여성의 경제활동참여와 일·가정양립을 지원하기 위한 시간선택제 일자리는 저임금의 불안정한 고용과 또 다른 성별 분리의 기제 우려의 이유로 국내외에서 부정적 평가를 받는다. 그렇기에 시간선택제 일자리의 창출보다는 근로기준법의 규정이 우선되어야 한다.
예컨대 개인이 주어진 상황에서 여성의 경제활동참여와 일·가정양립을 지원하는 선택권을 확대하는 의미가 있는 시간선택제 일자리는, 좋은 취지에도 불구하고 성별영향에 있어서 부정적인 평가가 제기된다. 시간선택제 일자리가 기존의 일자리와는 다른 별개의 일자리로 창출되고 있어, 기업 내에서 기존의 근로자 그룹과는 다른 이질적인 근로자층으로 자리매김 되고 있다. 특히 이들의 대다수는 여성으로 채워지고 있어, 시간선택제 일자리가 또 다른 성별 분리(segregation)의 기제가 될 수 있는 우려가 있다. 2014년 성별영향분석평가에서도 여성 및 고령층의 사회･경제적 환경을 고려하여 시작된 시간선택제 일자리 정책은 저임금의 불안정한 일자리를 양산하여 여성 일자리 창출에 부정적인 영향을 끼칠 수 있다는 점이 지적된 바 있다. 외국에서도 시간제 일자리의 불리함(penalty)에 대한 연구들이 많이 제기된다. 예컨대 시간제 일자리가 전일제 일자리에 비해 갖는 임금에서의 불리함(Manning & Petrongolo, 2008; Bardasi & Gornick, 2008) 등을 다룬 연구들이 그것이다. 또한 시간제 근로자의 높은 근로빈곤문제, 저숙련 일자리에 만연한 시간제 일자리, 사회보장에의 접근 제한, 경력에서의 불이익과 고용불안정 등의 문제도 제기된다. 시간선택제 일자리 확대를 통해 여성들이 개인적으로 적응할 수 있는 그러나 불리함을 감수해야 하는 선택지를 제공하는 것에 우선순위가 놓이기 보다는, 남녀가 모두에게 보편적으로 「근로기준법」의 법정근로시간 규정을 적용하도록 하는 것이 우선되어야 하는 이유이다.