정부는 국가재정 효율적 운용을 위해 회계와 기금, 회계 및 기금 상호 간 여유재원 전입, 전출이 가능하며 기재부 장관은 여유자금을 선정된 금융기간으로 통합운용하게 할 수 있다. 
참고로, 정부는 국가재정의 효율적 운용을 위하여 필요한 경우에는 다른 법률의 규정에 불구하고 회계 및 기금의 목적 수행에 지장을 초래하지 않은 범위 안에서 회계와 기금 간 또는 회계 및 기금 상호 간에 여유재원을 전입 또는 전출하여 통합적으로 활용할 수 있으며(국가재정법 제13조 제1항 본문), 기획재정부 장관은 기금 여유자금의 효율적인 관리･운용을 위하여 각 기금관리주체가 예탁하는 여유자금을 대통령령이 정하는 기준과 절차에 따라 선정된 금융기관으로 하여금 통합하여 운용하게 할 수 있다(동법 제81조). 나아가 기금 등의 여유자금을 통합관리하기 위하여 1993년 12월부터 공공자금관리기금법을 제정하여 시행해오고 있다.