인권영향평가 목적은 정부나 자치단체의 법령과 정책사업이 국민 인권을 침해하는지를 평가해 긍정적 영향을 최대화해 인권행정의 질적 수준을 높이고,인권보호를 하는 것이다.
인권영향평가의 목적은 정부나 자치단체의 법령과 정책 및 사업이 국민의 인권을 침해할 가능성이 있는지 여부를 사전에 평가하여 부정적 영향을 방지하고 긍정적 영향을 최대화하기 위해 인권영향평가제도를 도입하여 행정행위의 시행착오에 따른 인권침해의 논란과 사회적 분쟁을 사전에 예방하여 국민의 기본권을 보호하고자 하는 것이다. 즉, 인권영향평가제도는 어떤 정책이 수립 및 집행되었을 때 시민들의 인권 전반에 어떠한 영향을 미칠 것인가를 미래 예측하여 기술하기 때문에 인권행정의 질적 수준을 높이고, 궁극적으로 인권보호와 증진에 실질적 효과를 가져다 줄 수 있다.