누리과정에 대해 전문가는 운영 시간 길이와 편성의 놀이 중심 및 운영의 부모, 교사 교육 미포함 문제 지적했다. 또한 교수 방법 및 평가 부문도 지적을 받았다. 
누리과정 총론에서 제시하고 있는 편성 및 운영에 대한 전문가들의 의견을 조사한 결과, 편성에 대해 1일 4~5시간 운영의 의미가 명확하게 제시되어 있지 않으며 운영시간이 길다는 문제점을 제기하였다. 또한 편성에서는 놀이중심 그리고 운영에서는 부모교육이나 교사교육에 관한 항목이 포함되어 있는 것이 적절하지 않다는 의견도 있었다. 교수·학습 방법에 있어서는 교사의 역할이 혼동되어 있는 것과 제시하고 있는 방법의 의미에 대해 설명이 상세하지 못하다는 문제점이 제기되었고, 평가에서는 유아 평가와 운영 평가 기준의 차이점이 애매하다는 지적도 있었다.