일반기업 대상 연구개발 세액공제(CIR)은 현재 총액기준방식으로 운영하고 있다. 신흥혁신기업에게 각종 공제혜택을 부여하거나, 사회보장부담금을 감면하는 형태의 혜택을 주는 제도 또한 운영하고 있다.
1983년에 일반기업에 대한 연구개발 세액공제(CIR)를 도입하였다. 초기에는 증가기준방식(Incremental Based)으로 설계되었으나, 지원 확대를 위해 2004년부터는 증가기준방식과 총액 기준방식(Volume Based)을 복합하여 운영하다가 2008년에는 총액기준방식으로 단일화하여 운영하고 있다. 2004년부터는 ‘신흥혁신기업(JEI; Jeune Entreprise Innovante)’에 대한 조세지원제도를 운영하고 있는데, 이는 사회보장금 감면 등의 혜택을 부여하는 형태로 이루어진다. 창업의 형태로 설립된 8년이 경과한 기업에 대해 총 지출의 최소 15%를 연구개발에 투자할 때 신흥혁신기업의 지위를 부여하며, 자격 획득 첫해 소득세와법인세 100% 면제 등의 혜택과 재산세, 토지분담금, 기업부가가치 분담금 등에 대해 공제혜택을 부여하고 있다. 더불어 종사자 고용에 따라 발생하는 기업이 부담해야 하는 사회보장부담금 가운데 연구인력에 대해서는 감면 혜택을 주는 것으로 조사되었다.