우리 나라 감사의 변천과정은 합법성 감사에서 정책감사를 거쳐 성과감사가 등장했고, 1997년 외환위기 이후에는 예방감사를 권장하였다. 정부출연(연)도 이와 거의 유사했다.
우리나라 감사의 변천과정을 살펴보면 합법성 감사가 주요 감사기법으로 활용되다가  1980년대 중반 이후에는 정책감사(효과성 감사)가 등장하여 1990년대 초까지 감사방법으로 활용되었다. 1990년대 중반 이후에는 성과감사가 등장하여 결과를 중시하고 성과에 대한 책임을 강조하게 되었으며(남궁근, 2008), 1997년 외환위기를 경험하면서 공공기관에서도 정책집행의 과오나 실패와 사후감사에 따른 재정손실의 폐단을 보완하기 위하여 예방기능을 적극적으로 활용할 수 있는 예방감사를 권장한 바 있다. 이와 같은 맥락에서 정부출연(연) 감사의 변화도 감사원 감사의 변화와 거의 유사하게 나타난다.