자유학기제 전면 실시에 앞서 예상되는 비용과 운영의 문제에 대해서 보다 현실적이고 실효성 있는 제도의 시행을 위해 국가 지자체 및 지역 교육청 등이 유기적인 체계를 갖추어야 한다.
단위 학교의 자유학기 교육과정 편성·운영을 지원하기 위한 연계 체제는 [그림 Ⅵ-2-3]과 같이 국가와 시·도 지방자치단체의 두 축을 중심으로 시·도 교육청, 학교안전공제회와 상호유기적인 관계를 구축하는 것이다. 이러한 체제의 구축 필요성은 국가에서 자유학기제가 전면 실시되었을 때 국가에서 모든 지원비를 부담하는 데 한계가 있을 것이라는 점과 자유학기 활동이 학교만의 문제가 아니라 지역의 문제이기도 하기 때문이다. 또한 이러한 당위성 뿐만 아니라 시·도 지방자치단체의 지원 방안까지 시야에 넣음으로써 단위 학교의 자유학기제 운영 지원에 대한 보다 현실적이고 실제적인 지원방안이 강구될 수 있기 때문이다.