합동무기추천체계의 운용은 단일 기관 중심의 유지보수 및 성능개량 체제, 통제할 수 있는 합참을 중심으로 한 업무수행체계,  중립적인 국방연구기관의 노력이 필요하다.
합동무기추천체계의 지속적인 운용 소요에 효과적으로 대응하기 위해서는 단일 기관 중심의 유지보수 및 성능개량 체제가 마련되어야 한다. 이를 위해 각 군을 통제할 수 있는 합참을 중심으로 한 업무수행체계가 필요하다. 합동무기추천체계와 관련하여 향후 제기될 사용자 요구사항을 취합하고 이를 바탕으로 한 성능개량을 지속할 수 있어야 하며, 특히 대외군사판매를 기반으로 한 미군 관련 기술지원 획득도 포괄할 수 있어야 한다. 그리고 이러한 업무수행 근거를 마련하기 위한 정책적 기반 마련에 한국국방연구원과 같이 중립적인 국방연구기관의 노력이 뒤따라야 할 것이다.