자율 평가 결과 추가적 평가가 필요한 사업과 예산 낭비의 소지가 있는 사업 등 필요에 의해 심층 평가의 대상을 선정하여 새로 도입된 사업군 평가 방식을 통해 검토한다.
심층 평가의 대상은 재정 사업 자율 평가 결과 추가적인 평가가 필요하다고 판단되는 사업, 부처 간 유사․중복 사업 또는 비효율적인 사업 추진으로 예산 낭비의 소지가 있는 사업, 향후 지속적인 재정 지출 급증이 예상되어 객관적 검증을 통해 지출 효율화가 필요한 사업, 그 밖의 심층적인 분석․평가를 통해 사업 추진 성과를 점검할 필요가 있는 사업(「국가재정법시행령」 제3조)으로 2010년부터 사업군 평가 방식을 도입하여 사업간 유사․중복, 우선순위 및 재원 배분 방향, 부처 간 역할 분담 등을 종합적으로 검토하기 시작하였다(한국조세재정연구원, 2013, p.2).