중앙정부 차원에서 자유학기제 연구학교의 체험 인프라 지원 기반을 구축하고 있지만, 학교 입장에서 주로 활용하게 되는 곳은 지역별로 분포되어 있는 산하 기관들이다. 산하 기관의 경우 중앙기관보다 정보가 부족하여 대응이 어려운 측면이 있다. 그러므로 중앙정부차원의 협업이 지역차원의 협업으로 연계되고, 시･도 교육청 및 지역교육청 차원에서의 업무협력이 이루어질 필요가 있다.
넷째, 중앙정부차원의 협업이 지역차원의 협업으로 연계되어야 한다. 앞서 언급한 바와 같이 중앙정부 차원에서 행정부처간, 공공기관간 업무협약을 통해 자유학기제 연구학교의 체험 인프라 지원을 위한 기반을 구축하고 있다. 하지만, 학교 입장에서 주로 활용하게 되는 곳은 중앙기관보다는 지역별로 분포되어 있는 산하 기관들이다. 이 때 중요한 것이 바로 중앙기관과 산하기관 및 유관기관의 연계적 협력이다. 청소년수련시설의 경우 청소년활동진흥법에 따라 국가는 2개 이상의 광역시도 또는 전국의 청소년이 이용할 수 있는 국립청소년수련시설을 설시･운영하도록 하고 있으며, 광역시도 및 기초지방자치단체는 청소년수련관을 1개소 이상 설치･운영하도록 하고 있다. 또한 읍･면･동에는 청소년 문화의집을 1개소씩 설치해야 할 의무를 지닌다(유진이, 2012). 현재 자유학기제 협업기관인 청소년활동진흥원소속 국립 청소년 수련시설 이외에도 청소년수련관 및 청소년 문화의집이 400개소가 운영되고 있다<표 Ⅱ-13>. 국립 시설의 경우 자유학기제의 경우 자유학기제 협업기관 간의 월 1회 운영되는 정례회의를 통해 자유학기제의 취지를 이해하고 자유학기제 학교를 위한 인프라 지원방안을 지속적으로 모색하고 있지만, 산하 기관의 경우 중앙기관보다 정보가 부족하여 대응이 어려운 측면이 있다. 따라서 중앙기관과 산하기관 또는 유관기관의 연계 협력이 필요하며, 또한 시･도 교육청 및 지역교육청 차원에서의 업무협력이 이루어질 필요가 있다.