의무교육에 대한 국가 지원은 곧 비인가 대안학교에 대한 배제로 이어지고 있는데, 각종 공과금 뿐만 아닌 학생 대상 제도 등에 있어서 비인가 대안학교의 학생들은 혜택을 받지 못하고 있으며, 그 중에서도 비인가 대안학교의 장애인 학생들에 대한 배제가 있다. 
일반적인 학생들의 교육을 위한 국가의 지원은 크게 의무교육 단계의 수업료 면제와 같은 직접적인 지원과 교사 인건비나 학교 시설 건립 및 유지와 같은 간접적인 지원으로 나눌 수 있다. 직접적인 지원금의 규모는 어느 정도 가시적이지만 훨씬 큰 규모인 간접적인 지원금 규모는 가늠하기 어렵다. 하지만, 비인가 대안학교 운영자의 관점에서 보면 학부모가 부담해야 하는 교사 인건비, 토지와 건물 등의 구입비(또는 임대료), 건물과 시설의 유지 보수비, 전기료와 수도료, 법인세와 각종 세금, 각종 공과금 등이 정규학교라면 모두 국가가 부담해야 할 비용이라는 점에서 차별을 실감한다. 그뿐만이 아니다. 국가가 학생들에게 제공하는 간접적인 지원도 셀 수 없이 많다. 예컨대 교통 요금이나 영화 등의 문화상품에 대한 학생 할인제도, 정기적인 건강검진, 체육대회나 사생대회 등 학생들을 대상으로 하는 각종 국내외 대회 출전 지원, 부상 시 치료비 등을 지원하는 안전공제회 제도 등을 꼽을 수 있을 것이다. 이 모든 것들이 ‘학생’ 신분을 전제로 하여 제공되지만, 비인가 대안학교 학생들은 ‘학생’이 아니기 때문에 이 모든 지원에서 배제되고 있다. 그리고 중증 장애아들의 경우 교실에서의 보조 인력이나 통학 도우미를 제공받을 수 있지만, 비인가 대안학교에 다니는 장애아들은 배제되고 있다.