일본은 MOU 방식으로 미생물 자원 확보 노력을 하고 있으며, 비금전적 이익을 중시한다. 그러나 의약품 개발 전 과정에서 보면 기여율이 매우 낮다. 
일본은 특히 동남아시아 국가들을 중심으로 MOU 방식으로 미생물 자원에 대한 접근 및 표본 확보를 위해 노력하고 있다. 일본의 MOU는 이익공유에 있어, 비금전적 이익을 중시하고 있고, 기여율에 의거하여 배분한다는 원칙을 가지고 있다. 또한 일본은 자원보유국이 표본채취에서 기여하고 있으나, 이는 의약품 개발 전 과정에서 보면 그 기여율이 매우 낮다고 보고 있기 때문에 일본이 자원보유국에 이익을 배분한다 하더라도 그 규모는 매우 작을 것으로 보인다. 그러나 일본의 사례에서도 나타난 바와 같이 명확한 배분방식이 정의되어 있지 않은 것이 사실이며 이를 둘러싼 분쟁이 발생할 가능성이 매우 크다.