국민건강보험공단의 이사장과 감상은 대통령이 임명하며, 비상임이사는 보건복지부 장관에게 임명된다. 상임이사는 이사장이 직접 임명한다. 
국민건강보험공단은 임원으로서 이사장 1명, 이사 14명 및 감사 1명을 두며, 이사 장, 이사 중 5명 및 감사는 상임으로 한다(국민건강보험법 제20조 제1항). 이사장은 공공기관운영법에 따른 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 “보건복지부 장관의 제청”으로 “대통령이 임명”하며(동조 제2항), 상임이사는 상임이사추천위원회 추천 절차를 거쳐 “이사장이 임명”한다(동조 제3항 및 동법 시행규칙 제8조 제1항).76)비상임이사는 ① 노동조합･사용자단체･시민단체･소비자단체･농어업인단체 및 노인 단체가 추천하는 각 1명, ② 대통령령으로 정하는 바에 따라 추천하는 관계 공무원 3명을 “보건복지부 장관이 임명”하며(동법 제20조 제4항), 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 “기획재정부 장관의 제청”으로 “대통령이 임명”한다(동조 제5항). 즉, 이사장과 감사는 대통령이, 비상임이사는 보건복지부 장관이, 업무의 핵심 인 상임이사는 국민건강보험공단 이사장이 임명하는 구조라고 할 수 있다.