이명박 정부는 공공기관 선진화방안으로 ① 경민영화 추진, ② 통폐합 또는 기능조정 및 ③ 경영의 효율화라는 3가지 원칙을 제시하였다. 목표는 국민복지의 증대이다. 이 맥락에서 정부출연의 연구기관 간 통폐합과 민영화 및 경영의 효율화가 추진되고 있다.
이명박 정부는 공공기관 선진화방안으로 ① 경쟁여건이 형성되었거나 향후 경쟁 가능성이 높은 경우 민영화 추진, ② 기능이 유사 중복되는 경우 통폐합 또는 기능조정 및 ③ 공공성이 있어 존치되는 모든 공공기관에 대한 경영의 효율화라는 3가지 원칙을 제시하였다(기획재정부, 2008). 이들 3가지 원칙이 추구하고자 하는 목표는 경영의 효율화를 통한 공공기관의 경쟁력 강화는 물론 국가경쟁력 제고에 두고 있으나 궁극적으로는 국민복지의 증대이다. 이러한 맥락에서 정부출연(연)의 선진화사업도 연구기관 간 통폐합과 민영화 및 경영의 효율화로 추진되고 있다. 그 근거로 우리나라 정부출연(연)들의 중복적 연구사업 추진 및 연구성과물의 상용화 부진, 기관 운영의 비효율성 등으로 인하여 매우 작은 연구생산성과 연구예산의 비효율성에서 찾고 있다. 실제로 2008년 우리나라 정부출연(연)들의 연구개발(R&D) 투자생산성은 3.68%에 불과하다. 이는 선진국의 연구개발 투자생산성 수준인 7%에 비하면 크게 뒤처지는 수준이다(지식경제부, 2010).