중견연구자 지원 예산 증가에 따라 논문과 특허 등 양적 성과는 증가했지만 예산 투입 대비 논문의 질적 수준은 감소하고 있다.
둘째, 예산의 증가에 따라 양적 성과는 증가하고 있으나, 논문의 질적 수준을 고려한 투자 대비 성과는 오히려 감소하고 있다. 2009년부터 2013년까지 중견연구자지원 사업의 예산은 연평균 10.6%로 증가하였으며, 지원 과제수는 연평균 7.0% 증가하였다. 투입의 증가에 따라 논문과 특허 등 성과도 증가하고 있는데 SCI 논문은 연평균 5.0%, 비SCI 논문은 연평균 4.4% 증가하였다. 국내특허등록은 연평균 25.3%, 국외 특허등록은 연평균 22.9% 증가하였다. 그러나 논문의 질적 수준을 고려한 성과는 오히려 연평균 4.1% 감소하고 있다.