학교 스포츠클럽 운영의 어려움은 체육활동 공간과 시설의 부족이 가장 크고 인적 차원은 지도자 확보의 어려움과 인건비 충당의 어려움이 크다고 했다.
학교 스포츠클럽을 운영하면서 겪는 어려움 중에 물적 차원에서는 ‘체육활동 공간 및 시설의 부족’을 가장 크게 꼽았고, 인적 차원에서는 ‘지도자 확보의 어려움’과 ‘지도자 인건비 충당의 어려움’이 크다고 지적하였다. 그리고 지도비의 지원이 교육청에서 가장 높은 비율로 지원되고 있지만, 고등학교는 상대적으로 다른 학교 급에 비해 교육청의 지원비율이 낮았으며, 현 정부 이후 학교 스포츠클럽에 대한 지원은 나아졌다는 입장도 있지만, 학교 스포츠클럽 수가 양적으로 확대되면서 학교당 지원 금액은 비슷하거나 적어진 경우도 있는 것으로 나타났다.