통일기획조정실에는 각 행정기관의 전문인력을 배출하여 조직하면 원만한 의사소통과 효율성이 좋을 것이고 체제통합이 해결되는 해산하여 전 소속으로 돌아가 유연한 조직 운영을 해야 한다.
이처럼 (가칭)통합기획조정실에는 각각의 행정기능을 담당하고 있는 부처 또는 기관으로부터 전문인력을 차출하고 또 이들을 프로젝트팀의 형태로 조직화하여 구성하는 것이 대단히 효과적일 수 있다. 또한 각 부처나 기관으로부터 차출된 인력은 자신의 조직과 보다 더 원활한 의사소통의 채널을 가질 수 있다는 장점도 가진다. 특히 조직설계의 효율성 측면에서 본다면, 체제통합의 과제는 그것의 완수까지의 기간이 한정적인 것이기 때문에, 남북 간의 체제통합이 완성단계에 가면 체제통합을 목적으로 한 조직은 해산되어야 한다. 그러할 경우 체제통합의 중심조직 인원은 파견되어 진 원 소속조직으로 복귀함으로써 유연한 조직운영을 할 수도 있다.