당시 교육과학기술부 내부에서 인적자원개발기본법 폐지 주장이 나왔는데, 정부조직법이 바뀌어 인적자원정책의 총괄 조정 기능이 없어졌다는 이유에서였다. 하지만 이는 지식정보화 추세를 거스르는 주장이었다.
기본법을 폐지해야 한다는 주장은 당시 교육과학기술부 내부에서 제기되었다. 이 주장은 정부조직이 개편되면서 정부조직법에서 인적자원정책의 총괄 조정 기능이 사라졌으므로 인적자원정책을 통해 성과가 있었던 부분은 다른 법률에 통합시키고 인적자원개발기본법은 폐지하자는 것이다. 이와 같이 다른 법률에 흡수 또는 통합을 전제로 기본법을 폐기하는 논거는 교육기본법, 평생교육법 등과의 관계에서서로 중첩되는 부분이 있다는 논의와 맞물려 있다. 그러나 이들은 인적자원이 지식기반사회에서 매우 중요하다는 점은 부정하지 않고 있다. 다만, 법의 폐지에 대한 논거는 정부조직법이 바뀌어 정책의 총괄 조정기능이 사라졌기 때문에 인적자원개발기본법을 폐지해야 한다는 것이다. 그러나 이러한 주장은 지식정보화 추세를 거슬러 산업화시대의 구도에 안주하는 것임을 간과하는 것이다.