가. 구 조세감면규제법 제4조 제3항(1980.12.5. 법률 제3275호로 삭제되기 전의 것)에 의하여 법인세면제대상으로 규정된 재정증권과 통화안정증권의 이자 및 할인발행으로 인한 소득이 총수입을 말하는 것인지 필요경비를 공제한 순수입을 말하는 것인지에 관하여 같은법조에 별다른 규정을 하고 있지 않으나 법인세법시행령(1981.12.31. 대통령령 제10666호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항, 제3항에 의하면, 통화안정증권의 이자 및 할인발행으로 인한 소득을 계산함에 있어서도 같은법시행령의 규정에 의하여야 할 것인 바, 이에 의하면 그 소득이란 이에 대응하는 필요경비를 공제한 순수입금액을 의미한다.


나. 조세감면규제법에 의하여 통화안정증권의 이자수입에 대한 법인세가 면제된 것이 1978.사업년도부터이고 1978년과 1979년 두차례에 걸쳐 필요경비를 공제하지 아니한 총수입을 소득으로 보아 면제세액을 계산한 예가 있었더라도, 이것이 관계법령의 해석의 잘못으로 인한 것일 뿐 다른 특별한 사정도 없다면 과세의 관행이 성립되었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 1980.사업년도 귀속 통화안정증권 이자소득에 대하여 순수입을 기초로 면제세액을 계산한 부과처분이 관계법령의 해석에 합치된 이상 그 부과처분을 종전의 과세관행에 어긋나는 소급과세로서 위법하다거나 신의성실의 원칙에 반한다고 할 수 없다.


다. 소득에 관한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국 간의 협약 제6조(3), 이에 기한 교환공한 1 (3)(b)의 규정내용에 의하면 일본은행의 국내지점 경비액 중 전체총거래금액에 대하여 비과세거래금액이 차지하는 비율에 상당하는 부분은 지점경비에 배부되는 대상에서 제외되어야 할 것이므로 이에 해당하는 금원은 손금부인되어야 한다.


라. 수출환어음의 수익이 수수료의 성격을 띤 것이고 이자 또는 할인액에 해당하지 않는다면 그 수출환어음은 구 조세감면규제법 제15조 제6항 제1의3(1981.12.31. 법률 제3481호로 개정되기 전)의 규정에 의하여 이자 또는 할인액에 대한 소득세 또는 법인세가 면제되는 외화표시어음에 포함되지 않는다.


마. 법인이 법인세과세표준과 세액을 신고한 결과 산출세액을 초과한 기납부세액을 정부로부터 환급받아간 후, 정부가 당초 신고에 의한 세액을 경정함으로써 미납부세액이 발생하게 된 경우 미납부가산세를 산출함에 있어서 적용할 기간은 과세표준신고일부터 기산하여야 하고, 과세표준신고일로부터 기납부세액을 환급받아간 기간동안을 가산세의 가산기간에서 제외시킬 수는 없다.
주문
상고를 기각한다.
상고비용은 원고의 부담으로 한다.

이유
상고이유 제(1)점을 본다.
구 조세감면규제법 제4조 제3항(1980.12.5. 법률 제3275호로 삭제되기 전의 것)은 재정증권법의 규정에 의하여 발행하는 재정증권과 한국은행 통화안정증권법의 규정에 의하여 발행하는 통화안정증권의 이자 및 할인발행으로 인한 소득에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐, 이 소득이 총수입을 말하는 것인지 필요경비를 공제한 순수입을 말하는 것인지에 관하여는 별다른 규정을 하고 있지 않는데, 한편 법인세법시행령(1981.12.31.대통령령 제10666호로 개정되기 전의 법령) 제11조 제1항은 법 제11조의 규정에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 산출세액에 당해 면제소득이 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 면제한다고 규정되어 있고 제3항은 다른 법률에 의하여 법인세가 면제 또는 감면되는 경우에도 그 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 위 제1항의 규정을 준용하여 감면세액을 정한다고 규정하고 있으므로, 통화안정증권의 이자 및 할인발행으로 인한 소득을 계산함에 있어서도 위 법인세법시행령 제11조 제3항의 규정에 의하여야 할 것인 바( 당원 1987.2.24. 선고 86누3 판결; 1987.6.23. 선고 86누349 판결), 이에 의하면 위 통화안정증권의 이자 및 할인발행으로 인한 소득이란 이에 대응하는 필요경비를 공제한 순수입금액을 의미한다 할 것이다.
또 조세감면규제법에 의하여 통화안정증권의 이자수입에 대한 법인세가 면제된 것이 1978.사업년도 부터이고 1978년과 1979년 두차례에 걸쳐 필요경비를 공제하지 아니한 총수입을 소득으로 보아 면제세액을 계산한 예가 있었다고 하더라도, 이것이 위와 같은 관계법령의 해석의 잘못으로 인한 것일뿐 다른 특별한 사정도 없는 터에 과세의 관행이 성립되었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라( 대법원 1987.8.18. 선고 86누537 판결 참조), 이 사건 부과처분이 1980.사업년도 귀속 통화안정증권 이자소득에 대한 것으로서 위에서 본 바와 같이 관계법령의 해석에 합치된 이상 이 사건 부과처분을 종전의 과세관행에 어긋나는 소급과세로서 위법하다거나 신의성실의 원칙에 반한다고도 할 수 없으며, 재정증권에 대하여 그 소득을 총수입금을 기준으로 계산하여 법인세를 면제하여 왔다고 하더라도 통화안정증권 이자수입에 대하여도 이에 따라야 한다고 볼 수 없고, 통화안정증권의 이자소득을 필요경비를 공제한 순수입으로 해석한다고 해서 이에 대한 법인세를 면제하도록 한 취지에 어긋난다고 할 수도 없으므로 논지는 모두 이유없다.
상고이유 제(2)점을 본다.
소외 한국종합화학주식회사가 1980.5.7. 옥탄올공장건설을 위하여 원고 은행 서울지점이 아닌 원고 은행 본점으로부터 외자도입법에 의한 5백만불의 차관도입을 한 것이므로 그 대출소득이나 대응경비도 본점에 귀속된다고 한 원심의 사실인정과 판단은 정당하고 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법은 없다.
논지 이유없다.
상고이유 제(3)점을 본다.
소득에관한조세의이중과세회피및탈세방지를위한대한민국과일본국간의협약 제6조(3)은 원고 은행 본점의 지점경비 배부와 지점경비 자체의 기준을 제시하고 있으며, 이에 기한 교환공한 1 (3)(b)는 원고 은행 서울지점 경비의 처리에 관한 기준으로 조세를 제외한 경비액으로서 지점경비로 배부할 수 있는 것은 지점경비액 중 전체 총거래금액에 대하여 비과세거래를 제외한 거래총액이 차지하는 비율에 상당하는 부분의 금액으로 한다고 규정하고 있는 바, 이에 의하면 지점경비액 중 전체총거래금액에 대하여 비과세거래금액이 차지하는 비율에 상당하는 부분은 지점경비에 배부되는 대상에서 제외되어야 할 것이므로, 원심이 이에 해당하는 금 12,918,554원은 손금부인되어야 한다고 한 것은 정당하다고 수긍이 가고 소론과 같은 법리오해의 위법은 없으며 다른 외국은행과 결과적으로 차별되는 결과가 생긴다고 하더라도 이는 양국간의 위 협약의 조항에 따른 결과라 할 것이므로 논지 이유없다.
상고이유 제(4)점을 본다.
구 조세감면규제법 제15조 제6항 제1의3(1981.12.31. 법률 제3481호로 개정되기 전)의 규정에 의하면 "외국환관리법이 정하는 바에 의하여 외국환은행이 인수, 매입 또는 발행하는 외화표시어음에 대한 이자 또는 할인액"에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제하는 것으로 규정되어 있고 위 규정 또는 외국환관리법에서는 외화표시어음이 어느 어음인지를 규정하고 있지 않는 바, 원심판시와 같은 이유로 이 사건 수출환어음의 수익은 수수료의 성격을 띤 것이고 이자 또는 할인액에 해당하지는 않으므로 수출환어음은 위 외화표시어음에 포함하지 않는다 할 것이므로 논지 이유없다.
상고이유 제(5)점을 본다.
법인세법 제41조 제1항 제3호의 규정에 의하면 제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액 100원에 대하여 금융기관의 대출이자율 수준을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율로 계산한 금액을 가산세로 징수하도록 규정하고, 같은 시행령 제113조의3에는 법 제41조 제1항 제3호에 대통령령이 정하는 이자율이라 함은 일변 5전을 말한다고 규정하고 있는 바, 법인이 법인세과세표준과 세액을 신고한 결과 기납부세액이 산출세액을 초과함으로써 정부로부터 그 초과한 기납부세액을 환급받아간 후, 정부의 갱정사유가 발생하여 정부가 당초 신고에 의한 세액을 갱정함으로써 미납부세액이 발생하게 된 경우 미납부가산세를 산출함에 있어서 적용할 기간은 과세표준신고일부터 기산하여야 할 것이고, 과세표준신고일로부터 기납부세액을 환급받아간 기간동안을 가산세의 가산기간에서 제외시킬 수는 없다고 보아야 할 것이다. 왜냐하면 법인세의 과세표준이나 세액은 과세표준신고시에 확정되고 기납부세액이 신고한 세액을 초과하여 환급받게 되는 액수도 그때 확정되는 것인데, 국세기본법 제52조에 의하여 환급금에는 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 국세환급가산금을 가산하여 환급하도록 되어 있어서 원고가 초과납부세액이라고 하여 이미 환급받아간 환급금에는 위와 같은 가산금을 가산하여 환급받아 갔으므로 과세표준신고일에는 신고된 세액을 초과한 원고의 기납부세액은 존재하지 않는 결과가 되었기 때문이다. 논지는 이유없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.