항만부문 예산은 2001년부터 증가하여 2009년에 고점을 찍고 2014년까지 감소했으나 2015년부터 다시 증가하는 추세다.
2016년 항만부문 예산은 1.4조 원으로 전년 대비 4.0% 증가하였다. 항만부문의 예 산추이를 보면 2001년 이후 지속적인 증가세를 유지하다 2009년 최대 1.9조 원이 투자된 이후 글로벌 경제위기에 따른 성장둔화 등으로 2014년까지 지속 감소하였다. 이후 2015년부터는 2011년 수립된 제3차 전국항만기본계획에 따른 신규사업의 착공, 신규설계용역의 반영 등으로 소폭 증가추세에 있다. 전체적인 항만부문 예산 추이는 2000년 초반부터 본격적으로 시작된 신항만 개발로 2000년 중후반까지 예산이 증가하다 2000년대 말에 신항만 사업들이 본격적으로 준공되고 신규항만의 개발이나 민간투자사업이 축소됨에 따라 감소해왔다.