분쟁조정은 전문성이 결여됐고, 손해배상청구소송은 분쟁을 최종적으로 해결할 수 있으나 의료인 과실책임 증명책임을 환자가 져야하고, 형사고소는 당사자 간 감정 격화로 원한만 해결이 어려워 질 수 있는 한계가 있다.
이중 민법상 손해배상청구소송은 분쟁을 최종적ㆍ확정적으로 해결할 수 있는 제도이나 의료인의 과실에 대한 입증책임을 환자 측이 지는 부담이 있고, 한국소비자원의 소비자 분쟁조정은 의료 소비자인 환자의 입장이 충분히 고려될 수 있으나 의료사건에 대한 전문성이 결여되어 있으며, 형사고소는 수사기관이 범죄혐의 입증에 필요한 증거를 수집하는 과정에서 의료인의 과실을 입증할 자료가 확보될 수 있으나 고소로 인해 당사자의 감정이 격화되어 원만한 해결이 어려워질 수 있고, 조정중재원의 의료분쟁조정ㆍ중재 제도는 의료 전문가 등으로 구성된 감정부에서 사실관계와 분쟁 관련 쟁점을 정리하고 이에 대한 의학적인 검토까지 해주는 장점이 있으나 당사자가 조정결정에 동의하지 않으면 조정이 성립하지 않는 임의적 조정기구의 한계가 있다.