안보부문은 가장 중대한 변수이며 통일의 전 과정의 기본 조건이다. 안보의 비용변수는 정치의 통일협상 비용과 함께 우발사태 억제 및 관리 비용으로 구성되어 있다.
안보부문은 정치부문과 더불어 분단해소 단계와 체제통합 단계 초기에 가장 중대하고 핵심적인 역할을 하게 될 변수로 구성되어 있으며 통일과 통합의 전 과정이 안정적이고 지속적으로 수행되기 위한 기본적인 전제조건이라고 할 수 있다. 안보부문의 비용변수는 정치부문의 통일협상 비용과 함께 분단해소 단계를 견인하게 될 대량살상무기 통제비용, 체제통합 단계에 본격적으로 수행될 군 재통합 비용, 그리고 행정부문의 치안비용과 더불어 통합 초기 혼란을 관리하기 위한 우발사태 억제 및 관리 비용으로 구성되어 있다. 대량살상무기의 생산 및 저장시설에 대한 환경오염 제거와 관리는 국가완성 단계에 환경부문으로 이전되며, 우발사태 억제 및 관리비용은 분단해소 단계와 체제통합 단계에만 적용하였다.