RPS 의무도 배출권거래제의 비용효과성을 저해할 수 있다. 발전량의 일정 비율 이상을 신재생에너지를 통해 발전하도록 의무화하는 제도인데, 최적의 발전량보다 RPS 제도에서 요구하는 신재생에너지 발전량이 많을 경우 비용최소화 수준을 상회하는 조합을 선택할 수밖에 없기 때문이다. 그 경우 감축비용은 최적화되지 못한다.
다음으로 발전사들에게 부과되는 RPS 의무 또한 배출권거래제의 비용효과성을 저해할 수 있다. RPS 제도는 발전량의 일정 비율이상을 신재생에너지를통해 발전하도록 의무화하는 제도이다. 발전사들은 주어진 감축의무를 달성하기 위해 발전원을 가스나 신재생으로 전환하거나 배출권을 구입함으로써 감축의무를 이행할 수 있다. 이때 발전사들은 설비제약, 발전연료 수급 상황과같은 제약조건하에서 최소의 비용으로 감축의무를 이행하기 위한 전원믹스와배출권 구입의 조합을 선택할 것이다. 그런데 만일 최적의 전원믹스하의 신재생에너지 발전량보다 RPS 제도에서 요구하는 신재생에너지 발전량이 많을경우에 발전사는 주어진 감축량을 달성하기 위해 비용최소화 수준을 상회하는(suboptimal) 전원믹스와 배출권 구매 조합을 선택할 수밖에 없다. 이로 인해 주어진 감축량을 달성하는데 소요되는 감축비용은 최적화되지 못한다. 우리나라는 2012년부터 RPS 제도를 시행하고 있는데, 일각에서는 발전사들이충족시켜야 할 RPS 의무가 지나치게 높아 이를 재조정할 필요가 있다는 지적이 있다. 실제로 국내 주요 발전 5개사는 RPS 의무를 이행하지 못하고 상당 금액의 과징금을 물은 바 있다.