[1] 행정처분을 다툴 소의 이익은 개별·구체적 사정을 고려하여 판단하여야 한다. 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구하는 소가 제소 당시에는 소의 이익이 있어 적법하였더라도, 소송 계속 중 처분청이 다툼의 대상이 되는 행정처분을 직권으로 취소하면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이므로, 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 항고소송은 원칙적으로 소의 이익이 소멸하여 부적법하다고 보아야 한다.
다만 처분청의 직권취소에도 완전한 원상회복이 이루어지지 않아 무효확인 또는 취소로써 회복할 수 있는 다른 권리나 이익이 남아 있거나 또는 동일한 소송 당사자 사이에서 그 행정처분과 동일한 사유로 위법한 처분이 반복될 위험성이 있어 행정처분의 위법성 확인 내지 불분명한 법률문제에 대한 해명이 필요한 경우 행정의 적법성 확보와 그에 대한 사법통제, 국민의 권리구제의 확대 등의 측면에서 예외적으로 그 처분의 취소를 구할 소의 이익을 인정할 수 있다.


[2] 선행처분의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 후행처분을 한 경우에 선행처분은 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실하지만, 후행처분이 선행처분의 내용 중 일부만을 소폭 변경하는 정도에 불과한 경우에는 선행처분은 소멸하는 것이 아니라 후행처분에 의하여 변경되지 아니한 범위 내에서는 그대로 존속한다.


[3] 일반적으로 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분의 근거가 되는 법률이 해당 업자들 사이의 과당경쟁으로 인한 경영의 불합리를 방지하는 것도 목적으로 하고 있는 경우, 다른 업자에 대한 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분에 대하여 미리 같은 종류의 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분을 받아 영업을 하고 있는 기존의 업자는 경업자에 대하여 이루어진 면허나 인허가 등 행정처분의 상대방이 아니라고 하더라도 당해 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구할 이익이 있다. 그러나 경업자에 대한 행정처분이 경업자에게 불리한 내용이라면 그와 경쟁관계에 있는 기존의 업자에게는 특별한 사정이 없는 한 유리할 것이므로 기존의 업자가 그 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구할 이익은 없다고 보아야 한다.


[4] 어떤 행정처분을 위법하다고 판단하여 취소하는 판결이 확정되면 행정청은 취소판결의 기속력에 따라 그 판결에서 확인된 위법사유를 배제한 상태에서 다시 처분을 하거나 그 밖에 위법한 결과를 제거하는 조치를 할 의무가 있다.
주문
원심판결 중 2018. 9. 3.자 도선사업면허 변경처분에 대한 주위적 무효확인청구 부분을 파기하고, 이 부분 소를 각하한다. 피고의 상고와 원고의 나머지 상고를 각 기각한다. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이유
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 이를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
1. 사안의 개요와 쟁점
가. 원심판결 이유에 의하면, 다음과 같은 사정들을 알 수 있다.
1) 세종해운 주식회사(이하 ‘세종해운’이라고 한다)는 1999. 3. 4.경 피고로부터 구 「유선 및 도선사업법」(2008. 6. 5. 법률 제9095호로 개정되기 전의 것) 제3조 등에 따라 인천 중구 ○○동 △△도와 인천 옹진군 □□면 ◇도 및 ☆☆도에 각 도선장을 두고 영업구역으로 ‘중구 ○○동 △△도~옹진군 □□면 ◇도(1.8km)~옹진군 □□면 ☆☆도(6.5km)’(이하 ‘이 사건 항로’라고 한다)에 도선을 운항하는 내용의 도선사업면허(사업기간: 1999. 3. 4.~영구)를 받았고, 이후 면허사항을 일부 변경하는 내용의 도선사업면허 변경처분을 여러 차례 받았다(이하 2017. 4. 6. 당시까지 변경되어 유효한 면허의 내용을 ‘기존 도선사업면허’라고 한다).
2) 세종해운은 이 사건 항로에서 운항하던 ▽▽▽호(319t, 정원 394명)의 선령이 20년에 이르러 노후화되자, 2017. 4. 6. 피고에게 기존에 면허받은 ▽▽▽호를 새로운 대형 선박인 ◎◎◎호(715t, 정원 504명)로 교체하는 내용의 기존 도선사업면허 변경을 신청하였고, 피고는 이를 받아들여 2017. 4. 12. ◎◎◎호의 운항개시일을 2017. 4. 12.로 정하여 도선사업면허 변경처분을 하였다(이하 ‘1차 변경처분’이라고 한다).
3) 원고는 이 사건 항로에서 해운법에 따른 해상여객운송사업을 영위하여 세종해운과 경쟁관계에 있다. 원고는 세종해운에 대하여 1차 변경처분이 내려진 사실을 뒤늦게 알게 되자, 2017. 12. 14. 이 사건 소를 제기하여 1차 변경처분이 원고의 해상여객운송사업 영업권을 침해하여 위법하므로 취소되어야 한다고 주장하였다.
4) 이 사건 1심은 원고의 이러한 주장을 받아들여, 1차 변경처분이 세종해운이 이 사건 항로에서 운항하는 도선의 척수에는 변경을 초래하지 않으나, 그중 1척의 정원을 크게 늘림으로써 원고의 해상여객운송사업 영업권을 침해하여 위법하다고 판단하고, 1차 변경처분을 취소하는 판결을 2018. 8. 16. 선고하였다.
5) 이에 세종해운은 1심판결이 지적한 위법요소를 제거하면서도 노후화된 ▽▽▽호를 신형 ◎◎◎호로 교체한다는 점 자체는 유지하려는 취지에서, 2018. 8. 31. 피고에게 1차 변경처분의 다른 내용은 그대로 유지하면서도 ◎◎◎호의 정원을 종전 504명에서 1차 변경처분이 이루어지기 전의 ▽▽▽호 정원 394명보다 적은 393명으로 감축하는 내용의 도선사업면허 변경을 신청하였고, 피고는 2018. 9. 3. 이를 받아들이는 내용의 도선사업면허 변경처분을 하였다(이하 ‘2차 변경처분’이라고 한다).
6) 피고는 항소하여, 2차 변경처분으로 1차 변경처분의 효력이 소멸하였으므로 원고가 1차 변경처분의 취소를 구할 소의 이익이 없고, 2차 변경처분으로 1심판결이 지적한 위법요소가 제거되었으므로 2차 변경처분은 적법하다고 주장하였다. 이에 원고는 이 사건 항소심 계속 중 2019. 2. 26. 2차 변경처분에 대하여 주위적으로 무효확인, 예비적으로 취소를 청구하는 내용으로 청구취지를 추가하였다.
7) 이 사건 원심은, ① 2차 변경처분은 1차 변경처분의 내용 중 정원 부분만을 변경하는 것에 불과하여 그로써 1차 변경처분이 소멸한다고 볼 수 없고 1차 변경처분과 2차 변경처분은 각각 항고소송의 대상으로서 원고가 다툴 소의 이익이 인정된다고 판단한 다음, ② 비록 2차 변경처분으로 ◎◎◎호의 정원이 감축되어 종전 ▽▽▽호의 정원보다 적게 되었으나, 정원 외에도 1차 변경처분으로 이 사건 항로에서 운항하는 도선의 톤수, 최대 적재중량이 증가하였으므로 여전히 원고의 해상여객운송사업 영업권을 침해하는 것이어서, 2차 변경처분으로 ◎◎◎호의 정원이 감축된 후의 1차 변경처분도 여전히 위법하다고 판단하여, 1차 변경처분에 대한 취소청구 부분에 관하여 피고의 항소를 기각하는 한편, ③ 2차 변경처분에 대한 주위적 무효확인청구 부분은 2차 변경처분에 중대·명백한 하자가 없다는 이유로 기각하고, 2차 변경처분에 대한 예비적 취소청구 부분은 원고가 2차 변경처분이 있음을 안 날부터 90일의 제소기간을 도과하여 부적법하다는 이유로 각하하였다.
나. 이 사건의 쟁점은, 이 사건 소 중 1차 변경처분에 대한 취소청구 부분이 제소기간을 도과하였거나 소의 이익이 소멸하여 부적법한지 여부, 이 사건 소 중 2차 변경처분에 대한 주위적·예비적 청구가 소의 이익이 없어 부적법한지 여부이다.
2. 2차 변경처분에 관하여(원고의 상고이유)
가. 관련 법리
1) 행정처분을 다툴 소의 이익은 개별·구체적 사정을 고려하여 판단하여야 한다. 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구하는 소가 제소 당시에는 소의 이익이 있어 적법하였더라도, 소송 계속 중 처분청이 다툼의 대상이 되는 행정처분을 직권으로 취소하면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이므로, 존재하지 않는 그 처분을 대상으로 한 항고소송은 원칙적으로 소의 이익이 소멸하여 부적법하다고 보아야 한다(대법원 2006. 9. 28. 선고 2004두5317 판결 등 참조).
다만 처분청의 직권취소에도 불구하고 완전한 원상회복이 이루어지지 않아 무효확인 또는 취소로써 회복할 수 있는 다른 권리나 이익이 남아 있거나 또는 동일한 소송 당사자 사이에서 그 행정처분과 동일한 사유로 위법한 처분이 반복될 위험성이 있어 행정처분의 위법성 확인 내지 불분명한 법률문제에 대한 해명이 필요한 경우 행정의 적법성 확보와 그에 대한 사법통제, 국민의 권리구제의 확대 등의 측면에서 예외적으로 그 처분의 취소를 구할 소의 이익을 인정할 수 있다(대법원 2007. 7. 19. 선고 2006두19297 전원합의체 판결, 대법원 2016. 6. 10. 선고 2013두1638 판결 등 참조).
2) 선행처분의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 후행처분을 한 경우에 선행처분은 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 상실하지만, 후행처분이 선행처분의 내용 중 일부만을 소폭 변경하는 정도에 불과한 경우에는 선행처분은 소멸하는 것이 아니라 후행처분에 의하여 변경되지 아니한 범위 내에서는 그대로 존속한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2010두20782, 20799 판결 등 참조).
3) 일반적으로 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분의 근거가 되는 법률이 해당 업자들 사이의 과당경쟁으로 인한 경영의 불합리를 방지하는 것도 그 목적으로 하고 있는 경우, 다른 업자에 대한 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분에 대하여 미리 같은 종류의 면허나 인허가 등의 수익적 행정처분을 받아 영업을 하고 있는 기존의 업자는 경업자에 대하여 이루어진 면허나 인허가 등 행정처분의 상대방이 아니라고 하더라도 당해 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구할 이익이 있다(대법원 2018. 4. 26. 선고 2015두53824 판결 등 참조). 그러나 경업자에 대한 행정처분이 경업자에게 불리한 내용이라면 그와 경쟁관계에 있는 기존의 업자에게는 특별한 사정이 없는 한 유리할 것이므로 기존의 업자가 그 행정처분의 무효확인 또는 취소를 구할 이익은 없다고 보아야 한다.
나. 이 사건에 관한 판단
앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴본다.
1) 2차 변경처분은 1차 변경처분을 완전히 대체하거나 그 주요 부분을 실질적으로 변경하는 것이 아니라, 다만 ◎◎◎호의 정원 부분만 일부 감축하는 것에 불과하다. ◎◎◎호의 정원 부분은 성질상 1차 변경처분의 나머지 부분과 불가분적인 것이 아니므로, 1차 변경처분 중 2차 변경처분에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분은 여전히 항고소송의 대상이 된다.
2) 2차 변경처분은 피고가 1차 변경처분 중 ◎◎◎호의 정원 중 일부를 직권으로 취소하는 처분이므로 항고소송의 대상에는 해당한다. 그러나 1차 변경처분 중 정원 부분은 이 사건 항로에서 운항하는 도선의 정원을 종전 394명에서 504명으로 증가시키는 내용이어서 경쟁사업자인 원고에게 불리하지만, 2차 변경처분은 1차 변경처분에서 정한 ◎◎◎호의 정원 504명을 1차 변경처분이 있기 전의 종전 도선의 정원 394명보다 적은 393명으로 감축하는 내용이므로, 도선의 정원에 관한 한 2차 변경처분은 원고에게 유리하다. 따라서 원고는 2차 변경처분의 무효확인이나 취소를 구할 소의 이익이 없다.
3) 그런데도 원심은, 원고가 2차 변경처분의 무효확인이나 취소를 구할 소의 이익이 있다는 전제에서, 2차 변경처분에 대한 주위적 무효확인 청구 부분에 관하여 본안판단으로 나아가 이 부분 청구를 기각하였다. 이러한 원심판단에는 항고소송의 소의 이익에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
4) 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면 원심이 2차 변경처분에 대한 예비적 취소 청구 부분을 제소기간을 도과하였다는 이유로 각하한 것은 수긍할 수 있다. 뿐만 아니라, 설령 제소기간을 준수한 경우라고 하더라도 소의 이익이 없어 각하하였어야 하므로 판결 결과에 영향이 없다.
3. 1차 변경처분에 관하여(피고의 상고이유)
가. 제소기간 도과 여부
원심은, 원고가 세종해운이 2017. 4. 12.경부터 이 사건 항로에서 ◎◎◎호의 운항을 개시한 사실은 알았다고 보이지만, 1차 변경처분의 직접 상대방이 아니므로 1차 변경처분이 이루어진 사실까지 즉시 알았다고 단정하기는 어렵고, 원고가 1차 변경처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 이 사건 소를 제기한 것으로 보아야 한다고 판단하였다.
관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 이러한 원심판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 취소소송의 제소기간에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 잘못이 없다.
나. 소의 이익 인정 여부
1) 앞서 본 바와 같이, 2차 변경처분은 1차 변경처분을 완전히 대체하거나 그 주요 부분을 실질적으로 변경하는 것이 아니라, ◎◎◎호의 정원 부분만 일부 감축하는 것에 불과하고, 1차 변경처분 중 2차 변경처분에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 내용, 즉 ‘노후화된 319t 규모의 ▽▽▽호를 신형 715t 규모의 ◎◎◎호로 교체한다는 점’은 경쟁사업자인 원고에게 적어도 화물운송 분야에서 여전히 불리한 효과로서 유지되고 있으므로, 원고는 ‘1차 변경처분 중 2차 변경처분에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분’의 취소를 구할 소의 이익이 있다.
같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 소의 이익에 관한 법리를 오해하거나 이유모순 등의 잘못이 없다.
2) 이 사건 원심판결 중 ‘1차 변경처분 중 2차 변경처분에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분’을 취소하는 부분이 확정되면 이 사건 항로에서 ◎◎◎호를 도선으로서 운항할 법적 근거가 사라진다. 따라서 ◎◎◎호의 정원 부분만을 규율하는 2차 변경처분은 그 기초를 상실하여 실효되는 것이라고 보아야 한다. 어떤 행정처분을 위법하다고 판단하여 취소하는 판결이 확정되면 행정청은 취소판결의 기속력에 따라 그 판결에서 확인된 위법사유를 배제한 상태에서 다시 처분을 하거나 그 밖에 위법한 결과를 제거하는 조치를 할 의무가 있다(행정소송법 제30조, 대법원 2015. 10. 29. 선고 2013두27517 판결 등 참조). 따라서 피고는 취소판결의 기속력에 따라 위법한 결과를 제거하기 위하여 「유선 및 도선 사업법」 제9조 제1항에 의하여 세종해운에 대하여 이 사건 항로에서 ◎◎◎호의 운항을 중단할 것을 명령하는 등의 필요한 조치를 취하여야 한다.
4. 결론
그러므로 원고의 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채, 원심판결 중 2차 변경처분에 대한 주위적 무효확인청구 부분을 파기하기로 하되, 이 부분 사건은 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여, 이 사건 소 중 원심에서 추가된 이 부분을 각하한다. 피고의 상고와 원고의 나머지 상고는 각 기각하고, 소송총비용은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제101조, 제105조에 따라 피고가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.