김정일 체제는 개정 헌법으로 국방 위원회 위상을 강화, 선군정치표방으로 군부 영향력을 확대했다. 그러나 북한군 총정치국 조직과 군 지휘체계 구조를 1:1 대응하여 당에 의한 군 통제 구조를 유지한다.
물론 이러한 당-군 관계가 김정일 체제 공식 출범 이후 변화된 양상을 보인 것은 사실이다. 1998년과 2009년의 개정 헌법에 의해 김정일이 직접 주도하는 국방 위원회의 위상이 계속 강화되었고, 김정일이 선군정치를 지속적으로 표방함에 따라 군부의 영향력이 확대되는 현상이 나타났다. 인민무력부가 국방위원회의 관할 하에 놓이게 되면서 군부에 대한 당의 통제력이 이전 시기에 비해 상대적으로 약화되었다는 평가가 제기되기도 했었다. 그러나 북한군 총정치국의 조직이 총참모부와 인민무력부에서 중대까지 군 지휘체계의 구조와 1:1로 대응하도록 전 군대에 조직되어 있기 때문에 북한군 전체에 대한 당의 지도와 통제가 이루어지도록 되어있다는 점에서 ‘당에 의한 군 통제구조’는 여전히 유지된다고 할 수 있다.