자료독점은 선진국만의 제도에 가까워, 과거 TRIPs 협정에서도 직접적인 대응 조항은 없다. 단, 영업비밀 보호에 관한 내용이 자료독점권인지는 선진국과 개도국의 입장이 갈린다. 사실 TRIPs 협정과 한미 자유무역협정의 자료독점권은 다르다고 봐야한다. 그러나 미국이나 유럽연합은 TRIPs 협정을 자국의 자료독점권의 변형으로 이해하여 타국과의 자유무역협정에 반영하려 한다.
이런 자료독점은 미국과 같은 선진국들만의 특색 있는 제도에 가깝다. 그 때문인지 과거 TRIPs 협정에서는 직접 대응하는 조항이 존재하지 않는다. 다만 TRIPs 협정이 영업비밀 보호에 관한 제7절에서 ‘공개되지 아니한 채(undisclosed)’ 제출된 시험이나 기타 자료는 부정한(unfair)영리적 사용으로부터 보호되어야 한다고규정한 것을 자료독점권에 관한 조항으로 볼 수 있을 지는 현재까지 선진국들과 개도국들 사이에 입장이 엇갈리고 있다. 살피건대 TRIPs 협정은 비공지성을 가진 비밀을 대상으로 하지만 허가정보의 자료 독점은 그런 비공지성과는 무관한 점 등을 고려할 때 TRIPs 협정의 위 보호와 한 미자유무역협정에서의 자료독점권은 그 보호대상이 일부 중첩될 뿐 서로 다른 것으로 이해함이 옳을 것이다. 개도국들은 대체로 이렇게 TRIPs 협정에서 규정한 보호가 미국식 자료독점권과는 무관한 것이라는 입장을 취하고 있다. 즉 TRIPs 협정의위 문구 중 ‘부정한 영리적 이용’인지와 관련하여, 복제약시판을 신청하는 과정에서 제네릭업자가 특허권자가 이미 안전성 유효성을 입증하기 위해 제출한 자료를 원용하는 행위는 TRIPs 협정 위반으로 취급하지 않고 있다. 반면 미국이나 유럽연합에서는 TRIPs 협정의 위 보호가 자국의 기존 자료독점권 제도를 변형하여 이식한 것이라고 이해하고 있고, TRIPs 협정의 위 조항을 그런 자료독점권의 모습에 가깝게 해석하여 다른 국가와의 자유무역협정에반영하려는 노력을 계속하고 있다.