자유학기제의 효과적 운영을 위하여 단위학교 관리자의 자유학기제 에 대한 높은 인식과 리더십의 중시된다.  지역사회 인프라를 동원하는 데에도 관리자의 리더 십 및 역량이 중요하다.
자유학기제의 효과적 운영을 위하여 단위학교 관리자의 자유학기제 에 대한 높은 인식과 리더십의 중시된다. 관리자는 학교의 자유학기제 운영 목표를 위하여 분명한 방향 제시가 필요하며, 구성원들 간 합의 된 방향으로 구성원의 힘이 모일 수 있도록 리더십을 발휘하여야 한 다(신철균, 2013). 또 자유학기제가 처음 운영되는 상황에서 발생할 수 있는 학교 내의 여러 의견 충돌들을 적절히 중재하고 문제점 개선 을 위한 의견을 수용하여 교육청 및 교육부의 도움이 필요할 때 일정 역할을 하는 것이 필요하다(신철균, 2013). 이와 같은 관리자의 리더 십은 경험적으로도 중요한 것으로 나타났다. 2013년도에 자유학기제 를 운영한 학교 교원들은 자유학기제의 체계적인 운영은 관리자의 생w각에서부터 시작한다고 입을 모은다. 특히 진로탐색에 집중하는 자유 학기제 프로그램의 경우 지역의 직업체험 장소의 적극적 확보가 필수 적인데, 이와 같은 지역사회 인프라를 동원하는 데에도 관리자의 리더 십 및 역량이 중요하다.