바이오연료의 경우 사회적 추가 비용을 생각하면, 미래에 바이오연료가 석유가격에 미치지 못하거나 수입으로 보급할 때 천연가스나 LPG 등의 다른 차량들과 비용 차이가 작을 것으로 판단된다.
발전 부문 분석과 마찬가지로 사회적 추가 비용은 기준안 대비 증가하는 비용을 의미한다. 바이오연료의 경우 2030년까지는 혼합률이 8% 미만인 데다 시간이 갈수록 가격이 석유 연료에 수렴하고 2035년 이후에는 모두 같아지도록 설정했기 때문에 비용 증가로 차량 대당 6천 원 미만으로 매우 작다. 하지만 향후 바이오연료 가격이 생각보다 석유가격에 가까이 가지 못하거나 수입해서라도 보급을 적극적으로 확대한다면 이보다 훨씬 큰 비용이 발생할 것으로 예상된다. 그리고 본 시나리오에서는 휘발유와 경유에 각각 혼합하는 경우만을 가정했기 때문에 천연가스나 LPG 등 다른 차량들은 비용 변화가 전혀 없어 대당 비용 차이는 매우 작게 나타났다.