외국인과 내국인을 모두 포함한 프로그램의 재원지출과 관련, 주된 대상자를 기준으로 재원의 출처를 결정하는 것과 프로그램 운영은 유사․중복성을 피하기 위하여 통합적으로 시행하되 재원은 일정한 비율을 정하여 사회통합기금과 별도의 재원을 통합하여 운영하는 것을 생각해 볼 수 있다.
그럼에도 불구하고 외국인과 내국인을 모두 포함한 프로그램의 재원지출과 관련하여 두 가지 대안을 생각해 볼 수 있다. 물론 이는 현실적인 가능성 측면보다는 이론적인 가능성 측면에 보다 많은 비중을 둔 대안이다. 즉, 예산의 효율성을 강조하는데 초점을 둔다고 할 경우 취할 수 있는 대안이다. 첫째, 주된 대상자를 기준으로 재원의 출처를 결정하는 것이다. 만약 외국인이 주된 대상자라고 하면 그리고 대다수가 외국인이고 극히 일부가 내국인이라고 한다면 사회통합기금의 재원을 활용하는 대안이다. 만약 내국인이 주된 대상자이고 그리고 대다수가 내국인이고 극히 일부가 외국인이라고 한다면 일반회계 등의 재원을 활용하는 대안이다. 이 경우 큰 문제는 되지 않을 것으로 보인다. 둘째, 프로그램의 운영은 유사․중복성을 피하기 위하여 통합적으로 시행하되 재원은 일정한 비율을 정하여 사회통합기금과 별도의 재원을 통합하여 운영하는 것이다. 외국인과 관련된 소요재원은 외국인 사회통합기금, 내국인과 관련된 소요재원은 기타 예산에서 충당하는 대안이다.