대통령 또는 국무총리 직속의 위원회에서는 대통령에서부터 전체 부처 장관과 민간까지 위원구조로 구성되므로 조직 운영 자체가 정책조정과정이여서 별도의 정책조정체계를 둘 필요가 없다. 
이러한 조정매커니즘은 위에서 제시한 체제통합의 중심조직 형태에 따라 달라진다. 즉, 대통령 직속 또는 국무총리 직속의 위원회형에서는 그 조직체계 자체가 조정을 중심으로 한 구조이기 때문에 별도의 정책조정체계를 따로 둘 필요가 없다. 왜냐하면, 이러한 조직형태에서는 대통령이나 국무총리를 위원장으로 하고 전체부처의 장관과 민간까지 포함한 위원으로 구성하기 때문에 그 조직의 운영 자체가 정책조정과정인 것이다. 그러나 앞서 제시하였던 것처럼 체제통합의 중심기구를 기능적 관료제형으로 하는 경우에는 조직 간 수직적･수평적 조정의 문제를 남긴다. 따라서 여기서는 이러한 경우를 가정하여 조정･통제체계를 구상하여 본다.