지방자치단체에 대한 감사는 감사결과 시정사항의 불이행 및 감사 사각지대의 발생과 부패공무원에 대한 후속조치의 미흡 등의 문제점을 가지고 있다.
실제로 지방자치단체에 대한 감사는 국회의 국정감사, 감사원 감사, 행정안전부 감사, 지방의회에 의한 감사, 자체감사기구에 의한 감사, 주민감사청구 제도에 의한 감사의 경로로 이루어지고 있다. 특히 외부감사의 경우에는 많은 기관들에 의한 중복감사에도 불구하고 실제 감사의 사각지대가 발생하고 있고 그만큼 비리의 개연성이 차단되지 못하고 있다. 또한 감사 결과, 부패공무원에 대한 징계처분 등의 후속조치가 당연히 이루어져야 하나 양정기준 미비 및 재량권을 이유로 이를 무시하거나 부당 경감하는가 하면 감사결과 나타난 문제점을 시정하지 않는 등 지방행정 업무에 제대로 반영하지 않는 경우도 있다.