주관부처인 여성가족부의 청소년육성기금은 2005년 이후 기금 조성액보다 지출액이 커지는 적자운영이 시작되며 잔액이 크게 낮아졌다. 2012년부터는 전입금이 늘어났으나 청소년육성기금의 안정적 운영을 위한 대안 마련이 필요하다.
주관부처인 여성가족부의 청소년 예산 확보와 관련하여 청소년육성기금은 매우 중요하다고 볼 수 있는데 2005년 국가청소년위원회 출범이후 부처이관에 따라 경륜사업 수입이 크게 줄어들고 자체 사업을 기금 예산으로 추진하면서 기금 조성액보다 기금 지출액이 커지는 적자 운영이 시작되었다. 적자폭이 여성가족부 이관 후 2011년 4백 억 규모로 커져 잔액이 천억 원 대에서 백억 원 대로 낮아졌으며 이러한 추세가 지속된다면 2년 이내에 고갈되는 최대 위기에 봉착하였다. 2012년 다행히 복권 기금 전입금이 크게 늘어나 일단 큰 위기는 벗어났으나 여전히 적자 폭이 20-40억 원 규모로 기금 고갈 위기가 다시 재연될 가능성이 있는 상황이다. 청소년정책 주관부처인 여성가족부의 경우 현재 청소년육성기금의 안정적인 운영을 위한 대안 마련을 위한 노력이 필요해 보인다.