나고야의정서의 규정으로 인해 당사국은 ABS에 관한 국가 연락기관과 함께 국가 책임기관을 하나 이상 지정하여야 하는데 두 기관의 역할을 동시에 수행할 단일 기관 지정도 가능하며, EU도 나고야의정서 이행 규칙에 이에 대해 규정하고 있다. 
그런데 나고야의정서는 “각 당사국은 ABS에 관한 국가 연락기관을 지정하여야 한다”라고 규정하고 있다. 따라서 당사국은 ABS에 관한 국가 연락기관(focal point)과 하나 이상의 국가 책임기관(competent authorities)'를 지정하여야 한다. 국가 연락기관의 역할은 “유전자원 및 관련 전통지식(traditional knowledge: TK)에 대해 접근을 신청하는 자를 위해 사전통보승인(Prior Informed Consent:PIC)을 취득하기 위한 절차와 상호합의 조건(Mutually Agreed Terms: MAT)을 체결하기 위한 절차 등을 제공”하는 것이다. 한편 국가 책임기관은 “자국의 유전자원에 대한 접근 요건이 충족되었다는 문서, 즉 ‘국제 이해가 의무준수인증서’(internationally recognized certificate of compliance: IRCC)의 발급, 그리고 PIC의 취득과 MAT을 체결하기 위한 해당 절차와 요건에 대해 자문”하는 역할을 수행한다. 그런데 나고야의정서에 따라 국가 연락기관과 국가 책임기관의 역할을 동시에 수행할 단일 기관의 지정도 가능하다. 이에 EU의 나고야의정서 이행 규칙 511/2014/EU는 국가 책임기관과 국가 연락기관의 지정에 관하여 단일 기관의 지정에 대하여 규정하고 있으며, 가급적 무역 관련 야생 동식물의 보호와 관련된 기관들이 동 규칙의 목적을 달성하는 데 기여하도록 규정하고 있다.