대학과 연구기관은 산학협력연구를 공동투자의 관계로, 기업은 거래로 인식하여 협력연구의 활성화가 저해되었기에 지식재산위원회는 민간「산학연 협력연구 협약 가이드라인」을 배포하고 관련 현장 정착방안을 마련했다. 
협력연구에 대한 기업과 학연의 인식 차이로 인해 협력연구 자체가 아직 활성화되지 못하고 있다. 산학연 협력연구에 대해 대학과 연구기관은 ‘기업은 비용을 대고, 학연은 지식을 투입하는 공동투자의 관계’로 여기는 반면, 기업은 ‘대가를 지불하고 학연이 보유한 지식을 구입하는 거래’로 인식하고 있다. 이는 산학연 협력연구 협약을 맺을 때 특허 등 연구 성과물에 대한 소유권의 귀속 및 수익 배분 등에 대한 갈등을 유발하여 민간 부문의 협력연구 활성화를 저해하고 있다. 이에 공정한 협약 문화 정착을 위해 2012년 지식재산 위원회에서 민간 「산학연 협력연구 협약 가이드라인」을 수립, 배포하였다. 지난 1년간 가이드라인의 현장 적용 등 이에 대한 정확한 실태 파악과 개선안 마련을 통해 활용도 제고가 필요해 ‘민간 산학연 협력연구 가이드라인 현장 정착방안’을 마련하였다.