진화위의 조사대상은 진실규명이 필요하다고 인정되는 현대사의 거의 모든 영역이었으나, 짧은 사건 신청 기간과 예산, 홍보 부족 등으로 상당 규모의 사건들이 누락되었다.
진화위의 조사대상은 일제강점기의 항일독립운동 및 해외동포사, 한국전쟁 전후의 민간인 집단 희생사건, 권위주의 통치기의 인권침해․조작의혹사건․의문사, 대한민국의 정통성을 부정하는 세력에 의한 테러․인권유린․폭력, 역사적으로 중요한 사건으로서 위원회가 진실규명이 필요하다고 인정한 사건 등으로 현대사의 거의 모든 영역을 다룬 것이었다. 그러나 기본적으로 사건 신청 기간이 1년에 불과했고 예산 및 홍보 부족 등의 문제로 많은 피해자와 유족들이 진실규명 신청을 하지 못해, 상당 규모의 국가폭력․인권침해 사건들이 진실규명 대상에서 누락된 것으로 파악되고 있다.