방위사업청은 2009년 4월 감항인증제도에 관한 관련법률을 제정하고, 업무수행을 위해 방위사업청, 공군, 국방과학연구소, 국방기술품질원 등의 주관기관으로 조직을 구성했다. 또한 표준감항인증기준을 2009년 9월 제정고시, 12월에는 군용항공기 감항인증 업무규정을 제정했다.
방위사업청은 전술한 해외 감항인증 주요국가의 사례를 참고하여 국내 제도 구축을 추진해 왔으며, 그중에서도 많은 부분이 우리나라 항공무기체계 주요 획득대상국인 미 공군의 그것을 참조하여 이루어졌다. 구체적으로 감항인증제도를 법적 근거, 업무수행조직, 감항성 판단의 기준이 되는 감항인증 기준, 세부 업무수행절차로 구분하였으며, 이에 따라 법적인 근거 마련을 위해 2009년 4월에는 관련법률을 제정\하였으며, 업무수행조직 관련해서는 인증당국인 방위사업청과 실질적인 감항인증 기술업무를 수행하는 공군, 국방과학연구소, 국방기술품질원 등 3개 전문기관으로, 그리고 세 전문기관의 업무를 종합 및 조율하고 업무 이견사항 발행 시 인증기획과로 조정을 건의하는 주관기관(공군)으로 조직을 구성하였다. 방위사업청은 감항인증 관련 정책업무 및 주관/전문기관 조정･통제를, 주관/전문기관은 감항성 확인 관련 기술업무를 수행한다. 또한 비행안전성 확인의 기준이 되는 기준인 표준감항인증기준을 2009년 9월 제정고시하였으며, 12월에는 세부적인 업무수행절차를 규정화한 군용항공기 감항인증 업무규정을 제정하였다.