원장과 원감은 방과후 과정 인력 운영에서 어려운 교사 수급, 부족한 보조 인력 등을 문제점으로 제시했다. 또 담당인력과의 갈등 및 의사소통의 어려움, 업무가중 등의 어려움도 제시했다. 보육교사의 방과후 과정 근무 경력을 인정하지 않는 것이 문제라고 잘못 인식하기도 했다.
방과후 과정 인력 운영의 경우 원장 및 원감이 인식한 문제점과 방과후 담당강사나 교사가 인식한 문제점은 공통점과 차이점이 함께 나타났다. 원장 및 원감의 경우 공사립 모두 방과후 과정 담당 강사나 교사 수급의 어려움, 3세대 하모니 자원봉사자 등 보조 인력의 부족에 대한 문제점을 제시하였다. 이외에 공립은 방과후 과정 담당 인력과 교육과정반 교사 및 원장(감)의 갈등, 수업시간이 교차로 이루어짐에 따른 방과후 과정 담당 인력과 교육과정 반 교사 간 의사소통의 어려움, 방과후 과정 관련 행정업무를 교육과정반 담당 교사가 대신 맡아 함으로써 업무 가중, 방과후 과정 담당 인력의 경력, 승진, 봉급 측면에서 애로사항을 제시하였다. 또한 보육교사가 유치원 방과후 과정에 근무할 경우 법률상으로 방과후 과정 담당 교사는 100%로, 방과후 과정 강사는 50%의 경력이 어린이집에서 인정되도록 되어 있으나 일부 사립유치원 원장(감)의 경우 보육교사의 유치원 방과후 과정 근무 경력이 인정 되지 않는 것이 문제라고 잘못 인식하고 있는 경우도 있었다.