경제통합 주체(남북한 단독, 6자회담국 참여)와 경제통합에 의한 변화에 따라 남북한 경제통합 시나리오를 나누었다. 이를 활용해 경제통합의 경제적 효과를 추정한 결과 남북한 모두 GDP가 증가하며 6자회담국 중 일본의 이익이 가장 많을 것으로 예측되었다.
남북한 경제통합의 시나리오 구성을 위해 앞서 언급한 네 가지 변화를 바탕으로 남북한 경제통합이 남북한만의 노력으로 이뤄지는 경우(시나리오 Ⅰ)와 6자회담국의 참여도 추가적으로 고려되는 경우(시나리오 Ⅱ)로 구분하였다. 또한 경제통합에 따른 변화의 최소치와 최대치를 추정하고 이를 활용하여 세부 시나리오를 추가적으로 구성하였다. 그런 후 이 시나리오들을 축차동태모형에 대입하여 남북한 경제통합에 따른 경제적 효과를 추정하였다. 추정 결과 남북한 경제통합으로 20년 후 한국의 실질 GDP는 약 1.7~3%, 북한의 실질 GDP는 약 4.3~ 110.6%까지 증대되는 것으로 나타났다. 또한 6자 회담국에 대한 추정 결과로는 남북한 경제통합과 TPP의 영향으로 미국과 일본의 GDP가 증가할 수 있고, 중국과 러시아도 긴장완화의 혜택을 일부 누릴 수 있는 것으로 나타났다. 특히 여타 국가들과 비교해서 일본이 남북한 경제통합의 최대 수혜국으로 예상되었다.