인도네시아는 생존권을 보장하고 고문을 금지하고 있으나, 이를 범죄 행위로 규정하고 있지 않아 경찰에 의한 가혹행위가 이행되고 있으며, 법원도 강압적인 자백의 증거능력을 인정하고 있다. 변호인에 의한 조력도 제대로 보장되지 않아 공정성에 대한 의혹이 일고 있다.
인도네시아헌법(2003)은 어떠한 정황 아래에서도 기본적 인권인 생존권을 보장하고(제28(A)조) 고문을 금지하고 있으나(제28(I)조), 이를 범죄로 규정하지 않아 경찰 등에 의하여 광범위한 가혹행위가 자행되고 있으며, 법원도 이를 통하여 확보된 자백의 증거능력을 배제하지 않는다. 아울러 체포, 구속 및 신문과정에서 변호인의 도움을 받을 권리가 제대로 보장되지 않아 적법절차에 위배되는 수사와 재판으로 사형판결의 공정성에 의혹이 제기되고 있다. 대통령에게는 대법원 또는 입법부의 의견을 감안하거나 고려한 사면권이 부여되어 있는데, 사형선고를 받은 자는 유죄를 인정하고 감형을 요청하는 공식서한을 대통령에게 제출할 수 있으나, 이러한 절차가 헌법에 의하여 보장되는 것은 아니다. 2001년부터 2012년 8월말까지 41명의 사형수가 감형 또는 사면을 받았으며, 2012년 10월에도 대통령은 2004년과 2011년 사이에 사형이 선고된 19명을 종신형으로 감형한 바 있다.