민원과 고충 처리 서비스를 원스톱으로 제공하면서 업무 효율성의 증가, 민원처리의 신뢰도 향상, 민원 발생의 사전 예방이 가능하게 되었다. 교육청이나 지방자치단체들도 국민신문고 통합 사업에 동참하게 된다.
국민들에게 민원과 고충 처리 서비스를 원스톱으로 제공하여 정부 서비스의 질적 향상과 그에 따른 국가 신뢰도 제고에 기여할 수 있게 되었다. 행정기관도 민원의 온라인 이송과 이첩, 중복·반복민원의 병합 처리, 복합민원의 협조 처리 등을 통해 업무의 효율성을 높일 수 있게 되었다. 또한 민원과 정책 Q&A의 공유로 일관성 있는 답변이 가능하여 민원처리의 신뢰도가 향상되었고, 민원신청 시 유사사례 자동추출로 민원 발생의 사전 예방도 가능하게 되었다. 자체 민원시스템을 운영하는 교육청이나 국민신문고의 민원 이송·이첩 기능만 제한적으로 활용하는 지방자치단체들도 서비스 품질 향상을 위해서는 시스템통합 필요성에 공감함에 따라 2008년부터 시행된 국민신문고 통합 사업에 동참하게 된다.