일본은 온실가스 감축을 하기로 한 사업체에 보조금을 지급하는 형태로 자발적 온실가스감축 프로그램 중심으로 운영해 왔고, 개발도상국과 개별 협정을 체결하여 프로그램을 개발하는 방향으로 나아가고 있다.
일본은 쿄토의정서에 서명하였으나 기업의 자발적 온실가스감축 프로그램(Japan’s Voluntary Emissions Trading System, JVETS)을 중심으로 운영하여 왔다. 온실가 스 감축을 하기로 한 사업체는 정부로부터 보조금을 지급받을 수 있고 배출권을 할당받아 자발적 배출권거래제에 참여하고 감축목표량에 해당하는 배출권을 제출하지 못하면 보조금을 반환하여야 하나 다른 과징금이 부과되지는 아니한다. 배출권거래제의 참여가 회사단위가 아니라 사업장단위이므로 누출이 발생할 수 있다. 일본은 청정개발체제의 비효율적 운영과 국제조약체제의 불안정 등에 비추어 자국 산업에 필요한 낮은 가격의 국제상쇄배출권을 확보하기 어려울 것으로 우려하여 개발도상국과 개별적으로 협정을 체결하여 프로그램을 개발하는 방향으로 나아가고 있다