일본의 거액결제시스템에는 BOJ-NET와 외국환엔결제시스템이 있다. BOJ-NET는 금융기관 간 자금이체 등을 처리하는 당좌예금시스템, 엔 자금 결제를 처리하는 외국환엔결제시스템, 자금결제 등을 온라인으로 처리하는 국채시스템으로 구성된다.  
나. 일 본
일본의 거액결제시스템에는 일본은행이 운영하는 BOJ-NET와 당초에는 동경은행연합회가 운영하였으나 일본은행에 위임되어 BOJ-NET의 일부로서 운영되고 있는 외국환엔결제시스템(FEYCS)이 있다.
(1) BOJ-NET
BOJ-NET는 금용기관간 또는 금융기관과 일본은행간 자금이체를 온라인으로 처리하기 위해 1988년부터 일본은행이 구축/운영하고 있는 전자방식 거액결제시스템으로 1997년 8월말 현재 533개 금융기관이 이용하고 있다.
동 시스템은 당좌예금시스템, 외국환엔결제시스템, 국체시스템의 3개 시스템으로 구성된다. 당좌예금시스템은 단기금융시장, 채권시장 동에서의 거래에 따른 금융기관 간 자금이체, 어음교환 등 차액결제시스템의 은행 간 결제 및 일반 고객의 수취인지정자금이체 (third-party transfers)를 처리하고, 외국환엔결제시스템은 금융기관간의 외국환매매와 유로엔 거래 등에 따른 엔 자금 결제를 처리한다. 또한 국채시스템은 국채의 등록, 양수도, 입찰 및 국채거래에 따른 자금결제 등을 온라인으로 처리한다.