BTL사업은 콘텐츠 운영 부문이 별도의 규정이 없는 관계로 주무관청이나 지역문화재단을 통한 위탁방식으로 운영되는데 이러한 사업 구조는 사업성과에 부정적 영향을 끼친다.
또한 BTL사업은 시설의 유지관리부문과 콘텐츠 운영부문으로 분리하여 운영되고 있다. 시설의 유지관리 부문은 사업시행자(SPC)가 운영하고 있으며, 콘텐츠 운영은 주무관청의 정책방향에 따라 주무관청이 직접 운영하거나 지역문화재단을 통한 위탁방식으로 운영되고 있다. 이는 시설유지의 관리 운영은 협약기간 동안 사업시행자가 운영하도록 민간투자법 및 민간투자기본계획에 규정하고 있지만 콘텐츠운영주체에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않기 때문이다. 콘텐츠 운영이 중요한 문화시설 BTL사업의 특성을 고려할 때 이러한 사업 구조는 사업의 성과에 부정적인 영향을 미칠 것이 우려된다.