이 연구는 건강보험 재정안정화에 필요한 여건 조성이라는 관점에서 핵심관리 분야를 중심으로 감사접근법을 도출하였다. 또한 국민건강보험제도는 다수 이해관계가 얽혀져 제도 개선 등에 많은 장치비용이 소모되므로 감사원 감사의 효과에는 한계가 있다.
끝으로 이 연구는 다음 2가지 점에서 한계를 가지고 있다. 첫째, 이 연구는 건강보험 재정안정화에 필요한 여건 조성이라는 관점에서 핵심관리 분야를 중심으로 감사접근법을 도출하였다. 건강보험 관리운영을 감사적 시각에서 조명하려고 하였기에 재정 안정화에 필요한 전분야를 망라하지 못하는 점도 있을 수 있다. 또한 앞에서 제시한 각 분야별 감사사항에 대해 효과적으로 감사하기 위해서는 각 핵심 분야별 세부연구로 보완될 필요가 있다. 둘째, 국민건강보험제도는 다수 이해당사자의 이해관계가 얽혀져 있어 제도 개선이나 정책 개편에는 부수적인 정치비용이 많이 소요된다. 보험료 부과체계, 진료비 지불체계, 의료서비스전달체계분야와 관련해서는 이미 해법이 알려져 있음에도 보건복지부 차원에서 이를 관철하기에는 너무나도 많은 정치적 암초가 있어 제도 개선이 지연되고 있는 것이 현실이다. 따라서 이러한 분야에 대한 감사원 감사의 효과에는 다소 한계가 있을 것으로 예상된다.