본 연구에서는 과학탐구 영역에서 심화과목 선택 요인을 살펴보기 위해 제공할 수 있는 정보가 상대적으로 많은 중3 코호트를 집중적으로 살펴보는 것이 바람직하다고 판단하였다. 본 연구에서는 2005년에 일반고에 진학하고 2007에 2008학년도 수능에 응시한 학생들의 데이터를 분석 대상으로 삼고, 자료구조는 421명의 코호트에 대한 2,774개의 변수로 이루어진 행렬로서 이를 입력변수 설정의 기초 자료로 사용하였다.
여기서 분석 대상 데이터의 출처로서 고등학교 3학년 코호트를 사용할 것인지 또는 중학교 3학년 코호트를 사용할 것인지가 문제가 될 수 있다. 교육고용패널에서 수능 데이터가 조사되기 시작한 1차년도(2004)를 기준으로 볼 때, 고3 코호트의 경우 수능 직전에 데이터가 수합되었으므로 탐구과목 선택 요인에 관하여는 제공할 수 있는 정보가 상대적으로 적다고 할 수 있다. 반면 중3 코호트의 경우 수능 응시보다 약 3년 전부터 데이터가 수합되었으므로 탐구과목 선택 요인에 관하여는 제공할 수 있는 정보가 상대적으로 많다고 할 수 있다. 그러므로 본 연구에서는 과학탐구 영역에서 심화과목 선택 요인을 살펴보기 위해서는 중3 코호트를 집중적으로 살펴보는 것이 바람직하다고 판단하였다. 여기서 중3 코호트의 경우 기존 패널과 신규 패널로 나뉘며 고등학교 진학 시기와 유형(일반계고/전문계고), 과학고 조기졸업 여부 등에 따라 설문지가 다양하게 변화하는 문제가 있었다. 이에 본 연구에서는 1차년도(2004)의 기존 중3코호트 중 2차년도(2005)년에 일반고에 진학하고 4차년도(2007)에 2008학년도 수능에 응시한 학생들의 데이터를 분석 대상으로 삼았다. 활용한 설문지는 1차년도(2004)의 중3 학생설문지 및 가구설문지, 2-4차년도(2005-2007)의 일반고 학생설문지, 5차년도(2008) 통합설문지로서 그 응답을 패널 ID 변수(BYSID)를 기준으로 좌우(wide) 병합하여 사용하였다. 특히 1차년도 데이터는 학생들의 자가응답뿐만 아니라 교사들의 응답이 함께 제시되어 있고, 특히 보호자들이 응답한 가구설문지 또한 포함하고 있으므로 학생들의 개인 특성 뿐 아니라 가정의 사회경제적지위(SocioEconomic Status, SES) 등 교육 연구에서 주요하게 다루어지는 변수들을 다양하게 고려할 수 있다고 판단하였다. 이와 같이 일차적으로 정리한 자료구조는 421명의 코호트에 대한 2,774개의 변수로 이루어진 행렬로서 이를 입력변수 설정의 기초 자료로 사용하였다.