탈북난민보호운동본부는 한국기독교총연합회가 기반이 된 보수적 단체로, 다른 단체들과 함께 탈북난민들의 실질적인 구출활동을 중점적으로 하고 있다. 또한 중국에 실태조사단을 파견해 현지 상황을 파악하며, 남한에 입국한 탈북자와의 인터뷰를 통해 북한의 인권침해사례를 조사한다.
한편, 1999년 출범한 탈북난민보호운동본부는 우리민족서로돕기운동과 마찬가지로 종교 단체를 모태로 하고 있지만, 보수적인 한국기독교총연합회(한기총)이 그 시발이라는 점에서 운동의 성격이 상당히 차이가 난다. 이 단체가 중점을 두고 있는 사업 중 하나는 이른바 “탈북난민 긴급구출 활동”이다. 이는 중국 혹은 제 3국에서 체류 중인 탈북난민들을 위해 이주비용을 모금하고 은신처를 제공하며, 궁극적으로는 남한으로의 입국을 돕는 “실질적인 구출활동”을 뜻한다. 중국 정부와 마찰을 빚기도 하고 오히려 탈북난민들의 중국내 신분을 더 불안하게 한다는 비판을 받기도 하지만, 탈북난민보호 운동본부는 홈페이지에서 2004년 10월 현재 약 직간접 400여명의 탈북민 구출”이라고 홍보하고 있다. 이 단체를 포함하여 주로 많은 보수 북한인권 단체들 및 기독교 관련단체들이 탈북자들의 한국 입국에 아직도 많이 개입하고 있다. 이 밖에도 탈북난민보호운동본부는 중국현지에 실태조사단을 파견하여 현지상황을 파악하고 정보를 수집하는 활동을 하고 있으며, 남한에 입국한 탈북자들을 인터뷰하여 북한의 인권침해사례등을 조사하고 있다.