대안교육은 복합적인 성격을 가지는데, 그동안의 논의는 현상적인 차원에서 접근되었다. 대안교육은 대안학교로 등치시켜 제한점을 갖거나 공교육의 상호 대립항으로 설정하는 오류를 범했다. 
이러한 어려움은 본질적으로 대안교육이 복합적인 성격을 가진데 기인한다. 여러 가지 성격이 대안교육이라는 이름 아래 공존하다보니, 하나를 집어 논하기 어려운 형편인 것이다. 한편으로는 그간 대안교육에 관한 논의가 현상적인 차원에서 접근되었던 것을 지적할 수 있다. 대부분의 논의가 교육현상으로서의 대안교육 차원에서 주로 접근되다보니 대안교육을 대안학교로 등치시켜 파악하는 제한점을 갖거나 오류를 대안교육과 공교육을 상호 대립항으로 설정하는 오류를 범하게 되었다. 대안교육은 그 자체로서 깊은 철학적 뿌리와 사회적 발전과정을 거쳐 온 다양한 현상임에도 불구하고, 대안교육을 단순히 대학입시 위주의 지식교육에 반발하여 나온 교육 이단아로 파악하는 시각이 사회 곳곳은 물론 대안교육진영 내부에서조차 존재한다.