‘중요하지만 성과 평가는 안 좋은’ 사업이나 ‘중요하기 때문에 성과 지표 달성의 난이도가 높은’ 사업, ‘성과는 나지 않지만, 공공성의 관점에서 지속적인 사업 수행이 필요한’ 사업 등은 의도치 않게 예산 배분의 비효율성을 맞이하게 될 가능성이 크다.
다음으로 재정사업 자율평가의 성과로는 평가 결과의 예산 연계로 책임성이 강화, 사업 부처와 기획재정부나 국회 간 정보 비대칭성이 큰 상황에서 가장 많은 집행 관련 정보를 가진 실행 부처의 자율평가 방식이 가지는 실효성이 존재, 성과가 낮은 사업에 대한 부처의 자체적 점검이 가능, 사업 추진 과정 등에 대한 집행 모니터링의 기능을 수행한다는 점을 꼽았다. 반면, 최근 제도 개선이 이루어진 만큼 기존 제도의 한계에 대한 다양한 성토도 있었다. 부처 자체 평가를 기획재정부가 다시 검토하는 방식(메타평가)으로 자율평가의 의미가 퇴색되고 평가 결과의 신뢰성 결여, 상대평가 방식의 강제 등급 배분으로 사업의 난이도에 따라 평가 결과가 결정되거나 예산 감축 시 가장 부처가 타격을 적게 받는 완료 전 단계의 사업이나 예산 규모가 작은 사업을 미흡으로 평가하는 등의 부작용 발생, 성과만으로 예산 삭감이 이루어지는 경우 예산 투입이 더 필요한 사업이라도 ‘미흡’ 등급을 받으면 예산이 삭감되는 사례, 평가 중복으로 인한 비효율성, 체크리스트 방식의 평가 방식으로 인해 평가 결과가 개선에 대한 전략 수립 및 기타 사업 추진에 유용한 정보를 생산하는데 기여하지 못한다는 점 등이다. 이와 같은 한계에 대해 성과평가 결과만으로 예산의 증감을 결정하는 상황에서 나타나는 일종의 딜레마를 확인할 수 있다. 사업 간 혹은 사업 부문, 분야 등 거시적인 관점의 중요도를 고려한 우선순위가 작용하지 않는 경우, ‘중요하지만 성과 평가는 안 좋은’ 사업이나 ‘중요하기 때문에 성과 지표 달성의 난이도가 높은’ 사업, ‘성과는 나지 않지만, 공공성의 관점에서 지속적인 사업 수행이 필요한’ 사업 등은 의도치 않게 예산 배분의 비효율성을 맞이하게 될 가능성이 크다.