환경부는 충청남도 보령시가 3개 사업의 정산서류를 지연하여 제출하였기 때문에 실무요령에 따라, 신규 사업 예산을 반영해선 안되지만 신규 사업에 대한 예상을 편성하였다. 
그런데 하수도 분야 보조사업의 2014~2016년 정산서류 제출현황 및 정산실적 부진 사업자에 대한 예산 편성 실태를 점검한 결과, 환경부는 충청남도 보령시에서 2015년 사업이 완료된 “내평리 농어촌마을하수도정비사업” 등 3개 사업과 관련하여 정산서류를 지연제출하였으므로 실무요령에 따라 위 기관의 2017~2018년 신규 사업 예산을 반영하지 않아야 하는데도, 보령시가 신청한 4개의 신규 사업에 대하여 56억 12백만 원의 예산을 편성하는 등 [표 Ⅲ-4-36]과 같이 2016~2018년 75개 정산부진기관(지방자치단체)의 240개 신규 사업에 대하여 총 1,415억 56백만 원의 예산을 편성하였다.