현재 '타당성평가 대행비용(조정안)'제안에 타당성조사제도와의 기능 중복문제, 타당성조사 대행비용과의 조정문제를 내재하고 있다.  문제점을 해소하기 위해서는 교통분야 표준품셈에 대한지속적인 관리 전담조직과  건설기술진흥법에 기반한 타당성조사 대행비용과 동일한 수준으로 운용할 필요가 있다.
본 연구에서는 교통투자평가협회에서 제안한 ‘타당성평가 대행비용(제안안)’을 기존의 ‘타당성조사 대가기준(기존안)’ 비교 검토하고 전문가 설문조사를 통하여 ‘타당성평가 대행비용(조정안)’을 제안하였다. 제안된 ‘타당성평가 대행비용(안)’을 고시함에 앞서, 건설기술진흥법에 의한 타당성조사제도와의 기능 중복문제, ‘건설기술용역 대가 등에 관한 기준’의 타당성조사 대행비용과의 조정문제 등이 내재하고 있다. 국가통합교통체계효율화법에서 ‘타당성평가대행비용(조정안)’을 고시하도록 명시함에 따라, 본 연구에서 새롭게 조정한안(‘타당성평가 대행비용(조정안)’)으로 고시할 것으로 제안한다. 단, 타당성평가의 실효성을 제고하고 국토교통부 내 관련 부서 간의 상충을 해소하기 위해다음의 두 가지 과제가 수행될 필요가 있다. 첫째, 교통분야 표준품셈에 대한지속적인 관리가 필요하다. 전담조직을 구성하여 정기적인 사례조사 및 연구를 통하여 지속적인 관리가 필요하다. 둘째, 건설기술진흥법에 기반한 ‘건설기술용역 대가 등에 관한 기준’ 중 타당성조사 대행비용과 동일한 수준으로 운용할 필요가 있다.