고등학교는 다양한 학교의 특성과 유형을 고려하여 심사해야 한다. 하지만, 서면 심사에는 한계가 있고, 우수 학교 순위를 정하는 것이 어려웠다.
초·중학교와 달리 고등학교는 다양한 선택교육과정을 운영하고 있으므로 고등학교의 특성과 유형을 우선적으로 고려하여 심사를 해야 한다. 한정된 지면인 보고서를 통해 미래사회가 필요로 하는 전인교육과 폭넓은 기본 지식, 그리고 소양 함양의 교육을 구현하는 우수한 고등학교를 찾아내는 일은 무척이나 까다로운 일이었다. 시·도별로 우수한 학교를 추천하였으므로 순위를 정하는 일은 특히 힘든 작업이었다. 일부 학교에서는 학교 운영 사례를 보고서에 지나치게 많이 담기 위해 변칙적으로 글자 크기와 자간 등을 축소 조정해 심사위원들이 어려움을 겪기도 하였다.