교육복지우선지원사업은 도시 저소득지역 교육복지대책 수립을 위한 중앙부처 합의를 시작으로 교육복지투자우선지역 지원사업 중앙 기본계획을 수립했다.
교육복지우선지원사업은 2002년 7월 5일 도시 저소득지역 교육복지대책 수립을 위한 7개 중앙부처 합의를 시작으로 2003~2008년에는 교육복지투자우선지역 지원사업 중앙 기본계획을 수립하였다. 2003~2004년 교육복지투자우선지역 지원사업으로 서울(6), 부산(2) 8개 지역 시범사업을 실시하였고 2005년 전국 광역시 이상 15개 지역으로 확대 실시되었다. 2006년 전국 인구 25만 이상 도시지역 30개 지역으로 확대 실시하였고 2007년은 전국 인구 25만 이상 도시지역 60개 지역으로 확대 실시하며 국민기초생활수급권 대상 가정 학생 70명 이상 학교를 선정하였다.