다음으로 선정단계에선 제안요청서를 작성하고 이에 따라 공급자를 결정한다. 제안요청서에는 연구개발 목표와 요구를 명확히 해야 한다. 안 그러면 평가하기도 어렵고 계약 및 교섭 단계에서 문제도 생긴다.
둘째, 선정단계는 외부 연구개발 추진을 위해 제안요청서를 작성하고, 이에 근거하여 공급자를 평가하고 결정하는 단계이다. 제안요청서에는 준비단계에서 도출한 외부 연구개발 동기를 고려하여 외부 연구개발 목표와 요구사항을 명확히 기술해야 한다. 만약 제안요청서상에서 연구개발에 관한 항목들이 구체적으로 명시되어 있지 않다면, 외부 연구개발수행기관들의 제안서를 동일한 기준으로 평가하는데 어려움이 발생할 수 있다. 또한 향후 사업자로 선정하고 계약 및 교섭하는 단계에서 서로 다른 기준을 제시하여 외부 연구개발 관리에 문제가 생길 수 있다. 공급자 평가 시에도 명확한 평가기준을 통하여 공급자의 규모, 평판도, 사업영역에 대한 전문성의 확보여부 등을 고려해야 한다.