위탁금융기관은 서류를 각각 채권유동화계획별로 관리한다. 또한 금융기관의 자산과 구분해 관리해야 하고 일정 기간 내에 계좌에 입금해야 하며 공사는 이후 대사 작업을 통해 전산에 입력한다. 오류가 있다면 추가 납입받아 지속적인 현금유입을 확인하게 된다. 담보물에 대한 문제가 발생하면 금융기관이 모든 업무를 직접 처리하고 공사에 통지한다. 이 방법은 금융기간별로 큰 차이를 보여 관리의 어려움이 있고 서비스 제공 수준 편차가 크다.
자산관리위탁계약에 따라 위탁금융기관은 주택저당채권 관련 서류(대출약정서, 근저당권설정계약서, 사후관리 파일 등)를 고유자산과 구분하여 각각의 채권유동화계획별로 별도 관리한다. 또한 주택저당채권에서 발생하는 수익금을 금융기관의 고유자산과 구분하여 별도의 계정으로 운영하여야 하며 관리대장(장부 및 기록)을 작성·비치하고 관리하여야 한다. 또한 위탁금융기관은 주택저당채권의 원리금 등을 채무자로부터 납입받아 일정 기간(3영업일) 내에 수납관리 계좌에 입금하여야 하며 공사는 납입받은금액에 대하여 대사작업을 거쳐 전산에 입력한다. 수납받은 거래 금액상의 오류가 있는 경우 금융기관에 통지하여 이를 추가 납입받음으로써 지속적인 현금유입을 모니터링하게 된다. 채무자가 채무의 이행을 지체하면 이를 추심하기 위하여 채무자의 연체기간에 따라 금융기관이 적절한 조치를 취하도록 하며  담보물에 대한 채권보전 등의 문제가 발생할 경우, 금융기관이 사고의 인지부터 경매, 배당금 수령까지 모든 업무를 직접 처리하고 미수채권인 상태에서 공사에 통지한다. 매 건 발생 시 마다 공사에 전문을 송부하여 담당자가 지속해서 상황을 점검하도록 한다. 이 방법은 금융기관별 전산업무 수행능력, 시스템 안정성 및 인력지원과 업무 협조성 등이 큰 차이를 보이고 있어 자산관리 위탁에 따른 관리상의 어려움이 존재하고 일률적인 채권관리수수료 지급으로 금융기관이 채권관리에 대한 적극적인 유인책이 없어 금융기관별 관리담당자의 서비스 제공 수준이 매우 편차가 크게 나타나고 있다. 한편, 일반 보금자리론과 달리 처분조건부대출 관리 및 우대형 보금자리론의 사후관리 등은 공사에서 대상자를 통지하면 금융기관에서 고객과 직접 연락을 취하여 문제를 해결하고 보고하는 방식을 취한다. 처분조건부대출 및 우대형 보금자리론의 사후관리는 해당 업무에 대한 지시 및 보고가 적기에 이루어져야 하므로 금융기관과의 업무 협조성이 가장 중요한 부분이라 할 수 있다.