법인이 특수관계 있는 자에게 토지를 양도하고 그 양도가액과 취득가액이 모두 분명하다면 위 양도는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산할 예외적인 경우가 아니라 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여야 할 원칙적인 경우에 해당하는바, 위 토지의 양도가 특수관계 있는 자에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당된다면, 그 양도가액에 한하여 실지거래가액 대신 시가에 의하여 계산하여야 한다.
주문
원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
1. 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 규정에 의하면, 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 산정은 원칙적으로 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여야 하고, 다만 양도가액과 취득가액이 모두 분명하지 아니한 경우나 어느 한쪽의 가액이 분명하지 아니한 경우에는 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가에 의하도록 되어 있고, 한편, 구 법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제124조의2 제7항, 구 법인세법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2, 구 상속세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14469호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 제1호의 각 규정에 의하면, 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산하여야 하고, 이 경우 시가가 불분명한 때에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액도 없는 때에는 원칙적으로 개별공시지가에 의하여 평가한 가액에 의하도록 되어 있다.
2. 원심은, 원고 회사는 1991. 5. 8. 소외 법인으로부터 이 사건 토지 1,058㎡를 취득하였다가 1992. 2. 26. 이를 원고 회사의 출자자로서 대표이사인 소외인에게 ㎡당 금 667,613원에 양도하고, 1992 사업연도 법인세과세표준신고시 위 양도가액에서 취득가액인 ㎡당 금 571,000원 및 자본적 지출액 등을 공제하면 양도차익은 없다고 신고한 사실, 이에 피고는 원고 회사가 이 사건 토지를 원고 회사와 특수관계 있는 소외인에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 양도가액은 개별공시지가에 의한 금액으로, 취득가액은 원고 회사가 신고한 실지거래가액으로 계산한 양도차익을 과세표준으로 하여 특별부가세를 부과한 사실, 이 사건 토지의 인근 토지는 1991년도 이후 평당 금 5,000,000원∼6,000,000원 정도로 호가되었으나 당시 부동산경기 침체로 토지거래가 거의 없어 시가가 불분명하였고, 이 사건 토지의 양도 당시 개별공시지가는 ㎡당 금 950,000원인 사실을 인정한 다음, 위 양도가액은 당시의 개별공시지가에 훨씬 미치지 못하는 가액이므로 이 사건 토지의 양도는 특수관계 있는 자에게 토지를 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되나, 이 사건 토지의 양도 당시의 시가나 양도가액이 불분명하므로 이 사건 토지의 양도에 대한 특별부가세 과세표준은 양도가액이나 취득가액 모두 개별공시지가에 의한 금액을 기초로 계산하여야 할 것임에도 불구하고, 피고가 모법의 규정에 부합하지 아니하여 무효인 법인세법시행령 제124조의2 제9항(양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 불분명한 경우에 있어서의 환산규정)을 적용하여 양도가액만을 개별공시지가에 의한 금액으로 하고, 취득가액은 개별공시지가에 의한 금액보다 낮은 금액인 실지거래가액을 기초로 과세표준을 계산한 것은 위법하다고 판단하였다.
3. 그러나 원심판결 이유에 의하더라도 원고 회사는 이 사건 토지를 ㎡당 금 667,613원에 양도하였다는 것이므로 실지 양도가액이 불분명하다고 할 수는 없고(다만, 이 사건 토지의 양도가액은 금 703,664,076원이므로 위 ㎡당 가액은 665,089원의 착오로 보인다), 따라서 이 사건 토지의 양도는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산할 예외적인 경우가 아니라 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여야 할 원칙적인 경우에 해당하는데, 원심의 판단과 같이 이 사건 토지의 양도가 특수관계 있는 자에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당된다면, 그 양도가액에 한하여 실지거래가액 대신 원심이 시가로 적용한 개별공시지가에 의하여 계산하여야 한다.
그렇다면 위와 같은 방식에 따라 이 사건 양도차익을 계산한 피고의 조치에 아무런 잘못이 없음에도, 원심은 피고가 적용하지도 아니한 법인세법시행령 제124조의2 제9항을 적용하였다는 등의 판시와 같은 이유를 들어 피고의 양도차익 계산을 위법한 것으로 판단하였으니, 이는 특별부가세 과세표준 계산에 관한 법리를 오해하여 영향을 미친 위법을 저지른 것이다. 따라서 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다.
4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 주문과 같이 판결한다.