자유학기제 연구학교에서는 자유학기제에 맞는 프로그램을 개발할 필요가 있다. 전국의 청소년수련관은 인근 학교의 자율과정 운영을 지원할 수 있으나 현재 프로그램은 창의적 체험활동을 지원하기 위해 개발된 것들이므로, 2016년 자유학기제의 전면 시행에 대비한 프로그램들의 준비가 필요하다.
두 기관의 서로의 요구와 기능을 제대로 이해하지 못해 실제 도움을 주고받을 수 있는 방법을 찾지 못하는 경우가 많기 때문이다. 자유학기제 연구학교에서는 학교 주변 청소년수련관의 프로그램 및 청소년지도사의 역할을 이해하고 활용하고, 청소년수련관 담당자 및 청소년지도사들은 자유학기제의 취지와 목적, 자율과정 프로그램 등을 이해하고 자유학기제에 맞는 프로그램을 개발할 필요가 있다. <표 Ⅱ-13>에 제시된 것과 같이 전국에는 181개의 청소년수련관이 있어 인근 학교의 자율과정 운영을 상당부분 지원할 수 있다. 현재 각 지역에 산재해 있는 청소년수련원에서는 청소년캠프, 청소년체험활동 이외에 학교연계 프로그램을 보유학고 있어 인근 중･고등학교에서 희망할 경우 활용할 수 있도록 하고 있다. 개설되고 있는 다양한 문화예술 프로그램과 스포츠활동 등은 자유학기제 자율과정 예술･체육 프로그램과 연계되어 운영될 수 있고, 청소년 동아리활동은 자유학기제 동아리활동과 연계될 수 있을 것이다. 하지만 현재의 프로그램은 창의적 체험활동을 지원하기 위해 개발된 것들이 대부분으로, 2016년 자유학기제의 전면 시행에 대비하여 자유학기제에 적합한 프로그램으로 학교연계사업 프로그램을 다양화하는 등의 준비가 이루어져야 할 것이다.