21세기 프론티어 사업과 사회문제해결형 기술개발사업의 공통적인 한계점들은 문제의 구조화 역량 부족,  문제의 구체성 결여로 다양한 문제해결 접근을 방해한다.
이와 같이 사업의 성격 및 기간, 예산 규모 등에서 21세기 프론티어연구 개발 사업과 사회문제해결형 기술개발사업은 차이가 있으나 사업기획과정 및 추진방법, 평가관리에 있어서 여러 가지 공통적인 한계점들을 보여주고 있다. 먼저 사업기획과정에서 문제의 구조화 역량이 부족하다. 사업 기획 시에 문제가 명확하게 정의되지 않고 있으며 구체성이 부족하다. 또한 대형사업의 포괄적인 문제 접근 방식은 문제의 구체성을 결여시키고 다양한 문제해결 접근을 방해할 우려가 있다. 반대로 지나치게 분절적인 문제정의 방식 또한 해결해야 할 문제 범위를 명확하게 설정하는 것을 저해할 수 있다.