자유권규약위원회는 양심적 병역거부자의 군 복무 면제 및 입법조치, 석방과 전과기록 말소 및 보상, 민간 대체 복무 도입을 권고하였다.
자유권규약위원회는 2006년 자유권규약 관련 대한민국의 제3차 국가 보고서에 대한 최종 견해에서, 양심적 병역거부자가 형사처분을 받고 국가기관 및 공공기관의 채용에서 배제되며 전과자의 낙인을 안고 살아가는 것에 대해 우려를 표한다고 하면서, 대한민국에 양심적 병역거부자를 군 복무에서 면제하고 자유권규약 제18조에 부합하는 입법조치를 취할 것을 권고하였고, 2015년에도 대한민국의 제4차 국가 보고서에 대한 최종 견해를 통하여 양심적 병역거부자를 석방하고, 그들의 전과 기록을 말소하고 적절한 보상을 하며, 민간적 성격의 대체복무제를 도입할 것을 권고하였다.