남북의 문화를 서로 다르게 해석한다는 문제가 있다. 특히 신석기문화에 중요한 서해안 지역에 대한 연구가 그렇다. 북한의 신석기시대 연구도 고유성, 독자성 등을 너무 강조하는 것이다.
이러한 연구 경향의 확대는 매우 바람직한 현상이기는 하나. 가장 문제가 되는 것은 동일 문화권인 지역을 북한과 남한이 서로 다른 문화권으로 설정하고, 그 문화적 내용 또는 편년에 대해 서로 다른 해석을 전개하고 있다는 점이다. 특히 한반도 신석기문화에서 중요한 의미를 가지고 있는 서해안 지역을 대상으로 하는 연구에서 이와 같은 경향이 두드러진다. 1990년대 이후 본격적으로 논의되고 있는 북한의 ‘대동강문화론’의 영향으로 인해 북한의 신석기시대 연구 역시 계승성, 고유성, 독자성 등을 지나치게 강조하고 있어, 동일한 문화권으로 보아야 할 남한의 서해안 신석기문화와는 상이한 해석이 이루어지고 있는 것이다.