브라질, 페루 등 일본계 정주외국인이 감소하는 이유는 일본 경기침체의 지속 및 출신국 경제의 성장에 따른 귀국러시가 원인이다. 또한 그들에 대한 차별과 편견도 영향을 미쳤다.
일본계 정주외국인의 다수를 차지하고 있는 브라질 국적자는 2007년 316,967명으로 가장 많았고 2015년 6월에는 174,330명으로 크게 감소하였다. 또한 동시기 페루 국적자도 59,696명에서 48,031명으로 감소하는 등 전체적으로 일본계 정주외국인이 감소하고 있는 경향이 강하게 나타나고 있다. 이러한 감소의 이유로는 2008년 가을 이후의 경제위기에 따라 일본 경기침체가 지속된 점과 브라질 등 출신국 경제가 어느 정도 성장함에 따라 일본에서의 생활을 단념한 자가 상당수 귀국한 것이 원인으로 분석되고 있다. 또한 일본계 정주외국인에 대한 차별과 편견도 일본계 정주외국인이 감소하고 있는 원인 중 하나라고 할 수 있다.