국가재정운용계획은 분야별 지출한도를 정하며 지출 범위에 대한 전략적 기초다. 지출 검토와 차별성이 떨어질 수 있으나 지출검토제도는 국가재정운용계획의 발전형태이며 상호보완적 관계이다. 
다음으로, 국가재정운용계획은 분야별 지출한도를 결정할 뿐 개별 사업에 대한 우선순위를 부여하거나 구조 조정안을 제시하지는 않는다. 국가재정운용계획이 지출 검토의 로드맵과 범위를 정하는 기초가 될 수 있다. 중장기적인 지출 총액과 큰 틀의 재정운용 방향은 지출 검토를 통한 부채 감축 및 새로운 국정과제와 같은 정책의 집행을 위한 재원 공간 마련을 위한 전략적 기초가 될 수 있다. 분야별 지출한도를 설정한다는 점에서 사업의 우선순위와 성과를 기초로 지출 한도를 결정하는 지출 검토와의 차별성이 떨어질 수 있다. 다만, 국가재정운용계획은 미시적으로 사업의 우선순위를 설정하지 않고, 사후적 성과를 분석하지 않는다는 점에서 지출 검토 제도가 국가재정운용계획의 발전된 형태라고 볼 수도 있다. 다만, 지출 검토 제도는 국가재정운용계획의 준수를 위한 매년도 지출 검토가 필요하다는 점에서 국가재정운용계획과 상호보완의 관계에 있다. 아울러 새 정부의 국정운영 계획을 제대로 반영하는 국가재정운용계획이 세워져야 실효성을 가질 수 있으나, 실상은 매우 형식적으로 운용되고 있다.