경계조정은 지방자치단체의 대상지 선정 및 평가가 먼저 이루어지고 이를 바탕으로 시·도지사에게 경계조정이 건의되며 시·도지사는 다시 행정자치부 장관에게 건의하고 장관은 관련 대통령령을 제정하는 과정으로 진행된다. 
경계조정을 하기 위해서는 먼저 다수의 주민들이 원하거나, 그동안 수차례에 걸쳐 진정이나 건의가 들어온 지역, 고속도로나 국도의 신설 또는 수계 변경 등으로 인해 생활권이나 학군이 변동되는 지역, 도시계획 등 지역개발사업과 관련하여 불합리한 지역 등을 지방자치단체에서 조사하여 대상지를 선정하여야 한다. 그다음, 대상지의 지세, 거리, 교통편의, 경계를 획정할 적절한 지형·지물 등에 대한 현지 조사를 실시하고, 양 기초자치단체 간 협의와 해당 지방의회의 의견 수렴을 거쳐 시·도지사에게 경계조정을 건의하면, 시·도지사는 시·도의회의 의견을 청취한 후 행정자치부 장관에게 경계조정 건의를 하게 된다. 행정자치부 장관은 건의 지역에 대한 조정의 필요성 등을 검토하고 경계조정에 관한 대통령령을 제정하게 된다.