배출권 할당은 부문별, 업종별 감축 목표 등을 고려하여 '과거배출량 기반 할당'과 '과거활동자료 기반할당'의 방식을 통해 산정된다. 할당 계획은 주무관청인 환경부에서 고시한다.
할당대상업체에 대한 배출권의 할당은 부문별?업종별 감축목표, 할당대상업체의 과거 배출량 실적 또는 기술수준, 계획기간 중 해당 업종 또는 할당대상업체의 예상 성장률 등을 고려하여 결정한다. 다만 구체적인 할당량 산정방법 및 절차 등은 배출권 할당계획에서 정하도록 한다. 계획기간에 대한 배출권 할당계획은 계획기간 시작 6개월 전까지 관계부처 협의를 거쳐 주무관청인 환경부에서 고시하여야 한다. 업체별 할당량을 산정하는 방식은 ‘과거배출량 기반 할당’과 ‘과거활동자료 기반 할당’으로 구분되는데, 1차 계획기간에는시멘트, 정유, 항공 등 일부 업종에만 과거활동자료 기반 할당방식을 적용하고, 대부분 업종에 과거배출량 기반 할당방식을 적용하였다.