대안교육은 교육문제의 기인을 묻게 만든다. 학교부적응의 원인은 부적응 학생의 어려움과 한계로 치부됐다. 학교는 이들을 따로 관리, 재적응 시키겠다는 관점으로 보면 ‘이상증후’ 학생들만의 문제일 뿐 학교는 변화의 필요성이 없다. 그 결과 개인에 대한 대응정책이 마련됐고 이는 '비인가 대안학교'를 이해하는데 중요한 맥락이다.
앞에서도 언급한 것처럼 대안교육은 교육문제와 쌍을 이룬다. 그러므로 교육권의 측면에서 한국사회의 교육문제가 어디로부터 기인하는 가를 묻지 않을 수 없게 만든다. 학업중단 문제가 처음 대두되었던 1980년대부터 지금까지도 학교부적응의 원인은 대학입시를 정점으로 하는 지식중심의 학교교육과 경쟁문화의 문제로 받아들여지기 보다는 그 곳에 적응하지 못하는 학생의 어려움과 한계로 치부되어왔다. 즉, 학교는 아무런 문제가 없음에도 적응하지 못하는 문제적 개인들이 예외적으로 등장함에 따라, 이들을 따로 관리하거나 선도하여 다시 재적응시키겠다는 관점이다. 이렇게 보면 적응하지 못하는 ‘이상증후’의 학생들만이 문제일 뿐 학교는 아무 문제가 없는 공간이고, 따라서 크게 변화의 필요성이 없다. 그 결과 학업중단에 대한 대책은 학교교육 자체로부터 문제해결의 지점을 찾기 보다는 부적응한 개인에 대한 대응 차원에서 고민되고 정책이 만들어졌다. 결국 학업중단의 문제를 다루는 방식은 학교교육의 변화를 도모하는 교육개혁의 논의와 유기적으로 연관되기 보다는 별개의 논의로 다루어지면서 서로 섞이지 않고 부유하게 되었다. 이는 ‘비인가 대안학교’라는 매우 독특한 현상을 이해하는데 중요한 맥락이다.