인권센터는 공공성을 바탕으로 자율적으로 운영돼야 한다. 또한 인권센터의 설립과 운용은 인권조례나 시행세칙으로 규정하며 지역의 인권 상황을 개선될 것으로 기대한다. 인권센터의 활동과 현황은 지자체 인권 행정의 가늠자가 될 것이다.
인권전담부서의 경우도 그렇지만, 인권센터의 설립과 운영도 경제성이나 효율성의 기준에 맞추어 판단할 수는 없다. 인권 업무의 고유한 성격을 고려하여 공공성을 중요한 기준으로 판단하여야 한다. 곧, 재정 부담을 극복하고 전문적인 인적 자원을 확보하며, 독자적이며 자율적으로 운영되도록 제도화하는 것이 중요하다. 이와 같은 인권센터의 설립과 운용에 관한 사항은 인권조례나 시행세칙으로 규정하게 된다. 이를 위하여 인권센터의 기능과 목적, 운영 등에 관한 사전 계획과 시행 방안 논의와 합의가 필요하다. 특히, 지자체 집행부와 지방의회, 전문가 집단의 심도 있는 논의와 협력이 요구된다. 이렇게 만들어진 인권센터의 설립과 운용은 지역의 인권 상황을 개선하는데 크게 이바지 할 것으로 기대된다. 따라서 인권센터의 활동과 현황은 지자체의 인권 행정을 평가하는데 쓰이는 가늠자가 될 것이다.