90년대 후반은 북한인권 관련 단체들이 본격적인 지원사업과 권리 개선을 주장하기 시작한 시기이며, 이때 설립된 단체들은 북한 관련 대표 단체로 성장하여 정치적 환경에 따라 다양한 활동을 하게 된다.
지금까지 정리한 바와 같이 90년대 후반에는 북한관련 단체들의 북한주민 지원 사업 및 탈북자 지원 사업이 본격화되었다. 수많은 아사자가 발생하여 남한을 비롯 전 세계에 충격을 주었던 북한의 고난의 행군 시기는 북한에 대한 인도적 지원단체들이 본격적으로 활동을 시작한 시기이면서 또 북한인권 관련 NGO들이 북한주민의 정치적·사회적권리 개선을 주장하기 본격적으로 시작한 시기이기도 했다. 이 시기 설립된 인도주의 단체 및 북한인권단체들은 아직도 가장 활발히 활동을 벌이고 있는 가장 대표적인 북한관련 NGO 들로 성장하였다. 이 단체들의 활동은 이후 김대중·노무현 정부의 햇볕정책 및 미국 부시정부의 북한인권정책, 그리고 이명박 정부의 등장 등 정치적 환경에 영향받아 그 내용에 많은 변화를 겪게 된다.