지방분권화 거버넌스 시스템이 지역 수준의 고용정책을 주도하는 과정에서 현실적으로 나타나는 여러 문제점으로 인해 기대에 미치지 못하거나 부족한 성과를 낳고 있다는 다양한 지적이 나왔는데, 구체적인 문제점으로 국가 및 지역 수준의 정책영역 간 사업 중복과 역할 조절하기가 힘들다는 점 등이 지적된다.
지방분권화 거버넌스 체제가 지역 수준의 고용정책을 주관하는 과정에서 현실적으로 대두되는 다양한 문제점으로 인해 기대에 부응하지 못하거나 미진한 성과를 낳고 있다는 여러 지적이 제기되기도 한다(김주섭 외, 2009; Giguère, 2008). 지역고용정책의 거버넌스 운용에서 제기되는 구체적인 문제점으로 국가 및 지역 수준의 정책영역 간 사업 중복과 역할 조율이 어렵다는 점, 중앙정부 행정기관과 지자체 간에 역할, 권한, 책임소재 등의 업무분장을 둘러싼 혼선과 비효율이 발생한다는 점, 국가 차원의 정책 목표에 부합되지 않는 방향으로 실제의 정책이 왜곡․변질된다는 점, 정책협의의 지연이나 지역정책 주체들의 전문역량 미흡으로 그 정책 추진의 효과성이 떨어진다는 점, 이해당사자들(특히 노사단체 간)의 이해조율 실패와 입장 차이로 정책 추진이 효율적으로 이뤄지지 못한다는 점, 정책성과의 지역적 격차가 확대된다는 점, 중앙정부 주도의 기존 정책집행 관행과 제도적 틀에 의해 지방분권이 형식적으로 이뤄지거나 정부의 일관적 방침 부재로 그 정책의 지속성이 담보되지 못한다는 점, 그리고 장기적인 정책 목표와 단기적인 사업성과가 상충 및 충돌한다는 점 등이 지적되고 있다(김주섭 외, 2009; 정인수, 2007).