PPP 사업의 예산은 기관이 필요예산을 요청하는 방식과 예상치 못하게 생긴 채무나 새롭게 기획하는 사업에 활용하는 미편성 예산총액 방식으로 사용된다.
PPP 사업의 예산은 기관 예산편성과 미편성 예산총액의 두 가지 방식으로 조달된다. 기관의 예산편성 방식에 따라 기관은 토지 취득, 사업이행자금, 선불 비용 분담 또는 정부 보증으로부터 발생하는 지불금 등에 대한 예산을 요청하며, 이러한 요청사항이 주무관청의 예산안에 반영된다. 미편성 예산총액 방식의 경우, 당해 연도에 발생하는 예측하지 못한 우발채무를 위해 사용할 수 있다. 또한 예산관리국(Department of Budget and Management: DBM)은 당해 연도 예산편성 이후 새로이 추진되는 사업에 활용할 수 있도록 미편성 예산총액 방식을 사용할 수 있도록 하였다.