충현서원은 17세기 중반까지도 당색이 나타나지 않았으나 서언-노론 계열의 서원으로 바뀌었다. 고종 8년 흥성대원군에 의해 ‘충현서원’도 철폐되면서 다시 연정으로 옮겨졌고, 1925년 유림의 힘으로 ‘충현서원’을 다시 세워 서원으로 모셔와 오늘에 이르렀다. 1969년 충현서원은 사단법인으로 결성되었고, 현재 서원의 유사들이 1년에 두 차례 제사를 지낸다. 
충현서원은 17세기 중반까지도 당색이 나타나지 않았다. 그러나 이 지역 명현들을 추가로 모시는 (추기) 과정에서 충현서원은 서언-노론 계열의 서원으로 바뀌어 갔다. 17-18세기에 충현서원에 추가로 모시고자 했던 인물로는 고청 서기, 중봉 조현, 둔옹 박회성, 사계 김장생, 탄옹 권시, 동춘당 송준길, 초려 이유태, 우암 송시열 등이 있었다. 
그 가운데 서기, 박희성, 권시, 이유태는 배향되지 못했다. 이들 3인은 모두 공주가 고향이고 충현서원 원장을 역임하는 등의 공헌이 많았음에도 모시지 못했던 것이다. 반면에 모셔진 인물은 오히려 충현서원과 관련이 적다. 김장생/송시열 등은 단지 ‘머무른 자취가 있다(장구처)’는 명분으로 배향되었다. 결국 모셔진 인물을 따르는 후학들이 서원에 대한 영향력을 장악한 때문으로 보아야 할 듯하다. 
고종 8년(1871) 흥선대원군이 47개소를 제외하고 전국의 모든 서원을 정리할 때, ‘충현서원’ 도 철폐되었다. 이 때 숙종 38년(1712)과 정조 14년(1790)에 그려진 주자 영정 ‘초상화’은 공주향교로 옮겨졌다. 그 후 다시 연정으로 옮겨졌고, 1925년 유림의 힘으로 ‘충현서원’을 다시 세우면서 서원으로 모셔와 오늘에 이르고 있다. 
서원을 다시 세울 때, 원래 모셨던 7인의 위패도 복구되었고, 그 동안 별도로 제사를 지내었던 서기 선생도 같은 자리에 함께하게 되었다. 충현서원은 1969년 사단법인으로 결성되었고, 이사회를 통한 운영을 하게 되었다. 1989년에는 강당이 중건되었다. 현재 매월 초하루와 보름에 서원의 유사들이 봉심을 하며, 봄/가을 1년 두 차례 제사를 지낸다. 
