공공기관 임금체계는 개편 필요성이 지속적으로 제기되어 왔다. 공공기관 및 지방공기업을 대상으로 한 임금체계 조사에 따르면, 임금체계의 공정성이 매우 약한 것으로 확인된다. 직급 차이에 따른 임금인상 보다는 근속에 따른 인상폭이 더 커서 승진에 대한 동기가 부여되지 않는다는 문제도 있다.
먼저, 큰 틀에서의 임금체계 개편 방안을 살펴보겠다. 그동안 공공기관 임금체계는 근속연수, 기관별, 고용형태별 임금 격차가 크고 동일가치노동 동일임금 원칙에서 벗어난다는 점에서 개편 필요성이 지속적으로 제기되어 왔다. 공공기관 및 지방공기업 466곳을 대상으로 임금체계 조사를 실시한 정동관 외(2016)에 따르면, 임금체계의 공정성이 매우 약한 것으로 확인된다. 특히 하위직급 중심으로 폭넓게 존재하고 있는 임금의 연공성 때문에 유사 직무를 수행하는 동일 직급 내 기본급 차이가 2배가 넘는 경우가 많아 공정성 측면에서 문제가 있고, 직급 차이에 따른 임금인상 보다는 근속에 따른 인상폭이 더 커서 승진에 대한 동기가 부여되지 않는다는 문제도 있다. 연공급제는 해마다 호봉이 자동으로 오르면서 임금이 인상되는 임금체계인데 연령이 올라갈수록 필요 생계비도 늘어난다는 점에서, 특히 사회임금이 취약한 한국의 상황에서 적합하다는 주장도 없지 않지만 업무의 내용과 무관한 임금인상이 비효율적이고 공정하지 않다는 비판도 많이 제기된다. 또한 수행하고 있는 업무보다는 공공기관 유형(및 소속 부처)이 공공부문 내 기관별 임금격차를 유발하는 원인으로 지목되고 있어 형평성이 담보되지 않는다는 지적을 받고 있다.