검찰은 가정보호사건과 형사사건을 구분하기 위해 경찰의 송치의견과 피해자의 가족관계 유지 의지를 확인한다. 만약 피해자에게 가족관계 유지 의지가 없다면 가정보호사건으로 처리하지 않는다.
검찰은 가정보호사건과 형사사건의 구분기준에 대해서 초기에는 경찰에서 혐의 유무에 관한(처벌을 원하지 않음, 공소권 없음) 정도의 의견으로 송치하였으나 현재는 경찰의 송치의견란에 기소, 불기소/혐의 없음, 공소권 없음/가정보호사건, 이렇게 3가지 범주의 의견을 개진할 수 있도록 하고 있다. 이렇게 송치의견이 오는대로 검찰이 모두 처분하는 것은 아니고, 가정보호사건으로 송치되어도 검찰이 피해자의 의사확인을 다시 확인한다. 즉 가정보호사건의 전제가 되는 것이 가정을 보호하려고 하고 가족관계를 유지하려고 하는 의지, 이런 의지가 없으면 가정보호사건으로 송치해도 효과가 별로 없기 때문에 피해자 의견을 다시 확인하여 가족관계를 유지하려고 하는 의지가 없는 경우에는 다른 처분을 한다.