국제물류거점 개발 계획은 지역별로 역할을 분담하는 방향으로 진행하려 했으나 비대한 조직이 발생한다는 단점이 있었다. 여기에 정부조직이 국토교통부와 해양수산부로 분리되면서 하나의 물류 계획을 위해 두 기간의 정책적 공조가 필요하기에 시간과 노력이 더 들어갈 것으로 보인다. 
국제물류거점의 개발 방향은 공항배후단지, 자유무역지역, 국제자유도시 등 국토의 개방 거점을 개발하여 동북아 경제교류 협력 기반을 강화하는 데 있다. 인천경제자유구역은 동북아 비즈니스, 부산 진해경제자유구역은 해양 물류, 광양만권 경제자유구역은 국제물류 및 생산 거점으로 특화하여 육성하는 것이다. 공항배후단지는 부가가치 물류를 위한 재수출 기지로 활용하고, 경인 아라뱃길 물류단지는 수도권 및 국제 물동량 처리를 위한 국제물류 거점으로 활용을 도모하고 있다.계가 미흡하였다고 할 수 있다. 결국 통합적인 물류시설 개발정책을 통하여 시너지 효과가 제고될 것으로 기대하였으나 조직만 비대하게 되었다. 그 이후 정부조직이 국토교통부와 해양수산부로 다시 분리되면서 하나의 물류관련 계획을 두 개의 기관에서 수립하는 상황도 발생하게 되었다. 두 기관이 협업을 통하여 계획을 수립하는 형태이다. 부처별 담당 분야의 계획을 하나의 보고서에 담는 수준에 불과하고 정책적 공조를 유도하기에는 상당히 많은 시간과 노력이 필요한 것으로 판단된다.