DQR은 서로 다른 전공분야의 자격은 비교할 수 없고, 과정의 방향만 제시하는 한계를 가지고 있다. 또한 한문적 문제해결 능력의 기술 누락, 연구·개발 부분의 부실, 개인화 정보를 제공하지 못함, 사회적 가치판단 제시하지 못함, 학생의 자질 저하, 노동시장 보상체계와 관계없음이 문제로 지적되었다.
대학총장협의회는 DQR 실행과 관련한 한계점으로, 비록 DQR가 대학교육 프레임워크의 적합성을 참조하여 설계되었지만 서로 크게 차이가 나는 전공분야에서의 자격에 대한 비교는 불가능하다는 것과, DQR는 구체적인 커리큘럼의 내용을 제시하는 것이 아니고 커리큘럼의 방향만 제시하는 것이라는 한계를 지적하고 있다. 더불어 DQR 수준 6에서 8까지에 기술된 학문적인 문제해결능력이 충분히 기술되지 않은 점, 그리고 연구 및 개발 능력에 대한 부분이 의미 있게 다루어지지 않고 있는 점도 지적하고 있다. 또 자격과정을 마칠 때의 학습목표는 제시되어 있으나 그것이 개인적인 지식, 스킬, 능력에 대한 구체적인 정보를 제공하고 있지는 않다는 점과, 개인이나 전공, 그리고 계획 등에 대한 사회적인 가치의 판단을 제시하는 것이 아니고, 단지 하나의 개인이 특정한 행위를 할 수 있는 전제조건을 갖추고 있다는 것만을 보여 주는 것이라고 강조하고 있다. 또 다른 문제로, 대학입학을 너무 수월하게 허용함으로써 학생들이 자질이 저하되고 대학 이미지가 약화되는 것을 우려하고 있다. 그리고 DQR가 노동시장의 보상체계와 관계가 없다는 점도 문제로 강조하였다(Hoffmann, 2009).