제2차 기본계획은 4대 정책영역 설정 후 전체 20개 부처가 주관하는 200개의 인적자원개발사업을 20개 정책분야로 간추려 정리했다. 정부와 기업, 대학 등의 역할을 명확히 하고 각 부문간 연계를 위한 협의체, 협력체 등을 명시했으며 정책영역별 성과지표를 적용하는 등 제 1차 기본계획의 문제를 극복하려 했다.
제2차 기본계획은 ‘국제 경쟁력 있는 핵심 인재 양성’, ‘전 국민의 평생학습 능력 향상’, ‘사회통합 및 교육･문화･복지 증진’, ‘인적자원개발 인프라 확충’ 등 4대 정책영역을 설정하고 모두 20개 부처가 주관하는 200개의 인적자원개발 사업을 20개 정책분야로 요목화하였다. 주체별 역할을 살펴보면 대학을 비롯한 인적자원 공급 부문은 다양화와 특성화 교육을 통해 시장 반응형으로 전환하고, 배출 인력과 연구성과에 대한 평가를 수행하도록 하였다. 기업을 비롯한 인적자원 수요 부문은 능력 중심 인사관리, 재직자 능력개발, 대학과의 인력 및 기술 교류 확대 등을 꾀하도록 하였다. 제2차 기본계획은 이렇게 공급부문과 수요 부문을 연계할 수 있도록 산업별 협의체, 산학협력단, 지역인적자원개발협의회 등을 구체적으로 명시하였다. 정부는 국가인적자원개발 정책수단으로 인적자원개발 품질인증 체제 확립, 수요자 중심 재정 지원, 교육･노동시장의 정보 유통 체제 구축, 산업체의 애로요인 발굴 및 제도 개선 등을 수행하는 역할을 맡았다. 제2차 기본계획은 정책영역별로 성과지표를 설정하였는데 이는 제1차 기본계획이 목표와 정책과제의 추상성으로 인해 사업 추진과 평가에 어려움이 있다는 문제를 극복하려는 것이었다.