기초 연구에서 설정한 연구 틀은 최종 결과 변인을 학업성취, 출결, 진학･진로 등으로 설정하였고 탈북청소년들의 배경등 변할 수 없는 요인들을 고정적 배경 변인으로 설정하여 한국에서 생활하면서 변화할 수 있는 요인들은 시계열적 변화 요인으로 설정하였다.
1차년도 연구(한만길 외, 2010)에서 설정한 연구의 기본 틀이 이후 계속 유지된 것은 아니다. 애초 기초 연구에서 설정한 연구 틀은 최종 결과 변인을 학업성취, 출결, 진학･진로 등으로 설정하였다. 성, 연령, 출생지 및 북한에서의 경험 등 탈북청소년들의 배경과 관련하여 변할 수 없는 요인들을 고정적 배경 변인으로 설정하여 한국에서 생활하면서 변화할 수 있는 요인들을 이와 구분하여 시계열적 변화 요인으로 설정하였다. 시계열적 변화 요인에는 학교, 가정, 학생 개인 등의 3차원의 요인들이 포함되었다. 거주지, 가족구성, 부모의 사회경제적 지위 등의 가정 환경적 요인, 학교기본정보, 담임교사 특징, 학교의 교육지원 등의 학교 환경적 요인, 학생의 학습적응, 신체･심리 적응, 관계 적응, 사회 적응 등의 학생 요인들이 그것이다. 이 연구에서는 시계열적 변화 요인에 포함된 변인들이 연구 관심과 연구 모형에 따라 과정 변인이 될 수도 있고 결과 변인이 될 수도 있음을 가정하고 있었다. 1차년도 연구에서 설정한 탈북청소년 교육 종단연구 모형의 자세한 내용은 다음 그림과 같다.