시간 선택제 일자리 지원이 단시간 근로 일자리를 지원해 근로조건 개선 용도로 활용되지는 않는지 의구심을 갖게 한다. 이는 해당 지원 사업 본연의 취지라고 보기 어렵다.
한편, 현재의 사업 진행에서 우려되는 점도 있다. 일부 사례의 경우 시간 선택제 일자리 지원이, 반듯한 일자리에서 시간선택제 근무형태가 채용되어 이를 지원하는 것이 아니라 노동시장에서 자생적으로 확대되고 있는 단시간 근로 일자리에 인건비 등을 지원하여 근로조건을 개선하는 용도로 활용되고 있는 것은 아닌지 의구심을 갖게 한다. 인건비 지원을 신청하는 사업주 및 지원 사업을 담당하는 실무자의 인식 수준에서 시간선택제 일자리 지원의 의미나 목적이 혼재되어 있음을 발견하였다. 노동시장 전반에서 단시간 근로 고용의 질이 워낙 낮은 수준이므로 이러한 현실을 개선하기 위한 지원도 전혀 의미가 없는 것은 아니지만 시간선택제 일자리 지원 사업 본연의 취지라고 보기는 어렵다.