한/일 FTA 협상의 추진방향에 대한 연구내용은 양국간 시장통합시 피해가 걱정되는 산업 지원과 시장통합의 순효과를 키울 방안 등이 있다. 양국 정부는 연구를 토대로 실현가능한 정책방향의 협상 추진을 검토하고, 한/일 FTA의 경제적 이익과 전략적 중요성, 추진시 발생할 문제점과 극복방안에 대한 대국민 홍보로 바람직한 FTA 정책 대안을 마련해야 한다.
 한/일 양국이 본격적으로 FTA 협상을 전개하기 전까지 양국은 FTA 추진방향에 대한 연구를 강화할 필요가 있다. 주요 연구내용은 양국간 시장통합시 피해가 우려되는 산업의 지원과 시장통합의 순효과를 극대화할 수 있는 방안이 될 것이다. 이에 대한 연구결과를 토대로 실현가능한 정책방향을 협상 추진을 위한 시나리오별로 강구한 필요가 있을 것이다. 먼저 취약산업에 대한 대책으로는 관세인하에 따른 차등적 이행기간을 설정하는 문제, 초민감 품목에 대한예회를 인정하는 문제, 사양산업에 대한 구조조정비용을 지원하는 문제, 양국간 산업기술협력을 강화하는 방안, 일본에 대한국 투자를 증대하는 문제들이 있다. 시장통합에 따른 효과를 극대화하는 방안은 제도 부문을 조화하고, 시장접근확대조치가 상호시너지효과를 가져올 수 있도록 하는 것이 될 수 있다. 이에 대한 예로는, 특혜원산지규정을 강화하고 역내 산업내교역을 활성화시키는 방안, 통관에 필요한 양국간 절차를 획기적으로 개선(EDI, 사전판정 등의 조치 도입)하여 교역에 따른 비용을 절감시키는 방안 등을 들 수 있다.
 마지막으로 양국 정부는 한/일 FTA의 경제적 이익과 전략적 중요성, 추진시 예상되는 문제점, 그리고 이를 극복하는 방안에 관하여 대국민 홍보를 강화할 필요가 있다. 또한 FTA의 정책방향과 추진전략에 대해 다양하게 검토하여 가장 바람직한 FTA 정책의 대안을 마련해야 할 것이다.