제주도는 제주해군기지 건설에 있어서 공청회, 전문가 자문 등을 통해 제주도의회의 동의를 받는 절차를 거쳤지만 건설 반대 측은 이를 인정할 수 없다는 입장이었다.
2008년 4월 제주해군기지 건설사업에 대한 사전환경성검토서(초안) 공람을 게시하였고, 2009년 9월 환경영향평가서가 제주특별자치도의 심의를 통과하였다. 그러나 반대 측에서는 졸속으로 이루어진 심의결과를 인정할 수 없다고 항의하고 나섰다. 반면 제주특별자치도는 지역주민설명회, 공청회를 거치고, 국토해양부, 환경영향평가 전문기관, 환경영향평가심의위원회, 관련부서 등의 의견을 수렴, 환경영향 평가서 본안에 반영했으며, 분야별 전문가들로 구성된 환경영향평가심의위원회에서 심의를 거쳐 제주도의회의 동의를 받는 절차에 따라 이루어졌다고 했다.