의무복무 제대군인의 공무원 채용 목표제는 공무원 등의 모집인원의 일정비율을 의무복무 제대군인에 별도로 할당하는 제도이다. 이에 대해 차별이 심화된다는 반론도 있지만 주요 공기업, 대기업까지 더욱 확대되어야 한다.
의무복무 제대군인의 공무원 채용 목표제는 의무복무 제대군인에 대한 채용 할당제로서 주요 내용은 공무원 등 모집인원의 일정비율을 의무복무 제대군인에 별도로 할당해주고, 그 범위 내에서 높은 성적순으로 선발하자는 것이다. 채용할당 수준은 현재 공무원 채용에서 국가 유공자 및 자녀(5~10점 채용시험 가점 부여) 30%와 양성평등 30% 등을 적용하고 있는 점과 최근 의무복무 제대군인 평균 합격률 등을 고려하여 적정 수준으로 정한다. 국가보훈처의 제도 도입 계획에 대하여 일각에서는 군가산점제도의 재도입과 다름없으며 여성, 장애인, 지방인재 등에 대한 차별만 심해질 것이라는 주장도 제기되고 있다(김삼겸, 2012). 그러나 채용 목표제는 공무원뿐만 아니라, 주요 공기업까지 확대 적용할 필요가 있으며, 더 나아가 대기업까지 확대되어야 한다.