1990년대에 들어서 국방정보화가 강조되기 시작해 1995년에 정보체계국 창설, 2006년 방위사업청 개청으로 전장관리정보체계의 업무 이관과 국방부 조직 조정 등을 거쳐 2008년 정보보호팀이 신설되어 최근 사이버방호정책과로 명칭 변경 후 국방부기획조정실 내 4개과로 개편되었다.
1990년대에 들어서 급속한 IT의 발전과 네트워크중심전(NCW) 개념이 도입되면서 국방정보화의 역할이 강조되기 시작하였다. 1995년에 전산, 통신, 지휘통신으로 분산되어 있는 기능을 통합하여 4개과, 49명의 정보체계국이 창설되었다가, 1998년 국방부 조직의 축소 방침에 따라 정책은 차관 직속의 정보화기획관으로 개편되고, 사업은 획득실과 연구개발관으로 다시 분리되었다. 2000년에 국방개혁위원회의 정보화기획관 조직 개편 지침에 따라 정보화 업무의 총괄관리체계 마련을 위해 정책과 사업을 통합하여 1실 2국 8개과로 편성 및 운영되었다. 하지만 2006년 방위사업청이 개청되면서 전장관리정보체계의 사업 승인, 획득 및 집행 업무가 이관되고, 국방부 조직은 정보화정책, 정보체계통합, 정보통신인프라 기능을 수행하는 3개 팀으로 다시 조정되었다. 이후에는 정보시스템에 대한 침해사고가 증가함에 따라 이에 대응하기 위해 2008년에 정보보호팀이 신설되었고, 최근 사이버방호정책과로 명칭을 변경하여 국방부기획조정실 내 4개과로 개편되었다.