평가항목 개발의 기본방향은 평가항목의 이원화/표준화/유연화이다. 이에 따라 평가항목은 공통과 선택부문으로 나뉘고 하위 부문으로 더 세분화 된다. 또한 사업의 유형에 따라 선택항목이 추가될 수 있으며 평가항목별로 어떤 방법을 활용하고 세분화할 것인지에 대한 융통성 있는 대응이 필요하다.
연구 결과 다음과 같은 최종 평가항목 개선방안이 도출되었다. 평가항목 개발의 기본방향은 첫째, 공통과 선택 부문으로 평가항목의 이원화, 둘째, 평가항목 구성 및 활용의 표준화, 셋째, 평가방식의 유연화 등이다. 이에 따라 평가항목이 공통과 선택부문으로 나뉘고 선택부문에는 교육, 연구, 산학 등 3개 하위 부문으로 세분화 된다. 공통부문은 30개, 선택 중 교육부문은 17개, 연구 부문은 19개, 산학부문은 20개 평가항목으로 구성된다. 고등교육 재정지원사업의 유형에 따라 공통항목과 선택항목을 조합하여 평가준거로 활용할 수 있으며, 사업의 유형이 확대되면 새로운 선택항목의 개발이 추가될 수 있다. 여러 부처의 다양한 사업들이 참고할 수 있도록 평가준거 구성 및 활용방법은 최소한의 표준화 방안을 제안했으나 항목별 평가방법과 항목별 세부 평가항목 개발은 사업별 자율의 여지를 남겨놓았다. 즉, 평가항목별로 정량, 정성 또는 정량과 정성을 병용하여 평가할 수 있는데 어떤 방법을 활용할 것이지, 그리고 항목별로 세부 평가항목을 어떻게 세분화 할 것인지 등은 사업의 특성 및 여건에 따라 융통성 있게 대응할 수 있다.