인적 자원 개발 사업은 결과물로 성과 여부를 판별할 수 있는 연구 개발 사업과 뚜렷한 차이가 있다. 하지만 최근의 경향은 혼용되어 나타나고 있고 필요에 따라 자의적으로 분류되기도 한다.
R&D와 HRD의 특성을 모두 갖는 대학R&D는 인력을 교육한다는 관점에서 과학기술활동에 속하며 R&D 사업의 범주에 해당할 수 있으나, R&D 및 인력양성 사업간 성격에서 뚜렷한 차이가 존재한다. 연구개발 사업은 대개 논문, 특허, 기술이전수입 등의 성과를 요구하며 중복투자의 논란에서 자유롭지 못하다. 인력양성 사업은 새로운 결과 창출에 대한 뚜렷한 요구가 없으며, 중복투자 논란으로부터 상대적으로 자유로이 여러 대학이 동시에 수행하며, 이로 인해 인력양성 사업 간의 유사중복 사례가 다수 발생하나 R&D사업에 비해 논의가 부족한 측면이 있다. 다만 최근에는 인력양성 사업에서도 사업의 예산이 투입된 인력 배출과 같은 사업이 추구하는 목적에 적합한 성과가 아닌, 논문, 특허 등을 사업의 성과 지표로 설정하는 경우가 빈번하게 발생하고 있다. 이로 인해 연구개발과 인력양성의 성격을 모두 갖는 사업의 경우, 실제로는 특성상 큰 차이가 없음에도 불구하고 수행 부처 혹은 필요에 따라 연구개발 사업 혹은 인력양성사업으로 자의적인 분류가 이루어지는 경우가 존재한다.