해방후 북한은 일본과 구소련의 가축방역방식과 기술을 수용하여 가축방역체계를 구축하였다. 1946년 농림국 아래에 축산부 위생과를 둔 것을 시작으로 수의방역소를 설치하고 가축방역소, 가축병원을 설치하였다. 또한 가축연구위생소를 조직하고 중앙농사시험장을 설치하였다. 이후 농업과학원 산하의 농산학연구소에 수의학연구소를 두었다.
해방 후 북한은 일제강점기에 수의분야 학자로 활동한 김종희를 중심으로 일본의 가축방역방식과 기술, 구소련의 방역체계를 대부분 수용하였다. 1946년 2월, 북조선임시인민위원회는 행정 10국 가운데 농림국 아래에 축산부 위생과를 두었다. 1947년 2월 22일에 성립된 ‘북조선인민위원회’로 변경하면서 1947년 5월에는 농림성 산하에 수의방역소를 설치하였으며, 1948년 9월 9일 ‘조선민주주의인민공화국’을 수립하면서 농림성을 ‘농업성’으로 개칭하였다. 한편, 농업성 아래에 축산국에 수의방역을 담당하는 조직을 두고, 도 및 군 인민위원회 수의방역담당 조직 아래에 가축방역소, 가축병원을 설치하였다. 또한 1946년 약품생산과 관련 연구를 담당하는 ‘가축위생연구소’를 조직하고, 1947년 4월 북한의 축산 등 분문별 농사시험장을 지도하는 ‘중앙농사시험장’을 설치하였다. 이에 기초해서 1948년 12월에는 ‘농림과학연구소’ 를 발족한 후 1952년 ‘농업과학원’으로 명칭을 변경하고, 농업과학원 산하 ‘농산학연구소’에 ‘수의학연구소’를 두었다. 1958년에 수의학연구소를 ‘수의축산학연구소’로 승격시키면서 수의학연구소가 분리되었다. 연구소에는 전염병, 기생충 등 분야별 연구실과 종합실험실, 시험목장 등을 두고 있다.