청소년 쉼터는 가정 밖 청소년들이 일정기간 보호받으며 상담, 주거, 학업 및 자립 등을 지원 받는 청소년 복지시설이다. 보호 기간에 따라 일시쉼터, 단기쉼터, 중장기쉼터로 나눌 수 있고, 세 가지 모두 학교 밖 청소년 지원 기관에 포함될 수 있다.
청소년 쉼터는 가출 청소년의 예방 및 지원을 위한 청소년 복지시설이다. 가정 밖 청소년들은 쉼터 내에서 일정기간 보호받으면서 상담ㆍ주거ㆍ학업ㆍ자립 등을 지원 받을 수 있다. 청소년 쉼터는 일시쉼터, 단기쉼터, 중장기쉼터로 나뉘는데 일시쉼터의 경우는 24시간~7일 이내의 일시보호, 단기쉼터는 3~9개월 이내의 단기보호, 중장기쉼터는 3년 이내의 중장기보호가 가능하다(여성가족부, 2015a). 특히 중장기쉼터의 경우는 사회복귀를 위한 자립지원을 핵심 기능으로 내세움으로써 학교 밖 청소년 지원과 보다 밀접한 관련이 있을 것으로 보이나 실질적으로 단기쉼터의 경우도 중장기쉼터와 기능면에서 중복되는 경우가 적지 않아(김지연, 정소연, 2014)중장기쉼터 뿐 아니라 단기쉼터 역시 학교 밖 청소년 지원 기관에 포함될 수 있다. 일시쉼터의 경우도 학교 밖 청소년들이 일정기간 거주 가능하다는 점에서 학교 밖 청소년 지원 기관에 포함될 수 있다.