대안교육기관 제도는 본래 입법취지를 살리지 못하고 변질되어 국제형 사립학교 및 부적응자 학교 설립으로 양극화되는 부작용을 낳았다. 다만, 비인가 대안학교 위탁 운영 방식에서 학교 대안교육기관으로 전환했던 서울시 오디세이 학교의 사례를 볼 때, 대안교육기관이 새로운 교육방식을 실시하기 위한 수단이 될 수 있는 가능성이 존재한다.
그 결과 이 제도는 대안교육과 거리가 먼 새로운 교육적 수요를 충족시키는 수단으로 변질, 활용되기 시작했다. 초기에는 대안교육으로 보기 어려운 사립학교를 손쉽게 설립하는 통로가 되었고, 이후에는 주로 종교교육을 목적으로 하는 교육기관의 합법화 통로로 활용되었다. 물론, 드물기는 하지만 부적응 학생들을 위한 사립 대안학교들이 설립되기도 하였다. 이에 더하여 2012~2013년부터 공립 대안학교 설립이라는 새로운 흐름이 나타났다. 이들은 대개 교육청 산하의 부적응 학생 위탁 교육기관을 각종학교 형태로 전환한 것이어서 위탁기능위주로 운영되지만, 일부 학교들은 자체 학생 모집을 병행하기도 한다. 이러한 맥락 속에서 각종학교 대안학교는 결국 그 본래의 입법취지를 살리지 못하고 국제형 사립학교와 부적응자 학교로 양극화되는 현상을 낳았다. 다만 한 가지 특이한 사례로 서울시의 오디세이 학교를 들 수 있다. 서울시교육청은 2015년부터 일종의 전환학년제 형태로 고교1학년생을 대상으로 1년 과정의 오디세이 학교를 비인가 대안학교에 위탁하여 운영하고 있었는데, 이를 2018년부터 각종 학교 대안교육기관으로 전환이었다. 이 사례는 각종학교 대안교육기관이 새로운 방식의 교육을 실시하기 위한 다양한 수단으로 활용될 수 있다는 가능성을 시사한다.