첫째 건축물 용도별 분류가 용도시설과 업종의 혼용되어 다르게 분류한 사례가 있으며 둘째 시설과 구조물의 구분이 모호하여 양수장이나 정수장은 산업구조물의 기타로 분류되어 있으며 셋째 생활문화유산과 건축물은 경우에 따라 바뀔 수 있어 모호하다.
첫째, 건축물 용도별 분류가 법적 용도시설과 업종이 혼용되어 있다. 이에 따라 같은 대상을 조사자에 따라 다르게 분류한 사례가 다수 나타났으며, 상업시설, 문화시설, 군사시설 등은 제외되어 있어 특히 근대건축물의 용도를 고려할 때 세부적인 추가용도 구분이 필요하다. 또한, 층별 용도가 다른 경우 주용도를 판단하는 기준이나 여러 용도가 복합되어 있는 복합건물일 경우에 대한 구분이 부재하다. 둘째, 건축물의 산업시설과 대분류 산업구조물 간의 구분이 모호하다는 점이다. 가령 양수장이나 정수장과 같은 건물형태의 산업시설은 건축물의 산업시설로 이해하기 쉬운데 소분류 예시에서는 산업구조물의 기타로 분류하고 있어 혼동을 야기한다. 셋째, 생활문화유산과 건축물과의 구분이 모호하다는 점이다. 시장, 정미소, 목욕탕, 세탁소 등은 사안에 따라 생활문화유산이 될 수도 있고, 건축물로 분류될 수도 있어 역시 혼동을 주고 있다.