금융기관이 문제를 해결하지 못할 경우 당해 금융기관의 업무는 물론 국내외 금융시스템까지도 영향을 끼쳐 국내,외 지급결제시스템의 운영의 혼란을 초래한다.
2000년 문제'의 마지막 문제는 이를 미해결시 국내외 금융시스템의 혼란을 초래한다는 것이다. 어느 한 금융기관이 해결을 완료하지 못할 경우 당해 금융기관의 업무는 물론 국내 금융시장 및 금융시스템의 혼란으로 이어지고, 대외적으로는 외국 금융기관과의 거래가 위축 또는 마비될 가능성이 있다. 당해 금융기관은 컴퓨터의 작동 정지 또는 오작동(예금, 대출금의 관리, 이자계산, 환거래, 자금이체 및 관리상의 혼란 야기)으로 인해 대고객 정상영업이 불가능할 뿐만 아니라 여타 은행과의 자금거래도 곤란해짐에 따라 국내, 외 지급결제시스템의 원활한 운영을 크게 제약할 것이다.