전시 작전 통제권이 전환되면 기존 한미 연합사령부는 해체되고 '공동' 방위체제로 바뀔 예정이다. 공동방위체제에서는 한국군과 주한미군이 개별 사령부의 지휘 통제를 받게 된다.
전시 작전 통제권의 전환과 동시에 기존 한미 연합사령부는 해체되고, 한미 동맹의 군사구조도 한미 연합사령부를 중심으로 하는 ‘연합’ 방위체제에서 한국군 합참, 주한미군 사령부가 동등한 자격으로 참여하는 ‘공동’ 방위체제로 바뀔 예정이다. 공동방위체제에서는 한국군과 주한미군 전체에 지휘권을 행사하는 단일 사령부가 없다. 한국군과 주한미군은 평시는 물론 전시에도 개별 사령부의 지휘 통제에 따라 독자적으로 임무를 수행하며, 훈련과 위기관리뿐만 아니라 전쟁 대비 및 기획, 지도까지 각자 책임져야 한다. 이에 따라 공동방위체제에 적합한 한미 양국의 새로운 동맹군사 구조를 구성할 지휘체계의 구축이 추진되고 있다.