자유학기제에서의 자유란 교육과정의 유연화, 수업 및 평가방법의 개선, 자율적 학습공동체 구성, 학부모 및 지역사회의 적극적 참여 등을 통해 학교교육의 혁신을 목표로 하는 적극적 자유를 말한다.
이러한 맥락에서 자유학기제에서 말하는 자유의 개념은 지필고사 부담으로부터의 자유라는 소극적 의미를 넘어 다음과 같이 학교교육의 혁신을 지향하는 적극적 자유의 의미를 담고 있다고 할 수 있다. 첫째, 학생들이 원하는 것에 몰입할 수 있도록 학생의 선택 기회를 확대하고 교과 외 다양한 체험 및 실습 활동을 제공하기 위해 교육과정을 유연하게 운영할 수 있게 한다. 둘째, 학생들이 필요로 하는 미래핵심역량을 키워줄 수 있도록 교사의 자율성과 전문성을 신장하고 수업 및 평가방법을 혁신한다. 셋째, 학교 스스로 교육 혁신의 주체로 참여할 수 있도록 자율적 학습공동체를 형성한다. 넷째, 학부모와 지역사회가 학교교육의 파트너로서 학생의 꿈과 재능을 키우기 위한 다양한 체험 활동을 위해 적극 참여하도록 한다.