해양생태계 훼손의 진행을 막기 위해 해양수산부장관은 현구 및 보전 가치가 있는 해양생태계에 대해 이해관계자의 의견을 모으고 해양수산발전위원회의 심의를 거쳐 해양보호구역을 지정하고 기 지역의 생태계 훼손 행위를 금지하고 있다. 
해양에서의 각종 개발·이용행위의 증가로 인하여 해양생물의 서식지 및 산란지 파괴 등 해양생태계 훼손이 급격히 진행되고 있어 보전가치가 있는 해양생태계를 보호구역으로 지정하여 훼손행위를 예방할 수 있도록 하는 제도적 장치의 마련이 필요하다. 따라서 해양수산부장관은 해양의 자연생태가 원시성을 유지하고 있거나 해양생물다양성이 풍부하여 학술적 연구가치가 있는 해역 및 보호대상해양생물의 서식지·산란지 등으로서 보전가치가 있다고 인정되는 해역 등에 대하여 지역주민, 이해관계인 및 시·도지사 등의 의견수렴과  ｢해양수산발전 기본법｣ 에 따른 해양수산발전위원회의 심의를 거쳐 해양보호구역으로 지정할 수 있도록 하고, 동 구역에서는 건축물의 신·증축행위 등 해양생태계를 훼손하는 행위를 금지하도록 규정하고 있다. 이에 따라 해양의 자연생태가 원시성을 유지하고 있거나 해양생물다양성이 풍부하여 학술적 연구가치가 있는 해역 등을 특별히 보호함으로써 해양생태계의 훼손 방지 및 해양생물다양성의 보전에 크게 기여할 수 있을 것으로 기대된다.