슈타지문서의 "배타적 관리권"을 가진 연방기관인 연방슈타지문서청은 독립기관에 가까우나 최근 정치적으로 기관의 존속 내지 연방기록보존소 편입이 논란이 되고 있다. 당일 현 청장의 재임 여부의 결정이 이루어질 예정이다.
연방슈타지문서청은 슈타지문서에 대하여 “배타적 관리권”을 가진 연방기관으로서, 슈타지 문서의 열람신청 등을 관리하는 정보관리국, 슈타지문서 관련 연구를 담당하는 연구국, 그리고 행정과 인사를 담당하는 총무국으로 구성된다. 5년 임기의 청장은 연방의회에서 선출되며, 연방수상청의 감독 하에 있으나 사실상 독립기관이라고 한다. 최근 정치적으로 연방슈타지문서청의 존속 내지 연방기록보존소 편입이 논란이 되고 있으나, 최종 결정을 다음 회기로 넘기고 현 청장의 재임 여부에 대하여 바로 오늘(당일) 결정이 이루어진다고 하였다. 요아힘 가욱(Joachim Gauk) 현 연방대통령이 구동독 시민운동가 출신 연방슈타지문서청의 초대청장으로서 연임하며 기관의 위상을 정립하고 안정시킨 것도 이 기관의 성공적인 운용의 든든한 초석이 된 것으로 평가되었다.