행정자치부는 공무원단체의 정당한 활동을 적극 보장하고 불법 집단행위는 엄정 대응한다는 방침을 견지하며, 선제적 갈등 예방을 위해 노력하고 상시적 협조 체계를 구축하고 있다. 
행정자치부는 공무원단체의 정당한 활동에 대해서는 적극 보장하면서도 불법적인 집단행위에 대해서는 법과 원칙에 따라 엄정 대응한다는 방침을 견지하고 있다. 또한 불법 집단행위가 발생하지 않도록 예방하는 것이 무엇보다도 중요하다는 인식을 바탕으로, 대화와 타협을 통한 선제적 갈등 예방을 위해 노력하고 있다. 이에 공무원단체와의 정례적인 간담회 등을 통해 상시 대화 채널을 구축하고 있으며, 유관 정부 부처와도 상시적인 협조 체계를 구축하고 있다. 또한 불법 집단행위가 발생할 수 있는 상황에서는 각급 기관에 복무지침 시달, 노사협의, 보도자료 배포 등을 통해 효과적으로 대응하고 있다.