온라인교육의 문제는 탈락률이 높고 학업성취가 낮다는 점이다. 하지만, 온라인교육을 선택하는 학생 및 학부모의 경우, 이동성이 높고 온라인교육을 일시적 서비스로 생각하는 경향이 높다. 따라서 탈락률에 대한 논의가 필요하다. 온라인수업의 목적이나 형태 다양화에 따라 평가방법의 다각화되어야 하므로 표준화 검사결과를 기준으로 삼는 점도 재고되어야 한다.
온라인교육의 질 관리 및 책무성 문제와 관련해서 가장 빈번하게 지적되는 문제는 온라인학교 학생들이 일반 학교의 학생들에 비해서 탈락률이 높고 학업성취가 낮다는 점이다(Cavanaugh, Gillan, Bosnick, Hess, & Scott, 2005; McLeod, Hughes, Brown, Choi, & Maeda, 2005). 높은 탈락률과 관련해서는 온라인교육을 선택하는 학생들의 특성을 고려하지 않을 수 없다. 온라인교육을 선택하는 학생 및 학부모의 경우, 이동성이 높고 온라인교육을 일시적 서비스로 생각하는 경향이 높기 때문이다. 예를 들어, 온라인학교 재학생들의 학부모들을 대상으로 자녀들의 온라인학교 재학 예정 기간을 조사하였을 때, 약 80%의 학부모들이 자신의 자녀를 온라인학교에 2년 미만으로 등록시킬 예정이라고 응답하였다(Miron & Urschel, 2012). 물론 탈락률이 높은 점은 우려할 만한 사항이지만, 높은 이동성이 높은 탈락률로 이어진다는 점을 고려할 때 탈락률이 온라인학교 교육의 질을 평가하는 기준이 될 수 있는가에 대한 논의가 필요한 것으로 보인다. 표준화 검사결과로 온라인교육의 질을 평가하는 것에 대한 비판도 있다. 일반 단위학교에서 운영하기 어려운 과목을 제공하기 위한 온라인수업(심화 수업, 재수강을 위한 수업, 자기보속 학습, 보충 수업)이 증가함에 따라 온라인수업의 목적이나 형태가 다양해지고 있으므로, 평가방법 또한 다각화되어야 한다는 것이다. 실제로 Hughes et al.(2015)은 학점 회복을 위한 재수강을 목적으로 온라인수업을 수강한 경우, 오프라인 수업보다 더 효과적인 성과를 나타낸다고 보고하였다.