추계과세의 불복청구에 대해 심판원은 허위기장률 또는 추계소득과 과세소득의 차이를 고려하여, 법원은 납득되지 않을 경우에만 조정수단을 이용하여 분장을 해소하고 있다.
추계과세의 요건과 필요성은 개별 납세자의 장부실태와 특별한 사정을 감안하여야 하므로 이를 일률적으로 법에 명시하기에는 어려움이 있다. 다만 이에 대한 표현이 구체적이지 않기 때문에 납세자의 불복이 끊이지 않고 있는 것이 문제이다. 납세자의 불복청구와 소송제기에 대하여 심판원은 허위기장률 또는 추계소득과 과세소득의 차이의 과다를 고려하여 추계과세를 인정하고 법원은 이를 인정하지는 않으면서도 과세소득이 추계소득에 비하여 과다하고 그 정도 차이를 인정하여야만 되는지 상식적으로 납득이 되지 않는 경우 조정수단을 이용하여 분장을 해소하고 있는 실정이다.