마을기업 키우기 사업은  ‘자립형 지역공동체 사업’을 선정으로 시작되었으며 「2011년 마을기업 육성 시행지침」이 지자체에 통보 된 후 본격적으로 진행되었다. 
마을기업 육성사업은 2009년 12월 24일 개최된 비상경제대책회의에서 희망 근로 프로젝트 이후의 안정적인 일자리 대책으로 ‘커뮤니티비즈니스’의 시범 도입 필요성이 보고됨에 따라 논의되기 시작한 이후 2010년도에 184개 ‘자립형 지역공동체 사업’의 선정을 시작으로 시범 도입되었다. 그 뒤 취약계층을 위한 일자리 사업인 ‘지역공동체 일자리 사업’과의 차별화 및 마을공동체 단위의 소규모 단체를 기업으로 육성하겠다는 취지를 반영하여 사업명칭을 ‘자립형 지역공동체 사업’에서 ‘마을기업’으로 변경하였고, 「2011년 마을기업 육성 시행지침」이 2011년 1월 25일 지방자치단체에 통보됨에 따라 마을기업 육성사업이 본격적으로 추진되기에 이르렀다.