조세특례 평가는 전문 조사연구기관을 통해 실시되며, 조세특례의 도입타당성 등을 분석하는 ‘조세특례 예비타당성 조사’와 연간 감면액이 300억원 이상인 제도의 운영성과 등을 분석하는 ‘조세특례 심층평가’로 구성된다.
조세특례 평가는 ｢조특법」개정(’14. 1. 1.)에 따라 2015년부터 도입되어 한국조세재정연구원 및 한국개발연구원 등 전문 조사연구기관을 통해 실시되고 있으며, 연간 감면액이 300억원 이상인 조세특례를 새로이 도입할 경우 이들 제도의 도입타당성 등을 사전적으로 분석하는 ‘조세특례 예비타당성 조사’와 일몰이 도래하는 조세특례 중 연간 감면액이 300억원 이상인 제도의 운영성과 등을 분석하는 ‘조세특례 심층평가’로 구성된다. 2016년 1월 ‘조세특례 성과평가 자문위원회’를 통해 이러한 조건에 해당하는 8개 제도를 평가 대상으로 확정하였으며, 관련 절차에 따라 제도별로 평가수행기관을 선정하였다. 2016년도에 수행된 ‘조세특례 예비타당성 조사’와 ‘조세특례 심층평가’의 수행결과를 간략히 정리하면 다음과 같다.