[1] 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다.


[2] 법인에 대한 소득금액변동통지를 일정한 사항을 기재한 서면에 의하도록 한 이유는, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지에 의하여 법인이 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 납부할 의무를 부담하는 등의 법률효과가 뒤따르게 되므로, 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하여 원천징수에 따른 법률관계를 명확히 하고 원천징수의무자가 이에 대하여 불복신청을 하는 데 지장이 없도록 하려는 것이다. 이러한 소득금액변동통지의 성격과 효과, 소득금액변동통지를 일정한 서면에 의하도록 한 취지 등에 비추어 보면, 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 아니한 채 소득금액변동통지를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 소득금액변동통지는 위법하나, 과세관청이 소득금액변동통지서에 기재하여야 할 사항을 일부 누락하거나 잘못 기재하였더라도 그것이 사소한 누락 또는 명백한 착오에 해당함이 소득금액변동통지서상 분명하거나 소득금액변동통지에 앞서 이루어진 세무조사결과통지 등에 의하여 원천징수의무자가 그러한 사정을 충분히 알 수 있어서 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하고 원천징수의무자가 불복신청을 하는 데 지장을 초래하지 아니하는 경우라면 소득금액변동통지를 위법하다고 볼 것은 아니다.


[3] 거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 매출총이익률에 기초하는 ‘재판매가격방법’ 또는 ‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 다만 국외특수관계자거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교 가능성 분석요소의 차이를 야기하며 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 비교대상거래는 합리적인 차이조정이 이루어지지 아니하는 한 비교 가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다.
주문
상고를 모두 기각한다. 상고비용은 상고인들 각자가 부담한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원고의 상고이유에 대하여
가. 상고이유 제1점, 제2점에 대하여
(1) 구 법인세법(2004. 12. 31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제2항은 “제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다.
법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 보아야 한다.
(2) 원심은, ① 미국법인인 Herbalife International, Inc(이하 ‘HII'라 한다)의 100% 출자로 설립된 내국법인인 원고는 HII로부터 제공받은 기술정보를 이용하여 체중관리 및 영양제품 등을 구입한 후 이를 국내 다단계판매원에게 판매하는 형태의 다단계판매업을 영위하여 온 사실, ② 원고는 HII의 100% 출자로 설립된 미국법인인 Herbalife International of America, Inc(이하 ‘HIAI’라 한다)와 사이에 경영자문서비스 계약을 체결한 후 다단계판매업에 필요한 마케팅, 전산시스템, 다단계판매원의 관리 및 회계·재무지원 등의 용역서비스에 대한 대가로 HIAI에 경영자문료를 지급하여 온 사실, ③ 피고 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무조사결과 원고가 2001 내지 2004 사업연도 동안 HIAI에 지급한 총 70여 개 항목 합계 43,109,000,000원의 경영자문료 중 14개 항목 합계 6,748,624,086원(이하 ‘이 사건 경영자문료’라 한다)은 용역제공의 실체가 확인되지 아니하거나 제공된 용역이 원고의 사업과 무관하다고 보아 피고 강남세무서장에게 이를 손금불산입하도록 통보하였고, 이에 피고 강남세무서장은 원고에게 위와 같은 손금불산입 사항 등을 반영하여 법인세를 부과하는 이 사건 처분을 하였으며, 피고 서울지방국세청장은 손금불산입한 이 사건 경영자문료가 HIAI에게 귀속되었다고 보아 원고에게 그에 관한 각 소득금액변동통지를 한 사실 등을 인정하였다.
나아가 원심은, HIAI의 원고에 대한 서비스 제공내용, 경영자문료와 원고 사업과의 관련성 유무 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 이 사건 경영자문료는 원고의 사업과 관련하여 발생하였다거나 원고의 수익과 직접 관련된 것으로 보이지 아니하고, 달리 그에 상응하는 용역이 실제로 제공되었다거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있다는 점에 관한 원고의 주장·증명이 부족하다는 이유로, 피고들이 이 사건 경영자문료를 손금불산입한 것은 적법하다고 판단하였다.
(3) 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구 법인세법상 손금의 요건이나 손금의 증명책임에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
나. 상고이유 제3점에 대하여
(1) 구 법인세법 제67조, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항은 법인세법에 의하여 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하도록 규정하고, 구 소득세법 시행규칙(2007. 4. 17. 재정경제부령 제554호로 개정되기 전의 것) 제100조 제24호는 소득금액변동통지서에 수령자의 법인명·주소·대표자 성명, 소득종류, 사업연도, 귀속연도, 소득금액, 소득자의 성명·주소·주민등록번호 등을 기재하도록 규정하고 있다.
이와 같이 법인에 대한 소득금액변동통지를 일정한 사항을 기재한 서면에 의하도록 한 이유는, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지에 의하여 법인이 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 납부할 의무를 부담하는 등의 법률효과가 뒤따르게 되므로, 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하여 원천징수에 따른 법률관계를 명확히 하고 원천징수의무자가 이에 대하여 불복신청을 하는 데 지장이 없도록 하려는 것이다. 이러한 소득금액변동통지의 성격과 효과, 소득금액변동통지를 일정한 서면에 의하도록 한 취지 등에 비추어 보면, 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 아니한 채 소득금액변동통지를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것이나(대법원 2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결 참조), 과세관청이 소득금액변동통지서에 기재하여야 할 사항을 일부 누락하거나 잘못 기재하였더라도 그것이 사소한 누락 또는 명백한 착오에 해당함이 소득금액변동통지서상 분명하거나 소득금액변동통지에 앞서 이루어진 세무조사결과통지 등에 의하여 원천징수의무자가 그러한 사정을 충분히 알 수 있어서 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하고 원천징수의무자가 불복신청을 하는 데 지장을 초래하지 아니하는 경우라면 그 소득금액변동통지를 위법하다고 볼 것은 아니다.
(2) 원심은, ① 피고 서울지방국세청장이 손금불산입한 이 사건 경영자문료가 HIAI에게 귀속되었다고 보아 이를 기타소득으로 소득처분하면서 원고에게 2007. 3. 29. 2002년 귀속분에 대하여, 2007. 5. 7. 2003년 내지 2005년 귀속분에 대하여 각 소득금액변동통지를 한 사실, ② 2007. 3. 29.자 소득금액변동통지서에는 소득종류, 사업연도, 귀속연도, 소득금액은 물론, 소득자의 성명이 ‘HIAI’로, 그 주소가 ‘(주소 생략) East Century-City, C.A. USA’로 모두 올바르게 기재된 사실, ③ 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지서에는 소득종류, 사업연도, 귀속연도, 소득금액 및 주소가 모두 올바르게 기재되었으나, 단지 소득자의 성명은 ‘Herbalife International, Inc’로 잘못 기재된 사실 등을 인정한 다음, 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지서는 2007. 3. 29.자 소득금액변동통지서와 마찬가지로 모두 원고가 2002 내지 2004 사업연도에 HIAI에게 지급한 이 사건 경영자문료를 손금불산입하고 이를 소득처분하는 내용을 담은 소득금액변동통지서인 점, 원고는 이미 2006. 3.경 이 사건 경영자문료를 손금불산입하고 그에 관한 소득처분을 하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 받은 점 등에 비추어, 비록 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지서에 소득자의 성명이 ‘HIAI’가 아닌 ‘HII’로 잘못 기재되었더라도 원고로서는 그것이 착오기재임을 충분히 알 수 있어 불복신청에 지장을 받지 아니한 것으로 볼 수 있다는 등의 이유로, 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지가 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.
(3) 원심의 이러한 판단은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 소득금액변동통지서에 기재할 사항의 하자에 관한 법리오해의 위법이 없다.
2. 피고들의 상고이유에 대하여
가. 구 국제조세조정에 관한 법률(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제4조 제1항은 “과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.”라고 규정하고 있다.
또한 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호 및 같은 조 제2항의 위임에 따라 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제4조 제2호는 정상가격 산출방법의 하나로 ‘거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 거래순이익의 매출에 대한 비율 등 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(다만 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자 간의 국제거래 중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다)’을 규정하고 있다.
그리고 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 정상가격 산출방법을 선택할 때 고려할 기준을 열거하면서 제1호에서 “특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교 가능성이 높을 것. 이 경우 비교 가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다.”라고 규정하면서, (가)목에서 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’를, (나)목에서 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우’를 들고 있다. 아울러 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제2항은 “제1항 제1호의 규정에 의하여 비교 가능성이 높은지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.”라고 규정하고 있다.
거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 매출총이익률에 기초하는 ‘재판매가격방법’ 또는 ‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 다만 국외특수관계자거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교 가능성 분석요소의 차이를 야기하며 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 그 비교대상거래는 합리적인 차이조정이 이루어지지 아니하는 한 비교 가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다.
한편 관련 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위하여는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교 가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
나. 원심은, ① 피고 서울지방국세청장은 원고가 2001 내지 2004 사업연도에 경영자문료(앞서 본 ‘이 사건 경영자문료’는 제외한다), 기술사용료, 프랜차이즈사용료 등을 과다하게 지급함으로써 국외특수관계자인 HII 및 HIAI에게 과세소득을 이전한 혐의가 있다고 보아 세무조사를 실시한 사실, ② 피고 서울지방국세청장은 거래순이익률방법에 따라 정상가격을 산정하면서 주식회사 하이리빙(이하 ‘하이리빙’이라 한다), 주식회사 비에스케이코퍼레이션, 주식회사 아이피시통상, 유로통상 주식회사 등 4개 업체를 비교대상업체로 선정하여 이들 업체의 2001 및 2004 사업연도 영업이익률을 계산하고, 이를 원고의 2001 및 2004 사업연도 영업이익률과 비교하여 계산한 이전가격 소득조정액을 원고의 2001 및 2004 사업연도 익금에 산입하도록 피고 강남세무서장에게 통보한 사실, ③ 피고 강남세무서장은 그 통보를 근거로 원고에게 2001 및 2004 사업연도 각 법인세를 부과하는 등의 이 사건 처분을 하였으며, 피고 서울지방국세청장은 2007. 8. 10. 원고에게 그에 관한 소득금액변동통지를 한 사실 등을 인정하였다.
나아가 원심은, 2001 내지 2004 사업연도 기간 동안 원고가 취급하는 제품 중 매출 상위 5개 제품은 건강보조식품(다이어트식품)으로서 전체 매출액의 절반 이상에 이르고 원고의 거래는 OEM 방식을 통하여 제조·수입한 제품을 다단계판매원에게 판매하는 다단계판매방식인 데 반하여, 비교대상업체 중 하이리빙을 제외한 나머지 업체들은 모두 의류나 화장품 등을 취급하고 건강보조식품을 취급하지 아니할 뿐만 아니라 다단계판매방식이 아닌 일반적인 도매 또는 소매방식을 취하고 있는 점, 원고는 HII 및 HIAI에 대하여 미국 달러화로 기술사용료, 프랜차이즈사용료 및 경영자문료를 지급하였기 때문에 환율변동에 따라 영업이익의 상당 부분이 좌우되고 있으나, 비교대상업체 중 하이리빙은 순수하게 국내에 기반을 둔 다단계업체로서 환율변동에 거의 영향을 받지 아니한 점 등에 비추어, 비교대상업체들은 원고와는 취급제품의 종류 및 거래단계(사업활동의 기능), 환율변동을 비롯한 경제여건 등에 있어서 본질적인 차이가 존재함에도 그로부터 야기되는 차이를 극복할 수 있는 합리적 조정이 이루어졌음을 인정할 만한 자료가 없다는 등의 이유로, 이 사건 처분 중 이전가격 과세로 인한 부분과 그에 관한 소득금액변동통지는 위법하다고 판단하였다.
다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구 국제조세조정법상 거래순이익률방법에 따른 정상가격 산출방법이나 그 증명책임 등에 관한 법리오해 등으로 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
3. 결론
그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 상고인들 각자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.