전체 고등교육 대비 약 20%에 불과한 국공립대학의 낮은 비율로 인해 국가의 지원이 힘들고 국가 기반이 될 중요 연구와 대학과 지역 고등교육의 연계 또한 약화되었다.
또한 공립대학을 포함하여도 전체 고등교육에서 차지하는 국공립의 비율이 약 20%에 불과하여 국가의 지원과 계획을 통해 고등교육의 공공성과 대학의 안정적 운영을 지원하기에는 한계를 노정하였다. 국가의 직접적인 대학설립과 투자는 사립대학과 시장경쟁을 활용하는 5.31 교육개혁의 대학정책으로 사실상 중단하게 된다. 이와 같이 낮은 국공립의 비율은 단기성과는 적으나 장기적으로 국가 기반 마련에 중요한 연구, 기초과학연구, 인문사회과학을 약화시키는 결과를 초래하게 되었으며, 국공립대학과 지역의 연계를 통한 국가균형발전의 중추로서의 고등교육의 역할 또한 약화시켰다.