 주민자치센터가 설치될 때 충분한 준비가 없었기에 담당 공무원으로 배치된 인원들은 전문성이 부족하고 타 업무를 봐야 해 어려움이 많이 있다. 또한 동사무소 직원은 로테이션 근무제를 채택하므로 운영의 노하우가 쉽게 단절될 염려가 있다. 그러므로 센터 전담 인원 배치가 필요하다.
2) 담당공무원의 전문성 부재
주민자치센터의 설치는 구조조정 차원에서 동 사무소의 기능을 전환하며 이루어진 정책으로 충분한 준비가 함께 수반되지 못했다. 이 때문에 주민자치센터가 설치되면서 동 공무원이 주민자치센터 담당으로 배치되긴 했으나 제대로 된 교육도 없이 배치되어 전문성이 부족하다. 이로 인해 주민자치센터 담당 공무원들은 주민자치센터를 맡긴 했으나 주민자치센터의 역할이나 위상, 기능에 대해 잘 알지 못하고 어려움을 겪는다.
더구나 동 기능이 축소되면서 동사무소 근무인원이 현저히 줄어들어 주민자치센터 담당 공무원도 동 업무를 봐야 하는 입장이다.
동 공무원은 각 동사무소를 로테이션하면서 근무하고 한 동사무소에 1년 이상 근무하면 다른 동사무소로 언제라도 옮길 수 있다. 이러한 점 때문에 동사무소 직원이 주민자치센터를 담당할 경우 운영의 연속성이 단절되고 노하우도 사장되어버릴 수 있다. 따라서 주민자치센터를 전담하여 운영할 수 있는 주민이나 전문가를 주민자치센터에 배치하여 보다 발전적으로 운영할 필요성이 있다.