중앙행정기관 무기계약직의 관리체계에 대한 합리적인 개선방향으로는, 다원적 노동시장을 구축하고 임금과 직무체계의 직무중심성 강화가 필요하며, 인력관리는 중앙집중적으로 단일한 기준과 지침에 따른다.  또한 통일된 직무급 임금등급표를 설정하고  그 등급표는 공무원의 직급별 호봉표를 기준으로 한다.
지금까지 사무보조직종 사례를 통해 살펴보았듯이, 현재 중앙행정기관 무기계약직 임금․직무체계는 기관별 분단성을 그 특징으로 하고 있다. 이와 같은 임금체계의 기관별 분단은 비정규직에 대한 비체계적인 관리체계에서 비롯된 측면이 크다고 할 수 있다. 따라서 이러한 문제를 해결하기 위해서는 중앙행정기관의 무기계약직에 대한 체계적이고 합리적인 임금․직무체계 구축방안이 시급히 요구된다고 하겠다. 그 개선방향은 다음과 같다. 첫째, 다원적 노동시장의 구축이 필요하다. 둘째, 무기계약직 임금․직무체계의 직무 중심성 강화가 필요하다. 셋째, 현재와 같이 무기계약직의 입직구는 부서별 또는 기관별로 개방해두고, 대신 일단 입직한 무기계약직에 대한 체계적관리, 운영, 훈련 및 보상 등 인력관리는 중앙집중적으로 단일한 기준과 지침에 의해 이루어져야 한다. 넷째, 중앙에서의 통제를 통해 무기계약 직종이나 직군 내부의 직무 사다리 각 단계에 해당되는 통일된 직무급 임금등급표를 설정할 필요가 있다. 다섯째, 무기계약직 직종 및 직군별 임금등급표는 기본적으로 공무원의 직급별 호봉표를 기준으로 직무가치의 고저에 따라 임금수준이 결정되는 것이 바람직하다.