1999년 교육부는 잉글랜드 소재 학교들의 '학업능력제고'를 위해 서머힐 학교에 감사 및 시정 명령을 내렸다. 하지만 이는 학생들에게 수업 선택 자유를 부여하는 서머힐의 교육철학과 충돌하였기에 법정 소송까지 전개되었고 대안학교의 자율성과 정부의 정책 사이에 빚어진 논쟁을 야기하였다.
1999년에 서머힐(Summerhill School)에서는 실제로 이런 상황이 발생했다. 당시 교육부가 최대 관심을 기울였던 영역은 잉글랜드 소재 학교들의 ‘학업능력제고’였다. 서머힐도 여기에서 예외가 될 수 없다고 판단했던 당시 교육 관료들은 중앙정부 장학청 소속 장학관들을 파견하여 감사를 벌였고, 서머힐 재학생 중 중학교 1~2학년에 해당하는 학생들의 수학, 과학 성취도를 높이지 않으면 학교의 자선단체 지위 등록을 취소하겠다고 통보했다. 여기에 더하여 8세~11세 어린이들의 수업 참석을 의무화 하라는 시정 명령도 내렸다. 이런 조처는 서머힐이 학생들에게 수업 선택의 자유를 부여하는 교육철학을 정면으로 부인하라는 것이었다. 서머힐 측은 이런 조치에 저항하여 법원에 소송을 제기했으며, 행정 명령 취소 소송으로 이어졌다. 그 과정에서 서머힐 측의 주장과 명분에 힘이 실리면서 끝내 정부가 화의 신청함으로써 학교 폐쇄 위기를 넘기게 되었다. 이 사건을 계기로 당시 영국 사회에서는 대안학교의 자율성과 정부 정책 사이에 빚어진 충돌을 둘러싸고 논쟁이 일어나기도 했다.