학업성취 중심의 학교평가가 강화됨에 따라 일부 학교에서는 학습부진 학생을 의도적으로 재학생에서 배제하는 등의 문제점이 발생됨에 따라 정학생과 퇴학생에 대한 학교 책임제를 강화하고 이들에 대한 학교의 학습 지원 여부가 평가에 반영된다.
실제로 이러한 부작용이 학교현장에 나타난 것으로 확인된다. 일부 학교에서는 학습부진 학생을 의도적으로 재학생에서 배제하는 일이 발생하였다 (DfE, 2018e). 통계에 따르면 학교자율성이 강화되면서 중등학교의 정학 및 퇴학생 수가 크게 증가하였으며, 2016-17년 기준으로 전체 중등학습자의 0.2%가 퇴학을, 9.4%가 정학 조치를 받았다. 이중 특수학습자가 차지하는 비율이 각각 46.7, 44.9%를 기록하였고, 소외계층에게 선택적으로 지원하는 무상급식 대상학생수가 또래집단 대비 4배 정도 상회하는 것으로 조사되었다. 학업성취 중심의 학교평가가 강화됨에 따라 일부 학교는 학습부진 학생을 정학이나 퇴학 등의 조치로 재학생 목록에서 제외하여 학교의 학업성취도 평균을 높이는 편법이다 (DfE, 2019g). 학교평가는 궁극적으로 학교존폐와 직결되기 때문에 좋은 학교평가를 받기 위해서 학교는 책임교육이 절실한 학생을 오히려 소외하는 전략을 취한 것이다(DfE, 2019h). 정부는 정학생과 퇴학생에 대한 학교의 책무성 여부를 고려하여 학교 책임제를 강화하겠다는 방침이다. 이에 학교평가는 정학 및 퇴학 위기에 있는 학습자에 대한 학교의 지원여부가 평가에 반영된다.