법제업무 운영규정의 개정으로 지자체 장도 법제처에 법력해석을 요청할 수 있게 되었다. 하지만 민원인의 불만과 법령해석의 정당성에 대한 의구심은 여전히 있었다.
1999년 10월 10일 ｢법제업무 운영규정｣이 개정되어 법령해석요청기관의 범위가 중앙의 각 부처만이 아니라 지방자치단체의 장에까지 확대되었다. 지방자치단체의 장은 두개 이상의 중앙부처의 법령해석이 상충되는 경우에 당해 부처의 장에게 법제처에 법령해석을 요청할 수 있도록 하였다. 그리고 해석요청을 의뢰받은 기관의 장이 20일 이내에 법제처에 법령해석을 요청하지 아니하는 경우에는 지방자치단체의 장이 직접 법제처에 법령해석을 의뢰할 수 있도록 하였다. 이러한 개정으로 인하여 지방자치단체의 법령해석에 대한 불만은 어느 정도 해석되었지만 민원인의 불만은 여전하였고 또 법령소관 부처의 이해관계로 말미암아 지방자치단체가 그 법령해석의 정당성에 대하여 의심을 표하는 경우도 여전하였다.