학교와 지역사회간의 연계 협력 문제는 교육청 및 학교와 일반행정체계에 속한 광역 및 기초 지자체 간의 행정체계 관계에 대한 문제이며 이들은 각자 서로 다른 주장을 하고 있다.
교육생태계 확장에 긴요한 학교와 지역사회 간의 연계･협력 문제는 보다 근본적으로는 교육행정체계에 속한 교육(지원)청 및 일선학교와 일반행정체계에 속한 광역 및 기초 지자체 간의 행정체계 관계에 대한 문제라 할 수 있다. 금창호 외(2015)는 이를 교육자치의 문제로서 오랜 기간 논란이 지속되어 온 사안이라고 지적한다. 이들은 나아가, 진정한 교육자치를 실현하기 위해서는 교육자치와 일반자치의 통합이 필요하다는 지방자치단체와 관련분야의 학자들의 주장이 있는가 하면, 교육계 종사자들 및 관련 학자들은 이와는 다르게 별도의 체계를 유지해야 하며 심지어는 일반행정으로부터의 분리를 교육자치의 개념 요건으로 제시하는 입장도 있음을 소개하고 있다.