북한인권재단이 신설되면 국가인권위원회의 북한인권 관련 기능이 이유없이 박탈되고 기존 북한인권 관련와의 업무 중복으로 혼란, 예산 낭비를 초래하므로 재단 성격에 맞춰 활동을 국한해야 한다.
북한인권법이 예정하고 있는 북한인권실태조사와 연구 등 북한인권재단의 업무는 국가인권위원회나 통일연구원 또는 다른 민간 북한인권단체들의 업무와 중복되어 옥상옥의 관계가 될 개연성이 높다. 그뿐만 아니라 북한인권에 관해서는 다른 법률보다 북한인권법이 우선하여 적용되도록 하고 있어, 북한인권재단의 신설은 모처럼 정상화된 북한인권에 관한 국가인권위원회의 기능을 이유 없이 박탈하고, 업무 중복으로 인한 혼란과 막대한 예산 낭비를 초래할 우려가 있다. 그래서 북한인권재단이 굳이 필요하다면, 재단의 성격에 맞게 북한 인권단체 지원 사업이나 북한주민에 대한 인도적 지원 문제에 활동을 국한하는 것이 옳다는 견해는 설득력이 있어 보인다.