행정부는 고등교육부분 지출을 유지하고, 대학재정지원사업을 재편해 나갈 계획이다.
부문별로 향후 지출 변동요인을 살펴보면, 행정부는 유아 및 초중등교육에서 지방교육재정교부금 및 지방교육정책지원 재원이 되는 국세 증가에 따라 관련지출이 2016년 41.2조원에서 2020년 47.4조원으로 연평균 3.5% 증가될 것으로 전망하고 있다. 행정부는 고등교육 부문에서 2016년에 9.4조원에서 2020년 9.5조원으로 연평균 증가율 0.3%로 거의 유지시킬 계획이다. 이는 대학재정지원사업을 재구조화하여 2019년 이후 대학 자율성을 확대하고, 유사 사업을 통합하여 연구, 산학협력, 특성화, 교육역량 강화 지원 등 4부문으로 재편해 나갈 계획이기 때문이다.