정부는 신기술금융회사가 결성하는 투자조합에 대해서도 상당한 세제 해택을 제공한다. 하지만 창업투자회사와 신기술금융회사 사이에는 규제 차익이 있어서 동일한 지원은 공정하지 않다.
이처럼 규제상의 차이가 존재함에도 불구하고 정부는 벤처 캐피털의 투자 촉진을 이유로 창업 투자 회사가 결성하는 투자 조합에 대 한 세제 혜택에 상당하는 수준의 지원을 신기술금융회사가 결성하는 투자조합에 대해서도 부여하고 있다. 벤처 캐피털 투자에 대한 정부 목적이 국가경제의 발전을 위한다는 점에서 이를 정책적 지원대상으로 두고 투자를 촉진하는 방안을 마련하는 문제가 없는 것으로 판단된다. 하지만 실질적으로 동일한 투자 활동을 영위하는 두 실체가 법률상의 규제로 인해 두 제도 사이에 규제 차익이 존재한다는 점에서 정부의 벤처 캐피털에 대한 지원은 공정하게 이루어지지 않고 있다고 볼 수 있다.