수송부문 대책은 경유차 퇴출에 힘쓰는 점과 저공해화 대책이 기존 경유자동차 뿐만 아니라 항만, 건설기계, 이륜차 등 대상을 확대했다는 점에서 변화가 있다.
둘째, 수송부문 대책의 두드러진 변화는, ① 클린디젤을 공식 폐기하면서 경유차 퇴출에 박차를 가하고 있는 점과, ② 기존 경유자동차 위주의 교통부문 저공해화 대책이 선박을 포함한 항만오염원 관리와 건설기계 저공해화, 이륜차 관리 등으로 관리대상을 확대했다는 점이다. 노후 건설기계는 엔진 교체 등으로 저공해 조치를 완료해야 하고 비산먼지신고 사업장에서는 반드시 저공해 건설 기계를 사용해야 한다. 그리고 선박·항만 미세먼지 배출량 감축을 위해 3.5%인 선박연료의 황 함량기준을 2020년까지 0.5%로 강화하고 선박의 친환경연료(LNG) 전환도 적극 지원할 계획이다.