두 가지 해결방법이 있다. 하나는 지방교육재정 교부금법을 개정하여 대안적 교육기관들도 재정을 지원하는 것인데 상당한 재원이 필요하다. 또 하나는 다른 항목으로 지원하는 것인데 예산을 확보하기 쉽지 않다.
이 문제를 해결하는 방법은 두 가지가 있을 수 있다. 하나는 기존의 학교와 함께 새로운 법령에 의해 설립되는 대안적 교육기관들도 재정을 교부할 수 있도록 현행 지방교육재정 교부금법을 개정하는 것이다. 다만, 이렇게 될 경우 현재 지원을 하지 않던 ‘대안학교’나 비인가 대안교육기관들도 함께 지원을 해야 하기 때문에 상당 수준의 추가 재원이 필요할 것이고 이것 때문에 상당한 반발이 있을 수 있다. 다른 하나는 평생교육  예산처럼 지방교육재정교부금과는 다른 항목으로 예산을 지원할 수 있도록 법령에 규정하는 것이다. 그러나 지금까지 말로는 평생교육의 중요성을 강조하면서도 실제로 이를 활성화시키기 위한 예산은 거의 확보하지 못한 예에 비추어볼 때 후자의 방식으로는 필요한 예산을 확보하기가 매우 어려울 것으로 예상된다.