최근 정부 R&D 예산 삭감 논란과 투자 대비 생산성에 대한 지적이 있었다. 이는 정부 R&D사업의 가장 큰 수요자는 기업인데, 실제 도움이 되는지 명확하게 밝혀진 바가 없기 때문이다. 따라서 국가 R&D 사업은 기업 친화적인 변화가 필요하며, 미래를 위한 연구 등에 투자하여야 할 것이다.
국가R&D는 공공연구기관, 대학, 기업 등 다양한 주체들에 의해서 수행되고 있다. 그러나 정부R&D 지원의 가장 중요한 수요자이자 경제성장의 핵심 주체인 기업이 국가R&D를 통해 창출된 가치를 활용하여 수익을 창출하는 데 도움을 받고 있는지는 국가 R&D사업의 핵심 성과평가 요소이지만 명확히 밝혀진 바는 없다고 볼 수 있다. 즉, 국가R&D의 양적 성장과 성과가 질적 발전을 동반하여 국가와 사회 및 산업에 실제로 도움을 주고 있는지가 항상 논란거리가 되고 있는 것이다. 최근의 정부R&D 예산 삭감 논란과 투자 대비 생산성을 높이기 위해 거의 모든 수준에서 효율성을 높이는 시도를 압박받는 상황이 된 것도 이에 근거한다. 그러나 국가 R&D의 방향이 무엇보다 기업 친화적인 변화 노력이 필요하다는 의견과 동시에, 국가에서 주도하는 R&D는 민간이 투자하기 어려운 분야, 먼 미래를 내다본 연구 등에 선도적으로 투자하는 데 쓰이는 것이 합당하다는 논리 역시 존재한다. 실제로 미국, 독일, 일본 등 R&D 선진국이 정부R&D 투자를 꾸준히 늘리는 것도 현재보다는 미래를 위한 포석이다.