교육부는 담임종결 절차가 다툼을 조정하는데 오히려 방해가 되고 담임종결이란 명칭 자체의 법적인 근거도 희박하다고 문제 삼고 있다. 그러나 이 절차를 없애면 학교폭력 발생시 화해하려는 시도 없이 무조건 자치위원회를 통한 법적 수단만을 선호하는 분위기가 생길 수 있다.
둘째, 전담기구 사안조사 단계에서 자치위원회로 사건이 회부되기 전에 담임종결제도가 있어 사안을 조기에 마무리할 수 있는 방안이 없어졌다는 것은 학교폭력의 조정이나 화해기능으로서 학교의 역할을 축소하는 결과를 낳을 수 있다. 교육부는 담임교사가 화해를 무리하게 시도하거나 양측에 종용하면서 피해자 측이나 가해자 측으로부터 오해를 받는 경우가 많고 종결처리 이후 피해자 측이 억울함을 다시 호소하는 사례도 많아 담임종결 절차가 다툼을 조정하는데 오히려 방해가 되고 있다고 보고 있으며, 또한 담임종결이란 명칭 자체가 법적인 근거가 희박해 문제가 있을 수 있다고 본다. 그러나 담임종결 절차를 없애면 학생 간에 발생한 아주 사소한 다툼까지도 모두 자치위원회에서 다루어지게 되고, 담임교사가 개입하여 화해시킬 수 있는 기회가 없게 된다. 이와 같이 운영될 경우 학교폭력 사안 발생시 사전에 협의하거나 화해하기 보다는 무조건 자치위원회를 통한 법적 수단을 선호하는 비교육적인 현상이 확산될 가능성이 높아진다.