대법원이 선고한 양심적 병역거부 판결의 다수의견에 대한 제2보충의견에서 자유권규약의 경우 인권이 전세계적･보편적인 문제라는 당위성에서 만들어진 국제인권규약으로 개인에게 직접 권리를 부여하는 조항으로 규정되어 있어 국내법이 합치하여 해석할 책무가 있다고 설시했다.
법원이 국제인권조약에 합치되게 국내법을 해석할 책무가 있다고 가장 명시적으로 설시한 예는 2018. 11. 1. 대법원이 선고한 양심적 병역거부 판결의 다수의견에 대한 제2보충의견을 들 수 있다. 제2보충의견은 “자유권규약과 같은 국제인권규약의 경우, 법원은 헌법상 기본권을 해석할 때는 물론 법률을 해석할 때도 규약에 부합하도록 노력하여야 한다. 국제인권규약에 조화되도록 법률을 해석하는 것은 보편적 인권의 관점에서 사법부가 지켜야 할 책무이다. 특히 자유권규약의 경우 인권이 단순한 국내문제가 아니라 전세계적･보편적인 문제라는 당위성에서 만들어진 국제인권규약으로서, 대부분 개인에게 직접 권리를 부여하는 조항으로 규정되어 있다는 점에서 더욱 그러하다”라고 함으로써, 법원은 국내법의 국제법 합치해석에의 책무가 있다고 선언하였다. 이로써 “양심적 병역거부는 헌법 제6조 제1항에 기하여 국내법과 동일한 효력이 인정되는 자유권규약 제18조에 따라 병역법 제88조 제1항에서 정한 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보아야 한다”고 결론내렸다.