자유실시기술 법리는 누구나 자유롭게 실시할 수 있다는 논리에서 비롯된다. 그러나 제3자의 특허출원이 공개되면, 공지기술은 특허권에 의해 보호되기 때문에 누구나 자유롭게 사용할 수 있지 않다. 따라서, 자유실시기술의 법리도 근거가 사라진다. 
자유실시기술의 법리는 확인대상발명이 공지기술과 비교하여 진보성이 없는경우 그 확인대상발명은 누구나 자유롭게 실시할 수 있는 기술이라는 논리에 기초한다. 과연 그러한가? 만약, 공지기술에 관하여 제3자가 특허권을 보유하고 있다면 그러한 논리는 맞지 않다. 즉, 제3자의 특허출원이 공개되어 공지기술이 되고 그 후 그 출원이 특허된 경우 그 공지기술은 특허권에 의하여 보호되므로 누구나 자유롭게 실시할 수 있는 기술이 아니다. 여기서의 공지기술이 A+B+C로 구성되고 확인대상발명이 그에 D를 추가한 것이고 그 D의 추가에 진보성이 인정된다 하더라도 확인대상발명은 여전히 공지기술의 기술적 범위 내에 속하는 것이고, A+B+C에 대하여 권리를 가지는 특허권자는 A+B+C+D 발명의 실시를 배척할 수 있는 것이다. 그런 견지에서는 공지기술과 동일 또는 유사한 기술은 만인공유의 것이라는 논지는 그 근거가 없게 되고 그 논지에 따른 자유실시기술의 법리도 근거를 잃게 된다.