졸업유예자의 증가는 정부재정지원 평가사업의 지표에는 유리하게 적용되나 대학 구조개학평가의 지표에는 불리하게 나타나 대학은 졸업유예자 수를 줄이기 위해 운영 방안을 변경하였다. 
교육부가 2014년부터 정부재정지원 제한대학 평가지표를 조정하고 2015년부터 실시된 ‘대학구조개혁 평가’ 지표를 확정하면서 기존의 평가지표에서 비중이 컸던 재학생 충원율 및 취업률 비율을 낮추는 대신 전임교원확보율, 학사관리 및 교육과정, 교육비환원율 등의 지표를 포함한데 따른 결과라 할 수 있다. 다시 말해, 기존 정부재정지원 평가사업의 취업률 지표에는 졸업유예자수의 증가가 취업률 지표 산출에 유리하게 작용되었으나, 대학구조개혁 평가의 ‘전임교원확보율’의 지표에는 재학생 수로 반영되어 불리하게 작용될 수 있기 때문에, 이를 우려한 대학들이 졸업유예자 수를 줄이는 방향으로 졸업유예제 운영 방식을 바꾼 것이다(대학교육연구소, 2014.03.30.; 2015.02.02.).