학교스포츠클럽 활동은 건강을 증진시키고 교우관계를 발전시킨다는 긍정적인 효과를 보여준다. 하지만  체육 시설의 부족이나 강사의 교육 역량에 대한 의문, 정규 수업과의 연계가 미흡하다는 비판도 있다.
현재 창의적 체험활동으로 실시하고 있는 ‘학교스포츠클럽 활동’은 긍정적 정책 효과를 보여주고 있지만 운영상 나타나는 문제점이나 학교교육 내 체육활동의 측면에서 보완의 필요성이 제기된다. ‘학교스포츠클럽 활동’은 학생들에게 다양한 스포츠 경험을 통해 건강・체력을 증진하고, 경기를 통해 교우관계를 발전시키며, 스포츠 친화적인 인식 확산의 계기가 되고 있다. 그러나 갑작스런 스포츠 활동 증가로 투입된 스포츠강사의 교육 역량과 자질에 의문이 제기되고, 학교 체육 시설이나 공간의 부족과 관련해 문제점이 발생하고 있다. 또한, 학교 내 체육교육 활동의 일환이라고 볼 때 정규 수업인 체육교육과정과의 연계가 미흡하고, 체육교육의 본질과 목표에 충실하지 못하다는 비판도 제기되고 있다.