직무급에 관한 대표적인 오해는 임금 차등을 목적으로 한다는 것이지만 일반적인 관리체계에서는 임금차별과 임금격차 등에 대해서도 고려한다. 직무급적 관리체계는 후자를 더 중요하게 고려하기 때문에 원칙에 맞는 임금체계라고 한다. 하지만 그간 정부 개혁조치로 인해 직무급을 전자를 목적으로 하는 제도로 인식되었다.
둘째, 이러한 형태의 직무급을 도입하게 된 배경 역시 임금차등만을 목적으로 임금체계 개편을 진행하였다는 점과 무관하지 않다. 직무급에 관한 우리 사회의 여러 가지 오해와 불신이 있지만, 그 중 대표적인 오해는 직무급이 임금 차등을 목적으로 한다는 것이다. 물론 담당업무의 내용이나 가치에 따라 임금을 다르게 결정하자는 것이 직무급적 임금관리와 관련된 것 임은 틀림없다. 하지만 일반적인 직무급적 관리체계에서는 “담당업무가 다르면 다른 임금을 받는가?”(임금차등)만을 따지는 것이 아니라 “동일한 업무를 담당하는 직원간의 임금차이는 적정한가?”(임금차별), 그리고 “동일한 업무를 담당하지 않을 시 발생하는 임금차이는 적정한가?”(임금격차) 등에 대해서도 함께 고려한다. 직무급적 관리체계는 전자보다 후자를 더 중요 한 사안으로 고려하기 때문에 직무급이 임금차별이나 임금격차 이슈에 민감하고 동일노동동 일임금 원칙에 부합하는 임금체계라고 얘기되는 것이다. 하지만 그간 정부 개혁조치로 인하여 직무급을 임금차등을 목적으로 하는 제도로 인식하게 되었을 뿐만 아니라 더 나아가 성과주의 보상방식의 일환으로 이해하는 경향도 생겨났다.