통상적으로 정책수단 분석에는 자료에 기반한 통계분석방법이 활용되나, 정책으로서의 규제비용관리제에 대한 자료가 부족하고 규제비용관리제의 구성요소가 각종 정책수단과 그 성격에 따라 상이하기 때문에 본 연구는 일반적인 정책수단 효과분석과 동일하게 이루어질 수 없다.
정책수단으로서 규제비용관리제의 구성요소들에 대한 분석을 위한 방법은 규제비용관리제 매뉴얼 등 관련자료에 대한 질적분석과 담당공무원 및 전문가 인터뷰, 유사 해외사례를 통해 이루어진다. 앞서 제시한 정책효과평가를 위한 일반적인 분석틀에서 제시하였듯이 정책효과에 미치는 영향요인으로서 정책수단을 분석하는 가장 일반적인 방법은 풍부한 자료를 바탕으로 한 통계분석방법이다. 그러나 본 연구는 일반적인 정책수단의 효과분석과 동일하게 이루어질 수 없는 한계를 지닌다. 첫째는 정책으로서의 규제비용관리제에 대한 자료가 부족하며, 둘째는 규제비용관리제의 구성요소가 정책목표달성을 위한 다양한 정책수단과 그 성격상 다르기 때문이다. 정책수단의 경우 계량화를 통해 효과적인 정책수단과 비효과적인 정책수단으로 구분이 가능하고 경우에 따라서는 과감히 폐지하는 방안을 제시할 수도 있지만 규제비용관리제의 구성요소는 정책목표 달성을 위한 필수적인 수단으로서 사실상 각각의 요소들이 규제비용관리제의 효과에 미치는 영향요인을 계량화하여 측정할 수는 없다. 다만 어떠한 문제점이 있는지 규제비용관리제의 효과성제고를 위해서는 어떻게 개선되어야하는지 질적 분석만이 가능하다는 한계가 있다.