자기 기관의 이익만 챙기는 경향, 기관장의 협력적 리더십 부재, 협력정책에 대한 재정 지원부족 등이 기관간 협업 추진의 장애요인이다. 이에 협업 요인의 제거와 실요성 제고를 위한 제도 개선이 요구된다.
다른 한편으로는 기관간의 협업을 추진하는데 있어 장애요인이 존재하기 때문이다. 공공기관의 협업 방안을 모색한 최근의 연구에 따르면, 자기 기관의 이익 챙기기(기관이기주의, 칸막이 문화 등), 기관장의 협력적 리더십 부재(무관심 등), 기관간 협력정책에 대한 재정 지원부족(인센티브 부족) 등을 협업 추진의 장애요인으로 지적한다(박광국, 2013: 30). 또한 협업기관 간의 정보공유나 의사소통 부족, 협업을 위한 제도적인 장치가 미비한 점도 한계로 나타났다. 특히 이러한 한계는 교육관련 연구기관의 관계자 인터뷰에서도 공통적으로 드러났다. 따라서 향후 실질적인 교육개발협력의 협업연결망을 구축하기 위해서는 기관간의 협업을 저해하는 요인을 제거하고, 협업의 실효성을 높이기 위한 제도 개선이 필요하다.