국가지정문화재에 대한 정기조사 결과를 반영하지 않고 지원대상에서 제외한 사례가 밝혀졌다. 건물 외부 보수정비가 필요했던 참당암 대웅전과 보존 처리 의견을 받은 대방광불화엄경은 보수정비사업 지원대상에서 누락되었다.
그런데 국가지정문화재를 대상으로 정기조사를 실시한 결과, 일부 문화재에 대하여 보수정비가 필요하다는 지적을 하였으나 2014년까지 보수정비사업 지원대상에서 제외됨으로써, 정기조사 결과의 활용이 미흡한 것으로 나타났다. 예컨대 2012년도 정기조사에서 전북 고창 선운사에 있는 보물 제803호 ‘참당암 대웅전’은 건물 외부에 해충이나 조류의 피해로 인한 대책 마련이 필요하고, 균열이나 탈락이 심하여 보수정비가 필요하다는 조사결과가 나왔음에도 불구하고, 2014년도에 병충해 방제부문만 지원되었을 뿐 보수정비부문에 대하여는 국조보조금이 지급되지 않았다. 2013년 정기조사에서도 국보 제202호인 ‘대방광불화엄경’이 상태가 좋지 않아 보존 처리가 필요하다고 조사를 하였음에도 불구하고 보수정비대상 사업에서 제외되었다.