갈등의 해결이란 무엇인가에 대한 서술이라는 본 연구의 기본 목적을 생각할 때, 단일 사례 연구라는 본연구 방법론의 정당성은 설명되어야 한다. 본 연구가 제주 해군기지 관련 갈등이라는 단일 사례에 대한 연구이기는 하지만 사례내에 포함된 하위 단위들에 대한 분석도 동시 실시함으로써 연구의 논리적 타당성을 높일 것이며  이를 통해 전체 사례에 대한 보다 포괄적인 모습을 보이고 이로부터 갈등 해결과 관련된 결론을 이끌어 낼것이다.
이러한 방법론적 선택에서 또 하나 반드시 언급되어야 할 점은 본 연구가 왜 하나 이상의 사례를 포함하지 않는가, 즉 왜 단일 사례(single case)에 대한 연구가 되어야 하는가라는 정당성에 관한 문제이다. 사실 갈등의 해결이란 무엇인가를 보다 상세하게 서술해보고자 하는 본 연구의 기본 목적을 생각하면 다양한 사례로부터 시사점을 끌어내는 것이 보다 결론에 유리하다는 주장도 일리가 있다. 그러나 이렇게 다양한 사례로부터 시사점을 끌어내는 작업은 일단 갈등의 해결에 대한 기존의 이론적/실증적 접근이 거의 없는 상황에서 오히려 정보의 양에 눌려 논의 자체가 어지러워질 가능성이 높다는 위험성이 있으며, 또한 제주 해군기지의 사례처럼 독특한 의미가 있는 사례를 여러 개 발굴하는 일도 어려움이 많다. 반대로 본 연구는 단일 사례에 대한 연구이기는 하지만 단순히 제주 해군기기 관련 갈등이라는 하나의 현상만을 사례로 하고 있지는 않으며, Yin (2009)의 구분에 따르자면 하나의 사례 내에 포함되어 있는 하위 단위들(embedded sub-unit)에 대한 분석을 동시에 실시함으로써 연구의 논리적 타당성을 높이는 방향으로 진행될 것이다. 이때의 하위 단위란 사례의 내부에 포함되어 있지만 별도의 분석을 요하는 개별 요소들을 말하는 것인데, 구체적으로 본 연구는 사례에 대한 사회전반적인 의견 분석과 함께 갈등사례가 전개되었던 제주도민의 전반의 의견에 대한 설문조사, 그리고 갈등 관련한 의사소통 과정에 참여하였던 당사자들의 의견을 모두 분석하여 전체 사례에 대한 보다 포괄적인 모습을 보이려고 하며, 이로부터 갈등의 해결과 관련된 결론을 도출해 보려고 한다.