세관 공무원은 업무 환경상 부패에 취약하다. 일부 독일 세관원들은 세관에서의 부패행위가 더 자주 은밀하게 일어난다고 생각하고 독일 정부도 부패를 우려한 대책으로 세관 공무원을 주기적으로 교체하거나 2인 이상 배치 시키고 있다. 또, 지방세관 재정부에서는 부패방지국을 설치, 운영하고 있으며 부패행위시엔 정직 조치하고 있다.
세관은 업무의 특성상 공무원의 부패행위가 발생할 가능성이 높은 부분이다. 세관 공무원들의 봉급은 꽤 합리적인 수준으로 지급되고 있음에도 불구하고, 세관 공무원들이 업무상 다루는 고가의 여러 물품에 비하면 낮은 금액이기 때문에, 이들은 부패행위의 유발하는 환경에 노출돼 있다고 말할 수 있다. 지난 10년 동안 독일 세관에서 발생한 부패 건수는 3건에 불과하지만, 이들 3건 모두 큰 규모였으며, 이중 2건은 불법으로 물품을 수출하기 위해 증명서를 위조한 부패범죄였다. 1997년의 한 연구에 따르면 20%의 독일 세관원들은 세관 서비스에 부패가 개재되어 있다고 생각하는 것으로 조사되었으며, 세관에서의 부패행위가 이미 적발된 위 3건보다 훨씬 빈번하고 은밀하게 일어나고 있다고 보고 있다. 실제로 세관에서의 부패건수가 표면적으로 많이 발견된 것은 아니지만 독일의 연방정부는 세관 내 부패행위를 우려하여 세관 공무원을 주기적으로 교체하고, 세관 업무과정에 세관 공무원을 2인 이상 배치 시키고 있다. 8개의 지방세관 재정부(Customs Regional Financial Office)에서는 부패방지국이 설치되어 운영되고 있으며, 부패범죄가 발견될 경우 이를 즉시 경찰에 통보하고 해당 세관 공무원에 대해서는 정직하는 징계 체계를 마련해 놓고 있다.