지자체의 인권제도 마련에서 더 중요한 것은 제도의 실효성 있는 운영이다. 현재의 인권제도 운영 현황을 보면, 풀뿌리 민주주의 실현에 대한 기대를 충족하지는 못하고 있다.
그런데 지방자치단체의 인권제도 구축 과정에 있어서 더 중요한 것은 인권조례 제정 등 외형적인 제도의 마련으로 끝나는 것이 아니라, 그 제도가 실효성을 갖추고 실질적으로 운영되어야 한다는 점이다. 현재 인권제도 운영 현황을 고찰해 보면, 풀뿌리 민주주의를 실현하기 위한 기대만큼의 실효성을 담보하고 있지는 못하고 있다. 여기서 인권조례 제정을 필두로한 인권제도화 과정 속에서 드러나는 문제점을 해결하고, ‘인권에 기반을 둔 행정’(rights-based administration), 즉 바람직한 인권 거버넌스(human rights governance)를 위해 향후 전개되어야 할 과제를 개략적으로 정리해 보면 다음과 같다.