별도로 재정성과 관리제도를 연구한 또 다른 연구 군에서는 재정성과를 위한 평가 지표와 설계의 타당성이나, 평가를 수행하는 부처의 부정적 행태(사업명 바꾸기, 쉬운 성과 지표 설정 등)를 지적하기도 한다.
재정성과의 관리를 통해, 정부 사업의 투명성과 책무성 제고 측면에서 재정성과관리의 기반이 되는 프로그램 예산 구조의 개발과 성과 정보의 생산이 이루어지고 있다는 점에서 긍정적이라는 평가가 있다. 이는 기술적 효율성, 사업의 성과 개선 측면에서 재정사업 자율평가 또는 심층평가를 받은 사업에 권고사항이 반영되어 사업의 개선이 이루어지도록 설계되기 때문이다. 하지만, 현재의 재정성과관리제도는 세출 구조조정 측면에서 그 효과가 제한적으로 나타나고 있으며, 개별 단위사업 중심의 성과관리 및 평가체제인 현 재정성과관리제도는 전체 평가대상 사업 예산 규모로 보면 예산 삭감 효과가 매우 미약하다는 지적도 있다. 특히, 다 부처 사업에 대한 체계적인 성과관리 체제가 없기 때문에 예산의 전략적 재배분이라는 목표를 추구하기 어려운 실정이다. 이와 별도로 재정성과 관리제도를 연구한 또 다른 연구 군에서는 재정성과를 위한 평가 지표와 설계의 타당성이나, 평가를 수행하는 부처의 부정적 행태(사업명 바꾸기, 쉬운 성과 지표 설정 등)를 지적하기도 한다.