한국보건사회연구원이 평가를 하고 있다. 평가지침을 해당부처에 통보한 뒤 해당 부처로부터 추진실적을 받는다. 조직 내에서 자체적으로 평가하며, 제출받는 동안 조사들도 실시한다.
한국보건사회연구원에서 일련의 평가과정을 맡아 진행하고 있다. 자문의견에 따르면, 보통 매년 7월 이후 평가지침을 해당부처에 통보한다. 전년도 예산집행실적이 6월은 돼야 최종 집계되기 때문이다. 이후 해당 부처로부터 전년도 시행계획에 따른 추진실적을 받는데, 제출한 실적을 검토하고 미비한 부분에 대해서는 수정 보완을 해야 하기 때문에 12월말은 돼서야 취합이 거의 마무리 된다고 한다. 별도로 평가단을 구성하지 않고 한국보건사회연구원 연구진이 부처에서 보내온 추진실적을 자체적으로 평가하고 있다. 추진실적을 제출받는 동안 정부정책에 대한 국민인식조사와 전문가의견조사가 함께 실시된다.