NGO에 따르면 그린마일리지 제도는 학생들에게 긍정적이나, 행위 통제라는 측면에서 교육적 제도가 아니라고 한다. 따라서 그린마일리지의 조사를 통해 효과를 측정하고 대안적 제도를 마련해야한다.
NGO의 2014년도 의견에 따르면 그린마일리지 제도는 긍정적 측면도 있으나 상벌점 배점기준의 모호성과 점수로의 계량화를 통하여 학생의 모든 행위를 통제하려는 방법으로 진정한 교육적 자세가 아닌 것으로 제언을 하고 있다. 따라서 교육부의 학교생활문화과는 그린마일리지에 대한 수요자 만족도나 회복적 프로그램의 실태조사를 통하여 그린마일리지에 대한 효과성을 면밀히 측정하고, 이와는 별도로 벌점에 대하여 대안적인 다양한 봉사활동 프로그램을 개발하여 벌점을 감해주는 제도로 전환하는 것이 바람직하다. 또한, 학생자치법정을 운영하여 자율적, 자치적 행위에 대한 학생 스스로의 성찰에 따른 자율적 조치가 있도록 권장하고, 유도하는 제도를 마련하도록 한다.