2개 이상의 기관이 하나의 계획을 공동소관 하는 경우 성별영향분석평가 추진 주체에 대한 쟁점이 발생 할 수있다.
법률에 근거한 중장기 계획을 소관 기관별에 따라 살펴보면, 1개의 단일 중앙행정기관이 소관 하는 계획은 전체 437개 중에서 418개(95.7%)로 절대 다수가 단일 중앙행정기관이 소관하고 있는 것으로 나타났다. 이런 경우에는 성별영향분석평가를 실시하는데 있어서 책임주체의 문제가 발생하지 않을 수 있다. 그런데 2개 이상의 중앙행정기관이 공동으로 소관 하는 계획이 전체 437개 중에서 17개(3.9%)로 나타났다(<표 2>). 예를 들면 농림축산식품부·해양수산부 공동 소관 6개, 보건복지부·미래창조과학부·산업통상자원부 공동 소관 계획이 2개가 있었다. 이와 같이 2개 이상 기관이 하나의 계획을 공동 소관 하는 경우 성별영향분석평가 추진 주체는 누가 되어야 하는지 쟁점이 될 수 있다.