[1] 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 국제 간의 재화 또는 용역의 거래에 있어서 생산·공급면에서 부가가치세를 과세징수하고 수입국에서 다시 부가가치세를 과세하는 경우의 이중과세를 방지하기 위하여 관세 및 무역에 관한 일반협정(GATT)상의 소비지과세원칙에 의하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준할 수 있는 경우로서 그 경우에도 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합하는 경우에만 예외적, 제한적으로 인정된다.


[2] 영세율의 적용요건으로서 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것 및 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호에 정한 ‘대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것’이란 단순히 세무행정의 편의를 위하여 훈시적으로 대금지급방법을 예시한 것이 아니므로 엄격히 해석하여야 한다.


[3] 부가가치세법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이고, 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없으며, 비거주자 또는 외국법인에게 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 당해 비거주자 또는 외국법인에게 지급할 금액에서 차감하는 경우에 영세율이 적용된다고 규정하고 있는 부가가치세법 기본통칙 11-26-4는, 과세관청의 국세관행이 될 수 있는지 여부는 별론으로 하고 외국환은행을 통한 대금결제절차를 밟을 것을 영세율의 적용요건으로 정하고 있는 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것 및 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 규정에 대한 해석으로서는 온당하다 할 수 없다.


[4] 국내사업장이 없는 외국법인과 체결한 공급계약에 따라 위 외국법인이 지정한 내국법인에게 서비스를 공급한 후 그 대가를 외국법인에게 지급할 금액에서 차감·정산하는 방법으로 지급받은 경우는, 구 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제1호에서 정한 부가가치세 영세율 적용대상이 아니라고 한 사례.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원심이 인용한 제1심판결에 의하면 그 채용증거를 종합하여, 원고와 오라클 코퍼레이션(Oracle Corporation, 이하 ‘미국 오라클’이라 한다) 사이에는 미국 오라클이 원고에게 오라클 프로그램에 관한 판매, 배부, 재라이센스할 수 있는 권한을 부여하는 공급계약(Distributorship Agreement)이 체결되어 있는 사실, 미국 오라클은 독일에 본사를, 미국에 주소를 둔 머크(Merck ＆ Co. Inc., 이하 ‘미국 머크’라 한다)와 사이에 미국 오라클이 미국 머크에게 오라클 라이센스에 관한 영속적이고, 비독점적이며, 전세계적인 권한을 부여하기로 하는 것을 골자로 한 소프트웨어 라이센스 계약을 체결한 사실, 미국 오라클은 미국 머크와의 위 라이센스 계약에 따라 원고로 하여금 미국 머크의 계열회사로서 한국에 있는 머크 주식회사(이하 ‘한국 머크’라 한다)에게 오라클 서비스를 제공하도록 지시하고, 원고는 미국 오라클과의 위 공급계약에 따라 1996년 2기부터 2001년 1기까지 사이에 한국 머크에게 오라클 서비스를 제공한 다음 미국 오라클의 중앙결제계정(clearing bank account)을 통하여 미국 오라클에게 지급할 금액과 차감·정산하는 방법으로 미국 오라클로부터 위 서비스제공의 대가를 받았다는 사실을 인정한 다음, 이러한 사실관계를 구 부가가치세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되어 2004. 12. 31. 대통령령 제18626호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호 (가)목, 부가가치세법 기본통칙 11-26-3 및 11-26-4의 규정에 비추어 보면, 원고가 국내사업장이 없는 외국법인(미국 오라클)과의 공급계약에 따라 외국법인(미국 오라클)이 지정한 한국 머크에게 국내에서 오라클 서비스를 공급하고, 원고가 외국법인(미국 오라클)에게 지급할 금액에서 차감·정산하는 방법으로 그 대금을 지급받았으므로(이하 ‘이 사건 거래’라 한다) 이 사건 거래는 부가가치세법령에서 정하고 있는 영세율 적용대상에 해당한다고 판단하였다.
2. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 납득하기 어렵다고 할 것이다.
우선, 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 국제간의 재화 또는 용역의 거래에 있어서 생산·공급 면에서 부가가치세를 과세징수하고 수입국에서 다시 부가가치세를 과세하는 경우의 이중과세를 방지하기 위하여 관세 및 무역에 관한 일반협정(GATT)상의 소비지과세원칙에 의하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준할 수 있는 경우로서 그 경우에도 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적, 제한적으로 인정되는 것이다.
따라서 부가가치세법 제11조 제1항 제4호가 그 제1호 내지 제3호 이외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 영세율 적용대상으로 하고, 이에 따라 이 사건 부가가치세 과세기간에 적용되는 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호는 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 재화 또는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것을, 구 부가가치세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호는 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것을 각 규정하고 있는데, 위 각 규정 중 ‘대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것’이란 단순히 세무행정의 편의를 위하여 훈시적으로 대금지급방법을 예시한 것이 아니므로 엄격히 해석하여야 할 것이다 ( 대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결 참조).
또한, 부가가치세법 기본통칙 11-26-3에서는 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인이 지정한 자에게 국내에서 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 당해 비거주자 또는 외국법인으로부터 외국환은행을 통하여 원화로 받는 경우에, 부가가치세법 기본통칙 11-26-4에서는 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 재화 또는 용역을 제공하고 그 대가를 당해 비거주자 또는 외국법인에게 지급할 금액에서 차감하는 경우에 영세율이 적용된다고 각 규정하고 있으나, 부가가치세법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이고, 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없으며( 대법원 1992. 12. 22. 선고 92누7580 판결 등 참조), 위 기본통칙 11-26-4는 과세관청의 국세관행이 될 수 있는지 여부는 별론으로 하고 외국환은행을 통한 대금결제절차를 밟을 것을 영세율의 적용요건으로 정하고 있는 위 각 구 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제1호 규정에 대한 해석으로서는 온당하다 할 수 없다.
그렇다면 이러한 법리에 비추어 볼 때 이 사건 거래가 구 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제1호에서 정한 영세율 적용대상이라는 원심의 판단은 영세율 적용대상에 관한 위 각 구 부가가치세법 시행령 규정의 해석적용에 관한 법리오해로 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 다투는 피고의 상고이유의 주장은 이유 있다(또한, 원심 판단의 이 사건 과세기간 당시 시행되던 구 부가가치세법 시행령도 잘못 적용된 것임을 아울러 지적한다).
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.