기간임용제도의 취지, 대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법의 입법과정 및 입법목적 등을 종합하여 볼 때, 교원소청심사특별위원회의 재심청구인용 결정에 소급적·형성적 효력이 인정되어 바로 국·공립대학 또는 학교법인과 재임용이 거부되었던 당해 교원 사이에 임용기간이 만료될 당시의 교원 신분이 소급적으로 회복된다거나 혹은 대학측이 당해 교원의 신분을 소급적으로 회복하는 조치를 취하여야 할 의무가 있다고 보기는 어렵고, 오히려 재심청구를 인용하는 결정에는 과거의 재임용거부 조치가 부당하였음을 확인하는 효력만 있다고 해석함이 상당하다.
주문
1. 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1994. 3. 1.부터 1996. 2. 29.까지 2년의 기간을 정하여 제주대학교 사범대학 영어교육학과 전임강사로 임용되어 근무하였다.
나. 피고는 1996. 1. 26. 대학인사위원회를 개최하여 원고의 재임용 동의 여부에 대하여 심사한 결과 부동의하기로 의결하였고, 이에 따라 피고는 1996. 2. 29. 그 임용기간이 만료된 원고를 재임용에서 제외하였다(이하 ‘이 사건 재임용거부처분’이라 한다).
다. 대학교원 기간임용제 탈락자 구제를 위한 특별법(이하 ‘특별법’이라 한다)이 2005. 10. 14.부터 시행되자, 원고는 2005. 10. 14. 교육인적자원부 교원소청심사특별위원회(이하 ‘특별위원회’라 한다)에 이 사건 재임용거부처분의 취소를 구하는 재임용 재심사청구를 제기하였던바, 특별위원회는 2005. 12. 23. ‘원고에 대한 재임용심사와 관련하여 소정의 심사절차에 의해 소속대학인 사범대학 교원재임용심사평정위원회의 심사에 통과된 것을 대학인사위원회에서 객관적인 사유와 근거제시 없이 부동의 의결한 것은 원고에 대한 재임용심의가 합리적인 기준에 의하여 정당하게 이루어졌다 할 수 없으므로, 부당하게 이루어진 대학인사위원회의 부동의 의결에 터잡아 이루어진 피고의 원고에 대한 재임용거부처분은 부당하다’는 이유로 피고의 이 사건 재임용거부처분을 취소하는 결정(이하 ‘이 사건 재임용거부처분취소결정’이라 한다)을 내렸다.
라. 그러자 피고는 2006. 4. 10. 원고를 제주대학교 사범대학 영어교육과 전임강사(임용기간 : 2006. 4. 10.~2008. 4. 9.까지 2년)로 재임용하였고, 이에 대하여 원고는 피고에게 1996. 3. 1.자로 소급임용 및 보수의 소급지급을 구하는 신청을 하였으나, 피고는 2007. 3. 5. 원고에게 ‘특별위원회의 재심인용결정은 과거 재임용 거부처분이 부당하였음을 확인하는 정도의 효력만 있을 뿐 소급효가 인정되지 않는다’는 이유로 원고의 소급재임용 및 보수 소급지급신청을 거부하는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 소급임용거부처분’이라 한다)를 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단
가. 피고의 주장
피고는 2006. 4. 10. 원고를 재임용하면서 원고에 대한 임용의 효력을 소급시키지 않았으므로 이 사건 소급임용거부처분일은 원고가 주장하는 2007. 3. 5.이 아니라 재임용일인 2006. 4. 10.이라 할 것이고, 원고로서는 위 재임용일 무렵에 본인이 소급임용되지 않았다는 사실을 알았다고 할 것이므로, 그로부터 제소기간인 90일을 경과하여 제기한 원고의 주위적 청구는 부적법하다고 주장한다.
나. 판 단
행정소송법 제20조 제1항 소정의 제소기간 기산점인 ‘처분이 있음을 안 날’이라 함은 당사자가 통지, 공고 기타의 방법에 의하여 당해 처분이 있었다는 사실을 현실적으로 안 날을 의미하는바( 대법원 1991. 6. 28. 선고 90누6521 판결, 1995. 11. 24. 선고 95누11535 판결 등 참조), 피고가 2006. 4. 10.자로 원고를 임용기간을 2년으로 정하여 전임강사로 재임용한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위와 같은 사정만으로는 피고가 원고를 재임용하면서 소급임용을 하지 않겠다는 확정적인 의사표시를 하였다고 보기 어렵고, 오히려 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 피고는 2006. 10. 31.경 교육인적자원부에 재임용거부처분 취소결정으로 재임용 대상교원이 미임용기간에 대한 보수를 지급신청할 경우 그 보수를 소급하여 지급해야 하는지 여부 등에 대하여 질의를 하였고, 원고가 2007. 2. 16.경 미임용기간에 대하여 공무원보수규정에 의하여 보수를 소급지급하여 줄 것을 포함하는 내용의 신청을 하자, 위 신청에 대하여 2007. 3. 5.에 이르러서야 위 2006. 10. 31.자 피고 질의에 대한 교육인적자원부의 답변을 근거로 비로소 이 사건 소급임용거부처분을 한 점에 비추어 볼 때, 피고는 2006. 4. 10.자로 원고를 재임용하면서 보수의 소급지급 여부에 대하여 그 의사표시를 유보하였다가 2007. 3. 5.에 이르러서야 비로소 원고에 대하여 확정적으로 소급임용을 거부하는 의사표시를 하였다고 할 것이므로, 이 사건 소급임용거부처분일이 2006. 4. 10.임을 전제로 한 피고의 위 주장은 이유 없다.
3. 원고의 청구에 대한 판단
가. 원고의 주장 요지
① 주위적으로, 국·공립대학 총장이 행한 재임용탈락처분에 대하여 특별법상의 특별위원회에서 내린 취소결정은 행정심판기관이 행한 ‘재결’로서 기왕의 재임용탈락처분을 소급하여 무효로 하는 것이므로, 피고는 이 사건 재임용거부처분취소결정에 기속되어 원고를 1996. 3. 1.자로 소급재임용할 의무가 있다 할 것이고, 따라서 이 사건 소급임용거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
② 예비적으로, 설령 이 사건 소급임용거부처분이 행정처분에 해당하지 않는다면 피고가 특별위원회의 취소결정에 따라 원고를 소급재임용하여야 할 의무가 있음에도 이를 이행하지 않는 것은 위법하므로 피고가 1996. 3. 1.자로 소급임용하지 아니한 것에 대한 위법확인을 구한다.
나. 쟁점 및 판단 기준
결국, 이 사건의 쟁점은 특별법상 특별위원회의 재심청구인용 결정이 어떠한 효력을 갖는다고 볼 것인가이다. 즉, 원고의 주장처럼 특별위원회의 인용결정에 소급적·형성적 효력이 존재한다고 보아, 인용결정상의 당사자인 피고로서는 다른 당사자인 원고에 대하여 그가 임용기간 만료 이후에도 여전히 교수로서의 지위에 있었다는 취지의 행정처분(원고가 말하는 소급재임용처분)을 할 의무가 있다고 볼 수 있는지 여부에 따라 원고 주장의 인용 여부를 판단하여야 할 것이다.
그런데 특별법은 특별위원회가 재임용 거부처분에 대하여 취소결정 등 재심청구를 인용하는 결정을 내리는 경우 그 재심결정의 효력 등에 대하여 특별한 규정을 두고 있지 않으므로, 특별위원회의 재심청구인용 결정이 어떠한 효력을 갖는지는 결국 기간임용제도의 취지, 특별법의 입법과정이나 입법 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단할 수밖에 없다.
다. 구체적 판단
살피건대 ① 먼저, 1975. 7. 3. 신설된 기간임용제는 정년보장으로 인한 대학교원의 무사안일을 타파하고, 연구 분위기를 제고하는 동시에 대학교육의 질도 향상시키기 위하여, 대학교원을 임용함에 있어 기간을 정하여 임용하고 그 임용기간이 만료되면 임면권자가 교원으로서의 적격성을 심사하여 다시 임용할 것인지 여부를 결정할 수 있도록 허용한 취지의 제도로서 그 자체로는 합헌적 제도이고( 헌법재판소 2003. 2. 27. 2000헌바26 결정 참조), 이에 따라 현행 교육공무원법 등에서도 기간을 정한 대학교원 임용제가 그대로 유지되고 있는바, 그렇다면 관련 인사규정이나 임용계약 등에 재임용 강제조항이 있거나 그 밖에 임용계약이 그동안 반복 갱신되어 왔다는 등 특별한 사정이 없는 한 임용기간이 만료된 대학 교원은 원칙적으로 임용기간 만료로 대학교원의 신분을 상실한다고 보아야 하는 점( 대법원 1989. 6. 27.선고 88누9640 판결, 대법원 2006. 3. 9. 선고 2003다52647 판결 등 참조), ② 특별법은, “기간임용제 자체의 합헌성은 수긍되나 재임용이 거부되었을 경우 사후에 그에 대해 다툴 수 있는 제도적 장치를 전혀 마련하지 않은 것은 교원지위법정주의에 위반된다”는 헌법재판소의 결정에 따라 대학교원 기간임용제가 도입된 이후 재임용에서 탈락된 대학교원에 대한 재임용 탈락결정이 정당한 기준에 의해서 이루어졌는지 여부에 대하여 재심사 기회를 부여하기 위하여 제정되었다는 점에서( 특별법 제1조 참조), 입법자가 재심사를 거쳐 이루어질 인용결정의 효력에 대하여 특별한 규정을 마련하지 않은 마당이라면, 기간임용제 자체의 합헌성에 기초한 위 ①의 법리는 여전히 유지되어야 할 것인 점, ③ 특별법의 입법과정을 보더라도, 원래의 법안 제9조 제1항은 특별위원회의 재심결정에 대하여, “특별위원회에서 재임용 탈락이 부당하다는 결정을 받은 탈락교원은 … (중략) … 재임용 탈락시부터 계속하여 재임한 것으로 본다.”고 하여 소급적으로 교원의 지위를 회복하도록 규정하고 있었는데, 이에 대하여 재심결정으로 인한 교원지위회복에 대하여 소급효를 인정할 경우 재임용거부시부터 재심결정시까지 보수, 연금지급문제가 발생하여 소급입법의 한계를 일탈하는 것으로 볼 여지가 있다는 등의 이유로 입법화되지 않았고, 또한 법안 제11조 제2항은 특별위원회의결정의 효력에 대하여 교원지위향상을 위한 특별법(이하 ‘교원지위특별법’이라 한다) 제10조 제2항이 정한 ‘심사위원회의 결정은 처분권자를 기속한다.’는 규정을 특별위원회의 결정에 준용하도록 하고 있었으나, 위 규정 역시 법안 심의과정에서 형평성 문제 등이 제기되어 입법화되지 않은 사정, ④ 재임용이 거부된 대학교원이 임용기간 만료 이후에도 여전히 대학교원의 신분을 유지한다고는 볼 수 없다고 하더라도, 만일 적법한 재임용 심사를 받았다면 재임용을 받을 수 있었던 대학교원이 위법하게 재임용을 거부당한 것으로 인정되는 경우에는 그 거부결정이 불법행위에 해당함을 이유로 임금 상당의 손해배상을 청구할 수 있는 점( 대법원 2006. 3. 9. 선고 2003다52647 판결 참조) 등을 두루 종합하여 보면, 특별위원회의 재심청구 인용결정에 소급적·형성적 효력이 인정되어 바로 국·공립대학 또는 학교법인과 재임용이 거부되었던 당해 교원 사이에 임용기간이 만료될 당시의 대학 교원의 신분이 소급적으로 회복된다거나 혹은 대학 측이 당해 교원의 신분을 소급적으로 회복하는 조치를 취하여 할 의무가 있다고 보기는 어렵다. 오히려 재심청구를 인용하는 결정에는 과거의 재임용 거부조치가 부당하였음을 확인하는 효력만이 부여된 것이라고 해석함이 상당하다( 헌법재판소 2006. 4. 27. 2005헌마1119 결정 참조).
따라서 위와 다른 전제에 선 원고의 각 청구는 모두 이유 없다.
4. 결 론
이상의 이유로 원고의 이 사건 주위적 청구 및 예비적 청구를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.