위원회는 북한 주민의 인권 상황 관련 국가인권기구로서의 역할을 해줄것을 요구받았다. 이에 북한인권연구팀을 구성하였고 북한인권 관련 연구 활동을 전개했다. 또한 북한인권을 중점 추진과제에 포함하였다.
2003년 4월 국회 법제사법위원회에서 위원회가 북한인권 사업을 추진해야 한다는 의견이 제기되는 등, 위원회는 북한 주민의 인권 상황에 대해 국가인권기구로서의 관련 역할을 해줄 것을 요구받았다. 이에 위원회는 2003년 제40차 전원위원회 결정을 통해 비상설 조직인 ‘북한인권연구팀’을 구성하였고, 2003년부터2008년까지 북한인권 관련 연구․조사 및 국제학술회의 개최 등 연구 활동을 전개했으며, 2006년에는 ‘북한인권에 대한 국가인권위원회의 입장’을 공표하였다. 2007년에는 10대 중점 추진과제 중 하나로 ‘북한인권’을 설정하였고, 2008년에는 6대 중점 사업과제의 하나로 ‘북한인권 개선을 위한 정책 활동 강화’를설정하였다. 2010년부터는 ‘북한인권팀’을 신설해 더욱 체계적이고 종합적으로 북한인권 업무를 추진하고 있으며, 2009년부터 북한인권 개선을 특별사업으로 지정해 업무를 추진하고 있다.