의료분야 세션에서는 양국 간 협력 추진 방향을 세 단계로 나눠 병원 설립 및 의료진 교육, 의료시스템 협력, 양국의 상생발전을 기조로 하는 협력을 제시하였다. 인도네시아 의료분야는 발전전략 수립과 효율적인 추진을 요한다는 의견에 동의하는 한편 국민건강보장제도의 성공적 추진이 강조되며 이를 위해 정부 지원의 필요성에 공감하였다.
의료분야 세션에서는 3단계로 구분하여 양국간 협력 추진방향을 제시하였다. 제시된 단계별 협력은 병원 설립 및 개선, 인도네시아 의료진에 대한 교육 확대 등을 포함하는 1단계 협력과 인도네시아의 특성과 의료현실을 고려한 병원선, 원격진료, 원격 의료영상 분석, 의료 클라우드와 의료장비 정비훈련 시스템지원 분야에서의 협력을 포함하는 2단계 협력, 그리고 의료서비스 시스템 공동운영을 통한 양국의 상생발전을 기본 내용으로하는 3단계 협력으로 구성된다. 또한, 고소득층의 경우 인접국인 싱가포르로 의료서비스를 받기위한 외국 여행이 일상화되어 있고, 저소득층의 경우 비용 및 의료서비스 부족으로 인하여 적절한 의료서비스를 공급받지 못하는 인도네시아 의료분야의 문제점은 의료산업 및 의료서비스 분야의 발전 전략 수립과 효율적인 추진을 필요로 한다는 점에 공감하였다. 특히, 저소득층의 의료서비스 접근성 확대를 위해 최근 인도네시아에서 도입한 국민건강보장제도의 성공적인 추진의 필요성이 강조되었다. 이를 위해 의료보험 대상인구, 급여 범위, 직접부담을 위한 적절한 체계의 도입이 중요하며, 민간 재정에 의존할 경우 나타날 수 있는 혜택의 소득 계층 간 역진성 문제를 방지하기 위한 정부 지원의 필요성에 공감하였다.