직능자격제도의 도입에도 불구하고 연공형 시스템의 문제가 발생하는 이유는 대체적으로 직무관리 시스템 및 평가 시스템의 오작동이나 구성원들의 지지 부족 때문이다. 이는 조직 내 직무의 중요성과 평가 기준이 과학적으로 분석되기보다는 오히려 사람에 대한 평가가 주된 이슈가 되고있음을 의미한다.
이렇듯 일정한 한계에 부딪친 연공형 인사관리 시스템을 개혁하기 위하여 우리나라 기업들은 1980년대 후반 이후 다양한 시도들을 하고 있다. 대표적인 예가 신인사제도로 표현되는 직능자격제도의 도입을 들 수 있다. 직능자격제도는 직무수행에 필요한 능력을 등급화한 후 해당 능력에 따라 승진관리 및 임금관리를 수행하여 능력개발의 동기유발효과를 노리는 제도이다. 또, 성과 및 업적 평가를 통해 임금에 차등을 둠으로써 근로의욕을 높이고 경영에 대한 참여 및 책임감 또한 높일 수 있는 연봉제를 도입하여 많은 기업들이 시행하고 있다. 많은 기업에서 이러한 제도를 도입하여 연공형 인사제도의 문제점들을 극복하고 있으나, 한편으로는 외형적인 틀의 변화에도 불구하고 실질적인 운영은 과거와 동일한 형태로 운영되거나 심지어는 여러 가지 문제점들로 인해 중도에 폐기되는 사례도 심심치 않게 발생하고 있다. 이러한 문제는 다양한 이유가 있겠지만 대체적으로 인사관리의 근본인 직무관리 시스템 및 평가 시스템이 제대로 작동되지 않거나 구성원들의 지지를 얻지 못하기 때문에 발생한다고 생각된다. 즉, 능력주의 인사관리제도의 가장 기본적인 원칙이 투입/산출비에 있어서의 공정성이라고 했을 때 조직 내의 각종 직무들의 중요성 및 평가 기준 등이 과학적으로 분석되고 관리되어야 함에도 불구하고, 직무에 대한 분석 및 평가는 간소화된 채 사람에 대한 평가가 주된 이슈가 됨으로써 여전히 연공형 시스템의 문제를 안고 있는 것이다.