중고등학교에서 프로젝트 수업 진행을 위해서는 기존교과와는 별도로 주당 2시간의 시간 확보가 필요하다. 교과지식 위주의 수업 구성과 교과간 융합이 잘 이루어지지 않은 상태에서는 별도의 시간 마련이 필요한데 주당 1시간은 연속성이 떨어지고, 3시간은 교과시수 운영에 차질을 줄 수 있기 때문이다. 이렇게 되면 프로젝트 수업은 일반학기 중에도 운영이 가능하다.
둘째, 프로젝트학습을 위해 중학교와 고등학교 단계에서 기존교과와는 별도로 정규과정에 프로젝트학습 시수를 ‘주당 2시간’확보할 필요가 있다. 초등학교의 경우는 현재도 학교자체에서 다양한 형태로 프로젝트학습을 운영하고 있기 때문에 별도의 시간을 마련하지 않아도 가능하다. 반면에 중학교, 고등학교는 교육과정이 교과지식 중심으로 구성되고, 교과 간 융합이 잘 이루어지고 있지 않은 상황이기 때문에 개인의 다양한 관심사를 반영한 프로젝트학습이 기존 교과를 통해 활성화되기에는 한계가 있다. 따라서 중학교, 고등학교에서 교과 중심으로 이루어지고 있는 프로젝트수업을 장려함과 동시에, 교과와 별도로 프로젝트학습 시간을 편성할 필요가 있다. 이 시간에는 교육과정의 제한이나 진도의 부담 없이 학생이 사회의 다양한 자원을 활용해 관심사와 진로를 창의적이고 지속적으로 발전시켜 갈 수 있도록 지원할 필요가 있다. 주당 2시간을 가장 많이 선택한 이유는 프로젝트학습은 블록타임이 필수이기 때문에 주당 1시간은 연속성이 떨어질 수 있고, 주당 3시간 이상은 다른 교과시수 운영에 큰 부담을 줄 수 있다는 점을 고려하였기 때문이다. 중학교의 경우 자유학기가 아닌 일반학기에 주당 2시간 프로젝트학습 시간을 확보해 학생이 선택한 주제를 중심으로 운영할 경우 자유학기와 일반학기를 연계해 주는 데도 기여할 수 있다.