정보공유 및 시스템 연계통합에 있어 가장 큰 걸림돌은 행정자치부와 미래창조과학부의 역할 충돌이라고 관련자들이 지적하고 있다. 이로 인해 이해당사자들 사이의 중재와 조정을 맡을 통합기관이 필요성이 제기되고 있다.
정보공유 및 시스템 연계·통합의 효과성 요인과 관련해 조사에 참여한 전문가 및 공무원들의 주요한 의견으로 ‘적극적 추진동력 확보’를 전제로 한 ‘범정부적 차원의 지원대책에 대한 제도화’를 확인할 수 있다. ‘적극적 추진동력 확보’의 문제는 현행 정보공유 및 시스템 연계·통합을 위한 ‘추진체계의 분산 및 지원한계’와 ‘부처이기주의로 인한 추진동력 저하’에 따른 문제에서 비롯된다고 판단된다. ‘전자정부법’에 기반한 행정자치부의 역할과 ‘국가정보화기본법’에 기반한 미래창조과학부의 역할 간에 충돌이 발생하면서 정보공유 및 시스템 연계·통합 사업과 관련해서도 이원화된 추진체계를 우려하고 있다. 또한 다양한 이해관계자간의 협의 및 중재, 조정의 역할을 담당할 수 있는 통합기관의 필요성을 제기하고 있으며, 이와 함께 정보보유기관과 이용기관 간에 정보 불일치로 인한 협의의 어려움을 지적하고 있다.