국립농업유전자원센터는 농업식물유전자원과 미생물, 동물 등을 보존하고 있다. 또한 제3세계 국가를 대신해 종자를 영구보존하며, ‘국제 유전자원 협력훈련센터’로 지정, 국제 유전자원 관리 훈련 등을 시행한다.  
국립농업유전자원센터는 수원에 종자 50만, 미생물 5만점을 저장 가능한 설비를 갖추고 있으며, 2009년 1월 1일 기준으로 농업식물유전자원은 154,695점을 보존중이며, 미생물, 영양체, 동물 등을 합하면 약 26만 5천 점에 육박한다. 또한 미국, 일본 등의 국가로부터 토종 유전자원을 반환받는 등 활동을 수행하고 있으며, 자원을 보존할 여건이 되지 않는 제3세계의 국가로부터 대신하여 종자를 영구보존하고 있다. 그밖에 2009년 3월 국제생물다양성연구소(BI)가 인증하는 ‘국제 유전자원 협력훈련센터’로 지정되어 국제 유전자원 관리 훈련 등을 시행하게 된다. 국립농업유전자원센터는 지속적으로 사용을 하기 위한 목적으로 종자를 보관하고 있으며, 품종개발 등을 통해 실용화를 진행하고 있다.