기후 정책은 국제 무역과도 관련이 있으므로 WTO협정 의무를 따라야 한다. 하지만 탄소 배출권의 경우 최종 상품이 아닌 생산 과정에서 발생하는 요소를  WTO협정상국경세조정의 적용 범위에 넣을 수 있는지에 대해선 이견이 많다.
한편 이러한 기후 정책들은 상품의 국제 무역에 직접적으로 영향을 미치는 조치이기도 하다. 따라서 WTO협정의 제 의무를 준수하는 것이어야 한다. 예를 들어 기후변화 완화 목적으로 부과된 탄소세에 대해 국경세 조정을 실시하는 경우 WTO회원국은 동 조치를 WTO협정의 국경세 조정 근거 규정에 합치 시켜야 할 것이다. 문제는 탄소 세나 배출권 거래제에서의 배출권이 ‘탄소 배출’에 대해 부과된 조치라는 데 있다. 탄소는 상품 생산 과정에서 발생하였으나 최종 상품에는 물리적으로 포함되어(physically incorporated) 있지 않은 요소이다. 위 요소에 부과된 조세가 WTO협정상국경세조정의 적용 범위에 해당되는지에관해서는 논란이 있다. 만약 해당되지 않는다면, 수입 상품에 대해 국경에서 부과된 탄소세나 배출권 거래제에서 수입업자에게부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정에 합치하지 못할 가능성이 높다.