국세청은 1999년부터 조직 비전과 역할을 재설정하고 조직 개편도 하였다. 이를 전후하여 국세통합서비스, 홈택스 서비스를 시작한 것이 국세행정에 정보기술이 도입된  대표적인 것이었다. 국세통합시스템 구축으로  더욱 복잡해진 국세행정에 본격적인 정보기술이 도입될 수 있었다.
국세청은 1966년 개청 이후 1999년 9월 ‘제2의 개청’을 선언하면서 투명 세정, 민주적 세정, 효율적 세정, 고객지향 세정을 추구하는 서비스 기관으로의 조직 비전과 역할을 설정하였다. 영문 표기 역시 과거의 ‘National Tax Administration’에서 ‘National Tax Service’로 바꾸는 등 납세자를 관리의 대상에서 서비스의 대상으로 전환하며 대규모 조직개편을 진행한 바 있다. 이를 전후하여 국세행정에 정보기술이 본격적으로 도입되었는데, 그 중 대표적인 것이 1997년 개통한 국세통합시스템(TIS: Tax Integrated System)과 2002년도 홈택스 서비스(HTS: HomeTax Service)의 시작이다. 1인당 국민소득 100달러를 돌파했던 1967년 전산화 준비가 시작된 이래 국가 경제 규모와 국민소득이 급속히 성장함에 따라 국제행정은 더욱 복잡해졌다. 제한된 인력으로 이를 처리하는 데 한계에 부딪히면서 1997년 국세통합시스템을 구축함으로써 국세행정에 본격적인 정보기술이 도입되었다.