현행 공공기관 감사는 역할을 제대로 수행하지 못하고 있다. 많은 공공기관이 감사를 비상임으로 운영하고 있고, 비상임감사는 기관장보다 임기도 짧고 전문성도 부족한 데다 애초에 감사의 임용제도 자체가 감사가 제역할을 수행 하기 어렵게 하기 때문이다. 기관장의 임명권자와 기관장을 견제해야할 감사의 임명권자가 같거나 유사해서 감사의 기관 경영 견제가 힘든 것이다.
하지만, 현행 공공기관 감사는 이러한 역할을 제대로 수행하지 못하고 있다(김경호 외, 2012; 류숙원･김나영, 2013). 그 이유로는 우선, 감사위원회가 설치되는 공공기관 의 감사위원을 제외한 공공기관의 감사는 “다른 법령이나 정관으로 정하는 바에 따라 상임 또는 비상임”(공운법 제24조 제5항)으로 결정할 수 있다. 이에 따라 실제 많은 공공기관이 감사를 비상임으로 운영하고 있다. 비상임감사의 경우, 기관의 업무파악도 쉽지 않을 뿐만 아니라 내부의 일상적인 행위를 감시하는 구실을 제대로 할 수 없다. 또한, 기관장(3년)보다 짧은 임기(2년)와 전문성의 부족 문제 때문에 제기능을 하지 못한다는 지적도 있다. 하지만 근본적으로는 감사의 임용제도 자체가 감사가 제역할을 수행 하기 어렵게 한다. 현행 감사의 독립적인 내부통제가 가능하도록 외부인사가 감사를 구성하도록 규정하고 있지만, 소규모를 제외한 일반 공기업과 대규모 혹은 특수형 준정부 기관의 경우 기관장과 감사의 임명권자가 대통령으로 동일하다. 소규모 공기업과 일반 준정부기관의 경우 감사와 기관장의 임명권자는 각각 기획재정부 장관과 주무기관장으 로 다르지만 이들 임명권자들도 정치적 이해관계를 공유한다는 측면에서 별반 차이가 없다. 이렇듯 기관장의 임명권자와 기관장을 견제해야할 감사의 임명권자가 같거나 유사할 경우, 감사가 기관 경영에 대한 견제의 역할을 제대로 수행할 수 있으리라 기대하기 어렵다.