동법은 해양생물자원의 보존과 규정에 관해 제3조는 해양생태계의 보존과 관리의 기본원칙을, 제38조는 보전대책 수립을, 제42조는 생태계 훼손과 보호 그리고 수출·수입·반출 등에 관한 사항을 규정하고 있다. 
동법에서는 해양생태계의 보전·관리 및 지속가능한 이용과 해양생물다양성의 보전 등에 관한 해양생태계의 보전 및 관리의 기본원칙을 정하고 있으며(제3조), 해양생물다양성의 보전 및 지속가능한 이용을 위해 해양생물다양성 보전대책을 수립하여야 하며(제38조), 해양생태계의 훼손방지 및 해양생물다양성의 보전을 위하여 포획이 금지되거나 제한된 해양동물(가공품 포함)을 외국으로부터 수입 또는 반입하는 경우 및 보호대상 해양생물(파생물·가공품 등 포함)을 수출·수입·반출 또는 반입하는 경우, 그 밖에 해양생태계 및 해양생물자원의 보전 및 관리와 지속가능한 이용에 상당한 지장이 우려되는 경우에 대해서 허가 및 승인을 받도록 하고 있는(제42조) 등 해양생물자원의 보존과 지속가능한 이용에 관한 규정을 두고 있다.