검찰의 직접수사의 타당성에 대한 논란이 있다. 또한 이번 수사권 조정 관련 입법의 결과로 도입된 범죄수사처의 설득력을 잃었다. 검찰이 아닌 국가기관이 수사를 해서 소추하는 길이 있기 때문에 검찰에 대한 통제장치가 마련되었다.
기존의 수사권조정 논의 가운데 하나로써 검사와 관련된 범죄를 대상으로 하는 수사에 있어서 검찰의 직접수사가 과연 타당한가라는 지적이 있어 왔다. 사법경찰관의 수사에 대해서는 검사 또는 법관에 의한 이중적 통제장치가 마련되어 있지만, 검사의 수사에 대해서는 법관에 의한 통제 이외에 별다른 실효성 있는 장치가 없다는 것이다. 하지만 이번 수사권조정 관련 입법의 또 다른 결과로 도입된 고위공직자 범죄수사처의 설치로 인하여 이와 같은 지적은 더 이상 설득력을 얻기가 어려워졌다. 즉 고위공직자범죄수사처 외의 다른 수사기관이 검사의 고위공직자범죄 혐의를 발견한 경우 그 수사기관의 장은 사건을 고위공직자범죄수사처에 이첩하여야 하는데(「고위공직자범죄수사처 설치 및 운영에 관한 법률」 제25조 제2항), 이와 같이 기존에 검사가 연루된 각종 비리나 부정부패 등에 대해서는 검찰이 아닌 독립된 고위공직자범죄수사처라는 국가기관이 직접 수사를 하여 소추까지 할 수 있는 길이 마련되어 있기 때문에 검찰에 대한 획기적인 통제장치가 마련된 상황인 것이다.