의무지출법안이 추가적 재정부담의 관점에서 충분히 논의되고 합리적인 의사결정이 이뤄지지 않는 것이 큰 문제다. 의무지출 결정 과정에서 비용과 편익을 다각적으로 고려하지 않으면 바람직한 자원배분이 안 될 것이다.
우리나라의 의무지출법안과 관련하여 가장 중요한 문제점은 의무지출법안이 추가적인 재정부담이라는 관점에서 충분히 논의되고 합리적으로 의사결정이 이루어지지 않는 점이다. 이는 의무지출의 양의 증가보다 보다 중요한 근본적인 문제라고 할 수 있다. 의무지출의 증가가 사회적인 관점에서 비용과 편익을 고려하여 사회적으로 바람직한 수준에서 결정된 것이라고 하면 그 지출의 수준이 다소 과하다고 하더라도 이는 사회체제 및 경제체제가 용인해야 할 것이다. 반면에 지출수준 그 자체는 그리 높지 않다고 하더라도 의무지출을 결정하는 과정에서 고려해야 하는 비용과 편익을 모두 고려하지 않고 한 요소만 고려하는 경우는 정부의 재정활동으로 사회적으로 바람직한 자원배분에서 상당히 떨어진 비효율적이고 바람직하지 않은 상태에 머물게 만들 것이다.