이 사건 법률에 의한 특별취급이 합리화되려면 일반 검찰 등에 특정 수사를 맡기기 곤란한 사정이 있어야 하며, 그 외 사유로는 합리화될 수 없다. 
“이 사건 법률에 의한 특별취급의 내용은 특정 사건의 수사주체를 특별검사로 변경하고 검찰조직의 상급자나 법무부장관의 지휘․감독을 받지 않게 하여 그 독립성을 보장하는 것이다. 그러한 특별취급이 합리화되기 위해서는 일반 검찰이나 그 지휘계통에게 특정사건에 대한 수사를 맡기기 곤란한 사정이 있어야 한다. 검찰조직이나 지휘계통의 공정성을 의심할 사유가 없는 경우에는, 단순히 담당검사의 수사가 미흡하다거나 증거판단을 잘못하였다는 등의 사유만 가지고는, 특정 사건의 수사를 일반 검찰로부터 떼어내어 독립된 지위를 가지는 특별검사에게 맡기는 특별 취급을 합리화하기 어렵다.”