1990년대 인터넷과 결합된 웹GIS는 기존GIS보다 더 많은 수용력을 보여준다.  웹GIS의 장점으로 접근 용이, 실시간 이용 가능, 대화형 기능을 통한 높은 공공의 참여 가능성이 있다.  단점으로 일반 대중의 편집 불가, 고급 공간분석의 제한, 공공기관의 경우 사내  전문가와 금융자원의 필요성이 있다.
두 번째 물결은 웹 GIS(온라인 GIS, 인터넷 GIS로 불리기도 함)으로, 1990년대 인터넷과 결합하면서 기존 GIS 보다 더 많은 수용력을 보여준다. 공공 기관은 일반적으로 해당 기관 서버에 GIS 소프트웨어와 데이터를 관리하며, 주제도(thematicmaps)와 데이터는 인터넷으로 클라이언트 컴퓨터에 배치한다. 이 지도는 인터넷이 연결된 컴퓨터로 누구나 접속 가능하며 몇몇 웹 GIS소프트웨어는 클라이언트 컴퓨터에 자동으로 ActiveX컴포넌트 설치가 1회 필요하다. 웹 GIS의 장점은 시민들이 자신의 컴퓨터에 고가의 소프트웨어를 설치하지 않아도 돼 일반 대중의 접근이 용이하다. 또한 시민들은 동정 데이터 쿼리를 이용해 실시간으로 지도를 볼 수 있다. 웹GIS는 대화형 기능이 있는데 항공을 통해 쿼리, 검색, 매핑 등이 가능하고 추후에는 시민참여형 GIS까지 확장한다. 웹GIS는 기존의 데스크탑 GIS보다 공공의 참여 가능성이 높은데 이는 데이터가 시민 단체가 폭넓게 접근할 수 있기 때문이다. 그러나 일반 대중이 편집할 수 는 없으며, 데스크탑 GIS와는 달리 고급 공간분석이 제한적이며 공공기관은 웹GIS구현을 위해 사내 전문가와 금융 자원을 갖추어야 한다.