단위학교의 자유학기제 교육과정은 ‘공통과정’과 ‘자율과정’으로 구분된다. ‘공통과정’은 기본교과 중심으로 운영되고 ‘자율과정’은 중점 모형에 따라 동아리, 예술 등 프로그램을 특화하여 활동 중심으로 운영되는데 학교운영위원회의 심의를 거쳐 학교 자율 편성이 가능하다.
단위학교의 자유학기제 교육과정은 크게 ‘공통과정’과 ‘자율과정’으로 구분하여 편성․운영한다. 공통과정은 대체로 1～4교시 오전에 운영되며 국어, 영어, 수학, 사회 등 기본교과 중심으로 핵심 성취기준에 기반하여 수업할 수 있다. 자율과정은 5～7교시 오후 수업으로 중점 모형을 무엇으로 하는가에 따라 진로탐색, 동아리, 예술․체육, 학생 선택 프로그램 등으로 특화하여 활동 중심으로 운영할 수 있다. 자유 학기제 교육과정은 기존 교과 수업 시수의 조정을 통하여 자율과정을 운영함으로써 학교마다 다양한 교육과정을 운영할 수 있다. 다만, 기 본 전제는 교육과정을 학교운영위원회의 심의를 거쳐 학교 자율로 편 성․운영이 가능하다는 점이 핵심적이다. 즉, 단위학교에서 교육과정 운영 시 자율성을 최대한 보장하고 기존의 교과 수업 시수를 조정 가 능하도록 허용하고 있다. 아울러 기존 교과의 시수를 자율과정으로 돌 리는 것이기 때문에 기본교과의 시수 감축은 기본 전제가 된다(교육 부, 2013a).