협동학습이 이루어지려면 학급당 학생 수를 줄이고, 교사들의 전문성과 자율성 발휘가 보장되어야 한다. 김남철 교장에 따르면 자유학기제는 대학 입시와 기존 학습의 방식을 바꿀 것이고, 이의 전면 도입을 위해 공공기관의 협조가 필요하다.
평가는 교사들이 어려움을 토로하는 부분 중 하나다. 체험활동 과정에서 발생하는 안전사고에 대한 우려도 교사들의 걱정거리다. 교실 수업 개선의 일환으로 협동학습 중심의 수업을 준비한 강예리 교사는 “학급당 학생 수를 줄이지 않으면 협동학습 중심으로 운영되기 어렵다.”는 고충도 털어 놨다. 다만, 자유학기제에서 가장 중요한 점은 “전국에 3천개의 학교가 있으면 3천개의 정답을 찾아가는 과정”이라는 모두의 공감대 속에 교사들은 주어진 재량과 여건 안에서 교사들의 전문성과 자율성이 최대한 발휘되어야 한다는 데 뜻을 같이 했다. 아울러, 김철남 교장은 “자유학기를 계기로 대학 입시도 바뀌어야 한다.”며 “아이들에게는 자기성찰의 계기를 가질 수 있는 수업을 해야 한다.”고 강조했다. 특히, 그는 “강원도의 지역적 여건상 군부대의 협조를 받고 싶다.”는 희망을 밝혔다. 서순원 태백교육지원청 장학사는 “공공기관의 협조가 안 된다. 자유학기제가 전면 시행이 될 때는 공공기관과의 협조가 잘 되도록 지원해야 한다.”고 말했다.