시행령에 일부를 제외한 사업들의 기준보조율은 기획재정부 장관이 세운 예산안 편성 지침에 작성하거나 매년 예산으로 정한다고 서술돼있는 것으로 보아 기획재정부의 재량에 의해 결정된다고 보인다.
그런데 시행령 별표를 보면, 114개 유형의 사업에 대해서만 각 호에 기준보조율을 명기하고 있을 뿐, 그 밖의 사업에 대하여는 “기획재정부장관이 수립한 예산안편성지침에 대상사업 명칭과 기준보조율을 분명하게 밝히거나 매년 예산으로 정한다” 고 서술하고 있다. 예산과목 상 세부사업명과 시행령에 열거된 사업명이 일치하지 않는 경우가 많아 114개 유형이 정확히 몇 개의 세부사업을 의미하는지 파악하기는 어려운 문제가 있다. 그러나 시행령 각 호의 사업이 대체로 예산과목 상 1개 세부사업을 지칭하는 경우가 대다수임을 고려하면, 일부 사업을 제외한 다수 사업의 기준 보조율이 예산안 편성 시마다 기획재정부의 재량에 의하여 결정되는 것으로 보인다.