의약품안전관리 정보체계 구축사업은 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템을 구축하는 것이었으며 이 시스템은 국제공통기술문서를 전자적으로 처리하는 기반 구축사업이다. 또한 BPM 개념을 적용한 업무처리시스템을 함께 구현하였고 다수의 외부 기관과 연계하여 효율성을 높혔다.
2단계로 추진된 의약품안전관리 정보체계 구축사업은 의약품 37종, 의료기기 12종, 마약류 8종 등에 대한 민원종합시스템과 행정 포털 개발에 총 56억 원의 예산을 투입하여 2005년 11월부터 2006년 9월까지 진행되었다. 또한 농림부, 해양수산부 등 식품 유관부처 및 의약품·방사선 안전관리 유관 기관 등과의 정보연계 및 공동 활용도 함께 구현되었다. 이 사업의 핵심은 식품에 이어 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템을 구축하는 것이었으나 식품 분야의 정보 공동활용을 위해 농림부 및 해양수산부와 주요정보를 연계하는 부분도 포함되었다. 의약품 분야의 민원과 행정처리 시스템은 의약품 등의 규격 및 안전성·유효성 심사자료 표준화에 대한 국제적 조화 노력의 결실인 국제공통기술문서(CTD: Common Technical Document)를 전자적으로 처리하는 기반 구축사업이었으며 방사선을 포함한 의료기기 분야의 민원 및 사전업무 행정시스템도 함께 구축하였다. 특히 BPM 개념을 적용한 업무처리시스템을 구현하였으며 농림부, 해양수산부, 건강보험심사평가원 등 다수의 외부기관과 연계하여 정보 공동활용의 효율성을 크게 높였다.