지방교육재정배분의 핵심인 지방교육재정교부금의 배분은 1990년까지는 항목별 배분형태였다. 1991년 총액배분방식, 2001년 경비별 소요액산정방식을 지나 2004년 보통교부금, 2005년 지방교육재정교부금으로 통합교부 됐다.
지방교육재정배분의 핵심은 지방교육재정교부금의 배분에 있을 것이다. 앞서 1990년 까지 지방교육재정교부금은 항목별 배분형태를 유지해왔으나, 교부금 배분과정이 복잡하고 업무가 가중할 뿐만 아니라 지방교육의 자율성을 훼손하는 문제점으로 지적되어 온 바, 1991년 교육비차이도계수를 기준으로 총액배분 방식으로 전환되었다. 하지만 교육비 차이도계수에 따라 산출된 ‘가중학생 수’라는 단일 기준을 통해 기준재정수요액을 산정하는 방식은 지역별 교육여건의 차이를 조정하는데 한계가 있었으며, 이에 2001년부터 경비별 소요액산정방식으로 전환하여 기준재정수요액을 경상수요와 사업수요로 구분하게 된다. 결국 2004년에는 봉급교부금을 보통교부금으로 통합하고, 나아가 2005년에는 지방교육양여금이 폐지되고 국세분 교육세가 전액 지방교육재정교부금에 통합 교부되었다.