장관과 교육감의 법적 분쟁은 자치사무와 위임사무 이견대립과 법령 위반 또는 공익침해에 대한 법적 해석을 달리하기 때문에 발생하는데 현행 지방자치법은 분쟁해결 형평에 어긋남으로 법원의 판단에 따라 집행할 수 있도록 개선이 필요하다.
둘째, 취소･정지권 및 직무이행명령 등 행정통제가 강한 감독권은 사전에 사법적 절차를 거쳐 행사토록 한다. 장관과 교육감의 법적 분쟁은 교육감의 명령이나 처분이 자치사무인지 아니면 위임사무인지여부에 대한 이견에서 출발하여, 사무처리(부작위 포함)가 법령 위반 또는 현저한 공익침해에 해당되는지를 놓고 법적 해석을 달리하기 때문에 발생하는 경우가 대다수이다. 또한 소송 구조상 위법임을 주장하는 측이 취소정지를 구하는 소를 제기하는 것이 일반적인데, 현행 지방자치법에 국가가 일방적으로 취소정지 처분을 내리고 단체장이 이에 불복하면 법원에 소를 제기토록 한 것은 통상적인 소송 구조를 역전시킨 것으로 국가의 우월적 지위를 확보해 줌으로써 법의 형평에 어긋난다. 따라서 교육부장관이 권력적 감독수단을 행사하기 전에 사법적 판단 절차를 거치도록 하는 것이 필요하다. 감독청의 취소정지를 법원에 구하여 법원의 판단에 따라 취소정지 처분하는 방식으로 전환하고, 직무이행명령에 불응 시 곧바로 국가 에서 대집행에 들어갈 것이 아니라 직무이행을 구하는 소송을 제기하고 재판결과에 따라 대집행을 할 수 있도록 하는 것이 바람직하다. 그리고 지방자치단체의 장에게 재의요구를 강제하는 것은 지나친 중앙집권적인 관여이므로 재의를 권고하는 수준으로 개선이 필요하다.