연구 설계 단계에서는 1단계에서의 갈등영향분석 제도를 기반으로 FGI와 자문회의를 실시하고, 그 결과로 델파이 문항 및 갈등영향분석서에 대한 사례분석 기준을 설계한다. 
2단계인 연구 설계(designed research framework) 단계에서는 1단계에서 논의된 갈등영향분석 제도의 운영 및 분석기준의 논리적 기초를 토대로, 제도 운영과 관련한 문제의 원인을 규명하기 위한 논리적･방법론적 근거를 제시하고, 갈등영향분석을 실시한 경험이 있는 담당 공무원과 전문가들과의 FGI와 자문회의를 실시하며, 그 결과를 토대로 실증적 분석 모형인 델파이 문항을 설계한다. 또한 1차 델파이 결과를 토대로 2차 델파이 문항 및 설문문항을 설계하며, 델파이 문항 및 설문문항의 핵심적 내용을 토대로 갈등영향분석서에 대한 사례분석 기준을 설계한다.