미래창조과학부의 프로젝트를 포함한 일부 프로젝트는 예산안에 반영된 세부시행계획수립 내용으로 사업을 편성한 후 예비타당성조사를 진행하고 있다. 그러나 이는 예비타당성조사 수행 후 예산안에 반영하는 기획재정부의 지침에 어긋난 편성이다.
기획재정부의 ｢2017년 예산안 편성 및 기금운용계획안 작성 세부지침｣에 따르면 예비타당성조사 대상 신규 사업은 예비타당성조사를 거쳐 예산안에 반영토록 하고 있다. 그러나 미래창조과학부 주관 프로젝트를 포함한 5개 프로젝트의 경우 예산안에 세부시행계획 수립 내용으로 사업을 편성하고, 현재 예비타당성조사를 수행하고 있다. 예비타당성조사가 진행 중인 사업을 예산안에 편성한 것은 동 지침에 부합하지 않는 결과로 볼 수 있다. 미래창조과학부는 예산안에 편성된 ‘세부시행계획수립 내용’이 예비타당성조사를 받는 사업 내용과 다르기 때문에 지침에 어긋난 것이 아니라는 입장이다. 그러나 예산 사업에 반영된 세부시행계획수립 내용도 예비타당성조사를 받는 사업의 일부 내용에 해당하므로 ｢2017년 예산안 편성 및 기금운용계획안 작성 세부지침｣에 부합하지 않는 예산안 편성이라 판단된다.