협업은 비용이 많이 들고 참여자의 업무가 늘어나며 의사결정 속도가 늦어진다. 또 참여 조직 사이에 권한의 차이가 발생하고 각자 가지고 있는 정보를 스스로 나누지 않으면 손해이다. 이런 문제점을 잘 해결해야 협업이 성공한다.
조세현(2014)은 협업이 성공하기 어려운 이유를 다음과 같이 설명하고 있다. 협업은 기존의 조직 운영 방식과는 다른 형태의 조직 운영 방식을 요구하기 때문에 효율적인 협업체계를 구성하고 운영하는 데에는 상대적으로 많은 비용이 소비되며, 협업의 참여자는 협업과 관련한 업무 외에 자신이 속한 조직의 업무도 수행해야 하므로 협업참여의 기회비용이 발생한다. 또한 기존의 일사불란한 명령체계가 아니므로 의사결정 과정에 소요되는 시간이 길다. 또한 참여 조직간 권력의 차이가 크고, 참여조직의 자발적 자원 공유가 이루어지기 어려운 경우 협업은 편익보다 비용이 더 커지게 된다고 설명한다. 이러한 요인들을 적시에 해결하지 않을 경우 협업 참여 기관 간 부정적인 관계가 형성되어, 협업체계의 지속성 유지가 불가능할 뿐만 아니라 형식적 체계로 남는 경우가 발생한다는 것이다.