중재판정부가 구성된 이후에 중재절차를 어떻게 진행할 것인지는 당사자들과 중재판정부 사이의 상호 협의가 있어야한다. 중재판정부는 중재절차 진행의 기본적인 틀을 정하게 된며 증거의 제출 및 증거능력 등에 관하여국제중재에 있어서의 증거조사에 관한 IBA 규칙을 적용하기로 합의하는 것을 당사자 자치에 의한 중재절차의 진행이라고 이야기한다.
따라서 중재판정부가 구성된 이후에 구체적으로 중재절차를 어떻게 진행할 것인지는 당사자들과 중재판정부 사이의 상호 협의가 있어야한다. 중재판정부는 중재신청서와 답변서가 제출된 상태에서 대개 절차 기일을 열고, 사건의 쟁점과 향후 절차의 일정, 중재절차의 2원화(예컨대 중재합의의 존부에 대한 선결문제와 본안에 대한 절차로 나누는 경우, 책임의 존부와 책임의 범위에 관한 절차로 나누는 경우 등), 구체적인 서면제출의 시기와 횟수, 증거의 제출 및 조사방법, 특히 문서개시절차(document production)의 진행 방법 등에 대하여 가능하면 당사자들의 합의를 유도하고, 합의가 이루어지지 않은 부분에 대하여 절차 명령을 내려 중재절차 진행의 기본적인 틀을 정하게 된다. 특히 증거의 제출 및 증거능력, 증거 조사 방법 등에 관하여 국제변호사협회(International Bar Associaltion, 이하 IBA)에서 만든 “국제중재에 있어서의 증거조사에 관한 IBA 규칙 (IBA Rules on the Taking of Evidence in International Commercial Arbitration, 이하 IBA 증거조사 규칙)”을 적용하기로 합의하는 경우가 일반적이다. 이렇듯 당사자들의 합의를 근간으로 하여 중재절차를 진행하는 것을 당사자 자치에 의한 중재절차의 진행이라고 이야기하기도 한다.