공공기관은 회계연도의 종료 시기에 따라 결산서를 작성하고 회계감사를 받아야 한다. 다음 연도 2월 말까지 공기업은 기획재정부 장관, 준정부기관은 주무기관의 장에게 서류를 제출해야 한다.
공공기관의 회계감사 및 결산감사에 관한 규칙: ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에서 기획재정부 장관은 국가․지방자치단체가 아닌 법인․단체로서 일정한 요건(기획재정부장관이 지정할 수 있는 공공기관(｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조))에 해당하는 공공기관(공기업ㆍ준정부기관)은 회계연도가 종료된 때에는 지체 없이 그 회계연도의 결산서를 작성한다. 또한 ｢감사원 규칙｣이 정하는 바에 따라 ｢공인회계사법｣에 따른 ‘회계법인’ 또는 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 ‘감사반’의 회계감사를  받도록 하고 있다. 다음연도 2월 말까지 공기업은 기획재정부 장관에게, 준정부기관은 주무기관의 장에게 재무제표 회계감사인의 감사의견을 포함 및 부속서류를 제출하도록 해야 한다.