육아기 근로시간단축제도 이용율이 매우 저조하여 실제 이용 가능성 증대를 위한 노력이 쉽지 않다. 이는 사업주의 거부가 가능한 현행 규정의 문제점이 제기된다. 사업 운영상 중대한 지장을 초래하는 경우에 거부가 가능한데 이 정의가 모호하고 1년 이내 범위라는 적용 기간이 협소하기 때문이다.
한편 육아휴직에 비해 육아기 근로시간단축제도 이용율은 매우 저조한 수준으로 나타난다. 특히 시행율이 상대적으로 높은 대기업에서도 이용율은 마찬가지로 동등하게 낮은 수준을 보여 실제 이용 가능성을 증대시키려는 노력이 쉽지 않음을 암시한다. 동 제도의 실효성 미비에 대해 육아휴직과는 달리 일정한 사유가 발생할 경우 사업주가 거부할 수 있는 현행 규정의 문제점이 지적된다(이데일리, 2014).「남녀고용과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」제19조의 2에 의하면, 대체인력 채용이 불가능하거나 정상적인 사업 운영에 중대한 지장을 초래할 경우 신청을 허용하지 않을 수 있다고 명시되어 있다. 그러나 사업 운영상 중대한 지장이라는 정의는 모호하다고 지적된다(이데일리, 2014). 또한 적용 기간은 현행 1년 이내 범위는 지나치게 협소하다고 판단된다. 앞서 분석한 바에 의하면, 0~1세아 한정된 휴직제도와는 달리 근로시간단축제도에 대한 수요는 0~5세에 걸쳐 있으므로 해당 기간은 육아휴직 기간과 별개로 운영하고, 휴직 기간보다 길게 활용될 수 있도록 지원 기간을 최소 2년으로 연장한다.