1990년대 들어 사립대학의 수업료 및 기성회비와 국립대학의 기성회비 인상률의 결정권을 대학이 가지면서 등록금이 물가보다 가파르게 상승하였고, 이는 학생·학부모의 부담이 훨씬 커졌음을 보여 준다.
이처럼 등록금이 전반적인 물가보다 훨씬 더 빠르게 상승한 것은 고등교육을 둘러싼 환경 변화와 관련이 깊다. 과거에는 등록금이 소비자물가 상승에 미치는 영향을 우려하여 등록금 인상을 억제해왔고, 대학교육의 질 경쟁도 비교적 느슨한 편이었다. 그러나 1990년대 들어 국립대학의 수업료를 제외한 사립대학의 수업료와 기성회비, 국립대학의 기성회비에 대해서는 인상률 결정권을 개별 대학이 갖게 되면서 등록금이 급격히 상승한 것으로 알려져 있다(김형근, 2004). 이렇게 등록금이 가파르게 상승하면서 지난 20년 동안 전체 물가는 약 2.2배 오른 반면, 등록금 부담은 4.9배나 늘어났다. 이 같은 결과는 학생·학부모가 실제로 체감하는 등록금 부담이 이전보다 훨씬 무거워졌음을 시사한다.