유네스코 학교의 활동을 운영하기에 별도의 예산 자원이 없어 다양한 프로그램을 기획하는데 한계가 있다.
마지막으로, 유네스코 학교의 활동을 운영해 가기 위한 별도의 예산 지원이 없다는 점이 다양한 프로그램을 기획하는데 한계로 작용하였다. 실제로 학생들은 활동 과정에 필요한 소모품 지출 등에 사비를 들이기도 하였고, 교내 행사에서 펀드레이징을 통해 동아리 활동에 필요한 비용을 충당하기도 하였다. 최근 서울시 교육청 및 경기도 교육청 (3장 참고) 등을 중심으로 학교에서의 세계시민교육 지원이 이루어지고 있지만 아직까지는 예산의 한계로 지원받는 학교 수에 제한이 있어 학교 현장에 세계시민교육이 활성화되는데 제한점으로 작용하고 있음을 알 수 있다.