일본의 대한국 직접투자는 '80년대는 제조업에 집중되었으나, '90년대는 서비스업에 대한 투자가 더 빨리 늘어나고 투자건수는 제조업이, 투자금액은 서비스업이 우위를 점하였다. 한국의 고비용 등 열악한 투자환경의 원인으로 일본의 대한국 직접투자가 부진하였으나 한국정부의 투자유치 촉진정책으로 일본기업의 투자가 확대될 전망이다. 일본기업이 한국에 투자시 언급되는 애로사항 중 상당수는 양국간 FTA 혹은 BIT로 해소되고 특히, BIT가 타결되면 양국기업의 상호교류와 자본이동이 확대될 것이다.
1980년대까지 일본의 대한국 직접투자는 섬유/의복, 전기/전자, 금속, 기계 등 제조업에 집중되었다. 이는 일본기업들이 해외직접투자를 경쟁력이 약화된 산업을 해외로 이전시키는 방편으로 이용하였기 때문이다. 그러나 1990년대에 들어서는 한국시장의 성장, 한국내 임금상승 등을 배경으로 제조업보다는 서비스산업에 대한 투자가 더 빠른 추세로 늘어나는 경향을 보이고 있다. 투자 건수는 제조업이 서비스업보다 높았으나, 투자금액 면에서는 서비스산업이 제조업 분야의 투자금액을 상회했다. 제조업 분야에서는 전기/전자(12%), 화학공업(10.4%)에 대한 투자가, 서비스 분야에서는 숙박업(23.5%), 운수 및 창고업과 기타 서비스부문(8%), 금융업(5.5%) 순으로 대한국 투자가 높은 비중을 차지하고 있다.
 한편 투자에 있어서도 문제점이 지적될 수 있다. 무엇보다 일본의 대한국 직접투자(일본 해외직접투자의 1.0%에 불과)가 부진한 것은 한국의 높은 생산코스트, 복잡한 인허가절차 및 생활환경의 미비, 배타적 인식, 불안한 노사관계 등에 기인하고 있다. 1998년 일본 통산성의 대한국 투자환경조사에 따르면 일본기업은 한국의 노동문제(노사분규), 차별대우(세무조사 등), 행정의 투명성 결여 등을 가장 많이 지적하고 있는 것으로 나타났다. 그러나 현재 한국정부가 추진중인 투자유치 촉진정책에 대한 평가는 매우 높은 것으로 나타남에 따라, 향후 투자환경의 변화에 따라 일본기업의 투자가 확대될 전망이 밝다고 할 수 있다. 
일본기업이 한국에 투자할 때 거론되는 애로사항들 중 상당수는 양국간 FTA 혹은 양자간투자협정(BIT)으로 해소될 수 있다. 특히 BIT는 FTA가 투자자유화와 투자원활화 조치를 포함하고 있어, 현재 한/일 양국간에 진행되고 있는 BIT가 타결되면, 양국 기업의 상호교류와 자본이동이 확대될 것으로 기대된다. 