북한 내 조사와 프로그램 기간 관련 협상은 난관에 부딪쳤다. 2005년, 미 국방부는 핵 개발을 염두에 등 성명 등의 이유로 합동현장활동을 전부 중단했다.
그러나 북한 내에서의 조사와 그 프로그램 기간에 관련된 협상은 어려움에 봉착했다. 2005년 5월 25일 미국 국방부는 “북한이 6자회담에 참여하기를 꺼려하여 생긴 불확실한 환경”, 핵무기 개발을 염두에 둔 성명, NPT 탈퇴, 미국 조사단 구성원들의 안전에 대한 우려 등을 이유로 모든 합동현장활동(JFAs)을 중단할 것이라고 발표했다. 이는 핵무기 개발을 염두에 둔 공식적인 성명이 포함되었다. 1996년부터 2005년 사이에 국방부의 전쟁포로 및 실종자 담당처(DPMO)는 북한군에게 의심 유해를 발굴하는 데 도움을 준 대가로 2천만 달러를 지급했다.