소규모 TLO일수록 기술료의 증가율을 높아져, 조직운영에 어려움을 겪고 있다.
대학TLO·기술지주회사 지원에 따른 기술료 실적은 대규모 TLO에 비해 소규모 TLO에 서 지원에 따른 증가율이 높은 것으로 나타났다. 2016년 신규지원 대학TLO을 기술료 규 모(2015년 기준)에 따라 구분했을 때, 2015-2016년 증가율은 평균이상 규모의 대학TLO 가 16.6%, 평균이하 규모 대학TLO가 56.4%로 나타났다. 실제 1∼2단계(10년) 지원 후 최근 정부지원이 종료된 소규모 대학TLO의 경우 조직운영의 어려움에 기술이전활동 비 용충당의 어려움을 호소하기도 하였다. 이러한 점은 정부지원이 일정정도 효용성이 있지 만, 이제까지 대학TLO의 재정자립화 구축에는 미흡했다는 것도 같이 시사한다.