사전기획회의로 조사 기준을 마련하고, 1차 문헌조사에서 회의·현장조사·사전조사를 거쳐 조사대상건축물을 선별하며 현장조사를 시행해 조사지를 작성했다. 대상을 조정하기도 했다. 비지정 건조물문화제 일제조사사업은 현장조사 이전에 조사원을 대상으로 교육을 시행했다. 
조사 절차는 대체로 사전기획회의를 통해 분류체계 및 조사항목 등 조사 기준을 마련하고, 1차 문헌조사를 토대로 조사대상을 추출하여 자문 등의 회의와 현장조사 혹은 사전조사를 거쳐 실제로 현장조사를 시행할 조사대상건축물을 선별한 후, 현장조사를 시행하여 조사지를 작성하였다. 현장조사 과정에서 새롭게 조사해야할 대상을 추가, 보완하기도 하며, 현장조사 후 자료 정리 단계에서 조사대상이 추가될 경우 2차 현장조사를 진행하기도 하였다. 또한, 전술한 바와 같이 정밀조사를 진행할 경우, 1차 현장조사를 토대로 정밀조사를 위한 대상을 선별한 후 정밀조사를 위한 2차 현장조사를 진행하였다. 이처럼 일반적인 조사과정에서 비지정 건조물문화재 일제조사사업의 경우 현장조사 이전에 조사지 작성요령의 숙지를 위해 조사원들을 대상으로 별도의 현장조사 교육을 시행한 점은 매우 특징적이다. 이는 여러 지역의 다른 조사 구성원들이 가급적 동일한 사항에 대해 동일한 방식으로 조사지가 작성될 수 있도록 해주는 의미 있는 조사 과정이라 할 수 있다.