세액공제는 수입부과금 환급제도와 비교해서 수혜자에게 불리하다. 대규모 영업이익 흑자를 얻을 때에만 한정해 혜택을 기대할 수 있고, 축소중인 세액공제보다 환급제도의 혜택이 더 크기 때문이다. 따라서 수입부과금 환급 혜택 이후 세액공제 혜택을 받도록 거래하는 것이 유리하다.
제도의 수혜대상 입장에서, 본 제도는 수입부과금 환급제도와 비교할 때 두 가지 측면에서 불리하다. 수입부과금 환급제도의 혜택은 본 제도의 세액공제 혜택과 비교할 때 그 혜택이 상대적으로 여전히 큰 상황이므로 기업 측에서는 환급제도와 세액 공제 제도 간 유불리를 따져 행태를 바꿀 가능성이 크다.  첫째, 본 제도는 국내외 영업환경이 좋아서 대규모 영업이익 흑자를 기록할 때에는 큰 혜택을 얻을 수 있으나 반대의 경우에는 실질적인 효과가 매우 작거나 거의 없다. 하지만 환급제도는 예측 가능한 혜택을 즉각적으로 받아갈 수 있다.  둘째, 본 제도와 수입부과금 환급제도 모두에서 혜택 규모가 축소되고 있으나, 환급제도의 경우에는 세액공제에 비해서 여전히 혜택 규모가 큰 편이다. 그 결과, 기업 입장에서는 내수물량 중 일부를 전자상거래시장을 통해 거래함으로써 리터당 혜택 수준이 높은 수입부과금 환급을 먼저 받은 뒤, 시차를 두고 영업환경에 따라 세액공제 혜택을 최대로 받으려고 노력하는 것이 최적의 행태가 된다.