시행 초반의 형사조정은 전문기관이 아닌 범죄피해자지원센터 내에 설치된 형사조정위원회에서 시작되었다. 이에 따라 공정성, 업무의 과중, 지원업무의 소홀함 등 문제점이 제기 되었고 현재 별도 기구로 분리를 하여 검찰청에 설치 되었다.
현행법상 형사조정제도를 운영하는 형사조정위원회는 검찰 내에 설치되어 있다(범죄피해자보호법 제42조 제1항). 현재 검찰에서 시행중인 형사조정제도는 도입 초기에는 형사조정을 시행할 민간 전문기구나 인력이 마땅히 없는 상태에서 부득이 범죄피해자지원센터 내에 설치된 형사조정위원회를 통하여 형사조정을 시행하게 되었다. 그러나 이에 대하여 일부 학계나 국회, 법조계 등에서 범죄피해자지원센터가 피해자지원단체라는 점에서 가해자에게 불리한 형사조정을 유도할 가능성이 있다는 등의 공정성 시비를 제기하였고, 내부적으로도 범죄피해자지원센터가 형사조정 업무로 인하여 본연의 업무인 범죄피해자 지원업무에 소홀할 수 있다는 비판이 제기되었다. 이에 따라 개정 범죄피해자보호법은 이러한 입장을 채택하여 범죄피해자지원센터에 소속되어 있던 형사조정위원회를 별도 기구로 분리하여 검찰청에 설치하는 것으로 변경하여 현재에 이르고 있다.