일본은 2002년 9월 이후 북한의 일본인 납치사실 문제로 국가 차원에서 대북제재를 실시하였다. 그 결과 북한과 일본의 무역은 10년 사이에 완전 중단되었다.
일본이 대북제재를 국가 차원에서 본격적으로 실시한 것은 2002년 9월 이후인데 북한의 일본인 납치사실 확인 문제가 북⋅일 정상회담을 통해서 불거지자 일본은 국내 여론의 무마를 위하여 대북제재를 실시하였다. 대북제재의 내용을 살펴보면, 북⋅일 교역 중단, 300만엔 이상의 대북송금 규제, 북한 선박의 전면 입항금지, 금수화물 적재 의심 선박의 검색, 북한국적자 입국 금지, WMD 관련 물자 수출 금지 및 사치품 수출 금지 등 군사수단 이외에 사실상 동원할 수 있는 거의 모든 방안이 제재목록에 포함되었다. 그 결과 북⋅일 무역은 약 10년 사이에 완전히 중단되었으며, 만경봉호 같이 북한과 일본을 오가던 북한 국적 선박도 일본 항구에서 자취를 감추게 되었다.