Section I-A의 쌀 관련 16개 세번에 WTO 농업협정 부속서5에 대한 첨부물을 기준으로 하여 기준관세율 571%, 기준관세율에 UR협상 결과에 따른 개도국 최소감축률 10%를 적용하여 양허세율 513% 을 적용하였고 특별긴급관세를 적용해 쌀에 대한 관세율을 높일 수 있도록 했다. 
첫째, Section I-A(관세)의 쌀 관련 16개 세번에 WTO 농업협정에 근거하여 기준관세율 571%, 양허세율 513%, 특별긴급관세 적용을 기재하였다. 기준관세율은 1986~88년 기준 국내가격과 국제가격의 차이를 이용하여 산정된 관세상당치(tariff equivalent)를 의미한다. WTO 농업협정 부속서5에 대한 첨부물은 관세상당치 계산 지침을 상세하게 규정하고 있으며, 이에 근거하여 정부는 국내 가격으로 대표 도매가격인 한국농수산식품유통공사 조사 가격을, 국제가격으로는 인접국인 중국의 평균 수입가격을 사용하여 계산하였다. 양허세율은 상기 기준관세율에 UR협상 결과에 따른 개도국 최소감축률 10%를 적용하여 산정한 수치이다. 관세부과 방식은 국제 쌀 가격이 관세율 계산 기준연도보다 훨씬 높아졌음을 감안하여, 일본·대만의 종량세 방식과는 달리, 종가세(advalorem) 방식을 채택하였다. 또한 쌀에 특별긴급관세(SSG)를 적용할 수 있도록 하여, 쌀 수입량이 급증하거나 수입가격이 일정 수준 이하로 하락할 경우 관세율을 높일 수 있도록 하였다.