위임사무의 비율이 높은 것은 중앙정부의 통제 수단이 되며 일괄적 행정으로 지방자치의 공동화의 위험을 촉발할 수 있다. 또 기관위임사무는 사무의 분류가 안되고 경비부담의 규칙도 벗어나 갈등을 유발한 적 있다.
이와같이 지나치게 높은 위임사무의 비중은 자치사무의 범위가 매우 협소하다는 사실을 의미한다. 이것은 결국 지방자치단체를 중앙정부의 하급기관으로 전락시키고 중앙의 강력한 통제의 통로가 되며, 중앙과 지방과의 행정적 책임 소재를 불분명하게 하고, 주민통제를 불가능하게 만들며, 전국적인 획일행정으로 지방적 특수성과 배분적 형평을 희생시켜 종국에는 지방자치를 공동화(空洞化)시킬 위험성을 제기시킨다. 또한 기관위임사무는 원칙적으로 국가사무로서 국가가 전액 경비를 부담하여야 하고 국회의 관여를 받아야 하는것인데도 불구하고 사무의 구분이 어렵고 그 경비부담의 원칙도 제대로 이루어지고 있지 않기 때문에 국회와 지방의회의 관여범위를 확정하기가 어려운 경우가 발생하여 국정감사를 둘러싸고 갈등이 빚어진바 있다.