현재의 교부금 배부 기준은 학교 수의 비중이 커서 학생 수의 변화 추이를 반영하는데 미흡하다. 이에 지방교육재정교부금법 시행 규칙을 개정하여 교부기준 학생 수 비중을 높였고, 교육과정 운영비 및 기관 운영비 등의 교부기준 학생 수 비중을 확대했으나, 도·농간의 격차 문제로 반발이 일었다. 따라서 학생 수 기준의 배분 방식이나 비중은 어느 정도가 적절한지 확인한 후 비중을 점차적으로 확대해야 한다.
출생률 저하로 인하여 학생 수는 지속적으로 감소하는 추세이나 현재의 교부금 배부 기준은 학교 수의 비중이 커서 학생 수의 변화 추이를 반영하는데 미흡한 측면이 있다. 이에 따라 2015년 10월, 지방교육재정교부금법 시행 규칙을 개정하여 보통교부금 배분 기준에서 학생 수 비중을 높였고(기존 20%→30%), 세부적으로는 학교교육과정 운영비 및 기관 운영비, 복지지원비 등의 교부기준 학생 수 비중을 확대하였다. 이에 대해 학생 수가 적고 감소폭이 큰 도지역의 경우, 대도시 학교에 투입되는 교부금은 증가하는 반면, 학생 수가 적어 상대적으로 교육 여건이 열악 한 농산어촌 지역 학교에 대한 지원이 감소하여 도·농간의 격차가 커진다는 점에 반발하고 있다. 2000년 이전에는 보통교부금 배분 시, 시·도교육청의 학교 수, 학급 수 등을 고려하지 않고 가중 학생수를 추정하여 적용하였으나, 학교의 교수-학습과정이 학급단위로 수행되고, 비용 추정시 산출기초 항목이 학생수 만으로는 충분하지 않다는 연구결과 등에 기초하여 현재의 교부기준이 확립된 것이다. 지방교육재정교부금 총액이 내국세의 20.27%와 교육 세로 고정된 상태에서 교부기준 간 비중을 조정하는 것은 시·도교육청 간 재정 여건과 단위학교 운영비 규모의 변화를 의미하는 것이다. 그러므로 충분한 검증없이 갑작스럽게 학생당 경비의 비중을 대폭 상향조정하기 보다는 학생 수 기준의 배분 방식은 적정한지, 그 비중은 어느 정도가 적절한 선인지 확인한 후 비중을 점차적으로 확대할 필요 가 있다.