북한 무역구조는 일본과의 충돌로 대일무역이 급감하면서 연구 주제 또한 남북교역, 북중무역의 비중이 커지게 되었다. 또한 KOTRA, IMF, UN 등 다양한 기관의 데이터를 활용하며 연구의 성격에 따라 통계적 분석을 할 수 있게 되었다.
다음은 2000년대 초중반의 연구들이다. 그동안 일본과의 교역이 중심이던 북한의 무역구조는 2002년 일본인 납치 문제, 2003년 봉수호 사건 등으로 대일무역이 급감하면서 변화를 맞게 된다. 이에 따라 연구의 주제도 남북교역과 북중무역 중심으로 변화하게 된다. 또한 데이터 활용 측면에 있어서도 KOTRA, IMF, UN 등을 통해 통계적 분석이 가능해졌으며, 각 연구의 성격에 따라 다양한 데이터가 활용되었다. 예를 들면 농업 관련은 FAO 및 WFP 통계, 무기 관련은 SIPRI/US 국무부 자료, 투자 관련은 UNCTAD 등의 자료가 이용되었다. 이 시기 일반적인 북한 무역구조에 관한 문헌은 임강택(2001), 정형곤(2001), 이덕무(2004), 고일동 외(2008) 등이 존재하며, 남북교역과 관련된 연구로는 이영훈(2004), 이재득(2004), 동용승(2005), 이종근(2005), 김진수(2007) 등이 있다. 또한 북중무역과 관련된 연구는 이영훈(2006), 조명철 외(2005), 홍익표(2006), Haggard and Noland(2007), 김석진(2007), 홍익표(2008) 등이 있다.