정책추진 과정에서 정부에 대한 신뢰도가 전반적으로 하락되었음이 확인된다. 그 이유로는 정부의 상명하달식 정책집행, 불충분한 정보공개 및 주민의견 미반영 등이 있다.
먼저 정부의 신뢰도 하락이 갈등이 해결되었다고 보기 어려운 가장 중요한 이유라고 대답한 사람들은 정부가 대법원의 명령을 그저 상명하달식으로 집행한 것에 대한 불만을 가장 많이 드러냈다. 그 다음으로는 사업의 진행과정에서 정부의 환경영향평가 등에 대한 정보공개가 충분하지 않았음을 지적하는 사람들이었고, 세 번째로는 제주도가 주민의 의견을 충분히 적극적으로 반영하려 하지 않았다는 의견이 나왔으며, 주민을 충분히 설득하지 못했음을 지적하는 사람의 수가 마지막이었다. 그렇지만 2순위로 응답자들이 선택한 정부 신뢰도 하락의 이유는 주민의견 반영부족과 주민설득 부족이 더 많은 것으로 나타나 전반적인 불만족의 수준이 높음을 짐작할 수 있었다.