예산을 편성할 때 배분된 재원이 적절한지 다시 확인할 필요가 있고 사업 단위가 아니라 전체적인 시각에서 효율성을 평가할 필요가 있다. 
먼저, 예산편성 단계에서 정책 목표와 우선순위에 따라 제로베이스에서 분야별 재원배분의 적정성과 사업의 타당성을 검토할 필요가 있어 보인다. 통합재정사업평가에 따른 지출구조조정은 사업단위의 지출 삭감에 그쳐 예산 절감효과가 미미하고 포괄적이고 체계적인 구조조정을 이루기 어렵다. 또한 사업 수행이 궁극적으로 정책목표를 달성하기 위한 것인 만큼 사업단위 효율성만으로 충분한 평가가 되기에 한계가 있다. 따라서 정책목표와 우선순위를 고려한 분야 및 부분 단위의 거시적 평가를 통해 불요불급한 재정지출을 축소시키고 전략적 재원배분으로 재정지출의 효율성을 제고할 필요가 있다. 영국과 네덜란드 등 OECD 주요국들은 글로벌 금융위기를 극복하는 과정에서 이미 실시하고 있던 효율성 위주의 지출검토를 정책 우선순위에 근거한 분야 및 부분별 지출검토로 확대하였다. 네덜란드의 경우 2010년 20개 분야에 대해 지출검토를 실시하여 분야별 20%의 구조적 지출 절감방안을 도출하였고 이를 각 정당이 총선공약 수립 시 활용하였다.