교섭창구 단일화 제도는 단일화과정가운데 소수노조의 교섭권이 제한될 수 있으므로 위헌이라는 주장이 있다. 하지만 헌법재판소는 복수노조가 존재하는 경우 생길 수 있는 여러 문제를 효과적으로 해결하기 위한 취지로 위헌성을 부정하였다.
사업장 단위 복수노조 설립이 허용되기 1년 반 전인 2010년 1월 1일부터 시행된 노조법에서는 교섭권 및 협약체결권에 대한 조항을 신설 또는 개정하고 ‘교섭창구 단일화 절차’를 통해 교섭대표노동조합을 결정하도록 하였다. 교섭창구 단일화 제도에 대해서는 복수노조 가운데 교섭대표를 선정하는 과정에서 소수노조의 교섭권을 제한할 수 있다는 우려 등의 이유로 그 위헌성에 관한 논란이 계속되었다. 이에 대해 헌법재판소는 “교섭창구단일화제도는 하나의 사업 또는 사업장에 2개 이상의 노동조합이 병존하는 경우 야기될 수 있는 현실적인 문제, 즉 복수의 노동조합이 각각 독자적인 교섭권을 행사할 수 있도록 할 경우 발생할 수 있는 노동조합과 노동조합 상호간의 반목 및 노동조합과 사용자 사이의 갈등, 동일한 사항에 대해 같은 내용의 교섭을 반복하는데서 비롯되는 교섭효율성 저하와 교섭비용의 증가, 복수의 단체협약이 체결되는 경우 발생할 수 있는 노무관리상의 어려움, 동일하거나 유사한 내용의 근로를 제공함에도 불구하고 노동조합 소속에 따라 상이한 근로조건의 적용을 받는 데서 발생하는 불합리성 등의 문제를 효과적으로 해결하는데 그 취지가 있다”고하면서 위헌성을 부정하였다.