사업 진행의 변동성이 큰 문화재보수의 특수성으로 인해 집행이 부진한 경우 실집행률 개선에 한계가 있다. 따라서 보편적 이유로 집행이 부진한 사업 위주로 실집행률 개선 방안을 논의해야 한다.
문화재보수의 특수성으로 인해 집행이 부진한 사업은 문화재를 보수하기 위하여 기존 문화재를 해체하거나 주변을 발굴하면서 예상하지 못한 상황이 발생할 가능성이 높으며, 이러한 상황이 발생할 경우 원형보존이라는 원칙에 따라 사업지침 및 설계 변경이나 사업계획 등을 변경할 수밖에 없다. 또한 문화재 보수구역 내 민간의 재산이 있는 경우 원형보존을 위해 그 문화재가 존재하는 구역이 확보되어야하는데 민간이 일부를 소유하고 있는 경우 재산권 관련 협의 지연이 발생할 수 있다. 이러한 이유로 문화재보수의 특수성으로 인해 집행이 부진한 사업에 대해 실집 행률을 개선하는 것은 어느 정도 한계가 있다. 따라서 문화재보수정비사업의 실집행률을 개선하기 위해서는 일반적인 원인으로 인해 집행이 부진한 사업을 중심으로 개선방안을 모색할 필요가 있다.