남북 사이에서 발생하는 법적 쟁점을 해결하기 위해 노력 중이나 두 체제 간 법률체계가 달라 법률 적용에 어려움이 있다. 이는 분단체제에 기원한 것으로 다양한 분야에서 남북의 관계를 규율하기 위한 법과 제도가 만들어지고 있음에도 불구하고 실효성은 못 내고 있다. 남북관계 제도화를 위한 체계를 만들고 통일 이후 법제도의 통합을 위한 기반을 마련해야 한다.
현재 남북관계는 2000년 이후에도 국가안보와 교류협력의 양 극단을 사이에 두고구체적인 정치상황에 따라서 발전과 후퇴를 반복하고 있다. 그 과정에서 남북한 사이에 발생하는 다양한 법적 쟁점을 안정적이고 합리적으로 해결하기 위한 노력을 기울이고 있다. 그러나 남북한의 상이한 법률체계로 인하여 구체적 사안에 적용되는 법률의 모순과 충돌을 피할 수가 없는 실정이다. 이러한 현상은 기본적으로 남북한이 각각 한반도에서 정통성과 합법성을 주장하면서도 현실적으로는 상대방 지역과 주민에 대해서 주권과 통치력을 행사하지 못하고 있는 분단체제에서 비롯된 것이라고 할 수있다. 2000년 이후 남북합의서를 비롯하여 다양한 분야에서 남북관계를 규율하는 법제도가 마련되고 있으나, 여전히 남북관계를 실효적으로 발전시킬 수 있는 제도적 장치로서는 많이 부족하다. 남북한의 평화통일을 실천적으로 준비하기 위해서는 남북관계를 제도화하는 법령을 보다 구체적으로 체계화함으로써 남북교류협력은 물론 통일의 과정이나 그 이후의 법제도의 통합을 위한 규범적 기준을 제시할 필요가 있다. 다만, 이러한 법제도화를 위해서 절차적으로는 통일과 남북관계에 대한 국민적 합의를 충실하게 도출할 수 있는 방식이 필요하며, 내용적으로는 우리 헌법이 제시하는 통일 원칙에 부합하고 통일한국의 미래상을 실현할 수 있도록 준비해야 할 것이다.