수송용 에너지는 부가적인 사회적 비용 때문에 세금이 높아야 하는데 CNG는 그러지 않아 세제의 개선이 필요하다.
수송용 에너지는 혼잡비용, 환경비용 등의 사회적 비용을 고려하여 다른 용도로 사용되는 에너지보다 높은 세금이 부과되어야 함에도 불구하고, 현재 CNG에는 33.7원/m3의 개별소비세(탄력세율)만 부과되고 있어 제도 개선이 필요하다. 수송용 천연가스에 대한 EU 에너지 지침상의 최소 부과액은 207원/kg으로서 현행 42원/kg보다 월등히 높은 수준이다. 현행 CNG에 대한 세금은 용도와 상관없이 부과되는 천연가스(LNG) 개별소비세(42원/kg) 이외에는 부과되고 있지 않기 때문이다. 이에 따라 휘발유 및 경유와 세금차이로 인해 CNG 차량으로 차량 개조가 이루어지고 있어 에너지수급이 왜곡되고 있는 실정이다.