‘지연 처리’가 처분 적법성 판단의 쟁점일 때, 해석의 문제 측면에서(대법원 2013다6759 판결 참조) 신·구 법령의 적용 관계를 명확히 하는 것이 타당할 것이다(대법원 2002무22 결정 참조). 거부 처분 취소 판결에 따른 재처분 시 개정법령에 따른 판단이 필요하다.
여기서 ‘지연 처리’가 처분의 적법성을 판단하는 쟁점이 될 수 있는데, ‘법정 처리기간’을 객관적 판단 요소로 삼을 수 있겠지만, 추가로 담당 공무원의 업무 처리 태도 등 주관적 요소를 고려해야 하는 등 또 다른 해석의 문제를 낳는다는 점에서(대법원 2015.11.27. 2013다6759 판결 참조) 경과 조치나 적용례를 두어 신·구 법령의 적용 관계를 명확히 해 주는 것이 타당할 것이다(대법원 2002.12.11. 2002무22 결정 참조). 제시된 판례와 같이 거부 처분 취소 판결이 확정되어 소 제기 “이전의 신청”에 대하여 재처분을 해야 되는데, 법령 변경으로 처분 요건에 부합하지 않게 된 경우에도 마찬가지의 상황에 처하게 된다고 하겠다. 행위 허가와 달리, 특히 영업 허가의 경우에는 종전의 법령에 따라 인용 처분을 받았더라도 강화된 개정법령 하에서 그 지위를 어떠한 방식으로 인정해 줄 것인지에 대한 판단(예: 일단 구 법령에 따른 지위를 인정하되, 유예기간 내에 신법령에 따른 요건을 갖추도록 하는 방식)을 해야 할 것이다.