기술이전 전담조직이 새로운 기업에 라이선스를 제공할 때 비용과 사용료를 지불하게 한다. 이 비용은 시간에 따라 증가되고 있다. MIT에서도 이를 따르며, 회사 지분을 갖기도 한다. 
이처럼 기술이전 전담조직이 신규기업에게 라이선스를 제공할 경우 대체로 라이선스 비용은 2만 5,000 ~ 10만 달러 범위에서 이루어지고 있으며, 매년 특허 기술로부터 발생하는 판매액의 3~5%를 특허 사용료(royalty)로 지불하도록 되어 있다. 그러나 종종 시간이 지나면서 점차 최소한의 특허 사용료가 증가 적용되고 있다. 특히 MIT대학 기술이전 전담조직은 특허 사용료가 들어올 경우 기술발명가, 개발자의 부서, 그리고 MIT대학의 일반기금으로 각각 3분의 1씩 지급하고 있다. 하지만 기술이전 전담조직이 신규기업에게 라이선스를 제공할 경우 대부분 특허 사용료 대신에 5% 미만의 신규회사 지분을 갖기도 한다.