레저선박 관리제도는 법령의 정비로 조금씩 변화되었는데,  관련된 법령이 혼재되어 적용에 어려움이 있다. 또한 미등록·무등록의 문제와 관리기준 적용의 일관성이 없다.
국내 레저선박 관리제도는 레저선박 이용자의 증가에 따라 레저선박의 등록과 검사, 안전사고 대책 등과 관련된 제약요인 발생하면서 선박 관련 법령들의 정비를 통하여 조금씩 변화되었다. 한편, 레저선박에 대한 정의와 이의 사업적, 비사업적 이용에 대한 규정은 레저선박과 관련된 소관 법령이 혼재되어 있어 이의 해석에 어려움이 존재한다. 또한 레저선박 관련 등록제도가 존재함에도 불구하고 미등록/무등록의 문제가 사회적 이슈가 되고 있다. 그리고 동일한 규모의 레저선박이 각기 다른 명칭과 기준에 따라 관리되면서 해양레저산업 발전 정책에도 부정적 영향을 미치고 있다.