시퀘스터를 전면적으로 적용하는 것은 군규모 및 구조 변화에 심각한 문제를 가져올 수 있다.
2014 QDR 그리고 2015 회계연도 국방예산안에서 미 국방부와 각군이 ‘시퀘스터에서 규정한 국방예산 수준으로의 회귀’를 심각하게 우려하는 것은 이 때문이다. 심지어 2014 QDR은 한 개의 챕터를 할애하여 시퀘스터의 전면적 적용이 가져올 전략적 문제점을 지적하고 있다. 시퀘스터가 제한적으로 적용되고 있는 현실하에서도 미 국방부와 각군은 이미 매우 고통스러운 군사력 규모 및 구조 변화를 겪고 있다. 만약 2016년부터 시퀘스터가 전면적으로 적용된다면 2014 QDR과 2015 회계연도 국방예산안에서 제시된 국방전략, 군규모 및 군사력 건설의 방향성이 큰 폭으로 수정되어야 할 수도 있다. 이 경우 미 국방부와 각군은 지금보다 훨씬 더 고통스러운 군규 모 및 군사력 축소 그리고 이것이 수반하는 매우 어려운 전략적 선택을 해야 할 것이다.