국가전략프로젝트는 중장기 대형 R&D 사업이나 예산이 급박하게 편성되었다. 미래창조과학부는 5개의 프로젝트의 사전 기술성 평가를 진행했으며 현재 예비타당성조사가 한국과학기술평가원에서 수행 중인데 국회 예산 심사 전 결과가 나올 시 추가 예산 요청을 할 수도 있다고 한다.
먼저 국가전략프로젝트 사업의 경우 총사업비가 약 1조 6,000억원이며 최장 2026년까지 수행되는 중장기 대형 R&D 사업이지만, 사업 준비 기간이 부족하고 예산안 편성지침에 부합하지 않는 방식으로 예산이 급박하게 편성되었다. 동 사업은 2016년 5월 제1차 과학기술 전략회의(대통령 주관)에서 추진을 결정한 후 과학기술계 의견 등을 취합하여 2016년 8월 제2차 전략회의에서 최종 지원 내용이 확정되었다. 미래창조과학부는 전체 9개 프로젝트 중 5개를 대상으로 2016년 7~8월에 예비타당성조사를 위한 사전 기술성 평가를 진행하였으며, 2016년 10월 현재 미래창조과학부가 주관하는 ｢인공지능｣ 프로젝트를 포함하여 ｢스마트시티｣, ｢자율주행차｣, ｢경량소재｣, ｢정밀의료｣ 등 5개 프로젝트에 대한예비타당성조사를 한국과학기술기획평가원에서 수행하고 있다. 미래창조과학부는 국회의 예산 심사가 종료되기 이전에 예비타당성조사 결과가 나올 경우 2017년 예산을 추가로 반영하도록 요청할 수도 있다는 입장이다