전통육종과는 달리 GM과 신육종기술은 ‘현대생명공학’을 이용한다. GM에서는 새로운 형질을 대상 생물체에 부여하며, 신육종은 다양한 방식으로  작물의 형질을 변경할 수 있다. 전통육종과 달리 유전자변형은 국내외적으로 매우 엄격하고 복잡한 규제 대상이고, 이에 대한 정책 결정도 단기간 내에 해결되기는 어려울 것으로 전망된다.
전통육종, 유전자변형과 유전자편집기술을 포함한 신육종기술은 기본적으로 작물개선에 활용된다는 점에서는 공통된다. 그러나 자연발생 혹은 유도 변이체를 선발하거나 교배를 통해 우수 형질이 도입된 품종을 육성하는 전통육종과는 달리 GM과 신육종기술은 ‘현대생명공학’을 이용하여 유용한 신형질을 가진 우수 품종을육성하는 기술이라는 점에서 차이를 보인다. GM에서는 유전자 분리, 재조합, 게놈 삽입 등을 통해 새롭게 도입된 유전자의 기능에서 유래된 새로운 형질을 대상 생물체에 부여한다. 반면 신육종은 적용 기술에 따라 다양한 방식으로 영구적이거나 일시적인 작물 형질 변경이 가능하다. 이와 같이 전통육종과 GM 그리고 신육종은 각각 유사성과 차별성을 가지고 있지만 각 기술이 처한 규제 환경은 매우 다르다. 전통육종은 교배로부터 방사능/화학물질 처리에 이르기까지 특별한 규제 없이 해당 기술을 이용할 수 있지만, 유전자변형은 국내외적으로 매우 엄격하고 복잡한 규제 대상이며 신육종기술의 규제와 관련된 각 국의 정책 결정은 아직까지 현재 진행형으로 향후 결정의 향방에 따라 잠재력 구현 등 기술의 운명이 결정될 것으로 예상되지만 다양한 사회 및 환경적 요인 등 규제에 대한 불확실성이 단기 간 내에 해결되기는 어려울 것으로 전망된다.