마르코프 코호트 시뮬레이션은 환자의 전이가 주기의 마지막에 발생한다 가정하지만 현실적으론 결과를 도출하는데는 크게 영향을 주지 않는다.
마르코프 코호트 시뮬레이션에서의 전이확률은 주기마다 각 주기의 마지막에 발생한다고 가정하기도 하는데, 현실적으로 환자의 전이과정은 연속적으로 발생하는데, 모형에서 설정된 한 주기 내에 발생할 수도 있어, 최근에는 half-cycle correction이 활용되기도 하며, 생존곡선의 생존 추정치로 추론하기도 한다. 이는 건강 결과(health outcome)를 측정하는 데 중요한 측면으로 고려되고 있으나, Briggs 등은 이러한 교정이 경제성 평가에서 비용증가분(incremental costs)과 편익(benefits)을 도출하는 데는 그다지 영향을 주지 않기 때문에 중요하지 않을 수도 있다고 제시한다.