여성국제법정의 재판부는 개별공소장 대신 공동공소장에 초점을 두고 판결 하였다. 우리는 일본을 전쟁범죄로 기소했지만 국제검사단은 인도에 반한 죄로만 기소하였고, 종군위안부 문제에 있어서도 전쟁법 적용을 하지 않았다. 한편 종군위안부 할머니들은 '종군위안부' 제도를 운용한 것은 전쟁 범죄 및 인도에 반한 죄에 해당하는 것이므로 처벌해 달라고 동경지방검찰청에 고소 고발장을 제출했다.
여성국제법정의 재판부는 앞에서 보았듯이 심리의 편의를 위하여 각국의 개별적인 공소장이 아닌 공동공소장에 초점을 두고 판결을 하였다고 판결문에서 설시하고 있다. 그런데, 당시 상황은 재판부가 말한 것보다는 미묘했던 것으로 추측된다. 당시 한국의 검사로 참여했던 장완익 변호사는 1910년 한일합병 조약은 무효이며 일제침략기는 군사 강점기로서 당시 우리와 일본은 식민지 상태가 아니고 전쟁상태에 있었기 때문에 전쟁범죄로 기소하였다고 한다. 그런데 유감스럽게도 국제검사단이 인도에 반한 죄로만 기소하였다는 것이다. 역시 여성국제법정에 검사로 참여하였던 조시현 교수도 2000년 여성국제법정이 일본의 행위가 성노예와 강간으로서 여성에 대한 폭력이었음을 부각시키는 데 성공하였으나, 일본군 점령지역에서의 전시성폭력 문제와는 달리 한국의 경우 전쟁법으로 풀지 않고 문명 전체 또는 인도(humanity)에 반하는 범죄로 바라본 것은 식민지배와 식민지범죄에 대하여 침묵했던 당시 국제법의 현실을 반영한 것으로 “차선의 법적용”이었다고 쓰고 있다. 한편, ‘종군위안부’ 제도를 입안하고 운용한 것은 전쟁범죄 및 인도에 반한 죄(비인도적 범죄)에 해당하는 것이므로 그 책임자를 수색하여 처벌하여 달라고 1994년 2월 7일 종군위안부 할머니들과 정대협이 동경지방검찰청에 고소장과 고발장을 제출한 것은 일본군위안부에 대한 범죄를 전쟁범죄와 인도에 반한 죄에 모두 해당하는 것으로 본 것이다.