R&D 지원 조세지출은 많지만 기업 경쟁력은 개선되지 않아 연구개발 활동 결과에 연계된 지원제도에 성과 지향적 조세지원 제도로 개편해야 한다. 특허박스 제도는 연구개발 활동 위험 조세지원을 줄이고 세수 정립적으로 연구개발 성공 시 인센티브를 제공한다.
R&D 지원을 위한 조세지출 규모는 매우 빠르게 확대되고 있으나 우리 기업의 경쟁력은 개선되지 않고 있는 상황하에서 연구개발 활동 자체에 대한 조세지원 확대요구와 함께 특허박스(Patent Box)와 같은 성과연계형 조세지원에 대한 수요가 지속적으로 확대되고 있다는 점도 고려할 필요가 있다. 현행 조세지원제도는 연구개발 활동의 투입에 대한 지원을 통해 연구개발 활동의 양적 확대를 제고하는데 실질적 정책목표를 두고 있는 상황이므로 연구개발 활동 결과에 연계된 지원제도를 혼합하여 현재보다 성과 지향적 조세지원 제도로 개편할 필요가 있다. 연구개발 활동에 내재되어 있는 불확실성에 따른 민간 기업의 위험을 정부가 일정부분 부담하기 위한 제도이나 성과로 연계되지 않는다는 회의적인 의견이 대두되는 상황이므로 연구개발 활동의 위험에 대한 조세지원을 소폭 축소하고 세수 중립적으로 연구개발 활동의 성공에 대한 인센티브를 제공하는 방안이 특허박스 제도이다.