탄력근로제는 사업장내 노동시간에 관한 노동조건의 기준을 변경하는 것이라서 집단적 합의가 본질적이므로 '근로자대표'에 대한 명확한 규정이 있어야 함을 지적한다. 그런데 '근로자대표'에 대한 규정이 탄력근로제에만 국한된 것이 아니라 근로기준법을 포함한 많은 현행법상 기술되어 있으므로 개념 정리가 필요하다.
한편, 이번 합의안 도출 과정을 통해 향후 논의하고 해결해야 할 과제도 함께 생성되었다.논의 과정에서 노동계가 가장 주목하고 중시한 점은 미조직영세사업장에 대한 고려였다. 그런 점에서 ‘근로자대표’와의 집단적 합의에 관한 전제는 필수적인 요소였다. 탄력근로제는, 개별 노동자와의 합의를 통해 이루어지는 ‘연장노동’과 달리, 사업장내 노동시간에 관한 ‘노동조건의 기준’을 변경하는 것으로써 집단적 합의가 본질적이기 때문이다. 따라서 ‘근로자대표’의 성격에 대한 규정은 제도 전반에서 중요한 요소를 차지하게 된다. 이런 까닭에 이번 합의 내용에 대한 비판적 관점에서는 ‘근로자대표’에 대한 명확한 규정이 없다는 점을 지적하고도 있다. 문제는 ‘근로자대표’에 대한 규정이 탄력근로제에만 국한된 사항이 아니라는 점이다. 근로기준법뿐만 아니라 산업안전보건법, 파견법, 근로자퇴직급여보장법, 고용정책기본법, 고령자고용촉진법 등 많은 현행법상 ‘근로자대표’가 기술되어 있다. 따라서 현행법 전반에서 기술하고 있는 ‘근로자대표’의 개념정리와 구체적인 요소(선발방식, 권한, 임기 등)를 규정하기 위한 논의는 앞으로의 과제이다.