심의위원회와 기금 운용 위원회의 역할도 고민해야 한다. 심의위원회는 기금 수입과 지출에 관한 중요사항을 결정하며, 기금 운용 위원회는 기금 운용만을 담당한다. 하지만 심의위원회의 위원장은 주무부처의 소속 공무원인 ‘차관’이, 기금 운용 위원회는 주무부처의 장인 ‘장관’이 맡고 있어 역할이 전도되어 있다.
이와 관련하여 심의위원회와 기금운영위원회 상호 간의 역할에 대해서도 고민할 필요가 있다. 심의위원회는 대개 기금수입의 원천인 ‘보험료’와 관련한 중요사항과 기금지출의 핵심인 ‘급여’와 관련한 중요사항을 결정하기 때문에 사업 전반에 걸친 주(主)된 역할을 담당하며, 기금운용위원회는 기금운용이라는 상대적으로 종(從)된 역할만을 담당한다. 하지만 심의위원회의 위원장은 주무부처의 소속공무원인 ‘차관’ 이, 기금운용위원회는 주무부처의 장인 ‘장관’이 맡고 있어 서로 역할이 전도되어 있다. 이렇게 된 이유는 국가재정법에서 기금운용위원회의 위원장을 기금관리주체의 장이 맡도록 했기 때문이라고도 생각되는데(국가재정법 제74조 제3항), 그렇다면 기 금을 별도로 설치하지 않은 국민건강보험의 경우 건강보험재정운영위원회를 주무부 처인 보건복지부가 아니라 국민건강보험공단의 하부조직으로 설치하고(국민건강보 험법 제33조 제1항), ―다른 사회보험의 경우 주무부처 장관이 직접 기금 운용의 심의･의결에 관여하는 것과 달리― 그 위원장도 공단 이사장이 아니라 공익을 대표하는 위원 중에서 호선하도록 한 취지와도 어울리지 않는다고 할 것이다.