기존 정원관리제도는 지자체의 정원관리 권한이 지자체에 있는 총액인건비제로 운영되었으나 금융위기로 인해 자율관리가 보류되었다. 경제 회복 이후 지자체의 조직관리 자율성 강화에 대한 목소리가 높아졌고, 이에 기준인건비제를 도입하였다.
지자체의 정원관리제도는 민선 지방자치 시행 이후 제도개선을 지속적으로 추진해왔다. 기존의 정원관리제도는 2007년 도입된 “총액인건비제”로, 지자체의 정원관리 권한을 지자체 조례로 이양하는 등 지자체의 조직 자율성을 획기적으로 개선하였다는 평가를 받았다. 그러나 2008년 세계적인 금융위기로 촉발된 경제위기로 인해 지자체에 대한 구조조정을 실시하면서 총액인건비제의 기존 취지였던 지자체 정원에 대한 자율관리는 잠시 미뤄지게 되었다. 즉, 국가 비상 상황에 대응한 지자체의 긴축적인 정원운영을 위해 행정자치부에서 지자체의 정원을 과거의 방식대로 통제하는 방식으로 회귀하였던 것이다. 이후 경제여건 회복에 따라 지자체별 특수성에 기반한 조직관리 자율성 확대 요구가 높아졌고, 이러한 상황 변화를 반영하여 지자체의 조직 자율을 강화하고자 도입한 제도가 “기준인건비제”이다.