교과교실제 학교로 지정받은 여러 학교에서 콘텐츠에 대한 투자가 아닌 교실 증축이나 기자재 구매에 투자를 많이 하거나 교사와 학생이 교과교실제 운영에 부담감을 느낀 것이 교과교실제 교육과정 발전이 느린 요인이다. 또한 교실 이동 및 이동시간의 부족, 공감대형성과 정보 부족으로 부담감이 큰 것이 문제점이었다.
그럼 어떻게 교과교실제 운영시스템을 제대로 활용하여 새로운 교육방법의 변화를 끌어낼 수 있을까. 초기 교과교실제 학교로 지정을 받은 대부분의 학교에서는 하드웨어구성에 무게를 두고 교실 증축과 기자재 구매에 많은 투자를 한 것이 사실이다. 1교사 1교실제라는 틀을 기준으로 한 시설영역에 집중한 결과이기도 하지만 이러한 접근방법이 지금에 와서 교과교실제 운영을 바탕으로 한 교육과정의 발전을 더디게 하는 요인일수 있다. 하드웨어가 아닌 콘텐츠 중심의 접근이어야만 했음에도 불구하고 교과교실제와 관련한 깊이 있는 논의가 부족한 상태에서 운영을 시작한 것이 원인이 될 수 있다. 또한, 교과교실제 운영학교 구성원(교사, 학생)이 갖는 교과교실제 운영에 대한 부담감 또한 그 영향이 크다고 볼 수 있다. 교과교실제의 본격적인 운영에 앞서 충분한 공감대형성과 다양한 정보 제공이 이루어지지 못함으로써 새로운 수업방식 개발에 대한 부담감을 나타내었다. 학생 또한 학급교실제에서의 수업과는 달리 교실을 이동하는 불편함과 충분한 이동시간의 확보 미흡 등을 지적하고 있어, 교육공급자와 수요자 모두 부담이 가는 시스템으로 간주하는 것이 문제점이라 할 수 있었다.