실제 중요한 내용과 합리적 절차는 무시되어 AHP 본래의 효과가 달성되지 못하고 있는 문제점이 많이 나타나고 있다. 깊은 고민이나 충분한 경험 없이 활용함으로써, 전문성을 믿고 의지한 고객에게 올바르지 못 한 분석 결과를 제시하는 경우가 잦은데, 이를 극복하기 위해 노력해야 한다.
그런데 활용이 증가함에 따라 문제점도 많이 나타나고 있다. 밖으로 드러나는 모습, 즉 무늬에 치중하고 실제 중요한 내용과 합리적 절차는 무시되어 AHP 본래의 효과가 달성되지 못하고 있는 모습이 많이 목격된다. 특히 일부 자문 회사나 컨설턴트들이 깊은 고민이나 충분한 경험 없이 활용함으로써, 전문성을 믿고 의지한 고객에게 올바르지 못 한 분석 결과를 제시하는 경우를 자주 본다. BSC에서 보았듯이, 충분한 이해 업시 쉽게 접근하거나 그럴듯한 설명과 framework에 현혹되어 무분별하게 도입하곤 한다. 이럴 경우 잘못된 판단으로 오히려 더 나쁜 결과를 가져오는 경우도 많다. 뿐만 아니라 그 과 정에서 많은 시간과 자원의 낭비가 발생하여 당초의 기대와는 정반대의 결과가 초래되기도 한다. 17년의 경험이 쌓인 지금도 뒤돌아 보면 과거에 부족했던 점들을 반성하는 경우가 많은데, 하물며 짧은 지식과 경험에 의존하여 활용하는 경우에는 말할 것도 없을 것이다. ‘선무당이 사람 잡는다’는 말을 되새기며 이를 극복하기 위해 노력해야 한다.