새마을금고는 매년 행자부-금감원 정부 합동 감사, 행자부 직접 감사와 중앙회 자체감사를 통해 금고운영 실태를 점검하고 관계기관과 협력해 새마을금고 컨설팅 점검을 실시하며 외부회계감사를 도입 및 확대해 업무처리의 적법성, 투명성을 강화하고 있다. 
새마을금고는 매년 행자부·금감원 정부 합동 감사(’05∼’14총 489개), 행자부 직접 감사(’14총 13개) 및 중앙회 자체감사를 통하여 금고운영 실태를 면밀히 점검하고 있으며, 2011년 부실 저축은행 퇴출로 인해 촉발된 새마을금고에 대한 대내외의 우려와 불신을 해소하기 위해 추가적으로 관계기관과 합동하여 ‘새마을금고 컨설팅 점검’(’11.11.∼’12.2., 52개 금고, 행자부·지자체·회계법인·중앙회 참여)을 실시하는 한편 외부회계감사를 도입(총 819개 금고,’11.9.∼’14.12.)하여 금고운영 건전성을 도모하고 금융사고 예방에 만전을 기하였으며, 정부 합동 감사[(’11) 24개 → (’12) 40개 → (’13) 40개 → (’14) 40개], 행자부 감사[(’14) 13개] 및 외부회계감사[(’11) 45개 → (’12) 100개 → (’13) 300개 → (’14) 374개] 규모를 확대하여 금고 업무처리의 적법성·투명성을 더욱 강화해 나가고 있다.