환자 본인이 입원을 결정해도 보호의무자에 의한 입원으로 처리된 경우가 많은데, 이는 환자 스스로 퇴원을 결정하지 못하도록 보호의무자에 의해 입원하게 했을 것이다.
또한, ‘환자의 의견이 반영된 경우’에도 ‘보호의무자에 의한 입원’으로 처리되는 경우가 많다고 한다. 2008년 국가인권위원회 실태조사 결과에 따르면, 조사대상자 1,984명 중 ‘나의 의견이 반영되어 입원하였다’라고 응답한 환자는 782명이었으나, 그 중 실제 ‘자의입원’ 처리된 경우는 34.7%에 불과했고, 62.4%는 보호의무자에 의한 입원으로 처리되었다. 그 원인으로 자의입원은 환자가 퇴원을 신청하면 지체 없이 퇴원시켜야 하므로, 입원 입소자 스스로가 자신의 퇴원을 자유롭게 결정하지 못하도록 가급적 보호의무자에 의한 입원을 유도했을 것으로 추정된다는 지적이 있다.