세조가 동학사에 들른 길에 삼은각과 사육신 초혼단 자리를 보고 동학사에서 제사를 올리도록 하였다. 1458년 세조가 동학사에 단종과 금성대군 등과 관련해 죽은 사람과 추가로, 병자원적에서 누락된 100명을 적어 내리며 각을 짓게 한 것이 초혼각이다. 한편 김시습과 조상치 등이 매년 3월 15일을 제일로 정한 후 지금까지 이어지고 있다.
이듬해 9월 세조가 오대산/속리산을 거쳐 동학사에 들른 길에 삼은각과 사육신 초혼단 자리를 보았다. 그리고 비단 여덟 폭에 사육신 및 이들과 관련하여 죽은 백여 인의 성명을 적고, 또한 고려 임금의 성명을 적어서 동학사에서 제사를 올리도록 하였다. 
한편 이해 10월 단종이 강원도 영월에서 17세의 나이로 죽었는데, 이 때에도 영월 호장엄흥도가 위험을 무릅쓰고 시신을 거두어서 자기 어머니를 위해 마련해 두었던 관에 모시고 암장을 하였다. 그리고 단종이 입었던 옷을 수습하여 동학사에 도착하여 김시습과 함께 ‘품’ 자 모양의 단을 만들고 제사를 올렸다고 한다. 
1458년(세조 4)에는 세조가 다시 조치를 취하였다. 동학사에 단종과 안평대군, 금성대군, 그리고 계유년 정변 때의 세 정승(왕포인/김종서/정분), 이와 관련하여 죽은 사람과 병자원적에서 누락된 100여 명을 추가로 적어서 내리면서 각을 짓게 하고, 초혼각이라 이름을 붙인 것이다. 동시에 주위 20리의 땅을 내리고, 토지 25결을 더 지급하여 유생과 승려로 하여금 매년 10월 24일에 대제를 지내게 하였다. 1467년(세조 13)에는 김시습과 조상치 등이 회의하여 매년 3월 15일을 제일로 정하였는데, 이 때부터 봄/겨울에 제사를 지내는데, 지금까지 이어지고 있다. 