[1] 세금계산서의 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 기재되어 있는 경우에도 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 이상 그 매입세액은 마땅히 공제되어야 한다.


[2] 행정처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있는 것만으로는 부족하고 그와 같은 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자의 중대·명백 여부를 판별함에 있어서는 관련 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함은 물론 구체적인 사안 자체의 특수성에 관하여도 이를 합리적으로 고려하여야 할 필요가 있는바, 과세처분상의 하자가 대상이 되는 사실관계나 법률관계를 오인함에서 비롯되고, 처분과정에 사실관계 등을 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우라면 비록 그 하자가 중대하다고 하더라도 외형상 명백하다고 할 수는 없다(건물의 신축이라는 용역을 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급으로 오인하고 공사기간 중 지급된 금원에 대한 세금계산서를 사실과 다르다고 판단하여 부가가치세 환급을 거부한 과세관청의 처분에 대하여, 거부처분의 하자가 중대하다고 하더라도 그것이 객관적으로 명백한 경우에 해당한다고 단정할 수는 없다고 본 사례).
주문
원심판결을 파기하고 사건을 부산지방법원 합의부에 환송한다.

이유
상고이유를 본다.
1. 제1점에 대하여
원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 1990. 6. 18. 자신을 소외 삼성건설 주식회사(이하 삼성건설이라 한다)의 회장이라고 칭하는 소외 강윤복에게 부산 동구 범일동 1383의 2 등 3필지 상에 연립주택 1동(6세대분)의 신축공사를 도급하였던바 위 강윤복은 이를 소외 이동근에게 다시 하도급하여 그 공사가 진행되던 중 원고는 위 강윤복이 자격을 사칭하고 원고의 승낙 없이 임의로 하도급하였을 뿐 아니라, 그 공사마저 부실시공되고 있다는 등의 이유를 들어 위 강윤복으로 하여금 위 공사를 포기하게 하는 한편, 1991. 10. 3. 삼성건설과 같은 내용의 공사에 관하여 공사금 397,500,000원의 도급계약을 다시 체결한 후 같은 회사로 하여금 중단된 위 공사를 속행하게 하되 공사대금에 관하여는 위 주택의 분양대금이 완납된 후에 이를 지급하기로 약정하였는데 위 회사는 그 동안 위 강윤복으로부터 공사를 하도급받아 시공한 바 있는 위 이동근을 이번에는 같은 회사의 현장소장으로 임명하여 위 이동근의 지휘·감독 하에 공사를 진행함으로써 1992. 3. 14.에 이르러 위 연립주택의 공사를 모두 끝마친 사실을 인정한 다음, 이 사건 건설용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 위 연립주택의 완공시인 1992. 3. 14.이라 할 것이므로 비록 원고가 위 시공자 등에게 공사비를 지급하고 매입가액을 각 금 1억 원으로 하여 교부받은 이 사건 세금계산서의 작성일이 1992. 4. 30.과 같은 해 5. 13.로 사실상의 거래시기와 다르게 기재되어 있다고 하더라도 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 1992년 제1기인 이상 그 매입세액은 마땅히 공제되어야 한다고 판단하였는바, 용역의 공급시기 및 관련매입세액의 공제여부에 관한 위와 같은 원심의 인정과 판단은 정당하고, 거기에 사실을 오인하거나 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유 없다.
2. 제2점에 대하여
나아가 원심은 그 거시 증거를 종합하여 원고가 1992. 7. 25. 피고 산하 동부산세무서에 같은 연도 제1기분의 부가가치세 확정신고를 함에 있어 담당직원인 소외 김종배의 안내에 따라 삼성건설의 대표이사가 변경되었음을 이유로 이 사건 세금계산서 2매를 제출하지 아니하고 1992. 10. 25. 수정신고기간 내에 이를 제출하였으나 위 세무서장은 세금계산서가 실제의 대금지급시와 달리 교부된 것으로서 공급시기가 사실과 다르다는 이유를 들어 관련매입세액의 공제를 인정하지 아니하는 거부처분을 하였던 바 원고가 이에 항의하자 위 세무서 소송 담당직원 등은 그와 같은 거부처분이 잘못된 점을 시인하고 원고의 전심절차이행에 필요한 서류작성 등을 돕기까지 하였음에도 같은 절차에서 위 거부처분과 마찬가지의 이유로 원고의 심사청구와 심판청구가 모두 기각된 사실을 차례로 인정한 다음, 사정이 그러하다면 이 사건 매입세액 공제거부처분은 단순히 법률관계 내지 사실관계를 오인한 것에 불과하다고는 볼 수 없고 그 하자가 중대하고 또 객관적으로 명백하다고 할 것이므로 피고는 위 매입세액인 금 20,000,000원을 부당이득으로서 원고에게 반환할 의무가 있다고 판단하였다.
그러나 행정처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있는 것만으로는 부족하고 그와 같은 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적(외형상)으로 명백한 것이어야 하며, 하자의 중대·명백 여부를 판별함에 있어서는 관련 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함은 물론 구체적인 사안 자체의 특수성에 관하여도 이를 합리적으로 고려하여야 할 필요가 있다고 할 것인바, 과세처분상의 하자가 그 대상이 되는 사실관계나 법률관계를 오인함에서 비롯되고, 처분과정에 그와 같이 사실관계 등을 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우라면 비록 그 하자가 중대하다고 하더라도 그것이 외형상 명백하다고 할 수는 없는 것이다( 당원 1993. 12. 7. 선고 93누11432 판결, 1995. 11. 21. 선고 94다44248 판결 등 참조).
기록에 의하면 피고 산하 동부산세무서장은 이 사건 거부처분을 함에 있어 그 용역의 공급시기를 위와 같이 역무제공이 완료되는 때로 보면서도 같은 기간 내에 작성된 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 것이라고 판단한 것이 아니라 이 사건 용역을 완성도기준지급 내지 중간지급조건부 등 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속적 공급으로 본 나머지 그러한 경우의 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때인데 원고가 제출한 입금표 등의 기재를 보면 공사진행 중인 1991년 등에도 상당한 금액의 지급이 인정된다 하여 이 사건 세금계산서를 사실과 다르다고 판단한 것으로 보이므로 위와 같은 거부처분의 잘못은 곧 이 사건 용역의 공급시기에 관한 사실관계 또는 법률관계를 오인한 데서 연유한 것이라고 함이 상당하다. 거기다가 당사자간의 당초 약정취지에 따라 공사가 끝나고 분양대금이 완납된 후 공사금이 지급된 것이 아니라 위 주택의 신축공사가 진행 중인 1991년에서 1992년에 이르기까지 전후 수차에 걸쳐 공사금의 각 일부가 계속 지급된 것으로 인정되는 이 사건에 있어서는 과세관청이 이를 완성도기준지급조건부 등의 용역 공급으로 오해할 여지가 전혀 없었다고 할 수는 없는 점과 이 사건 용역의 공급자가 누구인지의 여부에 관하여도 기록상 의문이 전혀 없다고 할 수도 없는 점을 아울러 고려하여 보면 이 사건 거부처분의 하자가 원심판시와 같이 중대하다고 하더라도 그것이 객관적으로 명백한 경우에 해당한다고 단정할 수는 없을 것이다. 그리고 원고 주장과 같이 위 세무서의 직원들이 잘못을 시인하면서 원고의 전심절차이행을 도운 사실이 있다 하여 그 결론을 달리할 것도 아니다.
그럼에도 그 하자가 중대하고 명백하다는 이유로 이 사건 거부처분을 당연무효라고 한 원심의 판단은 위와 같은 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라고 아니할 수 없다. 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.