정부출연 감사기준이 합법성에서 성과 중심으로 변화하며 성과와 효율성을 중시하게 되는데, 이는 시대적 상황과 요구가 과학기술 관리정책과 관련되는 것이다. 이를 반영하여 감사정책 방향이 제시되고 감사판단이 이뤄짐으로써 정부활동의 성과를 높아지고 공공기관의 선진화를 달성하게 된다.
한편, 정부출연(연) 감사의 기준이 절차적 합리성 기준의 합법성에서 성과에 초점을 둔 성과 중심으로 변화되었다는 것은 감사활동을 통해 과학기술정책 및 행정이 법규와 제도의 준수 정도를 판단해 합법성을 제고하는 기능으로부터 정부출연(연)의 성과와 효율성을 제고․촉진하는 방향으로 전환되었음을 의미한다. 특히 두 유형은 단절적이고 개별적인 것이 아니라 연속적이고 상호보완적인 것으로 두 감사기준의 시대적 비중 차이에 따른 편의적인 구분이라는 것이다(김광영, 2005: 10-12). 이와 같이 주된 감사기준을 중심으로 감사유형을 구분짓는 이유는 정부출연(연)이 처한 시대적 상황과 요구는 과학기술 관리정책과 밀접한 관련성을 가지며, 그러한 요구를 반영하는 것이 감사정책 방향이 되고, 감사판단의 기준이 되기 때문이다. 따라서 성과감사를 통해 정책 및 사업에 대한 낭비와 비능률 비효과 요소가 있는지, 있다면 그 원인은 어디에 있는지를 규명하고 문제 해결을 위한 개선대안을 제시하여 정부활동의 성과를 높이려 하는 것이다(감사원 2005: 6). 이와 같은 배경으로부터 성과감사는 공공기관의 선진화 촉진기제로서의 의미를 갖게 된다.