프라임 사업의 순차적인 추진을 위해서 장기적인 관점에서 계획을 수립하여야하고 대학 구성원들의 진심을 다한 논의와 합의가 필수적이다. 또한 불가피한 축소에 대해서 미리 지원 방안을 구상할 필요가 있다. 
이러한 커다란 변화를 차질 없이 추진하기 위해서는 학내 구성원들 간의 진정성 있는 논의와 대승적 차원에서의 합의도 필수적이다. 물론 축소되는 분야에 대해서는 지원·보호 방안을 마련하여야 한다. 또한 이러한 대학의 발전계획이 일회적인 변화와 개편이 아니라 정부 재정지원 기간이 만료되더라도 지속될 수 있도록 장기적 관점에서 추진 계획을 수립해야 한다.프라임 사업을 추진하면서 대학은 자율적으로장기적인 미래 관점에서 수요가 늘어나는 분야에 대한 인력의 공급을 확대하고 초과 공급되는 분야는 축소하는 정원 조정을 한다. 이 과정에서 대학 내 일부 학문분야의 축소가 불가피하다. 이로 인한 학내 갈등을 최소화하고 중장기 발전계획을 마련하려면 구성원과의 진정성 있는 논의가 충분히 이루어져야 할 것이다. 결과적으로 축소되는 분야에 대해서는 교육과정 고도화, 재학생 졸업 지원, 교원의 신분 보장 등 지원 대책을마련할 필요가 있다.