[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제20조 소정의 부당행위계산의 부인이라 함은, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로서, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용된다 할 것이므로, 소득금액에 영향을 미치는 한 부인의 대상으로서의 행위계산에는 자본거래나 손익계산에 포함되지 않는 비경상적 손익거래도 포함된다 할 것이고, 따라서 자본거래의 결과 거래상대방에게 분여된 이익이 과세소득을 구성하는지 여부를 불문하고 당해 법인의 행위계산이 위 시행령 소정의 거래형태를 남용하여 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서 조세법상 부인의 대상이 된다고 할 것인바, 1998. 12. 28. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 (나)목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다(즉, 종전의 구 법인세법이 시행되던 당시에도 위와 같이 특수관계자인 주주간의 자본거래가 아닌 주주와 신주발행법인 사이의 자본거래로서 같은법시행령 소정의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서의 부인대상에 해당하였다).


[2] 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면미달 발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면가액대로 인수할 수밖에 없다 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수가 투자자산의 매입에 해당함은 분명하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있고, 나아가 행위계산의 부당성의 판단기준으로서 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다.


[3] 기발행주식의 평가액이 사실상 0원인 특수관계자의 유상증자에 참여하여 액면가액대로 신주를 인수한 후 신주가액 전액을 투자주식감액손실로 회계처리한 다음 취득가액의 약 2%에 불과한 대가로 양도하여 위 투자주식감액손실액을 손금산입한 행위는 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로서 부당행위계산에 해당한다고 한 사례.
주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

이유
1. 처분의 경위
[인정 증거] 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1 내지 12
가.원고는 화학플랜트설비 등 각종 산업기계의 설계·제작 및 판매업 등을 영위하는 회사인데, 구 법인세법 제20조 소정의 특수관계 있는 자(이하 '특수관계자'라 한다)의 지위에 있던 소외 주식회사 코파트(이하 '소외 회사'라 한다)가 유상증자를 실시함에 있어 1996. 7. 23. 10억 원(액면가 10,000원, 100,000주), 1997. 7. 17. 18억 원(액면가 10,000원, 180,000주)을 출자한 후 1997년 사업연도의 결산시 보유하고 있던 소외 회사의 발행 주식 액면가 28억 원 전액을 투자주식감액손실로 회계처리하고, 세무조정시에 손금불산입하였다가 1998. 8. 28. 위 주식 전부를 소외 회사의 종업원이던 김민용 등 4인에게 59,786,520원에 양도한 후 1998년 사업연도의 결산 및 이에 따른 세무조정시 위 투자주식감액손실 28억 원을 전액 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
나.피고는 원고가 소외 회사의 기발행주식의 평가액이 사실상 0원이었음에도 위 유상증자에 참여하여 액면가로 소외 회사의 신주를 인수한 것은 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로서 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 제4호 소정의 부당행위계산에 해당한다고 보아 위 투자주식감액손실을 손금산입한 원고의 계산을 부인하여 이를 손금불산입한 후 1998년 사업연도의 법인세과세표준 및 세액을 증액경정하여 2000. 1. 17. 원고에게 1998년 사업연도 귀속 법인세 948,443,580원를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
(1)구 법인세법시행령 소정의 부당행위계산은 법인의 이익분여를 전제로 하는 것이므로 손익거래에 한정된다 할 것인데, 신주인수의 법률적 성질은 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로서 원고가 소외 회사의 유상증자에 참여한 것은 자본거래에 불과하므로 부당행위계산에 해당하지 아니하며, 현행 법인세법시행령상으로도 자본거래에 대한 부당행위계산 부인규정의 적용을 특수관계자인 주주 사이의 이익분여에 국한하고 있을 뿐이다.
(2)상법에 의하여 신주의 액면미달 발행이 엄격하게 제한되어 그 액면가액대로 신주를 인수할 수밖에 없는 현실에서 신주인수행위를 부당행위계산의 부인대상으로 해석하는 경우에는 특수관계자인 주주는 항상 주식 발행 당시의 시가대로 주식을 인수하여야 하는데, 이 때 시가가 액면가보다 낮을 경우에는 신주인수인이 고가매입으로서, 액면가보다 높을 경우에는 신주발행 회사가 저가양도로서 부당행위계산 부인규정의 적용을 받게 되는 부당한 결과가 발생한다.
(3)원고가 소외 회사의 신주를 인수한 것은 증자대금 만큼의 유가증권(투자자산)을 증가시키는 것이어서 손금에 산입한 것이 없는 한편, 소외 회사가 원고로부터 증자대금을 받은 것은 자본 또는 출자의 납입으로서 과세소득을 구성하지 아니하여 원고와 소외 회사 어느 쪽에도 사업연도의 소득금액 계산에 아무런 영향을 미치지 아니하였으므로 소득금액의 부당한 계산을 시정하는 부당행위계산 부인규정이 적용될 여지가 없다.
(4)원고가 소외 회사의 신주를 인수한 것은 소외 회사의 향후 영업전망을 낙관적으로 본 경영판단에 따른 것으로서 합리적 경제인의 정상적인 거래이었고, 특히 2차 신주 인수는 주주의 지위에서 신주인수권을 행사한 결과이므로 경제적 합리성을 결한 비정상적 행위에 해당한다고 볼 수 없다.
나. 인정사실
[인정 근거] 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 갑 제10호증 및 변론의 전취지
(1)원고는 세원그룹(1997. 11.경 주식회사 미원과 주식회사 세원의 합병으로 그룹 이름이 대상그룹으로 변경됨)의 계열회사로서 서로 특수관계자의 지위에 있던 소외 회사가 1996. 7. 13. 및 1997. 7. 17. 2회에 걸쳐 127억 5,000만 원(1차：37억 5,000만 원, 2차：90억 원)의 유상증자를 실시함에 있어 1차 증자시에는 기존의 개인주주들의 신주인수권 포기에 따른 이사회 결의의 형식으로 10억 원(100,000주×10,000원/주)의 신주를 인수하고, 2차 증자시에는 주주의 지위에서 배정받은 신주인수권을 행사하여 18억 원(180,000주×10,000원/주)의 신주를 인수한 후 소외 회사에 각 그 증자대금을 납입하였다(원고를 비롯한 소외 회사 주주들의 증자 전후의 구체적인 지분내역은 별지 자본증가현황표 참조).
(2)소외 회사는 도어록(door lock) 제조·판매업체로서 1987. 4. 13. 설립된 이래 설립연도에 4,500만 원, 그 이듬해인 1988년 사업연도에 3억 4,200만 원의 당기순이익이 발생하였을 뿐, 1989년 사업연도부터 위 유상증자시를 포함한 1998년 사업연도까지 차입금에 대한 지급이자 부담과 매출액 둔화(1996년 현재 국내 도어록제조업체 중 시장점유율 약 8.8% 차지) 등으로 인한 계속된 결손으로 자본잠식상태에 있었고(이에 따라 위 유상증자 당시 비상장주식인 소외 회사의 1주당 평가액은 0원이었다.), 위 유상증자로 인하여 납입된 증자액 전액을 세원그룹의 명예회장인 임대홍에 대한 무이자 차입금 50억 원 및 세원그룹의 계열회사인 동양종합금융 주식회사 및 소외 대한종합금융 주식회사에 대한 구상금 채무 합계 99억 3,000만 원의 변제에 사용하였다.
(3)한편, 원고는 소외 회사 발행의 신주 인수를 투자유가증권의 매입으로 회계처리하였으나, 1997년 사업연도의 결산시에 소외 회사가 자본잠식 상태로서 그 발행주식의 가치가 취득원가인 액면가로 회복될 가능성이 없다고 보아 보유하고 있던 소외 회사의 발행 주식 280,000주의 취득원가 전액(28억 원)을 0원으로 조정하여 그 차액을 투자주식감액손실로 회계처리하였다가 1998. 8. 28. 소외 회사의 종업원인 김민용 등 4인에게 위 보유주식을 59,786,520원에 양도한 후 1998년 사업연도의 결산에 따른 세무조정시 위 투자주식감액손실 28억 원을 전액 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
(4)소외 회사는 1999년 사업연도에 187,9644,255원, 2000년 사업연도에 59,245,379원의 당기순이익이 발생하였다.
다. 판 단
(1) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제20조 소정의 부당행위계산의 부인이라 함은, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 같은법시행령 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로서, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용된다 할 것이므로(1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조), 소득금액에 영향을 미치는 한 부인의 대상으로서의 행위계산에는 자본거래나 손익계산에 포함되지 않는 비경상적 손익거래도 포함된다 할 것이고(따라서 자본거래의 결과 거래상대방에게 분여된 이익이 과세소득을 구성하는지 여부를 불문하고 당해 법인의 행위계산이 위 시행령 소정의 거래형태를 남용하여 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서 조세법상 부인의 대상이 된다), 1998. 12. 28. 대통령령 제15790호로 전문 개정된 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 (나)목 에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였다고 하여 달리 볼 것은 아니라 할 것이다(즉, 종전의 구 법인세법이 시행되던 당시에도 위와 같이 특수관계자인 주주간의 자본거래가 아닌 주주와 신주발행법인 사이의 자본거래로서 구 법인세법시행령 소정의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우라면 부당행위계산으로서의 부인대상에 해당하였다).
(2)한편, 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면미달 발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면가액대로 인수할 수밖에 없다 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수가 투자자산의 매입에 해당함은 분명하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산 및 수익상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 고가매입 여부를 따질 수 있고(1989. 12. 22. 선고 88누7255 판결 참조), 나아가 행위계산의 부당성의 판단기준으로서 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.
(3)돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 소외 회사의 신주발행 당시 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제16조의2의 규정에 의하여 구 상속세및증여세법(1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것) 제63조, 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15193호로 개정되기 전의 것) 제54조의 규정을 준용하여 평가한 신주의 평가액은 0이었던 반면{위 각 규정에 의한 주식의 평가방법은 평가 당시의 신주발행법인의 순자산가치나 그 직전 최근 3년간의 순손익액(즉 수익가치)만을 평가의 기초자료로 삼고 있어 주식의 장래가치까지 정확히 반영하지 못한다는 한계가 있기는 하지만, 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부의 판단은 거래 당시를 기준으로 하는 것이고(다만 고가매입의 경우에는 당해 자산을 양도하는 사업연도에 손익을 귀속시키기 위한 세무조정을 거친다.), 위와 같은 거래형식을 통하여 조세의 부담을 부당히 회피하거나 감소시켰다고 하는 별도의 요건을 충족하여야 하므로 위와 같은 평가방법에 의하여 고가매입 여부를 판단하도록 한 위 구 법인세법시행규칙이 상위 법규의 취지에 저촉되거나 반하여 무효라고 볼 수는 없다.}, 원고가 납입한 신주인수대금은 주당 10,000원이었던 점에 비추어 원고의 이 사건 신주인수는 특수관계자로부터 시가를 초과하여 자산을 고가로 매입한 경우에 해당함은 분명하다.
나아가, ① 소외 회사가 설립된 지 2년 후부터 이 사건 신주발행 당시까지 계속하여 누적된 결손으로 인한 자본잠식상태에 있었을 뿐 아니라 국내 도어록 제조판매시장에서의 매출액이나 시장점유율 역시 낮아 사업실적이 좋지 않았을 뿐 아니라 사업전망 역시 그다지 유망하다고 볼 수 없는 점, ② 원고 역시 소외 회사의 2차 증자에 따른 신주를 인수한 당해 사업연도에 이미 소외 회사의 발행주식의 가치가 취득원가인 액면가로 회복될 가능성이 사실상 전무하다고 보아 보유하고 있던 소외 회사의 발행 주식의 가치를 0원으로 평가하고 신주인수가액 전액을 투자주식감액손실로 회계처리한 후 그 이듬해 곧바로 취득가액의 약 2%에 불과한 대가로 양도하여 위 투자주식감액손실액을 손금산입한 점, ③ 소외 회사는 원고의 신주인수대금을 포함한 2차례의 증자대금을 회사의 운영자금이나 투자설비자금 등으로 사용하지 아니한 채 특수관계자로부터의 무이자 차입금의 상환 및 계열회사에 대한 구상금 채무의 변제에 사용함으로써 특수관계자의 손실 방지에 주력한 것으로 보이는 점, ④ 원고 및 소외 회사가 법인 주주를 포함하여 동일인 내지 가족 등이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 특수관계자로서 비공개법인이고, 소외 회사의 대주주인 주식회사 세원 역시 원고와 함께 세원그룹의 계열사인 점에 비추어 원고나 소외 회사의 의사결정은 소수의 주주에 의하여 지배되는 것으로 보이는 데다가 여기에 소외 회사의 2차례에 걸친 증자시 신주인수권의 처리내용에 비추어 특별한 사정이 없는 한 기존의 개인 주주 및 주식회사 세원의 신주인수권 전부 내지 일부 포기와 이에 따른 원고에 대한 신주인수권 부여에 대하여 적어도 묵시적인 합의가 있었으리라 보이는 점 등의 제반 사정을 종합하면, 원고가 소외 회사 발행의 신주를 인수한 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위로서(결과적으로 증자명목으로 자금을 무상 지원한 것과 다름 없으며, 이러한 측면에서 특수관계자인 소외 회사에 대하여 우회적으로 자금지원을 하기 위한 의도가 엿보인다.), 원고의 회계처리 내용에 따라 1998년 사업연도 소득이 감소되어 조세의 부담이 줄어드는 결과가 초래된 점 역시 인정된다 할 것이다.
(4) 그렇다면 원고의 소외 회사 발행의 신주인수는 특수관계자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 부당행위계산의 부인대상 행위에 해당한다 할 것이므로(비록 2차 신주인수행위가 주주로서의 지위에 따라 배정된 신주인수권의 행사라는 형식을 통하여 이루어졌다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니다.) 피고가 이를 부인한 후 과세소득을 재계산하여 부과한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.
3. 결 론
따라서 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.