행정기관의 장은 매년 말까지 내년도 행정조사 운영계획을 국무조정실장에게 제출해야 한다. 행정조사는 정기 실시가 원칙이며, 법 위반 또는 그 필요성이 인정된 사항은 수시조사도 가능하다.
행정기관의 장은 매년 12월 말까지 다음 연도의 행정조사 운영계획을 수립하여 국무조정실장에게 제출하여야 한다(제6조 제1항). 행정조사는 법령 등 또는 행정조사 운영계획으로 정하는 바에 따라 정기적으로 실시함을 원칙으로 하며(정기조사, 제7조 본문), 다만, 법률에서 수시조사를 규정하고 있는 경우, 법령 등의 위반에 대하여 혐의가 있는 경우, 다른 행정기관으로부터 법령 등의 위반에 관한 혐의를 통보 또는 이첩 받은 경우, 법령 등의 위반에 대한 신고를 받거나 민원이 접수된 경우 및 그 밖에 행정조사의 필요성이 인정되는 사항으로서 시행령으로 정하는 경우에는 수시조사를 할 수 있다(수시조사, 제7조 단서).