대안교실의 가장 큰 문제는 현장에서 환영받지 못한다는 점이다. 따라서 비정규직 교사들이 업무를 맡아야 하거나 수업 진행 자체가 어려운 경우가 많으며, 이러한 문제 해결을 위한 제도 변화와 정책 지원이 요구된다.
대안교실의 경우, 가장 큰 문제는 이 제도가 현장에서 그리 환영을 받지 못한다는 점이다. 많은 관리자들이 여기에 별 관심을 보이지 않을뿐더러 다수의 교사들 또한 이 업무를 기피하는 실정이다. 이에 따라 적지 않은 학교에서 비정규직 교사들이 업무를 맡아야 하거나 대안교실 수업 진행이 파행을 겪기도 한다. 대안교실이 하나의 독립된 학급이 아니라는 점도 운영의 어려움을 가중시키는 하나의 요인이다(물론 독립 학급은 낙인효과의 위험을 지니고 있다.). 입시위주 교육문화가 정착된 학교 안에서 다른 교사들의 눈치를 보면서 대안적인 프로그램을 운영하는 것도 매우 어려운 일이다. 이러한 문제들을 완화 또는 해소하기 위한 제도 변화와 함께 적극적인 정책 지원이 요구된다. 가장 중요한 것은 대안교실 운영이 관리자나 교사들에게 ‘귀찮은 혹’이 아니라 당연히 필요한 교육활동의 일부라는 인식을 갖도록 하는 일이다.