회원인 지역별 각 농지개량조합의 농업생산력의 증진에 기여하고 공동이익을 위한 조사연구 등을 목적사업으로 하여 농수산부장관의 허가를 얻어 설립등기를 마친 특수공법인인 농지개량조합연합회가 예산의 수립과 집행은 모두 정부의 승인하에서 이루어지며 그 재원을 정부보조금 등으로 조달하며 그 재원을 바탕으로 아무런 이익도 남기지 않고 국가가 정하여 준 실비기준으로 위의 사업을 수행하며 또 정부로부터 중요물자의 수요기관으로 지정받아 회원조합을 대표하여 농지개량사업에 필요한 업무를 수행하는 것이라면 위 연합회가 지방자치단체와 회원조합으로부터 실비상당의 수수료를 받고 환지조사설계 및 관급자재의 알선업무 등을 수행하는 용역의 공급은 농지개량이라는 공익을 목적으로 하는 농지개량조합연합회가 그 고유의 목적사업인 농지개량을 위하여 실비로 공급하는 것으로 부가가치세가 면제된다고 할 것이다.
주문
상고를 기각한다.
상고 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
상고이유를 본다.
1981.12.31 대통령령 제10699호로 개정되기 이전의 부가가치세법시행령 제37조에 의하면, 법제12조 제1항 제16호에 규정하는 대통령령이 정하는 재화 또는 용역은 주무관청에 등록된 종교, 자선, 학술, 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역으로 하고 이와 같은 재화 및 용역의 공급에 대하여는 의용 부가가치세법 제12조 제1항에 의하여 부가가치세가 면제되는 것인바 원심이 적법하게 확정한 바에 따르면, 원고 법인은 1978.4.24 농촌근대화촉진법 제68조의 4에 의하여 그 전신인 사단법인 농지개량조합연합회의 재산 및 권리의무를 승계하여 부가가치세 면제자인 지역별 각 농지개량조합을 회원으로 하고 회원조합의 공동이익의 증진을 도모하고 정부 또는 회원조합이 위탁하는 사업을 시행함으로써 농업생산력의 증진에 기여함을 목적으로 하며 이를 위하여 회원조합의 공동이익을 위한 조사연구 및 지도사업조합임직원에 대한교육훈련 회원조합의 사업에 필요한 자금 및 자재 등의 알선, 정부 지방자치단체 회원조합이 시행하는 농지개량사업에 수반하는 환지 조사, 측량, 설계, 공사감독업무 등의 대행, 정부 또는 회원조합이 위탁하는 사업 등의 실시를 목적사업으로 하여 같은 날짜로 농수산부장관의 허가를 얻어 1978.5.13 설립등기를 마친 특수공법인으로서 그 설립 이래 위 소외법인이 담당하여 오던 사업을 이어 받아 농지개량사업에 수반한 환지업무와 조사설계업무 및 공사감독업무를 수행하고 그 사업수행에 필요한 재원은 정부가 직접 지급하는 수수료 즉 정부의 보조금(직접보조금)과 정부가 농지개량사업시행자인 지방자치단체나 회원인 각 지역별 농지개량조합에 하달한 재원중에서 원고 법인이 환지업무를 수행하고 위 지방자치단체나 회원조합으로부터 받게 되는 수수료(간접보조금)등으로 조달하며 이 재원을 바탕으로 아무런 이익을 남기지 않고 국가가 정하여 준 실비기준으로 위 각 공익사업을 수행하여 왔고 또 정부로부터 정부가 지정한 중요물자의 수요기관으로 지정받아 회원조합을 대표하여 회원조합이 농지개량사업에 필요로 하는 관개, 배수시설 등이나 그 보수용관급자재의 알선업무를 수행하고 실비에 상당한 수수료를 회원조합으로부터 수수해 온 것으로 원고 법인의 예산의 수립과 집행은 모두 정부의 승인하에 이루어지며 원고 법인은 1981년도 상반기와 하반기에도 위와 같은 환지조사설계 및 공사감독업무와 관급자재의 알선업무 등을 수행하고 실비상당의 수수료를 지방자치단체 및 회원조합으로부터 수수하였다는 것이므로 이와 같은 용역의 공급은 농지개량이라는 공익을 목적으로 하는 원고 법인이 그 고유의 목적사업인 농지개량사업을 위하여 실비로 공급하는 것으로 위 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 같은법시행령 제37조에 의하여 부가가치세가 면제된다고 할 것 이므로 이와 같은 취지에서 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분을 취소한 원심조치는 정당하다 할 것이고 이에 소론과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.
소론 논지는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 따른 같은법시행령 제38조 제2호의 규정이 이 사건 과세처분 이후인 1982.12.31 개정되어 농지개량조합연합회가 부가가치세 면제대상이 되는 정부업무 대행단체에 규정됨으로써 비로소 원고 법인이 공급하는 재화나 용역에 대하여 부가가치세가 면제되게 되었을 뿐 그 이전에는 근거법령이 없음에도 불구하고 위 시행령 제37조를 적용하여 부가가치세가 면제된다고 판시한 원심조치는 위법이라는 취지이나 위 전단설시와 같이 법시행령 제38조 제2호가 개정되어 원고 법인이 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 당연히 부가가치세가 면제되게 된 이전이라 하더라도 위 법 제12조 제1항 제16호, 같은법시행령 제37조에 해당하는 원고 법인의 재화 및 용역의 공급은 그 규정에 따라 부가가치세가 면제되어야 할 것이므로 논지는 독자적 견해로서 그 이유가 없다고 할 것이다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고 소송비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치하여 주문과 같이 판결한다.