통고처분이 위헌이므로 폐지하자는 의견도 있지만, 이 연구에서는 현행 통고처분을 존치하되 그 문제점을 개선할 수 있는 방안을 제시하겠다. 죄질이 중하지 않은 조세범죄를 모두 통고처분으로 처리하려면 다음의 개선방안이 필요하다.
통고처분에 대해서는 현재 문제점을 개선하여 유지하자는 존치론과 위헌이므로 폐지하자는 폐지론의 입장이 있으나 위헌론에서 제기하는 문제는 제도적 개선으로 해결 가능한 것이고 헌재도 위헌이 아니라는 입장이다 이 연구에서는 조세범죄의 행정범적 특성을 고려하여 현행 통고처분을 존치하되 그 문제점을 개선하여 이행률을 제고함으로써 통고처분제도의 입법취지를 효과적으로 실현 할 수 있는 방안을 제시하고자 한다. 즉 세무관서와 대상자 모두에게 도움이 되는 통고처분제도의 입법취지를 실현할 수 있는 방안을 제시하고자 한다. 징역이 아닌 벌금으로 처벌하는 것이 적정한 죄질이 중하지 않은 조세범죄는 반드시 통고처분으로 처리될 수 있도록, 즉 대상자가 통고처분을 이행할 수 있도록 제도적 환경을 조성하여야 한다. 이를 위해서는 다음과 같은 개선방안이 필요하다.