온라인 수업의 실제 적용 측면에서 적용 대상자와  목적에 따라 효율성에 문제가 있었다. 특성화고 차원에서는 산업체 파견 현장실습으로 인한 학기 중 교과 수업 결손문제에 해결 방안으로 활용하고 있었고, 체육종목의 학생들의 대회 참석과 훈련으로 인한 수업 결손으로 문제 해결을 위해 온라인 수업을 진행했다. 목적은 다르지만 운영 방향에는 큰 차이가 없이 개별적 접근이 이루어지지 않고 있어 비효율적이라 할 수 있다.
위에서 살펴본 온라인수업 관련 정책은 교과 미이수 및 수업결손 문제 해소, 교과 선택권 강화 등 다양한 수업 공백 및 결손 상황에서 온라인수업을 활용하는 효과적인 방안을 제시하고 있다. 하지만 2012년 시범운영을 시작으로 2014년 현재까지의 중 고등학교 학생을 대상으로 미이수 교과 및 선태교과 온라인수업 운영 결과를 보면(한국교육개발원, 2013; 2014a), 실제 적용 측면에서의 효율성에 문제가 있는 것으로 보인다. 온라인수업은 그 적용 대상과 목적에 따라서 이해당사자들이 다르게 나타나고 있다. 일반적인 교과 미이수 문제 해소 및 교과 선택권 강화 차원에서는 교육부 및 시 도교육청의 교육과정 관련 담당부서가 일차적인 이해당사자라고 할 수 있다. 하지만 실제 온라인수업을 바라보는 양상은 보다 다양하다. 우선 마이스터고를 포함한 특성화고를 담당하는 교육부 및 시 도교육청 담당부서를 들 수 있다. 특성화고 차원에서는 3학년 학생들을 대상으로 산업체 파견 형태의 현장실습을 의무화하고 있는 상황에서 학기 중 교과 수업 결손문제가 발생하여, 온라인수업의 활용을 모색하고 있다. 또한 여러 체육종목의 학생선수가 학기 중 각종 대회 참석 및 합숙훈련 등으로 수업결손이 발생하는 문제를 해소하는 방안으로 역시 온라인수업 활용을 모색하고 있는 상황이다. 문제는 이러한 온라인수업 활용에 대한 모색이 각기 개별적으로 이루어지고 있다는 것이다. 온라인수업 활용 대상과 목적은 다소 차이가 있으나, 본질적인 운영 방향을 큰 차이가 없는 상황에서 이러한 접근은 비효율적이라고 할 수 있다.