갈등영향분석의 목적은 국책사업 진행 중 부정적 갈등영향을 줄이는 것이다. 따라서 갈등 원인에 대한 정확하고 쳬계적인 관리와 시행규칙 개정 및 기본법 제정을 통한 적용상 한계 극복이 필요하다.
더불어 앞서 살펴본 바와 같이 갈등영향분석은 공공정책이나 국책사업을 수립･추진할 때 이들 정책이나 계획이 국가나 사회에 미치는 갈등영향요인을 미리 조사, 예측 및 평가함으로써 부정적 갈등영향을 해소 또는 감소시킬 수 있는 방안을 마련하기 위한 과학적이며 종합적인 갈등관리 수단이 라고 할 수 있다. 이러한 갈등영향분석의 취지와 목적에 비추어 볼 때, 현행 국가 정책 및 국책사업의 갈등발생 원인을 보다 과학적･체계적으로 관리하고, 갈등영향분석 기법의 적용상 한계를 극복하기 위해, 단기적 관점에서는 󰡔공공기관의 갈등 예방과 해결에 관한 규정』의 시행령과 시행규칙의 개정이 요구되며, 중장기적 관점에서는 공공 갈등관리 기본법 제정이 요구된 다는 것이 본 보고서의 핵심 법적 개선 방안이라 할 수 있다.