감사원도 중복감사를 막고, 자체감사기구를 지원하며, 지방자치단체와 감사원의 감사시스템을 연계해 정보를 공유해야 한다. 일부 기관은 감사원 시스템의 활용이 필요하다. 이러한 변화에 맞게 감사원도 자체적 발전전략을 세워야 한다.
감사원도 수감기관에 대한 중복감사를 방지하고 감사의 효율성을 높이는 데 중점을 두어야 한다. 아울러 자체감사기구가 자체감사활동과 효율적인 수행을 위해서 감사원의 적절한 지원이 필요하다. 행정안전부의 상시 모니터링 시스템 체계와는 다소 차이가 있지만 어떤 형태로든 지방자치단체의 감사시스템과 감사원의 e-감사시스템과의 연계를 통한 정보공유가 이루어져야 한다. 그러므로 ｢공감법｣ 제정으로 지방자치단체 감사기구의 변화가 요구되는 시점에서 국가최고감사기구로서의 감사원의 역할에 대한 기대가 높은 실정이다. 특히 e-감사시스템이 없는 일부 기관의 경우 감사원의 시스템을 벤치마킹하여 시스템을 그대로 활용할 수 있도록 감사원이 선도해나아가 주기를 기대하고 있다. 이러한 외부의 변화에 맞게 감사원도 자체적으로 발전전략을 세워서 단계별로 이를 수행할 필요가 있다.