국가인권위원회법은 고용, 교육 훈련이나 그 이용에 성소수자를 거부하거나 배제하는 경우를 차별행위로 규정한다. 종교영역에서 이루어지는 거부나 배제 등의 행위를 차별행위로 규제하고 있지는 않는다.
국가인권위원회법 은 ‘고용, 재화·용역 등의 공급이나 이용, 교육·훈련이나그 이용 등의 영역’에 있어 성소수자를 거부하거나 배제하는 경우를 차별행위로 규정하여, 이들 차별영역에 해당하지 않는 종교영역에서 이루어지는 거부나 배제 등의 행위를 차별행위로 규제하고 있지는 않다. 성직자가 교리나 종교적 신념에 따라 종교의식, 종교행사나 그 이용에 있어 성소수자들을 거부하거나 배제하는 경우 이는 종교영역에서 이루어지는 행위로서 국가인권위원회법 상 차별행위 조사·구제대상에 해당하지 않는 것으로 판단될 가능성이 높다. 차별영역 해당성이 인정된다고 보는 경우에도 교리나 종교적 신념이 그러한 거부나 배제 등에 대한 합리적인이유로 인정되어 역시 국가인권위원회법 상 차별행위에 해당하지 않는 것으로 판단되는 경우가 대부분일 것이다.