이회창 총리는 행정 각부 통할권 관련하여 국무총리는 다른 분야는 물론 통일, 외교, 안보분야 등 폭 넓게 권한을 가지고 직접 관여해야할 업무라고 판단하였다. 이에 김영삼 대통령의 직접 업무 관여를 예로 들었다.
이회창 총리는 국무총리의 ‘행정각부 통할권’을 폭 넓게 해석하여 다른 분야는 물론 통일, 외교, 안보분야까지도 국무총리의 업무 권한에 속하고 직접 관여하여야 할 업무라고 판단했다. 한 예로 1994년 초 김영삼 대통령이 중국을 방문하는 동안 이 총리는 관례와는 달리 안보관계장관회의를 소집하여 안기부의 업무보고를 받았으며, 국방부를 방문하는 등 적극적인 행보를 보였다. 또한 1994년 4월에는 현재의 국가안전보장회의와 유사한 통일안보정책조정회의 논의 사항도 국무총리가 보고받아야 한다고 지시하기도 하였다. 게다가 이회창 총리는 김영삼 대통령에게 통일안보정책조정회의에서 국무총리를 배제시키는 것은 잘못이라고 주장하면서 향후 회의에서는 자신을 포함시켜야 한다고 요구하기도 하였다(정두언, 2001: 180).