사회통합전형 입학생들은 경제적인 결핍은 있으나 일반 학생들과 다를 바가 없다. 이들을 자율형 사립고 내에서 감추어져 서로 다른 문화 경제적 환경을 가진 학생들과 어울려 생활하며 얻을 수 있는 교육적 경험을 할 수 없고 다수 중산층의 학생들 속에서 묻히는 존재가 될 가능성도 있다.
일반고의 권영빈 교사에 따르면, 국민기초생활보장수급자 학생의 경우 가족해체를 경험했거나 학업과 삶에 대한 무기력한 태도를 보이는 경우가 많다. 그러나 사회통합전형 입학생들은 경제적인 어려움이 있을지언정 성실하거나, 모범적인, 그리고 공부에 대한 의지가 있는 학생들일 가능성이 크다는 것이다. 이런 측면에서 볼 때, 현재 사회통합전형을 통해 입학한 학생들이 자율형 사립고 내 학생구성의 다양성에 기여하고 그것이 교육적 의미를 지닐 수 있는지에 대해서는 회의적인 관점을 제기할 수 있다. 특히 사회통합전형을 통해 입학한 학생들을 드러낼 수 없는 구조적 여건 역시 서로 다른 문화적, 경제적 배경을 지닌 학생들이 더불어 살아가는 교육적 경험을 제공할 가능성을 어렵게 만든다. 사회통합전형 입학생들은 오히려 다수의 중산층 배경 을 지닌 학생들 속에서의 소수자들로서, 자율형 사립고의 분위기속에 묻히는 존재일 가능성이 크다. 이와 관련하여, 한 교사는 자율형 사립고 내에서 사회통합전형 학생들을 무조건 숨겨진 존재로 보호하는 것이 다양한 배경을 가진 학생들이 함께 어울려 살아가는 법을 배우는 데 걸림돌이 될 수 있음을 지적하였다.