사이버나이프를 암환자 치료에 상용하려면 적절한 조사선량과 분할조사 횟수를 정해야 한다. 종양 제거시 주변 정상조직에 만성후유증 최소화, 호흡 등에 의한 종양의 움직임 제어가 필요하기 때문이다.
하지만, 사이버나이프를 암환자 치료에 널리 이용하기 위해서는 우선 적절한 조사선량과 분할조사 횟수를 결정해야 한다. 종양을 제거하면서 주변 정상조직에 만성휴유증을 최소화하기 위한 적합한 기준을 제시해야하기 때문이다. 그리고 호흡에 의한 종양의 움직임과 주변장기의 움직임에 의한 종양의 움직임을 제어해야 한다. 일반 방사선 치료는 호흡주기와 종양의 움직임을 고려하여 종양 주변에 충분한 여유를 두고 방사선조사선량을 결정하는데 반해, 사이버나이프 수술은 종양에만 방사선이 집중되도록 해야 하므로 최소한의 여유만을 두게 된다. 종양에 금침을 삽입하여 실시간으로 종양위치의 영상을 통해 교정하면서 치료한다고 해도 호흡에 의한 종양의 움직임을 제어해야 한다.