소형임대주택 사업자 등록 활성화를 위해 정부는 유인과 처벌을 동시에 시행해야 한다. 그러나 현재 월새액 공제 사실을 주택임대차정보시스템으로 완벽히 파악하기 쉽지 않은 실정으로 처벌이 용이하지 않다.
정부는 소형임대주택 사업자 등록을 활성화하기 위한 다양한 유인책을 앞의 제도 소개에서 상세히 설명하였다. 문제는 다양한 유인책만으로 등록을 활성화시키는 것에 한계가 있으므로 당근과 채찍을 동시에 시행하는 것이 바람직할 것이다. 물론 과태료 부과 등과 같은 다양한 행정처벌로써 처벌방안을 제시하고 있지만, 이것이 정보화 기술로써 빈틈이 없어야 하는데, 현실에서는 그렇지 않다. 그 대표적인 것이 월세액 공제 사실의 상호 대조 기능의 미흡이다. FGI 과정에서 임차인과 임대인이 상호 합의하여 월세액 세액공제를 신청하지 않는 조건으로 구두계약을 한 경우(이 경우 약간의 월세를 인하해준다고 함), 2018년 9월부터 운영되고 있는 주택임대차정보시스템(RHMS)으로도 완벽하게 파악하기 쉽지 않기 때문이다.