단위사업부는 사업부제 구조의 장점이지만 단위사업부 간 독립성 및 자율성은 동일한 기능의 부서가 설치되어야 함에 있어 조직자원의 낭비를  초래하며,  갈등발생 시 조정이 어렵다는 단점을 파생시킨다. 
반면 사업부제 구조의 장점인 단위사업부 간 독립성 및 자율성이 다양한 단점을 파생시키기도 한다. 첫 번째는 각 사업부별로 동일한 기능 부서들이 설치되어야 한다는 점이다. 이로 인해 조직자원의 낭비가 초래될 수 있다. 두 번째는 사업부 간 갈등이 발생하는 경우 이에 대한 조정이 어렵다는 점이다. 사업부제 구조 하에서의 사업부간의 조정의 어려움을 단적으로 나타내는 것이 NDH(Not Developed Here)현상이다. 이는 한 부서에서 발생한 혁신이 다른 부서로 전이되지 못하는 현상을 가리키는데, 사업부제 구조에서 한 사업부의 성공적 혁신은 중앙본부의 승인을 얻어 전체조직으로 전파될 수 있다. 하지만 이 때 그 혁신 방안이 자신들의 방식이 아니라는 이유로 다른 사업부에서 이를 수용하지 않으려는 경향을 보이기도 하는 것이다. 사업부들이 보여주는 이러한 영역 보호의 경향은 중앙본부의 조정활동을 더욱 어렵게 만들 수밖에 없다.