NCS 학습모듈은 직무 당 한 개의 학습목표만 기술되있어 차별화된 교육 실현에 어려움이 있다. 또한 NCS 관련 교재 및 실습 장비도 충분히 개발이 안된 상태이다.  이에따라 NCS 기반 자격제도가 기존의 것을 대처하기까지 오래걸릴 것이다.
NCS 학습모듈이 개발되어 적용되고 있는 초기인 현재는 NCS 학습모듈 내용의 적합성에 대한 검증과 교육·훈련과정에의 적용을 위한 노력이 진행되고 있는 단계로 파악된다. NCS 학습모듈은 NCS 능력단위에 맞추어 직무별로 한 개의 수준에 해당하는 학습목표만이 기술되어 있어 교육기관과 재직자의 수준에 맞추어 차별화된 교육을 실시하는 데에 어려움이 있다. 아직까지 NCS 관련 교재, 지도서, 교수학습자료 등도 충분하게 개발되어 있지 못한 상황이다. 실습을 위해 필요한 장비, 시설의 구축과 산학협력 체결 등에 대한 준비도 현재는 대체로 부족한 실정이다. NCS 기반 자격제도가 국가기술자격으로 인정받지 못하고 있으며 기존 국가기술자격을 과정평가형 자격이 대체하기까지는 상당한 시일이 소요될 것으로 예상된다. 아울러 NCS 기반교육과정의 평가결과를 객관적으로 인증할 수 있는 평가기준과 평가방법의 마련도 필요하다.