과징금 부과액은 '최종' 심결자료를 분석에 사용하였다. 공정위 심결을 피심인이 받아들 일 수 없을 때에는 이의신청이나 행정소송을 제기할 수 있는데 공정위가 패소할 경우 과징금을 재산정하게 되므로  이러한 사건도 하나의 사건으로 보아서 원심사건과 비교한 후 재심후에 최종 부과된 과징금 액수를 분석했다.
둘째, 과징금 부과액은 ‘최종’ 심결자료를 기준으로 하였다. 위 첫째 기준에 따라 심결자료를 정리하니 일관성을 해치는 다른 문제가 존재했다. 제II장의 [그림 II-2]에서처럼 공정위 심결에 피심인이 불복하는 경우 이의신청 혹은 행정소송제기가 가능하다. 실제로도 피심인들이 불복하여 공정위가 과징금을 재결 및 재산정하거나 직권취소한 경우(이하 이를 통칭하여 재심이라 함)가 다수 있었다. 가령, 2007년 6월 5일 부당공동행위로 과징금을 부과 받은 9개 폴리프로필렌 제조·판매사가 공정위를 상대로 행정소송을 하였는데, 그 결과 공정위가 패소하였다. 이후 공정위는 세 피심인들에 대한 과징금을 각각 재산정하였다.91) 따라서 이러한 사건 역시 하나의 사건으로 간주하고 모든 심결자료의 의결일자를 추적하여 재심이 있었던 사건은 원심사건과 하나하나 대응하여 최종적으로 부과된 과징금액수를 분석에 사용하였다. 특히, 의결서를 수집하는 과정에서 재심사건은 조치유형을 ‘과징금’으로 분류할 경우 부분만 추출될 뿐, 전체집합을 찾을 수 없었다. ‘기타’, ‘인용’, ‘일부인용’의 조치유형으로 분류되어 있었기 때문에 의결서를 추적하기가 매우 어려웠다.