지자체의 청년공제 사업이 기업지원 보조금과 연계될 경우 사중손실이 발생할 수 있으므로 지자체 사업과 청년공제 사업의 효과적인 연계방안이 필요하다.
마지막으로 지방정부 임금보조금사업과의 연계 문제이다. 현재 일부 광역자치단체 및 기초자치단체는 ‘○○형 청년내일채움공제’라는 이름으로 중앙정부 청년공제와 연계된 사업을 진행하고 있다. 이 같은 지자체 사업은 개별 지자체에 따라 지원방식과 지원수준을 달리하는데, 지원방식의 경우 기업지원 방식으로 운영하는 지자체가 있고, 개인지원 방식으로 운영하는 지자체도 있으며, 개인과 기업 모두에 지원하는 방식을 활용하는 지자체도 있다. 그러나 추가고용장려금의 중복허용 문제와 같이 지자체의 기업지원 보조금과의 연계는 사중손실 야기와 심화를 초래할 수 있기 때문에 중앙정부와 지자체는 이러한 점을 고려하여 청년공제와 지자체 사업과의 효과적 연계방안을 강구할 필요가 있다.