체제통합 시 행정통합이 수행될 것이다. 일정기간 남한 공무원의 관리가 요구된다. 북한 공무원에 대한 재교육 및 구조조정과 연수도 수행된다. 통일행정정보망 구축도 필요하며 이에 체제통합 단계 전 기간이 소요될 것이다.
체제통합 단계에는 본격적이고 전면적인 행정통합이 수행될 것이다. 정부 부처별로 조직된 “북한담당부서”에 의해 북한지역 관료조직의 통폐합이 수행되며, 일정기간 남한 공무원의 관리가 요구된다. 북한지역 공무원에 대한 재교육과 구조조정이 전면적으로 시행되며, 대규모 공무원의 연수가 수행된다. 공무원의 연수는 기존의 공무원 교육기관과 각 대학의 시설을 이용할 수 있으나 장기적인 공무원 수요를 예측하여 적정 규모의 교육시설을 추가 설립할 수도 있다. 체제통합 단계에서 가장 중요한 인프라는 통일행정정보망이 될 것이다. 현재 남한은 주민등록, 부동산, 자동차, 통관, 고용, 조세, 의료보험, 우체국 등 전 분야에 대한 행정정보망이 구축되어 있다. 이러한 행정정보망 구축을 위해 투입될 조사비용, 조사인력, 시설투입 등을 고려할 경우 체제통합 단계 전 기간이 소요될 것이다.