규제비용 관리제는 비용 절감에 목적이 있는 것이 아니라 평가반영, 비용관리현황 공개등의 규제를 통해 비용을 수반하는 규제의 실설과 강화를 억제하려는 목적이 있다.
현재 다수의 부처에서는 증가한 비용만큼 기존의 규제비용을 절감하지 못하면 규제심사가 보류되는 것이라고 생각하고 있다. 그러나 이러한 방안이 현실적으로 가능한지는 아직 미지수이며, 현재 규제비용관리제 매뉴얼에서도 명시적으로 이러한 제재조치를 규정하고 있지 않다. 따라서 현재로서는 비용상쇄가 이루어지지 않을 경우에 대한 제재조치는 규제개혁 평가에 반영하는 것과 부처별 규제비용관리현황을 공개하는 조치라고 볼 수 있다. 그러나 이러한 제재조치는 사실상 각 부처의 비용을 수반하는 규제의 신설과 강화를 효과적으로 억제할 수 없다는 점에서 한계를 지닌다.