학년군제를 반대하는 입장은 초등학교 및 중학교 시기의 학생들의 신체적 정신적 발달이 급격하게 이루어지고 있으므로 위계를 고려한 신체활동이 다양성을 확보 할 수 있다고 주장한다.
반면 학년군제를 반대하는 입장에서는 교육 내용의 위계가 필요함을 주장한다. 신체의 발육과 발달, 그리고 운동 발달을 다루는 것은 체육교과의 본질에 속하는 것으로 교육과정의 구성 및 교육 계획 수립에 있어 고려해야할 핵심 사항이다. 발달의 차이는 그들이 수행할 수 있는 신체활동의 수준과 범위를 결정짓기 때문이다. 따라서 학습의 효율성 측면에서 교육 내용으로서의 신체 활동은 위계가 부여되어야 한다는 주장은 설득력을 얻을 수 있다. 특히 초등학교 및 중학교 시기는 학생들의 신체 발달이 급격하게 이루어지는 시기이다. 이는 위계를 고려한 신체활동의 내용 구성이 보다 체계적이어야 함을 시사한다. 따라서 학년 군제의 적용은 체육교과 교육에 적절한 운영 체제가 될 수 없다. 더욱이 위계가 없다고 간주되는 신체활동가치 역시 학생들의 인지 발달, 정서 발달을 통합적으로 고려해 볼 때, 학년의 차이에 따라 이를 이해하고 내면화는 학습 정도에 수준차이가 있음도 지적할 수 있다. 실질적으로 교사들이 다양한 발달 정도의 차이를 고려하여 모든 신체활동을 재구성하는 데에도 한계가 있다는 문제 또한 제기 할 수 있다.