자유학기제는 국가 주도적으로 이루어져 모든 중학교에서 시행하고 있다. 단 하향식 정책 추진의 한계로 마지막 단위학교까지의 전달체계의 어려움이 있고 실행이 불일치할 수도 있기에 전달 체계가 개선되기 위한 노력이 필요하다.
넷째, 중앙에서부터 추진되는 하향식 정책 추진이라는 제한점이 있다. 자유학기제의 도입이 우리 교육의 개선을 위한 시대적인 목소리가 반영되었다는 견해도 있지만, 실제적인 제도의 도입은 국정과제로 채택되면서 국가 주도적으로 이루어지고 있다. 특히, 중학교의 모든 학교에 도입하는 것은 우리나라에서만 찾아볼 수 있고, 하향식 정책 추진이라는 점에서 가능한 점이다. 정책의 추진력은 발휘될 수 있지만, 중앙의 목소리가 지역 및 단위학교의 말단까지 전달되는 데 있어 어 려움이 있다. 중앙정부의 정책과 시․도교육청 및 교육지원청의 정책 그리고 단위학교에서의 실행이 서로 불일치하거나 학교 현장에서의 실현을 담보하기 어렵다는 점에서 제한을 가진다. 정책적 방향과 계획 이 단위학교 및 학생에게까지 전달되어 시행되기 위한 예산, 인력 및 구성원의 노력이 지속적으로 투입될 필요가 있다.