다만 자율적으로 선정한 평가 주제 또는 시기가 중복되는 경우가 발생하지 않도록 양 기관의 조정 기제가 필요하다.
기본 평가, 핵심 평가, 심층 평가 등 평가 제도 간의 관계 설정 문제는 각각의 평가가 사업군을 대상으로 한다는 점을 연계 및 관리의 시작점으로 삼을 수 있다. 사회보장위원회의 경우 사업군을 생애주기별로 27개 사업군으로 분류하고 있고 핵심 평가와 심층 평가는 평가 목적에 따라 사업군을 형성하여 평가를 한다. 기본 평가는 생애주기별 사회보장정책의 효과성을 중심으로 평가한다는 점에서 사회보장정책의 총괄 기능 수행에 필요한 평가로 여겨진다. 그러나 핵심 평가와 심층 평가의 경우에는 평가조건이 유사할 수 있다. 「국가재정법」 시행령 제3조(재정 사업의 성과 평가)는 심층 평가의 평가 조건으로 부처 간 유사 중복 사업 또는 비효율적인 사업 추진으로 예산 낭비의 소지가 있는 사업, 향후 지속적인 재정 지출 급증이 예상되어 객관적 검증으로 지출 효율화가 필요한 사업, 사업추진 성과를 점검할 필요가 있는 사업을 들고 있다. 시행령에서는 4개의 조건을 들고 있으나 사실 이 조건은 대부분의 평가 목적을 포괄하고 있다. 한편 ‘사회보장위원회 2016년 운영 계획’에서 제시된 핵심 평가의 조건도 ‘사회적 이슈이거나 관심도가 높은 과제를 중심으로 주요 쟁점 중심수시 평가’로 범위가 포괄적이다. 따라서 핵심 평가와 심층 평가를 실시할 수 있는 평가 조건은 사실상 유사하다고 볼 수 있고, 따라서 평가주제도 유사할 가능성이 높다. 사회보장위원회와 기획재정부가 동일한 영역을 유사한 조건에서 평가할 수 있고 기관의 임무 수행을 위해 평가를 수행하려는 동기 역시 각 기관이 가지고 있으므로 양 기관의 업무 협조 관계 설정은 평가 체계 조정 전에 갖추어야 할 필수 조건이다. 사회보장위원회는 사회보장제도와 정책의 운영 관리, 기획재정부는 정부 재정의 효율적 관리라는 고유의 임무를 수행하므로 각자의 고유 업무 범위에서 평가 주제와 시기를 선택할 필요가 있다. 다만 자율적으로 선정한 평가 주제 또는 시기가 중복되는 경우가 발생하지 않도록 양 기관의 조정 기제가 필요하다.