문부과학대신은 교육위원회가 타당성 있는 행위를 실시하도록 지도,조언 및 원조를 할 수 있다. 이에 따라야 할 의무를 지는 것은 아니지만 거부하면 불이익을 받을 우려가 있어 이를 방지하기 위해 불이익취급금지를 규정하고 있다.
문부과학대신은 지방자치법에서 정한 기술적인 조언 및 권고 이외에 교육에 관한 업무의 적정한 처리를 위해서 필요한 지도･조언 및 원조를 할 수 있다(지교행법, 제48조). 지도･조언 및 원조는 교육위원회가 객관적으로 타당성 있는 행위 또는 조치를 실시하도록 촉구하거나 필요한 사항을 제시하는 것을 말한다. 구체적으로 지도는 일정한 방향으로 이끄는 것을 말하고, 조언은 필요한 사항을 진언하는 것을 의미하며, 특정사항 촉진을 도모하기 위해서 조력하는 것을 원조라고 한다. 국가의 지도･조언에 따라야 할 의무를 지는 것은 아니지만 지방공공단체가 이를 거부할 경우 후속적인 절차 및 보조금 등의 교부에 관해 불이익을 받을 우려가 있다. 이에 지방공공단체가 국가의 조언 등을 따르지 않았다는 이유로 불이익 취급을 당하지 않도록 불이익취급금지를 규정하고 있다.