비법정전입금의 규모로 인해 지역 간 교육 격차가 발생한다고 보기는 어렵다. 지역 간 형평화 금액으로 교부금을 조정하여 이 격차도 줄일 수 있다. 또 지방재정과 교육재정 연계가 실현되면 재정순편익에 따라 교부금 규모가 조정되어 지역 간 격차를 완화시킬 수 있다.
지역 간 교육 격차 문제는 매우 신중히 다루어야 할 대상이지만, 현재의 우리나라 지방재정과 교육재정 연계 논의에서는 그리 큰 문제가 되지 않을 것으로 판단된다. 그 근거는 첫째, 앞서 논의한 바와 같이 비법정전입금 자체의 규모는 전체 재정에서 차지하는 비중이 1.5% 이하이므로 이로 인해 지역 간 격차가 발생한다고 지적하기는 어렵다. 또한 이 부분은 중앙 정부가 지원하는 지방교육재정교부금에서 인건비 부분을 제외한 부분 중 일부를 지역 간 형평화 금액으로 조정하는 것이 가능할 것으로 보인다. 둘째, 지방재정과 교육재정 연계 시 서울시와 같이 ‘재정순편익이 큰 지역’의 경우 교육재정교부금 지원규모가 작아질 가능성(혹은 불교부대상)이 높아 오히려 지역 간 격차가 완화되는 효과를 기대할 수 있다. 세원 집중 지역에서의 세율을 높이는 방식으로 재정순편익의 균형화를 이룰 수 없다고 한다면, 세출 책임 부담을 지우는 방식으로 지역 간 균형이 가능하도록 하는 방안이므로 이론적으로도 바람직하다.