대안교육의 자율성을 보장하면서 교육 공공성을 유지하려면 자율권 남용 여부를 정기적으로 감사하고 필요하다면 폐쇄, 인가취소, 지원금 환수 등의 강력한 조치를 취하여야 한다.
두 번째로 따라서 대안교육의 인정과 지원을 통해 다양성과 선택권을 보장하되 교육적 공공성을 어떻게 유지하도록 정책을 마련할 것인가의 어려움이다. 우선 공공성의 차원에서는 상대적으로 대안교육의 역사가 긴 서구의 제도가 눈에 띈다. 최대한 자율권을 보장하되 그 자율권을 남용하거나 왜곡하고 있지는 않은지 정기적으로 감사하고 필요한 경우 폐쇄나 인가취소, 지원금 환수 등의 조치를 강력하게 수행한다. 영국의 경우 사립학교장학기구인 ISI가 대안학교의 철학과 실천에 대해 충분히 이해하고 그 가치가 교육의 공공성과 어떻게 조화를 이루고 있는지 살핀다. 덴마크에서도 특정 스포츠를 가르치는 학교나 특정 종교에 기반한 학교가 공공성을 잃어버리고 교육과정의 균형감을 놓치게 되면서 설립이 취소된 사례가 있다.