OECD 재정위원회는 APA 제도 개선을 위해 쌍방 사용, 차별없는 절차 개선, 국제적 기준 개발을 권고하고 있다. 또한 국가 과세당국은 납세의무자의 성실신고의 한 수단으로 보증하고, 국제거래 중 효율적인 제도로 정책방향을 운용해야 한다.
APA 제도의 개선과 관련하여 OECD 재정위원회(Committee on Fiscal Affairs)가 권고하는 내용은 다음과 같다. 국제적 이중과세방지 측면에서 쌍방 APA를 사용해야 한다. 납세자의 사업규모에 따라 APA의 이용에 차별이 없도록 APA 이용 절차를 개선해야 한다. 국제적으로 공통적인 APA 기준이 적용될 수 있도록‘실무운영지침(working agreements)’을 개발하여 적용한다. 각 국가의 과세당국이 취할 수 있는 정책방향은 두 가지로 나눌 수 있다. 하나는 APA 제도를 납세의무자의 성실신고를 담보할 수 있는 여러 정책수단중의 하나로 보고 운용하는 것이고, 다른 하나는 국제거래에 대한 효율적인 과세제도인 점에 초점을 맞추어 운용하는 것이다. APA의 운용을 어느 관점에 중점을 두는 지에 불구하고 다음 세 가지의 점은 APA의 발전에 기초가 되는 상호신뢰의 근거가 된다.