행정기관의 조직과 정원에 관한 통칙에 따라 협업조직은 한시적으로 설치된다 해도 소속 중앙행정기관이 정해져야만 정원을 배정받을 수 있으므로 조직의 설치와 정원배정이 제한되어 있다.
또한 ｢행정기관의 조직과 정원에 관한 통칙｣에 따르면 정원의 배정은 우선적으로 행정기관의 업무의 양 및 성질에 따라 정하게 되어 있다. 이 경우 협업 조직이 단일한 행정기관으로 인정받기 어렵기 때문에 이 부분이 해결되지 않으면 협업조직에 정원이 바로 배정되기 어려운 측면이 있다. 한시조직의 설치와 연계하여 한시정원을 반영할 수 있으나 이 역시 그 한시조직이 속한 중앙행정 기관 또는 소속기관에 정원을 배정하여 운영하는 방식이다. 따라서 한시조직 역시 정원을 개별적으로 배정받기는 어려운 구조라고 할 수 있다. 이에 따라 협업조직을 한시적으로 설치한다고 해도 소속 중앙행정기관이 정해져야만 정원을 배정받을 수 있다고 판단된다. 이와 같은 구조로 인해 협업조직은 조직의 설치와 정원배정에 제한이 있을 수 밖에 없다.