김정일 시대의 선군사상은 총대에 의해 혁명이 완성된다는 선군 혁명 원리를 앞세워 군대·국방공업을 우선시하는 통치이념으로, 국방위주의 국가기구 체계를 수립하고 군대를 혁명의 주력으로 내세우면서 영도 체제를 강화하고 있다. 선군사상 아래 중앙인민위원회는 폐지되고 국방위원회가 행정분야까지 총괄하는 기관으로 자리잡게 된다.
선군사상은 급변하는 국제적 환경에 대응하는 차원에서 사회주의 강성국가 건설을 위해 선군혁명 원리의 구현을 강조한 김정일 시대의 통치이념이다. 북한의 주장에 따르면 선군혁명 원리는 총대에 의해 혁명이 개척되고 전진하며 완성된다는 원리로서 ‘총대 철학’에 기초한 혁명원리를 의미한다. 특히 선군사상은 군사적 대결에서의 승리를 위해 ‘군사선행의 원칙’을 내세우고 있다. 군사선행의 원칙이란 당과 국가의 노선 및 정책을 세우고 관철시켜 나가는 데 있어서 군대와 국방공업의 강화·발전을 우선적으로 강조하는 원칙이다. 또한 선군사상은 국방위주의 국가기구 체계를 수립함으로써 혁명적 영도방법의 중요한 구성 요소인 영도체계를 심화시킨 규범적 원리를 구성하고 있다. 선군사상이 대두되고, 김일성을 ‘영원한 주석’으로 추대하면서 기존 중앙인민위원회는 폐지되고 전시기구였던 국방위원회가 행정기관화 되면서 국방위원회는 행정분야에서 수령의 유일적 영도 아래 나라의 전반 사업을 군사선행의 원칙에 입각하여 통일적으로 지도관리하는 중추적 기관으로 역할을 담당하게 된다. 또한 선군사상은 혁명과 건설에 있어서의 위상과 혁명성, 조직성, 전투력 등을 고려하여 군대가 혁명의 주력군이 된다는 점을 강조한다.