특정 규제유형에 네거티브 규제체계를 적용하는 것은 상대적으로 시너지효과를 기대하기 어려운데, 반면 특정 산업분야를 선정하는 방식은 시너지효과와 통합적 관리체계 정비가 가능하다.
그러나 반대로 특정 규제유형에 대하여 네거티브 규제체계를 적용하는 방안은 특정 산업분야를 선정하여 적용하는 방안에 비해 동일 사업분야내에서 네거티브 규제체계를 일괄적으로 적용함에 따라 창출할 수 있는 시너지효과를 기대하기 어렵다는 한계가 있다. 반면 특정 산업분야를 선정해서 네거티브 규제체계로 전환하는 방식은 연관된 규제에 대한 전반적인 고찰이 가능하기 때문에 동일 산업내의 불합리한 규제체계 정비차원에서 시너지효과를 기대할 수 있으며, 더불어 규제집행체계 및 관리체계의 정비에 있어서도 연관된 여러건의 규제방식의 변경과 이에 대한 통합적인 집행체계 및 관리체계의 정비가 가능하다는 장점도 있다.