총사업비 관리대상 사업을 수행하는 공공기관의 경우 자체 조달시스템을 이용하는데, 이번 감사에서 계약 낙찰 차액 중 자율감액이 48%나 이루어지지 않았다. 
그런데 총사업비 관리대상 사업을 수행하는 한국도로공사, 한국수자원공사, 한국철도시설공단 등 국토교통부 산하 공공기관의 경우 조달청 나라장터를 사용하지 않고 자체 조달시스템을 통해 계약을 체결하고 있는데, 이번 감사 중 위 3개 공공기관의 낙찰차액 처리 실태를 확인한 결과 [표 Ⅲ-1-33]과 같이 총 83건의 계약에서 발생한 낙찰차액 334,673백만 원을 자율 감액하지 않은 것으로 나타났고, 이는 이번 감사에서 확인된 국토교통부 등 23개 부처 소관 총사업비 관리대상 사업의 낙찰차액 중 자율 감액이 이루어지지 않은 총 696,731백만 원의 48.0%에 해당한다.