한국장학재단은 공정한 장학금 지원을 위해 중복지원방지시스템을 도입했는데, 이에 따라 장학금을 지원하는 모든 공공기관·법인은 그 결과를 중복지원방지시스템에 등록해야 한다.
한국장학재단은 정부 장학금 지원의 균등한 배분과 장학금 수혜자 선발의 공정성 및 관련 예산 집행의 효율성을 제고하기 위해 2010년에 ‘중복지원방지시스템’을 도입하였다(남수경 외, 2015). 이로 인해 대학뿐만 아니라 행정자치부 등 관계 행정기관, 지방자치단체, 공무원연금공단 등 국가로부터 장학금 지원 업무를 위탁받아 수행하는 기관, 공익법인 중 장학 사업을 실시하고 있는 비영리재단법인(민간 장학 법인), 소속 직원 또는 소속 직원의 자녀에게 장학금을 지원하는 공공기관 또는 법인 등은 「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」 제50조의5 조항에 따라 장학금 지원 결과를 신속하게 중복지원방지시스템에 등록하여야 한다.