온라인수업의 체제는 교육부, 시 도교육청, 학교, 한국교육개발원과 한국교육학술정보원이다. 각 기관의 역할이 있는데, 온라인수업의 주관기관은 교육부-학교 간 정책수립과 운영 및 지원에 관한 모든 것을 관여한다. 초기에 온라인수업의 주관은 한국교육학술정보원이었으나 2013년부터 한국교육개발원이 맡고 있다.
온라인수업의 추진 체제는 교육부, 시 도교육청, 학교, 교육연구기관인 한국교육개발원과 한국교육학술정보원으로 구성되었다. 교육부는 국가적 온라인수업 정책 수립과 중앙 차원의 법 제도적, 재정적 지원의 역할을 담당한다. 시 도교육청은 국가적 온라인수업 정책을 토대로 시 도교육청별 상황 및 여건에 따른 세부적인 운영계획을 수립하고 실제적인 운영을 관리하는 역할을 가지고 있다. 학교는 실질적인 온라인수업 운영의 주체라고 할 수 있으며 온라인수업 신청 안내, 학교 차원 또는 학생의 요구에 따른 온라인수업 개설 승인, 온라인수업 이수 평가 등의 역할이 주어진다. 또한 온라인수업에 있어서 교육연구기관인 한국교육개발원과 한국교육학술정보원의 역할이 부각된다고 할 수 있다. 교육연구기관의 역할 중 가장 핵심적인 것은 교육부-시 도교육청-학교 간에 위치하여 온라인수업 정책 수립으로부터 운영 및 지원에 관한 제반 사항에 관여하게 된다. 온라인수업 운영 초기에는 한국교육학술정보원의 주관 기관의 역할을 수행하였으나, 2013년부터는 방송중 고의 방송 정보통신을 통한 수업 등을 위탁 받은 한국교육개발원이 주관 기관의 역할을 수행하고 있다.