삼성 측과 전문가들은 검찰이 제시한 공소 사실과 정반대 의견을 내놓았다. 먼저 합병 전 과정을 불법으로 보는 시각에 대해 삼성 측은 "합병은 경영상 필요성을 고려한 것으로, 법적으로 문제가 없다"며 "이미 관련 민·형사 재판에서 '삼바 회계 처리는 분식으로 단정할 수 없다'는 결론이 내려졌다"는 입장이다.
 제일모직과 삼성물산의 합병비율은 1대0.
 35로, 삼성물산의 가치가 제일모직의 3분의 1수준으로 평가됐다.
  검찰은 이 부회장이 이런 과정에 직접 관여했다며 삼성 승계 계획이 담긴 '프로젝트G' 문건을 제시했다.
  수사팀은 "미래전략실은 이 부회장 승계를 위한 에버랜드 중심의 승계 계획(프로젝트G)을 수립했고, 그 핵심이 '에버랜드(제일모직) 상장 후 삼성물산과 합병 계획인 사실을 확인했다"고 밝혔다.
  "합병 비율은 삼바 회계 변경 7개월 전에 법대로 산정"삼성 측과 전문가들은 검찰이 제시한 공소 사실과 정반대 의견을 내놓았다.
  먼저 합병 전 과정을 불법으로 보는 시각에 대해 삼성 측은 "합병은 경영상 필요성을 고려한 것으로, 법적으로 문제가 없다"며 "이미 관련 민·형사 재판에서 '삼바 회계 처리는 분식으로 단정할 수 없다'는 결론이 내려졌다"는 입장이다.
  사기적 부정거래 행위가 있었다는 검찰 주장에 대해서는 "합병 비율 조작이 없는 사기적 부정거래는 성립하지 않는다"는 반론이 나온다.
  제일모직과 삼성물산의 합병 비율은 삼바의 회계처리 기준 변경으로부터 7개월 전인 2015년 5월에 산정됐다.
  이 부회장에게 유리한 합병비율을 만들기 위해 에피스의 가치를 높였다는 검찰 측 주장에 설득력이 떨어지는 대목이다.
    이 부회장 측 변호인은 "합병 비율은 법에 정해진 대로 결정된다"며 "대기업 계열사 간 인수·합병 건수가 1000건이 넘는데, 이를 범죄시하면 기업 활동을 하지 말란 의미"라고 지적했다.
  자본시장법에 따르면 상장사의 합병가액 산정 공식이 정해져 있다.
  최종학 서울대 경영학과 교수는 "합병 전 삼바의 회계 처리 변경이 있었어도 주가에는 거의 영향을 주지 못한다"며 "단순 회계처리 변경으로는 영업이익에 변동이 없어 미래가치가 증가하지 않기 때문"이라고 설명했다.
  삼바가 자회사 에피스를 종속회사에서 관계회사로 변경해 기업가치가 증가한 것을 분식회계로 본 검찰 판단에도 반론이 제기된다.
  당시 미국 바이오젠은 에피스 지분 15%를 보유했고, 에피스의 가치가 커지면 추가로 지분을 살 수 있는 콜옵션을 가지고 있었다.
  삼성 측은 "당시 에피스 기업가치가 급등해 바이오젠이 콜옵션을 행사할 가능성이 높아 삼바는 에피스를 종속회사에서 관계회사로 변경했다"는 입장이다.
  실제로 바이오젠은 삼성 측이 예상한 대로 2018년 11월 콜옵션 권리를 행사해 가치가 급등한 에피스 지분을 '50%-1주'를 확보했다.
 