오프라인 서점과 달리 온라인 서점들은 재고처리의 책임이 있으므로 도서정가제 강제는 재고처리 방법이 없어 큰 문제가 된다. 이는 재고처리가 되지 않는 상품을 애초 들여놓지 않을 가능성이 있어 상업성이 없는 출판물 보호를 위한 도서정가제의 기본 취지와 맞지 않는다. 
구간에 도서정가제를 강제하는 것은 서점의 재고처리와 관련하여 큰 시사점을 갖는다. 상당수 오프라인 서점들의 경우 여전히 위탁판매(반품제도)가 많고 재고처리에 대한 책임이 출판사에 있는 반면, 온라인 서점들은 온전히 재고처리의 책임을 떠안고 있다. 따라서 구간의 도서정가제 강제는 온라인 서점들의 재고처리와 관련하여 상당한 문제를 발생시킬 것으로 판단된다. 오프라인 서점들의 경우, 팔리지 않는 도서는 출판사에 반품하면 되지만, 출판사나 도매상으로부터 서적을 직접 구매하여 소유하고 있는 온라인 서점들의 경우 할인판매 없이 남아 있는 구간을 해소할 방법이 마땅치 않다. 재고처리와 관련된 문제는 사실 도서정가제의 기본 정신과 관련한 새로운 문제를 야기할 수 있다. 구간에 도서정가제가 적용되면 온라인 서점들이 재고처리가 힘들 가능성이 있는 상품들을 애초 들여놓지 않으려 할 가능성이 있다. 도서정가제의 기본 취지가 상업성이 떨어지는 출판물을 보호하기 위한 것이었다면, 구간에 대한 강력한 도서정가제는 오히려 그 기본 취지에 반할 수 있다는 것이다.