NCS를 활용한 자격제도 개편은 사업 구분이 불명확하고 능력 단위가 중복돼 산업 공통 직무를 분리할 필요가 있다. 또한 NCS의 능력 단위와 자격검정의 실기 기준이 맞지 않아 조정해야 한다.
NCS를 활용하여 자격제도를 개편하는데 몇 가지 보완이 필요하다. 그 이유는 개발된 NCS의 산업 구분이 명확하지 못하고 수행업무가 대부분 중복됨에 따라 능력 단위가 중복(점검, 관리 감독, 안전교육, 안전 관리 등) 되기 때문이다. 그 결과 산업 공통 직무(산업안전 관리와 환경 관리 직무)를 별도로 분리할 필요가 있다. 또 현존 자격의 직무 정의가 지나치게 넓어 자격 간 업무의 중복이 나타나고, 누락된 직무영역이 다수 존재한다. 또 현행 화학 분야 자격에는 많은 능력 단위가 포함됨에 따라 산업계의 직무(직업)과 맞지 않아 자격의 범위와 직무의 범위를 조정해야 한다. 그뿐만 아니라, NCS의 능력 단위와 자격검정의 실기 기준이 상호 맞지 않는 부분이 있어 조정이 필요하다. 현행 국가기술자격 등급 체계는 4등급 체계로 되어 있으나, 국가직무능력표준은 8수준으로 되어 있어 국가기술자격 등급체계를 8수준으로 조정할 필요가 있다.