자발적 참여 의사에 의한 구조에서 평가 인증에 따른 인센티브가 부족한 것과 지원금도 없이 수수료를 부담해야 한다는 점은 참여율을 낮출 수 있다. 평가 인증으로 인한 이득보다 인증을 위해 소요되는 비용과 시간이 더 크기 때문이다.
자발적 참여 의사에 의한 구조에서 평가 인증에 따른 인센티브가 부족하다는 것과 지원금 없이 참여 수수료도 부담해야 한다는 점 역시 참여율을 낮출 수 있 는 문제점으로 지적되고 있다(이혜원, 2014). 수익 창출을 목적으로 하는 민간 시설에서 평가 인증 참여 여부를 결정할 때에는 득과 실을 고려하는데 평가 인증으로 인한 이득이 부족한 상황에서 인증 통과를 위해 소요되는 비용과 시간이 더 크기 때문에 참여율이 떨어진다는 것이다. 실제로 평가 인증 참여 교사와 원 장을 대상으로 한 다수의 연구에서 평가 수감을 위해 시설의 개·보수나 물품 구입이 필요한데 이에 대한 재정적인 지원이 부족하고(김경란·서동미, 2012) 보육 환경 정비나 시설물, 교재 교구 및 기자재 구입 등에 많은 비용을 지출하게 되고, 평가 인증을 위한 회계 업무에 대한 어려움(하영례, 2008)이 지적된 바 있다.