피해자의 의사가 검찰의 기소권 행사 여부를 결정하는 기준이 되는 것은 가정의 보호를 입법목적으로 하는 것에서 비롯되었다. 그러나 이는 결국 피해자의 의사가 처벌 여부를 좌우하는 변수가 될 수 있다는 점에서 우려가 된다.
피해자의 고소가 있어야 공소를 제기할 수 있는 가정폭력 범죄에서 고소가 없거나 취소된 경우 또는 피해자의 명시적인 의사에 반하여 공소를 제기할 수 없는 가정폭력 범죄에서 피해자가 처벌을 희망하지 아니한다는 명시적 의사 표시를 하였거나 처벌을 희망하는 의사표시를 철회한 경우(가정폭력특례법 제9조 제2항) 및 피해자의 의사를 존중하여 가정보호사건으로 처리할 수 있도록 하고 있지만, 이는 그 동안 가정폭력 사건에 있어서 피해자의 의사가 기소를 할 대상 사건인지 아니면 기소유예 또는 보호 처분을 할 대상 사건인지를 판가름하는 데 있어서 지나치게 결정적인 기준으로 작용되고 있는 부작용의 결과를 초래하고 말았다. 이와 같이 피해자의 의사가 검찰의 기소권 행사 여부를 결정하는 중요한 기준으로 작용하는 것은 근원적으로는 가정의 보호를 입법목적으로 하고 있는 가정폭력특례법의 취지에서 비롯된 것이라고 할 수 있으나, 피해자의 의사를 지나치게 존중하는 것은 가정폭력 범죄가 소위 친고죄 또는 반의사불벌죄가 아님에도 불구하고 결국은 피해자의 의사가 처벌 여부를 좌우하는 핵심 변수가 되는 경향을 나타나게 하였던 것이다.