중학생들은 의존성에서 벗어나는 자립의 입구로 들어서며 진로 결정을 준비하는 두 번의 전환을 겪는다. 이는 중학교의 독자성으로, 자유학기제를 통해 원활한 전환에 초점을 맞춘다.
중학생들은 두 번의 커다란 전환을 겪게 된다. 한 번은 초등학생의 의존성에서 벗어나 자신의 적성이나 진로 등을 위한 ‘자립의 입구’로 들어서는 것이고, 또 다른 하나는 보다 다양한 선택지의 진로 결정을 ‘준비’하게 되는 것이다. 이것이 초등학교와 고등학교와 다른 중학교 나름의 독자성을 형성하게 하는 것이라고 할 수 있다. 자유학기제는 학교의 제도적 및 구조적 개혁보다는 다양한 프로그램과 교육과정, 수업 방법 개선 등을 통해 중학생 연령 단계의 급격한 변화와 판이하게 다른 환경에 대응한 전환이 보다 부드럽고 원활하게 이루어지도록 하는 데 초점이 맞추어져 있는 것이다. 이러한 점에서 자유학기제는 중학교의 독자성을 형성하는 것과도 밀접한 관련성을 지니고 있다고 할 수 있다.