사업자단위과세는 2 이상의 사업장을 가질 경우 사업자 단위로 등록할 수 있는 것으로 주사업장 총괄납부와 유사한 제도이다. 그러나 본점 또는 주사무소 한 곳만 사업자등록을 하여 납세편의를 도모한다는 점에서 차이가 있다.
사업자단위과세는 부가가치세의 각 사업장마다 사업자등록을 하는 것이 원칙의 예외로, 2 이상의 사업장을 가지고 있는 사업자는 사업자 단위로 등록할 수 있는 것으로서 사업자등록, 세금계산서의 교부 등도 주된 사업장 1곳에서 하도록 하는 제도로 주사업장 총괄납부와 유사한 제도이다. 그러나 사업장별 과세원칙에 따라 각 사업장별로 사업자등록을 하고 신고ㆍ납부하게 되면 과세관청이나 납세자 모두 불편하므로 이를 본점 또는 주사무소 한 곳만 사업자등록을 하여 세금계산서 교부 및 신고ㆍ납부를 사업자단위로 일괄하여 하도록 하여 납세편의를 도모한다는 점에서 차이가 있다. 모든 지점 사업장은 사업자등록을 하지 아니하며, 세금계산서 비고란에 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 사업장의 소재지 및 상호를 기재하여야 한다(부법 4조 3항 5조 2~3항).