김대중-김종필 연합정부에서는 국무총리의 위상이 강조되어 국무조정실의 권한이 강화되었다. 그러나 이명박정부에서는 국무총리실로 통폐합되고 박근혜 정부에서 다시 국무조정실로 바뀌었다.
1998년 2월 28일 김대중 정부에서는 행정조정실을 국무조정실로 명칭을 변경하였고, 국무조정실장을 기존의 차관급에서 장관급으로 격상하였다. 당시 소위 김대중-김종필 연합정부가 구성되어 국무총리의 위상과 역할이 강화되었던 것이다. 국무총리의 위상 및 역할이 강화되면서 국무총리실이 “중앙행정기관 및 국무총리 소속기관에 대한 지휘･감독, 정책조정, 심사평가 등을 실질적으로 관장하여 일반 행정에 관한 한 청와대 비서실 이상의 역할을 담당”하였다(이재원, 2014: 188). 그러나 이명박 정부 기간에는 국무조정실이 국무총리실로 통폐합되었다가 이후 박근혜 정부 들어 다시 국무조정실로 개편되었다.