교육과정 운영과 관련하여 핵심역량 교육을 추구하는 학교는 학생들의 요구와 관심사를 반영할 수 있도록 교과 교육과정을 재구조화하고 있다. 교과 교육과정의 비중을 줄이고, 학생 스스로 주제를 찾고 문제를 해결해 나가는 프로젝트 학습이나 범교과적 주제를 중심으로 한 통합 교육과정을 운영한다.
먼저, 교육과정 운영과 관련하여서는 핵심역량 교육을 추구하는 학교는 공통적으로 학생들의 요구와 관심사를 반영할 수 있는 여지를 확대하고, 이를 고려하여 교과 교육과정을 재구조화하고 있다는 점이다. 즉 기존의 학교 교육과정은 주로 분과적인 교과 단위로 설계되었으나, 본 연구에서 살펴본 학교 사례에서는 교과 교육과정의 비중을 줄이고, 이와 함께 프로젝트 학습이나 통합 교육과정을 병행하는 형태로 운영하고 있었다. 보평초의 ‘다빈치 프로젝트’, 신길중의 ‘학생 선택프로그램’, 태봉고의 ‘LTI 프로젝트’, 삼각산고의 ‘교과통합형 프로젝트’등이 그 대표적인 예다. 이러한 사례로부터 알 수 있는 점은 핵심역량을 함양하기 위한 교육과정은 기존의 분과적인 교과 수업만으로 이루어지기 보다는 학교 교육과정의 일정 비율을 여러 교과에 걸친 범교과적 주제를 중심으로 통합 수업을 하거나 학생 스스로 주제를 찾고 문제를 해결해 나가는 프로젝트 학습을 할 수 있는 시간을 확보하고, 이 시간을 통해 학생들이 자신의 관심사와 흥미를 반영할 수 있도록 고안될 필요가 있다는 점이다.