국토안보부는 22개 연방기관을 통합하여 만든 것이다. 교통보안청(TSA)은 2001년에는 교통부 산하에서 2003년에는 국토안보부 산하로 이동하였으며 2009년에는 국가안전보장회의(NSC)로 이관하였다.
2001년 11월에는 항공을 포함한 교통 보안을 담당하는 ‘교통보안청(Transportation Security Administration, TSA)’을 교통부 산하에 신설하고, 상원의 동의하에 차관급 관료를 임명하였으며 년에는, 2002년에는 관련 연방부처의 통합을 통해 국방부 다음으로 큰규모의 <국토안보부(Department  of Homeland Security)> 신설하였다. 2002년 11월 설립 당시, 해안경비대, 출입국 관리소, 국경경비대, 대통령 경호실, 연방재난관리청((Federal Emergency Management Agency, FEMA) 등 22개 연방기관을 통합하였고, 2003년에는 교통보안청(TSA)도 교통부에서 국토안보부 산하로 이동하였다. 2009년 Obama 정부 출범 후, 안보조직의 개편을 실시하면서 소규모의 국토안보위원회(HSC)가 담당하던 테러와 재난 관련 업무를 전통적이고 규모가 큰 국가안전보장회의(National Security Council, NSC)로 전체 이관하였다.