간접증거만 있는 경우에는 간접증거를 소전제로 그리고 논리칙과 경험칙을 대전제로 하여 범죄사실을 추론해야 한다. 하지만 이러한 경우에는 논리칙과 경험칙을 통해 추론되는 범죄사실 역시 객관성을 확보하기 어렵다.
그런데 문제는 상당수의 경험칙이 아직 확고한 객관성과 보편성을 획득하지는 못하고 있다는 점이다. 심지어 가장 분명한 객관성을 갖추고 있다고 인정되는 자연과학적 법칙에 대해서도 의문이 제기되고는 한다. 특히 의학이나 생명과학 영역에서는 상반되는 주장이 제시되어 마치 법학처럼 학설대립이 이루어지는 경우도 다수 존재한다. 그 때문에 가령 의학적 인과관계를 규명하는 것이 난항을 겪기도 한다. 자연과학적 경험칙도 이 정도이므로, 사회과학적 경험칙의 객관성과 보편성에 대해서는 더더욱 확신을 할 수 없는 것이 현실이다. 물론 범죄사실에 대한 명백한 직접증거가 존재한다면, 사실을 인정하는 데 어려움은 없을 것이다. 그렇지만 간접증거만 있는 경우에는, 간접증거를 소전제로 그리고 논리칙과 경험칙을 대전제로 하여 범죄사실을 추론해야 한다. 하지만 위에서 지적한 것처럼, 논리칙과 경험칙이 확고한 객관성을 갖지 못한다면, 논리칙과 경험칙을 통해 추론되는 범죄사실 역시 객관성을 확보하기 어렵다.