1차 컨설팅은 대학이 주요지표를 작성하는데 도움을 주는 단계이고, 2차 컨설팅은 대학의 수정계획서를 접수한 후 결과 보고서를 작성하여 대학에 통지하여 반영토록 한다.
사전 컨설팅(1차)은 대학에서 신청서를 작성하여 제출하면 컨설팅단을 구성하여 컨설팅을 진행하고 이후 작성된 컨설팅 의견을 대학에 통지하여 대학의 판단 하에 사업신청서에 반영하는 절차를 거친다. 컨설팅은 주관기관(대학)이 주요지표를 작성하는 데 있어 사업목적 및 취지에 맞도록전문적 의견을 제공하여 도움을 주고자 하는 것으로, 해당 의견의 수용 여부는 대학이 자체적으로 판단한다. 사업 컨설팅(2차)은 대학의 수정계획서를 접수한 후 컨설팅단의 서면 검토를 거쳐 면담 컨설팅을 실시(대학단위 시행)하며, 컨설팅단별 결과 보고서를 작성(진로교육 등 컨설팅 보고서는 별도), 대학에 통지하여 반영하도록 한다.