물류 단지 개발 특별회계는 정해진 융자, 연구비, 원리금 상환 및 대통령령으로 지정된 사항에 자금을 넣을 수 있지만 각 지자체의 재정상황에 영향을 받으므로 자금 확보나 운영면에서 걸림돌이 있다. 
동법 제41조에 의거하여 물류 단지 개발 특별회계는 물류 단지 개발사업의 시행자에 대한 공사비의 보조 또는 융자, 물류 단지 개발사업에 따른 도시‧군 계획 시설사업에 관한 보조 또는 융자, 지방자치단체가 시행하는 물류 단지 개발사업에 따른 도시‧군 계획 시설의 설치사업비, 물류 단지 지정, 물류시설의 개발계획 수립 및 제도 발전을 위한 조사‧연구비, 차입금의 원리금 상환, 특별회계의 조성‧운용 및 관리를 위한 경비, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 재원을 투입할 수 있다. 그러나 물류 단지 개발 특별회계는 지방자치단체 차원의 재원 확보 수단이라는 점에서 각 지자체의 재정여건에 크게 좌우된다는 점에서 재원의 확보나 운용범위 측면에서 제약이 크다.