격리기간 동안 구속기간을 연장하는 것은 인권 침해와 절차상 번거로움에 대한 지적이 있을 수있으며 구속기간 진행을 정지하는 방법 또한 논리적으로 옳지 않다는 비판이 가능하다.
그런데 기존 형사소송법상의 개선 방안을 활용하는 방안 중 질병 등 발생기간 동안 구속기간의 진행을 연장하는 방안은 엄격하게 제한된 구속기간 자체를 연장하여 인권 침해에 따른 논란의 소지가 있을 뿐만 아니라, 구속기간의 연장을 위하여 매번 연장청구를 하도록 함으로써 절차상 번거로움이 야기된다는 비판이 제기될 수 있을 것이다. 또한 새로운 제도를 도입하는 방안 중 질병 등 발생기간동안 구속기간의 진행을 정지하는 방안도 구속기간 진행의 정지가 형사소송법에 도입되지 않은 생소한 제도로서, 구속 상태가 유지됨에도 불구하고 기간이 진행되지 않는다고 보기는 어렵다는 비판이 제기될 수 있을 것이다.