정부는 중앙과 지방의 효율적 협력체계를 마련하기 위해 2006년부터 '지자체 남북교류실무협의회'를 통해 남북 교류협력 사업에 대한 건의사항을 수렴했으며, 지방자치단체들은 교류 재개에 대한 대비를 해왔다.
정부는 지자체 간 교류사업의 정보공유 및 중복 방지, 중앙과 지방 간 효율적인 협력체계 구축을 위해 2006년도부터 '지자체 남북교류실무협의회'를 구성해 지자체 간 남북 교류 정보를 교환하며 남북 교류협력 사업 추진에 따른 애로 및 건의사항을 수렴해 왔다. 그동안 남북관계 경색으로 지방자치단체 교류가 활성화되지는 못했지만 지방자치단체별로 교류 재개에 대한 준비는 진행되어 왔다. 세종특별자치시에서 2015년 7월 조례를 제정함으로써 17개 광역시/도 전체가 남북 교류협력 조례를 제정/운용하게 되었다. 또한 자치단체에서는 자체적으로 남북협력기금도 조성해 남북 교류사업에 대비하고 있다. 2018년부터는 지자체 남북 교류협력 추진방향 공유 및 중앙/지방 간 소통강화를 위해 '지자체 남북교류정책협의회'를 정례화하고 있다.