갈등영향분석은 분석 전문성 확보, 객관성과 공정성 향상, 신뢰관계 구축을 통한 제3지대 마련 등의 장점으로 전문가에 의뢰하는 것이 일반적이다. 다만, 관련 비용 수반, 모든 사업 적용의 어려움 등 단점도 있다. 이번 갈등영향분석사례에서 중점을 둘 부분은 신청부서의 갈등해결역량과 분석기관의 독립성에 대한 문제이다.
갈등영향분석의 실시에 대한 결정은 최종 의사결정을 내릴 수 있는 기관의 장이 맡는다. 실시가 결정되면 갈등영향분석은 해당 부서 담당자가 직접 실시하거나, 갈등영향분석 전문가에 의뢰하여 수행케 하는 것이 더 일반적이다. 갈등분석 전문기관에게 의뢰하는 경우에는 객관성과 공정성을 높이고 분석의 전문성을 확보하는 한편 신뢰관계를 구축하여 갈등해결의 중요한 제3지대를 마련할 수 있다. 반면에 관련 비용이 수반되어 예산마련이나 결정이 쉽지 않고 모든 사업에 적용하기 어려운 문제점도 있다. 본 연구대상인 4개의 갈등영향분석사례에서 주목해야 할 부분은 발주처의 갈등해결역량 및 수행기관의 독립성에 대한 문제제기이다. ‘부개4구역 재개발갈등 분석사례’는 부평구 갈등관리심의위원회의 심의와 갈등전문부서인 갈등조정담당관실의 조력과 담당부서의 의지가 결합되어 갈등영향분석이 시행된 사례이다. 진행과정에서도 담당부서의 성과도출을 위한 현실적인 입장과 그에 따른 요구를 갈등조정담당관실과 수행 기관의 공조 하에 합리적 설득과 현실적 실행방안 도출로 원래의 목적대로 분석을 시행한 사례이다. 반면에 ‘당진 송전선로갈등 분석사례’는 발주처(본사)와 시행처(지역본부)간의 갈등영향분석 목적과 기대효과에 대한 인식차이가 시행 과정에서 나타나, 제3자 중립기관(수행기관)의 독립성에 대한 문제로 까지 번진 경우이다. 발주처는 갈등영향분석을 통해 갈등관리방안 수립에 목적이 있었지만, 시행처는 원활한 사업수행을 위한 수단 즉 갈등조정협의체의 구성과 실행이 그 목정이었던 바, 이러한 차이는 수행기관과의 독립성과 전문성갈등으로 더 나아가서는 수행기관의 갈등영향분석 내용 분석과 그 갈등관리방안 제안 등 전체적인 프로세스에도 영향을 받은 경우이다.