분위회귀분석의 βr는 해당 분위에서 모든 개인들의 특성이 동일하다고 가정하는 조건분포에서 분위 내 성별 임금격차를 분석하는 방식으로 비교 분석에 있어 한계를 가진다.
분위회귀분석에서 추정하는 βr는 로그임금의 r분위에서 해당 독립변수의 보상(return)으로 해석한다. 즉 해당 분위에서 모든 개인들의 관찰된 특성이 동일하다고 가정하는 조건분포에서 분위 내 성별 임금격차를 분석하는 방식이다. 예를 들어, 상위 90분위의 성별 임금격차는 90분위 내 모든 특성이 평균일 때 남성의 90분위와 여성의 90분위를 비교하는 것으로 해석한다. 그러나 조건 분위회귀분석은 각 분위에서 독립변수의 조건부 분위에 대한 추정치를 구하는 것으로, 이를 통해 얻은 추정치는 분위별로 비교 분석하는 데 한계를 가진다. 분위별로 종속변수에 대한 독립변수의 한계효과가 상이하기 때문이다.