졸업유예제도와 같은 학칙 제정이나 개정이 이뤄질 때 대학과 학생간 갈등의 심화는 주로 대학측이 당사자인 학생과 학사업무 실무진들의 의견을 수렴하여 반영하는 절차가 미흡한 것에 기인한다.
다른 한편에서는 졸업유예자를 대상의 의무수강제나 비용부과는 아니지만, 학칙을 제정하거나 개정할 때, 이에 가장 크게 영향을 받는 학생들의 학칙 개정안 제출이나 학생, 교직원 등 학교 구성원의 의견수렴 절차 등을 제도적으로 보장하고자 하는 동법 개정안(의안번호: 308, 박경미의원 대표발의, 2016.06.17.)도 발의된 바 있다. 얼핏 보면 이 법의 내용은 졸업유예와 그다지 관련되지 않는 사항으로 보일 수 있다. 그러나 졸업유예제도와 관련하여 대학과 학생들 간의 인식 차가 확대되고 갈등이 심화되는 데에는 대학이 기본적으로 졸업유예제도의 운영 방식이 갑작스럽게 비용부과 방식으로 변경하는 과정에서 졸업유예 당사자인 학생이나 학사업무담당 교직원들에 대한 의견 수렴이 이루어지지 않은 것이 큰 몫을 차지하기 때문이다. 본 연구의 실태조사에서도 이와 같은 사항이 확인되기도 하였다.