기존 국가연구개발사업방식으로 과학기술의 융복합 수요 증가에 적절히 대응하지 못한다는 비판에 따라 국가연구개발사업 중 2개 이상의  관계기관이  전주기에 걸쳐 공동으로 협력하며 실시하는 공동기획사업 운영지침을 제정했지만 현재까지는 극소수의  R&D만 실행되며 그 외 협력 사업들은 R&D 사업을 사후적으로 결합하는 형태에 그치고 있을 뿐이다.
최근 들어 개별 부처 중심으로 진행되는 기존 연구개발사업 방식으로는 각종 신기술의 등장과 융합화의 진전이라는 과학기술의 새로운 패러다임에 적절히 대응할 수 없다는 문제의식에 따라 범부처 협력을 통한 사업 추진의 중요성이 강조되고 있다. 이 때문에 과학기술기본법 제17조 및 동법 시행령 제25조, 공동관리규정 제4조 제3항에 근거, 2013. 6. 미래창조과학부 고시로 다부처공동기획사업 운영지침 이 제정되었다. 본 지침에서 다부처공동기획사업(이하 “공동기획사업”이라 한다)은 국가연구개발사업 중 2개 이상의 관계중앙행정기관이 기획 수행 관리 평가 등 전주기에 걸쳐 공동으로 실시하는 사업으로 정의된다(법 제2조 제1항 제1호). 본 지침에 따라 최근에는 국가과학기술 심의회 다부처공동기술협력특별위원회 주도로 R&D 목표, 다부처 추진 필요성 등, 사업 내용 및 현실적 예산 규모 등을 고려하여 사전기획연구가 실시되며, 해당 연구결과를 바탕으로 참여부처 공동으로 사업에 필요한 연구개발 상세기획과 관련 법 제도 개선기획 등을 포함하는 공동기획연구가 추진되도록 되어 있다. 이는 기존 국가연구개발사업에서 시도되었던 부처 간 단순 협력 체계가 과학기술의 융복합 수요 증가에 적절히 대응하지 못한다는 비판에 따라 사업 기획단계부터 연구개발뿐 아니라, 원천기술 획득, 법 제도 개선, 사업화 및 서비스 전달체계, 시장 창출 방안 등을 종합적으로 고려된 다부처 사업을 시행하겠다는 정부 목표와 의지를 반영한 것이기는 하나, 현재로서 본 지침에 따라 실행하는 R&D는 극소수에 불과하며, 그 밖에 범부처 협력 사업의 이름으로 추진하는 많은 사업은 실질적으로는 다수 부처가 각각 기획, 추진하던 R&D 사업을 사후적으로 결합시키는 형태에 그치고 있다.