포괄보조방식 적용을 위한 대상 사업의 적격성을 판단하기 위한 기준으로 조재환‧이한성은 다섯 가지의 적합성을 연구하여 제시하였으며, 정은희는 두 가지의 부적합성을 연구하여 제시하였다. 두 연구가 제시한 내용을 바탕으로 포괄보조방식 적용이 가능한 사업을 선별하기로 결정하였다.
포괄보조방식 적용을 위한 대상 사업의 적격성을 판단하기 위한 기준으로서 조재환‧이한성(2013, p.149)의 연구는 5가지를 제안한 바 있다. 첫째, 사업의 규모가 상대적으로 작고 유사‧중복된 영역의 사업, 둘째, 지방자치단체의 사업 운용에 있어 자율성의 보장이 가능한 사업, 셋째, 사업 시행 효과가 지역적 범주 내에서 부각될 수 있는 사업, 넷째, 사업 관리를 위한 성과 지표 산출이 용이하거나 성과관리 적용이 가능한 사업, 마지막으로 다섯째, 포괄보조 예산 배정에 있어 법정 공식주의를 적용하기 용이한 사업이 적합하다는 것이다. 반면, 정은희 외(2014, pp.73~74)의 연구는 대규모 예산이 투입되거나 사업 수행 기간이 장기간에 걸쳐 있는 경우 지방자치단체의 재정건전성을 위협할 가능성으로 인해 포괄보조방식 적용 대상 사업으로 부적절하다고 보았다. 또한 사업 대상자의 선정이나 지원 수준, 그리고 사업 규모가 일괄적으로 결정되어야 하는 즉, 전국 단위의 사업 표준화가 필요한 영역에 대해서도 부적절하다는 의견을 제시하고 있다. 이에 따라 대상자의 유사성과 보완성, 지자체의 자율성, 공통성과 지표의 활용 가능성, 사업 규모 등을 고려하여 동일한 대상 집단의 사업을 우선 범주화하는 방식으로 포괄보조방식의 적용이 가능한 사업을 선별하기로 하였다.