외자기업에 대한 세금혜택이 역차별이라는 내자기업에 불만에 의해 중국의 조세제도가 외자기업에 불리한 방향으로 변화 됨에 따라 혜택을 받던 한국기업들의 수익성 또한 낮아지고 있다.
첫째는 조세제도의 변화이다. 외자기업에 대한 세수혜택 등 각종 우대정책이 역차별 정책 이라는 중국 내자기업의 불만이 고조됨에 따라 법인세율을 통일하자는 움직임과 이전가격 조작 등을 통한 조세포탈, 그리고 세제상의 혜택을 노리는 중국 국내기업을 포함한 위장된 외국인 투자로 인한 국부 유출 우려 등으로 외국인 투자기업에 대한 조세감면 축소 및 세무조사가 추진되었다(황재한 2006, p. 45). 2008년 1월부터 내/외자기업의 소득세율을 25%로 단일화하였고, WTO 가입 이후 내국인과 외국인의 동등 대우 조항에 따라 외자 기업에 대한 특혜를 점차적으로 축소하였다. 이에 따라 외자기업을 세제혜택을 받던 한국기업들도 수익성이 악화되고 있다.