정부의 일방적인 노동개혁과 통상해고 및 취업규칙 변경 관련 지침 강행은 노동계의 저항과 야당의 반발로 이어져 노사정 타협은 장기교착 되며, 노동시장구조개선특위도 해산하였다.
정부는 노총의 합의 파기선언 후, 통상해고 지침, 취업규칙불이익 변경 관련 지침 등을 발표함으로써 노동시장구조개선특위를 통한 노사정 대화와 타협은 중단되었다. 정부의 일방주의적 노동개혁 시도와 이에 대한 노동계의 저항, 야당의 반발과 비토로 인한 장기교착 국면에 진입한 가운데 2016년 9월 7일 노사정위의 노동시장구조개선특위도 활동을 종료하고 해산하였다. 9.15 노사정 합의가 파국으로 치달은 주된 이유는 9.15 합의 후, 정부 여당이 이른바 노동개혁 5법(이후 기간제법 개정안이 빠진 노동개혁 4법으로 변경)과 통상해고 지침, 취업규칙 변경요건 지침을 노동계 반발을 무릅쓰고 강행한 데 있는 것으로 보아야 할 것이다.