노무현 정부는 남북관계를 화해·협력 모색기, 진전기, 정착기로 평가했다. 첫 남북정상회담 이후의 교류협력을 진전과 정착으로 봤으나 2006년 북한의 핵실험으로 비판에 직면했다. 대북지원이 지속되어 '퍼주기' 논란이 대두되었고, 남북관계의 목표를 달성하지 못했다. 
노무현 정부는 남북관계를 화해·협력 모색기(1998～99) → 화해·협력 진전기(2000~04) → 화해·협력 정착기(2005～)로 평가하였다. 첫 남북정상회담 이후 증대된 교류협력 상황을 화해·협력의 진전과 정착으로 보았다. 그러나 북한이 2006년 9월 핵실험을 단행함으로써 노무현 정부의 정책은 커다란 비판에 직면하였다. 북한의 핵실험 직후 노 대통령이 “포용정책에 효용성이 더 있다고 주장하기도 어렵지 않겠는가.”라는 입장을 보이기도 하였으나, 대북지원을 통한 남북관계 개선 우선 정책이 변경되지 않았다. 이러한 배경에는 ‘북한 이해하기’의 인식이 전제되어 있었다. 따라서 북한에 대해 많은 물질적 지원과 협력을 제공하였다. 결국 북한에 대한 식량과 비료 지원에 대해 한국 사회에서 ‘퍼주기’ 논란이 대두되었다. 결국 상호 신뢰 우선과 호혜주의에 입각한 실질적 협력 증진, 군사적 신뢰 구축 실현을 통한 한반도 평화증진 등의 목표를 달성하지 못했다. 북한의 핵실험으로 북핵문제의 평화적 해결에도 실패하였다.