개정 전자문서법은 전자문서 유통의 안정성 확보를 위해 제도를 보완했다. 그러나 일부 제도들에 대해 전자문서의 열람 요건, 폐기 근거, 인증제 전환 등의 필요성이 제기되고 있다.
2012년 개정 전자문서법은 전자문서 유통의 안전성을 확보하기 위한 관련 제도를 보완하고, 전자문서 이용을 촉진하기 위한 제도들을 새로이 도입하였다. 그러나 2012년 개정 전자문서법은 보완 및 추가되어야할 사항의 일부만을 법률 개정에 반영하였고, 법률 개정에 반영되지 못한 사항들은 법률의 체계성 및 통일성 측면에서 논의가 지속되어 왔다. 그 결과 전자문서의 법적 효력 및 전자문서를 서면으로 볼 수 있는 요건을 명확히 하고, 공인전자문서센터에 전자화문서가 보관된 경우에 전자화대상문서(종이문서)의 폐기 근거를 마련할 필요가 있으며, 공인전자문서중계자제도를 지정제에서 인증제로 전환할 필요성이 제기되고 있다.