통합관리시스템의 부서별 처리절차는 콜센터에서 1차 처리된 민원은 민원배분팀에서 담당할 실・과를 배분한 후 결재・답변 처리가 이루어 진다. 이후 사후관리팀에서 처리결과 분석을 통한 관리를 진행한다.
통합관리시스템의 부서별 처리절차를 정리해 보면 아래 그림과 같다. 첫 번째는 콜센터이다. 콜센터에서 전화나 인터넷 등 모든 민원을 즉결처리할 수 있도록 1차 처리하고 나머지는 부서 또는 담당자지정을 위해 민원배분팀으로 이관한다. 두 번째는 실・과 배분을 담당하는 (가칭)행복소팀이다. (가칭)행복소팀에서는 제안이나 익명성이 있는 특별민원을 제외하고 일반 민원에 대해 처리할 실・과를 배분한다. 세 번째는 실・과로 민원을 배분받은 실・과에서는 기존 민원처리와 같은 방식으로 민원을 결재・답변처리하면 된다. 마지막이 사후관리팀이다. 사후관리팀은 현재 민원조사팀이 담당하게 된다. 사후관리팀은 처리결과를 모니터링하여 불가 또는 불만족처리된 민원에 대해 재조사를 통해 민원만족도가 향상될 수 있도록 관리하게 된다.