R&D예산은 「과학기술기본법」에, 재난안전관리예산은 「재난안전법」에 근거한다. 예산편성은 미래창조과학부와 기획재정부, 국민안전처가, 계획수립은 미래창조과학부와 국무총리실이, 심의는 국가과학심의회와 국가안전중앙위원회가 한다.
먼저 R&D예산은 「과학기술기본법」에 근거하고 재난안전관리예산은 「재난안전법」에 근거하는데, 이들 모두 세부적인 예산분류 기준이 존재한다는 측면에서는 공통점이 존재한다. 예산편성과 관련한 역할 분담을 살펴보면, 주요 R&D예산 배분･조정 및 평가는 미래창조과학부에서 담당하며 기획재정부는 이에 대한 총량관리 및 예산편성을 담당하는 반면, 재난안전 관리사업 예산은 국민안전처에서 사전협의권을 갖고 있으며 기획재정부에서 예산편성을 담당하는 체계를 갖고 있다. 전체적인 중장기 계획수립과 관련하여, 과학기술기본계획은 예산편성의 주체인 미래창조과학부가 작성하는 반면 국가안전관리기본계획은 국무총리실에서 작성한다는 점에서 차이를 보이고 있다. 또한, R&D 예산 투자방향은 국가과학심의회에서 심의하는 반면 재난안전예산의 투자방향은 국가안전중앙위원회에서 심의한다.