교통시설사업 투자효율성 제고를 위해 통합교통체계법에 의한 타당성평가제도와 건설기술진흥법의 타당성조사 간의 기능, 역할에 대한 재정립과 타당성평가의 주 기능을 고려하지 못했던 대행비용 산정기준을 개선하는 방안을 선행하여 통합교통체계법의 타당성평가와 재평가의 실효성을 확보해야 한다. 
교통시설사업의 투자효율성을 제고하기 위한 방안으로 국가통합교통체계 효율화법에 의한 타당성평가 및 재평가의 실효성을 확보할 필요가 있다. 이를 위해 다음과 같이 2가지 개선방안이 선행될 필요가 있다. 첫째, 국가통합교통체계효율화법에 의한 타당성평가제도와 건설기술진흥법에 의한 타당성조사간 기능과 역할에 대한 재정립이 필요하다. 그 일환으로, 국토교통부는 국가통합교통체계효율화법 개정을 통하여 타당성평가 수행 시 건설기술진흥법의 타당성조사를 대체할 수 있는 조항을 신설하여 운영하고 있다. 둘째, 타당성평가의 주 기능을 고려하지 못한 대행비용 산정기준을 개선할 필요가 있다. 소관부처에서 운영하는 타당성평가와 타당성조사 간 상이한 대행비용 적용에 대한부담으로 그 동안에 타당성평가 대행비용은 타당성조사 대행비용 산정기준인‘건설기술용역 대가 등에 관한 기준’을 적용하여 왔다. 그러나, 타당성조사 대행비용 산정기준은 교통수요 예측 및 경제성평가 업무에 비현실적으로 낮은대행비용을 적용하고 있다. 반면, 타당성조사 품셈에 비용 산정을 위한 노선·구조물계획 이외에 터널 및 교량 등에 대한 설계업무도 포함하여 상대적으로 높은 대행비용을 산정하고 있다.