12년 디지털 교과서 연구학교 운영계획을 통해 연구 주제의 다양성을 추구하도록 했다. 그 내용에는 연구 학교 운영비 균등 배분, 중앙 콜센터 및 홈페이지를 통한 오류 지원, 시도교육청의 실태 점검 등이 있다. 아울러 디지털교과서 선도요원을 선정해 기술 지문 지원을 두었다. 
2012년 3월에는 ‘디지털교과서 연구학교 운영 계획(교육과학기술부, 2012. 3)’을 발표하였는데, 2012년에 운영되는 디지털교과서 연구학교는 시도교육청 디지털교과서 연구학교협의회를 구성하고 디지털교과서 교과목별 창의적 수업 사례 제안 및 현장 적합성 검토를 수행하며, 지역별 학교별 특성을 반영하여 연구 주제의 다양성 추구하도록 하였다. 이에 대한 구체적인 사업 내용을 살펴보면 연구학교 시설 및 운영비를 지원하는데 연구학교 운영비는 16개 시 도별로 균등 배분하여 지급하고 연구학교 운영에 따른 인터넷 사용료, 인프라 유지 보수 비용 등은 시도교육청에서 자체 부담하도록 하였다. 또한 디지털교과서 오류 등에 따른 사용자 지원은 중앙 콜센터 및 홈페이지를 활용하도록 하였으며, 연구학교 지정 종료에 따라 운영이 종료된 연구학교의 인프라는 PC 실습실, 방과 후 학습활동 등에 활용토록 하고, 시도교육청에서 활용 실태를 점검하도록 하였다. 아울러 교사 연수 지원을 위해 시도교육청 및 연구학교의 협의 하에 디지털교과서 연구학교 노하우가 풍부한 디지털교과서 선도요원을 선정하여 연구학교 교사 연수 지원하고 교육정보원을 통해 기기 선정, 인프라 관련 등 기술 자문 지원을 하도록 하였다. 이러한 지원 하에 2012년도에는 초 3～중 1까지 디지털교과서가 연구학교에 적용되었으며 구체적인 과목과 종수는 <표 Ⅱ-2>와 같다.