연구학교의 운영현황을 비교해보니 학생 선택프로그램 운영 수와 수업시수가 증가했다. 운영모형으로는 진로탐색이 가장 많았지만 그 수가 감소했다.
한편, 최상덕 외(2015)의 연구로써 2013년에 연구학교로 지정된 42개 교의 2013~2014년 연차별 운영현황을 비교할 수 있다. 이 연구에 따르면, 1차 연도와 2차 연도 비교 시에 나타난 가장 큰 특징은 학생 선택프로그램 을 운영하는 학교 수가 20개 교에서 33개 교로 확대된 점이다. 주당 수업시수 도 평균 1.6시간에서 2.7시간으로 증가한 것으로 나타났다. 운영모형별로는 진로탐색을 포함한 학교가 가장 많았고, 예술ㆍ체육 모형이 그 뒤를 이었다. 그러나 운영학교의 수는 2013년에 비해서 2014년에 감소한 것으로 나타났다. 주당 평균 수업시수에서는 예술ㆍ체육 모형이 가장 길게 나타났으나, 이 역시 2014년에는 4.0시간으로써 2013년 4.7시간에 비해서 감소하였다. 학교별 예술ㆍ체육 영역에서는 기존의 음악, 미술, 체육 교과와 연계한 경우 가 많았는데, 운영프로그램 수는 2013년 5.8개에서 2014년 5.6개로 다소 감소한 것으로 나타났다.