어깨동무학교 프로그램 개선을 위해 우수한 어깨동무학교 운영사례를 통한 성과 공유와 확산, 중앙, 지역단위의 컨설팅 지원을 통한 맞춤형 계획 수립, 학교폭력예방 사업들의 연계, 학교폭력예방교육에 전체 교직원 참여가 필요하다. 
어깨동무학교 프로그램의 개선방향으로는 단위학교에서 프로그램이 제대로 운영될 수 있는 조건 을 갖추고 있는지 확인하고, 지원하는 일이 필요하다. 이를 위하여 첫째, 우수한 어깨동무학교 운영사례를 통해 성과를 공유하고 확산하는 것이 필요하다. 이러한 측면에서 어깨동무학교 운영 Q&A 자료집 발간(한국교육개발원 ,2018b) 등이 효과를 발휘할 것으로 기대할 수 있다. 둘째, 중앙 단위와 지역단위에서 컨설팅을 지원하여 단위학교의 특성과 상황에 맞는 맞춤형 계획을 수립할 수 있도록 하는 것이 필요하다. 또한 교육과정과 연계하여 활동이 이루어지도록 하는 것이 중요한 데, 예를 들어 어깨동무학교 활동을 교육과정과 별개로 운영하기 보다는 중학교 자유학기제와 연계하거나 창의적 체험활동을 통해 다양한 학교폭력예방활동을 추진할 수 있다. 셋째, 학교폭력예방 사업들 간에 연계가 되도록 하고, 무조건 예방활동의 숫자만 늘리지 않도록 하는 것이 중요하다. 기존 학교폭력예방사업의 성과를 토대로 어깨동무사업을 진행시키는 것이 바람직하다. 넷째, 학교 의 특정 부서만이 학교폭력예방교육을 담당하지 않도록 한다. 물론 학생지도부와 같이 주관부서가 있을 수는 있지만 전체 교직원의 역할 분담을 통해 학교폭력예방에 대한 구성원들의 관심을 증가시키고, 학교문화를 전반적으로 변화시키는 것이 중요하다.