다국적기업에 관한 질의와 이의 제기의 절차 관리 및 감독은 국내연락사무소의 주요 기능에 해당하며, 운영규정에 명시되어 있다. 대한민국의 국민 등은 국내연락사무소에 다국적 기업에 대한 질의나 이의신청을 할 수 있고, 국내 연락사무소는 합의를 유도하거나 합리적인 권고로 당사자들에게 도움을 줄 수 있다.
국내연락사무소의 핵심 기능이라고 할 수 있는 질의 및 이의신청에 대한 실체 및 절차 사항도 운영규정에 포함되어 있다(운영규정 제3장). 먼저, 질의와 관련, 대한민국 국민 등은 OECD 다국적기업 가이드라인의 내용 확인 및 해석과 관련하여 국내연락사무소에 신청을 할 수 있다(운영규정 제13조). 이의신청과 관련, 다국적기업의 가이드라인 이행과 관련하여 이의를 제기하고자 하는 사람은 국내연락사무소에 그 다국적기업의 제소를 신청할 수 있고(운영규정 제14조), 국내연락사무소는 신청서가 접수된 날로부터 90일 이내에 가이드라인의 목적 및 효과성에 대한 기여, 다른 유사사례의 국내외 처리결과, 법원 판결을포함하여 적용가능한 법령 및 절차를 통한 해결가능성 등을 고려하여 추가 조사 여부를 결정한다(이른바 1차 평가, 운영규정 제15조). 1차 평가 결과 추가조사 등이 필요하다는 결정이 있게 되면, 국내연락사무소는 조정·중재 등을 통해 합의를 도출하거나(운영규정 제16조), 합의에 이르지 못한 경우에는 이의신청내용, 사무소의 조정·중재 절차, 합의내용 및 시기 등을 공표하며, 이 때 국내연락사무소 의결을 거쳐 당사자들에게 적절한 권고를 할 수 있다(제17조).