기존의 선도TLO는  “졸업제”를 도입하여 재정자립화를 유도하고, 영세한 TLO의 경우 권역별 선도TLO중심 통폐합 등 구조조정을 통해 자립기반과 전문성을 강화해야 하며, 대학과 연구소로 이원화된 사업지원체계를 일원화해야 한다.
따라서 정부는 기존의 선도TLO 운영비 지원 형식의 사업 운영을 지양하고, TLO 조직의 구조조정을 통해 자립기반을 강화함으로써 기술이전･사업화 및 기술창업 전반에 걸친 지원역량을 제고할 필요가 있다. 첫째 선도TLO의 경우 “졸업제”를 도입하여 재정자립화를 유도하고, 둘째 영세한 TLO의 경우, 권역별 선도TLO중심 통폐합, 아웃소싱 형태 운영, 기술이전 전문기관과의 컨소시엄형 TLO 확대 등을 추진함으로써 일본과 같이 TLO의 난립을 방지하고, 기관의 재정 부담을 줄이는 대신에 전문성을 강화하는 대체수단을 강구할 필요가 있다. 특히, 대학과 연구소 TLO지원으로 이원화된 사업지원체계를 일원화할 필요가 있다. 미래창조과학부의 경우 과학기술분야 정부출연연구기관의 주무부처임에도 불구하고 출연연TLO지원사업은 산업통상자원부가 담당하고 있고 대학TLO지원사업만을 운영하고 있어 사업의 효율적 집행을 저해하고 있다.