일선세관에서도 직접운송 요건을 판단하기가 어려운 경우 상부기관에 대한 질의를 통해 유권해석을 받아 처리하는 경우도 있다. 따라서 특혜관세 혜택을 누리기 위해 수출입기업 스스로 해당 FTA협정상의 원산지 규정의 내용을 정확이 이해하고 활용해야 한다.
더욱이 직접운송과 관련된 FTA협정문, 관련법령 및 지침 등이 많이 있음에도 불구하고 일선세관에서도 직접운송 요건을 판단하기가 매우 어려운 경우가 상당할 뿐 아니라, 관세청 등 상부기관에 대한 질의를 통해 유권해석을 받아 처리하는 경우도 있다. 그럼에도 FTA상의 협정관세를 적용받고자 하는 기업들로서는 FTA별로 규정내용이 서로 상이하여 혼란스러운 상황에서도 해당 상품이 직접운송의 요건을 충족하였다는 것을 서류상으로 스스로 입증해야 하는 어려운 부담도 안고 있다. 그러므로 FTA상의 특혜관세 혜택을 누리기 위해서는 무엇보다도 수출입기업 스스로가 해당 FTA협정상의 원산지 규정 등에 대한 내용을 정확히 이해하고 올바로 활용할 수 있는 능력을 배양하는 것이 중요하며, FTA는 본질적으로 기업들에게 혜택을 주는 제도이지만 그에 따른 의무와 엄격한 충족을 전제로 하는 것이기 때문에 협정상 선결요건의 정확한 이해와 적용도 중요하다 하겠다.