고등교육 서비스는 특정한 집단만의 이익이 아니라, 국가차원의 이익을 위한 교육이기 때문에 비용부담의 주체를 설정하기 어렵다. 따라서 고등교육예산은 일반회계로 분류처리 된다.
고등교육예산은 교육부 일반회계로 분류되며, 일반회계의 예산사업은 비분할적･비배제적인 성질의 순수 공급재를 공급하는 경우에 이루어지며, 사업의 성과에 대한 분석이 곤란하고 기업성보다 공공성이 강조되는 경우가 많다(김진동, 2007). 고등교육 서비스의 향유자는 고등교육 과정에 진학하는 학생일 수도 있고 고등교육 서비스의 편익이 파급되는 국민 전체일 수도 있다는 점에서 비용부담의 주체를 설정하기 어렵다. 그러므로 고등교육 서비스의 수요자와 비용부담자를 직접적으로 연계하는 개별적 보상관계의 설정이 곤란해진다. 이렇게 고등교육은 특정한 사람의 이익만을 위한 것이 아니라 국가차원의 이익을 위한 교육이기 때문에, 고등교육예산은 일반회계의 구분이나 방식에 따라 운용된다.