실제 이용가능한 무인도서와 개발가능 무인도서가 함께 적용,관리 된다면 더 효율적이게 될 것이며 무인도서 지정유형 현실화도 검토할 필요성이 있다. 무인도서법과 다른 법률의 적용관계와 담당부처들 간의 이해관계도 중요할 것이다. 그것은 규정을 해석 적용에 따라  주무부처가 달라지게 되어 각 행정기관들 간의 권한 충돌 내지 관리 공백이 발생할 수 있을 것이다.
무인도서의 관리유형과 관련하여 현재 4가지로 세분화되어 있는 무인도서의 유형이 실질적으로 유용한 분류인지를 재검토할 필요가 있다. 실제로 이용가능 무인도서와 개발가능 무인도서 간에는 지정절차, 행위제한, 출입제한 등에 있어 큰 차이가 없기 때문에 하나의 유형으로 묶어 관리하는 것이 보다 효율적인 방안이 될 수 있다. 나머지 절대보전 무인도서와 준보전 무인도서의 유형도 이를 유지하는 것이 정책적으로 타당한지를 점검하고 무인도서법의 제정취지에 부합하는 방향으로 무인도서 지정유형을 현실화하는 방안을 검토할 필요가 있다. 또한 무인도서법과 다른 법률의 적용관계와 담당부처들 간의 협력관계를 규정할 필요가 있다. 무인도서법의 입법목적이 무인도서의 적정한 보전 및 관리라는 점을 고려하면, 무인도서에 관한 다른 특별법 및 특별한 규정을 제외하고 무인도서법이 적용되도록 한 것에는 문제가 없어 보인다. 다만 ‘다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우’라는 문구의 의미가 지나치게 추상적이고 모호하기 때문에, 무인도서에 관한 다른 법률의 특별한 규정을 어떻게 해석하고 적용하느냐에 따라 우선 적용되는 법령과 주무부처가 달라질 수 있다. 현재 도서개발 촉진법의 주무부처는 행정안전부, 도서생태계법의 주무부처는 환경부, 무인도서법의 주무부처는 해양수산부이다. 현 상황에서 유무인 도서를 구별하지 않고 있는 도서개발 촉진법을 적용하거나 환경부가 행사하는 특정도서에 대한 관리와 감독 권한이 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우인지 여부가 불명확한 경우에는 각 행정기관들 간의 권한 충돌 내지 관리 공백이 발생할 가능성을 배제할 수 없다.