교육부는 초등돌봄교실 이용 대상자에 저학년 중심 기준을 적용한다. 2014년에는 1,2학년이 우선적으로 이용하고 나머지 학년은 저소득층 등에 우선권을 주도록 권장한다.
먼저 초등돌봄교실의 대상자 기준을 살펴보면, 교육부는 초등돌봄교실 이용 대상자를 초등학생으로 하되, 2014년은 1~2학년 희망자 모두를 우선순위로 함으로써 저학년 중심의 기준을 적용하고 있다. 향후 연차적으로 돌봄교실 이용 대상을 전 학년 모든 이용 희망자로 확대할 계획으로, 2015년에는 3 ․ 4학년 이용 희망자 모두를, 2016년에는 5 ․ 6학년 이용 희망자 모두를 수용할 수 있도록 할 예정이다. 2014년의 경우 1 ․ 2학년 학생에게 우선적으로 이용 기회가 부여됨에 따라, 3학년부터 6학년까지의 학생 중 희망자에 대해서는 2013년까지의 돌봄교실 이용자, 저소득층, 한부모가정 학생 등에게 우선권을 주도록 권장하고 있다.