현실에서 사학 혁신은 쉽지 않다. 사학혁신위원회의 입법 예고 기간에는 자율성을 침해한다는 의견서가 집단으로 제출되었으며 국민제안센터의 제보자 신원이 노출되는 일이 발생하였다.
그러나 현실에서는 위와 같이 계획을 세웠음에도 나아가는 걸음 하나하나가 쉽지 않았다. 사학혁신위원회 운영규정을 제정하기 위한 입법 예고 기간에 일부에서는 사학혁신위원회가 자신들의 사립대학 경영의 자율성을 침해한다는 의견서를 집단적으로 제출하기도 하였으며, 내부적으로도 국민제안센터에 접수된 사항이 주무부처를 통하여 학교관계자 및 법인에게 전달되어 제보자의 신원이 노출되는 일이 발생하기도 하였다. 이 문제에 대해 사학혁신위원회는 경위에 대해서 철저히 조사하고 관련자에게 충분한 책임을 물을 것을 권고하였으나, 이 일은 국민제안센터의 신뢰를 훼손하여 최초의 설립 취지대로 운영되기 어려운 결과를 가져온 바, 유감스럽기 그지없다.