지방자치단체간의 갈등은 합리적 의사결정에 저해를 가져오고, 이러한 피해는 해당 지역의 주민에게로 간다. 따라서, 단체간의 갈등 원인인 이익 추구는 필연적이므로, 이를 위한 제도적 해결 방안이 중요하다.
지방자치단체간의 갈등은 지방자치단체간의 경쟁을 유발하고 역동적인 발전의 계기를 마련하는 순기능의 측면이 없는 것은 아니지만 갈등의 악순환은 갈등하는 지방자치단체 모두의 합리적인 의사결정에 장애를 가져오고 결과적으로 그 피해는 주민에게 귀착되어진다. 따라서, 지방자치단체간의 갈등의 원인 자체를 제거함으로써 갈등이 발생하지 않도록 사전적인 예방책이 최선의 대안이 되겠으나 자치단체가 이익을 추구하는 과정에서 다른 자치단체와의 갈등은 필연적인 경우가 불가피하기 때문에 갈등의 제도적인 관리방안에 관한 논의가 필요하게 된다. 그러나 갈등의 조정을 위한 다양한 방법들을 강구하는 것도 중요하지만 무엇보다도 각 자치단체가 스스로 갈등을 해소할 수 있는 조정능력과 범국가적인 차원의 거시적 안목으로 자연스럽게 형성되는 협상과 타협의 관행과 문화정착이 근본적인 해결책으로 대두된다.