특성화중학교는 특성화고등학교에 비해 늦게 등장했다. 영광 성지고등학교를 운영하고 있던 곽종문 교장은 부적응 학생 문제가 중학교 단계에서도 심화되고 있다는 생각에 시행령 제76조의 내용을 근거로 삼아 2002년 성지 송학중학교를 설립했다.
특성화고등학교에 비해 특성화중학교는 몇 년 늦게 등장하였다. 앞서 언급한대로 부적응 문제가 고등학교에 집중되어 있었고 교육부 역시 새로운 형태의 고등학교를 만드는 일에 몰두했기 때문이었다. 게다가 특성화중학교의 설립 근거가 되는 시행령 제76조의 내용이 ‘교육과정의 운영 등을 특성화하는 것’으로 되어 있어서 그것을 대안교육기관 설립 근거로 보기도 어려웠다. 그럼에도 불구하고 이 조항을 근거로 삼아 대안교육기관 설립을 시도한 이는 영광 성지고등학교를 운영하고 있던 곽종문 교장이었다. 성지고등학교는 부적응 정도가 심한 학생들을 위한 학교로 운영되고 있었는데, 곽 교장은 부적응 문제가 중학교 단계에서도 점차 심화되고 있다는 판단 아래 동일한 성격의 중학교 설립을 시도했던 것이다. 그 결과 2002년 3월에 성지 송학중학교가 문을 열었다. 이듬해에는 두레자연중학교를 비롯한 4개의 특성화중학교들이 개교했지만 이후 증가세는 매우 느렸다.