중앙정보부의 발표에 따르면 민청학련은 공산주의인 인혁당이 시위 등으로 정부를 방해하도록 조종한 것이기에, 관련자들은 사형판결을 받았다. 이는 수치스러운 역사로 남았다.
민청학련 사건을 조사하던 중앙정보부는 그 배후에 인민혁명당(인혁당)이라는 공산주의자 조직이 있다고 발표하였다. 인혁당의 핵심인물이 대학생들에게 민청학련을 조직하도록 배후에서 조종했다는 것이다. 중앙정보부는 인혁당이 전국적인 대규모 시위로 폭동을 조장하고 공공건물을 점거하거나 방화함으로써 정부 기능을 마비시켜 정부를 전복하려 했다고 발표하였다. 당시 비상보통군법회의는 인혁당사건 관련자 8명에 대해 사형판결을 내렸다. 인혁당 사건은 1995년 사법제도 100주년을 맞아 판사 315명을 대상으로 실시한 설문조사에서 '우리나라 사법사상 가장 수치스러운 재판'으로 꼽혔다.