현재 개성공단에서 남측의 지도기관을 내세우는 것은 쉽지 않으므로 개성공단의 운영에 있어서 남북한이 협의할 수 있는 상시 협의체를 설립할 필요가 있다. 이 협의체는 남북한이 상시적으로 협의하는 채널로 기능하며, 범 부서 기구로 하되 남북협력지구지원단이 실무를 담당할 수 있다.
이러한 제도적 개선과 함께 개성공단 관리를 위한 남북한 상설 협의 체의 설치 및 운영 방안도 모색할 필요가 있다. 개성공단 운영의 기본 적인 틀이 깨어지고 있는 것은 결국 개성공단의 최고 지도기관인 북측 총국이 일방적으로 의사결정을 하고, 개입하기 때문이다. 현재 개성공 단의 틀 내에서 북측 총국에 해당하는 남측의 지도기관을 내세우는 것은 쉽지 않대. 따라서 일단은 개성공단의 운영에 대해서 남북한이 협 의할 수 있는 상시 협의체를 설립할 필요가 있다. 이 상시 협의체는 개성공단의 관리 및 운영, 새로운 법이나 시행령의 제정, 법규의 해석, 기타 중대한 사항에 대해서 남북한이 상시적으로 협의하는 채널로 기능할 수 있을 것이다. 이 협의체는 관련 부서가 참여하는 범 부서 기 구로 하되, 남북협력지구지원단이 실무를 담당할 수 있을 것이다. 2013년 설치되어 한시적으로 활동할 것이 예상되고 있는 개성공단 공동운영위원회를 상설 기구화하거나 ‘(가칭)개성공단공동운영위원회’를 설치하는 방안을 검토할 필요가 있다.