통행검사기관의 검사, 항로 이탈 행위 금지, 상륙과 접선 승인 등 배로 국경을 출입하는 선원 통제도 강화됐다. 이는 김정은 집권 이후 국경통제가 법적 차원에서도 강화되었음을 증명한다.
마지막으로 배를 이용해 국경을 드나드는 선원에 대한 통제도 강화되었다. 외국 국적의 배는 무역항에 입항하기 전에 통행검사기관의 검사를 받아야 하며 정해진 항로를 이탈하여 항해하는 행위를 하지 말아야 한다(제38조). 또한 무역항에 입항한 외국국적의 선원이 배에서 내릴 때에는 통행검사기관에 상륙신청을 하고 승인을 받아야 하며(제39조) 공민, 외국인이 배에 오르내릴 때나 외국 국적의 배와 접선할 때 통행검사기관의 검사 또는 승인을 받아야 한다(제40조). 국경을 출입하는 공민 및 외국인에 대한 통행검사는 법 개정 전에도 실시되어 왔지만 통행검사기관의 임무와 권한을 법 규정에 자세히 나열하고 그 범위와 대상을 명시한 것은 불법적인 국경출입에 대한 처벌 근거를 강화하려는 것으로 풀이된다. 이는 김정은 집권 이후 국경통제가 관행적 차원뿐만 아니라 법적 차원에서도 강화되었음을 보여준다.