군의 일탈의 문제는 현역병 못지않게 공익근무요원에게도 나타나는데 같은 조직아래서 통합적으로 관리되는 현역병과 달리 공익근무요원은 분산되어 복무기관의 자율에 맡기다보니 더 제약이 많다. 개인특성에 맞는 복무기관 선택 등 배치에 신경쓰고 있지만 아직 한계가 많다.
이러한 일탈의 문제는 현역병들뿐 아니라 대체복무를 하는 공익근무요원들에게도 나타난다. 징병제도에서 본인의 의사와 무관하게 복무해야 하는 점은 현역 복무와 차이가 없기 때문이다. 일탈 정도를 개선하기 위한 인적자원관리 수단은 공익근무요원의 경우 현역병보다 더 제약을 받는 측면이 있다. 공익근무요원의 인력수급은 현역병 수급상황의 영향하에 있으며, 배치 시에 고려해야 하는 제약조건도 더 많기 때문이다. 또한 배치 이후의 각종 관리가 동일한 조직 내에서 통합적으로 이루어지는 군과 달리 공익근무요원은 병무청과 복무기관으로 분산되어 있다. 조직의 목적과 성격, 구조와 문화가 다양한 7천여 개의 복무기관에 대해 통합적이고 일관성 있는 관리를 하기 어렵기 때문에 배치 이후의 관리는 거의 복무기관의 자율에 맡겨져 있는 실정이다. 정부는 공익근무요원들의 복무 안정을 위해 복무기관 본인선택제도나 현재 추진 중인 공익근무요원 연수원의 설립 등을 통해 공익근무요원의 적성, 업무능력 등 개인적인 특성을 고려한 배치에 힘쓰고 있으나 현실적으로 한계가 있는 것이 사실이다.