합의서와 관련한 분쟁에 대해 남북공동위원회에서 해결하는 것이 좋지만, 이는 법률체계상 적합하지 않기에,  남북장관급회담 또는 그가 정하는 기간에서 협의하도록 규정하였다.
이 합의서의 해석 및 적용과 관련하여 발생하는 분쟁에 대해서는 남북공동위원회에서 해결하는 것이 효율적이고 경제적일 수도 있다. 하지만, 남북합의서에 의하여 구성된 공동위원회로 하여금 그 근거가 되는 남북합의서의 해석과 적용에 대한 분쟁을 해결하도록 하는 것은 법률체계상 적합하지 않다. 따라서 이 합의서의 체결주체가 남북한 장관급이므로 남북장관급회담 또는 그가 정하는 기관에서 협의하여 해결하도록 규정하였다. 남북장관급회담에서 해결되지 않는 경우를 대비하여 남북 투자보장합의서의 경우와 같이 남북한이 합의한 유일한 분쟁해결기관인 남북상사중재위원회를 통해 해결하도록 규정하였다.