동법상의 분쟁조정절차나 자치위원회의 처분은 사법절차가 아님에 따라 형법이나 소년법과 중복하여 적용되도 이중처벌금지의 원칙에 반하지 않는다. 이에 양자를 어떠한 방식으로 적용할 것인지는 정책적인 문제이다. 중복조치 또는 처벌은 학교폭력예방법의 취지와 어긋나며, 학교폭력에 대해 자치위원회의 분쟁조정이 이루져 가해학생에 대한 적절한 조치가 교육적으로 행하여졌음에도 불구하고 소년법이나 형법상의 처분들이 아무런 제한없이 적용되는 것은 바람직하지 않다는 것이다.
그러나 동법상의 분쟁조정절차나 자치위원회의 처분은 사법절차가 아니다. 따라서 동법은 형법이나 소년법과 중복하여 적용되어도 이중처벌금지의 원칙에 반하지 않는다. 다만, 양자를 어떠한 방식으로 적용할 것인지는 정책적인 문제일 뿐이다. 예컨대 당해사건이 소년법상 보호사건으로 처리될 경우에는 제32조에 의하여 소년부 판사는 결정으로 보호자 또는 보호자를 대신하여 소년을 보호할 수 있는 자, 소년보호시설, 소년의료보호시설 등에의 감호· 위탁, 수강명령, 사회봉사명령 및 보호관찰, 또는 소년원송치 등을 할 수 있고 제32조의2에 의하여 대안교육 또는 소년의 상담 선도 교화와 관련된 단체나 시설에서의 상담 교육을 받을 것을 명할 수 있다. 이러한 처분들 중 사회봉사명령 또는 수강명령, 치료보호, 대안교육 또는 상담· 교육 등은 학교폭력예방법 제17조상의 조치 중 사회봉사, 특별교육이수, 심리치료 등과 중복된다. 또한 당해사건이 소년법상 형사사건의 대상이 되었다고 하더라도 제49조의2에 따라 기소유예를 할 경우에는 범죄예방자원봉사위원의 선도 또는 소년의 선도· 교육과 관련된 단체· 시설에서의 상담· 교육· 활동을 조건으로 한다. 그리고 제48조에 의하여 소년법에 특별한 규정이 없는 때에는 일반형법을 적용하기 때문에 사회봉사명령이나 수강명령 등 일반 보안처분을 부과할 수 있는 바, 이러한 보안처분의 내용이 학교폭력예방법상의 조치와 중복될 수 있다. 그러나 이와 같은 중복조치 또는 처벌은 학교폭력예방법의 취지와는 어긋날 뿐만 아니라, 학교폭력에 대하여 자치위원회의 절차를 통하여 가해학생과 피해학생간의 분쟁조정이 이루어지고 가해학생에 대한 적절한 조치가 교육적으로 행하여졌음에도 불구하고 소년법이나 형법상의 처분들이 아무런 제한없이 적용되는 것은 바람직하지 않다. 따라서 양자간의 조화점을 모색하여야 할 것이다.