더불어 2009년부터 정부 정보보호 관리체계인증 제도를 개발 및 운영했고 2014년부터 민간의 정보보호 관리체계 제도와 통합하여 운영하고 있다. 또한 관련 지침 개정 등, 지속적으로 보안을 강화하고 있다.
이밖에도 2009년부터 정부와 공공기관에 적합하도록 개발된 정부 정보보호 관리체계(G-ISMS:Government-Information Security Management System)인증 제도를 개발․운영하여 왔으며 2013년 미래창조과학부로 관련 업무를 이관하여 2014년부터 민간의 정보보호 관리체계(ISMS) 제도와 통합하여 운영하고 있다. 또한 대부분의 해킹 및 보안사고의 원인이 되는 소프트웨어보안 약점을 사전에 제거함으로써 전자정부 서비스의 보안을 강화하기 위하여 2011년부터 「행정기관 및 공공기관 정보시스템 구축·운영 지침」 개정을 통해 소프트웨어개발 보안(Secure Coding) 제도를 운영하는 등 정보화 사회가 진전될수록 지속적으로 보안 관리 활동을 강화하고 있다.