남북합의서는 헌법 및 남북관계발전 관련 법률규정을 지킬 필요가 있으며 남북한은 이를 잘 이행하도록 노력해야 한다. 헌법재판소와 법원은 남북합의서가 실효적으로 작용할 때 일어난 사건에 대해 법적 효력을 인정할 수 있다. 
향후 남북한 사이에 체결되는 각종 합의서 중에서 국민의 권리와 의무에 직접 영향을 미치는 내용이 포함되어 국회의 동의를 받아야 하는 합의서가 증가할 것이며, 남북교류협력의 확대 및 진전에 따라 남북한간 각종 합의서의 법적 효력에 관한 법적 판단이 요구되는 구체적인 사건도 다수 발생할 것으로 예상된다. 남북한이 체결하는 남북합의서는 헌법과 남북관계발전에 관한 법률에 따라 규율되며, 그 법적 성격과 효력도 그에 따라서 결정될 것이다. 이러한 의미에서 남북한이 체결한 남북합의서는 실체법적으로나 절차법적으로 헌법과 관련 법률규정을 준수하여야 하며, 이와 함께 남북한관계를 실효적으로 규율하는 법규범으로 기능할 수 있도록 남북한에 의하여 제대로 이행되어야 할 것이다. 헌법재판소와 법원도 남북합의서가 이와 같이 실효적으로 기능할 때에라야 비로소 구체적 사건에서 법적 효력을 인정할 것이다.