중장기 쉼터는 입소생의 자립 지원이 가장 중요함에도 불구하고 이를 위한 예산과 지원이 부족하다. 그러므로 관련 예산을 확대하여 다양한 프로그램과 자료 등을 제공해야 한다.
중장기쉼터의 경우 한 입소생이 오랫동안 지내기 때문에 가정적인 느낌이 필요하며 공간이 넓어야 하지만 비좁은 방에서 생활하다보니 갈등이 일기도 한다. 무엇보다도 자립 지원에 따른 예산지원을 확대 할 필요가 있으며, 자립위주의 프로그램이 진행되어야 하지만 다양한 프로그램이 동시에 진행 되고 있어 예산과 인력이 부족하다. 또한 인권교육, 금연교육 등 지역특성상 전문기관과 전문가가 부족하여 쉼터별로 최신자료 배포가 필요하다. 중장기쉼터의 가장 중요한 프로그램은 자립지원 프로그램이지만 프로그램의 다양성도 부족하고 지원예산도 부족해 충분한 서비스를 제공하고 있지 못한 실정이다.