인천의 대안학교로는 학교부적응학생을 위한 인천해밀학교, 다문화가정 자녀들을 위한 인천한누리학교, 특성화고등학교인 산마을고등학교, 학업중단학생을 위한 인천청담학교가 있다.
인천에 소재하고 있는 대안학교로는 공립 Wee스쿨로 학교폭력 가해·피해, 정서 불안 등의 학교 부적응학생들의 학업중단을 최소화하기 위해 운영하고 있는 인천해밀학교(교장 서권수), 중도입국자녀, 외국인 근로자의 자녀 및 일반학교에 적응하지 못하는 다문화 가정 자녀 등 학교 진학·적응이 어려운 다문화 가정 학생에 대한 학교 적응 교육프로그램을 통하여 정규학교로의 진입 및 복귀를 지원하기 위해 설립된 인천한누리학교(교장 박형식)가 있으며, 대안교육특성화고등학교인 산마을고등학교(교장 안성균), 위기청소년이나 학업중단학생을 위해 설립된 인천청담학교(교장 홍현웅)가 있다.