대통령과 국무총리의 업무 경계가 모호할 경우 양자 간 갈등 발생 확률이 크며 대통령실과 국무총리실 간의 갈등 가능성도 있다.
정치와 행정이라는 구분을 통해 대통령과 국무총리가 역할분담을 하게 되면 국정업무의 효율성을 높일 수 있을 것으로 기대되지만, 반면 정치와 행정의 경계가 모호하게 되고 중첩된 영역이 발생하는 등의 문제가 발생할 수 있다. 대통령과 국무총리의 업무 경계가 불확실할 경우 관할 업무를 두고 양자 간 갈등이 발생할 가능성이 크며 각각의 보좌기관인 대통령실과 국무총리실 간의 갈등도 배제할 수 없다. 특히 통일정책과 관련해서 외교, 안보 분야는 대통령이 관장하지만 기타 경제, 사회, 문화 분야는 국무총리가 관장하기 때문에 정책일관성을 유지하기 어렵고 나아가 대통령과 국무총리 간 불협화음 또는 갈등이 발생할 수 있다.