논란 속에서도 사업은 계획대로 진행되었다. 당초 이 사업의 목적은 형사사법 절차를 표준화, 전자화하여 간소화하고 형사사건 민원통합창구를 통해 대국민 형사사법서비스의 품질을 높이는 것이었다. 그러나 단계적으로 추진하기로 계획이 틀어지고 개인정보 보호 문제에 부딪히면서 결국 실현되지 못하였다.
이 같은 논란 속에서 사업은 계획대로 진행되었다. 2004년 11월 대통령 서면보고를 거쳐 2005년 1월부터 7개월 동안 통합형사사법 체계 구축을 위한 BPR/ISP 수립이 이어졌으며 8월부터 2007년까지 제1차, 제2차에 걸쳐 사업이 진행되었다. 당초 이 사업의 목적은 경찰과 검찰, 법원 등 25개 유관기관의 형사사법 절차를 표준화, 전자화하여 온라인 정보 공동활용 체계를 구축하자는 것이었다. 이로써 사건접수에서부터 수사, 공판, 집행 등 전 과정에 걸쳐 수사 관련 수기 장부와 서식을 모두 전산으로 전환해서 처리절차를 간소화하고 형사사건 민원통합창구를 통해 대국민 형사사법서비스의 품질을 높이자는 데 있었다. 그러나 약식사건의 대다수를 차지하는 음주·무면허 사건부터 단계적으로 추진하기로 관계기관 간 합의에 이르렀다. 이는 당초의 계획과 차이가 있는 것이었다. 더구나 2006년 9월 국회에서 개인정보 보호 문제를 놓고 통합이냐 연계냐 하는 근본적인 논란에 부딪히면서 국민을 위해 소위 ‘힘 있는 기관’들이 협업하도록 하려 했던 계획은 결국 참여정부에서 실현되지 못하였다.