1960년대 초반 농업 협동화를 기초로 한 협동경리의 기업적 지도를 채택하였고, 이는 농업 부문을 별도로 관리하는 지도체계의 변화를 가져왔다. 또한 수의 방역 사업을 강화하여 이전에 형성했던 수의 방역체계의 기초를 확립했다.
1960년 초에는 농업협동화를 기초로 새로운 지도방식인 ‘협동경리의 기업적 지도’를 채택하는 한편, 지도체계에도 변화를 가져왔다. 기존의 농업성을 ‘농업위원회’로 개편하여 그 아래에 ‘가금 및 축산총국’(1960년대 말 ‘가금총국’, 現 ‘국영목장관리 총국’)을 두었다. 가금 및 축산총국은 각 도에 설치된 가금 및 축산총국을 관할하였으며, 대규모의 닭공장, 돼지공장, 종축장과 원종장을 직접 관리하였다. 이와 함께 도 및 군 인민위원회의 농업지도 기능을 분리하여 각각 ‘도농업위원회’(現 ‘도농촌경리위원회’)와 ‘군협동농장경영위원회’를 설치하고, 동 위원회에 가축방역부서를 두어 가축방역소와 가축병원도 분리하여 소속시켰다. 한편, 기존 가축병원들을 수의방역소로 개편하고, 수의방역용 약품을 증산하는 등 수의방역사업을 지속적으로 강화하였다. 이와 같이 농업부문을 별도로 관리하는 체계로 이행, 수의방역 사업을 강화함으로써 이전 시기에 형성하였던 수의방역체계 확립의 기초가 마련되었다.