태종 원년, 의정부는 백성이 억울한 일을 관사에 고해도 수리하지 않으면 신문고를 치도록 허락하고 사헌부가 조사하여 보고 후 판결하도록 하였다. 이때 신문고의 허용 기준에 대한 운영규정도 반포되었다.
태종 원년(1401) 의정부는 중앙과 외방에서 백성이 억울한 일을 관사에 고하여도 수리하지 않으면 등문고를 치는 것을 허락하고, 사헌부로 하여금 명확히 조사하여 보고한 후 판결하도록 건의하였다. 이후 ‘등문고’를 ‘신문고’로 고쳤다. 태종 2년(1402) 1월부터 신문고가 정식으로 설치되었다. 이때 운영규정도 반포되었다. ㉠ 정치의 이익과 손실, 민생의 안락과 근심에 대해 의정부에 글을 올려도 임금에게 보고하지 않는 경우 신문고를 허용하였다. ㉡ 억울함을 풀지 못하여 고하고자 하면 1차로 서울은 담당관원에게, 외방은 수령・감사에게 글을 올리도록 하였다. 처리하지 않으면 2차로 사헌부에 제출하고, 그래도 처리되지 않으면 3차로 격고하도록 하였다. 절차를 지키지 않고 월소(越訴)하면 율문에 비추어 처벌하였다. ㉢ 반역에 대한 고변에도 격고를 허락하되 무고(誣告)이면 반좌(反坐)하였다.