이들 산업의 가장 큰 문제는 연구장비구축 지원의 효과성과 중복성이다. 공동 활용인프라 신규과제의 객관성 담보 장치, 성과 미흡 과제에 대한 지원 축소, 연계방안 등을 고려하고 유사사업과의 중복성을 검토해야 한다는 의견이 있었다. 또한 선정절차에서도 유사중복 신규과제의 사전검토와 선정절차를 마련해야 한다는 의견이 제시되었다.
이들 사업은 오랜 기간 대규모로 투자된 사업인 만큼 이에 대한 외부지적 사항도 다수 존재하지만,  특히  연구장비구축  지원의  효과성과  중복성에  대한  우려가  대두되고  있다. 예를 들어 2015년 산업기술개발기반구축사업(산업기술공동기반구축 등 4개 사업)에 대한 국과학기술심의회  예산심의·조정시  “공동  활용인프라  구축에  대한  정부지원  필요성에는 공감하나, 신규과제 선정은 보다 객관성, 전문성을 담보하는 제도적 장치가 필요”, “연차 평가  등을  강화하여  성과가  미흡한  과제에  대해서는  지원을  축소·중단하고,  내역사업간 투자  우선순위기준,  유사사업  연계방안  등을  고려한  지원이  필요함”,  “신규  지역인프라 구축 지원을 최소화하기 위해 “산업기술거점기관지원” 사업 등 유사사업과의 중복성을 사전 검토 필요“ 등과 같은 의견이 제시되었다. 또한 산업기술거점기관지원(창의산업거점기관지원)에 대한 예산심의·조정시 “사전검토 없이 추진되는 신규과제 반영을 방지하기 위해 객관성, 전문성이 확보된 선정절차 마련 선행 필요”, “기술개발 추진근거 미흡하고 목적 지향적이지 않아 내역사업간  일관성이 부족하고 “산업기술개발기반구축”사업과의  유사중복성이 지속 제기됨에 따라 신규과제 미반영 및 계속과제 지원 최소화“와 같은 의견이 제시되었다.