대학입시제도 개편이라는 주제를 논의 주제로 택한 것이 적절한지에 대한 논쟁이 벌어졌다. 신고리 공론화 실험 때도 비슷한 맥락의 현상이 일어났 듯이 이는 숙의민주주의 발현의 공통된 현상이다. 앞으로는 숙의민주주의적 의사결정 전에 논쟁 여지가 없는지 충분히 검토할 필요가 있다.
또한, 다수의 참가자들이 첨예한 이해관계가 걸려있고 복잡한 제도적 이슈인 대학입시제도 개편 등 당면한 현안을 의제로 채택한 것이 적절하고 바람직한가에 대한 의문을 표하였다. 오히려 미래 교육의 방향과 철학 등 보다 중장기적이고, 미래지향적인 의제설정이 필요하지 않았는가라는 바람과 아쉬움의 토로는 향후 유사한 시민 숙의 기반 정책결정의 설계 과정에서 중요하게 고려할 대목으로 판단된다. 물론 신고리 공론화 실험 과정에서도 원자력에너지정책 및 원자력발전소 건설과 같은 전문적이고 복잡하며 첨예한 현안 이슈를 시민 숙의 실험에 부의하는 것이 적절한가에 대한 많은 논쟁이 벌어졌듯이, 위와 같은 문제제기는 전국적 수준의 숙의민주주의 실행 과정에서 공통되게 제기될 수 있는 문제라고 할 수 있다. 그러나 교육정책 또는 교육 관련 의제에 대한 갑작스런 숙의민주적 의사결정 방식의 도입에 앞서 이러한 문제가 충분히 검토, 숙고되었는지는 불명확한 채로 남아있으며, 향후 유사한 정책 실험 등의 설계 과정에서 충분한 논의가 이루어질 필요가 있을 것이다.