고등학교의 경우, 개발된 공통 과목이 학교 현장에서 근본 취지대로 적용되기 위해서는 교원 수급 문제가 선결되어야 한다. 융합적인 과목에 대한 방안을 마련하고, 학교가 과목 선택권을 실질적으로 보장해 줘야 한다. 다양한 과목을 선택할 수 있도록 교원을 배치하고, 학급편성은 과목별 이동수업을 중심으로 하는 등의 노력이 필요하다. 또한 대입제도를 개선해야 한다.
고등학교의 경우, 과정 구분에 따른 고등학생들의 지식 편식을 막고 균형 있는 지식 습득을 보장하기 위하여 개발된 공통 과목이 학교 현장에서 그 근본 취지대로 적용되기 위해서는 교원 수급 문제가 선결되어야 한다. 특히 통합사회와 통합과학은 주제 중심의 융합적인 과목으로 개발된 만큼 교원 양성 제도, 표시과목 제도 및 교원 배치 정책 등을 종합적으로 검토하여 적절한 방안이 마련되어야 한다. 또한, 학생의 적성과 진로에 따른 맞춤형 교육과정이 되기 위해서는 학생들의 과목 선택권을 실질적으로 보장해줄 수 있는 학교의 여건이 마련될 필요가 있다. 구체적 과제로는 다양한 과목을 선택할 수 있게 하는 교원 충원 및 배치, 과목별 이동수업을 중심으로 하는 학급편성, 적은 수의 학생이 수강하는 소규모 과목에서의 내신 성적 산출의 불이익 문제 개선, 소규모 학교에서의 과목 선택권 보장을 위한 방안 모색 등이 요구된다(김경자 외, 2015: 198). 더 나아가 공통 과목의 신설 및 학생의 과목 선택권 확대의 실효성을 보장하기 위해서는 무엇보다 수능체제를 포함한 대입제도 개선이 선결되어야 한다. 수능 및 대입제도 개선에서는 고등학교 수업의 정상화를 가능하게 하고 문·이과 통합의 취지에 맞으면서도 수험생의 부담을 과도하게 늘리지 않는 수능 및 대입제도를 추구해야 한다(김경자 외, 2015: 200).