PBS 제도 도입 이후 인구 환경 조성이 중요한 정책적 과제로 논의됨에 따라 정부는 사업비비중 및 안정적 인건비 수준을 70%까지 확대하는 방안을 추진해온 결과 출연금 사업비 비중이 점차 증대하였다.
PBS제도 도입 이후 안정적인 연구 환경 조성은 정부출연연구기관의 중요한 정책적 과제로서 논의되고 있다. 이에 따라 정부는 󰡔출연(연) 예산제도 개선안󰡕을 수립하여 PBS 제도 도입 이후 경쟁예산 비중의 지나친 증대로 인한 수탁과제 중심의 경쟁체제, 기관고유업무 수행 저해 등의 어려움에 대응하기 위하여 출연금 사업비비중 및 안정적 인건비 수준을 70%까지 확대하는 방안을 수립하여 추진해왔다(국가과학기술위원회, 2011). 그 결과 1996년 PBS 도입 이후 계속해서 감소 추세였던 출연금 사업비 비중은 출연(연)의 안정적 연구 환경 조성에 대한 논의가 국정과제로 부상하면서 2008년 전후로 다시 점차적으로 증대되어 2012년에는 PBS 도입 시점수준까지 증대되었다.