군사공동위원회는 한반도 평화체제를 위한 핵심적 기구이며 남북이 주도적으로 한반도 평화체제를 구축할 수 있는 안보의 틀이므로 지속적이고 적극적으로 가동을 추진해야 한다.
한반도 평화협정이 체결되어 한반도가 안보적인 측면에서 어느 정도 안정단계에 들어서면 남북은 남북 기본합의서와 부속합의서에서 제시하고 있는 남북 군사공동위원회를 가동하여 이를 중심으로 남북 간의 평화체제를 구축하는 것이 바람직하다. 군사공동위원회는 제대로 가동되면 한반도 평화체제의 핵심적 기구로서 충분히 기능할 수 있을 것으로 평가되고 있다. 특히 주변국의 개입 없이 남북이 주도적으로 한반도 평화체제를 구축할 수 있는 틀이다. 따라서 한국은 한반도 문제를 남북 당사자가 주도하고 신뢰구축의 제도화를 위해서는 군사공동위원회의 가동을 지속적이고 적극적으로 추진할 필요가 있다.