자료검색은 통계 산정 및 추세 예측의 부정확함, 통합 검색 불가능 등의 단점이 있다. 예를 들어 관련 단어들을 총칭하는 대표 단어의 검색을 통한 특정 단어의 파악이 힘들어 대표성이 상실될 수 있다.
자료검색의 단점으로는 중복이나, 반복민원은 제외되고 있지만 민원을 제기한 동일인에 대한 제외 기능이 없어 정확한 민원통계 산정에 불편을 초래할수 있으며, 추이보기를 통해 제공되는 향후 추세 예측률이 부정확하며, 자료검색에서 유관 의미를 가진 통합된 키워드를 통한 검색이 불가능한 것은 단점이될 수 있다. 예를 들어, 교통이란 단어의 검색을 위해서는 교통뿐만 아니라 관련단어인 자동차, 버스, 택시 등과 같은 유관 단어를 묶어서 교통이란 대표 단어를 통해 추세를 파악할 수 있어야 하지만 현재는 교통, 자동차, 버스, 택시등 개별 단어의 추세는 확인할 수 있지만 유관단어를 하나의 번들(bundle)로묶어 추세를 확인할 수 있는 방법이 없어 여러 단어의 추세를 반복적으로 계산하거나 단어가 의미하는 대표성이 상실될 가능성이 있다.