운영비 지원은 사업비에서 큰 비중을 차지하는 항목 중 하나로, 여러 항목이 한데 묶여 있다. 그중 '냉난방비 지원'은 표준보육비용 산정 시 관리운영비로 따로 고려되어 중복 산정될 수 있어 난방비를 운영비에서 별도 단일항목으로 분리할 필요가 있다.
셋째, 보육교직원 월 정액수당 지원 사업 다음으로 큰 비중을 차지하는 사업은 운영비 지원 항목이다. 운영비 지원에는 여러 가지 항목이 포함되어 있기 때문에 세부 항목별로 구분하여 그 적절성을 살펴볼 필요가 있다. 운영비 항목 중 가장 많은 시군구에서 지원하고 있는 사업은 ‘냉난방비 지원’이다. 냉난방비는 표준보육비용 산정 시 관리운영비라는 단일 항목으로 고려되어 산정되고 있다. 따라서 지방정부의 특수보육시책 사업에 의한 냉난방비 지원은 중복지원이라고도 볼 수 있다. 다만 한국보육진흥원은(2017: 37) “우리나라 기후 변화에 따라 냉난방비의 지출 비중이 점차 증가할 것이기 때문에 표준보육비용 단가 산정 시 냉난방비를 별도의 산출 기준으로 반영할 필요가 있기” 때문에 관리운영비라는 단일 항목으로 묶여져 있는 여러 운영비에서 냉난방비를 별도로 분리해서 세부적인 필요 항목과 비용을 산출하는 것의 필요성에 대한 검토도 필요하다.