'임금보전'은 근로자의 임금이 탄력근로제를 실시 후 떨어지지 않게 보호해야 한다는 것이다. 임금보전을 지키지 않을 시 받는 불이익을 구체적으로 정하고 고용노동부는 관리감독을 강화하여 지켜질 수 있도록 해야한다.
‘임금보전’은 탄력근로제 도입 이전의 임금수준을 기준으로 제도 도입에 따른 임금수준 저하가 발생되지 않도록 한다는 의미이다. 논의과정에서 ‘과태료 부과’ 대신 ‘벌칙’으로 하자는 주장이 제기된 바 있으나, 기소 및 법원의 확정판결까지 이르는 과정의 실효성 측면이 고려되었다. 일각에서는 임금보전 방안에 대한 신고의무의 실효성에 의구심을 나타내기도 한다. 임금보전 방안을 마련하지 않고도 신고하지 않거나, 차라리 과태료를 택하는 것이 나을 수 있다고 판단할 가능성에 대한 문제제기다. 임금보전 방안의 신고의무 면제는 서면합의 사항에 임금보전 방안이 포함되어 있는지 여부를 확인하는 절차를 통해 검증될 수 있고, 과태료 부과는 과태료를 물었다는 사실만으로 임금보전 의무가 면제되는 것이 아니라는 측면에서 평가될 필요가 있다. 고용노동부가 별도 전담기구를 조직하여 이에 대한 점검과 감독을 강화함으로써 이 같은 우려를 해소할 나갈 필요가 있다.