행정기관에 속하는 사회보험 운영주체의 행정조사는 행정조사 기본법이 적용되며 행정작용의 실효성을 거두려는 목적 하에 이루어진다. 따라서 사회보험 운영주체의 조사․점검 등은 자발적인 가입으로 이끌기 위한 목적이 최우선이며 사회보험법령 등에서 정해진 범위에서 실행가능하다.
행정기관이 직무를 수행하는 데 필요한 정보나 자료를 수집하기 위하여 현장조사․문서 열람․시료채취 등을 하거나 조사 대상자에게 보고 요구․자료제출요구 및 출석․진술 요구를 행하는 활동은 행정조사로서 행정조사 기본법의 적용을 받는다(행정조사 기본법 제2조 제1호). 여기서 행정기관은 법령 등에 따라 행정권한이 있는 기관뿐만 아니라 그 권한을 위임 또는 위탁받은 법인․단체 또는 그 기관이나 개인을 말하므로 사회보험 운영주체도 이에 해당한다(행정조사 기본법 제2조 제2호). 사회보험 운영주체에 의한 조사․점검 등의 행정조사는 사회보험법상의 의무이행을 강제하기 위한 것이 아니라 넓은 의미에서 행정작용의 실효성을 확보하기 위한 기능을 갖는 것으로 이해되고 있다. 이는 행정조사의 기본원칙에서 잘 드러나고 있는데, 행정조사는 법령 등의 위반에 대한 처벌보다는 법령 등을 준수하도록 유도하는 데에 중점을 두어야 한다는 원칙이다(행정조사 기본법 제4조 제4항). 이러한 원칙에 따라 사회보험 운영주체의 조사․점검 등은 위반행위의 적발과 이에 따른 제재보다는 자발적인 가입을 유도하는 데 중점을 두고 있다. 사회보험 운영주체는 사회보험법령 등에서 행정조사를 규정하고 있는 경우에 한하여 조사․점검을 실시할 수 있으나, 조사․점검 대상자의 자발적인 협조를 얻어 실시하는 행정조사는 이러한 법적 근거가 없어도 된다(행정조사 기본법 제5조).