안보형사법은 보호법익상 불법성이 무거우므로 일반 형사법과는 다른 수사 및 재판이 이루어져야 한다는 주장이 가능하다. 그 예로는 현행 헌정범죄시효법을 들 수 있다.
안보형사법의 보호법익이 국민의 자유와 권리의 보장의 근본적 토대인 국가의 존립과 안전이라는 점에서 이를 침해하거나 위태롭게 하는 범죄는 개별적인 법익을 침해하는 범죄들보다 그 불법성이 중대하므로 이들에 대한 수사와 재판은 일반 형사범과는 달라야 한다는 관점이 있을 수 있다. 현행 헌정질서 파괴범죄의 공소시효 등에 관한 특례법이 그 예로 볼 수 있다. 동법은 헌정질서 파괴범죄, 즉 형법상 내란의 죄와 외환의 죄, 군형법상 반란의 죄와 이적(利敵)의 죄에 대해서 공소시효의 적용을 배제하고(동법 제3조), 재정신청에 관한 특례규정(동법 제4조)을 두고 있다.