학교별 성취수준에 영향을 미치는 교장 및 학교 특성을 통제하기 위해 배경변인과 과정변인으로 구성하였다.  공모교장 여부와 경력을 포함하였고, 물리적 학교특성을 포함하여 남녀공학, 대도시와 소도시, 기초생활수급학생 비율을 포함하였다.
2011년부터 2013년까지 3년 동안의 학교별 성취수준 비율 변화에 영향을 미치는 교장 및 학교특성을 통제하기 위해 2013년 학교설문 자료를 토대로 다음과 같은 통제변수들을 구성하였다. 통제변수는 크게 배경변인과 과정변인으로 구분하여 구성하였다. 먼저, 교장특성 배경변인에는 공모교장 여부와 전문직 경력 등을 포함하였다. 교장공모 여부는 교장공모 학교는 1, 일반학교는 0의 값을 부여하여 코딩하였으며, 장학사 등의 교육전문직 경력은 재직년수를 사용하였다. 학교특성 배경변인에는 학교성별, 학교소재지, 기초생활수급자 비율 등의 물리적 학교특성을 포함하였다. 학교성별은 남녀공학인 학교를 준거변수로 하여 남학교와 여학교에 각각 1의 값을 부여하였으며, 학교소재지역은 읍면지역을 준거변수로 하고 대도시와 중소도시에 각각 1의 값을 부여하여 코딩하였다. 기초생활수급학생비율은 3학년 학생 중 기초생활수급대상 학생 비율(%)을 사용하였다.