6호처분이 효과적이기 위해서는 관련 시설의 운영기준이 체계적으로 정립되어있어야 한다. 하지만 시설 운영의 주체 특성상 현실적으로 통일적 운영이 어렵다.
6호처분이 중간처우 성격에 부합하는 처분이 되기 위해서는 시설 운영에 대한 기본 방침과 프로그램 등의 기준이 체계적이고 전문적이어야 한다. 그러나 현재 6호처분시 설은 대부분 민간 또는 종교단체에서 운영하다 보니, 운영방식이 단체의 성격과 기준 에 따라 제각각 운영되고 있다. 최근 아동복지시설 운영지침이 마련되면서 시설기준 과 종사자 자격기준 등이 상세화되긴 하였으나, 20-30년 넘게 운영되어온 6호처분시 설의 관행을 벗어버리고 체계적인 운영기준안을 두고 운영하기에 어려운 상황이다. 6호처분 7개 기관 모두 자체 운영기준안이 마련되어 있긴 하나, 시설운영에 있어서 자체기준에 따르기 보다는 사례접근의 노하우에 근거하여 운영되고 있어 6호처분시 설의 체계적이고 통일적 운영이 어려운 상황이다.