학교는 교장을 중심으로한 독임제적 운영이 1997년 교육법 개정 이후에도 계속 이어지고 있다. 현재 초등학교와 중학교는 교육지원청에서, 고등학교는 시도 교육청에서, 대학은 국가에서 감독하고 있는데 이는 지리적 한계가 반영된 일본 제도의 영향을 받은 것으로 추정되나 정보혁명의 현시대에 지리적 요건이 큰 장애물은 아니다.
학교는 교장의 독임제적 운영 구조를 취하고, 교육행정기관과 수직적으로 결합하였다. 1997년 개정 이전 교육법은 교사가 교장의 명을 받아 교육활동을 전개하도록 하여 교장을 정점으 로 한 독임제적 운영을 명백히 하였다. 현재는 교원들이 법률에 따라 교육활동을 하면 되지만, 학교장 중심의 독임제적 학교 운영은 계속되고 있다. 이런 학교 운영 방식은 일장일단이 있지만 불가피한 면이 있다. 근래 일부 시도교육청에서는 학교자치조례를 제정하여 독임제적 학교 운영 구조를 유지하면서도 합의제적 운영의 묘를 살리고자 하는 시도를 하고 있다. 한편, 초등 학교와 중학교는 교육지원청의 지도 감독을, 고등학교는 시도교육청의 지도 감독을 받는다. 대학은 국가가 지도 감독한다. 이것은 일본의 직접 영향을 받은 것으로 보인다. 메이지 유신 이 후 일본에서는 소학교와 중학교를 졸업한 사람은 당해 지역에서 거주하면서 생활할 가능성이 크며, 고등학교를 졸업한 사람은 도도부현과 같은 광역 도시에서, 그리고 대학을 졸업한 인재는 전국 단위에서 역할을 할 것이라고 가정하고, 이와 같은 교육행정체제를 도입하였다고 한 다(이치카와 쇼우고, 2013). 아마도 당시 지리적 한계도 작용했을 것이다. 그런데, 요즘은 정보 혁명을 계기로 지리적 거리는 이미 큰 문제가 되지 않는다.