자율증명제는 기관증명제에 비해 발급절차나 비용 면에서 더 유리하다. 한국은 싱가포르나 아세안FTA 등을 제외한 대부분의 자유무역 협정에서 자율증명제를 채택하고 있다. 한편 한미 FTA처럼 현장실사제도가 있는 경우에서는 심리적 수출 제한 가능성을 유의해야 한다.
한국이 체결한 대부분의 FTA는 수출자에 의한 자율증명제를 채택하고 있어, 기관증명제에 의한 원산지증명보다는 발급절차가 신속․편리하며, 비용절감효과가 있는 것으로 판단된다.63) 다만, 한․싱가포르, 한․ASEAN FTA가 기관증명제를 채택하고 있으므로 이 지역으로의 수출을 준비하는 수출자의 입장에서는 부득이하게 비용의 증가를 감수하여야한다. 특히 한․미 FTA에서처럼 자율증명제를 채택하면서도 원산지 신청의 정확함을 결정하기 위한 ‘사전 통보 없는 현장실사’제도를 두는 경우, 국내수출자의 미국 수출을 심리적으로 제한하는 효과를 나타낼 수 있다는 점을 주목할 필요가 있다. 또한 원산지 증명서의 작성방법과 관련해서도 별도의 서식보다는 한․EU FTA나 한․터키 FTA에서처럼 송품장(invoice), 인도증서(Delivery Note) 또는 그 밖의 상업서류를 이용한 자율증명제가 수출자에 대해서는 발급절차와 통관절차 및 비용 측면에서 더 유리한 것으로 평가된다.