조세특례가 오용될 가능성에 유의하여야 한다. 대기업과 중소기업의 거래관계에서 기금을 통해 기존 정상적 지급의 전부 또는 일부로 활용할 수도 있고 경상지원을 기금사업으로 전환하면 대기업만 조세특례의 효과만 받게 될수 있는 문제점이 있다.
반면, 제도운영의 적절성 측면에서는 본 조세특례가 협력중소기업에 대한 지원이 아닌 정상적인 대가 지급에 대해 오용될 가능성에 대해 유의해야 할 것으로 판단된다. 본 기금은 정상적인 대가 지급으로 활용되지 못하도록 규정되어 있고, 실제 대기업과 중소기업의 거래관계를 면밀하게 따져보지 않는 이상 실질적으로 기존의 정상적인 지급이 기금을 통해 지급되었는지 여부는 확인하기 어렵다. 다만, 대기업이 본기금 출연으로 얻을 수 있는 금전적인 혜택은 조세혜택이 유일하며, 조세혜택이 출연금보다 크지 않은 것이 일반적이라는 점을 고려할때 대기업이 단기적인 금전적 효과만을 추구하기 위한다면 본 기금을 정상적인 대금지급의 전부 또는 일부로 활용할 가능성이 전혀 없다고 보기는 어렵다. 이는 설문조사 결과에서도 상당수의 기업이 직접지원과 기금활용을 통한 지원을 동시에 집행하고 있었으며, 이 중에서 일부는 기금 지원으로 인해 직접지원이 감소하였다고 응답한 것을 참고할 수 있다. 또한 기존에 이루어지던 협력업체에 대한 경상지원을 본 기금에 따른 사업으로 전환하여 조세특례의 혜택을 적용하게 되면, 해당 금액에 대해서는 중소기업에 대한 지원 증가를 유발하지 못한 채 조세특례의 효과만 대기업이 받게 되는 문제점이 발생할 수도 있다.