모든 산업단지의 입주대상을 무조건 네거티브 규제리스트로 바꿔야 하는 것은 아니고 산업단지의 특징에 따라 오히려 포지티브 규제리스트를 유지해야 하는 경우도 있는데, 입주제한업종에 포함되지 않는데도 입주허용리스트에서 제외되는 불이익을 받는 사례가 생기고 있다.
물론 전국적으로 1,000여개가 넘는 모든 산업단지의 입주대상을 무조건 네거티브 규제리스트로 전환하여야 하는 것은 아니며, 특히 산업단지의 특성에 따라 오히려 포지티브 규제리스트를 유지하여야 할 필요성도 인정된다. 예컨대 도시첨단산업단지 등은 산업단지를 지정하여 운영하는 목적이 첨단산업을 육성하기 위한 것으로서 첨단산업에 해당되지 않는 업종들을 제외하는 방법보다는 첨단산업을 개념정의하고, 이에 해당하는 업종들만을 입주업종으로 허용하는 편이 합목적적이며 타당하다고 볼 수 있다. 그러나 이와는 달리 대다수의 지자체에서 지역경제활성화를 위해 지정·운영하고 있는 일반산업단지의 경우에도 대부분 입주허용대상을 포지티브 규제리스트로 규정함에 따라 사실상 입주제한업종에 해당되지 않음에도 불구하고 입주허용리스트에서 제외되는 불이익을 받는 사례가 발생하고 있다. 따라서 산업단지의 지정목적을 고려하여 반드시 포지티브 규제리스트를 유지할 필요가 없는 경우에는 네거티브 규제리스트로 전환함으로써 산업단지 지정 및 운영의 합목적성 및 타당성을 제고할 필요가 있다.