결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도, 그와 같은 경우가 법인세법 제72조 제5항의 ‘결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에 해당하지 않음은 규정의 문언상 명백하므로, 그에 해당하는 경우의 환급세액 징수와 계산에 관한 같은 법 시행령 제110조 제5항의 규정이 적용될 여지가 없다. 또한 같은 법 시행령 제110조 제2항의 규정에 의하면, ‘직전 사업연도의 과세표준’이란 소급공제 결손금액을 차감하기 전의 과세표준을 말하므로, 같은 법 시행령 제110조 제6항에서 정한 ‘직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우’에도 해당하지 않는다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

이유
상고이유를 판단한다.
법인세법 제72조 제5항은 “납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다”라고 하고, 그에 따라 같은 법 시행령 제110조 제5항에서 그 징수할 법인세액과 이자상당액의 계산에 관하여 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제110조 제6항은 “납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다”고 하고서 “이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다”고 규정하고 있다.
위 규정들에 의하면, 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도, 그와 같은 경우가 법인세법 제72조 제5항의 ‘결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에 해당하지 않음은 규정의 문언상 명백하므로, 그에 해당하는 경우의 환급세액 징수와 계산에 관한 시행령 제110조 제5항의 규정이 적용될 여지는 없다고 하겠다. 한편, 결손금 소급공제시의 환급세액의 계산에 관한 시행령 제110조 제2항의 규정에 의하면, ‘직전 사업연도의 과세표준’이란 소급공제 결손금액을 차감하기 전의 과세표준을 말하므로, 결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우가 위에서 본 법인세법 시행령 제110조 제6항이 위 제5항을 준용하여 징수할 수 있도록 한 경우인 ‘직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우’에 해당하지 않음도 또한 분명하다.
원심이 인정한 바와 같이, 원고가 결손금 소급공제에 의하여 그 판시와 같이 법인세를 환급받았으나 피고는 원고가 결손금 소급공제 대상이 되는 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 법인세법 제72조 제5항 및 시행령 제110조 제6항을 적용 또는 유추적용하여 그에 정한 이자 등을 가산한 금액을 법인세액으로 징수하였다면, 그와 같은 피고의 처분은 위법하다고 본 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해나 심리미진 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.