출판사는 디지털교과서 대금 미정산 등으로 인한 불편함을 겪고 있었다. 대금의 미정산은 디지털교과서의 가격이 아직 결정되지 않았기 때문인데 교육부와 출판사의 가격이 2~3배 정도 차이가 있었다. 교육부는 출판사의 요구 가격이 지나치게 높다고 했고 출판사는 서책교과서에 비해 개발비가 더 많이 소요된다는 점을 강조했다.
출판사는 디지털교과서 대금 미정산, 디지털교과서 개발을 위한 기술 지침 및 기준 변경, 서책과 디지털교과서 동시 개발 체제 미구축 등으로 인한 불편함을 겪고 있었다. 디지털교과서 대금의 미정산은 디지털교과서의 가격이 아직 결정되지 않은 때문이다. 국정으로 만들어진 초등 사회, 과학 디지털교과서의 가격과 출판사에서 요구하는 검 인정의 중학교 사회, 과학 디지털교과서의 가격이 2～3배 정도 차이가 있었다. 이에 대해 교육부는 국정 디지털교과서에 들인 개발비에 비해 출판사가 요구하는 디지털교과서 가격이 지나치게 높기 때문에 가격 산정 근거를 정확히 할 필요가 있어 지연되고 있다고 설명했다(교육부 관계자 면담, 2014. 10. 15). 출판사는 서책교과서에 비해 디지털교과서는 개발비가 더 많이 소요된다는 점을 강조했다. 기술표준으로 제시된 HTML 방식으로 개발되기 때문에 코딩을 위해 단기간에 많은 인력을 투입할 수밖에 없고, 개발 이후의 유지 보수를 위한 인력 배치에도 비용이 들어가며, 국가가 부담하는 디지털교과서의 전송료 이외에 2차적으로 발생하는 전송으로 인한 저작권 부담이 크다는 것이 이유다. 저작권 부담에 대해 출판사의 담당자는 다음과 같이 언급했다.