성별영향분석평가 대상과제는 관계자 의견 및 회의를 통해 최종 선정한다. 이러한 과정에서 관계자들은 협력 및 의견 취합, 조율의 과정이 중요함을 인식하고 있었다.
둘째, 성별영향분석평가 대상과제 선정과정에서 기관담당 공무원과 성별 영향분석평가센터/컨설턴트가 협력해 대상과제를 선정하고, 업무담당 공무원의 의견을 취합해 조율하며, 성별영향분석평가위원회/젠더 거버넌스 회의를 통해 대상과제를 최종 선정하고 있었다. 이러한 과정에서 공무원들과 성인지 전문가들은 공무원과 성별영향분석평가센터/컨설턴트 간의 협력을 통해 대상과제를 선정하고, 사업담당부서의 의견을 취합하고 조율하는 과정이 중요하다는 점을 인식하고 있었다. 더 나아가 최종적으로 성별영향분석평가위원회가 대상과제를 선정함으로써 대상과제에 대한 업무담당 공무원들의 수용성을 높이는 방향으로 운영절차가 개선되기도 하였다.