한국은 정부차원의 합동대응체계를 운영하고 있는데, PSI 상황 발생시 정부는 외교통상부를 주무기관으로 업무를 분장해 합동대응체계를 시행하고 있다.
한국은 정부 차원의 합동대응체계를 운영 중이다. 대북제재 관련 안보리 결의 1874호 이행을 위한 ｢선박･화물검색 지침(2009년 7월)｣상의 내용을 PSI에도 준용하여 PSI 상황발생 시 정부는 <그림 1>에서 보는 바와 같이 외교통상부를 주무기관으로 업무를 분장하여 합동대응체계를 가동하고 있다. 차단작전은 수역별로 해양경찰청과 해군 등 주관부서를 구분하여 실시하되, 실제 차단･검색 업무는 해상에서는 관세청 및 해양경찰청, 그리고 공중에서는 국방부와 국토해양부 주도로 수행하고 있다. 외교통상부는 PSI 주관 부처로서 정기적으로 관계부처 협의회를 개최한다. 특히 외국으로부터 구체적인 승선･검색 요청 및 관련 정보를 접수하는 경우, 사안별로 PSI 관계부처 협의회를 소집하여 정부의 종합적인 대책을 논의한다.