기관장은 교육시스템 혁신 및 협력적 거버넌스 구축으로 성과목표를 설정하였다. 교육시스템 혁신을 위한 교육과정의 개발, 개편의 계량목표를 초과 달성하였으며 어선원 및 상선원의 교육 기능을 대체할 사설기관의 부재로 기관의 주기적인 교육과정 개발, 개편이 필요하다.
기관장은 교육시스템 혁신 및 협력적 거버넌스 구축의 두 가지 성과목표를 설정하였다. 첫째 목표인 교육시스템 혁신을 위해서 교육과정의 개발·개편의 계량목표를 설정하였고 매년 10개 과정 개발·개편 목표치를 설정하고 2016년, 2017년 각각 14개, 25개 과정을 개발·개편하여 목표치를 매우 높게 초과 달성하였다. 기관의 업무성격상 어선원 및 상선원의 자격유지를 위한 의무적 재교육이 불가피하고 국내에서 어선원 및 상선원의 재교육을 담당하는 사설 교육기관이 대기업 해운회사 계열회사로 소수 존재할 뿐이어서 기관이 담당하는 어선원 및 상선원의 교육 기능을 대체할 사설기관이 실질적으로 존재하지 않는다. 따라서 기관이 담당하는 교육기능을 충실히 이행하기 위하여 기관의 주기적인 교육과정 개발·개편의 필요성이 인정된다. 또한 해양수산 관련 미래산업 발전, 세월호 사건 이후의 환경 및 안전 규제 강화 등으로 인해 교육 프로그램의 미래지향적 개편에 대한 사회적 요구가 지속되고 있다.