시도교육청이 교육부의 권한을 이관받으면 업무량이 급증할 것이며 이에 따라 시도교육청부터 지역교육청과 학교까지 업무 방식과 조직의 변화가 필요하다. 이 과정에서 발생할 문제들은 학교 자치를 기준으로 판단된다.
다른 관점에서 보면, 교육부의 권한이 시도교육청에 상당부분 이관되면, 시도교육청은 해야 할 일이 엄청나게 많아진다. 이전에는 교육부가 온갖 분야별 사안별 00기본계획을 짜고, 시도교육청은 특별한 일이 없는 한 거의 그대로 이를 전달하면서, 시도의 상황에 맞게 연구학교 수나 에산 배분 정도를 하였다. 그런데 이제는 시도교육청이 스스로 수립해야 하는 기본계획만도 최소한 수십개가 될 것이고, 그에 대한 집행 책임을 다 져야 한다. 이렇게 되면 시도교육청이 감당을 할 수가 없다. 그래서 시도교육청도 일하는 방식을 대폭 개선해야만 한다. 지역교육청과 학교까지 일하는 방식이 바뀌고, 조직 편재가 달라져야 한다. 이 과정에서 발생하는 숱한 문제들을 판단하는 기준이 무엇인가? 그것이 바로 학교 자치이다.