NCS학습모듈의 원활한 개발과 활용을 위해 , NCS 능력단위가 적절히 되출되어야한다. 현재 구성된 분류체계를 분야별로  수정해야 한다는 의견도 제기되고 있다.
첫째, NCS 학습모듈의 원활한 개발과 활용을 위해서는 개발의 기본단위인 NCS 능력단위가 적절하게 도출되어야 한다. 현재 NCS는 대분류-중분류-소분류-세분류로 구성된 분류체계에 따라 개발이 이루어지고 있고, 특히 세분류는 NCS 개발 및 활용의 핵심기준으로 자리 잡고 있다.  하지만 분야에 따라서는 NCS 분류체계가 수정되어야 한다는 요구도 제기되고 있으며, 세분류의 특성상 산업·직종별 의견에 따라 분류체계의 변동이 이루어질 가능성도 있다. 이는 세분류를 기준으로 도출되는 NCS 능력단위가 산업·직업의 여건에 따라 조정될 여지가 있음을 의미하며, 이는 결국 NCS의 효율적인 활용이나 NCS 학습모듈 개발·활용의 안정성을 저해하는 요인으로 나타날 가능성도 있다.