교육과정 자율 편성에 정해진 한계가 있는 점을 감안하면  자유 학기제 실시에 앞서 학교별 운영 방안 보다는 교육과정에 대한 인식 제고를 위하여 자율화에 더 중점을 두어야 한다.
현재 국가 교육과정 지침에서 각 교과군별 학교장의 재량권이 20% 이내로 제한되어 있는데, 이로 인하여 자유학기제 운영에 있어 학교장 의 자율적인 교육과정 편성․운영에 일부 제약이 따른다는 것을 알 수 있었다. 심층 그룹 인터뷰(FGI) 중 한 교사가 언급하였듯이, 자유 학기제가 전면 시행되기 전 학교에서 시행해야 할 가장 중요한 일은 ‘교사들의 인식 개선’일 수 있다. 이를 위하여 단위학교에서 시간을 가지고 자유학기제에 대한 취지를 전파하는 것이 중요하며, 따라서 각 학교의 자유학기제 운영 모형에 집중하는 것보다는 교육과정 전반에 대한 인식 개선을 위하여 학교의 자율성을 되도록 살려야 한다고 주장한다.