자유학기제의 성공적인 정착을 위해, 목적과 비전의 이해와 공유가 중요하다. 또한, 교사의 자율성과 전문성 신장을 위한 연수와 교사연구회 활성화 , 행정업무 부담 감소, 보조 자료의 제공과 수업 평가 제도 개선, 체험 인프라의 활용을 위한 제도적 기반과 예산 확보, 자유학기제 참여 학생의 고교진학 불이익에 대한 우려를 최소화할 방안이 필요하다.
둘째, 자유학기제가 모든 중학교에 성공적으로 정착되기 위해서는 단기 및 중장기 과제를 설정하고 지속적으로 추진할 필요가 있다(최상덕 외, 2014a). 자유학기제의 전면 확대를 준비하는 단기(2014~15) 과제 중 가장 중요한 것은 교사, 학부모, 학생이 자유학기제의 목적과 비전을 명확히 이해하고 공유하는 것이라고 할 수 있다. 그리하여 더 이상 누구도 자유학기제를 학생들이 1학기 동안 수업은 안하고 진로체험이나 하면서 노는 제도로 오해하는 일이 없도록 해야 할 것이다. 또한 교사의 자율성과 전문성 신장이 자유학기제의 성공적 정착에 있어서 관건이므로 교사 대상 연수는 물론 학교/지역 단위의 교사연구회를 활성화하며, 담당 교사들의 행정업무 부담을 최대한 줄이고 교사들에게 도움이 되는 자료를 적극 개발, 제공해야 할 것이다. 그리고 체험 인프라의 지속적이고 안정적 활용을 위한 제도적 기반 마련과 예산 확보는 물론 지속적 수업 개선을 위한 평가제도 개선이 이루어져야 한다. 또한 제주도와 같이 조기에 모든 중학교가 연구학교 또는 희망학교가 됨으로써 자유학기제 참여 학생의 고교진학 시 불이익에 대한 우려가 사라지는 경우도 있지만, 여타 지역은 전면 확대까지 이에 대한 우려가 제기될 수 있으므로 이를 최소화하기 위한 방안이 마련되어야 할 것이다.