개별평가는 피평가자의 업무 폭증, 비합리적인 업무 우선순위의 변경, 평가의 실효성 저감 등의 문제가 발생할 수 있으므로, 그 운영을 최소화 하여 정부업무평가위원회의 심의를 거친 경우에 한해야 한다. 또한 부득이한 경우에도 공정성, 신뢰성 확보가 필요하다. 
자율성 측면에서는 정부업무평가제도의 중요한 한 축인 자체평가에 대한 논리가 전반적으로 나타난다. 그러나 합동평가에서는 개별평가의 존치의 경우 공정성, 신뢰성의 확보 필요성이 나타난다. 특히 개별평가는 ⅰ) 피평가자의 평가업무 폭증, ⅱ) 직접적인 인센티브와의 연계되거나 공표될 경우 업무의 우선순위 설정을 비합리적으로 변화시킬 우려가 있다(김영수･금창호, 2000). 또한 평가결과에 근거한 왜곡된 정보의 환류 등으로 불필요한 비용이 발생하고, 평가의 실효성은 저감될 가능성이 높다(김영수･금창호, 2000). 즉, 개별평가는 평가기관과 피평가기관 간의 관계가 더욱 밀접하기 때문에 발생되는 문제들이 존재한다. 또한 이외의 법정 통합평가도 존재하기 때문에 평가에 대한 부담이 가중되게 된다. 따라서 개별평가는 정부업무평가 기본법에 따라 정부업무평가위원회의 심의를 거친 경우에만 최소화 되어 운영해야 하며, 부득이한 경우라도 공정성과 신뢰성, 평가 효과성 확보를 위한 노력이 필요하다.