예산배분 및 성과관리의 문제점은 세부사업의 독립적인 경쟁으로 인해 연구가 파편화되고 문제에 대한 정의가 구체화되지 못하고 추진되었다는 것이다.
이러한 예산배분 및 성과관리의 문제점은 사업관리체계 분석에서 보다 구체적으로 나타났다. 특히 세부사업단위의 예산 확보경쟁과 양적 성과 중심의 관리는 사업관리에도 중요한 영향을 미치고 있는 것으로 나타났다. 우선 세부사업 수준에서 독립적으로 경쟁이 이루어짐으로써 전체 문제의 일부분이 독립적으로 다루어지는 파편화된 연구가 추진되었다. 그리고 예산이 확보된 이후에는 세부기획단계에서 사업에서 다루고자 하는 문제에 대한 정의가 명확하게 구체화되지 못하고 추진되었다. 또한 문제 성격에 따른 차별화된 접근이 이루어지지 못하고 양적 성과지표 중심의 관리가 이루어져 실질적인 문제해결 성과를 창출하지 못하고 있다.