대학의 R&D 과제의 연구가 발주기관에 의한 하향식의 연구보다 연구자 주도의 상향식 연구가 되어야 한다. 이를 위해서라도 연구비 지원 및 평가 방식은 개선되어야 한다.
연구비의 지원 및 평가 방식에 대해서도 개선 방안을 마련할 필요가 있다. 대학 R&D 수행 체계를 개인 연구실에서 대학 내 연구조직 중심으로 전환해 가도록 유도하는 것이 필요하다. 대학 R&D 지원에서 교수진의 구성과 석사･박사 배출 실적과 진로, 학위 전념 박사과정생 수 등 전반적인 대학(원) 연구 여건에 대한 평가 결과를 반영할 필요가 있다. 아울러 인문학과 사회과학 분야에 대한 지원 강화 및 기초학문 분야에 대한 지원 확대 방안을 마련하는 것도 시급한 과제이다. 발주기관에 의해 하향식으로 연구 주제가 선정되는 경우보다는 연구자 주도의 상향식 지원에 의해 연구비가 배분되는 방식이 확대될 수 있도록 구조를 만드는 것이 필요하다.