개별법에 근거한 기반시설관련 규정들은 거의 모든 정부부처를 망라하고 있으나 이는 국토교통부의 시설규칙과 중복되어 혼란을 야기할 수 있다.
이외에도 개별법에 근거한 기반시설관련 규정들은 해양수산부(「항만법」 등), 안전행정부(「도로교통법」 등), 산업통상자원부(「유통산업발전법」 등), 농림축산식품부(「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 등), 미래창조과학부(「전기통신법」 등), 문화체육관광부(「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」 등), 보건복지부(「사회복지사업법」 등), 고용노동부(「근로자직업능력개발법」), 여성가족부(「청소년활동진흥법」),식품의약품안전처(「축산물위생관리법」 등), 교육부(「유아교육법」 등), 환경부(「수도법」 등) 등 거의 모든 정부부처를 망라하고 있다. 이는 개별 부처의 정책집행에 요구되는 시설들의 기능을 규정하는 기준, 절차에 관한 것인 바 일부 내용들은 입지, 기반시설 여건,주변 토지이용 관계 등을 규정하는 국토교통부의 시설규칙과 중복되는 등 혼란을 가져오게 된다.