대학에 실제 개설과목 중 인권과목과 유사교과과목을 나누는 분류과정의 문제가 발생하는데, 예로 법학과의 헌법과 기본권 이외의 다수과목과 사회과학계열의 NGO와 사회에 관련된 과목들이 그렇다. 또한 대학들에는 인권교육과 유사한 교육이거나 유사한 개념이면서도 혼란을 일으키는 과목들이 다수 개설되어 있다. 이에 이러한 교과목을 분류하는 과정의 문제가 발생한 것이다. 
한편, 인권교과목을 정의함에 있어 발생되는 문제는 대학에 개설된과목들 중 인권과 관련된 유사교과과목을 어떻게 인권과목과 구분할 것인가 하는 점이다. 실제 대학에 개설된 과목 중 인권과 관련된 다수의 교과목을 발견할 수 있다. 예를 들어 주로 법학과에서 개설되고 있는 헌법과 기본권과 같은 과목이외의 다수과목이나, 사회과학계열대학에서 설강하고 있는 NGO와 시민사회론, 사회불평등과 계급, 국제사회와 NGO와 같은 교과목들이다. 이와 함께 전국의 대학들에는 인권교육과 유사한 교육, 인권교육과 유사한 개념이면서도 오히려 인권교육 개념의 이해에혼란을 불러일으킬 수 있는 과목들도 다수가 개설되어 있다. 예를 들어, 인성교육, 도덕교육, 법교육, 시민교육과 같은 제목이나 이와 유사한 제목을 단 교과목들이 이에 해당되고 이들 과목에 대한 분류를 어떻게 할것인가의 문제 또한 제기된다. 예를 들어, 인권의식의 고양이나 체화보다는 복지서비스의 제공과 관련된 사회복지학과나 사회사업학과, 청소년학과 등에서 개설한 교과목을 포함할 것인가 여부, 법학과의 과목 중 인권과 관련된 것은 인권과목에 포함하고, 사회복지학과의 대다수의 과목은 인권관련과목으로 분류할 것인지 여부, 그리고 여성학, 노인학, 청소년학과 같은 구체적 소수집단을 대상으로 하는 교과와 문화적 다원성에 기초한 다문화사회론과 같은 교과목을 어떻게 분류할 것인가 하는 문제가 실제 분류과정에서 대두되었다.