남북교류협력법과 개별 조세법은 북한과의 교역을 각각 국내거래와 국제거래의 상반된 개념으로 보는 모순을 야기한다.
민족내부거래는 국내거래와 국제거래 두 가지 상반되는 성격을 동시에 갖고 있기 때문에 모순되는 결과가 초래되기도 한다. 특히 조세법 관련 규정에는 남한의 과세권과 관련하여 북한을 외국으로 볼 것인지에 관하여 구체적이고 명시적인 기준을 확립하지 못하고 있다는 비판을 받고 있다. 다시 말해 남북교류협력법은 북한과의 교역을 민족내부의 거래로 규정하고 있지만 위임규정을 두고 있는 개별 조세법에서는 북한과의 교역을 기본적으로 국제거래로 간주하면서, 남북의 특수성을 감안한 일부 특례 규정을 두고 있어 다소 모순된 것으로 보인다는 지적을 받고 있다.