징벌적 대체복무는 양심을 빙자한 자에게는 합당한 복무이지만, 양심적 병역거부자에게는 부당한 장기대체복무가 된다. 그러면 비양심적 징병대상자를 막을 수는 있어도 정당한 병역거부자에게는 징벌이자 부당한 차별이다.
병역거부의 사유가 양심에 따른 것이 아닐 것이라는 가정, 소위 병역면탈의 목적으로 양심을 가장하는 병역기피자가 생길 것이라는 우려가 양심적 병역거부 대체복무의 내용을 좌우하게 해서는 안 된다. 이런 우려가 대체복무기간의 산정에 징벌적 성격을 끼워 넣게 되는 것이다. 그러나 이 같은 징벌적 대체복무는 양심을 빙자한 자에 대해서는 합당하고 적절한 복무기간일 수 있지만, 정작 정당한 사유로 인정된 양심적 병역거부자에게는 부당하게 장기의 대체복무가 되는 것이다. 그러면 함부로 양심을 파는 비양심적 징병대상자를 막을 수 있을지는 몰라도 정당한 병역거부자에게는 징벌이 되고 부당한 차별이 되는 것이다. 마치 엄한 형벌을 부과해야 잠재적 범죄자들이 겁을 먹고 범죄로 나아가지 않을 것이라는 생각과 흡사하다.