정부출연(연)에 대해서는 연구개발을 통한 1차적 생산물 중 사업화 등 직접적 성과 중심의 기관평가시스템으로 전환하고, 기관평가를 보다 객관적이고 합리적으로 보완해야 한다.
정부출연(연)이 기관평가에도 불구하고 기술사업화와 같은 성공사례가 드문 이유는 기관 평가에서 적용되는 부적절한 성과에서 그 원인을 찾고 있다(송환빈, 2007: 102). 연구개발을 통해 생산되는 성과물인 1차적 산출물을 특허 등 지적재산권과 사업화 등 직접적 성과로 구분하여 직접적 성과 중심의 기관평가시스템으로 전환할 것을 제안하고 있다. 기관평가 결과의수용도에 대한 연구(황병용․김대철․이장재, 2009)에서는 기관평가가 연구성과의 제고에 긍정적 영향을 끼치고, 기관성과와 평가결과에 대한 수용도가 비례하는 것으로 나타났다. 특히 합리적인 결과의 제시나 전문성, 투명성 및 책임성 확보, 운영절차의 표준화 등을 갖추어야 수용도가 높다.