국가연구개발사업은 공모과정에 의해 연구과제 제안서를 받아보고 평가를 거쳐 부처에서 지원 연구를 선택한다. 사업비는 부처가 추정한 예산을 기재부에 제출하여 예산을 받게 될 시 추진하게 된다.
국가연구개발사업(정부수탁)은 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정 하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업으로(단, 출연기관의 주요사업은 제외) 공모를 통해 연구과제 제안서를 접수하여 평가 후에 과제를 정부부처에서 선정한다. 정부부처별로 수행하는 주요 국가연구개발사업이 경쟁수주를 통해 연구과제 단위로 출연(연)에 유입되며, 사업비 는 각 부처가 개별적으로 부처의 연구개발 수요에 따라 사업을 기획하고 예산을 기획 재정부에 신청하여 국책연구개발사업 예산으로 배정 받으면 이를 기초로 연구사업을 수행하게 되며 공개경쟁 수주계약에 의해 연구비를 산·학·연에 공급하게 된다.