정권교체로 인해 직업관료가 정권의 도구로 전락할 가능성이 우려된다. 관료는 지시에 기계적으로 행동하기 보다 정치권력과 어느 정도 불편한 관계가 되어야 한다. 그런데 행정권력에 보복을 하는 것은 관료의 침묵을 낳을 수 있다.
이렇게 정권교체로 인한 갈등과 대응을 정치적 중립의 측면에서 해석할 때 현재 가장 우려되는 바는 직업관료가 정권의 도구로 전락하여 영혼 없는 행동을 할 가능성이다. 관료제가 사익을 추구하며 정치적 통제 밖에서 작동하는 권력체가 되었다는 우려보다는, 정치적 공정성을 판단하는 주체로서 사유하지 않고 지시의 기계적 집행자로 행동할 것이 우려된다. 직업관료는 정치의 도구가 아니라 도구를 든 장인이며 국정과제 실현과정에서 협업해야 할 동반자이다. 정치권력과 행정권력 사이의 관계는 어느 정도 시끄럽고 불편한 관계가 되어야 바람직하다. 이 불편한 관계를 제도화하여 세련되고 안정되게 만들어야 한다. 행정권력의 전문성에 대한 존중 없이 이전 정권이 쓰던 자원으로 취급하고 보복적･징계적인 대우를 하는 것은 위험하며 직업관료제의 분열을 낳고 판단중지와 침묵을 낳을 우려가 크다.