연방정부의 인종차별 금지를 위한 특수 지원금과 마그넷 스쿨 지원정책기금, 낙오학생방지법으로 인한 추가 기금으로 마그넷 스쿨은 일반 공립학교와 차별화 성장할 수 있었다.
이와 같이 마그넷 스쿨이 성장할 수 있었던 원인으로는 일반 공립학교 재정에 더하여 연방정부의 지원금이 지속적으로 지원되었다는 점을 꼽을 수 있다. 기본적으로 마그넷 스쿨은 일반 공립학교 재정과 동일한 재정을 분배받지만, 1972년부터 1981년까지는 연방정부의 인종차별금지를 위한 특수 지원금을 받았고, 1985년 이후에는 마그넷 스쿨 지원정책기금(Magnet School Assistance Program)이 제정되어 재정지원을 받았다. 또한, 2001년 낙오학생방지법(No Child Left Behind)은 학부모 선택권 확대와 혁신교육 기금이라는 이름으로 마그넷 스쿨의 재정이 추가적으로 지원되는 계기가 되었다. 이러한 연방정부의 추가 재정지원이 마그넷 스쿨을 일반 공립학교와 차별화할 수 있는 물적 자원이 되었다.