특별회계는 특정한 자금을 보유하여 운영할 때, 특정 세입으로 특정 세출에 충당하는 것이다. 구분되어 있으므로 성과 파악이 용이하나, 한편으로는 예산집행의 효율성 문제가 존재한다. 
특별회계는 별도의 재원으로 별도의 세출에 충당하는 회계로서 특정 사업을 안정적으로 추진하기 위한 회계로 볼 수 있다. 따라서 특별회계는 특정 사업의 성과를 파악할 수 있는 장점이 있다. 반면 특정 세입과 특정 지출을 연계하고 있으므로 재정운용의 경직성을 심화시키고 서로 다른 회계에서 유사 업무를 중복 수행하거나 예산(일반회계와 특별회계) 내에서의 내부거래를 유발하는 등 예산집행의 효율성을 저하시킬 수도 있다는 점이 우려된다. 이에 ｢국가재정법｣(2014)에서는 회계‧기금 간 여유재원을 활용할 수 있는 규정을 두어 재정운영의 경직성을 완화시키고 그 효율성 증진을 도모하고 있다. 즉, 동법 제13조 1항은 “정부는 국가 재정의 효율적 운용을 위하여 필요한 경우에는 다른 법률의 규정에도 불구하고 회계 및 기금의 목적 수행에 지장을 초래하지 아니하는 범위 안에서 회계와 기금 간 또는 회계 및 기금 상호 간에 여유재원을 전입 또는 전출하여 통합적으로 활용”할 수 있도록 명시하고 있다.