스마트워크센터에서 근무하는 공무원은 복무관리가 어려우며 상사,동료와의 관계 단절의 위험이 있다. 게다가 부처 평가 반영 때문에 타지역 센터에서 형식적으로 근무하는 등의 문제점이 발생했다.
원격근무의 부정적 요소는 복무 관리의 어려움, 상사와 동료 간의 관계 단절, 부처 평가를 위한 근무 등으로 제시하였다. 스마트워크센터에서 근무하는 공무원은 부서장의 통제가 없고 주변 동료들이 감시도 받지 않기 때문에 복무관리가 어렵다. 또한 공직분위기를 고려할 때 장기간 이용이 어렵고, 상사와 동료 간의 관계 단절이  우려되는 점이다. 스마트워크센터의 활용도가 부처 평가에 반영되기 때문에 불필요한 출장을 통해 타지역 스마트워크센터에서 근무하고 복귀하는 문제점은 스마트워크 추진의 본질적 문제점을 제기하고 있다. 마지막으로 원격근무지의 시설 환경에 대해 좌석 및 편의시설의 부족을 부정적 요소로 제시하였다. 이는 유연근무제의 스마트워크 근무형과 동일한 부정적 요소로 나타났다.