취약계층 학생들을 위한 자율형 사립고의 사회통합전형과 교육복지우선지원사업에 있어 대상집단에 대한 낙인효과는 대표적인 부각된 부정적 측면이다. 따라서 취약계층 학생들을 선발하는 데에만 집중된 보상정책보다는 대상집단이 지속적으로 성장하고 역량을 강화할수 있는 방안을 적극적으로 발굴할 필요가 있다.
이 사업은 취약계층 아동･청소년이 가정배경이나 지역사회의 여건과 관계없이 온전히 성장할 수 있도록 학교뿐만 아니라 지역사회 다양한 기관들의 개입과 지원을 도모한다. 취약계층 학생들을 위한 지원이란 측면에서 자율형 사립고의 사회통합전형과 교육복지우선지원사업은 동일한 목표를 추구하지만 교육복지우선지원사업이 교육주체의 참여와 성장을 중요한 과정적 목표로 두고 있는 반면, 자율형 사립고의 사회통합전형은 오히려 취약계층 학생들을 위한 시혜적 복지정책으로서의 성격을 지닌다. 시혜적 복지정책의 부정적 측면에는 대표적으로 대상집단에 대한 낙인효과를 들 수 있다. 물론 본 연구의 연구대상인 교사들은 사회통합전형의 낙인효과가 가시적이지 않다고 인식하였지만, 연구자들은 낙인효과가 사회적 배려대상 학생들의 성적 요인 및 자율형 사립고 학생선발 방식의 특수성에 의해 희석되고는 있지만 전형 자체가 그 문제를 배태하고 있다고 판단한다. 따라서 현재와 같이 취약계층 학생들을 선발하는 데에만 초점을 두는 보상정책은 그 효과가 크거나 지속되기 어렵기 때문에, 대상집단의 성장과 역량 강화를 제고할 수 있는 방안을 적극적으로 모색할 필요가 있다.