2005년 학교교육법 시행 규칙 일부 개정에 따라 유연한 교육과정 운영이 가능하며 현재, 10개교가 부등교 학생의 학습상황에 맞춘 소집단 지도 등 특별 교육을 실시하고 있다. 
2005년 7월 6일, 학교교육법 시행 규칙 일부 개정에 따라 구조개혁특별구역법(構造改革特別区域法)에 따른 특례 조치로 전국적으로 유연한 교육과정 운영의 실시가 가능하게 되었다. 학교적응이 어려워 상당 기간 초ㆍ중ㆍ고등학교 및 중등교육기관을 결석하고 있는 학생을 대상으로 문부과학대사가 인정할 경우 현행 교육과정 기준을 따르지 않는 특별 교육과정 편성의 교육이 가능하게 된 것이다. 2009년 6월 현재, 10개교가 문부과학대사의 인가를 받아 부등교 학생의 학습상황에 맞춘 소집단 지도, 성취수준별 지도, 개별 지원, 학교 밖 학습 프로그램 활용 등 특별 교육과정에 따라 교육을 실시하고 있다.