정부업무평가제도는 통합관리원칙에도 불구하고 다양하고 복잡한 방식으로 인해 평가제도 자체의 효과성에 의문이 제기된다. 즉 정부업무평가제도 시행의 어려움에도 불구하고 효과를 적절하게 분석하지 못하는 문제가 있다. 기존 정부업무평가제도에 대한 연구들은 심층적이지 못하고 한정된 연구만이 진행되고 있다.
하지만 정부업무평가에 있어 통합관리의 원칙에도 불구하고, 정부업무평가제도는 다양하고 복잡한 하위차원에서의 평가유형은 물론 평가유형별로 적용되는 다양한 방식들로 인해 평가제도 자체의 효과성에 대한 의문과 더불어 평가수행에 수반되는 부담, 평가제도 상호간에 충돌이나 혼란의 문제 등이 다양한 연구를 통해 여전히 제기되고 있는 실정이다(박중훈, 2007, p. 15). 정부업무평가제도와 관련하여 제기되는 이러한 한계와 문제점 외에도 정부업무평가제와 관련된 그간의 연구는 이들 제도를 통해 실현되는 실질적인 효과를 파악하거나 분석하지 못하고 있는 실정이다. 즉 정부업무평가제도의 시행에 수반되는 어려움과 부담에도 불구하고 제도가 지향하는 목적이 얼마나 실현되고 있는지 그 효과를 적절하게 분석하거나 제시하지 못하고 있다. 특히 정부업무평가제도는 제도가 의도한 궁극적 목적으로서의 효과를 실현하기 위해서는 제도 이면에서 많은 요소들이 전제되고 이들 요소간의 연계가 요구되고 있다. 그럼에도 불구하고 현실적으로 기존의 연구는 효과와 관련된 심층적인 연구가 이루어지지 못하고, 대부분 정부업무평가제도를 구성하는 일부 평가유형이나 구성요소 및 운영과정에 한정된 연구를 통해 제도 및 운영상 제기되는 한계와 문제점을 밝히고 이의 개선방안을 모색하고 제시하는데 한정되고 있다.