개정법은 고발의무 규정으로 고발권 불행사 통제방치를 마련했으나 고발의무 기준이 모호하여 어느 사건이 해당되는지 불확실하다. 공정위의 자체 판단 기준도 불명확하므로 이에 대한 방안 검토가 필요하다.
1996년 개정법에서는 위와 같은 고발의무 규정을 신설하여 고발권 불행사에 대한 일부 통제방치를 마련하긴 하였으나, 동 규정에서 보듯이 고발의무의 기준이 모호하여 어느 사건이 그러한 고발의무 요건에 해당하는지 매우 불분명하다. 또한 현행법 규정에 의할 때 고발의무 기준에 해당되지 않는 사건에 대해서도 공정거래위원회가 자체적으로 판단하여 고발권을 행사할 수도 있는데 그 기준도 극히 불명확하다. 이와 관련하여 행정처분으로는 그 목적을 달성하기 어려운 가격 카르텔, 시장분할 카르텔, 입찰담합 등의 중대한 법 위반 행위에 대해서는 반드시 고발하도록 하거나 검찰총장의 고발요청이 어느 정도의 구속력을 갖도록 하는 등의 방안을 검토할 필요가 있다는 견해가 있다.