민군 기술 협력 사업은 특별위원회에서 의논하고 있으며 핵심기술을 고르고 사업화를 결정한다. 국방과학연구소는 진흥원을 둬 업무를 처리하며 예산은 매우 적고, 성과가 미비하다는 평이 있다. 18년에는 제2차 사업 계획을 수립해 로드맵을 내보였지만 군은 별개로 개발을 추진하고 있다.
민･군 기술 협력 사업은 국가과학기술심의회 산하 민･군 기술협력 특별위원회에서 논의하고 있다. 여기에서 국가적으로 중점 추진해야 할 핵심기술을 선정하고 사업화를 결정한다. 국방과학연구소는 민･군 협력진흥원을 두어 관련 업무를 맡고 있다. 물론 이곳에서 다루는 예산은 다른 연구개발에 비해 규모가 매우 작다. 부처 간 기술협력을 유도하는 성과가 다소 부족했다는 평가도 있다. 2018년에는 민･군 기술협력 특별위원회 소속 관계부처 합동으로 ‘제2차 민･군 기술협력사업 기본계획’을 수립하여 해양무인체계 관련 추진과제를 선정하고 핵심기술개발 로드맵을 제시한 바 있다. 그럼에도 불구하고 군은 이와는 별개로 자체적인 해양무인체계 핵심기술개발 목록을 선정하여 추진하고 있다. 민간의 축적된 해양무인체계 기반기술(민･군 공통으로 적용되는 기반기술)을 활용하는데 소극적이라는 비판이 나올 수 있는 대목이다. 물론 민간 기술 수준이 군 시험평가 기준을 충족할 수 있을 것인지, 전력화화지원요소는 어떻게 할 것인지 등에 대한 우려가 있는 것도 사실이다.