배출권거래제 내에서 수입 국경세조정을 위해서는 배출권의 형태가 조세이고 이는 간접세로 나타나야 한다. 이는 배출권이 반대급부인 조세의 정의에 불일치 하고, 시장가격에 의해 변동되기에 조세로 간주하지 않는 사람들이 존재한다. 또한 이를 조세에 대한 과징금이라고 보는 시각도 간접세라고 보기 어렵기에 관련 규정에 대한 문제가 존재한다. 
제Ⅲ항에서는 배출권거래제 하에서 부과된 배출권에 대해 수입 국경세조정이 가능한지를 검토하였다. 수입 국경세조정의 적용 대상은 내국간접세로 한정된다. 따라서 배출권에 대해 수입 국경세조정이 가능하기 위해서는, 배출권이 ‘조세’이어야 하고 나아가 상품에 대해 적용된 ‘간접세’이어야 한다. 이에 대해 배출권이 배출권거래제의 적용을 받은 대상 주체들에게 경제적 부담을 안기는 규제조치이므로 조세 또는 조세에 상당하는 과징금이라는 주장이 있으나, 배출권거래제 하에서는 일정한 경제적 부담을 지불하고 그 반대급부로 배출권을 할당 받는 것이므로 ‘반대급부 없는, 정부에의 일방적인 지출’이어야 하는 조세의 정의에 부합하지 않는다. 또한 배출권이 탄소시장에서 거래가 가능하며 수요와 공급에 따라 시장가격이 변동된다는 점에 비추어 볼 때 조세라 보기 어렵다. 또한 일부 학자들이 주장하듯 조세의 개념을 광범하게 해석하여 배출권이 ‘조세에 상당하는 과징금’에 해당한다고 보는 경우에도, EUETS의 경우를 포함해서 현행 대다수 배출권거래제에서는 국내적으로 배출책임을 탄소배출을 야기한 행위주체 또는 탄소배출행위를 기준으로 부과하고 있으므로 배출권이 상품에 대하여 적용된 간접세라고 보는 데에는 여전히 어려움이 있다. 따라서 배출권거래제 하에서 수입업자에게 부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정상 수입 국경세조정으로 인정될 수 없으며, 상품과의 관련성을 가지고 “상품에 대하여 적용”된 조치가 아니기 때문에 GATT Ad Article III의 적용을 받지 못하므로 상품의 수입에 대해 부과된 수입제한조치(즉 비재정적 성격의 국경조치)로서GATT 제XI조 1항과의 합치성이 문제될 가능성이 높다.