비지정 건조물문화재 일제조사사업은 건축사적 가치와 문화재 지정가능성으로 건조물의 가치를 등급화 한 후 이를 종합하여 가치를 판단했다. 건축사적 가치는 건립연대, 보존상태, 역사적·학술적·예술적 가치의 3가지 항목을, 문화재 지정가능성에 따른 가치 판단은 문화재 등급에 따라 판단하였다.
비지정 건조물문화재 일제조사사업은 건조물의 가치를 종합적으로 판단하고, 이를 상대적인 비교가 쉽게 하고자 대상 건조물의 가치를 등급화하였는데, 이를 위한 가치 판단기준을 건축사적 가치와 문화재 지정가능성 2가지로 크게 제시하고, 각각 5개의 단위로 구분하였다. 건축사적 가치는 건립연대, 보존상태, 역사적·학술적·예술적 가치의 3가지 항목을 중심으로 판단하였는데, 건립연대는 고려 말 이전, 조선 초에서 1800년대 이전, 1800년대에서 1900년대를 기준으로 나누어 등급화하였고, 선사시대 석조물의 경우 앞의 기준에 따르지 않고 지역별 책임연구원회의 및 자문회의에서 판단하였으며, 보존상태는 원형에 가깝게 보존되어 있을수록 등급을 높게 판단하였다. 역사적 가치는 조사대상 건조물이 역사적 인물이나 사건과 관련하여 한국사 및 지역의 역사에 기록될 만한 가치가 있는 경우 인물과 사건의 중요성에 따라 건조물의 역사적 가치를 판단하였고, 학술적 가치는 조사대상 건조물이 시대적 배경과 당시의 기술이 남아있는 정도에 따라 등급을 판단하였으며, 예술적 가치는 조사대상 건조물이 변형의 정도와 건립 당시의 예술적 표현을 잘하고 있는지에 따라 등급을 판단하였다. 또한, 문화재 지정가능성에 따른 가치 판단은 문화재 등급에 따라 판단하였다. 이러한 가치판단은 각 항목에서 두드러진 가치가 있다고 판단된 경우에는 각 항목에서 그 가치로 인하여 등급이 우선적으로 정해질 수 있으나 대부분의 경우에는 종합적인 판단을 해야 하므로 종합적 가치판단의 결과를 조사표에 표시하도록 하였다.