유전자정보법의 제정 취지와은 달리 실질적인 목적은 강력사건이 흉포화/지능화 되어가는 상황에서 신속하게 범죄인을 발견하기 위함이다. 18대 국회에서 통과된 '유전자정보법'은 개인의 기본권과 관련된 논란들을 여전히 해결하지 못하고 있다. 유전자정보를 획득하기 위한 인체유래물질의 채취행위부터 신체불가침이 위협되고, 그것을 분석하는 과정에서 획득된 유전자정보가 데이터베이스에 저장되는 등 정보적 자기결정권, 무죄추정의 원칙, 소급효 금지원칙 등을 침해하는 행위가 되기 때문이다. 
법문언상 유전자정보법의 제정취지는 ‘유전자정보의 수집, 이용 및 보호에 관하여 필요한 사항을 정함으로써 범죄수사 및 범죄예방에 기여하고 국민의 권익을 보호’하기 위함이지만, 실질적인 목적은 강력사건이 빈번해지고 그 수법 또한 흉포화ㆍ지능화 되어 가는 상황에서 보다 신속하게 범죄인을 발견하려는 요청에 부합하기 위함이라 할 수 있다. 이미 동법률이 시행되기 이전부터 수사기관을 통해 유전자정보가 획득되고 이용되는 행위들이 개인의 기본권침해로부터 자유로울 수 없다는 점은 충분히 인식되어 왔다. 1990년대 중반부터 유전자정보데이터베이스 구축을 위한 논의가 있어 왔음에도 불구하고 2010년 1월 25일 유전자정보법이 제정되기까지 상당한 시간이 필요했던 이유는 바로 이 때문이다. 충분한 논의기간이 있었음에도 불구하고, 사실상 18대 국회에서 통과된 유전자정보법은 17대 국회에서 임기만료로 폐기되었던 <유전자감식정보의 수집 및 관리에 관한 법률안>의 내용과 상당부분 유사하는 점에서, 개인의 기본권과 관련된 논란들은 여전히 해결되지 못하고 있다. 유전자정보를 획득하기위해 필요한 인체유래물질의 채취행위부터 이미 신체불가침이 위협되고, 채취된 인체유래물질을 분석하는 과정 및 이로부터 획득된 유전자정보가 데이터베이스에 저장되는 행위 등은 정보적 자기결정권, 무죄추정의 원칙, 소급효 금지원칙 등을 침해하는 행위가 된다는 점은 이미 유전자정보법의 제정과정에서도 인지되어 왔던 바이다. 관련 법규정의 제정형식은 논외로 하더라도, 유전자정보법의 제정과정에서도 인지되었던 - 정보적 자기결정, 무죄추정, 신체불가침, 소급효금지원칙 등과 관련된 - 기본권 침해요소들은 그대로 남아 있다. 2014년 2월 현재 유전자정보법 제2조, 제5조, 제8조, 제11조, 제15조 등의 규정에 대해 헌법소원이 제기되어 심리 중에 있다는 점은 이를 뒷받침하기에 충분하다.