부처 유사사업과의 지원체계가 중간지원조직 때문에 예산이 중복될 수 있다. 또한 지원 서비스의 질를 높이기 위해 산발적인 조직보다는 역량있는 전문조직을 선태,지원하는 것이 타당하다.
부처 유사사업과의 지원체계 연계를 강화하여 예산집행의 효율성 및 사업추진체계의 효율성을 제고해야 한다. 사회적기업 지원사업은 안전행정부의 마을기업 육성사업 및 농림축산식품부의 우수농촌공동체회사 지원사업과 정책 대상 및 목적, 내용 등에서 일부 유사한 측면이 있다. 그런데 각 부처별로 중간지원조직을 별도로 운영하는 등 개별적인 지원체계를 마련하고 있어 예산 중복으로 인한 비효율 및 사업별 분산 추진으로 인한 혼란을 초래할 여지가 있다. 또한 중간지원조직이 제공하는 서비스의 질적 제고 측면에서도 다수의 산발적인 조직보다는 역량있는 전문조직이 더욱 효율적일 것으로 보이는바, 부처 간 지원체계 및 정책수단이 유기적으로 연결되도록 조정하는 것이 타당하다.