학교스포츠클럽 활동이 반영되면서부터 창의적 체험활동이라는 교육의 목표 및 가치를 성취하는 데 문제가 되고 있다. 학교스포츠클럽 활동에 대한 학생들의 높은 호응과 교육적 성과를 인정해 지금과 같은 방법으로 시수 운영을 유지해야 하는지 대한 고민이다. 
연구 결과에서 나타난 바와 같이 학교스포츠클럽 활동은 지난 2년여의 시간 동안 학교 현장에 비교적 빠르게 정착되어 다양한 교육적 성과를 이루었고 대다수 중학생들의 학교 생활에 긍정적인 영향을 준 것을 알 수 있다. 그러나 이러한 교육적 성과와 긍정적 가치를 보이는 결과를 제시함에도, 학교스포츠클럽 활동의 도입에 따라 반향으로 야기되는 교육과정 편성의 또 다른 사안들이 해결해야 할 과제로 남아있다. 즉, 학교스포츠클럽 활동이 새롭게 반영되면서부터 기존 창의적 체험활동을 구성하고 있던 네 가지 영역인 자율활동, 봉사활동, 동아리 활동, 진로활동 등의 시간 편성에 지장을 받게 되었고, 이는 교육 과정에서 의도하였던 창의적 체험활동이라는 교육의 목표 및 가치를 성취하는 데 일부 방해를 야기하게 된 것이다(김기철 외, 2012). 결국 이 문제는 창의적 체험활동으로 구현되어야 하는 중학교 교육과정의 자율 및 다양성이 훼손되는 것을 막아야 하느냐, 아니면 학교스포츠클럽 활동에 대한 학생들의 높은 호응과 교육적 성과를 인정하여 지금과 동일한 방법으로 시수 운영을 유지해야 하느냐의 문제로 귀결될 수 있을 것이다.