선도연구센터 사업은 연구실 단위의 공동연구 성과를 성장시켜야 한다. 집단연구 사업은 공동 연구실적이 중요하다. 여러 분야에서 공동연구 비중이 올라갔으나 이공학 분야는 감소했다.
첫째, 선도연구센터 사업은 집단연구 지원의 목적을 감안하여 연구실 단위의 공동연구 성과를 증진시킬 필요가 있다. 집단연구 사업은 조직화된 공동연구 역량을 갖추기 위한 사업으로 사업 참여 연구자들의 공동 연구실적은 사업의 중요한 성과이다. 2015년 선도연구센터 사업의 논문 실적 3,392건 중 센터 내 2명 이상의 연구자가 공동으로 발표한 논문은 992건(29.2%)이다. 지원분야별로는 의과학 분야가 전체 논문실적(634건→772건)과 공동연구 비중(35.6%→41.1%)이 2013년부터 2015년까지 계속 증가하였으나, 이공학 분야는 전체 논문실적(1,791건→1,482건)과 공동연구 비중(26.2%→19.9%)이 모두 감소하였다.