교육개발협력 예산 확보에서도 공공협력예산 방식이 활용되어야 한다. 이를 위해 사소한 부분까지 예산안에 반영하고 교육 협력 사업으로 전환 할 수 있는 시스템이 필요하다. 또한 소외된 분야까지 다루는 관리체계 구축도 필요하다.
결국 정부의 개발협력 재정확보 전략은 각 정부부처가 수행하는 공공 ODA 예산 이외의 기타개발협력 사업예산, 그리고 민간 및 대학 등의 개발협력자금 등을 통괄하는 예산운영방식, 즉 공공협력예산(OOF) 방식이 적극적으로 활용되어야 할 것이다. 그런 점에서 교육개발협력 예산도 지방공공기관, 대학 및 일선학교, 교육 NGOs를 포함한 민간단체, 기업 등의 개발협력비용, 연구개발비 혹은 모니터링 및 평가 등을 수반하는 부수비용까지 포괄적으로 다루어야 한다. 예를 들면, 특정 지역 및 국가를 대상으로 하는 자매교류행사, 교환학생, 연구세미나 등의 내역과 비용 등도 공적 관련성으로서의 교육협력 사업으로 전환될 수 있는 시스템이 마련되어야 한다. 나아가서 교육개발협력 사업은 인도주의적 관점에서 국민적 공감대를 형성하는 국내투자 비용, 투명성 확보방안, 문화･체육･인문･예능 등의 기타 분야까지 포괄하는 전 방위적인 총괄 관리체계로 구축될 필요가 있다.