자유학기제의 운영을 위한 방안은 지속성, 학생 참여 활동 중심의 수업과 진로탐색 증진을 위한 환경 조성, 학교 내 협력팀운영의 활성화, 체계적인 역할 정립, 연구학교의 확대 등이 있다.
둘째, 자유학기제의 성공적인 운영을 위한 방안을 제시한 선행연구에서는 다음과 같은 사항을 성공을 위한 요인으로 꼽았다. 자유학기제의 운영을 위한 지속적이고 장기적인 실행 전략을 마련할 필요가 있다. 학생 참여․활동 중심의 수업과 진로탐색 증진이 가능하기 위하여 학교의 수업 환경 및 국가 교육과정의 여건 마련이 요구된다. 단위학 교 교원의 자유학기제 운영을 돕는 학교 내 코디네이터 또는 협력팀운영이 활성화될 필요가 있다. 자유학기제 운영을 위한 국가, 교육청, 학교 간의 체계적인 역할 정립이 요구된다. 자유학기제 연구학교 실시 등을 통한 점진적 확대가 필요하다. 이러한 사항들을 고려하여 자유학기가 추진될 필요가 있을 것이다.