양국간 FTA가 체결되면, 한국은 대일본 의존도의 심화로 산업기반의 약화를 우려했다. 반면 일본은 중복 산업구조 해소, 전략적 제휴로 양국의 제조업 성장, 일본기업의 대한국 투자확대로 경상수지 개선을 주장했다.
양국간 FTA가 체결될 경우, 한국의 산업기반이 약화될 것이란 우려도 강도높게 제기되고 있다. 일본 제조업의 기술수준과 마케팅 능력이 한국보다 우수하므로 양국간 FTA 체결은 한국의 주력제조업을 약화시켜, 한국은 기초산업과 노동집약적 산업으로 특화할 것이란 우려가 제기되었다. 따라서 한국의 대일본 의존은 더욱 심화될 것이며, 그 결과 한국의 산업기반이 약화될 것으로 지적되었다. 이에 대해 일본측은 양국의 FTA는 중첩된 산업구조를 해소하여 경쟁력을 강화시킬 수 있으며, 또한 전략적인 제휴를 확대함으로써 제3국 수출을 확대하면 양국의 주력제조업이 같이 성장할 수 있을 것임을 시사했다. 또한 FTA 체결은 일본기업의 대한국 투자를 확대할 것이고, 그 결과 양국간 경상수지는 오히려 개선될 것이라고 주장했다.