세부사업 기준의 예산배분구조는 문제에 대한 종합적인 접근을 불가능하게 하며 사업의 중복성을 발생시킨다. 한편 성과중심의 예산관리제도는 성과목표보다 양적 성과지표가 중심이 되어 실질적 성과개선보다 측정관리가 중심이 되고 있다.
우선 예산지배구조는 정부연구 개발예산의 배분구조와 예산의 성과관리제도를중심으로 분석되었다. 현재 정부예산구조는 프로그램 예산제도를 표방하고 있으나예산배분을 위한 실질적인 단위는 프로그램보다 두 단계 하위단위인 세부사업이다. 즉, 세부사업을 기준으로 예산에 대한 평가가 이루어져 세부사업단위가 실질적인예산배분단위가 되고 있다. 따라서 대부분의 정부연구 개발 사업은 세부사업수준에서 예산이 할당되고 사업이 기획된다. 그러나 이러한 예산배분구조는 연구 개발을 통해 해결해야 할 문제의 범위를 세부사업단위로 제한해 국가의 주요 전략문제들에대해 종합적인 접근이 이루어지지 못하고 있다. 그리고 유사한 성격의 세부사업들을 양산해 사업의 중복성도 발생시키고 있다. 한편 성과중심의 예산관리제도는 성과목표 중심의 관리체계를 지향하고 있으나 양적 성과지표에 의한 관리가 중심이 되어 사업의 실질적 성과개선 보다는 지표개발 등 측정관리가 중심이 되고 있다.