갈등영향분석은 갈등해결방안을 도출하는 것이 아니라 갈등예방 및 해결방안 탐색을 위한 사전 단계로서 갈등을 진단하는 것이다. 따라서 갈등영향분석 이후 해결을 위한 추가적 조치가 필요하지만 지금까지 관련 기관들 간의 상호 인식의 불일치로 오해가 발생한 경우가 많았다.
갈등영향분석은 실질적으로는 ‘갈등진단’이라고 할 수 있다. 갈등진단은 갈등예방 및 해소방안에 대한 ‘사전적 단계’로서의 의미가 분명하게 드러나고, 갈등해소를 위한 갈등관리계획 및 방안 수립이라는 목적과 일치하는 개념이라고 볼 수 있다. 그러나 지금까지 사용된 갈등영향분석은 시행과정에서 발주처 및 이해관계자 간, 발주처 및 수행기관 간, 발주처(본사)와 시행처(본부 또는 업무부서)간 상호 인식의 불일치로 인해 갈등영향분석 결과에 대하여 오해를 불러 일으키는 경우가 많다. 특히, 발주처는 갈등영향분석을 실시하면 연구 수행기관이 갈등해결방안 및 실행까지 포함하여 모든 것을 만들어 줄 것이라는 기대가 있으나 이는 갈등영향분석 개념과 목적을 정확하게 이해하지 못 하는데서 기인한 것이지만 갈등영향분석 이름 그 자체에서 비롯된다고 할 수 있다. 갈등 영향분석은 갈등 진단적 개념으로 받아들여져야 하며 갈등영향분석이후 갈등 해결에 대한 사항은 추가적인 단계로 진행되는 방안이 마련되어야 할 것이다.