한국정신장애인연대 측은 전부개정안에 강제입원과 장기입원 피해를 심화시킬 조항들이 있다며 강하게 비판했고, 정신의료기관협회는 관련단체임에도 의견수렴 절차가 일체 생략됐다며 반발했다.
또한 정신장애인 당사자단체인 한국정신장애인연대 측은 “국회 본회의에 상정하려는 전부개정안은 강제입원과 장기입원의 피해를 더욱 심화시킬 조항들이 있다. 전부개정안을 보고 최근 잠을 제대로 자지 못하고 있다. 정신장애인이 길거리를 배회하다가 경찰에 끌려가게 될 판이기 때문이다.”라며 강하게 비판하였다. 그리고 정신의료기관협회는 “간혹 불거지는 불법입원을 막기 위해 방대한 조직을 새롭게 만드는 것은 재정과 인력 낭비다. 국립정신병원에 입원적정성평가위원회를 만들지 않아도 기존 정신보건심판 위원회의 계속치료 여부 심사, 심평원 적정성평가 및 현지조사 등 많은 제도가 있다. 개정안의 대한 관련단체임에도 의견수렴 절차도 일체 생략됐다. 개정안을 알게 된 것도 상임위 통과 후 3일 후에 제 3자를 통해 알게 됐다. 사전협의, 조정, 공청회, 의견협조, 회의 등의 절차가 없이 비밀리에 처리됐다”고 반발하였다.