학교전담경찰관제도의 문제점은 학교전담 경찰관 한 명당 담당학교 수가 지나치게 많다는 것이다. 다른 나라와 비교해봐도 많은 1인당 10개교 혹은 2인당 20개교 담당은 실질적인 업무 처리에 무리가 될 수 밖에 없다. 담당 경찰관에게 부여된 역할과 임무가 많다는 것 또한 문제다. 과다 업무로 인한 업무 부실을 막기 위해서는 1인당 담당 학교 수를 줄이거나, 업무의 수를 조절하는 방법이 있는데 후자의 경우가 더 현실적인 방법이라고 할 수 있다. 
학교전담경찰관제도 운영상의 문제점으로서 지속적으로 제기되어 온 문제 가운데 하나는 학교전담 경찰관 1인당 담당학교 수가 지나치게 많다는 것이다. 2017년 현재 전국적으로 활동하고 있는 학교전담경찰관 현원은 1,109명인데, 1인당 담당하는 학교 수는 10.5개교에 달한다. 지난 2016년 7월 경찰청에서 마련한 학교전담경찰관 제도개선 대책에 따라 학교전담경찰관 제도 운영을 ｢2인 1조(正･副 담당제)｣로 바꾸게 되면, 2인당 담당학교 수는 21개교에 이른다. 학교전담경찰관 1인당 담당학교 수는 미국과 영국 등 일찍이 학교경찰관제도를 운영하고 있는 나라들과 비교해 볼 때, 지나치게 많은 것이 사실이다. 미국, 영국 등의 국가와 비교해 볼 때, 우리나라 학교전담경찰관 1명이 맡고 있는 학교 수는 지나치게 많은 편이다. 거기에다가 우리나라 학교전담경찰관에게 부여된 역할과 임무는 학교폭력 예방활동으로부터 사건 개입, 사후관리에 이르기까지 전반적으로 걸쳐 있다. 공식적으로 부여된 임무만 해도 警･學협력, 예방교육, 117신고처리, 폭력서클 파악･해체, 학교폭력대책자취위원회 참석, 가･피해학생 선도･보호, 학교 밖 청소년 발굴･연계 등 다양하다. 학교전담경찰관 1인당 담당학교수의 과다는 학교전담경찰관이 맡고 있는 업무 부실로 이어질 소지가 있고 학교전담경찰관 제도 실효성 논란이 뒤따를 수 있다. 이러한 업무과다와 업무 부실의 위험성 문제를 해결하기 위한 방안은 학교전담경찰관 1인당 담당학교수를 줄이거나 부여된 임무를 줄여나가 는 방안이 가능하다. 현실적인 대안은 후자에 있다. 경찰의 인력 수급상 학교전담경찰관 인력증원은 쉽지 않다는 점을 고려하면, 대안은 학교전담경찰관에게 부여된 임무를 조정하는 것이다.