현행 치료감호법은 선집행주의와 대체주의가 적용되어 형의 집행에 앞서 치료감호를 집행하도록 규정한다. 이 때 잔여형기의 처리문제가 발생한다. 치료감호기간동안 치료가 되지 않거나, 된다하더라도 다시 교도소에서 형을 집행하면 치료의 효과를 담보할 수 없는 상황이 된다. 따라서 독일처럼 형벌이 보안처분에 앞서 집행되는 것을 통해 보안처분의 목적이 쉽게 달성되는 경우에는 형벌 또는 형벌의 일부를 보안처분에 앞서 집행될 수 있도록 하여야 한다.
현행 치료감호법은 형과 치료감호가 병과되는 경우에 처분 선집행주의와 대체주의가 적용되어 형의 집행에 앞서 치료감호를 먼저 집행하도록 규정하고 있다(제18조). 그러나 상기의 사례에서 나타나듯이 치료감호 종료 후 잔여형기의 처리문제가 발생하게 된다. 현행 치료감호법은 앞서 언급한바와 같이 법률적으로는 피치료감호자를 최장 21년간 수용할 수 있다. 이러한 상황을 고려할 때 상기의 사례의 경우 최대 21년간 치료감호소에 수용될 수 있고, 나머지 9년은 교도소에서 형의 집행을 받게 된다. 주지하다시피, 치료감호소와 교도소는 대상자에 대한 처우의 목적과 내용에 있어서 차이가 있다. 위 사례의 경우 대상자가 치료감호기간 동안 치료가 되지 않았음에도 불구하고 교도소에서 형을 집행하는 것에 따른 문제의 심각성은 두말할 나위가 없고, 치료가 어느 정도 이루어졌다고 하더라도 치료시설이 아닌 형집행 시설에 다시 수용된다면 치료감호소에서 달성된 치료의 효과성을 담보할 수 없는 상황에 처하게 된다. 따라서 독일과 같이 형벌 또는 형벌의 일부가 보안처분에 앞서 집행되는 것을 통해 보안처분의 목적이 쉽게 달성되는 경우에는 형벌 또는 형벌의 일부를 보안처분에 앞서 집행될 수 있도록 하여(독일형법 제67조 제2항), 사회복귀가 치료처분 단계 즉 치료감호시설에서 이루어질 수 있도록 제도 개선을 할 필요가 있다. 이와 같이 제도가 개선이 된다면 치료의 필요성과 재범위험성이 잔존하고 있는 대상자가 치료감호 만기 종료⋅가종료로 퇴소하게 되더라도 치료와 관리⋅감독에 필요한 정보가 그대로 지역사회의 정신의료시스템으로 이어져 사회 내 치료처우로서의 보안감독이나 지역정신의료시스템에 의한 대상자의 치료와 관리⋅감독이 연속성을 가지고 실시될 수 있을 것으로 기대된다.