4인 이하 사업장과 농림업 등 1차 산업은 휴일, 휴게, 출산휴가, 해고예고, 퇴직급여 등에 관한 현행법 조항이 적용되지 않는다. 최소한의 근로조건을 보장해야 한다는 취지로 만들어진 근기법에 예외조항이 있다는 것은 문제이다.
현행법에 따르면, 휴일, 휴게, 출산휴가, 재해보상, 임금, 해고예고, 퇴직급여 관련 조항은 사업(장) 규모와 무관하게 적용되는 반면에, 해고 등의 제한, 경영상 이유에 의한 해고의 제한, 부당해고 등의 구제신청, 휴업수당, 근로시간제한, 연차유급 휴가, 생리휴가, 취업규칙 등 조항은 현재 상시 4인 이하 사업장 노동자에게는 적용되지 않는다. 충분히 예상할 수 있듯이 정당사유를 갖지 못하는 해고 등이 빈번히 발생할 수 있는 사업(장)에서 오히려 노동자의 해고 등 제한이 적용되지 않는 모순적인 법적용이 현실인 것이다. 이외에도 농림업·수산업·축산업 종사자의 경우 근기 법상 근로시간·휴게·휴일관련 규정 적용이 제외되어 있다. 농림사업 등은 기후·기상 등의 자연적인 조건에 크게 영향을 받는 1차 산업이므로 근로시간 및 휴게·휴일을 획일적으로 적용하는 것이 적합하지 않는 점을 고려한 규정이라 하지만, 이 또한 모순적인 상황이라 할 수밖에 없다. ‘최소한’의 근로조건도 유지되지 못하는 사업(장)에 대하여 ‘최소한’의 기준이라도 제정하여 규제한다는 취지로 제정된 근기법을 적용함에 있어서도 예외조항을 갖고 있는 역설적 상황이 근기법의 가장 핵심적인 문제이다.