많은 대안교육기관들이 인가신청을 하지 못해서 폐쇄 명령을 받거나 형사처벌을 당하는 경우가 발생하고 있다. 대안학교 학생들이 안심하고 교육을 받을 수 있도록 대안교육기관의 안정적 운영을 위해 법적, 제도적 조치가 필요하다.
지금 현재 많은 대안교육기관들이 현실적인 법의 제약에 의하여 학력인정 대안학교로 인가 신청을 하지 못하고 있는 상태에서 여러 가지 사유에 의하여 불법적인 학교를 운영하고 있다고 고발을 당하여 폐쇄 명령을 받거나 사법 조사에 따른 형사 처벌을 당하는 경우가 종종 발생하고 있으며 (「초･중등교육법」제67조(벌칙) 제2항제1호에 따라 3년 이하의 징역 및 3천만 원 이하의 벌금에 처할 수 있음), 이러한 대안교육기관에 다니는 학생들은 불안한 마음속에 떨고 있으며 또 다른 대안을 찾아 떠돌아다닐 수밖에 없는 처지에 놓여 있기도 하다. 그러기에 이제는 하루라도  빨리 이 아이들이 안심하고 교육을 받을 수 있도록 대안교육에 대한 법적인 지위를 마련해 주고, 아이들이 다니는 대안교육기관이 안정적으로 운영이 될 수 있도록 기준 완화를 통한 양성화 조치가 필요하다.