공소시효는 특정한 몇몇 범죄가 아니라 모든 범죄에 일반적으로 적용되고, 개별 법률에서 그때그때 규정할 경우 체계적이고 통일적인 규율이 이루어지지 않아 법적용에 혼란을 초래할 수 있고, 명문으로 진정소급효를 부정함으로써 형벌청구권의 재생을 통한 형벌권의 부활을 방지할 수 있다.
이러한 불일치가 발생하지 않으려면 국회에서 공소시효를 정지·연장·배제하는 규정을 입법할 경우에는 반드시 그것의 소급적용 여부에 대한 경과규정을 두어야 한다. 보다 바람직한 방법은 공소시효에 관한 일반규정인 형사소송법 제249조에 제3항을 “법률의 변경에 의하여 공소시효가 정지·연장 또는 배제되는 때에는 당해 법률의 시행 당시 아직 공소시효가 완성되지 아니한 범죄에 대하여도 변경된 법률을 적용한다. 단 당해 법률이 달리 정한 때에는 그러하지 아니하다.”는 내용으로 신설하는 것이다. 공소시효는 특정한 몇몇 범죄에만 적용되는 것이 아니라 모든 범죄에 일반적으로 적용되고, 개별 법률에서 그때그때 규정할 경우 체계적이고 통일적인 규율이 이루어지지 않아 법적용에 혼란을 초래할 수 있으며, 명문으로 진정소급효를 부정함으로써 형벌청구권의 재생을 통한 형벌권의 부활을 방지할 수 있기 때문이다. 즉 공소시효 기간의 불이익한 변경의 경우 진정소급효는 부정하되 부진정소급효를 인정하는 명시적인 규정을 형사소송법에 둠으로써, 소급효 인정 여부에 대한 논란을 해소하고, 입법시 발생할 수 있는 흠결에 대비하여야 할 것이다.