기획재정부는 경비율 적용 과세기준에 대해 직전연도 수입 금액에서 당해 연도 수입 기준으로 변경하는 것이 제도의 예측가능성을 저하시키고, 영세 자영업자들에게 세부담 피해를 줄 수 있다고 말했다.
기획재정부는 경비율 적용 과세기준을 현행 직전연도 수입금액에서 당해연도 수입금액 기준으로 변경(이하 “쟁점규정의 변경”이라 한다)할 경우 기준경비율 적용대상자 여부를 연도 말에 알 수 있게 되어 제도 적용의 예측가능성이 저하되고, ｢부가가치세법｣에서 영세 자영업자의 신고 및 증빙수취 부담 등을 경감해 주기 위해 운영하고 있는 “간이과세제도”와 비교하였을 때 신고 및 증빙수취 부담 수준이 서로 상반되게 요구되는 법 간의 부조화 문제가 발생하게 되어 간이과세자 등 영세 자영업자들이 예측하지 못한 세부담 등의 피해를 입을 수 있으므로 현행 단순경비율 적용대상 기준의 큰 틀을 유지하면서, 당해연도 수입금액이 복식부기의무자의 수입금액 기준에 해당하는 사업자에 대하여는 단순경비율 적용대상에서 배제하는 방안을 검토하겠다는 의견을 제시하였다.