비인가 대안학교는 교육기관으로 인정 받지 못하고 불법 시설로 간주되는데, 많은 이들은 이것을 시대착오적이라 생각한다. 실제로 비인가 대안학교의 학생과 학부모는 만족감을 느끼며 교육 내용과 방식이 사회적 상규 내에 있다. 
앞서 살펴본 것처럼 대안교육의 시작은 비인가 대안학교로 출발했으며, 그 규모 역시 이번 연구에서 파악된 숫자로만 보더라도 인가된 대안학교의 4배에 이른다. 이는 여전히 한국 사회가 교육문제에 대한 문제적 인식과 해결책 모색을 심각하게 필요로 하고 있다는 반증이기도 하다. 그러나 현행법상 비인가 대안학교는 교육기관으로 인정을 받지 못할 뿐만 아니라 불법 시설로 간주된다. 불법 시설이란 현재 법에서 금지된 행위를 하고 있으며 따라서 처벌을 피하기 어렵다는 것을 의미한다. 그러나 많은 사람들은 현행법의 이러한 규정이 시대상황을 제대로 반영하지 못하는 낡은 사고방식에 기인하는 것으로 생각한다. 실제로 비인가 대안학교들에 다니는 학생들이나 그 부모들은 그곳을 스스로 선택했고, 교육 내용에 대해서도 대체로 만족스러워 한다. 실제로 비인가 대안학교들의 교육 내용이나 방식도 사회적 상규를 벗어나지 않을뿐더러 다양한 실험적 시도들이 기존 학교들에게 본보기가 되어 왔다.