계획을 담당하는 소관기관과 수립주체가 일치하지 않은 계획이 전체의 약 9%에 해당하는데, 계획의 명확한 주체가 없을 경우 분석평가를 추진하는 과정에 혼란이 생길 수 있다.
둘째, 계획을 담당하는 소관 기관과 수립 주체가 일치하는 계획도 있지만 그렇지 않은 계획도 상당 수 있는 것으로 파악되었다. 총 437개 법정 중장기 계획 중에서 41개(9.4%)가 이에 해당되는 것으로 나타났다. 이런 경우 누가 분석평가의 주체가 되는 것이 적절한가. 그리고 여성가족부와의 행정 추진체계뿐 아니라 평가수행기관 내에서 추진체계를 어떻게 하는 것이 적절한가. 분석평가서 작성 주체와 개선반영 책임은 누구로 해야 할 것인가. 이 모든 사안들이 명확한 지침이 없으면 분석평가를 추진하는 과정에서 혼란을 일으킬 수 있다. 예를 들어 『사행산업통합감독 종합계획』은 문화체육관광부가 소관하고 있으나 계획 수립 주체는 사행산업통합위원회이고, 『문화유산 및 자연환경자산의 취득 및 보전·관리를 위한 장기적인 계획』은 환경부와 문화재청이 공동으로 소관하고 있는데 계획수립 주체는 국민신탁법인이다.