근로소득공제가 총급여액에서 가장 높은 공제 비중을 차지하는 것은 사업소득자와의 과세 형평을 맞추기 위한 것이다. 근로소득자에만 특별공제 중 항목별 공제 허용의 차별적 과세를 시행하고 있는 것이다. 하지만 사업소득자에게 최소한의 지출에 대한 소득 공제 미적용 및 세부담 형평성 측면의 문제가 존재한다.
근로소득공제가 총급여액에서 차지하는 비중을 살펴보면 2013년 30.7%로 과세표준을 산출하기 위한 과정에서 가장 높은 공제 비중을 차지하고 있다. 이렇게 근로소득에 대하여 높은 근로소득공제를 제공하는 정책적 이유는 세법에는 명시되어 있지 않지만 사업소득자와의 과세 형평을 맞추기 위한 것이다. 사업자들의 과표양성화가 충분하지 않고 또 사업자들은 경비사용에서 개인적인 비용을 사업용 경비로 제출함으로서 과세소득을 줄일 수 있는 여지가 많다는 측면에서 근로소득자와 사업소득자들 간의 과세형평성을 도모하고자 하는 것이었다. 소득세 전체 과세체계에서 본다면, 사업소득자는 각종 개인적인 지출을 사업상의 필요경비에 산입하는 것이 용이하고 근로소득자에 비하여 소득탈루율도 높기 때문에 정책적으로 근로소득자에 대하여만 특별공제 중 항목별 공제를 허용하는 차별적 과세를 시행하고 있는 것이다. 하지만 사업소득자에게 항목별 공제를 허용하지 않는 경우 최소한의 꼭 필요한 개인적 지출에 대한 소득(세액)공제를 받지 못하게 되어 불합리하고, 특히 정직한 사업소득자의 경우에 세부담 형평성 측면에서 부당하게 대우받게 된다는 문제가 존재한다.