제도 개선안에 대한 부처의 낮은 수용성, 사업 단위의 평가로 정부 부채 감축 등 정부 재정 전반의 건전성 향상에 대한 기여는 기대하기는 어렵다는 점 등이 한계로 지적되었다.
세 번째로 재정사업 심층평가에 대해서는 일정 기준에 의해 선정된 사업에 대한 심층평가로 거시적인 차원에서 정책 효과성 파악이 가능하고, 사업의 개선을 위한 의미 있는 정보를 도출할 수 있다는 장점이 제시되었다. 하지만, 분석 방법이 제각각이어서 평가 결과의 비교 가능성이 낮고, 사업을 집행한 경험이 없는 외부 전문가가 수행하는 연구용역 중심으로 진행되어 정책대안의 적용 가능성이 부족, 평가에 대한 시간 비용의 부족으로 나타나는 품질 저하, 제도 개선안에 대한 부처의 낮은 수용성, 사업 단위의 평가로 정부 부채 감축 등 정부 재정 전반의 건전성 향상에 대한 기여는 기대하기는 어렵다는 점 등이 한계로 지적되었다.