법률이 상호 모순, 저촉되는 경우에는 신법이 구법에, 그리고 특별법이 일반법에 우선하나, 법률이 상호 모순되는지는 각 법률의 입법 목적, 규정 사항 및 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 판단해야 한다. 구 농업협동조합법(2009. 6. 9. 법률 제9761호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농협법’이라 한다)의 입법 취지, 농협법 제8조의 규정 내용, 구 농지법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제52조 [별표 2] 각호에서 농지보전부담금의 감면대상으로 규정한 시설물의 내용 및 규정 형식, 그리고 구 농지법(2009. 6. 9. 법률 제9758호로 개정되기 전의 것) 및 그 시행령에서 조합이나 중앙회의 업무 및 재산과 관련하여 농지보전부담금을 부과하거나 범위를 제한하는 등의 특별한 규정을 두거나 농협법 제8조의 적용을 배제하는 규정을 두고 있지 아니하여 농협법 제8조와 농지법 및 그 시행령 규정이 문언상 서로 충돌되지 않는 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 농업협동조합이나 농업협동조합중앙회 소유의 시설물이 구 농지법 시행령 제52조 [별표 2] 각호에서 정한 감면대상 시설물로 열거되어 있지 않다는 이유만으로 당연히 농지보전부담금의 부과대상에 포함된다고 해석해서는 안 되고, 부과금 면제에 관한 특별법인 농협법 제8조는 농지법령에 대한 관계에서도 특별법으로 보아 농업협동조합이나 농업협동조합중앙회의 업무 및 재산에 대하여는 부과금의 일종인 농지보전부담금을 부과할 수 없다고 해석해야 한다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용 중 원고와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가, 보조참가로 인한 부분은 피고 보조참가인이 각 부담한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 제2점에 대하여
가. 법률이 상호 모순, 저촉되는 경우에는 신법이 구법에, 그리고 특별법이 일반법에 우선하나, 법률이 상호 모순되는지 여부는 각 법률의 입법목적, 규정사항 및 그 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 판단하여야 한다( 대법원 1989. 9. 12. 선고 88누6856 판결 등 참조).
나. 구 농업협동조합법(2009. 6. 9. 법률 제9761호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농협법’이라 한다)은 제1조에서 정하고 있는 바와 같이 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력 강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 제정된 법으로서, 제2조에서 조합은 지역조합(위 법에 의하여 설립된 지역농업협동조합과 지역축산업협동조합을 말한다) 및 품목조합을 말하며, 중앙회는 위 법에 의하여 설립된 농업협동조합중앙회를 말한다고 규정하고, 제8조에서는 조합 등과 중앙회의 업무 및 재산에 대하여는 국가 및 지방자치단체의 조세 외의 부과금을 면제하도록 규정하고 있다.
한편 구 농지법(2009. 6. 9. 법률 제9758호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농지법’이라 한다) 제38조 제1항은 농지전용허가를 받는 자 등을 농지보전부담금 부과대상자로 규정하고 있고, 제5항에서는 농지보전부담금 감면 대상에 대하여 규정하면서 제3호에서 “ 제35조 제1항 각호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우”를 규정하고 있으며, 위 위임규정에 따라 같은 법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농지법 시행령’이라 한다) 제52조는 “ 법 제38조 제5항에 따른 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율은 [별표 2]와 같다.”고 규정하면서 [별표 2] 제20호에서 “ 법 제35조 제1항에 따라 농지전용신고를 한 시설”을, 제22호에서 “ 법 제32조 제1항 제2호에 정한 농업인의 공동생활 편익을 위한 시설 및 이용시설” 등을 농지보전부담금의 감면대상으로 열거하면서 그 감면비율을 정하고 있으나, 조합이나 중앙회 소유의 시설물에 대하여는 감면대상 여부 등에 관한 규정을 두고 있지 않다.
위와 같은 농협법의 입법 취지, 농협법 제8조의 규정 내용, 농지법 시행령 제52조 [별표 2] 각호에서 농지보전부담금의 감면대상으로 규정한 시설물의 내용 및 그 규정형식, 그리고 농지법 및 그 시행령에서 조합이나 중앙회의 업무 및 재산과 관련하여 농지보전부담금을 부과하거나 그 범위를 제한하는 등의 특별한 규정을 두거나 농협법 제8조의 적용을 배제하는 규정을 두고 있지 아니하여 농협법 제8조와 농지법 및 그 시행령 규정이 문언상 서로 충돌되지 아니하는 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 조합이나 중앙회 소유의 시설물이 농지법 시행령 제52조 [별표 2] 각호 소정의 감면대상 시설물로 열거되어 있지 않다는 이유만으로 당연히 농지보전부담금의 부과대상에 포함된다고 해석하여서는 아니 되고, 부과금 면제에 관한 특별법인 농협법 제8조는 농지법령에 대한 관계에서도 특별법으로 보아 조합이나 중앙회의 업무 및 재산에 대하여는 부과금의 일종인 농지보전부담금을 부과할 수 없다고 해석하여야 할 것이다 .
다. 원심이 농협법 제8조에 의하여 지역농업협동조합인 원고의 업무와 재산에 대하여는 농지전용부담금을 부과할 수 없다는 취지로 판단한 것은 위와 같은 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 특별법에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
상고이유에서 들고 있는 대법원판례는 이 사건과 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
2. 상고이유 제1, 3점에 관하여
이 부분 상고이유의 주장은, 원심이 농협법 제8조가 농지법령에 대한 특별법이라고 판단한 것에 덧붙여 부가적으로 제8조가 농지법 제38조의 신법이라고 판단한 것에 대하여 다투는 것이다.
그러나 앞서 본 바와 같이 농협법 제8조가 농지법에 대한 특별법이라고 본 원심의 판단이 정당한 이상, 위와 같은 부가적 판단의 당부는 판결 결과에 영향을 미칠 수 없으므로, 이에 관한 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.
3. 제4점에 대하여
원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 이 사건 토지의 소유권을 취득할 것을 전제로 농지전용허가를 받았던 이상 농지전용허가 당시 소유권을 취득하지 않았다는 사정만으로 위 토지를 ‘조합의 재산’이 아니라고 볼 수 없고, 이 사건 토지에 공동구판장 및 농업용 창고를 건축할 목적으로 이 사건 토지에 농지전용허가를 받은 행위는 ‘원고의 업무’에 해당하므로, 이 사건 토지에 공동구판장 및 농업용 창고를 건축할 목적으로 농지전용허가를 받은 것은 농협법 제8조의 부담금 면제대상인 조합의 ‘업무 및 재산’에 해당한다고 판단하였다.
위에서 본 농협법의 관련 규정 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 농협법 제8조의 해석에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.