상원은 하원이 채택한 수정안을 삭제하라고 했다. 형식적인 면에서 노사 당사자와의 협의, 하원에서의 충분한 논의, 프랜차이즈 당사자와의 협의가 없었다는 문제를 들었다. 내용적 면에서는 기업의 자유 침해를 주된 논거로 든다. 프랜차이즈사업이 마치 하나의 경제사회적 단일체인 양 규율하는 것은 현실성이 없다는 것이다. 또 관계도 없는 다른 가맹점에 근로자 재배치 모색 의무를 강제하는 것과 프랜차이즈 조합대표위원에게 사업장의 자유로운 출입을 허용하는 것도 적절하지 못하다고 봤다.
상원은 하원이 채택한 수정안(하원법안 제29조 bis A)이 그 형식 및 내용에서 프랜차이즈의 특별한 상황과 전혀 부합되지 않는다고 보아서 그 삭제를 의결하였다. 우선 형식의 면에서는 노사 당사자와의 협의 부재, 하원에서의 충분한 논의 부재, 프랜차이즈 당사자와의 협의 부재를 들고 있다. 하원이 채택한 수정안은 노동법의 현재적 상황을 중대하게 변화시키는 것임에도 프랜차이즈 관련 당사자를 포함하여 노사 당사자와의 사전 협의가 없었고, 수정안이 사회․경제적으로 미치는 영향에 대한 분석도 이루어지지 않았으며, 상원에 출석한 사용자단체들이 프랜차이즈개념 자체를 부정하는 법안이라는 의견을 제시한 점 등에 근거해 타당하지 않다는 것이다. 또한 내용의 면에서는 기업의 자유에 대한 침해를 주된 논거로 들어 비판하고 있다. 즉 가맹본부와 가맹점주의 관계는 상업관계이고, 가맹점주는 가맹본부와 유통계약을 체결한 독립사업자이므로 프랜차이즈에 근로자대표, 가맹본부, 가맹점주 3주체의 사회적 대화(노사협의)를 강제하는 것은 기업에 매우 제약적이어서 그 준수 자체가 현실적으로 불가능하다는 것이다. 프랜차이즈사업을 마치 하나의 경제사회적 단일체로 보아서 전국적인 근로자대표체계를 통해 규율하려는 것은 현실성이 없다고 평가하고 있다. 또한 법안의 구체적 내용에서 경영상의 이유에 의한 해고와 관련하여 어떤 법적 내지 경제적 관계도 없는 다른 가맹점에 근로자를 재배치할 수 있는지 모색할 의무를 사용자에게 강제하는 것이 어떻게 가능한지 의문이고, 해당 사업장의 근로자가 아닌 프랜차이즈 조합대표위원에게 사업장의 자유로운 출입을 허용할 이유도 없다고 지적하고 있다. 그리고 종업원대표제도와 관련하여서는 현행 노동법전이 규정하고 있는 바에 따라 그 적용대상이 되는 상당수의 가맹점들이 존재하므로 현행 제도의 적용으로 족하다고 본다.