한국토지주택공사의 재무상태 상, 임대주택사업을 수행하기 어려운데도 국토교통부는 한국토지주택공사에 자체사업으로 추진하게 하는 등 재무적 위험을 전가하고 있다. 따라서 국토교통부는 임대주택사업 추진체계를 개편해 한국토지주택공사의 재무구조가 악화되지 않도록 해야 한다. 
또한 국토교통부는 한국토지주택공사와의 임대주택 건설사업에 대한 분담비율 과 사업추진체계에 대해 개선방안을 검토할 필요가 있다. 감사원 감사결과에 따르면 임대주택사업은 근본적으로 주거복지 차원의 국가사업으로 보는 것이 합리적이 고, 한국토지주택공사의 재무상태를 고려하여  볼 때 더 이상 공사에서 자체적인 재 무역량으로  임대주택사업을  수행하기  어렵다고  지적하고  있다.  그럼에도  불구하고 국토교통부는  ‘주택종합계획’을  수립하면서  한국토지주택공사에  임대주택  공급물량 을 할당하여 공사의 자체사업으로 추진하게 하고, 기금 대출을 통해 최근 3년 간 한국토지주택공사로  하여금  임대주택사업  관련  기금이자만  2조5,824억원을  부담하게 하는 등 사실상 임대주택사업에 대한 책임과 재무적 위험을 공사에 전가하고 있다. 따라서 향후 주무부처인 국토교통부는 한국토지주택공사의 재무구조가  악화되지  않도록 임대주택사업 추진체계를 합리적으로 개편하는 방안을 검토할 필요가 있다.