국민기초생활보장제도의 제일 큰 문제점은 빈곤층은 증가하는데, 수급자의 수는 거의 고정되어 있다는 것이며, 둘째로 최저 생계비로 인간다운 생활을 영위할 수 있는가 하는 문제이다. 셋째로, 근로 능력자 수급자들이 노동시장에 진입하도록 유도하는 시스템이 갖춰져 있지 못하다.
현재 국민기초생활보장제도가 이론적으로나 실천적으로 완벽한 제도는 아니다. 제도가 시행된 지 15년이 돼가는 현재, 제도의 문제점을 냉철하게 되짚어서, 현실성 있는 개선 방안을 제시할 시점에 와 있다고 할 수 있다. 국민기초생활보장제도의 가장 큰 문제점은 경제침체 등으로 빈곤층은 늘어만 가는데, 수급자의 수는 전 국민의 3% 수준으로 거의 고정되어 있다는 것이다. 엄격한 부양의무자 기준 등으로 인하여 광범위한 사각지대가 존재하기 때문에 과연 국민기초생활보장제도가 권리성 급여인가 하는 근본적인 질문을 하게 된다. 두 번째로 매년 보건복지부 장관이 공포하는 최저생계비의 금액을 가지고 현실적으로 인간다운 생활을 영위할 수 있는가 하는 문제가 있다. 특히 비계 측 연도의 최저생계비 결정에 있어서 거의 물가 상승률만 반영된 결과, 현재 최저생계비의 수준으로 인간다운 생활을 할 권리를 실현하기 매우 어렵게 되어있다. 셋째, 근로 능력자 수급자들로 하여금 노동시장에 진입할 수 있도록 유도하는 시스템이 갖추어져 있지 못하다. 특히 자활급여는 노동시장에서 생존할 수 있는 역량을 강화하는 프로그램보다는 단순히 생계급여를 수급 받기 위한 조건 이행의 측면이 더 크게 작용하고 있다. 따라서 국민기초생활보장법을 제정하였던 정신과 가치를 유지하는 한편으로, 변화하는 시대에 맞추기 위해서는 근본적인 제도 개편을 추진할 필요가 있다.