사용자의 기간제 근로계약의 갱신 거절에 대한 해고권남용 법리의 유추적용은 법적 근거가 불명하고, 실질적 무기계약형과 합리적 고용계속 기대형을 판단하는 기준을 일반화하기가 어렵기 때문에 결과 예측 가능성이 낮고, 기업의 인사실무담당자들이 판례를 네거티브 체크리스트로 활용해 인사관리를 면밀히 함으로써 적용가능성이 점차 봉쇄되고 있다는 문제점이 있다.
사용자의 기간제 근로계약의 갱신 거절에 대해서 해고권남용 법리를 유추적용하여 해결하는 것은 이후 판례 법리로 확립되었는데 동 법리에 대해서는 그 법적 근거가 불명하다는 점은 차치하더라도 다음과 같은 두 가지 문제점이 있었다. 첫째, 해고권남용 법리가 유추적용되기 위한 요건, 즉 ‘기간의 정함이 없는 계약과 실질적으로 다르지 않은 상태의 존재(이른바 실질적 무기계약형)’와 ‘고용계속에 대한 근로자의 기대이익에 대한 합리성의 존재(이른바 합리적 고용계속 기대형)’를 판단하는 기준을 일반화하기가 매우 어렵기 때문에 동 법리에 의한 분쟁해결 결과에 대한 예측 가능성이 매우 낮다는 점이다. 이러한 문제점은 특히 후자의 경우에 두드러진다. 둘째 기업의 인사실무담당자들은 해고권남용법리가 유추적용되는 것을 피하여 위하여 위의 최고재판소의 판결과 이후의 다수의 하급심 판결들을 학습하여 판례가 제시하는 판단요소를 이른바 네거티브 체크리스트로 활용하여 기간제 근로자에 대한 인사관리를 면밀히 함으로써 동 법리의 적용가능성이 점차 봉쇄되고 있다는 점이다. 예컨대 갱신 횟수나 총 사용기간을 최초의 기간제 근로계약 체결 시에 고지하고 이를 갱신 시마다 고지하는 방법으로 합리적 고용계속의 기대를 없애 는 것이다. 결국 기업의 대응이 발전할수록 기간제 근로자의 고용안정은 기대할 수 없게 된다. 이러한 점은 동 법리가 애초부터 갖고 있던 한계라고 할 것이다.