심층평가서에서는 “비영리법인에 대한 고유목적사업준비금 손금산입”의 정부개입과 고유목적사업준비금 적립이 타당성이 있다고, 비영리법인 조세지원이 재무여건 개선 등의 효과가 있다고 판단했다.
심층평가서에서는 “비영리법인에 대한 고유목적사업준비금 손금산입”에 대해 시장실패와 가치재 공급 측면에서 정부개입의 타당성이 인정되며, 고유목적사업준비금 적립이 고유목적사업지출을 증가시킬 수 있는 유인으로 작용한다는 측면에서 타당성이 있는 것으로 평가하였다. 효과성 측면에서도 비영리법인에 대한 조세지원을 통해 비영리법인의 재무여건 개선과 고유목적사업 지출 확대효과가 있는 것으로 판단하였다. 다만, 특례의 혜택이 특정 분야에게만 집중되는 점과 특례를 적용 받는 법인을 구분하는 기준이 모호한 점 등에 대한 개선방안을 제시하면서 단기적으로는 일몰을 연장하되, 중장기적으로는 점진적으로 제도를 축소한 후 폐지를 고려할 것을 제안하였다.