이와 같은 법적 근거와 함께 정부책임론도 정부의 대학 지원에 대한 정당성을 대변한다. 사립대학의 경우 설입인가기준 및 운용이 소홀한 경우 대학재정에 큰 영향을 주기 때문에 정부책임론 관점은 정부가 국고지원을 통해 대학재정의 부실을 예방해야 한다고 설명한다.
이와 같은 법적 근거와 함께 대학의 설립 및 지도⋅감독의 책임자로서 대학에 대한 역할을 강조하는 정부책임론도 정부의 대학 지원에 관한 정당성을 대변해 준다. 국⋅공립대학에 대해서 국가 및 지방자치단체는 설립자로서 설립⋅경영에 필요한 역할을 수행해야 하고, 사립대학에 대해서는 대학설립⋅인가기준을 엄격히 적용하고 사후에도 지도⋅감독해야 하는 책임이 있다. 국⋅공립 대학에 대해서는 정부 책임에 관한 한 특별히 문제될 것이 없으나, 사립대학의 경우 설립인가기준은 대학 법인이 갖추어야할 수익용 기본재산의 확보와 운용에 관한 것으로서 정부에서 지도⋅감독을 소홀히 할 경우 대학재정에 막대한 폐해를 초래하게 되는 중요한 항목이다. 따라서 정부책임론의 관점에서는 사립대학의 설립⋅인가권을 행사해 온 정부가 대학의 질을 보장하기 위해 적극적인 지도⋅감독의 책임을 다 해야 하며, 이를 소홀히 했을 경우 국고지원을 확대해서라도 부실을 예방해야 한다는 관점을 의미한다.