학부제의 부작용으로 대학들은 학과 단위로 신입생을 모집하였고, 복수 전공제도는 위축되었다. 하지만 세계 금융 위기를 거치며 낮아진 취업률을 극복하고 취업 시장에서 비교 우위를 선점하고자 하는 학생들의 증가로 인해 복수전공에 대한 관심이 증가하게 되었다.
그런데 인기학과와 비인기학과 간 양극화 및 불균형이 다시 발생하고, 인문학 및 일부 사회학 같은 순수학문 분야의 경우 전공 학생 수가 급감하는 등 학부제 시행에 따른 여러 가지 문제점들이 나타났다. 이에 따라 2000년대 이후 많은 대학들이 다시 개별 학과 단위로 신입생을 모집하기 시작하였고, 학부제의 축소로 인해 복수전공 제도 또한 위축될 수 있는 상황들이 지속되었다. 그러나 1997년의 IMF 위기와 2008년의 세계 금융위기를 거치면서 대학 졸업자들의 취업률이 급격하게 낮아지자 복수전공에 대한 대학과 학생들의 관심은 다시 증가하였다. 취업의 어려움으로 인해 복수전공 이수가 취업에 도움을 줄 수 있을 것이라는 막연한 기대감이 조성되었으며, 복수전공 이수를 통해 취업 시장에서 비교우위를 선점하고자 하는 학생들이 크게 증가하였다(세계일보, 2007.4.10.; 아주경제, 2011.3.22.; 조선일보, 2014.1.23.; 최봉재, 2007).