중소기업은 구조적인 문제를 안고 있어서 인적자원개발 정책을 시행해도 생각만큼 효과가 나타나지 못하고 있다. 중소기업은 인적자원개발의 필요성을 인식하고 있지만 여러 애로 사항들로 인해 체계적으로 인적관리 활동이 수행되지 못하고 있다.
김한준과 이기성(2010)은 중소기업 인적자원개발 정책의 시행이 의도한 만큼 효과를 얻지 못하고 있음을 지적한다. 특히 중소기업이 인적자원개발의 필요성을 인식하지 못하거나 소홀해서가 아니라, 중소기업의 특성 및 선호하는 숙련형성 방식과 정부 지원방식의 부조화 문제와 완고한 이중노동시장구조에서 핵심인재의 이직가능성, 혹은 인력 빼가기(porching) 걱정 등 구조적 문제 등을 원인으로 지목한다(김영생․한상일, 2007). 특히 그들은 학습조직을 중소기업 교육훈련의 새로운 대안으로 제시하면서, 인적자원개발 훈련내용 및 숙련형성의 기제가 대기업과 중소기업이 다름을 주장한다. 김종관과 김진욱(2006)도 중소기업이 인적자원관리 및 개발의 중요성을 인식하고 있었으나, 성장단계 전반에서 체계적인 인적관리 활동을 수행되지 못했음을 보고한다. 특히 이러한 인적자원개발활동의 애로요인들로는 작업현장의 공백, 교육훈련프로그램 부족, 근로자의 낮은 참여의지와 이직 순으로 나타났다.