［1］ 과세관청은 납세자의 신고 내용에 오류, 탈루가 있는 경우 부과권의 제척기간 내에는 이를 언제든지 경정할 수 있는데, 경정청구권은 이에 대응하여 납세의무자가 세액의 과다신고, 결손금액 또는 환급세액의 과소신고나 법이 정한 후발적 사유가 발생한 때에 그 시정, 변경을 청구할 수 있도록 마련된 권리로서, 경정청구는 그 청구 내용대로 과세표준과 세액을 확정하는 효력은 없지만 과세관청으로 하여금 경정청구 사유를 조사, 확인하여 경정청구권자에게 통지할 의무를 부여하고 있으므로, 과세관청이 경정청구에 대해 그 전부나 일부를 받아들이지 않는 경우는 물론 법정기간 내에 아무런 통지를 하지 않는 경우에도 납세의무자의 경정청구를 거부한 처분으로 보아 당연히 행정소송을 제기할 수 있고, 결손금액의 경정에 의하여 당해 과세연도의 세액에는 아무런 영향이 없다고 하더라도 그 이후 과세연도의 세액에 영향을 미치므로 과세대상이 될 소득이 발생할 사업연도까지 기다릴 필요 없이 납세자로 하여금 미리 자신의 납세의무의 범위를 가늠하게 하고, 특히 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에 먼저 발생한 것부터 순차로 공제해야 하므로 각 사업연도에 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 정확하게 계산하기 위해 결손금이 발생한 사업연도의 결손금의 액수를 확정해 둘 필요가 있어서 국세기본법에서 결손금액의 증액경정청구를 인정하고 있으므로, 자사주처분손실준비금에 대한 결손금액 증액경정청구를 거부한 과세관청의 처분은 행정소송의 대상이 되는 처분에 해당하고, 납세자에게는 위 거부처분의 취소를 구할 법률상 이익이 있다고 한 사례.


［2］ 자사주처분손실준비금은 법인세법 제61조 제1항이 규정한 조세특례제한법상 준비금에 해당되고, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제104조의3 제1항에 정한 ‘자사주처분손실준비금을 손금으로 계상한 때’라는 규정은 결산조정이 아닌 신고조정을 의미하는 것으로 해석하여야 하므로, 납세자가 당해 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 신고할 때 자사주처분손실준비금을 손금으로 계상하지 않은 뒤 그 신고를 경정할 수 있는 기간 내에 경정청구를 한 경우, 과세관청으로서는 그 경정청구를 받아들여 당해 사업연도 손금의 신고조정을 인정하여야 한다고 한 사례.


［3］ 법인세법 제61조 제1항은 준비금을 손금에 산입하는 당해 사업연도에 그 상당액의 적립금을 적립할 처분가능이익을 가진 법인에 대해서는 당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금을 적립하도록 요구하고 있으므로, 준비금을 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에, 그 부족액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하도록 허용하여야 한다고 한 사례.
주문
1. 피고가 2004. 12. 18. 원고에게 한 2003사업연도 귀속 결손금 359,525,506,710원의 증액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 한국증권거래소에 주권을 상장한 기업이다. 원고는 2003. 12. 26. 원고가 발행한 주식의 주가안정을 목적으로 증권거래법 제189조의2에 따라 대한민국 정부가 보유하던 원고의 주식 30,623,761주 중 27,423,761주를 취득하였다. 가격은 공개입찰방식으로 결정된 주당 43,700원이었고, 유가증권 발행 및 공시 등에 관한 규정 제106조 제2항에 따라 유가증권시장에서 시간외 대량매매의 방법을 취했다.
나. 원고는 2004. 3. 31.에 2003사업연도 귀속 법인세를 신고할 때 276,496,391,626원의 결손금만 있는 것으로 확정하여 과세표준을 신고했는데, 당시에는 준비금으로 적립할 수 있는 처분가능이익이 없었고, 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3, 법인세법 제61조 제1항에 따른 359,525,506,710원의 자사주처분손실준비금을 손금에 산입하지 않았다.
다. 원고는 2004사업연도의 당기순이익이 예상되자 2004. 9. 23. 피고에게 당초 신고한 2003사업연도의 결손금 276,496,391,626원에 ① 이 사건 자사주처분손실준비금 359,525,506,710원{2003. 12. 26.에 취득한 자기주식의 취득가액 1,198,418,355,700원(주당 43,700원 × 27,423,761주)의 30/100}을 추가로 손금산입하고, ② 투자유가증권 평가손 21,765,004,967원을 익금에 산입하며, ③ 수입배당금 319,603,696원과 외국납부세액 785,304,240원을 추가로 손금에 산입함으로써 2003사업연도의 결손금을 615,361,801,305원으로 경정해 달라는 취지의 결손금 증액경정청구를 했다. 원고는 그 후 2005. 3. 18.경 2004사업연도 중에 발생한 처분가능이익으로 자사주처분손실준비금 359,525,506,710원을 적립했다.
라. 피고는 2004. 12. 18. 투자유가증권 평가손 21,765,004,967원의 익금산입, 수입배당금 319,603,696원과 외국납부세액 785,304,240원의 손금산입은 받아들여 그 경정을 허가했으나, 이 사건 자사주처분손실준비금 359,525,506,710원을 추가로 손금에 산입하여 달라는 경정청구에 대해서는 조세특례제한법상 준비금을 신고조정방법으로 손금산입하고자 하는 경우에는 해당 준비금 상당액을 세무조정계산서에 계상하고 해당 준비금 상당액을 이익처분에 의하여 적립해야 하는데, 원고는 2003사업연도 귀속 법인세를 신고할 때 이 사건 자사주처분손실준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하여 신고하지 않았을 뿐만 아니라, 이 사건 자사주처분손실준비금 상당액을 이익처분에 의하여 적립하지도 않았다는 이유로 이 사건 자사주처분손실준비금에 대한 원고의 결손금액 증액경정청구를 거부했다(이하 이 사건 자사주처분손실준비금을 추가로 손금산입하여 달라는 경정청구에 대한 피고의 거부처분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
［인정 근거］ 다툼 없는 사실과 갑 1~5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단
(1) 피고의 주장 내용
(가) 법인세 과세표준의 경정결정은 법인세 부과처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 구체적인 납세의무를 부담하게 된다거나 현실적으로 어떤 권리침해 내지 불이익을 받는다고 할 수 없고, 후일 법인세 부과처분이 있을 때 그 부과처분을 다툴 수 있는 방법이 없는 것도 아니므로, 이를 국세기본법 제55조가 규정한 처분에 해당되어 행정소송의 대상이 된다고 볼 수 없다.
(나) 결손금이 발생하는 경우, 통상 그 결손금은 다음 사업연도의 이익과 상계됨으로써 법인의 세부담을 감소시키는 효과가 있으나, 경우에 따라서는 결손금이 5년 이상 계속 발생할 수도 있고 결손금만 발생하다가 사업체가 폐업함으로써 궁극적으로 당해 결손금은 법인의 세부담에 어떠한 영향도 미칠 수 없게 될 수도 있는데, 이러한 경우 결손금의 증액 여부를 다투는 소송은 소송당사자에게 사실상 아무런 이익을 주지 못하면서 소송을 위한 비용과 시간만을 낭비하는 부당한 결과를 가져오고, 결손금이 발생한 사업연도 이후에 이익이 발생하여 결손금 상계 후 과세소득(또는 과세표준)이 계산된다고 할지라도 그로 인하여 당연히 세액이 계산되는 것은 아니며, 위와 같이 과세소득이 계산되어도 소득공제, 감면, 세액공제 등에 의하여 세액이 전혀 계산되지 않을 수도 있기 때문에 이런 점에 있어서도 결손금의 증액을 다툴 법률상 이익이 없다.
(2) 판 단
과세관청은 납세자의 신고 내용에 오류, 탈루가 있는 경우 부과권의 제척기간 내에는 이를 언제든지 경정할 수 있는데, 경정청구권은 이에 대응하여 납세의무자가 세액의 과다신고, 결손금액 또는 환급세액의 과소신고나 법이 정한 후발적 사유가 발생한 때에 그 시정, 변경을 청구할 수 있도록 마련된 권리이다. 경정청구는 그 청구 내용대로 과세표준과 세액을 확정하는 효력은 없지만 과세관청으로 하여금 경정청구 사유를 조사, 확인하여 경정청구권자에게 통지할 의무를 부여하고 있으므로, 과세관청이 경정청구에 대해 그 전부나 일부를 받아들이지 않는 경우는 물론 법정기간 내에 아무런 통지를 하지 않는 경우에도 납세의무자의 경정청구를 거부한 처분으로 보아 당연히 행정소송을 제기할 수 있다.
나아가 결손금액의 경정에 의하여 당해 과세연도의 세액에는 아무런 영향이 없다고 하더라도 그 이후 과세연도의 세액에 영향을 미치므로 과세대상이 될 소득이 발생할 사업연도까지 기다릴 필요 없이 납세자로 하여금 미리 자신의 납세의무의 범위를 가늠하게 하고, 특히 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에 먼저 발생한 것부터 순차로 공제해야 하므로 각 사업연도에 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 정확하게 계산하기 위해 결손금이 발생한 사업연도의 결손금의 액수를 확정해 둘 필요가 있어서 국세기본법에서 결손금액의 증액경정청구를 인정하고 있다. 원고의 경우에도 이 사건 자사주처분손실준비금을 손금에 산입하게 되면 당해 이월결손금이 증액되고 그로 인하여 그 이후 과세연도의 세액에 영향을 미치게 되며, 원고의 경정청구가 받아들여지는지 여부에 따라 원고가 과소신고 및 미납부 가산세를 부담할 것인지 여부가 결정되기 때문에 원고가 2005. 3.경 2004사업연도 법인세를 신고하기에 앞서 2004. 12. 31.경 국세심판을 청구함으로써 이 사건 경정청구에 대한 거부처분의 적법성 여부를 다툴 법률상 이익이 있다.
따라서 이 사건 거부처분은 행정소송의 대상이 되는 처분에 해당하고, 원고가 이를 다툴 법률상 이익도 있으므로 이 사건 소송은 적법하다.
3. 이 사건 거부처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 내용
(1) 법인세법 제61조에 따라 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하지 않았다고 하더라도 결산조정에 의한 손금산입 항목과 달리 신고조정에 의한 손금산입항목은 신고만으로 손금산입 여부가 결정되므로, 당초 법인세 과세표준과 세액을 신고할 때 준비금을 손금에 산입하지 않은 경우 그 신고를 경정할 수 있는 기간 내에는 언제든지 이를 추가로 손금산입할 수 있다. 그런데 원고가 2003사업연도 귀속 법인세 신고시 신고조정의 방법으로 이 사건 자사주처분손실준비금을 손금에 산입하지 않은 후 2년의 경정청구 기간 내에 결손금액의 증액경정청구를 했으므로, 결손금액의 증액경정청구를 받아들이지 않은 이 사건 거부처분은 위법하다.
(2) 준비금을 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 부족하거나 존재하지 않은 경우에는 그 부족액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하는 것을 조건으로 일단 준비금 전액을 손금에 산입할 수 있는데, 원고가 경정청구를 통한 신고조정의 방법으로 2004사업연도에 발생할 것으로 예상되는 처분가능이익을 가지고 이 사건 자사주처분손실준비금 359,525,506,710원을 적립할 것을 조건으로 결손금액의 증액경정청구를 한 데 대하여 이를 받아들이지 않은 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.
나. 판 단
(1) 원고가 2003사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 신고할 때 이 사건 자사주처분손실준비금을 손금으로 계상하지 않은 뒤 그 신고를 경정할 수 있는 기간 내에는 언제든지 경정을 통하여 손금에 산입할 수 있는지에 관하여 본다.
(가) 구 국세기본법(2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조의2에 의하면, 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 따라서 당초 신고하여야 할 정당한 결손금액을 과소신고한 납세자는 2년의 경정청구 기간 내에는 언제든지 결손금액의 증액경정을 청구할 수 있다.
(나) 구 조세특례제한법 제104조의3 제1항은 주권상장기업이 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 2000. 10. 18. 이후 주가안정을 위하여 취득한 자기주식을 취득하여 처분함에 따른 손실을 보전할 목적으로 자사주처분손실준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도에 취득한 자기주식의 취득가액 중 30%의 범위 안에서 당해 과세연도 소득금액계산의 손금에 산입하도록 규정하고 있다.
여기에서 ‘자사주처분손실준비금을 손금으로 계상한 때’라는 규정은 결산조정이 아닌 신고조정을 의미하는 것으로 해석해야 한다. 예컨대, 대표적인 ‘결산조정’의 사례인 감가상각비에 관하여 법인세법 제23조 제1항은 고정자산에 대한 감가상각비를 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금에 계상한 경우, 즉 결산을 확정하면서 ‘손비로 계상한 경우에 한하여’ 일정한 금액을 당해 사업연도 소득금액계산의 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 이 규정의 취지는 법인이 감가상각비를 손금에 산입할 것인지 여부를 기업회계의 기준에 따라 자율적으로 선택하도록 하되, 손금에 산입하기 위해서는 반드시 법인의 장부에 손비로 계상한 결산조정의 방법을 선택해야 하고, 만일 법인이 당초 결산시 감가상각비의 계상을 빠뜨려 결산조정에 의해 손금에 산입하지 못했다면 그 후 감가상각비를 세무조정계산서에 손금으로 계상하는 신고조정의 방법으로 손금에 산입할 수는 없다는 것이다. 이에 비하여 조세특례제한법상 손금산입이 허용되는 자사주처분손실준비금에 관하여 보면, 실제로 기업의 비용으로 지출되지 않은 금액을 비용으로 산입할 수 있게 하는 경우에 기업의 영업실적에 관한 계산의 실질을 왜곡하는 효과가 있기 때문에, 기업회계기준에 의하면 준비금의 설정 금액을 장부상 비용으로 계상하는 것을 인정하지 않아 결산조정의 방법으로 법인세법상 손금에 산입할 수 없다. 이에 따라 법인세법 제61조 제1항은 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다는 특례를 규정함으로써, 법인이 기업회계기준상 손익계산서에 비용으로 계상할 수 없는 준비금을 신고만으로 법인세 신고시 세무조정계산서에 손금으로 계산하는 ‘신고조정’을 허용하는 한편, 법인에 대하여 그 손금산입 상당액을 이익처분의 방법으로 적립할 의무를 부과하고 있다. 이런 취지에서 법인세법 제61조 제1항이 제23조 제1항과 달리 ‘손금에 계상한 경우에 한하여’라는 문구를 사용하지 않았다고 볼 수 있다.
(다) 이 사건 자사주처분손실준비금은 법인세법 제61조 제1항이 규정한 조세특례제한법상 준비금에 해당되고, ‘자사주처분손실준비금을 손금으로 계상한 때’라는 규정은 결산조정이 아닌 신고조정을 의미하는 것으로 해석해야 하므로, 원고가 이 준비금을 2003사업연도 귀속 법인세 신고시 신고조정의 방법으로 손금에 산입한 경우에 이를 허용해야 함은 물론이고, 손금에 산입하지 않은 후 2년의 경정청구 기간 내에 경정청구를 한 이상 피고로서는 원고의 경정청구를 받아들여 2003사업연도 손금의 신고조정을 인정해야 한다. 다만, 원고의 법인세를 계산할 때 ‘당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금의 적립금으로 적립하도록 하는 의무 내지 조건’이 성취되지 않은 경우에는 당해 사업연도의 손금으로 계산하거나 결손금 또는 이월결손금에 반영할 수 없을 뿐이고, 그 이후 사업연도에 이익금이 발생한 경우 추가적립을 허용할 것인지는 다음에서 볼 별개의 문제이다.
(2) 이 사건 자사주처분손실준비금을 적립금으로 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에 그 부족액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하도록 허용할 것인지에 관해서 본다.
(가) 조세특례제한법상 준비금은 당해 사업연도에 실제로 발생된 비용이 아니기 때문에 기업회계상으로는 비용처리가 불가능하나, 특별히 조세정책적 목적을 위해 장차 발생할 비용에 충당하거나 또는 시설교체 등에 충당할 수 있도록 세무상 미리 손금에 계상하게 한 후, 실제로 발생한 비용을 해당 준비금 설정액과 상계하도록 하여 비용의 발생에 상관없이 마음 놓고 기업을 운영할 수 있도록 하거나 일정 기간 경과 후 당해 준비금을 익금에 산입하도록 함으로써 일정기간 동안 과세를 유예하는 제도이다. 위에서 본 것처럼 준비금은 기업회계상 비용항목에 해당하지 않고 만일 준비금을 비용으로 계상하는 경우 기업회계상 일정한 기간 손익을 왜곡시키는 결과가 되어 이러한 왜곡효과가 생기지 않도록 하기 위해 법인세법 제61조는 오직 과세상으로만 준비금을 손금에 산입하도록 규정하였다. 소득금액 계산상 손금으로 인정되는 결산조정의 경우에는 법인의 손익계산서에 이미 손금으로 계상된 후 잉여금을 산정하게 되지만, 법인세법 제61조의 규정과 같이 신고조정에 의해 손금에 산입되는 경우에는 법인세 신고시 작성되는 세무조정계산서에만 손금으로 표시되기 때문에 과세가 유보된다. 이에 따라 과세가 유보된 준비금 상당액을 실제로 적립시킬 필요가 있고, 이를 위하여 법인세법 제61조는 준비금 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우에 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보도록 규정하였다. 신고조정을 통한 준비금의 손금산입시에는 이익잉여금처분계산서상 이익잉여금의 처분을 통한 준비금을 실제로 적립하도록 하여 해당 재원의 과세가 유보된 채 배당을 통하여 사외로 유출되는 것을 사전에 방지하려는 것이다.
(나) 국세청의 법인세법 통칙 61-98…1(준비금 등의 손금계상 특례규정 적용)의 1호 단서에서는 “당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.”고 규정함으로써, 일반적으로 준비금의 추가 적립을 인정하고 있다. 법인세법 통칙 자체는 이를 법규명령이라고 보기 어렵지만, 과세관청의 통칙 내용을 적용하여 납세의무자에게 유리한 결과가 도출되고 납세의무자가 이에 따라 행동하는 경우에 과세관청이 그 통칙의 내용에 반하는 주장을 하는 것은 바람직하지 않고, 준비금에 관한 위 통칙의 내용과 달리 이 사건 자사주처분손실준비금에 대해서만 추가 적립을 인정하지 않을 특별한 이유는 없다.
(다) 만일 당해 사업연도에 처분가능이익이 있는 경우에만 손금에 산입하도록 허용한다면, 당해 과세연도에 처분가능이익이 있어 자사주처분손실준비금을 적립금으로 적립할 수 있는지 여부를 미리 알 수 없는 법인으로서는 자사주 취득을 꺼릴 수도 있으므로, 자사주 취득으로 주가를 안정시키려는 목적을 달성할 수 없게 된다. 그리고 자사주를 취득한 법인 중 우연히 당해 사업연도에 처분가능이익이 있는 법인에 대해서만 특례가 적용되는 불공평한 결과를 가져오게 된다.
(라) 자사주처분손실준비금의 손금산입은 실제로 발생하지도 않은 손금을 인정하는 것으로서 법인에 대한 일종의 과세특례이기는 하지만, 실제로 과세특례가 인정되는 것은 영구적인 것이 아니라 일시적인 것으로서 과세이연(과세이연)에 불과하다는 점을 고려하면, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 다음 사업연도 이후에 추가 적립을 허용한다고 하더라도 제도의 취지에 반하는 것이 아니다. 즉, 구 조세특례제한법 제104조의3 제3항에 의하면, 법인이 자기주식을 취득한 후 6월 이내에 처분하는 경우에는 처분주식에 상당하는 준비금을 바로 익금에 산입하고, 나머지 준비금 중 자기주식의 처분손실과 상계하고 남은 잔액을 모두 손금산입 과세연도부터 5년이 지난 후 익금에 산입하도록 하기 때문에, 위와 같이 과세특례를 다소 넓게 인정하더라도 제도의 원래 취지에 따라 자사주 처분손실과 상계하거나 과세이연에 따른 이자 상당의 이익을 법인에 부여하는 정도에 불과하다.
(마) 따라서 법인세법 제61조 제1항은 준비금을 손금에 산입하는 당해 사업연도에 그 상당액의 적립금을 적립할 처분가능이익을 가진 법인에 대해서는 당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금을 적립하도록 요구하고, 준비금을 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 그 부족액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 요구한다고 해석할 수 있으며, 원고가 2003사업연도에는 처분가능이익이 없어 2003사업연도 법인세 신고 당시에는 잉여금 처분에 의하여 준비금을 적립하지 못했으나, 그 다음 2004사업연도 중에 발생한 처분가능이익으로 이 사건 자사주처분손실준비금 359,525,506,710원을 적립할 것을 조건으로 이 사건 자사주처분손실준비금을 신고조정의 방법으로 손금에 산입하겠다는 내용의 이 사건 경정청구를 받아들이지 않은 피고의 이 사건 거부처분은 위법하고, 피고로서는 일단 이 사건 경정청구를 받아들인 후 2004사업연도 이후의 법인세를 계산할 때 자사주처분손실준비금이 실제로 적립된 경우에는 이를 실제로 손금이나 결손금, 이월결손금으로 인정하며, 그 준비금이 실제로 적립되지 않은 경우에만 이를 허용하지 않으면 된다.
4. 결 론
그렇다면 피고의 이 사건 거부처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들인다.