판례는 지방의회가 합의제 행정기관의 설치에 관한 조례안을 발의하여 이를 의결하는 것은 지방자치단체장의 고유권한인 집행기관 조직편성에 지방의회가 개입하는 것이므로 허용되지 않는다고 보았다.
판례는 지방의회 의원이 합의제 행정기관을 설치하는 조례를 발의하여 이를 의결한 경우에 「지방자치법」 제116조에 그 설치의 근거가 마련된 합의제 행정기관은 지방자치단체의 장이 통할하여 관리·집행하는 지방자치단체의 사무를 일부 분담하여 수행하는 기관으로서 그 사무를 독립하여 수행한다 할지라도 이는 어디까지나 집행기관에 속하는 것이지 지방의회에 속한다거나 집행기관이나 지방의회 어디에도 속하지 않는 독립된 제3의 기관에 해당하지 않는 점,「지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정」 제3조제1항의 규정에 비추어 지방자치단체의 장은 집행기관에 속하는 행정기관 전반에 대하여 조직편성권을 가진다고 해석되는 점을 종합해 보면, 지방자치단체의 장은 합의제 행정기관을 설치할 고유의 권한을 가지며 이러한 고유권한에는 그 설치를 위한 조례안의 제안권이 포함된다고 봄이 상당하므로, 지방의회가 합의제 행정기관의 설치에 관한 조례안을 발의하여 이를 그대로 의결, 재의결하는 것은 지방자치단체장의 고유권한에 속하는 사항의 행사에 관하여 지방의회가 사전에 적극적으로 개입하는 것으로서 위 관련 법령에 위반되어 허용되지 않는다고 보았다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009추53 판결).