보조형 사업의 중복성 확인은 주로 목적,내용,대상 측면의 중복성의 정도를 비교하는 것이다. 중복성 분석의 핵심은 세부항목을 어떻게 객관적이고 체계적으로 분류할 것인가에 있으며, 해당 분야의 특수성이 반영된다. 협약형 사업의 중복성확인은 많은 전문지식이 필요하다. 과제 협약 전 과제 유사성 검토는 의무화이다.
보조형 사업에서 중복성 확인은 주로 사업목적, 사업내용, 사업대상 측면에서 중복성의 정도를 비교하는 것이다. 목적 유사성은 각 사업들이 제시하는 목적 비교를 통해 확인할 수 있다. 내용 중복성은 통상 특정한 기준에 따라 사업내용을 구성하는 세부항목을 분류한 후 각 사업에 포함된 세부항목이 서로 어느 정도 중복되고 있는지를 확인한다. 내용 중복성 분석에서 핵심은 세부항목을 어느 정도 수준에서 어떻게 객관적이고 체계적으로 분류할 것인가에 있으며, 이는 해당 분야의 특수성이 충분히 반영되어야 할 사항이다. 협약형 사업의 중복성 확인은 사업단위는 보조형, 과제단위는 계약형 사업과 유사하다. 사업 간 유사성은 사업목적, 사업내용, 수행주체 등을 비교하며, 과제단위의 유사성은 연구개발 분야, 단계, 수행방식 등을 비교하는데, 여기에는 특히 많은 전문지식이 소요된다. 과제단위에서 가능한 또 한 가지 중복은 동일한 연구진에 의한 복수의 과제 수행이다. 정부는 국가연구개발 과제 기획 및 선정 시 동일․유사한 연구과제를 각 부처에 중복 제안하여 지원받는 사례를 방지하기 위해 과제단위의 유사분석시스템을 국가과학기술지식정보서비스(NTIS)에서 운영하고 있는데, 과제 협약 전 NTIS를 통한 과제 유사성 검토는 의무화되어 있다.