내부고발자의 신원은 보장되어야 하지만 부패방지법과 공익신고자보호법은 신고자의 기명과 위반행위의 증거 제출이 필수다. 내부고발자를 차별하더라도 과태료처분 정도만 할 수 있을 뿐이니, 내부고발에 대한 보복 우려를 방지하기 위해서는 신고자 신원과 신고사실을 분리 제출하고, 이후 가명으로 처리해 국민권익위원회 외 다른 기관에 도출되지 않도록 하는 시행령 등을 마련해야 한다.
그런데 기금의 불법운용이나 재정손실은 사업이 방만하게 운영되는 경우를 제외하고는 내부자나 공범이 아니면 인지하기 쉽지 않은 사안이고, 내부고발자를 보호하기 위해서는 내부고발자 신원의 비밀이 반드시 보장되어야 하며, 이것이 핵심이다.182) 하지만 부패방지법과 공익신고자보호법은 반드시 신고자의 인적사항을 기재한 기명 문서로써 신고하도록 하는 한편, 위반행위의 증거까지도 함께 제시하도록 하고 있다 (부패방지법 제58조 및 공익신고자보호법 제8조 제2항). 애초에 내부고발자의 신원 비밀이 보장되기 어려운 구조이고, 부패행위 신고의 경우 내부고발자에 대하여 신분 상 불이익이나 근무조건상의 차별을 하더라도 과태료처분 정도만을 할 수 있을 뿐이 고(부패방지법 제91조 제1항 제1호), 국민권익위원회의 조치요구를 이행하지 않은 경우에 한하여 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금에 처할 수 있게 된다(동법 제90조 제1항). 따라서 내부고발의 경우와 신고자에 대한 보복이 우려되는 경우에는 신고서를 작성할 때에 신고자의 인적 사항과 신고사실을 분리하여 제출하게 하고, 이후의 절차에서 신고자의 신원을 가명(假名)으로 처리하게 함으로써 신고자의 신원 이 국민권익위원회 외의 이첩기관 등에 도출되지 않도록 시행령 등에 표준서식을 미리 마련할 필요가 있다고 할 것이다. 간단한 차이로 보이지만, 그 효과만은 간단하지 않을 것이다.