자유권규약 제정 시 반대로 인해 양심적 병역거부권이 들어가지 못했습니다. 자유권규약위원회는 이 문제가 국내 문제라는 입장이었으나 국제사회의 인식은 다릅니다. 이러한 변화에 자유권규약위원회는 2006년 양심적 병역거부권을 인정할 것을 촉구하였습니다.
양심적 병역거부 역시 국제법의 발전의 측면에서 고찰할 수 있습니다. 자유권규약을 제정하는 과정에서 양심적 병역거부권을 포함시키자는 제안이 있었지만 반대에 부딪혔고 결국 철회되었습니다. 과거 자유권규약위원회는 자유권규약 제8조 제3항 (c)(ⅱ)를 근거로 양심적 병역거부의 인정 여부는 국내문제라는 입장을 취하였습니다. 그러나 국제사회의 인식은 변하였습니다. 자유권규약위원회는 1993년 일반논평 제22호에서 ‘자유권규약은 양심적 병역거부권을 명시적으로 언급하고 있지 않지만 살상무기를 사용해야 하는 의무가 양심의 자유 및 자신의 종교 및 신념을 표현할 권리와 심각하게 충돌할 수 있으므로, 양심적 병역거부권이 자유권규약 제18조에서 도출될 수 있다’고 하였습니다. 그리고 자유권규약위원회는 2006년 대한민국의 제3차 정기보고서에 대한 최종견해에서 양심적 병역거부권을 인정하고 자유권규약 제18조에 부합하는 입법을 하며 일반논평 제22호에 주의할 것을 촉구하였습니다.