본원의 한/일 FTA의 경제적 효과 연구는, 관세철폐로 한국의 후생수준과 산업구조의 악화가 예상되지만 외국인직접투자가 증가되면 한국의 산업구조와 대세계 무역수지가 개선되리라고 본다. 타 연구기관은 본원과 후생수준면에서 반대의 결과를 보였으나 한국의 대일본 무역수지가 악화되리라는 전망은 공통의 연구결과이다.
앞에서도 언급한 바와 같이, 본원은 1999-2000년 한/일 FTA의 경제적 효과에 대한 연구를 실시하였다. 그 연구결과를 요약하면 다음과 같다. ①양국간 관세철폐는 한국의 후생수준과 대일본 무역수지를 악화시킬 수 있는 가능성이 있다. ②또한 한국의 중화학공업 부문은 적지 않은 타격을 받을 것으로 보이며, 그 결과 한국의 산업구조가 악화될 전망이다. ③그러나 양국간 FTA하에서 외국인직접투자의 유입이 증가할 경우 한국의 산업구조와 대세계 무역수지가 개선될 수 있다. 한편, 다른 연구기관의 연구는 본원의 연구와는 다소 상이한 결과를 제시하고 있다. 먼저 양국간 관세철폐가 후생에 미치는 영향을 살펴보면, 본원의 연구에서는 후생수준이 악화될 것으로 전망하고 있으나, 산업연구원(KIET)과 아지껜의 연구는 반대되는 결과를 보여주고 있다. GDP에 대한 영향에 대해서는 KIET, BDS(Brown, Deardorff and Stern, 2000)는 유사한 결과를 제시하고 있으나, 아지껜은 이와 상반되는 결과를 도출하였다. 그러나 한국의 대일본 무역수지가 악화될 것이란 전망은 대부분의 연구에서 발표된 공통된 결과이다.