방과후학교 참여가 학생의 학업성취도에 미치는 영향이 학교급과 교과에 따라 다르기 때문에, 운영 목적과 방향을 학교급에 따라 다르게 설정해야 한다.
또한 서울교육종단연구 자료를 대상으로 교과보충형 방과후학교 프로그램의 효과를 분석하고자 경향점수를 활용한 가중회귀분석(weighted regression analysis)을 실시한 결과, 방과후학교 참여가 학생의 학업성취도에 미치는 영향이 학교급과 교과에 따라 차별적이었다(김혜숙, 2012). 일반고의 경우, 수학성취도에는 긍정적인 영향이 있는 반면, 영어성취도에는 부정적인 영향이 있었고, 특성화고는 일반교과 성취도에 긍정적인 영향을 미쳤다. 그러나 초등학교와 중학교에서는 방과후 학교 참여집단의 성취도가 더낮은 것으로 분석되었다. 이와 같이 학교급이나 교과에 따라서 방과후 학교 참여의 영향이 다르게 작용하기 때문에 학교급에 따라서 교과의 특성을 살려 방과후 학교 프로그램의 운영 목적과 방향을 다르게 설정해야 할 필요가 있다고 주장하였다.