기준임금 결정 기준에 따라 임금체계의 성격이 결정된다. NCS는 직무 중심으로 구성되므로 이를 임금관리에 활용한다면 직무평가 점수를 등급화한 후 임률을 매기는 구간직무급을 설계하는 것이 가능하다.
임금체계에서 기준임금이 차지하는 비중이 가장 크기 때문에 기준임금을 결정하는 기준에 따라서 임금체계 내지 보상체계의 성격이 결정된다. 즉, 기준임금이 인적 요소에 의해 결정되면 연공급 체계가 되고, 직무적 요소에 의해 결정되면 직무급 체계로 되며, 결과가치에 의해 결정되면 성과급 체계가 된다. NCS는 산업현장의 직무를 중심으로 구성되므로, NCS를 임금관리에 적용한다면 직무급 활용이 가능하다. 즉, NCS를 적용하여 개발한 직무평가서와 인사고과표를 활용하면 직무급 임금체계를 설계할 수 있다. 직무평가에 의해 능력단위의 직무평가 점수가 추출되면, 직무평가 점수의 일정 범위를 잘라서 등급화한 후 임률을 매기는 방법을 쓰는데 이것을 구간직무급이라 부른다. 이러한 구간직무급을 설계하는데 있어서 NCS가 활용될 수 있을 것인데, 능력단위와 직무평가 등급에 따른 구간설정이 한 예가 될 수 있을 것이다.