남한 정부는 2006년부터 본격적으로 국제기구를 통한 대북 영유아 및 모성 지원 사업을 시작하였다. 이에 더해 정부지원을 받는 약 100여 개의 대북지원 민간단체를 통한 인도적 지원도 하고 있다. 지원 규모는 2007년 1,400만 달러 2008년 1,500만 달러 2009년 750만 달러 수준이다.
남한 정부는 ‘북한 영유아 및 산모 등 취약계층에 대한 인도적 지원은 정치적 상황과 구분하여 지속한다’는 기본 입장 하에 국제기구 및 민간단체와 협력하여 영유아와 산모의 영양과 보건 분야에 중점 지원하고 있다(통일부, 2014, 2015). 남한 정부는 1996년부터 국제기구를 통해 북한에 분유 등을 지원해 오다가, 2005년에 ‘북한 영유아 기본계획’을 수립하고, 2006년부터 세계보건기구(WHO)와 유엔아동기금(UNICEF) 등의 국제기구를 통한 본격적인 대북 영유아 및 모성 지원 사업을 시작하였고, 2007년부터는 민간단체를 통한 지원 사업도 시작하였다(통일부, 2009). 현재 남한에는 약 100여 개의 대북지원 민간단체가 있는 것으로 알려져 있는데, 이들은 정부의 지원금을 받을 뿐 아니라 자체 재원조달을 통해 대북 인도적 지원을 하고 있다. 2006년에 세계보건기구(WHO)와 유엔아동기금(UNICEF)을 통한 영유아 지원 사업 규모는 약 1,300만 달러였고, 2007년 및 2008년에는 각각 1,400만 달러 및 1,500만 달러 수준으로 다소 증가하였다. 그러나 2009년에는 신종플루와 관련하여 1,500만 달러를 긴급 지원해야 하는 상황 때문에 영유아 보건부문에는 약 750만 달러 수준밖에 지원하지 못하였다(통일부, 2010).