WTO 분쟁해결절차의 운영 목적은 WTO 협정상 이익의 무효화와 침해 등을 없애는 것이다. 서로 충돌되는 WTO 협정과 비 통상 조약을 동시에 적용해서 분쟁을 해결하는 것은 불가능하므로  WTO 패널과 상소기관은 두 조약중에 어떤 것이 우선인지 정해야 한다.
WTO 분쟁해결절차의 운영 목적은 WTO 협정상의 이익의 무효화·침해, 협정의 목적 달성의 방해의 해소이다. 앞서 언급한 바와 같이 이론상 WTO 패널과 상소기관은 회부된 분쟁의 해결을 위하여 다자간 환경협정과 같은 비 통상 조약 또한 적용법규로 이용할 수 있다. 하지만 일반적인 적용법규성이 인정된다하더라도 비 통상 조약이 구체적인 분쟁해결시 반드시 적용된다는 것은 아니다. WTO 패널과 상소기관이 서로 충돌되는 WTO 협정과 비 통상 조약 모두를 동시에 적용하여 분쟁을 해결하기란 불가능하기 때문이다. 따라서 WTO 패널과 상소기관은 두 조약 중 어떠한 조약을 적용할 것인지, 즉 조약 적용상의 우위를 결정해야 할 것이다. 이처럼 WTO 분쟁해결절차는 충돌되는 규범들 중 한 규범의 배타적 적용, 그에 따른 다른 규범의 배제에 의하여 회원국간 분쟁을 해결하게 되는 것이다. WTO 분쟁해결절차상 WTO 협정을 배제한 채 비 통상 조약을 적용하는 것이 과연 규범 충돌 해결을 위한 가능한 방안인지, 그리고 적절한 방안인지 살펴보도록 한다.