공정거래위원회의 전속고발권 자체가 기본권들을 침해할 여지가 있다는 점에서 위헌적이란 지적이 있다. 이에 폐지를 해야 한다는 주장이 나오고 있다. 또한 위헌 여부와 상관없이 실제 고발실적이 저조하다는 점등을 들어 폐지를 의견이 있다.
현행 공정거래법 제71조에서 규정하고 있는 공정거래위원회의 전속고발권 자체가 위헌적인 규정으로서 이를 폐지해야 한다는 주장이 있다. 위헌론의 주된 논거들은 ① 공정거래법의 중요한 목적인 소비자 보호에 역행하여 형사 피해자인 소비자의 재판청구권, 재판절차 진술권 및 일반 범죄피해자에 대한 불합리한 차별을 통해 평등권을 침해했다는 점, ② 소비자의 고발권의 제약으로 소비자 기본권도 침해되었다는 점, ③ 이러한 기본권들의 제한을 위한 합리적인 공익목적이 결여되어 비례원칙에도 위반된다는 점, ④ 기소독점주의를 채택하는 형사소송법에서 검찰의 권한을 제한하여 권력분립원칙에 반한다는 점이다. 그리고 전속고발권의 위헌여부와 별론으로 이를 폐지해야 한다는 견해(폐지론)도 있는데, ① 전속고발제가 위헌은 아니더라도 국가기관간 권한배분 원칙에 충돌하고, ② 일본을 제외하고는 비교법적으로 전속고발제도를 인정하고 있는 나라들이 없으며, ③ 실제 고발실적도 저조하다는 점을 근거로 한다.