외부 연구 개발을 결정하는데도 여러 어려움이 존재하지만, 결정하고 나서도 외부 연구 개발로 인해 다양한 문제가 발생할 수 있다.
외부 연구개발에 따른 핵심역량의 외부 유출 가능성에 따른 우려나 외부 연구개발 결과에 대한 회의적 시각 또는 시장환경의 불확실성 등이 외부 연구개발의 결정을 저해하는 요인으로 작용할 수 있다. 외부 연구개발을 결정했다 하더라도 외부 연구개발 수행기관에 대한 자료 부족이나 기술 정보의 부족, 외부 파트너 행동의 불확실성 등이 프로세스 진행을 저해하게 되며 관리의 복잡성을 만들어낸다. 실제 연구개발단계와 이후 연구개발 결과를 양산화로 연결시키는 과정에 가서는 특히 인력교류에 따른 기업 핵심정보유출이나 추가 비용 발생, 객관적 평가 산정 어려움 등이 문제가 될 수 있다.