이해관계자 간 대립시 결론 도출이 어렵다는 민관협력형 모델의 단점은 적절한 협의 규칙과 협의체의 운영 전략만 있다면 극복할 수 있다.
일반적으로 민관협력형 모델은 정책결정의 투명성 향상과 이해관계자간의 갈등 조정이 이뤄져 통상정책 집행이 비교적 손쉽게 진행될 수 있는 반면, 효과적인 협의체 운영과 전략이 없을 경우 의사결정이 너무 미뤄지고, 이해관계자의 극단적 대립시 정책추진이 보류되거나 장기간 결론이 나기 어렵다는 문제가 있다고 지적되곤 한다. 그러나 적절한 협의 규칙과 협의체의 운영 전략을 가지고 운영되는 협의체는 건설적인 결과를 도출할 수 있다. 불특정 이해당사자와 다수의 쟁점이 논의되는 사회적 갈등의 상황에도 협의체를 통한 문제 해결이 가능한 이유이다. 이렇게 운영되는 협의체에서는 산업 간 보상의 형평성 문제를 포함한 갈등이 첨예한 주요쟁점이 다뤄질 수 있다. 현재와 같이 협의 창구 없는 협력네트워크 구축노력은 공염불에 지나지 않는다.