현재 2009 개정 교육과정에 따르면, 고등학교별로 자율성의 정도를 차등 분배하고 있어 일종의 특혜성 자율을 허용하는 것으로 비판받기도 한다. 따라서 자율성의 범위와 폭에 있어 학교 유형에 관계없이 공평하게 확대할 수 있는 방안을 마련해야 한다.
다음으로, 자율성의 형평성을 고려할 필요가 있다. 현재 2009 개정 교육과정에 따르면, 고등학교의 경우 유형에 따라 자율성의 정도를 차등 분배하고 있다. 앞서 국내사례에서 살펴본 바와 같이 고등학교의 유형별 필수이수단위를 서로 다르게 배분한 것이다. 정부는 자율학교로 지정되지 않은 일반고등학교는 필수이수단위인 116단위를 100% 모두 이수하도록 하고, 자율학교로 지정된 일반고등학교와 자율형 공립고등학교는 116단위의 약 62%인 72단위를, 자율형 사립고등학교는 116단위의 50%인 58단위를 이수하도록 규정하고 있다. 이와 같은 교육과정 자율성의 차별화는 일종의 ‘특혜성’ 자율을 허용해 주는 것으로 비판되기도 한다(김재춘, 2011: 59-60). 따라서 향후 2015 교육과정 개정에서는 학교가 바람직한 방향으로 교육과정 자율성을 실현할 수 있도록 하되, 그 자율성의 범위와 폭에 있어 학교 유형에 관계없이 공평하게 확대할 수 있는 방안을 마련할 필요가 있다.