LINC사업 종합 컨설팅은 사업 수행 대학 사전 수요조사, 컨설팅단 구성과 사전 수요조사 검토, 사업계획서 검토와 컨설팅 준비, 질의응답과 사업 수행, 문제 해결 및 성과 공유의 5단계로 이루어진다.
LINC사업 종합 컨설팅은 총 5단계의 절차를 거쳐 진행된다. 1단계에서 LINC사업 수행 대학에 대한 사전 수요조사, 2단계에서 LINC사업 종합컨설팅 실시를 위한 컨설팅단을 구성하고 컨설팅단을 위한 컨설팅 매뉴얼에 대해 학습 및 대학별 컨설팅 사전 수요조사에 대해 검토, 3단계에서 대학이 기존에 제출한 사업계획서 검토 후 면담컨설팅을 위한 컨설팅 의견 작성, 4단계에서 컨설팅 위원들과 대학관계자들 간 질의응답, 대학별 컨설팅 보고서 송부 및 대학의 사업 수행, 마지막 5단계에서는 대학이 사업을 수행하는 과정 중에 발생하는 애로사항 및 해결방안에 대한 논의, 권역별 모든 컨설팅 위원들과 LINC사업 수행 관계자들이 모두 모여 대학별 성과 공유 등이 이루어진다.