전영평은 중앙정부 분할방식의 세종시 건설에 대하여 국정운영의 합리성을 저해시키는 것이라고 주장하였다.
전영평(2010)은 국정운영의 관점에서 중앙정부 분할방식의 문제점과 실태를 비판 평가 하면서 세종시를 첨단산업 및 교육･연구과학 도시로 발전시키는 방안을 제안하였다. 그는 중앙정부 분할방식의 세종시 건설에 대하여 불합리한 정치적 선택이었으며, 국정운영의 합리성을 심각하게 저해시키는 것으로 지적하면서, 세종시를 정부 분할방식이 아닌 다른 방향으로 대한이 모색되어져야 함을 주장하였다. 전영평(2010)의 연구에서 지적하고 있는 국정운영의 비합리성은 행정비효율의 문제, 국가 위기관리상의 문제점 및 통일 이후의 문제점, 자족기능 미흡에 따른 유령도시화 가능성을 우려하였으며, 정부 분할 논리의 비합리성의 측면에서는 청와대와 정당과의 유기적 의사소통 단절문제, 국회와의 유기적 협력 문제, 행정서비스의 직접 수혜자의 불편 문제, 언론 및 NGO와의 접근 효율성 문제 등을 지적하였다.