숙의 민주주의는 대의 민주주의의 한계를 보완하기 위해 고안되었으나, 일반 시민이 파트너로 참여하기 어려운 것과 실무추진위원회의 응답이 미흡한 점 등의 문제 때문에 엘리트 중심 대의민주제의 한계를 답습했다는 비판을 받고 있다.
숙의 민주주의는 소수의견을 수렴하여 대의 민주주의의 빛과 소금의 역할을 해줄 수 있는 기제로 고안되었다. 숙의의 마당으로써 센터 실무추진위원회는 똑똑한 전문가 시민, IT전문가, 관계공무원이 파트너로 참여하여 새 거버넌스의 효율성과 정당성을 달성하는 대화와 토론, 합의의 마당으로 설계하고 그 운용을 시도하고 있다. 그 결과 숙의 민주주의에 대한 회의적 시각이 주장하는 대로 많은 문제점이 나타나고 있다. 통합관제팀이 ICT, IOT, 빅데이터 기반으로 설계되고 기술적 전문가 중심으로 실무 위원회를 운영할 수밖에 없다보니 참여자가 설계도상에만 개방되어 있지 전문성이 없거나 부족한 다양한 시민이 파트너로 참여할 길이 좁기만 하다. 대표성을 위해 설령 참여자가 된다 하더라도 토론과정에 자기의 의사를 반영시킬 수가 없는 것이다. 숙의의 마당에 참여도 토론도 끼어들 틈이 없는 결과를 초래하니 결국 소수 엘리트 중심의 대의민주제의 한계를 그대로 답습하는 것이 아니냐는 것이다. 실무운영위를 실제 운영해 보니 전문식견이 있고 말솜씨가 뛰어나거나 자기주장이 강한 위원의 뜻대로 합의가 도출되는 경우가 많았다. 일반 대중 개개인의 안전 문제에 대해 구체적 처방을 센터의 운영이 담아내야 하는데 이에 대한 응답이 미흡하다는 것이다. 대의제도가 ‘엘리트에 의한 엘리트를 위한 엘리트의 제도’로 흘러가는 실제를 극복하기 위한 숙의 민주주의를 실천하려는 센터의 실무추진위원회가 또 다른 엘리트의 제도 이상도 이하도 아니지 않느냐, 그렇다면 또 하나의 기관 창설에 불과한 것 아니냐는 비판적 시각에 직면하고 있다.