성과감사 절차는 기획-실시-보고-사후관리이다. 각 단계에서는 감사대상의 확인과 계획 수립, 판단기준 확인과 개선대안 제시, 결과를 관계기관에 제공, 감사결과 이행 확인이 이루어진다.
한편, 성과감사 절차는 일반적인 감사의 절차와 같이 크게 기획(planning)-실시(conducting)-보고(reporting)-사후관리(follow-up)의 순환적 과정을 따른다. 기획단계는 감사대상에 대한 확인(범위, 영역 등)과 감사계획을 수립하는 단계이며, 실시단계는 경제성․능률성․효과성 등의 판단기준과 사실(fact) 간의 불합치(non-compliance) 여부를 확인하고 결론을 도출하여 개선대안을 제시하는 단계이다. 보고단계는 감사 후 도출된 결과 또는 정보를 감사대상기관을 포함한 관계기관 등에 제공하는 단계이며, 사후관리단계는 감사결과의 이행 여부를 확인하는 단계이다(OAGN, 2005: 13-14).