레저선박을 등록하지 않아서 생기는 문제가 많은데, 우선 수요파악에 오류를 야기시키는 것과 안전사고가 발생했을 때 피해를 보상하기 어렵다는 것, 불법적 행위 파악의 어려움 등의 문제가 있다. 
레저선박의 등록은 수상레저안전법의 개정으로 동력의 설치방식(선내기, 선외기)에 따른 등록체계를 개선하였지만 무등록과 미등록 선박의 문제는 매년 언론에 제기되고 있다. 레저활동에 이용되는 선박의 무등록/미등록 문제는 단순히 정책 현황 분석을 위한 기초통계의 불확실성이 높아진다는 것 외에도 다양한 문제를 파생시킨다. 우선 무등록/미등록 레저선박은 정책의 대상에 포함되지 않기 때문에 수요파악 자체에 오류를 야기한다. 그리고 무등록 선박은 보험에 가입하지 않기 때문에 안전사고 발생 시 개인과 타인의 피해에 대한 보상 자체가 어렵다. 더불어 무등록에 따른 소유자 파악이 어려워 선박의 방치, 무단 점용에도 대처하기가 어려운 실정이다. 수상레저안전법상에 등록된 동력수상레 저기구는 선박에 대한 이력추적이 어렵기 때문에 등록, 말소 시 이에 대한 확인이 용이하지 않고 대포물건처리 등 불법적인 행위에 이용될 경우에도 파악이 어려운 실정이다.