정신건강복지센터는 체계의 핵심이지만 전문성이 낮아지거나, 일부 서비스들이 환자를 외면한다는 지적과 함께 제 역할을 하지 못한다는 지적이 제기되었다. 이와 더불어 환자에 대한 정보가 부족한 상황을 개선하기 위해 투자를 하여야 한다는 의견도 있었으나 예산과 인력 문제로 어려운 상황이다.
정신건강복지센터는 지역사회 정신건강서비스 체계의 핵심위치를 차지하고 있다. 이런 중요한 역할에 도 불구하고 정신건강복지센터가 제 역할을 못한다는 지적들이 제기되었다. 먼저 제한된 인력과 자원을 가지고 너무 다양한 서비스를 제공하려다보니 개별 서비스의 전문성이 낮아지는 부작용이 발생하고 있다. 더하여 자살예방, 일반인들을 대상으로 한 정신건강교육 등을 제공하느라 중증정신질환 환자들을 위 한 서비스들이 외면하고 있다는 지적도 제기되었다. 또 다른 문제는 지역사회에 거주하는 중증정신질환 환자에 대한 정보가 부족하여 한 기초지방자치단체의 경우 약 11만 5천명 인구가 거주하는데 단지 180명만이 정신건강복지센터에 등록되어 있었다. 이런 현실을 극복하기 위해서 센터는 소수의 사업이나 특정 인구집단에 조직역량을 투자해야한다는 지적도 제기되었다. 마지막으로 지자체의 재정건전성이나 지자체 단체장이 중증정신질환에 가지고 있는 시각에 따라 지자체가 부담하는 예산의 규모가 달라지기에 일부 지자체에 위치한 정신건강복지센터는 전문성 인력을 고용하지 못하는 어려움도 제기되었다.