미국정부의 테러대응과 관련하여 중앙정보국, 국방부, 연방수사국, 연방항공국등 어느곳도 충분한 능력이나 대응 능력을 갖추지 못한 것은 정부의 테러에 대한 개념, 정책, 대처능력, 기관운영의 실패에 기인한다.
테러대응과 관련하여 미국정부가 가지고 있었던 두 번째 문제점은 테러공격에 대응 할 수 있는 대응력의 부족이었다. 9・11 이전까지 미국은 냉전시대 말까지 그들이 축적 했던 대응력을 가지고 알카에다가 일으키는 문제를 해결하려고 하였다. 하지만 이러한 대응력은 충분하지 않았을 뿐 아니라 여러 문제점을 들어냈다. 예를 들어 중앙정보국(Central Intelligence Agency)은 준군사적인 대응을 할 수 있는 최소한의 능력만이 있었고 국방부(Department of Defense)는 알카에다가 미국을 위협하는 가장 위험한 외부의 적임에도 불구하고 9・11 사건 이전까지 알카에다가 끼칠 위협에 충분히 대응하지 않았다. 또한, 연방수사국(Federal Bureau of Investigation)은 현장에 있는 요원들 이 수집한 정보를 국가차원의 최우선적인 의제로 연결시키지 못했고 연방항공국 (Federal Aviation Administraion)은 항공기를 이용한 테러에 어떠한 준비도 되어있지 않았다. 테러대응에 대한 미국정부의 이러한 근본적인 문제점을 지적하며 9・11 대책위 원회는 1998년부터 2001년까지 테러예방을 위해 미국 정부에 의해서 취해진 어떤 조치도 알카에다의 음모를 저지하거나 늦추지 못했다고 발표했고 정부는 테러에 대한 개념이나, 정책, 대처능력 및 기관운영에 있어서 실패하였다고 결론지었다.