우리나라는 영국과 유사하게 일정 분야는 규제비용관리제 적용에서 제외되는데, 생명안전이나 금융･외환시스템 관련 규제는 판단기준이 모호하다는 문제점도 있다.
우리나라의 경우 영국과 유사하게 국제협약의 이행을 위한 규제, 1년 미만일몰이 설정된 규제, 요금 및 수수료, 규제의 미이행으로 부과된 벌금 등이 규제비용관리제의 적용대상에서 제외되며, 이 밖에 ‘국가 질서유지, 국민의 생명･안전과 직접적으로 관련이 있는 규제’와 ‘금융･외환시스템 위험 방지 및 안전성 확보를 위한 규제, 환경 위기 대응을 위한 규제 및 경쟁을 촉진하는 규범’등도 적용제외대상에 포함된다. 그러나 생명안전 관련 규제나 금융･외환시스템 위험방지 관련 규제 등은 판단기준이 모호하여 규제비용관리 제의 적용대상여부를 예측하기 어렵게 하는 문제점으로 지적되고 있다.