기업이 지식 재산권을 통해 소득을 발생시키는데 든 비용보다, 통상 이윤이 적을 경우 적정한 지식 재산 이윤에서 음수가 나오는데, 이를 적법한 지식 재산 손실이라 한다.
기업은 적법한 지식 재산권을 통해 수익을 내지만 그 수익에서 이윤을 내지 못하는 경우가 있을 수 있다. 이는 특히 기술의 초기 발전 단계에서 발생할 가능성이 높다. 대신 소득이 이윤을 발생시키지만 그 이윤이 소득을 발생시킨 비용으로 얻을 수 있는 통상 이윤보다 적을 수 있다. 이 경우 적정한 지식 재산 이윤(이하 ‘RP’)에서 음수가 나올 수 있는데, 이는 특허 박스 법률에서 ‘적법한 지식 재산 손실(relevant IP loss)’(CTA 2010 s 357C(3))로 지칭되고 있으며, 일반적으로는 ‘특허 박스 손실(Patent Box loss)’이라고 한다.