감사원은 시, 군, 구를 대상으로 부과실태에 대한 감사를 실시하여 담당자들이 명의신탁자나 장기미등기자와 유착하여 위반사실에도 무혐의 처리하고, 업무를 방치하는 등의 부정한 사례를 적발했다.
감사원이 ‘09. 10. 12. 43개 시․군․구를 대상으로 부동산실명법을 위반하여 본인 소유의 부동산을 타인명의로 등기한 명의신탁자나 장기미등기자에게 부과하는 과징금 등 부과실태에 대한 감사를 실시한 바 있다. 그 결과, 시․군․구의 업무담당자들이 명의신탁자와 유착하여 부동산실명법 위반사실에 대한 조치를 취하지 않고 임의로 무혐의 처리하거나 세무당국으로부터 부동산 실명법 위반사실을 통보받고서도 장기간 방치하여 과징금 부과 제척기간이 경과되어 과징금을 부과할 수 없게 된 결과를 가져왔는가 하면, 한편 세무서 업무 담당자 등이 명의신탁자 등의 부동산실명법 위반사실을 확인하고서도 이를 해당 시․군․구에 통보하지 않아 과징금을 부과할 수 없게 한 사례 등을 적발하였다.