특히 우리나라 국무총리는 주로 대통령 명을 받아 권한을 행사하기에 자율성이 낮다. 행정각부에 대한 통할권도 제대로 작동되기 어렵고 국무위원에 대한 임명제청권 및 해임건의권 역시 형식적으로 운영되고 있다.
특히 우리나라 국무총리는 주로 대통령을 명을 받아 그 권한을 행사한다는 헌법 단서조항으로 인해 국무총리의 자율성은 낮다고 할 수 있으며, 이러한 점에서 국무총리의 권한 중 하나인 행정각부에 대한 통할권 또한 제대로 작동되기는 어렵다고 볼 수 있다. 통상 대통령의 관할 범위로 여겨지기 외교･안보･통일 분야는 물론 다른 행정부처에 대한 국무총리의 행정각부 통할권이 발휘되기 어려운 상황이다. 실제로 일반 행정기관은 물론 국무총리의 직속기관인 국가보훈처, 국가안전처 등에 대해서도 대통령이 실질적인 행정각부 통할권을 행사하고 있으며, 국무총리는 형식적인 역할만을 수행하고 있는 실정이다. 그리고 국무총리의 주요 권한인 국무위원에 대한 임명제청권 및 해임건의권 역시 형식적으로 운영된다는 문제가 있다.