행정조사기본법은 적용제외 사항으로,  행정조사를 한다는 사실이 공개될 경우 국가에 피해를 입힐 수 있는 사항을 말한다. 그 예로는 국가안전보장 통일에 관한 사항,「공공기관의 정보 공개에 관한 법률」에 관한 사항,  공정거래위원회의 법률위반행위 조사에 관한 사항 등이 있다.
행정조사기본법은 적용제외 사항으로서  행정조사를 한다는 사실이나 조사 내용이 공개될 경우 국가의 존립을 위태롭게 하거나 국가의 중대한 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 국가안전보장․통일 및 외교에 관한 사항,  국방 및 안전에 관한 사항 중 다음 각목 군사시설 군사기밀보호 또는 방위사업에  관한사항「병역법」·「향토예비군설치법」·「민방위기본법」·「비상대비자원관리법」 에 따른 징집소집 동원 및 훈련에 관한 사항의 어느 하나에 해당하는 사항,  「공공기관의 정보 공개에 관한 법률」의 정보에 관한 사항,  「근로기준법」에 따른 근로감독관의 직무에 관한 사항,  조세형사행형 및 보안처분에 관한사항,  금융감독기관의 감독검사조사 및 감리에 관한 사항  「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」,「표시광고의 공정화에 관한 법률」,「방문판매등에 관한법률」,「전자상거래 등에서의 소비자 보호에 관한 법률」,「약관규제에 관한법률」 및「할부거래에 관한 법률」에 따른 공정거래위원회의 법률위반행위 조사에 관한 사항 등을 들 수 있다.