에 있어서 그 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하거나 다투는 개별 사유를 주장하고 관련 증거를 제출할 수 있다(대법원 1989. 6. 27. 선고 87누448 판결 등 참조). 이 사건 가산세 납세의무의 존부에 대해서도 처분 당시가 아닌 이후 경과와 변론종결 시까지 제출된 모든 자료를 종합하여 판단하여야 하고, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 처분의 위법성 판단의 기준시점에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
3. 상고이유 제2점과 제3점에 관하여
가. 가산세는 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 본세액에 가산하여 징수하는 독립된 조세로서, 본세에 감면사유가 인정된다고 하여 가산세도 감면대상에 포함되는 것이 아니고, 반면에 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 경우에는 본세 납세의무가 있더라도 가산세는 부과하지 않는다(국세기본법 제2조 제4호, 제47조, 제48조 등 참조).
가산세의 종류에 따라서는 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세도 있으나, 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실 가산세 등은 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우에 이를 따로 부과할 수 없다고 할 것이고, 이는 관세의 경우에도 마찬가지이다(대법원 2011. 11. 10. 선고 2009다28738 판결, 대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두27128 판결 등 참조).
나. (1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제15호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24683호로 전부 개정되기 전의 것) 제46조 제8호는 항공기의 부분품 등 관세가 무세이거나 감면되는 재화를 부가가치세 면제대상으로 명시하고 있다. 그리고 구 관세법(2013. 1. 1. 법률 제11602호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제1호, 구 관세법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제337호로 개정되기 전의 것) 제35조는 항공기 부분품 등을 관세 감면대상으로 정하고 있다(위 개정 이후 관세법도 마찬가지로 항공기 부분품에 대해 2018년도까지 100% 관세 감면으로 규정하고 있다). 위 규정 등에 따라 적법한 감면신청을 한 원고에게는 부가가치세와 관세의 각 본세 납세의무가 인정되지 않는다.
(2) 이 사건 가산세 중 먼저 부가가치세 부분에 관하여 보면, 이는 국세기본법 제47조의3에 따른 과소신고 가산세와 제47조의4에 따른 납부불성실 가산세로서 모두 부가가치세의 본세 납세의무의 존재를 전제로 한다. 따라서 위에서 본 법리에 의할 때 위 가산세의 납세의무는 인정될 수 없다.
(3) 다음으로 관세 가산세 부분에 관하여 본다. 관세법 제42조 제1항은 “부족한 관세액을 징수할 때”에 “해당 부족세액의 100분의 10”(제1호)과 “해당 부족세액”에 일정한 비율을 곱하여 산정한 금액(제2호)을 가산세로 정하고 있다. 위 각호의 규정에 따른 관세 가산세는 국세기본법의 무신고·과소신고·납부불성실 가산세와 마찬가지로 본세 납세의무가 최종적으로 존재하는 것을 전제로 하는 것으로서, 성질상 그 부과의 기초가 되는 “부족한 관세액”이 없는 이상 가산세 납세의무만 따로 인정될 수 없다.
일반적으로 관세의 감면을 받기 위해서는 수입신고 수리 전에 감면신청서를 제출하는 사전신고가 원칙이지만, 관세법령은 부과징수의 경우 “해당 납부고지를 받은 날부터 5일 이내”에 감면신청서를 적법하게 제출할 수 있는 규정을 두고 있다(관세법 시행령 제112조 제2항 제1호). 위와 같이 수입신고 이후에도 일정한 기한 내에 관세의 감면신청을 할 수 있도록 허용하는 취지는 관세법규의 복잡성 등을 고려하여 납세자의 권익을 두텁게 보호하기 위한 것이지, 사전신고 여부에 따라 관세 가산세 납세의무의 존부를 달리 판단할 근거는 없다. 또한 사전신고 시에 잘못이 있었더라도 적법한 기한 내에 이를 보완하여 관세 감면이 유효하게 이루어진 이상 관세법 제42조가 담보하고자 하는 관세액의 정당한 징수와 납세자의 협력의무 이행에 위반이 있었다고 평가할 수도 없다.
다. 원심이 같은 취지에서 관세와 부가가치세의 납부세액이 존재하지 않게 된 이상 가산세도 존재하지 않는다고 판단한 것은 앞서 본 법리에 따른 것으로서, 거기에 상고이유 주장과 같이 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 심리미진, 가산세와 본세와의 관계 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.