교육훈련과의 연계는 제도적 기반의 마련으로 자격제도의 효율성을 달성할 수 있는데, 연계에 관한 부분과 우선순위가 남은 과제이다. 직접연계, 간접연계가 있는데, 전자는 연계의 내용·방식을 명문화해 강제하는 것이며, 후자는 교육부·고용노동부가 국가역량체계를 설정해 수준·유형별 연계의 틀을 제공하는 것이다. 교육과정의 기준과 훈련기준이 일치돼야 하고 하나의 기관에서 총괄하거나 부처간 연계장치를 마련해야 한다. 
교육훈련과의 연계는 자격제도의 효율성을 달성할 수 있는 방법이다. 교육훈련과의 연계는 다양한 형태로 이루어지도록 자격기본법, 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률, 국가기술자격법 등에서 규정하고 있어 제도적 기반이 마련되어 있다. 향후 남은 과제는 연계의 우선순위와 연계에 관한 부분이다. 설문조사 결과에 의하면 개편이 가장 시급한 분야는 훈련기관으로 나타났다. 다음으로 전문대학, 특성화고등학교, 대학의 순이다. 교육훈련을 연계하는 방법으로는 직접연계와 간접연계가 있다. 직접연계는 연계의 내용과 방식을 명문화하여 강제하는 방식이다. 자격 취득자의 경우 교육훈련에 참여할 때 특별전형 선발 또는 우대, 학점 인정, 학위 또는 졸업장 수여가 가능하도록 하는 것이다. 교육훈련 이수자의 경우에는 평가를 통해 시험과목 면제 또는 자격을 부여하는 것이다. 간접연계는 교육부와 고용노동부가 국가역량체계(NQF: National Qualification Framework)를 설정하여 수준별, 유형별로 연계할 수 있는 틀을 제공하는 방식이다. 교육훈련의 내용과 연계시키기 위해서는 교육과정의 기준과 훈련기준이 일치되어야 한다. 내용을 연계시키는 방안은 두 가지가 있다. 첫째, 호주나 영국과 같이 하나의 기관에서 두 분야를 모두 총괄하여 개발하고 연계하는 것이다. 둘째, 각각 다른 기관에서 개발하고 자격과 교육훈련의 연계를 위한 부처 간 연계장치를 마련하는 것이다. 이 경우, 자격기본법에 자격과 교육훈련과정의 연계를 권장사항이 아닌 의무사항으로 규정하여야 한다.