'05~'06년 공동 어로수역 문제를 제기했으나 북측의 새로운 주장으로 합의 도출에 실패하였고 이후 '11년 천안함 사태에 대한 논의에서 입장 차이로 결렬되었다.
2005년과 2006년 제3·4차 남북장성급 군사회담 실무대표회담을 통해 우리 측이 서해 해상 충돌 방지와 공동 어로수역 설정 문제를 제기하였으나 북한 측이 새로운 서해 해상경계선을 주장함에 따라 합의는 도출되지 못하였다. 그 후 2007년 12월 제7차 남북장성급회담(12.12.~14.)에서 「동서해지구 남북관리구역의 통행·통신·통관의 군사적 보장을 위한 합의서」를 채택하는 등 2000년 이후 남북군사회담에서 12건의 합의서를 채택했다. 2011년 2월 개최된 제39차 남북군사 실무회담에서 천안함 폭침, 연평도 포격도발 문제를 논의하기 위한 고위급 군사회담 개최 절차 문제를 협의하고자 했으나 입장 차이로 결렬되었다.