정부업무평가제도의 문제는 동기 부여에 긍정적인 영향을 미치고 있는지 여부이다. 평가를 잘 받기 위해 노력하는 것과 더 나은 수준의 목표 달성 및 대국민 서비스를 제공하는 것은 근본적으로 차원이 다른 문제이다.
본 연구에서 정부업무평가제도의 실효성과 관련하여 제기하는 또 다른 문제는 정부업무평가제도가 구성원들의 업무 몰입 등 동기 부여에 긍정적인 영향을 미치고 있는지 여부이다. 정부업무평가제도의 필요성 및 실효성에 대해서는 공무원들마다 다양한 의견을 지니고 있다. 그럼에도 현재 정부업무평가기본법에 의해 시행되는 각종 평가제도의 결과, 특히 부정적인 결과가 도출될 경우 이에 뒤따르는 직･간접적인 불이익을 우려하여 평가 결과 자체를 심각하게 받아들이는 경향이 있다. 물론 최소한의 부정적인 결과를 방지한다는 측면에서 이는 평가 제도를 통해 기대하는 ‘긍정적인’ 행동의 변화일 수 있으나, 평가 결과를 잘 받기 위해 노력하는 것과 더 나은 수준의 정책목표 달성과 대국민 서비스를 제공하는 것은 근본적으로 차원이 다른 문제이다.