개별 중앙행정기관에 나눠져 있던 정보시스템을 정부통합전산센터로 합치는 것은 쉽지 않았으며, 이를 위해 문제점을 최소화하기 위해 단계별 이전전략 수립, 서비스 무중단 이전, 주말과 공휴일을 이용하였다.
2004년 7월 범정부통합 전산 환경 구축을 위한 ISP를 수립하고 이에 기초하여 10월에는 기본계획을 확정하였다. 이 계획에 의하면 제1센터는 대전의 KT 연구센터건물을 임차하여 구축하는 것이었다. 2005년 11월 발족한 정부통합전산센터는 2005년 1월부터 9월까지 리모델링 공사를 완료하고, 10월부터 입주를 개시하여 이듬해 10월까지 방송통신위원회, 행정자치부, 관세청 등 20개 중앙행정기관의 정보시스템이 이전되었다. 2센터는 2005년 4월 광주에 부지를 마련하고 2007년 6월에 건물을 완공한 후 같은 해 12월까지 국토해양부, 경찰청 등 19개 중앙행정기관의 정보시스템 이전을 완료하였다. 이후 정부조직 개편과 추가 입주 기관이 등장하여 2015년 말 기준으로 1센터는 25개 기관, 2센터는 22개 기관이 입주해 있다. 개별 중앙행정기관에 흩어져 있던 부처의 정보시스템을 정부통합전산센터로 이전하는 작업은 쉽지 않은 일이었다. 입주 기관의 정보시스템에 대한 현황을 분석하여 서비스를 중단할 수 없는 시스템과 단순 이전 시스템으로 구분, 단계별 이전전략을 수립하였다. 관세청 EDI, 인터넷 통관시스템, 정부민원포털 및 주민등록시스템 등‘24시간 365일 무중단(24/365)’ 서비스가 필요한 시스템은 서비스 무중단 이전을 하고, 기타 일반 행정업무 등은 단순 이전을 추진하였다. 단순 이전의 경우에도 업무 중단에 따른 비효율을 피하기 위해 주말과 공휴일을 이용하여 시스템을 이전하였다.