정부는 코넥스시장 개설 이후 점차적으로 세제지원책을 마련해왔으며 코스닥 상장법인에 준하는 세제를 지원하고 있다. 벤처캐피탈이 상장 2년 이내 코넥스 상장기업에 출자하면 세제를 지원하는 것뿐만 아니라 코넥스 상장기업에 대한 자유로운 투자를 허용함으로써 코넥스시장의 수요확대를 도모하고 있다.
코넥스시장에 대한 투자자의 관심을 유도하기 위해서는 세제지원 등 유인책이 필요하다는 주장이 제기되고 있다 .정부는 2013년 7월 코넥스시장 개설 이후 단계적으로 세제지원책을 마련해왔다. 코넥스시장 거래시 장내시장 거래세율을 0.3%로 적용하고 개인투자자 소액주주에 대해 양도세 면제 등 코스닥 상장법인에 준하는 세제를 지원하고 있다. 또한 2014년 1월 세법 개정을 통해 벤처캐피탈이 상장 2년 이내 코넥스 상장기업에 출자할 경우 양도차익 비과세, 배당소득 비과세, 증권거래소 비과세 등의 세제를 지원하기로 하였다. 이에 더해 창업⋅벤처기업 투자를 전업으로 하는 창업투자회사들이 코넥스 상장기업에 보다 자유롭게 투자를 할 수 있도록 허용함으로써 코넥스시장의 수요확대를 도모하고 있다.창업투자회사들이 벤처펀드 총금액의 20%까지만 코넥스 상장기업에 투자할 수 있던 규제를 사실상 제한이 없이 코넥스 상장기업에 투자할 수 있도록 허용하였다.구체적으로 벤처펀드 총금액의 60%까지 코넥스 상장기업에 대한 투자가 확대된 가운데 상장기업의 67.4%가 벤처기업인 점을 감안할 경우 벤처펀드 자금의 대부분을 코넥스기업에 투자할 수 있게 되었다.