대·중소기업 상생협력기금은 운용상 정상적인 대가 지급으로 오용될 가능성이 존재한다. 또한 기존의 상생협력활동을 기금으로 대체하는 것, 대기업의 기존 직접 지원의 기금을 통해 지급하는 것 등은 모두 기금출연으로 인한 조세혜택을 대기업에 귀속시킬 우려가 있다.
앞서 살펴본 바와 같이 대·중소기업 상생협력기금은 운용상 정상적인 대가지급으로 오용될 가능성이 존재한다는 점은 앞선 분석에서 지적한 바 있다. 이익창출이라는 기업의 근본적인 목적을 고려할 때, 대기업이 본 기금에 출연할 유인이 높다고 하기 어렵다. 따라서, 본래 지급해야 하는 대가를 본 기금을 통해 지급하는 등 오용하는 사례가 발생할 가능성이 존재하며, 이러한 경우 본 조세혜택이 상생협력에 활용되지 않고 대기업의 금전적인 혜택으로 이어질 수 있다. 아울러, 기금 지원을 통한 지원시 직접지원을 감소시킨다고 답변한 일부 기업의 설문조사 결과를 고려할 때, 기금의 100%가 협력사의 지원 증가로 이어진다고 보기는 어렵다. 즉, 본 기금을 활용하는 경우 추가적인 상생협력활동이 발생해야 본 조세특례로 인한 효과가 발생한다고 할 수 있는데, 기존의 상생협력활동을 대체하는 경우 조세특례의 효과가 반감된다고 할 수 있다. 앞서 살펴본 정상적인 대가지급으로 오용하는 경우가 아니더라도 기존에 대기업이 직접적으로 지원하던 부분을 기금을 통해 지원할 경우, 추가적인 지원이 발생하지 않는다면 결국 기금 출연으로 인한 조세혜택은 모두 대기업으로 귀속된다고 볼 수 있다.