경제자유구역에 들어서는 외국의료법인은 영리의료법인의 설립이 가능하여 비영리법인으로 한정된 국내 의료법인에 비해 다양한 서비스를 제공하여 높은 수익을 낼 수 있다.
둘째, 동 법 제4조의 의료기관과의 협력체계와 관련된 문제이다. 이 조항에서는 외국인이 의료업을 목적으로 설립한 법인의 경우 상법상 법인의 속성을 가지게 되며, 의사결정기구의 구성 및 비율을 규정하고 있으며, 경제자유구역에 들어서는 외국의료법인은 상법상 의료법인으로써 영리의료법인의 설립이 가능하다. 하지만 외국 영리의료법인 역시 내국인 진료도 가능하기 때문에 비영리법인으로 한정되어 있는 국내 의료법인에 비해 다양한 서비스를 제공하여 높은 수익을 올릴 수 있으며, 인근 지역의 주민이 아닌 경우 국내 의료법인에서는 관련 서비스를 받기 어렵기 때문에 국내 의료법인은 물론 국민에게도 차별적인 요소로 작용한다.