특허 박스 제도의 도입과 실행에서 찬성론자는 세제 혜택으로 고부가가치 제품과 서비스 개발에 참여와 투자를 유도해 인센티브를 부여할 필요성이 있다고 주장한다.
하지만 이와 같은 취지에도 불구하고 특허 박스 제도의 도입과 시행에는 찬반론이 맞서 있는 상황이다. 찬성론자들은 세제 혜택을 통해 보다 많은 기업들의 이노베이션 투자를 유도하고 혁신기업들에게 경쟁력 있는 외부환경을 제공할 수 있다고 주장한다. 특히 이노베이션이나 R&D에 직접 투자하지 않은 기업들에게 이익이 돌아가는 사회적 불평등을 시정하고 생명과학, 에너지 산업, 컴퓨터 등 신산업분야의 기술혁신을 유도하기 위하여 인센티브를 부여할 필요성이 있다고 주장하고 있다. 즉, 이러한 세제 혜택을 통해 기업들로 하여금 고부가가치 제품과 서비스 개발에 참여를 유도할 수 있다는 것이다.