인권영향평가는 평가의 대상이 실현하고자 하는 목적과 이로 인해 피해를 입는 인권 사이에 조화롭고 균형 있는 실현이 이루어지고 있는지가 평가되어야 한다. 이를 위해서 목적의 정당성, 수단의 적합성, 피해의 최소성, 법익의 균형성과 같은 4가지 비례성 원칙이 시행되고 있다.
인권영향평가는 평가대상이 인권에 미치는 영향이 ‘실질적 기준’의 측면에서뿐만 아니라 ‘절차적 기준’의 측면에서도 적합한지 여부가 함께 이루어져야 한다. 우선 실질적 기준의 측면에서 인권침해 여부를 판단하는 일반적 기준인 ‘비례성원칙’이 적용될 필요가 있다. 비례성원칙은 목적과 수단의 관계에서 합리성을 판단하는 보편적 기준으로 흔히 기본권침해 여부를 확인하는 헌법적 기준으로 활용되고 있다. 이러한 비례성원칙은 ① 목적의 정당성, ② 수단의 적합성, ③ 피해의 최소성, ④ 법익의 균형성과 같은 네 가지 부분원칙으로 구성되는데 특히 피해의 최소성과 법익의 균형성이 기본권침해 여부를 판단하는 중요하는 기준으로 작동한다. 이를 인권영향평가에 적용 하면 평가의 대상이 되는 법령이나 조례, 정책이나 프로그램, 제도나 절차가 실현하고자 하는 목적은 무엇이고, 이러한 목적을 실현하는 데 해당 법령이나 조례, 정책이나 프로그램, 제도나 절차가 효과적인 수단인지, 동일한 목적으로 실현하기 위하여 인권에 대한 피해를 최소화할 수 있는 대안적 법령이나 조례, 정책이나 프로그램, 제도나 절차가 존재하지는 않는지, 평가의 대상이 실현하고자 하는 목적과 이로 인해 피해를 입는 인권 사이에 조화롭고 균형 있는 실현이 이루어지고 있는지가 평가되어야 한다.