부시 대통령은 테러와 전쟁을 선포했고, FBI 7,000여명을 동원해 수사에 착수했다. 몇 시간 만의 수사에 테러분자의 인적사항을 파악했고, NSA는 테러인식 프로그램을 가동했다. 9/11 위원회는 국가 안보 관련 비밀 서류를 검토하고 9/11 보고서를 발간 했다. 
미국의 조지 부시 대통령(G. Bush)은 즉시 테러와의 전쟁(War on terror)을 선포했고 국가비상사태도 발령했다. 연방수사국(FBI)은 암호명 펜트봄(Pentagon/ Twin Towers Bombing Investigation : PENTTBOM)이라는 이름으로 전체 11,000명의 특별수사요원 중에 약 7,000명을 동원한 미국 범죄수사 역사상 가장 방대하고 복잡한 수사에 즉각 착수했다. FBI는 수시간 만에 테러분자의 이름과 생년월일, 비자 종류, 주거지 등 인적사항을 파악했다. 사고 비행기 화물 에 실리지 않은 테러분자 아타(Mohamed Atta)의 화물에서 19명의 테러분자 들의 인적사항과 동기 활동 배경이 기재된 서류도 확보했다. 테러공격 당일 국가안보국(NSA)은 오사마 빈 라덴을 지칭하는 통신을 감청했다. 외국인등록법 에 따라 8만 명의 무슬림 이민자들에 대한 지문채취와 등록을 재 실시했고 약 5,000명의 외국인들이 의회 결의로 추가 테러에 대한 예방목적으로 임시 격리 수용되었다. 국가안보국(NSA)은 광범위한 테러인식 프로그램을 가동했다. 2002년 11월 27일 테러공격에 대한 진상규명과 향후 예방을 목적으로 전 국가적 차원의 진상조사기구인 9/11 위원회를 출범시켰다. 9/11 위원회는 현직 대통령까지 조사하도록 한 삼권을 초월한 독립적인 국가기구였다. 위원회는 1,200명이 넘는 사람들을 직접 인터뷰했고 국가안보 관련 비밀서류를 포함한 250만 쪽의 서류를 검토했다. 약 2년간의 활동을 마치고 2004년 7월 22일 베스트셀러가 된 9/11 보고서를 발간했다. 위원회 책임자 토머스 킨은 부시 대통령과 빌 클린턴 전 대통령은 “FBI와 CIA로부터 충분히 보좌 받지 못했다(not well served)”고 지적했다.