연구회 중심 융합연구는 융합연구사업 관리규정을, 출연 간 융합연구는 개별 출연의 규정을 따르므로 각기 다른 규정을 따르는 것 같지만 결국 모든 규정은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정을 준용하므로 분리되어 있다고 볼 수 없다.
현재 융합연구는 연구회가 전문기관과 유사한 역할을 수행하여 출연(연)을 지원하는 ‘연구회 중심의 융합연구’와 출연(연)의 주요사업에서 출연기관별로 융합연구를 수행  하는 두 가지 경우로 나뉘어 볼 수 있다. 연구회가 전문기관으로서 역할을 수행하는 융합연구사업의 경우 연구회의「융합연구사업 관리규정(’13. 03. 13. 개정)」에 따라 관리 되고, 그 밖에 출연(연)간 융합연구는 연구회의‘주요사업 관리규정’을 기초한 개별 출연 (연)의‘주요사업 규정’을 통해 관리되고 있다. 그런데 대통령령인「국가연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」제3조는 연구회의 융합연구 사업과 개별 출연(연)의 융합 연구 사업에 적용되지 않는다고 명시하고 있다.「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」과 연구회의 융합연구 관련 규정들은 법적으로 절연되어 있는 체계를 유지하고 있으나 연구회의 제반 규정은「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」을 준용하도록 되어 있다. 이는 법체계상 모순이 발생하는 지점으로 융합연구를 위한 연구회 내부의 규정들이 독립적으로 운영되는 것이 아니라 국가연구개발사업이라는 제도적 틀에서 운영되고 있음을 보여준다.