전속고발제도의 한계는 소극적 고발권 행사, 기피 현상 등의 문제가 있었는데, 전속고발제를 완화시켰다고는 하나 이것의 완화 만으로는 형사처벌을 통한 실효성이 실질적으로 확보되지 못하고 있다.
전속고발제도의 한계로 공정위의 소극적 고발권 행사와 개인 고발 기피 현상, 검찰의 고발요청 미흡 등의 문제가 있음은 앞서 본 바와 같다. 2013년 공정거래법 개정으로 현재 전속고발제가 완화되었으나 그 전과 비교하여 고발 사건의 수가 오히려 줄어든 점, 의무고발제도 도입 이후 중소기업청의 고발요청 건수는 9건, 조달청은 3건, 감사원은 0건에 불과한 점, 오히려 자진신고자에 대하여는 법률 규정으로 고발을 면제할 수 있는 근거가 마련됨에 따라 부당공동행위에 가담한 개인에 대한 형사처벌은 더욱 어려워질 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 전속고발제의 완화만으로는 형사처벌을 통한 공적 집행의 실효성이 제대로 확보되지 못하고 있다고 할 것이다.