간접고용은 고용안전성도 심각하게 침해하나 복잡한 도급 구조로 인해 해고를 주도하는 사용자를 찾기 어렵고, 찾더라도 원청에게 부당해고 책임을 묻기가 어렵다는 문제가 있다.
간접고용은 임금뿐만 아니라 고용안정성도 심각하게 훼손한다. 위의 사례에서 보듯이 임금인상 등 근로조건 개선을 요구하는 경우, 대부분 사업주에게 대항하는 것으로 인식하여 해고당하기 일쑤이다. 그러나 고용이 간접고용 형태이다 보니 사실상 해고를 주도하는 원청에게 근로자들이 부당해고 책임을 묻기 어렵다는 데 문제가 있다. 심지어 어떤 경우는 도급이 2단계 3단계로 복잡하게 되어서 책임소재가 매우 불분명한 곳도 있다. 예컨대 근로자와 계약한 업체는 있지만 그 업체는 관리업체와 계약하고 관리업체는 건물관리업체와 계약하고, 사업을 실제 주도하는 사업주는 따로 있는 경우가 있는데, 이런 때는 진정한 사용자를 찾기가 쉽지 않다.