NISCC는 내각장관과 내각 사무처, 통신정보부의 전자통신보안국,보안정보국, 내무부,국방부, 경찰의 7개로 되어있다. 실무부서는 사이버 위협정보 분석, 위기대응, 보안 정책자문 일을 수행하고 국가 중요시설의 방어를 위해 사이버테러 정보를 알려준다.
NISCC는 내각장관을 의장으로 7개 유관부처의 대표로 구성된 운영위원회(Management Board)에 의해 운영되는데 운영위원회는 내각 사무처(Cabinet Office), 통신정보부(GCHOQ)의 전자통신보안국(CESG, Communication Electornics Security Group),보안정보국(SS, Security Service), 내무부, 국방부, 경찰 등 관련 부처로 구성되어 있다.또한 실무부서는 사이버 위협정보 분석 및 평가, 침해사고 발생 시 위기대응, 민간 및국가기관 대상 보안 및 정책자문, 정보보안기술개발 등의 업무를 담당하고 있다.NISCC는 모든 전자적 침해사고로부터 국가 주요기반시설(CNI, Critical NationalInfrastructure)의 방어를 위한 보안조정 센터의 역할을 하며 정부기관과 다른 기관들의 사이버테러 관련 전문 의견 및 위협 정보들을 필요 기관에 정기적, 비정기적으로 제공 한다.