항공산업에 배분되는 배출권 총량을 두 기간으로 구분된 운항실적을 기초로 항공부분 CO₂배출량을 정하고 이의 95-97%를 배출한도 (CAP)로 결정하고, 이중 대부분은 무상할당하며 나머지 부분에 대해 경매나 신규참여자를 위한 유보량으로 결정하였다. 또한 MRV가이드를 제정하여, 항공사들이 MRV계획을 제출토록 하였다.
항공 산업에 배분되는 배출권 (European Union Allowance) 총량은 두 기간으로 나누어 과거 운항실적에 기초하여 설정된다. 2012년 1월 1일부터 12월 31일까지는 과거 운항실적 (2004년에서 2006년 배출량 평균)의 97% 상당량, 2013년 1월 1일 이후는 (과거 운항실적의 95%) X (할당기간에 상응하는 연수)로 설정된다. 유럽위원회는 2011년 6월 30일 전체 항공사에 배정될 배출권 총량에 대하여 2004년부터 2006년 항공부문 CO₂배출량을 2.19억 톤으로 집계하고, 이의 95-97%를 배출한도 (CAP)로 결정하였으며, 2012년 2.13 억 톤 CO₂(97%), 2013년 2.09억 톤CO₂(95%)를 배출한도로 확정 발표 하였다. 각 항공사가 2011년 3월 31일까지 제출한 2010년 운항실적 모니터링 자료를 검증하여 항공사별 무상배출 할당량을 발표하는데, 2012년에는 전체 배출한도 중에서 85%는 항공사에 무상으로 할당, 15%는 경매로 할당하고, 2013년부터 2020년까지는 82%는 항공사에 무상으로할당, 15%는 경매, 나머지 3%는 신규시장 진입 자에 대한 유보 량으로 설정하였다. EU는 2008년 항공ETS지침에 근거하여 2009년 4월 16일, ETS편입에 따른 모니터 (Monitoring), 보고 (Reporting), 검증 (Verification)에 관한 가이드라인(MRV Guideline)을 제정하였고, 동 가이드라인에 따라 항공사들이 항공운항 관련 사항과 온실가스 배출현황을 포함한 MRV 계획을 각 항공사의 관할국가에 2011년 3월말까지 제출하도록 하였다.