신주인수권의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 납세의무가 있으며 비상장법인 주권상장법인의 신주인수권의 양도로 발생하는 소득에도  양도소득세 납세의무가 발생한다.
거주자는 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 납부할 의무를 부담하는데, 이 때 주식 또는 출자지분에는 신주인수권이 포함되므로, 신주인수권의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 납세의무가 발생한다(소득세법 제94조 제1항 제3호). 그런데 비상장법인의 신주인수권 양도로 발생하는 소득에 대하여는 모든 거주자가 납세의무를 부담하는 것과는 달리, 주권상장법인의 신주인수권의 양도로 발생하는 소득의 경우에는 소득세법 시행령에서 정하는 일정한 대주주가 양도하는 것과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”)에 따른 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것에 한하여 양도소득세 납세의무가 발생한다(같은 호 가목).