학생들의 낮은 학습 흥미도와 행복도의 원인인 입시위주의 교육방식에서 벗어나 학생들이 스스로 꿈과 끼를 찾고 자기주도 학습을 통해 역량을 개발하는 것이 자유학기제의 목적이다.
따라서 자유학기제의 목적이 “학생들이 행복한 학교생활 속에서 스스로 꿈과 끼를 찾고 창의성, 인성, 자기주도 학습능력 등 미래사회가 요구하는 역량을 배양하는 것”이라는 점을 보다 명확히 할 필요가 있다. 이러한 목적은 그동안 제기된 입시위주 학교교육의 문제점들에 대한 성찰이 담겨있다고 할 수 있다. 현재 한국 학생들이 OECD PISA와 같은 국제 학업성취도평가에서 성적은 세계적 수준임에도 학습 흥미도가 매우 낮고 자신의 진로와 적성에 대해 생각할 여유를 갖지 못할 뿐만 아니라, 정작 그들이 살아갈 사회에서 필요로 하는 핵심역량을 제대로 함양하지 못하는 데에 대한 우려가 커지고 있기 때문이다. 특히 최근에 중학교에서 학교 폭력과 자살이 늘어나면서 학생들의 낮은 행복도가 사회적 관심사로 부각됨에 따라 학생의 행복도를 높일 수 있는 교육이 절실히 요구되고 있다.