일본 정부의 재정관계에서 가장 중요한 것은 지방교부세로 지역 간 지방자치단체의 세입에 있어 지방재정력의 비율이 5배 가량 차이난다.  [그림5-1]는 일본의 중앙정부와 지방정부의 재정관계를 나타낸 것이다.
지방자치단체에 따라 지방재정력의 차가 발생하고 있다는 것은 일본에서도 예외는 아니다. 소득이 높은 주민과 기업이 집중된 곳이 있는 반면에 산촌, 어촌 등 소득이 낮은 지역 또한 존재하고 있는 것이다. 예를 들어 광역자치단체인 도도부현 가운데 오사카(大阪)府와 오키나와(沖繩)縣은 약 3배의 차이가 있으며 東京都와 오사카(大阪)府는 1.6배의 차이가 있다. 마찬가지로 기초자치단체인 市町村에서도 재정력의 지역간 차가 크다. 따라서 자치단체의 세입에 있어 지방세가 차지하는 비율이 낮은 곳과 높은 곳은 5배 가깝게 차이가 난다. 일본의 정부 간 재정관계에서 가장 중요한 것은 지방교부세이다. 이 이외에도 지방양여세와 국고보조금이 있다. 일본은 지방교부세 및 지방양여금을 교부세 및 양여세 배부금 특별회계로 운영하고 있다. 일본의 중앙정부와 지방정부와의 재정관계를 나타낸 것이 [그림 5-1]이다.