협업평가의 평가지표의 개선 방안을 시간적인 흐름에 따라 고려해볼 수 있다. 먼저 초기에는 형식적인 수치들을 평가항목에 포함했지만 지금은 협업 노력에 대한 평가를 강조해야 한다. 실질적인 협업을 활성화하기 위한 노력에 대한 평가 비중을 상향조정해야 한다. 협업 성과에 대해서는 기관이 보유한 역량 대비 성과를 평가하는 것을 고려해 볼 수 있다.
협업에 대한 강조가 한때의 유행으로 그치는 것이 아니라 지속적으로 이어져야 한다는 전제하에 협업평가의 평가지표의 개선 방안을 시간적인 흐름에 따라 고려해볼 수 있다. 먼저 협업에 대한 강조가 시작되었을 시기에는 협업의 물리적 접촉점을 늘려 나가도록 하기 위해 협의체의 구성이나 업무협약 체결 등의 수치를 협업 성과의 지표로 평가항목에 포함하였지만 지금은 보다 실질적인 협업 성과의 도출을 위해 협업 노력에 대한 평가를 강조함으로써 협업에 대한 동기부여 및 활성화를 촉진할 필요가 있다. 협업평가가 평가를 위한 협업을 유도하는 것이 아닌 실질적인 협업 활성화를 위해 기여하기 위해 단기적으로는 협업을 위해 해당 기관들이 어떤 역량을 갖추기 위해 노력했는지, 장애요인(환경)을 어떻게 극복했는지 등 협업을 위한 노력이나 협업 과정의 평가 비중이 상향조정될 필요가 있다. 협업 성과를 평가하는 것은 기관이 보유한 역량 대비 성과를 평가하는 것을 고려해 볼 수 있다. 인터뷰 응답자들도 현재의 평가지표는 실제 협업의 집행과정에서 장애요인을 극복하고 협업을 추진하려는 담당자 또는 기관의 의지와 노력을 반영하기 어렵다고 생각하며, 예산절감 정도, 소요시간 단축, 지속가능성, 시행체계 구축 유무, 공동목표 설정과정, 협업의 효과, 기여도 등을 반영한 지표 개발의 필요성을 언급하였다.