생명공학기술의 위험성은 인체 뿐만 아니라 환경 문제도 중요하다. 자연종 생물체를 오염시키는 등 생태계를 교란시킬 수 있다. 현재 유전자 변형 작물의 제초제 저항성 또한 환경오염을 가중시킬 우려가 있다. 
일반 시민들은 생명공학기술의 위험성이라고 하면 보통 인체에 미치는 위험을 생각하겠지만, 환경에 대한 위해도 그에 못지않게 중요한 문제이다. 환경이 파괴될 경우에는 인류의 생존을 위협하게 될 것이므로 결국 장기적으로는 인간에 대한 위해가 될 것이기 때문이다. 유전자변형생물체 등이 환경에 노출될 경우 자연종 생물체와 혼입되어 자연종 생물체를 오염시킬 수 있으며, 제초제 저항성인 유전자변형생물체가 계속 재배될 경우 제초제 저항성 인자를 여러 개 갖는 잡초로 발현되어 슈퍼잡초를 등장시킬 수 있다. 즉, 생태계를 교란시킬 수 있다는 것이다. 또한 현재 재배되는 유전자 변형작물은 제초제 저항성을 갖는 경우가 많은데, 이를 재배하게 되면 제초제나 살충제 사용을 자제하지 않게 될 것이므로 환경오염을 가중시킬 우려가 있다.