조세지출은 실제적인 정비가 어렵다. 조세특례 항목의 시행이 장기간에 걸쳐 이뤄지며 유사한 지원목적을 갖는 조세지출 항목들이 생겨 적용대상이 중복되거나 조세감면의 수준이 차등화 되어 있어 제도정비가 필요하다.
조세지출은 조세법상 요건 충족을 전제로 하는 간접지출로 이루어져 수혜대상이나 규모가 드러나지 않고, 2년 내외의 일몰기간으로 운영되며 예산과 직접 연계되어 관리되지 않는 등으로 인해 실제적인 정비가 어려운 특성이 있다. 앞서 조세지출 운영 현황에서 살펴본 바와 같이 2016년 현재 총 229개 조세특례 항목의 평균 운영기간이 18년에 달하는데, 이 중 일몰기간이 없는 영구적 조세특례 78개 항목을 제외하더라도 평균 운영기간이 14년 가량 된다. 이렇듯 제도 시행이 장기간에 걸쳐 이루어지는 과정에서 유사한 지원목적을 갖는 다수의 조세지출 항목들이 생겨나고, 이들 간에 적용대상이 중복되거나 특별한 기준 없이 조세감면의 수준이 차등화 되어 있어 조세지원 분야별로 제도정비가 요구되고 있다.