간접세가 최종 상품에 물리적으로 포함되지 않은 투입 요소나 생산 과정에 부과된 경우는 국경세 조정 여부에 논란이 있었다. 예를 들어, 자동차 생산 시 내국세가 부과된 강판의 국경세 조정은 가능하나, 이때 이용한 에너지는 내국세 부과에도 불구하고 조정 여부가 분명하지 않다.
단, 간접세가 상품 생산 과정에서 ‘투입’되지 않고 단순히 ‘활용’된 요소 즉 최종 상품에 물리적으로 포함되지 않은 투입 요소나 생산 과정(이하 “최종 상품에 물리적으로 포함되지 않은 요소”)에 부과된 경우에 대해서는 국경세 조정 가부에 논란이 있어 왔다. 예를 들어 자동차 생산에 투입된 강판에 내국세가 부과된 경우 이는 ‘상품’에 대한 과세이므로 수입 국경세 조정이 가능함은 분명하다. 그러나 자동차 생산 과정에서 소비된 에너지에 내국세가 부과된 경우에도 수입 국경세 조정이 WTO협정 상 허용될 수 있는지는 불분명한 상태이다. 과거국경세조정작업반은 제II조 2항 (a)호의“수입 상품의 제조 또는 생산에 전부 또는 일부 기여한 물품”의 예로서 최종 상품인 향수에 포함되어 있는 투입 요소인 알코올의 경우를 들었던 바 있다. 그러나 국경세조정작업반이 최종 상품에 물리적으로 포함된 요소만이 “수입 상품의 제조 또는 생산에 전부 또는 일부 기여한 물품”에 해당한다고 설명하면서 위 예시를 들었던 것은 아니었으므로, 국경세조정작업반의 설명만으로는 최종 상품의 생산 과정에서 투입 활용된 요소가 최종 상품에 반드시 ‘물리적으로 포함된’ 것이어야 하는지는 여전히 불분명하다고 보인다.