다음은 지역 발전 회계의 운용에서 포괄보조방식과 관련된 특이점이다. 유사사업을 포괄보조사업으로 조정하고, 지자체가 세부내역을 집행하게 하여 자율성을 확대한다. 또, 지역 발전을 위한 재원을 늘리며, 집행 가능성이 높은 사업 위주로 예산을 편성토록 한다.
광역‧지역 발전 특별회계의 회계 운용 과정에서 나타난 포괄보조방식과 관련된 정책적 특이점은 다음과 같이 정리된다(신두섭, 2014, pp.14~16). 첫째, 사업의 투자 효율성 향상을 위해 유사사업을 폐합하여 포괄보조사업으로 조정함으로써 지역별, 부처별 중복 투자를 방지하고, 지역의 수요와 사업 간 비교 우위를 감안한 차별화된 지원을 전제로 한다. 둘째, 포괄보조방식의 도입을 통해 시‧도 별 지출한도 내에서 지자체가 자율적으로 세부내역을 설계‧집행할 수 있도록 함으로써 지자체의 실질적 자율성 확대를 기대한다. 셋째, 지역별 지출한도 배분 시, 지자체의 지역 발전을 위한 추진 실적 및 회계 운영 성과 등과 연동된 재원의 비중을 단계적으로 확대하여 자원배분의 실효성 및 합리성 제고한다. 넷째, 집행 가능성이 높은 사업 위주로 예산을 편성토록 하여 지자체의 재정운영의 책임성을 제고한다(정은희 외, 2014, pp.40~41 재인용).