PRIME 사업은 컨설팅 결과 수용의 비강제성, 불충분한 사업 일정, 전문인력난 외 전문가들이 미시적 해법에만 갇히면 사업이나 대학의 대국을 살피기 어렵다는 단점이 있다.
PRIME 사업 컨설팅 진행 시 한계점은 대학에 컨설팅 의견을 반영하게 하는 강제성이 없다는 것으로, 컨설팅을 수행한 후 컨설팅 의견만을 제공할 뿐 최종적인 수용 여부를 대학의 판단에 맡기고 있기 때문이다. 또한 사업 일정의 촉박성 때문에 시간을 확보하기 쉽지 않고, 적은 인력으로 전문성을 가진 적합한 컨설팅 위원을 발굴‧확보하는 것도 어렵다. 나아가 PRIME 사업은 개별 대학의 세부적이고 구체적인 내용을 들여다보아야 하는 측면도 있지만, 자칫 전문가들이 미시적 해법에만 초점을 둘 경우 PRIME 사업 또는 대학 전체의 큰 그림을 그리는 데 한계가 있을 수 있다.