이용자 선택권의 향상으로 이용자의 부족이나 관리 체계상의 문제점, 공급량의 부적절한 배분 등의 부작용이 나타났다.
이용자 선택권의 향상은 몇 가지 부작용을 나타내었다. 즉, 한 기관 내에서 두 가지 서비스를 통합해서 사용할 경우 문제가 적지만, 타 기관 혹은 타 지역에서 서비스를 나누어 이용할 경우 이용자의 실질적 부족이나 관리 체계상의 문제점이 드러날 수도 있다는 것이다. 또한 통합 바우처 방식의 계획적 특성상 이용자에 대한 사정 단계에서 공급량을 정하게 될 수 있는데, 이는 어렵고 적절하게 배분이 이루어지지 않을 가능성도 언급되었다. 급여량은 서비스를 제공하는 과정 속에서 이용자의 한계를 파악하고 치료 개입과 치료 계획을 병행하는 실질적 서비스 제공 과정이 간과되었다는 것이다.