한 졸업생은 삼각산고의 프로젝트 수업이 사고를 넓히는 계기가 되었으나 대학입학사정관제도를 제외하고는 대입 체제와 간극이 있었다는 점을 밝혔다.
3학년 때까지 삼각산고에서 다양한 프로젝트를 수행하고 대학에 입학한 한 졸업생은 3년간의 프로젝트 수업을 통해 한편으로는 다른 사람과 소통하고 생각의 차이를 경험함으로써 폭넓게 사고할 수 있는 계기가 되었지만, 그럼에도 불구하고 현행 대입 체제와의 간극이 있다는 점을 지적했다(최상덕 외, 2014: 65-66). 수능이나 내신 성적에는 프로젝트 학습이 반영될 수 있는 여지가 적다는 것이다. 다만, 대학입학사정관제도에서는 자기소개서와 포트폴리오 등을 통해 프로젝트 학습을 통한 자신의 성장 과정을 이야기할 수 있어 긍정적으로 작용했다고 밝혔다.