해양생태계를 제대로 관리하기 위해서는 현황을 파악하는 조사를 해야 한다. 해양생물다양성 보전과 관리를 위해 기본조사는 10년마다, 1등급 권역은 5년마다 조사한다. 
해양생태계보전·관리기본계획을 수립하고, 해양보호구역을 지정하는 등 해양생태계를 종합적이고 체계적으로 보전·관리하기 위하여 해양생태계 전반에 걸친 현황을 정확히 파악할 필요가 있다. 따라서 해양생태계기본조사는 10년마다 실시하되, 보호대상해양생물의 주된 서식지 및 해양생태계가 특히 우수하여 1등급 권역으로 분류된 지역 등에 대하여는 5년마다 해양생태계 조사를 할 수 있도록 규정하고 있다. 조사자료는 해양생물다양성을 보전하고, 해양이 보유하고 있는 생물자원량을 파악하며, 해양생태계의 변화를 감시하고 피해를 예방하는 데 크게 이바지 할 수 있을 것으로 기대된다.