PPP사업은 불확실성으로 오랜 준비와 장기적인 계획이 필요하다. 가격으로 판단하는 재정사업 입찰은 PPP사업 특징상 적용되기 어렵기에 정부 기관은 이를 이해하여 예산을 편성할 필요가 있다.
공기업과 PPP 사업에서 발생하는 위험과 불확실성이 상대적으로 높기 때문에 장기적인 관점에서의 계획이 필요하다. 또한 매년 정부 예산으로 추진되는 사업과 달리 PPP 사업의 경우 많은 준비기간이 소요된다. 가장 낮은 가격이 입찰되는 재정사업은 민자 적격성(value-for money) 원칙과 생애주기비용(life cycle costing) 원칙을 적용하는 PPP 사업과 상충된다. 이에 국가개발기획부와 재무부는 재원조달의 두 방식의 차이점을 이해할 필요가 있으며, 이들을 단일 예산편성 과정으로 통합할 필요성이 있다. 우선적으로 PPP 사업에 임시 예산을 편성하는 것이 한 방안이 될 것이며, 추후 통합예산체계의 도입을 통해 보다 정확하고 통합적으로 예산을 관리할 필요가 있다.