자체감사의 존재 의의는 경영의 효과성을 높이고 비전을 효율적으로 달성하기위한 경영의 수단이다. 자체감사 기구와 기관 간에 견제와 감시 관계보다 경영효과를 제고하는데 활용하도록 개선이 필요하다.
즉, 자체감사의 존재 의의는 해당기관의 경영 효과성을 높이고 비전을 효율적으로 달성하는데 필요한 경영수단의 하나로서 내부적으로 회계검사와 재무 및 합법성 감사, 직무감찰등을 통한 목표 달성을 지원하는 구성요소의 한 부분으로 작용해야 한다. 그러므로 자체감사 기구와 기관장(단체장) 간에 견제와 감시 관계를 형성하도록 하기보다는 기관장(장관 및 단체장)으로 하여금 최대한 자체감사기구를 경영효과를 제고하는 데 활용할 수 있도록 제도를 개선할 필요가 있다. 특히 중앙행정기관의 경우 자체감사의 정책평가기능을 활성화하기 위한 자체감사행정의 이행 수단을 전략적으로 개선할 필요가 있다. 왜냐하면 국가정책과 중앙부처의 사업 추진에는 막대한 예산과 인력 등이 소요되므로 자체감사기구는 이러한 정책과 사업에 대하여 직접 해당분야의 전문가 지원을 받아 신뢰할 수 있는 정책평가를 수행해야 하기 때문이다.