J-ROTC의 교내활동은 유니폼 착용하에 예비역 교관의 교육으로 진행된다. 교외활동은 군 현장을 직접 체험하는 방식이며 1학년 때보다 2학년 때 실전 위주의 교육을 받는다.
교내활동은 주로 건전한 민주시민 육성과 인성 함양에 필요한 역량에 초점을 맞추어 동아리 활동으로 실시하며 교외 활동은 리더십, 군 기본훈련, 병영체험안보견학 등 군 현장을 직접 체험할 수 있도록 구성한다. 교내교육은 주1회, 약 3~4시간 정도의 분량으로 예비역 교관에 의해 진행하며 이때 학생이나 교사는 가능한 유니폼을 착용하는 것이 교육 분위기와 자긍심을 제고하는데 바람직하다. 교외 활동은 1학년 때는 대학 학군단과 각군 사관학교에서 리더십 중심의 학군단 또는 사관캠프를, 2학년 때는 특전사, 해병대 등 군 교육훈련기관과 각 군의 야전 병영에서 병영캠프 형태로 진행한다.