군대를 감시·통제하기 위한 군 옴부즈만 제도 소속에 대해 입법부에 둘 경우 정치권의 압박으로 독립성을 지탱할 수 없어 대통령 직속기관인 행정부에 두어야 한다는 주장이 제기되었다. 
지난 7월 발생한 28사단 윤모 일병 구타 사망사건을 계기로 외부에서 군대 내부를 감시․통제할 수 있도록 군옴부즈만 제도 내지 독일식 국방감독관제도를 도입해야 한다는 주장이 또다시 제기되고 있다. 군 옴부즈만 제도를 도입할 경우 그 소속을 어디에 둘 것인가에 대해서는 논란이 있다. 이에 대해 우리의 정치현실을 고려할 때 입법부에 군대 감독기구를 둘 경우 정당을 매개로 하는 정치권의 압력으로부터 독립성을 유지하기가 오히려 힘들어질 우려가 있으며, 정당간 대립이 격화되어 정상적인 국회운영이 교착상태에 빠질 경우 그 기능이 마비될 우려가 있으나 행정부 수장인 대통령 직속기관으로 두면 권고적 해결에 더 유리한 성과를 기대할 수도 있다는 측면에서 행정부에 두어야 한다는 견해도 제기되고 있다.