자유학기제 시범운영결과 기존교과의 시수축소가 불가피하다. 하지만 이는 교사의 권리문제에 직결되며, 특정과목이 주로 시수감축 대상이며, 비전공자가 자율과정 과목을 담당하는 경우 등의 문제를 가진다.
자유학기제 시범 운영 계획에 따르면 자유학기 동안 오전의 기본교과(공통과정)와 오후의 자율과정을 운영하기 위하여 기존의 기본교과 시수 감축이 불가피한 상황이다. 하지만 학교 현장에서 교과 시수의 조정은 교원의 담당과목 시수 증감과 직결되는 것으로 교사의 권리문제로 치부되어 어려움을 겪는 경우가 많다. 특히, 그동안 자유학기제 운영 학교에서의 시수 감축 경향을 보면, 특정 과목(도덕, 한문, 기 술․가정, 음악․미술 등)의 시수가 감축 또는 폐지되는 경우가 상당 수 있으며, 이러한 교과의 교사는 자율과정에서 해당 시수만큼의 비전 공 과목을 담당하는 경우가 상당하였다. 이는 해당 교과 교사의 불만 은 물론이고, 자유학기제 전체 운영에 있어 불합리를 양산하였다.