인도네시아 농업부는 수입되는 농산물에 식품안전관리 승인과 검사 실험실 등록을 의무화 했다. 이에 따르지 않는 신선 농산물은 전부 수출이 금지된다. 우리나라의 경우 국립농산물 품질관리원에서 분석증명서를 발급하기에 이를 발급받아 인도네시아 검역본부에 신고서를 제출하면 된다.
2015년 인도네시아 농업부는 자국민의 식품안정성 제고를 위해 「수출·입되는 신선 농산물에 대한 안전성 관리에 관한 장관령(Regulation of Minister of Agriculture No. 04/2015 Regarding Food Safety Control on Importation and Exportation of Fresh Food of Plant Origin)」을 개정하였다. 이에 따라 인도네시아 정부는 인도네시아로 신선 농산물을 수출하는 모든 국가가 식품안전관리시스템 승인 또는 식품안전성검사 실험실등록을 의무화 하도록 하였으며, 식품안정관리시스템 등을 등록하지 못한 국가는 2016년 2월부터 인도네시아로의 신선 농산물 수출이 전면 금지된다. 우리 농림축산식품부는 2016년 1월 (2019년 1월 갱신) 국립농산물품질관리원을 식품안전성검사 실험실로 등록 신청하여 분석증명서를 발급하고 있다. 따라서 신선농산물을 수출을 희망하는 경우 국립농산물 품질관리원에서 분석증명서를 발급 받은 후 인도네시아 농업부 검역본부에 사전신고서를 제출해야 한다. 아울러, 인도네시아는 자카르타 근교 딴중프리 옥항을 통한 신선과일 수입을 우리나라의 경우 충청남도산 배로 한정하고 있어, 기타농산물에 대한 유통에 어려움을 겪고 있다.