경영실적 부진으로 이익잉여금이 결손을 내타내는 공공기관의 결손금은 국가 재정의 부담으로 이어질 가능성이 높아 수익성 개선을 위한 대책 마련이 시급하다. 
또한, 2014년 기준으로 대한석탄공사, 한국광물자원공사, 신용보증기금, 기술신 용보증기금, 중소기업진흥공단, 한국무역보험공사는 이익잉여금(기금의 경우 적립금 및 잉여금)이 결손을 나타내고 있다. 또한, 대한석탄공사와 신용보증기금, 기술신용 보증기금의 경우  2013년, 2014년 연속으로 당기순손실 또는 재정운영결과 손실을 나타내고 있다. 이들 기관에서 발생한 결손금은 향후 경영실적 개선 등을 통해 각 기관들이 스스로 보전하지  않는 한 결국 장래 국가재정의 부담으로 이어질 가능성 이  높다. 따라서 지속적으로 경영실적이 부진한 손실보전 공공기관의 경우 수익성 개선을 위한 적극적인 방안 마련이 필요하다.