교원단체와의 교섭·협의에 관한 규정은 단체교섭권에는 미치지 못하나 단체의 정책참여를 공식화한 의의가 있다. 교원노조 법제화 이후 단체교섭에 어려움도 있었으나 현안에 대해 교원단체의 의견이 반영되는 성과도 있었다.
이 법의 핵심이라 할 교원단체(한국교총)와 교육감 및 교육부장관과의 교섭·협의에 관한 규정 부분은 노동조합의단체교섭권에는 미치지 못한 것이었지만 교원단체의 정책참여를 공식화한 의의를 지녔다. 교섭·협의 사항은 교원의 처우개선, 근무조건 및 복지후생과 전문성 신장에 관한 사항을 그 대상으로 하되, 교육과정과 교육기관 및 교육행정 기관의 관리·운영에 관한 사항은 교섭·협의의 대상이 될 수 없는 것으로 제한하였다. 1999년 교원노조 법제화 이 후에 장관과 교육감은 교원노조와 이번에는 단체교섭을 벌려야 하는 교직단체 이원화에 따른 폐해를 초래하기도 했다. 이후 교원노조와의 단체교섭은 순탄치 못했으나, 교원단체와의 교섭협의를 통해 각종 수당과 정책 현안에 대한 교원단체의 의견이 반영되는 성과도 나름 있었다.