지금까지 국제기구 대북지원 사업에 남북협력기금은 총 2,744억 원을 사용했다. WFP는 북한에 곡물을 지원했고 UNICEF 영유아 사업 빛 WHO도 북한의 보건의료 분야에서 지원을 해왔다.
1996년부터 2018년 12월 현재까지 국제기구 대북지원 사업에 남북협력기금 총 24,766만 달러(약 2,744억 원)를 지원하였다. 북한 주민의 식량 상황 개선을 위해 WFP(세계식량계획)에 1996년부터 2007년까지 8차례 곡물을 지원하였다. 또한 북한 영유아 및 임산부 대상 슈퍼시리얼 및 슈퍼비스킷, 즉 영양강화식품을 제공하는 사업에 2014년 700만 달러, 2015년 210만 달러를 지원하였다. 북한 아동의 사망률 감소를 위해 신생아 대상 백신, 의약품 등을 지원하는 UNICEF 영유아 사업에는 1996년부터 2015년까지 거의 매년 지원하였다. WHO와는 말라리아 방역, 홍역 등 질병 치료 지원 이외에도 중장기 영유아 지원 사업 등을 추진하면서 보건의료 분야에서 협력관계를 구축해 왔다.