청소년 참여예산학교는 주민참여 기초 교육을 실시후에 정책 발굴 활동 중심으로 진행되고 정책 개발진행과 의견수렴 단계를 거친다. 결국 정책사업 순위 선정을 위한 투표를 하고 수료식이 시행된다.
청소년 참여예산학교는 기본적으로 주민참여 및 참여예산제에 대한 기초 교육을 실시한 이후 정책 발굴 활동 중심으로 진행되는 것이 일반적이다. 지자체에 따라 청소년 참여예산학교 프로그램의 내용은 조금씩 차이가 있지만 첫째 날 프로그램은 주로 주민참여예산제에 대한 교육, 지자체 예산 현황에 대한 이해와 관련된 기초교육이 이루어진다. 이후 청소년들은 모둠을 구성하여 정책 개발을 진행하고 이에 따른 지역사회 조사와 일반 청소년들의 의견수렴 절차를 거치게 된다. 프로그램 마지막 순서로는 청소년 정책사업 우선순위 선정을 위한 투표를 진행하고 청소년 참여예산제 수료식이 진행 된다. 이 때 우선순위에 선정된 사업은 사업별 부서 검토에 맡겨진다.