설문조사에 대한 반감은 매우 컸다. 이는 2014년 교육부가 비인가 대안학교 대상 기초 조사를 실시한 후 이를 등록제 도입 및 관리의 필요성을 강조하는 논리로 활용했던 경험 때문이었다. 비인가 대안교육 관계자들은 정부의 이러한 행태에 매우 실망했고 그때 생겨난 조사에 대한 피해의식과 반감은 이번 조사에서도 나타났다. 조사 참여를 위해 다양한 방식으로 설득해 보았으나 비인가 대안교육 관계자들의 부정적 인식은 생각보다 공고했다.
기대보다 설문조사에 대한 반응은 매우 부정적이었다. 그 중 하나는 2014년 교육부 주도로 이루어진 조사에 대한 반감이 컸다. 국회 및 교육부의 제도화 논의 과정에서 교육부는 비인가 대안학교들에 대한 기초조사를 실시한 후 이를 등록제 도입 및 관리의 필요성을 강조하는 논리로 활용한 바 있다. 즉, 비인가 대안학교들이 고액의 수업료를 통해 소위 ‘귀족학교’로 운영되고 있으며, 특정 종교에 편향된 교육을 시키는 수단으로 편법운영되고 있으므로 등록제를 통해 관리감독할 필요가 있다는 근거였다 (교육부 보도자료 ‘미인가 대안교육시설 특별점검 결과’, 2014년 11월 10일). 물론 대안교육이라는 명분으로 편법운영되고 있는 변종 대안학교들이 점차 늘어가고 있는 추세였다는 것을 부정하기는 어려웠지만 건강한 대안학교들을 육성함으로써 이 문제를 해결하기 보다는 통제와 관리의 방식만으로 해결하겠다는 관점이 두드러졌다. 대안교육에 대한 새로운 제도화를 통해 자신들의 교육적 실천에 대한 인정과 지원을 기대했던 비인가 대안교육 관계자들에게는 충격적으로 다가올 수밖에 없었다. 결국 이 결과 대안교육 관계자들은 ‘폐쇄를 전제로 한 등록제 거부’에 나서 결국 제도화 논의 자체가 철회되는 결과를 낳았다. 이 과정에서 정부주도의 조사에 대한 피해의식과 반감이 크게 남았고, 이는 이번 조사에도 많은 대안학교들이 조직적으로 거부의사를 밝히거나 소극적으로 임하는 원인으로 작용하였음을 직간접적으로 확인할 수 있었다. 조사과정에 서 이 연구가 국가인권위원회 발주의 연구이며 연구기관인 건신대 대안교육연구소가 대안교육 발전을 위해 그 동안 여러 가지 노력을 해 온 신뢰성 있는 기관이며, 이번 연구가 비인가 대안학교 지원 근거가 될 수 있음을 다양한 방식으로 설득해보았지만 현장에서 가진 부정적 인식의 벽이 예상보다 훨씬 공고함을 발견하게 되었다.