비상계엄의 경우에만 주어지는 계엄사령관의 권한은 강력한 계엄시행 수단이어서 잘못하면 국민의 기본권 등을 침해할 우려가 있다.
계엄사령관 특별조치와 계엄 군사법원 운영은 비상계엄 시에만 주어진 계엄사령관의 권한이며, 가장 강력한 계엄시행 수단이다. 동시에 이러한 계엄사령관의 권한은 자칫 국민의 기본권과 재산권을 침해하고 계엄을 남용하는 요인으로 작용할 수도 있다. 계엄사령관 특별조치권은 계엄법 제9조에 의해 크게 세 가지로 나눌 수 있다. 첫째, 비상계엄 지역에서 군사상 필요할 때에는 체포･구금･압수･수색･거주･이전･언론･출판･집회･결사 또는 단체행동에 대하여 특별한 조치를 취할 수 있다. 둘째, 비상계엄 지역에서 동원 또는 징발을 할 수 있으며, 필요한 경우 군수로 제공할 물품의 조사, 등록과 반출 금지를 명할 수 있다. 셋째, 비상계엄 지역에서 작전상 부득이한 경우 국민의 재산을 파괴 또는 소각할 수 있다.