내부 고발자는 사회적·경제적인 불이익을 받을 위험이 있으며, 이는 신체적·정신적 피해로 이어진다. 조직 외부로 고발하는 경우 그 피해는 더욱 심각하다. 따라서 내부 고발 제도에는 고발자 보호를 위한 외부의 개입 방안이 적절하게 마련되어야 한다.
이에 내부 고발자는 조직 내 배신자, 밀고자, 조직과 사회에의 부적응자 등으로 낙인 찍혀 타인들의 불편한 시선, 따돌림 등의 간접적 불이익에 더하여 조직의경영진으로부터 고용 관계 또는 경제적 불이익 등의 직접적인 불이익, 즉 보복 조치에 직면하게 된다. 이에 따른 피해는 고용 또는 경제적 불이익을 넘어 신체적이고 정신적 차원의 고통을 야기하게 된다. 특히, 조직 내부가 아닌 외부로의 고발의 경우 조직의 측면에서 입게 되는 피해가 더욱더 극심하므로, 보복 조치는 예외 없이 나타나는 것으로 알려져 있다(신광식･박흥식, 2009). 이 때문에 내부 고발 제도는 고발의 대상이나 절차 뿐만 아니라 내부 고발자의 보호 방안까지 포함하는 것으로 보아야 할 것이다. 또한 내부 고발의 순기능이 극대화 될 수 있도록 내부 고발자의 보호를 위한 외부의 효과적인 간섭 방안이 무엇 인지에 대한 지속적인 탐색과 제도적 정비가 필요하다.