가가중학교에서는 영어, 수학, 과학 세 과목에서 수준별 수업을 진행하며, 상과 중 수준을 묶고 하반을 구분하여 총 두 개로 나눈다. 상, 중 수준을 묶는 이유는 학생들이 함께 모여 수업할 때 서로 보고 배울 수 있기 때문이며, 기초가 약한 학생들이 다시 기초부터 차근히 배울 수 있도록 하반을 분리하였다.
가가중학교에서 수준별 수업은 영어, 수학, 과학 교과에서 실시한다. 일반적으로 상,중, 하 세 수준으로 나누는 것과 달리 이 학교에서는 두 수준으로 나눈다. 상과 중 수준을 나누는 기준 설정의 어려움이나, 구분하더라도 실제 수업 진행과 학생들의 참여 면에서 실효성에 대한 의문이 있어 상, 중 수준을 묶고 하반과 구분하는 것이다. 상, 중 수준을 묶는 것은 교사들이 보기에도 학생들이 섞여 있을 때 수업 진행에서 긍정적인 역동도 만들어지고 학생들이 서로 보고 배울 수 있는 분위기를 만들 수 있다고 보기 때문이다. 또한 하반을 별도로 구분한 것은 기초적인 지식을 알지 못하면 그 다음 단계 수업에서 다루는 내용을 따라가기 불가능한 경우들이 있기 때문이다. 그래서 소수의 기초가 매우 약한 학생들은 다시 기초부터 배울 수 있도록 하는 게 좋겠다고 판단하여 하반을 구성한 것이다. 두 수준을 나누되, 학년의 각 학급에서 3~4명 정도만 ‘하’반으로 분리해 놓는 방식이다. 따라서 ‘상’반은 하반으로 간 3~4명을 제외한 채 원래 반에서 수업을 한다. ‘하’반은 세개반에서 10명 내외의 학생을 모아 별도의 반을 구성한다.