법인이 증여받은 자산의 취득가액은 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제37조 제1항 제3호에 따라 '취득 당시의 정상가액'에 의하여야 할 것인바, 여기의 정상가액이란 그 자산을 타인으로부터 정상적으로 매입하는 경우에 소요되는 금액으로서 그것은 곧 객관적인 교환가격인 시가를 의미한다고 할 것이고, 이와 같은 시가가 불분명한 경우에는 같은법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2 규정을 유추적용하여 그 가액을 산정함이 상당하므로, 증여받은 자산이 토지인 경우 그 취득가액은 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정가액이 없는 경우에는 구 상속세법시행령(1996. 12. 31. 상속세및증여세법시행령으로 전문 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 제1호 (가)목에 따라 개별공시지가에 의하여야 할 것이고, 나아가 이와 같은 시가산정의 방법이 위 구 법인세법시행규칙 제16조의2 규정을 유추적용하는 것인 이상, 이 경우의 감정가액은 반드시 감정평가법인이 감정한 가액에 한하는 것으로 엄격하게 한정할 필요는 없고, 개인 감정평가사가 감정한 가액이라도 그것이 객관적이고 합리적인 방법에 기초하여 평가한 것으로 인정될 수 있는 한 이에 포함된다고 봄이 상당하다.
주문
1. 피고가 1997. 5. 22. 원고에 대하여 한 법인세 858,609,880원 및 농어촌특별세 50,891,600원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
1. 이 사건 처분의 경위
갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제7호증의 1, 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
가. 원고는 건설업 등을 사업목적으로 하는 법인으로서 그 대표이사 조성현과 소외 라인주택건설 주식회사(이하 라인주택이라고만 한다)의 대표이사인 조성원은 형제간인데, 위 조성현과 조성원의 부(부)인 소외 조이연은 1995. 5. 29. 원고 및 라인주택과의 사이에 그 소유의 부산 북구 만덕동 산 163의 10 임야 29,505㎡ 및 같은 동 산 144의 13 임야 6,150㎡ 중 각 40/100지분은 원고에게, 각 60/100지분은 라인주택에 각 증여하는 내용의 계약을 체결하였다.
나. 그런데 그 후 위 2필지의 임야는 등록전환 및 면적정정 과정을 거쳐 만덕동 774의 7 등 6필지로 분할되고, 원고의 수증 지분도 40/100에서 41/100로 변경되었다(이하 위 6필지 중 41/100지분을 이 사건 토지라 한다).
다. 원고는 1995. 5. 29. 이 사건 토지를 증여받은 후 같은 달 31. 이를 자산수증익으로 기장처리하고 라인주택과 공동으로 아파트건립사업을 추진하면서, 같은 해 9. 4. 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.
라. 원고는 1995. 사업연도의 법인세를 신고ㆍ납부함에 있어 이 사건 토지의 수증시기를 증여계약 체결일인 1995. 5. 29.로 보고 1994년도 개별공시지가인 1㎡당 169,000원을 적용하여 이 사건 토지의 가액을 2,428,198,760원으로 평가하고 이를 익금에 산입하여 당해 연도의 법인세 전체 과세표준액을 산출한 다음, 1996. 3. 30. 피고에게 법인세 598,662,080원 및 농어촌특별세 30,566,130원을 자진신고ㆍ납부하였다.
마. 그런데 피고는, 라인주택으로부터 이 사건 토지에 대한 시가감정을 의뢰받은 감정평가사 이인환(부일감정평가사무소)이 1995. 6. 15. 당시의 시가를 1㎡당 333,000원으로 평가한 바 있다는 이유로, 이를 기초로 이 사건 토지의 가액을 4,741,453,200원으로 산정하여 원고가 신고한 가액과의 차액 2,313,254,440원을 추가로 익금에 산입한 후, 1997. 3. 6. 원고에 대한 법인세액을 1,457,271,961원, 농어촌특별세액을 81,457,736원으로 각 결정하여 위 각 세액에서 원고의 자진납부세액을 공제한 나머지 법인세 858,609,880원, 농어촌특별세 50,891,600원을 부과ㆍ고지(이하 이 사건 제1차 처분이라 한다)하였다.
바. 그 후 피고는 다시 이 사건 토지의 수증시기를 증여계약일(1995. 5. 29.)이 아닌 소유권이전등기일(1995. 9. 4.)로 보아야 한다는 이유로, 1995년도 개별공시지가인 1㎡당 400,000원을 적용하여 이 사건 토지의 가액을 5,747,216,000원으로 평가한 다음, 1997. 5. 22. 법인세 382,262,910원 및 농어촌특별세 22,126,780원을 추가로 부과ㆍ고지(이하 이 사건 제2차 처분이라 한다)함으로써 원고에 대한 1995. 사업연도 법인세를 1,240,872,790원(858,609,880원＋382,262,910원), 농어촌특별세를 73,018,380원(50,891,600원＋22,126,780원)으로 각 증액경정하는 처분을 하였다.
사. 이에 원고는, 이 사건 토지의 가액은 수증시기를 증여계약일로 보아 1994년도 개별공시지가를 적용하여 산정하여야 한다는 이유로 감사원에 심사청구를 하였는데, 감사원은 1998. 1. 7. 이 사건 토지에 관한 익금의 확정시기는 비록 소유권이전등기가 경료되지는 않았지만 원고가 사실상 증여받았음이 입증되는 위 증여계약일로 보아야 한다는 점에서 이 사건 제2차 처분은 부당하나, 감정평가사의 평가액을 기초로 이 사건 토지의 가액을 산정하여 세액을 산출한 이 사건 제1차 처분은 정당하다는 이유로, 피고에게 이 사건 제2차 처분만을 취소하도록 하는 내용의 결정을 하였다.
아. 이에 따라 피고는 1998. 2. 3. 위 1997. 5. 22.자 증액경정처분을 이 사건 제1차 처분 당시의 세액으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 감액되고 남은, 이 사건 제1차 처분 당시의 세액을 부과한 1997. 5. 22.자 처분만을 이 사건 처분이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관계 법령의 규정
법인세법 제17조 제2항은 "내국법인이 매입, 제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다."고 규정하고, 제4항은 " 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정한 다음, 그 시행령 제37조 제1항은 " 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액( 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조, 생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비, 노무비, 운임, 하역비, 보험료, 수수료, 공과금(취득세와 등록세를 포함한다), 설치비 기타 부대비용의 합계액 3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 정상가액"으로 규정하고 있다.
한편 같은법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2는 " 영 제40조 제1항(기부금), 영 제41조 제1항(기부금과 접대비 등의 계산), 영 제46조(부당행위계산) 및 영 제116조 제2항(청산소득 잔여재산가액), 제4항(잔여재산가액예정액)의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만,……"라고 규정하고 있고, 구 상속세법시행령(1996. 12. 31. 상속세및증여세법시행령으로 전문 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 제1호 (가)목에 의하면, 토지의 평가는 원칙적으로 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가에 의하되, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 총리령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 하도록 규정하고 있다.
나. 판 단
(1) 법인이 증여받은 자산의 취득가액은 법인세법시행령 제37조 제1항 제3호에 따라 '취득 당시의 정상가액'에 의하여야 할 것인바, 여기의 정상가액이란 그 자산을 타인으로부터 정상적으로 매입하는 경우에 소요되는 금액으로서 그것은 곧 객관적인 교환가격인 시가를 의미한다고 할 것이고, 이와 같은 시가가 불분명한 경우에는 법인세법시행규칙 제16조의2 규정을 유추적용하여 그 가액을 산정함이 상당하다( 대법원 1995. 3. 28. 선고 94누3605 판결 참조).
그러므로 증여받은 자산이 토지인 경우 그 취득가액은 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호 (가)목에 따라 개별공시지가에 의하여야 할 것이다. 나아가 이와 같은 시가산정의 방법이 법인세법시행규칙 제16조의2 규정을 유추적용하는 것인 이상, 이 경우의 감정가액은 반드시 감정평가법인이 감정한 가액에 한하는 것으로 엄격하게 한정할 필요는 없고, 개인 감정평가사가 감정한 가액이라도 그것이 객관적이고 합리적인 방법에 기초하여 평가한 것으로 인정될 수 있는 한 여기에 포함된다고 봄이 상당하다.
(2) 그런데 위 갑 제2호증 및 갑 제4, 5호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 토지는 종전에 예비군훈련장으로 사용된 임야인 관계로 그 곳에는 철거해야 할 군용건물 수동과 그 밖에 이설이 필요한 입목, 송전선 철탑 등이 있었음에도 불구하고, 위 이인환은 이 사건 토지를 아파트 신축용 나지로 상정하여 그 가액을 평가한 사실을 인정할 수 있으므로, 그 감정가액은 이 사건 토지에 관한 수증 당시의 객관적이고 합리적인 교환가격을 반영하고 있다고 보기 어렵다 할 것이니, 결국 이 사건 토지의 가액은 1994년도 개별공시지가에 의할 수밖에 없다고 하겠다.
따라서 위 이인환의 감정가액을 기초로 이 사건 토지의 가액을 산정한 후 원고가 신고한 가액과의 차액을 추가로 익금에 산입하여 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.