기획재정부 예산안의 투명성을 위해 계층화 분석법을 활용한 지출 검토를 하게 되면 예측되는 문제를 도식화했다. 외부 전문가에 의한 객관성 및 합리성의 확보와 국정운영의 주체가 중시하는 국정과제가 우선순위에 포함되어야 한다. 재정사업의 성과는 기획재정부와 예산실의 협업을 통해 별도의 재정성과 분석과정이 없이 예산편성 시 성과정보의 활용이 가능할 것이다. 기획재정부의 권한을 객관화, 투명화함으로 예산 편성의 재량이 축소될 수 있다.
첫 번째로, 기획재정부 예산안 편성 과정의 객관성과 투명성을 보강하는 방안으로 지출 검토를 도입하는 것을 제시하였다. 이는 계층화 분석법을 활용한 도입 방안별 우선순위 분석 결과, 현실 가능성이 가장 높고, 종합적인 우선순위도 가장 높은 것으로 나타났다. 이를 바탕으로 실제 지출 검토를 도입한다면 고려해야 할 정책 우선순위의 결정, 재정사업 성과정보의 적용, 지출 옵션의 설정 및 활용에 대해 고려할 사항을 제시하고, 도입의 과정에서 예상되는 문제점을 함께 도식화하였다([그림 6-1]). 먼저 정책 우선순위의 설정과 관련하여 외부 전문가를 활용한 객관성 및 합리성의 확보가 중요하면서도 동시에, 국정운영의 주체가 중요하다고 판단하고 있는 국정과제가 우선순위에 포함되어야 한다고 하는 정칙적 관점의 설정 방식도 함께 고려될 필요가 있다. 재정사업의 성과는 기획재정부 내에 재정관리국에서 성과정보를 생산하고 있고, 예산실에서 예산편성 기능을 담당하고 있으므로, 이들 부서 간 긴밀한 협업을 통해 별도의 재정성과 분석 과정이 없이 예산편성 시 성과정보의 활용이 가능할 것이다. 또한, 이러한 과정을 거쳐 도출된 지출 옵션을 기획재정부가 주도적으로 예산편성에 반영하는 방식과 Top-down 예산 제도와 연계하여 개별 부처의 자율성을 제고하고 인센티브를 부여하는 방식 모두를 고려해 볼 수 있다. 하지만, 기획재정부의 예산편성 권한을 객관화하고 투명화하는 과정에서 부처의 권한인 예산 편성의 재량이 축소될 수 있다는 우려가 있고, 정책 우선순위와 성과정보를 어떻게 혼합할 것인가를 판단할 기준을 마련해야 한다는 점이 고려되어야 한다.