R&D 사업의 상당수가 기술개발 자금의 직접 지원에만 몰려있고, 기획·연구 분야에서도 자유공모보다는 지정공모형의 비율이 높았다.
산업기술 개발과 관련성이 높은 산업부, 중기청, 미래부의 R&D 사업은 약 75% 가량이 기술개발 자금의 직접 지원에 편중되어 있으며, 기술·정책 분야만 한정하여 연구개발 과제를 폭넓게 지원하기 위한 기술기반 연구개발 사업의 경우에도 지정공모형 과제의 비중이 산업부 45.3%, 미래부 62.5%로 높은 편이다. Bottom-up 방식으로 분류되긴 하지만 과제 기획단계에서는 지정공모형 과제와 거의 유사한 형태를 보이는 품목지정형을 제외한 순수 bottom-up 공모(자유공모)는 산업부 과제의 31.5%, 중기청 과제의 55.2% 수준으로 조사되었다.