배출권 거래가격의 안정적 형성을 위해  시장안정화 조치를 할 수 있으나 이는 총량제한의 엄격한 시행을 막을 수 있는 부정적효과가 있고 저탄소 기술에 대한 투자 방해로 기술개발에도 장애가 될 수 있다.
환경부장관은 배출권 거래가격의 안정적 형성을 위하여 배출권 가격이 일정 기준보다 높게 형성될 경우, 배출권에 대한 수요의 급증 등으로 인하여 단기간에 거래량이 크게 증가하는 경우, 배출권 거래시장의 질서를 유지하거나 공익을 보호하기 위하여 시장 안정화 조치가 필요하다고 인정되는 경우로서 배출권 가격이 일정 기준보다 낮게 형성되거나 그러할 우려가 상당히 있는 경우에는 할당위원회의 심의를 거쳐 시장 안정화 조치를 할 수 있다(같은법 제23조 제1항, 같은 법 시행령 제30조제1항, 제2항, 제3항). 시장안정화조치는 배출권 가격을 통제하는 효과적 조치이나 총량제한의 엄격한 시행을 저해하는 부정적 효과가 있다. 또한 저탄소 기술에 대한 투자를 방해하여 기술개발에 장애가 될 수 있다