국가 비상사태 등의 경우 경찰청장이 시도경찰청장에 대한 지휘·명령은 국가경찰위원회 보고와 승인이 필요하다. 그럼에도 자치경찰제 실시에 따라 경찰청 조직의 재설계가 필요하다.
시도경찰은 국가경찰사무를 제외한 생활안전·수사·교통 등 경찰의 모든 임무를 시 도경찰청장의 지휘 하에 수행한다. 그러나 국가 비상사태 등의 경우에는 경찰청장이 시 도 경찰청장에 대해 직접 지휘·명령할 수 있다. 이 경우에도 경찰청장이 시도 경찰에 대한 조치 사항을 국가경찰위원회에 보고하고, 위원회의 승인을 얻지 못한다면 그 지휘·명령의 효력을 상실하게 하여 남용의 가능성을 차단해야 한다. 그럼에도 자치경찰 제 실시에 따라 예상되는 문제, 예컨대 대규모 집회 시위 대응, 전국적·국제적 수사, 대테러활동 등의 기능을 보완하는 등 국가경찰 소속 경찰청의 조직을 재설계할 필요가 있다.