자유학기제의 참여 중심 수업과 진로탐색 활동이 이전, 이후 학기들과 연계돼야 한다. 이를 위해 장기적인 교육과정의 로드맵을 만들고, 학생이 진로를 탐색할 수 있는 여건을 마련해야 한다. 특히 기본교과의 시수 감소를 감안해야 한다.
자유학기제의 운영은 한 학기에 이루어지지만 이를 통하여 중학교 수업 전체의 개선을 추구하고자 한다면, 자유학기제에서의 참여 중심 수업과 진로탐색 활동이 이전 학기 및 이후 학년 교육과정과 유기적으로 연계가 되어야 한다. 이를 위하여 단위학교에서 교육과정을 편 성․운영할 때 단순히 한 학기나 학년만을 염두에 두기보다는 최소한 중학교 3년 동안의 장기적인 교육과정의 로드맵을 만들고, 이에 따라 학생의 진로탐색 및 꿈과 끼를 키울 수 있도록 여건을 마련해 줄 필요 가 있다. 실제로 연구학교의 담당교사들도 자유학기제의 운영을 위하여 이후의 학년과 학기까지의 교육과정의 변화, 학교 수업 방식의 변 화가 유용한 성공요인인 것으로 인식하였다. 특히, 자유학기제 동안의 기본교과의 시수 감축이 타 학년이나 학기에 어떻게 유기적으로 연계 되는가를 감안하여 설계할 필요가 있다.