협조/연계 단계는 학부모 가정의 협조 유도, 유관부처 및 지역사회와 연계하여 부진학생들을 지도하는 것이 목적이며, 전문성이 필요한 경우 기관과 협력하여 체제를 구축하고 예산을 확보하는 것을 포함한다. 
협조/연계의 단계에서는 학부모 인식 제고 및 협조와 유관부처 및 지역사회 연계가 이루어진다. 학부모 인식 제고 및 협조는 부진학생 지도․지원을 위한 학부모(가정)이해 도모 및 협조 유도가 목적이며, 학교장 주관 학부모 전체 연수(학년/학기초), 안내문/SMS/전자메일/가정방문 등을 통한 학부모 이해 제고 및 가정교육 방법 상담 안내, 학부모 자원봉사 도우미 임명 등의 방식으로 이루어진다. 유관부처 및 지역사회 연계의 목적은 유관부처 및 지역사회의 가용 자원을 활용한 부진학생 지도․지원 역량이 목적이며 방식으로는 교육부내, 보건복지부, 여성가족부, 지자체 연계, 정신건강, 가정지원 등 별도의 전문성이 필요한 경우 지역사회 기관과 협력체제 구축, 지역자원인사 네트워크 구축 활용(교육재능기부자 등), 지자체 예산 지원 확보 등이다.