유전자원과 전통지식 관리자가 자원접근 승인 남용, 대가 요구를 해 거래비용이 소요될 수 있다. 또한 출처 공개 등의 특허 소송 위험과, 영세 중계인의 나고야의정서 인지 문제로 악영향이 있을 수 있다. 또한 생물다양성 파괴 기업 제재 등의 문제도 있다.
유전자원 및 관련 전통지식의 의 관리자가 자원접근에 대한 승인 권한을 과도하게 남용하여 접근 자체를 불허하거나, 부당한 대가를 요구하여 거래비용과 시간이 소요될 위험이 존재한다. 또한 유전자원 및 관련 전통지식을 활용해서 연구개발을 하고 특허출원 시 생물자원 및 관련 전통 지식의 출처 공개를 요구하는 등 특허 소송이 발생할 수 있는 위험이 존재한다. 또한 대부분 우리나라 의약, 화장품 업계에서는 유전자원 및 관련 전통지식을 중개인을 통하여 확보하는데, 중개인을 통해 조달하여 발생할 수 있는 위험성으로 중계인은 대부분 영세한 규모로 나고야의정서에 대해 인지하지 못한 상태로 자원을 조달하여, 완성품업체의 평판 저하 등 직접적인 악영향을 유발할 수 있다. 또한 최근 생물다양성 보전에 대한 소비자 인식의 향상으로 소비행태에 기업의 보전 활동이 반영됨에 따라 생물다양성을 파괴하는 기업에 대해 소비활동을 통해 제재를 가하는 등의 기업 브랜드에 직접적 영향을 줄 수 있다. 마지막으로 이익공유를 위한 계약에 있어 이익공유 방법, 수준, 특허권소유형태, 분쟁 발생시 해결방법, 복수의 권리자 존재 시 인정방안 등 불확실한 요소들이 존재한다.