나고야 의정서는 유전자원 및 전통지식 제공자와 이용자 사이의 합법적 이익공유 절차를 제시하여 유전자원의 주권 강화 및 이익공유의 확실성을 부여하는 장점이 있다. 또한 국제시장에서 주도적 위치를 점할 수 있는 기회를 제공한다. 
나고야 의정서의 발표에 따른 긍정적인 측면으로는 유전자원 및 전통지식의 제공자 입장에서는 국내 유전자원의 주권의 강화 및 해외 유전자원 이용시 합법적 이익공유 절차의 적용이 가능하다는 점을 들 수 있다. 앞서 본 바와 같이 나고야의정서는 유전자원 및 전통지식의 제공자(국)과 이용자(국)사이에 법적인 확실성과 투명성을 제공하며, 유전자원 접근을 위한 예측 가능한 조건을 제공하고, 유전자원을 제공 측에게 이익공유의 확실성을 부여하기 때문이다. 또한 유전자원 및 전통지식 이용자, 주로 선진국은 이미 바이오산업 주도권 확보를 위한 생물자원발굴활동(BioProspecting)을 진행하고 있는데, 장기적인 안목에서 R&D 투자를 효과적으로 이행하여, 기회요인을 창출하여 선진국과의 격차를 좁히고 국제시장에서 주도적인 위치를 차지할 기회가 될 수 있을 것이다.