경제적 부담으로 학교에 올 수 없는 아이들을 위해 대안학교들의 경우 교육비를 최대한 낮추거나 장학금 제도를 운영하여야 한다.
대안교육을 단순히 ‘내 아이 잘 키우기’의 문제가 아니라 한국 교육의 문제로 바라보는 대안학교들의 경우 교육비를 최대한 낮춤으로써 진입장벽을 어느 정도 낮춰보려는 노력들을 한다. 한 학교는 최저 임금에도 해당되지 않고 4대보험도 되지 않는 월급을 교사들 스스로 몇 년간 동결시킨 바 있었다. 자신들에게 들어가는 인건비가 올라가면 필연적으로 학비가 인상될 수밖에 없고, 그러면 경제적 부담으로 학교를 올 수 없는 아이들이 더 많아지기 때문이다. 몇몇 학교들은 특히 경제적으로 어려운 학부모의 교육비 부담을 덜어주기 위하여 장학금 제도를 운영하고 있다. 장학금이라야 대부분 어디서 목돈을 기부 받아 조성한 것이 아니고 학부모들이 수익사업을 통해 조성한 기금이다.