국가 R&D사업의 유형별 성과목표 및 지표의 설정을 차별화하여 부처별 성과목표관리에 반영하고,  지표유형 분류의 오류를 확인 후 이중 질적 성과지표의 반영여부를 분석해야 한다. 
국가R&D사업의 질적 성과관리 강화 방침에 따라 미래창조과학부, 산업통상자원부등의 R&D사업을 중심으로 유형별 성과지표 운영사례를 분석한 결과, 국가R&D사업 표준성과지표의 보급에 따라 단기적 성과에 대한 질적 지표는 부분적으로 강화되었으나, 중장기 성과지표의 반영이나 R&D성과의 정성적 평가를 통한 질적 수준의 측정은 미흡한 것으로 나타났다. 따라서 R&D사업의 유형에 따라 성과목표 및지표의 설정을 차별화하여 부처별 성과목표관리에서 이를 충분히 반영할 필요가 있으며, 전부처에 걸쳐 산출 ․ 결과지표 등 지표유형 분류의 오류를 검토하고 이중 실질적인 질적 성과지표의 반영여부를 중점적으로 점검할 필요가 있다