직업능력개발계좌제의 단점에 대해 질문한 결과 높은 숙련 수준을 갖추기 어려운 점, 훈련생 관리에 대한 어려움,  낮은 취업률 등의 순으로 높은 점수가 나왔다.
직업능력개발계좌제의 단점에 대해 질문한 결과, ‘후속 훈련과정으로의 연계가 안 되는 경우가 많아 높은 숙련수준을 갖추기 힘들다.’가 4.08점으로 가장 높았으며, ‘다수 훈련기관에서 훈련을 받다보니 지속적이고 꾸준한 훈련생 관리가 어렵다.’가 4.03점, ‘정책수혜자수 대비 취약한 취업률, 기타 복합적인 문제로 취업률이 지속적으로 낮은 편이다.’가 3.95점 등의 순이었다. 기타 의견으로는 ‘소규모 훈련기관에서는 직업훈련에 대한 책임감이 부족하다.’, ‘소규모 훈련기관의 직무수행능력 습득의 경우 일반적인 내용을 습득하는 경우가 많다.’ 등이 있었다.