자유학기제를 단위 학교에서 지속가능하도록 원활하게 운영하려면 중학교 시범운영 과정에서 나타난 전반적인 교육과정의 문제를 계획, 과정,해설서의 세가지 축의 역할과 기능을 부여하여 운영 근거 및 방안을 제시해야 한다.
본 연구의 결과, 자유학기제는 다른 정책과 마찬가지로 독자적으로 추진될 수 있는 것이 아니라, 특히 교육과정 정책과 밀접하게 관련되어 있는 것을 알 수 있었다. 정부의 ‘중학교자유학기제 시범운영계획(안)’의 발표에 따라 연구학교 등 시범 운영하는 과정에서 ‘시범운영계획(안)’에서 제안한 주요 용어를 비롯하여 전면 시행되었을 때 해결되어야 할 교육과정 문제가 적지 않게 나타났다. 이에 따라 자유학기제의 정책적 추진을 위해 ‘자유학기제의 운영 계획’과 함께 국가 교육과정, 교육과정 해설서를 세 가지 축에서 각각의 역할·기능을 밝히면서 상호 유기적인 관계에서 자유학기제 운영 근거 및 방안을 제시할 필요가 있다. 이를 통해 자유학기제가 일시적인 정책이 아니라 단위 학교에서 보다 원활하고 안정적이며 지속적으로 운영될 수 있을 것이다.