자유학기제 시범 운영이 확산되는 과정에서 진로체험 활동의 기초적인 인프라의 빈약, 정보화 교육을 위한 기기 부족, 진로교사 여건 등이 열악한 농촌과 그렇지 않은 도시와의 교육 격차에 대한 우려가 높아졌다.
2013년 42개 중학교 대상 자유학기제 시범 운영을 시작으로 진로체험 활동이 확산되어 가는 과정에서 도 · 농 간 교육 격차에 대한 우려가 크다. 농산어촌 지역은 진로체험 활동을 위한 기초적인 사회 · 문화 · 체육 인프라가 도시 지역에 비해 빈약할뿐만 아니라 정보화 교육을 위한 ICT 기자재, 진로교사 여건 역시 열악하기 때문이다. 스마트 기기 보유율은 농촌 66.5%, 도시 69.9%이며, 진로 교사 배치 비율은 농어촌의 중학교와 고등학교가 각각 17.4%, 81.2%인 반면, 대도시는 중학교 42.9%, 고등학교 92.8%로 나타났다(관계부처합동, 2014). 도 · 농 간 격차는 학업량이 늘어나는 중학교 단계에서 심화되고 신뢰를 잃은 학부모는 이촌을 선택하여 농어촌 공동화가 가속된다.