교회는 외국인 주민 지원 담당자가 되었는데 베트남 등 인도차이나 지역은 가톨릭신도가 많고 필리핀도 가톨릭 국가이기 때문에 가톨릭교회를 중심으로 커뮤니티를 형성하고 있고 개신교 교회에서는 재일 대한기독교회가 재일 한국인과 뉴커머 한국인을 지원하고 있다.
교회가 외국인 주민 지원 담당자가 된 것은 인도차이나 난민의 수용과 1980년대 후반에 일본에 와서 불법 체류하도록 강요된 필리핀 여성의 활동이 계기가 되었다. 베트남 등 인도차이나 지역은 프랑스 식민지였던 적도 있어서 가톨릭신도가 많다. 필리핀도 가톨릭 국가이다. 이 밖에 1990년의 개정 입관법 시행 이후에 일본에 온 일본계 페루인도 가톨릭교회를 중심으로 커뮤니티를 형성하고 있다. 천주교는 전국의 교구에 외국인 지원 담당 신부를 배치하여 교구 내에서 순환하는 등 오랜 기간 동안 활동을 전개하고 있다. 스페인어와 필리핀, 베트남 출신의 신부나 수녀가 자신의 말로 이야기를 들어 준다는 것만으로도 외국인 주민에 대한 지원 거점으로서의 존재감은 크다. 개신교 교회로는 재일 대한기독교회가 재일 코리언과 뉴커머 한국인 지원을 전개하고 있다. 이 밖에 후생성(당시)이 1970년대 후반부터 시작한 중국 잔류 고아·위안부의 귀국 사업과 관련하여 당시부터 귀국자와 그 가족에게 일본어 지도를 수행해 온 YWCA는 2001년도부터 「귀국자지원 교류센터」 사업을 후생노동성으로부터 위탁받아 운영하고 있다.