외국인 사회통합기금으로 이루어진 보조금은 해당 지자체의 재정력이나 기타 재정수요에 의해 보조율을 조절하는 차등보조의 대상이 될 수 있다. 즉, 해당 지자체의 재정력 뿐만 아니라, 원가 특성을 반영해 정률분 보조금 총액을 현실화하는 것이다.
한편, 외국인 사회통합기금으로 조성된 보조금은 해당 지자체의 재정력이나 기타 재정수요에 의해 정책적으로 일괄 가감하여 보조율을 조정하는 차등보조의 대상이 될 수 있다. 즉, 해당 지자체의 재정력뿐만 아니라, 원가 특성(해당 지자체의 관할구역의 넓이, 교통 여건, 산지 및 해양 등 특수 비용 가산요소, 지역물가 및 생활비 수준 등)을 반영하여 정률분 보조금 총액을 현실화하는 것이다. 구체적으로는, 앞서 산정된 해당 지역협의체 관할 외국인 사회통합프로그램의 수행을 위해 교부받을 수 있는 정률분 보조금 총액에서 재정력이 평균보다 우수하거나 원가요소가 평균보다 낮으면 일정률(예를 들어 10%, 20%)을 일률적 또는 단계적으로 인하하여 최종적으로 당해 지역협의체가 교부받을 수 있는 외국인 사회통합기금 출연 보조금이 정해지게 된다. 반면에, 앞서 산정된 해당 지역협의체 관할 외국인 사회통합프로그램의 수행을 위해 교부받을 수 있는 정률분 보조금 총액에서 재정력이 평균보다 미흡하거나 원가요소가 평균보다 높으면 일정률(예를 들어 10%, 20%)을 일률적 또는 단계적으로 상하여 최종적으로 해당 지역협의체가 교부받을 수 있는 외국인 사회통합기금 출연 보조금이 정해지게 된다.