기관 고유사업의 특성에 따라 차이가 나타나며 일반국민에 혜택이 가는 부처의 경우 관심이 높은 편이며, 국정과제 주관 부처와 지원 부처 간에도 국민만족도 조사결과 활용에 차이가 있을 것이다.  
만족도 조사 결과를 활용하는데 있어서 조직문화의 차이는 일부 있는 것으로 지적된다. 국무조정실 담당자는 기관별 특성에 따른 차이는 크지 않은 것으로 언급하고 있지만, 부처 담당자에 따르면 기관이 수행하는 고유사업의 특성에 따라 다소 차이가 있는 것으로 나타나고 있다. 일반국민에서 혜택을 제공하는 부처의 경우 국민만족도에 대한 관심이 높은 편이며, 규제가 많은 부처의 경우 관련된 부정적 이슈나 사건이 발생할 경우 국민만족도에 좋지 않은 영향을 미치고 있는데 대한 우려가 큰 것으로 나타나고 있다. 또한 국정과제를 주관하는 부처와 지원업무만을 수행하는 협조 부처 간에도 국민만족도 조사결과를 활용하는데 차이가 있을 것이라는 의견이 제시되었다.