국토교통과학기술진흥원의 4대 R&D 사업을 주요 연구사업군으로 분류하고 있는데 건설기술연구사업, 교통물류연구사업, 철도기술연구사업, 및 항공기술연구사업 중 출연(연)이 없는 교통물류연구사업을 제외한 3개의 사업은 거대공공전문위를 통한 고유임무를 지정받도록 추진하였다.
한편 국토교통기술 R&D 기획, 관리 및 평가를 담당하는 국토교통과학기술진흥원은 현재 건설기술연구사업(물관리연구사업, 플랜트연구사업, 도시건축 연구사업 포함), 교통물류연구사업, 철도기술연구사업, 및 항공기술연구사업의 4대 R&D 사업을 주요 연구사업군으로 분류하고 있다. 지난 2013년부터 국가과학기술연구회(2013년 당시에는 기초기술연구회 및 산업기술연구회)에서 추진한 국가과학기술 R&D 사업에 대한 출연(연)의 고유임무지정 추진에 대해 국토교통과학기술진흥원은 위 4개 사업 중 교통물류연구사업을 제외한 건설기술연구사업, 철도기술연구사업 및 항공기술연구사업에 대해서는 관련 3개 연구기관, 즉 한국건설기술연구원, 철도기술연구원 및 항공우주연구원에 거대공공전문위를 통해 고유임무를 지정 받도록 추진하였다. 그러나 국토교통과학기술진흥원이 5대 Mobility 체계로 새롭게 개편한 교통물류연구사업은 국가과학기술연구회 산하 출연(연)이 존재하고 있지 않아 거대공공전문위를 통한 고유임무 기능 부여가 이루어지지 않았다.