사회적 파트너십 역시 자격제도의 효과에 영향을 미친다. 노동시장의 주체인 사용자단체와 노조의 자격제도 운영의 개입 정도와 협력 방식 등에 따라 결과가 다르게 나타날 수 있다. 숙련형성제도와 노사관계, 생산체제는 상호 관련되어 영향을 주고 받는다. 같은 이유로 OECD는 관련 정책 수립에 노사 모두의 개입을 유도하고 있다.
둘째, 다른 한편으로 자격제도의 성과에 영향을 주는 중요한 요인은 자격제도 운영에서 사회적 파트너십(조합주의 성격)이라고 보았다. 즉, 노동시장의 주요 핵심 운영주체는 사용자단체와 노동조합인데, 이들이 자격제도 운영에 얼마나 깊숙이 참여하고, 어떻게 협력하느냐에 따라 자격의 성과가 달라질 수 있다. 자격제도 운영에서 사회적 파트너십과 경제성과와의 관련성은 분명 있을 것이다. 그 이유는 숙련된 인력을 최종적으로 질 관리하는 기제가 자격이고 사회적 파트너가 이 자격을 관리한다면 자격의 질(Quality)이 높아져서 숙련근로자로 인해 기업의 생산성이나 부가가치가 높아질 것이기 때문이다. 장홍근 외(2009)는 자격제도를 포함하는 숙련형성제도와 노사관계, 그리고 생산체제는 일방적인 인과관계라기보다 서로 긴밀하게 연계되어 상호 영향을 주면서 발전하는 관계라고 보았다. 즉, 여기서 노동조합 및 사업주단체의 역할이 매우 중요함을 의미한다. 이것은 OECD(2010)가 자격정책 및 VET정책 수립에 고용주와 노동조합의 참여를 장려하고, 이들이 효과적으로 메커니즘을 구축하도록 권고하고 있는 이유이다. 그러므로 노사 파트너십에 근거하여 운영되는 자격은 현장수요가 크며, 근로자의 보상체제에도 중요한 영향을 줄 수 있다. 특히, 기업별보다는 산업별로 노사 파트너십이 형성될 때 자격의 활용이 더 높아질 수 있다.