특성화고 학생들의 학교를 그만두는 비율이 일반고의 학생들보다 높다.  특성화고는 일반고와 다르게 가정환경과 학업 관련 부적응으로 학교를 그만두는 비율이 높다.
학생들의 정서 문제와 학업 적응에 대한 하나의 지표가 될 수 있는 학업 중단률은 특성화 고등학교 학생들이 일반고에 비해서 높은 편이다. 2016년 특성화고 학생들의 학업중단 비율은 2.20%로, 일반고 0.87%에 비해 2.5배 수준이다. 특성화고는 일반고와는 다르게 가정환경(3.41%) 때문에 자퇴하는 학생이 많았고, 특히 특성화고 학생들은 일반고(18.05%)에 비해서 학업 관련 부적응으로 학교를 그만두는 비율(28.81%)이 가장 높았다. 퇴학생 비율도 특성화 고등학교는 7.10%로 다른 고교보다 높았다(권희경, 2017).