부서간 협조에 대해 비협조적이라고 응답한 공무원을 대상으로한 그 원인으로는  ‘중요업무로 인정받지 못해서’,  ‘반드시 해야 하는 업무절차가 마련되어 있지 않아서’,  ‘고위직・기관장의 관심 부족’ 순으로 높게 나타났다.
부서간 협조에 대해 ‘거의 협조적이지 않음’과 ‘전혀 협조적이지 않음’이라고 응답한 공무원을 대상으로, 협조가 잘 이루어지지 않는 원인이 무엇이라고 생각하는지 8개의 응답항목을 제공하고 1, 2순위를 조사하였다. 1순위 비협조 원인을 보면 다음과 같다. 첫째, 법령 성별영향분석평가 담당부서와의 비협조 원인은 ‘중요업무로 인정받지 못해서’ 50%, ‘반드시 해야 하는 업무절차가 마련되어 있지 않아서’ 25%, ‘고위직・기관장의 관심 부족’ 12.5% 순으로 높게 나타났다. 여기서 ‘반드시 해야 하는 업무절차가 마련되어 있지 않아서’ 비협조적이라는 응답은 일부 지방자치단체 사례일 가능성이 높다. 왜냐하면 중앙행정기관은 2012년 말부터 의무절차가 마련되어 있으며, 법제처에 법령안 심사 요청 시 성별영향분석평가서를 첨부하도록 규정하고(여성가족부, 2016b: 42) 있기 때문이다.