북한인권재단의 업무는 통일부와 법무부의 보조업무를 수행하거나 민간에서의 업무를 지원 및 북한의 인권을 위한 사업을 진행하는 것이다. 다만, 대북삐라지원법은 사라졌다. 
즉 설립 목적인 ① 북한인권 실태 조사 ② 남북인권대화 등 등 북한인권증진과 관련된 연구와 정책개발 ③ 인도적 지원 등 북한인권증진을 연구 및 지원사업 등을 주요 사업 내용을 하고 있다. 즉, 북한인권재단의 업무는 핵심적으로 북한인권정보센터(통일부) 및 북한인권기록보존소(법무부)의 업무를 보조하거나 민간차원의 유사 업무를 지원하는 역할 및 그 외 기타 북한인권증진을 위한 각종 사업 수행으로 규정되어 있는 것이다. 이러한 점 역시 보수진영의 법안이 대부분 반영된 것으로 볼 수 있다. 다만, 진보진영에서 폄하의 의미로 사용하였던 ‘대북삐라지원법’적인 요소 는 민간단체에 대한 지원 규정이 ‘북한인권증진을 위한 사업을 하는 모든 민간단체’에서 ‘제10조 제3항 제2호 가.목 내지 다.목의 사업을 하는 민간단체’에 대한 지원으로 제한됨으로써 사실상 사라졌다고 볼 수 있다.