성공불융자 지원의 문제점은 융자지원의 목적인 탐사 사업의 참여 유인 역할이 미비하다는 것과 국회, 감사원 등의 부정적 입장 제기이다.
성공불융자 지원의 문제점으로 첫째, 이미 기술한 바와 같이 에특융자 자금 축소로 융자지원규모가 축소되면서 융자지원의 목적인 탐사 사업의 참여 유인 역할이 미비하다는 점을 들 수 있다. 이는 민간 기업들의 탐사 투자 유인을 악화시키고 개발 및 생산 단계 등 단기적 이익 중심으로 사업 포트폴리오를 변경함으로써 중 장기적으로 국내 자원개발 사업이 특정 사업 단계에 편중되어 비효율적으로 운영될 가능성이 있다. 둘째는 성공불융자 제도가 그동안 문제시되었던 도덕적 해이 가능성을 줄이고자융자 및 감면 심사 제도를 강화하는 등의 개선책을 제시하였으나 여전히 국회, 감사원 등은 부정적 입장을 지속해서 제기하고 있다는 점을 들 수 있다.