양심의 자유는 정신적 내적 과정에 근거한 행위를 보호한다. 진정한 양심상의 결정 여부가 가장 큰 문제점이기 때문에 이를 보장하려면 양심상의 결정에 대한 행위 입증이 필요하다.
다른 자유권이 객관적으로 존재하고 확인할 수 있는 법익이나 인간의 행위를 보호하는 데 반하여, 양심의 자유는 외부로부터 명확하게 확인될 수 없는 순수하게 정신적 내적 과정 및 그러한 결정과정에 근거한 인간의 행위를 보호한다는 데 그 특수함이 있다. 따라서 양심의 자유를 보장함에 있어서 가장 큰 문제는 ‘진정한 양심상의 결정이 존재하는지 여부’를 밟히는데 있다고 할 수 있다. 양심의 자유를 보장하기 위해서는 필연적으로 양심상의 결정과 그 외의 결정을 구분하는 어려움, 즉 인간의 다양한 행위 중에서 양심상의 결정에 근거한 행위를 어떻게 가려내고 식별할 수 있는지 입증의 문제가 발생한다.