참여정부는 추진체제를 강화하여 예산 조정 권한을 갖추는 것과  국가재정계획에 인적자원개발 사업을 특화 반영하는 것으로 재정 투자계획 방법을 마련했다.
재정 투자계획은 여러 가지 인적자원개발 사업의 경중을 따지고, 인적자원 투자의 재원 확보 방법을 강구하는 방안이었다. 참여정부는 이를 위해 2가지 방법을 마련하였다. 첫째는 추진체제를 강화하여 근본적으로 예산 조정 권한을 갖추는 것으로 당시 노무현 대통령의 주문으로 이루어진 ｢국무총리 인적자원개발･연구개발 기획단｣이 국가인적자원개발 추진체제 개편안을 마련함으로써 도출되었다. 둘째는 국가재정계획에 인적자원개발 사업을 특화하여 반영하는 것으로 참여정부는 2005년부터 개시되는 5개년의 중기재정운용계획에 교육 분야나 R&D 분야와는 별개로 인적자원개발 사업을 편성하게 되었다.