자유학기제의 핵심은 학생이 수업 주도권을 갖는 것이다. 평가도 학생 성장을 돕는 수업의 한 형태로서, 또 학습 과정에 따른 핵심성취 수준을 확인하기 위해 이루어져야 한다.
자유학기제 수업 변화의 중심은 교사에게 있던 수업의 주도권이 학생에게로 옮겨 간다는 데 있다. 수업의 주도권이 학생에게 옮겨 간다면 동시에 수업의 한 형태인 평가도 그러해야 한다. 자유학기제 시행에 앞서 수업 및 평가 방법을 고민하는 자리에서 먼저 평가에 대한 기존의 고정관념으로부터 탈피해야 한다는 데 의견이 모아졌다. 학생들을 줄 세우기 위한 수단으로서의 평가가 아니라 학생의 성장을 돕는 수업의 한 형태로서의 평가가 되도록 했다. 이를 위하여 형성평가, 자기평가 등 학습 과정에 따른 핵심성취 수준을 확인하면서 교과별 수시평가, 과정중심평가가 될 수 있도록 하였다.