교육복지우선지원사업을 운영하는 학교에는 지원금이 지급되고,  선정된 학교는 사업비로 저소득층 학생들을 위한 각종 프로그램 및 맞춤형 지원을 실시한다.
교육복지우선지원사업을 운영하는 학교에 기본경비 5,000천원, 학생당경비 56천원, 사업학교는 9,000~20,000천원이며 연계학교는 40,000~8,000천원을 지원해주고 있다. 교육복지우선지원사업 운영 학교로 선정된 학교에서 사업비를 저소득층 학생들을 위한 교육, 복지, 문화 프로그램과 맞춤형 지원을 제공하고 있다. 본 사업의 선정 대상자들은 교육급여 수급권자, 차상위계층의 자녀, 한부모가족의 자녀, 북한이탈주민 보호대상자의 자녀, 다문화가족의 자녀, 특수교육대상자, 경제적 저소득(중위소득 52%이하)가정의 자녀, 기타 학생들이다.