1983년 '정부투자기관관리기본법'에 기초한 경영평가제도는 몇차례의 개정을 통해 2007년 '공공기관의 운영에 관한 법률'에 의해 '공기업. 준정부기관 경영평가제도'로 일원화 되었다. 기관의 경영책임성 확보 및 경영개선 도모를 목적으로 하는 기관  경영실적평가, 기관장의 최고 경영자로서의 역할과 리더십의 제고를 목적으로 하는 경영 계약 이행실적평가 등으로 구분하여 경영관리 및 사업관리 측면을 고려하여 종합적으로 시행되고 있다.
우리나라는 1980년대 이후 경제규모가 급격하게 성장함에 따라 공기업 관리에 있어서 많은 문제점이 발생하게 되었고, 새로운 공기업 관리방식에 관한 필요성이 대두되었다. 이에 「정부투자기관예산회계법」과 「정부투자기관관리법」을 통합한 「정부투자기관관리기본법」이 1983년 12월 국회 본회의를 통과하게 되고, 1984년 본격적인 경영평가제도가 시행되게 된다. 이 시기의 평가목적은 정부투자기관의 자율적 책임경영제도를 확립하는 것이었다. 단기적, 장기적 경영평가지표를 구성하여 공공이익 중심의 계량평가와 기업의 성장과 사회적 책임을 강조한 비계량지표로 구성하여 평가를 진행하였다. 이후 2004년부터 2007년까지는 정부투자기관 경영평가제도의 관리체계와 정부산하기관 경영평가제도로 이원화 되었으나, 2007년 4월 시행된 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 의하여 경영평가제도가 「공기업·준정부기관 경영평가제도」로 일원화되었다. 단 2008년부터 2010년까지 기관평가단과 기관장평가단이 이원화되어 있었으나, 2011년 이후에는 모두 일원화되는 과정을 거치게 된다. 현재 경영평가제도는 기관 경영실적 평가, 기관장 경영계약 이행실적 평가 등으로 구분하여 시행되고 있다. 기관 경영실적 평가제도는 공기업·준정부기관의 경영 노력 및 성과를 매년 평가하는 제도로써, 평가 대상기관의 경영책임성 확보 및 경영개선 도모를 목적으로 한다. 기관장 경영계약 이행실적 평가제도는 기관장의 경영계약 이행 노력과 성과를 평가하는 제도로써 최고경영자의 역할 및 기관 현안 과제에 대한 전문 컨설팅 제공 및 피드백을 통해 기관장의 리더십을 높이는 것을 목적으로 한다. 경영실적 평가는 경영관리 측면에서 경영전략 및 사회공헌, 업무효율성, 조직 및 인적자원관리, 재무예산관리, 보수 및 복리후생관리 등을 평가하고, 사업관리 측면에서는 기관의 주요 사업의 계획 및 활동, 성과를 종합적으로 평가하고 있다.