파키스탄은 절대 대다수 국민이 이슬람교를 믿고 있지만 헌법에 신앙의 자유를 보장하고 있으며 종교 간 또는 이슬람 교파 간의 반목 등은 전담 부처를 통해 국가 차원에서 관리하고 있다.
파키스탄은 인구의 96%가 이슬람교 신자인데, 이슬람교 신자들 중 수니파가 75%, 시아파가 20%를 각 차지하고 있다. 또한 파키스탄 헌법은 국민에게 종교의 자유를 보장하고 있으며, 종교적 차이를 원인으로 국가가 공적 영역에서 현저한 차별을 가하거나 박해를 하지는 않는다. 나아가 파키스탄 정부는 이슬람교의 종파 간의 갈등을 해소하기 위해 종교부를 두고 있으며, 이슬람교가 아닌 다른 종교를 신봉하는 사람들의 자유로운 종교생활 및 종교 간 갈등에 대처하기 위해 비이슬람 종교부(Ministry of Minority)를 별도로 두고 있다. 파키스탄 정부는 이슬람교 종파 간의 분쟁에 대해 중립적인 정책을 유지하면서, 종파 간 분쟁이 발생하는 경우 분쟁 해결을 위한 중재에 나선다.