건강보험심사평가원에는 원장, 이사, 감사를 두며, 원장과 이사 중 감사는 상임으로 한다. 원장은 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 보건복지부 장관의 제청으로 대통령 이 임명하며, 상임이사는 상임이사추천위원회의 추천 절차를 거쳐 원장이 임명한다. 
건강보험심사평가원에는 임원으로서 원장, 이사 15명 및 감사 1명을 두며,이 경우 원장, 이사 중 4명 및 감사는 상임으로 한다(국민건강보험법 제65조 제1항). 원장은 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 “보건복지부 장관의 제청”으로 “대통령 이 임명”하며(동조 제2항), 상임이사는 상임이사추천위원회의 추천 절차를 거쳐 “원장 이 임명”한다(동조 제3항 및 동법 시행규칙 제31조). 비상임이사는 ① ⓐ 국민건강보 험공단이 추천하는 1명, ⓑ 의약관계단체가 추천하는 5명, ⓒ 노동조합･사용자단체･ 소비자단체 및 농어업인단체가 추천하는 각 1명과 ② 보건복지부의 3급 공무원 또는 고위공무원단에 속하는 공무원 중에서 보건복지부 장관이 지명한 1명을 “보건복지부 장관이 임명”하며(동법 제65조 제4항 및 시행령 제29조), 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 “기획재정부 장관의 제청”으로 “대통령이 임명”한다(동법 제65조 제5항).