최저임금제와 근로시간 특례제도 개선방안 등은 2016년 노사관계의 또 다른 주요 쟁점이다. 최저임금 적용 기준과 특례업종으로 남는 업종의 기준 설정에 대한 노사정의 의견차이를 좁히는 것이 관건이다.
2016년 노사관계의 또 다른 주요 쟁점들로 노사정위원회 노동시장 구조개선 특위에서 2016년 5월 말까지 노사정이 종합적인 개선방안을 마련할 것을 합의한 최저임금제 종합적인 개선방안 및 근로시간 특례제도 개선방안 등이 있다. 최저임금제도의 종합적인 개선방안을 마련하는 과정에서 노사정 사이에 상당한 의견 차이를 어떻게 좁힐 수 있는가가 문제가 될 것이다. 최저임금의 기준이 되는 근로자를 누구로 할 것인가, 최저임금 산입범위를 어디까지 할 것인가, 업종별, 지역별 최저임금의 분리 등은 첨예한 이슈가 될 것이다. 또한 근로시간 특례제도 개선안은 상대적으로 노사 간의 첨예한 쟁점은 적을 것이지만, 특례업종으로 남는 업종에서 최대근로시간의 상한 설정, 또는 특례업종으로 남는 업종에서의 근로자 적용범위 등이 문제가 될 수 있다.