1999년 개정을 통해 감사원의 독립성 강화, 감사원장 정년 연장 등의 규정 변화를 가지게 되었다. 또한 평가연구원은 2008년 감사연구원으로 개칭되었으며 이때 개정된 '감사원법'은 지금까지도 그 영향력이 대단하다.
1999년 개정은 헌법기관인 감사원의 독립성을 강화하고 그 위상을 정립하기 위하여 감사원장의 정년을 70세로 연장하였으며(제6조), 감사결과 처분요구의 실효성 확보를 위하여 감사원의 파면요구사항이 징계위원회에서 파면의결되지 아니한 경우, 당해 징계위원회의 직근상급기관에 설치된 징계위원회에 심의 또는 재심의를 요구할 수 있도록 하는 규정을 신설하였다(제32조). 2005년 개정에서는 주요 정책․사업 등의 효율성 분석 및 성과평가와 관련한 감사제도 및 방법 등을 연구․개발하기 위하여 감사원에 평가연구원을 두도록 하고(제19조의4), 감사목적으로 제출받은 개인의 신상정보 등을 보호하도록 하는 규정을 신설하였다 (제27조). 평가연구원의 명칭은 2008년 개정으로 현행의 감사연구원으로 개칭되었다. ｢감사원법｣의 연혁적 특성은 심계원과 감찰위원회의 통합이라는 우리나라의 역사적 특수상황에 강하게 영향을 받으며 탄생했다는 점, 그 이후 수차례 개정과정을 거치면서 헌법정신의 구현 노력과 법치주의적 명확성을 확보하려는 노력에도 불구하고 제정 ｢감사원법｣의 구성과 체제를 크게 벗어나지 못했다는 점으로 요약할 수 있다.