공정위의 조사가 형사상 수사의 단계에 도달했다고 판단될 경우에는 형사절차상의 기본원칙들을 적극적으로 적용하면 당사자의 권리도 보호할 수 있을 것이다.
즉 우리 공정거래법 현실에서는 행정 조사와 형사절차가 조사 초기 단계부터 명확히 구분되기가 쉽지 않은 점, 공정위의 행정처분이 형사처벌 이상의 강력한 효과를 가진 제재라는 점, 공정위의 결정이 미치는 사회적 영향이 크다는 점 등에 비추어 공정위의 조사가 단순한 행정 조사로서의 성격을 벗어나 형사상 수사의 단계에 이르렀다고 판단되는 경우에는 실질적 형사 절차로 보아 헌법과 형사소송법 등에서 보장하는 형사절차상의 기본원칙, 예를 들어 영장주의, 강제처분 법정주의, 진술거부권의 보장 및 각종 증거법 원칙들을 적극적으로 적용한다면 공정위의 조사 단계에서 철저한 증거 수집이 이루어지는 동시에 그 조사 과정에서 적법절차의 대원칙을 지킴으로써 당사자의 권리 보호에도 소홀함이 없게 될 것이다.