연결재무제표를 이용하는 경우 회사 중복의 문제가 발생한다. 즉, 연결재무제표로 분석을 하게 되며 중복적으로 분석대상에 포함되는 회사들이 나타나게 된다.
마지막으로 연결재무제표를 이용하는 경우 회사 중복의 문제가 발생한다. 예를 들어 상장회사 A사가 상장회사 B사, C사 및 D사를 자회사로 보유하고 있고 각각의 자회사인 B사, C사 및 D사가 손자회사(B의 입장에서는 자회사로 B1, B2, B3 등)를 보유하고 있는 경우 A사는 B사를 포함한 자회사 및 B1사를 포함한 손자회사 등을 모두 연결대상으로 포함하여 연결재무제표를 작성한다(이 규정에는 예외가 있어 중간지배회사가 상장회사, 상장예정회사가 아니고 최상위 지배기업이 연결재무제표를 작성하며 지배기업의 주주들이 연결재무제표 미작성에 동의하는 경우는 연결재무제표를 작성하지 않을 수 있다). 또한 B사 역시 B사의 자회사인 B1사 등을 연결자회사로 연결재무제표를 작성해야 한다. 따라서 연결재무제표로 분석을 하게 되며 중복적으로 분석대상에 포함되는 회사들이 나타나게 된다.