국가기간 전략훈련은 고용노동부가 매년 기본계획을 수립해 위탁 훈련기관을 선정하고 있지만 선정에 필요한 심사는 한국산업인력공단, 사후관리는 지방고용노동관서가 담당하고 있다.
국가기간 전략훈련은 2012년부터 고용노동부가 사업계획 수립 등 모든 과정을 총괄 관리하고, 위탁 훈련기관 선정에 필요한 심사는 한국산업인력공단이 담당하고 있다. 즉, 고용노동부 본부에서 매년마다기본계획을 수립하여 훈련대상 직종을 선정 고시하고 공개경쟁을 통해 위탁 훈련기관을 선정하고 있지만, 선정에 필요한 심사 진행은 한국산업인력공단에서 담당하고 있다. 위탁 훈련기관은 주로 대학, 연구소, 전문훈련기관 등으로 일종의 용역계약에 의해 외부기관에 위탁하고 있다. 지방고용노동관서는 고용노동부 본부에서 위탁훈련기관으로 선정한 훈련기관과의 위탁계약 체결, 계약내용의 이행 여부 등에 대한 사후관리를 담당하고 있다.