각 학교별 자유학기제 운영방안은 운영계획과 국가 교육과정, 교육과정 해설서를 중심으로 설계할 필요가 있는데 복합적인 교육과정들이 연관지어 있기 때문이다. 다만 과정들을 규제하지 않고 취지대로 각 학교별 자율적 운영을 지원해야 한다.
단위 학교의 자유학기 교육과정 편성·운영의 근거를 마련하는 데 있어서 [그림 Ⅵ-2-1]과 같이 ‘자유학기제 운영 계획’과 국가 교육과정, 교육과정 해설서의 세 축을 중심으로 추진할 필요가 있다. 왜냐하면 자유학기제는 이 가운데 어느 한 축에서만 근거를 마련한다고 추진될 수 있는 문제가 아닐 뿐만 아니라 한 축에서만 다 담을 수도 없는 복잡한 교육과정의 문제가 결부되어 있기 때문이다. 또한 자유학기 교육과정이 단위 학교에서 보다 확실하게 운영될 수 있도록 하는 방안은 법적 구속성을 가지고 있는 국가 교육과정 문서에 자유학기제와 관련된 모든 사항을 제시하는 것일 수 있다. 그렇지만 자유학기제의 기본 취지는 단위학교에 자율성을 주고자 하는 데 있기 때문에 관련된 모든 사항을 국가 교육과정 문서에 담게 되면 오히려 이것은 단위 학교의 교육과정 운영을 규제하는 문제가 초래될 수 있다.