당사자의 참여 없이 복제와 저장 과정, 약사법 및 조세범 처벌법 위반 정보 출력 과정은 위법이며 두 번째 영장 때 위반 정보를 출력하는 과정도 위법이므로 첫 번째 영장집행도 위법이다.
또한 후자를 살펴보면, 수사기관이 배임죄와 관련된 영장을 통해 디지털 증거를 수집하고, 당사자의 참여를 인정한 가운데 복제를 하고, 환부한 과정은 적법하였다. 그러나 복제한 자료를 별도의 하드디스크에 저장하는 과정 및 저장된 하드디스크에서 관련성 있는 자료를 출력하고, 약사법 및 조세범처벌법 위반 관련 정보도 함께 출력하는 과정에 당사자의 참여가 없었기 때문에 대법원은 이를 위법하다고 판단하였다. 또한 두 번째 영장을 통해 약사법 및 조세범 처벌법 위반 정보를 탐색하고 출력하였는데, 해당 과정에 당사자의 참여나 목록 교부가 없었기 때문에 위법한 것으로 되었다. 결국 그런 일련의 과정이 위법했기 때문에 첫 번째 영장집행도 전체적으로 위법한 것으로 판단하였다.