지방교부세 산정 기준에 시군의 재정보전금이 포함되어짐으로써 교부세의 감소가 추정됨과 동시에 불교부단체에 우선보전율과 관련된 갈등이 발생할 수 있다는 문제가 제기되었다.
또한, 현행 지방교부세 산정 기준에 시군의 재정보전금이 포함되어짐으로써 실제 재정보전금의 배분기준 변화에 따라 경기도의 경우 31개 시군의 교부세는 감소하게 되는 것으로 추정되었다. 현재 시군으로 배분되어지는 재정보전금이 지방교부세 산정에 있어 일정 부분 반영되고 있어 교부세에 영향을 크게 미칠 수 있다는 결과가 그것이다. 그러나 경기도내 25개 교부단체의 경우 불교부단체의 우선보전율을 최대한 낮춤으로 재정보전금을 더 배분받기 위한 노력을 수행할 수 있으며, 반대로 불교부단체는 우선보전율을 높이고자 함으로써 첨예한 갈등이 발생할 수 있다는 문제를 함께 제시하였다.