2008년 항공ETS지침은 '지침2003/87'이 제3국이나 공해를 비행하는 제3국 비행기에 대해서는 적용되지 않으나 회원국 영토내의 비행장에 출발 또는 도착하는 비행기에 모두 적용되며 이는 국제비행과 이러한 항공기는 이 법을 준수할 의무가 있고 따라서 미국에서 설립된 항공사의 항공기에 대해서도 ETS가 적용된다고 결론을 내렸다.
ECJ는 이와 관련하여, 2008년 항공ETS지침은 제3국 또는 공해에서 비행하는, 제3국에 등록된 비행기에 대하여 ‘지침2003/87’이 적용되도록 하지 않는다는 점을 상기할 필요가 있다고 하였다. 그러한 항공기 항공사는 회원국 영토 내에 위치한 비행장에서 도착 또는 출발을 하는상업적 항로를 선택하는 경우에, 그 항공기가 그러한 비행장을 사용하기 때문에, 항공기 항공사는 배출권거래제의 대상이 된다고 하였다. 2008년 항공ETS지침은 지침 2003/87이 한 회원국 영토 내에 위치한 비행장에서 도착 또는 출발하는 비행기에 적용되도록 하고 있고, 동 지침은 유럽이든 대서양횡단이든 국제비행에 관련되는 항공기의 회원국 영토 내에서의 수용 또는 출발에 관련되기 때문에 그러한 법이 동 협정의 타방 당사국 항공사에 의해 이용되는 모든 항공기에 적용되고, 그러한 항공기는 그러한 법을 준수해야 할 의무가 있다는 사실은 항공자유화협정 제7조의 규정으로부터 분명하다고 하였다. 따라서 동 협정 제7(1)조는 어떤 회원국의 영토 내의 비행장에서 출발 또는 도착을 하는 비행에 그 항공기가 관련되었다면, 미국에서 설립된 항공사의항공기에 대해서도 지침 2003/87에 의해 확립된 ETS가 적용되는 것을 배제하지 않는다고 결론 내렸다.