지출 검토를 바탕으로 마련한 정부의 예산안이 국회의 예산안 심의 과정에서 원래 목적을 달성하지 못하는 방향으로 변경될 수 있다는 점이다.
우선 첫 번째 단계로 기획재정부 예산안 편성에 지출 검토를 도입한다. 이는 별도의 법 개정 없이 현재의 기획재정부 업무를 강화하는 형식으로 추진이 가능하다. 지출 검토의 주요 요소인 정책의 우선순위 결정과 성과정보의 활용이 관련 부서 간 협업을 강화하는 형태로 부처 내에서 모두 이루어질 수 있다. 또한, 예산안 편성 지침이나 부처의 내부 과정을 통해 부처별 예산의 배분과 분야 및 부문별 예산의 증액 및 삭감이 가능하다. 다만, 장기적인 재정전망에 기반한 의사결정이 아니라는 점과 지출 검토를 바탕으로 마련한 정부의 예산안이 국회의 예산안 심의 과정에서 원래 목적을 달성하지 못하는 방향으로 변경될 수 있다는 점이다.