자유학기제는 나름대로 방향성과 운영 원칙은 정해져 있지만 구체적인 시행 방식은 대체로 학교 자율로 하고 있다. 하지만  지나치게 개방적인 정책이 학교 현장에는 혼란의 요인이 될 수 있다.
이와 같이 자유학기제는 나름대로 방향성과 운영 원칙은 정해져 있지만 구체적인 시행 방식은 대체로 학교 자율로 하고 있다. 하지만 학교의 특성상 주어진 테두리 내에서 움직이고자 하는 성향이 강하고 이는 그 동안의 하향식 정책 추진에 익숙해져 있기 때문이다. 따라서 지나치게 개방적인 정책이 학교 현장에는 혼란의 요인이 될 수 있다 는 점도 고려되어야 한다. 아울러 수업 방법의 개선을 강조하고 있는데, 자유학기제가 단순히 수업 방법의 개선만을 추구한다면 지금까지 추진된 여러 정책이나 현장의 노력들과 크게 차별화되지 않아 그 실 효성의 문제가 제기될 수 있다. 또 수업 개선을 촉구하는 종합적인 캠페인으로 인식될 가능성도 있다. 학생의 진로탐색 증진을 위한 활동 강조 등과 같이 보다 명확한 변화 목표를 제공할 필요가 있다.