반이민 행정명령 발동으로 극심한 혼선이 빚어지고 많은 비난이 쏟아졌다. 시민들과 단체, 기업들, 행정부 내에서도 행정명령 반대의견을 내고 있다.
반이민 행정명령의 발동 직후 수백 명이 미 공항에 억류되고 미국행 비행기 탑승이 취소되는 등 극심한 혼선이 빚어졌다. 또한, 이민자가 세운 나라인 미국의 건국이념에 어긋나는 인종·종교 차별이자 외국인혐오라는 비난이 쏟아졌다. 사람들은 “그들을 들여보내라(LET THEM IN)”라고 적힌 피켓을 들고 반대집회에 나섰고, 오바마 전 대통령도 우려를 표명하였다. 전·현직 관리들, 시민·인권 단체, 실리콘밸리 IT 기업들까지 행정명령 반대 대열에 가세했다. 행정부 내부에서도 반발이 일어나 외교관 1천 명 이상이 행정명령에 반대하는 서명에 동참했고, 샐리 예이츠(SallyYates) 법무장관 대행은 정부를 변호하지 않겠다고 반기를 들었다.