임금산정의 원칙은 실근로시간에 따른 보상이지만 현실에서는 포괄임금제라는 실무상 관행으로 예외가 있다. 2009년 및 2010년 사업체패널조사에 따르면, 고정적으로 초과근로가 행해지는 사업장이 전체의 11%였고 예상해서 연봉에 초과근로시간을 포함시켜 주는 경우가 전체의 약 41%였다.
앞서 말한 바와 같이 현행 근로기준법에 따른 임금산정의 원칙은 실근로시간에 따른 보상이지만, 여기에는 예외가 존재한다. 우리 노동현실에서는 근무형태에 따라 연장․휴일․야간근무가 어느 정도 예정되어 있는 업종에 따라 구체적인 시간산정의 번거로움을 피하기 위하여 기본임금에 시간외근로수당․야간근로수당․휴일근로수당 등의 명목으로 일정한 금액을 미리 합산하여 지급하거나 애초에 기본급을 별도로 산정하지 아니한 채 각종 법정수당을 합한 총액을 월급이나 일당으로 지급하는 이른바 ‘포괄임금제’라는 실무상 관행이 존재한다. 2009년 및 2010년 사업체패널조사 결과 를 분석한 자료에 따르면, 2009년 기준으로 매일 고정적으로 시간외근로 등 초과근로가 행해지는 사업장은 전체 사업체의 11.0%이고, 이들 사업체 중 41.4%가 초과근로에 대한 임금지급방식으로 포괄임금제를 채택하고 있고, 2010년 기준으로는, 사무, 관리, 전문직의 경우 초과근로수당을 근로시간대로 정확하게 계산해서 지급하는 것이 아니고 미리 일정한 초과근로시간을 일할 것을 정해서 아예 연봉에 포함시켜 주는 경우가 전체의 41.2%를 차지한다.