스피룰리나나, 클로렐라로 대표되는 미세조류를 이용한 건강식품은 천연 자연식품으로 각광받고 있다. 베타카로틴, 아스타잔틴, 루테인 등의 미세조류들은 건강기능식품, 식품 첨가제, 의약품 및 화장품 원료로 사용되고 있다.
미세조류를 이용한 가장 대표적인 건강식품으로는 스피룰리나(Spirulina)와 클로렐라(Chlorella)로서, 고함량의 단백질과 탄수화물, 지질 및 무기질 등의 다양한 영양소를 함유하여 미국·중국 등에서 천연 자연식품으로 각광받고 있다. 색소계 물질인 베타카로틴(β-carotene), 아스타잔틴(Astaxantin), 루테인(Lutein), 피코빌린(Phycobilin), 피코에리트린(Phycoerythrin) 등은 건강기능식품, 식품 첨가제, 의약품 및 화장품 원료로 사용되고, DHA, EPA 등 오메가-3 불포화지방산은 건강기능식품으로 활용되고 있다. 이외에 미세조류 유래 효소(Superoxide Dismutase, Luciferase 등)는 식품첨가물로 이용되고, 독성물질은 신경치료제 등의 의약품 분야에 적용되고 있다. 조류 종에 따른 유용물질 및 응용 분야는 <표 3-1>과 같다.