재정지원은 선정과 평가에 공정성·엄정성으로 합리적으로 결정되어야 한다. 재정지원 사업 간 체계화와 재구조화를 통해 고등교육의 방향성을 제시하고, 중·장기 대학특성화 재정 지원방안을 모색해야 한다.
대학특성화의 필요성에 공감하고 이를 위한 재정지원이 대학교육 경쟁력 강화에 기여할 것이라는 기대를 갖기도 하지만 개별 대학의 운영방식에 미치는 파급력도 크기 때문에 선정과 중간 평가에 있어 공정성과 엄정성을 기반으로 한 합리적인 의사결정이 이루어져야 한다. 또한 산업수요에 부응하는 대학의 역할을 이끌어내기 위해 재정지원 사업이 다양화되는 과정에서 사업 간 관계의 체계화 요구도 증대되고 있다. 학령인구 감소 등으로 대학의 재정지원 사업 의존도가 깊어지는 상황에서 사업간 재구조화를 통한 고등교육의 방향성 제시가 필요하다. 대학의 기본역량과 지역산업 기여를 중심으로 교육부 및 타 부처의 재정지원 사업을 모두 포함하여 개편하는 중·장기 대학특성화 재정 지원방안이 모색되어야 할 것이다.