문화체육부장관은 수수료 승인에 있어 신청 내용 수정을 할 수 있고, 내용을 변경할 수 있다. 이는 최근 음악시장 신탁관리업체 수익이 상승하는데 기간 내에 수수료를 조절하지 못해 이익이 침해당하고 있기에 도입된 것이다. 그러나 일정한 기준과 자의적 문제를 해결해야 한다. 
문화체육관광부장관은 수수료 승인에 있어 필요한 경우 신청 기간을 정하거나 신청된 내용을 수정하여 승인할 수 있도록 하고(제105조 제6항) 그 밖의 관계자의 권익 보호 또는 저작물 등의 이용 편의를 도모하기 위하여 필요한 경우에는 승인된 내용을 변경할 수 있도록 하고 있다(제105조 제8항).이는 최근의 온라인 음악 시장 신장에 따라 신탁 관리 업체의 수익이 급상승함에도 불구하고 승인 기간 내에는 수수료율 등을 조절하지 못해 결국 권리자 등의 이익이 침해당하는 사례가 생김에 따라 기 승인된 수수료 요율 등을 적절히 조절하려는 목적에서 도입되었다고 한다. 그렇다면 이 조항은 온라인 음악 시장에 한정하여 수수료율을 조절하는 데에만 쓰이는 것인지 그렇지 않을 것이다. 이러한 조항은 저작권자 등과 이용자 모두에게 부당한 수수료와 사용료로 돌아갈 수 있는 것이다. 수수료나 사용료 같은 민감한 부분에 대해서는 일정한 기준이 필요하고 자의적으로 정할 수 있는 여지를 남겨두는 것은 문제가 있다 할 것이다.