자유학기제를 반영한 중학교 교육과정의 개정이 필요하다. 기본교과 시간 조정을 통해 단위학교의 권한을 늘리고 자유학기에 대한 최소 이수 시간을 정해야한다. 더하여 자유학기제 운영 학기의 일원화도 가능하다.
따라서 자유학기제를 반영하여 국가 수준의 중학교 교육과정 편성․운영 지침을 개정할 필요가 있다. 우선적으로는 기본교과의 시수 감축이나 자율과정 편성이 원활히 가능하도록 단위학교의 교육과정 편성․운영 재량권의 증대나 교육과정에서 명시한 최소한의 이수 시간에 대한 하향 조정이 요구된다. 아울러 단위학교별로 매우 다르게 운영될 수 있는 자유학기에 대하여 어느 정도의 최소 규제로서 최소 이수 시간 등에 대한 명시 등이 필요하다. 현재 수준에서 중학교 교육 과정 총론 자체의 일부 변화만을 통하여 반영 가능한 부분은 1) 단위 학교 교육과정 편성․운영의 재량권 증대, 2) 자율과정에 대한 최소 이수 시간 명시, 3) 자유학기제 운영 학기의 일원화(또는 자율화) 등 이 가능할 것이다.