형사조정 담당기관은 일과 연관된 조직형태에 따라 책임자가 형사조정 업무만을 맡는 전문화된 기관, 같은 사건에서만 다른 분야의 일을 맡지 않는 부분적으로 전문화된 기관, 같은 사건에서 다른 분야의 일까지 같은 사람이 맡는 통합적인 기관으로 나눌 수 있다.
형사조정 담당기관은 인력투입방식과 관련한 조직형태를 기준으로 ‘전문화된 기관’, ‘부분적으로 전문화된 기관’, ‘통합적인 기관’ 등으로 분류될 수 있다. 전문화된 기관은 전문적인 교육을 받은 형사조정 업무담당자가 다른 직업적 업무를 담당하지 않고 형사조정 업무만을 담당하는 기관을 말하고, 부분적으로 전문화된 기관은 형사조정 업무담당자가 다른 분야의 업무도 담당하지만 동일한 사건에서는 다른 분야의 업무를 담당하지 않는 기관을 말하며, 통합적인 기관은 동일한 사건에서 형사조정 업무와 후견업무 등 다른 분야의 업무를 동일인이 담당하는 기관을 말한다. 또한 형사조정 담당기관의 조직성격은 크게 공공기관과 비영리 목적의 임의 기관으로 분류될 수 있는데, 형사조정제도 시행 초기에는 공공기관의 비중이 더 높았지만, 1990년대 중반부터는 임의기관의 비중이 더 높아졌고, 이후로 이러한 경향이 유지되고 있다. 조직형태의 측면에서 통상 공공기관은 부분적으로 전문화된 기관에 속하고, 임의기관은 전문화된 기관에 속한다. 따라서 이와 같은 전문화 정도의 차이도 임의기관의 비중이 높아진 한 원인으로 볼 수 있다.