가. 부가가치세제와 같은 신고납세방식에 있어서의 납세의무자의 과세표준 및 세액의 신고행위에 명백하고도 중대한 하자가 있는 경우에는 부과과세방식의 조세부과처분에 있어서 당연무효의 법리와의 균형에 비추어 그 신고행위는 당연무효라 할 것이다.


나. 모법의 위임범위 밖인 의제매입세액공제 대상물까지 규정함으로써 무효인 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정에 따라 의제매입세액을 공제하지 아니하고 한 원고의 부가가치세액 신고행위는 명백하고도 중대한 하자가 있어 당연무효라 할 것이다.
주문
피고는 원고에게 금664,490,945원 및 이에 대하여 1987.1.7.부터 완제일까지 금 100원에 1일 3전의 율에 의한 돈을 지급하라.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(회보), 갑 제2호증(심사청구서), 갑 제3호증의 1(결정통지), 같은 호증의 2(결정서), 갑 제4호증의 1(부가가치세환급신청서), 같은 호증의 2(국세환급신청서), 갑 제5 내지 13호증의 각 1(각 부가가치세확정신고서), 갑 제5 내지 13호증의 각 2(각 의제매입세액공제신고서), 갑 제5호증의 3 내지 16, 갑 제6호증의 3 내지 28, 갑 제7호증의 3 내지 28, 갑 제8호증의 1 내지 29, 갑 제9호증의 3 내지 43, 갑 제10호증의 3 내지 35, 갑 제11호증의 3 내지 31, 갑 제12호증의 3 내지 22, 갑 제13호증의 3 내지 16(각 계산서), 갑 제14호증(허가증)의 각 기재와 증인 소외 1, 소외 2의 각 일부 증언에 변론의 전취지를 종합하면 원고회사는 다류제조업허가를 받고, 커피첨가제인 프리마와 보리차를 제조, 판매하는 회사로서 위 프리마 및 보리차를 제조하기 위하여 그 원재료인 탈지분유 및 겉보리를 별표 2의 1 내지 9 기재 각 1항 기재일자에 각 3항 기재 수량을 각 4항 기재가격으로 매입한 사실, 위 프리마 및 보리차는 부가가치세의 면제를 받는 축산물 및 농산물인 탈지분유 및 겉보리를 원재료로 하여 제조하는 재화이므로, 원고회사가 1981년 2기분부터 1985년 2기분까지의 프리마 및 보리차의 공급에 따른 부가가치세액을 피고산하 북인천세무서에 신고함에 있어 그 원재료인 탈지분유 및 겉보리의 매입에 따른 별표2의 1 내지 9의 각 6항과 같이 계산한 별표 1기재 액수의 의제매입세액을 각 공제할 수 있는데도 불구하고 이를 공제하지 아니한 채 부가가치세액을 확정신고 납부한 사실, 한편 부가가치세법시행규칙 제19조는 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업으로서 커피, 차의 조제품과 다류제조업의 허가를 받은 자가 제조하는 기호식품 등을 규정하고 있으므로 원고회사의 회계과장으로서 부가가치세의 신고, 납부를 담당하던 소외 2는 원고회사가 제조한 프리마 및 보리차가 위 시행규칙이 정한 의제매입세액공제 제외대상에 해당한다고 판단하여 위와 같이 의제 매입세액을 공제하지 아니한 액수를 부가가치세액으로 신고, 납부한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
피고는 부가가치세제는 사업자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 신고납부제도이어서 원고회사가 각 분기별 부가가치세액으로 확정신고하고 국세기본법이 정한 수정기한내에 수정신고하지 아니한 이상 비록 각 신고행위에 잘못이 있다고 하더라도 신고한 내용대로 세액이 확정되므로 원고회사의 각 분기별 부가가치세납부가 법률상 원인이 없어지는 것은 아니라는 취지의 주장을 함에 대하여 원고는 원고의 각 부가가치세액 신고는 당연무효이므로 각 신고에 의한 세액확정의 효력이 없다고 주장한다.
살피건대, 부가가치세제와 같은 신고납세방식에 있어서의 납세의무자의 과세표준 및 세액의 신고행위는 부과과세에 있어서의 세무관서의 조세부과처분과 마찬가지로 납세의무자의 주체적 조세채무액을 확인, 확정하는 공법상의 효과를 가져오는 사인의 공법행위라 할 것이므로, 그 신고행위에 명백하고도 중대한 하자가 있는 경우에는 부과과세에 의한 조세부과처분에 있어서의 당연무효의 법리와의 균형에 비추어 그 신고행위는 당연무효라 할 것인 바, 앞서 인정한 사실에 비추어 원고회사의 1987년도 2기분 내지 1985년도 2기분의 각 부가가치세 신고행위의 효력여부에 관하여 보건대, 위 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정은 그 모법규정인 법 제17조 제3항이 의제매입세액을 산출하는 계산방법만을 동 시행령에 위임하고 또 동 시행령이 금액계산의 기준이 되는 농산물 등의 가액에 곱할 율을 그 시행규칙에 위임하였을 뿐인데도 그 위임범위 밖인 의제매입세액 공제대상물까지 규정함으로써 모법의 위임범위에 저촉이 되고 또 위임근거없이 제정되었다 할 것이므로 무효의 규정이라 할 것이다( 대법원 1987.2.10. 선고 86누506 판결 참조). 따라서 원고회사는 무효인 위 시행규칙의 규정에 따라 의제매입세액을 공제하지 아니하였다 할 것이므로 원고회사의 위 각 부가가치세액 신고행위는 명백하고도 중대한 하자가 있어 당연무효라 할 것이다(무효인 시행규칙에 의한 부과처분의 효력에 관하여는 대법원 1969.3.4.선고 68다2324, 동원 1970.11.24. 선고 70다2151 등 참조). 그러므로 원고 회사의 위 각 신고행위에 의한 부가가치세액은 그 확정의 효력이 없다 할 것이므로 이를 전제로 한 피고의 주장은 이유없다 할 것이다.
또한 피고는 의제매입세액을 공제받기 위하여는 법정기한내에 부가가치세법시행령 제62조 제3항에 정한 신고서를 제출하여야 하는데도 원고회사가 국세기본법에 의한 각 수정신고를 포함한 법정기한내에 소정의 의제매입세액공제신고서를 제출하지 아니하였으므로 원고회사는 의제매입세액의 공제를 받을 수 없다고 주장하므로 살피건대, 위 시행령 규정이 의제매입세액의 그 공제를 받고자 하는 자가 부가가치세액의 예정신고 또는 확정신고와 함께 소정의 의제매입세액공제신고서를 제출하는 경우에 한하여 의제매입세액이 공제된다고 규정하고 있으나, 위 규정은 법의 직접적인 위임규정에 의하여 규정된 것이 아니므로 의제매입세액 공제신고서의 제출을 의제매입세액공제를 위한 필요적 요건으로는 볼 수 없는 예시적 절차규정이라 할 것이므로( 대법원 1988.4.25. 선고 87누1084 판결 참조) 이를 지키지 아니하였다 하여 원고의 이 사건 청구에 어떤 영향을 줄 수 없다 할 것이다. 따라서 의제매입세액 공제신고서의 제출이 공제의 필요적 요건임을 전제로 하는 피고의 위 주장 역시 이유없다.
그렇다면 피고는 별지 1기재의 각 분기별 의제매입세액을 모두 합한 금 664,490,945원 상당의 이득을 법률상 원인없이 얻고 이로 인하여 원고회사에 같은 금액상당의 손해를 가하였으므로, 위 금액과 이에 대하여 각 확정신고를 한 날로부터 30일이 경과한 후로서 원고 회사가 구하는 1987.1.7.부터 완제일까지 금 100원에 1일 3전의 율에 의한 국세기본법 소정의 국세환급가산금을 지급할 의무가 있다할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.