둘 이상의 사업장이 있고 각 사업장에서 납부하는 게 적당하지 않을 경우 승인을 통해 주된 사업장에 할 수 있다. 과세기간 개시 20일 전까지 등록한 경우 총괄하여 신고ㆍ납부 가능하다.
다만 둘 이상의 사업장이 있는 경우 생산과정 또는 유통과정에 비추어 각 사업장에서 납부하는 것이 적당하다고 인정되지 않는 경우 승인을 얻어 각 사업장의 납부세액 또는 환급세액을 통산하여 주된 사업장에 할 수 있다(이하 주사업장총괄납부). 또는 사업자는 사업자 단위로 과세기간 개시 20일 전까지 등록한 경우 사업자 단위로 그 사업자의 본점 또는 주사무소(主事務所)에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다(이하 ‘사업자 단위과세사업자’라 한다). 주사업장총괄납부와 사업자단위과세사업자의 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다(부법 제 4조, 5조 2~3항).