마이크로데이터는 통계분석 기반 자료이므로 최종자료의 완성도 확보를 위해서는 마이크로데이터의 품질관리가 중요하다. 마이크로데이터 품질관리를 위해서는 업무 매뉴얼에 따라 체계적이고 명확한 데이터 생성 및 관리에 힘써야 한다. 
마이크로데이터는 무응답처리, 내검 등의 과정을 거쳐 데이터 오류를 통계적으로 처리한 자료를 말하며, 최종 통계 산출 및 결과표(집계표) 작성 등 통계분석에 기본이 되는 자료이다. 마이크로데이터의 품질은 마이크로데이터가 얼마나 효율적이고 체계적으로 생성․관리되었느냐에 달려 있다. 효율적인 마이크로데이터 생성 및 관리를 위해서는 마이크로데이터가 최종자료로 생성되기까지의 과정 등이 명확하게 기술되고, 작성기관, 위탁기관, 민간조사업체 간 관리체계를 체계적으로 구축하고 기관별 자격 또는 역할 등이 정해져 있어야 한다. 마이크로데이터 품질관리는 마이크로데이터를 더 자세히 살펴 오류를 줄임으로써 마지막 최종자료가 보다 더 완벽하고 명확해지도록 하는 과정이다. 마이크로데이터 품질관리는 항목점검(변수형태, 단위, 자릿수 등), 유효성 점검, 항목간 논리점검 등 다양한 방법이 있다. 이처럼 마이크로데이터의 생성 및 관리에 대해 상세한 업무 매뉴얼을 보유하고 있어야 한다.