일본의 교육개발협력 정책은 “일본의 교육 협력 정책”을 기초로 한다. 정책의 기획과 입안을 정부개발원조 관계부처와 협의 후 JICA, 문부과학성, 관련 NGO 등이 함께 참여하여 컨설팅을 실시, JICA가 실행 계획을 수립하고 사업을 추진한다. 
최근 일본의 교육개발협력 정책은 2010년 외무성이 유엔총회에서 발표한 “일본의 교육 협력 정책: 2011-2015(日本の教育協力政策, 2011-2015)”를 기초로 하고 있다(정봉근･박환보, 2013: 145). 정책의 기획과 입안을 외무성 국제협력국을 중심으로 정부개발원조 관계부처와 협의한다(이정, 2010). 그리고 이 단계부터 JICA, 문부과학성, 관련 NGO 등이 함께 참여하여 컨설팅을 실시한다(정봉근･박환보, 2013). 이러한 협의 과정을 거쳐 작성 한 교육개발협력 전략에 입각해 JICA가 자체 실행 계획을 수립하고, 정책과 사업을 추진하게 된다. JICA는 교육분야의 전문성을 보완하기 위해 다양한 대학이나 연구 기관과의 협력, 국제기구나 NGO 등과 협업하기도 하지만, JICA가 그동안 진행해 온 교육개발협력 사업 경험을 바탕으로 보유한 자체 교육 전문가 풀을 활용하기도 한다(정봉근･박환보, 2013).