법에 따른 손실보장 규정이 없는 경우  정부가 경영평가시에 특례를 인정해 주는 것을 이용해 정부예산으로 해야 할 사업을 공공기관에서 대행하도록 한다면 이는 결국 공공기관 재무구조의 악화 요인이 된다.
다음은 경영평가시 과도하게 지표 특례를 인정해 주는 것을 이용해 정부예산으로 해야 할 사업을 공공기관에 떠넘겨 공공기관에게 과도한 부담을 줄 수 있다는 것이다. 공공기관이 수행하는 정부 정책사업이라는 것이 원래는 정부가 직접 해야하는 사업이나, 공공기관이 가진 전문성을 활용하기 위해 공공기관이 대행하게 하고 손실이 발생할 경우에 정부에서 법에 따라 보전하는 사업이라고 볼 수 있다. 그러나 법에 따른 손실보상 규정이 없는 경우에 정부가 경영평가시에 특례를 인정해 주면서 대규모 정부 정책사업을 대행하게 한다면 이는 결국 공공기관의 재무구조를 악화시키는 요인이 된다. 실제로 과도한 금융부채가 문제되고 있는 한국수자원공사의 경우 부채의 대부분이 ‘4대강 및 경인아라뱃길 사업’으로 인한 금융부채이다.