일본 형사사법제도는 프랑스, 독일, 미국의 영향을 만들어 독특한 방식으로 운영된다. 수사는 독립된 기관인 경찰과 검찰의 협력을 통해 진행된다. 1차 수사권은 경찰에게 2차 수사권은 검찰에게 있으며 검찰에게는 일반적 지시권, 일반적 지휘권, 구체적 지휘권이 있다. 이런 수사제도는 실체적 진실 발견을 위한다는 '정밀사법'이라는 특징이 있으나 현재는 절차적 정의 실현으로 판결 정당성의 근거가 옮겨지고 있기도 하다. 
일본의 수사제도와 그 운영에 관하여 논하자면, 일본 전후의 역사와 일본 특유의 문화를 살펴보지 않으면 안된다. 일본은 메이지 초기에는 프랑스법의 영향을, 중기에는 독일법의 영향을, 전후에는 미국법의 영향을 받아 1948년 신형사소송법을 시행하였다. 여러 나라의 영향을 받았지만, 일본 특유의 형사사법제도를 발전시켰다. 일본에서 수사는 검찰과 경찰이 독립적 기관으로, 1차적 수사권은 경찰에, 2차적 수사권은 검찰에있다. 그리고 형사소송법 제192조에 수사에 관한 협력에서 검찰과 경찰의 상호협력관계를 규정하고 있다. 형사소송법 제193조에서는 수사권 지휘에 대해서 규정하고 있다. 제1항에서는 검찰관의 일반적 지시권, 제2항에서는 일반적 지휘권, 제3항에서는 구체적 지휘권이 규정되어 있다. 지시는 일반적 내용, 지휘는 구체적 사건이 전제가 되는 것이며, 일반적 지휘권은 해당사건에 대해 수사방침을 세우고 수사에 협력을 구하기 위한 사법경찰직원 일반에 대한 지휘라면, 구체적 지휘권은 검찰관이 구체적 사건을 수사하고있을 경우, 특정 사법경찰직원을 지휘하는 것을 말한다. 이러한 지휘에 관해 복종의무 및 징계·파면 소추권이 있지만, 실제로 사법경찰직원에 대한 징계·파면이 이루어진 적은 없다고 한다. 한편 이러한 일본 수사제도는 실체적 진실발견을 위해 정밀하게 수사를하고 신중하게 기소한다는 ‘정밀사법’이라는 특징을 가지고 있으며, 최근 재판원 재판 도입과 관련하여 ‘핵심사법’이 강조되고 있어 형사재판의 정당성 근거가 실체적 진실 발견에서 절차적 정의 실현으로 옮겨지고 있다고 보고 있기도 한다.