통합 환경은 다양한 이해관계를 조율, 조정, 사업 진행을 관리 감독할 협력체계가 필요해 각 부서마다 역할을 정의해 지원하는 형태의 협력체계 구성을 검토해야 한다.
통합 환경은 다양한 이해관계자가 복잡하게 연관되기 때문에 이를 조율･조정하고 사업 진행을 관리 감독할 수 있는 협력체계(governance)가 반드시 필요하다. JIE 사례와 같이, 통합은 기존 사업 추진방식과 달리 추진 주체 간의 유기적인 협력과 명확한 임무 및 역할 정의가 필요하다. 국방부는 통합환경에 대한 협력체계를 주도해야 하며, 합참과 각 군은 이를 지원하고, 국군지휘통신사령부와 사이버 작전사령부는 통합환경 운영을 지원하고, 합동 상호운용성 기술센터는 통합환경 구축을 위한 기술을 지원하는 형태의 협력체계 구성을 검토할 필요가 있다.