둘째, 회수대상금액을 반환하라고 통보하는 것을 반환명령으로 보는 이유는 이 명령이 공법상 부당이득반환청구권에서부터 나온 행정청의 처분으로 보기 때문이다. 공법상 부당이득으로 손해를 입은 자는 부당이득반환청구권을 갖게 되고, 법률 관계의 한쪽 당사자를 피고로 하는 당사자 소송을 진행해야 한다. 결국, 과학기술연구개발비 회계검사 결과, 적정 집행금액의 회수 통보 모두 반환명령이라고 볼 수 있다.
둘째, 회수대상금액을 반환하라고 통보하는 행위를 반환명령으로 보는 이유는 다음과 같다. 반환명령은 공법상 부당이득반환청구권으로부터 파생하는 행정청의 처분으로 볼 수 있다. 부당이득은 법률상 원인 없이 타인의 재산 또는 노무로 인하여 이익을 얻고 이로 인하여 타인에게 손해를 가하는 것을 말한다. 공법상 부당이득의 예로는 조세과오납이 있다. 공법상 부당이득에 관하여 특별한 규정이 없는 경우에는 민법의 부당이득반환의 법리(민법 제741조)가 준용된다. 공법상 부당이득으로 손해를 입은 자는 부당이득반환청구권을 갖는다. 이러한 청구권은 공법상 원인에 의해 발생한 것이고 ｢행정소송법｣ 제3조 제2호18)의 입법취지에 비추어볼 때 공권으로 보고 이에 관한 소송은 공법상 당사자 소송에 의하여야 한다(박균성,2006: 130-131). ｢행정소송법｣ 제3조 제2호는 당사자 소송에 관하여 정의하고 있다. 당사자 소송은 행정청의 처분 등을 원인으로 하는 법률 관계에 관한 소송, 그 밖에 공법상의 법률관계에 관한 소송으로서 그 법률 관계의 한쪽 당사자를 피고로 하는 소송이다. 여기에서 공법상의 법률 관계, 즉 행정법 관계가 의미를 지닌다. 행정청이 행정법 관계로부터 발생한 부당이득반환청구권을 행사하는 방법이 바로 부당이득반환명령이라고 볼 수 있다. 부언하면, 과학기술연구개발사업 시행법률, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 등에 의하여 행정법 관계가 성립하고 이러한 행정법 관계 중에는 연구기관이 연구개발비 사용실적을 보고하고 행정청은 이에 대한 회계검사를 실시하여 그 결과를 통보하는 행정작용이 포함되어 있다. 즉, 과학기술연구개발비 회계검사 결과통보, 나아가 부적정 집행금액의 회수통보는 일종의 공법상 부당이득반환청구권을 행사하기 위한 반환명령이다.