바이오 정보는 유일성, 불변성 때문에 본인 식별의 강력한 기능과 함께 프라이버시 침해 문제도 불거진다. 유출된 피해를 복구하기 어렵고, 인증 외의 다른 정보를 침해하는 문제가 생긴다. 또한 수집된 정보가 국가 감시의 용도로 사용될 가능성에 대한 우려 역시 존재한다.
이와 같이 바이오 정보의 활용도가 높아지면서 그 위험성에 대한 우려도 커지고 있다. 바이오 정보가 본인 식별이나 인증을 위해 활용되는 것은 그 유일성, 불변성 때문인데, 바로 그와 같은 특성 때문에 개인의 프라이버시에 미치는 영향도 치명적일 수 있기 때문이다. 즉, 유출되었을 경우 변경할 수 있는 신용카드 등과 달리, 한번 유출되면 그 피해를 복구하기 거의 불가능하다. 개인정보 유출로 인한 신원 도용의 문제 외에도, 인식 오류로 인한 피해, 장애인 접근권의 문제 등도 지적되고 있다. 또한 DNA나 얼굴인식과 같이 수집된 정보들이 인증 목적의 정보 외에도 다른 정보 역시 포함할 수 있기 때문에, 친족 등의 프라이버시 침해나 목적 외 이용 등의 문제도 제기된다. 무엇보다 이렇게 수집, 축적된 바이오 정보가 국가 감시의 용도로 사용될 위험성도 크다. 이미 범죄 예방을 목적으로 수집이 허용된 DNA 정보가 집회, 시위자 혹은 정부에 비판적인 인사에 대해서도 수집되고 있다는 우려가 제기되고 있다. 특히, 한국의 경우 수사 목적의 개인정보 접근에 대한 규제가 미약하고, 전 국민 단일 식별자인 주민등록번호의 존재, 비밀정보기관인 국가정보원에 대한 통제 미약 등의 요인에 의해, 바이오 정보가 국가 감시의 목적으로 사용될 위험성이 더욱 크다고 할 수 있다.