학업중단숙려제가 의미 있는 제도가 되기 위해서는 학교 외에 타 기관과도 유기적으로 운영될 수 있는 방안이 필요하다. 학업 중단을 고려하는 학생 중에서는 자의적으로 결정하거나 장기결석자가 많기 때문에 제도에 대한 이해와 인식이 부족하다.
셋째, 학업중단숙려제에 대한 제도 보완이 필요하다. 학교복귀경험 청소년 가운데 학업중단 숙려제에 대해 약 20% 청소년들만이 안내를 받았으며, 제도에 대한 도움 인지도 보통 수준(100점 만점에 약 57점)으로 나타났다. 학업중단숙려제를 통해 전문기관의 상담을 통해 신중하게 학업중단을 하게 하려는 좋은 취지에도 불구하고 제도에 대한 이해와 인식이 낮기 때문에 청소년들의 욕구에 기반한 제도로 시행되기 위한 보완이 필요할 것이다. 학업중단숙려제 시행에 있어서 주의를 요구하는 점은 학업을 중단하려는 청소년 중 일부 청소년은 이미 학교를 나오지 않는 장기결석자이거나 학교상담교사와 상담과정을 거치지 않고 학업을 자의적으로 중단하는 청소년들에게는 학업중단숙려제 시행이 의미 있는 제도로서의 시행이 어렵다는 것이다. 따라서 학업중단숙려제가 학교뿐만 아니라 청소년상담복지지원센터, 청소년쉼터, 사회복지관 등과 유기적이고탄력적으로 운영될 수 있도록 하는 방안이 필요할 것이다.