원주 섬강은 어로범위가 길고 구역별 접근이 어렵기 때문에 불법 어업자들을 잡는데 애로사항이 있다. 섬강의 불법어로 행위로 인해 어획고가 크게 줄었으며, 어자원 관리가 꾸준히 이루어지고 있지 않기에 향후 어로활동에 영향을 줄 것으로 예상된다. 
불법어로 활동은 섬강어업계가 직면한 가장 큰 문제점 중의 하나이며, 이로 인하여 어획고가 급감하고 지속적인 어자원 관리가 되지 않아 향후 어로활동에도 큰 영향을 미칠 것으로 판단하고 있다. 특히, 불법어업자들은 많은 어획량을 목적으로 사용하지 말아야 할 장비와 포획방법을 미성어까지 포획하고 있어 문제가 심각하다. 섬강에서 발견되고 있는 불법어획방법 중 대표적인 방법은 배터리를 사용하거나 돌무덤을 이용한 어획방법이 있다. 배터리 어획법은 전기를 이용하여 물속에 있는 모든 어종을 유어·성어 가리지 않고 포획하며, 돌무덤은 산란기에 강으로 돌아오는 어류들이 쉴 수 있는 쉼터의 형태로 돌을 쌓아 조성하는 것으로 지류 주변에 20~30개 정도를 만들어 일정시간이 지난 뒤 그물로 돌무덤 주변을 감아 포획한다. 특히, 돌무덤을 이용한 불법어획은 돌무덤 하나에 10~30kg의 어류가 포획되어 과잉어획의 문제를 나타나고 있다. 이러한 문제에도 원주 섬강은 어로범위가 길고 섬강의 구역별로 접근이 쉽지 않아서 이를 단속하는데 한계점이 있다.