지정된 책임기관은 전문적 시설과 관리 인력을 갖춘 분야별 기관을 통하여 농수산생명자원을 관리하게 함으로써 비용, 관리, 정보공유 차원에서 효율성을 극대화할 수 있다. 
농수산생명자원을 분야별 해당 기관에서 개별적으로 보존·관리함에 따라 시설·관리비용의 중복 등으로 관리효율성이 떨어지고 정보공유체계의 미흡에 따른 이용률 저조 등의 문제가 발생할 우려가 있으므로 농수산생명자원의 다양한 확보와 안전한 보존·관리 및 효율적 이용에 관한 사항을 전문적으로 수행하게 하기 위하여 농수산생명자원 책임기관을 지정하여 운영할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 책임기관의 장은 농수산생명자원의 효율적 관리를 위하여 농수산생명자원의 보존과 관리에 필요한 시설과 인력을 갖춘 자를 분야별 농수산생명자원 관리기관으로 지정·운영할 수 있도록 하고 있다.