보증등급이 높은 장기기업은 보증료율이 낮고 우대요건에 해당하면 더욱 차감되므로, 신용보증기금과 기술보증기금의 실질적 가산보증료율이 낮다.
위와 같이 장기기업에 해당하더라도 보증등급이 높은 경우 낮은 보증료율을 적용 받을 수 있고, 가산보증료율이 낮은 상황에서 우대요건에 해당하는 경우 다시 보증료율을 차감받는 등으로 실질적인 가산보증료율이 미미하여 신보의 경우 보증료를 가산한 5,794건 중 신보 보증이용기업의 2017년 평균보증료율(고정보증료율 제외)인 1.2%보다 낮은 보증료율을 적용받은 건이 1,440건(24.9%)에 달하고 있었고, 기보의 경우에도 기보 보증이용기업의 2017년 평균보증료율(고정보증료율 제외)인 1.2%보다 낮은 보증료율을 적용받은 건이 484건(22.2%)에 달하고 있었다.