일본 정부가 발표한 지구온난화대책 기본 법률에 따라 국가단위 배출권거래제를 실시하고자 하였으나 이를 연기하고 도쿄와 사이타마에서만 실시되고 있다. 도쿄에서는 무제한 상쇄권을 허용하고 사이타마은 사업장에 한해 배출권거래제를 시행하는 등 두 지역은 협의해서 배출권거래제를 논의 중이다. 나아가 교토에서도 2011년 배출권거래제를 도입했지만 두 지역과의 협의계획은 없다.
일본 정부는 2010년 3월 지구온난화대책 기본 법률 (Basic Act on Global Warming Countermeasures)을 발표하였다. 이 법률의 주요사항은 2013년 4월에 국가단위 배출권거래제를 시행하는 것이었다. 그러나 2010년 12월에 국가단위 배출권거래제 시행을 연기하였고, 현재는 도쿄 (2010년 4월 출범)와 사이타마 지역 (2011년 4월 출범)에서 지역 단위의 배출권거래제가 시행되고 있다. 도쿄의 배출량은 일본 전체의 1%에 해당하며, 도쿄 배출권거래제는 1,400여 개의 시설을 포함하며 (사무실 건물이 80%), 도쿄의 산업 및 상업부문의 CO2 배출의 40%, 도쿄 전체 배출량의 20%를 차지하고 있다. 도쿄시장은 유연성 조항(Flexibility Provisions)을 두어, 대규모 시설이 배출 한계치가 없는 도쿄 기반 중소기업 및 재생에너지 인증으로부터 얻은 무제한 상쇄권을 사용할 수 있도록 허용하고 있다. 사이타마 지역은 산업부문을 중심으로 선정된 600여 개의 사업장을 대상으로 배출권거래제를 시행하고 있다. 두 지역은 추후 배출권거래제 연계를 논의하고 있다. 도쿄와 사이타마 지역과 함께 교토에서도 2011년 10월 배출권거래제를 도입하였다. 그러나 교토의 배출권거래제는 앞의 두 지역과 달리 자발적 거래제로서, 280여 개 대상 기업은 향후 3년간의 감축계획을 제출해야 하나 거래제 참여 의무는 없다. 교토의 배출권거래제는 향후 도쿄 및 사이타마 지역과 거래제와는 연계할 계획이 없으나 관서지방 차원의 배출권거래제가 도입될 경우 교토부의 배출권거래제는 여기에 흡수될 계획이다.