시민 모니터링단은 공개모집으로 선발한다. 센터는 모니터링단이 행정자료 등을 요청하면 공무원들에게 협조받아 제공한다. 이후 모니터링단은 활동보고회를 통해 정책개선안을 도출한다.
시민 모니터링단은 공개모집을 통해 10명을 선발한 후 이론과 실습교육을 받고 성별영향분석평가센터에서 제공해준 모니터링 지표를 가지고 모니터링을 한다. 센터는 모니터링이 이뤄지는 기간 동안 중간에서 매개자 역할을 하는데 모니터링단이 센터를 통해 행정자료 등을 요청하면 센터가 공무원들에게 협조를 구해 요청 자료를 모니터링단에게 제공한다. 이후 모니터링단은 전문가와 함께하는 활동보고회를 통해 정책개선안을 도출한다. 이처럼 성별영향분석평가에서 자체적으로 시민 모니터링단을 운영하는 것 외에도 대구광역시에서는 시민단체가 부정기적으로 성별영향분석평가에 대한 모니터링을 독자적으로 진행하고 있다.