서울관은 8개 전시실 외에도 전시실 사이사이에 열린 마당, 미술관 마당, 종친부 마당, 도서관 마당, 경북궁 마당 등의 휴식공간을 설치하여 제공하고 있다.
한편, 서울관은 8개 전시실의 다양한 볼거리 외에도 전시실 사이사이에 마당을 설치, 휴식공간을 제공하고 있다. 열린 마당은 삼청동 길에서 만나는 첫 번째 장소로 개방적인 공간이다. 경복궁, 종친부, 북촌 한옥 마을 등 다양한 주변문화를 보다 자유롭게 만날 수 있다. 미술관 마당은 미술을 매개로 한 이벤트 공간으로 전시, 공연, 모임 등의 용도로 활용된다. 종친부 마당은 종친부의 유적과 흔적을 간직한 공간으로 조선시대 종친부의 배치를 따르며 미술관의 상징 중 하나이다. 도서관 마당은 디지털 미술도서관, 아카이브의 이용과 참여를 독려하기 위해 만들어진 곳으로 북촌 길에서 찾아올 경우 가장 먼저 관람객을 맞이하는 마당이다. 경복궁 마당은 3층 높이의 공중마당으로 담 너머 경복궁을 엿볼 수 있으며, 지하 1층 전시실 한복판에 마련된 전시 마당은, 지하 전시장에 자연광을 공급하기 위해 조성된 공간이지만 테이블과 의자가 있어 휴식이 가능하다.