2014년 수입 유기농 카놀라유 제품에서 GMO가 발견되어 GMO 표시에 대한 의견이 거세졌다. 국내 「유전자변형식품 등의 표시 기준」에서는 유전자변형 식품 중 제조·가공 후에도 그 성분이 남아있는 경우에만 GMO 표시를 하도록 하고 있다. 이에 따라 식용유는 GMO 표시를 하지 않아도 되는데, 한국소비자원은 소비자의 알권리를 위해 표시 대상의 범위를 넓혀야 한다고 주장한다. 그러나 식품의약품안전처에는 그 기준을 완화시켰다.
한국소비자원은 2014년 3월 5일 수입 유기농 카놀라유 1개 제품이 GMO(Genetically Modified Organisms) 농산물 원료를 사용한 것으로 추정된다고 밝혔다. 이로 인해 국내 GMO 표시 제도에 대한 논란이 가중되고 있다. 우리나라의 유전자변형식품에 대한 표시는 「식품위생법」 및 이에 따라 제정된 「유전자변형식품 등의 표시 기준」(식품의약품안전처고시 제2014-114호)에서 정하고 있는데, 「유전자변형식품 등의 표시 기준」은 유전자변형식품의 표시 대상을 식품용으로 승인된 “유전자 변형 농수산물과 유전자변형생물체” 및 이를 주요 원재료로 한 가지 이상 사용하여 제조·가공한 식품 또는 식품첨가물 중 제조·가공 후에도 “유전자 변형 DNA 또는 유전자 변형 단백질이 남아 있는 식품 또는 식품첨가물”로 한정하고 있다. 지방이 99%인 식용유의 경우에는 유전자 변형 단백질이 남아 있는 경우가 아니라서 유전자변형식품 표시 대상에서 제외된다. 따라서 소비자는 해당 식용유가 유전자 변형작물을 사용한 것인지 알 수 있는 방법이 없기 때문에 유전자변형식품 표시 대상을 확대해야 한다는 것이 한국소비자원의 입장이다. 이러한 소비자단체의 요구에도 불구하고 식품의약품안전처는 2014년 4월 29일 유전자변형식품에 대한 표시 규제를 오히려 완화하는 「유전자변형식품 등의 표시 기준」을 제정하고 시행에 들어갔다. 유전자 변형작물은 1994년 미국 칼진(Calgen)사가 최초로 유전자 변형작물 상업화에 성공한 이후 급속도로 세계 농작물 시장을 점령해가고 있으나, 유전자 변형작물 규제에 대한 찬반 논란은 여전히 계속되고 있다.