과거 지식재산권과 독점규제법이 부조화된 것으로 보았으나, 현재는 지식재산권의 범위 확대로 두 요소의 목적이 연결되는 것으로 본다. 이에 해석의 필요에 따라 공정거래법의 적용도 가능한 것으로 이해되고 있다.
실무적으로도 라이선스가 되지 않는 특허, 방어적 특허처럼 상당수의 지식재산권은 권리자에게 경제적으로 의미있는 독점력을 주지 못해 독점규제법 집행자의 관심을 끌지 못 하였고, 이에 상당기간 양 법의 관계는 단순히 조화되기 어려운 관계로 치부되는정도에그치되, 지식재산권법의 목적을 존중하여 독점규제법 제59조를 두어 독점규제법이 양보하는 모양을 취한 것이라고 운영되어 왔었다. 그러나 지식재산권의 대상이 질적, 양적으로 확대된 현재에이르러 양법의 관계는 새로운국면을 맞게 되었고 이에 새롭게 고찰한 결과 그 목적들이 궁극적으로는 상통하는 것 임을 전제로 제59조의 해석문제는 공동의 목적 달성을 위하여 필요한 경우 공정거래법이 적용될 수 있다는 전제하에 실질적인 적용범주 결정의 문제로 이해되고 있다.