체제통합기 역할분담 제3안은 체제통합 관련 사안은 대통령이, 일반 국정운영 관련 사안은 국무총리가 담당하는 형태로 일반행정 업무는 국무총리가 담당하여 업무를 분산할 수 있으나 업무 경계가 모호하여 역할 분담이 어려울 수 있다.
체제통합기 대통령과 국무총리 역할분담 방안 중 제3안은 대통령의 업무 관할 범위가 제2안보다 넓은 안으로서, 대통령이 외교, 국방뿐만 아니라 경제, 사회 분야에서도 체제통합 등 통일의 완성을 위한 사항을 직접 관장하는 방안이다. 이 방안은 통일의 완성, 즉 체제통합과 관련된 사안들을 대통령이 집중하고, 일반적인 국정운영과 관련된 사안들은 국무총리가 담당하는 형태이다. 체제통합의 중요성을 감안할 때, 강력한 조정력과 추진력이 요구되기 때문에 대통령에게 맡기는 대신 대통령에게 너무 많은 부담을 주지 않기 위하여 일반행정 업무는 국무총리의 전적인 책임에 둠으로써 업무의 분산을 기할 수 있다. 그러나 체제통합업무와 일반적인 업무의 경계가 모호하며, 대체로 업무의 연장선상에서 연계되어 있을 가능성이 높기 때문에 명확한 역할분담체계를 구축하기 어려울 수도 있다.