총 톤수 20톤 이상 레저선박은 지방해양 항만청에 등록하고 플레저보트 기준으로 검사를 받고, 20톤 미만은 시군구청에 등록하고 동력수상레저기구 기준으로 검사를 받으므로 선박 등록 실태 파악에 어려움이 있다.
레저선박 관련 법 제도에는 등록 검사에 관한 선박법 및 선박안전법과 수상 레저안전법이 있다. 총 톤수 20톤 이상인 레저선박은 선박법에 따라 지방해양 항만청에 등록하고 선박안전법에 따라 플레저보트의 기준으로 검사를 받는다. 플레저보트는 길이 12미터와 24미터를 기준으로, 사업용과 비사업용을 구분하여 완화된 기준의 검사를 받는다. 총 톤수 20톤 미만 레저선박은 수상레저안전 법에 따라 동력수상레저기구 기준으로 검사를 받은 후에 시 군 구청에 등록한다. 길이 6미터와 12미터를 기점으로 구분하여 선박안전법의 플레저보트에 비해 더욱 완화된 기준의 검사를 받는다. 이와 같은 등록 검사법 이원화로 인해 등록 검사의 순서가 다르고 등록 관할관청이 달라 레저선박의 등록 실태 파악에 어려움이 있다.