법무부와 여성부는 호주제를 폐지 시키는 것은 주요 과제로 상정하고, 기획단을 발족 시켰는데 유림들의 격렬한 반대와 함께 사회의 반대에 맞서게 됐다. 큰 반대 원인은 자녀가 어머니의 성을 따를 수 있게 하는 항목이 포함됐기 때문이다.
2000년대 초 참여정부가 들어서면서 법무부와 여성부는 「가족법」의 제정 및 호주제도 폐지를 중요 개혁과제로 내세우고, 2003년 5월 16일 여성부에 ‘호주제도 폐지 특별기획단’을 발족시켰다. 같은 달 27일에는 호주제도의 전면 폐지를 내용으로 하는 「민법」개정안이 의원입법안으로 국회에 제출되었으며 6월 4일에는 법무부에 법무자문위원회 가족법 개정 특별 분과위원회가 구성되어 호주제 폐지를 추진하였다. 그러자 유림(儒林) 등 전통을 중시하는 일각에서는 격렬한 저항을 보이는 등 사회적 합의 과정이 쉽지 않았다. 중앙일보 인터넷신문이 2004년 12월에 실시한 여론조사에서는 호주제 폐지를 반대하는 국민이 찬성하는 국민의 2배에 달했다. 이러한 논란의 중심에는 자녀가 어머니의 성을 따를 수 있도록 하는 항목이 있었다. 그러나 양성평등에 대한 법적 해석은 대중의 여론과 달랐다.