국방당국은 오래 전부터 '국방참모총장제'를 건의하였으나 정치논리에 밀려 권력분립형의 합동군제로 결정되었다. 이로써 합참의장(용병)과 각군 총장(양병)의 군정-군령의 수평적 이원화 체제가 태동하였다.
이에 1989년 1월 국방당국은 ‘통제형 합참의장제’와 유사한 ‘국방참모총장제’를 대통령에게 건의하고 법제화를 추진하였다. 하지만 군 안팎에서는 또 다시 국방참모총장의 권한 집중 및 헌법 개정 문제를 거론하며 반대하였다. 결국 정치논리에 밀려 상부 지휘구조는 합참과 각군 본부가 상호 견제와 균형을 유지하는 권력분립형의 합동군제로 낙착되었다. <그림 3>에서 보듯이, 1990년 10월 1일부로 합참의장이 군령에 대해 국방장관을 보좌하며 각군의 작전부대를 직접 지휘하게 되었고 각군 참모총장은 자군에 대한 군령권을 합참의장에게 넘겨주고 인사·군수·교육훈련 등 군정기능을 맡게 되었다. 이로써 합참의장(용병)과 각군 총장(양병)의 ‘수평적 역할분담’에 입각한 군정-군령의 이원화 체제가 태동하였다.