부분적으로 시행중인 자유학기제에 학력저하 우려는 2016에 전면 시행되면 줄어들 것으로 예상된다. 그러나 근본적인 학력 저하 문제를 해결하기 위해 다양한 장치와 대응반안이 마련되어야 한다.
학부모들의 학력 저하에 대한 우려는 결국 자신의 자녀는 자유학기제를 시범 운영하는 학교에 다니는 반면 현재 동 학년인 대부분의 학생들은 그렇지 않다는 점, 그리고 그러한 차이가 추후 고등학교 입시와 대학 입시에 부정적인 영향을 미치지는 않을까 하는 데서 비롯된다고 할 수 있다. 그런 면에서 보면 자유학기제가 전면 시행될 2016년 이후에는 이처럼 상대적 비교에서 비롯되는 우려는 줄어들 것으로 예상할 수 있다. 그러나 단지 상대적 비교에서 오는 우려가 덜어질 수 있다는 것이지 근본적인 학력 저하에 대한 모든 우려가 불식될 수 있다는 것은 아니다. 따라서 자유학기제 운영이 장기적으로 학생들의 학력 저하를 초래하지 않도록 다양한 장치와 대응 방안이 논의될 필요가 있다.