정부조직의 개편에는 형평성이 반영되어야 한다. 헌법상 행정각부는 행정권 행사시  서열이 있을 수 없고 서열이 필요한 경우는 의전과 대통렬궐위시 권한대행의 순서를 정할 때 뿐이다. 이에 행정각부의 순서는 정부조직법에 명문으로 규정할 일이 아니며 부처간의 균형있는 기능배분이 필요하다.
세 번째 정부조직개편의 원칙은 형평성이다. 헌법상 규정된 다양한 사회 가치와 자원의 균형 있는 배분이 필요하다. 경제과 복지, 개발과 보존, 질서와 자유, 효율과 형평 등이 조화롭게 반영되어야 한다는 것이다. 이러한 헌법정신이 정부조직개편에 반영되어야 한다. 즉 헌법규정은 행정각부의 소관사무의 균형적 배분을 전제하고 있다. 헌법상 ‘소관사무’를 가진 행정각부는 행정권 행사에 있어서 서열이 있을 수 없다. 행정각부의 서열이 필요한 것은 의전과 대통령궐위시의 순서일 뿐이다. 헌법 제71조 대통령이 궐위되거나 사고로 인하여 직무를 수행할 수 없을 때에는 국무총리, “법률이 정한 국무위원의 순서”로 그 권한을 대행한다고 규정되어 있다. 이는 행정각부의 순서는 정부조직법이 아닌 다른 별도의 법률에 제정하여 규정할 필요가 있다. 행정각부의 장이 관장하는 소관업무의 경중은 헌법상의 가치의 경중으로 판단할 일이지 정부조직법에 명문으로 규정할 일이 아니다. 특정부처가 다른 부처를 지시하고 명령하는 체제는 헌법이 상정하고 있지 않다. 부처 간의 균형있는 기능배분과 편제가 필요하다.