과세기반 확대를 위해 중기 세제개편 방향을 포함하고 있는데 이는 장기적 모델이라는 장점과 동시에 연도 세재개편안과 연계성이 떨어지는 한계가 있어 목표 설정 등의 문제를 야기한다.
한편, 작년부터 국가재정운용계획에는 과세기반 확대에 핵심적인 중기 세제개편 방향을 포함하고 있다. 중기 세제개편방안은 장기적인 세제의 미래 모습을 설정하였다는 점에서 긍정적이나, 중기 개편방향이 당해 연도 세제개편안과의 큰 연계성을 가지고 있지 않다는 한계가 있다. 당해 연도 세제개편안은 장기적 세제개편 원칙과는 상관이 없이 매년 일몰이 도래하는 비과세 · 감면 항목의 폐지여부, 당해연도 이슈가 된 문제를 해결하기 위한 세제상의 대응방안 등을 위주로 나열식으로 제시되고 있을 뿐이다. 이러한 단편적인 세제개편은 서로 다른 목표의 충돌, 목표달성을 위한 부적합한 수단의 선정 등의 문제를 야기할 수 있다.