2000년대 중후반 케냐는 소말리아의 테러단체 유입을 우려해 국경을 폐쇄했다가 국제적 비판으로 제한 허용하였다. 그러나 지속적인 테러가 발생하여 난민 문제의 안보화 경향이 심화되었다.
2000년대 중･후반 소말리아의 테러리스트 단체 알샤바브(Al-Shabaab)의 반군활동으로 케냐, 에티오피아, 지부티 등 주변 국가로의 이주가 매우 증가하였다. 그 중 소말리아로부터 가장 많은 수의 난민이 유입된 케냐 정부는 이 난민들 중 알샤바브 구성원들이 함께 유입될 것을 우려하여 국경을 자주폐쇄하였다. 이에 대한 국제사회의 비판이 제기되면서 다시 난민들의 이주를 허용하였지만 국경선에서 30km 이상 벗어날 수 없도록 통제하였다. 2013년 9월 웨스트게이트 쇼핑몰 테러사건, 그리고 최근 4월 발생한 가리사대학 테러사건 등 끊임없이 일어나는 크고 작은 테러사건들로 인하여 케냐에서 난민 문제의 안보화 경향은 심화되었다.