남북합의서에 의한 산림협력사업을 추진할 때 분쟁을 해결하기 위해서는 공동위원회 또는 남북한 당국간 회담으로 해결한다고 정한 규정을 참고한다. 많은 남북합의서는 “남북 장관급회담 , 위원회 또는 그가 정하는 기관에서 협의하여 해결한다” 고 규정하고 있다.
남북합의서가 제대로 이행되기 위해서는 그 이행과정에서 발생하는 분쟁을 해결하는 합리적인 장치가 마련되어야 한다. 이 합의서에서 규정하는 산림협력사업을 추진함에 있어서는 이 합의서의 해석과 적용에 있어서 남북한 사이에 분쟁이 발생할 수 있다. 이를 해결하기 위한 제도적 장치로서는 이 합의서에 의해 구성되는 공동위원회에서 해결하는 방안, 남북한 당국간 회담으로 해결한다고 규정하는 방안을 고려할 수 있다. ‘남북 사이의 투자보장에 관한 합의서’ 등을 비롯한 대부분의 남북합의서는 “남북 장관급회담 또는 그가 정하는 기관에서 협의하여 해결한다”, “남북경제협력추진위원회 또는 그가 위임하는 기관에서 협의하여 해결한다”고 규정하고 있다. 한편, ‘대한민국과 동남아시아 국가연합 회원국 정부간의 산림협력에 관한 협정’은 “협정 규정의 해석, 이행 및 적용에 관하여 당사자들 간 이견이나 분쟁이 있을 경우에는 제3자 또는 국제재판소에 맡기지 아니하고 당사자들 간 외교 경로를 통해 상호협의 및 교섭을 통해 우호적으로 해결한다”고 규정하고 있다.