일부 FTA에서는 일부사항에서의 합의가 어려운 경우에 먼저 기본협약 협정을 통해 자유무역지대를 설립한 후, 나머지 합의가 어려운 사항에 대해서는 재협상을 통해 별도로 협정을 체견하기도 한다. 일례로 ASEAN_중국 FTA에서는 기본협정 제결 이후 2004년, 2007년, 2009년에 각각 별도 협정을 체결하였다.
그러나 일부 FTA에서는 협상 범위가 너무 포괄적이어서 일부 사항에서의 합의가 어려운 경우, 또는 이미 하나의 자유무역 지대로서 또 다른 FTA 협상에 참여하지만 (예를 들어 EFTA, EU, ASEAN 등) 개별 당사국들의 수가 많아 빠른 협상이 어려운 경우, 근본적인 자유무역지대 설립의 의지마저 저해 될 수 있으므로 합의가 가능한 사안들에 대해서만 먼저 FTA협정을 체결 하기도 한다. 즉, 기본협약(framework convention)을 먼저 체결하여 자유무역지대를 설립한 후, 농업이나 투자 등 합의가 어려운 사안들을 추후 다시 협상하여 별도의 협정을 체결하는 것이다. 예를 들어 ASEAN-중국 FTA에서는 FTA 기본협정을 먼저 설립하고 이후 2004년 11월 상품 무역에 관한 협정, 2007년 1월 서비스 무역에 관한 협정을 각각 체결한 후 2009년 8월에 별도로 투자에 관한 협정을 체결하였다. ASEAN-중국 투자협정은 서문에서 명시적으로 양자간 FTA 기본협정과의 연관성을 언급하고 있으며, 동 협정 또한 FTA를 구성하는 일부라고 지칭하고 있다. 비록 일반국제법상 동 투자협정은 기본협정과는 달리 발효된 별개의 ‘조약’이지만, 체결의 목적과 대상으로 인하여 사실상 FTA협정의 ‘투자챕터’와 같은 기능을 수행하는 것이다.