1세대 1주택 양도소득세 비과세 제도의 도입취지를 고려하고 과세 형평성을 제고 하기 위해 고가주택 여부에 상관없이 양도차익이 크게 발생한 경우에는 과세하는 것이 바람직하다.  이를 위해  제도를 소득공제제도로 전환하는 것을 고려해 볼 수 있다.
한편, 9억원 미만 일반 주택의 경우 1세대 1주택 조건을 만족하는 경우 양도 횟수나 양도차익에 상관없이 비과세 혜택을 받을 수 있다. 9억원 미만 주택이라 하더라도 지역에 따라서 주택가격 상승률이 상당히 높을 수 있어 양도차익이 크게 발생할 수 있다. 이는 현행 제도하에서는 일반주택의 경우 과도하게 발생한 양도차익에 대해서는 과세가 이루어지지 않음을 의미한다. 따라서 주택가격 상승률이 높은 지역일수록 일반주택 보유자는 양도차익을 노리고 필요 이상의 거주이전을 할 수 있으며 이는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 제도의 도입취지에 어긋난다(장기용, 2011; 노영훈, 2006). 따라서 동 제도의 도입취지를 고려하고 과세 형평성을 제고하기 위해, 고가주택과 일반주택을 구분하지 않고 양도차익을 기준으로 세제혜택을 제공하는 것이 바람직하다. 다시 말해 고가주택 여부에 상관없이 양도차익이 크게 발생한 경우에 대해서는 과세하는 것이 바람직하다는 것이다. 이를 위해서는 동 제도를 소득공제제도로 전환하는 것을 고려해 볼 수 있다.