교육부가 운영하는 가정형 Wee 센터는 가출 학생을 위한 기숙형 시설로, 전국 15개이며, 초,중,고 재학이 60%이다. 청소년쉼터와 유사하나, Wee 센터는 재학생만 입소 가능하다.
가정형 Wee 센터는 교육부가 지정․운영지원하는 시설로 가출, 가정폭력 등으로 학업중단 위기에 있는‘가출 학생’을 위한 기숙형 시설이다. 2015년 1월 기준 전국에 15개 시설이 운영 중에 있다. 한편 청소년쉼터 입소자 가운데 초․중․고등학교에 재학하고 있는 청소년이 10명 중 6명에 달하는 것으로 나타나(김지연, 정소연, 2014a, pp.54~55), 청소년쉼터와 가정형 Wee 센터는 보호자의 보호를 받지 못하고 가정에서 이탈하여 학업중단 위기에 있는 동종 유사 보호시설이라 볼 수 있다. 다만 가정형 Wee 센터는 재학생만 입소할 수 있는 생활시설인 반면 청소년쉼터는 재학 여부와 관계없이 가출 청소년을 보호 대상으로 한다는 차이점이 있다.