구조적 재정수지는 호황일 때는 조사수입이 증가하고 실업급여가 감소하여 수지가 개선되고, 침체국면일 때는 조세수입이 감소하고 실업급여가 증가하여 악화되기 떄문에, 재정운영 건전성 판단에는 경기변동은 제외하고 살펴야한다. 
구조적 재정수지는 재정수지 중 경기변동에 따른 수입 및 지출의 자동적인 증감 부분을 제외하였을 때 얻어지는 재정수지를 말한다. 재정수지는 경기변동에 민감하게 반응하여 경기가 호황국면에 있을 때 조세수입이 증가하고 실업급여 등이 감소하여 수지가 개선되고, 경기가 침체국면에 있을 때는 조세수입이 감소하고 실업급여 등이 증가하여 수지가 악화된다. 따라서 재정정책의 기조 및 재정운영의 건전성을 판단하기 위해 재정수지 가운데 경기변동에 기인하는 부분만큼 제외하고 살펴볼 필요가 있다. 재정수지가 적자를 보이고 있다고 하더라도 구조적 재정수지가 흑자를 보일 때에는 재정건전성에 큰 문제가 없다고 판단하게 되는데 반해 재정수지가 흑자를 보이더라도 구조적 재정수지가 적자를 나타내고 있다면 재정건전성에 문제의 소지가 있다고 판단할 수 있다.