미국은 핵무기 개발을 위해 영국과 기술 교류를 승인하고 특별 예산을 핵무기 개발에 지원했으며, 핵 관련 예산의 확장을 은폐하기 위해 핵프로그램 담당 부서를 변경하거나 정책결정과정에 참여할 인원을 제한하기도 했다. 
미국은 핵무기를 개발하기 위한 필요한 모든 조치를 취했다. 루즈벨트 대통령은 영국과 기술적인 문제에 관한 교류를 승인하고 의회의 동의가 필요 없는 특별 예산을 핵무기 개발에 지원했다. 1941년 11월 부시와 코넌트는 핵개발 프로그램의 예산이 점점 확장되어 가자 이를 은폐하기 위해서 핵프로그램을 담당하던 부서를 변경한다. 이때까지 핵프로그램은 1940년 6월 조직된 NDRC에서 관리되고 있었지만, 엄청난 예산을 가진 군에서 이 프로젝트를 맡을 것을 대통령에게 건의하고, 당시 군사 연구를 총괄했던 과학 연구 개발국(Office of Scientific Research and Development: OSRD) 산하로 핵개발 프로그램을 소속시켰다. 핵무기 개발에 관한 모든 내용에 관해서 철저한 비밀을 유지하기 위한 조치들도 취해졌다. 핵 정책결정과정에 참여할 수 있는 인원을 부시(Dr. Bush), 코난트(Dr. James B. Conant), 부통령 헨리 윌리스(Henry A. Wallace), 육군장관 헨리 스팀슨(Henry L. Stimson), 참모총장 조지 마샬 장군으로 제한했다.