방과 후 프로그램에 대한 기존 연구들은 프로그램 개입을 통한 효과를 증명하는 데 한계가 있으므로 향후 정교하고 깊이 있는 연구를 통해 어떤 방식이 누구에게 잘 적용되는지 결정할 수 있어야 한다.
방과 후 프로그램에 대한 신중하고 엄격한 연구의 필요성은 기존의 연구에서 확인된 문제에 비추어 볼 때 분명하게 나타난다. 방과 후 학교 프로그램에 대한 많은 연구가 선택 편향과 같은 문제 요소들을 통제하지 못했다 (이 프로그램들에 참여하는 청소년들은 처음부터 동기부여가 되었나?). 그리고 많은 연구들이 통제 집단이나 유효한 비교 집단을 설계하지 않아서 프로그램 개입과 성과 사이의 인과관계에 대한 메커니즘을 증명하는데 한계가 있다. 또한, 많은 연구들이 참석률에 대한 측정법, 프로그램 개입에 관한 측정 또는 프로그램 효과와 관련이 있을 수 있는 다른 메커니즘에 대한 가능성 등을 고려하고 있지 않다. 이러한 이슈들은 프로그램 모델과 방과후 프로그램의 구성과 관련한 주제들의 다양성에 의해서 혼재되어 나타날 수 있다. 어떤 방식이 누구에게 더 잘 적용되는지 결정할 수 있을 지는 향후의 정교하고 깊이 있는 향후의 연구에 달려있다.