시스템 다이내믹스를 이용한 특허출원에 대한 통계학적 방법론은 여러 미흡한 점들이 보인다. 양적으로 설명하거나 예측을 하지 않았고, 연구개발투자에 영향을 미치는 경제상황 변수를 고려하지 않았다. 또한 특허소송이 잔존하는 특허의 수에 영향을 받는 것을 간과하고 있다. 또한 이 연구 모형은 갱신률과 그로 인한 잔존특허 변화와 내외국인 특허 출원을 분리하지 않는 문제점들이 있다.
특허출원에 대해서는 통계학적인 방법론을 통해서는 많은 연구가 이루어져 왔으나 시스템 다이내믹스를 통한 연구는 드물다. 예외적으로 Derwisch and Kopainsky(2010)은 시스템다이내믹스를 이용하여 특허출원, 특허위반, 특허소송 간의 순환적인 인과관계가 있음을 주장하고 특허권보호의 정도가 다른 변수에 어떠한 영향을 미치는지 분석하였다. 하지만 이 연구는 질적인 분석에 그쳐서 실제 특허관련 변수들을 양적으로 설명하거나 예측하지는 않았다. 모형이 연구개발투자가 특허의 보호 정도에만 영향을 받는다고 가정하고 있는데 실제연구개발투자는 특허보호 정도보다 GDP 등 경제상황에 관련된 변수가 더 큰 영향을 준다고 볼 수 있다. 이렇게 다른 요인들을 고려하지 않았기 때문에 실제 특허시스템의 행태를 설명하는 데에는 미흡할 수밖에 없다. 또한 특허소송이 전기 특허 등록의 영향을 받는다고 가정을 하였는데 실제 특허소송은 전기 특허 등록보다는 현재 잔존하고 있는 특허의 수의 영향을 받는다고 보는 것이 타당할 것이다. 이러한 측면을 놓친 것은 갱신률과 그로 인한 잔존특허의 변화를 모형 안에 포함하고 있지 않기 때문이다. 마지막으로 이 연구는 내외국인 특허 출원을 분리하지 않고 같은 요소들의 영향을 받는다고 가정하고 있다. 외국인의 연구개발투자는 국내 특허 요인보다는 다른 요인에 훨씬 더 많은 영향을 받을 것이므로 특히한국과 같은 소규모 개방경제에서는 이 같은 가정이 심각한 문제가 된다.