장애인권익옹호기관은 중앙기관 1개, 지역기관 17개로 운영 중인데, 중앙기관은 지역기관의 지원·정책 업무와 통계·보고서 업무를 하며, 지역기관은 장애인학대의 직접적인 대응 업무를 한다. 
장애인복지법 제59조의11에 의거하여 설치된 장애인권익옹호기관은 2018년 12월 31일 기준, 중앙장애인권익옹호기관 1개와 지역장애인권익옹호기관 17개가 운영 중이다. 지역장애인권익옹호기관은 장애인학대의 신고접수, 피해자 지원, 사후관리 등 장애인학대에 대한 직접적인 대응 업무를 하고 있다. 중앙장애인권익옹호기관은 장애인 학대 관련 연구, 프로그램 개발, 인력개발, 장애인학대 통계 생산 등 지역기관에 대한 지원 및 정책 관련 업무를 하고 있다. 또한 장애인학대 신고접수 및 관리를 위한 전산시스템의 구축 및 운영, 장애인학대 관련 통계의 생산 및 제공에 관한 업무를 수행하면서 이를 토대로 장애인학대 현황보고서를 발간한다.