J-ROTC 프로그램을 청소년 단체에 위탁하면 비용 감축 및 민간단체 이미지 구축이 가능하나 기관 협력이 어렵고, 국방부 산하 법인 단체를 만들면 프로그램 운영의 강점이 있으나 법인 운용에 따른 소요가 크다.
조직 면에서는 앞서 운영 면에서 유리하다고 판단한 대행 기관을 어떠한 방법으로 조직하는 것이 좋은지에 대한 판단이다. 즉 기존 청소년 단체에 위탁하는 것이 좋은지 아니면 국방부 산하에 법인 단체를 신설하는 것이 좋은지에 대한 분석이다. 전자는 J-ROTC 프로그램을 기존 스카우트연맹, 항공소년단 등과 같은 유사 청소년단체에 위탁하는 것을 말한다. 이는 법인 신설에 따른 각종 소요를 절약할 수 있고 순수 민간단체라는 이미지를 부각시킬 수 있다. 반면 군부대 를 비롯한 군 관련 기관과의 원활한 협조가 제한될 수 있다는 단점이 있다. 반대로 국방부 산하에 법인 단체를 신설할 경우에는 주도적인 프로그램 운영에는 유리하나 과도한 인력, 설비 소요는 물론, 법과 예산 등의 구비에 막대한 노력이 요구된다.