해당 제도가 도입되어 수도권 지역의 임대주택 등록 건수가 늘어나고 있다는 점에서 혜택이 수도권에 집중되고 있을 가능성이 높고, 이러한 제도는 수도권 주택임대소득자들과 비수도권 임대소득자들의 형평성에 맞지 않는 제도로 보인다.
본 제도 도입으로 인해 수도권 임대주택 등록 건수가 증가하고 있다는 점에서 제도의 혜택이 수도권 주택임대소득자에 편중되고 있을 가능성이 높다. 또한 임대소득에 대한 지니계수를 산출한 결과, 제도의 도입으로 인해 수도권 주택임대소득자 간 임대소득의 형평성은 악화된 반면, 비수도권 주택임대소득자 간 임대소득의 형평성은 악화되다가 최근에 소폭 개선된 것으로 나타났다. 따라서 본 제도는 수도권 주택임대소득자의 임대소득과 비수도권 주택임대소득자의 임대소득의 격차를 확대시키고 있는 것으로 보인다. 이와 함께 감면 도입 이전 실효세율과 감면도입 이후 실효세율 간 격차를 살펴보면, 수도권이 비수도권보다 더 높고 비수도권과 수도권의 격차가 확대되고 있는 것으로 미루어 볼 때, 본 제도는 수도권 주택임대소득자와 비수도권 임대사업의 형평성을 악화시킨 것으로 보인다.