나고야 의정서는 생물다양성협약 하의 의정서로 생물다양성협약의 접근·이익공유 조항의 범위에 따라 결정된다. 의정서의 발효 이전에 별도 비준이 필요하고, 그 외에는 포괄적인 조항만 법적 적용 가능하다. 본 장에서는 나고야 의정서의 핵심내용을 살펴본다. 
나고야 의정서는 생물다양성협약 하의 의정서로서, 생물다양성협약의 생물유전자원 접근과 이익공유 관련 조항을 실행하기 위한 수단이다. 따라서 생물다양성협약은 나고야 의정서의 실질적인 제도 및 절차의 근간으로, 나고야 의정서의 범위는 생물다양성협약의 접근 및 이익공유(Access and Benefit Sharing, ABS) 조항의 범위에 따라 결정되며, 나고야 의정서의 분쟁해결 절차와 사무국 서비스도 생물다양성협약에서 정하는 바에 따른다. 또한, 나고야 의정서가 발효되기 위해서는 별도의 비준이 필요하며, 생물다양성협약을 비준한 국가만이 나고야 의정서에 비준이 가능하고, 생물다양성협약을 비준한 국가가 나고야 의정서를 비준하지 않을 경우 생물다양성협약의 포괄적인 조항만이 법적으로 적용할 수 있다. 본 장에서는 나고야 의정서의 핵심내용인 적용범위 및 사전통보승인, 상호합의조건, 이익공유에 대하여 서술하고, 의무 이행 및 준수조치 및 점검기관에 대하여 중점적으로 살펴보도록 하겠다.