ISA는 고소득자에 유리한 구조로 설계되어 있으며 시정을 위해 가입조건을 소득 1억원 이하로 제한 시 세소감소분이 줄어들 것이다. 그러나 이 경우 제도 축소로 도입 의의가 훼손 될 수 있다.
ISA는 가입금액 및 가입기간의 제한을 통해 고소득자에 혜택이 집중되는 것을 방지하였으나, 그럼에도 상대적으로 고소득자에 보다 유리한 구조로 설계되어 있는 것이 사실이다. ISA 외에도 조세 혜택을 제공하는 비과세 · 감면 상품 중 고소득자도 가입할 수 있는 상품의 종류가 취약계층에 특화된 상품보다 다양하다. 만약 이를 시정하고자 ISA의 가입조건을 소득 1억원 이하로 제한한다면 가입대상자로 추정되는 인원 중 약 25만명이 제외될 것이며, 이로 인해 세수감소분은 향후 5년 간 약 2천억원 줄어들 것으로 예상된다. 다만, 소득 간 형평성을 위해 가입 시 소득조건을 추가한다면 세수감소분은 줄어들 것이나, 제도가 축소되어 당초 ISA 도입의 의의가 훼손될 수 있음을 감안해야 할 것이다.