성별영향분석평가센터는 시민단체와의 지원과 협력을 유지하고 있다.  2015년 대구 YMCA가 여성 일자리 사업 모니터링을 진행하는 과정에서 함께 참가하였다.
이 외에도 성별영향분석평가센터는 시민단체의 모니터링사업을 지원하며 시민단체와의 협력을 유지해 나가고 있다. 예를 들어 2015년 대구 YMCA가 여성 일자리사업 모니터링을 진행하는 과정에 성별영향분석평가센터도 함께 참여하기도 하였다. 센터는 모니터링에 대한 컨설팅을 제공했을 뿐만 아니라 모니터링단을 교육하고 모니터링 지표 개발을 지원했으며, 모니터링 과정에서 필요한 각종 행정 자료도 공무원의 협조를 얻어 제공하기도 하였다. 그리고 성별영향분석평가센터와 대구YMCA는 더 나은 정책 개선안을 만들기 위해 모니터링한 결과를 함께 논의하였다.