특별회계는 누리과정 사업에 안정을 주지만, 과도한 특별회계는 재정운용을 경직시키고 재정활동의 투명성을 저하시키며 지방교육의 자율성을 제약한다. 또한 재원인 교육세의 변동을 고려한 논의도 필요하다.
교육부는 지방교육정책지원 특별회계의 설치는 누리과정 관련 예산의 미편성문제를 해결하여 사업의 안정적 추진에 도움이 될 수 있을 것으로 보고 있다. 그러나 과도한 특별회계의 설치는 칸막이식 재정운용으로 재정운용의 경직성을 심화시키며, 재정활동의 투명성을 저하시키는 측면이 있다. 더불어 보통교부금으로 교부되던 유아교육비 보육료 지원 등 5개 사업이 특별회계에 편성되면서 지방교육의 자율성을 일부 제약할 가능성 등을 함께 고려할 필요가 있을 것으로 보인다. 또한 동 특별회계의 재원인 교육세가 경기변동에 따라 민감하게 변동될 수 있는 개별소비세, 주세 등으로 구성되어 있으므로, 사업의 안정적인 추진을 위해서는 교육세의 변동가능성을 고려한 논의가 병행될 필요가 있다