자유학기제 교육과정 중에서 단위학교의 자율성은 대표적인 특징이라고 할 수 있다. 중앙 정부에서는 일종의 가이드라인만 제시하고 세부적인 내용은 학교에서 자율적으로 결정한다.
공통과정의 교육과정의 편성, 교수･학습, 학생평가 및 자율과정의 운영에서 나타나는 자유학기제 교육과정의 대표적인 특징은 단위학교의 자율성이라 할 수 있다. 학생들이 체험과 참여 중심의 수업을 통해 자신의 소질과 적성을 탐색해 나갈 수 있는 교육 환경과 여건을 제공할 수 있도록 중앙 정부에서는 큰 틀의 가이드라인을 제시할 뿐, 세부적인 내용과 방법은 학교의 자율적 결정에 맡기고 있다. 자유학기제를 운영 중인 연구학교에서는 교원연수 및 교과협의회 등을 통해 기본교과의 교수･학습 및 평가 방법 개선을 시도하고 있으며, 자율과정 운영을 위한 학교차원의 인프라 확보를 추진하고 있다.