권익위는 민간부문의 공익침해 행위는 신고로 불이익을 받더라도 보호받지 못하는 문제를 해결하기 위해「공익신고자보호법」을 제정했다.
한편, 국민 생활이 복잡화·고도화되면서 민간부문의 공익 침해행위가 사회적 혼란과 공공지출을 유발하고 있지만 그동안 신고로 인한 불이익에 대한 보호는 ‘부패방지 권익위법’에 따라 공직자의 뇌물수수, 국가 예산낭비 등 공공부문의 부패 신고자에만 한정되어 민간부문의 공익침해행위 신고로 불이익을 받더라도 보호받지 못하는 법·제도적 사각지대가 존재했다. 이에 권익위는 국민의 생활에 밀접한 영향을 미치고 있는 민간부문의 공익침해 행위를 예방·통제하기 위해 관련 공익신고자를 보호하고 지원하는 「공익신고자보호법」을 제정해 시행(’11. 9.30.)하고 있다. 「공익신고자 보호법」 시행 이후 미비점을 보완할 필요성이 제기됨에 따라 공익신고 대상 법률 확대, 내부 신고자 보호강화, 보호조치 결정의 이행력 강화 등 보완이 지속적으로 이루어졌다.