혁신체제에 대한 논의는 국가 단위에서 지역 단위의 논의로 발전해 왔다. 지역혁신체제는 다양한 기술혁신 주체들 간의 상호작용을 의미하는데, 이게 정부 주도하에 놓이면서 지역의 특성이 고려되지 않고 지역기업과 대학 및 지원기관의 연계가 안되고 있다. 또한 지역혁신체제는 사회적 자본의 특성을 제대로 반영하지 못하여, 이론적 모호성, 혁신과 분권의 정치적 관계의 불분명, 학습과 상호관계의 실현 취약의 문제도 가지고 있다.
한편 혁신체제에 대한 논의는 여러 연구들에서 국가혁신체제(NIS), 지역혁신체제, 혁신클러스터 등으로 점차 국가 단위에서 지역 단위의 논의로 발전해 왔다. 국가혁신체제에 대한 이론의 핵심은 네트워크와 상호학습(interactive learning), 사회적 자본 등을 통하여 기술적 역량을 결집하는 데 있다. 이러한 국가혁신체제는 글로벌 및 지역 차원의 기술적 역량의 중요성이 커지면서 국가 차원의 혁신주체 사이의 상호작용이 분명하게 하지 않아 실질적 실체를 갖추지 못한 채 지역 혁신 체제로 진화하였다. 지역혁신체제는 네트워크와 학습이 특정 지역의 공간적 범위에서 효과적으로 작동될 수 있다는 데에 바탕을 두고 있다. 그리고 지역혁신체제는 지식의 창출·활용·확산을 주도하는 다양한 기술혁신 주체들 사이의 상호작용을 의미한다. 그러나 지역혁신이론은 연구기관, 대학, 중개기관이 혁신 주체라고 하지만 실질적으로는 기업 활동에 초점이 있었다. 이러한 지역혁신정책은 수평적 수직적 또는 수직적 산업정책의 틀에 머물러 있고, 중앙정부 주도하에 추진되면서 지역의 특성이 고려되지 못할 뿐만 아니라 지역기업과 대학 및 지원기관 사이의 연계가 되지 않는 문제를 노정하였다. 지역산업 육성을 위한 지원사업에 참여한 기업을 대상으로 협력네트워크를 분석한 서중해 외(2016: 587)의 분석은 지역대학들이 보유한 기술과 지식이 지역기업의 수요와 격차가 커짐으로써 지역혁신 및 연구에 있어서 지역대학의 중요성도 감소하고 있음을 보여주고 있다. 또한 지역혁신체제는 이론적으로 지역이 가지는 모호성, 혁신과 분권의 정치적 관계의 불분명, 학습과 상호관계의 실현 기반 취약 등으로 인해서 이론과 현실의 괴리를 보여 왔다. 이러한 문제는 인적자원의 관점 이외에 사회적 자본의 특성을 제대로 반영하지 못하는 데에도 큰 원인이 있는 것이다.