불합리적인 국민의 의료이용 선택권과 만연한 과소 및 과자 의료이용, 무분별한 양적 경쟁으로 낮은 의료의 질, 의료공급의 지역 간 불균형과 같은 문제로 인해 우리나라 보건의료체계의 가치는 평가절하된다.
또한 국민은 공급자에 의존한 의료이용을 하면서 공급자 선택 시 외형적 평판에 치우치는 등 자율적 선택권이 합리적 선택권으로 연결되지 못하는 실정으로, 과소 및 과다 의료이용이 만연하게 나타나고 있다. 한편 의료공급은 민간-시장-물적 중심으로 이루어지면서 무분별한 양적 경쟁에 치우쳐 의료의 질이 낮고, 의료공급의 과소 및 과밀 지역의 발생으로 의료공급의 지역 간 불균형 문제가 대두되고 있다. 이러한 구조적 문제로 인해 현재 우리나라 보건의료체계는 높은 건강수준을 달성했음에도 불구하고, 계층 간 건강격차가 악화되는 건강 불형평성 문제에 직면하고 있으며, 의료의 질은 낮고, 불필요한 고가 의료이용이 증가하는 등 보건의료체계의 가치(미시적 효율성)가 낮다는 평가를 받고 있다.