수단에 정착한 난민들 중 우간다 반군단체 소속도 있었다. 난민촌을 우간다 정부군이 공격하면서 반군단체와의 전쟁이 시작되었고 규모가 커졌다. 이후 우간다와 수단 정부는 적극적으로 난민의 이동을 통제하고자 했다.
1987년부터 계속된 우간다 내전으로 인하여 많은 난민들이 수단에 정착하였는데, 이들 중에는 반군단체인 신의 저항군(Lord’s Resistance Army, 이하 “LRA”) 소속이었던 난민들도 있었다. 이후 이들이 정착하고 있는 난민촌에 우간다 정부군의 공격이 개시되면서 국경지역에서 LRA와 우간다 정부군과의 교전이 끊이지 않았다. 그리고 수단 정부나 우간다 정부가 수단인민해방군(Sudanese People’s Liberation Army, SPLA)을 지원한 것에 대한 반발로 LRA를 지원하면서 내전은 국제화되었고, 발생하는 난민의 규모 역시 점점 커졌다. 이후 우간다와 수단 정부는 자국으로 유입되는 난민들이 반군과 밀접한 관계가 있다고 판단하여 적극적으로 이들의 이동을 통제하고자 하였다.