인도네시아나 인도의 경우처럼, 화석연료 보조금은 시장을 왜곡할 수 있고, 화석연료 소비 증가로 경제적 비효율성을 초래하여 에너지 안보에 위협을 줄 수 있으며, 기후변화를 악화시키고, 화석연료와 대체연료의 가격 차이를 이용한 부정부패가 생길 수 있다. 
첫째, 화석연료 보조금은 국제 에너지시장 가격 변화에 대해 정상적으로 국 내 수급이 반응하지 못하도록 시장을 왜곡할 수 있고, 둘째, 화석연료 보조금은 화석연료 소비를 증가시키고 이로 인해 연료의 수입을 늘리고 수출을 감소시켜 무역수지의 악화와 경제적 비효율성을 초래하며, 국제시장 변동에 대한 취약성을 커지게 하여 에너지 안보에도 위협을 줄 수 있다는 것이다. 셋째, 화석연료 보조금은 청정에너지원에 대한 투자 유인을 축소하고, 과도한 화석연료 에너지 사용으로 기후변화를 악화시키며 넷째, 보조금 혜택을 받는 화석연료 제품과 혜택을 받지 않은 대체연료와의 가격 차이를 이용해 이익을 얻고자 하는 연료 불법거래 및 이와 관련한 부정부패 심화로 사회적 불안감이 조장될 수 있기 때 문이다. 실제 인도네시아의 경우 보조금 혜택을 받는 연료의 10~15%가 불법적으로 거래되고 있으며 인도에서도 보조금을 받는 등유의 약 40%가 암시장에서 거래되며, 보조금 혜택이 없는 경유의 대체용으로 이러한 등유를 자동차 연료에 불법적으로 사용하고 있다.