비공식 경제의 부정적 측면은 첫째, 비공식 기업들은 생산성이 낮아 비효율적이다. 둘째, 비공식성이라는 제도적 특성은 투자를 저해한다. 셋째, 불공정한 방법으로 비용을 낮춤으로써 공식 부문 기업들에게 피해를 준다. 넷째, 조세수입 확보가 어려워지며 정책 수립에도 어려움을 준다.
성장 효과의 관점에서 본 비공식 경제의 부정적 측면은 다음 몇 가지로 요약할 수 있는데, 그 중 첫째와 둘째가 가장 중요하다. 첫째는 비공식 기업들은 일반적으로 생산성이 낮은 비효율적 기업들이라는 점이다. 비공식 기업들은 대체로 가계부문에 속하는 소규모 기업들로서 규모의 경제 효과를 누리지 못하며 기업가 및 노동자들의 인적자본수준도 공식 부문보다 훨씬 낮다. 둘째, 비공식성이라는 제도적 특성은 투자를 저해하는 경향이 있다. 비공식 부문에서는 사유재산권이 충분히 보호받지 못하므로 투자를 통해 자본을 증식하려는 인센티브가 부족해진다. 더욱이 비공식 기업들은 공식 금융 시스템을 잘 이용하지 못하므로 투자자금을 조달하기도 쉽지 않다. 셋째, 비공식 기업들은 조세 회피, 규제 회피 등 불공정한 방법으로 비용을 낮춤으로써 공식 부문 기업들에게 불공정 경쟁의 피해를 줄 수 있다. 넷째, 비공식 경제비중이 높을수록 조세수입 확보가 어려워지며 통계 왜곡으로 정책 수립에도 어려움을 준다는 점에서 비공식 경제는 정부의 효율성도 저해하는 경향이 있다.