정부의 예산안과 항공교통계정의 계획은 양입제출의 방식으로 진행해야 한다.  특히 후자의 경우 항공 관련 산업이 성장하는 데 양입제출이 꼭 필요하다. 
전통적으로 한국은 양출제입을 국가 재정 편성의 원칙으로 적용해 왔지만, 2012년 이후 계속되는 세수 부족 현상에 대한 대응책으로 예산안 편성 시부터 양입제출을 적용하고 있다. 정부 예산만이 예산편성 시부터 결산까지 이 원칙이 지켜져야 하며, 교통특별회계 항공교통계정 역시 이 원칙이 지켜져야 할 것이다. 항공·공항계정의 수지균형 원칙에도 위배된다. 왜냐하면 편성된 예산을 활용하지 않고 도로 철도 등 타 계정으로 전출하기 때문이다. 따라서 항공계정의 타 계정으로 전출을 엄격히 제한할 필요가 있으며, 세부 프로그램 등 활용 대안을 모색할 필요가 있다. 대안으로 항공시설투자 등에 정부 재원을 배분하는 등 다양한 정책대안을 모색할 필요가 있을 것이다. 이렇게 할 때 비로소 항공교통계정의 균형재정 달성이 가능할 것이며, 궁극적으로는 항공산업진흥(항공산업 경쟁력과 항공 안전)에 기여할 것이다. 또한 미래 항공수요에 대응하기 위해 항공산업분야와 항공 안전 분야의 지속적이고 안정적인 재정이 마련되어야 한다. 항공산업 인프라 구축을 위해 항공진흥기금 등의 설치나 관광진흥기금의 활용 등을 검토하여 장기적 관점에서 항공·공항계정 재정운용을 재설계할 필요가 있다.