소송으로 분쟁을 해결하는 경우 법관의 판단으로 분쟁을 최종적으로 해결할 수 있으나, 융통성 있는 해결을 모색하기 어렵고 증명을 환자가 해야하는 부담 등이 있다.
이렇듯 소송으로 분쟁을 해결하려는 경우에는 법률이 정하는 절차에 따라 법관의 판단에 의하여 분쟁을 최종적으로 확정적으로 해결할 수 있다는 장점이 있다. 그러나 한편으로는 소송으로 의료분쟁을 해결할 경우 법관이 실체법과 절차법에 따라 판단하게 되어 융통성 있는 해결을 모색하기 어렵고, 전문적인 지식이 필요한 의사의 과실에대한 입증책임을 환자 측이 지는 부담이 있으며, 변호사비용 등 재정적인 부담이 크고, 의료감정, 전문가 사실조회 등의 증거절차에서 기일이 지연되는 경우가 많으며, 심리가 어려워 사건이 장기화되는 경향이 있다는 단점이 있다.