규제비용총량제의 도입은 기존의 규제등록 시스템관련 규제비용 저축계정이 각부처별로 설정되어야 하고, 신설 규제의 규제순비용 정보와 연결되면서 시스템의 보완 요구로 이어질 것이다. 말하자면, 규제비용총량제 운영에 적합한 규제관리체계 전반의 개선이 필요하다.
규제비용총량제의 도입은 기존의 규제관리 환경에 중요한 변화를 초래할 것이다. 규제비용총량제는 규제의 유량관리와 저량관리를 이어주는 유량-저량 연결형(flow-stock linkage) 관리수단에 해당한다. 규제유량의 변화가 곧 규제저량의 변화를 유발하여 둘이 상쇄되는 방식으로 작동한다. 현재의 규제관리체계는 규제등록시스템과 기존규제정비제도, 그리고 규제영향분석제도의 세 축을 중심으로 구축되어 있다. 그런데 규제비용총량제가 실시되면 규제등록시스템은 기업의 규제비용과 관련된 정보와 규제비용 저축계정이 우선은 각 부처별로 설정되어야 한다. 이에 따른 미등록 규제의 등록, 규제등록 단위의 조정 등 기존에 해결되지 않았던 문제들이 신설강화 규제의 규제순비용 정보와 연결되면서 규제등록정보시스템의 강한 보완요구로 나타날 것이다. 기존규제정비도 이러한 규제비용정보를 무시하고 이루어지기 어렵다. 규제영향분석에서도 규제비용이 의도하지 않게 주요한 판단의 기준으로 해석될 수 있다. 말하자면 규제비용총량제 운영에적합한 규제관리체계 전반의 개선이 필요하다.