외국인의 신원 확인은 출입국 관리사무소에 전화나 서면으로 확인한다. 따라서 수사기간이 지연되고 지문을 통한 신원확인이 불가능하다. 따라서 법무부에서 외국인의 지문정보를 공유하는 시스템을 구축하여 운영을 시작했다.
외국인의 신원확인에 대한 어려움도 수사시 어려운 요인으로 손꼽히고 있다. 외국인의 신원 확인방법은 외국인의 영문성명과 생년월일, 국적 등을 파악하여 출입국 관리사무소에 전화나 서면으로 확인하는 것이 일반적인 절차이다. 경찰조회컴퓨터를 통해 출입국조회 외에 일반 외국인조회는 불가하기 때문이다. 수사과정에서 외국인 지문정보를 활용하려면 공문으로 출입국 관리사무소에 공문으로 요청해 회신을 받아야만 가능한 만큼 수사시간이 지연된다. 실제로 실시간으로 지문을 통한 신원확인이 이루어지고 있지 않다는 점이 문제로 지적되어 왔다. 이러한 문제를 해결하기 위해 법무부과 경찰청은 2012년부터 외국인 지문정도 공동 활용방안을 논의해왔으며 지난2016년 9월 21일부터 법무부에서 보유 중인 모든 외국인의 지문정보를 공유하는 시스템을 구축하고 운영을 시작하였다.