2009년 수정지침은 EU의 온실가스 감축목표 달성을 위한 탄소배출권거래제도의 기능 강화, 확대, 향상이 그 내용으로, 항공부문, 해운부문에 대한 내용이 포함되었다. 
‘2008년 항공ETS지침’ 채택 이후 유럽의회와 이사회는 2009년 6월 5일, 2013년1월 1일 이후의 ETS시행을 위하여 기존EU ETS지침을 상당부분 개정하는 내용의 수정지침 (Directive 2009/29/EC)을 채택하였다. 2009년 수정지침은 EU ETS의 III단계 (Phase III) 운영34)을 위한 개정으로, EU의 온실가스 감축목표를 달성하기 위해 탄소배출권거래제도의 기능을 강화, 확대, 향상시키는 것을 내용을 한다. 수정지침의 주요 내용 중 항공부문에 대한 ETS 편입지침 관련 내용을 유지하고, 해운부문과 관련하여서도 국제해사기구 (IMO)에서 2011년 말까지 구체적인 감축목표 제시가 없을 경우2013년부터 시행하도록 유럽위원회에서제안하게 하는 내용이 포함되었다.