학생 수준 모형 설정 시에는 다양한 학생 배경 통제변인 탐색이  필요하다. 학교 수준 모형 설정 시에는 학교 배경 통제변인으로 지역구를 보다 세분화해야 한다.
학생수준 모형 설정 시 학생배경 통제변인에 부모의 소득, 다문화가정 여부, 북한이탈주민 가정 여부, 사교육비 등 다양한 통제변인을 탐색할 필요가 있다. 학교수준 모형 설정 시 학교 배경 통제변인으로 지역규모를 조금 더 세분화하여 통제할 필요가 있다. 왜냐하면 같은 서울시라고 강남 3구와 다른 구와는 학교 평균 수업성취도에서 큰 차이를 보일 수 있기 때문이다. 자료의 한계상 위와 같은 세부적인 구분이 힘든 경우 예를 들어, 대도시를 광역시를 포함한 인구 100만 명 이상 대도시와 100만 명 이하의 대도시로 구분하거나 사교육학원 등 각종 교육자원이 많이 밀집해 있는 대도시와 그렇지 않은 대도시로 구분하여 분석을 시도할 수도 있다.