산한연 협력에 관련 조직과 그 기능 수행에서 발생하는 문제점은 산학연 협력과 각 중앙부처의 사업을 진행하는 산하기관 및 민간 기관의 역할과 기능 수행에 중복성이 존재다는 것이다.
둘째, 산학연 협력에 관련 조직과 그 기능 수행에서 발생하는 문제점이다. 산학연 협력에 있어서 각 중앙부처의 사업을 집행하는 산하기관 혹은 민간(위탁)기관의 역할과 그 기능수행에 있어서 중복성이 존재한다는 것이다. 실제 산학연 협력의 연결체계는 [그림 1]과 같다. 부처는 준정부기관에 준정부기관은 민간단체에 업무를 위탁, 재위탁하고 있으며, 정부와 준정부기관, 민간단체 모두 개별적으로 대학, 출연(연), 기업과 연계하고 있다. 이 경우 하부 조직들에게 업무를 일괄적으로 위탁할 가능성이 커지며 각 주체간 수평적인 의사소통보다는 주어진 업무의 집행을 위한 수직적 의사소통의 가능성이 더욱 크다.