국가와 지방자치단체 간 분쟁 조정을 위해 한국은 협의조정기구를 설치, 운영하나 그 실효성이 약한 반면, 일본은 국지방계쟁처리위원회가 법원을 대신해 분쟁을 조정하고 중립성을 담보하는 등 실효성을 높이고 있다.
한국은 1999년 지방자치법 개정으로 협의조정기구를 설치･운영하고 있으나, 그 구성이 부처 장관 중심으로 이루어져 공정성을 담보할 수 없고, 행정협의조정위원회에서 내리는 결정이 법적 구속력이 없어서 이행을 강제할 수 없다는 점이 위원회의 실효성을 약하게 하고 있다. 이에 반하여 일본은 지방분권일환으로 국지방계쟁처리위원회를 신설하여 법원을 대신할 제3자적 입장에서 국가와 지방자치단체 간의 분쟁을 조정하고 있다. 위원회 구성을 국회의 동의를 거쳐 임명함으로써 중립성을 담보하고, 권고사항에 대하여는 행정청이 필요한 조치를 하도록 강제하고 있으며, 국가의 관여에 관련하여 고등재판소에 소송을 제기하려면 국지방계쟁처리위원회의 심사를 거치도록 하는 전치제도를 도입하여 계쟁처리위원회의 실효성을 높이고 있다.