공공기관 관리정책에 대해 공공기관 비효율을 제거하기 위해 자율성과 책임성을 강화해야 한다는 주장이 지속적으로 제기되었으나 실제 관리정책들은 정부 정책 방향에 따른 평가와 규제 측면에서 이루어지는 실정이다. 
투입위주의 공공기관 관리정책을 탈피하여 공공기관의 경영 자율성과 그에 상응하는 책임성을 확대해야 한다는 주장은 지속적으로 이루어져 왔다. 공공기관의 비효율을 제거하기 위해서는 공공부문의 인사나 예산 등에 가해지던 계층적 규제를 완화하고, 공공부문의 관리자가 가지는 재량권을 확대함과 동시에 기관의 성과 향상에 대한 책임을 지도록 규제의 방향을 전환해야 한다는 것이다. 특히 공기업의 기업적 특성을 고려할 때, 경영의 자율성은 기업 전반에 대한 의사결정과 경영성과에서 중요한 부분을 차지하며 책임성은 경영성과를 바탕으로 하는 보상체계를 통해 구현된다. 그러나 실제 시행되어 온 공공기관 관리정책들을 살펴보면, 자율성의 강화나 책임성의 강화보다는 정부 정책의 방향에 따른 평가와 규제라는 측면에서 대부분의 공공기관 정책이 이루어져온 것이 사실이다.