리더십 교체의 이유는 크게 두 가지가 있었다. 2012년의 전국 선거에서 1기의 핵심 활동가들의 정치권 진출 문제가 발생했고, 핵심 활동가들은 정치적 성향과 이해관계를 조합 활동에 투영하지 않는다는 암묵적 문화가 생겼다. 또한 더 젊은 활동가들이 주체적으로 청년노동운동의 활동가로 성장해야 한다는 인식 때문이었다.
리더십 교체는 크게 두 가지 이유에서 추진되었다. 첫째, 2012년에 예정되어 있던 두 차례의 전국 선거(총선과 대선)에서 1기의 핵심 활동가들의 정치권 진출 문제가 불거졌다. 1기 위원장은 당시 민주당의 청년비례대표 출마를 권유받고 있었고 이는 청년유니온 내부에 치열한 논란을 가져왔다. 결국에는 내부적인 합의가 지연되어 위원장 본인이 출마하지 않기로 하면서 일단락되었다. 제도 정치권 진출 문제를 둘러싼 내부 논쟁을 거치면서 청년유니온 핵심 활동가들은 자신의 정치적 성향이나 이해관계를 조합 활동에 직접 투영하지 않는다는 암묵적 문화를 공유하게 되었다. 이외에도 1기 정책기획국장은 통합진보당 청년비례대표 후보로 등록하면서 사퇴를 하게 된다. 둘째, 그러나 이러한 정치적 진출 문제보다 더 중요하게 작용했던 것은 새로운 리더십으로의 교체에 대한 주체들의 의지였다. 이런 측면에서 1기 지도부의 퇴진은 다분히 의도된 것이었다. 즉 1기 지도부보다 더 젊은 활동가들이 주체적으로 청년노동운동의 활동가로 성장해야 한다는 문제의식이 중요하였다. 이러한 문제의식은 기존 운동 진영의 ‘선배 운동가’들의 모습이 반면교사로 작용한 것과 더불어, 20대 당사자가 자기 세대의 문제를 제일 잘 알 것이라는 고려도 작용하였던 것이었다. 1기의 위원장, 사무국장, 정책기획국장 모두 당시 30세가 넘는 나이였다.