자유학기제 연구학교 운영 결과에서 교사들에게 수업운영과 평가에 대한 자율성을 부여하면서 교사뿐만 아니라 학생들의 수업 만족도도 높아졌다. 따라서 이를 반영하여 교수학습 방법 측면에서 혁신이 필요하다.
앞에서 언급한 바와 같이, 자유학기제 연구학교 운영 결과에서 교사들의 만족도가 매우 높게 나타난 것은 무엇보다 교사들에게 수업운영과 평가에 대한 자율성을 부여한 데 기인한다고 할 수 있다. 다시 말해 수업을 학생참여형으로 변화시킴으로써 수업에 대해 자신감이 생기고 교사와 학생간의 관계가 좋아지면서 교사의 자기효능감이 높아지고 만족도도 높아진 것으로 볼 수 있다. 또한 교사의 자기효능감 제고는 학생들의 수업에 대한 만족도를 높이는 요인이 되었다고 할 수 있다. 따라서 학생의 행복도를 높이기 위해서는 교사의 자기효능감을 높일 수 있도록 토론, 실험, 실습 등의 학생참여형 수업, 프로젝트 방식의 학습, 교사의 전문성을 존중하는 형성평가 등 교수학습 방법 측면에서의 혁신이 요구된다고 할 수 있다.