신공공관리론은 책임성, 형평성, 민주성 같은 가치를 중요시하지 않았고, 실업, 빈곤 같은 공공성 악화라는 결과를 낳았고 복지지출 증가로 이어졌다. 또 2008년 금융위기로 인해 시장도 사회문제를 위한 완벽한 해결책이 아님을 알게되는 계기가 됐다.
그러나 1990년대 중~후반부터 신공공관리론에 대한 행정가치 측면에서의 비판과 효과성에 대한 의문이 제기되었다 (조성한, 2000; 황혜신, 2005). 행정은 효율성 이외에도 책임성, 형평성, 민주성 등 다양한 가치를 창출하는 행위임에도 불구하고, 이러한 가치들이 소홀하게 다루어졌으며, 신공공관리 기반의 시장주의적 정부혁신을 추진한 국가들에서 소득불평등, 실업, 빈곤, 범죄 등 사회문제의 심화, 공공서비스의 민영화에 따른 저소득층 부담의 증가 등 공공성이 악화되는 결과가 초래된 것이다. 또한, 구조조정에 따른 실업자의 증가는 복지지출의 증가로 이어져 효율성의 제고 측면에서도 의문이 제기되었다 (조성한, 2000:16-19). 특히, 2008년 세계금융위기로 인하여 전세계는 신자유주의에 기반하는 거대자본의 붕괴에 따른 사회시스템 해체를 목도하였고, 이는 시장도 사회문제를 해결할 수 있는 완벽한 메커니즘이 될 수 없음을 일깨우는 계기가 되었다 (오철호 외, 2013).