비사법기관을 통한 사건처리와 관련하여 2001년 출범한 국가인권위원회가 고용 상 성차별 피해 등에 대한 구제를 담당하고 있으나 모든 사회생활 영역에서의 차별사건을 다루고 있다는 점에서 한계가 지적된다.
비사법기관을 통한 사건처리와 관련하여서는 과거 각 부처에 산재해 있는 차별시정기구를 국가인권위원회로 일원화 한다는 정부 방침에 따라 2005. 12. 30. 차별시정기구는 국가인권위원회로 일원화되었고, 이에 따라 고평법 제정 당시부터 설치되어 있었던 고용평등위원회가 2006년에 폐지되었다. 그 이후 현재까지 고평법에 의한 별도의 차별시정기구나 구제기관은 설치되어 있지 않다. 2001년 출범한 국가인권위원회는 고용 상 성차별이나 직장 내 성희롱 피해 등에 대한 구제를 담당하고 있다. 국가인권위원회의 경우, 국가인권위원회법 제2조 소정의 차별사유가 문제되는 모든 사회생활 영역에서의 차별사건을 다루고 있다는 점에서 고용 상 성차별 문제에만 집중하기는 어려운 한계가 지적된다.