인권영향평가는 계획 준비, 평가 진행 및 결과 확인, 대안 제시 단계로 나뉜다. 첫번째 단계에서 평가의 상세한 계획서를 작성하여 평가의 틀을 잡아야 한다. 이후 평과의 결과를 분석하여 결과서를 작성함, 마지막으로 원인을 분석해 개선계획서를 작성해야 한다. 개인정보영향평가도 사전 준비 단계, 영향평가 단계, 이행 단계라는 비슷한 단계로 운영된다. 
마지막 평가의 단계에서 일정한 주체에 의해 수행되는 인권영향평가는 일정한 절차에 따라 진행된다. 이러한 절차를 크게 구분하면 ① 평가를 계획하고 준비하는 단계, ② 실제로 평가를 진행하여 결과를 확인하는 단계, ③ 평가의 결과에 따라 부정적 영향을 제거하거나 감소시키기 위한 대안을 제시하는 단계로 나눠질 수 있다. 우선 평가를 계획하고 준비하는 단계에서는 평가의 주체와 대상 및 범위, 시간계획, 예산수립 등 평가에 관한 개별적이고 상세한 내용을 포함한 계획서가 작성되어야 한다(1단계: 평가준비단계 -> 평가계획서 작성의 단계). 이러한 계획서는 인권영향평가의 전반적 윤곽을 제시하는 청사진의 역할을 수행할 것이다. 다음으로 실제로 평가를 진행하여 결과를 확인하는 단계에서는 평가계획서에 따라 구체적으로 진행된 평가의 결과를 수집, 정리, 분석하여 평가결과서가 작성될 필요가 있다(2단계: 평가실행단계 -> 평가결과서 작성의 단계). 평가계획서에 따라 평가가 진행되기 위해서는 구체적인 평가지침 들이 포함된 개별적 평가표가 미리 만들어질 필요가 있다. 마지막으로 평가의 결과에 따라 부정적 영향을 제거하거나 감소시키기 위한 대안을 제시하는 단계에서는 평가결과서에 포함된 부정적 영향이 발생하는 원인을 구체적으로 분석하여 개선계획서를 작성해야 한다(3단계: 평가반영단계 -> 개선계획서 작성의 단계). 「개인정보 보호법」에 따른 개인정보영향평가도 이와 유사하게 ① 사전준비 단계, ② 영향평가 수행 단계, ③ 이행 단계라는 3개의 단계로 구성된 절차에 따라 평가가 진행된다(개인정보 영향 평가에 관한 고시 제9조). 여기서 첫째, 사전 준비 단계에서는 영향평가 사업계획을 수립하여 예산을 확보하고 평가기관을 선정하고, 둘째, 영향평가 수행 단계에서는 평가기관이 개인정보 침해요인을 분석하고 개선계획을 수립하여 영향평가서를 작성하며, 셋째, 이행 단계에서는 영향평가서의 침해요인에 대한 개선계획이 반영되는가를 점검한다.