국가재정법 시행령에 자체 변경 제한 사유를 보이며, 예측 불가능한 수요가 발생한 경우 제한하나, 증액은 불가능하다. 신규 사업은 금지하지만 세부항목으로 시작하면 장관과 협의토록 한다.
세부항목 자체 변경에도 제한을 두고 있는데, 「국가재정법 시행령」(제29조제 1항)에 자체 변경의 제한 사유를 명시하고 있다. 예측할 수 없는 수요가 발생한 경우, 긴급한 소요가 발생한 경우, 기존 사업을 보완하는 경우로 제한하고 있으나, 이 경우에도 기존 사업 보완 시 국회 삭감 사업에 대한 증액은 할 수 없다. 또한, 기금 운용 계획 변경으로 인한 신규 사업을 추진하는 경우, 예산집행지침은 주요 항목에 대한 신규 사업 추진은 금지하고 있으나, 세부항목으로 사업을 신설할 경우 기획재정부 장관과 협의토록 하고 있다. 다만, 이는 시행령의 제한을 넘어서는 경우이므로 상위법령의 위임 없는 행위라는 문제가 있다.