정부의 자원개발사업 융자제도는 성공불융자 예산의 변경되어 변동이 심하다. 이는 매년 예산과 사업수에 의해 배정하는 형식인데, 불확실성이 큰 사업에 대한 특혜시비 등의 문제점을 현행 제도로 해결하기 어렵기 때문에 그런 것으로 보인다.
정부의 자원개발사업 융자제도는 사업의 신청 및 평가과정이 여타 금융권의 융자제도와 다른 특성이 있으며 특히 신청년도의 예산에 영향을 많이 받는다. 정부가 매년 성공불융자 예산을 변경하기 때문에 어떤 해에 신청하느냐에 따라 융자금액의 차이가 크게 난다는 것이다. 실제로 사업 초기에는 사업전체 투자비의 40%대 까지 지원이 되었으나 이후 10%대로 하락하는 등 변동이 심하다. 즉, 사업의 중요도와 성공 가능성으로 인한 영향보다 정부의 예산지원액에 따라 사업별 융자지원금 또는 융자지원율 등이 매년 달라진다. 즉, 사업을 통합적으로 분석하여 사업에 적합한 융자를 하는 것이 아니고, 매년 가능한 예산과 신청한 사업수에 의하여 배정하는 형태를 띠고 있는 것이다. 이는 불확실성이 큰 사업에 대한 정부의 지원금액이 사업별로 상이할 경우에 나타날 수 있는 특혜시비 등 다양한 문제점을 현행 제도로는 해결하기 어렵기 때문으로 판단된다.