초등 디지털교과서 과학 3, 4 및 중등 디지털 교과서 과학 1(A, B 출판사)의 질적분석 결과 디지털 교과서 기능에 대한 우수사례가 있었지만 개선이 필요한 부분도 상당수 존재했다.
초등학교 디지털교과서 과학 3, 4, 중학교 디지털교과서 과학 1(A, B 출판사)의 질적분석 결과, 디지털교과서의 대체 실험 기능 구현, 의미 있는 확대 기능, 목적 지향적인 동영상 시청 및 활동 설계, 팝업 형태가 아닌 본문 내 동영상 재생, 게임 활동의 디지털 구현, 회전 기능을 통한 과학 관찰의 설계, 팝업 형태가 아닌 본문 내 애니메이션, 동영상 재생, 조작형 자료화 등이 우수 사례로 도출되었다. 한편, 관찰과 상상을 잘못 구분한 탐구활동의 설계, 미완의 보충 심화 동영상 제공, 오개념 형성 가능성, 의미 없는 확대 기능의 구현, PDF 형식의 탐구활동지 제공, 기능 구현 없는 디지털교과서의 지면, 형식적인 애니메이션화, 나타내기/숨기기 기능의 혼란스러운 구현, 산만한 팝업 형태의 애니메이션, 동영상 제공과 같은 사례는 개선이 필요한 부분이다.