한국 정부조직은 다수 부처들의 연계나 기능쇠퇴로 인한 조직개편이 미흡한 편이었다. 각 부처 간 이해관계로 문제해결 및 처방의 효과는 부각되지 않았는데 주요 선진국 벤치마킹 노력이 부족했다고 본다. 행정환경 변화와 국민 수요변화 분석, 선진국 사례분석 결과를 겸하는 게 문제해결에 기본이다.
그동안 우리나라 정부조직에 대한 건강진단은 국민 삶의 질 개선 차원에서 기능강화 분야(교육·사회복지·치안·환경 등)에 대한 개별부처 조직진단은 효과적으로 이루어져왔으나, 상대적으로 다수 부처 간 연계기능 분야 그리고 기능쇠퇴 분야에 대한 인력감축 및 전환배치 등을 위한 정부조직 진단 및 기능 재설계 관련 추진성과는 미흡했던 것으로 판단된다. 특히나 정부 부처 간 연계·중복기능에 대한 치유 성격의 조직진단 성과도 부처 간 이해관계로 인하여 기능 조정 내지는 재설계와 같은 문제해결 및 처방의 효과 또한 미미한 수준에 그치기도 하였다. 한편 우리나라 행정수요 변화와 연관하여 주요 선진국가의 정부기능 설계 및 조직운영 실태 등을 벤치마킹 할 수 있는 국가 간 정부조직 비교 정밀진단의 결과를 우리나라 정부운영에 실용적으로 반영하려는 노력도 다소 부족했던 것으로 파악된다. 결과적으로 정부조직 건강진단의 핵심은 행정환경 변화 및 국민 수요변화에 대한 심층 분석과 이와 연관된 선진국 정부개혁 및 행정혁신의 관련 사례분석 결과 등을 접목함으로써, 당면 문제해결을 위한 정부 역할 그리고 바람직한 정부 기능 재설계에 대한 선제적 대응을 근간으로 하고 있는 것이다.