학교전담경찰관 운영매뉴얼은 경찰청과 교육부가 공동 제작한 것으로 이를 통해 학교폭력 사안에 대한 경찰과 학교 간 공동대응 방침을 공식화하여 구체적으로 실천한다. 차후 상설협의체를 운영하여 학교전담경찰관과 담당교사 간의 협력이 필요하다. 
학교전담경찰관 제도의 기본철학, 즉 학교폭력 사안에 대한 경찰-교육당국 간 공동대응의 관점은 최근 2016년 9월에 제작된 학교전담경찰관 운영매뉴얼에 잘 반영되어 있다. 이 매뉴얼은 기존의 매뉴얼이 경찰청 차원에서 제작된 것과 달리, 경찰청과 교육부가 공동 제작한 것으로서 세부운영지침에서는 경찰청-교육부간, 지방경찰청-교육청간, 경찰서-교육지원청 간 상설협의체 운영을 명시 하고, 단위학교 세부 활동 부분에서는 학교전담경찰관과 담당교사 간 협력에 관한 절차와 협력사항 을 구체적으로 명시하고 있다. 이렇듯 최근 학교전담경찰관 운영매뉴얼을 통해 경찰과 학교(교육당국)간 학교폭력 사안에 대한 공동대응 방침을 공식화한 것은 학교전담경찰관 제도 도입 초기 경･학 협력의 기본철학에 대한 구체적 실천이라는 점에서 큰 의미를 갖는다. 향후 과제는 학교폭력 사안에 경찰과 학교(교육당국)간의 상설협의체 운영, 학교전담경찰관과 담당교사 간 협력절차의 실효성을 높이는 것이다.