중복감사 금지조항에 대해서 다양한 의견들과 대안들이 제시되고 있는데, 지방자치단체에 대한 모든 외부감사를 폐지하고 감사원만은 보충적으로 감사를 할 수 있도록 해야 한다, 지방자치단체에 대한 감사는 행정안전부가 총괄하여야 한다 등의 견해가 있다.
중복감사 금지조항에 대해서는 여러 가지 의견들이 제시되고 있다. 대체로 우리나라 현실은 감사에 관한 조정이 이루어지기 어렵거나 또는 조정이 되더라도 감사가 무계획적으로  이루어질 것이라는 비판적인 의견, 위탁감사와 조정협의회의 운영으로 중복감사를 해결하는데 미흡하다는 의견들이다. 이에 대한 대안에 대해서도 다양한 의견이 제시되고 있다. 대체로 요약해보면, 궁극적으로는 지방자치단체에 대한 모든 외부감사를 폐지하여야 하고 다만 감사원만은 사후적 관점에서 보충적으로 감사를 할 수 있도록 하여야 한다는 견해, ｢지방자치법｣ 상의 감독관계 속에서 감사를 파악하는 입장에서 지방자치단체에 대한 감사는 감사원이 아닌 행정안전부가 총괄하여야 한다는 견해, 우리나라의 자치현실에서 감사중복을 해결하기 위해서는 중앙부처의 감사를 통폐합하거나 또는 지방자치단체 감사를 전담하는 별도의 독립한 감사 전담기구를 설치하자는 견해들이 있다.