정부지원시설 이용 영유아 보육료는 시설 무관 정부지원시설 보육료 지원 단가 범위 내에서 정해진다. 수납 한도액은 정부 지원단가 범위 내에서 시도지사가 산정한다.
현재 정부지원시설을 이용하는 영유아의 보육료는 시설유형에 관계없이 정부지원시설 보육료 지원 단가 범위 내에서 정해지게 되어있다. 연도별 보육료 및 기타 필요경비 등의 수납한도액은 시 도지사가 산정하여 시달하게 되어 있고, 시 도지사는 어린이집의 유형 및 지역적 여건을 고려하여 보육료 수납한도액을 결정하며 정부지원시설과 정부미지원시설의 영아반(만 0세~만 2세)은 정부 지원단가 범위 내에서 결정하게 되어 있다. 2014년 기준 정부 보육료 지원 단가는 만 0세의 경우 월 394천원, 만 1세는 347천원, 만 2세는 286천원, 만 3~5세는 220천원, 장애아의 경우 394천원이다.