북한의 수의방역조직은 당, 내각 지역 단위로 구성되어 있다. 당 농업부문은 수의방역 정책의 방향을 설정하고  내각에서 세부 정책을 작성하고 집행한다. 농업성 내 수의방역 조직은 중앙수의방역소와 국영목장관리 총국,  동물검역소가 있다. 지역에는 도협동농장경리위원회와 군협동농장경영위원회가 그 아래 직접 간접 기구들이 있다.
북한의 수의방역조직은 당 아래 내각, 그리고 지역단위로 상, 하위 체계로 구성되어 있다. 당 농업부문이 수의방역 정책의 방향을 설정하면, 내각 농업성의 축산총국 산하 수의방역처는 수의약품, 가축질병에 관한 세부 정책을 작성하고, 집행하게 된다. 농업성 내 수의방역 조직으로는 질병 진단, 약품의 생산과 공급을 담당하는 중앙수의방역소와 국영목장의 정책을 직접 집행하는 국영목장관리 총국, 가축의 수출입검역을 담당하는 동물검역소가 있다. 그리고 지역에는 수의방역 정책을 집행하는 도협동농장경리위원회와 군협동농장경영위원회가 존재한다. 도협동농장경리위원회의 수의방역 조직으로는 국영목장에 관한 수의방역 정책 집행을 담당하는 도수의방역소와 도국영목장관리국 수의과가 있으며, 군협동농장경영위원회의 수의방역 조직으로는 국영목장에 관한 수의방역 정책 집행을 담당하는 군수의방역소를 두고 있다. 이들 지역 수의방역소는 가축 ‘위생관리’를 담당하고, 가축전염병 예방 사무와 가축질병진단, 사육 위생관리 지도를 담당하고 있으며 전국에 도, 시 군을 단위로 하여 200여개 소가 설치되어 있어 있는 것으로 알려져 있다. 그 밖에 수의방역사업을 담당하는 기구가 있으며, 직접기구와 간접기구로 구분하며, 직접기구는 상설기구와 비상설기구로 나뉜다. 상설기구는 수의방역소, 가축병원, 수의초소, 수의방역대, 국경수의 검역소 등이며, 비상설기구는 수의비상방역위원회, 기동방역대 등이 있다. 간접기구에는 수의약품공장, 수의기술일군 양성기관, 수의과학연구기관이 있다.