보건 의료 분야도 남북한의 격차가 매우 크다. 국민건강보험을 기반으로 남한이 양질의 의료 서비스를 제공하는 것과는 대조적으로, 북한은 의료시설 및 장비의 노후화와 의약품 부족 등으로 실질적인 의료 서비스 제공이 어려워 의료체계가 거의 붕괴되었다고 볼 수 있다.
보건 의료 분야도 예외는 아니어서 분단 초기에 비해 현재는 그 격차가 매우 벌어져 있다. 국민건강보험을 기반으로 하는 사회보험체계를 가진 남한이 양질의 의료 서비스를 제공하는 것과는 대조적으로, 표면상으로는 전 국민 무상의료를 시행하고 있는 북한의 경우는 의료시설 및 장비의 노후화와 의약품 부족 등으로 실질적인 의료 서비스 제공 자체가 어려워 의료체계가 거의 붕괴되었다고 해도 과언은 아닐 정도이다(이삼 식, 2007). 특히 1990년대의 자연재해와 경제난은 보건 분야의 지표에도 악영향을 미쳐 왔다(McCurry, 1997). 1990년에 남자 61.8세, 여자 66.8세이었던 북한의 평균수명은 1998년에는 남자 59.5세, 여자 66.4세로 평균수명이 감소하였다(통계청, 1995, 2014). 이후 북한의 평균수명이 회복되었음에도 불구하고 지난 1980년에 1세 정도의 차이에 불과하였던 남북한 평균수명의 차이는 2000년에 남자 12세, 여자 11세의 차이를 보였으며, 현재까지 그 격차가 줄어들지 않고 있다(조경숙, 2016).