 기존연구들은 완전경쟁모형을 사용한 결과 FTA 체결의 경제적 효과를 과소추정하게 되고 자본축적의 효과가 제대로 고려되지 않았다. 본 연구에서는 기존 연구의 미비점을 보완하고자 농업관세, 비관세장벽의 관세상당치 등에 대해 분석하여, 연구결과를 본 연구에 사용하였다.
 또한 모형설정에 대한 문제도 제기될 수 있는바, 기존연구들은 완전경쟁모형을 사용하고 있다. 그러나 완전경쟁모형은 규모의 경제, 경쟁촉진 등의 효과를 반영하지 못하며, 그 결과 FTA 체결의 경제적 효과를 과소추정하게 된다. 특히 한/일 양국의 주력산업이 규모의 경제가 높게 나타날 수 있는 산업들로 구성되어 있어, 규모의 경제가 가져다 줄 효과에 대한 관심이 높다. 한편, 기존 연구에서는 저축률과 자본량이 외생화됨으로써 자본축적의 효과가 제대로 고려되지 않았다.
 이러한 여러 가지 이유로 한/일간 FTA 체결의 경제적 효과는 방향성에 관계없이 미미할 것으로 제시되었다. 본 연구에서는 기존 연구들의 문제점을 보완하고자 한다. 즉, 기존 연구에서 분석이 미비했던 농업관세, 서비스교역장벽, 비관세장벽의 관세상당치 등에 대해 분석하고, 이러한 연구결과를 본 연구에 사용하였다. 또한 규모의 경제 및 자본축적효과 등에 대한 모형구조와 한국의 경제적 특성이 반영된 모형설정에 대해서는 각각 제V장 1절과 2절에서 설명하고 있다.