청소년 상담자와 내담자의 권리를 보호하는 업무지침과 절차가 있어야 한다. 사전고지를 체계적으로 하고 부모와 내담자의 동의와 서명 절차가 필요하다. 아동학대 신고의무 같은 법률적 상황일 때 기관장 보고를 하고 지원을 요청하는 지침이 필요하다.
셋째, 청소년 상담자와 내담자 모두의 권익을 보호하기 위한 체계화된 업무지침과 절차가 요구된다. 초기면접과정에서 체계적인 사전고지와 부모, 내담자의 동의 및 서명 절차가 정착되어야 한다. 또한 내담자가 알아야 할 스스로의 권리와 규칙에 대해서는 포스터 및 리플렛으로 제작하여 상담복지센터에 비치해 두어야 한다. 청소년 인권과 관련된 상황이 발생할 경우에 대비하여 사안에 따른 업무지침도 준비되어야 한다. 예컨대, 아동학대 신고의무와 같은 법률적 상황일 경우 기관장 보고 및 유관기관의 지원요청 등에 대한 업무절차와 지침을 마련하고, 모든 과정을 문서로 보존하여야 한다. 그러나 경제적 어려움이나 임신 등 법적 의무가 명시되어 있지 않을 경우에는 멘토나 수퍼바이저 등에게 조언을 구하고, 내담자와 그 상황에 대한 이야기를 나누는 것이 우선되어야 한다. 그 후 적절한 정보제공과 보호자 및 관련 기관의 협조요청 등의 조치가 요구된다.