규제비용관리제 매뉴얼에 규정되어 있는 규제비용의 적립제도는 각 부처에서 기업 및 소상공인의 사업활동을 저해하는 규제의 폐지와 완화를 유도하기 위한 제도적 장치이다.
규제비용관리제 매뉴얼에서는 규제비용상쇄와 관련한 제도적 장치로서 비용의 적립과 규제비용의 공표를 규정하고 있다. 먼저 신설･강화 규제와 이에 상응하는 폐지･완화한 기존규제의 비용적정성 심의 이후, 규제비용을 예비정산하고 부처별 규제순비용을 적립하도록 함으로써 신설･강화규제의 여부와 관계없이 각 부처의 폐지･완화 규제의 증가를 의도하고 있다고 볼 수 있다. 이러한 적립제도는 규제비용관리제를 최초로 도입하여 운영하고 있는 영국에서는 인정하지 않는 제도로서, 사실상 각 부처에서 기업 및 소상공인의 사업활동을 저해하는 규제의 폐지와 완화를 유도하기 위한 제도적 장치라고 볼 수 있다.