신속한 형사보상을 위해 지연이자도 함께 규정되어야 한다. 그 수준에 대해 법원은 보상금 지급청구일 다음 날부터 판결선고일까지는 연 5%를, 판결선고일 다음 날부터 지급일까지는 연 20%를 지불해야 한다고 판단했다. 법무부는 소송이 제기될 경우  ｢소송촉진 등에 관한 특례법｣에 따라, 소송이 제기되지 않은 경우에는 일반 원칙에 따라 지급해야 한다고 판단했다.
신속한 형사보상이 이루어지기 위해서는 합리적인 유인책이 마련되어야 하는바, 보상 결정 및 보상금 지급 기한이 명시되었다면, 이를 준수하지 아니한 경우에 부과될 지연이자도 함께 규정되어야 한다. 형사보상의 결정을 받은 자가 보상금 지급을 청구할 경우 국가는 신속하게 해당 금액을 지급해야 할 의무가 있으며, 예산 부족으로 인해 지급이 지체될 경우에는 지연이자가 부과되어야 한다. 문제는 국가가 부담해야 할 지연이자의 수준인데, 2014년 법원은 하급심 판결에서 ‘형사보상금의 지급 청구일 다음 날’부터 지연이자를 지급해야 한다고 밝히면서, ‘보상금 지급청구일 다음 날부터 판결선고일까지’의 기간에는 연 5%, ‘판결선고일 다음 날부터 지급일까지’의 기간에는 연 20%의 지연이자율이 적용되어야 한다고 판단했다. 이에 대해 법무부는 지연이자 청구 소송이 제기되면 ｢소송촉진 등에 관한 특례법｣에 따라서 소장 부본이 송달된 날의 다음 날부터 연 100분의 40 이내의 범위에서 ｢은행법｣에 따라 은행이 적용하는 연체금리 등의 경제 여건을 고려해서 대통령령으로 정해진 이율에 의해 지연이자를 부과하도록 규정되고 있으나, 소송이 제기되지 않은 경우에는 일반 원칙에 따라서 ｢민법｣상 5%의 지연이자를 지급해야 하므로 형사보상금 지급과 관련된 지연 이자율도 연 5%로 규정되는 것이 적절하다는 견해를 내놓은 바 있다.