국방부에서는 강정마을에 대한 입지조사 결과 항만으로써 여건이 양호해 우선 대상후보지로 발표했지만, 반대측은 군사기지 건설에 입지선정이 가장 중요한 요소임에도 타당성조사 없이 선정되었음을 주장하고 있다.
국방부에서는 “강정마을에 대한 입지조사는 2007년 외부용역기관이 제주도내 8개 지역을 대상으로 항만으로서의 입지 여건, 배후지 여건, 문화재 현황 등을 조사했고, 강정과 화순, 위미 지역이 항만으로서 여건이 양호해 우선 대상후보지로 선정됐다”는 것이다. 그러나 반대 측에서는 강정마을이 근거없는 입지선정이라고 주장하고 있다. 입지선정과정에서 입지 타당성 여부에 대한 어떠한 조사도 없었다는 것이다. 강정마을은 건설 초기에 거론조차 되지 않았던 곳으로 군사기지의 건설에서 입지 선정이 가장 중요한 요소임에도 불구하고 해군은 원칙도 없이 초기 최적지로 거론되었던 화순이나 위미2리와 위미1리 주민들이 반대한다는 이유로 환경적 가치가 높은 강정마을이 갑자기 후보지로 선정되었다는 것이다.