정부 주도의 R&D 수행시 기업의 사업화 추진전략 반영 여지가 좁아지는 문제점이 있고 산학연 협력과제 수행에도 산업계의 의견이 주도적으로 반영되지 못하고 있다.
결국, 정부 주도의 공급자 중심의 기획을 바탕으로 대형과제 중심의 기업 동원형 R&D 수행체계로 운영됨에 따라, 특정 대기업을 중심으로 한 컨소시움 형태의 경쟁이나, 대학·출연연이 중심이 되는 기술 중심 과제 기획으로, 기업의 사업화 추진 전략 반영 여지가 좁아지는 등 다양한 문제점이 야기되고 있다. 연구과제를 수행하는 과정에서도, 산-학-연 협력과제는 주로 주관기관-참여기관 체계로 운영되게 되는데, 출연(연) 및 대학이 주관기관으로, 중소 및 중견기업은 주로 협력 및 위탁 기관으로 참여하는 경우가 빈번하여 과제 추진 과정에서도 산업계의 의견이 주도적으로 반영되지 못하고 있는 현실이다.