자율주행차 관련 기술이 기존 과제와 유사했던 사례처럼,  R&D 투자 과정에서 비효율이 발생할 우려도 있다.
특히 ｢미래성장동력 종합실천계획｣과 국가전략프로젝트는 상호 역할 분담 내용이 명확하지 않기 때문에 R&D 투자 과정에서 비효율이 발생할 우려도 있다. 예를 들어 국가 전략프로젝트로 선정된 9개 분야 중 자율주행차 관련 기술은 미래창조과학부의 ｢ICT 융합산업원천기술개발｣ 사업에서 수행하는 과제 중 일부와 유사한 측면이 있다. 2016년에 ｢ICT 융합산업원천기술개발｣ 사업에서 지원한 연구개발 과제는 50개이며, 이 중 9개 과제의 경우 국가전략프로젝트의 자율주행차에 적용가능한 주제이다. ｢미래성장동력 종합실천계획｣과 국가전략프로젝트가 별개의 계획에 따라 추진되기 때문에, 향후 유사한 과제에 대한 중복 투자가 이루어질 수도 있다