농업･식품산업기술종합연구기구의 역사는 다음과 같다. 1948년 전후 시험연구와 보급사업의 역할 분담을 하고 국가 지원을 규정하였다. 국립기관은 2001년에 독립행정법인 농업기술연구기구로 개편됐다. 농업기술연구기구는 개칭과 통합을 거쳐 농업･식품산업기술종합연구기구로 변모했다. 2015년엔 연구기구 몇몇이 국립연구개발법인으로 전환됐다.
현재 국립연구개발법인 농업･식품산업기술종합연구기구(이하, 농연기구, National Agriculture and Food Research Organization, NARO)를 구성하고 있는 주요 연구기관의 역사는 짧게는 54년, 길게는 123년에 이르고 있다. 1948년 전후 점령정책에 의해 농업개량조장법 제정에 따라 지방자치단체에 있는 시험연구와 보급사업의 역할 분담을 명확히 하고 기관에 대한 국가 지원을 규정하였다. 국가 시험연구체제에 대한 개혁 또한 추진되어 국립농업시험장은 농업기술연구소와 지역농업시험장으로 구분되고, 총괄기관으로서 농업개량국이 설치되었다. 농업시험장 중 국립기관은 독립행정법인 제도의 신설에 따라 2001년에 독립행정법인 농업기술연구기구로 개편되었다. 농업기술연구기구는 2003년 생물계특정산업기술연구기구와 통합되어 농업･생물계특정산업기술연구기구로 개칭되어 2006년 농촌공학연구소와 식품연구소가 다시 통합되고 독립행정법인 농업인대학교의 기능을 계승 받아 농업･식품산업기술종합연구기구로 개칭되었다. 2015년 4월 1일부터 농림수산 연구기구 중 농연기구, 농업환경기술연구소, 농업생물자원연구소, 국제농림수산업연구센터, 수산종합연구센터, 산림종합연구센터가 국립연구개발법인으로 전환되었다.