서울을 제외한 다른 검찰청에서는 공정거래사건 전담 부서가 없기 때문에 사건이 제대로 처리되지 못한다. 공정위의 기소율도 약 76%에 불과하여 공정거래법 위반 행위를 미흡하게 처리하는 것으로 보인다. 
검찰의 공정거래법위반 사건 수사에 있어서 서울중앙지방검찰청을 제외한 다른 검찰청의 경우 공정거래사건만을 전문으로 하는 전담 부서가 거의 없는 상태에서 일반 형사부 검사가 다른 형사사건을 처리하면서 공정거래 사건의 처리를 병행하고 있어서 공정위가 고발한 내용을 확인하고 그에 대한 증거를 확보하는데 급급할 뿐 공정위의 조사에서 밝혀지지 아니한 사실을 새롭게 밝혀내기가 쉽지 않은 실정이다. 공정위 고발사건 처리 현황을 보더라도 1981년부터 2015년까지의 공정위 고발사건의 기소율은 75.9%에 그치고 있다. 그로 인하여 행정제재와 형사제재의 균형을 이루지 못하고, 공정위에 대한 견제기능도 거의 수행하지 못하여 공정거래법 위반행위에 대한 대응이 미흡하다는 비판이 있다.