기업의 생산과 생산요소 결정에 주요 역할을 하는 법인세의 부과로 인해 법인 부문과 비법인 부문의 생산요소에 변화가 생길 수 있으며, 이는 최적화된 자본과 노동의 결합을 왜곡시켜 효율성의 문제를 일으킬 수 있다.
효율성 관점에서 법인세는 기업의 생산과 생산요소 결정에 영향을 주게 되는데, 이에 따라 자원배분의 왜곡, 효율성 저하 등 경제에 미치는 파급효과를 크게 가질 수 있다. 생산요소 측면에서 볼 때 법인세 부과는 법인 부문의 자본비용을 상승시켜 경제 전체적으로 자본과 노동의 최적 배합을 왜곡시키는 효과를 갖는다. 법인 부문은 산출량 감소에 따라 생산요소의 이용을 줄이면서 비용이 높아진 자본 대신 노동 이용을 늘이게 되고, 비법인 부문은 법인 부문 대비 상대가격 하락에 따른 산출량 증가로 생산요소의 이용이 늘면서 법인 부문의 자본 수요 감소에 따라 자본 이용이 보다 증가하게 된다. 이렇게 법인과 비법인 부문의 변화에 따라 경제 전체적으로 생산요소의 이용이 최적 결합에서 벗어나게 되면서 효율성에도 문제가 발생할 수 있다.