중소기업은 많은 정부부처의 규제대상이기에 관계 부처 합동을 통해 규제가 개선된다. 중소기업특별위원회 폐지 이후 중소기업 규제영향평가제와 '중소기업 옴부즈만' 제도가 도입되었다. 중소기업 규제영향평가를 통해 신설, 강화된 규제에 대한 사전적 분석이 이루어진다. '중소기업 옴부즈만' 제도를 통해 중소기업에 대한 기존의 규제가 정비된다.
중소기업은 기능이 아니라 영역이다. 따라서 중소기업은 중소기업청뿐만 아니라, 환경부, 노동부, 식약청, 국토부 등 대다수 정부부처의 규제 대상이 된다. 따라서 관계 부처 합동형태의 규제개선이 이루어지며, 과거 대통령 직속의 중소기업특별위원회가 그 역할을 했다. 이명박 정부가 출범하면서 중소기업특별위원회가 폐지되었지만 중소기업 규제영향평가제와 ‘중소기업 옴부즈만’ 제도가 이를 보완하기 위하여 도입되었다. 중소기업청이 담당하는 중소기업 규제영향평가는 행정규제기본법 제7조 및 규제영향분석서 작성지침(총리 훈령)을 근거로, 중소기업에게 과중한 영향을 미치는 신설·강화 규제에 대하여 사전적인 규제영향분석을 실시하는 것으로 2009년 1월 도입되었다. 이는 중소기업 규제관리의 중요성을 제도적으로 반영한 것으로, 미국의 중소기업 규제유연성 분석제도(규제유연성법, Regulatory Flexibility Act)를 모델로 하였다. 사후적으로 중소기업에 대한 기존규제정비를 위하여 도입된 ‘중소기업 옴부즈만’ 제도는 미국의 중소기업청 국가옴부즈만제도(규제 집행공정화법, Small Business Regulaotory Enforcement Fairness Act)를 벤치마킹하여 2009년 7월에 도입되어 전 정부의 부처를 상대로 중소기업 규제개선을 위해 노력을 경주하고 있다.