보통교부금 기준재정수요액 산정방식의 문제점은 수요항목별로 측정 단위가 다르고 측정방식이 복잡하여 이해하기 쉽지 않다는 점이다. 이는 재정 운영 효율성을 방해하는 결과를 초래한다.
이상의 내용을 통해 보통교부금 기준재정수요액 산정방식의 문제점을 정리하면 다음과 같다. 첫째, 기준재정수요액 산정 시 세부 항목별로 구분하여 비용을 측정하기 때문에 각 수요항목별로 측정 단위가 다르고 측정방식이 복잡하여 이해하기 쉽지 않다. 또한 기준재정수요액 측정항목은 2016년 현재 소항목이 34개에 이를 정도로 많고, 2010년 10개(소항목 27개)에서 2013년 19개(소항목 41개), 2016년 12개(소항목 34개)로 해마다 변화해 왔다. 이와 같이 측정항목의 빈번한 변화와 더불어 복잡하고 세분된 기준재정수요액 산정방식은 교부금 변화에 대한 탄력적인 대응을 어렵게 하여 재정 운영의 효율성을 저해하는 결과를 가져올 수 있다.