양성평등 기본법은 남녀고용평등법과 기본적 틀은 같지만 별도로 적절한 조치의무, 신고·피해자에 대한 보호의무를 정하지 않고있어 논란이 되기도 하였다.
남녀고용평등법은 개념 규정을 다듬거나 조치 의무를 구체화하는 등의 변화를 제외하면, 성희롱 관련 법제는 기본적으로 사업주에게 예방과 방지 의무와 신고·피해자 보호 의무와 행위자에 대한 조치 의무를 부과하고, 이를 불이행하는 경우 벌칙이나 과태료의 제재를 가하는 체계를 일관되게 취하여 왔다. 국가·지방자치단체나 공공기관에 적용되는 양성평등기본법은 예방과 방지 의무라는 기본적인 틀은 같지만 별도로 적절한 조치 의무나 신고·피해자에 대한 보호 의무를 정하지 않고 있어, 검찰 내 성희롱이 문제되었을 때 (일반법으로서의 남녀고용평등법이 적용되는지와 관련해서) 검찰총장의 의무 유무가 논란이 되기도 하였다.