중앙정부와 지방정부 간의 갈등이 사법부 판단에 맡겨지게 되면 소송 과정에 많은 시간이 소요되어 사회적 비용을 추가로 발생시킨다. 소송 전에 조정위원회 등의 중립적인 기관인 분쟁처리기구에 의한 내부 조정과정이 필요하다. 이와 같이 법적 구속력을 갖는 분쟁처리기구를 운영하게 되면 무분별한 소송을 막고 자율적인 통제기능을 강화할 수 있다.
셋째, 법적 구속력을 갖는 대체적 분쟁처리기구(Alternative Dispute Resolution)를 설치･운영하여야한다. 갈등의 사법적 해결 방식은 재판결과에 따라 승자와 패자가 확연히 구별되는 양극단의 해결구조이기에 상생(win-win)의 결과를 기대할 수 없어 최선의 방식이라 할 수는 없다. 소송과정에 많은 시간이 소요되어 교육정책 표류는 불가피하고 이는 갈등에 따른 사회적 비용을 추가적으로 발생시킨다. 중앙-지방정부 간의 갈등이 사법부 판단에 맡겨지기 전에 조정위원회 등 중립적이고 전문적인 제3의 기관에 의한 행정 내부의 조정과정이 필요하다. 현재의 중앙-광역 간 분쟁조정 기구인 행정협의조정위원회4)를 개편하여 일본과 같이 전문성･중립성을 갖춘 인사로 구성된 법적 구속력을 갖는 대체적 분쟁조정기구가 필요하다. 실제로 교육정책에 관련되어 장관과 교육감 간에 갈등이 발생하였을 때 행정협의조정위원회의 조정을 이용하여 분쟁을 해결한 경우는 한 건도 없다. 교육부 장관이나 교육감이 교육정책을 둘러싸고 대립을 빚을 경우 갈등의 사회적 파급도를 고려하여 위원회 의결로 직권 상정하여 조정할 수 있는 권한 부여도 필요하다. 아울러 서로 상대방을 대법원에 상고소송하거나 헌법재판소에 권한쟁의 심판을 청구하기 전에 반드시 대체적 분쟁조정기구를 거치도록 하는 전치주의를 도입할 필요성이 있다. 무분별한 소송을 막고 합리적인 논의를 거쳐 행정부 내부에서 스스로 해결하는 자율적인 통제 기능을 강화할 수 있는 것이다.