아동보호체계 속 컨트롤타워는 부재 상태이다. 이에 아동복지법이 개정되어 아동복지심의위원회의 심의 의결을 거친 보호 조치를 하게  되었다. 그러나 아동복지심의위원회는 구조상 수시 개최가 어려우며 즉시 소집이 불가한 경우 보호에 공백이 발생한다. 때문에 소위원회를 시행할 수 있도록 개정안이 마련되고 있으나 문제가 해결되기는 어렵다는 지적이 있다.
아동보호체계 속에서 협력적 네트워크를 위한 정보 공유와 보호기관 간 역할과 기능을 조정하고 조율하는 컨트롤타워가 부재하다. 요보호 아동에 대한 보호 절차를 살펴보면, 최초 발굴에서 보호체계 내로 신고 접수된 위기아동의 보호조치 판정을 담당하는 공무원의 전문성을 담보하기 어렵고, 정교하지 않은 의사결정 과정을 거쳐 아동의 보호방식이 결정되는 사례가 빈번하게 발생하고 있다. 또한 아동보호 전문기관 담당자의 역량에 따라 지역 내 서비스의 연계 실효성이 편차를 보이는 것 역시 현행 보호체계의 비전문성과 비체계성을 방증하는 결과이다. 아울러 보호서비스 공급주체 간 정보 공유의 제약으로 인해 보호체계로 유입된 아동과 원 가정에 대한 기본 정보, 서비스 이용과정과 내역 등이 산발적으로 관리되거나, 기본 관리체계조차 마련되지 못한 경우도 확인되고 있다. 이에「아동복지법」의 개정으로 2012년 8월 이후부터 아동 양육시설 또는 그룹홈 등 시설 입소, 가정위탁, 입양 등이 이루어지기 전에 아동복지심의위원회의 심의 의결을 거쳐 보호 조치하여야 한다. 아동복지심의위원회는 위원장 1명을 포함한 10명 이내의 위원으로 구성하도록 되어 있는데, 위원장이 시‧도지사 또는 시장‧군수‧구청장 등 자치단체장으로 되어 있어 수시 개최가 어려운 구조이다. 또한 즉시 긴급보호가 필요한 사례가 발생할 경우에도 위원회를 개최해야 하고, 위원회의 즉시 소집이 불가한 경우 보호에 공백이 발생할 수밖에 없는 상황이다. 이로 인해 아동복지심의위 윈 회의 소위원회(위원장은 국장)를 구성‧운영할 수 있도록 시행령 및 시행규칙 일부 개정안이 마련‧시행되고 있다. 그러나 현장의 시급성과 요보호 아동 보호 절차상 제반 문제를 고려할 때 소위원회 구성, 운영만으로 이를 해결하기는 어렵다는 지적이 있다(양정선, 전민경, 2014, p.5).