과학기술혁신 체계 구축은 노무현 정부 초기 이후에 국민의 관심을 받지 못해 국정과제 차원에서 논의되지 못하였다. 이를 개선하기 위해 부처 간 협력 체계 구축과 중장기 플랜이 필요하다.
과학기술혁신 체계 구축은 그동안 중장기 과학기술 기획과 과학기술 정책 조정 기능 강화를 주요 골자로 추진되어 왔다. 이 부문은 노무현 정부 출범과 함께 국정과제와 연계하여 관련 정책 체계가 구축된 이후 후속 정부들에서는 국정과제 차원에서 논의되지 않고 있다. 정책성과의 측면에서는 부처별 사업 중복의 문제가 지속적으로 제기되고 있으나 국정과제로서 국민들의 관심을 받지 못하게 된 이후 단기적인 개선안과 비효율적인 과학기술협의체 개편 등으로 과학기술혁신 체계가 안정적으로 확립되지 못하고 있는 현실이다. 따라서 이를 개선하기 위한 부처 간 적극적 협력 체계 구축과 이에 대응하는 중장기 플랜이 필요할 것으로 보인다(국무조정실, 2004,pp.16-17; 교육과학기술부, 2009, pp.97-101; 미래창조과학부, 2014, pp.60-61).