특성화중학교는 대안교육을 위한 교과설치에 대한 지침이 존재하지 않아 불편을 겪기 때문에 이를 위한 별도의 규정이 마련되어야 한다.
그나마 특성화중학교의 경우에는 대안교육을 위한 교과를 설치할 만한 아무런 지침이나 근거가 없어 더 많은 곤란을 겪기도 한다. 이로 인하여 특성화중학교들은 의무교육에 따른 국가교육과정 외에 추가로 특성화 교과들을 편성하여 고등학교보다도 더 많은 수업시수를 가지기도 한다. 2015 개정 교육과정 이후 편성 원칙 중 20% 증감 규정을 활용하여 기존교과를 줄이고 특성화 교과를 편성하고 있지만, 그렇게 하여 확보할 수 있는 시수가 한계가 있다. 따라서 학교 설립 취지를 제대로 살리기 위해서는 특성화중학교의 교육과정 편성에 관해서도 별도의 규정이 마련되어야 할 것이다.