일반고 보통교과 중심의 방통고 콘텐츠를 통해 온라인수업 교과가 개설되면서 직업계열 및 특수목적고 학생이 대상에서 제외되고 학습자 수준이 반영되지 않는 등 한계가 드러났다.
온라인수업은 방송통신고등학교 교과 콘텐츠를 활용하여(일부 과목 자체 예산으로 추가 확보) 교과를 개설하고 있으며, 일반고 교육과정을 준용하고 있는 방송통신고등학교 교육과정에 따라 온라인수업에서 개설하는 교과 역시 보통교과 중심으로 이루어지고 있다. 이로 인해 단위학교에서 개설하기 힘든 과목을 온라인수업을 통해 제공한다는 정책 취지를 살리는 데는 한계가 있으며, 직업 계열 특성화고등학교 학생 및 특수목적 고등학교 학생의 경우 정책 대상에서 제외되고 있다. 또한 단일의 교과콘텐츠를 학업성취 수준이 다른 학습자에게 공통으로 제공하고 있어 학습자 수준을 반영하는 데 한계가 있다.