넷째, 교과교실제 내외적으로 통합적 추진이 필요하다. 내적으로는 교육시설환경, 교육과정, 교수·학습방법, 학교운영이 분절되지 않도록 유기적으로 연계해야 한다. 또한 자유학기제, 일반고 역량강화사업 등 유관 교육정책, 행·재정적 교육지원 시스템과 연계를 추진해야 한다.
넷째, 교과교실제 내외적으로 통합적 추진이 필요하다. 먼저, 교과교실제 내적으로는 교육시설환경, 교육과정 및 교수·학습방법, 학교운영이 분절되지 않고 유기적으로 연계되어 추진되어야 한다. 다음으로, 교과교실제는 관련 교육정책 및 교육지원 시스템과의 연계 추진이 필요하다. 교원업무경감, 대학입시, 강사 채용, 학교 시설 등 학교현장에서 교과교실제 추진의 애로 사항으로 제기하는 많은 문제는 교과교실제에 기인하는 것이 아닌 현재 학교교육의 보편적 과제라 할 수 있다. 또한, 학생 선택 및 맞춤형 교육 등을 통해 효과적이고 효율적으로 공교육의 질과 만족도를 제고하기 위해서는 교과교실제만으로는 어려움이 있다. 따라서 교과교실제는 자유학기제, 일반고 역량강화사업 등 유관 교육정책 및 행·재정적 교육지원 시스템과의 연계 추진이 필수적이다.