무상보육지원방식에 대한 쟁점은 시설지원, 부모지원, 시설확충이다. 시설지원은 너도나도 보육비를 받으려하는 '도덕적 해이'를 골자로 지금의 무상보육 대신 아동수당제를 도입하는 주장이 있다. 시설확충은 부족한 국공립시설을 확충하자는 것이다.
마지막으로, 무상보육지원방식에 대한 쟁점으로 시설지원, 부모들이 선택권을 확대할 수 있도록 하는 부모지원 그리고 시설 확충이 있다. 시설지원은 무상보육을 할 수 있도록 보육시설에 정부가 보육료를 지급하는 형식으로 이루어진다. 이는 무상보육정책으로 인해 집에서 아이를 키우던 부모들까지 너도나도 보육비를 받겠다고 영ㆍ유아원 문을 두드리게 하는 ‘도덕적 해이’를 낳고 있다. 이와 같은 문제로 유아정책연구소등과 같은 전문가들은 어린이집･유치원 등 보육시설 이용료를 지원하는 지금의 무상보육 방식 대신 아동수당제 등을 도입해 부모를 통해 지원이 이뤄지도록 해야 하고 보육시설이나 가정양육 중 선택할 수 있게 해야 한다고 주장하고 있다. 시설확충은 한국여성단체연합, 한국여성정책연구원 등이 주장하는 대안으로, 국공립시설의 부족으로 국공립보육시설 대기자 등록 아동 수는 매년 증가하고 이용아동은 약 10%정도에 미치지 못하기 때문에 믿고 맡길 수 있는 국공립시설을 확충하자는 것이다.