에너지 부분 공공기관 기능 재조정은 통폐합이나 민영화인데  발전 부분은 민간과 공공기관의 경쟁으로 문제가 발생한다. 그래서 부채문제로 에너지 공기업 상장을 통해 재원 확보에 포커스를 맞추고 있지만 경영의 비효율성으로 부채가 증가한다는 견해도 있다.
둘째, 에너지 부분 공공기관 기능재조정의 핵심적인 부분인 주요한 발전사간의 통폐합이나 민영화를 강조하고 있다. 하지만, 발전 부분은 민간과 공공기관이 경쟁하는 부분으로 과연 민간이 할 수 있는 일을 공공부분이 수행해야 되는 것인가의 문제도 발생한다. 단순히 부채문제로 8개 에너지 공기업(남동, 남부, 서부, 중부, 남부발전, 한수원, 한전 KDN, 한국가스기술공사)의 순차적 상장을 통해 재원확보에만 포커스를 맞추고 있다. 하지만, 발전사의 경우, 경영의 비효율성으로 기인하여 부채가 증가하였을 수도 있지만, 전력의 안정적 공급이라는 공공성도 포함하고 있기 때문에, 불가피한 부채 상승으로 보는 견해도 있다. 이처럼, 공공기관들의 경영의 비효율성을 판단함에 있어, 다양한 요인들이 고려되어야 함에도 불구하고, 2016년 기능조정안에서는 부채율과 단기적 성과만을 통해 기관 통폐합의 기준으로 삼고 있어 아쉬운 부분이라 할 수 있겠다.