배출권거래제 하에서 정부는 기업들에게 배출허용량을 부여하고, 기업은 그 한도 내에서만 온실가스를 배출할 수 있다. 이때, 각 기업의 온실가스 감축 능력의 차이로 배출권 거래가 발생한다.
배출권거래제 하에서 정부는 배출권거래제 대상 경제 주체들에 배출허용총량(cap)을 부여하고, 대상 주체들은 정해진 배출허용량 내에서만 온실가스를 배출할 수 있다. 이때 효율적으로 온실가스를 감축할 수 있는 기업들과 비효율적인 기업들의 감축비용이 차이가 나기 때문에기업들 사이의 배출권 거래(trade)가 발생하게 된다. 감축비용이 낮은 기업들은 추가적으로 온실가스를 감축하여 잉여 배출권을 감축이 필요한 기업들에 판매할 수 있으며, 이를 통해 추가 수익을 얻을 수 있다. 반대로 감축비용이 높은 기업들은 스스로 감축하는 것에 비해 배출권을 구입하는 편이 비용 부담이 적기 때문에 배출권을 구입하여 비용을 절감할 수 있다.