이 모형 또한 기본적으로 오전에 주지교과 수업, 오후에 자율과정을 특징으로 하고 있다.  그에 따른 일부 수업 시간의 결손 우려 부분은 최근 주목받는 거꾸로 수업(flipped classroom) 모형과 같이 온라인 학습을 활용한 예･복습을 실행하여 수업의 질과 효율성을 높임으로써 보완할 수 있을 것이다.
이 모형 또한 기본적으로 오전에 주지교과 수업, 오후에 자율과정을 특징으로 하고 있다. 이러한 모형을 운영하기 위해서는 오전의 일부 교과시간을 조정해야 하고, 최소한 해당 교과는 ‘핵심성취기준’을 토대로 교육과정을 재구성해야 한다. 그러나 이 모형에서 기준으로 한 교과의 시수조정 폭이 현 교육과정 운영규정에서 허용한 20%선을 기준으로 하였을 뿐만 아니라, ‘핵심성취기준’이 향후 모든 학기에 적용된다는 점을 고려하면 자유학기제 연구학교 모형을 중학교 자유학기 뿐만 아니라 일반학기의 모형으로도 확산하는 것을 적극 검토할 필요가 있다. 이는 2015개정 교육과정을 통해 “자유학기제의 취지가 모든 과정에 반영될 수 있게 학습내용을 적정화하고, 체험 중심의 활동을 통해 학생들이 학습에 흥미를 느끼고 학교생활에서 행복을 체험할 수 있도록” 하겠다는 국가 교육과정 개정의 방향과도 일맥상통한다(교육부, 2014). 이 경우 일부 수업 시간의 결손 우려 부분은 최근 주목받는 거꾸로 수업(flipped classroom) 모형과 같이 온라인 학습을 활용한 예･복습을 실행하여 수업의 질과 효율성을 높임으로써 보완할 수 있을 것이다. 다만 이러한 다양한 참여형 수업방법이 활성화되기 위해서는 시험 대신 형성평가, 수행평가 등의 활성화가 전제되어야 한다.