미세조류의 전 처리 공정은 비용이 비싸 절감해야 한다. 공정은 수확 및 추출로 나뉘는데, 수확의 경우 미세조류 세포의 작은 크기, 조류세포 간 전정기적 반발력 등으로 어렵다. 원심분리, 침전, 여과 및 기포 부유선별 등의 기술이 적용돼 왔다. 침전 방법은 질 변형과 환경 문제를 발생시킬 수 있지만 저렴하고, 원심분리 방법은 회수율이 높지만 경제성이 낮다. 침전 방법은 바이오매스 회수에 적용돼 왔다.
미세조류의 전 처리 공정은 제품 소재 원료물질의 생산과정 내 40% 이상의 비용을 차지하여 전 처리 기술의 최적화로 인한 비용 절감이 필요하다. 공정은 일반적으로 수확 및 추출로 나뉘며, 수확의 경우 미세조류 세포의 작은 크기(약 5~30㎛), 물보다 약간 큰 비중 및 조류세포 간 전정기적 반발력으로 회수가 쉽지 않다. 그동안 미세조류의 회수를 위해 원심분리(centrifugation), 침전(sedimentation), 여과(filtration) 및 기포 부유선별(air flotation) 등의 기술이 적용되었다. 침전 방법의 경우 응집제 적용에 따라 미세조류 세포 벽면의 질 변형과 환경 문제를 발생시킬 수 있으나 비용이 저렴하며, 원심분리의 경우 회수율이 높은 반면 경제성이 낮은 등 각 기술의 장단점이 존재한다. 최근 침전 방법의 분류로는 미세조류-박테리아 자가 응집법, 나노입자를 이용한 응집법, 알칼리성 pH 유도의 자동 응집법 그리고 산성광산배수 등의 폐자원을 활용한 응집법이 제시되었고, 주로 바이오연료 중심의 바이오매스 회수에 적용되어 왔다. 최근 대량배양 시설에서는 경제적인 기술 적용을 위해 화학적 응집법과 용존공기부상법을 병합한 회수 기술들이 도입되고 있고, 미국 에너지부에서는 멤브레인 여과, 전기응집 회수 및 초음파 회수법이 가장 경제적인 기술로 평가되고 있다. 조류들은 종마다 부착 및 부유 등 물리적 특징, 성장 형태 및 침전 시간 등이 다르기 때문에 배양 시 상황에 맞는 적절한 방법의 적용이 중요하다.