여러 우여곡절끝에 교육 행정정보 시스템은 안정화 및 정착단계를 거쳐 고도 활용단계로 접어들었고 정부는 시스템을 시 도 단위로 통합하고 학생 서비스도 시작하였다.
추진과정에서 일선 교육행정에서 교육 행정정보시스템 사용의 법적 근거를 확보하고자 「교육기본법」 개정을 통해 제23조의2, 학교 및 교육행정기관의 행정업무의 전자화를 신설했고, 학생의 신상정보보호에 신중해야 한다는 국가인권위원회의 권고도 있었으며 교직단체의 반발도 만만치 않았다. 그러나 이러한 우여곡절을 겪으면서도 교육 행정정보 시스템은 참여정부 말기 안정화 및 정착단계를 거쳐 고도 활용단계로 접어들게 되었다. 이에 정부는 2009년 차세대 교육 행정정보시스템 구축계획을 수립, 시스템을 시·도 단위로 통합해 2011년 3월부터 운영하기 시작하였으며 2013년부터는 학생 서비스도 시작하였다.