찬반 양론이 지속되어 온 노동부 매뉴얼은 복수노조 조항을 강행규정으로 보는 것이 문제점으로 제기된다. 노동부의 매뉴얼은 가이드라인으로써 사법적 판단에 영향을 미치고, 각종 분쟁에 법적 원리가 개입하는 노사관계의 사법화를 가져왔다.
이처럼 총론적 차원에서의 대립 이외에도, 복수노조 이후 발생할 수 있는 구체적인 문제들에 관한 노사 및 학계의 논의들은 지금까지 지속되고 있는데, 이러한 논의 과정에서 특징적인 점은 소위 “노동부 매뉴얼”을 둘러싼 찬반 양론이 치열하게 전개되어 왔다는 점이다.27) 노동부의 매뉴얼을 둘러싸고 제기된 가장 큰 문제점은 노동부가 매뉴얼에서 복수노조와 관련된 대부분의 조항들을 강행규정으로 보고 있다는 점이다. 사실 행정부의 매뉴얼은 어떠한 법적 효력도 인정할 수 없는 ‘가이드라인’의 지위를 갖고 있지만, 새로운 제도의 시행에 맞추어 이를 관할하는 행정부서가 제시하는 가이드라인은 현실적 영향력은 물론, 이후 사법적 판단에서도 일정 부분 영향을 미칠 수밖에 없다. 이에 따라 교섭창구 단일화에서 발생하는 많은 분쟁 양상들에 법적 원리들이 개입하는 ‘노사관계의 사법화’를 가져왔다고 할 수 있다. 결국 노사 자치주의에 근거한 합의들이 복수노조 시대에는 더 이상 존중받을 수 없고, 법적 판단을 거쳐야만 하는 ‘분쟁 행위’로 인식되고 있다.