창업 아이디어를 찾아내 최종 실현하기까지 그 관련된 사업이 R&D 분야와 비R&D로 나뉘어서 기획재정부와 미래창조과학부 두 군데에서 예산을 따로 짜게 되면 효율적이지 않다고 문제제기를 받을 수 있다.
이런 분류체계가 문제가 되는 것은 정부 재정사업의 재원배분이 R&D사업 또는 비R&D사업인지 여부에 따라 미래창조과학부와 기획재정부로 권한과 기능이 이원화되어 있기 때문이다. 현행 ｢과학기술기본법｣은 [표 15]와 같이 R&D예산의 투자우선순위 및 재원배분 · 조정 권한을 미래창조과학부에 위임하고, 그 결과를 기획재정부장관이 예산편성에 반영하도록 규정하고 있다. 한편, 비R&D사업은 ｢국가재정법｣에 따라 기획재정부가 정부재정사업의 예산안 편성을 전담하고 있다. 따라서 R&D관련 재정사업의 경우 실질적인 예산편성 권한이 미래창조과학부에 있다. 반면, 기술창업과 관련된 창업 인프라 지원 사업은 기획재정부 소관이다. 즉, 하나의 창업 아이디어를 발굴하여 최종 사업화까지 지원하는 관련 사업이 R&D사업과 비R&D사업으로 분리되어 각각 다른 부처에서 예산을 편성(배분 ․ 조정)하고 있어, 칸막이식 지원에 따른 비효율성 문제가 제기될 수 있다.