자체평가, 재평가, 특정평가로 나뉘는 정부업무평가는 조직・예산・인사 및 보수체계에 영향을 미친다. 중앙행정기관은 성별영향분석평가를 정부업무평가에 포함하기 힘들 수 있으므로 전문가와 관계자와의 협의를 통해 이를 해소해야한다.
정부업무평가는 3년을 주기로 수립하는 정부업무평가기본계획에 따라 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체장이 매년 시행하는 자체평가, 평가의 객관성 및 신뢰성에 문제가 있는 경우에 실시되는 재평가, 국무총리가 중앙 행정기관을 대상으로 국정을 통합적으로 관리하기 위한 정책 등을 평가하는 특정평가가 있다. 평가결과는 조직・예산・인사 및 보수체계에 연계되고 반영되기 때문에 중앙정부에서는 평가를 잘 받기 위해 많은 노력을 기울이고 있다. 중앙행정기관의 특성상 지방자치단체와 달리 성별영향분석평가 관련 항목을 정부업무평가에 포함시키는 데 따른 어려움이 있을 수 있다. 그러나 성별영향분석평가의 정책 환류와 국가정책의 성평등 향상을 위해서, 정부업무평가 전문가, 국무조정실 등 관계자와의 긴밀한 협의를 통해 정부업무평가에 성별영향분석평가를 연계시키는 방안이 모색되어야 할 것이다.