각 부처의 비용분석 담당자 간 정량적 규제비용 측정에 있어 상당한 편차가 존재한다. 이는 규제비용총량제의 운영기관은 모범분석 사례와 예시적 매뉴얼 제시 및 명확한 기준 마련을 통해 비용분석의 애로사항을 개선해야 한다.
둘째, 아직 충분한 사례가 마련되지 않은 관계로 규제비용분석 시 피규제자의 설정 및 비용항목의 선정에 자의적이고 애매한 부분이 다수 발생하여 각 부처의 비용분석 담당자 간에 정량적 규제비용측정에 있어 상당한 편차가 존재한다. 이는 아직 초기 시범사업 단계에서 발생할 수 있는 시행착오이기도 하지만, 규제비용총량제의 운영기관인 국무조정실 및 규제비용센터(한국개발연구원, 행정연구원)의 일관된 지침이 아직 마련되지 못함에 더 큰 이유가 있다. 규제비용센터는 현재까지 검토한 모범분석사례를 소개하고, 매뉴얼도 개념적이 아닌 우수사례를 중심으로 예시적으로 제시함으로써 비용분석담당자 간의 규제비용분석 방법의 편차 및 애로사항을 개선하고 명확한 기준을 마련하여 비용분석의 일관성을 도모할 필요가 있다. 개별 부처의 규제비용분석 담당자들이 실제로 겪었던 애로사항 및 시행착오를 교환할 수 있는 워크숍 등의 의견교환의 장을 마련하는 것도 방법이 될 수 있다