제12조 2항에 따라 지금까지 가장 빈번히 활용되어 온 방식은 SPS위원회에서 특정무역현안을 위원회 정례회의 안건의 일부로서 검토하는 방식이다. 
제12조 2항에 따라 지금까지 가장 빈번히 활용되어 온 방식은 SPS위원회 회의에서 다뤄지는 특정무역현안에 포함시키는 방법이다. SPS위원회는 특정무역현안을 위원회 정례회의 안건의 일부로서 검토해 왔으며, 실제로 회의의 상당 부분을 WTO회원국들이 제기한 특정무역현안을 검토하는데 할애해왔다. 1995년부터 2014년 말까지 총 382건의 특정무역현안이 위원회에서 제기되었으며, 위원회는 지금까지 이 제도를 통해 SPS협정 제4조(동등성), 제5조 5항(일관성), 제6조(지역적 조건에의 적응), 제7조(투명성), 제10조(특별 및 차등대우), 제12조 4항(국제표준 이용 상황의 감시) 등의 이행문제를 다루어왔다.