공공기관 경영평가제도는 도입 이후 30여년간 꾸준히 장단점을 보완해 왔다. 정부투자기관에 대한 평가를 시작으로, 평가 대상을 확대하고, 새로운 평가제도를 도입하며, 법률 제정을 통해 제도를 일원화하고, 기관평가와 기관장 평가를 분리하였다.
공공기관 경영평가제도는 1984년 도입되어 30여년의 평가 운영을 통해 장단점을 보완해 왔다. 1984년에 24개 정부투자기관을 대상으로 평가를 시작하였으며, 기관평가의 일종으로서 정부투자기관 경영평가제도가 도입된 이후 1990년대 후반 들어 중앙부처, 지방자치단체, 정부산하기관, 책임운영기관, 정부출연연구기관 등 모든 공공기관으로 기관평가제도가 확대되었다(박석희, 2006). 이후 1999년에 사장평가제도를 도입하였고, 2004년에는 88개 산하기관에 대해 경영평가를 도입하였다. 2007년｢공공기관의 운영에 관한 법률｣이 제정되고 시행됨으로써 그동안 ｢정부투자기관관리기본법｣과 ｢정부산하기관관리기본법｣ 의해 시행되던 ‘정부투자기관 경영평가’와 ‘정부산하기관 경영평가’가 공공기관 경영평가 제도로 일원화되었다. 또한 2008년에 기관평가와 기관장 평가를 분리하고 경영평가와 임원인사를 연계하였다.