기본계획 수립 시 모든 관계자가 모인 자리에서 의견교환이 이루어지며, 보고서에 반영되고 있으며 운영위원회의 협의를 통해 계획을 확정하고 있다. 기재부와의 협의를 통해 예산을 조정하며, 최종계획안 단계에서 이루어지는 대국민 공청회에 일반시민 등의 참여는 매우 적은 편이다. 
국토부,  철도기술연구원,  철도운영기관들이 참여하는 운영위원회를 통해 공 식, 비공식적인 협의가 이루어지고 있고, 이를 통해 이견을 조정하여 계획을 최종적으로 확정하고 있다. 기본계획 수립 시 국토부, 철도기술연구원, 운영기관 간에 자료 협조 및 의견조정회의 등이 수시로 이루어지고 있고, 착수, 중간, 최종보고회 등 공식적인 보고회가  4회 이루어지고 있어서,  모든 관계자가 모인 자리에서 의견교환이 이루어지며, 보고서에 반영되고 있는 것으로 파악되었다. 기본계획 시행 예산의 40%가 정부예산이기 때문에, 기재부와의 긴밀한 협의도 필요한 상황이다. 국토부가 안전계획시행의 필요성을 기재부와 협의하여 예산을 확보하거나 조정하여야 하며, 확정된 예산을 반영하여 시행계획을 수립하고 있다. 대국민 공청회는 최종계획안 단계에서 이루어지는데, 일반시민, 관련 단체의 참여가 매우 미미한 편이다. 이는 교통사망자 수에서 철도가 차지하는 비 중이 낮기 때문으로 풀이된다. 사망자가 가장 많고, 교통사망자 중 비율도 가장 높은 도로 분야의 기본계획 공청회는 많은 관심이 쏠리는 것과 대조적이다.