보육정책이 재원확보에 대한 논의 없이 진행되어 중앙정부와 지방정부 간의 갈등이 야기되었다.
또한 막대한 예산을 필요로 하는 보육정책이 이슈로 제기되면서도 재원확보에 대한 숙고와 논의 없이 진행된 것이 결국 중앙정부와 지방정부 간의 갈등을 야기하게 되었다. 특히, 보육정책의 수혜자가 소득에 관계없이 전 계층으로 확대되면서 지방정부가 감당해야 할 복지예산이 급증하게 되었고, 다른 분야의 복지서비스를 포기하거나 전체 지방정부의 재정이 악화되는 상황까지 초래하게된 것이다. 이로 인해 전국시도지사협의회는 지방정부의 재정적 부담을 고려하지 않은 채 일방적･획일적으로 보육정책을 시행하는 중앙정부에게 유감을 표하며, 사실상  보이콧을 집행하기도 하였다(매일경제, 2010.04.02.).