개인의 문제를 국가가 해결을 할 시 더 큰 갈등이 야기 될 수 있고 명확한 기준이 없기 때문에 지방자치단체의 인권센터의 업무의 ‘인권 침해 사례의 접수 및 상담 활동’이 갈등이 있다.
물론 인권센터의 주요업무로‘인권 침해 사례의 접수 및 상담 활동’을 포함하는 경우가 바람직한 지에 대한 논란이 있을 수 있다. 시민에 대한 인권침해 발생시 지방자치단체의 장이 적극적으로 대응해야 하지만, 지방자치단체가 직접적인 인권침해‘판단’과‘구제’기관의 역할을 하기에는 여전히 논란의 소지가 있다. 이러한 기능은 국가인권위 소관업무와의 충돌 위험성이 있다는 점, 그리고 접수된 인권침해 사례에 대한 구제책이 별도로 마련되어 있지 않는 상황에서 오히려 인권침해 사례에 대한 국가기관의 대응을 어렵게 할 가능성도 배제하기 어렵다는 점 등으로 인해 센터의 기능에 인권침해 사례의 접수와 상담 활동을 포함하는 것은 부적절하다는 지적이 있을 수 있다.