차세대 공학연구 육성 사업은 공과대학 단위에서 지원한다는 점에서 교육부와 차이가 있다. 그러나 사업을 추가하는 것보다는 기존의 문제점을 개선하는 것이 바람직해 보인다.
차세대 공학연구 육성 사업은 지원내용과 방식이 교육부의 BK21 플러스나 LINC 사업과 유사하며, 공과대학 단위에서 지원한다는 점에서 주된 차이가 있다. 그러나 대학에 대한 재정지원 사업이 교육부 사업으로 이미 추진되고 있다는 점을 고려하면, 별도 사업을 추가하는 것보다는 기존 사업의 문제점을 개선하는 것이 바람직해 보인다. 또한 미래창조과학부에서는 동 사업이 대학 지원 사업이 아니라 대학 주도의 산 ․ 학 ․ 연 컨소시엄을 지원하는 사업이라고 설명하고 있지만, 공과 대학의 특성화를 목적으로 한다는 점에서 대학 지원 사업으로 보는 것이 타당해 보인다.