실험본 디지털 교과서와 달리, 현재의 디지털 교과서는 교사들이 수정할 수 없다는 단점이 있다. 이는 저작권, 학생이 중점의 책 등이라는 이유로 금지되었다. 
학생을 중심에 둔 교과서이고 저작권 등의 문제를 고려하여 교사들이 디지털교과서를 변형할 수 있게 하는 저작 기능이 탑재되지 않았는데, 이 점 또한 수업을 위해 디지털교과서의 콘텐츠를 자신만의 교수스타일이나 방법에 맞게 수정할 수 없다고 불편해하는 목소리도 있었다. 이전의 실험본 디지털교과서에서는 학생의 학습을 관리할 수 있는 다양한 LMS 기능이 있었으나, 원활한 구동을 위해 콘텐츠를 가볍게 만들면서 이 기능이 사라졌다. 학생의 학습을 관리하는 기능이 부족한 것뿐만 아니라 단말기를 통제할 수 있는 기능이 없는 것 또한 현재의 디지털교과서 활용 환경이 가진 부족함으로 지적되었다.