조사를 통한 정당한 활동 보호에 목적을 둔 감찰기능과 조직의 성과 향상을 지원하고 협력하는 목적을 둔 감사기능은 한 조직 내 함께 존재하기는 하지만 이 둘 간에는 최대한 분명하고 완전한 기능적 분리가 필요하다.
이상 3가지의 내부감사 또는 자체감사 유형을 구분하면서 분명하게 인지할 수 있었던 사실이 하나 있다. 그것은 감찰기능과 감사기능 간에는 최대한 분명하고, 완전하게 기능적인 분리가 필요하다는 점이다(Cohen, 2008:186187). <표 1>에서 살펴보았듯이 감찰관의 자격요건과 (자체)감사관의 자격요건은 상당히 다를 뿐만 아니라 오히려 반대 성격을 갖는다. 한쪽은 경찰(검찰)기능을, 다른 한쪽은 자문기능을 수행하기 때문일 것이다. 또 한쪽은 불신을, 다른 한쪽은 상호간의 신뢰를 바탕으로 활동하고 있다. 따라서 주어진 임무에 따라서 장소와 시간이 바뀌면서 이 2가지 임무를 번갈아가며 수행한다는 것은 있을 수 없고 어려운 일이 아닐 수 없다. 감사기능은 조직의 성과 향상을 지원하고 협력하는 데 주 목적이 있고, 감찰기능은 조사를 통해서 정당한 활동을 보호하고자 하는 데 주 목적이 있다. 다만 이러한 다른 2가지의 기능이 한 조직 내에서 같이 존재하기 때문에 이에 대한 분명한 구분이 절대적으로 중요하다.