EBS 교재에서 실제 수능 문제를 70% 연계하여 출제하겠다는 ‘수능-EBS연계 정책’의 영향으로, 고등학교 수업시간에 교과서 대신 EBS 수능 연계교재를 사용하는 비중이 커진 것으로 나타났다.  수업 파행에 대한 우려가 커지자 교육부는 공청회 등을 거쳐 연계율을 축소하겠다는 입장을 보이기도 했다.
최근 고등학교 정규 수업시간에 교과서가 아닌 EBS 수능 연계교재가 주로 사용되고, 연계 교재의 문제풀이 비중이 높아지는 등 수업 파행에 대한 우려의 목소리가 높다. 이는 정부 에서 2011학년도부터 학생과 학부모들이 정부의 쉬운 수능정책을 체감하여 사교육비를 줄 일 수 있도록 EBS 수능교재에서 실제 수능 문제를 70% 연계하여 출제하겠다는 ‘수능-EBS 연계 정책’의 영향이라고 볼 수 있다. 이로 인해 학생들의 학습 및 교사의 수업 방식, 수업 분위기 등에서 여러 변화가 나타나고 있다(길혜지, 2014; 김현정 외, 2014). 예컨대, 교사를 대상으로 한 설문조사 결과(김현정 외, 2014)에 따르면 수능-EBS 연계 정책 이전에는 EBS 수능 연계교재 이용 비중이 정규 수업의 25.4%, 방과후학교 수업의 41.1%를 차지한 반면에,  이후에는 정규 수업의 63.0%, 방과후학교 수업의 82.9%를 차지하는 등 학교 수업에서 그 활용이 크게 확대된 것으로 나타났다. 정부에서도 이러한 상황에 주목하여 수능-EBS 연계 정책에 대한 변화를 예고하고 있다. 학생들의 핵심역량 함양을 목표로 2015 개정교육과정이 도입됨에 따라 새로운 교육과정과 연계한 대입제도 개선이 요구되며, 문재인정부의 절대평 가 기조를 담은 수능 개편안 발표를 앞두고 교육 당사자들로부터 수능-EBS 연계방식 개선에 대한 요구가 강하게 제기되고 있기 때문이다. 교육부 역시 수능-EBS 연계 정책에 대한 공청 회 등 의견수렴 절차를 거쳐 연계율을 축소하겠다는 입장을 보이기도 하였다(한겨례, 2017.8.31.일자 기사).