기획재정부와 농림축산식품부는 농어촌구조개선특별회계는 국가재정법 제48조의 예외이므로 세출예산의 이월이 가능하지만 향후 예산의 이월을 최소화시키겠다고 답했다. 
기획재정부 및 농림축산식품부는 ｢농어촌구조 개선 특별회계법｣ 제8조에서 “세출예산 중 해당 회계연도 내에 지출하지 아니한 것은 ｢국가재정법｣ 제48조에도 불구하고 다음 회계연도로 이월하여 사용할 수 있다”고 규정하고 있는데, 이는 세출예산의 이월에 관한 ｢국가재정법｣ 제48조의 예외이므로 농어촌구조개선특별회계와 관련하여서는 당해 회계연도에 지출하지 아니한 경우에도 다음 연도로 이월하여 사용할 수 있고 세입재원 없는 이월도 가능하다는 취지의 주장을 하면서, 다만 향후 세입재원 없는 이월을 최소화하도록 지속적으로 노력하겠다고 답변하였다.