2000년대 초,중반에 이공게 대학생의 기초학력이 대학에서 요구하는 수준보다 낮아 논란이 된 적이 있는데, 이는 2005학년도에 선택형 수능과 교차지원 허용으로 수험생들이 좀더 쉬운 편을 선택하여 벌어진 현상이었다. 이렇듯 신입생의 수학과 과학실력이 전공수업을 끌어가기 힘들정도로 낮아서 대학들은 자체 평가를 실시하여 미달 학생들에게는 기초 교육과정을 다시 받도록 하기도 했다.
우선, 대학에서 일반적으로 통용되고 있는 ‘기초학력’은 전공 교육과정 진입에 요구되는 선행 요건으로서의 ‘기초학력’을 의미한다. 2000년대 초·중반 이공계열을 중심으로 대학생의 ‘기초학력’에 대한 논란이 뜨거웠던 적이 있다. 대학에 진학하는 학생들의 국어, 영어, 수학 실력이 현저히 떨어지고, 이공계열 학과에서는 학생들의 기초학력이 부족하여 전공수업을 이끌어 가는데 상당한 어려움이 있다는 목소리들이 쏟아져 나왔다(문성웅·조민진, 2007.4.12.; 양정호, 2006; 계승혁, 2002). 이러한 논란의 시작은 2005학년도 적용된 선택형 수학능력시험과 교차지원 허용이라고 할 수 있다(김남중, 2018.6.8.). 당시 수리탐구 유형을 ‘가형’과 ‘나형’으로 구분하였는데, 주로 이공계열 진학 희망 학생들이 많이 선택하는 ‘가’형에서만 미·적분, 확률통계, 이산수학 중 하나를 선택하도록 하고, 문과계열 학생들이 주로 선택하는 ‘나’형을 선택했다 하더라도 이공계열 학과로 교차지원이 가능하도록 하였다. 더욱이, 대학 입시에 필요한 점수도 신경써야 하는 학생들 입장에서는 조금 더 쉽고 보다 많은 학생들이 선택하는 과목을 이수할 가능성이 높은데, 2007학년도 대학수학능력시험 원서 접수 결과 상대적으로 어려울 뿐만 아니라 미·적분 등의 심화과목을 선택해야 하는 수리 ‘가형’(21.0%)보다 수리 ‘나형’을 선택한 비율(69.5%)이 훨씬 높았다(한국교육과정평가원, 2006.9.14.). 이로 인해 이공계열 학과 신입생들의 수학 및 과학 과목 기초학력이 저하되었다는 지적이 이어졌으며(김진영 외, 2012; 양정호, 2006), 대학들은 신입생들을 대상으로 기초학력 진단평가를 실시하고 기초학력 미달 학생들에 대해 ‘기초수학’이나 ‘기초과학’, ‘기초영어’ 등 별도의 기초 교육과정(혹은 보충학습)을 이수하도록 하였다(김진영 외, 2012).