시민사회단체는 인재근 의원 대표 발의안에서 개인정보의 보호와 관련된 법령의 개선 등의 업무에 대해 국무총리가 행정감독권을 행사할 수 있도록 되어 있어 개인정보보호위원회의 독립성을 크게 침해한다고 비판했다.
소병훈, 송희경 의원안의 경우 개인정보보호위원회가 “그 권한에 속하는 사무를 독립적으로 수행”한다고 규정하고 있음에도 불구하고, 변재일, 진선미, 인재근 의원안과 같이 “독립적인 업무 수행을 위하여 같은 법(정부조직법) 제18조를 적용하지 아니한다”는 규정을 포함하지 않고 있어 독립성 보장에는 한계가 있다. 인재근 의원이 대표발의한 안은 개인정보보호위원회의 일부 권한에 대해서만 정부조직법 제18조를 적용하지 않는 것으로 하고 있는데, 이에 따라 개인정보의 보호와 관련된 법령의 개선, 정책·제도·계획 수립·집행 등 다른 업무는 국무총리가 행정감독권을 행사할 수 있도록 되어 있다. 이에 대해 시민사회단체는 개인정보보호위원회의 독립성에 대한 중대한 침해이며, 기본 정책 방향에 대해서 정부의 기조에 따라 통제하겠다는 것이라고 비판하고 있다.