성과중심 예산관리제도는 구체적 성과지표관리에 초점이 맞춰져 성과와 정책목적 연계가 부족한 바, 궁극적으로 사업추진을 위한 효과 및 가치창출의 성과 파악이 되지않고 있다.
이것은 현재 우리나라 연구 개발 사업관리에서도 유사하게 나타나고 있는 현상이다. 성과 중심 예산관리제도는 예산관리를 성과에 집중하고 있으나 성과관리를 위한 수단이 계량화된 성과지표, 특히 구체적인 성과지표관리에 초점이 맞추어져 성과와 정책목적이 연계되지 못하고 있다73). 즉, 개별 연구 개발 사업들이 성과지표를중심으로 관리되고 있지만 사업 성과지표의 목표치 달성이 정부가 해결해야 할 국가적 현안 문제들의 해결로 이어지지는 못하고 있다. 개별 사업 수준에서의 성과지표, 특히 논문, 특허를 중심으로 하는 성과지표들의 목표치를 달성하도록 하는 것에 성과관리가 집중되어 있어 궁극적으로 사업 추진을 통해 창출해야 하는 효과 및가치창출이 이루어졌는지는 파악되지 않고 있다.