평가지표는 산출지향적 지표를 중심으로 자율지표를 통해 평가한다. 추진 전략의 체계성의 정확한 평가가 필요하나 실적 중심의 보고서가 많아 평가 품질의 개선이 요구된다.
전반적인 평가지표가 결과지향적인 지표보다는 산출지향적인 지표가 중심이 된다. 먼저 각 기관의 특성을 반영하기 위해 기관고유의 평가지표와 공통평가지표를 구분할 경우, 각 기관 고유의 평가지표는 산출지향적 지표가 많은 비중을 차지한다. 예를 들어 “정부 출연연구기관 평가”에서도 자율경영 및 기관장 리더십 부문에 대해서 다음의 <표 4-12>와 같이 자율지표를 통해 평가를 실시하고 있다. 그러나 기초연의 5개 성과목표와 일치하지 않는 것도 있으며, 추진 전략의 체계성이나 타당성 등에 대한 정밀한 평가보다는 이행실적 중심의 평가보고서가 작성되어 있는 상황이어서 자율평가지표 부분에 대한 평가품질 개선이 필요하다.