NSC 구성과 관련된 트럼프 행정명령은 혼란을 야기했다. 우편향적 성향의 스티븐 배넌이 포함되었기 때문이다. 그가 NSC에 참가함에 따라 NSC의 향후 행보와 마이클 플린과의 시너지 효과에 대한 논란이 발생했다.
두 번째로 혼란을 야기시킨 것은 최근 NSC 구성과 관련한 트럼프 행정명령이다. 예전 NSC 상임위원회에는 합참의장, 국가정보국장(DNI) 등이 모두 참석하였는데, 금번 행정명령에 따라 이 둘이 빠지는 대신, 그동안 국내 선거전략을 담당해 온 스티븐 배넌(Steve Bannon)이 들어갔다. 그런데 스티븐 배넌의 성향 자체가 상당히 우편향적이다. 예를 들어 배넌은 중국과의 전쟁은 불가피하다고 언급해 왔고, 더욱이 국내정치적 여론에 상당히 민감하기 때문에 국내정치 사이클에 따라 신행정부의 안보정책이 어떤 영향을 받게 될지에 대해 많은 우려가 있다. 지금까지 NSC가 상당히 중요한 자리는 아니었는데, 스티븐 배넌이 참가함에 따라 향후 국가안보회의가 어떻게 운영될 것인지, 지금의 NSC 국가안보보좌관인 마이클 플린(Mike Flynn)과 어떤 시너지 효과를 낼 건지에 대해 큰 논란이 되고 있다.