사회적기업은 사회적 목표와 경제활동을 동시에 수행하는 조직이어서 경제적 자립이 필요한 과제이다. 대부분 기업이 정부의 지원이나 기업의 후원 등이 없으면  적자이기 때문에 사회적 목표 추구가 어려워질 수 있다. 또한 공공시장이나 공적인 지원에 대한 의존성이 높아서 공공시장을 바꾸거나 새로운 시장을 찾는 등 대안 모색이 필요하다.
사회적기업은 사회적 목표를 추구하는 조직이면서 동시에 경제활동을 수행하는 독립적인 조직이다. 이는 경제적 자립이 회피할 수 없는 과제라 는 것을 의미한다. 비교적 역사가 오래된 1세대 사회적기업이나 역사가 짧은 2세대 사회적기업 모두 경제적 자립에 어려움을 겪고 있다. 당기순 손실을 안고 있거나 비록 당기순이익을 기록하고 있다고 하더라도 정부 의 지원, 혹은 기업의 후원등이 없이는 적자로 돌아서는 경우가 대부분이기 때문이다. 경제적 자립에 어려움을 겪게 되면 사회적 목표를 추구하는 것도 어려워질 수 있다. 조직의 생존을 우선하게 되거나, 생존이 어려우면 조직이 사라지게 되기 때문이다. 경제적 자립 측면에서 또 한 가지 고려해야 될 것은 공공시장이나 공적인 지원에 대한 의존성이 높다는 점이다. 대안경제형의 경우에도 원주푸드협동조합이다 전환기술사회적협동조 합처럼 공적인 지원에 대한 의존에서 자유롭지 않은 경우도 있다. 사회공 헌형의 경우 기업에 대한 의존에서 벗어나지 못하고 있다. 경제적 자립이 일조일석에 이루어질 수 있는 것은 아니지만 모범적인 사례라고 꼽힐만한 1세대 사회적기업의 다수가 여전히 어려움을 겪고 있는 것은 가벼운 문제가 아니다. 공공시장의 구조와 운영방식을 바꾸거나 아니면 새로운 시장을 찾는 대안 모색이 시급하다.