대안교육은 나름의 교육 철학과 체계로 성공 사례가 많지만 역량 있는 교사 확보 어려움 등을 겪기도 한다. 특히 공립 대안학교의 문제점은 교육청 담당자의 잦은 교체로 인한 지속적 지원의 약화, 학교 관리자 교체에 따른 비전과 교육 목표 유지가 힘들 수 있다는 점이다.
대안교육 특성화학교 및 각종학교로서의 대안학교는 나름의 교육적 철학과 체계를 갖추고 있어 그 성공사례가 적지 않으나, 역량있는 교사 확보, 교육시설 미비 및 예산의 부족 등으로 어려움을 겪고 있는 학교가 많다. 여전히 입시 위주 교육의 틀을 벗어나지 못하거나 편향된 교육을 하는 곳도 있고 학생 모집에 어려움을 겪는 곳도 있다. 현재 대안학교를 운영하고 있는 입장에서 공립 대안학교의 문제점을 나열하면, 교육감 또는 시의회 위원들의 의지와 성향에 따라 지원이나 교육 정책이 달라지고, 교육청 담당자의 잦은 교체에 따른 대안교육에 대한 몰이해로 지원의 약화가 우려되며, 대안학교의 역량있는 교사 충원 및 교육력 강화 문제의 어려움이 있으며, 학교관리자가 바뀔 경우 학교 교육 비전 및 교육목표의 유지가 흐트러질 수 있는 등의 문제를 들 수 있을 것이다. 따라서 시도 교육청별로 일관된 지원체계가 구비하고, 각 대안교육기관 만의 교육이념 확립과 교육목표 등을 정립하고 유지할 수 있도록 할 필요가 있다.