가. 사회복지시설인 양로원 노인들의 식량공급에 이용되거나 노인들의 건강유지를 위한 산책장소, 분묘지등으로 사용된 토지라고 할지라도 법인세법 제59조의 3 제1항 제13호 소정의 사회복지시설에 직접 사용되는 토지라고 볼 수 없다.


나. 법인세법 제59조의 2 제2항, 제17조 제1항, 제3항, 법인세법기본통칙 7-1-3등의 규정에 따르면 법인세특별부가세의 과세대상인 토지의 양도시기는 대금을 분할하여 받기로 하고 양도한 경우에는 계약금 이외의 대금의 일부를 최초로 영수한 날이다.
주문
피고가 1982.10.12. 원고에 대하여 82년도 수시분 법인세 232,292,763원 및 방위세 47,840,013원를 부과한 처분중 법인세 금 85,155,073원 및 방위세 금 14,028,842원을 초과하는 부분을 취소한다.
원고의 나머지 청구를 기각한다.
소송비용은 이를 3등분하여 그 2는 피고의, 나머지 1은 원고의 각 부담으로 한다.

이유
1. 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(납세고지서), 갑 제2호증의 1(심사청구서),2(결정서), 갑 제3호증의 1(심판청구서), 2(심판결정통지), 3(심판결정), 을 제1,2호증의 각 1(법인세결의서), 각 2(방위세결의서), 각 3(방위세과세표준 및 세액계산서), 각 4(가산세액계산서), 각 5(과세표준 및 세액계산서), 각 6(조사서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 그리스도의 정신에 따라 양로사업, 탁아사업, 부녀직업보도, 미혼모사업 및 모자보호사업 기타 위 사업에 따른 부대사업을 수행함으로써 복지사회건설에 이바지함을 목적으로 설립된 사회복지법인인데 1981.5.28. 소외 한국도시개발주식회사에게 원고소유인 안양시 호계동 914의 40 대 5940평, 914의 42 대 799.2평 및 914의 43 대 655.8평 합계 7395평(이하 이 사건 토지라고 한다)을 대금 1,331,100,000원에 양도한 사실에 대하여 피고는 1982.10.12. 이 사건 토지는 법인세(1981.12.31. 법률 제3473호로써 개정되기 이전의 법 이하 같다) 제59조의3 제1항 제13호 , 같은법시행령(1981.7.23. 대통령령 제10413호로써 개정되기 이전의 령 이하 같다) 제124조의4 제8항 사회복지사업법(1983.5.21. 법률 제3656호로써 개정되기 이전의 법 이하 같다) 제22조의 규정에 의한 사회복지시설에 직접 사용하는 토지로 볼 수 없다는 이유로 양도가액은 실지거래가액에 의하고, 취득의제일인 1968.1.1. 당시의 취득가액은 지가상승율의 적용에 의한 환산방법으로 위 양도가액에 지가지수를 역산하여 산출(1,331,100,000×(100/2850)=46,705,263)하고 이를 기초로 하여 별지(1)목록 세액산출표 당초 결정란 기재와 같이 82년도 수시분 법인세 232,292,763원 및 방위세 47,840,013원를 부과결정하여 고지한 사실, 원고는 위 부과처분에 불복하여 심사청구를 거쳐 심판청구를 한 결과 국세심판소는 1983.4.22. 원고는 환지후의 안양시 호계동 918의 13 지상에 양로원시설(918의 13 592.7평과 917의 4 266.6평 합계 대지 859.3평 지상건물 47.64평)을 하여 그 목적사업에 직접사용하고 있고, 이 사건 토지는 위 양로원의 인근에 접하고 있는 토지로서 공부상 1979.11.29. 구획정리가 완료되고 지목이 대지로 변경되었으나 환지 확정이후 위 양도시까지 아무런 시회복지시설이 설치되어 있지 않은 나대지(환지확정전 일부전답, 일부임야)로서 양로원의 노인들에게 일터제공과 산책장소로 제공하였다는 이유만으로는 법인세법상의 특별부가세의 비과세대상이라고 볼 수 없고 다만 원고의 심판청구 원인사실중 소개료 및 광고료 합계 금 4,620,300원은 원고가 위 토지를 양도하기 위하여 직접 산출한 비용(필요경비)으로 인정하여 위 과세표준과 세액을 감액하도록 하는 취지의 결정이 있었고, 피고는 위 국세심판소의 결정에 따라 같은 (1)목록 세액산출표 갱정결정란 기재와 같이 법인세, 특별부가세 231,436,097원, 방위세 47,659,821원으로 감액갱정결정한 사실(감액경정된 사실이 원고에게 고지된 것으로 볼 자료는 없다)을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
2. 원고는 (1) 이 사건 토지는 토지구획정리사업전에는 위 양로원의 노인들에게 산책공원, 묘지, 자가식량공급 및 일터제공등에 사용된 토지로서 법인세법 제59조의3 제1항 제13호 소정의 사회복지시설에 직접 사용된 토지이고, 비록 토지구획정리사업에 의한 환지로 인하여 나대지로 되었다 하더라도 이는 타의에 의한 것이므로 원래의 용도인 사회복지시설에 직접 사용하는 토지로 환원시키기 위하여 이를 처분하는 경우에는 비과세소득의 입법취지와 구획정리사업의 성질에 비추어 특별부가세, 비과세소득이라고 할 것이고 (2) 가사 그렇지 않다고 하더라도 피고는 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액은 실지거래가액에 의하고, 취득의제일인 1968.1.1. 당시의 취득가액은 지가상승율의 작용에 의한 환산방법으로 산정한 것은 위법하고 또한 조세부과권이 발생할 당시는 특정지역이 아닌 이 사건 토지의 양도차액을 계산함에 있어서 계약당시 특정지역이었다는 이유만으로 특정지역의 배율을 적용하여 중과세함은 조세법률주의에도 어긋나는 것으로서 피고의 이 사건 부과처분은 이 점에서도 위법부당하다고 주장하고 피고는 이 과세처분이 적법하다고 주장하고 있다.
3. (1) 먼저, 이 사건 토지가 법인세법 제59조의3 제1항 제13호 소정의 사회복지시설에 직접 사용하는 토지로서 그 양도로 인하여 발생한 양도차익이 비과세소득인지 여부에 관하여 살펴본다.
법인세법 제59조의3 제1항 제13호는 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인의 소유토지중 사회복지시설에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 같은법시행령 제124조의4 제8항은 법 제59조의3 제13호에 규정하는 사회복지시설은 사회복지사업법 제22조의 규정에 의한 시설로 한다고 되어 있으며 사회복지사업법 제22조 제3항은 시설의 설치기준과 허가에 관하여 필요한 사항은 보건사회부령으로 정한다고 규정하고 이를 이어받은 사회복지사업법시행규칙(1984.8.16. 보건사회부령 제751호로써 전문개정 이전의 규칙 이하 같다) 제15조는 시설의 설치기준에 관하여 제1항은 복지시설의 설비(1. 사무실 및 숙직실, 2. 거실, 식당, 조리실, 창고, 도서실 또는 오락실, 목욕실, 세면장, 세탁장, 세탁물건조장, 변소 3. 급수 및 배수시설, 등화시설, 소화설비)를 제2항부터 제8항까지는 시설의 입지조건, 시설의 규모, 구조 및 설비등을 각 규정하고 있으며 그 제24조 제1항은 노인휴양시설에는 제15조 각 항의 설비를 하는 외에 1. 옥내 또는 옥외의 휴게설비, 2. 가벼운 운동 또는 작업에 적합한 설비, 3. 강당, 음악 또는 영화감상설비를 하여야 한다고 규정하고 있다(현행 사회복지사업법시행규칙(1984.8.16. 보건사회부령 제751호로 전문 개정)은 제18조에서 이 사건 토지양도후에 사회복지시설의 설치기준을 규정하고 있다)
위에든 갑 제2호증의 1,2, 갑 제3호증의 1,3 성립에 다툼이 없는 갑 제6호증의 1(지출통보),2(이전명령), 갑 제7호증(청원건에 대한 회신), 갑 제13호증의 1(환지설명서복사 신청서),2(환지명세서), 갑 제14호증의 1,2,3(등기부등본), 갑 제16호증의 1(회신),2(환지설명서), 갑 제17호증의 1 내지 13, 갑 제18호증의 1 내지 3(지적도), 갑 제19호증의 1 내지 4(각 토지대장), 갑 제26호증의 1 내지 3(지적도), 갑 제29호증의 1,2(준공검사필증), 갑 제30조의 1,2(등기부등본), 갑 제31호증의 1(시설설치허가증), 증인 소외인의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 갑 제4호증(정관), 갑 제5호증(총회보고서), 갑 제10호증의 1(사실증명서) 2 내지 21(사실확인증명서), 갑 제12호증(대체허가처리), 갑 제15호증의 1,2(회의록표지 및 내용), 갑 제20호증(진술서)의 각 기재와 증인 소외인의 증언 및 당원의 안양시에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1954.9.17. 대한예수교 장노회 총회내에서 구호령에 해당하는 아동 및 노쇠약자를 수용구호함을 목적으로, 재단법인 대한예수교 장노회 총회자선사업재단으로 설립되었다가 1971.5.6 사회복지사업법에 의하여 앞에 설시한 목적으로 설립된 사회복지법인으로서, 1954.11.3. 환지전 종전토지인 안양시 호계동 42 대 1294평, 같은동 56의 1 전 3평, 56의 4 전 639평, 61의 2 전 885평 및 별지 (2)목록 ① 내지 ⑬기재 전답 및 임야등을 매수하여, 위 호계동 42 대 1294평 지상건물 47.64평에 사회복지시설인 양로원(안양양로원)을 설치 운영하면서 별지 (2)목록기재 호계동 58 전 528평, 같은동 121의 1 답 1669평 및 121의 3 답 293평은 위 양로원의 식량을 자급하는데 사용하였고, 호계동 60의 8 내지 12번지의 임야는 위 양로원에 인접하여 산책하는 곳과 분묘지로 사용하였던 사실, 그후 안양시가 시행된 도시계획에 의한 구획정리사업이 1979.11.29. 완료되어 위 환지확정전 종전토지인 안양시 호계동 58, 60의 8,9,10,11,12토지(같은 (2)목록 ① 내지 ⑥기재토지)는 같은동 914의 40 대 5940평으로, (제자리감평) 종전토지인 같은동 43의 5,10,11,12,13토지(같은 (2)목록 ⑦ 내지 ⑪기재토지)는 같은동 914의 42 대 799.2평으로(이동감평) 종전토지인 같은동 121의 1,3 토지(같은 (2)목록 ⑫,⑬토지)는 같은동 914의 43 대 655.8평으로(이동감평됨) 각 환지확정되고(이상은 이 사건 토지임) 종전토지인 위 호계동 42 대 1294평은 같은동 918의 13 대 592.7평 및 같은동 917의 4 대 266.6평으로(제자리 감평됨), 종전토지인 호계동 56의 1,4 같은동 61의 2 토지는 같은동 915의 3 대 1125.1평으로 환지확정되었으며, 원고는 위 호계동 915의 3 대 1125.1평 지상에 철근콘크리트스라브 2층 기계실, 세탁장, 창고, 사무실, 식당, 객실, 집회도서실, 1층 1,265.59평방미터, 2층 1,265.59평방미터, 지하실 276.55평방미터 연와조스라브 수위실 건평 36평방미터를 건축하여 1983.5.28 안양시장으로부터 은퇴교역자 전용양로원 입소정원 100명으로 된 노인복지시설 설치허가를 받은 다음 양로원으로 사용하고 있는 사실, 이 사건 토지 및 그 환지전 종전토지 위에는 아무런 사회복지시설이 설치되어 있지 아니한 사실을 인정할 수 있고 달리 이를 뒤집을 증거는 없다.
사회복지시설에 관련된 관계법 규정과 위에서 인정한 사실에 의하면 이 사건 토지의 환지전 종전토지인 호계동 58 전 528평, 같은동 121의 1 답 1669평 같은동 121의 3 답 293평은 양로원에 있는 노인들의 식량공급에 이용되고, 호계동 60의 8 내지 12 각 임야가 입소노인들의 건강유지를 위한 산책하는 곳과 분묘지로 사용되었다 할지라도 이와 같은 사정만으로 이 사건 토지가 법인세법 제59조의3 제1항 제13호, 같은법시행령 제124조의4 제8항, 사회복지사업법 제22조에 규정하는 사회복지시설에 직접사용된 토지라고 볼 수 없고(식량공급에 이용된 전답이 사회복지사업법시행규칙 제6조 소정의 기본재산에 해당된다고 할지라도 이 사건 결론을 좌우할 바 못된다) 또한 원고주장대로 도시계획법에 의한 구획정리사업으로 인하여 이 사건 토지등이 양로원시설의 설치에 적합하지 못하여 주무관청의 기본재산대체 허가를 얻어 새로운 고유목적 사업인 사회복지시설로 전환하기 위하여 양도하였다고 하더라도 위 설시와 같은 사회복지시설에 직접 사용하는 비과세대상 토지라고 할 수 없으므로 위 이 사건 토지가 법인세법 제59조의3 제1항 제13호에 규정한 사회복지시설에 직접 사용되는 토지임을 전제로한 위 원고의 주장은 이유없다.
(2) 다음으로, 피고가 이 사건 토지의 양도차익을 산출함에 있어서 양도가액은 실지거래가액에 의하고, 취득의제일인 1968.1.1. 당시의 취득가액은 지가상승율의 적용에 의한 환산방법으로 산정한 가액을 실질취득가액으로 보아 양도차익을 산출하여 부과한 이 사건 과세처분이 정당한지 여부에 관하여 살펴본다.
(가) 이 사건 과세요건성립당시 시행되던 법인세법 제59조의2 제3항에 의하면 특별부가세의 과세표준인 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 및 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액으로 하되 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있는 바, 이것은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 이 사건처럼 양도가액인 실거래가액은 나타나지만 취득가액이 불분명한 이른바 두 가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우에도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차액을 산정하여야 하는 것으로 풀이된다.
그리고 또한 법인세법시행령 제124조의2 제6항은 법 제59조의2 제3항에 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있고, 당시 시행되던 소득세법시행령 제115조의 제1항 제1호는 토지, 건물과 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대한 기준시가는 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하되 그밖의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액에 의한다고 규정하고 있으며 제3항에서는 위 특정지역에 있는 자산으로서 취득당시 특정지역에 대한 배율이 없는 것에 있어서는 재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 취득당시의 기준시가로 한다고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 제59조의2 제2항은 양도라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고, 같은법 제17조 제1항 , 제3항은 상품, 제품등의 판매에 해당하지 아니하는 일반재산을 양도함으로서 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날 또는 소유권이전등기를 한 날에 불구하고 계약금 이외의 대금의 일부를 영수한 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있으며 법인세법 기본통칙 7-1-3-…( 법인세법 제59조의2)에는 토지등을 양도함에 있어서 유상으로 사실상 이전되는 때라 함은 대금을 분할하여 받기로 하고 양도한 경우에는 계약금 이외에 그 대금의 일부를 최초로 영수한 날을 말한다고 되어 있다. 또 법인세법에는 소득세법 제27조 제1항 , 제2항과 같은 자산의 양도차익을 계산함에 있어 자산의 양도 또는 취득시기는 당해 계약을 체결하고 그 계약금 이외의 대가인 중도금과 이와 유사한 현금 또는 유가물의 일부를 영수한 날 또는 영수할 날로 한다는 취지의 규정은 마련되어 있지 않다.
(나) 그러므로 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익을 계산함에 있어 취득가액 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하여 산정할 경우 이 사건 토지의 양도당시 특정지역이었는지에 관하여 살피건대 국세청장은 1978.2.15. 이 사건 토지의 소재지인 안양시 호계동 일대를 특정지역으로 고시하였다가 1981.6.29. 특정지역 고시가 해제되고, 1983.3.8. 다시 특정지역으로 고시된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 증인 소외인의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 갑 제21호증(매매계약서), 갑 제22,23호증의 각 1,2(장부표지 및 내용), 갑 제24호증의 1,2, 갑 제25호증의 1 내지 4(입금전표 표지 및 내용)의 각 기재와 위 증인의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1981.5.28. 소외 한국도시개발주식회사에게 이 사건 토지를 대금 1,331,100,000원에 매매계약을 맺고 같은날 계약금 200,000,000원 같은해 6.27. 중도금 500,000,000원, 같은해 7.28. 잔금 631,100,000원을 지급받기로 약정하였는데 원고는 같은해 5.30 계약금 200,000,000원 같은해 7.3. 중도금 200,000,000원 및 같은해 7.6. 중도금 300,000,000원을 각 지급받고 같은해 7.28. 잔금 631,100,000원을 지급받은 사실을 인정할 수 있으니 이 사건 토지의 양도일은 위 설시법리에 따라 원고가 위 계약금 이외의 중도금의 일부를 최초로 영수한 날인 1981.7.3.이라고 할 것이고, 이 사건 토지 일대에 관하여 국세청장의 특정지역 고시가 해제된 이후임이 분명하므로 이 사건 토지가 특정지역임을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다.
(다) 나아가서, 취득가액 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가 표준액에 의한 가액으로 하여 이 사건 특별부가세액 등을 산출하여 보건대 위에든 갑 제3호증의 1,2,3, 갑 제13호증의 1,2, 갑 제16의 1,2, 갑 제17의 1 내지 13, 갑 제18호증의 1 내지 10, 갑 제19호증의 1 내지 4, 갑 제21호증, 갑 제26호증의 1 내지 3의 각 기재와 당원의 안양시에 대한 사실조회결과 및 증인 소외인의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 양도한 이 사건 토지는 1968.1.1. 이전에 취득한 것으로서 법인세법 제13조에 의하여 위 토지의 취득시기로 의제되는 1968.1.1. 당시의 취득가액이 별지 (2)목록 취득가격란 기재와 같이 합계 금 1,537,722원이고, 환지확정후 이 사건 토지의 양도당시의 기준시가는 별지 (3)기재와 같이 금 458,250,000원인 사실, 필요경비는 이 사건 토지를 양도하기 위하여 직접지출한 비용으로 소개료 및 광고료 금 4,620,300원과 취득세 등록세 금 76,886원 (취득가액 1,537,722×(5/100), 합계 금 4,697,186원이고, 법인세법 제59조의2 제3항 제3호 , 같은법시행령(1981.7.23. 대통령령 제10413호) 제124조의2 제4항, 같은법시행령 부칙 ①, ②, 같은법시행규칙 제59조의 8 제1항 소정의 도매물가상승율 공제액은 금 2,372,705원(취득가액 1,537,722×(154.3/100)인 사실을 각 인정할 수 있으므로 이 사건 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익은 금 449,642,387원[458,250,000-(1,537,722+4,697,186+2,372,705)]이 됨이 계산상 명백하고 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 원고가 납부하여야 할 세금은 별지 (4)목록 세액산출표 기재와 같이 특별부가세 금 85,155,073원, 방위세 14,028,842원이 된다고 할 것이다.
4. 그렇다면, 피고가 원고에게 부과한 82년 수시분법인세(특별부가세) 232,292,763원, 방위세 47,840,013원의 이 사건 부과처분중 법인세 85,155,073원, 방위세 14,028,842원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 이를 인용하고, 그 나머지는 이유없어 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제89조 , 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]