이러한 조치는 고교 교육의 다양화라는 특성화고등학교의 취지의 실종과 명칭상의 혼란으로 인한 학생들의 피해라는 문제를 야기하였다.
이러한 조치는 두 가지 문제를 야기하였다. 하나는 고교 교육을 다양화하기 위하여 제도권 안에서 대안교육을 실시할 수 있도록 마련된 특성화고등학교의 취지가 실종되었다는 점이다. 고교 단계의 직업교육을 담당하는 기존의 모든 전문계 학교들(더 이전에는 실업계 학교)을 일괄적으로 ‘특성화’ 학교라고 하는 것 자체가 어불성설이기도 하지만, 이 조치로 인하여 적어도  행정상으로 대안교육을 담당하는 특성화고등학교의 존재 자체가 부정되었기 때문이다. 다른 하나는 명칭상의 혼란으로 인하여 학생들이 구체적인 피해를 당하고 있다는 점이다. 한 예로, 대안교육 특성화고등학교 학생들이 대학에 진학하고자 할 때 일부 대학들은 이들을 일반 교육이 아닌 직업교육 이수자로 보아 지원 자격 자체를 인정하지 않기도 한다. 또 교육청의 학교 평가나 교원 평가에서도 이들 학교를 직업분야 특성화학교들과 동일하게 취급되기도 한다.