융합 연구 사업은 세가지 연구과제로 이루어져 있다. 국가적 사안과 글로벌 이슈 문제를 해결하는 국가 사회적 문제 해결형 연구과제와 국가임무형 연구 개발 협동연구비를 지원하는 Seed형 연구용 개발 과제와 인력양성을 하는 학연 공동 연구센타 육성 과제로 되어 있다.
융합(협동)연구 사업은 국가사회적 문제해결형 연구과제(NAP)와 Seed형 협동연구개발 과제, 학연 공동연구센터 육성과제로 구성되어 있다. 국가사회적 문제해결형 연구과제 (NAP)는 국가적 사안(NA; National Agenda) 및 글로벌 이슈 대응을 위해 문제해결형 협동연구개발 과제를 추진(녹색기술, 국가재난, 질병예방 등) 한다. 지원범위는 6년 이내(3+3년)로 과제별 연간 20~30억원 내외의 지원이 이루어지고 있다. Seed형 협동 연구개발과제는 국가임무형 연구개발사업으로 발전가능성이 있는 다학제적 융합 협동연구과제를 발굴하여 Seed형 협동연구비를 지원하고 있다. 과제의 지원범위는 3년 이내로 과제별 연간 5~10억원 이내의 지원이 이루어지고 있다. 학연 공동연구센터(DRC ; Degree & Research Center) 육성과제는 대학과 소관 출연(연)간 우수연구인력 및 자원의 상호접목을 통해 창의적 인력양성 및 국가연구 경쟁력 강화를 위해 추진 되고있다.