실체법적 한계는 법령상 한계와 행정법 일반원칙상 한계로 구분된다. 일반원칙상 한계는 목적부합의 원칙, 비례의 원칙, 평등의 원칙이 있고 상대방에 대한 직접적인 실력행사는 허용되지 않는다. 하지만 벌칙규정의 경우 예외적으로 인정될 수 있다.
첫째, 실체법적 한계는 다시 법령상 한계와 행정법의 일반원칙상 한계로 구분한다. 대개 행정조사의 근거법규는 주체, 상대방, 조사 대상, 증표 제시 등에 관한 간략한 규정만을 둘뿐이다. 그래서 일반원칙상의 한계를 살펴보는 것이 중요하다. 일반원칙상 한계는 목적부합의 원칙, 비례의 원칙, 평등의 원칙이며, 실력행사의 가능 여부에 관해서는 “실정법이 직접적 강제수단을 규정하지 않고 별도의 벌칙 규정이나 불이익처분 규정을 두고 있는 취지는 조사의 실효성을 간접적으로 확보하려는 데 있다”고 할 것이므로 상대방의 신체나 재산에 대한 직접적인 실력행사는 허용되지 않는다는 견해가 다수설이다(김동희, 2006: 456). 그러나 벌칙규정이 있는 경우에는 원칙적으로 실력에 의한 강제가 허용되지 않지만 행정조사의 필요성이 급박하고, 조사를 강행하지 않을 경우 공공의 생명 신체에 위험을 초래할 가능성이 많고, 다른 수단이 없을 경우에는 예외적으로 인정된다는 예외적 긍정설도 유력하다(박균성, 2006:381; 김영조, 1998: 45).