전자 서명법에서는 전자 서명을 위한 공인인증서 기술을 공인 인증 기관이 발급한 공개키 암호 기술 기반 전자 서명키에 한정했다. 이때 공인인증서는 이 전자 서명키의 검증을 인증해 주는 인증 기관이 개입되어야 그 효력을 발휘한다. 도입 초기에는 웹브라우저에 비해 강력한 암호화 체계를 가지고 있는 것으로 평가되었다.
1999년에 시행된 최초 ｢전자 서명법｣ 제3조와 제8조는 전자 서명을 위한 공인인증서 기술을 ‘전자 서명키’란 특정 기술로 한정하였다. 전자 서명키는 공개키 암호 기술에 기반을 두고 있다. 이 기술은 인터넷에서 사용자들이 신뢰할 수 있는 기관에서 부여된 한 쌍의 공개키와 개인키 사용을 통해 비대면 거래의 안전을 보장하기 위한 것으로, 당시 주목받던 공개키 기반구조(Publlic Key Infrastructure: PKI)에 바탕을 둔 것이다. 동법 제2조는 공인인증서를 “정보 통신부 장관이 지정한 공인 인증 기관이 발급한 것으로, 인증서에 포함된 전자 서명 검증키가 자연인 또는 법인이 소유하는 전자 서명 생성키에 합치한다는 사실 등을 확인⋅증명하는 전자적 정보”라고 정의하였다. 공인 인증 기관은 서명 검증에 사용되는 공개키가 사용자의 공개키임을 보장하는 제3자이고, 이 기관에서 사용자의 공개키가 위조되지 않았음을 보증하는 전자 문서를 발급하는데, 이를 공인인증서라 칭한다. 즉, 공인인증서는 서명 검증에 이용되는 공개키의 검증을 인증해 주는 인증 기관이 개입되어 ‘공인인증서’로서 효력을 발휘할 수 있다. 공인인증서 도입 초기에는 웹브라우저에 비해 강력한 암호화 체계를 가지고 있는 것으로 평가되었다.