토지수용법에 기한 수용은 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당하며, 도시재개발법 제32조는 재개발사업의 시행을 위한 수용에 관하여는 토지수용법을 준용하도록 규정하고 있으므로 재개발조합이 재개발구역 내의 토지를 수용함으로써 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도가 이루어진 것으로 보아야 하고, 그와 같이 수용에 의하여 자산이 양도된 다음에는 수용 자체에 흠이 있다는 등 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 약정만으로 수용의 효력을 소급적으로 소멸시켜 당초부터 그 수용이 없었던 것으로 하거나 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제88조 제2항 소정의 양도로 보지 아니하는 환지처분으로 법률관계를 변경할 수는 없는 것이며, 당사자 사이에 그러한 내용의 약정이 있다 하더라도 장래를 향하여 약정내용에 따른 효력이 발생할 뿐이다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고 소유의 서울 성동구 (주소 생략) 외 2필지(이하 '이 사건 토지'라 한다)가 도시재개발법에 의하여 하왕 제2구역 제1지구 재개발구역에 편입되었는데, 원고는 재개발사업을 위해 설립된 해당 지구 재개발조합(이하 '재개발조합'이라 한다)에게 재개발사업으로 조성되거나 축조되는 대지 및 건축시설에 대하여 분양신청을 하지 아니한 사실, 재개발조합은 원고와 사이에 이 사건 토지의 취득에 관한 협의가 이루어지지 아니하자 중앙토지수용위원회(이하 '중토위'라 한다)에 수용을 위한 재결을 신청하였고, 중토위는 1996. 8. 26. 수용보상금을 439,418,800원으로, 수용시기를 같은 해 10. 9.로 하는 재결을 한 사실, 재개발조합은 같은 해 10. 7. 중토위의 재결에 따른 수용보상금 전액을 공탁하고, 같은 달 22. 이 사건 토지에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 마친 사실, 피고는 이 사건 토지가 재개발조합에 수용되었다 하여 1998. 3. 6. 원고에게 양도소득세 69,561,930원 및 농어촌특별세 12,753,020원(각 가산세 포함)을 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)한 사실, 원고는 이 사건 처분에 앞선 1997. 4. 8. 재개발조합과 사이에, 수용보상금조로 공탁된 금원을 재개발조합측에 반환하는 대신 보류시설로 정한 41평형 아파트의 입주자격을 부여받는 등 다른 조합원과 동등한 지위를 보장받는 내용의 합의(이하 '이 사건 약정'이라 한다)를 한 사실을 각 인정한 다음, 원고와 재개발조합이 이 사건 약정을 맺은 진정한 의도는 기존의 토지수용관계를 해소하여 소급적으로 토지수용이 없었던 것으로 함으로써 원고의 지위를 원상회복하는 데 있다고 전제하고, 이 사건 토지의 수용은 이 사건 약정에 기하여 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제88조 제2항 소정의 양도로 보지 아니하는 환지처분으로 그 법률관계가 소급적으로 변경되었다고 보아 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
토지수용법에 기한 수용은 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당하며( 대법원 1995. 12. 22. 선고 95누13890 판결 참조), 도시재개발법 제32조는 재개발사업의 시행을 위한 수용에 관하여는 토지수용법을 준용하도록 규정하고 있으므로 재개발조합이 이 사건 토지를 수용함으로써 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도가 이루어진 것으로 보아야 하고, 그와 같이 수용에 의하여 자산이 양도된 다음에는 수용 자체에 흠이 있다는 등 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 약정만으로 수용의 효력을 소급적으로 소멸시켜 당초부터 그 수용이 없었던 것으로 하거나 관계 법령 소정의 양도로 보지 아니하는 환지처분으로 법률관계를 변경할 수는 없는 것이며, 당사자 사이에 그러한 내용의 약정이 있다 하더라도 장래를 향하여 약정내용에 따른 효력이 발생할 뿐이라 할 것이다.
그럼에도 불구하고, 원심이 당사자 사이의 약정만으로 소급하여 이 사건 토지에 관한 수용의 효력을 소멸시킬 수 있다거나 양도로 보지 아니하는 환지처분으로 법률관계를 변경시킬 수 있다고 판단한 데에는 양도소득세 과세대상인 자산의 양도와 관련하여 수용의 효력 등에 관한 법리를 오해함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고 이유의 주장은 이유 있다.
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.