둘째, 최근 수익성 악화로 해운기업들의 출자여력이 미흡하고 해운업에 대한 정부 지원규모가 축소될 우려가 있어 해운보증기구에 실질적인 지원이 어려운 실정이다.
둘째, 해운보증기구에 대해 해운업계에서는 보증규모가 크지 않고 운용방식에 문제가 있어 실질적 지원이 어렵다는 점을 지적하고 있다. 먼저 해운보증기구 설립을 위한 자본금 5,500억 원 중 민간부담액이 2,8000억 원으로 되어 있으나 최근 해운경기 장기침체에 따른 수익성 악화로 해운기업들의 출자여력이 미흡한 실정이다. 또한 해운 외의 업종도 지원하도록 하여 해운업에 대한 지원규모가 축소될 우려가 있다. 그리고 정부가 부담하기로 한 지원액은 당초 1,000억 원이었으나 2015년에 절반 수준인 500억 원을 지원하기로 결정하면서 정부예산의 감액에 따라 민간출자금을 예정대로 조달하는 것이 쉽지 않을 전망이다.