규제에 대해 일차적으로 발생하는 직접순비용만 규제비용분석에 해당된다. 피규제자에 대해 이차적으로 발생하거나 제3자에게 발생하는 간접비용, 간접편익은 대상이 아니다.
규제비용분석은 해당 규제에 대해 일차적으로 발생하는 직접순비용(직접비용-직접편익)에 대해서만 실시된다. 이는 규제를 이행하기 위한 실질순응비용에 대해서만 비용분석이 실시된다는 의미로 피규제자에 대하여 이차적으로 발생하거나 피규제자 이외의 제3자에게 발생하는 간접비용 및 간접편익은 규제비용분석의 대상이 아니다. 예를 들어, 대형 슈퍼마켓의 장애인용 카트구비를 의무화하고, 카트구매 비용의 50%를 지원하는 규제를 도입한다고 가정할 경우, 피규제자는 대형 슈퍼마켓이며, 기업이 해당 규제에 순응하기 위해 지불하는 카트 구매비용, 유지관리를 위한 인건비 등의 비용은 직접비용이고, 구매비용 50% 지원금은 직접편익이다. 여기에 장애인 쇼핑 편의를 향상시켜 얻게 되는 슈퍼마켓의 매출 증가에 따른 이익 및 장애인들의 쇼핑환경 개선에 의한 편익의 증가분은 모두 간접편익으로 계산된다. 규제비용분석의 직접비용, 직접편익 항목의 범위 및 규제비용 측정을 위한 방법은 시범사업을 위한 ‘규제비용총량제 매뉴얼’에 소개되어 있다. 본절에서는 ‘규제비용총량제 매뉴얼’에 제시된 비용분석의 방법을 단계별로 재구성하여 간략히 소개하고자 한다.