물류산업분야에서는 신설 기금에 대한 정부의 재정을 확보하기 어려워 산업 자체의 부담이 커진다. 산업 자체에서는 부담자와 수익자의 불일치, 다양한 변수들의 존재 여러 문제들로 시행의 어려움을 겪게 된다. 이를 위해 이해 주체모두가 부담, 특정 역할을 지정하는 것들이 필요하다. 
넷째, 물류산업분야에서 기금 조성 시 자체 조달 부분(부담금)을 어떻게 확보하느냐가 관건으로 작용할 것으로 보여 이에 대한 대안이 마련되어야 한다. 현행 국가재정법에서는 기금 신설 조건의 하나로 ‘중‧장기적으로 안정적 재원 확보’를 명시하고 있다. 물류산업과 같이 민간기업 영위 시장에서 신설 기금에 대해 정부의 전입금이나 출연금을 확보하기는 어렵다. 결국 산업 자체 부담금의 원활한 조성이 기금 신설 여부를 좌우할 것으로 예상된다. 그러나 물류산업에 있어 자체 부담금 조성은 업종, 서비스 형태, 시장 주체 간 이해관계 등의 변수가 있어 만만치 않다. 부담자와 수익자를 일치시키는 것이 바람직하나 물류산업의 복잡한 시장구조와 이해관계 구조로 부담자-수익자 간의 많은 조합이 이루어질 수밖에 없어 실제 시행할 수 있을지 불분명하다. 따라서 부분적으로 지원 대상별로 특정 목적 사업을 설정하고 그에 대응하는 부담자를 설정하는 것도 이루어져야 하나, 결국 산업 전체 이해주체가 분담하는 방식도 병행하여 고려해야 할 것으로 보인다.