주민자치센터들은 시설과 예산의 부족함으로 인한 어려움을 맞닥뜨리고 있다. 응봉동 센터의 경우는 프로그램에 비해 시설이 부족해 어려움이 있고, 문화동 센터는 건물이 좁고 낙후되어 보수가 어렵다. 방학3동 센터의 경우는 도봉구의 재정이 궁핍해 예산 지원이 어려워 사업에도 지장이 있다. 
6) 시설 협소 및 낙후, 예산부족
응봉동 주민자치센터의 문제점 중 하나는 다양한 프로그램에 비해 시설들이 따라가지 못한다는 점이다. 여러 가지 강좌가 이루어지고 있지만 장소가 좁고 강의실 수가 얼마 없기 때문에 수업이 끝나자마자 다음 수업준비를 해야 할 경우 약간 지체되는 경우가 있다. 그리고 주부미술교실과 같이 한 사람이 공간을 많이 차지하는 수업의 경우에는 수강자가 제한되는 경우도 발생한다. 주부 미술교실의 경우 1인당 공간차지비율이 높은데도 강의실이 좁기 때문에 수강생이 10명 이상일 경우 수업 진행이 어려운 형편이다. 또한 조명도 일반강의실과 달라야 하지만 이러한 부분의 시설이 갖춰지지 않아 어려움이 있다.
문화동 주민자치센터는 기존 문화동 사무소를 개/보수하여 사용하고 있다. 그런데 기존의 동 사무소가 좁고 낙후된 건물이기 때문에 주민들이 친근하게 이용할 수 있도록 보수하려고 해도 어려움이 있다.
동의 주민자치센터의 사업은 구의 영향을 많이 받는다. 구에서 전반적인 정책을 계획하고 이를 동에 시달하며 동의 예산을 책정하기 때문이다. 그런데 방학3동이 소속되어 있는 도봉구의 경우에는 재정자립도가 서울시에서 상당히 낮은, 가난한 구에 속한다. 이 때문에 주민자치센터에서 사업을 하려고 예산을 신청해도 구 재정에서 예산을 지원하기에 어려움이 있다.
구의 예산이 부족하기 때문에 주민자치센터에 지원하는 예산은 한정되고 이 때문에 사업은 축소되거나 포기되는 경우가 있다. 이러한 문제점 때문에 예산 확대를 건의하지만 구에서는 이를 긍정적으로 받아들이지 않는다.