노무현 정부의 국정과제에는 글로벌 연구개발체제 구축 등을 포함되었으며 과학기술 외교 정책은 빠르게 목표를 달성했으나, 일부 시책은 다소 미흡하다는 평가를 받았다. 
노무현 정부가 제시했던 국정과제에는 글로벌 연구개발체제 구축과 남북 과학기술협력 강화가 포함되어 있었으며, 대체적으로 높은 연계성을 갖고 세부 정책들이 추진되었다(대통령직인수위원회, 2003b, p.36). 과학기술 외교 정책들은 사업 초기에 계획된 일정에 따라 순조롭게 시행되며, 예정보다 빠르게 정책 목표를 달성한 것으로 평가 받았으나 해외 우수연구기관 유치 시책의 경우 국가 연구개발 사업의 지식재산권 귀속, 해외 연구개발 센터에 대한 사후관리 필요성, 우수 연구인력 확보 등의 문제가 드러나며 다소 미흡한 정책과제로 평가 받았다(과학기술부, 2008, pp.1031-1114).