상시감사시스템은 지속적인 모니터링 활동을 하는 것이다. 상시감사는 상시모니터링과 기능이 일치하지는 않는다. 상시감사는 감사인이 여러 감사보고서를 통해 방법론 등을 제공하는 매뉴얼인것에 비해 상시 모니터링은 여러 업무절차에 대한 성과 등을 지속적으로 관찰하는 것이다. 상시 모니터링은 내부통제 목적이고 상시감사는 내외부 감사인을 위한 도구이다.
상시감사시스템은 정해진 위험 시나리오를 바탕으로 지속적인 모니터링 활동을 하는 상시 모니터링 절차를 포함하고 있으므로 ‘상시 모니터링’ 기능은 ‘상시감사’의 한 부분으로 해석하는 것이 적절하다. 그러나 상시감사가 상시 모니터링과 기능이 일치한다는 의미는 아니다. 각각 고유의 기능이 있고 따라서 차이점도 분명하다. ‘상시감사’는 감사인이 감사사안에 대하여 단일 또는 여러 개의 감사보고서를 동시에 제공할 수 있는 방법론 또는 체계로 정의할 수 있다. 반면 ‘상시 모니터링’은 하나 또는 여러 업무절차에 대한 성과, 시스템 또는 데이터 유형을 지속적으로 관찰하는 것을 의미한다(ISACA Standards Board, 2002). 따라서 상시 모니터링은 조직의 정책 및 업무절차가 효과적으로 운영되고 있는지 내부통제의 적절성과 효과성을 평가하는 것이다. 그리고 상시 모니터링은 주어진 통제 규정에 근거하여 조직 업무의 모든 거래와 시스템 활동을 자동으로 점검할 수 있도록 하는 것이다. 그러므로 실제 상시감사와 상시 모니터링 결과는 매우 유사하더라도 ‘상시 모니터링’은 기관의 내부통제 목적의 리도구로 볼 수 있으며, ‘상시감사’는 내․외부 감사인을 위한 도구라고 정의할 수 있다 (Xenia, 2006). 예를 들어 GAO(2010)는 국가보훈처가 외과의사의 자질, 임상 능력, 임상 실적 등에 대한 정확하고 완전한 정보를 수집할 수 있도록 하는 정책과 지침에 대한 모니터링이 적정한지 여부를 점검하였다. 여기서 모니터링을 담당한 것은 국가보훈처의 업무이고, GAO는 모니터링의 적절성을 감사한 것이다. 그러므로 ‘상시감사’는 관리기능이 제대로 작동하고 있는지 여부를 점검하는 모니터링 형태가 아니라 감사개입이 요구되는 위험 수준이 되었는지를 확인․점검하는 것이다(Coderre, 2009).