수도권 대중교통 요금수입에 대한 정부와 사업자 간 시비는 부재하다. 따라서 대중교통 중심의 교통체계로의 개편을 위해서는 서비스에 대응되는 추가요금부담이 수반되어야 한다. 이 때 대중교통 이용 기피를 방지하기 위해 대중교통요금 실비 지원 및 대중교통요금 환급제가 필요하다.
버스, 철도 등 수도권을 운행하는 현행 대중교통수단의 요금지불은 97% 이상이 교통카드를 통해 이루어지고 있기 때문에 요금수입에 대한 정부(지방정부 포함)와 대중교통운영 사업자 간의 시비는 없다고 판단된다. 따라서 대중교통 중심의 교통체계구조 개편과 대중교통수단이 승용차수단과 서비스 및 통행시간 경쟁에서 우위를 점하기 위해서는 서비스에 대응되는 요금부담이 수반되어야 한다. 광역대중교통수단들에 대해 교통카드 시스템으로 분석되는 요금수입과 비용구조를 면밀히 분석하고 원가와 서비스에 대응하는 요금은 수익자 부담원칙에 따라 이용자에게 추가 요금을 부담하게 하는 요금체계의 개선이 필요하다. 이 경우 대중교통이용자가 요금부담으로 인해 대중교통 이용을 기피하는 것을 방지하기 위해서는 일본 정부와 기업체에서 시행하는 대중교통요금 실비 지원방안을 통해 실 대중교통요금은 매달 급여성 임금이 아닌 대중교통비용 실비 정산으로 직접 지불하는 방식의 도입이 필요하다. 직장을 가지고 있지 않거나 학생, 주부 등에 대해서는 월말 대중교통요금에 대한 세액정산을 통해 환급해주는 대중교통요금 환급제의 도입을 적극 검토하여야 한다.