2009년에는 지역을 확대 실시하였고, 2010년에는 사업명을 변경하고 보통교부금 사업으로 전환하였으며, 2011년에는 시, 도교육청 자체 추진 사업으로 전환하였다. 
2009년 전국 모든 시 이상 100개 지역 으로 확대 실시하면서 국민기초생활수급권 대상 가정과 법정한부모 가정 학생을 포함하였고 평균 70명이상 혹은 전체 학생의 10% 이상 학교를 선정하였다. 2010년 교육복지우선지원사업으로 사업명을 변경하였고 특별교부금 사업에서 보통교부금 사업으로 전환하였다. 2011년 사업제도화로 시․도교육청 자체 추진 사업으로 전환되면서 각 시․도 교육청별로 조금씩 차이가 생겼다. 2014년 「교육복지우선지원사업 관리․운영에 관한 규정」교육부 훈련 제 106호 시행을 하였고 사업학교를 지역 여건 등을 고려하여 시․도 교육감이 선정하기 시작하였다(인천광역시교육청, 2019).