6호처분 시설은 시설 부족으로 인한 기존 시설의 대형화, 운영자와 위탁소년의 상호 이해 부족, 폐쇄적 운영, 전문성 및 교육내용 부족 등의 문제점이 있다.
6호처분 시설 부족으로 기존 시설에 대한 집중화가 심화되면서 7개의 아동보호치료 시설이 대형화되었다. 대전 효광원의 경우 위탁인원이 150명에 이를 정도로 대형화되어 있다. 시설운영자와 위탁소년의 상호이해 부족으로 인해 관계 형성 및 교정교육 기회를 갖기 어렵고, 대형인원 위주로 하다 보니, 수용 중심의 폐쇄적 운영을 하고 있어 중간처우로서의 성격을 잃어가고 있다. 6호처분 기관의 대부분은 종교단체에서 운영하는 관계로 위탁소년에 대한 비행성 교정을 위한 전문인력과 프로그램을 갖추고 있지 않은 상태이다. 종교단체 종사자의 자원봉사에 의존하는 교육 위주여서 6호처분 대상소년의 수요와 교정교육에 필요한 교육내용이 부족한 실정이다.