외환부족으로 북한과 러시아의 교역증대는 어려웠다. 한편 북한은 러시아 지방정부와의 협력에 관심이 있었으며 TKR 현대화에 따른 노선 개설 필요성이 제기되었고 관세협정도 체결되었다.
북한의 외환부족 문제와 소련에서 빌린 차관 미상환 문제는 양국 교역량 증대를 가로막는 걸림돌로 남아있었다. 북한은 여전히 소련시절에 체결하였던 상환방식(구체적인 상환시기를 명시하지 않고 호혜적인 조건으로 차관을 지원받는 방식)을 유지해 줄 것을 요청하였으나 러시아 측은 이를 거부하였다. 북한은 임업, 석탄업, 농업 및 어업 분야에 있어서 러시아 지방정부와의 협력에 큰 관심을 보였다. TKR 동부 노선의 개·보수와 현대화에 관한 양해각서에 따라 두만강~원산~금강산 노선의 개설 필요성이 제기되었다. 2003년에 체결된 북-러 관세협정은 정보교류와 전문 인력 교육, 국경 협력에 관한 내용을 담고 있다.