WMD 차단과 관련해, 정부는 항구 검색을 원칙으로 하지만 해상 항행 선박에 대한 확인 필요시 선사의 동의를 얻어 항만으로 유도하여 검색할 수 있다.
더불어 WMD 차단 관련 국내법적 권한을 강화할 필요가 있다. 현행 국내법상 선박 안전, 세관 등 항만국 통제권(Port State Control)과 관련된 법령 집행 과정에서 WMD 차단활동이 어느 정도 가능하나, 영해 및 접속수역 단순 통과 선박의 차단문제에 대해서는 논란의 소지가 존재하기 때문이다. 자국 선박에 대한 검색은 공해상이라도 법적 논란이 전혀 없으며, 외국 정부의 자국 선박에 대한 검색 요청에 대해서는 국제법상 한계를 고려하여 적절히 대처가 가능할 것으로 보인다. 그러므로 상기 제한사항을 감안하여 정부는 항구 검색을 원칙으로 하며, 해상 항행 선박에 대해서는 확인 필요시 기국(선사)의 동의를 통해 항만으로 유도하여 검색한다는 기본 입장을 견지하고 있다.