상계관세 제도는 GATT 1947 XVI조와 보조금협정에서 구체적으로 규정하고 있다. 보조금협정은 GATT에 근거하여 작성되었으나 구체적 내용이 빠져 있어 우루과이라운드 협상에서 WTO 부속협정으로 보조금협정이 채택 되었다.
상계관세 제도에 대해서는 GATT 1947 XVI조와 “보조금 및 상계조치에 관한 협정(이하, 보조금협정)”에서 구체적인 규칙을 정하고 있다. 보조금협정은 WTO체제의 전신인 1947년 관세 및 무역에 관한 일반 협정(GATT 1947; General Agreement on Tariffs and Trade 1947)의 VI조와 XVI조에 근거하여 작성되었다. 그러나 이들 조항에는 보조금의 정의 등 구체적 내용이 결여되어 있어 특정 정부조치가 불법 보조금 교부에 해당하는지 혹은 정부의 정당한 경제개발정책의 일환으로 인정되어야 하는지에 대한 신뢰할 만한 지침을 제공하지 못하였고, 회원국 간 분쟁이 지속적으로 야기됐다. 이에 따라 우루과이라운드 협상에서는 보조금협정을 채택하기 위한 교섭이 본격적으로 진행되었고, 그 결과 WTO 부속협정의 하나로 보조금협정이 채택 되었다.