의약 통합 폐지로 병원의 수익은 세 가지에서 두 가지로 축소되기 때문에 공립 의료기관은 수익 구조를 재편해야한다. 공립병원 개혁의 요점은 합리적인 보상 시스템을 만들고 공익성의 회복이며 수익 부족분은 정부와 병원이 여러 방법으로 공동 분담을 해야 한다.
의약 통합이 폐지되면서 공립 의료기관은 수익 구조를 재편해야 하는 상황을 맞았다. 공립병원 개혁의 주요 골자는 의약 통합을 폐지하여 합리적인 보상 시스템을 만들고 공립병원의 공익성을 회복하는 것이다. 의료 개혁 정책에 따라 의약 통합이 사라지게 되면 병원의 수익은 의료 서비스 제공 수입, 약품 매입·매출 차이, 재정 보조금 등 세 가지에서 의료 서비스 제공 수입, 재정 보조금 두 가지로 축소된다. 수익 부족분은 정부 보조금 확대와 의료 서비스 비용을 인상하고 원가 절감 등으로 공동 분담을 해야 한다. 위생 통계연감 데이터에 따르면, 2012년 중국 종합 병원의 의약품 판매 수익은 전체 수익의 39.7%, 재정 보조금은 7.5%를 차지했다. 의약 분업으로 병원 수익이 크게 줄어들 것이며, 정부 보조금을 늘리는 데도 한계가 있을 것이다. 이에 수익 부족분은 공립병원의 운영 시스템 변화로 채워야 하고, 병원은 적극적으로 수입원을 늘려야 한다. 중국 의료비 기준이 과도하게 낮게 책정되어 적자가 발생했었다. 이에 병원은 의료비 기준을 합리적으로 조정하여 의료 종사자의 기술과 노동 가치를 제대로 반영해야 한다. 그밖에 병원은 의료 기술의 우위를 충분히 활용해 고부가가치 의료 서비스 프로그램을 만들 수 있다.