정책 결정의 실질은 이전까지 축적되어온 경험과 노하우에 좌우되는 경우가 많음을 고려할 때, 행정부의 조직들은 정책결정 과정에서 매우 중요한 역할을 수행한다. 공공부문의 전문가 싱크탱크들이 수행해온 엘리트적 위상은 민간 싱크탱크의 역량 강화로 상대적으로 낮아졌고, 이로 인해 두 집단의 협력이 일반화되는 추세이나 우리나라의 민간 싱크탱크는 서구만큼 충분한 역량과 역할을 지니고 있지 못하다.
정책결정 과정에서 정책 내용에 대한 세부적인 분석과 판단은 결국 행정부의 관련 실무 조직에서 이루어진다. 이는 정부가 해결해야 할 문제가 복잡하고, 또 그 해결에도 전문성이 요구되기 때문이다. 대통령과 의회도 행정조직과 공무원들의 도움 없이 정책결정을 수행하기 어렵다. 특히, 정책결정은 이전의 정책을 수정하고 보완하는 경우가 많은 관계로 실제로 정책을 집행하는 과정에서 얻은 경험과 노하우에 달려있는 경우가 많다. 따라서 행정부의 조직들은 정책결정 과정에 있어서 매우 중요한 역할을 수행하는 존재라고 할 수 있다. 마지막으로 정부나 고위 정책결정자들에게 정책결정에 필요한 전문지식, 문제의 원인과 해결에 관한 정보와 분석 등을 제공하는 것이 전문가 집단이다. 과거 권위주의 시대의 행정부 중심의 정책과정 시기에는 정부의 역량 부족으로 인해 정부 산하에 다양한 국책싱크탱크를 설립하여 운영하여 왔다. 그러나 1980년대 후반부터 진행된 민주화, 다양화, 시민참여욕구 증대와 민간부문의 정책역량 향상은 정책과정 전반에 걸쳐 민간부문의 역할 확대와 공공과 민간부문과의 적극적인 공조 현상이 나타났다. 현재는 공공부문 싱크탱크들의 상대적인 위상 약화와 민간 싱크탱크들의 역량 강화로 정책결정은 민간싱크탱크와 공공싱크탱크가 서로 경쟁하고 협력하는 관계로 발전되어 가고 있는 양상이다. 다만, 민간 싱크탱크의 역사와 전통이 오래된 서구의 국가들과는 달리, 우리나라에서는 민간싱크탱크는 아직 서구의 국가들과 같은 역량과 역할을 충분히 갖고 있지 못하다.