복합적 요인으로 학습에 어려움을 겪는 학생들을 지원하기 뒤한 두드림학교운영의 효과성을 제고하기 위하여 효율적인 방식으로 예산을 분별력있게 지원할 필요가 있으며,  일정기간 지원을 하고,  지원 전후의 비교를 통해 효과성이 반드시 점검되어져야 할 것이다.
최근 교육부는 학력향상형 창의경영학교와 기초 튼튼 행복학교 외에도 돌봄이 부족하거나 정서·행동 장애 등 복합적 요인으로 학습에 어려움을 겪는 학생들을 통합적으로 지원하기 위한 두드림 학교(600곳)를 운영하고 있다. 두드림 학교 사업은 복합적 요인으로 학교생활에 어려움을 겪는 기초학력 부진학생을 위해 기초학력 부진 원인 진단, 학습코칭, 학습 상담, 프로그램 운영비, 교재구입비, 치료 바우처, 사례 회의비, 워크숍 비, 교원연수비 등에 예산을 지원하고 있다. 본격적으로 기초학력 보장 정책이 시행된 지 5년 이상이 되었고 정책의 단기적 성과를 넘어 정책 수행의 효과성을 제고하기 위하여 효율적인 방식으로 예산을 차등화하여 지원할 필요가 있다. 차후 기초학력 보장 정책은 목표 달성의 수준별 특성에 부합된 효과성 평가 체제를 구축해 나갈 수 있어야 한다. 100억여 원 이상이 투입되는 국가 수준의 기초학력 보장 정책인 만큼 학력향상형 창의경영학교, 기초 튼튼 행복학교, 두드림 학교 등으로 지정한 후 일정 기간 정책적 지원을 하고, 지원 전후 비교를 통해 정책 수행의 효과성이 반드시 점검되어야 할 것이다. 이를 위해서는 국가 수준에서 학생의 학습부진 여부를 진단할 수 있는 인지적 정의적 평가 도구를 개발하여 보급하고 이를 통해 정책 수혜 전후의 변화를 파악할 수 있어야 한다.