전북혁신도시는 건설교통부의 혁신도시 입지 선정 지침이 통보된 후 입지 선정을 위한 협의회들을 거쳐 연수원 신청사의 최종부지를 확정했다.
현재 연수원 신청사는 전북 완주군 이서면 반교리 일대로 전북혁신도시지구 내에 위치하고 있다. 전북혁신도시는 2005년 7월 당시 건설교통부의 ‘혁신도시 입지 선정 지침’이 각 지자체에 통보된 이후 전라북도에서 혁신도시 입지 선정을 위한 이전추진 협의회 개최(4차), 실무협의회 개최(4차), 입지 선정위원회 심의(2회)를 거쳐 2005년 10월 28일 전라북도 공공기관 이전추진 협의회 4차 회의를 통해 최종 부지가 확정되었다(전북발전연구원, 전라북도 혁신도시 후보지 선정 연구, 2005). 이후 혁신도시 지구 내에서의 이전기관의 배치는 부지 및 건물 규모에 대한 연수원과 건교부 간의 조정, 건교부에서 통보한 전북혁신도시 개발계획(안)에 대한 의견 조율 등을 통해 2007년 5월에 최종 확정되었다.