사업자의 위법행위에 대해 시정명령이나 과징금 부과 등을 통한 제재가 가능하므로 별도의 형사책임을 필요로 하는지 의문이다. 기업활동에 대한 지나친 제재는 자유로운 경쟁을 저해하고 기업활동을 위축시켜 제도 목적에 반할 여지가 있다.
이 중 형사적 집행에 대해서는 일본과 유사하게 법제정 당시인 1980년 법부터 처벌 규정을 두었는데, 우리나라 공정거래법에서 반드시 형사처벌 규정이 필요한 것인지는 논의의 여지가 있다. 즉, 공정거래법 제1조에서는 동법의 목적에 대해 “이 법은 사업자의 시장지배적지위의 남용과 과도한 경제력의 집중을 방지하고, 부당한 공동행위 및 불공정거래행위를 규제하여 공정하고 자유로운 경쟁을 촉진함으로써 창의적인 기업활동을 조장하고 소비자를 보호함과 아울러 국민경제의 균형있는 발전을 도모함을 목적으로 한다”고 규정하고 있는데, 기업활동에 대한 지나친 제재는 오히려 자유로운 경쟁을 저해하고 기업활동을 위축시켜 제도 목적에 반할 여지도 있다. 그리고 개별 주체 상호간의 권리침해 여부가 아닌 위반행위에 따른 경쟁질서 왜곡이라는 전체 시장의 관점에서 그 위법성을 판단하게 되는 특성상 수사기관에서 위법성을 판단하는 데 한계가 있으며 사업자의 위법행위에 대해서는 시정명령이나 과징금 부과 등을 통해 제재할 수 있기 때문에 굳이 별도의 형사책임을 필요로 하는지는 의문이 들 수 있다.