국세청으로 사업자등록증을 받은 신규 사업장의 명부는 기존 미가입 사업장 및 개별 미가입자를 적발하는 데 한계가 있으며 사업자 미등록시에도 불가하다. 국세청의 협조를 받더라도 이들의 근로시간과 사업장 정보를 받을 수 없으므로 고용 사실 미신고 시 이를 판별할 수 없다.
국세청으로부터 사업자등록증을 교부받은 신규 사업장의 명부를 제공받아 신규 미가입 사업장을 적발하는 데에는 유용할 수 있으나 기존 미가입 사업장 및 개별 미가입자를 적발하는 데에는 한계를 보이고 있다. 더 나아가 근로자를 고용한 사업주가 사업자등록을 하지 않은 경우에는 이와 같은 방식으로 적발할 수 없게 된다. 경활비임금근로조사(2013. 8)를 보면, 고용원이 있는 자영업자 1,507천 명 중 6.1%가 사업자 등록이 되어있지 않은 것으로 조사되었다. 이러한 경우에는 사회보험료뿐만 아니라 세금도 납부하지 않고 있는 것이다. 또한 사회보험 운영주체가 자료를 필요로 하는 사람의 주민등록번호를 국세청에 보내 협조 요청을 하면 이들에게 발생한 소득액과 소득 발생 기간 등의 정보를 받는 데 그치며 이들의 근로시간 및 사업장 정보를 받을 수 없다. 따라서 사회보험 가입 사업장에서 근무하고 있으나 고용 사실(근로사실)이 신고되지 않은 미가입 근로자나 애초부터 미가입 사업장에 근로한 근로자에 대해서는 이를 판별할 수 있는 자료를 제공받을 수 없다는 한계가 있다.