통일과 북한 관련 모든 역량을 한 조직에 모으는 건 조직의 비대화/업무의 비효율성을 초래한다. 통일준비위원회를 대통령 직속으로 두면서 기존 주요 행위자들의 역량이 발휘되기 어려운 구조가 되었다.
마지막으로 통일준비위원회가 설치될 때 정부가 내세운 명분은 한국 사회에 분산되어 있는 통일 관련 역량을 집중하자는 것이었는데, 이에 대한 부작용도 있음을 비판적으로 재평가할 필요가 있다. 통일과 북한 문제와 관련된 모든 역량을 한조직 혹은 기구에 모은다는 것은 조직의 비대화를 초래하거나 업무의 비효율성을 초래할 수밖에 없다. 농촌사업, 기상청, 국방부 등의 모든 통일 관련 사업 역량을 하나의 조직으로 통합하려고 했던 구상 자체에 모순이 있었던 것이다. 종합적으로 통일정책을 조정할 수 있는 통일부가 있고 전문적인 부처들이 있음에도 불구하고 통일준비위원회를 대통령 직속으로 둠으로써 기존의 주요 행위자들의 역량이 발휘되기 어려운 구조가 되어 버렸다.