개별세법상 조세지출이 다수의 정책 기능 포함을 감안하면, 조세지출도 조특법 체계를 적용한 예산서를 작성해야한다. 정책적 기능이 없는 경우, 별도 구분 관리 방안도 검토할 수 있다.
개별세법상의 조세지출이 필요경비적 성질 외에도 정책지원 기능을 갖는 다수의 항목을 포함하고 있는 점을 감안하면, 전체 조세지출 운용 현황을 정확히 파악하고 이를 통해 제도 시행의 효과성을 종합적으로 평가할 수 있도록 하는 방향에서, 개별세법상 조세지출 항목에 대해서도 ｢조특법｣상 분류체계를 적용하여 조세지출예산서가 작성되어야 할 것이다. 정책적 기능이 사실상 거의 없고 필요경비적 요인이거나 이중과세 조정 등을 위한 조세특례 항목들의 경우 일반적인 조세체계의 성격에 가까운 제도로 보고, 이들에 대해서는 과거 조세지출예산서의 “비망 항목”등과 같이 별도로 구분 ․ 관리하는 방안도 검토할 수 있겠다.