공공기관의 재무건전성을 개선하기 위해서는 공공서비스를 운영하는 데 드는 총괄원가를 만회할 수 있는 액수로 공공요금이 결정되어야 한다. 
정부는 ｢공공요금 산정기준｣에서 공공요금 산정의 기본원칙으로 총괄원가주의를 표방하고 있다. 가격상한제를 운영한다 할지라도, 가격상한이 총괄원가를 크게 하회할 경우 이를 보전할 만한 다른 수익사업이 없는 한 해당 공공요금 사업을 수행하는 공공기관의 재무건전성은 악화될 수밖에 없다. 따라서 공공요금은 궁극적으로 ｢공공요금 산정기준｣에서 언급하고 있는 바와 같이 “성실하고 능률적인 경영 하에 공공서비스를 공급하는데 소요되는” 총괄원가를 보상하는 수준에서 결정되어야하며, 이에 더하여 각 기관이 성실하고 능률적인 경영을 유도할 수 있는 인센티브방안을 모색할 필요가 있다.