사실, 행정조직의 '칸막이 행정'은 지속적으로 문제시되어 왔다. 교육생태계의 최종 학습자인 청소년을 염두에 둔다면, 교육행정과 일반행정은 적극적 연계와 협력을 통해 행정적 불편과 낭비를 최소화, 시너지 효과를 발휘해야만 한다.
사실, 분리된 행정조직 간의 칸막이 행정에 대한 문제제기는 어제 오늘의 일이 아니다. 직업교육기관과 직업훈련기관을 두고 교육부와 고용부 간의 행정적 갈등, 유치원과 어린이집을 둘러싼 교육부와 여성가족부 간의 행정 갈등 등의 사례가 그러하다. 비록 이들 많은 갈등이 행정체계의 분리가 아닌 조직체계의 분리로부터 오는 갈등으로서 그 양상이 다르다고는 하나, 현장의 최종 수요자 입장에서 보면 조직간의 칸막이 행정이나 행정체계간의 차이에 의한 연계･협력 부재, 이로 인한 피해와 불편 및 비효율이라는 측면에서는 본질적으로 동일한 사안이라 할 수 있다. 마찬가지로, 교육생태계의 최종 학습자인 학생(청소년)을 염두에 둔다면, 교육행정과 일반행정은 양 체계의 상이성에도 불구하고 보다 적극적 연계와 협력을 통해 행정적 불편과 낭비를 최소화할뿐만 아니라 시너지 효과를 발휘해야만 한다.