공론조사 준비를 위해서는 기획실무팀과 주관사를 택하고 원활한 공론조사를 위해 사전준비 과정이 선행되어야 한다. 주관사는 독립성과 공공저널리즘이 보장된 언론사가 좋다. 그리고는 토론을 위한 전문가, 여론조사 기관, 전문가 패널 구성이 이뤄져야 한다.
이러한 공론조사의 구체적인 운영 방식은 다음과 같다. 첫째, 공론조사 적용준비 및 구성단계이다. 심층적인 의견수렴이 필요하다고 판단되는 정부정책이 있다면, 본격적으로 공론조사 준비를 위한 기획실무팀을 구성하고 공론조사를 본격적으로 주관할 기관(공공기관, 언론사, 교육기관 등)을 선정한다(국무조정실, 2013:30). 원활하게 공론조사가 진행될 수 있도록 사전준비 작업이 선행되어야 하며, 공론조사는 누가 주관하고 진행하느냐에 따라 그 결과의 정당성 등에 영향을 미칠 수 있기에 주관기관의 독립성이 보장되어야 한다. 통상 논란의 소지를 줄이기 위해 공공저널리즘 차원에서 언론사가 공론조사를 진행(지속가능위원회, 2005c:184)하는 것이 바람직하다. 주관기관과 실무팀이 구성되었다면, 본격적으로 토론을 진행할 수 있는 전문가 선정, 여론조사 기관 선정, 전문가 패널 구성 등의 작업이 이루어져야 한다(국무조정실, 2013:30).