청소년 방과 후 아카데미는 운영지원단의 표준 매뉴얼대로 각 사업소에서 프로그램을 운영해 어느 정도 수준을 갖춘 프로그램으로 표준화 된 서비스의 제공과 체계적인 서비스 질의 관리도 된다.
청소년방과후아카데미는 다른 사업과 달리 운영지원단을 운영하여 운영의 전문성 및 효율성을 향상시키는데 노력을 하고 있다. 운영지원단에서는 운영방침에 대한 구체적인 매뉴얼을 제공하고 있다. 프로그램 운영과정은 크게 ① 기본공통과정, ② 전문체험활동, ③ 생활지원, ④ 특별지원과정(강사간담회, 지원협의회) 등 4개 영역으로 구성되어 있어서, 개별 사업소에서는 표준 매뉴얼에 따라 프로그램을 운영하게된다. 이로써 전국의 사업소가 일정수준의 표준화된 프로그램 내용을 가지고 표준화된 서비스를 제공할 수 있다. 더불어서 체계적인 서비스 질관리도 함께 이루어져서 전문인력의 지도하에 효율적인 서비스를 제공할 수 있는 장점을 갖는다.