이 판례의 근거로는 첫째, 국가의 환급세액 지급의무는 중복과세 방지와 과세 편의를 위한 특별한 의무라는 점과 둘째, 사업자에 대한 환급세액 지급의무는 부당이득 반환의무가 아닌 조세정책적 관점에서 인정되는 공법상 의무라는 점 두 가지가 있다.
이 판례는 다음과 같은 점을 근거로 한다. 첫째, 부가가치세법상 사업자에 대한 국가의 환급세액 지급의무는 입법자가 과세 및 징수의 편의를 도모하고 중복과세를 방지하는 등의 조세 정책적 목적을 달성하기 위한 입법적 결단을 통하여 전단계세액공제 제도를 채택한 결과, 어느 과세기간에 거래징수된 세액이 거래징수를 한 세액보다 많은 경우에는 그 납세의무자가 창출한 부가가치에 상응하는 세액보다 많은 세액이 거래징수되게 되므로 이를 조정하기 위한 과세기술상, 조세정책적인 요청에 따라 특별히 인정되는 것이라는 점, 둘째, 사업자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 사업자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부 받았는지와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것이므로 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이타당하다.