한국과 일본의 지적재산권에 관한 협정중 중요 내용은 지적 재산권 보호 강화에 있다. 물론 최빈국을 위하거나 특허권을 예외적으로 제한할 수 있게 한 소수의 조항 등이 있긴 하다. 그리고 특허권자나 출원인에게 불이익을 주는 특허절차법 규정에 가까운 규정도 존재한다. 하지만 한국은 한미 자유무역협정을 통해 국내법에선 이미 지적재산권에 관한 높은 수준의 보호 강화가 이루어져 있는 반면 일본은 국내법에 존재하지 않는다.
협정에서 주목할 만한 내용들은 거의 예외 없이 지적재산권을 기존 다른 규범들의 보호 수준보다 강화하는 조항들이다. 예외를 찾자면, 도하선언의 취지를 쫓아 에이즈 등과 같이 최빈국(最貧國)들 국민들 다수의 건강을 위협하는 질병을 치료하는데 이용할 목적으로 특정 국가에서 그 최빈국에 공급하기 위해 의약특허권을 강제로 제한하여 의약품생산을 할 수 있도록 허용한 합의를 재차 확인한 조항, 혹은 특허권자의 합법적 이익을 해하지 않고 특허권의 통상적인 이용을 불합리하게 저해하지 않는 범위 내에서 특허권을 예외적으로 제한할 수 있다는 취지의 조항, 복제의약품의 신속한 시장진입을 촉진할 목적으로 시판 허가 등을 포함하여 행정적 요건구비를 위한 자료 제출을 위해서라면 특허존속기간 중에도 타인의 특허발명을 실시할 수 있도록 허용하는 예외31) 등 비교적 소수의 조항들뿐이다. 그런 조항들과 달리, 특허 출원된 발명이 구체적이고 실질적인 유용성(specific and substantial utility)을 갖추어야 한다든지, 모든 출원의 내용은 출원일로부터 18개월 이후에는 의무적으로 공개하여야한다든지 하는 규정들도 분명특허권자나 출원인에게 일면 불이익을 주지만 이것들은 특허권의 강화 혹은 약화개하여야한다든지 하는 규정들도 분명특허권자나 출원인에게 일면 불이익을 주지만 이것들은 특허권의 강화 혹은 약화제한)에 직접 관련 있는 조항이라기보다 특허절차법 규정에 가깝다고 본다. 어쨌든 아이러니컬한 사실은, 이번 협정에서 지적 재산권 강화를 염두에 두고 검토되는 있는 조항들이 (최소한 아직은) 한국보다 선진국이라고 할 수 있는 일본 국내법에서는 찾아보기 힘든 것들이지만 이미 한국 국내법에는 거의 모두 존재한다는 점이다. 가장 큰 원인은 이번 협정에서의 그런 조항들이 거의 한결같이 미국의 국내법에서 비롯된 것들인데, 한국은 이미 한미 자유무역협정을 통하여 미국의 관련 조항에 따른높은 보호수준을 한국의 법제에도 수용하였기 때문이다.