오직 NCS를 통해 교육을 진행하는 것은 한계가 있다. 현재 직무만을 다루고 한 개의 직무만을 다루기에 여건과 환경에 따라 변화할 수 없기 때문이다. 
둘째, NCS만을 가지고 교육하기에는 한계가 있는 직무 분야가 있다. 일의 내용이 환경이나 기업 규모의 영향을 가장 적게 받고, 누가 일해도 결과가 같아질 수 있는 직무에 NCS가 적합하다고 평가된다 (문한나 외, 2016). NCS에는 주어진 여건이나 상황에 맞게 사고하고 판단하여 의사소통하고 문제를 해결하는 등에 필요한 능력을 일일이 기술하는 것이 불가능하다. 또한 NCS는 현재의 직무를 중심으로 기술되기 때문에 미래의 기술변화를 전망하여 이를 반영할 필요가 있다. 아울러 두 개 이상 직무가 융합된 과목의 경우 NCS는 한 개의 직무 에 대해서만 개발되어 있기 때문에 NCS만으로는 교육을 실시하기가 어렵다.