복수전공 이수 여부가 채용에 결정적 영향 요소가 아니고 주전공에 대한 전문성 부족 문제가 제기되며 채용에 불리하게 작용하기도 한다. 또 연구에서도 복수전공 이수의 효과가 검증되지 않아 학생들을 혼란스럽게 한다.
그러나 복수전공 이수가 실제로 취업에 도움을 주는지는 분명하지 않다. 복수전공 이수 여부는 참고사항에 불과하여 채용에 결정적인 영향을 미치지 않을 뿐만 아니라, 주전공에 대한 전문성 부족을 이유로 오히려 채용에 부정적인 영향을 미칠 가능성도 제기되고 있기 때문이다(조선일보, 2003.3.30.). 더욱이 최근 들어 채용 과정에서 지원자의 전공 자체를 고려하지 않는 기업들이 증가하고 있어, 복수전공 이수가 취업에 미치는 영향은 더욱 감소했다는 지적도 있다(머니투데이, 2012.2.20; 한국경제, 2012.12.17.). 결국, 대학 졸업자의 취업성과에 대한 실증적 연구에서조차 복수전공 이수의 효과가 일관된 결과를 보이지 않으면서(남기곤․윤진호․이시균, 2010; 이필남, 2013; 정태영․이기엽, 2005; 채창균․김태기, 2009; 황여정․백병부, 2008), 복수전공 이수 여부를 두고 고민하고 있는 많은 학생들은 더욱 혼란스러울 수밖에 없을 것으로 보인다.