제3조 2항은 내국세와 내국과징금을 언급하고 있지만, 제2조 2항 (a)호는 내국과징금을 언급하지 않는다. US-Superfund 사건 패널은 내국과징금도 수입 국경세 조정이 된다고 판단하며, 징벌세도 내국과징금에 포함된다고 말한다.
제III조 2항은 “내국세”(internal tax)뿐 아니라 “그 밖의 내국과징금”(internal chargesof any kind)을 언급하고 있다. 반면 제II조2항 (a)호는 국내 “내국세”에 상당하는 수준의 국경세조정이 가능하다고만 규정하고 있을 뿐 “내국과징금”은 언급하고 있지 않다. 그렇다면 내국과징금에 대해서도 수입 국경세조정이 가능한가? 일부 학자는US—Superfund 사건 패널이 내국과징금에 대해서도 수입 국경세 조정을 허용하였다고 판단하였던 바 있다. 패널은 의무불이행에 대한 징벌세(penalty tax)에 대해 수입 국경세 조정이 가능하다고 보았는데, 이러한 징벌세가 제III조 2항의 “내국과징금”에 해당된다는 주장이다. 또한 위 패널 판단에 의존하지 않더라도, 전술하였듯 수입 국경세 조정은 궁극적으로 제III조 2항의 적용을 받는 재정적 성격의 국내조치이므로 제III조 2항이 적용되는 일반적인 내국과세의 경우와 마찬가지로 내국세 뿐 아니라 내국과징금까지도 적용 가능하다고 생각된다.