정부업무평가제도는 개별 기관에 대해 통합적으로 성과관리를 추구한다. 통합평가와 성과관리는 평가에 관한 업무부담을 줄이고 성과관리에 있어 통합성·일원화를 뒷받침한다. 하지만 이는 선언적인 것으로 이 원칙이 운영과정에서 적절히 준수되는지는 별개이다. 이러한 운영상의 원칙에 대해 부수적인 파악·분석이 필요하다. 
이는 곧 정부업무평가기본법상 규정되고 있는 정부업무평가제도는 평가대상이 되고 있는 개별 기관을 대상으로 통합적인 성과관리를 추구하는 것으로 이해할 수 있다. 이러한 원칙에 입각하여 모든 행정기관들은 정부업무평가제도하에서 하나로 통합된 성과관리가 구현되어야 하며, 나아가 별도의 법적 근거에 의하지 않고는 정부업무평가제도상 평가 외에는 원칙적으로 다른 유형과 내용으로 구성되는 평가가 적용되지 않는다는 것이다. 통합평가와 성과관리는 평가에 수반되는 업무부담을 완화시켜줄 뿐 아니라, 성과계획과 평가 및 환류 등 기관활동과 성과관리 전반에 있어 기관차원에서의 통합성과 일원화를 뒷받침하는 수단이 되고 있다. 통합성과관리 및 평가제도에 대한 규정에도 불구하고 이는 선언적인 것으로 과연 이러한 원칙이 각 기관을 대상으로 한 평가의 적용 등 운영과정에서 적절하게 준수되고 있는지는 별개의 문제이다. 정부업무평가제도와 관련하여 제시되고 있는 이러한 운영상의 원칙은 그 자체가 목적은 아니지만, 제도가 추구하는 궁극적 목적을 실현하는데 있어 작용하는 원칙이자 수단인 만큼 정부업무평가제도의 효과성 평가에 있어 부수적으로 파악되고 분석될 가치가 있다.