브렉시트 1단계 협상 내용과 2단계 협상에서 이룬 합의가 모순되면서 문제가 발생했다. 브렉시트 후 영국은 EU와 물리적 국경을 세울 수밖에 없는 상황인데 아일랜드 공화국과 북아일랜드는 모두 브렉시트 후에도 지금처럼 아일랜드 섬에서 이동이 자유로워야 한다고 밝혔으며 북아일랜드는 브렉시트 때문에 영국 본토와 북아일랜드 간 차별이 생겨서는 안 된다고 했다.
브렉시트 협상은 2017년 12월에 영국의 EU 탈퇴를 다루는 제1단계를 종료하고 2018년 초에 영국·EU 미래 관계를 다루는 제2단계에 진입하였다. 제1단계 협상에서 양측은 ▲EU 회원국인 아일랜드와 영국의 일부인 북아일랜드 사이의 물리적 국경 획정 방지와 ▲북아일랜드와 영국 본토 사이의 통행에 대한 제한 방지 등에 원칙적 합의를 이루었다. 문제는 제1단계에서 합의된 내용과 영국이 그간 선호한 영국·EU 간 미래 관계의 형태(현재의 EU 관세 동맹 및 단일시장 탈퇴)가 상호 모순적이라는 데에서 비롯되었다. 영국이 EU와 관세 동맹 및 단일시장 유지는 하지 않을 것임을 이미 수차례 천명한 상황에서, 브렉시트 이후 영국과 EU 사이의 물리적 국경은 불가피한 선택이었다. 반면, 예외적으로 아일랜드와 북아일랜드 사이에 물리적 국경을 설치하지 않으려면, 영국 본토와 북아일랜드 사이의 물류와 사람의 통행을 제한할 수 밖에 없는 상황이었다. 그러나 아일랜드 공화국과 북아일랜드 모두는 브렉시트 이후에도 아일랜드섬 내에서 현재와 같은 자유로운 이동이 보장되는 것이 중요함을 밝혔으며, EU도 아일랜드의 평화를 위해 입장을 같이했다. 한편 영국 본토와의 관계를 중시하는 북아일랜드 민주연합당은 브렉시트로 인해 영국 본토와 북아일랜드 간에 차별이 생기는 것 역시 용납할 수 없다는 입장을 취하였다.