통일추진시 대통령과 총리의 역할 분담은 현재 방식 유지, 업무를 분리해 총리가 일반 행정을 맡는 방식, 대통령이 통일 업무를 하고 국무총리가 이외를 맡는 방식 3가지다.
본 연구의 제4장 제2절에서 통일추진기 대통령과 국무총리의 역할분담 방안으로 3가지 형태가 제시된 바 있다. 첫 번째 방안은 현재와 동일한 방안으로 대통령이 국정 최고책임자의 역할을 수행하고 국무총리는 대통령을 보좌하고 대통령의 명을 받아 행정부를 통할하는 역할을 수행하는 형태이다. 두 번째 방안은 국정업무를 두 가지 형태로 구분하여 대통령은 외교, 안보, 통일 등 정치적 색채가 강한 업무 분야를 책임지고 수행하고, 국무총리는 일반행정 분야를 관장하는 형태이다. 세 번째 방안은 대통령이 통일과 관련된 모든 업무를 관장하고 국무총리는 대통령 관장 업무를 제외한 업무를 담당하는 것이다.