지속적이고 생기있는 혁신생태계 구축을 위해서는 이 지역의 혁신의 요소들이 원활히 작동하도록 지역특화형 혁신생태계를 세울 필요가 있다.
지역에 지속가능하고 활력있는 혁신생태계가 구축될 수 있기 위해서는 세 개의 축이 필요하다. 첫째는 지역의 여건과 혁신패턴에 맞게 특성화된 혁신생태계를 만들어 지역에 뿌리를 내릴 수 있도록 하는 것이다. 생태계는 구조적 시스템과 달리 모든 지역에 일률적으로 적용되지 않는다. 지역의 여건과 특성, 발전경로, 지역 전략에 따라 매우 다양한 생태계가 만들어질 수 있고, 그 생태계가 혁신의 궁극적 목적인 지역기업의 글로벌 경쟁력 제고와 지역의 좋은 일자리 창출, 주민의 삶의 질 제고에 기여할 수 있으면 된다. 이를 위해서는 지역에 일정 정도 갖추어진 혁신의 구성요소들이 잘 연계되고 원활하게 작동할 수 있도록 지역특화형 혁신생태계를 구축할 필요가 있다.