손실보상청구권은 상표권 설정등록 후 행사할 수 있으며 3년간 행사하지 않거나 제3자가 불법행위로 출원등록상표를 사용한 후 10년이 지나면 시효로 소멸된다. 
손실보상청구권은 상표권의 설정등록이 있은 후에 행사할 수 있다. 출원 또는 출원 공고된 모든 상표가 등록되는 것이 아니므로, 만약 상표권의 설정등록 전에 청구권의 행사를 인정하게 되면, 해당 상표가 등록되지 못한 경우에 이해관계의 조정이 곤란해지기 때문이다. 한편, 제5항의 규정에 의하면 민법 제766조의 손해배상청구권의 소멸시효 규정이 일부 수정되어 준용되므로, 손실보상청구권은 당해 상표권의 설정등록일로부터 3년간 행사하지 아니하거나 제3자가 정당한 권원없이 출원등록상표를 사용한 날(즉 불법행위를 한 날)로부터 10년을 경과한 때에는 시효로 인하여 소멸한다.