혁신연구자들은 네트워크와 제도를 통해 만들어졌다는 것으로 그것을 유기적 시스템으로 이해하고자 하였다. 혁신은 없는 것으로부터 만들어지는 것이 아니라 국가, 지역, 부문의 제도에서 만들어진 상호적 경험으로부터의 결과라는 것이다. 따라서 혁신체계의 목표는 구체적인 맥락에서 일어날 학습역량의 강화와 그리고 이에 대한 대응책을 만드는데에 있다. 
이후 혁신연구자들은 혁신이 공공과 민간영역의 연구자와 기업가들 사이의 협력과 상호학습, 자원공유 등을 통한 네트워크와 제도를 통해 달성되었다는 점을 바탕으로 이를 하나의 시스템으로 이해하고자 하였다(Touzard et al, 2015). 혁신은 무(無)에서 창조되는 것이 아닌 특정한 국가, 지역 혹은 부문(sector)의 제도 내에 배태된 조직 간 상호학습의 결과라는 것이다(Lundvall et al, 2011). 특히 Freeman(1987)은 1970년대 일본의 경제발전을 탐구하면서 국가 단위에서의 혁신창출과정을 국가 연구 및 혁신정책을 통한 시스템으로 간주함으로써 ‘국가혁신체계(National Innovation System, NIS)’로 정의하였다. 일본의 경제발전은 혁신연구에서 매우 중요한 전환점이었다. 미국에 비해 일본은 연구개발 인력이나 투자규모가 훨씬 작았음에도 불구하고 미국에 비해 기술혁신 성과가 매우 높았기 때문이다(홍사균, 2004). 자본과 노동 투입으로는 설명되지 않는 혁신성과의 원인을 이해하기 위해 제도의 중요성이 강조되었다. 이후 Nelson(1993)과 Lundvall(1992)은 Freeman의 개념을 보다 확장하여 모든 제도들과 연구와 지식확산을 수행하는 행위자 등을 포함하여 더욱 넓은 형태의 시스템으로 확장하였다. 기존의 기술발전에 대한 이론과 달리 제도를 강조한 혁신체계의 문제의식은 수요와 공급과 같은 신고전파의 경제학적 용어로 설명되지 않는 제 3의 요소들을 분석틀 내로 끌어들이기 위함이었다(Dosi, 1982). 혁신체계 연구자들의 혁신에 관한 정의에서 알 수 있듯이 혁신체계는 혁신을 창출할 수 있는 조직들과 각 조직의 원활한 상호학습을 촉진하는 기관과 제도의 결합으로 이루어져 있다. 따라서 혁신체계의 목표는 구체적인 공간적 혹은 부문 스케일에서 발생할 수 있는 학습역량의 강화와 이를 위한 효율적인 제도를 구축하는데 있다.