장기 재정전망 등의 부정확성, 분야별 지출한도 설정의 합리성 부족, 국회 예산심의 시 구속력이 없는 점 등이 한계로 지적되었다.
재정성과관리제도 외에 주요 재정제도 중에서 예산 배분과 지출구조조정에 관련된 국가재정운용계획, 예비 타당성조사, PAYGO, 재정준칙 등의 제도를 선정하였다. 첫 번째로, 국가재정운용계획은 부처별 중기재정계획을 바탕으로 기획재정부에서 작성하여, 국무회의에 보고하여 대통령의 승인을 받는 것으로 향후 5년의 국가 재정에 대한 예측을 수행하고 지출한도를 설정하는 제도이다. 제도의 목적에 비추어, 중장기적인 관점에서 재정운용을 고려하여 예산 배분을 할 수 있도록 도와주는 효과가 있고, 분야별 지출한도를 설정하여 예산편성 시 전략적 우선순위에 대한 고려가 이루어진다는 점이 성과로 평가되었다. 하지만, 예산과 관련한 의사결정과정에서 중요하게 활용되지 못하고 있고, 장기 재정전망 등의 부정확성, 분야별 지출한도 설정의 합리성 부족, 국회 예산심의 시 구속력이 없는 점 등이 한계로 지적되었다.