인권위는 대통령령으로 소속 직원의 수나 사무처의 조직이 정해지고 있다.  이로 인해 실질적인 주도권은 대통령이 행사할 수 있다. 그 결과, 인권위 조직의 독립성이 모호해진다.
인권위 조직에서 독립성이 문제되는 부분 중의 하나는 사무처 조직의 인사권 문제이다. 인권위법은 사무처에 대하여 사무총장과 소속 직원 규정을 두고 있다.(동법 제16조) 조직 운영의 자율성을 보장하기 위해 사무총장과 5급 이상 공무원에 대해서는 대통령이 임명하지만 위원장에게 제청권을 주며, 6급 이하는 위원장에게 임명권을 주고 있다(동법 제16조 제2항, 제3항). 그러나 소속 직원의 수나 사무처의 조직은 법률 사항이 아니고 대통령령으로 정하 도록 하고 있다.(제18조) 이에 따라 사무처는 대통령의 직제령에 의해 조직되는데 여기에 문 제가 있는 것이다. 정부의 인권위에 대한 인식에 따라 조직의 실질적인 주도권을 대통령이 행사할 수 있기 때문이다.