전통적인 혁신시스템은 혁신활동과 혁신투자에 집중하였지만, 혁신생태계는 혁신의 원인이 되는 요소를 구체적으로 파악해 중시한다. 이는 하드웨어를 중시하는 관점에서 시스템의 질과 인적 자원을 중요하게 생각하는 관점으로 이동됐다는 것을 보여준다. 
혁신주체들 간 상호작용의 질적 측면과 인적자본의 중요성을 강조하는 측면에서 전통적 혁신시스템과 혁신생태계 논의의 차별성을 보는 입장도 있다. 혁신에 필요한 하드웨어와 더불어 혁신주체들 간의 상호작용과 상호 관련성의 역할 및 가치가 강조되면서, 전통적인 혁신시스템에서 혁신생태계에 관한 논의로 발전하였다는 것이다. 전통적인 혁신시스템 분석은 혁신활동을 지원하고 발전시키는 하부구조와 혁신투자에 초점을 두어 클러스터 관점에서 논의한 반면, 혁신생태계는 혁신에 영향을 미치는 보다 구체적이고 미묘한 상호작용의 질적 측면, 사람 속에 체화된 지식과 기술의 인적 네트워크의 강조, 사회적 신뢰와 비전의 공유와 같은 관계적 자본의 중시 등의 측면에서 차별적이라는 것이다(Meirion Thomas, 2014). 따라서 혁신생태계는 기존의 하드웨어적 구성요소를 강조하는 혁신시스템론에서 벗어나 혁신 시스템의 질적 상호작용과 인적 자본의 중요성을 강조하는 관점으로 이해할 수 있다.