특별교부세가 일자리 창출, 지역경제 활성화, 주민 삶의 질 향상 등 정책효과가 큰 사업에 중점 투입될 수 있도록 운영방향과 기준을 사전에 국무회의에 보고하는 것을 핵심으로 한다.
특별교부세는 배분기준이 명확하지 않고, 배분절차 및 과정도 불투명하다는 지적을 지속적으로 받아왔다. 배분사업 또한 현안 민원사업을 해결하기 위한 지자체장 의 쌈짓돈으로 사용되어 집행내역 공개가 미흡한 점도 문제점으로 지적된 바 있다. 그리하여 이를 반영하여, 2014년 특별교부세의 규모가 교부세 재원의 4%에서 3%로 축소되었고, 2015년부터는 특별교부세의 소관부처 이원화를 통하여 시책수요와 현안 수요는 행정자치부가, 재난관리수요는 국민안전처가 담당하도록 하였다. 즉, 특별교부세 운영의 효과성과 투명성을 높이기 위해 개편도 구체화하기로 한 것이다. 이는 특별교부세가 일자리 창출, 지역경제 활성화, 주민 삶의 질 향상 등 정책효과가 큰 사업에 중점 투입될 수 있도록 운영방향과 기준을 사전에 국무회의에 보고하는 것을 골자로 하고 있다.