헌재는 2002헌가1 결정에서 구 병역법에 대한 합헌 결정을 하면서도, 개인의 양심의 자유와 국가의 안보라는 법익의 충돌 관계를 해소하고 양 법익을 공존할 수 있는 방안을 찾아야 할 것이라고 권고했다.
헌법재판소는 2004. 8. 26. 선고한 2002헌가1 결정에서 구 병역법(1999. 2. 5. 법률 제5757호로 개정되고, 2004. 12. 31. 법률 제7272호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호에 대하여 합헌 결정을 하면서도, 입법자는 양심의 자유와 국가 안보라는 법익의 갈등관계를 해소하고 양 법익을 공존시킬 수 있는 방안이 있는지, 국가 안보라는 공익의 실현을 확보하면서도 병역거부자의 양심을 보호할 수 있는 대안이 있는지, 우리 사회가 양심적 병역거부자에 대하여 이해와 관용을 보일 정도로 성숙한 사회가 되었는지에 관하여 진지하게 검토하여야 할 것이며, 설사 대체복무제를 도입하지 않기로 하더라도, 법 적용기관이 양심 우호적 법 적용을 통하여 양심을 보호하는 조치를 취할 수 있도록 하는 방향으로 입법을 보완할 것인지에 관하여 숙고하여야 한다고 권고하였다.