할당대상업체는 이행연도 종료일부터 6개월 내에 배출권 제출 신고서를 제출하며 환경부장관은 신고서 검토 후 배출권등록부와 상쇄등록부에 등록하여 제출된 배출권을 이전하고 폐기해야한다. 
할당대상업체는 이행연도 종료일부터 6개월 이내에 인증받은 온실가스 배출량에 상응하는 배출권 제출 신고서를 환경부장관에 제출하여야 한다(같은 법 제27조 제1항, 같은 법 시행령 제35조 제1항). 배출권제출은 배출권 제출의무를 지는 온실가스 배출이 이루어진 이행연도분으로 할당된 배출권, 이전 이행연도에서 이월된 배출권 또는 다음 이행연도에서 차입한 배출권과 상쇄배출권으로만 제출할 수 있다(같은 법시행령 제35조 제4항). 환경부장관은 제출받은 신고서를 검토하여 이상이 없는 경우 지체 없이 배출권등록부 및 상쇄등록부에 등록하고, 해당 할당대상업체의 배출권 거래계정에서 배출권의 제출을 위한 배출권거래계정으로 제출된 배출권을 이전하고 폐기한다(같은 법 시행령 제35조 제3항)