갈등영향분석 단계에서의 문제는 초기엔 불명확한 목적, 부적절한 시기, 내부 규정 부재, 심의의 부재 등이 있다. 진행 단계에선 낮은 전문성, 방향의 전제 등으로 인해 실질적 분석이 어렵다는 것이다. 활용단계에선 정치·감정 문제로의 비하, 절차제시 부재, 추상적인 대안제시 등에 그치고 있어 갈등관리에 한계가 있다.
또한 제4장과 제5장의 연구결과에서 나타났듯이, 갈등영향분석 초기 계획단계에서의 문제로는 갈등영향분석 수행목적의 불명확성, 갈등영향분석 시기의 부적절성(사업계획단계에서 수행이 바람직하나 대부분 사업이행단계에서 수행함), 갈등영향분석에 대한 내부 규정 부재, 갈등관리심의위원회의 갈등영향분석 심의가 거의 이루어지지 못하고 있는 것으로 나타났다. 갈등영향분석 진행 단계에서의 문제로는 갈등영향분석 담당 공무원과 수행자 모두 전문성과 이해도가 낮고, 갈등영향분석 수행에 있어 발주처가 원하는 방향을 미리 전제하고 있거나, 합의 가능성 모색 및 합의형성절차 설계에 한계가 있고, 갈등관리심의위원회에서 갈등영향분석 실시 여부만 심의하고 있어서 실질적 갈등영향분석이 이루어지기 어려운 것으로 파악되었다. 그리고 갈등영향분석 이후 활용단계에서의 문제로는 갈등영향분석 결과가 정치적･감정적 문제로 비하되거나, 합의형성을 위한 민주적 절차제시가 제대로 이루어지지 않고 있고, 갈등영향분석 결과가 추상적이고 규범적 대안제시에 그치고 있고, 갈등영향분석 보고서 공개기준이 불명확하며, 협의체 참여자의 대표성이 낮아 갈등영향분석 이후 갈등관리에 상당한 한계가 있는 것으로 나타났다.