중소기업청이나 농림축산식품부처럼 산단환경개선펀드의 운용을 정부가 직접 투자하는 방식에서 모펀드를 결성해서 출자하고 프로젝트별로 개별 투자는 자펀드를 통해 지원하는 방향으로 개편하는 방안을 도입하는 것을 검토할 필요가 있다.
산단환경개선펀드의 운용을 정부가 프로젝트별로 직접 투자하는 방식을 탈피하여 정부가 운용기간이 장기(30년 이상)인 모펀드를 결성하여 이에 출자하고, 프로젝트별로 개별 투자는 자펀드를 통해 지원하는 재간접펀드 방식으로 개편하는 방안을 도입하는 것을 검토해 볼 필요가 있다. 이미 중소기업청에서 ‘중소기업 모태펀드’나 농림축산식품부에서는 ‘농식품 모태펀드’ 등을 운영하고 있는 사례가 있기 때문에 이를 참조해 볼수 있을 것이다. 중소기업 모태펀드와 농식품 모태펀드는 모태조합의 결성·관리·운용 등에 관해법률 및 시행령을 통해 정하고 있으며, 모태펀드의 자산운용 및 사후관리를 위한 투자관리 전문기관과 같은 전문조직을 구성하여 지배구조를 구체화하고 있다. 중소기업 모태펀드는 「벤처기업육성에 관한 특별법」, 농식품 모태펀드는 「농림축산식품 투자조합 결성 및 운용에 관한 법률」에 근거하고 있다.