감사관이 감사를 하면서 최소한의 증거로만 검찰에 고발하는 경우가 있는데, 검찰은 상당한 시간이 지난 후에 피고발인을 수사하므로 증거인멸이나 진술번복이 발생한다. 따라서 감사과정에서 증거서류를 확실히 확보하는 것이 우선이다. 이에 고발 시에 요건에 맞게 고발서를 작성하고 혐의를 입증할 증거서류를 꼼꼼히 챙겨야 한다. 이를 위해 내부의 자문과정을 규정화하고, 감사자료관리의 명료한 체계 확립과 운영 개선이 필요하다.
감사관이 감사를 하면서 범죄혐의자에 대한 결정적 증거서류를 조기에 확보하는 것이 바람직하지만 피조사자의 협조 부족 등으로 이를 세밀하게 확보하지 못한 상태에서 확인서 또는 문답서 등 최소한의 증거서류만으로 검찰에 고발할 경우도 있다. 그런데 검찰은 통상적으로 고발 즉시 수사에 착수하는 것이 아니라 고발의 순서 등을 감안하여 상당한 기간이 경과한 후에 피고발인 등에 대하여 수사를 하게 된다. 따라서 피고발인은 감사수감 시부터 검찰수사 착수시점 동안에 증거인멸 등을 위한 충분한 시간 확보는 물론, 감사관에게 진술한 문답서, 확인서의 진술내용을 번복, 부인하는 것이 통상적인 피고발인 등의 행태이다. 결국 감사과정에 수집되는 물증 위주의 증거서류를 명확히 확보하는 것이 무엇보다도 우선되어야 한다고 판단된다. 범죄혐의가 있는 것으로 판단되어 고발 등이 필요한 사안에 대해서는 문답서, 확인서 등을 징구할 때 범죄혐의를 입증할 수 있는 문서, 사진, 녹취 등의 증거서류를 면밀히 수집하여야 할 것이다. 검찰에 고발 등을 할 때 고발요건에 맞는 고발서를 작성하고 범죄혐의를 입증할 수 있는 제반 증거서류를 꼼꼼하게 챙겨서 제출할 필요가 있다. 검찰은 각종 고소․고발사건의 처리 외에 자체 내사사건 처리 등 업무가 매우 많아 증거능력이 부족한 고발 등에 대해서는 자칫 소홀히 처리할 개연성이 있다. 이를 위해서는 감사과정에 범죄혐의를 입증할 수 있는 충분한 증거자료의 확보, 범죄구성요건 등을 면밀히 따져서 고발할 수 있도록 내부의 자문과정을 규정화할 필요성도 있다. 더불어 감사과정에 있어서 수집되고 산출되는 감사자료관리의 명확한 체계 확립과 운영 개선도 반드시 병행되어야 할 것이다.