자유 학기 활동을 '편제'에 제시하면 자유 학기 운영의 근거가 더 명확해질 수 있지만 몇 가지 문제가 있다. '편제'에 자유 학기 활동을 넣으면 활동 시간수를 기재해야 하는데, 이때 기본 교육 과정에 혼선은 물론 '총 수업 시간 수'를 산정하는 데 어려움이 생긴다. 또한 자유 학기 활동이 교과나 창의적 체험 활동과 완전히 다른 것이라고 할 수 있는지 고민해야 한다.
[3안]은 자유학기 기간에 ‘자유학기 활동’을 편성한다는 것을 ‘편제’에 제시하는 것이다. 이렇게 하게 되면 국가 교육과정 문서에 자유학기를 운영하는 근거를 보다 확실하게 밝혀두는 측면이 있다. 다만 이러한 사항을 ‘편제’에 제시하고자 할 때 다음의 문제가 발생할 수 있기 때문에 충분한 검토 위에 반영되어야 할 것으로 본다. 첫째, ‘편제’에 ‘자유학기 활동을 추가로 편성한다’고 하면 ‘시간 배당 기준표’에도 시간수를 제시해야 한다. 그런데 ‘편제’와 ‘시간 배당 기준표’는 기본적으로 전 학년의 표준을 나타나내는 것이기 때문에 이러한 기본적인 국가 교육과정 성격에 혼란을 줄 수 있는 문제가 야기된다. 또한 자유학기 활동 시간은 교과 시수 등을 감축하여 활용해야 하기 때문에 ‘시간 배당 기준표’에 제시되면 ‘총 수업시간 수’ 산정에 문제가 생기게 된다. 둘째, ‘편제’가 교과, 창의적 체험활동, 자유학기 활동으로 제시되게 되는데, 자유학기 활동이 교과와 창의적 체험활동과 완전히 배타적이라고 할 수 있는 것인가 하는 문제를 검토해 보아야 한다. 예컨대 자유학기 활동에 제시되어 있는 ‘진로탐색 활동’과 ‘동아리 활동’과 창의적 체험활동의 ‘진로 활동’과 ‘동아리 활동’이 편제상에 다른것으로 제시되게 되어 그 관계에 혼란을 줄 수도 있다. 따라서 [3안]의 경우 적어도 이러한 문제에 대한 충분한 검토 위에 고려될 필요가 있다고 본다.