패소국이 DSB 결정을 성실하게 이행하지 않았다고 판단되면 제소국은 보상 요청이 가능 하지만 보상협상이 잘 이루어지기 어렵다. 제소국은 많은 보상을 받으려고 하지만, 패소국은 보상을 적게 내려고 하기 때문이다. 
이행심사 결과 패소국이 DSB 결정을 제대로 이행하지 않았다고 판정될 경우, 제소국은 보상을 요구할 수 있다. 그러나 보상협상이 원만히 타결된 경우는 많지않다. 제소국으로서는 보다 많은 보상을 받아내려고 하는 반면, 패소국은 보상을 최소화하려고 한다. 특히, 보상의 조건은 WTO 협정상 원칙에 부합해야 하므로 패소국으로서는 쉽게 합의하기 힘들다. 예를 들어 제소국이 보상으로서 양허 조건의 완화를 요구할 경우, 최혜국 대우(MFN) 원칙이 적용되어 제소국 뿐만 아니라 다른 WTO 회원국에게도 양허 조건을 완화해야 하므로 패소국으로서는 쉽게 제소국의 보상 요구를 받아들이기 힘들다. 따라서 WTO 분쟁에서 보상협상이 타결된 경우는 많지 않으며, 각국의 분쟁담당자들 사이에서도 비중있게 고려되지 못하고 있는 실정이다.