협력교수의 실행을 위해서는 구체적인 협력교수의 계획 내용 논의, 관리자의 이해와 행정적지원, 일반 교사와 특수 교사 간의 역할의 불균형 유의가 필요하다.
협력교수의 실행을 위해서는 무엇보다 관계자(교사간, 장애학생과일반학생, 학부모) 간 사전협의가 중요하기에 구체적인 협력교수의 계획 내용(교과, 시간, 방법과 절차 등)을 논의해야 한다. 그리고 관리자의 이해와 행정적지원(예: 협력교수를 위한 협의회 시간 확보, 교수적 지원 외 업무 부담 경감 등) 또한 지속적인 협력교수의 운영을 위해 중요하므로 학교 내 협력교수의 필요성에 대한 인식제고와 풍토를 조성하는 것이 요구된다. 끝으로 협력교수를 운영하면서 통합 학급 일반 교사와 특수 교사 간의 역할의 불균형이 일어나지 않도록 유의해야 하는데, 이는 특수 교사가 수업 보조자로서의 역할로만 비추어지지 않도록 동등한 위치에서 수업을 계획하고 실행하는 것이 필요하다.