개별평가는 정부업무평가위원회의 협의를 거치지 않고 모든 정부의 평가를 하는 것이다. 그런데 기본법에 근거해 "개별평가의 예외적 허용" 개념으로 다시 평가를 하는 것은 기관의 자율성을 침해할 수 있음을 간과해서는 안될 것이다.
그러나 개별평가의 개념은 광의로 정의될 경우, ‘점검, 분석, 평가 등 다양한 이름으로 실시되지만, 사실상은 정부업무평가위원회의 협의를 거치지 않은 채 통합평가와 유사하게 개별부처가 타 기관에 대해서 실시하는 평가’ 뿐만 아니라, ⅰ) 개별 부처에서 부처 산하기관 또는 조직 내부 인사, 목표달성 등을 목적으로 실시하는 평가, ⅱ) 광역 지자체가 산하 기초 지자체를 평가하는 평가, ⅲ) 민간기관 및 정책대상자 등을 평가하는 평가 등 사실상의 모든 정부 내 평가제도 각각을 포괄하는 개념이 되기도 한다. 즉, 기본법에 의해 실시되는 통합평가가 아닌 모든 정부의 평가를 개별평가라고 명명할 수 있다. 따라서 이처럼 개별평가를 광의로 정의하면서 기본법 상에 규정된 ‘개별평가의 예외적 허용’ 개념을 적용하게 되면 각 기관의 자율성을 지나치게 침해하는 결과를 가져온다.