일부 규모가 큰 통일추진기 업무는 국무총리가 별도의 기구를 설치하여 직접 담당할 필요가 있다. 하지만, 대통령과 국무총리 역할분담의 형태에 따라 내용이 조금씩 달라질 것이다.
특히 통일추진기에 발생할 행정수요 중 그 규모가 일반 부처 단독으로 처리하기는 어렵거나 여러 부처가 관여하여야 할 경우 국무총리가 직접 담당하여 처리할 필요가 있다. 예를 들어 통일을 앞두고 통일한국의 수도입지 문제가 대두될 가능성이 크다. 이 경우 현재‘세종특별자치시추진단’과 같은 성격의‘(가칭)통일한국수도이전추진단’과 같은 기구를 설치해 국무총리(실)가 직접 정책을 추진할 수 있을 것이다. 그러나 통일추진기 국무총리가 특정 정책 또는 사업을 직접 책임지고 수행하는 것도 앞서 언급했던 대통령과 국무총리 역할분담의 3가지 형태에 따라 그 구체적 내용이 조금씩 달라질 것이다.