그러자 시민단체는 점점 정치화되며 사회적 갈등을 유발하게 된다. 이 현상은 선거철에 특히 잘 보였고, 점차 정파성이 강해지며 결국 시민들의 신뢰를 잃고 만다.
서민운동이 정치/정책 사안에 개입하면서 시민단체가 정치세력화 되는 모습이 점차 강해졌다. 시민사회의 정치화는 시민단체를 사회갈등의 중심에 서게 하였다. 특히 참여정부 등장 이후 사회 내 이념갈등이 확산되고 시민단체는 그 갈등의 중심에 서 있었다. 시민단체의 정치화 현상은 선거 때 더욱 뚜렷이 나타났다. 2000년 총선시민연대의 낙천/낙선운동을 시작으로 2002년 12월 대통령 선거와 2004년 4월 17대 총선에 이르기까지 시민단체들은 선거과정에 적극개입하였다. 시민단체들의 정파적 선거개입과 정치활동은 정치사회와 시민사회의 경계를 불분명하게 만들었다. 정파성이 강해지면서 시민단체에 대한 시민들의 신뢰는 약해졌다.