6번의 6자회담에도 불구하고 북핵문제 해결에 대한 갈등은 계속되었다. 북한은 미국이 테러지원국을 해제하지 않았다며 탈핵을 중단했고, 이후 북핵 검증의정서의 채택거부로 합의에 실패했다.
여섯 차례의 6자회담을 통해 북핵문제 해결을 위한 합의가 이루어진 이후에도 미·북 간 갈등은 지속되었다. 북한은 한반도 비핵화를 위한 핵 프로그램 신고 목표 시한인 2007년 12월 31일을 넘겨 2008년 6월 26일 핵 신고서를 제출하고 미국이 테러지원국 해제를 하지 않는다는 이유로 8월 26일 핵 불능화 중단을 선언하였다. 미국의 부시 행정부가 임기 만료 100일(2008.10.11)을 앞두고 북한을 테러지원국에서 해제함으로써 해결 국면에 진입하는 듯 하였던 미북 관계는 같은 해 12월 8~11일 북한이 베이징에서 개최된 6자회담 수석대표 회의에서 시료 채취를 포함한 북핵 검증의정서 채택을 거부하여 합의 도출에 실패하였다.