문제해결 중심 연구 개발시스템이 효율적으로 운영되기 위해서는 시스템의 운영방향의 추진 전략과 핵심구조의 설계와 운영과정의 변화가 필요하다.
문제해결 중심 정부연구 개발 전략 전환을 위한 두 번째 주요 변화는 전략 전환을 포함한 연구 개발시스템 전체의 총체적인 전환이다. 문제해결 중심 정부연구 개발시스템에서는 융합화 및 복합화 되어가는 경제사회의 중요한 문제들을 해결하고 나아가 관련된 혁신성과를 창출하여 새로운 가치를 창출해야 한다. 따라서 새로운 문제해결 중심 정부연구 개발시스템이 작동되기 위해서는 연구 개발시스템이 지향하는 새로운 가치 목표의 달성을 위해 시스템을 구성하는 구조의 설계 및 운영 등이 총체적으로 전환되어야 한다. 즉, 문제해결 중심 연구 개발시스템이 효율적으로 추진 및운영되기 위해서는 시스템의 운영방향을 구체화하는 추진 전략과 관리시스템을 구성하는 핵심구조의 설계와 운영과정의 변화가 이루어져야 한다.