1단계 정부청사의 1구역과 2구역을 착공하고 준공하기 위해 국제설계공모를 통해 설계를 완료하고 공사를 예정했으나 정책 환경의 변화로 2년간의 건립사업이 지연되면서 공기가 부족했다. 
국무총리실 등 1단계 정부청사의 1구역(국무조정실 등)은 총사업비 876억 원, 연면적 4만㎡ 규모로 2008년 12월 착공하여 2012년 4월 준공하였고, 2구역(기획재정부 등)은 총사업비 4,272억 원, 연면적 21.5만㎡ 규모로 2010년 10월 착공하여 2012년 11월 준공하였다. 이를 위해 국제설계공모를 통해 1구역은 2008년 6월, 2구역은 2009년 4월에 설계를 완료하고 본격적인 공사가 예정되었으나, 세종시 자족 기능 보완 필요성 제기(’08.7월), 발전방안 발표(’10.1월) 등 정책 환경의 변화로 국회 최종결정 시(’10.6월)까지 2년간의 건립사업이 지연되어 공기가 절대적으로 부족하였다.