국제 범죄에 가담하지 않기 위해 탈북한 사람들이 보호대상자로 인정되더라도, 이미 저지른 국제범죄는 처벌 대상이 된다. 그러나 국제범죄 성립을 논할 때에 남한 법과 북한 법 중 어떤 것을 어떻게 적용할 것인지 등 여러 문제가 발생한다.
한편 Directive 제9조 제2항 제(e)목과 관련하여 앞에서 설명된 바와 같이, 국제 범죄 범행을 회피하기 위해 탈영한 북한 병사들 또는 북한이탈주민을 ‘북한이탈주 민의 보호 및 정착지원에 관한 법률’에 따른 ‘보호대상자’로 보호될 가치가 있는 자 로 보아야 한다고 할지라도, 그렇다고 하여 그들이 이미 범한 국제범죄의 가벌성이 탈락하지 않는다. 위법성 조각사유나 책임조각사유가 긍정되지 않는 한, 그러한 자들이 이미 범한 국제범죄는 처벌된다고 보아야 한다. 북한이탈주민이 대한민국에 있는 경우이기 때문에 이 경우 형사 관할권 문제는 발생하지 않는다. 그러나 국 제범죄 성립 여부를 심사함에 있어서 ‘적용법의 문제 즉, 남한 법을 적용하여야 하는지, 아니면 북한 법을 적용하여야 하는지’, ‘남한 법을 적용하는 경우에도 구체적 으로 범죄성립 요소를 심사함에 있어서 북한 법을 고려할 수 있는지’ 등 많은 문제들이 발생한다.