ECJ는 이 지침이 EU 영토에서 이착륙하는 항공기에만 적용되어 지침이 역외적 성격이 없고 공해에서의 비행 자유 원칙에도 영향이 없다고 보았다. 항공사 운행자가 회원국 영토 내의 비행장에서 이착륙하는 상업적 항공루트를 택할 경우에만 회원국 영토 내의 비행기가 배출권거래제의 거래대상이 되는 것이라고 설명했다. EU입법자들은 EU가 국제협상상의 목적 달성을 위한 기준을 준수하는 것을 조건으로 EU 내의 상업 활동을 허용할 수 있다고 봤다.
ECJ는 이 지침이 EU 영토 내에서 도착 또는 출발하는 항공기에만 적용되기 때문에 동 지침이 어떠한 의미로도 역외적 성격을 갖지 않는다고 보았다. 항공기가 회원국들 중 한 영토 내에, 보다 구체적으로 그 영토 내에 위치한 공항시설에 있게 되면 그 회원국과 EU의 무제한적인 관할권의 대상이 되기 때문에 지침은 제3국의 영토에 대한 권리 (territoriality)또는 비행기의 출발 또는 도착이 이루어지는 제3국이 자국의 영공에 대해서 행사하는 주권을 침해하지 않는다고 하였다. 또한 공해 상공을 비행하는 항공기가 그러한 행위를 하는 한에 있어서는 배출권거래제의 적용대상이 되지 않기 때문에 공해에서의 비행의 자유 원칙에 영향을 주지 않는다고 보았다. 회원국 영토 내의 비행기가 배출권거래제의 대상이 되는 것은 항공사 운행자가 어느 회원국 영토 내에 있는 비행장에서 도착 및 출발을 하는 상업적 항공루트를 선택하는 경우에만 해당되는 것이라고 설명하였다. EU기능조약 제191(2)조에 따라EU의 환경정책은 높은 수준의 보호를 추구하기 때문에, EU입법자들은 항공운송의 경우 원칙적으로 항공사가 EU에 의해서 확립되었고, EU가 당사국인 국제협약, UNFCC 및 교토의정서와 같은 국제협정상의 목적을 달성하기 위해 설계된 기준을 준수하는 것을 조건으로 EU내에서 수행될 상업적 활동을 허용할 수 있다고 보았다. 게다가, EU환경법을 적용하는 맥락에서, 그 영토 밖에서 부분적으로 발생한 사건에서 기인하여 회원국의 영공, 영해, 영토의 오염에 기여하는 특정 사안은 국제법원칙에 비추어 그 영토 내에서 EU법을 충분하게 적용하는 것에 문제를 제기하지 않는다고 보았다.