자유학기제는 있어 충분한 준비와 의견수렴이 없이 시행되었기 때문에 부족함이 있다는 지적이 있으며 특히 취지와는 다르게 예산부족과 교사 수의 부족으로 인해 제대로 진행되지 않고 있다. 또한 사교육을 받은 학생과 그렇지 못한 학생 간의 차이가 보이는 등의 부작용이 있으며 이를 해결하기 위해 지원및 대책, 진학 연계성을 강화해야 한다.
그러나 자유학기제가 충분한 준비나 의견수렴 없이 밀어붙이기식으로 추진되어 학교 현장에서는 혼란이 있다는 지적도 있다. 특히, 학생들에게 다양한 진로를 체험할 수 있는 기회를 제공한다는 당초 취지와는 달리, 예산부족이나 교사 수급 부족 문제로 인해 기존 교사들이 자유학기 연수 몇 십 시간을 수강한 후 해당 교육과정을 지도하도록 권고되는 경우가 많아 수업의 전문성도 떨어지고 정작 학생들이 관심을 갖는 직업군은 개설하지 못하는 경우가 많다는 것도 엄연한 사실이다. 또한, 현장교사들과의 면담을 통해 자유학기 동안 시험이 없다 보니 학생들이 공부를 안해도 된다는 분위기가 팽배해 자유학기 과목이 아닌 다른 교과의 수업 분위기에도 부정적인 영향을 주는 경우가 많다는 점도 확인되고 있다. 사교육을 충실히 하는 학생들은 이 기간 동안 학교에서는 대충 놀더라도 학원에서는 진도를 계속 나가는데 비해 그렇지 않은 아이들은 대충 시간을 때우다 2학년 첫 중간고사에서 큰 실력 차이를 보이는 경우가 많다는 것이다. 전국적으로 비교한다면, 사교육 열기가 높은 곳과 그렇지 않은 곳에서 자유학기를 거친 이후 학력차이가 더욱 벌어지지 않을까 우려도 나오고 있는 실정이다. 따라서 이러한 제도를 더욱 내실있게 운영하기 위한 지원과 대책을 강화하는 한편, 일시적인 경험으로 끝나지 않고 진학과 연결되도록 연계성을 강화할 필요가 있다.