2000년 지방자치법의 개정에서 국가-도도부현의 분쟁해결을 위해 국지방계쟁처리위원회가 설치되고, 도도부현-시정촌의 분쟁에 대해서 자치분쟁처리위원가 신설되었다. 계쟁처리위원회는 국가와 지방자치단체의 분쟁에서 공평･중립한 제3자의 기관의 판단으로 내부에서 간단·신속하게 분쟁을 해결할 취지로 설치되었다.
2000년 지방분권일관법에 의한 지방자치법의 개정에서 국가의 관여에 관한 국가-도도부현과의 분쟁해결을 위해서 국지방계쟁처리위원회를 설치하였고, 도도부현-시정촌 간의 분쟁에 대해서는 자치분쟁처리위원에 의한 분쟁처리제도가 신설되었다. 계쟁처리위원회는 국가와 지방자치단체의 분쟁에 있어 공평･중립한 제3자의 기관의 판단에 의하여 행정 내부에서 간단하고 신속하게 분쟁을 해결하기 위한 취지에 따라 설치된 것이다. 국지방계쟁처리위원회는 총리부에 설치하고 위원회는 5인의 위원으로 조직되고 이들 위원은 국회 양원의 동의를 구해 내각총리대신이 임명하고, 임기는 3년으로 정치활동에 제한이 주어진다. 위원회의 심사 대상이 되는 사안은 지방공공단체에 대한 국가의 관여에 관한 것으로 시정의 요구, 허가의 거부, 처분 그 외 다른 공권력 행사(지시, 동의, 인가, 승인, 명령, 취소 등)에 해당되는 것 등으로 되어 있다. 그리고 지방공공단체로부터 신청이 있음에도 불구하고 상당의 기간 내에 이를 행하지 않는 국가의 부작위도 분쟁처리의 심사 대상이 된다(지방자치법 250조의 13). 그러나 국가의 관여 내의 조언 및 권고, 자료제출의 요구는 지방공공단체에 대하여 구체적인 행위에 관한 명확한 법률상의 의무를 발생시키는 것은 아니어서 위원회의 심사 대상으로부터 제외되어 있다.