형사조정제도의 오적용은 가해자나 피해자가 경찰 이후의 절차에서 조정의 효력을 부인하는 경우 절차만 복잡해지는 등의 폐해를 가져올 수 있다.
그러나 경찰단계에서 형사조정제도는 사건의 구체적인 조사를 하지 않은 상태에서 당사자 간의 정황이나 설명만 듣고 조정이나 합의를 도모할 우려가 있고, 조사경찰관은 업무 감소를 위해 형사조정을 통한 형사합의만을 도모할 우려가 있어 이후의 형사절차를 형해화시킬 우려도 배제할 수 없을 것이다. 향후 경찰단계에서의 형사조정제도의 조정효력이 구속력을 인정할지 여부에 따라 달라질 수 있으나, 가해자나 피해자가 경찰 이후의 절차에서 오히려 조정의 효력을 부인하는 경우에는 오히려 형사절차가 더욱 복잡해져 이는 오히려 가해자에 대한 형사절차상의 방어권 행사에도 부정적으로 작용할 우려가 있다.