다양한 사업으로 대학 학과개편, 정원조정 등 대학 체제 혁신을 꾀하나 우려도 제기되는데 최근 공학계열 취업률이 꾸준히 하락하며 이공계 석,박사 인력 수요가 커져 비판적 검토가 필요하고 사회수요에 맞춰 학과 개편과 정원 조정을 하는 대학에 지원 해주는 PRIME 사업은 학생 및 교수가 갈등을 빚으며 재학 자율성 훼손이라는 비판이 있다.
이렇게 다양한 사업을 통해 지역･산업별 인력 부족, 과잉 공급을 진단(양적 미스매치)하고 대학의 학과개편, 정원조정 등, 산업･지역의 인재 수요에 기초한 대학 체제 혁신을 꾀하고 있으나, 이에 대한 우려도 제기되고 있는 상황이다. 먼저, PRIME, CORE 사업의 근거가 되는 '2014-2024년 대학 전공별 인력수급전망’(이시균 외, 2015a)에 대한 비판이다. 4년제 대학에서 향후 10년 간 공학계열과 의학계열만 인력이 모자란다고 하였으나 최근 4년 간 공학계열 취업률도 꾸준히 하락하고 있을 뿐 아니라 이공계의 경우 석･박사 학위를 딴 고급인력에 대학 수요가 갈수록 커지고 있어 이에 대한 비판적 검토가 필요하다는 것이다(경향신문, 2016.1.15., 동아일보, 2016.1.18.). 두 번째는, 어떤 인재를 양성해야 하는지에 대한 논의가 충분하지 않은 상황에서 PRIME, CORE, 평생교육 단과대학 육성사업 등과 같은 현재 진행 중인 사업은 물론, ACE(Advancement of College Education), LINC(Leaders in Industry-university Cooperation)등에 대한 정부의 재정지원사업의 효율성에 대한 비판이다(서영인･김미란, 2015). 나아가, 사회수요에 맞춰 학과를 개편하고 정원을 조정하는 대학에 지원금을 주는 PRIME 사업의 경우, 학과 통폐합, 신규학과 설치, 정원 감축 등과 같은 구조조정을 놓고 학생 및 교수들과 갈등을 빚고 있을 뿐 아니라, 재정지원사업으로 대학의 자율성을 훼손한다는 비판도 끊이지 않고 있다.