프로그램 목표와 성과목표를 보면, 프로그램 목표를 성과목표가 세분화해야 하나, 반대로 프로그램 목표 단위에서 세분화가 이루어져 있어 각 목표 단계의 구성이 적절치 못하다.
또한 성과계획서와 성과관리시행계획서상의 전략목표 하위 단위인 프로그램목표와 성과목표를 비교하면, 일부 프로그램 목표가 성과목표 단위에서 보다 세분화되어 있음을 알 수 있다. 또한 성과목표에는 있으나 프로그램 목표에는 제시되지 않은 경우도 존재하는데, <표 4-4>에서 제시되는 바와 같이, 환경피해구제 강화 및 환경오염시설 허가제도, 전주기적 화학안정망 확립 등 생활환경 및 환경보건 등과 관련한 사업목표가 세분화되어 나타나고 있다. 반면, 물환경 부문에 대한 전략목표의 세부목표는 거의 유사한 의미를 지니고 있으나, 성과계획서 상에는 해당 부문의 전략목표가 2개로 세분화되어 있다.