교통ㆍ에너지ㆍ환경세 재원은 분야별로 투자가 필요한 상황이나 재원상황 등이 시기에 따라 달라서 그때그때 상황에 맞추어 재원 배분 비율이 변경되어 왔다. 
그 후 2006. 12. 30. ｢교통세법｣이 ｢교통ㆍ에너지ㆍ환경세법｣으로 개정되면서 교통세를 교통시설의 투자재원뿐만 아니라 에너지 및 환경 관련 투자재원으로도 사용할 수 있도록 배분 비율이 조정되었고, 2012년 및 2013년에 에너지 및 자원 사업 특별회계에서 여유재원이 발생하여 600억 원 및 1조 1,500억 원을 공공자금 관리기금에 각각 예탁하게 되자 2013. 12. 26. ｢에너지 및 자원사업 특별회계법｣을 개정하여 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 3%를 에너지 및 자원사업 특별회계로 의무 전입 하도록 한 규정을 삭제하는 등 필요에 따라 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 재원의 배분 비율이 변경되어 왔다.