온라인수업 방식은 시,도 교육감이 정하도록 되어 있어 교육청 별 큰 차이를 보인다. 보통은 콘텐츠를 수강하는 방식을 선택하고 있다. 그러나 진도 중심의 이수 기준은 틀어 놓기이어서 어느 정도 수업에 참여했는지, 무엇을 학습했는지에 대한 피드백을 하지 못하는 한계가 있다.
온라인수업 운영 방법은 시･도교육감이 정하도록 되어 있다. 이로 인해 앞서 2장에서 살펴보았듯이, 이수 기준의 설정 및 수업 방법에 있어 교육청별 큰 차이를 보이고 있다. 그러나 대부분의 교육청에서 학생이 동영상 콘텐츠를 수강하는 것을 수업 운영의 주요 방법으로 채택하고 있으며, 과목별로 2번의 과제가 출제되지만 과제 제출 여부를 이수 기준에 포함하는 교육청은 두 곳에 불과하다. 이러한 수업 운영 방식은 학습의 질 관리와 교과 특성을 반영한 수업 운영이라는 측면에서 한계가 있다. 먼저, 과목의 특성에 따라 미술, 체육 교과군의 과목뿐만 아니라 사회, 과학 교과 역시 학습 단원의 특성에 따라 오프라인 형태의 수업이 필요한 상황이 있음에도 불구하고 이에 대한 대응을 하지 못하는 한계가 있다. 또한 진도율 중심의 이수 기준은 소위 ‘틀어 놓기’를 통한 수업 이수와 같이 형식적으로 수업에 참여한 학생에 대한 문제와 더불어 학생이 어느 정도 수업에 참여하였는지, 무엇을 학습하였는지 확인하고 피드백을 주는 역할을 하지 못한다는 한계가 있다.