자체감사는 부정부패 방지기능을 하고 비판적 지도적 기능을 하여 행정업무 개선을 도모할 수 있다. 행정수행 결과를 평가하여 문제점을 발견하고 이를 환류시키는 기능도 한다.
첫째, 부정부패 방지기능이다. 적발기능과 예방기능을 혼합한 기능으로, 이 두 기능은 밀접한 관련을 가지고 있으며 자체감사에서 가장 중요한 기능이라고 할 수 있다. 둘째, 비판적․지도적 기능이다. 자체감사는 절차와 과정을 통하여 자원의 효율적 사용과 행정 및 회계업무의 개선․향상을 도모할 수 있다. 특히 직접적인 회계․감사교육과 감사편람의 제작․보급을 통해서도 이루어질 수 있다. 셋째, 환류(Feedback)기능이다. 자체감사는 행정수행 결과를 평가하여 문제점을 발견하고 이를 계획 및 집행단계로 환류시키는 기능을 담당한다. 현대적 감사, 특히 성과감사에서 이 기능은 매우 중요한 기능으로 분류된다.