민간사업자는 다양한 개발이익환수 제도의 세금을 부담한다. 그 중 개발부담금은 법률에 세세히 명시돼있으며 물류단지개발사업에서 수도권에만 개발부담금을 부과하고 주체와 시기에 따라 기준을 나눈다. 국가와 지자체는 면제된다.
민간사업자는 다양한 개발이익환수 제도에서 개발부담금, 광역교통시설부담금, 기부채납 등을 주로 부담하고 있다. 개발부담금의 부과대상 시설은 개발이익 환수에 관한 법률에서 상세하게 명시하고 있으며, 물류단지개발사업의 경우 수도권과 비수도권으로 구분하고 있다. 비수도권 지역에 물류단지를 개발할 경우에는 개발부담금을 면제하고 있으나 수도권의 경우에는 부과하고 있다. 또한, 수도권에 물류단지를 개발하더라도 개발 주체, 개발 시기 등에 따라 개발부담금 부과 기준이 달라진다. 국가와 지자체가 수도권에 물류단지를 개발하게 되면 개발부담금을 면제하고 있으나 공공기관(토지주택공사, 수자원공사 등)과 민간사업자는 개발부담금의 50% 감면을 적용받고 있다. 다만, 민간사업자의 경우 2018년 6월 30일까지 한시적으로 감면규정을 적용한다는 점이차이라 할 수 있다.