어린이집의 공공회계 프로그램 도입은 관련 기관들의 업무 부담 증가와 사용방법에 혼란을 겪게 될 어린이집들 때문에 어렵다.
서울시 어린이집 회계시스템에는 이러한 업체들이 접근할 수 없다. 따라서 서울형 회계 프로그램을 사용하는 원장들이 계정과목을 잡는 것에 대해 많은 어려움을 겪고 있다고 주장하고 있다. 보건복지부에서도 회계 투명화를 위한 무상 회계 프로그램을 추진 중이라는 사실이 알려지면서 회계 지원 업체들이 사업의 미래가 불투명하다고 본다. 일부 사업체 대표자들은 회계 프로그램의 운영을 위해서는 기관에 단순한 프로그램의 제공 뿐 아니라 A/S, 상담 등 관련 지원을 많이 해야 하는데, 공공시스템을 도입하게 되면 기관들이 정상적으로 운영할 수 없을 것이라 주장하고 있다. 복지부의 경우에도 중앙 정부에서 관리하게 되는 회계 시스템 도입 후 구체적인 헬퍼 기능이 없다면 많은 어린이집에서 혼란을 겪게 될 것으로 예측하는 시선이 있다.