전자로 해석하면 영장이 미발부된 상태에서 격리를 시키며 사후에 격리유치장을 발부할 수 있는 것인지 의심스럽다. 반면 후자로 해석하면 격리유치장을 발부 시 구속 피의자를 보지 않는 상태에서 병원 등 관리자가 어떻게 메르스 등의 감염 여부를 판단할 것인지 의문이다.
그런데 전자로 해석하면 영장이 발부되지 않는 상태에서 어떤 권한으로 격리를 시키며 또한 헌법 제12조 제3항의 취지상 사후에 격리유치장을 발부할 수있는 것인지도 의심스럽다. 반면에 후자로 해석하면 격리유치장을 발부시 ‘피의자의 간수 여부’를 명하기 위해서는 직권 또는 피의자를 수용할 병원 기타관리자의 신청이 필요한데, 어떻게 병원 등 관리자가 감염병 예방 및 관리에관한 법률에 따라 제4군 감염병으로 분류된 메르스 등의 감염 여부를 판단할 것인지 의문이다. 왜냐하면 피의자의 정신 또는 신체에 대한 감정의 필요성은수사기관의 판단으로 가능하지만, 메르스 등 제4군 감염병의 감염 여부는 전문가의 영역에 속하는 문제인데, 격리유치장의 도입방안에 따르면 ‘의사 또는한의사의 진단 등을 통하여 감염병에 대한 완치 또는 미발병 사실 확정시’ 이전에 구속 피의자를 보지 않는 상태에서 어떻게 이러한 사실을 병원 등 관리자가 알 수 있으며 또한 피의자의 간수 여부를 신청할 수 있을지 문제되기 때문이다.