정책파악 과정이 주무부처의 사후 파악 방식으로 구축되어 비효율적이며 예산누락의 문제도 발생되며, 현행 운용체계에서는 수요자의 정책정보 제공의 적시성까지 문제가 발생될 수 있다. 또한 수요자에 대한 정책 제공의 완비성에서 문제 발성의 개연성이 크다는 점도 주목할 필요가 있다. 
정책분류의 문제와 함께 관리의 문제도 함께 제기된다. 정책파악 과정이 원래 제안된 형식인 예산 사이클에 따른 사전적 파악 형식이 아닌 주무부처의 사후적 파악 방식으로 구축되어 비효율적인 것은 물론 정책협의 과정에서 예산이 누락되는 경우가 발생할 가능성이 높은 상황이다. 무엇보다 개별 사업계획서 작성 시 해당부처의 입장을 반영하여 정보를 생산하고 제공할 수 있음에도, 현재 시스템에서는 사후적으로 중소기업청 / 중소기업연구원이 모든 사업계획서를 다 찾아서 분류해야 하는 상황으로서, 현행 운용체계에서는 수요자에 대한 정책정보 제공의 적시성에 문제가 발생할 수 있다. 또한, 업무협의를 통해서만 사업이 파악되면 누락사업이 발생할 가능성이 크게 증가하므로 수요자에 대한 정책제공의 완비성에서 문제가 발생할 개연성이 크다는 점에 주목할 필요도 있을 것이다. 예컨대 보건복지부의 보건산업육성 항목은 현재 중소기업연구원 측의 정책 파악에서 전부 누락된 바, 이 항목들이 중소기업 지원사업에 해당하지 않는다면 보건산업으로 창조경제에 기여하고 싶은 중소기업이 왜 해당 사업의 정보 제공으로부터 배제되어야 하는지 해명할 필요가 있을 것으로 보인다.