형사조정제도는 실질적 분쟁해결과 피해자보호의 새로운 틀을 입법화하고자 하는 데 주안점을 두었다. 또한 피해자 중심적 형사정책의 일환으로 추진되었고, 회복적 사법이념의 실현을 목표로 한다. 하지만 고소사건 해결책을 위한 기능으로만 활용되고 갈등의 원인을 의사소통적 방법으로 해결하려는 사법의 철학이나 원칙을 제대로 반영하고 있지 못하고 있다는 비판이 있다.
현재 검찰에서 시행중인 형사조정제도는 도입 초기에 UN 권고사항을 준수하고 세계적 사법체계의 흐름 속에서 지금까지의 시행성과를 바탕으로 실질적 분쟁해 결과 피해자보호의 새로운 틀을 입법화하고자 하는 데 주안점을 두고 시행하게 되었다. 이러한 배경 하에서 우리나라의 형사조정제도는 피해자 중심적 형사정책의 일환으로 추진되어 왔으며 또한 회복적 사법이념의 실현을 목표로 하고 있다. 이는 형사조정 실무운용 지침의 목적에서 찾아볼 수 있다. 그러나 현행 검찰의 형사조정제도는 수사기관의 고소사건 해결책을 위한 기능으로만 활용되고 있다는 비판을 받고 있고, 보다 근본적인 문제는 형사조정제도가 가해자와 피해자의 균형사법을 추구하면서 갈등의 뿌리를 의사소통적 방법으로 해결할 것을 지향하는 회복적 사법의 철학이나 원칙을 제대로 반영하고 있지 못하고 있다는 비판에 직면하고 있다. 따라서 이러한 비판에서 벗어나기 위해서는 중립적인 제3자의 조정을 통해 실현할 수 있는 다양한 가치와 목표 들을 염두에 두는 동시에 구체적인 범죄의 유형과 특성 및 당사자의 요구를 효과적으로 반영할 수 있는 새로운 형사조정제도를 모색할 필요가 있다. 이와 같이 “형사조정제도가 조정을 통해 구현될 수 있는 다양한 가치와 목표들을 다중적으로 달성하기에 적합하도록 만들어진다면 이 제도가 운영상 수사기관의 고소사건 해결책을 위한 기능으로 활용되고 있다는 의혹도 해소될 수 있을 뿐 아니라 조정제도가 형사사법의 주변부에 붙어 있는 장식물로 전락하게 될 우려도 불식될 수 있을 것”이며, 또한 비공식적으로 운영되어 오던 형사합의를 제도의 틀 속으로 편입시킬 수 있을 것으로 생각된다.