71(1)에 의한 비침해 확인 재판에서 유‧무효 여부는 쟁송의 중심이 될 수 있으나 특허 무효를 구할때는 별도의 절차가 요구되며, 재판 신청인이 비침해에 관련된 입증책임을 져야 하는 점이 제도상 문제점이다. 
71(1)에 따른 비침해 확인 쟁송에서 유‧무효 여부를 쟁점으로 할 수 있지만, 특허 무효를 구하는 경우(무효인 특허의 침해는 있을 수 없기 때문에 무효의 주장을 포함하여 단순히 비침해 확인을 구하는 것과 별개로) 72조에 따른 별도의 절차가 필요하다.침해에 대한 입증책임을 특허권자 또는 전용실시권자가 부담하는 침해소송의 경우와 달리 71(1)에 따른 비침해 확인 쟁송의 신청인은 비침해에 대한 입증책임을 부담하는 점이 제도의 단점이다. 특허청장의 비침해 확인 제도 활용현황을 보면, 신청건수는 2005년부터 2014년까지 10년간 총 12건(연평균 1.2건)이고, 비침해 선언에 대한 결정은 2005년부터 2014년까지 10년간 총 8건(연평균 0.8건)으로 활용이 매우 저조한 실정이다.