편익산정을 위한 세부 원단위의 비합리적 적용은 표준지침 개정판에서 도로부문에 적용하고 있는 적용 기준과 실제 트럭운송비용과의 현실적 괴리에서 비롯된다. 따라서 시장 조사자료를 적용하되 경제성분석의 중복계상을 방지하기 위해 보험료 등을 제외해 산출한 금액의 적용이 필요하다.
둘째, 편익산정을 위한 세부 원단위의 비합리적인 적용이다. 대표적으로 내륙운송비용 절감 편익 산정을 위한 차량운행비용의 적용이다. 표준지침 개정판에서는 도로부문에서 적용하고 있는 적용기준을 준용하도록 하고 있으나, 실제 항만물동량을 운송하는 트럭운송비용과의 현실적인 괴리가 크게 발생하고 있다. 특히, 운송거리가 긴 경우에는 현실과 큰 차이를 보이고 있지 않으나 단거리의 경우 현실비용과 큰 차이가 발생하고 있다. 또한 이러한 도로부문 기준의 적용 이유가 시장가격은 변동성이 높아 경제적 편익을 산출하기에 부적절하기 때문이라고 제시하고 있으나, 한국교통연구원의 화물운송시장정보센터의 분기별 운임조사 결과를 보면 변동성이 크게 나타나지 않고 안정적인 추세를 보이고 있다. 따라서 향후에는 시장 조사자료를 기반으로 적용하되 경제성분석의 중복계상을 방지하기 위해 보험료 등을 제외하여 산출한 금액으로 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 본 연구에서는 이러한 운임의 이용 가능성과 경제성 분석에 적용하기 위한 방안을 세부적으로 제시하였다.