청소년참여법정 운영 방안에서 『소년심판규칙』 제11조의 조사방법과 제12조의 조사보고에 관한 사항이 적합한 규칙인지 문제가 제기되었다. 규칙 개정을 시도하였으나 도입하기에 이르다고 판단하였고, 이에 구체적 메뉴얼로 대체하였다.
그런데 소년조사의 실행규칙인 『소년심판규칙』 제11조의 조사방법과 제12조의 조사보고에 관한 사항이 청소년참여법정의 구체적 실행 규칙으로 적정할 것인지에 대한 의문이 제기되었다. 특히 『소년심판규칙』 제11조 제1항의 조사방법은 청소년참여법정 운영방안의 근거로 삼기에는 너무 추상적이고 포괄적이어서 청소년참여법정 운영의 구체적인 지침으로 활용하기에 부족함이 있었다. 이에 따라 한편에서는 『소년심판규칙』 제11조 제2항 이하에 조사절차의 일환으로 청소년참여법정의 별도 규정을 두는 방안이 제기되었고, 다른 한편에서는 이와는 달리 청소년참여법정의 선명성을 부각하기 위해 『소년법』 제31조의 위임규정을 근거로 구체적인 실행방안을 ‘대법원 규칙’으로 정하자는 방안도 제기되었다. 그러나 처음 시도하는 제도를 전국 운영을 전제로 하는 규칙이나 예규로 제정하기에는 시기상조라는 판단 아래, 대법원 규칙 개정은 없이 시범 운영을 위한 구체적 매뉴얼을 만들어 실행에 대응하는 방안을 채택했다.