대안학교 관련 법 개정 후 제11차 교육개혁협의회에서는 학업중단학생이 있는 미인가 대안교육시설의 대안학교 전환을 유도하여 등록제 도입 등으로 지도, 감독하는 방안을 논의했다. 또한 대안학교 설립 절차 간소화로 설립을 활성화시켜 학부모와 학생들의 학습권을 보장하기로 했다.
지난 2005년 3월 ｢초․중등교육법｣ 일부 개정에 의한 제60조의3이 신설되고, 그 후속조치로서 2007년 6월에는 ｢대안학교의 설립․운영에 관한 규정｣이 신설됨으로써 각종 학교로서의 대안학교제도가 도입되어 대안학교의 활성화에 기여하였다. 더욱이 동규정은 2009년 11월 개정을 통해 학교설립의 문호를 대폭 개방한 바 있다. 특히 2012년 8월 27일 국무총리 주재로 개최되었던 제11차 교육개혁협의회에서는 학업중단학생을 수용하고 있는 미인가 대안교육시설을 대안학교(각종학교)로 전환함을 적극 유도하면서, 등록제 도입 등을 통해 지도․감독이 가능하도록 하는 방안을 논의․확정한 바 있다. 먼저, 다양한 교육수요를 충족시키고 학부모와 학생들의 학습권을 최대한 보장하기 위해 대안학교 설립을 활성화하기로 하였다. 특히 대안학교에 대한 진입장벽 완화를 위해 재정지원의 근거를 마련하고, 일반학교보다 교육환경평가서를 간소화하기로 하였다. 또한 공립대안학교 설립확대를 위해 폐교 등을 적극 활용하기로 하였다.