외부 연구개발 프로세스의 계약단계에서 조건을 조정하고 가격을 합의해야 하며, 품질관리, 인력관리, 대금지급, 비용정산 등의 세부항목을 작성하고 연구개발서비스업은 특성상 유연성을 두어 문제발생시 재협상 여지를 남겨야 한다.
셋째, 계약단계는 외부 연구개발 프로세스 중에서 가장 중요한 단계로, 외부 연구개발 수행을 위해 사전에 명확하고 효율적인 계약서를 작성하는 단계이다. 구체적인 활동으로는 외부 R&D 요구사항 재정의를 통해 계약조건과 규정을 조정하고, 가격협상, 계약조건 합의를 이루어야 한다. 과학기술정책연구원(2011)에서 수행한 ‘연구개발서비스업 활성화를 위한 표준계약서 개발연구’에 따르면, 계약서 작성시 세부항목으로 품질관리, 인력관리, 대금지급, 비용정산, 성과관리(지식재산권 관리), 계약변경/해제/해지, 분쟁조정을 제시하고 있다. 연구개발서비스업은 다른 분야에 비해 성과의 불확실성, 협상의 불균형 등의 위험이 크기 때문에(Doctor et al., 2001) 계약서상에 유연성을 두어 향후 문제 발생 시 재협상을 통해 수정할 수 있는 여지를 남기는 것이 필요하다.