전자정부 사업들이 대통령의 지원을 받아 독립적으로 운영되고, 청와대 비서실에 직접 보고되었다. 전자정부 추진 관련 이해관계자들과 다양한 민간전문가가 모두 참여하여 성공적이라는 평가를 받는다.
첫째, 당시 김대중 대통령의 높은 관심과 지원 속에서 전자정부 사업들이 우리나라 최초의 ‘대통령 프로젝트’로 진행되었다는 점이다. 전자정부특별위원회는 형식상으로는 정부 혁신 추진위원회의 특별위원회로 출범했지만 운영 면에서는 독립성과 자율성을 가졌으며 업무의 대부분을 청와대 비서실에 직접 보고하는 준독립적 지위를 확보하였다. 또한 전자정부특별위원회 위원장은 민간전문가로 임명되었으나, 대통령 자문기구인 정부 혁신추진위원회 산하로 구성되어 대통령 비서실을 통한 상시보고 채널을 확보하였다. 특히 예산전담조직인 기획예산처, 정보화 전담조직인 정보통신부, 부처 행정업무 전담기관인 행정자치부 등 전자정부 추진과 관련된 주요 이해관계자들이 모두 참여한 형태로 이루어졌으며 민간의 다양한 전문가가 참여하여 의사결정의 전문성과 추진력을 갖추고 전자정부 11대 중점 추진과제를 성공적으로 완성했다는 평가를 받게 되었다.