실제로 대부분의 조사는  별도의 교육을 받은 전문 조사관 및 수년간 관련업무를 감당해온 민간 단체와 협력을 유지해야 할 필요가 있다. 과거 독일과 캄보디아 역시 민간기구와 협력해 좋은 결과를 보여준바 있다.
다만, 이 경우 실제로 대부분의 조사는 하나원에서 이루어지게 되며 인권침해의 피해자이자 남한 생활이 낯선 북한이탈주민의 심리상태가 매우 불안정하다는 점에서 조사자가 심리상담사 역할도 해야 한다는 점을 유의하여 담당 검사, 수사 관에 대한 별도의 교육이 반드시 필요하며 전문조사관 및 수년간 민간에서 자율 적으로 북한인권침해기록 업무를 감당해온 민간단체와 네트워크 등 유기적인 협력을 계속 유지할 필요도 있다.과거 독일의 경우에도 베를린 전독일연구 소 등 민간기관에서 수 만 건의 동독인권침해기록을 보관해왔고, 캄보디아 크메 르루즈 청산과정에서도 DC Camp(Documentation Center for Cambodia)라는 민간기구의 기록이 캄보디아 특별재판소를 통해 재판 과정에서 자료로 활용되었 다는 점을 유의할 필요가 있다.