대중교통 수단별 요금수입 배분은 기본요금요율로 배분한다. 그러므로 이용자의 수송거리를 고려하지 않아 장거리 수단이 불리하므로 합리적인 요금수입 배분 방식이 아니다.
이 제도는 합리적인 요금부과 방법이나, 요금수입 배분에서는 합리적이지 않다. 대중교통 수단별 요금수입 배분은 이용자의 수송거리와 상관 없이 기본요금요율로 배분한다. 따라서 대중교통수단별 운영비용과 요금수입의 차이가 크게 발생한다. 운영비용은 ‘승객 인·km’와 비례하므로, 합리적인 요금수입 배분은 수단별 ‘인·km당 요금수입’이 동일해야 한다. 수도권 대중교통 통합요금제의 ‘인·km당 요금수입’은 ‘광역버스 <전철<일반버스 <마을버스’ 순이다. 서울시 마을버스의 ‘인·km당 요금수입’은 서울시 광역버스의 5배다. 현재의 요금수입 배분원칙은 장거리 수단이 단거리 수단에 비해 불리한 구조를 갖고 있다.