1996/1998년에 강원도에서 북한의 잠수함이 발견되었고 도주한 북한군과의 교전도 벌어졌다. 이들은 당시 제네바 합의에 따른 남북 간 경제협력 도중에 벌어진 사건이었다.
게다가 같은 해 9월 18일 강릉시 해안가에 북한의 소형 잠수함이 좌초되어 발견되는 사건이 발생했다. 군경과 예비군이 소탕 작전에 돌입하였고, 이후 사살당한 것으로 추정되는 11명의 사체를 발견하였다. 도주한 북한군을 추적하여 13명을 교전 끝에 사살하였으나 남한 측에서도 군인 11명, 경찰/예비군 2명, 민간인 4명이 피살되는 인명피해를 당했다. 또한 1998년 6월 22일에 강원도 속초시 영해에서 북한의 유고급 잠수정 1척이 표류하다 해군 함정에 의해 6월 23일 새벽 동해안으로 예인됐다. 이 잠수정에서는 승조원과 공장원 등으로 추정되는 9구의 시신이 자폭한 채 발견됐다. 당시 1996년의 강릉 잠수함 사건에도 불구하고 '제네바 합의'에 따라 대북 경수로 건설사업 등 남북한 간의 경제협력은 계속되던 상황이었다.