근로시간의 산정이 가능한 업무는 기본임금을 결정하고 이를 기초로 제 수당을 가산하여 지급해야 하며, 포괄임금제로 지급되는 고정급이 법정수당에 미달하면 근로자에게 불이익하여 무효가 되며 미달되는 차액을 추가로 지급하여야 한다.
이에 따라 최근 판례에 의하면, 근로시간의 산정이 가능한 업무의 경우, 근로자의 실제 근로시간에 따라 임금이 지급되어야 하기 때문에 원칙적으로 기본임금을 결정하고 이를 기초로 제 수당을 가산하여 지급하여야 한다. 또한 포괄임금제에 따라 임금을 지급하기로 약정했다 하더라도 법령에 비추어 근로자에게 불이익이 없어야 하고, 근로자에게 불이익한지 여부는 포괄임금제에 의해 지급된 수당이 근로기준법이 정한 기준에 따라 산정된 법정수당을 넘는지 여부에 따라 판단된다. 이에 따라 포괄임금제로 지급되는 고정급이 당해 근로자의 실제 근로시간을 기준으로 근로기준법에 따라 산정된 법정 연장․야간․휴일 근로수당에 미달하는 경우 근로자에게 불이익하여 무효가 되며, 미달되는 차액을 추가로 지급하여야 한다. 반면, 실제 근로에 대해 법에 근거해 계산한 금액보다 근로자에게 불이익이 없는 경우에는, 별도의 연장ㆍ야간ㆍ휴일 및 휴가수당을 지급할 의무는 발생하지 않는다. 한편, 포괄임금제에 대한 합의가 있는 경우에도, 근로시간 수에 상관없이 일정액을 법정수당으로 지급하는 내용의 포괄임금제 방식의 임금 지급계약을 체결하는 것이 근로기준법이 정한 근로시간에 관한 규제를 위반하는 이상 허용될 수 없다.