현행 교섭창구단일화제도가 사용자위 개별교섭 동위권이 남용되지 않도록 함으로 결사의 자유를 침해하는 부작용이 나타나지 않게 해야한다.  다수노조가 지향하는 교섭 협약체결을 원활하게 진행되며 단결해 있어야 한다.  그런데 그 제도이 절차를 거치게 된다면, 다수노조와 노동조합의 관계에 부정적 영향을 미치게 된다.
ILO는 현행 교섭창구단일화제도가 결사의 자유 원칙에 부합하나 결사의 자유를 침해하는 부정적 효과를 방지하기 위한 차원의 검토가 필요하다고 보았다. 이와 관련 현행 제도 가운데 사용자 동의에 의한 개별(자율)교섭의 허용이 문제된다. 이러한 교섭창구단일화의 예외는 소수노조의 교섭권을 보장할 수 있는 장점보다는 초기업 레벨 등 다양한 수준에서의 단체교섭의 발전을 저해하고 조합 간 차별의 부당노동행위를 조장할 우려가 더 크다. 예컨대, 다수노조가 산별교섭을 지향하거나 투쟁적인 노동조합인 경우에 사용자는 개별교섭을 선택하여 산별교섭을 회피하거나 협조적인 소수노조와의 우선적 교섭 협약체결을 통해 다수노조와의 교섭을 지연시키면서 그 단결력 약화를 도모할 수 있다. 반면 다수노조가 협조적인 노동조합인 경우에 사용자는 교섭창구단일화절차를 거치도록 함으로써 산별교섭을 지향하거나 투쟁적인 소수노조의 교섭권을 배제할 수 있다. 따라서 사용자의 개별교섭 동의권이 남용되지 않도록 제도를 개선할 필요가 있다. 교섭창구단일화 절차에 참여한 모든 노동조합과 사용자 사이의 합의가 있는 경우에는 교섭창구단일화 절차가 적용되지 않도록 하는 안을 생각해 볼 수 있다.