2007년 헌법재판소 결정과 양벌규정의 개정 이후 법인의 행위주체성 인정여부가 쟁점이 되고 있다. 또한 법인의 독자적 처벌근거가 양벌규정에 규정됨으로써 법인의 독자적 처벌근거를 법인의 불법요소로 할 지 책임요소로 할 지 논의할 필요성도 제기된다.
2007년 헌법재판소 결정과 그에 따른 양벌규정의 개정 이후, 법인의 처벌을 위해 법인에게 추가적으로 요구되는 처벌근거의 필요성 및 그 내용을 둘러싼 모든 논쟁이 일단락될 듯이 보였다. 하지만 양벌규정의 문언에서 법인이 스스로 행위를 할 수 있는 존재로 표현되었기 때문에 법인의 행위주체성 인정여부가 새로운 쟁점으로 부상되는 계기가 되었다. 뿐만 아니라 법인의 독자적 처벌근거가 양벌규정에 규정됨으로써 상응성문제가 모두 해결되었는지, 더 나아가 자연인의 범죄성립요건과 비교할 때 법인의 독자적 처벌근거를 법인의 ‘불법’요소라고 할 것인지 아니면 ‘책임’요소로 볼 것인지에 관해서도 논의할 필요성이 새롭게 등장하였다. 동일시이론이 기초되어 있어 대표자의 위반행위의 불법은 물론 책임까지 법인에게 모두 귀속될 수 있는 구조를 가진 대표자위반행위사례유형의 경우와는 달리 종업원등위반행위사례유형의 경우에는 종업원등의 위반행위의 불법 및 책임과 법인의 불법 및 책임은 각자 별도로 근거지워야 하는 것이기 때문이다. 이 때문에 종업원등이 위반행위를 하였을 경우 양벌규정에 새롭게 규정된 법인의 독자적 처벌근거가 법인의 불법을 구성하는 것인지 아니면 법인의 책임을 구성하는 것인지가 해명되어야 하는 것이다.