목포고가 자공고로 지정된 후 가장 큰 성과는 학생들의 동아리 활동이다. 지난해부터 54개의 부서를 조직해 다양한 활동을 하고 동아리발표대회를 개최하여 결과물을 공유했는데, 이를 통해 학생들은 성취감을 경험했다.
목포고는 자공고로 지정된 이후 내부적으로 많은 변화를 겪고 있다. 가장 큰 변화와 성과로 학생들의 동아리활동을 꼽을 수 있다. 지난해부터 37개의 정규 동아리와 학생 스스로 만들어낸 17개의 상설 동아리까지 총 54개의 부서를 조직하여 다양한 체험을 할 수 있는 기반을 만들었다. 학생들이 수시로 모여 동아리활동을 할 수 있도록 4개의 동아리실을 추가로 만들었다. 또 1년간 동아리활동의 결과물들을 함께 공유할 수 있도록 ‘동아리발표대회’를 개최하였다. 학생들은 스스로 선택한 동아리에서, 혹은 자신이 만든 동아리에서 활동한 일련의 과정을 결과물로 발표하는 시간을 갖는 것이다. 발표회는 시작부터 마무리까지 학생 스스로 준비하고 참여하였다. 열정적인 무대와 작품들은 개개인에게 말할 수 없는 성취감을 안겨주었다.