NKIS는 학생이 주된 이용자이지만 연구원이나 정부 및 공공기관 소속 이용자들이 정책수립과 같은 활동에 이용할 수 있게 이용자 맞춤형 서비스를  지원 해야 한다.
NKIS는 대국민 정보제공을 목표로 하고 있는 정보시스템이지만, NKIS 서비스의 진정한 실효성은 연구기관들의 연구성과가 실제 연구나 정책에 반영되어 새로운 지식으로 창출되는 것에 의미를 둔다. 이는 주요 이용자층을 위한 이용자 맞춤형 서비스 방안을 지속적으로 도출해 성과확산을 촉진하는 데 성패가 달려있다고 할 수 있다. NKIS의 주요 이용자층이라고 볼 수 있는 학생 가입자 수는 1만 6,424명으로 전체 가입자의 44.5%를 차지하고 있으며, 정부 및 공공기관 소속 이용자가 3,976명, 연구원이 3,280명으로 주요 이용자층으로 분류될 수 있는 이용자는 전체 이용자의 64.2%를 차지하고 있다.