1591년 동인의 집권으로 정개청의 복권운동 전개와 함께 1616년 그를 추모하기 위한 자산서원이 건립되었다. 그러나 이후로도 동인과 서인의 정권 방향에 따라 서원은 철폐되고, 복설되기를 반복했다. 
1591년(선조 24년) 정철이 축출당하고 동인이 집권하면서 정개청의 신원운동이 활발히 전개되었고, 1616년(광해군 8년) 현 함평군 엄다면 제동마을에 그의 학문과 덕행을 추모하기 위해 자산서원이 세워졌다. 이는 동인 계열의 남북인이 합세하여 이룬 성과였다. 하지만 동인과 서인의 정권 방향에 따라 정개청의 신원운동과 사원철폐는 수차례 되풀이되었다.
서인들에 의한 인조반정이 성공하자 김장생의 상소에 의해 인조 2년 서원이 철폐되었다. 그 뒤 1년 만에 정개청은 다시 복위되고 서원도 복설되었다. 
1657년(효종 8년)에 서인의 송준길, 민정중 등의 상소로 자산서원은 또 다시 철폐되었다. 그러나 동인계열의 남인인 윤선도와 허목의 상소로 1677년(숙종 3년)에 복설되었고, 1679년에 '자산(紫山)'이라고 사액된다. 