공식 조세지출 통계에는 계산하지 않는 소득공제가 있어 모든 범위를 알 수 없는데 특별공제만 조세지출에 계산되기 때문이다. 세입 감소의 핵심 요인은 '공제'이다.
그런데 공식 조세지출 통계로는 실제 공제 규모나 감면의 범위를 모두 파악하기 어렵다. 정부가 조세지출예산서에서 계산하지 않는 소득공제가 상당히 존재하기 때문이다. 예를 들어, 근로자의 총급여에서 적용되는 근로소득공제, 인적 기본공제, 특별공제(교육비, 신용카드, 연금보험료 등)에서 특별공제만 조세지출에 계산될 뿐이다. 사실상 조세지출예산서를 넘는 실질적인 공제가 존재한다는 의미이다. 뒤에서 살펴볼, 보유세의 공시가격, 공정시장가액비율 등도 실제 가격과 과표가격의 차이를 낳아 세입 감소를 낳는 핵심 요인으로 사실상 ‘공제’로 볼 수 있다.