오래 지속된 수사지휘권 사안은 권한 충돌이나 정치적인 쟁점이 되어서는 안되고 국민의 인권에 무엇이 좋은가, 법의 정의 실현에 기여하는 가를 먼저 따져봐야 한다.
따라서 위에서 검토한 것처럼 검찰과 경찰의 관계에 대하여 상당히 뿌리 깊은 논쟁이 계속 남아 있고 경우에 따라서는 권력기관 상호간의 감정적인 분쟁으로까지 비화되고 있으나, 경찰의 수사권독립에 관한 문제는 무엇보다도 먼저 국민의 기본권을 최대한으로 존중하여야 한다는 기본입장에서 검토되지 않으면 안 된다. 즉 수사지휘권의 문제를 국가기관 간의 권한대립의 문제로 볼 것이 아니라 과연 검사의 사법경찰에 대한 지휘․감독이 국민의 인권보호에 기여하는가 또한 형사사법정의의 실현에 유익한 것인가라는 측면에서 논의하여야 하며, 특히 영미식 수사구조로 변경하고자 하는 경우 사법비용의 증가 및 무죄율의 상승 등에 대한 깊은 연구가 선행되어야 할 것이다.