비정규직 차별시정제도에 근거, 동일 혹은 유사직무 수행 무기직에 대한 상이한 보상체계 적용은 불합리하다는 의견이 있을 수 있다.
둘째로 동일 내지 유사 직무에 대한 상이한 보상체계는 무기계약직에 대한 차별금지의 문제와 직접적으로 연관되어 있다. 현재 시행되고 있는 비정규직 차별시정제도는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률과 파견근로자보호 등에 관한 법률 에 기초해서, 사용자가 비정규직(기간제․단시간․파견) 근로자를 비교 대상(무기계약․통상근로․직접고용) 근로자에 비하여 임금 및 그 밖의 근로조건 등에서 합리적인 이유 없이 불리하게 처우하는 것을 금지하고 있다. 따라서 정부가 임금․직무체계의 직무중심성을 정책적으로 강조하고 있는 상황에서 동일 내지 유사직무를 수행하는 무기계약직에 대해 합리적인 이유 없이 상이한 보상체계를 적용하고 있는 것은 불합리하다는 비판이 제기될 수 있다.