부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 모법규정인 법 제17조 제3항이 공제할 의제매입세액을 산출하는 계산방법만을 동시행령에 위임하고 또 동시행령이 금액계산의 기준이 되는 농산물등의 가액에 곱할 "율"을 그 시행규칙에 위임한 그 범위밖인 의제매입세액 공제대상물을 규정한 것이라 할 것으로 모법의 위임범위에 저촉이 되고 또 위임근거없이 제정된 무효의 것이다.
주문
상고를 기각한다.
상고비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
상고이유 제1, 2점을 아울러 판단한다.
1. 원심판결이 확정한 사실에 의하면, 원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제1호, 동법시행령 제28조 제1항 제3호, 동시행규칙 제10조 제1항에 의하여 부가가치세가 면제되는 인삼류를 매입가공하여 이를 판매하고 그때마다 의제 매입세액을 공제한 부가가치세를 자진납부 하였음에도 불구하고 피고는 동법 시행규칙(1984.5.1. 재무부령 제1609호) 제19조 제1항에 의하여 의제 매입세액공제를 부인하고 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다는 것이다.
그리고 원심판결은 그 이유에서 위 규칙 제19조 제1항 단서는 위임근거법규인 부가가치세법 제17조 제3항에 저촉되는 무효의 것이고 따라서 동 규칙조항을 적용하여 한 이사건 부과처분을 위법하다고 단정하여 그 취소를 명하였다.
2. 부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원자료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 하여 이른바 의제매입세액공제를 규정하고 있다.
일반적으로 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대하여 부과하며( 법 제1조 제1항)이 세액을 최종소비자에게 전가시키기 위하여 법 제17조 제1항에서 원칙적으로 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이른바 매출세액)에서 (1) 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 (2) 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한세액(이른바 매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 소위 매입세액공제를 규정하고 있고, 위 제3항을 위 제1항의 규정과 대비하여 볼때 부가가치세의 면제를 받고 농산물 등의 공급을 받은 사업자가 그 농산물등을 원료로 하여 제조또는 가공한 재화의 공급에 있어 매출세액 전부를 납부하게 되면 부가가치세(매입세액)를 면제받지 아니하고 공급받은 경우(이때는 매입세액의 공제를 한다)보다 더많은 세액을 부담하게 되고 따라서 최종소비자는 당초에 면제받았던 부가가치세(매입세액)까지 합하여진 고가의 물품을 구입하게 되는데, 이렇게 되면 농산물등의 공급에 있어 부가가치세를 면제한 취지에 어긋나는 불합리한 결과로 되기 때문에 이른바 의제매입세액의 공제를 규정한 것으로 풀이된다.
이 제3항의 규정에 따라 동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고 재무부령인 동시행규칙(1984.5.1. 재무부령 제1609호, 이하 같다) 제19조 제1항은 그 율을 105분의 5로 정하고있다.
그런데 위 규칙 제19조 제1항은 " 령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는율은 105분의 5로 한다"라고 한 다음 "다만 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다"라고 규정하고 있는바, 이는 모법규정인 법 제17조 제3항이 공제할 의제매입세액을 산출하는 계산방법만을 동시행령에 위임하고 또 동시행령이 금액계산의 기준이 되는 농산물등의 가액에 곱할 "율"을 그 시행규칙에 위임한 그 범위밖인 의제매입세액 공제대상물을 규정한 것이라 할 것으로 결국 위 규칙 제19조 제1항 단서는 모법의 위임범위에 저촉되고 또 위임근거없이 제정된 무효의 것이라고 아니할 수 없다 ( 당원 1985.3.12. 선고 84누539 판결참조)
소론은 부가가치세법 제36조의 규정에 의하여(이법 시행에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다) 라고 규정하고 있을 뿐만 아니라 동법 시행령 제88조에서는(이 령 시행에 관하여 필요한 사항은 재무부령으로 정한다)라고 규정하고 있다하여 위 규정들은 위임의 근거가 되는 것이라 하나, 이는 위 부가가치세법이나 동법 시행령의 각 시행에 필요한 집행명령이나 그 집행규칙을 발할수 있음을 규정한 것에 지나지 아니하여 과세요건에 관한 법규의 제정까지도 포괄적으로 위임한 규정이라고는 볼 수 없다.
이러한 취지에서 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단한 원심의 조치는 정당하고 거기에 소론과 같은 법리오해가 있다고 할 수 없으니 견해를 달리하는 논지는 그 이유가 없다.
따라서 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.