보건복지 빅데이터에는 개인정보가 저장되어 있으나 관련 법과 제도가 미비하여 범죄 등에 악용될 소지가 있다. 이를 보호하기 위한 정책이 마련되어야 할 것이다. 
끝으로 보건복지 빅데이터의 개인정보와 기밀정보에 대한 보안정책이 마련되어야 할 것이다. 보건복지 빅데이터는 개인에 대한 거의 모든 정보가 저장되어 있지만 아직 법･제도는 미비한 상황이며 논의조차 되지 못하고 있다. 빅데이터의 활용도 중요하지만 과다한 개인정보의 유출은 프라이버시 침해는 물론 사이버 인권침해나 범죄에 악용될 수 있다. 빅데이터로부터 개인을 보호하기 위해 가장 중요한 것은 특정 개인을 식별하지 못하도록 하는 익명화와 정보접근 및 정보처리에 대한 통제이다. 그러나 정보접근 및 정보처리에 대한 통제를 강하게 하면 정보 활용이 활성화되지 않기 때문에 보건복지 빅데이터 ‘활용과 보호의 균형’에 대한 효과적인 정책이 마련되어져야 할 것이다.