영세율 적용에서는 내국인에 대한 차별이 문제가 된다. 내국인의 여행 수요 급증, 특히 해외 아웃바운드 여행이 급증하고 있으나 내국인의 주요 관광 대상국인 일본 등과 동일한 수준의 세제 혜택을 받지 못하고 있다. 또한 숙박업소 종류 및 지역별 차이가 상이할 가능성, 다른 업종과의 형평성 문제도 함께 고려돼야 한다.
넷째, 영세율 적용에서 늘 문제가 된 점은 내국인에 대한 차별이다. 이는 특히 국내 여행패턴이 지난 10여년 간 크게 변화했다는 점을 고려할 때 매우 중요할 수 있다. 소득 증가와 국내외 다양한 여행상품의 개발에 힘입어 내국인의 여행수요 자체가 급증했고, 특히 해외 아웃바운드 여행이 특히 폭발적으로 증가하였다. 이에 본 제도가 외국인의 인바운드 여행에 대한 혜택이며, 호텔이라는 특정 숙박시설에 대한 우대조치이므로 내국인에 대한 역차별 정도가 크지 않을 것이라는 관계기관의 방어논리는 더 이상 설득력이 부족하고 형평성 논란을 잠재우기 어려울 것으로 사료된다. 이는 내국인의 국내외 여행 수요가 증가하였고, 향후 더욱 늘어날 잠재력이 있으며, 내국인의 주요 관광대상국인 일본과 중국, 태국, 베트남 등에서 동일한 수준의 세제 혜택을 받지 못하고 있기 때문이다. 게다가 외국인관광객의 숙박용역에 대한 영세율 적용으로 숙박업소의 종류와 지역별 차이가 다르게 나타날 가능성도 함께 고려해야한다. 그뿐만 아니라 영세율 적용으로 호텔업계의 영업환경이 개선되는 경우, 이로 인한 수익이 노동과 자본의 요소소득을 통해 어떻게 분배되는지에 따라서 궁극적인 혜택의 귀착 문제가 중요해질 수 있다. 이와 동시에 다른 업종 및 산업과의 형평성 문제도 함께 논의할 필요가 있다.