국가인적자원개발정책은 교육부에 인적자원개발 업무를 추가해 교육인적자원 부총리가 나라의 관련 정책을 총괄하도록 하는 방향으로 추진되었으나 교육부 내부의 구조적인 문제, 부처 간 알력 다툼, 야당의 견제 등으로 상당한 저항에 부딪혔다.
이 내용을 보면 국가인적자원개발정책은 정부조직 개편을 통해 기존의 교육부에 인적자원개발 업무를 추가하고, 이로써 교육과 인적자원개발을 총괄하는 부총리가 여러 부처에 분산되어 있는 인적자원개발정책을 종합 관장하는 방식으로 추진되었다. 기존 교육･훈련 제도의 개혁과 사회･문화 제도의 개혁을 동시에 추구하고자 한 것이다. 대통령 신년사로 촉발된 국가인적자원개발정책은 교육부 내부의 알력, 다른 부처와의 갈등, 야당의 견제 등 적지 않은 저항에 직면하였다. 교육부 내에서의 정책조정 기능은 내부의 구조적인 문제로 인해 상대적으로 부진하였다. 새롭게 추진할 인적자원개발정책 담당부서가 기존의 대학국이 맡았던 산학협력 업무를 가져오면서 알력이 커졌다. 부처 간 업무영역과 관련해서는 노둥부가 비협조적이었는데 인적자원 업무가 노동부의 직업훈련과 겹치는 탓이었다. 야당은 대통령 신년사에 대해 논평을 내고 정부조직 개편이 정책 혼선을 초래한다면서 반대 입장을 표명하기도 하였다.