본 사업은 가구소득 기준으로 대상자를 선정하는데, 맞춤형 급여 등의 타 지원제도의 수혜를 받는 경우에는 지원 대상에서 제외된다. 이로 인해 위기청소년의 발굴 및 사업지침 수준의 지원에 한계가 발생한다.
본 사업은 2008년에 8개 시･도에서 추진되었고, 2014년에 전국 17개 시･도로 확대되었다. 대상 자 선정을 위해 가구소득 기준을 적용하고 있는데 대상자의 가구소득이 기준중위소득 72% 이하(다 만 생활지원 및 건강지원은 기준중위소득 60% 이하)이어야 하며, 다른 제도와 법률에 의하여 동일 한 항목의 지원을 받지 못하는 청소년으로 제한된다. 이로 인해 CYS-Net 등을 통해 위기청소년을 발굴하더라도 청소년이 속한 가구가 맞춤형 급여(기존의 국민기초생활보장제도), 긴급복지 지원제도의 수혜 가구인 경우 지원 대상에서 제외된다. 따라서 대상자 발굴이 쉽지 않을 뿐 아니라 전체 사업비의 규모를 고려할 때 사업지침에 명시된 수준으로 지원하기 어렵다는 한계가 있다(김지연 외, 2014).