재정사업 심층평가 제도는 문제 사업의 재정 적절성, 효과성, 효율성을 분석평가하여 재정 효율성을 제고하기 위해 운영된다. 심층평가는 모니터링적 재정사업평과와 달리 기획재정부 장관에 의해 과학적 방법론을 활용하여 개선사항을 도출하는 방향으로 이루어진다.
재정사업 심층평가 제도는 문제가 제기된 사업들의 성과를 계량분석과 과학적 기법을 활용하여 분석평가하고, 결과에서 나타난 성공 요인과 실패 요인을 파악하여 해당 사업의 재정 효율성을 제고하고자 하는 목적으로 운영되는 제도이다. 이 제도의 주요 분석 내용으로는 재정사업의 적절성, 효과성, 그리고 효율성 등을 주요 평가요소로 한다. 심층평가는 재정사업 자율평가와 달리 기획재정부 장관에 의해 수행되며, 자율평가 결과 추가 평가가 필요하다가 판단되는 사업에 대해 제한적으로 이루어진다. 계량분석 등 과학적 방법론이 활용되어 보다 심층적인 평가가 이루어진다. 심층평가는 평가의 주체가 기획재정부 장관이며, 평가대상이 제한적이라는 점에서 통합 재정사업평가와 차이를 가진다. 또한, 통합 재정 평가가 체크리스트를 통한 모니터링의 성격이 강한데 반해, 심층평가는 계량분석 등을 통해 해당 사업의 프로세스와 성과의 인과관계를 분석하여 개선사항을 도출한다는 점에서 구별된다.