모든 지역이  지역자원과 역량의 고려 없이 첨단기술산업을 선정하여 국가경적 차원인지 지역경제 차원인지 모호하게 되었다.
거의 모든 지역이 내부의 지역자원과 역량에 대한 고려 없이 첨단기술산업을 선정함에 따라 국가 R&D 사업과의 차별성이 약해서 지역산업정책과 산업정책과의 차별성이 모호하게 되었다. 한국개발연구원(2006)은 전략산업 선정에서 전략적 시각이 부재하다고 지적하였다. 예를 들면, 10개 지역이 각각 IT와 BT 산업을 선별함으로써 국가 차원에서 중복투자가 우려되고, 각 지역마다 일률적으로 동일한 수의 전략산업을 선정하는 타당성이 미흡하고, 국가경제적인 차원의 전략산업인지 아니면 지역경제적인 차원의 전략산업인지 여부도 불분명하다고 비판하였다.