일본 자원에너지청은 ‘발전비용검증 워킹그룹’을 통해 장기 에너지 수급 전망에 도움이 되는 전원별 발전 비용을 추정하여 보고했다. ‘발전비용검증 워킹그룹’은 ‘비용등검증위원회’의 보고서를 참고로 하여, 원자력발전의 직접비용과 사고위험 대응비용을 포함한 외부비용도 추정하고 있는데 원자력발전 발전비용 추정에 몇 가지 다른 점이 있다. 이는 추산된 사고 피해비용 규모, 사고위험대응비용 추정방식의 변화,  원전 사고위험 대응 비용 추정을 위한 사고 발생빈도의 전제가 달라진 것이다.  
일본 경제산업성 산하 자원에너지청은 2015년 6월에 ‘발전비용검증 워킹그룹’을 통해 장기 에너지 수급 전망에 참고가 되는 전원별 발전 비용을 추정하여 보고하고 있다. ‘발전비용검증 워킹그룹’은 2011년 ‘비용등검증위원회’의 보고서를 참고로 하여, 원자력발전의 직접비용뿐만 아니라, 사고위험 대응 비용을 포함한 외부비용도 추정하고 있다. 그러나 2011년과 2015년 원자력발전 발전비용 추정에서는 몇 가 지 다른 점이 존재한다(<표 4-16> 참고). 첫째는 추산된 사고 피해비용 규모가 다르다. 2011년도의 피해규모의 경우 원전사고 발생연도에 집계한 수치이므로 당연히 최근 시점의 피해규모보다는 낮다. 2011년 에 5.8조 엔으로 집계된 피해비용 규모는 2015년에 9.1조 엔으로 증가하였다(<표 4-17> 참고). 둘째는 사고위험대응비용 추정방식의 변화이다. 2011년 당시에는 피해비용을 원전사업자가 상호부조의 형태 로 지불해야 한다는 의견이 지배적이어서, 상호부조법에 기초한 산정법을 이용하여 사고위험 대응 비용을 추정하였다. 그러나 2015년 산 정에서는 OECD, EIA(미 에너지통계국) 등 세계에서도 널리 사용하는 모델플랜트 방식(균등화 발전비용법)을 이용하고 있다. 마지막으로 원 전 사고위험 대응 비용 추정을 위한 사고 발생빈도 전제가 달라졌다. 2011년의 경우 후쿠시마 다이치 원전사고와 같은 심각한 원전사고가 발생할 확률을 1회/2,000로·년으로 가정했으나, 2015년의 경우는 추가 적 안전대책에 따라 사고 발생빈도가 낮아지므로 각국 규제기관과 국제기관의 안전 목표 기준, 안전대책 실시 후의 위험평가 개선 폭 (5,200로・년에 1회 → 12,100로・년에 1회 : 약 2.4분의 1로 저하)을 종합적으로 고려하여 2011년 ‘비용등검증위원회’의 ‘2,000로・년’의 반분인 ‘4,000로・년’으로 전제하고 있다.