디지털교과서의 문제점은 교사와 학생이 보는 자료가 동일하다는 것이다. 이것은 교사가 수업 진행에 따라 순차적으로 진행하던 내용을 디지털교과서를 통해 학생들이 자유롭게 볼 수 있기 때문에 수업에 대한 몰입도를 떨어트린다. 따라서 교사에게는 교사용 디지털교과서가 제공되어야 하지만 이를 위해서는 추가적인 비용이 발생한다.
학생에 초점을 맞추어 디지털교과서를 개발하되, 교사가 수업에 필요한 추가적인 자료와 내용은 교사용 디지털교과서를 통해 보완하는 방법을 제안한다. 출판사나 교사들이 공통으로 지적하는 현재 디지털교과서의 문제점은 교사와 학생이 보는 자료가 동일하다는 점이다. 디지털교과서에 추가된 학습자료와 기능은 서책교과서로 수업할 때는 교사의 설명이나 추가적인 활동 등을 통해 구현되던 것이다. 즉, 필요한 설명과 추가 활동을 교사가 수업 단계에 맞추어 순차적으로 제시하던 것을, 디지털교과서에서는 학생들이 자유롭게 볼 수 있기 때문에 수업에 대한 흥미나 몰입도를 반감시킬 수 있다는 것이 비판의 요지이다. 따라서 교사에게는 학생이 보는 것 이외의 자료가 포함된 차별적인 교사용 디지털교과서가 제공되어야 하며, 이러한 과정을 통해 학생에 초점을 맞춘 디지털교과서의 개발 방향도 명확해 질 수 있을 것이다. 교사용 디지털교과서를 추가로 개발하는 방향은 이전에 비해 추가적인 비용이 소요됨을 의미한다. 따라서 적정한 예산 규모 속에서 가장 효율적인 형태의 교사용 디지털교과서의 구성이나 형태, 교과용 도서로서의 지위 보유 여부 등에 대해서는 충분한 연구 과정을 거쳐 접근하는 것이 바람직할 것으로 보인다.