멘토링 시스템을 활용한 동아리학급제는  학급당 학생 수가 줄어 학생지도나 상담등에 있어 유리하다는 장점이 있다.
멘토링 시스템을 활용한 동아리학급제의 가장 큰 장점은 무엇보다도 학급당 학생 수가 줄어 학생지도나 상담 등에 있어서 유리하다는 점일 것이다. ‘사고(思考)뭉치’반 김미연 교사는 “매년 2/3 정도의 학생들과 같이 가요. 3년간 담임을 맡다보면 학생 개개인에게 세세한 관심과 정성을 쏟을 수 있기 때문에 학생지도나 진로 지도, 상담 등에 있어서 매우 유리한 측면이 있어요. 그리고 일반 학급에서는 3학년 담임교사만 입시나 진로문제에 관심이 집중되지만 동아리학급에서는 모든 교사가 3학년 담임이 되어, 소수의 학생을 매우 효율적으로 지도할 수 있어요.”라고 말한다.