인증 어린이집에 인증 취소 사유가 발생하면 보건 복지부로 이 사실과 관련 서류가 전달된다. 보건 복지부는 처분 내용을 사전 통지하고, 의견 제출 기한이 지나면 처분을 확정하고 조치를 취한다.
위와 같은 인증 취소 사유가 발생한 경우, 시·군·구는 인증 어린이집에 사유 발생 7일 이내에 인증 취소 사유 발생 사실 및 관련 서류를 첨부하여 시·도에 통보 해야 하며, 시·도는 시·군·구로부터 통보 받은 취소 사항을 확인한 후, 취소 사유 발 생사실 및 관련 서류를 7일 이내에 보건 복지부에 통보한다. 보건 복지부는 시·도로부터 통보 받은 인증 취소 사항을 확인하고 해당 어린이집에 인증 처분의 내용을 사전 통지하고, 의견이 있을 경우 의견서를 제출할 수 있는 기회를 준다. 또한 의견 제출 기한 경과 이후에 해당 어린이집에 대한 인증 취소 처분 확정 및 관련 조치를 취하게 되고, 시·군·구는 인증이 취소된 어린이집의 인증서 및 인증 현판을 인증 취소 사실을 통보 받는 즉시 회수하여 폐기한다.