정부 추진 정책 사업은 공공기관 경영 평가 대신 지침이나 주무 부처의 관리 감독을 통하고, 경영 평가시 비중을 낮추어 평가의 목적이 전도되지 않아야 한다.
정부가 추진하는 정책 사업 등은 공공기관 경영 평가가 아니라 각종 지침 등을 통해 관리하고 이를 어겼을 경우에는 주무 부처의 지휘·감독권을 통해 해결하는 것이 타당하며, 불가피한 이유로 경영 평가 지표에 반영하더라도 가능한 한 그 비중을 낮추어 평가의 목적이 전도되지 않도록 하는 것이 필요하다. 특히, 시범 사업으로 추진되다가 중단된 “경영자율권 확대사업” 제도의 경우 성과 향상에 기여하였다는 평가와 연구결과가 많으므로 현재 시행중인 경영 평가 제도를 대체 또는 보완하는 방안으로서 이러한 자율경영 이행실적 평가를 적극 활용할 필요가 있다.