남아공의 생물다양성을 보전하기 위한 노력이 협약에 반영되지 않은 것이 협약에 대힌 우려 사항이다. 후디아의 사례처럼 협약의 기초가 되는 생물자원은 어떠한 유형적 지위도 부여되지 않았기 때문에 제대로 된 가치평가를 받지 못한다. 
마지막 사안은 자원 채집활동이 환경에 미치는 영향과 남아공의 생물다양성 보존에 대한 협약이 내포하는 의미에 관한 것이다. 구체적으로 명시되어 있지 않은 경우 케이프 자연보호위원회(WCNCB: Western Cape Nature Conservation Board)가 채집하고자 하는 자원의 양이 너무 과도하다고 판단해 총 개체수의 10%가 넘지 않는 선에서 꽃꽂이용 꽃의 종별 채집량을 30개체가 넘지 않도록 제한하고, 채집하는 종자의 수가 개별 식물별로 총 종자수의 10%가 넘지 않도록 규정하고 있다. 그럼에도 불구하고 환경영향평가를 실시하는 것은 어렵다(Jangle, 2001). 생물다양성보전당국 또는 구체적인 자연보호구역을 협약의 직접적인 수혜자로 포함시켜 남아공의 생물다양성을 보전하기 위한 노력이 협약에 충분히 반영되지 않은 것이 협약에 대해 일반적으로 우려하는 사항이다. 후디아의 사례처럼 협약의 기초가 되는 생물자원은 어떠한 유형적 지위도 부여디지 않았기 때문에 여전히 제대로 된 가치평가를 받지 못하고 있다. 이 협약이 결국 앞에서 제안된 신탁기금을 통해 보전 프로젝트를 마련하는 것으로 이어질지는 장담할 수 없다.