청소년 참여예산제는 청소년참여예산학교 중심으로 운영이 된다. 학교에서 기초 교육 후 청소년이 직접 정책 발굴 후 제안서를 작성한다. 이후 정책의 타당성 검토 후 위원회의 심의를 거쳐 예산 편성이 이루워진다.
청소년 참여예산제 운영의 기본 틀은 지자체에 따라 크게 다르지 않다. 지자체 중심으로 운영되는 제도의 특성상 청소년 참여예산제는 지역 예산에 대한 기본적인 이해와 함께 정책제안을 위해 필요한 기초 소양을 기르기 위한 ‘청소년참여예산학교’ 중심으로 운영된다. 구체적으로 ‘청소년참여예산학교’에서는 지역사회 정책, 예산, 인권, 시민교육과 같은 기초 소양 교육을 실시한 후 청소년이 직접 지역사회에 필요한 정책을 발굴하고 정책 제안서를 작성하는 과정을 거치게 된다. 이 과정에서 청소년은 지역사회 청소년들의 의견을 수렴하고 현장 조사를 실시하여 정책안의 타당성과 현장 검증을 거치게 된다. 이후 청소년이 제안한 정책과 사업은 지자체 내 해당 부서에서 정책안의 타당성을 검토 받은 후 주민참여예산 위원회의 심의를 거쳐 최종예산 편성이 이루어진다.