제대군인부는 보훈병원에서 이루어지는 외래환자 특진 예약에 대한 관리 감독이 미진한 것으로 밝혀졌다. 병원에서 제출한 자료를 바탕으로 판단한다는 제대군인부의 의견과 실상은 달랐던 것으로 나타났다.
2014년 9월 감사 자료에 의하면, 제대군인부는 특히 보훈병원에서 이루어지는 외래환자 특진 예약에 대한 관리 감독에 취약한 것으로 나타났다. 제대군인부는 병원에서 제출한 자료들을 토대로 병원에서 어떻게 외래환자 특진 예약을 잡는지를 검토하여 특진예약이 규정에 맞춰 이루어지는 지를 판단한다고 하였다. 예를 들어, 환자 진료결과 결장경 검사가 필요할 경우 90일 이내 해당 특진이 이루어져야 한다. 그러나, 병원 직원들은 필요한 처치가 이루어지지 않았음에도 불구하고 예약을 적절히 잡지 않았으며 이를 제대로 문서화 하지도 않은 것으로 나타났다. 그럼에도 불구하고 제대군인부는 병원들이 자체적으로 제출한 자료에 근거하여 업무가 적절히 이루어지고 있다고 판단하였다.