한편, 한 연구에서는 유연근무제는 일‧가정 양립으로 만족도가 높지만 성별역할 분업이 강화될 수 있어, 이용자가 특정 성에 편중되지 않도록 하고, 가족생활이 보장되어야 한다고 주장된다.
한편, 심층면접을 통해 유연근무제의 효과를 살펴본 홍승아(2012)의 연구에 따르면, 유연근무제를 통한 일‧가정 양립이 가능해졌으며 유연근무제 이용에 대한 만족도가 높은 것으로 나타났다. 또한 재택근무제를 실시하고 있다는 점이 다른 직장의 여성이 인력들의 전직 사유가될 정도로 중요한 영향을 미치고 있다고 보았다. 그러나 유연근무제를 활용하여 일을 하면서 자녀 양육을 양립하면서 오히려 다중 역할을 수행하게 되어 성별역할 분업을 강화하는 결과를 초래할 위험성이 크다는 점도 지적된다. 따라서 유연근무제의 확대는 이용자가 특정 성(性)에 편중되지 않도록 함과 동시에 유연근무제 이용으로 생긴 시간적, 정신적 여유를 가족생활에 사용할 수 있어야 한다고 주장된다.