지원센터의 인건비는 문화예술진흥기금에서 집행했는데, 다수의 사업비에 묶여 있어 예산 교부가 어려운 경우 퇴직충당금으로 선지급하였다. 선지급된 급여가 문제가 되어 기관운영에 차질이 발생하였다.
2016년까지 지원센터의 인건비와 기본경비의 편성 및 집행구조를 보면, 인건비는 문화예술진흥기금에서 지원받는 ‘예술경영지원센터 지원 사업’의 세부내역인 ‘인건경상비(인건비)’와 일반회계 및 기금 등에서 지원받는 보조금 사업에 혼합 편성 및 집행되었고, 기본경비도 인건비와 마찬가지 형태로 편성 및 집행되었다. 인건비가 별도 항목에 전체로 편성되지 않고 다수의 사업비에 묶여 있어 예산이 교부되지 않은 경우 퇴직충당금을 차환하여 급여 지급, 퇴직충당금으로 선 지급한 급여에 대해 사업 정산 시 사업비 교부기관으로부터 인정받지 못한 경우 퇴직충당금의 감소, 인건비가 사업비에 묶여 있어 전보인사 곤란 등의 기관운영에 차질이 발생하고 있었다.