일반행정심판제도에서 심판청구기간이 단기로 되어있고, 심판전치주의를 제외한 임의전치주의로 바꿨음에도 불구하고, 특별행정심판제도는 일반행정 심판제도와의 모호성으로 이것을 특례로 보아야 하는지 명확치 아니한 경우가 많다. 
사안의 전문성과 특수성이 특별히 요구되지 아니함에도 일반행정심판제도에서 인정되는 적정한 제도를 배제하는 것으로 먼저, 심판청구기간이 청구인에게 불리하게 매우 단기로 규정되어 있는 경우가 있고, 일반행정심판제도에서도 심판전치주의를 배제하고 임의전치주의로 변경하였음에도 특별행정심판제도의 경우에는 공정성과 객관성의 정도가 낮음에도 불구하고 행정심판을 필수전치주의로 하고 있는 경우, 그리고 행정심판이 다단계로 이루어지는 특별행정심판제도의 경우의 필수전치주의로 인한 문제, 그리고 이의신청이나 심사청구 등의 경우 행정심판과의 관계를 명확히 규율하지 아니한 관계로 일반행정 심판제도와의 관계가 모호하여 이를 특별행정심판이나 행정심판절차의 특례로 보아야 할지 애매한 경우가 많다. 특히 각종 이의신청이나 심사청구 등과 같이 특수성과 전문성이 거의 고려될 여지가 없는 경우에까지 특별행정심판제도를 남설함으로써 국민의 권익구제의 길을 제한하고 있으므로 이러한 이의신청이나 심사청구등의 간이한 불복제도에 대하여는 일반행정심판제도와의 통합의 방법에 의하여 권익구제의 실질이 확보될 수 있도록 하여야 할 것이다.