북한은 일본이 대북 에너지 지원의 불참으로 6자회담 합의사항을 위반하였다며 비난했고, 일본은 '선 북핵/납북자 문제해결, 후 관계정상화' 입장을 밝히며 한미일의 공조,협력체제를 유지하였다. 
북한은 2009년 9월 일본의 민주당 정부가 출범할 때 일본과의 관계 정상화를 기대하기도 했지만 일본의 하토야마 총리는 ‘선 북핵·납북자 문제 해결, 후 관계 정상화’라는 기존의 입장을 고수하였다. 북한은 일본이 납북 문제 미해결을 이유로 대북 에너지 지원에 불참함으로써 6자회담 합의사항을 위반하였다며 일본에 6자회담 참가 자격이 없다고 비난하였다. 2010년 6월 간 정부 출범 이후에도 일·북 간 대립은 지속되고, 북한에 의해 2010년 천안함 폭침과 연평도 포격 도발로 인해 한반도에 긴장이 조성됨으로써 일본의 대북 정책 기조는 더욱 강경해졌다. 또한 2011년 8월 노다 정부 출범 이후 일본은 미·일 동맹을 강조하며 남북대화, 미·북 회담, 6자회담 등과 관련해 한·미·일의 긴밀한 공조와 협력체제를 유지하였다.