인권영향평가는 해당 기관이 직접 수행하는 방식과 제 3의 독립기관을 이용하는 방식이 있다. 전자의 경우 평가의 전문성과 효율성은 높지만 중립성과 객관성에 문제가 있을 수 있고 후자의 경우 반대의 문제가 있을 수 있다. 이에 대한 대안이 해당기관이 1차로 평가를 수행하고 제3의 기관이 추가적으로 평가하는 방식이다. 이때의 제3기관으로 국가인권위원회가 바람직하다.
인권영향평가는 평가의 대상을 만들어내는 주체가 직접 수행하거나 제3의 독립적인 주체가 수행할 수 있다. 예컨대 법령을 제정하는 국가기관이 직접 해당 법령이 인권에 미치는 영향을 사전에 평가하게 하는 방법도 가능하고, 인권영향평가를 담당하는 독립적 기관을 설치하여 사전에 인권영향평가를 전담하게 하는 방법도 가능하다. 해당 기관으로 하여금 직접 수행하게 하는 방식은 평가의 대상을 평가의 주체가 상대적으로 더 잘 이해하고 있다는 점에서 평가의 전문성과 효율성을 높일 수는 있지만 평가의 중립성과 객관성에 의문이 제기될 수 있다. 반면에 제3의 독립적 기관으로 하여금 전담하여 수행하게 하는 방식은 평가의 중립성과 객관성을 제고할 수 있으나 평가의 전문성과 효율성은 상대적으로 떨어질 수밖에 없다. 다양하고 복잡한 평가대상에 대한 지식이나 정보의 수집과 평가라는 측면에서 제3의 독립적 기관은 해당 기관보다 불리한 여건에 처할 수밖에 없기 때문이다. 여기서 생각해볼 수 있는 대안은 1차적으로 해당 기관으로 하여금 평가를 수행하도록 한 뒤에 제3의 기관이 그 평가의 기준과 절차를 다시 추가적으로 평가하도록 하는 방식이다. 이를 통해 1차적으로 해당 기관이 앞으로 발생할 수 있은 영향을 효과적으로 예측할 뿐만 아니라 2차적으로 평가기준에 따른 평가가 올바로 수행되었는지를 다시 검토하게 함으로써 전문성과 효율성은 물론 중립성과 객관성마저도 제고될 수 있을 것이다. 여기서 2차적 평가기관은 인권에 관한 전문성과 함께 중립성도 함께 담지하고 있는 인권전문기관인 국가인권위원회가 되는 것이 바람직하다고 보인다.