생체인식 기기는 기계적 취약점으로 특정 소수자가 차별을 받을 수 있다. 이에 생체인식이 되지 않거나 거부하는 사람들 감안하여 대체 인증 도구 제공이 필요하다. 
생체인식 기기의 취약점 때문에 장애인 등 특정 소수자를 배제하게 될 위험성도 제기되고 있다. 얼굴 인식 시스템은 검은 피부를 가진 사람을 스캔하는데 어려움이 있다고 하며, 홍채 인식은 백내장을 가진 사람이나 신체 장애가 있는 사람에 대한 정확도가 떨어진다. 단일한 생체인식 기술을 통해 특정한 서비스가 제공된다면, 장애인 등이 서비스 제공에 차별을 받을 수 있다. 따라서 생체인식 기술이 도입되더라도, 인식이 되지 않는 사람이나 혹은 자신의 생체인식 정보 제공을 꺼리는 사람을 고려하여 항상 대체 인증을 위한 수단을 제공할 필요가 있다.