국민연금공단에는 보건복지부 장관의 제청으로 대통령이 임면한 이사장 1명, 이사장의 제청으로 보건복지부 장관이 임면한 상임이사와 이사 그리고 감사 등이 임원으로 있다. 이외로 당연직 이서로서 보건복지부의 3급 국가공무원 등이 포함된다.
국민연금공단의 임원으로는 이사장 1명, 상임이사 4명 이내, 이사 7명, 감사 1명을 두되, 이사에는 사용자 대표, 근로자 대표, 지역가입자 대표 각 1명 이상과 당연직 이사로서 보건복지부에서 국민연금 업무를 담당하는 3급 국가공무원 또는 고위공무 원단에 속하는 일반직 공무원 1명이 포함되어야 한다(동법 제39조 제1항). 이사장은 “보건복지부 장관의 제청으로 대통령이 임면”하고, 상임이사･이사 및 감사는 “이사장 의 제청으로 보건복지부 장관이 임면”한다(동조 제2항). 다만 상임이사 중 국민연금기 금의 관리･운용에 관한 업무를 담당하는 기금이사는 경영･경제 및 기금 운용에 관한 지식과 경험이 풍부한 자 중에서 선임하여야 하는데(동법 제31조 제1항), 기금이사 후보는 이사장을 위원장으로 하고 이사를 위원으로 하는 국민연금공단 기금이사추천 위원회에서 추천한다(동조 제2항).