정부지원 종료 후 기술이전에 대해 후속조치가 문제되고 있다. 지원 종료 후  재정적으로 자립을 못하거나 혹은 운영에 문제가 생겨 자구노력의 동기저하가 있을 수 있다는 점을 고려할 필요가 있다.
정부지원 종료 후 기술이전을 위한 활동비와 인건비 부족으로 기술이전실적에 크게 줄 어들 수 있다는 점을 확인할 수 있다. 상대적으로 TLO 규모가 작은 B대학의 경우 정부 지원 과제가 종료된 이후 TLO 운영 자체의 어려움에 직면해 있는 상황이었다. 그러나 B 대학 TLO의 경우 1단계부터 약 10년 동안 정부지원을 받은 점을 고려한 다면, 장기간의 정부지원을 받았지만 대학TLO이 재정적으로 자립화하는 데 미흡하였다는 것을 알 수 있 다. 물론 재정적으로 자립화하지 못한 것은 B대학만의 문제일 수 있지만, 이제까지 대학 TLO지원사업이 대학TLO의 자립화를 유도하는 데 소홀했다는 점도 부인하기 어렵다. 오히려 정부지원이 종료된 특허포기를 통해 특허유지비를 절감하는 효율화를 위한 자구노력 이 나타났다는 점을 눈여겨 볼 필요가 있다. 정부지원은 이러한 자구노력의 동기를 빼앗 는 부정적인 효과를 미칠 수도 있다는 점을 앞으로 고려할 필요가 있다.