조선시대는 중앙의 성균관과 연계된 향교를 함평을 포함한 지방에 설치하여 유교문화이념을 수용했다. 함평의 향교는 역사 속에서 여러차례 소실되었으며 현재 건물은 1967년에 세운 것이다. 
조선시대에는 유교문화이념을 수용하기 위해 중앙의 성균관과 연계시켜 지방에 향교를 세우게 된다. 전국의 각 군현에 1개소 이상의 향교를 설치하라는 명에 따라 함평에도 향교가 건립되었다. 함평에 세워진 최초의 국가 교육기관인 셈이다.
당초에는 현 함평읍 내교리 외대화에 자리 잡고 있었다. 하지만 이 향교는 정유재란 때 소실된다. 불타버린 함평향고는 1599년 초가로 다시 세워졌다. 하지만 자리도 불편하고 규모도 보잘 것 없었다. 1632년(인조 10년) 현 대동교 향고리에 대성전과 명륜당을 완공하여 향교의 규모를 갖추게 된다. 1816년에는 화재가 발생하여 대성전 일부와 명륜당이 불에 타 다시 중수하였고, 현재 건물은 1967년 세워진 것이다.