유동화 후에 공사로부터 신탁에게로 보금자리론의 소유권이 이전되고, 보금자리론의 부도는 공사의 리스크가 아니게 되지만, MBS 풀의 보금자리론의 원리금 미납 등으로 선순위 MBS의 원본 및 예정배당수익을 지급하지 못하면 공사가 이를 부담한다.
한편 유동화 이후의 신용리스크 측정 방식은 이와 다소 상이한데, 이는 공사의 신탁에 대한 지급보증 때문이다. 보금자리론 대출은 공사가 취급은행으로부터 이를 양수한 이후에는 공사의 재산으로 인식된다. 따라서 보금자리론 차주의 부도는 공사의 직접적 신용리스크가 된다. 반면 유동화 이후에는 보금자리론이 공사의 재산이 아닌 신탁의 재산이 되므로 엄밀한 의미에서 유동화 이후 보금자리론의 부도 발생으로 인한 원리금 미회수는 신탁의 리스크이지 공사의 리스크는 아니다. 다만 공사는 선순위 MBS의 원본 및 예정배당수익에 대한 지급을 보증하고 있다. 즉, MBS 풀에 편입된 보금자리론의 원리금 미납 등으로 선순위 MBS에 대해 지급을 하지 못하면 공사가 공사의 부담으로 이를 지급하겠다는 것이다. 이러한 지급보증 약정과 관련하여 발생할 수 있는 리스크는 MBS의 만기 시점에 잔존할 수 있는 지급보증금액의 발생 가능성이다.