유럽의회가 설정한 적용예외로는 공익을 위해 불법 행위를 고발하는 경우와 언론의 자유와 다원주의 존중에 따라 정보의 자유와 표현의 자유를 실행하는 경우다. 이 경우엔 면책을 인정받을 가능성이 높다.
유럽의회는 많은 비판을 수용하여 결국 초안을 수정하였고, 이에 따라 지침에 두 가지 적용예외를 설정하였다. 하나는 공익을 보호하기 위한 목적으로 잘못∙부적절한 행동 또는 불법적인 행위에 대해 폭로하는 경우이며, 다른 하나의 예외는 언론의 자유와 다원주의에 대한 존중에 따라 유럽인권협약에서 보장하고 있는 정보의 자유와 표현의 자유를 수행하는 경우이다. 유럽 내 통일적인 보호 틀을 마련하고자 규정된 이 지침은 그나마 내부고발자에 의해 밝혀진 정보에 대한 기사를 쓰는 기자들의 경우, 영업 비밀 침해에 대한 면책을 인정받을 확률이 높아졌다. 그러나 여전히 처벌 대상 및 범위가 모호하다. 예를 들어, 기업 내 문서를 근거로 내부고발을 한 경우, 해당 기업이 고발 내용을 영업 비밀에 해당한다고 주장한다면 산업스파이로 처벌을 받을 확률이 높아지기 때문이다. 이와 같이 내부고발자들에 대한 보호에 대해서는 여전히 불충분하게 설정하고 있는 반면, 영업 비밀에 대한 보호의 문턱은 높아지면서, 표현의 자유 인정은 앞으로 더욱 어려워질 것으로 예측된다.