자율편성사업, 국가직접편성사업으로 구성된 혁신계정은 지역 간 경쟁을 통해 우수한 지역에 자금을 지원하여 지역 혁신을 위한 사업 등을 수행하도록 한다.
2008년도 혁신계정은 시도 자율편성사업과 국가직접편성사업으로 구성되어 있다. 시도자율편성사업은 지방연구중심대학 육성, 지역산업진흥사업 등 13개 사업으로 구성되어 있으며, 국가직접편성사업은 지방대학 혁신역량 강화, 살기좋은 지역만들기 등 17개 사업이 포함되어 있다. 혁신계정은 지역(혹은 대학, 연구소 등) 간의 경쟁을 통해서 우수한 지역(혹은 대학, 연구소 등)에게 자금을 지원하여 지역 혁신을 위한 각종 사업 등을 수행하도록 한다. 이는 낙후지역에 대한 더 많은 지원을 통하여 지역 간의 격차를 해소하고자하는 개발계정과는 근본적으로 그 성격을 달리 한다. 즉, 개발계정이 지역간 격차 완화라는 형평성을 추구한다면, 혁신계정은 가장 능력이 뛰어난 지역(혹은 대학, 연구소 등)에의 자금 집중을 통하여 효율성을 추구한다.