현재 고용장려금 사업을 추진하는 부서들의 사업성과와 성과지표 측정 방식 및 기준이 달라 비교하기 어려우므로 적절하고 통일된 기준 안을 마련할 필요가 있다.
현재 고용장려금 사업을 추진하고 있는 각 부처는 사업성과를 측정하기 위하여 대부분 취업률과 고용유지율 성과지표를 산출하고 있다. 그러나 측정방식이 특별한 이유 없이 제각기 달라 청년, 여성, 중장년, 전체 등 사업대상별로 사업성과를 비교하기 어렵다. 사업성과 측정시점이 서로 다르거나 혹은 지원금 지급기간까지 고용유지 기간에 포함시키는 사업도 있는 등 측정기준이 다르다. 따라서 고용률이나 고용유지율 같은 기본적인 성과는 적절하고 통일된 기준을 마련하여 성과가 우수한 사업에 대한 재정지원 비중을 늘릴 수 있도록 방안을 마련할 필요가 있다.