통일 한국은 이념적으로 다른 두 체제를 결합하는 체제통합의 질적인 문제를 해결하여야 한다. 강력한 리더십의 발휘가 필수적인 성공의 기본전제이기에, 본 연구는 통일 한국의 대통령제를 기본 전제로 설정한다.
요컨대, 통일 한국은 지금의 남한정부에 국한되어 있을 때 보다 두 배가 넘는 영토의 확장과 북한주민을 아우르는 인구의 증대로 인한 단순한 양적 팽창뿐만 아니라, 이념에서부터 실생활에 이르기까지 철저하게 이질적인 두 체제가 결합함으로써 발생하는 체제통합의 과제라는 질적인 문제를 해결하여야 한다. 이와 같이 중대하면서도 복잡한 과제를 다양한 정부기구들이 수행하게 될 때, 강력한 리더십의 발휘가 필수적인 성공의 기본전제인 것이다. 대통령제는 내각책임제나 이원집정제에 비해서 이러한 요구에 가장 적합한 정치체제일 뿐만 아니라, 우리가 이미 오랫동안의 경험을 통하여 익숙하다는 점에서 통일 한국의 기본 통치체제로서 합당할 것이라 판단된다. 따라서 본 연구의 통일 한국의 중앙정부조직 재설계에서는 대통령제를 기본 전제로 설정한다.