산업별 배출권거래제 대상의 선정 단계에서 형평성과 일관성이 고려하여야 하는 이유는 산업과 사업장 분류나 기준에 있어 기존 신청내역과 벤치마크 계수 적용에 문제가 생길수 있기 때문이다.
산업별 배출권거래제 대상의 선정 단계에서도 형평성과 일관성이 고려되어야 한다. 현재 정유 전체, 시멘트 일부, 항공 전체 시설에 적용되고 있으며, 점차 확대할 계획인 벤치마크(BM) 계수 적용에서 형평성에 문제가 생길 수 있고 이는 할당을 받는 시설기준에 차이가 존재하기 때문이다. 예를 들어 한 사업장 안에서 다수의 제품을 생산하는 경우, 산업을 어떻게 분류할 것인가 하는 문제가 존재한다. 또한 사업장의 분류는 사업장이 초기 신청한대로 분류되어 있어, 한국산업분류표와 차이가 있기 때문에 산업별 할당 혹은 배출계수 및 조정계수 적용에서 일관성이 훼손될 가능성이 있다. 따라서, 온실가스 배출을 많이 배출하는 곳은 집중관리 대상으로 지정하는 대안을 고려해볼 필요가 있다.