성인지예산제도의 실효성을 높이려면 대상 사업을 무분별하게 늘리기 보다, 국가재정운용계확과 연계된 현실적인 사업 선정기준을 수립하는 것이 중요하다.
따라서 성인지예산제도의 실효성을 높이기 위해서는 국가단위의 성평등 목표와 계획이 필요하고, 이를 바탕으로 좀 더 현실적인 대상사업의 선정기준을 수립하여 대상사업 선정의 적절성을 높이는 것이 중요하다. 현재의 성인지예산서 작성 대상사업 선정은 실질적인 정책과 예산의 변화보다는 양적 확대에 치중하여 왔다는 문제점을 갖고 있다. 실질적으로 성인지예산제도가 예산과 정책의 변화라는 성과를 가져오기 위해서는 국가재정운용계획과의 연계가 추진될 필요가 있다. 국가재정운용계획과의 연계가 제대로 이루어지기 위해서는 법적인 구속력을 갖추는 것이 가장 우선적으로 선행되어야 한다.