D고등학교는 위계성을 고려해 과목을 개설하고, 따라서 2학년 학생들은 상담과 책자를 통해 위계성을 고려해 과목을 선택한다. 선택권의 제약이 발생하지 않도록 노력하고 있다.
D고등학교에서는 2학년과 3학년 개설과목을 정할 때 연계나 위계성을 고려하여 편성하였다. 위계성이 있는 과목들 중 먼저 이수해야 할 과목을 2학년에 개설하여 다음 단계 과목을 준비하게 하였다. 때문에 2학년 학생들은 과목을 선택할 때 2,3학년 개설 과목을 모두 고려해야 하며 이에 대해서는 안내책자와 상담을 통해 학생들에게 안내하였다. 또한 2학년과 3학년에 각 교과군별 과목을 고루 편성하여 한 학년에서 특정 교과군을 선택할 수 없게 되는 등 선택권의 제약이 발생하지 않도록 운영하였다. 2,3학년이 모두 선택할 수 있는 과목을 설정하는 무학년제 운영은 2학기 평가 문제로 어려움이 있기 때문에 시행하고 있지 않았다.