정부와 돌봄기관은 방과후돌봄서비스의 중복이용을 방지하는 장치를 마련하였으나 실제로는 일부 중복 이용자가 존재했다.
정부는 세 가지 서비스의 제공 시간이 ‘방과 후’로 동일하기 때문에 중복 이용이 발생할 우려가 없다는 의견으로, 지역에서 방과후돌봄서비스 간 중복 이용이 일어나지 않도록 적절하게 배정하여 운영한다고 설명하고 있다. 또한 각 돌봄서비스기관이 이용자의 출결상황을 관리하고 있으며, 방과후아카데미의 경우 결석이 잦으면 이용을 할 수 없도록 하고 있다고 한다. 이에 따라 현행 규정상으로는 돌봄서비스 간 중복 이용을 금지하고 있지는 않고, 실제 중복 이용하는 사람이 있는지에 대한 조사도 이루어지지 않고 있다. 그러나 국회예산정책처의 연구용역을 통하여 실시된 설문조사17)에서는 [표 11]과 같이 초등돌봄교실을 이용하면서 지역아동센터도 이용하고 있다고 응답한 사람이 2.0%, 방과후아카데미를 이용한다고 응답한 사람이 3.7%, 지역아동센터와 유사한 경기도내 공적돌봄서비스인 ‘꿈나무안심학교’를 이용한다고 응답한 사람이 0.3%로 나타나, 실제 중복 이용자가 일부 존재하는 것으로 나타났다.