기업 내의 복수노조를 허용과 관련하여 한국노총은 내부적인 갈등을 겪고 있다. 한국노총의 수뇌부가 복수노조에 대한 입장을 바꾸면서 구성원들 사이의 갈등이 더욱 심화되었다. 한국노총의 구성원 중 복수노조 허용에 대해 반대하는 사람들은, 이것이 허용할 경우 노조간의 심각한 경쟁이 유발될 것을 우려하고 있다. 
97년 법 개정 이후 계속되는 노동법 개정 논의는 기업별 복수노조 허용 여부 등에 집중되어 있었다. 한국노총은 ILO 권고와 국제기준(global standard)이라는 점을 강조하며 복수노조 허용을 얘기하였다. 물론 자율적인 단체교섭 보장과 전임자 임금지급 노사자율 결정 보장을 전제로 한 것이었다. 복수노조에 관한 한국노총 입장이 번복된 것은 2009년 말의 일이다. 당시 노조법에 따르면 2009년 12월 31일까지 복수노조와 전임자 임금지급이 금지되어 있었기 때문에 이를 더 연장할지 여부에 대한 노사정간 입장이 첨예하게 대립하던 시기였다. 그 해 11월 30일 장석춘 당시 한국노총 위원장은 긴급 기자회견을 열어 복수노조 허용이라는 그동안의 입장을 번복하였다. 그는 “(복수노조를 허용하면) 기업 내부에서 노조 사이에 사활을 건 조직경쟁이 불가피하고 더 투쟁적인 노조가 지배하는 시대가 될 것”이라고 말하였다. 2007년 대선 당시 한국노총과 정책연대를 하였던 한나라당이 당일 복수노조 금지 3년 연장, 노동자 1천 명 이하 사업장 노조 전임자 임금지급 노사자율 결정 등의 중재안을 내놓은 것에 대한 반발이었다. 전임자 임금 문제 해결에 소요되는 시간 등을 전제로 하긴 했지만 복수노조 전면 허용에서 반대로 방침을 선회하자 한국노총내부에서도 반발은 심하였다. 홈페이지 게시판에는 지도부에 대한 비판글이 올라왔고, ‘한국노총 탈퇴’까지 언급되기도 하였다. 하지만 그동안 한국노총 내부에서는 복수노조 반대 목소리가 적잖게 나왔던 것도 사실이다. 항운노련, 자동차노련, 전택노련 등 산별노련들과 지역본부들에서 복수노조 반대를 요구해 왔고, 금속노련 위원장 선거(2009년 5월)에서는 한 후보가 “전임자보다 더 큰 문제는 복수노조”라며 “(…) 당선 후에는 복수노조 반대를 분명하게 외치겠다”고 밝히기도 하였다. 결사의 자유보장, 노동조합 대표권 확대방안 마련 등에 대한 논의보다는 기존 조직력위협이라는 현실론이 우세했던 것이다.