보건복지부 등에 따르면 국민연금관리공단은 법에 따라 기재부에 공공자금관리기금 명목으로 약 45조원을 위탁하고 민간과 기금의 예상수익간 차익을 이차보전해 받기로 하였으나 전혀 받지 못하고 있다.
보건복지가족부(현 보건복지부)와 국민연금공단 등에 따르면 국민연금관리공단은 도입 첫해인 1988년부터 2000년까지 공공자금관리기금법에 따라 재정경제부(현 기획재정부)에 공공자금관리기금 명목으로 45조 6,371억원을 위탁했는데, 공공자금관리기금 예탁 및 재예탁조건 결정기준 개정으로 국민연금기금 등 각 기금을 민간시장 에서 운용했을 때 얻을 수익(주식 제외)과 공공관리기금에 예탁할 때의 수익 간 차익을 이차보전해 받기로 했다. 공단이 기획재정부로부터 받아야 할 이차보전액은 2조 6,776억원에 달해 연금 재정을 건전하게 하는데 상당한 도움이 될 것으로 기대되지만, 국민연금공단은 기획재정부로부터 이차보전(민간부문 운용수익률 - 정부예탁 수익률 차이)을 전혀 받지 못하고 있다고 한다.