1차 부문 대기업 정규직과 2차 부문 중소기업 비정규직은 권익 대변의 제도적 보호에서도 취약하다. 300명 이상의 대기업 노동자의 노조 조직률은 약 55%인 반면 30~99명 중소기업의 조직률은 약 3%이다. 중소기업·비정규직 노동자들이 노동조합의 조직적인 보호가 더 중요하지만 실상은 오히려 배제되고 있는 것이다. 우리나라 노조들이 대기업 정규직 중심으로 조직 및 활동하면서 취약노동자들의 권익을 배제하여 노동시장 이중구조의 고착화를 강화하고 있다.
1차 부문의 대기업 및 공공기관 정규직에 비해 2차 부문의 중소기업·비정규직 노동자들은 현저히 낮은 임금과 열악한 고용조건을 보일 뿐 아니라, 권익 대변의 제도적·조직적 보호에서도 매우 취약한 지위에 놓여 있다. 우선, 2000년대에 들어 노조 조직률이 10%대의 낮은 수준에 정체되어 있는 가운데, 기업 규모와 고용형태별에 따라 노조의 조직적 보호가 상당한 격차를 확연히 유지되고 있다. <표 3>에서 보여주듯이 30명 미만의 영세기업과 30∼99명 규모의 중소기업에 종사하는 노동자들의 0.2%과 3.5%만이 노조에 의해 조직되어 있는 반면, 300명 이상의 대기업 노동자들은 55.1%의 높은 조직률을 보이고 있다. 또한, 2009∼2017년의 기간에 정규직-비정규직의 노조 조직 현황을 살펴보면, 정규직이 15.2%∼17.3%의 수준을 보이는 것에 비해 비정규직의 조직률은 2.5∼3.1%로 1/5 수준에도 못 미치는 것으로 나타나고 있다. 이같이 노조 조직률에 있어 중소기업·비정규직 노동자들이 대기업 정규직에 비해 현저히 낮은 수준을 보이고 있는 것으로 확인된다. 따라서, 노동시장의 2차 부문에 해당되는 중소기업·비정규직에 속하는 취약노동자들이 임금과 근로조건 그리고 제도적 보호에서 대기업 정규직에 비해 열악한 지위에 놓여 있어 노동조합의 조직적 보호가 더욱 절실함에도 불구하고 오히려 노조 보호로부터 배제되는 취약성의 이중적 덫에 놓여 있는 것으로 분석된다. 달리 얘기하자면, 우리나라의 노동조합들이 기업별 노사관계의 관행 하에서 대기업 정규직 중심으로 조직되어 활동함에 따라 중소기업·비정규직 등 취약노동자들의 권익을 대변하여 보호하기 보다 무시하거나 배제함으로써 노동시장 이중구조의 고착화를 초래해오고 있는 주요 배경 원인으로 볼 수 있는 것이다(이병훈 2004).