남북합의서는 책임과 법적구속력의 문제와 관련되기 때문에 조약인지, 신사협정인지가 중요하다. 남북기본합의서는 조약과 같은 모습이어서 논란이 되었다. 한국정부는 헌법적 절차 없이 합의서를 공고했으므로 형식적 결격이 생겼다. 헌법재판소는 남북합의서의 법적 구속력을 부인하며, 대법원도 국가 간의 조약에 어긋난다고 보고있다.
남북합의서의 법적 성격에 대한 구체적 논의는 남북기본합의서가 조약인지 단순한 신사협정인지에 대한 것이었다. 이는 합의서의 법적구속력, 국가책임의 추궁여부, 복구 또는 대응조치의 가능여부 및 국제재판의 가능여부와 관련되기 때문에 매우 중요하다. 남북기본합의서는 그 형식이 전문과 25개 조문으로 구성되어 조약의 형식을 취하고 있고, 전문에서 법적 구속력이 있는 합의의 형태를 취하고 있고, 발효에 관한 규정, 수정ㆍ보충규정을 두고 있으며, 남북 양측에 권리와 의무를 부과하고 있는 등 통상의 조약과 같은 모습을 갖추고 있어 논란이 되었다. 우리정부는 1991. 남북기본합의서를 국무회의의 심의를 거쳐 노태우대통령이 재가하여 제6차 남북고위급 회담에서 발효시켰다. 그러나 우리정부는 국회의 비준ㆍ동의 등 헌법적 절차와 대통령의 비준 없이 대통령이 서명을 한 후 관보에 게재하여 공고함으로써 형식적 결격을 자초하였다. 우리 헌법재판소는 남북기본합의서의 법적 성격을 신사협정에 준하는 것으로 보아 법적 구속력을 부인하고 있으며, 우리 대법원도 남북사이의 화해와 불가침 및 교류 협력에 관한 합의서는 남북한 당국 간에 체결ㆍ발효된 합의문서로서 국가 간의 조약에 준하지 않는다고 하였다.