거점학교 제도는 질적으로 향상된 교육과정을 운영할 수 있는 장점이 있지만 이는 어디까지나 보조적인 수단으로 궁극적인 교육과정의 문제해결에는 미흡한 한계가 있다.
교육과정 거점학교가 갖는 장점은 앞서 제시한 배경에서와 같이, 학생 선택의 수요를 반영하여 학교 교육과정의 외연을 확장하는 데에 있고, 이것이 질 높은 교육과정(quality curriculum)의 조건을 만족시킨다는 믿음에 근거한다. 그러나 학생들을 찾아가는 교육과정이 아니라 학생들이 여러 기관, 학교를 새롭게 찾아가게 만드는 교육과정으로서의 거점학교 제도는 일반고 교육과정 문제를 해결하는 보조적인 수단이며, 궁극적인 교육과정 문제의 해결은 당해 학교에서 찾아야 할 것이다. 즉, 거점학교 제도는 각 단위학교가 해결하지 못하는 교육과정 문제를 해결할 대안이면서도 충분히 해결하지 못하는 한계를 근본적으로 갖고 있는 정책이기도 하다.