시스템이론은 투입산출이라고 하며 감사를 ‘성과관리의 한 수단’으로 본다. 조직은 투입-활동-산출-환류 기능이 순환되며, 감사는 평가환류를 담당하고 평가기능은 업무의 능률성 및 과정을 검토하여 환류한다. 또한 감사를 성과제고수단으로 보고 환류기능을 강조하며 사업착수단계에서 상시감사시스템과 같이 예방감사를 실시하는 근거를 제공해 자체감사의 본질을 설명한다.
시스템이론(system theory)은 투입산출 이론(input-output theory)이라고도 하며 감사를 ‘성과관리의 한 수단’으로 보고 있다. 여기서 성과관리란 ‘어떤 기관이 달성한 성과에 초점을 두고 수행하는 관리수단의 하나로서 성과의 바람직한 달성을 지원 또는 지도하기 위하여 성과의 기획, 생산, 전달과정과 그 결과를 평가․환류․지원하는 일련의 과정’이라고 설명할 수 있다. 어느 조직이든 그 기능의 흐름을 보면 투입-활동-산출-환류 기능이 순환적으로 수행된다. 이 과정에서 감사는 평가․환류 기능을 담당하는 것으로 본다. 여기서 평가기능이란 업무나 사업의 집행과정을 통하여 얻어진 효과를 원래 기대했던 효과와 대비하고, 업무수행의 능률성 및 업무수행과정을 검토하여 문제해결로 환류시키는 것이다. 시스템이론 시각에서는 이와 같이 감사를 관리개선을 위해 감사대상을 평가하여 환류시키는 것으로 본다. 한편, 시스템이론에서는 감사의 일차적 의미를 성과(performance) 제고수단으로 보고 있어서 감사의 환류(feedback)기능을 강조하고 있기 때문에 감사를 반드시 업무집행 종료 후에 실시해야 하는 것으로 보지 않고 사업착수단계에서의 일상감사나 시행과정에서 상시감사시스템과 같이 예방감사를 실시할 수 있는 근거를 제공하고 있으므로 자체감사의 본질을 잘 설명하고 있다.