중･장기적으로 평가의 방향은 협업 노력 및 성과, 그리고 성과의 확산이 중심이 되어야 한다. 그 방안으로 협업 노력 및 과정의 평가 지표 세분화 혹은 협업과제의 성격, 지속기간 등에 따른 평가비율 조정을 고려할 수 있다. 협업 활성화 이후에는 정교한 지표 개발을 통한 협업의 전후 비교 평가를 고려할 수 있다. 하지만 평가지표 및 제도의 변경은 신중히 접근해야하며, 이를 위해 먼저 각각의 평가에서 협업 평가의 비중을 늘리는 것이 필요하다.
중･장기적으로는 협업 노력과 더불어 협업의 성과 및 성과의 확산에 대한 강조로 평가의 방향이 설정되어야 한다. 협업을 위한 노력이나 협업 과정에 대한 평가를 위해서는 평가지표를 좀 더 세분화하는 방안을 고려해볼 수 있다. 협업정도를 측정할 때 행정협업 환경이나 협업 활동의 정도 등을 평가에 포함할 수 있으며, 협업의 기반환경조성을 협업기관 간의 협업 목표 공유, 협업체계 구축등으로, 협업 활동 관리는 인적･물적 자원의 공유와 지원 등으로 나눌 수 있다. 또한 협업과제의 성격, 지속기간 등에 따라 평가비율을 조정하는 방안도 고려해 볼 수 있다. 과제의 성격에 따라 초기에는 협업 시스템 구축을 협업 성과보다 높은 배점을 부여하거나 혁신성을 중심으로 평가하는 방법을 적용해볼 수 있으며, 사업 수행 기간에 따라 장기 사업 유형을 설정하여 평가지표의 비중을 다르게 적용하는 등 장기적으로 지속되는 협업 과제나 단기적 평가가 불가능 또는 부적절한 협업 과제의 경우 이에 대한 적절한 평가 원칙과 방안을 고려해 볼 수 있다. 협업이 더욱 활성화 되고 협업 평가가 안정기에 접어든 이후에는 보다 정교한 지표 개발을 통해 협업으로 인한 순수한 가치 증가 효과를 측정하거나 협업 이전과 이후의 비교를 통해 비용과 편익의 변화를 평가하고 이에 대한 각 부처의 기여도를 평가하여 보상하는 방안도 고려해볼 수 있다. 그러나 평가지표의 변경이나 제도가 바뀌는 것은 신중하게 고려되어야 하고, 이러한 단기적 및 중･장기적인 평가지표의 개선을 위해서는 각각의 평가에서 협업 평가가 차지하는 비중을 상향 조정하는 것이 선행되어야 한다. 현재의 배점 비중으로는 다양한 평가지표를 고려해야 하고 다면적인 평가가 필요한 협업 평가가 가지는 협업 활성화의 효과는 제한적일 수밖에 없다.