정부 R&D 지원이 기업에 미치는 효과를 분석하기 위해 다양한 방법론들이 활용된다. 이의영, 김경환, 신범철(2009)는 2단계 Tobit-DPD 모형을 활용한 결과 정부의 기술개발 직접 지원금은 중소기업의 노동생산성과 총요소생산성을 증대하는 것을 발견했으며 중소기업의 R&D 투자가 기업성과에 긍정적 효과를 미치는 것을 확인했다.
앞선 해외 연구 사례에서와 같이 정부 R&D 지원이 기업에 미치는 영향을 분석함에 있어서 발생하는 선택편의 문제를 해결하기 위한 다양한 방법론들이 활용된 연구들도 상당수 존재한다. 이의영․ 김경환․ 신범철(2009)은 외환위기 이후 2000년부터 2007년동안 정부의 직접적인 기술개발 지원이 지원을 받은 기업의 성과, 특히 노동생산성과 총 요소생산성에 미치는 효과에 관해 실증 분석하였다. 특히, 성과 추정시 발생하는 선택편의 문제를 완화하기 위해 DID 추정방법과 R&D투자와 기술개발 지원의 잠재적 내생성 문제를 완화하기 위해 동태 패널분석방법을 결합한 2단계 Tobit-DPD 모형을 활용하였다. 분석 결과 정부의 기술개발사업과 산업전환 기술개발 지원으로 나타내는 기술개발 직접 지원금은 중소기업의 성과, 즉 노동생산성과 총요소생산성을 향상시키는 것으로 나타났으며, 2단계 Tobit-DPD 모형과 Tobit-FE 동태모형 모두에서 중소기업의 총R&D투자가 기업성과에 긍정적인 영향을 미치는 것으로 나타났다. 이밖에도 윤윤규․ 고영우(2011), 김호․ 김병근(2012), 최석준․ 김상신(2007), 오승환․ 이철용(2014) 등은 PSM 방법을 활용하여 정부의 R&D 지원의 효과를 분석하였으며, 권남훈․ 고상원 (2004), 유천․ 김학민(2014) 등은 Difference-in-Difference(DID) 방법론을 활용하여 정부 지원 효과를 추정하였다.