세계 경제질서 개혁기인 2001년 이후 중국은 WTO 가입 후 급속한 경제 성장으로 경상거래 항목의 한도관리와 외환리스크 심사제도가 폐지되었다. 2002년 12월 적격외국인기관투자자제도의 도입으로 환율제도가 변화하고  2005년 7월 관리변동환율제도로 시장수급이 원활해졌다. 2006년 4월에는 적격내국인기관투자자제도로 외환 유출입 및 균형의 확립과 외환의 무역투자관리가 간소화되었다.
제3단계(2001년 이후)는 세계 경제질서에의 적응 및 개혁기로, 외환관리 체제개혁을 심화시키는 기간이다. 2001년 중국의 WTO 가입 이후 중국경제가 급속하게 성장하면서 무역흑자, 외상투자, 국제수지 흑자 등이 큰 폭으로 증가하고 외화보유액도 크게 증가하였다. 이에 경상거래 항목의 한도관리가 폐지되었고 기업의 자율권을 보장하기 위해 외환리스크 심사제도 등이 철폐되었다. 2002년 12월 적격외국인기관투자자제도(QFII: Qualified Foreign Institutional Investors)가 도입되었다. 환율제도도 변화가 생겼는데, 2005년 7월에 시장수급을 좀 더 원활하게 하기 위하여 통화바스켓 구성을 반영하는 관리변동환율제도로 전환되었다. 2006년 1월 외환시장의 시장조성자(market maker) 제도가 도입되었고 2006년 4월 적격내국인기관투자자제도(QDII: Qualified Domestic Institutional Investors)가 실시되었다. 이 기간 동안 외환 유출입 및 균형에 대한 원칙과 제도가 확립되었고 자본항목 자유태환도 어느 정도 진전을 보였으며 외환의 무역투자관리가 전보다 간소화되었다. 2008년 8월에는 1996년에 제정된 ｢중화인민공화국 외환관리조례(中華人民共和國外滙管理條例)｣가 개정되면서 경상거래, 자본거래, 국제 수지 통계 감독, 외환보유액 관리, 환율 및 외환 시장 등 5개 부문으로 구성된 현재의 외환관리체제의 골격이 완성되었다.