현재 비인가 대안학교들은 방치되어 있기에 비정상적 현상들이 일어나지만 교육부와 교육청은 별다른 조치를 하지 못하고 있다. 따라서 서양처럼 투명성, 공명성, 교육책무성에 대한 강력한 관리감독을 유도하는 정책이 필요하다. 또한 교육문제에 대한 종합적인 시각을 정책적으로 구현할 필요가 있다.
다섯째로는 관리와 감독의 체계를 통해 공공성과 투명성, 교육책무성을 확보하는 것이다. 앞에서 언급한대로 현재 비인가 대안학교들은 실정법대로 폐쇄되지도, 그렇다고 그 긍정적인 역할을 인정받지도 못한 채 방치되어 있다. 그 과정에서 다양한 비정상적 현상들이 일어난다. 대안교육의 이름을 빌어 사적 이익을 추구하거나, 특정 종교의 포교적 목적을 추구하거나, 세속적 욕망을 대안적이라는 표현으로 포장하거나, 교육기관으로서 학생들의 안전과 학습을 보장하지 못하는 경우들이 시나브로 늘어가고 있다. 그럼에도 불구하고 교육부와 교육청은 대안교육에 대한 인식부족으로 인가 여부를 따지는 것 말고는 별다른 조치를 하지 못하고 있다. 오히려 서구의 사례들처럼 대안교육의 설립과 운영에 진입 장벽을 낮추는 대신 공공성과 투명성, 교육책무성에 대한 강력한 관리감독을 통해 긍정적인 측면을 계발할 수 있도록 유도하는 정책이 필요하다. 마지막으로는 교육문제에 대한 종합적인 시각을 정책적으로 구현할 필요가 있다. 학교 안 청소년은 교육부가, 학교 밖 청소년은 여성가족부가 맡고 있다 보니 지역에서 교육청은 학업중단예방을 통해 학교 밖으로 내보내지 않는 데에만, 지자체는 학교밖청소년지원센터(꿈드림)를 통해 일탈방지와 학교복귀에만 초점을 맞추고 있다. 그 과정에서 실질적으로 학교 밖 청소년들을 지원하고 있는 비인가 대안학교들은 어느 쪽에서도 지원받지 못하고, 비인가 대안학교에 다니고 있는 학생들은 여러 가지 편견과 결핍, 위험과 차별의 상태에 놓이게 된다. 학교중심 정책에서 벗어나 청소년들의 삶과 복지, 교육과 진로에 대한 종합적이고 현실적인 정책이 요구된다.