복무중인 군인에게 장애가 생겼을때 계속 복무가 가능한지 혹은 제대가 필요한지 결정하는 장애평가시스템이 개발되었다. 시스템의 목적은 군인이 제대해야 하는 경우 장애 보상을 빠르게 하고 투명성 제고를 위함이다. 
등록신청 업무 처리의 적시성을 높이기 위하여 제대군인부는 새로운 프로그램을 도입하였다. 2007년 11월 국방부와 함께 현역 군인이 장애를 입었을 때 계속 군인으로 남아 직무를 수행할 수 있을지 또는 제대해야 하는지를 결정하는 장애평가시스템(Disability Evaluation System)을 개발하였다. 이 프로그램의 주요 특징은 장애 보상 여부를 결정하는데 있어서 제대군인부의 기준과 장애등급표에 의거하여 수행되는 일회의 신체검사이다. 이 프로그램의 목적은 군인이 현역으로서의 업무를 더 이상 수행할 수 없어 제대가 필요하게 된 경우 제대 후 바로 장애 보상을 신속하게 제공하고 제대 시의 혼란을 줄이고 투명성을 향상시키는 것이다. 2008년 약 20,000건의 신청이 이 프로그램으로 처리되었고 제대군인부에서 729,000건을 처리하였다.