대학은 등록금 수입에 의존하는 구조를 가진다. 2009년부터 4년간 등록금수입이 차지하는 비중은 5%정도 감소했지만 이는 국가장학금2 유형 때문이며 현재의 법인전입금, 기부금, 국고보조금 등의 낮은 수입 비중은 대학재원의 다원화 노력이 강화될 필요가 있음을 시사한다.
셋째, 대학은 등록금 수입에 의존하는 영세한 재정구조를 가진다. 우리나라 사립대학은 재정수입을 전적으로 등록금 수입에 의존하고 있다. 2009~2012년 4년 간 4년제 사립대학들의 재정구조를 보면, 대학의 전체 수입 중 등록금 수입이 차지하는 비중은 65.9%에서 60.5%로 5.4%p 감소하였지만, 전체 재정 중 등록금 수입이 차지하는 비중은 다른 재원에 비해 여전히 가장 크다. 최근 등록금 수입 비중이 감소한 이유는 국가장학금 Ⅱ유형이 국고보조금에 포함되면서 나타난 현상이다(김진영・이정미, 2014). 등록금 수입에 비해 법인전입금 수입 비중은 7% 내외, 기부금 수입은 2.7~3.8%, 국고보조금은 4.0~5.2% 수준으로 나타났다. 법인전입금 수입 비중이 낮은 것은 사립대학 재단의 대학재정에 대한 책무성이 낮음을 의미한다. 현재의 법인전입금, 기부금, 국고보조금 등의 낮은 수입 비중은 우리나라 대학재정의 영세성을 보여주는 바, 대학재원의 다원화 노력이 강화될 필요가 있음을 시사한다.