소비지과세로 인해 전자상거래에서 국가별로 거래되는 재화나 용역의 종류, 공급루트에서의 VAT세율 차이가 문제가 되고 있어 이를 단계적으로 처리하는 방안을 고려 중이다.
소비지과세에 따라 소비자선호의 왜곡은 크게 경감되었지만, 전자상거래에 대한 VAT의 취급은 중대한 문제로 남았다. 먼저 국가별로 거래되는 재화나 용역의 종류, 전자상거래 공급루트에서 중개인간에 VAT세율의 차이를 예로 들 수 있다. VAT 세율의 차이문제는 장기적으로는 단일세율이 적정하겠지만, 실제적으로는 어려운 일이다. 따라서 단계적으로 처리할 필요가 있으며 우선적으로 전자상거래 취급하는 용역에 대하여 동일세율을 적용하고, 다음으로 교육이나 문화목적을 위한 거래에 대해서는 경감세율을 적용하며, 마지막으로 금융이나 우편부문에 대해서는 세금에 있어 중립적이 되도록 하는 방안을 고려하고 있다.