중소기업은 대기업의 영역 확장 등으로 매우 어려운 상황에 놓였으며 이는 우리 경제의 노후화를 초래할 수 있다. FTA는 중소기업에게 기회를 제공할 수 있으나 중소기업이 새로운 시장에 접근할 때 생기는 진입장벽 해소를 위해 정부가 노력해야 한다.
돌이켜보면 1990년대 시장체제 확립이라는 원칙아래 정부개입을 지양하였던  정책이 우리 경제의 과점적 성격을 간과한 측면이 있다. 그 결과 중소기업은 불리한 여건 속에서 경쟁하였고 또한 대기업의 영역 확장과 내부거래로 좁은 국내시장에서 성장을 제약받으면서 최근에는 중소기업 고유업종 지정이라는 사태까지 직면하게 되었다. 대기업으로 성장한 중소기업이 0.07%에 불과하다는 사실은 궁극적으로 창업정신의 쇠락을 유발하여 우리 경제의 경직화 혹은 노후화를 가져올 수 있다. 하지만 FTA는 이제 과점적이고 협소한 국내시장이 허락하지 않는 새로운 기회를 중소기업에게 제공할 수 있다. 또한 해외업체와의 연대는 인재나 자본유치 등 중소기업의 고질적 문제를 해결할 수 있는 통로로 작용할 수 있다. 문제는 새로운 시장에 접근하는데 있어서 각종 고정비용등이 중소기업에게 결정적 진입장벽이 되므로이 부분에서 정부가 중요한 역할을 해야 한다.