특허종합정보 컨설팅 사업은 지방자치단체의 사업비 매칭을 통해 각 지역 센터에서 사업을 운영하고 있으며,  지식재산권 창출 활동을 지원하기 위하여 지자체와 매칭 사업으로 시작했다. 일정 심사를 거친 중소기업에는 맞춤형 지식재산경영 컨설팅을 제공한다.
둘째, 특허종합정보 컨설팅 사업은 지역 중소기업의 기술개발 및 사업화 현장지원 등을 통해 종합적이고 체계적인 지식재산권 창출 활동을 지원하기 위하여 2005년부터 지자체와 매칭 사업으로 시작되었다. 2013년 기준 117억 5,800만 원의 예산이 편성되었으며, 17개 광역 지방자치단체의 사업비 매칭을 통해 17개 지역센터에서 관련 사업을 운영하고 있다. 소정의 심사를 거친 컨설팅 선정 중소기업에 대해서는 지역센터 전문컨설턴트(특허, 브랜드, 디자인분야)를 통한 맞춤형 지식재산경영 컨설팅을 제공하고 있다. 또한 17개 광역 센터별 특허컨설턴트 2∼4명이 상주하며 기술개발에서 권리화・사업화에 이르기까지 One-Stop 종합 서비스를 제공한다. 뿐만 아니라, 특허기술 맞춤형PM지원, 선행기술조사지원, 국내・외 출원비용 지원, 시뮬레이션(3D) 제작지원 등 중소기업 및 개인 발명가를 위해 다양한 지원사업을 수행하고 있다.