고문방지 협약은 고문에 대한 소멸시효 배제를 쟁점으로 삼은 민사사건, 고문에 근거한 자백으로 형사처벌을 받게된 행정사건, 고문에 의해 취득된 진술의 증거능력 여부를 따지는 형사사건 등 여러 판결에서 원용되어, 근거 법률로서 활용이 점점 증가하고 있다.
세 번째로 많이 원용된 조약은 고문방지협약으로, 관련 판결이 16건을 차지한다. 고문방지협약 관련 사건도 2000년대까지 2건이 불과하던 것이, 2010년 이후에만 14건이 선고되었음이 특기할만하다. 고문방지협약이 원용된 16건 중 민사사건이 3건, 행정사건이 6건, 형사사건이 7건이다. 민사사건 3건은 모두 고문 피해자의 국가배상법에 따른 손해배상청구의 소였는데, 고문 등 극단적인 인권침해에 대해서는 고문방지협약의 취지에 따라 소멸시효가 배제될 수 있는지가 쟁점이 되었다. 행정사건 6건 중 2건은 난민불인정결정취소의 소였고, 또 다른 2건은 외국인에 대한 강제퇴거명령 등 행정처분의 취소의 소였다. 또 다른 1건은 ‘지뢰피해자 지원에 관한 특별법’에 따라 신청한 위로금에 대한 지급결정에 대한 취소의 소를 제기한 사건이었고, 고문에 근거한 자백에 의하여 부당하게 형사처벌을 받은 원고가 피고 대한민국을 상대로 화해조치 등 이행청구의 소를 제기한 사건이 1건 있었다. 형사사건 7건은 모두 국가보안법 내지 반공법위반의 공소사실을 유죄로 인정한 원심판결에 대한 형사재심 사건이었는데, 고문방지협약은 고문에 의해 취득된 진술의 증거능력을 부정하는 근거 법률로 원용되었다.