GIS와 다른 정보시스템의 차이는 공간분석 기능이다. 공간 분석은 공간 데이터에 가치를 부여하거나 유용한 정보로 바꾸는 과정이다. GIS의 기능은 공간 데이터, 속성데이터의 관리·분석, 두 데이터의 통합적 분석으로 구분되며 두 주제도 간의 관계 분석·표현이 가능한 중첩 기능도 있다. 
GIS와 다른 정보시스템과의 가장 큰 차이점은 다양한 공간 데이터를 분석하여 부가가치가 높은 정보를 추출해내는 공간분석 기능이라고 볼 수 있다. 공간 분석이란 데이터베이스로부터 유용한 정보를 추출하기 위해 사용되는 기법으로, 공간 데이터에 가치를 부여하거나 공간 데이터를 유용한 정보로 바꾸는 과정이라 할 수 있다. GIS의 기본적인 분석 기능은 공간 데이터의 관리와 분석, 속성 데이터의 관리와 분석, 공간 데이터와 속성 데이터의 통합적 분석으로 구분된다(이희연, 2003). 또한, GIS의 분석 기능 가운데 가장 막강한 기능으로 평가되는 것은 다른 주제도 위에 또 다른 주제도를 이용하여 두 주제도 간의 관계를 분석하고 이를 지도학적으로 표현할 수 있는 중첩(Overlay) 기능으로, 중첩 연산은 매우 직관적이고 유용하여 GIS 출현 이전부터 사용되어온 기법이다. 중첩이란 하나의 커버리지 위에 다른 커버리지를 올려두고 두 커버리 지(coverage)에 나타난 형상들 간의 관계를 분석하는 것으로 중첩의 기능은 크게 세 가지로 나누어 볼 수 있다(이희연, 2003).