동아리 학급은 교사의 전공 및 취미를 고려하여 학술, 문화예술, 스포츠 등 다양한 형태의 동아리로 운영되고 있다.
동아리 학급은 멘토링 시스템에 걸맞게 교사의 전공, 취미를 고려하여 개설하였다. 때문에 학술동아리, 문화예술동아리, 스포츠동아리, 봉사동아리 등 다양한 형태의 동아리가 운영 중이다. 신입생은 예비소집일에 동아리학급에 대해 소개하고 희망학급을 신청 받아 반을 편성하며, 정원을 초과할 경우에는 담임교사에게 선택권을 부여한다. 이동호 교감은 “사람들은 자신이 좋아하는 일을 할 때 삶의 의욕을 느끼고 보람을 느끼는데, 동아리 학급은 학생들이 각자의 취미나 특기를 고려해 선택한 학급이기 때문에 친화력이 높고 공동의 목표를 위해 노력하는 모습을 보게 된다.”고 설명한다.