이러한 문제가 발생하게 된 원인은 실시협약 체결 당시 예측했던 교통수요, 운임수입 등이 변동되었다는 점, 무리하게 MRG를 도입한 점, 철도 민자사업에 대한 이해 및 경험부족 등이 있다.
이러한 문제가 발생하게 된 원인은 실시협약 체결 당시 예측했던 교통수요, 운임수입 등이 실시계획, 공사 등을 거치는 동안 변동되었다는 점, 민자사업 활성화를 위해 무리하게 MRG를 도입한 점과 함께 철도 민자사업에 대한 이해 및 경험부족으로 이러한 문제점을 사전에 예측하지 못하고 사후대응 또한 미흡했다는 데에서 찾을 수 있다. 또한, 현재의 철도 민자사업 관련 제도에서는 철도 민자사업에 영향을 미칠 수 있는 주요 환경변화 요인을 반영할 수 있는 근거가 마련되어 있지 않아 철도 민자사업에 문제가 발생하거나 문제발생이 예상되더라도 민간사업자와 주무관청의 입장에서 적극적인 대응이 불가능한 상황이다. 이러한 문제점을 개선하기 위한 방안으로 철도 민자사업의 주요 단계별로 모니터링 필요성이 제기되고 있다.