임금은 남북이 합의하기에 따라 크게 달라진다. 예를 들어 개성공단의 경우 북한근로자에 대한 급여(월 200달러)성격을 띄는 반면, 남북협력 기업일 경우 현재 북한 평균 급여 수준(남한돈으로 월 375원)을 적용한다.
북한 근로자 1인당 임금은 개성공단의 경우를 참작하고, 근무여건 등을 고려하여 월 200달러를 가정하였다. 임금의 경우는 남북이 합의하기에 따라 예상되는 폭이 매우 크다. 개성공단의 경우는 남한 기업에 취업하는 북한 근로자에 대한 급여의 성격을 가지는 반면, 남북협력 연탄공장의 경우는 남북합작 기업 또는 남북합영 기업에 취업하는 경우이기 때문에 임금설정이 크게 달라질 수 있기 때문이다. 예를 들어 남한 투자기업이 지분만 참여하고 경영에는 관여하지 않는 합작 방식인 경우, 경영을 맡은 북한 기업은 연탄공장 근로자의 임금으로 현재 북한의 평균적인 급여수준을 적용할 것이며, 합영의 경우라 해도 그다지 비싼 급여를 적용하지는 않을 개연성이 높다. 현재 북한 근로자의 평균 임금 수준은 월 북한 돈 3천원, 남한 돈으로 375원 수준이다.