평가 대상에 따른 제도의 분화는 여러 문제를 일으킬 수 있으며 현재 중앙과 지방, 공공기관 모두 평가 전 단계에 걸쳐 총리실, 위원회, 담당부처가 관여하여 대상 기관의 자율과 학습역량을 제한할 가능성이 있다. 물론 이 평가가 예산통제수단으로 기능하지만 적정하게 균형을 이루어야 한다.
앞서 여러 평가총괄기관이 평가 영역별로 다양한 평가 제도를 운영하고 있다는 점을 지적한 바 있는데, 평가 대상에 따른 평가 제도의 분화는 또 다른 차원에서 평가제도상의 문제를 야기할 가능성이 높다. 현행 정부업무평가제도와 운영방식은 중앙행정부처뿐만 아니라 지방자치단체와 공공기관도 평가 계획 수립부터 보고 및 공개에 이르는 전 단계에 이르기까지 국무총리실, 정부업무평가위원회, 소관 사업을 담당하는 중앙행정부처가 직･간접적으로 관여하고 있다(국무총리실, 2012, pp. 8-15, 정부업무평가위원회(www.evaluation.go.kr), 검색일: 2016-09-20). 이로 인해 평가의 독립성과 자율성과 관련한 정부업무평가기본법상의 취지와는 달리 평가를 통한 통제를 강화하여 평가 대상이 되는 기관의 자율적인 평가와 학습 역량을 제한할 가능성이 제기된다. 물론, 이러한 평가 방식이 산하 공공기관이나 중앙의 재원이 투입되는 사업에 대한 예산을 통제하기 위한 수단으로서의 의의를 지닌다고 할 수 있으나, 평가를 통한 자율적인 환류와 적정 수준에서 균형을 이루어야 할 필요가 있다.