노동부의 산하 기금을 이용한 주식 투자는 큰 손실을 불러일으켰다. 손실된 금액은 2017년 재정을 기준으로 보았을 때 노동부에 큰 영향을 줄 것으로 예상된다. 이는 펀드매니저의 인력 부족, 예측 실수 등 여러 오점으로 인해 발생된 것으로 보인다. 
노동부(현 고용노동부)가 2008년에 산하 기금을 주식에 투자했다가 3,400억원이나 손실을 본 것으로 드러났다. 기금운영실적에 따르면 2008년 8월 말까지 기금의 주식투자 손실액은 고용보험기금 2,500억원, 산업재해보상보험및예방기금 900억원 등 모두 3,400억원으로 추산됐다. 특히 2008년 상반기에만 2,122억원(고용보험기금 1,560억원, 산업재해보상보험및예방기금 562억원)의 손실이 발생했다. 이 같은 손실은 2007년 노동부(현 고용노동부) 재원 19조 1,728억원에서 고용보험기금, 산업재해 보상보험및예방기금, 장애인고용촉진기금 등 5개 기금이 전체의 95.1%(18조 2,372억 원)나 될 정도로 비중이 큰 점을 감안할 경우 노동부 재정에 심각한 타격을 줄 수 있다. 반면 노동부에서 실제로 기금운영을 전담하는 직원은 펀드매니저 출신의 별정직 사무관 1명에 불과한 데다 2008년 3월 작성한 ‘2008년 연간 자산운용계획’에서 주식투자를 늘리겠다고 빗나간 예측을 하는 등 리스크 관리에 심각한 문제가 있었다고 한다.