형집행정지에 관한 허가가 의학지식이 부족한 소속 검사장에게만 부여되어 수용자의 질환을 객관적으로 판단할 전문적인 의료기관의 소견이 반영되지 못하고 있다. 때문에 단 한 명의 의사가 작성한 감정서가 형집행정지의 핵심적인 기준으로 작용하고 있다. 이는 공정성의 훼손 문제를 야기한다.
현행 법령에 따르면 소속 지방검찰청의 장이 의사의 감정서가 첨부된 검사 작성의 임검결과보고서와 형집행정지 심의위원회 작성의 결과보고서를 참고하여 형집행정지의 가부를 결정하도록 하고 있는데, 여기서 핵심적인 판단자료인 의사의 감정서에 대하여 정확성 여부를 판단하거나 감독할 수 있는 장치에 대한 규정은 없는실정이다. 그리하여 형집행정지제도가 재벌총수나 고위관료 등 사회유력인사들에게관대하게 적용됨으로써 형평성의 문제를 야기한다는 비판이 있어 왔고, 최근에 여대생 청부살인으로 형을 선고받은 수형자가 질병을 이유로 여러 차례 형집행정지 결정을 받고 병원에서 호화생활을 해 온 것으로 드러나면서 사회적으로 문제가 제기된 바 있다. 이러한 사례의 원인은 형집행정지에 관한 허가를 소속 검사장에게만 부여하고, 형집행정지절차에 있어 수용자의 복합질환을 객관적으로 판단 할 전문적인 의료기관의 소견이 제대로 반영되지 못하기 때문인 것으로 판단된다. 형집행정지에 대한 최종적인 결정권이 검사장에게 있지만, 검사장은 법률적인 전문가이지 의학적인 전문가가 아니라는 점에서 제출되고 있는 의사 작성의 감정서는 형집행정지의 결정적인 기준으로 작용하고 있다. 단 한명의 의사가 작성한 감정서를 핵심적인 기준으로 하여 형집행정지를 결정하는 것은 국가형벌권의 적정한 행사를 위하여 그 동안의 형사절차 전반에 걸쳐 투입된 다양한 노력들이 형의 집행단계의 최종 종착지에 도달하여 너무나도 손쉽게 공정성을 훼손시키고 있다는 점이 심각한 문제가 아닐 수 없다.