1990년대에 들어선 이후 주의 주권면책은 점점 강화되었는데, Seminole Tribe of Florida v. Florida 판결과 Alden v. Maine 판결에서 주권면책에 대한 강화가 판시되었다. 연방대법원은 주권면책이 헌법 그 자체에서 유래하는 것이므로 연방정부가 면책되는 것과 마찬가지로 주 역시 동일한 특권을 누릴 자격이 있다고 판시한 것이다. 
1990년대에 들어선 이후에도 주의 주권면책은 점점 강화되었다. 연방대법원은 Seminole Tribe of Florida v. Florida 판결에서 의회가 법률을 제정하여 주권면책을 폐기할 수 없다고 판시하였으며, Alden v. Maine 판결에서 연방법원 뿐만 아니라 주 법원에서도 주권면책이 적용된다고 판시하였다. 구체적으로, Seminole Tribe of Florida v. Florida 사건은 인디언게임규제법에 기초하여 Florida 주의 인디언부족이 Florida 주를 제소한 사건이다. 인디언게임규제법에는 주가 협상에 응하지 않을 경우 이를 강제하기 위하여 주를 연방법원에 제소할 수 있다고 규정한다. 연방대법원은 의회가 헌법 제1조에 의해 부여된 입법권을 행사하여 수정헌법 제11조에서 규정하는 주의 주권면책을 폐기할 수 없다고 판시하였다. 즉, 의회가 제정한 법률에 주를 제소할 수 있는 규정이 있더라도, 주권면책이 살아있음을 명확히 한 것이다. 그리고 Alden v. Maine 사건은 Maine 주의 공무원들이 근로기준법을 위반하였다며 Maine 주를 상대로 배상을 요구한 사건이다. 이 사건의 특이한 점은 연방법원에서 주권면책을 이유로 패소한 공무원들이 주 법원에 동일한 소를 제기하였다는 점이다. 지난한 항소 과정을 거쳐 결국 사건은 연방대법원에 도착하게 된다. 연방대법원은 주권면책이 수정헌법 제11조에서 나오는 것이 아니라 헌법 그 자체의 구조에서 유래하는 것이라며, 연방정부가 주 법원과 연방법원 모두에서 면책되는 것과 마찬가지로 주 역시 동일한 특권을 누릴 자격이 있다고 판시하였다.