특고에게 근로자성과 노동조합이 인정되더라도, 간접고용의 문제가 생길 수 있다. 이를 해결하기 위해서는 사용기업의 사용자성의 인정 문제, 사용기업, 하청기업과 특고의 3자의 교섭방식에 관한 법 개정 등 많은 문제가 산적해 있다.
한편, 특고의 노조법상 근로자성이 긍정되고, 따라서 이들이 조직한 단체가 노조법상 노동조합으로 인정되는 경우에도, 특고가 최종적인 노무의 수령자와 직접 계약을 체결하지 않는 경우에는 최종적인 노무수령자를 상대로 단체교섭을 할 수 없다는 현실적인 문제가 발생한다. 이는 결국 특고와 ‘간접고용’의 두 가지 문제가 겹쳐지는 영역일 것인바, 이는 최근 문제되는 플랫폼 노동과도 밀접하게 관련이 된다. 특고의 입장에서는 노조법상 노동자성 인정이라는 하나의 언덕을 넘으니, ‘간접고용’이라는 더 큰 산이 기다리는 형국이다. 물론 간접고용 근로자와의 관계에서 사용기업(원청)을 노조법상 사용자로 인정하면 될 것으로 생각할 수도 있을 것이나, 사용기업(원청)의 사용자성을 전면적으로 인정하는 전향적인 판례법리가 나오거나 또는 입법이 이루어진다고 하더라도 이는 단순하게 노조법상 사용자 개념의 외연이 넓어지는 것에 그치지 않고, 교섭창구단일화 제도와의 관계에서 특고만의 ‘교섭단위’의 분리를 인정할 것인지, 사용기업(원청) 이외에 하청기업을 단체교섭에 어떻게 인입(引入)할 것인지, 이러한 3자 교섭방식의 규율과정에서 행정기관에 어떠한 권한을 부여할 것인지 등의 복잡한 문제가 발생할 것으로 예상된다. 노조법의 일부 조항을 개정한 방식으로는 이러한 다양한 문제점에 적절하게 대응할 수 없을 것이다. 결국 특고의 노조법상 근로자과 사용기업(원청)을 노조법상 사용자성 등을 포함한 상당한 규모의 법 개정이 필요할 것이다. 나아가 화물차 차주나 간병인 등의 경우 정부를 상대로 한 교섭이 불가결한 경우가 있을 것인바, 이러한 쟁점도 고려할 필요가 있다.