전자상거래 참여 제고→경쟁가격 형성→소매시장 소비자 잉여 증대라는 본 제도의 단계별 목표는 불완전하여 목표 달성이 어렵다. 정책대상도 현물 시장의 우열관계가 그대로 유지되어 적절하지 못하다. 또한 세액공제율 감소로 공급자의 시장 참여가 낮아지고 수요자의 시장 참여를 높이기 어려우며 수입부과금 환급제도와도 중복된다.
그리고 본 제도의 단계별 목표는 국소적으로 불완전하여 궁극적인 정책목표 달성을 기대하기 어렵다. 전자상거래시장 참여제고 → 장내거래로 경쟁가격 형성 → 경쟁 가격의 소매시장 파급을 통한 소비자 잉여 증대라는 단계별 목표는 단계마다 100% 달성이 어렵고, 이렇게 불완전하게 달성된 결과가 다음 단계의 필요조건으로 작용하므로 다음 단계의 성공을 가로막기 때문이다. 정책대상 또한 석유제품 시장참여자들 모두가 정책 대상에 포함되지만, 개별 시장참여자의 상대적 역할이 석유제품시장의 우열관계에 따라 전자상거래시장으로 전이될 가능성이 높아 정책대상의 적절성이 결여된 것으로 판단된다. 이와 함께 본 제도는 전자상거래시장에서의 가격형성과 가격 인하 효과가 부분적으로 나타나지만, 제도변화에 따른 세액공제율 감소에 따른 공급자의 시장 참여도 약화와 수요자의 시장 참여 제고를 기대하기 어렵다는 점에서 제도 운영의 적정성 유지에 딜레마가 존재한다. 마지막으로 본 제도는 수입부과금 환급제도와 중복되는 것으로 파악되는데, 수입부과금 환급제도의 혜택이 본 제도의 혜택에 비해 상대적으로 더 크고 즉각적으로 발생하므로, 본 제도는 사후적, 보완적으로 활용될 가능성이 크다.