선행기술 전문기관의 등록제와 비교한 지정제의 특징은 다음과 같다. 선행기술조사기관의 관리가 쉽고, 비슷한 물량이 기관에 제공됨에 따라 안정적인 기관 운영이 가능하다는 장점이 있으나, 품질과 가격 경쟁이 일어나지 않아 발전이 적고 신규 업체의 진입장벽이 높기 때문에 주위 기관으로부터 지적받을 수 있다는 단점이 있다. 
한국과 일본에서 시행하고 있는 이른바 선행기술조사 전문기관의 지정제와 등록제를 비교하여 검토하면, 우선 지정제의 장점으로는 첫째, 광범위한 기술구분을 담당하는 소수의 기관(현재 3개 기관)에 의하여 선행기술 조사가 수행되므로 선행기술조사기관에 대한 품질관리, 물량관리 등 선행기술조사기관의 관리가 용이하다는 점(관리의 용이성)을 들 수 있고, 둘째, 지정주체(특허청)가 추가로 지정하지 않는 이상, 매년 일정한 숫자의 기관을 대상으로 선행기술 조사 물량이 할당되므로, 조사 물량의 변동이 없는 한, 각 선행기술 조사 기관이 수행하는 물량의 변동이 상대적으로 적으므로, 조사기관의 인력과 예산 등의 측면에서 안정적인 기관 운영이 가능하다는 점(기관운영의 안정성)을 들 수 있다. 반면에 단점으로는 첫째, 일정한 숫자의 기관이 안정적인 물량확보가 가능하므로, 품질과 가격의 측면에서 조사기관 사이의 경쟁을 유발하는 요소가 적고, 이에 따라 선행기술조사기관 사이에 품질 향상 및 단가 인하를 유발하는 동기가 약하다는 점(경쟁체제의 미비)을 들 수 있고, 둘째로, 선행기술조사 사업분야에 신규로 진출하고자 하는 업체가 있더라도, 관리주체(특허청)의 추가 지정이 없는 한 사업에의 신규진입이 불가능(신규업체의 진입 배제)하여 민원의 여지가(국회 등 외부로부터 다수 지적) 있다는 점을 들 수 있다.