제2안 채택 시 대통령은 국가원수로서, 그리고 국무총리는 내각의 책임자로서 업무를 수행하게 되며 둘 사이에  마찰이 발생할 가능성이 크다. 이를 예방하고 해결할 정무조직이 필요할 것이다.
제2안이 채택되면 대통령은 국가원수로서 (가칭)통일추진위원회와 (가칭)한 반도체제통합위원장을 수행하는 등 정치적 색채가 강한 업무를 수행하면서 통일관련 업무에 집중하게 된다. 반면 국무총리는 내각의 책임자로서 통일부(통합부), 외교부, 국방부를 제외한 전 부처를 관할하게 하면서 국무회의 의장으로서 국무회의를 주재하게 된다, 따라서 이 경우 대통령과 국무총리 사이에는 관할 업무를 두고 마찰과 갈등이 발생할 가능성이 크다. 따라서 이러한 마찰과 갈등을 예방하고 해결할 정무조직이 필요하다는 것이다. 특히 제2안이 시행될 경우 국무총리는 명실공이 행정부 수반으로서 국회와 원활한 소통을 해야 하기 때문에 정무적 업무를 수행할 담당 조직의 설치가 필요할 것으로 예상된다.