갈등영향분석이 이해관계자와의 갈등상황 파악 및 해소 목적임을 발주처가 인식하지 못할 경우 연구진에 대한 독립성 훼손 및 잘못된 분석 실시 등 문제가 발생하게 된다. 따라서, 초기단계에는 전문가로서의 연구진 선정요건 및 분석진행기준 등을 명확히 해야 할 것이다.
갈등영향분석의 초기 계획 단계는 발주처가 갈등영향분석의 목적이 갈등상황에 대한 진단(이해관계 및 쟁점 등)및 대립과 불신 상황 놓인 이해관계자와의 대화 테이블 마련하고 합의가능성 및 이에 따른 진단과 설계를 하기 위한 것이라는 점을 사전에 인식하는 것이 우선적인 필요 요건이라고 할 수 있다. 이는 사전적 인식이 불충분할 경우, 특히 발주처가 갈등영향분석이 갈등상황에 대한 직접적인 갈등해소에 기여하지 않는다고 판단한 경우에는 분석하는 연구진에 대한 부정적 시각을 나타내거나, 연구진에 대한 독립성과 중립성을 훼손하는 경우가 발생하기 때문이다. 또한 심한 경우에는 발주처에서 갈등영향분석을 문제해결의 방안을 모색하기 보다는 책임자의 회피 목적을 위한 방안으로 치부하여 발주처가 원하는 방향을 미리 전제하고 갈등영향분석을 잘못 활용하는 문제도 발생하고 있다. 따라서 갈등 초기 단계에서는 갈등영향분석의 실시 요건과 분석을 실제 담당할 전문가 선정요건 등이 뚜렷하게 확립되어야 하며 초기 단계 전반을 운영하고 관리할 수 있는 기준이 명확히 마련되어야 갈등영향분석 목적에 맞는 분석을 진행할 수 있을 것이다.