모국어를 담당하는 뇌와 제2언어를 담당하는 뇌가 영역별로 구분되어 있는지 또는 활성화 회로의 차이에 기인하는지는 앞으로 더 연구해나가야 할 문제이다.
한편, 일련의 연구들은 학습자의 제2언어 유창성의 정도나 처리하는 언어의 내용, 즉 단어처리인지, 문장처리인지, 또는 의미에 관한 것인지에 따라 관여하는 뇌의 부위가 다를 수 있다는 주장을 하기도 한다. 또 다른 연구들에 따르면, 제2언어의 처리는 모국어를 처리하는 뇌영역과 해부학적으로 상이한 뇌의 영역이 담당하기 보다는 단지 활성화 회로(different circuits)의 차이라고 주장한다. 제2언어를 담당하는 뇌와 모국어를 담당하는 뇌가 영역별로 구분되어 있는지 또는 활성화 회로의 차이에 기인하는지는 앞으로 더 연구해나가야 할 문제이다. 학습자마다 개인적인 차이가 있을 수도 있고, 유창성의 정도에 따라 처리과정이 다를 수도 있고, 처리하는 언어내용에 따라서도 달라질 수 있을 가능성이 있다. 차후의 연구는 이러한 변인을 통제하며 연구할 필요가 있다.