피의자, 참고인 조사 원칙은 검사의 소관이나 검찰수사관이 조사할 때도 있다. 이때 검사의 입회가 필요한 등의 문제로 피의자처럼 느껴지지 않게 참고인을 배려해야 한다. 이를 위해 배려요령을 전 검찰청에 하달하거나, 특별절차를 마련할 필요도 있다. 감사원의 고발은 일반인 고발과는 다르니 적극적으로 처리해야 하고, 소극적 법리해석으로 인한 무혐의라는 불신감을 해소하기 위해 관리를 강화해야 한다.
피의자, 참고인 등의 조사는 원칙적으로 검사가 하지만 관행적으로 검찰수사관이 조사할 경우도 있다, 이때 반드시 검사가 입회하여야 하는데 참고인 조사를 위해서 별도의 외부장소에서 조사를 하게 되면 여러 가지 번거로움이 있어 꺼려하는 실정이다. 이러한 여러 사정을 감안하여 참고인이 피의자 같은 느낌을 받지 않도록 청사 내의 다른 장소를 선정하거나, 청사 출입 시부터 조사를 마칠 때까지 공무원으로서의 참고인에 대한 배려 등을 세심하게 할 필요가 있다. 이를 위해서 필요하다면 검찰총장의 지시 등으로 공무원 참고인 조사 시 배려 요령 등을 전 검찰청에 하달할 수도 있을 것이다. 결국 감사원 고발 사건에 관하여 감사관의 부담을 경감하고 궁극적으로 고발건의 효과성을 제고하기 위한 특별절차의 마련도 필요하다고 본다. 더불어 검찰 입장에서도 헌법기관인 감사원이 감사결과 범죄혐의가 상당하다고 판단하여 감사위원회의 등 일정한 절차를 거쳐 고발하는 것으로 수사를 통해서 밝혀 달라는 것이므로 일반인의 고발과는 다르게 중요성을 인식하여 적극적으로 처리하는 것이 바람직할 것이다. 감사결과 범죄혐의가 상당한 고발 등이 무혐의로 처리되고 있는데 대하여 감사원 내부적으로는 소극적인 법리해석 등으로 무혐의 처리되고 있다고 생각하고 있으므로 이에 대한 불신감을 해소하기 위해서는 별도의 처리지침 등을 제정하여 관리를 강화할 필요가 있다. 이를 위해서 대검예규 등에 감사원 고발 수사요청 사항의 처리 등과 관련하여 참고인 진술시 충분한 배려와 적극적인 처리 및 관리를 위한 지침 등을 마련하는 것도 한 방법이다.