학교 밖 지원센터는 원칙적으로 관리운영비를 사용할 수 없어 물품 구입과 냉난방 시설 사용, 외부 차량 지원에 있어 어려움을 겪고 있었는데, 이는 기관운영 지속과 활성화를 방해할 수 있을 것이다. 
관리 운영비는 전체 예산의 약 9%로 보고되었다. 2015년 신규센터에 한하여 한시적으로 적은 규모의 관리운영비 사용이 허용되고 있는 경우도 있으나 원칙적으로 관리운영비 사용이 불가한 것으로 지침에 나와 있어 기자재 등 필요한 물품 구입은 물론, 냉난방 시설의 사용조차 어렵다는 의견이 종사자들로부터 제기되었다. 심지어는 기관차량이 없어 외부에서 차량을 지원받으려 해도 관리 운영비가 없어 차량유지비를 배정하기 어렵다는 이유로 직원의 개인차량을 업무에 이용하는 경우도 있는 것으로 나타났다. 학교 밖 지원센터 운영 초기단계에서 관리운영비 사용의 불가로 제대로 된 시설을 마련하지 못한다는 점은 향후 기관운영의 지속 및 활성화에 걸림돌이 될 수 있을 것으로 판단된다.