중앙부처의 세종시 이전 정책의 가장 직접적인 비효율성은 공무원과 정책수요자의 이동 및 체제에 따른 것이다.
중앙부처의 세종시 이전은 신행정수도 건설, 행정도시 건설, 세종시 수정안 등으로 우여곡절이 있었지만 2017년 현재 당초 예정된 정부 부처(12부 4처 2청)의 대다수가 이전되었다. 이전 정책이 수립될 당시부터 국정의 비효율성에 대한 우려의 목소리가 높았다. 한국행정연구원·한국행정학회(2009: 17-29)는 중앙부처의 분할에 따라 매년 3-5조원의 비용이 발생하며 향후 20년간 100조원 이상의 국정 비효율이 발생한다고 추정하였다. 이러한 국정의 비효율성은 크게 정책의 품질 저하, 공무원과 정책수요자의 이동비용, 그리고 남북통일 이후 제기될 재이전 비용 등이 포함되어 있지만 가장 직접적으로는 공무원과 정책수요자의 이동 및 체제에 따른 비효율성에 관심이 집중되었다.