이적단체는 국가보안법의 처벌 대상으로 반국가단체와는 구별된다. 대법원은 반국가단체와 이적단체에 대해 새로운 정부 수립이라는 목적은 동일해도, 반국가단체가 이를 1차 목적으로 한다면 이적단체는 국가변란의 선동이 목적이라는 점에서 차이가 있다고 설명한다. 즉 어느 단체가 실제 활동에서 국가에 해악을 끼칠 위험성을 가지고 있다면 이적단체로 판단한다는 입장이다. 단, 소수입장은 사상과 주장이 아닌 그들의 행동이 자유민주적 기본질서에 반해야만 위험을 인정해야 한다고 주장했다.
국가보안법이 처벌대상으로 하는 단체로서 반국가단체와는 구별하여야 할 개념이 이적단체이다. 국가보안법이 규정하는 이적단체는 국가의 존립ㆍ안전이나 자유 민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 정을 알면서 위와 같은 행위를 목적으로 하여 특정 다수인이 결성한 계속적이고 독자적인 결합체를 의미한다. 대법원은 반국가단체와 이적단체는 그 처벌조항을 달리하고 있으므로 엄격하게 구분하여야 한다고 하면서 그 구별기준으로 해당 단체의 직접적이고 1차적인 목적이 무엇인지를 제시하고 있다. 즉, 반국가단체와 이적단체는 국가를 변란하고 새로운 정부를 수립하는 것을 궁극적 목적으로 한다는 점에서는 동일하지만, 이를 직접적이고 1차적인 목적으로 하는 것이 반국가단체이고, 반국가단체를 전제로 하여 그 단체의 활동에 동조하거나 국가변란을 선전 또는 선동하는 것을 직접적이고 1차적인 목적으로 하는 것이 이적단체라는 것이다. 대법원은 이적단체의 해당여부에 대하여도 “어느 단체가 실제 활동에서 그 단체가 국가의 존립ㆍ안전이나 자유민주적 기본질서에 실질적 해악을 끼칠 위험성을 가지고 있다고 인정된다면 그 단체를 이적단체로 보아야 한다.”는 입장을 그대로 유지하고 있다. 이에 대하여 소수의견은 이적단체의 구성ㆍ가입죄에서 요구하는 ‘국가의 존립ㆍ안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 정을 알면서’라는 위험성 요건은 ‘실질적 해악을 끼칠 위험성’만으로 충족되는 것이 아니라 ‘명백하고 현존하는 위험의 기준’에 따라야 한다는 입장을 제시하고 있다. 즉, 소수의견은 사상과 주장의 내용이 자유민주적 기본질서와 양립할 수 없는 주장이라 하더라도 무장봉기나 폭력혁명 등 자유민주적 기본질서에 반하는 방법을 동원하여 이를 실현시키려는 경우에 한하여 명백하고 현존하는 위험을 인정하여야 한다고 하였다.