국가기간전산망 추진을 위한 조직은 전산망 조정위원회, 실무위원회, 분야별 위원회, 사무국으로 구성된다. 첫 사무국장은 청와대 과학기술비서관이 맡았고, 그외 인력은 각 부처에서 파견되었다. 위원회는 대통령 소속에서 체신부로 이관되었다.
따라서 국가기간전산망 추진을 위한 조직은 아래 그림과 같이 위원장 1인을 포함한 30인 이내의 위원(임기 2년)으로 구성된 전산망 조정위원회, 위원회에 회부된 안건을 미리 검토하기 위한 실무위원회, 사업의 효율적 추진을 위해 분야별 위원회, 대통령비서실에서 운영하는 위원회 행정업무 지원을 위한 사무국으로 구성되었다. 위원회가 본격적으로 활동함에 따라 사무국의 필요성이 제기되어 1987년 7월 사무국설치 운영(안)을 마련, 사무국을 설치하였다. 1987년 9월 설치된 사무국의 사무국장은 청와대 과학기술비서관이 맡았으며 사무국 인력은 체신부, 상공부 등의 각 부처에서 파견을 받았다. 위원회는 초기의 경우 대통령 소속으로 구성·운영하였으나, 1989년 6월 이후 체신부가 정보화 전담기관으로 지정됨에 따라 체신부로 이관되었다. 이에 따라 위원장은 체신부 장관이 맡고, 사무국은 체신부 정보통신국에 설치·운영되었다.