지문은 평생 변하지 않고 인식장치가 소형화되고 비용이 저렴하여 생체인식 기술 중에서 가장 많이 활용되고 있지만 오인식률 및 오거부율이 높고 인식기 접촉을 통한 위생문제와 함께 유출이나 도용의 위험성 또한 크다.
지문은 평생 같은 형태와 모양을 유지하며, 상처가 생겨도 변하지 않는다. 지문은 다른 생체인식 기술에 비해 인식장치가 소형화되고 비용이 저렴하며, 사용자에게 친숙하고 편리하다는 점에서 단일 생체인식 기술 중에서는 가장 많이 활용되고 있다. 그러나 지문영상을 채취할 때 물기나 땀이 인식장치에 묻어있는 경우 오인식률이나 오거부율 등이 크게 높아지고, 인식기에 직접 접촉해야 하기 때문에 여러 사람이 이용하는 경우 불쾌감이나 위생 문제를 야기할 수 있으며, 불의의 사고나 후천적인 요인으로 지문이 변화하거나 없어질 수 있다는 점이 한계이다. 또한, 우리의 지문은 여러 곳에 남겨질 수 있다. 그래서 범죄수사에 이용될 수 있는 것이겠지만, 역으로 정보주체에게는 자신의 지문이 유출되거나 도용될 가능성이 크다는 것을 의미한다.