교육행정정보시스템은 학생의 개인정보 침해 우려로 교사, 법조인이 폐기를 권고했다. 교육부가 고등학교 생활부전산자료를 병무청에 넘기면서 문제가 되어 개인정보보호법 제정이 필요해졌다.
교육행정정보시스템(NEIS)은 전국 초·중·고교 교육청과 교육부를 인터넷으로 연결해 모든 교육 행정을 전자적으로 처리하는 시스템이다. 2002년부터 본격적으로 서비스를 시작했다. 그러나 일부 학생, 교사, 법조인, 정보인권전문가 등은 학생들의 개인정보 침해를 우려하며 교육행정정보시스템의 폐기를 권고하였다. 교육부가 고등학교 생활부 전산자료를 해마다 병무청에 넘기는 사건이 발생하면서 교육행정정보시스템에 대한 논란이 불거져 「개인정보 보호법」의 제정이 시급한 사회적 과제로 떠올랐다. 문제가 되자 교육부는 2005년 3월 24일 교육행정정보시스템의 교무·학사·보건·입학·진학 등 5개 영역에 대해 학교 자율로 입력시스템을 선택할 수 있도록 한다는 방침을 발표했다.