자유학기제 도입 초기에는 목적과 운영 방침에 논란이 있었지만, 연구학교의 성과를 기초로 공감대가 확산되었다. 그러나 학생 참여형 수업 운영 및 체험 활동을 장려한다는 방법 설명이 주를 목적이 불명확하다는 의견이 있다.
자유학기제의 취지와 목적을 살린 공동의 목표를 설정하기 위해서는 자유학기제의 취지와 목적에 대한 공감대 형성이 전제되어야 한다. 자유학기제 도입 초기만 해도 자유학기제의 목적과 운영 방향에 대한 논란이 적지 않았지만, 이제는 자유학기제 연구학교의 운영 성과를 토대로 공감대가 빠르게 확산되고 있다. 그런데 그동안 자유학기제에 대해 “학생들이 중간․기말고사 등 시험부담에서 벗어나 꿈과 끼를 찾을 수 있도록 수업 운영을 토론, 실습 등 학생 참여형으로 개선하고 진로탐색 활동 등 다양한 체험 활동이 가능하도록 교육과정을 유연하게 운영”하는 것이라는 설명을 들어도, 무엇을 하려고 하는지가 잘 그려지지 않는다는 의견이 적지 않았다. 이는 아무래도 앞에 언급한 자유학기제 정의가 자유학기제의 목적보다는 방법에 대한 설명이 주로 되어 있기 때문에 그럴 수 있다.