체제불법으로 자격정지 이상의 형을 선고받으면 임용결격사유 당연퇴직사유에 해당된다. 그러나 적격성 심사와 체제불법 청산이 동시에 진행된다면 기소되기 전에 유임 재임용 신청을 할 경우가 생길 수 있다.
앞서 살핀 것처럼 체제불법으로 자격정지 이상의 형을 선고받은 경우 경찰공무원법 에 따라 임용결격사유 당연퇴직사유에 해당하게 될 것이므로 원칙적으로 적격성 심사는 처벌되지 않은 자들을 대상으로 진행될 것이다. 그러나 적격성 심사와 체제불법 청산이 동시에 진행될 경우 체제불법으로 기소되기 전에 유임 재임용 신청을 하는 경우도 발생할 수 있다. 따라서 적격성 심사의 과정에서 대상자에게 체제불법으로 기소될만한 사유가 발견된 경우 심사 기구가 고발할 수 있도록 하는 것도 필요하다. 또한 적격성 심사 중에 대상자가 체제불법으로 기소된 경우에는 혐의 내용이 적격성 심사와도 밀접한 연관이 있다고 할 것이므로 사법부의 최종적인 판결이 있을 때까지 심사를 중단해야 한다.