자유학기제는 교사의 전문성을 바탕으로 교육과정 및 수업을 설계하며 학생은 ‘수동적인 학습자’에서 ‘능동적인 학습자’로 전환한다. 자유학기제를 통한 수업의 혁신은 교육 내용의 구성과 교육 방법의 변화로 나타나며, 기존 교과 시간을 감축하여 편성하므로 줄어든 수업시간 내에 교과서 내용을 가르치려면 ‘선택과 집중’이 필요하므로 교사의 전문성이 매우 중요하다. 
자유학기제 수업의 특징은 학생 측면에서는 ‘흥미와 몰입’, 교사 측면에서는 ‘자율성과 전문성’이라는 키워드로 대표될 수 있다. 그 동안 대부분의 교육정책은 교육부에서 구체적인 시행 방향과 세부적인 지침까지 제공하는 관주도적인 성격으로 이루어져왔다. 하지만 자유학기제는 교육부에서 전체적인 큰 틀의 가이드라인만 제시할 뿐, 구체적인 내용에 있어서는 학교와 지역사회의 특성, 학생과 학부모 의 요구를 바탕으로 교사가 전문성을 발휘하여 교육과정 및 수업을 설계하는 특징을 지니고 있다고 할 수 있다. 또한, 학생을 보는 관점도 주어진 교육과정에 따라 주어진 지식을 무조건 흡수하는 ‘수 동적인 학습자’에서, 자신의 흥미와 적성을 고려하여 관심 있는 분야를 선택하 고 수업에 주체적으로 참여하는 ‘능동적 인 학습자’로의 전환을 일으키고 있다. 자유학기제를 통한 수업의 혁신은 교육 내용의 구성과 교육 방법의 변화 두 가지 측면에서 두드러지게 나타나고 있다. 자유학기 제 기간 동안에는 기존의 교과 시간을 일부 감축하여 자율과정 시간으로 편성하여 운영하게 된다. 그에 따라 자유학기제가 아닌 학기보다 학교별로 일부 교과의 시수가 감축된다. 줄어든 수업시간에 교과서에 담겨있는 학습 내용을 가르치기 위해서는 교사의 수업 내용에 대한 ‘선택과 집중’이 필요하다. 때문에, 자유학기제의 시행을 위해서는 교사의 교과 내용에 대한 전문성이 매우 중요하게 요구된다.