교과교실제는 공교육 만족도 제고와 교육 경쟁력 강화를 목적으로 하며, 본질적으로교과 특성 및 학생 중심 환경과 수업을 통한 맞춤형 교육, 행복 교육을 추구한다.
2009년 도입된 교과교실제 정책은 창의적인 교실환경 구축을 기반으로 학생맞춤형 교육과정 운영 및 교과 특성에 맞는 다양한 교수·학습 방법을 적용하여 공교육 만족도를 제고하고, 교사의 교과 연구 및 협의 활성화를 유도하여 수업의 질 개선을 통해 교육 경쟁력을 강화하는 데 그 목적을 두고 있다(교육부,2016). 이처럼 교과교실제는 단순히 교과교실과 학생 거점 공간 등을 구축하고 교과교실을 운영하는 것 자체를 목적으로 하는 것이 아닌 교과 특성 및 학생 중심의 교수·학습 환경과 수업으로 질 높은 맞춤형 교육, 행복 교육을 실현하는데 그 본질적인 목적이 있다.