실질과세의 원칙 중 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 그리고 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항 전문이 법인의 과점주주에 대하여 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이므로, 위 조항에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지를 기준으로 판단하여야 한다. 따라서 구 지방세법 제7조 제5항 전문, 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항 본문에 의하여 과점주주의 주식 비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다.
주문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항 전문은 간주취득세 납세의무에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 여기서 과점주주란 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제2호에 정한 바와 같이 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다. 그리고 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항 본문은 ‘이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식을 취득하여 그가 가진 주식의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다’고 규정하고 있다.
실질과세의 원칙 중 구 지방세기본법 제17조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 그리고 구 지방세법 제7조 제5항 전문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이므로, 위 조항에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단하여야 한다. 따라서 구 지방세법 제7조 제5항 전문, 구 지방세법 시행령 제11조 제2항 본문에 의하여 과점주주의 주식 비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 3. 10. 선고 2011두26046 판결 등 참조).
2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 1997. 1. 13. 설립된 주식회사 동산테크(이하 ‘동산테크’라고 한다)의 대표이사이다.
나. 원고는 동산테크 설립 및 유상증자 당시 동산테크의 주식 합계 11,400주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 인수하여 동산테크의 직원인 소외인에게 명의신탁하였다가, 2014. 12. 24. 위 명의신탁을 해지한 다음, 2015. 12. 30. 위 주식에 관하여 자신 명의로 명의개서를 마쳤다.
다. 그런데 피고는 동산테크에 대하여 지방세 세무조사를 실시한 결과 ‘동산테크의 과점주주인 원고가 2015. 12. 30. 소외인으로부터 이 사건 주식을 취득하여 주식지분이 40.0%에서 59.0%로 증가하였고, 그로 인하여 원고와 특수관계인이 보유한 주식지분율 합계가 81.0%에서 96.97%로 15.97% 증가되었다’고 판단하였다.
라. 이에 피고는 2017. 6. 28. ‘동산테크 소유의 취득세 과세물건의 장부가액에 원고의 지분율 증가분 15.97%를 곱한 금액’을 과세표준으로 하여 원고에게 취득세 10,364,730원(가산세 포함, 이하 같다)과 농어촌특별세 859,520원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
마. 한편 소외인이 동산테크의 주주총회에 참석하는 등 이 사건 주식에 관한 주주권을 행사하였음을 인정할 만한 증거는 전혀 없다.
3. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 소외인은 이 사건 주식의 인수 과정에서 명의를 대여해 준 자에 불과하고, 위 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 지위에 있었던 것은 원고라고 할 것이므로, 위 주식에 관하여 원고 명의로 명의개서를 마친 2015. 12. 30. 전후로 원고의 주식 소유비율은 동일하여, 위 명의개서가 구 지방세법 시행령 제11조 제2항 본문에서 말하는 과점주주의 주식 비율이 증가된 경우에 해당한다고 할 수 없다.
4. 그런데도 원심은, 이 사건 쟁점과 직접적인 관련이 없는 대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결의 법리를 들어, 원고가 소외인에게 이 사건 주식을 명의신탁해 둔 상태였다고 하더라도 당시 의결권 등을 통하여 위 주식에 관한 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는 지위에 있었다고 볼 수 없다는 이유로, 원고가 2015. 12. 30. 위 주식을 취득하였음을 전제로 한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.