일본의 노동NPO들은 대부분 회원제이며 취업 알선을 통한 수익금과 기부금 등으로 운영되고 있다. 회원 수가 적고 안정적인 수입원이 부족하여 자원봉사로 운영되고 있다.
일본의 노동NPO들의 재정 및 인적기반에 대해 살펴보면 다음과 같다. 대부분의 노동NPO조직들은 노조 단체 회원, 개별 회원 등 회원제도로 운영되고 있으며, 실업자, 재취업자 등에게 취업 알선을 통한 수익금과 분쟁 해결의 일부를 기부 받는 기부금, 그 외에 조성금, 강연 참가비, 강사 파견비 등으로 운영되고 있다. 회원들의 규모가 적으며, 안정적인 수입원을 마련하지 못하고 있는 것이 현실이다. 이러한 취약한 재정 상황으로 인해, 운영에 있어서는 자원봉사에 의존(전임자가 없는 경우)하는 경우가 많으며, 일반노조의 전임자가 NPO스태프를 겸하는 경우가 다수이다. 대부분 노조에 책상을 하나 빌리는 형태로 조직이 운영된다.