거점학교 운영은 7차 교육과정에서 시작되어 2009년, 2015년 교육과정으로 이어져 자유학기제와 함께 중요성이 커지고 있으며, 수평적 다양화를 지향하고 있다.
학교 간 협력에 기반한 거점학교 운영은 소위 ‘학생 맞춤형 교육과정’이라고 칭해졌던 제7차 교육과정에서 논의되기 시작하여 ‘진로집중과정’ 개념이 도입된 2009 개정 교육과정, 그리고 자유학기제의 연장선상에서 ‘학생의 적성과 진로에 따른 맞춤형 교육’이 강조되고 있는 2015 개정 교육과정으로 이어지면서 한층 더 그 중요성이 커지고 있다. 또한, 거점학교 논의는 교육과정 변화와의 관련성 외에도 교육제도, 특히 고교 평준화제도, 대입제도와도 연결되어 있는 것으로서, 학생들의 교과 선택권의 확대로 고교 교육의 수평적 다양화를 지향하고 있다.