연수원은 이전 희망지역으로 교통여건이 양호하고 중앙부처나 대학 등의 연계성이 좋고 행정자치부 본부와의 협조가 용이함을 고려하여 천안, 익산, 원주로 신청하였다.
2004년 국가균형발전위원회에서 지방이전 대상기관들에게 이전 희망지역 제출을 요청할 당시, 연수원의 고려 사항은 첫째, 교육생의 접근 용이성 등 지리적 교통여건이 양호해야 하며 둘째, 우수강사 초빙 관련 중앙부처･대학･연구기관 등의 연계성이 좋아야 하고, 마지막으로 당시 행정자치부 본부와의 업무협조가 용이해야 한다는 세 가지였다. 이에 1순위로 행정중심복합 도시권으로서의 인프라 활용을 고려하여 천안시를, 2순위로는 행정중심복합도시 근접성 및 쾌적한 입지 조성 등을 감안하여 익산시를, 3순위로는 저비용의 소요부지 확보를 생각하여 원주시를 신청하였다.