국가보조사업 운용평가는 보조사업에 대해 전문적인 보조사업평가단이 평가를 하고 그 결과를 가지고  향후 운영 여부 및 예산 편성 여부를 판정한다.
국고보조사업 운용평가는 재정사업 자율평가 대상 사업 중 보조사업에 대하여 실효성 및 지원 필요성 등을 평가하고 그 존속여부를 결정하기 위하여 2012년부터 시행하고 있다. 전문성을 갖추고 있는 보조사업평가단을 구성하여 평가를 시행하고 있다. 평가지표는 보조사업으로서의 타당성, 보조사업의 관리의 적정성 그리고 지원되는 보조금 규모의 적정성이다. 평가결과를 토대로 정상추진, 즉시폐지, 단계적 폐지, 통폐합, 단계적 감축, 사업방식변경 등의 판정을 한다. 이와 같은 평가결과는 당해 연도 예산안 편성과정에서 검토를 거쳐서 반영여부가 결정된다.