『에밀』과『사회계약론』에 나타난 종교비판과 종교관은 구교와 신교로부터 비판 받았고 이상적인 국가형태로 공화국이 제시된 것은 당시 귀족과 집권세력으로부터 기득권에 대한 도전으로 간주되어 큰 반발을 샀다.
『에밀』과 『사회계약론』이 이런 파란을 일으키게 된 주된 이유로 『에밀』 4권의 「사부와 보좌신부의 신앙고백」편과 『사회계약론』 4권 8장의 시민종교에 나타난 루소의 종교비판과 종교관, 그리고 두 저작에 바람직한 국가형태로서 공화국이 제시되고 있다는 것을 들 수 있다. 베스트팔렌체제 이후 교세를 확장하기 위해 학교설립에 경쟁적이었던 구교와 신교 양진영으로부터 배척을 받게 된 이유는 소크라테스가 법정에 고발될 때와 같은, 불경죄와 청소년타락죄였다고 할 수 있다. 또한 『사회계약론』은 프랑스, 영국, 제네바공화국 등의 정부와 의회의 타락에 대한 비판과 시민의 정치적 권리(주권)의 공유를 강력하게 주장하고 있기 때문에, 기존의 정치제도에 대한 ‘역모’내지는 ‘내란죄’의 혐의였다고 할 수 있다. 특히 프랑스의 (법복)귀족과 제네바의 집권세력에게는 자신들의 기득권에 대한 정면도전으로 간주되었을 것이며, 이들은 두 저작이 갖는 교육적 효과가 가시화될 것을 두려워했다고 할 수 있다.