성별영향분석평가제도는 성 주류화를 위한 하나의 제도이고, 이는 평등 실현을 목표로 한다. 유엔은 여성정책 평가를 바탕으로는 여성만을 위한 제도로는 사회 개선이 어렵다는 걸 알았다. 즉, 여성의 성취도를 강화하면서 전통적 성별의 분업화를 약화하는 것이 목표이다.
성별영향분석평가제도는 성 주류화를 이행하기 위한 다양한 도구 중의 하나이며 성 주류화는 성평등을 실현하기 위한 전략으로 알려져 있다. 유엔은 회원국의 여성정책을 평가했던 경험을 바탕으로, 여성만을 대상으로 한 여성정책은 성차별적인 사회를 개선하는 데 한계가 있다는 점을 주지시키면서, 유엔 회원국이 성 주류화 전략을 통해 공공정책에서 발생할 수 있는 성차별적인 요소들을 제거해야 한다는 입장을 보였다(Hannan, 2003: 7-8). 다시 말해 성별영향분석평가는 그 자체가 목표이기보다는 성평등 목표를 달성하기 위한 과정이며, 성중립적인 정책을 성평등한 정책으로 바꾸는 데 목적이 있다. 동시에 정책결정과정에서의 여성 참여를 높여 궁극적으로는 여성의 역량을 강화하면서 전통적인 성별분업을 변화시키는 데 목표를 두고 있다. 따라서 성별영향분석평가제도는 성차별에 기초한 성별관계를 성 평등한 방향으로 개선하는 것이며, 제도의 실효성을 높이기 위해서는 국가의 책무성과 정부 내 협력관계, 정부와 시민사회와의 소통과 협력관계가 매우 중요하다.