성폭력피해자 지원 업무를 수행하는 주체들이 구체적인 협업으로 성폭력 방지가 가능하다. 이때 역할을 분담하여 업무의 중복성을 없애야 한다. 통합지원센터는 초기 위기에 개입해 통합적인 지원 서비스를 제공하고, 성폭력 상담소는 긴급조치를 요하지 않는 성폭력피해자나 초기 위기 개입 이후의 지속적인 지원이 필요하다. 의료비의 적절한 확보를 위해 치료비 지원 등에 구체적 기준을 두고, 사후적 모니터링 시스템을 강화해야 한다.
2013년 7월 4일 법무부와 여성가족부는 성폭력피해자 통합지원센터와 스마일센터 간의 협력을 강화한다는 내용이 포함된 업무협약을 체결한 바 있다. 또한 동 협약에 의하면, 양 기관의 실무자간 협의회를 구성하여 정기적으로 이행 상황을 점검하기로 하였는데, 협력강화는 통합지원센터와 스마일센터에 한정될 것이 아니라 법무부와 여성가족부가 각각 지원하고 있는 범죄피해자지원센터와 성폭력 상담소 등으로 확대될 필요가 있다. 요컨대, 성폭력피해자 지원 업무를 수행하는 주체들 간에 체계적인 네트워크가 구축되고, 그 안에서 구체적인 협업이 이루어질 때 진정한 의미에서의 칸막이 없는 성폭력 방지대책이 추진될 수 있을 것이다. 또한 성폭력피해자 통합지원센터와 NGO인 성폭력 상담소 간에 역할 분담을 통해 업무의 중복성을 해소할 필요도 있다. 현재 양 기관의 특성을 고려해 볼 때, 통합지원센터는 초기 위기상황에 개입하여 통합적인 지원 서비스를 제공하고, 성폭력 상담소는 긴급조치를 요하지 않는 성폭력피해자에 대한 지원 및 초기 위기 개입 이후의 지속적인 지원 사업을 추진하는 것이 적절하다고 판단된다. 한편, 의료비 지원 요청 경로가 분산화･다원화됨으로써 의료비가 방만하게 지급될 수 있다는 우려가 제기되고 있으나, 현행의 이원적 청구 시스템은 성폭력피해자의 편의를 도모하는 측면이 있으므로, 지원센터를 통한 창구 단일화보다는 사후적 평가시스템의 점검이 요청된다. 요컨대, 의료비 지원의 적정성 확보를 위해서 심리치료비 지원 등에 관한 구체적 기준을 마련하고, 현재 실시하고 있는 현장점검을 비롯한 사후적 모니터링 시스템을 보다 강화시켜야 할 것이다.