초창기 미들스쿨 운동은 주니어하이스쿨과의 차이를 부각시켰다. 이는 세 가지로, 그 중 학교(학년) 조직 면은 7-8, 7-9학년이 아닌 4(5)-8, 6-8학년으로 조직한 것이다.
초창기 미들스쿨 운동은 주니어하이스쿨과의 차이점을 부각시키려는 노력으로 나타났다. 미들스쿨과 주니어스쿨의 차이는 크게 세 가지로 요약해볼 수 있다. 첫째, 학교(학년) 조직 면에서, 주니어하이스쿨은 7-8학년 또는 7-9학년으로 구성되는 반면, 미들스쿨은 10-14세 아동을 대상으로 4(5)-8학년, 6-8학년으로 조직된다. 미들스쿨 지지자들은 초등학교 고학년을 포함하되 9학년은 고등학교에 두는 학교 조직 구성을 선호하였다. 이는 대학 입학을 위해 중등학교에서 이수해야 하는 기준 수업 단위인 ‘카네기 단위’가 9학년부터 적용됨에 따라, 9학년을 고등학교로 편성하는 것이 더 적절하다는 점에 근거한 것이었다.