정부 연구개발 투자 확대 및 효율화 부문의 연계성 및 성과에 대하여, 노무현 정부는 기존 연구개발 사업간의 연계성을 강화하기 위해 정책 조정 기능 강화에 초점을 맞춘 조직 개편과 연구개발 전주기에 대한 효율적인 관리 시스템을 구축하려 했다. 이명박 정부는 연구개발 관리 시스템을 개선하면서 연구개발 투자 효율성을 제고했다. 박근혜 정부는 상대적으로 낮은 연계성을 보였고, 투자 확대 및 효율화 정책의 실효성도 미흡했다.
정부 연구개발 투자확대 및 효율화 부문의 역대 정책과제 연계성 및 성과는 다음과 같이 정리할 수 있다. 노무현 정부 출범 당시 국정과제는 연구개발 투자 효율화 및 과학기술 정책 조정 기능 강화에 초점을 맞추어 각 부처의 세부 정책과제와도 연계성이 높았다(과학기술부, 2004, p.5). 노무현 정부는 정책 조정 기능 강화에 초점을 맞춘 조직 개편과 연구개발 전주기에 대한 효율적인 관리 시스템을 구축하려 하였는데,이는 기존의 연구개발 사업 간 연계성이 부족함을 인식하고 그에 따른 과다･중복 투자를 해소하기 위한 시도였다(과학기술부, 2008, pp.285-317). 이명박 정부의 국정과제에도 과학기술 투자 확대 및 효율성 제고가 선정됨에 따라 높은 연계성을 유지하며 관련 정책들이 추진되었다(교육과학기술부, 2009, pp.114-119). 이명박 정부는 기존에 구축된 연구개발 관리 시스템을 개선해나가면서 특히 예산 편성 부서와의 긴밀한 협조와 이해를 얻기 위해 노력하였으며, 그에 따라 연구개발 투자 효율성 제고에 기여할 수 있었던 것으로 평가받았다(교육과학기술부, 2013, pp.48-49). 박근혜 정부는 과학기술혁신체계 개편, 투자 확대, 투자 효율화의 전 분야에 대한 국정과제를 제시하였으나 실제 정책과제 추진 시에는 투자 확대 관련 정책이 배제됨에 따라 상대적으로 낮은 연계성을 보였다. 이 기간 동안 투자 확대 및 효율화 정책의 실효성에 대해 평가위원들은 다소 미흡했다고 보았으며, 이는 실질적인 예산 증가율의 둔화 및 투자 효율성 제고율 저하 등으로 인한 것이었다(미래창조과학부, 2014, p.67; 미래창조과학부,2017, pp.130-139)