총액계상사업은 사업비 계상규모의 적정성을 파악하기 어려워 국회의 예산심의권 약화와 정부에서의 자의적 운용 가능성이 있다.
특히 총액계상사업은 세부적인 예산 편성내역 없이 총액으로만 국회 예산안 심의가 이루어지므로, 국회의 예산심의 단계에서 그 구체적 집행계획을 알 수 없다. 따라서 사업비 계상규모의 적정성을 파악하기 어려우므로 국회의 예산심의권을 약화시키고 자칫 정부에서 자의적으로 운용할 수 있는 가능성이 있다. 실제로 문화재청은 ｢문화재 보수정비｣ 사업은 지원기준을 마련하고도 이를 일관성 없이 적용하거나, 보수가 시급한 당해 문화재를 우선 지원하도록 기준이 마련되어 있지 않아 시급성이 부족한 주변정비사업 위주로 문화재 보수정비 예산을 배분하였다는 감사원의 지적을 받은 바 있다.