국가 R&D 사업은 여러 중장기 계획에 근거해 추진되고 있으나, 국가전략 프로젝트는 기술 개발의 시급성 등을 감안해 후보과제 도출 후 9개 사업을 지원 대상으로 선정했다.
국가 R&D 사업은 ｢제3차 과학기술기본계획(2013~2017)｣ 및 성장동력 발굴을 위한 중장기 계획(｢미래성장동력 종합실천계획｣, 2015.3)에 근거하여 추진되고 있다. 또한 미래창조과학부는 2016년 1월 ｢제1차 정부 R&D 중장기 투자전략(2016~2018)을 수립하고 9대 분야 58개 세부 기술별 투자방향을 설정하고, 분야별 투자 우선순위를 도출하였다. 그러나 국가전략 프로젝트는 이러한 중장기 R&D 계획이 있음에도 불구하고, 기술 개발의 시급성이나 신산업 육성 가능성 등을 감안하여 후보과제를 도출하고 최종적으로 9개 프로젝트를 지원 대상으로 선정하였다.