성과 지표에 따라 상이한 결과가 나타나는 점에 대한 제도적 보완이 필요하며 정보화, R&D 부문에 대한 성과 지표의 요인에 대해 보다 심도 있는 분석이 필요하다고 주장하였다.
윤기웅･유승현(2014)은 재정성과목표관리제도의 신뢰성과 타당성을 저해할 수 있는 요인을 분석하기 위해 2011년도 회계연도 성과계획서 및 성과 보고서를 제출할 의무가 있는 기관 47개를 대상으로 실증분석을 실시하였다. 연구에서는 성과 지표의 특성(계량화 여부, 단계적 속성, 만족도 여부 등), 사업의 특성(기관 유형, 사업 분야, 사업 유형 등)으로 구분하여 특성들이 성과 달성도에는 어떠한 영향이 미치는지에 대한 실증분석을 시행하였다. 분석 결과를 살펴보면 정부 사업 중 목표치를 달성하지 못한 비율은 전체 지표의 15% 정도로 나타나 성과 목표치에 대한 신뢰성이 미흡하다고 설명하고 있다. 또한 사업의 단계 특성인 과정지표가 결과 지표에 비해 기관 목표를 미달성할 수 있으며 사업의 내용, 정성지표의 비율, 계량화 여부, 중앙행정기관과 기타기관 등에 따라 성과는 다르게 나타나는 결과를 보여주고 있다. 따라서 중앙정부의 사업 관리는 잘되고 있다고 판단할 수 있으나 성과 지표에 따라 상이한 결과가 나타나는 점에 대한 제도적 보완이 필요하며 정보화, R&D 부문에 대한 성과 지표의 요인에 대해 보다 심도 있는 분석이 필요하다고 주장하였다.