규제비용총량제는 기업활동 관련 규제를 기본으로 하나 제외 대상도 있다. 영국에서는 EU 규제, 국제협약, 세무행정 등이 있으며 한국에서도 비슷한 사안에 대해 제외한다.
규제비용총량제는 행정규제기본법상 모든 행정규제 중 기업활동 관련 규제를 기본 대상으로 하되, 시행에 긴급을 요하거나 규제특성상 총량제 적용이 맞지 않는 사안에 대해서는 적용을 제외한다. 영국에서 규제비용총량제에 제외되는 경우는 기업 또는 시민사회조직에 영향을 주지 않는 규제, EU 규제, 국제협약, 세무행정, 긴급상황에 관한 규제, 단속행위, 수수료와 요금, 계약상의 의무, 법원 판결, 한시적 법률 또는 일몰조항을 포함하고 있는 규제 등이 있다. 한국의 경우에도 유사한 사안에 대해 적용 제외하고 있다. 이에 대해서는 제3절 규제비용총량제 운영절차에서 자세하게 소개한다.