성과관리는 궁극적으로 성과를 향상시키기 위해 수행되는데, 정부부문의 성과관리는 이윤이라는 명확한 목표의 부재, 상충되는 다양한 가치·목표 추구, 명확한 지표 설정의 어려움 속에 한계가 있다. 이는 정부의 업무가 다양한 가치체계와 이해관계에 엮여있고, 성과목표 측정의 지표 활용도 제한적이기 때문이다. 
성과관리는 성과목표 달성여부를 확인하기 위한 지표를 설계하고 측정 계획을 수립하여 평가 활동을 도출된 정보를 활용함으로써 궁극적으로 성과를 향상시키기 위해 수행된다(Behn, 2002, pp. 5-7). 그러나 정부부문의 성과관리는 민간부문과 같이 단순히 이윤이라는 명확한 목표가 없고, 상충되는 다양한 가치 및 목표를 추구해야하며, 그러한 성과를 판단하는 명확한 지표를 설정하기 어렵다는 점에서 한계를 지닌다(Heinrich, 1999, pp. 366-367; Radin, 2006, pp. 91-114; 박중훈･이광희, 2008, p. 27). 이는 근본적으로 정부의 업무가 다양한 가치체계와 이해관계와 맞물려 있다는데서 비롯된다. 이로 인해 정부 사업을 통해 추구하는 목표가 다양해지고 모호해지면서 광범위한 영역을 포괄함으로 인해 성과목표를 측정하기 위한 지표의 활용도 제한적이라는 것이다. 따라서 다양한 가치체계가 개입하는 정부업무 성과를 평가하기 위한 계획수립 단계부터 모니터링/운영, 성과정보 활용 등 모든 단계에서 영리를 추구하는 민간기업과는 달리 명확한 기준을 설정하여 운영하는데 한계가 있을 수밖에 없다.