사법부는 선별압수 원칙을 통해 개인적법익을 중시하는 반면 입법부는 실체적 진실 발견이라는 공익을 우선하는 태도를 취한다. 이런 상이한 태도는 실제 수사에 혼란을 초래하며 수사기관에서는 판례변경이나 법 개정이 있을 경우 실무 적용 방안을 강구해야 한다.
최근 사법부와 입법부는 개인적 법익과 공익에 대해 상이한 태도를 취하고있다. 사법부는 종근당 사건 판례를 통한 ‘선별 압수 원칙 강조’를 통해 개인적법익을 중시하고 있는 반면, 입법부는 형사소송법 제313조 개정에 나타난 ‘디지털 전문증거의 진정성립’을 통한 실체적 진실의 발견이라는 공익을 우선시하는 태도를 취하고 있다. 이런 사법부와 입법부의 상이한 태도는, 관련 판례내용이나 법령을 실제 수사에 적용할 때 수사절차의 심각한 혼란을 초래할 수있다. 따라서 수사기관에서는 기존 수사기법이나 절차에 변경을 요구하는 판례나 관련 법 개정이 있을 경우, 이에 대한 충분한 검토를 통해 예상되는 절차적 문제와 실제적 문제를 파악하고, 이를 수사실무에 적용할 수 있는 방안을 강구해야만 한다. 그럼에도 불구하고 ‘디지털 전문증거의 진정성립’과 관련해서는 형사소송법이 개정된 지 1년 6개월이 지난 지금도 이렇다 할 대응방안이 마련되지 않고 있다.