실비변상적 급여 규정 항목의 비과세 취지에 부적합한 항목이 있다. 시행령 제12조 규정의 제13호는 정부 지급의 교사 수당, 연구자 수당 등을 비과세로 규정하는데 이는 급여지원 성격이 더 강고 사용처와 직종에 대한 의문이 생기므로 이러한 비과세 항목의 타당성에 대한 검토가 필요하다.
또 다른 문제점으로 비과세의 취지에 맞지 않는 항목이 있다는 점을 들 수 있다. 특히 실비변상적 급여로 규정한 항목들에서 이러한 문제점들이 드러난다. 예를 들면, 시행령 제12조 실비변상적 급여 규정의 제13호에는 국가 또는 지방자치단체가 지급하는 보육교사 근무환경개선비, 사립유치원 교사 인건비, 전공의 수련보조수당 등을 비과세하도록 규정하고 있는데, 이 항목들이 실비변상적 급여에 해당하는지 의문이다. 실비변상적 급여라기보다는 이들 직종에 대한 급여지원의 성격이 강한 것으로 판단된다. 연구자의 연구활동비 및 기자의 취재 수당도 각각 월 20만원 한도내에서 비과세하며, 이 항목도 실비변상적 급여에 포함되어 있다. 그러나 연구자나 취재기자가 다른 직종에 비해 특별히 더 많은 활동비가 필요한 직종인가에 대해 의문이 들며, 이 급여가 실제로 연구활동이나 취재활동에 사용되었다는 것을 입증하도록 세법에서 요구하지 않는다는 점에서 연구활동비 및 취재수당의 비과세도 실비변상적 급여라기보다는 연구자와 기자에 대한 급여 지원의 성격이 강한 것으로 판단된다. 그러므로 실비변상적 급여가 아닌 소득지원의 관점에서 이들 비과세 항목이 타당성이 있는지 다시 점검해 볼 필요가 있다.