현 지방재정분석·진단제도와 재정위기 사전경보시스템은 비슷하게 운영되므로, 차별화를 위해 후자는 가급적 실시간 모니터링이 가능하도록 운영되어야 한다.
첫째, 지방재정분석·진단제도와의 차별화가 필요하다. 이 제도는 전 자치단체를 대상으로 과거 1년간의 재정상황을 분석하여 발표하고, 그 가운데 건전성과 효율성이 현저하게 떨어진 자치단체를 대상으로 재정진단을 실시하고, 재정건전화계획을 수립·이행토록 하는 것이 핵심인데, 재정위기 사전경보시스템도 비슷한 과정으로 운영되어 현재로서는 분명한 차별화가 이루어지지 않고 있다. 따라서 후자의 경우는 가급적 실시간 모니터링이 가능하면서, 자치단체의 재정운용에 현재와 미래에 걸쳐 심각한 영향을 미칠 수 있는 소수의 변수들을 선정하여 이상 징후 유무를 빠른 시일 내에 포착하여 조치하도록 제도를 운영해야 한다.