통일 후에도 북한지역 재건 등의 북한문제에 대한 전문성이 요구되므로 통일부는 해체만이 아니라 상황에 따른 조직재설계의 여러 대안들 속에서 함께 고려해야 한다.
그러나 통일부를 해체하지 않고 조직을 유지시키는 것을 완전히 배제시킬 이유는 없다. 만약 통일이라는 조직목표를 달성하였더라도 새로운 조직 목표를 부여받는다면, 그러한 새로운 조직목표를 추구하는 조직으로서 존립할 필요성을 가지기 때문이다. 예를 들어 통일을 이루기까지는 통일 자체가 목표였지만, 통일 후에는 북한지역 재건이라는 새로운 목표가 설정될 수 있고, 이것의 수행에 기존의 북한문제에 대한 전문성이 크게 요구된다면 기존의 통일부를 중심으로 한 새로운 조직의 구축을 고려할 수도 있을 것이다. 요컨대, 남북통일 이후 통일부는 통일 완수라는 조직목표가 달성되었다는 점에서 해체를 원칙으로 하지만, 상황에 따른 조직재설계의 여러 다양한 대안들 속에서 함께 고려되어야 할 문제로 생각된다.