제주해군기지 건설사업처럼 다양한 이해당사자가 다양한 이슈에 대해 갈등을 맺을 때 적합한 위원회나 기관이 충분한 조정권한을 갖고 적극적으로 갈등관리를 할 수 있는 시스템이 갖춰져야 한다. 또한 이 시스템은 일방적이 아니라 쌍방향적인 방식이어야 한다.
둘째, 제주해군기지 건설사업과 같이 중앙정부, 지방정부, 지역주민 등 다양한 이해당사자가 국가안보, 평화, 생명, 환경 등 여러 가지 이슈와 쟁점에 대해 갈등을 빚을 때, 적절한 위원회 또는 기관이 충분한 조정능력과 권한을 갖고 적극적으로 갈등관리에 나설 수 있도록 갈등시스템이 갖춰질 필요가 있다. 제주도와 제주도의회의 경우 중앙정부, 해군 등과 지역주민간의 갈등을 해소하기 위해 유치공모, 여론조사 등 조정노력을 기울였으나 양측을 아우를 수 있는 직접적인 권한과 조정능력이 없는 상태에서 이러한 노력들은 혼란을 빚거나 제주도지사 주민소환운동 등 오히려 갈등을 심화시키는 결과를 가져오기도 했다. 또한 제주해군기지 건설을 찬성 혹은 추진하는 측과 반대하는 측 모두 자신들의 의견을 주로 기자회견, 성명서, 설명회, 자체토론회 등 일방적인 방식 또는 참여가 제한된 방식에 의해 전달하고 상대방을 설득하고자 했다. 이는 기존 정책결정 또는 갈등관리 시스템상에서 어쩔 수 없는 한계라 볼 수 있다. 따라서 쌍방향적인, 서로 다른 의견을 가진 상대방이 보다 적극적인 형태로 참여할 수 있는 방식의 정책결정, 갈등관리 시스템이 업그레이드되지 않는 한 앞으로도 이같은 갈등이 되풀이될 가능성이 크다.