TBT협정 제도 이행과 관련한 세 번째 문제점은 적합성평가절차에 관한 사항이며 결과를 자국의 것과 동등한 것으로 인정하는 동등성 인정 원칙과 관련이 있다. 
TBT협정 제도 이행과 관련하여 주목되는 세 번째 문제점은, 적합성평가절차에 관한 사항이며 기본적으로 동등성 인정 원칙과 관련이 있다. TBT협정은 가능하면 다른 회원국에서 시행된 기술규정과 표준에 관한 적합성평가절차의 결과를 자국의 것과 동등한 것으로 인정하도록 규정함으로써 무역기술장벽을 최소화하고자 한다. 사실상 TBT위원회는 국제표준화에 관한 이행을 증진시키기 위한보다 적극적인 대안으로, 적절한 국제표준이 확립될 때까지의 중간적 조치로 다른 국가 표준과 자국 표준과의 동등성(equivalence)을 인정하는 방안에 합의하였으며 일부 선진국들은 이를 적극 활용하고 있는 것으로 분석된다.