보건복지부 어린이집 혼합연령학급 프로그램은 총 3권을 개발, 제공하며 세부적으로 그 구성을 나누고 있다. 보건복지부는 혼합반 교사의 어려움을 줄이고 누리과정을 적용하기 위함이라 밝혔다. 이에 각 연령별 누리과정 프로그램을 바탕으로 제시한다. 그러나 혼합연령 프로그램은 소주제별로 적합 프로그램을 선택하고 가이드라인을 제공하는 형태로 제공된다.
보건복지부에서 제공하는 어린이집 혼합연령학급을 위한 프로그램은 3,4세 혼합반용, 4,5세 혼합반용, 3~5세 혼합반용 총 3권을 개발하여 제공하고 있으며, 세부적으로는 해당 연령 혼합반 어린이집 프로그램의 구성 및 특징, 해당 연령 유아의 발달적 특성, 프로그램의 계획 및 운영, 프로그램의 실제, 그리고 주제별 주간계획안 및 활동 실제로 구성되어 있다. 보건복지부는 혼합반 프로그램 개발 목적을 혼합반을 운영하는 교사가 해당 연령별 활동을 모두 숙지하고 활용해야 하는 어려움을 줄여주고 혼합반에 누리과정을 적용하기 용이하도록 하기 위함이라고 밝히고 있다. 이에 따라 각 연령별 누리과정에 기초한 어린이집 프로그램을 바탕에 두고, 12개 주제와 하위 소주제별 모든 프로그램을 연간보육계획, 월간보육계획, 주간계획안과 함께 제시하고 있다. 그러나 유치원 지도서에 제시되어 있는 프로그램이 혼합연령용으로 새로이 개발한 것이라면, 보육프로그램의 경우 소주제별로 혼합반에서 적용가능한 가장 적합한 프로그램을 하나 선택한 후, 다른 연령층의 유아도 함께 활동할 수 있도록 각 연령별 목표나 참고사항을 교사에게 가이드라인의 형태로 제공하고 있다. 참고사항은 각 연령별 발달적 차이와 중점 사항, 유의사항, 확장 연계 가능 대체 활동이 제시되어 있다.