피해자의 변호사 자리는 피해자를 보호하고 조력할 수 있는 구조로 배치되어야 하는데, 현재 검사석 옆에 앉는 것은 피고로 하여금 두 당사자를 상대하는 기분에 들게 해 적절치 못하며, 막연히 방청석에 앉아 의견을 진술하도록 하는것도 취지에 부합하지 않을것이라, 법관의 정면에 위치하도록 하되 피해자 옆에 좌석을 배치하는것이 가장 합리적일 것이다.
또 하나 좌석 배치 문제 역시 중요하다. 피해자의 변호사는 법정에 존재하는 데 그 의미가 있는 것이 아니라 피해자를 적절히 보호하고 조력을 할 수 있어야 하고 좌석 역시 그것이 가능한 구조로 배치되어야 한다. 피해자 변호사의 좌석 배치와 관련하여 법관의 정면에 위치하도록 하고 있다. 다만 재판장에 따라 다양한 좌석 배치가 이루어지고 있기 때문에 경우에 따라서는 피해자 변호사가 출석하였음을 밝히기 위하여 피고인 변호인 석으로 이동하다가 제지당하는 경우도 있고, 가장 일반적인 것은 방청석에 앉아 재판을 참가하다가 판사로부터 발언권을 얻어 발언하는 경우라고 한다. 피고인 변호사 석에 위치하는 것은 제도의 취지 맞지 않고 검사석 옆에 앉는 것도 피고인으로 하여금 두 당사자를 상대하는 하는 기분을 들게 하거나 아직 독일과 일본처럼 피해자 참가 제도가 입법되지 않았다는 점에서 적절하지 못하다고 생각된다. 그렇다고 막연히 방청석에 앉아 손을 들고 의견 진술을 하도록 하는 것도 현행 성폭력특례법이 피해자 변호사에게 공판절차 출석권과 의견진술권을 부여한 취지에 부합하지 않는다. 공판정에서의 의견 진술권이 명문화된 만큼 좌석 배치도 피해자와 변호인이 의사소통을 원활히 할 수 있도록 되어야 한다. 그러기 위해서는 법관의 정면에 위치하도록 하되 피해자 옆에 좌석을 배치하고, 특히 피해자 증인신문 시에는 증인석 피해자 옆에 앉도록 하여 2차 피해 방지와 법률적 조력이 원활하도록 할 필요가 있다.