출연금 비중은 정부가 제시한 수준에 70%에 불과하며 도달 시기도 미뤄지고 있다. 출연금의 수준이 기관 고유의 연구 활동에 충분하지 않다. 특히 안정적 인건비 비중이 중요한데, 인건비는 통제가 강하게 이루어져 연구 환경의 안정성을 해친다. 따라서 안정적 연구 환경 조성을 위해 인건비, 환경인가를 우선적으로 확보해야 한다. 
그러나 출연(연)의 출연금 비중은 여전히 정부가 제시하는 70% 수준에 미치지 못하고 있으며 도달 시기가 계속해서 미루어지고 있다. 2014년 기준으로 출연(연)의 총 연구사업비 중 안정적 연구사업비 비중은 41% 수준이며 안정적 인건비 비중은 53.2%이다. 일부 출연(연)의 출연금 비중이특히 낮아 이를 제외하면 비중이 조금 더 상향되기는 하나 아직까지 출연금의 수준은 출연(연)이 안정적으로 기관고유의 연구 활동에 종사하기에는 충분하지 않은 실정이다. 특히 중요한 것은 안정적 인건비 비중이다. 인건비는 연구기관 운영을 위해 확보해야 하는 기본적인 예산이며 기관이 연구 활동에 대응해 지급해야 하는 부채성 경비이다. 따라서 연구기관 운영에서 가장 최우선으로 확보되어야 하는 재원이다. 그러나 예산을 지원하는 정부의 입장에서는 인건비는 고정비 성격 비용이어서 상대적으로 사업비에 비해 인건비에 대한 통제가 강하게 이루어지고 있다. 따라서 안정적 연구 환경 조성을 위해 가장 최우선적으로 확보되어야 할 비목은 인건비이며 인건비를 안정적으로 확보할 수 있는 환경인가가 연구 환경의 안정성에 가장기본적인 요건이다. 그러나 현재의 안정적 인건비 구조는 점차 개선이 되어가고 있으나 50% 수준에 불과해 여전히 연구 환경의 안정성을 해치는 중요한 요소로서 영향을 미치고 있다.