재정지원 평가는 대학별 특성화로 차별화된 경쟁력을 유도해야 한다. 교육부는 고등교육 종합발전에 대학의 특성화와 연계하는 계획을 모색하고 있지만 특성화 정도가 미미하다.
한편, 대학별 특성화로 차별화된 경쟁력을 유도할 수 있는 재정지원 평가가 실시되어야 할 것이다. 2014년 교육부의 ‘고등교육재정 지원계획’은 5대 추진 방안 중 하나로 고등교육 종합발전을 기초로 한 투자를 제안하였다. 고등교육 종합발전에서는 ‘대학의 특성을 반영하는 평가방식 도입’을 제안하였고, 그 일환으로 대학을 교육⋅연구⋅산학협력 중심으로 유형화하여 차별화된 경쟁력 확보 방안을 모색하고 있다. 이에 따라 정부의 재정지원 평가사업 역시 대학의 특성화와 연계되어야 하나 아직까지는 특성화보다는 소재지나 규모 등 그 외의 요인에 의해 수혜대학이 편향된 것을 알 수 있다.