2004년 이후 보육료 지원 단가는 상향 조정 되었으나, 만 0~2세는 지원단가가 동일 선을 유지되고 있다. 만 3~5세는 누리과정 도입 후 동일 선을 유지하고 있으나, 연차적으로 인상할 계획이다.
2004년 이후 보육료 지원 단가 추이를 살펴보면, 전반적으로 상향 조정되었으나, 만 0~2세아의 경우는 2009~2010년 그리고 2011년 이후 지난해까지 지원 단가가 동일한 선을 유지한 것을 확인할 수 있다. 또한 2013년 누리과정 도입 이후 만 3~5세아의 지원 단가는 22만원선을 유지하고 있다. 2012년 3, 4세 누리과정 도입 계획에 의하면, 만 3, 4세 보육료는 재정 여건을 감안하여 2014년까지 국고 지방비와 교육교부금으로 함께 활용하여 지원하고, 2015년부터는 교육교부금으로 일원화한다고 밝힌 바 있다. 또한 누리과정 지원 단가도 연차적으로 인상하여 2013년 22만원에서 2014년 24만원, 2015년 27만원, 2016년 30만원까지 인상하는 계획이 발표되었다. 2015년부터는 누리과정 재원 전액이 지방교육재정교부금으로 일원됨에 따라 지방정부의 재정 부담이 가중되어 재원 분담을 둘러싼 갈등이 불거지고 있다.