교과교실제 운영의 효율성을 위해 교과부중심 운영체제로 전환하였다. 또한 교과별 교사연구실을 교과 존에 위치시키고 수준별 이동수업을 통하여 개인마다 최적화된 수업이 이루어지도록 하였다.
교과교실제 운영의 효율성 제고와 교육력을 극대화하기 위하여 우선 교무조직을 학년부 중심 운영체제에서 교과부중심 운영체제로 전환하고 교내 교육활동을 철저히 교과부장 중심으로 시행하도록 하였다. 또한 교과별 교사 연구실을 교과 존에 위치시킴으로써 교과 교사들의 공동교재 연구와 교육 자료의 공유와 함께 데이터베이스화 작업을 시행토록 하였으며 전 교과 수준별 이동수업을 실시하고 수준별 교재를 자체 제작하여 각기 다른 수준의 학생에게 최적화된 수업환경을 제공하는 것과 함께 블록 타임(100분 연속수업) 운영을 의무화하였다. 이는 학생의 교실 이동 횟수를 효과적으로 줄이고, 개념강의와 교수·학습 활동이 항상 이루어질 수 있는 수업형태로의 변화가 자연스럽게 이루어질 수 있는 계기를 만들 수 있었다.