PSI가 제기하는 차단권 행사의 세 번째 문제는 항행의 자유 제한이다. 항행의 자유를 보장하며 WMD 및 관련 물질의 불법이동과 운송을 막기 위해 양자 간 승선협정이 필요하다.
PSI가 제기하고 있는 차단권 행사에 관한 세 번째 문제는 항행의 자유를 제한하는 문제다. UNCLOS는 공해상에서 항행의 자유를 보장하고 있는바, 대부분의 선박은 공해상에서 간섭받지 아니하고 자유롭게 항해할 권리를 보유하고 있다. 공해상에서 PSI 참가국들의 승선 및 검색 권한 등이 확대될 경우, 참가국에 의한 ‘합법적’ 선박에 대한 차단조치 적용 등 악용의 소지가 있으며, 이는 결국 항행의 자유를 침해하는 문제를 발생시킨다. 결국 항행의 자유를 제한하지 않으면서도, WMD 및 관련물질의 불법이동 및 운송을 차단하기 위해서는 차단국과 기국 사이의 양자 간 승선협정을 체결할 필요성이 대두된다.