국가기간 전략훈련의 운영 및 절차는 과정 개발→위탁신청서→심사 및 확인→실사 검토→계약 요청→ 훈련생 선발→운영 보고→취업 지원→ 훈련비 수령→역량평가 참여 순이다.
국가기간 전략훈련의 훈련 운영 방법 및 절차를 살펴보면([그림 3-1] 참조), 훈련과정 개발(훈련기관) → 훈련기관 위탁신청서(한국산업인력공단) → 훈련과정 심사(지방고용노동관서 한국산업인력공단) → 위탁훈련기관 선정 확인 → 현장실사 및 정성 검토 (지방고용노동관서) → 위탁계약 체결 요청(지방고용노동관서) → 훈련생 모집 및 선발(훈련기관) → 훈련 운영(훈련기관) → 훈련 실시 보고(훈련기관) → 훈련 종료 및 훈련생 취업 지원(훈련기관) → 훈련비 및 훈련장려금 수령(지방고용노동관서) → 훈련기관 역량평가 참여(한국직업능력개발원) 등의 순으로 진행한다.