유·초·중등 교육통계 조사는 나이스 시스템으로 한다. 하지만 유치원 조사의 경우, 2014년 조사에서는 나이스 시스템을 사용치 않고 여러 입력방법을 이용하여 교육지원청에서 집계하고 있어 교육지원청 담당자의 업무부담이 많다.
유·초·중등 교육통계 조사는 응답자의 업무 경감과 데이터의 정합성을 위해 학교 행정 업무에 사용하는 나이스 시스템을 통해 입력한다. 이미 나이스 시스템 상에 존재하는 데이터는 미리 산출하여 자동으로 입력하여 교육기본통계 담당자는 시스템에서 자동적으로 추출된 자료를 제외한 추가 입력 자료만을 입력하도록 시스템이 구성되어있다. 이 같은 나이스 시스템 연계를 통한 부분적 간접조사는 2010년부터 도입되어 점차 연계 항목들을 확대해가고 있다. 하지만 유치원 조사의 경우, 일부 국·공립 유치원만 나이스 시스템을 이용하고 있고, 2014년 조사에서는 사립유치원이 사용할 수 있는 별도의 조사시스템이 구축되었으나 여전히 여러 입력방법(조사표, EXCEL 등)을 이용하여 교육지원청에서 집계하고 있어 교육지원청 담당자의 업무부담이 많은 것으로 나타났다.