국내의 혁신학교에 관한 연구 방향은 학교들에 대한 사례, 방향성을 제공한 연구들, 실증적 연구를 통한 혁신학교의 성과나 원리 혹은 교육적 효과 탐색으로 크게 세가지로 구분된다.
국내의 혁신학교에 관한 연구 경향은 크게 세 가지로 구분할 수 있다. 첫째, 혁신학교를 표방하는 특 정 지역 혹은 학교들에 대한 사례 연구들(박상완, 2009; 서근원･손종현, 2014; 서용희･주철안, 2007; 이 경호･박종필, 2012; 이순형, 2003; 장훈, 김명수, 2011; 한대동, 2008), 둘째, 학교혁신적 관점에서 이론적 탐색을 통해 학교 변화 및 개혁의 방향을 제공한 연구들(김영화, 2006; 유경훈, 2012). 셋째, 혁신학교에 대한 실증적 연구를 통해 혁신학교의 성과나 원리 혹은 교육적 효과를 탐색한 연구들(김민웅･임용 순, 2013; 김성아･송경오, 2015; 김성천, 2009; 박승배, 2014; 배은주, 2014; 백병부･박미희, 2015; 양성 관･이승덕･전상훈, 2010)이 이루어졌다. 이러한 연구들은 혁신학교 운영의 사례 및 새로운 연구에 대한 이론적 토대 제공, 학교혁신을 위한 종합적이고 총체적 접근의 필요성, 그리고 혁신학교 운영에 따른 교육적 변인과의 효과성을 탐구하였다는 측면에서 의의를 가진다.