섀도우보팅 제도의 폐지 대안으로 예탁결제원의 의결권행사 제도를 활용할 수 있다. 전자등록주식의 의결권을 가진 주주가 전자등록기관에 의결권 대리행사 신청을 하는 것이다. 이 때 명확한 대리관계 규정, 증권회사로의 대리행사자 확대, 위임 방법의 전자화, 발행회사의 비용부담, 재위임시 범위 제한도 필요하다.
이 경우 현행 실질주주의 신청에 의한 예탁결제원의 의결권행사 제도를 활용하는 방안을 고려할 수 있을 것이다. 예탁결제원은 예탁자 또는 그 투자자의 신청에 의하여 예탁증권등에 관한 권리를 행사할 수 있다(자본시장법 제314조 제1항, 증권등의예탁업무규정 제58조). 이 제도는 현재 외국인 주주들이 국내 상임대리인을 통하여 예탁증권에 관한 권리를 행사하는데 활용되고 있다. 섀도우보팅 제도의 폐지에 대한 대응방안으로 이 제도를 활용하는 방안을 검토할 필요가 있다. 전자등록주식의 의결권을 가진 주주가 자본시장법 제314조 제1항에 근거하여 전자등록기관에 의결권행사를 대리하도록 신청하는 방식으로 구성할 수 있을 것이다. 이 때 전자등록기관의 의결권행사를 대리관계로 명확하게 규정하고, 의결권의 대리행사자를 전자등록기관 이외에 계좌관리기관인 증권회사로 확대할 필요가 있다. 또한 의결권대리행사의 위임 방법을 전자화하고, 전자등록기관이 의결권대리행사에 소요되는 비용을 발행회사가 부담하도록 하며, 전자등록기관이 의결권행사를 제3자에게 재위임하는 경우 주주의 권익 보호를 위하여 그 범위를 제한할 필요가 있을 것이다.