부칙 경과규정의 만료를 앞두고 99년 복수노조 허용에 따라 창구 단일화 방안에 대한 정부안이 제출됐는데, 노사와 정단 간의 의견 충돌이 해결되지 못해 처리되지 못했다.
부칙 경과규정의 만료를 1년여 앞둔 1999년 12월, 복수노조 허용에 따른 교섭창구 단일화 방안에 관한 정부안이 국회에 제출되었다. 하지만 노사 및 정당 간 의견이 조율되지 못하여 처리되지 못했고, 2000년 5월, 15대 국회 종료로 자동 폐기되었다. 이후 노사정위원회에서 관련 논의를 진행한 끝에 2001년 2월 9일, 사업장 단위 복수노조 설립 허용을 노조 전임자 임금지급 금지와 묶어서 5년 더 연장하기로 합의하였다. 이에 따라 2001년 3월 28일 노조법상 경과조치가 또 개정되어 복수노조와 전임자임금지급 금지는 2006년 12월 31일까지 적용 유예되었다.