어항 관련 자료가 여기저기 분산되어 있어 정보 구축이 쉽지 않다. 자료 소실 위험도 높은데, 이는 정책 수립 시 시계열 정보의 연속성 확보에 걸림돌이 된다.
어항 관련 기초자료가 통합된 정보화시스템상에서 구축되지 못하고 분산되어 있기 때문에 2,225개소나 되는 많은 어항들의 정보를 체계적으로 구축할 수가 없다. 특히 어항 관련 기초자료를 보유하고 있는 기관의 조직개편, 인사이동, 문서폐기 등의 사유로 정보화가 이루어지지 않은 기초자료가 소실된다. 실제로 1997년 해양수산부가 창설되면서 당시 수산청에서 관리되고 있었던 어항 관련 자료가 상당 부분 소실되었다. 이는 어항 관련 기초자료 자체의 소실에 따른 문제점도 있지만 어항정책에서 시계열 정보의 연속성을 확보할 수 없다는 데 더 큰 문제가 있다.