분점정부가 구성 되면 권한 범위 확장을 위해 대통령과 총리사이에 갈등이 생긴다. 갈등의 발생을 줄이기위해서는 서로  긴말한 협조가 요구된다. 동일 정당 소속이어도 갈등은 발생 될수있다.
물론 분점정부가 구성되면 대통령과 총리는 각기 자신의 정치적･행정적 권한 범위를 넓히려하기 때문에 이들 간에 갈등이 발생하기 쉬우며, 따라서 원만한 국정운영을 위해서는 대통령과 총리 사이의 긴밀한 의견 교환과 정책협조가 필수적으로 요구된다. 예를 들어 프랑스 헌법은 대통령을 군통수권자(Chef des armées)로 규정(제15조)하고 있는 반면, 총리에게는 군사를 관리하고(제20조) 국방에 대해 책임을 지는 권한(제21조)을 부여하고 있기 때문에 동거정부 때는 물론 양자가 동일 정당 소속일 경우에도 군과 안보 문제에 대해 갈등과 마찰이 발생할 수도 있다(이창훈 편, 2004: 51-52). 따라서 이 양자 간에는 긴밀한 협조가 요구된다고 하겠다.