검찰의 전문성 강화로 형사처벌에 대한 실효성을 얻을 수 있는데, 이는 전문부서의 설치로 가능하다. 전문부서의 설치는 현재 서울중앙지방검찰청에만 존재하며 나머지 검찰청에는 존재하지 않아 증거 확보, 전문성 부족 문제 등이 존재한다. 더불어 전속고발제도의 폐지는 일반인들의 고소를 유발할 수도 있기에, 유관기관에서의 조력을 제공받고 전문적 지식을 교육시키는 것으로 이를 해결할 수 있다. 
따라서, 검찰의 전문성 강화를 통하여 중대한 위법행위에 대해 형사처벌을 강화하고 이를 통하여 공정거래법의 실효성을 확보할 필요가 있고, 이를 위하여는 공정거래법 위반사건을 전담할 검찰 내 전문부서의 설치가 필요하다. 앞서 살펴본 바와 같이 그 동안 일반 형사부에서 다른 형사사건과 함께 공정거래법 위반사건을 처리하고 있어 수사의 전문성과 신속성 차원에서 한계가 있어 왔다. 현재 서울중앙지방검찰청에는 공정거래법 위반사건을 담당할 전문부서로 인지부서에 공정거래조세조사부가 설치되어 있으나, 다른 검찰청에는 여전히 일반 형사부 검사들이 다른 형사사건과 함께 사건을 담당하고 있어 전문성을 더욱 강화할 필요가 있다. 특히, 공정거래사범에 대한 수사는 실체적 진실발견을 위한 수사 대상 및 범위가 광범위하고 기업 관련 수사가 많아 그 구성원에 대한 조직적인 증거은닉 및 인멸 우려가 상존하여 증거 확보가 수월하지 않은 어려움이 있어 압수수색 등 특수수사 기법이 동원되어야 하고 다수의 관계인들을 동시 다발적으로 조사하여야 한다는 점에서 인지부서에 공정거래 전담을 설치하는 것이 바람직할 것으로 생각된다. 이와 더불어 앞서 살펴본 바와 같이 국회에 전속고발제도 폐지에 관한 법안이 지속적으로 제출되고 있어 공정거래사범에 대한 일반인의 고소 ‧ 고발이 현실화되는 상황이 올 수도 있다는 상황을 고려한다면 장기적으로는 각 검찰청에 전담 부서를 설치하는 것을 고민할 필요성도 있다고 할 것이다. 또한 검찰 내부 수사인력을 상대로 경제분석 기법 등 공정거래 분야에 관한 꾸준한 교육을 통하여 전문지식을 함양토록 하는 노력이 반드시 필요하다. 다만, 내부 직원들의 전문지식이 충분하게 길러지기 전까지는 ‘조세’ 전담이나 ‘지식재산권’ 전담의 경우와 같이 행정조사 업무를 관장하는 유관기관인 공정위로부터 인적자원을 파견받아 조력을 구하는 방법도 강구할 수 있을 것이다.