예비타당성조사에서 미래창조과학부장관의 기술성 평가는 의견 제출에 불과하며 선정 여부는 기획재정부장관이 결정한다. 공동 연구개발산업 활성화를 위해 전문지식을 보유한 미래창조과학부의 기능과 권한을 강화하는 제도 개선이 필요하다.
즉, 미래창조과학부장관의 기술성 평가는 예비타당성조사 대상사업 후보군선정의 과정으로서, 적합성 여부에 대한 의견 제출에 그친다. 예비타당성 조사대상사업의 선정 여부는 기획재정부장관이 결정한다. 예비타당성 조사에는 경제성, 정책성 분석과 함께 기술성 분석이 포함되어 있으나, 이 과정에서 사전기술성 평가 결과의 반영 의무는 명시되어 있지 않다. 결국, 기획재정부의 예비타당성 조사 결과에 따라 사전기획 및 공동기획연구를 거쳐 기술성 평가에서 적합 의견을 받은 사업도 부적합 판정을 받아 중단될 수 있다. 공동 연구개발사업 활성화를 위해서는 국가연구개발사업의 예비타당성 조사 과정에 사전기술성 평가 결과의 반영을 의무화하는 등 과학기술적 전문지식을 보유한 미래창조과학부의 기능과 권한을 더욱 강화할 수 있는 제도 개선이 이루어져야 할 것으로 판단된다.