전자자금거래 분쟁 발생할 때, 거래당사자 교섭이나 금융기관 약관 등으로 해결한다. 해결 어려울 때 '민법', '상법', '약관의 규제에 관한 법률' 등 일반법의 적용을 받게 된다. 
2. 전자자금거래 관련 법규현황
현재 우리나라에는 전자자금거래에 적용할 특별한 법규가 제정되어 있지 않기 때문에 전자자금거래와 관련하여 발생하는 분쟁은 대부분 거래당사자 간 직접 교섭 또는 금융기관 약관 등에 의하여 해결하고 있다.
우리나라와 같이 전자자금거래에 관한 별도의 법률이 없을 경우 전자자금거래에서 발생하는 권리의 행사나 의무의 이행 등 모든 법률행위는 궁극적으로 민사관계에 관한 기본법인 민법의 적용을 받게 된다. 따라서 전자자금거래에 수반된 법적인 문제가 거래당사자 간 교섭이나 금융기관 규약, 약관 등으로 해결되지 않을 경우 '민법', '상법', '약관의 규제에 관한 법률','소비자보호법', 등 일반법과 판례가 적용되고 있다.