국민권익위원회 내 행정심판원을 두게 되면, 국민권익위원장이 행정심판원장을 겸임해 일반행정과 사무를 거느린다. 기타 사유가 있을 때에는 일방행정심판부 위원장이 대행할 수 있다.
국민권익위원회 안에 ‘(통합)행정심판원’을 두는 대신에 기존 중앙행정심판위원회를 행정심판원으로 개명하고, 행정심판원장은 국민권익위원장이 형식적으로 겸임하도록 하는 것이다. 국민권익위원장을 겸임하는 행정심판원장은 ‘일반행정’업무 및 전반적인 사무의 통할권을 행사하지만, 행정심판 업무의 운영은 일반행정심판부의 위원장이 실질적으로 대행하도록 한다. 행정심판원장이 유고시에는 일방행정심판부의 위원장이 원장을 대행하고 그 구성에 있어서 행정심판원장은 장관급으로, 산하 개별 행정심판 전담부의 위원장은 차관급으로 한다. 산하 개별 행정심판부는 분리 독립적 운영을 보장하고 상호간의 업무조정을 위하여 행정심판조정위원회를 두고 위원장은 행정심판원장이 된다. 행정심판사건에 대한 심리·의결은 각 부가 독립적으로 행하되, 각 부의 의결 결과인 재결은 행정심판원의 명의로 한다.