청소년 참여예산위원들의 직접 사업 추진에는 청소년 참여예산학교 프로그램 운영의 이원화가 필요하다. 이원화의 의의는 청소년의 정책제안자와 집행자로서의 일치성 확보이고 이러한 운영은 청소년 참여예산제가 나가야 할 방향이다.
청소년 참여예산위원들이 직접 사업을 추진하기 위해서는 청소년 참여예산학교의 프로그램 운영을 이원화할 필요가 있다. 현행 청소년 참여예산학교를 통해 정책개발 프로그램을 실시하는 동시에 청소년이 제안한 사업을 집행하고 운영하는 프로그램도 함께 진행하는 방안을 고려할 필요가 있다. 즉, 한편에서는 청소년 정책 개발 및 청소년 예산 심의를 진행하는 동시에 또 다른 쪽에서는 청소년이 제안한 사업(예:세월호 희생자 추모를 위한 노트 발매, 지역사회 청소년을 위한 잡(Job)월드 개최 등)을 자신들이 직접 운영하게 하는 방식으로 제도 운영을 이원화하는 것이다. 청소년 참여예산제의 이원화 운영 모형은 청소년이 지역사회에 필요한 사업을 제안하고 직접 예산을 집행함으로써 정책제안자와 집행자의 일치성을 확보할 수 있다는 측면에서 의의를 갖는다. 이러한 견지에서 보면 청소년 참여예산제 프로그램의 이원화 운영은 사업 제안, 심의, 집행을 통합적으로 운영할 수 있다는 점에서 궁극적으로 청소년 참여예산제가 발전해 나가야 할 방향이라고 볼 수 있다.