TLO 조직의 구조조정이 필요하다. 선도TLO는 졸업제, 영세TLO는 통폐합, 컨소시엄형으로 개편하고 대학과 연구소TLO지원을 하며 거점별 선도TLO를 성장시켜야한다.
따라서, 정부는 기존의 선도TLO 운영비 지원 형식의 사업 운영을 지양하고, TLO 조직의 구조조정을 통해 자립기반을 강화함으로써 기술이전 · 사업화 및 기술창업 전반에 걸친 지원역량을 제고할 필요가 있다. 역량 있는 선도TLO의 경우 “졸업제”를 도입하여 재정자립화를 유도하고, 영세한 TLO의 경우, 통폐합, 아웃소싱, 컨소시엄형 TLO로 개편할 필요가 있다. 또한, 대학과 연구소TLO지원으로 이원화된 사업지원체계를 일원화하고, 장기적으로는 전문성이 높은 선도TLO를 거점별로 성장시켜, 독립법인으로 운영함으로써 전문성 강화 및 운영의 자율성을 확대할 필요가 있다.