국내법원과 국제법원의 병존 시, 투자협정 체제에서 각국의 국내법원의 역할과 국제법원의 역할이 충돌할 가능성이 존재하며 투자법원이 기존의 사법주권 침해 문제를 더욱 심화할 수도 있다.
상기와 같이 투자협정 체제에서 각국 국내법원은 중요한 역할을 담당하고 있고, 이들의 결정과 판결은 그 자체로 독자적으로 ISDS 절차에 회부될 가능성을 항상 내포하고 있다. 그렇다면 국내법원과 국제법원이 병존하는 형식으로 분쟁해결제도가 도입되면 결국 양자간 충돌은 더욱 두드러지게 현시될 수밖에 없을 것이다. 물론 현재 채택되고 있는 임시적 일회적 중재판 정부 체제에서도 그러한 충돌 가능성은 큰 문제로 대두되고 있다. 그러나 차제에 상설적인 ‘국제법원’을 도입하여 ISDS 절차의 제도화와 사법화를 강화하면 강화할수록 국내법원의 판결 결정과의 병존, 대립, 충돌은 더욱 공식화되고 부각되는 측면이 생길 수밖에 없을 것이다. 투자법원이 기존의 사법주권 침해 문제를 더욱 첨예화할 가능성도 있음을 시사하고 있다.