방과후학교는 다양한 외부 주체가 교육에 참여하는 취지이나, 현장 적용 과정에서 최총 책임을 학교장이 지는 형태로 결정되어왔다.
처음에 제시된 방과후학교의 개념은 교과나 비교과 프로그램을 막론하고 학생들의 학습 수요가 있는 경우에 외부의 다양한 전문가들이 참여하여 교육을 실시할 수 있도록 개방하였다는 점에서 기존 보충수업과는 다르다. 하지만 ‘방과후학교’ 아이디어가 학교 현장에 적용되는 구체화 과정에서 다양한 주체가 교육을 운영하는 것은 어렵다는 것으로 결정되었다. 학교 시설에 대한 책임이 학교장에게 있는 상황에서 다양한 주체에게 교육 프로그램 운영을 맡기기 어려운 것으로 판단되어 결국 방과후학교 운영도 학교장이 책임지는 것으로 결정되었다. 학교장이 책임지는 형태의 방과후학교 제도가 학교 현장에 도입된 지 이제 10년이 넘었다.