지방세 비과세 · 감면은 세입기반 축소는 지방의 재정자립도 하락을 야기하고, 결국 중앙정부의 재원 이양 규모의 증가 또는 국세 세원 공유 등의 형태로 중앙정부 재정에도 영향을 미친다. 따라서 지방세 비과세 · 감면에 대해 적극적인 관점에서 체계적으로 관리가 필요하다.
조세에 대한 감면은 조세수입의 감소로 세입기반의 침식 등을 초래하여 효율적인 국가재정 운영을 저해할 수 있다. 이에 따라 국세 감면의 경우 재정지출과 유사한 수준에서 조세지출에 대한 현황 관리와 사전 ․ 사후 관리가 실시되고 있다. 반면 지방세의 경우 징수된 세입이 개별 지방자치단체 수입으로 귀속됨에 따라, 비과세 ․ 감면에 따른 세입 감소분은 개별 지방자치단체 재정과 관련된 제한적인 문제로 인식되는 경향이 있다. 또한 지방세 비과세 · 감면을 규정한 법률이 지방세 관련 법률 외에 지방자치단체「조례」,「조세특례제한법｣등으로 다양하며, 관련 이해당사자도 지방의회 및 지방자치단체, 행정자치부와 기획재정부 등 중앙부처로 분산되어 있어 이를 통합적으로 관리하는 체계도 미흡한 상황이다. 그러나 지방세 비과세 · 감면에 따른 세입기반 축소는 지방의 재정자립도 하락으로 연결되고, 이는 결국 중앙정부의 재원 이양 규모의 증가 또는 국세 세원 공유 등의 형태로 간접적으로 중앙정부 재정에도 영향을 미치게 된다. 따라서 지방세 비과세 · 감면에 대해 보다 적극적인 관점에서 체계적으로 관리할 필요가 있다.