탄도미사일은 탄두의 크기로 일반 포체계에 비해 파괴력이 크다. 탄두의 크기뿐 아니라 탄도미사일 속도에 의해 파괴력이 배가 될 수 있다. 또한 탄두에 핵 및 생화학물질을 탑재할 경우 위협은 보다 심각해진다.
탄도미사일의 파괴력은 탄두의 크기와 탄두 특성에 달려있다. 핵무기를 투발하기 위해서는 일반적으로 최소 1,100파운드, 약 500kg의 탄두 크기를 가져야 한다. 대부분의 제3세계 국가들이 개발하고 있는 탄도미사일은 약 1,100~2,200파운드의 탄두 크기를 갖고 있다. 이러한 탄두 크기는 대부분 220파운드 이내의 탄두를 갖고 있는 포체계에 비해 막강한 파괴력을 제공한다. 그러나 전투기의 경우 대부분 약 3,000~20,000파운드의 폭탄을 장착할 수 있기 때문에 탄도미사일보다 이점을 갖고 있다. 그러나 탄도미사일은 탄두의 크기뿐만 아니라 미사일의 속도에 의해 보다 심대한 파괴력을 가할 수 있다. 스커드 미사일은 약 음속의 3배로 표적을 타격하기 때문에 비행 중 연소되지 않은 연료와 미사일 동체의 폭발 등으로 인해 파괴력을 배가할 수 있다. 또한 탄두에 핵 및 화생무기를 탑재할 경우 대량파괴 및 대량살상무기로 위협은 보다 심각해질 수 있다. 재래식 탄두 역시 고폭탄 이외에도 많은 자탄을 사용하여 파괴력을 강화할 수 있으며, 벙커 등을 파괴하기 위한 특수 목적용 탄두를 사용할 수 있다.