누리과정에 운영지원에 있어서 유치원 누리과정은 오후 2시 이후의 방과후  과정을 이용하는 유아에 한하여 일정액을 지원을 하고, 어린이집 누리과정은  이용아동수를 근거로 하여 산출된 금액을 지원한다. 이에 대해서 유치원은 누리과정 이전과 이후의 실질적 지원에 변화가 없다는 것을 문제로 지적하고, 어린이집은 누리과정 지원금에 교사수당이 포함되어 있다는 것을 문제로 지적한다.
유치원의 경우 일반적으로 오후 2시까지의 정규과정 이후의 방과후과정을 이용하는 유아에 한하여 방과후과정비를 국공립유치원의 경우 월 5만원, 사립유치원의 경우 월 7만원씩 지원한다. 이에 비해 어린이집은 오전 7시 30분에서 오후7시 30분까지 12시간의 보육과정을 기준으로 한다. 이에 누리과정의 시행과 함께 유치원 지원과의 형평성을 고려하여 아동 당 7만원의 지원이 마련된 것이다. 어린이집에서 아동 당 지원된 7만원은 담임교사 누리과정 수당을 제외하고 누리과정 운영비로 기관에 지급된다. 이는 시도별로 총액하여 계산 한 뒤 재원아 수에 기초하여 개별 시설로 배분하는 형식이다. 즉, 어린이집 누리과정 이용아동 수만큼 지급된 지원금을 총액하여 시도별 총 담임교사 누리과정 수당을 지급하고, 그 남은 금액을 시도별 총 누리과정 이용아동수로 나누어 산출한 뒤 개별 어린이집에 재원 아동 수에 비례하여 지급한다. 이런 이유로 누리과정 운영비는 이용 아동 수의 변화, 교사 수의 변화에 따라 월마다 차이가 있고 일반적으로 아동 당 월 평균 4~5만원 정도 시설로 지급한다. 시설에서는 이를 누리과정의 운영을 위해 보조교사 채용, 교재교구비 등으로 활용한다. 이처럼 유치원과 어린이집은 동일한 누리과정을 시행함에도 그동안 운영상의 차이로 지원의 형평성에 대한 논란이 계속되고 있다. 유치원의 입장에서는 정작 기관 운영을 위한 실질적 지원이 누리과정의 시행 이전과 비교해 늘어난 부분이 없음을 지적한다. 어린이집의 입장에서는 유치원과 달리 누리과정 교사 수당이 누리과정지원금(아동 당 7만원) 안에서 지출됨이 부적절하다는 견해도 있다.