제주해군기지를 미사일 방어(MD) 체제와 연관 짓는 주장은 반미주의적 성격을 띤다. 반대론자들은 한미 상호방위조약 제4조를 근거로 미 해군이 중국을 대비한 방어체제 구축에 제주해군기지를 이용할 것이라고 말한다. 하지만 이 주장은 시대착오적이며 타당성이 없는 것이다.
제주해군기지 건설을 MD와 연결시키려는 주장은 제주도 역사의 최대비극인 4･3 유혈사태가 미군정 시절에 벌어졌던 점에 편승하려는 반미(反美)주의적 성격을 띠고 있다. “한국은 미국의 육･해･공군이 한국 영토와 그 주변에 배치할 수 있는 권리를 제공한다.”는 ‘한미 상호방위조약’ 제4조를 근거로 제7함대를 비롯한 미 해군이 제주해군기지를 동아시아에 대한 전진기지 및 중간기착지로 삼고, 특히 탄도미사일 요격이 가능한 사거리 수백㎞의 SM-3 ‘스탠더드’ 장거리 함대공미사일을 갖춘 이지스 방공구축함을 배치하여 중국을 겨냥한 미사일 방어(MD)체제 구축에 활용할 것이라는 것이 반대론자들의 주장이다. 다시 말해서 제주해군기지는 한국이 미국과 중국 양측의 지역패권경쟁에 불필요하게 연루되어 안보위협을 가중시키게 된다는 것이다. 하지만 유독 제주해군기지 한 곳만 미･중 지역패권경쟁지역인 것처럼 부각시켜 적의 집중적인 표적이 될 것이라는 주장은 시대착오적이며 타당성을 결여한 논리임을 쉽게 알 수 있다.