중학생 시기의 인지적 발달은 높은 변화가 일어나며 이 때 시냅스 가지치기는 두뇌 신경회로의 활발한 재구조화가 되고, 전전두엽 피질의 두뇌 영역이 계속 발달하며 두뇌 속에서 남녀 각 성에 따른 차이가 분명해진다.
청소년 초기인 중학생 시기의 인지적 발달은 신체적 발달처럼 그렇게 현저하지는 않지만 상당히 강도 높은 변화가 일어나는 것으로 알려져 있다. 우선, 이 시기에 두뇌에 많은 발달이 이루어지는데 뇌의 크기에는 비교적 큰 변화가 없으나 그 속에서 대단한 변화가 일어나는 것으로 보고되고 있다. 구체적으로, 청소년 초기 중학생 시절에 시냅스 가지치기(synaptic pruning)는 두뇌 신경회로의 활발한 재구조화를 일으키는데, 전전두엽 피질(prefrontal cortex), 즉 계획하기, 추론하기, 결과 예상하기, 주의집중 유지 및 의사결정하기 등을 다루는 두뇌 영역이 꾸준히 발달하는 한편 두뇌 속에서 남녀 각 성에 따른 고유한 차이 또한 분명하게 자리 잡는다(Caskey and Anfara, 2014).