규제비용총량제 문제점은 기업의 직접비용만 고려해 기업편향적이고, 간접비용을 간과할 경우 국민전체의 손실을 도외시한다는 점이다. 피규제기업의 규제부담을 실질적으로 감축하고, 규제영향분석을 통해 국민 전체에 미치는 영향을 파악할 필요가 있다.
첫째, 규제비용총량제 핵심 키워드인 ‘규제비용’이라는 개념의 이해에 있어 규제분석센터 및 각 부처 비용분석담당자 그리고 그 외 규제전문가 및 언론 사이에 다소간 차이가 존재한다. ‘규제비용’ 개념에 대한 명확한 이해는 올바른 규제비용분석을 위해 무엇보다도 선행되어야 할 문제이다. 규제비용총량제의 문제점을 지적하는 몇몇 기사 및 전문가들은 아직도 규제비용총량제가 기업의 직접비용만을 고려하고 기업편향적일 수 있으며, 간접비용을 간과할 경우 국민전체의 손실에 대해서는 도외시한다는 점을 지적하고 있다. 이는 규제비용총량제가 규제영향분석의 일부로서 보완적으로 적용된다는 점을 간과하고 있기 때문이다. 규제비용총량제는 피규제기업의 규제부담을 실질적으로 감축함을 목적으로 하고 있고, 규제영향분석과의 보완적 적용을 통해 국민 전체에 미치는 영향을 올바르게 파악할 수 있음을 다시 한번 상기할 필요가 있다.