현재 지방교육재정교부금과 지방교부세의 분리는 '재정 칸막이 현상'과 교육자치단체의 제멋대로식 재정 운영을 초래한다는 단점이 있어 둘 간의 연계를 검토할 필요가 있다.
또한 중장기적으로 지방교육재정교부금과 (일반)지방자치단체의 핵심 재원인 지방교부세 간의 연계도 검토할 필요가 있을 것이다. 이 두 제도는 목적, 재원조성 및 교부방식, 교부금 유형 등에서 유사한 특징을 공유하고 있음에도 불구하고 현재 별개의 독립된 제도로 운영되고 있는 동시에, 운영 주체(교육부 또는 행정자치부) 및 지출대상(교육행정 또는 지방행정) 등의 차이로 인해 별개의 제도로 인식되고 있다. 이는 교육의 특수성 및 중요성을 인정하고 안정적 재원 조달을 통해 이를 보다 체계적으로 관리하는 장점이 있으나, ‘재정 칸막이 현상’으로 인해 지역주민의 재정수요 변화에 탄력적으로 대응하기 쉽지 않고, 재원 조달 책임성이 약한 교육자치단체의 방만한 재정 운영을 초래하는 등 단점도 없지 않다.