북한 연방제의 문제점은 첫째, 선결조건으로 남한의 국가보안법 철폐 및 주한미군 철수 등을 요구하며 상대방의 실체를 부정한다. 둘째, 선결조건과 연방구성 원칙에서 서로의 이념과 체제 인정에 대한 모순이 있다.
공산화 통일이라는 북한의 통일전략을 실현하기 위한 북한의 연방제 통일방안은 시기별로 변화를 가하고 있으나 다음과 같은 문제점을 지니고 있다. 첫째, 연방제의 선결조건을 요구함으로써 상대방의 실체에 대해 부정하고 있다. 남한 내 인민민주주의 정권 수립과 함께 국가보안법 철폐, 주한미군 철수 등을 연방제의 선결조건으로 요구하는 것은 상대방의 실체를 부정하는 것으로서, 양측의 현실의 인정한다는 '남북기본합의서'의 기본 취지에도 맞지 않는다.
둘째, 선결조건과 연방구성 원칙 사이에 논리적 일관성이 결여되어 있다. 선결조건에서는 상대방의 이념과 체제를 부정하면서도 연방제의 구성 원칙에서는 남북의 사상/제도의 차이를 상호 인정하는 기초 위에서 하나의 연방국가를 형성하자고 주장하는 모순을 드러내고 있다.