중학교는 세 교과 모두 방과 후 학교 참여율이 유의하지 않은 변인이었던 반면, 고등학교는 방과 후 학교 참여율이 학력 향상에 영향을 주고 있었다. 효과가 최대화되기 위해서는 운영 실태에 대한 파악이 이루어져야 하며, 특성을 반영한 모형을 개발·보급하는 등 정책 지원이 필요하다.
학교 향상도 변화 추이 유형별 예측 변인 탐색 결과에 따르면, 중학교는 세 교과 모두 방과 후 학교 참여율이 유의하지 않은 변인이었던 반면, 고등학교는 방과 후 학교 참여율이 학력 향상에 영향을 주고 있었다. 방과 후 학교 프로그램은 학생 및 학부모의 다양한 학습 요구를 충족시켜 주어 사교육을 감소시키고 정규 교육과정에서 다루지 못하는 부분에 대한 보완 기능을 수행하기 위해 각 시·도 교육청에 방과 후 학교 지원센터를 설치하여 운영 중에 있다. 그럼에도 불구하고 중학교에서 방과 후 학교 참여율이 학력 향상에 기여하고 있지 않다는 것은 현재 방과 후 학교 프로그램이 중학교 학생들의 수요를 반영하고 있지 못하는 것은 아닌지 점검해 볼 필요가 있음을 시사한다. 학교별로 방과 후 학교의 효과가 최대화되기 위해서는 방과 후 학교 운영 실태에 대한 파악이 우선적으로 이루어져야 하며, 이에 기반하여 지역과 학교 특성을 반영한 방과 후 학교 모형을 개발·보급하는 등 차별화된 정책 지원이 이루어질 필요가 있다. 이를 위한 구체적인 정책 방안은 다음과 같다.