형평성과 효과성은 재원이 한정적일 때 적용되는 기준으로 때때로 상호 충돌하지만 복지성 사업에서는 형평성이, 투자성 사업에서는 효과성이 주로 선호된다.
형평성과 효과성은 주로 대상자 중복에 적용되는 기준으로, 이는 기본적으로 수요에 비해 공급이 부족한 상황에서 작동한다. 즉 재원 등이 한정된 상황에서는 가급적 공평하고 효과적으로 지원이 이루어져야 한다는 것이다. 형평성과 효과성 기준은 종종 상호 충돌하기도 한다. 예를 들어, 중소기업 정책금융의 중복지원의 경우 형평성 기준에서는 문제가 생길 수 있지만, 경쟁력 있는 기업에게 지원을 집중하는 것이 더 효과적이라는 기준에서 보면 바람직하기까지 하다. 통상 복지성 사업에는 형평성 기준이 선호되고, 투자성 사업에서는 효과성 기준이 선호된다.