네거티브 규제 체계의 효과는 장기간에 걸쳐야 하고 입법효과의 가시적 확인이 어렵다는 점에서 구현하기 어려울 수 있다.
결국 네거티브 규제 체계를 구성하고 운영하기 위해 위의 입법원칙을 참조하여 입법을 수행하는 경우에도, 그 효과는 장기간에 걸쳐 나타나는 경우가 많을 것이고, 개인들은 단시간 안에 입법의 효과를 가시적으로 확인하기는 어려울 것이다. 입법 영역이 보다 광범위해지고, 다수의 사람들에게 입법 효과가 영향을 미치게 된 후에나 혹은 그동안 향유하던 입법이 변화하는 순간에 가서야 네거티브 규제 체계에 의한 입법이 자유를 보장하고 있었다는 사실을 깨닫는 경우가 많을 것이기 때문이다. 이런 의미에서 네거티브 규제 체계의 구현은 지난하고 완성하기 어려운 작업이 될 수 있다.