수사절차에선 발달장애인에 대한 인권침해 문제가 많이 불거진다. 신뢰관계인이 동석하지 않아 방어권을 보장받지 못하는 경우가 있었다. 경찰관이 발달장애인을 무시했다는 진정도 있었다.
사법절차에서 발달장애인에 대한 인권침해 문제가 많이 불거지는 곳이 수사절차이다. 피의자 신문 과정에서 신뢰관계인의 동석이 없었고, 그 결과 발달장애인이 방어권을 보장받지 못한채 조사가 이루어지는 경우가 있다. 장애인차별금지법이 시행된 2008년 이후 국가인권위원회에도 경찰의 수사에 대한 진정이 수차례 제기되었고, 발달장애인에 대한 인권침해나 차별로 인정된 사례도 있다. 또한 경찰관이 발달장애인을 무시했다는 진정도 제기되고 있는데, 경찰관이 발달장애인에게 반말을 하는 것은 인권침해와 차별의 소지가 있다. 아울러 수사절차에서 사용되는 많은 서식들이 발달장애인이 알기 쉽게 만들어지지 않은 상태이다. 아래에서는 수사기관이 발달장애인에게 인권침해를 한 것으로 인정된 사례들을 살펴본다.