발전노조 측은 산별노조 와해와 기업노조 설립은 5개 사측의 자율적인 계획의 결과보다는 이명박 정부가 공공부문 노사관계를 경영평가에 반영하는 등 깊이 관여한 결과라고 주장한다.
발전노조 측은 이와 같은 산별노조 와해와 기업노조 설립은 5개 사측의 자율적인 계획의 결과라기보다는, 당시 이명박 정부가 공공부문 노사관계에 깊숙이 개입하여 만들어 낸 결과라고 주장하고 있다. 2009년 4월 18일 이명박 정부는「공공기관 노사관계 선진화 방안」을 발표하며 노사관계를 경영평가에 대폭 반영시켰다. 주요한 내용은 ‘개인별 성과연봉제 도입’, ‘임금피크제 도입’ 등 정부 지침을 준수하지 않을 경우 ‘지표 과락제’를 도입하여 80% 비중의 타 지표 평가가 아무리 우수하더라도, 20% 비중의 노사관계 선진화 지표 평가가 미흡할 경우 전체 평가를 ‘미흡’으로 평가하도록 하였다. 결과적으로 기관장 평가 ‘미흡’시 해임 권고토록 하고 있어, 기관장들은 자리보존을 위하여 수단과 방법을 가리지 않고 공공기관 노조를 압박하는 상황이었던 것이다.