1998년 출범한 보건의료노조는 경험과 제도가 전무한 상황에서 선별교섭을 시도하였으나 사측의 거부로 성사가 되지 않았다. 하지만 6년간의 꾸준한 투쟁을 통해 최초의 산별협약을 이루었고 이후 산별 노사공동위원회 구성에 대한 합의를 이루었다.
보건의료산업 산별교섭의 역사는 1998년으로 거슬러 올라간다. 1998년 2월 27일 출범한 보건의료노조(민주노총 소속 전국보건의료산업노동조합)는 아무런 경험도 제도적 뒷받침도 없는 상태에서 산별교섭을 시작하게 되었다. 1998~2003년, 보건의료노조는 사용자단체 구성 및 참가를 요구한 바 있으나, 사측의 거부로 산별교섭이 성사되지 못하였다. 하지만 보건의료노조는 각 지부별로 산별교섭 참가 합의서를 확보하는 투쟁을 꾸준히 전개하여 산별교섭 성사의 발판을 마련하였다. 2004년, 산별노조 건설 6년 만에 산별교섭이 성사되었다. 보건의료노조가 2주간 파업에 돌입했고, 주5일제 등에 합의한 최초의 산별협약이 이루어졌다. 2006년에는 특성별 사용자 대표단이 구성되어 산별교섭이 이루어졌다. 2007년에는 비정규직 문제 해결, 산별 노사공동위원회 구성(산별중앙노사운영협의회, 비정규직 대책 노사특위, 의료노사정위원회 실질 가동)에 대한 합의가 이루어졌다.