철도민자사업의 근본적 문제는 실시협약 체결 시의 실현을 가정한 전제조건이 현실에서는 예상과 다르게 이뤄진다는 데 있다. 철도민자사업의 특성상 수요예측에 영향을 주는 개발 사업들이 적정 시기에 이뤄지지 않는 경우가 대부분이며, 사업 자체가 취소되는 경우도 많다. 결론적으로 철도민자사업은 관련 계획의 실행에 있어 실시협약과의 지속적 비교와 다방면의 모니터링을 할 필요가 있다.
이러한 철도민자사업의 근본적인 문제점은 실시협약 체결시의 모든 전제조건이 미래에 실현된다는 가정 하에 협약이 체결되었지만 실질적으로는 전제조건이 예상한 바와 같이 실현되지 않는다는 데 있다. 실시협약에서는 완공 후 운영기간 동안의 수요를 예측하여 이를 토대로 운임수입과 비용을 추정하게 된다. 철도민자사업은 공사기간이 길고 운영기간도 30년으로 길어 이 기간 동안 수요예측에 영향을 미치는 택지개발사업 등 각종 개발사업이 예정된 시기에 정확히 이루어지지 않는 경우가 많으며, 일부 사업의 경우에는 사업자체가 취소되는 경우도 있다. 또한 실시협약에서는 고려되지 않았던 버스전용차로의 신설, 노선버스 도입 등과 같은 경쟁교통수단이 철도민자사업 완공 전에 도입되어 철도민자사업의 수요를 감소시키는 요인으로 작용하게 되었다. 이는 실시협약에서 확정한 철도민자사업의 수요에 대한 변경 요인이 된다. 그러나 실시협약의 당사자인 주무관청과 사업시행자는 이에 대한 논의 없이 사업을 추진하여 실시계획 승인과 공사를 시행하였으며 개통시기에 이르러서야 실제수요가 예측수요와 차이가 크다는 것을 인지하는 경우가 대부분이다. 따라서, 대규모 택지개발계획이 수반되고 타경쟁수단의 교통시설 설치가 예상되는 신규 개발지에 설치되는 철도민자사업의 경우에는 관련 계획에 대하여 지속적으로 실시협약과 비교하여 시행여부 및 추가 설치된 교통시설의 영향이 모니터링 되어야 함을 알 수 있다.