대다수가 사립 형태로 운영되는 대학 여건상 입학 지원자의 감소는 대학의 운영 위기 및 폐교로 이어질 수 있으며 폐교 확정 후에도 이해 당사자들간의 갈등이 커질 가능성이 크다. 
초등학교나 중･고등학교와는 달리 3/4 이상이 사립 형태로 운영되고 있는 대학의 현실상 입학 지원자의 감소는 대학 운영 위기로 연결될 수밖에 없다. 이로 인해 지방 사립대학이나 전문대학 등 하위권 대학을 중심으로 입학정원을 채우지 못하는 대학이 속출할 가능성이 크다. 결국 대학 폐교가 현실화되고, 이로 인해 지역 상권이 붕괴하면서 정치적인 문제로 부각될 위험성이 제기되고 있다. 폐교 여부를 둘러싸고도 이해 당사자들 간의 마찰이 첨예화될 가능성이 높을 뿐만 아니라, 폐교가 확정되더라도 그 이후 교수와 직원의 체불임금이나 재취업의 문제, 그리고 기존 재학생의 편입 문제 등이 이슈화될 가능성이 크다.