BOJ-NET의 자금결제방식에는 총액결제방식과 차액결제방식으로 되어있다. BOJ-NET은 2개의 시스템으로 분리되어 있고 각종 주변기기 및 데이터베이스도 이중화되어있다. 단말기는 전용회선과 패킷 교환회선으로 접속된다. 일본은행은 실시각 총액결제방식을 모색함으로써 BOJ-NET의 결제리스크를 줄이고자 한다. 
BOJ-NET의 자금결제방식에는 총액결제방식과 지정시점 차액결제방식의 두 가지가 있는데 참가기관은 자금이체 시 두 가지 방식 중 한 가지 방식을 임의로 선택할 수 있으며, 이중 총액결제방식은 긴급자금이체 및 현금인출 시 주로 이용되고 있어 그 비중이 전체 결제규모의 1%에 불과하다.
  BOJ-NET은 호스트컴퓨터의 처리부담 경감 및 안전성 제고를 위해 2개의 시스템으로 분리되어 있으며 각 시스템에는 호스트컴퓨터와 동형의 백업컴퓨터가 hot stand-by 방식으로 설치되어 총 4대의 호스트컴퓨터가 운영되고 있으며, 통신제어장치 등 각종 주변기기 및 데이터베이스도 이중화되어있다. 단말기는 전용회선과 DDX(Digital Data Exchange) 패킷 교환회선으로 접속할 수 있는데 동경지역은 전용회선, 동경이외의 지역은 DDX 패킷회선으로 접속되어 있다.
  BOJ-NET은 대기거래제도를 채택하지 않고 일중대월을 허용하지 않으므로 당좌계정 잔액이 부족한 경우 외 거래는 자동적으로 거부된다. 일본은행은 최근 BOJ-NET의 결제리스크를 감축하기 위하여 금융시장의 거액자금 결제를 지정시점 차액결제방식에서 실시각 총액결제방식으로 전환하는 방안을 강구중이다.