특별행정심판의 남설은 다음과 같은 문제를 일으킨다. 분쟁해결의 기준과 절차가 통일되지 않게 되고, 특별행정심판기관의 경우 독립성과 중립성이 취약할 수 있다. 또한 특정 영역만을 대상으로 할수록 해당 행정영역의 이익단체들에 의해 포획될 가능성이 높다. 그리고 사건수가 많지 않은 경우에는 비효율성을 초래하게 된다. 
특별행정심판의 남설은 구체적으로 다음과 같은 문제를 초래할 수 있다. 첫째, 분쟁해결의 기준과 절차가 통일되지 않게 된다. 이 경우 국민은 권리구제절차의 선택과 이용에 혼란을 겪을 수밖에 없다. 어느 기관에, 언제까지, 어떠한 취지로 불복해야 하는지 불분명하고, 경우에 따라서는 기간 도과 등으로 불복의 기회를 상실할 수도 있다. 둘째, 특별행정심판기관의 경우 독립성과 중립성이 취약할 가능성이 높다. 특별행정심판기관이 처분청이나 그 상급기관 소속이라면 처분청이나 그 상급기관이 심판위원의 임명, 사무처 소속 공무원의 승진이나 보직, 예산의 배분 등에 영향을 미칠 가능성이 크기 때문이다. 셋째, 심판기관이 분화되어 특정 영역만을 대상으로 할수록 해당 행정영역의 이익단체들에 의한 포획될 가능성이 높아진다. 넷째, 사건수가 많지 않은 경우에는 비효율성을 초래하게 된다. 사건수가 적더라도 기본적으로 일정 수 또는 금액 이상의 위원, 직원, 예산이 투입되어야 하기 때문이다. 나아가 사건수가 적다면 일관된 기준이 형성되기 어려워 그때그때 자의적인 판단을 하게 될 위험성도 있다. 또한 이 경우 직원은 다른 업무도 함께 처리할 수밖에 없기 때문에 전문성이 낮을 가능성이 크고, 겸하는 업무가 정책의 형성이나 집행 관련 업무라면 심판의 공정성을 확보하는 데 장해가 될 수 있다.