에너지사태, 전염병 등의 긴급 사태와 관련된 업무의 경우 세종시 이전 이후 관련 공직자들이 한 자리에 모일 수 있는 기회 감소로 대처 속도와 정책 정확성 등에 부정적 효과를 가져와 국정의 품질을 떨어뜨리고 국민의 불만을 늘릴 수 있다는 주장이 국장,실장으로부터 있었다.
국무조정실 J국장은 업무추진의 불편과 비효율성이 누적되면 국정의 품질을 떨어뜨리고, 이는 국민들의 불만을 증대시킬 수 있다고 주장하였다. 이러한 문제는 “시간이 간다고 해결되거나 완화될 문제는 아니다. 일상적 정책에서는 크게 체감되지 않지만, 긴급사태(AI, 메르스 등)와 미래대비 업무의 경우 대처 속도와 정확성 등에 부정적 효과(negative effect)를 가져올 수 있다”(J국장 인터뷰)는 것이다. 산업통상부 K실장도 세종시 이전 이후 다부처 정책결정의 어려움을 토로하고 있다. “에너지사태, 통상마찰, 정전 등은 초를 다투는 문제이다. 집단토의를 거쳐 충분히 성숙된 정책을 마련해야 하는데, 관련 공직자들이 한 자리에 모일 수 있는 기회가 감소하여 여의치 않다. 예를 들어, AI 대책시 오송(질병관리본부), 세종(보건복지부), 서울(청와대) 등 3군데 컨트롤타워를 가동하였는데. 이러한 분산된 컨트롤타워가 메르스에 대한 조속한 또는 완전한 대응에 영향을 미칠 수 있다”는 것이다(K실장 인터뷰).