자치 분권 종합 계획의 가장 큰 특징은 주민 주권의 공식화였다. 문재인 정부는 이를 실천하기 위해 주민 참여권 등의 제도의 개선을 과제로 하고 있다.
자치 분권 종합 계획의 가장 두드러진 특징은 주민 주권을 공식화하였다는 점이다. 헌법과 행정법은 주로 국민 주권을 논의하였지만 주민 주권에 대해서는 매우 부정적이었다. 그럼에도 문재인 정부가 주민 주권이라는 개념을 도입한 것은 주민자치에 기초한 풀뿌리 민주주의의 성숙을 통한 민주주의의 질적인 발전을 의도하고 있음을 단적으로 보여주고 있다. 이를 구체적으로 실천하기 위하여 주민참여권, 숙의 기반의 주민 참여 방식 도입, 주민 자치회의 활성화 및 주민 직접 참정 제도의 개선을 구체적인 과제로 제시하고 있다(자치분권위원회, 2018).