조세지출은 재정누수 원인이 될 수 있다. 제도 도입 이후 구화, 기득권화 경향과 비효율성 초래 가능성이 존재한다. 행정부는 ‘일몰도래시 원칙적 종료’라는 비과세, 감면 정비원칙을 준수해야 한다.
조세지출은 혜택을 수혜하는 특정한 이해집단을 형성함으로써 사후 정비가 쉽지 않아 재정누수의 원인이 될 수 있다. 제도가 도입된 이후에는 특정한 수혜집단의 지대 추구가 발생하는 등 조세특례제도 자체의 실효성 유무와 무관하게 항구화 · 기득권화되는 경향이 존재하고, 행정적 편의성의 이면에는 운영 · 관리상의 어려움에 따라 비효율성이 초래될 수도 있다. 실제로 도입된 이후 30년 이상 유지되고 있는 조세특례 항목은 총 20건으로 평균 유지 기간 42년, 2017년 기준(추정) 평균 감면액은 5,202억원에 달하는 것으로 나타난다. 따라서 행정부는 “조세지출기본계획” 등을 통해 제시한 ‘일몰도래시 원칙적 종료’라는 비과세 · 감면 정비원칙을 준수할 필요가 있다.