문민정부의 전자주민카드 도입 및 안전에 대한 우려가 확산되면서 IC 칩이 적용된 전자주민카드 계획을 시민단체가 반대하였다. 김대중은 대통령이 되면서 국민의 정부 출범 후 그 사업을 중단시켰다.
특히 주민등록정보 유출 가능성과 불법 이용에 대한 민감한 반응은 문민정부에서 국민의 정부로의 전환기에 겪은 전자주민카드도입 시도 때 더욱 확대되었다. 1996년 내무부는 전자주민카드를 도입하여 7개 분야 41개 정보를 집약해 하나의 IC칩 속에 담겠다는 계획을 발표하였다. 그러나 이는 정보유출 시 막대한 프라이버시 침해와 정보독점에 따른 정부 통제 강화 등을 지적하는 시민사회단체의 반대에 부딪혔다. 전자주민카드 도입에 반대 입장을 밝힌 김대중 후보가 대통령에 당선되면서 1998년 전자주민카드사업은 중단되었다. 전자주민카드 반대 운동은 주민등록제도에 대한 문제의식으로 이어졌고, 이러한 환경변화는 주민등록정보 공동이용에 부정적으로 작용하였다.