모든 교육 정책은  형평성, 효율성, 그리고 선택의 자유을 추구한다. 이들은 동시에 충족되기 힘들기 때문에  정부는 대학특성화 정책으로 이를 해결하려고 한다.
대학교육을 포함하여 모든 단계의 교육정책이 추구하는 세 가지 가치는 형평성, 효율성, 그리고 선택의 자유이다. 이들 가치는 동시에 추구할 수 없으며, 세 가지 가운데 어느 하나의 가치를 강조하면 다른 가치를 희생시키게 된다. 즉 대학 참여기회의 확대는 대학 경쟁력의 감소와 비용의 증가를 초래하며, 효율성의 증가는 형평성의 감소를 가져온다는 것이다. 또한 등록금 인상을 억제하는 등의 효율성을 추구하면서 동시에 선택의 자유를 보장하기도 어려운 상황이다. 이러한 딜레마의 해결 방안 중 하나로 대학특성화를 통한 정부의 대학 재정지원 사업이 추진되고 있다.