학교전담경찰관의 업무 중 하나인 상담 임무는 2006년 여학생 삼담 중 일어난 성범죄를 계기로 사라졌다. 제도의 개선도 뒤따랐으며 상담 업무는 전문기관에게 넘어갔다.
학교전담경찰관의 주요 임무로 여겨졌던 상담임무가 제외된 것은 지난 2016년 부산의 한 학교전 담경찰관이 상담하던 담당학교 여학생을 상대로 성범죄를 저지른 사건을 계기로 학교전담경찰관 제도 자체에 대한 비판이 제기된 데 따른 것이다. 경찰청은 그해 7월 학교전담경찰관 제도 전반에 대한 제도개선 대책을 발표하면서 향후 학교전담경찰관의 역할은 ‘학교폭력 대응 및 범죄예방’사안 등 ‘안전’관련 업무에 집중하고, 일반 상담 등 ‘교육’관련 업무는 교육당국에 연계하거나 협업하도록 역할을 재정립하였다고 밝혔다. 이에 따라 상담 업무는 폭력 등 피해사실 확인 차원의 면담 수준에 서 실시하며, 폭력과 관련이 없는 일반 상담 등은 학교 및 교육･청소년 관련 전문기관에 인계하기로 결정하였다(경찰청, 보도자료, 2016.7.14).