자유학기제의 시행은 일원화해야 한다. 학생들의 적응과정의 문제와 교사들의 학교 이동을 고려해 볼 때 전국적인 자유학기제의 시행 학기는 1학년 2학기가 가장 적당하다고 본다.
본 연구에서는 각종 조사 결과뿐만 아니라 우리나라 학교 현실 측면에서도 자유학기제의 실시 학기를 가능한 한 전국적으로 통일시켜 일원화할 필요하다고 보며, 만약 학기를 통일시키기 어려운 측면이 있다면 적어도 2개 학기로 이원화할 필요가 있다고 본다. 일원화의 가장 커다란 배경은 학생들의 전학으로 인한 학습 결손과 자유학기제의 이중 이수 가능성 때문이다. 만약 일원화로 한다면 조사 결과에서도 나타났듯이 1학년 2학기가 가장 적절한 것으로 본다. 왜냐하면 적어도 학생들이 중학교 1학기 동안은 중학교 경험 및 적응 과정을 거칠 필요가 있으며, 교사들의 학교 이동을 감안할 필요가 있기 때문이다.