[1] 경상남도세감면조례가 1998. 8. 20.자로 개정된 것은 IMF 경제위기의 극복이라는 정책적인 목적에서 비롯된 것이고, 위 조례 부칙(1998. 8. 20.) 제3항의 문언에 비추어 볼 때, 위 조례 제28조 및 제29조의 개정규정은 1998. 1. 1. 이후 위 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 등이 체결된 부동산 또는 사업용 재산에 대하여 소급적으로 적용되어 등록세 등이 면제된다고 해석함이 상당하다.


[2] 조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 위의 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과한 것일 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다.


[3] 지방세법 제71조 소정의 수정신고제도는 국세기본법상의 경정청구제도와 같이 납세자의 권리를 보호한다는 취지에서 신고납부 후의 후발적 사유를 원인으로 한 수정신고를 인정한다는 것이므로 위의 규정에 의한 수정신고 사유를 해석함에 있어서는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함함이 상당하다고 할 것이며, 한편 이와 같은 수정신고 중 감액수정신고의 경우 그 경정청구에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 과세관청이 이를 받아들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무 확정의 효력이 생기게 되는 것이어서, 만약 과세관청이 그 법정기한 내에 조사, 결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자로서는 이를 과세관청이 경정청구를 거부한 처분으로 보아 이에 대한 항고소송을 제기하여 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 납세의무를 확정지을 수 있게 된다.


[4] 부동산 취득 당시의 감면조례에 따라 등록세, 취득세 등을 신고납부한 후에 감면조례가 납세자에게 유리하게 개정되고 그 부칙에 의하여 감면조례가 소급 적용되어 결과적으로 등록세 등이 면제되는 경우도 신고납부 후의 특별한 사정변경으로 인하여 그 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유에 해당하여 지방세법 제71조 제1항 소정의 감액수정신고를 할 수 있고, 그 신고에 따른 세액 감면을 거부한 과세관청의 행위는 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 한 사례.
주문
상고를 기각한다. 상고비용을 피고가 부담하게 한다.

이유
1. 상고이유 제2, 3주장에 관하여
1998. 8. 20. 제2581호로 개정되기 전의 구 경상남도세감면조례 제28조에서는, 제조업 등 사업을 영위하는 기업자가 금융부채상환을 위하여 매각하는 부동산을 취득하는 자에 대하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있었고, 같은 조례 제29조에서는, 제조업 등 사업을 영위하는 기업자가 기업의 구조조정을 위하여 다른 기업자와의 사업양수도로 인하여 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다가, 개정조례(1998. 8. 20. 조례 2581호로 개정된 것, 다음부터 '신 감면조례'라 한다) 제28조 제1항 본문에서, 부동산매매계약체결일 현재 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 기업이 은행법·보험업법·신탁업법 및 그 밖의 법률에 의한 금융기관의 부채(1997. 6. 30. 이전에 채무가 성립한 부채에 한한다)상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 매도하는 경우에 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고, 제29조 본문에서는 사업양수도계약일 현재 계속하여 2년 이상 사업을 영위한 기업이 당해 사업과 관련한 권리의무를 다른 기업에 포괄적으로 양도하는 경우에 그 사업양수도로 인하여 다른 기업이 양수하는 당해 사업용 재산( 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고, 이어서 제31조 제1항에서 도세를 감면받고자 하는 자는 감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 시장·군수에게 신청하도록 하되 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있는 때에는 신청이 없는 경우라도 직권으로 감면할 수 있다고 하고, 제2항에서 시장·군수가 제1항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 감면 여부를 조사·결정하고 그 내용을 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있으며, 그 부칙 제1항에서 "이 조례는 공포한 날부터 시행한다."고 하고, 제2항에서 제28조 및 제29조의 개정규정은 1999. 12. 31.까지(제29조의 단서규정에 의하여 면제한 취득세와 등록세를 추징하는 경우를 제외한다) 적용한다고 하면서, 제3항에서는 제28조 및 제29조의 개정규정은 1998. 1. 1. 이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 또는 사업양수도계약이 체결된 부동산 또는 사업용 재산에 대하여 적용한다고 규정하는 한편, 제4항에서 일반적 경과조치로 "이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 예에 의한다."고 하고 있다.
위와 같은 감면조례의 개정은 당시에 직면한 IMF 외환위기 등 국가경제난 극복대책의 일환으로 기업의 재무구조개선과 구조조정을 유도, 촉진한다는 데에 그 취지가 있다 할 것이므로, 부칙 제3항의 문언에 비추어 볼 때, 제28조 및 제29조의 개정규정은 1998. 1. 1. 이후 위 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약 등이 체결된 부동산 또는 사업용 재산에 대하여 소급적으로 적용되어 등록세 등이 면제된다고 해석함이 상당하다 할 것이다.
같은 취지의 원심판결은 정당하고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 신 감면조례의 소급 적용에 대한 법리오해 등의 위법이 없으며, 신 감면조례 부칙 제3항이 조세평등의 원칙에 반하는 무효의 규정이라 할 수도 없다.
또한, 부칙 제4항에서, 종전 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 도세에 관하여는 종전 규정을 적용한다고 규정하고 있다 하더라도 이는 어디까지나 납세의무자에게 불리하게 조례가 개정된 경우를 대비한 일반적 경과조치일 뿐, 조례가 납세의무자에게 유리하게 개정된 경우에까지 그 적용을 제한하려는 취지는 아니어서 달리 볼 것은 아니다( 대법원 1987. 5. 12. 선고 87누88 판결 참조).
2. 상고이유 제1주장에 관하여
가. 원고가 위와 같이 신 감면조례 부칙 제3항에 의하여 이 사건 부동산 취득의 경우에도 신 감면조례가 소급 적용되어 취득세 및 등록세의 전액 면제대상에 해당한다는 전제에서, 기납부한 등록세 등을 환급받기 위하여 피고에게 신 감면조례에 의한 지방세 감면신청, 지방세법 제71조 소정의 수정신고 및 지방세법시행령 제38조 소정의 세입과오납금환부신청 등의 형식으로 각 감면 및 환부 신청(다음부터 '이 사건 신청'이라 한다)을 하였으나 피고가 이를 거부하는 내용의 통지를 한 사실을 인정한 다음, 이 사건에서와 같이 지방세의 신고납부 후 감면조례가 소급적으로 개정되어 감면대상이 된 경우도 지방세법 제71조 제1항 소정의 후발적 수정신고사유에 해당하므로 그 감액수정을 거부한 피고의 행위를 항고소송의 대상이 되는 처분으로 보아 이를 취소하여야 한다는 원고의 주장에 대하여, 원심은 위와 같은 법령의 개정은 지방세법상의 수정신고사유에 해당하지 아니한다고 판단하는 한편, 도세의 납세자는 신 감면조례 제31조 제1항에 의하여 도세의 감면신청권을 가지고 있다 할 것이어서 그 감면신청을 받은 과세관청이 이에 따른 감면결정을 거부한 경우에는 감면신청권이 있는 납세자로서는 행정쟁송절차를 통하여 그 거부결정을 취소받음으로써 이미 신고납부한 등록세 및 취득세 등을 환급받을 수 있다고 전제하고, 나아가, 원고의 이 사건 신청은 과오납금환부신청을 한다는 내용으로서 그 실질이 신 감면조례의 규정에 의한 감면신청이어서 피고의 위와 같은 환부거부는 이 사건 등록세 등이 개정규정에 의한 면제대상에 해당함에도 불구하고 면제대상이 아니라는 이유로 감면결정을 거부한 위법한 처분이므로 이를 취소하여야 한다고 판단하였다.
그러나 조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 위의 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없는 것이므로( 대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 참조), 원고에게 이 사건 등록세 등에 대한 감면신청권이 있음을 전제로 한 원심의 위와 같은 판단은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
나. 그런데 지방세법 제71조 제1항에 의하면, "이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고할 수 있다."고 하면서, 그 제1호로 "신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, '확정판결 등'에 의하여 변경되거나 확정된 경우"를, 제2호로 "신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우"를 각 들고 있는 바, 이와 같은 지방세법상 수정신고제도는 국세기본법상의 경정청구제도와 같이 납세자의 권리를 보호한다는 취지에서 신고납부 후의 후발적 사유를 원인으로 한 수정신고를 인정한다는 것이므로 위의 규정에 의한 수정신고 사유를 해석함에 있어서는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함함이 상당하다고 할 것이며, 한편 이와 같은 수정신고 중 감액수정신고의 경우 그 경정청구에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 과세관청이 이를 받아들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무 확정의 효력이 생기게 되는 것이어서, 만약 과세관청이 그 법정기한 내에 조사, 결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자로서는 이를 과세관청이 경정청구를 거부한 처분으로 보아 이에 대한 항고소송을 제기하여 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 납세의무를 확정지을 수 있게 되는 것이다( 대법원 1995. 1. 12. 선고 94누8471 판결 참조).
따라서 이 사건에서와 같이 원고가 부동산을 취득할 당시의 감면조례에 따라 등록세, 취득세 등을 신고납부한 후에 감면조례가 납세자에게 유리하게 개정되고 그 부칙에 의하여 감면조례가 소급 적용되어 결과적으로 등록세 등이 면제되는 경우도 위와 같이 신고납부 후의 특별한 사정변경으로 인하여 그 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유에 해당한다고 볼 수 있어 원고로서는 지방세법 제71조 제1항 소정의 감액수정신고를 할 수 있다고 보아야 할 것이고, 원고의 이 사건 신청은 그와 같은 감액수정신고로 볼 수 있음에도 그 신고에 따른 세액의 감면을 거부한 피고의 행위는 위법한 처분으로서 취소되어야 할 것이다.
피고가 내세운 대법원판결은 사안을 달리하기에 이 사건에 원용하기에는 적절하지 아니한 것이다.
다. 결국, 이 사건 신청 거부의 법적 성질에 대한 원심의 판단은 적절하지 아니한 데가 있으나 이를 위법한 처분으로 보아 그의 취소를 명한 결론에 있어서는 정당하다 할 것이고 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 거부처분의 처분성에 대한 법리오해 등의 위법이 없다.
3. 결 론
그러므로 피고의 상고를 기각하고, 상고비용을 피고가 부담하게 하기로 관여 대법관들의 의견이 일치되어 주문에 쓴 바와 같이 판결한다.