자유학기제에서 기존의 중간·기말고사의 지필평가와 등급화 등의 평가요소가 아닌 수업과정에서 실시하는 형성평가와 과정평가로 중점을 면서 중간·기말고사 기간에는 체험활동 위주로 변화를 도모했다. 하지만 이러한 과정에서 평가용어의 다양성으로 인해 혼동이 발생되며 다양한 평가와 기록에 따른 교사들의 업무 부담이 발생되고 있다. 
자유학기제의 중간·기말고사 미실시 및 평가 관점의 변화에 따라 [그림 Ⅴ-1-3]과 같이 자유학기제의 평가 관점은 다양한 측면에서 변화를 가져왔다. 먼저 중간·기말고사를 실시하지 않음으로써, 중간·기말고사 기간에는 체험활동을 도모하게 되었다. 종래의 중간·기말고사의 지필평가의 대안으로 다양한 평가방법을 강구하도록 하고 있으며, 중간·기말고사에 실시한 등급화를 하지 않고 수업 과정에서 실시하는 형성평가 및 과정평가에 보다 중점을 두도록 하고 있다. 그러나 자유학기제에 따른 이러한 평가의 변화는 그 의도와는 달리 몇 가지 문제점을 안고 있는 것으로 나타난다. 연구학교의 교육과정 편성·운영 사례에서 볼 때, 평가와 관련하여 가장 눈에 띄는 것은 평가 관련 용어가 다양하게 사용되고 있다는 것이다. 평가 용어의 다양한 활용은 평가의 다양성 측면에서 긍정적이라고도 볼 수 있겠지만 많은 부분 평가에 대한 오해와 혼동에서 비롯되는 측면이 적지 않다. 그 다음으로 주목되는 것이 자유학기제의 다양한 평가 방법의 촉진 및 서술식 평가 기록 강조에 따라 교과 담당 교사들의 평가 실시 및 기록에 따른 부담이다. 왜냐하면 우리나라 중학교의 중·대규모의 학교의 경우 교과 지도 학생이 1인당 300명 이상 되는 등 지도 학생이 과도하게 많기 때문이다. 또한 중간·기말고사를 실시하지 않고 서술식 기록이 강조됨으로써 자연히 등급화가 실시되지 않기 때문에 학부모 등으로부터 학력 수준 확인 요구에 따른 부담도 무시할 수 없다는 점이다.