국가인권 위원회법에서 인권은 국제 인권조약과 국제관습법으로부터 인정되기 때문에, 국가인권 위원회는 각 권력기관으로부터 독립적이다. 그래서 인권위는 국가기관에 업무수행상 필요한 자료제출과 사실조회를 요구하거나 의견표명, 시정 권고를 할 수 있다.
국가인권위원회의 독립성은 사법부, 입법부, 행정부의 어느 한 부분에 소속되지 않아야 한 다는 소극적인 측면에 그치는 것이 아니라, 각 권력기관으로부터도 독립하여야 한다는 적극 적인 의미를 갖고 있다. 이 점은 이미 국가인권위원회법에도 일부 반영되어 있다. 국가인권 위원회법에서 말하는 “인권”은 우리나라 헌법 및 법률상의 기본권과 권리만이 아니라 국제 인권조약과  국제관습법에서  인정되는  인권인데(동법  제2조), 이는  국가법질서의  테두리를 벗어나는 권익을 지키기 위해서도 활동할 수 있는 권한을 부여받았다는 것을 의미한다. 그 점에서 필연적으로 각 국가권력으로부터도 독립하여 활동할 수 있도록 허용된 국가기관인 셈이다. 국가인권위원회법에서도 인권위가 업무수행상 필요한 자료제출과 사실조회를 각 국가기관에 요구할 수 있고(동법 제22조), 각 국가기관에 필요한 의견표명이나 시정 권고를 할 수 있도록 보장하고 있다(동법 제25조).