중소기업 청년인턴제에 참여한 강소기업의 경우 중소기업보다 임금이 높지 않아 위탁기관 인센티브 지원이 우수한 강소기업의 참여를 유도하기 어렵다. 또한 강소기업이 자체 채용시스템을 통한 직접 채용을 선호하기 때문이다.
중소기업청년인턴의 경우 강소기업 채용 인센티브가 5만원에서 10만원으로 인상되었다. 그러나 강소기업 채용 인센티브가 도입된 해에 강소기업 채용비율이 상승하였으나 상승폭이 크지 않아 인센티브 효과가 작았으며, 중소기업 청년인턴제에 참여한 강소기업의 경우 중소기업보다 임금 수준이 높지 않은 것으로 나타나 위탁기관 인센티브 지원이 우수한 강소기업의 참여를 유도하기에는 미흡한 것으로 보인다.7) 또한 우수한 강소기업의 청년인턴제 참여율이 저조한 것은 강소기업이 자체 채용시스템을 구비하고 있고, 상대적으로 인력확보가 용이하여 운영기관을 통한 채용보다는 직접 채용을 선호하기 때문이며, 2017년 직접 채용이 허용되면서 강소기업이 참여할 유인이 높아졌기 때문에 위탁기관에 추가적인 인센티브를 지원할 필요성이 줄어든 측면도 고려되어야 할 것이다.