대법원은 북한 방문 기간 동안의 행위에 화합⋅통신죄를 적용할 수 있다고 판단했다. 이에 소수는 화합에 대해서는 처벌할 수 없다고 반격했고, 헌법재판소가 법을 수정하며 위헌적 요소를 제거했다. 
대법원은 통일부장관으로부터 북한 방문증명서를 발급받아 북한을 방문한 기간 동안의 행위에 대하여 회합⋅통신죄를 적용하여 처벌할 수 있다고 판단하였다. 즉, 통일부장관의 북한 방문증명서 발급은 북한방문 자체를 허용한다는 것일 뿐, 북한 방문 중에 이루어지는 구체적이고 개별적인 행위까지 모두 허용한다거나 정당성을 부여한다는 취지는 아니므로 북한 방문증명서를 발급받아 북한을 방문하였다고 하더라도 그 기회에 이루어진 반국가단체 구성원 등과의 회합행위로서 조국통일범민족연합의 강령ㆍ규약 개정을 논의하기 위해 북한방문을 기화로 조국통일범민족연합 회합을 가진 행위에 대하여 국가보안법 제8조 제1항의 회합⋅통신죄를 적용하였다. 한편, 대법원의 위 판결에서 소수의견은 그 회합의 경위나 그 회합 석상에서 논의된 내용에서 국가의 존립ㆍ안전이나 자유민주적 기본질서에 대한 명백하고 현존하는 실질적 해악성을 인정하기 어렵다면 그 회합에 대하여는 국가보안법상 회합죄로 처벌할 수 없다고 하였다. 헌법재판소는 국가보안법은 제8조 제1항을 개정하여 ‘이익이 된다는 정을 알면서’라는 부분을 삭제하고, 그 대신 ‘국가의 존립ㆍ안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 정을 알면서’라는 주관적 구성요건을 추가함으로써 위헌적 요소는 제거되었다고 판단하였다.