보장적 지출에 PAYGO준칙 적용이 제외되거나 대통령 공약, 중점 사업, 정치 민감 사안은 각종 면제 사업 전환 후 예산이 집행되는 형태가 제도의 한계가 된다.
뿐만 아니라, 각종 사회 복지 및 의료 보험 등을 포함하는 보장적 지출(Entitlement Spending) 부문이 증가하는 상황에서 PAYGO준칙 적용이 제외됨으로 인하여, 재정건전성 관리를 위한 PAYGO준칙의 실효성이 논란이 되는 실정이다. 더욱이 대통령의 공약사항이나 중점 사업, 행정 및 입법부에서 정치적으로 민감한 사안의 경우, 이에 대한 지출통제수단으로 적용하기 어렵다는 점에서 각종 면제 사업으로 전환하여 예산집행이 이루어지는 예산전용 행태가 빈번한 현실에서 이들의 제도적 취지와 성과는 크게 제약되는 점을 고려할 수 있다.