국내인구이동 자료는 보통 인구센서스의 10% 표본을 이용한다. 인구센서스 당시의 거주지와 5년 전 거주지를 비교하는데, 5년간 여러 차례 이동했을 경우가 포함되지 않기 때문에 실제보다 적게 추정될 수 있다. 또 읍면동 단위 이동과 5세 미만 인구 이동은 수집이 안되며 비표본오차 가능성도 존재한다.
일반적으로, 인구센서스를 통한 국내인구이동 자료는 5년마다 조사되는 인구센서스의 10% 표본조사를 통해서 작성되고 있다. 인구센서스에서 5년 전 거주지 항목이 처음 포함된 것은 1970년으로, 그 이후 1년 전 거주지 혹은 출생지 등이 조사 항목에 포함되면서 인구이동과 관련된 다양한 연구들이 수행되었다. 인구센서스에 의한 인구 이동 분석은 인구센서스 당시의 거주지와 5년 전 거주지를 비교함으로써 가능하게 된다. 다만, 인구센서스를 기초로 인구이동을 분석할 경우 단순히 두 시점의 거주지를 비교하는 것이기 때문에 어떤 개인이 5년이라는 시간 동안 반복하여 이동했어도 한 번 만 이동한 것으로 나타난다. 따라서 이와 같은 반복이동 또는 귀환이동의 누락이 가능 하므로 실제보다 과소하게 추정될 수 있는 한계가 있다. 또한 이동자의 개념을 시군구 경계를 벗어나 이동한 5세 이상 인구로 정의함으로써 읍면동 단위의 이동과 5세 미만 인구에 대한 이동자료 작성이 불가능하다는 단점이 있으며, 비교적 장기간인 5년 전 거주지에 대한 응답 시 정확한 기억을 못하는 등의 비표본오차 가능성 역시 존재하게 된다(통계교육원, 2008).