공공기관 자체가 범위가 너무 넓기 때문에 자체적으로 인권영향평가를 실시하는 것과  평가기관에 수탁하는 것 모두 어려움이 따른다. 따라서 기관별 중대사안에 따라 인권영향평가를 받도록 장려하는 방편이 합리적일 것이다.
공공기관의 경우는 의원입법과 전혀 다른 관점에서 자발적 대상화의 필요성이 존재 한다. 공공기관 자체가 너무나 광범위하며 정부와 비교할 때 스스로 인권영향평가 체크리스트 등을 진행하는 것에 어려움이 많이 발생할 수 있다. 동시에 인권영향평가 시행 초기부터 너무나 광범위한 영향평가 대상을 선정하는 것은 인권영향평가 기관에 과도한 평가부담을 야기할 수 있으며, 이러한 평가부담은 평가 자체의 부실화로 이어질 수 있을 것이다. 따라서 공공기관의 규모, 업무의 성격 및 인권침해 가능성과 범위 등을 고려하여 의무적 실시기관을 정하고, 나머지 기관의 경우에는 의무적으로 인권영향평가를 받도록 하기 보다는 자발적으로 중대한 사안을 선정하여 인권영향평가에 참여하도록 유도하는 것이 인권영향평가의 초기 내실화를 위해 바람직할 것이다.