위원회 운영에 대한 부정적 판단이 컸다. 공익위원과 노사위원의 대립이 문제가 되었으며, 공익위원의 역할과 지위에 대한 기준을 사전에 논의하지 않았기 때문이다.
위원회 운영이 합리적이었는지에 대한 평가는 시각차이는 있지만 전체적으로 부정적인 판단이 컸다. 우선, 공익위원의 지위와 역할에 대해 공유하는 인식이 없는 상태에서 공익위원이 노사위원과 심하게 대립하는 상황이 발생하였다는 점이 지적되었다. 이와 관련하여 공익위원은 노동계와 경영계 사이에서 중립과 균형적 입장을 견지하고 단순한 중재자 지위와 역할에 머물러야 한다는 입장이 있다. 반면에, 의제의 성격상 국내 노동법과 ILO기본협약 내용에 대한 충분한 사전 지식과 전문성이 더욱 중요하기 때문에 공익위원이 어느 정도 적극적으로 참여하는 것이 문제는 아니라는 주장이 있다. 다만, 문제는 공익위원의 역할과 지위에 대해서 위원들이 공유할 수 있는 기준을 사전에 논의하지 않은 것에 있다고 한다.