학설상 적용여부는 논쟁거리다. 주권행사로 인한 BIT위반은 적용이 배제되나 투자계약 성립과 효력 관련 판정에는 적용되며, 공법적 분쟁에 적용할 수 없다고 하는 부정적 견해가 있다. 긍정적 견해는 BIT위반 손해배상청구와 국가배상법청구는 동일하다고 보며, 뉴욕협약은 적용된다고 본다.
따라서 학설상 적용여부에 대한 논쟁이 존재한다. 부정적 입장은 첫째, 주권행사로 인한 BIT위반은 공법적 성격으로 화해가 불가능하고, 국내법상 중재대상이 아니므로 적용이 배제된다. 다만, 투자계약 성립과 효력에 관한 판정에는 적용된다고 한다. 둘째, 국가권력 작용을 외국법과 국제중재에 위임할 수 없고 뉴욕협약은 절대주권면제 시대에 제정된 것으로 공법적 분쟁에 적용할 수 없다고 한다. 긍정적 입장은 첫째, BIT위반 손해배상청구와 국가배상법청구는 동일한 법적 성질이다. 주권행위에 의한 사익침해는 사법상 금전채권이 되어 뉴욕협약 적용이 가능하다고 한다. 따라서 뉴욕협약은 중재 당사자와 절차에 관계없이 적용된다고 한다. 둘째, 대부분 BIT에서 UNCITRAL모델중재법과 ICSID부가중재규칙을 ISD중재절차로 규정하므로 뉴욕협약은 적용된다. 예를 들어 ICSID부가규칙 제2조는 분쟁을 해결하는 일방이 ICSID협약 체약국이 아닌 경우 조정 또는 중재에 적용된다고 규정한다. 그리고 ICSID 부가규칙(부속서C) 제20조(중재지 선택의 제한(Limitation on Choice of Forum))는 중재절차는 뉴욕협약 체약국에서 한다고 규정하여 적용이 인정된다고 한다.