다부처공동기획사업의 효과적 발굴 추진을 위해서는 전문화 특성화된 연구조직의 존재가 필수적이다. 그러나 현재 국가교통물류기술 분야에서는 그러한 조직 기반이 부재하다.
정부가 최근 강조하고 있는 다부처공동기획사업은 종전의 과제단위의 협력연구와는 명백히 구분된다. 기획단계에서부터의 공동 협력과 사전조정을 강조하는 다부처공동기획사업의 효과적 발굴 추진을 위해서는 핵심 법 제도적 기반으로서 국가가 필요로 하는 기술의 연구개발을 주도적으로 담당하는 연구조직의 존재가 필수적이며, 이때 해당 조직은 특정 부처의 산하기관으로서가 아니라 각 기술 분야별로 발전 계획을 수립하고, 이를 범부처 협력 하에 전략적으로 추진할 수 있는 전문화 특성화된 조직이어야 한다. 그러나 현재 국가교통물류기술 분야에서는 다른 국가과학기술분야와 달리 해당 기술 분야의 발전 방향에 대한 장기적 계획을 수립하고 지속적으로 연구개발을 추진할 수 있는 조직 기반이 부재한 상황이다.