기업이 직무급을 도입하면 조합에서는 임금 협상에 대한 교섭력이 떨어질 수 있으며, 최근 통상임금 이슈로 더욱더 호봉제 이득이 큰 상황에서 노조원들이 임금체계 개편을 수용할 리 없다.
다섯째, 노동조합의 반대이다. 기업이 직무급을 도입할 경우 조합에서는 임금 협상에 대한 교섭력이 떨어질 수 있다는 것이다. 그리고 조합원 개인에 대한 의견을 간과할 수 없다는 점이다. 조합원 가운데 성과가 뛰어나고 고도로 숙련된 직무를 수행하는 사람은 차별적인 보상을 받고자 한다. 하지만 그렇지 않은 사람이 다수이고 성과가 낮은 일부 조합원은 직무급이나 성과급을 극렬히 반대한다. 조합원 가운데 한두 명이라도 임금을 적게 받아 불만을 가질 경우, 노조는 정치적 문제와 노조 단결력이 떨어질 수 있기 때문에 방관할 수는 없다. 자본가와 노동자 대립 구조와 같이 기업에서는 가능한 한 성과 차이를 두고자 하지만, 노조는 평등함을 추구한다. 특히 노조의 가장 큰 목표는 조합원의 권리 확보 및 향상인데, 호봉제가 아닌 임금체계를 적용받을 경우 그들이 얻는 이득이 없기 때문에 거부할 수밖에 없다. 최근 통상임금 이슈로 잔업 임금의 상승 폭이 커져서 더욱더 호봉제 이득이 큰 상황에서, 노조원들이 임금체계 개편을 수용할 리가 없다.