중학교 시기의 낮은 인성수준, 일탈행동의 원인을 발달과정상의 특성으로 이해해야 한다. 바른 인성은 스스로를 긍정적으로 인식할 때 함양될 수 있으므로 자유학기제도 이를 돕도록 해야 한다.
초등학교나 고등학교에 비해 유독 중학교시기에 더 낮게 나타나는 인성수준이나 중학생들의 일탈행동에 대해 중2병 이나 사춘기 때문으로 치부하기 보다는 자아정체성이 확립되는 과정에서 역할혼미 등의 갈등을 겪는 중요한 시기로 이해하고 이들로 하여금 자기존중, 자기조절 등 긍정적인 발달이 이루어지도록 다양한 교육과 활동을 지원할 필요가 있다. 배려와 소통, 책임, 정직 등 인성의 핵심가치는 자기 자신을 긍정적으로 인식하고 있을 때 비로소 가능해진다고 할 수 있다. 이러한 점에서 점차 확대될 중학교 자유학기제 역시 중학생시기에 바른 인성을 함양할 수 있도록 자아정체성 확립과 긍정적 자아형성을 최대한 지원하는 방향으로 운영되고 정착되어야 할 것이다.