평가 결과는 미흡 사업에 대한 지출구조조정 및 제도 개선방안을 마련하게 하고, 우수 및 미흡 부처에 대한 기관별 인센티브와 페널티를 부과하는 방식으로 운영된다.
재정사업 자율평가는 2005년 도입 후 10년간 재정사업의 성과 제고 기여해 왔다는 성과도 인정받고 있으나, 성과평가의 관대화 경향과 성과 미흡 사업에 대한 예산 삭감을 어렵게 하는 등의 전략적 행동, 기획재정부의 재평가로 인한 부처의 자율성 저하, 성과 미흡의 원인에 대한 고려 없이 예산을 삭감할 경우 정책 수혜자가 피해를 보는 상황이 발생하는 등 비판이 제기되어 왔다. 새로운 통합 재정사업 평가는 제도 개편안은 평가대상은 원칙적으로 예산과 기금이 투입되는 모든 재정사업을 대상으로 하는 것은 동일하나 평가주기를 세출 구조조정 강화를 위하여 평가대상 사업 1/3씩 하던 것을 모든 재정사업으로 단계적으로 확대하여 매년 모든 재정사업에 대한 평가가 이루어지도록 하였다. 평가 절차는 현재와 동일하게 각 부처의 자체 평가 실시 후, 메타평가가 이루어지며, 평가 결과는 미흡 사업에 대한 지출구조조정 및 제도 개선방안을 마련하게 하고, 우수 및 미흡 부처에 대한 기관별 인센티브와 페널티를 부과하는 방식으로 운영된다.