고용허가제는 단순노무직이나 미숙련직을 기반으로 하고 있으나 직종별 도입체계가 아니기 때문에 직종별 미스매치 문제의 가능성이 있고 체류기간 4년 10개월 후 기능직 전환시 도입당시의 인력부족만 고려하게 되는 것이 타당한지의 문제가 있다.
한편,  고용허가제는 전문인력과 달리 업종별 도입체계로 되어 있으며 미숙련인력이 도입대상이나 어느 직종까지인지가 분명하지 않다.  여기서 문제가 되고 있는 것은 고용허가제의 도입분야이다.  고용허가제는 단순노무직 혹은 미숙련직을 기반으로 하고 있으나 직종별 도입체계가 아니기 때문에 해당 업종내 어떤 직무 특성을 갖고 있는 인력을 도입할 것인지에 대한 고려가 없다.  해당 업종내 직종별로 다양한 인력부족이 발생하지만 업종을 기준으로 할 경우 생산관련직종 중에서 어떤 직종을 중심으로 판 단 할 것인가의 문제가 있다.  이에 따라 동일 업종내에 직종별 인력부족이 반영되지 못함으로써 직종(직무)별 미스매치 문제가 발생할 가능성이 있다.  또한 고용허가제 체류기간이 4년 10개월로 되어 있기 때문에 도입당시에는 단순직무였지만 시간이 지나 면 기능직으로 전환될 가능성이 큰데 이 경우 도입당시의 인력부족만 고려하는 것이 타당한 것인가의 문제가 있다.