법률에서는 본래 모든 수사가 검사의 지휘를 받도록 되어있으나 "수사 개시 보고" 의무 사건을 제외하고는 수사지휘를 할 수 없으며 실제로 지휘를 받는 사건은 아주 적으며 줄어들고 있다. 이에 검찰은 경찰이 수사 자율성을 확보하고 있다고 말하나 여전히 검찰의 협조가 필요한 사건이 많다는 것이 경찰 측의 의견이다. 
위와 같이 법률에서는 모든 수사에 관하여 검사의 지휘를 받도록 규정하고 있으나 현실에서는 수사지휘건의를 소극적으로 행하여 검사로서는 수사지휘를 하려고해도 위의 대통령령 제74조에 정한 범죄와 다른 사건에 대해서는 어떤 사건이 경찰수사중인 것을 알 수 없어 수사지휘를 할 수 없다. 환언하면, 수사지휘 및 수사준칙 제74조에서 사법경찰관의 “수사 개시 보고”의무를 정한 이외의 범죄에 대해서는 수사지휘를 하려고 해도 수사지휘를 할 수 없다. 그 결과 법률개정이전인 2012년에는 경찰이 검찰로부터 사전수사지휘를 받는 비율은 14%에 상당하는 건수가 2015년에는 0.5%로 대폭 줄어들었다. 이를 근거로 검찰에서는 “경찰은 이미 수사 자율성을 확보하고 있다고 주장한다.” 이에 대해 경찰은 “특히 검찰이 수사를 지휘하거나 직접 수사하는 0.5%의 사건에서 검찰제도의 문제점이 여실히 드러난다고 주장한다. 정치인과 판ㆍ검사 등 고위공직자 연루 비리나 기업범죄 등 정치ㆍ경제ㆍ 사회적으로 민감한 사건의 경우 경찰이 먼저 단서를 포착해 제대로 수사하려고 해도(자체) 수사권과 영장청구권을 독점한 검찰이 협조하지 않으면 현실상 어렵다는게 경찰의 큰 불만이”라고 한다.