한국과 일본의 지방교육을 비교해보면 한국은 교육의 자주,전문,정치적 중립을 중요시 하는데 반해 일본은 교육 자치에 대한 규정이 없다. 일본과 한국은 교육행정기관을 행정기관으로 부터 독립하는데 공통점이 있기도 하다.
한국과 일본의 지방교육자치1)의 근거 법규를 보면, 한국은 헌법과 ‘지방교육 자치에 관한 법률(이하지방교육자치법)’을 들 수 있고, 일본은 ‘지방교육행정의 조직 및 운영에 관한 법률(이하 지교행법)’을 토대로 지방교육행정기관(교육위원회)이 설치되고 권한과 사무가 부여된다. 한국은 교육의 자주성･전문성･정치적 중립성을 보장하는 헌법 31조를 지방교육자치의 근거조항으로 볼 수 있다. 반면에, 일본 헌법에는 교육 자치를 함의하는 규정이 없고, 지방자치법과 지교행법이 상호 연계하여 지방교육행정기관이 설치되고 운영된다. 이들 법령에 규정된 내용을 토대로 일본의 교육위원회제도를 한국 지방교육자치제도와 비교하면 몇 가지 유사점과 차이점을 찾을 수 있다. 일본과 한국은 지방자치단체에서 교육기능을 수행하는 교육행정기관을 일반 지방행정기관으로부터 분리･독립해서 운영한다는 점에서 공통점을 찾을 수 있다. 일본 문부과학성이 교육위원회 제도의 의미를 정치적 중립성, 안정성, 주민의견수렴을 들고 있는 점도 한국의 교육자치 이념과 유사성을 띤다. 교육행정을 실시하는 행정구역도 별도의 학구를 설치하지 않고 기존의 일반 행정구역을 토대로 이루어지고 있다. 그러나 일본의 교육위원회는 한국의 시도교육감에 비하여 다음과 같은 차이점을 보이고 있다.