실질적 동일성 판단기준인 “새로운 효과가 발생하지 않는 미세한 차이에 불과하다면 양발명은 서로 실질적으로 동일하다”는 기준을 적용할 경우, 구성요소 완비의 원칙을 충족하지 못하면 선원 발명의 권리범위에 속한다고 할 수 없는 반면,  효과의 차이가 없는 경우 실질적으로 동일한 발명에 해당하여 무효로 판단될 수 있어 권리범위 속부 판단과 무효 판단의 결과가 다를 수 있다. 
우선 권리범위 속부 판단은 구성요소별 접근법(limitation by limitation approach)을 통해 확인대상발명이 특허발명과 동일하거나 균등한 구성요소들과 그 구성요소들 간의 유기적 결합관계를 그대로 포함하고 있음을 확인하는 과정임에 반해, 무효 판단(특히 신규성, 선원, 확대된 선원과 관련한 실질적 동일성 판단)은 발명전체접근법(invention as a whole approach)을 통해 후원 특허발명이 선원 특허발명과 실질적으로 동일한지 여부를 판단하는 것이어서 판단방법이 서로 다르다. 예를 들면, 실질적 동일성 판단기준 중 하나인 “기술적 구성에 차이가 있더라도 그 차이가 과제해결을 위한 구체적 수단에서 주지·관용기술의 부가·삭제·변경 등에 지나지 아니하여 새로운 효과가 발생하지 않는 정도의 미세한 차이에 불과하다면 양발명은 서로 실질적으로 동일하다”는 기준을 적용할 경우, 선원 특허발명의 구성요소 중 하나가 주지‧관용기술이라 하더라도 해당 주지‧관용기술의 삭제로 인해 구성요소 완비의 원칙을 충족하지 못하면 후원 특허발명이 선원 특허발명의 권리범위에 속한다고 할 수 없는 반면, 해당 주지‧관용기술의 삭제로 인해 효과의 차이가 없는 경우 후원 특허발명은 선원 특허발명과 실질적으로 동일한 발명에 해당하여 무효로 판단될 수 있어 권리범위 속부 판단과 무효 판단의 결과가 다를 수 있다(권리범위 ‘불속’이지만 무효인 경우).