돌봄서비스의 통합적 운영을 위해 각 관련 부서가 모두 참여를 해야 한다. 또한 현재와 같이 지자체와 교육지원청이 분리되지 않고 통합된 새로운 변화가 필요하다. 이런 변화 전 중요한 바는 두 기관 간의 협력이며 학교와 지역사회기관과의 협력으로 협의회가 필요하다.
돌봄서비스를 제공하는 중앙부처 단위의 협의회가 활발하게 운영되어야 한다. 교육부, 보건복지부, 여성가족부, 안전행정부, 문화체육관광부 등이 참여하여 돌봄서비스의 통합지원을 위한 예산 및 각종 정책사안을 협의하여 진행해야 한다. 광역 및 기초자치단체 단위에서는 현재처럼 지자체와 교육지원청이 지역에서 분리된 상황에서는 리더십 경쟁문제로 연계가 쉽지 않을 수 있다. 차후에는 교육지원청이 지자체와 통합되거나, 교육지원청의 방과후학교지원센터와 지역아동센터 시도지원단이 통합되거나, 지역아동센터가 교육지원청 방과후학교지원센터의 우산 속으로 들어가는 등 큰 변화가 필요하다. 이러한 큰 변화 전에는 현재의 방과후돌봄서비스 구조에서 가장 중요한 것이 지방자치단체와 교육지원청간의 협력이며 더 하위단위로 보면 학교와 지역사회기관과의 협력이다. 특히 학교장의 관점과 태도에 따라 지역사회기관과의 역할분담이나 개방적 연계가 결정되는 현실을 고려할 때 방과후 돌봄서비스의 지역사회 안에서의 조정과 협력, 연계의 열쇠는 교육계가 쥐고 있다고 해도 과언이 아니다. 따라서 광역지방자치단체와 시도교육청간, 기초지방자치단체와 교육지원청간 각기 작동되는 협의회를 구성할 필요가 있다.