사업평가의 목적은 재정지출의 효율성을 증대이므로 객관적인 판단이 가능하게 평가방법이 고도화되어야하고 이를 예산편성에 반영할 필요가 있으나 현재 평가결과의 예산 반영은 미흡한 편이며 지출효율성을 제고하는데 제한적으로 보인다. 
또한 일부 사업평가 결과가 예산에 반영되지 않고 있어 지출효율성을 제고하는데 제한적으로 보인다. 사업평가의 목적은 비효율적인 예산을 삭감하고 이를 통해 마련된 재원을 효율적인 사업에 투입함으로써 전체적인 재정지출의 효율성을 증대시키는데 있다. 따라서 객관적인 판단이 가능하도록 평가방법이 고도화되어야하고 이를 적극적으로 예산편성에 반영할 필요가 있다. 그러나 현행 평가결과의 예산 반영은 다소 미흡한 것으로 보인다. 예를 들면, 2016년 연장평가에서 ‘즉시폐지’와 ‘단계적 폐지’, ‘감축’으로 판정된 사업 중 일부가 2017년에 증액되어 편성된 것으로 나타났다. 물론 연장평가 결과에 정성적 판단이 중요한 비중을 차지하고있다는 점에서 이를 100% 예산에 반영하기 힘든 점은 있다. 그러나 이는 평가방법의 개선과 관련된 문제라고 여겨지며 다른 사업들과의 형평성이 저해될 수 있다는 점에서 개선이 필요할 것으로 보인다.