ISDS 절차는 이원적 구조를 통해 판정을 진행하고 있다. 관련 조항에 따라 진행되거나 당국의 법원이 필요한 경우도 있다. ICSID 협약의 경우 중재판정을 진행할 때에는 별다른 승인과 과정이 필요하지 않는다. 반면 UNCITRAL는 해당국의 승인이 필요하며 모든 과정의 진행을 위해서는 국내법원이 필수적이다. 
기본적으로 ISDS 절차는 판정의 집행과 관련하여 이원적인 구조를 택하고 있다. 관련 조약 및 FTA의 규정에 따라 집행력이 스스로 확보되는 경우도 있으나 때로는 그 구체적인 집행은 관련 당사국 법원의 관여를 필요로 하는 경우도 있다. 가령 ICSID 협약에 따라 진행되는 중재판정의 경우 전자에 해당하여 동 협약의 구속력에 따라 중재판정은 체약당사국 영역 내에서 집행된다. ICSID 협약에서는 이 협약의 모든 체약 당사국들이 ICSID 중재판정을자국 법원 판결과 동일하게 승인하고 집행할 것을 이미 조약에서 약속하고 있으므로 별도의 승인 및 집행절차가 요구되지 않는다. UNCITRAL(United Nations Commission on International Trade Law) 중재규칙에 따른 중재 등 여타 절차를 통한 중재판정의 경우 ICSID와 달리 자동적으로 집행이 되는것이 아니라 일단 해당 국가의 법원에 의한 승인 집행 절차를 거쳐야 한다. 이러한 두 번째 카테고리의 투자분쟁해결절차에서 승소한 외국인 투자자는 해당 중재판정을 집행하고자 체약당사국 (또는 다른집행국) 법원에 그 승인과 집행을 먼저 요청하는 것이 필요하다. 어떠한 경우이든 각각의 중재판정이 실제 집행되고 이를 통해 강제조치가 취해지기 위해서는 결국 피청구국 정부기관이나 그 소유재산에 대하여 관할권을 보유하고 있는 국가의 국내법원의 조력을 받아야 한다.