 중국은 전역미사일방어 체제구축에 일본과 대만이 참여하는 것을 우려한다. 이는 전역미사일방어 체제가 완성되면 중국의 미사일공격 능력이 무력화되고 대만의 독립경향을 강화시킬 수 있으며 강대국의 간의 세력균형을 무너트려 군비경쟁을 촉발시킬 수도 있기 때문이다. 중일관계에서 대만문제는 민감한 문제다. 또한 양국 간의 댜오위다오와 센가쿠열도, 동중국해 유전개발을 둘러싼 해상영토 분쟁은 매우 심각하다.
 중국은 미국주도하에 진행되는 전역미사일방어(TMD) 체제구축에 일본이 참여하는 것에 대해서도 우려한다. 이것이 완성된다면 중국의 미사일공격 능력은 상당히 무력화될 것이다. 중국이 특히 우려하는 점은, 대만이 여기에 참여함으로써 대만에 대한 중국의 군사억제력이 약화되고, 이것이 대만의 독립경향을 강화시킬 수 있다는 점이다. 그밖에도 미일의 미사일방어체제 구축은 아/태지역에서 강대국 사이의 세력균형을 무너트려 군비경쟁을 촉발시킬 위험도 있다. 일본은 여기에 참여함으로써 군사장비 수준과 자위대 작전능력을 향상시키고, 중국/북한/러시아의 위협으로부터 안전을 확보하려고 한다.
 대만문제도 중일관계에서 매우 민감한 문제 중의 하나이다. 대만문제는 주권 및 영토와 관련된 것으로, 중국은 외국의 어떠한 간섭에 대해서도 단호히 대처한다는 방침을 갖고 있다. 1972년 중일 국교정상화 이후 일본은 비교적 충실히 ‘하나의 중국원칙’을 지켜왔다. 그런데 1990년대 들어 대만에서 민주화가 진행되고 중국의 군사력이 급속히 증강되면서 일본은 대만에 대해 우호적 모습을 보이기 시작했다. 예를 들어, 1993년에는 1972년 이후 최초로 대만 장관급 관료의 일본방문을 허용했고, 동경 APEC 회의에 대만 경제관련 장관을 초청했다. 물론 일본 내 주류견해는 중국과의 안정적 관계유지가 대만독립 지지보다 전략적으로 이익이 크다는 것이다. 중국지도자들은 일본이 부상하는 중국을 견제하고 남중국해의 원유수송로를 확보하기 위해 다만 카드를 쓴다고 생각한다. 이밖에도 중국과 일본 사이에는 댜오위다오(조어도/센가쿠열도(첨각열도)와 동중국해 유전개발을 둘러싼 매우 심각한 해상영토 분쟁이 있다.