위법행위에 관여된 개인에 대하여 공정위는 적극적으로 고발권을 행사하고, 검찰은 자체적인 전문성을 키우는 동시에 검찰총장의 고발요청권을 적극 행사한다면 전속고발제도가 유지 되어도 형사처벌 강화를 통한 공정거래법의 실효성 확보가 가능할 수 있다.
다만, 이에 앞서 한 가지 생각하여야 할 점은 앞서 본 바와 같이 전속고발 제도의 한계가 있기는 하나 그 동안 형사처벌을 통한 공적 집행의 실효성 확보가 제대로 이루어지지 못한 것이 과연 전속고발제도 자체 때문이었는지에 대하여는 깊이 고민해 봐야 한다. 전속고발제도는 그 자체가 문제라기보다는 전속고발제의 취지와는 달리 전속고발제도를 운영함에 있어 법집행기관의 소극적 태도, 고발 절차의 장기화와 그로 인한 증거 인멸, 공소시효가 임박한 고발로 인한 수사의 어려움 등이 실무상 가장 큰 문제였다. 따라서 중대한 위법행위에 관여된 개인에 대하여 공정위에서 적극적으로 고발권을 행사하고, 검찰 또한 자체적인 전문성을 확보하면서 그동안 소극적이었던 검찰총장의 고발요청권을 적극 행사한다면 설사 전속고발제도가 유지된다고 하더라도 형사처벌 강화를 통한 공정거래법의 실효성 확보도 가능할 수 있을 것이다. 결국 형사처벌을 통한 공정거래법의 실효성 확보는, 집행을 담당하고 있는 공정위와 검찰 등 법집행기관의 의지와 관련된 문제로서 공적 집행의 중심에 있었던 공정위가 자체적으로 형사고발을 확대해 나가는 적극적인 자세를 보이고, 검찰도 보다 적극적으로 고발요청권을 행사해 나가는 방향의 전환이 더 중요하다 할 것이다. 특히, 중요한 행위를 담당한 임직원들을 적극적으로 고발함으로써 형사처벌에 대한 경각심을 일깨울 필요가 있고, 만약 공정위에서 개인들에 대한 고발권 행사를 소극적으로 할 경우 적극적으로 고발요청권을 행사하여야 할 것이다.