울산지방해양수산청은 울산신항개발사업을 추진하며 발생한 집행 잔액을 총 사업비에서 감액하지 않고 있었다. 
울산지방해양수산청은 “울산신항(2단계) 개발사업”(총사업비 1조 401억여 원, 사업기간 2012∼2023년)을 추진하면서 2017. 9. 27. ‘울산신항 남방파제(2-1공구) 축조공사’의 준공 시 집행잔액 3,446백만 원이 발생하는 등 2015년부터 2017년 11월까지 발생한 계 8,107백만 원의 공사비 절감액만큼을 총사업비에서 감액하지 않고 있는 등 4개 지방해양수산청이 위 [표 Ⅲ-1-34]와 같이 2015년부터 2017년 11월까지 총사업비 관리대상 4개 사업에서 발생한 집행잔액 등 계 14,646백만 원만큼을 총사업비에서 감액하지 않고 있었다.