현재 여성가족부는 시국구 단위별로 학교 밖 청소년 지원센터를 운영하고 있다. 하지만 아직 초기 단계로 학교 밖 청소년 지원의 중심 역할을 담당하지 못하고 있다. 이에, 아직까지 각 부처들이 고유 기능을 중심으로 정책을 수립함에 따라, 정책 대상자를 중심으로 정책을 수립하는 여성가족부와의 업무 중복이 우려되고 있다. 이는 예산의 중복 지원 및 부서간 경쟁 유발등 비효율과 협력의 어려움을 야기할 수 있다.
두 번째 한계점은 정부 부처의 전달체계에서 나타난다. 현재 여성가족부에서는 전국의 시군구 단위별로 학교 밖 청소년 지원센터를 운영함으로써 학교 밖 청소년 지원의 중심 역할을 담당하고자 노력하고 있다. 그러나 센터의 운영이 아직 초기단계인 만큼 그 역할을 충분히 담당하지 못하고 있는 실정이다. 따라서 학교 밖 청소년에 대한 지원은 아직까지 각 부처 및 부서에 따라 각자의 전달체계 내에서 수행됨으로써 지원정책의 분절화 양상을 보인다. 즉 각 부처들은 해당 부처의 고유 기능을 중심으로 학교 밖 청소년에 대한 특정 지원정책을 독립적으로 수행하고 있다고 해도 과언이 아니다. 즉 교육부에서는 학업중단 예방 및 대안교육, 학력취득을 위한 지원정책을 수행하며 고용노동부에서는 학교 밖 청소년들의 직업훈련 및 취업지원을, 법무부에서는 학교 밖 청소년 중 소년범 및 비행청소년들의 자립 및 자활 지원을, 복지부에서는 취약계층 및 아동보호시설 청소년들의 복지지원을 중심으로 정책을 수행한다. 단 여성가족부만이 대상자 중심의 사업, 즉 학교 밖 청소년들을 대상으로 취업 및 학업지원, 정서지원 등 다양한 지원정책들을 수립하여 진행하고 있다. 이는 다시 말하면 여성가족부는 정책대상자 중심으로, 그 외의 부처들은 업무 중심으로 정책이 수립되면서 여성가족부와 타 부처 간 업무의 중복성이 우려된다. 대표적인 예로 여성가족부의 학교 밖 청소년 지원센터와 교육부에서 추진하는 학교 밖 청소년 도움센터 「친구랑」은 지원 대상자 및 서비스 내용면에서 그 역할이 중복된다. 이처럼 각 부처에서 진행하는 사업의 내용면에서 중복이 발생할 경우 예산이 중복 지원되는 비효율적 측면뿐만 아니라 각 부처 간 경쟁이 유발되어 공조체제를 형성하기 어려운 상황이 발생할 수도 있음을 간과해서는 안 될 것이다.