증거나 혐의가 부족한 불기소 처분과는 다르게 혐의가 충분하나 그 외의 조건으로  기소를 하지 않는 기소유예는 형사보상 인정시에 국가 사법권이 과하게 제한이 된다. 그러므로, 헌법 제28조에 의해 일부 문제가 해결되었다 본다.
피의자보상과 관련하여 기소유예처분을 받은 자도 형사보상의 대상에 포함시켜야 한다는 견해가 있다. 그러나 피의사실이 인정되지 않거나 피의사실을 인정할 만한 충분한 증거가 없는 경우 등 범죄의 객관적 혐의가 불충분하거나 소송조건이 결여되는 것과 같이 요건 자체가 충족되지 않는 일반적인 불기소처분과 달리 기소유예의 경우에는 엄연히 범죄의 혐의가 인정되고 소송조건이 구비되었으나 피의자의 연령, 성행, 지능과 환경, 범행 동기, 범행 후의 정황 등을 참작해서 검찰이 임의로 기소를 하지 않는 것이므로 양자를 동일하게 취급할 필요가 없으며, 기소유예에 대해서까지 형사보상이 인정된다면 국가의 사법권 행사가 지나치게 제약될 우려가 있다. 헌법 제28조는 ‘법률이 정하는 불기소처분’을 받은 경우에 형사보상을 청구할 수 있다고 규정하고 있으므로 기소유예처분에 대한 형사보상 인정 문제는 입법적으로 해결되었다고 할 수 있다.