대안으로는 재무상태가 열악한 중소기업이 R&D과제가 중단되거나 실패했을 때 정부출연금 회수를 보증해주는 보험제도를 운영하는 것이다. 유사한 사례로는 지역혁신인력양성사업과 지급보증보험제도가 있는데 전자는 2012년 폐지되었고 후자는 추후 발생할지 모르는 채무불이행을 예방할 수 있지만 담보 및 보증인이 없는 경우 발급이 어렵다.
대안으로는 재무상태가 열악한 중소기업이 R&D협약기간 중 R&D과제가 중단되거나 실패하였을 경우에도 정부출연금 회수를 보증해 주는 보험 제도를 운영함으로써, 해당 기업이 부도 · 폐업 · 파산 또는 기타 불가피한 사정에 의해 사업비 회수가 곤란한 경우에도 정부의 손실을 보전해 주는 방안을 검토해 볼 수 있다. 정부추진의 유사한 사례로는 이행보증보험 제도를 도입한 “지역혁신인력양성사업” 및 중소기업청의 기술료 지급보증보험 제도가 있다. “지역혁신인력양성사업”의 경우, R&D과제에 참여하는 기업의 요건은 완화하되 이행보증보험 가입을 의무화한 사례이나, 2009년 도입되어 2012년에 폐지되었다. 한편 기술료 지급보증보험 제도는 R&D과제의 사업비 환수가 아니라 성공한 R&D과제에 대한 중소기업의 정부납부기술료 부담을 경감시키기 위해 도입한 제도로, 추후 발생할지 모르는 채무불이행을 예방하기 위한 보증제도로서 시사하는 바가 있다. 특히 보증보험료를 납부해야 할 기술료로 인정해 줌으로써 중소기업에는 추가적인 비용부담을 줄여주고 있다. 다만, 재창업기업인은 기존 기업 실패에 따른 연대보증 채무 등으로 신용등급이 하락해, 담보 및 보증인이 없는 경우 보증보험 발급이 어려워 또 다른 진입장벽으로 전락할 우려가 있다.