상생협력기금의 활용에 대해 중소기업에게 배정되어야 한다고 보는 관점이 있는 반면, 기금의 90% 이상이 대기업 협력업체에 집중되어 형평성에 문제가 있다는 주장도 있다.
첫 번째 관점은 상생협력기금의 출연은 활용되고 있지 않는 대기업의 자금을 중소기업이 활용할 수 있도록 한다는 취지와 더불어 상생협력기금에 대한 출연금은 정부의 세제지원을 받는 자금이다. 따라서 이 자금은 경제전반에 걸쳐 효과적이며, 효율적으로 사용되어야 한다는 점이다. 이러한 관점에서는 상생협력기금의 활용은 이 기금을 가장 효과적이며 효율적으로 사용할 수 있는 중소기업에게 배정되어야 할 것이다. 반면, 상생협력기금을 활용하는 기업의 대부분은 대기업의 협력업체들에 국한된다. 즉 상생협력기금의 90%이상이 대기업 협력업체들에게 집중된다는 점에서 형평성에 문제가 있다고 할 수 있다.