본 평가에 앞서 실시된 개별사업 시범평가의 문제는, 현실적으로 수백 개의 사업실적을 확인하기 힘들어 엄격한 평가가 힘들다는 것이다. 결국 피평가자인 공무원의 부담이 늘 것이다.
2017년 본 평가를 앞두고 실시된 시범평가는 여전히 다음과 같은 문제를 안고 있다. 먼저, 개별사업을 일일이 평가하는 것이 과연 바람직한 것인가이다. 엄격한 평가를 하기 위해서는 각 개별사업에 대한 실적(가령, 예산집행실적, 성과달성률 등)을 일일이 확인해야 하지만 현실적 으로 수백 개에 이르는 사업실적을 확인하는 것은 어렵다. 현재는 각 지자체가 제출한 두 세 페이지 분량의 실적보고서로 개별사업을 평가하고 있는데 본 평가에서는 제대로 된 평가를 위해서는 이보다 더 많은 실적을 지자체에 제출하도록 요구할 수밖에 없다. 이렇게 되면 피평가자 인 공무원들의 부담이 늘 수밖에 없다.