평가 주체가 주도하는 인권영향평가에서 인권영향평가 중장기 계획 및 대상기관 협의 절차가 가장 중요하며, 대상 기관과 함께 적절한 일정을 협의하는 것이 필수적이다.
평가 주체가 주도하는 인권영향평가의 절차에서 가장 주목해야 하는 지점은 1단계의 인권영향평가를 위한 중장기 계획 및 대상기관 협의 절차라고 할 수 있다. 평가 주체는 의무형 인권영향평가의 수요를 예측하여 평가 주체 스스로 내실 있는 평가가 가능한 양적 범위를 적절히 판단하여야 하며, 그 범위 내에서 기존의 법령 등이 인권에 미치는 부정적 영향 등을 점검하고 개선할 수 있도록 평가를 진행하면 된다. 물론 이러한 평가 주체의 계획과 평가 대상 선정은 일방적으로 이뤄져서는 결코 원만한 인권영향평가의 진행이 이뤄질 수 없다. 따라서 이 과정에서 대상 기관과 함께 적절한 일정을 협의하는 것이 필수적 과정이라고 할 수 있다.