대기업-중소기업 간 이중적 노동시장 문제가 청년공제의 장기 운영에도 불구하고, 이 문제가 좀처럼 완화되지 않는다면 청년공제 실효성에 끊임없이 문제제기가 될 것이다.
현재 정부관료, 전문가 등 대부분의 정책관계자들은 중소기업 인력부족과 청년실업 문제를 해소하기 위한 한시적 방편으로서의 당위성을 청년공제에 부여하고 있지만, 국내의 심각한 청년실업 문제의 주된 원인 중 하나인 대기업-중소기업 간의 이중적 노동시장 문제가 단기간에 쉽게 해결되지 못할 것으로 예상되기 때문에 청년공제는 이전의 청년인턴제처럼 장기간 지속될 가능성이 크다. 그러나 청년공제가 장기적 운영됨에도 불구하고, 향후에도 청년실업 및 중소기업 인력부족의 문제가 좀처럼 완화되지 않는다면 청년인턴제와 동일하게 청년공제의 실효성에 대해서 끊임없는 문제제기가 이루어질 것이다.