보호 대상 아동을 학대 아동에 국한하는 것은 아동보호업무의 치명적 한계이다. 가령, 입양시 지자체의 아동에 대한 사후관리 미흡으로 인해 아동의 욕구와 문제에 대한 공유가 효율적이지 못한 문제가 있다. 
또한 보호 대상 아동을 학대 아동에 국한함으로써 요보호 아동을 보호 하는 체계로서 기능하는 현재의 대안양육체계(입양, 가정위탁, 그룹홈, 시설 등)의 분절적 운영의 문제는 아동보호업무의 연계 및 협력의 제한성 이라는 치명적 한계를 노정하고 있다. 예컨대 대안양육시설 중 입양의 경우, 입양기관을 통해 입양의 전체 절차가 전개되는데, 주요 관련주체인 미혼모 지원체계 및 청소년보호체계 등과의 연계 협력이 취약하다. 가정 위탁보호체계는 지자체와 위탁가정, 가정위탁지원센터를 중심으로 운영 되며 시설보호는 아동생활시설과 지방자치단체를 중심으로 운영된다. 대안양육시설 연계 및 조정의 핵심에 있는 지자체의 아동에 대한 사후관리 미흡으로 인하여 아동의 부적응 문제로 타 대안양육체계로 아동을 재배치할 때 아동의 욕구와 문제에 대한 공유가 효율적으로 이루어지지 못하여 아동에 대한 사정(assessment)이 처음부터 다시 반복되는 등의 문제점을 가지고 있다.