우리나라 육아휴직제도는 무급이 원칙이다. 출산휴가 기간에만 유급이며, 이 비용은 사업주가 부담한다. 이는 여성 고용 기피로 이어질 수 있다. 근로자도 경제적 이유 등으로 육아휴직을 사용하지 못할 수도 있다. 따라서, 육아휴직 중의 임금보상제도의 마련이 필요하며 비용은 공적기금이나 사회보험 방식으로 지급해야 한다. 외국의 사례를 보면 육아휴직의 소득보장은 남성의 육아휴직의 이용을 증가시킬 수 있다. 그러나 재원 마련을 고려해야 하는 등의 문제가 있다. 
6. 육아휴직기간의 소득보장의 문제와 개선방향
우리나라 현행 육아휴직제도는 무급으로 되어 있다. 다만, 60일의 출산휴가기간에는 근로기준법에 의해 전액 유급으로 되어 있고, 사업주는 이 비용을 전적으로 부담하여야 한다. 사업주는 육아휴직으로 인하여 대체인원을 사용할 경우나 다른 근로자에게 시간외근로를 요구할 경우에도 비용을 부담해야 한다. 그러므로 사업주는 육아휴직의 운영으로 인한 비용부담을 회피하기 위해 여성을 고용하지 않을 가능성이 있다. 육아휴직이 무급으로 운영되는 경우는 특히 근로자가 육아휴직이 필요함에도 사용하지 못하도록 하는 주요한 요인이 된다. 경제적으로 최소한의 생활자금이라도 확보되어 있지 않은 경우 근로자는 육아비용은 물론이고 생활유지조차 할 수 없기 때문이다.
그러므로, 앞으로 육아휴직기간중에 임금을 전부 또는 일부를 보상하는 조치가 마련되어야 육아휴직제도가 실효성 있는 제도로 될 것이다. 그러나 사업주에게 이 비용을 부담하게 하면 여성의 고용차별은 더욱 심화될 것이다. 그리고 육아문제의 사회적 책임을 고려해서라도 사업주 개인에게 비용을 부담시켜서는 안되고, 공적기금이나 사회보험의 방식에 의해 보상되도록 하여야 할 것이다. 각국의 제도운영실시경험에 의하면 육아휴직의 소득보장은 남성근로자의 육아휴직의 활용도 촉진할 수 있다. 그러나 그 재원은 누가 어떻게 마련해야 바람직할 것이가에 관한 문제는 현실적으로 매우 어려운 문제이며, 동일한 육아책임을 가진 근로자가 육아휴직을 하지 않고 근무한 경우에 대한 대우에 있어서의 형평성을 고려해야 하는 문제까지 야기한다. 그러므로 이에 대한 다각적인 심층연구가 필요하다. 본원은 94년도에 수행될 후속연구에서 이 문제를 구체적으로 연구할 예정으로 되어 있다.