전공별 교육비용의 차이를 반영하여 투입 요소 기반 포뮬러 펀딩을 시행함으로써 개별 전문대학의 재정 지원의 안정성을 확보해야 한다. 다만 포뮬러 펀딩 단일의 지원 방식은 바람직하지 않고, 기관의 확대된 자율성이 재원 사용을 방해할 수 있음을 고려해야 한다. 
또한 학생 수나 제공 학점 수 등과 같은 투입 요소 기반 포뮬러 펀딩을 통한 재정지원도 병행해서 재정지원의 안정성을 확보할 필요가 있다. 이 때 전공별로 포물러를 다르게 적용하여 전공별 교육비용의 차이를 반영할 수 있도록 해야 하며, 실제 비용보다는 명목 비용을 적용함으로써 비용절감 유인을 제공해야 한다. 특히 이렇게 지원된 재원에 대해서는 기관의 재원 사용 자율성을 보장함으로써 개별 전문대학들이 자신의 우선순위에 따라 재원을 배분할 수 있도록 해야 할 것이다. 그러나 포뮬러펀딩만으로는 국가적으로 반드시 필요한 다양한 목적 달성을 위해 전문대학이 움직이도록 하는데 어려움이 있을 수 있으므로, 포뮬러펀딩으로 단일화된 재정 지원 방식은 바람직하지 않다는 점에 유념해야 한다. 또한 대학본부가 패컬티의 집단이해추구를 효과적으로 통제하지 못할 경우, 기관의 자율성 확보가 오히려 기관발전에 재원이 사용되는 것을 저해할 수 있다는 점도 염두에 두어야 할 것이다.