이차보전제도란 국가가 저리 자금을 지원할 때 지원자금의 조달금리와 대출금리 간 이자차액을 정부 또는 지방자치단체, 해당 정책기관이 보전해 주는 것이다. 이 제도가 실행되기 위해서는 자원개발사업을 평가한 후 대출이 가능한데 이런 역량을 갖춘 곳이 정책금융기관밖에 없고 탐사단계에서는 실패확률이 높아 더욱 시행이 어렵다.
출자 및 보증제도 이외에도 이차보전제도를 검토해 볼 수 있다. 이차보전제도란 이자차액을 정부가 보상해 주는 것을 말한다. 즉 국가가 특정목적 달성을 위하여 특정 부문에 저리 자금을 지원할 필요가 있을 때 지원자금의 조달금리와 대출금리 간 차이가 발생할 경우 차이 상당분을 정부 또는 지방자치단체, 해당 정책기관에서 보전해 주는 것을 의미한다. 정부가 금융기관에 직접 보상하는 경우도 있고, 대출받는 기업이 금융기관에 정상 이자를 내고 저금리에 대한 이자 차액을 정부로부터 받는 경우도 있다. 현행 예산편성기준의 과목 구분에는 특정목적을 위하여 필요한 자금이 일반대출금리 또는 조정금리보다 낮은 금리로 조성될 수 있도록 하기 위하여 지원되는 경비(환차손 포함)라고 정의되어 있다. 이차보전제도가 실행가능하기 위해서는 일차적으로 금융기관이 해당 자원개발사업에 대한 대출이 이루어져야 하는데 우리나라는 현재 금융기관 중 자원개발 사업을 평가하고 대출을 시행할 역량을 갖춘 곳은 정책금융기관을 제외하고는 없다. 따라서 이차보전제도가 도입된다 해도 제도가 원활하게 운용될 가능성이 낮으며 더군다나 실패확률이 높은 탐사단계에서는 이차보전제도의 시행이 더욱 어려울 것으로 보인다.