해양수산부는 1996년 설립부터 폐지논란이 지속적으로 제기되었다. 농업과 어업의 분리는 헌법에서 상정하지 않는 체계이다. 해양경찰은 국민안전처로 이관됐으니, 어업과 수산은 농림축산식품부를 ‘농축수산부’ 등으로 개편하고 항만의 개발과 운영은 국토교통부가 하면 된다.
해양수산부는 1996년 설립된 이후 폐지논란이 지속적으로 제기되어온 부처이다. 앞으로도 계속될 전망이다. 앞에서 지적한 바와 같이, 정치적 이유로 무리하게 설립된 부처이기 때문이다(박천오, 2011). 특히 국민안전처 설립당시 해양경찰기능은 이미 해양수산부로부터 국민안전처로 이관되었다. 뿐만 아니라 농업과 어업의 분리는 헌법에서 상정하고 않는 조직체계이다. 즉 헌법에 의하면, 제123조제1항에서 ‘국가는 농업 및 어업을 보호･육성하기 위하여 농･어촌종합개발과 그 지원등 필요한 계획을 수립･시행하여야 한다.’고 규정하고, 아울러 제4항에서 ‘국가는 농수산물의 수급균형과 유통구조의 개선에 노력하여 가격안정을 도모함으로써 농･어민의 이익을 보호한다.’고 규정하고 있다. 농업과 어업, 농산과 수산을 통합하는 조직체계를 상정하고 있다. 따라서 어업과 수산기능은 현행 농림축산식품부에 이관하여 ‘농축수산부’ 등으로 개편하고, 항만개발 및 운영기능은 국토교통부로 이관할 필요가 있다.