탈북난민보호운동본부 결성은 한국기독교총연합회의 1999년 유엔 청원서명운동 추진이 계기다. 국내 93개, 해외에 10개 지부를 두고 6차에 걸쳐서 중국에 탈북자 실태 조사단을 파견하고, 탈북난민보호 국제협의회를 결성했다. 이어 유엔 인권위의 특별조사관 임명에도 힘썼다.
1999년에 결성된 또 다른 북한 인권 관련 단체로 탈북난민보호운동본부가 있다. 한국기독교총연합회(한기총)가 1999년 탈북자 난민지위 부여와 보호를 요구하는 유엔 청원서명운동을 미국의 워싱턴DC에서 추진한 것을 개기로 설립된 이 단체는, 애초 창립의 개기에서 짐작할 수 있는 것처럼 유엔을 통한 북한 인권 개선을 목표로 활동을 시작하였다. 창립 직후 국내 93개 지부와 해외 10개 지부를 결성한 이 단체는 이후 중국에 6차에 걸쳐 탈북자 실태 조사단을 파견하고, 탈북난민보호 국제협의회를 결성하기도 하였다. 이어 유엔난민기구(United Nations High Commissioner for Refugees, UNHCR)에 탈북자의 난민지위 인정을 위한 로비를 계속 전개해 왔으며, 서명운동 등을 통해 유엔 인권위 특별조사관 임명을 위한 결의 추진에도 힘썼다. 이외에도 전 세계에 걸친 기독교의 막강한 국제 네트워크를 십분 이용, 북한 인권 관련 국제 행사 및 종교 행사등을 계속 활발히 벌여오고 있다.