EU는 ETS에 항공분야를 포함한 항공 ETS 지침을 선택했다. 이는 항공분야의 기후변화가 현재의 비율로 커지면 기후변화의 대응을 위해 다른 분야에서 이루어진 감축을 약화시킬 수 있어서 ETS에 항공을 편입해야 한다.
ICAO에서의 국제적 차원의 항공분야배출권거래제 도입에 관한 논의에 별다른 진전이 없자 2000년 대 들어 EU는 ICAO체제에서 강력한 조치가 없다면 EU ETS에 항공분야를 포함시킬 것이라는 경고를 해 왔다. ICAO 내에서의 항공분야 온실가스 배출감축 조치를 적극적으로 추구해 왔던 EU는 관련 논의가 EU의 기대에 못 미치게 되자 2008년11월 19일 EU ETS에 항공분야를 포함시키는 항공ETS지침을 채택하였다. EU는2020년까지 1990년 수준의 20%이상의 탄소배출을 감축하는 일방적인 약속을 하였는데, 동 지침은 만약 항공분야의 기후변화영향이 현재의 비율로 증가하게 되면, 이는 기후변화에 대처하기 위하여 다른 분야에서 이루어진 감축을 상당히 약화시킬 수 있음을 상기 시키면서 ETS에 항공을 편입시켜야 하는 필요성을 강조하고 있다.