과거엔 형집행정지제도에 대한 세부적 절차가 존재하지 않아 사회특권층을 중심으로 제도가 악용되곤 하였다. 이러한 문제점을 개선하기 위해 대검찰청은 대검예규를 제정하여 시행했다. 
과거에는 형집행정지제도에 대한 세부적인 절차규정이 존재하지 않은 상태에서 운영된 결과 사회특권층을 중심으로 동 제도가 악용되는 사례가 자주 발생하였다.이 과정에서 수형자, 교도관, 교도소 의무관, 전문의 등의 결탁 및 허위진단서 발급의 비리가 발생하기도 하였는데, 이러한 문제점을 개선하고자 대검찰청은 지난 2005년 2월 27일 자유형집행정지 업무처리지침이라는 대검예규를 제정하여 시행에 들어갔다. 동 예규에 의하면, 재소자가 수술이 필요할 정도로 건강이 나쁘지 않으면 원칙적으로 불허하고, 기간이 특정되지 않았던 형집행정지 기간을 1개월 단위로 최장 3개월로 제한하며, 재연장 여부 결정시 의사의 소견이나 진단서를 다시 제출받아 심사한다는 것을 주된 내용으로 하고 있었다.