교육부는 자유학기제 운영 확대를 위해 2014년부터 제주도교육청을 필두로 선도교육지원청을 선정했다. 이에 전국적으로 자유학기제 운영확대를 시작했다.
교육부는 2014년부터 자유학기제 운영을 확대하기 위하여 선도교육 청과 선도교육지원청을 선정하여 지원하고 있다. 2014년에는 제주도교 육청을 선도교육청으로, 전국 10개 교육지원청을 선도교육지원청으로 선 정하였다. 그중 제주도교육청은 2014년 2학기부터 관내 44개 중학교 모 두에서 자유학기제를 운영하기 시작하였다. 각 지역 상황과 여건에 따라 서 차이가 있으나, 대구광역시교육청도 2015년부터 관내 전 중학교에 자유학기제를 시행하고, 광주광역시ㆍ강원도ㆍ세종특별자치시ㆍ경상북 도 등의 교육청도 관내 전 중학교로 확대할 계획이다(최상덕, 2015: 3).