중앙행정기관은 성평등 종합지수 형태의 지표체계를 마련할 필요가 있다. 현재 개발된 지표는 기관 간의 편차가 발견되고 있다. 따라서 지표별 가중치나, 지표별 편차를 고려한 성평등 지표체계를 개발해야 한다.
중앙행정기관의 성평등 수준을 가늠할 수 있는 종합지수 형태의 지표체계를 마련할 필요가 있다. 현재 개발된 지표는 지표체계의 틀 속에서 기관 간의 편차가 일부 발견되고 있다. 예컨대 ʻ성인지교육 프로그램 참여 비율ʼ 같은 경우, 참여자의 비율이 각 기관의 현원과 대비해 여전히 미미한 수준이고, 교육 유형이 다양하지만, 이 데이터가 신뢰할 수 있는 형태로 축적 수집되고 있는지 의문이 크다. 따라서 현황 자체가 아주 저조한 수준이기 때문에 기관 규모를 대비 할 경우, 기관 간 편차가 클 수 있다. 이와 같은 지표 값이 포함될 경우, 전체 지수 값이 왜곡되어질 가능성이 매우 높다. 따라서 지표별 가중치를 고려하거나, 지표별 편차를 보정할 수 있는 지수체계를 갖춘 성평등 지수로의 개발을 향후 추진하는 것을 고려해 볼 필요가 있다.