여성정치발전기금은 목적에 맞지 않게 집행되는 경우가 적지 않은데 특히 여성조직운영 인건비도 여성정치발전기금에서 집행되고 있다는 점이 가장 큰 문제이다. 여성추천보조금제도는 자금력이 취약한 여성 후보자들에게 도움이 되고 있다는 점에서 효과적이지만, 여성후보자의 수가 고려되지 않기 때문에 그 배분방식에는 적지 않은 문제들이 있다.
그리고, 여성의 정치적 대표성 관련 제도로 여성정치발전기금과 공직후보자 여성추천보조금이 있다. 여성정치발전기금은 정당 내에서 목적의식적으로 여성 정치 인력을 발굴하고 양성하는 작업을 일상적으로 수행할 수 있도록 마련한 것으로 2004년 정치자금법에 도입되었다. 그러나 현재 정치자금법상 국고보조금 10%를 여성정치발전에 사용하여야 한다는 조항만 있을 뿐 자세한 규정이나 지침이 마련되어있지 않아 기금의 목적에 맞지 않게 집행되는 경우가 적지 않다. 특히 정당의 여성조직운영 인건비도 여성정치발전기금에서 집행되고 있다는 것은 가장 큰 문제점으로 지적될 수 있다. 공직후보자 여성추천보조금 제도는 여성 정치참여 확대 방안의 일환으로 2002년 지방선거를 앞두고 광역의회 여성후보자들을 위한 선거운동비용을 지원하기 위해 도입되었고, 정치자금법 개정을 통해 2004년에는 국회의원선거, 2006년에는 시·군·구의회의원선거에 확대 적용되었다. 자금력에 있어 취약한 여성후보자들에게 선거운동비용으로 지급되는 여성후보추천보조금은 적지않은 도움이 되고 있다는 점에서 고무적인 제도라고 할 수 있다. 그러나 각급 선거에서 정당이 추천한 여성후보자의 수가 전혀 고려되지 않기 때문에, 공직후보자 여성추천보조금제도가 여성후보자의 공천을 활성화하기 위한 제도라는 점에서 그 배분방식엔 적지 않은 문제들이 있다.