특허법은 제정된 이래 여러 차례에 개정되었는데, 신규성이나 진보성 등의 특허요건에 대해서는 부칙의 경과조치를 통해 개정 전의 구법이 적용되지만, 다른 규정에 대해서는 개정 후의 신법이 적용되도록 하는 경우도 있고, 소송이라는 말은 특허에 관한 심판, 항고심판, 재심이나 특허권의 제한, 수용, 취소나 실시에 관한 처분과 관련지어 보는 것이 자연스러우며, 특허침해로 인한 손해배상의 청구에 관해서는 부칙 제9조에서 따로 정하고 있는데 손해배상이라는 용어를 사용하였을 뿐 소송이라는 말을 사용한 바 없다. 
2. 손해배상액 산정에 관한 특허법의 개정과 부칙의 해석
1) 2001년 개정 이전
특허법은 1961.12.30. 제정된 이래 현재까지 여러 차례에 걸쳐서 개정되었는데, 신규성이나 진보성 등의 특허요건에 대해서는 대개 부칙의 경과조치를 통하여 개정 전의 구법이 적용되지만, 다른 규정에 대해서는 개정 후의 신법이 적용되도록 하는 경우도 있다. 먼저, 1990.1.13. 법률 제4207호로 전문 개정된 특허법 부칙은, "제4조(권리설정된 특허의 심판 등에 관한 경과조치) 이법 시행 전에 한 특허출원에 의하여 권리설정된 특허에 관한 심판/항고심판/재심 및 소송은 종전의 규정에 의한다. 제8조(특허권의 수용 등에 관한 경과조치) 이법 시행 전에 청구한 특허권의 제한/수용/취소 또는 실시에 관한 처분이나 소송은 종전의 규정에 의한다"와 같은 일반적인 경과조치뿐 아니라, 위에서 본 바와 같이, "제9조(심판의 절차/비용 및 손해배상 등에 관한 경과조치) 이법 시행 전에 청구한 심판/항고심판/재심 및 소송에 관한 절차/비용 및 손해배상 등은 종전의 규정에 의한다"와 같이 규정하여 손해배상에 관한 경과조치를 따로 규정하고 있다. 그런데 위 부칙 제4조에서 말하는 소송은 심판 및 항고심판에 관한 소송을 의미하는 것이고, 제8조에서 말하는 소송은 특허의 제한/수용/취소에 관한 소송을 말하는 것으로 보이며, 특허침해로 인한 손해배상청구소송을 의미하는 것 아니라고 보인다. 왜냐하면 ① 위 '소송'이라는 말은 그 앞에서 열거한 것들(특허에 관한 심판/항고심판/재심 혹은 특허권의 제한/수용/취소 또는 실시에 관한 처분)과 관련지어 보는 것이 어법상 자연스러우며, ② 특허침해로 인한 손해배상의 청구에 관해서는 부칙 제9조에서 따로 정하고 있고, ③ 부칙 제9조에서도 '소송'은 심판 등에 관한 것만을 지칭하여 사용하며 손해배상청구소송에 대해서는 '손해배상'이라는 용어를 사용하였을 뿐 소송이라는 말을 사용한 바 없기 때문이다. 