 CGE 모형을 이용한 시뮬레이션 분석을 위해 정책변동의 효과를 추정해야 한다. 따라서 모형작성 외에 시뮬레이션 충격을 분석하는 것도 중요하다.  본 연구는 한/일 양국간 관세와 비관세장벽의 제거로 인한 경제적 효과를 추정하고자 한다. 국가별, 품목별 관세율은 GTAP 데이터베이스의 자료를 사용하고, 농축산물은 관세율을 조정하여 사용한다. 
 CGE 모형을 이용하여 시뮬레이션을 수행하기 위해서는 정책의 변동을 외생변수의 형태로 나타내야 하며, 이를 ‘모형에 대한 충격(shock)’으로 부른다. 완전균형이 달성되어 있는 모형체계에 외생적 충격을 가해, 모형이 새로운 균형점에 도달하도록 함으로써, 주요 변수에 대한 양 균형점간 차이를 비교하여 정책변동의 효과를 추정하는 것이다. 따라서 모형작성 외에도 시뮬레이션 충격을 디자인하는 자체도 시뮬레이션 분석에서 중요한 작업이 된다. 본 연구에서는 한/일 양국간 관세와 비관세장벽의 제거로 인한 경제적 효과를 추정하고자 한다. 이를 위해서는 제거되거나 혹은 완화될 무역장벽의 크기가 정의되어야 한다. 앞에서 언급한 바와 같이, 국가별, 품목별 관세율은 GTAP 데이터베이스의 자료를 사용하되, 농축산물에 대해서는 GTAP 데이터베이스상의 관세율을 조정하여 사용하고자 한다. 이들 품목은 수입쿼터 적용대상 품목이고, 양국의 총수입액에 비해 양국간 교역규모가 너무 작을 뿐만 아니라, 여러 관련 세부품목들을 한 개의 품목산업으로 그룹화(aggregation)하기 때문에 이 품목들의 평균실행관세율은 현실을 제대로 반영하지 못한다고 볼 수 있다. 이들 품목에 대한 한국의 대일본 수입액은 매우 작고, 이에 대해서는 쿼터내물량(in-quota)에 적용되는 저율관세가 부과되었다. 