분절적 사업체계로 인해  여성가족부 아이돌봄 지원금이 보건복지부  어린이집 정부 지원 단가보다 높게 책정되어 있다. 이를 통합적 관리체계가 구축되어야 제도 간의 정합성을 확보할 수 있다.
이러한 차이는 분절적 사업 체계에서 비롯된다. 여성가족부를 통해 지원되는 아이돌봄 정부 지원금이 보건복지부 예산으로 편성되는 어린이집 정부 지원 단가보다 높게 책정되어 있다. 담당 부처가 각각 다르기 때문에 정책 결정 과정에서 상호 타 부처 정책을 전혀 고려하지 못하고 있다. 국가 예산 관련 결정 과정에서도 조직의 분리로 상호 비교 기회는 없다. 또한 아이돌보미와 보육의 신청‧관리 시스템이 분리되어 있다. 보육 서비스는 ‘임신육아종합포털 아이사랑’, 아이돌봄 서비스는 ‘아이돌봄지원사업 홈페이지’를 통해 신청한다. 정보 시스템 등 전달 체계와 관리 체계를 조정, 통합적으로 관리하는 체계가 구축되어야 제도 간의 정합성을 확보할 수 있다.