자유학기제는 이를 통한 학교 교육방법의 전환이라는 목적을 가지고 있다. 전통적 교육 방식은 학생들의 흥미를 하락시키고, 획일적 강의 방식을 가지고 있어 변화가 필요하기 때문이다. 연결된 학습을 위한 교과 활동, 교과적 요소끼리 연계한 활동, 진로 관련 활동을 중점으로 자유학기제를 진행해야 한다. 
자유학기제의 기본방향 중 하나는 ‘자유학기를 교육과정 운영 및 수업방식 등 학교 교육방법 전반의 변화를 견인하는 계기로 활용’(교육부, 2013) 하겠다는 것이며, 이러한 변화를 위해 특히 ‘학생의 참여와 활동 중심으로 교수·학습방법의 다양화’(교육부, 2013)를 도모할 필요가 있다고 제시되어 있다. 우리나라의 경우 전통적으로 교과를 중심으로 견고한 계통적 수업이 전개되어 왔고 이 교과 수업의 전개는 강의식에 편중된 방식으로 이루어져 왔다. 학생들은 수업에 대한 내면적 참여 기회가 차단되어, 자연히 교과 수업에 대한 흥미나 동기 등이 상당히 떨어지게 된다. 자유학기제의 방향 및 취지에서 나타내고자 하는 교수·학습방법의 다양화나 변화를 도모하는 것은 기본적으로 획일적인 강의식 수업방식을 극복하고자 하는것이라고 할 수 있다. 다만 자유학기제의 이러한 취지에도 불구하고 강의식 수업방식이 터부시되어서는 안 될 것이다. 교과 수업의 편성은 크게 3가지, 즉 계통적 학습을 위한 교과 활동과 교과·영역 간 융합·연계 교과 활동, 진로 연계 교과 활동 등으로 이루어질 수 있다. 이 가운데 교과·영역 간 융합·연계 교과 활동과 진로 연계 교과 활동은 자유학기제에서 특히 강조되는 것이다.