aT는 비축농산물의 위생/안전을 확보할 시스템으로 품질안전 전담조직을 개설했다. 이는 농산물 도입규격을 등급화해 낮은 제품의 공급을 차단하고, 기지와 상품을 검사해 콘테이너 내 흡습제/제습제 사용기준을 신설, 외부 전문가와 커미티 개설 등을 진행했다. 또한 공사는상품 선적 단계의 상태를 검사하는 제도를 도입하고 소비자불만신고센터를 운영해 신뢰도를 높였다.
더불어 aT는 '품질안전 전담조직'을 신설하여 농산물 도입규격 등급화, 공사비축기지 및 보관농산물 위생ㆍ안전검사 실시 등 비축농산물의 위생ㆍ안전 확보를 위한 관리시스템을 구축하였다. aT는 2013년 상반기부터 비축 농산물의 도입규격을 3등급으로 분류하고 3등급 제품에 대해서는 인수 거부나 용도 변경을 통해 공급을 차단하였다. 또한 품질과 직결되는 콘테이너의 흡습제와 제습제 사용기준을 신설해 수입 농산물의 위생 및 안전성을 크게 개선시켰다. 더불어 외부전문가로 구성한 '농식품 위생ㆍ안전커미티'를 발족, 분기별로 의견을 수렴하고 직능분과별 현장점검으로 문제점을 개선해 나갔다. 이밖에도 수입 농산물의 선적 단계에서 품질 및 위생ㆍ안전상태를 점검하는 '선적지 품위확인' 제도를 국제공인검정기관에 위탁해 원천 품질 확보에도 만전을 기해 나갔으며 비축농산물 소비자불만신고센터를 운영, 소비자와 국민들의 신뢰를 향상시켜 나갔다. 또한 2016년 1월에는 품질안전부를 신설하여 비축농산물 위생ㆍ안전 업무를 전담 추진하는 한편, 그해 11월에는 보다 과학적인 업무수행을 위해 이화학분석실, 항온항습실, 기기분석실 등 최신 설비를 갖춘 실험실을 서울경기지역본부 판교 사옥 내에 설치하였다. 품질안전 실험실에서는 유해물질 안전성 검사, 품질특성 검사 등이 이루어짐으로써 비축 농산물의 위생ㆍ안전성에 대한 더욱 체계적인 관리가 가능해졌다.