전문가 합의법 적용시에 연구진에 대한 부정적 태도, 원하는 결과 유도, 그리고 비용 및 시간 제한 등이 분석 활동에 지장을 주었다. 또한 면담 회피, 합의 절차 구성의 제한 등으로 정확한 갈등의 원인을 알아내는데 어려움이 있었다. 
갈등영향분석 진행 과정에서 나타나는 주요 문제점들 중 델파이를 통해 야기된 것들을 보면 갈등영향분석 수행 연구진에 대한 부정적 시각과 발주처가 원하는 방향을 미리 전제하고 있는 것에 대한 의견이 많이 있었다. 이와 비슷한 문제로 갈등영향분석 수행에 필요한 비용과 시간적 한계로 갈등영향분석의 완성도를 떨어뜨리는 것에 영향을 미치는 경우도 발생하고 있다. 더불어 일부 당사자들의 면담 거부로 분석에 필요한 의견 수집에 한계가 발행하거나 합의 가능성 모색 및 합의 형성절차 설계의 한계로 인하여 갈등영향분석 이후 활용 과정으로 넘어가는데 어려움이 있는 문제도 야기되었다. 사업 진행 주체와 이해당사자들의 의견 불일치 및 비현실적 요구들로 인한 해결책을 마련하는데 난항을 겪기도 하며 갈등영향분석 인터뷰 대상자와의 충분한 대화나 교감 부족하여 갈등을 정확히 파악하는데 어려움이 나타나고 있다.