김성재 수석은 특위 위원이 아닌데도 정부특위 회의에 참석해 부처 간 갈등을 해결했다. 안문석 위원장은 실무지원단장도 한국전산원 원장과 정책기획조정비서관이 공동으로 맡게 했다. 특정 과제 임시작업반으로 점검조정팀과 상호운용성팀, PM협의회 등을 운영했다. 위원장은 특위 성공요인은  정부의 의지와 위원회의 권한과 책임이 컸기 때문이라고 했다.
김성재 수석은 안문석 위원장의 요청으로 특위 위원이 아닌데도 전자정부특위 회의에 참석해 업무 추진 시 애로사항이나 부처 간 갈등을 즉시 해결했다. 청와대 비서관이 위원회 간사로 참여한 일도 극히 드문 일이었다. 전자정부특위 조직은 위원회와 실무지원단과 실무작업반으로 구성됐다. 인적 구성도 엄격하게 해야 한다고 판단한 안문석 위원장은 기술지원은 한국전산원이, 정책지원은 청와대가 담당해야 한다고 생각해 실무지원단장도 서삼영 한국전산원 원장과 김영주 청와대 정책기획조정비서관이 공동으로 맡도록 했다. 당시 민간위원회지만 정부 핵심 인원이 직접 참여한 만큼 역할과 책임이 막중했고 또한 권한도 컸다. 단원은 관련부처 국장과 기관, 민간 전문가 등 20여 명으로 구성했다. 특정 과제를 수행하는 임시작업반으로 점검조정팀과 상호운용성팀, PM협의회, 법령정비팀, 이용활성화추진팀 등을 운영했다. 조직 구성을 마친 전자정부특별위원회는 김 대통령의 각별한 관심과 지원 아래 국정과제인 전자정부 구현에 본격적인 시동을 걸었다. 안문석 위원장은 특위가 성공할 수 있었던 것에 대해 ‘정부의 강력한 의지와 위원회의 권한과 책임이 컸던 것ʼ이라고 평가했다. “정부가 범부처 정책목표를 달성하려면 국민의 정부시절 전자정부특별위원회처럼 운영해야 성공합니다.”