협의는 동의가 아니므로 협의내용에 반해 법령이 제·개정되어도 위법이나 무효라 할수 없다. 협의 대상이 협의없이 제·개정되면 법률안 제출절차를 진행한 행정기관장의 행위가 행정심판법 제4조 제3항에 위반된다. 협의의무 실효성을 위해 행정조직의 절차를 확립하고 위반시 책임 조치가 강구되야 한다.
앞서 본 바와 같이 여기에서의 협의는 동의가 아니므로 협의내용에 반하여 법령이 제·개정되었다고 하여 이를 위법하다고 평가하거나 법령이 무효라고 판단할 수는 없다. 그렇다면 협의의 대상이 되는 사항임에도 협의를 거치지 않고 법률이 제·개정되었다면 어떠한가?협의를 거치지 아니하고 법률안 제출절차를 진행한 행정기관의 장의 행위가 행정심판법 제4조 제3항에 위반되어 위법하다는 점은 의문의 여지가 없다. 이에 대해서는 법령위반행위에 대한 감사, 징계 등 내부적 책임을 져야 할 것이다. 그러나 중앙행정심판위원회와의 협의를 거치지 않았다는 점이 정부의 법률안 제출행위의 효력이나 국회의 의결을 거쳐 제·개정된 법률의 효력에 영향을 미친다고 보기는 어렵다. ① 행정부 내부의 절차에 불과하고, ② 행정심판법 제4조 제3항이 행정심판법과 동등한 지위에 있는 법률의 효력을 좌우할 정도의 효력을 갖는 조항이라고 보기어렵기 때문이다. 또한 법적 안정성을 해하는 문제도 있다. 따라서 협의의무의 실효성을 담보하기 위해서는 행정조직 내부의 절차를 확립하고 위반 시 책임을 강화하는 조치가 강구되어야 할 것이다.