전문대학은 재정지원 사업에서 좋은 평가를 얻기 위하여 무리하게 NCS를 도입함으로써 자격의 등가성 확보 어려움, 학과의 특성 무시, 교과목 운영 차별 등 교육과정 운영의 파행을 겪었다.
한편, NCS 자체의 문제 뿐 아니라, 이를 전문대학의 교육과정에 도입하는 과정을 통해서 전문대학 교육의 정체성을 물을 필요가 있다. 정부가 NCS 도입 비율을 교육부의 특성화 사업의 성과로 제시하는 상황에서(교육부, 2018a), 개별 전문대학은 재정지원 사업에서 좋은 평가를 얻기 위하여 NCS 도입 비율을 무리하게 설정함으로써 교과 운영의 파행을 겪었음을 부정하기 어렵다(김덕영, 2017). 예컨대 자격의 등가성 확보 어려움(학교마다 선정한 NCS의 상이함), 학과의 특성을 고려하지 않은 학교 정책(NCS 도입 비율의 일괄적 적용), NCS 교과목과 비NCS교과목 운영의 차별로 인한 이론 교과목의 위상 약화, 종합적인 사고 능력 신장 교과목의 폄하 등은 질적인 교육과정 운영을 저해한 요소로 들 수 있다.