규제비용관리제의 적용대상 판정여부의 형평성 저해와 규제심사는 우리나라 공무원들이 해결해야 할 문제이다.
이러한 우리나라의 적용대상 판정여부가 규제비용관리제 적용대상의 예측가능성 및 형평성을 저해한다는 점은 이미 다수의 공무원들이 시급하게 해결되어야 할 요인으로 지적하였다. 사실 규제비용관리제의 적용대상 판정뿐만 아니라 규제심사의 경우도 유사한 절차를 거치고 있는데, 이 또한 규제심사를 담당한 공무원의 개인적 성향에 따라 규제판정 결과도 차등적으로 나타나고 있다. 예컨대 실제로 각 부처에 규제로 등록된 법령 중에는 실질적으로 규제로 볼 수 없는 규정들도 다수 포함되어 있는가 하면, 규제로 볼 여지가 충분함에도 불구하고 규제에서 제외된 사례들도 있다.