조직구성 상으로 보면, 전문지도자 비율이 상대적으로 낮아 통일체험교육의 성과를 내기 힘들다. 통일교육전문가 충원과 현 지도자들의 전문성 강화가 필요하다. 사업담당부서의 인원과 배치 및 내부직원의 직무범위도 보완해야 한다.
조직구성 상으로 보면, 정규직 인원 중 행정인력 대비 전문지도자 비율이 낮아 통일체험교육의 효과성을 담보하기 어렵다. 프로그램 운영인력의 대부분이 기간제 또는 위탁운영으로 이루어지고 있기 때문이기도 하다. 청소년활동지도 경력자들 중심으로 통일체험프로그램이 운영되고 있으나, 통일교육전문가들이 더 충원되어야 하며, 현 청소년활동지도자들의 통일교육을 위한 전문성도 강화해야 한다. 통일 관련 주제를 매개로하는 활동(체험)시설인데, 사업을 주관하는 부서의 인원이나 배치가 턱없이 부족하다. 또한 조직의 형태도 행정･관리부서가 하나의 부서로 배치되어 있어 사업담당부서나 인원수가 많이 부족하다. 향후 교류사업의 확장을 고려하면, 현 조직으로는 운영에 어려움이 클 것으로 보인다. 청소년교류 및 남북인적교류를 위한 내부직원의 직급 및 직무가 부족하다.