함평농민항쟁은 관청에 소장을 올리거나 임금에게 호소하는 등의 합법적 투쟁으로 시작되었다. 전면적 봉기가 시작된 후로는 죽창을 들고 궐기하거나 관리들을 추방하고, 읍의 행정권을 장악했다. 향민들과 주도자들은 25일간 읍의 행정권을 행사했다.
함평농민항쟁의 시작은 합법적인 투쟁이었다. 농민들은 등소(等訴: 민원에 관련된 일을 풀기 위하여 민인들이 연명으로 소장을 작성하고 관청에 올려 하소연하는 일), 격쟁(擊錚: 조선시대에 억울하고 원통한 일을 당한 사람이 궁궐에 난입하거나 국왕이 거동하는 때를 포착하여 징/꽹과리/북 등을 쳐서 이목을 집중시킨 다음 자신의 사연을 국왕에게 직접 호소하는 행위), 거화(擧火: 임금에게 직접 호소하려는 사람이 서울 남산 위에서 횃불을 올려 그 뜻을 나타내던 일) 등을 통해 자신들의 목소리를 높였다.
그리고 나서 전면적 봉기 단계로 접어들었다. 4월 16일, 14개의 향촌민이 죽창과 깃발을 들고 장시(場市)에 모여 궐기한 후 관리와 토호들의 집을 습격하고 쳐 들어가 현감과 이서들을 추방하게 된다. 이후 농민들이 읍의 행정권을 장악하게 되었다. 읍내와 동헌을 습격한 향민들과 주도자들은 교원(校院: 향교와 서원)에 둔취(屯聚: 군병을 한곳에 모아서 수비하고 경계하는 일)하면서 25일간 읍의 행정권을 쥐게 된다.