BTL의 비용 산정을 불합리하게 증가시킨 원인은  첫째, 준거 사업 준거사업 운용비를 콘텐츠 운영 비용과 시설 유지관리 비용으로 분리하지 않고 그대로 적용하고 둘째, 지자체가 분기별 결산을 하지 않음에도 준거사업의 운영비용을 분기별 비용으로 간주하여 적용했기 때문이다.
비용 산정에 있어서의 준거 사업 및 산정 근거가 합리적으로 설정되지 않은 대표적인 사례로 강진문화복지종합타운의 적격성 조사를 들 수 있다. 운영비를 산정함에 있어서 부산과 청주의 운영비용을 근거로 두 지역 시설 운영비용의 평균을 적용하였다. 그 결과 2005년 기준 총 운영비현가는 1,356억원으로 산정되었는데, 실시협약에서 확정된 총 운영비현가는 119억원으로서 91.2% 적은 수치이다. 이것은 준거사업의 운영비를 공연 등 콘텐츠 운영 비용과 시설 유지관리 비용으로 분리하지 않고 BTL사업의 경우에 그대로 적용하였기 때문인 것으로 보인다. 또한 준거사업의 운영비용 자료의 출처를 세입세출예산서라고 제시하고 있는데, 동 비용을 분기별 비용으로 간주하여 그 4배를 PSC 대안과 PFI 대안의 연간 운영비용으로 적용하고 있다. 근거 자료가 남아 있지 않아서 확인키 어려우나 지자체가 분기별 결산을 하지 않는다는 점을 고려할 때 이것도 운영비용을 불합리하게 증가시킨 원인 중의 하나인 것으로 판단된다.