국가재정법으로 인해 협업체계에 대한 직접적 예산 지원은 불가하기 때문에 각 기관의 전문성에 기반한 협업을 통해 시너지 효과를 발생시키는 협업이 이루어지기에는 한계가 있다.
그동안 협업 증진을 위한 중요한 방법으로 새로운 조직이 설치되기도 했는데, 협업관리를 위하여 조직이 설치된다 하더라도 이에 수반하는 예산과 인사 관리 부분의 내용이 충분하게 다뤄지지 않아서 조직이 힘을 발휘하기에는 한계가 있다는 것이다. 현재는 국가재정법에 근거, 독립적 기관이 아닌 협업체계에 대한 직접적 예산 지원은 불가능한 상태라 할 수 있다. 협업체계의 공동 목표달성을 위한 예산 체계가 아니라 협업 참여자가 각기 자신이 속한 기관의 업무를 기관의 예산에 근거하여 수행하게 된다. 따라서 각 기관의 전문성에 기반한 협업을 통해 시너지 효과를 발생시키는 협업이 이루어지는 데에는 한계가 있다.