특허권의 통상실시권은 특허원부에 실시권 등록을 하여야 제3자에게 대항할 수 있으므로, 권리자가 라이선스 대상 특허권을 이전할 경우 미등록 통상실시권자는 손해배상청구나 금지청구를 당할 우려가 있다.
라이선스의 등록과 관련하여, 특허법 제118조 제1항은 “통상실시권을 등록한 때에는 그 등록 후에 특허권 또는 전용실시권을 취득한 자에 대하여도 그 효력이 발생한다”라고 규정되어 있다. 이 규정에 따라 특허권의 통상실시권은 특허원부에 실시권 등록을 하여야 제3자에게 대항할 수 있다. 따라서 권리자가 라이선스 대상 특허권을 이전했을 경우 미등록 통상실시권자는 해당 특허권의 양수인에게 대항할 수 없어 미등록 통상실시권자는 새로운 권리자로부터 손해배상청구 또는 금지청구를 당할 우려가 있다. 이와 같이 통상실시권자 입장에서는 실시권 등록을 하여야 안정적으로 특허발명을 실시할 수 있음에도 우리나라 라이선스 등록제도가 충분히 활용되고 있지 않은 문제가 있다.