특사경제도를 두는 경우, 사법권 남용의 우려가 있고 일반사법경찰직원의 수사에 대한 책임감이 희박해질 수 있으며 수사의 통일성이 저해되는 등의 단점이 지적되고 있다.
반면에 특사경제도를 두는 경우, 첫째, 특별사법경찰직원으로 지정된 자에 대하여 수사기관으로서의 일반적인 훈련을 실시해야 하는 점, 둘째, 특별사법경찰직원으로서 지정된 자가 본래의 행정사무처리를 위하여 사법경찰권을 남용할 우려가 있다는 점, 셋째, 특별사법경찰제도를 두면 그 분야에서는 일반사법경찰직원의 수사에 관한 책임감이 희박해질 우려가 있다는 점, 넷째, 이종(異種)의 수사기관의 권한이 경합하는 경우 상호간에 정보교환 기타 연락이 충분히 행해지지 아니하고 이로 인하여 수사의 통일성이 저해되며 능률에 지장을 초래할 우려가 있다는 점 등이 단점으로 지적되고 있다.