평가제도 수행주체는 국무조정실, 기획재정부 같은 분야별 총괄관련기관이다. 이들이 수행주체가 됐을 때의 장점은 업무에 관한 책임성 강화가 있으나 단점은 기관 전체의 효율성 저하와 평가 실효성 저해도 있다.
셋째, 평가제도의 또 다른 수행주체는 정부업무평가기본법 시행령 제8조에 규정된 국무조정실, 기획재정부, 행정자치부 등 영역별 총괄관련기관이다(정부업무평가기본법 시행령, 대통령령 제27366호, 2016.7.19. 일부개정, 국가법령정보센터(www.law.go.kr), 검색일: 2016-09-10). 이들은 주요정책자체평가, 재정사업평가 등 영역별 평가 업무를 담당하는데, 현행 우리나라 평가제도의 구조적인 측면에서 가장 쟁점이 되는 부분일 것이다. 한편으로는 여러 평가수행주체가 각각의 평가 업무를 총괄할 경우 평가가 포괄하는 업무 범위가 확대되어 책임성을 확보할 수 있는 영역이 넓어지는 것으로 이해할 수 있으나, 다른 한편으로는 기관이 보유한 자원을 개별 평가업무에 중복 투입함으로써 기관 전체의 효율성을 저하시킬 우려도 제기된다. 이와 관련하여, 조문석･이정욱(2016, p. 80)은 다양한 부처에서 여러 종류의 평가 업무를 분절적으로 수행함으로 인해 평가제도의 일관성이 낮아져 평가의 실효성을 저해할 가능성을 제기하고 있다.