 ‘예방접종통합관리시스템’에서 의료기관이 예방접종을 시행하고 전산등록하여 비용을 신청하면 피접종자의 보건소에서 적정여부를 심사하고, 심사가 완료되면 보건소에서 비용을 지급하고 있다. 
위탁의료기관에서 시행한 예방접종 비용은 예방접종 시행 전예방접종수첩 및 질병관리본부의 ‘예방접종통합관리시스템’을 통해 피접종자의 과거 접종내역을 확인한 후 전산 등록하여 청구하도록하고 있다. 의료기관은 「예방접종 실시기준 및 방법」을 준수하여 예방접종을 시행하고 중복접종, 불필요한 추가접종 방지를 위해 가급적 당일 전산 등록하여 비용을 신청한다. 신청된 예방접종 비용은 피접종자의 주민등록상 주소지 보건소에서 적정여부를 심사하고 지급심사가 어려운 경우 질병관리본부로 전문심사를 의뢰한다. 심사가 완료되면 보건소에서 비용을 지급하고 지급 완료 후 부당지급이 확인된 경우 해당 보건소에서 비용을 환수하도록 규정하고 있다.