등기의 공신력 문제에 따른 피해보상제도는 일반 국민에게 재정 부담을 전가하지 않기 위해 일종의 보험과 같은 등기특별회계로 재원을 마련해야 한다.
아울러 무엇보다도 등기의 공신력을 인정하기 위해 필요한 제도적 요건과 관련하여 최우선 검토되어야 할 사안은 공신력 인정으로 피해를 보게 될 수 있는 진정한 권리자를 보호할 수 있는지 여부이다. 이에 따른 피해보상제도는 그 재원을 등기특별회계에서 마련하는 것이 타당하다는 의견이 있다(김상철․양은상, 2015). 등기와 관련하여 발생한 손해를 일반회계에서 부담하는 것은 등기제도의 이용과 무관한 일반국민에게 재정 부담을 전가하는 셈이 될 수 있다는 측면에서, 수수료 등을 부담하면서 등기제도를 실제 이용하는 사람들이 장차 자신에게 닥칠 수 있는 등기 관련 사고로 인한 손해를 보장받을 수 있도록 일종의 보험제도로 운영하는 것이 타당하다는 것이다.