탁월연구원의 인정절차는 다음과같다. 일자리가 제시되면 젊은 연구자가 정부에 신청하고, 서류심사와 면접을 거쳐 탁월연구원으로 인정된다.
탁월연구원의 인정절차는 우선 대학과 연구개발법인, 기업 등이 탁월연구원의 일자리를 제시하면, 이에 대해 40세 이하 기간제 조교와 박사후 연구원등을 중심으로 하는 젊은 연구자가 희망하는 일자리를 복수선택하여 정부에 신청을 하고, 서류심사와 면접을 거쳐 탁월연구원으로 인정하게 된다. 이후대학과 기업 등 탁월연구원 채용 기관을 최종적으로 결정한다. 탁월연구원은 매년 100~200명을 인정할 방침이며, 연봉은 탁월연구원을 채용하는 기관이 부담하게 된다. 문부과학성은 초기 2년 정도의 연구비와 실험장치 등의 연구정비비를 탁월연구원을 채용하는 기관에 지급한다.