수력발전은 토지 취득, 상대적으로 긴 송전 시설의 투자, 사업 초기에 대규모의 선행 투자가 이루어져야 한다는 점에서 투자의 어려움이 있다.
수력발전의 어려움은 다른 분야의 발전과 마찬가지로 토지 취득이 있으며, 또한 대부분의 수력발전소가 전력의 소비지로부터 멀리 떨어져 있어 상대적으로 긴 송전 시설의 투자가 필요하다는 점이다. 산림부 규정 No.P.64/Menhut-II/2013 은 수렵보호지역(Wildlife Reserves), 국립공원(National Park), 산림공원(Forest Park) 및 관광공원(Tourist Park) 내에서 수력발전과 수자원의 이용을 위하여는 라이센스를 받을 것을 요구하고 있다. 또한, 사업 초기에 대규모의 선행 투자가 이루어져야 한다는 점이 투자의 어려움으로 들 수 있다.