가. 부가가치세나 소득세의 과세표준과 세액은 근거과세의 원칙상 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 정하는 것은 납세의무자의 장부 기타 증빙서류가 존재하지 아니하거나 존재하여도 그 중요부분이 미비되거나 허위임이 명백하여 신뢰성이 없고, 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때 예외적으로 허용되는 것이므로 과세관청은 납세의무자가 과세표준신고(예정 혹은 확정)시 제시한 장부 기타 증빙서류의 일부분이 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있을 때에는 그 제시된 제반증빙서류 등의 부당성을 지적하고 새로운 자료의 제시를 받아 실지조사를 하여 그 현존하는 장부와 증빙서류 등에 의하여 실액에 의한 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이고, 그러한 자료에 의하더라도 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없을 때에 비로소 추계조사결정을 할 수 있다 할 것이며 또한 과세표준과 세액을 추계조사방식에 의하여 결정할 경우에 있어서도 가장 합리적이고 타당성있는 근거에 의하여 이를 결정하여야 할 것이다.


나. 추계조사결정에 의한 과세처분의 적법여부가 다투어지는 경우에 그 추계사유의 존재와 그 추계방법, 내용이 소득실액을 반영한 합리적이고도 타당한 것이라는 점에 관한 입증책임은 과세관청에 있다.


다. 추계과세사유에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이므로 과세관청이 소송에서 그 추계과세요건에 관한 입증을 다하지 못하였다면 법원은 과세관청이 한 추계과세가 위법하다 하여 그 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없고 법원이 실지조사에 의할 경우의 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다.
주문
상고를 기각한다.
상고비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
피고 소송수행자의 상고이유를 판단한다.
(1) 상고이유 제2점에 대하여,
부가가치세나 소득세의 과세표준과 세액은 근거과 세의 원칙상 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 정하는 것은 납세의무자의 장부 기타 증빙서류가 존재하지 아니하거나 존재하여도 그 중요부분이 미비되거나 허위임이 명백하여 신뢰성이 없고, 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수있는 방법이 없을 때 예외적으로 허용되는 것이므로 과세관청은 납세의무자가 과세표준신고(예정 혹은 확정)시 제시한 장부 기타 증빙서류의 일부분이 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있을 때에는 그 제시된 제반 증빙서류등의 부당성을 지적하고 새로운 자료의 제시를 받아 실지조사를 하여 그 현존하는 장부와 증빙서류등에 의하여 실액에 의한 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이고, 그러한 자료에 의하더라도 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없을 때에 비로소 추계조사결정을 할 수 있다 할 것이며 또한 과세표준과 세액을 추계조사방식에 의하여 결정할 경우에 있어서도 가장 합리적이고 타당성 있는 근거에 의하여 이를 결정하여야 할 것이다.
이러한 추계조사결정에 의한 과세처분의 적법여부가 다투어지는 경우에 그 추계사유의 존재와 그 추계방법, 내용이 소득실액을 반영한 합리적이고도 타당한 것이라는 점에 관한 입증책임은 과세관청에 돌아간다 할 것이다( 당원 1986.9.23. 선고 86누366 판결; 1985.11.12. 선고 85누383 판결).
원심판결이 확정한 바에 의하면, 원고는 1983년도 에 서울 강남구 ○○동에 △△상가빌딩(지하 2층, 지상 6층)을 신축하여 분양하고 그에 대한 부가가치세 예정 및 확정신고를 함에 있어 1983년도 제1기분 확정신고시 과세표준액을 금 255,586,983원, 1983년 제2기 예정신고시 과세표준액을 금 290,661,159원,확정신고시 과세표준액을 금 296,032,085원(따라서 1983년도 제2기 과세표준액은 금 586,693,244원이 됨)을 신고하자, 피고는 원고가 신고한 1983년도 제1, 2기분 과세표준액이 인접상가점포의 실지분양가액에 비하여 현저히 낮은 부당한 가액이라 하여 이를 부인하고 서울지방국세청장이 시달한 "○○상업업무지구 상가분양에 따른 과세지침"에 따라 부가가치세법 제21조 제1항, 제2항 단서 및 동법시행령 제69조 제1항 제1호에 의하여 이 사건 상가건물 인근의 □□빌딩, ○○상가, ○○종합상가 건물의 분양가액을 표본으로 하여 동업자권형방법에 따라 이 사건 상가건물 분양가액을 금 2,015,789,839원으로 추계하고 1983년 제1기분 과세표준액을 금 562,806,085원, 제2기 과세표준액을 금 948,850,479원으로 갱정하여 1984.4.6자로 원고에 대하여 1983년 제1기분 부가가치세로 금 45,277,420원, 동 제2기분 부가가치세로 금 56,742,600원을, 각 부과고지한 뒤 1985.1.10자로 원고에 대하여 위 동업자권형방법에 따라 추계한 이 사건 상가건물 분양가액 금 2,015,789,839원중 위 1984.4.6자 부과처분시 과세기간 미도래로 간주하여 과세표준금액에서 누락된 금 504,113,275원(2,015,789,839-562,826,085-948,850,479)을 원고에 대한 1983.2기분 부가가치세 과세표준금액에 가산, 과세표준금액을 금 1,452,963,754원으로 재갱정하여 원고에 대하여 이 사건 부가가치세부과처분을 하였고, 또한 원고가 1984.5.31자로 위 상가를 신축분양함에 따른 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어 그 수입금으로 이 사건 상가건물 분양금 809,822,464원, 토지분양금 550,000,283원, 소개료로 금 42,842,200원 합계 1,402,664,947원의 수입이 있고 필요경비로 금 1,342,211,808원의 지출이 있었다고 신고하자, 피고는 동업자권형방법에 따라 이 사건 상가건물분양가액을 금 2,015,789,839원으로 산출하여 그 차액중 일부인 금 701,854,050(2,015,789,839-809,822,464-701,854,050=504,112,275원의 수입금 누락분에 대하여는 아직 소득세를 부과하지 아니하였다)을 원고의 1983년도 수입금에 가산하여 그 과세표준금액을 808,802,100원으로 결정하여 1985.1.19 자로 원고에 대하여 1983년도 종합소득세 금 492,272,880원, 방위세 금 98,667,410원을 부과고지하였다가, 원고가 그 부과처분에 불복 심판청구에 이르자 국제심판소에서 그 과세표준금액을 일부 갱정결정하고 피고가 이에 따라 이 사건 종합소득세 및 방위세의 부과처분을 하였다는것이다.
이에 대하여 원심은 그 거시증거에 의하여 원고는 △△개발주택이란 상호로 부동산업을 경영하면서 1982.12.27 소외 대한주택공사로부터 서울 강남구 ○○동 제2차 주공아파트 단지내 상가부지 206.9평을 대금 500,000,000원에 매수하여 그 지상에 지하2층, 지상 6층, 건평 합계 1,076.42평의 상가를 △△빌딩이라 이름하여 신축 분양할 목적으로 같은해5.25 그 건축허가를 얻은 사실, 원고는 같은해 2.5부터 이 사건 상가건물의 분양을 시작하였으나 뜻대로 분양이 잘되지 아니하여 같은해 9.20경에야 대부분의 점포가 분양되었는데 대한주택공사에 대한 토지매수대금지급의 긴박성과 부동산 경기의 침체때문에 이 사건 상가건물을 분양함에 있어 평당분양가격은 지하 2층 2개 점포는 금 800,000원으로, 지하1층 18개 점포중 1개 점포는 1,200,000원, 나머지 17개 점포는1,350,000원, 1층 12개 점포중 4개 점포는 3,500,000원, 6개 점포는 3,700,000원, 나머지 2개 점포는 4,000,000원으로 2층 4개 점포중 1개 점포는 1,350,000원, 나머지 3개 점포는 1,400,000원으로 3층 4개 점포중 1개 점포는 950,000원, 나머지 3개 점포는 1,000,000원으로 4층 4개 점포중 1개 점포는 850,000원, 나머지 3개 점포는 900,000원으로 5층 4개 점포중 1개 점포는 750,000원, 나머지 3개 점포는 800,000원으로, 6층 4개 점포는 전부 700,000원씩으로 분양하고 실제 분양가격대로 분양계약서를 작성하여 세금계산서 등을 발행하고 이를 장부에 성실히 기장한 사실, 원고는 위 분양관계를 사실 그대로 기장에 반영하고 이를 근거로 위와 같이 1983년도 제1, 2기분 부가가치세를 자진신고하였는데도, 피고는 원고가 기장비치하고 있는 자료와 증빙서류의 사실여부를 전혀 조사하여 보지도 아니하고 단지위 분양가격이 인근상가의 평균분양 단가에 미달하니 신빙성이 없다고 하면서 위 □□빌딩, ○○종합상가, ○○상가등3개 상가의 평균 평당가격이라 하여 일률적으로 지하 2층은 1,500,000원, 지하 1층은 1,900,000원, 지상 1층은 6,000,000원, 2층은 2,000,000원, 3층은 1,800,000원, 4층은 1,600,000원,5층과 6층은 1,500,000원으로 보아 이 사건 상가건물의 분양가액을 총 금 2,015,789,839원으로 추계결정한 후 앞서 본 바와 같이 이를 이 사건 부가가치세의 과세표준금액으로 결정함과 아울러 이 사건 종합소득세 및 방위세의 소득금액으로 결정하여 이 사건 과세처분을 한 사실, 그런데 원고가 이 사건 상가를 분양하고 착공할 당시의 인근지역은 주공아파트만 신축중에 있었고 동업자권형의 기준이 된 위 3개의 빌딩이나 상가는 전혀 분양을 하거나 착공한 사실이 없었으며 그후 수개월이 지난 후에야 인근상가들이 하나, 둘 분양을 시작하고 착공한 사실등을 확정한 다음, 위 인정사실에 의하면, 원고가 비치하고 있는 세금계산서, 장부 기타의 증빙내용은 성실히 사실대로 기장한 것으로서 피고가 제출한 모든 증거를 살펴보아도 이 사건 추계경정결정을 함에 있어 그 이유로 내세우는 부가가치세법 제21조 제2항단서 제2호의 추계사유가 있음을 인정할 만한 아무런 자료가 없으므로 이 사건 부과처분은 그 추계사유없이 이 사건 상가건물의 분양가액을 추계한 위법이 있다하여 이 사건 부과처분의 취소를 명하고 있다.
기록과 대조하여 검토하여 보면, 원심의 위와 같은 사실인정은 정당하고 거기에 채증법칙을 어기거나 심리미진의 위법사유 있다할 수 없고, 원심의 법률판단도 앞서 밝힌 당원의 견해에 좇는 것으로 이는 결국 정당하다 할 것이고, 거기에 추계과세사유에 관한 법리오해의 위법이 있다고도 할 수 없다.
논지는 그 이유가 없다.
(2) 상고이유 제1, 3점에 대하여,
이미 앞에 밝힌 바와 같이 추계과세사유에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것이므로 과세관청이 소송에서 그 추계과세요건에 관한 입증을 다하지 못하였다면 법원은 과세관청이 한 추계과세가 위법하다 하여 그 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없고 법원이 실지조사에 의할 경우의 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것인바( 당원 1986.3.25. 선고 84누216 판결; 1985.7.9. 선고85누62 판결) 이 사건에 있어 추계과세요건의 적법성에 관한 입증이 없는 이상 피고가 부인한 손금중에 원고가 스스로 인정한 부분이 있고 또 이 부분에 대한 원심판단의 당부에 관계없이 그 과세처분 전체의 취소를 면할 수 없다 할 것이므로 이 점에 관한 논지 역시 이유없다.
(3) 따라서 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.