기능적 심사 결과와 전략적 심사 결과가 상충될 경우, 경직적인 평가 기준에 의한 분석만으로는 합의에 이르기 어렵다.
가능한 또 다른 상황은 전략적 심사의 성격을 지닌 지출검토의 이행조치가 추가적 입법이 요구될 때,  개별 기관의 기능적 심사에서 도출된 결과와 상충되는 경우이다. 예를 들어, 특정 사업의 지출 검토 제도 결과 개별 부처 단위에서는 기능적 심사 결과에 따라 자체 구조조정으로 해결할 수 있을 것으로 본 사업이, 전략적 심사에서는 낮은 우선순위로 인해 개별 예산의 감축은 물론, 입법 과정을 거쳐 조직 해산과 같은 극단적 해법이 제시될 수 있다. 이렇듯 기능적 심사 결과와 전략적 심사 결과가 상충될 경우, 경직적인 평가 기준에 의한 분석만으로는 합의에 이르기 어렵다.