정부는 「지자체 남북교류실무협의회」를 통해 지자체 간 남북교류협력에 있어 고충 및 건의사항을 수렴했으며, 지차체에서는 남북협력을 위한 기금을 마련해 교류사업을 준비하고 있다.
정부는 지자체 간 교류사업의 정보공유 및 중복 방지, 중앙과 지방 간 효율적인 협력체계 구축을 위해 2006년도부터 「지자체 남북교류실무협의회」를 구성해 지자체 간 남북교류 정보를 교환하며 남북교류협력 사업 추진에 따른 애로 및 건의사항을 수렴해 왔다. 그동안 남북관계 경색으로 지방자치단체 교류가 활성화되지는 못했지만 지방자치단체별로 교류 재개에 대한 준비는 진행돼 왔다. 세종특별자치시에서 2015년 7월 조례를 제정하였다. 이로써 17개 광역시·도 전체가 남북교류협력 조례를 제정·운용하게 됐다. 또한 자치단체에서는 자체적으로 남북협력 기금도 조성해 남북 교류사업에 대비하고 있다.