각 지자체에서는 지역자율형 사회서비스 투자 사업에 속하는 개별 내역사업의 담당 주체를 지정하여 운영하고 있지만 이를 총괄하고 조정하는 기능이 없어 비효율적 예산 및 보조금 배분, 역할의 중복 또는 부재 등을 해결하기가 어려워 최초의 사업 목적 달성이 힘들 것으로 판단되므로 전체 차원에서 관리하고 지원할 수 있는 조직이 필요하다. 
그러나 현재 지역자율형 사회서비스 투자 사업의 실제 운영방식을 살펴보면, 재원만 포괄하여 지원하고 있을 뿐 지자체 단위에서는 포괄적으로 사업을 기획‧운영하기 어렵다는 지적이 있다. 3개의 내역사업별 담당자가 있는 경우라도 사업을 총괄하여 기획‧관리하는 것이 현실적으로 제한되어 있어 포괄보조방식 본연의 자율적 사업 운용을 기대하기 어렵다는 것이다. 특히, “산모신생아 건강관리사 지원 사업은 앞의 두 사업과 집행체계가 다른 경우도 발견하는데, 예로 인천광역시의 경우 보육정책과에서 산모신생아 도우미사업을 관리하고, 보건소를 전달 체계로 사업을 운영하는 반면, 복지 봉사과에서는 지역사회서비스투자 사업과 가사간병방문관리를 개별 사업으로 관리‧운영하고 있다”(정은희 외, 2014, p.44). 동 사업은 사업 총괄부서 및 담당자가 부재한 경우도 상당 지역에서 나타나고 있어, 개별 보조금 방식과 같이 각 내역사업들이 개별 사업단위로 관리‧운영되고 있어 결과적으로 사업 운영 및 조정 과정에서의 자율성이 제한적으로 작동하게 된다. 부산광역시 등 일부 지역자율형 사회서비스 투자 사업 총괄 담당자가 배치되어 있는 지자체의 경우 사업 간 중복, 사각지대 발굴 등 조정 효과가 있는 것으로 보고된 바 있다(정은희 외, 2014, p.44).