학교전담경찰관은 본래의 임무수행과 지역사회 전문기관과의 협력도 중요하다. 미국 학교경찰관이 청소년 상담기관과 협력을 하는것 처럼 국내도 지역 전문상담기관의 연계 등이 필요하다. 
警･學 협력체계 구축은 학교전담경찰관에게 부여된 주요 임무로서 학교경찰활동의 기초라고 할 수 있다. 학교전담경찰관이 임무는 학교와 경찰의 협력관계에서 수행되어야 할 성격의 임무가 다수를 차지하지만, 지역사회 전문기관과의 연계협력도 필요하다. 특별히 미국 학교경찰관(SRO)의 연계활동은 학교와의 연계활동에 국한되지 않고, 지역사회에 있는 청소년 상담기관, 의료기관 등을 포함한다. 국내 학교전담경찰관도 실질적으로 학교뿐 아니라 지역사회 유관기관들간의 연계자 역할을 부여받고 있다. 그 예로서 학교전담경찰관 매뉴얼에서는 전문적 상담이 필요한 가･피해학생 들은 지역 전문상담기관에 연계하도록 명시하고 있다.