가. 헌법재판소 1994.7.29. 92헌바49,52(병합) 사건에서 구 토지초과이득세법에 대하여 헌법에 합치되지 아니한다는 결정을 하였고, 이에 따라 국회는 1994.12.22. 법률 제4807호로 구 토지초과이득세법을 개정하였는데, 구 토지초과이득세법 제8조 제1항 제13호는 위 헌법불합치 결정에서 위헌이라고 지적되어, 종전의 단서 "건축물에 부수하여 임대하는 건축물의 부속토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다"는 "건축물이 정착되어 있는 토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다"로 개정되었으며, 위 개정조항은 당해 사건과 동일하게 이 사건에도 소급적으로 적용된다.


나. 토지초과이득세 예정결정기간 만료일 당시 대지상에 건물이 건립되어 있었던 이상 그 대지는 1994.12.22. 법률 제4807호로 개정된 토지초과이득세법 제8조 제1항 제13호 단서 소정의 건축물이 정착되어 있는 토지에 해당되어 개정된 토지초과이득세법 제8조 제1항 제1호 내지 4호의 규정에 해당되는 경우에만 유휴토지로 판정될 수 있다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 서울 영등포구 (주소 1 생략) 대 721㎡와 (주소 2 생략) 대 56㎡(이하 이 사건 대지라 한다)는 원고의 소유로서 원고는 1989.5. 경 이 사건 대지상에 지하 4층, 지상 10층의 오피스텔용건물을 건축하기 위하여 관할구청장에게 건축허가신청을 하여 이를 신축하던 중, 원고의 자금사정으로 인하여 건축주가 교체되어 소외 장덕산업주식회사(이하 소외 회사라 한다)가 새로운 건축주로서 1990.3.30. 업무시설용 건물로 새로이 건축허가신청을 하고, 이 사건 대지상에 건물을 신축하여 1991.9.12. 준공검사를 마친 사실, 소외 회사는 1986.8.9. 원고의 처인 소외 1을 대표이사로, 원고와 원고의 딸인 소외 2를 이사로 하여 설립된 회사로서 1991.말 당시 발행주식 10,000주 중 원고의 아들들인 소외 3과 소외 4가 4,100주와 3,000주를, 원고가 1,100주를, 위 소외 1이 1,000주를, 위 소외 2가 800주를 각 소유하고 있는 사실을 인정한 다음, 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 대지상의 위 건물신축자금을 모두 부담하고 명의만을 소외 회사에 신탁하여 건축하였다는 등의 특별한 사정에 관한 주장·입증이 없는 한, 위 건물은 건축주인 소외 회사가 원시취득한 소외 회사의 소유라 할 것이고, 원고 이외에도 위 각 주주들이 소외 회사의 주식을 나누어 소유하고 있는 소외 회사의 주식 소유상황으로 보아 소외 회사를 원고의 개인회사라거나 소외 회사가 곧 원고본인이라고 할 수 없으며, 가사 소외 회사의 주주인 원고의 가족들이 위 주식을 취득할 능력이 없는 자들인 관계로 실질적으로 원고가 소외 회사의 주식전부를 소유하고 있다 할지라도 소외 회사는 법인으로서 원고와는 별개의 권리의무의 주체인 이상, 원고가 이 사건 대지를, 소외 회사가 동 지상건물을 각 소유하는 이 사건에 있어서, 원고는 타인인 소외 회사로 하여금 이 사건 대지를 사용하게 하고 있다고 할 것이므로 이 사건 대지는 구 토지초과이득세법(1989.12.30. 법률 제4177호로 제정된 법률, 이하 토초세법이라 한다) 제8조 제1항 제13호 소정의 "임대에 쓰이고 있는 토지"로서 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지에 해당한다 할 것이고, 따라서 피고의 이 사건 부과처분은 적법한 것이라고 판단하였다.
2. 그런데 헌법재판소는 1994. 7. 29. 92헌바49,52(병합) 사건에서 구 토초세법에 대하여 헌법에 합치되지 아니한다는 결정을 하였고, 이에 따라 국회는 1994.12.22. 법률 제4807호로 구 토초세법을 개정하였는바, 구 토초세법 제8조 제1항 제13호는 위 헌법불합치결정에서 위헌이라고 지적되어, 종전의 단서 "건축물에 부수하여 임대하는 건축물의 부속토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다"는 "건축물이 정착되어 있는 토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다"로 개정되었으며, 위 개정조항은 당해 사건과 동일하게 이 사건에도 소급적으로 적용된다고 할 것이다.
따라서 원심이 확정한 바와 같이, 이 사건 예정결정기간 만료일 당시 이 사건 대지상에는 건물이 건립되어 있었던 이상 이 사건 대지는 개정토초세법 제8조 제1항 제13호 단서 소정의 건축물이 정착되어 있는 토지에 해당되어 개정토초세법 제8조 제1항 제1호 내지 4호의 규정에 해당되는 경우에만 유휴토지 등으로 판정될 수 있는 것이므로, 결국 원심은 과세대상이 되는 유효토지 등의 범위에 관한 법령의 적용을 그르친 결과가 되었고, 이는 판결에 영향을 미친 것이 분명하여 원심판결은 파기를 면할 수 없다.
3. 그러므로 상고이유에 대하여 판단할 필요 없이 직권으로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.