[1] 1990. 8. 1. 법률 제4252호로 전부 개정된 수산업법 제2조 제7호는 ‘입어자라 함은 제44조의 규정에 의하여 어업의 신고를 한 자로서 공동어업권이 설정되기 전부터 당해 수면에서 계속적으로 수산동식물을 포획·채취하여 온 사실이 대다수 사람들에게 인정되는 자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 어업권원부에 등록된 자’라고 규정하였고, 이에 따라 위 수산업법 시행 이후 일정한 공유수면에서의 관행에 따른 어업을 권리로 새로 인정받기 위해서는 단순히 종전과 같이 당해 공유수면에서 계속적으로 수산동식물을 포획·채취하여온 사실이 대다수 사람들에게 시인되는 것만으로는 부족하고 같은 법 제44조에 의하여 어업의 신고를 하고 공동어업의 어업권원부에 입어에 관한 사항을 등록할 것을 요하게 되었으나, 같은 법 부칙 제11조 제2항은 “이 법 시행 당시 공동어업의 어장 안에서 입어관행이 있는 것으로 인정되는 자로서 종전의 규정에 의하여 어업권원부에 입어자로 등록하지 아니한 자는 이 법 시행일로부터 2년 이내에 제16조의 규정에 의하여 어업권원부에 등록을 한 경우에 한하여 입어자로 본다.”고 규정하여 종래의 관행어업권자의 지위에 대한 경과규정을 별도로 두고 있다. 따라서 종래의 관행어업권자는 같은 법 규정에도 불구하고 그 시행일(1991. 2. 1.)로부터 2년 동안은 어업의 신고나 어업권원부에의 등록 없이도 종전의 권리를 그대로 유지할 수 있으며, 어업권원부에 입어자로 등록하지 아니한 상태로 2년을 경과하면 그 때 비로소 같은 법에 의한 관행어업권으로 인정될 여지가 더 이상 없게 되어 그 권리가 소멸하고, 그 자체로서는 더 이상 보호를 받을 수 없게 된다고 보아야 한다.


[2] 구 공유수면매립법(1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조가 “매립의 면허를 받은 자는 제16조 제1항의 규정에 의한 보상이나 시설을 한 후가 아니면 그 보상을 받을 권리를 가진 자에게 손실을 미칠 공사에 착수할 수 없다. 다만, 그 권리를 가진 자의 동의를 받았을 때에는 예외로 한다.”고 규정하고 있으나, 손실보상은 공공필요에 의한 행정작용에 의하여 사인에게 발생한 특별한 희생에 대한 전보라는 점에서 그 사인에게 특별한 희생이 발생하여야 하는 것은 당연히 요구되는 것이고, 공유수면 매립면허의 고시가 있다고 하여 반드시 그 사업이 시행되고 그로 인하여 손실이 발생한다고 할 수 없으므로, 매립면허 고시 이후 매립공사가 실행되어 관행어업권자에게 실질적이고 현실적인 피해가 발생한 경우에만 공유수면매립법에서 정하는 손실보상청구권이 발생하였다고 할 것이다.


[3] 소멸시효는 권리자가 그 권리를 행사할 수 있음에도 일정한 기간 동안 행사하지 않는 권리불행사의 상태가 계속된 경우에 그 권리를 소멸시키는 제도로서, 상당한 기간 동안 권리불행사가 지속되어 있는 이상 그 권리가 사법상의 손실보상청구인지 아니면 공법상 손실보상청구인지에 따라 달리 볼 것은 아니다. 따라서 공유수면매립법상 간척사업의 시행으로 인하여 관행어업권이 상실되었음을 이유로 한 손실보상청구권에도 그 소멸시효에 관하여 달리 정함이 없으면 민법에서 정하는 소멸시효규정이 유추적용될 수 있고, 이 경우 관행어업권자가 그 매립면허를 받은 자 또는 사업시행자에 대하여 가지는 손실보상청구권은 금전의 지급을 구하는 채권적 권리이므로 그 소멸시효기간은 민법 제162조 제1항에 따라 10년이다. 또한 그 소멸시효의 기산일은 손실보상청구권이 객관적으로 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때, 곧 특별한 사정이 없는 한 이 사건 간척사업으로 인하여 관행어업권자가 자연산 패류 및 해초류 어장으로서의 어장을 상실하는 등 실질적이고 현실적인 손실이 발생한 때부터라고 보는 것이 타당하다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원으로 환송한다.

이유
상고이유(기간 경과 후에 제출된 이유보충이유는 이를 보충하는 범위에서)를 본다.
1. 제1, 2점에 관하여
가. 이 사건 소가 제기될 당시 시행되던 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정된 후 1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 '구 공유수면매립법'이라고 한다. 공유수면매립법은 2010. 4. 15. 법률 제10272호로 '공유수면 관리 및 매립에 관한 법률'이 제정됨에 따라 같은 법 부칙 제2조에 의하여 그 시행일인 2010. 10. 16. 폐지되었다) 제16조, 구 공유수면매립법 시행령(1999. 8. 6. 대통령령 제16515호로 전부 개정되기 전의 것) 제26조 제1항, 구 토지수용법(2002. 2. 4. 법률 제6656호로 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’이 제정·시행됨에 따라 그 부칙 제2조에 의하여 2003. 1. 1. 폐지되기 전의 법률. 이하 ‘구 토지수용법’이라고 한다) 제35조에 의하면, 권리를 가진 자가 있는 공유수면에 대하여 매립의 면허를 받은 자는 대통령령의 정하는 바에 의하여 그 권리를 가진 자에게 끼친 손실을 보상하거나 그 손실을 방지하는 시설을 하여야 하고, 이 경우 보상을 받을 자와 그 보상에 관하여 협의가 성립되지 아니하거나 협의할 수 없을 경우에는 중앙토지수용위원회(‘국가 또는 특별시, 광역시나 도가 기업자인 사업’과 ‘수용 또는 사용할 토지가 2 이상의 도 또는 특별시·광역시와 도의 구역에 걸치는 사업’의 경우) 또는 지방토지수용위원회(그 외의 경우)에 재정을 신청할 수 있다고 규정하고 있었고, 관할토지수용위원회의 재정에 불복하는 경우에는 관할토지수용위원회를 상대로 재정에 대한 행정소송을 제기하여야 하였다( 대법원 1998. 2. 27. 선고 97다46450 판결 등 참조).
구 공유수면매립법은 이 사건 소송이 원심에 계속 중이던 1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전부 개정되었는데(이하 위 전부 개정된 법률을 ‘개정 공유수면매립법’이라고 한다), 개정 공유수면매립법 제20조는 ‘ 제12조의 규정에 의한 권리를 가진 자가 있는 공유수면에 대하여 매립면허를 받은 자는 권리를 가진 자에게 끼친 손실을 보상하여야 하고, 그 보상에 관하여 보상을 받을 자와 협의가 되지 아니하는 경우에는 매립면허를 받은 자 또는 제12조의 규정에 의한 권리를 가진 자는 관할토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있으며, 이 경우 구 토지수용법 제73조 내지 제75조의2의 규정은 관할토지수용위원회의 재결에 대한 이의신청등에 관하여 이를 준용한다’고 규정하고 있다. 구 토지수용법 제74조 및 제75조의2에 의하면, 지방토지수용위원회의 재결에 대하여 불복이 있는 자는 그 재결서의 정본의 송달을 받은 날로부터 1월 이내에 지방토지수용위원회를 거쳐 중앙토지수용위원회에 이의신청을 할 수 있고( 구 토지수용법 제74조), 그 이의신청의 재결에 대하여 불복이 있는 경우에는 재결서가 송달된 날로부터 1월 이내에 행정소송을 제기할 수 있으며( 구 토지수용법 제75조의2 제1항), 제기하고자 하는 행정소송이 보상금의 증감에 관한 소송인 때에는 당해 소송을 제기하는 자가 토지소유자 또는 관계인인 경우 재결청 외에 기업자를 각각 피고로 하여야 한다고 규정되어 있는바( 같은 조 제2항), 이는 재결청 외에 기업자를 공동피고로 하여야 한다는 뜻이므로 이와 같은 소송은 필요적 공동소송에 해당한다( 대법원 1992. 4. 14. 선고 91누1615 판결 등 참조).
한편 개정 공유수면매립법 부칙 제2조가 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분 기타 절차는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.”고 규정하고 있는 점에 비추어, 이는 개정 공유수면매립법 시행 당시 사실심 법원에 계속 중인 구 토지수용법 제75조의2 제1항의 소송뿐만 아니라, 구 공유수면매립법 제16조에 따라 관할토지수용위원회에 재정신청을 하고 그 위원회의 처분에 대하여 행정소송을 제기하여 사실심에 계속 중인 소송에도 적용된다고 봄이 상당하다.
나. 원심판결 이유와 기록에 의하면, 원고(선정당사자) 및 선정자들(이하 모두 ‘원고 등’이라고 한다)은 1995. 12. 15. 이 사건 간척사업의 매립면허를 받은 농업진흥공사로부터 그 권리·의무를 승계한 해남농지개량조합에 이 사건 어장의 관행어업권자로서 이 사건 간척사업으로 인한 손실보상을 요구하는 재결을 신청하였고, 해남농지개량조합은 이를 구 공유수면매립법 제16조 제3항에서 정하는 재정신청으로 보고 피고 전라남도지방토지수용위원회(이하 ‘피고 위원회’라고 한다)에 재결신청을 하였으며, 피고 위원회가 1997. 4. 23. 위 재결신청을 기각하는 결정(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하자 1997. 5. 28. 피고 위원회를 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 사실, 원고 등은 이 사건 소가 원심에 계속 중인 2006. 11. 17. 해남농지개량조합으로부터 그 권리·의무를 승계한 피고 한국농어촌공사(한국농촌공사에서 2009. 2. 5. 현재와 같이 변경되었다. 이하 ‘피고 공사’라고 한다)를 공동피고로 추가한 사실을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고 등이 당초 피고 위원회를 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기한 것은 구 공유수면매립법 제16조에 따른 것으로 적법하고, 그 소송 계속 중에 피고 공사를 공동피고로 추가한 것 또한 개정 공유수면매립법 제20조 및 구 토지수용법 제75조의2 제2항이 정한 바에 따라 필요적 공동소송의 형태를 갖추기 위한 것으로서 적법하다. 이와 관련된 피고들의 상고이유는 모두 이유 없다.
2. 제3점에 관하여
가. 원심은, 그 채택 증거들에 의하여 인정되는 사실을 종합하여 ① 원고 등이 전남 해남군 화산면 한자리, 화산면 가좌리, 평호리, 석호리, 관동리, 삼마리 등 해안마을에서 이 사건 간척사업 시행 전부터 계속 거주하면서 자연부락별로 어촌계를 조직하고, 오랫동안 소형 선박이나 손으로 호미 등을 사용하여 각 지선 해안 공유수면(이하 ‘이 사건 어장’이라고 한다)에서 굴, 바지락, 고막 등 자연산 패류와 미역, 감태, 파래 등 자연산 해초류(이하 ‘자연산 패류 및 해초류’라고 한다)를 채취하여 시중에 판매하는 구 수산업법(1990. 8. 1. 법률 제4252호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 이를 ‘구 수산업법’이라고 하고, 위와 같이 전부 개정되어 1991. 2. 1.부터 시행된 법률을 ‘개정 수산업법’이라 한다) 제40조 제1항에서 정하는 관행어업권자이고, ② 농업진흥공사와 그로부터 이 사건 간척사업에 관한 권리·의무를 승계한 해남농지개량조합은 이 사건 간척사업을 추진함에 있어서 원고 등의 동의를 받거나 그 손실을 사전에 보상하지 않은 채 그대로 공사를 진행하였으므로 이 사건 간척사업의 시행에 따라 원고 등이 입은 손실을 보상할 책임이 있다고 판단한 다음, 원고 등이 개정 수산업법 부칙 제11조 제2항에서 정한 유예기간 내에 어업권원부에 등록을 하지 아니하여 입어자로서 관행어업권을 주장할 수 없다는 피고 공사의 주장에 대하여는, 원고 등이 이 사건 간척사업에 대한 매립면허 고시 당시 관행어업에 종사함으로써 손실보상청구권이 발생한 이상, 그 후 개정된 개정 수산업법의 규정에 따른 입어자 등록이 이루어지지 않았다고 하더라도 이미 발생한 손실보상청구권이 소멸된다고 볼 수 없다는 이유로 위 주장을 배척하였음을 알 수 있다.
나. 구 수산업법 제40조 제1항은 공동어업의 어업권자는 종래의 관행에 의하여 그 어업장에서 어업하는 자의 입어를 거절할 수 없다고 규정하고 있었고, 위 ‘관행에 의하여 그 어업장에서 입어하는 자’는 일정한 공유수면에 대한 공동어업권 설정 이전부터 어업의 면허 없이 그 공유수면에서 오랫동안 계속 수산동식물을 포획 또는 채취하여 옴으로써 그것이 대다수 사람들에게 일반적으로 시인될 정도에 이른 것을 의미한다( 대법원 1969. 3. 31. 선고 69다173 판결, 대법원 1994. 3. 25. 선고 93다45701 판결 등 참조).
그런데 개정 수산업법 제2조 제7호는 ‘입어자라 함은 제44조의 규정에 의하여 어업의 신고를 한 자로서 공동어업권이 설정되기 전부터 당해 수면에서 계속적으로 수산동식물을 포획·채취하여 온 사실이 대다수 사람들에게 인정되는 자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 어업권원부에 등록된 자’라고 규정하였고, 이에 따라 개정 수산업법 시행 이후 일정한 공유수면에서의 관행에 따른 어업을 권리로 새로 인정받기 위해서는 단순히 종전과 같이 당해 공유수면에서 계속적으로 수산동식물을 포획·채취하여온 사실이 대다수 사람들에게 시인되는 것만으로는 부족하고 같은 법 제44조에 의하여 어업의 신고를 하고 공동어업의 어업권원부에 입어에 관한 사항을 등록할 것을 요하게 되었으나, 같은 법 부칙 제11조 제2항은 “이 법 시행 당시 공동어업의 어장 안에서 입어관행이 있는 것으로 인정되는 자로서 종전의 규정에 의하여 어업권원부에 입어자로 등록하지 아니한 자는 이 법 시행일로부터 2년 이내에 제16조의 규정에 의하여 어업권원부에 등록을 한 경우에 한하여 입어자로 본다.”고 규정하여 종래의 관행어업권자의 지위에 대한 경과규정을 별도로 두고 있다. 따라서 종래의 관행어업권자는 같은 법 규정에도 불구하고 그 시행일(1991. 2. 1.)로부터 2년 동안은 어업의 신고나 어업권원부에의 등록 없이도 종전의 권리를 그대로 유지할 수 있으며, 어업권원부에 입어자로 등록하지 아니한 상태로 2년을 경과하면 그 때 비로소 같은 법에 의한 관행어업권으로 인정될 여지가 더 이상 없게 되어 그 권리가 소멸하고, 그 자체로서는 더 이상 보호를 받을 수 없게 된다고 보아야 한다 ( 대법원 2001. 12. 27. 선고 99다36532 판결 참조).
한편 구 공유수면매립법 제17조가 “매립의 면허를 받은 자는 제16조 제1항의 규정에 의한 보상이나 시설을 한 후가 아니면 그 보상을 받을 권리를 가진 자에게 손실을 미칠 공사에 착수할 수 없다. 다만, 그 권리를 가진 자의 동의를 받았을 때에는 예외로 한다.”고 규정하고 있으나, 손실보상은 공공필요에 의한 행정작용에 의하여 사인에게 발생한 특별한 희생에 대한 전보라는 점에서 그 사인에게 특별한 희생이 발생하여야 하는 것은 당연히 요구되는 것이고, 공유수면 매립면허의 고시가 있다고 하여 반드시 그 사업이 시행되고 그로 인하여 손실이 발생한다고 할 수 없으므로, 매립면허 고시 이후 매립공사가 실행되어 관행어업권자에게 실질적이고 현실적인 피해가 발생한 경우에만 공유수면매립법에서 정하는 손실보상청구권이 발생하였다고 할 것이다.
따라서 개정 수산업법 부칙 제11조 제2항이 정한 유예기간 내에 어업권원부에 등록을 하지 않은 종래의 관행어업권자가 공유수면매립법에서 정하는 손실보상규정에 의한 보호를 받기 위해서는, 적어도 그 유예기간이 경과하기 전에 사업시행으로 인하여 실질적이고 현실적인 피해가 발생하였음이 인정되어야 할 것임에도, 원심은 원고 등에게 위 2년의 유예기간 내에 이 사건 간척사업으로 인한 실질적이고 현실적인 피해가 발생하였는지 여부에 대하여 심리·판단하지 아니한 채 원고 등이 이 사건 간척사업에 대한 매립면허 고시 당시 관행어업에 종사하였다는 사정만으로 손실보상청구권이 있다고 단정하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 공유수면매립법에서 정한 손실보상의 법리 및 개정 수산업법 부칙 제11조 제2항의 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 위법이 있고, 이는 판결결과에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이 점을 지적하는 피고들의 상고이유는 이유 있다.
3. 제4점에 관하여
가. 원고 등이 관행어업으로 이 사건 어장에서 채취·포획하였다는 수산동식물은 자연산 패류 및 해초류이므로, 이 사건 간척사업으로 인한 원고 등의 손실보상청구가 인정되기 위하여는 이 사건 간척사업으로 인한 어업환경의 변화가 자연산 패류 및 해초류의 생육에 영향을 끼쳐 이 사건 어장이 자연산 패류 및 해초류 어장으로서의 기능이 상실되었음이 인정되어야 할 것이다.
나. 원심은, 원심 감정인의 감정결과(이하 ‘원심 감정결과’라고 한다)를 증거로 채택하여 이를 기초로 원고 등에게 이 사건 간척사업으로 인하여 이 사건 어장이 상실되는 손실이 발생하였다고 판단한 것으로 보인다.
그런데 원심 감정결과에 의하면, 원심 감정인은 이 사건 간척사업이 이 사건 어장에 미치는 환경변화에 대하여 직접 조사하지 아니한 채 ① 어장의 환경·기상·화학적 특성·해수유동 및 담수확산 범위에 관하여는, 해남농지개량조합이 한국해양연구소에 의뢰하여 1991. 6.경 작성된 ‘해남지구 간척사업에 따른 해태양식 어업권 소멸보상조사 보고서’(갑 제13호증의4, 이하 ‘3차 보고서’라고 한다)의 내용을 그대로 인용하고, ② 어장피해 및 어장기능상실 여부에 관하여는, ㉠ 농업진흥공사가 여수수산대학수산과학연구소 및 한국해양연구소에 의뢰하여 1986. 10.경 작성된 ‘해남지구 간척농지 개발사업에 따른 어업권 피해조사보고서’(갑 제13호증의2, 이하 ‘1차 보고서’라고 한다)가 어업피해범위를 산소리에서 상마도를 잇는 선과 관동지선과 상마도를 잇는 선의 구역까지로 추정하여 같은 범위 내의 김양식 어업권과 패류양식 어업권이 점진적으로 폐쇄될 것으로 간주하였고, ㉡ 농업진흥공사가 여수수산대학수산과학연구소에 의뢰하여 1988. 7.경 작성된 ‘해남지구 방조제 피해 영향권 내 해태양식 실태조사보고서’(갑 제13호증의3, 이하 ‘2차 보고서’라고 한다)에서는 1차 보고서에서 유보되었던 일부 구역이 피해영향구역으로 포함되었으며, ㉢ 3차 보고서에서는 유속의 감소와 부유물질 농도 증가에 따른 광합성률의 저해와 부니의 부착, 일시적인 대량의 담수방류로 인한 저염분이 가중적으로 영향을 미쳐 양식김의 갯병 발생 및 유아의 착생률을 감소시켜 어장으로서의 가치성의 문제를 지적하고 있었다고 하면서, 결론적으로 ‘이 사건 방조제에 의하여 직·간접 영향을 받을 수 있는 해역은 3차 보고서의 담수방류로 인한 김양식업 피해구역과 같고, 위 범위 내에 있는 어장(이 사건 어장 포함)은 가치가 상실될 것으로 판단된다’고 하고 있음을 알 수 있다.
그러나 원심이 채택한 증거들에 의하면, 원심 감정인이 인용한 1차 보고서에는 ‘이 사건 간척사업으로 인한 보상은 조사평가결과 패류양식장은 직접 피해가 경미하여 김양식 어장에 한정한다’고 되어 있으며, 다만 이 사건 방조제에 가장 인접한 부분인 ‘증의도 뒤에서 산소리 일대 패류양식장’에 대한 피해 여부에 대하여는 ‘패류는 양식종이 많고 서식종이 다르므로 양식장에 미치는 환경의 영향을 평가하는 데에는 다각도로 검토하여야 하는데, 본 조사에서는 조사기간이 너무 짧아 만족할 만한 평가자료를 조사하지 못하였다’고 하고, 그 피해범위에 관하여도 ‘김양식업의 경우 담수가 바다에 미치는 영향권은 산소리에서 상마도를 잇는 선과 관동지선과 상마도를 잇는 선의 구역까지로 추정되나, 증의도 뒤에서 산소리 일대까지의 패류양식장은 부니 증가와 침전물의 증가 및 유량 변동이 원인이 되어 점진적으로 폐쇄되어 갈 것으로 보인다’라고만 적시되어 있어 원심 감정결과와 달리 1차 보고서에서도 패류양식업의 피해가 이 사건 어장 전체에 미칠 것으로 보고 있지 않음이 명백하고, 나아가 2, 3차 보고서 역시 이 사건 간척사업(방조제 축조 및 담수방류)으로 인한 어업환경변화가 방조제 외측 인근어장에서 영위되던 김양식업에 어떠한 영향을 미치는지에 대하여 조사한 것일 뿐 자연산 패류 및 해초류의 생육에 미치는 영향에 대하여 조사한 것이 아님을 알 수 있다.
다. 이와 같은 사정에 비추어 보면, 원심 감정결과는 아무런 논리적 설명도 없이 김양식장의 피해범위와 동일하게 이 사건 어장에 대하여 자연산 패류 및 해초류 어장으로서의 가치가 상실될 것으로 판단하는 등 과연 원심 감정인이 1, 2, 3차 보고서의 내용을 제대로 파악한 상태에서 감정이 이루어진 것인지조차 의문이 있으므로, 원심으로서는 이와 같이 그 신빙성을 인정하기 어려운 원심 감정결과를 그대로 받아들이기보다는 이 사건 감정이 적합한 전문가에 의하여 합리적으로 이루어졌는지 여부 및 위와 같은 의문에도 불구하고 원심 감정결과를 뒷받침할 수 있는 합리적인 근거가 있는지에 관하여 면밀히 살펴보았어야 할 것이다.
그럼에도 원심은, 이에 이르지 아니한 채 원심 감정결과에 따라 이 사건 간척사업으로 인하여 원고 등에게 이 사건 어장이 상실되는 손실이 발생하였다고 단정하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 감정결과의 채택에 관한 채증법칙을 위반하여 필요한 심리를 다하지 아니한 위법이 있고, 이는 판결결과에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이 점을 지적하는 피고들의 상고이유는 이유 있다.
4. 제5점에 관하여
가. 소멸시효는 권리자가 그 권리를 행사할 수 있음에도 불구하고 일정한 기간 동안 행사하지 않는 권리불행사의 상태가 계속된 경우에 그 권리를 소멸시키는 제도로서, 상당한 기간 동안 권리불행사가 지속되어 있는 이상 그 권리가 사법상의 손실보상청구인지 아니면 공법상 손실보상청구인지에 따라 달리 볼 것은 아니다. 따라서 공유수면매립법상 간척사업의 시행으로 인하여 관행어업권이 상실되었음을 이유로 한 손실보상청구권에도 그 소멸시효에 관하여 달리 정함이 없으면 민법에서 정하는 소멸시효규정이 유추적용될 수 있고, 이 경우 관행어업권자가 그 매립면허를 받은 자 또는 사업시행자에 대하여 가지는 손실보상청구권은 금전의 지급을 구하는 채권적 권리이므로 그 소멸시효기간은 민법 제162조 제1항에 따라 10년이라고 할 것이다. 또한 그 소멸시효의 기산일은 손실보상청구권이 객관적으로 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때, 즉 특별한 사정이 없는 한 이 사건 간척사업으로 인하여 관행어업권자인 원고 등이 자연산 패류 및 해초류 어장으로서의 이 사건 어장을 상실하는 등 실질적이고 현실적인 손실이 발생한 때부터라고 봄이 상당하다.
나. 원심판결 이유 및 기록에 의하면, 원심은, 구 토지수용법이나 구 공유수면매립법에 손실보상청구권의 소멸시효나 제척기간에 관한 규정을 두고 있지 아니하고, 설령 소멸시효에 관한 민법 제160조( 제162조의 오기로 보인다)가 적용된다고 하더라도 이는 채권에 준하는 권리로서 시효기간은 10년이고 이 사건 매립면허 고시일인 1985. 7. 25.부터 구 토지수용법 제25조 제2항에 의하여 기업자가 관할토지수용위원회에 재정을 신청할 수 있는 기간인 1년이 경과한 1986. 7. 25.부터 소멸시효가 진행되는데 그로부터 10년 이내인 1995. 12. 15. 원고 등이 이 사건 재결신청을 하였으므로 시효기간은 경과하지 아니하였다고 판단하였음을 알 수 있다.
앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원심이 공유수면매립법상 손실보상청구권에는 소멸시효가 적용되지 않는다거나 설령 소멸시효가 인정되더라도 그 기산일이 매립면허 고시일부터 1년이 경과한 때라고 본 것은 잘못이지만, 이 사건 간척사업으로 인하여 자연산 패류 및 해초류 어장으로서 이 사건 어장의 기능이 상실된 때는 적어도 이 사건 방조제가 준공된 이후라고 봄이 상당하다 할 것인데 원심판결 이유에 의하면 이 사건 간척사업은 1985. 7. 15. 매립면허가 고시되고 1985. 9.경 매립을 위한 물막이 공사가 시작되어 1988. 10. 30. 이 사건 방조제가 준공된 사실을 알 수 있고 이 사건 소가 그 때부터 10년 내에 제기되었음은 역수상 명백하므로, 원고 등의 손실보상청구권이 시효로 소멸하지 아니하였다고 본 원심의 결론은 결국 정당하다. 피고들의 이 부분 상고이유는 이유 없다.
5. 결 론
그러므로, 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.