공동아이돌봄센터는 소규모로 운영되어 농어촌 보육의 사각지대 해소에 도움을 줄 것이라 예상했다. 그러나 융통성 있는 운영이 어려운 한계로 제도적 지침이 필요하다.
농어촌 보육여건 개선 사업으로 공동아이돌봄센터는 지역은 넓으나 아동 수가 부족해 어린이집 이용을 위해 원거리를 등원해야 하는 농어촌 보육 여건의 특성에 맞춰 소규모로 운영하는 모델로 도입되어 농어촌 보육의 사각지대 해소에 도움을 줄 수 있을 것으로 예견되었다. 그럼에도 일부 특수한 지원 외에는 기존의 어린이집 운영 지침을 준수해야 하는 등 농어촌 여건에 따른 융통성 있는 운영이 어려워 사업이 활성화되지 못하고 있다. 농림축산식품부로 사업이 이관된 만큼 기존의 어린이집 유형의 운영과는 차별화되는 지침 마련과 운영의 융통성 제고가 요청된다고 할 수 있다.