엔화강세에 따른 수축 위축 및 2020년 올림픽에 대비하여 2013년 친환경자동차 보조금 지급을 재기하였다. 그러나 보조금 상한은 업체의 단가 인하를 독려하는 인센티브 방식으로 점차 하락하도록 설계되어 있다.
원 계획에 의하면 2단계가 종료되는 2012년에 보조금을 철폐할 계획 이었다. 그러나, 엔화강세에 따른 수출 위축에 대응하고 2020년 올림픽을 대비하여 3단계를 2013년 5월에 신설하여 보조금 지급을 재기하였다. 단, 3단계의 예싼 규모는 100,500백만 엔(¥)으로 2단계보다 축소되었다. 그리고 보조금 지원 방식을 친환경자동차 업체의 단가 인하 노력을 독려하는 인센티브 방식으로 개편하여, 단가인하 노력이 높을수록 보조금이 중가(최대 휘발유 자동차와의 가격차이의 100%까지 보조)하도록 설계하였다. 이러한 보조금 상한은 점차 하락하도록 설계되어 있으며, 2016년에는 보조금 상한이 전기자동차는 50만엔, 플러그인 하이브리드차는 40만 엔, 클린디젤 자동차는 20만엔으로 하향 조정될 예정이다.