각 정부 기관과 지자체의 평가를 끝내면 개선과 보상을 위해 결과가 환류된다. 기관은 정책 개선을 위해 시정조치나 감사를 실시하여 지속적 향상을 위해 노력하며 부처의 조직 관리에 대한 자율권을 차별화 한다.
각 정부 기관과 지자체 등이 수립한 계획에 따라 점검을 거쳐 평가가 완료되면, 그 결과는 개선 혹은 보상 등을 위해 환류 된다. 또한 일반적인 성과관리 절차에서 환류는 기관차원의 환류와 개인차원의 환류 두 가지로 구분할 수 있는데, 여기에서 기관 차원의 환류는 정책의 개선과 조직 관리로 나누어진다. 정책개선은 자체평가에 대해 평가총괄관련기관의 확인 및 점검 시 문제점이 발견되었을 경우, 각 행정기관의 장은 자체적인 시정조치 혹은 감사를 실시하고, 정부업무평가위원회에 후속 조치의 결과를 제출하는 것과 같이 정책의 지속적인 개선을 위해 노력하는 것을 말한다. 다음으로 조직 관리는 평가결과에 근거하여 인력의 증원과 직급별 정원의 조정과 같은 부처의 조직 관리에 대해 자율권을 차별화하는 것을 의미한다.