공정위의 고발이 형사사건인 경우 수집한 증거들이 재판에 사용되기엔 한계가 있다. 진술조서는 증거능력이 인정되며 상대방의 동의된 디지털자료 역시 서명 없이도 증거로 활용된다. 그러나 법원은 피고측이 불인정시 증거능력을 인정하지 않아 이중 조서가 발생하고 신속하지 않을시 증거 인멸의 문제와 검찰 수사의 압수수색의 실효성이 약화 될 수 있다.
또한 공정위의 고발로 형사사건이 되었을 때 공정위가 수집한 증거들이 형사 재판에서 그대로 사용될 수 있는가에 대하여도 한계가 있다. 공정위 조사는 수사 절차가 아니므로 공정위 조사 과정에서 진술거부권의 사전고지나 변호인의 참여 등은 법률상 요구되는 요건이 아니고, 공정위 조사공무원에 의하여 작성된 진술조서는 형사소송법 제313조 제1항에 따라 증거능력이 인정되며, 상대방의 동의를 전제로 확보한 작성자가 확인되는 중요 디지털자료 역시 설사 작성자의 서명 또는 날인이 없더라도 증거로 활용할 수 있을 것이나, 형사법원은 피고인 측이 공판과정에서 공정위 조사에 의하여 확보된 자료에 대하여 증거로 동의하지 않는 경우 진술거부권의 미고지나 형사소송법 제313조의 특신상태의 불인정 등의 이유로 증거능력을 인정하지 않는 경향을 보이고 있다. 따라서 증거로 사용하기 위하여 수사기관은 공정위에서 이미 진행한 조사 과정을 처음부터 다시 진행하여 증거능력을 확보해야 하므로 동일한 내용에 대한 이중 조사의 문제가 발생한다. 또한 공정위 조사 단계에서의 신속한 증거 확보가 이루어지지 않을 경우 증거 인멸의 문제도 발생한다. 즉 공정위의 조사가 장기화되면 될수록 조사대상자들의 증거 인멸의 문제가 발생하여 검찰 수사단계에서의 압수수색의 실효성 역시 매우 적을 수밖에 없다고 할 것이다.