제도도입 및 활용요인 변화를 종단분석하지 못한 점과 신규 정규직채용률을 가용변수로 고용효과를 측정했으나 자료 제약으로 실제 제도활용 기업중에서 인턴이 정규직으로 채용됐는지 확인불가한 점이 중요한 한계점이다.
연구의 한계 및 추후과제는 다음과 같다. 먼저, 제도의 도입 및 활용요인에 대한 변화를 종단적으로 분석하지 못했다는 제약이 있다. 횡단면 연구는 특정 시점에서 기업 간의 도입과 활용 여부를 포착할 수 있다는 장점이 있지만, 종단면 연구와 같이 변화율을 확인하지 못한다는 단점이 있다. 다만, 2015년 이후 채용연계형 인턴십 제도에 관한 문항이 더 이상 사업체패널조사 설문에 포함되지 못한 점은 향후 이와 같은 연구의 가능성을 제약한다는 점에서 아쉬움으로 남는다. 또한 신규 정규직 채용률이라는 가용한 변수로 고용효과를 측정하기는 했지만, 자료의 제약으로 인해 인턴십의 직접적 효과, 즉 실제 제도를 활용한 기업들에서 인턴의 정규직으로의 채용이 더 많이 이뤄졌는지를 확인할 수 없다는 점도 본 연구의 중요한 한계점이다.