GATT협정의 관세동맹이나 잠정협정에서 동맹이나 협정의 당사자가 아닌 체약국과의 무역에서 관세와 기타 통상규칙은 이전에 존재했던 것보다 높거나 제한적이어서는 안되며 자유무역지역에 관한 점정협정 또한 마찬가지이다. 다만 적당한 기한 내에 관세동맹이나 자유무역지대 잠정협정을 위한 계획과 일정표를 포함해야 함을 유의해야 한다. 이같은 의무 불이행 시 회원국간 분쟁으로 이어졌다. 그러나 분쟁해결절차의 불완전성으로 다자주의를 왜곡하는 결과를 낳기도 했다.
그러나 이러한 협력협정은 WTO체제 전체의 이익과 발전이라는 측면에서 일정한 한계를 갖는다. 우선 GATT에서의 규정하고 있는 협정의 관세동맹과 자유무역 지대협정의 한계는 다음과 같다. 관세동맹 또는 관세동맹의 협정을 위한 잠정협정에 관하여는, 동 동맹이나 협정의 당사자가 아닌 체약국과의 무역에 대하여 동 동맹의 창립 또는 동 잠정협정의 체결 시 부과되는 관세와 기타 통상규칙이 전체적으로 동 관세동맹의 협정이나 동 잠정협정의 채택이전에 동 구성 영역 내에서 적용해 온 관세의 전반적 수준과 통상규칙보다 각각 높거나 제한적인 것이어서는 안 된다. 자유무역지역 또는 자유무역지역의 형성을 위한 잠정협정에 관하여는, 각 구성영역에서 유지되고 또한 동 자유무역지역의 형성 또는 동 잠정협정의 체결 시에 이러한 지역에 포함되지 않은 체약국 또는 협정의 당사자가 아닌 체약국과의 무역에 적용되는 관세 또는 기타 통상규칙은 자유무역지역이나 또는 잠정협정의 형성이전에 동 구성영역에 존재하였던 해당관세 기타 통상규칙보다 각기 높거나 또는 제한적인 것이어서는 안 된다.한 가지 유의할 점은 관세동맹이나 자유무역지대 잠정협정에는 적당한 기간 내에 관세동맹 또는 자유무역지역을 조직하기 위한 계획 및 일정표를 포함해야 한다는 점이다. 즉, 1994년 GATT에서 규정하고 있는 내용은 회원국에게 지역협력협정을 체결할 수 있는 권리는 부여하되 해당협정 또는 잠정협정을 체결한 이후 기존의 통상관계가 비회원국을 차별하는 결과를 초래하지 않도록 할 의무를 부과하고 있다. 이러한 의무를 불이행할 경우 결국 회원국간 분쟁으로 이어지게 되었다. 그러나 분쟁해결절차의 불완전성으로 인해 GATT하에서의 지역협력 관련 분쟁은 여타 분쟁의 경우와 마찬가지로 신속하고 완전한 해결책은 아니었다. 이러한 제도적 흠결은 지역협력협정이 다자주의를 왜곡시킬 수 있었던 현실적인 원인으로 작용해왔다.