과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 하나의 과세처분에 대하여 그 일부에 대한 과세권만 없을 뿐 나머지 부분에 대하여는 적법한 과세권이 있고 그 과세표준 및 세율적용이 가능한 경우에는 법원은 그에 따라 정당한 세액을 심리 확정한 후 이를 초과하는 부분만을 취소할 것이지 그 과세처분 전부를 취소할 수는 없다.
주문
원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 서울 서초구에 소재하는 원심 판시 토지를 양도한데 따른 양도차익예정신고를 함에 있어 그 당시 위 토지의 개별공시지가인 ㎡당 금 3,300,000원으로 계산한 양도가액을 기준으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 금 537,082,120원을 자진납부하였으나, 그 후 서초구청장이 개별토지가격합동조사지침(국무총리훈령 제248호)에 따라 새로이 선정된 표준지를 기준으로 삼아 위 토지의 개별공시지가를 ㎡당 금 4,500,000원으로 변경하는 경정결정을 하게 되자 송파세무서장은 원고의 양도차익예정신고가 잘못되었다는 이유로 변경된 개별공시지가인 위 금 4,500,000원을 기준으로 위 토지에 관한 양도차익을 다시 산정하여 원고에게 양도소득세 금 279,577,030원을 추가로 부과하는 과세처분(이하 추가부과처분이라고 한다)을 하였고, 이에 피고가 자진납부된 양도소득세액 금 537,082,120원과 추가로 부과된 양도소득세액 금 279,577,030원을 합산한 금 816,659,150원의 양도소득세액을 과세표준으로 하여 산정된 소득세할 주민세를 원고에게 부과하는 이 사건 과세처분을 한 사실을 당사자 사이에 다툼이 없는 사실로 확정한 다음, 서초구청장의 위 개별공시지가 경정결정이 공고된 바 없어 그 효력을 발생하지 아니하였다 하여 판결에 의하여 취소 확정되었으므로 이를 기준으로 삼은 위 양도소득세추가부과처분이 위법하다는 이유로 이 사건 주민세 부과처분 전부를 취소하였다.
2. 그러나 지방세법 제172조 제3호, 제176조 제2항에 의하면 소득세할 주민세는 소득세액을 과세표준으로 삼아 7.5%의 세율을 적용하여 산정하도록 규정하고 있는바, 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 하나의 과세처분에 대하여 그 일부에 대한 과세권만 없을 뿐 나머지 부분에 대하여는 적법한 과세권이 있고 그 과세표준 및 세율적용이 가능한 경우에는 법원은 그에 따라 정당한 세액을 심리 확정한 후 이를 초과하는 부분만을 취소할 것이지 그 과세처분 전부를 취소할 수는 없다고 할 것이므로(당원 1992.7.24.선고 92누4840 판결 참조), 사실관계가 원심이 확정한 바와 같다면, 원심으로서는 이 사건 주민세 부과처분 중 위법한 것으로 판명된 위 양도소득세액(추가부과처분액)에 상응한 액수만을 취소하여야 할 것임에도 불구하고 원심이 자진납부된 양도소득세액이 위법하다고 보지 아니하면서도 이를 포함한 전체 양도소득세액을 과세표준으로 삼은 이 사건 주민세 부과처분 전부를 취소한 것은 심리를 다하지 아니하였거나 과세처분 취소의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라고 하지 아니할 수 없다. 따라서 이를 지적하는 논지는 이유 있다.
그러므로 원심판결을 파기환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.