성폭력을 학교폭력의 종류에 포함해야 하는지에 대해서 그동안 논의가 활발하였다. 입법정책론적 관점에서 성폭력을 학교폭력에 포함해도 무방하다는 의견과 반드시 포함해야 한다는 의견 및 실질적 이유로 이를 부정하는 의견 등이 대립되었으나 2008년 동법을 전부개정하여 학교폭력에 해당하는 행위를 대통령령에 위임하던 것을 동법상 정의규정에 전부 포섭하면서 성폭력을 학교폭력의 일종으로 추가하였다.
성폭력을 학교폭력의 종류에 포함시켜야 하는가에 대하여는 그동안 많은 논의가 있었다. 제정법 시행령은 “대통령령이 정하는 행위”라 함은 상해· 폭행, 감금, 협박, 약취· 유인, 추행, 명예훼손· 모욕, 공갈, 재물손괴 및 집단 따돌림 그 밖에 피해자의 의사에 반하는 행위를 가하거나 하게 한 행위라고 함으로써 성폭행 또는 성폭력을 제외하였다. 그 이후에도 입법정책론적인 관점에서 성폭력을 학교폭력에 포함시켜도 무방하다고 보는 견해와 반드시 포함시켜야 한다는 견해 및 실질적인 이유로 이를 부정하는 견해 등이 대립되었다. 그러나 2008년 3월 동법의 전부개정을 통하여 학교폭력에 해당하는 행위를 대통령령에 위임하던 것을 동법상 정의규정에 모두 포섭하면서 성폭력을 학교폭력의 일종으로 추가하게 되었다. 해석론 상으로는 성폭력의 범주가 지나치게 다양하게 해석될 여지 및 그 행위의 정도나 태양의 다양성이 문제될 수도 있지만, 피해자의 신체적· 정신적 고통을 수반하는 행위라는 점에서는 학교폭력의 범주에 포함시키지 않을 이유는 없다. 다만, 이와 동시에 전부개정법 제5조 제2항에 “제2조 제1호 중 성폭력은 다른 법률에 규정이 있는 경우에는 이 법을 적용하지 아니 한다”고 함으로써, 성폭력에 대하여는 동법의 적용을 되도록 피하고자 하였다. 이는 성폭력범죄에 대한 사회적 관심을 고려하여 포함시키되 절차상의 특수성을 고려하여 동법에 의한 적용을 배제하고자 하는 완충적인 입법방식이라고 할 수 있다.