신재생에너지 도입에 경제성을 중시해 투자 촉진 방안이 충분하지 못했다. 신재생에너지 발전사업자는 투자회수에 10년이 소요되는데 RPS는 8년으로 사업리스크로 작용할 수 있다. 거래가격도 RPS 전력조달은 개별교섭 상대가격으로 되어 사업계획수립이 어렵다.
신재생에너지 도입 과정에서 경제성을 중시한 나머지, 투자를 촉진하기 위한 방안이 충분하지 못했다는 점이다. 일본에서는 2001년 종합자원에너지조사회신에너지부회에서 RPS와 FIT의 선택을 위해 주요 국가에서의 제도시행 현황에 대한 검토를 추진하였고, 의무이행에 해당하는 전원선택의 자유 및 비용감소 인센티브 등의 관점에서 RPS가 더 우수하다고 결론을 내리고 있다. 그러나 제도 개시 후에는 신재생에너지 발전원에 대한 투자촉진이 원활하지 못했다는 지적이 제기된다. 신재생에너지 발전사업자의 경우, 투자회수에 보통 10년 내외의 기간이 소요되는데 RPS의 목표설정 기간은 8년(2003~2010년)으로 이에 비해 짧아 사업리스크로 작용할 수 있다. 거래가격에 대해서도 RPS 전력의 조달은 주로 당사자 간 개별교섭에 의해 상대가격으로 유인되고 있어 신규 사업자의 경우에는 가격지표가 없어 구체적인 사업계획을 수립하기에 어려움이 있다는 점이 제기되었다.