대안학교는 학교교육의 독립성과 교사의 헌신을 토대로 교육 외에는 다른 간섭이나 방해를 받지 않는 것이 목표다. 하지만 기존 프로그램은 독립성 확보도 어렵고, 교사들 역시 신념에 따른 대안학교 선택이 아니라 헌신성을 기대하기 어렵다.
대안교육은 교육적으로 의미 있는 일이 아닌 한 교사나 학생 누구도 외부로부터 어떤 간섭이나 방해도 받지 않는 것을 목표로 한다. 이러한 목표가 구현되기 위해서는 두 가지 조건이 충족되어야 한다. 하나는 학교교육의 독립성이고 다른 하나는 교사의 교육적 헌신성이다. 아쉽게도 이에 관한 한 기존의 네 가지 프로그램들은 모두 기본적인 한계를 가지고 있다. 제도적으로는 네 가지 유형 모두 학교교육의 독립성을 보장받을 수 있는 상황이 아니며, 교사들의 경우 대부분 스스로 대안교육에 대한 신념을 가지고 선택한 현장이 아니라는 점에서 교육적 헌신성을 기대하기 어려운 실정이기 때문이다. 물론 교사의 헌신성에 국한한다면, 일부 사립대안학교(정규학교 포함) 나 미인가 위탁교육 기관의 경우 뛰어난 실천 사례를 보여주기도 한다. 하지만 그것은 우연적인 것이어서 제도적인 장점으로 보기는 어렵다.