정성적 요소를 강화한 대학 평가를 통해 정원감축과 재정지원감축을 이끌어내고, 결국 대학구조조정이 이루어진다면 교육부의 재량이 지나치게 커질 뿐만 아니라 대학의 유인구조를 왜곡하는 문제가 생길 수 있다.
그간 정부는 국립대학 구조조정계획(1998), 대학구조개혁방안(2004), 대학특성화 추진방안(2005), 대학정보공시제(2008) 등의 사업을 통하여 대학 구조조정을 위해 노력해 왔다. 하지만 뚜렷한 성과는 드문 것으로 평가된다. 최근 교육부가 학령인구 감소를 이유로 부실대학 퇴출에 대한 의지를 표방하고 있다. 하지만 현재의 대학구조조정정책은 결국 전체 대학의 정원 축소로 귀결될 것으로 보인다. 물론 평가에 따라 대학별로 약간씩의 차이는 있겠지만 전반적인 정원감축을 목표하고 있는 듯하다. 그리고 현재의 평가 구조는 정성적 요소를 대폭 강화한 대학평가를 기준으로 정원감축과 재정 지원 감축을 통한 대학구조조정이 핵심적인 것으로 사료된다. 이는 교육부의 재량을 지나치게 크게 할 뿐만 아니라 대학의 유인구조를 왜곡하는 문제점을 지니고 있는 것으로 보인다.