「국가기간교통망계획」과 같은 국가 종합 계획은 사전 계획 타당성 평가를 한다. 타당성 평가를 통하여 우선순위 등을 정하는데, 중장기 상위 계획과 예비 타당성 조사는 별개로 진행되어 연계되지 않고 있다.
「국가기간교통망계획」, 「중기 교통 시설 투자 계획」과 같은 국가 종합 계획은 효율성을 높이기 위해 계획 타당성 평가를 수행하도록 국가통합교통체계효율 화법 에 명시되어 있다. 수단 간, 사업 간 종합 타당성 평가를 통하여 우선 순위 결정 및 투자 조정 등을 수행하여 중장기 투자 계획을 제시하고 있다. 5년 단위의 「중기 교통 시설 투자 계획」은 1-2년 이후에 새로운 대안들이 다수 제안 됨에 따라 예산 편성을 위한 예비 타당성 조사 대상 사업은 상위 계획과 별개로 추진되는 실정이다. 즉, 중장기 상위 계획과 예비 타당성 조사 신청 사업 간 연계가 되지 않고 있다. 국가 차원의 기간 망 계획 및 수단 간 인터모달리즘을 달성하기 위한 중장기 계획에서 제시되지 않은 사업이 예비 타당성 조사 대상 업으로 선정되는 사례가 다수이다.