교사에게는 자유학기제가 일상적인 것으로 적응하기 위해 관련 용어부터 정립할 필요가 있다. 예컨대, 중학교의 자유학기제 기간 동안의 활동명을 알아야 하는 것이다. 제대로 구분짓는 용어를 통해 혼란 및 오해를 줄여나가야 한다. 
교사에게 있어서 자유학기제가 특별한 부가적 업무가 아니라 학교 교육과정의 일상적 활동으로 인식되기 위해서는 먼저 자유학기제 관련 용어가 교육과정 틀로 수렴될 수 있도록 개선될 필요가 있다. ‘용어’는 특정 사물이나 대상 및 인간의 사고나 행위 등을 개념적으로 나타내기 위해 사용하는 말이다. 자유학기제의 경우도 자유학기제와 관련한 학교 활동을 나타내 주기 위해 많은 새로운 용어를 창출하여 제시하고 있다. 예컨대 공통과정(기본교과) 및 자율과정, 진로탐색 활동, 선택 프로그램 활동, 동아리 활동, 예술·체육 활동, 체험활동 등이 그것이다. 중학교는 자유학기제 적용 학기 동안 이들 활동을 수행하게 된다. 문제는 자유학기제가 학교의 교육과정 활동과 밀접하게 관련되어 있는 것임에도 불구하고 학교 교육과정과는 별도로 구안되어 보급됨으로써 교육과정 편성·운영상 용어 사용의 혼란 및 혼동, 오해가 초래되고 있다는 것이다.