복수전공 제도가 다시 주목을 받기 시작한 것은 5․31 교육개혁안이 발표되면서부터이다. 당시 대통령자문 교육개혁위원회는 전공학점의 비중이 너무 높으므로 그 양을 줄이고, 다전공­복합학문 연구를 더욱 촉진하자고 했다. 이에 정부는 ‘최소 전공인정 학점제’와 ‘학부제’를 도입했다. 비슷한 계통의 전공학과를 통폐합하여 학부를 신설하고, 학부 단위로 신입생을 모집하여 1학년 과정이 종료되는 시점에 적성에 맞는 전공을 최종 선택하도록 한 것이다.
복수전공 제도가 다시 주목을 받기 시작한 것은 1995년에 5․31 교육개혁안이 발표되면서부터라고 할 수 있다(송석구, 2012). 당시 대통령자문 교육개혁위원회는 고등교육 개혁을 위해 ‘대학의 다양화 및 특성화’를 주요 정책 방향으로 제시하였으며, 이를 위한 구체적인 방안의 하나로 ‘최소 전공인정 학점제’와 ‘학부제’의 시행을 제안하였다(교육개혁위원회, 1995). 당시 교육개혁위원회는 각 대학의 졸업 이수학점에서 전공학점이 차지하는 비중이 매우 높아 학생들의 과목 선택권에 상당한 제약이 있으며, 폭넓은 지식을 쌓을 수 있는 기회가 제한되고 있음을 지적하였다. 그리고 이를 개선하기 위해 최소 전공인정 학점을 졸업에 필요한 총 이수학점의 1/6∼1/4 수준으로 낮추고, 학생들의 다전공­복합학문 연구를 더욱 촉진할 필요가 있다고 제안하였다. 이에 정부는 1995년부터 ‘최소 전공인정 학점제’를 도입하였으며, 제도의 시행 여부는 대학이 자율적으로 결정할 수 있도록 하였다(최미리, 2001). 이와 함께 정부는 1995년 10월 고등교육법 시행령 개정을 통해 ‘학부제’를 본격적으로 도입하였다. 대학마다 비슷한 계통의 전공학과를 통폐합하여 학부를 신설하고, 학부 단위로 신입생을 모집하도록 하였다. 학생들은 1학년 과정에 있는 동안 학부 내에 다양한 전공 영역의 수업을 들을 수 있으며, 1학년 과정이 종료되는 시점에 적성에 맞는 전공을 최종 선택하도록 하였다. 다시 말해, 학부제는 학부과정 학생들에게 다양한 분야를 공부할 수 있는 환경을 조성해주고 적성에 맞는 전공을 선택하도록 하는 한편, 복수전공을 포함한 다양한 전공이수가 가능하게 하기 위한 제도라고 할 수 있다.