수사기관은 원칙적으로 형사합의에 개입하지 않으나, 형사합의의 미제도적 부분으로 피의자와 피해자 사이에서 일종의 중개자 역할을 할 수 밖에 없는 상황이다.
이와 같이 수사단계에서 수사기관은 피해자와 피의자 간의 형사합의에 직간접적으로 관여하여 일정한 역할을 하게 되지만, 원칙적으로 수사기관은 피해자와 가해자 간의 사적인 형사합의에 대해 개입하지 않는 것으로 하고 있다. 그러나 앞서 살펴보았듯이 형사합의는 제도화된 절차가 없기 때문에 예컨대 피의자 또는 피해자가 합의 의사가 있다고 하더라도 이를 제안할 수 있는 방법은 양 당사자 간에 제한될 수밖에 없고, 결국 이러한 경우 수사기관은 형사합의 의사를 가진 피의자와 피해자 사이에서 일종의 형사합의 중개의 역할을 할 수 밖에 없는 상황에 놓이게 된다.