2001두4399, 2006두9535 판결에서는 수입금액 누락분에 대하여 수입금액은 실지조사결정하고 소득금액은 추계과세하는 방법도 허용하지 않는 입장을 보였다. 2005두14561 판결은 혼합과세의 허용은 받아들일 수 없다며, 과세당국이 적절히 과세부담을 계산하는 데에 재량권을 허용하지 않았다.
또 다른 대법원의 판결(2001두4399, 2003.03.11; 2006두 9535, 2008.1.31)은 수입금액 누락분에 대하여 실지조사결정에 의하여 과세처분을 한 경우 그 누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장 ‧ 입증하여야 하고, 그 필요경비를 공제하기위하여 소득을 추계조사방법에 의하여 결정할 수는 없다고 하여 수입금액은 실지조사결정하고 소득금액은 추계과세하는 방법도 허용하지 않는 입장을 보였다. 그리고 대법원의 판결  (2005두14561, 2007.7.26)은 매출누락액 추계의 근거가 된 매입누락액이 총 매입액에서 차지하는 비율이 작다거나 또한 단일한 과세연도의 매출누락액을 산정함에 있어 매입누락액을 포함한 총 매입액에 법인이 신고한 매입액과 매출액을 기초로 산정한 매매 총 이익률을 적용하여 총 매출액을 추계한 후 법인이 신고한 매출액을 공제한 것과 매입누락액에 동일한 매매 총 이익률을 적용하여 곧바로 매출누락액을 산정하는 방법의 산정결과가 동일하다고 하여 그와 같은 혼합과세가 허용되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없다고 하여 과세당국이 다양한 고려를 통하여 적절한 과세부담을 계산하려는 시도에 재량권을 허용하지 않았다.