2005년에는 주민등록번호와 지문으로 무인민원발급기를 이용할 수 있게 하고 2014년에는 ‘본인확인기’가 사용되었다. 본인확인기는 신분증 스캐너와 지문 및 서명입력장치가 결합된 장치인데 낮은 지문인식률로 인해 지문자동검색시스템 지문정보를 이용할 계획을 세우고 있다.
2005년 3월부터는 주민등록법 시행령 개정을 통해 주민등록번호와 지문 만으로도 무인민원발급기를 이용할 수 있도록 하였다. 2014년에는 ‘사전투표제도’가 도입되었는데, 이를 위해 ‘본인확인기’가 사용되었다. 본인확인기는 신분증 스캐너와 지문(손도장)입력장치, 서명입력장치가 하나로 결합된 기계장치다. 신분증 스캐너는 선거인명부 등재여부를 확인하는 데 활용되며, 지문입력장치와 서명입력장치는 선거인의 투표용지 수령 여부를 확인·기록한다. 경찰청이 열손가락 지문 정보를 보유하고 있는 것과 달리 행정자치부는 엄지손가락 지문 정보를 보유하고 있으며, 이를 본인 확인 용도로 사용해왔다. 그런데 2015년 국정감사에서 인감증명 발급 시 지문인식기 약 89%, 무인민원발급기 약 68%라는 낮은 지문인식률이 문제로 지적되면서 경찰청이 보유한 지문자동검색시스템(AFIS) 지문정보를 이용할 계획을 세우고 있다. 행정정보공동이용센터를 중심으로 주민등록 중앙정보 시스템과 경찰청시스템이 연계하려는 것이다.