네덜란드는 교육의 자율성을 가장 중요하게 여긴다. 국가와 학교는 분리되고,종교나 이념교육까지 각 학교의 재량권으로 주어진다. 네덜란드는 세계시민교육의 전 과정은 전적으로 각급 학교에서 주관한다. 즉,네덜란드는 국제적인 지속가능발전교육(ESD)원칙을 도입하여 친환경 학교,녹색깃발 학교,유네스코 지정 학교 등의 프로그램 자체를 각 학교의 재량권으로 행사한다.
상기하다시피 네덜란드 교육 시스템은 헌법에 의해 보장된 교육의 자유(freedom of education), 즉 학교의 자율성을 가장 중요한 가치로 여기고 있다. 학자들은 그 기원을 기독교 사립학교에 대한 국가 재정 보조 허용을 둘러싸고 일어났던 ‘학교 갈등(de Schoolstrijd)’에서 찾는다. 결과적으로 네덜란드 헌법 제23조에 국가와 학교는 분리되어야 한다는 원칙이 명시되었고 모든 공립·사립학교는 평등하게 정부 보조를 받고 있다. 특정 종교나 이념 교육까지 여전히 각 학교의 재량으로 남아있다. 최근 무슬림 사립학교 교육의 자유와 해당 학교 학생들의 표현·양심의 자유가 충돌하는 사례가 종종 보고되고 있는 것도 이러한 이유 때문이다. 따라서 최소한의 정부 가이드라인을 제외하면, 네덜란드 세계시민교육의 전 과정은 전적으로 각급 학교의 재량에 달려있다고 해도 과언은 아니다. 예를 들면, 네덜란드의 몇몇 초·중등학교는 국제적인 지속가능발전교육(ESD, Education for Sustainable Development) 원칙을 도입하여 친환경 학교(eco-school), 녹색깃발 학교(green-flagschool), 유네스코 지정 학교 등의 프로그램을 자체 시행 중이지만 이것은 각 학교의 재량권 행사이지 정부 차원의 조직적인 방식으로 도입된 것은 아니다(UNESCO, 2011).