공소시효는 시간 경과에 따라 증거가 부족해진다는 등의 실체법적 측면과, 국가의 태만으로 책임을 범인에게만 돌리는 것은 부당하다 등의 소송법적 측면에  존재이유가 있다. 공소시효의 본질은 공소시효의 기간·정지·배제 등 규정을 해석할 때 밝혀질 수 있다.
범죄를 범하였음에도 불구하고 시간이 지나면 왜 범죄자를 처벌하지 않는가? 공소시효의 존재이유 내지 필요성으로, 시간이 지남에 따라 증거가 소실·변형되어 실체적 진실의 발견이 어렵고, 범죄로 인한 법질서 파괴가 어느 정도 회복되어 처벌필요성과 일반인의 처벌욕구가 감소하며, 범죄자가 장기간의 도망생활로 인하여 처벌받은 것과 같은 상태가 되어 형벌이 기대하는 범인의 인격변화가 예상되고, 국가의 태만으로 인한 책임을 범인에게만 돌리는 것은 부당하다는 복합적 요소를 들 수 있다. 즉 공소시효는 실체법적 측면과 소송법적 측면을 고려하여 만들어진 것이라고 할 수 있고, 독일과 우리나라의 다수설인 결합설이 이러한 점을 근거로 하고 있다. 그러나 공소시효의 본질이 공소시효의 존재이유와 전혀 무관하지는 않지만 양자가 논리필연적인 관계는 아니다. 즉 공소시효의 본질은 그것의 존재이유를 기초로 공소시효의 기간·정지·배제와 공소시효 완성의 효과 등 관련 규정을 체계적·논리적으로 해석함으로써 밝혀질 수 있다.