통상현안 업무는 교역상 발행된 사안에 대해 다자간 정례회의 이외에 한-미 FTA의 의약품의료기기위원회, 한-EU FTA의 의약품 및 의료기기 작업반 등과 같은 FTA 후속조치 이행위원회를 통해서 양국 간 협력 및 현안 사항을 협의하고 있는데 대응 방향에 따라 부정적 영향이 있을 수 있어 신중하고 적절한 대응이 있어야 한다. 
첫 번째, 통상현안 업무는 교역상에서 발행된 사안에 대하여 국제기구를 통한 다자간 협상, 양자 협상을 통하여 의견교환, 협의, 조정 등의 절차를 거쳐 해결하는데, 대응방향에 따라 교역 중단이나 WTO 제소 등과 같은 부정적인 영향이 있을 수 있으므로 신중하고 적절하게 대응하여야 한다. 앞서 기술한 WTO-TBT 위원회와 같은 다자간 정례회의 이외에 FTA 후속조치 이행위원회를 통해서 양국 간 협력 및 현안 사항을 협의하고 있다. 예를 들면 한-미FTA에는 의약품의료기기위원회, 한-EU FTA에서는 의약품 및 의료기기 작업반이 별도로 설치되어 있어 동 위원회/작업반을 통해 관련 규정 제 개정 정보교환, 무역현안에 대하여 대응하고 있다. 한-미 FTA 의 약품 의료기기위원회에서는 의약품 의료기기 적합성 평가절차의 상호인정을 목표로단계적으로 대응하고 있으며 한-EU FTA에서는 의약품 의료기기작업반에서 의약품의료기기 전문가회의를 제안하여 현재 2차의 전문가회의를 개최하였고, 의료기기 제조 및 품질관리기준(Good Manufacturing Practice, GMP) 실태조사 현황 등 정보 교환, 전문가회의 정례화 합의를 이끌고자 노력중이다. 특히, 식품의약품안전처는 FTA 협상시에는 협정문에 정보 교환을 포함한 투명성과 통보절차를 포함한 예측가능성, 상호협력 등을 포함한 의약품과 의료기기의 상호협력 조항을 명시하고자 노력하고 있다.