SDGs는MDGs와 달리 다양한 재원을 고려하지만, 공적개발원조와 민간재원 감소 및 개도국 조세확보의 어려움을 겪는다. 특히 저소득 국가 조세 부과와 개도국 조세 재정의존도 저조로 인해, SDGs 최종 채택 전 제3차 국제개발재원회의에서 개발재원 논의가다. 특히 해외직접투자, 금융투자, 이주노동자 송금 등 민간 비원조성 재원도 최근 개도국 개발협력에 널리 사용된다.
MDGs의 개발재원은 주로 공적개발원조(ODA)였으나, SDGs는 다양한 개발재원을 활용하고자 한다. 여전히 ODA가 주요한 개발재원으로 간주되고 있으며, 그 외에 개도국의 국내재원(조세)과 무역을 통한 원조(Aid for Trade)를 포함하고 있다. 하지만 ODA는 전 세계적으로 감소추세에 있고, 대부분의 개도국의 경우 선진국에 비해 조세확보가 쉽지 않다는 점, 그리고 민간재원의 확보 역시 줄어들고 있다는 점이 SDGs의 재원확보에 대한 전망을 어둡게 하고 있다. 특히 저소득 국가들의 경우 빈곤인구와 비공식 경제활동 등으로 인해 조세부과가 어렵거나, 특정 천연자원의 개발에 의존하는 개도국의 경우 조세에 대한 재정의존도가 낮다는 점에서 개도국의 국내재원에 대한 다각적 논의가 필요하며 이와 더불어 SDGs 실천을 위한 보다 혁신적인 재원 마련(Innovative Finance)이 필요할 것이라는 지적이 있다. 이에 따라 SDGs의 경우 SDGs 최종 채택에 앞서 제3차 국제개발재원회의(FfD3: International Conference on Financing for Development)를 개최하고, SDGs의 이행수단(Means of Implication)으로서 개발재원에 관해 논의한 바 있다. 특히 최근에는 ODA 외에 해외직접투자(FDI), 금융투자, 이주노동자 송금(remittance) 등의 민간 비원조성(non-aid)재원도 개도국과의 개발협력에 더욱더 빈번히 사용되고 있다(UN, 2015a).