의사결정체계에서 통합업무와 관련된 최고의사결정기구와 실무적 의사결정기구가 요구된다. 영역에 따른 정부의 계층제적 정비와 각 부처와 기관을 연결하고 조절하는 조직이 필요하다.
우선, 의사결정체계에는 통합업무와 관련하여 최고의사결정기구와 실무적 의사결정기구가 필요할 것이다. 둘째, 집행체계에서는 기능조직별로 계층제적 정비가 요구될 것이다. 마지막으로 전체적인 계획수립과 집행과정을 조정･통제할 수 있는 조직 역시 필요하다. 이는 체제통합 과정에서 정부조직의 기능영역별로 17개 부 3처 17청 모두에서 크고 작은 업무가 발생할 것이지만, 이러한 업무는 대체로 특정 기관 단독으로 해결하는 것보다는 다른 기관과의 연계체계에서 이루어질 것이기 때문이다. 따라서 영역에 따른 정부조직의 계층제적 정비뿐만 아니라 부처 간, 기관 간을 연계하고 조정하는 조직은 필수적이다.