일용근로자들이 상용근로자보다 세금을 더 많이 내거나 차이가 줄어 분리과세의 취지가 퇴색, 소득세법의 목적에 맞지 않는 것이 일용근로소득 과세제도의 문제점이다. 
일용근로자들의 일급은 매년 증가하고 있으나 소득공제액은 2008년 개정된 이후로 10년째 변하지 않아 현실과의 괴리가 존재하고, 일용근로자는 근로소득 공제와 근로소득세액공제를 제외한 여타의 소득공제나 세액공제를 받을 수 없다. 따라서 당초의 입법목적은 분리과세를 통하여 일용근로자의 소득을 보호하 려는 취지였지만, 일용근로자들이 오히려 상용근로자보다 더 많은 세금을 부담하고 있거나, 그 차이가 매우 줄어들어 분리과세의 취지가 퇴색되고 세부담의 형평성이 무너지면서 소득세법의 목적에 부합하지 않는다는 것이 일용근로소득 과세제도의 첫 번째 문제점이라고 할 수 있다.