교육개발협력 연구･사업를 위해서 기관 사이의 협업이 성공해야 한다. 이를 위해서 공동의 목표를 확실하게 정하고 개발도상국과의 발전을 지원하는 협력에 중점을 갖춰서 개발 효과성을 높이는 것을 목표로 하고 있다. 
기관간의 협업이 성공하기 위해서는 협업을 통해 달성하고자 하는 공동의 목표를 명확하게 설정하고, 이에 대해서 합의해야 한다. 교육개발협력 연구･사업의 협업에 있어서 각 기관이 함께 추구해야 할 목표는 비교적 명확하다. 앞에서 살펴보았듯이, 교육개발협력과 관련한 국제적인 논의는 개발도상국의 실질적인 발전을 지원하는 통합적 협력에 초점을 맞추고 있으며, ‘개발효과성 제고’를 최우선의 목표로 삼고 있다. 그리고 개발효과성 제고를 위해서 개발협력 정책 입안과 사업 수행에 있어 개발효과성 분석이 중요한 과제로 등장하였고, 이는 교육 분야도 예외가 아니다(윤종혁 외, 2013). 이러한 맥락에서 국내에서도 ODA 규모의 지속적인 확대와 함께 효과성 제고 논의가 활발하게 이루어지고 있으며, 특히 기관 간 협업활성화를 통한 ODA 효과성 제고가 정부의 중요한 정책 방향으로 제시되었다(국제개발협력위원회, 2013).