소프트웨어의 사용과 관련한 제약요인들이 기업에 어려움을 더하고 있다. 해외 수주 인력을 파견할 경우 추가구매비용 증가, 신규 인력의 양성 및 고용을 해야 할 경우 교육용과 실전용 버전이 다른 문제, 엔지니어링 아웃소싱 수주 시 업체들의 소프트웨어 유지비용 부담의 증가 등이 있다.
더욱이, 해외수주 등으로 인해 인력을 파견할 경우, 국내에서 이미 사용 중이던 소프트웨어의 현지사용이 제한됨에 따라 수천만 원 상당의 소프트웨어에 대한 추가구매가 불가피한 사례도 수차례 발생하는 것으로 조사되었다. 이에 더해, 발주처인 각 완성차 업체가 호환이 제한된 상이한 소프트웨어를 사용함에 따라 복수 업체로부터 엔지니어링 아웃소싱 수주 시, 제조 엔지니어링업체들의 소프트웨어 유지비용 부담의 증가는 물론, 업무영역 확장 및 다변화의 저해요인이 되고 있다. 호환이 제한된 소프트웨어 사용이 인해 기존거래업체 이외의 타 완성차 업체 및 타 산업에 대한 엔지니어링 서비스제공에 대한 제약요인으로 작용하기 때문이다. 이러한 소프트웨어의 사용과 관련한 제약요인들은 신규인력의 양성 및 고용에 있어서도 부정적인 요소로 작용하고 있다. 대학 및 직업 훈련과정에서 사용하는 교육용 소프트웨어와 제조 엔지니어링업체에서 실제 사용하는 실전용 소프트웨어 버전이 상이함에 따라 현장실습을 통한 맞춤형 인력양성 및 채용이 곤란하게 되는 결과를 초래하고 있다.