적정 지식 재산 수익의 낮은 마진이 특허 박스 손실을 일으키기도 하는데 이것은 일시적거나 지식 재산 사용권의 로열티가 높아서 마진이 낮은 것일 수도 있다.
적정 지식 재산 수익의 낮은 마진이 특허 박스 손실이 발생시키기도 하는데 이것은 일시적인 경우일 수 있다(예: 제품이 상업화 초기 단계이기 때문에 개발비용이 계속 들어가거나 초기 간접비용이 높은 단계). 또는 현재 적정 지식 재산 수익이 전용 사용권에서 기인하는데 그 사용권의 로열티(실시료)가 높아서 마진이 낮은 상황이 오래 지속되는 경우도 있을 수 있다. 낮은 마진이 일시적인 경우라면 잠재적인 RP를 매년 모니터링해서 특허 박스의 적용 선택을 위한 올바른 시기를 선택할 수 있다. 낮은 마진이 오래 지속되는 경우라면 특허 박스 제도로 인해 기업이 유의미한 혜택을 볼 가능성은 낮아진다.