이전에 존재했던 노조는 ‘민주노총전국공공연구노동조합’과 ‘과학기술연구전문노동조합’으로 나뉘었으나 ‘공공기관 정상화 대책’에 연구기관노조들과의 공동대응 필요성을 주장, 다시 공공연구노조의 지부가 되었다. 
A기관에는 2018년 현재 두 개의 노동조합이 있다. 2011년 이전부터 존재했던 노조는 K지부다. K지부는 1990년 6월에 설립되었다. 이후 소산별 노조인 ‘전국과학기술노동조합(이하 과기노조)’이 1994년 4월 15일에 창립할 때 동참하여 지부가 되었다. 이후 과기노조의 지부로 활동해 오다가 2007년 3월 27일 과기노조와 전국공공연구전문노조가 통합하여 ‘민주노총전국공공연구노동조합(이하 공공연구노조)’이 출범하자 이에 반대하여 일부 노조와 함께 ‘과학기술연구전문노동조합’을 결성한 후 지부가 된다. 그러나 2014년 4월에 당시 진행되었던 정부의 ‘공공기관 정상화 대책’에 연구기관노조들과의 공동대응 필요성을 주장하며 다시 민주노총으로 상급단체를 바꾸고 공공연구노조의 지부가 되었다.