기획관리 기본훈령엔 연계성 문제 확인 절차나 하위문서의 상위지침 반영 정도 확인 절차 등이 없다. 이는 기획단계의 문서간, 단계간 연계성 문제가 관리되지 않음을 의미한다.
그렇다고 문서 간･단계 간의 연계성을 확인･검증･보완하는 제도적 장치가 있는 것도 아니다. 기획관리 기본훈령에는 각 문서들이 상하좌우(上下左右)로 상호불가분의 관계를 이루며 점차 구체화되도록 설계되어 있지만, 상위지침을 어떻게 반영했는지 확인･점검하는 규정･절차가 없다. 연계성 문제는 또한 분석평가 또는 감사의 대상도 아니다. 이에 상위지침의 반영 여부･수준은 전적으로 하위문서의 재량 또는 선의(善意)에 달려있다. 즉 하위문서가 스스로 알아서 상위문서의 지침을 반영하도록 일임하고 있는 셈이다. 이는 기획관리 단계 간･문서 간의 연계성 문제가 방치되고 있음을 뜻한다.