공인인증서 의무화 정책은 ｢전자 상거래 모델법｣의 기술 중립성 원칙에 어긋난다. ｢전자금융거래법｣에서 금융위원회에 전자금융거래 인증 방법 결정권을 부여했고, 금융 위원회에서는 최근까지 전자상거래모델법을 수용하지 않았다.
공인인증서 의무화 정책은 1996년에 제정된 UNCITRAL의 ｢전자 상거래 모델법｣ 근본 원칙 중 하나인 기술 중립성(technological neutrality) 원칙에 어긋나는 정책이다. 이 원칙은 전자상거래 구현을 위해 사용되는 기술의 채택에 대해 중립성을 보장하는 중요한 원칙이다. 기술 중립성 원칙이 ｢전자 상거래 모델법｣에 채택된 이유는 기술이 급속히 발전하고 있는 상황에서 특정 기술의 사용 강제를 배제하여 미래의 진보된 기술이 추가 입법작업 없이 수용될 수 있는 것을 목표로 하기 때문이다. 이것은 한국의 ｢전자 거래 기본법｣과 개정된 ｢전자 서명법｣에는 이미 수용되어 있는 원칙이다. 그러나 ｢전자금융거래법｣에서는 금융위원회에 전자금융거래 인증 방법 결정권을 부여하였고, 금융 위원회에서는 최근까지 전자금융거래에 이 원칙을 수용하 지 않았다.