기획재정부는  ｢예산 및 기금운용계획집행지침｣에 의해, 실이자를 반납한다. 시행령 제13조 제1항 의거, 불가피한 이자는 제외하고, 해당치 않아도 사업자의 세입으로 해결케 했다.
그런데 기획재정부는 2010년부터 2017년 현재까지 ｢예산 및 기금운용계획집행지침｣에 보조금을 최초 교부받은 때로부터 정산 후 집행잔액을 반납할 때까지 실제로 발생한 모든 이자를 반납하도록 하고, 보조사업자가 지방자치단체의 장인 경우 보조금법 시행령 제13조 제1항에서 정하는 불가피한 사유로 발생한 이자는 반납대상에서 제외하도록 정하면서 간접보조금으로 인하여 발생한 이자의 경우 보조금법 시행령 제13조 제1항에 해당하지 않는데도 “간접보조금으로 발생한 이자는 보조사업자의 세입으로 처리”하도록 ｢예산 및 기금운용계획 집행 지침｣을 작성·운용함으로써 보조금법 제31조 등의 규정과 배치되는 문제가 발생하였다.