반면, 시가총액이 500억원인 주식 항목의 지분율 2%(금액기준 10억원)를 보유한 주주는 과세대상에 포함되게 된다.
주식종목별 평균 시가총액 규모가 코스피(1조 4,070억원) · 코스닥(1,833억원) · 코넥스(502억원) 등 상장시장별로 차이가 있는 점을 고려하여 대주주의 지분율요건에 차등을 두는 것은 적절하나, 대주주 보유금액에 대해 주식종목별로 다른 요건을 적용하는 점은 과세형평성을 저해할 여지가 있는 것으로 보인다. 예를 들어, 20억원의 상장기업주식을 보유하고 있지만 지분비율이 1% 미만인 주주의 경우 개정안을 적용하더라도 양도소득세 과세대상에서 제외되는 반면, 시가총액이 500억원인 주식 항목의 지분율 2%(금액기준 10억원)를 보유한 주주는 과세대상에 포함되게 된다.