남북경제협력의 법제화 및 활성화를 위한 이 법률은 북한의 사회문화적협력 부분을 제외한 경제협력 분야만 규율하며 시행여부가 정해지지 않아 실효성의 모호함을 갖고 있으며 명확하지 않는 법률 관계 등 다양한 문제점을 내포하고 있다.
북한은 2005년 북남경제협력법을 제정하였는데, 북남협력사업의 승인, 남북한 주민의 출입·체류·거주 등 인적 교류, 물자의 반출입과 재산권 보호 등 물적 교류, 노력채용 방법, 세금과 결제방식 등 남북한 사이에 진행되는 경제협력 분야의 전반을 규율하고 있다. 즉, 이 법률은 남한의 남북교류협력에 관한 법률에 대응하는 것으로 남북한 경제협력을 총괄하여 규율하는 기본법이라고 평가할 수 있다. 북한은 이 법률을 통하여 사회문화협력의 분야를 총괄하여 규율하지 않고 경제협력의 분야만 규율하고 있을 뿐이다. 하지만 남북한 경제협력을 위하여 기본법을 제정한 것은 법치주의에 따라 남북관계를 규율하려는 움직임으로 중요한 의미가 있으며, 향후 남북관계의 법제화와 활성화에 기여할 수 있는 계기가 될 수 있다고 평가된다. 그러나 북남경제협력법은 현실적으로 그 시행여부가 불분명하여 규범력에 있어서 실효성이 의문시되고, 그 내용에 있어서도 개성공업지구법령 등 다른 법률과의 관계가 불명확하다. 또한, 남북한의 경제협력을 지원하는 구체적인 절차규정이 미비하다는 것이 문제점으로 지적될 수 있다.