수립한 계획이 정책 및 사업 목표에 부합하지 않다면 평가에 문제가 발생한다. 부합하게 수립된 계획의 실행에 대한 효율성과 효과성을 제고할 수는 있으나 그렇지 않은 경우 의도한 목표를 달성하는 못하는 본질적인 문제가 발생한다.
평가제도 운영 과정에서 제기되는 한계점 중 하나는 평가에 앞서 수립되는 계획이 올바르게 정립되었는지 여부이다. 각 중앙행정기관은 성과관리 및 평가 계획을 수립하는 과정에서 부처의 미션과 비전에 부합하는 정책 목표와 이를 달성하기 위한 관리 과제를 설정하고, 과제의 성과를 평가하기 위한 측정 지표를 설계한다. 엄밀한 의미에서 정부업무 평가는 평가 그 자체가 아니라 계획을 수립하는 단계부터 시작된다고 볼 수 있다. 전문가 자문 결과 정책 목표와 사업 목표에 부합하는 측정지표가 설계되어 있다면, 이를 달성하기 위한 예산 및 인력 등 자원 투입의 효율성과 효과성을 제고할 수 있으나 그렇지 않을 경우 미완성된 지표를 달성하기 위해 불필요한 노력을 낭비하는 결과로 이어질 수 있을 뿐 아니라 본래 의도했던 정책목표와 사업목표를 달성하지 못하는 본질적인 문제도 지적되었다.