피의자보상에 관한 사건의 입건절차는 불기소결정에 의해 공소를 제기하지않은 처분이 있거나 죄를 범하지 않았다고 인정할 만한 사유가 있을 때나 보상신청이 있는 때에 진행된다. 담당검사 보상재정서 작성을 통해 보상의 여부나 금액이 재정되어야 하고 외의 경우에는 보상권자나 신청인에게 그 재정의 요지를 통지해야 한다.
한편 피의자보상에 관한 사건의 입건절차는 ① 피의자로 억류나 구금된 자에 대하여 ‘죄가 안됨’ 또는 ‘혐의 없음’의 불기소결정에 의해 공소를 제기하지 아니하는 처분이 있는 때, ② 그 외 피의자로 억류나 구금된 자에 대하여 공소를 제기하지 아니하는 처분이 내려진 경우로 그 자가 죄를 범하지 아니하였다고 인정할 만한 사유가 있는때, 그리고 ③ 보상신청이 있는 때에 진행된다(일본 피의자보상규정 제4조). 피의자보상의 재정(裁定)219)은 공소를 제기하지 않는 처분을 한 검사가 속한 검찰청의 검사가 담당한다(동 규정 제5조 본문).220) 보상의 필요 여부와 보상금액이 재정되어야 하는데, 이때 담당검사는 보상재정서를 작성한다(동 규정 제6조 제1항). 보상을 하는 재정을 하거나 보상을 하지 않는 재정을 한 때에는 보상권자나 신청인에게 그 재정의 요지를 통지해야 한다(동조 제2항). 보상을 하는 것으로 재정된 경우 보상권자는 통지서를 송부받은 날부터 6월 이내에 보상금 수령을 신청해야 하고, 이 기간을 도과할 경우 보상금은 지급되지 않는다(동 규정 제7조). 보상금을 지급받은 자가 그 지급일로부터 30일 이내에 보상의 공시를 신청한 경우, 검찰은 관보 및 적당하다고 인정되는 신문 1종 또는 그중 어느 하나에 보상재정의 요지를 게재하고 공시해야 한다(동 규정 제8조).