기관 연계협력시 복잡한 사안을 효과적으로 처리하기 위해 기관의 역할 및 업무처리 절차를 명확히 한 프로토콜을 마련해야 한다. 
기관 간 연계협력이 반드시 필요한 사안의 경우에는 관련법에 명시하거나 기관 간 협력절차를 명시한 프로토콜 마련이 효과적이라고 할 수 있다. 미국과 영국 등의 국가에서는 아동학대 사안과 같이 기관 간 연계협력이 반드시 필요한 사안의 경우, 기관 간 역할과 업무처리 절차를 명시한 프로토콜을 통해 상호 해당 기관의 역할을 명확히 하고 사안 처리 단계별로 기관 간 협력절차를 명시함으로써 사안처리의 체계성과 실효성을 확보하고 있다. 학교폭력 사안과 같이 다기관 협력과 공동대응이 요구되는 사안에 대한 대응은 유관기관 간 상설협의체 구성이나 프로토콜 마련을 통해 대응할 필요가 있다.