김대중 정권 이후 이루어진 정부 차원의 대북지원 중 식량지원은 구체적 지원대상이 정해져 있지 않고 차관형태로 지급되어 분배의 투명성을 확인하기 어렵다는 평을 받아왔다. 반면 비료지원은 효과성이나 분배의 투명성 모두 식량지원에 비해 높이 평가받았다. 
김대중 정권 이후 남북관계가 개선됨에 따라 북한의 농업부문을 중심으로 다양한 형태의 협력이 활발하게 진행되었다. 정부 차원의 대북 식량 및 비료 지원을 비롯하여 지방자치단체의 협력, 민간구호단체의 인도적 지원 및 개발협력, 기업가의 농산물 교역, 기업가의 경협사업 등 다양한 경제주 체들이 북한과의 협력을 추진하였다. 정부 차원의 대북지원에 대해서는 적절성과 분배의 투명성에 대한 논란이 많았다. 특히 식량지원의 효과성을 둘러싸고 오늘날까지 논쟁이 이어지고 있다. 국제사회의 대북 식량지원과 한국정부의 식량지원을 비교하면서 한국의 대북 식량지원은 구체적인 지원대상을 정하지 않은 채 분배의 투명성을 확인하기 위한 장치도 미흡하여 그 효과성이 의심된다는 지적이 주류를 이루었다. 그러나 비료지원에 대해서는 이러한 논란이 거의 없었다. 비료지원은 효과성면에서나 분배의 투명성 면에서 식량에 비해 높게 평가받았다. 정부의 대북 식량지원은 차관 형태로 제공되었기 때문에 분배의 투명성을 확인하기 어렵다는 평가를 받았으며, 이 때문에 지원 형식이 적절하지 못했다는 비판도 많았다.