정보 자체가 압수, 수색의 대상이 되는지 논란에 대해 제106조 제3항에 의하면 기억된 정보를 출력, 복제하는 것이 원칙으로 정보자자체는 압수물이 안된다는 해석이 있다. 반면 법의 전체적인 취지를 고려하고 범죄사실을 밝히는 목적으로 전자정보 자체가 압수, 수색의 대상이 된다는 견해가 있다.
그런데 형사소송법 제106조 제3항은 압수의 목적물을 정보저장매체 등으로 규정하고 있어서 정보 자체가 압수･수색의 대상이 되는지에 관해서는 여전히 논란이 있다. 먼저, 문언해석에 충실한 견해에 따르면, 형사소송법 제106조 제3항은 압수의 목적물을 정보저장매체 등 이라고 명시하고 있으므로 현행법상 정보 자체는 압수의 대상물이 될 수 없다고 한다. 즉 형사소송법 제106조 제3항이 정보를 언급하고 있는 것은, 단지 그 집행방법과 관련하여 기억된 정보의 범위를 정하여 출력 또는 복제하는 것이 원칙이고 예외적으로 정보저장매체 등에 대한 압수를 허용한다는 것을 규정한 것이지, 압수의 대상물이 정보 자체라는 취지는 아니라는 것이다. 반면, 형사소송법 제106조 제3항 및 제4항의 전체적인 취지를 고려할 때 전자정보 자체가 압수･수색의 대상이 된다는 견해도 있다. 수사과정에서 저장매체를 압수하는 목적은 범죄사실과 관련된 전자정보의 수집에 있고, 피압수자의 사생활의 비밀과 자유, 통신의 자유 등 기본권의 제한 내지 침해 문제는 당해 전자정보 자체와 관련되기 때문이라는 것이다.