한국과 일본은 지역무역협정의 순기능을 인식하고, 주요 교역상대국과 FTA 체결을 추진하기로 결정하였다. 1998년 방일 중 김대중 대통령이 "21세기 새로운 한/일 파트너쉽 행동계획"을 제의하고, 1999년 방한한 오부치 총리의 "한/일 경제협력 의제 21" 제안으로 FTA에 관한 논의하고, 관계를 개선하는데 결정적인 계기가 되었다.
경제적 이해관계가 큰 인접한 국가끼리 자유무역협정을 체결하여 회원국간 교역을 활성화하고 토자를 증대하여 자국의 경제적인 이익을 도모하는 것은 이미 세계적인 추세로 자리잡은지 오래되었다. 그럼에도 불구하고 한국과 일본은 양국간 FTA는 물론, 지역주의에의 참여 자체에도 관심을 두지 않았다. 그러나 동아시아 금융위기 이후 양국은 지역무역협정의 순기능을 인식하고, 주요 교역상대국과 FTA 체결을 추진하기로 결정하였다. 한국과 일본은 현재 각각 칠레, 싱가포르와 FTA 협상을 추진중이다.
 한국의 입장에서 볼 때 한/일 FTA는 다른 어떤 나라와의 FTA보다도 고려해야 될 점이 많은 것은 사실이다. 대일본 무역수지 적자문제와 심화되는 의존도, 경제적 격차와 같은 경제적인 문제 외에도, 과거 역사와 관련된 문제, 독도 분쟁, 중국을 포함한 동북아지역의 정치적 구도와 같은 정치/사회적 현안 등 풀어야 할 과제들이 적지 않다. 이 가운데 일부는 시간을 두고 천천히 해결해야 할 문제들이지만, 양국이 정부 차원에서 한/일 관계를 개선하기 위해 적극적으로 노력할 필요가 있다. 이러한 점에서, 1998년 10월 일본을 방문한 김대중 대통령이 “21세기 새로운 한/일 파트너쉽 행동계획”을 제의한 것과, 1999년 3월 방한한 오부치 총리가 “한/일 경제협력 의제 21”을 제안한 것은 양국간 FTA에 관한 논의를 활성화하고, 양국 관계를 개선하는 데 결정적인 계기를 제공한 것으로 보인다.