영제61조 제1항에 따르면 사용후핵연료처리사업을 하려는 자는 신청서를 써서 주무부장관에게 내야 한다. 사용후핵연료 처리에 대한 사항은 원자력진흥위원회를 거쳐 정한다.
사용후핵연료는 핵연료물질･방사성동위원소 및 원자핵분열생성물(原子核分裂生成物)과 함께 방사성물질에 해당한다. 사용후핵연료처리사업을 하려는 자는 법 제35조제2항 본문의 전단에 따라 지정을 받으려면 사업소마다 총리령으로 정하는 바에 따라 지정신청서를 작성하여 주무부장관에게 제출하여야 한다(영제61조제1항). 사용후핵연료의 처리･처분에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부장관과 산업통상자원부장관이 위원회 및 관계 부처의 장과 협의하여 ｢원자력 진흥법｣ 제3조에 따른 원자력진흥위원회의 심의･의결을 거쳐 결정한다(법 제35조제4항). 사용후핵연료의 처리･처분은 행정청의 판단에 맡겨져 있다.