그간 고위직 공무원의 직업관료의 정치권력화를 막기 위해 정치적 통제 장치를 강화해온 면이 크므로 중립성을 찾기 위해서는 관료의 불복종을 의무화하고 지원하는 제도가 필요하다. Thompson은 공직자의 책임을 극대화하기 위한 목적으로 이들의 불복종을 제도적으로 보장할 필요가 있다고 주장한다. 불이익의 불안으로 계층적 책임 뒤에 숨지 않도록, 정치적 중립의 책임을 개인 차원에서 조직 차원의 책임으로 만드는 제도가 필요하다. 
그간 우리는 고위직 공무원의 정치적 대응성을 높이고 관리적 전문성을 높이기 위한 방향에서 제도를 운영하면서(김연수･김근세, 2007) 직업관료의 정치권력화를 막기 위한 정치적 통제 장치를 강화해온 면이 크다. 최근의 사태는 그러한 방향에서 나타난 과잉된 모습으로 볼 수 있기에 이를 다시 수정하고 중립성이라는 동태적 균형을 찾기 위해서는 직업관료의 전문직업적 의무가 강화되어야 하며 이러한 방향에서 제도 마련이 요구된다. 관료의 정치적 판단을 공식화하고 성숙한 판단이 이뤄지도록 돕고, 판단에 따른 행위로 불이익을 받지 않게 보호해야 한다. 다시 말해 관료의 불복종을 의무화하고 지원하는 제도가 필요하다. Thompson(1985)은 시민 불복종이 특정한 상황 아래서 -예를 들어 불복종이 공개적 행동이며, 비폭력적, 불의에 대한 저항이며, 다수가 공유하고, 합법적 수단의 시도 이후에- 정당화되는 것처럼, 공직자의 책임을 극대화하기 위한 목적으로 이들의 불복종을 제도적으로 보장할 필요가 있다고 주장한다. 행정부 내부에서 직업관료의 정치적 중립성을 온전히 실현하기 위해서는 복종하지 않을 의무를 명시적 법규로 밝히고 직업관료의 불복종 제도화를 고민해야 할 것이다. 우선, 정치적 중립의 책임을 개인 차원에서 조직 차원의 책임으로 만드는 제도가 필요해 보인다. 공직자 개인이 개별적으로 업무 지시의 정파성을 판단할 경우 불이익을 받을 것이라는 불안으로 인해 계층적 책임 뒤에 숨으려 할 것이기 때문에 개인의 윤리의식, 용기에만 기댈 수 없다. 업무의 정파적 공정성을 조직 내･외부 인사가 참여해 심사하는 제도를 마련하면 개인은 업무의 공정성 심사 요청을 통해서 면책의 기회를 얻게 되고, 조직 차원에서 공정성 심사를 진행하여 중립성 판단이 조직차원의 책임이 될 것이다.