고객수수료는 계좌보유은행과 이용기관이 자율적으로 결정하며 은행 간 수수료는 금융결제원 이사회에서 정한다. 이용요금 수준은 금융결제원의 전산위원회가 정한다.
이용기관 계좌보유은행이 정상처리 건에 대하여 이용기관으로부터 징수하는 고객수수료는 계좌보유은행과 이용기관이 별도의 약정으로 자율적으로 결정하며 계좌보유은행이 상대은행에 지급하는 은행 간 수수료는 금융결제원 이사회에서 정하게 되어 있다.이용요금은 자료처리 및 전송의 대가로 금융결제원이 참가은행으로부터 받는 일체의 요금을 말하며, 이에는 이용기관이 서비스 이용권 취득 대가로 서비스 가입 시 납입하는 요금과 CMS 공동이용 업무 및 시스템의 사용실적에 따라 납부하는 요금인 중계 수수료가 있다. 이용요금의 체계 및 수준은 금융결제원의 전산위원회에서 정한다.