매매체결 시스템은 신속 정확하게 다양한 업무를 처리한다. 그에 따른 전체 거래량은 10%에서 90% 수준으로 대폭 증가하였다. 뿐만 아니라 시스템 재구축으로 인해 장애시의 비상처리를 할 수 있는 개발시스템도 확보하였다.
매매체결 시스템은 공동온라인시스템(또는 원장이 이관된 증권사시스템)으로부터 접수된 매수, 매도주문을 신속 정확하게 자동 매매체결하는 시스템으로 주문호가의 접수 및 집계, 시장 운영, 매매체결, 심리, 조회 등의 업무를 처리한다. 동 시스템은 88년 3월 최초 가동당시 전체 거래량의 10%정도를 처리하는데 그쳤으나 이후 시스템을 증설하여 처리능력을 전체 거래량의 90%이상으로 확대하였으며, 92년 시스템의 전면 재구축사업을 추진하여 96년 11월에 전체 거래량의 98% 처리하는 신 매매체결 시스템을 가동하였다. 시스템 재구축으로 장애발생시를 대비한 상호백업체제를 갖추었으며 장애시의 비상처리를 위한 예비시스템 및 변경업무 개발을 위한 개발시스템도 확보하여 증권시장의 안정적 운용을 도모하였다. 동 시스템은 일 최대 주문건수 기준으로는 100만건, 제결건수 기준으로는 65만건을 처리 할 수 있다. 98년중에는 시스템 감시 및 통제기능 강화로 시스템에의 무단접근을 차단함으로써 시스템의 안정운용을 도모하고 토요휴장, 거래중단제도 및 프로그램 호가지연처리(SIDE CAR)제도 등 신규업무를 신속하게 수용하여 대고객 서비스를 향상시켰다.