소수자의 인권보장을 위해서 인권영향평가가 제 역할을 하려면 평등원칙과 관련된 구체적인 평가지침을 세워야 한다. 국가인권위원회는 평가지침을 세우는데 타 행정기관 대비 유리할 것이며, 헌재의 평등권 침해 판단 과정에 관련된 분석도 있어야 한다. 
인권영향평가의 이러한 기능은 평등 원칙 또는 차별금지라는 기준을 근거로 한 평가를 통해 실현될 수 있다. 하지만 헌법재판소의 차별 판단에서 볼 수 있듯이 평등 원칙에 기초한 평가는 매우 큰 폭의 차이를 갖는다. 즉 자의금지에 기초한 평등 판단은 상당수의 차등 대우에 대한 정교한 평가를 하지 못한 형식화된 평가가 될 수 있으며, 합리성 심사에 기초한 평등 판단은 지나친 정책 형성 재량에 대한 통제나 개입이 될 우려가 있다. 따라서 소수자의 인권보장 도구로써 인권영향평가가 기능하기 위해서는 무엇보다 평등원칙에 대한 정교한 평가지침을 마련할 필요가 있다. 차별시정에 대한 오랜 기간의 경험을 축적해온 국가인권위원회는 이러한 평가지침 마련에 있어서 다른 행정기간보다 강점을 가질 수 있다. 하지만 이러한 강점을 더욱 부각하기 위해서는 차별시정 판단에 관한 경험에 더해서 헌법재판소의 평등권 침해 판단 과정에 대한 다각도 분석이 함께 이뤄질 필요가 있다.