교육 내용과 현장의 괴리, NCS 채용으로 인한 비용과 시간의 증가 등 NCS 자체의 문제가 아닌, NCS 활용에서의 문제도 발생하고 있다. 
이러한 NCS 자체의 문제 외에 NCS 활용에서 나타나는 문제점도 있다. 가장 큰 것은 현장 적용의 어려움이다.59)  이는 교육의 내용이 업무 현장과 연계성이 없거나, 현장에 맞는 교재와 도구 개발이 어렵 기 때문이다. 직무에 필요한 지식과 기술의 변화가 빠른 경우, 혹은 해당 분야가 NCS 지정이 되지 않은 경우 등의 문제도 있다. 또한 공공기관에서는 NCS 채용 시 비용과 시간이 대폭 증가한다는 어려움을 호소하고 있다. 그리고 외형적으로는 NCS를 활용한다고 해놓고, 실질 적으로는 기존의 지식과 방법으로 교수․학습을 하는 경우도 있다.