당시 정부가 추진하던 행정망 사업에 다국적 대기업 컴퓨터가 아닌 벤처기업 톨러런트사를 선정한 것을 놓고 국내 이용자들의 비판과 적절성에 대한 정치적 논란이 일었다. 실제 1988년 국정감사에서는 이에 대한 집중 질의가 있었다.
당시의 주된 기술 환경은 메인프레임 컴퓨터를 중심으로 주변에 더미 터미널을 연결하여 쓰는 방식이었다. 메인프레임의 강자였던 IBM, 후지쯔 등 외국 컴퓨터 회사 제품을 주로 사용하고 있었던 국내 이용자들은 정부와 벤처기업인 톨러런트사 간 계약을 예상 밖의 결정으로 받아들이고 이에 대해 비판적 입장을 취하였다. 당시 행정망 사업을 야심 차게 추진하였던 한국 정부가 이미 기술적 시스템이 검증된 다국적기업 컴퓨터를 주전산기로 선정하지 않고 의외의 기업을 사업파트너로 선정했기 때문이었다. 이에 톨러런트 기종 선정은 그 적절성을 놓고 정치적 논쟁으로까지 비화되었다. 1988년 9월 국회 국정감사에서는 이미 검증된 대기업 컴퓨터를 선정하지 않고 톨러런트라는 벤처기업을 선정한 배경에 대해 국회의원들의 집중 질의가 있었고, 이는 ‘과학 분야의 5공 비리가 아니냐?’는 지적까지 제기되기도 하였다.