시행 중 조세지출 항목은 「조특법」상 190개와 개별세법상 39개로 구분된다. 「조특법」상 항목은 주로 정부 중, 단기 정책기조 부합 제도가 해당되고, 개별세법상 항목은 대부분 이중과세 배제, 필요경비적 요소인 점에서 제도 시행 목적 및 성격이 구분된다. 2015년 실적 기준으로, 「조특법」상 조세지출이 항목수로는 많으나, 개별세법상 항목의 평균 감면액이 크다.
행정부의 「2017년도 조세지출예산서」에 따르면, 45개 경과규정을 제외하고 시행 중에 있는 전체 229개의 조세지출 항목은「조특법」190개(83.0%)와 개별세법상 39개(17.0%)로 구분된다. 「조특법」상 조세지출과 개별세법상 조세지출은 조세감면을 수반하는 조세특례인 점은 동일하나, 「조특법」상 항목은 주로 정부의 중 ․ 단기 정책기조에 부합하는 제도가 해당되는 반면 개별세법상 항목은 대부분 과세베이스 산출 과정에서 제외되는 이중과세 배제나 필요경비적 요소인 점에서 제도 시행의 목적 및 성격이 구분된다. 필요경비적 요소 등은 과세기반과 적용세율로 이루어지는 일반적인 조세체계(benchmark tax system)를 구성하는 부분으로, 정책적 필요에 따라 세부담을 감면해 주는 통상적인 조세지출과는 달리 일종의 ‘구조적 감면’(structural reliefs)의 성격을 갖는다. 개별세법상 조세지출 항목들은 각종 비과세와 부가가치세 면제, 개별소비세 저율과세 및 면제, 관세감면, 소득세 부문 소득공제 및 세액공제, 상속공제, 농수산물 의제매입세액공제 및 기장세액공제 등을 포함하는데, 최근 2015년 실적 기준으로「조특법」상 조세지출이 총 19.4조원(54.8%)이고 개별세법상 조세지출이 총 16.0조원(45.2%)으로,「조특법」상 조세지출이 항목수 기준으로는 많으나 개별세법상 항목의 평균 감면액이 큰 것으로 나타난다.