컴퓨터프로그램의 보호의 핵심은 그 기술 내용이다. 그런데 저작권법은 기술내용의 보호에는 적합하지 않아 특허법적 보호가 주목받게 된 것이다. 하지만 컴퓨터프로그램이 자연법칙을 이용하고, 신규성과 진보성을 가진다면 특허로서 보호를 받는다.
즉,“컴퓨터프로그램은 쓰여진 것이지만 단순히 프로그래머의 사상이나 감정의 표현이 아니라 하드웨어의 제약을 받으면서 효율성과 경제성, 사용의 용이성 등을 생각하여 창출된 기술적 산물이기도 하며, 보호의 핵심은 그 기술 내용이다. 그런데 저작권법은 기본적으로 표현만을 보호하는 것이어서 기술내용의 보호에는 적합하지 못하다”고 지적된다. 또한 보호기간은 현행 70년 간의 지나치게 길며, 오히려 SW 발전을 저해하는 요인으로 작용할 수 있다고 지적된다. 실제 Altai 사건에서 구조, 절차, 조직(SSO)에 대한 보호가 부정되면서, 저작권법적 보호의 한계 때문에 CONTU 보고서의 권고에 따라 저작권법의 개정을 통해서 보호받았던 컴퓨터프로그램에 대해 특허법적 보호가 주목받게 된 것이다. 물론 컴퓨터프로그램은 자연법칙을 이용하고, 신규성과 진보성을 갖춘 경우라면 특허로서 보호를 받는 것에는 이견이 없다.