거점학교 교육과정 운영시간은 정규 수업시간을 활용하는 경우가 적어 일반고 재학생들이 이에 적극적으로 참여하기란 어려움으로 유연한 거점학교 교육과정 운영시간을 확보하여야 한다.
마지막으로 거점학교 교육과정 운영 시간을 살펴보면 다음과 같다. 전체 과정의 34.7%가 ‘평일 방과 후 시간’을 통해 운영되고 있으며, ‘평일 방과후 시간과 토요일 시간’을 함께 활용하여 운영되는 과정도 22.4% 정도로 나타났다. 그리고 ‘토요일이나 방학 시간’에 개설되는 과정이 26.5%에 해당하여, 전반적으로 정규 수업시간 외 별도의 시간을 할애하여 운영하는 것으로 나타났다. 반면 ‘정규 수업시간’을 활용하여 운영되는 과정은 16.3%에 그쳤다. 이러한 점에 비추어 볼 때 일반고 재학생들이 학기 중에 교육과정 거점학교에 적극적으로 참여하면서 자신의 꿈과 끼를 찾을 기회를 누리기 위해서는 더욱 유연한 거점학교 교육과정 운영시간 확보가 필요하다고 할 수 있다.