정치사회단체인 보안회, 공진회, 헌정연구회, 대한자강회, 대한협회 등이 설립되며 일본에 맞서고자 했다. 학회 단체들의 국권회복운동은 학회령으로 인해 통제를 받았다.
먼저, 정치사회단체로서 일제의 황무지 개척권 요구에 반대하여 결성된 보안회를 비롯, 반일 애국을 목표로 한 공진회, 헌정연구회 등이 등장했다. 이후 1906년 대한자강회가 등장하여 교육과 산업개발을 목표로 전국에 조직을 확대하였고, 이를 이어서 1907년 11월 대한협회가 결성되었다.
그 외 서울에는 전국 각지에서 상경한 이들이 설립한 서우학회, 한북흥학회 등 여러 학회가 있었다. 이들 학회는 각 군에 지회를 두거나 학교 설립, 기관지 발행 등을 추진했다. 그러나 이 같은 단체의 국권회복운동에 대해 일제는 1908년 학회령을 공포하여 이들의 활동을 통제하였다.