정부는 세월호 사태 이후 재난 컨트롤타워를 담당할 국민안전처 신설 및 일반 정부예산과 분리한 재난안전 예산 관리 방식을 도입했다. S1-S2 관리 방식 도입했으며 S1은 안전시스템 관리, 장비 확충, 교육 등을 포함하며 S2는 산사태 방지, 종지 방재 산업 등을 중심으로 구분한다. 또한 S3을 추가 도입 해 광의의 재난안전예산을 관리한다. 
주지하는 바와 같이 정부는 세월호 사태 이후 재난관리의 컨트롤타워 기능을 담당할 국민안전처를 신설하는 한편(2014.11), 그 간 분절적으로 배분･집행되었던 재난안전예산부문의 통합성과 전문성을 최대한 확보하기 위해 재난안전예산을 일반 정부 예산과 별도로 분류하여 관리하는 방식을 도입하였다. 가장 특징적인 변화는 그간 소관별로 배분되어 집행되던 재난안전예산을 안전과의 직접적 연관성을 중심의 S1-S2로 분류하는 방식의 도입이다. 먼저, S1은 재난안전예산 중에서도 가장 핵심적인 안전 시스템 관리 및 유지･보수, 연구개발(R&D) 및 장비 확충, 교육, 소방이나 수색･구조, 집단 구호 긴급 보조, 재난관리, 공공보건 및 의료서비스 등을 포함하고 있다. 다음으로 S2는 치수나 산사태 방지 및 농지 방재 사업 등 SOC 사업을 중심으로 구분하고 있다. 이는 SOC 사업의 경우 S1보다 예산 규모가 훨씬 커 S1과 함께 관리하면 핵심 영역이 제대로 관리되지 않을 수 있다는 지적을 반영한 결과이다. 또한, 광의의 재난안전예산은 S3로 분류하여 관리하고 있다. 또 다른 특징 중에 하나는 국민안전처에 각 부처의 재난안전 관련 예산에 대한 재정예산 사전협의권을 부여함으로써 관계부처가 제출한 예산 요구안을 국민안전처가 우선 검토한 후 기획재정부가 예산을 심사해 편성하는 제도를 채택한 것이다. 이는 재난안전예산의 재정적 전문성을 제고하고 통합적 관리를 통한 효율성을 추구하기 위한 것으로 국민안전처와 기획재정부는 2016 회계연도에 이를 시범적으로 시행하여 예산을 편성하였다.