건강보험 기금화에 관해 감사원과 예산정책처는 국가 재정의 비중이 큰 건강보험을 국가 재정관리에 포함시킬 것을 지적했다. 또한, 공적의료보험이 정부 관리대상임을 주요히 지적했다.
건강보험 기금화에 관해서는 그간 몇 차례의 문제제기와 반론이 교환되어 온 바 있다. 대표적으로 감사원(2004)과 예산정책처(2004)는 국가의 재정관리에 건강보험을 포함시켜야 할 것을 지적한 바 있다. 국가재정에서 건강보험이 차지하는 비중이 클 뿐 아니라 GDP보다 빠른 속도로 증가해 타부분 재정을 압박하는데도 불구하고 재정관리 범위를 벗어나 있다는 것은 적절하지 않다는 것이다. 더구나 정부재정통계(GFS: Government Finance Statistics) 상 사회보험은 기금의 형태로 정부지출에 포함되어 있고 다른 선진국들에서도 공적의료보험이 재정관리 대상이라는 점 역시 중요한 지적사항이었다.