국내 TLO의 경우 필수경비에 소요되는 예산 대부분이 정부에 의존하고 있으며 재정자립화 계획도 논의되지 않고 있다. 또한 정부의 TLO지원은 각각 별도로 운영하여 이원화되어 있다.
정부는 영세한 TLO 8개 기관을 지원하기 위해 별도의 공동TLO를 운영하고 34억원을 신규 지원하겠다고 발표하는 등 TLO 기능 강화 대책을 추진하고 있으나 자립기반이 취약한 TLO의 운영비 조달에 그칠 우려가 있다. 국내 TLO의 경우 인건비, 운영 및 행정경비, 기술마케팅 비용 등 필수경비에 소요되는 예산 대부분을 정부에 의존하고 있으며, 상대적으로 역량이 우수한 선도TLO의 경우에도 재정자립화 계획이 논의되지 않고 있는 형편이다. 또한 정부의 TLO지원은 대학과 정부출연 연구소를 분리하여 각각 미래창조과학부와 산업통상자원부가 별도로 운영하고 있어, 공공연구기관 TLO 지원 정책이 이원화되어 있다.