형사조정센터의 운영지원 업무는 행정적 지원과 컨설팅, 형사조정위원회 운영의 가이드라인을 제시, 형사조정제도 발전 방안을 모색하는 역할을 한다.
형사조정센터의 운영지원 업무는 각 지방검찰청과 지청에서 활동하는 형사조정위원회의 운영이 효율적으로 이뤄지도록 행정적 지원과 컨설팅을 해주는 역할을 담당한다. 전국적 형사조정위원회의 위촉, 해촉 등의 인적현황과 교육이수여부, 조정활동 상황에 관한 필요한 정보를 통합 관리하여 형사조정위원회 효율적 운영의 가이드라인을 제시해야 한다. 이를 통해 잘 운영되는 형사조정위원회 모델을 발굴하여 다른 지역의 형사조정위원회에 도움을 주고 상호 네트워크 형성 및 협력을 강화하는 역할을 수행하는 것이다. 또한 형사조정위원들이 체계적 지원을 받을 수 있도록 형사조정제도 전반에 대한 평가 및 발전방안에 대한 의견 수렴을 통해 지속적인 형사조정제도 발전 방안을 강구하는 역할을 맡는다.