한국교회봉사단은 대형교회를 중심으로 구성되어서 인적, 물적 토대가 있었지만 기독교환경연대와는 다르게 지역교회와 협력하지 않으려는 경향을 보이고, 현장의 목사들의 지휘를 받지 않으려 했다.
다섯째, 대형교회의 다른 교회와의 협력 문제이다. 대형교회를 중심으로 한국교회봉사단이 구성이 되고, 하루에 최소 2,000명의 봉사자가 내려왔다. 기독교환경연대는 사건 초기부터 참여했기 때문에 현장에 대한 이해도 있었고, 어떻게 해 나가야 하는지 대책도 있었다. 그런데, 이 한국교회봉사단의 책임자로 한 사람을 내려 보내서 본 교회의 지시가 없으면 잘 협력하지 않고, 별개로 행동하려는 경향을 보여 지역교회와 마찰이 심했다. 기독교환경연대와 지역교회는 연대가 잘 되고 있는 상황이었기 때문에 맡기고 함께 갈 수도 있었을텐데 그렇지 않아서 불협화음이 생겼다. 대형교회는 인적, 물적 토대가 있기 때문에 다른 교회와 협력을 하지 않으려고 하는 경향을 보였고, 현장에서 일하던 목사들의 지휘를 받지 않으려고 했다.