호주의 소득세는 주정부 차원에서 시작되었으나 제1차 세계대전 참전 자금으로 인해 연방정부에서 소득세를 징수함으로 이후 주 간 과세 불균형 및 이중 징수가 문제가 되었다. 제2차 세계대전 이후 문제가 해결되었고 1942년부터 연방정부 고유 관할이 되었다.
호주의 최초 소득세는 연방정부가 아닌 주정부 차원에서 먼저 이루어졌다. 1884년 사우스오스트레일리아를 시작으로 1895년 뉴 사우스 웨일스 및 빅토리아, 1902년 퀸즐랜드 및 테즈 마니아, 1907년 웨스턴오스트레일리아 지방에서 주정부 차원의 소득세가 순차로 도입되었다. 이후 제1차 세계 대전 참전에 소요되는 자금을 조달하기 위하여 1916년부터 연방정부도 소득세를 징수하게 되었다. 그런데 연방정부가 소득세를 징수한 이후에도 주정부에서 특정 소득에 대하여 별도의 과세체계를 적용하는 경우가 많았기 때문에 주 간 과세 불균형 및 납세자들의 이중 징수가 문제 되었다. 이러한 문제들은 1942년 연방정부가 제2차 세계대전 중 전시 조치의 일환으로 연방정부와 주정부 간 체결된 모든 협정의 효력을 일시적으로 정지시키고 소득세 부과 및 징수와 관련된 모든 기능을 자체 전담한 이후 해결되었으며, 1942년부터 소득세는 연방정부의 고유 관할로 인정되었다.