장애아 통합학급은 누리과정을 특정 시간 이상, 균형적으로 편성하기 어려우며 시설설비의 부족, 아이와의 상호작용, 교구 부족 등을 이유로 어려움을 겪는다고 말한다. 
한편 장애아 통합학급의 교사들을 대상으로 누리과정의 실행정도와 어려움을 연구한 조숙영(2014: 61)에서는 통합학급의 교사들이 1일 3~5시간을 기준으로 누리과정을 편성하는 것과 5개 영역의 내용을 통합적으로 균형 있게 편성하는 것에서 실행 정도가 가장 낮게 나타났다. 뿐만 아니라 통합학급 교사들이 겪는 어려움에 대해 “통합학급의 실내 외 환경 및 시설설비의 부족, 장애유아와의 상호작용 시 어려움, 3-5세 누리과정 운영지침의 이해 부족, 통합학급에 적절한 교재 및 교구 부족” 등의 순으로 나타난다고 보고하였다(조숙영, 2014: 74).