중학생들이 초등학교에 비해 겪게 되는 어려움은 다음과 같다. 통제와 규율을 강한데 자율성은 적은 환경, 석차로 표기되는 자신의 성취 서열을 보며 낮아진 자기 효능감, 교사-학생의 관계를 부정적으로 인식, 전통적인 강의식 수업이 많아 학생들의 낮은 수업 참여도, 교사들의 학업성취가 낮은 학생들에 대한 낮은 효능감 등을 느끼게 된다.  
Eccles 등의 연구(1993) 결과를 소개하며 김성일(2006: 105-106)은 초등학교에서 중학교로 진학하며 중학생들이 겪게 되는 다음과 같은 어려움을 열거하고 있다. 첫째, 초등학교시기에 비해 학생들은 통제와 규율을 강하게 느끼는 데 비해 자율성은 더 적은 환경에 놓이게 된다. 복장 규정 등 학교 규칙의 엄격성은 초등학교 시기에는 경험하지 못하는 것 들이다. 둘째, 중학교에서 학업성취를 강조하고 성취에 대한 기준이 높으며 석차로 표기되는 자신의 성취 서열을 보며 중학생들은 성적이 떨어진 것으로 스스로를 인식하게 되며 자기 효능감이 낮아지는 경험을 하게 된다. 셋째, 초등학교에 비해 중학교에서는 교사-학생의 관계가 부정적으로 인식되는 경향이 강하다. 이러한 경향은 학교의 규율이나 성취 강조의 분위기와 무관하지 않을 것이다. 넷째, 중학교에서는 초등학교에서보다 더 전통적인 강의식 수업이 많아 학생들이 수업 시간에 동원하는 인지적 기술 수준은 오히려 낮다. 이러한 특성은 학생들의 수업 참여도를 낮추는 결과를 초래할 수 있다. 다섯째, 중학교 교사들은 학업성취가 낮은 학생들에 대한 효능감이 초등학교 교사에 비해 더 낮다. 즉, 중학교 교사들은 공부를 잘 못하는 학생들은 가르칠 수 없다고 생각하는 경향이 크다는 것이다.