2차 촉진계획은 기술혁신형 기업의 성장시스템 구축을 위해 지식, 금융 등의 격차 해소에 주력했다. 그 결과 기술이전·사업화를 촉진하기 위한 기반을 마련했고 다양한 사업을 성공적으로 착수하여 양적 성과가 증대했다. 다만 상호 연계를 통한 실질적인 성과 창출에는 다소 미흡하다는 평가를 받는다. 
2차 촉진계획(’06~’08)은 기술혁신형 기업의 성장시스템을 구축하기 위해 지식, 사업화, 금융, 제도의 격차 해소에 주력하였다. 그 결과 공공기술 이전, R&D 성과 사업화, 국제협력, 기술금융, 기술평가 등 전(全)방위적으로 기술이전·사업화를 촉진하기 위한 기반이 마련되었다. 먼저 기술현물출자 인정, 가치평가 표준모형 개발·보급 등의 평가 기반 뿐만 아니라 신성장동력 펀드 조성, 기술평가보증 확대 등 기술금융 기능이 강화되었다. 이에 따라 기술평가정보 종합유통시스템을 구축·운영(’08.6월)하였고, 기술평가 기반의 신용대출도 확대(’06년 17,402억 원 → ’08.10월 31,154억 원)되었다. 또한 기술사업화를 목표로 사업기획과 기술개발을 순차적으로 연계·지원하는 사업화연계기술개발사업(R&BD)도 성공적으로 착수(’06년)되었다. 또한 공공연구기관의 기술사업화 경험 축적 및 제반 환경 개선에 따라 보유기술자산 및 투자 등의 확대에 비례하여 양적 성과가 증대하였다. 다만, 양적 성과 중심 기술이전·사업화 정책들의 개별 추진으로 인해, 상호 연계를 통한 실질적인 성과 창출에는 다소 미흡하다는 평가를 받았다.