정부는 대북정책의 일관성을 확보하고 지자체의 과도한 사업 추진을 막기 위해 지자체를 사업대상자에서 배제하고 민간사업자 위주로 승인했다. 이 시기에 민간단체의 대북교류가 활성화되었으나, 지자체의 대북교류 업무에 대한 책임성과 전문성이 약화되는 부작용도 드러났다.
정부는 남북관계가 정파의 이해관계에 영향 받지 않고 장기적 관점에서 추진될수 있도록 남북관계 발전법을 제정하였다(2005.12.). 통일부는 지방의 대북교류와 관련 행자부가 1차 심사를 한 후 통일부에 2차 심사를 의뢰하는 기존의 심사 과정이 중복된다는 지적을 수용하여 행자부와 협의하여 2003년 5월부터 대북교류 협력사업을 전담하여 심사하기로 방침을 수정하였다. 이에 통일부는 ‘지방자치단체 남북교류사업 추진 지원지침’을 제정(2003.5.)하여 지자체를 사업대상자에서 배제하고 민간사업자 위주로 승인하였다. 이는 중앙정부 차원에서 대북정책의 일관성을 확보하고 지자체의 무리한 실적위주 사업 추진과 지자체간 경쟁적 사업 추진을 막기 위한 의도에서 비롯되었으나 결과적으로 이때부터 지자체는 대북교류사업에서 배제되었다. 각 지자체는 대북교류 사업 추진을 위해 조례를 제정하고, 지방 차원에서 대북교류 추진을 위한 반관반민단체를 구성하였으며 사업 지정자로 민간단체를 활용하거나, 대북교류 협력사업 자문기구를 설치하기도 하였다. 이런 영향으로 이 시기에는 ‘민간 주도-지자체 지원’의 민관 협력 거버넌스체계가 보편화되었고 민간단체의 대북교류가 활성화되었다. 그러나 지자체는 대북교류 단체를 관리하는 업무만 담당함에 따라 대북교류 업무에 대한 책임성과 전문성이 약화되고 지자체 차원에서 추진할 수 있는 수준 높은 교류업무를 고려하지않은 채 민간단체에 맡기는 부작용이 발생하기도 하였다.