추계과세제도의 정비가 국세행정의 효율 성에 기여하는 정도, 추계과세의 적용이 일관성이 없이 적용되는 것에 대한 원인분석 및 대책을 어떻게 마련하는지, 모순적 근거나 자의성 개입은 없었는지를 감사하는 것이 중요하다.
감사원의 감사활동에 주는 시사점을 정리하면 우선 일선 세무서와 지방청의 이의신청과 국세청의 심사청구에서 다루어지는 추계과세로 인한 불복청구 건수와 전체 건수에서 차지하는 비중을 조사하고 이를 통하여 추계과세제도의 정비가 얼마나 국세행정의 효율성에 기여할 수 있는지를 파악할 필요가 있다는 것이다. 다음으로 장부, 증빙이 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인지의 여부에 따라 납세자가 추계과세를 요구하면 수용할 수 있는지에 대하여 국세행정에서 거부한 사례가 다시 조세심판원에서 수용되는 경우가 있고 결과적으로 사례에 따라 추계과세의 적용이 일관성이 없이 이루어지므로 일관성이 없이 추계과세제도가 적용되는 것에 대한 원인분석 및 대책을 어떻게 마련하고 있는지 감사가 필요하다. 마지막으로 세무행정 종사자가 과세자료 처리 시 장부에 의하여 과세할 것인지, 추계에 의하여 과세할 것인지 검토하는 과정에서 불확실성이 존재하여 결과적으로 세무행정 종사자들의 판단에 일관성이 없게 되고 이 과정에서 세무행정 종사자의 자의적 판단이 개재될 여지가 있으므로 추계과세 사례의 근거를 수집하여 그 사이에 모순적 근거나 자의성 개입의 여지가 없었는지 감사하는 것이 중요하다.