이명박의 고교 체제 개편 정책으로 인해 자율 고등학교일수록 소수 과목 위주만 공부하는 것으로 나타났다. 학생 맞춤형 교육을 주장한 이전 정부의 의도를 무너뜨린 것이다.
이명박 정부에서 추진한 고교 체제 개편 정책(이른바 ‘고교다양화 300 프로젝트’)은 도입 초기부터 ‘일반 고등학교 위기’ 논란(중앙일보, 2011. 5. 17.)을 불러일으켰고, 학교 교육과정 편성․운영의 자율성이 많이 부여된 학교일수록 고등학교 3년간 학생들이 국˙영˙수를 더 많은 단위로 공부하고 있는 것으로 나타났다(민용성 외, 2011). 이것은 일반 고등학교 중에서 자율 고등학교나 창의경영학교를 지정하여 교육과정 편성˙운영의 자율성을 부여함으로써 학생들의 요구에 맞는 ‘학생맞춤형’ 교육을 실시하고자 한 이전 정부의 의도가 제대로 구현되지 못했음을 의미한다.