일부 대상의 부담금에 대해서는 재정에 추가하지 않는다. 하지만 이는 재정 운영의 투명성이 감소되고, 이미 재정에 추가된 부담금이 존재하기에 형평성에 어긋난다는 문제가 있다. 이를 해결하기 위해 부담금을 내에서 관리해야 한다. 
한편 정부는 그 외 12개의 세입‧세출 외 부담금에 대해서는 재정에 편입시킬 실익이 없거나 편입시키기 곤란하다고 보아 향후에도 재정에 편입시키지 않을 계획이다. 그러나 이들 부담금 일부는 재검토를 거쳐 재정에 편입시킬 필요가 있다. 일부 부담금은 징수금액이 작다는 이유만으로 재정 편입 대상에서 제외되고 있으나,이들 부담금도 재정운용의 투명성 확보를 위해 다른 부담금과 동일한 원칙을 적용하여 재정으로 편입시키는 것이 바람직하다. 현재 중앙정부로 귀속되는 법정부담금 중에도 교통시설특별회계의 원인자부담금(2016년 수입계획 2억원), 임산물수입이익금(2016년 수입계획 12억원) 등 규모가 작은 부담금들이 있음을 고려하면, 규모와 상관없이 해당 부담금 수입을 재정체계 내에서 관리할 필요성이 있을 경우 체계 내로 편입시키는 것이 합리적일 것으로 보인다.