목적론적 의미의 정부조직개편은 개인과 집단의 합리적 선택과 결정의 결과인데, 이의 이론적 근거는 환경의존론, 신공공관리론, 조직생태학에 있다. 이에 따르면 정부조직개편은 환경변화에 따른 조직적 대응전략이며, 사회적 사건들이 모여 어젠다를 형성해 정부의 결정을 요구하며 발생한다. 빠른 경제위기 극복을 위해 조직개편 어젠다가 형성되면 다양한 개편안이 제시되며 학계와 연구는 개편정당성을 제공하고 정부어젠다로 부각된다.
상징론적 시각과는 달리 목적론적 시각에서 보면, 정부조직개편은 자율적인 행위자들의 특정한 목적을 달성하기 위한 합리적 선택과 결정이라는 관점이다. 즉 개인과 집단의 합리적인 선택이자 결정으로서 현재 문제점들에 대한 진단과 처방에 의해 합리적인 대안을 비교 평가하여 결정된다. 정치학적인 접근보다는 경제학적 접근이고 행정관리적인 접근이다. 이러한 주장의 이론적 근거는 환경의존론, 신공공관리론, 그리고 조직생태학에서 찾을 수 있다. 먼저, 정부조직개편은 환경변화에 대한 조직의 대응전략으로 해석된다(Peters, 1992). 이종수･윤영진(2005: 670)는 행정개혁의 환경적 동인으로 새로운 이념의 등장, 새로운 기술의 등장, 비능률성의 제거, 정치적 변화, 국제적 환경의 변화, 그리고 인구 구조의 변화 및 압력집단의 활동 등을 제시하고 있다. 어젠다형성(agenda-setting)의 시각도 유사하다. 조직개편은 사회적 사건들이 모여 특정한 시기에 의미를 형성하고 정부의 결정을 요구하는 경우에 발생한다는 것이다(Chackerian, 1996). 장기적인 경제 불황은 조직개편을 단행하는 독립변수라는 것이다. 경제하강은 기본적인 사회목표를 위협하고 예산 부족이 발생하며, 이에 따라 주요 사업들을 삭감 또는 폐지 문제가 야기된다. 이러한 경제위기를 신속하게 극복하기 위해 조직개편의 정부결정을 요구하는 어젠다로 형성된다는 것이다. 동시에 다양한 개편안이 제시되면서 학계와 연구의 개편정당성을 제공하고, 이에 따라 급속하게 정부어젠다로 부각되게 된다(Chackerian, 1996).