부서장 결재 후 감사의뢰는 상급자로 제기된 문제가 묵살될 수 있어서 의견 제시 할 수 있는 창구가 필요하고, 문제 제기자의 신분보장과 인센티브 지급도 고려해야 한다. 조직의 인식 전환이 필요하고 내부자 제보 활성화에 공감대 형성이 되야 한다.
둘째, 자발적 클리닉감사의 경우 내부고발제도의 형태로 인식되어 자칫 조직 내 불이익을 받을 수 있다는 우려와 걱정으로 감사의뢰를 주저하는 경우가 많다. 또한 감사의 긍정적 측면에 대한 홍보 부족으로 클리닉감사제도에 대해 모르는 부서들이 많아 감사실적이 저조하다. 따라서 자발적 클리닉감사의 긍정적인 감사취지에 대해 주기적(예를 들면 매 분기별 공문 발송 및 청 게시판 게재 등)으로 홍보할 필요가 있다. 현재 감사대상부서에서 감사의뢰시 부서장 결재를 거친 후 감사의뢰를 하는 방식은 자칫 상급자의 지시로 제기된 문제가 묵살될 우려가 있다. 이를 해결하기 위해 자유롭게 의견을 제시할 수 있는 창구가 필요하다. 문제를 제기한 자에 대한 신분이 보장되어야 한다. 또한 인센티브 지급방안도 고려해볼 가치가 있다. 조직 전체의 인식의 전환이 필요한 분야로 내부자 제보 활성화에 대한 공감대 형성이 선행되어야 할 것이다