남북 경제 협력이 계속되던 1996년 9월 강릉시에 북한 잠수함이 좌최되어 북한군 24명  및 남한 17명의 인명피해가 발생했다. 1998년 6월에 동해안으로 북한의 잠수함이 예인되었으나 9구의 시신이 발견되었다.
게다가 같은 해 1996년 9월 18일에 강릉시 해안가에 북한의 소형 잠수함이 좌초되어 발견되는 사건이 발생했다. 군경과 예비군이 소탕 작전에 돌입하였고, 이후 사살당한 것으로 추정되는 11명의 사체 를 발견하였다. 도주한 북한군을 추적하여 13명을 교전 끝에 사살하였으나 남한 측에서도 군인 11명, 경찰·예비군 2명, 민간인 4명이 피살되는 인명 피해를 당했다. 또한 1998년 6월 22일에 강원도 속초시 영해에서 북한의 유고급 잠수정 1척이 표류하다 해군 함정에 의해 6 월 23일 새벽 동해안으로 예인됐다. 이 잠수정에서는 승조원과 공작 원 등으로 추정되는 9구의 시신이 자폭한 채 발견됐다. 당시 1996년 의 강릉 잠수함 사건 때도 제네바 합의에 따라 대북 경수로 건설사업 등 남북 간의 경제 협력은 계속되던 상황이었다.