통합평가는 평가주체 선정과정이 철저해 점수를 높게 준 반면 지방자치단체 출연 연구기관 평가는 평가주체가 시도여서 중립성 담보가 어렵고 비정기적이어서 낮게 배점했다.
따라서 전반적으로 평가주체의 중립성, 객관성, 전문성 확보수준은 보통정도로 판단하였으며, 평가주체의 선정과정 등에 대해 비교적 엄적한 기준을 개발･적용하고 있는 통합평가의 경우 상대적으로 우수하다고 평가하였다. 그러나 “지방자치단체 출연 연구기관 평가”의 경우 1차적으로 각 시도에서 평가가 수행되고, 행자부에 대해서는 보고만을 하고 있다. 따라서 상대적으로 평가의 중립성 등이 확보되지 못할 가능성이 더 낮아 미흡하다고 보았다. 또한 “개방형 직위의 운영 실태에 대한 조사･평가”의 경우 정기적 평가로 실시되고 있지 않았기 때문에 미흡하다고 보았다.