전문성은 상대적 개념이며, 지나칠 경우, 공정성·객관성 훼손 우려가 있다. 전문가위원은 공무원과 유대관계가 있을 수 있으며, 특정 집단을 대변하거나, 로비의 대상이 될 수 있다.
그런데 주의해야 할 점은 전문성은 어떠한 절대적인 기준이 있는 것이 아니라 상대적인 개념이고, 전문성을 강조할 경우 공정성과 객관성을 훼손시킬 우려도 있다는 점이다. 특히 전문가 위원의 경우 해당 분야에서 일정한 자격을 갖추고 오랜 기간 동안 종사해 온 사람이기 때문이다. 그렇기 때문에 처분청 소속 공무원들과 인적 유대관계가 있거나 그들의 영향력에서 자유롭지 않을 가능성이 높다. 나아가 해당 전문영역과 국민 일반의 이해관계가 엇갈리는 사안에서 해당 전문가 집단이나 영역의 이해관계를 대변할 위험성도 있다. 또한 해당 영역이 특정한 산업을 기반으로 하는 경우 쉽게 로비의 대상이 될 수 있다.