포괄임금제에 대한 문제점의 지적은 다음과 같다. ‘임금산정의 자유’라는 임금법과 ‘가산임금에 의한 근로시간 규제’라는 근로시간법이 정면으로 충돌한다. 연장근로, 휴일근로를 억제 못하며, 장시간 근로에 취약하다. 근로시간 산정을 위하여 포괄임금제를 허용하면 근로자들에게 불리하다. 휴일·휴가제도가 의미 없어지고 장시간 근로를 가능하게 한다.
포괄임금제의 효용성 내지 의의를 적극적으로 인정하는 견해가 없는 것은 아니지만, 포괄임금제에 대하여는 그 문제점에 대한 지적이 끊임없이 있어 왔다. “‘임금산정의 자유’라는 임금법의 기본원칙과 ‘가산임금에 의한 근로시간 규제’라는 근로시간법의 기본원칙이 정면으로 충돌하는 영역이 포괄임금제이다. 포괄임금제는 임금산정의 자유는 아주 넓게 발휘된 것인 반면에 경제적 압력을 통한 근로시간의 제한은 거의 또는 상당한 수준으로 무력화될 수 있는 제도”, “포괄임금제는 실제의 근로시간 수와 상관없이 일정액이 지급되기 때문에, 연장근로, 휴일근로의 시간수에 대한 억제가 이루어지지 못하며, 결과적으로 장시간 근로에 대해 취약한 형태를 노출”시키는 제도, “근로시간의 산정이 어렵지 않음에도 불구하고 단순히 근로시간 산정의 편의를 위하여 포괄임금제를 허용한다면 근로기준법상 근로시간에 관한 원칙이 왜곡될 가능성이 있으며 이는 근로자들에게 불리하게 적용될 수 있다.”거나 “포괄임금제는 편법․왜곡된 관행으로 법정근로시간을 무시하고, 연장근로․야간근로․휴일근로를 내포하고 있는 제도이어서 휴일․휴가제도의 형해화를 초래하고, 장시간 근로를 가능하게 함으로써 근로자들의 건강과 생활에 지장을 줄 수 있”다는 지적 등 모두는 포괄임금제의 문제점을 지적하는 견해이다.