기업에 대한 체감도 조사를 통해 효과성을 측정하는 방법은 체감도가 규제비용관리제로 인한 것인지 선별하기 어렵다. 정부 추진 규제개혁 수단은 매우 다양하며 이 결과가 규제비용관리제로 인한것인지 판단하기 어렵다.
후자의 경우처럼 기업에 대한 체감도 조사를 통해 효과성을 측정하는 방법은 사실상 기업의 규제부담완화라는 목표를 어느 정도 달성했는지를 판단하는 데에는 전자보다 타당한 방법일수 있지만, 이러한 기업의 체감도가 반드시 규제비용관리제로 인한 것인지를 선별해내기 어렵다는 한계가 있다. 현 정부에서 추진하고 있는 규제개혁수단은 규제비용관리제 외에도 규제일몰제, 네거티브규제체계 개선, 규제기요틴, 국민신문고 등 매우 다양하다. 따라서 기업이 실제로 규제부담이 완화되었다고 체감하고 있다 하더라도 그러한 결과가 규제비용관리제로 인해 발생한 것인지를 판단하기 어려우며, 이러한 규제부담완화에 규제비용관리제가 어느 정도 기여했는지를 밝혀낼 수 없기 때문에 사실상 규제비용관리제의 효과측정을 위한 수단으로서 한계를 지닌다.