CMS업무 중 자금결제의 대상이 되는 업무는 출금/입금이체이다. 자금결제일은 출금이체의 경우 익 영업일이고 입금이체는 거래 당일이다. 자금결제는 금융결제원, 참가은행, 한국은행을 거쳐 이루어진다. 2000년 기준 CMS 이용실적 중 이중 출금이체가 전체 건수의 91%이다.
다. 은행 간 자금결제
현재 CMS업무 가운데 자금결제의 대상이 되는 업무에는 출금이체와 입금이체가 있는데, 출금이체의 경우 자금결제일이 출금이체일 익 영업일이며, 입금이체는 입금이체일 당일이다. 한국은행 당좌계정을 통한 은행 간 차액결제는 오전 11시 30분에 수행되며 자금결제 절차는 두 단계에 걸쳐 이루어진다. 먼저 금융결제원이 결제 지시서를 작성하여 자금결제일에 참가은행에 전송하고 참가은행별 결제금액을 자금결제일 오전 10시 30분까지 한국은행에 전송하면 한국은행은 참가은행의 거래자금을 해당 당좌계정계좌에서 대차대체하여 결제하고 이를 해당은행에 통보한다.
라. 이용실적
2000년 중 CMS공동망 이용실적은 약 2억 9천만 건, 32조 5천 억원(일 평균 98만 건, 1,100억원)이며 이중 출금이체가 건수의 91%, 금액의 74%를 각각 차지하였다. 한편 건당 이체금액은 입금이체가 32만원, 출금이체가 약 9만원 정도이며 2000년 말 현재 금융결제원과 접속하여 CMS를 이용하고 있는 기관 수는 532개이다.