각 운영주체 자체 시스템의 연계를 통해 서로 다른 내용이 발견되면, 확인하여 미가입자를 적발한다. 이는 산재 보험과 고용 보험의 내용이 동일한 경우가 많아 한계가 있다.
각 운영주체 자체 시스템 내에서 서로 다른 내용이 발견될 경우 이에 대한 사실 확인 절차를 걸쳐 미가입자를 발굴하여 적발하는 방식이다. 예컨대 근로복지공단에 신고된 보수총액 신고 내용과 고용보험의 피보험자격 관리 정보를 연계하여 서로 다른 내용에 대한 사실 확인 절차를 거쳐 피보험자격 취득․상실 등 필요한 조치를 하는 방식이다. 이와 같이 각 운영주체 자체 시스템 내에서의 연계 방식을 통한 미가입자의 발굴에는 한계가 있다. 왜냐하면 고용․산재보험에 있어서 보수총액 신고 내용(산재 보험)과 피보험자격관리(고용보험)에 등록된 내용이 동일할 경우가 많기 때문이다.