문화청은 기존에는 전국의 건조물을 종별로 조사했으나, 1990년부터 도도부현 단위로 근대문화유산 종합조사를 시행했다. 각각의 조서를 작성한 후 주요 건조물은 상세조사를 시행했으며, 평가 후 보고서를 제출하였다.
문화청은 이전부터 전국의 건조물을 종별(사사건축, 민가건축 등)로 모두 조사하는 사업을 추진했는데, 근대화유산을 긴급하게 보호해야 하는 대상으로 취급하면서 1990년부터 도도부현 단위로 근대문화유산 종합조사를 시행하였다. 조사 총괄은 도도부현의 문화재 주관과에 사무국을 두고서 건축사, 토목사, 산업사, 경제사 등 관계분야들로 이루어진 조사위원회를 조직하여 시행하였으며, 조사대상 후보에 대해서는 시정촌 교육위원회 등의 협력을 얻어 각 대상에 관한 조서를 작성한 후, 조사위원회에서 그것을 기초로 주요한 건조물을 선택하여 조사원으로 위촉한 각 분야의 전문가가 상세조사를 시행하였다. 최종적으로 각 분야의 대표적인 유구(遺構)를 중심으로 문화재의 평가를 시행하고 그 결과를 보고서로 작성하여 제출하였다.