일부 사용자는 노조의 개별교섭에서 조합원을 차별하여 특정노조를 약화시키는 일이 생겨난다. 이는 사업자가 노조의 단체교섭권 행사절차를 자유로 결정하는 구조와 개별교섭 시 사용자 의무 및 위반에 대한 지침이 없기 때문이다. 부당 노동행위에 대한 형사처벌 및 손해배상은 가능하나 약화된 노조의 조직력 회복은 어려운 일이다.
노동현장 일부에서는 사용자가 개별교섭에서 노동조합 또는 노동조합원을 차별하는 방식으로 특정 노조를 약화시키는 사건이 종종 발생하고는 한다. 이는 현행 교섭창구 단일화 제도가 사용자가 기업의 노동조합 설립상황에 따라 노동조합의 단체교섭권 행사방식을 자유롭게 결정할 수 있도록 하는 구조로 설계되어 있을 뿐만 아니라, 개별교섭 시 사용자의 의무 및 그 의무위반에 대한 명시적 규정을 두지 않은 탓이기도 하다. 대상판결은 개별교섭 시에도 사용자는 중립의무를 부담하고, 이에 위반하는 경우 불법행위 또는 부당노동행위로 의율할 수 있다는 점을 명확히 한 점에도 큰 의의가 있지만, 동시에 현행 부당노동행위제도가 가지는 한계도 명확히 보여준다. 이 사건에서 최초 교섭요구 노동조합을 확정할 당시에는 제1노조가 다수노조의 지위에 있었으나, 개별교섭을 통해 제2노조 조합원에게 무분규 격려금이 지급된 시점에는 제2노조의 조합원이 증가하여 제2노조가 다수 노조가 된 반면 제1노조의 조합원 수는 급격히 감소하였다. 부당 노동행위를 확인받음으로써 사용자에 대한 형사처벌 및 손해배상은 가능하게 되겠지만 이미 약화된 노동조합의 조직력이 다시 원상회복되기란 쉽지 않은 일이다.