본 연구에서는 갈등영향분석 단계별 운영 활성화 방안을 제안하였다. 진행 단계의 핵심은 갈등의 원인을 진단하고, 이해관계자들의 의견 및 관련 사안의 쟁점을 분석한 뒤 합의 형성 절차를 설계하는 것이다. 쟁점 분석에서는 이해관계자들과의 면담을 통해 협의체를 설계를 위한 사안을 파악한다. 갈등영향분석이 종료된 이후에는 협의체를 구성하고, 사후 갈등 관리를 위한 공청회를 개최하는 것이 바람직하다. 
본 연구에서는 이를 위해 각각의 갈등영향분석 단계별로 운영 활성화 방안을 제안하였다. 갈등영향분석 초기 단계의 개선 방안으로 갈등영향분석을 세 가지 종류로 나누어 간편갈등영향분석(이하 간편 분석), 전략갈등영향분석(이하 전략 분석), 갈등영향분석 중 어느 분석 단계부터 진행 할지를 선정하여 분석 단계별로 실시 기준, 분석 주체, 분석 내용 등을 구분하여 사업 시기와 갈등 상황에 맞는 갈등 분석이 이루어질 수 있는 방안을 제안하였다. 갈등영향분석의 진행 단계의 핵심 요소는 크게 갈등의 원인을 진단하고, 갈등과 직･간접적으로 연관이 있는 이해관계자들의 의견 및 관련 사안의 쟁점을 분석하며, 이를 바탕으로 갈등의 원만한 해결을 위한 합의 형성 절차를 설계하는 것이라 할 수 있다. 진행 단계에서 가장 핵심이 되는 쟁점 분석의 경우 이해관계자들과의 2차에 걸친 면담을 통하여 객관적으로 드러나는 갈등의 원인과 배경에 대한 사항 이외에 실질적인 문제와 향후 해결 방안 마련을 위한 협의체 설계에 도움이 될 수 있는 사안들을 파악하는 것이 가장 중요하다고 할 수 있다. 갈등영향분석이 종료된 이후 분석에서 제시된 협의체가 구성되고 갈등 해결방안이 도출되기 위하여 필요한 사후 갈등 관리 요건으로는 갈등영향분석의 내용 및 분석 결과를 공개할 수 있는 공청회를 개최하여 분석이 진행된 내용과 결과에 대한 논의를 진행하고 이해당사자들의 의견이 미처 반영되지 못한 부분이 있거나 수정 되어야할 사항에 대해서도 파악할 수 있는 기회가 되도록 하는 것이 바람직할 것으로 보인다.