결측치는 목록삭제하며, 분석은 자료구조에 따라 2가지로 이루어졌다. 이원분산분석에서는 사회경제적 배경 및 학년 변인에 따라 변화추세를 확인하였고, 다층모형분석에서는 배경, 심리, 학교 특성 변수들을 통해 학습문제의 발생점을 찾고자 하였다.
각 변수에 결측치가 있는 사례들은 목록삭제(listwise deletion)하였다. 실제 분석은 자료의 구조를 고려하여 1) 사회경제적 배경에 따른 중등교육 학습실태 변화 추이를 확인하기 위한 이원분산분석(two-way ANOVA)과 2) 중등교육 학습실태 영향 요인 분석을 위한 다층모형(Multilevel model) 분석으로 이루어졌다. 이원분산분석의 경우 사회경제적 배경 변인에 따라 비교집단들을 구성하고, 학년(조사차수)과의 상호작용항을 통해 사회경제적 배경에 따라 학습실태에 차이가 있는지, 그러한 차이가 학년이 올라감에 따라 변화하는 추세가 집단마다 다르게 나타나는지를 확인하고자 이루어졌다. 다층모형 분석에서는 학생의 사회경제적 배경, 가정 및 학교 내 사회심리학적 요인, 학교 특성 변수들을 차례로 투입함으로써 제도교육에서의 학습 문제가 어느 지점에서 발생하는지를 확인하고자 하였다.