통신 감시를 위한 통신기기의 침입으로 한정된 경우 암호통신감청이 가능하다. 하지만 소프트웨어 설치를 통한 감청은 일반 감청에 비해 더 비중있고 독자적인 수권근거를 필요로 한다.
하급심 판례와 일부 문헌에서는 암호통신감청이 오로지 통신 감시를 위해 필요한 통신기기의 침입으로 한정되는 경우에는 형소법 제100a조(2017년 개정 이전)를 근거로 가능하다는 견해가 지지되었다. 이에 대한 반대 견해는 현재 진행 중인 통신을 수사기관으로 전달하기 위해서 소프트웨어를 비밀리에 설치하게 되면 반드시 대상 시스템의 무결성이 침해되고 이로 인한 일반통신감청과 비교할 때 이미 질적으로 훨씬 더 비중이 있고 독자적인 수권 근거가 요구된다고 주장하였다. 또한 암호통신감청을 법적으로 허용하는 기술적인 조치는 형사소추를 위한 처분이라는 것이 명확히 법률에 규정되어 있지 않다고 하였다.