KOICA는 개발도상국의 자립을 돕기 위해 국제개발 연구기관과 협력하여 개발도상국의 개발기획 역량과 고등교육 역량을 강화하는 프로그램을 운영해왔으나 2017년부터는 고등교육 사업만 운영하고 있다. 
특히 2000년대 들어 KOICA의 민관협력사업을 통해 민간기업과 대학의 참여가 활발해 지고 있다. 아카데미 협력프로그램은 우리나라 대학, 연구소 등 국제개발 연구기관의 전문성 및 역량을 활용하여, 개발도상국의 자립을 위한 개발기획 역량, 고등교육 역량 강화를 모색하는 프로그램으로 개발도상국 대학 및 연구기관의 개발기획(마스터플랜, F/S 등) 역량 강화(예: 베트남 라오카이성 생태관광 마스터플랜 수립 사업), 개도국 대학 역량 강화사업 개도국 고등교육 발전 지원(예: 몽골 치과 진료 인력 및 교육자 양성 계획)과 같은 사업이 운영되어 왔으나 2017년 사업부터는 연구사업의 성격이 강했던 개발기획 역량 강화 사업을 폐지하고 고등교육 역량강화 및 고급인재 양성을 위한 ‘고등교육’ 사업만을 시행하고 있다.