민사고, 자립형 사립고, 과학고, 외고와 같은 특수목적고를 대안교육으로 보아야 할지 논쟁의 한 가운데 있으므로 이 글에서는 이를 따져보도록 할 것이다. 
필자가 대안교육에 관해서 연구한다고 하면 흔히 보이는 반응이 ‘어느 우유 회사에서 세웠다는 그 공부 잘하는 애들이 간다는 학교 같은 건가요?’다. 고개를 갸우뚱 하시는 분들은 ‘일반학교의 대안이라 함은 과학고와 외고 같은 걸 포함하는 건가요?’라는 질문도 하신다. 민사고를 필두로 한 자립형 사립고와 과학고·외고의 특수목적고는 우리 사회에서 현재 교육관련 논쟁의 한 가운데 서 있다. 자립형 사립고나 특목고는 모두 공교육에서 담당할 수 없는 영재들을 선발하여 교육한다는 수월성 교육의 논거에 기대고 있다. 일단 수월성에 대한 논란은 잠시 접어두고 생각해보자. 공교육에서 담당할 수 없는 영재들을 뽑아 교육하는 것이니 이도 역시 대안교육으로 보아야 하는 것인가? 심정적으로는 아닐듯한데 왜 아닌지를 꼭 짚어 말하기는 쉽지 않다, 차근차근 따져보자.