NCS는 기업 간 차이를 충분히 고려하지 못하며 소수의 대기업을 중심으로 한 우리나라의 수직적 산업구조에 적합하지 못하다는 점에서 본질적인 문제를 가지고 있다고 평가된다.
국가직무능력표준(NCS)의 수용가능성과 관련해서 제기되는 본질적 문제는 다음과 같다. NCS가 산업현장의 직무를 반영한 표준이라 하더라도 개별기업마다 문화와 업무방식이 다른데 과연 표준화된 NCS가 현장에서 수용가능할 것인지, 그리고 이에 기반한 학습모듈이 개별 기업에서의 현장성을 담보할 수 있을 것인지의 문제이다. 특히 우리나라의 경우 기업의 형성과정에서부터 소수 대기업을 중심으로 하청, 재하청 중소기업이 구성되어 있는 구조이며, 따라서 개별기업을 넘어 업종별 직무표준이나 업종별 인적자원개발의 역사가 일천하기 때문에 NCS의 수용가능성 문제가 대두되는 것은 당연한 일이다.