국가인권위원회는 약물치료명령을 할 때 당사자의 동의를 요건으로 명시하도록 개정을 권고한 바 있고 '성충동 약물치료법 일부 개정법률안'에서도 같다.
이러한 문제의식은 단순히 위헌론에만 머물지 않고 개정론으로 나타나고 있다. 국가인권위원회는 이미 동법이 시행되기 전인 2011년 2월에 약물치료명령을 할 때 당사자의 동의를 요건으로 명시하도록 개정을 권고한 바 있다. 또한 2013년 4월에 발의되어 현재 법제사법위원회에 심사가 계류 중인 ‘성충동 약물치료법 일부 개정법률안’(의안번호 제1903317호)에서도 검사가 약물치료명령을 청구할 때 반드시 약물치료의 내용이나 방법, 부작용 등을 충분히 설명한 후 피청구자 또는 그 법정대리인으로부터 동의를 받도록 할 것 등을 내용으로 하고 있다.