국가물류정책위원회는 분야에 따라 3개의 분과위원회를 둔다다. 분과위원회는 정책위원회의 심의/조정 사항을 사전검토하고 위임받은 사항을 처리한다. 물류정책분과위원회, 물류시설분과위원회, 국제물류분과위원회는 각각 담당하는 사항이 다르며, 각 위원은 관련 부처 장관과 협의로 위촉된다.
국가물류정책위원회는 국가물류정책의 효율적인 심의와 조정을 위하여 국가물류정책 관련 분야를 보다 세분화하여 물류정책분과위원회, 물류시설분과위원회, 국제물류분과위원회의 3개 분과위원회를 두고 있다. 분과위원회는 국가물류정책위원회에서 심의하거나 조정해야 할 부분을 사전검토하거나 별도로 심의가 필요한 사항에 대하여 국가물류정책위원회에서 위임한 사항에 대하여 주로 심의하거나 조정하는 역할을 가진다. 물류정책분과위원회는 중장기 물류정책의 수립과 조정, 물류산업이나 물류기업의 육성과 지원, 물류인력 양성 등에 관한 사항을 다룬다. 물류시설분과위원회는 물류 공동화, 표준화, 정보화 및 자동화, 물류시설, 장비 및 프로그램 개발에 관한 사항을 다룬다. 국제물류분과위원회는 국제물류협력체계 구축, 국내물류기업의 해외진출, 해외물류기업의 유치, 환적화물 유지, 해외물류시설 투자 등 국제물류의 촉진과 지원에 관한 사항을 맡는다. 각 분과위원회는 5명 이상 10명 이내의 위원으로 구성되는데, 국제물류분과위원회는 해양수산부장관이 국토교통부장관과 협의하여 위원을 위촉하는 반면에 나머지 2개 분과위원회는 국토교통부장관이 해양수산부장관과 협의하여 위원을 위촉하는 것이 특징이다.