[1] 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 설립된 비영리법인인 산업단지관리공단은 위 법률에 따라 위탁받은 관리업무에 소요되는 필요비용을 조달하기 위하여 공단 내 입주업체들로부터 입회비 및 공동부담금을 징수함으로써 실비변상적 성격의 금액을 지급받는바, 위 공단이 수행하는 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하는 것이라고 할 수 없으므로 위와 같이 징수한 입회비 및 공동부담금은 법인세 과세대상이 되지 않는다.


[2] 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 설립된 비영리법인인 산업단지관리공단이 공단 내 입주업체들을 위하여 수행하는 업무의 내용은 부가가치세법상 용역의 제공에 해당하고 위 공단은 입주업체들과 별개의 법인체로서 독립한 사업자라고 할 것이어서, 위 공단이 공단 내 입주업체들로부터 징수한 입회비 및 공동부담금은 부가가치세 과세대상인 시설물 사용 및 관리에 대한 대가로 봄이 상당하다.
주문
1. 피고가 원고에 대하여, 2005. 3. 21.자로 한 별지 내역표 순번 1 기재의 법인세 부과처분 및 2005. 6. 1.자로 한 별지 내역표 순번 2 내지 6 기재의 각 법인세 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘법’이라 한다)에 의하여 1978. 8. 31. 기계공업에 공용되는 공업단지를 조성하고 기계공업의 합리적 운영체제 확립으로 기계공업의 육성발전에 기여함을 목적으로 하여 설립된 법인이다.
나. 피고는 원고가 1999년부터 2004년까지 사이에 입주업체로부터 징수한 입회비 합계 54,105,000원 및 공동부담금 합계 969,800,000원을 비수익사업의 수입금액으로 회계처리하자 이를 용역제공의 대가 및 수익사업에서 발생한 수입금액으로 보아 2005. 3. 21. 별지 내역표 순번 제1 기재 법인세를, 2005. 6. 1. 별지 내역표 순번 제2 내지 6 기재의 법인세를 각 부과·고지하고(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 같은 날 별지 내역표 순번 제7 내지 16 기재 각 부가가치세를 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
[증거] 다툼 없는 사실, 갑2호증의 1 내지 갑3호증의 10, 을1호증의 1 내지 을16호증의 5
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
(1) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여
(가) 이 사건 입회비와 공동부담금은 원고가 산업단지 관리업무를 위하여 회원들로부터 징수한 것으로서 이를 수익을 목적으로 영위하는 사업에서 얻은 소득이라 할 수 없으므로 이에 대하여 법인세를 부과한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.
(나) 이 사건 입회비 및 공동부담금을 수익사업의 수입금액으로 본다고 하더라도 2000년부터 2004년에 지급한 경조사비 합계 345,206,230원을 손금으로 산입하여야 함에도 이를 불산입한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.
(2) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여
입회비 및 공동부담금은 원고가 사업상 독립적으로 회원들에 대하여 용역을 제공하고 그 대가로 받은 대가적 성격의 비용이라 볼 수 없고 회원 자신들이 각자 자신의 비용 부담하에 자신에게 용역을 제공한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 결국, 사업상 독립적으로 용역을 제공한 것으로 볼 수 없다 할 것이어서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.
나. 관계 법령
법인세법
제3조 (과세소득의 범위)
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
법인세법 시행령
제2조 (수익사업의 범위)
① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. (단서 생략)
부가가치세법
제1조 (과세대상)
① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
1. 재화 또는 용역의 공급
제2조 (납세의무자)
① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화( 제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역( 제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인·법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다.
제7조 (용역의 공급)
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18207호로 개정되기 전의 것)
제2조 (용역의 범위)
① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.
6. 부동산업 및 임대업. 다만, 전·답·과수원·목장용지·임야 또는 염전임대업을 제외한다.
7. 사업서비스업
② 제1항의 규정에 불구하고 건설업과 부동산업 중 재정경제부령이 정하는 사업은 재화를 공급하는 사업으로 본다.
③ 제1항의 사업구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하되, 제1항에 규정하는 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류표에 불구하고 동항의 사업에 포함되는 것으로 본다.
산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률
제1조 (목적) 이 법은 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하며 산업입지 및 산업단지의 체계적 관리를 실현함으로써 지속적인 산업발전 및 균형있는 지역발전을 통하여 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제30조 (관리권자등)
① 관리권자는 다음 각 호와 같다.
2. 일반지방산업단지 및 도시첨단산업단지는 시·도지사
② 관리기관은 다음 각 호와 같다.
3. 관리권자로부터 관리업무를 위탁받은 한국산업단지공단 또는 산업단지관리공단
제31조 (산업단지관리공단등)
① 관리권자는 산업단지의 효율적인 관리를 위하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 제30조 제2항의 규정에 의한 관리기관에 관리업무의 전부 또는 일부를 위임 또는 위탁할 수 있다.
② 산업단지관리공단(이하 “관리공단”이라 한다) 또는 산업단지관리업무를 위탁받기 위하여 입주기업체로 구성된 협의회(이하 “입주기업체협의회”라 한다)를 설립하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 설립요건을 갖추어 관리권자의 인가를 받아야 한다.
③ 관리공단 및 입주기업체협의회(이하 “관리공단 등”이라 한다)는 법인으로 하고 그 주된 사무소 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
제38조 (입주계약등)
① 산업단지 안에서 제조업을 영위하거나 영위하고자 하는 자는 산업자원부령이 정하는 바에 의하여 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 “입주계약”이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
② 입주기업체 및 지원기관이 입주계약사항 중 산업자원부령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에는 새로이 변경계약을 체결하여야 한다.
④ 관리기관 중 관리공단 또는 입주기업체협의회가 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 입주계약 또는 그 변경계약을 체결한 때에는 산업자원부령이 정하는 바에 의하여 이를 시장·군수 또는 구청장에게 보고하여야 한다.
제42조 (입주계약의 해지등)
① 관리기관은 입주기업체 또는 지원기관이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 기간 내에 그 시정을 명하고 이를 이행하지 아니하는 경우 그 입주계약을 해지할 수 있다.
1. 입주계약을 체결한 후 정당한 사유 없이 산업자원부령이 정하는 기간 내에 그 공장등의 건설에 착수하지 아니한 때
2. 공장등의 준공이 사실상 불가능하다고 인정될 때
3. 공장등의 준공 후 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 착수하지 아니하거나 계속하여 1년 이상 그 사업을 휴지한 때
4. 제38조 제2항( 제38조 제3항에서 준용하는 경우를 포함한다)의 규정에 의한 변경계약을 체결하지 아니하고 산업자원부령이 정하는 사항을 변경한 때
5. 제38조의2 또는 제39조 제1항의 규정에 위반하여 산업용지 및 공장 등을 임대하거나 처분한 때
6. 제38조 및 제38조의2의 규정에 의한 입주계약을 위반한 때
④ 관리기관은 제1항의 규정에 의하여 입주계약을 해지한 때에는 그 내용을 시장·군수 또는 구청장에게 보고하여야 한다.
다. 인정 사실
(1) 원고의 정관 규정은 다음과 같다.
제6조(회원) 회원은 원고 공단 내에 입주한 자로서 정회원과 준회원 및 특별회원으로 구성한다.
1. 정회원은 단지 내에 공장 및 대지를 소유하고 있는 자로 한다(단서 생략).
2. 준회원은 정회원이 소유하고 있는 공장 및 대지의 일부를 임차하여 입주한 자로 한다.
제7조(입회) 회원의 입회는 공단의 입주계약과 동시 입회가입신청서를 공단에 제출하고 명의개서의 소정절차를 마치고 입회한다.
제8조(회원의 의무)
1. 회원은 이사회의 정하는 바에 의하여 입회금과 부과된 회비 및 공동부담금 등을 납부할 의무를 진다.
2. 공단은 의무를 이행하지 않은 회원에 대하여는 공공시설의 사용을 거부하며, 또한 회비 및 공동부담금을 기한 내에 납부하지 아니한 자에 대하여는 첫 월 3%의 연체료를 부과한다. 그 후 연체 1개월 경과마다 1개월당 1%의 추가연체료를 가산한다. 단, 특별사유가 있다고 인정될 때에는 위 연체료의 일부 또는 전부를 이사회 의결을 거쳐 감할 수 있다.
3. 회원이 공단 외로 이주할 때는 미납된 회비 및 공동부담금을 전부 납부하여야 하며 만약 이를 이행하지 아니한 경우에는 사업장 인수자가 승계 1개월 내로 납부하여야 한다.
제10조(회원의 제명 및 계약해지)
회원에게 다음 사유가 발생하였을 시는 이사회의 의결을 얻어 제명할 수 있다.
1. 회비 및 공동부담금 등 납부를 정당한 이유 없이 6개월 이상 이행치 않은 자
제28조(청산) 공단이 해산할 때에는 공단의 채무를 완제하고 잔여재산이 있을 때에는 주무관청의 승인을 얻어 회원에게 분배한다.
(2) 2002년 현재 원고 소속 정회원(공장 및 대지 소유자)사는 64개사이고 준회원사(공장 및 대지 임차)는 152개사이며, 관리직원은 5명이다. 원고는 원고 산업단지에 입주를 희망하는 업체가 있을 경우 그 업체의 요청에 따라 위 입주 희망 업체의 자격을 심사하고, 위 업체와 입주계약을 체결하며, 위 입주 희망 업체의 공장 설립 및 등록허가 신청에 대하여 이를 심사하여 허가를 하고, 위 산업단지 내 공장 및 그 부지에 대하여 매매계약이 체결되었을 경우 신고를 받는 등 법에서 규정한 업무를 수행하는 외에, 도로의 차선 도색, 불법 주정차 단속 등 도로관리 업무 등 공단의 시설 관리용역업무 등을 수행하고, 원고가 위 업무를 처리하기 위하여 필요한 인건비, 사무용품비와 관리비 등 필요비용에 충당하기 위하여 입주업체들로부터 입회비 및 공동부담금을 징수하고 있다. 원고는 입회비로서 정회원으로부터 각 500만 원을 징수하고, 공동부담금은 이사회의 결의 및 총회의 승인을 받아 토지 및 건물 면적에 따라 정회원사는 평당 40원(2002년부터는 평당 20원), 준회원사는 임대면적 50평 이하는 1만 원, 50평 이상은 평당 200원으로 하여 매월 징수하고 있다.
(3) 원고는 이와 별개로 원고 소유의 토지를 임대하여 연 6,000여만 원의 임대수입을, 주차장을 관리하여 연간 1,000여만 원의 주차료 수입을 얻고 있으며, 이에 대하여는 법인세 및 부가가치세를 납부하고 있다.
[증거] 갑1, 4, 5호증, 을17호증의 각 기재, 갑6호증의 1 내지 12의 각 영상, 변론 전체의 취지
라. 판 단
(1) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단
비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다( 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결, 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 참조).
살피건대, 원고는 법에 의하여 기계공업에 공용되는 공업단지를 조성하고 기계공업의 합리적 운영체제 확립으로 기계공업의 육성발전에 기여함을 목적으로 하여 설립된 비영리법인인데, 설립목적 외의 사업을 한 경우 등에 있어 관리권자인 주무관청으로부터 설립인가 취소를 받는 등( 법 제31조 제5항) 감독과 통제를 받고 있고, 산업단지관리기본계획을 수립하여 시·도지사의 승인을 받아야 하며( 법 제33조 제1항), 원고가 수행하는 사업은 산업단지 안에 입주하려는 회원사와 사이에 입주계약 체결, 입주계약의 해지 및 산업용지 등의 처분, 산업용지 또는 공장 등을 소유하고 있는 입주기업체가 이를 처분하려고 하는 경우 그 양수, 입주기업체에 대한 시장정보제공·에너지공급·노사관계증진·직업훈련 등 지원과 단지 유지보수 및 관리 등이 있다. 원고는 위와 같이 법에 따라 위탁받은 관리업무에 소요되는 필요비용을 조달하기 위하여 정회원으로부터 입회비를, 정회원 및 준회원으로부터 공동부담금을 각 징수함으로써 실비변상적 성격의 금액을 지급받는 것인바, 원고가 수행하는 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하는 것이라고 할 수 없으므로 이를 위하여 징수한 입회비 및 공동부담금은 법인세 과세대상이 되지 않는다고 할 것이다.
따라서 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.
(2) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 판단
용역의 공급은 계약상, 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화, 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 말하는바, 부가가치세법에서는 재화의 공급과는 달리 외부의 거래상대방에게 용역을 제공하고 대가를 받는 것으로 과세대상을 국한하고 있다. 따라서 대가를 받지 아니하고 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있으므로, 용역의 무상공급은 과세대상 거래에서 제외되나, 당사자 사이에 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 있는 것이 수수되고 있다면 과세대상인 용역의 공급에 해당한다.
살피건대, 갑1호증, 을17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 회원사들에게 제공한 용역의 내용으로서 먼저 법에서 규정한 바와 같이 원고 산업단지에 입주를 희망하는 업체가 있을 경우 그 업체의 요청에 따라 위 입주 희망 업체의 자격을 심사하고, 위 업체와 입주계약을 체결하며, 위 입주 희망 업체의 공장 설립 및 등록허가 신청에 대하여 이를 심사하여 허가를 하고, 위 산업단지 내 공장 및 그 부지에 대하여 매매계약이 체결되었을 경우 신고를 받는 등의 업무를 수행하고, 다음으로 정관에서 규정된 바와 같이 기계공업에 공용되는 공장단지의 조성과 운영, 기계공업의 공업단지의 유치, 단지 내의 공동시설의 설치 및 운영(단지 내 입주기업체 및 지원기관을 위한 주차장관리사업, 단지 내 입주기업체 및 지원기관을 위한 임대사업), 단지 내 기업체에 종사하고 있는 기능공 및 고용될 기능공의 양성, 단지 내 기업체에 대한 융자 및 원자재의 공동구입·공동판매, 입주기업체의 종사원의 복리후생에 관한 공동관리와 노사간 문제해결, 기타 공단의 목적달성에 필요한 사항 등에 관한 업무를 수행하며, 마지막으로 단지 내 도로의 차선도색 등 도로관리, 폐수처리장·가로등 등 공동시설의 설치·유지·보수, 축대 붕괴시 복구 등 관리공단의 시설 및 관리업무를 수행하는 사실을 인정할 수 있다.
위와 같이 원고가 회원사들을 위하여 수행하는 업무의 내용은 부가가치세법상 용역의 제공에 해당한다고 할 것이고, 관리권자를 대신하여 회원사들과 사이에 입주계약 체결 등 행정업무 및 공단관리업무 등 용역을 제공한 점에 대하여 비록 위 용역을 공급받는 상대방이 회원들이라 하더라도 원고는 회원사들과 별개의 법인체로서 위 입회비 및 공동부담금은 회원들이 아닌 원고 법인에게 직접 귀속되는 것이므로 원고는 독립한 사업자라고 할 것이며, 원고를 가리켜 사업상 독립하여 용역을 공급하는 자가 아니라거나 위 용역을 자가공급에 해당한다고 할 수는 없다. 결국, 원고는 한국표준산업분류상 부동산관리업 내지 사업시설유지관리서비스업을 수행한다고 할 것이어서 위 입회비 및 공동부담금은 시설물 사용 및 관리에 대한 대가로 봄이 상당하다.
따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.
4. 결 론
그렇다면 이 사건 법인세 부과처분에 대한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.