헌법재판소는  양심적 병역거부자에 대한 대체 복무를 규정하지 않은 병역 종류 조항은 과잉금지 원칙에 위배해 이들의 양심의 자유를 침해한다고 판단했다. 입법자는 병역 종류 조항에 대해 2019/12/31까지 개선 입법을 이행해야 하고 그렇지 못할 경우 병역종류 조항은 효력을 상실한다.
헌법재판소는 2018. 6. 28. 아래에서 보는 바와 같은 이유를 근거로 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 아니한 병역 종류 조항은 과잉금지 원칙에 위배하여 양심적 병역거부자의 양심의 자유를 침해한다고 판단하였다. 다만, 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 아니한 병역 종류 조항의 부작위의 위헌성에 대하여 단순위헌 결정을 할 경우 병역의 종류와 각 병역의 구체적인 범위에 관한 근거 규정이 사라지게 되어 일체의 병역의무를 부과할 수 없게 되므로, 용인하기 어려운 법적 공백이 생기게 되고, 더욱이 입법자는 대체복무제를 형성함에 있어 그 신청 절차, 심사 주체 및 심사방법, 심사 결과에 대한 이의신청 절차, 복무분야, 복무 기간 등을 어떻게 설정할지 등에 관하여 광범위한 입법재량을 가진다는 점을 고려하여 병역 종류 조항에 대하여 늦어도 2019. 12. 31.까지는 개선 입법을 이행하여야 하고, 그때까지 개선 입법이 이루어지지 않으면 병역 종류 조항은 2020. 1. 1.부터 효력을 상실한다는 헌법불합치 결정을 선고하였다.