통합적 접근 방식은 관리부터나 기관의 협업이 필요한데 자체적으로 달성 여부를 평가해 기관이 점검하는 체계에는 한계가 있어 2014년도 사업에서 제대로 작동하지 못하고 있다.
시범사업 이후 2014년도 사업 추진방안으로 서비스전달체계 개선안이 제시되기도 하였지만(한국연구재단, 2014) 본 사업의 차별성이라고 할 수 있는 법․제도, 그리고 인프라 등의 통합적인 문제해결 방식이 제대로 작동하지 못하고 있다. 이러한 통합적 접근 방식은 사업단 자체적으로 해결하기 어려운 부분이 많은 만큼 관리부처나 기관의 협업이 필요하다. 그런데 지금의 기획 및 평가방식은 먼저 사업단이자체적으로 이 부분에 대한 해결방안을 수립하고 그 내용을 단계평가보고서 상에 자체적으로 목표의 달성 여부를 평가하여 그 내용을 토대로 평가기관이 점검하는 체제로 진행되고 있다는 점에서 한계가 있다.