한반도역외가공지역위원회 방식 채택하여 생기는 문제점들이 있다. 대북제재로 인한 역외가공지역 인정 부담, 비핵화에 영향을 미치는 요소들과 FTA와 연계의 해석충돌가능성 등이 있다. 개성공단이 역외가공지역으로 인정 받으면 수출의 용이성이 생긴다고 하나, 핵심적인 내용에 대한 결정이 이뤄지지 않았다. 또 거대경제권을 대상으로한 FTA에서 불리하게 작용할 수 있다는 점과 부정적 선례를 남길 수 있다는 점이다.
셋째, 위원회방식을 채택함으로써 발생하는 문제점이다. 한․EU FTA, 한․미 FTA, 한․터키 상품무역협정의 경우 앞서 살펴본 바와 같이 한반도역외가공지역위원회 방식을 채택하고 있다. 그러나 현실적으로 미국을 중심으로 한 국제사회가 대북제재를 지속하고 있는 상황에서 이들 국가들이 선뜻 개성공단을 역외가공지역으로 인정하는 것도 부담스러운 일일 것이기 때문에 한국의 입장에서 한반도역외가공위원회에서 이들을 설득하는 협상이 어려움에 봉착할 것은 충분히 예상가능한 일이다. 특히 한․미 FTA에서와 같이 한반도 비핵화를 향한 진전 및 남북관계에 미치는 영향 등의 정치․안보 상황이나 노동기준 및 관행, 임금관행과 영업 및 경영관행 등을 을 역외가공지역 선정과 연계한 것은 향후 전제조건의 성부에 관한 당사국 간 해석의 충돌가능성을 여전히 남겨두고 있을 뿐만 아니라, 개성공단사업의 활성화를 비롯하여 향후 한국의 안정적 FTA 운영과 체결을 위해서도 개성공단의 지위가 정치․안보 상황 등 외부요인에 의해 영향받는 것은 결코 바람직한 모습은 아니다. 한국 정부는 한반도역외가공지역위원회에 의해 역외가공지역의 지정을 받으면 그 지역에서 생산된 물품에 대하여 곧바로 원산지 인정을 받아 미국, EU로의 수출이 가능하며, 또한 역외가공지역이 개성공단 이외의 남북경협지역으로 확대될 수 있는 중요한 토대를 마련했다는 장밋 빛 설명을 하고 있으나, 여전히 역외가공지역에 관한 핵심적인 내용에 대한 결정의 시기를 뒤로 미루어 놓고 있다는 비판에서 자유로울 수는 없다. 위원회방식에 대한 또 다른 문제점으로는 위원회 방식의 특례규정을 인정한 FTA가 미국․EU 등 거대경제권을 대상으로 한다는 점에서 FTA로 인한 기대효과를 반감시킴은 물론 향후 중국, 일본 등 거대경제권을 대상으로 하는 FTA에서 부정적인 선례가 될 수 있다는 점을 지적할 수 있다.