취득세 보전 규모가 결정됨에 따라 지방교부세와 지방교육재정교부금의 추가적인 보전을 위해 감소분에 대한 보전액이 확정되었다. 지방세수 등의 감소분에 대한 보전은 부가가치세 일부를 이양하는 것으로 협의했다.
취득세 보전 규모(지방교육세 포함)가 2.4조 원으로 결정됨에 따라 취득세 감소분 보전을 위한 국세인 부가가치세의 감소와 연동하여 자연 감소하게 되는 지방교부세(19.24%)와 지방 교육재정교부금(20.27%)의 추가적인 보전을 위하여 취득세 세율인하에 따른 지방세수 등의 감소분에 대한 보전액은 총 4.0조 원으로 확정되었으며 당초 부처 간 협의된 지방세수 등의 감소분에 대한 보전방법은 부가가치세의 6%를 지방소비세로 이양하되 2014년에는 우선 3%만 이양하고 부족분은 예비비로 1.2조를 지원하며, 2015년에 나머지 3%를 포함하여 6%를 지방소비세로 이양하기로 협의하였다. 그러나 국회에서 관계 법령안의 심의 도중 정부의 동의하에 2014년부터 부가가치세의 6%를 모두 지방소비세로 이양하는 것으로 심의·확정되었다.