90년대부터 가축분뇨는 자원화로 처리되었고, 처리 시설에 거액을 투자하여 약 90%를 자원화로 처리, 거의 퇴비로 활용한다. 따라서 퇴비 생산, 처리 등 과정이 효과적이어야 한다.
그동안 해양투기 등으로 처리돼 오던 가축분뇨가 투기금지 이후 자원화 중심으로 관리체제가 전환되었다. 1991∼2014년 동안 가축분뇨 처리를 위한 개별·공공처리시설에 1조 7,584억 원이 투입되었다. 이러한 노력으로 가축분뇨 발생량의 90%는 자원화로 처리되고 있으며 정화방류 처리 비율은 10%에도 미치지 못하고 있다. 자원화로 처리된 물량은 대부분 퇴비 형태로 활용되고 있다. 따라서 퇴·액비의 적정한 관리 체계의 구축이 매우 중요하다. 가축분뇨의 자원화의 주요 처리방안은 농지 살포이므로 경종농가에 적합한 퇴·액비의 생산 및 유통, 운반 및 처리, 살포 등의 과정이 효과적으로 이루어져야 한다.