공운법의 일괄적인 적용은 개별기관의 특성을 모두 반영하지 못하므로 맞춤형 접근이 어렵다. 따라서 표준화와 맞춤형의 균형을 찾는 노력이 필요하다.
공공기관관리모형에 있어서 자율과 책임의 균형이 필요한 바 2007년 제정된 공운법 체제가 책임에 지나치게 의존하는 경향성을 보여 개선에 대한 적극적인 논의가 필요한 시점이다. 공운법이 2014년 현재 302개의 공공기관을 포괄해 지배구조는 물론 경영평가를 비롯한 성과관리에 대해 규정하고 있기 때문에 개별기관의 입장에서 보면 맞춤형 접근이 어려운 것은 오히려 당연한 일이다. 그렇다고 해서 개별 공공기관의 운영에 대해 세밀하게 간섭하는 주무부처의 영향력을 포괄적으로 인정하는 과거의 관행은 OECD의 공기업지배구조개혁지침에 비추어 문제가 많다. 따라서 표준화와 맞춤형의 절묘한 균형점(balancepoint)을 찾는 노력이 중요하다.