국가인재DB 시스템은 개인정보 보호 및 보안성 강화를 위해 제도적으로 인물정보를 보호했고, 시스템적으로 메인서버의 제한적 운용, 침입방지 및 차단시스템, 접근 권한 최소화, 자동 기록 시스템을 구축했다. 또한 암호화, 접속 제한 기능을 구현했다.
국가인재DB 시스템은 개인정보를 활용하는 시스템 특성상 구축 초기부터 개인정보 보호 및 보안성 강화를 위해 각종 보완책을 마련해두었다. 먼저 제도적인 보완책으로서 「국가공무원법」 개정 및 「공직후보자규정」 제정을 통해 인물정보의 목적 외 사용을 엄격히 금지하였고, 인물정보는 그 목적에 필요한 최소한의 범위 내에서 수집·활용하도록 하는 한편, 외부 제공 시에는 반드시 공문서에 의해 진행하도록 규정했다. 아울러 시스템적인 보완책으로 메인서버를 행정망 내부에서만 운용하여 외부로부터의 접근을 원천적으로 차단하고, 침입방지시스템과 침입차단시스템을 구축해 운용하였다. 또한 필요한 최소인원에게만 접근 권한을 부여하고, 사용자 및 사용시간 등을 자동 기록되도록 시스템을 구축했다. 그밖에도 국가인재DB에 암호화 솔루션을 도입하여 고유식별정보 및 민감정보를 암호화하였으며, 지정된 컴퓨터에서만 접속할 수 있는 기능을 구현하였다.