공인전자문서중계자 우선지정제도는 허가제와 유사하게 지정제를 운용한다면 기업의 영업자유를 침해할 우려가 존재하며 법률의 규정 여부에 따른 문제, 우선지정이 되기 위한 요건에서의 모순과 광범위한 우선지정 요건이라는 문제가 존재한다.
넷째, 전자문서법은 “개인정보 또는 영업비밀 보호를 위하여 필요한 경우에는 금융·의료·국방 등 분야별로 대표성이 있는 자를 우선하여 지정할 수 있다.”고 규정하여 ‘공인전자문서중계자 우선지정제’를 채택하였다(제31조의18 제1항 제2문). 그러나 공인전자문서중계자 우선지정제도는 다음과 같은 문제가 있다. 첫째로 지정제는 일정한 요건과 능력을 갖춘 자에게 지정이라는 행정행위를 통하여 일정한 자격을 인정해 주는 제도이다. 따라서 금융·의료·국방 등의 분야에 해당하는 기업이라는 이유로 허가제와 유사하게 지정제를 운용한다면 해당 분야에 지정을 받고자 하는 기업들의 영업의 자유를 침해할 우려가 있다. 둘째로 법률이 규정하고 있는 “금융·의료·국방 등 분야”가 열거규정인지 아니면 예시규정인지의 여부가 문제된다. 이를 열거규정이라고 해석한다면 ‘금융·의료·국방’ 이외에 ‘교육·조달·민원서비스’ 등 공공성이 높고 집중관리와 독립성 및 보안성이 확보되어야 하는 분야와 차별하는 이유가 명백하여야하고, 다른 한편으로 해당 분야의 기업이 우선지정제에 대하여 반발하는 경우에 이에 대한 논리적 한계를설정하기 어렵다. 반면에 이를 예시규정이라고 해석한다면 ‘금융·의료·국방’ 이외의 분야에 대한 우선 지정에 대하여 담당 공무원의 자의적 판단이 개입될 여지가 크다. 셋째로 우선지정이 되기 위한 요건으로 는 “개인정보 또는 영업비밀 보호를 위하여 필요한 경우”를 요구하고 있는데, 전자문서 유통 업무를 담당하는 자는 필연적으로 개인정보를 취급할 수밖에 없다. 또한 “개인정보 또는 영업비밀 보호를 위하여 필요한 경우”는 그 범위가 너무 광범위하여 우선지정 요건으로 타당하지 않다.