이러한 구조에서의 문제는 원천정보의 권한과 관리주체가 불명확하다는 점이다. 원천정보의 권환과 관리주체가 명확해야 이로 만들어진 정보를 활용하고 행정업무에 적용시킬 수 있기 떄문이다. 현재는 주체가 명확하지 않으며 결국 행정정보 어느 부분에서도 주도권을 갖고 정책을 추진하기 어려운 문제를 가지며, 이런 이유로 각기 유사한 서비스나 시스템을 경쟁적으로 개발하기도 한다.
이러한 구조에서 발생할 수 있는 문제점은 원천정보의 권한과 관리주체가 불명확하다는 점이다. 관리권한과 주체의 문제는 시스템과 서비스의 효율적 운영을 위하여 가장 기초적인 사항의 것이다. 행정공간정보시스템에서 정보를 활용하고 나아가 민간에게 제공하기 위해서는 행정업무에서 활용이 되는 공간정보의 생성 및 관리의 주체를 제도적으로 명확하게 하고 권한을 부여하여야 한다. 국가공간정보의 경우 정보생성기관을 관리기관으로 통칭하고, 국토교통부장관과 공통으로 통합체계를 구축·운영할 수 있도록 하며, 국토교통부장관에게 정보 제공요청권을 부여하고 있다. 이러한 권한을 바탕으로 관리기관이 생성한 정보를 중앙으로 집중하여 활용가능성을 높이고, 국가공간정보센터를 통해 정보를 대국민에게도 개방할 수 있는 근거를 마련하고 있다. 별도의 제도적 근거와 정책체계화를 이루고 있지 못하는 현재의 행정공간정보체계에서는 주무부처인 행정자치부가 공간정보나 행정정보 어느 부분에서도 주도권을 가지고 정책을 추진하기가 어려운 구조적 문제를 가지고 있다. 이런 이유로 개별 부처나 지자체가 각기 유사·중복된 서비스나 시스템을 경쟁적으로 개발하기도 한다. 예컨대 부산광역시는 기본배경지도에 토지지적도 데이터 정보를 비롯하여 생활편의시설과 문화재 및 관광정보의 지도서비스를 제공하고 있으며, 인천광역시는 각종 시설과 대중교통 등의 생활정보의 위치 및 지도검색이 가능한 서비스를 제공하고 있다.