추가지원금으로서  토요운영지원금, 별도의 지원금과 급식비가 지원되었다. 지자체 지원금과 급식비 지원 모두 지역별 편차가 컸다.
2013년도의 경우 실제로 지원된 추가지원금은 [표 18]에 나타난 바와 같이 거점형센터 전국 225개소에 월평균 115만원, 특수목적형센터 436개소에 월평균 59만원, 토요운영지원금은 1,564개소에 월평균 48만원이 지원된 것으로 조사되었다. 그 밖에 지방자치단체에서 별도의 지원금과 급식비가 지급되고 있는데, 2013년의 경우 전체 지역아동센터의 91.3%에 해당되는 3,709개소가 월평균 53만원의 지자체 지원금을 받은 것으로 조사되었다. 지자체 지원금은 월 13만원~105만원으로 지역별 편차가 크게 나타났다.급식비는 2013년 3,824개소가 지원받았으며, 월평균 198만원을 지원받았다. 급식비 지원 또한 월 73만원~302만원으로 지역별 편차가 크게 나타났다.