국내기술규제가 상대국에 인정되지 않을 시 문제가 발생하게 되며, 식품의약품안전처는 WTO 체제하의 위원회를 통해 이러한 문제해결을 위해 노력하고 있다.
국가 간 서로 다른 기술규정, 표준, 적합성 평가절차 등으로 무역에 불필요한 기술장벽이 생기는데 시험, 검사, 인증 등 국내기술규제가 상대국에 받아들여지지 않을경우 문제가 발생하게 된다. 인증이나 허가에서의 상호인정을 통해 이러한 무역장벽을 해소할 수 있겠지만 우리나라는 상호 인정 보다는 국제수준에 부합되도록 국내 제도를 개정하거나 국제 협력을 통해 그지위를 인정받고 있다. 다만 아직까지 국제적으로 의약분야의 기술력과 경쟁력은 선진국과 개도국간의 격차가 있는 것은 사실이다. 식품의약품안전처는 이러한 무역기술장벽으로 인한 통상 마찰이나 수출의 어려움에 대하여 WTO 체제하의 분야별 위원회를 통하여 문제를 적극적으로 해결하고 있다.