2004년 종합대책의 실패 요인은 사회경제적 및 범정부적 지원책 마련의 미흡함, 국민적 합의 및 사회적 공론화의 한계, 예산으로 인한 단계적 정책접근의 미흡함, 자살위험 관리 책임 기관의 불명확성 등이 있으나 무엇보다 관련 기초연구의 부족으로 적용 가능한 실증적 근거에 기반을 둔 정책수행이 되지 않았다는 문제가 있다.
2004년 종합대책의 실패 요인을 살펴보면, 먼저 기본적인 정책범위를 개인중심의 정신보건사업으로 한정하여 사회경제적, 범정부적 지원책 마련이 미흡하였다는 것이다. 자살 원인은 정신질환 이외에 급변하는 사회경제적 환경과도 밀접한 관련이 있어 개인과 사회의 변화를 위한 지원체계 마련이 필요했음에도 불구하고 이에 대한 고려가 부족하였던 것이다. 또한 자살예방을 위한 범부처적인 거버넌스, 법과 제도 등의 확립을 통해 지속가능하고 체계적인 정책수행의 기반마련이 필요했음에도 불구하고 이에 대한 적절한 진단과 대책을 제시하지 못한 것도 실패요인으로 들 수 있다. 그리고 정책의 중요성에 비해 국민적 합의 및 사회적 공론화에 한계를 보였으며, 제한된 예산으로 인해 단계적인 정책접근이 미흡하였다는 것도 실패의 요인이라 할 수 있을 것이다. 아울러 자살위험 관리에 대해 책임질 수 있는 기관이 명시되지 않아 사업의 진행과정을 적절히 점검하지 못한 점도 주요한 한계점이다. 야심찬 계획은 말 그대로 계획에만 머물렀을 뿐 실제적인 실천이 이루어지지 않았으며, 심지어 어느 정도 실천이 되었는지 조차 쉽게 파악하기 힘든 상황이었다. 그러나 무엇보다도 주요한 요인은 우리사회의 자살현상에 대한 기초연구가 부족하여 우리 사회에 적용할 수 있는 실증적인 근거에 기반을 둔 정책수행이 되지 않았다는 점에 있다.