법원은 병역거부자들의 양심을 '분명하지만 가변적인 신념'이라고 모호하게 규정하여 현재 누군가의 대체복무의 기회를 박탈하고 있고, 양심 심사를 위해 학생 생활기록부, 부모의 확인서, 소속 집단의 교리 등을 조회한다. 이러한 법원의 판단 방식은 헌법의 양심의 자유를 보호하는 것으로 보기 어렵다. 
입법논의는 지지부진한 사이에 그동안 미뤄졌던 재판들이 재개되고 있다. 헌재 결정 이전에 형사처벌을 감수하면서도 병역거부를 선택했던 이들의 ‘양심’에 대한 판단이 이루어지고 있는 것이다. 법원은 깊고 확고하며 진실한 신념이 양심이라고 하면서도 ‘반드시 고정불변하는 것은 아니지만, 그 신념은 분명한 실체를 가진 것으로서 좀처럼 쉽게 바뀌지 않는 것이어야 한다’고 설명하고 있다. 이 설명의 모호함처럼 지금 법정에서 누군가는 양심적 병역거부자임을 부정당하고 대체복무의 기회를 박탈당하고 있다. 양심을 심사하기 위해 학생시절 생활기록부와 (정상가족을 전제로 한)부모의 확인서, 소속된 집단의 교리나 지침을 요구하고 게임기록을 조회한다. 지극히 개인적인 양심을 판단하면서 그 개인이 소속된 집단을 기준으로 삼는 경우가 많다. 신념을 외부로 표출하는 활동이 없다는 이유로 유죄를 선고받기도 하지만 활동이 없어도 무죄를 선고받기도 하고, 활동에 대한 증명을 한다고 해도 삶의 전부가 아닌 일부분일 뿐이라며 유죄를 선고하기도 한다. 법원에 의하면 병역거부의 과정에서 겪게 되는 수많은 고민들은 신념의 실현을 위한 치열하고 진지한 성찰이 아니라 ‘확고하지 않아 가변적이고 유동적이기 때문에 진정한 양심이 아니라고 판단하게 된다. 정부안에 포함된 예비군의 병역거부는 지금 법원의 논리로는 진정한 양심이라고 볼 수 없게 된다. 이러한 방식의 판단은 헌법에서 말하는 양심의 자유를 보호하는 것이라고 보기 어렵다.