고구려 고고학 연구는  북한지역이라는 한계때문에 많은 어려움이 있지만,  남북간 학계간의 시각차이가 작기때문에 공동 조사와 연구가 가능할 것으로 보인다.
이처럼 고구려 고고학 연구에서 북한지역의 자료는 절대적인 의미를 지니지만, 조사의 수준이 낮고, 발굴 보고서의 내용이 간략하고 상세한 서술이 이루어져 있지 않아 관련 연구에는 많은 어려움이 있다. 하지만 역사고고학 분야 중 고조선이나 낙랑군에 비해 고구려고고학이 남북한 학계간의 시각 차이가 상대적으로 작은 편이어서, 향후 학술교류를 통해 공동 조사와 연구가 가능한 분야로 보인다. 현재 고구려 고고학에서 북한지역의 고고학과 관련된 대표적인 논쟁점으로 ① 고구려의 도성, ② 고구려토기의 기원, ③ 고구려 벽화고분의 계보 등을 들 수 있다.