정부의 공기업 민영화 계획에 따라 노량진수산시장의 민영화 작업을 준비했다. 2001년 시작해 수산업협동조합(수혐)과의 거래로 시장을 매각, 이후 자금은 공사 본연의 사업에 집중하도록 투자했다.
한편 유통공사는 정부의 '공기업 민영화 및 경영혁신 계획'에 따라 노량진수산시장의 민영화 작업을 준비해 나갔다. 2001년 3월 15일 매각 설명회를 열고, 수도권지역 수산물 유통의 40% 이상을 점유하고 있는 노량진수산시장의 민영화를 위한 첫 단계에 돌입하였다. 약 7개월 후인 10월 23일 1,500억 원의 입찰 가격을 제시한 수산업협농조합을 최종 계약 체결 대상자로 선정했다. 이에 따라 유통공사와 수협은 11월 3일 매각 기본계약을 체결하였다. 이어 자산 실태조사가 진행되었으며 12월 10일 매각 본 계약이 완료되었다. 최종 매각 대금은 1,494억 원으로 결정되었다. 이로써 1988년 11월 28일 한국냉장을 통해 인수 운영한지 13년 만에 노량진수산시장이 매각되었다. 유통공사는 본연의 사업에 더욱 충실할 수 있는 여건을 만들었으며 매각 대금을 투자해 우리 농수산업의 경쟁력을 더욱 높일 수 있게 되었다.