모니터링은 사업 진행이 최초 목적에 부합하는지 확인하여 정책 효율성을 제고하는 것을 목적으로 하는 반면, 평가는 일정 시점에서 판단하여 사업 후 효과성과 효용성을 개선하려는 목적이 있다.
모니터링과 평가는 모두 사업의 목표를 달성하기 위해 실행과 성과를 위주로 이루어지지만 그 주요 목적이나 활용의 차이를 살펴보면 상이하다. 먼저 모니터링은 주기적․정기적으로 해당 사업의 진행과정이 최초 목적대로 수행되는지 확인하고 문제나 이슈를 발견하는 데 반해, 평가는 일정 시점에 가치나 수준을 판단하는 것을 주요 활동으로 하고 있다. 따라서 모니터링은 정책의 효율성을 높이고 계획을 조정해 나가는 것이 목적이며, 평가는 정책사업이 이루어진 이후에 효과성과 효용성을 향상시켜 개선해 나가는 데 목적이 있다. 또한 모니터링은 평가가 이루어지기 전에 여러 차례 반복적으로 이루어지면서 평가 및 의사결정과정의 자료로 활용될 수 있다.