형사보상제도는 이론적으로 형사보상과 국가배상책임, 때로는 범죄피해자보상책임까지 한번에 발생하게 되어있다. 이러한 경우 그 책임간의 상호관계의 문제가 발생하는데, 국가배상은 상한 제한 없이 실손해액 전액 배상인 반면, 형사보상은 5배 한도내에서 보상하므로, 그 산정방식과 보상금액에 차이가 난다.
형사사건에서 무죄판결을 받고 확정된 자에 대한 미결구금일수에 대한 보상제도인 형사보상제도는 최근 재심에 의한 무죄판결들이 증가하면서 매우 활성화되고 있다. 그런데 재심에 의한 무죄판결이 공무원의 고의과실에 의한 위법한 공권력 행사와 관련이 있는 경우에는 이러한 때는 국가배상책임이 발생하게 되므로 이론적으로는 형사보상과 국가배상책임이 동시에 발생할 수 있게 되어있고, 또 이론상 범죄피해자로서 중상해를 입었음에도 수사기관의 위법부당한 수사에 의하여 공범으로 오인되어 억울한 재판을 통해 구금되어 있었다가 진범이 확인되어 재심무죄 판결을 받은 경우는 이론상 국가배상책임, 형사보상책임, 범죄피해자보상책임이 모두 발생하게 된다. 이러한 경우에 국가배상책임과 형사보상책임, 범죄피해자구조금지급책임의 상호관계는 어떻게 되는지 하는 문제가 발생하게 된다. 좀더 구체적으로 보자면 국가배상은 상한의 제한없이 실손해액 전액을 배상하도록 규정하고 있는 반면, 형사보상은 기본적으로 구금 1일당 최저임금액을 기준으로 하고 5배 한도내에서 보상하도록 하고 있고, 그 산정방식도 다르기 때문에 보상금액도 차이가 날 수밖에 없다.