원자력 기금은 세부사업을 5개 가지고 있으며 사업들은 모두 적절하다고 인정을 받고 있다. 하지만 일부 사업은 목표를 하향하여 진행하고 있고 다른 기금 사업과 중복되는 경우가 있다. 그렇기에 독자적인 목표설정, 운영이 필요하다고 볼 수 있다.
본 기금은 원자력기술개발사업, 원자력연구기반확충사업, 원자력안전연구전문인력양성사업, 국제핵융합실험로공동개발사업, 원자력연구기획평가사업과 같은 5개 세부사업을 추진하고 있고, 모든 사업의 적정성은 인정된다. 다만, 원자력기술개발사업, 원자력연구기반확충사업, 원자력안전연구전문인력양성사업은 일부의 낮은 수준의 목표를 도전가능한 목표로 수정, 세부사업과 평가지표의 연계성 강화 등과 같은 개선 노력이 필요하다. 또한 산업통상자원부 주관 전력산업기반기금에서 추진하는 원자력핵심기술개발사업과 과학기술정보통신부 주관 원자력기금에서 추진하는 원자력연구개발사업, 산업통상자원부 전력산업기반기금의 인력양성사업과 과학기술정보통신부 원자력기금(원자력연구개발계정)의 인력양성사업 간 중복성 문제가 제기될 수 있기 때문에 부처별 고유 역할과 사업 추진목적에 따라 차별화하여 운영할 수 있도록 현재보다 더 적극적으로 노력할 것을 권고한다.