법무부의 입법사업으로 유죄협상제도와 면책조건부 증언 취득 제도의 도입이 논란이 됐다. 이에 대해 학계에서는 수사편의적 발상이며 인권침해의 우려가 높다는 우려를 제기했다. 막강한 권한을 갖는 검찰에 새 권한이 추가되면 형사사법의 공정성과 객관성에 큰 위협이 될 수 있다는 것이다.
근래 법무부의 입법사업으로 검찰이 제기한 유죄협상제도와 면책조건부 증언 취득 제도의 도입이 논란된 바 있다. 학계에서의 주된 비판의 대상은 미국의 Plea Bargaining과 같은 유죄협상 제도였지만 동시에 면책조건부 증언취득제도에 대해서도 수사편의적 발상이며 인권침해의 우려가 높다는 우려가 제기되었다. 즉, 기소편의주의와 기소독점 구조하의 검사 제도로 막강한 권한을 갖고 있는 검찰에 그와 같은 새로운 권한까지 추가된다면 그 자의적 행사로 인한 기소재량 남용으로 형사사법의 공정성과 객관성에 큰 위협이 될 수 있다는 것이다. 또 현행법상으로도 수사과정에서 자백을 하거나 수사에 협조한 피의자에게 관대한 처분을 해 주는 사실상의 협상제도가 존재하고 있으며, 나아가 양형 기준제의 도입 현실에 따라 피고인(피의자)의 자백이 양형의 감경 요소로 되므로 별도의 제도 도입은 불필요하며, 면책조건부 진술제도가 도입될 경우 그 대상 범죄의 변론은 공판정이 아니라 밀폐된 수사기관에서의 협상으로 대체될 수 있어 국민의 재판받을 권리가 침해되거나 변호인 선임 여부에 따라 ‘유전무죄 무전유죄’의 피해가 생길 수 있다는 등의 비판이 제기되기도 했다.