방과후아카데미 예산만을 평가해봤을 때 예산의 규모가 매년 소폭 증감하는 수준으로 책정됨으로써 단가가 현실과 괴리될 가능성이 있다는 문제가 있다.
그러나 방과후아카데미 예산 자체만을 평가해 보았을 때는 몇 가지 문제점이 나타난다. 첫째, 방과후아카데미 예산 규모가 매년 소폭 증감하는 수준으로 책정됨으로써 인건비, 강사료 등 단가가 현실과 괴리될 가능성이 있다. 예컨대 2014년도 청소년방과후아카데미 운영실무자 업무매뉴얼에 따르면 간식 및 저녁 급식비로 1인당 1일 3,400원이 책정되어 있는데, 조리시설을 직접 운영하지 못하는 경우 이 금액으로 간식과 저녁식사를 모두 구매하기에는 다소 부족한 수준으로 생각된다. 참고로 지역아동센터의 경우 2013년 기준 급식 1끼 당 평균지원금이 3,656원이었다.