일본과의 FTA에 긍정적인 면보다는 부정적인 측면이 더 강조되고 있다. 그러나 본 연구는 중장기적 이익이 클 것으로 예상했다.  FTA하에서 보호장벽이 철폐되고, 경쟁이 촉진되면 기업들의 전략적 제휴를 통해, 한/일 양국의 중복투자 문제를 해소해 나갈 수 있으며, 이로 인해 장기적이고, 동태적인 효과가 클 것으로 추정된다. 
일본과의 FTA에 대해 다수의 사람들은 양국간 무역자유화의 부정적인 영향을 우려하고 있는 듯하다. 그 결과 한/일 FTA 구상에 대해 긍정적인 면보다는 부정적인 측면이 더 강조되고 있는 느낌이다. 즉, 많은 사람들이 한/일 FTA가 체결되면 경쟁력이 높은 일본상품이 한국의 산업기반을 뒤흔들 것이라고 인식하고 있다. 이에 대한 근거로 한국산업의 경쟁력이 일본보다 낮으며, 일본의 평균관세율은 2-3%에 지나지 않으나 한국은 7-8%의 높은 관세를 부과하고 있다는 점을 들고 있다.
 그러나 본 연구에 의하면 한국산업의 구조가 반드시 악화된다고 보기는 어렵다는 점이다. 오히려 본 연구는 중장기적인 이익이 매우 클 것으로 예상하고 있다. 그동안 양국의 기업들은 주력산업에 중복투자함으로써 해외시장에서 지나친 과열경쟁으로 인한 손실이 적지 않았다. 산업의 중복과 과잉투자 문제를 해소하기 위해 양국은 업계간 협력을 요청해왔으나 실효를 거두지 못하였다. 그러나 FTA 하에서 보호장벽이 철폐되고, 경쟁이 촉진되면 기업들은 생존 차원에서 전략적 제휴를 강화할 수밖에 없다. 이를 통해 한/일 양국이 안고 있는 중복투자 문제를 효과적으로 해소해 나갈 수 있으며, 따라서 이로 인한 장기적이며, 동태적인 효과는 실로 매우 클 것으로 추정된다.