남북기본합의서는 민족적 욕망에서 출발하고 있으나 '남과 북'이라는 두 주체의 평화로운 관계 구축을 강조함으로써 남북관계의 특수성을 보다 현실적인 것으로 전진시켰다.
물론 남북기본합의서도 전문에 ‘7·4 남북공동성명’의 역사적 계승을 명시하고 있는 것처럼 7·4 남북공동성명의 출발점이 되었던 ‘같은 민족’이라는 ‘민족적 욕망’에서 출발하고 있다. 그러나 그럼에도 불구하고 남북기본합의서는 통일의 문제를 “나라와 나라 사이의 관계가 아닌 통일을 지향하는 과정에서 잠정적으로 형성되는 특수 관계”라고 규정하고 있다는 점에서 보듯이 ‘과정으로서의 통일’이라는 개념을 도입함으로써 남북관계의 특수성을 보다 현실적인 것으로 전진시켜 놓았다. 즉, 7·4 남북공동성명이 민족적 동일화의 욕망에 근거한 통일의 당위성을 명문화하면서 남북관계를 열어놓았다면 남북 기본합의서는 이로부터 더 나아가 ‘남과 북’이라는 둘을 도입하고 ‘평화로운 관계 구축’으로 나아간 것이다.