교과교실제는 교실은 학습과 관련된 공간처럼 꾸며 학생들에게 생생하게 공부를 가르칠 수 있는 제도이다. 이것이 정착됨에 따라 학생들은 단순히 지식을 전달하는 수업에서 벗어나 활동 중심의 능동적인 학습을 할 수 있게 되었다. 
다행히도 이제 교과교실제가 새롭게 자리를 잡아가면서 학습자가 살아 움직이는 활동중심의 수업이 점점 나타나고 있다. 정부에서도 적극적으로 지원하고 있다. 그러나 초기에는 단순이동수업과 같은 모습을 보였다. 교실만 바꿀 뿐 과거와 같은 방식으로 암기식, 지식전달식 교육을 한다면 이것을 교과교실제라고 하기는 어렵다. 탐구활동과 발견학습이 가능한 수업상황을 만들기 위해서는 교과별 특성에 맞는 교실환경, 그리고 그 속에서의 활동, 그리고 그러한 활동을 하고 싶어 하는 학생의 마음, 즉 학생의 관심에 의한 선택이 중요하다. 이것이 바로 교과교실제의 세 가지 핵심요소이다. 첫째로, 교실 명패만 바꿀 것이 아니라 교과교실 내·외부를 실제 교과와 관련된 상황처럼 꾸며야 한다. 그 교실에 들어가는 순간 학생이 그 학문세계 혹은 특정한 사회상황 안으로 빨려 들어가는 느낌이 들도록 만들어야 한다. 둘째로, 교과교실 안에서 실제로 학생이 움직이는 자기주도적 활동중심수업을 해야 한다. 교과교실에서도 교사가 주도한다면 일반교실과 다를 게 없다. 셋째로, 학생이 열의를 갖고 활동을 하게 하려면 먼저 학생이 그 교과에 관심을 갖고 있어야 할 것이다. 따라서 학생이 관심을 가진 과목을 선택하여 수업을 들을 수 있도록 해야 한다. 물론 소수학생이 선택한 수업을 운영하기는 현실적으로 어려울 수 있다. 교육부에서는 예컨대 일반고 교육역량 강화사업과 같은 다양한 재정지원사업을 펼치고 있다. 이러한 지원금을 이용하여 강사를 활용한 수업을 전개하는 등 학교특성별로 대안을 찾아야 한다.