산업통상자원부는 통상정책국과 통상협력국으로 이루어져있으며, 이들은 각각 통상교섭과 관련한 정책 수립과 총괄, 국가간 무역과 관련된 조약과 협정을 관장하는 일을 한다.
대외통상과 관련하여 산업통상자원부는 통상교섭의 전문성을 강화하고 국내산업의 대외경쟁력을 제고하는 것에 목적을 두고 있다. 통상업무는 산업통상자원부 내에 통상정책국과 통상협력국, 통상교섭실에서 기능을 담당하고 있는데 통상정책국은 통상에 관한 정책을 수립·총괄하고 통상교섭과 관련한 업무를 총괄·조정하고 있다. 반면 통상협력국은 자유무역협정을 제외한 국가 간 무역에 관한 조약 또는 협정을 관장하고 국가 간 산업·자원 협력 계획 및 전략 수립을 관장하고 있다. 또한 통상교섭실은 통상에 관한 조약 및 협정에 관한 업무를 총괄하고 있으며 자유무역협정의 체결과 관련된 정책을 총괄하여 담당하고 있다. 뿐만 아니라 기획재정부에서 담당하던 무역협정국내대책본부의 업무가 산업통상자원부로 이관됨에 따라 외국과의 무역협정으로 인한 국내대책업무를 무역투자실에서 담당하게 되었다. 중국과의 통상기능은 통상협력국 내의 동북아통상과에서 담당하고 있다.