동북아의 협력이 저조한 구조적 문제는 한반도를 중심으로 '대결의 축', '문화의 축', 동맹과 연대의 축'이 형성되어있기 때문이다. 이는 경제 시스템의 차이로 각 국가의 민주주의, 국가주의 요소의 대비 때문이다.
동북아 지역 및 한반도 접경지역에서 양자 협력의 활성화에도 불구하고 다자간 협력이 속도를 높이지 못하는 이유는 한반도를 중심으로 존재하는 구조의 틀 때문이다. 크게 보아 한반도를 중심으로 한 동북아에는 3가지 구조의 축이 형성되어 있다. 체제와 이념의 차이에 의한 ‘대결의 축’과 문화와 문명의 동질성을 강조하는 ‘문화의 축’ 그리고 경제 및 안보 구조의 틀을 형성한 ‘동맹과 연대의 축’이 그것이다. 이 중 대결의 축은 자본주의와 민주주의가 발달한 한국, 일본과 같은 국가들과 중국, 러시아, 북한처럼 경제나 정치 시스템에 여전히 권위주의·국가주의의 요소가 강한 국가들 간에 형성되어 있다. 이러한 이질적 체제는 경제 시스템의 차이로 인해 때때로 협력 레짐 구축이나 제도적 측면에서 여전히 경제협력의 활성화를 저해하고 있다.