검사의 직접 수사 권한이 1990년대 초반소위 ‘범죄와의 전쟁’을 기점으로 점차 확대되면서 수사성과를 위한 무리한 수사, 정치권의 영향을 받는 편향된 수사 등의 문제가 생겼고, 검찰 본연의 사무에 소홀하다는 비판이 제기되었다. 이에 개정 검찰청법은 검사의 직접수사 범위를 제한해 권한 남용의 소지를 최소화하고, 수사기관에 대한 국민의 신뢰를 회복할 수 있도록 하였다.
현행 형사소송법 및 「검사의 사법경찰관리에 대한 수사지휘 및 사법경찰관리의 수사준칙에 관한 규정」에서 검사의 직접수사에 관한 권한을 살펴보면, 검사는 수사의 주재자로서 직접 수사를 할 수 있는 권한을 갖고 있고, 이에 따라 검찰수사관 등 검찰 자체 수사인력을 활용하여 피의자신문 등 임의수사 및 체포・구속, 압수・수색 등 강제수사를 직접 수행하고 있으며, 사법경찰관이 수사를 진행하고 있는 사건도 검사가 필요하다고 인정하는 경우 수사중단을 명령하면서 송치하도록 지휘함으로써 직접 수사할 수 있다. 대부분의 형사사건은 사법경찰관에 의한 직접수사 및 송치 전・후에 검사의 수사지휘의 형태로 이루어지지만, 여론의 관심이 집중된 일부 사건 은 검사가 직접수사하는 관행이 오랫동안 유지되어 왔다. 그런데 검사에 의한 직접 수사가 차지하는 비중이 1990년 초반 소위 ‘범죄와의 전쟁’을 기점으로 점차 확대되어 가면서 수사성과를 위한 무리한 수사, 정치권의 영향을 받는 편향된 수사 등의 문제가 심각하게 대두되었고, 이와 동시에 검찰 본연의 사무라고 할 수 있는 사법경찰관에 대한 수사지휘 및 기소권 행사에 소홀하다는 비판이 강하게 제기되었다. 이에 대처하기 위하여 개정 검찰청법은 검사의 직접수사 범위를 제한함으로써 수사권과 기소권을 모두 가지고 있는 검찰의 권한을 축소하여 권한 남용의 소지를 최소화 하고, 경찰과 검찰이 상호 견제하여 수사기관에 대한 국민의 신뢰를 회복할 수 있도록 하였다.