국교위를 설치하려면 업무 중복, 행정의 비효율성이 없게 설계해야 한다. 역할 규정에 따라 일부 교육부 업무를 이관시켜야 한다. 광범위하고 쟁점이 큰 사안에 대해서는 조정 역할만 할 수도 있겠다. 합의제기구의 비효율성을 이유로 설치를 피하지만 말고 기존 운영에서 발생한 손실과의 득실을 따져봐야 한다.
기존의 시스템을 대체할 새로운 시스템에 대한 요구가 큰 상황이지만 제기된 업무 중복 문제, 행정 비효율성 등의 문제에도 불구하고 국교위를 설치하고자 한다면 문제완화를 위한 세심한 설계가 필요하다. 교육부 존치를 전제로 국교위를 설치하고자 할 경우에는 먼저 국교위가 담당해야 할 역할을 명확히 규정하고, 교육부의 업무 중에서 신설될 국교위 업무와 중복되는 부분은 모두 국교위로 이관하는 절차를 밟아야 할 것이다. 또한 김경회의 주장처럼 대상이 광범위하여 다른 합의제기관과 달리 정책결정에 많은 어려움이 따를 것으로 예상되므로 제도를 설계할 때 이 부분을 고려할 필요가 있다. 정책 대상이 광범위하고 갈등이 심한 사안에 대해서는 국교위가 정책 최종결정권을 직접 행사하기보다는 정책 결정 방식(예: 참여 범위, 참여 방식, 결과 해석 등)만 결정하고, 국교위는 이를 조정하는 역할을 담당하게 하는 것도 하나의 보완책이 될 수 있다. 합의제기구 자체가 비효율성을 전제로 하고 있으므로 이를 이유로 설치를 기피하기보다는 기존 제도 속에서 발생한 정책의 불연속성 등으로 인한 국가차원의 손실과의 득실을 헤아릴 필요가 있다.