내부 메타데이터는 관련 응용 프로그램이 파일 안에 만들어내는 정보이다. 외부 메타데이터와 달리 응용 프로그램들이 독자적으로 생성과 관리를 하기 때문에 기록하는 정보 목록들이 각각 다르다.
내부 메타데이터는 관련 응용 프로그램이 파일 내에 생성하는 정보이다. 주로 파일의 내용과 관련된 데이터가 저장되지만, 응용 프로그램이 해당 파일을 관리하기 위해서 저장되는 항목들도 일부 있다. 내부 메타데이터는 운영체제에서 독점적으로 관리하는 외부 메타데이터와 달리 응용 프로그램들마다 독자적으로생성 및 관리한다. 따라서 응용 프로그램에 따라 기록하는 정보 항목들이 각기 다르다는 특징이 있다. 예를 들어 동일한 내용의 문서를 작성하더라도, 사용자가 어떤 워드프로세서를 이용하고 어떤 파일 형식으로 저장했는지에 따라 저장되는 내부 메타데이터가 달라진다. 각 응용 프로그램들이 남기는 메타데이터는 각 프로그램 개발자가 미리 정한 기준에 따른다.