녹색인증 수혜 기업이 늘어난데 비해 관련 예산이 감액되고, 평가지원금도 감소되는 상황에서 민간 금융이 요구하는 수준의 식별을 제공하기는 불가능하다.
녹색인증 신청기업 수 및 인증 수혜 기업이 약 4배 늘어난 반면, 관련예산은 2012년도의 20억 원에서 2016년도에 11.6억 원으로 감액되었고 평가지원금 총합도 60%이상 감소되었다[표 30]. 부족한 예산으로 인해 각 평가기관에서는 녹색인증 평가 비용이 신청수수료 수입과 평가지원금을 초과할 경우 자체 운영예산으로 이를 충당하고 있다. 이런 여건으로는 민간 금융에서 요구하는 수준의 식별(identifying)을 제공하기가 불가능하다. 현재 녹색인증 평가기준은 2010년 제정된 이후 한 번도개정되지 않았으며 분야별 특성에 맞게 평가하도록 평가기관을 11개로 분류하였으나, 각 평가기관에서 실시하고 있는 평가기준은 모두 같다.