러시아의 CST 가맹국간 직·간접적 지원과 영향력 발휘에 반발하여 1999년 CST가 1차 연장될 시 아제르바이잔, 그루지야, 우즈베키스탄이 참여하지 않았다.
CST는 창설 이후 실제 적용에 있어선 문제가 많았다. 즉 CST 가맹국인데도 불구하고 아제르바이잔과 아르메니아는 나고르노·카라바흐 자치주에 대한 영유권을 둘러싸고 전쟁을 벌였으며, 이 과정에서 러시아는 아르메니아를 간접적으로 지원하였다. 또한 러시아는 조지아 내 압하지아 분리주의 운동을 직·간접적으로 지원하였으며, 타지키스탄에서는 우즈베키스탄이 싫어하는 친러 인사인 현 대통령이 러시아의 지원 하에 대통령에 당선되었다. 이러한 러시아의 정책에 반발하여 1999년 CST가 1차 연장될 시아제르바이잔, 그루지야, 우즈베키스탄이 참여하지 않았다.