비인가 대안학교가 「초·중등교육법」체제에서 ‘학교’로 인가를 받는 것은 현실적으로 한계가 있다. ‘학교’가 되기 위한 물리적 조건들은 지나치게 많은 재화를 요구하고 있으며 인가를 받는다고 하더라도 대안교육이 자율성을 충분히 발휘하기는 힘들다. 2005년 새롭게 만들어진 「초·중등교육법」도 여전히 현장의 실제와는 괴리가 있어 비인가 대안학교는 인가를 거부하거나 기대하기 어려운 상황이 반복되고 있다.
물론 가장 간단한 해결책은 비인가 대안학교가 모두 「초·중등교육법」 체제에서 ‘학교’로 인가를 받는 것이다. 그런데 여기에는 여러 가지 현실적인 한계가 존재한다. 실제로 ‘학교’가 되기 위한 물리적 조건들은 비인가 대안학교를 운영하는 사람들의 입장에서 지나치게 많은 재화를 요구하고 있으며, 그 것을 심사하는 시·도교육청의 태도 역시 너무나 규정주의에 머무르고 있어 기준에만 맞으면 내용적으로는 대안교육을 벗어나도 인가되도록 되어있다. 인가를 받는다고 하더라도 NEIS 체제를 비롯한 획일적 학교운영 체제 속에서 대안교육이 자율성을 충분히 발휘하는 데는 큰 한계를 가진다. 「초·중등교육법시행령」 제91조(특성화고등학교)와 제76조(특성화중학교)로 만들어진 대안교육 특성화학교 제도는 어떻게 대안교육과 관련한 ‘교육과정의 운영 등을 특성화’할 것인지에 대한 깊은 고민 없이 만들어진 제도였다. 따라서 2005년 새롭게 만들어진 「초·중등교육법」 제60조의3은 ‘각종학교’라는 틀 안에 ‘대안학교’를 넣어 더 낮은 진입장벽과 더 큰 자율권을 보장하겠다는 취지를 가졌지만 여전히 현장의 실제와는 괴리가 있었다. 그러다보니 실제로 인가 대안학교가 대안적인 교육을 하지 못하고 있다는 자조적 평가와 함께 비인가 대안학교는 인가를 거부하거나 기대하기 어려운 상황이 반복되고 있다. 입법기관인 국회에서도 18대부터 현재의 20대까지 김춘진, 김세연, 박혜자, 김병욱, 박찬대 의원이 각각 새로운 대안교육의 법제화를 시도하고 있으나 대안교육에 대한 깊이 있는 이해나 고민 없이 법안이 만들어짐으로써 국회 내부는 물론 주무부처인 교육부와의 실질적인 논의조차 만들어내지 못하고 있는 형편이다.