공인인증서에 대한 비판은 보안에 취약하고 유출이 쉽다는 기술에 대한 비판과 특정 기술 강제로 기술발전을 저해하였다는 비판으로 나뉜다. 실제로 공인인증서 유출 사고는 급증하고 있으며 동등한 수준의 안전성이 인정되는 인증방법 사용을 허용했음에도 여전히 새로운 기술 진입이 이루어지지 않고 있다.
공인인증서에 대한 비판은 현재 공인인증서 발급을 위해 공인인증기관이 사용하고 있는 기술에 대한 비판과 함께 전자금융거래에 공인인증서 강제를 통해 특정 기술을 강제 한 것에 대한 비판으로 나뉠 수 있다. 현행 공인인증서 발급에 사용되는 기술에 대한 비판은 보안에 극도로 취약한 액티브엑스 기반이라는 점과 공인인증서가 특정 폴더에 저장돼 유출이 쉽다는 점에 집중되고 있다. 실제로 공인인증서 유출 사고는 급증하고 있다. 2014년도 국감 제출 자료8에 따르면, 2014년 1월부터 9월까지 악성코드, 스미싱으로 인해 사용자의 컴퓨터 및 스마트폰에서 19,338건의 공인인증서가 유출되었다. 공인인증서 유출은 2012년에 8건, 2013년에 8,710건이 발생하였고 매년 급격히 증가하고 있다. 특정 기술에 기반한 공인인증서 사용 강제로 인해 공인인증서 기술의 발전도 이루 어지지 않았다. 2010년 6월 30일에 시행된 전자금융감독규정은 현행 공인인증서 발급에 사용되는 기술 외에 이와 동등한 수준의 안전성이 인정되는 인증방법 사용을 허용하였으나, 인증방법의 안전성을 평가하기 위하여 새로운 기술의 사용은 금융감독원 인증 방법평가위원회의 허가를 받아야 하였다. 그러나 여전히 공인인증서 분야에서 새로운 기술의 진입이 이루어지지 않고 있다.