2. 6사회협약은 노동계 내부 반발과 합의 불이행 문제에 직면하면서 이행에 있어 문제를 노출하였다. 대의원들이 민주노총의 일방적 합의를 들어 추인을 거부하면서 합의 철회와 재협상을 요구하였으나 받아들여지지 않았고 총파업에 대한 비판적 국민 여론이 높아지자 총파업을 철회하고 장기투쟁을 선택하게 되었다.
2.6사회협약은 노동계 내부의 반발과 합의의 불이행이라는 문제에 직면하면서 이행에 있어 문제를 노출하였다. 협약 당사자 중 하나인 민주노총은 2월 9일 노사정위원회에서 합의한 내용을 추인받기 위해 임시대의원대회를 열었으나 금속산업연맹과 현대그룹노동조합총연합 산하의 생산직 대공장사업장, 쟁의사업장, 부도사업장 등의 대의원들이 추인을 거부했다. 이들은 민주노총 협상대표단에게 대의원들이 협상 타결에 대한 전권을 위임하지 않았음에도 불구하고 공식적인 절차없이 노사정위원회에서 일방적으로 합의를 진행했다고 이의를 제기하며 절차상의 문제를 지적했다. 이에 민주노총 지도부는 사퇴를 하고 비상대책위원회를 구성하였으며 2.9 노사정 합의에 대한 철회와 재협상을 요구하며 총파업을 예고했다. 민주노총의 요구에 대해 제1기 노사정위원회 구성원이었던 정부와 새정치국민회의는 재협상을 받아들이지 않았고 민주노총은 산하 67개 노조 13만여 명이 2월 13일부터 파업에 돌입하기로 결정했다. 그러나 파업에 대한 비판적 국민 여론이 높아지자 2월 12일 총파업을 철회하고 재벌 개혁과 고용안정을 목표로 하는 장기투쟁을 선택하였다.