교육전문대학원 시스템은 현행 교육 4년만으로도 충분해서 필요없다는 의견이 많다. 또 교육전문대학원은 폐쇄적 시스템이고 이를 도입하기 위한 과정에서 현실성이 없다는 의견이 많다.
교육전문대학원 체제의 도입에 반대하는 의견으로 우선 교육전문대학원을 도입하지 않고 기존의 교육대학원만 잘 개편, 개선해도 된다는 의견이 있었고, 학부양성과정에서도 현행 체제인 4년 과정 동안 잘 배우면 충분하기 때문에 교육전문대학원을 도입할 필요가 없다는 의견이었다. 그리고 교원양성의 다양화, 유연화를 위해서는 개방체제로 가야하지 교육전문대학원과 같은 폐쇄형 체제로 가서는 안된다는 의견이 있었고, 교육전문대학원 체제의 도입에 따른 갈등, 혼란 등 현실의 벽이 너무 크기 때문에 무리수를 둘 필요는 없다는 의견도 있었다. 아울러 대학원 체제의 도입을 통해 교사양성기간을 2년 더 늘린다고 해서 과연 더 나아질 것이 있는가에 대해서도 의구심을 가지는 의견도 있었다.