제1차 기본계획은 정부 각 부처의 정책과제를 취합한 정도로 추진 상의 한계를 보였다. 관련 부처들이 기본계획 작업단에 참여했지만 업무영역을 둘러싼 갈등은 남아있다.
제1차 기본계획은 정부 각 부처에서 수립한 정책과제를 취합한 수준으로 추진 상의 한계를 노정하고 있었다. 관련 부처들이 기본계획 작업단에 참여하였지만 업무영역을 둘러싼 갈등이 해소된 것은 아니었다. 특히 노동부가 비협조적이었는데 “인적자원 업무가 노동부의 직업훈련과 겹치는 탓”이었고, “이러한 갈등 때문에 2001년 12월 1차 국가인적자원개발기본계획은 원래 계획된 17개 장에서 노동부 업무가 빠진 16개 장으로 축소”되기도 하였다. 국가 차원의 기본계획이 예산 투자 계획과 연동되지 못한 것도 후반부로 갈수록 기본계획의 영향력이 감소하는 원인이 되었다.