프로그램 예산제도의 개선을 위해서는 기반 시스템 개선, 효과성 제고, 제도 및 관행의 개선, 관리측면의 개선이 필요하다. 그 중에서는 기반 시스템 개선이 가장 중요한 것으로 나타났다.
프로그램 예산제도의 개선을 위하여 네 가지 상위 정책영역, 즉, 기반 시스템 개선, 효과성 제고, 제도 및 관행의 개선, 관리측면의 개선을 위한 하위정책대안들을 제시하여 정책대안 체계도를 구상하고, 재정 및 예산 전문가(특히 프로그램 예산제도)에 대한 전문가를 대상으로 설문조사를 실시하여 AHP분석을 실시한 결과를 토대로 정책대안의 우선순위를 제시하였다. 프로그램 예산제도의 개선을 위하여 네 가지 상위 정책영역, 즉, 기반 시스템 개선, 효 과성 제고, 제도 및 관행의 개선, 관리측면의 개선 중에서는 기반 시스템 개선이 가장 중요한 것으로 나타났다. 다음에서는 상위 정책영역별 정책대안들을 구체적으로 살펴보고자 한다.