대통령제의 협치는 일반적인 의미의 협치, 의회제의 협치와는 다른 의미로 이해져야 한다. 의회제에서는 입법권을 행사하는 의회와 행정권을 가진 내각이 언제나 일치한다. 따라서 내각이 의회에 제출한 법률안은 대부분 큰 수정없이 통과된다. 의회제는 권력융합의 체제로 만약 의회제의 의회가 행정부가 제출한 법률안이 마음에 들지 않는다면  그 법률안을 제출한 행정부(내각)를 교체하면 될 뿐이다.
그러나 대통령제의 협치는 일반적인 의미에서의 협치, 의회제의 협치와는 조금은 다른 의미로 이해 되어져야할 것이다. 의회제에서는 의회의 과반수 이상을 차지하는 정당 혹은 연합이 언제 어느 때라도 행정권을 장악하고 있는 내각을 해임할수 있기 때문에, 입법권을 행사하는 의회를 통제하는 정당 혹은 정당 연합과 행정권을 장악한 내각을 통제하는 집단이 언제나 일치하게 된다. 설혹 선거의 결과에 의해 의회 과반수 정당이 교체되는 방식으로 일시적으로 이것이 일치하지 않는 순간이 생길지라도 이러한 불일치는 곧 교정되게 된다. 그러하기에 의회제를 권력융합(fusion of powers)의 체제라고 할 수 있는 것이다. 이렇게 행정권과 입법권이 일치하기에, 내각이 의회에 제출하는 법률안은 대부분 큰 수정없이 통과되게 된다. 간혹 의회제의 단점으로 의회가 행정부가 제출한 법률안에 대하여 단지 승인하는 역할만을 하는 거수기의 역할로 전락하게 된다는 것을 지적하는 의견도 있지만, 이러한 지적은 의회제에서 작동하는 권력융합의 현상을 간과하는 것이라고할 수 있다. 즉, 의회제의 의회가 내각이 제출한 법안을 큰 반대와 수정없이 통과시키는 것은 그것에 반대 혹은 수정없이 통과시킬 필요가 없기 때문이지, 못하는것이 아니라는 것이다. 만약 의회제의 의회가 행정부가 제출한 법률안이 마음에 들지 않는다면, 아예 그러한 법률안을 제출하는 행정부(내각)를 교체하면 될 뿐이다. 의회제의 의회는 그러한 힘을 항상적으로 보유하고 있다.