학생들 욕구에 맞춘 개설 프로그램으로, 애니메이션과 만화에 관심 있는 교육복지 대상학생을 선정해 그림 수업 진행, 작품집 제작, 만화가와의 만남 등 다양한 활동을 했다.
이 프로그램은 요즘 학생들의 욕구에 맞춰 개설되었으며, 평소 애니메이션과 만화에 관심이 있는 교육복지 대상학생을 선정하여 직접 그림을 구상하고, 관심 있는 애니메이션에 대해 서로 이야기를 나누며 즐겁게 그림을 그렸다. 만화교실 프로그램을 통해 캐릭터 그리기, 캐리커처, 칸의 다양한 연출, 인물과 배경 그리기, 스토리 만화 창작력으로 꾸미기, 한 면 만화, 크로키 등 일주일에 한 번씩 꾸준히 수업을 진행하였으며, 성과물로 작품집을 제작하였다. 겨울방학 만화교실엔 남산애니메이션 센터 및 만화거리 외부활동을 통해 만화가를 직접 만나고 만화와 관련된 다양한 활동을 하였다.