그동안  형사합의는 당사자들에게 떠맡겼는데, 이런 상황에서 형사합의를 하면 다음 문제들이 생길 수 있다. ① 합의 과정에서 강압이나 폭력을 휘두르는 등의 사인 간 권력관계가 그대로 적용된 상태로 형사합의를 하게 될 수 있다.  ② 형사합의가 당사자 간의 사적인 계약에 불과하므로,당사자 중 한쪽이 그 합의내용을 실행하지 않더라도 억지로 하게 할 방법이 없다.
이와 같이 형사합의의 결과는 형사절차에 일정한 영향을 미치고 있고 범죄피해자의 보호에 일정부분 기여하고 있기는 하지만, 검찰에 의한 형사조정제도가 우리나라에서 시행되기 전까지, 그 과정에 대한 법적 근거와 절차규정은 전혀 없었고 오로지 형사합의는 사인인 당사자들에게 맡겨져 있었다. 이러한 상황에서 형사합의는 다음과 같은 문제들이 제기될 수 있다. ① 합의 과정에서 강압이나 폭력이 개입되는 등의 사인 간 권력관계가 그대로 적용되는 방식으로 형사합의가 이루어질 수 있다. 예컨대, 가해자가 형사처벌을 면제받거나 경감받기 위해 형사사건의 정상참작의 한 자료로서 경찰·검찰·법원에 제출하기 위한 합의서를 피해자로부터 조속히 받을 목적으로 수단과 방법을 가리지 않고 피해자와의 합의를 성사시키려고 하는 과정에서 이러한 상황이 많이 나타나고 있다. ② 형사합의가 당사자 간의 사적인 계약에 불과한 것이기 때문에 당사자 일방이 그 합의내용을 이행하지 않더라도 강제할 방법이 없다. 예컨대, ‘합의’를 이유로 관대한 처분을 받은 다음 그 합의내용을 이행하지 않더라도 피해자는 이행을 강제할 수 없고, 이를 위해서는 별도의 민사소송을 제기하지 않는 한 이를 강제할 방법도 없다. 이러한 실정을 고려하여 재판실무에서는 공판과정에서 피고인이 피해자와의 합의사실을 주장하는 경우에 법관이 합의된 손해배상의 이행을 확인 종용하는 경우도 많다고 한다.