1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었다고 해도 양도가액이 9억 원을 넘는 고가주택이라면 거주 기간 2년을 채우지 못할 경우 장기보유특별공제율이 연간 2%로 크게 줄어든다.
 물론 조정대상지역 내에서 2017년 8월 2일 이전에 취득했다면 거주 요건이 필요치 않으므로 비과세를 받기 위해 2년 이상 거주해야 할 필요는 없다.
  또한 조정대상지역 내 주택이 아닌 경우에는 취득 시점이 언제인지를 불문하고 거주 여부를 고민할 필요가 없다.
  그러나 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었다고 해도 양도가액이 9억원을 넘는 고가주택이라면 2년 거주 요건을 반드시 갖춰야 한다.
  비과세 대상 고가주택도 9억원 초과분에 대해서는 양도세를 내야 하는데 거주기간 2년을 채우지 못할 경우 장기보유특별공제율이 연간 8%가 아니라 연간 2%로 크게 줄어들기 때문이다.
  더구나 10년 이상 보유하면 80%까지 장기보유특별공제를 받을 수 있는 혜택도 2년 거주 요건을 갖추지 못했다면 10년을 보유해도 20%, 15년을 보유해야 간신히 30%만 공제받게 되므로 양도세 부담이 크게 늘어나게 된다.
  이처럼 1세대 1주택자이더라도 고가주택은 2년 거주요건을 반드시 갖춰야 하며, 이는 언제 취득했느냐를 따지지 않는다는 점을 명심해야 한다.
  즉, 고가주택을 오래 보유했더라도 거주한 적이 없다면 1주택자임에도 불구하고 양도세 부담이 더 무거워지기 때문이다.
   2년 못 채우면 양도세만 1억여원 2년 거주 요건에 따라 세부담이 얼마나 달라질까? 가령 1세대 1주택자로서 양도가액 15억원 중 양도차익이 10억원이라면 그중 60%가 비과세 되고, 나머지 40%, 4억원에 대해서만 양도세가 과세된다.
  10년 이상 보유했을 뿐 아니라 2년간 거주했다면 80%의 장기보유특별공제를 받을 수 있다.
  결국 과세대상 양도차익 4억원 중 80%(3억 2000만원)를 공제받은 결과 양도세로 약 1470만원(지방소득세 포함) 정도 된다.
  그러나 만일 거주기간 2년을 채우지 못했다면 어떻게 될까? 2017년 8월 2일 이전에 취득해 10년간 보유했으므로 거주한 적이 없더라도 1세대 1주택 비과세 대상은 맞다.
  다만 과세대상 양도차익 4억원에 대해 장기보유특별공제로 8000만원(20%)만 공제되므로 나머지 3억2000만원에 대해 약 1억1180만원(지방소득세 포함)의 양도세를 내야 한다.
  즉, 거주기간 2년을 채우지 못해 약 9710만원이나 양도세 부담이 더 늘어나는 결과가 된다.
  앞으로 고가주택은 양도세 부담을 줄이려면 거주기간을 최대한 늘려야 한다.
  올해까지는 보유기간별로 연 8%의 공제율이 적용되다가 내년부터는 보유기간 연 4%, 거주기간 연 4%로 구분 적용해 보유기간과 거주기간에 따라 각기 다른 공제율을 적용하기로 했기 때문이다.
 