기획재정부는 공공기관운영위원회에 기능개선소위 논의를 하여 기능점검 추진체계를 마련하고, 자문단을 설치/운영하여 기능점검 지침을 마련, 공통 적용할 것이다. 
기능조정의 경우 기관 통 ․ 폐합처럼 가시적인 효과를 단기간에  얻을 수  없기  때문 에 지속적인 관리가 필요하다. 기획재정부도 2차 공공기관 정상화 대책을 발표하면 서 기능점검 추진과정에서 부처 ․ 기관의 의견사항을 검토하고 조정할 수 있는 전담 기구가  없으며, 공공기관 기능의 적정성  판단, 기능점검 계획 수립 및 절차 등에 대 한  지침도  없다는  점을  밝히고  있다.  따라서  기획재정부는  공공기관운영위원회에 기능개선소위  논의를 활성화하여 기능점검 추진체계를 마련하고 필요시 기능점검 전문가로 구성된 자문단을 설치 ․ 운영하고 기능점검 지침(매뉴얼)을 마련하여 공통 적용할 예정이다.