정부와 부처 간 재정지원사업을 담당할 수 있는 기구를 설치 해야 한다. 관련 부처 간의 연계를 확대하고 비슷한 목적의 사업을 하나로 합치는 등 지원 체계를 정비할 필요가 있다. 
둘째, 평가기구 일원화가 장기적 대안이라면 단기적으로는 정부 부처 간 재정지원사업을 총괄할 있는 총괄기구 혹은 조정위원회의 설치를 제안할 수 있다. 이는 관련 부처 간의 연계 강화와 지원체제 정비를 가능하게 한다. 유사 사업을 여러 부처에서 중복 추진하는 경우 중복행정으로부터 행정비용이 증대하고 칸막이행정에 따른 폐해가 발생한다. 또한 사업단 선정에 있어 지원풀이 협소해져 최선의 선택이 어렵고 선택된 사업단에 대한 집중적인 지원이 이루어지기 어렵다. 우리나라의 각종 대학 재정지원 사업에 대해 사업단별(연구자별) 지원액수가 과소하여 실효성이 적다는 비판을 받고 있는데, 지원액수가 과소하게 되는 주 원인 중 하나는 유사한 사업이 여러 부처에서 분산 실시되는데 있다. 영국의 고등교육재정지원위원회와 같은 재정지원 책임기관을 만들 필요는 없겠지만 부처 간의 사업을 조정할 조정위원회의 설치는 필요하다. 이를 통하여 지원사업 목적에 맞는 재정지원 제도의 원칙을 수립하고 유사목적 혹은 성격의 사업을 통합 조정하는 등 지원체계를 확립하여야 한다.