지역의 과학 기술 혁신 시스템 구축에 국가 연구 개발 투자의 역할이 크다. 그러나 수도권에 투자가 집중되고, 비수도권 공공부문의 R&D 투자는 감소하고 있다. 
둘째, 지역의 과학 기술 혁신 시스템 구축에는 국가 연구 개발 투자의 역할이 매우 큰데, 비수도권 지역에 대한 공공부문의 R&D 투자가 감소하고 있는 것도 한 가지 요인으로 볼 수 있다. 전체 연구 개발 투자에서 차지하는 비중이 매우 큰 민간기업의 연구개발투자가 수도권에 집중되고 있는 상황에서 공공부문의 연구개발투자는 지역의 취약한 과학 및 산업기술 혁신체계를 형성하는 데 중요한 지렛대 역할을 담당해야 한다. 그럼에도 불구하고 뒤에서 구체적으로 살펴보는 바와 같이 비수도권 지역에 대한 공공부문의 연구개발 투자가 지속적으로 감소하고 있는 것이다.