NCS 개발과 적용 단계와 관련하여 기업과 직무 분야에 일괄적이지 못하고 충족시킬 수 없다는 점과 학교와 교육훈련기관에 활용성이 부족함, 이수 방안의 미비함, ISC의 관리 역량 부족 등으로 문제가 되고 있다. 
현재 한국 사회는 NCS 개발과 적용의 초기 단계에서 다음과 같은 문제점에 부딪히고 있다. 첫째, 기업마다 인재상, 요구되는 기술 수준, 업무수행 방식, 분업체계, 장비와 시설, 조직 문화 등이 다르기 때문에 교육훈련, 인사관리에서 NCS를 일률적으로 적용하기가 쉽지 않다. 둘째, NCS만을 가지고 교육하기에는 한계가 있는 직무 분야가 있다. 셋 째, NCS의 능력단위에 한 개의 수준을 부여하여 수행준거를 개발하고, 이에 맞추어 모든 학교(훈련기관 포함)와 기업에서 활용하도록 하 여 다양화나 차별화가 원천적으로 불가능하다. 넷째, NCS는 산업계에서 수행되고 있는 업무내용을 중심으로 작성되어 교육훈련기관의 수 업시수, 교육과정, 실습여건 등을 충분히 고려하지 못하였다. 다섯째, NCS를 유연하게 적용하고 NCS 기반 교육의 이수 결과를 공정하게 평가하고 자격을 부여할 수 있는 방안이 아직까지 마련되지 못하였다. 여섯째, ISC 자체로 NCS를 개발하고 관리할 수 있는 역량이나 권한 이 아직 부족하다.