정부의 간섭으로 공공기관의 자율이 축소되면, 비효율적인 사업이 추진되거나 낮은 요금이 결정되는 등 비효율성이 증대되어 재무구조가 악화되고 부채를 증가시킨다는 문제가 있다. 따라서 공공부문의  성과를  높이기  위해서는 경영관리에  자율성을  부여하여, 조직이 스스로 결정하고 그 성과에 책임을 지도록 해야한다.
먼저, 자율성 이론은 공공기관이 성과를 높이기 위해선 정부로부터 경영의 자율성을 확보해야 함을 강조한다. 그러나 최근 정부는 주요 국책사업을 공공기관에 수행하게 하고 공공기관의 서비스 요금을 통제하는 등 자율성을 오히려 축소시키는 정책기조를 유지하여 왔다. 더구나, 공공기관의 장에 대한 정치적 임용의 증가는 공공기관의 자율성을 더욱 축소시키는 결과를 초래하여 왔다. 학자들은 공공기관의 정부에 대한 자율성을 크게 정책, 조직, 인사, 예산 운영의 자율성으로 구분하고 있다(Verhost, et al, 2004). 국책사업수행, 요금규제, 정치적임용은 학자들이 언급한 경영 자율성 침해의  대표적인  예를  보여주고  있다.  문제는  이러한  공공기관  자율성의  침해가  공공기관의 비효율을 증가시키고 이는 공공기관의 재무구조를 악화시켜 부채를 증가시킨다는 점에 있다. 보다 구체적으로  신공공관리론은  공공부문의  성과를  높이기  위하여  경영관리에  자율성을  부여하여 조직이 스스로 성과에 책임을 지도록 한다(오영민, 2014; Kettl, 2005; Moynihan, 2008). 또한 공공선택이론에 따르면 공공기관이 목표설정, 사업투자, 신규고용 등 경영에 관한 사항을 스스로 결정할 수 있을 때 효율성이 증가한다(김지영 외, 2011). 그러나 이러한 경영활동에 정부의 간섭을 받게 되면 성과와 효율성이 떨어지게 된다. 특히 공공기관의 중요한 성과지표인 부채의 경우 전술한 바와 같이 정부의 간섭으로 인해 비효율적인 사업이 추진되거나 낮은 요금이 결정될 때 재무구조가 악화되어  부채가  증가된다.  공공기관이  자율성을  가졌더라면  부채가  예상되는  비효율적인 의사결정을 내리지 않았을 것이다.