UR로 농축산물 시장이 열리면서 그 피해가 시작되었지만, 세율 관련하여 수입 비중이 높아졌고, 그 피해는 좀더 많아졌다. 따라서 FTA 이행지원기금은 유효하다. 
농축산업에 대한 피해는 이미 우루과이라운드(UR)로 농축산물시장이 개방되면서 시작되었지만 2004년 이후 자유무역협정체결이 15개 이상으로 늘어나면서 추가로 인하된 관세율, 또는 무관세율을 적용한 물품의 수입비중이 점점 증가하였고, 그에 따라 피해도 확산되어 왔다. 특히 세계적인 농축산물 수출 강대국인 미국, 호주, 뉴질랜드, 캐나다, 중국 등과 FTA가 속속 발효되면서 과수와 축산산업에서 피해가 더욱 현저하게 나타나고 있는데, 해당 산업의 경쟁력 향상은 지지부진하여 향후 이러한 피해는 한층 확대될 가능성이 있다고 판단된다. 따라서 FTA 협정의 이행으로 피해를 입거나 입을 우려가 있는 농어업인 등에 대한 한시적 지원을 위해 설치한 FTA 이행지원기금의 목적은 현시점에서 아직 유효한 것으로 평가된다.