직능 등급을 평가 시 객관적인 직무능력에 대해 현장평가를 하지 못하고 있어 시간이 지나면 모든 사원들이 직능 등급을 호봉제 형태로 되어 차별적인 방책이 필요하다.
둘째, 직능 등급을 평가할 때 실제 직무능력에 대한 객관적인 현장평가를 통해서 평가하지는 못하고 있어서 엄격한 의미에서 직능 자격에 의한 임금체계라고 하기가 어렵다. 도입 초기에는 직무수행 능력에 대한 차별적인 임금체계를 지향하였으나, 일정 기간이 지나면 모든 사원들이 직능 등급을 획득함에 따라 변형적인 호봉제 형태를 띠게 되었다고 할 수 있다. 교육훈련 시간도 지나치게 길고, 그 시간을 모두 수당으로 지급한다는 점에서 향후 인건비 부담을 초래할 것이며, 차별적인 동기부여의 수단도 되지 못한다. 회사는 교육훈련 시간을 줄이면서 차별적인 동기부여 방안을 모색할 필요가 있다.