미 상무부는 보조금의 이용특권 남용 방지와 충분한 권리 활용을 위한 부서이다. USTR이 상무부에 보조금 정보를 제공하면 상무부가 분석해 UR 보조금협정에 부합하는지 심사한다. 상무부는 USTR에 추가 정보 요청이 가능하고 위배 판단 시 근거를 통보한다.
미 상무부는 외국 정부로 하여금 UR 보조금협정에 의하여 부여된 허용 보조금을 이용할 제한적인 특권을 남용하지 않도록 하고, 미국이 UR 보조금협정 제8조에 규정된 권리를 충분히 활용할 수 있도록 하기 위한 핵심부서라 할 수 있다. USTR은 상무부에 각국이 통보한 보조금 내역 및 이와 관련된 정보를 제공하면 상무부는 이 자료들을 분석한다. 위에서 언급한 바와 같이 상무부는 UR 보조금협정 제8조의 목적과 조건이 지켜지도록 하 기 위하여 허용보조금이라고 주장하는 보조금프로그램을 분석함에 있어서 UR 보조금협정 제18조에 규정된 기술적 기준들을 심사하는 데서 나아가, 당해 보조금 프로그램의 모든 면과 그 이행까지도 분석할 것이다. 상무부 는 필요한 경우 USTR에 대하여 통보된 프로그램 또는 개별 프로그램에 대한 추가 정보를 요청할 수 있으며, UR 보조금협정 제8조의 위반이 존재한다고 믿을 만한 근거가 있는 경우 그 사실을 USTR에 통보한다.