국가주도의 대학설립과 운영은 지속적으로 중요한 역할을 할 것이다. 1960년대 이후 정부는 국립대학을 우선 육성하고 다음으로 사립대학을 지원해왔다. 그러나, 장기적이고 포괄적인 관점에서 국립대학을 발전시키고 국가역량을 강화하는 고등교육 총괄계획이나 국가와 정책 파트너들이 민주적인 의사결정을 할 수 있는 협치기구도 없이 정부는 대학을 단기적 정책성과를 내는 데 이용하고 개입해 왔다.
국가(지방정부)의 직접투자를 통한 대학설립과 운영은 지금까지 중요한 역할을 수행해 왔고, 앞으로도 그럴 것(예: 한전공대 논의)이다. 1960년대부터 현재까지 국가(교육부) 중심의 계획과 집행으로 국립대학을 우선 정책대상으로 하고 사립대학을 활용하는 방식이었다. 국립대학을 중심으로 국가핵심사업의 인력양성(공학기술자, 교사, 의사 등)에 재정과 인력을 집중 투자하는 것이었다. 국립교육대학, 사범대학, 의과대학의 발전과 특성화(경북대 전자공학, 부산대 기계공학, 전남대 화학공학, 충남대 공학교육 등), 특성화 대학의 설립(한국해양대, 한국교원대학교)과 산업대학 설치 등이 주요 성과였다. 과학기술정보통신부 산하 4개 과학기술원(한국과학기술원, 광주과학기술원, 울산과학기술원, 대구경북과학기술원), 포항공과대학교, 고용노동부의 한국기술교육대학교와 한국폴리텍대학, 산업통상자원부의 한국산업기술대학교 등 타 부처의 국립대학 설치도 중요한 축이었다. 우리나라는 이처럼 국립대학이 나름대로 역량을 축적할 수 있도록 지원하여 왔다. 하지만, 법에 기초하여 장기적이고 포괄적으로 국립대학을 발전시키고 이를 통해 국가 혁신역량을 축적하는 고등교육 총괄계획(master plan)과 이를 주도할 국가와 사회적 파트너들이 함께하는 장기적이고 국민주권에 기초하여 의사결정을 하는 협치기구(governing body)를 갖지 못하고, 행정부(교육부) 중심의 단기적정책성과를 위한 직접 개입이라는 부작용을 낳았다.