연구윤리 위반은 개인에게는 부도덕성과 위신추락을, 학문공동체에는시간과 자원의 낭비를 초래한다.  부정행위나 인권 침해로 얻어진 결과는 국가간의 갈등을, 해당국가 소속의 후속연구도 의심을 갖게한다.
서이종(2013)은 연구윤리 위반의 폐해와 부작용을 개인적, 학문공동체적, 그리고 국가적 차원으로 나누어 설명하고 있다. 개인적 차원에서 연구윤리 위반은 연구자 개인에게 부도덕한 사람이라 는 오명과 위신추락을 가져온다. 그 연구자가 속한 학문공동체는 불필요한 실험이나 조사를 반복해야하며 이는 시간 및 자원낭비를 초래한다. 이러한 위반사례가 반복되다보면 해당 학문공동체에 대한 사회적 평판은 부정적일 수밖에 없다. 마찬가지로 연구윤리 위반은 국가적인 차원에서도 커다란 손실을 가져올 수 있다. 부정행위나 인권침해로 얻어진 연구결과는 국가 간의 갈등을 불러올 수도 있으며 세계 학계는 해당 국가 소속의 다른 연구자들의 후속연구에도 의심의 눈초리를 보낼 수 있다.