정부제출법률안은 특별행정심판이나 행정심판의 특례절차를 규정할 시 관계기관 장은 사전에 협의의무를 만들어 마구잡이 절차를 방지할 제도적 장치가 있는 반면 의원입법은 절차가 없어 특례절차가 통제되지 않는다. 
의원입법을 통한 특별행정심판 및 행정심판특례절차의 남설에 대한 통제방안이 모색될 필요가 있다. 정부제출법률안의 경우에는 특별행정심판이나 행정심판의 특례절차를 정할 경우에 관계기관의 장은 사전에 중앙행정심판위원회와 협의의무를 마련하고 있어 특별행정심판절차의 남설을 억제할 수 있는 제도적 장치가 마련되어 있는데 반해, 의원입법의 경우에 아무런 절차를 두지 않아 우후죽순처럼 특별행정심판이나 행정심판의 특례절차가 제대로 통제되지 않고 있는 실정이다. 만약에 특별행정심판절차임에도 중앙행정심판위원회와 협의를 거치지 아니한 경우에는 이는 특별행정심판절차로 보지 않겠다는 것을 의미하거나 이를 특별행정심판절차에 해당함에도 중앙행정심판위원회와 협의의무를 이행하지 않는다면 이는 절차상의 하자가 있게 된다.