목적론적 해석의 한계점은 다음과 같이 지적된다. 목적론적 해석이 인권조약 조항이 가진 추상성과 확장성에 목적과 취지가 제대로 반영되지 않는다는 것이다. 조항의 유추해석을 통해 그 의미를 과도하게 확대하거나, 조항에 반하더라도 목적을 반영해 조항을 넘는 해석을 할 경우 등이다. 실제로 시민적 및 정치적 권리에 관한 국제규약의 11조의 이행불능과 구금이 유추해석된 적이 있으며 법원은 이런 유추해석을 논증 하지 않았다.
한편, 목적론적 해석의 한계에 대한 의문을 남기는 판결도 있었다. 즉, 목적론적 해석이 인권조약 조항에 내재한 추상성과 확장성을 조약의 목적과 취지를 고려하여 구체화시키는 것을 넘어서서, 조항의 문자적 의미로는 포섭이 안 됨에도 불구하고 유추해석 등으로 문자적 의미를 확장하거나, 이에 더 나아가서 문언에 명백히 반함에도 불구하고 조약의 목적을 고려하여 문자적 의미를 넘어서는 해석을 하는 경우, 목적론적 해석의 적절성에 대한 의문이 생길 수 있다. 예를 들어, 채무불이행을 형법상 사기죄로 처벌하는 것이 시민적･정치적 권리규약 제11조(계약상 의무의 이행불능만으로 구금 금지)에 위배되는가가 쟁점이 된 여러 판결에서, 법원은 “위 규약의 취지에 비추어 보아도, 소위 ‘대여금 사기’에 있어서 검사는 금원을 대여할 당시부터 피고인에게 차용금을 변제할 의사나 능력이 없었는지 여부 및 기망행위가 존재하였는지 여부에 관하여 높은 수준의 증명책임을 지는 것이고, 그 입증 여부는 엄격히 판단되어야 한다”는 해석 기준에 따라 엄격하게 판단하여 피고인에게 무죄를 선고하였다. 그런데 규약 제11조 문언상 “이행불능”이 채무가 불이행된 모든 경우를 아우르는 것은 아니며, “구금”을 금지하는 것이 모든 종류의 형사처벌을 금지하는 것은 아님에도 불구하고, 위 판결들은 규약이 마치 채무불이행을 이유로 한 형사처벌을 모두 금지하는 것처럼 유추해석을 하고 있는데, 법원은 이렇듯 문자적 의미로 포섭이 안 되는 의미까지 유추해석을 하는 것에 대한 별다른 논증을 하지 않아서 그 해석의 적절성에 대한 의문을 남겼다.