본 기금은 자체수입 비중의 기준치 미달, 수입양곡 가격 하락에 자체수입원도 안정적이지 않은 상태이며 정부내부수입에 의존하는 상황으로, 따라서 자체수입 증가 방안과 신규 수입원 마련 대안이 필요하다. 
본 기금은 정부내부수입(특별회계전입금)에 크게 의존하고 있으며 안정적인 자체수입 조성이 아주 미흡한 상태이다. 법정부담금(수입양곡판매이익금)등의 자체수입 재원이 있지만 수입양곡의 지속적인 하락으로 자체수입으로 경상지출을 충당할 수 없어 정부의 특별회계전입금으로 재정적 지원받고 있다. 필수지출 대비 자체수입 비중은 2.61%로 기준치에 아주 미달되어 자체수입으로 기금사업을 수행할 수 없다. 본 기금의 정부내부수입과 차입금 비중은 92.78%로 외부재원 의존도가 아주 높다. 특히 쌀 값 변동에 따른 위험을 기금이 떠 앉는 구조가 아니라 정부의 내부수입이나 공자기금예수금으로 충당하여 정부가 위험을 부담하는 구조로 볼 수 있다. 본 기금은 자본잠식 상태이며 자산 대비 부채 비율은 2,299%로 상당히 높다. 기금의 자체수입원이 안정적이지 않은 상태에서 외부 재원의 지원이 없다면 중기 가용자산규모 과소상태는 지속될 것으로 예상된다. 수입양곡 가격 하락으로 인한 자체수입 재원의 고갈과 국내 쌀 값 하락으로 인한 경상사업비의 급격한 증가로 기금의 재정건전성에 문제가 있으며 향후 자체수입 증가 방안 및 신규 수입원을 마련하는 대안이 필요하다.