시, 군, 구 자율편성사업은 해당 지역의 특성에 따라 소관부처를 연계해 관리하는 방식을 택했다. 시, 군, 구와 지역행정은 종합적인 성격을 띠기 때문에 자칫 비효율적인 결과를 낳을 수 있다.
무엇보다 이로 인해 시․군․구 자율편성사업은 지역 공간을 기준으로 소관부처를 지정하였다. 다시 말해서 도시활력 증진지역과 성장촉진지역은 국토해양부, 일반농산어촌지역은 농림수산식품부, 접경지역은 당시 행정안전부(지금의 안정행정부)를 소관 부처로 지정하여 공간정책과 연계하였다. 이것은 균형발전기반 지원사업의 통합에 따른 고육책으로 불가피한 측면이 있었으나 시․군․구를 부처별로 분할시켜 관리한다는 것은 분명 정상적인 방식은 아니다. 사실 시군구는 종합행정으로서 중앙의 모든 부처의 업무와 연계되어있기 때문이다. 그리고 지역발전도 복합적이고 종합적이어야 한다. 부처별 분할 관리는 자칫 좋은 양복에 좋은 고무신을 신는 모습을 할 우려가 있다.