최저임금이 지역별 임금분위 격차에 미치는 영향을 회귀분석하여 최저임금의 임금분포에 대한 영향을 추정할 수 있다. 하지만 우리나는 전국의 최저임금이 동일해 지역보다는 중위 및 평균임금과 시기가 더 결정적인 변수이다. 그 외에 변수의 통제와 임금분포 관련 분석에 대해 의문이 제기되고 있다.
첫째, 최저임금의 지역 간 차이에 주목하여, 최저임금의 영향력(예를 들어 최저임금/p50)이 지역별 임금분위의 격차(예를 들어 p10/p50)에 미치는 영향을 회귀분석하는 방법이다(Lee, 1999; Autor et al., 2016). 지역간 최저임금이 다르고 특정 지역에만 최저임금이 올랐다면, 최저임금이 오른 지역과 그렇지 않은 지역을 비교하여 시기 간 임금분포를 비교함으로써 최저임금이 임금분포에 미치는 영향을 추정할 수 있다. 그러나 우리나라는 모든 지역에 동일한 최저임금이 적용되기 때문에, 지역별 최저임금의 차이가 아니라 최저임금의 상대적인 차이(중위임금 또는 평균임금대비 최저임금)와 시기별 임금의 변화에 의해 최저임금 영향력의 효과가 달라진다. 지역이 별도의 노동시장 단위인지, 또한 추정방법에서 최저임금 이외에 지역의 임금분포에 영향을 미치는 변수들을 제대로 통제하였는지는 여전히 논란이다. 또한 임금분포에서 중상위 임금분위에도 최저임금이 영향을 미치는 일부 분석은 최저임금 효과인지에 대한 의문을 낳는다(Neumark & Wascher, 2010: 129).