규제비용관리제는 사업활동에 영향을 미치는 규제들을 폐지하도록 설계하였다. 그러나 직접비용만을 고려하여 사업체들의 실질적인 규제부담을 반영하지 못할 가능성이 있다.
이러한 맥락에서 규제비용관리제는 기업 및 소상공인의 사업활동에 영향을 미치는 규제만을 대상으로 하고, 이러한 규제로 인해 기업 및 소상공인이 직접적으로 부담하는 비용에 초점을 맞추어 측정하고, 이렇게 발생한 비용만큼 기업 및 소상공인에게 부담을 발생시켰던 기존 규제를 폐지하도록 설계하였다. 기업 및 소상공인의 규제부담 완화를 위해서 사회적 편익(간접편익)을 제외한 것은 매우 고무적인 일이나, 비용역시 피규제자에 대한 직접비용만을 고려하도록 설계되어 있다는 점은 규제의 유형에 따라 기업 및 소상공인의 실질적인 규제부담을 제대로 반영하지 못할 가능성이 있다.