특허권자는 지적재산고등재판소에 심결취소소송을 걸었는데 재판소는 처분의 대상이 되는 물건을 “승인이 부여된 의약품의 성분, 분량 및 구조에 의해 특정된 물건”으로 한정 해석하였다. 그러므로 선행 허가는 영향을 미치지 않는다고 판단하여 지적재산고등재판소는 특허심판원의 심결을 취소하였다.
특허권자는 일본특허심판원의 심결에 불복하여 지적재산고등재판소에 심결취소소송을 제기하였다. 지적재산고등재판소는 2009. 5. 29.에 선고된 평성20년(行ケ)제10460호 판결로 시행령에서 정한 처분의 대상이 되는 물건을 단순히 “의약품의 유효성분”이 아니라, “승인이 부여된 의약품의 성분, 분량 및 구조에 의해 특정된 물건”으로 한정 해석하였다. 구체적으로 “1) 선행 허가의 대상이었던 의약품은 본건 특허발명의 기술적 범위에 포함되지 않으며, 2) 선행 허가에 의하여 금지가 해제된 의약품의 제조행위 등이 본건 특허발명의 실시행위가 아니고, 3) 선행 허가를 받은 것에 의하여 금지가 해제되는 행위가 이 사건 특허발명의 기술적 범위에 속하거나 이 사건 특허발명의 실시행위에 해당하는 것도 아니므로, 선행 허가의 존재는 이 사건 특허발명을 실시할 수 없는 법적 상태를해소하는데 어떠한 영향을 미치는 것이라고 할 수 없다.”고 판단하였다. 따라서 선행 승인의 존재는 제형이 다른 의약품에 대한 특허발명의 실시에 있어 일본특허법 제67조제2항의 시행령에서 정하는 처분을 받을 필요가 있다는 것을 부정할 수 없다고 판단하여 본건 존속기간 연장등록이 인정되어야 한다고 판단하였다. 이에 지적재산고등재판소는 특허권자의 청구를 인용하여 특허심판원의 심결을 취소하였다.