고쇼노학원 중학교는 교과 교실제의 단점을 극복하기 위해 여러가지 노력을 하고 있다. 교실 이동 횟수의 혼잡함을 줄이기 위한 수업시간 조정, 학생의 동선을 고려한 교과교실 배치 등의 노력을 예시로 들 수 있다.
고쇼노학원 중학교는 학생이동의 혼잡함이라는 교과교실제의 단점을 극복하기 위해 여러 가지로 노력하고 있다. 예를 들어 65분 수업을 하고 15분 쉬는 시간을 보내는데, 이렇게 하면 50분 수업을 6개 할 때에 비해 학생의 교실 이동 횟수가 줄어들게 되고,쉬는 시간을 15분으로 늘려 여유 있게 이동할 수 있도록 함으로써 이동 시 혼잡함을 줄이고 있다. 또한 교과교실을 배치할 때 학생의 동선을 고려하여 중앙광장(학년공간과종합학습 거점으로 사용)을 둘러싸게끔 함으로써 어느 한 교과교실이 극단적으로 멀어지는 것을 방지하고 있다. 중앙의 복도는 천정이 3층까지 뚫린 구조로 밝고 개방감이 있어 이동 시 혼잡으로 인한 불쾌감을 줄여주고 있으며, 학생끼리나 교원이 위치를 확인하기 쉬워 교류와 지도에 도움이 되고 있다.