여성가족부의 사업 총괄 하에 한국청소년상담복지개발원의 중앙지원기관은 프로그램 개발 등을  담당하며 시ㆍ도 센터는  학교 밖 청소년들 대상으로 지원프로그램을 제공하는 시ㆍ군ㆍ구 센터에 대한 지도 등을 수행한다. 
학교 밖 청소년 지원센터의 추진체계를 보면([그림 Ⅲ-1]), 여성가족부가 사업을 총괄하며 한국청소년상담복지개발원 내 중앙지원기관이 프로그램의 개발 및 보급, 각 지역 내 센터에 대한 지원, 직원 양성 및 역량강화 교육 등을 담당하고 시ㆍ도 센터는 광역단위 지역협의체 구성 및 운영, 시ㆍ군ㆍ구 센터에 대한 지원 및 지도ㆍ감독을 담당한다. 한편 시ㆍ군ㆍ구 센터는 학교로부터의 연계나 CYS-Net의 연계망 등을 통해 발굴된 학교 밖 청소년을 대상으로 상담, 교육, 직업체험, 취업 및 자립지원 등과 같은 지원 프로그램의 제공 및 사후 관리 등 학교 밖 청소년에 대한 직접적인 지원을 담당한다. 시ㆍ군ㆍ구 센터에서 제공하는 학교 밖 청소년에 대한 지원은 [그림 Ⅲ-2]와 같은 흐름도를 보인다(여성가족부, 2015a).