공공요금은 원가산정이 불분명하고 검증체계가 미비되어 있어 공기업이 공공요금을 인상요청하더라도 정부가 원가산정의 적정성을 검토하고 인상을 하지 않고 규제하고 있다. 
공공요금사업을 수행하는 공기업이 공공요금 인상요인이 발생하여 정부에 요금인상 을 요청하더라도 정부가 원가상승분만큼 요금을 인상하지  않고 공공요금을 규제하 는 이유 중 하나는 원가산정이 불분명하고 검증체계가 미비하기  때문이다. ｢공공요 금 산정기준｣에 따르면, 공공요금사업을 수행하는 사업자는 공공요금 산정과 검증 을 위해 요금정산보고서와 요금산정을 위한 제무제표 및 관련 회계자료를 소관부처 에 제출하여 검토과정을  거친 후 기획재정부에 제출하여야 한다. 그러나 원가산정 의 적정성은 사후 제출되는 보고서만으로 신뢰성있는 검증이 어려운 실정이다.