5년마다 작성되는 에너지기본계획은 그 계층관계의 특징상 사후적인 관리가 불가피하므로 이에 대한 체계적인 관리가 필요하다. 또한 정책의 취지와 맞지 않게 현실의 반영이 되지 않는 계획이 될 수 있다는 문제가 생김을 방지하기 위해 이를 관리하는 기관 및 구조적 장치가 필요하다.
특히, 에너지기본계획의 경우 5년마다 작성되며, 에너지원별, 부문별 등에 있어서는 타 에너지 관련 계획에 있어 원칙과 방향성을 제시하게 되는 최상위 기본계획이며, 그 하부에는 지역에너지계획, 에너지기술개발계획, 에너지이용합리화기본계획, 신재생 기본계획 등이 있으나, 각 계획간 정합성 및 상위 기본계획인 에너지기본계획과의 정합성에 관하여는 계획 수립기관의 관리에 맡겨져 있다는 점은 불일치 등의 정합적인 측면에서 검토가 필요한 부분이 사후적으로 밖에 관리될 수 없다는 점에서 이에 대한 체계적 관리가 요구된다고 할 것이다. 아울러 현행에너지관련 계획의 수립과 운영에 있어서 상위계획인 에너지 기본계획의 전망이 현실을 반영하는 데 미흡한 점이 있거나, 하위 에너지 관련 계획과 수요전망 차원에서 불일치한 경우 이는 국가에너지 계획 및 온실가스 감축 등 에너지 관련 정책의 정합성 차원에서 심각한 문제라 할 수 있다. 따라서 에너지 관련 최상위 계획 수립에 있어 에너지 관련 모든 정책과 계획을 관장할 수 있는 기관을 설치하여 최상위 계획과 하위 에너지 관련 기본계획, 그리고 기후변화대응 및 미세먼지 관리 종합대책과의 정합성 확보를 위한 제도적 관리체계 구축을 위한 거버넌스가 마련되는 것이 시급하다고본다. 많은 관련 기본계획의 세부 이행과 추진에 있어 중복되거나 맞지 않은 부분을 검토해야 하는 불필요한 작업과 시간을 단축하고, 그 추진에 집중하기 위한 기관의 운영은 그 추진에 있어 기본적인 부분이기 때문이다.