재판소는 평성25년제10195호 판결에서 의약품 제조판매에 선행 승인된 의약품이 후행승인 된 의약품 제조를 포함한다고 인정될 때 특허발명 승인을 인정하지 않았다. 따라서 일본특허심판원의 심결을 취소하고 본건 연장등록출원을 인정하였고, 평성26년제356호 판결도 같은 이유로 기각했다. 
특허권자는 불복하여 심결취소소송을 제기하였고, 지적재산고등재판소는 2014. 5. 30.에 선고된 평성25년(行ケ)제10195호 판결에서 “의약품 제조판매를 위한 선행 및 후행 승인이 있는 경우, 선행 승인의 대상이 된 의약품의 제조판매가 후행 승인의 대상이 된 의약품의 제조판매를 포함한다고 인정되는 때에는 특허발명의 실시에 후행 승인을 받는 것이 필요했다고 인정할 수 없다. 이 사건에서, 각 승인의 심사사항은 의약품의 성분, 분량, 용법, 용량, 효능 및 효과이고, 본건 선행 승인과 후행 승인의 의약품에 특정된 용법, 용량은 상이하다. 따라서 후행 승인에 기하여 이 사건 연장등록출원이 특허법 제67조의3 제1항제1호의 “그 특허발명의 실시에 제67조제2항의 시행령에서 정하는 처분을 받을 필요가 있는 것으로 인정되지 아니하는 때” 라고 볼 수 없다”라고 판시하며, 일본특허심판원의 심결을 취소하고 본건 연장등록출원을 인정하였다. 이후 일본특허청장이 상고하였으나, 최고재판소도 2015. 11. 17.자 평성26년(行ヒ)제356호 판결에서 지적재산고등재판소 판결과 같은 이유로 상고를 기각하였다.