정비사업조합의 정비사업으로 건설된 건축물은 부가가치세 과세 대상이 아니다. 반면 정비사업조합이 재화, 용역을 받거나 일반인에게 건축지를 공급하는데에는 특례가 적용되지 않는다.
그리고 조세특례제한법 제104조의7 제3항은 정비사업조합에 대한 부가가치세 과세특례를 정하고 있는데, 그에 따르면 정비사업조합이 조합원에게 관리처분계획에 의하여 분양하는 주택 및 상가 등 건축물로서 해당 정비사업의 시행으로 건설된 것에 대하여는 부가가치세 과세 대상으로 보지 아니한다. 반면 정비사업조합이 재화 또는 용역을 공급받거나, 정비사업조합이 일반인에게 체비지 및 보류지, 건축물 등을 공급하는 데 대하여는 위와 같은 과세특례가 적용되지 아니하여 부가가치세법 일반 법리에 따르게 된다. 따라서 일반 분양분 중 국민주택 규모를 초과하는 주택, 상가 등은 부가가치세 과세 대상이 된다.