본예산 편성시와 달리 세출 감액사업 선정시에는 심의과정이 짧아 집행사업의 감축 필요성에 대한 엄격한 심사를 못하기 때문에 세출감액사업을 선정할 때 예산 집행의 미시적 효율성 저해 가능성도 고려해야 한다.
또한 재정당국이 긴급히 세출감액사업을 선정하면서 예산집행의 미시적 효율성을 저해할 가능성도 고려하여야 한다. 본예산 편성시와 달리 세출 감액사업 선정시에는 심의과정이 짧아 집행사업의 감축 필요성에 대한 엄격한 심사를 하지 못하기 때문이다. 세출감액 사업선정 과정에서 대상사업의 우선순위 결정원칙이 명확히 적용되기 어렵고 정치적 고려, 집행의 용이성 등이 영향을 미칠 가능성도 배제하기 어렵다. 무엇보다 세출감액이 어떤 사업에서 이루어졌는지 사후적으로도 공개되지 않고 있는 것은 재정운용의 투명성 측면에서 문제점으로 지적된다. 결론적으로 대규모 세수오차는 행정부의 재량권을 과도한 수준으로 증가시키고, 행정부 주도로 세입부족에 따른 세출감액을 단행하는 과정에서 재정운용의 효율성과 투명성을 저해할 위험이 있다.