공공기관 가치 내재화가 조직과 개인차가 있으면 조직성과와 동기를 떨어뜨린다. 공공기관이 민간효율성이나 공공성을 강조하면 종사자들의 가치와 상반될 경우 충돌할 수 있다.
공공기관의 경우에도 가치 내재화 정도가 조직과 개인 간에 차이가 있을 경우 조직성과를 떨어뜨린 우려가 있고, 동기저하가 나타날 수 있다. 첫째, 공공기관은 민간효율성을 강조함으로써 공공성을 강조하는 공공기관 종사자들의 가치와 충돌할 우려가 있다. 둘째, 반대로, 공공기관의 효율성보다 공공성을 강조하면서 효율성을 강조하는 공공기관 종사자들의 가치와 충돌할 수 있다. 셋째, 공직가치의 내재화 정도에 있어서 조직과 개인 간의 차이가 크게 나타날수록 가치충돌의 우선순위에도 영향을 미칠 것이다. 특히 이러한 조직과 개인의 적합성은 공직가치의 유형에 따라 그 차이가 나타날 수도 있다.