등록 검사제도가 통일되지 않고, 레저용 선박과 일반선박의 규정과 등록제도가 혼재되어 있다. 또 해외 중고선은 국내시장 성장을 저해하고, 그 등록과 폐선 처리 규정도 미흡하다.
이러한 기초 환경적 문제와 함께 등록 검사제도가 일원화되지 않아 등록 대수와 검사 대수가 일치하지 않는다. 또한 레저활동을 위한 선박의 등록과 운항, 사업허가, 중과세 이슈는 일반선박이나 상선관련 규정 및 등록제도와 혼재되어 관광활동을 목적으로 하는 레저선박의 특성을 반영하지 못하고 있다. 이와 더불어 해외 중고선의 무분별한 국내시장 유입은 국내 레저선박 제조시장과 관련 서비스시장 성장에 부정적인 영향을 미치고 있으며 수입된 중고 레저선박의 등록과 폐선 처리 규정 또한 미흡한 실정이다. 특히 레저선박의 미등록, 무등록의 문제가 매년 언론에 이슈화되고 안전사고에 대한 논의가 지속적으로 전개되고 있다.