2단계 기술개발사업비 중 66%는 정부출연금, 34%는 민간사업비로, 공통기술개발사업과 중점기술개발사업은 사업비 중 대부분이 정부출연금으로 투입되었다.
2단계 기술개발사업비 총 3,248억원 중 국비와 도비 및 시비로 구성된 정부출연금은 2,158억원으로 전체의 66%에 해당되며, 민간사업비(현금 및 현물)는 1,090억원으로 총 사업비의 34%를 차지한다. 공통기술개발사업의 경우, 해당 사업비 1,689억원 중 정부출연금은 1,151억원으로 2004년~2008년까지 5년간 매년 평균 230.2억원의 정부출연금이 투입되었고, 중점기술개발사업은 해당 사업비 1,559억원 중 정부출연금은 1,007억원으로 2004년~2006년까지 3년간 매년 평균 335억 7,000만원의 정부출연금이 투입되었다.