전자정부 전문위원회는 정부혁신지방분권위원회 산하로 병렬 설치된 실․국장급 위원회로 기획과 조정을 수행하였다. 이 시기 기관들의 역할은 부처들이 실천과 행동을 수행하는 형태로 분담되었다.
2003년 4월 출범한 전자정부 전문위원회는 정부혁신지방분권위원회 산하에 행정개혁, 인사개혁, 지방분권, 재정 세제 등과 함께 5개 가운데 하나로 병렬 설치된 실․국장급 위원회였다. 민간위원은 과거보다 많은 15인으로 두 배 증가하였고, 출신 분야 및 현직 구성도 다양하였다. 이 점에서 의사결정 구조는 외부 전문 의견이 많이 투입되는 참여적 거버넌스로 평가되었다. 대통령자문 정부혁신지방분권위원회, 전자정부 전문위원회가 전자정부 로드맵을 발굴 및 추진하고, 행정자치부와 정보통신부 등 관련 부처들이 행정 지원하며 한국전산원이 기술적 지원을 하는 형태였다. 이 시기 기관들의 역할은 전자정부 전문위원회가 기획과 조정을 수행하고, 부처들이 실천과 행동을 수행하는 형태로 분담되었다.