[1] 국토이용관리법상의 토지거래허가지역 내에서의 매매계약 등 거래계약은 관할관청의 허가를 받아야만 그 효력이 발생하며, 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효라 할 것이고, 구 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3항은 양도소득에 있어 자산의 양도라 함은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있어 경제적인 측면에서만 양도소득을 파악하여 이득의 지배관리나 향수를 하고 있는 지위에 있는 것만으로 양도소득이 있다고 판단하여서는 아니되므로, 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서 단지 그 매매대금이 먼저 지급되어 매도인이 이를 보관하고 있다 하여 이를 두고 양도소득의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수는 없다.


[2] 구 소득세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15191호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제2호는 실지거래가액에 의할 경우로 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우를 들고 있고 이에 터잡은 국세청 고시 제1996-16(1996. 2. 15. 고시)은 위 기준으로서 "거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우"를 들고 있는바, '위 거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상'에 해당하는지 여부는 다른 특별한 사정이 없는 한 단일한 매매계약의 대상으로서 각 양도인별로 양도소득세 과세대상에 포함되는 전체 부동산의 양도가액 합계를 기준으로 판단해야 한다.


[3] 과세처분취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 본다.
1. 피고는 이 사건 상고이유로서, 토지거래허가를 얻은 부분과 허가를 얻지 못한 부분으로 계약이 별개로 독립하여 체결 또는 존재하는 것이 아님에도 불구하고 원심이 양 부분이 마치 별개의 매매계약인 양 구분하여 각 그 매매계약의 효력을 판단한 것은 잘못이라고 주장하나, 원심은 토지거래허가 여부에 따라 별개의 매매계약이 된다고 본 것은 아니고, 다만 양도소득세 과세대상인 양도로 인정될 수 있는 부분과 그렇지 않은 부분을 구분하여 판단한 것이므로, 피고의 위 상고이유는 이유 없음이 명백하다.
2. 국토이용관리법상의 토지거래허가지역 내에서의 매매계약 등 거래계약은 관할관청의 허가를 받아야만 그 효력이 발생하며, 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효라 할 것이고(대법원 1991. 12. 24. 선고 90다12243 판결 참조), 구 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3항은 양도소득에 있어 자산의 양도라 함은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있어 경제적인 측면에서만 양도소득을 파악하여 이득의 지배관리나 향수를 하고 있는 지위에 있는 것만으로 양도소득이 있다고 판단하여서는 아니되므로, 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서 단지 그 매매대금이 먼저 지급되어 매도인이 이를 보관하고 있다 하여 이를 두고 양도소득의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수는 없다(대법원 1993. 1. 15. 선고 92누8361 판결 참조).
따라서 원심이 채용 증거를 종합하여, 원고 및 소외 1 외 3인(이하 '원고 등'이라 한다)이 1989. 5. 29. 소외 주식회사 대화아스콘(이하 '소외 회사'라 한다)에게 이 사건 토지를 매도한 뒤 소외 회사가 1989. 5. 29. 그 대금을 모두 지급한 사실, 원고 등은 1990. 10. 18. 이 사건 토지 중 일부에 관하여 토지거래허가를 받고, 1990. 10. 19. 소외 회사를 위하여 판시와 같이 이 사건 토지 전체에 관하여 소외 조흥은행에 대하여 근저당권을 설정해 준 사실, 이 후 원고 등은 1990. 11. 8. 소외 회사에게 위 토지거래허가를 받은 토지 부분에 관하여 소유권이전등기를 경료해 주었으나, 소외 조흥은행이 신청한 경매절차에서 이 사건 토지 전체가 1995. 12. 30. 소외 2에게 낙찰된 사실을 인정한 뒤, 이 사건 토지 전체가 경매절차에서 위 소외 회사 이외의 제3자에게 낙찰됨으로써 토지거래허가를 받지 아니한 부분에 관한 원고 등과 위 소외 회사 사이의 매매계약은 토지허가를 받을 수 없게 되어 확정적으로 무효가 되었다고 할 것이므로, 소외 회사가 그에 대한 매매대금을 모두 지급하였고 위 소외 회사가 이 사건 토지를 담보로 제공하고 금원을 대출받음으로써 이를 사용·수익하였다고 하더라도 이를 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없다고 판단한 것은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 국토이용관리법상 토지거래허가제도에 관한 법리오해, 양도소득세 과세대상인 양도에 관한 법리오해 또는 실질과세 원칙 위배의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 점을 지적하는 상고이유 부분도 이유 없다.
3. 구 소득세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정된 후 1996. 12. 31. 대통령령 제15191호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제2호는 실지거래가액에 의할 경우로 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우를 들고 있고 이에 터잡은 국세청 고시 제1996-16(1996. 2. 15. 고시)은 위 기준으로서 "거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우"를 들고 있는바, '위 거래단위별 양도가액(기준시가)이 금 1억 원 이상'에 해당하는지 여부는 다른 특별한 사정이 없는 한 단일한 매매계약의 대상으로서 각 양도인별로 양도소득세 과세대상에 포함되는 전체 부동산의 양도가액 합계를 기준으로 판단해야 할 것이다.
따라서 이 사건 토지 중 토지거래허가를 받은 부분 중 원고의 지분에 상응하는 양도가액을 산정하여 위 국세청 고시에서 정한 양도가액의 기준인 "금 1억 원"에 미치지 않는다고 한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 실지거래가액 적용에 관한 법리오해로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 수 없다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장 또한 이유 없다.
4. 과세처분취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니라 할 것이다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결 등 참조).
그런데 원심이 이 사건 토지 중 일부의 양도가 과세대상이 될 수 없고, 나머지 부분에 대하여는 실지거래가액을 적용하여 양도가액을 산정한 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 판단한 이 사건에 있어서, 원심판결 및 이 사건 기록에 의하면, 이 사건 양도가액 산정의 기초가 될 기준시가를 충분히 확인할 수 있으므로, 원심으로서는 다른 특별한 사정이 없는 이상 이에 기초하여 정당한 양도가액 및 세액을 산정하여 이를 초과하는 부분에 한하여 취소하였어야 할 것인바, 이와는 달리 원심이, 피고의 고지세액 결정과정에서 공제하지 아니한 원고의 자진신고 납부세액을 양도소득세 총부과액에 합산함이 없이 피고의 내부적 결정액만을 총부과액으로 보면서도, 위 신고납부액이 중복과세에 해당한다는 이유만으로 이 사건 양도소득세 부과처분을 전부 취소한 조치에는 이유모순 또는 부과처분의 취소 범위에 관한 법리오해로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
그리고 이와 관련하여, 조세의 부과결정 또는 경정결정의 고지는 납세고지서에 기재된 객관적인 의미대로 그 효력을 발생함이 원칙이라 할 것이므로, 피고의 내부적 결정이 대외적으로 인식 가능하여 과세처분 해석의 기초로 삼을 수 있다는 점에 관한 자료가 제출되어 있지 않은 이 사건에 있어서는, 1996. 5. 16.자 증액경정처분에 의한 양도소득세 총세액을 금 130,135,160원으로 보는 등 과세처분의 객관적 내용을 달리 볼 여지가 있으므로, 원심으로서는 이 점에 관하여 좀더 심리·판단하여 과세처분의 객관적인 존재 및 내용을 먼저 확정할 필요가 있음을 지적해 둔다.
5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.