누리과정 예선 확보를 위해서는 예산 출처인 지방재정 교부금을 높이는 등 여러가지 논의가 되어오고 있었는데 정부는 2015년 지방재정교부금 시행령 개정으로 누리과정 예산 편성의 주체를 명확하게 하였다. 그러나 누리과정 예산편성에 주체에 대한 논쟁 보다보 제도 시행 후 관련 주체들이 향후 보완 및 점검이 필요하다.
다음은 최근에 가장 많이 논의되고 있는 재정의 안정화이다. 본 조사에서도 누리과정 운영 개선을 위해 필요한 내용으로 안정적인 예산 확보라는 응답이 상당히 높았다. 누리과정 예산 편성으로 인한 중앙정부와 17개 시 도교육청 간의 논쟁은 작년에 이어 올해도 지속되고 있다. 누리과정 예산 출처는 지방재정 교부금이다. 누리과정 예산 확보를 위해서 지방재정교부금의 비율을 높여야 한다는 주장 등 재원 확보를 위한 논의와 함께 재원의 출처가 지방재정 교부금을 받은 교육청 혹은 중앙정부 인가에 대한 논쟁도 지속되고 있다. 정부는 지난 2015. 9. 7. 에 입법 예고되어 개정된 바와 같이 공통 무상교육 보육비용 지출이 의무지출 범위에 포함되어 있으므로, 반드시 각 시도교육청에서 예산편성을 해야 한다는 입장과 시도교육청의 지방재정교부금 예산 편성의 독립성과 재정 부족, 지방재정교부금 사용처 등의 이유로 누리과정 예산편성이 평행선을 그리고 있다. 그러나 정부는 2015년 지방재정교부금 시행령 개정으로 누리과정 예산 편성의 주체를 명확하게 하였다. 이런 누리과정 예산편성 재원 출처에 대한 논의는 우리 미래 성장 동력인 아이들의 생애 초기 교육을 다지는데 어려움을 낳고 있다. 따라서 누리과정 예산편성에 주체에 대한 논쟁보다는 제도 시행 후, 관련 주체들이 향후 보완 및 점검이 필요한 시점이다.