WTO 위원회에서 특정무역현안을 다루는 경우 요청회원국과 SPS통보국 간의 양자협의를 통해 SPS조치에 관련된 의견을 교환한 뒤 특정 조치의 철폐요청 혹은 특정무역현안 철회 등이 이루어진다. 
WTO회원국은 특정무역현안을 위원회 안건으로 상정하는 방법 이외에도, 협정 제12조 2항에서 예정하고 있듯이 위원회에서 ‘특정 SPS문제에 관한 회원국간의 특별협의 또는 협상(ad hoc consultation or negotiation)’을 통해 특정무역현안을 다룰 수 있다. 양자협의를 통해 요청회원국은 SPS 통보국과 문제된 SPS조치에 관한 정보와 의견을 교환하게 된다. 이 과정에서 요청 회원국은 SPS통보국에게 문제된 조치를 개정 또는 철폐할 것을 요청하기도 하고, SPS통보국 측의 설명을 들은 후 회원국 간에 특정무역현안의 해결에 충분한 진전이 이루어져 요청회원국이 해당 조치에 대해 더 이상 문제를 제기하지 않기로 결정하고 SPS회의 안건에서 특정무역현안을 철회하기도 한다.