[1] 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 제11조, 제13조, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다.


[2] 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산정하므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법이나 원가가산방법과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 따라서 정상가격 산출 시 거래순이익률방법을 적용하는 경우 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등의 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다.
주문
원심판결의 피고 패소 부분 중 2001, 2002 사업연도 각 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 관하여
가. 구 법인세법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제93조 제5호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제132조 제2항은 ‘국외에서 발생하는 다음 각 호의 소득으로서 국내사업장에 귀속되는 것은 외국법인의 국내원천사업소득에 포함되는 것으로 한다’고 규정하면서, 제1호에서 그러한 소득의 하나로 ‘국외에 있는 자에게 금전을 대부하거나 기타 이와 유사한 행위를 함으로써 발생하는 소득’을 열거하고 있다.
나. 원심은, ① 홍콩에 본점을 둔 외국법인인 원고가 국내에서 판매한 화학제품의 대금을 회수하고 국내사업장인 원고 지점에 필요한 영업자금을 지원하기 위하여 홍콩에 원고 본점 명의로 예금계좌를 개설하고 금융거래를 하여 온 사실, ② 원고는 원고 지점으로부터 잉여자금의 예치를 받거나 원고 지점에 부족자금을 대여함으로써 원고 본점 명의로 1999 사업연도부터 2003 사업연도까지 동안에 발생한 수입이자 합계 1,186,315,578원, 지급이자 합계 238,479,336원을 원고 본점에 귀속되는 손익으로 보아 홍콩의 과세당국에 법인세 신고를 하였던 사실, ③ 그런데 피고는 원고 본점이 서류상의 명목회사에 불과하여 위 수입이자와 지급이자가 원고 지점의 손익으로 귀속된다고 보아 순이자수입을 국내원천소득으로 하여 원고에게 1999, 2000, 2001 사업연도 각 법인세를 부과하는 등의 이 사건 각 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
나아가 원심은, ① 원고 본점이 이사회를 개최하고 배당을 실시하는 등의 독자적인 활동을 하고 있어 단순히 서류상의 회사로 보기 어려운 점, ② 원고 본점은 자금관리 등을 하고 원고 지점은 국내 판매지원활동 등을 하도록 업무 분장이 되어 있는데, 원고 지점은 원고 본점 명의의 예금계좌에 대한 지배·관리·처분 권한이 전혀 없을 뿐만 아니라 원고의 국내 고객들도 원고 지점을 거치지 않고 원고 본점에 직접 대금을 입금하였던 점, ③ 위 수입이자와 지급이자는 원고 본점 고유의 독자적인 자금운용 의사결정에 의하여 발생하였고 원고 지점의 화학제품 판매지원활동과는 직접적인 관련이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 위 수입이자와 지급이자는 원고 본점에 귀속되는 손익으로 보아야 한다는 이유로 이 사건 각 처분 중 그에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다.
다. 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 실질과세의 원칙이나 국내사업장에 귀속되는 외국법인의 국내원천사업소득에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
2. 상고이유 제2점에 관하여
가. 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국조법’이라 한다) 제4조는 “과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.”고 규정하고 있다.
또한 국조법 제5조 제1항 제4호 및 같은 조 제2항의 위임에 따라 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국조법 시행령’이라 한다) 제4조 제2호는 정상가격 산출방법의 하나로 ‘거래순이익률방법: 거주자와 국외 특수관계자 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 거래순이익의 매출에 대한 비율 등 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(다만 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자 간의 국제거래 중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다)’을 규정하고 있다.
한편 국조법 시행령 제5조 제1항은 정상가격 산출방법을 선택함에 있어 고려하여야 할 기준을 열거하면서 제1호에서 “특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교 가능성이 높을 것. 이 경우 비교 가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하고, (가)목은 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’를, (나)목은 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우’를 들고 있다. 그리고 국조법 시행령 제6조 제2항은 “법 제5조의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우 당해 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 수행된 기능, 부담한 위험 또는 거래조건 등의 차이로 인하여 적용하는 가격·이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 때에는 그 가격·이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.”고 규정하고 있다.
나. (1) 원심은 제1심판결 이유를 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
① 원고는 쉘그룹 계열회사 또는 비계열회사들로부터 스티렌모노머, 솔벤트 등의 액체 화학제품을 구입한 다음 국내기업에 수백 또는 수천 t 단위로 판매하여 왔다. 원고는 국내사업장인 원고 지점을 통한 제품판매에 따른 매출액과 매출원가에 관하여 2001, 2002 사업연도 각 법인세를 신고하였는데, 그 신고내용에 따른 2001 사업연도 영업이익률은 -3.3%, 2002 사업년도 영업이익률은 -1.5%이다.
② 서울지방국세청장은 국조법상 거주자에 해당하는 원고 지점이 쉘그룹 계열회사인 국외 특수관계자로부터 정상가격을 초과하여 화학제품을 구입하는 이 사건 거래를 함으로써 국외 특수관계자에게 과세소득을 이전한 혐의가 있다고 보았다. 이에 서울지방국세청장은 거래순이익률방법에 따라 산업용 기초화합물 등의 수입·판매업(도매업)을 영위하는 주식회사 한진화학상사, 강신산업 주식회사, 삼영무역 주식회사, 이화소재 주식회사, 조양케미칼 주식회사, 로지트코퍼레이션 주식회사, 주식회사 세원종합상사의 7개 업체를 비교대상업체로 선정하여 2001, 2002 사업연도 영업이익률을 계산하였다. 서울지방국세청장은 이를 토대로 원고와 비교대상업체 간의 재무자료 및 위험수준, 재고자산 보유금액과 기타 영업자산에 대한 투하자본 수준 등에 대한 차이를 조정하여 정상가격을 산출한 다음, 원고의 화학제품 재판매사업부문에 관한 2001, 2002 사업연도 매출총이익률과 비교하여 계산한 이전가격 소득조정액을 원고의 2001, 2002 사업연도 익금에 산입하도록 피고에게 통보하였다.
③ 피고는 위 통보를 근거로 원고에게 2001, 2002 사업연도 각 법인세를 부과하는 등의 이 사건 각 처분을 하였다.
(2) 원심은 우선, 과세관청이 거주자와 국외 특수관계자 사이의 거래에서 형성된 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과한다는 이유로 정상가격을 산정하여 이를 토대로 과세표준 및 세액을 결정하는 경우, 과세처분의 기초가 된 정상가격이 최선의 노력을 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 가격임을 증명할 책임은 과세관청에게 있다고 전제하였다.
나아가 원심은, 이 사건 거래가 석유화학제품만을 해외에서 우리나라로 수출하는 형태를 띠고 있는 반면 비교대상업체의 거래는 무기화학제품, 화공약품 등 다양한 품목을 국내에 수입하여 재판매하는 것이어서 취급 제품이나 거래단계에 질적인 차이가 있어 비교 가능성이 결여되어 있고, 원고의 수익성은 국제유가의 변동이나 석유화학산업의 국제경기변동에 영향을 받아 변동하지만 비교대상업체의 수익성은 이로부터 별다른 영향을 받지 않고 안정적이었으므로 이러한 차이가 가격이나 순이익에 중대한 영향을 미쳤을 것임에도, 피고가 산출한 정상가격은 원고와 비교대상업체 간의 본질적이고 가장 중요한 취급 제품의 차이, 그로 야기되는 경제여건의 차이와 순이익에 영향을 미치는 차이를 조정하지 않은 것으로 보이며, 아울러 그러한 차이를 극복할 수 있을 정도의 합리적인 조정을 거쳤다는 피고의 증명도 부족하다고 보아, 이 사건 각 처분 중 그에 관한 부분은 위법하다고 판단하였다.
다. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
(1) 국조법 제11조, 제13조, 국조법 시행령 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결 참조).
그리고 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산정하므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 비교가능 제3자 가격방법이나 매출총이익률에 기초하는 재판매가격방법이나 원가가산방법과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 따라서 정상가격 산출 시 거래순이익률방법을 적용하는 경우 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등의 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다.
(2) 원심이 인정한 사실관계에 의하면, 피고가 선정한 비교대상업체들은 유기화학품을 비롯한 기초 화학제품이나 기초 화합물을 국내로 수입하여 판매하는 기업들로서 원고 지점이 행한 이 사건 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래를 하였으며, 피고가 거래순이익률방법에 따라 산출한 정상가격은 영업이익률에 영향을 미칠 수 있는 운전자본 등에 대한 차이도 조정된 것임을 알 수 있으므로, 피고는 이 사건 거래와 비슷한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출한 것으로 볼 수 있다. 따라서 일정한 정상가격의 범위가 존재하고 이 사건 거래의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다는 특별한 사정을 원고가 증명하지 못하는 한, 피고가 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다.
라. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 피고가 산출한 정상가격이 틀렸다고 보아 이 사건 각 처분 중 이전가격 과세에 관한 부분이 위법하다고 판단하였다. 이는 국조법상 거래순이익률방법에 따른 정상가격의 적법 요건과 과세관청이 산출한 합리적인 정상가격 외의 다른 정상가격의 존재에 관한 증명의 필요 등에 관한 법리를 오해하여 판단을 그르친 것이다.
3. 결론
그러므로 원심판결의 피고 패소 부분 중 2001, 2002 사업연도 각 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.