단년도 사업인 KSP는 연도별 목표 수행에 대한 기초선이 없으며 매년 목표를 수립하고 달성 여부를 파악하기가 어렵다. 다만, 사업 착수시점에서 세부목표를 설정하여 추진하면 효과적인 결과가 도출될 것이다.
KSP는 연도별 정책자문사업을 통해 달성하고자 하는 목표에 대한 사전합의와 영향평가(Impact Evaluation)를 수행할 수 있는 기초선(Baseline)에 대한 분석이 부재하며, KSP 사업단계 준수 및 협력대상국의 요청한 주제에 대한 정책자문보고서 발간에 중점을 두고 있다. 단년도 사업인 KSP의 특성상 매년 새로운 국별 목표를 수립하고 달성 여부를 파악하는 것은 쉽지 않으며, 협력대상국에서 매년 다양한 주제에 대해 우선순위를 부여하여 사업을 요청하므로 다년간의 목표를 바탕으로 사업을 수행하는 데에는 한계가 있다. 다만, 사업 착수시점에서 해당 사업을 통해 달성하고자 하는 세부목표를 설정하고, 연구진 간 합의된 목표를 달성하기 위해 사업을 추진할 때 더욱 효과적인 KSP 결과가 도출될 것으로 예상된다.