공공기관의 지방이전 계획에 따라 2012년부터 혁신도시의 건설 본격화로 중앙정부는 정책과 혁신도시의 연계성을 높이고 제도적 지원에 초점을 두고 지방자치단체와 이전공공기관 및 지역소재 대학, 연구소, 기업 등과의 협력을 토대로 중장기적인 계획을 세워야 한다.
공공기관의 지방이전계획 승인이 완료됨에 따라 2012년부터 혁신도시의 건설이 본격화될 것으로 보인다. 이 과정에서 이전 기관 종사자의 정주여건 조성, 종전 부동산의 활용, 산학연 클러스터 구축, 기업·대학·연구소 유치 등 정주여건과 혁신환경을 조성을 둘러싼 다양한 이해관계의 조정과 관리가 중요할 것으로 보인다. 따라서 혁신도시를 건설·운영하는 과정에서 중앙정부, 지방자치단체, 이전공공기관, 사업시행자 등 관련 주체들의 역할과 책임을 토대로 장기적 관점에서 단계별 추진체계를 마련할 필요가 있다. 중앙정부는 최근의 변화된 관련부처의 정부정책과 혁신도시의 연계성을 높이고 공공기관 이전과 혁신도시 건설을 촉진할 수 있는 제도적 지원(인센티브 등)에 초점을 둔다. 지방자치단체는 이전공공기관 및 지역소재 대학, 연구소, 기업 등과의 협력을 토대로 산학연 클러스터 구축 및 인근 도시와의 광역적 연계협력을 위한 전략과 사업발굴에 정책적 역량을 집중할 필요가 있다. 이전공공기관은 혁신도시 건설의 객체가 아닌 주체라는 인식 속에 이전기관의 중장기 발전 계획을 수립하고 이를 혁신도시의 산학연 클러스터 구축계획과 연계하여 추진함으로써 혁신도시로의 이전을 새로운 기관발전의 도약으로 활용하도록 한다.