지역이 지속가능하고 활력있는 혁신생태계를 위해서는 특성화해야 한다. 지역에 따라 다양한 생태계가 만들어질 수 있고 혁신의 구성요소를 잘 연계하여 지역맞춤형·지역주도형 운영체계를 구축해야 한다.
지역에 지속가능하고 활력있는 혁신생태계가 구축될 수 있기 위해서는 세 개의 축이 필요하다. 첫째는 지역의 여건과 혁신패턴에 맞게 특성화된 혁신생태계를 만들어 지역에 뿌리를 내릴 수 있도록 만드는 것이다. 생태계는 구조적 시스템과 달리 모든 지역에 일률적이지 않다. 지역의 여건과 특성, 발전경로, 지역 전략에 따라 매우 다양한 생태계가 만들어질 수 있고, 그 생태계가 혁신의 궁극적 목적인 지역기업의 글로벌 경쟁력 제고와 지역의 좋은 일자리 창출, 주민의 삶의 질 제고에 기여할 수 있으면 된다. 이를 위해서는 지역에 일정 정도 갖추어진 혁신의 구성요소들이 잘 연계되고 원활하게 작동할 수 있도록 지역맞춤형·지역주도형 운영체계를 구축할 필요가 있다.