생체인식 정보 추출 과정에서 부가적인 정보가 추출되어 사생활 침해 등의 문제가 제기될 수도 있다. 때문에 정보의 분리 보관 및 폐기가 제안된다. 
또 다른 문제는 생체인식 정보를 추출하는 과정에서 원 바이오 정보에서 부가적인 정보가 추출될 가능성을 배제할 수 없다는 것이다. 예를 들어, 얼굴 정보로부터 인종, 건강상태, 정신상태 등 본인 인증과는 무관한 정보가 추출되어 이용될 수 있다. DNA 정보에서도 유전정보 외에 질병 정보 등 다른 생물학적 정보를 추출할 수 있다. 이에 따라 민감한 사생활 침해 및 목적 외 이용의 가능성 문제가 제기될 수 있다. 이 때문에 원 바이오 정보와 생체인식 정보의 분리 보관이나 생체인식 정보 추출 후 원 바이오 정보 를 폐기해야 한다는 대안이 제안되고 있다.