일반적으로 18개월인 현역복무에 비해 대체복무기간은 27개월이라 부당한 듯 하지만 대체복무자의 복무기간은 직업수행이 이루어지는 취업의 연장선으로 본다. 그러나 양심적 병역거부 대체복무자의 복무기간은 취업 상태에서는 경력의 단절로, 미취업 상태에서는 취업시기의 지연으로 불이익과 차별을 받고 있다.
또한 현역복무보다 지나치게 긴 대체복무기간은 대체복무자로 하여금 노동 시장에 진입하는 시기를 과도하게 지연시키기 때문에 부당한 차별이 될 수 있다. 20대 젊은이들에게 1, 2개월도 황금 같은 시간이다. 할 일 많은 그 시기에 양심을 팔기에는 9개월도 너무 길다. 엄청난 불이익으로 느껴질 것이다. 현역 18개월의 1.5배인 대체복무기간 27개월은 현역복무를 상쇄하고도 넘친다. 산업기능요원, 전문연구요원, 공중보건의사 등 다른 대체복무자의 복무기간이 장기임에도 부당하거나 불이익이라고 볼 수 없는 이유는 대체복무기간이 직업수행으로 볼 수 있고 경력을 쌓는 기간이며 따라서 경력단절이 없다는 점, 취업의 연장선이라는 점이다. 그러나 양심적 병역거부 대체복무자는 취업이 된 상태에서 대체복무를 하는 경우에는 경력단절기간이고, 미취업의 경우에는 취업시기가 과도하게 미루어지는 기간이라는 점에서 불이익과 차별을 받는 것이라고 볼 수 있다. 양심적 병역거부 대체복무자는 현역복무자와 마찬가지로 병영생활을 하지 않았을 뿐 군복무를 필한 것 외에 복무기간이 경력을 쌓은 기간이라고 말할 수 없을 것이다.