보호의 대상이 '아이디어의 실현'인 특허권과 '아이디어의 표현'인 저작권은 하나의 대상물에 중첩하여 존재할 수 있어 상호저촉관계가 발생할 소지가 있으므로 나의 권리 행사가 타인의 권리를 침해하는 지를 살피는 분쟁 예방이 필요하다.
특허권과 저작권은 보호의 대상이 ‘아이디어의 실현’과 ‘아이디어의 표현’으로 보호에 구체적 대상을 달리하고 있기 때문에, 현실적으로 컴퓨터프로그램의 기술적 사상에 대하여 부여되는 특허권과 표현에 대하여 부여되는 저작권법이 동시에 병존할 수 있다. 그러나, 특허권과 같은 산업재산권과 저작권 상호간에 권리의 저촉관계가 발생하게 되고, 상이한 권리가 하나의 대상물에 중첩하여 존재할 수 있으며 동일한 권리에 대하여 상호 모순되게 존재하는 규정들이 발생하는 것이 문제라고 지적된다. 하나의 프로그램에 타인 상호간에 저촉관계가 발생할 수 있으므로 이에 대한 개념을 명확히 하는 것이 필요하고 저촉관계가 발생하는지의 여부를 미리 확인하여 자신의 특허권 혹은 저작권의 행사가 타인의 권리를 침해하는 지의 여부에 대하여 사전에 확인을 하여, 추후에 있을 분쟁에 대한 예방이 필요하다고 한다.