법원은 원고와 수출업자의 직접 거래를 주장하는 과세관청의 주장에 대해 원고의 행위가 국세기본법상 조세회피행위에 해당하는지 보아야 한다면서, 원고가 직접 거래로도 경제적 목적을 달성할 수 있었는지, 이것에 정당성이 있었는지, A 등에게 저가신고를 지시 또는 A 등과 이를 공모한 사실이 있는지 살펴야 한다고 했다. 
법원은 과세관청의 주장은 “원고가 자신의 위험이 없이 저가의 과세가격 신고를 통한 위해 ‘원고 – A 또는 B – 수출업자’의 거래관계를 작출해낸 것으로 ‘원고 –수출업자’의 직접 거래로 보아야 한다”는 주장이므로 이를 검토하기 위해서는 원고의 행위가 국세기본법 제14조 제3항에 따른 조세회피행위로 볼 수 있는지 여부를 판단하여야 한다고 하면서, 국세기본법 제14조 제3항은 ① 제3자를 통한 간접적 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 (객관적 행위형식 요건), ② 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우 (주관적 조세회피 목적 요건)으로 구성되어 있고, ①의 요건과 관련하여 원고가 수출업자와 직접 거래하여도 동일한 경제적 목적을 달성할 수 있음에도 불구하고, 실제로 중개업자의 역할을 수행하는 것에 불과한 A 등 중간 납품업체를 거래의 당사자로 개입시켰는지 여부가 문제되고, ②의 요건과 관련하여서는 저가신고로 인한 관세포탈에 대하여 원고가 A등에게 이를 지시하거나 공모하였는지 여부, 원고가 수입업자인 A 등을 개입시킨 거래구조에 정당한 사업목적이나 경영상의 필요성이 있었는지 여부를 살펴야 한다고 보았다.