자원봉사 인증관리 시스템의 혼재는 자원봉사 인증제의 운영을 어렵게 하고 있다. 2015년 운영중인 시스템은 총 12개로, 각 단체마다 독자적 관리시스템이 운영 중이다.
그러나 자원봉사 인증제를 운영하기 위한 관리시스템과 운영에는 다소 문제점이 존재하는 것으로 파악된다. 그 첫째는 자원봉사 인증관리시스템이 범부처 및 관련 기관별로 산재해 있다는 점이다. 2015년 기준 정부와 자원봉사 관련 기관이 운영 중인 자원봉사 인증관리시스템은 총 12개인 것으로 확인된다. 이 중 중앙부처만 하더라도 행정자치부(1365 자원봉사포 털)을 비롯하여 보건복지부, 여성가족부, 문화체육관광부, 교육부 등 5개 부처가 독자적인 시스템을 보유하고 있다. 그리고 대한적십자사 혈액관리 본부 등 각 산하 기관별로 자원봉사 관리시스템을 독자 운영하고 있다.