현재 레저선박은 중과세 납부기준 회피를 위한 미등록 선박 발생, 중고 수입보트의 선호로 인한 국내 제조산업의 성장에 부정적 영향, 레저선박 과세기준 자체의 문제점 등 크게 3가지 문제점이 있다.
국산과 수입 중고 레저보트의 시가표준액 산정 내용을 앞에서 언급한 중과세 납부현황과 비교해 볼 때, 레저선박에 대한 중과세 부과는 크게 3가지 문제점을 가지고 있다. 우선 중과세 납부기준을 회피하기 위하여 미등록 선박이 발생할 수 있다. 또한 소비자들은 국산 신조 레저보트를 구매하기보다는 중고 수입보트를 선호할 개연성이 크기 때문에 국내 레저보트 제조산업의 성장에 부정적 영항을 미칠 가능성이 높다. 마지막으로 레저선박 과세기준 자체에 문제점이 있다. 레저선박에 대한 세금은 선박의 톤당 기준가격에 따라 부과한다. 즉, 선박의 총중량에 따라 세금을 부과하게 되는데 이는 화물선 등에는 적합한 기준일 수 있지만 레저활동에 초점을 맞춘 레저선박에도 동일하게 적용하기에는 한계가 있다.