양심의 자유는 인간이 가지는 보편적 권리로써, 헌법은 양심적 병역거부자가 형사처벌을 감수하고 양심을 지키는 것과 같은 최소한의 소극적 부작위를 허용해 양심의 자유를 보장해야 한다.
‘양심의 자유는 인간 존엄의 필수적 전제로서 인간으로서 가지는 보편적인 권리이다. 개인의 내면적 양심은 그 누구도 침범할 수 없으며 설령 국가라 하더라도 마찬가지이다. 양심적 병역거부자는 자신의 절박한 양심을 보호해 달라고 호소한다. 양심적 병역거부자에게는 형사처벌을 감수하고 양심을 지키느냐 아니면 양심을 버리고 형사처벌을 면하느냐는 선택만이 존재한다. 내면적 양심의 포기와 인격적 존재가치의 파멸을 강요당하는 상황에서 자신의 양심의 명령을 지키는 통로를 열어두어야 한다. 이와 같은 최소한의 소극적 부작위조차 허용하지 않는다면 헌법이 양심의 자유를 보장한다는 것은 사실상 아무런 의미를 가질 수 없다.’