지자체의 주 재원인 지방세의 비과세·감면 규모의 증가는 사회적 약자나 공익적 사업의 지원에 순기능의 역할을 하는 반면 특혜로 볼 수 있는 조세 지원을 강조하고 과도하게 지원하면 지방재정을 잠식, 공평과세를 저해의 원인이 된다. 
높은 수준의 지방세 비과세·감면율은 지방재정을 어렵게 만드는 요인 중 하나로 지목되고 있다. 지방자치단체의 자주 재원인 지방세의 경우 비과세·감면 규모가 차지하는 비중이 갈수록 증가하고 있기 때문이다. 지방세 비과세·감면제도가 저소득층 및 사회적 약자에 대한 보호나 공익적 사업의 지원 등 국가 일반정책으로 배려하기 어려운 부분에 대하여 상당 부분 기여하는 사회적 순기능 역할을 가지고 있는 것은 분명하나, 일종의 특혜라 할 수 있는 조세 지원을 지나치게 강조하거나 오랜 기간 동안 과도하게 지원을 할 경우 지원을 받지 못하는 계층에게 조세 부담을 전가시키는 문제와 함께 지방재정을 잠식하고 공평과세를 저해하는 원인으로 작용하기도 한다. 이에 지방세 특례를 포함한 조세 지원제도는 국세나 지방세를 불문하고 어느 정도의 수준에서 합리적이고 효율적으로 운영할 것인지가 매우 중요한 문제가 아닐 수 없다.