현재 방과 후 학교 프로그램은 주로 정규 교육과정에 기반하여 학업성취가 높은 학생에게는 심화과정을, 학업성취가 낮은 학생에게는 반복 과정을 제공한다. 방과 후 학교 프로그램은 어느 정도의 자율성이 보장이 보장되므로 학교의 특성을 고려하여 차별화된 운영 전략을 탐색하고 이를 모형화해야 한다.
첫째, 학교급별·교과별 특성을 고려한 방과 후 학교 모형을 개발한다. 방과 후 학교는 형식상 정규수업 이외에 학교에서 이루어지는 다양한 교육 활동을 의미한다(김경희 외, 2013d). 따라서 방과 후 학교 프로그램은 학교에서 개설하는 정규 교육과정과의 관계를 고려하여 다양한 운영 모델을 구상할 수 있을 것이다. 현재 방과 후 학교 프로그램은 대체로 정규 교육과정에 기반하여 학업성취가 높은 학생에게는 심화과정을, 학업성취가 낮은 학생에게는 반복 과정을 제공하고 있다. 방과 후 학교 프로그램은 정규 교육과정 외의 학습활동인 만큼 프로그램의 선정과 운영에 어느 정도의 자율성이 보장된다. 중학교 단계에서는 다양한 학습활동을 경험할 수 있도록 정규 수업에서 다루기 어려운 내용을 제공하는 프로그램과 정규 교육과정에 대한 연계·심화 과정을 혼합하여 운영하고 고등학교 단계에서는 대학 입시에 대비해 정규 교육과정을 반복 학습하는 프로그램과 연계·심화 과정을 혼합하여 운영하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 또는 학교급에 관계없이 학업성취 수준이 높은 학생이 많은 학교인 경우에는 심화 과정을 중심으로, 학업성취 수준이 낮은 학생이 많은 학교인 경우에는 보정 과정을 중심으로 운영할 수도 있을 것이다. 이처럼 방과 후 학교 학습모형은 학교 특성과 요구에 따라 학교별로 특성화될 수 있으므로 학교의 특성을 고려하여 차별화된 운영 전략을 탐색하고 이를 모형화할 필요가 있다.