양심적 병역거부자의 대체복무제 규정 부재로 인한 위헌성 때문에 단순위헌 결정을 한다면, 근거 규정이 사라져 법적 공백이 생긴다. 따라서 입법자는 헌법불합치 결정 선고와 개선입법을 위한 계속 적용을 명해야 하며, 이후 개선 입법이 이루어지지 않으면 병역 종류 조항은 효력을 상실하게 된다.
앞서 본 것처럼 병역 종류 조항의 위헌성은 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 아니한 부작위에 있다. 그런데 위와 같은 부작위의 위헌성을 이유로 병역 종류 조항에 대해 단순위헌 결정을 할 경우 병역의 종류와 각 병역의 구체적인 범위에 관한 근거 규정이 사라지게 되어 일체의 병역의무를 부과할 수 없게 되므로, 용인하기 어려운 법적 공백이 생기게 된다. 더욱이 입법자는 대체복무제를 형성함에 있어 그 신청 절차, 심사 주체 및 심사방법, 심사 결과에 대한 이의신청 절차, 복무분야, 복무 기간 등을 어떻게 설정할지 등에 관하여 광범위한 입법재량을 가진다. 따라서 병역 종류 조항에 대하여 단순위헌 결정을 하는 대신 헌법불합치 결정을 선고하되, 다만 입법자의 개선 입법이 이루어질 때까지 계속 적용을 명하기로 한다. 입법자는 가능한 한 빠른 시일 내에 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 도입하는 내용의 개선 입법을 해야 할 의무가 있으므로, 늦어도 2019. 12. 31.까지는 개선 입법을 이행하여야 하고, 그때까지 개선 입법이 이루어지지 않으면 병역 종류 조항은 2020. 1. 1.부터 효력을 상실한다.