국립대학개혁플랜 역시 교육개혁의 중요한 내용이다. 이는 제2기 중기목표 및 계획 중 자주적, 자율적 개선·발전을 촉진하는 시스템 구축과 사회변화에 대응하도록 각 대학의 기능 강화추진을 강조한다. 또한 제3기 중기목표와 사업계획은 교육연구 조직의 국제경쟁력을 갖춘 대학을 중점으로 지원하는데, 문부과학성 대신은 국립대학법인 등 조직 및 업무 전반을 수정한다고 통지했다.
국립대학개혁플랜 역시 교육개혁의 중요한 내용이며, 교육재생실행회의의 2013년 5월 28일 제3차 제언 “향후 대학교육 등의 이상적인 모습에 관하여”를 고려하여 2013년 6월 14일 일본재흥(再興) 전략과 교육진흥기본계획을 각의 결정, 향후 국립대학개혁 방침과 방책, 실시방침 등을 정리한 것으로 문부과학성이 공포하였다4). 국립대학개혁 플랜은 대학개혁 제2기 중기목표 및 계획(2010년~2015년) 중에서 대학의 사회적 역할에 대한 정의를 수정하여 자주적, 자율적 개선·발전을 촉진하는 시스템 구축과 사회변화에 대응하도록 각 대학의 기능 강화추진을 강조하고 있다. 기능 강화는 각 대학의 강점과 특색을 중점육성하고, 글로벌화, 이노베이션창출, 인재양성 기능강화 등이 주요 골자이다. 또한, 2016년부터 2021년까지 시작되는 제3기 중기목표와 사업계획은 교육연구 조직의 국제경쟁력을 갖춘 대학을 중점으로 지원하여 수퍼글로벌대학 창설(향후 10년에 세계대학 랭킹100위안에 10개교 진입목표), 대학내 벤처기업지원으로 부가가치 창출과 이공계 인재를 전략적으로 육성한다는 내용으로 국립대학협의 등 관련 단체도 국제경쟁력강화, 인재육성 등에는 지지를 보내왔으나, 문부과학성 대신은 제3기 중기목표 및 계획 작성지침으로 2015년 6월 8일 “국립대학법인 등 조직 및 업무 전반의 수정”이라는 통지를 86개 국립대학법인의 학장과 대학공동 이용기관법인의 기관장에게 보냈다.