공사단계에서 탄력적인 대응을 위해 일정 사항은 기획재정부장관과의 협의 없이 계약변경 여부를 승인할 수 있는데, 기획재정부는 사후에 제재조치를 할 수 있다. 
그리고 공사단계의 경우 공사현장에서 변동요인 발생 시 탄력적으로 대응할 수 있도록 일정한 계약변경 사항은 기획재정부장관과의 협의 없이 중앙관서의 장이 계약변경 여부를 승인할 수 있도록 허용하고 있는데, 주로 ‘법정경비를 반영하는 설계변경’ 등 계약변경이 불가피한 경우가 이에 해당하며, 기획재정부는 매년 각 중앙관서의 자율조정 내역을 평가하여 낙찰차액 등을 자율적으로 감액하지 않거나 기획재정부와의 협의가 필요한 설계변경 사항을 중앙관서가 자율조정 하는 등 위 지침을 위반한 경우 자율조정 한도액을 축소하는 등의 제재조치를 부과하고 있다.