항만물류분야의 인증제도의 문제점은 첫째로 녹색기술의 전 분야를 포괄적으로 담지 못하고 있는것이며 두번째로 개정된 녹색인증제 운영요령에서 제시하는 분류체계에서 타분야와 분류수준이 동일하지 못한 체계를 가지고 있는 것이다.
세부적으로 항만물류분야의 인증제도를 살펴보면 몇 가지 문제점을 내포하고 있다. 첫째, 현 녹색인증제 운영요령(별표)은 항만물류 녹색기술의 전 분야를 포괄적으로 담지 못하고 있다. 현재 항만물류분야의 녹색기술은 물류시스템 계획 및 설계, 물류시설 및 장비, 물류운영 및 관리 분야 등 3분야에 한정해서 인증을 시행하고 있는 상황이다. 현 인증요령에 포함되어 있는 항만 물류분야의 핵심기술 또한 컨테이너 부두에 한정, 벌크부두 관련 시설 및 장비, 항만배후단지 관련 시설 및 장비 등에 대한 부분도 제외되어 있다. 동 분야에 종사하는 산 학 연의 기관과 전문가들의 광범위한 참여를 통해 녹색산업의 활성화를 목표로 범위 확대가 필요하다. 둘째, 항만물류분야는 현 2013년을 기준으로 개정된 녹색인증제 운영요령에서 제시하는 분류체계에서 타분야와 분류수준이 동일하지 못한 체계를 가지고 있다. 녹색인증제 운영요령은 대분류 체계상 신재생 에너지, 탄소저감, 첨단수자원, 그린 IT, 첨단주택도시 등으로 구분되어 있는 반면 대분류 상 별도로 해상에 대한 부분이 포함되어 있지 않다. 중분류 측면에서 보았을 때 해운항만물류분야는 “고효율 해상물류”로 명명, 그린차량 선박(대분류)에 속해 있어 항만물류분야의 세부적내용과 분류체계의 연동성이 떨어지고 있는 것이 현실이다. 또한 현재 항만물류분야의 소분류 체계는 물류시스템 계획 및 설계, 물류시설 및 장비, 물류운영 및 관리 등 개념적 수준에서 포괄되어 있는 반면 타 분야는 자전거, 보트, 자동차, 컴퓨터 등 소분류가 보다 세분화되어 있어 분류수준을 통일시키는 것이 필요하다.