평생학습계좌제는 개인 교육 이수 경험을 직접 입력하거나 증빙 자료를 업로드 해야 하는 단점이 있다. 또한 늘배움 서비스와 평생학습계좌제, 평생교육바우처 간의 연계가 비효율적인 구조로 되어 있다는 단점도 있다.
현재의 문제점으로는 다음과 같다. 평생학습계좌제는 개인이 교육 이수 경험 직접 입력 및 증빙자료 직접 업로드해야 한다. 이것은 번거로움을 야기한다. 예를 들어, 늘배움 서비스는 17개 시도 다모아 평생교육정보망 등 66개 기관, 80만 여 개 강좌 정보(무료 온라인 콘텐츠 40만 개 포함)를 제공하고 있다. 이들 중 일부 동영상 강좌의 이수 이력이 계좌제와 연동하여 학습 이력으로 기록할 수 있다. 하지만, 별도로 회원가입 및 연계 동의 절차를 수행해야만 한다. 평생교육바우처사업은 바우처 사용 가능 기관 검색(기관명, 주소, 전화번호, 홈페이지)만 가능하다. 기관에서 운영하는 강좌 정보, 수강료 등은 학습자가 직접 기관에 문의해야만 한다. 결과적으로 개인학습자와 평생교육기관은 늘배움-평생학습계좌제-평생교육바우처 각 시스템에 동일한 정보를 등록하고 신청해야 하며 관리해야 하는 비효율적인 구조이다.