헌법재판소는 감사원의 지방자치단체에 대한 합목적성 감사에 대해 헌법의 취지에 의거 지방자치단체의 자치사무에 대한 감사의 정당성과 합리성을 다수의견으로 인정하였으나, 소수의견 중 충돌하는 2개의 헌법적 법익의 가치 모두 최대한 실현될 수 있도록 해석해야 한다는 의견도 있었다.
최근 감사원의 지방자치단체에 대한 합목적성 감사에 대한 헌법재판소의 합헌결정에서, 다수의견은 헌법의 취지, 현행 ｢감사원법｣의 근거규정 및 지방자치단체의 여건 등을 고려하면, 지방자치단체의 자치사무에 대한 합목적성 감사의 근거규정은 그 목적의 정당성과 합리성을 인정할 수 있고, 또한 지방자치단체의 고유한 권한을 유명무실하게 할 정도로 지나친 제한을 함으로써 지방자치권의 본질적 내용을 침해하였다고는 볼 수 없다고 하였다. 그러나 동사건에서 자치사무에 대해서 합목적성 감사까지 하게 되면 지방자치단체의 독립성과 자율성이 크게 제약을 받으므로 지방자치제도의 본질적 내용을 침해하게 될 것이라는 소수의견도 있었다. 특히 주목할 점은 소수의견에서 제도적으로 보장된 감사원의 감사권과 지방자치단체의 자치권이 충돌하는 경우에는 헌법해석에 있어서의 규범조화적 해석의 원칙에 의하여 어느 하나의 헌법적 법익만을 선택하고 그 나머지 법익을 희생시켜서는 안 될 것이며 오히려 충돌하는 2개의 헌법적 법익들이 모두 그 가치가 최대한 실현될 수 있도록 조화롭게 해석하여야한다고 하였다는 점이다.