사전협의제의 내실있는 운영을 위해서는 우선, 재난안전예산 사전협의 대상의 범위를 한정할 필요가 있다. 국민안전처가 모든 재난안전관리 사업을 담당하기에는 현실적인 한계가 있기 때문이다. 그러므로 앞에서 제안한 분류체계를 적용하여 사전협의제를 운영하고, 이에 해당하지 않는 경우에는 기획재정부를 통한 일반적인 과정을 따르는 것이 효율적일 것이다.
특히, 본 연구는 사전협의제를 보다 내실 있게 운영하기 위한 방안으로써 다음과 같은 세 가지를 제시하고자 한다. 첫째, 앞서 제시한 바와 같은 종합적이고도 체계적인 분류체계를 적용함으로써 재난안전예산 사전협의 대상의 범위를 보다 한정하여 운영할 필요가 있다. 앞서 지적한 바와 같이, 재난안전관리의 경우 사업의 성격이 다양하고 특수한 경우가 많아 이와 관련한 투자의 중요도나 효율성을 평가하기 위해서나 이들을 실질적으로 통합 및 조정하기 위해서는 상당한 수준의 정보와 전문성이 필요한 것이 사실이다. 이는 사전협의제를 통해 다루고자 하는 사업의 유형과 숫자가 늘어날수록 이를 검토해야하는 국민안전처의 역량과 보유자원이 이에 비례해서 늘어나야 함을 의미한다. 그러나 현실에서는 이는 일정한 한계를 갖기 마련이므로 사업의 신설이나 기존사업의 예산증액과 관련해서는 대개 각 부처가 제공하는 정보와 의견에 의존할 수밖에 없는 것이 사실이며, 이는 사전협의제도 자체를 유명무실하게 만들 위험성이 있다. 따라서 모든 직･간접적 재난안전관리 사업에 대해 사전협의제도를 운영하기 보다는 1절에서 제안한 분류체계와 2절에서 제안한 예산배분의 기준을 활용하여 보다 직접적인 투자효과가 예상되거나, 정책적으로 다양한 분야에서의 조율이 필요한 경우, 그리고 투자의 중요도나 효율성에서 우선순위를 갖는 사업 등에 경우에 한정하여 사전협의제를 운영해야 한다. 한편, 이에 해당하지 않는 것으로 분류된 사업의 경우에는 기획재정부를 통한 일반적인 예산배분의 과정을 따르게 한다는 것이다.