자유학기제 기간에는 중간, 기말고사를 실시하지 않는 혁신적인 변화때문에 학부모들이 학력을 우려하고 있다. '시험 운영계획'에서는 학생의 기초적인 학습 성취수준을 확인하도록 하고 이것을 학생과 학부모에게 충분히 이해시키도록 하였다. 또한 학습 성취 수준은 학생의 꿈과 재능과 관련하여 활동한 것을 중심으로 기재하도록 하였다.
자유학기제에 따른 가장 혁신적 변화는 학기 중 중간·기말고사를 실시하지 않는 것이라고 할 수 있다. 이에 따라 자유학기 기간 중 특히 학생들의 교과 학습 성취수준을 어떻게 확인하는가가 커다란 쟁점을 이루게 되었고 많은 학부모들이 ‘학력’을 중심으로 이에 대한 우려를 나타내고 있는 것도 사실이다. ‘시범 운영계획’에서는 특정 기간에 중간·기말고사를 실시하지 않고, “형성평가, 자기성찰 평가 등 학습과정에 따른 학생의 기초적인 학습 성취수준을 확인하여 이를 학생지도에 활용”하도록 하며, “구체적인 학습 성취 수준 확인 방법 및 기준은 학교별로 실정에 맞게” 마련하도록 하고, 이를 학생·학부모 등에게 충분히 공지할 것을 제시하고 있다(교육부, 2013a: 16). 또한 이 ‘시범 운영계획’에서는 “학생들의 학습 성취 수준 확인 결과는 학생의 꿈과 끼와 관련된 활동 내역을 중심으로 학교생활기록부의 교과별 ‘세부능력 및 특기사항’란 등에 서술식으로 기재하되 구체적인 기재방식은 학교별로 특성에 맞는 방식을 마련”하여 운영할 것을 제안하고 있다(교육부, 2013a: 17). 이를 근거로 “학교생활기록 작성 및 관리지침”에 자유학기제 운영학교의 학교생활기록 작성 사항을 신설하여 기록방식을 제시해 두고 있다(교육부훈령 제29호, 제15조 12항).