통일 후 정부조직체계는 한 쪽 정부가 흡수 합병하거나 양측 정부를 해체하고 새로 조직하는 방법으로 나뉘는데, 행정 공백과 혼란 가능성을 고려한다면 남북간 정치적 합의를 토대로 한 흡수 합병 추진이 보다 적합할 것으로 보인다.
정치적 상황에 따라 통일국가의 정부조직체계를 구성하는 방법은 크게 두 가지로 구분할 수 있다. 첫째는 어느 한 정부가 다른 한 쪽을 흡수 합병하는 방식으로 동서독 통일에서 채택한 방식이다. 둘째는 양측 정부조직을 해체한 후 새로운 체계를 조직하는 방법이다. 두 번째 방식의 경우, 통일이라는 새로운 환경에서 대응한 발전적 해체와 재창조라는 의미에서 합리적인 것으로 보일 수 있다. 하지만 엄청난 행정수요가 쏟아질 체제통합의 시기에 정부라는 복잡하고 거대한 조직을 재탄생시킨다는 것은 행정의 공백과 혼란을 야기할 수 있기 때문에 이 방안은 현실적으로 불가능에 가깝다. 따라서 우리에게 현실적으로 가장 적합할 것으로 보이는 방식은 첫번째의 독일 통일과정에서 채택한 합병의 방식인데, 여기서의 문제는 이에 대한 남북한 간의 정치적 합의가 전제되어야 한다는 점이다.