사업장 특별 지도점검은 지역 및 사업장 가입자를 대상으로 한다. 보험료를 징수하는것이 주 목적이며, 미가입 사업장에 건강보험 가입 안내문을 보내기도 한다. 하지만 안내문 발송만으로 건강보험에 가입시키기는 쉽지 않고, 건강보험 미가입자와 사업장을 찾는데 한계가 있기에 점검 대책을 마련해야 한다. 
이렇듯 사업장 특별 지도점검은 건강보험 재정의 건전화라는 측면에서 주로 지역 및 사업장 가입자를 대상으로 허위 신고 및 과소 신고 여부 등을 점검하고 보험료를 추징하는 데 주력하고 있다. 일상적으로 미가입 사업장에 대해 국세청 등 자료 연계를 통해서 적극 가입토록 하는 안내문 발송 등의 조치를 취하고, 이러한 가입 안내에도 불구하고 가입하지 않을 경우 때에 따라 사업장 점검을 실시하여 적용 대상 근로자를 고용하고 있는 사실이 적발될 때 가입을 유도하거나 직권으로 가입시키고 있다. 또한 건강보험의 가입자나 가입자였던 사람 또는 피부양자나 피부양자였던 사람은 가입자 자격의 취득․변동 및 상실과 관련된 사실의 확인을 청구하는 경우(제11조 제2항) 조사 결과 확인 청구자의 소속 사업장이 미가입 사업장으로 적발될 경우에는 가입 유도를 하고 가입하지 않을 경우 직권 성립시키고 연체 보험료 등을 징수한다. 그러나 이와 같은 안내문 발송 등의 조치만으로 건강보험 가입을 유도하기에는 역부족이라 보이고, 근로자의 확인 청구에 의하여 미가입자 및 미가입 사업장을 발굴하는 데 한계가 있다. 또한 건강보험 가입 사업장이라고 하더라도 일일근로 및 월 60시간을 초과하는 단시간 근로자의 누락(사업장 미가입자)에 대해서도 점검 대책을 강구할 필요가 있다.