지방세 비율 상승을 지향하는 문재인 정부 초기 발표에 따라, 지방교부세를 지방세로 보아야 한다는 기획재정부와 국세로 보아야 한다는 행정안전부 사이에서 논쟁이 제기되었다.
사실 문재인 정부 초기에 국세와 지방세의 비율을 80:20에서 70:30을 넘어서 60:40을 지향하겠다는 발표가 있자 ‘지방교부세는 국세인가, 지방세인가’와 관련하여 행정안전부와 기획재정부 사이에 흥미로운 논쟁이 제기되었다. 기획재정부는 내국세의 19.24%를 곱해서 그대로 지방으로 이전하는 것이니 지방세로 보아야 한다는 것이다. 국세로 들어왔지만, 국가가 사용하는 재원도 아니라는 기획재정부의 주장도 설득력이 있었다. 그러나 지방자치단체가 자기의 책임으로 징수해야 한다는 원칙에는 적합하지 않다는 행정안전부의 주장도 설득력이 있었다. 더군다나 지방교육교부금도 내국세의 20.27%를 지방으로 전출하고 있으니 기획재정부 입장에서는 이 부분을 해결하는 것이 매우 중요하다. 그리고 실제 국세와 지방세의 구분에서 교부금 제도의 위상을 정립하는 것이 연계되어야 하는 것도 필요하다.