교과교실제의 핵심은 학생 맞춤형 교육과정 운영 및 다양한 교수학습 방법의 적용 등과 같은 교과교실제의 본질적 목적 추구와 현장 중심의 탄력적 운영, 유관 교육정책과의 연계 운영이라 할 수 있다.
새롭게 추진되는 교과교실제의 중핵은 교과교실제의 본질적 목적 추구와 현장 중심의 탄력적 운영, 유관 교육정책과의 연계 운영이라 할 수 있다. 먼저, 교과교실제의 본질적 목적 추구는 한마디로 ‘견지망월’(見指忘月, 달은 잊어버리고 달을 가리켰던 손가락만 기억한다는 뜻)을 경계하는 것이다. 즉, 교육현장에서 학교시설환경 개선에만 집중하거나 학교시설환경 개선 정책으로 오인하는 것을 차단하고, 교과 특성에 맞는 창의적 교육환경 구축을 기반으로 학생 맞춤형 교육과정 운영 및 교과 특성에 맞는 다양한 교수·학습 방법의 적용, 교사의 교과 연구 및 협의 활성화에 집중함으로써 실질적인 공교육의 질과 만족도를 제고할 수 있도록 하는 것이다. 2016년도에 제작된 교과교실제 가이드북 또한 이러한 관점을 충실하게 반영하였다. 다음으로, 교과교실제의 탄력적 운영은 교과교실제의 경직성을 완화하여 시·도교육청과 단위학교별 여건 및 실정을 고려한 교육현장 중심의 탄력적 교과교실제 운영을 강화한다는 것이다. 마지막으로, 유관교육정책과의 연계 운영은 교과교실제의 수단적·지원적 성격과 성과 제고의 측면에서 관련되는 교육정책과의 연계가 필수적이므로 교육정책 간의 연계·협력방안을 적극적으로 모색하여 추진하는 것을 의미한다.