국정운영의 핵심적인 문제점은 새로운 국정운영 패러다임을 시도 했지만 정책의 일관성과 효율성이 높지 않다는 것이다. 정부의 정책을 조정하는 역할을 하는 장관들의 짧은 재임기간으로 인해 정책조정 기능이 약화되고, 청와대 비서실과 대통령의 권한 집중으로 정책사항에 일일이 개입함으로 일어난 현상이다.
이렇게 국정운영 패러다임의 변화와 좌절 속에서 한국 정부의 국정운영에 핵심적인 세 가지 문제점이 제기되고 있다. 첫째, 민주화 이후 한국 정부들은 발전주의 국정운영체제를 극복하려고 새로운 국정운영 패러다임을 시도했지만, 정책의 일관성과 효과성이 높지 않았다. 오히려 발전주의의 또 다른 측면으로 대통령에게 권력이 집중되는 권위주의 현상은 여전히 존재하고 있다는 사실이다. 오히려 대통령을 중심으로 한 청와대에 권한이 집중되는 모습은 점점 심화되어 왔다. 이와 같은 현상은 단순히 권력집중이라는 정치적 현상이라기보다는 국정운영 패러다임이 일관성을 가지지 못함으로 인해 대통령과 그를 보좌하는 청와대가 각 부처가 수행하는 모든 정책사항에 일일이 개입하게 된 현상으로 어쩌면 불가피한 결과인지도 모른다. 내적 논리성이 뚜렷한 국정운영 패러다임에 따라 범정부적으로 일관되게 정책이 집행된다면 이와 같은 현상은 발생하지 않을 수 있기 때문이다. 대통령 국정목표와 국정운영 패러다임에 따라 정부의 정책을 조정하는 역할을 해야 하는 국무총리, 재경부 장관, 행정안전부, 국무조정실장 등의 장관들의 재임기간이 많아야 1년을 겨우 넘기는 정도로 정책조정 기능이 약화되어 있다. 이로 인해 청와대 비서실의 정책통제가 강화되고 대통령의 권한 집중과 정치적 책임의 집중현상도 불가피하게 되었다.