K-ETS에서 나타나는 문제들은 국가 기후변화 정책의 취약성에서 비롯된다.  BAU기준채택으로 Cap 설정에서 상당한 불확실성초래, 정책의 전반적인 불균형 문제가 발생하였고, 관련 기관들에 대한 관리감독 능력의 부재도 지적되었다.
우선 K-ETS의 제도 설계 및 운영에서 나타나는 여러 문제들은 국가 기후변화 정책의 거버넌스의 취약성에서 비롯된다는 평가가 있다. BAU 기준 채택으로 Cap 설정에서의 상당한 불확실성 초래, 감축정책 도입 과정에서 정부 역할이 과도하게 강조된 점, 정책 거버넌스 역량이 미약한 상황에서 정부주도의 저탄소 녹색성장의 국가 의제 설정, 정부부처 간 복잡한 역학관계에 따른 거버넌스 약화 등으로 기후변화 정책의 전반적인 불균형 문제 발생했다. 특히 녹색위원회가 총리실 산하 부서로 격하되고 기재부·산업부·환경부 등에 배출권거래제 관련 업무와 권한·책임이 분할되면서 부처간 비일관성이 제기되고 있다. 이로 인해 환경부는 규제 중심의 자세와 아울러 집행 및 관리·감독 능력 부재가 지적되었으며, 산업부는 산업부문에 대한 이익을 대변하면서 기후변화 정책수단의 근간인 배출권거래제가 제자리를 잡지 못한다는 비판도 제기되었다.