교육에 대해서 지나친 활동중심, 융합연계 수업은 교육내용의 내실을 소홀하게 할 수있다는 우려가 있다. 교육의 즐거움도 중요하지만 교육의 기본 또한 중요하다.
그러나 다른 한편으로 지나친 활동중심, 융합연계 수업의 강조에 대한 우려도 나타나고 있다. 학습을 즐겁게 하는 것, 그리고 각 교과 간의 다양한 융합연계 시도도 중요하지만, 각 교과가 가지고 있는 교육내용의 정선된 체계를 자칫 소홀하게 취급할 수 있다는 것이다. 교육은 즐거움이전에 가치 있는 활동과 내용에로의 입문이라는 기본적인 사실을 잊지 말자는 경고로 받아들일 필요가 있다. 종전의 교육이 지나치게 계통적인 교과 학습만 강조했던 것은 문제가 있으나, 또한 그러한 체계적인 교과 교육을 무시하고 소홀히 하는 것은 자유학기제가 아니라는 점을 유념해야 한다.