공정거래위원회의 고발 면제 행위에 대한 문제점으로 고발 면제에 대한 적용 범위가 명확하게 규정되어 있지 않고, 그 규정도 재량 규정으로 공정거래위원회의 판단에 일임하고 있는 점 등이 지적되고 있다. 이에 객관적 기준이 필요하다고 할 수 있다.
이러한 공정거래위원회의 고발 면제 행위에 대해서는 긍정설과 부정설의 견해대립이 있었는데, 2013년 개정법에서는 이를 입법적으로 해결한 것이다. 구법에서의 견해 중에는 자진신고자에 대한 고발 면제는 허용하되 그 적용 범위가 확대되지 않도록 신중해야 한다는 주장도 있었는데, 개정법에서는 단지 ‘고발을 면제할 수 있다’고만 규정하고 있기 때문에 이와 같은 견해의 지적 사항은 개정법 하에서도 마찬가지로 적용되어야 할 것이다. 즉, 개정법에서는 고발면제의 대상을 ‘부당한 공동행위의 사실을 자진신고한 자나 증거제공 등의 방법으로 조사에 협조한 자’로 규정해 두었으나, 어느 경우가 자신신고자나 조사 협조자에 해당하는지 불명확하고 특히 그 대상자에 대해서도 ‘고발을 면제할 수 있다’는 재량 규정으로 입법을 하여 궁극적으로는 공정거래위원회의 판단에 일임하고 있는 점 등에 대해서는 객관적 기준의 마련을 고민해 볼 필요가 있다.