정부업무평가제도의 규모가 크고 복잡해서 자료의 준비나 평가업무가 과중하다는 문제가 생겼다. 이에 타당성과 신뢰성을 획득한 지표를 남기고 나머지의 규모를 축소·통합하는 방안이 제시되었다.
특정평가, 자체평가, 합동평가 등 평가의 규모가 방대하고 정부업무평가제도 내에서 그 중요도가 높은 평가의 경우 평가지표의 고도화 과정에서 복잡하고 방대한 평가지표체계로 평가자료 준비 등 평가업무가 지나치게 과중한 부분이 문제로 지적되었다. 이와 같은 부분은 일선공무원들의 평가관련 업무소요 시간이 1주일이 1-2회인 경우가 응답자 중 33.2%, 1주일에 3-4회인 경우가 14.4%, 매일 업무수행이 6.8% 정도를 차지한다는 점을 고려했을 때 통합평가를 통한 평가업무 과중문제 해소 효과가 미미했기 때문인 것으로 해석된다. 따라서 신뢰성과 타당성을 확보한 핵심지표만을 남기고 평가지표의 규모를 대폭 축소하고 하나의 통합평가 안으로 모두 포함시키는 방안을 제시해 줄 것을 요청하기도 했다.