사무국은 기획연구부와 행정지원부로 나뉟다. 전자는 대외기관 협조, 위원회 예산 회계 관리와 물품 관리를 담당하고 후자는 분야별 정책과제 연구, 운영, 조직, 인사, 전산 등의 업무를 맡는다.
사무국은 기획연구부와 행정지원부 등 2부로 구성하였다. 기획연구부는 통일준비 기본방향 및 전략 수립 지원, 위원회 전체회의 운영, 기획운영단 회의 및 분과위원 장 회의 운영, 분과위원회(사회문화분과, 정치ㆍ법제도분과) 회의 운영, 분야별 정책과 제 발굴 및 연구, 위원회 전체 워크숍 등 행사 운영, 정부ㆍ국회ㆍ시민단체 등 대외기관 협조, 위원회 예산ㆍ회계 관리 및 물품 관리 등을 담당하였다. 행정지원부는 분과위원 회(외교안보분과, 경제분과) 회의 운영, 분야별 정책과제 발굴 및 연구, 국내외 통일공 감대 확산 지원, 대국민 소통 및 온ㆍ오프라인 홍보, 여론수렴 기구(언론자문단, 교육 자문단) 운영, 조직ㆍ인사ㆍ전산ㆍ서무 업무 등을 수행하였다.