정부 성과계획서에서 인건비 등 재정투입에도 성과지표가 없는 사업이 있다. 교육부의 사업과 조세심판 정보화 사업이 성과관리 대상에서 제외되어 있다.
2015년 정부 성과계획서에서도 인건비 또는 기본경비 등이 아닌 재정투입이 존재함에도 불구하고 이들 사업의 성과지표가 없는 경우가 나타나고 있다. 예를들어 교육부의 단위사업인 ‘국립대학 국유재산 활용 활성화사업’과 ‘국립대학 운영지원사업’의 경우 2015년 예산안에 각각 175억원과 1조 3,142억원이 반영되어 있지만 성과관리대상에서는 제외하고 있다. 그리고 앞에서 살펴본 것처럼 국무조정실 및 국무총리실 성과계획서에서 2014년에 단위사업 ‘행정지원’ 예산에 포함되어 있던 ‘조세심판 정보화’ 사업이 2015년 성과체계가 프로그램목표-단위사업 체계로 바뀌면서 2015년 성과계획서에서 성과관리 비대상으로 되어 있다.