현재 정부업무 평가 결과에 따른 인센티브는 부처 내에서 나누어 갖기에 실질적 동기 부여를 못하고 있다. 이를 개선하기 위해 개별적인 파격적 인센티브가 도입되어야 한다.
평가 결과를 통한 환류과정에서 구성원들에게 적절한 수준의 동기를 부여하고 있는지 여부도 문제이다. 앞서 성과관리의 근간을 구성하는 요소들 간의 작용 실태를 분석한 결과 내재적 동기는 효과성, 능률성, 책임성에 모두 긍정적인 영향을 미치고 있었다. 또한 외재적 동기는 평가 결과의 반영 및 활용 등의 환류 과정에도 긍정적인 영향을 미치는 것으로 나타났다. 그러나 전문가 자문 결과 현재의 평가제도 하에서 공무원들의 성과관리 행태는 단순한 문서 작업으로 전락할 위험성을 제기하고 있다. 이러한 행태의 근본적인 원인 중 하나는 평가 결과를 통해 정책목표 달성이나 사업수행체계 개선에 실질적인 기여를 한 구성원들에게 적절한 수준의 인센티브가 부여되지 않고 있기 때문이라는 지적이다. 현재의 정부업무 평가 결과에 따른 인센티브 구조는 우수과제나 우수공무원을 선정한 이후 그 결과에 뒤따르는 보상을 부처 내에서 고르게 나누어 갖는다는 것이다. 이러한 문제를 개선하기 위한 대안으로 각 부서별로 평가 우수과제를 선정하여 담당 공무원이나 과장급 공무원에게 파격적인 인센티브가 반드시 필요하다는 것이다.