문이과를 분리하고 세분화하는 교육과정은 특정 학과의 선호도 편중이나 학생들의 다양성 결여 등의 문제를 야기한다. 때문에 학생들이 주체적으로 진로에 최적화된 교육과정을 취사 선택할 수 있는 '과목선택권'을 보장해줘야 한다.
넷째로, 학생들이 문과와 이과 등 제한된 ‘과정’의 틀에 따라 과목들을 이수해야 하는 문제점을 극복하기 위해서는 학생들이 자신의 진로에 적합한 과목들을 다양한 방식으로 조합하여 자신만을 위한 ‘과정’을 만들어 갈 수 있도록 과목선택권을 실질적으로 보장해 줄 수 있어야 한다. 교사수급의 개선과 내신평가방식의 개선 등을 통해 소규모 학급이라도 학생이 원하는 과목을 선택하여 이수할 수 있도록 해야만 문·이과 칸막이의 문제점 개선이 가능할 것이다. 한편에서는 문과와 이과를 더욱 세분화하고 이를 대학의 학과별 지원 자격과 연계시키는 ‘과정 세분화 방안’을 제안하기도 하지만 이러한 방안은 ‘상경과정’ 등 인기 과정에 대한 편중지원 문제, 동일 전공 입학생들 사이의 다양성 결여 문제, 과정별 칸막이 개수의 증가 문제 등 여러 가지 문제점을 안고 있다.