창조 경제 추진 과정에서 공공 벤처 투자가 중복으로 이루어질 가능성도 있다. 중복 출자를 줄이기 위해 주무부처간 논의가 필요한 한편, 공공정책펀드의 조성목표와 특성을 명확히 하여 운영해야 한다.
이와 함께  창조 경제  추진 과정에서 여러 정책 펀드들이  조성됨에  따라 공공 벤처 투자 펀드의 중복 출자 가능성 역시 제기되고 있다. (김종민·박용린, 2015) 특히 모태 펀드와 성장 사다리 펀드의 경우 주무부처가 중소기업청과 금융위원회로 각각 다르나 출자 영역이 창업초기부문, 일반벤처조합, M&A, 세컨더리(Secondary), 특허 등의 부문에서 중복되어 부처 간의 협의를 통해 출자영역을 조정하지 않을 경우 중복 출자 가능성이 높다. 따라서 단기적으로는 공공 정책 펀드 간 중복 출자를 줄이기 위해 주무부처 간 적극적인 논의가 필요할 것으로 판단된다. 장기적으로는 공공정책펀드의 조성목표와 특성을 보다 명확히 하고 이에 맞춰 펀드를 운영할 필요가 있다.