셋째, 부처간 사업격차의 문제이다. 우선 지역아동센터는 다른 사업에 비해 다소 뒤쳐진다. 반면 초등돌봄교실의 경우에는 양적인 확충에 급급한 나머지 전문성은 그닥이다. 청소년방과후아카데미의 경우 체계적으로 서비스를 제공하고 있지만 서비스 공급량이 한정되어 있다는 문제가 있다. 인력 또한 차이가 나는데 각각 시설장 1인과 영양사 1인을, 전문성이 떨어지는 보육교사를, 전문인력을 지원받고 있다.
셋째, 부처간 사업격차의 문제인데, 세 개 부처에서 시행하고 있는 각각의 사업은 사업규모나 특성에 있어서 상당한 차이가 나타나고 있다. 우선 지역아동센터는 지역사회의 빈곤아동의 보호라는 초기 목적에서 시작되어 2003년 지역아동센터로 변경되어 사업이 본격적으로 확대되었고, 이러한 과정에서 충분한 재정지원, 체계적인 운영지침, 돌봄서비스의 질 향상 등의 문제가 다른 방과후 돌봄사업에 비해서는 다소 뒤쳐져 있는 실정이다. 반면 초등돌봄교실의 경우에는 양적인 확충에 급급한 나머지 전문적인 강사확보나 체계적인 프로그램 운영 측면에서는 개선할 부분이 남아있다. 청소년방과후아카데미의 경우에는 체계적인 운영프로그램으로 서비스를 제공하고 있지만 전국에 200개소라는 한정된 서비스 공급량을 가지고 있어서 서비스 확산에 한계가 있다. 실제로 초등돌봄교실은 세 개의 사업 중에서 예산 및 대상자 규모가 가장 크고, 다음으로 지역아동센터, 그리고 청소년방과후아카데미의 순으로 나타난다. 또한 인력의 문제에 있어서도 지역아동센터의 서비스 제공인력은 시설장 1인, 영양사 1인(30인 이용아동 규모)으로 규정되어 있고, 초등돌봄교실 역시 주요 인력이 보육교사인데 방과후 보육의 성격은 단순한 보육만이 아니라 학습지도의 내용까지 포함하고 있어서 역시 인력의 전문성 측면에서는 보완이 필요하다. 반면에 청소년방과후아카데미의 경우에는 운영지원단에 의해 기획된 프로그램의 운영과 전문인력(운영책임자(PM, 프로젝트매니저)과 실무자(SM, 스케줄매니저)로 프로그램을 운영하고 있다.