인센티브제도는 찬반 양론이 공존해 왔다. 자치단체에 직접 금전적인 영향을 줄 수 있는 제도로서 존재의의는 분명하다고 판단되지만, 현 제도의 문제점들을 개선하는 운영이 필요하다.
그 동안 이 제도에 대해서는 학자들 간 찬반 양론이 공존해 왔던 것이 사실이다. 반대하는 측의 요지는 인센티브제도가 재정력의 균등화와 재원의 보장이라는 지방교부세 본래의 취지에 부합하지 않는다는 것과 자치단체의 수용도가 낮아 실질적인 효과가 별로 없다는 것으로 정리될 수 있다. 그럼에도 불구하고 이 인센티브제도는 자치단체에 직접 금전적으로 영향을 줄 수 있는 제도로서 그 존재의의는 분명하다고 판단된다. 다만 현 제도가 가지고 있는 다양한 문제점들을 개선하면 보다 제도 도입취지에 부합하는 방향으로 운영될 수 있을 것이다. 주요 해결 또는 개선 대상으로 는 다음과 같은 것을 들 수 있다.