연령대 또는 학교급별, 단체 혹은 대상별 차별화 된 프로그램이 부족하고 대부분 실내형 프로그램으로  체험보다는 관람 위주다.  프로그램이 모듈화되어 있지 않으며,  청소년들의 발달과 요구에 맞는 수준의 교구재가 부족하다.
대상별로 차별화된 프로그램이 부족하다. 연령대 또는 학교급별, 단체 또는 기관 특성별, 인원규모별, 운영기간별로 프로그램이 구분되어 있지 못하다. 특히 중･고생의 흥미유발 요소가 미흡하다. 이 점은 프로그램 교구에서도 나타나는데, 대부분의 교구가 초･중학생을 대상으로 한 것들이다. 각 프로그램이 상이하여 학교급별로 세분화되어 있지 않기 때문에 효과성을 담보하기 어렵다. 대부분 실내형 프로그램으로 구성된 점도 청소년들의 발달과 요구에 대한 대응을 힘들게한다. 대규모 인원을 대상으로 한 프로그램 중심이라는 것도 한계로 지적된다. 특히 150명 이상 프로그램의 경우 체험보다 관람 위주의 프로그램으로 구성되어 있다. 교구재도 주로 공동체 활동에 치중되어 있고, 기존의 청소년활동 프로그램 교구재와 차별적이지 않다. 더군다나 최대 520명 수용에 맞는 프로그램 교구로서는 부족하다. 소집단 프로그램도 거의 없는 실정이다. 프로그램의 난이도나 프로그램에서 전달하고자 하는 목적에 따라 2박 3일 또는 1박 2일형의 기본형 제시와 단순체험형 프로그램과 특성화프로그램이 구분되어 모듈화되어 있지 않은 상황이다. 마지막으로 일반 청소년을 대상으로 진행되는 프로그램만 있고 장애 및 취약계층 청소년 등 다양한 대상을 위한 프로그램이 없는 상황이다.