통일준비위원회의 위원장이 대통령이기 때문에 통일준비위원회의 책무는 주권자인 국민에게 있으며 국민의 권익을 보호하는 것을 최우선적이다. 이같은 국민에 대한 책무가 통일준비위원회의 투명성을 높여야 한다.
통일준비위원회가 누구에게 책무가 있는가라는 것도 문제로 제기되었다. 통일준비위원회의 위원장이 대통령이기 때문에 통일준비위원회의 책무는 주권자인 국민에게 있으며 국민의 권익을 보호하는 것을 최우선적으로 고려해야 한다. 특히 통일준비위원회가 국민에게 책무가 있다면 통일준비위원회의 사업 진행 및 성과, 재정의 투명성을 높일 수 있어야 했다. 2014년 사업에 대한 국회의 감사를 거쳐 이러한 부분들이 상당 부분 개선되었지만, 여전히 통일준비위원회가 국민들에게 책무를 가지고 있었다기보다 대통령의 리더십에 따라 많은 영향을 받았다. 결국 130억 원이 넘게 투입된 통일준비위원회가 대통령 탄핵과 새 정부의 국정철학과 맞지 않아 폐지되게 되는 것은 대통령 중심의 위원회가 가지는 한계를 잘 보여준다.