더욱 시장을 자유화하기 위해 유럽집행위원회는 역내 단일 가스시장을 구축하여 제3자 접속과 시장 규제 기관의 독립성을 강화하는 것을 목표로 하고, 완전히 분리된 수송시스템 운영자를 두는 것을 기본안으로 한 3차 가스부문 에너지 패키지를 채택하였다.
이러한 노력에도 시장 자유화의 성과가 충분하지 못하다고 판단한 유럽집행위원회(EC)는 2009년 7월에 3차 가스지침과 규정 715(Regulation 715)로 이루어진 ‘3차 가스부문 에너지 패키지(Third Energy Package for Gas)’를 채택하여 2차 가스지침과 관련 규정을 대체하였다. 3차 패키지에서는 역내 단일 가스시장 구축을 위하여 제3자 접속과 시장 규제 기관의 독립성을 더욱 강화하는 것을 목표로 하였다. 제3자 접속의 확실한 보장을 위한 수직통합 분리에 있어서는 소유권 분리(ownership unbundling)를 통하여 판매경쟁에서 완전히 분리된 수송시스템운영자(TSO: Transmission System Operator)를 두는 것을 기본안으로 두었다. 그러나 회원국들이 자국 실정에 맞게 독립시스템운영자(ISO: Independent System Operator) 또는 독립수송운영자(ITO: Independent Transmission Operator) 모델을 채택할 수 있는 여지를 주기도 하였다.