남북기본합의서는 전문에서 남북관계의 특수성을 정의하고 있는데 특수관계라는 용어는 서독의 빌리브란트 수상의 성명에서 사용된 표현이다. 그가 명시했던 특수관계는 동서독 기본조약의 토대가 되었다. 동서독 간 특수관계는 남북한의 그것과 차이가 있는데 분단 조치 서독은 동독을 나라로 인정하지 않았고 헌법에서도 동독과 전체 독일은 같은 나라임을 천명하였다. 동독 국적법의 제정 이후 독일을 두 개의 나라로 보는 관점이 만들어진 것이다.
남북기본합의서는 전문(前文)에서 남북한 사이의 관계를 ‘나라와 나라 사이의 관계가 아닌 통일을 지향하는 과정에서 잠정적으로 형성되는 특수관계’로 규정하고 있다. 주지하는 바와 같이 특수관계라는 용어는 서독에서 유래한 것이다. 빌리 브란트 수상은 1969년 10월 28일 정부 성명에서 “서독정부에 의한 동독의 국제법상 인정은 고려될 수 없다. 비록 독일에 두 개의 국가가 존재한다고 하더라도 그들은 서로 외국이 아니다. 그들의 관계는 단지 서로 특수한 종류(von besonderer Art)”라고 천명하였다. 그리고 이를 토대로 동서독 기본조약이 체결되었다. 그러나 동서독 특수관계는 남북한 특수관계와는 성격이 약간 다르다. 서독은 동독을 국가로 인정하지 않고, 따라서 동독 주민도 외국인으로 간주하지 않았다. 또한 서독은 최고법을 헌법으로 부르지 않고 기본법으로 불렀으며, 통일 이후에도 헌법을 제정하지 않고 기본법을 개정하고 있다. 동독도 1949년 제정 헌법 제1조에서 “독일은 불가분의 민주주의공화국이다”라고 규정하여 전체로서의 독일의 존속을 전제로 동독과 전체로서의 독일이 동일하다는 입장을 취하였다. 그러나 1967년 2월 20일 동독 국적법을 새로 제정하여 동독 시민은 서독과 별개로 동독 국적을 가지게 되었고, 1968년에는 동독 헌법을 개정하여 독일 제국 내에 두개의 국가가 성립되었음을 천명하였다. 나아가 동독은 1974년 헌법 개정을 통해 독일민족의 통일을 헌법적으로 포기하였고, 독일사회주의통일당 제1서기인 호네커는 2개 민족론(Zwei-Nationthese)을 내세워 독일 내에 두 개의 국가만이 아니라 서로 다른 두개의 민족이 탄생하였다고 주장하였다.