정권교체의 환경에서 정권과 직업관료의 의견이 충돌할 경우 이기적 형태, 반개혁적 성향일 수 있으니 통제가 필요하지만 판단에 대한 존중도 필요하다. 정치관료의 다른 정책적 선호를 정치적 공정성의 판단 노력으로 바라보고 합의할 수 있는 제도가 필요하다.
무엇보다, 정권교체의 환경에서 직업관료가 정권과 다른 정책견해를 표출하는 것은 복종 의무의 위반이며 항명인지, 정책에 대한 직업관료의 관점과 의견이 선출된 정치권력과 충돌할 때 이를 어떻게 해결할 것인지에 관한 숙고가 필요하다. 상호간 의견충돌의 한 이유는 분명 직업관료의 이기적 행태, 반개혁적 성향일 수 있으므로 -조직개편 시 부처 이기주의적 저항이나 인사교체에 대한 무기력한 수용 행태 등- 통제가 필요하지만, 전문직업적 판단에 대한 선출권력 측의 존중도 필요하다. 정권교체로 인한 급변하는 정책을 집행하는 것을 관료의 숙명으로 덮어두기에는 우려가 크다. 또한 상호간 정책적 견해를 나눌 수 있는 제도의 운영 없이, 특히 부당한 정치권력의 지시에 직업관료 개인이 윤리적으로 행동할 것을 요구하는 것도 비현실적이다. 관료조직이 선출된 정치관료와 다른 정책적 선호를 가지는 상황을 관료권력의 발현으로 두려워하기보다는, 정치적 공정성의 판단 노력으로 바라보고 이견이 공식적으로 표출･토론되며 합의될 수 있는 제도의 마련이 요구된다.