정책계획에 대한 예산 측정은 우선순위에 따른 재원배분의 원칙을 따르고 있다. 이것은 다른 정책과 다른 기관과의 유기적 관계, 그 균형 등을 고려해야 함을 말해준다. 
정책계획과 예산은 같은 것의 다른 표현이다. 즉 어떤 내용의 정책을 어떠한 비중으로 어떠한 방향으로 어떠한 우선순위에 따라 설정하는가에 따라 재원배분의 원칙이 정해지고 배분된다. 중요한 핵심정책을 수행하는 단위사업에는 우선적으로 재원이 배분되어야 하지만 핵심정책과 관련된 단위사업이라고 해서 부처의 많은 다른 정책과의 유기적인 관계, 더 나아가 국가의 예산의 한계와 국가정책의 우선순위라는 점을 염두에 둘 때 다른 부처와의 균형에 대한 고려 없이 무조건 우선적으로 많은 예산을 배분할 수 없다는 점이 반드시 고려되어야 할 것이다. 그러한 이유로 정책의 방향을 설정하는 전략계획과 재원운용을 보여주는 중기사업계획간에 계획을 구성하는 기초가 되는 기본형식의 구조가 합치되지 않으면 정책방향에 따른 재원배분이 이루어지고 있는가, 혹은 정책의 추진에 재정계획이 반영되고 있는가를 가늠하기 어렵다. 결국 재원은 프로그램 단위로 고려하고, 정책은 재원이 뒷받침되지 않는 계획을 위한 계획에 머무를 위험성이 그만큼 커지게 되는 것이다.