일반 보호시설의 입소 자격은 성폭력해자 본인의 동의와 미성년자일 경우 보호자의 동의, 의사능력이 불완전한 경우 상담원의 상담결과이다. 또한 장애인 보호시설의 입소 자격은 본인의 동의, 의사능력이 불완전한 경우 역시 상담원의 상담결과가 필요하다.
일반 보호시설의 입소 자격은 다음과 같다. 첫째, 성폭력피해자 본인이 입소를 희망하거나 입소에 동의해야 한다. 둘째, 성폭력피해자가 미성년자이거나 지체장애나 청각장애 및 지적장애(장애등급이 경증인 경우)로 인해서 의사능력이 불완전한 경우에는 보호자가 입소에 동의해야 하는데, 이때 보호자가 해당성폭력범죄의 가해자인 경우에는 동의 여부를 결정할 수 없다. 셋째, 지적장애나 정신질환 등으로 인하여 의사능력이 불완전한 성폭력피해자에 대한 상담원의 상담결과 입소가 필요하나 보호자의 입소동의를 얻는 것이 적절하지 못한 경우에 당해 시도나 인근 시도에 장애인 보호시설이 없다면 일반적인 성폭력피해자 보호시설에 입소하는 것이 가능하다. 한편, 장애인 보호시설의 입소 자격은 다음과 같다. 첫째, 성폭력피해자로서 장애인으로 등록된 자 중 본인이 입소를 희망하거나 입소에 동의한 경우에 장애인 보호시설에 입소할 수 있다. 둘째, 성폭력피해자로서 지적장애나 정신장애, 뇌병변, 청각장애, 시각장애 등으로 인하여 의사능력이 불완전한 자로서 상담원의 상담결과 입소가 필요하나 보호자의 입소동의를 얻는 것이 적절하지 못하다고 인정되는 경우에는 장애인보호시설에 입소할 수 있다.