연구개발 조세지원제도는 일정 요건의 충족 시 관련 지출을 연구개발투자로 인정, 세액공제 혜택을 주고 있으나 사후관리 미흡으로 오남용 가능성이 크다. 연구개발비용의 기술개발 사용 여부의 사전검토와 사후확인의 세무행정 절차를 강화할 필요가 있다.
우리나라 연구개발 조세지원제도의 혜택을 받기 위해서는 연구개발 전담기구 설치 및 연구 인력에 대한 학력 요건을 충족해야 한다. 이 두 가지 요건을 충족하는 경우 관련 지출을 연구개발투자로 인정하고 세액공제 혜택을 허용하고 있으나 사후관리가 충분히 이루어지지 않아서 오남용의 가능성이 큰 것으로 평가되고 있다. 손원익 외(2012)는 사후적 오남용을 방지하고 행정비용의 축소를 위해서 세액공제 신청 이전에 해당 비용의 적격성을 판단하는 절차가 필요하다는 분석결과를 제시하고 있다. 또한 윤충식(2012)은 우리나라 연구개발 조세지원 제도의 효과성을 제고하기 위해서는 연구개발 조세지원 제도들의 사후관리 필요성을 제시하고 있다. 다시 말해서, 현재 통계상으로 집계되고 있는 기업들의 연구개발비용이 기술개발을 위해 사용되 었는지 여부를 사전적으로 검토하고 사후적으로 확인하는 세무행정 절차를 강화할 필요가 있다는 것이다.