우리나라 배출권거래제의 비용효과성이 발전부문에서의 몇몇 규제로 인해 저해될 우려가 있으며, 이에 대표적인 것으로 정부에서 규제하는 전력소매요금을 꼽을 수 있다.
배출권거래제와 별도로 발전부문에서의 몇몇 규제로 인해 우리나라 배출권거래제의 비용효과성이 저해될 우려가 있다. 가장 대표적인 것으로 고정된 전력소매요금을 꼽을 수 있다. 우리나라의 전력소매요금은 물가안정과 같은 여타의 이유로 인해 정부의 규제를 받아왔다. 계통한계비용에 따라 비교적 유연하게 변동되는 전력도매요금과는 달리 우리나라의 전력소매요금은 일정하게고정되어 있으며 정부의 승인 하에서만 요금조정이 가능하다. 그간 우리나라의 전력소매요금수준은 공급원가에 미치지 못한 상태로 묶여 있어서 2000년대 이후 전력으로의 편향화가 빠르게 진행되어 왔다.