나이스 총괄센터와 운영센터는 체계적인 절차와 위기 대처 훈련을 실시하고 있다. 또한 사이버 위협으로부터 안전한 서비스를 제공하기 위해 상시 보관 관리체계를 확보하고 있다.
나이스 총괄센터와 운영센터는 국가 주요정보통신기반시설로 지정되어 365일 24시간 중단 없는 운영이 필수다. 이를 위해 성능점검, 장애복구, 백업, 변경 관리 등 운영 전반에 대해 체계적인 절차를 마련하여 상시 점검을 추진하고 있으며 위기 상황에 대비하여 주기적인 데이터 백업과 시나리오 기반의 각종 모의훈련을 실시하여 신속히 복구체계를 확보할 수 있도록 운영하고 있다. 또한 증가하는 사이버 위협으로부터 안전한 교육행정정보서비스를 제공하기 위하여 관계 법령에 따라 관리적, 기술적, 물리적 부문에 대한 종합적인 취약요소 점검과 개선 활동을 통한 상시 보관 관리체계를 확보하고 있다.