자유학기제의 효과적인 지원을 위하여 선도교육지원청이 선정되어 운영되고 있는데 중학교는 교육지원청이 주로 관할이므로  교육지원청의 주도적인 지원 및 역할이 요구된다.
또 자유학기제의 희망학교 확대․운영의 효과적인 지원을 위하여 선도교육지원청이 선정되어 운영되고 있다. 중학교는 교육지원청이 주로 관할이므로 2016년 자유학기제의 전면 시행에 대비하여 현장 착 근을 지원할 교육지원청의 주도적인 지원 및 역할이 요구된다. 2014 년 현재 1개의 선도교육청(제주-관내 2개 교육지원청 해당)과 10개의 선도교육지원청[성동(서울), 평택(경기), 강화(인천), 달성(대구), 금산 (충남), 괴산증평(충북), 태백(강원), 순천(전남), 문경(경북), 통영(경 남)]이 선정․운영되고 있다. 선도교육지원청에는 규모(소속 희망학교 수 등)․지역사회 여건에 따라 연간 4,000～8,000만 원 정도의 예산이 앞으로 2년간(2014～2015년) 지원될 예정이다(교육부, 2014a; 교육부, 2014b).