‘Directive 제9조 제2항 제(e)목이 정부군 군인에만 적용되는가’하는 부분에 대한 논의에서 국제형법에서는 국제범죄의 행위주체가 국가 조직에 국한된 것이 아니어서 양심적 병역거부도 정부 군, 비정부군에도 적용된다. 
셰퍼드 판결을 계기로 논의되어야 할 또 다른 문제점은 ‘Directive 제9조 제2항 제(e)목이 정부군 군인에만 적용되는가’이다. 셰퍼드 사건에서는 이 문제가 쟁점이 아니었으므로 다루어지지 않았는데, 일부 학자는 정부군 군인에게만 적용된다고 보고 있다. 그러나 국제형법에서는 이미 오래 전부터 ‘국제범죄의 행위주체는 국가 조직에 한정되지 않는다’는 것이 확립되었고, Directive 2004 제6조도 박해행위의 주체를 국가조직에 한정하지 않고 있으며, UNHCR도 ‘양심적 병역거부는 정부 군에 한정되지 않는다’고 하고 있다. 게다가 국제범죄는 대부분 내전이 이루어지고 있는 국가에서 발생하고 있는 현실을 고려하면 Directive 제9조 제2항 제(e)목의 적용범위가 정부군에 한정되어서는 아니 되고, 텔레반이나 IS와 같은 비정부군에도 적용되어야 한다.