전통지식에 대한 논의는 아직 주요 쟁점들이 남아 있다. 토착주민과 전통지식 이용자 사이에 전통지식에 대한 분쟁은 꾸준히 증가해 왔으므로 법·제도적인 판단과 그 기준이 필요하다.
전통지식에 대한 논의에는 개념의 정립을 비롯하여 보호 대상, 보호 법익에 이르기까지 아직 합의되지 않은 주요 쟁점들이 남아 있다. 그럼에도 전통지식 및 유전자원 관련 전통지식을 둘러싼 분쟁이 발생하는 경우 이에 대한 법·제도적인 판단 및 그 기준을 제시할 필요가 있다. 토착주민과 전통지식 이용자 사이에 전통지식에 대한 소유권과 관리, 접근 및 이익공유에 관한 분쟁은 꾸준히 증가해 왔다. 이러한 분쟁은 종종 관할권의 범주를 벗어나기도 하고 법률적 요소와 비법률적 요소가 복합적으로 결부되는 경우가 많다. 그리고 상업적 목적 외에 윤리적, 문화적, 종교적·정신적, 도덕적 요소가 분쟁의 원인에 포함되기도 한다.