국가정보화시행계획은 전자정부사업 사전협의 시스템과의 통합을 통해 중복방지를 위한 기능을 강화하였다. 국민의 의견 수렴결과 우선적으로 추진해야 할 과제를 검토하고 선정하여 사업 추진이 계획되어 있다. 
이를 기반으로 2009년부터 국가정보화시행계획을 EA 기반으로 검토, 중복사업을 식별·조정하여 2009년 981억 원, 2010년 888억 원, 2011년 535억 원, 2012년 1,982억 원 등 최근 4년간 총 4,386억 원의 예산을 조정하는 효과를 거두었다. 또한 2014년에는 전자정부 사업 사전협의 시스템과의 통합을 통해 전자정부 사업의 중복방지를 위한 기능을 더욱 강화하였다. 특히, 2013년에는 한발 더 나아가 각 기관의 정보자원 및 아키텍처 정보를 지속적으로 분석하여 수요자 중심의 서비스 제공을 위한 서비스영역별 연계·통합방향을 수립하여 제시하였고, 2014년에는 이 중 25개의 후보 과제를 선정하여 국민을 대상으로 의견을 수렴하였다. 의견 수렴결과 우선적으로 추진이 필요한 16개 과제를 검토하여, 5개 과제를 전자정부 지원사업으로 최종 선정하여 2015년 사업 추진이 계획되어 있다.