범죄의 수사와 형의 선고는 검찰 및 법원에서 수행되지만 형의 집행과 관련된 업무는 법무부 및 검찰에 의해 다루어지면서 사각지대가 발생한다. 형집행정지제도의 집행과정에서 여러 문제점이 발생하므로 적절한 개선이 필요하지만 형집행정지를 필요로 하는 다수의 수형자들에게 혜택을 제한하는 과오를 범하지 않도록 조심해야 한다.
범죄의 수사와 형의 선고는 검찰 및 법원에서 수행하는 가운데 강제수사법정주의, 증거재판주의 등에 따라 엄정하게 다루어지고 있는 반면에, 형의 집행과 관련된 여러 업무에 대해서는 행정기관인 법무부 및 검찰의 소관사무처럼 다루어지며 다양한 법적 견제와 감시에 있어 일종의 사각지대를 형성하고 있는 것은 주지의 사실이다. 형집행정지제도 또한 형의 적정한 집행과 밀접한 관련이 있는 영역이라고 할 수 있지만, 그 동안 실무의 관행 및 태도는 적정성 및 투명성 확보와는 상당한 괴리감이 있어 왔고, 언론에 보도된 소위 ‘사모님 사건’으로 인하여 그 위험수위가 최고조에 이르기도 하였다. 절정을 바라보는 듯 했다. 이와 같이 형집행정지제도의 집행과정에서 발생하는 여러 가지 모순과 문제점에 대해서는 반드시 적절한 개선이 이루어져야 함은 두말할 나위가 없을 것이다. 하지만 한편에 있어서는 형집행정지제도를 악용하는 소수의 사례를 확대해석하여 실질적으로 형집행정지를 필요로 하는 다수의 수형자들에게 은혜적 혜택을 제한하는 과오를 범해서는 안 될 것이다. 특히  형집행정지가 지연되거나 제한되어 교도소 내에서 질병의 악화로 인하여사망하거나 보다 심각한 상황으로 확진되는 현상도 자주 볼 수 있는데, 이러한 현상은 형집행정지 제도의 또 다른 악용사례라는 점을 반드시 명심해야 하겠다. 수형자의 치료를 받을 권리와 형집행정지 제도라는 불가분적인 연관성을 지니고 있는 양자의 법익을 상호 존중할 수 있는 구체적인 방안을 마련하기 위한 작업을 게을리해서는 안 된다는 것이다.