국가인재DB 시스템 하드웨어 및 데이터 신뢰성 향상을 위해 다양한 보안 관리기법이 적용되었다. 인적보안, 행정망과 상용망을 분리한 네트워크 보안, 접근을 제한한 데이터베이스 보안 및 화면별 접근 통제와 사용자별 권한을 부여한 프로그램 보안이 있었다.
시스템 안의 데이터, 즉 인물정보를 보호하고 보안을 유지하는 것 역시 중요한 과제였다. 당시 국가인재DB 시스템 하드웨어 및 데이터의 신뢰성을 높이기 위해 △인적 보안, △네트워크 보안, △데이터베이스 보안, △프로그램 보안 등 다양한 차원의 보안 관리기법이 적용되었다. 인적보안 측면에서는 사용자 ID 및 비밀번호를 부여해 권한을 받은 사람만 접근할 수 있도록 했고, PC 부팅용 비밀번호 설정 및 화면보호기 사용 등을 통해 외부 사용자 접근으로부터 시스템을 보호하고자 했다. 네트워크 보안을 위해 행정망과 상용망(인터넷)을 분리 운영함으로써 외부 네트워크 사용자의 접근을 막고, 사용자 IP 확인 및 방화벽 소프트웨어 설치를 통해 비인가자의 접속을 통제할 수 있도록 했다. 데이터베이스 보안 측면에서는 사용자 비밀번호 관리와 더불어 단위 업무별, 부처별, 사용자별로 데이터베이스 접근을 제한하였으며, 프로그램 보안 측면에서도 화면별 접근을 통제하고 사용자별 권한을 별도로 부여하였다.