갈등의 쟁점과 원인에 따라 접근법과 해결책이 달라지며 합의 과정 중에도 달라지기 때문에 분석이 매우 중요하다. 과정을 중시하는 공공 갈등은 비공식 참여가 가능해서 다양한 관점이 충돌해 원인 파악이 어렵다. 원인에 대한 연구는 우선적이며, 핵심 원인을 분석하는 게 중요하다. 정치적, 경제적 담론적으로 분류된다.
갈등의 쟁점과 원인 분석은 매우 중요한 과정으로 인식되는데, 구체적인 쟁점과 원인에 따라서 갈등에 대한 접근법과 그 해결책이 달라지기 때문이기도 하고, 합의를 형성하는 과정에서 이러한 쟁점과 원인들이 동태적으로 변화하기 때문이기도 하다. 하지만 공공 갈등은 주로 어떤 결과를 놓고 벌어지는 사적인 갈등과 달리 정책결정과정과 정책집행과정 양쪽 모두에서 발생하기 때문에 정책을 둘러싼 공식적 참여자뿐만 아니라 비공식적 참여자들이 개입할 가능성이 높아지고, 이로 인해 매우 다양한 이익의 충돌이 발생할 수 있다는 점에서 그 가시적인 원인의 파악이 매우 어려운 경우가 많다(장현주, 2008). 따라서 공공갈등의 원인에 대한 연구는 갈등과 관련된 연구들 사이에서 우선 순위를 차지해 왔고, 많은 연구들이 특정 공공갈등 사례로부터 그 핵심적인 원인을 분석해내는데 중점을 두어왔다. 이러한 연구들에서 규명한 원인들을 크게 분류해 보자면 갈등의 정치적, 경제적, 혹은 담론적 원인들로 분류할 수 있다(강민아･장지호, 2007; 강인호･이민창･조선일･김영환, 2004; 김길수, 2007; 양정호, 2007; 이경원･김정화, 2011; 정지범, 2010; 채종헌･정지범, 2010).