직무급과 직능급은 중소 사업장에서 도입하기 어렵다. 기업이 근로자의 시각을 고려해서 직능 직무급 등으로 임금체계를 개편하려면 자금 문제로 중소기업에서는 현실적으로 어렵다.
셋째, 직무급과 직능급은 임금관리가 필수적으로 동반되어야 하는 임금체계인데, 중소 사업장의 경우 재원 문제로 도입하기 어렵다. 기업은 고정적으로 지급되는 임금을 고정급과 성과급을 포함시키고자 하고, 근로자들은 기존 임금이 삭감되지 않으면서 성과 또는 직무수당 등을 요구하고 있다. 기능직 근로자들은 직능급을 선호하는 경향이 있지만, 직능에 대한 추가적인 임금이 보장되지 않으면 거부한다. 임금체계 자체에 대한 시각과 방향성이 다르고, 기업이 근로자 입장을 고려해서 직능, 직무급 등으로 임금체계를 개편하려면 추가적인 자금이 필요하기 때문에 중소기업에서는 현실적으로 어렵다고 할 수 있다.