민주노총은 학교비정규직 관련 산하 2개 노조에 통합을 권고하였으나 갈등이 지속되고 있다. 이중 전국학비노조는 민주노총에 별도로 가입을 희망했으나 민주노총 중앙이 수용하지 않아 불안정한 상태이다.
1산업 1연맹의 원칙이 있는 민주노총은 학교비정규직 관련 산하 2개 노조에 대한 통합을 권고하였으나, 정치적 성향을 달리하는 2개 조직은 하나가 되지 못하고 있다. 갈등이 두드러지고 있는 것은 민주노총 가입단위와 관련한 건이다. 전국적으로 2만 7천여 명의 조합원을 조직하게 된 전국학비노조는 민주노총에 별도 연맹으로 인정받아 가입하기를 희망하였으나, 1산업 1연맹 원칙과 상반될 뿐 아니라 별도의 연맹이 재결성되는 것을 수용하지 않는 민주노총 중앙의 결정으로 인해 여전히 불안정한 상태로 존재하고 있는 실정이다. 이러한 중앙의 조직 갈등은 지역, 분회 등 하부 단위 차원에까지 영향을 미쳐 지역 곳곳에서 학교 비정규직 노조들 간에 상당한 갈등을 빚고 있다.