현재 시행 중인 대체조제 인센티브 제도 및 참조가격제는 약제비의 지출 합리화에 기여를 할 것으로 기대되나 이는 제네릭 의약품의 품질에 대한 의사의 신뢰 필요 등의 한계점으로 제도 운영의 효과가 의심된다.
셋째, 가격과 사용량 관리제도의 운영효과는 그 제도설계의 기반이 된 기본가정이 충족되었을 때에 비로소 발휘될 수 있다. 현재 시행 중인 대체조제 인센티브 제도나 외국에서 시행중인 참조가격제는 약제비의 지출 합리화에 큰 기여를 할 것으로 평가되는 제도이다. 그러나 이들 제도의 성패는 저가약인 제네릭 의약품의 품질에 대한 의사의 신뢰에 달려 있다. 열악한 우리나라 제약산업 환경과 식품의약품안전청의 생동성 시험관리에 대한 불신이 커 제도운영의 효과가 의심된다. 2006년 생동성 시험파동1) 이후 식품의약품안전청은 제도개선과 시험기관에 대한 관리체계 및 인프라 구축 등 노력을 기울여왔으나 아직까지 그 안전성과 유효성에 대한 논란이 끊이지 않고 있어 제도 실현에 장애로 작용하고 있다.