자유학기제 운영 학교는 다양한 수업 모형을 시도한다. 이에 교사들이 중학생 특성에 맞춰 다양한 수업 모델을 개발하며 교육과정의 유연한 운영을 하도록 제도적 지원이 요구된다.
아울러, 자유학기제 운영 학교에서 다양한 수업 모형이 시도되고 있는 것은 교사들이 “(자유학기 동안) 시험과 진도에 대한 부담이 줄어들면서...교사로서 어떻게 가르쳐야 하는지를 성찰하는 기회”를 가질 수 있기 때문이라는 점에서(신철균･박민정, 2015: 318), 교사들이 중학생의 특성에 맞는 다양한 수업 모델 개발하고, 유연한 교육과정을 운영할 수 있도록 제도적인 지원이 필요하다. 예를 들어, 교육지원청 및 교육지원청 내 지구별로 교육과정 편성･운영에 관한 지원, 자문을 제공할 전문가 조직을 구성･운영할 수 있으며, 이들 전문가 자문팀은 기존 학교/수업 컨설팅 팀을 활용할 수 있을 것이다.