통일 이후 체제통합기에도 문제가 수반된다. 통일 이후 남북을 아울러 해결할 문제는 물론 국제적 관계 재정립과 군사적 문제의 해결도 해야할 것이며, 대통령이 이를 모두 감당하고 책임지기에는 한계가 존재한다.
그러나 통일 이후인 체제통합기에도 현행 대통령제를 유지하는 데에는 적지 않은 문제가 수반될 것으로 보인다. 현행체제로 유지할 때 가장 먼저 예측되는 문제는 대통령에게 업무 부담이 집중되어 효율적인 국정운영이 되기 어렵다는 점이다. 통일 이후 남한은 물론 북한지역까지 아울러 해결해야 할 문제가 복잡하고 다양하게 나타날 것이고, 또한 국제적 관계의 재정립과 군사적 문제의 해결까지 산적한 과제를 담당하여야 할 것이며, 거기에 남북한 체제통합이라는 과제가 더해진다면 대통령이 이를 모두 감당하고 책임지기에는 한계가 있을 것이다. 현재에도 대통령이 국정을 모두 챙기는 과정에서 많은 문제가 발생하고 있는데, 통일 이후 새로운 국정업무가 추가로 발생할 경우 대통령이 이를 감당할 수 없으며, 무리할 경우 문제가 발생할 수 있다는 것이다.