매년 제시되는 국가재정운용계획의 구속력을 인정하면, 정권교체기 전 정권의 계획에 다음 정권이 구속되는 문제가 발생하기 때문에, 재정운용의 지속 가능성과 더불어 개별 정권의 특성을 반영하기 위해 인수위 시기에 국가재정운용계획을 심층적으로 수립하는 방안도 제시될 수 있다.
국가재정운용계획의 정책 우선순위 선정이나 성과정보의 활용 방안은 기획재정부 예산안 편성에서의 세부방안과 유사하다. 다만, 동 계획이 중장기 전망에 기초하고 있으므로, 보다 장기적인 관점에서 재정전망에 기초하여 예산 배분과 우선순위의 선정을 수행할 수 있을 것이다. 또한, 도출된 지출 옵션의 적용 방법도 기획재정부 예산안 편성에 지출 검토를 도입하는 안과 유사하다. 즉, 국가재정운용계획을 예산안 편성 지침과 같이 예산 편성을 강제하는 형태로 활용하거나, Top-down 예산 제도와 연계하여 부처의 자율성을 강화하는 방안이 그것이다. 다만, 이 경우 재정 예측이 틀렸거나 예상하지 못한 경기변동이나 재정소요의 발생 시에 대처할 수 있는 예산편성의 유연성을 확보할 수 있는 장치도 동시에 갖추고 있어야 한다는 점이 제기된다. 아울러, 매년 제시되는 국가재정운용계획의 구속력을 인정하면, 정권교체기 전 정권의 계획에 다음 정권이 구속되는 문제가 발생하기 때문에, 재정운용의 지속 가능성과 더불어 개별 정권의 특성을 반영하기 위해 인수위 시기에 국가재정운용계획을 심층적으로 수립하는 방안도 제시될 수 있다.