전산 자원의 효율적 활용을 위한 통합전산 환경의 필요성에 대한 논의가 시작되었다. 타기관의 통제를 받을 수 있다는 우려로 많은 관련 기관이 통합을 반대했다. 이러한 이유로 단계적으로 통합을 이루어가기로 결정하였다.
1990년대 활발하게 추진했던 행정 전산망 사업과 초고속망 구축사업으로 인해 정부의 전산 자원은 부처별로 빠르게 증가하였다. 여기에 2000년대 들어서면서 이어진 전자정부 11대 중점과제 등 전자정부 사업이 본격적으로 추진되는 과정에서 하드웨어 등 정부의 전산 자원이 더욱 급격히 증가할 것으로 예상하자 전산 자원의 효율적 활용을 위한 통합전산 환경의 필요성에 대한 논의가 시작되었다. 정부의 전산 자원을 한곳에 모아 공동으로 관리한다는 개념은 당시에는 대단히 혁신적인 아이디어로 많은 관련 기관이 통합 반대의견을 제시하였다. 기관별로 각자의 사무실에서 유지되던 전산 자원을 한곳으로 모으면 개별기관의 영향력이 줄어들고, 경우에 따라서는 타 기관의 통제를 받을 수밖에 없다는 우려 때문이었다. 이러한 이유 때문에 11대 과제 추진 기간 중에는 정부의 통합전산 환경 구축에 대한 BPR만을 우선 추진하고 이후 단계적으로 통합을 이루어가기로 결정하였다.