PSI에 모든 국가가 참여하지 않아 글로벌 차원의 효과적인 차단에 내재적인 한계점을 보유하고 있고  불법적인 WMD 거래를 원천적으로 차단하기는 거의 불가능하다.
두 번째는 참여 회원국의 숫자의 제한에 따른 실효성의 문제다. PSI에 모든 국가가 참여하지 않는 한 불법적인 WMD 거래를 원천적으로 차단하기는 거의 불가능하다. 현재 PSI는 참여국의 자발적인 자원배분과 제한적인 정보에 의존하는 비효율적인 구조이므로 글로벌 차원의 효과적인 차단에 내재적인 한계점을 보유하고 있다. 무엇보다 중국 및 러시아의 적극적인 동참이 없다는 점이 문제이다. 특히 중국은 완전 불참 상태이며, 러시아는 동참을 선언했지만 적극적인 동참을 기대하기는 어려운 상황이다. 특히 주요 PSI 대상국인 북한과 이란의 WMD 확산을 효과적으로 차단하기 위해서는 중국 당국의 협조가 필수적이다. 또한 인도, 말레이시아, 인도네시아 등 해상요충지상의 인접 국가들도 불참하고 있다. 말라카 해협 등 해상요충지에서의 PSI 작전의 실행이 사실상 곤란한 이유다.