자유학기제 동안 멈춰 있던 학업을 집중 보충해야 한다는 인식이 팽배하다. 자유학기제의 다양한 학습 방식이 연계되기 어렵다. 아직 자유학기제의 필요성에 대한 공감이 부족한데, 이를 개선해 장기적으로 변화시켜야 한다.
학생들이 중학교 1학년에 한 학기 동안 자유학기제를 경험하고 2학 년부터는 입시를 위한 ‘전투태세’를 벌일 것이라는 우려가 많다. 실질 적으로 심층 그룹 인터뷰(FGI)에서 확인한 결과, 한 학기 동안 잠시 떠나 있던 학업을 자유학기제 종료 이후부터 집중적으로 보충하여야 한다는 생각이 각 학교에 아직 남아 있다. 즉 자유학기제 운영 시 실시하였던 다양한 교수․학습방법, 토론수업, 협업수업 등이 2학년, 3 학년까지 연계되기가 현재로서는 문제점이 많다는 것을 알 수 있었다. 이는 아직 자유학기제의 필요성에 대한 공감대 형성이 아직 완벽히 이루어지지 않았기 때문이기도 하며, 따라서 지속적으로 개선되어야 하는 부분이다. 자유학기제의 운영은 한 학기 운영 후 끝나는 것이 아니라 학생들의 장기적인 진로성숙도 변화의 틀 내에서 평가되고 환류 되어야 하기 때문이다.