개별발명으로 나눠보면, 일부 발명은 동일한 발명에 대해 2개의 특허가 생기게 된다. 이 때, 이중특허의 문제점은 계속된다. 
즉, 앞서본 바와 같이 택일적 구성이나, 범위의 구성을 갖는 발명은 개별발명으로 구분하여 보면, 일부 발명은 선원과 후원 모두에 해당하게 되는데, 현행의 심사 실무에 의하면, 동일한 발명에 대해 2개의 특허가 허여될 수밖에 없다. 이 경우에는 이중특허의 문제점을 그대로 안고 있다. 예를 들어 중첩되는 영역의 발명을 실시하고자 하는 자는, 2개의 특허 각각에 대해 라이선스 계약을 맺어야 하는데, 특허권자가 다른 경우, 하나의 특허에 대해 이중으로 비용을 지불하는 문제와, 하나의 특허권자가 자기 특허권의 발명을 실시함에도 다른 특허권을 갖는 권리자로부터 침해소송을 당할 수도 있다.