시간연장보육의 재정 효율성은 많이 낮다. 거점형 시간연장어린이집은 시간연장보육을 상시 이용하는 아동들을 거점형 시설에서 같이 보살펴 효율성을 제고하는 방안이다. 어린이집 원장들은 반대하였지만 관리 및 재정을 위해 검토해야 한다.
시간연장보육 어린이집의 정원 대비 현원률은 2014년 기준 10.1%이다. 교사대 아동비율이 1:5임을 감안하면 어린이집 1개소당 영유아 1명 정도만 시간연장보육을 이용하고 있다. 시간연장보육 지정어린이집에 지원되는 보육교사 인건비와 보육료를 고려하면 재정 효율성이 매우 떨어지는 사업이다. 서문희.양미선 외(2011) 는 시간연장보육의 체계적인 관리 및 효율적 운영 모델로 거점형 시간연장어린이집을 제안한 바 있다. 이 모델은 종일보육과 시간연장보육 서비스를 결합한 형태로, 시간연장보육을 상시 이용하는 아동을 지역 내 거점 어린이집에서 보육하는 것이다. 본 조사에서 시간연장보육 어린이집 원장들은 거점형 어린이집 운영에 대해 부정적인 입장을 보였으나, 시간연장보육의 체계적인 관리 및 정부 재정의 효율성을 높이기 위해서는 거점형을 검토해 볼 필요가 있다.