공공감사의 경우에도 합법성 감사와 성과감사에 대한 관심이 증대되어왔으며, 성과감사를 통해 정부정책이나 사업 상의 문제 해결을 위한 개선대안을 제시하였다. 그러나 일부에서는 제도에 대한 비판을 제기하기도 한다.
이와 유사하게 공공감사의 경우에도 성과 중심의 정부혁신 패러다임으로 인해 기존의 합법성 감사뿐만 아니라 성과감사(performance audit)에 대한 관심이 증대되어왔으며, 성과감사를 통해 정부정책이나 사업 등의 낭비와 비능률․비효과 요소에 대한 원인과 문제 해결을 위한 개선대안을 제시하여 정부활동의 성과를 높여왔다(감사원, 2005: 6). 감사원의 경우에도 재정․금융․산업․환경․건설․복지 등 매년 다양한 분야에서 성과감사를 실시하고 있으며 이를 통해 문제에 대한 근원적인 개선방안을 제시하고자 노력하고 있다. 그러나 평가제도에 대한 비판이 제기되는 것처럼 일부에서는 현행 성과감사가 기존의 합법성 감사와 구별되지 못하고 성과감사의 도입목적에 부합하지 못한다는 비판을 제기하기도 한다.