시도교육청은 행정권력이지만 상대적으로 중간 조직의 성격을 가졌다. 시도교육청이 분권, 자치를 실현하려는 시도하자 교육감과 교육부장관의 권한갈등이 다양화되고 심화되었으며 한계를 드러났다.
행정 권력이긴 하나 교육부에 비해 상대적으로 중간 조직의 성격을 가진 시도교육청이 분권과 자치를 실현하고자 하는 시도들을 시작하자 교육감과 교육부장관의 권한갈등(역사교과서 국정화, 누리과정 비용 부담, 자사고 지정 및 취소 권한, 학교폭력가해학생 학교생활기록부 기재, 학생인권조례 등)은 다양화되고 심화되었다. 자율화시행을 위한 중간 지도자, 중간 지원조직의 미비가 권위주의적 자율화로 귀결되었다는 분석은 일정한 한계를 드러내고 말았다. 교육부는 시도교육청과도 권한을 나누고 일을 분담하는 수평적 소통을 하지 못했고 상명하달식 수직적 명령체계가 작동되지않는 상황을 수습하지 못하고 갈등 상황으로 몰고가는 미숙한 모습을 반복적으로 보여주었다