행정부에서는 예산안을 편성하기 위해 하향식 의사결정방식을 따르고 있지만, 국회는 상향식을 고수하고 있다. 이는 중장기 재정운용계획과 예산의 연계성을 떨어뜨린다는 문제가 있으므로, 현재의 예결위 시스템에 대한 개편이 필요하다.
셋째, 예산안에 대한 국회의 심의･확정 절차에 대한 문제점도 여러 방면에서 지적되고 있다. 행정부에서는 예산안을 편성하기 위해 거시적 총량을 먼저 편성하는 하향식(Top-Down) 의사결정방식을 따르고 있다. 하지만 국회는 반대로 미시적인 예산심의방식인 상향식(Bottom-Up)을 고수하고 있다. 따라서 중장기 재정운용계획과 예산의 연계성이 떨어지는 문제가 있다(박형준･김춘순, 2013). 국회의원들이 지역구 관련 선심성예산에 지나치게 민감한 것도 효율적인 예산과정을 저해하는 요인으로 지적된다. 상임위의 예비심사에서 소속 상임위의 이해관계에 따른 예산증액과 출신 지역구의 이익을 위한 선심성 예산추구행위, 나아가 이러한 문제들을 효과적으로 조율할 수 없는 현재의 예결위 시스템에 대한 개편의 필요성이 지적되고 있다(박형준･김춘순, 2013).