자유학기제 운영을 위해 광역자치단체는 지방 교육행정협의회, 서울은 25개의 구청 및 관할 교육지원청, 기초지방자치단체는 지역사회와 협력해 학교 진로체험을 지원한다.
광역 및 기초단위에서는 지역 협력 체제를 구축하여 자유학기제 운영을 지원하는데요. 광역자치단체에서는 교육감, 시장 및 도지사 등 기관장으로 구성된 ‘지방 교육행정협의회’를 통하여 협력하고 있으며 ‘자유학기제 진로체험 지원센터’를 중심으로 진로체험 처를 확보해 나가고 있습니다. 서울의 경우, 25개의 구청과 관할 교육지원청이 협력하여 전체 진로체험 처의 약 40% 정도를 확보, 학교에 제공함으로써 학교 진로체험을 지원하고 있습니다. 기초지방자치단체에서는 교육지원청별로 「자유학기제 진로체험 지원단」을 구성·운영하여 자유 학기 제의 내실화를 지원하고 있으며 기초지자체 및 지역사회와의 협력 통로 마련하여, 지역사회와 함께하는 자유학기제를 만들기 위하여 고군분투하고 있습니다.