배출권거래제의 부문별·업종별 배출할당은 명령·통제형 규제를 하는 단점이 있다. 이에 배출할당 기준을 시설 단위로 하고, 미시적 분석으로 BM할당방식을 정밀하게 하며, 상쇄·이월이나 탄소누출도 등을 통해 제도를 개선해야 한다.
또한, 우리나라의 배출권거래제는 국가 전체적인 배출허용총량을 정한 후 업종마다 배출할당량을 설정하고 있는데, 이로 인해 배출권거래제 본연의 장점이 약화되고 있으므로 이에 대한 재검토가 필요하다. 부문별·업종별 배출할당은 ETS의 제도 운영 초기에 완비되지 않은 업종 구분, 할당방식에 따른 예측이 어려운 점을 행정적인 제도설계를 통해 줄이려는 노력으로 채택되었지만 명령 및 통제형 규제 방식을 유지하도록 하는 단점이 있다. 그러므로 업종별 배출할당을 계속 유지하기보다는 현재의 배출할당 기준을 사업장보다는 시설 단위로 강화하고, 제품 및 공정에 대한 미시적인 분석을 통해 BM할당방식을 정밀하게 하며, 상쇄·이월이나 탄소누출도 등의 부문별 업종별 유·불리성에 대한 시장참가자들이 직접적으로 대응하고 반응할 수 있도록 하여 제도의 완성도를 높여 나가야 한다.