현재 청년공제의 공정성에 대한 이슈가 계속 제기되고 있다. 특히 기업의 신청거부로 인하여 청년취업자의 신청만으로 가능한 개인형 청년공제 도입에 대한 요구가 지속되고 있다. 이것은 청년공제의 성과제고에 관한 또다른 쟁점으로 볼 수있다.
그리고 효과성 이외에 형평성 또한 청년공제의 정책설계 및 성과평가에서 간과되어서는 안 된다. 물량부족, 미지원대상에 해당, 기업의 신청거부 등의 이유로 청년공제를 신청하지 못한 청년, 그리고 일부 기업들이 현재 동 사업의 공정성에 대해 문제제기하고 있음에 따라 현재 청년공제의 공정성에 대한 이슈는 계속해서 확장되고 있다고 볼 수 있다. 특히 지원대상에 해당됨에도 기업의 신청거부로 인해 청년공제에 가입하지 못한 청년들은 공정성에 대한 문제제기를 하며 청년취업자의 신청만으로 동 사업에 가입할 수 있는 개인형 청년공제의 도입을 요구하고 있다. 이는 정책구조를 대폭 변경하는 일이기에 쉽게 이루어질 것으로 보이지는 않지만, 기업의 신청거부 및 이직문제와 관련하여 개인형 청년공제 도입에 대한 요구는 지속될 것으로 보인다. 이에 개인형 청년공제 도입의 타당성 및 가능성 여부를 청년공제의 성과제고와 관련하여 또 다른 쟁점으로 볼 수 있다.