참여정부 시절 공공기관의 지방이전 및 혁신도시의 입지선정 과정에서 중요한 요소는 시·도 전략산업과의 연관성었으나 이명박 정부에서는 기존의 3층 구조가 2단계 선도사업과 신지역특화 산업 2층 구조로 개편 예정이다. 정책의 변화와 연결된 혁신도시의 발전 방향 모색이 필요하다.
참여정부 시기에 공공기관의 지방이전 및 혁신도시의 입지선정 과정에서 중요하게 고려된 요소는 시·도 전략산업과의 연관성이었다. 혁신도시로 이전하는 공공기관이 시·도 전략산업(2004년 선정)과의 긴밀한 연계를 토대로 산학연 클러스터를 구축해야 혁신도시의 본래 기능을 수행할 수 있다고 보았다. 이명박정부가 들어서면서 지역산업정책에 변화가 있었는데, 기존 시·도 전략산업과 함께 광역경제권 단위에서 선도산업 1단계 육성사업이 2009년부터 3년간 추진되었다. 2012년 상반기에 광역경제권 선도산업 1단계 육성사업과 시·도 전략산업 육성사업이 모두 종료됨에 따라 지역산업 육성정책의 큰 틀이 새롭게 만들어질 것으로 보인다. 기존의 광역경제권 선도산업, 시·도 전략산업, 시·군의 특화산업 3층 구조가 광역경제권 2단계 선도산업과 시·도의 (가칭)신지역특화산업 2층 구조로 개편될 예정이다. 이러한 지역산업정책의 변화는 혁신도시의 핵심인 산학연 클러스터의 구축과 밀접한 관련이 있어 지역산업정책의 변화와 연계한 혁신도시의 발전방향 모색이 필요하다.