ETS가 운영되려면 BM 할당방식을 확대 적용할 때 생기는 문제점을 파악한다. GF 와 BM 할당방식 중 적합한 할당방식을 결정한 후 수반되는 부문별 업종별 영향에 대한 대응책이 있어야 한다.
따라서 할당과 관련된 ETS의 현안들에 대한 사전적인 점검과 파악이 통합적으로 이루어져야 할 것이며, 이에 대한 충분한 시간과 노력이 보장되도록 ETS 제도 운영이 이루어져야 할 것이다. 이를 위해서는 첫째, 지금까지 제한적으로 적용한 BM 할당방식의 운용 결과를 진단하여 미비점에 대해 명확한 파악하고, 향후 BM 할당방식을 여타 업종에 확대 적용하는 경우 발생할 수 있는 문제점이 무엇인지 선제적으로 파악해야 한다. 둘째, GF 또는 BM 할당방식 중 적합한 할당방식을 결정한 뒤에는 이에 수반되는 부문별 업종별 영향에 대한 대응책으로 상쇄, 예비분 운용, 신규기업, 탄소누출도, 가격지지 등에 대한 부가적인 사항들이 명확히 결정되어야 한다.