평가과정 측면에서 가장 큰 문제점은 이를 수행하는 기관에 따라 평가방법이 달랐던 것이다. 따라서 국별평가의 표준방법론을 개발하고 측정지표를 제시함으로써 객관성에 대한 근거를 마련할 필요가 있다.
셋째, 평가과정 측면에서 가장 큰 문제점은 평가방법에 대한 일관된 기준과 합의가 부재한 상황에서 평가를 수행하는 제3자 용역기관에 따라 평가방법이 달랐다. 대다수가 OECD/DAC 기준을 적용하고 있으나, 세부 평가지표 구성은 각자 달랐다. 따라서 국별평가의 표준방법론을 개발하고, 나아가 국별평가 매트릭스를 구성할 때 평가질문, 평가기준, 평가지표 등이 포함되도록 해야 한다. 평가 매트릭스에 측정지표를 제시함으로써 평가결과의 객관성을 판단할 수 있는 근거 또한 마련할 필요가 있다. 수원국 현지조사를 실시하지만 자료획득 및 협조과정에서 어려움이 많고, 현지조사 대상사업 선정에도 일관된 기준 이 없어 이에 대한 개선도 필요하다는 의견이 있었다.