기획재정부는 총사업비관리지침을 작성해 사업 추진 과정에서 여건이 변동되는 경우 교통수요 재예측 또는 타당성 재조사 등을 수행토록 하고, 이에 대한 수행 지침도 명시하고 있다.
예산편성 이후에 추진되는 모든 SOC 사업에 대해 설계 및 시공 과정에서 발생하는 총 사업비의 변경을 관리하기 위해, 완공까지 2년 이상 소요되는 모든 사업에 대해 사업규모·총 사업비 또는 사업기간을 사전에 협의하고 변경하고자 하는 경우에 기획재정부 장관과 협의하도록 규정하고 있다. 또한, 사업 추진 과정에서 총 사업비 관리대상(500억 원 이상)이 되는 사업, 예비타당성 조사를 거치지 않고 예산에 반영되어 추진 중인 사업, 총 사업비가 20% 이상 증가(토지 손실 보상비 증가분 제외)하는 사업, 사업 여건의 변동으로 교통수요 예측치가 30% 이상 감소하는 사업, 기타 중복투자 등으로 예산낭비 소지가 있다고 판단하는 사업에 대해 타당성 재조사를 수행토록 규정하고 있다. 또한 감사 결과에 따라 감사원이 요청하거나 국회 의결로 요구하는 사업에 대해서는 타당성 재조사를 수행하여 그 결과를 보고하도록 명시하고 있다. 이 법에 근거하여 기획재정부는 총사업비관리지침을 작성하여 사업 추진 과정에서 여건 변동이 생기는 경우에 교통수요 재예측 혹은 타당성 재조사 등을 수행하도록 하며, 이에 대한 수행 지침도 명시하고 있다.