옴부즈맨과 인권위원회 모두 개인의 권리를 보호한다는 공통점이 있으나 기능상의 일부 차이가 있다. 이 때문에 두 기구를 모두 설립˙운영하는 국가들도 존재한다. 
여러 가지 측면에서 볼 때, 옴부즈맨의 권한은 인권위원회의 권한과 유사하다. 두 기구 모두 개인의 권리를 보호하며, 원칙적으로 구속력 있는 결정은 할 수 없다. 그러나 이 두 기구의 기능에는 일부 차이가 있으며, 그렇기 때문에 일부 국가들이 이 두 가지 기구들을 모두 설립·운영하기도 한다. 대다수 옴부즈맨의 1차적인 기능은 공공행정의 공정성과 적법성을 확보하는 것이다. 이와는 대조적으로 인권위원회는 주로 인권침해 및 차별행위를 다룬다. 이러한 측면에서 인권위원회는 정부뿐만 아니라 공사단체, 민간단체, 나아가 개인들의 행위에 대해서도 관여하게 된다.