전자문서법은 공인제도를 널리 사용하고 있는데 이로 인해 공인과 비공인 업체에 대한 차별이 나타나 공정한 경쟁이 불가능한 상황이다. 이는 법이 규정하는 기본정책에 반하는 것으로 전자문서법의 공인전자문서중계자제도는 시장진입과 영업에 차별이 없는 전자문서중계자 제도로 개정되어야 한다.
첫째, 전자문서법은 전자문서, 전자서명 그리고 전자거래와 관련하여 ‘공인’제도를 널리 사용하고 있다. 2012년 개정된 전자문서법은 전자문서의 보관 또는 유통서비스를 제공하는 업체에 대해서 정부가 소정의 절차를 거쳐 ‘공인’이라는 수식어를 사용할 수 있도록 하였다. 이로 인하여 ‘공인’을 받은 업체는 해당 분야의 영업, 선전, 홍보에 많은 도움을 얻는 반면, 비공인업체는 아무런 혜택이 없기 때문에 공인업체와 비공인업체가 시장에서 공평하게 경쟁하는 것이 제도적으로 불가능하게 되었다. 이는 전자문서법이 규정하고 있는 “전자문서 및 전자거래에 관한 기본정책”에도 정면으로 반한다. 즉 전자문서법은 전자문서 이용 및 전자거래를 촉진하기 위하여, 민간 주도에 의한 추진, 규제의 최소화, 전자문서 및 전자거래의 안전성과 신뢰성 확보, 국제협력의 강화라는 정책을 수행하도록 규정하고 있다(제19조). 그러므로 전자문서법의 ‘공인전자문서중계자’ 제도는 ‘공인’제도를 폐지하고, 새로운 전자문서 유통 서비스의 시장 진입과 영업에 장애가 되지 않도록 차별 없는 ‘전자문서중계자’ 제도로 개정할 필요가 있다.