많은 전문가들은 개인정보 보호 측면에서 주민등록번호 제도를 가장 큰 문제로 지적하고 한다. 개인정보보호법에 의해 주민등록번호의 수집을 제한하고 있지만 국가인권위원회가 이미 권고한 바와 같이 주민등록번호 체재 자체의 개혁이 필요하다.
전문가 설문조사에서 많은 전문가가 지적하고 있다시피, 국내 개인정보 보호에 있어 가장 큰 취약점 중 하나는 주민등록번호 제도이다. 어느 나라나 국민식별번호는 존재하지만, 주민등록번호의 경우 번호체계에 개인정보를 포함하고 있어 그 자체로 개인정보노출의 위험성이 있고 특정 개인의 주민등록번호 추정이 용이하다는 점, 주민등록번호가 범용적으로 수집, 활용되면서 서로 다른 개인정보를 연결하는 연계키로 기능하고 있다는 점, 이미 대다수 국민들의 주민등록번호가 유출된 상황이라는 점 등이 문제로 지적되고 있다. 이미 2014년 5월 26일, 국가인권위원회가 권고한 바와 같이 주민등록번호의 번호체계를 변경하고, 주민등록번호의 수집을 제한하여 서로 다른 영역에서는 수집 목적별로 다른 번호를 사용하는 등의 개혁이 필요하다. 이미 개인정보보호법에서는 법령에 규정되어 있지 않은 경우 주민등록번호의 수집을 규정하고 있지만, 주민등록법 개정을 통해 주민등록번호 체제의 개편이 이루어져야 한다.