[1] 구 수산업법(1995. 12. 30. 법률 제5131호로 개정되기 전의 것) 제81조 제1항 제1호는 법 제34조 제1호 내지 제5호와 제35조 제8호(제34조 제1항 제1호 내지 제5호에 해당하는 경우에 한한다)의 규정에 해당되는 사유로 인하여 허가어업을 제한하는 등의 처분을 받았거나 어업면허 유효기간의 연장이 허가되지 아니함으로써 손실을 입은 자는 행정관청에 대하여 보상을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 이러한 어업면허에 대한 처분 등이 행정처분에 해당된다 하여도 이로 인한 손실은 사법상의 권리인 어업권에 대한 손실을 본질적 내용으로 하고 있는 것으로서 그 보상청구권은 공법상의 권리가 아니라 사법상의 권리이고, 따라서 같은 법 제81조 제1항 제1호 소정의 요건에 해당한다고 하여 보상을 청구하려는 자는 행정관청이 그 보상청구를 거부하거나 보상금액을 결정한 경우라도 이에 대한 행정소송을 제기할 것이 아니라 면허어업에 대한 처분을 한 행정관청(또는 그 처분을 요청한 행정관청)이 속한 권리 주체인 지방자치단체(또는 국가)를 상대로 민사소송으로 직접 손실보상금지급청구를 하여야 하고, 이러한 법리는 농어촌진흥공사가 농업을 목적으로 하는 매립 또는 간척사업을 시행함으로 인하여 같은 법 제41조의 규정에 의한 어업의 허가를 받은 자가 더 이상 허가어업에 종사하지 못하여 입게 된 손실보상청구에도 같이 보아야 한다.


[2] 공유수면매립법 제16조에 의한 손실보상은 협의가 성립되지 아니하거나 협의할 수 없을 경우에 토지수용위원회의 재정을 거쳐 토지수용위원회를 상대로 재정에 대한 행정소송을 제기하는 방법으로 청구해야 한다.


[3] 공유수면매립법의 입법 취지 및 그 규정 내용에 비추어 보면, 같은 법 제16조 제1항 소정의 권리를 가진 자라 함은 같은 법 제6조 소정의 권리를 가진 자를 의미한다 할 것이고, 같은 법 제6조는 제5조 제1항에서 공유수면에 관하여 권리를 가진 자에는 '어업권자 또는 수산업법 제2조 제7호의 규정에 의한 입어자'가 포함된다고 규정하고 있는바, 구 수산업법(1995. 12. 30. 법률 제5131호로 개정되기 전의 것) 제41조의 규정에 의한 허가어업권자는 같은 법 제2조 제7호의 규정에 의한 '입어자'가 아님은 분명하고, 같은 법조 제6호에서 '어업권'을 제8조의 규정에 의하여 면허를 받아 어업을 경영할 수 있는 권리로 정의하고 있으므로, 결국 구 수산업법 제41조에 의한 허가어업권자는 공유수면매립법 제6조 제2호에서 규정하고 있는 어업권자로 볼 수도 없다.
주문
상고를 기각한다. 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 제1점에 대하여
수산업법(1995. 12. 30. 법률 제5131호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다. 이하 같다) 제81조 제1항 제1호는 법 제34조 제1호 내지 제5호와 제35조 제8호(제34조 제1항 제1호 내지 제5호에 해당하는 경우에 한한다)의 규정에 해당되는 사유로 인하여 허가어업을 제한하는 등의 처분을 받았거나 어업면허 유효기간의 연장이 허가되지 아니함으로써 손실을 입은 자는 행정관청에 대하여 보상을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 이러한 어업면허에 대한 처분 등이 행정처분에 해당된다 하여도 이로 인한 손실은 사법상의 권리인 어업권에 대한 손실을 본질적 내용으로 하고 있는 것으로서 그 보상청구권은 공법상의 권리가 아니라 사법상의 권리이고, 따라서 법 제81조 제1항 제1호 소정의 요건에 해당한다고 하여 보상을 청구하려는 자는 행정관청이 그 보상청구를 거부하거나 보상금액을 결정한 경우라도 이에 대한 행정소송을 제기할 것이 아니라 면허어업에 대한 처분을 한 행정관청(또는 그 처분을 요청한 행정관청)이 속한 권리주체인 지방자치단체(또는 국가)를 상대로 민사소송으로 직접 손실보상금지급청구를 하여야 할 것이고(대법원 1996. 7. 26. 선고 94누13848 판결 참조) 이러한 법리는 피고가 농업을 목적으로 하는 매립 또는 간척사업을 시행함으로 인하여 법 제41조의 규정에 의한 어업의 허가를 받은 자가 더 이상 허가어업에 종사하지 못하여 입게 된 손실보상청구에도 같이 보아야 할 것이다.
그리고, 공유수면매립법 제16조에 의한 손실보상은 협의가 성립되지 아니하거나 협의할 수 없을 경우에 토지수용위원회의 재정을 거쳐 토지수용위원회를 상대로 재정에 대한 행정소송을 제기하는 방법으로 청구하여야 할 것(대법원 1997. 10. 10. 선고 96다3838 판결 참조)임은 상고이유가 지적하는 바와 같다. 그런데, 공유수면매립법은 제16조 제1항에서 권리를 가진 자가 있는 공유수면에 대하여 매립면허를 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 권리를 가진 자에게 끼친 손실을 보상하거나 그 손실을 방지하는 시설을 하여야 한다고 규정하고, 제6조에서 제5조 제1항에서 공유수면에 관하여 권리를 가진 자에는 '어업권자 또는 수산업법 제2조 제7호의 규정에 의한 입어자'(제2호)가 포함된다고 규정하고 있는바, 공유수면매립법의 입법 취지 및 그 규정 내용에 비추어 보면, 같은 법 제16조 제1항 소정의 권리를 가진 자라 함은 같은 법 제6조 소정의 권리를 가진 자를 의미한다 할 것인데(위 대법원판결 참조), 기록에 의하면, 원고는 수산업법 제41조의 규정에 의한 허가어업(연안어업)을 받은 자일 뿐, 같은 법 제2조 제7호의 규정에 의한 '입어자'가 아님은 분명하고, 같은 법조 제6호에서 '어업권'을 제8조의 규정에 의하여 면허를 받아 어업을 경영할 수 있는 권리로 정의하고 있으므로 결국 원고와 같이 허가어업을 받은 자는 공유수면매립법 제6조 제2호에서 규정하고 있는 어업권자로 볼 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 원고를 공유수면매립법 제6조 제2호에서 규정하고 있는 어업권자로 볼 수 없는 이상 원고의 이 사건 손실보상청구를 공유수면매립법 제16조 소정의 권리를 가진 자에 의한 손실보상청구로 볼 수 없으므로 원고가 그 권리를 가진 어업권자에 해당함을 전제로 이 사건 손실보상청구를 민사소송이 아니라 관할 토지수용위원회의 재정을 거쳐 토지수용위원회를 상대로 재정에 대한 행정소송을 제기하는 방법으로 청구하여야 하는 것으로 볼 수 없다고 하겠다.
원심이 이 사건 손실보상청구는 피고를 상대로 직접 민사소송으로 청구할 수 있음을 전제로 피고에게 그 손실보상금의 지급을 명한 것은 위에서 본 법리에 따른 것으로 옳다고 여겨지고, 거기에 손실보상청구권의 성질에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없으므로 이 점에 관한 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
상고이유의 주장에서 내세우는 대법원판결은 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
2. 제2, 3점에 대하여
원심이, 원고가 1991. 1. 22. 소외 보령시장으로부터 연안자망어업 및 새우방어업허가를 받아 위 개발사업시행 고시 당시까지 이 사건 어선을 이용하여 연안어업에 종사하고 있었고, 원고가 위 개발사업시행 당시 이 사건 어선을 이용한 조업이 중단됨으로 인하여 입게 된 연간 피해액을 이 사건 어선의 연간 순생산액(어선의 용도, 규모를 기준으로 한 추정치임)에 조업정도와 피해율 등을 적용하여 산정한 것을 관련 법령 및 기록과 대조하여 살펴보면 수긍이 가고, 거기에 상고이유 주장과 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 손실보상청구권자 및 손실보상액 산정에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없으므로 이 점에 관한 상고이유 주장은 모두 이유 없다. 이 점에 관한 상고이유 주장은 필경 원심의 전권에 속하는 증거의 취사 판단과 사실의 인정을 비난하거나 원심이 인정한 사실과 상치되는 사실을 전제로 원심의 판결을 흠잡는 것에 지나지 아니하여 받아들일 수 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자인 피고의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.