ISIS 조직은 단일 지도자의 위계질서로 지도자는 칼리프로 자임하고 있으며, 휘하에 군사 등 4개 영역의 위원회, 지역별로 4개 위원회를 설치하고 통치 행위를 하고 있다. 현재는 지도자 바그다디의 영향력이 절대적이다.
ISIL 조직은 과거 초대 칼리프 시대의 거버넌스를 그대로 복제하고 있다. 단일 지도자의 위계질서로 1971년생 아부 바크르 알-바그다디(Abu Bakr Al-Baghdadi) 일인 지도체제다. 스스로를 칼리프[이슬람 공동체의 통치권자, 권력을 알라(allah)로부터 수임]로 자임하고 있다. 휘하에 샤리아(Shari’a, 이슬람법 통치), 슈라(Shura, 조언/협의/입법기능), 군사 및 치안 등 4개 영역의 위원회를 설치하여 나름대로의 통치행위를 전개하고 있다. 여기에 중앙 지도부 예하 지역 단위 통치 거버넌스를 구성하여 책임자 왈리(Wali)를 중심으로 지역별로 4개 위원회를 설치하여 동일 기능을 수행하게 하였다. 현재로써는 과거 알-카에다의 오사마 빈라덴에 필적할 만큼 바그다디의 영향력이 절대적인 것으로 보인다.