당쟁이 격화되며 청요직은 각 정파의 대변인이 되어 권력에 대한 감시와 견제라는 본래의 역할을 하지 못하는 한계를 보였다.
청요직을 중심으로 하는 관료제 운영은 권력에 대한 감시와 견제를 강화한다는 측면에서는 순기능을 발휘하는 것이었지만, 동시에 여러 가지 한계를 드러내는 것이기도 했다. 무엇보다도 붕당 간의 갈등이 심화되어 감에 따라 공공성을 담보해야할 청요직들이 정파의 대변자로서 기능하는 일이 늘어갔고, 급기야 청요직 자체가 정쟁의 도구로 전락하고 말았다. 붕당 간의 대립이 심하지 않는 상황에서는 비록 정파가 다를 지라도 청요직들이 중하급 관료들의 여론을 규합하며 공론을 부지하는 구심점으로 기능할 수 있었다. 하지만 대립이 심화되어 청요직들이 각 정파의 입장을 대변하는 창구가 되면서, 오히려 당파 간의 갈등을 심화시키는 도구로 전락하게 되었던 것이다. 따라서 당쟁이 격화되는 예송논쟁과 환국기를 거치며, 청요직들을 중심으로 운영되던 그간의 관료제 운영 방식에 대한 비판의 목소리가 커져갔다. 그리고 그러한 비판들 가운데 가장 체계적인 논지를 펴고 있었던 이가 유수원이었다.