은행과 비은행 금융기관은 펌뱅킹업무 제휴를 통해 온라인 자금이체와 CD/ATM 서비스 등을 제공한다. 2000년 말 기준 은행과 비은행금융기관의 제휴 건수는 전년대비 감소했다. 보험회사는 다양한 형태의 서비스를 이용 중이고 증권회사, 종금 및 금고 등은 온라인 자금이체 서비스와 잔액조회 등의 서비스를 주로 이용한다. 
5. 은행과 비은행 금융기관의 연계
가. 은행과 비은행 금융기관 간 펌뱅킹 연계 현황 
은행과 증권/보험/상호신용금고 등 비은행 금융기관은 펌뱅킹 업무제휴를 통해 비은행 금융기관 고객의 증권거래대금/예탁금/부금 등 각종 자금의 입/출금 업무를 은행공동망을 이용하여 실시각으로 처리하는 온라인 자금이체와 CD/ATM 이용 서비스 등을 제공하고 있다. 2000년 말 현재 전체 22개 국내은행 중 산업 및 수출입은행을 제외한 20개 은행 및 우체국이 비은행 금융기관과 펌뱅킹에 의한 업무제휴를 실시하고 있다.
금융산업 구조조정 등의 영향으로 비은행 금융기관과의 제휴 건수는 전년대비 13.6% 감소하여 2000년 말 현재 5,419건으로 일반기업을 포함한 전체 펌뱅킹 제휴건수(117,300건)의 4.6%를 차지하였다.
비은행 금융기관별 주요 이용서비스 내용을 보면 보험회사는 보험료 수납, 영업자금 송금, 보험금 및 대출금 지급, 대출원리금 상환 등 다양한 형태의 서비스를 고루 이용하고 있으며, 증권회사, 종금 및 금고 등의 경우에는 증권거래대금/예탁금 등 각종 자금의 입출금 업무를 실시각으로 처리하는 온라인 자금이체 서비스와 잔액조회 등의 서비스를 많이 이용하고 있다.