지속적인 철도 민자사업자의 철도운영을 위해서는 운영수입이 일정수준 유지되어야 하며, 면밀하게 모니터링되어야 하는데, 이는 대부분의 철도 민자사업의 경험부족 등으로 인해 간과되었고 다양한 문제를 발생시켰다. 이에 대부분의 사업이 재구조화가 이루어졌으며, 비판과 회의론이 강하게 대두되었다.
철도 민자사업자의 철도운영이 지속적으로 유지되기 위해서는 운영수입이 일정수준 유지되어야 한다. 이에 따라, 실시협약 체결 이후에도 운영수입 변화요인인 철도수요의 변화요인 등을 면밀히 모니터링할 필요가 있었으나, 철도 민자사업에 대한 이해 및 경험부족 등으로 인해 대부분의 철도 민자사업에서 이러한 측면은 간과되었다. 이로 인하여 민자 철도사업이 개통이 된 이후에 실제 운영수입이 예측 운영수입을 현저히 낮추어지는 경우가 다수 발생함에 따라 대다수의 민자철도사업에서 많은 문제점이 나타나게 되었다. 실제 운영수입이 협약 운영수입에 현저히 미달함에 따라 부산-김해 경전철, 용인경전철, 인천공항철도 등에서는 MRG 형태로 그 부담이 주무관청에 귀속된 반면, 신분당선철도, 의정부경전철 사업의 경우에는 MRG 지급요건 미 충족으로 인해 운영적자가 민간사업자에게 귀속되었다. 이에 따라, 대부분의 사업이 장기간에 걸친 분쟁, 소송 등을 통해 재구조화가 이루어 진 바 있으며, 이러한 과정에서 민자 철도사업에 대한 비판과 회의론이 사회적으로 매우 강하게 대두되었다.