2차 심사 외부 심사위원을 과반수 미만으로 규정한 개선안은 공정성에 문제가 생길 수 있기 때문에, 외부위원을 과반수 이상으로 개정하는 것이 필요하다. 2015년부터 이에 대한 개정이 이루어졌으나 감사일에는 개선사항이 적용되지 않았다.
또한 개선안에는 2차 심사(PT 평가)시 사업예산 배정규모에 따라 외부 심사위원의 구성 비율을 달리(5억원 미만은 내부위원 4명과 외부위원 1명, 5억원 이상은 내부위원 3명과 외부위원 2명)하여 외부 심사위원을 과반수 미만으로 구성하도록 되어있다. 이러한 심사위원 구성방법은 내부위원의 평가점수가 심사결과를 결정할 개연성이 높아 심사의 공정성과 투명성을 저해할 우려가 있다. 따라서 재단은 2차 심사 평가위원의 구성시 외부위원이 2분의 1이상 참여하도록 개선하고 이를 관련 규정에 반영하여 운영하는 것이 바람직하다. 이에 재단도 심사의 공정성과 투명성을 제고하기 위해 2015년부터는 2차 심사위원회 위원 구성시 사업예산 규모와 상관없이 외부위원을 2분의 1 이상을 참여시켜 운영하고 있으나, 감사일 현재 (2016.3.25.) 「처리내규」와 개선안에 2분의 1이상의 외부 심사위원을 참여시키는 것을 반영하지 않은 채 심사위원을 구성․운영하고 있다.