직무이행명령은 지방자치단체의 장이 위임사무의 관리 및 집행을 명백히 해태하고 있다고 인정되는 경우가 명확하지 않다는 점에 문제가 있고  또한 법원의 판단을 구하지 아니한 것은 지방자치권의 훼손을 가져올 수 있다.
직무이행명령은 지방자치단체의 장이 위임사무의 관리 및 집행을 명백히 해태하고 있다고 인정되는 경우에 발동할 수 있지만, 현실적으로 지방자치단체의 장이‘명백히 해태’하고 있는 지 아니면 관리 및 집행이 단순히 지연되고 있는 지에 대한 구분이 명확하지 않다는 점에 문제가 있다. 또한 법원의 판단을 구하지 아니하고 직접적으로 행정대집행을 할 수 있도록 한 것은 과도한 중앙통제로 인한 지방자치권의 훼손을 가져올 수 있다. 또한, 기관위임사무는 본래 국가사무이나 집행의 편의상 자치단체에 위임하여 처리토록 하는 것이므로 그 처리비용은 당연히 중앙정부가 부담해야 한다. 그러므로 지방자치단체장이 기관위임사무의 처리를 이행하지 않을 때에 주무부장관이 당해 자치단체의 비용부담으로 대집행하도록 규정한 것은 중앙정부위주의 사고에 기인한 것이라고 할 수 있다.