사립대학의 재정자원인 법인 전입금과 국고보조금은 아직 국립대에 비해선 부족하기 때문에 등록금 의존도의 차이가 발생하고, 이는 재정지원 총량이 확대되는 이유가 된다.
사립대학의 경우 등록금 외에 국고보조금과 법인 전입금이 대학의 큰 재원인데 전입금의 경우 수익용 기본재산 확보 및 수익의 영세성으로 여전히 큰 힘이 되어주지 못하고 있고, 국고보조금의 경우 각종 고등교육 재정지원 정책으로 인해 2008년도 9.0%에서 16.5%로 확대되었으나 국립대학에 비해 비중의 차이가 큰 것을 알 수 있다. 2012년 기준 사립대학의 전입금과 보조금을 합한 22.3%의 비율은 국립대학 국고지원 비율인 50.6%와 28.3%의 차이를 나타내는 데 이 차이분이 국⋅사립대학 간 등록금 의존도의 차이를 결정하는 요소이자 정부의 재정지원 총량 확대의 근거가 된다고 하겠다.