도시관리계획 전략환경영향평가 중 용도 변경의 평가 기준은 국토부 도시군관리계획 수립지침과 환경부 전략환경영향평가가 제시하는 내용들과 원칙적으로 같으나 세부 적용은 평가자등 이해관계자 사이에 이견이 있다.
도시관리계획(재정비)의 전략환경영향평가에 있어 특히 용도지역의 변경에 대한 평가 기준은 국토부 도시군관리계획 수립지침이나 환경부 전략환경영향평가 가이드라인에서 제시하는 내용들과 원칙적인 측면에서 의미를 같이 하고 있으나, 세부 적용에 있어서는 평가자, 한국환경정책·평가연구원 등 검토자, 환경청 협의권자 사이에 다소 차이가 있다. 각종 지침에서 명확히 하고 있는 별도관리지역 및 생태자연도 1등급지 등 환경적 보전가치가 큰 지역의 우선보전에 대해서는 모두가 공유하고 있는 내용이다. 하지만 개발후보지 선정에 있어서는 평가자는 주로 도시관리계획 수립지침과 토지적성평가 결과에 의거하여 평가를 수행하는 경향이 있는 반면, 검토자 및 협의권자는 전략환경영향평가 가이드라인을 중심으로 용도지역 변경 기준을 설정한다.