고등교육에는 고질적 문제가 많은데, 고등교육분야의 재정적 열악함, 배분방식, 교부금법 설치 등도 국가교육위원회의 해결이 필요한 바, 분과위원회 설치도 요구된다.
고등교육에 대한 문제는 매우 고질적인 문제 지점들이 많은데, 고등교육분야의 재정의 열악함이 국가교육위원회가 해결해야 할 사안이라고 우선 언급하고 있었음. 또한 사업 기반으로 이루어지는 고등교육재정 배분 방식은 정치적 의도, 대학의 갈등야기 등의 요인으로 지적되고 있으며, 고등교육재원 교부금법 설치 등 교육부에서 다루지 못한 대학의 자율적 권한을 국가교육위원회의에서 다루어줄 것을 당부하고 있었음. 또한 국가교육위원회의 조직 면에서 고등교육 분과위원회가 설치되어 그 기능을 담당해 줄 것도 요구하고 있었음. 새로운 기구에 대한 요구와 바람이 컸음이 확인되었음.