출판사들은 디지털 교과서 기준 변경으로 인해 난관에 봉착하기도 했는데, 기술표준이 제시됐어도 실제 프로그램 버전에 따라 실행이 되지 않는 경우, 뷰어에 다채로운 자료가 들어가지 않는 문제 등이 발생했다.
출판사가 겪는 또 다른 불편함으로는 디지털교과서 개발을 위한 기술 지침 및 기준 변경으로 인한 어려움이었다. 모든 단말기에서 호환이 가능하도록 기술표준이 제시되었고, 이에 따라 개발을 진행했지만 실제로는 프로그램 버전에 따라 구동이 되지 않는 경우가 있었고, 우수한 콘텐츠를 넣어 실험 등 다양한 자료를 포함시켰더니 뷰어에 들어가지 않거나 구동되지 않는 등의 문제가 있었다. 따라서 출판사는 최대한 안정성을 확보하기 위해 가벼운 형태로 디지털교과서를 개발해야 했으며, 결과적으로는 출판사에서 기대했던 것보다 만족스럽지 못한 교과서가 나올 수밖에 없었다는 것이다. 또한 샘플 단원이 미리 제시되기는 했지만, 개발자들은 출판사가 모범 사례로서 참고할만한 콘텐츠나 가이드라인이 부족했던 것을 문제로 지적하였다.