JICA는 기초교육에 대한 전문성이 다소 부족했으므로 문부과학성이 합류하였으나 문부과학성은 교육개발협력사업에 경헙이 없어 여전히 한계로 남았다.
문부과학성이 교육개발협력에 적극적으로 참여하기 시작한 것은 1990년 좀티엔 선언을 계기로 국제사회에서 기초교육분야에 대한 협력 요구가 높아진 이후이다(정봉근･박환보, 2013). JICA는 기초교육에 대한 전문성이 다소 부족했기 때문에, 자체적으로 교육분야 전문가를 채용하여 사업을 수행하는 데 한계가 있었다. 이에 일본 교육개발협력 정책 수립과정에 문부과학성의 참여를 공식적으로 요청하였고, 이때부터 문부과학성의 역할이 강조되기 시작했다(정봉근･박환보, 2013). 그러나 문부과학성도 교육개발협력 사업의 경험이 부족했고, 원조집행기관 통합 체계를 우선시하는 일본의 제도적 특성상 독자적으로 신규 교육개발협력 사업을 적극적으로 추진하기에는 여전히 한계가 있다(정봉근･박환보, 2013).