디지털 증거는 볼 수 없는 형태의 민감 정보가 다량 섞여 있으며, 개인의 기본권 침해가 발생하면 피해를 복구하는 것이 어렵기 때문에 수색에 앞서 비례적 고려가 더욱 필요하다. 정보 민감도가 높을수록 요증사실 정보의 선별을 엄격히 하고, 반대의 경우는 현실 여건을 고려해 디지털 증거의 하위계층에 접근하는 방식으로 효율적인 대응을 해야 한다. 
디지털 증거는 비가시적 형태로 대량의 민감 정보가 혼재되어 있고, 개인의 기본권은 한번 침해가 발생하면, 이 피해를 복구하는 것이 사실상 어려운 비가역적 특성을 가지고 있다. 때문에 디지털 저장매체 수색에 앞서 요증사실에 비례적으로 그 대상의 적절성과 합리성을 고려하는 것이 당연하다. 사법기관은 민감도 높은 정보가 응집되어 있는 시스템일수록 요증사실 관련 정보의 선별을 엄격히 하고, 반대의 경우 시간적 제한과 소송비용 등의 현실 여건을 고려하여 효율적인 대응을 해야 할 것이다. 또한 진실규명 요구가 높고 사회적으로 관심이 많은 사안일수록 많은 양의 정보를 수집하고 철저히 검증하여 그 진실에 최대한 가까이 다가가야 할 것이며, 상대적으로 경미한 사안에서는 기본권 제한을 최소화 하도록 엄격하게 통제하여 필요한 한도에 그치도록 노력해야 할 것이다. 즉, 비례성 원칙에 따라 정보저장매체에 저장된 정보 민감도가 높을수록, 요증 사실이 경미할수록 디지털 증거 계층구조의 상위계층에 접근하고, 저장된 정보 민감도가 낮을수록, 요증사실이 엄중할수록 디지털 증거 계층구조의 하위계층에 접근하는 방식으로 압수ㆍ수색의 대상을 조정하는 것이 합리적일 것이다. 이와 같은 비례성 원칙을 적용하기 위하여 디지털 증거의 계층구조를 참조하고 압수ㆍ수색 대상을 정하는 사례를 각 계층별로 살펴보면 다음과 같다.