지적재산고등재판소 판결에 대해 일본특허청장은 인정하지 않고, 최고 재판소에 항소하였다. 이에 최고재판소는 약사법 제14조제1항에 의거, 허가가 필수적이었다는 것을 강조하며, 상고를 기각했다. 
지적재산고등재판소 판결에 대하여 일본특허청장은 불복하여 최고재판소에 상고를 제기하였다. 이에 최고재판소는 유효성분 및 효능·효과가 동일한 의약품에 선행 승인이 존재하더라도, 그 특허권의 기술적 범위에 속하지 않는 선행 의약품에 대한 선행 승인을 근거로 후행 승인에 기초한 존속기간 연장등록출원을 거절할 수 없다고 판단하였다. 즉, 선행 의약품은 본건 특허발명의 기술적 범위에 속하지 않는 것이기 때문에 선행 승인의 존재를 근거로 본건 특허발명의 실시에 약사법 제14조제1항에 의한 제조판매 허가를 받을 필요가 있었다는 것을 부정할 수 없는 것이므로, 심결이 위법하다고 판단한 원심의 판단은 정당하다고 판시하며 특허청장의 상고를 기각하였다.