정규직 시간선택제 교사의 퇴직후 연금 액수에 관련하여 육아를 사유로 육아휴직한 교원과 다르게 적용하게되면 우려가 존재하므로 구체적인 운영방안이 필요하다.
육아를 하는 교사들은 일주일 중에서 며칠만 나오는 것보다 매일 출근하되 시간을 선택하여 일하기를 원하는 경우가 더 많았다. 현재 육아수당은 일 년만 나오고 그 이후 무급으로 육아휴직을 해야 하는데 시간선택제 교사로 일을 한다면 경제적인 부담도 덜고 아이의 정서적인 안정감과 유대감을 위해 육아에도 참여할 수 있어 시간선택제 교사로의 전환을 희망한다는 교사들이 많았다. 하지만 실제로 시간선택제 교사제도에 대한 인식이 너무나 부족하고 시행 초기에 어떻게 운영이 될지 몰라 선택을 보류하거나 우려하는 의견도 많았다. 현재 경력 인정 부분에 있어서 육아휴직은 육아휴직 기간을 모두 경력으로 인정받고 있고 공무원 연금 기여금 역시 근무할 때와 동일하게 내고 있어 퇴직후 연금 액수에 관련하여 차별을 받지 않고 있다. 하지만 육아를 사유로 시간선택제 교사로 전환했을 경우 경력과 연금에 대하여 육아휴직한 교원과 다르게 적용된다면 이에 대한 우려도 존재할 수 있다.