정부업무평가의 종류에 따른 평가 수행 절차와 운영 방식의 차이는 평가 대상별 목적의 차이 때문이다.
우리나라의 평가제도는 자체평가와 특정평가에 의거하여 평가 대상에 따라 중앙행정기관 평가, 지방자치단체 평가, 공공기관 평가로 구분할 수 있으며, 각 평가 영역에 따라 평가 부문, 대상, 방식을 달리하고 있다(국무총리실, 2012, pp. 8-15, 정부업무평가위원회(www.evaluation.go.kr), 검색일: 2016-09-20). 특히 정부업무평가의 종류에 따라 평가 수행 절차와 운영 방식이 차이가 나는 것은 기본적으로 평가 대상별로 부문별 목적이 상이하기 때문이다. 평가의 대상이 되는 기본 단위는 정책과 사업인데, 이를 누가 주관하는지에 따라 평가의 주체가 달라져야 할 필요가 있다. 부서 자체적으로 주관하는 사업은 부서 내부의 정책 목표와 사업의 비중을 토대로 자체적인 계획을 수립하여 평가하는 것이 평가의 실효성 측면에서 적절해 보인다.