부처별로 세종청사 입주시기가 나눠짐에 따라 청소용역도 총 3단계에 걸쳐 이뤄졌다. 다만 준공 이후 2015년부터는 분리됐던 3단계를 통합해 용역을 맡길 예정이다.
세종청사가 단계적으로 지어지고 부처별로 입주시기가 다른 관계로 청소용역도 단계별로 이뤄졌다. 1단계 청소용역은 2012년 7월 1일부터 실시되었고, 총 142명이 2014년 말까지 계약을 맺어 일을 하고 있다. 2단계는 2013년 12월 1일부터 2014년 말까지 하는 것으로 되어 있다. 3단계 건물은 10월에 준공되어 12월부터 입주를 하기 때문에 2015년부터는 1, 2, 3단계를 모두 통합해 청소업무 용역을 맡길 계획이다. 3단계만 따로 계약을 하지는 않겠다는 것이다. 3단계가 이사하는 12월 한 달 동안에는 1, 2단계 청소업체 노동자들이 이사 지원을 나가고 내년 1월 1일부터 통합적으로 할 예정임. 현재 2015년 업체 입찰을 준비 중이다. 12월 중순께 업체가 선정되면 인수인계를 할 것이다.