보병초는 작은 학교제를 실시하고 4학기제 운영을 기본으로 하는 것으로 교육과정을 재구성하였다.
보평초는 교육과정 편성･운영의 다양화를 지향한다. 즉 교과 편제 중심의 고정된 시간 운영 방식에서 벗어나 학생의 다양한 요구를 반영하고 효율적인 학습의 질 관리가 가능토록 교육과정을 재구조화하여 운영하고자 한다. 특히 창의적이고 유연한 교육과정 운영을 위해 작은 학교제를 실시함으로써 학년군별로 다양한 교육과정 모형을 개발･적용 중이다. 즉 1, 2학년은 ‘배움’, 3, 4학년은 ‘나눔’, 5, 6학년은 ‘보람’으로 구별하여 각 학년군별로 특색 있는 교육과정을 설계함으로써 학교 안의 작은 학교 시스템을 마련하고 있다. 또한 학기 구분을 4학기제 운영을 기본으로 하여 교육과정을 분기별로 재구성하고 평가와 피드백을 통한 개별 학습을 추구하는 특징을 보인다.