교육부의 다양한 노력에도  불구하고 이 법령을 통해 비인가 대안교육기관들의 인가신청을 독려하려는 당초의 목적은 거의 실패하였다.
그러나 교육부의 이러한 노력에도  불구하고 이 법령을 통해 비인가 대안교육기관들을 법 테두리 안으로 끌어들이려고 했던 당초의 목적은 거의 이루지 못했다. 이 규정에 따라 인가 신청을 하는 기존의 비인가 대안교육기관들이 거의 없었고, 그나마 일부 시도교육청들의 경우 인가 신청을 받고도 여러 가지 이유를 들어 인가를 하지 않았기 때문이다. 현재까지 인가를 받아 운영하고 있는 학교들은 이 법령에 의해 새롭게 설립된 곳이 대부분이며, 예술 분야나 종교교육 또는 학교 부적응 학생들을 대상으로 하는 곳들이 많은 편이다. 현재 인가를 받아 운영 중인 ‘대안학교’는 모두 40개이며 그 현황은 아래 표와 같다(이종태, 2018).