제도 도입에 있어서 정책 대상 간 경쟁과 제도 왜곡, 고용주들의 1인 기업가 제도 악용 가능성, 불법 노동과 탈세 증가 우려 등의 논란이 제기되었다.
제도 도입부터 다음과 같은 세 가지 논란이 제기되어 왔다. 첫째, 낮은 부가세(TVA) 세율 적용, 각종 사회세 면제 이점을 보기 위해 건설토목교통(BTP)부문 개인사업자들이 1인 기업가 제도로 편입됨으로써 정책 대상 간의 경쟁을 초래하고 제도가 왜곡되는 결과가 초래될 수 있다. 둘째, 고용주들이 인턴, 비정규직 종사자, 중고령 근로자 등 불안정한 직업군 종사자들의 고용에 발생하는 사회세 부담을 최소화하기 위해 1인 기업가 제도를 우회적으로 악용할 가능성이 제기되었다. 셋째, 제도의 간소화나 회계신고의무 완화로 인해 불법노동의 증가와 탈세의 우려가 있다.