주관적 건강상태 변수는 내생성이 있을 가능성이  있다. 따라서 분석에서는 관찰되지 않은 이질성과 내생성을 통제한 다변량 프로빗 모형이나 구조방정식이 추정을 위해 사용된다. 국외 실증 연구에서는  2단계 최소 제곱법 또는 GMM을 사용하였다.
주관적 건강상태 변수는 개인의 생활습관 또는 고용상태를 반영한 변수들과 오차항 간의 상관관계가 있으므로 내생성이 있을 가능성이 잠재적으로 있다(Jones et al., 2013). 이 경우 단변량 프로빗 모형(univariate probit model)에서는 내생성으로 인해 추정결과가 일치추정량이 될 수 없다. 따라서 분석에서는 관찰되지 않은 이질성(heterogeneity)과 내생성을 통제한 다변량 프로빗 모형(multivariate probit model)이나 구조방정식이 추정을 위해 사용된다. 국외 실증 연구(Auster et al., 1969; Rosenzweig & Schultz, 1983; Grossman & Joyce, 1990; Mullahy & Portney, 1990; Mullahy & Sindelar, 1996)에서는 내생성을 고려하여 2단계 최소 제곱법(Two-Stage Least Squares, 2SLS) 또는 GMM(Generalized Method of Moments)을 사용하였다(Jones et al., 2013).