사교력과 응용력 등을 평가하는 수능체제로의 개편은 사교육을 본격화시켰고, 그 중심에는 '특목고 신드롬'이 있었다. 특목고 열풍은 중학생 심지어 초등학생들까지 사교육과 선행학습에 뛰어들게 만들었는데, 사교육 억제책의 등장에도 불구하고 소규모 맞춤식 사교육 체제는 더욱 진화하였다.
1990년대만 해도 학원은 학교 공부를 보충하기 위한 목적이 강했다. 2000년대 들어서는 사교육이 본격적으로 공교육을 흔들기 시작했다. 암기능력 위주의 학력고사에서 대학에서 수학하기에 필요한 사고력과 응용력 등을 평가하는 수능체제로의 개편은 변화에 경직되어 있던 공교육의 교육주도성을 훼손하기 시작했던 것이다. 위기의 공교육은 사교육에 대항하는 경쟁력을 강조하였고 입시에서 수시 모집 전형 확대, 입학사정관제 신설 등 다양한 전형이 도입되며, 교사들을 계량화된 수치로 평가하기 시작하였다. 2000년대 초중반 사교육 팽창의 중심에는 이른바 ‘특목고 신드롬’이 있었다. 특목고, 특히 외고에 진학하면 내신성적 면에서 불리하다는 사실을 알면서도 선발된 집단 안에서 공부함으로써 내신이 중요한 서울대까지는 아니어도 명문대 진학에 유리할 것이라는 기대감이 높았기 때문이었다. 이러한 특목고 열풍은 중학생들 나아가 초등학생들까지 사교육, 선행학습에 몰려드는 효과를 만들어냈다. 특목고 입시에서 수학, 영어 시험의 단계적 금지 등 사교육 억제책이 등장하였지만 소규모 맞춤식 사교육 체제는 이미 정책적 조치를 뛰어넘는 수준으로 진화하였다.