온라인수업은 교과 미이수 문제 해결뿐만 아니라 교과 선택권 강화 측면에서 스마트교육 및 교육정보화까지 고려하여 제도화하려는 움직임이 계속되고 있다. 그러나 현실적으로는 교과 미이수 문제 해소에 주로 활용되는 형편이어서 정책과의 괴리가 우려된다.
둘째, 온라인수업의 대상 및 목적 정립 측면에서 모호한 부분이 발견된다. 온라인수업의 요구는 전편입 등으로 인한 교과 미이수 등의 문제를 해결하는 자생적 노력으로 시작되었다. 그 후 스마트교육 추진계획 및 교육정보화 계획을 통해 체계적인 제도화 노력이 경주되고 있는데, 여기에는 단순히 학적 변동에 따른 교과 미이수 문제만이 아니라 해당 교과 담당 교사의 부족 등으로 학교 차원에서 개설하지 못하는 선택교과를 개설하여 학생의 교과 선택권을 강화하려는 내용도 포함되어 있다. 이를 위해 온라인수업에 활용하고자 특정 선택교과 콘텐츠를 추가적으로 개발하기도 하였으나, 온라인수업의 실제 운영은 교과 미이수 문제 해소에 치중되어 있으며, 고등학교 학생의 특정 선택교과 미이수로 인해 대학 진학 시 발생하는 불이익에 대한 민원 등의 문제를 해결하기 위해 일부만이 온라인수업으로 선택교과를 개설하여 이수하도록 하고 있다. 물론 이러한 상황은 선택교과를 온라인수업으로 개설할 경우 발생할 수 있는 학교 현장의 거부감을 고려한 것이나 정책과 실제 적용상의 갈등 상황으로도 인식될 수 있다.