돌봄교실을 이용하는 학생들은 증가하였으나 해당 서비스의 운영비용은 확보되지 못하여 프로그램 운영이 난항을 겪고 있다.
무상 정책 도입에 따라 돌봄교실 이용학생은 증가하는 반면, 돌봄교실 운영 및 프로그램 운영에 필요한 비용은 충분히 확보되지 못하여 돌봄교실의 프로그램이 부실하게 운영될 가능성이 높아졌다. 실제로 돌봄교실 현장에서도 프로그램의 부실함이 지적되어 교육부가 학교별로 돌봄교실과 방과후학교 프로그램을 연계하는 등 1개 이상의 무상프로그램을 제공하도록 권장하고, 2014년 2학기부터 16명 이상이 이용하는 돌봄교실 9,284개실에 프로그램 운영을 위한 재료비 등으로 특별교부금 95억원을 추가 지원하기도 하였다. 국회예산정책처가 실시한 방과후돌봄서비스 종사자 인터뷰에서도 재료비나 체험을 위한 도구, 물품들이 부족하여 어려움이 발생하고 있다는 의견이 제시되었다.