매매용 재고자산의 양도의 경우에도 그 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준 계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 할 것이다.
주문
상고를 기각한다.
상고비용은 피고의 부담으로 한다.

이유
피고 소송수행자의 상고이유를 본다.
원심판결 이유에 의하면 원심은 그 거시증거에 의하여 원고가 1983.9.13. 서울특별시로부터 서울 종로구 서린동 88 일대 서린구역 제11지구에 대하여 대지면적 2,579.2평방미터 지상에 지하 5층 지상 20층의 연면적 28,115.26평방미터의 건물을 건축하는 재개발사업시행인가를 받아 소외 삼환기업주식회사로 하여금 그 공사를 시공하게 하여 1986.11.13. 위 건물의 준공검사를 받은 다음 같은 해 12.27. 원고명의로 소유권보존등기를 마쳤고, 원고는 위 건물준공 전인 1986.4.9. 소외 한국개발리스주식회사에게 위 대지 중 1,130.86/2,579.2의 대지권과 위 건물 중 10층부터 19층까지 및 공유시설 등 건평 12,372.75 평방미터(이 사건 부동산)를 금 12,910,000,000원에 매도하여 같은 해 12.30. 이 사건 부동산에 대하여 위 한국개발리스주식회사명의의 소유권보존등기를 경료하여 주었으며, 1987.3.30. 피고에게 1986년도 법인세 및 특별부가세와 방위세를 그 판시와 같이 자진신고하고 그 세액을 자진납부하였는데 그 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 금 601,416,422원을 취득가액의 일부로 공제하였던바, 피고는 1988.5.14. 이 사건 부동산을 사업용 고정자산이 아닌 매매용 재고자산으로 보고 매매용 재고자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자는 법인세법 제59조의2 제3항, 같은법시행령 제124조의2 제2항, 제33조 제1항에 의하여 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액에 포함되지 아니한다 하여 특별부가세액을 다시 산출하여 이 사건 방위세부과처분을 한 사실을 확정한 후, 법인세법 제59조의2 제1항, 제3항, 같은법시행령 제124조의2 제2항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 하고 그 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하며 그 취득가액은 같은법시행령 제48조 제2항을 준용하여 계산한 취득가액, “건설자금에 충당한 금액의 이자”와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다라고 규정하고 있어, 위 규정들은 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액에 포함되는 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 특별히 “법인의 사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자”로 제한하고 있지 아니하고 있고, 비록 법인세법 제16조 제11호, 같은법시행령 제33조 제1항, 제2항이 법인의 고정자산 건설자금에 소요된 차입금의 이자에 대하여 당해 사업년도의 손금으로 전액 산입되는 것을 부인하고 이를 자본적 지출로 하여 취득원가에 산입하여 감가상각의 방법으로 손금처리하도록 규정하고 있어 법인세의 과세표준 계산에 있어서 고정자산에 대해서만 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득원가에 산입하도록 되어 있지만, 특별부가세는 토지 등의 자산의 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세의 일반규정의 원리가 그대로 적용될 수는 없는 것이므로 위 규정들이 특별부가 세의 과세표준(양도차익)의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 “사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자”로 축소해석할 근거는 되지 못한다 할 것이며, 오히려 사업용 고정자산의 양도의 경우에 있어서 법인세법시행령 제48조 제2항의 규정에 의한 취득가액과 같은법시행령 제33조 제2항, 제1항에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자가 그 중 일부는 같은법시행령 제12조 제2항 제5호 소정의 감각상각비로서 나머지는 같은 제1호 소정의 양도당시의 장부가액으로서 이미 법인세의 과세표준 계산에 있어서 전액손금에 산입되었음에도 불구하고 같은법시행령 제124조의2 제2항이 특별부가세의 과세표준의 계산에 있어서도 그 전액을 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 매매용 재고자산의 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 할 것이라고 전제한 다음, 피고는 원고의 1986년도 특별부과세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도가액으로부터 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 금 601,416,422원을 공제하지 아니하고 산출된 특별부가세 산출세액을 방위세액의 과세표준으로 삼아 이 사건 과세처분을 하였으므로, 위 처분은 이 사건 부동산이 업무용 고정자산인지 또는 판매용 고정자산인지를 살펴볼 필요없이 위법하다고 판단하고 있는바, 기록에의하여 살펴보면 원심의 위 사실인정은 정당하고 그 판단 역시 당원의 견해( 1989.11.14. 선고 86누787 판결 참조)를 따른 것이어서 정당하므로 원심조치에 소론과 같이 법리오해 내지 심리미진의 위법이 없으며, 주식회사의외부감사에관한법률 제13조, 같은법시행령 제6조에 의거하여 증권관리위원회가 재무부장관의 승인을 얻어 정한 기업회계기준 제81조가 지급이자를 영업외 비용으로, 제96조 제3항이 지급이자 중 유형 고정자산의 건설자금에 충당된 차입금의 이자인 경우에 한하여 취득원가로 계상하고 있는 점들이 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자를 특별부과세의 과세표준 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 수 없게 하는 근거로 되는 것은 아니라 할 것이다. 논지는 이유없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.