WTO 출범으로 기존 GATT체제의 지역주의는 다자주의와 공존할 수 있는 범위에서만 존재할 수 있게 됐다. GATT체제는 회원국 간 경제협력을 강화했으나 역외국가들에는 무역장벽의 기능을 했는데 회원국 간 관세 외의 협력분야에선 조치를 취할 수 없었기 때문이다.
1995년 1월 1일 WTO가 출범하게 되면서 과거 GATT체제하에서 체결/유지되어 온 차별적/폐쇄적 지역주의체제는 WTO를 중심으로 하는 다자주의와 병존할 수 있는 범위 내에서만 인정될 수 있는 비차별적/개방적 지역주의로서만 존재할 수 있게 되었다. 가장 일반적인 지역협력 형태라고 할 수 있는 자유무역지대(Free Trade Area: FTA)와 관세동맹(Customs Union: CU)의 경우, 해당 협정의 회원국들간 경제협력은 강화되었지만 기타 역외국가들에 대해서는 무역장벽의 기능을 해 온 것이 사실이었다. 대표적인 지역협력체인 유럽연합 역시 다른 역외 국가들에 대해서는 유럽지역 내 국가들간의 무역 증대와 경제적 협력 강화를 목표로 유지되어 온 가장 강력한 무역차별 수단이었다. GATT체제는 상품의 국제무역에 관한 문제만을 다루었기 때문에 지역협력을 유지하고자 하는 회원국들간의 관세 이외의 협력분야에 대해서는 별다른 조치를 취할 수 없었기 때문이었다.