상해임시정부기원론은 다음과같은 이유로 근본적인 문제가 내포되어있다. 국민주권론은 임시정부의 업적으로 볼수없다. 이는  구한말부터 독립운동단체들이 공통적으로 제기한 것이다.  또한 일제강점기에 황제의 후예들은 국가적의식과 공인의식결여로 친일적태도와 일신영달의 행태로 ' 제국의 종언'이 국민들 마음속에 자리 잡게했다.
아울러 상해임시정부 기원론의 논거로 제시된 국민주권론 문제는 이미 구한말부터 제기된 군민공치론(君民共治論)이나 만민공동회를 통해 부각된 입헌군주체제론 등장의 정신사적 연속성 속에서 이해되어야 하며, 그것은 독립운동단체들 공통적으로 제기한 것이기 때문에 임시정부가 독점할 수 있는 이념적 업적으로 간주할 수도 없다. 그리고 ‘제국’의 종언과 ‘민국’의 출현을 상해임시정부의 영향이나 정신사적 업적으로 볼 수도 없는 다른 이유도 있다. 그것은 일제강점기 당시 ‘황제’의 후예들이 보여준 정치사회적 행태이다. 국가의식은 물론 공인의식조차 결여하면서 친일적인 태도나 범속한 소시민적인 일신영달로 일관한 그들의 행태 등은 이미 국민들의 마음속에 조선왕조 부활의 복벽론(復辟論)이 설자리를 잃게 만들었다고 할 수 있다. 그렇다면 ‘제국의 종언’은 임시정부의 역할을 떠나 이미 일제강점기의 일반 국민의 마음속에 역사적 대세로 자리 잡았다고 볼 수 있는 것이다. 그런데 이러한 문제들 이외에도 ‘상해임시정부기원론’에는 더욱 근본적인 문제가 내포되어 있다. 그것은 일제에 의한 병합을 국제법적으로 부당한 것으로 간주하는 현재 대한민국의 공식적인 역사관과 모순된다는 사실에 있다.