감사원과 대상기관과의 협력 부족은 감사연구원의 조사결과에서도 나타나는데, 감사원의 요청에 의한 자체감사기구의 대행 및 위탁검사 실시율이 낮아 협력 노력이 부족한 실정이며 정보공유도 제한적으로 이루어지고 있다.
감사원과 대상기관과의 협력 부족은 감사연구원(2009)의 조사결과에서도 나타나는데, 가장 대표적인 협력 사항으로 대행․위탁감사 수행현황을 살펴보면 2008년도 감사원의 요청에 의한 자체감사기구의 대행 및 위탁감사는 각각 28개와 27개 기관에서만 실시되었고 평균 3.21건(대행 건수) 및 5.85건(위탁 건수)으로 협력 노력이 부족한 실정이다. 또한 감사원과 자체감사기구 간 정보공유 실태에서는 정보공유가 전혀 없는 기관이 64%이고 정보공유가 이루어지는 경우에도 감사결과(26.3%)나 감사사례(22.3%)에 집중됨으로써 제한적으로 이루어지고 있는 실정이다. 비록 이러한 조사결과가 감사원과 대상기관의 전체 협력실태를 보여주는 것이기는 하나, 성과감사로 한정할 경우에도 큰 차이는 없을 것으로 판단된다.