기초자치단체의 경우 모든 데이터가 전문 응용프로그램으로 전산처리되고 전자결재로 처리된다. 전문기술을 요하는 업무의 증대로 인해 전문성을 갖춘 감사 인력이 필요하지만, 아직까지 감사기구가 없는 기초자치단체가 없는 등 부족하다.
현재 기초자치단체는 대부분 행정 운영상의 예산․회계 등 모든 데이터가 전문 응용프로그램으로 전산 처리되고, 비밀서류를 제외한 모든 문서가 전자결재 처리되고 있다. 특히 2007년 1월부터 각 기초자치단체 복식부기가 시행되고, 사회복지, 환경, 교통행정 등 전문기술을 요하는 업무가 계속 증가(전상배, 2006)하고 있음에 따라 전문성을 갖춘 감사 인력을 요구하고 있는 실정이다. 더욱이 기초자치단체 중 인구 30만 명 이하로 전담 감사기구가 설치되어있지 않은 곳의 감사기구는 더욱 전문성을 높일 수 있는 방안이 마련되어야 하는데, 특히 「공공감사에 관한 법률」 에 강제 규정이 없는 감사기구 장에 대한 자격 기준도 별도 마련되어야 하며, 감사담당자에 대한 경력과 재임 기간 또한 법률개정이나, 지방자치단체별 자체 규칙으로 마련되어야 할 것으로 보인다.