정부는 기본 원칙에 근거한 공공요금 산정을 통해 총괄원가주의의 실효성을 지키고 공공기관의 효율적인 운영을 지향해야 한다. 
정부는 ｢공공요금 산정기준｣에서 공공요금 산정의 기본원칙으로 총괄원가주의 를 표방하고 있다. 철도운임과 같이 가격상한제를 운영한다 할지라도, 가격상한이 총괄원가를 크게 하회할 경우 이를 보전할 만한 다른 수익사업이  없는 한 해당 공 공요금 사업을 수행하는 공공기관의 재무건전성은  악화될 수밖에  없다. 따라서 공 공요금은  궁극적으로 ｢공공요금 산정기준｣에서  언급하고 있는 바와 같이 “성실하고 능률적인 경영하에 공공서비스를 공급하는데 소요되는” 총괄원가를 보상하는 수준 에서 결정되어야 하며, 이에  더하여 각 기관이 성실하고 능률적인 경영을 유도할 수 있는 인센티브 방안을 모색할 필요가 있다. 또한, 정부는 공공요금을 물가안정 등을 위한 정책적 수단으로 활용하기 보다는 ｢공공요금 산정기준｣에서 규정하고 있 는 기본 원칙이 실효성을 가질 수 있도록 노력해야 한다.