EU는 탄소배출권거래제에 대해 국제적 합의 없이 제 3국의 하늘에서 배출한 탄소도 규제하기 때문에 외국항공사에게 차별 문제를 불러온다. 하지만 EU는 국제관습법 및 항공자유화협정 관련 규칙으로 적법하다 판단 내렸다.
국제항공에 대한 탄소배출권거래제에 대한 합의가 없는 상황에서 EU가 국제항공을 일방적으로 ETS에 편입시킨 지침(2008/101/EC)은 외국항공기가 EU 역외지역, 공해 상공 또는 제3국의 영공에서 배출한 탄소도 규제하기 때문에 EU법의역외적용 문제와 외국항공사에 대한 차별문제를 야기 시킨다. 거점공항이 EU와 멀리 떨어진 외국항공사의 경우 비행에 따른 총 탄소배출량이 많기 때문에 유상으로 구매해야 하는 배출권의 양이 그만큼 증가하게 되어 비용 상의 불이익이 발생할 수 있기 때문이다. 그러나 ECJ는 2011년 12월 21일, 동 지침의 유효성에 관하여, EU ETS에 항공을 포함시킨 지침은 국제관습법 (영공에 대한 주권원칙, 공해에 대한 주권주장에 대한 불법성, 공해에서의 비행 자유의 원칙)과 항공자유화협정 관련 규정에 따라 적법하다는 선결적 결정을 내렸다.