프로그램의 적용은 입국 전단계,입국 후 단계,체류단계,영주 및 귀화단계로 이루어지며 입국 전 단계는 언어능력 등 여러가지 요소를 살펴본 후 이민자로 선발이 되면 유입절차를 행하면 된다. 입국 후 단계는 입국 후 90일 이내에 이민자 적응 프로그램을 들어야하며 이는 의무이다. 체류단계는 장기체류에 해당하며 사회통합프로그램을 들어야 한다. 영주 및 귀화단계는 영주 및 귀화 신청을 하게 된다.
프로그램의 적용과정은 입국 전(사증발급 신청단계)단계→입국 후(90일 이내 조기적응단계)단계→체류단계→영주․귀화단계의 4단계로 구분할 수 있다. 입국 전 단계에서는 언어능력, 소득수준, 학력, 연령, 자녀유무를 고려하여 이민자로 선정하여 유입절차를 취한다. 주로 사증 심사와 관련되어 있으며, 결혼이민자의 경우 한국어 기준 등 요건 충족시 사증을 발급한다. 외국인력은 한국어, 학력, 연령 등을 고려하여 사증을 발급하고 가족이민은 가족관계, 부양능력 등을 고려하여 사증을 발급한다. 입국 후 단계는 입국 후 90일 이내에 이루어지는 과정을 의미한다. 이민자 조기적응 프로그램 선별적 이수의무화 시기이다. 외국국적동포, 결혼이민자, 중도입국자녀 등 취약계층은 기초생활법질서, 한국사회 기초정보, 체류 등 정보제공과 같은 내용의 교육을 외국인 등록 전에 이수하여야 한다. 다음으로 체류단계이다. 이는 장기체류를 의미한다. 이민자 사회통합프로그램이 제공된다. 한국어와 한국문화교육(국적, 영주, 체류, 취업용), 한국사회이해, 경제교육, 헌법적 가치, 법질서 교육, 문화와 예술이 함께하는 교육이다. 그리고 체류기간 연장, 자격변경과정이 있다. 한국사회 적응도를 반영하며 사회통합프로그램 이수자에게는 가점을 부여한다. 또한 이 과정에서는 이민자 상담프로그램을 제공한다. 인권침해, 혼인파탄 등 어려움을 겪는 이민자에게 법률구조, 경제활동 등 상담을 제공한다. 마지막으로 영주․귀화단계에서는 영주․귀화신청을 한다. 결혼이민자는 2년이상 체류, 외국국적동포는 2년 또는 5년이상 체류, 일반이민자는 5년이상 체류하여야 한다. 또한 사회통합프로그램을 단계적으로 이수하여야 한다. 사회통합프로그램 이수자는 영주신청 시 한국어능력 입증 면제 그리고 귀화신청 시 필기시험, 면접시험 면제혜택이 있다.