코넥스시장은 상장효과제고, 성장지원, 투자자보호를 위해 타 시장에는 존재하지 않는 후원인 역할의 지정자문인 제도를 도입했지만, 의무 보고서 작성 외의 지정자문인의 역할이 제한적이고 소극적이라는 비판이 대두되고 있다.
코넥스시장은 중소기업에 대한 상장효과제고, 성장지원, 투자자보호 등을 위해 우리나라의 다른 자본시장에는 존재하지 않는 지정자문인 제도를 도입하였다.지정자문인은 코넥스시장의 핵심요소로 상장기업 발굴, 적격성 심사, 공시업무자문, 기업현황 보고서 작성, 규정준수 지도 등 사실상의 후원인 역할 수행한다. 그러나 상장기업에 대한 의무적인 기업현황 보고서 작성 이외에는 지정자문인의 역할이 매우 제한적이라는 비판이 대두되고 있다. 지정자문인은 기관투자가의 거래부진과 이에 따른 수요 부족 등을 이유로 기업분석 리포트 작성에 소극적인 행태를 보이고 있다. 2014년 4월말 기준 코넥스 지정자문인의 기업분석 리포트 제출은 총 41건으로 의무적으로 작성해야 하는 보고서 이외에는기업현황 보고서를 거의 작성하지 않는 것으로 조사되고 있다.