학업중단 청소년의 종단 조사 중, 조사대상자들의 높은 이탈율 탓에 비교적 안정적 청소년 대상만의 조사가 이루어지는 문제가 있다. 또한 보호관찰 학업중단 청소년은 자기기입방식을 사용하므로 결과 분석 시 주의가 필요하다.
학업중단 청소년의 삶과 의식에 대한 종단조사가 진행되면서 가장 우려되는 부분은 이탈율(attrition rate)이다. 조사대상자들의 생활이 비교적 안정되어 있지 않아서 이들을 추적하여 조사하기가 어렵고, 이들 중에는 범죄를 저질러 기관에 수용되는 경우도 생겨날 수 있어서 이탈율이 낮게 유지되지 않으면 상대적으로 안정적인 청소년들만 조사에 응하게 되는 문제가 예상된다. 또 다른 우려사항은 일반 학업중단 청소년과 보호관찰 학업중단 청소년에 대한 조사방법이 상이하다는 점이다. 일대일대면면접 방식을 사용한 일반 청소년과 달리 보호관찰 청소년은 자기기입방식을 사용했기 때문에 두 집단의 결과를 비교할 때 주의할 필요가 있겠다. 특별히 보호관찰 청소년이 보호관찰을 종료한 이후에 이들을 조사할 때 조사방법이 달라진다면 종단자료의 가치가 훼손될 가능성이 존재한다.