심사 단계는 일반적으로 3단계이다. 1단계는 지원적격을, 2단계는 평가항목을 적용한 선정여부를, 3단계는 결과통보, 이의신청처리절차이다.
심사 단계는 최소 2단계에서 최대 4단계를 거치고 있으며 3단계로 이루어지는 것이 일반적이다. 1단계에서는 요건심사를 통해 재정지원사업에 지원 적격을 먼저 심사하고 2단계 이후에서 평가항목을 적용하여 선정여부를 심사하는 방식을 취하고 있다. 심사에는 사업단 또는 팀의 발표나 질의응답을 포함하기도 하나 대체로 사업계획서를 기반으로 심사하며, 평가주체는 별도의 위원회를 구성하여 위원회로 하여금 평가항목을 적용한 선정 절차를 진행한다. 융합방송통신전문인력양성, 광역경제권성도산업육성, 글로벌전문기술개발사업 등은 최종선정 전 3단계에서 결과통보와 이의신청처리절차를 마련한 것이 특징적이다.