3단계 평가는 자체평가, 교과부 및 연구재단의 평가순으로 진행된다. 종료되는 사업은 성과 제고 및 초기 사업목표의 달성여부 등의 평가인데 성과달성도의 배점이 크다.
마지막 3단계 평가는 종료사업단 기준으로 자체평가, 교과부 및 연구재단의 평가 순으로 진행되었다. 자체평가에는 사업성과지표 중 필수지표로 SCI급 학술지게재 논문 수, 피인용도, 특허출원 및 등록건수, 기술료 수입액, 기술공개 및 기술이전 건수 등이 포함되었다. 2010년부터 단계적으로 종료되는 사업에 대해서는 성과 제고 및 초기 사업목표의 달성여부 등을 확인하는 방향으로 평가가 진행되었다. 평가지표로는 계획, 집행, 결과(성과) 및 그 활용정도와 관련된 지표가 포함되었는데 성과달성도에 대한 배점이 가장 컸다.단계별 평가의 주요 평가항목 및 지표는 다음 표와 같다.