자유학기제 교과·자율과정의 편성·운영에 대해 대체로 교과는 오전, 자율과정은 오후로 운영한다. 오전의 연속된 교과 수업으로 교사들은 부담을 느끼고 있다. 학교 실정에 따라 유연하게 편성돼야 하고 '중간지대' 설정이 필요하다. 
자유학기제에 따른 교육과정 편성·운영에서 커다란 쟁점 중의 하나는 교과와 소위 자율과정을 어떻게 편성·운영할 것인가 인데, 운영 계획(의)에서 제시된 모형이 대체로 교과는 오전, 자율과정은 오후로 안내되어 대부분의 학교에서는 이러한 형태로 편성·운영하는 양상을 보이고 있다. 그 결과 오전에 교과 수업이 몰려 교사들은 연속 수업에 대한 부담을 느끼고 있다. 교육과정 및 수업 편성·운영은 ‘효율적 교과 지도 고려 자유학기 교육과정 편성·운영’과 ‘학생 체험활동 배려형 자유학기 교육과정 편성·운영’이라는 두 축을 중심으로 학교의 실정에 따라 교육과정 및 수업을 다양하고 유연하게 편성·운영할 수 있도록 안내할 필요가 있다. 또한 교과와 자율과정 사이에 ‘중간지대’를 설정하여 학생의 교과 활동에서 자율과정활동으로 보다 부드럽게 넘어갈 수 있도록 해야 한다.