다수의 회사가 특허권자의 보호가 불충분하다고 응답했다. 이에 대한 개선방안으로 품목허가를 받지 못하거나 받은 의약품에 특허권 기간 연장 인정, 효력범위와 기준의 명확성, 연장기간 산정 시 기간의 변경 등 다양한 의견이 있었다. 
현행 특허권의 존속기간 연장등록제도 및 허가-특허연계제도에 의해 의약품 등의 분야에서 특허권자의 보호가 충분히 이루어지고 있다고 보는지에 대한 설문에서, 다수의 회사는 특허권자의 보호가 충분하지 않다고 응답하였다. 현행 제도의 개선방안으로는 최초로 품목허가 받지 않은 의약품에 기초하여서도 연장이 인정되어야 한다는 의견, 특별법에 해당하는 “마약류 관리에 관한 법률”에 따라 품목허가를 받은 의약품에 기초하여서도 특허권의 존속기간 연장등록이 인정되어야 한다는 의견, 연장된 특허권의 효력범위를 명확히 해석하기 위해 관련 법령을 개정해야 한다는 의견, 연장기간을 산정할 때 해외에서 실시된 임상시험기간과 임상시험 종료 후부터 허가 신청일까지의 기간을 포함해야 한다는 의견, 연장기간에서 제외되는 특허권자의 귀책기간을 산정하는 기준을 명확히 규정해야 한다는 의견 등이 있었다.