정신장애인 서비스 재정지원의 큰 문제점은 정신장애인 지역사회 사례관리 등에 대한 재정지원이 부족한 것이다. 정신과 입원비용과 지역정신보건사업의 이원화된 재정구조로 인해 입원의료비용을 지역사회로 전환 가능한 재정운영구조가 없다. 의료급여 재정을 활용 가능하도록 제도 개편이 필요하다.
현재 정신장애인 관련 서비스 재정지원의 가장 큰 문제점은 장기입원 중심의 정신의료서비스에 대한 재정투입이 집중되어 있고, 정신장애인의 지역사회 사례관리, 재활, 주거 등에 대한 재정지원이 부족하다는 점이다. 특히 정신의료재원과 지역정신보건복지재원 간의 엄격한 분리 운영으로 인해 장기입원으로 인한 재정을 줄이는 경우에도 지역정신보건복지서비스확충을 위한 재원 활용이 어렵다는 점이다. 즉 정신과 입원비용은 건강보험공단에서 지출되고 지역정신보건사업은 일반 및 특별회계로 지출되는 이원화된 재정구조를 가지고 있어 입원의료비용을 지역사회로 전환시킬 수 있는 재정운영구조가 존재하기 않는다는 것이다. 다수의 연구자들은 미국 등과 같이 의료급여 재정을 입원과 지역사회재활서비스에 공유할 수 있는 통합적 재정운영을 제안하고 있다(김연희, 2005; 김연희·하경희, 2006; 조윤화 외, 2014). 현행 의료급여법의 장기입원 사례관리 규정 등을 보완하여 장기입원 정신질환자의 사례관리, 재활서비스를 위해 의료급여 재정을 활용할 수 있도록 제도 개편이 필요할 것이다.