위계질서가 성희롱 성폭력에 상당한 영향력을 발휘한다는 점에서 효과적 피해구제를 위해 기구의 독립성이 보장되어야 함에도 불구, 2012년 실태조사에 따르면 대학내 독립성을 보장하는 상담소를 운영하는 곳은 26%에 불과하다.
성희롱 성폭력이 위계질서와 밀접한 관련이 있다는 점을 고려할 때 사건을 담당하는 기구의 독립성은 효과적인 피해구제의 주요 요건이라고 할 수 있다. 2012년 위원회의 실태조사 결과, 대학 내 성희롱 성폭력 상담기구의 가장 보편적인 형태는 학생상담센터 등에 부속되어 있거나 학생상담센터에서 직접 담당하는 경우로 전체의 약 70%에 이르고, ‘독립된 성희롱 성폭력 상담소’가 있는 대학은 전체 조사대상 280개 대학 중 73곳(약 26%)에 불과하다. 한편 상담기구의 1년 예산은 1천만원 미만인 경우가 약 60%로 가장 많고, 별도 상담실이 없는 경우도 27%로, 예산 및 시설의 부족으로 인한 상담기구의 활동의 제한성이 클 것으로 추정된다. 또한 2011년 1년간 한 건도 상담이 없는 대학이 전체의 50%에 이르고, 7개 대학에서는 1년간 상담이 500건 이상 이루어지기도 하는 등 상담기구의 독립성 및 전문성에 따른 활동의 편차가 매우 큰 실정이다.