통일국민협약의 경우는 그 원인이 가시적이지 않은 위협이기 때문에 공통된 인식의 형성이 어렵고, 협의를 통해 해결해 나가야 할 남남갈등과 통일문제의 정쟁화 구도에 협약 체결 당사자들이 연루되어 있다는 점도 특징이다. 협약 추진의 대표성 및 참여 범위 등에 대한 또 다른 갈등이 제기될 수 있고 협약이행의 강제성 확보도 난제이다.
통일국민협약은 경제위기가 아닌 분단구조에서 비롯되는 특수한 사회갈등이라는 점에서 일반적인 사회협약의 사례와 차이가 있다. 일반적인 사회협약의 경우 경제위기라는 공통된 가시적 위협에 대한 대응으로서의 성격을 지닌다. 그러나 통일국민협약의 경우 원인이 되는 사회적 위기가 가시적이 아니라는 위협에 대한 공통된 인식의 형성에 어려움이 있다. 또한 통일국민협약이 해소를 지향하는 남남갈등과 통일문제의 정쟁화 구도에 협약 체결 당사자들이 직간접적으로 연루되어 있다는 점도 특징이다. 특히 진영논리가 지배하는 한국의 정치권과 시민사회의 지형에서 통일국민협약 추진의 과정 자체가 새로운 남남갈등과 진영 간 배타적 대립구조를 심화시킬 가능성도 상존한다. 진영 간 배타적 대립구조 속에서 이를 해소하기 위한 주도적 세력의 형성자체가 어려울 수 있으며, 이를 위한 보혁 간 연대 및 네트워크 구축의 어려움도 예상된다. 협약 추진의 대표성 및 참여 범위 등을 둘러싸고 시민사회 및 각 진영 간 다양한 문제 및 갈등이 제기될 수 있으며,비경제적 민족문제라는 점에서 협약이행의 강제성 확보도 난제에 해당한다. 따라서 통일국민협약의 제안과 체결 및 이행 단계 등 전체적인 추진 과정에서 투명성과 중립성, 그리고 협치의 정신을 관철하는 것이 무엇보다 중요하다.