고유 기능 활용 및 내정간섭 논란을 피하기 위해 북한인권기록보존소를 국가인권위에 두어야 한다는 견해에, 국가인권위의 결정은 권고에 그치고, 소추를 염두에 두기 어렵다는 반론이 존재한다. 
국가인권위에 두어야 한다는 견해는, 북한인권기록보존소는 북한인권 실태를 조사, 연구하고 이를 정리하는 곳으로서 이는 국가인권위의 고유 기능 중 하나라는 점, 법무부는 행정부처로서 북한으로부터 내정간섭 논란거리를 제공할 수 있어서 부적절하다는 점, 인권기록은 비단 형법의 문제가 아니라 국제인권규범에 반하는 반인도적 범죄를 기록하는 것이라는 점 등을 논거로 들고 있다. 이에 대해서는 국가인권위원회의 결정은 권고적 기능에 그친다는 한계가 있고, 향후 소추를 고려한다면 인권침해 대한 최초의 기록방식도 소추를 염두에 두고 정리되어야 할 것인데, 국가인권위는 아무래도 소추를 유념한 기록, 수집에는 한계가 있다는 반론이 제기되고 있다.