재정사업 자율평가 제도에서 평가 수행체계가 분권화 되었고, 부처 평가 과정 전반의 적정성을 평가하는 메타평가 방식이 도입되었다. 또한 평가체계를 통합하여 R&D 평가 및 지역발전사업 평가 수행체계를 통합하였다. 그리고 1/3 단위 사업에 대해서 전체 단위사업 평가로 평가대상을 확대하였다. 
최근 재정사업 자율평가 제도에서도 기획재정부의 확인 점검, 일률적인 예산 삭감, 평가 중복으로 인한 비효율성과 같은 문제를 해결하기 위한 제도 개선이 이루어졌다(오영민, 2017). 먼저, 평가 수행체계의 분권화가 이루어졌다. 2015년 부처의 평가를 기획재정부가 확인 후 점수를 확정하는 방식에서, 개별 사업 평가는 부처에 위임하고 부처 평가 과정 전반의 적정성을 평가하는 메타평가 방식이 도입되었다. 또한, 평가 결과의 예산 환류를 개선하기 위하여, 2015년 평가등급이 ‘미흡’ 이하인 사업에 대해 10%의 자동적으로 예산을 삭감하던 방식에서 평가대상 사업 예산 1% 이내에서 부처가 자율적으로 지출구조 조정안을 제출하는 방식으로 전환하였다. 다만, 지출구조조정이 어려운 사업의 경우에는 예산 삭감 이외에 제도 개선 계획이나 성과 개선 계획 등을 제출할 수 있도록 하였다. 세 번째로, 평가체계의 통합을 시도하고 있다. 2016년까지 분리되어 실시되던 R&D 평가와 지역 발전사업 평가 수행체계를 통합하여 재정사업 통합평가를 실시하였다. 하지만, 여전히 평가 수행체계의 일원화에도 불구하고 R&D 평가와 지역 발전사업의 평가가 미래창조과학부(현, 과학기술정보통신부)와 지역발전위원회에서 나누어 수행되고 있다. 마지막으로, 평가대상을 확대하였는데, 2017년 평가에서 기존 1/3의 단위사업에 대해 평가하던 것에서 전체 단위사업 평가로 확대가 이루어졌으나, 성과관리 대상 사업 수는 오히려 축소되어 전체 평가대상 사업 수는 감소하였다.