취업 규칙 제도가 가진 현실적인 한계점은 현행 취업 규칙 제도가 근로 조건의 형성 및 변경을 위한 합의 기능을 수행하는데 어려움이 있다는 것이다.
취업규칙제도가 가진 현실적인 한계성으로는 현행 취업규칙 제도는 근로조건의 형성 및 변경을 위한 합의기능을 수행하는데 어려움이 있다는 점이다. 사용자가 근로조건을 근로자에게 불이익하게 변경하고자 하는 경우 과반수 노조 또는 근로자의 과반수는 이러한 사용자의 제안에 대해 찬반을 표시하는 수동적인 주체에 머물고 있을 뿐이다. 상황이 이렇다 보니, 원칙적으로는 사용자가 자유롭게 근로조건을 설정하거나 변경하는 것을 인정하면서도 근로조건을 불리하게 변경하는 경우에 있어서는 과반수 노조 또는 근로자 과반수의 동의를 받도록 함으로써 사용자가 일방적으로 근로조건을 불리하게 변경하는 문제점을 보완하고자 한 근로기준법의 취지는 거의 발휘되지 못하고 있다. 이러한 사실은 취업규칙과 관련한 연구조사를 통해서도 일정 부분 확인되고 있다.