정보저장매체 자체를 압수할 시 사생활 등을 해칠 우려가 있고 필요한 정보를 선별하는 데 시간이 많이 든다. 이를 근거로 본 사건에서 컴퓨터 자체를 압수한 것이 문제가 되었다. 
정보저장매체에는 영장에 기재된 범죄사실과 관련이 있는 정보와 관련이 없는 정보가 혼재되어 있는 경우가 많다는 앞서 살펴본 바와 같다. 이러한 경우에 정보저장매체 자체를 압수하게 되면 기업의 영업비밀이나 개인의 프라이버시를 침해할 가능성이 높다. 다른 한편으로는 대량성이라는 디지털 정보의 특성으로 인하여 관련성 있는 정보를 특정함에 있어서 많은 시간과 노력을 필요로 하며, 그 과정에서 증거의 오염가능성이 높아 전문적 기술과 장비가 필요하다는 점이 실무상 기본권 보호와 효율적인 수사라는 상충되는 가치를 조화시킬 필요가 있다. 이러한 관점에서 본건에서는 압수수색시 컴퓨터 자체를 가지고 가서 그 중 파일 8,000여개를 DVD 및 CD에 복사한 것은 관련성 있는 증거에 대한 적법한 압수수색이라고 볼 수 있는지 문제가 되었다.