3차 과정에서 젠더 거버넌스 회의에 올릴 과제를 선정하고 4차 과정에서 최종 대상과제가 선정된다. 젠더 거버넌스 회의에서는 해당사업의 적합성을 판단하고 부처별로 고르게 대상과제를 선정한다.
3차 과정에서는 여성정책팀이 각 부서와 성별영향분석평가센터에서 취합한 대상과제에 대한 내부회의를 거쳐 젠더 거버넌스 회의에 올릴 과제를 선정한다. 성별영향분석평가센터로부터 추천 받은 과제가 젠더 거버넌스 회의에 올라갈 경우에는 해당 담당부서와 직접 통화해 어떤 사유에서 추천과제로 선정되었는지를 알린다. 4차 과정에서는 젠더 거버넌스 회의를 통해 최종 대상과제가 선정된다. 2016년에는 37개 과제 중 29개를 대상과제로 선정했고 그 가운데 1/3(13개)이 신규 과제였다. 젠더 거버넌스 회의에서 는 해당사업이 성별영향분석평가하기에 적합한지를 판단하고 일부 부서에 편중되지 않도록 대상과제를 선정한다. 그리고 모니터링을 하기에 적절한 사업들의 사례를 제안하기도 한다.