자유학기제의 추진 목적은 ‘학생들이  지속적인 자기성찰 및 발전할 수 있는 기회 제공’하는 것에 있다.  이러한 목적을 달성하기 위하여 학교교육의 기본 방향도 변화가 수반되는 것으로 볼 수 있다.
셋째, 자유학기제의 추진 목적은 ‘학생들이 스스로 꿈과 끼를 찾고, 자신의 적성과 미래에 대하여 탐색․고민․설계하는 경험을 통하여 지속적인 자기성찰 및 발전할 수 있는 기회 제공’하는 것에 있다(교육 부, 2013a). 이러한 목적을 달성하기 위하여 학교교육의 기본 방향은 1) 자유학기제에 집중적인 진로수업 및 체험 실시, 2) 학교의 교육과 정 자율성 대폭 확대, 3) 중간․기말고사 시험은 실시하지 않고 기초 적인 성취수준만 확인, 4) 자유학기제를 계기로 학교 수업 방법 전반 의 변화를 견인하는 계기로 활용한다고 명시하고 있다. 즉, 학생의 진로탐색을 강화하고 수업의 개선을 위하여 교육과정이나 평가 등에 있어서도 변화가 수반되는 것으로 볼 수 있다.