남북한의 산림협력 추진에 앞서 이를 이끌어 갈 협력 주무부처를 선정이 이뤄져야 하지만 북한은 담당 업무 및 권한이 분산돼 있어 주무부처가 명확하지 않은 상황이다.
남북한이 산림협력을 구체적으로 추진하기 위해서는 기본원칙을 추상적으로 선언하는 것에 그치지 않고, 책임 있는 협력주체가 협력계획을 수립하여 이행하는 것이 필요하다. 지금까지 체결된 남북합의서에서는 교류협력을 주관하는 주무부처가 명확하게 규정되지 않았는데, 이 남북합의서(안)에서는 산림협력과 관련하여 주무부처를 남한의 산림청, 북한의 국토환경보호성으로 명시하고 협력계획을 수립할 의무를 부과하였다. 남한의 경우에는 산림협력을 위한 주무부처가 산림청이지만, 북한의 경우에는 산림법에서 산림경영사업에 대한 지도통제를 국토환경보호성이 담당하도록 하고 있다. 그러나 북한에서는 임업성, 국가과학기술위원회 산하 산림과학분원 등도 산림업무를 담당하고 있으므로 남북한이 합의하는 과정에서 주무부처가 최종적으로 결정될 것이다.