유라시아의 경제발전을 목표로 EAEU가 창설되었다. 회원국간의 관세동맹은 유라시아 지역 내의 물류가 국경의 장벽 없이 자유롭게 이동할 수 있게 하는 주요한 기본 요소이다.
EAEU 창설의 주된 목표는 유라시아 전체의 상품과 서비스, 자본과 노동력의 자유로운 이동, 국가 간 정책 조율을 통해 지역전체의 경제발전을 도모하는 것이다. 이를 위해 EAEU는 일찍이 회원국 간 관세동맹을 맺어 상품 서비스의 이동에 동일한 관세를 적용하고 있다. 관세동맹은 이미 1995년 1월 러시아, 벨라루스, 카자흐스탄 등 3개국 사이에 성립됐으며, 2010년 7월 역내 통관 절차를 폐지함으로써 관세동맹 설립과정을 완료했다(성원용, 2015, p. 121). 또한 관세평가, 원산지 증명, 통관 양식 및 절차의 표준화 등 공통 관세코드를 준비 중이다. 현재 관세율 적용에 대한 회원국 간 이견이 완전히 해소되지 않아 EAEU 내부에서 고위급 실무그룹을 구성해 수정안을 논의하고 있다.