WTO 분쟁해결절차의 가장 현저한 문제점은 소요되는 시간이다. 절차가 종료된 이후에도 여러 단계를 거쳐야 한다. 따라서 실제 제소부터 보복 집행까지는 여러 해가 소요된다.
이러한 이유는 WTO 분쟁해결절차에 구조적인 문제점이 존재하기 때문이다. 가장 현저한 문제점은 상기 연구에서도 제기된 것처럼 분쟁해결절차에 소요되는 시간이다. 비록 DSU는 1년 이내 패널 및 상소절차를 종료할 것을 규정하고 있지만, 일반적으로 동 기간을 준수하는 것은 쉽지 않다. 그리고 패널 및 상소절차가 종료된 이후에도 패소국에게는 이행기간이 부여되고, 이행결과에 이견이 있을 경우 이를 심사하는 이행패널 및 상소단계를 또다시 거치게 되며, 이행심사 결과 불이행으로 판정되어도 곧바로 보복할 수 없고, 중재 절차를 거쳐 최종적으로 DSB에서 보복을 승인받게 되는데 이는 상당한 시일을 요한다. 따라서 실제 제소시점부터 보복이 집행되는 시점까지는 적어도 여러 해가 소요된다.