현재 전체 장비 구축금액 대비 수익금은 국가연구시설장비진흥센터가 제시하는 연간유지보수율의 하한을 밑돌아 연구장비의 유지 및 관리가 어려운 수준이므로 이를 적정 수준으로 만들기 위한 조치가 필요하다.
2016년도에 발생한 수익금에 2016년 이전 구축장비도 포함된 것을 감안하여 가동률이 보고된 전체 장비의 구축금액 대비 수익금을 산정할 경우, 수익금 비율은 1.19% 수준이 다. 사업유형별, 보유기관유형별 수익금 현황에서 언급한 바와 같이 수익금만으로 사업의 실적 등을 판단하기는 어렵지만, 현재의 수익금 비율 1.19%로는 연구장비에 대한 최소한 의 유지・관리가 현실적으로 불가능한 상황이다. 국가연구시설장비진흥센터(NFEC)는 운 영유지비 중, 인건비, 관리비, 운용비를 제외한 최소한의 연간유지보수율로 연간 장비구축 액의 2.7~4.7%를70) 제시하고 있다. 정부지원 과제를 수행하는 기간 동안 장비이용료를  낮게 받을 수 있으나 과제책임자 설문조사 결과 대부분(80%)이 과제수행기간과 무관하게 이용료를 산정하고 있는 것으로 나타난 바, 적정 수준의 장비운용 수익금이 확보되어 연 구시설・장비가 안정적으로 운영될 수 있도록 이에 대한 체계적 관리가 필요하다.