둘째, 위원 위촉업무가 부적정하였고, 통합과정에서 불이익을 받은 체육인 구제지침 운영의 공정성 논란이 야기 되었으며, 임의로 징계기준 적용을 보고 받고도 조치를 취하지 않았다. 징계부가금 미 부과에 대한 조사 결과 제도 도입 전에 사유가 발생하여 징계부가금을 부과 할 수 없는 것으로 확인 되었다.
둘째, 체육행정 분야에서 ▲ 스포츠공정위원회 위원 위촉 시 문체부와 협의해야 한다는 명시적 규정이 있는데도 「스포츠공정위원회 규정」 시행(2016. 3월)이후 문체부와 협의하지 않았으며, 제2기 위원 14명 위촉 시(2017. 2. 7.) 당시 규정이 아닌 개정안(2017. 2. 10.개정)을 근거로 위촉하여 자격기준에 부합하지 않은 2명을 위촉하거나, 법률가 또는 스포츠분야 교수가 2/3(10명)이상 되도록 구성해야하나 7명만 구성하고, 제2기 위원 위촉의 하자를 동 규정 부칙을 개정하여 경과조치를 두어 해결하는 등 위원 위촉업무가 부적정하였다. 또한 ▲ 통합과정에서 불이익을 받은 체육인 구제지침에서 금품 수수 및 배임․횡령 등으로 인한 징계양정이 과도한 경우 감경을 적용하도록 하면서 감경의 한도․범위를 명확하게 정하지 않아, 스포츠공정위원회(체육회)가 배임수재로 제명 처분을 받은 3명을 견책으로 과도하게 감경(4단계)하거나, 2개 회원종목단체가 구제기준을 위반하여 구제한 결과(5건)를 보고 받고도 구제기준 준수 여부 및 구제의 정당성을 검토하지 않는 등으로 위 지침 운영의 공정성 논란이 야기되었으며, ▲ 「스포츠공정위원회 규정」[별표] 위반행위별 징계기준에서 폭력․성폭력은 품위 훼손의 경우와 구분하여 엄격한 징계기준을 적용하도록 되어 있을 뿐, 폭력․성폭력의 피해자 구분(선수 또는 일반인 등)과 관련한 별도의 차별화된 기준이 없는데도, 대한◇◇협회가 체육인(◇◇ 선수)의 일반인 대상 폭력 행위에 대해 폭력 징계기준이 아닌 품위훼손의 징계기준을 임의 적용하여 낮은 단계의 견책 처분을 하였는데도 체육회는 이를 보고받고도 별다른 조치를 하지 않았다. 한편 2017년 국정감사에서 제기된 대한∇∇연맹 임원의 비위에 대한 징계부가금 미 부과에 대한 조사 결과, 동 비위는「스포츠공정위원회 규정」에 징계부가금 제도가 도입(2016. 3월)되기 전에 징계사유가 발생한 사안(2013～2015년)으로 징계부가금을 부과할 수 없는 것으로 확인되었다.