자유학기제는 중학생 연령 단계의 급격한 변화와 갑작스럽고 전혀 새로운 환경에 대응하여 그들의 전환이 원활하게 이루어지도록 하는 데 초점을 맞출 필요가 있다. 따라서 초등학교에서 중학교로의 전환이라는 관점 및 교사의 이동 문제를 감안해 1학년 2학기가 가장 적절하다.
자유학기제는 학교의 제도적 및 구조적 개혁보다는 다양한 프로그램과 교육과정, 수업 방법 개선 등을 통해 중학생 연령 단계의 급격한 변화와 갑작스럽고 전혀 새로운 환경에 대응하여 그들의 전환이 보다 부드럽고 원활하게 이루어지도록 하는 데 초점을 맞출 필요가 있다. 자유학기제에서 한 학기동안 중간·기말고사라는 부담에서 벗어나 다양한 활동을 도모하는 것도 중학생들이 안고 있는 전환적 문제를 해결하는 데 일정 정도 기여할 것으로 본다. 다만 ‘한 학기’를 어느 학기로 할 것인가가 전면 실시를 앞두고 커다란 과제로 남아 있다. 이에 대해서는 현재 학교 자율로 두는 것 및 특정 학기를 정할 필요가 있다는 것 등 다양한 견해가 있다. 본고에서는 학생의 전학이나 자유학기를 중심으로 한 전·후 학기의 교과 재구성 문제 등을 감안할 때 학기를 통일하는 것이 바람직하다고 본다. 또한 초등학교에서 중학교로의 ‘전환’이라는 관점에서 볼 때 가능한 한 고학년보다 1학년, 그 중에서 특히 교사의 이동 문제 등을 감안하여 1학년 2학기가 가장 적절할 것으로 본다.