조사 결과 사상･양심 및 종교의 자유에 대한 교칙은 표현의 자유에 비해 적은 비중을 차지했다. 전자의 경우 일반적인 상황보다는 특수한 상황에서 개입이 발생하기 때문이라고 본다. 그러나 낮은 비중에 비해 침해의 결과는 심각하다.
표현의 자유와는 달리 사상･양심 및 종교의 자유를 침해하는 학교규칙은 상대적으로 적어서 10.3%의 비율에 불과하였다. 이러한 조사 결과는 앞서 설시한 사생활의 자유와 표현의 자유에 대한 조사결과와 비교해 보았을 때에 그 결과 자체로 학교규칙이 양심의 자유를 대체적으로 충분히 보장한다고 평가하는 자료로서는 부족하다고 본다. 오히려 사상･양심 및 종교의 자유는 내면적 기본권으로서 학교교육 과정 중 보편적인 상황에서의 침해가 쉽게 예정되어 있거나 흔하게 발생하기 보다는 특수한 상황에서 침해가 이루어지는 기본권 본연의 속성에서 기인한다고 본다. 그러나 학교규칙에서 사상･양심 및 종교의 자유를 침해하는 비율은 굉장히 낮았지만 침해의 유형 측면에서 아래의 예시들을 살펴보면 사생활의 자유의 침해와 비교하였을 때 그 위반의 심각성은 현저히 크다고 생각된다.