하지만 반대의견을 제시한 재판관들은 신상정보 공개로 공개대상자의 기본권이 훼손되는 데 비해 범죄억제의 효과는 불확실하다고 지적했다. 공익의 실현 여부도 불확실한데 성범죄자의 기본권을 제한하니 법익이 불균형하다는 것이다.
하지만 헌법재판소 법정견해에 반대의견을 제시한 2인의 재판관은 “정보통신망을 통한 신상정보 공개로 인하여 공개대상자의 기본권이 심각하게 훼손되는 데 비해 그 범죄억지의 효과는 너무도 불확실하다는 점에서 심판대상조항은 법익의 균형성도 현저히 잃고 있다”고 지적했다. 인터넷을 통한 일반적 신상공개･열람 제도를 통하여 실현하고자 하는 공익의 실현 여부는 불확실한 반면에 이 제도로 인하여 성범죄자의 재사회화 가능성이 현저히 제한되고 사생활의 비밀과 형성의 자유와 인격권을 제한하는 정도는 매우 크다는 점에서 법익의 균형성에 어긋난다는 주장이다. 신상정보 등록제도는 등록대상자의 개인정보 자기결정권이 제한되지만 그 정도가 범죄의 예방과 재범방지라는 공익보다 경하다고 보기 어려우며 따라서 법익의 균형성에도 위배된다는 주장도 제기된다.