자유학기제의 성공적 운영을 위해서는 준비 단계에서부터 사전 준비를 철저히 하고 교사들 간의 합의 과정을 통해 교육과정의 시수 조절을 해야한다.
자유학기제가 성공적으로 운영되기 위해서는 기본적으로 자유학기 에 대한 교육과정 시수를 사전에 조절하도록 계획하여야 한다. 그런데 교육과정의 시수 조절은 학교 내에서 교과목 담당교사들 간에 민감한 사항이기 때문에 이를 원만히 해결하는 것이 첫 번째 관문이다. 진로 탐색 중심의 자유학기제를 성공적으로 운영하고 있는 연구학교들의 경우, 준비단계에서 전체적인 교육과정 계획을 하면서 자유학기제에 참여하는 모든 교사들의 참여하에 충분한 논의와 합의 과정을 거쳐 공통과정의 기본교과 시수를 감축하고 자율과정을 운영하였다. 즉, 준 비단계에서부터 철저한 사전 준비와 교사들 간의 조율이 요구된다.