무기계약직은 정규직 고용형태로 간주되고 있음에도 임금은 사업의 사업비 항목에서 처리되고 있으며 수행직무, 기관별, 상이한 직종간 임금의 불공정성에 직면하고 있다.
두 번째는 무기계약직 직무에 대한 임금공정성의 문제이다. 무기계약직은 정규직 고용형태로 간주되고 있음에도 불구하고, 여전히 기관예산의 인건비 항목에 포함되어 비용처리가 계상되지 못하고, 기관이 수행하는 다양한 사업의 사업비 항목에서 그 비용이 처리되고 있다. 이로 인해 무기계약직 근로자들은 세 가지 측면에서 보상의 불공정성에 직면하게 되었다. 하나는 동일 기관에서 유사직무를 수행하는 정규직 또는 중앙행정기관 및 자치단체 공무원과의 임금공정성의 문제이며, 다른 하나는 유사직무를 수행하는 무기계약직 근로자들 사이에 존재하는 기관별 임금격차의 문제이다. 앞에서 살펴본 바와 같이 수행직무의 내용과 직무가치를 고려하는 경우에도 실질적인 기관별 임금격차가 존재하고 있다. 마지막으로 상이한 직종 사이의 합리적 임금차이를 어떻게 설정할 것인가 역시 논란이 되고 있다.