네거티브 운영체계는 새로운 산업과 사업이 빠르게 진행될 수 있도록 정부행정체계를 갖추는 것으로 사후점검체계를 갖추는 것이 필수적이다.
네거티브 운영체계의 구축 역시 단기적으로 수행해 볼만하다. 선산업 개시 후, 사후승인 체계의 도입은 영국에서는 규제샌드박스 등을 통해 이미 추진되고 있고, 우리나라에서도 미래창조과학부와 산업통상자원부 등 주요 산업분야를 관할하는 정부부처를 중심으로 적용되고 있기도 하다. 이는 단순히 규제기준을 변화하는 것이 아니라, 새로운 산업과 사업 영역에 봉착했을 때 이에 대해 빠르게 사업을 시작할 수 있는 규제 외의 정부행정체계를 갖추는 것이다. 네거티브 규제작동을 위한 거버넌스의 구축을 위해서는 네거티브 규제기준이 작동하기 위해 필수적인 사후점검체계를 갖추는 것이다. 폐기물재활용 분야의 네거티브화의 경우, 기존의 포지티브 방식의 투입규제를 네거티브 규제체계로 전환하면서 폐기물 유해항목의 설정, 각 유해항목 당 유해기준의 마련, 사후적으로 폐기물 유해수준을 점검하기 위한 체계설계, 폐기물 유해발생 시의 처벌기준 도입 등과 같은 거버넌스를 도입했다.