시장원리에 따른 교육개혁의 대학정책은, 교육과 연구의 질을 일부 향상시켰으나 동시에 OECD 국가 중 한국이 가장 높은 사립대 의존율을 가진 고등교육체제를 만들어냈다. 이로 인해 한국 고등교육 특유의 문제들이 발생하였고, 단기적 사업 추진으로 인한 현장의 혼란을 초래하였으며 교육 활동의 경시, 교육의 기본 여건 미충족 등의 문제까지 초래하였다.
국가는 정원, 학사, 사립학교 운영에 관한 법령 제·개정 등 제도와 규제를 통하여 고등교육에 큰 영향을 미쳐 왔다. 관 주도의 산업정책으로 강화된 행정부처 중심의 관행화된 법해석과 적용 또한 막강한 영향력을 발휘하였다. 대학설립준칙주의와 입학정원 자율화 등 시장원리에 따른 5.31 교육개혁의 대학정책이 그 대표적인 사례이다. 이러한 시장원리 중심의 개혁은 고등교육의 접근성을 확대하고 대학 간 경쟁을 강화하여 교육과 연구의 질이 일부 향상된 측면이 있다. 하지만, 5.31 교육개혁은 한국 특유의 ‘교육열’과 맞물려 민간자본이 사립대학 설립에 과도하게 투자하도록 유도하였다. 이로써 세계 최고 수준의 진학률과 함께 OECD 국가 중에서 가장 높은 사립대학 의존율을 가진 고등교육체제가 만들어졌다. 이는 졸업자 과잉배출, 수도권 중심의 대학 서열화, 기본교육여건 악화 등 현재 한국의 고등교육이 직면한 문제들을 초래한 측면이 크다. 특히 평가와 연계된 국가 주도의 목적형사업 자금 배분 정책방식은 대부분 단기적 사업으로 이루어지고 정권에 따라 세부 내용이 달라져 현장의 혼란을 초래하였으며, 교수들이 평가보고서 작성과 학술지 게재 논문 수에 집중하고 교육 활동은 후순위로 미루는 현상을 가져왔다. 무엇보다 이러한 방식은 예산 배분에 있어 1인당 공교육비, 전임교원 수 등 교육의 기본 여건 충족의 중요성을 경시하였다.