보건사회부장관 훈령은 법규의 성질이 아닌 행정조직내부에 있어서의 명령에 불과하고, 행정청의 재량권을 기속하는 것이라 할 수 없으며, 법원도 그 훈령의 기속을 받은 것이 아니다.
반면에, 상위법령의 위임 근거 없이 의료기관의 의료업을 정지하거나 그 개설허가를 취소하거나 그 의료기관의 폐쇄를 명하는 기준을 두고 있는 보건사회부장관 훈령에 대해서는 법규의 성질을 가지는 것으로는 볼 수 없고 상급행정기관인 보건사회부장관이 관계 하급기관 및 직원에 대하여 직무권한의 행사를 지휘하고 직무에 관하여 명령하기 위하여 발한 것으로서 행정조직내부에 있어서의 명령에 지나지 아니하며 그 규정이 「의료법」제51조의 규정에 의하여 보장된 행정청의 재량권을 기속하는 것이라고 할 수 없고 법원도 그 훈령의 기속을 받은 것이 아니라 판시하였다(대법원 1983. 9. 13. 선고 82누285 판결).