 동태적 모형을 사용하여 한/일 FTA의 경제적 효과를 추정한 KIEP와 한국경제연구원의 연구결과는 유사하게 나왔지만 KIEP의 추정치가 KERI보다는 높게 나타났다. KIEP는 동태적 다국가 CGE 모형을 사용한 반면, KERI는 양자간 무역분석모형을 사용하여 차이가 발생하였다. 
 한편, KIEP와 한국경제연구원(KERI)은 동태적 모형을 사용하여 한/일 FTA의 경제적 효과를 추정하였는데, 대체로 그 결과는 유사하게 도출되었다. KIEP의 연구는 추정기간을 FTA 체결 후 20년으로 설정한 반면, KERI의 연구에서는 KIEP의 연구보다 짧은 10년으로 설정되었다. 시뮬레이션 결과에 따르면, 대세계 무역수지에 대한 추정치를 제외하고는, GDP, 투자, 수출과 수입에서 동일한 방향(+)의 추정치를 제시하고 있다. 다만 KIEP의 연구가 제시하는 추정치가 KERI의 추정치보다는 높게 나타났다. 이러한 차이는 시뮬레이션 모형과 관련이 큰데, KIEP의 연구는 생산성의 변동이 내생적으로 결정되는 동태적 다국가 CGE 모형을 사용한 반면, KERI의 연구는 지역별로 연관된 투입-산출 모형(Linked IO Model)인 양자간 무역분석모형(BTM: Bilateral Trade Model)을 사용하였다. 여기서 산업연관모형은 수요 및 생산에서 고정계수를 가정하고 있어, 정책을 변동시킬 때 그 파급효과가 과소추정되는 경향이 있다. 또한 한/일 2개국간 모형이기 때문에 제3국과의 교역에 있어서 그 영향이 제대로 반영되지 못하는 문제점이 있다.