재정부처의 사업 추진을 위해 소관부처에서 실시하는 타당성평가가 중요하다. 하지만 이 평가는 국가통합교통체계효율화법을 기반으로 하지 않았고, 타당성 조사와 기본설계의 동시 실행으로 고유의 기능을 실행하지 못하고 있다. 이는 교통수요 예측 신뢰도, 투자사업의 효율성을 하락시켰다. 
재정부처에서 수행하는 예비타당성조사 단계에서 실질적인 사업 추진여부를 결정함에 따라, 소관부처에서 수행하는 타당성평가(조사) 단계에서는 교통시설의 타당성 여부에 대해 점검하고 있으나, 사업의 추진여부를 결정하기 위한 심의·의결 기능은 제 역할을 못하고 있다. 그 간 대부분의 교통시설사업 관리부서는 국가통합교통체계효율화법에 의한 타당성평가를 수행하지 않고 건설기술진흥법에 의한 타당성조사를 수행하여 왔다. 사업관리부서에 의해 추진되는 타당성조사의 경우, 도로는 타당성조사 및 기본설계를 동시에 수행하고, 철도는 타당성조사 및 기본계획을 동시에 수행하는 사례가 다수 있음에 따라, 사업의 추진 필요성을 평가하는 타당성평가 고유의 기능이 제 역할을 못하였고, 기본 및 실시설계 단계에서 개발환경 변화에 따른 중간점검도 제대로 수행되지 못하였다. 이는 기본 및 실시설계 단계가 장기간 소요되는 교통시설의 특성상, 개발환경 변화에 따른 교통수요 예측의 신뢰도를 저하시키고 교통시설 투자사업의 효율성을 저하시키는 주원인으로 작용하여 왔다.