정부 R&D 과제의 기업 주관 비중은 확대되고 있으나, 산학연 협력의 개선점이 존재한다. 대부분 기업의 자발적 협력보다는 정부 정책에 의해 이루어져 기업과 출연연간의 소통이 어렵다. 그래서 산업기술 개발 과제를 대학과 출연연이 주관하는 경우 기업의 참여가 낮다.
정부의 적극적인 기업 참여 확대 정책에 힘입어 정부R&D 과제의 기업 주관 비중은 점차 확대되고 있으나, 산학연 협력의 내용 측면에서는 여전히 개선점이 존재한다. 산기협의 2014년 설문 조사 결과에 따르면, 산학연 협력 과제가 기업의 자발적 협력보다는 정부 정책지원에 의해 출연연 주도로 이루어지는 경우가 많다고 지적되고 있다. 또한, 같은 설문조사에서, 출연연과 협력을 위한 소통이 ‘원활하지 않다’가 44.9%의 응답을 보여 많은 기업들이 출연(연)과의 소통에 어려움을 겪고 있는 것으로 나타났으며, 기업과 출연연간의 교류·협력 네트워크에 대해 ‘충분하지 않다’는 응답이 절반에 육박(47.3%)하는 것으로 조사되었다. 기업 주관 연구과제는 비교적 산학연 협력이 활성화 되어 있는 반면, 산업기술 개발 과제를 대학과 출연연이 주관하는 경우 약 16% 정도만이 기업이 참여하고 있는 것으로 나타나 산업기술 개발 과제에서 기업의 수요 반영이 제한적이라는 점을 유추할 수 있다.