통일후 내각책임제를 채택하는 것에는 문제가 있다. 통일 뒤 위기상황에 필요한 강력한 리더십과 신속한 대응을 내각책임제로 감당하기 어렵고, 총리와 의석을 한 당이 독점할 경우 정치적 소외도 우려된다.
하지만 대통령제에 이와 같은 단점이 존재한다고 해서 통일 이후 정부형태로 내각책임제를 채택하는 것도 많은 문제점과 한계를 가지고 있다. 언급한 바와 같이 한반도 통일 이후는 많은 문제들이 나타나는 이른바 국가 위기상황이라고 해도 과언은 아니다. 이 상황에서 정부는 강력한 리더십 하에 나타나는 문제들에 대해 신속히 대응하여야 하는데 정부와 의회, 정당 간 대화와 협의를 전제로 한 내각책임제 정부형태로는 신속하고 적절한 대응이 어려울 수 있다. 또한 통일 한국 선거에서 남한 출신의 총리가 선출되고, 총리가 소속한 당이 의회에서 독점적 의석을 차지할 경우 대통령제 못지않은 독선적 국정운영이 발생할 수 있으며, 이 경우 북한주민이 정치적으로 소외당할 수 있다.