현재 NCS 학습모듈은 학습자의 능력단위의 수준에 따라 내용의 수준을 결정하고, 그 일차적인 대상자를 학습자로 간주할 수 있다. 그럼에도 NCS의 특정 모듈의 대상자에 관한 질문이 지속되고 있는데, 이는 문제의 수준이 전반적으로 높고 세분류 간 일관성이 낮다는 문제에서 기인한다. 따라서 교육과정이나 자격 상 특정 능력단위를 바르게 활용하여 적절한 학습자료를 구성해야 할 것이다.
셋째, NCS 학습모듈에 대한 많은 질문 가운데 하나가 특정 모듈이 누구를 대상으로 하는 것인지에 대한 질문이다. 예를 들어 학습자를 대상으로 하는 것인지, 아니면 교수자를 대상으로 하는 것인지, 또는 학습자라면 고교생, 대학생, 재직자 등의 대상자 가운데 누구를 대상으로 하는 것인가에 대한 질문도 종종 제기되는 것이다. 현재의 개념하에서 NCS 학습모듈은 NCS 능력단위별로 개발되고, NCS 능력단위는 자체 방식을 통해 8단계로 수준이 부여된다. 따라서 NCS 학습모듈의 수준도 해당 능력단위의 수준이 무엇인가에 의해 결정되며, 해당 학습모듈이 어느 학교급을 대상으로 하는가의 문제는 해당 능력단위가 어떠한 수준의 자격구조나 교육과정으로 포함되는가에 따라 결정되는 것이다. 또한, 교수·학습 자료의 성격을 갖고 있기 때문에 NCS 학습모듈의 일차적인 대상자는 학습자라는 설명도 가능하다. 이러한 개념과 설명에도 불구하고 특정 학습모듈의 대상자에 대한 질문이 계속되는 데에는 여러 가지 이유가 있겠지만, 능력단위별로 부여되는 수준에 대한 문제제기를 포함하고 있다는 점에 주목할 필요는 있다. NCS 능력단위별 수준에 관한 문제는 전반적으로 수준이 높게 설정되어 있을 뿐만 아니라, 세분류 간 일관성도 낮다는 점으로 요약할 수 있다. 이러한 NCS 능력단위별 수준에 관한 문제제기는 개선될 여지가 높지만 NCS 개발과정에 부여된 능력단위별 수준이 완전하지 않은 상황이라고 한다면, 이를 학습모듈 개발에 어떻게 반영해야 하는지에 대한 다각적인 검토를 요구한다. 특히 특정 수준의 학습모듈이여러 학교급에 적용될 수 있다는 가정은 학습모듈 개발자들에게 혼란을 가져다 줄 수도 있다. 따라서 해당 능력단위가 교육과정이나 자격에서 어떻게 활용될 것인지를 토대로 적절한 학습자료를 구성하는 방안을 마련할 필요가 있다.