신분당선은 재정보조를 못 받아 소송 중이다. 민간사업자는 변경실시협약을 통해 수요를 조정해야함, 무임승차 수요를 유료수요로 인정 시 MRG를 받을 수요를 넘어섬 등을 주장한다.
신분당선은 현재 운영수입이 실시협약 예상수요의 50% 미만이기에 정부로부터 재정보조를 받지 못하고 있다. 이와 관련하여 현재 주무관청과 최소운영수입보장(MRG)과 관련하여 소송을 진행 중이다. 실시협약시 예측된 수요가 국가사업인 성남-여주선, 용산-강남 3단계개통, 판교 신도시 개발 등이 지연되면서 실제수요와 많은 차이가 있어 변경실시협약을 통해 수요를 조정해야한다는 것이 민간사업자의 입장이다. 그리고 무임승차에 대한 수요를 유료수요로 인정 시 최소운영수입보장(MRG)을 받을 수 있는 수요를 넘어서며 또한 개통시 협약당시 요금보다 낮은 요금 적용으로 인한 손실을 입고 있다고 주장하고 있다.