중대한 법위반행위에 공정위가 동의명령제도로 사건 종결하는 것을 금지하는 것은 수긍하나, 적용 요건의 불명확성이 문제이다. 따라서 동의의결에 따른 고발권 면제 범위를 명확히 설정해야 한다.
형사처벌이 필요한 중대한 법위반행위에 대해서까지 공정거래위원회가 동의 명령제도를 통해 사건을 종결하는 것을 금지하겠다는 취지는 수긍할 바가 있으나 앞에서 본 바와 같이 제71조 제2항의 적용 요건 자체가 명확하지 않기 때문에 어느 범위까지 동의명령제도에 의한 해결이 가능한지는 의문이다. 동의명령 제도가 도입되기 이전의 견해로 자의적 운영을 방지하여야 하며 중요한 법 위반행위인 가격담합, 입찰담합 등에 대해서는 동의명령을 제한하여야 한다는 견해가 있는데, 동법 제51조의2 제1항 각호의 규정과 부합하는 바가 있으며, 고발의무의 범위와는 별도로 동의의결에 따른 고발권 면제의 범위를 보다 명확히 설정할 필요가 있다고 생각한다.