학교폭력 사안 처리 과정에서 대부분의 학교에서 교장 선생님 및 교감선생님, 학생부장 선생님 등은 자치위원회의 위원과 전담기구 구성원으로서 이중적 지위를 갖고 있는데, 이를 인지하지 못해 각각의 입장에 대한 역할이해가 부족해 문제가 발생하는 경우가 있다.
학교폭력 사안의 처리 과정을 예로 들면, 학교폭력예방 및 대책에 관한 법률 제20조에 의할 때, 학교폭력이 발생하면 법률상으로 해당 학교폭력 사실을 학교장에게 보고가 됩니다. 학교폭력사실을 일반인이 인지하였든 교원이 인지하였든 모두 학교장에게 통보가 되어야 합니다. 학교장은 학교폭력 사실을 인지한 후 자치위원회와 전담기구 모두에 이를 알려야 합니다. 자치위원회는 학교폭력 사안에 관하여 심의를 하는 기구이고 전담기구는 학교폭력 사실에 대하여 사실여부를 확인하는 기구입니다. 그러나 많은 학교에서는 교장 선생님, 교감선생님, 학생생활 인권 부장선생님 등은 자치위원회의 위원과 전담기구의 구성원 모두에 해당하여 학교폭력사안에 관하여는 이중적 지위를 갖고 있습니다. 문제는 해당 당사자들이 이중적 지위라는 사실에 대한 인지가 부족하고, 나아가 각각 어떠한 입장에서 학교폭력사안을 대해야 하는지 그 역할에 대한 이해가 부족한 데 있습니다. 실제로 전담기구의 장인 교감선생님이 자치위원회의 진행을 주도하고, 학생에 대한 심문하는 듯한 태도로 다른 자치위원들의 객관적인 심의와 결정을 어렵게 한 사안도 있었습니다.