법에 대학 등록금의 인상률을 규정해 놓았고 대학등록금심의위원회를 구성하게 했으나 현실은 정부의 정책과 행·재정적 조치들로 규정된 인상률도 반영하기 어려우며 등록금의 심의를 기존 대학평의원회에서 하는데 기능이 중복되는 기구를 설치한 것도 비효율적이다. 대학 운영이 정부의 정책 등으로 많은 규제를 받고 있다면 정책을 재검토해야 할 것이다.
대표적인 것이 대학재정 관련 등록금의 규제이다. 대학등록금 규제는 대학등록금 수준에 대한 규제와 대학등록금 결정 절차에 대한 규제로 구분해 볼 수 있다. 「고등교육법」에서는 등록금 인상률이 직전 3개 연도 평균 소비자 물가상승률의 1.5배를 초과하지 않도록 규정하고 있다. 또한, 「사립학교법」은 대학등록금심의위원회를 구성하고 예·결산의 심사, 의결을 의무화하고 있다. 그러나 현실은 정부의 정책과 행·재정적 조치들로 인해 법에 규정되어 있는 인상률도 반영하기 어려운 실정이다. 정부의 재정지원사업 및 평가 등에서 등록금 인상률을 반영하여 평가하기 때문에 최근에도 대학들은 등록금 인하와 동결을 추진하였다. 또한, 대학등록금심의위원회에서 본래 취지인 등록금 심의 범위를 벗어난 예·결산의 논의를 수행하고 있는 것도 문제이다. 예·결산 심의 기능이 대학평의원회에서 이루어지고 있는 상황에서 기능이 중복 부과되어 비효율성을 야기하고, 등록금 책정 과정에서 대학과 학생들 간 분란을 조장하기도 한다. 대학의 운영은 개별대학이 가지고 있는 특수성과 대학의 자율성을 기반으로 계획이 수립되고 운영되는 것은 바람직하지만, 대학 운영이 법과 제도적 측면에서 그리고 정부의 정책 등으로 인해 많은 규제를 받고 있다면 정책을 재검토해야 할 것이다.