2006년 교육위원회가 폐지되어 교육감을 주민이 선출하게 되었고 이는 지방교육자치 발전의 중요 계기였다. '진보 교육감'의 등장으로 중앙 정부와 지방교육정부가 대립하여 정책 경쟁이 시작됐고 교육 자치 효능감을 경험하였다. 또한 교육행정과 일반행정의 협력이 심화했고 주민 참여 정책이 시행되었다.
그런데, 2006년 법률 개정으로 중요한 변화가 일어났다. 의결기관이 통합되어 종래의 교육 위원회가 폐지되었다. 교육감을 주민이 직접 선출하게 되었다. 이 변화는 통합형 교육자치를 시행하고자 하는 세력(일반행정)과 이에 저항하는 교육계가 힘의 균형을 이룬 결과였다. 이 가운데 교육감 주민 직선은 지방교육자치를 새로운 단계로 나아가게 하는 중요한 계기가 되었 다. ‘진보 교육감’의 등장, 중앙정부와 지방교육정부 간의 대립이 계속되면서 중앙 정부 주도 의 교육행정에 관하여 깊은 의문이 제기되었다. 지방교육정부에서 보편적 교육복지와 학교 혁신, 학생 인권 등 새로운 교육 의제를 제기하면서 교육정부 간 정책 경쟁이 시작되었고, 교육 자치의 효능감을 경험하게 되었다. 정치적 갈등의 틈바구니에서 지방교육행정기관과 일반행정 기관 사이의 대립이 심각하게 진행된 사례가 나타났지만, 교육 혁신과 지역 창조라는 양쪽의 이해가 부합하면서 교육행정과 일반행정의 연계와 협력이 심화하였다. 또 일부 정책이 주민 참여형으로 시행되면서, 주민 참여 민주주의가 서서히 진전하고 있다(김용, 2014).