구 조세감면규제법(1981. 12. 31. 법률 제3481호로 개정되기 전의 것) 제16조 소정의 기업합리화적립금의 적립은 법인세의 감면 또는 공제를 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 법인세의 감면 또는 공제를 받은 후에 그 감면 또는 공제받은 자가 그 감면 또는 공제받은 사업연도의 이익금처분시에 이행하여야 할 사후의 요건이고 감면 또는 공제세액 상대의 추징을 면하기 위한 요건에 불과한 것이다.
주문
피고가 1983. 6. 2.자로 원고에 대하여 한 1981. 사업연도 법인세 248,678,224원 및 1982. 사업연도 법인세 102,581,902원의 부과처분은 이를 각 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
1. 피고가 1983. 6. 2.자로 원고에 대하여 1981. 사업연도 법인세 248,678,224원, 1982. 사업연도 법인세 102,581,902원의 부과처분을 한 사실은 서로 다툼이 없고, 성립에 다툼이 없는 갑 4호증의 1 내지 4, 갑 5호증의 1 내지 5, 갑 10호증의 1, 2, 갑 11호증의 1, 2, 갑 14호증의 각 기재와 변론의 전취지에 의하면, 원고는 1979. 2. 22. 1,500,000,000원, 1979. 12. 29. 2,000,000,000원 두 차례에 걸쳐 합계 3,500,000원을 증자함에 있어 이 가운데 금융기관출자액 173,070,000원을 뺀 3,326,930,000원은 정부, 지방자치단체 및 금융기관 이외의 자로부터 금전출자를 받아 자본을 증가하고, 당시의 조세감면규제법(1980. 12. 13. 법 제3272호로 개정되기 전까지의 법)4조의 2에 따라 1979. 1980. 두 사업연도의 소득금액에서 같은조 소정의 산식에 따라 산출한 금액을 각 공제받고, 그 공제받은 소득금액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여온 사실, 그런데 1980. 12. 13. 법 제3272호로 조세감면규제법 4조의 2 제2항 제2호(1981. 12. 31. 법 제3481호로 개정된 조세감면규제법에서는 제55조 제2항 제2호로 됨, 이에 따르면 자본을 증가한 후에 대통령령이 정하는 법인의 주식을 취득하기 위하여 지출한 금액등이 증가된 자본금액의 10/100을 초과하지 않는 경우에 한하여 증자소득공제를 받을 수 있도록 되어 있다)가 신설되고, 마침 원고 역시 1981. 8. 11. 위 같은조 제2항 제2호 소정의 특수관계인에 해당하는 소외 동국건설주식회사의 주식을 취득하기 위하여 위에서 본 유상증자액 3,500,000,000원의 10/100을 넘는 1,700,000,000원을 지출한 사실, 이에 원고는 위 규정이 신설되기 전에 증자를 한 원고와 같은 경우에도 위 규정이 적용되어 1981. 사업연도부터는 증자소득공제를 받을 수 없게 되는 것인지 이를 확인하기 위하여 1982. 2. 13. 세무사 소외인을 통하여 국세청장 앞으로 이에 대한 질의를 한 결과, 1982. 3. 3. 위와 같은 경우에는 증자소득공제를 받을 수 없다는 취지의 회답을 받고 이에 따라 증자소득공제신청을 하지 아니하고 1981. 사업연도분에 대하여는 1982. 3. 27. 1982. 사업연도분에 대하여는 1982. 9. 15.(1982.부터 6. 30.로 사업연도가 변경됨) 각 과세표준확정 신고를 한 사실, 그러다가 1982. 9. 무렵 위 4조의 2 2항 2호의 신설규정은 1981. 1. 1.부터 시행되는 것이므로 그 이전에 이미 증자가 이루어진 원고와 같은 경우에는 위 조항에 관계 없이 계속하여 증자소득공제를 받을 수 있다는 1982. 2. 26.자로 된 국세청장의 또 다른 유권해석이 있음을 알고 이를 근거로 증자소득공제를 받기 위하여 ① 1982. 9. 25. 1981. 사업연도 법인세과세표준 및 세액의 수정신고를 하고 1982. 10. 21. 갱정결정을 받아 1982. 10. 25. 위 수정신고분에 대한 175,661,904원의 법인세환급을 받았으며, ② 1982. 12. 15. 1982. 사업연도(사업연도 변경으로 결산주주총회도 1982. 8. 25.에 하였음)법인세과세표준 및 세액의 수정신고를 하고 1982. 12. 18. 갱정결정을 받아 1982. 12. 22. 그 수정신고분에 대한 83,536,502원의 법인세 환급을 받은 후 그 다음 사업연도의 이익금처분시인 1983. 8. 26. 모두 800,000,000원을 기업합리화 적립금으로 적립을 한 사실, 그런데 그후 피고가 1982. 6. 2. 위 조세감면규제법상의 증자소득공제를 받기 위하여는 수정신고를 하기에 앞서 반드시 소정의 절차에 따라 기업합리화적립금을 먼저 적립하여야 함에도 원고의 경우에는 이러한 절차를 밟지 않고 수정신고를 하였기 때문에 위 법소정의 증자소득공제를 받을 수 없다는 이유로 위에서 본바와 같은 내용의 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 인정할 수 있고 반증 없다.
2. 그러나, 1981. 12. 31. 법 3481호(1982. 1. 1.부터 시행)로 전면개정되기 이전의 조세감면규제법 16조 1항에 따르면 같은법 4조의 2 1항의 규정에 의하여 법인세의 감면이나 공제를 받은 자는 당해사업연도의 이익금처분에 있어서 그 감면 또는 공제받은 세액상당액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액)을 기업합리화 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있으나, 위 법 16조 1항이 요구하는 기업합리화 적립금의 적립은 같은 조문이나 같은법 제17조에 규정된 문언 즉 법인세의 감면이나 공제를 받은 자는···감면 또는 공제받은 세액 상당액을 기업합리화 적립금으로서 적립하고··· 다음 각호의 용도에 사용하여야 한다.( 같은법 제16조)법인세의 감면이나 공제를 받은 자에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는··· 세액으로 하여 지체없이 추징한다( 같은법 제17조)는 규정등의 취지에 비추어 보면, 같은법 제16조 소정의 기업합리화 적립금의 적립은 위와 같은 법인세의 감면 또는 공제를 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 법인세의 감면 또는 공제를 받은 후에 그 감면 또는 공제받은 자가 그 감면 또는 공제받은 사업연도의 이익금처분시에 이행하여야 할 사후의 요건이고 감면 또는 공제세액 상당의 추징을 면하기 위한 요건에 불과한 것이라고 봄이 상당하고, 위 규정의 취지가 이와 같은 이상 위 조세감면규제법이 제정 실시된 이후 법인세법이 개정되어 부과납세방식에서 신고납세방식으로 법인세납부방식이 바뀌었다고 하여 달리 볼 것이 못될 뿐 아니라 이 사건에서는 원고의 감액수정신고에 의하여 피고가 갱정결정을 함으로써 정부결정으로 납세의무가 확정된 경우이므로 위 납세방식의 변경과도 관계가 없다.
따라서 이 사건 과세처분중 1981. 12. 31. 법 3481호로 개정되기전의 조세감면규제법의 적용을 받는 1981. 사업연도분에 대하여까지 기업합리화 적립금의 적립을 법인세의 감면 또는 면제받기 위한 선행요건으로 보아 증자소득공제를 하지 않고 과세를 하였음은 이 점에서 벌써 위법하다고 하지 않을 수 없다.(더우기 1982. 9. 25. 수정신고를 하여 1982. 10. 21. 갱정결정을 받고 바로 그 다음해 8. 26. 이익처분시에 이에 대한 기업합리화 적립금을 적립한 이상 추징도 할 수 없다)
그러므로 나아가 1981. 12. 31. 법 3481호로 개정된 조세감면규제법의 적용을 받게 되는 1982. 사업연도분에 대하여 보건대, 개정된 위법 아래에 있어서도 같은법 91조 2항 단서와 같은법시행령 65조 1항 2호, 3항에 의하면 내국법인이 당해과세연도의 결산확정일( 법인세법 26조 3항의 결산확정일을 말한다)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금이 증액된 경우에 있어서는 그 다음 사업연도의 이익처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화 적립금이 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다고 규정되어 있고 한편 여기서 세무조정이란 과세소득과 과세표준의 산정은 물론 납부할 세액의 계산까지를 포함하는 일련의 절차를 말한다고 풀이함이 상당하므로 원고가 1982. 8. 25. 주주총회를 거쳐 1982. 9. 15. 과세표준 및 세액신고를 하였다가 1982. 12. 15. 수정신고를 하고 이에 따라 피고가 갱정결정을 함으로써 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금이 증액된 경우 역시 위 조세감면규제법시행령 65조 1항 2호에 해당된다고 볼 것이다.
따라서 같은 65조 3항에 따라 그 다음 사업연도의 이익금처분에 있어서 이를 적립하여도 무방하다 할 것인 바, 원고가 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 이에 해당하는 기업합리화 적립금을 적립하였음을 위에서 본 바와 같으므로 1982. 사업연도분에 대한 부과처분 역시 위법을 면할 수 없다.
3. 그렇다면 이 사건 부과처분은 모두 위법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 정당하여 인용하고, 소송비용은 패소한 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.