기금 설치를 위해서는 신설 타당섬 심사를 받아야 하며 해당 법률이 필요하다. 기존 기금과의 차별성이 입증되지 않는 경우에는 폐지, 통합의 가능성도 있다. 
새로운 기금을 설치하려면 어려운 과정이 필요한데, 중앙관서의 장(예: 국토교통부 장관)이 기획재정부 장관에게 기금 신설 계획서를 제출하여 신설 타당성 심사를 받아야 한다. 또한 기금 설치를 위해서는 해당 법률이 필요하며 해당 법률을 신설하지 않는다면 기존 법률(예: 물류정책기본법, 지속 가능 교통 물류발전법 등)에 해당 기금에 대한 조항을 신설하여야 한다. ｢국가재정법｣(2014) 제15조에서 규정하는 바와 같이 기존 기금과의 차별성을 입증하지 못하면 신설되었다고 하더라도 이후 폐지 혹은 다른 기금과 통합될 수도 있다. 동법 제15조의 규정은 특별회계에도 적용된다.