온실가스 배출권 할당업체는 부여받은 할당량 내에서 생산 활동을 하고 남거나 부족한 양을 배출권 시장에서 거래할 수 있다. 총량규제방식으로 지정된 업체는 온실가스･에너지 목표관리제의 적용을 안 받는데 이는 배출권거래제가 목표관리를 효율적으로 하기 위한 보조 정책임을 시사한다.
관리업체 중 환경부고시 ‘온실가스 배출권의 할당, 조정 및 취소에 관한 지침’에서 지정하는 기준에 해당하는 업체는 온실가스 배출권할당의 대상 업체(할당업체)가 된다. 할당업체는 정부로부터 부여받은 배출권 할당량 내에서 생산 활동 및 온실가스 감축을 하되, 남는 허용량과 부족한 허용량을 배출권시장에서 거래할 수 있다. 2015년부터 시행 중인 총량규제 방식의 온실가스 배출권거래제를 통해 지정된 할당업체는 ｢온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률｣제10조에 따라 온실가스･에너지 목표관리제의 적용을 받지 않는다. 배출권거래제는 온실가스･에너지 목표관리제와 별개의 제도라기보다는 목표관리제의 효율성을 제고하기 위한 보조적 정책의 하나로 이해될 수 있다.목표관리제 대상 업체 중 에너지 소비량(온실가스 배출량)이 상대적으로 많은 업체들이 배출권거래제의 대상이 되며, 배출권거래제는 이들 업체들이 할당받은 배출권 하에서 배출권 시장을 활용하여 효율적으로 생산 활동을 영위하도록 도와주는 것이 주요 목적이기 때문이다.