토착민과 제3당사자 간에 토착지식의 소유, 활용 및 근접에 관한 분쟁 해결을 위한 제도는 없다. 이는 신지식재산 분야의 분쟁해결제도의 발전과는 다른 양상을 보인다. 토착지식 분쟁은 조정제도가 효율적이다. 이는 당사자들의 의사결정으로 모든 절차와 과정이 진행되고 합의를 도출하기 때문이다.
현재 토착주민과 제3당사자 간에 전통지식 또는 토착지식에 대한 소유관계, 이용 및 접근에 관한 분쟁 해결을 위한 제도는 없다. 이는 다른 신지식재산 분야의 분쟁에서 성공적인 분쟁해결제도(예컨대, 도메인네임 분쟁해결)가 발전되고 있는 것과는 사뭇 다른 양상이다. 전통지식과 같이 복합적인 요소를 고려해야 하는 분쟁에서는 대안적 분쟁해결(Alternative Dispute Resolution, ADR), 특히 조정(mediation) 제도가 효과적일 것으로 생각된다. ADR은 분쟁 당사자들이 분쟁을 어떠한 방식으로 해결할 것인지를 결정하고 이에 따른 절차와 과정에 당사자들이 주도적으로 참여하기 때문이다. ADR은 법규범이 판단의 절대적 기준이 아니며, 당사자들의 이해관계를 사안별로 고려하여 합의를 유도하기 때문에, 이러한 운용 체제는 법률적 및 비법률적 요소가 결합되고 글로벌한 본질을 갖는 전통지식 분쟁에서 중요하게 작용할 수 있다. 따라서 조정 또는 기타 ADR의 활용 가능성을 고려해 보는 것이 실질적으로 전통지식 관련 분쟁해결에 유용할 것이다.