기관이용 청소년의 발굴경로는 학교, 청소년상담복지센터, 법원과 법무부 산하기관 순서로 확인됐다. 쉼터를 통한 연계는 약3%에 불과해 적극적인 연계를 위해 노력해야 한다. 학교 및 교육청을 통한 연계는 약17%에 그치는데, 이에 대해 학교 밖 청소년 정책의 이원화로 현장에서 연계가 수월하지 않아 즉각적 인계가 곤란한 경우도 있다고 지적했다.
기관이용 청소년들의 발굴경로에 대해 지역에 상관없이 전체적으로 보면(<표 Ⅴ-16>) 파악이 안 된 경우(23%)를 제외하고는 학교를 통한 발굴이 15.5%로 가장 많았으며 청소년상담복지센터를 통한 발굴(11.7%), 법원이나 법무부 산하기관을 통한 발굴(10.8%) 순으로 나타났다. 한편 다소 아쉬운 점은 학교 및 교육청을 통한 청소년의 연계가 가장 쉽고 빠른 방법임에도 불구하고 이를 통한 연계가 17.5%에 불과하다는 점과 학교 밖 청소년들이 많을 것으로 예상되는 쉼터를 통한 연계도 2.7%에 그치고 있다는 점이다. 쉼터를 통한 발굴이 적은 것은 부분적으로는 쉼터 내 자체 학업지원 프로그램이 있기 때문인 것으로 파악되지만 쉼터와의 보다 적극적인 연계가 필요할 것으로 보인다. 학교 및 교육청을 통한 연계와 관련하여 일선 현장의 종사자들은 학교 밖 청소년에 대한 정책이 교육부와 여성가족부로 이원화되어 있기 때문에 교육부 소속 기관들과의 연계가 충분히 이루어지지 않고 있다는 점을 지적하고 있다. 즉 중앙부처 차원에서 교육부와 여성가족부 간의 연계는 이루어지고 있다 하여도 일선 현장에서 해당지역 학교 및 교육청과 지원센터 간의 연계가 원활히 이루어지지 않아 학교를 벗어난 청소년들의 즉각적인 인계에 어려움이 있는 경우도 발견되었다.