전자주민카드 사업은 국민의 개인정보를 다루는 민감한 문제임에도 불구하고, 정부의 성급한 추진으로 인해 각종 문제점이 지적되고 있다.
주민등록은 국민의 일상생활과 밀접한 관계가 있는 민감한 사항으로 전문가와 국민들의 다양한 의견을 수렴해 정책을 추진해야 함에도 불구하고 정부는 사업자 선정부터 법제화를 서둘러 추진하다 보니 각종 논란이 빚어졌다. 시민단체와 일부 전문가들은 개인정보가 완전하게 보호되지 않을 경우 일어날 파장에 대한 불안감과, 국민들의 모든 정보를 보유한 정부에 대한 불신을 나타냈다. 정부가 주장하는 전자주민카드의 효용성이 시민단체들에는 오히려 심각한 부작용과 문제를 불러일으킬 수 있는 원인으로 지적됐다. 전자주민카드의 정보보안 수준과 관련해 사업을 추진하는 측은 스마트카드의 기술적 완벽성을 강조한 반면, 시민단체 공동대책위원회를 중심으로 구성된 연합세력은 이를 부정하였다.