우리나라 지방교부세 제도 문제점 중 하나는 '복잡한 배분구조'이다. 복잡한 산식은 지역간 형평화 목적에 필요한 조치이나 단순한 배분방식의 필요성이 끊임없이 제기되고 있다.
우리나라 지방교부세 제도 문제점 중 꾸준히 논의되는 것이 ‘복잡한 배분구조’이다. 지역간 형평화를 위한 재정수요 산출이 정밀하기 위해서는 제도가 복잡해질 수 밖에 없는 것은 당연하다. 복잡한 산식은 형평화 목적에 부합하기 위한 결과에 해당 한다고 볼 수 있다. 달리 표현하면 단순화하도록 제도를 디자인할 경우, 자치단체들의 형평화 조정이 감소하게 되고, 이른바 지니계수 변화효과가 저하될 우려가 있다. 따라서 복잡한 배분구조는 형평화라는 목적자체를 위해서는 필수불가결한 조치이다. 그럼에도 불구하고 수많은 연구와 국제기구 분석에서는 단순한 배분방식의 필요성이 끊임없이 제기되고 있다.