김대중 대통령은 당선 후 김종필을 국무총리로 임명해 공동정부 형식으로 국정을 이끌었고 김종필 국무총리는 실질적 국정 제 2인자로서 국무총리를 보좌하는 기관의 위상 격상을 이끌었다.
이에 대한 대표적인 사례가 바로 1998년 출범한 소위 ‘DJP 연합정권’의 김대중 대통령과 김종필 총리의 관계이다. 1997년 대통령 선거를 앞두고 당시 대통령 후보인 새정치국민회의의 김대중 후보는 자유민주연합의 김종필 후보와 연합하여 선거를 치러 승리하였으며, 대통령 당선 후 김종필을 국무총리로 임명하여 공동정부 형식으로 국정을 이끌었다. 이런 배경 하에 김종필 국무총리는 각료 임명제청권을 실질적으로 행사하였으며, 국무회의를 주재하는 등 그 이전의 국무총리들과는 다르게 실질적인 국정 제2인자로서의 역할을 수행하였다. 또한 이때 국무총리를 보좌하는 기관도 그 위상이 강화되어 이전의 차관급 행정조정실에서 장관급 국무조정실로 격상되었다.