농업연구는 여러 차례 법률 개정을 거치며 국립연구갭발법인으로 조직을 개편했다. 그 과정에서 조직개편이 용이하고 예산 운용이 자유롭다는 장점이 생겼지만, 동시에 연구비 부족과 우수 인력의 이탈이라는 중요한 문제가 발생하였다.
국가연구기관에서 독립행정법인으로 전환되어 15년간 운영되던 연구법인을 국립연구개발법인으로 재전환한 것은 2014년 6월 독립행정법인 통칙법 일부를 개정한 법률이 국회를 통과했기 때문이다. 개정된 법률에 따라 기존 독립행정법인은 국립연구개발법인 31개, 중기목표관리법인 60개, 행정집행법인 7개로 기능에 따라 구분되었으며, 농림수산성 소관법인은 농연기구를 비롯한 6개 기관이 재전환되었다. 2001년 국가 연구기관에서 독립행정법인으로 전환된 이후, 국가 상위법의 변경을 거치지 않고도 내부조직을 쉽게 개편할 수 있고, 예산 운용이 자유로워진 장점이 나타났다. 그러나 보다 근본적인 부분에서 단점이 발생하였다. 정부 운영교부금의 지속적인 감소로 인해 부족한 연구비를 경쟁자금에서 확보해야 함에 따라 공공성과 공익성이 강조되는 농업연구의 본질적 특성이 점차 사라진 것이다. 또한 조직의 통합･슬림화로 인해 인원감축이 가속화됨에 따라 우수 연구진의 이탈현상이 심화되어 연구기반이 약화되었다. 기존독립행정법인이 국립연구개발법인으로 재전환된 것은 일반행정기관과 달리 연구기관이 갖는 특수성이 반영된 것이라 할 수 있다. 연구기관은 국가 차원의 중장기적 관점에서 추진해야 하는 과학기술에 대한 시험, 연구 또는 개발을 담당하는 동시에 자율성과 독립성이 반드시 필요하다는 것이다. 특히 농업의 경우 국가의 기반산업인 동시에 미래 대응을 위한 필수산업으로서 민간의 부문이 다루지 않는 영역에 대한 국가의 투자는 필수적이라는 인식이 반영되어, 국가 차원에서의 연구기능이 강화되었다.