위원회는 고충민원 접수 등을 위해 국민권익위원회 고충민원 처리지침을 제정 및 운영하고 위원회 소속 공무원의 업무수행 공정성, 국민에 대한 책임과 신뢰성을 위해 국민권익위원회 공무원 행동강령을 제정 및 운영한다.
위원회는「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」과 같은 법 시행령에 따라 고충민원의 접수 및 공정한 조사․처리에 필요한 세부사항을 정하고자「국민권익위원회 고충민원 처리지침」을 제정·운영 하고 있으며, 또한 위원회 소속 공무원이 업무수행의 공정성 및 국민에 대한 책임과 신뢰성을 확보하고자「국민권익위원회 공무원 행동강령」을 제정·운영하면서 위원회 소속 공무원은 자신이 수행하는 직무가 “학연, 지연, 종교, 직연 또는 채용동기 등 지속적인 친분관계가 있어 공정한 직무수행이 어렵다고 판단되는 자가 직무관련자인 경우, 위원회 퇴직 공무원으로서 퇴직 전 5년 이내에 같은 부서에서 근무하였던 자가 직무 관련자인 경우, 그 밖에 위원장이 공정한 직무수행이 어려운 관계에 있다고 판단하여 정하는 자가 직무관련자인 경우”에는 위원장에게 해당 사실을 서면으로 신고하도록 하고 있다.