개성공단 사업은 북한의 통행제한 조치, 천안함 폭심 사건 및 연평도 포격도발 사건등으로 인해 순탄치만은 않았다. 다만 개성공단의 특수성을 고려하여 체류인원에 대한 신변 안전 조치를 시행하고 기존의 생산활동은 유지했다.
개성공단 사업은 순탄치만은 않았다. 금강산 관광객 피격 사건 등 남북관계가 악화되던 2008년에는 12월 1일 북한이 통행제한 조치를 발표함에 따라 위기를 맞기도 하였으나, 2009년 8월 20일 북한이 동 조치를 해제하면서 상황이 다소 완화되었다. 2010년에는 3월 26일 서해 백령도 근처 해상에서 천안함 폭침 사건이 발생함에 따라 5월 24일 정부는 남북 간 교역 중단, 방북 불허, 대북 신규 투자 금지 등을 골자로 하는 5.24 조치를 발표하였다. 이 조치의 일환으로 개성공단 신규 진출, 투자 확대를 금지하고 우리 국민의 신변 안전을 고려해 개성공단 체류 인원을 평소의 50~60% 수준으로 축소 조정하였다. 또한 11월 23일 북한의 서해 연평도 포격도발 직후에는 급격한 상황 악화 가능성에 대비해 개성공단 체류인원에 대한 신변 안전 조치를 실시하였다. 다만 개성공단이 남북관계에서 차지하는 특수성 등을 고려하여 기존의 생산활동은 유지하였다.