산업단지 건설을 위한 마스터플랜 구축사업의 경우 계획 수립 사후과정이 매우 중요한데, 한국의 경우 정부 산하기관인 산업단지 관리공단이 주도하고 개발도상국의 경우 클러스터의 조성을 추진하는 전담 전문기관이 주도한다.
우리나라의 경우 산업단지의 조성 및 운영에는 정부 산하기관인 산업단지 관리공단이 주도한 바 있다. 개발도상국의 경우 정부 주도형 산업단지 클러스터의 효율적인 조성과 운영을 위해서는 전담 전문기관을 설립하여 클러스터의 조성을 추진할 필요가 있다. 따라서 산업단지 건설을 위한 마스터플랜 구축사업과 같은 경우 단순히 마스터플랜을 짜서 수원국의 담당자에게 전달하는데 그치지 말고, 마스터플랜을 실제 사업으로 추진하는데 필요한 법적 제도적 개선 사항과 함께 건설 이후 계획입지의 관리와 운영에 대한 노하우도 함께 전수할 필요가 있다. 특히, 산업단지 전문기관 의사결정 거버넌스의 경우 정부 관료나 정치인들의 직접적인 참여는 최소한으로 하고 국내외의 도시계획 및 개발, 금융, 기업경영 전문가들이 다수를 구성할 수 있도록 하는 것이 바람직하다.