풍수해저감종합계획은 풍수해위험지구 후보지를 선정하고, 추가적인 조사 등을 통해 최종적인 위험지구를 선정한다. 풍수해 저감대책을 세우고, 단계별·연차별 시행계획을 수립한다.
풍수해저감종합계획의 계획 작성방법은 다음과 같다. 일반현황(행정, 인문, 자연, 방재현황 등) 및 풍수해현황의 기초조사를 실시한 후 이를 토대로 풍수해위험지구 후보지를 선정한다. 이후 풍수해위험지구 후보지에 대하여 7개 재해유형별로 구분하여 추가적인 현장조사, 위험요인 분석을 진행 한 후 최종적인 위험지구를 선정하게 된다. 다음으로 선정된 위험지구에 대한 풍수해 저감대책을 수립하는데 이때 협의·조정을 통해 광역도시계획, 도시·군 기본계획, 도시·군 관리계획과 연계하도록 명시하고 있다. 그리고 마지막으로는 효율성, 형평성, 긴급성, 위험성 등을 종합적으록 검토하여 투자우선순위를 선정하고 단계별·연차별 시행계획을 수립한다.