구조방정식의 기본 변수는 잠재변수,관측변수,외생변수,내생변수,오차변수다. 잠재변수는 관측변수에 의해 간접적으로 측정되고 관측변수는 직접 측정되는 것으로서 잠재변수 측정에 쓰인다. 외생변수는 다른 변수에 영향을 주는 독립변수이고 내생변수는 다른 변수들로부터 영향을 받는 종속변수 개념이다. 오차변수는 잠재변수가 관측변수를 설명 못하는 측정오차와 내생변수가 다른 변수들에 의해 설명되지 않는 구조오차로 나뉘는데 모든 내생변수는 구조오차를 가지지만 외생변수는 구조오차가 없다.
구조방정식 모형에서 기본이 되는 변수는 잠재변수, 관측변수, 외생변수, 내생변수, 오차변수이다. 첫째, 잠재변수(Latent Variable 또는 Unobserved Variable)는 구조방정식에서만 사용되는 변수로서 직접 측정되지는 않으며, 관측변수에 의해서 간접적으로 측정된다. 둘째, 관측변수(Observed Variable)는 직접적으로 측정되는 변수로서 잠재변수 측정을 위하여 사용된다. 설문지의 측정항목처럼 조사자의 조사나 실험, 또는 관찰 등을 통해서 직접 얻어지는 수치가 관측변수에 해당하며, 본 연구에서 평가항목 및 세부항목들이 관측변수로 지정된다. 셋째, 외생변수(Exogenous Variable)는 통계분석에서 많이 통영되고 있는 독립변수에 해당하며, 다른 변수에 영향을 주는 변수이다. 넷째, 내생변수(Endogenous Variable)는 통계분석에서 사용하는 종속변수의 개념으로, 다른 변수들에 의해서 직 간접적으로 영향을 받는 변수이다. 잠재변수와 관측변수, 외생변수와 내생변수의 개념을 이용하면 외생잠재변수, 내생잠재변수, 외생관측변수, 내생관측변수의 4가지 형태의 변수조합이 가능하다. 마지막으로 오차변수(Error Variable)는 밖으로 뚜렷하게 드러나지는 않지만, 구조방정식모형에서 중요한 변수이다. 오차변수는 측정오차(Measurement Error)와 구조오차(Structural Error)로 분류된다. 측정오차는 잠재변수가 관측변수를 설명하지 못하는 부분을 나타내며, 구조오차는 내생변수가 다른 변수들에 의해서 설명되지 않는 부분을 나타낸다. 특히, 모든 내생변수에는 구조오차가 필수적으로 존재하는데, 그 이유는 한 내생변수가 다른 변수로부터 완벽하게 영향을 받지 않기 때문이다. 반대로 외생변수에는 구조오차가 존재하지 않는다.