독립된 동일기관에 대하여 동일한 선거제도를 채택하여 적용함에 의해 선거구편차이론이 곧바로 적용될 수 있는데, 양원제의 경우 각 기관에 대하여 각자의 선거제도를 구성하고 각 원에 대하여 동일 선거제도를 일반적으로 채택한다.
독립된 동일기관에 대하여 동일한 선거제도를 채택하여 적용하는 경우, ‘구성대상기관에 대한 투표가치의 평가’가 ‘선거구에 대한 투표가치의 평가’와 일치하게 되어 선거구편차이론이 곧바로 직접 적용될 수 있다. 구체적으로는 앞서 살펴본 선거제도의 적용방식에서 단일식과 혼합식을 적용하는 경우가 이에 해당할 것이다. 예컨대 ‘양원제를 채택하고 각 원(院)에 대해 각각의 선거제도를 단일식 내지 혼합식으로 적용하는 경우’, ‘단원제를 채택하였지만 다양한 선거제도를 혼합식으로 적용하는 경우’ 등이 이에 해당한다. 비록 입법례에 따라서 차이는 있으나 양원제는 ‘인구와 지역’과 같이 그 정치적 이질성의 구별기준이 되는 평면에 따라서 도입되는 것이 일반적이므로, 각 기관에 대하여 각자의 선거제도를 구성하는 것이 일반적이다. 그리고 각 원(院)에 대하여는 동일한 선거제도를 채택하는 것이 일반적이다.