디지털 교과서 사용에는 어려운 타이핑, 안구 통증 등의 문제가 있다. 중학생과 달리 초등학생 간에는 ICT능력에 격차가 있다.
디지털교과서를 사용하면서 느끼는 어려운 점에 대해 학생들에게 물었더니 초등학생은 로그인과 타이핑의 어려움을 이야기했다. 스마트패드를 터치하여 타이핑하는 것은 초등학생과 중학생 모두 불편하다고 했는데, 자판이 없는 상황에서 스마트폰보다 크고 익숙하지 않은 크기의 패드에 소위 ‘독수리 타법’으로 학습 내용을 기록해야 하는 것이 어렵다고 답변했다(D중학교, 2014. 6. 26; B초등학교, 2014. 7. 18). 또 디지털교과서를 오래 보면 눈이 아프다는 점을 초등학생과 중학생 모두 지적했는데 한 학생은 10분만 봐도 눈이 아프다고 호소했다(B초등학교, 2014. 7. 18). 중학생은 자신의 ICT 능력 부족을 크게 의식하지 않았으나, 초등학생은 기본적인 ICT 능력이 학생별로 차이가 나고, 특히 위두랑에 학습 결과물을 업로드 하는 활동을 어려워하는 편이었다.