농림축산식품부는 2012~2015 회계연도 기간중 집행잔액이 제일 큰것으로 밝혀졌으며 지자체에 교부한 보조금에 대한 집행 잔액 및 이자에 대해 모르고 있었다. 
농림축산식품부는 2015년 ‘조사료생산기반확충사업’을 위해 경상북도에 교부한 보조금 7,681백만 원의 집행잔액 3,114백만 원 중 2,520백만 원을 회수하지 않고 있는 등 [표 Ⅲ-3-30]과 같이 2012~2015회계연도 기간 중 계 32,925백만여 원의 집행잔액 및 이자를 회수하지 않고 있어 12개 기관 중 집행잔액이 가장 많은 것으로 나타났다. 뿐만 아니라 [표 Ⅲ-3-31]과 같이 농림축산식품부는 2012년부터 2016년까지 지방자치단체에 교부한 보조금 18조 6,069억 원 중 5조 6,138억 원에 대한 집행잔액 및 이자를 파악하지 못하고 있었다.