2009년 검정 심사 체제는 교육 과학 기술부의 '교과서 선진화 방안'을 따른다. 이 체제의 특징은 첫째 한번에 많은 심사본을 심사하기 위한 심의회 심의위원 수의 증가, 둘째 심사 기준의 심사 항목 중심의 재구조화를 통해 교과서를 쓸 때 창의성과 다양성을 보장, 셋째 심사 절차에 수정본 확인 및 견본 검수 절차의 추가이다.
2009 검정 심사 체제는 2010년에 교육과학기술부가 발표한 ‘교과서 선진화 방안’에 따라 운영되었다. 2009 검정 심사 체제의 특징을 주요 요소별로 살펴보면 다음과 같다. 첫째, 심의회의 심의위원 수가 증가하였다. ‘학년별 연차별 검정’이 아닌 ‘학년군별 일괄 검정’을 실시하기 위해서 일시에 다량의 심사본을 심사했기 때문이었다. 둘째, 심사 기준은 검정에서 반드시 심사해야 할 심사 항목을 중심으로 재구조화되었다. 공통기준은 2007 개정 교육과정 때와 달리 세분화된 심사 관점으로 구성되었다. 교과기준은 기존 5개의 심사 영역 중 ‘창의성’, ‘교수․학습’ 관련 심사 영역을 심사 항목으로 축소하고 재구조화하여 교과서 집필의 ‘창의성’과 ‘다양성’을 보장하고자 하였다. 그리고 2012년 7월에 발생한 수정․보완 권고 관련 논란의 재발 방지를 위해 2013년 검정부터 ‘교육중립성 세부 적용 지침’을 적용하였다. 셋째, 심사 절차는 합격본의 질 관리를 위해서 본심사 합격본에 대한 수정본 확인 및 견본 검수 절차가 추가되었다. 이에 따라 기존 ‘기초조사→본심사’의 심사 절차는 적합성 여부를 판단하는 ‘기초조사→본심사’ 단계와 합격본의 질 관리를 위한 ‘수정본 확인→견본검수’ 단계로 세분화되었다.