국민의 정부 5년의 교육정책의 평가는 교육개혁의 위기, 교육계의 불신, 교원단체간의 갈등으로 정리될 수 있다. 이러한 갈등을 풀고 교육개혁을 인적자원과 연계, 실현 가능성을 높이는 전략을 위해 교육부의 부총리 부서 승격을 구상했다.
2003년 한국교육개발원은 국민의정부 5년의 교육정책을 평가하는 평론집을 발행하였는데 당시 이종재 한국교육개발원장은 이 평론집의 서문에서 “교육개혁의 위기, 교육계에 대한 불신, 교원단체 간의 갈등”을 교육정책의 문제로 꼽았다. 이에 비춰 볼 때 국민의정부 중반기로 접어든 2000년 시점에서 교육부의 부총리 부서 승격과 교육･인적자원개발을 총괄하는 부총리제를 구상했던 것은 교육계의 갈등을 풀면서도 교육개혁을 인적자원개발과 연계함으로써 그 실현 가능성을 높이려는 전략으로 이해된다. 김대중 대통령은 대통령 비서실과 교육부 관료의 긴밀한 교섭과 협상을 막후에 두면서 대통령 연설을 통해 교육계 갈등을 풀 수 있는 정책의제 형성을 주도한 것이다. 이와 같이 교육부총리제는 대통령 연설을 기획하고, 언론의 조명을 받으면서 대통령을 정점으로 정책의제를 극대화하는 방식으로 표출되었다.