신 투자법원은 체약당사국 국내법원의 판정을 심사해 사법주권 침해 문제를 가중시킬 가능성이 있다. 투자협정에서 조치 역시 ISDS 절차 회부 대상이며 국내재판 진행 중 투자 협정 및 투자자에 대해 직접 영향을 미치는 판결시 분쟁의 가능성이 대두된다. 상사중재절차에서 판정 후 일방당사자의 취소소송 판결시 제4,5심 역할 행사로 보일 수 있어 사법주권 침해 논란을 일으킨다.
한편 새로이 도입되는 투자법원은 때로는 체약당사국 국내법원의 판결이나 결정을 심사하게 된다. 이 경우 자칫 상급법원으로서의 이미지가 강화될 여지가 있고, 이는 이미 논란의 대상이 되고 있는 사법주권 침해 문제를 더욱 촉발시킬 가능성이 있다. 투자협정에서는 사법부의 조치 역시 “정부의 조치”로서 협정 위반을 구성하는 경우 ISDS 절차 회부 대상이다. 사법부가 국내재판을 진행하는 과정에서 투자협정, 국내법령 또는 여타 조약의 관련 조항을 해석, 적용하거나 또는 외국인 투자자 및 투자에 대하여 직접 영향을 미치는 판결이나 결정을 내리게 되면 이는 사법부의 조치로 간주되고 이로부터 투자협정상 분쟁이 개시될 가능성이 대두된다. 특히 최소대우조항, 공평하고 형평한 대우 조항, 혜택의 부인(Denial of Justice) 조항이 사법부의 조치와 관련하여 제기되는 대표적인 투자협정 상 조항들이다. 또 다른 경우는상사중재절차에서 판정이 내려진 이후 여기에 대하여 일방당사자가 중재지의 법원에 취소소송을 제기하고 여기에 대하여 해당국의 국내법원이 그 심리를 담당하여 결정이나 판결을 내리는 상황이다. 그런데 이러한 형태의 투자분쟁은 그 외관만 보게되면 마치 투자중재판정부가 기존 분쟁의 연장선상에서 제4심 또는 제5심의 역할을 행사하는 것으로 비추어지기도 한다. 이러한 부분들이 사법주권 침해에 대한 논란을 초래하게 되는 주요 요인이다.