직업능력개발계좌제의 훈련생 훈련수요와 산업계 인력수요간 미스매치, 이수자의 취업률 저하가 해결해야 할 과제로 제기된다. 직업훈련분야와 직종이 편중되어 특정 분야는 과잉 공급되고 기간산업이나 전략산업 분야 훈련은 부족하다는 지적도 있다. 
직업훈련 내용에서는 산업현장의 기술 및 인력수요의 반영이 미흡 하여, 훈련 직종 혹은 훈련분야 선정에서 산업현장에서 요구하는 숙련 수요를 제대로 고려하지 못하는 숙련 미스매치 문제가 제기된다(이덕재 외, 2012). 직업훈련 프로그램 개발 측면에서 지역적 산업 분포와 훈련 제공기관의 다양성을 고려하지 못하고, 기존의 훈련 프로그램을 그대로 개설･운영하는 등 실업자를 일자리로 유인할 수 있는 다양하고 전문적인 훈련과정이 개발되어 있지 않다(정철영･허영준, 1998). 따라서 직업능력개발계좌제의 훈련생 훈련수요와 산업계 인력수요 간 미스매치, 이수자의 취업률 저하가 해결해야 할 과제로 제기된다. 음식 등 서비스 분야, 사무 관리와 정보통신 분야 등은 과잉 공급되고, 기간산업이나 전략산업 분야 훈련은 부족하다는 지적이 대표적인 사례로, 직업훈련분야와 직종이 편중되어 발생한 문제이다(정철영 외, 1998). 이는 계좌제 훈련과정 수강상의 애로사항 중 1순위가 ‘선택할 훈련과 정이 적다(23.1%)’는 것과 관련되기도 한다(김수원, 2012). 또 직업능력 개발훈련의 교육 내용이 산업계의 요구에 도달하지 못하여, 직업훈련 의 질을 높여야 하는 과제도 제기된다(장혜정･김영생･나현미･심지현, 2012).