1949년 대규모로 한족이 대만으로 이주하여, 원주민족에 대한 억압적 통치를 강화하고 동화정책을 강력하게 추진하였다. 원주민족에게 의무적으로 한자이름을 가지도록 하고, 호적법으로 원주민족 증가를 저지하며, 원주민족의 발음으로 기록된 서적을 금지하고 평지원주민족의 한족화를 가속화시켰다.
1945년에 대만이 광복되면서 대만의 원주민족은 기존의 산지원주민족과 평지원주민족의 이분법적인 구분체계로 회귀하게 되었다. 1949년 국민당이 대만으로 패퇴하면서 짧은 기간 동안 대규모의 한족이 대만으로 이주하게 되었으며, 원주민족에 대한 억압적 통치가 강화되었고, 원주민족에 대한 광범위한 동화정책이 강력하게 추진되었다(廖正宏 1985, pp.29). 대만 당국은 호적등록을 하는 과정에서 원주민족이 의무적으로 한자이름을 가지도록 규정하였으며, 원주민족 고유의 지명을 한자지명으로 변경하였다. 또한 원주민족 여성이 한족남성과 혼인하는 경우 원주민족의 신분을 상실하였으나 한족 여성이 원주민족 남성과 혼인하는 경우에는 한족의 신분을 유지하도록 호적법에 규정함으로써 원주민족의 수적 증가를 저지하는 방편으로 삼았다. 대만 교육부는 원주민족의 발음으로 기록된 서적의 사용을 금지하였으며, 지방행정권의 분권화에 있어서 산지 지역의 경우 향장(鄕長)은 반드시 산지원주민족이 담당하도록 하였으나 평지원주민족에 대해서는 이러한 규정을 적용하지 않음으로써 평지원주민족의 한족화를 가속화하는 결과를 초래하였다.