디지털교과서의 과목별 수준 차이가 나는 것은 서로 다른 업체의 기술적이면서 질적 차이로 들수 있다. 출판사들도 기술 인력 부족으로 수준경쟁이 안된다. 이것은 학년이 높아질 수록 문제가 더 생기게 될것이다.
디지털교과서 분석 결과 초등학교의 경우 사회와 과학이 비교적 수준 차이가 뚜렷한 편이었고, 왜 같은 기간에 이처럼 두 교과서에 차이가 나는지는 연구진도 의문이었다. 출판사 관계자와의 면담 결과, 국정인 초등학교 사회와 과학 디지털교과서의 개발을 맡은 업체가 서로 달랐고, 두 업체의 기술적 차이가 디지털교과서의 질적 차이로 이어졌다는 설명을 들을 수 있었다(디지털교과서 개발자 심층 면담, 2014. 10. 8, M 출판사 담당자, B 출판사 담당자). 급작스럽게 디지털교과서 개발이 추진되었고, 2014년 적용 디지털교과서 개발 시에는 개발을 담당할 수 있는 기술 인력 부족으로 많은 출판사들이 어려움을 겪었다. 따라서 몇 개 출판사의 디지털교과서는 같은 기술 업체가 담당하면서 포맷이나 구현 방식이 유사해지는 결과가 나타나기도 하였다. 이러한 현상은 검인정으로 개발된 중학교 디지털교과서에서 더 뚜렷했다.