건강보험 재정 운영을 발전시키려면 여러 부분을 정비할 필요가 있다. 따라서 건강보험을 재정통제의 범위에 넣는 등의 방법을 통해 건강보험 재정운영을 점검해야 한다.
건강보험 재정 운영의 투명성과 책무성을 제고하기 위해서는 주요 의사결정이 이루어지는 각급단계를 정비하고 건보재정 관련 정보가 생성․유통되는 일련의 과정을 정비하는 것이 필요하다. 그러나 그간 높은 수준의 재량을 활용해왔던 제도 운영주체가 스스로 이러한 개혁을 적극적으로 추진할 것을 기대하기는 어렵다. 따라서 이러한 개혁이 이루어질 수 있도록 건강보험 재정운영 현황을 점검하고 주요 의사결정의 근거를 외부로부터 지속적으로 요구하는 시스템을 마련하는 것이 급선무이다. 이를 위해서는 건강보험을 재정통제의 범위에 편입시키는 것을 검토해볼 수 있다.