전자상거래에는 동종성과 관련한 논란을 제공한다. 우선 GATT와 GATS의 관할관 문제에서, 구매 대상이 디지털재화인 경우 해당협정의 선택과 적용에 문제가 발생한다. 예를 들어 컴퓨터 프로그램의 수입 경로가 CD-ROM인지 인터넷망인지에 따라 동종성 인정 여부의 문제가 발생하게 된다.
전자상거래는 이 동종성의 판단과 관련하여 많은 논란의 소지를 제공한다. 우선 GATT와 GATS 의 관할권 문제이다. 인터넷을 통해 특정 재화를 국제적으로 구매하는 경우 GATT가 적용된다는 점에 대해서는 이의가 없다 이는 전자상거래가 활성화되기 이전에도 팜플렛이나 팩스, 전화 등을 통해 행해진 구매행위와 다를 바 없기 때문이다. 국경을 넘을 경우에는 반드시 통관절차를 거치게 되므로 일정 기준 이상의 통관제품에 대해서는 과세나 수입금지 등의 조치가 취해진다. 그러나 구매의 대상이 컴퓨터 프로그램 등 소위 디지털재화인 경우에는 해당협정의 선택 및 적용 상에 문제가 발생할 수 있다. 예를 들어 동일한 컴퓨터 프로그램이라 하더라도 CD-ROM 에 저장되어 국내에 반입되는 경로와 인터넷망을 통해 반입되는 경로는 확연히 다르다. 또한 후자의 방법은 모든 구매과정이 온라인상에서 일어나게 됨에 따라 관할당국의 반입거부 결정이나 과세권 집행을 우회할 수 있는 가능성이 매우 높아지게 된다. 따라서 컴퓨터 프로그램의 수입과 관련하여 인터넷을 통한 구매된 제품과 CD-ROM을 통한 구매된 제품 사이에 동종성을 인정할 것인가 하는 근본적인 문제가 발생하게 된다.