2013년 개정법에서는 통행검사에 관한 장을 신설해 국경 통과지점에서 출입국하는 자와 운수수단이 의무적으로 통행검사를 받게 했고, 검사기관의 역할을 명확히 하였으며, 그 외에 출입국확인, 통과지점 준수 등에 관한 사실을 규정하였다. 
2013년 개정은 1년 3개월 만에 개정하였으며 주된 내용은 다음과 같이 수정되었다. 첫째, 통행검사에 관한 장을 신설하였다. 2012년 법률에서는 통행검사기관에 대서 출입국확인을 할 수 있다고 규정하였을 뿐 통행검사를 의무화하지 않았다. 그러나 2013년 개정법에서는 출입국하는 공민, 외국인과 운수수단은 국경통과지점에서 통행검사를 받도록 의무화하였다. 통행검사기관의 임무와 권한을 규정하여 통행검사기관의 역할을 명확히 하였다(제31조). 그 외에도 출입국증명서의 검사와 출입국확인(제32조), 통과지점의 준수(제33조), 휴대금지품(제34조), 운수수단의 출입국자료통보(제35조), 운수수단책임자의 의무(제36조), 자동차통행증의 검사, 국경통과시간의 준수(제37조), 다른 나라 배의 통행검사를 받을 의무, 항해질서(제38조), 다른 나라 선원의 상륙(제39조), 승선･겹선질서(제40조), 되돌려 보내는 인원에 대한 책임(제41조) 등을 규정하였다.