포괄보조방식은 운영방식에 따라 다양한 형태로 실시되어 다른 국고보조금 지원 방식과는 다르게 지방정부의 정책 진행에 대한 권한이 넓게 인정되어 정책 설계 재량의 확장이 된다는 기대가 있지만, 김은정은 포괄보조방식의 확대는 자칫하면  서비스 제공에 있어 국가 책임성의 회피나 재원 축소의 단점이 많다고 지적했다.
포괄보조방식은 운용방식에 따라 매우 다양한 형태로 시행되고 있어 다른 보조금 방식과 비교하여 지방정부의 정책 추진에 대한 권한이 상대적으로 폭넓게 인정된다는 점과 배분 재원의 규모가 법적 산식에 의해 결정되는 특징 정도를 공유한다(이재원, 김은정, 김준현, 2012; 김은정, 2014, p.225 재인용). 그러나 포괄보조방식이 개별 국고보조금 지원 방식과 비교하여 지방정부의 정책 설계 재량의 확장과 맞물린다는 기대에도 불구하고, 미국 사례에서 나타나는 바와 같이 주요 선진 국가들에서 사회서비스 재원의 포괄보조 전환은 행정비용의 감소, 복지 재정 축소, 사업성과 중심의 관리 방식으로 정책사업 관리 전환 등에서 찾아볼 수 있다(이정희, 박경돈, 2010; General Accounting Office, 1995; 김은정, 2014, p.225 재인용). 이에 대해 김은정(2014, p.225~226)은 사회서비스 부문의 포괄보조방식의 확대는 자칫 서비스 제공에 있어서 국가 책임성의 회피 또는 관련 재원의 축소라는 정책방향과 그 결을 같이하는 사례가 많다고 지적한다. 포괄보조방식 자체가 갖는 정책 운영 방식의 장단점은 다음과 같다.