중앙정부 차원에서 교육부는 자유학기제의 시행 주체이고 문화체육관광부는 인프라를 담당하는 핵심부처다. 현재 자유학기제를 위한 협력은 초기 단계이기 때문에 양 부처 간 노력이 필요하다.
중앙정부 차원에서는 교육부와 문화체육관광부의 역할이 특히 중요하 다. 교육부는 자유학기제의 시행 주체이고, 문화체육관광부는 인문체험 과 관련한 인적ㆍ공간적ㆍ내용적 인프라를 담당하는 핵심부처다.  양 부처는 현정부의 문화융성 국정기조의 일환으로 추진되는 인문ㆍ정신문화 진흥과 관련하여 협력을 모색해 오고 있다. 그러나 현재까지 자유학기제 를 위한 협력은 초기 단계에 머물고 있다. 따라서 향후 자유학기제 인문체 험의 확대를 위해서는 양 부처 간 협력을 현재 수준보다 더욱 내실화하고 공고하게 하는 한편, 문화체육관광부가 보유한 다양한 인문체험 인프라의 참여와 활용도를 높이는 정책적 노력이 중요한 과제가 된다고 하겠다.