핵무기 표적 선정과정에서 윤리적 측면의 영향은 극히 제한적이었다. 히로시마와 나가사키는 군사적 표적이었지만 폭격은 도심의 중심부를 겨냥하고 있었다. 이로 인해 큰 인명피해가 발생했다.
핵무기 사용의 윤리적인 측면은 표적 선정과정에서만 극히 제한적인 영향을 미쳤다. 스팀슨이 최종 표적을 결정하는 과정에서 윤리적인 문제를 거론하며 교토를 표적에서 제외했지만, 교토의 문화적 가치에 적용된 윤리적 기준은 나가사키와 히로시마를 최종 표적으로 선정하는 과정에는 적용되지 않았다. 트루만은 히로시마에 대한 핵무기의 사용이 순수한 군사적인 행동이었다고 말하고 있지만 이 두 표적을 순수한 군사표적이라고 보기는 어려웠다. 표적으로 거론되고 있는 모든 도시에는 육군본부, 군수공장과 같은 일반적인 군사표적이 위치해 있었지만, 폭격은 도심의 중심부를 겨냥하고 있었다. 히로시마와 나가사키는 군사적 표적이었지만 한 순간에 10만 명 이상의 민간인 인명피해를 가져왔다.