자유학기제는 학업성취도가 저하되며 학습량이 감축된다는 우려가 있다. 그리고 자유학기제 동안 학습량 감축에 따라 결손을 사교육을 통해 보충할  것이라는 생각을 한다.
자유학기제의 운영과 관련하여 제기되는 가장 큰 우려 가운데 하나는 지필평가를 실시하지 않아 기본교과의 학업 성취도가 저하될 수 있다는 점이다. 그러나 자유학기 동안 지필평가를 시행한다고 해도 학업성취도를 높이는 방안이 될 수 없다. 우선 교사의 입장에서 보면, 자유학기프로그램 운영을 위해 기본교과의 시수 일부가 감축되었고, 교과별로 자유학기형수업(토론, 실험실습, 프로젝트 수업 등)을 운영하는 데 있어 교과 내용의 양과 수준이 줄어들기 때문에 많은 걱정과 염려가 따르게 된다. 그리고 학부모들은 자유학기제 동안 학습량 감축에 따른 결손을 사교육을 통해 보충해야 할 것이라는 생각을 하기도 한다.