변호사대리와 변리사대리의 보수는 다르다. 변리사의 경우 민사소송법 제109조의 규정을 준용하며, 심판과 소송 비용산입원칙이 다르다. 특허법은 "변리사"비용의 심판비용 산입에 대해 기준을 특허청고시를 통해 위임하고 있다.
변호사대리와 변리사대리의 보수를 비교해 보면, 소송을 대리한 변리사의 보수에 관하여는 민사소송법 제109조의 규정을 준용하며, 심판에서와 소송에서의 변리사 보수 비용산입 원칙이 다르다. 특허심판사건을 변리사 등록을 한 변호사가 대리하는 경우에는 그 보수의 비용산입에 관하여 더욱 해결 곤란한 문제가 생길 수 있다. 특허법은 “변리사” 비용의 심판비용 산입에 대하여 그 기준을 특허청 고시를 통해 정하도록 위임하고 있는데, 그 적법성 및 효력에 의문의 여지가 있다. 민사소송법 제109조의 적용을 배제한다는 명문의 규정도 없는 만큼, 이때에 변리사의 자격으로 심판을 특허심판을 대리한 “변호사”가 “법규”인 변호사보수의소송비용산입에관한규칙에 따른 보수의 비용산입을 주장하는 경우 그 기준이 특허심판에도 적용될 수 있을 것인지 여부가 분명하지 않게 된다.