감사원의 감사권과 지방자치단체의 자치권은 상호 조화를 이루는 것이 중요하다. 무분별한 감사의 확대는 지자체의 자치 행정 영역을 위축시키므로 지자체의 사무 형태에 따라 감사의 형태 및 수준이 달라져야 한다.
이미 위에서 언급한 바와 같이, 감사원의 감사권과 지방자치단체의 자치권은 상호 조화를 이루는 것이 중요하다. 특히 지방자치단체의 자치사무는 자기책임성이 보장되는 사무라는점에서 이에 대한 감사원 감사에는 일정한 한계가 있다고 보는 것이 합리적일 것이다. 보다 구체적으로는 이러한 자기책임성의 보장과 관련하여 지방자치단체에 의한 사무수행에 대한 감사는 지방자치단체가 수행하는 사무유형에 따라 달리 취급되는 것이 바람직하다. 이에 따라 자치사무에 대한 감사는 자치사무의 수행이 법률의 범위를 벗어났는가 하는 법률 적합성에 대한 감독에 그쳐야 하고, 위임사무에 대해서는 이러한 합법성 통제 외에도 합목적성의 감독이 가능하다고 볼 것이다(김남철, 2009; 홍정선, 2009: 629). 이와 같이 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사권의 범위는 합법성 통제에 한한다는 것이 감사의 원칙으로 설정될 필요가 있다. 만약 이와 같은 사무에 합목적적 감사가 가능하다고 한다면, 사실상 ‘자치’라고 하는영역은 상대적으로 위축될 수밖에 없을 것이다.