해양생태계의 보전·관리 부담은 공평하게 분담돼야 하므로 당해구역 주민들에 대한 보상이 필요하다. 해양수산부장관은 편의시설의 설치, 소득증대방안 등을 강구·시행하고 있다. 
해양생태계의 보전 및 관리에 따르는 부담은 공평하게 분담되어야 한다는 기본원칙에 따라 해양보호구역 지정으로 인한 행위제한 등으로 불편을 겪는 당해구역의 주민들에 대한 보상대책이 필요하다. 따라서 해양수산부장관은 해양보호구역으로 지정된 구역 및 그 인접지역의 주민을 위하여 편의시설의 설치 및 소득증대방안 등을 우선적으로 강구·시행하도록 규정하고 있다. 이러한 규정에 따라 해양보호구역이 지역주민에게 부담을 주는 제도가 아니라는 인식의 확산으로 지역주민의 자발적인 참여를 확보할 수 있으며 나아가 해양생태계의 보전 및 관리를 위한 사업을 원활하게 추진할 수 있을 것으로 기대된다.