Top-down 방식의 R&D 정책은 해당부처의 독점적 결정과 폐쇄적 구조로 인해 기획과정에서의 기업의 참여가 제한적이다. 또한 기술수요 조사가 공급주체들이 공급하고 싶어 하는 공급기술에 대한 조사라는 우려가 있다.
현재 각 부처에서 Top-down으로 기획되는 R&D에서 기업의 참여 및 의견 반영이 제한적이라는 점이 지적되고 있다. 정부의 재정 예산 및 사업 지원이 주로 해당부처의 선정기준 및 평가에 의해서 결정되고, 각 부처의 경우 행정관료 중심의 폐쇄적 구조로 정책이 수립·집행됨에 따라 정책기획 과정에서 수요자인 기업의 참여가 미비하다는 것이다. 각 부처에서 수행하고 있는 기술수요 조사는 지정공모 또는 품목형 과제 공모를 위한 기획 초기 단계에서 한 달 여 정도의 한정된 기간 동안에만 진행되는데, 이는 상시적인 시장과 산업의 니즈를 읽어내기에는 역부족이다. 특히, 특정 기술에 대한 시장과 산업계의 니즈보다는 대학과 출연연과 같은 R&D 공급주체들이 기술적인 트랜드에 따라 공급하고 싶어 하는 공급 기술에 대한 조사에 머물고 있다는 우려의 목소리도 나온다.