국가인권위원회는 정신장애인 인권 관련 국가보고서를 발간하며, 정신보건법제에 문제를 제기하고 개선방향을 제안했다. 위원회의 입장은 인권 보호의 강화에 일부 기여했으나, 복지서비스 강화에는 큰 영향을 주지 못했다.
첫째, 문제의 흐름에서 국가인권위원회는 중요한 역할을 수행하였다. 국가인권위원회는 2007년–2008년 동안 ‘정신장애인 인권보호와 증진을 위한 국가보고서’ 발간사업을 통하여 국가기관으로서는 최초로 정신보건법제에 대하여 문제를 제기하였다. 그리고 정신보건법제의 개선방향을 입·퇴원 및 치료·재활과정에서 인권보호를 강화하고 지역사회에 기반을 둔 정신보건복지서비스체계로의 전환으로 제시하였다. 이러한 국가인권위원회의 입장은 앞서 제시한 바와 같이입법과정에서 당사자단체나 인권단체들에 의해 그대로 계승되었다. 그러나 정책의 흐름에서 인권 보호를 일부 강화하는 데에는 국가인권위원회의 기여는 있었으나 복지서비스 강화에는 별다른 영향을 미치지 못했다고 평가된다. 이는 국가보고서의 한계가 아니라 국가인권위원회의 한계라고도 볼 수 있다.