과학기술연구회의 연구회 체제는 민간의 역량과 정부의 관리 및 규제 기능을 융합하며, 목표는 정부 주도 국가연구개발 패러다임을 민간으로 전환하여 연구의 특수성을 인정하고 과학자의 창의성과 자율성을 보장하는 것이다.
과학기술연구회는 과기정출법에 의해 설립된 기관으로 준행정기관의 역할을 한다고 볼 수 있으며 정부의 기능이 민간에 이양된 것으로 볼 수 있다. 과학기술연구의 특수성을 반영하여 민간의 역량과 정부의관리 및 규제기능을 적절히 융합하기 위한 체제가 연구회 체제라 할 수 있는 것이다. 과학기술연구의 경우 고도의 전문분야로서 정부의 규제와 직접적 간섭이 오히려 역효과를 일으키는 분야이다. 따라서 현행 연구회 체제가 추구하는 목표는 민간이 우위를 점하는 체제를 통하여 국가연구개발사업을 정부가 직접 주도하는 형식이 아닌 민간기구가 그 권한을 대신 위임받아 행사하는 형태를 취하고 있다. 이는 정부 주도의 국가연구개발의 패러다임을 민간으로 전환하는 변화이자 연구개발의 특수성을 인정하고 과학자들의 창의성과 자율성을 보장하기 위한 의도가 있다고 할 수 있다.