북한이탈주민의 군복무 제한은 휴전상황을 고려한 것이라 해도 사람 간의 통합을 막음으로써 남북한 통합의 걸림돌이 될 수 있다. 따라서 정체성 및 국민성 제고를 위한 대체복무제도 같은 정책대안 마련이 필요하다.
무엇보다 향후 남북한 통합 시 “사람 간의 통합”이라는 정서적, 인식적 통합이 우선적으로 이루어져야 함을 고려할 때, 현재와 같은 북한이탈주민에 대한 병역체계를 지속하는 것은 남북한 사회 통합의 장애요인이 될 수 있다. 아울러 북한이탈주민의 병역 문제는 국가안보와 직결되는 사안으로 남북한이 휴전 중인 상태에서 북한이탈주민의 군복무를 제한하는 것은 타당성이 있지만, 한편으로 자원자의 경우 대체복무 등을 통해 북한이탈주민 역시 국가에 기여하며 동시에 자신들의 정체성 및 국민성을 확립할 수 있도록 하는 정책대안이 마련되어야 한다. 최근 국방부가 북한이탈주민 가운데 입영 연령(만 18세 이상)이 되는 청소년에게 군 복무를 허용하는 문제에 대해 본격적인 검토에 착수한 것2) 역시 이러한 정책 필요성을 반영하는 것으로 볼 수 있다.