특정금융정보실은 자금세탁이나 테러자금과 관련된 혐의거래 정보를 집약 정리 분석하여 형사사건 관련 혐의거래정보를 검사에게 제공하는 임무를  하며, 자금세탁 예방대책과 보안조치 구축을 지도, 이와 관련 감독권을 행사한다.
따라서 특정금융정보실은 금융기관 등으로부터 자금세탁이나 테러자금과 관련된 혐의거래에 대한 보고정보를 집약하고 이를 정리 분석하여 형사사건과 관련된 혐의거래정보를 검사에게 제공하는 것을 임무로 하고 있으며, 거의 모든 금융서비스기관 및 신용기관에 대하여 자금세탁 예방대책을 수립 ․ 집행하고 적절한 보안조치를 구축할 것을 지도하며 이 기관들이 조직범죄처벌법상의 의무를 준수하고 있는지에 대하여 감독권을 행사한다. 이에 따라 특정금융정보실은 금융관련업계단체와의 정기적인 정보교환이나 수사당국 등과의 연대를 통하여 효과적인 자금세탁행위대책을 검토함과 동시에 금융기관의 의심스러운 거래보고제도를 적절하게 운용하도록 노력하고 있다. 즉 개별 금융기관에 대하여는 검사 및 감독을 통하여 자금세탁방지를 위한 내부관리체제의 구축을 권고하고 있다.