행정부와 의회간의 원활한 협의를 위해 프로그램 예산제도의 법적 근거를 마련하고, 프로그램 예산 및 성과관리 역량강화를 위해 정책목표 조정과 총괄 기구 설치에 대한 검토가 필요하다. 이에 기존 시스템을 개선해야 할 것이다.
첫째, 기반시스템 개선은 프로그램 예산제도의 법적 근거 마련과 프로그램 예산 및 성과관리 역량강화를 제시하였다. 지방자치단체 사업예산제도가 2005년 8월 지방재정법에 법적 근거를 마련하였듯이, 프로그램 예산제도도 국가재정법에 명확한 법적 근거를 마련하는 것이 필요하다. 선진국에서 초기 프로그램 예산제도가 실패했던 것은 중앙정부의 경우 행정부와 의회 간의 협의 부족으로 인해 야기된 의회의 이해부족과 비협조에 연유한 측면도 강하다. 행정부와 의회간의 협의가 원활하게 이루어지도록 국가재정법에 근거규정을 마련할 필요하다. 프로그램 예산 및 성과관리 역량 강화를 위해서는 정책목표 조정 및 총괄기구의 설치를 검토할 필요가 있다. 미국에서는 성과관리총괄담당관(Chief Performance Officer)을 백악관 내에 임명하여 정부 프로그램의 성과관리에 관한 문제를 바로 보고 할 수 있는 체제를 마련하였듯이, 우리나라에서도 프로그램에 대한 성과관리 총괄담당관을 청와대 내에 임명하여 정책목표의 조정 및 총괄기능을 담당하는 방안을 적극 검토할 필요가 있다. 예산 및 성과관리 역량강화는 담당조직및 인력의 역량 강화와 직결되는데 성과관리를 담당하는 평가자와 예산배분을 담당하는 예산 편성자 사이의 관계를 합리적으로 정립하고 예산 및 성과관리 담당자에 대한 순환보직 문제를 우선적으로 개선할 필요가 있을 것이다.