공공토론기구의 독립성과 중립성을 위해 새로운 독립위원회 형태로 신설하는 방법과 국민대통합위원회의 독립성을 강화하고 공공토론 기능을 부여하는 방법이 있다.
공공토론기구가 공공갈등 예방과 해결에 필요한 독립성과 중립성을 보장받기위해서는 국가인권위원회와 같이 새로운 독립위원회 형태로 신설하는 방안을 고려해 볼 수도 있을 것이다. 왜냐하면 공공갈등 조정의 제1원칙이 중립성과 신뢰성이라는 점을 고려할 때 어느 기관에 예속되어 있는 것은 적절하지 않기 때문이다. 또한 대통령 자문기구인 국민대통합위원회의 기능과 독립성을 강화해 공공토론 기능을 부여하는 방안도 제시되고 있다. 독립행정기관으로서의 공공토론기구는 ｢정부조직법｣ 제18조의 적용을 받지 아니하고 독립적으로 권한에 속하는 사무를 수행하게 된다.