일본과의 동중국해 영토분쟁에서 중국은 일방적으로 방공식별구역을 선포했다. 이에 미국은 일본의 대중 노선을 적극 지지할 것이라 강조했지만, 미·중 협력관계를 잠정적으로 유지할 수밖에 없었다. 중국 또한 일본과의 해결을 추구한다는 입장을 표명하고 있다.
2013년 동북아 국가들의 지도자가 모두 바뀐 이래, 동중국해 영토분쟁 및 방공식별구역 논란은 미·중 관계의 현주소를 잘 보여준다. 중국은 10월 동중국해에서 자국의 핵심이익을 보호한다는 취지로 현재 일본과 해당지역 영토분쟁 중인 배경하에 일방적으로 방공식별구역을 선포했다. 미국은 동아시아 재균형 전략의 구성요소 중 가장 중요한 것이 기존 동맹의 유지, 발전이라고 표방해온바, 일본의 입장을 지지하고 있다. 동중국해 분쟁에서도 미국은 오바마 대통령의 일본 방문을 통해 미국이 일본의 대중 노선을 적극 지지할 것이라고 재차 강조한 바 있다. 그러면서도 미·중 협력관계를 잠정적으로 유지할 수밖에 없는 바, 미·중 신형협력관계 수립과 동맹 유지라는 두 개의 원칙이 상충할 때 미국은 양자를 조화시킬 수 있는 신중한 전략을 구사해야 한다. 중국 또한 미국을 상대로 군사적 수단을 사용하면서 동중국해에서 핵심이익을 보호할 수는 없으므로 점차 일본과의 해결을 추구한다는 입장을 표명하고 있다.