FTA 체결시 개성공단에서 생산한 제품의 원산지 문제에 관해 정부는 두 가지 방식을 채택하고 있다. 특정 요건을 충족하거나 한반도역외가공위원회를 규정하여 구체적인 원산지 요건을 추후 논의할 수 있도록 규정하는 방식이다.
이런 원산지 문제와 관련하여 우리 정부는 두 가지 방식으로 FTA를 체결하고 있다. 첫째는 특정 요건을 충족하면 대한민국 영역에서 가공이 수행된 것으로 간주하는 규정을 두는 것이고, 둘째는 한반도역외가공위원회를 규정하여 구체적인 원산지 요건을 추후 논의할 수 있도록 규정하는 방식이다. 2004년 11월 체결하여 2006년 3월 2일자로 발효 중인 한․싱가포르 자유무역협정(FTA)에서는 개성공단 생산제품을 한국산(남한산)과 동일하게 취급하여 특혜관세를 부여하는 규정을 집어넣어 이 문제의 돌파구를 마련하기도 했다. 그 밖에 아세안(ASEAN, 동남아국가연합), 페루, 인도 등과 맺은 FTA 원산지 조항을 보면 개성공단에서 생산된 특정 제품은 관세청이 발급하는 원산지 증명서를 받으면 한국산으로 인정돼 특혜관세를 적용 받을 수 있다.