자유학기제를 정착시키기 위해  교육부는 현장의 목소리를 반영해 교과 내용을 핵심 성취기준 중심으로 재구성하고 교육과정 편성 및 운영의 자율성을 대폭 확대했다. 또한 교사들의 수업 전문성을 위한 다양한 지원도 병행했다.
자유학기제를 성공적으로 운영·정착시키기 위하여, 교육부는 법적, 제도적 기반 구축을 위한 노력에 더해 현장의 목소리를 반영한 다방면의 정책을 수립하였다. 핵심 성취기준 중심으로 교과 내용이 재구성 되도록 하였으며, 다양한 교육활동이 원활하게 운영될 수 있도록 학교의 교육과정 편성 및 운영의 자율성을 대폭 확대하였다. 자유학기제의 성공적 운영을 위해서는 학교 교육활동의 대부분을 차지하는 교실수업을 개선하는 것이 무엇보다 중요하기에 교사들의 수업 전문성 제고를 위한 다양한 지원을 하였다. 한편, 중앙-지역으로 이어지는 자유학기제 체험활동 기반을 확충하기 위해 2015년 7월 기준으로 58,882개의 체험처와 102,507개 프로그램을 확보하였다. 시·도 교육청에서는 ‘자유학기제 진로체험지원단’(177개) 및 ‘자유학기제 진로체험 지원센터’를 구축하여 지자체 및 지역사회의 체험처를 발굴하고 이를 학교와 연결하도록 하고 있다.