운영주체와 사업시행자 간에 트러블에 대비해 운영협의체를 구성하여 운영할 필요가 있다. 이는 행정소송 등 법적 절차 이전에 조정할 수 있도록 하고, 민원에 대해 신속하게 대응하는 데도 도움을 줄 것이다.
둘째, 운영과정에서 발생하는 새로운 쟁점에 대하여 운영주체와 사업시행자 간에 협의가 원만하게 이루어지지 않는 경우를 대비하여 시설유지 운영협의체를 구성하여 운영할 필요가 있다. BTL사업은 현 시점에서 예측하기 어려운 20여년이라는 장기간의 운영조건을 미리 정하고 추진하는 사업이기 때문에 실시협약서에 모든 예측 가능한 상황을 담을 수 없다. 또한 성과요구수준서, 설계도면, 실시협약서 등 각 서류간의 법적 우선순위 적용에 관한 인식의 차이로 운영주체와 사업시행자 간의 마찰이 발생할 수 있다. 운영협의회는 사업시행자와 주무관청간에 이해가 첨예하게 대립하는 경우 행정소송 등 법적 절차 이전에 조정할 수 있도록 하고, 민원에 대해 신속하게 대응하는 데도 도움을 줄 것이다.