여러 요소를 고려하지 않은 중소기업지원정책은 오히려 중소기업과 대기업의 격차가 벌어지게 할 뿐만 아니라 기업생태계를 교란시키는 부작용까지일으킬 수 있다.
그러나 이후 제 3장에서 다시 자세히 살펴보겠지만 재정과 관련된 중소기업지원정책에 대한 성과평가결과 이와 같은 목적과 부합하지 않는 우려스러운 결과들이 확인되고 있다. KDI 장우현 외(2014) 등에서  지적하고 있는 것처럼 중소기업지원정책은 정책자금, 조달시장 특례 등 지원정책 수단에 무관하게 중소기업의 생산성과 질적인 지표들에는 오히려 부정적인 영향을 미치는 반면 지원기업의 잔존율만 상승시켜 대기업과 중소기업간의 격차를 오히려 확대하고 잠재성장률에 부정적인 영향을 미치고 있다는 우려가 제기되고 있다. 특히 대기업과 중소기업간 하청관계가 존재할 경우 중소기업에 지원한 정책효과가 대기업으로 빨려 올라가는 빨대효과가 존재하여, 대기업과 중소기업간 하청관계를 고려하지 않은 중소기업지원정책은 그 효과성도 낮을뿐더러 의도하지 않은 추가 부작용으로 건전한 기업생태계를 교란하고 있을 가능성도 제기되기도 한다.