청소년참여법정 운영과 관련하여 참여인단들이 비행청소년으로 참여한 이들에게 이후 보복을 당할 우려가 있어 개인정보 보호에 주의를 기울이고 있다.
한편, 청소년참여법정 운영과 관련하여 주의를 기울이는 또 다른 부분은 참여인단들의 개인정보 보호이다. 참여인단들이 비행청소년으로 참여한 비행청소년들에게 이후 보복을 당할 우려 때문이다. 참여인단들의 개인 신상이 유출되지 않게 하기 위한 방편의 하나로 심리과정에서 참여인단들이 비행청소년에게 직접질문을 하지 못하도록 되어 있으며, 질문서에 질문을 작성한 후 질문지를 걷을 때 질문이 없는 참여인단의 질문지도 수거하도록 하는 등 개인 신상이 드러나지 않도록 주의하고 있다. 그리고 A법원과 D법원에서는 교복을 입고 법정에 참여하는 참여인단들의 학교노출을 우려하여 참여인단들에게 법복을 입게 하고 있다.