법적 공백 상태의 방지를 위해 보호입원 위헌 조항을 합헌적으로 법률을 개정할 때까지 적용된다. 헌법재판소의 계속 적용 결정은 법률 개선과 입퇴원 절차 전면 개편을 요구받아 헌법불합치 결정된 규정이 제43조로 개정되었다. 입원환자의 증세 진단을 위한 입원은 2명 이상 정신과 전문의의 소견이 일치해야 하고, 퇴원심사기간도 단축되었다. 입원기간 연장에도 연장심사와 진단이 필요하다.
다만 위 조항들은 입법자가 심판대상조항의 위헌성을 제거하고 합헌적인 내용으로 법률을 개정할 때까지 계속 적용된다. 헌법재판소는 심판대상조항에 대하여 단순위헌결정을 하여 그 효력을 즉시 상실시킨다면 보호입원의 법률적 근거가 사라져 보호입원의 필요성이 인정되는 경우에도 보호입원이 불가능한 법적 공백 상태가 발생하기 때문이다. 헌법재판소가 계속 적용을 결정함으로써 보호의무자에 의한 입원 제도가 당분간은 유지될 수는 있으나 입법자는 적정시기에 이 제도를 개선할 뿐만 아니라 궁극적으로 정신질환자 입･퇴원 절차의 법률적 규제방식을 전반적으로 개편할 것을 요구받게 되었다. 시행을 앞둔「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」에서는 헌법불합치 결정된 규정이 제43조로 개정되었다. 개정된 규정을 보면 입원환자의 증세를 진단하기 위하여 우선 2주의 범위에서 입원할 수 있고 이때 서로 다른 정신의료기관 특히 국·공립 정신의료기관 등에 소속된 1명을 포함한 2명 이상의 정신과 전문의의 일치된 소견이 있을 때만 입원이 가능하게 하였다. 또한 퇴원심사기간도 기존 6개월 단위 심사에서 최초의 입원 후 3개월까지로 단축되었다. 입원기간을 연장할 경우에는 정신의료기관의 장등은 특별자치시장 특별도지사시장 군수 구청장에게 연장심사를 청구하여야 하며 2명 이상의 정신과 전문의의 일치된 진단이 있도록 하였다. 헌법재판소는 개정 법률의 내용이 심판대상조항의 문제점을 해소하였는지에 대하여는 판단하지 않았다.