국민대타협기구는 종료를 앞두고 실무기구를 구성하여 공무원연금 개혁, 공적 연금강화, 국민연금 사각지대 해소를 위한 사회적 기구 구성 등에 대해 논의하기로 했다. 실무기구에서는 ‘국민연금소득대체률 50% 상향 조정’이 문제시됐는데, 막판협상에서 최종합의를 도출할 수 있었다.
국민대타협기구는 6차에 걸친 전체 회의와 3회의 공청회를 개최하였고, 세부논의를 위한 공무원연금개혁분과, 노후소득보장분과와 재정추계분과 등 3개 분과위원회를 두어 분과별로 총 22차 회의를 열었다. 2015년 3월말 종료를 앞두고 국민대타협기구는 공무원ㆍ교원단체대표 3인, 정부 측 대표 2인, 전문가 2인 및 국회 2인으로 실무기구를 구성하고 공무원연금 개혁의 최종합의안 도출, 공적 연금강화와 국민연금 사각지대 해소를 위한사회적 기구 구성 등에 대해 추가논의를 진행하기로 합의하였다. 실무기구에서는 공무원연금개혁을 중심으로 주요 의제들이 정리되고 세부쟁점들에 대한 의견들이 조정되는 과정을 겪었으나, 공무원단체 등의 공동투쟁본부가 필수조건으로 요구해 온 ‘국민연금소득대체률 50% 상향 조정’이라는 공적연금 강화가 최종합의에 문제가 되었다. 실무기구의 막판협상에서 5월 2일 정부여당이 공적연금 강화요구안을 수용하여 공무원연금개혁과 공무원의 인사정책적 개선방안 그리고 공적연금강화를 내용으로 최종합의를 도출하였다.