의료행위가 상해죄 등의 구성요건해당성이 부인되는가 또는 구성요건해당성 전제로 위법성조각이 되는지 논란이 있다. 구성요건해당성 부인론은 성공한 치료는 상해의 결과도 없고 실패한 치료라도 고의, 과실 없음을 이유로 한다. 위법성조각론은 환자 신체 침해의 고의는 있지만 치료 목적 업무행위이므로 위법성이 조각됨을 이유로 한다. 원칙은 구성요건해당성이 부인되지만, 치료 종류에 따라 위법성조각으로 보는 이원설도 있다.
의사의 환자에 대한 의료행위는 기본적으로 신체에 대한 침습행위를 전제로 하고 있다. 이러한 침습행위의 특성 때문에 특히 상해죄 및 업무상과실치상죄와 관련하여 성공한 의료행위는 구성요건해당성이 부인되는가 아니면 구성요건 해당성을 전제로 위법성조각사유에 해당하는지를 판단해야 하는가에 대한 논란이 있다. 이에 대한 논의를 살펴보면, 우선 구성요건해당성을 부정하는 견해는 의사의 치료행위를 실질적ㆍ전체적으로 파악하여 환자의 건강을 회복시킨 성공한 치료행위는 상해의 고의가 결여되어 있으며 상해라는 결과도 없으므로 상해죄의 구성요건에 해당할 수 없고, 실패한 치료행위라고 할지라도 객관적인 의술법칙에 따라 행하여 졌다면 고의 또는 과실이 부정되므로 상해죄나 업무상과실치사상죄의 구성요건해당성이 부정된다는 견해이다. 다음은 의료행위는 치료의 목적이기는 하지만 신체를 침해한다는 인식과 의사, 즉 고의를 가지고 타인의 신체에 상해를 가하는 것으로서 상해죄의 구성요건 해당성은 인정되지만 제20조의 업무로 인한 행위, 즉 의사의 업무로 인한 행위로서 위법성이 조각된다고 해석하는 견해가 있다. 그리고 피해자의 승낙으로 위법성이 조각된다는 견해는 환자보호를 위해 의사의 의료행위는 환자중심적 사고에서 파악하여야 하고 환자의 동의가 있어도 그 동의의 형법적 의미는 구성요건해당성이 배제되는 양해가 아니라 위법성이 조각되는 피해자 승낙으로 이해해야 된다는 것이다. 마지막으로 의사의 치료행위 및 수술행위는 원칙적으로 상해죄의 구성요건해당성이 인정되지 않지만, 치료 및 수술의 종류에 따라서 종래 상태와 비교하여 신체의 생리적 기능이 훼손되었다고 볼 수 있는 경우에는 구성요건해당성은 인정되지만 위법성이 조각된다고 보는 이원설이 있다.