학교선도위원회는 학교장이 교육상 목적으로 법령과 학칙이 정하는 바에 따라 학생을 징계 및 지도 할 수 있다는 초중등교육법 제 18조에 근거한다. 이는 학교폭력 이외의 학생의 학교 부적응 태도에 대한 개선을 목적으로 하기 때문에, 학교폭력을 대상으로 하는 학교폭력예방법상의 자치위원회와는 다르다. 따라서 중복제재가능성을 근거로 특별법의 지위를 부여할 수는 없다.
또한 교육법과의 관계에서도 특별법의 관계로 보기는 어렵다. 특히 초· 중등교육법과의 관계에서 특별법의 지위를 언급하는 경우에는 양 법에 의한 징계의 중복성에 대한 우려를 제시하는 것으로 보인다. 초· 중등교육법 제18조는 학생의 징계에 관한 규정으로, 학교의 장은 교육상 필요한 경우에는 법령과 학칙으로 정하는 바에 따라 학생을 징계하거나 그 밖의 방법으로 지도할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 이를 근거로 하여 학교선도위원회가 구성되는 바, 선도위원회는 일반적으로 교장, 교감, 학생부장, 학년부장, 담임교사 등으로 구성된다. 선도위원회가 개회하면, 사건보고, 의견청취 및 선도처분 등의 순서로 회의가 진행되는데, 학교 내 봉사, 사회봉사, 등교정지 또는 출석정지 등의 결정을 한다. 그러나 선도위원회는 학교폭력을 제외한 학생의 잘못된 행위에 대한 처벌과 선도를 통해서 일탈행위의 재발을 방지하고 선도하는데 그 목적이 있다. 즉, 교육법상의 선도위원회는 학교폭력 이외의 학생 자체의 학교 부적응적인 태도에 대한 개선을 목적으로 한다는 점에서, 학교폭력을 대상으로 하는 학교폭력예방법상의 자치위원회와는 그 성격과 대상을 서로 달리한다. 따라서 동일한 행위에 대하여 중복하여 제재가 이루어지는 경우는 없는 것으로 보인다. 그 결과 중복제재가능성을 근거로 특별법의 지위를 부여하고자 함은 타당하지 않다.