도서개발 촉진법의 제2조에서 규정하고 있는 도서의 개념이 아주 포괄적이며 너무 편의적이어서 다른 법령에 규정된 도서의 개념과 마찰을 일으킬 수 있다. 또한 도서와 그 도서의 주변 해역의 이용과 관리하는 체제를  정책적으로 세울 필요가 있어 법을 보완해야 할 것으로 보인다.
또한 주무부처인 행정안전부장관이 지방자치단체의 신청에 따라 개발대상도서를 지정하고 사업계획을 승인 및 시행하도록 규정하고 있다. 이 법의 입법목적이 도서의 생활환경 개선과 도서 지역 주민의 소득 증대와 복지 향상이라는 점을 감안하더라도, 제2조에서 규정하고 있는 도서의 개념이 매우 포괄적이며, 지나치게 편의적으로 규정되어 있어 도서와 주변 해역에 관련된 다른 법령에 규정된 도서의 개념과 충돌되는 문제가 발생할 수 있다. 다른 법령에서 도서에 대한 포괄적 개념을 직접적으로 정의하고 있는 것은 아니지만, 도서와 주변 해역을 관리하는 주무부처가 각 법령에서 별도의 특정한 도서의 개념을 정의하고 있고, 그에 따른 관리 및 감독 권한이 산발적으로 정해져 있기 때문에 도서개발 촉진법을 적용하고 시행함에 있어 도서 및 주변 해역에 관한 다른 법령에서 규정된 타부처와의 관리 및 감독 권한의 중복과 마찰이 발생할 여지가 있다. 특히 도서개발 촉진법은 국토의 일부인 도서 자체의 이용과 개발만을 규정하고 있지만, 도서를 실질적으로 개발하고 이용하기 위해서는 도서와 그 도서의 주변 해역의 종합적 이용 관리 체제를 구축할 정책적 필요가 있기 때문에 이에 관한 법적 공백이 존재한다고 볼 수 있다.