기획재정부가 정책사업으로 인한 부채 산정시 정부와 책임 소재에 대한 논란이 있을 수 있다. 따라서 기획재정부는 부채 발생의 책임 분담을 위해 구분회계제도를 통해 사업간 세부적인 구분을 해야한다. 또한 공공기관 부채에 관하여 이의 상환 대책 등 구체적인 방안을 마련해야 한다.
기획재정부 기준에 따른 기관 고유사업에는 기관 자체사업 외에도 정부의 물가안정을 위한 요금통제로 부채가 증가한 측면이 있는 공공요금 관련 사업과 한국토지주택공사(산업단지개발사업), 중소기업진흥공단(중소기업 창업 및 진흥기금 사업)의 손실보전사업 관련 부채 113.2조원이 포함되어 있어 정책사업으로 인한 부채 산정 시 이의 포함여부와 관련하여 논란이 있을 수 있다. 정부가 기획재정부 기준에 따라 정책사업의 부채에 대하여만 책임을 지게 된다면, 부채의 책임소재 구분 시 혼란이 가중될 우려가 있는 것이다. 따라서 부채 책임소재 규명을 위한 구분회계제도의 목적 달성이 미흡한 상황으로, 기획재정부는 7개 시범도입기관의 사업 단위 구분 시 공공기관과 정부 간 부채 발생의 책임 분담을 위해 정책, 고유사업 간 보다 세부적인 구분을 수행할 필요가 있다. 또한, 관련 주무부처와 기획재정부는 공공기관 내부 비효율이 아닌 정부 정책사업에서 발생한 공공기관 부채에 대하여는 이의 상환 대책 등 구체적인 대책을 마련하는 것을 검토할 필요가 있다.