부담금 징수에 대한 비판적 의견이 제시되고 있으며, 특히 출국납부금은 부담금으로서의 부과 정당성이 낮은 것으로 평가되고 있다.
관광진흥개발기금의 세입 중 높은 비중을 차지하고 있는 출국자 납부금은 항공교통부문에서 발생하였으나, 기금의 용도 중 항공·공항부문의 사업 활용은 미비하다. 2014년 국정감사결과보고서에서는 관광기금 운영자금 융자심사·선정의 전문성 및 중립성, 공정성 확보 문제와 함께, 관광기금 출국납부금 수수료 부과 비율의 적정에 대한 문제점이 지적된 바 있다. 기금 존치평가, 부담금 운용평가 등 외부평가에서는 기금사업의 차별성, 부담금 징수에 대한 비판적 의견이 제시되고 있으며, 특히 출국납부금은 부담금으로서의 부과 정당성이 낮은 것으로 평가되고 있다.