학내 심각한 인권문제로 인한 징계 사안에서 행정소송이 이어질 경우, 6단계의 과정을 거치게 된다. 외부 심판과 소송절차를 통한 추가적인 분쟁이 있을 경우를 대비해 인권센터의 조사와 심의는 학내외 전문가들이 협력하여 이루어진다. 
학내 심각한 인권문제로 인한 징계 사안에서 인권센터의 조사와 심의절차는 사실판단 과 처분판단의 첫 단계이다. 이후 징계위원회, 교원소청 또는 행정심판, 징계처분의 무효 또는 취소를 구하는 행정소송(1, 2, 3심)이 끝까지 이어질 경우, 총 6단계의 판단과정을 거치게 된다. 외부 심판과 소송절차를 통한 추가적인 분쟁이 있을 경우를 대비하여, 인 권센터의 조사와 심의는 학내외 전문가들이 협력하여 숙고를 거쳐 이루어지고 있다. 특히 서울대학교 차원에서 여러 단계를 거쳐 취해진 결정과 행정처분이 취소되는 것은 대 학 내에 더욱 큰 혼란(교원/직원의 인사 상 문제, 학생의 복학 등 학사상 문제 등)과 피해자를 포함한 관계인들에게 2차 피해를 초래할 수 있으므로, 미리 절차적 하자가 없고 실체적으로도 정당한 판단을 대학 내부에서 하는 것이 바람직하다. 인권센터 상담소 전 문위원들이 징계위원회나 교원소청, 행정심판 절차, 외부 형사절차 등에 다양한 방식으 로 참여하는 경우가 (전) 성희롱성폭력 상담소에 비하여 늘어나고 있다.