국가안보회의가 설치되면서 그 논의 과정에 참여하는 이들이 일본의 국가 기밀을 누설하지 않도록 특별비밀보호법을 성립시켰는데 자유주의가 침해 받을 가능성에도 국가안보회의 논의를 효과적으로 진행하기 위해 강행했다.
국가안보회의가 설치되면서, 그 논의 과정에 참여하는 각료 및 관료들이 국가 기밀에 해당하는 사항을 누설하지 않도록 하는 장치가 필요해졌다. 이러한 필요에 따라 아베 정부는 국가공무원들이 국가안보에 관련되는 외교, 방위, 국제정보 등의 관련 정보를 누설하지 않도록 하고, 만약 누설될 경우에는 관련 각료 및 공무원에 벌칙을 가할 수 있도록 하는 특별비밀보호법을 각의 결정하였고, 2013 년 말까지 국회 논의를 거쳐 성립시켰다(󰡔朝日新聞󰡕 2013년 10월 12일 및 10월 26일 기사 참조). 특별비밀보호법에 대해 일본 국내에서 자유주의를 침해할 가능 성을 우려하면서 적지 않은 반발이 있었으나, 아베 정부는 국가안전보장회의의 논의를 보다 효과적으로 진행하기 위해 정보보호에 관한 법률 체제가 정비될 필요가 있다는 판단에 따라 이를 강행하였다.