인증받은 기관에서의 훈련이 증가하게 되지만 훈련 기관의 성과에 차이가 발생한다. 그래서 훈련비를 차등지원하는데 표준 훈련비와 실비 정산을 방법으로 사용하고있다. 하지만 실비 정산은 실제 사용한 비용을 입증하기 힘들다는 것이 문제이다. 때문에 표준 훈련비에 대한 차등을 주는 방법이 차선이라고 할 수 있다.
현재의 훈련 운영 형태로 볼 때 인증을 받은 기관에 훈련 공급량을 확대하는 형태가 될 가능성이 매우 높다. 이는 훈련 기관이 훈련과정을 운영을 잘하여도 훈련 실시 여력은 한계가 있으며 훈련의 성과도 체감할 수밖에 없을 것이다. 그렇다면 한 가지 가능한 인센티브 방안은 훈련비의 차등 지원이다. 여기서 훈련비의 적절성을 논의하는 것은 연구의 범위 밖의 문제이기 때문에 더 이상의 논의를 하지 않기로 한다. 다만 현재 훈련비는 표준 훈련비와 실비 정산이라는 두 가지 형태로 이루어지고 있다. 전자는 주로 국가 기간 전략산업 직종훈련에서, 후자는 청년층 취업 아카데미, 중․장년층 아카데미와 같은 훈련에 적용하고 있다. 문제는 실비 정산이 실제 사용한 비용에 대한 입증이 불가능하다는 것이며 훈련비 상승 요인으로 작용하고 있는 것이다. 또한 훈련비 정산은 영수증이 있는지 없는지 정도에 대해서만 확인할 뿐 실제 훈련에 사용하였는지에 대한 확인이 불가능하다. 따라서 현실적인 방안은 표준 훈련비에 대한 차등 지원을 해 주는 것이 그나마 차선적인 인센티브 방안이라고 할 수 있다. 이는 곧 인증기관과 비인증기관 간의 훈련시장을 양분하여 운영하는 것이 될 수 있다.