자유학기제는 몇 가지 보완이 필요한데, 자유학기제 추진단이나 자문위원회가 형식적으로 이뤄졌고 부처 간 연계･협력이 구체화되지 않았으며 여전히 교육부 주도로 사업이 추진 된다.
자유학기제는 지역사회 학습생태계 구축을 위한 모형을 제시하고 있지만 몇 가지 측면에서 보완이 필요해 보인다. 우선 중앙 단위에서 구성된 자유학기제 추진단이나 자문위원회는 형식적으로 이루어진 측면이 있으며 실질적으로 부처 간의 연계･협력이 구체화되고 있지 않으며 여전히 교육부 주도로 사업이 추진 중에 있다. 교육부의 공교육진흥과에서는 교육부와 중앙부처 간의 실무협의회를 구성하기 위해 2013년 11월 미래창조과학부, 문화 체육관광부, 산업통상자원부, 고용노동부, 여성가족부 등 5개 중앙부처가 참여하는 실무 회의를 개최하였지만 이에 대한 법적 근거나 제도적 장치가 마련되어 있지 않은 한계가 존재한다.