협업 체계의 관리는 공동의 목표를 위해 자원을 가장 많이 투입하여 팀으로써 일할 수 있게 지원한다. 따라서 수산물 안전관리 기관 간에 팀으로 일하고 인센티브 부여를 통해 협업 체계의 지속성을 보증 해야한다.
협업 체계의 관리는 상이한 특성을 가진 구성기관 간 접착제 역할을 하여 공동의 목표를 위해 자원을 최대한 투입하는 “팀”으로써 일할 수 있도록 지원하는 역할을 하는 것이다. 현재 운영되고 있는 수산물 안전관리 기관 간 협의체가 이와 같은 “팀”으로써 일하고 기관 간 조정을 원활하게 수행할 수 있을 때 단순한 자문 및 정보교환 이상의 역할을 하게 될 것이다. 따라서 협업 체계가 합의에 의한 공동의 목표를 달성하기 위해 프로젝트 조직과 같은 TF 조직을 운영하도록 할 필요가 있다. 거버넌스의 측면에서 MOU 체결을 통한 프로젝트 조직 운영에 관한 사항을 정한다면, 관리의 측면에서는 이 프로젝트 조직의 성과 모니터링, 참여 인력에 대한 인센티브 부여를 통해 협업 체계의 지속성을 담보할 필요가 있다.