3국 협력 사무국은 독립기관으로서 기능보다 외교장관회의 허용 범위 내에서 활동할 수 밖에 없어 자율성이 제약되어 있다. 이런 한계를 극복하기 위해 기능과 권한을 확대, 강화하는 제도적 개선이 필요하다.
특히, 3국 협력 사무국의 자율성은 매우 제약되어 있다. 사무국은 독립기관으로서 기능을 수행하기 보다는 3국 외교장관회의가 허용하는 제한된 범위 내에서 활동할 수밖에 없는 구조적 한계를 가지고 있다. 3국 협력 사무국이 3국 중 특정국에 불리한 결정을 독자적으로 할 가능성을 차단하기 위해 한·중·일 3국은 이를 사전에 방지하기 위해서 사무국에 자율적 권한을 위임하지 않고 있기 때문이다. 3국 협력 사무국을 보다 활성화하기 위해서는 단기적으로는 3국 협력 사무국의 기능과 권한을 확대하는 방향으로 제도적 개선이 필요하다. 장기적으로 3국 협력 사무국이 3국 정상회의의 실질적 준비기관으로서 자리매김하도록 보다 자율성을 보장하고, 3국 간 조정기능을 강화하는 방향으로 제도화할 필요가 있다.