자유학기제는 다양한 체험 활동을 중심으로 전국의 모든 중학교에서 실시하고 있다. 게다가 창의성 및 자기주도학습능력 등 교육을 중점적으로 하고 운영과 관련하여 교과교실은 유연한 교육과정 및 과정중심의 여러 평가를 통한 혁신에 힘쓴다.
교과교실제의 내실화 추진은 현 정부의 주요 교육정책과의 연계·운영을 도모함으로써 정책 간의 시너지 효과와 관련 정책의 효율적인 학교 현장 안착을 지원하고 있다. 우선, 자유학기제는 중학교 한 학기 동안 학생 참여형 수업과 진로 탐색 활동 등 다양한 체험 활동을 중심으로 교육과정을 운영하는 제도로서 2013년 시범운영을 거쳐 올해부터는 전국의 모든 중학교에서 실시하고 있다. 자유학기제는 기존의 지식과 경쟁 중심 교육을 창의성, 인성, 자기주도학습능력 등 미래 핵심역량 함양 교육으로 변화시키고 있다. 자유학기제 운영과 관련하여 교과교실은 유연한 교육과정 편성·운영, 다양한 교수·학습방법 적용, 과정중심의 내실 있는 평가를 통한 ‘교과’ 수업의 혁신에 기여할 뿐만 아니라, 진로탐색활동, 주제선택활동, 예술·체육활동, 동아리활동으로 이루어지는 ‘자유학기 활동’의 운영에도 활용되고 있다.