아펜젤러가 입국했던 1885년 당시, 우리나라는 그리스도교 전도사업을 공식적으로 승인하지 않았기에, 그는 교육사업부터 시작했다. 배재학당은 우리나라 최초의 서양식 교육기관으로, 많은 인재들을 길러냈다.
아펜젤러는 교육에도 열정적이었다. 그가 입국했던 1885년 당시 우리나라에서는 그리스도교의 전도사업을 공식적으로 승인하지 않았다. 때문에 아펜젤러는 배재학당을 세워 신학문 교육부터 시작했다. 그가 세운 배재학당은 우리나라 최초의 서양식 교육기관으로 처음에는 방 두 칸의 벽을 헐어 학생 2명을 가르치는 것으로 단출하게 출발했다. 초기부터 영어수업을 비롯해 전인교육을 실시했는데 이를 가상히 여긴 고종황제로부터 친필 간판까지 하사 받았다. 이후 배움에 목말랐던 전국의 소년들이 점점 몰려들었고, 청년들은 이곳에서 신지식과 신문화를 스펀지처럼 빨아들였다. 서재필, 윤치호, 이승만, 주시경, 김소월, 나도향 등이 배재학당에서 수학했으며, 이밖에도 헤아릴 수 없이 많은 인재들이 거쳐간 교육의 요람이었다.