테러방지법에서 테러단체는 이전법에 더하여 대책회의에 의하여 지정된 집단이 추가되었다. 북한의 군사적 도발행위를 테러범으로 볼 수 있는 가에 대해서는 전쟁행위와 테러행위의 구별이 분명치 않아 합의되지 않았다.
그리고 종래 대테러활동지침상에는 테러주체와 테러단체 등을 정의하고 있지 않아서 논란이 있었다. 이에 테러방지법은 테러단체를 UN에서 지정한 단체로 한정하였으나 이전의 법률안은 지정한 단체와 이 단체를 지원하거나 이 단체로부터 지원을 받는 국내외의 결사 또는 집단으로 정의하였고, 여기에 더하여 국가테러 대책회의에 의하여 지정된 결사 또는 집단으로 규정하기도 하였다. 이러한 법률안의 의미는 활동지침상 테러주체와 테러단체에 대하여 정의규정을 두고 있지 않기 때문에 대치상황에 있는 북한 또는 그 구성원도 국가안보 또는 공공의 안전을 위태롭게 할 목적으로 열거된 행위를 범하는 경우 테러단체 또는 테러범으로 볼 수 있는가라는 의견대립에서 비롯되었다. 그리고 그 중심에는 북한의 군사적 도발행위를 군사행위로 볼 것인지 아니면 군사테러로 볼 것인지가 관건이었다. 여기서 전쟁행위와 테러행위의 구별이 모호해질 수 있는데, 군병력을 동원한 이른바 군사적 테러와 비군사적 테러를 어떻게 구별할 것인가에 대하여도 여전히 합의된 견해가 존재하지 않았다.