SW특허의 본질은 알고리즘의 보호라서 특허의 침해에 대한 판단이 어려워 SW가 아닌 SW를 실시함으로써 나타날 수 있는 문제점들의 대응방안을 살펴보았다. 심사를 진행하는 심사관이 긍지를 갖도록 심사정책을 마련해야 한다. 미국은 pro-patent 정책을 폈지만 심사인력의 이탈로 부실특허가 많아져 특허법을 개혁한 것을 참고해야 한다.
SW특허의 본질은 알고리즘의 보호이다. 알고리즘은 아이디어의 응용(application)으로 볼 수 있으며, 추상적인 것이기 때문에 명세서를 통해서 확인할 수밖에 없다. 따라서 허여된 특허의 침해에 대한 판단은 쉬운 일이 아니다. 따라서 본 장에서는 개정안에 대한 논의 단계, 심사단계 및 SW특허 제도화 이후의 이슈 내지 개선방안에 대해 살펴보았다. SW 자체가 아닌 SW를 실시함으로써 나타날 수 있는 문제점들의 대응방안에 대해 살펴본 것이다. 심사단계의 신규성 판단을 위한 다양한 선행기술을 추적하고 활용할 수 있어야 한다. 사실상 인간의 능력이 갖는 한계일 수 있는 데이터베이스의 축적은 비용과 시간이 소요될 수 있는 사안이기도 하다. 따라서 정책적으로 SW특허를 인정하였다면, 이에 대한 부실특허의 개선방안에 있어서 무엇보다도 중요한 데이터베이스의 구축이 우선해야 한다. 이와 더불어, 신규성 및 진보성이 판단에 있어서 심사를 진행하는 심사관에 대한 공직자의 긍지를 심어줄 수 있는 심사정책을 마련해야 한다. 미국의 경우, pro-patent 정책을 펴나갔지만 심사관에 대한 대우가 제대로 이루어지지 못하면서 심사인력이 이탈하였고, 그에 따른 부실특허가 양산됨에 따라 특허법의 개혁이 이루어진 것을 참고할 필요가 있다.