서울에 있는 대통령과 국무총리 산하의 자문회의와 같은 조직은 특별 행정원에 설치될 필요가 없고, 각 부처의 외청과 법제처와 보훈 담당 조직도 따로 설치할 필요가 없다.
재정과 경제문제 역시 재정경제청이라는 명칭으로 통합하여 재정과 경제의 모든 업무를 수행하도록 하는 것도 고려해 볼 필요가 있다. 서울에 설치되어 있는 대통령과 국무총리 산하의 각종 위원회 및 자문회의와 같은 조직은 특별 행정원에 설치될 필요가 없으며, 각 부처의 외청 및 법제처와 보훈 담당 조직도 별도로 설치할 필요가 없을 것이다. 다만 특별행정구 체제전환이라는 업무를 수행할 특별기관을 설치할 필요가 있을 것이며, 북한체제의 전환이나 남북한 체제통합에 대해 자문할 기구로서 특별행정원장 직속으로 북한 및 통일전문 분야의 전문가들로 구성된 ‘행정자문단’의 설치 또한 고려할 필요가 있을 것이다.