대학원의 석사과정은 단기적 직무역량의 향상과 더불어 향후 장기적 감사 전문성을 향상시킬 수 있는 부문에 중점을 두었다. 성과감사와 IT 감사 능력 향상과 관련된 내용은 선택과목에 배치되었다.
대학원 석사과정의 교육과정(안)을 제시하면 앞서 논의한 바와 같이 대학원 석사과정은 단기적인 직무역량 향상뿐 아니라 향후 장기적인 감사 전문성 향상을 위해 필요한 부문에 대해서 주 초점을 맞추었다. 이에 필수과목으로는 향후 감사업무를 수행하는 데 필요한 기초소양을 확보할 수 있도록 감사 학대론, 감사기준, 회계기준, 감사윤리 기준에 대한 이해, 감사기획에서부터 결과보고에 이르기까지의 과정에 대한 기초적인 실무역량, 기본적인 조사설계, 감사 관련 법규 관련 지식의 습득, 감사를 수행하는 데 필요한 커뮤니케이션 능력 향상에 초점을 맞추고 있다. 그리고 선택과목에서는 기본적인 합법성 감사와 직무감찰 수행역량과 감사관리자로서의 관리능력 향상뿐 아니라 현대 감사환경의 변화에 적극적으로 대처하기 위해 성과감사와 IT 감사 능력 향상을 위한 과목을 배치하였다.