보통교부세 산정시 재정보전금 배분 변화는 각급 지자체의 재정수입및 수요에 변화를 주어 재정력 지수에 영향을 준다. 지자체간 재정격차 해소를 위해 지급되는 재정보전금의 배분 기준 변경은 지방교부세 배정시 재정보전금이 중복 계산되어 지자체간 재정형평화에 부정적 영향을 준다.
현재 보통교부세 산정 기준과 재정보전금 배분 기준을 살펴보면, 기준재정수입액을 기준재정수요로 나눈 재정력 지수를 공통적으로 활용하고 있다. 첫째, 보통교부세 산정시 시ㆍ도의 경우 재정보전금(시책추진분 제외) 및 전전년도 정산분의 80%가 보정수요액으로 반영되고 있으며, 시군의 경우 보정수입액으로 반영하고 있다. 즉, 재정보전금 배분 기준 변화는 결과적으로 시군의 재정수입과 시도의 재정수요에 영향을 미치게 되어 결과적으로 재정력 지수에 영향을 주게 된다. 둘째, 재정보전금 배분 기준의 변경은 지방교부세 배분 산식에서 기초자치단체간 재정 형평화를 위해 배분하고 있는 재정보전금이 일정부분 중복 계산되어짐으로써 광역시도의 형평화 수준, 또는 기초자치단체간의 재정형평화에 상호 유기적인 영향을 준다. 즉, 광역 시ㆍ도에서 해당 기초자치단체의 재정형평화를 위한 조정 내역이 현행 산식에 포함되어짐으로써 지방교부세 배분 수준 역시 영향을 미치게 됨으로써 결과적으로 광역 시ㆍ도의 형평화 노력이 일부 상쇄될 수 있다.