통일추진기의 통일 성취 여부는 정치 지도자의 역량에 달려있으나 이는 익숙치 않은 영역이었기 때문에 내부 의사결정에서의 혼선이 생길 수 있다.
통일추진기 대통령과 국무총리 역할분담 제3안은 대통령이 통일과 관련된 모든 업무를 관장하고 국무총리는 대통령 관장 업무를 제외한 모든 업무를 관장하는 것이다. 남북 간 통일의 논의가 본격적으로 시작될 때 성공적인 통일의 성취 여부는 이 시기 정치 지도자가 어떠한 역량을 발휘할 수 있는 가에 달려있다. 통일추진기에는 외국과의 협상이 이루어지고 북한정권과도 다양한 협상과 합의가 이루어지며 통일과 관련된 국내 정치 및 행정문제 등이 해결되어야 하는데, 이는 그동안 존재하지 않았던 영역이었기 때문에 행정부 내에서 의사결정의 혼선이 빚어질 수 있다.