누리과정의 시행으로 장애 영유아들은 이전처럼 지원을 받지 못하게 되었다. 이 결과 장애 영유아들은 일반 유치원으로 취원하게 되었고 전문성이 부족한 일반교사가 장애 영유아를 맡는 문제가 발생했다.
교육비와 보육료 지원의 보편화를 의미하는 누리과정의 시행으로 장애 영유아에게는 그 이전의 차별적 지원에 대한 상실 효과를 가져왔다. 이는 장애 등록과 진단을 받지 않는 영유아 수의 증가와 장애전문이나 통합기관이 아닌 일반유치원과 어린이집으로의 취원 증가 양상으로 표출되고 있다. 이는 장애 영유아 부모의 일반기관에서의 완전 통합 선호와도 관련된다. 이를 전문가들은 ‘숨어든다’고 표현하기도 한다. 그러나 이렇듯 장애 영유아 담당교사가 배치되지 않는 일반 유치원과 어린이집에서의 장애통합은 장애 영유아에게는 통합교육의 효과를 기대하기보다는 조기 개입과 교육의 시기를 놓칠 수 있다는 문제와, 전문성이 부족한 일반 교사가 교실에서 장애 영유아와 상호작용으로 인한 부담이 증가될 수 있다는 문제들이 지적되고 있다.