2021년까지 청년공제에 많은 정부예산이 투입되지만, 지원기간  종료 후 가입자의 실질임금 저하 등 많은 문제가 발생할 수 있다. 예산의 증가로 해결 가능한데, 청년실업과 중소기업 인력부족 해소를 위해 청년공제에 부여되는 역할과 예산의 충당이 관건이다.
2021년까지 청년공제에 매년 5,000억 원 이상의 적잖은 정부예산이 투입될 것으로 예상되지만, 해당 예산으로는 앞서 살펴본 바와 같이 2~5년 동안의 지원기간 종료 이후 가입자의 실질임금 저하와 이에 따른 이직 증가, 지원을 둘러싼 신규직원과 기존직원 간의 공정성 문제, 개인형 도입 시 발생할 수 있는 지원대상과 미지원대상 간의 공정성의 문제를 충분히 해소하기 어렵다. 이 같은 문제에 대응하기 위해 청년공제에서의 지원대상 확장 및 실제 지원인원 증대, 지원수준 증대가 고려될 수 있지만, 이 조치들은 청년공제에 투입되는 예산의 대폭적 증가를 수반할 수밖에 없다. 결국 청년실업과 중소기업 인력부족 문제를 해소하는 정책도구로서 청년공제에 어느 정도의 역할을 부여할 것인지, 그리고 보다 더 많은 역할을 부여한다면 이에 따라 대폭적으로 증대되어야 할 동 사업의 예산을 어떻게 충당할 것인지가 청년공제의 성과제고와 관련하여 하나의 쟁점이 되는 것이다.