성별영향분석평가의 실효성 제고를 위해 성과관리와 더불어 제도 확산을 위해 협력체계를 활성화할 방법을 마련해야 한다.
한편, 성별영향분석평가의 실효성을 높이기 위해서는 제도운영 전반에 대한 성과관리뿐 아니라 제도의 확산을 위한 협력체계의 활성화 방안이 마련되어야 할 것이다. 아직까지 성별영향분석평가는 일반 국민들에게 널리 알려져 있지 않으며, 성별영향분석평가 결과 도출된 정책개선안이 정책환류로 연결되고 있는지에 관한 검토도 활발하게 이루어지고 있지 않다. 또한 우리나라는 성별영향분석평가제도를 수행하면서 전문가-관료주의 모델을 주로 채택함으로써(이재경 외, 2012: 11) 성 주류화 논의에서 폭넓게 차용되고 있는 공무원-전문가-시민사회 모델을 대부분 수용하고 있지 않다. 그러나 최근에 개정된 성별영향분석평가법에서는 민관협력에 기초하여 이 제도를 운영하도록 하고 있어 민관협력체계 구축에 관한 논의가 점차 활발하게 진행될 것으로 예상된다.