에너지세의 경우 자체적인 기금과 같은 제도를 통한 운용이 타당하다고 본다. 기존 회계제도를 활용하는 경우 안정성은 확보되지만 배출권거래제를 통한 수익의 활용이 미흡하다고 평가될 수 있기 때문이다.
기존의 에너지 및 자원사업 특별회계 지원 사업이 온실가스 감축수단과 설비 및 외부사업 발굴 등은 운영하고 있다는 점과 기존의 수입금을 통한 목표 범위 내 활용이 가능하다는 점에서 의의가 있다고 볼 수 있다. 하지만, 현행 「교통·에너지·환경세법」하에서 운영되는 에너지세의 경우 그 세수가 건설 및 도로 등 교통시설 확충에 치중되어 있다는 점 등을 고려할 때 경매수입의 경우 자체적인 기금과 같은 제도를 통한 운용이 그 활용 측면에서 타당하다고 본다. 기존 회계제도를 활용하는 경우 안정적인 세수 확보로 투자의 안정성이 확보될 수 있다는 측면도 있으나, 그 활용이 온실가스 감축을 위한 기술과 설비 등에 한정될 수 없다는 점에서 배출권거래제를 통한 수익의 활용은 미흡하다고 평가될 수 있기 때문이다.