예산편상 업무의 복잡성과 정보 비공개 등으로 인해 중앙예산기관에 대한 외부 통제와 견제가 어렵다. 또 예산편성 방식이 삭감지향적이고 예산편성권으로 타 부처를 압도하는 등 예산실의 권위적 행태로 불만이 제기되고 있으나 예산실과 외부와의 소통 단절로 학문적 연구가 부족한 실정이다.
셋째, 예산편성의 중심역할을 담당하고 있는 중앙예산기관(예산실)에 대한 외부통제와 견제가 실질적으로 이루어지기 어렵다. 이는 먼저, 예산편성 관련 업무의 복잡성 및 전문성, 나아가 관련정보의 비공개 등에 기인한다. 특별히 예산실의 예산편성 방식이 예산 지출부서의 예산요구액에 대해 여전히 삭감지향적이라는 평가가 일반적이다. 게다가 예산실이 다른 중앙부처 예산담당자들에게 배포하는 ‘사업유형별 및 비목별 세부편성지침’은 예산안편성지침의 실무적인 상세해설서로 예산신청기관이 반드시 지켜야 한다. 따라서 예산실은 예산편성권을 통하여 다른 중앙부처들을 압도하고 있다(이상봉, 2008). 예산실의예산심의는 크게 ‘지출한도 심의’와 ‘부처예산안 심의’로 나뉜다. 이러한 심의를 위한 충분한 시간이 부족하다는 한계가 인정되면서도 심의결과에 대한 공식적인 설명이 없는 등, 예산실의 권위적 행태에 대한 불만이 여전히 존재하고 있다. 특기할 사항은 학계를 포함한 외부와 예산실과의 소통이 오랫동안 단절되어 왔기 때문에, 예산실의 운영 실태에 대한 학문적 연구가 매우 부족하다는 점이다(이상봉, 2008).