지자체는 법적으로 그 기능의 일부나마 교육 사업을 집행하기로 되어있다. 그러나 교육예산의 집행은 교육청이 운영하기 때문에, 지자체가 지원하는 교육사업이라도 교육(지원) 청을 통해 집행되게 된다.
사실, 지자체는 법적으로 그 기능의 일부나마 교육사업을 집행하도록 되어 있다. 법정 전 입금을 통해 교육사업을 지원하는 사업이 대표적이다. 그러나 교육예산의 집행은 지자체와는 별도의 행정체계인 교육청이 운영하기 때문에, 지자체가 지원하는 교육사업이라도 해당 사업의 집행은 교육(지원)청을 통해 이루어지게 된다. 이와 같은 재정 지출과 예산 집행의 분리 기능은 교육행정과 일반행정 간, 보다 구체적으로는 교육청과 지자체 간의 갈등으로 불거지기도 하였다. 누리과정 예산을 둘러싼 논란이 대표적이다. 논란 당시, 일부 지방자치단체는 어린이집 누리과정 예산을 자체 편성해서 지출하고 그 비용을 교육청 전출금 총액에서 상계하겠다고 주장하면서 지자체와 교육청 간의 힘겨루기 양상이 만들어졌고 이는 전국적 논쟁을 불러 일으키기도 하였다.