청년공제의 가입률을 높이기 위한 여러 행태가 가입률에만 집중되면 사중손실로 효율성 저하 및 자원배분의 문제가 발생, 열악한 근로조건 기업의 참여로 고용유지율 저하가 올 수 있으므로 사중손실의 발생 가능성을 최소화하기 위한 방법이 필요하다.
2017년도 집행실적과 같이 청년공제의 가입률이 100%에 적잖이 못 미칠 경우 사중손실이 발생하더라도, 사중손실이 유발되는 지원은 다른 여지없이 임금보조금의 지원을 통한 고용증대 및 근속유도의 사례로 고려될 것이기에 사중손실은 동 사업의 성과판단에 있어 중요하게 다루어지지 않게 된다. 그러나 2018년 같이 가입률이 조기에 100%에 이르며 물량이 소진되고, 혹여나 물량 제한으로 인해 가입을 하지 못하는 사례가 상당수 발생하게 되면, 청년공제에서 초래되는 사중손실은 동 사업의 성과판단을 위한 중요한 기준으로 고려될 수밖에 없다. 결국 정부 및 정책관계자들은 가입률을 높이기 위한 여러 조치와 관리․운영기관의 가입승인 및 채용알선 행태가 단순히 가입률 제고에만 초점이 맞추어질 경우 사중손실에 의한 효율성 저하 및 이에 따른 자원배분의 왜곡 문제가 발생하고 열악한 근로조건을 갖춘 기업의 사업참여로 인한 고용유지율 저하가 초래될 수 있음을 고려해야 하며, 이 같은 사중손실의 발생 가능성을 최소화하기 위한 조치들을 강구할 필요가 있다.