지역발전특별회계사업을 제외한 25개 사업에 국비가 지원되었지만 민원발생, 계획변경, 행정절차 지연으로 12. 85%만 집행되고 정례적으로 이월되었으나 각 부처는 보조금의 효과적인 운용안 제시가 없다.
그런데 [표 Ⅲ-3-25] 및 [표 Ⅲ-3-26]과 같이 이 중 법령에 따라 예외적으로 이월이 허용되는 지역발전특별회계사업을 제외한 25개 사업의 경우 2014년 이전부터 국비 96,960백만 원이 교부되었으나 사업을 반대하는 민원이 발생하거나 사업계획 변경, 사업관련 행정절차 지연 등으로 교부된 보조금의 12.85%에 불과한 12,464백만 원밖에 집행되지 못하면서 보조금이 연례적으로 이월되고 있었다. 그런데도 각 중앙관서는 사업추진의 적정성을 점검하여 필요시 지방자치단체로 하여금 기 교부된 국고보조금을 불용처리하여 반납하게 한후 사업 추진이 재개된 시점에 다시 보조금 교부를 요청하게 하는 등 보조금 예산을 효율적으로 운용하는 방안을 검토하지 않고 있었다.