학부모들이 자유학기제 취지와 운영방식에 이해가 충분하지 못하다. 이유는 학부모들이 충분한 정보를 얻을 기회가 많지 않고 생업등의 문제로 참여가 어렵다.
우선 학부모들의 경우, 지역에 따라 다소 차이는 있으나 자유학기제의 취지와 운영 방식에 대해 이해가 충분하지 못하다는 점을 언급할 필요가 있다(특히 농어촌 지역의 학교로 갈수록 그러한 경향이 크다). 이는 학부모들이 자유학기제에 대해 충분한 정보를 얻을 기회가 많지 않다는 점, 학교 등을 통해 자유학기제에 대한 홍보 활동이 이루어지더라도 생업 등의 문제로 참여하기가 어렵다는 점, 그리고 연구학교의 담당 교사들마저도 아직 혼란스러워 하는 부분이 있을 만큼 자유학기제의 내용이 그리 간단하지 않다는 점 등 여러 요인이 복합적으로 작용한 탓으로 보인다.