감사원 고발제도는 감사원의 직무상 범죄혐의를 인지할 기회가 많음을 활용하여 고발하여 법질서 및 행정질서를 유지하고자 하는 것이다. 감사원은 공무원 및 대상기관과 직간접으로 관계있는 자 모두에 대해 범죄혐의가 있다고 인정될 때 이를 수사기관에 고발하여야 한다. 주요 범죄로는 직무 관련 죄, 공무 방해 죄, 공공의 신용에 관한 죄, 재산에 대한 죄 등이다.
감사원은 감사결과 범죄혐의가 있다고 인정할 때에는 이를 수사기관에 고발하여야 한다 (｢감사원법｣ 제35조). 이는 ｢형사소송법｣ 제234조 제2항이 “공무원은 그 직무를 행함에 있어 범죄가 있다고 사료하는 때에는 고발하여야 한다”라고 규정한 것과 같은 취지의 규정이다. 공무원 개인이 아니고 감사원이 이를 행한다는 점에서 차이가 있다(감사원 감사교육원, 2006: 149; 감사원, 2008: 299). 일반적으로 고발은 범인 또는 고소권자 외의 자가 수사기관에 대하여 범죄사실을 신고하여 그 수사와 소추를 구하는 의사표시를 의미하여 수사의 단서에 해당한다(이재상, 2002: 198). 누구든지 범죄혐의가 있다고 인정할 때에는 고발할 수 있으나 감사원은 그 직무상 국가 또는 지방자치단체 등의 회계검사 및 직무감찰을 통하여 범죄혐의 사실을 포착할 기회가 많으므로 이를 수사기관에 고발하도록 함으로써 법질서 및 행정질서를 유지하고자 하는 데 감사원 고발제도의 의의가 있다. 감사원의 고발대상이 되는 범죄는 공무원의 범죄뿐만 아니라 감사대상기관과 직접 또는 간접으로 관계있는 자의 행위도 그대상이 된다. 주로 문제되는 범죄에는 공무원의 직무에 관한 죄(증뢰, 수뢰 등), 공무 방해에 관한 죄(공무집행방해, 봉인침해) 등, 공공의 신용에 관한 죄(문서위조, 허위공문서 작성) 등, 재산에 대한 죄(횡령, 배임) 등을 범한 형사범과 행정법상 의무위반에 대하여 형벌을 과할 것을 규정한 행정범 등이 있다.