청결과 위생 관리는 평가인증, 부모 모니터링단, 지도점검에서 영역을 나누어 확인하는데 시설 청결관리는 부모 모니터링단에서만 확인한다.
청결과 위생의 경우, 우선 놀잇감, 화장실, 세면장, 조리실에 대한 청결관리는 평가인증, 부모 모니터링단, 지도점검에서 공통적으로 확인한다. 보육실의 환기, 채광, 조명, 온도관리는 평가인증과 부모 모니터링단에서 확인하나, 같은 실내 환기 등과 관련된 사항이라도 50인 이상 시설에서 실내공기 질을 확인하는 사항은 부모 모니터링단과 지도점검에서, 개별 침구의 사용과 관리는 평가인증과 지도점검에서 확인한다. 영유아와 보육교사와 청결유지는 평가인증에서만, 칫솔, 칫솔 컵 소독 및 청결관리, 조리실 청결과 관련해서 바닥이 건조 상태이어야 하고, 설비 등이 청결관리에 적합하게 갖춰져 있는지, 석면관리 등 청결과 위생 중에서도 보다 상세한 사항은 부모 모니터링단에서만 확인하고 있다.