선택 교과제는 선택 프로그램 활동과 비슷하다. 선택 교과제는 필수교과는 무조건 이수하고, 이후 학생들의 관심사나 학교의 재량에 따라 자유롭게 선택하는 것이다. 
이 선택 교과제는 자유학기제의 활동 중 특히 교과 연계·융합을 기본 취지로 하고 있는 ‘선택 프로그램 활동’과 유사한 것으로 볼 수 있다. 선택 교과제는 <표 Ⅳ-4-1>에 제시된 필수교과(국어, 사회, 수학, 과학, 음악, 미술, 보건체육, 기술·가정, 외국어)를 선택교과로 하여 학생들이 자신의 흥미 및 관심에 따라 선택하도록 하는 것이다. 즉 9개의 필수교과는 <표 Ⅳ-4-1>에 제시되어 있듯이 필수 이수하고, 이들 교과는 다시 선택교과로 하여 학생들의 흥미 및 관심에 따라 선택하도록 하여 과제학습 및 심화·보충학습 등을 하도록 하는 것이다. 물론 지침에 제시되어 있듯이 이들 필수교과 외에도 학교의 재량에 따라 신설할 수도 있다.