거점학교는 학교 사정에 따라 운영과 학생을 모집하는데, 모집은 온라인 지원 시스템에서 학생이 직접 신청한다. 거점학교가 안정화되면서 학생과 학부모의 관심이 높아졌고, 학생선발은 자기소개서와 면접으로 이루어진다.
거점학교의 운영형태 및 모집은 각 학교의 사정에 맞춰 진행된다. 음악, 미술, 체육, 직업 등의 실기 위주 영역은 주중 오후와 방과 후 수업의 형태를 주로 띠고 있으며, 과학 및 제2외국어는 주로 토요일 수업의 형태로 운영하고 있다. 학생모집은 학교 간 협력 교육과정 온라인 지원 시스템(http://www.sen.go.kr/collacampus)에서 학생이 직접 신청할 수 있으며, 2017년 학생모집은 2016년 12월 12일부터 12월 16일까지 진행된다. 교육과정 거점학교가 안정된 궤도에 오르면서 2016년 모집 시에는 서울시 학교 전체의 홈페이지가 다운될 정도로 학생들과 학부모님들의 관심도 높아졌다. 학생 선발은 자기소개서 심사와 면접고사를 통해 이루어지며 학교별로 평균 3:1 이상의 경쟁률을 보이고 있다.