WTO는 그동안 법적 예측가능성, 제도적 안정성, 다자적 감독시스템 등을 발전시켜 온 분쟁해결 제도이다. 반면 FTA는 빠르고 집중적으로 분쟁을 해결할 수 있으나, WTO에 비해 제도화가 미흡한 부분이 있다.
셋째, 몇몇 구조적인 흠결이 존재함에도 불구하고, WTO가 보유하고 있는 발달된 분쟁해결제도를 충분히 활용할 필요가 있어 보인다. WTO 분쟁해결절차는 현존하는 국제재판절차 중에서 가장 성공적이며 빈번히 활용되는 제도이다. WTO는 그동안 패널 및 상소기구가 유지해 온 법적 예측가능성, 사무국이 제공하는 제도적 안정성, 그리고 전체 회원국이 참여하는 다자적 감독시스템 등을 지속적으로 발전시켜 왔다. 그리고 WTO 분쟁해결절차의 주요 참여국으로서 동 절차의 개선을 위하여 진행되는 DSU 개정협상에도 적극적으로 참여할 필요가 있을 것이다. 다만, WTO 보다 신속한 분쟁해결을 원하는 경우 FTA 분쟁해결절차를 선택하는 것도 고려해 볼 수 있을 것이다. FTA의 경우 분쟁해결절차에 소요되는 시간이 상대적으로 짧고, 상소절차도 없으므로, 당사국간 빠르고 집중적으로 분쟁을 해결할 수 있는 장점이 존재한다. 그러나, FTA 분쟁해결절차는 WTO와는 달리 패널을 지원할 상설 사무국이 없는 등 제도화가 미흡한 부분은 감안해야할 것이다.