대기근의 원인에 대해 대부분의 연구가 사회주의동맹권 붕괴와 외환 부족으로 인한 식량생산 급감 및 공급 확보 실패, 연속적으로 발생한 대규모 자연재해, 배급제도의 갑작스러운 붕괴 때문일 것이라는, 거의 일치된 견해를 보이고 있다. 
먼저 대기근의 원인에 대해서는 대부분의 연구가 거의 일치된 견해를 보이고 있다. 첫째, 1980년대 말에서 1990년대 초 사회주의동맹권의 붕괴로 인해 북한이 경제적으로 큰 타격을 받아 농업부문에 대한 에너지 및 농자재 공급이 거의 중단되어 식량생산이 급감하였기 때문이다. 여기에다 외환 부족으로 인해 해외에서 식량을 수입할 수 있는 능력도 현저히 떨어졌으며 외부의 식량지원도 충분치 않아 충분한 공급량을 확보하지 못하였다. 둘째, 대규모 자연재해가 겹쳐 식량생산이 큰 타격을 받았기 때문이다. 1993년의 냉해, 1995~96년의 홍수, 1997년의 가뭄 등 자연재해가 연속적으로 발생 하였다. 특히 1995년의 홍수 피해액은 150 억달러로 최근 20년 동안 북한에 서 발생한 자연재해 중 피해가 가장 큰 것으로 평가된다(명수정 외[2008]; 박소연 외[2010]). 이듬해 발생한 홍수 피해도 22억달러로 세 번째로 재산 피해가 컸으며 100 명 이상의 주민이 사망했다. 셋째, 배급제도의 급작스런 붕괴로 인해 주민들이 미처 대비를 하지 못해 기근이 더욱 심화되었다. 특히 다른 지역에 비해 함경도에서 더 많은 피해가 발생한 것은 이 지역에 대한 차별적 식량분배가 있었기 때문이라고 주장하는 학자도 있다(Natsio [2001]).