교육부총리제는 국민의정부에 대한 정부업무평가에서 대표적인 교육･문화적 성과로 인정받았으며, 해외 학술 영역에서는 독창적인 인적자원개발 모델의 성공 사례로 평가 받았다.
교육부총리제는 국민의정부 5년에 대한 정부업무평가에서 교육･문화 분야의 대표적인 성과로 인정받았다. 해외 학술영역에서 우리나라의 교육부총리제는 정부주도형 국가인적자원개발 모델이나 분권화된 자유시장 국가인적자원개발 모델과는 다른 독창적인 전환모델의 성공 사례로 제시되었다. 국민의정부에서 교육인적자원부 인적자원정책국장을 역임한 정기오는 “인적자원정책은 신설되는 부총리를 중심으로 공급부문관리정책을 주로 사용하며, 각 관련 수요부처들이 수요부문관리정책과 함께 공급부문정책에도 참여토록 하는 모습을 그 발전 청사진으로 하게 되었다.”고 기술하였다. 그러면서도 교육부총리가 대학교수 출신으로 차관보와 인적자원정책국의 보좌기능을 활용할 줄 모르고, 기능 간의 상호 견제와 역할 분담을 이끌어내지 못했다는 게 그의 평가였다.