대법원 판결과 국민의 종교자유에 대한 인식이 높아짐에 따라 시·도교육청에서는 평준화 제도에 의해 임의 배정된 종립학교의 종교교육시에는 학생의 자발적 의지에 따라 종교 과목과 복수편성된 과목의 선택 및 수강여부 조차도 보장해야 한다는 기본 원칙을 제시하였다.
이처럼 대법원 판결과 국민의 종교자유에 대한 인식 제고 등의 영향으로 시·도교육청에서는 교육과정 편성·운영지침에 종립고등학교에서 운영하는 종교교육의 기본 원칙을 제시하고 있습니다. “종교 과목을 개설할 때에는 종교 이외의 과목을 포함, 복수로 과목을 편성하여 학생에게 선택의 기회를 주어야 한다. 다만, 학생의 학교 선택권이 허용되는 종립학교의 경우 학생·학부모의 동의를 얻어 단수로 개설할 수 있다.” 또, 복수 과목의 개설에 머물지 않고 “학생이 복수로 개설한 과목조차 이수를 희망하지 않는다면 학생이 원하는 과목이 개설된 다른 학교에서 이수하도록 허용하거나 교육감의 승인을 얻어 공공성 있는 지역사회 학습장에서 이수하게 할 수도 있다.”라고 명시하고 있습니다. 교육청의 요지는 평준화 제도에 의해 종교적 신념과 신앙을 고려하지 않고 강제 배정받은 학생을 상대로 종교교육을 할 때 학교에서는 종교 과목 이외의 다른 과목을 복수로 편성함은 물론, 복수편성된 과목조차도 해당 학생의 선택권을 존중해야 한다는 것입니다.