구미의 페놀유출사건 후 1994년, 환경처가 수자원관리의 주체가 되었다. 정부의 수질관리기능일원화방침에 따라 수질관련기능과 배출시설관리기능이 환경처로 이관, 환원되었다. 물 관리부처 분절화 외에 수자원 관한 법률들도 개별법령들에 관리되기에 종합제도관리는 어려웠다.
우리나라에서 환경처가 수자원관리의 주요 주체로 등장한 것은 1994년의 일이다. 1991년 3월과 4월에 발생한 경북 구미시의 페놀 유출사건이 발생하여 물에 대한 국민의 불신이 가중되었기 때문이다. 이에 1994년 정부의 맑은 물 공급을 위한 「수질관리기능일원화방침」에 따라서 건설부 및 보건사회부가 관장하던 상하수도 업무 등 수질관련기능이 환경처로 이관하는 「환경처와 그 소속기관직제」(1994년 5월 4일)가 변경되었다. 또한 지방자치단체에 위임하여 수행하던 배출시설관리기능이 환경처로 일부 환원되었다. 이후의 우리나라 물 관리부처는 <표 3>과 같이 서로 분절화(fragmented)되면서, 이를 통합하고자 하는 논의는 여러 차례 있었다. 대표적으로 수량은 국토부, 수질은 환경부 등으로 분야별로 분절되어 있다. 이러한 조직적 분절화 이회에도 수자원의 개발, 이용, 보전, 재해, 분쟁 관리, 조사연구와 관련된 법률들도 개별법령들에 의해 건설되고 관리되기 때문에 종합적인 제도의 관리는 어려웠다.