1기 배출권 중 95%는 사전할당되고 나머지는 예비분으로 할당되었다. 무상할당 비율은 점차 낮출 예정이며, 할당대상은 과거실적 위주이나, 일부 벤치마크 방식을 적용한다.
1기에 할당된 배출권은 1,686.5백만 CO2톤(KAU, Korean Allowance Unit)이며 이중 95%는 사전 할당되고(2015년 543.2백만 KAU, 2016년 532.6백만 KAU, 2017년 521.9백만 KAU) 나머지 5%는 예비분으로 할당되었다. 배출권 할당은 국가 감축 목표와 부문 및 업종별 감축 목표를 고려하여 결정되며, 1기에는 배출권의 100%가 무상 할당되며, 2기에는 97%, 3기부터는 90% 이하가 무상으로 할당될 예정이다. 업체별 할당은 과거 배출량 실적을 기준으로 할당하지만 일부 업종(정유, 시멘트, 항공)과 일부 배출시설에 대해서는 벤치마크 방식이 적용된다.