학교 스포츠 클럽 활동의 문제점은 전문성이 부족한 교사가  지도를 담당하고 있다는 것이다. 지도 능력이 부족한 교사가 단순한 수업 관리를 하는 경우가 많다. 이에 대해 학생들은 크게 문제를 느끼지 않지만, 체육교사들은 전문성이 부족한 교사들의 스포츠 활동 지도가 정규 체육 수업의 위상을 저해한다는 우려를 표한다.
한편, 지도교사의 전문성에 관한 문제점 중의 하나는 ‘타 교과교사’의 스포츠 전문성이 부족해 단순한 수업 관리의 역할에 머무르는 경우가 많다는 점이다. 특히 일선 학교에서 스포츠강사를 채용하기 어려운 조건에서는 ‘타 교과교사’가 학교스포츠클럽 활동을 담당하고 있다는 학생들의 응답은 27.7%로 적지 않은 타 교과교사들이 학교스포츠 클럽을 지도하고 있었다. 타 교과교사들이 학교스포츠클럽 활동을 주로 어떻게 지도하고 있는지 학교 현장을 방문하여 조사한 결과, 이 역시 상반된 평가가 많았다. 학창 시절이나 현재 취미 활동으로 해당 스포츠를 경험했거나 지속하고 있는 교사의 경우는 학생들을 지도하는 데 무리 없이 진행하고 있다는 평가를 받고 있었다. 그러나 스포츠 경험이 부족하거나 전문지도 능력이 부족한 교사들의 경우 학생들에게 주로 경기를 시키고 지켜보는 입장인 경우가 많았다. 즉 학생들을 관리하는 차원에서 학교스포츠클럽 활동 수업을 진행하고 있다는 사실이다. 이에 대해 학생들은 자신들이 좋아하는 스포츠 경기를 즐기기 때문에 수업 관리가 된다는 차원에서 큰 문제의식은 느끼지 않는 것으로 보였다. 그러나 이러한 상황이 방치될 경우 정규 체육 수업의 위상이 흔들릴 위기에 처할 수 있다는 체육교사들의 의견이 아주 지배적이었다.