E기관의 기본급 체계는 국유재산관리 업무와 콜센터 업무의 경우 호봉제를 적용하며, 나머지 근로자들은 직무급을 적용하고 있다. 기본급 수준은 기술 책임등을 기초로 결정된다.
E기관 기간제 및 무기계약직 근로자의 임금은 기본급, 수당, 기타상여금, 복지포인트 등 4개 항목으로 구성된다. E기관의 기본급 체계는 두 가지로 분류된다. 국유재산관리 업무와 콜센터 업무의 경우 해당 직종에 근무하는 근로자들에 대하여 호봉제를 적용한다. 반면 이 두 가지 업무를 제외한 나머지 모든 업무에 종사하는 기간제 및 무기계약직 근로자들의 기본급에 대해서는 직무급을 적용하고 있다. 그 결과 각 직종에 따라 상이한 기본급이 적용된다. 기간제 및 무기계약직 근로자에 대한 기본급 수준은 직무의 내용, 직무수행에 필요한 지식 및 기술, 책임의 정도 등을 기초로 하여 결정된다.