국내 신재생에너지의 보급은 국토 여건과 관련규제의 한계점을 가진다. 풍력 발전은 제한된 지역적 여건 및 정부의 환경 규제로, 조력 발전은 갯벌 파괴와 어업권 갈등으로 건설 지연 등의 어려움이 있다. 수력발전은 댐 건설의 포화, 환경 훼손 논란으로 약 10년 간 20% 이상 용량이 감소했다. 2009년 이후 바이오 디젤 혼합률 2% 의무화 규정을 시행하고 있지만 원료 대부분을 수입에 의존하여 수급이 불안정하며, 신재생에너지의 과반을 차지하는 폐기물은 관련 법의 규제로 에너지 활용에 한계 있다.
국내 신재생에너지 보급의 한계점으로는 제한된 국토 여건과 관련규제 등이 지적된다. 원별 사례를 살펴보면, 풍력 발전의 경우 풍황 조건이 유리한 백두대간(육상풍력)과 서·남해(해상풍력) 지역으로 개발이 국한되는데, 이마저도 정부의 환경 입지 규제 등으로 발전 설비 실적이 저조하다. 현재 환경 규제로 인해 건설이 지연되고 있는 14개 육상 풍력의 발전 설비 용량은 425MW로 '11년까지 설치된 409MW를 초과한다. 조력발전 부문은 대형 발전 설비 추진이 가능한 편이나, 갯벌 파괴 우려와 어업권 갈등 등이 걸림돌로 작용하고 있다. 예를 들어 가로림만 등 총 2,514MW 규모의 4개 조력 사업이 현재 추진 중에 있으나 생태계 피해와 어족 자원 감소, 홍수 통제 기능 상실 등을 우려하는 여론으로 인해 사업 추진이 지연되고 있다. 해당 4개 조력 발전 설비가 완공될 경우 연간 1,183.7천 TOE의 전력을 공급하고, 이로 인해 신재생에너지 보급률도 약 0.45% 상승할 것으로 예상된다. 신재생에너지 발전용량의 약 20%를 차지하는 수력 발전은 '03년 4,902GWh에서 '12년 3,862GWh로 용량이 20% 이상 감소했다. 대규모 댐 건설의 포화, 환경 훼손 논란 확산 등이 사업 지연의 주요인으로 지적된다. 우리나라는 2009년 이후 바이오 디젤 혼합률 2% 의무화 규정을 시행하고 있다. 하지만 바이오 디젤은 대두유, 팜유 등 수입 원료 비중이 70%에 달하는 등 해외 의존도가 높아 원료 수급의 불확실성이 큰 편이다. 국내 신재생에너지 발전의 60% 이상을 차지하는 폐기물은 폐기물 관리법의 엄격한 규제로 인해 에너지 활용에 애로를 겪고 있다. 현 폐기물 관리법이 팜껍질(PKS) 등 환경 훼손의 우려가 적은 임지잔재도 폐기물로 분류하고 있기 때문에 이에 대한 폐기물 처리 시설 설치 허가 등 행정 재정 부담이 사업 추진의 방해 요인이다.