계획 수립 주체가 복수인 동시에, 행정기관 수준이 다른 기관이 복수로 수립하는 계획의 경우, 성별영향분석평가 실시 주체를 정하는 일에는 논의가 필요하다.
법률에 근거한 계획을 수립하는 주체별로 특성을 살펴보면, 크게 두 가지 특징이 발견된다. 첫째, 하나의 계획에 대해서 수립 주체가 2개 이상 복수인 경우가 있다. 예를 들어 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장이 공동으로 수립하는 계획이 전체 437개 중에서 9개인 것으로 파악되었다(<표3>). 이런 경우 성별영향분석평가 실시 주체를 누구로 할 것인지 논란이 생길 수 있다. 이러한 계획이 차지하는 비중이 큰 것은 아니지만 계획 성별영향분석평가를 추진하면서 직면할 수 있는 갈등지점인 것은 분명하다. 예를 들어 중앙·광역·기초자치단체가 공동으로 수립하는 계획이 3개인데, 『광역도시계획』, 『보육계획』, 『어항개발계획』이 이에 해당된다. 이처럼 계획 수립 주체가 복수이면서도 동시에 중앙행정기관과 지방자치단체로 행정기관 수준이 다른 기관이 복수로 수립하는 계획의 경우, 성별영향분석평가 실시 주체는 누구로 하는 것이 적절한지 논의가 필요하다.