전국 단위의 국고보조사업으로 수행되던 사업들은 2013년 지역 특성에 맞는 사업을 추진할 수 있도록 지자체 주도의 통합건강증진사업으로 개편하여 기존 포괄보조방식에서 재정지원 방식으로 전환하고 지역 여건에 적합한 사업 분야를 선정하고 추진할 수 있도록 하였다. 이렇게 1개로 통합하여 보건복지부가 사업을 총괄하고 보건소 단위로 집행체계가 일원화 되어 그 운영과 기획‧조정이 보다 용이해졌다.
전국 단위의 국고보조사업으로 수행되던 사업들을 지난 2013년 지역 특성에 맞는 사업을 추진할 수 있도록 지자체 주도의 통합건강증진사업으로 개편된 형태이다. 즉, 포괄보조방식으로 재정 지원 방식을 전환함으로써 지역단위의 건강상의 이슈나 건강관리를 위한 보건 의료 자원의 지역 간 격차를 고려하여 지역 여건에 적합한 사업 분야를 선정하고 사업을 추진할 수 있도록 포괄보조방식을 도입한 것이다. 사실 기존 보건소 주체로 실시되던 건강증진 국고보조사업은 17개 개별 단위사업이 산발적으로 수행됨으로써 유사한 사업이 통합적으로 관리되지 못하고, 국가적 차원의 건강증진 정책 방향과의 정합성이 떨어진다는 지적이 있었다. 이러한 한계를 개선하기 위해 기존의 17개 국고보조사업을 금연, 절주 등 건강 목표, 건강 영역 등 13개 사업을 1개로 통합하여 운영하게 된 것이다(정은희 외, 2014, p.46). 이러한 시도를 통해 단위사업 간의 칸막이를 제거하고, 사업 간 유기적으로 연계된 사업 설계를 가능케 하였다는 평가이다. 중앙정부 차원에서는 보건복지부(건강정책과)에서 사업을 총괄하고, 지자체는 시‧군‧구 단위 보건소를 전달 체계로 한다(정은희 외, 2014, p.46). 앞서 복지 영역에서의 포괄보조방식 운영 사례와 달리, 990억 원 규모의 상대적으로 소규모 사업 재원을 운용하면서 보건소 단위로 집행체계가 일원화되어 있고, 지자체 차원에서 총괄적으로 사업을 운영하는 담당자가 배치되어 있어 사업의 운영‧관리 및 기획‧조정이 상대적으로 용이한 것으로 사료된다.