이해관계자 그룹의 참여와 만장일치의 합의제를 바탕으로 이루어진 시나리오 워크숍의 문제점은 제도 설계 중심의 작업이 이루어짐으로써 근본적 고민 등이 반영되기는 어려웠다는 점이다.
이렇게 이해관계자 그룹의 참여와 만장일치의 합의제를 바탕으로 이루어진 시나리오 워크숍은 다음의 몇 가지 중요한 특징을 보인다. 첫째, 제도 설계 중심의 시나리오 작업이 이루어져 교육개혁의 가치와 지향, 대입제도 개혁의 철학 등의 근본적 고민 등이 반영되기는 어려웠다. 교육철학에 대한 논의를 기반으로 제도 설계가 이루어지도록 하기 위하여 워크숍의 첫날에는 “교육적 이상”, “교육적 철학” 등 “추상적” 논의의 장이 이루어졌지만, 그 논의가 다음날 열린 제도 설계를 위한 시나리오 작업에는 반영되지 못했다는 평가이다. “이상만 추구하다보면 아무것도 못하니까 여기서 현실적인 논의”를 할 수밖에 없었다는 것이다.