무작정 대기업을 제도에서 배제하는 것은 바람직하지 않다. 대기업은 R&D 투자와 지식 재산 활용성이 월등하고 특허 박스에서 파생되는 혜택은 직접적으로 다수의 직원에게 효과를 줄 수 있으므로, 대기업의 배제는 정책 운영 측면에서 비효율적이다.
동 제도 도입 시 대기업에만 혜택을 주게 될 것이라고 우려하는 목소리가 있다. 그러나 중소기업에 도움이 되도록 제도 도입이 가능하고, 또 제도의 도입 성과를 고려하지 않고 혜택을 준다는 이유만으로 대기업을 배제하는 것이 바람직하지 않을 수도 있다. 극단적인 예로 대기업을 배제하고 중소기업이 특허 등의 지식 재산 사업화를 하는 경우만 법인세 감면 혜택을 주는 방안도 고려할 수 있다. 그러나 중소기업보다 대기업의 사업화 역량이 높아 사업화를 통한 경쟁력 확보에 기여하는 바가 크다면 대기업을 지원에서 배제하거나 대기업이 혜택을 받을 것을 우려해 제도를 도입하지 않는 것은 비효율적일 수 있다. 대기업의 R&D 투자 및 지식 재산 활용성은 중소기업 보다 월등하고 특허 박스로 인한 혜택은 다수 직원에게 직접적 효과를 미칠 수 있으므로 대기업을 배제한다는 것은 효율적인 정책 운영이 될 수 없을 것으로 보인다.