보건부 장관과 연방법원은 요건 불충족 CSP 신청서의 거절이 가능하며 거절 사실·근거의 서면 통지와 그 후 규정 기간 내에 상기 선언 절차를 이행해야 하며 불복 시 문서 사본 제출이 필요하다. 
제출된 CSP 신청서가 특허법 제106조의 요건을 만족하지 못한다고 인정되는 경우 보건부 장관은 CSP 신청을 거절할 수 있다. 이 경우 장관은 거절 사실 및 그 근거를 통지하여야 한다. 연방법원은 제출된 CSP 신청서가 다른 신청자가 제출한 신청서와 동일한 허가에 대한 동일한 우선순위를 가지는 등 특허법 제106조의 규정에 어긋나는 경우 해당신청서가 부적법 또는 무효임을 선언할 수 있다. 상기 선언 절차는 장관이 거절결정을 신청자에게 서면 통지한 날짜로부터 규정된 기간 이내에 이행되어야 한다. 이에 불복하여 소송이나 항소를 하려는 자는 소송 및 항소 절차의 제기와 종료에 관련된 모든 문서의 사본을 법원 제출 직후 장관에게 제출하여야 한다.