aT는 자유무역 협상의 단점(무분별한 저가 농식품의 수입)을 대비하기 위해 WTO에 따른 시장접근물량의 수입관리를 맡아 시장교란을 최소화했다.
자유무역 시대의 도래로 외국 농산물의 수입이 불가피한 상황에서 민간이 사업을 수행할 경우 무분별한 저가 농산물의 반입 가능성이 높다. 이는 곧 국내 생산기반의 붕괴를 의미하는 것이다. aT는 WTO 협상에 따라 시장접근물량(TRQ, Traffic Rate Quotas)을 수입관리하는 국가기관으로 지정되었다. TRQ제도는 농산물의 관세화 개방으로부터 국내 농업을 보호하기 위한 것으로, 국내 시장에 영향이 큰 주요농산물에 대해 일정 물량 만큼만을 저율관세로 수입하고 이를 공공기관인 aT가 관리하여 시장교란을 최소화하는 사업이다.