고이즈미 총리는 공식 참배를 강행해 한·중을 비롯 주변국으로부터 강한 반발을 초래했다. 하지만 3국 관계의 경색은 길지 않았다. 그가 참배 직후 총리 추도식사로는 처음으로 자국의 전쟁 책임을 인정했고, 유화적 자세를 취하는 다양한 노력을 펼쳤기 때문이다.
한·중·일 3국 정상회의 출범 이후 일본 현직 총리의 야스쿠니 참배는 2001년으로 거슬러 올라간다. 2001년 4월 취임 후 야스쿠니 참배를 공언해 온 고이즈미 총리는 2001년 8월 15일 전격적으로 공식 참배를 강행하여 한국 및 중국을 비롯한 주변국으로부터 강력한 발발을 초래하였다. 하지만 신사 참배로 촉발된 3국 관계의 경색은 오래가지 않았다. 참배 3개월 후인 2001년 10월 15일 고이즈미 총리는 하루일정으로 서울을 방문하여 당시 김대중 대통령과 정상회담을 개최하였고, 동년 11월 5일 브루나이에서 개최된 ASEAN+3 정상회의 계기에 한·중·일 3국 정상회의도 무산되지 않고 개최되었다. 그 이유는 고이즈미 총리가 참배 직후 열린 전몰자 추도식에서 총리 추도식사로는 처음으로 자국의 전쟁책임을 인정하였고, 한·일 정상회담 개최를 제안하는 친서를 김 대통령에게 보내는 등 유화적 자세를 취하면서 한국과 중국 등의 반발을 누그러뜨리려는 다양한 노력을 펼쳤기 때문이다.