과도한 기업지원에 따르는 부작용으로는 퇴출될 기업이 시장을 교란하여 소위 좀비기업을 양산하고 기업의 정부의존을 심화시키는 점이 있다. 또한 지원기업을 정부가 선정하는 과정에서 시장을 훼손하며 과도한 보호가 무리한 투자를 낳는다는 부작용도 존재한다.
과도한 기업지원에는 많은 부작용이 따른다. 첫째, 퇴출될 기업이 시장을 교란한다. 이는 정부지원으로 연명하는 기업을 양산한다. 그 결과 영업이익으로 이자도 못 갚는 한계기업이 비금융상장기업의 34.9%, 30대 대기업 계열사의 22.5%를 차지한다. 3년 연속 한계기업인 소위 좀비기업은 자산 기준으로 16%에 달하고 더구나 증가 추세이다. 이러한 소위 좀비 기업은 저가 입찰로 건전 기업의 발목을 잡는다. 둘째, 과도한 지원은 기업의 정부의존을 심화시킨다. 기업 경쟁력은 정부가 만드는 것이 아니고 치열한 경쟁 속에서 함양되는 것이다. 정부지원으로 생긴 경쟁력은 지원 종료와 함께 사라진다. 셋째, 지원기업을 정부가 선정하는 과정 자체가 시장을 훼손한다. 기업의 가능성을 평가하는 것은 금융의 몫인데 정부가 대신하고 있다. 정부는 금융의 역량이 부족하다는데, 먼저 역량을 키울 기회를 주어야 한다. 우리의 낙후된 금융은 관치 탓이다. 또한 정부의 기업선정 과정은 부정과 담합의 원천이기도 하다. 넷째, 과도한 보호는 무리한 투자를 낳는다. 수익성이 낮아 안 할 사업인데 정부 지원 덕에 투자하게 되었다면 그 사업이 성공하겠는가? 1997년의 경제위기도 과잉투자로 빚어졌다.