보편화된 고등교육으로 고등교육에 대한 정부의 재정 지원 증가는 불가피하다. 다만 앞으로는 기관지원형 재정지원 특히 대학의 상황과 추구하고자 하는 교육목적에 따라 차별화된 재정 지원방안을 추구해야 한다.
현재 우리 고등교육이 처한 상황을 보면 정부의 대학재정 지원이 불가피한 측면이 있다. 70% 이상의 고등교육 진학률은 세계적으로 유래가 없을 뿐만 아니라 가히 보편화된 고등교육(Higher Education for All)이라 할 수 있다. 이런 상황에서 등록금 동결이 불가피하고, 개별대학의 재정확보는 용이하지않아 고등교육에 대한 정부의 재정 지원은 증가될 수밖에 없다. 다만 그동안 고등교육재정 지원이 기관지원방식보다 학생지원방식에 보다 집중될 수밖에 없었다면 이제는 새로운 개념의 기관지원형(대학, 전공을 포함하여) 재정지원 방식을 보다 심도있게 검토해야 할 것이다. 또한 350개에 달하는 고등교육기관은 각기 다양한 특성이 있어 모든 대학에 동일하게 지원하기보다는 대학의 상황과 추구하고자 하는 교육목적에 맞게 재정 지원방안이 마련되어야 할 것이다. 특히 학습자의 다양성과 대학 자체의 역량을 고려하여 다른 대학과 차별화된 대학특성화를 도모하고, 정부 재정지원도 고등교육기관의 성과에 따라 지원하는 전략을 추구하는 것이 바람직하다.