IP 적용 제품 매출 수익 규정이 가장 모호한 문제이다. 운용 국가의 기업 R&D 활동, 연구개발 성과가 높은 특허 박스는 바람직하지만, 제품 판매 수익 법인세 감면 방안은 합리적 기준을 마련해 추진해야 한다.
또한 적용 대상을 어디까지 가지고 갈 것인가의 문제이다. 가장 모호한 문제는 IP 적용 제품 매출 수익을 규정하는 이슈이다. 특허 박스를 도입한 EU 국가 중심으로 분석한 결과, 동 제도를 운용 중인 국가의 기업 R&D 활동 및 연구개발 성과가 높은 것으로 나타나 특허 박스 제도 도입이 바람직한 것으로 판단되나, 특허의 이전소득 외에 제품 판매 수익에 대한 법인세 감면 방안은 경제적 효과, 재정상황 등을 종합적으로 분석하여 타당성을 확보한 후 합리적인 기준을 마련하여 추진할 필요가 있다는 것이다. IP 적용 제품 매출에 대한 합리적인 기준에 대한 불명확성으로 현재 특허 박스 제도 9개 시행국 가운데 중국, 영국, 프랑스, 벨기에, 아일랜드, 스페인 6개국에서만 제품 매출을 감면 대상에 포함하고 있다.