｢범부처 연구비 집행 통합모니터링 시스템 구축｣ 사업은 각 부처 R&D 관리기관에 구축된 시스템과 장비를 활용한 지출효율화 방안을 모색해야한다. 각 부처의 자체 연구비관리 시스템은 연구비 중복 계상 등의 문제가 발생할 수 있기 때문이다.
첫째, ｢범부처 연구비 집행 통합모니터링 시스템 구축｣ 사업은 각 부처의 R&D 관리기관에 이미 구축되어 있는 시스템과 장비를 활용한 지출효율화 방안을 모색할 필요가 있다. 각 부처의 R&D 관리기관에서는 자체적인 연구비관리 시스템을 구축하였다. 미래창조과학부 R&D 사업을 관리하는 한국연구재단은 전담 금융사 부담으로 2015년에 80억원을 투입하여 Ezbaro 시스템을 구축하였으며, 산업통상자원부 R&D 사업을 주로 관리하는 한국산업기술평가관리원은 2009년부터 2013년까지 97억 8,500만원의 예산을 투입하여 RCMS를 구축하였다. 각 R&D 관리기관의 시스템은 금융기관과 연계하여 연구비 집행내역을 실시간으로 파악할 수 있도록 구축되어 있다. 미래창조과학부는 관리기관별로 별도의 연구비관리 시스템을 운영하기 때문에 타부처 R&D 사업에서 집행된 연구비가 중복 계상되는 등의 문제가 발생할 수 있다고 한다.