코넥스시장은 유가증권시장, 코스닥시장과 동일하게 운영되지만 특성을 감안해 단일가 매매 원칙과 경매매제도, 유성공급자의무화 등을 채택했다. 하지만 매매제도를 단순히 운용할 필요가 있다는 의견이 대두된다.
코넥스시장은 투자자의 거래편의 제고 및 매매제도의 안정적 운영을 위하여 매매시간 ,휴장 ,정지, 매매방법, 공매도제한,청산․결제 및 위탁증거금 ,경쟁매매 방식 등 주 시장인 유가증권시장,코스닥시장과 동일하게 운영된다.그러나 전문 투자자 시장이며 거래가 활발하지 않고 공모, 사모, 직상장 등 다양한 상장유형이 존재한다는 코넥스시장의 특성을 감안하여 단일가 매매 원칙, 경매매제도, 유성공급자(LP)의무화 등을 채택하였다.하지만 코넥스시장은 상장기업의 성장성에 기초하여 장기투자에 보다 적합하다는 전망과 더불어 시장 개설 초 상장종목 수가 많지 않고 차익거래가 발생하지 않기 때문에 호가 종류의 단순화, 프로그램 매매제도 미도입 등 매매제도를 보다 단순하게 운용할 필요가 있다는 의견이 대두되고 있다.