SPS위원회는 특정무역현안을 안건으로 상정하여 문제를 해결하고, 특정 쟁점에 대해 협상을 진행하고, 위원회 의장의 주선을 활용하는 제도로서의 역할을 한다. 
제12조 2항에 따라 SPS위원회는 다음의 역할을 수행해왔다. 첫째, 위원회는 그 정례회의에서 회원국들의 SPS조치와 관련된특정무역현안을 안건으로 상정하여, 다자간협상과 토론을 통해 문제의 해결을 도모해왔다. 둘째, 위원회는 SPS조치에 관한 국제표준, 동등성, 민간․상업표준 등 특정 쟁점에 대해 협상을 진행해왔다. 셋째, 위원회는 SPS문제의 해결을 위해 SPS위원회 의장의 주선(Good Offices)을 활용하는 제도를 발전시켜 왔다. 이하에서 검토할 바와 같이, 이 중에서 위생 및 식물위생 문제 해결하는 데 지금까지 가장 빈번히 활용되어 온 유형은 특정무역현안을 SPS 위원회 정례회의 안건으로 상정˙논의하여 해결을 도모하는 방식이며, 위원회 의장에 의한 주선은 3건의 사례에서 활용되었던 바 있다.