특허청은 독립채산제로 운영되는 책임운영기관으로 수입의 대부분은 수수료이다. 특허청 입장에서 수수료는 지식재산 서비스를 위한 예산수입이 되고 출원인 입장에서는 행정서비스에 대한 대가이다. 이러한 수수료 수입액은 수지균형을 준수하여 특허청 운영 비용을 감당하면서 동시에 출원인의 사기를 저해하지 않는 수준으로 적정하게 제정되어야 한다.
특허청은 과거 특허청 수수료 체계 및 요율에 관한 징수규칙 개정안에서 개정이유로 “특허행정의 사업비를 확보하고 재정자립도를 제고하고자 수수료를 합리적으로 조정하며, 수수료 감면 대상을 확대하여 기술개발 의욕을 고취하고 발명분위기를 확산하려는 것”이라고 밝혔다. 그 후의 여러 번에 거친 징수규칙 제·개정이유에서도 특허 등 지식재산 개발 및 발명을 장려하면서도 특허청 운영을 위한 수입액의 적정성을 도모하고자함을 이유로 들며 산업재산권 관련 수수료를 조정해왔다. 이처럼 산업재산권 수수료의 역할은 특허청의 입장에서 볼 때 지식재산 관련 서비스를 제공하기 위한 예산수입이 될 것이고, 출원인의 입장에서 볼 때는 산업재산권 출원 및 등록에 소요되는 행정서비스에 대한 반대급부로 지급하는 비용으로 이해 될 수 있다. 이에 더하여 특허청 수수료 수입액은 적정성이 중요하다. 특허청은 일반정부기관들과 달리 1998년 100% 재정자립을 유지하는 특별회계를 도입하여 독립채산제로 운영되고 있는 책임운영기관으로 특허청 수입의 대부분을 차지하는 특허 수수료는 특허청의 운영에 있어서 중요하다 (임근영 외, 2005). 따라서 수입액을 적절히 유지하여 수지균형의 원칙을 준수해야하는 동시에, 기술개발 의욕과 발명분위기를 저해하지 않는 수준에서 적정한 수수료 규칙을 제정해야한다.