문민정부는 당초 목표에 달성 여부에 의문이 있다. 행정쇄신위원회의 전문성과 시간의 제한 속에 다양한 과제와 개혁에 대한 저항을 극복하는 데 한계가 있었다는 지적이 제기되었다.
문민정부가 추진하였던 ‘작고 효율적인 정부’가 당초의 목표를 달성하였는지는 의문이다. 예를 들어, 최대용(2004)에 의하면, ‘행정쇄신위원회’가 경제부처가 관할하고 있는 토지, 금융, 물류 등 기업 활동과 관련한 규제개혁 과제를 제대로 완수하지 못하였다는 지적을 제기하고 있는데, 개혁에 대한 관료들의 저항을 극복하는데 한계가 있었기 때문이다. 개혁을 단행하기 위해 관료, 기업, 일반 국민 등 규제와 맞물려 있는 다양한 이해관계자에게 규제개혁이 미치는 영향과 이에 따른 반응에 대한 체계적인 분석과 접근이 시도되어야 했으나, 단임제 체제 하에서 ‘행정쇄신위원회’가 개혁의 동력을 충분히 확보하기에 전문성과 물리적인 시간이 제한되어 있었다.