대다수의 비인가 대안학교들은 학부모들이 조금씩 돈을 걷어 시작된 곳들이기에 시설환경이 낙후되었다. 현장은 작고 교육용 기자재는 많지 않다. 
마지막으로, 비인가 대안학교들의 열악한 시설 환경의 문제를 지적하지 않을 수 없다. 대부분의 비인가 대안학교들은 유력한 후원자 없이 학부모들이 십시일반으로 갹출하여 터전을 임대하면서 시작된 곳들이다. 그 가운에 일부 학교들은 거액의 빚을 내어 대지를 사고 건물을 지었지만 대부분은 초기의 상황을 그대로 이어가고 있다. 그러다보니 대부분의 현장들은 비좁고 교육용 기자재도 부족하다. 농촌형 학교들은 비교적 대지와 건물을 넓게 쓰기도 하지만, 학생과 학부모들이 첫 번째 불만 요소로 기숙사를 꼽은 데서도 알 수 있듯이 그 편의성이나 위생 수준이 도시 중산층 아이들의 기준에 부응하기 어렵다.