교육부가 자유학기제 적용 대상을 특정하지 않은데 반해 서울시교육청은 1학년으로 특정한다. 그리고 1학기는 자기이해과정으로 2학기는 진로탐색과정으로 운영한다.
교육부에서는 자유학기제 적용 학년을 특정하고 있지 않은데 비해, 서울시교육청은 대상 학년을 1학년으로 특정하여 1학년 1학기는 자기이해 과정으로 기존 교육과정의 ‘교과’와 ‘창의적 체험 활동’ 영역을 그대로 가져가면서 교과에서는 진로 연계 교과통합 수업, 진로와 직업 선택과목 등을 운영하고, 창의적 체험활동에서는 학교 여건에 따라 자율적으로 다양한 진로체험활동(진로캠프, 진로콘서트, 직업체험 등)을 선택적으로 운영한다. 그리고 자유학기제 적용 학기인 1학년 2학기는 진로탐색 집중학기로, 교육과정 운영은 2013년 5월 교육부에서 발표한 ‘중학교 자유학기제 시범 운영 계획’을 따르고 있다.