동 제도로 자율성을 부여, 불합리한 관행의 개선을 기대할 수 있다. 또한 재원의 합리적 배분과 전문성을 바탕한 예산편성, 성과관리의 기반 마련이 기대된다.
동 제도를 통해 주어진 지출한도 내에서 부처가 예산을 편성할 수 있도록 자율성을 부여하여 부처의 예산 과다 요구와 중앙예산기관의 대폭 삭감이라는 불합리한 관행을 개선하는 효과를 기대할 수 있다. 또한, 각 부처는 국정 우선순위가 높은 사업 위주로 예산을 편성하여 한정된 재원을 합리적으로 배분하게 된다. 각 부처는 우선순위가 높은 사업 위주로 예산을 편성하게 되므로, 국정 우선순위에 따라 한정된 배분을 합리적으로 배분하는 것이 가능해진다. 재정총량은 예산당국이 배분하고, 개별 사업 예산은 사업 내용을 관리하고 있는 소관 부처 주도로 예산이 편성되기 때문에 전문성을 바탕으로 예산편성이 이루어질 수 있다. 또한, 이렇게 부여된 자율성에 대한 반대급부로 개별 부처의 재정지출에 대한 성과 책임을 강화하여 성과관리의 기반이 마련될 수 있다.