주무관청이 사업 시행자에게 관리 운영권을 주는 행위는 부가가치세 대상이 되기에 사용료·입대료 과세사업이람면 부가가치세를 환급받지만 면세사업이라면 그럴 수 없다. 
그런데 주무 관청(공급자)이 사업 시행자(공급받는 자)에게 관리 운영권을 부여하는 행위에 대해서는 사용료 및 임대료의 부가가치세 과세 · 면세 여부과 관계 없이 부가가치세 과세 대상으로 보고 있어, [그림 Ⅲ-2-8]과 같이 사업 시행자가 ‘사용료·임대료 과세사업’인 경우에는 주무관청으로부터 관리 운영권을 부여받을 때 부가가치세가 거래징수되고 이후 거래 징수된 부가가치세를 국세청으로부터 환급받는 반면 ‘사용료·임대료 면세사업’인 경우에는 주무관청으로부터 거래 징수된 관리 운영권 관련 부가가치세를 이후 국세청으로부터 환급받을 수 없다.