일본은 어업자와 가공업자를 보호하기 위한 수입 쿼터제도를 운영하고 있다. 대상 품목은 17개이며 할당방식은 글로벌쿼터+한국 쿼터와 글로벌쿼터로 구분된다. 이런 제한과 복잡성은 대일본 수산물 수출을 방해하고 있다.
일본은 자국 어업자와 가공업자를 보호하기 위해 김 등 수산물에 대하여WTO 체제에 부합하지 않는 수입 쿼터제도를 운영하고 있다. 대상 품목은 김, 고등어, 꽁치, 대구, 오징어, 청어 등 17개 품목이며, 할당방식은 ①글로벌쿼터+對한국 쿼터(김 등 10개 품목)와 ②글로벌쿼터(오징어 등 7개 품목)로 구분된다. 우리의 주요 수출품인 김은 2005년에 對한국 쿼터만 운용하는 방식에서 글로벌 쿼터와 함께 對한국쿼터를 운용하는 할당방식으로 변경되었다. 이러한 할당방식은 △수요자 할당, △상사 할당, △선착순 할당의방식을 포함한다. 일본은 전체금액 및 세부쿼터별 수량제한을 두고 있으며, 쿼터 신청시기 및 접수기간 제한 등의 복잡한 운영상 제한까지 더해져 우리나라의 대일본 수산물 수출에 걸림돌이 되고 있다.