전문가들은 2009 개정 교육과정에서 따른 공통 검정 기준의 심사관점을 수정해야 하고, 교과 검정기준 심사항목을 연계성과 핵심 요소를 중심으로 재구성해야 한다고 주장했으며, 이를 바탕으로 검정기준 2차 수정안을 제시했다. 
검정기준과 관련한 전문가들의 의견은 비교적 명확하다. 먼저 공통 검정기준의 경우 2009 개정 교육과정에 따른 공통 검정기준의 ‘대한민국의 자유 민주적 기본 질서 및 평화 통일 정책’관련 심사관점을 다시 제시하는 것이 바람직하다는 의견과 ‘헌법 정신과의 일치’ 영역에서 ‘교육의 중립성 유지’ 영역으로 이동한 심사관점을 법리학적으로 보았을 때 다시 ‘헌법 정신과의 일치’ 영역으로 환원해야 한다는 것이다. 교과 검정기준과 관련해서는 ‘내용의 선정 및 조직’영역의 심사 항목을 공통 편찬상의 유의점의 ‘내용의 선정 및 조직’과 연계하여 수정할 필요가 있으며, ‘교수·학습 및 평가’ 영역의 심사 항목은 교과용도서 편찬 방향의 주요 내용에 제시된 핵심 요소를 중심으로 재구성할 필요가 있다는 지적이 있었다. 이러한 논의 결과를 토대로 연구진이 마련한 검정기준의 2차 수정안은 다음과 같다.