의료급여 지출은 현재 전체 기초생활보장 지출의 절반 정도를 차지하고 있으며,  다른 급여의 지출보다도 빠르게 증가하는 추세다. 단계적으로 의료급여 대상자가 확대되어 의료급여 지출이 증가하자, 이에 차상위 대상자 등이 건강보험으로 이관된 바 있다. 이때 의료급여 지출이 대폭 줄어들었으나 이는 단지 차상위 의료급여 지출의 부담이 이관되었기 때문이다.
의료급여 지출은 2014년 현재 전체 기초생활보장 지출의 약 50%를 차지하고 있으며, 2001년 약 1조 6천억원의 규모에서 2014년 예산기준 약 4조 4천억원까지 증가하였다. 2001~2014년도 기간 동안 의료급여 지출은 연평균 약 8.2%로 증가하고 있다. 동 기간동안 기초생활보장 지출이 연평균 약 7.7% 증가한 것에 비해 의료급여 지출은 빠른 속도의 증가율을 보이고 있다. 2004년부터 2006년의 기간 동안에는 단계적으로 차상위 계층까지 의료급여 대상자가 확대되어서, 의료급여 지출도 2003년 약 1조 8천억원에서 2007년에는 3조 6천억원으로 급격히 증가하게 되었다. 이렇듯 차상위 대상자 확대로 인해 의료급여 지출이 급증하자, 결국 2008년부터 차상위 대상자는 다시 건강보험으로 이관되었다. 2008년 4월에는 의료급여 1종 중 차상위 희귀난치성 질환자가 건강보험 가입자로 전환되었고, 2009년 4월에는 의료급여 2종 차상위 만성질환자 및 18세 미만 아동이 건강보험 가입자로 전환되었다. 이에 따라 급증하던 의료급여 지출은 2008년도와 2010년도에 전년 대비 소폭 줄어들어 의료급여 지출의 증가세가 둔화되었으나, 이는 의료급여 지출 증가세가 둔화되었다기보다는 차상위 의료급여 지출의 부담이 일반회계에서 건강보험 지출로 이관된 것에 기인한 것이다.