김종필은 민간협력자들과 이원조직을 구성, 선거 후보공천은 물론 일상적인 운영도 통제했다. 정당조직이 정부에 대해 우위를 지키려는 민주공화당의 시도는 권력을 강화하려는 박정희와 충돌했다.
군부 쿠데타의 2인자였던 김종필은 민간협력자들(윤천주, 강상운 등)과 함께 이른바 이원조직을 구성하고, 당 사무국이 국회의원 선거 후보공천뿐만 아니라 정당의 재정과 같은 일상적인 운영도 전부 통제할 수 있도록 기획하였다. 실제로 민주공화당은 창당 초기에는 각 지역사회의 지식인과 언론인들을 비교적 넓게 충원하고 무려 1천명이 넘는 사무국 조직을 갖추고 이를 토대로 1963년의 양대 선거에서 승리하게 되었다. 마치 발전국가 시대 대만의 국민당과 같이 정당조직이 정치적 충원뿐만 아니라 정부에 대해서 우위를 지키려는 이러한 민주공화당의 시도는 필연적으로 박정희 개인의 권력을 강화하려는 움직임과 충돌할 수밖에 없었다.