회사의 인사평가제도로 직능자격제도가 도입되자 노동조합은 인사평가의 객관성과 절차적 공정성 등 평가제도에 대한 신뢰 등의 문제에 주력하게 되었다.
강한 조직력을 갖고 있었던 국철(国鉄)노동조합도 승격을 할 때 일본적선임권이라고 표현할 수 있는 삼사삼 방식의 확립을 위해서 노력한 바 있다. 요컨대 당대 일본의 노동조합운동에서 경영 측의 자의적인 인사평가를 규제하려는 시도는 여러 노동조합에서 벌어졌으며, 노조운동의 과제로서 널리 인식되고 공유되었을 것으로 해석된다. 그러나 직능급이 광범하게 도입된 시기를 경과하면 일본의 노조들은 인사평가를 기초로 한 임금체계를 원칙적으로 인정하게 된다. 직능자격제도의 직능평가는 회사에서 주도하였으며 노조의 규제는 거의 사라졌다고 말할 수 있다(橘木, 1992). 일단 직능급 또는 직능자격제도가 인사제도 속에 들어오자 노동조합이 주력한 것은 인사평가의 객관성과 절차적 공정성, 납득성 등이었다. 즉 평가자에 대한 신뢰, 평가기준에 관한 이해, 평가 결과에 관한 설명, 평가제도에 관한 신뢰 등이 문제가 되었다(藤村, 2006).