재정성과평가는 각 부처의 책임 하에 예산편성, 성과관리, 성과평가 등을 수행하고 평가결과를 추후 사업성과 제고, 제도개선, 지출구조조정 등에 활용해야 한다. 재정당국은 모니터링과 지출구조조정 등에 집중해야 한다. 
재정성과평가 체계는 부처의 자율성과 책임성을 보다 강화하는 방향으로 근본적으로 재구성할 필요가 있다. 각 부처가 스스로의 책임 하에 예산편성, 성과관리, 성과평가 등을 자율적으로 수행하는 한편, 평가결과를 향후 사업성과 제고, 제도개선, 지출구조조정 등에 보다 자율적으로 활용하도록 유도할 필요가 있다. 재정당국은 핵심 정책목표에 대한 모니터링을 수행하고, 캐나다의 ‘전략적 리뷰(Strategic Review)’사례를 참고하여, 중장기적 차원에서의 지출구조조정 등에 집중할 필요가 있다. 현재 정부에서 계획 중인 ‘통합 자율평가’의 경우 재정성과목표관리제도와의 연계를 통해 성과정보 활용을 제고하기 위해 그 평가 결과를 성과보고서에 반영하는 한편, 부처의 통합 자율평가 및 기획재정부의 메타평가 결과 등에 대한 공개를 확대할 필요가 있다.