2015년부터 사회복귀시설의 재정 지원은 보통교부세 재정 지원 사업으로 전환되었다. 이는 지역의 복지수요가 기초지방자치단체에 따라 달라질 수 있다는 것을 시사한다.
2005년 이후 사회복귀시설 운영지원은 지방이양사업으로 전환되었다. 이후 2014년까지는 분권교부세에 근거해 운영되었으나 2015년부터 보통교부세 재정지원사업으로 전환되었다. 보통교부세는 지역의 복지수요를 정확히 반영하지 못하고, 지원된 재정을 자치단체가 사회복지분야 외에 지출할 개연성도 높다는 문제점이 있다(김승연, 2014). 사회복귀시설 재정지원이 기초지방자치단체의 결정에 맡겨짐에 따라 지역 간 사회복귀시설의 차이가 커질 개연성이 높아졌다. 예로, 주거시설은 정신장애인 사회통합지원을 위한 핵심적 기반시설이며, 정부는 주거시설 확충을 중요한 정책목표로 설정해 두었다. 시설 운영자가 시설의 설치를 위해 주택 임대 등을 부담한다 하더라도 지속적으로 투입되어야 하는 관리운영비 및 프로그램비 지원은 지방자치단체의 부담이 되기 때문에, 자치단체의 적극적 정책의지가 없다면 시설 확충을 기대하기 어려운 실정이다.