법체계의 정합성 확보를 위해 이 남북합의서에는 부칙을 따로 두고 기존의 발효절차를 유지하는 한편 체결 후 발효까지의 시간 동안 법률 관계를 명확히 하는 경과조치 및 남과 북의 동등한 법적 지위를 인정하고 구체적 이행을 위해 특별기구를 설치하여 부속합의서를 체결 할 수 있도록 규정했다.
지금까지 체결된 대부분의 남북합의서는 ‘부칙’을 별도로 두지 않고 본칙에서 남북합의서의 효력부여절차 등을 규정하였다. 그러나 남북합의서도 법령과 같은 효력을 가지는 것이므로 법체계의 정합성을 확보하기 위해 법령의 형식과 체계를 반영할 필요가 있다. 따라서 이 합의서에는 부칙을 두고 남북합의서의 발효절차, 경과조치, 부속합의서에 대한 사항을 규정하였다. 남북합의서의 발효절차에 대하여는 기존의 남북합의서와 같이 “이 합의서는 쌍방이 서명하고, 각기 효력발생에 필요한 절차를 거쳐 그 문본을 교환한 날로부터 효력을 가진다”고 규정하였다. 한편, 이 합의서가 체결되더라도 발효될 때까지는 일정한 시간이 소요될 것이므로 그 동안 적용될 법률 관계를 명확하게 할 필요가 있다. 즉, “이 합의서는 이 합의서를 체결한 때부터 발효 시까지는 남과 북의 법령이 각각의 지역에 그대로 적용된다”고 규정하여 남북합의서를 체결하는 당사자로서 동등한 법적 지위를 인정하였다. 또한, 이 합의서를 구체적으로 이행하기 위한 후속조치로서 특별기구를 설치하여 부속합의서를 체결할 수 있도록 하였다.