피고인을 무죄로 판단할 모든 추론을 배제할만큼 입증되어야 한다는 원칙이 있다. 이는 피고인이 무죄라 볼 모든 추론을 배제해도 적용돼야 하며 법무부가 발간한 연구서에서 적용 근거를 찾을 수 있다. 이 원칙의 적용은 치과 의사 모녀 살인 사건의 법원 판결이나 부산 노숙자 살해 사건 판결에서 나타난다. 그러나 대법원은 위 판결을 무시했는데 이는 납득 불가한 행위다. 입증 원칙 적용을 단순 논리의 치밀성 문제로 넘긴다면 이러한 판결이 계속될 우려가 있다.
둘째, 피고인을 무죄라고 볼 모든 합리적 추론을 배제할만큼 입증되어야 한다는 원칙의 적용 여부이다. 비교법적 고찰에서 보듯 영국과 미국, 독일의 통설은 이 원칙이 적용되어야 한다고 보고 있다. 생각건대 합리적 의심 없는 입증 책임이 검사에게 있고, 이 원칙은 반대사실에 대한 추론, 다시 말해 피고인이 무죄라고 볼 모든 합리적 추론을 배제함에도 적용되어야 할 것이다. 사실 이 원칙이 적용되어야 한다는 것은 다음의 예에서도 살펴볼 수 있다. 법무부가 발간한 연구서에서는 정황증거에 대한 ‘의심’이 표현된 판결문 19건을 분석하고 있다. 이 글에서 정황증거에 대한 의심의 사례를 ① 피고인 진술의 신빙성 인정, ② 불충분한 입증, ③ 경험칙에 의한 추론, ④ 다른 가능성의 존재로 분류하였다. ‘피고인 진술의 신빙성의 인정’과 ‘다른 가능성의 존재’는 피고인이 무죄라 추론케하는 합리적 의심의 경우에 해당한다. 불충분한 입증이나 경험칙에 의한 추론을 ‘합리적 의심 없는 입증의 원칙’으로 귀결된다. 결국 피고인이 무죄라고 볼 합리적 추론을 배제하는 것이 정황증거에 의한 유죄 입증에 있어 중심 역할을 하게 된다는 사실을 보게 된다. 이 원칙의 적용은 치과의사 모녀 살인 사건의 제2심 법원의 판결이나 부산 노숙자 살해 사건의 항소심 법원 판결에서도 살펴볼 수 있었다. 그러함에도 위 사건들의 각 상고심인 대법원은 이러한 원칙을 적용한 위 판결들을 파기하였는데, 법률심인 대법원에서 이러한 원칙의 적용을 주저하는 것은 의외이고 납득이 되지 않는다. 대법원 판결과 같이 정황증거에 의한 유죄 인정의 문제를 합리적 의심 없는 입증의 원칙의 적용이 아닌 단순히 ‘논리와 경험칙의 치밀함’ 문제로 돌린다면 유사한 사건에서 이와 같은 판결이 계속될 우려가 매우 크다고 할 것이다.