｢공감법｣에서는 자체감사기구가 독립적인 감사업무를 수행하여 실효성 있는 내부통제가 이루어지기 위한 규정을 두고 있다. 구체적으로 최대한의 독립성 보장과 정확한 소속 규정 등이 있다.
그러나 ｢공감법｣에서는 별도의 장(제2장)에서 적절한 조직과 인원을 갖춘 자체감사기구가 독립적으로 감사업무를 수행하게 되어 실효성 있는 내부통제가 이루어질 수 있도록 하기위하여 이에 관한 규정을 두고 있다. 구체적으로는 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관이 독립성을 갖춘 자체감사기구를 설치·운영하도록 규정하여 자체감사기구를 반드시 두도록 하고 있고(제5조), 독립성과 관련하여 자체감사기구의 장은 감사활동에서 최대한 독립성이 보장되어야 한다고 규정하고 있으며(제7조 제1항), 감사기구의 장은 감사활동의 독립성이 보장될 수 있도록 그 소속이 적정하게 정해져야 한다고 규정하고 있다(제7조 제2항).