청소년쉼터의 역할과 기능 수행이 부족하다는 지적이 이어지고 있다. 쉼터유형의 다양화와 체계화된 서비스에도 불구하고 균일하지 않은 서비스 제공과 단기쉼터의 낮은 만족도로 인한 단기청소년쉼터 개선과 활성화가 필요하다.
청소년쉼터가 가출청소년을 위한 시설임에도 불구하고 그 역할과 기능을 제대로 하지 못하고 있다는 것이 문제로 지적되고 있다(이민희, 2010). 청소년쉼터는 청소년의 가출 이유와 가출 이후의 다양한 생활패턴을 고려하여 쉼터 유형을 다양화하고, 이에 따른 서비스를 체계화 하였지만, 같은 유형의 쉼터 내에서도 일관된 서비스가 제공되지 못하고 있는 실정이다(전경숙, 이의정, 2012). 또한 가출 청소년의 청소년쉼터에 대한 만족도는 상당히 높은 편이지만 일시쉼터에 대한 만족도에 비해 단기쉼터에 대한 만족도는 상대적으로 낮은 편이다(한국청소년쉼터 협의회, 2010). 청소년쉼터의 주 기능을 담당해야 할 단기청소년쉼터의 만족도가 가장 낮게 나옴으로 가출청소년의 입장에서 보는 단기청소년쉼터의 개선 혹은 활성화가 필요한 것으로 나타났다(한국청소년쉼터협의회, 2010).