[1] 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제41조의 부당행위계산부인 규정은, 거주자의 실제 행위 또는 계산이 법률상 유효·적법하고 회계상 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것 및 2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항 각 호에서 정한 특수관계자 간의 거래로서 객관적으로 같은 조 제2항 각 호에서 정한 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 세법상 이를 부인하여 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산함으로써 공평과세를 실현하고자 함에 그 취지가 있다. 따라서 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 거래관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 충분하고 반드시 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니다.


[2] 납세의무자가 특수관계자에게 토지에 관한 지상권을 설정하여 주고 그 대가로 받은 지료의 연수익률이 과세기간 동안의 정기예금이자율에 비해 현저하게 낮은 경우, 납세의무자가 그 토지를 특수관계자에게 저가로 제공함으로써 종합소득세 및 부가가치세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정된다고 한 사례.


[3] 부가가치세법 제13조 제1항 제3호의2, 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항, 제52조 제1항에 의하면, 사업자가 특수관계에 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 사용하도록 한 경우에 과세표준이 되는 그 용역의 시가는 사업자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역 내의 부동산에 대한 적정거래가능가격 등을 참작하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 하며, 그 시가에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함된다.


[4] 인근 유사토지에 대한 실제 임대사례가 없어 2002. 12. 30. 개정된 부가가치세법 시행령 제50조 제1항(2003. 1. 1.부터 시행)을 준용하여 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식인 ‘토지의 공시지가의 50%에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 1999년 제1기부터 2002년 제2기까지의 부동산임대용역의 과세표준 시가를 산정한 것이, 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액을 시가로 산정한 것이라고 한 사례.


[5] 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항 제1호, 제3항, 제21조 제1항 제9호 규정들을 종합하여 보면, ‘부동산임대소득’은 부동산에 지역권·지상권을 제외한 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가로 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 의미한다.


[6] 지상권에 있어서 지료의 지급은 그 요소가 아니므로 지료에 관한 약정이 없으면 지료의 지급을 구할 수 없으나 그 약정이 있는 이상 토지소유자는 지료에 관한 등기 여부에 관계없이 지상권자에 대하여 그 약정된 지료의 지급을 구할 수 있고 다만 등기가 되어 있지 않다면 지상권을 양수한 사람 등 제3자에게 대항할 수 없을 뿐이므로, 당사자 사이에 지상권을 설정하고 지료에 관한 약정이 있었던 이상 그 지료액 또는 지급시기를 등기하지 않았다고 하더라도 토지소유자가 지급받는 지료는 계속적·정기적으로 지급받는지 여부에 상관없이 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제9호에서 정한 기타소득에 해당한다.
주문
원심판결 중 각 종합소득세 부과처분과 1999년 제1기 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 피고 삼성세무서장에 대한 나머지 상고를 기각한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 제1, 2점에 대하여
구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조의 부당행위계산부인 규정은 거주자의 실제 행위 또는 계산이 법률상 유효·적법하고 회계상 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것 및 2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항 각 호 소정의 특수관계자 간의 거래로서 객관적으로 같은 조 제2항 각 호 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 세법상 이를 부인하여 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산함으로써 공평과세를 실현하고자 함에 그 취지가 있다. 따라서 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 거래관행에 비추어 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 충분하고 반드시 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니며 ( 대법원 2004. 10. 28. 선고 2004두4772 판결 등 참조), 한편 부가가치세법 제13조 제1항 제3호의2(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호도 같은 내용이다)가 부당하게 낮은 대가를 받고 용역을 공급한 경우 그 용역의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 삼도록 규정한 것도 사업자가 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 부당하게 조세를 회피하는 것을 막고자 함에 그 취지가 있다( 대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570 판결 등 참조).
원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 특수관계자인 소외 주식회사에게 이 사건 토지에 관한 지상권을 설정하여 주고 이 사건 과세기간(1999년부터 2003년까지) 동안 그 대가로 지급받은 연 5,000만 원(이하 ’이 사건 지료‘라 한다)의 연수익률은 이 사건 토지의 공시지가를 기준으로 할 때 0.57% 내지 0.81%에 불과하고, 같은 기간에 속하는 정기예금이자율인 7.50%(1999. 1. 1. 기준) 및 4.20%(2002. 1. 1. 기준)와 비교하더라도 현저하게 낮은 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 소외 주식회사에게 저가로 제공함으로써 종합소득세 및 부가가치세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정된다고 판단하고, 나아가 ‘이 사건 토지의 인접지역 내의 토지에 대한 유사거래사례가 있으므로 그 거래가격을 기준으로 시가를 산정하여야 한다’는 취지의 원고 주장에 대하여는 그 주장의 서울 강남구 역삼동 (지번 1 생략) 토지 및 같은 동 (지번 2 생략) 토지는 이 사건 토지와 비교하여 그 위치, 이용현황 등에 있어 차이가 커서 위 각 토지에 대한 임대사례를 이 사건과 유사한 거래사례로 볼 수 없다는 이유로 배척하였는바, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면 위와 같은 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 부당행위계산의 부인에 관한 법리오해나 채증법칙 위배 등의 위법이 없다.
2. 제3점에 대하여
부가가치세법 제13조 제1항 제3호의2, 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항, 제52조 제1항에 의하면, 사업자가 특수관계에 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 사용하도록 한 경우에 있어 과세표준이 되는 그 용역의 시가는 사업자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역 내의 부동산에 대한 적정거래가능가격 등을 참작하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 하며, 그 시가에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함된다고 할 것이다 ( 대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570 판결 등 참조).
원심은, 피고 삼성세무서장이 1999년 제1기부터 2002년 제2기까지의 과세기간 동안 원고가 소외 주식회사에게 공급한 부동산임대용역의 과세표준인 시가를 산정함에 있어 2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정된 부가가치세법 시행령 제50조 제1항(2003. 1. 1.부터 시행)을 준용하여 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식인 ‘이 사건 토지의 공시지가의 50%에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 그 시가를 삼은 것은, 외형상 위 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 규정을 소급적용한 것처럼 보이지만 통상 공시지가는 실지거래가액보다는 저액이고 거래과정에서 다양한 계약조건에 따라 임료가 감액되더라도 일반적인 자본수익률의 기준으로 사용되는 정기예금이자율의 50%보다 아래로 임료가 감액되는 경우를 상정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지의 인근 유사토지에 대한 실제 임대사례가 없는 이 사건에 있어 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 볼 수 있으므로, 위와 같이 2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정된 부가가치세법 시행령 제50조 제1항이 시행되기 이전에도 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방식에 따라 산출한 금액을 부동산임대용역의 시가로 삼을 수 있다고 판단하였는바, 관계 법령 및 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 위와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 조세법령 불소급의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
3. 제4점에 대하여
구 소득세법 제18조 제1항 제1호는 부동산임대소득 중 하나로 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득을 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항의 대여라 함은 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가를 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 제21조 제1항 제9호는 기타소득 중 하나로 지역권·지상권을 설정 또는 대여하고 받는 금품( 2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 구 소득세법 제21조 제1항 제9호는 ‘지역권·지상권을 대여하고 받은 금품’이라고 규정하고 있다)을 규정하고 있는바, 위 규정들을 종합하여 보면 부동산임대소득은 부동산에 지역권·지상권을 제외한 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가로 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 의미하고( 대법원 2006. 5. 25. 선고 2004두10241 판결 참조), 한편 지상권에 있어서 지료의 지급은 그 요소가 아니므로 지료에 관한 약정이 없으면 지료의 지급을 구할 수 없으나 그 약정이 있는 이상 토지소유자는 지료에 관한 등기 여부에 관계없이 지상권자에 대하여 그 약정된 지료의 지급을 구할 수 있고 다만 등기가 되어 있지 않다면 지상권을 양수한 사람 등 제3자에게 대항할 수 없을 뿐이므로( 대법원 1999. 9. 3. 선고 99다24874 판결 등 참조), 당사자 사이에 지상권을 설정하고 지료에 관한 약정이 있었던 이상 그 지료액 또는 지급시기를 등기하지 않았다고 하더라도 토지소유자가 지급받는 지료는 계속적·정기적으로 지급받는지 여부에 상관없이 구 소득세법 제21조 제1항 제9호 소정의 기타소득에 해당한다고 할 것이다.
그럼에도 원심은, 기타소득 중 지상권을 설정하고 받는 금품은 지상권설정시 그 대가로 1회적으로 받는 금품에 한한다고 전제한 후, 원고가 1994. 6. 1. 소외 주식회사와 사이에 이 사건 토지에 관한 지상권설정계약을 체결한 이래 약 10년 동안 지료 명목으로 매년 일정한 금원을 지급받아 왔을 뿐만 아니라 그 과정에서 1996. 12. 31. 당초의 지상권설정계약 내용을 변경하여 그 지료를 연 5,000만 원으로 증액하기로 약정하였음에도 이에 따른 지료변경등기절차를 마치지 않았던 것에 비추어 볼 때 원고가 소외 주식회사로부터 지급받은 이 사건 지료는 그 명칭에도 불구하고 부동산임대소득에 해당한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 구 소득세법 제21조 제1항 제9호 소정의 기타소득에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
4. 직권 판단
구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고( 제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 10년( 제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년( 제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다( 대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조).
원심이 채택한 증거에 의하면, 원고는 1999년 제1기 부가가치세 과세표준을 그 법정신고기한 내에 신고한 사실을 알 수 있는바, 원고가 사기 기타 부정한 행위로써 1999년 제1기 부가가치세를 포탈하였다고 볼 수 없는 이 사건에 있어서 이에 대한 부과제척기간은 5년이라고 봄이 상당하고, 그 기산일은 1999년 제1기 부가가치세 과세표준의 신고기한 다음날인 1999. 7. 26.이므로 그로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2004. 8. 31. 이루어진 1999년 제1기 부가가치세 부과처분은 그 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효라고 할 것이다.
그럼에도 원심은 이 점을 간과한 채 그 판시와 같은 이유로 1999년 제1기 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 국세부과의 제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
5. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 대하여 판단할 필요없이 원심판결 중 각 종합소득세 부과처분과 1999년 제1기 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 피고 삼성세무서장에 대한 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.