수도권 철도구축사업에 대해 우선 국토교통부는 효율적인 KTX 및 GTX 노선의 운영 방안을 검토해야 하며, 사업목적에 부합하는 최적 대안 선정 기준을 모색할 필요가 있다. 현재 국토교통부는 GTX와 KTX의 연계 방안을 검토하고 있다. 또 기획재정부는 구체적으로 예비타당성조사 대상 사업의 시행 단위를 규정할 필요가 있다. 
수도권 철도구축사업 평가의 주요내용은 다음과 같다. 첫째, 국토교통부는 수도권 북부의 KTX 운행 계획을 포함하여 국가철도망기본계획에 대한 전반적 검토를 통해, KTX와 GTX 노선의 효율적 운용 방안을 검토할 필요가 있다. 국토교통부는 GTX 계획 수립 과정에서 사업비, 추진시기 등을 고려하여 이를 고속철도(KTX)와 연계하는 방안을 검토 중이다. 한국철도시설공단(2014)의 분석 결과에 따르면, 삼성역에서 의정부까지 KTX와 GTX를 연계 운행하는 것이 경제적으로 타당한 것으로 나타났기 때문이다. 둘째, 국토교통부는 예산 절감을 위해 사업목적에 부합하는 최적 대안 선정 기준을 마련할 필요가 있다. 초기에 수도권 KTX사업은 서울~시흥 구간으로 추진되었으나, 국토교통부가 동 사업을 수서~평택 구간으로 변경함에 따라, 총사업비는 예비타당성조사 기준으로 1조 8,212억원에서 3조 7,231억원으로 증가하였으며, 국토교통부가 GTX(삼성~동탄)사업과 별도로 KTX(수서~평택)의 건설을 추진함에 따라, 585억원의 추가 비용이 발생하였다. 셋째, 기획재정부는 예비타당성조사 대상 사업의 시행 단위 기준을 구체적으로 마련할 필요가 있다. 기획재정부는 예비타당성조사 과정에서 별개 사업인 ‘KTX(수서~평택)’와 ‘GTX(삼성~동탄)’사업을 통합하여 경제적 타당성이 있는 것(B/C=1.0478)으로 분석하였다.