산업단지혁신투자조합의 자금 운용 전문 관리 기관을 산업통상자원부 장관이 지정하고 그 기관은 자금의 조성,결성, 운용, 집행 등의 전반적인 업무를 담당해야 한다.
산업단지혁신투자조합의 자금을 운용하는 전문 관리 기관을 산업통상자원부 장관이 지정하도록 하고 전문 관리 기관은 자금의 조성 및 결성, 자금의 운용, 자금의 집행 등의 전반적인 업무를 담당하도록 해야 한다. 펀드가 자본시장법에 의하여 조성될 경우 자본시장법은 투자자 보호를 위해 조성된 자금을 일정한 자격요건을 갖춘 후 금융위원회에 등록한 전문적인 자산운용사에 의해 운용되도록 하고 있는데, 자본시장법에 예외조항을 규정하여 자본시장법 적용대상에서 배제한 후 산업집적법에 의해 투자관리 전문기관을 지정하도록 하는 방안을 검토해야 할 것이다.