투명사회협약에 주도적으로 참여해 온 시민단체들은 정부와 한나라당이 일방적으로 협약과 공약을 파기했다고 비판하고 협약이 파기되었음을 선언했다. 이후 투명사회협약은 파기 수순을 밟았다.
YMCA, 한국투명성기구, 흥사단 투명사회운동본부 등 투명사회협약에 주도적으로 참여해 온 시민단체들은 공동성명서를 내고 정부와 한나라당이 일방적으로 분담금을 중단하여 협약을 파기했다고 주장했다. 또한 이명박 대통령이 대선기간 “투명한 사회로 발전해 나가기 위해 필요한 반부패정책과 그 실천계획을 공약으로 제시할 것과, 대통령 재임 시에는 이를 성실히 이행하고 투명사회협약실천협의회를 통한 이행평가를 받아 그 결과를 국민들에게 공개”하기로 한 약속을 파기했다고 비판하고 “2005년 3월 9일 체결된 투명사회협약이 파기되었음을 선언하지 않을 수 없게 됐다”고 선언했다. 이후 2009년 1월 18일 투명사회협약실천협의회는 서면 임시총회를 통해 협의회의 해산안을 가결시키면서 투명사회협약은 파기 수순을 밟게 된다.