성별영향분석평가는 모든 정책과 프로그램, 법제에 성평등에 관한 평가를 하는데 다양한 정부부처의 정책과정에 개입해야 하므로, 그 기능을 가진 정부기구로 여성 관련정책을 기획, 종합하는 여성부가 출범했다.
정부 내의 여성정책을 기획․종합하는 별도의 행정부처로서‘여성부’가 2001년 1월에 출범하였다. 이것은 기존에 정무장관(제2실)이나 여성특별위원회와는 달리 법률안 제출권과 업무 집행권한이 모두 부여된 행정부처 조직 형태였다(여성부, 2002: 3). 성별영향분석평가는 본래적으로 모든 정책과 프로그램, 법제가 여성과 남성에게 미치는 차별적 효과를 평가하는 과정이다(김양희 외, 2004: 16). 이것은 성별영향분석평가라는 것이 다양한 정부부처의 정책과정에 개입해야 한다는 것을 의미한다. 따라서 성별영향분석평가가 제도화되기 위해서는 여러 정부부처와 지방자치단체의 여성 관련정책을 기획․종합하는 기능을 가진 정부기구가 필요하다. 여성부의 출범은 이러한 과제를 해결해 준 것이라고 할 수 있다.