청소년상담복지센터는 CYS-Net의 필수연계기관, 청소년성문화센터, 다문화가족지원센터, 한부모가족복지시설, 아동보호전문기관,  보호관찰소, 법원 등 지역 내에 있는 여러 관련 기관과 긴밀한 협력이 필요하다. 
현재 청소년상담복지센터는 CYS-Net의 핵심기관이며 전국 16개 시･도와 211개 시･군･구에 설치･운영 중에 있다. 센터는 CYS-Net의 필수연계기관 뿐 아니라 아동･여성안전지역연대(성폭력･ 가정폭력상담소, 여성긴급전화 1366, 해바라기센터 등), 청소년성문화센터, 건강가정지원센터, 다문화가족지원센터, 한부모가족복지시설, 아동보호전문기관, 정신건강복지센터, 고용노동부 산하 고용센터, 직업훈련기관, 보호관찰소, 법원 등 지역 내 유관기관과 긴밀하게 협력하여야 한다. 다만 센터의 기능 및 역할과 비교할 때 인력구조가 취약하여 폭력 등 청소년비행과 같은 고위기 사례를 신속하고 포괄적으로 지원하기 어렵고, 운영위원회에 청소년 관련협회 등 민간의 참여가 제한적이라는 것이 한계로 지적된다(박서영, 2015).