개방병원제도하에서 발생하는 의료 사고로 인한 의료분쟁을 해결하려면 환자와 의료기관 모두를 위한 방안이 모색돼야 한다. 현재 의료분쟁조정법이 시행되고 있지만 병원의 동의가 필요하기 때문에 환자의 소송제기에 불리하다. 반면, 병원은 의료분쟁으로 인한 경제적인 어려움에 처할 수 있으므로 개발병원제도를 받아들이는 데 소극적이다.
개방병원제도하에서 발생하는 의료 사고로 인한 의료분쟁의 문제를 해결하기 위해서는 환자와 의료기관을 위한 방안이 함께 모색되어야 한다. 환자 측면에서 볼 때, 현재 우리나라의 의료분쟁 처리 제도는 기본적으로 과실 책임 배상 방식으로 시행되며, 판정 기구로는 민․형사소송, 중재기구로서 민사․행정조정, 소비자보호원의 조정, 소비자 단체를 통한 중재,위험 분산 기구로서 대한의사협회공제회, 의사배상책임보험 등이 있다. 그러나 이러한 기본적인 의료분쟁 처리 제도를 통해서는 환자가 의료기관을 대상으로 소송을 제기하는 것뿐만 아니라 소송에서 승소하는 것도 쉽지가 않았다. 다행히 그동안 논의된 의료분쟁조정법안이 2011년 3월8일 제정되어 2012년 4월 8일 시행되었다. 그러나 이 법안은 병원의 동의가 없는 경우 조정‧중재를 통한 권리 구제가 불가능하기 때문에 반쪽짜리 법이라는 지적을 받고 있다.27) 반면 의료 사고로 인한 분쟁이 발생하여 공급자의 잘못으로 판명 났을 때, 공급자의 입장에서는 경제적인 문제를 포함하여 여러 어려움에 직면할 수 있다. 이러한 요인은 개방병원제도를 활성화시키는 데 중요한 걸림돌의 하나로 작용하고 있다. 현 개방병원제도하에서는 이러한 문제에 대한 해결 방안이 미흡하다.