대학의 졸업유예제 방식은 크게 3가지로 하나는 기존 졸업유예제의 폐지, 두 번째는 졸업학점을 이수한 학생을 '수료생'으로 분류, 마지막으로 졸업유예생들에 대한 수강료 징수이다.
대학의 졸업유예제 운영 방식의 변화는 크게 세 가지로 나누어 볼 수 있다. 하나는 기존에 졸업유예제를 운영하였던 대학이 학칙 개정을 통해 아예 졸업유예제를 폐지하여 졸업유예의 기회조차 없애는 것이고, 두 번째는 졸업학점을 이수한 학생들이 학점 이외의 졸업요건을 충족시키지 않은 채 졸업유예를 하는 것을 막기 위하여 졸업학점 이수자들을 모두 ‘수료생’으로 분류시키는 것이다. 세 번째 방식은 졸업유예제를 시행하는 가장 다수의 대학들이 취한 방식으로, 기존에 별도의 비용을 부과하지 않은 운영 방식에서 수강을 필수로 하여 학점이수를 의무화하고 그에 따른 등록비용 및 수강료 납부를 의무화하는 것이다 .