프로그램 예산제도의 효과를 위해 투명한 예산제도 관리, 운영자율성과 책임성 확보, 성과관리의 연계강화를 해야 한다. 미국은 프로그램평가등급도구 평가 결과를 요약과 함께 국민에게 알렸지만 한국은 원문을 공개한다. 우선, 부처별 프로그램 수, 원가, 성과 평가를 일반 국민도 알기 쉽게 공개해서 투명성과 활용도를 높이고 프로그램별 책임실명제를 한다. 프로그램 예산제도와 성과관리를 연계하려면 프로그램 예산과 성과관리 목표를 잇고, 재정정보시스템체계 개선과 활용교육을 확대하고 성과결과와 예산배분을 이어야 한다.
둘째, 프로그램 예산제도의 효과성 제고는 프로그램 예산제도의 투명성 관리, 프로그램 예산제도 운영의 자율성과 책임성 확보, 프로그램 예산제도와 성과관리의 연계 강화이다. 프로그램 예산제도의 투명성을 제고하기 위해서는 향후 부처별 프로그램 수와, 프로그램별 원가와 성과 평가결과를 일반국민이 알기 쉽게 접근 할 수 있도록 공개 할 필요가 있으며, 성과정보의 활용도 향상을 위해서는 일반인의 이해를 돕기 위한 성과정보의 공개가 필요하다. 미국의 경우, 프로그램평가등급도구(PART: Program Assessment Rating Tool) 평가 결과를 온라인으로 국민에게 알리도록 노력하였다. expectmore.gov에 각 부처 사업의 평가결과를 공개하고 있고, ‘Citizen’s Report’에 각 부처의 성과계획서와 보고서를 25페이지로 요약하고 있으며 이를 다시 2페이지로 요약한 ‘Snap Shot’도 함께 공개하고 있다. 우리나라 역시 평가결과를 원문 그대로 공개하고 있지만 요약본이 없어 일반 국민의 이해에 도움이 되지는 못하고 있다. 다음으로 프로그램 예산제도 운영의 자율성과 책임성 확보를 위해서는 프로그램을 부처 실·국과 연계하여 프로그램별 책임 실·국장을 명시하는 책임실명제가 필요하다. 프로그램별 책임실명제가 실시된다면 각 기관이 자율과 책임 하에 성과를 지향하여 프로그램에 대한 책임성이 보다 높아질 것으로 판단된다. 한편 프로그램의 시작, 진행, 종료 시점에 대한 책임자가 다를 수 있는데, 프로그램의 시작부터 종료까지를 3단계로 나누어 각각에 대한 책임실명제를 한다면, 프로그램에 대한 책임성이 제고될 것으로 판단된다. 다음으로 프로그램 예산제도와 성과관리의 연계 강화를 위해서는 프로그램 예산체계와 성과관리 목표체계의 연계, 중기적 재정운용계획 및 국가정책과 프로그램 예산의 연계 강화, 통합재정정보시스템의체계 및 운용 개선과 활용교육 확대, 성과결과와 예산배분의 연계 강화가 필요하다.