합리적 의심배제 기준을 객관화하면, 자유심증주의와 충돌이 문제될 수 있다. 그러나 형사법관은 합리적 이성에 따라 증거를 자율적으로 평가하는 것이라 모순되지 않는다.
하지만 이렇게 합리적 의심배제 기준을 철저하게 객관화･과학화하면, 형사법관이 자유롭게 증거를 평가할 수 있도록 하는 자유심증주의와 충돌하는 것은 아닌지 문제될 수 있다. 하지만 이미 언급한 것처럼, 자유심증주의는 법관에게 무제한의 자유를 허용하지 않는다. 형사법관은 합리적 이성에 따라 증거를 자율적으로 평가할 수 있을 뿐이다. 이 때 합리적 이성이란 논리칙과 경험칙을 말하는 것이고, 논리칙과 험칙은 그 본질상 주관적 법칙이 아니라 객관적 법칙이므로, 형사법관이 이 같은 객관적 법칙에 따라 증거를 평가하는 것은 자유심증주의와 모순되지 않는다.