역사와 고고학적 관점에서 유교에는 비유교적 신앙과 풍속들도 상당히 포함되어 있다. 송나라 시대 훈고학에서 성리학 체계로 변화 과정에 도교적 요소들의 삽입 이전에도 유교의 유(儒) 글자의 어원이나 공자(孔子)의 본명 중니(中尼)의 유래를 봐도 유교 이전에 샤머니즘, 애니미즘, 도교적 사상이 깊이 퍼져있었으며 유교에도 반영됐음을 시사한다.
둘째로 지금까지 설명한 유교적 문화와 관습들에 있어 역사적으로, 고고사적으로 따지면 비유교적인 신앙과 풍속들의 요소가 상당히 많이 섞여있음을 지적할 수 있다. 그러한 요소들은 역사적으로 거슬러 올라가면 중국의 은나라와 같은 고대 국가들에서 행해졌던 애니미즘과 샤머니즘 그리고 조상숭배에 근원을 두고 있는 경우가 많다. 그것들은 공자가 유교의 기본 이데올로기를 정립시키기 이전부터 오랫동안 존재했던 것들이고, 동남아시아와 같이 한중일 보다 더 넓은 지역에 지금도 광범위하게 민간 신앙의 형태로 존재하고 있는 경우가 많다. 사실 유교, 유학, 유학자를 의미하는 ‘유(儒)’라는 한자의 어원을 갑골문자를 바탕으로 해석하면 ‘비(雨)’를 내리게 하는 사람(人), 즉 샤먼/무당을 의미한다는 설도 강력히 제기되었다. 훈고학적 유교가 송나라 시대 성리학이라는 새로운 체계로 변화하면서, 도교적 요소들이 삽입된 것도 지적할 사항이라고 할 수 있다. 사실 공자(孔子)의 본명 자체가 그 부모가 오랫동안 아이를 가지지 못하자 니구산(尼丘山)에 가서 산신에게 기도를 올린 후 가지게 된 아이여서 이름을 구(丘), 자(字)를 중니(中尼)로 지어준 것에 연유한 것을 생각하면(서진영, 2009), 이미 유교 이전에도 도교적, 애니미즘적 사상이 민간에 깊이 퍼져있었음을 생각할 수 있다.