교육부 주도의 교육개발협력 정책연구 배분에 의해 정부출현연구기관들은 각각 고유한 연구주제 영역을 특화시켜왔지만, 전체 교육개발협력의 발전으로 이어지지 않은 한계점을 가지고 있다. 따라서 각 기관의 연구노하우와 성과를 토대로 전체 교육개발협력 사업의 발전을 위한 통합적 논의와 상호협력이 필요하다. 이를 위해 각기 다른 전문 영역을 연계시킬 수 있는 조정자의 역할이 중요하며, 교육개발협력의 연구전문성이 높은 기관에 이 역할을 부여해야한다.
셋째, 교육개발협력 연구전문성이 높은 기관을 중심으로 유관 기관들의 협업체계를 구축할 필요가 있다. 2004년 이후 교육개발협력 분야에서 정부출연연구기관들이 정책개발 및 시행을 위한 연구･사업에 본격적으로 참여한 내역을 보면, 각 연구기관들은 자신의 고유한 설치 목적 및 조직기능과 관련하여 어느 정도 각각의 연구주제 영역을 특화시켜 왔다고 볼 수 있다. 이 점은 교육부 주도의 교육개발협력 정책연구 배분에 의한 결과이지만, 다른 한편으로는 각 기관별 연구개발 업무수행과정에서 자생적으로 형성된 결과이다. 특히 2010년 이후에 각 기관들은 축적된 전문성으로 토대로 다양한 방식으로 연구･사업의 협력 범위를 확대하였다. 그러나 점차 교육개발협력 연구･사업의 구심점이 사라지고 각 기관별로 독자적으로 협력을 확대했기 때문에, 오히려 전체 교육개발협력 연구･사업의 발전이나 전문성 축적으로는 이어지지 않았다는 한계로 지적할 수 있다. 따라서 그동안 각 기관별로 축적해온 연구노하우 및 성과를 토대로, 국내 교육개발협력 사업의 지속적 발전을 위한 교육개발협력 사업 발굴 및 확대, 교육개발협력 사업간 전략적 연계를 위한 통합 적인 논의와 협의, 상호지원 방식을 구체화하여 상호간 연구개발 업무의 시너지 효과를 추구할 필요가 있다. 교육개발협력은 대상별, 정책수준별, 사업수행 주기별로 맞춤형 전략이 필요하기 때문에 연구 성과의 축적이 긴요하다. 또한 이러한 전략 개발을 위해서는 교육 분야의 전문성 외에도, 지역 전문성과 국제개발협력 전문성이 동시에 요구된다. 그러므로 각 기관의 서로 다른 전문 영역을 유기적으로 연계시킬 수 있는 조정자의 역할이 중요하며, 교육개발협력의 연구전문성이 높은 기관에게 이러한 역할을 부여할 필요가 있다.