신기능주의는 경제,기능의 협력과정은 정치와 따로 떼어 생각할 수 없으며 통합은 정치엘리트들이 그들의 정치적 이익을 위해 의도적으로 협력함으로써 발생한다고 본다. 협력의 파급효과는 인정하나 국가범위를 벗어난 문제해결을 위해서는 초국가적 기구가 필요하고 이를 통해 국가를 초월한 제도화가 이루어진다고 주장한다. 유럽통합으로 만들어지고 있는 초국가기구는 이러한 신기능주의 이론의 중요한 연구 대상이다.
신기능주의는 기능주의가 가진 그러한 한계를 극복하기 위해 나타났다. 기능주의의 경제·기능 결정론을 거부한 신기능주의는 그러한 경제·기능의 협력과정이 정치와 분리될 수 없다고 판단한다. 통합은 경제·기능적 협력을 통해 이루어지는 것이 아니라 이익단체, 정당, 정부, 국제 기구에서의 정치엘리트들이 그들의 이익을 위해 상호협력을 주도하는 것으로부터 시작된다. 즉, 통합은 자동적인 기능적 요구에 의한 기구창설로 연결되는 것이 아니라 정치엘리트의 정치적 결단을 통해 의도적으로 발생하는 것이다. 다만, 미트라니가 분기라고 명명한 협력의 확대 과정은 신기능주의의 대표적인 학자인 하아스(Ernst B. Haas)에 의해 파급효과(Spill-over Effect)이라는 용어로 대체되었다. 즉, 한 분야에서의 기능적인 협력이 다른 분야로 파급되어 가는 점진적 통합을 추구한다는 점에서 여전히 기능주의와 유사한 맥락을 유지하고 있다. 또한 기본적인 파급효과 자체의 효과 역시 인정한다. 그러나 비정치 분야의 협력에 의한 파급효과가 자동적으로 정치분야로 확대된다는 주장에는 의문을 제기한다. 즉, 정부간(Inter-governmental) 기구로는 국가범위를 넘어서는 문제를 해결할 수 없으며 초국가적(Supra-national) 기구의 창설과 이를 통한 타협과 협상과정 등 의도적이고 적극적인 활동이 공동체 형성에 유효하다는 주장이다. 일단 초국가적 기구가 창설되면 새로운 사회적 기대와 행위를 반복하는 과정에서 초국가수준의 제도화가 이루어진다. 유럽이 통합되는 과정에서 형성되고 있는 초국가기구의 형성은 신기능주의 이론의 주요 연구대상이다.