북한인권기록보존소의 설치에 대해 보수와 진보진영 간 법안 등에서 의견이 극심하게 대립되었다. 
독일의 잘츠기터 중앙기록보존소를 본 딴 북한인권기록보존소의 설치는 김문수의원안에서 최초 규정된 이후, 여야의 첨예한 논쟁의 핵심 쟁점이 되었다. 보수진영의 19대국회 법안들은 예외 없이 북한인권기록보존소의 설치 내용을 담고 있었던 반면 진보진영의 19대국회 법안들은 예외 없이 그 내용을 담고 있지 않았음에 비추어 볼 때에도 핵심 쟁점이었음을 쉽게 알 수 있다. 현행법은 보수진영의 법안에 기초하여 제정된 것인 만큼 보수진영의 법안을 검토해보면, 설치 자체에는 모두 찬성하였던 반면 설치기관에 있어서는 북한인권재단, 법무부, 국가인권위원회 등으로 의견이 분분하였다.