청소년쉼터에는 가족기능이 상실되어 사회적 보호가 필요한 경우, 갈등가정 혹은 해체가정 청소년이 입소할 수 있다. 청소년 가출로 인해 입소하는 경우 가출의 가장 큰 원인은 가정 내 갈등이기에 지역사회 연계망을 활용할 수 있는 시스템을 구축해야 한다. 
전술한바와 같이 단기 청소년쉼터의 입소 대상은 가족기능이 일시적 또는 장기적으로 상실되어, 안전하게 보호가 필요한 청소년이며, 갈등가정 청소년과 해체가정 청소년이다. 특히 가정해체로 인해 가정으로의 복귀가 어려운 경우나 가족갈등이 있는 가정에 대해서는 원가정에 대한 개입이 필수적이기 때문에 지역사회와의 연계망을 충분히 활용할 수 있도록 통합지원 시스템을 구축할 필요가 있다. 본 연구에서도 청소년의 가출 원인으로 ‘부모님과의 갈등 때문에’가 15.6%로 가장 높으며, 다음으로 ‘자유롭고 싶어서’가 13.7%, ‘부모의 폭언과 폭행 때문에’가 11.0%, ‘학교생활에 흥미가 없어서’가 10.4%, ‘부모간의 불화 때문에’가 9.9% 순이었다. 즉 청소년의 가출 원인에 가장 크게 영향을 미치는 요인은 가정요인이며, 특히 부모와의 의사소통에 가장 큰 문제가 있음을 보여준다.따라서 통합적 접근이 불가피하며, 이를 위한 시스템의 강화가 요구된다.