다수의 대통령 자문위원회는 기능적 중첩으로 인해 일선 부처와 갈등이 생겼다. 또한 모든 행정부의 사업은 국회의 행정통제 대상이 되기에 정치적 갈등 사안이 될 수 있다.
대부분의 대통령 자문위원회가 소기의 목적을 달성하기보다‘옥상옥’의 기능적 중첩으로 말미암아 일선 부처와 갈등이 생겼던 경험을 상기한다면 이같은 질문은 대통령 자문위원회의 기능 활성화를 위해서도 꼭 필요한 질문이다. 여기에서 정치적 부담이라 함은 모든 행정부의 정책목표와 비전이 대부분의 경우 국회의 행정통제 대상이 되어 정책적 비전이 정치적 논란으로 전환될 수 있음을 의미한다. 예를 들어 행정수도 이전, 4대강 사업, 국정 교과서 등과 같이 대통령의 공약 사업이자 행정부의 주요 사업이라 해도 폭넓은 ‘국민적 합의’에 기초하지 않을 경우 첨예한 정치적 갈등 사안이 될 수 있기 때문이다.