통고처분은 처음부터 이행의사가 없는 대상자에겐 적합하지 않다. 또한 행정절차상 이의신청이 불가능한 점도 통고처분의 이행을 어렵게 하는 원인으로 작용한다.
또한 통고처분은 처음부터 이행의사가 없는 대상자에겐 적합하지 않다는 점도 원인으로 지적할 수 있다. 즉 통고처분을 이행하지 않아 고발되더라도 검찰로부터 증거불충분으로 불기소처분을 받거나 재판에서 무죄판결이나 벌금을 선고받을 수도 있다고 기대하는 대상자에겐 통고처분을 이행할 이유가 없게 된다. 마지막으로 통고처분이 행정처분임에도 불구하고 행정절차상 이의신청이 불가능한 점도 통고처분의 이행을 어렵게 하는 원인으로 작용한다. 형사처벌 대신 통고처분에 의한 신속한 사건처리를 원하는 행위자라 하더라도 부당한 통고처분까지 이행하려고 하지는 않을 것이기 때문이다.