정부는 임무중심운영제도를 도입, 운영하고 있다. 성과목표별 지표와 목표치 설정이 중요한데 문제해결 중심의 출연연구기관 운영체제의 적용을 위해서는 인건비의 충분한 확보와 지식의 탐색과 활용을 위한 환경조성이 필요하다.
둘째, 임무 중심 기관운영제도의 실질적 적용이다. 2013년부터 정부는 임무중심운영제도를 도입하고 이를 기관평가에 적용하고 있다(국가과학기술연구회 웹사이트). 현재 임무중심 기관평가제도는 정부의 성과관리제도와 같은 틀에서 설계되고 운영되고 있다. 즉, 성과목표별 지표의 설정과 설정된 지표의 목표치 설정이 중요한 관리대상이 되고 있다. 이러한 제도의 운영은 앞서 살펴본 지금의 성과관리제도의 문제와 유사한 문제를 유발시킬 수 있다. 따라서 임무중심 운영제도는 본래의취지에 맞게 출연연구기관이 담당해야 할 문제해결 임무를 충실히 수행할 수 있는 체제로 변화가 필요하다. 즉, 문제해결 중심의 출연연구기관 운영체제의 적용이 필요하다. 이를 위해서는 앞서 제시한 안정적 인건비의 충분한 확보뿐만 아니라 지식의 탐색과 활용을 위한 환경조성이 중요하다.