숙의적 시민 참여 방식은 갈등을 유발한다는 부분에서 합의회의의 목적 중 하나는 사회적 논쟁을 촉발함으로써 쟁점을 공론화하는 것이다. 둘째, 사회적 합의 도출 및 사전 갈등 예방이다. 셋째, 정부 정책결정에 정보제공을 목적으로 한다. 합의 회의는 정부가 정책 결정 전 시민들의 논의와 질의응답 등을 통해 통찰과 현실적인 대안을 끌어낸다는 전제하여 이를 입안에 중요한 참고 자료로 활용한다.
기본적으로 소수의 의한 정책결정보다 다수의 사람들이 모여 숙고하는 과정은 오히려 논쟁과 갈등을 촉발시키기도 한다. 즉, 갈등에 대한 숙의적 시민참여방식은 ‘갈등을 통해 갈등을 다루는 접근’이라고 할 수 있다. 이러한 측면에서 합의회의의 목적 중 하나는 사회적 논쟁을 촉발함으로써 쟁점을 공론화하는 것이라고 할 수 있다(이영희･김병목, 1997; 지속가능발전위원회, 2005c:43 재인용). 둘째, 사회적 합의 도출 및 사전 갈등 예방이다. 합의회의의 정의에 따르면, 합의회의를 통한 궁극적인 목적은 쟁점에 대한 사회적 합의 도출 및 갈등의 사전적 예방 및 관리이다. 갈등이 예상되는 사회적으로 중요한 정책문제를 사전에 충분히 성찰함으로써 논쟁을 소모적으로 만드는 오해와 갈등의 소지를 줄이고 효율적으로 관리(지속가능발전위원회, 2005c:47)할 수 있다. 셋째, 정부 정책결정에 정보제공을 목적으로 한다. 기본적으로 합의회의란 정부가 정책을 결정하기에 앞서 관련 전문가 및 일반시민들의 의견을 수렴하고 이를 정책에 반영하는 과정이라고 할 수 있다. 즉, 합의회의의 결과를 정부기관에 제공함으로써 정책입안 시에 중요한 참고자료로 활용함을 그 목적으로 한다(윤순진, 2005:145; 지속가능발전위원회, 2005c:47). 정부정책 과정에 활용하고자 함은 합의회의를 통한 시민패널의 날카로운 논의와 질의응답 등은 전문가들로부터 도출될 수 없는 ‘통찰’과 ‘현실적인 대안’을 끌어낼 수 있다는 것을 전제하기 때문이다.