기업지원사업에서는 한정된 중소기업시설 운영자금의 기금손실 및 재정부담 증가를 막고 중복지원을 최소화하기 위해 여러 업체가 혜택을 받을 수 있도록 지원횟수 제한기준을 설정하도록 했다.
기업지원사업에서는 기업에 자금이나 보증 등을 수행하는 영역에서 유사중복 처분요구가 있었다. 중소기업시설․운영자금에 대해서는 앞의 취약계층 지원사업과 마찬가지로 중복지원을 통해 사업 간 중복성을 입증하고, “중소기업의 수요가 많지만 정책자금은 한정되어 있으므로 특정업체에 중복지원을 최소화하고 여러 업체가 혜택을 받도록 하는 것이 타당하다”는 형평성 기준을 적용하여 지원횟수 제한기준을 설정할 것을 통보하였다. 신용보증기관 간 업무중복은 이미 알려진 사실이며, 중복보증에 대해서는 “한정된 보증재원이 소수의 업체에 집중되고 부실한 업체에 배분되어 결국 기금손실 및 재정부담의 증가를 가져올 소지가 높다”는 논거를 제시하면서 효과분석을 수행하였다.