정부의 평가제도를 일원화하도록 법에 규정하고 있으나 국무조정실 등 주관기관이 분산되어 낭비가 생기는 등 문제가 있고, 또한 문헌 연구를 통해 보면 각 행정기관별로 구체적인 시행에 편차가 있어 제도가 안정적으로 운영하는 데 차이가 나타나는 문제점이 있다.
다만 제도적인 측면에서 기존 문헌 및 전문가 자문을 통해 공통적으로 지적된 사항은 다양한 평가제도와 평가 운영 주체로 인해 발생하는 비효율적 평가제도의 문제이다. 정부업무평가기본법상 ‘통합적 성과관리’를 통해 여러 부처에서 분산되어 수행되고 있는 평가제도를 일원화하도록 하고 있으나 현실은 국무조정실, 기획재정부, 행정자치부, 인사혁신처 등 주관 기관이 분산되어 있어 평가 업무의 부담을 가중시킴은 물론, 평가에 대한 몰입도를 저해할 가능성이 제기되고 있다. 특히 주관 기관이 다름으로 인해 평가 업무가 중복되어 낭비적 요소가 발생하고 있으며, 성과 목표에 대한 몰입도를 분산시켜 동기부여에도 부정적인 영향을 미칠 가능성이 제기되었다. 또한 문헌 연구를 통해 드러난 문제점 중 하나는, 각 행정기관별로 계획수립, 평가, 환류 방법 등에 대한 구체적 시행령과 규칙의 구체성 간에 편차가 발생하고 있어 정부부처 단위에서 제도를 안정적으로 운영하는데 차이가 나타나고 있었다.