외국인기능실습제도는 실시 초기부터 현재에 이르기까지 많은 문제점이 발생했는데, 일본의 경우에도 힘든 업무를 값싼 노동력인 외국인 기능실습생으로 대체하는 것이 아니냐는 비판과 함께 제도 폐지의 요구가 있었다.
명목상으로 국제공헌을 목적으로 실시하고 있는 외국인기능실습제도는 실시 초기부터 현재에 이르기까지 많은 문제점이 노출되었다. 일본의 기술 및 기능 등을 습득하기 위해 일본에 온 연수생 및 기능실습생은 근무장소에서 행동의 자유가 제한되고 직장을 자유롭게 선택하는 것도 불가능한 상황이다. 서비스 잔업 등의 장시간 근로를 강요당하거나 저임금이 지불되고, 지불되는 임금의 예금 및 저축 등을 강요당해, 자유롭게 사용할 수 있는 현금이 지급되지 않는 경우가 빈번하게 발생하고 있다. 또한 기능 습득이라고는 보기 힘든 업무를 담당하고 있는 경우도 적지 않은 게 사실로, 결국 일본인이 하기 싫어하는 힘든 업무를 값싼 노동력인 외국인 기능실습생으로 대체하고 있는 것이 아니냐고 하는 비판과 함께 제도의 폐지를 요구하는 목소리가 높아지고 있다.