정부가 R&D 과제 선정에 신용도를 고려하는 것은 실패 시 사업비 환수가 쉽고 사업성과에 영향을 받기 때문이나 그로 인해 사업성공율은 높아도 혁신적 성과는 미흡하다는 지적이 있다.
정부가 R&D과제 선정 시 과제 수행기업의 신용도를 고려하는 것은 해당 R&D과제가 정해진 목표달성에 실패할 경우, 정부출연금을 회수하고 참여제한 등 제재조치를 취해야 할 뿐 아니라, 과제수행 실패로 인해 사업성과에도 영향을 받기 때문이다. 따라서 R&D과제의 성공 가능성이 높고, 실패 시에도 사업비 환수가 용이하도록 업력 및 신용도가 높은 중소기업을 선호하는 것이다. 이로 인해 정부 R&D사업이 성공률은 높지만 혁신적 성과는 미흡하다는 지적이 제기되어 왔으며, 2010년 기준 R&D지원과제의 성공률이 구 지식경제부는 97%, 중소기업청은 92.9% 에 달하는 것으로 나타나 이를 확인할 수 있다.