사림정치의 상징적 인물인 송시열은 훈척의 정탐정치를 비판하고 사림정치의 원칙인 공론정치를 내세운 이들의 기대와 달리 훈척을 지지하였다. 이는 남인 축출이 가장 큰 문제이고 서인이 정국을 운영하는 것이 붕당론 실현의 유일한 방법이라 생각했기 때문이다.
윤증의 「신유의서」가 언제 송시열에게 전해졌는지는 분명치 않지만 1684년에 최신의 상소가 나온 것을 보면 1681~1684년 사이임은 분명해 보인다. 이때 조정에서는 김석주(金錫冑) 등 왕실 외척 세력의 정탐정치에 대한 비판이 삼사에서 격렬하게 제기되고 있었다. 이들은 조정에서 남인을 뿌리 뽑기 위해 고변과 기찰을 통한 정탐정치까지 동원하는 것을 마다하지 않았다. 삼사에 포진한 연소 청류(淸流)들이 훈척의 정탐정치를 비판한 것은 사림정치(士林政治)의 원칙인 공론정치를 내세우며 전개되었다. 그런데 당시 사림정치의 상징적 인물로서 서인 산림(山林)을 대표하고 있던 송시열이 이들의 기대를 저버리고 훈척을 지지하였다. 송시열이 사림정치와 공론정치의 원칙을 저버리고 훈척의 공작정치를 긍정한 것은 정국 운영에서 남인을 축출하는 것이 다른 어떤 문제보다도 중요하다는 논리에 근거한 것이었다. 즉 송시열은 소인당인 남인을 내치고 군자당인 서인만으로 정국을 운영하는 것이 주자의 붕당론을 실현하는 유일한 방법이며, 이것이 사림정치와 공론정치의 원칙을 지키는 것보도 중요하다고 본 것이다.