소관부처와 관련부처 간 합의에 도달하지 못할 경우 정부입법정책협의회에 의견 협의를 요청할 수 있고 이에 따라 의견 조정이 이루어지면 소관부처는 이를 국회에 제출해야 한다. 의견 조정에 실패하더라도 양측은 이를 국회에 전달해야 한다.
만약 의견협의를 실시한 결과 소관부처와 관련부처 간에 합의가 이루어지지 않을 경우에는 법제처에서 운영하는 정부입법정책협의회에 의견 협의를 요청할 수 있다. 의견 협의 요청은 소관부처는 물론이거니와 관련부처도 할 수 있다. 정부입법정책협의회 개최를 요청하게 되면, 법제처에서는 정부입법정책협의회 또는 실무협의회를 소집하여 의견협의를 실시하게 된다. 정부 입법정책협의회를 통하여 의견 조정을 한 결과 정부의 통일된 의견이 도출되면 해당 법률안의 소관부처에서는 그 통일된 의견을 국회에 제출하여야 하며, 관련부처의 경우에도 국회에서 의견 조회가 있을 때에는 그 통일된 의견대로 국회에 대응하여야 한다. 또한 정부 입법정책협의회를 통한 의견 조정 결과 정부의 통일된 의견이 도출되지 않은 경우에도 해당 법률안의 소관부처 및 관련부처에서는 정부 내 이견이 있음을 국회에 전달하여야 한다.