등기특별회계는 일반회계에 의존하지 않고 수수료를 세입으로 독립 운영된다는 점과 특정 사업의 안정적 운영을 위해 일반 회계와 구분 계리되어야 함이 인정된다.
첫째, 일반회계 예산증가에 대한 비판을 회피하기 위하여 설치 운영하지는 않는 가라는 점과 관련하여서는 먼저, 등기특별회계가 설치된 이유는 등기사업의 중요성에 따라 등기업무의 합리적이고 효율적인 운영을 기하기 위해 특정한 사업의 안정적인 수행을 위해 일반회계와 구분 계리할 필요가 강하기 때문에 설치된 것임을 상기할 필요가 있다. 즉, 등기특별회계는 일반회계로부터의 전입금에 의존하는 다른 특별회계와 달리 수익자부담의 원칙에 기반을 두고 등기신청 수수료 등 자체 수수료 등 만을 세입으로 하여 그 범위 내에서 사업을 수행해 왔으므로 등기특별회계는 일반회계와 구분 계리할 실질적 필요성이 있음이 인정된다고 할 것이다.