김대중 노무현 정부 당시 남북한의 협력이 활발했으나 환경 분야 협력은 미미했다. 임진강 수해방지 공동사업합의 후 단독조사는 실시됐으나 공동조사는 불발됐다. 기상 분야의 경우 남북정상회담 및 이산가족 상호방문 기간에 서울-평양간 항공기 운항을 위해 한시적으로 기상정보를 교환했다.
김대중·노무현 정부 시기에는 남북한 간에 교류·협력이 활발히 이루어졌으나 환경 분야에서의 협력은 여전히 미미하였다. 김대중 정부는 2000년 6·15 공동선언을 통해 “사회·문화·체육·보건·환경 제반 분야의 협력과 교류를 활성화하여 서로의 신뢰를 다져나가기로” 북한과 합의하였다. 2000년 9월에 열린 2차 장관급 회담에서는 조속한 임진강 수해방지 공동사업에 합의하였고 2004년까지 세 차례 남북 임진강 수해방지 실무협의회를 열어 양측이 자기지역에 대한 단독조사를 거쳐 공동조사를 실시하기로 하였다. 단독조사 결과는 2005년에 교환되었으나 북한이 군사적 보장조치 미비 등을 이유로 협의를 지연시켜 공동조사는 실현되지 못하였다. 기상 분야의 경우 2000년 6월 남북정상회담 기간과 8·15 남북이산가족 상호방문 기간에 서울-평양 간 항공기 운항을 위해 한시적으로 김포, 순안, 서해항로 상의 기상정보를 교환하였다. 김대중 정부는 이후에도 장관급회담 등을 통해 기상자료의 공유와 상호 제공을 추진하였으나 실현되지 못하였다.