유전자편집 같은 신육종기술은 무작위적이거나 비의도적 변이발생 가능성이 가장 낮다. ODM의 무작위적이거나 비의도적 변이발생 가능성은 매우 낮고, 아그로 접종, 접목, RdDM은 변이 발생 가능성이 없다.
그러나 유전자편집과 같은 신육종기술의 경우 무작위적 또는 비의도적 변이발생 가능성이 가장 낮다. SDN-1,2 기술의 산물은 전통육종과 동일하지만 변이발생 위치는 정확히 조절될 수 있으며 SDN-3의 경우 GM 기술과같은 효과를 정확한 위치에 발생시킬 수 있다. 그리고 cisgenesis와 intragenesis의 비의도적 변이 발생가능성은 GM 기술과 동일하고, ODM의 무작위 또는 비의도적 변이발생 가능성은 매우 낮다. 역육종은 중간에 형질전환단계가 포함되어 있지만 최종산물을 만드는 과정에서 전통육종의 기술을 활용하여 도입유전자를 제거하며, 이단계에서 전통육종과 같은 정도의 비의도적 변이가 발생할 가능성이 있다. 아그로 접종, 접목, RdDM은 대상 생물 유전체의 DNA 염기서열 변이를 유도하지 않으므로 변이 발생 가능성은 없다고 할 수 있다.