평가항목이 너무 많을 경우에는 대학에 평가업무 부담을 강화하고 평가운영의 비효율을 초래할 수 있지만 평가항목이 너무 적은 경우에는 수혜 자격을 검증하는데 한계가 있을 수 있다.
둘째, 평가항목 수 및 항목별 평가방법의 지나친 다양성도 문제이자 해결해야 할 과제로 들 수 있다. 사업에 따라 3개의 평가항목으로 평가가 실시되는 경우부터 20여 개 이상의 항목으로 평가가 이루어지는 경우도 있다. 본 연구에서 기관 또는 팀 단위 지원 사업만을 분석대상에 포함하였는데 이 정도의 차이를 나타낸다면 개인단위 지원사업까지 포함할 경우는 이보다 더 큰 차이 발생할 수 있음을 의미한다. 평가항목이라는 명칭은 동일하게 사용하지만 실제로 평가하고자 하는 내용에는 그 수준에 큰 차이를 확인할 수 있다. 평가항목이 너무 많을 경우에는 대학에 평가업무 부담을 강화하고 평가운영의 비효율을 초래할 수 있지만 평가항목이 너무 적은 경우에는 수혜 자격을 검증하는데 한계가 있을 수 있다.