NCS 학습모듈은 개발에 참여한 전문가협회와 집필자의 역량 및 열정에 따라 질적 차이가 있고 분량이 정해져있어서 일부는 집필자의 의지로 초과작성되기도 했으며 내용과 무관한 교재의 구성 양식이 동일하고 기초지식과 이론부분이 충분히 기술되지 못하였다.
여덟째, 앞에서 서술한 내용 이외에도 NCS 학습모듈은 개발 방법으로 인해 몇 가지 한계를 갖는다. 먼저 학습모듈의 개발에 참여한 전문가협회와 집필자의 역량과 열정에 따라 학습모듈별로 상당한 질적 차이가 있는 것으로 파악된다. 그리고 NCS 능력단위가 포괄하는 범위에 관계없이 학습모듈 한 권당 80쪽으로 집필 분량이 정해져 있었기 때문에 주제에 따라 제한된 분량 안에 내용을 충분히 포함할 수 있는 분야도 있지만 부족하거나 넘치는 사례도 있었다. 일부 학습모듈은 집필자의 의지에 따라 80쪽을 훨씬 초과하여 작성되기도 하였다. 또한 현재 학습모듈은 내용에 관계없이 교재의 구성 양식이 동일하다. 분야의 특성이나 학습순서에 따라 학습모듈에 수행순서보다 지식과 이론에 대한 강의, 문제풀이, 프로젝트 수행, 사례연구, 현장답사 등의 방법이 더욱 적합할 수 있다. 그리고 수행을 중심으로 개발되었기 때문에 기초지식과 이론에 해당하는 부분이 충분하게 기술되지 못한 경우가 있다.