개인정보보호차원에서  개인의 DNA가 데이터베이스로 저장되는 것에 대한 우려가 있다.  하지만  현재는개인의 특정정보 및 인적사항을 제외한 개인식별 부분만을 데이터베이스로 저장하고 있어서  프라이버시를 침해하지는 않는다.
또한 유전정보의 공개가 일반적인 공개가 아닌, 범죄수사를 목적으로 한 비교검색에 한정될 뿐만 아니라, 데이터베이스화 되는 유전정보는 비교대상 시료의 일치 도만을 보여주기 때문에 모든 개인의 프라이버시와 관련된 정보가 축적이 되는 것도 아님은 주지의 사실이다. 디엔에이 코드정보는 한 개체에게만 유일한 것이 아니라, 0.1%만이 개인정보를 담고 있으며 그 외의 99.9%는 보편적인 종의 특성에 관한 정보라는 점에서도 유전정보에 관하여 개인이 가질 수 있는 권리가 기타의 개인정보에 비하여 매우 큰 비중을 차지하는가 역시 의문이 제기하기도 한다. 물론 최근에 junk DNA에도 질병과 관련된 개인정보가 확인되었다는 과학계의 발견이 유전자정보의 데이터베이스화에 경종을 울리기도 하였지만, 감식시료를 폐기하고 개인의 특정 정보 또는 인적사항을 제외한 개인식별 부분만을 데이터베이스화한다는 점에서는 특정 개인정보가 데이터베이스화 될 우려가 현재까지는 매우 심각한 수준에 이르는 것도 아니다.