마그넷 스쿨과 차터 스쿨의 유사점은 학부모의 선택권을 확대하며, 공립학교 체제에 자극을 준다는 것이다. 차이점은 마그넷 스쿨은 전적으로 공립학교인 반면, 차터 스쿨은 민간 주체에 의해 운영된다는 것이다.
마그넷 스쿨과 차터 스쿨의 유사점은 두 학교제도 모두 바우처 제도와 함께 학부모의 학교선택권을 확대하는 정책이며, 경직된 공립학교 체제에 자극을 줄 수 있는 대안으로써 기능한다는 것이다. 차이점으로는 마그넷 스쿨은 전적으로 공립학교로 공립학교 교육구 교육위원회 지도감독을 받으며, 공립학교 교사와 공교육재정을 사용해 운영되는 반면, 차터 스쿨은 영리 또는 비영리 민간 주체에 의해 운영되며 교육구의 지도감독을 받지 않고 자체 교육위원회를 갖고 있으며 재정 또한 공적 자금에 더해 민간 자원을 사용할 수 있다. 차터 스쿨은 성취도 향상경쟁에 있어 공립학교보다 앞서야 한다는 부담이 있었으나, 마그넷 스쿨은 성취도 향상보다는 인종통합에 궁극적 목적이 있었다는 점에서 차이가 있을 수 있다.