자유학기제 운영을 위한 각 기관의 역할과 기능을 검토해야 한다. 다양한 이해관계자의 역할과 시스템의 구축이 필요하고 그들 간의 조율이 필요할 것이다. 따라서 여기에는 그 내용과 방안에 대한 것이 서술될 것이다.
셋째, 자유학기제 운영을 위한 국가, 교육청, 학교 간의 역할이나 기 능 조율을 검토할 필요가 있다.  자유학기제 정책을 둘러싼 다양한 이 해관계자 간의 역할이 명확히 정립되고, 이를 체계적으로 수행할 수 있는 시스템 구축이 필요하다(최상덕 외, 2013). 각 주체는 국가, 교육 청, 학교가 될 것이며, 이들 간의 역할 조율이 이루어져야 한다(김나라 외, 2012). 여기에는 국가, 교육청, 학교로 이어지는 하향식 구조 뿐만 아니라, 학교와 학교, 지역과 학교 등 다양한 주체들 간에 적극적인 협조가 이루어지는 쌍방연계 구조도 포함된다. 자유학기제 연구학교 의 결과를 꼼꼼히 모니터링하여 자유학기제 운영에 대한 장점을 강화 하고 단점을 보완하는 R&D 노력(이지연, 2013a), 국가 및 지방자치단 체의 농어촌 및 도서 벽지 지역에 자유학기제의 실시를 위한 교육 조건의 정비(박삼철, 2013) 등이 각 주체의 역할 정립의 예가 될 것이다.