자체편성 의무비율 규제가 지역민방에만 적용되어 형평성에 어긋난다는 비판이 있다. 근래 지역방송의 경영 환경이 악화됨에 따라 지역민방에 부과되는 자체편성 의무비율 수준이 너무 높다는 의견도 있다. 이 경우, 비율을 맞추기 위해 조악한 품질의 프로그램을 제작, 과다하게 방송하는 부작용이 발생할 수도 있다.
아울러, 현재 자체편성 의무비율 규제가 지역방송 중 지역 MBC와 KBS 지역국을 제외하고 지역민방에만 적용되고 있음을 들어 공영방송 KBS 및 공영방송 지배구조(governance)를 지닌 서울 MBC의 지배를 받는 지역 MBC가 규제를 받지 않는 것은 형평에 어긋난다는 비판도 존재한다. 또한, 근년에 들어 지상파 방송 부문의 광고 매출 감소, 일부 비(非) 지상파 PP 채널의 시청률 상승, OTT 동영상 서비스의 이용 증가 등으로 인하여 지역방송의 경영 환경이 점차 악화됨에 따라, 현재 지역민방에 부과되는 자체편성 의무비율의 수준이 지나치게 높다는 문제 제기도 나타나고 있다. 이와 관련하여, 현행 자체편성 의무비율 규제 아래에서는 지역민방사들이 단지 법정 자체편성 의무비율에 맞추기 위하여 저가 프로그램를 구매하거나 저비용으로 조악한 품질의 프로그램을 제작하거나 소수의 자체제작 프로그램을 과다하게 재방 ․ 삼방하는 등의 부작용이 나타나고 있다는 지적이 존재한다. 이에 덧붙여, 지역민방의 허가 시점을 기준으로 차등적으로 책정한 자체편성 의무비율을 현재까지 유지하는 것은 합리적이지 않다는 의견도 있다.