정치와 행정 간의 모호성과 업무 경계의 불확실성으로 통일시대 대통령과 국무총리간 역할 분담 시 갈등이 발생할 수 있어 일관된 통일 및 체제통합정책 추진이 어려울 수 있다.
통일시대 정치와 행정을 기준으로 대통령과 국무총리의 역할을 구분하게 되면 현재 나타나는 문제점을 해소하고 국정업무의 효율성을 높일 수 있을 것으로 판단되지만, 문제가 전혀 없다고는 볼 수 없다. 우선 정치와 행정의 경계가 모호하기 때문에 역할분담 자체가 쉽지 않고, 역할을 분담하더라도 업무 경계의 불확실성으로 인해 업무 관할 범위를 두고 대통령과 국무총리 간 대림과 갈등이 발생할 가능성이 있다는 점이다. 특히 우려되는 문제점 하나는 통일(체제 통합)업무가 대통령과 국무총리 관할 업무를 분할되기 때문에 통일시대를 맞아 일관된 통일 및 체제통합정책을 추진되기 어려울 수도 있다.