미세조류의 상업화에는 대량배양 시설의 최적화가 해결해야 할 난제로 인식되고 있지만, 타 바이오매스에 비해 장점이 많기에 꾸준한 연구개발이 진행되고 있다. 최근에는 바이오연료 이외에 다른 분야에 대한 연구개발과 사업화 또한 증가하고 있다.
미세조류의 상업화에는 유전자 개량에 의한 대량배양 시설의 최적화가 해결해야 할 난제로 인식되고 있지만, 타 바이오매스와 비교하여 단위 면적당 높은 생산량과 비식용작물 그리고 다양한 유용물질을 함유한 장점으로서 꾸준한 연구개발이 진행되고 있다. 최근 10년간 조류 바이오매스를 활용한 연구개발 분야는 바이오 에너지에 집중되어 왔으나, 유가 하락과 원료 물질 회수에 대한 경제성 문제로 정체기에 이르고 있다. 하지만 2010년 대비 2015년에는 미세조류 바이오연료의 생산단가가 절반으로 낮아졌고, 관련 기술 발달에 따라 2019년 5달러/gge, 2027년까지 3달러/gge으로 비용 절감이 전망되고 있다. 그럼에도 불구하고 시대의 상황에 발맞춰 바이오연료 이외에 미세조류로부터 석유화학 대체 제품과 기능성 소재 및 의약품 등 고부가가치 원료 생산기술의 연구개발과 산업화는 꾸준한 증가 추세에 있다.