「학교 교육 실태 및 수준 분석 연구」는 3년마다 동일 학교의 3학년 학생을 대상으로 하므로 학생은 변하는 속성을 가지는데, 학생변수와 학교평균 SES, 성취압력 등을 통제해 학업성취도를 추정하고 이에 영향을 주는 학교변수를 탐색하였다.
「학교 교육 실태 및 수준 분석 연구」는 동일한 중학교에 재학 중인 3학년 학생을 대상으로 3년마다 자료를 수집하여 학교는 변하지 않으면서 학생은 변하는 속성을 가지고 있어 동일한 학생을 여러 해에 걸쳐 측정하는 여타의 종단자료와는 차별성이 있다. 1수준에서는 성별, 사회경제적지위(Social Economic Status : SES), 내․외재적 동기 등과 같은 학업성취도에 영향을 주는 학생변수를 분석 모형에 포함하여 학생 변화로 인한 차이를 통계적으로 통제하였다. 2수준에서는 이를 통해 도출된 주기에 따른 학교별 평균 학업성취도에 영향을 주는 학교평균 SES, 교사가 학생에게 주는 성취압력 등과 같은 학교 변수를 탐색하고 1주기 학교별 평균 학업성취도와 학교별 학업성취도 변화율을 추정했다. 3수준에서는 1주기 학교별 평균 학업성취도와 학업성취도 변화율에 영향을 주는 학교변수를 탐색하였다.