과기정통부, 기재부, 미래부가 사업서를 검토하고 투자 방향과 기준 및 예산 지출한도를 설정하는 과정이 일반적이나, 과기정통부 과학기술혁신본부는 20조원에 이르는 국가 R&D사업의 예산 심의·조정 등에 독자적 권한을 가지게 되었다.
과기정통부는 과학기술 기본법 제12조의2에 근거하여 각 부처의 중기사업 계획서를 검토하고, 국과 심의를 거쳐 정부연구개발투자 방향 및 기준을 마련하여 기재부와 각 부처에 통보한다. 기재부는 중기사업계획서 및 미래부의 연구개발투자 방향 및 기준을 검토하여 총 연구개발 예산규모 및 부처별 연구개발 예산의 지출한도를 설정하고, 그에 따라 각 부처는 예산요구서를 기재부에 제출한다. 미래부는 각 부처의 연구개발 예산 요구서에 대해 국과심의 전문위원회를 통해 예산 배분 방향을 수립해서 기재부에 통보한다. 기재부는 국과심의 예산배분조정안을 고려해서 예산심의를 수행하고 편성한다. 최근에는 과기정통부 과학기술혁신본부가 만들어졌다. 과학기술혁신본부는 과학기술정책을 총괄하는 컨트롤타워로서 20조 원에 이르는 국가 R&D 사업 예산 심의·조정과 성과 평가 등의 권한을 갖도록 하고 있다.