여러 나라와 맺은 무역관련 협정이 발효된 이후에도 자국이 심각한 피해를 입었다고 보는 경우 원산지특례규정을 적용정지하거나 철회할 수 있다. 2개월 전에 미리 통지할 수 있는 권리를 부여받기도 하는데, 규정을 정지하거나 철회할 경우 FTA를 일관성 있게 운영하기 어려운 문제가 있다. 
넷째, 원산지특례규정의 적용정지(suspension) 또는 철회(또는 폐기, rescinding) 가능성과 관련한 문제이다. 앞서 살펴본 바대로 한․ASEAN 상품무역협정과 한․인도 CEFA, 한․페루 FTA는 협정 발효 후 5년이 경과한 후, 특례규정의 적용으로 자국의 이해가 심각하게 피해를 입었다고 결정하는 경우 재량에 의해 원산지 특례규정을 철회 또는 폐기할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 한․페루 FTA와 한․콜롬비아 FTA에 의하면 당사국은 협정 발효 후 언제든지 국내 산업에 대한 심각한 피해 또는 심각한 피해의 우려를 이유로 원산지 특례규정의 적용정지를 2개월 전에 통지할 수 있는 권리를 가진다. 이와 같은 당사국 일방에 의한 특례규정의 적용정지 또는 철회의 허용은 협정 발효 후 상대국 산업의 전반적인 상황을 고려한 것으로 이해할 수 있으나, 역외가공지역의 지속적 발전이 가능한 일관성 있고 보편성 있는 정책의 시행이라는 관점에서 본다면 원산지 특례규정의 적용정지와 철회의 문제는 FTA의 안정적 운영에 심각한 장애를 초래할 우려가 있다.