[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서와 그 위임에 의한 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제124조의2 제3항 본문의 규정은 비영리 공익법인 등이 상속세나 증여세의 과세대상이 되지 않은 자산을 출연받고서 단기간 내에 다시 이를 양도한 경우에는 그 실질에 있어서 해당 자산의 처분대가를 직접 출연받은 것과 마찬가지라 할 수 있으므로 출연자가 그 자산을 취득할 당시의 가액을 특별부가세 과세표준 산정에 있어서의 취득가액으로 봄으로써 위 자산양도에 따른 양도소득세나 특별부가세가 탈루되지 않도록 한 취지이고, 따라서 공익법인이 출연받은 자산을 그 목적사업에 실질적으로 사용하다가 사후의 필요에 의하여 처분한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없어 위 법인세법시행령 조항의 단서에서 1년 이상 해당 법인의 목적사업에 직접 사용한 자산의 양도에 대하여는 위 법인세법 조항이 적용되지 않는 것으로 규정하고 있으므로 위 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서와 각 호의 예외규정은 비영리 공익법인 등이 '자산의 양도 이전에' 적어도 1년 이상 목적사업에 출연받은 자산을 직접 사용한 경우에 적용된다 할 것이고, 공익법인이 설립조건에 따라 단기간 내에 출연받은 자산을 처분하여 그 처분대금을 목적사업에 사용하려 하는 경우에는 이에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.


[2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서 규정은 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대하여는 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼도록 하면서 이에 해당하는 자산의 구체적 범위에 관하여는 특별한 제한 없이 대통령령에 그 규율을 위임하고 있으나, 위 규정을 적용하면 출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 특별부가세 과세대상에 포함됨으로써 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고 이는 결국 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과를 가져오는바, 그렇다면 위 규정은 그 적용대상으로 자산 출연 후 처분이라는 시간적 순서에도 불구하고 그 시간적 간격이나 이용실태에 비추어 실질적으로 자산 처분 후 대가 출연과 동일하다고 볼 수 있는 경우를 상정하고 있음을 충분히 알 수 있고, 다만 그 판정기준이 되는 시간적 간격이나 이용실태의 구체적 내용만을 대통령령에 위임한 것이라 할 것이므로 이를 가리켜 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반되는 규정이라고 볼 수 없으며, 출연재산이 이를 증여받은 비영리 공익법인에 의하여 곧바로 목적사업에 활용될 수 있는 것인지, 아니면 이를 보유하여서는 목적사업에 활용할 수 없고 반드시 처분하여 금전 등 다른 수익재산으로 대체하여야만 목적사업에 활용할 수 있는 것인지는 법인세 특별부가세의 과세대상인 자산처분의 성격을 달리하는 실질적인 요소이므로 이에 따라 조세부담의 차이를 두었다고 하여 헌법상 평등의 원칙에 반한다 할 수 없고, 또한 이로 인하여 납세의무자는 적어도 출연자가 해당 자산을 직접 처분한 후 그 대가만을 출연하는 경우보다 불이익한 지위에 놓이지는 아니하므로 이를 헌법상 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다.
주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

이유
1. 과세처분의 경위
가.원고는 저소득 빈민계층의 의료지원, 복지 및 장학사업을 수행하기 위해 1995. 8. 30. 설립된 비영리 공익법인으로서 천주교서울대교구유지재단이 오언남으로부터 1991. 5. 9. 증여받은 고양시 일산동 633외 4필지 토지(전, 답) 합계 7,261㎡(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)와 자신의 서울 종로구 도렴동 60 토지 80.8㎡ 및 건물 610.12㎡를 원고의 목적사업용 기본재산으로 출연함에 따라 1995. 8. 5. 보건복지부장관의 허가를 받아 설립되었다.
나.보건복지부장관은 위 법인설립을 허가하면서 출연받은 기본재산 중 수익성이 없는 부동산은 법인 설립 후 3년 이내에 매각하여 현금 또는 수익성 있는 재산으로 대체할 것을 조건으로 하였는데, 원고는 이에 따라 1997. 11. 27. 이 사건 부동산을 학교법인 고양학원 등에 대금 4,423,102,210원에 양도하고 다음 해에 1997년 귀속 법인세를 신고하면서 이 사건 토지의 취득가액을 천주교 서울대교구 유지재단으로부터 출연받을 당시의 감정가액인 4,388,875,000원으로, 양도가액을 실지거래가액인 4,423,102,210원으로 하여 그 양도차익 34,227,210원에 대한 법인세 특별부가세로 6,845,440원을 신고·납부하였다.
다.이에 대해 피고는 원고가 이 사건 부동산을 출연받으면서 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 것) 제34조의7, 제8조의2 제1항 제1호에 의하여 증여세를 면제받고도 이를 목적사업에 사용한 바 없이 출연받은 날부터 3년 이내에 다시 양도하였다는 이유로, 2000. 4. 3. 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 제1호 단서(이하 '이 사건 법률조항'이라 한다) 및 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제124조의2 제3항 본문을 적용하여 그 취득가액을 출연자인 천주교서울대교구유지재단이 이 사건 부동산을 오언남으로부터 증여받은 1991. 5. 9. 당시의 취득가액으로 하되, 그 때의 정상가액( 위 시행령 제124조의2 제2항, 제37조 제1항 제3호 참조)이 분명하지 아니하므로 같은 법 제59조의2 제4항, 같은법시행령 제124조의5 제2항에 의하여 전항의 실지양도가액 4,423,102,210원에 기준시가 비율(1991. 5. 9. 취득 당시의 기준시가/1997. 11. 27. 매각 당시의 기준시가)을 곱한 2,265,459,901원을 취득가액으로 하여, 양도차익을 2,157,642,409원으로 다시 산정하고 이에 따른 특별부가세 594,853,500원을 추가로 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
[이상 다툼 없음]
2. 관계 법령
가. 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)
제59조의2(과세표준)①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 '토지등'이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.
1.취득가액. 다만, 상속세법의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입되지 아니한 재산 또는 증여세가 면제되는 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
④ 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.
※ 다만, 위 조항 중 제1항은 헌법재판소 전원재판부 2000. 1. 27. 선고 96헌바95, 97헌바1, 36, 64(병합) 사건의 헌법불합치 결정에 의하여 이 사건에 적용될 수 없고, 대신 위 결정의 취지에 따라 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정된 법인세법 제99조 제1항이 적용되어야 하나 취득가액의 산정방법이 쟁점인 이 사건에 있어서는 그 개정내용이 문제되지는 않는다.
나.구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)
제124조의2(특별부가세의 과세표준계산)② 법 제59조의2 제3항에서 "취득가액"이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액( 제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다.
③ 법 제59조의2 제3항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 토지 등"이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 사업(의료업 외의 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 토지 등을 제외한다.
1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업
2.행정관청으로부터 허가·인가 등을 받은 경우에는 그 허가·인가 등을 받은 사업
3.제1호 또는 제2호 외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업
④상속세및증여세법의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입되지 아니하였거나 증여세를 면제받아 출연받은 재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 면제 받은 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다.
제124조의5(기준시가의 산정)② 법 제59조의2 제4항에서 "대통령령이 정하는 산식"이라 함은 다음 각 호의 산식을 말한다.
1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우
제37조(자산의 취득가액 등)① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다.
1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
2.자기가 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 정상가액
다. 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 것)
제34조의7(준용규정) 제3조, 제8조의2, 제8조의3 제1항 제2호 및 제2항(박물관자료에 한한다), 제9조, 제10조· 제17조, 제20조, 제20조의2, 제21조, 제23조, 제24조, 제25조 제1항 내지 제3항, 제26조, 제28조, 제28조의2 및 제29조의 규정은 증여세에 준용한다.
제8조의2(상속세과세가액 불산입)①다음 각 호에 게기하는 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 그 재산에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인·피상속인 또는 그 친족에게 귀속되는 경우에는 예외로 한다.
1.대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교사업·자선사업·학술사업 기타 공익사업(이하 '공익사업'이라 한다)에 출연한 재산(단서 생략)
3. 원고의 주장
가.원고가 이 사건 부동산을 매각하여 그 대금을 예금 및 임대용 부동산 등 수익사업용 자산으로 대체함으로써 여기에서 발생하는 수익을 목적사업인 저소득층 의료복지 지원 및 장학사업에 사용한 것은 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서 및 제2호에서 정한 양도대상 토지를 행정관청으로부터 허가받은 사업에 직접 사용한 경우에 해당하여 이 사건 법률조항의 적용대상에서 제외된다.
나.이 사건 법률조항의 취지는 토지를 제3자에게 양도하면서 비영리 공익법인에의 출연과정을 통해 양도소득세나 법인세의 부담을 회피하는 것을 막기 위한 것인데, 원고가 이 사건 부동산을 양도한 것은 보건복지부장관이 정한 설립허가조건을 이행하기 위한 것이고 출연자인 천주교서울대교구유지재단도 양도소득세나 법인세를 회피하기 위하여 원고에게 이 사건 부동산을 출연하였던 것은 아니므로 여기에 이 사건 법률조항은 적용되지 않는다.
다.이 사건 법률조항이 과세표준의 산정요소가 되는 취득가액의 내용을 토지의 구분에 따라 달리하면서도 그 구분의 내용을 법률에 대강도 규정하지 아니한 채 대통령령에 위임한 것은 헌법상 조세법률주의, 포괄위임 금지의 원칙에 반하고, 이에 의하여 출연재산이 수익재산인지 혹은 비수익재산으로서 단기간 내 양도를 설립조건으로 하는지에 따라 과세표준에 차이가 나는 것은 평등의 원칙에 반하며, 법인설립의 허가조건을 준수하기 위하여 불가피하게 위 조항의 요건을 충족하게 되는 경우까지 중과세의 대상으로 삼은 것은 과잉금지의 원칙에도 반한다.
4. 과세처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서의 해당 여부
이 사건 법률조항과 그 위임에 의한 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 본문의 규정은 비영리 공익법인 등이 상속세나 증여세의 과세대상이 되지 않은 자산을 출연받고서 단기간 내에 다시 이를 양도한 경우에는 그 실질에 있어서 해당 자산의 처분대가를 직접 출연받은 것과 마찬가지라 할 수 있으므로 출연자가 그 자산을 취득할 당시의 가액을 특별부가세 과세표준 산정에 있어서의 취득가액으로 봄으로써 위 자산양도에 따른 양도소득세나 특별부가세가 탈루되지 않도록 한 취지이고, 따라서 공익법인이 출연받은 자산을 그 목적사업에 실질적으로 사용하다가 사후의 필요에 의하여 처분한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없어 위 시행령 조항의 단서에서 1년 이상 해당 법인의 목적사업에 직접 사용한 자산의 양도에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 않는 것으로 규정하고 있다.
따라서 위 시행령 제124조의2 제3항 단서와 각 호의 예외규정은 비영리 공익법인 등이 '자산의 양도 이전에' 적어도 1년 이상 목적사업에 출연받은 자산을 직접 사용한 경우에 적용된다 할 것이고, 이 사건에서 원고와 같이 출연받은 자산을 처분하여 그 처분대금을 목적사업에 사용하려 하는 경우에는 이에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.
원고는 피고가 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호(위 전문 개정 전 구 상속세법으로는 제8조의2 제4항 제1호)의 해석과 관련하여 출연재산을 매각한 대금을 공익목적사업에 사용하는 경우도 출연재산을 직접 공익목적사업에 사용한 경우에 포함시키고 있는 점을 들어 원고의 이 사건 부동산 처분행위도 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서의 예외요건에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 위 상속세및증여세법 조항은 출연재산을 공익목적사업 외에 사용하거나 출연일로부터 3년 이내에 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우 기왕에 비과세 대상으로 삼았던 증여세를 다시 부과하기 위한 요건을 정한 것으로서 위 시행령 제124조의2 제3항과는 취지나 문언이 같지 않고, 오히려 원고의 주장과 같이 위 상속세및증여세법 조항과 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 단서의 해석을 같이하면 위 상속세및증여세법 조항에 의하여 증여세가 부과되는 경우에는 위 시행령 제124조의2 제4항에서 규정하고 있는 바와 같이 같은 조 제3항의 적용이 전면적으로 배제되어 이 사건 법률조항이 적용되는 경우는 전혀 없게 된다. 따라서 이 부분 원고의 주장을 받아들일 수 없다.
나. 피고의 과세처분이 이 사건 법률조항의 취지에 반하는지
위에서 본 바와 같이 이 사건 법률조항은 비영리 공익법인 등이 상속세나 증여세의 과세대상이 되지 않은 자산을 출연받고서 단기간에 다시 이를 양도한 경우에는 해당 자산의 처분대가를 직접 출연받은 경우와 동일하게 취급하여 위 자산양도에 따른 양도소득세나 특별부가세를 징수하기 위한 것으로서 출연자에게 양도소득세 등을 회피할 의도가 있다는 점까지 요건으로 하는 것은 아닌바, 원고가 천주교서울대교구유지재단으로부터 출연받은 이 사건 부동산은 원고의 목적사업에 직접 사용할 수 없는 무수익 자산으로서 원고가 설립될 당시부터 이를 처분하여 매각대금을 기본재산에 편입할 것이 예정되어 있었으므로 피고가 여기에 이 사건 법률조항을 적용하여 천주교서울대교구유지재단이 이 사건 부동산을 먼저 처분한 후 그 매각대금을 원고의 기본재산으로 출연한 경우와 조세부담이 같아지도록 하였다고 하여 이 사건 법률조항의 해석·적용에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.
다. 이 사건 법률조항의 위헌 여부
(1) 조세법률주의 위반, 포괄위임의 점
헌법 제59조가 선언하는 조세법률주의는 과세요건을 법률로 규정하여 국민의 재산권을 보장하고, 과세요건을 명확하게 규정하여 국민생활의 법적 안정성과 예측가능성을 보장하기 위한 것으로 그 핵심적 내용은 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의라 할 것이고, 헌법 제75조는 법률에서 하위법령에 위임을 할 경우에 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항을 가능한 한 구체적이고도 명확하게 규정하여 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 한다는 의미까지 포함하고 있는데, 이러한 예측가능성의 유무는 해당 위임조항 자체의 문언만으로 판단할 것이 아니라 관련 법조항을 유기적·체계적으로 종합하여 판단하여야 하며, 설령 위임조항 자체에서 위임의 구체적 범위를 명백히 규정하고 있지 않다고 하더라도 당해 법률의 전반적 체계와 관련 규정에 비추어 위임조항의 내재적인 위임의 범위나 한계를 객관적으로 분명히 확정할 수 있다면 이를 일반적이고 포괄적인 백지위임에 해당하는 것으로 볼 수는 없다( 헌법재판소 1995. 11. 30. 선고 94헌바40, 95헌바13 결정, 1997. 9. 25. 선고 96헌바18등 결정 등 참조).
그러므로 살피건대, 이 사건 법률조항은 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서 일정한 자산에 대하여는 납세의무자가 취득할 당시의 가액이 아닌 그 출연자가 취득할 당시의 가액을 취득가액으로 삼도록 하면서 이에 해당하는 자산의 구체적 범위에 관하여는 특별한 제한 없이 대통령령에 그 규율을 위임하고 있으나, 위에서 본 바와 같이 이 사건 법률조항을 적용하면 출연자가 해당 자산을 보유한 기간 중에 발생한 양도차익이 특별부가세 과세대상에 포함됨으로써 그에 해당하는 세액만큼이 실질적인 출연액에서 줄어들게 되고 이는 결국 출연자가 해당 자산을 처분하여 양도소득세나 특별부가세를 부담한 후 그 차액만을 출연한 것과 동일한 결과를 가져오는바, 그렇다면 이 사건 법률조항은 그 적용대상으로 자산 출연 후 처분이라는 시간적 순서에도 불구하고 그 시간적 간격이나 이용실태에 비추어 실질적으로 자산 처분 후 대가 출연과 동일하다고 볼 수 있는 경우를 상정하고 있음을 충분히 알 수 있고, 다만 그 판정기준이 되는 시간적 간격이나 이용실태의 구체적 내용만을 대통령령에 위임한 것이라 할 것이므로 이를 가리켜 헌법상의 조세법률주의나 포괄위임금지의 원칙에 위반되는 규정이라고 볼 수 없다.
(2) 평등원칙 위반 및 과잉금지의 원칙 위반의 점
원고는 이 사건 법률조항의 적용에 의하여 출연재산이 수익재산인지 혹은 비수익재산으로서 단기간 내 양도를 설립조건으로 하는지에 따라 과세표준에 차이가 나는 점이 헌법상 평등의 원칙에 반하며, 법인설립의 허가조건을 준수하기 위하여 불가피하게 위 조항의 요건을 충족하게 되는 경우까지 중과세의 대상으로 삼은 것은 과잉금지의 원칙에도 반한다고 주장하나, 출연재산이 이를 증여받은 비영리 공익법인에 의하여 곧바로 목적사업에 활용될 수 있는 것인지, 아니면 이를 보유하여서는 목적사업에 활용할 수 없고 반드시 처분하여 금전 등 다른 수익재산으로 대체하여야만 목적사업에 활용할 수 있는 것인지는 법인세 특별부가세의 과세대상인 자산처분의 성격을 달리하는 실질적인 요소이므로 이에 따라 조세부담의 차이를 두었다고 하여 헌법상 평등의 원칙에 반한다 할 수 없고, 또한 이로 인하여 납세의무자는 적어도 출연자가 해당 자산을 직접 처분한 후 그 대가만을 출연하는 경우보다 불이익한 지위에 놓이지는 아니하므로 이를 헌법상 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다.
5. 결 론
그렇다면 피고의 이 사건 과세처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 주문과 같이 판결한다.