1990년 1월 전국노동조합협의회 출범을 계기로 유일노총이 아닌 전국단위 노동조합조직에 가맹한 노동 조합들이 생겨났다. 1993년 현대, 대우 등의 노조를 주축으로 전국노동조합대표자회의가 결성되고 1995년 전국민주노동조합총연맹이 출범했다. 출범이후 4년만에 신고필증을 교부받아 법적지위를 확보하게 됐다.
그 이후 30년 가까이 지속되어 오던 유일노총 시대는 1990년 1월 22일 전국노동조합협의회(이하 전노협) 출범을 계기로 흔들리기 시작하였다. 한국노총이 아닌 전국 단위 노동조합 조직에 가맹한 노동조합들이 생겨나기 시작하였기 때문이다. 지역협의체가 중심이 된 전노협에는 600여 개 노동조합 20만여 명이 가입하였고, 같은 해 5월 출범한 업종별 연맹 중심의 전국업종노동조합회의(업종회의)에는 586개 노동조합 20만여 명이 가입하였다. 이어 1993년 전노협, 업종회의, 현대그룹노조총연합(현총련), 대우그룹노조협의회(대노협) 등이 주축이 된 전국노동조합대표자회의(전노대)가 결성되고 1995년 11월 11일 전국민주노동조합총연맹(민주노총)이 출범하였다. 민주노총은 출범 이후 전교조 등 비합법단체의 가맹, 해고자 신분인 임원의 자격 등의 문제로 한동안 비합법노조 상태로 있다가 1999년 11월 23일, 창립 4년 만에 신고필증을 교부받았다. 물론 신고필증교부 전에도 민주노총은 1996년 2월 한국노총과 함께 노사관계개혁위원회에 참여하는 등 총연맹으로서의 실체를 인정받아 오다가 신고필증 교부로 법적 지위를 확보하게 되었다.