아동 돌봄 서비스는 공급 부족의 문제도 있지만 정부 부처가 나뉘어 있어 효율적인 서비스 제공이 어려운 문제가 있다. 즉 서비스 제공 기관이 주로 저소득층 아동을 대상으로 초등학생을 포함하는 등의 중복성이 있고, 서비스의 차별성이 크지 않다. 또 부처별 전달체계가 분절적이고 단편적이라 맞춤형 지원이 미흡하고 돌봄의 사각지대가 발생한다.
아동들을 위한 돌봄서비스는 공급도 부족한데 정부 부처까지 나뉘어 효율적인 서비스 제공이 어려운 것이 현실이다. 현재 우리나라의 방과후 돌봄서비스는 보건복지부, 교육부, 여성가족부 등 다원화된 전달체계로 운영되고 있다. 이에 따라 방과후 돌봄서비스 제공시설도 ‘방과후학교’, ‘방과후보육’, ‘초등학교 방과후 특기적성 교육’, ‘초등돌봄교실’, ‘공부방’, ‘지역아동센터’, ‘청소년방과후아카데미’ 등 매우 다양한 명칭과 형태로 운영되고 있다. 각 부처나 기관별로 특성을 살려 다양한 서비스를 제공한다면, 여러 기관에서 방과후 돌봄서비스를 제공하는 것이 전혀 문제가 되지 않는다. 하지만 서비스 제공기관별로 소득수준과 대상아동의 연령에 따라 이용자가 상이한 것처럼 보이지만 대부분의 기관이 주로 저소득층 아동을 우선 대상으로 하고, 초등학생을 포함한다는 점에서 중복되는 측면이 강하다. 더불어 각 기관에서는 프로그램의 내용면에서 학습지도나 급식을 중심으로 문화체험, 특기적성개발 등의 서비스를 제공하고 있어, 기관별로 서비스의 차별성이 크지 않다. 또한 각 부처별로 전달체계가 분절적이고 단편적인 방과후 돌봄사업 추진으로 인해 기관 간 ‘칸막이’ 현상이 있어 아동의 특성 및 환경에 맞는 맞춤형 지원 서비스 제공이 미흡하고 돌봄 사각지대가 발생하고 있다. 각 부처나 지방자치단체, 그리고 서비스 제공기관 간의 연계나 협력체계가 부실하거나 각 기관을 아우르는 허브기관이 부재하여 서비스의 차별성, 기관설치 장소 등에 대한 협의가 없이 산발적으로 서비스가 제공되고 있다(김미숙, 2006).