남북기본합의서는 민족적 동일화 위험성 제어하고,  평화와 통일의 동일한 위상 마련하며, 평화 관계의 구축을 남북소통의 출발점으로 삼고 있다는 점에서 역사적 의의가 있다.
남북기본합의서가 보여주는 역사적 의미는 바로 여기에 있다. 남북기본합의서는 ‘남과 북’이라는 둘을 도입함으로써 이런 ‘민족적 동일화’의 위험성들을 제어하면서 ‘평화’를 ‘통일’과 거의 동일한 위상에서 다루고 있다. 7·4 남북공동선언에서 ‘평화의 원칙’은 단순히 ‘평화적 방법’, 즉 “상대방을 반대하는 무력행사에 의거하지 않고 평화적 방법으로 실현”한다는 정도의 의미만 가지고 있었다. 그러나 남북기본합의서에서는 ‘상대방에 대한 파괴·전복행위 금지(4조)’와 ‘상대방에 대한 무력 사용금지(9조)’ 등을 포함하여 평화관계의 구축을 남북소통의 출발점으로 삼고 있다.