[1] 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제1호, 제15조 제2항, 제24조 제4항에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다.


[2] 갑 주식회사가 계열사 을 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 합병일의 합병신주 가액과 피합병법인 순자산 공정가액의 차액을 회계장부에 영업권으로 계상하였으나, 법인세 신고 시에는 세법상 영업권에 해당하지 않는다고 보아 스스로 영업권 감가상각 부인 등 세무조정을 하였는데, 과세관청이 위 금액이 세법상 영업권에도 해당한다는 전제에서 합병평가차익으로 익금에 산입하고 매년 감가상각을 해야 한다고 보아 갑 회사에 법인세 등 부과처분을 한 사안에서, 제반 사정에 비추어 갑 회사가 회계장부에 영업권으로 계상한 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인인 을 회사의 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없어 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않을 뿐만 아니라 합병 신주의 가치가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다고 한 사례.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

이유
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서 등은 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
1. 사건 개요와 쟁점
가. 사건 개요
(1) 원고는 2007. 5. 1. 동부일렉트로닉스 주식회사(이하 ‘동부일렉트로닉스’라 한다)를 흡수합병하고 약 2,930억 원을 회계장부에 영업권으로 계상하였으나, 법인세 신고 시에는 세법상 영업권에 해당하지 않는 것으로 세무조정 처리를 하였다.
(2) 피고는 위 금액이 세법상 영업권에도 해당한다는 전제에서 합병평가차익으로 익금에 산입하고 매년 감가상각을 해야 한다고 보아, 2013. 3. 12. 원고에게 2007 사업연도 법인세 약 671억 원(가산세 포함) 등을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
(3) 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하였고, 제1심과 원심은 원고승소 판결을 하였다. 회계장부에 계상된 영업권은 기업회계기준에 따른 것에 불과하고 실제 피합병법인의 무형적 자산에 대한 사업상 가치 평가가 있었다고 볼 수 없어 세법상 영업권에 해당하지 않는다는 점 등을 이유로 들었다.
나. 쟁점
이 사건의 쟁점은 법인 합병의 경우 세법에서 영업권을 인식하여 그 가액을 합병평가차익으로 과세할 수 있는 요건이 무엇인가이다. 즉, 기업회계상 합병대가가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 것만으로 충분한지, 아니면 실제 무형자산에 대한 사업상 가치 평가가 있을 것을 요건으로 하는지, 그러한 세법상 사업상 가치 평가 여부를 판단하는 기준은 무엇인지 등이다.
피고는 상고이유에서 기업회계기준에 따라 회계장부에 영업권을 계상한 경우에는 곧 세법상으로도 영업권에 대한 평가가 있었다고 보아 합병평가차익으로 과세되어야 한다고 주장한다. 합병대가가 피합병법인이 보유하던 순자산가액을 초과하면 그 차액을 세법상 영업권에 대한 대가로 보아야 하고, 판례도 그와 같다는 것이다.
2. 법령 규정과 그 해석
가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다[제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호]. 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).
나. 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.
(1) 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.
세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 ‘영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건’은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.
(2) 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.
(3) 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유·무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금[구 법인세법 제16조 제1항 제2호 (가)목] 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.
3. 이 사건에서 영업권의 가액을 합병평가차익으로 과세할 수 있는지에 관하여 본다.
가. 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음의 사실을 알 수 있다.
(1) 원고는 2007. 2. 16. 동일 그룹 내 계열사로서 반도체와 관련기기 제조판매업을 영위하던 동부일렉트로닉스를 흡수합병하기 위한 이사회결의를 거쳐 2007. 5. 1. 합병을 실행하고 2007. 5. 3. 합병등기를 마쳤다. 관련 법령 규정에 따라 평가기준일인 2007. 2. 15. 상장법인인 원고와 동부일렉트로닉스의 주가를 기준으로 합병비율을 산정하였고, 합병 신주 이외에 합병교부금은 따로 지급되지 않았다.
(2) 원고는 기업회계기준에 따라 합병일의 합병신주 가액과 피합병법인 순자산 공정가액의 차액인 약 2,930억 원을 영업권으로 회계장부에 계상하였으나, 2007 사업연도 법인세를 신고할 때에는 위 차액이 세법상 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 스스로 영업권 감가상각 부인 등 세무조정을 하였다.
(3) 합병 무렵 동부일렉트로닉스는 자본잠식 상태가 지속되어 2006년 말 당기순손실이 약 3,330억 원, 누적결손금이 약 3,438억 원에 이르렀고, 반도체 산업 분야의 경쟁 기업들과 비교하여 기술력, 영업력 등이 취약하여 도산의 우려조차 있었다. 당시 원고는 같은 동부그룹 내에서 상대적으로 재무구조가 건전하고 지속적인 이익을 내고 있어 동부일렉트로닉스는 원고의 합병을 통하여 위기를 넘기게 되었다.
나. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인인 동부일렉트로닉스의 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 이처럼 법인 합병의 경우 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추지 못하였으므로, 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다. 상고이유에서 들고 있는 판례는 영업권의 평가방법의 적절성에 관한 것으로서 이 사건 쟁점과 직접적인 연관이 없다.
일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있다. 합병법인 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병 신주의 가치가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다.
원심의 판단은 위 법리에 기초한 것으로서, 상고이유 주장과 같이 구 법인세법령상 영업권의 개념과 자산 인정 요건, 증명책임 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
4. 결론
피고의 상고는 이유 없어 이를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.