청소년쉼터는 청소년 복지시설이고 보호기간별로 유형이 구분되며 청소년의 자율적 입, 퇴소가 원칙인데 가정 복귀가 가능한 청소년이 32%에 불과해 보호대상 아동에 준하는 일관된 지원이 이루어지지 않고 있다. 
한편 청소년쉼터의 경우 보호 기간에 따라 일시, 단기, 중장기로 유형을 구분하고 있는데, 가정복귀가 불가하여 중장기적인 대안 양육이 필요한 가출 청소년이라 하더라도 단기쉼터에 우선 입소하여 입소 기한을 채우고 난 후 중장기 쉼터로 이동해야 하는 등 공급자 중심의 관행이 계속되고 있다. 청소년쉼터는 아동복지시설이 아닌 청소년 복지시설이고「아동복지법」에 따른 보호 조치의 일환으로 해당 청소년이 배치되는 방식이 아니라 자율적 입‧퇴소를 원칙으로 하는 등 기본 운영방식과 특성에 차이가 있다. 그러나 청소년쉼터 입소자 대다수가 가정폭력 및 아동학대 피해자이며, 전체 입소자 가운데 가정복귀가 가능한 청소년은 약 32% 수준에 불과하여(김지연, 2015, p.5) 지자체 차원의 보호 조치가 필요한 대상이나 피학대 상황에 대한 개입을 포함하여 보호 대상 아동에 준한 일관된 지원이 이루어지지 못하고 있는 상황이다. 현재 보호 대상 아동에 대한 각각의 보호 업무 절차를 도식화한 것이 그림 6-4이다.