분권교부세 사업은 형식상 지방자치단체의 자체사업이나 본질은 일종의 포괄보조방식에 의한 사업으로, 사업의 설계 단계부터 사업의 특성을 고려하지 못했다는 지적이 있었다.
분권교부세 사업은 형식적으로 중앙정부에 정산의 의무가 없는 지방자치단체의 일반재원을 활용한 사업이나 특성을 살펴보면 완전 지방이양과 중앙정부의 책임을 면제할 수 없는 일종의 포괄보조방식에 의한 사업이다. 이에 제도를 설계하는 단계에서부터 사업의 특성을 고려하지 못했다는 문제가 제기되어 왔다(정은희 외, 2014, p.36). 실제로 분권교부세 사업의 상당수가 지자체의 사업에 대한 기획과 운영의 재량을 인정하기보다 표준화가 요구되는 기본적인 복지사업이거나 인프라 확충을 위하여 중앙정부의 지원을 확대할 필요가 있는 사업이다(정은희 외, 2014, p.37).