선출직인 도도부현 지사는 도도부현 공안위원회 위원 임면 권한이 있고, 도도부현 경찰에 대해서는 간접적인 개입이 가능하다. 도도부현 경찰에 대한 통제는 국가경찰이 이를 지휘하거나 인사권을 통해 영향력 행사가 가능하다. 일본경찰청은 국가적 이해와 치안의 유지를 위해 국가경찰이 최소한의 범위 내에서 관여하는 제도를 구축하고 있다.
앞서 살펴본 도도부현 공안위원회를 통해 시민적 통제가 이루어진다. 선출직인 도도부현 지사는 도도부현 경찰운영에 관해 도도부현 공안위원회를 지휘·감독할 권한을 갖지 않으나, 위원의 임면에 관한 권한을 가지고 있으며, 도도부현 경찰에 관한 조례 및 예산안 제출권, 예산의 지출명령권 등을 통하여 간접적인 영향력 행사가 가능하다. 도도부현 경찰은 국가경찰과 명목상으로는 별개로 설치되어 있으나, 국가경찰의 관여와 통제가 매우 광범위하게 이루어지고 있는 것이 특징이다. 이는 크게 두 가지 형태로 나타나는데 첫째, 국가경찰은 경찰청(제5조 제4항)의 소관사무에 대해 도도부현 경찰을 지휘한다(제16조 제2항). 둘째, 경찰본부장과 경시정 이상은 국가공무원이고, 이들의 임명에 국가공안위원회가 적극관여하고 자치경찰의 정원이 정령·총리부령으로 정해지는 등 인사권을 통해 영향력 행사가 가능하다. 일본경찰청은 국가(경찰)의 관여·통제의 필요성에 대해, 경찰사무가 지방사무의 성격을 갖고 있지만 동시에 국가적 이해에 영향을 끼치는 경우가 있고, 치안의 유지는 국민복지증진의 기반이 되므로 국가가 도도부현 경찰사무 처리에 무관심할 수 없으며, 국가적 요청 및 전국적인 조정의 관점에서 필요 최소한의 범위 내에서 국가가 관여하는 제도를 구축하고 있다고 설명하고 있다.