국고보조사업 운용평가의 특징은 첫째, 재정의 관점에서 보조사업에 대한 존치여부를 검토한다. 둘째, 중요한 평가의 기준으로 외부성과 공익성을 활용한다.
국고보조사업 운용평가는 몇 가지의 특징을 보유하고 있다. 첫째, 재정의 관점에서 보조사업에 대한 존치여부를 검토한다는 특징을 보유하고 있다. 진행되는 사업의 효율성 여부를 판단하는 것이 아니라 국가가 지방자치단체나 민간에 대해 보조금을 지급할 타당한 근거가 있는지를 판단하는 것이다. 둘째, 외부성과 공익성을 중요한 평가의 기준으로 활용한다. 즉, 개별 지방자치단체가 수행하기 어렵고 보조금 지급을 통해 다른 지방자치단체에게 파급효과를 주기 때문에 국가가 이를 수행하여 시너지 효과를 주고 있는가를 중시하고 있다. 그리고 국가가 시행하지 않으면 중요한 공공재가 공급되지 못하는 시장실패의 영역인가를 중시하고 있다(기획재정부 보조사업평가단, 2015: 37-38).