기획재정부의 방침은 성과관리 체계의 수립과 운영이 중요하다고 할 수 있으나 목표치를 중심으로 이루어지고 있다는 점과 실질적 성과를 측정하기 어렵다는 점에서 한계를 보이고 있다.
기획재정부의 방침은 예산배분부터 관리 및 평가까지 전 부처 재정사업의 전 과정에 영향을 미치는 만큼 이러한 성과관리 체계의 수립과 운영은 중요하다고 할 수 있다. 그러나 성과계획서(기획재정부, 2014b) 상에 나타난 바와 같이 성과관리가 사전에 설정된 성과지표의 연도별 실적 및 목표치를 중심으로 이루어지고 있고 이목표치는 건수, 금액, 비율 등 특히 양적인 측면에서 관리되고 있다는 점에서 여전히 한계를 나타낸다. 또한 성과관리체계가 개선되었다 하더라도 현재의 양적 지표중심의 관리체계로는 정책문제 차원의 목표달성이나 문제 해결, 사업 계획 수립 시의 개별 프로그램이나 단위사업의 목표 달성도나 실질적 성과를 측정하기에는 어려운 측면이 있다.