마그넷 스쿨의 인종통합 효과는 일반 공립학교와 차이가 없으며, 학교선택권 확대 정책 또한 오히려 인종 분리현상을 심화시키고 있다. 인종통합을 위해 도시 교육구 지역을 넓게 설정하고 인종 간 통합된 학교를 많이 만들 필요성이 제기된다.
첫째, 인종 간 통합에 대한 평가에 대해 Davis(2014)는 마그넷 스쿨의 인종통합 효과가 일반 공립학교와 차이가 없다고 밝혔다. 다만, 교실 단위에 있어서는 마그넷 스쿨의 고급과정(honors classes)에 백인/히스패닉 통합 비율이 공립학교에 비해서 높은 것으로 나타났다. 한편, Saporito(2003)의 연구는 부유한 백인 학부모는 학교가 어떤 특징(성적, 안전도, 빈곤율 등)이든지 상관없이, 백인이 아닌 학생 비율이 높은 학교를 피해 학교를 선택하고 있는 것을 밝히고 있다. 따라서 학교선택권의 확대가 학교 차원의 인종 간 분리현상을 가속화시킬 것이라고 주장했다. Roda와 Wells(2013)의 질적 방법론을 사용한 연구는 뉴욕시의 부유한 백인 학부모들은 학교의 인종 간 분리현상을 걱정하면서도 자신의 자녀가 최고의 학교에 입학하기를 바란다고 보고하면서, 다양한 교육과정 및 학교운영 방식을 허용하되 인종 간에는 통합된 학교를 많이 만들어야 한다고 제안했다. Ayscue와 Orfield(2015)는 인종 간 거주 지역 교육구 설정을 더 세밀하게 한 도시일수록 인종통합 비율이 낮았다고 밝히면서 인종통합을 위해서는 도시 교육구 지역 설정을 광범위하게 해야 한다고 주장했다. 이처럼 마그넷 스쿨의 일차적 정책 목표였던 인종통합은 이미 크게 양극화된 거주지역 차이를 극복하지 못했으며, 마그넷 스쿨을 포함한 학교선택권 확대 정책은 전반적으로 인종 분리 현상을 심화시키는 것으로 보고되었다.