2012년 효과분석 결과 교과교실제 운영으로 학생 활동 증가, 수업 참여 제고, 학업성취도 향상의 성취를 보였다. 그러나 교과 특성별 교실수업 개선이 미흡해 2015년 질적 발전 내실화를 추진했다.
2012년에 실시된 교과교실제의 효과분석 연구에 의하면 학습환경의 변화, 교수·학습활동, 학생활동 및 수업이해도 증진 등 교과교실제 운영에 따른 효과에 대하여 전반적으로 만족하거나 긍정적인 결과를 보여주었다. 다른 연구보고서에서도 교과교실제를 통하여 학생 활동이 증가하고 수업에 대한 흥미·참여도가 제고되었으며, 국어, 영어등 교과 학업성취도가 향상되었다는 결과를 보여주었다. 이러한 긍정적 결과에도 불구하고 도입기와 확대기를 거치며 교과교실제는 교과 특성에 맞는 교실수업 환경 구축 및 양적 확대를 위주로 추진되다 보니, 당초 목적인 교과 특성에 부합하는 교실수업 개선에는 다소 미흡한 면이 있었다. 이에 2015년부터는 양적 성장보다 질적 발전을 중점으로 하는 내실화를 추진하게 되었다.