분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산·부채로 구성된 사업부문을 적격분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우에는, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조 제1항 제6호, 법인세법 제46조의3 제3항 제1호, 제6항, 법인세법 시행령 제82조의4 제7항의 문언 내용과 입법 취지, 그리고 지배목적으로 보유하는 주식은 기업지배라는 사업의 성격상 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되는 것이므로 매각에 의한 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과는 목적과 기능에서 구별되는 점, 지배목적 보유 주식으로 구성된 사업부문의 경우에 유형자산 외에 당초 승계받은 주식의 대부분을 매각한 때에도 사업의 계속성과 연속성을 부정하는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때, 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단할 때에는 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 한다. 그리고 적격분할 과세특례에 대한 사후관리는 적격분할의 요건에 상응하는 것으로서 기업 전체적으로 회사분할이라는 조직변경에 불구하고 사업이 계속되는지를 확인하기 위한 것이므로, 폐지 역시 위 규정의 문언과 취지에 따라 개별 사업부문이나 개별 사업장이 아닌 승계받은 사업 전체를 기준으로 판단하여야 한다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제6호는 적격분할에 대한 과세특례로서 ‘법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할’로 인하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하되, 그 단서에서 ‘법인세법 제46조의3 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우’에는 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 법인세법 제46조의3 제3항 제1호는 추징사유의 하나로 ‘분할신설법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우’를 들고 있으며, 같은 조 제6항의 위임에 따라 사업의 폐지에 관한 판정기준을 정하고 있는 법인세법 시행령 제82조의4 제7항은 적격합병에 관한 법인세법 시행령 제80조의4 제8항을 준용하여 ‘승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다’고 규정하고 있다.
분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산·부채로 구성된 사업부문을 적격분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우에는, 앞서 본 규정의 문언 내용과 입법 취지, 그리고 지배목적으로 보유하는 주식은 기업지배라는 사업의 성격상 그 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되는 것이므로 매각에 의한 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과는 그 목적과 기능에 있어서 구별되는 점, 지배목적 보유 주식으로 구성된 사업부문의 경우에 유형자산 외에 당초 승계받은 주식의 대부분을 매각한 때에도 그 사업의 계속성과 연속성을 부정하는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때, 그 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단함에 있어서 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 한다. 그리고 적격분할 과세특례에 대한 사후관리는 적격분할의 요건에 상응하는 것으로서 기업 전체적으로 회사분할이라는 조직변경에 불구하고 그 사업이 계속되는지를 확인하기 위한 것이므로, 그 폐지 역시 위 규정의 문언과 취지에 따라 개별 사업부문이나 개별 사업장이 아닌 승계받은 사업 전체를 기준으로 판단하여야 한다.
2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 2011. 9. 30. 주식회사 성진상사(이하 ‘성진상사’라고 한다)로부터 인적분할되어 부동산 매매·임대업, 유가증권투자업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.
나. 원고는 성진상사의 ‘모든 투자자산’과 ‘서울 소재 모든 재산’의 사업부문을 분할대상으로 한 분할계획에 따라 약 15억 원 상당의 이 사건 각 토지 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)과 장기금융상품 외에도 약 200억 원 상당의 케이피엑스홀딩스 주식회사, 주식회사 진양홀딩스 등이 발행한 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)을 이전받았고, 적격분할로 승인되어 구 조세특례제한법 규정에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득세를 면제받았다.
다. 원고는 약 9개월 뒤인 2012. 6. 21. 케이피엑스홀딩스 주식회사에 이 사건 부동산을 매도하고 다른 부동산을 취득하였으며, 이에 피고는 원고가 성진상사로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하여 사업을 폐지한 것으로 보아 당초 면제하였던 취득세 등을 추징하는 이 사건 처분을 하였다.
라. 한편 이 사건 주식은 케이피엑스홀딩스 주식회사 등 원고의 100% 지분권자인 소외인이 지배하는 계열사들이 발행한 주식으로서 성진상사가 오랜 기간 보유하여 왔고, 원고는 이 사건 주식을 성진상사로부터 승계받은 후 그중 일부를 처분하기도 하였으나 대부분을 보유하면서 다른 계열사 주식을 추가로 취득하기도 하였다.
3. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 성진상사는 계열사 지배목적에 따라 오랜 기간 이 사건 주식을 보유하여 왔고, 원고는 그 주식으로 구성된 사업부문을 적격분할의 요건을 갖추어 성진상사로부터 승계받은 것으로 볼 여지가 충분하므로, 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단할 때에도 이 사건 주식의 가액을 성진상사로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 그 2분의 1 이상을 처분하였는지를 살펴보아야 하고, 원고가 임대사업에 사용하던 이 사건 부동산을 처분하였더라도 승계받은 사업 전체가 아닌 임대사업부문이나 그 사업장만을 기준으로 판단할 수는 없다.
그런데도 원심은 이러한 사정을 구체적으로 심리·판단하지 아니한 채 개별 사업장만을 기준으로 사업의 폐지 여부를 판단하여야 한다는 잘못된 전제에서, 원고가 이 사건 부동산을 처분함으로써 승계한 모든 고정자산을 처분하였고, 이 사건 주식의 보유와 원고가 승계한 사업 사이에 밀접한 관련성을 인정할 자료도 없다는 이유로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 주장을 배척하였다. 이러한 원심의 판단에는 적격분할의 사후관리 요건으로서 사업 폐지의 판정 기준에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.