WTO에서는 보복액수 산정시에 패소국의 위반시점은 고려하지 않는다. 따라서 분쟁에서 승소하더라도 제소국이 입은 피해를 위반시점부터 보상해 주지 않게 되는 문제가 있다.
또 다른 문제점은 분쟁에서 승소한다고 하더라도 제소국이 입은 피해를 위반시점부터 보상해 주지 않는다는 점이다. 일반적으로 손해 배상액은 계약의 위반시점부터 산정하지만, WTO에서는 보복액수 산정시 패소국의 위반시점은 고려되지 않는다. 따라서 패소국이 WTO에 위배되는 조치를 시작한 시점부터 제소국이 보복을 승인받는 시점까지 제소국이 입은 피해에 대해서는 구제가 불가능하다. 이러한 구조적인 문제점이 존재하므로 WTO 협정을 일시적으로 위반하고 분쟁해결절차가 종료되기 전에 위반 조치를 철회해 버리면, 피해를 당한 회원국에 대한 구제수단이 존재하지 않으므로 WTO 분쟁해결절차는 무력화된다.