지방세법 제127조 제1항 제1호, 같은법시행령 제94조 제1항, 제79조 제1항 제16호의 각 규정에 의하여 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 과세하기 위하여는 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한한다 할 것이고, 어떤 토지에 대하여 등기 당시부터 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이며, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다.
주문
상고를 기각한다.
상고비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 본다.
지방세법 제127조 제1항 제1호, 같은법시행령 제 94조 제1항, 제79조 제1항 제16호의 각 규정에 의하면 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 장학단체 등의 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 등기에 관하여는 등록세를 비과세하되 다만 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다는 취지로 규정하고 있는데, 여기서 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 과세하기 위하여는 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한한다 할 것이고, 어떤 토지에 대하여 등기 당시부터 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이며, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로서 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다 할 것이다.
원심이 적법히 확정한 사실에 의하면, 원고 법인은 인재육성을 위한 장학금지급을 목적으로 1981.3.5. 문교부장관으로부터 설립인가를 받아 같은 달 27. 설립된 비영리재단법인으로서, 그 목적사업인 장학재단의 기숙사, 강당 등을 건립하기 위하여 1987.11.20. 및 1989.2.2. 2회에 걸쳐 이 사건 토지를 취득하였고 그 후 건축허가신청의 단계에서 이 사건 토지상에 형질변경의 제한이 있음이 밝혀져 원고의 형질변경제한 해제신청에 따라 1989.9.23. 그 제한이 해제되어 1990.1.경 건축허가를 받고서 같은 해 6.18. 건축공사에 착공하였다는 것이고, 한편 기록에 의하면 이 사건 토지에 대하여는 1986.10.27. 토지형질변경의 제한이 있었던 사실이 인정되므로, 이와 같이 이 사건 토지상에 등기 당초부터 토지형질변경의 제한이라는 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한이 계속되고 있었던 이상 이는 사업에 직접 사용하지 못함에 있어 정당한 사유에 해당한다 할 것이고 그 후 원고의 토지형질변경제한 해제신청에 따라 그 제한이 해제된 날인 1989.9.23.부터 1년 이내에 원고가 이사건 토지상에 위 기숙사, 강당 등을 건립하기 위한 건축공사에 착공하였다면 사업에 직접 사용한 셈이 되어 이 사건 토지에 대하여는 당초 비과세하였던 등록세를 다시 부과할 수 없다 할 것이다.
같은 취지의 원심판결은 정당하고 거기에 지적하는 바와 같은 법리의 오해나 심리미진의 위법이 없다. 주장은 이유 없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.