헌법재판소와 대법원의 헌법불합치 결정의 허용 여부와 그 정당화 사유에 관한 논의가 이루어지고 있다. 헌법불합치 결정이 허용된다면 적절히 활용해야 할 것이며, 기속력을 인정해야 한다. 헌법불합치 결정이 허용되지 않는다면 사용을 자제하거나, 문제점을 해결할 방안을 모색해야 한다.
그럼에도 헌법재판소는 후술하는 바와 같이 모두 5건에 걸쳐 형벌규정에 대한 헌법불합치결정을 하였고, 대법원은 실정법상 또는 해석상의 문제점을 들어 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 기속력을 명시적으로 부인하기에 이르렀다. 이와 같은 양 기관 사이의 입장 차이를 두고 학계에서도 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 허용여부와 그 정당화사유 등을 두고 다양한 논의가 이루어지고 있다. 아직 헌법불합치결정의 사례가 많지 않지만, 그에 대한 이론적 실무적 문제점이 드러나고 있으므로 논의의 결과에 따라 양 기관의 입장이 함께 개선되거나 수정되어야 한다. 일정한 사유와 조건으로 형벌규정에 대한 헌법불합치결정이 허용된다면 헌법재판소는 그와 같은 범위 내에서 적절하게 헌법불합치결정을 활용할 수 있을 것이고, 대법원 또한 그와 같은 범위에서 헌법불합치결정의 기속력을 인정하여야 한다. 반대의 결론에 이르는 경우 헌법재판소는 형벌규정에 대한 헌법불합치결정의 사용을 자제하거나 단순위헌결정이 가지는 문제점을 해결할 수 있는 다른 방안을 모색하여야 할 것이다.