중등교육과 고등교육의 NCS 기반 교육훈련 과정은 교육부 중점적으로 운영된다. 교육훈련과정은 고용노동부에서 폴리텍대학, 민간 훈련과정 등을 대상으로 진행한다. 
NCS에 기반한 교육훈련과정의 운영은  자격기본법 시행령 제8조 (국가직무능력표준의 활용) 제1항을 근거로 한다. NCS 기반 교육훈련 과정 운영과 관련하여 중등교육과 고등교육은 교육부(직업교육정책과, 전문대학정책과 등)를 중심으로, 훈련과정은 고용노동부(직업능력정책 과, 직업능력평가과 등)를 중심으로 추진되고 있다. 또한 교육부는 특성화고, 전문대학과 4년제 대학의 교육과정 운영에 영향을 미친다. 특 성화고에서는 교육부에서 제시하는 국가 수준의 교육과정을 반드시 따라야 하지만, 전문대학과 4년제 대학은 NCS 적용 여부를 학교가 스스로 결정할 수 있다. 고용노동부에서는 폴리텍대학, 민간 훈련과정, 일학습병행제 참여 기업 및 대학 등을 대상으로 NCS 기반 직업훈련 과정 운영을 주도하고 있다(교육부․고용노동부, 2016).