디지털 서버의 압수수색은 모든 파일을 열어보아야 하므로 사생활의 침해를 피하기 어렵다. 형사소송법에서는 디지털 증거의 특성상 다른 조건이 추가되기도 하고, 한 사건 증거 탐색에 추가범죄가 발견되기도 한다.
그런데 그뿐 아니라 디지털 증거의 압수 ･ 수색에서도 관련성 문제가 발생하고 있다. 디지털 증거는 비가시적인 특징을 가지고 있기 때문에 모든 파일을 열어보아야 하므로 개인의 프라이버시(privacy)를 침해하지 않으면서 범죄와 관련된 증거로 한정하여 압수하거나 증거로 제출하는 것이 쉽지 않다. 특히 디지털 증거와 관련된 규정이 형사소송법에서는 거의 없기 때문에 아날로그 증거에 적용되는 규정이 적용되고, 때로는 디지털 증거의 고유한 특성으로 인해 무결성과 같이 다른 요건이 추가적으로 요구되기도 한다. 또한 디지털 증거의 특성상 하나의 범죄에 대한 증거를 탐색하는 과정에서 다른 범죄의 증거가 발견되는 경우도 매우 빈번하기 때문에 이를 아날로그 증거와 같은 방법으로 처리할지, 달리 처리할 것인지도 문제시된다.