국가 공공감사시스템의 효율적인 운영을 위해선 유기적 협조체제와 적절한 역할분담이 필요하다. 감사원, 자체감사기구 각자의 역할을 수행해야하지만 제도적 기반의 부족으로 인해 제약이 많았다.
국가 공공감사시스템이 효율적으로 운영되기 위해서는 최고 감사기구와 자체감사기구가 유기적 협조체제를 유지하면서 상호 간 감사의 중복 또는 감사 사각이 없도록 적절한 역할분담이 이루어져야 한다. 감사원은 공공감사에 관한 기준과 지침 시달, 전문 직무교육의 실시 및 자체감사의 결과에 대한 평가와 개선 권고 등의 지도․지원 역할을 수행하고, 자체감사기구는 소속 기관의 일상적인 회계 집행과 업무수행과정 및 내부통제 등에 대해 전문성을 가지고 감사업무를 수행해야 한다. 그러나 우리나라의 공공감사체계는 이러한 역할분담을 수행하기에 제도적 기반이 미비하였고, 자체감사업무의 부실 수행과 감사원의 지도․지원 역할의 한계 등 취약한 구조로서 공공감사 발전의 근본적인 제약요인이 되었다(성용락, 2013).