계획수립자들은 도시관리계획을 수립할 때 국토부의 지침들을 참고한다. 그런데 자의적인 해석이 가능해 환경부 지침과 충돌할 수 있다. 환경부 지침이 경시될 수 있는 것이다.
계획수립자들이 도시관리계획(재정비) 수립 시 우선 참고하는 것은 국토부의 지침들이다. 국토부의 지침은 유연성을 강조하는 경향이 있어서 수립자에 따른 자의적인 해석이 가능하다는 단점이 있다. 유연한 도시관리계획 수립 지침을 통해 수립한 계획 내용은 향후 환경부와 협의 시 상대적으로 구체적인 기준을 제시하는 환경부 지침과 충돌하는 경우가 발생할 수 있다. 일부 수립자들은 환경부 지침을 미리 고려하여 이러한 상황을 피하는 경우도 있지만, 특히 상위 시·도의 승인을 요하지 않는 대도시 등은 협의권자인 환경부 지침을 상대적으로 경시할 가능성이 있는 것으로 판단된다.