일본의 교부세제도는 1940년 지방배부세 제도를 그 시작으로, 1950년 지방재정평형교부금제도로 개편되었다. 그러나 국가재정부담의 증대와 자치단체의 국가재정 의존이 심해져 4년 후 현재의 원형인 지방교부세제도로 변경되어 시행되었다. 지방교부세제도는 국세삼세의 일정비율을 재원으로 충당하게 된다.
일본의 교부세제도는 1940년의 지방배부세 제도를 효시로 하고 있으며 이 제도는 1949년까지 계속되었다. 이 당시의 배분방법은 국세의 일부분을 지방의 과세력에 반비례시킨 부분과 할증인구와 비례된 부분에 의해 배분하는 방식이었으나 불완전한 것이었다. 그 후 1950년 샤프박사를 단장으로 한 점령군 미국의 세제조사단에 의한 세제개혁의 권고에 의해 새롭게 지방재정에 대해 조정기능과 재원보장의 기능을 가진 지방재정평형교부금제도가 만들어졌다. 이 평형교부금제도는 매년도 자치단체의 부족분을 쌓아 그 부족분을 완전히 국가재정으로부터의 교부금으로 보전하는 획기적인 것이었다. 그러나 이러한 제도가 교부금의 증대로 국가재정부담이 점차 커지게 되었고 자치단체측에서도 부족분을 국가에 의존하면 된다는 경향이 생겼기 때문에 불과 4년 만에 폐지가 되었다. 그 후에 지금의 교부세 제도라고 할 수 있는 제도가 1954년에부터 시행되게 되었다. 지방교부세제도는 그 재원으로서 소득세･법인세･주세 등 소위 국세삼세의 일정비율(처음에는 20%)로 충당하는 것으로 하였다.그 후 몇 번의 교부세율의 조정이 있은 후에 1956년의 25%, ’57년 26%, ’62년에 28.9%, ’66년에 32%로 인상되었다. 그 후에 1989년에 국세로서 소비세가 도입되어 그 수입 가운데 20%가 소비양여세로서 지방에 배분되고 또한 나머지 80% 가운데 24%가 지방교부세에 충당되게 하였다. 그 위에 담배세수입전망 25%가 합산된다. 지방교부세는 총액의 94%가 보통교부세로 6%가 특별교부세로 나뉘어져 있으며 보통교부세의 배분에 있어서는 기준재정수요액과 기준재정수입액의 산정이 이루어져 그 차액의 부족분을 보통교부세로 배분하는 것이다.