중학교 교실 환경의 변화는 청소년들에게 혼란을 줄 수 있으므로, 학제 개편이 요구된다.
중등 교육과 관련된 교실 환경의 체제적 변화가 초기 청소년들에게 특히 해로운 것이 되고 있기 때문에(Cuardra & Moreno, 2005), 전환을 늦추거나 없애는 것이 학생의 행동 및 성취 측면에서 긍정적인 효과를 가져 올 수 있다는 주장도 있다(Cook et al.,2006; MacCoun et al., 2008). 이러한 것은 학제 개편이 요구되는데, 예컨대 미국의 경우 1960년대 Middle School 운동에 따라 형성된 5·3·4제에서 찾아 볼 수 있고 영국의 경우도 종합제 중등학교의 성립과 함께 전기 중등단계의 학교의 하나로 대체로 4년제인 Middle School이 출현하였다. 우리나라의 경우도 5·3·4제 등의 학제 개편이 논의된 바 있지만 정책 형성으로까지 이어지지 못했다. 학제 개편 외에 전환을 위한 또 다른 대안은 「초·중학교 일관교」를 도모하는 방안도 있을 수 있다.