55회나 개최된 인적자원개발회의는 양적 산출에도 불구하고 시간이 지날수록 운영의 어려움을 보인다. 국무위원들이 참여하는 본회의에서 1급 공무원이 대신 참여하는 비율이 점점 낮아지며 대통령이 직접 주재하는 횟수도 감소하였다.
인적자원개발회의는 모두 55회 개최되었다. 2002년 교육인적자원부와 산업자원부가 수립한 산학연협력 활성화 종합대책, 2005년 제2차 국가인적자원개발기본계획 등은 이 회의의 대표적 성과로 꼽힌다. 2005년 7월 국방부가 제안하고 11개 부처가 참여하여 수립한 군 인적자원개발 종합계획과 2004년 5월 교육인적자원부가 제안하고 5개 부처 공동으로 수립한 자원봉사 활성화 계획 등은 의제 제안 건으로 발굴하여 추진되었다. 이러한 양적 산출에도 불구하고 인적자원개발회의는 시간이 지날수록 운영상의 난맥상을 보여주었다. 국무위원들이 참여하는 본회의에서 1급 공무원이 대신 참여하는 비율이 50%에 이르고, 아예 불참하는 경우도 30%로 높아졌다. 초창기에 대통령이 직접 주재하는 횟수가 2001년 한해에만 7회에 달했으나 후반부로 가면서 감소하게 되었다.