헌법재판소는 교원의 근로관계 특수성에 따라 사립학교와 국공립학교 교원의 근로조건은 법에 동일하게 규율되어 있으며, 근로조건을 변경할 경우 공공이익과 관련이 있다고 판단했다. 사립학교 교원이 국공립학교 교원과 동일한 법령의 영향을 받더라도 일반 근로자로서의 지위를 상실하지 않기 때문에 사립학교 교원이 공무원처럼 노동3권을 제한된다고 보기 어려운데, 헌재는 해당 부분에 대해 판단하지 않고 교원들의 노동3권을 보장하는 법률이 정당하다고 결론 내렸다. 
(1) 위와 같은 헌재의 판단을 나누어 보면, 우선, 교원의 근로관계 특수성이라는 판단 기준이 타당한가 하는 면이 쟁점이 된다. 헌재가 그 특수성 이라고 구성한 내용에서 핵심은 교원지위에 관련된 법령과 기타 규정들이 사립학교와 국공립학교 교원의 근로조건을 동일하게 규율하고 있으며, 그 근로조건의 변경이 공공이익과 밀접한 관계가 있다는 것이다. 그런데 이와 같은 다른 법령 또는 기타 규정들이 교원노조의 주체를 노조법상 노동조합의 주체보다 엄격히 좁히는 필연적인 근거가 될 수 있는가 하는 문제가 있다. 교원 근로관계의 특수성은 관련 법령들의 고유한 입법목적에 기인하는 것일 뿐 그와 달리 규율할 수 없는 절대적인 성격을 갖는 것이라고 할 수는 없다. 또한 그와 같은 근로관계 특수성의 내용들은 위헌제청 법원이 제시한 바와 같이, 초기업단위 조직형태를 강제하고 있는 구조에서 교원노조의 주체가 재직 중인 교원으로 한정되어야 할 논거로서는 설득력이 매우 낮다. 비록 사립학교 교원이 공무원인 국공립학교 교원에 관한 법령을 준용받는다고 해도, 그 이유만으로 민간 사용자인 사립학교 또는 재단에 고용되어 있는 일반 근로자로서 지위를 완전히 상실하는 것은 아니다. 따라서, 위헌제청 법원이 지적한 바와 같이, 원칙적으로 헌법 제32조 제1항 노동3권의 주체성을 노조법에 따라서 보장받아야 하는 사립학교 교원을 헌법 제32조 제2항의 공무원의 제한적인 노동3권으로 좁히는 것까지 입법재량으로 인정하긴 어려운 것이다. 그런데 헌법재판소는 그 부분에 대해서는 판단하지 않은 채, 교원의 근로관계 특수성 때문에 사립학교 교원과 국공립학교 교원의 노동3권을 단일하게 보장하는 법률이 정당하다고 전제하는 것에 그치고 있다.