계좌보유은행과 이용기관은 고객수수료를 결정하며 은행간 수수료를 금융결제원 이사회에서 정한다. 이용요금은 전산위원회가 결정된다. 이용기관이 이용권 서비스 취득 시 중계수수료가 있다.
나. 은행수수료와 이용요금
이용기관 계좌보유은행이 정상처리건에 대하여 이용기관으로부터 징수하는 고객수수료는 계좌보유은행과 이용기관이 별도의 약정에 의해 자율울적으로 결정하며 계좌보유은행이 상대은행에 지급하는 은행 간 수수료는 금융결제원 이사회에서 정하도록 되어 있다.
이용요금은 자료처리 및 전송의 대가로 금융결제원이 참가은행으로부터 받는 일체의 요금을 말하며, 이에는 이용기관이 서비스 이용권 취득대가로 서비스 가입 시 납입하는 요금과 CMS공동이용업무 및 시스템의 사용실적에 따라 납부하는 요금인 중계수수료가 있다. 이용요금의 체계 및 수준은 금융결제원의 전산위원회에서 정한다.