종합컨설팅단의 역할은 LINC사업 수행 대학에 대한 컨설팅 메뉴얼 개발, 메뉴얼을 기반으로 한 대학별 맞춤형 컨설팅, 대학의 성과 향상을 위한 컨설팅 진행 등이다.
종합컨설팅단의 역할을 살펴보면, 먼저 컨설팅위원은 사전에 LINC사업 수행 대학에 대해 어떠한 내용으로 컨설팅을 진행할 것인지에 대한 컨설팅 매뉴얼 개발에 참여하게 된다. 컨설팅 매뉴얼 개발에 있어 LINC사업 주요 공통 프로그램, 성과창출 및 파급효과가 우수한 프로그램 수행방법 등의 내용이 포함되게 된다. 이러한 매뉴얼을 기반으로 하여 대학에서 사전에 조사한 애로 사항의 해결방안 도출을 위해 학습과 기초자료 분석 등을 통하여 대학별 맞춤형 컨설팅을 준비하게 된다. 이후 컨설팅단은 서면 컨설팅과 현장방문을 통한 면담컨설팅, 컨설팅 결과의 확인을 위한 컨설팅 페어 등에 참여하여 대학의 성과 향상을 위한 컨설팅을 진행하게 된다.