목표관리제는 2012년 시행 첫해를 제외하고는 온실가스 감축 효율성이 악화되었고 배출권거래제를 시행하자 다시 개선되고 있다. 두 제도의 실효성을 비교하려면 자료를 추가확보한 뒤 온실가스 감축 효율성을 분석해봐야 한다.
업종별 분석 결과는 전체 대상 기업에 대한 분석 결과와 상당히 유사하였다. 구체적으로 상당수 업종에서 목표관리제 시행 첫해인 2012년에 온실가스 감축 효율성이 개선된 반면 2013~2014년에는 악화되었고 배출권거래제 시행 첫해인 2015년에 다시 개선되고 있는 것을 확인하였다. 이 결과 역시 목표관리제 및 배출권거래제의 불확실성에 대한 기업의 전략적 대응 방식으로 설명할 수 있었다. 한편 이 결과를 통해 온실가스 감축 효율성 측면에서 배출권거래제가 목표관리제보다 다소 효과적이었다고 평가할 수 있으나 배출권거래제 이후의 자료가 한 개 연도만 존재하므로 배출권거래제의 효과성에 대한 결론을 내리는데 무리가 있다. 따라서 배출권거래제 이후의 자료를 추가 확보하여 온실가스 감축 효율성이 지속해서 개선되고 있는지 분석해 보는 작업이 필요하다.