자유학기제를 시작할 당시에는 이에 대한 우려와 걱정이 많았지만, 2016년 이후 전면 시행을 앞두고 있을 만큼 긍정적인 평가가 증가했다. 자유학기제는 학생 및 교사 모두에게 행복감과 보람을 느끼게 해주고 있다고 평가 받고 있다.
자유학기제, 2013년 전국 42교의 연구학교로 시작할 당시에는 걱정이 반 기대가 반이었다. 2014년에는 연구학교와 희망학교가 811교(25.6%)에 달했고, 2015년에는 50% 이상의 중학교가 자유학기제를 도입할 것으로 예측되며, 2016년에는 전면시행을 앞두고 있다. 이러한 학교 현장의 변화는 걱정이 반보다 적어졌음을 말해준다. 자유학기제 도입으로 학교는 기분 좋은 변화의 바람을 타고 있다. 이러한 변화는 시간표와 자율과정 운영과 같은 표면적인 변화는 물론 학교 교육과정이나 수업을 바꾸는 현장 중심의 교육개혁으로 평가된다. 자유학기제의 구체적인 성과는 학생의 학교생활 만족도와 학업 흥미도가 높아진 점이며 이는 학생의 행복감을 높이는 결과로 이어졌다. 이러한 학생의 변화에 대해 대부분의 교사는 큰 보람을 느끼고 있으며 실질적인 교수학습 개선을 위해 노력하고 있다.