‘임금 등의 미지불’, ‘강습기간 중 업무에 종사’ 등 다양한 문제점들로 인해 변호사 및 인권단체들은 외국인기능실습제도를 폐지하고 새로운 제도의 도입을 주장하고 있다.
2014년에 발생한 부정행위건수는 총 350건으로 이를 항목별로 살펴보면 ‘임금 등의 미지불’이 142건으로 가장 많았고, 다음으로 ‘강습기간 중 업무에 종사’가 74건, ‘연수 및 기능실습계획과 상이’가 32건, ‘위조 및 변조된 문서 등의 행사 및 제공’이 29건, ‘노동관련법 위반’ 이 23건, ‘악질적인 인권침해 행위’가 19건에 달했다. 또한 기능실습생 2호(2~3년차) 중 행방불명자도 2009년 954명에서 2014년에는 3,139명까지 급증하였다. 이를 국적별로 보면 중국이 1,902명(60.6%)으로 가장 많았고, 다음으로 베트남(787명, 25.1%), 인도네시아(200명, 6.4%)의 순으로 나타났다. 이러한 문제점 등을 들어 변호사 및 인권단체들은 외국인기능실습제도를 폐지하고 새로운 제도의 도입을 주장하고 있는 상황이다.