지방자치권 상 지자체에 대한 감사는 자체감사를 하는 것은 당연하다. 중앙행정기관의 경우에도, 감사원과 자체감사기구 간협력체계가 없어 중복감사, 감사사각, 감사인력 낭비 등의 감사 현실을 고려하여, 자체 감사를 하는 것이 바람직하다.
지방자치권을 고려하면 지방자치단체에 대한 감사에 있어서는 자체감사가 우선되어야 하는 것을 당연히 요구할 수 있지만, 중앙행정기관의 경우에도, 비록 지방자치단체와는 달리 헌법상 보장되는 자치권이 없으므로 지방자치단체에 대한 감사에서 나타나는 바와 같은 법적인 문제는 발생하지 않지만, 현재 감사원의 감사인력의 한계로 공공부문 전체에 대한 감사에 한계가 있고, 또한 자체감사기구는 감사원보다 6배 정도 많은 인력을 보유하고 있으면서도 독립성이나 전문성이 결여되어 감사의 실효성이 떨어지고 있으며, 나아가 감사원과 자체감사기구 간의 역할분담이나 협력체계가 구축되어 있지 않아 중복감사 또는 감사사각, 감사인력 낭비와 같은 비효율적인 문제가 발생하고 있는 등의 감사의 현실(감사원, 2010. 6)을 고려한다면, 자체감사를 강화하는 것이 행정의 효율성이라는 측면에서 바람직하다고 본다.