정부추진체계를 정부조직구조, 조직운영, 법제조로 구분하여 살펴봤을 때, 부처간 갈등이 심하고, 통상정책 로드맵이 개별부처에 반영되지 못하며, 통상정책 영향평가의 공정성 부족 등 많은 문제가 있었다.
이에 본 연구에서는 정부추진체계를 정부조직구조, 조직운영, 법제도로 구분하여 문제점을 살펴보았다. 정부조직구조에서는 국무조정실이 제 역할을 못하고 있으며, 부처 이기주의로 부처 간 갈등이 발생하고 있었다. 무엇보다도 통상과 관련해 중앙정부와 지방정부 간의 협력이 심각한 문제임을 알 수 있었다. 조직운영에서는 통상정책의 로드맵이 구성되어 있었으나 정착 개별부처의 중장기 계획에는 전혀 반영되지 않고 있었으며, 부처 간 정보 공유가 이뤄지지 못하고 있었다. 또 하나의 문제점은 협업으로 승진과 보상체계가 명확하지 않으며, 순환보직으로 통상전문가가 부족하다는 것을 지적하였다. 법제도 측면에서 통상정책 영향평가의 공정성 문제와 통상협상 관련 정보 공개의 소극성을 지적하였다.