일본국헌법의 공포·시행에도 오키나와는 평화 헌법이 미적용됐다. 연합국 총사령부는 오키나와를 미군의 직접 지배 아래 두고, 전략적 군사적 거점으로 삼았다. 이 때문에 오키나와 현지인과 미군의 대립·갈등이 있었다. 이에 미군 정부는 '미민 정부'로 개칭하고 군도 정부를 통합하며 류쿠정부를 설치했다. 하지만 여전히 오키나와는 미군의 영향력 아래에 있었다.
1946년 11월 3일 일본국헌법이 공포되고 1947년 5월 3일 시행되었지만 오키나와에는 평화 헌법이 적용되지 않았다. 연합국 총사령부는 일본 본토는 간접 통치하고 오키나와 지역은 미군의 직접 지배 아래 두었다. 미군부의 대 소련 및 대아시아 전략에 있어 오키나와를 전략적 군사적 거점으로 이용하기 위한 목적 때문이었다. 오키나와 본도(本島)의 경우 수용소 이외의 주요 지역은 미군의 군용지로 수용되었으며 이를 둘러싸고 오키나와 현지인들과 미군 사이에 첨예한 대립과 갈등이 이어졌다. 1950년 미군 정부는 ‘미민(米民) 정부’로 개칭하고 4개 지역(오키나와 본도, 아마미 제도, 미야코 제도, 야에야마 제도)로 나누어져 있던 군도 정부를 통합하여 1952년 4월 미 민 정부 아래 3권 분립 형식을 취한 류쿠정부를 설치하였다. 그러나 류쿠 정부도 정상적인 정부는 아니었다. 주둔 미군의 사건은 미 군법회의에서 다루어졌고, 사법부의 민(民) 재판소 사건이라 할지라도 미군 지배에 큰 영향을 끼친다고 판단되면 류쿠 정부 재판소에서 미 민 정부 재판소로 사건을 이송해야 했다. 전후 일본은 독립했지만 오키나와 지역에서는 새로운 이민족 지배가 시작된 것이었다. 오키나와인들은 일본 국민으로 강제 편입된 지 얼마 지나지 않아 다시 일본 국민이 아닌 ‘군사기지 오키나와’의 식민 지민이 되었다.