형집행정지의 불공정한 운용 사례로, 전두환 전 대통령 동생 경환씨는 2011년 1년간 수감생활을 한 뒤 형집행정지로 석방돼 줄곧 병원에서 지냈고, 여론이 악화된 이후에도 8번째 형집행정지 허가를 받았다. 범서방파 행동대장 이모씨는 형집행정지로 수술을 받고 치료받던 중 도주했다. 또 형집행정지 중 재범을 한 사례도 있다.
사모님 사건 외에 대표적인 사례로,  전두환 전 대통령의 동생 전경환씨(71세)는, 2010년 5월 사기죄로 징역 5년을 선고받은 후 같은 해 7월 건강상 이유로 형집행정지 허가를 받았고, 안양교도소에서 2011년 1년간 수감생활을 한 뒤 다시 형집행정지로 석방되어 줄곧 병원에서 지냈다. 특히 이른바 ‘사모님 사건’이 SBS 방송에 두 차례 방영되어 형집행정지에 대한 사회여론이 악화된 상황에서 2013년 6월 30일 형집행정지심의위원회가 개최되었음에도 뇌경색, 다발성 심장판막 질환 등의 이유로 8번째 형집행정지가 허가되었고 이에 대한 비판이 일자 같은 해 9월 29일 다시 위원회를 개최하여 9번째 연장신청을 불허하였다. 형집행정지기간 중 도주한 경우로 김태촌의 오른팔로 알려진 범서방파 행동대장 이모씨는, 2013년 2월 형집행정지로 병원에서 어깨수술을 받고 치료받던 중 7월초 재수감을 앞두고 도주하였다. ③형집행정지기간 중 재범을 한 경우로, 일명 함바 브로커 유상봉씨는 강희락 전 경찰청장 등 고위 인사들에게 억대 금품을 건넨 혐의로 2011년 11월 대법원에서 징역 1년 6월을 선고받았으나 형집행정지기간 중인 2012년 4월 일반 식당 운영자 2명에게 함바운영권을 주겠다며 수억원을 받은 혐의로 경찰에 다시 입건되었다.