농업진흥지역으로 설정된 농경지는 국토부와 환경부 지침에 따라 개발제한구역 해제의 주요 대상이 될 가능성이 크다. 그러나 수질관리 및 생태 보전 가치가 있는 농지에 대해 따로 관리할 수 있는 방안이 마련되어야 한다.
개발제한구역 해제에 있어 이슈가 되는 지역은 농업진흥지역으로 설정된 농경지이다. 이들 지역은 평지여서 개발여건이 양호하므로 개발제한구역 해제의 주요 대상이 될 가능성이 크다. GB환경평가등급상 농업보전적성 1등급에 해당하나, 국토부 지침에서 농림부와 협의할 경우 개발할 수 있도록 여지를 두고 있고 환경부 지침 또한 이를 그대로 받아들이고 있는 상태여서 법정보호종이나 수질 등 다른 민감한 주제가 드러나지 않을 경우 이에 대한 해제를 제어하기 어렵다는 측면이 있다. 특히 수도권의 한강변 농지와 부산권의 낙동강변 농지가 해제된 사례가 많다. 수변부에 있어 수질관리 및 생태적 보전가치가 있는 농지에 대해서는 별도 관리할 수 있는 방안이 마련되어야 하며, 이를 위하여 농림식품부와의 협조 강화를 모색하는 것이 필요할 것이다.