남북의 실질적 통합 과정에서 행정부문은 통일국가 정부를 적절히 협의하고 설계하는 것에 초점을 맞출 것이며 이후 실질적 통일행정부가 구성될 것이다. 
남북이 실질적 통합의 과정에 들어서기 시작하는 분단해소 단계에 있어 행정부문은 새로 등장할 통일국가 정부의 권력구조, 조직구조, 표준직제, 표준운영절차 등을 상호 협의하고 설계하는 데 집중될 것이다. 이 과정은 통일행정에 요구되는 공무원 교육, 통합행정을 위한 연락망 등이 함께 수행될 것이다. 체제통합 단계에 진입하게 되면 본격적인 통일행정의 활동이 개시된다. 이 과정에서 실질적인 통일행정부가 구성되고 행정기구의 개편이 수행될 것이다. 북한지역 공무원의 재교육 및 재충원을 통해 인적 자원이 확보될 것이며, 통일행정전산망이 설치되어 전국적인 행정망이 구축될 것이다.