어항정보시스템의 효율적 운영은 농림수산식품부와 각 주체들의 거버넌스 구축으로 이들이 시스템으로 정보를 얻게 하고 이들의 요구사항을 수용하여 DB 활용도 제고 시 가능하다.
어항정보시스템과 어항 관련 연계 시스템을 효율적으로 운영하기 위해서는 농림수산식품부뿐만 아니라 수협, 해양경찰청, 국립수산과학원, 해양조사원, 한국어촌어항협회, 여객선사 등 각기 다른 주체가 참여할 수 있는 거버넌스를 마련해야 한다. 다양한 이해당사자의 적극적인 참여를 유도하기 위해서는 각 주체가 일방적으로 정보를 제공하는 것이 아니라 어항정보시스템을 통해 유용한 정보를 활용 할 수 있도록 구성해야 한다. 이러한 추진체계에 각 유관 조직별 참여의식을 이끌어내면서 지속적으로 분석과 관련된 정보요구사항을 개발하고, DB의 활용도를 제고하는 활동을 체계적으로 수행해야 한다