국무총리 행정각부 통할권과 정책추진권의 범위와 방법은 통일시대에 달라진다. 대통령과 역할분담, 이가 지속될시 현재와 크게 차이는 보이지 않으며, 국무총리실 조직은 국무조정실, 국무총리비서실로 구분되어 있으나 대통령실과 비교시 작다.
통일시대(통일추진기와 체제통합기) 국무총리실의 조직 형태는 대통령과의 역할분담, 국무총리의 행정각부 통할권과 정책추진권의 범위와 방법 등에 따라 달라질 것이다. 앞에서 언급한 대통령과 역할분담 방안 중 제1안, 즉 현재와 같은 역할분담체계가 지속될 경우 통일시대 국무총리실의 조직 형태는 현재와 크게 차이를 보이지 않을 것이다. 현재 국무총리실 조직은 크게 국무조정실과 국무총리비서실로 구분되어 있고, 국무총리 국정업무 수행의 보좌기구인 국무조정실의 경우 정책조정에 초점을 맞춘 국정운영실, 경제조정실, 사회조정실 등이 있으며 정부업무평가와 규제개혁업무를 담당하는 정부업무평가실과 규제조정실 등으로 이루어져 있다. 이밖에 ‘세종시특별자치시지원단’과 같이 특별 업무를 지원･총괄하는 조직도 설치되어 있다. 대통령실과 비교할 때 국무총리실 조직은 그 규모는 기능면에서 매우 작은 편이다.