고려시대와 조선시대의 고공사는 성격이 다르다. 후자는 출근도 엄격하게 관리하는 분위기였고 항상 관리 감독 하에 운영이 이루어지는 곳이였다. 반면, 전자는 더 편안한 분위기였다. 이는 6조의 아래로 편성을 수정한 속아문 체제 이후로 변하게 되었다. 
<경국대전>을 보면 이조에는 문선사(관직 임명, 과거 등을 담당), 고훈사(훈작 포상), 고공사(출근, 휴가 담당)라는 3개 부서가 있었다. 고공사를 예로 들면 고려시대에도 고공사는있었다. 관원조직도 비슷하고, 임무도 같았다. 그런데 고려시대의 고공사는 이부(이조)에 속한 부서가 아니라 독립관서였다. 현대인의 상식에 어떤 관청을 독립시킨다면 주변의 영향을 받지 않고 강하게 임무를 추진하기 위해서인 경우가 많다. 하지만 고려시대는 이유가 그 반대였다. 출근부 규정이 있고, 고공사도 있지만 별로 일을 하지 않았다. 휴가 규정은 아주 느슨했다. 휴가를 줄 수 있는 사연, 기한, 절차 등을 세밀하게 정한 것은 세종 때부터이다. 고려 때의 휴가규정은 최대 100일, 또는 200일까지 봐준다. 정도의 대략적인 규정뿐이었다. 즉 조선의 고공사라면 모든 관청의 출근부를 항상적으로 점검하고 휴가규정도 관리해야 하니 매일 출근해서 일을 해야 하고, 이조의 장관은 고공사가 잘 돌아가는지를 항상 관리 감독해야 한다. 하지만 고려시대에는 출근부도 잘 관리하지 않고, 휴가는 부서장에게만 말하고 적당히 알아서 가면 되었다. 고공사가 바빠질 때는 가끔 관원의 기강을 잡아야 하거나 무슨 특별한 일이 있을 때이다. 그래서 분명히 이부 안에 있어야 할 부서를 밖에 떼놓은 것이다. 고공사 말고도 다른 관서들도 거의가 6부에 속하지 않고 독립되어 있었다. 사정이나 이유는 고공사와 같았다. 이들을 모두 6조의 예하 부서로 쓸어 넣고 상시적인 행정부서로 작동하게 한 것은 조선시대부터이다. 이것을 속아문 체제라고 한다. 고공사는 그래도 형식은 상설관청이었다. 그 외의 많은 관청은 임시기구였다. 도적을 체포한다거나 노비 재판을 한다, 소와 말의 도살을 금지한다 등의 임무를 맡은 관청이 상설이 아니라 필요할 때 한시적으로 설치했다가 폐지하는 임시관청으로 유지됐다.