인권영역을 6개 영역으로 나눴다. 각 영역을 대표할 자료가 있는 경우, 본 조사에서 제외했고, 조사도구를 초등학생용과 중･고등학생용의 2개의 유형으로 구성했다.
조사내용은 인권영역을 인권 일반과 일반원칙, 시민적 권리와 자유, 가정환경 및 대안양육, 장애･기초보건 및 복지, 교육･여가 및 문화적 활동, 특별보호조치의 6개 영역으로 구분하고, 각 영역에 따른 조사도구를 구성하였다. 각 영역을 대표할만한 대표적인 행정통계나 조사데이터가 생산되는 경우에는 기존 데이터를 분석하는 것이 보다 효과적이기 때문에 관련 조사항목은 본 조사에서 제외되었다. 또한 초등학생과 중･고등학생의 학교상황과 대상자의 응답 가능여부, 인권침해 등을 고려하여 면밀히 검토하였으며, 조사도구를 초등학생용과 중･고등학생용의 2개의 유형으로 구성하였다.