은행의 고객수수료는 정한 약정에 의해 결정, 상대은행에으로 보내야하는 은행간 수수료는 금융결제원이 이사회에서 결정한다. 이용요금은 금융결제원이 은행에게 받는 요금을 말하여 체계와 금액은 전산위원회에서 정한다.
이용기관 계좌보유은행이 정상처리건에 대하여 이용기관으로부터 징수하는 고객수수료는 계좌보유은행과 이용기관이 별도의 약정에 의해 자율적으로 결정하며 계좌보유은행이 상대은행에 지급하는 은행간 수수료는 금융결제원이 이사회에서 정하도록 되어 있다. 이용요금은 자료처리 및 전송의 대가로 금융결제원이 참가은행으로부터 받는 일체의 요금을 말하며, 이에는 이용기관이 서비스 이용권 취득대가로 서비스 가입시 납입하는 요금과 CMS공동이용업무 및 시스템의 사용실적에 따라 납부하는 요금인 중계수수료가 있다. 이용요금의 체계 및 수준은 금융결제원의 전산위원회에서 정한다. 현재 CMS업무 가운데 자금결제의 대상이 되는 업무에는 출금이체와 입금이체가 있는데, 출금이체의 경우 자금결제일이 출금이체일 익영업일이며, 입금이체는 입금이체일 당일이다. 한국은행 당좌계정을 통한 은행간 차액결제는 오전 11시 30분에 수행되며 자금결제절차는 두 단계에 걸쳐 이루어진다. 먼저 금융결제원이 결제지시서를 작성하여 자금결제일에 참가은행에 전송하고 참가은행별 결제금액을 자금결제일 오전 10시 30분까지 한국은행에 전송하면 한국은행은 참가은행의 거래자금을 해당 당좌계정계좌에서 대차대체하여 결제하고 이를 해당은행에 통보한다. 99년중 CMS공동망 이용실적은 약 173백만건, 14조 6천억원(일평균 580천건, 489억원)이며 이중 출금이체가 전체의 95.3% 및 81.5%를 각각 차지하였다. 한편 건당 이체금액은 입금이체가 33만원, 출금이체가 약 7만원정도이며 99년말 현재 금융결제원과 접속하여 CMS를 이용하고 있는 기관수는 356개이다.