온라인 과정의 시간제 프로그램은 학생의 개별적인 학비 부담이라는 한계가 있다. 방과후나 여름학기에 개설되는 온라인 학점 회복 과정도 학비를 개인이 부담해야 한다.
시간제 프로그램은 주로 학생이 다니는 학교와 협력 관계에 있거나 협약을 맺은 온라인학교를 통해 수강이 가능하다. 학생들은 사립학교에 개설된 온라인 과정을 신청하여 수강할 수도 있지만, 이 경우에는 학비 지원을 받지 못하므로 개인적으로 학비를 부담해야 하는 단점이 있다. 이 외에 고등학생이 졸업에 필요한 필수과목을 수강하지 못했을 때, 방과후 수업 또는 여름학기 과목으로 개설되는 온라인 학점 회복 과정을 별도로 신청해서 수강할 수 있다. 이 역시 전일제 정규 과정에 의거한 학점을 초과 수강하여 학점을 추가로 취득하는 것이므로 개인적으로 학비를 부담해야 한다. 현재 온라인학교 가운데 17개의 학교에서 학점 회복 과정을 제공하고 있다.