특허법원에서 피고측의 주장은 출원상표는 등록이 허용되어서는 안 된다는 취지였다. 이에 반해 원고측은 상품의 출처를 표시하는것으로 수요자들에게 인식되었으므로 상표법 제6조 제1항 제4호 및 제 7호에 해당하지 않는다 주장했다.
특허법원에서 피고(특허청) 측의 주장을 보면, ‘서울대학교’는 현저한 지리적 명칭으로 된 ‘서울’과 학교의 종류인 ‘대학교’로 구성된 표장으로서 결합을 통해 새로운 관념이나 식별력을 형성하고 있지 않다. 따라서 교수업 등에 관하여서는 ‘사용에 의한 식별력’을 취득하였거나 주지·저명하다고 하더라도 이 사건 각 지정상품에 대하여는 그 식별력을 얻지 못하였으므로 이 사건 출원상표는 등록이 허용되어서는 안 된다는 취지였다. 이에 반해 원고(서울대학교 산학협력단) 측은 “오랜 사용에 의하여 국내의 수요자들에게 고유명사로서의 새로운 관념이 생겼고, ‘교육업’ 뿐만 아니라 원고의 업무와 관련된 모든 상품이나 서비스업의 출처를 표시하는 것으로 국내의 수요자들에게 현저하게 인식되었으므로 상표법 제6조 제1항 제4호 및 제 7호에 해당하지 않는다”고 주장했다.