보조금법 시행령 중, 기준보조율 100% 사업은 보조사업자의 자율 정책과 사업 집행 중시 취지와 다르다. 그간 관행으로 예산 편성했으나 맞춤 세출로 재편성해야 한다.
보조금법 시행령 [별표1]에 제시된 보조사업 중, 기준보조율이 100%인 사업을 보조사업에서제외시킬 필요가 있다. 기준보조율이 100%인 보조사업은 보조사업자의 자율적인 정책 및 사업의 집행을 중시하는 기본 취지에 부합하지 않기 때문이다. 기준보조율이 100%인 사업들은 예산 운영·관리의 편의를 위해 관행적으로 보조금 예산에 편성하는 경우가 많았지만, 실질적으로는 중앙정부의 위탁사업 또는 대행사업의 성격을 띠고 있다. 따라서 기준보조율이 100%인 사업을 보조사업에서 제외시키고, 각각의 사업의 특성에 맞는 예산 세출 과목을 찾아 재편성해야 한다.