대부분의 기관, 부처에서 기술료는 해당 연구개발 사업의 재원과 같은 회계로 징수하고 있는데, 징수 과목에는 기관별 차이가 있는 것으로 밝혀졌다.
산업통상자원부 등 대부분의 부처에서 기술료는 해당 연구개발 사업의 재원과 같은 회계로 징수하고 있다. 예를 들어, 일반회계를 재원으로 수행된 연구개발사업에서 발생한 기술료는 일반회계에서 세입으로 징수하는 것이다. 그러나 징수 과목에는 차이가 발생하고 있다. 대부분의 부처가 기술료를 기타경상이전 수입으로 징수하고 있으나, 국토교통부는 일반회계의 기타잡수입으로 징수하였다. 미래창조과학부의 경우에는 정보통신진흥기금은 기타경상이전수입으로 기술료를 징수하였으나, 과학기술진흥기금은 기타잡수입으로 징수하였다. 또한 농촌진흥청은 일반회계의 기타재산수입으로 기술료를 징수하였다.