지적재산고등재판소도 특허권자의 항소를 기각했다. 연장된 특허권이 인정되는 성분 등에 의해 특정된 물건과 동일성이 인정되는 것은 몇 가지 경우에만 해당한다고 판시했다.
이에 특허권자는 불복하였으나 지적재산고등재판소 또한 1심 법원의 판결을 지지하여 특허권자의 항소를 기각하였다. 더불어 연장된 특허권의 효력이 인정되는 "성분, 분량, 용법, 용량, 효능 및 효과"에 의해 특정된 물건과 실질 동일성이인정되는 것은 1) 의약품의 유효성분만을 특징으로 하는 특허발명의 존속기간 연장등록의 경우 “유효성분이 아닌 성분”이 일부 다르지만, 주지 관용기술에 따라 부분적으로 다른 성분을 부가, 전환한 경우, 2) 공지의 유효성분에 관한 의약품의 안정성, 제형 등에 관한 특허발명의 경우, 정령 처분시 주지 관련기술에 따라 일부 다른 성분을 부가, 전환하는 경우 등, 특허발명의 내용에 비추어, 양자의 사이에 기술적 특징 및 작용효과의 동일성이 있다고 인정되는 경우, 3) 정령처분에 특정된 분량, 용법, 용량에 관하여 수량적인 의미가 없는 정도의 차이가 있는 경우, 4) 분량이 다른 경우 용법, 용량을 함께 고려해볼 때, 동일하다고 인정되는 경우에 해당한다고 판시하였다.