자치분권 특별회계의 목적은 분산되었던 마을관련 사업을 묶어 재원을 확보하고, 시민에게 권한을 주는 마을 민주주의를 시행하면서 자치분권 사업에 투자 하는 것이다. 중앙집권적 재정운용은 마을자치를 더디게 하므로 특별회계를 운영하여 마을 일에 대처할 수 있도록 했고 필요한 예산을 주민이 편성하도록 하여 자율성과 책임성을 기초로 재정 민주주의 구현을 실현시켰다.
지방재정법에 따르면, 특별회계는 국가나 지방자치단체가 특정한 사업을 추진하거나 특정한 자금을 운용하고자 할 때, 또는 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 수입과 지출을 정리할 필요가 있을 때, 법률이나 조례에 근거하여 설치하는 회계이다. 자치분권 특별회계의 설치 목적은 그동안 분산 추진되던 다양한 마을관련 사업을 하나로 통합하여 읍면동 주민자치에 필요한 재원을 안정적으로 확보하고, 시민에게 권한을 대폭 이양하는 마을 민주주의를 본격적으로 추진하며 자치분권 사업에 적극적으로 투자 하자는 것이다. 중앙집권적 재정운용은 지역의 특색있는 성장을 저해하고, 시(市)에 집중된 예산은 마을자치를 더디게 한다. 풀뿌리 지방자치를 제대로 시작하기로 하였으니 마을의 일이 잘 작동되도록 하려면 재정적 지원이 안정적으로 뒷받침되어야 한다. 이에 따라 자치분권 특별회계를 운영하면서 마을단위에서 이루어지는 크고 작은 일들에 대해 신속하고 능동적으로 대처할 수 있도록 하였고, 마을에 필요한 예산을 주민 스스로 결정하고 편성하도록 자기결정권을 부여한 것은 자율성과 책임성을 바탕으로 한 실질적 재정 민주주의 구현을 가능하게 했다는 점에서 높게 평가할만하다. 책임성이 담보된 마을의 재정자주권을 확대하고 시민참여를 촉진해 나간다면, 마을의 조직·입법·계획·경제를 활성화하는데 디딤돌이 될 수 있을 것이다.