한국은행은 효율적인 한은금융망과 참가기관의 지급결제편의를 위해 운영방식을 개선해왔다. 97년 한국은행은 한은금융망을 통해 어음교환 차액결제자료의 전송방식으로 바꾸고, 99년에는 콜자금 및 외화자금의 지정처리시점을 수정하고 자금이체신청 입력시간을 연장했다. 99년 한은금융망과 증권예탁원 전산망을 연계하여 장외채권거래에 대금동시결제 제도를 도입했다. 
한국은행은 한은금융망의 운영효율성을 제고하고 참가기관의 지급결제편의 제고를 위하여 운영방식을 지속적으로 개선해 오고 있다. 97년 12월부터는 어음교환 차액결제자료 전송방법을 변경하여 한국은행 간 취급점이 금융결제원 각 지부로부터 인편 또는 FAX로 차액결제자료를 접수하여 한은금융망에 입력하던 것을 금융결제원 자체 집계후 한은금융망을 통해 일괄 전송토록 하였다. 99년 1월에는 지정처리시점을 일부 조정하여 오전반일물 콜자금상환시점이 13:00에서 14:30으로, 외하자금예치시점이 16:00에서 16:30으로 변경되었으며 자금이체신청 입력시간도 09:30~16:30(토요일 13:30)에서 09:30~17:00(토요일 13:30)으로 연장되었다. 한편 99년 11월 한국은행은 증권거래시 증권인도와 대금지급 사이의 시차에 따른 결제리스크를 제거하기 위하여 BIS 등 세계 주요기관들이 도입을 적극 권고하고 있는 증권, 대금동시결제(DVP : Delivery-versus-Payment) 제도를 도입하였다. 즉 한은금융망과 증권예탁원 전산망을 상호연계하여 우선 장외채권거래에 대하여 증권과 대금을 동시에 결제하는 시스템을 구축하였다. 동시스템의 구축으로 증권은 증권예탁원에 개설된 채권매도자의 증권예탁계좌에서 매수자의 증권예탁계좌로 직접 결제됨과 동시에 대금은 한국은행의 증권예탁원 계좌를 통하여 한국은행이 채권매도자 앞으로 계좌이체하는 방식으로 결제된다.