외환위기 속에서 당선된 국민의 정부는 경제위기 극복을 위해 정부조직에 시장 원리와 효율성 개념을 도입하여 대폭 개편했고 그 일환으로 전자정부 구현을 주도할 행정자치부를 만들었다.
1997년 말 유사 이래 최대 국난으로 일컬어지는 외환위기가 발생하였다. 이 같은 국가 경제위기상황에서 제15대 대통령선거가 실시되었고, 선거 결과 김대중 후보가 당선되어 ‘국민의 정부’가 출범하게 되었다. 1998년 1월 김대중 대통령 당선자는 정부조직개편심의위원회를 구성하여 신정부의 조직개편안을 마련하였고 이를 토대로 같은 해 2월 정부조직을 전격 개편하였다. 국민의 정부 출범 초기 정부조직 개편은 기본적으로 당시 직면한 경제위기 극복을 위해 정부조직에 시장원리와 효율성의 개념을 도입, 대폭적 조직변화를 추진하는 것이었다. 그 일환으로 총무처와 내무부를 통합하여 전자정부 구현을 주도할 행정자치부를 출범시켰다.