가이드라인에 따라 개인정보 비식별 조치 전문기관이 지정 운영되어 3억 4천여개의 민간 기업의 데이터가 결합되었다. 하지만 2017년 동의없이 개인정보가 제공된 것에 대해 고발조치를 당했다.
가이드라인 발표 후인 2016년 8월, 각 부처에 의해 개인정보 비식별 조치 전문기관이 지정되었으며, 9월에는 전반적인 운영 지원을 위해 한국인터넷진흥원(KISA)에 ‘개인정보 비식별 조치 지원센터’가 설치되었다. 그리고 동 가이드라인에 의해 2016년 8월부터 2017년 9월까지 26차례에 걸쳐 총 347,522,005건의 민간 기업의 데이터가 결합된 것으로 나타났다. (이은우 등, 2017) 시민사회단체들은 이 가이드라인 제정 당시부터 비판을 해왔지만, 2017년 국정감사를 통해 3억 4천여만간의 사용자 개인정보가 동의 없이 결합되어 기업에 제공된 것이 드러나자, 비식별 전문기관과 20개 기업을 개인정보보호법 등 위반으로 검찰에 고발하였다.