우리 국가인권위원회는 양심적 병역거부권과 관련하여, 양심적 병역거부자에게 대체복무의 기회 없이 형사처벌을 하는 것은 헌법상 권리이자 보편적 인권인 양심의 자유를 침해한다는 의견을 제출한 바 있다.
. 우리 국가인권위원회는 2016. 11. 28.에 『양심적 병역거부권 인정에 관한 헌법소원( 병역법 제88조 제1항 제1호 위헌소원)에 대한 의견제출』에서, ‘양심적 병역거부권은 헌법 제19조, 세계인권선언 제18조 및 유엔 시민적 및 정치적 권리에 관한 국제규약 제18조 등에서 보호하는 양심의 자유에 해당하므로, 양심적 병역거부권과 국방의 의무가 조화롭게 공존할 수 있는 대체복무제도가 도입되어야 한다는 국가인권위원회의 2005. 12. 26. 결정을 재확인하며, 양심에 따른 병역거부자에게 대체복무의 기회를 제공하지 않고 병역법 제88조 제1항에 의하여 형사 처벌하는 것은 보편적 인권인 양심의 자유를 침해하는 것임을 확인한다.’는 의견을 제출한 바 있다.