자동차세 연납 제도는 체납율 높은 자동차세 징수율 제고라는 도입 목적과 달리 오히려 지자체의 세수를 감소시키고, 고급 차일수록 공제액이 크다는 문제가 있다. 이에 정부는 납세자 간 형평성을 고려해 제도를 폐지해갈 예정이다.
자동차세 연납 제도(자동차세 연세액을 일시납부하는 경우, 연세액의 10% 공제)는 고금리 시대인 1994년에 체납율이 높은 자동차세의 징수율 제고를 위해 도입되었으나, 실질적으로 연납율과 자동차세 징수율과는 상관관계가 미미할 뿐만 아니라, 최근 저금리 기조로 연납 제도 신청자가 급증, 오히려 지자체의 세수감소를 가져오고 연납 제도에 따른 공제비용이 결국 다른 지방세 납세자들에게로 전가되는 결과를 초래하고 있다. 또한, 고급 차일수록 공제액이 더 커 부자지원 제도라는 문제 제기도 있어 왔다. 이에 정부는 타 지방세 등에는 없는 특수한 제도인 자동차세 연납 제도를 타 세목 납세자 및 연납을 신청하지 않는 납세자와의 형평성 등을 고려하여 폐지하는 방안을 추진하였다. 다만, 일시 폐지로 인한 기존 연납 제도 신청자들의 혼란 등을 방지하기 위하여 연차적으로 연납 제도를 축소, 폐지해 나갈 계획이다.