법원 절차가 진행 중일땐 법원의 특별한 허락 없이는 비침해 확인 절차가 개시될 수 없고 비침해 확인 절차가 먼저 제기됐을 때 법원은 침해소송 절차를 중시시킬 수 있다. 
제58조, 제61조, 제69조 내지 제72조에 따른 법원 절차가 진행 중인 경우, 법원이 특별히 허락하는 경우를 제외하고는 비침해 확인 절차는 개시될 수 없다. 반대로, 비침해 확인 절차가 먼저 개시된 후 법원에 침해소송이 제기된 경우 법원은 그 절차의 결과가 나올 때까지 침해소송 절차를 중지할 수 있다. 특허권자에 의한 특허권 침해소송에서 기존 제품의 침해 여부에 대하여 심리하면서 피고의 반소(counterclaim)에 따라 피고의 새로운 개량품이 침해를 하지 않음에 대한 확인을 청구할 수 있다. 계류 중인 출원을 대상으로 비침해 확인을 청구할 수는 없다.