레저선박은 동력수상레저기구로의 등록과 함께 기타선박으로도 등록이 가능하다. 과세기준에도 기타선 항목에 보트, 모터보트, 유선 등이 있는데, 레저선박의 등록 방식에 따라 과세 기준에 차이가 있다.
한편 레저선박 등록 현황에서 언급한 바와 같이 레저선박은 모터보트나 요트 등 동력수상레저기구로의 등록과 함께 선박법에 따른 기타선박(플레저보트) 으로도 등록이 가능하다. 이에 따라 레저선박의 과세기준에도 FRP선박에 따른 분류 이외에 기타선 항목에 보트, 모터보트(국산), 모터보트(외산), 유선 등이 있으며 이들의 톤당 기준가격은 FRP선박의 모터보트와 큰 차이가 있다. FRP선박의 모터보트(10미터 미만)는 톤당 기준가격이 34,266천원인데 반하여 기타선의 모터보트는 국산이 8,461천원으로 25% 수준이며 모터보트 외산은 18,362천원으로 54% 수준이다. 즉, 레저선박의 등록 방식에 따라 레저선박의 과세 기준 자체에 큰 차이가 있다.