한은금융망은 다양한 업무를 처리하고 있지만 그 중에서도 결제차액을 최종 결정하는 지급결제시스템의 중추적인 역할을 맡고 있다. 참가기관은 기관의 이용실적에 따라 수수료를 징수하며 중계기기를 교체한 이후에는 14시 30분을 기준으로 차등화시켰다.
한은금융망은 원화 및 외하자금이체, 국공채 거래, 한국은행 대출, 국고금 수급 및 통화금융 정보업무 등 다양한 업무를 처리하고 있는데 그 중에서도 원하자금이체시스템은 어음교환 등 각종 은행간 차액결제시스템에서 발생하는 은행간 결제차액을 최종 결제함으로써 은행간 지급결제시스템의 중추적인 역할을 담당하고 있다. 한은 금융망 참가기관은 99년말 현재 23개 국내은행 및 47개 외국은행 국내지점과 37개 증권회사, 12개 종합금융회사, 5개 보험회사 및 증권예탁원등 모두 131개로 연중 11개 기관이 감소하였다. 이는 금융기관 구조조정과정에서 일부 은행 및 종합금융사 등이 퇴출된 데 따른 것이다. 한은 금융망 참가기관은 한국은행 총재가 정하는 바에 따라 수익자 부담원칙에 의거 이용수수료와 기타 비용을 부담하여 하는데, 수수료 부과대상 거래 및 단가를 정해두고 기관별 이용실적에 따라 수수료를 징수하고 있다. 한국은행은 한은금융망 중계기기 교체를 계기로 99년 11월 한은금융망 이용수수료를 조정하였다. 아울러 오후 차액결제시점(14:30) 이후 마감시간에 임박하여 집중적으로 이루어지는 금융기관의 자금결제관행을 개선하도록 유도하는 차원에서 결제시간대에 상관없이 동일하던 이용수수료를 오후차액결제시점을 기준으로 차등화하였다. 즉 14:30까지 결제완료되는 자금이체거래에 대해서는 낮은 이용수수료를 부과하고, 14:30이후 결제되는 거래에 대해서는 정상 이용수수료를 부과하기로 하였다. 다만 취소거래에 대해서는 정확한 업무처리를 위하여 결제시간대와 동일한 정상적인 이용수수료를 부과한다. 