NCS는 합습자의 수요를 맞추기 어려우며 교육과정에서 다양성과 차별화가 감소할 수 있다. 이는 NCS를 사용하면서 나타나는 문제점 중 하나이다.
셋째, NCS의 능력단위에 한 개의 수준을 부여하여 수행준거를 개 발하고, 이에 맞추어 모든 학교, 교육훈련기관과 기업에서 활용하도록 하는 것에서 발생하는 문제이다. 한 가지 직무에 필요한 기술은 초급, 중급, 고급 등으로 나눌 수 있고, 이러한 직무에는 서로 다른 수준의 지식과 역량이 필요하다. 그런데 현재 개발되어 있는 한 가지 수준의 NCS로는 학습자의 다양한 수요를 맞추기 어렵다. 또한 NCS 기반 교육과정을 운영하는 학교와 훈련기관에서는 동일한 학습목표와 교재를 활용하기 때문에 교육과정의 다양화와 차별화가 감소할 우려가 있다.