차별의 심사에 대해 헌법이 기준·영역을 제시하거나 기본권 제한을 초래하면 비례원칙에 의하고, 그 외는 자의금지원칙에 의해야 한다. 공직취임권은 기본권으로 헌법이 제시하는 영역이다. 북한 공무원 출신만 적격성 심사를 하는 것은 비례원칙에 대한 심사의 대상이 되며 차별취급·목적 사이 상호관계의 비례성을 심사한다. 
차별취급이 헌법적으로 정당화되는지의 여부를 심사하는 기준에 대해 헌법재판소는 헌법이 스스로 차별의 근거로 삼아서는 안 되는 기준을 제시하거나 차별을 특히 금지하고 있는 영역을 제시하고 있는 경우와 차별적 취급으로 인하여 관련 기본권에 중대한 제한을 초래하게 되는 경우에는 엄격한 심사기준인 비례원칙에 의하고 그 외의 것이라면 완화된 심사기준인 자의금지원칙에 의해야 한다고 한다. 공무담임권에 포함되는 공직취임권은 대한민국헌법 에 규정된 기본권이므로 ‘헌법이 차별을 특히 금지하고 있는 영역을 제시하고 있는 경우’에 속하는 것으로 볼 수 있으며, 개별적 평등권으로서 그 효력영역 안에서는 입법자의 입법형성권이 엄격하게 제한을 받게 된다.따라서 북한 공무원 출신에 대해서만 적격성 심사를 하여 임용 여부를 판단하게 하는 제도는 비례원칙에 의한 엄격한 심사의 대상이 된다. 비례원칙에 의한 평등권 침해 여부 심사는 ‘차별취급이 헌법적으로 정당화되는지’를 판단하기 위하여 ‘차별취급’과 ‘차별목적’ 사이의 상호관계가 비례적인지를 심사한다. 구체적으로는 입법목적의 정당성, 차별취급의 적합성, 차별취급의 필요성, 법익의 균형성 등을 검토하게 된다.