현행 영장제도의 문제점은 검사에게 수사지휘권이 일임되어 실제 현장에서 형사사건을 수사하는 경찰들이 많은 제약들이 생기고 결국 수사 불가능한 상태가 된다.
검사가 영장청구를 전담하는 현행 영장제도에 비판적인 입장들이61) 주장하는 동 제도의 문제점 중에는 검사에게 수사지휘권이 부여되어 있더라도 대부분의 형사사건을 경찰이 수사하고 있는 현실에서 신병확보, 압수･수색 등 강제수사의 필요성에 대한 판단을 수사이선(二線?)에서 지휘하는 검사에게만 일임하는 것은 납득이 되지 않는다는 논거가 있다. 또한 경찰이 필요하다고 신청한 영장을 검사가 수용하지 않는 경우 수사에 상당한 제약이 따르고, 경찰의 강제수사에 대한 검사의 부당한 간섭 및 통제권 행사로 인하여 종국에는 중대 범죄를 불기소처분으로 검찰에 송치할 수밖에 없는 등, 수사를 불가능하게 한다는 것이다. 현실적으로 수사의 제약이 된다는 것이고, 검찰의제 식구 감싸기, 힘 있는 변호사에 대한 배려, 피의자가 누구인가에 따라 달라지는 검사의 판단 기준 등 여러 경험적 사실이 이를 말해준다는 것이다.