정부 조직의 개편은 그에 따른 효과와 비용의 문제를 충분히 검토하고 고려해 적절한 수준의 혁신으로 행정 환경의 변화에 맞춰가야 한다.
둘째, 이러한 맥락에서 구조 개편과 관리적 혁신 간의 연계성 확보 및 적정 수준에서의 균형 유지가 요구된다. 기존의 정부조직구조를 개편하는 방식의 정부 혁신은 개편을 통한 효과는 강조하면서도, 개편으로 인한 비용의 문제는 체계적으로 검토되지 않았다. 정부조직 개편은 필연적으로 개편된 부처의 관리과정상의 변화를 유발한다. 이 과정에서 관료들이 변화된 관리체계에 적응하기 위해 상당한 시간과 비용을 소요해야 한다. 따라서 정부조직개편으로 인한 조직과 정상의 변화를 예측하여 구조개편과 관리과정 간의 관계를 충분히 고려한 정부혁신을 통해 행정환경의 변화에 대응해야 할 필요가 있다.