통일에 따른 국방분야 연구에 있어 미확정적인 주요 변수, 북한군에 대한 자료 부족, 비용 계산의 시점, 항목별 추정 방식에 있어서의 항목 누락, 통일비용의 산정의 범위 등이 어려움으로 작용한다.
첫째, 주요 변수들이 미확정 상황이라 오차의 범위가 매우 클 수 있다는 점이다. 통일 시기나 방법, 미래 한국군의 구조 및 규모, 군사전략 및 정책 등 너무나 불확실한 요소가 많다는 점이다. 둘째, 북한군에 대한 자료가 너무 부족하다는 점이다. 북한군의 시설은 물론 장비의 노후도 정도, 수량 등, 군인임금 및 연금제도 등 구체적인 자료가 너무 부족한 실정이다. 셋째, 비용의 계산을 어느 시점에서 언제까지 계산하느냐 하는 문제이다. 통합 전 준비단계에서부터 하는 것인지 통일선언 후 통합이 완료되는 기간까지인지 하는 부분이다. 본고에서는 통일의 선언을 시작된 후부터 산정하는 것으로 가정한다. 넷째, 항목별 추정방식의 경우 상당수 항목이 누락되어 ‘저평가’될 가능성이 높다. 본고에서는 예비비 항목으로 처리하고자 한다. 다섯째, 일부 항목은 군사통합 비용에서 별도로 산정하기보다는 전 부문을 대상으로 하는 통일비용에서 파악하는 것이 더 타당하다고 판단되는 점이다. 가령 환경치유비용 등은 본 연구에서는 별도로 산정하지 않았다. 마지막으로 통일이 되지 않더라도 들어가야 할 비용의 포함 여부 문제이다. 가령 병영생활관이 30년 이상 노후화된 건물일 경우 새로 지어야 할 소요가 발생할 경우 이의 대체비용을 통일 후에 한다고 가정할 경우 이를 통일비용에 포함시키느냐 여부이다. 본 연구에서 통일에 관계없이 들어가야 할 원래의 비용은 제외하는 개념으로 비용을 산정하고자 한다.