정부예산의 문제점은 공유의 비극, 정치적 영향력, 정보 비대칭과 부적절한 인센티브 등이다. 따라서 자원관리시스템을 통해 평가, 점검하고 예산낭비요인을 해결할 필요가 있다.
자원관리시스템의 기본 목표는 정부가 예산을 낭비하지 않는 재정규율을 지키는 것과 자원 할당에 있어 정치적인 고려가 아니라 정부의 우선순위에 따라 배분적 효율성(allocative efficiency)에 기초하여 자원을 할당하는 것이다. 그리고 프로그램과 서비스 전달에 관한 예산자원의 사용에 있어 효율성을 증대시키는 기술적 효율성(technical efficiency)의 확보를 들 수 있다. 그런데 정부예산은 그 성격상 중요한 3가지 문제점을 갖고 있다. 하나는 이른바 공유의 비극(tragedy of commons)으로 예산을 공동 자원 풀로 생각하고 서로 사용하려고 한다는 점이다. 둘째는 정부 우선순위에 있어 정치적 영향으로 자원이 할당된다는 점이다. 셋째로는 정보 비대칭과 부적절한 인센티브로 인해 자원의 효율적 할당과 사용을 해치는 점이다(pollitt, 2001: 8). 따라서 자원관리시스템을 통해 예산이 어디에 어떻게 사용되고 있으며 그 결과 사업성과는 어떠한가를 평가․점검하고 예산낭비요인을 발견하여 이를 해결하는 것이 필요하다.