조기상환율 변화와 지급보증리스크를 살펴보면, 공사는 보금자리론 차입자의 조기상환율, 원리금 미회수율의 리스크 파라미터를 기초로 MBS 만기별 발행금액을 결정함을 알 수 있다. 조기상환율이 예측보다 적다면 MBS 원금이 부족해지고, 조기상환이 예측보다 많을땐 시장금리에 따라 여유 자금 운용 과정에서 공사의 리스크가 발생하기도 한다.
조기상환율의 변화에 따른 지급보증리스크를 좀 더 자세히 살펴보면 다음과 같다. 공사는 MBS의 만기별 원금과 발행금리를 설계할 때 기초자산으로부터 현금흐름이 언제 발생할 것인지를 예측한다. 만약 보금자리론 차입자가 약정된 대로 원리금을 납입한다면 이러한 예측은 필요가 없다. 그렇지만 현실적으로 보금자리론 차입자는 약정된 원리금 납입일보다 미리 원리금을 상환(조기상환)할 수도 있으며 또는 지체할 수도 있다. 공사는 이러한 경우에 대비하여 조기상환율, 원리금 미회수율 등의 리스크 파라미터에 대한 일정한 가정을 세우고 있고, 이에 기초하여 MBS의 만기별 발행금액을 결정하고 있다. 만약 조기상환율이 가정치보다 낮다면 투자자에게 지급할 MBS 원금이 부족해지고, 이 부족한 금액만큼은 공사가 신탁을 대신하여 지급해야 한다. 반대로 조기상환이 애초에 가정한 것보다 많다면 공사는 MBS 투자자에게 이자를 지급하고도 남는 금액, 즉 여유자금 문제에 발생하게 된다. 그렇다면 여유자금을 많이 확보하는 것이 좋은 것일까. 만약 이 여유자금을 운용하여 차기의 MBS 이자를 지불하고도 남을 만큼 시중금리가 충분히 높다면 아무런 리스크가 발생하지 않지만, 반대로 시중금리가 매우 낮아 여유자금 운용수익이 원래의 보금자리론 금리에 미치지 못한다면 MBS 원본 및 예정배당수익을 신탁의 부담으로 상환하지 못할 가능성이 크고, 이에 따라 공사가 대신 지급을 할 리스크가 커지게 된다.