임시변통적 해결책인 위탁교육 방식의 한계때문에 안정적인 '각종학교 대안학교'제도가 도입되어 18년 현재 35교가 운영 중인데 비인가 대안학교가 대다수인 가운데 인가를 받은 학교 중 사립은 예술이나 기능, 공립은 위탁교육 위주로 운영되어 애초의 취지와 멀어졌다.
위탁교육 방식은 일반 학교에서 지도하기 힘든 학생들의 임시변통적 해결책의 성격을 갖는다. 이러한 한계를 넘어 학생들이 좀 더 안정적으로 대안교육을 누릴 수 있도록 하기 위한 방안으로 모색된 것이 초중등교육법 제60조의3에 의한 ‘각종학교 대안학교’ 제도이다. 이 제도를 만들게 된 당초의 목적은 2001년 이후 우후죽순처럼 등장한 비인가 대안학교들의 제도 내 편입을 유도하기 위한 것이었지만, 대다수의 비인가 대안학교들은 제도권 내 편입이 자유로운 교육활동의 제약으로 이어질 것을 우려하여 인가를 기피하고 있는 실정이다. 그 결과 실제로 인가된 학교들 중 사립은 대개 예술이나 특정 분야의 기능교육을 주 내용으로 하는 경우가 많고 공립은 주로 앞서 말한 위탁 교육을 담당하고 있어 이 제도의 당초 취지와는 상당한 거리가 있다. 2007년에 시행령 ‘대안학교 설립·운영규정’이 공포됨으로써 시행되기 시작한 이 제도는 18년 현재 35교(공립형 12, 사립형 23)가 운영되고 있다.