자유학기제와 청소년활동과의 연계･협력을 위해 정부와 관련기관 간 협의회가 있지만, 구체적인 정책은 없다. 그러나, 현장에서는 청소년활동 관련기관과 자유학기제 시범운영 학교와 연계되어 활발하게 이용되며, 제도가 본격 시행되면 기관과 학교의 연계는 더욱 확대될 것이다.
자유학기제와 청소년활동과의 연계･협력을 위한 교육부와 여성가족부 간의 정책협의회나 교육 관련기관과 청소년분야 관련기관이 참여하는 협의회가 구성되어 운영되고 있다. 그러나 아직까지는 자유학기제가 시범운영 단계이어서 청소년활동분야의 자유학기제 연계에 관한 여성가족부의 구체적인 정책은 발표되고 있지 않다. 다만, 청소년활동 현장에서는 지역의 청소년 수련관 등 기관 단위에서 학교 자유학기제 시범운영 학교와 연계하여 프로그램을 운영하는 사례가 나타나고 있다. 특히 서울지역의 청소년시설에서 운영하는 진로직업체험센터는 자유학기제 시범운영 학교를 직접 지원하는 역할을 부여받고 있다. 자유학기제를 통한 학교와 청소년활동분야의 연계의 상황은 2013년도의 42개 자유학기제 연구학교 중에서 15개 학교에서 청소년활동 관련기관을 이용한 것으로 분석되었다(황은희, 2014). 이러한 추세로 볼 때, 향후 자유학기제가 본격적으로 시행되면 청소년시설 및 단체 등 청소년활동 관련기관과의 연계는 더욱 확대될 것으로 예상된다.