시간선택제 교사제도는 다수 교원이 활용할 제도가 아니며 학교 현장에서 위화감을 야기할 수 있다. 교직사회의 시간 사용이 자유로운 기존 제도를 활성화하는 것이 더 편리하다는 인식이다. 그리고 3년이상 길게 휴직하는 교원을 경력 단절로 보지 않는다.
특히 각 시도교육청의 교원 인사행정 담당자들 가운데는 새로운 시간선택제 교사제도가 야기할 교원인사의 복잡성을 어려운 문제로 인식하며, 다수 교원이 활용할 제도도 아닌데 소수 교원의 혜택을 늘리기 위해서 학교 현장에서 위화감을 야기하며 갈등요소로 작용할 수 있는 제도를 만들 필요가 있느냐는 의문을 표하고 있다. 또한 교직사회는 육아휴직, 육아시간, 모성보호시간 등의 사용이 자유롭기 때문에 기존 제도를 활성화하는 것이 새로운 제도를 입안하는 것보다 더 편리하다는 인식도 가지고 있다. 그리고 육아휴직자가 급격히 증가하고 긴 시간 휴직하는 비율도 증가하며 연이어 출산하는 경우 3년이상 길게 휴직하는 교원이 적지 않음에도 이러한 휴직을 경력단절로 보지 않고 있다. 하루가 다르게 급격히 변화하는 지식정보화사회의 인재를 육성하는 직무를 수행하는 전문직으로서 3년 이상 아니 1년 이상의 공백이 생겨도 다시 교단에 돌아올 수 있다는 신분의 안정성만으로 경력 단절로 보지 않는 것이다.