형사정책의 관점에서 구속된 피의자의 DNA 정보 수록은 개인정보 자기결정권과 공익과의 형평성의 문제에서도 비판을 피할 수 없다. 무죄추정권을 보유한 자에 대해서 DNA 데이터베이스 구축을 통한 공익보다 프라이버시권이라는 사익이 더 존중되어 마땅하다. 구속된 피의자에게 무죄추정권이 있는 한 구속여부와 관계없이 개인정보 자기결정권이 우선되어야 한다.
형사정책적인 관점에서도 구속된 피의자의 디엔에이 정보의 수록은 개인정보 자기결정권과 공익과의 형평성의 문제에서도 비판점이 제기된다. 앞서 본 바와 같이 영국의 경우에는 가장 광범위하게 대상자를 선별하고 있었으나, 2008년 유럽인권재판소에 의하여 소추되지 않은 자 및 소추되었지만 유죄로 되지 않은 자의 DNA 감식시료 등을 보유하는 것은 개인의 프라이버시권을 과도하게 침해하는 것이므로 유럽인권조약 제8조에 위배된다고 판시한 바 있다. 유럽인권조약 제8조는 프라이버권으로서, 유럽인권재판소는 국가에 의한 DNA감식시료 및 정보의 보유가 프라이버시권을 침해하지만, 그러한 간섭이 범죄검거와 범죄예방이라는 정당한 목적하에 허용된다고 보았다. 그러나 범죄의 혐의가 있었지만 유죄로 인정되지 않은 자의 DNA정보의 보유는 정당화되지 않는다고 보았으며, 무죄추정권을 보유한 자와 유죄인 자를 동등하게 평가하는 것은 적절하지 않다고 보았다. 즉 무죄추정권을 보유한 자에 대하여는 DNA 데이터베이스 구축을 통한 공익보다 프라이버시권이라는 사익이 더 존중되어야 한다. 이는 우리 법률상의 구속된 피의자의 개인정보자기결정권 보호의 문제에도 많은 시사점을 준다. 구속된 피의자에게 무죄추정권이 있는 한 피의자는 구속여부와 관계없이 모두 개인정보자기결정권이 우선되어야 한다.