공공 투자 관리 센터의 지침에는 항만 건설에 따른 어업권 피해 보상을 사업비용에 반영하게 되있으나, 해상 도로 건설사업 예타조사 지침에는 보상비 기준이 없다. 
그런데 예비 타당성 조사 및 타당성 재조사와 관련한 공공 투자 관리 센터(PIMAC)의 지침 내용을 보면 ‘항만사업’의 경우 ｢항만 부문 사업의 예비 타당성 조사 표준지침 연구｣(2001년 12월)에서 ｢수산업법｣ 등 관련 법률의 보상기준을 준용하여 항만 건설에 따른 어업권 피해에 대한 보상금액을 사업비용에 반영하도록 되어 있으나, 해상 교량건설이 포함된 도로 건설사업의 경우 실제 사업추진 과정에서 어업권 보상비를 지급하고 있음에도 도로 부문 사업에 대한 예비 타당성 조사 지침에 어업권 보상비 산정방법에 대한 기준이 없는 실정이다.