탄소 배출에 대해 세금을 부과하는 정책은 국경세조정을 앞두고 있는데, 조정의 범위에 대한 협의가 이루어지지 않을 경우 WTO협정에 부합하기 힘들 것이다. 
일부 국가와 학자들은 탄소누출 문제를 해결하기 위한 방안으로 탄소세에 대한 수입 및 수출 측면의 국경세조정(border tax adjustments: BTAs)을 주장해 왔다. 이러한 기후정책들은 상품의 국제무역에 직접적으로 영향을 미치는 조치이기도 하므로 WTO협정의 제 의무를 준수하는 것이어야 한다. 문제는 탄소세나 배출권 거래제에서의 배출권이 ‘탄소’에 대해 부과된 조치라는 데 있다. 탄소는 상품생산과정에서 발생하였으나 최종상품에는 물리적으로 포함되어 있지 않은 요소에 해당된다. 그런데 WTO협정상 국경세조정의 적용범위에 이러한 요소에 대해 이루어진 내국과세가 포함되는지에 관해서는 논란이 있다. 만약 근거규정의 해석상 국경세조정이 허용될 수 없다면, 수입상품에 대해 국경에서 부과된 탄소세나 배출권 거래제에서 수입업자에게 부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정에 합치하지 못할 가능성이 높다.