다만 주택거래 시 특수 집단의 기금 재원을 불특정 다수의 일반 재원에 활용하면 기금의 독립성/자율성을 제한하여 목적 달성을 위해 수입/지출을 연계하는 기금의 설립 취지와 부합하지 않는다.
그러나 주택거래와 관련된 특수한 집단으로부터 징수한 기금 재원을 불특정 다수 국민을 대상으로 하는 일반회계 재원으로 활용하는 것은 기금의 독립성과 자율성을 제한할 위험이 있으므로 가능한 지양할 필요가 있다. 주택금융신용보증기금은 금융기관의 주택자금대출금에 대해 일정비율 출연금을 징수하고 신용보증 대상자에게 보증료를 징수하여 수입재원으로 활용하는데, 그 부담은 주택담보대출 및 주택관련보증을 이용하는 국민에게 귀착된다. 이처럼 민간대출로부터 일정 비율 징수한 출연료와 보증료 등으로 형성된 재산을 국고의 일반재원으로 이전하는 것은 특정한 목적 달성을 위하여 수입과 지출을 상호 연계하는 기금의 설립 취지에 부합하지 않는 문제가 있다.