2000년대 이후의 지역산업정책은 클러스터를 중심으로 진행되었다. 패키지형태로 제공되는 시책들을 수행하기 위해서는 해당 지역을 중심으로 지역 내 외부의 자원이 잘 조직되고 육성되어야 하기 때문에 지역 차원의 산업육성과 수행능력의 향상을 도모하였다.
지역산업정책의 전개과정을 보면, 정권에 따라 정책목표, 프로그램, 전략산업의 선정기준 등에 일관성이 없고, 전략적인 사고도 결여되어 있는 것이 사실이다(한국개발연구원, 2006). 그러나 클러스터를 중심으로 지역혁신체제를 구축하여 지역산업의 경쟁력 제고를 도모하려고 했기 때문에 2000년대 이후의 지역산업정책은 기존의 일회성 프로젝트에 기반한 산업 입지정책과는 차이가 있다. 지역 내부의 역량을 충분히 고려하지 않는 산업 선정의 첨단 지향성이라는 태생적 한계를 일단 제쳐 놓을 경우, 중앙 정부 주도적인 측면이 있지만 지자체 차원의 산업육성 기획 및 운영 능력이 제고되었다. 현재의 지역산업정책은 기존의 단발적인 프로젝트 기반의 산업입지정책과 다르게 패키지 형태로 관련 시책들이 제공되기 때문에 이를 효과적으로 수행하고 전달하기 위해서는 지역 내․외부의 역량과 자원이 해당 지역을 중심으로 잘 조직되고 동원되는 것이 요구되었다. 이러한 사업 방식의 변화는 지역 차원에서 산업육성과 사업 기획과 수행 역량의 향상을 수반하였다(산업통상자원부․한국산업기술진흥원, 2013: 247～248; 정준호․고영우, 2014).