제1단계에서 디지털 증거에 대한 영장 발부 과정에 문제 소지가 있다. 기존 증거들과 다른 특성때문에 기존 영장주의의 부적절성이 계속 제기되며 압수수색 범위 제한을 위해 관련성을 요구하지만 영장특정이 검찰과 법원에 쉽지 않아 미국 선서진술서제도나 기술적 방안의 도입도 주장된다. 또 법원이 압수수색 후 디지털 증거 수집 과정도 영장 집행 범위에 든다고 보는 문제도 있다.
먼저 제1단계에서는 법원으로부터 디지털 증거에 대한 영장을 발부받는 과정에서 문제가 될 수 있을 소지가 있다. 디지털 증거가 기존의 증거들과 구분되는 특성들, 즉 다양성과 대량성 등으로 인해 기존의 영장주의가 적절하지 않다는 주장은 계속해서 제기되고 있다. 우선 영장을 특정하는 과정에서 문제가 발생할 수 있다. 일반적으로 포괄영장을 인정하지 않는 우리의 상황에서 디지털 증거를 수집하기 위해서는 영장 특정의 문턱을 넘어서야 한다. 그와 함께 개정된 규정에서는 압수ㆍ수색의 범위를 제한하기 위해 ‘관련성’을 요구하고 있다. 하지만 디지털 증거에 대해 압수ㆍ수색 영장은 집행하는 과정이 장소적 개념에 입각한 기존의 물리적 증거에 대한 압수ㆍ수색과는 다르기 때문에 영장을 청구하는 검찰이나 그를 심사하는 법원에게도 쉽지 않은 작업이다. 따라서 이에 대한 대응책으로 미국에서 시행되고 있는 선서진술서(affidavit)제도가 도입되어야 한다는 견해도 제시되고 있으며, 현재 형사절차에 KICS나 원격화상 재판 등과 같은 기술적 수단이 이용되는 것과 같이 디지털 증거에 대한 압수ㆍ수색 영장에 대해서도 기술적인 방안을 도입하는 것도 주장되고 있다. 또한 압수ㆍ수색 영장의 집행 범위가 어디인지에 대한 문제도 나타나게 되는데, 법원은 압수ㆍ수색 이후 경찰청 등에서 디지털 증거를 수집하는 과정도 압수ㆍ수색 영장의 집행 범위에 포함된다고 보고 있다.