재운 조성은 부담금 형식으로 조성하는 반면 특별회계는 가능하지 않다. 운용에 있어 기금은 다양한 사업형태를 지원하고 특별회계는 엄격한 차이를 보인다.
<표 2-7>에 나타난 바와 같이 재원의 조성과 운용에 있어서는 더욱 차이가 드러난다. 먼저 재원 조성에 있어 산업진흥 성격의 기금은 기금의 적용 대상에 대해 납부금, 분담금 등의 부담금 형식으로 조성할 수 있다. 반면 특별회계는 예산의 한 종류이므로 가능하지 않다. 운용에 있어서도 기금은 지원 대상 분야를 세분화하여 사업목적별로 다양한 사업 형태를 지원한다. 특별회계는 기금보다 더욱 공공성이 높은 목적으로 운용되어 사용처가 상대적으로 엄격하다는 특징이 있다. 요컨대 기금이 자금의 조성과 운용 측면에서 더 탄력적이고 자율성이 높다고 할 수 있다.