교과교실제를 선진형 중심으로 집중 지원하고, 과목중점형은 점차 선진형으로 전환해 나가면서 내실 있는 운영이 이루어지도록 하였다. 또 교원의 자발적 노력 유도, 교수학습 역량 재고, 교과교실제의 운영을 위한 행·재정적 지원을 지속하고 있다.
이를 위해서 그동안 선진형과 과목중점형으로 구분하여 운영되던 교과교실제를 선진형 중심으로 집중 지원하고, 과목중점형은 학교 및 재정 여건에 따라 선진형으로 전환해 나감으로써 내실 있는 운영이 이루어지도록 하였다. 또한 교원의 자발적 노력에 의한 교수학습방법의 변화를 유도하기 위하여 교과연구회와 연구학교를 통한 교수학습방법 및 수업자료, 교과교실제 운영 모형 등을 개발·확산하고, 학교 단위에서는 교사 학습공동체 및 교과협의회를 활성화함으로써 교수학습 역량을 제고하고 있다. 또한, 교과교실제 운영 학교 간의 협력을 강화하기 위한 권역별 워크숍, 교육부 및 시·도교육청 단위의 컨설팅 지원, 우수학교 운영 모델을 발굴·확산하기 위한 교과교실제 운영우수학교 선정·시상, 교과교실제 운영에 필요한 각종 매뉴얼 및 가이드북을 개발·보급하는 등 교과교실제의 내실 있는 운영을 위한 행·재정적 지원을 지속하고 있다.