기존 혁신이론들은 혁신성과의 선형적 투입-산출 관계에서 특히나 투자규모같은 투입요소를 강조하는 측면이 있다. 반면 혁신생태계론은 혁신의 투입과 산출 간의 관계보다는 혁신과정의 상호작용, 순환적 연관관계 등을 중시한다.
먼저 혁신체계론을 비롯한 기존 혁신이론들은 혁신성과의 선형적 투입-산출 관계를 중시하는 경향이 있다(Wallner et. al, 2008). 특히 투입요소를 강조하는 측면이 강한데, 전반적인 기술개발 투자규모, 정부의 고등교육 투자, 고용된 과학자의 수 등과 같이 혁신역량에 영향을 미치는 투입요소를 중요시한다. 이들 투입요소들은 모두 경제성장, 특허등록건수, 혁신의 파급성(하나의 혁신에 연계된 중간생산단위의 수)과 같은 산출량과 밀접하게 연관되어 있는 것으로 간주되고 있다. 이에 비해 혁신생태계론은 혁신의 투입과 산출 간의 관계보다는 혁신과정의 상호작용과 네트워크, 순환적 연관관계 등을 강조한다. Papaioannou et al.(2007)는 전통적 혁신체계론과 혁신생태계론의 주요 차이점은 혁신생태계론이 혁신과정에 시장매카니즘을 더 강하게 개입시키고 있다는 점을 들고 있다. 반면에 전통적 접근은 비시장적 제도의 역할과 역사적으로 형성된 관계를 더 중시한다고 본다.