공인인증서 기술의 가장 큰 문제는 해킹과 피싱 등의 공격에 취약하며, 부인 방지 기능으로 인해 전자 거래 사고 발생 시 소비자에게 많은 책임이 부여된다는 것이다. 실제로도 국내 개인정보 침해 사례가 계속 증가하고 있기에, 해결방안으로 소비자 보호 강화 원칙 준수가 필요하다.
첫째는 소비자 보호 강화 원칙을 준수하는 것이다. 액티브엑스 기반의 현행 공인인증서 기술에 대한 주된 염려는 해킹과 피싱 등의 공격에 취약하다는 것이다. 그리고 공인인증서에 부인 방지 기능이 있다고 주장함으로써 전자 거래 사고 시에 소비자에게 많은 책임이 부여된다는 것이다. 반면, 서버 인증이 최근에야 강제 되었기 때문에 소비자 입장에서는 자신의 정보 입력을 원하는 웹사이트가 정말 본인이 원하는 웹사이트인지 알기 힘들게 된다. 실제로 인터넷을 통한 국내 개인정보 침해 신고 사례는 2003년 이후 연평균 30.54%의 높은 증가율을 보이며 지속적으로 상승하였으며, 그 결과 2013년에는 177,736건의 피해 신고가 있었다. 2014년 8월까지 집계된 2014년도의 개인정보 침해 신고 사례 건수는 103,197건이다. 공인인증서 유출 사고도 급증하고 있다. 공인인증서 유출은 2012년 8건과 2013년 8,710건이 발생하였고, 2014년 1월부터 9월까지 무려 19,388건의 공인인증서가 유출되었다.