부처 간의 자율적 참여유도 방안이 미약하다. 먼저 부처별로 기능수행체계 진단과 협업조직이 각종 행정적 권한을 안정적으로 확보할 수 있는 제도적 기반이 보완되고, 기관간의 협업이 동등한 위치에서 효율적으로 이루어질 수 있는 제도적인 배려와 의사소통 능력향상 지원, 소통체계 구축 등이 필요하다.
또 다른 한계는 부처 간의 자율적 참여유도 방안이 미약하다는 점이다. 규정에 따르면 각 행정기관은 자체적으로 행정협업과제를 발굴하고 협업책임관을 통해 관리하며, 협업부처 간 이견 발생 시 협업책임관 회의를 통해 조정하며 이 모든 행위는 행정협업시스템에 등록하도록 설정되어 있다. 이를 위해서는 먼저 부처별로 기능수행체계 진단은 물론이고 협업조직이 각종 행정적 권한을 안정적으로 확보할 수 있는 제도적 기반이 보완되어야 한다. 예를 들어 1년 이상 추진이 필요한 협업과제를 수행하는 부처에게 별도의 정원, 예산 등이 우선적으로 지원되는 방식을 고려해 볼 필요가 있다. 또한 상급기관과 소속기관, 지방자치단체의 기관간의 협업이 동등한 위치에서 효율적으로 이루어질 수 있는 제도적인 배려와 더불어 협업기관 간 소통이 원만하게 이루어질 수 있도록 의사소통 능력향상 지원, 소통체계 구축 등을 들 수 있다. 김영록 외(2013)는 행정협업 추진에 관한 공무원 인식조사를 바탕으로 행정협업의 장애요인을 확인하였는데, 부처 간 이기주의와 상호간의 이해부족, 토론 및 숙의 문화의 부족, 담당자의 전문성 부족과 업무량 증가 등을 이유로 부처 간 행정협업의 장애요인을 설명한 바 있다.