반면 북한인권법 제정에 대한 합의가 이루어진 이후에도 일부 쟁점이 남았다. 첫째, 여야 협의과정에서 규정방식의 미세한 차이에 대한 대립이 있었으나 실체적 쟁점이라 보긴 어렵다.
반면 북한인권법 제정여부를 둘러싼 국내정치적 합의가 어느 정도 이루어진 이후에도, 동법 제정과정에서 일부 쟁점이 남았다. 첫째, 여야 협의과정에서 동법의 기본원칙에 관하여 ‘국가는 북한 인권증진 노력과 함께 ̇ 남북관계발전과한반도 평화정착 방향으로도 노력해야 한다’ 는 규정방식과 ‘국가는 북한 인권증진노력을 남북관계 발전 및 한반도 평화정착노력과 함께 추진해야 한다’ 는 규정방식이 대립하였다. 북한인권법의 목적이 북한 인권증진, 남북관계발전, 한반도평화라 할 때, 서로 우열과 선후가 있기보다는 상호 연결되어 총체적으로 추구해야 할 목표라는 점을 인식한다면 실체적 쟁점이라 보기 어렵다.