[1] 청산 중에 있는 주식회사가 주식이 아닌 주식회사의 부동산 등 영업재산을 양도함으로써 발생하는 소득은 청산 중에 있는 주식회사에 귀속되는 것이고 학교법인이 그 주식회사의 주식을 전부 소유하고 있다거나 위 주식회사가 학교법인의 수익사업체에 불과하다 하여 그 소득이 학교법인에 귀속되는 것은 아니다.


[2] 청산 중인 주식회사의 주식을 전부 소유하고 있는 학교법인은 그 주식회사의 영업재산의 양도로 인한 특별부가세의 주된 납세의무자인 주식회사에 대한 국세기본법 제39조에서 정하는 과점주주로서의 제2차 납세의무자에 불과하므로 청산법인인 위 주식회사로부터 그 잔여재산을 전부 인도받아 교육사업에 충당하였다 하더라도 이를 곧 자신의 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 것으로 볼 수는 없다. 한편 상법상 청산인은 법인의 채무를 완제한 후가 아니면 잔여재산을 분배하지 못하도록 되어 있으므로 위 주식회사의 청산인은 마땅히 청산법인이 부담하여야 할 위 자산의 양도로 인한 특별부가세의 세액을 과세관청에 납부하거나 같은 금액을 보류한 다음 그 잔여재산만을 인도하여야 함에도 그와 같은 의무를 이행하지 아니한 채 이를 전부 위 학교법인에게 인도하였다면 청산인 또는 위 학교법인은 국세기본법 제38조 제1항의 규정에 따라 이 점에서도 위 주식회사가 주된 납세의무를 지는 위 특별부가세의 제2차 납세의무를 부담하여야 하므로 위 학교법인이 사립학교법의 규정에 따라 설립된 학교법인이고 위와 같이 인도받은 매득금을 교육사업에 충당함으로써 청산법인의 영업재산을 처분한 대금의 용도가 학교법인 소유의 주식을 처분한 것과 결과적으로 같게 되었다는 이유만으로 위 영업재산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 조세감면규제법 제67조의3이 규정한 특별부가세 면제대상에 해당한다고 볼 수는 없다.
주문
원심판결을 파기하여 사건을 부산고등법원으로 환송한다.

이유
상고이유를 본다.
원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고 학교법인 동아학숙(이하 '원고 법인'이라 한다)은 1987년경 원고 법인이 유지·운영중인 동아대학교에 의과대학 설치허가를 받아 그에 따른 부속병원의 건축 및 시설비 등으로 막대한 자금이 필요하게 되자 그 재원마련을 위하여 수익용 기본재산인 주식회사 극동호텔(이하 '극동호텔'이라 한다)의 주식을 매각하기로 하고 문교부장관의 허가를 받았으나 그 주식에 대한 원매자가 선뜻 나서지 않아 기다리던 중 소외 삼성생명보험 주식회사의 제의에 따라 극동호텔의 소유재산 일체를 위 삼성생명보험 주식회사에 매각하기로 하고 극동호텔에 대하여는 해산 및 청산절차에 들어가 1990. 1. 31. 해산등기와 동시에 대표이사이던 원고 2를 청산인으로 선임하고 이에 따라 원고 2는 1990. 3. 26. 극동호텔 소유의 부동산 및 동산과 부대시설 일체를 위 삼성생명보험 주식회사에 대금 25,194,000,000원에 양도하고, 그 대금을 포함한 극동호텔의 총 잔여재산 금 25,227,692,147원 중에서 은행 등 금융기관에 대한 채무, 임대차보증금, 종업원 퇴직금, 제세공과금 등을 변제 또는 납부하고 남은 금 19,662,270,000원 전액을 극동호텔의 발행주식 100%를 소유하던 원고 법인에게 인도하고, 원고 법인은 이를 동아대학 부속병원의 건축 및 그 시설비로 전액 충당한 사실을 인정한 다음, 원고 법인은 위와 같이 문교부장관으로부터 수익용 기본재산인 주식의 처분허가를 받았으나 재벌기업의 문어발식 기업확장을 규제하는 정부시책에 맞추어 주식 양수가 불가능하다는 매수인 측의 사정에다가 자금압박에 쫓긴 나머지 부득이 주식을 처분하지 못하고 극동호텔 소유의 전 영업재산을 매각하는 방식에 따르게 되었고 그 결과 극동호텔에 대하여 해산 및 청산 절차를 거쳐 잔여재산의 처리방식으로 그 매득금을 인도하게 된 이 사건에 있어서 비록 주식처분의 방법에 의하지는 아니하였지만 문교부장관의 처분허가에 기하여 극동호텔의 전 영업재산을 처분하고, 그 처분대금을 동아대학교 부속병원의 건축 및 시설비용에 모두 충당한 일련의 행위는 결국 학교법인이 교육사업에 사용할 목적으로 그 기본재산을 양도한 것과 다름이 없으므로 그로 인하여 발생한 소득은 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 제67조의3의 규정에 의하여 특별부가세 면제대상이 된다고 보아야 할 것이라고 판단하였다.
법인세법 제59조의2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고, 위 조세감면규제법 제67조의3 제1항 제1호는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하는 한편 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호, 같은법시행령 제20조 제12호는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무성립일 현재 그 법인 소유의 주식금액 등이 발행주식총액의 100분의 50 이상인 법인은 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고, 또한 같은 법 제38조 제1항은 법인이 해산한 경우에 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고 잔여재산을 분배 또는 인도한 때에 그 법인에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액이 부족한 경우에는 청산인 또는 잔여재산의 분배 또는 인도를 받은 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다.
원심이 인정한 바와 같이 이 사건 양도자산이 극동호텔의 주식이 아니라 극동호텔의 부동산 등 영업재산이라면 그 재산을 양도함으로써 발생하는 소득은 청산 중에 있는 법인인 극동호텔에 귀속되는 것이고 원고 법인이 극동호텔의 주식 전부를 소유하고 있다거나 극동호텔이 수익사업체에 불과하다 하여 그 소득이 원고 법인에 귀속되는 것은 아니라고 할 것이고( 당원 1993. 8. 27. 선고 93누12275 판결 참조), 나아가 원고 법인은 위 양도로 인한 특별부가세의 주된 납세의무자인 극동호텔에 대한 국세기본법 제39조에서 정하는 과점주주로서의 제2차 납세의무자에 불과하므로 청산법인인 극동호텔로부터 그 잔여재산을 전부 인도받아 교육사업에 충당하였다 하더라도 이를 곧 원고 법인의 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다. 한편 상법상 청산인은 법인의 채무를 완제한 후가 아니면 잔여재산을 분배하지 못하도록 되어 있으므로( 상법 제542조 제1항, 제260조 참조) 극동호텔의 청산인인 원고 2로서는 마땅히 청산법인인 극동호텔이 부담하여야 할 이 사건 자산의 양도로 인한 특별부가세의 세액을 과세관청에 납부하거나 같은 금액을 보류한 다음 그 잔여재산만을 인도하여야 함에도 그와 같은 의무를 이행하지 아니한 채 이를 전부 원고 법인에게 인도하였다면 청산인인 원고 2 또는 원고 법인은 국세기본법 제38조 제1항의 규정에 따라 이 점에서도 극동호텔이 주된 납세의무를 지는 위 특별부가세의 제2차 납세의무를 부담하여야 하므로 원고 법인이 사립학교법의 규정에 따라 설립된 학교법인이고 위와 같이 인도받은 매득금을 교육사업에 충당함으로써 주식회사 극동호텔의 영업재산을 처분한 대금의 용도가 원고 법인 소유의 주식을 처분한 것과 결과적으로 같게 되었다는 이유만으로 위 영업재산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 조세감면규제법 제67조의3이 규정한 특별부가세 면제대상에 해당한다고 볼 수는 없는 것이다. 그럼에도 원심이 이를 같은 조항이 규정하는 면제대상에 해당한다고 판단한 것은 특별부가세 감면에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라고 아니할 수 없다. 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.
그러므로 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.