평가결과에 근거한 정책제언을 위해서는 제대로 된 평가수행 뿐만 아니라,  결과를 최종적으로 종합해 정책 제언을 위한 결론을 도출하는 과정 역시 중요하다.
이들 심층평가서는 타당성 분석과 효과성 분석을 충실하게 수행하였음에도 이를 토대로 일관성 있는 최종 결론이 도출하지 못한 이유는 심층평가의 각 분석별 결과와 타당성 및 효과성 분석을 종합하는 객관적 판단기준의 부재에서 비롯된 것으로 보인다. 조세특례 심층평가는 개별 조세특례의 타당성, 효과성, 효율성 등을 구분하여 평가한 후, 최종적으로 각 범주별 평가결과를 취합하여 종합적인 평가의견이 도출되는 구조로 되어 있다. 또한 각 범주별로 다양한 각도의 분석이 이루어지며, 이들을 종합하여 각 부문별 평가결론을 도출한다. 따라서 평가결과에 근거한 정책제언을 위해서는 평가를 제대로 수행하는 것도 중요하지만, 이러한 결과를 최종적으로 종합하여 정책 제언을 위한 결론을 도출하는 과정 역시 중요하다.