모태조합출자 사업을 통한 벤처기업 활성화 효과를 직접 확인하기는 어렵지만 분석결과를 해석하는 데에 주의해야한다. 정부는 모태펀드 출자조합의 경우 일반펀드에 비해 매출액증가율과 영업이익률 증가에는 한계가 있으며 모태펀드 출자조합이 투자한 기업은 중소기업 평균보다 높은 증가율을 보이고 있다고 설명하지만 전체 중소기업의 경영성과 단순비교하는 것은 무리가 있으며 유사집단과의 비교분석이 필요하다.
분석결과에 따르면, 모태펀드 투자조합이 투자한 기업과 이의 비교집단인 기업과의 경영성과에 있어 뚜렷한 차이가 없어 모태조합출자 사업을 통한 벤처기업 활성화에 대한 효과를 직접적으로 확인하기는 어렵다. 다만, 이러한 분석결과를 해석하는 데에는 주의할 필요가 있다. 분석기간이 상대적으로 짧거나, 비교분석집단에 편의성이 존재할 가능성 등의 문제가 있어 모태조합출자 사업의 효과가 없다고 평가하기는 어렵다. 그리고 정부도 모태펀드 투자기업의 비교집단으로 평균업력이 벤처기업보다 높은 이노비즈 기업을 보는 것은 그 적절성을 검토할 필요가 있다. 또한 정부는 모태펀드 출자조합의 경우 수익적 목적 보다는 정책적 목적이 강하므로 수익성만을 강조하는 일반펀드에 비해 투자기업의 매출액증가율과 영업이익률 증가에는 한계가 있으며, [표 65]에서 보듯이 모태펀드 출자조합이 투자한 기업은 중소기업 평균과 비교할 때 높은 매출액증가율을 보이고 있다고 설명하고 있다. 정부가 제시한 전체 중소기업과의 비교보다는 이노비즈 기업은 일반펀드의 지원을 받은 기업이든 아니면 다른 형태의 지원을 받은 기업이든 여러가지 형태의 지원을 받은 기업이기 때문에 성과가 높을 것으로 예상되는 기업이다. 다만, 정부가 제시하고 있는 전체 중소기업의 경영성과와 단순 비교하는 것은 무리가 있으며, 향후 지속적으로 모태펀드 출자조합이 투자한 기업과 유사집단과의 비교분석을 통해 경영성과를 측정하고 이를 개선할 수 있는 방안을 검토할 필요가 있다.