민주공화당의 창당이 한국 정당 정치에 영향을 미친 또 다른 중요한 점은 당정협의회의 관행을 마련한 것이다. 이러한 제 3 공화국의 당정협의회의 실시는 ‘정부-여당 대야당’이라는 한국 정치의 틀을 강화하는 데 영향을 끼쳤다. 그리고 당정협의는 제도화된 것은 아니지만, 오늘날까지도 행정부와 집권당 간에 협력과 소통을 위한 중요한 관행으로 자리 잡고 있다.
둘째, 민주공화당의 창당이 한국 정당 정치에 영향을 미친 또 다른 중요한 점은 당정협의회의 관행을 마련한 것이다. 원래 김종필 플랜은 당이 국정을 주도해 나가는 방식이었다. 공화당은 강력한 사무국을 지닌 조직 형태. 국회 운영이나 국회의원 공천을 포함한 모든 당무와 당 재정 관리도 사무국이 맡도록 되어 있었다. 그리고 집권 초 당정 간에 빈틈없는 협조 기구가 구축됨으로써 공화당의 영향력은 국회를 넘어 행정부가지 확대될 정도였다. 위로는 청와대 연석회의부터 당무위원-국무위원 연석회의, 경제정책회의, 정책 협의회 등의 각료와 당간부 수준의 협의체를 거쳐 아래로는 시군 당정협의회에 이르기까지 긴밀한 당정협조체제가 구축되었다 (김일영 2011: 217) 박정희 역시 ‘당과 정부가 일체가되어 정당의 책임정치를 다할 것’이라고 1964년 12월 28일의 전당대회에서 밝힌바 있다. 그리고 국무총리를 비롯한 장관급 전원을 공화당에 입당시켰다. 중앙차원의 당정협의회는 당의장과 행정부의 국무총리가 번갈아 회의를 주재하며 당의장, 중앙상임위원회의장, 정책위원회의장, 사무총장, 원내총무, 국회상임위원장, 정책위원회 부의장 등이 참석하고 당 사무차장이 간사를 맡았으며, 정부에서는 국무총리와 전체 국무위원이 참석하고 국무총리 비서실장이 간사를 맡았다 (김용욱 1996: 131-133). 이러한 당 중심의 정국 주도는 결국 박정희 임기후반으로 갈수록 행정부 우위가 나타나면서 실패로 끝이 났다 ((김용호 1991:235-236). 그러나 제헌과정에서 한국의 대통령제가 내각제적인 요소를 갖고 있는 점을 감안할 때, 이러한 제 3 공화국의 당정협의회의 실시는 ‘정부-여당 대야당’이라는 한국 정치의 틀을 강화하는 데 영향을 끼쳤다. 그리고 오늘날까지도 당정협의는, 제도화된 것은 아니지만, 행정부와 집권당 간에 협력과 소통을 위한 중요한 관행으로 자리 잡고 있다.