자유학기제 도입 이후 교사의 교수방법과 역량,  학생의 학습방법이 변화했고 교수 및 학습에 대한 인식과 태도에 긍정적 변화가 나타나 자유학기제의 효과와 기대치를 높여주었다.
수업은 교사, 학생 그리고 교육과정의 총화인 교과서로 구성된다. 자유학기제 도입으로 수업이 변화하였다는 것은 교사가 발휘하는 교수방법이나 교사가 발휘해야하는 교수역량의 변화, 학생의 학습방법 변화, 그리고 교과서 활용의 방법이나 자유학기제의 취지에 부합하는 교과서 재구성이나 대안적 교과서 개발과 같은 변화들을 말한다. 주목할 점은 교사와 학생의 경우 단순히 교수방법이나 학습방법의 변화뿐만 아니라 교수나 학습에 대한 인식이나 태도에도 적지 않은 변화가 나타났다는 점이다. 교사와 학생의 인식이나 태도에 나타나는 긍정적인 변화는 자유학기제에 대한 효과나 기대치를 더욱 높여 준다.