전자정부의 행정환경이 전자문서로 변화함에 따라 해킹으로부터 보호해야 하는 신뢰성과 안정성 기반의 전자서명체계가 필요하다. 
전자정부의 행정환경이 종이 문서에서 전자문서 기반으로 전환됨에 따라 동시에 해킹 등에 의한 주요 정보의 노출·변조·훼손 등 피해 가능성이 높아졌고, 전자정부 행정 전자서명 인증체계의 신뢰성 및 안정성 확보가 필요하게 되었다. 이에 정부는 전자문서 송·수신에 대한 행정기관 및 공무원 신원확인, 전자문서 위·변조 방지 등을 보장하고 행정전자문서의 안정적 유통을 위한 정부 차원의 정보보호체계를 마련하기 위해 2000년 12월 행정 전자서명 인증체계에 대한 제도를 도입하고 시스템을 구축·운영하였으며, 2002년 12월에는 민·관 전자서명 상호연계체계 및 인증체계 구축을 통하여 전자정부 인증시스템으로서의 면모를 갖추게 되었다.