구속기관의 불일치는 검찰과 법원의 업무가 합리적인 방향으로 가도록 순기능도 하지만, 기각될 경우 검찰이 비난을 감수 해야 한다는 점에서 갈등을 조성할 수 있다.
이러한 구속 기준의 불일치는 일면 기관 간의 긴장관계를 형성하게 하여 구속영장 관련 실무가 합리적인 방향으로 운영될 수 있도록 한다고 볼 수도 있으나, 다른 한편으로는 이로 인해 검사의 구속영장 청구 및 법원의 발부와 관련해 검찰과 법원 사이의 불필요한 혼선을 주어, 결과적으로 검찰과 법원 양측의 불필요한 인적ㆍ물적ㆍ시간적 낭비를 야기하게 된다. 이뿐만 아니라 검찰은 법원의 결정을 불신하고, 또 그러하더라도 현재 불복할 수 있는 방법이 없어 구속영장을 재신청할 수 있을 뿐이며, 법원은 구속영장 신청을 기각할 때마다 검찰의 비난을 감수해야 한다는 점에서 양 기관 사이에 충돌 및 갈등만 조성할 뿐이다.