일학습병행제 하의 교육훈련 프로그램의 체계적 관리가 필요한데 이수 후 평가에 따라 국가 인정 자격 취득 및 학위와의 연계, 우수 운영 기업의 포상 인증 제도, 훈련생 보호 방안 등도 제도적으로 보완되어야 한다.
넷째, 일학습병행제 하의 교육훈련 프로그램에 대한 철저한 질 관리가 필요하다(강경종, 2014). 변숙영(2014)에 따르면 공신력 있는 기관에서 업체별 훈련 프로그램의 내용을 인증하는 인증절차의 마련이 필요하다. 김인수(2014)는 동일한 교육훈련에 참여해도 학습근로자의 역량에 따라 성과가 다르게 나타날 가능성이 높은데, 이것이 훈련기관(기업) 혹은 훈련모듈의 문제로 해석되어 일학습병행제를 도입한 회사가 부정적인 평가를 받을 수 있다는 우려를 표명하였다. 이와 관련하여 이장원 외(2013.12)에서는 국가차원의 공식적인 인정과 훈련생 보호장치가 잘 마련되어야 함을 역설하고 있다. 도제훈련 후 이를 성공적으로 이수하였는지 평가를 통해 판단하고 그 결과를 국가가 인정하는 자격이나 기존 학위 등과 연계하는 방안을 마련하여야 할 것이며, 이는 최근에 논의되고 있는 국가역량체계(NQF)에서 구상하고 있는 ‘NQF 자격’ 등을 적용할 수도 있다고 한다. 또한 일학습병행제 우수운영 기업의 포상 인증 제도를 운영하는 것도 필요하다고 한다. 일학습 병행제가 저임금 노동력 활용방안으로 오용되지 않도록 하면서, 훈련생의 노동권 보장 등 훈련생 보호 방안도 강구 되어야 한다고 한다. 노사참여 및 사회적 합의제도이러한 범부처 간 연계시스템 내에서는 다음의 사항들이 이루어져야 한다고 한다.