아태무역협정은 이행의 감독을 위해 참가국의 경제관련 부처 각료들로 이루어진 각료회의를 설치했다. 이후 제 2차 각료회의에서 채택한「아태 무역협정에 의한 물품의 원산지 증명 및 검증 운영절차｣를 통해 물품이 참가국 외의 지역을 통해 운송될 때 세관당국에 제출해야 하는 서류를 규정했다. 
아태무역협정은 그 이행을 감독, 조정, 검토하기 위하여 각 참가국의 경제관련 부처의 각료로 구성된 각료회의를 설치하였는데(제23조), 2007. 10. 26. 제2차 각료회의에서 채택되어 2008. 1. 1. 시행된「아태 무역협정에 의한 물품의 원산지 증명 및 검증 운영절차｣(이하 ‘이 사건 운영절차’라고 한다)는 제9조에서 ‘직접운송의 증명서류(Supporting Documents of Direct Transportation)’라는 제목으로 위 협정 원산지규 정 제5조 나항에 따라 물품이 참가국의 영역 외의 지역을 통해 운송되는 경우 수입참가국의 세관당국에 제출되어야 하는 서류들로서, ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’(1호, the through Bill of Lading issued in the exporting Participating State), ‘수출참가국의 발행당국이 발행한 원산지증명서’(2호), ‘해당 물품과 관련된 상업 송품장 원본’(3호), 그리고 ‘아태무역협정 부속서 II의 원산지 규정 제5조 나항을 준수하였음을 증명하는 서류’[4호, supporting documents which prove the compliance with Rule 5(b) of Annex II to APTA]의 4가지를 정하였다.