3D 프린팅을 담당하는 부서가 산업통상자원부와 미래창조과학부로 나뉘어져 있어 효율적 투자와 지원에 대한 장애적 요소로 작용하고 있으며, 분산된 투자로 인해 고가 장비를 확보하기 힘들어 능력있는 기관에 지원할 수 없는 실정이다.
일곱째, 3D 프린팅 담당 부처와 지원 기관이 분산되어 있어서 효율적인 지원이 이루어지지 못하고 있다. 3D 프린팅 산업 정책의 주체가 산업통상자원부와 미래창조과학부로 이원화되어 있다. 산업통상자원부는 3D 프린팅 재료와 장비를 담당하고, 미래창조과학부는 일부 3D 프린팅 장비와 소프트웨어를 맡고 있다. 두 부처의 사업 영역이 다르다 보니 기업이 필요한 부분을 요소별로 채워주지 못하는 경우가 발생한다. 또한 다수의 지원 기관과 분야에 분산적으로 투자를 진행하고 있다. 그 결과 동일한 종류의 3D 프린팅 시스템을 여러 곳에서 동시에 보유하는 반면, 연구개발이나 사업화에 필요한 고가의 장비는 정작 자금 부족으로 확보가 어려워서 충분한 기능을 갖춘 지원 기관이 부족한 실정이다. 지방정부에서도 3D 프린팅 장비 보급을 지원하고 있으나, 지원금 규모가 충분하지 않아서 시제품 제작 지원이나 체험 중심의 교육에 그치고 있다.