내부통제와 관련된 감사원의 역할은 각종보고서의 제출 이전부터 이사와 재무관 등과 내부통제의 적절성을 논하고, 지적사항은 내부통제보고서에 반영한다. 여러 기관의 내부통제보고서는 모범사례집 발간으로 보고서 작성의 길잡이로 쓴다.
다섯째, 내부통제와 관련한 감사원의 역할도 주목할 만하다. 영국 감사원(NAO)은 중앙정부부문 기관이 제출하는 내부통제보고서의 신뢰성을 높이기 위해 노력한다. 즉, 감사원(NAO)은 회계보고서와 연차보고서에 포함된 내부통제보고서가 제출된 후 이에 대한 검사의무가 있지만, 실제로는 보고서의 제출 이전부터 공공부문 이사회의 이사와 재무관 등과 위험관리, 내부통제의 적절성, 전년도 보고의 투명성 등에 관해서 논의한다(NAO, 2010: 7). 논의를 통해 감사원에 의해 지적된 내용들과 다른 기관의 지적사항들은 내부통제보고서에 반영토록 하고, 그렇지 않은 경우 내부통제보고서 검사의견에 반영하거나 별도의 보고서를 의회에보낸다. 또한 여러 기관의 내부통제보고서 검사결과를 이용하여 모범사례집을 발간하여 각 기관의 내부통제보고서 작성의 길잡이로 사용토록 하고 있다.