정부조직개편과 행정개혁은 정치적 목적과 국면전환, 정당성 확보의 피상적 목적으로 단행돼 행정업무체계에 공무원들의 적응과정에서 비용이 발생해, 국민들이 부담했다.
지금까지 단행되어 온 정부조직개편을 비롯한 행정개혁은 각 정권이 추구하는 국정목표와 과제 그리고 헌법이 지향하는 궁극적인 가치를 추구하기 위해 설계되기보다는 정권별 정치적 목적과 국면 전환, 그리고 정당성 확보라는 피상적인 목적으로 단행되어 온 측면이 있다. 분명한 목적이 없는 정부조직의 개편은 공무원과 일반 국민들의 공감대를 얻기 어렵다. 또한 개편된 조직으로 인해 행정업무체계가 변화하여 공무원들이 이에 적응하는 과정에서 많은 비용이 발생하여, 결과적으로 모든 비용을 국민들이 부담할 수밖에 없다. 그 결과 정부에 대한 신뢰는 지속적으로 하락할  것이다.