특별행정심판기관의 중장기적 통합방안은 행정불복절차 분류, 요청에 대한 부응 여부 평가, 판단, 개선사항 수정·보완 및 국민권익위원회에 통합하는 과정으로 진행된다.
특별행정심판기관의 중장기적 통합방안은 5단계로 진행된다. 1단계는 현재 개별 법률에 의해 규율되고 있는 행정불복절차를 3가지 구분기준에 따라 분류한다. 2단계는 1단계 분류에 의해 특별행정심판에 해당하는 경우, 특별행정심판 허용요건과 헌법 제107조 제3항상 준사법절차의 요청에 얼마나 부응했는지를 평가한다. 3단계는 일반적인 평가시스템의 이행평가와 효과성판단에 해당한다. 4단계는 환류단계로 2단계 및 3단계 평가에 따른 개선사항을 수정·보완하는 단계이다. 5단계는 최종적인 평가에 의해 특별행정심판으로서의 기능 및 효과성을 달성하지 못하는 경우 국민권익위원회에 통합하는 과정이다.