체육교과과정에서 학년군제를 지양해야 한다는 주장이 계속 제기된다. 학년별 발달 차이, 학교별 교육 내용 운영 시기의 차이로 인한 전입생들의 학습내용 누락, 교과서 개발의 어려움 등의 문제들을 고려할 때 체육교과에서 제도적 차원의 학년군제를 중단하고 교육 내용, 방법 등에서 보다 많은 자율권을 부여하여 교육의 자율성과 융통성을 보장하는 방안 등을 모색해야 한다.
학년군제는 장기적인 관점에서 교육의 융통성과 자율성 측면에서 지양해야할 제도이다. 체육교육에 있어 신체활동가치 중심의 교육과정에서 내용의 계열성은 큰 의미를 가지지 못한다는 측면에서 학년군제 적용은 정당화 되었다. 그럼에도 불구하고 현 교육과정이 적용되면서 현장에서는 학생의 운동, 신체, 인지, 정서 발달의 차이는 그들이 수행할 수 있는 신체활동의 수준과 범위를 결정짓기 때문에 학년에 따른 발달의 차이를 고려해야 한다는 반론이 지속적으로 제기되고 있다. 또한 중영역의 고유한 교육 내용이 존재한다는 측면에서 본다면 학교 별로 교육 내용 운영 시기가 상이함에 따라 발생하는 전입생들의 학습내용 누락 문제 역시 중대한 사안이라 할 수 있다. 교과서 개발 역시도 운반 및 교수학습의 설계 및 활용에 있어서 어려움이 있다는 현장의 목소리는 간과할 수는 부분이다(서지영외,2013). 적용상 발생하는 여러 문제들을 종합해 보았을 때 총론에서 제시한 학년군제를 그대로 수용하는 것은 바람직하지 않다고 판단된다. 제도 적용의 득실을 따져서 현행을 유지하거나 폐지를 할지를 결정지을 시기가 되었다. 이에 대해 체육교과에 있어서는 제도적 차원에서 학년군제 운영을 적용하지 않고 교육과정 내용으로서의 교육 내용, 방법, 평가 등의 영역에서 보다 많은 자율권을 부여함으로써 교육의 자율성과 융통성을 보장하는 방안 등을 모색해 볼 수도 있을 것이다.