사회보장 기본 계획에 따라 수립된 재정 사업 자율평가 대상 사업은 일치할 것이기 때문에 동일한 사업을 각기 다른 평가 제도에 따라 평가하는 것은 문제가 될 수 있다. 또한 항목별 배점이 상이한 경우 같은 사업이어도 평가 결과가 다를 수 있어 신뢰성이 떨어질 것이다. 
셋째, 사회보장 기본계획에 근거한 시행 계획상의 관리 과제와 개별법에 근거하여 수립된 기본계획에 따라 수립된 시행 계획의 관리 과제, 재정 사업 자율평가의 대상 사업은 상당 부분 일치할 것이 분명하다. 그렇다면 동일한 과제 또는 사업이 한 번은 사회보장 시행 계획 평가에서, 다른 한 번은 개별법에 따른 시행 계획 평가에서, 그리고 재정 당국이 주체가 되어 관리하는 성과 관리제도 내 통합 재정 사업 평가 등 각기 다른 평가 제도에 따라 매년 평가되고 그 결과가 차년도 시행 계획 또는 사업 개선에 반영된다. 또한 동일한 사업을 각기 다른 평가 제도에 따라 평가하는 것도 문제지만 유사한 평가 프레임워크이면서 각 항목별 배점이 상이한 경우 동일 사업인데도 경우에 따라서는 평가 결과가 상이할 수가 있어 평가의 신뢰성이 떨어진다. 통합 재정 사업 평가의 경우 평가 결과가 공개되고 있지만 사회보장 시행 계획 성과 평가의 경우 요약 보고만 공개되므로 사업별 평가결과는 확인할 수 없다. 각각의 평가 결과가 유사한지도 파악할 수 없다.