배출권 거래가 큰 변동성을 보이면 잉여 배출권이 발생된다. 이러한 변동성을 줄이기 위해 직·간접 배출권 시장의 분리,  발전부문의 배출권거래제 제외 등이 필요하다.
전술한 바와 같이 간접배출의 포함으로 인해 우리나라 배출권거래시장이경기변동에 매우 민감한 가격 변동성을 보일 수 있으며 과다한 잉여 배출권이 발생할 수 있다. 나아가 급격한 가격 변동성은 기업들의 감축투자 유인을왜곡시켜 비효율성을 야기할 수 있다. Chatterton(2013)은 간접배출을 포함한배출권거래제의 가격위험 완화 방안으로서 직·간접 배출권 시장의 분리(separation of direct and indirect markets), 발전부문의 배출권거래제 제외(exclusion of power generation) 등을 제안하였다.