퇴원손상심층조사는 손상 정보에 대한 의무기록조사를 통해 손상예방정책 수립의 기초 통계자료를 생산한다. 질병관리본부가 수행하며 네이만 비례법으로 모집단인 병원 중 170개 표본병원을 선정하고, 계통추출법으로 퇴원환자의 약 9%를 추출한다. 퇴원요약자료의 데이터베이스 구축 여부에 따라 조사방법을 달리하고, 추가 조사·검토를 통해 구조화된 조사표를 작성한다. 여러 항목을 조사하며 손상환자는 추가로 심층조사한다. 
퇴원손상심층조사는 의료기관 손상 퇴원환자의 규모 및 의도성, 기전, 부위와 양상 등 손상 관련 정보에 대해 의무기록조사를 통한 근거기반의 손상예방정책 수립의 기초 통계자료를 2005년부터 매년 생산하고 있다. 질병관리본부가 직접 수행하며 조사대상은 조사 모집단 561개 병원(100병상 이상) 중 170개 표본병원을 네이만 비례법으로 선정하였으며, 표본환자의 추출은 전년도 총 퇴원환자의 약 9%를 계통추출법(systematic sampling method)을 사용하여 추출하였다. 조사방법은 퇴원요약자료(discharge summary abstract)의 데이터베이스 구축 여부에 따라 달리하였으며, 자체조사 표본병원은 조사항목과 관련된 자료를 추출한 후 미비한 부분과 심층조사 항목에 대해 의무기록을 추가 조사하여 질병관리본부 웹 시스템으로 자료를 제출하고, 방문조사 표본병원은 질병관리본부에서 파견한 의무기록 조사전문연구원이 의무기록을 검토하여 구조화된 조사표를 작성하고 있다. 조사항목은 의료기관정보, 인구사회･지리학적정보(성별, 나이, 출생일, 거주지 우편번호, 진료비 지불방법), 내원정보(입원일, 퇴원일, 입원경로), 질병 및 치료정보(주진단코드, 부진단코드, 손상외인코드, 주수술코드, 주수술일, 부수술 및 처치･특수검사코드, 퇴원후 향방, 치료결과, 원사인코드) 등으로 구성되어 있다. 손상환자의 경우 외인정보(손상의도성, 손상 발생장소, 손상시활동, 손상기전, 손상 발생일), 손상 유형별 정보(운수사고유형, 자살위험요인･동기, 중독물질) 등을 추가하여 심층조사하고 있다.