미들스쿨 교육개혁은 청소년 전기 아동을 위한 교육 활동, 실천보다는 학년 구성과 취약 연령이 강조되는 조직 구성에 치우쳤다는 문제점이 있다.
미들스쿨 교육개혁의 한계점, 문제점을 요약해보면 다음과 같다. 첫째, 초기 미들스쿨 운동이 주니어 하이스쿨과 비교하여 미들스쿨의 우위성, 차별성을 입증하는데 초점을 둠에 따라 미들스쿨 논의에서 청소년 전기 아동을 위한 교육 활동, 실천보다는 조직 구성(미들스쿨의 학년 구성과 취약 연령이 보다 강조되는 결과를 초래하였다. 특히 미들스쿨이 주니어하이스쿨과 차별화된다는 미들스쿨 옹호자들의 주장에도 불구하고, 중학교 교육 연구자와 교육자들은 미들스쿨의 구체적인 실천을 규정할만한 종합적･포괄적인 개념 정의가 결여되어 있다는 문제를 제기하였다.