감사원은 2014년부터 2년간 통일희망나무 묘목의 식재 및 관리 상태를 조사하였다. 그 중 일부 묘목은 부적합한 환경에 식재되어 약 27%가 고사했다고 알려진다.
그리고 감사원 감사기간 (2017. 6. 26. ~ 7. 14.) 중 2014년부터 2016년까지 통일희망나무 503만여 주 중 묘목 163만여 주(93억여 원)의 식재 및 관리 상태를 확인한 결과 한국도로공사 음성제천 사업단은 평택제천고속도로 비탈면에 2014. 1. 15. 소나무 묘목 17,700주를 식재(2,020만 원)하였으나 토양이 불량하여 전량이 고사하는 등 아래 사례와 같이 한국도로공사는 비탈면, 수분 부족 등 묘목을 식재하기 부적합한 곳에 묘목을 식재하여 채산성 한계 고사율인 10% 보다 높은 27.3%인 44만여 주(10억여 원)가 고사한 것으로 나타났다.