기획재정부가 도입한 성과관리제도는 성과에 따라 예산을 배정하여 중앙부처 사업의 성과를 활성화시키는 것인데 제대로 실행되지 않는다는 분석이 많으므로 행정부와 국회 차원에서 예산안 배정과 성과지표 간 연계성을 강화할 필요가 있다.
다섯째, 정부부처의 사업에 대한 예산안 배정과 해당 사업의 성과지표 간의 연계성이 강화되어야 한다. 성과지표란 해당 사업이 원래의 이루고자 하는 목적을 달성했는지를 파악하는 지표이다. 기획재정부는 자율평가제도(2016년부터 통합재정사업평가로 바뀌었다)와 심층평가제도를 도입하여, 중앙부처가 발주하는 모든 사업들의 성과를 측정하고 있다. 이러한 성과관리제도의 가장 핵심목표는 사업들의 성과를 측정하고, 그 성과에 연동시켜 예산을 배정함으로써, 결과적으로 중앙부처 사업들의 성과를 제고하는데 있다. 하지만 이러한 정책방향을 갖고 성과를 측정하기 위해 많은 재원을 쓰고 있음에도 불구하고, 실제로 성과지표와 예산배정 간의 상관관계가 미비하다는 분석결과가 많다(박창균, 2013). 행정부의 예산안 편성과정과 국회의 예산안 심의 과정에 사업의 성과달성정도를 적극적으로 반영할 필요가 있다.