특허청은 2003년 특허넷 시스템의 개편에 착수했고 2005년에는 24시간 전자출원 서비스 및 재택심사서비스를 제공하는 특허넷Ⅱ를 완성했다.
특허청은 전자출원 시간의 확대 및 심사결과의 신속한 제공 등 민원인들의 요구가 더욱 다양해지고 고급화되는 점을 수용하기 위해 2002년 3개년 특허넷 고도화계획을 수립, 기존 특허넷의 전면 업그레이드를 추진하였다. 2003년부터는 특허넷시스템을 일괄 처리(Batch Processing)방식에서 실시간 처리(Real-Time Processing)방식으로 개편하는 특허넷Ⅱ 개발에 착수, 2005년에는 언제 어디서나 특허업무를 처리할 수 있는 24시간 365일 전자출원 서비스 및 재택심사서비스를 제공하는 등 특허넷을 한 단계 도약시킨 특허넷Ⅱ를 완성하였다.