정부업무평가제도의 첫 번째 쟁점은 현행 평가제도의 다양성인데 이는 긍정적 효과도 있지만, 조직 구성원들에게 업무 가중으로 부담이 되어 업무 몰입도를 낮추고 동기를 저하시킬  수 있으므로 향후 평가제도가 나아가야 할 방향을 모색할 필요가 있다.
여러 연구들에서 제시한 정부업무평가제도의 운영을 위해 필요한 이슈들을 살펴본 결과들을 토대로 정부업무평가제도의 쟁점을 다음과 같이 정리할 수 있다. 첫째, 현재 이행되고 있는 평가제도가 매우 다양하다는 점이다. 기획재정부로부터 재정사업 자율평가 및 국고보조금 운영평가, 국무총리실로부터 특정평가 등을 받고 있다. 이는 조직의 책임성, 능률성, 효과성을 담보하는 기제로 작용할 수도 있지만, 조직 운영상에 부담으로 인식될 가능성도 높다. 다양한 평가를 받는다는 것은 그만큼 여러 작업들을 요한다는 것이기 때문에 조직 구성원들의 입장에서도 상당한 부담이 된다. 이는 조직 구성원들의 업무 몰입도를 낮추고, 열심히 일 해야 할 동기 자체를 저하시키는 원인으로 작용할 수 있다. 즉, 평가 결과를 바탕으로 한 외재적 보상을 통해 조직 구성원들의 동기를 높이고자 실시되는 평가제도가 오히려 이들의 사기를 저하시킨다는 점에서 앞으로의 평가제도가 나아가야 할 방향들을 모색할 필요가 있다.