건강보험은 재정운영에 있어 의사결정 구조의 불투명성과 책무성이 미흡한 구조로 주요 의사결정의 각급단계가  제대로 작동하지 못해 구조적 폐해가 현실화되는 만큼 시급히 제도 개선을 해야 한다.
또한 지출에 지대한 영향을 미치는 의사결정의 구조가 불투명하고 책무성을 회피하는 구조이다. 급여화 결정 등 핵심적인 의사결정의 책무성을 보장하는 장치는 일반적인 수준에서 법령에 언급될 뿐 실제로 구현되는 정도는 낮다. 사전적인 원칙을 명시한 후 과학적 근거에 따라 결정한다는 일반적 원칙은 실제의 의사결정에서 구현되지 못하고 있다. 의사결정이 이루어지는 주요 회의 결과가 대외비로 결정되고, 주요 결정의 근거를 밝히지 않는 구조는 책무성에 대한 의사결정자의 부담을 대부분 감해주는 구조이다. 이것에는 건강보험 도입과 확대 등 그간의 역사적 과정이 중요한 원인일 것이나 이러한 구조가 가져오는 폐해가 가시화되고 있는 만큼 제도 개선이 시급하다.