성인지예산제도는 4단계로 구성되며 도입단계와 정착단계는 성평등 인식제고 이고, 성숙단계는 정부의 책임성 강화의 추가, 마지막으로 고도화단계는 예산과 정책의 변화가 추가된다.
성인지예산제도의 중장기 로드맵은 다음과 같은 구조를 갖는다. 우선 제도의 발전단계를 기준으로 각 단계별 목표가 제시된다. 성인지예산제도는 4단계 발전단계로 구성되는데 도입단계(2009∼2010)와 정착단계(2011∼2013)의 목표는 성평등 인식제고가 된다. 성숙단계(2014∼2018)는 성평등 인식제고와 함께 정부의 책임성 강화가 추가되어 성인지예산제도를 통한 정책의 실효성을 향상시키는 단계가 된다. 마지막으로 고도화단계(2019∼)는 성평등 인식제고, 정부 책임성 강화에 더해 예산과 정책의 변화가 추가된다. 즉, 성인지예산제도의 도입을 통해 실질적인 변화가 발생하는 단계이다.