장애인 고용의 경우, 민간기업의 법정 비율 달성률이 저조한 것을 알 수 있으며 중소기업의 고용이 특히 적은 것으로 나타났다. 즉 상대적으로 규모가 작은 민간기업이 고용할당제에 적응하지 못하고 있다는 것이 고용할당제의 문제점이다.
첫째, 법정 비율 2.3%가 적용되는 공공기관의 법정 비율 달성 비율은 전체 기관의 약 90%인데 비해 민간기업(법정 비율 2.0%)은 약 50%만 법정 비율을 달성해, 민간기업의 법정 비율 달성률이 저조한 것을 알 수 있다 (厚生労働省, 2017a, p. 5). 둘째, 기업 규모별 장애인 근로자 비율을 보면, 직원 수 50명 이상 100명 미만의 중소기업이 1.6%, 직원 수 1000명 이상의 대기업이 2.16%로, 중소기업이 저조한 성과를 보이고 있다(厚生労働省, 2017a, p. 8). 또한 법정 비율을 달성하지 못한 4만 5471개 민간기업 중 장애인 근로자가 단 한 명도 없는 기업이 무려 58.7%(2만 6692개 기업)에 달하며, 그러한 기업은 대부분 직원 50명 이상 100명 미만(2만 976개 기업) 혹은 100명 이상 300명미만(5656개 기업)의 상대적으로 규모가 작은 기업이다(厚生労働省, 2017a, p. 19). 상대적으로 규모가 작은 민간기업이 고용할당제에 적응하지 못하고 있는 점이 고용할당제의 문제점이다.