지역가입자의 보험료에 대한 부조적 성격을 유지하기 위해서 법률로 국고지원을 규정하나, 그에따른 국고지원의 안전성은 낮다. 2002년부터 2006년까지 1조 8000억 등의 지원이 덜 되었으며, 이는 정부가 국민건강보험공단에 상환해야 할 부채이다. 그러나 새로운 법류에 근거한 국고지원은 지금까지 잘 지켜지고 있지 않으며,정부가 추가지급할 돈 2조 4855억원이 2007년부터 2010년까지 있으며, 그 안전성은 위협받을 것이다.
넷째, 정부의 법률 준수 여부가 건강보험 재정 수입에 적지 않은 영향을 미친다. 건강보험은 2002년 지역의료보험과의 재정통합을 완료하면서, 지역가입자의 보험료에 대한 부조적 성격을 유지하기 위해 법률로 국고지원을 규정하였다(임금자․최진우, 2011: 72). 그러나 보험료 다음으로 중요한 수입에 해당하는 국고지원의 안정성은 매우 낮다. 2002년 제정되어 2006년까지 한시적으로 적용된 국민건강보험 재정건전화특별법 에 의해 정부가 지원해야 할 금액은 총 19조 4000억 원이었으나, 이 중 1조 8000억 원이 덜 지원되었으며, 이는 정부가 국민건강보험공단에 상환하여야 할 부채이다(임금자․최진우, 2011: 73). 한편 2006년 국민건강보험 재정건전화특별법 이 그 효력을 상실하면서 2007년부터는 국민건강보험법 과 국민건강증진법 에 근거하여 정부의 건강보험 재정지원은 계속되고 있다. 그러나 새로운 법률에 근거한 국고지원 역시 지금까지 잘 지켜지고 있지 않다. 2007년부터 2010년까지 과소 국고지원으로 정부가 추가로 지급할 금액은 2조 4855억 원에 달하는 것으로 분석되고 있다(임금자․최진우, 2011: 76). 이로써 2002년부터 2010년까지 법률에 의해 지원하기로 되어 있는 정부지원금 중 미지급된 금액은 총 4조 8271억 원에 달한다. 2011년 12월 31일까지 한시적으로 적용되기로 했던 국민건강보험법 과 국민건강증진법 에 따른 국고지원이 2016년 12월 31일까지 다시 연장되었지만, 안정적인 국고지원을 위한 추가적인 조치 없이는 국고지원의 안정성은 지난 10년과 다름없이 위협받을 것이 분명하다.