분류식 관거로의 전환이 원칙대로 이루어지지 않아, 전환 시 오수관을 기존의 차집관로에 연결하는 경우 오수가 유출되기 때문에 정화조 폐쇄가 어렵다. 이중투자의 방지를 위해서는 분뇨를 하수관거를 통해 하수처리장으로 보내는 것이 원칙이기 때문이다.
이것은 분류식 관거를 건설하면서도 정화조를 폐쇄하지 않는 사례가 있다는 것을 보여준다. 기존의 합류식 관거를 분류식으로 전환하면서 오수간선관로를 설치하여 하수처리장으로 직접 연결되도록 하지 않고 오수관을 합류식 관거체계에서 이용하던 차집관로24)에 연결하는 경우에는 이러한 문제점이 나타날 수 있다. 차집 관로는 비가 올 경우 오수가 외부로 유출될 수밖에 없기 때문에 정화조를 폐쇄하고 분뇨를 직접 투입토록 하기 어렵다. 결국 정화조 폐쇄율이 낮은 것은 분류식 하수관거체계로의 전환이 원칙대로 이루어지고 있지 않음을 간접적으로 보여준다고 할 수 있다. 분류식화 사업이 마무리되기까지 잠정적으로 정화조 설치상태가 유지될 수 있으나, 정화조 설치를 위한 공사비 및 유지관리비 등에 따른 이중투자의 방지를 위해서는 처리구역 내에서 발생하는 분뇨를 하수관거를 통하여 하수처리장으로 보내는 것이 원칙이라고 할 수 있기 때문이다.