유사업무 수행으로 인한 비효율적 운영,  전력·가스 등의 독점 구조, 자원 가격 하락으로 인한 채산성 악화가 에너지 관련 공공기관의 문제로 꼽힌다.
최근, 에너지 분야 공공기관은 기관간 유사·중복 업무 수행으로 인한 비효율이 발생하고 있으며 독과점적 산업구조와 재무구조 악화 등이 심각한 문제점으로 제기되고 있다. 발전 해외진출, 전기 안전점검, 댐관리 등 기관간 유사·중복 업무 수행으로 비효율이 발생하여 개선이 요구되고 있으며, 전력(판매), 가스(도입·도매), 발전 정비 등에서 독·과점 지속으로 경쟁을 통한 사회적 편익 제조가 미흡한 실정이다. 또한 채산성 악화, 에너지 가격 하락 등으로 인해 부실이 누적되어 대한석탄공사·한국 석유공사·한국광물자원공사 등은 재무구조가 악화된 상태이다.