규제총량제도는 비용측면에서 제한하기 때문에 절실한 규제를 신설하기가 어렵거나 규제를 쉽게 늘이는 문제점이 있다. 또한 집행이 어려운 규제나 책임부담, 업무량이 많은 규제를 폐지할 가능성도 있다.
하지만 규제총량제도는 위험을 수반하기도 한다. 규제총량제도는 각 부처별로 특정시점에서 규제총량을 비용측면에서 동결하기 때문에 그 동안 규제완화 내지 폐지를 위하여 노력한 부처의 경우에도 꼭 필요한 규제를 신설하는 것이 현실적으로 어려워진다. 또한 그동안 규제완화 내지 폐지에 큰 노력을 기울이지 않은 기관의 경우에는 새로운 규제를 쉽게 증설할 수 있는 문제점을 가지게 된다. 한편 신설규제 대신 폐지하는 규제의 선정과정에서 현실적으로 필요함에도 불구하고 규제집행이 어렵거나 책임부담이 많은 규제 또는 업무량이 많은 규제가 폐지될 가능성도 있다. 또한 기존 규제의 폐지로 인해 초래되는 피해가 매우 클 경우 기존 규제의 폐지가 어렵게 될 것이고 이것은 신설규제의 일방적인 증가로 이어질 가능성도 있다(안혁근, 2005, p79~80).