아동, 청소년 복지시설의 보호대상의 상황이 유사함에도 법적 설치 근거에 따라 지원에 차별이 발생한다. 그 예로 청소년복지시설에 입소한 18세 미만 아동, 청소년들이 「아동복지법」에 근거한 보호에서 제외되고 있는 것을 들 수 있다.
아동, 청소년 복지시설의 경우 기능, 목적, 보호 대상의 사유와 특성이 유사함에도 불구하고 법적 설치 근거가 다르다는 이유로 운영여건과 서비스에 편차가 발생하기도 하였는데 이것이 보호 대상 간 차별로 이어지는 것이 문제로 지적된다. 예를 들어「아동복지법」에 근거한 자립지원시설은 아동복지시설에서 퇴소한 사람을 대상으로 하고 있어(동법 제52조)「청소년 복지 지원법」에 의한 청소년쉼터에서 퇴소한 경우 자립지원시설에 입소할 수 없다. 지자체에서 지원하는 자립 정착금 역시 가정폭력, 아동학대로 인해 가출하여 공동생활 가정(그룹홈)에 입소하여 퇴소하는 청소년에게는 지원되지만 같은 사유로 청소년쉼터에 입소하여 퇴소 후 자립을 준비해야 하는 청소년은 배제된다. 즉, 청소년 복지시설인 청소년쉼터를 포함한 보호시설에 입소한 18세 미만의 아동․청소년은「아동복지법」에 근거한 보호 조치의 사각지대에 놓여있다.