물질특허제도의 도입과 개정 과정 중이지만, 아직까지 선명하게 규정되어야 할 사안들이 많다. 대상, 방법, 기간 등의 추가적 정비가 필요하며, 한미 FTA로 존속기간 연장제도가 주목을 받고 있다. 
앞서 살펴본 바와 같이, 1987년 물질특허제도의 도입과 함께 국내에 도입된 특허권의 존속기간 연장등록 제도는 여러 차례 개정을 통해 보완 및 수정되어 왔으나, 동 제도에 대한 합리적인 운용기준 및 실무 등이 정립되기 위해서는 여러 가지 명확하게 규정되어야 할 사안들과 보완되어야 할 사항들이 많은 실정이다. 특히 연장대상, 연장 기간의 산정 방법, 연장된 특허권의 효력 범위 해석과 관련하여 의약품등의 유효성분으로 사용되는 물질의 종류 및 특성의 다양화, 허가 또는 등록 등과 관련된 법령 및 심사요건 변화 등의 요인으로 관련 법규정 및 심사기준의 재정비에 대한 요구가 계속되고 있다. 또한 한미 FTA에 따른 허가-특허연계제도의 도입으로 인하여 존속기간 연장등록의 무효심판 및 존속기간이 연장된 특허권의 효력범위에 대한 권리범위 확인심판이 급증하면서, 최근 존속기간의 연장제도에 대한 관심이 증가하고 있는 상황이다.