쉼터의 중장기적인 자립지원은 핵심 목표인 취업지원을 우선으로 하고, 학업지원과 생활지원, 상담서비스와 적응지도를 보조적으로 제공한다.
중장기 쉼터의 목표인 자립지원의 핵심영역은 취업지원으로 하고 있으며 학업지원, 생활지원, 상담 진로 적응지도 등은 이를 위한 보조영역으로 설정하고 있다. 중장기 청소년쉼터의 구체적인 서비스내용을 살펴보면, 첫째 기초생활 관리서비스로는 의식주생활관리, 경제생활관리, 건강관리, 문화체험활동을 제공한다. 둘째, 직업지원서비스로는 직업능력평가, 취업준비, 취업훈련, 취업지도를 제공한다. 셋째, 학업지원 서비스로는 검정고시준비, 복학지원 및 학교적응지원, 공부 방법교육, 학비지원을 제공한다. 넷째, 상담서비스로는 개별사례관리 ,개인상담, 사례회의, 집단상담 및 교육 훈련프로그램을 제공한다.