평가연계 재정지원의 기능이 원활히 작동하도록 정부는 대학의 입장을 충분히 반영하는 조력의 역할에 충실해야 할 것이다.
셋째, 평가연계 재정지원사업에 있어 정부의 역할을 명확히 할 필요가 있다. 이미 앞서 논의한 바와 같이 정부는 국⋅공립대학의 설립주체이자 사립대학에 지도⋅감독의 책임을 갖고 있다. 그러나 재정지원사업을 통해 대학을 무한경쟁으로 몰아넣을 경우 뒤처지는 대학의 모든 문제를 개별 대학의 책임으로 몰아가는 모습으로 비춰질 수 있다. 재정지원사업 자체가 정부의 고등교육 정책을 추진하기 위한 하나의 수단으로 채택되었으므로 실질적인 정부의 개입으로 볼 수 있다. 따라서 평가연계 재정지원의 기능이 원활히 작동하도록 정부는 대학의 입장을 충분히 반영하는 조력의 역할에 충실해야 할 것이다.