특허권 가치 평가의 불확실성이 문제를 복잡하게 만든다. 가치 평가의 불확실성은 세무전문가로서 해결하기 어려운 문제이며, SME가 겪을 가능성이 높은 문제이다.
여기서 문제를 더 복잡하게 만드는 요소는 특허권 가치 평가의 불확실성이다. 초기 단계에서 특허권을 이전하거나 전용실시권을 설정하는 경우 특허권의 가치가 상당히 낮은 수준으로 평가되어 소득세 부담이 크지 않지만, 이런 초기 단계의 특허권 이전이나 실시권 설정을 계획할 때 가치 평가를 하는 것이 매우 중요하다. 하지만 사업을 운영하는 동안 관련 문제의 처리가 지연될 경우 특허권의 가치가 상당히 상승할 가능성이 높다. 따라서 이런 가치 평가의 불확실성은 세무전문가로서는 해결하기 어려운 문제이지만 동시에 SME가 겪을 가능성이 높은 문제이기도 하다.