2006년 들어 일본의 총리가 아베 신조로 바뀌면서 한국 및 중국과 관계 개선을 위해  한·중·일 정상회의의 복원을 시도하였다. 그 결과 서울에서 한·일 정상회담이 성사되었으나 아베 총리는 정상회담 개최의 전제조건이었던 야스쿠니 참배 자제에 대해 확답을 하지 않았다.
2006년 들어 일본의 총리가 고이즈미에서 아베 신조로 바뀌면서 경색되었던 한·일 및 중·일 관계는 새로운 국면으로 전환되었다. 새로 취임한 아베 총리는 한국 및 중국과의 관계개선을 위해 전향적 태도를 취할 수 있다는 시그널을 보내면서 한·중·일 정상회의의 복원을 시도하였다. 그 결과, 한·일 양국은 2006년 10월 9일 서울에서 양자 정상회담을 개최하였다. 한국 정부는 ‘야스쿠니 신사 참배를 자제할 것, 독도 영유권 문제를 제기하지 않을 것, 그리고 역사 교과서 왜곡 등 역사인식 문제를 악화시키지 않을 것’ 등을 정상회담 개최의 전제조건으로 상정하였다. 이에 대해서 일본은 일본총리의 야스쿠니 신사 참배를 결코 허용하지 않겠다는 한국 정부의 분명한 입장을 인식했다고 응답하였고, 이에 따라 한·일 정상회담이 아베 총리의 중국방문 직후 서울에서 성사되었다. 하지만 아베 총리는 노무현 대통령과의 청와대 정상회담에서 향후 야스쿠니 참배 여부에 대해 확답하지 않고 “외교적, 정치적으로 문제가 되고 있다는 점을 감안해 신중하게 하겠다”는 뜻을 피력하였다.