국내에서는 비점오염원의 관리와 지역별 수질오염 총량제를 실시하고 있는데, 전문가들은 미세조류 활용을 통해 큰 수계의 오염을 방지할 수 있다고 조언한다.
이외에 화력발전소, 지역난방공사 등 이산화탄소를 배출하는 점오염 시설 내 온배수를 이용하여 미세조류를 배양시키고 최종 배기가스 배출 지점에 미세조류 공정을 적용하여 오염원을 저감시킬 수 있는 방안도 평가되고 있다. 한편, 국내에서는 조류 부영양화 등의 수환경 재해를 방지하기 위해, 비점오염원의 관리와 지역별 수질오염 총량제를 실시하고 있다. 전문가들은 농촌 폐수 등 소규모 지역에 미세조류 활용을 통한 수질 오염 저감으로, 큰 수계의 오염을 사전에 방지할 수 있다고 조언한다. 그 예로 농촌에서는 휴경지 내 미세조류 배양 시설을 이용하여, 농촌 폐수의 질소, 인 저감이 가능하며 생산된 미세조류는 회수하여 퇴비화, 토양개량제, 사료 등으로의 사용이 권장된다.