조세지출은 재정지출을 수반하지는 않으나, 국가재정의 주요 수입원인 국세수입의 감면을 통해 간접적으로 재정비용을 발생시키기 때문에 국가재정상 체계적으로 관리돼야 한다.
조세지출예산서는 ｢국가재정법｣에 근거하여 ‘조세지출예산제도’가 본격적으로 시행된 2010년부터 매년 예산안의 첨부서류로 국회에 제출되고 있다. 조세지출은 명시적으로 재정지출을 수반하지는 않으나, 국가재정의 주요 수입원인 국세수입의 감면을 통해 간접적으로 재정비용을 발생시킨다는 점에서 국가재정상 체계적으로 관리될 필요가 있다. 조세지출예산제도가 국가재정의 투명한 관리와 건전성 제고를 위해 도입되었음을 감안할 때, 이에 대한 평가는 조세지출의 운용 현황을 정확하게 파악하는 가운데 조세감면의 귀착과 제도가 의도하는 정책적 효과성을 분석하고, 이를 기반으로하여 불필요한 제도운용 및 조세지출의 낭비 요소를 최소화하는 방향에서 이루어져야 할 것이다.