지식산업센터는 입주 직전에 관리기관에 입주계약을 신청한다. 이에 따라 무자격 기업이 분양받는 사례가 늘어나 실수요자의 입주기회를 박탈하고 지방재정을 어렵게 한다.
지식산업센터는 일반적인 산업용지와 달리 사업시행자가 직접 분양공고를 한 후 분양계약을 체결하고 입주 직전에 관리기관에 입주계약을 신청하도록 되어 있다. 건설 사업자가 직접 모집공고를 할 경우 허위 광고로 무자격 기업이 분양받는 사례가 많이 발생하고 있으며, 이렇게 분양받은 기업은 입주 직전에야 관리기관의 입주심사가 이루어지므로 적격 여부를 뒤늦게 알 수 있는 상황이다. 이러한 부적격업체의 증가는 실수요자의 입주기회를 박탈할 수 있을 뿐만 아니라 부적격업체에 대한 취·등록세 등의 부당한 감면으로 지방재정을 어렵게 하는 요인으로 작용할 수 있다.