헌법재판소는 자유권 제한에 대한 정당성 여부를 기준으로 모두 5건에 대해 헌법불합치결정을 내렸다. 이는 제도 자체를 무효화하는 경우 생길 법정 공백이 클 것으로 예상되어, 법적 혼란을 막기 위함이다.
헌법재판소는 최근의 낙태죄사건에 이르기까지 모두 5건의 헌법불합치결정을 하면서 그중 1건에 대해서는 적용중지의, 나머지 4건에 대해서는 잠정적용의 헌법불합치결정을 하였다. 이들 사건은 모두 그 심사기준이 직업의 자유, 표현의 자유, 일반적 인격권, 집회의 자유, 자기운명결정권 등으로 자유권에 대한 제한의 정당성 여부가 위헌성 판단의 핵심적인 내용이었다는 점에서 동일하다. 그리고 헌법불합치결정의 사유도, 해당 기본권제한의 본질적인 내용으로서 제도 자체의 기본 틀은 모두 합헌이어서 위헌결정을 통해 제도 전부를 무효로 하는 경우 중대한 법적 공백과 이로 인한 법적 혼란이 발생하여 법적 안정성의 관점에서 매우 심각한 문제가 발생하고, 위헌적인 부분을 해소하고 합헌성을 회복하기 위해서는 입법자에게 입법적 보충을 하게 하는 것이 입법형성권의 관점에서 더욱 적절하다는 것으로, 기본적으로 동일하다. 다만 학교보건법 사건에서는 심판대상조항이 형벌규정을 이루고 있어 잠정적으로 적용하게 하는 경우 위헌적인 형벌규정에 따른 처벌의 가능성을 배제할 수 없어 적용중지의 헌법불합치결정을 한다고 그 사유를 밝히고 있는 반면, 잠정적용을 명한 4건의 사건에서는 특별한 사유를 제시하지 않고 위헌인 처벌조항의 잠정적용만을 주문과 이유에서 명시하고 있을 뿐이다.