이동현(2014)에 의하면 해양수산부와 해경은 갈등이 만연했다. 둘은 구조상 상호 협조, 위계질서가 제대로 이뤄지기 어렵다. 그는 여러 기관이 관여하는 선박관리와 해양안전의 모든 업무를 국가안전처가 수행하는 것이 불가능함을 주장한다.
이동현(2014)에 의하면 기존에 해양수산부와 해경은 갈등이 만연하였다. 해상교통 관제센터 업무나 해적 대응 등의 여러 사안에서 갈등이 나타났다. 해양경찰청은 해양수산부의 외청으로 해양수산부의 지휘감독하에 있지만, 해양경찰청은 수사기관으로서 해양수산부 공무원은 주요 수사 대상이다. 상호 협조나 위계질서가 제대로 이루어지기 어려운 구조이다. 또한 해양경찰청 내부에서도 사고시 책임을 지는 안전업 무보다는 체포, 조사, 구속까지 가능한 수사업무를 선호하는 경향이 뚜렷하다. 그는 선박관리 업무의 경우 인허가, 운항관리, 선박검사 등을 외항, 여객선, 화물선에 따라 여러 기관이 관여하고 있고, 해양안전의 경우에도 예방과 사고대응, 수습, 사고조사와 분석 등에 있어 여러 기관이 관여하는데 이 모든 업무를 국가안전처가 수행하는것은 불가능하다고 주장한다. 특히 해양안전에서의 직접적 대응과 정책수립 기능까지 모두 수행하는 것은 적절하지 않다고 보았다.