2011년 부산지방법원에서 진행된 소말리아 해적재판에서 해적들은, 체포 당시 대한민국 영역 외에 있었으므로 대한민국 형사소송법을 적용할 근거가 없고, 청해부대가 피고인들을 체포한 것은 사인에 의한 현행범 체포라고 볼 수 없으며, 즉시 검사 등에게 현행범인을 인도하지 않았고, 군인들이 피고인들을 체포한 후 9일이 지나서야 영장을 발부받은 것은 영장주의 위반이라 주장하였다.
실제적으로도 2011년 부산지방법원에서 진행된 소말리아 해적재판에서 해적들은 다음과 같이 주장하였다. 첫째 체포 당시 그들은 대한민국 영역 외에 있었기 때문에 대한민국 형사소송법을 적용할 근거가 없으며, 둘째 청해부대가 피고인들을 체포한 것은 국가기관에 의한 현행범 체포이지 사인에 의한 현행범 체포라고 볼 수 없으며, 셋째 설사 군인을 사인으로 보더라도 형사소송법 제213조 제1항에 따라 사인이 현행범을 체포한 경우 즉시 검사 등에게 현행범인을 인도하여야 하나 그렇지 않았으며, 넷째 군인들이 피고인들을 체포한 후 9일이 지나서야 영장을 발부받은 것은 영장주의 위반이라 주장하였다. 이에 법원은 “첫째 청해부대는 체포한 피고인들을 인접국에 인도하려고 하였으나 인접국들이 신병인수를 거부함에 따라 국내로 이송하기로 결정하였고, 둘째 항공편 마련이 여의치 않아 아랍에미레이트연합의 협조를 받아 국내로 이송하는데 9일이 소요된 것은 공간적, 물리적 제약상 불가피한 것으로 정당한 이유 없이 인도를 지연하거나 체포를 계속한 경우로 볼 수 없다.” 판단하였다. 그러나 이러한 법원의 판단에 대해 “첫째 구체적이고 자세한 근거를 제시함이 없이 군인에 의한 체포를 ‘사인’에 의한 적법한 현행범 체포로 볼 수 있는지, 둘째 청해부대의 해적 진압, 체포, 이송과정 등에서 적법절차 원칙 및 인신권 침해 사실이 존재함에도 이를 적법하다고 볼 수 있는가.”라는 논란이 있었다.