규제개혁을 추진하는 데 복잡한 이해관계는 민관협력 파트너쉽 형성에 어려움을 준다. 참여하는 조직이 다양하고 상충되는 이해관계를 갖기 때문이다. 때문에 규제개혁의 수혜 대상이 되는 민간 조직의 범위를 조절하며 진행해야 한다.
이와 같은 규제개혁의 특성을 반영한 문제점들은 규제 개혁 추진의 민관협력 파트너십 운영에도 투영되고 있는 것으로 볼 수 있다. 이해관계 복잡성의 특성은 민관협력 파트너십의 형성 과정에 어려움을 야기한다. 무엇보다도 민관협력 파트너십에 참여하는 민간 조직의 조직 정체성이 다양하게 나타나고 있고, 이들 중 일부 조직은 서로 상충하는 이해관계를 갖는 경우도 있다. 이런 경우, 규제개혁의 최종 수혜 대상 범위를 확정하거나 참여자 범위를 확정하는 것도 어려울 수 있다. 그 동안 민관협력 파트너십 조직의 변화과정에서는 경제단체를 민간 조직으로 특정하고 그 범위를 조절해 온 경우가 많았다. 실제로 규제개혁 결과를 살펴보면, 일부 정부 부처의 경우 관련 이해관계 민간 조직의 애로사항과 조직 확장 혹은 권한 강화의 필요성이 일치하는 경우를 우선적으로 선정하는 상황도 확인해 볼 수 있다.