특성화중･고등학교는 교육과정을 특성화하거나 체험을 강조하지만, 실제로는 대안교육 특성을 발현하기 어렵다. 이에 제도권 내의 교육과의 차이점을 찾기 어려우며, 오히려 자율성을 핑계로 입시 명문학교로써 명성을 가지려 하는 실정이다. 
특성화중･고등학교는 비록 취지상으로 볼 때 기존의 학교교육과 달리 교육과정을 특성화하거나(중학교) 자연현장 실습 등 체험위주의 교육(고등학교)을 할 수 있도록 하고 있지만, 실제로는 일반 학교와 똑같은  설립 인가 기준을 적용하고 교육과정 운영에서도 대안적인 교육의 특성을 발휘하기 어렵게 되어 있다. 더구나 시도교육청의 관리 차원에서는 거의 아무런 차별적 조치가 없어서 학교 운영자나 교사들이 특별히 노력하지 않는 한 그 학교들이 제도권 안에서 대안교육을 실시하기 위해 설립, 운영되고 있는지 분간하기 어렵다. 아래 설명에서 보는 바와 같이 특성화중학교의 경우는 더욱 그러하며, 특성화고등학교의 경우에도 적지 않은 수의 학교들이 사실상의 대안적인 특성을 거의 보여주지 못하고 있다. 오히려 일부 학교들은 교육과정 운영의 자율성을 빙자하여 입시 명문학교로 부각되려고 애쓰는 실정이기까지 하다.