규제영향분석은 정치적 결정의 성격을 띠고 있어규제가 점진적으로 변화할 때 영향의 정확한 정도를 측정하기 어렵다. 때문에 가능한 이른 단계에서의 규제영향분석으로, 규제의 효과성을 증진시켜야 한다.
이와 관련한 또 다른 문제는 규제와 관련된 의사결정에 필요한 비용과 편익에 대한 정보는 많은 경우 정량화하기 힘든 여러 요인들을 고려해야 하기 때문에 어떤 의미에서는 정치적 결정의 성격을 띠고 있다. 이러한 맥락에서 규제영향분석을 통하여 규제가 점진적으로 변화하게 될 때 그 변화로 인한 영향의 정확한 정도를 측정하기는 매우 어려운 점이 있다. 그러나 이와 같은 비용과 편익의 측정불가능성으로 인한 불확실성은 특정 규제프로그램의 비효과성을 의미하지는 않는데, 가능한 이른 규제개발 단계에서 비용과 편익에 대한 충분한 검토가 이루어질 경우, 규제의 효과성을 증진시킬 수 있는 충분한 기회를 갖게 되므로 가능한 이른 단계에서의 규제영향 분석이 이루어져야 한다.