성도착증 환자에게 약물 투여 및 심리치료를 진행하게 해서 성도착증을 약화 및 정상화 시키는 수단을 도입했지만 문제가 있다. 먼저 도입 이후 통계와 같은 자료가 없다는 것이고 두번째는 당사자의 동의에 대한 문제이다. 당사자 동의는 사실상 강요에 의한 동의라는 의견이 있으며 기본권의 중대 침해라는 것이다.
성도착증 환자에게 직접 약물을 투여하고 심리치료를 부과하여 도착적인 성기능을 일정기간 동안 약화 또는 정상화한다는 강렬한 수단을 이렇게 급하게 도입하였지만 성충동 약물치료에 관한 언론기사를 제외하면 2011년 시행 이후 지금까지 집행현황에 대한 공간(公刊)된 통계 하나 마련되어 있지 않다. 학계의 논의 상황 역시 법률의 도입 및 시행 이전과 직후에만 비슷한 취지의 위헌성 논란이 산개하였을 뿐 별다른 진전이 보이지 않는다. 특히 성충동 약물치료법에 관한 논의의 중심에 는 대상자의 동의가 놓여 있다. 피치료자의 동의에 의하지 않거나(제4조 이하) 사실상 강요된 동의에 의한(제22조 이하) 약물치료는 신체불훼손권이나 자기결정권과 같은 기본권에 대한 중대한 침해에 해당한다는 것이다. 이를 반대로 읽어내면 대상자의 진정성 있는 동의가 있으면 성충동 약물치료는 헌법적으로 정당화될 수 있다는, 즉 동의를 약물치료의 정당화 요건으로 삼고 있음을 알 수 있다. 반면 집행주체인 법무부를 비롯하여 대법원과 헌법재판소는 성충동 약물치료가 형사제재인 이상대상자의 동의가 반드시 요건화 되어야 할 필요가 없다는 입장이다.