정부는 ｢국가R&D사업 표준성과지표 가이드라인｣을 통해 질적지표 중심의 성과지표를 권고하였으나 질적지표 의무화 노력에도 불구하고 중·장기 성과지표는 거의 반영되지 않았다.
정부는 2013년 12월에 ｢국가R&D사업 표준성과지표 가이드라인｣을 통해 특허수 등 과제수준의 양적 지표 통합을 원칙적으로 지양하고, 세부사업(또는 내역사업) 수준의 질적 산출지표 ․ 결과지표 중심으로 성과지표를 설정하도록 권고한 바 있다. 최근에는 국가R&D사업에서 질적 지표를 60% 이상 설정하도록 의무화하였으나, 각 부처의 2015년도 성과계획서에는 미흡하게 반영된 것으로 나타났다. 특히 “창업 및 중소 ․ 중견기업 지원” 분야 R&D사업의 경우, 성과가 누적적으로 발생하여 산출(output), 결과(outcome), 영향(impact)의 성과가 동시에 나타나는 계속사업의 성격을 가지고 있는데 비하여 중 ․ 장기 성과지표는 거의 반영되지 않고 있다.