정부의 2017년 예산은 출연연구기관의 출연금 중 인건비를 늘리고, 주요사업비를 줄이기로 했다. 또한 감소한 주요사업비는 출연연구기관의 여유재원으로 보완했다.
이러한 계획에 따라 정부의 2017년 예산안은 25개 출연연구기관의 출연금 중 인건비를 전년대비 361억원(5.5%) 증가시키고, 주요사업비를 444억원(4.4%) 감소시키는 방향으로 편성되었다. 그리고 감소한 주요사업비는 출연연구기관의 연구개발적립금, 이자수입집행잔액, 기술료수입 집행잔액 등의 여유재원을 통해 보충하였다. 주요사업비로 대체하여 사용될 출연연구기관의 연구개발적립금 등 여유재원은 총 447억 5,900만원으로, 2017년 예산안에 계상된 주요사업비의 전년대비 감소분 443억 8,300만원과 유사한 규모이다. 주요사업은 출연연구기관이 자체적으로 과제를 기획하여 수행하는 R&D 사업으로 출연연구기관의 고유 기능 유지와 밀접한 관계가 있다.