복수노조 제도 시행 이후 노동조합은 교섭창구단일화제도에 따라 교섭방식 결정에 드는 비용을 실질적으로 선부담하고 있다. 이로 인해 사용자의 단체교섭에서 우위를 점할 수 있고, 노동조합은 단체교섭에 더 많은 비용을 치러야 한다.
이성희 외(2011), 이성희 외(2012) 연구에서 확인된 것은 복수노조 제도 시행 이후 사용자의 교섭력이 더 증대되고 있다는 것이다. 본 연구는 그 이유가 현행 제도의 흠결에서 비롯된다고 본다. 복수노조와 연동된 교섭창구단일화 제도는 결국 교섭방식 결정의 비용을 노조에게 전적으로 부담시키는 결과를 초래하고 있기 때문이다. 노조법에서는 “노동조합의 대표자 또는 노동조합으로부터 위임을 받은 자와의 단체협약 체결 기타의 단체교섭을 정당한 이유 없이 거부하거나 해태하는 행위”(제81조3)를 부당노동행위로 규정하면서 사용자는 노조의 단체교섭 요구에 ‘응낙의무를 지는 자’로 보고 있다. 하지만 현행 교섭창구단일화 제도하에서는 사용자가 그 교섭방식을 결정할 수 있도록 보장하는 한편 노동조합이 교섭 권을 갖기 위해서 과반수노조 지위 확보, 혹은 공동교섭대표단 구성 관련 조합원 수 확보 경쟁 등에 나서도록 하고 있다. 단체교섭 전에 노동조합이 스스로 교섭창구 단일화 비용을 부담하고 있는 셈이다. 복수노조 제도시행 이후 사용자의 단체교섭 선택권과 주도권이 확대된 반면 노동조합은 오히려 더 많은 교섭비용을 치러야 한다. 또한 이는 모든 노동조합이 모두 단체교섭권을 행사할 수는 없다는, 즉 노동조합이 단체교섭을 할 수 있는 곳과 없는 곳으로 분리되어 있음을 의미하기도 한다. 이런 상황이다보니 노동자들이 단결하는 과정에서부터 사용자들이 개입할 여지가 커진다.