하지만, 3국 협력 사무국은 그 활동 범위와 역할 및 임무가 정확히 설정되어 있지 않고 포괄적으로 규정되어 있기 때문에 3국 협력의 촉진자로서 역할하기에 적합한 제도적 위임을 받지 못하고 있다. 또한 3국 내 관련 부처와의 유기적 협력체제 구축이 미비하며, 그 예산과 인력도 매우 미비한 실정이다.
하지만, 3국 협력 사무국은 그 활동 범위와 역할 및 임무가 정확히 설정되어 있지 않고 포괄적으로 규정되어 있다. 역할과 기능에 대한 명확한 규정이 미비하고 설립협정으로부터 위임된 임무가 매우 포괄적이기 때문에, 현재 3국 협력 사무국은 3국 협력의 촉진자로서 역할하기에 적합한 제도적 위임을 받지 못하고 있다. 또한, 3국 협력 사무국과 3국 내 관련 부처 간 유기적 협력체제 구축이 아직은 미비하다. 3국 협력 사무국은 3국 외교부가 주도하여 설립되었고, 업무 연락도 주로 외교부를 대상으로 하고 있어서 3국의 다른 부처들은 3국 협력 사무국의 역할과 임무에 대한 이해가 매우 낮고 인식이 부족한 상황이다. 아울러, 3국 협력 사무국의 예산과 인력이 매우 미비한 수준이다. 2014년 말 현재 3국 협력 사무국의 직원은 총 26명에 불과하며, 재정이 매우 제한적이어서 사업역량 강화에 중요한 제약요인으로 작용하고 있다. 3국 협력 사무국의 재정은 3국이 각각 갹출하는 기여금으로 운영되고 있는데, 사무국의 예산이 충분하지 않아서 아직은 다양한 사업을 위해서는 재원이 부족한 것으로 평가된다.