전통지식의 특허출원인에게 신규성과 진보성 입증, 발명자 명시, 특허명세서의 기술적인 기재, 특허출원 및 유지를 위한 투자는 어려운 일이므로 특허제도로 전통지식 자체를 보호하는 일은 보편화되기 어렵다. 
전통지식을 특허권으로 보호하기 위해 해결해야 하는 과제는 첫째, 신규성과 진보성을 입증해야 한다. 둘째, 특허출원시 발명자가 누구인지 명시되어야 한다. 셋째, 특허명세서는 심사관이 이해할 수 있도록 기술적인 방법으로 명확하게 기재되어야 한다. 넷째, 특허출원이나 유지를 위한 비용을 투자해야 한다. 이러한 요건은 특허출원인에게 공통적으로 요구되는 것이지만 전통지식의 신규성 및 진보성을 입증하기가 어렵다는 점과 전통지식의 주된 보유자인 토착민과 토착지역공동체에게 있어서 특허명세서의 기술적인 기재와 특허출원 및 유지 비용 납부와 같은 절차상의 요건은 현실적으로 가장 큰 부담이 될 것이다. 따라서 특허제도에 의하여 전통지식 자체를 보호하는 방법이 보편적으로 활용되기에는 어려움이 있다.