분석 과정에서 첫째로 확인적 요인분석을 실시했다. 이후  변수들의 신뢰도 확보 확인, 동일방법편 존재 확인, 개념들간 관련성 확인이 이뤄졌다. 셋째로, 공정성 지각과 보수만족, 이직의도 간 관계적 메커니즘 가설검증이 이뤄졌다. 마지막으로 다집단 수준 분석이 이뤄졌다.
분석은 크게 네 부분으로 나누어진다. 먼저, 본 연구에서 사용된 변수들의 구성 타당도를 살펴보기 위하여 확인적 요인분석을 실시하였다. 이후 각 변수들의 Cronbach’sal pha 값을 구하여 변수들의 신뢰도가 확보되었는지 확인하였고, 가설 검증 이전에 Harman의 단일요인 분석 방법을 통하여 동일방법편의(common method bias)가 존재하는지 확인하였다. 또한, 각 변수들의 평균 및 분산과 변수 간의 상관관계를 살펴봄으로써 각 개념들이 어떠한 관련성을 보이는지를 살펴보았다. 세 번째로 구조방정식모형(structural equation modeling)을 통하여 공정성 지각과 보수만족, 이직의도 간의 관계적 메커니즘에 관한 가설의 검증이 이루어졌다. 분석과정에서 보상의 수준 및 원장과의 상호작용에 영향을 미칠 수 있는 현 시설 근속년수 및 이직의도에 영향을 미칠 수 있는 개인주의 등을 통제변수로 사용하였다. 마지막으로 이러한 관계가 내적 동기라는 개인적 특성에 의해서 조절될 것인가를 살펴보기 위해 다집단 수준 분석(multi-group analysis)이 이루어졌다.