컨트롤 타워가 없고 부서간 역할 분담이 잘 안 됐다. 해경과 지자체로 소관이 바뀌었고 각 기관의 상황지휘부를 만들어 그때그때 처리해 처리 속도도 느렸고 재정적인 수습책임 논란도 있었다.
첫째, 컨트롤 타워가 없었고, 부서간 역할 분담이 제대로 되지 못했다. 처음 사고가 난 것은 해상으로 해경의 소관이었고, 그 사고로 인해 기름이 육지로 들어오면서 지자체의 소관이 되었다. 하지만 하나의 주관 부서를 정하지 못하고 각 기관에 상황지휘부를 만들었다. 수습책임에 있어서 해경과 태안군의 관할 문제를 두고 논란이 있었다. 애매모호한 책임 소재로 인해 수습 과정에서 책임지기 싫은 부분이나 재정적인 부분에 대해 서로에게 떠넘기려는 경향이 있었기 때문에 갈등이 있었다. 또한 정해진 상위부서가 없이 매일 상황회의를 해서 그때그때마다 발생하는 일들을 분담해서 처리해야 했기 때문에 처리 속도가 느릴 수밖에 없었다.