통일 이후 현재 대통령제를 계속 유지시 문제는 북한 주민들의 요구가 정치 및 운영 과정에서 적극 반영되기가 어렵고, 이러한 불만으로 인하여 국민통합도 가능하지 않다는 점이다.
통일 이후에도 현행 대통령제를 유지할 경우에 나타날 두 번째 문제점은, 북한주민들의 원하는 행정수요 등 북한 주민들의 목소리가 정치･행정 과정에서 적극적으로 반영될 수 없으며, 이로 인한 북한주민들의 불만으로 결국 국민통합이 어렵게 될 수 있다는 점이다. 통일 한국이 현행 대통령제를 유지할 경우 남북한 인구, 정치 환경, 통일 방법 등을 고려할 때 남한출신 인사가 대통령으로 선출될 가능성이 크며, 내각의 주요 인물 역시 남한 출신 인사들로 채워질 가능성이 높다. 이 경우 북한 주민들은 상대적 박탈감을 느끼게 될 것이며, 실제 그들의 요구가 국정운영에 적극적으로 반영될 가능성도 낮아질 것이다.