대안교육기관들은 주로 영세하게 운영되며 단순히 교육용역에 대하여 주무관청의 관리･감독을 받지 않는다는 이유로 부가가치세를 부가 받는다면 대안교육의 미래가 불투명하다.
현재 영리를 추구하는 학원 및 강습소들은 부가가치세법에 따라 그들이 행하는 교육용역에 대한 면세가 되는 것에 반하여 영리 추구보다는 공교육을 대신하여 학생들의 개인적 특성에 따른 인성 위주의 교육 등 다양한 교육을 실시하는 대안교육기관에 대해서는 부가가치세 면제 여부에 대하여 논란이 있다. 대부분의 대안교육기관이 영세하며 등록금 등의 학부모들의 지출에 의해 운영되고 있는 현실에서 대안교육기관의 교육용역에 대하여 주무관청의 관리･감독을 받지 않는다는 이유만으로 부가가치세를 부과하게 된다면 그 부담은 고스란히 학부모들에게 전가될 수밖에 없고, 그 자녀들을 대안교육을 받도록 하는 것에 대한 깊은 고민에  빠질 수밖에 없도록 할 것이다.