국가안전 관리체계는 참여 정부에 의해 새롭게 변화한다. 국가안전 종합 서비스는 대국민 서비스 고도화 사업에 포함되고 재난재해 경감 우선 조치 법안을 제정했다. 또한 전국 차원의 시스템을 만들고 국가안전 관리 5개년 기본계획을 세웠다. 
국가안전 관리체계는 참여정부가 출범하면서 새로운 국면에 접어들게 된다. ‘국가안전 관리 종합서비스’ 사업은 전자정부 로드맵 31대 과제 중 ‘대국민 서비스 혁신’ 부문의 ‘대국민 서비스 고도화’ 사업에 포함되었다. 당시 정부는 재난재해 경감을 위한 우선 조치로 2004년 3월 「재난 및 안전관리 기본법」과 「국가위기관리 기본지침」을 제정하고 같은 해 6월 1일 자로 소방방재청을 개청하였다. 그리고 헌법 제34조 6항(국가는 재해를 예방하고 그 위험으로부터 국민을 보호하기 위하여 노력하여야 한다.)에서규정하는 바를 실천하고자 전국 차원의 통합 재난 관제 시스템 구축을 구상하였다. 또한, 종전의 방재계획과 재난관리계획을 안전관리계획으로 통합하여 중앙부처의 기본계획과 집행계획, 시·도 및 시·군·구 안전관리계획, 재난관리책임기관의 세부집행계획으로 구분하여, 국가안전 관리 5개년 기본계획(2005∼2009년)을 수립하였다.