개별 통합평가는 체계적으로 운영되고 있으나 시스템 전반 운영은 관리적 한계를 보이고 있다. 특히 국가 평가를 주관하는 기관이 실질적으로 분산되어 국무조정실이 주도하는 평가시스템이 구축됐다고 보기는 어렵다.
각 통합평가의 운영은 상당히 체계적으로 진행되고 있지만, 국내 통합평가시스템 전반의 운영을 지원･점검하는 체계는 아직까지 총괄적 관리 차원에서 한계를 보이고 있다. 특히 평가총괄기관 또는 주관기관이 국무조정실, 행정자치부, 기획재정부, 미래창조과학부 등으로 분산되어 있기 때문에 국가의 평가 전반을 총괄하는 기관이 국무조정실(정부업무평가위원회)임에도 사실상 명확하게 통합적 평가시스템이 구축되어 있다고 보는 데에는 다소 한계가 있다. 그 결과 국무조정실은 개별 총괄기관이 제출한 보고서를 단지 종합해 보고서를 제출하는 역할만 수행한다거나, 개별적으로 국회에 보고하는 시스템이 갖추어져 있다. 즉, 국무조정실이 총괄적 역할을 충분히 수행하는데 필요한 법제도적 기반이 미약한 면도 없지 않다.