가. 신·구주주들 사이에서 주식의 양도계약을 체결하면서 회사 소유의 토지 매매계약도 체결하되 그 주식대금의 결가에 있어 토지의 대금을 고려하여 그 결가된 주식대금의 수수로서 토지의 대금이 완제된 것으로 하기로 한 약정은 토지의 소유자인 회사를 구속할 수는 없다 할 것이나, 그 후 회사가 위 토지에 대한 매매계약을 추인하고 이에 기하여 위 토지에 관한 소유권이전등기를 구주주들에게 경료하여 준 이상 위 토지의 매매계약의 효력은 회사에게도 미친다 할 것이고, 회사의 위 추인의 의사표시에는 위 주식의 양도가액을 정함에 있어 고려된 토지의 대금을 신주주들에게 이익으로 배당한다는 취지가 숨겨져 있다고 풀이함이 상당하다 할 것이므로 위 토지의 매매대금은 법인세법시행령 제12조 제1항 제3호 소정의 익금인 “자산의 양도금액”에 해당한다 할 것이고, 또한 위 토지의 양도는 법인세법 제59조의2 제2항 소정의 특별부가세의 과세대상인 “유상양도”에 해당한다 할 것이다.


나. 위 “가”항의 경우, 토지의 매매대금이 신주주들에게 귀속되었다고 봄이 상당하고 회사가 토지의 매매에 관한 추인의 의사표시를 할 당시 신주주들이 모두 회사의 이사나 감사 등의 임원으로 재직하고 있었던 이상 이는 법인세법 제32조 제5항 및 같은법시행령 제94조의2 제1항 제1호에 따라 신주주 겸 임원들에 대한 상여로 처분하여야 한다고 한 사례.
주문
원심판결중 피고가 1990.1.16.에 한 부과처분에 관한 원고패소부분을 파기하고 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
피고가 1989.9.16.에 한 부과처분에 관한 원고의 상고를 기각한다.
위 상고기각된 부분의 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 본다.
1. 원심판결 이유에 의하면 원심은 그 거시증거에 의하여, 원고는 이 사건 토지 및 서울 중랑구 (주소 1 생략) 대 3,300㎡와 그 양지상에 건립되어 있는 중화제1종합시장 건물을 소유하면서 그 시장 내의 점포를 상인들에게 임대하는 방법으로 위 시장을 운영, 관리하는 회사인 사실, 소외 1, 소외 2, 소외 3, 소외 4(이하 구주주들이라 한다)은 1988.1.5. 위 시장건물을 헐고 새로운 상가건물을 신축하여 위 시장을 현대화할 계획하에 당시 원고회사의 전주식을 소유하고 있던 소외 5, 소외 6 등으로부터 위 주식전부를 대금 1,600,000,000원에 양수한 다음 1988.2.1. 위 소외 1, 소외 2, 소외 3은 원고회사의 공동대표이사에, 위 소외 4는 감사로 각 취임하여 위 시장 현대화계획을 추진하려 하였으나, 그 당시 위 시장의 점포를 임차하여 영업을 하고 있던 상인들이 위 계획에 반대하면서 시장의 운영권을 넘겨달라고 요구하는 등 시장의 운영방법 및 장기적인 육성방안에 대하여 이견이 노출되어 상호 분쟁이 계속되던 중, 같은 해 3.경부터 위 소외 1등의 구주주들과 상인대표인 소외 7을 비롯한 판시의 소외인등과 협의가 시작되어 위 구주주들이 앞서 본 바와 같이 금 1,600,000,000원에 양수하여 보유하고 있는 원고회사의 전주식을 대금 800,000,000원에 위 상인대표들에게 양도하는 대신, 위 상인대표들은 원고회사의 소유재산 중 절반에 가까운 이 사건 토지를 대금 700,000,000원으로 결가하여 구주주들에게 양도하기로 하되 그 소유권이전등기는 주식양수 후 원고회사의 경영진이 새로이 구성되면 원고회사가 적법절차를 밟아 이를 경료하여 주기로 하는 한편 위 주식대금의 수수로서 위 토지대금도 완제된 것으로 하기로 합의를 하고서 같은 달 14. 위와 같은 내용의 계약서를 작성함과 동시에 같은 날짜에 위 주식을 인수받은 상인들 대표(이하 신주주들이라 한다) 중 소외 7이 대표이사에, 소외 8, 소외 9가 각 감사에, 나머지는 각 이사에 각 취임하고, 이어 원고회사는 새로인 구성된 임원진으로 같은달 30. 이사회를 개최하여 이 사건 토지의 처분을 결의하고 같은해 4.1. 위 구주주들과의 사이에 이 사건 토지를 대금 700,000,000원에 매도한다는 취지의 매매계약서를 작성하여 같은 해 5.28. 이 사건 토지에 관하여 위 구주주들 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 준 사실 등을 인정하였다.
2. 기록에 의하여 살펴보면 원심의 위 사실인정은 정당하고 거기에 채증법칙 위배가 있다 할 수 없는바, 사실관계가 위와 같다면, 위 신·구주주들사이에서 체결한 위 주식의 양도계약 및 이 사건 토지의 매매계약은 주식대금의 결가에 있어 이 사건 토지의 대금 700,000,000원을 고려하여 그 결가된 주식대금 800,000,000원의 수수로서 이 사건 토지의 대금이 완제된 것으로 하기로 약정한 것으로서 위 약정은 이 사건 토지의 소유자인 원고회사를 구속할 수는 없다 할 것이나, 그 후 원고가 이 사건 토지에 대한 위 매매계약을 추인하고 이에 기하여 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 구주주들에게 경료하여 준 이상 이 사건 토지의 매매계약의 효력은 원고에게도 미친다 할 것이고, 원고의 위 추인의 의사표시에는 위 주식의 양도가액을 정함에 있어 고려된 이 사건 토지의 대금 700,000,000원을 신주주들에게 이익으로 배당한다는 취지가 숨겨져 있다고 풀이함이 상당하다 할 것이다. 따라서 이 사건 토지의 매매대금은 법인세법 시행령 제12조 제1항 제3호 소정의 익금인 “자산의 양도금액”에 해당한다 할 것이고, 또한 이 사건 토지의 양도는 법인세법 제59조의 2 제2항 소정의 특별부가세의 과세대상인 “유상양도”에 해당한다 할 것 이다. 이와 같은 취지의 원심판단은 정당하고 거기에 법인세법 소정의 “익금”에 관한 법리오해 및 특별부가세의 과세대상인 “유상양도”에 관한 법리오해나 실질과세의 원칙에 대한 법리오해가 있다 할 수 없다.
그리고, 법인세법 제17조 제3항에서 '내국법인이 각 사업년도에 있어서 제2항의 규정에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 한다. 다만 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 하거나 당해 자산을 인도한 경우에는 소유권이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업년도로 한다'라고 그 손익의 귀속사업년도를 규정하고 있지만, 원심이 이사건 토지에 관하여 구주주들앞으로 소유권이전등기가 경료되었다는 사실에 기초하여 위 규정을 적용하여 이사건 토지의 양도를 법인세법 소정의 “자산의 양도” 또는 “자산의 유상양도”로 본 것이 아님이 앞에서 본 바와 같이 명백한 이상, 원심판결에 법인세법 제17조 제3항에 대한 법리오해가 있다는 논지는 받아들일 수 없다.
3. 그러나 법인세법 제32조 제5항에 의하면 법인세의 과세표준을 결정 또는경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다 라고 규정하고, 이어 같은법 시행령 제94조의 2 제1항 제1호에 의하면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 그 귀속자가 출자자(출자자인 임원을 제외한다)인 경우에는 출자자에 대한 배당으로, 그 귀속자가사용인(임원을 포함한다)인 경우에는 상여로 처분하되 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다는 취지로 규정하고 있는바, 위에서 본 바와 같이 이사건 토지에 대한 매매대금 700,000,000원이 신주주들에게 배당되어 귀속되었다고 봄이 상당하고 원고가 이 사건 토지의 매매에 관한 추인의 의사표시를 할 당시 신주주들이 모두 원고들의 이사나 감사 등의 임원으로 재직하고 있었던 이상 위 법인세법의 규정에 따라 신주주 겸 임원들에 대한 상여로 처분하여야 할 것이다.
그럼에도 원심이 익금에 산입하여야 하는 위 매매대금을 익금누락하였다 하여 그 소득처분을 함에 있어 귀속이 불분명하다는 이유로 그 과세년도인 1988년도에 재직한 대표이사의 재직일수에 따라 상여로 소득처분한 것을 정당하다고 본 데에는 법인세법상의 소득처분에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다 할 것이고, 이부분에 관한 논지는 이유 있다 할 것이다.
그러므로 원심판결 중 피고가 1990.1.16.에 한 부과처분에 관한 원고패소부분은 파기하고, 이부분 사건을 원심법원에 환송하며, 피고가 1989.9.16.에 한 부과처분에 대한 부분에 대한 원고의 상고를 기각하고 이 상고기각된 부분의 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.