각 기관들이 독립적으로 등록한 내용들로 해당 정부 공시 데이터가 구성됨에 따라 통일성이 떨어져 엄밀한 분석이 어렵다. 기관별로 노조현황을 기입하는 항목도 달라 자료를 통합하는 과정에서 몇 가지 문제가 발생했는데, 노조명만 기입되고 조합원 수가 누락되거나 실제 조합원 수가 중복 계산된 경우 등이 그 예이다.
이상에서 활용하고 있는 정부 공시 데이터들은 각 기관에서 직접 등록한 내용을 바탕으로 구성되어 있으므로 통일성이 없어 엄밀하게 분석하기가 어려웠다. 또한, 정부 공공기관과 지자체 공공기관이 각각 공시 내용에 노조현황을 기입하는 항목도 상이하다. 따라서 자료를 처리하고 통합하는 과정에서 몇 가지 문제가 있었다. 첫째, 노조명만 기입되어 있고 조합원 수가 기록되어 있지 않은 경우, 둘째, 노조 조합원 수가 2∼5명이하로 기입되어 있고 다른 정보가 없는 경우, 셋째, 노조 통합 등 과도기 상태에서 신설노조를 만들어 실제 조합원 수가 중복 계산된 경우 등이 있었다. 본장에서는 첫째와 둘째 사항은 결측치로 처리하였다. 셋째의 경우는 세 개의 기관에서 발생되었는데, 기관의 통합 또는 노조의 통합 과정에 서 임시로 노조를 만들어 데이터가 중복된 국민건강보험공단(12,206명)과 한국토지주택공사(4,930명), 공공기관 성과급제 도입 과정에서 이를 막기 위해 발전노조가 임시로 만든 노조(513명)이다. 그 수는 약 17,649명으로 이 중 일부가 각 항목에서 중복 계산될 가능성이 있었다. 마지막으로 일부 복수노조에서는 이중 가입한 조합원이 존재할 수 있지만 그 수는 파악하기도 어렵고, 전반적인 흐름에 끼치는 영향은 미미할 것으로 보았다.