정부와 기업이 실제 적용되는 원가 크기를 둘러싸고 이해관계가 불일치하게 된다. 결국 갈등 발생으로 이어지며 정부와 개별 기업의 협상에 의해 납부액이 결정되는 경우도 많아진다.
순소득 방식 하에서는 정부는 가능한 한 원가를 과소 반영하려고 하는 유인을 가지게 되고, 반대로 기업 입장에서는 원가를 과다 반영하려 하는 유인을 가지게 된다. 이렇게 실제 적용되는 원가의 크기를 둘러싸고 정부와 기업의 이해관계의 불일치가 발생한다. 그렇게 되면 정부는 기업의 원가 및 소득배분에 일일이 직접 간섭하고자 하는 유인이 발생한다. 이에 따라 국가납부금의 절대 규모뿐만 아니라 국가납부금의 납부 이후 소득의 분배에 대해서도 정부가 개입하고자 하는 경향을 낳게 된다. 따라서 정부와 기업의 갈등이 발생하고 정부와 개별적 기업의 협상에 의해 납부액이 결정되는 경우도 많아진다.