국세통계는 해당 기간 사업체 등록을 한 자 대상으로 통계를 내고, 경제활동인구조사와 전국 사업체조사는 사업을 진행하고 있는 자 대상으로 통계를 낸다. 하지만 전국 사업체조사는 노점을 제외한다. 대상자가 국세통계 경제활동인구조사 전국 사업체 조사 순으로 많다.
통계별로 전체 자영업체 수가 상당히 다르다. 이는 조사대상의 차이에 주로 연유하는 것으로 보인다. 국세통계에서는 해당 기간 중에 사업체 ‘등록’이 된 적이 있는 모든 사업체가 대상이다. 경제활동인구조사와 전국 사업체조사는 사업체 등록여부와 상관없이 조사하지만, 조사시점에 사업을 영위하는 사업체만 조사대상이다. 전국사업체조사에서는 노점이 조사대상에서 제외된다. 등록된 사업체만을 대상으로 하면 국세통계에 집계되는 사업체 수가 가장 많고, 그 다음이 경제활동인구조사이며, 전국사업체조사로 계산한 사업체 수가 가장 적을 것으로 예상된다. 국세통계가 경제활동인구조사보다 많은 이유는 부업으로 활동하는 자영업은 경제활동인구조사에 집계되지 않으며, 한 사람이 여러 사업체를 운영할 경우 경제활동인구조사에는 한 번만 집계되기 때문이다. 이론적으로 경제활동인구조사와 전국사업체조사의 차이는 노점의 포함 여부인데, 경제활동인구조사에서 노점을 제외하더라도 전국사업체조사보다 훨씬 많다.