ODA는 대외원조 집행이 이원화되어 있어 정책의 일관성 및 효율성 유지가 어렵고 목적과 전략에 관한 관련부처간 협의 및 조정이 미흡하여 큰 이견과 갈등을 초래하였다.
한국의 ODA는 외교부 산하의 한국국제협력단이 무상원조를 담당하고, 기획재정부 산하의 대외경제협력기금이 유상원조를 담당하는 방식으로 이원화되어 있다. 특히 무상원조의 경우, 전담기관 외에 중앙정부부처 및 지방자치단체 등에서도 독자적으로 사업을 진행하고 있다. 이처럼 각 정부부처와 공공기관의 산발적인 대외원조 집행으로 인하여 정책의 일관성 및 효율성 유지가 어려웠다(윤종혁 외, 2013: 133). 또한 ODA 목적과 전략에 관한 관련부처간 협의 및 조정이 미흡하여 각 부처 간 ODA 사업의 발굴 및 집행, 그리고 평가에 있어서 다소 큰 이견과 갈등을 초래하였다.