여성가족부는 공동육아나눔터 활성화를 위해 돌봄기관을 관리하는 지자체, 돌봄 서비스를 관리하는 건강지원 센테, 이를 총괄지원하는 한국건강가정진흥원 등 관계부처와 협력한다.
공동육아나눔터 활성화를 위하여 여성가족부는 기본계획 수립, 운영지침 마련 및 예산 지원, 주민공동시설, 도서관, 주민센터 등 돌봄공간제공을 위한 관계부처와 협력을 강화하고 있다. 지방자치단체는 공동육아나눔터 공간 마련, 예산 지원 등 돌봄 서비스 기관을 관리하고, 건강가정지원센터에서는 지역 내 공동육아나눔터를 운영하면서 종사자 역량강화 교육 등을 통해 돌봄 서비스를 관리하고 있다. 또한, 한국건강가정진흥원이 전국의 공동육아나눔터를 총괄적으로 지원하기 위하여 홍보 계획 수립･실시, 프로그램 개발･지원, 담당자 교육, 서비스 모니터링등의 업무를 수행하고 있다.