특별지원 보호시설 입소대상은 친족에 의한 19세 미만 성폭력 피해자이며, 본인·친권자 동의에 따라 입소 가능하며, 소정의 보호기간 혹은 보호자의 동의 하에 퇴소 가능하다. 지적장애시 다른 시설로 연계한다.
특별지원 보호시설의 입소대상은 친족에 의해 성폭력피해를 입은 19세 미만의 자로서 본인이 입소를 희망하거나 친권자가 입소에 동의하는 경우에 입소할 수 있다. 한편, 친족에 의한 성폭력피해자가 만 19세가 되어 보호 목적이 달성되었거나 보호기간이 만료된 경우 혹은 친권자의 동의하에 퇴소를 희망하는 경우에는 해당 보호시설에서 퇴소할 수 있다. 성폭력피해 아동청소년 전용쉼터 혹은 친족성폭력 전용쉼터와 같은 특별지원 보호시설에서의 보호기간은 입소일로부터 대상자가 만 19세가 될 때까지인 것이 원칙이지만, 이 기간이 경과하였더라도 2년의 범위 내에서 1회의 연장이 가능하다. 또한 대상자가 지적장애 등으로 인하여 만 19세가 되어서도 퇴소가 불가능한 경우에는 장애인 복지시설이나 다른 보호시설(일반 보호시설 및 장애인 보호시설)로 연계한 후 퇴소조치를 취한다.