아동권리보장원이 역할을 제대로 수행하려면 지역 내 공공기관 등 공공사례관리 조직 및 민간 기관인 아동보호서비스기관과 조직적인 협력 관계를 구축해야 한다.
마지막으로, 아동권리보장원의 역할과 기능을 제대로 수행하기 위해서는 아동권리보장원이 대상으로 하는 지역의 공공 및 민간기관과의 조직적 관계의 정립이 매우 중요하다. 지역의 아동보호 업무에 대한 지원은 두 개의 축으로 구성되는데, 한 축은 공공 사례관리를 담당하는 드림 및 기타 공공 사례관리 조직과 공무원과 중앙의 공공지원기관과의 관계, 다른 한 축은 민간에 의해 운영되고 있는 지역의 아동보호서비스기관과의 관계로 구성될 수 있다. 이와 같은 지역의 공공 및 민간기관과의 업무의 지원 및 원활한 협력관계의 구축은 아동권리보장원이 중앙지원체계로서의 역할을 제대로 수행하기 위해서 가장 핵심적인 요소이며, 이에 대한 면밀한 검토가 조직의 통합과정에서 지속적으로 이루어질 필요가 있다.