정부재정지원사업의 문제점으로 평가지표를 정할 때 현실적으로 해당하는지표가 고등교육의 질을 향상시키는지에 대한 실제로 증명할 만한  분석없이 자의적으로 설정되고 또한 평가지표의 중요도 역시 객관화된 분석 없이 정해져서 운영되었다.
정부재정지원사업이 짧지 않은 기간 진행되어 왔음에도 불구하고 정부재정지원사업의 문제점들이 개선되지 않고 있다. 정부재정지원사업의 문제점 중 하나는 포뮬러에 사용되는 평가지표의 선정에 있어, 현실적으로 해당 지표가 고등교육의 질을 높이는지에 대한 실증적 분석 없이 자의적으로 선정되고 있다는 것이다. 또한 평가지표의 가중치 역시 객관적 분석 없이 부여되어 운영되고 있다. <표 2>에서 보여주듯이 교육역량강화사업의 경우를 예로 들면, 취업률을 제외하고는 성과지표라고 할 수 없는 교육투입지표들을 성과지표로 사용하였고, 성과도 실증되지 않은 다양한 교육투입지표들이 사용되었으며, 그 가중치도 자의적이며 또 매년 변경되었다. 이러한 교육지표의 선정이나 가중치는 그 근거가 객관적인 논리나 성과에 관한 실증적 자료에 기초하고 있지않아 신뢰성이 떨어지고 재정지원사업의 효과성도 보장하지 못하고 있다.