시간선택제 교사제도의 우려점으로는 타 교사의 부담 증가와 업무분장 갈등, 학생들에게도 인지 및 정서 발달 지장, 스승에 대한 인식, 유대감 저하 등이 있을 수 있다.
시간선택제 교사제도의 장점은 해당 교원의 복지 증진, 교육공무원 기회 확대, 순회교사 해소 및 소수교과 개설 가능성 제고 효과 등이 일부분 언급되었다. 그러나 시간선택제 교사제도는 기대보다는 대체로 우려점이 많이 언급되었다. 교사와 학교 측면에서는 타 교사의 부담 증가와 이로 인한 업무분장 갈등 등 학교운영 혼선, 시간선택제 교사의 소속감 저하, 주인의식 감소, 혼란, 업무 공백, 복무관리, 교단이원화, 협력관계 등이 언급되었고, 학생들에게도 인지 및 정서 발달 지장, 스승에 대한 인식 저하, 안정성, 유대감 저하 등 부정적 영향을 줄 것으로 예상하였다.