인권 침해 발생의 조기 발견과 신속한 구조, 강력한 처벌, 종합 보호 체계 구축 등의 근본적 대책 마련을 위한 인권지킴이단이 시설별 운영 중이지만, 아직 그 역할과 전문성은 시작 수준에 불과하다.
아직 시설 거주인의 인권에 대한 외부 감시체계는 미흡한 실정이며, 거주인과 직원대상으로 실시되는 인권 교육도 많은 시설을 살펴보면 부실하고, 급하게 모집하고 1회성 교육으로 인권 실태 조사를 하는 조사 인력의 전문성 역시 부족하며, 피해자의 조기발견 및 구조체계가 취약할  뿐더러, 피해자에 대한 종합적 사후 보호 체계는 아예 부재한 경우가 많다. 또한 인권침해 행위자 및 시설에 대한 낮은 처벌 수준은 기존 운영의 문제들은 늘 지적 사항이었다. 그래서 이런 인권 침해 발생에 대한 조기 발견 및 신속한 구조, 종합 보호 체계를 구축하고 강력한 처벌 등 근본적인 대책을 마련하기 위해 인권지킴이단이 시설별로 운영되고 있으나, 아직 인권지킴이단의 역할과 전문성이 걸음마 수준인 건 사실이다.