사전에 예산, 사업, 수익구조 등을 규제하면 경영평가시스템은 정부의 정책을 충실히 대행하는 것을 담보로 하는 검증수단으로 전락한다. 따라서 맞춤형 지배구조의 설계와 운영의 효율성을 담보하는 경영평가시스템의 실효성 제고가 중요하다. 그렇기 때문에 새로운 정부가 들어설 때마다 환경변화에 적응하는 차원에서 민영화작업이나 구조개혁 및 기능조정이 이루어진다.
관리책임을 지는 소유권자로서 정부가 공기업의 의사결정을 대신할 경우 책임문제가 뒤따를 수밖에 없다. 정부정책사업이 그렇고 요금문제가 그렇다. 4대강사업(한국수자원공사)과 국민임대주택사업(LH공사)으로 인한 SOC 공기업의 과도한 부채에 더해 전기(한국전력), 가스(한국가스공사), 철도(한국철도공사), 도로(한국도로공사) 등에 원가보상율에 크게 못 미치는 요금을 강제하는 것 역시 물가안정이라는 가치와 함께, 그만큼이나 중요한 또 다른 가치 즉 공기업의 효율적 운용을 통한 국가자원배분의 최적화라는 가치를 저해하는 행위라는 점을 우리는 쉽게 잊는다. 예산, 사업, 수익구조 등을 사전에 규제하게 되면 현재 공운법의 취지와 관계없이 경영평가시스템은 공공기관의 자율성을 형식적으로만 보장하고 정부의 정책을 충실히 대행하는 것을 담보하는 검증수단으로 전락하게 된다. 30여년의 역사를 지닌 공공기관경영평가제도의 반추는 공공기관개혁과 관련해 우리에게 많은 시사점을 준다. 역사적 제도주의를 통해 우리는 하드웨어적 구조개혁과 소프트웨어적 프로그램 개선의 적절한 조화가 중요하며 이를 안정적으로 체화시킬 수 있는 체계적인 모니터링시스템이 필요함을 잘 알고 있다. 소유구조, 시장성, 공공성, 규모 등 기관의 특성에 맞추어 맞춤형 지배구조의 설계와 운영의 효율성을 담보하는 경영평가시스템의 실효성제고가 중요하다. 새로운 정부가 들어설 때마다 민영화작업이나 구조개혁 및 기능조정이 이루어지는 것도 환경변화에 적응하는 차원에서 필요한 과정이며 지금까지 우리의 공공기관 개혁작업은 나름대로 성과를 보여 왔다. 박근혜정부는 4대 구조개혁을 이야기한다. 당연히 공공부문 개혁은 노동, 금융, 교육과 함께 가장 핵심적인 정책과제로 자리잡고 있다.