지원센터 종사자들에 의하면 학교 밖 청소년의 자립을 위해 종합적, 지속적인 지원이 필요한데, 이를 실천하기 위한 예산과 인력이 부족한 등 여거너 상의 한계가 있고, 청소년의 접근성이 떨어지는 등 환경적인 열악함을 보이는 경우도 있다. 그러므로 지역별 학교 밖 청소년, 지역 인프라, 기관에 관한 조사를 통해 기관 운영 계획을 재검토하고, 시범사업에서부터 확대해 나가야 하겠다. 
지원센터의 종사자들은 학교 밖 청소년들의 자립을 위해서는 기본적인 지원, 즉 학업 및 취업지원 이외에 심리상담 및 정서지원, 의료․건강지원, 여가 및 문화활동 지원 등 다양한 영역에서의 종합적이고 지속적인 지원이 필요하다고 밝히고 있다. 종합적이고 지속적인 지원은 열악한 환경으로 인해 학업 및 취업동기가 낮은 경우가 많은 학교 밖 청소년들의 특성과도 맞물려 반드시 고려해야 할 점이다. 그러나 현재 청소년들에게 이러한 지원을 제공하기에는 기관의 예산 및 인력 부족, 성과평가의 불합리성, 보여주기식 행정 등 주변 여건으로 인해 한계가 있다. 뿐만 아니라 기관에 대한 청소년들의 접근성을 높이기 위해서는 기관 위치 및 시설․기자재의 수준이 일정수준 이상으로 확보되어야함에도 불구하고 이러한 기본적인 환경에서의 열악함을 보이는 곳도 적지 않았다. 학교 밖 청소년 건강검진의 대상자를 흡연 청소년만으로 한정하거나 학교 밖 청소년이 몇 명 되지 않는 지역에서 접근성이 떨어지는 곳에 기관을 지정․운영하고 있는 것, 예산의 부족으로 종사자의 개인물품으로 서비스를 제공할 수밖에 없는 것 등이 그 예라고 할 수 있다. 이러한 현상은 부분적으로 사전에 충분한 조사나 예산의 확보 없이 성급하게 기관을 지정하고 운영하도록 한 데에서 기인한 것으로 판단된다. 따라서 아직 운영 초기단계이므로 각 지역별 학교 밖 청소년의 현황 및 특성, 지역 내 인프라 형성, 기관의 준비 정도 등에 대한 면밀한 조사를 통하여 기관 지정․운영에 대한 계획을 재검토할 필요가 있을 것으로 판단된다. 현재 모범적으로 운영되고 있는 몇몇 기관을 선정하여 시범사업을 시행한 후 이를 점차 확대해 나가는 방식도 하나의 방법이 될 수 있다.