인적자원개발기본법 제정에 대해 교육인적자원부는 부처협의의 어려움을 토로했고, 경제부총리는 필요성을 역설했다.
교육인적자원부은 “이 법률 제정을 위하여 관계부처 협의와 인적자원개발회의의 논의과정에서 입법을 반대하거나 다른 법률에 우선 적용, 예산･기금, 평가 등 일부 주요 조문의 삭제 등을 대부분의 부처가 요구하여 입법의 존폐 여부와 정부입법에서 의원입법으로의 전환을 검토하는 등 부처협의에 어려움이 많이 있었음”을 토로하였다. 경제부총리의 경우 정부조직법 외에 별도의 법률이 없어도 부총리의 역할 수행에 큰 어려움이 없다는 반론에 대해 당시 인적자원정책국의 초대 국장을 역임한 정기오는 “경제부총리가 40년에 가까운 역사를 통해 축적된 노하우”와 “거시경제 금융 이론”이 부총리의 지위를 뒷받침해준다면 “이러한 조건이 결여된 인적자원부총리의 역할이 원활히 수행”되기 위해 “인적자원개발기본법 제정의 최소한의 의의가 있다.”고 논박하였다.