조직 내 노동조합의 존재는 성희롱의 예방 및 성희롱이 발생한 경우 고충처리절차에 큰 도움이 된다. 다만 노동조합이 적극적으로 개입할 경우에만 효과가 있다.
조직 내 고충처리절차가 신뢰를 얻으려면 사업장 내 자치조직과의 긴밀한 협조 관계에서 성희롱 예방체계를 수립하고 운영해야 한다. 성희롱이 발생한 경우 성희롱 피해자의 입장을 대변해 줄 수 있는 노동조합의 역할이 크다. 선행연구에 따르면, 노동조합이 있는 경우 성희롱의 경험행위 수가 적은 것으로나타났고, 피해자의 고용상의 변화도 적었으며 사내 고충처리기구를 설치하는 비율도 높은 것으로 나타났다. 그러나 노동조합이 존재한다는 것만으로 성희롱 예방이나 구제에 긍정적인 효과가 직접적으로 나타나는 것이 아니고, 적극적으로 사건 해결 및 예방을 위해 구체적인 역할을 하였는가가 중요하다.