기초학력 향상을 위한 방법으로 방과 후 프로그램이 있지만, 학생들은 정규수업과 다를 바 없어 도움이 되지 않고 창피함을 느꼈다. 특성화고 학생들의 생활지도, 기초학력 문제는 심각하여, 학생들에게 기초학력의 교육을 위해서는 기존과 다른 방식이 필요하다.
이들 학교에서 기초학력 제고를 위해 실행하는 대표적인 방법이 방과 후 프로그램을 운영하는 것이다. 하지만 방과 후 기초학력 제고 프로그램을 경험한 학생들은 별로 도움이 안 되었고, 창피하고 기분 나빴다는 경우도 있었다. 학생들은 정규 수업시간과 동일한 교사, 그리고 다를 바 없는 수업내용에 실망했다고 말했다. 교사들도 현재와 같은 구조 속에서 교사들이 기초학력 제고를 위해 힘을 쓸 여력이 없다고 헸다. 특성화고등학교 학생들의 생활지도, 기초학력 부족 문제는 너무나 뿌리가 깊고 광범위하여 교사 개인들의 열정만으로는 개선할 수 없는 일이라고 보고 있었다(임언외, 2019). 사실, 특성화고등학교에 입학한 학생들은 초등학교 중학교에 어떤 계기로 기초학력이 부족하게 되었고, 그 이후로 기존 시스템에서 이를 보정하기 위한 다양한 장치들이 이들에게 작동하지 않았음에도 불구하고 이 학생들에게 여전히 유사한 방식으로 처치를 하는 것은 큰 의미가 없다. 진정 특성화고등학교 학생들에게 기초학력을 갖출 수 있도록 교육하기 위해서는 보다 획기적인 개입이 필요하다.