종교적 양심의 자유는 헌법 제37조 제2항에 의해 법률적 제한을 받을 수 있는 상대적 자유지만 병역의무는 국가 공동체 존립과 인간의 존엄과 가치를 보장하기 위한 가장 기초적인 것이므로 피고인의 양심의 자유를 제한하는 것은 헌법상 허용된 정당한 제한이다.
한편 종교적 양심의 자유 중에서 소극적 부작위에 의한 양심실현의 자유도 그 제한을 정당화할 헌법적 법익이 존재하는 경우에는 헌법 제37조 제2항에 따라 법률에 의하여 제한될 수 있는 상대적 자유라고 할 수 있다. 그런데 우리 헌법상의 국토방위 조항, 병역의무 조항 등에 의하여 인정되는 병역의무는 국가 공동체의 존립을 위하여 가장 기초적으로 요구되는 것으로 궁극적으로는 국민의 인간으로서의 존엄과 가치를 보장하기 위한 것이어서, 원고들이 주장하는 종교적 양심실현의 자유 등이 이와 같은 헌법적 법익보다 반드시 우월한 가치라고는 할 수 없고, 그 결과 위와 같은 헌법적 법익을 위하여 헌법 제37조 제2항에 따라 피고인의 양심의 자유 등을 제한한다 하더라도 이는 헌법상 허용된 정당한 제한으로 볼 수 있다(대법원 2004. 7. 15. 선고 2004도2965 전원합의체 판결, 헌법재판소 2011. 8. 30. 선고 2008헌가22 전원재판부 결정 등 참조).