정부는 지자체 남북교류실무협의회를 통해 남북교류에 대한 정보 및 의견을 효율적으로 수렴하였다. 비록 남북관계는 경색되었지만, 교류 재개에 대한 준비는 지방자치단체별로 진행되었다.
정부는 지자체 간 대북 교류사업의 정보공유 및 중복 방지, 중앙과 지방 간 효율적인 협력체계 구축을 위해 2006년도부터 「지자체 남북교류실무협의회」를 구성해 지자체 간 남북교류 정보를 교환하며 남북교류협력 사업 추진에 따른 애로 및 건의사항을 수렴해 왔다. 그동안 남북관계 경색으로 지방자치단체 교류가 활성화되지는 못했지만 지방자치단체별로 교류 재개에 대한 준비는 진행돼 왔다. 충청북도에서는 2012년 11월 남북교류협력 조례를 제정했으며, 이로써 16개 광역시·도전체가 남북교류협력 조례를 제정·운용하게 됐다. 또한 자치단체에서는 자체적으로 남북협력기금도 조성해 남북 교류사업에 대비하고 있다.