지방교육재정은 중앙정부 이전재원과 지방자치단체의 전입금에 의존하고 지역별로 교육지출수요에 대응하지 못하는 문제점이 있다. 지방교육재정과 지방일반재정의 통합이나 연계를 통한 운영의 효율성과 책무성이 제기된다.
현행 우리나라의 지방교육재정은 중앙정부 이전재원(지방교육재정교부금)과 지방자치단체의 전입금에 절대적으로 의존하고 있어 지역별로 다양한 교육지출수요에 적절히 대응하지 못하는 구조적인 문제점을 안고 있다. 납세자에 대한 재정책임 없이 지출재량권만 행사할 경우 재정운영효율성은 기대하기 어려우며 교육투자확충을 위한 내외부의 재원마련도 쉽지 않다. 이런 이유로 1991년 지방교육자치제도가 실시된 이후 끊임없이 지방교육재정제도를 개선하려는 논의가 있어 왔으며, 제도개선의 원칙과 방향에 대하여 전문가들 사이에 상당한 이견이 존재하는 것도 사실이다. 대체로 교육계 밖에서는 지방교육재정과 지방일반재정의 통합이나 연계강화를 통해 지방교육재정운영의 효율성과 책무성을 증진시키자는 주장이 지속적으로 제기되고 있다.