기관운영감사는 합법성, 경제성, 효율성, 효과성을 제고하기위해 하는 감사로 정부활동의 성과향상을 목적으로 하며 감사영역과 접근 방법이 폭넓고 기관운영과 관련된 모든 사항이 감사 대상이다. 효율성과 효과성등의 개선이 목적인 부분과 다양한 분석기법으로 대상업무에 대한 심층적 진단과 대안 모색하는 부분에선 성과감사와 유사하다.
기관운영감사는 기관운영상의 제반 가치(values), 즉 합법성, 경제성, 효율성, 효과성 등을 제고하기 위해 실시하는 감사이다. 정부활동의 성과(performance) 향상을 목적으로 하는 데에서는 성과감사와 그 맥을 같이하고 있다. 그러나 합법성, 책임성 등 기관운영과 관련된 기타가치도 고려한다는 점에서 감사영역과 접근방법이 보다 폭넓은 감사라고 할 수 있다. 컴퓨터를 활용한 기관운영감사 사례를 비위유형별 분류 기준에 따라 정리한 결과 회계부문과 감찰부문이 각각 50% 정도 관련된 것으로 나타났다. 기관운영감사에서는 특정 부문에 대한 전산기법 활용이 두드러진 점은 발견하지 못하였고, 회계 및 감찰 부문과 상관없이 고르게 활용되고 있는 것으로 파악되었다. 이러한 원인은 광범위한 범위에서 다른 감사와 중복되는 경우가 많기 때문이다. 기관운영감사에서는 기관운영과 관련된 모든 사항이 감사 대상이 될 수 있으므로 재무감사의 대상업무 중 기관 자체의 운영과 관련된 예산업무도 기관운영감사의 대상이 될 수 있다. 성과감사와는 기관의 성과 향상, 즉 효율성과 효과성 등의 개선을 목적으로 한다는 점과 다양한 분석기법을 통해 대상 업무를 심층적으로 진단하고 대안을 모색한다는 점에서 유사하다. 또한, 특정과제감사 사항은 주로 기관운영감사 영역에서 발굴하게 된다는 점에서 기관운영감사와 상호 연관성을 갖는다.