대부분의 성희롱은 피해자의 진술이 유일한 증거로, 사실인정에 어려움이 있다.  분쟁해결에서 증명책임은 사업주가 부담하지만 분쟁의 상대가 사업주가 아닌 경우에는 적용되지 않는다.
주로 법리적 쟁점을 위주로 판결례를 살펴보았지만, 현실적으로 성희롱 관련 사건을 조사하거나 해결함에 있어서 가장 빈번하게 문제가 되는 것 중 하나는 사실인정의 문제이다. 성희롱의 특성상 행위자와 피해자 단 둘이 있는 상황에서 이루어지는 경우가 많고 목격자 기타 객관적 증거가 없기 마련인데, 행위자가 부인하는 경우 피해자의 진술이 유일한 증거일 수밖에 없어 사실인정에 어려움을 겪기 쉽다. 남녀고용평등법과 관련한 분쟁해결에서 증명책임은 사업주가 부담한다(제30조)는 조항이 있기는 하지만, 증명책임 분배 범위도 불분명할 뿐 아니라 분쟁의 직접 상대방이 사업주가 아닌 경우에는 이러한 원칙이 적용되지 않는다.