공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 및 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득은 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정인 같은 법 제63조 제4항은 양수인인 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 같은 법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 양도소득세 등을 감면하여야 한다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항은 "다음 각 호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 '토지 등'이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(…)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(…)에 상당하는 세액을 감면한다."고 규정하면서, 제1호로 '공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득'을, 제2호로 '도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득'을 들고 있고, 구 조세감면규제법 제63조 제4항은 " 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다."고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항은 " 법 제63조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 공공사업 또는 재개발사업의 시행자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한 내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다."고 규정하고 있는바, 위 규정을 종합하여 보면, 구 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 등을 감면 받기 위하여는, 반드시 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자가 구 조세감면규제법시행령 제60조 제3항 소정의 기간 내에 세액감면신청을 하여야 한다고 판단하였다.
2. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 및 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득은 구 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정인 구 조세감면규제법 제63조 제4항은 양수인인 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 구 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 양도소득세 등을 감면하여야 할 것이다.
그렇다면 원심으로서는 이 사건 토지의 양도가 구 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호 소정의 감면요건에 해당하는지를 심리하여 이 사건 양도소득세의 감면 여부를 판단하여야 하는데도 이에 나가지 아니하고, 감면신청이 없었다는 이유로 이 사건 양도소득세는 감면대상이 아니라고 판단한 것은 구 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호 소정의 감면요건에 관한 법리를 오해하여 심리를 다하지 아니한 위법이 있다 할 것이다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.