교육 개발협력 연구 및 사업은 정책 연구의 결실이 사업 수행기관으로 확산되지 않고 예산의 대부분을 외부에 의존하기에 안정적인 진행이 어려우며 업무 진행 방식이 다르다는 현실적인 쟁점에서 협업이 어렵다고 볼 수 있다.
먼저 현행 교육개발협력 연구･사업의 협업을 제약하는 세 가지 현실적인 쟁점을 검토하였다. 첫째, 교육개발협력 연구･사업에 참여하는 기관간의 소통이 부족하고, 현행 연결 망 속에서 교육개발협력 관련 정보의 유통도 원활하지 않다. 현행 교육개발협력 연구･사업은 교육계 중심의 연결망과 국제개발협력계 중심의 연결망 속에서 각각 수행되고 있으며, 연결망 상호 간의 소통과 정보 교류가 부족하다. 이에 따라 교육개발협력 관련 정책 연구의 성과가 사업 수행기관으로 확산되지 않고, 현장과의 연계도 미흡한 실정이다. 둘 째, 수행기관별로 교육개발협력 연구･사업을 담당하는 조직이 다르고, 기관 내에서 업무를 추진하는 방식도 상이하게 나타난다. 이로 인해 각 기관별로 교육개발협력 연구･사업 의 소통 창구가 불분명하고, 기관간의 정례적인 업무 협의로 발전시키는데 한계가 있다. 또한 현행 개인 단위의 연결망 속에서는 교육개발협력 관련 정책연구나 사업을 수행하는 과정에서 축적된 구성원의 경험이 기관의 해당 분야 전문성 신장으로 이어지지도 않는다. 셋째, 교육개발협력 연구･사업 예산의 대부분을 외부 재원에 의존하기 때문에, 연구･사업 의 안정적인 추진이 어렵고, 기관간의 협업을 지속하기에도 한계가 있다. 각 기관이 수행 하는 교육개발협력 연구･사업 예산의 출처가 상이하고, 발주기관의 요청에 따라 진행되거나 공모에 참여해야 하기 때문에, 타 기관과의 안정적인 협업이 어려운 실정이다. 또한 기관별로 행재정시스템도 다르고, 특히 교육 관련 기관들은 국제 업무를 추진하기 위한 예 산 집행에 어려움을 겪고 있다.