안내서를 적용해 건강도시 운영 사업을 발굴하고 종합적으로 검토해 추진할 수 있는 주무부처 또는 범부처 조직을 마련해야 한다. 또한 총괄부서의 통합적은 관리로 정책을 일괄 입안해 시행될 수 있도록 운영해야 한다.
한편, 실제 이 안내서를 적용하여 사업을 발굴하고 추진할 수 있는 조직마련이 시급하다. 시민의 건강증진 및 안전을 위해 도시의 물리적 환경을 개선하는 다양한 정책 및 사업이 국토교통부, 문화체육관광부, 국민안전처 등에서 개별적으로 움직이고 있으므로 건강도시 운영과 관련한 주무부처 또는 범부처 조직 마련이 필요할 것이며, 국토교통부 및 타 정부부처의 건강도시 관련 정책을 종합적으로 검토하여 연계방안 및 대안적 접근방안 검토가 필요하다. 또한 지자체에서 추진하는 건강도시사업과 정부부처의 각종 공모사업, 계획 등과의 연계방안 검토가 이뤄져야 할 것이다. 지자체에서도 건강도시 조성을 위해 보건부서 및 도시계획 부서에 한정하여 관련사업 등을 담당하는 것이 아니라 총괄부서의 통합적인 관리 하에 정책을 일괄 입안하여 실과별로 시행할 수 있도록 운영되어야 할 것이다.