헌법불합치결정은 그 성격과는 상관없이 단순위헌결정의 효력 제약에 적용되며, 형벌규정에 대한 헌법불합치결정 역시 목적과는 상관없이 법 제47조제3항에 따라 위헌결정의 소급효를 배제한다. 
헌법불합치결정은 적용중지의 헌법불합치결정이든, 잠정적용의 헌법불합치결정이든 위헌성이 확인된 법률조항의 효력을 즉시 상실하게 하는 것이 아니라, 형식적 또는 잠정적으로 그 효력을 존속하게 하는 것을 내용으로 하므로 그 자체로 단순위헌결정의 시간적 효력을 제약하는 효과가 있다. 특히 형벌규정에 대한 헌법불합치결정은 법적 공백의 방지를 통한 법적 안정성의 보호를 사유로 하든, 위헌성의 제거와 합헌성의 회복을 위한 입법개선 과정에서 입법형성권의 존중을 사유로 하든지 간에 위헌적인 형벌규정의 효력상실시기를 일정기간 장래로 미룬다는 점에서 법 제47조제3항 본문이 정하는 형벌규정에 대한 위헌결정의 소급효를 실질적으로 배제하는 효과를 갖는다.