교육부총리제 공표 이후 교육인적자원부가 출범하고, 제1차 국가인적자원개발기본계획도 발표됐다. 국가인적자원개발의 ‘선 조직 후 기능 확립’ 방식은 실천적이긴 하지만 갈등을 야기하기도 했다.
2000년 대통령 신년사에서 교육부총리제의 공표 이후 2001년 1월에 부총리급의 교육인적자원부가 출범하고, 8월에 인적자원개발기본법의 입법예고가 있었으며, 12월엔 제1차 국가인적자원개발기본계획이 발표되었다. 당시 교육인적자원부의 정책기획자인 정봉근은 “교육과 인적자원개발정책에 대한 개념적 논의와 실천이 정책현실의 장에서 동시에 진행되었으므로 논의는 실천적 구체성을 띨 수 있었고 실천은 논의를 통한 이론적 뒷받침을 얻을 수 있었다”고 회고하였다. 국가인적자원개발은 실천이 앞서고, 개념적 논의가 뒤를 따르는 ‘선 조직 후 기능 확립’ 방식을 취하다보니 개념 논의가 실천적인 장점이 있었지만 이해관계의 갈등을 야기하는 문제점이 있었다.