형사조정제도에 형사합의를 내포하면 당사자들의 권리 구제와 경찰 업무를 줄일 수 있지만 경찰이 추심기관의 기능과 업무가 가중될 수도 있다. 또 수사공정성 문제와 사건 조사 불충분에 대한 염려도 있다.
다만 현행 형사조정제도에 형사합의를 포함시켜 제도화시키는 방안은 매우 조심스럽고 신중하게 접근해야 할 문제이다. 형사합의를 통해서 당사자들의 권리를 구제받을 수 있을 것이며 경찰 역시 업무를 경감할 수 있다. 형사합의를 경찰단계까지 정형화한다면 경찰이 마치 추심기관과 같은 역할을 하게 될 우려가 있고, 민사소송으로 해결해야 할 문제를 형사사건으로 해결하려는 사람들이 늘어나서 오히려 업무가 가중될 가능성도 발생할 수 있다. 또한 형사합의를 권유함으로써 수사기관이 수사공정성 시비에 휘말릴 가능성과 수사기관이 사건에 대한 충분한 조사를 하지 않고 당사자 간의 형사합의만을 추구하려는 우려도 배제할 수 없을 것인데 이러한 사항은 여러 가지 법제를 고려해야 할 것이다.