정책심의위원회, 건강보험재정운영위원회는 일부 사항만 운영하고 중요사항을 관리하는 기구가 없기 때문에 공단 이사장과 이사회의 경영판단이 중요하다는 문제점이 야기 될 수 밖에 없다.
더욱이 건강보험정책의 주요사항을 심의･의결하는 보건복지부 장관 소속 건강보험 정책심의위원회는 ‘중장기 재정 전망 및 운영’에만 관여할 뿐이고(동법 제3조의2 제2 항 제3호), 국민건강보험공단 소속 건강보험재정운영위원회는 요양급여비용의 계약 이나 결손처분과 같은 보험재정 운영에 수반된 일부 사항만 심의･의결할 뿐이므로(동 법 제33조 제1항) 기금운용위원회와 같이 국민건강보험의 재정운영과 관련한 중요사 항을 심의･의결할 수 있는 기구는 현행 법제상 아직 마련되지 못한 것으로 판단된다. 즉, 국민건강보험공단이 관리･운용하는 자산의 운용책임은 사실상 공단 이사장과 이사회의 경영판단에 맡겨져 있다는 합리적 의심을 가질 수밖에 없다.