시스템 공정성은 시스템 자체의 적절성을 의미하며 구성원들이 시스템을 공정하다 여기는지가 중요하다. 구성원들이 임금체계를 공정하다 여기면 체계에 맞게 직무를 수행하고 평가 받으며 임금에 만족한다. 따라서 임금체계는 구성원 의견수렴, 임금 수준 등을 포괄하여 총체적으로 공정성을 유지해야 한다.
시스템 공정성은 조직의 여러 시스템에 대한 공정성이다. 임금체계도 하나의 시스템으로 임금의 구성, 산정 방식, 평가 방식 등이 포함되어 있기에, 체계 자체에 대한 적절성 여부에 대한 것이다. 그리고 시스템 공정성은 시스템 자체, 즉 임금체계 자체에 대한 구성원들의 공정성 인식과 반응을 중요하게 여긴다. 구성원이 임금체계를 공정하게 여기면 체계에 맞도록 직무를 수행하고 평가를 받으며 임금에 대해서도 만족한다. 하지만 체계 자체를 불공정하게 여기면 분배 공정성을 비롯해 시스템 구축 과정의 절차 공정성, 상호작용 공정성 등도 동시에 공정하지 않게 여기는 결과를 초래한다. 결과적인 시스템에 대한 불공정함이 시스템의 과정적이고 원인적인 요소들에 대한 불공정함까지 초래하는 것이다. 더구나 구성원이 임금체계를 불공정하다고 여기고 불만을 갖는다면 생산성 측면에서 부정적인 현상들을 초래할 수 있다. 결국, 임금체계의 시스템 공정성은 체계 자체의 적절성 여부이지만, 임금체계를 구성하기 위해 필요한 활동(예: 구성 요소들의 적절성, 구성원 의견수렴 등)들과 결과적인 임금 수준 등을 포괄하는 총체적인 측면에 대한 공정성이라고 할 수 있다.