청년공제에서의 기업신청 방식은 조건을 충족하여도 여러 이유들로 채용기업이 거부할 수 있어 공정성 문제가 제기될 수 있다.
서울시, 경기도에서 개인형 방식으로 운영되고 있는 청년대상 자산형성지원사업과 달리 청년공제가 개인형 방식이 아닌 기업신청 방식으로 도입된 데에는 청년취업자의 근속을 통한 기업의 인력유지의 목적도 있지만, 김태욱(2017)의 진단과 같이 예산 제약의 문제도 작용하고 있는 것으로 고려된다. 그러나 청년공제에서의 기업신청 방식은 채용된(될) 기업이 지원대상 기업에 해당하고, 청년 본인도 지원대상자에 해당함에도 여러 이유들로 인해 채용기업이 충분히 거부할 수 있기 때문에 지원대상의 실제 가입여부를 둘러싸고 공정성의 문제가 제기될 수 있다.