도쿄재판은 일본군이 남경대학살 또는 남경강간참사에서 저지른 행위들과 전쟁포로와 민간인 수용자들, 점령지 주민들에 가혹한 처우, 노예노동 등을 전쟁범죄의 내용으로 자세히 언급하고 있다. 하지만 일본군위안부에 대한 범죄에 관련해서는 매우 간단한 언급만 하고 있다.
도쿄재판의 판결문은 일본군이 1937년 12월 남경대학살 또는 남경강간참사(Rape of Nanking)에서 저지른 강간, 성고문, 성적 기관의 절단과 같은 행위들을 전쟁범죄의 내용으로 자세히 언급하고 있다. 어린 소녀들과 늙은 여성들까지 대상으로 한 비정상적이고 가학적 형태의 강간이 대규모로 자행되었고, 많은 여성들이 강간 후에 살해되고 신체가 절단되었다. 일본군 점령중의 첫 한 달 동안만 약 2만건의 강간이 발생하였다. 그러나, 남경대학살과 달리 일본군위안부에 대한 범죄에 관련하여서는 도쿄재판의 판결문은 ‘공장의 건설에 동원한다는 핑계로 여성을 모집하여 일본군부대에서 강제로 매춘을 하게 하였다’는 매우 간단한 언급만을 하고 있다. 또한 도쿄재판은 전쟁포로와 민간인 수용자들, 그리고 점령지 주민들에 가혹한 처우, 혹독한 육체노동이라는 노예노동에 대하여 상세히 언급하고 있다. 이와 달리 도쿄재판은 위안부제도(comfort system)의 실상에 대하여는 언급을 하지 않았다.