대학의 개혁을 위해 교육, 연구, 국제화 등 3개 영역을 선정하여 우선적으로 지원하고 평가 결과에 따라 차별하여 지원금을 나눠준다. 이 밖에도 학부 개편, 급여 체계 개선 등을 통해 대학의 변혁을 이끌어내고 있다. 
먼저, 대학 비전에 따른 기능강화를 위해, 각 대학의 특성을 살려 지역공헌, 교육･연구, 국제화 등의 3개 중점 지원 틀을 설정하고 매년 진척 상황을 평가하여 법인 운영비 교부금을 차등적으로 배분하는 것이다. 또한 자기 변혁･신진대사의 추진을 위해, ①산업구조와 고용 수요 변화에 대응하여 학부와 대학원 재편 등을 통한 학내 조직 개편과 대학 간･전문 영역 간 연계･연합을 추진하고, ②총장 재량 경비를 통한 매니지먼트를 통해 교육 연구 활동 활성화 등과 같은 업무 경비의개선을 꾀하며, ③탄력적인 급여 체계 전환, 업적평가의 충실 등, 의욕과 능력이 있는 교원의 연구 환경을 정비하고 ④재무, 홍보, 연구 전략, 법령 준수, 국제 교류, 교학 매니지먼트 등의 전문경영 인재의 육성 확보를 유도하고 있다(文部科学省, 2015). 나아가 수익 사업을 명확히 하고, 기부금 수입 확대, 민간 공동연구 추진 등을 통한 재무 기반을 강화하고, 미래 산업 사회에 대비한 프론티어 형성을 위해 특정 연구 대학, 탁월 대학원, 탁월 연구원 등의 제도를 창설한다고 한다(文部科学省, 2015). 그리고 이들 대학 개혁을 유도하여 가시적인 성과를 창출하기 위해 경쟁적 연구비 개혁을 꾀하고 있다.