3대에 이은 정씨 일가의 대만통치는 청나라에 의해 막을 내린다. 청나라는 대만을 복속 시킨 후 근대화정책을 실시했으나 성과를 달성하지 못했고 청일전쟁에 패하며 대만섬은 일제에 할양 됐다.
정성공으로부터 시작한 정씨 일가의 3대(代)에 이은 대만 통치는 1683년 청나라 군대에 의해 막을 내리게 된다. 청(淸)나라는 대만을 복속시킨 후 푸젠 성(福建省)의 관할 아래 두었다. 1885년 종래 푸젠 성에 속하고 있던 대만이 대만 성(臺灣省)으로 승격되어 1887년 시행에 들어갔는데, 류명전(劉銘傳)은 초대(初代) 대만 순무(臺灣巡撫, 지방장관)가 되어 대만 전역의 실효 지배를 목적으로 하는 일련의 근대화 정책을 실시했다. 그러나 이러한 정책은 충분한 성과를 달성하지 못했고, 1895년 4월 17일, 청나라가 청일전쟁에서 패하면서 체결된 시모노세키 조약(下關條約)으로 대만 섬과 펑후 제도는 일제(日帝)에 할양되었다.