미국식 제도가 도입되면서 예심제도가 폐지되고 직권주의, 당사자주의로 변화되었다. 헌법상 삼권분립주의로 재판소는 독립조직이 되고, 검찰관과도 조직상 분리되었다. 검사국도 검찰청으로 분리되었고, 재판소 또한 검사 우위 기관에서 벗어나 인사와 예산의 통제에서 자유로워졌다. 
제2차 세계대전 후, 1946년(昭和21년) 신헌법이 공포되고, 다음 해인 1947년 재판소법, 검찰청법이 새로 제정, 그 다음 해인 1948년 新형사소송법(昭和 23년)이 제정되었다. 일본을 점령한 연합국총사령부(GHQ)의 영향으로 미국식 제도가도입되게 되었다. 예심제도가 폐지되고, 재판관이 심리를 주도하는 직권주의로 바뀌었다. 재판은 재판관이 수사가 적정절차에 따라 이루어졌는지 심리하고, 당사자가 제출한 증거에 따라 판단을 하는 영미법계의 영향을 받은 당사자주의로 변화되었다. 헌법상 삼권분립주의가 명확하게 되고, 재판소는 종전의 사법대신의 사법행정상의 감독으로부터 벗어나 최고재판소를 정점으로하는 독립조직으로 편성되고, 검찰관에 대해서도 재판소법과 별도로 검찰청법이 제정되어 양자는 조직상 명확히 분리되었다. 재판소에 속해 있던 검사국은 검찰청으로 독립분리하고, 법무청의 특별기관이 되었다. 부분적으로 판사와 검사의 교류인사는 잔존하였지만, 재판소가 더 이상 검사 우위의 기관은 아니었다. 재판소는 검사 중심의 사법성으로부터 인사와 예산의 통제를 받지 않게 되었다.