교차보복으로 인한 문제점도 있다. 첫째, 선진국은 개도국에게 교차보복을 실시하는 것에 대한 형평성의 문제를 제기하며 반대하고 있다. 둘째, 상품, 서비스, 지식재산권은 서로 달라 특정 협정에서 발생한 부효화나 침해의 정도가 다른 협정에는 다르게 적용될 수 있다.  셋째, WTO에서 허용한 교차보복이 다른 국제 협정과 충돌할 가능성도 존재한다. 
그러나 이와 같은 장점에도 불구하고, 교차보복으로 인하여 발생하는 문제점들도 다수 존재한다. 우선 제기되는 문제점으로 선진국들은 개도국에게만 교차보복을 실시토록 하는 것은 형평성 차원에서 문제가 있다고 지적하고 있다. 선진국들은 현행 DSU에서도 교차보복을 허용하는 수준이 높지 않으므로 개도국들이 교차보복의 필요성을 입증하는 데 큰 어려움이 없을 것으로 본다며, 교차보복권을 개도국에 하나의 권리로서 당연 부여하는 것에 반대하고 있다. 둘째, 상품, 서비스, 지식재산권은 서로 다른 특성을 지니고 있기 때문에 특정 협정에서 발생한 무효화 또는 침해의 수준이 다른 협정에도 동일하게 적용되지 않을 수도 있다. 예를 들어 상품 분야에 대한 보복은 패소국의 이행이 완료되면 다시 양허정지를 해제함으로써 보복 이전 상태로의 복귀가 용이할 것이나, 지식재산권의 경우 한번 침해되면 이를 다시 보복 이전의 상태로 회복하기 어려운 측면이 있다는 것이다. 왜냐하면, 지식재산권에대한 교차보복의 효과는 거의 반영구적으로 지속되기 때문이다. 마지막으로 WTO에서 허용한 교차보복이 다른 국제 협정과 충돌할 가능성도 제기되고 있다. 지금까지 승인된 교차보복의 경우 모두 TRIPS상의 양허를 정지한 사례이다. 이 경우 지식재산권을 보호하기 위한 취지로 맺어진 다른 국제협정과 충돌할 가능성이 존재한다.