배출권 할당량 결정에 유연성을 더하는 한 방식인 조기감축실적 인정은 온실가스 감축 행위로 인한 잠재적 불이익을 막기 위한 것으로 배출허용량이 별도 설정되어 있다.
배출권 할당량 결정 시 유연성을 제공하는 다른 방식으로는 조기감축실적 인정이 있다. 이는 배출권 할당량이 결정되었던 2014년 이전에 이루어진 온실가스 감축 행위로 인하여 발생할 수 있는 잠재적 불이익을 막기 위한 것으로, 조기감축 인정분은 1차 계획기간 전체 배출허용 총량의 100분의 2.5 이하로 별도 설정되어 있다. 만약 할당대상업체들이 정부로부터 인정받은 조기감축실적의 합계가 조기감축실적용 예비분을 넘는 경우, 일치하도록 할인율을 적용하여 할당한다. 조기감축 실적으로 인정받을 수 있는 감축 실적은 목표관리제 시행 이전에 관계 중앙행정기관에서 추진한 온실가스 감축사업 실적 및 목표관리제에서의 초과달성분으로서, 에너지 목표관리 시범사업, 온실가스 감축실적 등록사업, 온실가스 배출권거래제시범사업 등이 있다.