의약품과 치료재료의 가격 관리에 있어 실거래가 상환제도는 정확한 실거래가 파악을 기반으로  작동 될 수 있는 제도임에도 모니터링이 제대로 가동되지  않아 문제점을 안고 있다. 이를 보완하려 도입한 시장형 실거래 상환제도도  시장변동요인에 제대로 대처하지 못하여 실효성이 없고 효과를 기대하기 어렵다.
한편 상한가격을 통한 의약품과 치료재료의 가격관리는 실제거래가격 모니터링, 요양기관 인센티브, 환경변화에 따른 가격조정 기전이 동시에 작동되어야 그 효과를 볼 수 있다. 현재의 실거래가 상환제도는 시장의 실제 거래가격을 지속적으로 모니터링할 수 있는 체계의 존재를 전제로 하나, 시장 실거래가 파악 기전이 미흡하여, 요양기관이 실거래가보다 높은 상한금액으로 급여청구를 해도 적발이 어렵다. 또한 요양기관이 자발적으로 실거래가로 청구하도록 하는 인센티브가 없어 대부분 상한가격으로 구매계약을 맺음으로써 치료재료 상한가격의 인하를 유도하지 못하고 있다. 보건복지부가 이와 같은 가격관리제도의 결함을 보완하기 위해 2011년 10월 도입한 시장형 실거래가 상환제도는 약가제도 개편에 따라 유보되었으며, 치료재료의 경우에는 이 제도의 도입에 대한 논의조차 없는 실정이다. 또한 신규제품의 시장진입에 따른 기존 제품의 가격 인하, 사용량 증가에 따른 가격 인하, 제품의 수명주기에 따른 가격 인하 혹은 시장퇴출 등의 시장 변동요인을 급여 상한가격에 반영하여야 하나 현재는 아직 시장 모니터링 기전이 존재하지 않아 반영하지 못하고 있다. 예를 들어 의약품의 경우 협상신약뿐 아니라 산정특례에 의한 복제약의 경우에도 사용량 증가와 약가 인하가 서로 연동되도록 제도를 갖추고 있으나 실효성이 없는 것으로 지적되고 있다.