양심을 가장한 병역기피자를 가려내기 위하여 대체 복무 신청시 사유에 대한 자세한 소명과 증빙자료를 제출하게 하고 전문분야 위원으로 구성된 위원회에서 대면심사를 통하여 진술의 진위여부를 심사하도록 제도적 장치가 마련되어야 한다.
이러한 우려는, 진정한 양심적 병역거부자와 양심을 가장한 병역기피자를 심사를 통하여 가려내기 어렵고, 이에 따라 대체복무제를 허용할 경우 양심을 가장한 병역기피자가 급증할 것이라는 점에 주된 근거를 두고 있다. 그러나 국가가 관리하는 객관적이고 공정한 사전심사 절차와 엄격한 사후관리 절차를 갖출 경우, 진정한 양심적 병역거부자와 그렇지 않은 자를 가려내는 데 큰 어려움은 없을 것으로 보인다. 즉, 대체 복무를 신청할 때 그 사유를 자세히 소명하고 증빙자료를 제출하게 하고, 신청의 인용 여부는 학계･법조계･종교계･시민사회 등 전문분야의 위원으로 구성된 중립적인 위원회에서 결정하도록 하며, 필요한 경우 서면심사뿐만 아니라 대면심사를 통하여 신청인･증인･참고인으로부터 증언 또는 진술을 청취할 수 있도록 하는 등 위원회에 폭넓은 사실조사 권한을 부여하고, 신청인･증인･참고인 등의 자료나 진술이 허위인 것으로 사후에 밝혀지는 경우 위원회가 재심사를 통하여 종전의 결정을 번복할 수 있도록 하는 등의 제도적 장치를 마련한다면, 양심을 가장한 병역기피자를 가려낼 수 있을 것이다.