법무부는 부족한 형사보상 예산을 이˙전용, 예비비 집행으로 충당하고 있다. 법무부는 이에 대해 무죄선고로 인한 보상금 지급을 위한 증액때문이라고 밝혔다.
실제로 법무부의 형사보상 예산 편성을 살펴보면, 2009년부터 예산액이 전년도 예산현액에 미치지 못하며, 그처럼 부족한 예산을 이･전용 또는 예비비의 집행을 통해 충당하고 있음을 알 수 있다. 2010년 예산액은 39억 6,100만 원이었으나 법무부는 예산액의 363.5%인 144억 원을 이용 증액하였다. 이에 대해 법무부는 2009년 7월 구 도로법 제84조 과적차량에 대한 양벌규정 위헌결정으로 벌금 납부자들이 재심 신청으로 무죄를 선고받은 후에 보상금을 신청하였고, ｢진실･화해를 위한 과거사정리 기본법｣의 시행으로 2008년 하반기부터 과거사 관련 재심에 의한 무죄가 다수 선고되었기 때문이라고 밝혔다.