예비타당성평가를 위해서는 국민경제적 파급효과와 투자 적합성 분석으로 비용-편익분석을 활용해야 하지만 적합하지 않을 시 비용-효과분석을 실시할 수 있다.
상기에서 언급한 바와 같이 예비타당성평가를 위한 경제성 분석은 조사 대상사업(제도)을 추진할 경우 예상되는 국민경제적 파급효과와 투자의 적합성을 분석하는 핵심적인 조사과정으로서 비용-편익분석(cost-benefit analysis)을 기본적 방법론으로 제시하고 있으나, 비용-편익분석이 적합하지 않다고 판단될 경우에는 비용-효과분석을 실시할 수 있다. 이와 관련하여 비용-효과분석을 위해서는 제도 시행에 따른 행태 변화를 추정하여 예상되는 효과를 산정하고, 예상 조세특례규모와 해당 제도의 운용에 필요한 모든 경비를 합하여 비용을 산정한다.