자기주도학습은 학생 스스로 학습목표를 설정하고, 필요한 자원과 전략을 활용하여 주도적으로 학습해가는 과정으로서 목표 설정이 매우 중요하며 이는 자기구조화학습과 연관이 있다.
자기구조화학습(self organized learning)은 일찍이 학교 현장에서 강조되어 연구되고 있는 자기주도학습과 깊은 연관이 있다. 자기주도학습은 다른 사람이 도와주건 안주건 간에 학생이 스스로 자신의 욕구를 진단해서 학습목표를 설정하고, 학습에 필요한 자원과 전략을 활용하여 주도적으로 학습해가는 과정이다. 자기주도적으로 공부하는 학생들은 대체로 학업성취가 높고 공부를 하고자 하는 동기와 자신감이 높다. 자기주도학습에서 특히 중요한 것은 목표 설정이다. 벽 속의 구멍 실험에서 아이들은 스스로 선택해서 날마다 컴퓨터 앞으로 모여들어 알고자 하였다. 이와 같이, 학생들은 자신이 왜 공부를 해야 하고 무엇을 목표로 공부해야 하는지에 대해 스스로 선택할 때 학습 효과를 크게 볼 수 있다.