청년유니온은 창립 후 외형적으로 큰 성장을 보였으나 내부 핵심 활동가들은 인력관리의 문제점을 인식했고 2기 임원 및 집행부가 새로운 인물들로 교체되었다.
창립 이후 2년 동안 청년유니온은 외형적으로 큰 성장을 보였으나, 내부 핵심 활동가들은 조합원 규모의 증가에 비해 열성 조합원의 확대는 더디고 신규 조합원의 관리와 교육이 미진하다는 문제의식을 갖고 있었다. 특히 2012년 2월의 정기 총회는 임원 선거가 예정되어 있어 리더십 교체의 과제를 안고 있었다. 1기의 임원 및 집행간부들은 2년간의 임기가 끝나자 모두 사퇴하였고, 새로운 인물들로 2기 임원 및 집행부가 채워졌다. 규약상으로는 임원의 중임을 허용하고 있었지만, 오래 전부터 1기 핵심 활동가들은 리더십 교체를 전제하고 있었다.