가계지출조사의 개편으로 매월의 표본 규모가 작아져 정교한 표본설계가 어렵다. 또 지역 층이 줄어 층내 분산이 커졌고 보조 정보로 보완했으나 모집단을 대표하기엔 부족했고 최신 가구모집단의 정보도 반영하지 못했다. 이에 모집단과 표본의 추정 결과가 다를 수 있어 이용자에게 혼란을 줄 수 있다.
개편된 가계지출조사는 연간 표본을 매월 1/12씩 순환으로 조사하도록 설계되었다. 따라서 매월의 표본 규모가 작은데 이는 정교한 표본설계를 어렵게 한다. 기존에 가계동향조사는 표본설계를 위해 25개 지역층(시도, 동·읍면부)에 대해 내재층화 변수로 인구 증가율을 반영한 권역, 주택유형 등을 사용하였다. 반면 가계지출조사는 11개 지역층(시도권역, 동·읍면부)에 대해 내재층화 변수로 부동산 실거래가를 활용한 권역, 주택유형, 인구비율 등을 사용하였다. 개편으로 인해 지역 층(strata)이 줄어들면서 층내 분산이 커지게 되었고, 이를 보완하기 위해 부동산 실거래가 등 보조 정보를 활용하였으나 모집단을 대표하기에는 부족함이 있다. 또한 가계지출조사는 조사 전년에 설계된 연간 표본을 대상으로 당년에 조사를 수행함으로써 설계가중치가 보다 최신의 가구모집단 정보를 반영하지 못한다. 따라서 최신의 인구, 가구 모집단과 표본조사 추정 결과가 다를 수 있는데, 이 경우 이용자 입장에서는 어느 통계를 써야 하는지 혼란스럽고 통계 작성기관에 대한 신뢰도 떨어질 수 있다.