북한인권기록보존소는 그 모델이 중앙기록보존소인 점, 통일 체제불법청산의 기초자료인 점, 소추를 위한 정보로 재정리해야 하는 업무의 효율을 위해 법무부에 설치해야 한다. 또한 기초 자료 조사는 민관협동방식으로 운영하고, 장기적으로는 법무부의 인력 확충이 필요하다. 통일부의 교류협력 역할 때문에 운영 기조가 불안해 바람직하지 않으나 자료 수집의 노하우를 숙고하고 민간의 노력의 중단되지 않게 해야 한다.
생각건대, 처음부터 북한인권기록보존소의 설치가 통일될 때까지 29년 동안 약 4만 여건의 인권침해사례를 수집･정리한 잘츠기터 중앙기록보존소를 모델로 하였던 점, 북한인권 침해 사례를 수집 정리하는 목적이 첫째 현재의 북한 인권 침해 사항에 대한 간접적인 압력수단이며 둘째, 향후 통일 이후 과도기적 정의 구현 즉 체제불법청산의 기초자료인 점, 단순 인권 침해 사례가 조사된 날 것의 자료와 이것이 소추를 위한 정보로 재정리되는 것에는 차이가 있는 점, 그러한 취지의 정보 정리 및 보관은 법률전문가이면서 소추기관인 법무부가 담당하는 것이 효율적인 점 등에 비추어 보면 북한인권기록보존소는 법무부에 설치하는 것이 타당한 것으로 사료된다. 아울러 이에 관한 기초 자료 조사를 담당할 기관은 현재 법무부 내에 역량이 모자란 경우 특수법인설에서와 같이 민관협동방식으로 운영하는 것이 바람직하고 장기적으로는 법무부가 인력을 확충하여 모두 담당하는 것이 바람직할 것으로 사료된다. 통일부의 경우 교류협력 및 대북창구 역할과 동시에 북한인권침해사안을 기록하는 역할까지 담당하는 것은 문제의 소지가 있으며, 북한이 교류협력의 전제조건으로 해당 기관의 폐지를 요구할 가능성･정부가 바뀔 때마다 그 운영의 기조가 흔들릴 가능성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 현실적 전문 인력의 확보 차원의 문제를 감안하더라도 바람직하지 않은 것으로 생각된다. 다만, 이 경우에도 지난 10년 이상 민간차원에서 수집 집적한 자료 및 이를 통해 축적된 자료 수집 정리의 노하우 등은 충분히 숙고의 대상이 되어야 하며, 정부차원에서 자료를 수집･정리･보관하는 경우에도 민간 차원의 같은 노력이 사장되거나 중단 혹은 약화되지 아니하도록 충분히 배려할 필요가 있다고 본다.