국가R&D사업은 중간평가에서 정부의 방침을 양호하게 반영하나 평가의 일관성·신뢰성이 미흡했다. 국가는 평가를 정교하게 설계하고 평가등급이 낮은 사업은 정책 환류 시스템 구축해 강화해야 한다. 
국가R&D사업 중간평가 결과는 정부의 예산 연계 강화 방침에 따라 양호하게 차년도 예산에 반영되고 있는 것으로 나타났다. 다만, 평가등급이 낮은 일부 사업의 경우 평가주기와 무관하게 수정평가 제도를 통해 차년도 중간평가를 재실시하면서 등급을 상향 조정하고 있는 반면, 평가 결과의 조정에 따른 인과관계가 명확히 제시되지 않고 있어 평가의 일관성 ․ 신뢰성은 미흡한 것으로 나타났다. 따라서 정부는 국가R&D사업 중간평가 결과를 보다 정교하게 설계하고 이를 투명하게 집행할 필요가 있으며, 평가등급이 낮은 사업의 경우 차년도 예산 편성 시 반영여부를 모니터링하여 성과평가와 재원배분의 연계를 통한 정책 환류 시스템의 구축을 강화할 필요가 있다.