코호트 합계출산율은 완결 출산율 정보를 얻는데 시간이 오래 걸리기 때문에 결측 자료 문제가 발생한다. 따라서 코호트 출산율은 해당 문제 해결을 위한 대책이 요구된다.
기간 합계출산율(PTFR)에 비해 코호트 합계출산율(CTFR)에서의 변동은 해석상의 어려움 없이 출생아 수에서의 변화(quantum)를 나타내는 것으로 해석 가능하다. 비록 코호트 출산율 개념이 출산 시기 조절 효과(tempo effect)를 통제함으로써 보다 안정적인 장점은 있지만, 일반적으 로 코호트에 기초한 접근은 완결 출산율 정보를 얻기 위해서는 30년 이상의 긴 시간이 필요하다. 결국 코호트 출산율의 경우 출산 생애를 완결하 지 못한 코호트에서 발생하는 결측 자료(missing data) 문제를 어떻게 해결할 것인가에 대한 검토가 필요하다.