변동비 반영시장 체제에서는 시간대별 단기 한계 비용에 의해서 전력가격을 결정하고, 원가를 절감하기 위해서 전원 구성 최적화 및 발전기 기동 정지 계획 효율화로 실시간으로 저렴하게 운영해야 한다. 그런데 시장가격이 서로 다른 시간대에서 민간발전사와 한국전력 발전사간 시장가격을 결정하는 경향이 있다. 
변동비반영시장은 시간대별 단기 한계비용에 의하여 전력가격을 결정하고 있다. 각 발전사업자가 하루 전에 거래일 시간대별로 보유한 발전설비의 운전 비용, 공급 가능 용량 및 기술적 특성 자료를 제출하면 전력거래소는 시간대별로 예측 전력 수요량을 충족하도록 낮은 비용 순서로 운전할 발전기와 발전량을 결정하고 거래시간별 가장 높은 발전비용의 발전기의 한계 가격 즉 계통한계가격(System Marginal Price, SMP)을 그 시간대의 시장가격으로 결정하여 각 발전사업자에 전력량 정산금(energy payment)을 지급하여 에너지 비용을 정산한다. 변동비 반영시장 체제에서 원가를 절감하기 위하여는 전원 구성을 최적화하고 발전기 기동정지 계획을 효율화하며 발전기의 특성을 고려하여 계통을 실시간으로 안전하고 저렴하게 운영하여야 한다. 발전사는 자신의 발전기를 가동하되 계통한계가격을 결정하지 않을수록 수익이 증가한다. 시장가격이 높은 시간대에서는 시장점유율이 낮은 민간발전사가 가격을 결정하게 되고 시장가격이 낮은 시간대에서는 시장점유율이 높은 저가의 기저발전기를 보유한 한국전력의 6개 발전자회사가 시장가격을 결정하는 경향이 있다. 발전기의 변동비를 발전사가 아니라 비용평가 위원회가 발전기의 효율과 연료비로 결정하므로 적절한 설비투자와 효율적 계통운영이 이루어지지 못하고 있다. 전원별 발전비용의 격차가 크고 발전비용의 대부분을 연료 비용이 차지하는 우리나라의 상황에서 비용을 기준으로 가동 여부 및 출력을 결정하고 이에 따라 시장가격을 결정하게 되어 연료원이 다른 발전설비간 경쟁이 제한되는 결과를 초래하였다.