행정부는 조세지출 운영 현황에 대해 보다 상세하고 정확한 정보를 제공할 수 있도록 조세지출예산서의 작성 체계 및 관련 현황 자료 등을 개선해야 한다. 그 방법으로 조세지출 지원 목적별 분류체계를 재정비하고, 조세지출 항목을 체계적으로 분류해야 한다. 또 수혜계층별 현황에서는 수혜자의 소득기준을 강화하고 조세지출 항목별로 귀착효과가 파악될 수 있도록 조세지출예산서 양식을 세분화해야 한다. 마지막으로 한정된 재원 내의 재정운용 효율성을 높이기 위해 조세지출에 대응하는 재정지출 현황에 대한 파악이 필요하다.
3. 행정부는 조세지출 운영 현황에 대한 보다 상세하고 정확한 정보를 제공할 수 있도록 조세지출예산서의 작성 체계 및 관련 현황 자료 등을 개선할 필요가 있다. 첫째, 조세지출의 지원 목적별 분류체계를 재정비하고, 이에 따라 조세지출 항목들을 체계적으로 분류하여야 할 것이다. 현행 조세지출예산서에서「조특법」상 항목(190개)은 중소기업, 연구개발 등 23개 지원분야로 분류되나 개별세법상 항목(39개)과「조특법」상 ‘간접국세’ 항목(41개) 등은 분류되지 않고, 과표양성화 등 주요 부분은 ‘기타’로 묶여 있다. 조세특례의 지원분야별 지출 현황이 국가재정 운영과 개별 조세특례평가 등에 중요한 정보임을 감안할 때, 일반적인 조세체계(benchmark tax system)에 가까운 필요경비나 이중과세 조정 등 ‘구조적 감면’(structural reliefs) 이외의 나머지 조세특례 항목들은 지원분야별로 체계적인 분류가 이루어져야 할 것이다. 둘째, 수혜계층별 현황에서는 수혜자의 소득기준을 보다 강화하고 조세지출 항목별로 귀착효과가 파악될 수 있도록 조세지출예산서 양식을 세분화할 필요가 있다. 현행 조세지출예산서에서는 ‘개인’ 부문의 중 ․ 저소득자 그룹에 근로소득 6,100만원 이하인 근로자 외에 농어민, 고령자, 장애인 등을 소득수준에 관계없이 취약계층으로 포함하고 있어, 고소득층 수혜비중이 과소추계될 수 있다. 귀착효과에 따른 형평성 이슈가 국가정책과 관련하여 주요 쟁점이 될 수 있는 점을 감안하여, 주요 제도에 대해서는 수혜계층별 상세 정보를 제공할 필요가 있다. 셋째, 한정된 재원 내에서 재정운용의 효율성을 높이기 위해 조세지출에 대응하는 재정지출 현황에 대한 파악이 필요하다. 조세지출예산서에서 16개 기능별 예산분류 기준으로 조세지출 현황이 파악되고는 있으나, 유사 재정사업과의 과도한 중복 지원을 방지하는 등 조세지출 재원의 효율적 운영을 위해, 행정부는 개별 조세지출 항목이나 지원분야별 조세지출에 대응되는 재정사업 현황을 조세지출예산서에 반영해야겠다.