지급청구서 제출일로부터 3개월 이내로 전한 보상금 지급기한 관련하여 국회 법제사법위원회는 동의하였으나, 동 건에 대해 법무부는 보상금 지연시의 이율에 대해 일반 원칙에 따라 ｢민법｣상 5%의 지연이자를 주장한 반면, 법원은 판결선고일 익일부터 지급일까지의 기간에 연 20%를 적용해야 한다고 판결한 바 이에 대한 판단은 대법원에서 결정될 것이다.   
최근 발의된 관련 법률안들을 검토해볼 때 보상금 지급기한은 ‘지급청구서가 제출된 날로부터 3개월 이내’로 규정되고 있는바,282) 이에 대해서는 국회 법제사법위원회 검토의견서에서도 별다른 문제가 지적되고 있지 않다.283) 다만, 그 기한까지 보상금이 지급되지 아니한 경우에 부과되는 지연이자를 어떻게 규정할지에 대해서는 다양한 입장이 제시되고 있다. 이와 관련하여 법무부는 지연이자 청구 소송이 제기된 경우 ｢소송촉진 등에 관한 특례법｣상 소장 부본이 송달된 날의 다음 날부터 연 100분의40 이내의 범위에서 ｢은행법｣에 따른 은행이 적용하는 연체금리 등 경제 여건을 고려하여 대통령령으로 정하는 이율에 따르도록 규정되고 있으나, 소송의 제기가 없는 경우에는 일반 원칙에 따라 ｢민법｣상 5%의 지연이자를 지급하는 것이 타당하기 때문에 형사보상금 지급의 지연이자율도 연 5%로 규정되는 것이 적절하다는 입장을 밝히고 있다. 한편 법원은 형사보상금 지연이자 지급과 관련된 하급심 판결에서 지연이자는 ‘보상금 지급 청구일 다음 날’부터 지급해야 한다고 밝혔고, 그 지연이자율은 ‘보상금 지급청구일 다음 날부터 판결선고일까지’의 기간에는 연 5%, ‘판결선고일 다음 날부터 지급일까지’의 기간에는 연 20%로 계산해야 한다고 판단하였는바, 현재관련 소송이 대법원에 계류 중이다.