아동 청소년 영향평가 관련 업무 전담 조직을 운영하는데 별도 조직 설립이 효과적이고 기존 조직에서 영향평가 수행 시 타 기관에 자문 제공과 조정 역할 수행 중복으로 어려움이 발생할 수 있다. 스코틀랜드 정부는 아동 청소년 커미셔너를 설립하고 최선의 이익 원칙을 이행하고 있는데 이를 참조할 필요가 있다.
첫째, 아동․청소년 영향평가 관련 업무를 전담하는 조직을 설립하여 운영하고 있다는 점이다. 이는 UN아동권리위원회의 권고사항에 따른 것으로, 우리나라의 경우에는 이를 이행하지 못하여 권고사항에 반복적으로 제시되고 있는 실정이다. 아동․청소년 영향평가를 수행, 보급, 확산이라 는 업무의 특성을 고려해 볼 때 관련 업무를 전담하는 별도의 조직을 설립하는 것이 효과적임을 알 수 있다. 기존 조직에서 아동․청소년 영향평가를 수행할 경우, 아동․청소년 영향평가 담당조직의 중요한 기능인 타 기관에 대한 자문 제공과 조정 역할을 수행하는데 기존 기능과의 중복으로 인해 어려움이 발생할 수 있기 때문이다. 특히 스코틀랜드 정부는 스코틀랜드 아동․청소년 커미셔너(Scotland's Commissioner for Children and Young People: SCCYP)를 설립하여 법안․정책에 대한 아동 영향평가를 수행하여 그 결과를 함께 제출함으로써 정부가 아동 최선의 이익 원칙을 이행하고 있음을 입증하고 있음을 참조할 필요가 있다. 즉 SCCYP 설립 이전에 제시된 아동영향평가 절차는 활용률이 매우 낮았는데, 이후 SCCYP가 설립되면서 아동영향평가 전담기관으로서 법률․정책․실천을 검토할 의무와 기회가 주어졌기 때문에 구체적, 실질적인 아동영향평가 절차를 개발할 수 있었던 것이다.