자유학기제 기간의 평가 벙법은 다양하다. 형성평가란 교사가 검토하는 과정 중심의 평가이고, 자기성찰평가는 학생 스스로 점검하는 평가 방법이다. 이외에도 친구들끼리 점검하는 동료평가의 방법도 사용된다. 학생들은 평가를 통해 자기주도적 학습능력을 키우며 서로 협력하고 함께 성장하는 경험을 키울 수 있다.
자유학기제 기간 동안 이루어지는 주요 평가 방법은 형성평가와 자기성찰평가이다. 형성평가란 교사가 수업을 진행하면서, 학생들이 학습 목표를 달성하고 있는지를 중간중간 검토하는 과정 중심의 평가이다. 일반적으로 형성평가라고 하면 선생님이 소단원마다 수업한 내용에 대해 실시하는 쪽지 시험을 가장 먼저 떠올리게 된다. 하지만, 쪽지 시험은 형성평가의 수많은 방법 중의 하나의 평가 방법일 뿐이다. 학생들에 대한 학습 정보를 수집하기 위한 모든 활동, 교사의 학생에 대한 관찰, 수업이 진행되는 동안 이루어지는 교사의 질문, 학생의 수업 중 수행에 대한 수행평가 등 적용 가능한 무수히 많은 방법들이 있다. 또 다른 자유학기제 평가 방법으로 제안되는 자기성찰평가는 학생 스스로 자신의 학습 도달 정도를 점검하고 평가하는 방법이다. 이외에도 친구들끼리 서로의 학습에 대해 점검하는 동료평가의 방법도 함께 사용되고 있다. 학생들은 이러한 활동을 통해 자신의 학습 계획을 수립하고 검토하며 반성하는 과정을 거치면서 자기 주도적 학습능력을 키울 수 있다. 또한 모둠 활동을 통한 평가와 동료평가의 과정을 통해 서로 협력하고 함께 성장하는 경험을 키울 수 있다.