2014년 기준 학교통일교육 관련 예산은 통일부에 집중되어 있다. 17개 시도교육청 예산은 통일부의 절반 정도이며 증가폭도 통일부 대비 낮다. 교육부의 관련 예산도 턱없이 낮은 상황이다. 이런 상황에서 한반도통일미래센터는 더 많은 예산 확보를 위해 전략의 차별화가 요구된다.
2014년 기준으로 중앙부처 및 시･도 교육청의 학교통일교육 관련 예산을 보면, 대부분의 학교통일교육 관련 예산은 통일부(통일교육원)에 집중되어 있다. <표 Ⅲ-8> 에 나타난 바와 같이 17개 시･도교육청의 학교통일교육 예산은 통일부의 학교통일교육 관련 예산의 절반 정도이다. 교육부의 학교통일교육 관련 예산은 1개 교육청의 통일교육 예산에도 못 미치는 2억원에 불과하다. 2007년 학교통일교육 관련 예산은 통일부 학교통일교육 부문 1,949,500천원, 교육부 84,130천원, 시･도교육청 합계 1,872,370천원이었다(조정아 외 (2007), 『통일교육 거버넌스 개선과 통일교육협의회의 역할』, 통일교육협의회.). 7년 전인 2007년의 예산과 비교해보면, 통일부의 경우 3배 이상 증가했으나, 시･도교육청의 통일교육 예산은 1.8배 증가에 그쳤다. 통일부 통일교육관련 예산현황이 이러한 가운데, 향후 한반도통일미래센터는 더 많은 예산을 확보하기 위해서는 통일교육 안에서도 차별성을 띠는 전략을 세우지 않으면 안된다.