군에서는 장병들 간의 관계에서 발생하는 고충도 내부 고발 대상이 될 수 있다. 특히 가해자가 여러 명인 경우에는 본인이나 제3자의 고발이 쉽지 않고, 외부에 드러나지 않은 채로 문제가 악화될 수 있기 때문이다.
한편, 군에서는 조직 내 비리, 부패 사건에 더불어 구타 및 가혹 행위, 성폭력, 따돌림 등의 인권 침해로 인한 장병들의 개인적인 고충도 주요한 내부 고발의 대상으로 볼 수 있다. 인권 침해의 가해자와 피해자는 단순히 일대일의 관계로 나타날 수도 있지만 여러 사고 사례들에서 살펴볼 수 있듯이 가해자가 복수로 존재하는 경우도 다수 나타난다. 특히, 이 경우 본인의 고충을 제기하는 것은 쉽지 않을 것이며, 자신이 인권 침해로 인한 고충의 당사자가 아닌 제3의 목격자일지라도침묵의 카르텔, 침묵의 나선 이론 등으로 대변되는 조직 내부의 부정적인 동조 효과로 인해 피해자의 고충을 적시에 알리지 못한 채 악성 사고로 이어지게 되는 악순환이 반복될 수 있기 때문이다. 또한, 군 내 고충 처리 제도의 이용을 통한 장병들의 문제 제기가 기본 단위 부대에서 상급 부대로 결과가 보고된다는 측면에서도 일부 축소된 형태의 내부 고발 제도로 볼 수 있을 것이다.