6호처분 시설은 설치, 위탁지정, 직업교육, 예산지원 등 분야별로 다양한 관련부처와 적용법률이 뒤섞여 있어 특정 법률에 의한 일관적인 관리감독이 어렵고 시설운영에도 한계가 있다. 
6호처분 시설은 관련기관이 많다. 시설의 설치에 관하여는 보건복지부, 시설 위탁지 정에 대하여는 법원, 비행청소년에 대한 연계는 법무부, 지역사회내 자원 활용에 있어 서 여성가족부, 위탁청소년 교육지원에 있어서는 교육부, 직업교육과 관련해서는 고 용노동부, 예산지원에 관하여는 해당 지방자치단체 등 관련부처와 적용법률이 혼재되어 있어 어떠한 법률에 의해 일관되게 관리감독이 될 수 없는 구조로 되어 있다. 6호처 분 관련규정도 ｢소년법｣ 제32조의 보호처분 유형으로 되어 있으나, ｢아동복지법｣상 아동복지시설 기준에 따르고 있고, 직업･교과 교육 등과 관련해서는 해당 법률의 규정 적용을 받게 되므로 시설운영에 있어 한계가 발생하게 된다.