지원대상 청년과 기업의 범위 확대와 지원대상 청년의 사업에의 가입 조건 제한은 청년공제사업의 정책설계 특징이며 저조한 가입건수와 지원대상과 미지원 대상  및 가입자와 미가입자간 공정성 시비 그리고 사중손실 발생과  낮은 고용지속성의 실효성과  자원배분의 왜곡이 문제점으로나타난다.
임금보조금은 한시적으로만 지원되기 때문에 개인지원 보조금의 도입의 타당성을 진단한 연구들은 한시적 지원에 합당한 지원대상이 설정되어야 함을 주장하였지만, 현실의 청년공제에서는 지원대상 청년/기업의 범위가 보다 광범위하게 설정되고 있다. 이는 청년 다수의 서비스 관련 업․직종으로의 취업선호 현상과 해당 업․직종에 특화된 교육을 받아온 청년들의 상황, 그리고 전 산업에 걸쳐 인력부족에 직면한 중소기업들의 요구가 반영한 결과로 고려된다. 동사업에서 설정된 이와 같은 지원대상의 범위와 더불어, 만기공제금에 대한 기여금을 세 주체가 납부함으로써 기업의 신청이 있어야 지원대상 청년이 동 사업에 가입할 수 있는 사업구조는 청년공제의 정책설계에서 나타나는 특징이다. 그러나 청년공제에서의 이 같은 정책설계는 낮은 가입건수, 지원대상과 미지원 대상 간(5인 미만 사업장 취업자, 일정 연수 이상 근속 중인 취업자), 그리고 지원대상 중 가입자와 미가입자 간 발생하는 공정성 시비, 사중손실의 발생과 고용지속성 저하에 따른 낮은 실효성과 자원배분의 왜곡에 관한 문제를 내포하고 있다.