민간협력 파트너십 조직의 큰 문제점 중 하나는 추진체계의 복잡성이다. 규제 개혁 과정에서도, 소관부서에 따라 주무부처와 유관부처가 참여해야하고, 주무 부처가 동의하지 않으면 일이 추진되지 않는다.  이런 현상은 역대 정부에서 빈번히 일어났다.
두 번째로 추진체계의 복잡성도 민관협력 파트너십 조직의 구성과 권한 배분에 영향을 미친다. 추진체계 복잡성은 민관협력 참여 조직의 범위를 특정하기 어렵게 한다. 행정부 내부에서만 하더라도 규제의 소관 부서에 따라 중앙정부, 지방정부의 주무부처와 유관 부처가 참여하도록 해야 하고, 관련 사항에 관한 권한 배분과 조정협의에 상당한 시간과 비용을 투자해야 한다. 뿐만 아니라 규제개혁 대상으로 제기된 문제에 대해서 궁극적인 개선 권한을 가지고 있는 주무 부처가 의사결정 내용과 과정에 동의 내지 합의하지 않으면 민관협력 파트너십 조직은 실행력을 확보하기도 어려울 뿐만 아니라 이해관계의 분화로 또 다른 형태의 사회 갈등이 유발된다. 실제로 역대 정부의 규제개혁 추진 과정에서 이런 현상은 빈번히 관찰되었다. 지방자치단체 규제개혁을 위한 건의를 접수한 주무부서는 이를 수용하려는 노력 보다는 규제 개혁 반대논리를 개발하여 회신하거나, 늑장 회신으로 반응하는 경우도 있었다.