북한인권재단은 정치권간의 갈등으로 이사 추천이 되지 않는 상황이다. 재단이사를 여야 동수로 추천하여 북한인권법이 정치에 영향을 받도록 둔 법의 문제점이 나타나고 있는 것이다.
북한인권증진자문위원회의 경우 국회가 2017년 1월 11일 자문위원 10명을 추천 하여 2017년 1월 24일 임기가 개시되고 2017년 9월 22일 첫 회의가 개최된 바 있다. 그러나 가장 중요한 실행기구라고 할 수 있는 북한인권재단의 경우 통일부가 2018년 3월 2일까지 6차례에 걸쳐 공문을 발송했으나 북한인권법이 제정된 지 2년이 지난 지금까지 정치권간의 갈등으로 이사 추천이 마무리되지 않아 출범조차 되지 못하고 있는 상황이다. 재단이사를 여야 동수로 추천하도록 하여 북한인권법이 직접적인 정치에 영향을 받을 수 있도록 여지를 둔 법의 문제점이 그대로 나타나고 있는 것이다.