연수원은 본격적으로 지방이전 계획을 수립했다. 지방이전기획단이 1차로 본부에 제출, 행정자치부 차원에서 회의를 개최하고, 장･차관 보고를 거쳐 건설교통부에 제출되었다.
연수원은 2007년 6월부터 본격적으로 지방이전 계획을 수립하기 시작하였다. 지방이전기획단 내 4개의 팀에서 맡은 분야에 대해 작성 후 1차로 8월 17일에 본부에 제출하였으며 전체적인 이전 계획 검토를 위해 당시 행정자치부 차원의 공공기관 지방이전 TF 회의를 9월 17일 개최하고, 9월 28일 장･차관 보고를 거쳐 10월 1일 건설교통부에 제출되었다. 이 계획은 2007년 10월 별도로 진행했던 연구용역 결과가 나오면서 해당 내용을 추가 반영한 뒤에 10월 17일 수정 제출하였는데, 당시 확정한 연수원의 지방이전 계획을 세부적으로 살펴보면 다음과 같다.