국민안전처는 재난안전사업 평가실시계획을 관계 부처에 통보하고, 각 부처에서는 성과목표 및 평가지표 등을 국민안전처에 제출해야 한다. 평가결과는 자문위원회에서 이의신청을 평가/심의/조정하며, 확정된 결과는 사전협의 검토 시 반영된다.
국민안전처는 재난안전사업 평가 실시 전년도 3월 31일까지 해당 사업 평가실시계획을 관계 부처에 통보하고, 이에 따라 각 부처에서는 소관 사업의 성과목표 및 평가지표 등을 국민안전처에 평가 실시 전년도 6월 30일까지 제출한다. 국민안전처는 평가자문위원회의 자문과 관계 부처의 의견을 듣고 성과목표 등을 평가 실시 전년도 11월 30일까지 확정한다. 이후 각 부처가 제출한 실적을 확인하고 재난 유형별 사업의 피해저감 효과성을 중심으로 평가한 뒤 평가결과서를 작성한다. 재난안전사업 평가자문위원회는 평가 결과의 적정성을 검토하여 평가 결과의 독립된 검증과 수정을 통해 최종 평가(안)을 마련하여 4월 31일까지 관계 부처에 통보한다. 평가결과는 각 부처 이의신청을 평가자문위원회에서 심의하여 결과를 조정하며, 확정된 결과는 다음연도 재난안전예산 사전협의 검토 시에 반영된다.