규제비용총량제는 규제 도입시 기존 규제를 완화 또는 폐지하는 방안을 함께 제출하는 것이 원칙이다. 따라서 기존 규제를 폐지하기 위해서는 부처 내의 대체적인 규제비용 규모를 파악해 부서 간의 협의와 조율을 하는 것이 필요하다.
규제비용총량제 하에서는 규제비용을 증가시키는 규제를 도입하면서 기존 규제를 완화 또는 폐지하는 방안을 함께 제출해서 규제심사를 받는 것을 원칙으로 한다. 이 경우 신설 규제에 대응하는 폐지 규제를 제출하는 기준을 확립해야 한다. 현재는 이 기준을 마련하지 않고 있다. 특정 부처 내에서 신설 규제에 대응하는 폐지 규제를 마련하는 것은 실제적으로 매우 어려운 과제이다. 특정 규제는 특정 부서가 관장하는 데 관련이 없는 다른 부서가 규제를 신설한다고 해서 특정 부서가 자발적으로 관장하는 규제를 폐지할 것으로 기대하기 어렵다. 이는 결국 부처 내에서 전체 규제의 중요성과 대체적인 규제비용 수준을 파악하여 우선 순위를 정하고 협의하면서 조율해야 하는 사안이다. 이상적으로는 특정 부처 내에서 특정 실국 단위에서 관장하는 규제 간에 신설과 폐지를 연동하는 것이 바람직하다.