자유학기제 운영에서 진로탐색 프로그램을 위해 비주요 과목의 시수를 줄이면 과목 이수의 균형성 및 프로그램 담당 교사 문제가 발생할 수 있다. 반면 주요 과목의 시수를 줄이면 타 학년의 시수도 조정해야 할 수 있다. 따라서 시수 조정에 관한 3개년 계획의 필요성이 제기된다.
일부 연구학교에서 자유학기제 운영을 위한 시수 조정 시, 시수가 많이 배정되어 있는 교과목보다 기술·가정 및 예술·체육 중심으로 감축을 하고 있었다. 국어, 영어, 수학, 사회, 과학 등 주요 교과목에서 시수를 감축할 경우 향후 기초학력에 대한 우려 때문인 것으로 여겨 진다. 그러나 특정 과목에서의 시수 감축은 학생들의 편중된 과목 이수의 결과를 가져오며, 다양한 과목을 통하여 개발할 수 있는 역량과 창의성을 키우기 힘들 수 있다. 또 시수 감축으로 확보된 진로탐색 프 로그램 시간이 일부 교사에게만 전가되는 문제도 발생한다. 시수가 감축된 특정 과목 교사가 해당 시수를 진로탐색 프로그램으로 운영하는 사례가 많기 때문이다. 이를 감안하여 시수가 많은 과목을 1차시씩 줄인 학교의 한 교사는 감축된 시수를 고학년(3학년)에 보충하는 것을 고려하고 있다. 한편, 이와 같이 시수 조정은 다른 학년의 시수 조정 에도 영향을 끼치므로 자유학기제로 인한 시수 조정과 관련한 3개년 로드맵이 필요하다는 의견이 있다.