체제통합기에는 통일 비용 등에 대한 국민적 갈등이나 저항 세력이 나타날 수 있는 만큼 국무총리 및 대통령 직속 위원회를 통해 능률적인 처리 및 분권형 국정운영을 해야 한다.
체제통합기에는 통일에 따른 비용 지불 또는 북한 주민의 복지 제공 등과 관련에서 국민적 갈등이 발생할 가능성이 크며, 나아가 통일을 저항하는 세력 등 도 등장할 가능성이 크다. 따라서 국무총리는 통합에 대한 국민적 합의를 이끌어 내는데 일정한 역할도 수행할 필요가 있다. 이 방안은 통일문제에 대한 대통령이 위원장으로 있는 (가칭)한반도체제통합위원회에서 총괄해서 일사불란하게 처리할 수 있다는 장점이 있으며, 국무총리도 체제통합에 관해 일정한 역할을 수행할 수 있어 분권형 국정운영을 가능하게 할 수 있다는 장점이 있다. 다만 체제통합에 대해 대통령과 국무총리 간 긴밀한 업무 협조가 이우러져야 할 것이나, 그렇지 못할 경우 이를 해결하기 어렵다는 단점도 있다.