중앙정부 차원에서는 교육부가 방과후돌봄서비스를 총괄하는 것이 바람직하지만 서비스의 구체적인 부분은 보건복지부, 여성가족부가 역할을 수행해야 하며, 부처 간 역할분담, 협조가 이뤄져야 한다.
중앙정부 차원에서는 2012년 부처별 돌봄서비스 연계를 위한 교육부, 보건복지부, 여성가족부 및 안전행정부 간 업무협약을 체결하여 교육부가 방과후돌봄서비스 연계를 주관하고 있는데, 학교라는 공식적인 기관을 통하여 수요조사 등이 이루어질 수 있다는 점을 감안하면 교육부가 총괄하는 것은 바람직하다. 다만, 교육부 및 학교의 주요 기능은 ‘돌봄’이 아닌 ‘교육’이기 때문에 방과후돌봄서비스의 내용 등 구체적인 부분에 있어서는 보건복지부 및 여성가족부가 적극적인 역할을 수행할 필요가 있고, 각 돌봄서비스 간 경쟁이 이루어지는 것이 아니라 서로 역할을 분담하여 보완할 수 있도록 부처 간 역할분담 및 협조가 적극적으로 이루어져야 할 것이다.