시뮬레이션 모형에 있어서도 중장기 효과까지 분석할 수 있게 규모의 경제와 자본축적효과를 기존 정태적 CGE 모형에 추가하였다. 규모의 경제가 반영되면 이익은 커지고 중장기적인 영향이 더 클것으로 추정된다. 본 연구에서는 자본변수와 저축변수를 내생화하는 기법을 사용하여 보다 정확한 추정치를 제시했다. 또한 노사관계, 인허가절차등 외국인 직접투자의 애로사항들도 개선이 있어야 할 것이다.
또한 시뮬레이션 모형에 있어서도 상당한 개선이 이루어졌다. 규모의 경제와 자본축적효과를 기존 정태적 CGE 모형에 추가함으로써 중장기 효과까지 분석할 수 있게 되었다. 2000년 연구와 가장 유사한 형태의 시뮬레이션(규모불변과 GTAP 파라메터 사용)조차도 한국은 일본과 FTA를 체결함으로써 경제적 이익을 기대할 수 있을 것으로 나타났다. 또한 규모의 경제가 반영되면 그 이익은 더 커지며, 단기보다는 중장기적인 영향이 더 클 것으로 추정되었는데, 이는 기존 연구에서는 찾아볼 수 없는 분석이라고 볼 수 있다. 특히 2000년 본원 연구에서는 외국인 직접투자 유입의 효과를 외생적으로 모형에 반영시킴으로써 경제적 효과가 긍정적으로 나타났으나, 본 연구에서는 무리한 외생적 충격을 사용하기보다는 자본변수와 저축변수를 내생화하는 기법을 사용함으로써 모형의 발전뿐만 아니라 보다 정확한 추정치를 제시할 수 있었다. 여기서 과연 한/일 FTA 체결로 일본기업을 비롯한 외국기업의 대한국 직접투자가 확대될 수 있을 것인가에 대한 의문이 제기될 수 있다. 즉, 본 연구에 제시된 자본축적 추정치는 FTA 시행으로 시장이 개방되고, 통상제도가 개선될 경우에 기대할 수 있는 것이지, FTA 체결 그 자체만으로 얻어지는 것은 아니다. 따라서, 노사관계, 인허가절차 등 그동안 외국인 직접투자에 애로사항으로 작용되었던 비즈니스관행과 통상규범을 획기적으로 개선하는 노력이 동시에 수반되어야 할 것이다.