헌법재판소는 “공정거래위원회는 요건이나 제한규정이 없어, 제1심 판결 선고 전까지 고발을 취소할 수 있는 고발 재량권을 갖는다”라고 하면서도, “위법성이 명백할 경우의 비고발에 대해 공정하고 자유로운 경쟁 촉진 및 소비자를 보호 저해"를 우려하며 “위법성과 가벌성이 상당한 사안에 있어서는 공정거래위원회는 고발 의무가 있고 이의 불행사는 피해자의 평등권과 재판절차진술권을 침해하는 것”이라고 했다. 이에 1996년 개정법에 예외적인 고발의무 규정이 추가되었다.
이에 대해 헌법재판소는 “공정거래법은 제71조에서 ‘……의 죄는 공정거래위원회의 고발이 있어야 공소를 제기할 수 있다’는 규정만을 두고 있을 뿐 공정거래위원회의 고발권행사에 관한 아무런 요건이나 제한규정도 두지 아니하고 있고, 공정거래위원회의 고발은 통상의 친고죄에 있어서의 고소와 같이 제1심 판결 선고 전까지는 언제든지 이를 취소할 수 있다고 해석할 수밖에 없다(형사 소송법 제232조 제1항 참조). 그러므로 공정거래위원회는 심사의 결과 인정되는 공정 거래법위반행위에 대하여 일응 고발을 할 것인가의 여부를 결정할 재량권을 갖는다고 보아야 할 것”이라고 하면서도, “모든 행정청의 행정재량권과 마찬가지로 전속고발제도에 의한 공정거래위원회의 고발재량권도 그 운용에 있어 자의가 허용되는 무제한의 자유재량이 아니라 그 스스로 내재적인 한계를 가지는 합목적적 재량으로 이해하지 아니하면 안 된다고 할 것이다. 만약 공정거래위원회가 대폭의 가격인상카르텔 등의 경우와 같이 그 위법성이 객관적으로 명백하고 중대한 공정거래법위반행위를 밝혀내고서도 그에 대한 고발을 하지 아니한다면 법집행기관 스스로에 의하여 공정하고 자유로운 경쟁을 촉진하고 소비자를 보호한다는 법목적의 실현이 저해되는 결과가 되어 부당하기 때문이다” 라고 하면서 “공정거래법이 추구하는 법목적에 비추어 행위의 위법성과 가벌성이 중대하고 피해의 정도가 현저하여 형벌을 적용하지 아니하면 법목적의 실현이 불가능하다고 봄이 객관적으로 상당한 사안에 있어서는 공정거래위원회로서는 그에 대하여 당연히 고발을 하여야 할 의무가 있고 이러한 작위의무에 위반한 고발권의 불행사는 명백히 자의적인 것으로서 당해 위반행위로 인한 피해자의 평등권과 재판절차진술권을 침해하는 것”이라고 하여 재량권의 한계를 명확히 하였고, 이러한 취지를 반영하여 1996년 개정법에서는 예외적인 고발의무 규정이 추가되었다.