온라인 국제교류 협력학습 참여 학교들은 국제교류 프로그램으로 미국, 호주의 학생과 파트너를 맺었다. 교사들은 프로그램 없이 협력학습이 가능한 외국 학교 찾기가 어려워 교육부, 시･도교육청에서 외국학교에 대한 정보 제공 등을 원했다. 하지만 파트너 간 일대일 교류 제한, 상대방 학생들의 참여가 저조한 문제가 있었다.
온라인 국제교류 협력학습에 참여한 학교들은 해외의 국제교류 프로그램을 통해 미국 또는 호주의 학생들과 파트너를 맺었다. 국제교류 프로그램은 국내의 학교와 미국 또는 호주의 학교 연결, 학사일정 조정, 교사들 간의 의사소통 중재, 학습활동 주제 제안 등의 역할을 수행하였다. 호주의 학교를 담당하는 국제교류 프로그램은 학급 대 학급의 교류가 이루어질 수 있도록 파트너를 연결해 주었으며, 미국의 국제교류 프로그램은 미국 학생 1명과 2, 3명의 우리나라 학생을 한 모둠으로 구성할 수 있도록 파트너를 맺어 주었다. 교사들은 국제교류 프로그램을 활용하지 않고는 온라인 국제교류 협력학습을 할 수 있는 외국 학교에 대한 정보를 얻고 상대국 학교 선정하는 것은 현실적으로 어렵다고 보았다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 교육부나 시･도교육청에서 파트너를 맺을 수 있는 외국 학교에 대한 정보를 제공해주는 등 온라인 국제교류 협력학습을 지원해 주기를 기대하고 있었다. 또한 국제교류 프로그램을 통해 상대국 학교와 파트너를 맺었다 하더라도 상대 학교와의 학년, 인원 수 등이 맞지 않아 같은 또래의 파트너와 1:1 교류를 할 수 없었던 점과 외국학교 학생들의 참여도가 한국 학생들에 비해 높지 않았다는 아쉬움이 있었다.