전자서명인증서는 개인정보 보호기능과 전자상거래 부인방지기능 등이 있어 인터넷뱅킹, 온라인증권거래에 적용이 의무화되었다. 이후 전자상거래의 신용카드결제, 인터넷주택청약 등 모든 전자상거래로 확산되었다.
전자서명인증서는 아이디나 비밀번호를 이용하는 전통적인 신원확인 방법에 비해 개인정보의 보호 기능이 뛰어나고 전자상거래 시 부인방지기능 등을 갖추고 있어 2002년 9월 인터넷뱅킹, 2003년 3월 온라인 증권거래에 전자서명인증서 적용이 의무화되었다. 2005년에는 전자상거래에서 신용카드 결제 시 공인인증서 이용 활성화를 위한 제도가 시행되었다. 이후 인터넷 주택청약, 전자민원, 연말정산 및 소득신고, 전자조달 등 모든 전자상거래로 확산되었다. 이후 모바일 기기 및 IoT의 확산에 따라 각종 디바이스와 네트워크 카메라(CCTV), 인터넷 전화기 등 다양한 정보통신기기의 식별·인증, 통신 구간 암호화 등을 위한 기기인증체계를 구축·운영하는 데 활용되고 있다.