한국의 자유학기제는 사교육 의존도 해소방안, 진로탐색 관련 사교육의 난립 가능성, 학교 내 운영 과정에서 교사의 전문성, 학생의 학력 저하 우려 등이 핵심 과제이다.
해외의 세 가지 사례의 정책적인 이슈는 아일랜드 전환학년제의 경우 참여 학생과 비참여 학생의 교육적 불평등, 참여 학생에 대한 학습 활동 평가, 코디네이터 역량에 지나친 의존 해소 등이며(Jeffers, 2013,  이지연, 2013c 재인용), 영국의 갭이어는 이 활동 자체가 필요한가, 참 여 학생 또는 프로그램에 대하여 어떻게 인증할 것인가 등이 이슈이 다(Jones, 2013; 이지연, 2013c 재인용). 덴마크의 갭이어는 이 제도가 국가 경쟁력 향상에 도움이 되는가, 학생의 참여 범위 등에 대한 이슈 가 있다(Katznelson, 2013; 이지연, 2013c 재인용). 한국의 자유학기제는 학생의 진로탐색을 증진하는 취지에서 도입은 되었지만, 제도 운영 에 있어서 핵심적 이슈는 공교육의 개선을 통하여 사교육 의존도를 어떻게 줄일 것인가, 진로탐색 관련 사교육 시장의 난립 가능성, 학교 내 운영 과정에서 교사의 전문성, 학생의 학력 저하 우려 등이다(이지 연, 2013c).