남녀고용평등업무처리규정은 연차유급휴가일수산정에 육아휴직기간을 출근일로 산입시키지 않는다. 단, 산전산후휴가기간은 출근일로 인정한다.  육아휴직을 사용한 근로자의 연차휴가산정은 육아휴직기간을 제외한 연간 근로일수에 대한 출근율에 근거하여 개근시 10일, 80% 이상 출근시 8일에 대해 지급한다.
그런데, 남녀고용평등업무처리규정은 “사업주가 육아휴직기간을 출근일로 인정하지 않는 것을 불리한 처우로 해석해서는 아니된다”라고 규정하고 있다(제11조 제3항 제2호단서). 이와 관련한 행정해석들을 살펴보면 행정해석은 연차유급휴가일수산정에 있어서 육아휴직기간을 출근일로 인정하지 않고 있다. 즉, 연차휴가는 근로기준법에 의해 1년 소정근로일의 출근성적을 기준으로 휴가일수를 산정하여 1년간 개근한 근로자는 10일, 8할이상 개근한 근로자는 8일을 부여받게 되고 근속 연수가 높으면 가산하여 받도록 되어 있는데(제48조 제1항). 이때 산전산후휴가기간은 근로기준법에서 출근일로 취급되도록 규정되어 있지만(제48조 제4항), 육아휴직기간에 대해서는 행정해석은 근로계약이 존속하는 상태에서 근로계약제공의무가 정지되는 기간이므로 소정근로일을 확정함에 있어 이를 제외하도록 하였다(부소 01254-116, 82.3.23). 이에 따라 육아휴직한 자의 연차휴가산정은 육아휴직기간을 제외한 나머지 회사의 연간 총 소정근로일수에 대한 출근율에 의거 개근시 10일, 8할 이상 출근시 8일을 기준으로 지급하도록 하고 있다(부소 01254-7827, 81.5.31.).