통합평가제도에 따라 큰 규모의 기관 및 정책 평가 시 구체적 평가지표를 사용하고 평가 이유에 부합한 평가가 이루어질 수 있도록 핵심지표를 중심으로 한 평가 시행이 중요하다.
평가지표의 과학성, 객관성, 활용가능성은 일반적으로 논의된 주제이며, 평가제도의 개선을 위해 항상 제시되는 쟁점이다. 그러나 통합평가제도를 통해 방대한 규모의 피평가기관 또는 정책을 평가하는 이유는 이를 통해 중앙에서 피평가기관의 목표달성을 위한 지원방안, 독려방안 등을 모색하기 위함에 있다. 따라서 미국 사례에서 보듯이 보다 구체적인 수준의 평가지표를 개발하고, 특히 평가의 목적에 부합하는 기관의 역량을 측정할 수 있도록 하는 핵심지표 위주의 체계적인 평가를 실시하도록 하는 것이 필요하다. 이를 통해 평가결과가 피평가기관 및 평가기관의 정책에로의 활용이 가능하기 때문이다.