중장기 청소년쉼터는 가정으로 돌아갈 수 없는 청소년들의 자립을 지원하는 곳으로 최대 보호기간은 3년이다. 그러나 장애가 있거나 연령이 어린 경우 3년이 지나도 자립이 어렵기 때문에 특수성을 고려한 이용기간 연장이 필요하다.
중장기 청소년쉼터의 보호기간은 최대 2년 이내 보호지원을 원칙으로 하며, 적정한 이유가 있는 경우는 최대 1년의 범위 내에 1회 연장할 수 있다. 중장기 쉼터의 가장 큰 특징은 청소년의 자립과 사회복귀를 1차적으로 지원한다는 점이다. 따라서 대상자가 가정이 없거나 가정으로 돌아갈 수 없는 가출청소년 중에서 자립의 의지와 동기가 있는 청소년으로 제한하고 있다. 그러나 중장기쉼터 이용기간에 대한 만족도를 알아본 결과, 일부의 청소년들은 최소 3년 이상 이용기간이 필요하다고 응답하였다. 또한 포커스그룹에 의하면 특수한 장애를 가진 청소년들의 입소가 최근 늘고 있는데 이들은 가정이 없는 경우, 사회복귀가 어려운 상황이라 퇴소 후 어떤 기관으로 인계를 해야 할지 걱정이 된다고 하였다. 장기 이용을 원하는 청소년들은 대부분 연령이 어려서 3년이 지나도 실제독립을 유지할 수 있을 만큼 자립능력이 없기 때문이다. 따라서 청소년의 특수성에 따른 이용기간 연장이 필요하다.