처음 약물치료에 관한 법률이 나올 당시와 달리 법원 판결에 의해 약물치료가 부과되는 과정에서는 동의가 필요하지 않다.
위에서 간략히 살펴본 바와 같이 법원의 판결에 의해 성충동 약물치료가 부과되는 과정에서 피치료자의 동의는 전혀 필요하지 않다. 이는 성충동 약물치료법의 모태인 2008년 ‘상습적 아동 성폭력범의 예방 및 치료에 관한 법률안’(의안번호 제180877호)에서 화학적 거세를 청구하기 위해서는 반드시 대상자에게 치료의 내용이나 부작용 등을 설명하고 동의를 얻는 경우에만 가능하도록 했었는데, 심의과정을 거쳐 법원의 판결로 약물치료를 부과하도록 입법되면서 달라진 것이다. 또한 피고인과 달리 성충동 약물치료법 제22조에서는 검사가 성폭력범죄를 저지른 수형자에게 약물치료를 청구하기 위해서는 2번에 걸쳐 치료내용과 절차 등을 설명하고 동의를 얻는 절차를 거치도록 하고 있는 것과도 차이가 있다.