중소기업특별세액감면제도는 특정 경제행위 요건없이 중소기업에  세액감면을 지원하고 있다. 세법상 중소기업의 범위 및 감면업종이 관련법과 일치하지 않고 규정방식이 정확치 않아 분쟁을 야기한다.
개인사업자를 포함하여 연간 약 1.7조원의 조세지출규모를 유발하는 중소기업특별세액감면제도는 다양한 문제점을 갖고 있지만, 가장 큰 문제점은 긍정적 외부효과 를 유발하는 특정한 경제행위 요건 없이 단순히 수익성을 확보한 중소기업이라는 이유만으로 5~30%의 세액감면을 지원하는 것이다. 세법상 중소기업의 범위 및 감면업종이 한국표준산업분류 및 중소기업기본법과 일치하지 않고 열거주의 방식으로 규정되어 있어서 납세자와 과세당국 사이의 분쟁의 주요 원인으로 작용하며 납세자의 납세순응비용을 확대하기도 한다. 중소기업특별세액감면제도 관련 불복 심판청구는 도입 이후 2015년까지 193건으로, 이 중 업종에 관한 다툼은 약 73건으로 분류되어 전체의 37.8%에 달하고 있다.