생체인식 정보는 감시에 쓰일 수 있고 정부의 개개인 식별은 인권침해의 위험이 있다. 중앙집중적 바이오 정보 데이터베이스 구축 등의 개인식별은 감시의 위험을 높이며 수집된 바이오 정보는 재사용의 위험이 있으므로 적절한 감독 체제가 필요하다.
무엇보다 민간 및 공공영역에서 수집, 축적된 생체인식 정보가 노동자, 시민을 감시하는 용도로 사용될 위험성이 크다. 정부가 시민 개개인을 엄격하게 식별하고 인증하는 것 자체가 시민에 대한 차별을 포함해서 체계적이며 광범위한 인권 침해를 가져올 수 있다. 시민을 잠재적 범죄자 취급하거나 감시를 강화함으로써 정부에 대한 비판을 위축시킬 수 있다. 특히, 중앙집중적 바이오 정보 데이터베이스의 구축이나 자동화되고 은밀해진 개인식별은 감시의 위험성을 증폭시킨다. CCTV 통합관제센터와 같이 한번 수집된 바이오 정보는 또 다른 목적으로 활용될 가능성도 크다. 생체인식 기술로 인한 인권 침해를 최소화하기 위해서는 활용되는 기술의 특성(예를 들어 특정 대상에 대한 검색인가, 무차별 검색인가, 혹은 특정 대상에 대한 데이터베이스인가, 무차별 데이터베이스인가 등)에 따라 적절한 감독 체제가 마련될 필요가 있다.