교과교실제를 운영하는 학교의 운영비는 확대학급 운영을 위한 인건비로 주로 사용하게 되고 과목중점형 운영학교는 2017년부터는 선진형학교만 운영비를 지원받는다.
한편, 교과교실제를 운영하는 학교는 운영비를 확대학급 운영을 위한 인건비로 주로 사용하게 되고, 운영비 중 30% 이하를 기타운영비로 사용할 수 있다. 기타운영비로는 연수 운영, 기자재 관리, 교구 구매 및 유지 등에 지출할 수 있다. 그리고 지정 후 3년간만 운영비를 지원하는 과목중점형 운영학교는 2014년 이후로 새로 지정하지 않았기때문에 2017년부터는 선진형 운영학교만 운영비를 지원받을 수 있게 된다. 2015년에는 특별교부금이 수업 연구회(10개) 운영에 지원되었고, 2016년 특별교부금은 정책연구학교(6개교)와 수업 연구회(17개)를 운영하는 데 지원되고 있다.