중학생들이 학교운영 의사결정과정에 참가하는것은 시기상조라는 지적이 있을수 있지만 학생들의 생각과 판단이 의사결정에 영향을 줄 수있게 여러 방법을 모색할 수 있다. 
고등학교 수준보다 낮은 중학교 단계의 학생들의 미숙함을 들어 학교운영의 의사결정과정에 참여시키는 것이 이르다는 지적이 있을 수 있다. 그러나 여러 대안학교에서 학생들은 교육과정이나 대안학교의 운영에 직접 참여하는 경우가 많다. 그래서 대안학교와 달리 정해진 공통교육과정을 운영하여야 하는 학교에서 학생들의 자의적인 판단을 우려하는 시각이 있을 수 있다. 직접적으로 최종적인 의사결정의 장에 참여하는 것이 어렵다고 하더라도 학생의 상황을 고려하거나, 학생들의 생각과 판단이 의사결정에 반영될 수 있도록 하는 다양한 방법을 강구할 수는 있을 것이다.