국가재정운용은 5년 단위의 중장기 계획을 기본으로 국가의 역할 중요성을 기준으로 중점 분야를 정하되 매년 상황변화를 반영하여 일부 수정한다.
이를 반영하기 위하여 국가재정운용계획이 5년 단위의 중장기 계획인 점을 감안하고 장기적인 정책방향을 기본으로 두고 중점 투자분야를 도출하되, 매년 상황변화를 반영하여 일부는 조율, 보완하여 추진한다. 중점 분야 도출 기준은 국가가 담당해야 할 임무에 의거한 영역, 정부와 민간의 역할분담 측면에서 민간의 자발적인 투자가 어려운 영역, 국가의 마중물 역할로 견인해야 할 영역, 경제혁신을 위한 과학기술의 역할 등을 중심으로 하였다. 이에 따라 국민의 안전과 건강에 관련된 분야, 기초 및 대형연구와 기반 영역, 사업화 촉진, 미래성장동력 분야로 설정하였다.