자유학기제 자율과정을 내실 있게 운영하기 위해 비교과활동 활성화의 저해요인을 해결하고 자유학기제 대상 학생들의 직･간접 체험을 위해 다양한 인프라 구축이 추진되고 있다. 자유학기제 인프라는 중앙정부 와 시･도교육청, 교육지원청, 학교가 여러 기관과 협업하여 구축하고 있다.
자유학기제 자율과정을 내실 있게 운영하기 위해서는 그 동안의 비교과활동 활성화의 저해요인을 분석하여 이를 해결하고 지원해줄 수 있는 방안이 함께 마련되어야 한다. 그 중 비교과활동 활성화의 저해요인으로 지적되어온 자원 부족, 지역사회와의 네트워크 부재, 자원 연계 경험 부재 등의 문제를 해결하고 자유학기제 대상 학생들의 직･간접 체험의 활성화를 위해 자유학기제 인프라 구축이 추진되고 있다. 자유학기제 시행을 위한 인프라 구축은 중앙정부 차원, 시･도교육청 차원, 교육지원청 차원, 학교 차원으로 구분될 수 있다. 중앙정부 차원에서는 교육부가 중앙부처･청, 교육기부 공공‧민간기관 등과 중앙단위에서 지원체제를 구축하고, 시‧도교육청-광역 자치단체, 교육지원청-기초 자치단체로 이어지는 연계‧협력 체제를 형성해 나갈 계획을 발표하였으며(교육부 보도자료, 2014. 2. 21), 2014년 3월 12일에 교육부와 8개 중앙행정 처‧청간의 업무협약 체결을 통해 자유학기제 지원을 위한 정부차원의 인프라를 구축하고 있다<표 Ⅱ-7>. 한국교육개발원 자유학기제 지원센터에서는 16개 전문기관들과 MOU를 체결하여 자유학기제를 지원하고 있다. 각각의 전문기관에서는 기관의 특성에 따라 차별화된 인프라를 제공하고 있다. 협업기관들은 자유학기제 관련 연구를 수행하는 기관, 강사풀이나 학생 체험 관련 프로그램을 보유학고 있는 기관, 시설 자원을 보유하고 있는 기관 등으로 구분할 수 있으며 각 기관의 역할은 <표Ⅱ-8>과 같다.