시가총액법은 무형자산의 가치라고 간주되나, 비상장기업에는 적용불가, 장부상 자산의 과소평가, 주식자산의 변동성 등의 이유로 기업의 정확한 가치추정에는 한계가 있다.
시가총액법은 기업 시장가치에서 장부가치를 차감한 부분을 무형자산의 가치라고 가정하고 있다. 계산이 간편하다는 장점이 있는 반면, 비상장기업의 경우에는 적용할 수 없고, 장부상 자산이 원가 이상의 가치를 갖지 않는다고 암묵적으로 가정함으로써 무형자산을 과대 계상하고 장부상 자산을 과소평가할 가능성이 있다. 또한 주식시장가치 자체가 자산의 근본가치와 관계없이 매 순간 변동하고, 장기 성장보다 단기 성장 예측에 의존하고 있다는 점으로 인해 시가총액법에 의한 지식자본의 가치가 적절한 정보로서는 많은 한계가 있다고 지적되고 있다(특허의 경제적 가치 추정, 2012).