연구소 TLO 지원대상이 확대되면서 연구소 TLO당 지원규모가 줄었지만 운영비 상시보조의 성격은 강해졌다.
연구소 TLO의 경우도 1단계(06∼10년)에는 전자부품연구원, 포항산업과학연구원, 한국 과학기술연구원, 한국광기술원, 한국기계연구원, 한국생명공학연구원, 한국생산기술연구원, 한국원자력연구원, 한국표준과학연구원, 한국화학연구원 등 10개 선도 연구소TLO를 지원 하였으며, 2단계(11∼15년)에는 이들을 포함하여 지원대상이 21개로 확대되었었다. 지원 대상 기관의 확대로 연구소 TLO당 지원규모가 줄어들었음에도, 2015년 1단계부터 지원 을 받은 연구소 TLO의 평균지원 규모는 1.5억원으로 2단계 신규로 지원을 받은 연구소 TLO의 평균지원 규모 1.3억원보다 큰 것으로 나타나, 이 역시 운영비 상시보조의 성격이 강해졌음을 보여주고 있다.