공공감사 연구회가 152개 공공단체의 자체감사기구를 대상으로 설문조사한 내용 중 "자체감사기구가 가장 공통적으로 확보해야 할 요인"에 대해 대다수가 "감사의 독립성"이라고 답하였다. 또한 우리 나라 자체감사기구는 성과감사의 필요성에 대해 약 61%가 필요하다고 답했음에도 불구하고 실제 업무 비중의 약 74%가 재무 및 합법성 검사에 치중하고 있었다.
그런데 2007년 감사원이 주관한 ‘자체감사기구 운영 표준모델’ 구축과 관련한 사전연구 결과와 2009년 조사한 내용에서 나타난(감사연구원, 2009), 자체감사 운영실태와 관련한 결과를 보면 다음과 같은 상호 모순적 상황이 존재하고 있는 것을 엿볼 수 있다. 즉, 공공감사 연구회가 152개 공공단체(공적단체, 교육자치단체, 국가기관, 정부투자기관, 지방자치단체)의 자체감사기구를 대상으로 설문조사한 내용 중에서 “자체감사기구가 가장 공통적으로 확보해야 할 요인”에 대한 대다수의 답으로 “감사의 독립성”이 중요하다고 하였다(김명수, 2007;이영균, 2007; 최정운, 2007). 또 이 조사결과에서 보면 우리나라 자체감사기구가 수행하는 감사내용 중 성과감사보다는 주로 전통적인 재무 및 합법성 감사에 압도적 비중을 두고 있어 전체 자체감사 업무 비중의 73.69%가 재무 및 합법성 감사에 치중하고 있는 것을 알 수 있었다. 성과감사의 필요성에 대한 인식은 92개 기관 60.5%가 그렇다고 하면서도, 성과감사를  전혀 실시하지 않는 자체감사기구도 있었다. 그와 같은 이유에 대해서는 감사기관에게 적합하지 않은 업무, 감사기구의 전문성 부족, 감사인원의 부족, 성과감사의 객관성 확보 및 개량화어려움이 있으므로 외부감사기관이 담당해야 한다는 대답이었다(김명수, 2007; 감사연구원,2009).