조사는 피해자의 상담을 통해 얻은 자료와 사실관계를 토대로 자료제출, 출석 등으로 이루어진다. 출석진술에선 진술 간의 불일치를 확인하고, 각자의 입장을 직접 위원회에 소명 가능하다.
조사는 피해자가 고충상담원과의 상담을 거쳐 신고하고 접수한 사실관계와 상담 과정에서 얻은 자료를 토대로 이루어진다. 자료를 제출받거나 신고인, 피신고인, 그리고 참고인 등을 방문하여 조사할 수도 있고, 직접 출석하게 하여 진술하도록 할 수도 있다. 출석진술은 신고인과 피신고인 진술 간에 서로 불일치하는 부분들을 확인하여 사건에 대한 통합된 관점을 확보하기 위해 필요한 절차다. 또한 출석진술은 신고인 피신고인 모두가 각자의 입장을 조사 위원회에 직접적으로 소명할 수 있는 자리로서 조사위원들이 신고인과 피신고인의 입장 차이를 확인하고 가능한 해결방향에 대한 윤곽을 그릴 수 있는 출발점이 되기도 한다.