공립 초중학교의 비정규 교원 증가 배경으로 총액재량제가 지적되었다. 문부과학성은 급여를 낮춰 많은 정규교원 배치를 의도했다고 했지만 결과적으로 비정규 교원이 증가했고, 지역간 격차 문제도 발생하고 있다.
이와 관련해 요미우리 신문(2014.7.8)은 공립 초중학교의 비정규 교원은 약 12만 명으로 전체의 16%를 넘 어선다고 보도하였는데, 이러한 비정규 교원의 수가 증가한 배경에는 앞서 소개한 총액재량제의 도입을 지적하고 있다.  문부과학성은 급여수준을 낮추어 다수의 정규교원을 배치하는 선택이 가능하도록 하기 위한 것이었다고 설명하였으나 지자체에서는 인건비 억제라는 이유 외에 향후의 교원 대량 퇴직시기, 연령구성, 학생수 감소 등의 상황에 대비해 정규 교원의 채용보다 비정규 교원을 활용하는 곳이 많아 결과적으로 비정규 교원이 증가하게 된 것이다. 이외에도 교직원 급여의 국고부담 한도액 수준의 확보가 어려운 지역이 늘어나 지역간 격차가 발생하고 있다는 문제 등이 지적되고 있다.