의약품은 존속기간 연장등록 출원서에 임상시험 관련 자료, 허가서류 검토기관 입증 자료 등을 기재하도록 되어 있다. 특허청에서는 이를 통해 연장신청 기간이 특허발명 실시 불가 기간을 초과하는지 판단한다. 
의약품의 경우, 존속기간 연장등록출원서에는 임상시험 승인(신청) 관련 자료, 임상시험 종료보고서, 허가기관에서의 허가서류 검토기간을 입증할 수 있는 자료[의약품 제조(수입)품목허가증, 보완 요구서 및 보완자료 접수 증명자료 등 포함] 각 사본, 약사법 제31조제2항, 제3항 및 제42조제1항의 규정에 의한 허가일 등을 기재하도록 규정되어 있다(특허청 고시 제2015-19호 제6조제1항). 특허청에서는 이러한 자료를 기초로 임상시험 기간, 서류 검토기간 및 특허권자에게 책임 있는 사유로 소요된 기간(예를 들어, 보완요구서 통지일자부터 보완자료 접수일자)을 최종 확인하여 연장등록출원서에 기재된 연장신청의 기간이 “특허발명을 실시할 수 없었던 기간”을 초과하는지를 판단한다.