기존 형사소송법상의 제도 활용 방안으로, 질병 등 발생기간의 구속기간 불산입 방안과 질병 등 발생기간 동안 구속기간 진행의 연장방안을 고려할 수 있다. 불산입 방안은 검사의 신청으로 판사가 구속 기간 불산입을 결정하도록 하며, 불산입되는 동안 피의자를 소환‧신문할 수 없도록 규정하는 방안이고, 연장방안은 지방법원 판사가 검사의 신청에 의해 구속 기간을 연장해 주는 방안이다. 두 방안의 장점은 기존 형사소송법 규정을 따르므로 형사소송법 체계에 부합한다는 점이다.
먼저 기존의 형사소송법상의 제도를 활용하는 방안으로, 질병 등 발생기간의구속기간 불산입 방안과 질병 등 발생기간 동안 구속기간 진행의 연장방안을생각할 수 있다. 이 중 전자의 방안은 피의자가 갑작스러운 국내 유입 또는유행이 예견되는 감염병에 걸린 것으로 확인되거나 의심되는 구속 피의자에 대하여 공소제기에 필수적인 피의자 신문을 하지 못하는 경우 그 기간 동안 실질적으로 수사절차 진행이 불가능한 점을 고려하여 구속 기간에 불산입하는대신, 영장주의 위반의 논란을 피하기 위하여 검사의 신청에 의하여 판사가 구속 기간 불산입 결정을 하도록 규정하며, 판사는 구속 기간 불산입 결정을 하기 전에 변호인과 의사의 의견을 듣도록 하고, 구속 기간에 불산입되는 기간 중에는피의자를 소환하거나 신문할 수 없도록 규정하는 방안이다. 따라서 질병 등 사유가 해소된 경우에는 지방법원 판사가 검사의 신청에 따라 구속 기간 불산입 결정을 의무적으로 취소하며, 구속 피의자의 절차적 권리 보장을 위하여 판사는피의자, 변호인 등의 신청에 따라 불산입 결정을 취소할 수 있도록 규정하고,이러한 판사의 불산입 결정 취소의 다음 날부터 구속 기간이 진행하도록 하면 족할 것이다. 본 방안의 장점은 형사소송법에 규정된 구속 및 구속기간의 규정을그대로 이용하는 것으로 이론상 선명하고, 구속기간의 산정이 간단하여 수사및 재판과정에서 활용하기에 편리하다는 점을 들 수 있을 것이다. 반면에 후자의방안은 동일한 상황하에서 구속 피의자에 대하여 공소 제기에 필수적인 피의자 신문을 하지 못하는 경우 그 기간 동안 실질적으로 수사 절차의 진행이 불가능한 점을 고려하여, 지방법원 판사가 검사의 신청에 의하여 구속 기간의 연장을 허가하는 방안이다. 본 방안의 장점 역시 구속 기간의 연장이라는 기존 제도를 활용할 수 있으므로 형사소송법 체계에 부합하다는 점을 들 수 있을 것이다.