세금은 사회적 저항이 가장 큰 단점이 있어 세금을 통한 에너지가격 인상은 특정산업이나 계층에 타격을 주고 합의를 위한 사회적 비용이 많이 소요된다. 또한 에너지수요는 단기 가격탄력성이 크지 않아 세금부과를 통한 수요 감축효과는 미미하다.
세금의 단점은 다음과 같다. 첫째, 세금은 사회적 저항이 가장 큰 정책수단 중 하나이다. 특히, 세금을 통한 에너지가격 인상은 특정 산업(예컨대, 에너지다소비 산업)이나 저소득층에 큰 타격을 줄 수 있다(IEA, 2010). 따라서 세금부과가 실제로 시행되는 과정에서는 사회적 합의를 위한 비용이 많이 소요될 수 있어, 산업구조와 분배구조에 대한 충분한 고려가 필요하다. 둘째, 세금을 통한 에너지소비 절감 효과는 에너지수요의 가격탄력성에 따라 내생적으로(endogenously) 결정된다(Gillingham et al., 2009). 에너지수요가 가격변화에 비탄력적일 경우, 세금부과를 통한 수요 감축효과는 미미할 수 있다. 에너지수요는 단기 가격탄력성이 그다지 크지 않은 재화임을 고려할 때(Kim and Heo, 2013), 세금부과를 통해 단기적으로는 큰 수요 감축을 기대하기어려울 수도 있다.