성과감사는 감사체계 일관성 및 감사인력의 역량 부족으로 인해 기획단계와 달리 실시단계에서 기존의 합법성 감사와 차이가 없어져 실질적 변화를 이끌어내지 못한다. 성과감사에는 정치성 요인이 작용하는데 제도 도입 배경과 관계가 있다.
성과감사 관련 선행연구에 대한 분석을 통해 공공기관 선진화 촉진기제로서의 성과감사의 가능성과 문제점을 살펴보면 다음과 같다. 우선 기존의 합법성 감사의 대안적 보완수단으로 등장한 성과감사가 기존의 감사기법과 차별화되지 않는다는 점을 지적할 수 있다(조형석,2009: 323). 그 원인은 성과감사체계 구축을 위한 일관성의 부족, 감사인력의 역량과 성과감사에 대한 인식 부족 및 기반 구축의 미흡 등이다. 따라서 감사기획단계는 성과감사로 접근하지만 실시단계에서는 합법성 감사로 회귀하는 현상이 발생하고, 그로 인하여 감사현장에서의 성과감사에 대한 신뢰 상실과 감사결과에 의한 실질적 변화를 이끌어내지 못하는 것으로 나타났다. 또한 성과감사에 대한 영향요인 중 정치성에 대한 요인이 크게 작용하고 있는 것은 성과감사제도의 도입 배경과 무관하지 않다(하복동, 2006).