정신요양시설은 국고에서 지원하는데 반해 사회복귀시설은 지자체가 부담하는 구조적 문제가 있어 지원방식 개편이 필요하다. 또한 소규모, 지역사회 주거를 확대하려면 정신요양시설의 사회복귀시설 전환 시에도 국고지원을 지속하여야 한다.
정신요양시설 보조금은 2015년부터 국고지원으로 환원되었다. 반면 사회복귀시설은 지방자치단체가 전적으로 부담하도록 함으로써, 사회복귀시설이 위축되고 정신요양시설이 확대될 수 있는 구조적 문제를 가지고 있다. 대규모 시설을 줄이고 정신장애인의 지역사회통합을 지원하기 위해서는 국가는 재정지원 부담을 지방정부의 책임으로 넘기기보다는 사회복귀시설의 운영비에 대해서도 국고지원이 이루어질 수 있도록 재정지원방식을 개편할 필요가 있다. 또한 소규모 주거나 지역사회 주거지원체계를 확대하기 위해서는, 정신요양시설의 기능전환을 통하여 사회복귀시설로 전환하는 경우 기존의 정신요양시설에 대한 국고지원이 사회복귀시설 전환 이후에도 이전될 수 있도록 하는 방안이 모색되어야 한다. 이를 통해 정신요양시설의 기능전환으로 인해 발생하는 추가적인 재정 부담에 대한 지방자치단체의 저항을 예방할 수 있을 것이다.