2012년 11월 6일 푸틴 대통령은 국방부 내 대규모 부정부패에 대한 객관적이고 엄정한 조사를 위해 세르듀코프를 장관직에서 경질, 그 자리에 쇼이구 모스크바 주지사를 임명하였다.
두 번째로, 2012년 11월 6일 푸틴 대통령은 대규모 국방비리 사건에 연루된 것으로 알려진 세르듀코프 국방부 장관을 경질하고, 그 자리에 쇼이구(Сергей Шойгу) 모스크바 주지사를 임명했다. 당시 러시아에서는 국방부 산하 기업 오보론세르비스(Оборонсервис)의 부정거래 추문이 공개됨으로써 큰 사회적 파문이 일었다. 특히 다수의 국방부 고위 관료들이 연루된 해당 부정 비리 사건으로 말미암은 국고 손실액이 약 3억 루블에 달하는 것으로 알려져 큰 충격을 주었다. 해당 인사 조처는 국방부 내 대규모 부정부패에 대한 객관적이고 엄정한 조사를 위해 세르듀코프를 장관직에서 경질한 것으로 평가되었다.