학교 생기부와 나이스에 기록된 수행평가 및 형성평가 결과에 자유학기제의 학업성취수준 결과는 포함되어 있지 않다. 그러나 일부는 자유학기제에서 만든 포트폴리오를 활용하는 방침이 기재된 것으로 보아 현장의 혼선이 발생하고 있음을 알 수 있다.
수행평가 및 형성평가로 평가를 실시한 후, 평가 결과를 학교생활기 록부 또는 나이스(NEIS: National Education Information System)에 기록하며, 이를 서술형으로 기술하는 것이 연구학교들의 가장 일반적 인 평가결과 기록 방식이다. 구체적으로는 학교생활기록부 작성 시 ‘교과학습 발달상황-세부능력 및 특기사항’에 담당교사가 과목과 관련된 세부능력, 수행평가, 학습활동 참여도 및 태도 등을 기록하며 이는 문장으로 입력된다. 이렇게 기입된 자유학기제의 학업성취수준 결과 는 고입에 반영하지 않은 것으로 안내되었다. 그러나 연구보고서 분석 결과 특정 학교는, 자유학기제에서 만든 개인 포트폴리오 자료를 상급학교 진학 시 연계하여 활용한다는 방침을 기재한 경우도 있었다. 즉, 평가 결과의 활용과 관련하여 명확한 지침이 없고 운영 방식을 단위 학교에 자율적으로 맡기다 보니 현장에서 혼선이 발생함을 알 수 있다.