특화전문대학원은 정부출연연구기관과 일반대학이 연계하고 과학기술연합대학원대학은 과학기술분야 정부출연연구기관과 연계하여 차별화가 미흡하다.
첫째, 특화전문대학원과 과학기술연합대학원대학의 차별화가 미흡하다. 특화전문대학원은 정부출연연구기관과 일반대학이 연계하여 특화된 전문분야를 연구하는데, 전문대학원 소속 전임교수와 더불어 대학 교수와 출연연구기관 연구원이 겸임교원으로 임명되어 대학원생을 교육하고 특화 분야를 연구한다. 과학기술연합대학원대학(이하 “UST”라 한다)은 과학기술분야 정부출연연구기관과 연계하여 연구현장 중심의 실용교육 및 융합기술분야의 인력양성을 목표로 운영되는 대학원대학이다. UST는 31개 출연연구기관이 공동으로 부설대학원을 설립하여 운영하는 형태이며, 전임교원은 물론 각 출연연구기관 연구원이 겸임교원으로 임명되어 연구현장을 캠퍼스 삼아 대학원생을 교육한다.