디지털교과서에 대한 인식에 따라 연구학교에 대한 지원 예산 배정에 차이가 있었다. 부정적 인식을 가진 교육감이 있는 시도는 예산 전체가 삭감되는 등 시도교육청의 업무 담당자 또한 난감해했다.
시도교육청은 연구학교 지원을 위한 예산 및 연수 인력 부족의 어려움이 있었다. 최근에는 시도교육청 차원에서도 교육 예산이 부족한 지역이 있는데, 교육감별로 디지털교과서에 대한 인식에 따라 디지털교과서 연구학교 지원을 위한 예산 배정에 차이가 있었다. 다시 말해 교육감의 인식에 따라 디지털교과서 연구학교 지원을 적극적으로 추진하는 시도교육청이 있는 가하면, 디지털교과서나 연구학교 운영에 부정적인 인식을 가진 교육감이 있는 시도의 경우는 관련 예산 전체가 삭감되는 등의 변화가 나타나고 있다. 이에 따라 지속적으로 연구학교 운영을 담당해 온 시도교육청의 업무 담당자는 연구학교에 필요한 지원을 충분히 해주지 못해 곤혹스러워하기도 하였다.