기지국 수사는 의심만으로 특정 장소의 모든 사람들의 통신 정보를 수집하므로, 개인의 사생활 침해의 문제점이 있다. 이를 해결하기 위해 일부개정법률안으로 통신사실 확인자료 요청시 가입자의 인적사항을 구체적으로 기재하도록하여 기지국수사를 원천적으로 불능하게 하는 제안이 있었다.
이와 같이 기지국 수사는 실제로 범죄가 발생하지 않았는데도 단지 범죄 발생이 의심되는 장소라는 이유로 해당 장소를 관할하는 기지국을 이용한 모든 사람들의 착ㆍ발신 시간, 통화 시간, 수ㆍ발신 번호 등 사실상 발신인과 수신인의 성명, 발신지, 수신과 발신의 연월일, 통신의 횟수와 시간 및 형태 등 통신에 관한 정보들을 무차별적으로 수집하여 수사에 이용하는 것을 말하는데, 이는 특정시간대 특정기지국에서 발신된 모든 전화번호를 통신사실확인자료로 제공받는 수사방식으로서 통신비밀보호법 제13조에 근거를 두고 있다. 하지만 특정 시간에 기지국에서 잡히는 휴대전화번호 등을 모두 제공받는 일명 ‘기지국 수사’의 방식은 범죄가 일어난 주변 지역에서 비슷한 시간대에 통화를 했다는 이유만으로 수사기관에 개인의 사생활에 관한 정보가 노출되거나 수사대상이 되는 문제점이 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여 통신사실확인자료 요청에 의해 무분별하게 이뤄지고 있는 ‘기지국 수사’의 방식을 원천적으로 불가능하게 하는 방안이 제안된 적이 있었는데, 2012. 10. 22. 자 전병헌의원 대표발의 통신비밀보호법 일부개정법률안(의안번호: 1902244)에 의하면 통신사실 확인자료 요청시 해당 가입자와의 연관성 외에 반드시 해당 가입자의 인적사항도 구체적으로 특정하여 기재하도록 하여 불특정 다수에 대한 통신사실확인자료의 요청을 못하도록 하는 것이 그것이었다.