최근 간접차별이나 제도적·구조적 차별의 중요성이 부각되지만 차별의 증거가 직접적이거나 보이지 않아서 사건 처리가 지연되는 경우가 많다. 이에 정교한 차별판단 기준 성립과 조사역량 강화가 필요하다.
이러한 성과에도 불구하고 많은 차별 진정사건이 신속하게 처리되지 못하고 있는 문제점도 나타났다. 위원회의 조직과 인력 등 전반적 조사 여건이 우리사회의 차별 시정에 대한 요구와 기대에 충분히 부응하지 못하는 측면이 있다. 또한 최근에는 겉으로는 드러나지 않는 간접차별이나 제도적·구조적 차별 문제의 중요성이 커지고 있는데 이는 직접적·명시적 차별에 비하여 조사와 판단이 더 어려운 특성을 띠기 때문에 결과적으로 사건 처리가 지연되는 문제가 있다. 위원회의 조사 여건에 대한 개선이 요구되는 한편, 더욱 적실성 있고 정교한 차별판단 기준을 정립하고 기존 조직·인력의 조사 역량을 강화함으로써 차별행위의 조사·구제를 좀 더 효과적으로 수행해 나가는 것이 필요하다.