지속적인 세수차질의 발생은 복합적 원인이 작용한다. 국세수입의 증가속도가 저하되며 경기침체가 주요인으로 여겼지만 구조적인 세수부진 요인도 기인하고 있다. 우리 경제의 구조적인 변화로 GDP성장률에 대한 세수탄력성과 저하되고 낮은 수준의 물가로 재정수입 탄성이 둔화되었다. 여기에 정부가 높게 설정한 세입 목표치도 세수차질을 크게하는데 원인이 있다.
이처럼 지속적으로 세수차질이 발생하는 데는 여러 가지 원인이 복합되어 있다. 무엇보다 세입여건이 과거와는 달라졌다는 점이다. 최근 성장률에 대한 국세수입의 증가속도가 둔화되고 있다. 이러한 국세수입 증가율 둔화는 장기간 지속되고 있는 경기침체에 상당부분 기인하는 것으로 여겨지지만, 구조적인 세수부진 요인에도 기인하고 있다. NABO는 ｢2013회계연도 총수입 결산분석｣에서 금융위기 이후 제기된 우리 경제의 구조적인 변화가 세수에 영향을 미쳤을 가능성을 제시하였다. 법인세 유효세율 하락, 개인의 소득여력 축소에 따른 내수부진의 장기화, 자산시장의 정체 등은 GDP성장률에 대한 세수탄력성을 둔화시킨다. 또한 2012년 이후 지속되고 있는 낮은 수준의 물가 역시 재정수입의 탄성을 둔화시키는 원인으로 작용한다. 구조적인 세수부진 원인은 경기회복에도 불구하고 성장에 따른 자연 세수의 증가를 둔화시키는 요인으로 작용할 가능성이 있다.34) 여기에다 정부가 세입 목표치를 높게 설정하는 경향성도 세수차질을 크게 하는데 상당부분 기여한다. 재정 확대를 통한 경기활성화를 추구하면서 표면적인 재정건전성도 무시할 수 없는 재정당국의 입장에서 낙관적인 세수전망은 포기할 수 없는 수단일 수 있다. 더욱이 예산편성 과정에서 정치적 영향이 커지게 되면서 세입기반이 약화됨에도 불구하고 재정지출의 확대를 저지하기 어렵다는 점이 문제의 심각성을 더 크게 하고 있다.