3D 프린팅 소재는 고가로 판매되고 있으며 소재와 기술방식에 따라 사용법 또한 매우 복잡하다. 오염물 청소 및 관리방법이 까다롭고 금속 출력 프린터는 전력 소모량이 크며, 화학 제품 접촉시 안전성이 우려되는 문제도 있다.
여섯째, 3D 프린팅 소재 가격이 비싸고, 3D 프린팅 장비의 관리 유지 비용이 높을 뿐만 아니라 사용 방법도 복잡하다. 3D 프린팅 소재는 아직까지 규모의 경제가 미흡하여 매우 고가로 판매되고 있다. 또한, 소재와 기술방식에 따라 3D 프린팅 장비가 매우 다양하며, 이로 인해 3D 모델링·연결 및 통신 방법·운영 소프트웨어 사용 및 업데이트 방법 등 3D 프린터의 사용이 매우 복잡하다. 관리 유지 보수의 경우 프린팅 시 발생하는 찌꺼기 및 오염물에 대한 청소의 문제, 프린팅 소재의 종류에 따라 프린팅 소재를 뿜는 노즐 및 SLA 프린터의 수조의 관리 방법상이, 금속 출력 프린터는 전력 소모량이 매우 큰 점 등의 애로사항이 있다. 이 밖에 프린팅 소재가 화학제품이므로 이에 따른 화재 및 인체 접촉에 의한 안전성 문제도 발생할 수 있다.