약 3개월에 걸쳐 출신 지역별로 북한 이탈주민 면담을 총 36회 진행하였다. 면담과 위성사진을 확인하는 등의 분석을 통해 최종적으로 2016년 12월 5일 종합시장 404개를 확정했다.
조사는 우선 1단계로 약 3개월에 걸쳐 출신 지역별로 북한 이탈주민 면담을 총 36회 진행하였다. 면담을 하며 구글어스 위성사진을 직접 확인하는 과정을 동시에 진행하였다. 면담을 통해 수집된 정보를 집계하고 내용을 분석하여 2016년 9월 23일 종합시장 전체 1차 집계를 하였다. 1차 집계 결과 파악된 종합시장 수는 총 393개였다. 이후 추가적인 조사로 새롭게 파악된 시장과 폐쇄되거나 이전된 시장을 반영하여 2016년 12월 2일 2차 집계로 총 405개를 파악하였다. 그리고 이후 추가 파악된 시장과 이전된 시장 상황을 반영하여 최종적으로 2016년 12월 5일 최종 집계 결과로 종합시장 404개를 확정하였다.