체육전담교사에게는 평가 불이익이 있을 수 있기에 오히려 학교에서 소외되거나 담임에 적합하지 않은 분이 배치되는 경우가 많아 전문성이나 질적 수준이 갖춰져있지 않다.
그러나 면담 조사 결과, 실제로 체육전담교사를 선정하는 데는 특별한 기준이 없고 많은 문제점을 갖고 있음이 파악되었다. 전담교사를 맡았을 경우 업무나 성과에 특별한 장점이 없고 오히려 평가에 불이익을 당할 수 있기 때문에 전반적으로 교사들은 체육전담교사를 기피하는 경향이 있고, 따라서 담임 업무에 신뢰가 낮은 분이나 학교에서 소외되는 분들이 체육전담교사로 배치되는 경우가 잦다고 한다. 시도 평가 항목에 학교의 체육전담교사 배치율이 고려되기 때문에 각 학교에서 많이 지정을 하고 있으나 실제로 전문성이나 질적 수준을 고려하기에는 매우 미흡한 상황으로 조사되었다.