교과교실제가 이제 학교별로 특성화되면서 장점을 잘 나타내고 있으나, 단순히 학생이 교실을 찾아다니는 불편한 시스템이라는 인식이 남아있어 적극적인 참여가 부족한 점은 아쉽다.
교과교실제가 우리나라에 본격적으로 도입된 지 6년이 지난 지금, 많은 학교에서 선진형 교과교실제를 비롯한 다양한 형태의 교과교실제가 운영되고 있다. 도입 초기에는 체계화된 운영시스템이 정립되지 않아 일선 학교의 운영과정에서 다소 혼란을 겪기도 했지만, 지금은 학교별로 특성화된 운영과정을 통하여 교과교실제의 장점을 충분히 나타내고 있다고 본다. 하지만 아직도 교과교실제의 본래 취지에 부합하지 못하고 단순히 학생이 교실을 찾아다니며 수업을 듣는다는 의미로만 받아들여져 학교구성원에게 불편을 주는 교육시스템이라는 불만족스러운 인식이 남아 있고, 이로 인해 교과교실제 운영에 적극적인 참여가 부족한 것은 아쉬운 다소 일이다.