형사사법 통합정보체계 구축기획단 측은 통합정보체계가 7중 방화벽으로 보호되고 제 3의 중립조직을 구성하여 관리한다고 말하며 검찰의 정보 장악에 대한 논란을 일축하였다. 이러한 구축 방식에 경찰청은 다른 시스템 간 유기적 사용이 불가능하다는 점을 이유로 경찰 정보시스템을 분리하여 연계하는 방식을 택해야 한다고 하였다.  기획단 측은 시스템 연계가 비효율적임을 말하며 통합체계의 정당성을 고수했다.
그러나 형사사법 통합정보체계 구축기획단 측의 입장은 단호하였다. 한 관계자는 논란의 중심에 있는 인권침해 문제와 관련해서 “정보의 실무적인 관리는 검찰에서 맡을 수 있겠지만 시스템 자체는 제3의 중립적인 조직을 구성해 관리하게 될 것”이라며 “검찰 역시 이 조직의 허락을 받아야 정보를 접할 수 있기 때문에 검찰의 정보 장악이라는 주장은 오해”라고 설명하였다. 이 관계자는 이어 “통합된 데이터베이스는 7중 방화벽으로 보호하기 때문에 권한이 없는 사람은 애초에 정보에 접근할 수 없을 뿐만 아니라 권한이 있는 사람이 정보에 접근하더라도 모든 기록이 남기에 부당한 사유로 정보를 이용한 것이 밝혀지면 처벌이 가능하다.”고 말하였다. 시스템 구축방식에 대한 경찰 측의 반대도 발목을 잡았다. 검찰이 주도하는 형사사법 통합정보체계의 구축은 결국 인권침해는 물론 검찰의 정보 통제가 우려된다는 목소리가 경찰 내부에서 비등하였다. 이에 경찰청은 시스템을 통합하는 것보다 연계하는 방식이 개인정보 보호에 유리할 뿐만 아니라 형사사건만 분리하면 경찰청의 다른 업무시스템 간 유기적 사용이 불가능하다는 점 등을 이유로 경찰 정보시스템을 분리하라고 요청하였다. 그러자 기획단 측은 통합 대신 연계하자는 경찰의 주장과 관련해 “일각에서는 이 사업을 둘러싼 검찰과 경찰의 세력 갈등으로 보는 시각도 있지만 아니길 바라며 시스템을 연계할 경우 장점이 크지 않은 대신, 300억 원가량의 추가 예산이 필요해 구축비용의 낭비는 물론 관리예산의 비효율이 예상된다.”며 통합체계의 정당성을 고수하였다.