메르스 대응지침에는 감염 의심 환자에 대한 즉각적 격리 조치가 내려져야 하는데 이를 영장을 받도록 규정하면 질병확산 방지에 역행할 수 있다. 또한 형사소송법 제 75조가 준용되어야 하는데 동법 제1항과 제85조의 규정이 충돌한다.
메르스(MERS) 대응지침을 보면, 메르스 감염 여부가 의심스러운 환자에 대한 즉각적인 격리조치가 내려져야 하는데, 법원의 결정이 아닌 격리유치장이라는 ‘영장’을 받도록 규정하는 것은 신속성을 생명으로 하는 질병확산 방지에 역행할 우려가 있다. 더욱이 구속에 관한 규정이 격리유치장에도 준용된다고보는 경우, 형사소송법 제75조(구속영장의 방식)가 준용될 수밖에 없는데,동법 제1항은 “구속영장에는 피고인의 성명, 주거, 죄명, 공소사실의 요지, 인치구금할 장소, 발부년월일, 그 유효기간과 그 기간을 경과하면 집행에 착수하지못하며 영장을 반환하여야 할 취지를 기재하고 재판장 또는 수명법관이 서명날인하여야 한다.”고 규정하고 있을 뿐만 아니라, 동법 제85조(구속영장 집행의 절차)를 보면, “구속영장을 집행함에는 피고인에게 반드시 이를 제시하여야한다.”고 규정하고 있으며, 형사소송규칙 제86조는 “법 제172조 제5항의규정에 의한 신청은 피고인(피의자)의 간수를 필요로 하는 사유를 명시하여 서면으로 하여야 한다.”고 규정하고 있다.