남북기본합의서는 북한에게는 체제위기를 지켜내려는 발로였고, 남한은 북한을 변화시켜 동일체제로 흡수하기 위한 전략이 숨겨져 있는바, 우여곡절의 힘겨루기에서 벗어나기 힘든 것이다.
탈냉전 이후 남북관계가 화해협력의 계기를 마련했지만 지금까지 우여곡절의 남북관계를 보일 수밖에 없는 가장 근본적 문제점은 바로 여기에서 비롯된다. 즉 분단체제의 속성상 힘의 우열관계는 우위의 체제가 상대방을 흡수하려 하고 열세의 체제는 안간힘을 다해 체제를 유지하려는 근본속성을 가질 수밖에 없기 때문에 남북관계는 티격태격 우여곡절의 힘겨루기에서 벗어나기 힘든 것이다. 북한에게 남북기본합의서는 사회주의 붕괴 이후 체제위기를 맞아 어떻게든 자신의 체제를 흡수통일로부터 지켜내려는 전략적 발로였고 반대로 남한에게 기본합의서는 화해협력을 내세워 북한을 변화시켜 남한과 동일한 체제로 흡수하기 위한 전략을 숨기고 있었던 것이 사실이다.