2004년 개정에서 정당후원회는 2년 유예 기간을 두고 폐지가 결정되었다. 정경유착 및 불접 정치자금 수수를 예방하기 위함이다. 개정된 정치자금법 제6조 제1호 역시 삭제되었다. 한편 개인 후원회 제도는 더욱 확대하였다.
2004년 개정에서 정당후원회는 2년 유예 기간을 두고 폐지하기로 결정되었다. 개정된 ‘정치자금에 관한 법률’ 제5조(후원회) 제1항 제1호는 후원회지정권자로 ‘정당의 중앙당<정당법 제8조(신고)의 규정에 의한 중앙당창당준비위원회를 포함한다>, 정당의 시･도당’을 규정하고 있었으나, 2002년 불법 대선자금 사건의 여파로 정경유착을 유발하는 불법 정치자금의 수수를 막기 위해 부칙 제5조에서 “이 법에 의한 정당의 중앙당 및 시･도당 후원회는 이 법 시행 후 2년 후에 이를 폐지하고, 정당의 중앙당 및 시･도당의 후원회와 관련된 규정은 모두 폐지한다.”라고 규정하고, 단체의 정치자금 기부도 일절 금지하였다. 2005년 8월 4일 법률 제7682호에서 개정된 법률 부칙 제2조에서 “이 법에 의한 중앙당 및 시･도당의 후원회는 2006년 3월 13일에 이를 폐지하고, 중앙당 및 시･도당의 후원회와 관련된 규정은 모두 폐지한다.”라고 규정함에 따라 2006년 3월 13일부터는 정당 후원회 제도가 전면적으로 폐지되었다. 다만 위와 같이 개정된 정치자금법 제6조(후원회지정권자) 제1호는 여전히 후원회지정권자로 정당을 규정하고 있다가, 2008년 2월 29일 법률 제8880호로 개정되면서 삭제되었다. 한편 대통령선거경선후보자, 시･도지사선거후보자 등도 후원회를 둘 수 있도록 하여 개인 후원회 제도를 더욱 확대하였다.