국제표준이 존재하지 않거나 회원국이 더 높은 수준의 보호를 원할 경우, 동 협정 제5조 제1항과 제2항에 규정된 위험평가를 수행하고 결과에 따라 SPS조치를 선택해야 한다. 이때 SPS조치의 과학적 정당성은 대부분 위험평가에 기초할 만큼 위험평가는 대표적인 과학적 증거이다.
둘째, 국제표준 등이 존재하지 않거나 또는 회원국이 이보다 더 높은 수준의 보호를 원할 경우 과학적 정당성을 입증하거나 특히 동 협정 제5조 제1항과 제2항에 규정된 위험평가를 수행하고 그 결과에 기초하여 SPS조치를 선택하여야 한다. ‘기초’한다는 것은 위험평가의 결과와 SPS조치간의 합리적인 관계를 의미한다. 위험평가는 반드시 SPS조치를 채택하는 회원국에 의해 수행되어야 하는 것은 아니지만, AI에 대한 위험평가는 관련된 AI를 확인하고, 그 AI가 인간 또는 동물의 건강에 미치는 악영향을 확인하며, 그러한 악영향의 가능성을 평가하여야 한다는 요건을 충족하여야 한다. SPS관련 분쟁에서 위험평가의 중요성이 수차례 강조된 바 있으며 SPS 조치의 과학적 정당성은 대부분 ‘위험평가에 기초한 조치’ 여부에 따라 판명되어진다고 해도 과언이 아니다. 결국 위험평가는 가장 대표적인 ‘과학적 증거’에 해당한다고 할 수 있다. 위에서 분석한 두 사건도 최종적으로 위험평가를 실시하지 않은 것이 분쟁에 패하게 된 주된 원인이 되었다.