자유학기제 교육과정은 학교마다 자율적으로 편성･운영하고 공통과정과 자율과정으로 구성된다. 공통과정은 수업 시수가 주당 20~22시간 정도이며 대부분 오전에 진행되고 자율과정은 주당 12~14시간 정도이고 오후시간과 시헐기간을 활용하여 전일제로 운영된다.
자유학기제를 통한 학교 교육의 변화는 교육과정의 편성 및 운영, 공통과정 및 자율과정의 교수･학습 방법 개선, 학생 평가 방법의 변화와 수요자 중심의 다양한 자율과정 프로그램 운영에서 두드러진다. 첫째, 자유학기제 교육과정은 학교운영위원회의 심의를 거쳐 학교마다 자율적으로 편성･운영하도록 하고 있다. 자유학기제의 교육과정은 공통과정(국어, 영어, 수학, 사회, 과학 등의 기본교과)와 자율과정(진로탐색활동, 동아리활동, 예술･체육 활동, 학생선택프로그램)으로 구성된다. 학교 마다 다르지만, 공통과정의 수업 시수는 주당 20~22시간 정도이며 대부분 오전에 진행된다. 자율과정은 주당 12~14시간 정도로 구성되며 대부분 오후시간과 중간･기말 고사 기간을 활용한 전일제로 운영된다. 하지만, 이는2013~2014년 연구학교에서 나타나는 일반적인 운영 형태이고, 학교의 상황과 여건에 따라 자율과정을 전일제로 운영하는 등 다양한 운영이 가능하다(최상덕 외, 2014).