인권행정은 행정과정에서 인권을 염두에 두는 법적·행정적 제도의 마련과 인권보장시스템의 제도화가 중요한데 이는 인권행정 체계강화, 인권 기반 행정제도 운영을 통한 인권관련 법·제도 개선 및 강화를 통해 달성할 수 있다.
인권행정은 시민의 인권의 보호와 보장을 추구하는 행정과정에서 인권이 자연스럽게 고려될 수 있도록 법적·행정적 제도를 마련하고 이를 정책으로 추진하는 차원의 인권보장 시스템을 ‘제도화’하는 것이 중요하다. 이러한 기반구축은 인권행정 체계 강화, 인권에 기반을 둔 행정제도 운영을 통한 인권관련 법·제도 개선 및 강화를 통해 현실화 될 수 있다. 예를 들면, 인권행정 체계강화라 함은 인권옴부즈맨이나 시민인권보호관의 위상강화, 인권위원회의 활성화, 인권법률 상담서비스, 인권실태조사 실시 등을 통해 인권행정을 실천할 수 있는 제도를 마련하는 것을 의미한다. 또한 인권에 기반을 둔 행정제도 운영은 인권을 고려한 계약제도 운영 및 행정정보 공개 강화 등 정책의 전 과정에서 인권이 고려될 수 있도록 제도적 기반을 형성하는 것을 의미하기도 한다.