공정거래법상 동의명령제도는 법 위반 여부가 의심되는 행위에 대하여 담당 기관과 당사자 상호간의 합의를 통해 시정방안을 마련하고 그 타당성이 인정되면 사건을 소송외적으로 종결하는 절차이다. 한미 FTA가 비준됨에 따라 2011년 개정법에서 동의의결제를 도입하고, 동의의결의 절차, 동의 의결의 취소사유, 이행확보 수단 등을 신설하였다.
공정거래법상 동의명령제도는 법 위반 여부가 의심되는 행위에 대하여 담당 기관(우리나라의 경우 공정거래위원회)과 당사자 상호간의 합의를 통해 시정방안을 마련하고 그 타당성이 인정되면 사건을 소송외적으로 종결하는 절차이다. 담당 기관에게 준사법적 권한을 부여한다는 점에서 우리나라에 동제도를 도입하는 것에 대해 반론도 있었으나, 2011년 한미 FTA가 비준됨에 따라 2011년 12월 2일 개정법(공포한 날로부터 시행)에서 동의의결제를 도입하고, 동의의결의 절차, 동의 의결의 취소사유, 이행확보 수단 등을 신설하였다. 개정법에 의하면 공정거래위원회의 조사나 심의를 받고 있는 사업자 또는 사업자단체(이하 “신청인”)는 조사나 심의의 대상이 되고 있는 행위로 인한 경쟁제한상태 등의 자발적 해소, 소비자 피해구제, 거래질서의 개선 등을 위하여 동의의결을 하여 줄 것을 공정거래위원회에 신청할 수 있고(제51조의2 제1항), 공정거래위원회는 해당 행위에 대한 사실관계 조사를 마친 후 신청인이 제출한 시정방안이 제51조의2 제3항의 요건을 충족한다고 판단되는 경우 관련 심의절차를 중단하고 시정방안과 같은 취지의 의결(“동의의결”)을 할 수 있다(제51조의2 제3항). 신청인이 정당한 이유 없이 동의의결을 이행하지 않는 경우 등 일정한 사유가 있으면 공정거래위원회가 동의의결을 취소할 수 있고(제51조의4 제1항), 이 경우 중단된 관련 심의절차가 속행된다(제51조의4 제3항). 그리고 공정거래위원회는 정당한 이유 없이 상당한 기간 내에 동의의결을 이행하지 아니한 자에게 동의의결이 이행되거나 취소되기 전까지 1일당 200만원 이하의 강제이행금을 부과할 수 있다(제51조의5 제1항). 이와 관련하여 공정거래위원회는 ‘동의의결제도 운영 및 절차 등에 관한 규칙’을 제정하여 동의의결 절차상 필요한 서면의 신청 방법, 의견조회 방법, 심의 ‧ 의결 절차 등을 정하여 고시하고 있다.