PMDU는 여러 정부 부처와 이해관계자의 협력적 관계 설정이 매우 중요했다. PMDU는 공공서비스 개혁과정 관리로, 서비스 전달에서의 가시적 성과와 기존 집행관행 변화를 지속하려 했다.
PMDU의 업무 자체가 정부 내 다양한 부처 및 이해관계자들과의 접촉을 통하여 운영되기 때문에 이들과의 협력적 관계 설정은 매우 중요했다. 즉, 총리뿐만 아니라 재무부 장관, 분야별 주무부처 장관, 고위관료, 일선관료들과의 우호적인 관계가 형성되었을 때만이 정책조정 및 집행성과를 촉진하고, 궁극적으로 총리의 개혁방향을 관철시킬 수 있었기 때문이다. 특히 PMDU는 단순히 총리의 지시 및 통제를 전달하는 조직에 머무는 것이 아니라 행정부 내 새로운 집행문화를 창출하고자 하였는데, 이는 PMDU가 태동했던 배경에 총리의 행정부 집행문화에 대한 불신이 존재하였기 때문이다. 즉, 기존 집행체계가 제대로 완수하지 못했던 공공서비스 개혁과정을 관리함으로써 서비스 전달에서의 가시적 성과뿐 아니라 기존의 집행관행을 바꾸고 이를 지속시키고자 하였다.