국가 R&D 사업은 과학기술기본법 및 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정이 있으며, 이것이 사업 실시의 근거법령이다. 과학기술에 관한 법률 제정 및 개정은 기본법의 목적과 기본이념에 맞아야 한다.
국가 R&D 사업의 실시 근거는 과학기술기본법 및 그 위임을 받은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 에 있으며, 이 법령은 국가 연구개발사업 전반에 대한 정의 기획 평가 및 관리 등에 관한 기본적인 사항을 규정함으로써 국가 R&D 사업 실시의 근거법령으로서 역할을 하고 있다. 따라서 과학기술기본법 제3조(다른 법률과의 관계)에서 나타나고 있는 바와 같이 과학기술에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정할 때(예, 국가통합교통체계효율화법),기본법의 목적과 기본이념에 맞도록 규정하여야 한다. 또한, 각 소관부처 연구개발 관련 계획수립 및 집행 시(예, 국가교통기술개발계획) 기본법에서 규정하고 있는 기본방향과 사항(예, 기술 및 사업분류계)에 맞도록 추진하여야 한다.