우리나라는 세관/상공회의소에서, 베트남은 산업무역부/위탁관리소에서 한 · 아세안 FTA 및 한 · 베트남 FTA 원산지증명서를 발급한다. 발급기관의 차이로 인해, 발급직원의 이름 및 수기 직인이 없다는 이유로 베트남이 한국의 증명서를 인정하지 않는 사례가 있으며 이에 따른 불편이 발생할 수 있다.
한 · 아세안 FTA 또는 한 · 베트남 FTA 원산지증명서의 경우 우리나라는 세관 또는 상공회의소에서 발급하고 있으며, 베트남은 베트남 산업무역부 산하수출입관리실 및 산업무역부로부터 원산지증명서 발급 업무를 위탁받은공단 관리소에서 발급하고 있다. FTA 규정에서 원산지 발급기관은 회원국의 소관에 따른다고 명시하고 있음에도 불구하고 베트남 세관은 발급기관이 다르다며, 우리 세관 또는 상공회의소가 발급한 증명서를 인정하지 않는사례가 빈번하다. 또한, 세관 또는 상공회의소의 원산지증명서 발급직원의 이름이 원산지증 명서 발급직원명단에 없다는 이유로 증명서를 인정하지 않는 사례도 있다. 이 외에도 베트남에서는 원산지증명서에 발급기관의직인이 수기로 날인되는 반면, 한국에서는 원산지증명서에 전자 직인이 날인되는 것을 이해하지 못하고 인정하지 않는 사례, 서명 차이를 사유로 원산지증명서를 인정하지 않는 사례도 종종 발생한다. 이러한 관행으로 인해 베트남 정부의 과도한 관세 부과 가능성, 관세부담에 대한 예측 불가능성, 이의 제기 및 시정을 위한 부가적인 비용 부담과 불편이 발생할 수 있다.