아베는 방위예산을 통해 미사일 위협에 대응하면서 그 억제력을 높여줄 통합방공미사일체계를 만들고자 한다. 또한, 미국과의 공동합작으로 요격미사일을 투입하고, 해상과 육상의 이지스 체계를 세울 예정이다. 
아베 정부는 2020년 방위예산을 통해 탄도미사일, 순항미사일, 무인기, 극초음속 활공체 등 다양화하는 미사일 위협에 효과적으로 대응하면서 북한 핵·미사일 위협에 대한 억제력을 강화할 수 있는 통합방공미사일체계를 강화하고자 한다. 이를 위해 탄도미사일방어 관련 예산으로 1,136억 엔을 배정했다. 이 중 129억 엔은 육상 배치형 이지스 체계인 이지스 어쇼어(Aegis Ashore) 도입과 배치에 소요될 예정이다. 일본의 미사일방어체계는 중간단계의 해상 배치형 이지스 체계(이지스 구축함)와 종말단계의 지대공유도탄 패트리어트 미사일(PAC-3)의 두 단계로 이루어져 있는데 여기에 이지스 어쇼어를 추가해서 중간단계의 방어망을 촘촘하게 구축하고자 한다. 그리고 미국 레이시온사와 일본 미쓰비시사가 공동으로 개발한 SM-3 Block IIA 요격미사일을 도입하기 위해 301억 엔을 배정하고 중단단계 요격을 위해 해상 및 육상 이지스 체계를 구축할 예정이다.