실행 가능성이 큰 사업부터 예비타당성 조사를 수행하여 예산을 효과적으로 집행할 수 있고, 실행 여부가 뚜렷하지 않은 사업에 들어가는 조사 비용을 막을 수 있다. 
이와 같이 예비타당성 조사 요구 및 조사대상 선정 시 국가의 중장기 계획에 반영되지 않은 사업, 사업부지나 노선이 확정되지 않아 사업계획의 구체성이 떨어지는 사업 등을 제외하도록 한 취지는 국가 차원에서 투자 우선순위와 실행 가능성이 높은 사업에 대해 우선적으로 예비타당성 조사를 실시함으로써 예산의 효율적 집행을 확보하는 한편, 실행 여부가 불투명한 사업 등에 대해 예비타당성 조사에 착수한 후 사업계획을 보완하다가 조사가 중단 또는 장기화(원칙적으로 6개월 이내에 완료) 됨에 따른 예산(조사비용)‧행정력 낭비를 방지하기 위한 것이다.