일본은 13개 국가와 EPA 운영을 하고 있으며 자연인 이동 사항을 규정하고 있다. 그간 일본은 동아시아 국가들과 EPA를 체결했는데 이를 통한 이동은 주요 정책 과제였다. 
2013년 4월 현재 일본은 13개 국가 및 지역과 EPA를 발효 중에 있으며, 대부분 자연인의 이동에 관한 사항을 독립된 장 (chapter)에서 규정하고 있다. 그동안 일본은 정치․경제적 이유를 배경으로 동아시아 지역의 국가들과 전략적으로 EPA를 체결하여 왔는데, 일본기업들의 글로벌 생산네트워크 구축과 경쟁력 확보를 지원한다는 측면에서 볼 때 EPA를 통한 자연인의 원활한 이동은 일본정부 의 중요한 정책과제 중에 하나였다. 일본이 체결한 EPA에서 자연인의 이동에 관한 자유화는 기본적으로 앞서 살펴본 GATS상의 양허 수준과 유사하지만, 상대국에 따라 그 내용과 수준이 다소 상이하며 일정 부분 WTO-plus의 조항도 엿보인다.