규제판단의 근거는 행정규제기본법상 일반원칙과 세부지침을 통해 제시되지만, 판단자의 주관적 판단이 개입할 여지가 있다. 규제 판단의 문제는 해당 규제를 둘러싼 환경적인 요소와 기타 규제와의 관련성 등을 고려해서 판단하며 규제를 둘러싼 환경적 맥락을 해석에 따라 규제판정결과는 달라질 수 있다. 개별 심사관은 규제여부의 판단과 함께 규제비용관리제의 대상여부를 함께 판단해야 한다.
이는 규제를 판단하는 것 자체가 주관적 판단에 의지하는 작업이라는 특성에 기인한다. 현재 우리나라 규제판단의 근거는 행정규제기본법상 일반원칙과 이를 바탕으로 한 세부지침을 통해 제시하고 있지만, 그럼에도 불구하고 판단자의 주관적 판단이 개입할 여지가 충분하다. 이는 판단하는 개인의 역량에 따른문제라기보다는 주관적 기준에 따른 문제이기 때문이다. 규제판단의 문제는 수학처럼 정해진 답이 있는 것이 아니며, 해당 법령의 내용을 규제로 판단하는 것이 마땅한지 또는 비규제로 보는 것이 타당한지는 해당 규제를 둘러싼 환경적인 요소와 기타 규제와의 관련성 등을 고려해서 판단하여야 하며, 이렇게 규제를 둘러싼 환경적 맥락을 어떻게 해석하는 가에 따라 규제판정결과는 달라질 수 있기 때문이다. 결국 법령의 어떤 조항이 규제이고 어떠한 조항이 규제가 아닌지를 판단하는 문제는 이미 불확실성을 내포하고 있으며, 이러한 규제판단결과에 근거를 둔 규제비용관리제의 실행에도 불확실성을 전파하게 된다. 더욱이 개별 심사관은 앞으로 규제여부의 판단과 함께 규제비용관리제의 대상여부를 함께 판단하여야 한다. 결국 극단적으로 가정하게 되면 어느 심사관을 통해 규제심사를 받는가에 따라 규제비용관리제의 적용대상은 달라질 수 있으며, 이러한 불확실성은 해당 부처의 입법계획에 또 다른 부담요인으로 작용할 수밖에 없다. 이러한 규제비용관리제의 적용대상에 대한 불확실성은 다수의 부처에서 문제점으로 지적하였다.