국제협정의 ‘보복’과 ‘평판’ 이론은 WTO의 판정과정에 장시간이 걸리고, 제소의 실익을 많이 가져오지 않으며 제소국도 손해를 볼 수 있다는 한계점을 갖는다. 
WTO에는 이행을 강제하는 동인과 위반을 유인하는 동인이 혼재한다. 국제협정의 이행 동인을 설명하는 ‘보복’과 ‘평판’ 이론은 WTO 회원국들이 판정을 이행하는 현상에도 동일하게 적용된다. 예를 들어 보복을 당하는 패소국 정부는 직접 피해를 입는 업계로부터 압력을 피할 수 없으며, 159개의 회원국으로 구성된 WTO에서 패소국의 이행은 투명하게 공개되고 감독되므로 평판은 중요하게 작용한다. 그러나 보복과 평판이론만으로는 WTO 판정의 효과적인 이행을 충분히 설명할 수 없다. 왜냐하면 양자협의로부터 실제 보복집행까지 소요되는 시간이 적지 않고, 제소국이 입은 피해도 피소국의 위반시점부터 구제되지 않아 제소의 실익이 크지 않기 때문이다. 무엇보다도 보복을 집행할 경우 제소국도 자국에 미치는 부정적인 영향을 감수해야 한다.