[1] 국세기본법 제45조의2 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간 분부터 적용한다는 국세기본법 부칙(1994. 12. 22.) 제5조는 경정청구권의 행사를 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간에 양도소득세납부의무 또는 부과처분이 이루어진 과세에 한하여 적용할 것으로 볼 수는 없고, 오히려 과세요건이나 과세처분이 법 시행 이전에 이루어진 과세의 경우라도 제45조의2에서 정하는 사유가 그 이후에 발생한다면 이를 이유로 한 환급청구권을 허용한 취지로 해석된다.


[2] 소득세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있으나, 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세의 과세는 그 전제를 잃게 되고 따라서 이러한 경우에는 그 소득을 과세대상으로 하여 소득세를 부과할 수는 없다.


[3] 주식 양도인이 양수인의 부도로 주식양도대금의 지급을 위하여 발행·교부받은 약속어음들의 지급이 거절되었고, 양수인 소유의 부동산을 가압류한 후 그 임의경매절차에서 배당에 참가하였으나 전혀 배당받지 못한 경우에는 그 대금채권은 회수불능임이 이 때 객관적으로 확정되어 이에 관한 소득실현의 가능성이 전혀 없어졌다고 할 것이고, 또 주식 양도인이 양수인의 채무불이행을 이유로 주식매매계약을 해제한다고 할지라도 그 원상회복이 법률상 불가능하다면 이는 국세기본법시행령 제25조의2 제2호 소정의 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제된 때에 준하는 사유로서 같은 조 제4호 소정의 후발적 사유에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로 양도인의 주식 양도에 따른 양도소득세액을 산정함에 있어서는 위 미실현소득을 과세표준에서 제외함이 옳다.
주문
1. 피고 영등포세무서장이 1997. 5. 4. 원고 권규식에 대하여 한 양도소득세 98,000,000원의 환급거부처분을 취소한다.
2. 피고 남산세무서장이 1997. 5. 4. 원고 양윤에 대하여 한 양도소득세 72,646,800원의 환급거부처분 중 70,606,730원에 관한 부분, 같은 해 5. 3. 원고 양지혜에 대하여 한 양도소득세 32,393,600원의 환급거부처분을 각 취소한다.
3. 피고 양천세무서장이 1997. 5. 3.원고 양정혜에 대하여 한 양도소득세 32,393,600원의 환급거부처분을 취소한다.
4. 피고 성동세무서장이 1997. 5. 3. 원고 양주혜에 대하여 한 양도소득세 32,393,600원의 환급거부처분을 취소한다.
5. 원고 양윤의 나머지 청구를 기각한다.
6. 소송비용은 피고들의 부담으로 한다.

이유
1. 처분의 경위 등
갑 제1호증, 갑 제2, 3호증의 각 1 내지 5, 갑 제4호증의 1 내지 10, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 17, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 을 제1 내지 5호증의 각 1, 2, 3, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증, 을 제9호증의 1 내지 7, 을 제10호증의 각 기재, 증인 전현수의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
가. 원고들 및 홍윤숙, 박재희 8명(이하 ‘원고들 등’이라고 한다)은 국제자동차정비(주)발행 비상장주식 30,000주를 별지 제1목록 주식양도 내역표상 양도주식수란 기재의 비율로 소유하고 있던 중 1993. 8. 3. 정보건설(주)(이하 ‘소외 회사’라고 한다)에 그 전부를 93억 원에 매도하였다. 원고들 중 권규식을 제외한 나머지 원고들은 위 주식을 상속받아 상속세를 납부하기 위하여 위 주식을 일괄 매도하였고, 원고 권규식도 이에 동의하였으며, 소외 회사는 당시 서울 영등포구 당산동 4가 1의 1 공장용지 5,855㎡ 및 같은 동 4가 1의 195 대 1,661.7㎡를 소유하고 있던 국제자동차정비(주)의 주식 전부를 취득함으로써 위 회사를 인수한 다음 위 지상에 아파트를 건축하여 분양할 계획으로 위 주식을 매수하였다. 소외 회사는 위 매매대금을 계약금 15억 원 중 10억 원은 계약과 동시에 나머지 5억 원은 같은 해 8. 31.까지 각 지급하고, 제1차 중도금 10억 원, 제2, 3차 중도금 각 9억 원, 제4, 5, 6차 중도금 및 잔대금 각 10억 원으로 나누어 지급하되, 위 각 중도금과 잔대금의 지급을 위하여 액면금을 위 각 금액으로 하는 은행도 약속어음을 원고들 등에게 발행·교부하는 한편, 그 지급을 담보하기 위하여 위 공장용지와 대지에 관하여 원고들 등 명의의 근저당권설정등기절차를 경료하기로 약정하였다. 소외 회사는 원고들 등에게 위 약정에 따른 약속어음은 발행·교부하였으나 그 지상에 건축 중인 아파트 분양사업에 차질을 빚는다는 이유로 위 공장용지와 대지에 관한 근저당권설정등기절차는 경료하여 주지 않았고 원고들도 이에 양해하였다. 원고들 등은 위 대금 중 계약금과 제1, 2차 중도금 합계 44억 원을 지급받은 상태에서 같은 해 12. 9. 소외 회사에 위 주식의 명의개서절차를 경료하여 주었다.
그러자 소외 회사는 1994. 5. 14. 국제자동차정비(주)의 상호를 (주)정보주택으로 변경한 다음 원고들이 모르는 사이에 소외 회사를 위 회사에 흡수합병 해 버렸다. 그 후 위 (주)정보주택은 아파트건설자금 조달을 위하여 같은 해 12. 10. 주택사업공제조합에 액면 금 54,227,665,299,000원의 약속어음을 발행 교부하고 이에 대한 담보로 1996. 3. 28. 앞서 본 공장용지와 대지에 관하여 채권자를 위 조합, 채권최고액을 16,458,000,000원으로 하는 근저당권설정등기 절차를 경료하여 주었고, 1995. 3. 25. 한국주택은행으로부터 대출을 받고 이에 대한 담보로 앞서 본 각 토지 및 그 지상 건물에 관하여 채권자를 같은 은행, 채권최고액을 1,731,600,000원으로 하는 근저당권설정등기절차를 경료해 주었다.
나. 원고 권규식은 1994. 5. 31. 피고 영등포세무서장에게 위 주식양도에 따른, 별지 제2목록 세액계산 내역표상 당초 세액란 기재에 따라 산정한 양도 소득세 과세표준확정신고를 하면서 이에 따른 세액 140,645,800원을 자진신고·납부하였고 같은 피고는 이를 그대로 인정하여 수납한 다음 별다른 처분을 하지 않았다. 그리고 나머지 원고들도 그 무렵 관할 세무서에 같은 과세표준 확정신고를 하고 이에 따른 세액으로 원고 양윤은 68,315,485원, 원고 양지혜, 양주혜, 양정혜는 각 30,495,675원을 자진신고·납부하였는데, 피고 남산세무서장은 1995. 3. 16. 원고 양윤에게 별지 제3목록 세액계산 내역표상 당초 세액란 기재에 따라 산정한 양도소득세 99,515,350원 중 이미 납부된 68,315,485원을 공제한 31,199,865원을, 그리고 같은 피고는 같은 날 원고 양지혜에게, 피고 양천세무서장은 같은 해 4. 1. 원고 양정혜에게, 피고 성동세무서장은 같은 달 16. 원고 양주혜에게 각 별지 제4목록 세액계산 내역표상 당초 세액란 기재에 따라 산정한 각 양도소득세 44,671,940원 중 이미 납부한 30,495,675원을 공제한 각 14,176,271원을 증액 부과·고지하였으며, 위 원고들은 그 무렵 위 양도소득세액을 모두 납부하였다.
다. 그런데 원고들 등은 소외 회사가 주식매매대금의 지급을 위하여 발행한 지급기일 1996. 4. 2. 액면 금 9억 원 및 10억 원의 약속어음 각 1매, 지급기일 같은 해 8. 25., 같은 해 12. 25., 1997. 5. 25.로 된 액면 금 각 10억 원의 약속어음 3매(액면 금 합계 49억 원)를 소지하고 있던 중 위 회사를 흡수한 (주)정보주택이 1996. 3. 20. 이른바 부도를 내어 같은 해 4. 2. 위 약속어음 중 지급기일이 같은 날로 된 액면 금 9억 원 및 10억 원의 위 약속어음 각 1매가, 1997. 1. 29. 나머지 액면 금 10억 원의 위 약속어음 3매가 모두 무거래로 지급정지되었다. 그러자 국제자동차정비(주)의 대표이사로 있었던 원고 양윤이 나머지 원고들을 대표하여 1996. 4. 12. 소외 회사 소유로 된 위 공장용지 및 대지를 가압류하였고, 주택사업공제조합의 신청에 따라 위 대지들에 관하여 같은 해 9. 2. 서울지방법원 남부지원 96타경24627호 임의경매절차가 개시되자, 같은 달 30. 위 경매법원에 채권계산서를 제출하였으나 1997. 2. 21. 배당기일에서 후순위권리자에 해당한다는 이유로 전혀 배당받지 못하였다.
소외 회사를 합병한 (주)정보주택은 더 이상의 재산이 없어서 원고들 등의 위 주식매매대금 49억 원의 채권은 그 무렵 전액 회수불능으로 확정되었다.
라. 그러자 원고들은 위 금액을 양도주식수에 비례하여 안분·계산한 별지 제1목록의 미실현소득란 기재 각 금원을 원고들의 주식양도에 따른 각 미실현소득으로 산정한 후, 같은 양도금액란 기재 각 금액에서 위 각 미실현소득을 공제한 같은 실현소득란 기재 각 금액을 양도가액으로 재산정한 다음, 이에 취득가액 등을 공제하고 세율을 적용하여 산정한 별지 제2목록의 정당한 세액란 순번 6. 기재 금액, 별지 제3, 4목록의 각 원고들 주장 정당한 세액란 순번 6. 기재 각 금액을 자신들이 납부할 정당한 양도소득세액으로 보고서, 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정된 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제2항 제5호, 법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14473호로 개정된 것) 제25조의2 제2, 4호에서 정하는 후발적 사유가 발생하였다고 주장하면서, 원고 권규식은 1997. 3. 4. 피고 영등포세무서장에게, 원고 양윤은 같은 날, 원고 양지혜는 같은 달 3. 각 피고 남산세무서장에게, 원고 양정혜는 같은 날 피고 양천세무서장에게, 원고 양주혜는 같은 날 피고 성동세무서장에게 당초의 각 양도소득세액에서 원고들이 위와 같이 재산정한 양도소득세액을 공제한 별지 제2목록의 정당한 환급세액란 순번 7. 기재 금액, 별지 제3, 4목록의 위 원고들 주장 정당한 환급세액란 순번 7. 기재 각 금액의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고들은 법 제45조의2 제3항에 의거 2개월이 지나도록 세액을 경정하거나 경정할 뜻이 없음을 통지하지 아니함으로써 피고 영등포세무서장은 위 환급청구일로부터 2개월이 되는 1997 5. 4. 원고 권규식에 대하여, 피고 남산세무서장은 같은 날 원고 양윤에 대하여, 같은 달 3. 원고 양지혜에 대하여, 피고 양천세무서장은 같은 날 원고 양정혜에 대하여, 피고 성동세무서장은 같은 날 원고 양주혜에 대하여 위 각 환급청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 셈이 되었다.
2. 본안전 항변에 대한 판단
가. 전심절차상의 하자
원고들이 일부 주식양도대금의 회수불능이 확정되어 그 부분에 관한 소득이 실현되지 못하였다는 후발적 사유발생을 이유로 그 부분의 환급청구를 거부한 처분의 취소를 구하는 이 사건 소에 대하여, 피고들은 원고 권규식에 대하여는 1995. 3. 11. 원고 양윤, 양지혜에 대하여는 각 같은 달 16. 원고 양정혜에 대하여는 같은 해 4. 15. 원고 양주혜에 대하여는 같은 달 16. 이 사건 양도소득세의 부과처분을 하였는데 원고들은 이에 대하여 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제55조, 제56조 제2항에서 정하는 심사청구기간인 60일을 도과하여 심판청구와 심사청구를 하였다가 모두 각하결정을 받은 바 있으므로 이 사건 소는 전심절차에 관한 중대한 하자가 있기 때문에 부적법하여 각하되어야 한다고 항변한다.
살피건대, 이 사건 소는 위 거부처분의 취소를 구하는 것이므로 이에 대한 심사청구의 기간은 과세처분일부터 기산할 것이 아니라 거부처분일부터 기산하여야 할 것인바, 갑 제3호증의 1 내지 10의 각 기재에 변론의 전취지를 종합해 보면, 원고들은 위 거부처분이 있은 것으로 간주되는 1997. 5. 3.과 같은 달 4.로부터 60일 이내인 같은 해 6. 23.경에 적법한 국세심사청구를 제기하였으나, 원고 양주혜를 제외한 나머지 원고들의 청구는 각 같은 해 7. 25. 원고 양주혜의 청구는 같은 해 8. 22. 각 각하되었고, 이에 대한 원고들의 심판청구는 모두 1998. 5. 25. 각하된 사실이 인정되고, 한편 같은 해 7. 24. 이 사건 소가 제기되었음은 기록상 명백하므로 원고들은 이 사건 소를 제기하기 위한 전심절차를 적법하게 거쳤다고 할 것이므로 피고들의 위 항변은 이유 없다.
나. 거부처분의 존부
(1) 피고들의 주장
피고들은 또 국세기본법이 1994. 12. 22. 개정되어 제45조의2가 신설됨으로써 비로소 납세의무자의 환급청구권이 인정되고, 위 규정은 1995. 1. 1.부터 시행되게 되었는데, 법 제45조의2는 법 부칙 제5조에 의거 1995. 1. 1. 이후의 과세기간분에 대하여만 적용되는바, 원고들의 이 사건 양도소득세는 1993년도 분의 양도에 관한 것으로서 위 규정에 의한 환급청구권을 인정할 여지가 없으므로 이 사건 소는 그 취소를 구하는 대상인 처분이 존재하지 않는다고 보아야 할 것이고 원고들의 환급청구에 대하여 피고들이 아무런 답변을 하지 않았다고 하더라도 이는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으므로 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 항변한다.
(2) 관계 법령
1994. 12. 22. 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행되고 있는 법 제45조의2 제1항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 등에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 및 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제5호에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 대통령령으로 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때에는 그 사유가 발생한 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 제1, 2항의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 하도록 규정하고 있고, 법 부칙 제5조는 위 제45조의2 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간분부터 적용한다고 규정하고 있으며, 법시행령 제25조의 2는 법 제45조의2 제2항 제5호에서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때라고 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다고 규정하면서 제2호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때, 제4호에서 기타 제2호에 준하는 사유에 해당하는 때를 규정하고 있고, 법시행령 부칙 제2조는 제25조의2 규정은 이 영 시행 후 최초로 발생하는 후발적 사유분부터 적용한다고 규정하고 있다.
(3) 판 단
살피건대, 위 각 규정의 취지를 종합해 보면, 법 제45조의2 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간 분부터 적용한다는 법 부칙 제5조는 경정청구권의 행사를 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간에 양도소득세납부의무 또는 부과처분이 이루어진 과세에 한하여 적용할 것으로 볼 수는 없고, 오히려 과세요건이나 과세처분이 1995. 1. 1. 이전에 이루어진 과세의 경우라도 제45조의2에서 정하는 사유가 그 이후에 발생한다면 이를 이유로 한 환급청구권을 허용한 취지로 해석된다. 이 사건에서 원고들은 일부 주식양도대금의 회수불능으로 그 만큼의 미실현소득이 있음을 들어 법 제45조의2 제2항 제5호, 법시행령 제25조의2 제2, 4호 소정의 후발적 사유가 발생하였다고 주장하면서 위 회수불능임이 객관적으로 확정되었음이 명백한 위 임의경매절차 배당기일인 1997. 2. 21.로부터 2월 이내에 그들이 이미 납부한 각 양도소득세액 중 일부의 환급을 피고들에게 청구한 것이므로 원고들은 정당하게 환급청구권을 행사하였다고 할 것이고 피고들은 이에 대하여 아무런 응답을 하지 않음으로써 항고소송의 대상이 되는 거부처분을 한 것이라고 보아야 할 것이다.
따라서 피고들의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.
3. 본안에 대한 판단
가. 경정청구권의 발생
소득세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있으나, 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세의 과세는 그 전제를 잃게 되고 따라서 이러한 경우에는 그 소득을 과세대상으로 하여 소득세를 부과할 수는 없다고 할 것이다( 대법원 1989. 9. 12. 선고 89누1896 판결 등 참조). 이 사건에서 원고들은 소외 회사의 부도로 주식양도대금 중 49억 원의 지급을 위하여 발행·교부받은 약속어음들의 지급이 모두 거절되었고 소외 회사 소유의 부동산을 가압류한 후 그 부동산에 관한 임의경매절차에서 배당에 참가하였으나 전혀 배당받지 못함으로써 위 49억 원의 대금채권은 회수불능임이 이 때 객관적으로 확정되어 이에 관한 소득실현의 가능성이 전혀 없어졌다고 할 것이다. 또 비록 원고들이 소외 회사의 위와 같은 채무불이행에 기하여 이 사건 주식양도계약을 해제하였음을 인정할 아무런 증거는 없으나, 이미 위 회사가 국제자동차정비(주)의 상호를 (주)정보주택으로 변경한 후 이에 합병하였고 그 소유이던 중요 부동산이 경매로 제3자에게 경락된 후여서 원고들이 위 회사의 채무불이행 또는 일부 불능을 이유로 주식매매계약을 해제한다고 할지라도 그 원상회복이 법률상 불가능하게 된 것이므로 이는 법시행령 제25조의2 제2호 소정의 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제된 때에 준하는 사유로서 같은 조 제4호 소정의 후발적 사유에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 원고들의 위 주식양도에 따른 양도소득세액을 산정함에 있어서는 위 미실현소득을 과세표준에서 제외함이 옳다고 본다.
나. 원고들 귀책사유의 문제
피고들은, 원고들과 소외 회사와의 사이에 주식매매대금의 담보를 위하여 앞서 본 공장용지와 대지에 관하여 원고들 명의의 근저당권설정등기절차를 경료하기로 약정하였음에도 원고들이 위 절차를 해태함에 따라 결국 위 주식양도대금의 일부를 회수하지 못한 것이므로 그 부분을 양도소득에서 제외하여서는 부당하다는 취지로 주장하나, 비록 위와 같이 대금의 일부를 회수하지 못한 데에 원고들의 귀책사유가 있다고 할 지라도, 원고들이 고의적으로 위와 같은 미실현소득을 발생시켰다고 볼 자료가 없는 이상 이를 원고들의 양도소득에 포함시킬 근거는 없으므로 피고들의 위 주장은 이유 없다.
다. 환급세액의 계산
그러므로 나아가 위 미실현소득을 양도소득에서 제외하여 원고들의 정당한 양도소득세액 및 환급세액을 산정하여 보면, 별지 제1목록의 양도금액란 기재 각 금액에서 미실현소득란 기재 각 금액을 공제한 실현소득란 기재 각 금액을 이 사건 주식의 양도가액으로 보고, 여기서 별지 제2 내지 제4목록의 각 정당한 세액란 기재와 같이 취득가액 등을 공제한 다음 세율을 적용하여 산정한 같은 각 목록의 정당한 세액란 순번 6. 기재 각 금액이 원고들이 부담할 정당한 양도소득세액이 되며, 같은 각 목록의 당초 세액란 순번 6. 기재 각 금액에서 위 정당한 양도소득세액을 공제한 같은 각 목록의 정당한 환급세액란 순번 7. 기재 각 금액이 피고들이 원고들에게 환급하여 주어야 할 금액(다만 원고 양지혜, 양정혜, 양주혜에 대하여는 정당한 환급세액이 위 원고들 주장의 환급세액을 초과하므로 이들에 대한 정당세액은 이들이 구하는 범위 내로 한정한다.)이 된다 할 것이다. 따라서 원고 권규식, 양지혜, 양정혜, 양주혜에 대한 환급거부처분은 모두, 원고 양윤에 대한 환급거부처분은 70,606,730원 부분에 대하여만 위법하다고 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 원고 권규식, 양지혜, 양정혜, 양주혜의 이 사건 청구 및 원고 양윤의 청구금액 72,646,800원 중 위 70,606,730원의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 위 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.