초기에는 전자문서시스템 간 호환성이 없어 전자문서 유통이 불가능했다. 이에 행정자치부에서 고시한 표준을 따르고 인증시험을 통과한 11개 제품을 '표준전자문서시스템'으로 확정했다.
각 기관이 전자문서시스템을 개별 도입·운영하고 있던 초기에는 전자문서시스템 간 호환성이 없어 기관 간 전자문서 유통이 불가능하였다. 이에 행정자치부에서는 1998년 9월부터 정보통신부, 한국전산원, 관련 업체 공동으로 표준화 추진협의회를 구성, 공청회 및 각급 기관 의견조회를 거쳐 1999년 10월 「행정기관 간 전자문서유통 표준」을 확정·고시하였다. 그리고 전자문서시스템 업체들이 표준에 따라 시스템을 개발하도록 하였다. 이에 따라 2000년 4월과 2001년 7월 2차례에 걸쳐 표준적용 전자문서시스템 인증시험을 실시, 핸디 오피스 등 11개 제품을 ‘표준전자문서시스템’으로 확정하였다.