PMDU 설립 초기에 재무부는 이들이 예산배정의 흐름을 변경할 수 있고, 의견 충돌을 우려해 거부감을 표시했다. 하지만 PMDU는 재무부와 파트너로서의 관계 설정을 강조하며 이들과 협력적인 관계 구축에 노력했다.
재무부는 개별 부처와의 협의를 통해 PSA 과제를 선정하는 부처로서 집행성과와 예산배정을 연계할 수 있는 영향력을 가졌다. PMDU 설립 초기에 재무부는 다음의 두 가지 이유로 거부감을 표시하였는데, 먼저 PMDU로 인하여 재무부가 애초 기획하였던 계획에 수정을 가함으로써 예산배정의 흐름을 변경할 수 있는 위험성이 있다는 것이다. 두 번째는 동일한 PSA를 재무부와 PMDU가 함께 다루는 경우 의견 충돌이 발생할 수 있기 때문이다. 하지만 PMDU는 재무부와의 경쟁이 아니라 공동의 목표를 추구하고자 하는 파트너로서의 관계 설정을 강조하였고, 이러한 점에서 예산과 관련한 일체의 개입을 배제하였으며, 집행성과에 대한 모니터링과 보고를 통해 구체적인 집행 현황 정보를 제공하는 역할에 그 업무범위를 한정함으로써 재무부와의 협력적인 관계를 구축하고자 노력하였다.