구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항의 입법 취지와 문언의 내용 및 관련 규정의 체계 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 농업법인이 재산세 과세기준일 현재 소유 토지 중 일부를 영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 일부에 대해서는 위 조항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감된다고 봄이 타당하다.
① 재산세는 보유하는 토지 등에 담세력을 인정하여 부과되는 조세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하므로 과세표준도 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 실제 이용상황에 따라 구분하여야 한다.
② 구 지방세특례제한법 제178조 제1호는 ‘부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서만 감면된 취득세를 추징’하도록 규정하고 있는데, 토지 중 일부만을 해당 용도로 직접 사용한 경우의 재산세 감면에 관하여도 위와 같은 취득세 감면의 경우와 달리 볼 이유가 없다.
③ 구 지방세특례제한법 제22조 제2항 등은 ‘사회복지법인 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 면제하지 않는다.’라고 규정하고 있고, 이와 같이 지방세특례제한법은 토지 중 일부만 재산세 감면요건에 해당하는 경우 그 일부에 대해서만 재산세를 감면하도록 하고 있는데, 이는 확인적 규정으로 볼 수 있다.
주문
원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 대전고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

이유
상고이유를 판단한다.
1. 원고의 상고이유에 대하여
가. 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)은 농업법인의 운영을 지원하고 장려하기 위하여 ‘농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 경우, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.’라고 규정하고 있다.
이 사건 조항의 입법 취지와 문언의 내용 및 관련 규정의 체계 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 농업법인이 재산세 과세기준일 현재 그 소유 토지 중 일부를 영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 일부에 대해서는 이 사건 조항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감된다고 봄이 타당하다.
1) 재산세는 보유하는 토지 등에 담세력을 인정하여 부과되는 조세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하므로 과세표준도 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 실제 이용상황에 따라 구분하여야 한다.
2) 구 지방세특례제한법 제178조 제1호는 ‘부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서만 감면된 취득세를 추징’하도록 규정하고 있는데, 토지 중 일부만을 해당 용도로 직접 사용한 경우의 재산세 감면에 관하여도 위와 같은 취득세 감면의 경우와 달리 볼 이유가 없다.
3) 구 지방세특례제한법 제22조 제2항 등은 ‘사회복지법인 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 면제하지 않는다.’라고 규정하고 있고, 이와 같이 지방세특례제한법은 토지 중 일부만 재산세 감면요건에 해당하는 경우 그 일부에 대해서만 재산세를 감면하도록 하고 있는데, 이는 확인적 규정으로 볼 수 있다.
나. 원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
1) 농업회사법인인 원고는 이 사건 토지에 관한 청주지방법원 2011타경4288호 임의경매절차에서 2011. 11. 14. 대금 2,230,000,000원을 납입하여 그 소유권을 취득하였다.
2) 원고는 이 사건 조항에 따라 이 사건 토지에 관한 2012년 및 2013년 귀속 재산세의 각 100분의 50을 감면받았는데, 위 각 재산세 과세기준일 당시 이 사건 토지의 일부분에 호박 등의 농작물을 경작하였다.
3) 피고는 위 각 재산세 과세기준일 당시 원고가 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하지 않았다는 이유로 2014. 11. 5. 원고에게 2012년 귀속 재산세 등과 2013년 귀속 재산세 등을 부과·고지하는 이 사건 재산세 등 처분을 하였다.
다. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 농업법인인 원고가 위 각 재산세 과세기준일 현재 이 사건 토지 중 일부를 영농에 직접 사용하고 있는 경우 그 일부에 대해서는 이 사건 조항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감된다고 보아야 한다.
그런데도 원심은, 이 사건 조항의 ‘해당 용도에 직접 사용하는 부동산’에 해당하려면 과세 대상 부동산 면적 중 상당 부분을 해당 용도로 사용하여야 하고 일부분을 해당 용도로 사용하는 데에 그치는 경우에는 이 사건 조항이 적용될 수 없음을 전제로, 원고가 이 사건 토지의 상당 부분을 영농에 직접 사용하였다고 볼 수 없어 이 사건 조항이 적용될 수 없다는 이유로 이 사건 재산세 등 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 조항에 따른 재산세 감면요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
2. 피고의 상고이유에 대하여
가. 이 사건 토지가 영농에 사용되었다고 볼 수 없다는 주장에 대하여
피고의 이 부분 상고이유의 요지는, 원고가 취득일부터 1년 이내에 이 사건 토지에 농작물을 경작한 사실이 없거나 설령 경작한 사실이 있더라도 경작한 면적이 극히 일부에 지나지 않아 실질적으로 이 사건 토지 전부를 영농을 위하여 사용하지 않았다고 보아야 함에도 원심이 잘못된 사실인정을 하고 이를 기초로 이 사건 취득세 등 처분 중 영농에 직접 사용한 토지에 관한 부분이 위법하다고 판단하였으므로, 원심판결에 법리오해 등의 잘못이 있다는 취지이다.
그러나 사실의 인정과 그 전제로서 행하는 증거의 취사선택은 자유심증주의의 한계를 벗어나지 않는 한 사실심법원의 전권에 속하는 것인데, 피고의 이 부분 상고이유 주장은 이러한 원심의 사실인정을 다투는 것에 불과하여 적법한 상고이유라고 볼 수 없고, 나아가 기록에 비추어 살펴보더라도 앞서 본 원심의 판단에 논리와 경험의 법칙을 벗어나 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원심이 인정한 사실과 다른 사실관계를 전제로 한 법리오해의 주장 역시 받아들일 수 없다. 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원판결들은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
나. 증명책임에 관한 법리 오해 등 주장에 대하여
원심은, 이 사건 취득세 등 처분 중 영농에 직접 사용한 토지 부분에 대한 부과처분은 위법하고, 직접 사용하지 아니한 토지 부분에 대한 부과처분은 적법하다고 할 것이지만, 제출된 모든 자료에 의하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분의 면적이 특정되지 않으므로, 결국 이 사건 취득세 등 처분은 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당하여 모두 취소할 수밖에 없다고 판단하였다.
관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 취득세 등 감면요건에 관한 증명책임 및 과세처분의 취소범위에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위배하는 등의 잘못이 없다.
3. 결론
그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.