유럽공동체는 역내 무역교류 촉진을 위한 기구이나 역외국가에 차별대우를 하고 무역량을 축소시켰다는 비난을 받았다. 미국의 자유무역협정도 같은 성격의 사례이다. 우루과이라운드 협상과정에서 다수의 국가들은 지역협정의 적법성을 판단하는 위원회의 설립을 주장했으나 지역협정 참여국은 이를 반대했다. 결국 독립된 감독기관의 설립은 무산됐으나 WTO 설립 이후 지역무역협정위원회가 설치되고 검토작업을 진행해왔다.
가장 많은 비난의 대상이 되었던 지역협력기구는 유럽공동체였다. EC는 역내 무역교류 촉진을 위해 만들어진 것이지만 많은 나라들은 EC가 역외국들에 차별대우를 하고 있으며 무역량을 늘리기보다는 축소시키는 역할을 해왔다고 주장하였다. 유럽공동체 뿐 아니라 미국이 1990년대 초반 이스라엘 또는 캐나다와 체결한 자유무역협정도 같은 성격의 사례로 볼 수 있다. 미국과 이스라엘, 미국과 캐나다 사이에는 관세, 비관세장벽을 점차 축소하여 무역이 더욱 자유로워지게 되지만 협정에 가입하지 않은 나라들에게는 이것이 또 다른 무역 장벽이 되었다. 1947년 GATT XXIV조가 가지고 있는 문제점들로 인해 우루과이라운드 협상과정에서 다수국가들은 XXIV조에 근거하여 체결된 지역협정의 적법성을 다루기 위한 위원회를 설립하여 이 위원회가 협정의 전반적인 경제효과와 무역효과를 정기적으로 검토하도록 해야 한다고 제안하였다. 그러나 지역협정에 실제 참여하고 있는 나라들은 무역정책검토제도(TPRM: Trade Policy Review Mechanism)를 통해서도 그와 동일한 효과를 거둘 수 있으므로 위원회의 설립은 불필요하다고 반대했다. 결국 이러한 논란 끝에 독립된 감독기관의 설립은 무산되었다. 그러나 WTO 설립 이후. 1996년 2월 일반이사회 산하에 지역무역협정위원회(Committee on Regional Trade Agreements: CRTA)가 설치되었으며, 1998년부터 본격적으로 지역통상협정에 대한 검토작업을 진행해 왔다.