지방자치단체의 자체감사의 목적은 결국 주민의 이익을 위한 것이다. 따라서 합리적 정책결정능력의 향상, 보유한 자원의 합리적 이용, 지역주민들에 대한 행정 책임을 제고, 비리와 부정의 척결이 필요하다.
이러한 자체감사를 실시하는 주된 목적은 지방자치단체의 건전한 행정작용을 이끌어냄으로써 궁극적으로 주민의 이익을 확보하는 것이다(하상군, 2004). 이를 구체적으로 살펴보면, 첫째, 차후의 정책 결정이나 기존 정책의 수정 및 개선에 필요한 주요 정보를 제공함으로써 전체적으로 지방자치단체의 합리적 정책결정능력을 향상시키고, 둘째, 지방자치단체가 보유한 자원의 합리적 이용을 확보하고자 하며, 셋째, 지방자치단체가 부여받은 직무를 적정한 방법으로 충분히 달성하고 있는가를 규명하고 파악할 수 있도록 함으로써 지역주민들에 대한 지방자치단체의 행정 책임을 제고할 수 있으며, 넷째, 지방공무원의 비리와 부정을 미연에 방지하고 발생된 비리와 부정을 공정하게 척결하는 데 목적이 있다.