[1] 구 농촌근대화촉진법(1995. 12. 29. 법률 제5077호 농지개량조합법 부칙 제2조로 폐지) 제16조의 규정에 의하여 해당 농지개량조합에 포괄승계되는 농지개량시설의 설치에 관하여 발생한 국가·지방자치단체 또는 농업진흥공사의 권리의무에는 관개·배수시설과 같은 순수한 농지개량시설만이 아니라 그 부지에 대한 소유권도 포함되고, 이 때 그 부지의 소유권이 해당 농지개량시설의 설치에 관하여 국가에게 귀속되게 된 경우라면 그 농지개량시설을 국가가 직접 설치하지 아니한 경우라도 해당 농지개량조합이 이를 그 설치자로부터 이관받을 때 같은 법 제16조의 규정에 의하여 당연히 그 농지개량조합에 포괄승계된다고 봄이 상당하고, 여기서 '농지개량조합이 그 조합구역 내의 농지개량시설을 그 설치자로부터 이관받을 때'에는 구 조선수리조합령(1917년 7월 제령 제2호, 폐지)의 규정에 의하여 설치된 수리조합 또는 구 토지개량사업법(1970. 1. 12. 법률 제2199호로 폐지)의 규정에 의하여 설립된 토지개량조합이 각각 설치한 농지개량시설로서 구 농촌근대화촉진법 부칙 제3조 및 위 토지개량사업법 부칙 제6항의 규정에 의하여 구 농촌근대화촉진법 시행과 동시에 직접 또는 순차로 그 설치자의 지위를 승계한 농지개량조합에게 당연히 인수되게 된 경우도 포함된다.


[2] 구 민법(1958. 2. 22. 법률 제471호로 제정되기 전의 것) 제239조와 민법 제252조 제2항의 규정에 의하여 무주의 부동산은 선점과 같은 별도의 절차를 거침이 없이 그 자체로 국유에 속하므로, 국유재산법 제8조 및 같은법시행령 제4조에서 무주의 부동산을 국유재산으로 취득하는 절차를 규정하고 있으나 이는 단순히 지적공부상의 등록절차에 불과하고 이로써 권리의 실체관계에 영향을 주는 것은 아니다.


[3] 6·25 사변 당시 지적공부가 멸실되었다가 복구되어 그에 따른 소유권보존등기가 경료되었다고 하여 그 등기시부터 등기명의자가 소유권자가 되는 것은 아니다.


[4] 취득시효에 있어서 자주점유의 요건인 소유의 의사는 객관적으로 점유 취득의 원인이 된 점유권원의 성질에 의하여 그 존부를 결정하여야 하는 것이나, 다만 점유권원의 성질이 분명하지 아니한 때에는 민법 제197조 제1항에 의하여 점유자는 소유의 의사로 점유한 것으로 추정되는바, 구 조선토지개량령(1927. 12. 28. 제령 제16호, 폐지) 제1조, 제2조 및 제23조의 규정에 의하면 수리조합이 관개배수에 관한 공사를 실시함에 있어서 국유에 속하던 기존의 도로·제방·구거·유지 등을 폐지하는 한편 그에 대신할 새로운 도로·제방·구거·유지 등을 개설하는 경우에는 그 새로운 관개시설을 무상으로 국유지에 편입하도록 규정하였던 점에 비추어 볼 때, 수리조합이 설치한 도수로의 부지라고 하더라도 설치 당시부터 그 소유권이 나라에 유보되어 있었다면 권원의 성질상 위 수리조합의 점유를 소유의 의사에 기한 점유로 보기 어렵다고 할 것이고, 오히려 처음에는 타주점유가 성립하였다가 구 농촌근대화촉진법(1995. 12. 29. 법률 제5077호 농지개량조합법 부칙 제2조로 폐지)이 시행된 때로부터 같은 법 제16조의 규정에 의하여 그 점유가 자주점유로 전환되었다고 봄이 상당하다.


[5] 시효취득의 대상이 될 수 없는 자연공물이란 자연의 상태 그대로 공공용에 제공될 수 있는 실체를 갖추고 있는 것을 말하므로, 원래 자연상태에서는 전·답에 불과하였던 토지를 수리조합이 그 위에 저수지 또는 도수로를 축조한 경우에는 이들 시설들을 자연공물이라고는 할 수 없을 뿐만 아니라 국가가 직접 공공목적에 제공한 것이 아니므로 비록 일반공중의 공동이용에 제공된 것이라고 하더라도 국유재산법상의 행정재산이나 보존재산에 해당하지 아니하므로 취득시효의 대상이 된다.
주문
원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 본다.
1. 먼저 원고의 상고이유를 본다.
가. 상고이유 제2점에 대하여
구 농촌근대화촉진법(1970. 1. 12. 법률 제2199호로 제정되어 1995. 12. 29. 법률 제5077호로 제정된 농지개량조합법 부칙 제2조의 규정에 의하여 폐지되었음, 이하 '법'이라 한다) 제16조 본문에 의하면, "농림부장관의 설립인가를 받아 법 제15조 제1항의 규정에 의하여 설립등기를 마친 농지개량조합은 그 조합구역 내의 농지개량시설로서 그 설치자로부터 이관된 것을 인수하여 관리하여야 하고, 이 경우 농지개량시설의 설치에 관하여 발생한 국가·지방자치단체 또는 농업진흥공사의 권리의무는 조합이 포괄승계한다."라고 규정하는 한편, 법 제2조 제1호는 '관개·배수시설·농업용 도로·기타 농지의 보전이나 그 이용에 필요한 시설'을 '농지개량시설'로 규정하고 있는바, 법 제16조의 규정에 의하여 해당 농지개량조합에 포괄승계되는 농지개량시설의 설치에 관하여 발생한 국가·지방자치단체 또는 농업진흥공사의 권리의무에는 관개·배수시설과 같은 순수한 농지개량시설만이 아니라 그 부지에 대한 소유권도 포함되고(대법원 1996. 10. 25. 선고 96다29281 판결 참조), 이 때 그 부지의 소유권이 해당 농지개량시설의 설치에 관하여 국가에게 귀속되게 된 경우라면 그 농지개량시설을 국가가 직접 설치하지 아니한 경우라도 해당 농지개량조합이 이를 그 설치자로부터 이관받을 때 법 제16조의 규정에 의하여 당연히 그 농지개량조합에 포괄승계된다고 봄이 상당하고, 여기서 '농지개량조합이 그 조합구역 내의 농지개량시설을 그 설치자로부터 이관받을 때'에는 구 조선수리조합령(1917년 7월 제령 제2호로 제정되었다가 1962. 1. 21. 토지개량사업법의 시행으로 폐지되었음)의 규정에 의하여 설치된 수리조합 또는 구 토지개량사업법(1961. 12. 31. 법률 제948호로 제정되었다가 위 '법'의 시행으로 폐지되었음)의 규정에 의하여 설립된 토지개량조합이 각각 설치한 농지개량시설로서 법 부칙 제3조 및 위 토지개량사업법 부칙 제6항의 규정에 의하여 법 시행과 동시에 직접 또는 순차로 그 설치자의 지위를 승계한 농지개량조합에게 당연히 인수되게 된 경우도 포함된다고 할 것이다.
원심판결의 이유에 의하면, 원심은, 이 사건 각 부동산은 원래 국유의 농지개량시설로서 원고 조합이 법 제16조의 규정에 따라 피고(국)로부터 이관받아 그 소유권을 취득하였다는 원고의 주장에 대하여, 이를 인정한 증거가 없을 뿐만 아니라 법 제16조의 규정에 의한 권리의무의 포괄승계는 농지개량조합이 농지개량시설을 그 설치자로부터 이관받는 것을 전제로 하는데 이 사건 저수지나 도수로 등은 피고가 아닌 원고 조합의 전신인 우두수리조합이 설치한 것이므로 그 설치자가 아닌 피고로서는 이를 이관할 지위에 있지 아니하였다는 이유로 위 주장을 배척하였다.
그러나 법의 시행과 함께 기존의 토지개량조합의 지위를 승계한 원고가 그 전신인 우두수리조합이 설치한 저수지나 도수로 등을 법률상 당연히 인수하였고, 그 부지의 소유권이 당해 농지개량시설의 설치에 관하여 피고에게 발생된 경우라면, 별도의 이관절차를 거칠 필요 없이 법 시행과 동시에 법 제16조의 규정에 의하여 그 부지의 소유권이 피고로부터 원고에게로 법률상 당연히 이전되는 것이므로 피고는 원고에게 법 시행일인 1970. 1. 29. 이관을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행할 의무가 있다고 할 것인바, 이와 다른 견해에서 이 사건 각 부동산의 소유권이 농지개량시설의 설치에 관하여 피고에게 발생하게 된 것인지 여부에 관하여 심리하지 아니한 채 원고의 위 주장을 배척한 원심의 조치에는 법 제16조에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 것이고, 다만 원고 조합의 청사는 그 자체로 농지개량시설이 아닐 뿐더러 그 부지인 원심 판시 별지목록 제1호 기재 부동산(이하 '이 사건 제1부동산'이라 한다)에 대한 소유권이 농지개량시설의 설치에 관하여 피고에게 발생한 것으로 여겨지지도 아니하므로 적어도 이 사건 원심 판시 제1부동산에 관한 한 그 소유권이 법 제16조의 규정에 의하여 원고에게 이전되었다고 볼 수 없을 것이고, 따라서 법 제16조에 관한 법리오해의 위법을 주장하는 논지는 이 사건 제1부동산을 제외한 나머지 부동산에 관하여서 이유 있다.
나. 상고이유 제1점에 대하여
(1) 원심판결의 이유에 의하면, 원심은, 취득시효에 있어서 점유기간 중에 당해 부동산의 소유권자에 변동이 있는 경우에는 취득시효를 주장하는 자가 임의로 기산점을 선택하거나 소급하여 20년 이상 점유한 사실만 내세워 시효완성을 주장할 수 없으며 또한 취득시효완성을 원인으로 토지의 소유권을 취득하기 위하여는 그로 인하여 소유권을 상실하게 되는 취득시효완성 당시의 소유자를 상대로 소유권이전등기청구를 하는 방법에 의하여야 한다고 전제한 다음, ① 이 사건 위 제1부동산은 원래 소외인 명의로 사정된 토지로서 이를 1927. 2. 8.경부터 점유하여 온 원고가 1947. 2. 8. 그에 관한 취득시효가 완성되었지만 1987. 4. 20.에야 비로소 피고 명의의 소유권보존등기가 경료되었고, ② 원심 판시 별지 부동산목록 제5호 및 제7호 내지 제14호 기재 각 부동산도 원래 다른 개인 명의로 사정된 후 원고의 전신인 우두수리조합이 1927. 12. 30. 설치한 도수로의 일부 부지로서 그에 관한 취득시효가 1947. 12. 30. 완성되었으나 피고가 그에 대한 소유권보존등기를 1979. 9. 27.부터 1987. 12. 11. 사이에야 경료하였으므로, 위 각 부동산들에 관하여 피고를 취득시효가 완성될 당시의 소유자라고 할 수 없다는 이유로, 1990. 1. 29. 취득시효완성을 원인으로 그 소유권이전등기절차이행을 구하는 원고의 이 사건 청구를 배척하였다.
그러나 의용민법 제239조와 민법 제252조 제2항의 규정에 의하여 무주의 부동산은 선점과 같은 별도의 절차를 거침이 없이 그 자체로 국유에 속하므로(대법원 1997. 11. 28. 선고 96다30199 판결 참조), 국유재산법 제8조 및 같은법시행령 제4조에서 무주의 부동산을 국유재산으로 취득하는 절차를 규정하고 있으나 이는 단순히 지적공부상의 등록절차에 불과하고 이로써 권리의 실체관계에 영향을 주는 것은 아니며, 6·25 사변 당시 지적공부가 멸실되었다가 복구되어 그에 따른 소유권보존등기가 경료되었다고 하여 그 등기시부터 등기명의자가 소유권자가 되는 것은 아니라고 할 것인바, 기록에 의하면, 피고는 이 사건 위 제1부동산에 관하여는 무주부동산에 관한 국유재산법 제8조 소정의 절차에 따라 1987. 4. 20. 그 소유권보존등기를 마쳤고, 위 제5호 및 제7호 내지 제14호 부동산에 관하여는 그 지적공부가 6·25 사변 당시 멸실되었는데 그 토지대장들을 복구하여 그에 터잡아 1979. 9. 27.부터 1987. 12. 11. 사이에 각각 피고 명의의 소유권보존등기를 경료한 사실을 엿볼 수 있는바, 사실관계가 이와 같다면 피고가 위 각 부동산을 그 보존등기시에 비로소 소유권을 취득하였다고 볼 수 없고, 따라서 위 각 부동산에 관한 원고의 취득시효완성 시점이 원심 판시와 같다고 하더라도 당해 부동산의 소유권이 피고에게 귀속된 시점을 따져 보지 아니한 채 피고가 취득시효가 완성될 당시 형식적인 등기명의자가 아니라는 이유만으로 원고의 취득시효의 주장을 배척한 원심의 조치에는 취득시효의 완성으로 인한 소유권이전등기청구의 상대방에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 것이다.
또한 취득시효에 있어서 자주점유의 요건인 소유의 의사는 객관적으로 점유 취득의 원인이 된 점유권원의 성질에 의하여 그 존부를 결정하여야 하는 것이나, 다만 점유권원의 성질이 분명하지 아니한 때에는 민법 제197조 제1항에 의하여 점유자는 소유의 의사로 점유한 것으로 추정되는바(대법원 1997. 8. 21. 선고 95다28625 전원합의체 판결, 1983. 7. 12. 선고 82다708, 709, 82다카1792, 1793 전원합의체 판결 등 참조), 구 조선토지개량령(1927. 12. 28. 제령 제16호로 제정되었다가 1962. 1. 21. 토지개량사업법의 시행으로 폐지되었음) 제1조, 제2조 및 제23조의 규정에 의하면 수리조합이 관개배수에 관한 공사를 실시함에 있어서 국유에 속하던 기존의 도로·제방·구거·유지 등을 폐지하는 한편 그에 대신할 새로운 도로·제방·구거·유지 등을 개설하는 경우에는 그 새로운 관개시설을 무상으로 국유지에 편입하도록 규정하였던 점에 비추어 볼 때, 위 각 부동산이 원고의 전신인 위 우두수리조합이 설치한 도수로의 부지라고 하더라도 설치 당시부터 그 소유권이 나라에 유보되어 있었다면 권원의 성질상 위 수리조합의 점유를 소유의 의사에 기한 점유로 보기 어렵다고 할 것이고, 오히려 처음에는 타주점유가 성립하였다가 앞서 본 법이 시행된 때로부터 법 제16조의 규정에 의하여 그 점유가 자주점유로 전환되었다고 봄이 상당할 것이다.
그러함에도 원심이 이러한 점유권원의 성질을 따져 보지 아니한 채 곧바로 원고의 전신인 위 우두수리조합의 위 제5호 및 제7호 내지 제14호 부동산에 대한 점유가 당초부터 소유의 의사로 이루어진 것으로 추정한 것 역시 취득시효의 자주점유의 추정에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 것이다. 논지는 이유 있다.
(2) 원심판결의 이유에 의하면, 원심은 거시 증거에 의하여, 원심 판시 별지 부동산목록 제4기재 부동산은 사정 당시 그 지목이 지소(지소)인 국유의 토지로서 원고의 전신인 위 우두수리조합이 이를 점유하기 이전부터 이미 그 현황이 물이 고이는 지소 또는 유지라고 인정한 다음, 이는 자연의 상태 그대로 원래 공공용으로 제공된 행정재산으로서 시효취득의 대상에서 제외된다고 판단하였는바, 기록에 의하면 원심의 이러한 조치는 수긍이 가고, 거기에 소론과 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 행정재산에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유 없다.
2. 다음 피고의 상고이유를 본다.
가. 상고이유 제2점에 대하여
시효취득의 대상이 될 수 없는 자연공물이란 자연의 상태 그대로 공공용에 제공될 수 있는 실체를 갖추고 있는 것을 말하므로(대법원 1994. 8. 12. 선고 94다12593 판결 참조), 원래 자연상태에서는 전·답에 불과하였던 토지를 원고의 전신인 우두수리조합이 그 위에 저수지 또는 도수로를 축조한 경우에는 이들 시설들을 자연공물이라고는 할 수 없을 뿐만 아니라 국가가 직접 공공목적에 제공한 것이 아니므로 비록 일반공중의 공동이용에 제공된 것이라고 하더라도 국유재산법상의 행정재산이나 보존재산에 해당하지 아니하므로 취득시효의 대상이 된다고 할 것인바, 같은 취지로 보이는 원심 판단은 정당하고, 거기에 소론과 같은 자연공물에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지도 이유 없다.
소론이 들고 있는 대법원 1994. 8. 12. 선고 94다12593 판결 및 대법원 1994. 5. 10. 선고 93다24442 판결은 모두 이 사건과는 사안을 달리하는 것으로 여기에 원용하기에 적절치 않다.
나. 상고이유 제1점에 대하여
원심은 거시 증거에 의하여 원심 판시 별지 부동산목록 제2호 및 제3호 기재 각 부동산은 사정 당시 미등록 토지로서 위 우두수리조합이 1954년경 송암저수지를 축조할 때 그 저수지의 부지로 편입되었고, 같은 목록 제6호 기재 부동산은 국유로 사정받은 토지로서 위 수리조합이 1927. 12. 30. 관내 구역의 도수로 설치공사를 실시할 때 그 도수로에 포함된 부지인 사실, 원고는 위 각 부동산은 위 저수지 또는 도수로의 부지로 편입된 이래 이를 유지·관리하여 온 사실을 인정한 다음, 원고가 이들 부동산을 소유의 의사로 선의·평온 및 공연하게 점유한 것으로 추정된다고 보아 위 제2호 및 제3호 부동산에 관하여는 각 1977. 12. 30., 위 제6호 기재 부동산에 관하여는 1947. 12. 30. 각 취득시효가 완성되었다고 판단하였다.
그러나 위 1.의 나.(1)항에서 본 바와 같이 위 각 부동산이 위 우두수리조합이 설치한 저수지 또는 도수로의 부지라고 하더라도 설치 당시 그 소유권이 나라에 유보되어 있었다면 법이 시행되기 전까지는 권원의 성질상 위 조합의 그 부지에 관한 점유를 소유의 의사에 기한 점유로 보기 어렵다고 할 것이고, 따라서 이와 다른 입장에서 원고가 피고에 대하여 위 각 부동산에 관하여 위와 같은 취득시효완성을 원인으로 한 소유권이전등기청구권을 가진다고 본 원심 판단에는 취득시효의 자주점유의 추정에 관하여 판결에 영향이 있는 법리오해의 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적한 논지는 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.