개성공단이 북한의 입맛대로 운영되지 않고, 남북한 합의로 운영될 수 있도록 규정을 마련해야 한다. 또한, 남북한 상시 협의체를 설치하여 개성공단의 운영에 대한 중대한 사항에 대해 남북한이 언제든 논의할 수 있도록 소통의 통로를 열어둬야 할 것이다.
마지막으로 남북한 합의에 의한 개성공단 운영 원칙을 회복해야 한다. 개성공단 운영은 큰 틀에서 남북 간의 합의에 기반하여 이루어지도록 설계되었으나, 최근 북한은 개성공단의 이러한 기본적인 틀을 깨고 있다. 먼저 남북 합의에 의한 개성공단 운영 원칙이 회복 되도록 북측과 적극적인 협의를 하는 한편, 북한이 자의적으로 규정을 해석하고, 집행하지 못하도록 필요한 규정을 마련할 필요가 있다. 이러한 제도적 개선과 함께 개성공단 관리를 위한 남북한 상설 협의체의 설치 및 운영 방안도 모색할 필요가 있다. 이 상시 협의체는 개성공단의 관리 및 운영, 새로운 법이나 시행령의 제정, 법규의 해석, 기타 중대한 사항에 대해서 남북한이 상시적으로 협의하는 채널로 기능할 수 있을 것이다. 개성공단의 안정적 운영에 영향을 미치는 주요 결정에 대해서는 그 요건을 사전에 명시적으로 정하고, 남북한 공동으로 구성된 최고 의사결정 기관에서 정하도록 함으로써 남북한 합의에 의한 운영원칙을 회복할 수 있을 것이다.