공공 부문 유사중복의 이슈는 이를 식별하여 관리하는 것이 중요하다. 유사중복의 조정은 재정관리를 중복되지 않도록 하고 투자성 사업에서도 중복이 발생하지 않게 조정 및 감독해야 한다. 조세지출과 재정 지출간 유사 중복도 새로운 이슈로 떠오르고 있다.
현재 공공 부문 유사중복에서는 새로운 흐름 및 이슈가 등장하고 있으며, 이에 대한 적절한 대처가 향후 효율적인 유사중복 식별 및 관리의 핵심요인으로 작용할 것이다. 먼저 유사 중복 해소노력과 그 실효성에 대한 것으로 유사중복사업의 조정이 여러 분야에서 일어나는 동시에 새로운 문제가 등장하고 있다는 점에 주의를 기울여야 하는 문제이다. 유사중복이 새로운 형태인 중복지원 배제, 전달체계 통합, 사업차별화와 연계, 사업통합 등이 등장하고 있어, 관련 행정부처뿐만 아니라 감사원․국회 등 효과적 재정관리를 유도하는 외부기관에게도 도전과제로 다가오고 있다. 다음으로 유사중복이지만 실제로 유사중복임을 판정하기 어려운 투자성 사업에서의 대상자 중복이 발생하는 분야인 R&D, 중소기업금융지원 분야 등에서의 조정 및 감독문제이다. 셋째, 아직까지 적극적인 조정 대상이 아닌 중앙-지자체, 중앙-기관간 사업의 유사중복 조정 문제이다. 넷째, 재정지출 간 유사중복뿐 아니라 조세지출과 재정 지출 간 유사중복도 새로운 이슈로 떠오르고 있다.