특허출원 명세서의 특허청구범위 중 특정 청구항에 불명확한 개념의 기재가 있어 명세서의 기재불비에 해당한다는 취지의 특허청의 의견제출 통지에 대하여 출원인이 그 청구항을 삭제하고 새로운 청구항을 신설하는 보정서를 제출하였으나, 특허청이 그 신설된 청구항에도 동일한 불명확한 표현이 있다는 이유로 다시 의견제출의 기회를 주지 아니하고 거절결정한 경우, 그 거절결정이 위법하다고 한 사례.
주문
1. 특허심판원이 2004. 11. 25. 2003원2196호 사건에 대하여 한 심결을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
1. 이 사건 심결의 경위
가. 이 사건 출원발명의 출원 및 거절결정
원고 2 인스티튜트 포 차일드 헬쓰 리서치(이하 '원고 2'라 한다)와 소외 이뮤로직 파마시티컬 코포레이션(이하 '소외 회사'라 한다)은 명칭을 'Der p III 단백질 알레르겐을 암호화하는 핵산'으로 한 발명에 관하여, 1994. 12. 7. 특허협력조약에 의한 국제특허출원을 한 후(국제출원번호 생략), 1996. 6. 8. 우리나라 특허청에 번역문을 제출하였으나[(출원번호 생략). 이하 '이 사건 출원발명'이라 한다], 특허청은 2003. 3. 11. 이 사건 출원발명 청구항 제51항에 "…의 일부"와 같은 불명확한 표현이 기재되어 있어 특허법 제42조 제4항의 규정에 의하여 특허를 받을 수 없다는 이유로 거절결정을 하였다.
나. 이 사건 심판청구 및 심결
(1) 원고 2와 소외 회사가 2003. 6. 5. 특허심판원에 위 거절결정에 대한 불복심판을 청구하고 2003. 7. 1. 명세서 등 보정서를 제출하자, 특허청은 구 특허법(2001. 2. 3. 법제6411호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제173조의 규정에 의한 심사전치에 의하여 이 사건 출원발명에 대하여 다시 심사한 후, 2003. 7. 29. 의견제출을 통지하였다.
(2) 이에 원고 2와 소외 회사가 2003. 9. 23. 특허청구범위를 별지 1의 가. 기재와 같이 보정하는 명세서 등 보정서를 제출하였으나, 특허청은 2004. 2. 9. 특허청구범위 제51항에 "…의 일부"라는 불명확한 개념의 기재가 있어 명세서 기재요건에 충족되지 아니하여 기재불비에 해당한다는 취지의 의견제출을 통지하였다.
(3) 다시 원고 2와 소외 회사가 2004. 4. 8. 별지 1의 나. 기재와 같이 특허청구범위 제51항을 삭제하고 제55항을 신설하는 명세서 등 보정서를 제출하였으나, 특허청은 신설된 제55항의 "…의 일부"라는 기재사항도 불명확한 표현으로서 기재불비에 해당하여, 2004. 2. 9.자 의견제출통지서에 기재된 거절이유를 해소하지 못하였다는 이유로 2004. 9. 21. 원결정을 유지하였다.
(4) 특허심판원은 위 거절결정에 대한 원고의 불복심판청구에 대하여 이 사건 출원발명의 특허청구범위 제55항의 "…의 일부"라는 기재는 불명확한 표현으로서 기재불비에 해당하고, 특허출원된 청구항 중 어느 하나의 항이라도 거절이유가 있을 때에는 그 특허출원에 대하여 거절하여야 하므로 나머지 청구항에 대하여는 달리 살필 필요 없이 거절결정을 유지하여야 한다는 이유로 이 사건 출원발명이 특허법 제42조 제4항에 해당되어 특허를 받을 수 없다고 거절한 원결정은 정당하다는 이유로, 위 심판청구를 기각하는 내용의 이 사건 심결을 하였다.
(5) 한편, 소외 이뮤로직 파마시티컬 코포레이션은 이 사건 심판절차 계속중 원고 1 헤스카 코포레이션에 합병되었다.
[증 거] 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 5호증, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 심결의 적법 여부에 대한 판단
가. 당사자들의 주장
(1) 원고들의 주장
(가) 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 모두 'Der p III(집 먼지 진드기의 학명) 단백질 알레르겐(Allergen ; 알레르기성 질환의 원인이 되는 항원) 중에서 T-세포 또는 B-세포 에피토프{Epitope ; 항원 결정기(결정기)}를 함유하는 부분'을 특정하여 청구하고 있으나, 그 인용하는 청구항이 각 제50항과 제52항으로서, 이 사건 제50항 발명의 단백질 알레르겐과 이 사건 제52항 발명의 단백질 알레르겐은 서로 동일하지 아니하므로, 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 형식적, 실질적으로 다른 별개의 발명으로서 독립하여 심사가 진행되어야 하고 또한 별도의 거절이유 통지 및 의견제출 기회가 출원인에게 부여되어야 함에도 불구하고, 이 사건 심결에서는 이 사건 제55항 발명에 대해서는 거절이유 통지 및 의견제출 기회가 주어지지 아니하였으므로, 이 사건 심결은 구 특허법 제174조 제2항 및 제63조의 규정에 위반하여 위법하다.
(2) 피고의 주장
(가) 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 그 인용하는 청구항이 각 제50항과 제52항으로 서로 다르나, 이 사건 제50항과 제52항 발명에 기재된 단백질 알레르겐은 이 사건 출원발명의 명세서에 첨부된 서열목록 중 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시한 단백질로서 실질상 동일하고, 양 발명은 모두 Der p III 단백질 알레르겐 중에서 T-세포 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 부분을 특정하여 청구하고 있는 것이므로, 이 사건 제55항 발명은 제51항 발명과 실질적으로 동일한 발명이다.
(나) 이 사건 제55항 발명에 대한 거절이유는 이 사건 제51항 발명에 대한 거절이유와 동일한 것이므로, 이 사건 제55항 발명에 대한 의견제출 기회가 출원인에게 실질적으로 주어진 것이어서, 이 사건 심결은 구 특허법 제174조 제2항 및 제63조의 규정에 위배되지 않는다.
(다) 단백질 알레르겐의 일부를 청구하는 이 사건 제55항 발명은 그 특정 부분의 아미노산 서열을 구체적으로 명시하여 기재하여야 함에도 불구하고, 이 사건 출원발명의 명세서에는 이 사건 제55항 발명에서 청구하고 있는 'Der p III 단백질 알레르겐 중에서 T-세포 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 부분'의 아미노산 서열이 구체적이고 명시적으로 기재되어 있지 않으므로 기재불비에 해당한다.
나. 판 단
(1) 이 사건 심결에 절차상의 위법이 있는지 여부
원고들은 이 사건 제55항 발명에 대하여 출원인에게 의견제출의 기회가 부여되지 아니하였다는 것을 이유로 이 사건 심결이 절차상의 위법이 있다고 주장하는 데 대하여, 피고는 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 실질적으로 동일한 발명일 뿐만 아니라, 그 거절이유도 동일하여, 이 사건 제55항 발명에 대해서는 출원인에게 의견제출의 기회가 실질적으로 부여된 것이라고 다투므로, 이 사건 제55항 발명과 관련하여 이 사건 심결이 절차상의 위법이 있는지 여부에 대하여 살피기로 한다.
(가) 먼저, 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명이 실질적으로 동일한 발명에 해당하는지 여부에 대하여 살피건대, 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 제51항 발명은 "제50항의 분리된 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 일부로서, 그 일부가 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 T-세포 에피토프 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 것을 특징으로 하는 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 일부"라고 기재되어 있고, 이 사건 제55항 발명은 "제52항의 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 일부로서, 그 일부가 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 T-세포 에피토프 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 것을 특징으로 하는 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐의 일부"라고 기재되어 있는바, 위 인정 사실에 의하면, 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 모두 'Der p III 단백질 알레르겐의 T-세포 에피토프 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 것을 특징으로 하는 일부'를 청구하고 있는 것으로서, 그 기초가 되는 Der p III 단백질 알레르겐이 이 사건 제51항 발명은 제50항 발명의 Der p III 단백질 알레르겐이고, 이 사건 제55항 발명은 제52항 발명의 Der p III 단백질 알레르겐이라 할 것이므로, 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명이 실질적으로 동일한지 여부는 결국 이 사건 제50항 발명과 제52항 발명의 Der p III 단백질 알레르겐이 동일한지 여부에 달려 있다 할 것이다.
그런데 이 사건 제50항 발명은 "제48항의 핵산에 의해 암호화되는 것을 특징으로 하는 분리된 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐", 제48항 발명은 "Der p Ⅲ 단백질 알레르겐을 암호화하는 분리된 핵산으로서, 그 핵산이 도면 제1A도 및 제1B도에 나타낸 뉴클레오티드 서열(서열번호 1) 또는 그의 코딩 부위를 포함하는 것을 특징으로 하는 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐을 암호화하는 분리된 핵산"이라고 기재되어 있고, 이 사건 제52항 발명은 "도면 제2A도 및 제2B도에 나타낸 아미노산 서열(서열번호 2)을 포함하고, 모든 다른 집먼지 진드기 단백질이 없는 것을 특징으로 하는 분리된 Der p Ⅲ 단백질 알레르겐"이라고 기재되어 있는바, 위 기재에 의하면 이 사건 제50항 발명의 Der p III 단백질 알레르겐은 핵산 서열이 이 사건 출원발명의 서열번호 1 또는 그의 코딩부위를 포함하는 핵산에 의하여 암호화된 단백질 알레르겐이고, 이 사건 제52항 발명의 Der p III 단백질 알레르겐은 아미노산 서열이 이 사건 출원발명의 서열번호 2를 포함하는 단백질 알레르겐으로서, 이 사건 제50항 발명의 단백질 알레르겐은 그 단백질을 암호화하는 핵산 서열로 한정한 것임에 대하여, 이 사건 제52항 발명의 단백질 알레르겐은 그 단백질에 포함되는 아미노산 서열로 한정한 점에 있어 차이가 있다 할 것이다.
나아가 위 차이에 관하여 보건대, 일반적으로 단백질은 아미노산 서열로 이루어진 것이고, 그 아미노산 서열은 핵산 서열을 기초로 번역되는 것이므로, 통상의 조건에서 특정한 핵산 서열로부터 번역되는 아미노산 서열은 동일하다고 할 것이나, 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 출원발명의 Der p III 단백질 알레르겐을 암호화하는 핵산에 대하여 이 사건 출원발명의 상세한 설명에는 "본 발명의 핵산은 Der p III의 활성을 가지며 제1A도 및 제1B도에서 나타난 아미노산 서열(SEQ ID NO. 2)을 포함하는 펩티드를 암호화하고 있다. 바람직한 핵산은 Der p III 활성을 가지며 제1A도 및 제1B도에서 나타난 서열(SEQ ID NO. 1, 이는 NO. 2의 오기로 보인다)과 적어도 약 50%, 바람직하게는 60%, 가장 바람직하게는 약 70%의 상동성(homology)을 가지는 펩티드를 암호화하는 것이다. Der p III 활성을 가지며 제1A도 및 제1B도에 설정된 서열(SEQ ID NO. 2)과 적어도 약 90%, 보다 바람직하게는 적어도 약 95%, 가장 바람직하게는 약 98%의 상동성을 가지는 펩티드를 암호화 하고 있는 핵산 또한 본 발명의 범위에 있다. 상동성은 Der p III의 활성을 가지는 두개의 펩티드 사이 또는 두 핵산 분자 사이에서의 서열 유사성을 언급하는 것이다."라고 기재되어 있는 사실이 인정되는바(을 제1호증 제9면 제3∼11행), 위 인정 사실에 의하면, 이 사건 제48항 발명의 핵산 서열은 이 사건 출원발명의 핵산 서열인 서열번호 1 뿐만 아니라, 매우 다양한 구성의 핵산 서열을 의미하는 것이라고 보아야 할 것이며, 그러한 핵산 서열에 의하여 번역되는 아미노산 서열도 매우 다양하다고 할 것이어서, 이 사건 제48항 발명의 핵산 서열을 기초로 번역된 아미노산 서열을 가지는 이 사건 제50항 발명의 단백질 알레르겐과 출원발명의 아미노산 서열인 서열번호 2를 포함하는 다양한 아미노산 서열로 이루어진 이 사건 제52항 발명의 단백질 알레르겐이 실질적으로 동일하다고 할 수 없다 할 것인바, 따라서 이 사건 제50항 발명과 제52항 발명의 단백질 알레르겐의 특정한 일부를 각 인용하고 있는 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명 역시 실질적으로 동일하지 않다 할 것이다.
(나) 다음 이 사건 제55항 발명에 대하여 출원인에게 의견제출의 기회가 부여된 것인지 여부에 대하여 본다.
구 특허법 제63조는 심사관이 특허출원에 같은 법 제62조 각 호의 1에 해당하는 거절이유가 있다고 인정하여 거절결정을 하고자 할 때에는 그 출원인에게 거절이유를 통지하고 기간을 정하여 의견서 제출의 기회를 주어야 한다고 규정하고, 같은 법 제174조 제2항은 거절결정에 대한 심판에서 그 거절결정의 이유와 다른 거절이유를 발견한 경우에 위 제63조의 규정을 준용한다고 규정하고 있는바, 위 규정들의 취지는 특허의 대상인 발명은 자연법칙을 이용한 신규성 있는 기술적 사상의 창작으로서 고도의 것을 말하므로 특허받을 수 있는 발명에 해당하는지 여부의 판단에는 고도의 전문지식을 요하고, 심사관이라 하여 그와 같은 지식을 두루 갖출 수는 없으므로 이로 인한 과오를 예방하고, 또 출원인에게 설명 및 선원주의제도에서 야기되기 쉬운 과오를 보정할 기회도 주지 아니하고 곧바로 거절결정함은 출원인에게 지나치게 가혹하다는 데 있다 할 것이므로, 거절결정에 있어서 그 이유는 적어도 그 주지에 있어서 거절이유통지서의 기재이유와 부합하여야 하고, 심판에서도 그 거절결정의 이유와 다른 거절이유를 발견한 경우에는 거절이유의 통지를 하여 의견서 제출의 기회를 주어야 할 것이다( 대법원 1994. 6. 28. 선고 92후1066 판결, 2000. 1. 14. 선고 97후3494 판결 참조).
이 사건에서 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 제51항 발명과 제55항 발명은 서로 별개의 발명이므로 각각 독립하여 심사가 진행되어야 하고, 거절의 대상이 되는 청구항을 구체적으로 특정하여 거절이유의 통지 및 의견제출의 기회가 출원인에게 부여되어야 할 것인데, 앞서 인정한 바와 같이 피고의 2003. 7. 29.자 및 2004. 2. 9.자 의견제출통지서에는 이 사건 제51항 발명에 대한 거절이유만 기재되어 있을 뿐이고, 이 사건 제55항 발명에 대한 거절이유는 기재되어 있지 아니한바, 위 인정 사실에 의하면, 피고는 이 사건 제51항 발명에 대하여서만 거절이유를 통지하였고 이 사건 제55항 발명에 대하여는 거절이유의 통지 및 의견제출의 기회를 부여하지 아니하여 그 절차를 위반하였다 할 것이다.
이에 대하여 피고는 이 사건 제55항 발명에 대한 거절이유는 "…의 일부"라는 기재가 불명확한 표현이어서 기재불비에 해당한다는 것으로서 이 사건 제51항 발명에 대한 거절이유와 동일한 것이므로, 이 사건 제55항 발명에 대해서도 의견제출의 기회가 출원인에게 실질적으로 부여된 것이라고 주장하므로 살피건대, 피고의 주장과 같이 거절이유의 내용은 동일하다고 할지라도 그 거절이유의 대상이 되는 청구항이 서로 다른 이 사건 출원발명에 있어서 단지 이 사건 제51항 발명에 대하여 거절이유 통지 및 의견제출 기회가 출원인에게 부여되었다는 사실만으로 청구항을 구체적으로 특정하여 거절이유가 통지되지 아니한 이 사건 제55항 발명에 대해서도 의견제출의 기회가 부여된 것이라 할 수는 없으므로, 피고의 주장은 이유 없다.
피고는 다시 단백질 알레르겐의 일부를 청구하는 이 사건 제55항 발명은 그 특정 부분의 아미노산 서열을 구체적으로 명시하여 기재하여야 함에도 불구하고, 이 사건 출원발명의 명세서에는 이 사건 제55항 발명에서 청구하고 있는 'Der p III 단백질 알레르겐 중에서 T-세포 또는 B-세포 에피토프를 함유하는 부분'의 아미노산 서열이 구체적이고 명시적으로 기재되어 있지 않으므로 이 역시 기재불비에 해당한다고 주장하므로 살피건대, 피고의 주장과 같이 이 사건 제55항 발명이 그 특정 부분의 아미노산 서열을 구체적으로 명시하여 기재하지 아니하여 기재불비에 해당하다 하더라도 이는 거절이유 통지에 기재하지 아니한 새로운 거절이유로서 이에 관한 거절이유의 통지 및 의견제출의 기회를 부여하지 아니한 이상, 피고의 위 주장은 그 자체로 이유 없다.
(2) 소결론
따라서 이 사건 제55항 발명에 대하여 거절이유의 통지 및 의견제출의 기회를 출원인에게 부여하였어야 함에도 불구하고 이러한 절차를 거치지 않고 바로 거절결정을 유지한 이 사건 심결은 구 특허법 제174조 제2항 및 제63조의 규정을 위반하여 위법하다 할 것이다.
3. 결 론
그렇다면 이 사건 심결의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.