금융공공기관은 공기업, 준정부기관 구분에 따라 이사회 구성이 상이하다. 공기업인 대한주택보증은 경영과 감독이 분리된다. 준정부기관은 장관 임명 임원들로 이사회가 구성되며 은행형 금융공공기관은 위원회 심의 없이 임명된다.
금융공공기관은 정부의 재정지원을 직·간접적으로 받으면서 유형별로 유사한 정책금융을 지원하고 있다. 그러나 금융공공기관은 공운법 상 ‘자체수입 비율’에 따라 공기업, 준정부기관으로 구분되어 이사회 구성 기준과 절차가 상이하게 규정되어 있다. 대한주택보증은 금융공공기관 중 규모가 작은 편에 속하지만 공기업으로 분류되어 기관장과 비상임위원의 지명권자가 다르고 선임비상임이사가 이사회 의장이 되는 등 기관의 경영과 감독기능이 분리되어 있다. 그러나 그 외의 금융공공기관들은 준정부기관 또는 기타공공기관으로 분류되어 이사회가 주무부처 장관과 기관장이 임명한 임원들로 구성된다. 특히 은행형 금융공공기관들은 임원선임 절차가 기관설립 근거법률에 규정되어, 공운법에 따른 임원추천위원회나 공공기관운영위원회의 심의를 거치지 않고 임원이 임명되고 있다.