청년공제의 시행 첫해에는 낮은 가입률 때문에 예산집행률이 낮았지만, 점차 상승하여 2018년에는 조기에 100% 가입률을 달성하였다.
청년공제의 가입신청 건수가 많을수록 가입자에 대한 지원금으로 더 많은 예산이 지출되기 때문에 낮은 예산집행률의 1차적 원인을 낮은 가입률(누적가입률)에서 찾을 수 있다. 시행 첫해인 2016년 청년공제의 예산집행률은 집계가 되지 않았지만 가입률이 52.4%인 점을 비추어볼 때 당해연도에 동 사업에 편성된 예산의 집행률은 저조할 것으로 고려되며, 2017년의 예산집행률은 54.7%로 낮은 수준이었기 때문에 당해연도의 예산집행률은 2018년 들어서 동 사업의 타당성 및 실효성과 관련하여 크게 이슈화되었을 것으로 고려된다. 그러나 2017년의 실제 가입률은 73.0%로 전년대비 상당히 상승하였고, 절대적으로 낮은 수준은 아니었으며, 2018년에는 초기 계획된 물량이 동년 4월 말 소진되면서 가입률은 조기에 100%에 이르게 된다.