헌법에서 모든 재판은 '법관'에 의한 것이어야 하고, 대법원을 최종심으로 하여야 한다고 규정하고 있다. 그래서 군사법원은 법원조직법상 특수법원이 될 수 없다. 따라서 군사법원은 예외법원으로서 특별법원이고, 이는 반드시 헌법적 근거가 있어야 한다.
우리 헌법 제101조 제1항은 “사법권은 법관으로 구성된 법원에 속한다”라고 규정하고 있고, 제2항은 “법원은 최고법원인 대법원과 각급법원으로 조직된다”라고 규정하고 있기 때문에 모든 재판은 ‘법관’에 의한 것이라야 할 뿐만 아니라 대법원을 최종심으로 하여야 한다. 따라서 법관이 아닌 자가 재판을 담당하거나 대법원을 최종심으로 하지 아니하는 특별법원을 설치할 수 있는지가 문제된다. 특별법원의 의미를 만일 ‘법관’의 자격을 가진 자가 재판을 담당하고 대법원을 최종심으로 하되 ‘관할’이 특수한 사항에 한정된 법원이라고 한다면 특수법원은 법원조직법상 얼마든지 설치할 수 있으나 우리 군사법원은 법원조직법상 설치할 수 있는 특수법원이 될 수 없다. 따라서 군사법원은 ‘법관의 자격이 없는 자에 의한 재판’, 또는 ‘최종심을 대법원으로 반드시 하지 않는 재판’을 하는 법원이므로 예외법원으로서 특별법원이라고 보아야 하고, 이러한 특별법원은 반드시 헌법적 근거가 있어야 한다.