부적응으로 학교를 떠나는 학생들이 증가하면서 교육부에서는 대안교육 특성화학교 제도 설립에 이어 위탁 교육을 시도했다. 위탁된 학생들이 원래의 학교에 적을 둔채 일정 기간 동안 피위탁 기관에 머무는 하는 방식으로 ‘위탁 대안교육’으로 불렸다.
이처럼 학교 안의 부적응 현상이 심화되고 이로 인하여 학교를 떠나는 학생들이 증가하면서 교육부나 교육청은 나름의 대안을 모색하기 시작했다. 첫 번째 대응 방안은 앞에서 살펴 본대로 대안교육 특성화학교 제도를 설립한 것이었다. 하지만, 한 해에 수백 명에 그치는 공급 규모로는 이들을 감당하기 어려웠다. 다음으로 시도된 것이 위탁교육이었다. 처음에는 부적응 학생들을 일주일 정도 학생수련원 등에 보내어 그들의 적응력을 키우려고 했으나 그것이 별 효과가 없다고 판단되면서 본격적인 위탁교육을 시도하게 되었다. 서울시교육청이 2001년 서울시대안교육종합센터를 설치하고 3개의 평생교육시설에 학생들을 위탁한 것이 그 효시였다. 위탁된 학생들은 원래의 학교에 적을 둔채 짧게는 수개월, 길게는 졸업할 때까지  피위탁 기관에 머물도록 하는 방식이었다. 이러한 방식은 ‘위탁 대안교육’으로 불렸고, 이후 여러 교육청들이 이를 따랐다.