대학 간 중복지원 방지 및 부처별 중복사업 추진을 지양하는 것이 정부의 고등교육 재정지원사업을 효과적으로 추진하기 위한 전제가 될 것이다.
첫째, 사업 간 중복을 해소할 수 있도록 고등교육 재정지원 사업 간 차별성을 확보해야 한다. 특정사업 형태로 고등교육 재정지원이 이뤄짐으로써 사업과 사업 간에 중복이 불가피하게 발생하고 있다. 또한 각 부처 및 부서별로 고등교육 재정사업을 분리추진하다보니 사업설계 과정에서 중복이 발생하는 것은 물론, 사업추진 과정에서 사업의 취지를 설명하고 이해시키는 데 어려움을 겪어왔다. 정부차원에서 사업의 중복운영은 대학의 중복지원 또는 편향지원으로 이어지게 된다. 따라서 이러한 문제를 차단하기 위한 가장 중요한 방법은 사업의 목적을 분명히 정립하여 사업간 차별성을 제고하는 것이다. 대학 간 중복지원 방지 및 부처별 중복사업 추진을 지양하는 것이 정부의 고등교육 재정지원사업을 효과적으로 추진하기 위한 전제가 될 것이다.