본 연구에서는 노동생산성에 영향을 미치는 통제변수를 반영할 때 조직 연령은 사업체 설립연도에서 측정 시점까지의 차이를, 조직 규모는 종업원 규모를, 자본집약도는 연초 매출액 대비 유형자산 비율을, 과거 성과는 설문지의 과거 성과 인식을, 매출성장률은 사업체별 매출증가율을, 성과평가제도는 다면평가 및 목표설정방식 제도 활용 여부를, 노사관계는 문항번호 A310 변수를 활용해 통제했다. 
본 연구에서는 결과변수인 노동생산성에 영향을 미칠 수 있는 다양한 통제변수들(조직 연령, 조직 규모, 자본집약도, 과거 성과, 매출성장률, 성과평가 제도, 노사관계 등)을 분석에 반영하였다. 조직 연령은 각 사업체의 설립연도로부터 측정 시점까지의 차이를 계산하여 통제하였다. 조직 규모는 각 사업체에 소속된 종업원의 규모를 로그 치환하여 분석에 활용하였다. 자본집약도는 기업의 생산설비 및 구조에 따른 특성을 통제하기 위한 것으로서, 각 측정 시점의 연초를 기준으로 매출액 대비 유형자산의 비율을 로그 치환하여 통제하였다. 과거 성과는 설문지의 과거 성과에 대한 인식을 토대로 측정하였는데, “작년 기준으로 동종업체 평균과 비교해서 귀 사업장의 재무적 성과는 어떠합니까”(문항번호 A304)에 대한 리커트 5점 척도 응답을 토대로 측정하였다. 매출성장률은 각 사업체의 매출 증가율을 통제하였는데, 연초 매출액 대비 연말 매출액의 증감을 비율로 계산하여 통제하였다. 성과평가 제도는 평가 제도의 공정성에 따라 차등적 임금 인상의 효과가 달라질 수 있으므로 이를 통제하기 위해 반영된 변수로서, 다면 평가(문항번호 C107), 목표 설정 방식(management by objectives)(문항번호 C108) 제도의 활용 여부를 합산하여 통제하였다. 마지막으로 노사관계는 각 사업체의 노조 측과 사업체 측의 전반적인 관계를 통제하기 위해 반영된 변수로서, “귀 사업장의 전반적인 노사관계는 어떠합니까”(문항번호 A310) 변수를 활용하여 통제하였다. 그 밖에 패널조사 시 해당 관측치가 조사된 시점의 특성을 반영한 연도 더미와, 각 사업체가 소속된 산업(KSIC 2자리 기준)을 반영한 산업 더미를 각각 더미 변수로 삽입하여 통제하였다.