초등돌봄교실은 아동의 다양한 요구를 수렴해 일몰 전 시간까지만 주로 교과 외 체험 활동을 하며 학교 내에서 학습 지도도 하는 등 다른 프로그램과 연계해서 운영할 수 있는 개선 방안을 마련할 수 있다.
특히 초등돌봄교실은 다른 프로그램과의 연계운영이 필요한 부분이 크다. 현재의 초등돌봄교실 운영은 저녁 늦은 시간까지, 제한된 공간에서, 한정된 프로그램으로 아동을 수용하고 있는 측면에서 제약이 크다. 참여하는 아동의 다양한 요구들이 얼마나 충분히 수용되어 있는지의 문제도 검토해야 할 것이다. 이에 우선 초등돌봄교실에서 일몰 전 시간까지만 방과후 아동들을 보호하고 학습지원을 하는 방안을 검토할 수 있다. 또한 일몰 전 시간까지의 서비스 제공내용도 학교내 운동장이나 체육관, 음악실, 도서관 등을 활용하여 가능하면 아동들의 교과외 체험활동을 장려하는 방안으로 한다. 혹은 학습지도의 수요가 큰 학교의 경우에는 방과후학교와 연계하여 학교 내에서 학습지도가 가능할 수 있도록 지도하는 방안도 검토할 수 있다.