정부업무평가기본법 제정은 정책 사업의 효과성, 책임성을 확보하는데 기여를 했지만 내면을 보면 평가업무별로 별도의 계획서와 평가보고서를 작성해야 함으로 담당 공무원들의 업무를 가중시키고 목표를 분산시킨다는 문제점이 있다.
본 연구는 문헌분석, 사례분석, 전문가 자문, 설문조사 등을 통해 정부업무평가제도의 제도적 차원, 관리･운영적 차원, 개인적 차원의 동기부여 및 조직문화적 차원에서 정부업무평가제도의 실효성을 분석하고자 하였다. 정부업무평가제도는 정부정책을 비롯한 정부업무의 운영 효과를 개선하는데 실질적으로 기여하고 있는가? 2006년 정부업무평가기본법 제정은 우리나라 정부부문의 성과관리제도를 통해 정책 사업의 효과성, 책임성, 능률성을 확보하는데 일정 부문 분명한 기여를 한 것으로 보인다. 문헌 분석이나 전문가 자문을 통해 제시된 바와 같이 정부업무평가기본법 제정 전후를 기점으로 적어도 공식적인 측면에서는 획기적인 변화가 이루어진 것으로 평가할 수 있다. 그러나 평가제도 운영 과정의 내면을 들여다보면, 정부업무평가제도 및 성과관리제도를 통해 궁극적으로 지향하는 결과 중심의 관리를 통한 정부 사업의 개선, 다양한 가치가 반영된 책임성 확보, 그리고 효율성 제고에 있어 여전히 개선해야 할 부분이 많은 것도 사실이다. 특히 ‘통한성과관리’를 지향하면서도 여전히 각 주관부서별로 분절되어 수행되는 평가제도는 정부업무평가제도의 실효성을 저해하는 가장 핵심적인 장애요인인 것으로 나타났다. 이로 인해 운영 과정에서 각 평가업무별로 별도의 계획서와 평가보고서를 작성하게 됨으로써 성과관리 담당 공무원들의 업무 부담을 가중시키고, 목표를 분산시켜 원래 기대했던 효과를 제한적으로 구현하게 되었다는 것이다. 본 연구를 통해 도출된 주요 문제점과 개선 방향은 아래의 표와 같다.