자유학기제의 자율과정은 학생의 관심사로부터 시작한다. 따라서, 자율과정 커리큘럼은 세트로 이루어져야 한다. 이를 통해 학생의 관심을 이끌도록 해야하며, 이것이 준비되지 않았을 경우엔 시간 비효율적인 수업이 될 수 있다. 
자유학기제의 시수·편제에서 ‘자율과정’ 구성은 학생의 흥 미나 관심사에서 출발한다. 이를 위해 자율과정 프로그램은 완전한 세트로 구성되어야 한다. 가급적 많은 학생의 흥미나 관심을 수용할 수 있도록 프로그램을 다양화할 필요가 있으며 각 프로그램은 기본, 심화, 보충을 위한 완전한 세트로 준비되어야 한다. 자율과정 프로그램이 철저하게 기획·준비되지 않을 경우 시간을 흘려보내거나 단편적·이벤트성 시도가 될 수 있으며 비효과적인 수업으로 이어질 수 있다. 단절된 자율과정 프로그램 운영으로 명료한 학업성취를 기대하기란 더욱 어렵게 된다. 또한 자율과정 프로그램의 효과적 운영을 위해 개별 학습활동과 집단 학습활동이 적절히 고려되어야 한다. 특히 집단지성을 통한 문제 해결 학습활동은 지식과 정보를 공유하기도 하지만 선의의 경쟁을 유도하여 왕성한 과정축 적을 돕는다.