공정거래위원회와 검찰은 자진신고 제도 운영과 관련된 정보교환 및 현안 협의를 위한 실무협의체를 구성하여 사건마다 공정위 사건인지, 검찰 사건인지를 결정한다.
2018. 8. 21. ‘공정거래법 전속고발제 폐지 관련 합의문’에서 공정거래위원회와 검찰은 자진신고 제도 운영과 관련된 정보교환 및 현안 협의를 위한 실무협의체를 구성하여 운영하기로 밝힌 바 있다. 개별 사건마다 공정거래위원회와 법무부가 운영하는 실무협의체에서 공정위 사건인지, 검찰 사건인지를 결정하겠다는 것이다. 자진신고 접수창구를 기존의 공정거래위원회 창구로 단일화하고, 관련정보를 서로간에 실시간으로 공유하기로 하였으며, 검찰 수사를 위해 공정거래위원회의 자진신고 정보를 포함한 행정조사 자료 제공하고 또한 공정거래위원회의 행정처분을 위하여 검찰의 수사자료를 제공하는 것을 내용으로 하고 있다.