어선의 실시간 위치정보 중, 해양경찰청 PDA방식 정보는 7만 5천여 척 정보 운영 관리 가능 여부에, 수협 어선조업정보는 만 5천여 척 연근해 어선의 실시간 정보만 축적됨에 대해 문제점이 제기된다.
어선정보에서 가장 중요한 점은 어선의 실시간 정보를 어항정보화와 연계한 기초자료로 제공함으로써 새로운 부가가치정보를 생성해 내는 것이다. 하지만 어선의 실시간 위치정보는 현재 해양경찰청 해양안전정보와 수협의 어선조업정보를 통해 중복해서 기초자료가 축적되고 있다. 해양경찰청의 PDA방식 실시간 어선위치 정보는 전체 연근해 어선을 대상으로 사업이 추진되고 있으나 실제 7만 5,000여 척의 정보를 운영 관리가 가능한지에 대한 문제점이 제기된다. 반면에 수협의 어선조업정보는 어업인이 직접 무선통신국과의 교신을 통해 어선의 위치정보와 어획량 정보를 제공하고 있으나 전체 연근해 어선 7만 5,000척 가운데 15,000여 척의 연근해 어선의 실시간 위치정보만 축적하고 있다.