자동차종합검사를 받으려면 가입증명서를 자동차종합검사대행자에 제출해야 한다. 종합검사를 받지 않은 경우에는 과태료를 부과 받는다.
자동차종합검사를 받기 위해서는 자동차등록증과 보험 등의 가입증명서를 자동차 종합검사대행자인 교통안전공단나 자동차종합검사 지정정비사업자에게 함께 제출하여야 한다. 종합검사를 받은 경우에는 정기검사, 정밀검사 및 특정경유자동차검사를 받은 것으로 간주한다. 종합검사를 받지 않은 경우는 검사를 받아야 할 기간만료일부터 30일 이내인 경우2만원, 검사를 받아야 할 기간만료일부터 30일을 초과한 경우에는 3일 초과 시마다 1만원을 과태료를 부과 받는다. 자동차종합검사를 받지 않은 자동차에 대한 자동차종합검사명령을 위반한 경우에는 1년 이하의 징역 또는 300만원 이하의 벌금에 처해진다.