해군기지건설 필요성과 당위성에 대한 인식차를 줄이지 못했다. 특히 지역주민이 정부와 해군에 갖는 불신이 위험요인을 과대평가하게 만들어 집단적인 반대로 나타날 가능성도 있다. 문제 해결을 위해 투명한 절차와 주민의 실질적 참여가 필요하다.
둘째, 이해당사자간의 인식차를 줄이지 못한 문제점이 있으며, 이는 서로간의 불신에 기인한다고 볼 수 있다. 제주해군기지를 추진하는 측과 반대하는 측간에는 해군기지건설의 필요성과 당위성에 대한 인식차, 제주 '평화의 섬'에 대한 인식차, 군사시설의 위험성에 대한 인식차 등이 존재했으며, 갈등 전과정에 걸쳐 이러한 인식차를 실질적으로 줄이는 데 성공을 거두지 못한 것으로 보인다. 특히 지역주민이 정부, 해군 등 공공기관에 대해 갖는 불신은 불안을 조성하여 군사기지, 환경파괴 등 위험요인에 대한 부정적인 영향을 과장되게 지각하게 만드는 결과를 가져올 수 있으며 이러한 지각은 적극적이고 집단적인 반대운동으로 나타날 수 있다. 이를 사전에 예방하고 상호신뢰를 쌓기 위해서는 투명한 정보공개과 절차적 민주성확보 뿐만 아니라 보다 근본적으로 의사결정, 정책결정과정에서의 실질적 참여를 보장하는 것이 필요하다.