재정사업관리제도에 의해 지배되는 정부연구 개발관리의 문제점은 다음과 같다. 첫째, 부분 개선 및 부분 응용 수준의 연구가 대부분이다.  둘째, 현재의 평가지표는 양적인 성과를 중요시 여긴다. 셋째, 정책문제에 대한 연구 개발 지원과 정책 지원이 각기 별개로이루어져 제대로된 성과가 나오지않는다.
재정사업관리제도에 의해 지배되는 정부연구 개발관리의 문제점은 다음과 같은 의견들을 통해서도 확인할 수 있다. 현재 정부연구 개발의 성과가 낮은 이유에 대해서 연구원 및 정부관계자들과의 면담을 통해서 도출된 내용을 요약하면, 첫째, 중요하지 않은 문제를 설정하고 부분 개선 및 부분 응용(upgrade) 수준의 연구가 대부분이다. 중요한 문제를 얼마나 제대로 설정하였는가보다는 예산확보를 위한 기타전략들이 보다 먼저 강조되고 있다. 둘째, 현재의 평가지표는 질적인 성과가 아니라 양적인 성과를 중요하게 관리하고 있어 양적인 성과를 창출하는데 연구자의 노력이 집중되게 한다. 성과창출이 어려운 연구 과제를 피하고 기존 연구의 부분 응용 수준의 연구과제 수행을 통해 논문, 특허 등의 양적인 성과에 집중하고 있다. 셋째, 정부가 해결해야 할 중요한 정책문제에 대해 연구 개발 지원과 정책 지원이 각기 별개로이루어지고 각각의 성과도 미흡하며 문제도 해결하지 못하고 있다. 문제가 해결되지 않고 고질적인 현안으로 지속적으로 남아있거나 부분 개선 수준에 그쳐 실질적인 효과를 창출하지 못하고 있다는 것이다.