대학경쟁력을 신장시키기 위해 대학을 연구중심, 교육중심, 산학협력중심으로 나누어 역할을 구분할지, 기관단위로 역할을 수행할지에 대한 문제가 고려되어야 한다. 대학의 역할 분담에는 중복성이라는 한계점이 존재한다. 현재 다수의 재정지원 사업에는 복합적인 요소가 포함되어 있다. 따라서 사업별 중복성을 줄이고 명확성을 키워 대학경쟁력을 높여야 한다. 
대학경쟁력 제고를 위해서는 대학들이 교육중심대학, 연구중심대학, 산학협력중심대학으로 분명한 역할 분담을 할 필요가 있으나 현실적으로 어려운 상황이다. 교육중심대학, 연구중심대학, 산학협력중심 대학으로 나누는 것이 과연 가능한 것인지에 대한 논의부터 필요하다. 개별대학(학부수준) 내에서도 연구중심 학과가 있는가하면 교육중심도 있고 산학협력중심도 있으며, 두 가지 영역 혹은 세 가지 영역이 중복되는 등 다양한 트랙으로 운영되고 있기 때문이다. 따라서 특정대학을 연구중심, 교육중심, 산학협력중심으로 분류할 수 있는가, 혹은 분류하지 않고 기관단위의 재정지원 사업이 가능할 것인가에 대한 문제는 심도있게 논의되어야 할 것이다. 대학 간의 역할 분담을 위해서는 교육중심대학 육성 사업과 연구중심대학 육성 사업의 동일한 대상에 대한 지원을 최소화해야 하나 그간 중복지원이 빈번이 이루어진 것 또한 사실이다. 많은 대학이 특성화 사업을 재정 확보 혹은 확대의 수단으로 인식하여 거의 모든 대학재정 사업의 수혜자가 된 경우도 없지 않다. 이러한 문제 때문에 특성화를 촉진하는 동시에 비교우위에 입각한 재정지원을 위해서는 동일한 대상에 대한 중복지원을 최소화할 필요가 있다는 지적이 제기된다. 예를 들면, 학부와 대학원으로 구분되어 있다 할지라도 동일한 학사위에서 BK21 Plus와 CK 사업을 중복 수혜하는 것은 가능한 한 억제할 필요가 있다는 것이다. 교육, 연구 그리고 산학협력 등 모든 사업에 대하여 개별 대학이 수혜받는 부분은 재검토될 필요가 있다는 점이 지속적으로 제기되고 있다.5) 재정지원의 효과를 극대화하기 위해서는 개별 사업의 대상을 분명히 할 필요가 있는데 현재 하나의 재정지원 사업에 연구, 인력개발, 지역균형 등 모든 요소가 포함되어 있는 경우가 빈번하여 성과관리가 쉽지 않다. 따라서 대학 특성화 재정지원 사업의 효과를 제고하고 대학의 경쟁력을 높이기 위해서는 개별 사업의 내용과 대상을 명확히 해야 할 것이다.