교육개발협력 관련 예산의 외부 의존성으로 지속적인 협력과 사업 진행이 어려운 상황이다. 대다수의 기관은 정부의 ODA 예산에 의존하여 연구를 수행하고 있다. 또한 외부 요청으로 진행되는 사업의 특성상 자율성이 부족하고, 개별적으로 예산을 확보하기 어렵기 때문에 정부 사업에 도전하지만 이 또한 어려운 현실이다.
교육개발협력 연구･사업 예산의 대부분을 외부 재원에 의존하기 때문에, 연구･사업의 안정적인 추진이 어렵고, 기관간의 협업을 지속하기에도 한계가 있다. 원조전담기관을 제외하고 교육개발협력 연구･사업을 자체 예산으로 수행하는 기관은 거의 없다. 민간단체의 경우에는, 후원금 외에 정부의 ODA 예산이 매우 중요한 수입원이다(박환보 외, 2014). 면담조사 결과에 따르면, 연구기관들도 자체 예산으로 관련 정책연구를 수행하는 경우도 있지만, 규모가 작고 지속적이지 못하다. 그리고 사업의 경우에는 대부분 정부부처나 원조전담기관의 요청에 따라 시행하기 때문에, 수행기관의 자율성이 반영되기가 어렵다. 앞에서 살펴보았듯이, 교육 분야 정출연은 국제협력과 개발협력을 병행하고 있기 때문에, 별도의 교육개발협력 연구･사업 예산을 확보하기에는 한계가 있다. 특히 각 기관의 기본 과제는 예산이 제한되어 있고, 정출연의 특성상 정책이슈가 우선시되기 때문에, 기관 구성원의 동의를 얻기가 쉽지 않은 상황이다. 그래서 KOICA를 비롯한 정부부처의 공모사업에 응모하지만, 경쟁 입찰이기 때문에 낙찰을 보장할 수 없고, 낙찰된다고 하더라도 사업의 안정성과 지속가능성을 확보하기는 어렵다.