현행 대통령령에 갈등영향분석의 정의와 심의에 필요한 내용, 분석서 작성 시 첨부 사항이 적시되어 있지만 법률 지위의 한계로 의무성이 낮고, 예산 확보, 조직 구성도 어렵다.
앞서 제3장 제2절에서 살펴본 바와 같이 갈등영향분석과 관련 있는 현행 대통령령의「공공기관의 갈등 예방과 해결에 관한 규정」은 제1장 총칙 부분의 제 2조 제2항에 갈등영향분석의 정의가 명시되어있고, 제3장 갈등의 예방 부분 중 제10조에 갈등영향분석의 실시 및 갈등영향분석서 작성 후 갈등관리심의위원회의 심의를 거쳐야 하는 내용과 갈등영향분석서 작성에 포함해야 할 사항 등에 관하여 규정하고 있다. 그렇지만 갈등영향분석은 대통령령과 총리령이라는 한계 때문에 규정의 내용이 권고 수준 정도로 머물 수밖에 없고, 이와 관련한 예산을 확보하거나 조직을 구성하는 것에도 법적 한계가 있다.