미연방특별조사국은 신설된 독립적 기관으로 연방정부 행정기관들의 위법행위를 조사하고 불공정한 인사행위를 감시하는 임무 수행과 함께 내부고발자 보호 등 공직사회 부패방지를 목적으로 설립된 독립기관이다.
미연방특별조사국은 1999년 미연방독립조사국(U.S. Office of the Independent Counsel)이 폐지되고 이를 대체하여 신설된 독립적 기관으로서 연방정부 행정기관들의 위법행위를 조사하고 불공정한 인사행위를 감시하는 임무를 수행한다. 내부고발자 보호 등을 통해 공직사회 부패방지를 목적으로 공무원복무개혁법(The Civil Service Reform Act), 내부고발자보호법(The Whistleblower Protection Act), 공무원정치활동제한법(The Hatch Act) 등을 근거로 하여 설립된 독립기관이다. 주요 임무로는 ① 내부고발공무원의 보상 및 보호, ② 내부고발의 접수, 조사, 수사 및 기소, ③ 내부고발 통로의 보장, ④ 공무원의 정치활동 관련 법적 허용기준의 제공 및 교육, ⑤ 공무원의 내부고발권 등 직무상 권리 교육, ⑥ 군복무자의 공무원 재취업 및 재고용권 보장 업무 등을 들 수 있다.