업종별로 사용하는 에너지가 편중되어 있는 현 상황에서, 에너지 효율을 위해 FEMS를 설치해야 하지만 생산성 하락과 설치로 인한 가동중단 등으로 인해 적용을 기피하고 있다. 또한 생산 관련 데이터의 유출에 매우 민감하여 가격과 무관하게 클라우드형 FEMS 도입을 기피한다.
제조업 특수성에 기인한 문제점을 살펴보면, 첫째로 제조 현장의 생산성･품질 우선주의로 생산 공정에 FEMS 적용을 기피하는 경향이 있다. 에너지 효율화를 위해서는 공정개선 및 제어기능이 필요하지만, 비용부담이 크고 생산성 하락 등의 리스크를 우려해 적용을 기피하는 경향도 있다. 그리고 EMS 설치 시 공장 가동중단과 조립공장의 경우 생산품 변경에 따른 잦은 생산라인 변경으로 인해 FEMS 투자를 기피하는 경향도 있다. 예를 들면, 철강, 화학 등 연속공정 사업장은 생산라인 변경은 없지만, EMS 설비 설치 시 공정을 중단해야 하는 문제가 발생(주물, 요업 등 단속공정은 설치 용이)하게 된다. 한편 일부 업종 및 대규모 장치 산업 등에 에너지 사용 편중되어, 업종별･업체별 차별화된 접근방법 필요하다. 업종별로는 에너지 사용량을 살펴보면 전체 산업부문 사용량의 68.8%를 금속, 화공 업종에서 점유하고 있다. 중소기업은 전기 사용비중(59.4%)이 가장 높으며, 대형기업은 석탄류와 가스류 사용비중이 높은 특징을 보이고 있다. 마지막으로 보안상 우려이다. 기업들은 생산 관련 데이터의 외부 유출에 매우 민감(특화기술 등 영업기밀 유출 우려)하여 보다 저렴한 클라우드형 FEMS 도입에도 부정적 반응을 보인다.