농업생산기반확충사업은 2016회계연도 세출예산 중 4,835억 원을 집행하지 못했고, 2017회계연도로 이월됐다. 이 때문에 당초 사업계획대로의 예산 운용이 어려웠다. 
특히 농어촌구조개선사업계정 중 농업생산기반확충사업의 경우 2015회계 연도로부터 2016회계연도로 재원 없는 사업(4,835억 원)이 이월됨에 따라 2016 회계연도 세출예산 중 당해 연도 사업에 집행되어야 할 4,835억 원만큼을 집행하지 못하였고, 2016회계연도에 재원 부족으로 사업을 하지 못한 부분이 다시 2017회계연도로 이월되는 등 [표 Ⅲ-4-42]와 같이 특정 연도 사업 예산을 집행할 때 전년도로부터 넘어온 이월 사업에 당해 연도 사업비를 집행한 후에 나머지 금액만을 당해 연도 사업에 집행할 수밖에 없게 되어 당초 사업계획대로 예산을 운용할 수 없게 되었다.