일부기소를 할 수 없다는 견해도 법원은 검사의 일부기소에 대해 먼저 공소장변경을 요구하고 불응할 경우 공소기각판결을 내려야 한다고 본다. 진실발견이 법원의 의무이기 때문이다.
그런데, 일죄의 일부분에 대하여 공소제기 또는 기소유예를 할 수 없다는 견해(소위 전면불허설 또는 부정설)도 그러한 공소제기가 잘못되었으므로 공소기각의 판결로 법원이 사건을 종결시켜야 한다는 뜻은 아니다. 검사가 일부기소를 하였다고 하더라도 그 일부기소를 통하여 그것과 단일성과 동일성이 인정되는 전체 범죄사실을 법원에 심판대상으로 제시하였기 때문이라는 설명이다. 또는 공소불가분의 원칙을 따른다고 하더라도 공소제기라는 소송행위 자체가 무효가 되는 것이 아니라 그 효력이 검사의 의도에 반하여 공소사실 전체에 미치는 효과가 발생한다고 설명하기도 한다. 즉, 소극설의 입장에서도 진실발견은 법원의 의무이기도 하므로 법원은 일죄의 일부에 대한 기소에 대하여 먼저 공소장변경을 요구하고 이에 응하지 않을 경우에만 공소기각판결을 내려야 한다고 본다.