NCS 기반 교육과정이 주로 전문대학에서 육성사업과 연계하여 운영되고 있으며, 일부 4년제 대학에서도 학과나 교양과정 차원에서 시범적으로 도입하고 있다.
특성화고에서는 국가 수준의 교육과정을 반드시 따라야 하지만 전문대학과 4년제 대학에서는 자율적으로 NCS의 적용 여부를 결정할 수 있다. 전문대학에서는 NCS 기반 교육과정이 주로 ‘특성화 전문대학 100개교 육성사업’과 연계하여 운영되고 있다. 이 사업에 참여하는 전문대학에서는 NCS에 따라 학과의 인력양성 목표 및 교육과정을 편성해야 하고 NCS에 제시된 수행준거를 교과목에 충실하게 반영해야 한다(최동선 외, 2014). 일부 4년제 대학에서도 교수자의 필요에 따라 NCS를 학과 차원 또는 교양과정 차원에서 시범적으로 도입하고 있다(한국직업능력개발원, 2016).