거버넌스는 국가과학기술심의회, 미래창조과학부, 개별 부처, 연구개발수행주체 등이 핵심요소이다. 출연은 국가혁신체제에서 연구회와 관련이 있는 연구개발 수행주체라 할 수 있다. 연구회 체제를 출범시킨 논거는 관료사회의 과도한 간섭과 개입을 차단하여 출연으로 하여금 국가사회의 요구를 충족시키김 위함이다. 
연구회 거버넌스는 현재 2개의 연구회와 관련이 있는 요소들로 구성된다. 여기에는 국가혁신정책의 통합과 관련되는 국가과학기술심의회와 미래창조과학부, 산업통상 자원부 등을 비롯한 관련 정책에서 국가혁신정책을 담당하는 개별 부처(연구개발 수요 부처), 그리고 연구개발을 담당하는 연구개발수행주체 등이 핵심요소이다. 연구개발 수행주체로는 출연(연), 산업체, 대학, 국공립연구소 등이 있는데, 그 가운데 출연(연)은 국가혁신체제에서 연구회와 깊은 관련이 있는 연구개발 수행주체라 할 수 있다.출연(연)은 대부분의 재원을 정부로부터 출연 또는 지원받고 있으며, 국가사회적 요구를 충족시키는 연구개발을 수행하는 미션을 부여받고 있다. 출연(연)의 연구 활동은 국가·사회적 요구에 부합하는 체계적인 기획에 의거하여 이루어질 필요가 있으며, 이에 관한 궁극적인 책임은 국민으로부터 재원을 부여받아 대리 집행하는 정부에 있는 것이라 할 수 있다. 이전의 출연(연) 관리는 정부의 과도한 간섭으로 인해 연구의 자율성과 독립성이 많이 훼손된 상태였다. 연구회 체제를 출범시킨 논거는 바로 관료사회의 과도한 간섭과 개입을 차단하여 출연(연)으로 하여금 국가사회의 요구를 충족시키고자 하는 것이다. 연구회 체제 초기 단계에서 연구회를 국무총리실 산하에 둔 것은 바로 이러한 논리가 배경이 된다.