정보저장매체 증거분석에는 관련 사건의 맥락과 분석 목적에 대한 이해가 필수적인데 외부 기관에 정보저장매체의 분석을 의뢰할 경우, 수사보안 및 피의자 보호의 이유로 충분한 배경 정보를 제공하기 어려운 만큼 증거분석의 효과가 떨어지는 딜레마가 생긴다.
첫째, 수사기밀의 노출 문제가 등장한다. 수사는 보안이 생명이다. 그래서 수사는 기본적으로 밀행주의를 추구한다. 밀행주의는 비단 수사기관의 수사의 성공을 위해서도 요구되지만 피의자의 인권보호의 차원에서도 반드시 요구된다. 그런데 분석을 제3의 기관에 맡길 경우에는 수사보안의 문제가 등장한다. 정보저장매체 등에 증거분석을 효과적으로 하려면 해당 사건의 쟁점을 제대로 파악한 후, 압수한 정보저장매체 원본이나 복제물 또는 출력물의 어느 부분이 해당 사건과 관련성이 있고, 어떠한 부분이 범죄사실을 입증이나 피의자의 무고함을 밝힐 수 있는지 알아야 제대로 증거분석을 할 수 있다. 사건의 쟁점을 모르고는 전자정보에 대한 제대로 된 분석을 기대하는 것은 사실상 불가능하다. 그렇다고 수사기관이 해당 사건의 쟁점을 제3의 분석기관과 모두 공유하는 것도 수사기밀의 노출과 피의자의 인권보호나 명예를 고려하면 쉽게 결정할 수 있는 문제가 아니다.