Williamson은 조직의 운영틀은 권위, 의사결정자의 상호작용, 비형식적 조직으로 이해하고자 하였으며 이를 합리적 선택 제도주의라고 한다. 문제 해결책 제시가 어려울 때, 정보를 수집하고 거래비용을 줄이는 방향으로 제도를 구축한다. 이는 Simon의 제한된 합리성에 근거한다. 조직의 합리적인 선택은 사전적 합리성과 사후적 합리성으로 구분되며 사후적 합리성은 자원의존도를 통해 불확실성 감소를 도모한다. 이를 진화시키면서 조직을 구축하는것이 합리적 선택 신제도주의 관점이다.
둘째, 제도 변화와 합리적 선택 제도주의의 경우, [그림 2]를 통해 보다 자세히 설명 가능하다. Williamson(1990)은 조직의 운영 틀(framework)은 ① 권위: 조직의 복잡성에서 잘 적응해 나가기 위한 권위의 개발, ② 의사결정자의 상호작용: 상관의 명령의 복종을 수용하는 조직의 의사소통(communication) 강조, ③ 비형식적 조직(informal organization): 공식적 조직에서 중요하며, 이를 통해 거래비용(transaction cost)의 최소화 등의 특성으로 이해하고자 하였다. 이러한 조직 운영체계는 조직의 이윤을 극대화하기 위한 거래비용을 최소한으로 줄이기 위해 합리적인 선택을 하는 것으로서, 합리적 선택 제도주의라 한다. 먼저 사회가 불확실하고 정보의 부족으로 인해 어떠한 문제에 대한 해결책을 제시하기 어렵게 되었을 때, 불확실에 대한 정보 자원을 증진시키고자 한다. 이를 통해 정보가 수집되면, 거래비용을 줄일 수 있는 방향으로 제도가 구축된다. 합리적 선택 제도주의는 인간은 100% 합리적이라고 가정하기보다는 조직이론에 있어서 Simon(1972)의 제한된 합리성(bounded rationality)에 근거하여 주어진 제약조건에서의 가장 합리적인 선택을 가정한다. 일반적으로 조직의 합리적인 선택은 사후적인 합리성과 사전적인 합리성으로 구분되며, 정보의 불충분성과 불확실성은 사전적 합리성을 약화시킨다. 사후적인 합리성은 목표의 적합성을 알아가는 것이며, 조직의 행동에서 자원의존도(resource dependency)를 통해 정치적 자원 증진을 통한 조직의 불확실성의 감소를 도모한다. 조직은 제도에 대한 합리적인 선택을 하고, 이를 통해 서서히 진화시키면서 조직이 구축되어 간다는 것으로 보는 입장이 합리적 선택 신제도주의 관점인 것이다.