왓슨은 의학정보검색 기능을 통해 의사의 의사결정을 돕는 임상 의사결정 지원 시스템이다. 그러나 왓슨은 의학정보 검색에 환자의 특이한 의료정보를 더해 진단과 치료 방법을 도출하므로 의료기기로 분류하기 어렵다.
왓슨을 도입한 의료기관의 사용실례에 비추어 보면 왓슨은 의사의 의료적 의사결정 과정을 돕는 임상 의사결정 지원 시스템(clinical decision support system)이라고 이해된다. 따라서 의료기기법의 규정에 의할 때 의사의 진단과 정에서 왓슨은 질병을 진단할 목적으로 사용하게 된다고 볼 수 있어 의료기기에 해당하는 것인지 문제된다. 왜냐하면 이 과정에서 왓슨의 활용은 의료논문이나 증례에 관련된 의학정보검색의 기능에 환자의 특이한 의료정보를 더하여 환자에게 적합한 진단과 치료방법까지 도출하는 일련의 과정을 거치게 된다. 따라서 의학정보검색기능은 왓슨의 가장 기초적인 역할이고 인간의 시간을 대폭 경감하는 중요 요소이므로 의학정보검색의 기능만 별도로 분리해서 판단하기 어려운 점이 있다.