6호처분의 집행 관련하여, 6호처분 시설의 관리감독 주체가 불명확하여 관리감독에 헛점이 있는 점, 그리고 지자체가 예산 지원을 거부하는 문제점이 있다.
6호처분은 ｢소년법｣ 제42조 제1항 제6호 아동복지에 따라 아동복지시설이나 그밖의 소년시설에서 집행할 수 있도록 하고 있다. 그러나 아동보호치료시설의 경우 ｢아동 복지법｣상 인력 및 시설 기준에 따라 설치되어야 함으로 인해 비행소년에 대한 교정을 위한 시설 및 프로그램 지원이 없는 상태이다. ｢소년법｣상 어떤 기관이 6호처분 시설 을 관리감독할지가 명확하지 않고, 아동복지시설의 설치기관인 보건복지부, 청소년복지시설의 설치기관인 여성가족부, 위탁소년 개인의 집행에 대한 감독을 하는 법원 등 다양한 기관에서 관여함으로 인해 관리감독의 흠결이 발생하고 있다. 또한 아동복 지가 지방사무로 분류되어 있어 ｢아동복지법｣상 아동보호치료시설의 예산은 지자체 에서 담당하고 있는데 타지역 아동수용 등을 이유로 지자체에서 지원을 거부하는 사례도 발생하고 있다.