JMS 주관부서가 군사력 방향과 지침 설계를 전력부서에 일임하는 등 상위문서가 하위문서의 본래의 업무를 이관하고 있다. 이는 상하위문서가 수평적 역할분담 형태가 되고, 실질적 연계성을 저하시키는 결과로 이어진다.
먼저, 상위문서가 본래의 역할을 하위문서에 일임하는 경향이 있다. 예를 들어, 국방기본 정책에는 군정･군령을 아우르는 정책 지침이 담겨 있어야 하는데 군령에 관한 명시적 지침이 없다. 이는 군사전략을 합참 고유의 전문영역으로 간주하고 합참에 일임했기 때문인 것으로 보인다. 마찬가지로 JMS 주관부서는 정책목표･기조에 맞게 전략 개념을 설정하고 이를 구현하려면 장차 어떤 모습의 군사력이 건설되어야 하는지 등에 관한 방향과 지침을 직접 구상해서 JSOP 주관부서에 내려주어야 하는데 실제로는 전력부서에 일임하고 있다. 또한 국방재원의 배분과 관련된 지침은 정책기획 단계의 핵심기능으로 어디에도 양보할 수 없는 고유의 영역임에도 불구하고 이를 중기계획 단계에 일임하고 있다. 이런 현상은 상하위문서 간의 관계가 수직적 역할분담이 아닌 수평적 역할분담으로 잘못 정착되고 실질적 연계성을 가로막는 원인이 된다.