한편 교육과정 운영 측면에서는 전입생 문제가 핵심이다. 찬성측은 학습하지 않았더라도 신체활동의 가치를 습득할 수 있으며, 이미 배웠을 경우엔 더 다양하게 체험할 수 있어 좋다고 했다.
한편 교육과정의 운영 측면에서는 전입생의 학습 내용 누락에 대한 문제가 핵심으로 거론되고 있다. 실제로 학년군제 하에서 단위학교마다 운영하는 학년별 교육 내용이 다르기 때문에 전입생이 특정 중영역 내용에 대해 교육받지 못하거나 중복하여 받게 되는 사태가 발생하고 있다. 학년군제를 찬성하는 입장에서는 특정 중영역에 해당하는 내용을 학습하지 않았을 지라도 학년군 전체로 볼 때 대영역에서 추구하는 신체활동의 가치를 습득할 수 있으므로 크게 문제될 것은 없다고 주장한다. 또한 중복되는 교육 내용에 대해서는 해당 신체 활동을 다양하게 체험할 수 있다는 측면에서 오히려 긍정적으로 작용할 수 있다는 견해를 보인다.