아동보호치료 시설인 6호 시설은 그 특수성을 반영하여 운영되어야 한다. 특히 예산과 인력문제에 대해 타 기관과 다르게 고려를 해야한다. 따라서 보건복지부에서는 6호 시설에 적합한 시설 운영기준안이 개발되어야 한다.
현재 아동보호치료시설인 6호 처분 시설은 보건복지부 관할 아동복지시설의 한 종류로 분류되어 아동복지시설과 동일한 운영기준으로 운영되고 있다. 그러나 6호 처분 시설의 효과성을 강화하는 방안에 대한 심층면접에서 시설장들은 6호 시설의 특수성을 반영하여 다른 기준으로 운영되어야 한다고 주장하였다. 특히 예산의 경우, 지자체 에서 수용된 보호소년에 대한 기초수급대상자 지정을 해야 하며 이 절차가 2개월이 걸리는 점, 기초수급대상자가 아닌 경우 예산 지원이 안되는 점, 보호소년이 자발적으로 기간을 연장할 경우 기초수급 지원이 안되는 점, 담당 직원의 이해가 부족하여 이로 인해 예산지원에 갈등이 유발 되는 점 등을 지적하며 중앙부처에서 이를 고려해 관리해야 한다고 의견을 제시하였다. 또한 인력에 대해서도 일반 아동복지시설의 아 동･청소년들은 학교를 가지만, 6호 시설은 시설 내에서 모든 교육이 이루어져야 하므로 인력이 부족하고, 직원들의 업무 부담이 가중화 되는 점을 지적하였다. 따라서 보건복지부에서는 6호 시설의 특수성을 고려하여 아동보호치료시설에 적합한 시설 운영기준안이 개발되어야 할 것이다. 이를 위해 7개 기관 시설장과 종사자, 학계 전문 가를 포함하는 운영기준안 개발 TFT를 구성해서 실효성 있는 시설운영기준안이 도출 되어야 할 것이다. 일본의 경우 ｢아동복지법｣상 지원시설이라 하더라도 최저기준에 대하여 후생성령을 통해 각 지원시설의 성격에 맞는 시설기준안을 제시하고 있는 점을 참고할 만하다.