납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

이유
상고이유를 본다
납세의무 있는 내국법인의 각 사업연도 과세표준과 세액은 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제26조의 규정에 의한 법인의 신고에 의하여 확정되는 것이지만 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하여 조세채무가 확정된 이후에도 과세관청이 그 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 구 법인세법 제32조 제2항의 규정에 따라 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 하는 경우, 그 증액경정처분은 납세자의 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 증액되는 부분만을 추가로 결정하는 것이 아니라 당초 신고확정된 과세표준과 세액에 증액부분을 포함하여 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 증액경정처분이 되면 신고확정의 효력은 소멸되어 납세자는 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼을 수 있는 것이라 할 것이지만( 대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결, 1999. 5. 11. 선고 97누13139 판결 등 참조), 예외적으로 납세자의 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송이 제기된 후 과세관청의 증액경정처분이 이루어진 경우에는 당초신고나 감액경정청구, 감액경정청구에 대한 거부처분은 그 후에 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 흡수·소멸되지 아니한다고 할 것이다( 대법원 1987. 1. 20. 선고 83누571 판결 참조). 그런데 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다고 할 것이다.
원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 원고는 1997. 3. 31.에 1996 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하면서 텔레비전방송수신료(이하 '수신료'라 한다) 징수액 378,537,452,310원을 수입금액에 포함시켜 수입금액을 1,004,113,446,113원으로, 과세표준을 67,121,248,006원으로, 산출세액(부담세액)을 16,417,537,019원으로 신고한 사실, 그 후 원고는 1998. 3. 31. 피고에게 위 법인세 신고내용 중 수신료 징수액 378,537,452,310원과 잡이익 2,177,018,943원(합계 380,714,471,253원)을 법인세 과세대상 수입금액에서 제외하고, 수입금액을 623,398,974,860원으로, 과세표준을 (-) 315,480,716,873원으로, 산출세액을 314,775,337원(특별부가세 289,038,399원 + 농어촌특별세 25,736,938원)으로 하여, 피고에게 기납부세액 16,128,498,620원 중 15,813,723,283원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 피고로부터 거부처분을 받아 이 사건 소를 제기하기에 이른 사실, 한편 피고는 2001년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 2001. 9. 1.에 1996 사업연도 소득금액을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 구분하여 다시 산출하면서 그에 따라 발생된 고유목적 사업준비금 한도초과액 37,455,055,422원을 지정기부금 한도초과액으로 보아 비용부인하여 손금불산입하는 등으로 원고의 소득금액을 조정하여 새로운 과세표준과 세액을 산출한 결과에 따라 원고의 1996 사업연도 법인세를 16,261,962,218원 증액하는 경정처분을 한 사실, 원고는 이 사건 소와는 별도로 서울행정법원(2002구합36966호)에 증액경정처분의 취소소송을 제기하여 이 사건 감액경정청구분 15,813,723,283원과 증액경정처분에서의 차감고지세액 16,261,962,218원을 합한 세액의 취소를 구하고 있는 사실을 알 수 있는바, 사정이 그러하다면 이 사건 거부처분에 대한 취소소송이 제기된 후 이 사건 증액경정처분이 이루어져 이 사건 거부처분이 증액경정처분에 흡수되어 소멸되었다고 보기는 어려우나 원고가 납부하여야 할 전체 세액에 관계되는 증액경정처분에 대하여 취소소송을 제기하고 있는 이상 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복이나 판단의 저촉을 피하기 위하여 전체 세액 중 신고세액의 감소에만 관계되는 이 사건 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다고 할 것이다.
한편, 행정소송에서 쟁송의 대상이 되는 행정처분의 존부는 소송요건으로서 직권조사사항이고, 자백의 대상이 될 수 없는 것이므로, 설사 그 존재를 당사자들이 다투지 아니한다 하더라도 그 존부에 관하여 의심이 있는 경우에는 이를 직권으로 밝혀 보아야 할 것이므로( 대법원 2001. 11. 9. 선고 98두892 판결), 피고가 제1심에서는 이 사건 처분과 증액경정처분이 별개의 처분으로서 별도의 불복대상이므로 이 사건 처분이 증액경정처분에 대하여 흡수, 소멸될 수 없다고 하고, 원심에 와서는 이 사건 처분이 증액경정처분에 흡수, 소멸되므로 이 사건 소는 대상처분이 존재하지 아니하여 부적법하다고 주장한 행위가 신의성실의 원칙에 위반된다고 보기 어렵고, 따라서 원심이, 피고의 위와 같은 행위가 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다는 원고의 주장에 대하여 판단을 유탈하였다고 하더라도 원심의 그러한 잘못은 판결 결과에 아무런 영향을 미치지 아니한다고 할 것이다.
원심 판시는 이유 설시에 있어서 이 사건 당초신고와 감액경정청구가 증액경정처분에 흡수되었다고 판단한 것은 잘못이나 이 사건 거부처분의 취소를 구할 이익이 없어 부적법하다는 이유로 이 사건 소를 각하한 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 드는 바와 같은 당초처분과 증액경정처분과의 관계, 조세부과처분취소소송의 소의 이익에 관한 법리를 오해하거나 판단유탈로 판결 결과에 영향을 미친 위법 등이 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.