중앙정부 차원의 보조금 문제는 상계관세의 대상이 되고 있다. 일부는 개선되어 가고 있으나, 지방정부의 보조금은 성과와 실적을 내기위해 함부로 사용하거나 인력의 잦은 교체로 문제가 제기된다. 또, 중앙정부의 협조와 규제가 어려운 실정이며, 여러 나라를 보면 지방정부 상계조치가 실무면에서 문제가 있다는 것을 보여준다.
중앙정부 차원의 보조금 문제는 현재 반복적으로 상계관세의 대상이 되고 있으며 일부는 WTO에 제소되면서 점진적으로 개선되어 가고 있으나, 지방정부의 보조금은 지방정부 당서기 등 관련 공무원들이 경쟁적으로 성과와 실적을 내기위해 남발할 뿐만 아니라 해당 인력들이 교체되는 경우 새로이 반복되는 문제를 초래하고 있다. 더욱이 지방정부 차원의 조치들은 중앙정부에서는 규제나 간섭이 어려워 지속적으로 발생할 문제가 있으며, 미국의 대중국상계조치 사례들에서 설명되었듯이 상계절차상 조사과정에서 지방정부의 협조를 구하기 매우 어려운 문제가 있다. 미국의 경우에는 이러한 상황에서 이용가능한 정보를 사용하므로 사실상의 제재수단을 강구하고 있으나, 여타 국가들의 경우에는 여의치 않는 입장에 처할 수 있다. 미국과는 달리 유럽연합, 캐나다, 호주의 상계조치에서 이러한 지방정부조치들이 다루어지지 못하는 점은 실무상 제기되는 문제점을 시사하는 것으로 판단된다. 우리의 경우에도 대중국 상계조치를 시도하는 경우 지방정부의 조치가 주된 관심사안이 될 여지가 큰 데, 이는 우리와 근접한 일부 중국의 지방은 전략적으로 한국 시장을 겨냥한 산업생산을 추진하고 있기 때문이다.