자치 법규 성별영향분석평가에 개선의견 반영이 어려운 이유가 있었다. 담당 부서 및 지방의회의 이해와 관심, 전담인력의 부족, 또 성별 비율의 일괄적 적용이 어렵다는 점이었다.
첫째, 자치 법규 성별영향분석평가의 결과 제시된 개선 의견을 반영하는 과정에서 겪는 어려움에 대해 질문한 결과 대부분의 참여자가 업무 담당 공무원의 이해도 및 의지 부족을 제시하였다. 그리고 간부 공무원의 관심과 지원이 부족하고, 환류를 관리할 전담 인력이 부족하며, 지방의회의 관심과 이해 수준이 낮은 것도 환류 과정의 어려움으로 인식하고 있었다. 또한, 관련 상위법에 성별 비율이 명시되어 있지 않아 조례에 반영하는데 한계가 있다고 인식하는 참여자도 있었고, 성별 균형 참여의 경우 각종 위원회의 고유 특성 상 성별 비율을 일괄적으로 적용하는데 무리가 있다고 인식하고 있었다.