민족주의 역사학의 출현 등 역사학의 흐름도 변하고 있었다. 일본 종교의 침투를 막기 위해 대종교, 천도교 등 민족 종교가 출현/개편되었다.
이 무렵 신채호, 박은식의 민족주의 역사학 등이 태동되는 가운데 '도덕과 명분'을 강조하는 전통 역사학에서 근대적인 역사학으로 발전해 가고 있었다.
이 시기에 나타난 주요 현상 하나는 민족 종교의 출현과 민족운동이다. 이것은 일본 종교가 한국 종교계에 침투하려는 공작에 대응하는 것이기도 했다. 1909년 중광된 단군교는 1910년 대종교로 이름을 바꾸어 항일 투쟁의 방편으로 종교운동을 펼쳤다. 동학의 교주 손병희는 1905년 말 문명 개화론을 수용하여 천도교로 개편하였다.