SAPP의 최대 난제는 국가 연계를 위한 투자자금 마련으로 특히 수력발전 부문에서 어려움을 겪고 있는데, 이를 극복하기 위해 PPP방식이 도입되고 있다.
하지만 국가간 연계 추진을 위한 투자자금 마련은 SAPP의 최대 난 제라고 할 수 있다. 다른 아프리카지역과 마찬가지로 남부아프리카지 역에서도 국가재정(국영전력기업), 다자개발은행의 신용제공, 선진국 공적원조 등이 전력망 연계 및 발전원 개발에 주요 투자재원이지만, 대규 모 투자자금 마련과 복잡한 국가간/지역주민과 합의를 필요로 하는 수력발전 개발 사업의 경우에 재원마련에 특히 더 어려움을 겪고 있다. 최근에는 이를 극복하기 위한 방안 중에 하나로 민간자본 유치를 위한 PPP(Public Private Partnership)방식 도입이 추진되고 있다.