구매자가 NOC 작성을 미뤄서 재협상에서 유리한 조건을 얻거나 컨테이너를 반환하지 않아 발생한 비용을 컨테이너 소유주에게 부과하는 등의 문제들로 통관이 지연되고 추가비용이 발생하는 경우가 잦다.
또한 행정상 부당하거나 부정한 방식을 이용하는 경우도 많다. 일례로 수출품에 대해 구매자가 구매거부 시 NOC(Non Objection Certification)를 작성하고 이를 세관에 제출해야 재반출이 가능한데, 구매자가 NOC 작성을 미루고 재반출이 곤란해진 틈을 이용해 재협상에서 유리한 조건을 획득하는 경우가 있다. 또한 내용물을 비운 컨테이너를 선사에 반환해주지 않고 오히려 초과 정박비용(Demurrage Charge)을 컨테이너 소유주에게 부과하기도 한다. 이외에도 세관 간 정책 일관성이 유지되지 못하고, 항구 하역설비의 노후 및 미비, 항만노조의 빈번한 파업 등 여러 문제점이 존재하여 통관이 지연되고 추가적인 비용이 발생하는 경우가 잦다.