도시재생선도지역 지정을 위한 평가는 국가도시재생기본방침을 기반으로 예비검토와 서면 평가, 현지 평가로 나누어 진행되었으며 일련의 평가를 거친 뒤 선정된 지역에 한해 현장 답사를 시행하였다.
도시재생선도지역 지정을 위한 평가는 평가위원회에 의해 진행되었다. 평가 위원회는 관련 부처나 학회, 공공기관 등의 추천으로 구성되었으며, 도시경제 기반형과 근린재생형으로 분과위원회를 구성하여 평가를 진행하였다. 국가도시재생기본방침에 기초하여 예비검토와 평가가 이루어졌는데, 서면 평가와 현지 평가가 7:3의 비중으로 반영되었고, 총점의 3% 이내에서 가점사항을 평가하여 선도지역 지정안이 마련되었다. 예비검토 과정에서는 도시재생특별법과 시행령에서 정한 도시재생활성화지역 지정요건 충족 여부를 검토하며, 서면 평가를 통해 유형별 선도지역 지정개수의 2배수 내외를 선정하였다. 서면 평가에서 선정된 지역에 대해서는 직접 방문을 통한 현장 답사를 시행하였다.