구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조는 제1항에서 "과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 … 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다."고, 제2항에서 "과세표준수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환부세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 … 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다."고 규정하고, 그 위임을 받은 구 국세기본법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14473호로 개정되기 전의 것) 제25조 제2항은 "법 제45조 제2항에서 대통령령이 정하는 국세라 함은 제10조의2 제1호에 게기하는 국세를 말한다."라고 규정하며, 제10조의2 제1호는 신고에 의하여 세액이 확정되는 조세로 법인세·부가가치세·특별소비세·주세·증권거래세·교육세 또는 교통세를 들고 있는바, 농어촌특별세에 관한 수정신고에 대하여는 과세관청의 결과통지의무나 경정의무가 규정되어 있지 아니하므로 과세관청이 그 수정신고에 대하여 경정결정이나 환급을 거부하였다고 하더라도 그것이 행정소송의 대상이 되는 독립한 처분이라고 볼 수 없다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 판단한다.
구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조는 제1항에서 "과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는… 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다."고, 제2항에서 "과세표준수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환부세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 … 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다."고 규정하고, 그 위임을 받은 구 국세기본법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14473호로 개정되기 전의 것) 제25조 제2항은 "법 제45조 제2항에서 대통령령이 정하는 국세라 함은 제10조의2 제1호에 게기하는 국세를 말한다."라고 규정하며, 같은 시행령 제10조의2 제1호는 신고에 의하여 세액이 확정되는 조세로 법인세·부가가치세·특별소비세·주세·증권거래세·교육세 또는 교통세를 들고 있다.
위 규정상 농어촌특별세에 관한 수정신고에 대하여는 과세관청의 결과통지의무나 경정의무가 규정되어 있지 아니하므로 과세관청이 그 수정신고에 대하여 경정결정이나 환급을 거부하였다고 하더라도 그것이 행정소송의 대상이 되는 독립한 처분이라고 볼 수 없다(대법원 1990. 4. 27. 선고 87누276 판결 참조).
원심이 같은 취지에서 농어촌특별세를 신고납부한 원고의 위 국세기본법 제45조 제1항의 규정에 의한 수정신고에 대하여 피고가 이를 거부한 것이 항고소송의 대상이 되는 독립한 처분이 아니라는 이유로 그 취소를 구하는 이 사건 소가 부적법하다고 하여 이를 각하한 조치는 정당하고, 거기에 농어촌특별세의 성격에 관한 법리오해의 위법이 없다.
이 점 상고이유는 받아들일 수 없고, 따라서 이 점에 관한 상고이유가 받아들여짐을 전제로 하는 나머지 상고이유도 받아들일 수 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.