공공갈등을 해결하는 과정에서 이해관계자나 외부인의 의견은 참고만 될 뿐 결국 절차의 결정이나 판단은 공공기관의 장이 하게된다. 공공기관의 장은 중립적이기 힘들고 공공갈등의 당사자가 될 수 있다.
또한 갈등관리규정은 공공기관의 장은 참여적 의사결정방법의 활용결과를 공공정책 등의 결정과정에 충분히 고려하여야 하며, 이해관계자⋅일반시민 또는 전문가 등이 참여하는 의사결정방법을 활용할 수 있다(제15조)고 하여 공공기관의 장은 의견수렴을 하는 절차를 거쳐 심의결과를 반영하면 될 뿐 결국 최종적인 판단권이 공공기관의 장에게 있는 것으로 하고 있다. 문제는 공공기관의 장 스스로가 가치중립적인 판단자가 되기 어렵고 정부시책을 수행하여야 하는 이해관계자일 수 있다는 점이다. 이해관계의 충돌이 발생하는 또 하나의 당사자인 공공기관의 장이 스스로 갈등관리심의위윈회을 구성하고 정책에 대한 최종결정권자가 되는 것이다. 결국 규정대로 이행하면 공공갈등에 관한한 공공기관의 장은 절차 및 판단에 관한 모든 권한을 그대로 가지며 이해관계자들의 의견은 ‘반영’할 수 임의사항에 불과하다.