건별 운전자금 보증금액 1억 원을 초과하는 신규ㆍ증액 R&D보증은 자금사용의 적정성을 점검하고 자금집행계획서와 자금사용내역서를 접수하여 용도 외의 사용에 대해 제재 조치를 취하고 있다.
한편 ｢R&D보증 업무처리방법｣과 ｢보증기업 자금사용 적정성 점검 방법｣에 따르면 건별 운전자금 보증금액 1억 원을 초과하는 신규ㆍ증액 R&D보증에 대해서는 자금사용의 적정성을 점검하도록 되어 있다. 그리고 이와 관련하여 보증서 발급 시에 보증업체로부터 자금용도, 집행시기, 소요금액 등을 기재한 자금집행계획서를 접수하도록 하는 한편, 보증서 발급 후 최종 자금소요시기에는 실제 자금사용내역을 기재한 자금사용내역서를 접수하되 내용이 기재되지 않은 상태로 양식만 접수하는 등 형식적으로 접수하는 사례가 없게 관리하도록 되어 있으며, 용도 외 사용 기업에 대해서는 신용정보관리 등록, 보증해지 요구 등의 제재 조치를 하도록 되어 있다.