디지털교과서의 활용의 긍정 효과와 함께 학생 간 ICT 능력이나 디지털 리터리시 격차로 인해 학력 격차가 발생할 수 있으며 이는 스마트교육의 확대에 따른 변화의 대응책으로써 고려되어야 한다.
수업 관찰 결과, 디지털교과서 활용 수업에서는 학생들 간의 디지털 리터러시의 차이로 인해 학습 속도의 차이가 발생하는 경우를 자주 목격할 수 있었다. 특히 여러 종류의 조작 활동을 요구하는 경우는 그 차이가 더 심화되었다. 이는 디지털교과서의 적극적인 활용을 통해 기대하는 긍정적 효과 이외에, ICT 능력이나 디지털 리터러시의 차이에 따른 학력 격차가 발생할 수 있다는 점을 시사한다. 또한 이러한 ICT 능력의 차이에 따른 학력 격차 발생은 시급히 해결해야 할 문제가 아닐 수도 있다. 그렇지만 이 문제를 디지털교과서의 활용에만 국한하여 생각할 것이 아니라, 앞으로 점차 스마트교육이 확대되면서 나타날 변화에 대한 대응책으로서 고려할 필요가 있다고 판단된다.