벤처기업 확인 제도가 과도한 민간벤처투자 유발, 벤처기업 투명성 저하 등의 부작용을 초래한다고 주장하는 측은 벤처기업에 대한 자금 배분은 자본시장에 맡기고 정부는 지식 자산의 축적, 인프라확충 등에 재정 지출 투자를 증가시키는 것이 바람직하다는 입장이다.
벤처특별법 연장에 대한 반대 논리는 벤처거품 우려, 정부의 과잉 육성 의지에 따른 부작용, 자생적 성장역량 위축 우려 등을 배경으로 하고 있다. 특히, 벤처기업 확인 제도는 벤처기업의우량성을 과도하게 부풀림으로써 적정수준 이상의 민간벤처투자 유발, 벤처기업 투명성 저하 등과 같은 부작용을 초래하고 있다는 주장이다. 이와 관련된 연구는 수적으로 많지 않다. 대표적인 연구로 성소미(2000) 의 연구를 들 수 있다. 동 연구는 벤처특별법에 의한 직접 지원보다 인프라 구축지원으로 전환하는 등 정부 역할의 축소를 주장하였다. 이 주장의 배경에는 정부의 벤처기업 지정이 경쟁 제한적이며, 시장 보다 정부에 의해 승자가 가려지는 부작용을 초래한다는 입장이 자리하고 있다. 이에 따라 벤처기업에 대한 자금 배분은 자본시장에 맡기고 정부는 벤처기업이 활용할 수 있는 지식 자산의 축적, 공공성이 높은 인프라확충 등에 재정 지출 투자를 증가 시키는 것이 바람직하다는 주장이다.