대통령제는 대통령 1인으로의 국가권력의 과도한 집중, 대통령과 의회 중 누가 더 많은 정통성을 갖느냐의 문제, 고정 임기로 인한 경직성, 승자 독식의 대통령 선거로 인한 권력의 양극화와 같은 문제점이 있다.
“현행 대통령제는 일반적으로 안정된 가운데 국가정책의 지속성을 유지할 수 있으며, 강력한 행정권을 토대로 국정운영의 효율성을 높이고, 의회 다수당의 횡포를 견제할 수 있다는 장점이 있다. 그러나 대통령제는 정치적 조화의 측면에서 국가권력이 대통령 1인에게로 과도하게 집중되는 원천적인 문제를 일정한 수준 내포하고 있”다(정영희, 2013:75). “Linz는 대통령제의 문제점을 다음과 같이 지적한다. 첫째, 민주적 정당성의 이원화로 인해 대통령과 의회양자 중 누가 더 많은 정통성을 갖고 있는 지 알 수 없다. 둘째, 대통령의 고정된 임기로 인한 ‘경직성’이 문제라고 한다. 셋째, 대통령선거는 승자독식의 제로섬게임이어서 권력의 양극화로 이어진다”(Juan J. Linz(1994); 김정현(2013:34-35)에서 재인용).