국가인재DB 전담조직은 조직개편으로 행정안전부 인사실 고위공무원운영센터 아래1개과로 축소됐다. 곧 성과후생관실 인사정보과에서 수행되다, 인사혁신처 출범전 균형인사정보과에서 담당했다.
2008년 3월 대부처주의 조직개편으로 중앙인사위원회가 폐지되고 행정안전부 인사실로통합되면서 국가인재DB 전담조직이 1개 국 2개 과에서 인사실 고위공무원운영센터 아래1개 과(인재조사과)로 축소되었다. 곧이어 2008년 5월에는 행정안전부가 대과(大課) 체제로 전환됨에 따라 인재조사과가 폐지되어 전담조직이 사라지고 성과후생관실 인사정보과에서 인재 추천, 국가인재DB 운영 등의 기본 업무를 수행하게 되었다. 1년 6개월 뒤인 2009년 11월에는 인사정보과와 인사평가과를 성과후생관 소속의 ‘균형인사정보과’로 통합하였다. 이후 인사혁신처가 출범하기 전까지 균형인사정보과에서 국가인재DB의 기본 업무를 수행 하였다.