거꾸로 교실 수업의 난제는 학생의 수업동영상 시청을 전제로 수업이 설계되어, 학생들의 참여에 따라 수업의 진행도가 결정된다는 점이다.
거꾸로 교실 수업의 가장 큰 난제는 모든 아이들이 수업동영상을 시청하고 수업에 임해야 한다는 데 있다. 예습을 전제로 모든 수업설계가 이뤄지기 때문인데, 과연 가능할까? 채 교사는 거꾸로 교실 수업 도입 초반에 가장 많은 시행착오를 겪은 일이라고 토로했다. “초기엔 학생들의 참여가 잘 이뤄지지 않았다. 그러나 지금은 38명 중 35명은 동영상을 보고 온다.”며 “인터넷 블로그로 수업동영상을 올리면 시청한 후 댓글을 쓰도록 한다.”고 말한다. 미처 시청하지 못한 학생들은 수업 시간 잠깐 빠져서 시청을 한 후 수업에 다시 참여하도록 했다.