정부출연(연)에 대한 성과감사 적용에 있어서의 제언은 교육훈련 프로그램 대상의 일반 연구원 확대, 성과감사 목적의 제시와 운영과정의 투명성, 감사자들의 전문성 강화 및 적절한 판단기준과 지표 적용, 그리고 결과의 피드백 등이다.
정부출연(연)에 대한 성과감사의 적용에 관한 운영상 개선과제에 대한 정책적 제언으로 먼저, 향후 성과감사에 대한 교육훈련 프로그램의 운영 및 홍보활동은 감사담당자들에게 국한할 것이 아니라 일반 연구원들을 위한 프로그램도 함께 추진되어야 한다. 둘째, 성과감사의 정치적 의도성에 대한 오해를 불식시키기 위해 성과감사의 실시목적을  보다 명확히 제시하고 운영과정을 투명하게 한다. 셋째, 연구업무집단의 성과감사에 대한 부정적 인식을 해소하기 위해 감사자들이 대상사업 및 정책에 대한 전문성 강화는 물론 그에 부합하는 판단기준 및 지표를 개발․적용한다. 넷째, 성과감사 결과의 피드백 기능을 정교화하여야 선진화 촉진기제로서의 기능을 갖게 되므로 피감기관이 감사결과를 내부화할 때 구성원들 간의 정보격차 해소와 지지를 이끌어낼 수 있도록 할 구체적인 추진전략을 마련하여야 한다.