체제통합의 중심기구로는 '남북통합 조정위원회'를 설치하고 대통령을 위원장, 국무총리를 부위원장으로 하며, 행정각부 장관과 관계기관장, 민간위원으로 구성한다. 
그러나 앞서 제시하였던 것처럼 체제통합의 중심기구를 기능적 관료제형으로 하는 경우에는 조직 간 수직적･수평적 조정의 문제가 제기될 수 있으며, 이를 해결하기 위해서는 조정기구인 (가칭)남북통합 조정위원회의 설치가 고려할 수 있을 것이다. 남북통합 조정위원회는 대통령을 위원장, 국무총리를 부위원장으로 하며, 행정각부 장관과 관계기관장, 수명의 민간위원으로 구성하도록 한다. 남북통합 조정위원회는 체제통합과 관련된 안건을 심의･의결할 수 있는 권한을 가지며, 체제통합에 관련된 각 통합부문의 기본계획 수립, 집행상황의 점검을 통하여 전반적인 통합정책을 조율하도록 한다.