해양경찰청의 수사 및 정보 기능이 모두 경찰청으로 이관하게 되는 국가안전처안이 실현되면, 실질적인 해안경비 기능의 효율성이 저하될 수 있다는 의견이 제시된다.
국가안전처안의 경우 해양경찰청의 수사 및 정보 기능은 모두 경찰청으로 이관하게 된다. 그러나 국민안전부안의 경우 해양경찰청의 육상의 수사 및 정보 기능은 경찰청으로 이관하지만 해상의 수사 및 정보 기능은 유지하도록 하였다. 국가안전처안이 실현되는 경우 국가안전처의 해양경비 기능과 경찰청의 해양 수사 및 정보 기능이 분리되어 실질적인 해안경비의 기능의 효율성이 저하될 수 있다는 의견이 제시되고있다(배재현·박영원,  2014:  335). 특히 해양경비 기능이 해상에서 발생하는 불법조업 단속에 연결되어 있는데 수사 기능이 없이는 현실적인 단속이 어렵다는 것이다. 다른 한편 국민안전부안의 경우에도 육상과 해상의 수사 및 정보 기능을 분리하는 경우 현실적으로 분리가 가능한지의 문제, 실제 분리 시 수사 및 정보 활동의 비효 율성 문제 등이 나타날 수 있을 것이다.