여섯째로 의료기기별로 임상시험 프로토콜을 개발한다. 이러한 개발 덕분에 단일 프로토콜하에 반복적인 임상시험 디자인을 사용할 수 있다.
여섯째, 의료기기별로 융통성있게 적용할 수 있는 임상시험 프로토콜을 개발한다. 기업과 센터과학위원회 간 상호 평가 과정을 통해 개발된 임상시험 프로토콜을 기반으로 FDA는 의료기기의 반복적 테스트 및 재디자인이 어느 정도로 필요한지 판단하고 적절한 대응이 가능하며, 데이터의 가용성을 극대화할 수 있는 방법을 발견하여 개발 지연을 최소화할 수 있다. 예로서 기존 의료기기와는 전혀 다른 신기술을 사용한 의료기기의 치료 효과가 불확실하다면 여러 번의 임상평가가 요구되는데, 임상시험 프로토콜 개발 덕분에 단일 프로토콜하에 반복적인 임상시험 디자인을 사용할 수 있다.