법인세법 제2조 제1항, 제9조 제1항, 제17조 제1항의 각 규정에 비추어 보면 수출용 원재료의 수입에 따른 관세납부 및 환급의 회계처리를 위하여 관세납부시에 이를 가지급금으로 계상하였다가 후에 관세를 환급받으면 이를 가지급금과 상계처리하고 그 잔액을 과세소득 계산상 손금으로 처리하는 소위 가지급금 계상방법을 사용하는 경우라도 각 사업년도별로 관세를 환급받지 못한 사정이 발생하여 관세납부가 종국적으로 확정된 금액을 산출하고 이를 당해년도의 손금으로 처리하여야 하는 것이며 관세납부자의 손금처리 의사가 있을 때 손금으로 된다고 하는 해석은 관세납부의 종국적 확정시기와 관계없이 관세납부자의 의사에 따라 손금의 확정시기 및 그 귀속사업년도를 달리 할 수 있다는 결론이 되어 위의 법규정에 반한다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

이유
피고 소송수행자의 상고이유를 본다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고는 내수용 및 수출용 모직 원재료 등을 수입하고 그 수출용 원재료를 사용하여 만든 제품의 전부 또는 일부를 외국에 수출하는 회사인 사실, 수출용 원재료의 수입에 대하여는 수출용 원재료에 대한 관세등 환급에 관한 특례법에 의거하여 수입시 일단 소정의 관세를 납부하지만 후에 그 수출이 이행되면 이미 납부한 관세를 환급받게 되어 있는 바, 이에 대한 회계처리 방법으로는 두 가지의 방법 즉 (1) 관세납부시에 이를 가지급금으로 계상하였다가 후에 관세를 환급받으면 이를 가지급금과 상계처리하고 그 잔액을 과세소득계산상 손금으로 처리하는 방법(이하 " 가지급금 계상방법" 이라 함)과 (2) 관세납부시 이를 원재료 매입원가에 포함시켜 손금으로 계상하고 후에 환급받은 관세액은 이를 매출원가에 포함시켜 익금에 계상하는 방법(이하 " 원가계상방법" 이라 함)이 통용되고 있는 사실, 원고는 1978사업년도까지는 위 두가지 회계처리방법중 가지급금 계상방법을 사용하여 왔으나 1979사업년도부터 그 회계처리방법을 원가계상방법으로 전환하고, 종전의 가지급금의 처리방안으로서 전년도말 현재 미상계된 가지급금잔액(납부한 관세액중 환급받지 못한 금액)중 더 이상 환급받지 못하는 것으로 확정된 금액 796,643,267원을 1979사업년도 결산보고서상 특별손실로 처리하고 이를 1979사업년도의 손금으로 계상하여 1979사업년도 법인세 과세표준신고를 한 사실, 피고는 1980.6.23 원고에 대한 1979사업년도 과세표준액 및 법인세액을 결정함에 있어 위 특별손실금은 당해년도에 발생한 손금으로 볼 수 없다하여 이를 손금부인(다만 기록에 의하면 실제 부인액은 그중 712,271,315원이다)하고 원고의 과세표준금액을 1,054,856,862원으로 결정하여 법인세 581,028,947원 및 방위세 125,046,172원을 부과하였으며, 이후 위 손금부인조치는 그대로 유지된 채 다른 사유로 2차의 갱정을 거쳐 1981.1.6 제3차 갱정결정으로서 과세표준금액을 113,297,497원으로 결정하고 법인세를 51,794,563원으로, 방위세를 8,884,031원으로 감액하는 결정을 하고 이를 원고에게 고지한 사실을 인정한 다음, 관세납부 및 환급의 회계처리를 위하여 위의 가지급금 계상방법을 사용하는 경우에는 관세환급의 시기나 금액을 예상하기 어렵고 한편 관세환급에도 불구하고 수출은 계속되고 있는 것이라는 점에 비추어(각 연도별 손금에 계상할 관세액을 확정하기가 곤란하다는 취지로 보인다) 가지급금중 미상계된 잔액은 관세납부자가 결산보고서나 법인세과세표준신고서에 손금으로 처리하는 등 적극적이고도 명시적인 방법을 취함으로서 그 부분이 더 이상 수출되어 환급받게 될 여지가 없게 된 것에 한하여 손금으로 계상될 수 있는 것이며 따라서 이 경우의 손금은 관세납부자가 적극적이고도 명시적인 방법으로 미상계된 가지급금 잔액을 손금처리하겠다는 의사를 표시할 때 확정되어 그 확정시기가 속하는 사업년도에 귀속하는 것이라고 해석하고, 이에 따라 위 특별손실금 중 원고가 이 사건에서 1979사업년도 손금산입을 주장하는 210,913,923원(1977사업년도에 납부한 관세액에서 1977, 1978사업년도에 환급된 금액을 공제한 금액)은 1979사업년도 결산보고시 또는 같은 사업년도 법인세 과세표준신고시 손금으로 확정되어 1979사업년도에 귀속되는 것이며, 이를 1979사업년도 손금으로 산입할 경우 원고의 같은년도 법인세 과세소득은 전무하게 됨이 명백하니 동 과세소득이 있음을 전제로 과세한 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단하여, 그 부과처분을 전부 취소하였다.
2. 그러나, 법인세법 제2조 제1항, 제9조 제1항, 제17조 제1항의 각 규정에 의하면 법인세는 각 사업년도의 소득에 대하여 부과하되 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 하며, 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 하도록 되어 있는바, 이러한 원칙에 비추어 본다면 수출용 원재료의 수입에 따른 관세납부 및 환급의 회계처리를 위하여 위에서 본 가지급금 계상방법을 사용하는 경우라도 각 사업년도별로 관세를 환급받지 못한 사정이 발생하여(예컨대 수입원재료를 내수용으로 소비하였거나 생산공정상 소모한 경우) 관세납부가 종국적으로 확정된 금액을 산출하고, 이를 당해년도의 손금으로 처리하여야 하는 것이며, 원심의 견해와 같이 그 판시와 같은 관세납부자의 손금처리 의사가 있을 때 손금으로 된다고 하는 해석은 관세납부의 종국적 확정시기와 관계없이 관세납부자의 의사에 따라 손금의 확정시기 및 그 귀속사업년도를 달리할 수 있다는 결론이 되어 위의 법규정에 반하는 것이므로 받아들일 여지가 없는 것 이라 하겠다.
3. 따라서 원고가 1979사업년도 손금으로 처리하겠다는 의사를 표시하였다는 사실만으로 그동안 누적된 가지급금 잔액중 위 210,913,923원을 같은년도의 손금산입으로 인정한 원심판결에는 손금확정시기 및 그 귀속사업년도에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이 위법은 판결의 결과에 영향을 미쳤다 할 것이므로 논지 이유있다.
그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.