감사원은 감사원법에 따라 중앙정부와 기금에 대해 회계검사를 수행하고 국회에 결산보고를 한다. 공공기관은 회계법인의 감사와 감사원 검토를 거쳐 국회에 결산보고를 한다.
중앙정부와 기금은 ｢감사원법｣ 제22조에 따라 감사원이 회계검사를 수행하고 ｢감사원법｣ 제41조에 의거해서 국회에 결산검사보고를 하고 있다. 그리고 중앙정부의 재정정보를 감사원의 e감사시스템으로 연계하여 감사분석에 활용하고 있다. 중앙정부에 속한 공공기관은 2009년에 개정된 ｢공공기관의 회계감사 및 결산감사에 관한 규칙｣에 의해서 2011년부터 외부 회계법인의 회계감사와 감사원의 검토를 거쳐서 국회에 결산검사 보고를 한다. 하지만 감사원의 검토는 재정정보의 정합성 측면에서만 이루어지고 있으며 일반 상장사에 적용되는 금융감독원의 감사계획, 감사조서 등에 대한 감리는 아니다.