특별행정원의 조직은 남한의 행정각부와 비슷한 형태지만, 상황에 따라 형태와 수가 달라질 수 있다. 외교권과 국방업무는 대통령 고유권한이며 다수의 정부기능을 통폐합하여 한 개의 청으로 조직하는 것도 고려할 필요가 있다.
특별행정원의 조직은 원칙적으로 남한의 행정각부와 비슷한 형태로 구성되지만, 통일 당시의 상황에 따라 구체적인 형태와 수가 달라질 수 있을 것이다. 특별행정원 산하 조직은 ‘부’로 하는 방안과 ‘청’ 또는 ‘처’ 등으로 하는 방안이 있는데, 서울에 있는 중앙행정기관와의 차별성 등을 고려하여 ‘청’으로 하는 것이 타당할 것이다. 특별행정원의 조직 설치에 있어 외교권과 국방에 관한 업무는 대통령 고유권한이며 중앙정부에서 업무를 수행하여도 큰 문제가 없기 때문에 외교청와 국방청은 설치될 필요가 없을 것이다. 또한 통일 당시의 상황에 따라 다수의 정부기능을 통폐합하여 한 개의 청으로 조직하는 것도 고려할 필요가 있을 것이다. 예를 들어 여성에 관련된 기능의 경우 통일 후 단독 청으로 특별행정원에 설치되기 보다는 보건복지가족 기능과 통합하여 (가칭)보건복지가족여성청이라는 명칭으로 설치되는 방안을 고려할 필요가 있다.