통합과제집중형 태스크포스팀은 신설 차관 밑에 태스크팀을 구축한다. 반면, 과업담당부처 설치안은 각 부처에 통합기획실을 설치하고 부문별 기획관과 담당관을 두어 통합과제를 추진한다.
통합과제집중형 태스크포스팀은 신설 차관 밑에 새로운 태스크팀을 구축하는 방안이다. 이 방안은 실무공무원들이 통합과제라는 중대한 행정수요에 대해 보다 집중적이면서도 유연한 조직형태를 통해 추진하는 방안으로 업무 효율적일 뿐만 아니라 통합목표 달성에도 효과적인 방안이다. 반면 과업담당부처의 설치 방안은 각 부처에 기획조정실과는 별도로 통합기획실을 설치하고, 여기에 부문별로 기획관과 담당관을 두어 통합과제를 추진하도록 한다. 이 경우 통합기획실의 통합업무는 전체 부서의 업무와 연계될 수 있도록 조정할 수 있는 체계를 갖출 수 있도록 하여야 한다. 각 부처에 별도의 차관을 두지 않아도 되는 방안이다