국내 식품의약품안전처에서는 1,2,3등급으로 나누어 건강기능식품 관리 제도를 시행하고 있는데 3등급은 기한에 제한을 두어 기준을 엄격히 하였다. 풀무원, 시스팜등 여러 식품회사에서 출시 판매하고 있으며 이외 루테인은 1등급 원료, 아스타잔틴은 2등급 원료, 클로렐라와 스피룰리나는 각각 2, 3등급 원료로도 구분된다.
국내 식품의약품안전처에서는 건강기능식품 법률 제6727호에 따라 2004년부터 건강기능식품 관리 제도를 시행하고 있다. 기능성 소재 원료의 효과는 질병 발생의 감소 및 생리 활성 기능에 관해 인정하고 있으며, 질병 발생의 감소는 과학적 근거 자료를 기준으로 합의가 이루어질 수 있을 만큼 인정기준이 높으며, 생리 활성 기능의 경우 인체의 생물학적 활동과 생리대사 시 건강 기능의 유지와 향상이 되는 경우 인정된다. 생리 활성 기능은 인체적용시험에 따른 바이오마커의 개선 효과에 따라 1, 2, 3등급으로 분류된다. 한편, 최근 3등급은 인체적용시험과 무관하게 제품화될 수 있는 문제점으로, 판매되는 제품의 기능성을 2년만 인정하는 등 제품 판매 및 허가에 있어 그 기준이 엄격해지고 있다. 미세조류 관련 등급별 제품은 다음과 같다. ㈜풀무원은 조류 유래 베타카로틴의 추출물을 함유한 생리 활성 기능 1등급의 건강식품 스마트 안을 출시하였고, ㈜씨스팜은 조류에서 추출한 오메가3를 이용하여 생리 활성 기능 2등급의 건강기능식품을 판매하고 있다. 이외에 조류로부터 추출되는 루테인은 1등급 원료, 아스타잔틴은 2등급 원료, 클로렐라와 스피룰리나는 각각 2, 3등급 원료로 구분되어 있다.