부처별로 사회통합 프로그램 운영 기금은 보유하고 있지만 외국인 사회통합기금의 경우 어떻게 운영할지 고민해야 한다. 기금이 수익자부담원칙과 일치하지 않을 경우 부처가 별도로 운영해야 한다. 
또한 해당 부처별로는 사회통합 프로그램을 운영하는 과정에서 소요되는 재원에 충당하기 위하여 이미 기금을 보유하고 있다. 해당 기금을 가지고 있기 때문에 프로그램을 운영하는데 문제가 없다는 생각을 가질 수 있다. 외국인 사회통합기금을 신설할 경우 각 부처가 가지고 있는 기금을 어떻게 할 것인지에 대한 고민은 있어야 할 것이다. 외국인 사회통합기금과 통합, 각 부처 존치 등 다양한 대안이 가능하다. 이 역시 정책적 판단의 영역이다. 다만, 외국인 사회통합기금의 성격이 수익자부담원칙을 준수하는 것이기 때문에 각 부처가 가지고 있는 기금이 수익자부담원칙과 일치하지 않을 경우 사회통합기금과 통합하는 것은 바람직하지 않을 것이다. 이 경우 각 부처가 별도로 운영하여야 할 것이다.