2000년대 등장한 '혁신'은 경제발전으로 인한 불균형해소를 위한 정치적과제로 추진됐다. 중국경제가 하위 저부가가치산업에의 고착우려가 제기되어 자주적 혁신능력 강화를 목표로 '국가 중장기 과학기술발전계획2006-2020'이 추진됐다. 전문정책기구로 국가발전개혁위원회와 상무부가 신설되어 중소기업과 신흥산업육성이 강화됐다.
‘효율’ 이후 ‘혁신’의 문제가 본격적으로 등장한 것은 2000년대 들어서다. 혁신의 문제는 경제발전이 초래한 지역간, 산업간, 계층간의 불균형을 해소해야하는 정치적 과제로부터 비롯되었다. 산업기술 및 과학기술의 대외의존을 축소해야한다는 인식도 확대되었다. 무엇보다 고부가가치 혁신산업의 대부분이 외자기업의 가공무역에 의존하고 있기 때문에 중국경제가 하위 저부가가치 산업에고착될 수 있다는 위기인식이 정치적으로 주목받기 시작했다. 2006년 전면적 소강사회 건설계획이 포함된‘11·5 규획’이 발표되었고 자주적인 혁신능력의 강화를 목표로 하는‘국가 중장기 과학기술 발전계획 2006-2020’이 추진되기시작했다. 정책실행을 위한 정책 기구도 대대적으로 개편되었다. 2009년 거대중앙부처였던 경제무역위원회가 해체되어 국유기업의 감독, 관리, 개혁을 담당하는 국유자산관리위원회와 산업부문별 산업정책, 경제관리 및 규제, 기술혁신및 투자 등을 담당하는 국가발전과개혁위원회(발개위)와 상무부가 신설되었다. 국유기업과 비공유 경제부문의 정책기능이 분화되어 전문화된 경제기구가 등장한 것이다. 정책기구의 개편 이후 중소기업 육성, 신흥산업육성 등을 위한 국가중심 정책기능이 강화되어 왔다.