민관협력 파트너십 조직의 형성과 직무 수행에 추진과정의 복잡성도 문제 중 하나인다. 규제개혁 추진 주체와 대상이 동일한 경우에, 적극 추진할 동기가 부족하고, 업무 범위가 제한된다.
세 번째로 추진과정의 복잡성도 민관협력 파트너십 조직의 형성과 직무 수행에 어려움을 가중시킨다. 본질적으로 규제개혁 추진 주체와 규제개혁 대상이 동일한 경우가 많다. 이는 규제개혁 추진 과정에서 경쟁적이거나 적극적으로 규제개혁을 추진할 유인을 제공하지 못하는 원인이 되고 있으며, 민관협력 파트너십 조직이 기여할 수 있는 업무 범위가 제한될 수밖에 없는 이유가 되기도 한다. 그 동안의 사례들은 민관협력 파트너십을 형성하는 민간 조직들은 거미줄처럼 얽힌 민간시장 행위자들의 이해관계와 규제개혁에 미온적인 주무부서의 이해관계 사이에서 에너지를 소진하고 지쳐 있다가 대통령이나 국무총리 등 총괄적인 해결이 가능한 회의체나 의사결정 구조를 접하면 하소연 내지 한탄을 뿜어내는 현상을 쉽게 발견할 수 있다.