어린이집이 설치되지 않은 농어촌 외곽지역에 보육을 지원하기 위한 정부의 사업이 농촌에 특화된 돌봄 보육사업을 위한 농어촌 보육시설이 되도록 2012년에 보건복지부에서 농림축산식품부로 이관되었다.
2009년부터 시작된 ‘농어촌 소규모 보육 시설 설치 사업’은 농어촌이 가진 적은 수요와 지리적 특성을 고려하여 어린이집이 설치되지 않았거나 인근 시설이용이 불편한 외곽지역의 보육을 지원하기 위해 정부가 지원하는 맞춤형 사업이다. 이 사업은 보건복지부가 주관하다 2012년 농림축산식품부로 이관되었고 명칭도 2013년부터 ‘농촌 공동 아이 돌봄센터 사업’으로 변경되어 농촌에 특화된 돌봄 보육 사업으로서 자리매김하고 있다. 즉 보다 ‘농촌’ 사회가 가진 특성에 더욱 세심히 대응하고 농촌의 요구와 특징에 더 민감한 농림축산식품부가 운영을 지원하도록 하여 가장 적합한 농어촌 보육 시설이 될 수 있도록 하게 하려는 정부 의지의 반영이라 볼 수 있는 것이다.