계획 성별영향분석평가의 활성화를 위해 총괄 기관인 여성가족부와 계획 기관의 고위급 수준의 협력 체계가 필요하다. 사전 협의나, 성별영향분석평가위원회의 활용을 고려할 수 있다.
계획 성별영향분석평가가 내실 있게 활성화되려면 성별영향분석평가 제도를 총괄하고 있는 여성가족부와 계획 수립 담당 기관간의 고위급 수준에서의 협력체계 구축이 중요하다. 타 부처가 수립하는 중장기 계획에 대해서 여성가족부가 주관하는 성별영향분석평가를 적용하도록 하려면 기관 간에 사전 협의 과정이 있으면 훨씬 원활하게 진행될 가능성이 높다. 예를 들어 문화체육관광부 관계자에 따르면 문화체육관광부는 도시재생사업의 문화영향평가를 위해 국토교통부와 MOU를 체결, 두 부처 상호 협의 하에 과제를 선정하고 예산에 반영한 후에 문화영향평가를 실시하기로 협의를 마쳤다고 한다. 또 다른 부처 협력 방안으로는 여성가족부가 운영하고 있는 성별영향분석평가위원회를 활용하는 것도 고려해 볼 수 있겠다.