국가보안법을 위반한 자를 형사처벌하는 것이 표현의 자유를 침해하는 지에 관해 다수의 판결은 침해가 아니라고 했다. 그런데 자유권규약위원회가 해당 쟁점에 관해 표현의 자유를 위반한 것이라고 결정하고 그 견해를 사법부에 통보했다. 이후 동일 쟁점의 사건에서 법원은 인권이사회의 결정에 따르는 것이 국제법상의 의무이자 바람직한 처사라며 기존 대법원의 판례와 다른 해석을 내놓았다.
예를 들면, 개인을 국가보안법 제7조가 금지하는 이적단체에 가입하거나 이적표현물을 제작하고 반포하는 등의 행위를 하였다는 이유로 형사처벌하는 것이 시민적･정치적 권리규약 제19조 제2항의 표현의 자유를 침해하는지가 쟁점이 된 다수의 판결이 국제인권조약에 근거한 주장 취지를 불인정하였으나, 이에 대하여 인정 취지의 판결을 선고한 예가 1999년에 하급심에서 있었다. 인정 판결이 선고된 배경에는 자유권규약위원회가 국내 법원이 피고인을 다의적이고 적용범위가 광범위한 국가보안법위반죄로 유죄판결 한 것이 규약 제19조 소정의 표현의 자유 및 그 제한에 관한 규정을 위반한 것이라는 취지의 결정을 채택하고, 위와 같이 판결한 사법부에 직접 자유권규약위원회의 견해를 통보할 것을 요구한 것이 있었다. 이에 이후 동일한 쟁점이 제기된 사건들에서 1심 법원은 “대한민국은 구체적인 위 사건들에 대하여 위 인권이사회의 결정에 따른 조치를 취할 국제법상의 의무를 부담하는 것은 물론이고 나아가 사법부를 포함한 국가기관은 국가보안법에 관한 위 인권이사회의 견해를 가능한 한 최대한 수용하는 것이 바람직하다고 할 것이다...[중략]... 위 인권이사회의 결정이 있는 이상, 향후 국가보안법을 해석, 적용함에 있어서는 앞서의 한○○이나 전○○에 관한 위 인권이사회의 결정 및 해석기준을 깊이 고려하여, 반국가활동성 및 이적목적성을 판단하여야만 할 것이다”라고 설시함으로써, 기존 대법원의 판례를 따르지 않는 해석을 시도하였다.