중국과 대만은 공식적인 정치적 교류협력은 거의 이루어지지 않았지만 1990년부터 양국간의 경제 및 민간교류가 진전됨에 따라 정부간 대화의 대체통로로서 외형상 민간기구를 발족시키고 교류협력을 추진하였다. 그러나 2000년 민진당 집권 이후 대만사회의 분리주의와 독립시도가 확대되면서 양국의 관계는 극도로 냉각되었다.
중국과 대만은 체제와 이념 및 통일정책의 근본적 차이로 인해 정부 차원의 공식적인 정치적 교류협력은 거의 이루어지지 않았다. 그러나 1990년대 접어들어 양안 간 경제 및 민간교류가 진전됨에 따라 경제와 정치, 민간과 정부의 분리 원칙 하에 정부간 대화의 대체통로로서 외 형상 민간기구를 발족시키고 교류협력을 추진하였다. 위에서 언급한 것처럼 대만의 해협교류기금회(1990년 발족)와 중국의 해협양안관계협 회(1991년 발족)는 준정부기구이다. 이 두 기구의 회장들은 1993년 싱가포르에서 1차 회담을, 1998년 상해에서 2차 회담을 가진 바 있으나, 2000년 민진당 집권 이후 대만사회의 분리주의와 독립시도가 확대되면서 교착되었다. 특히, 2006년 신헌법 제정을 통해 대만독립을 선포하려는 대만의 독립시도에 대응해 무력사용을 배제하지 않는다는 반국가분 열법이 중국에서 통과된 후 양안관계는 극도로 냉각되어 정부차원의 공식 접촉도 사라졌다. 다만, 반국가분열법 제정 직후 대만 야당인 국민당의 롄잔(連戰) 주석과 친민당 쑹추위(宋楚瑜) 주석이 연이어 후진타오(胡錦濤) 중국공산당 총서기와 회담을 갖고 하나의 중국과 대만 독립 반대에 합의한 바가 있다.