위원회 구성에 있어 위원회의 독립성 보장이 중요하지만 단체장 또는 부단체장을 위원장으로 규정하는 일부 조례는 독립성 보장을 막는다는 점에서 논란의 소지가 있다.
위원회 구성에 있어 가장 중요한 것은 위원회의 독립성 보장, 시민의 참여 보장, 그리고 전문성 강화 여부 등에 있다. 위원회 독립성 보장과 관련하여, 일부 인권조례가 단체장 또는 부단체장을 위원장으로 하고 있는데, 이러한 구성은 독립적이고 적극적인 위원회 활동을 저해한다는 점에서 논란의 소지가 있다. 즉, 위원 구성에 있어 소속 관료를 포함하는 것의 적절성 여부와 관련한 판단이 필요한데 여기에는 각각의 장단점이 있다. 예컨대 소속관료를 위원에 포함시킬 경우, 위원회와 집행부 간 소통, 원활한 행정 및 예산 지원을 위해 긍정적일 수 있는 반면에, 집행부의 간섭으로 인해 위원회 고유의 역할이 위축될 수 있다는 부정적 측면도 상존하고 있다.