2차 평가로서 인권영향평가는 평가기관이 독립성과 전문성을 바탕으로 영향요소를 정확히 판단해 소수자의 권리 침해 등을 고려해야 하며 1차 평가를 보완하고 재검토해야 한다.
2차 평가로서 평가기관의 인권영향평가는 인권에 대한 전문적 평가역량을 갖춘 평가기관이 대상 정책 등으로 인한 영향요소들을 두루 평가하는 과정이다. 여기서 강조되어야 하는 것은 독립성과 전문성이라고 할 수 있으며 관계 행정기관에 대한 고려보다는 인권에 미치는 영향을 가능한 정확하게 판단하고, 특히 정책 형성과정에서 소외되기 쉬우며 민주적으로 대표되기 어려운 소수자의 권리 침해 등을 고려하는 것에 중점을 둘 필요가 있다. 특히 2차 평가는 이미 이뤄진 1차 평가에 대한 보완기능을 수행할 필요가 있으며, 대상 정책 자체에 대한 평가뿐만 아니라 자체 평가 내용에 대한 환류적 성격도 포함할 필요가 있다.