2002년 시스템 과부하로 인해 원활한 연수 진행을 못하게 된 이후 민원서비스 및 학교시설물 전산 관리를 진행하기로 하였다. 대부분의 교직원은 찬성하지만 전교조는 업무 과중을 이유로 반대하고 있다. 하지만 대부분 시스템 전환이 완료된 상황이다.
교육부는 교육 행정정보시스템의 개통을 2002년 10월 중으로 설정하고 교직원 인사기록, 교무학사, 학생 생활기록, 졸업 대장 등과 관련된 민원서비스와 각종 학교시설물 전산 관리 등을 주요 사업내용으로 설정하였다. 2002년 7월 교육 행정정보시스템 운영 담당교사들을 대상으로 연수를 진행하던 중 시스템 과부하로 연수가 원활하게 진행되지 못했다. 이에 대해 교육부를 비롯한 교육 행정정보시스템 자체의 문제로 규정되면서 운영에 제동이 걸렸다. 그로부터 2개월 후 교육부는 전국교직원노동조합, 한국교원단체총연합회, 그리고 한국 교원노동조합의 관계자를 초청하여 교육 행정정보시스템에 대한 설명회를 개최하고, 서비스 개통을 2003년 3월로 연기하기로 하였다. 제공되는 학생 정보도 당초 15개에서 성명, 주민번호, 성별, 주소, 사진 등 5개 항목으로, 학부모 정보 역시 15개에서 성명, 생년월일, 직업 등 3개 항목으로 축소하여 시행하기로 하였다. 이에 한국교원단체총연합회와 한국 교원노동조합은 원칙적으로 찬성을 보였으나 전국 교직원 노동조합은 교육 행정정보 시스템 사용으로 예상되는 교원의 업무 과중을 이유로 반대의견을 굽히지 않았다. 그러나 교육 당국은 대립국면에서도 예정대로 2003년 3월 2일 학교 단위별 개통을 시작으로 교육 행정정보시스템 서비스를 강행하였다. 전국교직원노동조합이 교육 행정정보시스템에 대해 문제를 제기한 당시에는 총 521억 원에 달하는 예산이 이미 투입된 상태였고, 1996년 이래 축적된 학교생활기록부 등 각종 자료의 대부분은 교육 행정정보 시스템으로 전환된 상황이었다. 뿐만 아니라 전 교직원의 90%에 달하는 39만여 명에게 공인인증서가 발급된 상태였다.