특성화 고등학교에서는 도제반과 비도제반이 구분되어있는데, 산학일체형도제학교 사업의 일환으로 운영되는 도제반에게는 고용부에서 고용기금을 활용하여 막대한 예산을 지원한다. 이때 고용기금의 운영 기준으로 인해 비도제반 학생들은 도제반 학생에게 제공되는 혜택을 받지 못한다. 이로인해 교육 환경에 큰 차이가 생겨 차별 문제가 두드러져 해결 방안이 필요하다.
특성화고등학교에는 도제반과 비도제반이라는 구분이 있다. 도제반은 산학일체형도제학교 사업의 일환으로 운영되는 반이고, 비도제반은 여타 학생들의 집합을 의미한다. 산학일체형 도제학교는 독일과 스위스 도제제도를 국내에 도입하고자 2015년 9개학교에서 출발해서 현재 198개로 확대하였다. 교육부와 고용노동부가 함께 추진하는 사업으로 고용부는 고용기금을 활용해서 막대한 예산을 지원하고 있다. 문제는 학교와 학생에게 지원된 시설 및 비용을 비도제반 학생들이 공유하는 것을 엄격하게 금지하고 있는 점이다. 도제 사업의 일환으로 지어진 고가의 장비와 쾌적한 공간을 비도제반 학생이 사용하는 것을 금지하고 있다. 그 이유는 주요 재원이 고용보험기금이고, 기금의 운영 기준에 따르기 위해서 그러하다. 현재 특성화고등학교에서는 동일한 방과후교육을 받더라고 비도제반 학생만 교육비를 내야하고, 또 식사와 간식은 도제반학생들에게만 제공되고 있는 현실이다. 교사들은 이런 상황을 난감해 하고 비도제반학생들은 서운해 한다. 도제반과 비도제반에 투입되는 교원 인력 또한 현격히 차이가 나서 교육환경에 큰 차이가 있다. 학교에 따라서는 학급당 학생 수도 크게 차이가 나고, 도제반에서 중도탈락한 학생들까지 비도제반으로 들어가면서 도제반의 수업 분위기는 감당하기 어려운 상황이 되기도 한다. 교육적 관점에서 이러한 분리와 차별에 대한 검토 및 해결 방안 모색이 필요하다.