부가가치세법이 공포된 이후에도 논란은 끊이지 않았다. 국회의원 총선도 있었고, 정부 내부에서도 시행 연기론이 대두하여 경제기획원과 상공부의 동조를 받았다. 이에 정부의 최종 논의도 이를 고려했다.
부가가치세법이 국회를 통과하여 공포된 이후에도 제도도입에 대한 논란이 그치지 않았다. 시행 시기를 연기할 것과 함께 세율을 인하해야 한다는 주장이 끊임없이 제기되었다. 더욱이 그 해는 국회의원 총선이 있었던 시기라서 정치적인 공세가 매우 거세게 일어났다. 더욱 어려움을 더한 것은 정부 내부에서도 시행 연기론이 강력하게 대두된 것이다. 당시 물가정책 당국인 경제기획원에서 연기론을 제기하였으며, 여기에 민간업계를 대변하는 상공부가 동조함으로써 연기론이 힘을 얻었다(한국조세재정연구원[2012]). 이러한 제도도입에 부정적인 환경에서 정부의 부가가치세 도입방안에 대한 최종적인 논의도 세율 13%를 인하할 것인가와 시행 시기를 연기할 것인가에 초점을 맞추게 되었다.