명문대 장학금은 비교적 인재 배출이 어려운 지방 고등학교의 명문 대학교 진학률을 상승시키기 위해 필요에 의해 도입됐지만, 장학금 지급 대상을 명문, 수도권 대학 진학자로 한정하고 있어 서열화를 조장하고 금전적 지원이 필요한 취약계측 학생들이 지원받지 못하는 문제점이 있다. 이에따라 여러 지자체들은 이른바 명문대 장학금을 없애고 저소득 자녀들을 지원하는 방향으로 나아가고 있다.
비록, 이들 장학금은 인재 배출이 어려운 지방 도시를 중심으로 지역 내 고등학교의 명문대 진학률을 높이기 위한 현실적 필요에 의해 도입되었지만, 다른 한편으로는 지원 대상을 소수의 명문대나 수도권 대학 진학자로 제한함으로써 학벌주의나 대학 서열화를 조장하고 있을 뿐만 아니라, 실제 장학금을 필요로 하는 취약계층 학생들이 장학금 지원 대상에서 배제될 수 있다는 문제들을 안고 있는 것도 사실이다. 이에 일부 지방자치단체나 공공기관에서는 이러한 명문대 장학금을 폐지하고 저소득층 학생들에 대한 장학금 지원을 확대하고 있다. 예를 들어, 강원도 정선군의 장학회는 2016년에 차별논란이 일면서 소위 명문대 장학금을 폐지하고 저소득층 장학금을 확대하였으며, 전남 여수시는 서울대 진학자에게 1,500만 원 정도의 장학금을 지급하려다가 무산되었다(김규태, 2018.3.1.). 충북 제천시 인재육성재단에서는 수도권의 명문대학이 아니라 제천시 지역에 위치한 대학에 입학한 학생 480명에게 각각 100만 원을 지급하는 장학금 프로그램을 도입하였다(최현주, 2019.3.14.). 전북 부안군도 최근 군민 토론회를 개최하고 군에서 운영하는 근농인재육성 재단의 장학금 중 서울대, 연․고대, 카이스트 등의 입학생에게 100만 원씩 지원되던 장학금을 ‘합리적 근거가 없는 차별적 장학금’으로 규정하고 이를 폐지하기로 하였다(우병길, 2019.11.4.). 대신, 저소득층 저소득층 자녀들의 주거비 및 생활비 지원 규모를 확대하고 대학 비진학 청년들의 취․창업 지원을 확대할 예정이다.