국가는 자유학기 활동에 따른 단위 학교의 강사 초빙 및 교수·학습 자료 개발·제작, 자료·도서 구입, 프로그램 운영, 연수, 협의회 등 소요 예산에 집중 지원한다. 국고 및 특별교부금을 활용하는 방안을 생각해 볼 수 있고, 소규모 학교라도 자유학기제를 운영하는 데 필요한 최소 기본 경비는 확보해 지원해야 할 것이다.
국가의 경우 [그림 Ⅵ-2-3]에 제시되어 있는 바와 같이 자유학기 활동에 따른 단위 학교의 강사 초빙 및 교수·학습 자료 개발·제작, 자료·도서 구입, 프로그램 운영, 연수, 협의회 등에 소요되는 예산에 집중 지원하도록 한다. 특히 제한된 지원 예산의 경우 교수·학습 자료개발·제작과 체험활동에 우선 투입하고 그 다음으로 강사 초빙을 고려해야 할 것이다. 지원 예산은 <표 Ⅵ-2-1>과 같이 최소한 학교당 500만원은 지원되어야 할 것으로 보며, 가능한한 이 이상의 지원 예산을 확보하도록 해야 할 것이다. 학교당 500만원을 지원할 경우 예산은 약 160억 원이 소요된다. 이 예산은 자유학기제 연구학교 및 희망학교 지원과 같은 형태의 국고 및 특별교부금을 활용하는 방안을 생각해 볼 수 있다. 또한 운영 지원비의 경우 보다 정밀하게 산정하기 위해서는 학급수를 기준으로 산정해 볼 필요가 있다. 왜냐하면 학교 규모에 따라 소요되는 예산이 다를 수 있기 때문이다. 이를 위해 학교당 500만원을 지원하는 것을 학급수를 기준으로 산정했을 때, 2014년 중학교 학급수가 56,305개이기 때문에(http://kess.kedi.re.kr/index), 학급당 약 282,000원(15,865,000,000원÷56,305=281,769)이 된다. 다만 학급수가 적은 소규모 학교라고 하더라도 자유학기제를 운영하는 데 필요한 최소 기본 경비는 확보하여 지원해야 할 것이다.