키신저는 하버드대학에 편입하여 정치학과를 최우등으로 졸업하고 역사상 가장 긴 학부졸업 논문을 썼다. 그는 정치문제의 분석과 국제관계 분야에 관심을 가지며 하버드 국제 세미나의 소장으로 임명되었다.
키신저는 귀국하여 제대군인들에게 주어지는 특혜로 하버드대학에 편입학했다. 그는 정치학과를 최우등으로 졸업하고 대학 역사상 가장 긴 학부졸업 논문을 써 제출한 전설적 기록을 세웠다. 그는 대학원에 진학하여 엘리오트(William Elliot) 교수의 지도하에 박사학위를 받았다. 키신저는 활발한 정책자문 활동을 하는 참여지향적인 엘리오트 교수의 영향을 받아 현실 정치문제의 분석과 국제관계 분야에 더욱 관심을 기울이게 됐다. 엘리오트 교수는 동료 맥조지 번디 교수와 더불어 학술과 정책을 연결하는 학제적 연구소를 만드는 일을 추진했는데 그 일환으로 하버드 국제 세미나(Harvard International Seminar)를 조직했다. 그는 대학원생이었던 키신저를 그 사업의 실무 책임자인 소장에 임명했다. 키신저는 당시 27세로 박사학위 과정 1년차 대학원 학생이었는데 그의 능력에 대한 평가와 신임이 어느 정도였는가를 짐작케 한다.