그럼에도 지역발전위원회는 독자적 예산 편성 및 집행 권한이 없어 관련 부처의 세출예산을 이용하는데, 소관 부처의 분산은 특히 지역개발계정에서의 지역정책의 효율적 관리를 어렵게 한다.
그럼에도 불구하고 지역발전위원회는 예산의 과정에서 보면 독자적으로 예산을 편성하거나 집행할 수 있는 권한이 없다. 예산편성과 집행은 관련 부처의 세출예산을 이용할 수밖에 없는데, 광특사업의 소관 부처가 분산될 경우 지역정책의 효율적 관리가 어렵게 된다. 이러한 문제는 지역개발계정에서 극명하게 나타난다. 10개 부처가 간여하는 시․도 자율편성을 보면 지역정책의 구상과 전략에 연동되어 예산편성과 집행이 이루어지기 보다는 소관 부처의 이해관계에 따라 운용되고 있다. 시․군․구 자율편성은 더 심각해서 163개 시․군․구를 4개 공간으로 분할하고, 각 공간을 담당한 부처를 지정함으로써 일선에서는 많은 혼란이 발생하고 있다.