학교효과 연구는 적절한 모형을 사용하여 학생들의 초기 성취도 등의 변수를 통제한 후, 학교 차의 상대적 크기와 학생의 사회적 배경 등의 요인이 학교 간 평균 성취도 차이에 어떤 영향을 주는지 연구한다.
앞서 언급한 바와 같이 학교효과 연구는 학교 내와 학교 간의 차를 탐색하는 데 있어서 적절한 모형을 사용하여 설명요인과 결과요인의 관계를 파악하는 것을 주요 목적으로 하는 연구이다. 기본적으로 학교효과 연구는 성취도 점수와 같은 결과 변수를 포함하여 학생들의 초기 성취도 등의 변수를 통제한 후에 학교 간 평균 성취도를 연구하게 된다. 연구자들은 학교 차의 상대적인 크기와 학생의 사회적 배경 혹은 교육과정 조직과 같은 요인들이 학교 차를 얼마나 설명하는지에 관심이 있다. 이러한 모든 활동은 초기 특성과 결과 간의 관계의 맥락과 학교의 학생들은 무선적으로 할당되지 않았다는 사실 내에서 이루어 진다(Goldstein, 1997: 370). 학교효과를 측정하기 위한 방법으로 Goldstein(1997: 376) 은 1) 사전의 학생 차와 뒤이어 발생하는 학교의 사건을 고려할 수 있는 종단적 연구여야 하고, 2) 다층분석과 같은 타당한 통계적 추론을 통하여 학교의 차별적인 효과성이 탐색 되어야 하며, 3) 시간과 공간에 따른 반복 연구를 통하여 반복 가능성을 지지할 수 있어야 하고, 4) 효과적인 학교 과정에 대한 설명을 할 수 있어야 한다.