기관의 장은 직원의 효율적인 능률 발휘를 위해 성희롱 방지와 배제를 위한 방안과 문제 발생 시 취하는 조치를 마련해야 한다. 구체적으로 성희롱 관련 정책, 대책을 문서로 명시하고, 성희롱 방지 교육과 연수를 마련하고, 성희롱 발생 여부에 주의를 기울이고, 재발하지 않게 조치를 취하고, 성희롱 신고한 직원에게 불이익이 가지 않도록 해야한다.
각 기관의 장은 직원이 그 능률을 충분히 발휘할 수 있도록 근무환경을 확보하기 위해, 성희롱 방지 및 배제에 관해 필요한 조치를 강구함과 함께, 성희롱에 기인하는 문제가 발생한 경우에는 필요한 조치를 신속하고 적절하게 강구해야 한다. 이 경우 성희롱에 대한 고충 신고, 해당 고충에 관한 조사에 협력, 그 밖의 성희롱에 대한 직원의 대응에 따라 당해 직원이 직장에서 불이익을 받지 않도록 해야 한다. 구체적인 내용으로는 ① 성희롱의 방지 등에 관한 정책, 구체적인 대책 등을 각 부처에서 기관 내부 규정 등의 문서 형태로 정리 직원에 대해 명시할 것, ② 직원에 대한 연수 계획을 수립, 실시함에 있어서 성희롱방지 등을 위한 교육을 포함할 것, ③ 성희롱 문제가 직장에 발생하지 않는지, 또는 그러한 우려가 없는지에 관해 근무 환경에 있어 충분히 주의할 것, ④ 성희롱 문제가 발생한 경우에는 재발 방지를 위한 조치를 강구할 것, ⑤ 직원에 대하여 성희롱에 대한 고충신고, 해당고충 등에 관한 조사에 협조하고, 성희롱에 대한 직원의 대응으로 인해 해당 직원이 직장에서 불이익을 받지 않을 것을 주지할 것 등이다. 직장에서의 “불이익”이란 노동 조건의 불이익 이외에도 동료 등에게 받는 비방과 중상(中傷)등 직원이 받는 기타의 불이익이 포함된다.