공동영양사 운영에서 현장의 가장 큰 어려움은 식단관리의 유연한 적용 부분이다. 영유아들은 식단관리의 변수 발생 경우가 많으므로 식단조정절차를 간소화해야 한다.
마지막으로, 현행대로 공동영양사를 운영할 때, 현장에서 느끼는 가장 큰 어려움은 식단관리의 유연한 적용이 어려운 점이다. 현재 육아종합지원센터에서 제시하는 식단표에 의해 공동영양사가 각 어린이집 상황에 맞게 조정할 수 있는 절차를 거치고 있지만, 영양사가 방문하지 않는 동안 식단조정이 필요한 상황에 대해서는 어린이집이 바로 대처하기가 어려운 상황이다. 특히 영유아들의 경우 알레르기 등으로 인해 식단관리의 변수가 발생하는 경우가 많으므로, 공동 영양사를 두는 어린이집에 한해 식단표를 조정할 수 있는 절차를 좀 더 간소화 할 필요가 있다.