노사정위원회 활동 결과로 합의된 2/6사회협약 내용과 입법 내용에 차이가 발생하자 노동계는 노사정위원회를 불신하게 되었다. 결국 민주노총은 노사정위원회의 참여를 거부하며 2/6사회협약은 그 동력을 잃게 되었다.
정부 또한 노동계와의 합의사항을 변형 혹은 축소시켜 협약이행에 있어서 문제점을 노출시켰다. 1998년 2월 14일 노사정 합의안에 대한 입법과정에서 노동계가 강력히 요구했던 정리해고자의 재고용 노력에 대한 의무조항이 포함되지 않았으며 노사정위원회에서 합의되었던 근로자파견제 안건에 대해서도 정부는 일방적으로 근로자파견제의 적용대상 업종을 광범위하게 규정하여 합의사항을 변형시켰다. 이처럼 노사정위원회 활동의 결과로 합의된 2.6사회협약 내용과 입법내용에 차이가 발생하자 노동계는 노사정위원회를 불신하게 되는 계기가 되었다. 결국 2.6사회협약 이후 내부 갈등을 겪은 민주노총은 1998년 3월 31일 새로운 지도부를 구성하고 민주노총의 자주성 제고, 정리해고 철폐, IMF와의 재협상 등의 강경노선을 밝히면서 노사정위원회의 참여를 거부하게 되어 2.6사회협약은 그 동력을 잃게 되었다.