규제심사의 대상이 정부입법 법안에 한정되기 때문에 이를 회피하기 위한 의원입법이 문제로 지적된다. 또한 정부입법으로 추진되어도 규제심사 대상에서 제외되는 경우가 지나치게 많은 것도 문제점이다.
먼저 제기되고 있는 부분이 규제심사의 대상이 한정적이라는 부분이다. 입법예고와 법제처 심사의 과정 가운데서 규제심사가 이루어지고, 행정부에 속한 국무조정실과 규제개혁위원회가 주관하여 규제심사를 수행하는 과정에서 규제심사의 대상이 정부입법 규제법안에만 한정되는 문제가 발생한다. 이로 인해 규제심사를 회피하기 위한 목적에서 의원입법을 통해 많은 규제법안들이 우회적으로 도입되는 경우가 문제로 지적된다(전국경제인연합회, 2011, 안혁근, 2013, p.80). 이와 함께 정부입법안으로 추진되더라도 다양한 형태의 이유를 통해 규제심사 대상에서 제외되는 경우가 지나치게 많다는 점도 현행 규제심사제도의 한계로 지적된다(안혁근, 2013, p.80).