[1] 구 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9918호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘자유무역협정 관세법’이라고 한다)과 대한민국과 유럽자유무역연합 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘자유무역협정’이라고 한다)은 협정 당사국들 사이에서 자유무역지대를 창설하여 유대를 강화하는 동시에 당사국들 간 무역 장벽을 제거하여 무역과 투자 흐름을 확대함으로써 새로운 고용기회를 창출하고 생활수준의 향상 및 실질소득의 지속적인 증가를 보장하기 위한 것이다. 이를 위하여 자유무역협정 관세법과 자유무역협정은 당사국을 원산지로 하는 상품의 수입과 수출에 대하여 관세를 철폐하거나 점진적으로 인하하는 협정관세를 적용하도록 하는 한편, 적용 요건이 되는 원산지의 검증을 위하여 당사국 사이에 상호 신뢰를 바탕으로 하여 역할을 분담하도록 규정하고 있다. 즉 당사국의 수출자나 생산자가 작성하는 원산지신고서에 대하여 수입 당사국의 관세당국이 검증을 요청하면 수출 당사국의 관세당국이 검증을 수행하는 간접검증방식을 채택하여, 수입 당사국의 관세당국은 원칙적으로 수출 당사국의 관세당국이 수행하여 회신한 검증결과를 존중하되, 10개월 내에 회신이 없거나 서류의 진정성 또는 상품의 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보를 포함하지 아니하는 회신인 경우에 수입 당사국의 관세당국은 ‘예외적인 경우’를 제외하고는 협정관세의 적용을 제한할 수 있도록 하고 있다. 여기서 체약상대국 관세당국이 회신기간 내에 회신을 하지 아니한 데에 ‘예외적인 경우’에 해당하는지는 간접검증방식에 의한 원산지의 검증은 수출 당사국의 발급자가 발급한 원산지 증명서에 기초하여 이루어지며 검증을 위하여 상당한 기간을 부여하고 있는 사정과 아울러 자유무역협정 관세법과 자유무역협정에서 간접검증방식에 의한 원산지 증명 검증 제도를 둔 취지를 종합하여 회신 지연을 정당화할 수 있는 객관적인 사유가 있는지에 의하여 판단한다.


[2] 국내 법인인 갑 주식회사가 스위스 업체인 을, 병이 생산한 제1금괴 및 정이 생산한 제2금괴를 수입하면서 대한민국과 유럽자유무역연합 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘자유무역협정’이라고 한다)에서 정한 협정관세율 0%를 적용하여 수입신고를 하였고, 관할 세관장이 원산지 검증요청을 하자 스위스 관세당국이 제1금괴에 대하여는 원산지가 스위스가 아니라고 회신하고 제2금괴에 대하여는 회신기간인 10개월 내에 회신하지 아니하였는데, 관할 세관장이 각 금괴에 대하여 협정세율의 적용을 제한하고 기본세율 3%를 적용하여 관세 및 부가가치세 등을 부과하는 처분을 하였고, 회신기간이 경과한 뒤 스위스 관세당국이 병이 생산한 금괴는 원산지가 스위스가 아니지만 을이 생산한 금괴는 원산지가 스위스이고 정이 생산한 금괴는 일부의 원산지가 스위스라는 내용으로 회신을 한 사안에서, 당초 회신 이후 대한민국 관세청이 스위스 관세당국의 정에 대한 최종검증 과정에 참관하였을 때 당초 회신 내용과 달리 볼 만한 특별한 정황이 없었을 뿐만 아니라, 제네바 관세청은 각 금괴의 원재료와 완제품이 동일한 HS 세번에 해당하여 원산지 요건을 충족하지 못한 것으로 보인다는 잠정적인 의견까지 제시하였으므로, 관할 세관장이 회신기간을 넘겨 스위스 관세당국의 추가 회신을 기다리기를 기대할 수 없는 상황이었던 점 등을 종합하여 보면, 스위스 관세당국이 각 금괴에 관한 원산지 검증요청에 대하여 회신기간을 준수하지 아니하거나 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보를 제공하지 아니한 데에 자유무역협정에서 정한 ‘예외적인 경우’에 해당하는 사정이 있었다고 볼 수 없다고 한 원심판단을 수긍한 사례.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

이유
상고이유(상고이유서 제출기한 경과 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제3점 및 제4점에 대하여
가. 구 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9918호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘자유무역협정 관세법’이라고 한다) 제16조 제1항은 협정에 따라 체약상대국을 원산지로 하는 수입물품에 대하여 관세를 철폐하거나 세율을 연차적으로 인하하여 부과하여야 할 관세(이하 ‘협정관세’라고 한다)의 적용제한에 관하여 “협정에서 다르게 규정한 경우를 제외하고 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 수입물품에 대하여 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다.”라고 규정하면서, 제2호에서 “제13조 제1항의 규정에 따라 관세청장 또는 세관장이 체약상대국의 관세당국에 원산지의 확인을 요청한 사항에 대하여 체약상대국 관세당국이 기획재정부령이 정한 기간 이내에 그 결과를 회신하지 아니하는 경우 또는 세관장에게 신고한 원산지가 실제 원산지와 다른 것으로 확인되거나 회신내용에 제9조의 규정에 따른 원산지의 정확성을 확인하는 데 필요한 정보가 포함되지 아니한 경우”를 들고 있다. 그 위임에 따라 구 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙(2010. 12. 31. 기획재정부령 제180호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1호는 유럽자유무역연합 회원국의 관세당국에 요청한 경우 자유무역협정 관세법 제16조 제1항 제2호의 회신기간을 ‘관세청장 또는 세관장이 원산지의 확인을 요청한 날부터 10개월’로 규정하고 있다.
한편 대한민국과 유럽자유무역연합 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘이 사건 자유무역협정’이라고 한다) 제10.2조는 협정의 부속서 및 부록은 협정의 불가분의 일부를 이룬다고 규정하고 있고, 그에 따라 이 사건 자유무역협정 부속서 I 제24조는 원산지 신고서의 검증에 관하여 제6항에서 “검증을 요청하는 관세당국은 조사결과와 사실관계를 포함한 검증결과 및 가능한 한 수출자의 모든 증빙서류를 제공받는다.”라고 규정하는 한편, 제7항에서 검증요청일부터 10개월 이내에 회신이 없는 경우나 해당 서류의 진정성 또는 상품의 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보를 포함하지 아니한 경우, 검증요청 관세당국은 ‘예외적인 경우’를 제외하고 특혜관세대우를 배제할 권한을 가진다고 규정하고 있다.
자유무역협정 관세법과 이 사건 자유무역협정은 협정 당사국들 사이에서 자유무역지대를 창설하여 유대를 강화하는 동시에 당사국들 간 무역 장벽을 제거하여 무역과 투자 흐름을 확대함으로써 새로운 고용기회를 창출하고 생활수준의 향상 및 실질소득의 지속적인 증가를 보장하기 위한 것이다. 이를 위하여 자유무역협정 관세법과 이 사건 자유무역협정은 당사국을 원산지로 하는 상품의 수입과 수출에 대하여 관세를 철폐하거나 점진적으로 인하하는 협정관세를 적용하도록 하는 한편, 그 적용 요건이 되는 원산지의 검증을 위하여 당사국 사이에 상호 신뢰를 바탕으로 하여 역할을 분담하도록 규정하고 있다. 즉 당사국의 수출자나 생산자가 작성하는 원산지신고서에 대하여 수입 당사국의 관세당국이 검증을 요청하면 수출 당사국의 관세당국이 검증을 수행하는 간접검증방식을 채택하여, 수입 당사국의 관세당국은 원칙적으로 수출 당사국의 관세당국이 수행하여 회신한 검증결과를 존중하되, 10개월 내에 회신이 없거나 해당 서류의 진정성 또는 상품의 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보를 포함하지 아니하는 회신인 경우에 수입 당사국의 관세당국은 ‘예외적인 경우’를 제외하고는 협정관세의 적용을 제한할 수 있도록 하고 있다. 여기서 체약상대국 관세당국이 회신기간 내에 회신을 하지 아니한 데에 ‘예외적인 경우’에 해당하는지 여부는 이와 같이 간접검증방식에 의한 원산지의 검증은 수출 당사국의 발급자가 발급한 원산지 증명서에 기초하여 이루어지며 그 검증을 위하여 상당한 기간을 부여하고 있는 사정과 아울러 자유무역협정 관세법과 이 사건 자유무역협정에서 간접검증방식에 의한 원산지 증명 검증 제도를 둔 취지를 종합하여 그 회신 지연을 정당화할 수 있는 객관적인 사유가 있는지 여부에 의하여 판단한다.
나. 1) 원심은 적법하게 채택한 증거에 의하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
① 원고는 수출자인 홍콩 스탠다드 은행을 통하여 스위스 업체인 아르고와 발캄비가 생산한 이 사건 제1금괴 및 메탈러가 생산한 이 사건 제2금괴를 각 수입하면서, 원산지가 스위스로 기재된 원산지 신고서를 첨부하고 이 사건 자유무역협정에서 정한 협정관세율 0%를 적용하여 수입신고를 하였다.
② 피고가 이 사건 자유무역협정에 따라 이 사건 각 금괴에 관하여 원산지 검증을 요청하자, 스위스 관세당국은 당초 아르고와 발캄비가 생산한 이 사건 제1금괴는 원산지가 스위스가 아니므로 원산지 신고서가 잘못 발행되었다는 취지로 회신하였고, 이 사건 제2금괴에 대하여는 회신기간인 10개월 내에 회신하지 아니하였다.
③ 이에 피고는 2008. 9. 2. 이 사건 제1금괴에 대하여 그 원산지가 스위스가 아니라는 이유로 협정세율의 적용을 제한하고 기본세율 3%를 적용하여 원고에게 관세 및 부가가치세 등을 부과하는 이 사건 제1처분을 하였고, 2009. 7. 29. 이 사건 제2금괴에 대하여 스위스 관세당국이 회신기간 내에 원산지 검증결과를 회신하지 않았다는 이유로 마찬가지로 관세 및 부가가치세 등을 부과하는 이 사건 제2처분을 하였다.
④ 회신기간이 경과한 뒤 스위스 관세당국은, 발캄비가 생산한 금괴는 원산지가 스위스가 아니지만 아르고가 생산한 금괴는 원산지가 스위스라는 내용으로 당초 회신을 번복하는 한편, 메탈러가 생산한 금괴는 그 일부의 원산지가 스위스라는 내용으로 이 사건 최종회신을 하였다.
⑤ 피고는 이 사건 소송과정에서, 이 사건 제1처분에 관하여 스위스 관세당국이 이 사건 자유무역협정에서 정한 회신기간인 10개월 내에 회신을 보내지 아니하였다는 점을, 이 사건 각 처분에 관하여 회신기간 경과 후에 보내온 이 사건 최종회신에 해당 서류의 진정성 또는 상품의 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보가 포함되어 있지 아니하다는 점을 각 처분사유로 추가하였다.
2) 그런 다음 원심은, ① 당초 회신 이후 대한민국 관세청이 스위스 관세당국의 메탈러에 대한 검증 과정에 참관하였을 때 당초 회신 내용과 달리 볼 만한 특별한 정황이 없었을 뿐만 아니라, 제네바 관세청은 이 사건 각 금괴의 원재료와 완제품이 동일한 HS 세번에 해당하여 원산지 요건을 충족하지 못한 것으로 보인다는 잠정적인 의견까지 제시하였으므로, 피고가 회신기간을 넘겨 스위스 관세당국의 추가 회신을 기다리기를 기대할 수는 없는 상황이었다고 보이는 점, ② 아르고와 발캄비가 스위스 관세당국을 상대로 스위스 연방행정법원에 당초 원산지 불충족 결정의 취소를 구하는 소송을 제기한 사실은 있지만, 스위스 관세당국은 그 소송에서 승소하고도 상소심 계속 중에 뒤늦게 자체 검증을 실시한 후 아르고가 생산한 금괴는 특정 공정으로 인하여 원산지 요건을 충족하였다고 보아 당초 결정을 취소하고 이 사건 최종회신을 하였으므로, 스위스 관세당국이 회신을 지연·번복한 데에 소송의 제기 등 외부적 요인이 실질적인 영향을 미쳤다고 볼 수 없는 점, ③ 이러한 상황이라면 스위스 관세당국으로서는 이 사건 최종회신 내용을 지지할 수 있는 상세한 설명과 증빙자료의 제시가 더욱 필요하였는데도 주장 내용을 담은 회신 외에는 어떠한 객관적 자료도 송부하지 아니하였는바, 이 사건 자유무역협정 제26조가 원산지 검증과 관련한 비밀에 대하여 당사국의 비밀유지의무를 규정하고 있음을 고려하면 단지 기업비밀이라는 이유만으로 원산지 판정에 관한 증빙자료를 제공하지 아니한 것을 정당화할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 스위스 관세당국이 이 사건 각 금괴에 관한 원산지 검증요청에 대하여 회신기간을 준수하지 아니하거나 그 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보를 제공하지 아니한 데에 이 사건 자유무역협정에서 정한 ‘예외적인 경우’에 해당하는 사정이 있었다고 볼 수 없다고 판단하였다.
다. 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 일부 이유 설시에 미흡한 부분이 있지만, 이 사건 검증결과 회신에 관하여 위 ‘예외적인 경우’에 해당하는 사정이 볼 수 없다는 원심의 위와 같은 판단에 상고이유의 주장과 같이 이 사건 자유무역협정 부속서 I 제24조 제7항에서 정한 ‘예외적인 경우’의 해석 및 충분한 정보의 개념 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
2. 상고이유 제1점 및 제2점에 대하여
이 부분 상고이유 요지는, 이 사건 각 금괴의 원산지에 관한 증명책임이 과세관청인 피고에게 있을 뿐만 아니라, 원고가 제출한 증거에 의하더라도 이 사건 각 금괴의 원산지가 스위스라는 점이 충분히 증명되었는데도, 원심이 과세요건의 증명책임 소재에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 위반하여 사실을 잘못 인정한 위법이 있다는 것이다.
원심판결 이유를 살펴보면, 원심의 이 부분 판단은 이 사건 각 처분이 스위스 관세당국의 회신지연 및 불충분한 정보 제공을 그 처분사유로 하였음을 전제로 한 판단에 덧붙인 가정적 또는 부가적 판단에 불과하다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 자유무역협정에서 정한 ‘예외적인 경우’에 해당하는 사정이 있었다고 볼 수 없다는 원심의 판단이 정당한 이상 이러한 가정적 판단의 당부는 판결 결과에 영향이 없으므로, 이 부분 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
3. 상고이유 제5점에 대하여
원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고는 이 사건 제1처분에 대해서만 전심절차를 거쳤고 이 사건 제2처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하였는바, 이 사건 각 처분은 모두 스위스로부터 수입한 금괴의 원산지가 문제 되었다는 점에서는 공통되지만 그 처분의 대상, 처분사유, 처분일자 등이 서로 달라 동일한 목적의 처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어졌다거나 조세소송 중 그 대상인 과세처분이 변경된 경우 등에 해당하지 아니하고, 이 사건 제1처분에 대한 전심절차를 거침으로써 조세심판원으로 하여금 이 사건 제2처분에 대한 사실관계와 법률관계에 대하여 판단할 수 있는 기회를 부여하였다거나 또는 원고로 하여금 별도로 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 볼 수 없으므로, 이 사건 소 중 이 사건 제2처분에 관한 취소소송 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 판단하였다.
관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 조세소송에서의 필요적 전치주의의 완화 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.