1999년대 부터 시작된 지역산업진흥사업은 지역혁신클러스터 조정하는 사업으로 발전되었고 2000년대 이후 산업단지 중심으로 추진되어 개방형 네트워크 추진체계를 구축해 여러 사업이 추진되어 산업단지내 기업의 역신역량 구축이 정책의 관심사가 되었다.
정책적으로 보면 1999-2002년에 1단계 지역산업진흥사업이 4개 지역을 중심으로 추진되기 시작했으며, 2003-2007년에 기존의 지역산업진흥사업 2단계 사업과 함께 9개 지역이 추가되어 확대되었고, 지역특화산업 육성사업이 추진되기 시작하였다. 2008년 이후에는 이러한 기존의 지역전략산업 육성사업과 함께 광역경제권 선도산업 육성사업이 시행되고 있다. 이러한 일련의 사업은 기존의 산업단지 개발정책과는 달리 지역혁신클러스터 조성을 목적으로 하는 본격적인 혁신클러스터 정책의 추진이었다. 이를 위하여 한국산업기술진흥원이 각 지역에 지역산업단을 두어 혁신클러스터 조성을 지원하고 지역별로 테크노파크가 설립되었다. 특히 2000년대 이후에는 혁신을 위한 산학연 네트워크의 중요성이 부각되며 산학집적지 경쟁력 강화사업이 산업단지를 중심으로 추진되고 있는데, 산업단지공단을 중심으로 테크노파크, 대학, 연구소 등이 참여하는 개방형 네트워크 추진체계를 구축하여 산학연 네트워크 구축, 기술이전과 사업화, 공동기술개발, 산업단지의 특성화 사업 등을 추진하고 있다. 이와 함께 산업단지 구조고도화와 생태산업단지 구축을 비롯하여 기업주치의센터 사업, 산학융합지구 사업 등을 통하여 산업단지내 기업의 혁신역량 구축이 정책의 주요 관심사가 되었다.