양도소득은 과세 형평성 측면에서는 정당화될 수 있으나, 거주이전의 자유와 주거생활의 안정 침해의 문제가 있을 수 있어 정책 수단으로서는 논란의 여지가 있다. 또한  투기지역 지정제도와 세 감면의 방법 등, 대체 가능한 방안도 존재한다.
일반적으로 근로소득, 사업소득 등에 대해 과세가 이루어지고 있고 양도소득도 소득의 한 유형이기 때문에 과세 형평성 측면에서 양도소득에 대한 과세는 정당화될 수 있다. 하지만 양도소득세가 정책수단으로 활용되는 것이 바람직한 것인지에 대해서는 논란의 여지가 있다. 예컨대 양도소득세가 강화되면 부동산에 대한 투기수요뿐만 아니라 일반적인 실거래 수요가 위축될 수 있기 때문이다. 즉, 양도소득세 강화로 인해 거주이전의 자유가 침해되고 주거생활의 안정성이 위협받을 수 있다. 따라서 투기수요를 타깃(target)으로 할 수 있는 제도적장치를 마련하고 주거이전의 자유와 주거생활의 안정을 보장하는 방향으로 양도소득세가 설계되어야 한다. 우리나라는 투기지역 지정제도가 도입되어 운영되고 있기 때문에 동 제도의 실효성을 높일 수만 있다면 양도소득세제를 정책수단으로 사용하지 않더라도 충분히 투기수요를 억제할 수 있다. 또한 거주이전의 자유 및 주거생활의 안정을 보장한다는 관점에서 거주 주택을 양도하여 자본이득이 발생한 경우에는 양도소득세를 감면해주는 것이 타당하다. 우리나라는 이러한 도입취지를 가지고 1세대 1주택자 중 9억원 미만 주택에 대한 양도차익에 대해서는 양도소득세가 전혀 부과되지 않는다.