기관별 예산집행액을 보면 인건비 약60%, 사업비 약40%이다. 기관당 사업비가 약3천여만원인데 기관마다 이용 청소년 규모의 편차가 심해 이용청소년이 많은 기관은 예산이 부족하여 경제적으로 어려운 청소년에게 직접적 지원이 어렵고 집단지원으로 쓰인다.  지역내 인프라가 없는 중소도시나 농산어촌, 학교밖 청소년들에대한 지원도 향상되어야 한다.
기관별 예산집행액을 보면(<표 Ⅴ-21>) 인건비가 전체 예산의 약 60%를, 프로그램 운영비(30.8%)와 직접 지원비(6.6%) 등 사업비가 전체 예산의 37.4%를 차지하였고 예산 항목 중 관리운영비는 약 8.7%이다. 사업비의 경우 기관 당 약 3천여 만 원 수준이며 기관 당 일 년 간 이용청소년의 수가 평균 65명이라 할 때 일인당 50만 원 정도 밖에 되지 않음을 알 수 있다. 그러나 기관마다 이용 청소년의 규모에 대한 편차가 심해 이용청소년의 수가 많은 기관인 경우에는 사업비 예산이 더욱 부족할 수밖에 없다. 이와 관련하여 현장의 실무자들은 사업비의 부족으로 경제적으로 어려운 청소년이 많음에도 불구하고 이들에게 직접적인 개별지원을 충분히 하기가 어렵고 집단지원을 중심으로 사업비가 배정될 수밖에 없음을 호소하였다. 또한 지역 내 인프라가 충분히 확보되지 못한 중소도시나 농산어촌의 경우 활동을 위한 강사 등의 인건비가 많이 들고 다양한 문화 및 사회 활동은 대도시를 중심으로 형성되어 있는 경우가 많아 이를 위해서는 지역 밖으로 나가야하기 때문에 사업비가 더욱 부족하다는 지적도 제기되었다. 학교에 재학 중인 청소년에 대한 정부차원의 지원정도를 감안하여 학교 밖 청소년들에 대한 지원이 좀 더 향상될 필요가 있다.