호주연구위원회는 디스커버리/린키지로 구성된 연구자금지원 프로그램을 통해 기초/응용/협동연구, 교육훈련, 연구 인프라 등을 지원하고 있다. 자금의 지원 여부는 동료평가를 중심으로 한 여러 단계의 심사 후 결정된다.
호주연구위원회는 연구자금지원 프로그램(National Competitive Grantsprogramme)을 통해, 호주연구위원회는 전 분야에 걸쳐 우수한 연구와 교육훈련을 지원한다. 연구자금지원 프로그램은 디스커버리프로그램(Discovery Programme)과 린키지 프로그램(Linkage Programme),두 부문으로 구성된다. 구체적으로 지원 대상은 기초연구, 응용연구, 교육훈련, 협동연구, 연구인프라 등이다. 자금지원은 피어리뷰를 중심으로 한 검토 절차 후 결정된다. 구체적으로는, 호주 및 국외 전문가 2인이 제안서를 심사하고 필요하면 추가자료를 요청하여 심사에 활용한다. 심사자가 점수와 등급을 매겨 평가 후 호주연구위원회에 제출하면 호주연구위원회는 심사 결과를 교육 분야 장관에게 보고한다.