무기계약직으로 전환됨에 따라 비정규직으로서의 보호를 받지 못할 뿐더러 정규직에 비해 차별적 대우를 받는 위치에 처할 수 있으며 이에 대한 개선이 필요하다.
마지막 쟁점은 무기계약직은 정규직으로 간주되기 때문에 기간제법상 차별시정의 대상에서 제외된다는 것이다. 현행 기간제법은 비정규(기간제 또는 시간제) 근로자임을 이유로 “당해 사업 또는 사업장에서 동종 또는 유사한 업무에 종사하는 기간의 정함이 없는 근로자에 비하여 차별적인 처우를 하여서는 아니 된다”는 규정을 두고 있으며, 정규직-비정규직 간 차별시정의 기능은 노동위원회에 맡겨져 있다. 이 규정은 동일하게 기간의 정함이 없는 근로계약을 맺고 있음에도 동종 또는 유사한 업무에 종사하는 (정원내) 정규직-무기계약직 간에 차별적 처우가 빚어질 경우 이를 규율하기 위한 규정은 아니다. 따라서 공공기관을 포함하여 개별 사업장 단위에서 정규직-무기계약직-비정규직 간에 빚어지는 ‘불합리’한 처우 격차를 시정하기 위한 법제 개선이 요구된다. 또한 공공기관에 전반적으로 통용될 수 있는 직무분석 및 직무평가의 툴을 개발하여 보급함으로써 각 기관에서 노사가 자율적으로 해당 기관의 실정에 부합되는 합리적인 임금체계를 정립해 나가도록 지원·유도하는 것도 정부가 적극 나서야 할 중요한 과제 중의 하나라 여겨진다.