총지출제한제도는 정부사업의 폐지 같은 구조개혁 방법의 단점을 입법영향평가,지출계획심사제도와 같이 활용하여 최소화할 수 있으나 부처를 방어적으로 만들거나 지원이 필요한 곳의 자원 배정을 어렵게하는 단점이 있다.
이 외에도 정부사업의 폐지와 같은 강력하고 직접적인 구조개혁방법의 경우, 정작 필요한 사업조차도 구조개혁의 흐름 속에서 폐지되거나 심각하게 축소되어 버리는 부작용이 존재하여 정부핵심기능에 비효율성이 생기게 될 위험이 있다. 그러나 총지출제한제도는 총액 내에서 비교적 자율적으로 예산을 배분할 수 있으므로, 입법영향평가나 지출계획심사제도와 같이 활용된다면 이러한 문제점을 최소화할 수 있다. 반면, 총지출제한제도는 언급한 장점에 대비되는 단점 역시 가지고 있다. 기본적으로 경직적인 지출상한제도는 지출 제한을 받는 부처로 하여금 삭감에 더 방어적으로 행동하게 만드는 동시에, 실제로 더 많은 지원을 받아야 마땅한 부처와 사업들의 경우, 추가적 자원을 끌어오기가 더더욱 어렵게 만드는 측면이 존재한다.