중소기업 업 및 진흥계정은 중소기업 계정과 소상공인 계정으로 나뉘며 개별 계정의 사업은 창업기업 자금 등을 수행하는 융자사업, 정책자금 지원성과 향상, 정책자금 안정화 지원 등의 경상사업, 연수시설 및 장비 구축, 글로벌 리더십 연수원 건립 등의 자본사업 등으로 구분되어 실시되고, 소상공인 계정에서는 소상공인 자금 융자사업을 수행한다. 
중소기업 창업 및 진흥 기금은 중소기업 계정과 소상공인 계정으로 구분한다. 개별 계정에서 사업을 융자사업, 경상사업, 자본 사업 등으로 구분하여 수행하고 있다. 융자사업은 중소기업 계정에서 창업기업 자금, 개발 기술사업화 자금, 사업전환 자금, 신성장기반자금, 긴급경영안정자금, 투융자복합금융 사업 등을 수행한다. 소상공인 계정에서는 소상공인 자금 융자사업을 수행한다. 경상사업은 중소기업 계정에서 정책자금 지원 성과 향상, 정책자금 안정화 지원, 경영 안정자금 이차보전, 연수사업, 외국 전문 인력 도입 지원, 해외산업협력 지원, 수출인큐베이터, 지역 중소기업 수출마케팅, 온라인 수출지원(정보화), 사업전환 촉진, 레저장비산업개발 지원, 중소기업 정보제공, 중기제품 거래 활성화 사업 등이 있다. 소상공인 계정에서는 지역신용보증재단 재보증, 중소 지식서비스 기업 육성, 소상공인 경영역량 강화, 소상공인 성장기반 조성, 소상공인 조직화 공동화 기반 구축, 소상공인 협동조합 활성화, 시장경영혁신 지원 사업 등을 수행하고 있다. 자본 사업은 연수시설 및 장비 구축, 글로벌 리더십 연수원 건립, 중진공 본사 지방이전, 중소기업 모태조합 출자, 전산시스템 구축(정보화), 중소기업진흥공단 숙소 매입 지원 사업 등을 수행하고 있다.