잘못 감사 결과를 낳지 않도록 하기 위해서 최고감사기구는 수감기관이 운영하는 정보시스템에 대한 적절한 수준의 통제, 보안, 자료보관절차 등의 확인이 필요하다.
일부 정보시스템에서는 감사 목적에 유용한 감사증적(audit trails)이 한정된 기간 동안만 존재하거나 복잡한 업무시스템이 많은 단계의 처리과정을 거치는 경우에는 감사증적이 완전하게 남아 있지 않을 수 있다. 따라서 조직 내․외부 관리의 부정 또는 오류의 책임 규명을 확인하는 데 제한이 있을 수 있다(이재권, 2002). 그러므로 CAATs을 활용했던 시스템의 데이터가 실제로 정확하고 신뢰할 만한 것인지를 확인하는 작업이 필요하다. 신뢰성이 적은 데이터를 이용해 분석한 결과를 가지고 판단했을 경우 자칫 잘못된 감사결과를 낳을 수 있으므로 주의가 필요하기 때문이다. 따라서 최고감사기구는 수감기관이 도입하여 운영하는 정보시스템에 대한 적절한 수준의 통제, 보안, 자료보관절차 등의 확인을 해야 한다고 INTOSAI는 권고하고 있다.