투입자원과 산출을 연결하는 것은 투입의 질적 변화 고려와 생산성의 극단적인 산출 결과, 장기간의 재정사업 성과, 관리자가 통제 불가한 다양한 영향변수가 존재하기에 굉장히 까다롭다.
투입요소에 해당하는 노동, 재화 및 서비스, 자본의 경우 투입의 질적 변화를 고려해야한다. 즉, 더 잘 훈련된 근로자, 더 우수한 장비 등과 같은 투입요소의 질을 고려하는 것이 필요하다. 마찬가지로 제공되는 서비스 산출에 있어서의 질적 개선을 고려하지 않으면 생산성은 과소 또는 과대 측정될 것이다. 그리고 정부산출물을 결정하는 경우 재정사업의 성과는 보통 예산년도보다 장기간에 걸쳐 나타나며, 정부 프로그램의 성과는 흔히 사업수행에 의해서는 단지 부분적으로만 결정되고 그보다는 관리자가 통제할 수 없는 보다 다양한 다른 영향변수에 의해 성과가 결정된다는 점이다. 따라서 투입자원과 산출(output)을 연결한다는 것은 매우 어려운 일이다.