테러방지법은 일반적이고 포괄적인 규정 때문에 시행령 상 법률상의 허점이 존재한다. 이 공백을 채우기 위해 재난안전법을 보충 적용하면 체계 정합성의 문제가 생긴다. 즉, 담당업무와 책임주체가 명확하지 못해 실제 현장에서 기관의 역할이나 업무범위에 관한 혼선이 빚어질 가능성이 높다.
두 번째, 대응과 복구에 관해서 시행령 상 5개의 규정 정도가 있는 것으로 파악되므로, (앞서 언급된) 규정흠결의 문제가 발생할 수 있다. 예를 들어, 재난안전법상 제52조 “긴급구조 현장지휘”만 본다 하더라도, 11개의 항으로 구성되어 있는 등 상당히 세밀하게 규정되어 있다. 반면 테러방지법은 현장지휘에 관한 작용법적 규정이 시행령 제15조 현장지휘본부라는 조직법적 규정 내에 언급되어 있는 정도이고, 그것도 2개의 일반적인 조항에 불과하다. 이러한 일반적･포괄적인 규정으로 인하여 시행령 상 상당 부분 법률상의 공백 내지 흠결이 존재하는데, 물론 이에 대해서는 재난안전법의 보충적 적용을 생각해볼 수도 있다. 하지만 테러방지법 시행령 상 대응이나 복구 기본 규정이 개별적으로 존재하는 상황에서, 재난안전법상의 세부 규정을 적용하다 보면 (앞서 강조되었지만) 체계 정합성의 문제가 발생한다. 가령, 위 사례에서 주민대피의 문제를 생각해보자. 테러방지법상 주민대피의 권한과 책임이 어떠한 기관에게 있는지 명백하지 않다. 다만 “현장지휘본부장”이 테러현장에서 대응활동을 총괄하고 관계기관을 포괄적으로 지휘할 수 있기 때문에, 일단 현장지휘본부장이 주민대피에 권한과 책임이 있다고 해석할 수 있다. 이와 반대로 법률의 명백한 규정이 없다고 판단하여, 일반법인 재난안전법의 보충적인 적용을 고려해보자. 문제는 재난안전법상 주민대피는 “기초 지방자치단체”와 “소방”이 가지고 있으므로, 지자체와 소방이 테러사건 발생 시 주민대피에 관한 권한과 책임이 있다고 볼 수 있다. 정리하면, 분산형 체계구조로 인하여 (주민대피 등) 담당업무와 책임주체의 불명확성 문제가 발생하고 이에 우리의 경우 실제 테러대응현장에서 기관 간 역할이나 업무범위에 대한 혼선이 초래될 개연성이 상당하다.