생득주의에서는 제2언어 학습에서도 보편문법 이론을 적용한다. 특히 보편문법이 통사론 습득과정을 설명할 수 있다고 주장한다. 그래서 제2언어 연구에서 생득주의는 문법적 영역을 강조하고, 행동주의는 말하기 영역에 집중한다.
생득주의에서도 제2언어 습득에 대해 모국어 습득 이론에 근거를 두고 있다. Chomsky의 이론을 토대로 제2언어 습득을 설명하는 학자들은 언어 습득 장치 (LAD: Language Acquisition Device) 혹은 보편문법(UG: Universal Grammar) 을 강조한다. 이들은 “결정적 시기(Critical Period)를 놓친 학습자들이 제2언어를 습득하는 것을 보편문법만으로 설명할 수는 없지만, 분명 보편문법은 제2언 어 습득에 어느 정도 효과적”이라고 보았다. 특히 보편문법은 학습자의 복잡한 통사론(syntax)적 지식 형성을 잘 설명해 준다고 주장하며, 모방과 반복훈련을 통해 언어습득이 이루어진다고 보는 행동주의 학자들의 주장에 반대하였다. 이러한 이유 때문인지 제2언어 습득의 연구 방법 측면에서 행동주의 연구자들은 말하기 영역을 집중적으로 관찰하는 반면 생득주의 연구자들은 문법적 판단 영 역을 집중하여 연구하였다(이경우 외, 2014: 70-71; 좌승화 외, 2005: 42).