자체평가 지침에 따르면 성과 목표 및 지표의 적절성과 관리체계의 적절성, 목표달성도 점검 중심으로 관리된다. 성과목표 및 지표의 적절성은 사실상 지표를 중심으로 평가한다.
자체평가 지침에 따르면(미래창조과학부, 2014b), 먼저 사업계획 점검 부문에서부터 관리와 관련된 평가지표에 이르기까지 사전에 설정된 성과목표 및 지표의 적절성과 관리체계의 적절성, 목표달성도 점검을 중심으로 관리되고 있다. 사업계획부문의 점검항목인 ‘성과목표 및 지표의 적절성’은 ‘성과지표의 적절성’, ‘측정방법의 타당성’, ‘목표치의 합리성’, 그리고 ‘가중치의 적절성’의 네 가지로 평가하지만사실상 성과목표보다는 지표를 중심으로 평가하고 있다. 그리고 이 중에서 ‘성과지표의 적절성’은 성과목표와의 연계성 등을 점검하는 것인데 사업의 전체 목표 및 해결해야할 전체 문제와의 연관성 검토는 부족하다.