2003년 4월 청와대에는 신행정수도건설추진기획단이 발족했다. 정부는 2004년 6월 8일 국회도서관·중앙선거관리위원회·사법연수원 등 구체적 이전 대상 기관을 발표했다. 이어 충남 공주·연기를 수도 예정지로 선정했다. 그러자 반대세력은 특별법의 위헌 여부에 대한 헌법소원을 제기했다. 헌법재판소는 그해 10월 21일 수도 이전을 내용으로 하는 '신행정수도 건설을 위한 특별조치법(특별법)'은 위헌이라는 결정을 내렸다. 재판관 9명 중 전효숙 재판관을 제외한 8명이 위헌 의견을 냈다.
 2003년 4월 청와대에는 신행정수도건설추진기획단이 발족했다.
    정부는 2004년 6월 8일 국회도서관·중앙선거관리위원회·사법연수원 등 구체적 이전 대상 기관을 발표했다.
  이어 충남 공주·연기를 수도 예정지로 선정했다.
  노 전 대통령은 "정권의 명운을 걸고 추진하겠다"며 "반대하는 것은 대통령을 불신임하겠다는 것"이라고 말했다.
  그러자 반대세력은 특별법의 위헌 여부에 대한 헌법소원을 제기했다.
    헌법재판소는 그해 10월 21일 수도 이전을 내용으로 하는 '신행정수도 건설을 위한 특별조치법(특별법)'은 위헌이라는 결정을 내렸다.
  재판관 9명 중 전효숙 재판관을 제외한 8명이 위헌 의견을 냈다.
  당시 헌법재판소는 “특별법은 '우리나라 수도는 서울'이라는 헌법 체계상 자명한 불문(不文)의 관습헌법 사항을 헌법 개정 절차 없이 변경한 것"이라며 "이는 헌법 개정을 위한 국민투표권을 침해했으므로 헌법에 위반된다"고 밝혔다.
  헌법재판소 다수 재판관은 불문의 관습헌법을 바꾸기 위해서는 헌법이 정한 절차에 따라 헌법 개정이 이뤄져야 한다고 했다.
       위헌 결정으로 수도 이전 추진 계획은 전면 중단됐다.
  그러자 충청권이 크게 반발했다.
  정치권은 대안 마련에 나섰다.
  2005년 1월 국회 신행정수도 특별위원회는 충남 연기·공주지역에 행정기능을 갖춘 다기능(교육·과학·문화) 복합도시를 건설하기로 합의했다.
  그해 3월 여야는 '신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심 복합도시 건설을 위한 특별법'안을 만들었다.
  연기·공주지역에 행정기능을 이전하는 자족형의 친환경, 인간 중심, 문화정보 도시를 건설하는 게 핵심 내용이다.
  공공건물의 건축과 행정도시 광역교통시설의 건설을 위해 국가 예산에서 지출하는 금액의 상한선을 8조5000억원으로 했다.
     이전 부처는 12부 4처 2청으로 했다.
  정부 부처 가운데 재경·교육·문화관광·과기·농림·산자·정통·보건복지·환경·노동·건교·해양수산부 12부와 기획예산처·국가보훈처·국정홍보처·법제처 4처를 연기·공주지역으로 이전하는 내용을 담고 있었다.
    그러나 '행정도시 특별법'에 대해서도 헌법소원이 청구됐다.
  이석연 변호사는 2005년 6월 "특별법이 담고 있는 주요 정부 부처의 지방 이전은 헌재의 결정 취지에 어긋나는 사실상의 수도 이전"이라며 헌법소원을 냈다.
  그런데 행정도시 특별법은 합헌이라는 결정(청구 각하)이 나왔다.
 