비인가 대안학교들은 대부분 시설 및 여건이 열악할 뿐 아니라, 운영비 부족으로 학부모의 부담이 크다. 그럼에도 불구하고 학교에 대한 학생과 학부모의 만족도는 매우 높으며, 아마 대다수는 일반 학교에는 적응하기 어려운 이들일 것이다.
물론 현존하는 비인가 대안학교들이 이러한 학부모들의 기대에 제대로 부응하고 있는지는 별개의 문제이다. 실제로 비인가 대안학교 현장들은 대부분 열악한 시설과 여건 속에서 오로지 교사들의 희생적인 노력에 의존하여 운영되고 있으며, 따라서 그 의욕만큼 교육의 질이 유지되기 어려운 실정이다. 더구나 오래도록 지속되고 있는 경제적 침체로 인한 한파가 학생 수 감소(=학교 운영비 부족)라는 형태로 비인가 대안학교에게까지 악영향을 미치면서 최근에는 많은 현장들이 지속성의 위기까지도 겪고 있다. 이것은 곧 재학 중 학부모의 부담 증가를 의미하기도 한다. 하지만, 설문조사에서 나타난 바와 같이, 이런 상황에서도 학교에 대한 학생이나 학부모들의 만족도는 믿기 어려울 정도로 높다. 아마도 이들 중 대다수는 비인가 대안학교들이 설령문을 닫게 된다고 하더라도 일반 학교로 돌아가지 않거나 가더라도 잘 적응하기 어려울 것으로 예상된다.