일본은 북한의 위협이 일본에 대해서도 잠재적인 위협요인이 된다고 인식하고 있다. 일본은 북한과 수교가 납치자 문제로 정체된 상태였다가 2015년에 납치자 문제를 중심으로 협상하고 있다.
일본은 근본적인 안보문제 차원에서 한반도의 평화와 안정이 동북아의 안정에 중요하며, 북한이 한국에 대해 위협요인으로 존재하는 한 일본에 대해서도 잠재적인 위협요인이 된다고 인식하고 있다. 이러한 인식에 기초해 일본정부는 한·일 우호 협력 관계를 한반도 정책의 기조로 삼고 있다. 일본은 냉전구조의 와해와 한·러 및 한·중 수교에 자극받아 북한과의 수교를 추진해 왔으나 핵, 미사일 및 납치문제를 둘러싸고 양자 간 대립이 계속되고 있으며, 국교정상화 협상은 정체된 상태다. 일·북 수교협상 재개에 최대의 관건은 북한의 일본인 납치자 문제다. 소강상태였던 일·북 간 협상은 2013년 5월 이지마 이사오 내각관방참여의 방북을 계기로 재개되었다. 2014년에는 양국간에 수차례 국장급 회담이 진행되어 스톡홀름 합의가 도출되었고, 2015년에도 일본과 북한은 납치자 문제를 중심으로 계속 협상하고 있다.