기획재정부와 교육부는 어린이집 누리과정 예산 편성이 누락된 것을 우려하며 반대되는 정부 입장을 밝혔다. 정부는 15년 누리과정 경비를 계산해 교부금에 반영할 계획이라 말하며, 예산편성이 의무임을 강조했다. 
기획재정부(부총리 최경환)와 교육부(장관 황우여)는 시·도교육감들이 어린이집 누리과정 예산을 편성하지 않을 방침임을 밝힌데 대하여 국민들이 많이 걱정하고 있음을 우려하면서 ’15년 누리과정이 차질 없이 추진되어야 한다는 정부 입장을 10월 15일(수) 합동으로 밝혔다. 이를 위해, 정부는 어린이집을 포함한 ’15년 누리과정 전체 소요경비를 산정하여 교부금에 반영·교부할 예정임을 밝혔다. 또한, 정부는 누리과정을 제공하는 어린이집을 포함하여 취학 직전 만 3~5세는 유아교육법상 무상교육의 대상이므로 시·도교육감의 교육·학예사무로서 어린이집 누리과정 예산편성은 법령상 의무임을 다시금 강조하였다. 내년도 일시적인 지방교육 재정의 어려움에 대하여는 시도 교육청에서는 세출구조 조정 등 재정 효율화를 위해 노력하고 정부에서도 추가 지원 방안을 협의·검토하는 등 공동 노력하기로 하였다.