선택 프로그램 활동은 용어 상 의미 해석이 어려워 왜곡 가능성이 있다. 많은 나라에서 프로그램과 교육과정을 동의어로 활용하며 실제 프로그램과 동아리 활동이 동일한 경우가 많다. 선택 프로그램의 취지를 살리며 내용을 표한하는 대안적 용어가 필요하다. 
자유학기 활동 중 용어상 문제가 되는 또 다른 하나는 ‘선택 프로그램 활동’이다. 선택 프로그램 활동과 관련한 용어상의 문제는 이 용어가 의미하는 내용이 무엇인지를 나타내 주지 못함으로써 학교 현장의 혼란 및 오해, 왜곡 가능성이 크다. 또한 엄밀하게 말하자면, 프로그램이라는 용어는 많은 국가에서 교육과정과 같은 의미로 사용하고 있기 때문에 교육과정 상 의미 충돌을 야기할 수 있는 것이다. 실제 영국이나 프랑스, 호주 등과 같이 프로그램을 교육과정과 동의어로 활용하는 사례 등이 있다. 또한 실제 연구학교의 대부분은 선택 프로 그램 활동을 편성하여 운영하고 있는데, 그 활동 내용을 살펴보면 특히 동아리 활동과 구분되지 않는 경우가 많다. 이것은 특정 프로그램을 설치하여 학생의 희망을 기반으로 선택하게 하여 운영하기 때문에 프로그램의 주제나 내용이 동아리 활동과 거의 구분이 되지 않는 결과를 낳고 있다. 따라서 선택 프로그램 활동의 취지를 살리면서 그 내용을 표현해 줄 수 있는 대안적 용어의 강구가 필요하다.