2001년 국가인권위원회 설립 후 약 5년간 가장 많이 접수된 진정사건은 정신장애인 관련 사건으로, 주요 진정내용은 강제입원 문제 등이었다. 이에 국가인권위원회는 2007년부터 실태조사를 실시, 2009년 정신장애인의 인권보호 강화 등을 권장한 국가보고서를 발간하면서, 국가기관 최초로 정신장애인 문제를 제기했다.
우리 사회에서 1997년 정신보건법 시행 이후 정신장애인 문제를 제기한 최초의 국가기관은 국가인원위원회였다. 그 배경에는 국가인권위원회 설립후 2001년부터 2006년 6월까지접수된 진정사건의 가장 많은 진정인은 정신장애인이었다는 것이다. 정신장애인 관련 진정사건 406건에 포함된 진정내용 1,126건을 분석해보면, 보호의무자 혹은 제3자에 의한 정신의료기관에의 강제입원, 부당하게 행려환자로 처리된 강제입원 등과 같은 강제입원문제가 269건(23.9%)으로 가장 많았다. 그리고 입원생활 중에 일어나는 부당한 격리와 강박, 신체적 언어적 폭력 등의 가혹행위(17.7%), 면담과 치료, 의료진의 부족과 같은 부적절한 치료행위의 문제(15.8%)가 그 뒤를 잇는 중요한 진정내용이었으며, 부당한 퇴원불허, 계속입원심사 누락, 강제이송, 서류상으로만 이루어지는 퇴원처리 등과 같은 퇴원문제에 관한 진정도 173건(15.4%)에 이르렀다. 이러한 문제에 대응하기 위하여 국가인권위원회는 2007년부터 국가보고서 발간을 위한 실태조사를 실시하여 다양한 의견수렴을 거쳐 2009년 11월에 이르러 정신장애인 ‘인권보호와 증진을 위한 국가보고서’를 발간하였다. 그 주요내용은 입·퇴원 및 치료·재활과정에서 인권보호를 강화하고 지역사회에 기반을 둔 정신보건의료서비스체계로의 전환을 권장하는 것이었다.