둘째, 부처 간 연계 부족을 들 수 있다. 부처 간 연계를 위해 많은 노력을 하고 있지만 대학에서 S-OJT의 교육과정이 반영될 수 있는 지에 대해 문제가 제기되고 있다.  현장실습이라는 수업 내용이 반영되고 있으나 이는 고용노동부가 요구하는 S-OJT의 요구에 미치지 못하고 , 기업은 현장 실습이 학생관리에 한계가 있고 기업체에 부담으로 작용해  문제가 되고 있다. 또 부처 간의 목적이 충돌해 대학의 교육과정 개선을 추진하기 어렵다.
둘째, 부처 간 연계 부족을 들 수 있다. 대학 교육과정 주무부서는 교육부라 할 수 있다. 산학연계를 위해 교육부에서는 LINC사업을 필두로 산업계 관점 대학평가를 실시하여 대학의 교육과정이 산업계에서 활용될 수 있도록 많은 노력을 꾀하고 있다. 한편, 고용노동부에서는 산업계가 필요로 하는 인재 양성과 산업계 근로자를 대학에서 재교육시키는 훈련시스템을 대학의 교육과정에 반영하고자 직업교육, 계약학과 등을 운영하고 나아가 현장직무형 교육(S-OJT)을 대학교육에 직접 반영하고자 하고 있다. 그러나 대학에서 S-OJT 형태의 교육과정이 반영될 수 있느냐에 대한 문제가 제기되고 있는 상황이다(박문수, 2013). 산학협력 범주 안에 현장실습이라는 수업 내용이 반영되고 있으나 이는 고용노동부가 요구하는 S-OJT의 요구에 미치지 못한다는 것이다. 현장실습이 일정한 시수를 기업체에 파견하여 현장 경험을 쌓게 하는 것이라면, S-OJT는 대학 등 교육기관에서 현장 직무에 기반한 실습을 진행하는 것이기 때문에 차이가 있다. 교육부 입장에서는 현장실습의 표준화된 교육 프로세스가 없어 학생별 교육의 양이나 질에 편차가 있을 수밖에 없다는 점에서 현장 직무교육을 허용하고 있지 않는 것이다. 반면에 기업의 입장에서는 현장 실습이 학생관리에 한계가 있고 기업체에 부담으로 작용하고 있어 문제가 되고 있는 것이다. 또한 신성장동력으로 분류된 주요 산업군별 전문대학원 및 특수대학원을 두어 산업계 전문가를 중심으로 교원을 재편하고 현장 산업기술 연구 인력을 양성하고자 하는 산업자원부와 고등교육 인력 양성의 안정화와 질을 고려하는 교육부와의 목적이 충돌하여 대학의 교육과정 개선을 추진하는데 많은 어려움이 있다는 것이다(박문수, 2013).