핵심역량의 성취 과정은 다양하고 포괄적인 학습을 통해 이루어지기 때문에 가치 영역별로 중영역에 1:1로 배정된 내용으로는 본래 의미를 구현하는데 한계가 있다. 따라서 교육과정 운영상 한계가 있을 수 있음을 알고, 교과 핵심역량을 통합적이고 포괄적으로 반영할 수 있는 체계가 필요하다.
특히 핵심역량의 성취 과정은 다양하고 포괄적인 학습을 통해 이루어진다. 현행과 같이 가치 영역별로 각각의 중영역에 1:1로 배정된 내용 요소의 형태로는 그 본의를 구현하기는 한계점이 있다. 또한 학교 현장에서 교사가 교육 상황의 특수성에 맞게 교육과정을 재구성하고자 할 때 핵심역량 요소의 붙박이식 반영은 교사의 자율성과 교육적 의도를 제한할 수 있다. 따라서 현행 교육과정의 창의․인성요소를 그대로 핵심역량으로 간주하는 것은 교육과정의 운영과 실천에 있어 적용상 모순점과 운영상의 한계를 가져 올 수 있음을 견지해야 한다. 대영역 전반, 혹은 체육과정의 목표에 통합적으로 반영하는 방법과 같이, 인성적, 지적, 사회적 역량의 대범주별로 구분되어 있는 교과 핵심역량을 통합적이고 포괄적으로 반영할 수 있는 체제를 모색할 필요가 있다. 그 한 가지 예로서 내용 영역에서는 다섯 가지 영역별로 각각 한 가지씩의 핵심역량을 배치하여 핵심 역량 중심 체육교육을 위한 효율성과 집중도를 높이는 동시에 그 하위 역량을 제시함으로써 선택의 다양성과 탄력성을 확보할 수 있는 방안도 적용을 고려해 볼 수 있다(이근호외, 2013).