MIP 운영에 대한 특허청 지원 중단이나 타대 선정으로 인한 학생들의 몰림 현상이 학사 혹은 입학행정과 관련하여 문제를 일으킬 수 있어 구성원의 동의를 받아야 한다.
그리고 MIP 운영 대학 선정과 관련하여 학생들이 민감하게 반응한다는 점이다. 즉 5년간의 장학금 혜택이 있을 동안에는 선정된 대학을 중심으로 운영되다가 이에 대한 특허청의 지원이 중단되거나 다른 대학이 MIP로 선정되면 학생들의 쏠림 현상이 나타날 수 있다는 점이다. MIP 교육과정은 대학의 입장에서 보면 정원 외로 학생을 뽑는 과정이 아니고 일반대학원의 정원 내에서 학생을 선발하여야 하기 때문에, 대학 내의 정원조정이라는 학사 내지 입학행정과 관련하여 아주 심각한 문제를 일으킬 수 있다. 즉 대학구성원의 동의를 받아야 하는 중대한 문제가 있다.