폐기물관리법의 위반할 경우 허가를 취소하거나 6월 이내의 영업정지를 할 수 있는데 환경부장관이나 시도지사는 영업정지에 갈음하여 과장금을 부과할 수 있다.
「폐기물관리법」 제27조제2항, 제28조, 제60조, 같은 법 시행령 제11조, 별표 6, 같은 법 시행규칙 제83조 및 별표 21에 따르면, 같은 법 제13조 및 제25조제9항을 위반하는 경우에는 그 허가를 취소하거나 6월 이내의 기간을 정하여 영업의 전부 또는 일부의 정지를 명할 수 있는데, 1차 위반의 경우에는 1월의 영업정지, 2차 위반의 경우에는 3월의 영업정지를 명할 수 있고, 이 경우 환경부장관이나 시·도지사는 그 영업의 정지로 인하여 그 영업의 이용자의 사업활동에 막대한 지장을 줄 우려가 있거나 폐기물의 적체에 따른 환경오염으로 인해 인근지역 주민의 건강에 위해가 발생되거나 발생될 우려가 있다고 인정되는 등의 경우에는 그 영업의 정지에 갈음하여 1억원 이하의 과징금을 부과할 수 있으며, 영업정지에 갈음하여 과징금을 부과하는 경우 1월의 영업정지에 대해서는 2,000만원의 과징금을, 3월의 영업정지에 대해서는 5,000만원의 과징금을 부과하도록 되어 있고, 환경부장관이나 시·도지사는 사업장의 사업규모, 사업지역의 특수성, 위반행위의 정도 및 횟수 등을 고려하여 과징금 금액의 2분의 1 범위에서 가중하거나 감경할 수 있다고 되어 있다.