범죄수사규칙 제21초에 따라 수사가 경합될 경우에는 경찰관서장의 지휘를 통해 필요사항을 협의해야 한다. 일반적으론 관할권 경합 문제가 발생하면 합의하로 해결하지만, 타 행정부처에서 관장할 수 없는 사무는 특사경에게 우선적 관할권이 있다.
앞에서 언급한 것처럼 범죄수사규칙 제21조는 ‘특별사법경찰관리의 직무범위에 해당하는 범죄를 수사 중인 경찰관은 해당 사건 수사시 특별사법경찰관리가 행하는 수사와 경합될 때에는 경찰관서장의 지휘를 받아 해당 특별사법경찰관리와 그 수사에 관하여 필요한 사항을 협의하여야 한다’고 규정하고 있다. 따라서 성질상 사법경찰에 속하는 해양경찰사무의 경우에는 육상경찰과 관할권 경합의 문제가 발생하면 위의 특별사법경찰과 일반사법경찰의 관할 경합의 문제로 해결하면 족하지만, 어업감독 공무원과 같은 해상에서의 일반적인 위험방지활동을 하는 조직상 해양경찰이 담당하는 사무나 해양환경감시원과 같은 성질상 타 행정부처에서 관장할 수 없는 사무의 경우는 이러한 특사경에게 우선적으로 관할권이 존속한다고 보아야 한다. 왜냐하면 첫째, 공간적으로 육상경찰이 관여할 수 없다는 점, 둘째, 이들은 모두 해양분야의 전문가라는 점 등을 고려해야 하기 때문이다.