자치단체의 내부통제시스템과 업무 흐름 등 내부적인 요소에 대한 이해도가 높아서 부정적발은 외부감사보다 자체감사에서 더 잘 수행할 수 있다. 자체감사기구가 감사업무를 수행하는 것이 바람직하나 실효성이 떨어져 역량을 개선토록 지원해야 한다.
이러한 사례들을 보면 부정적발은 외부감사보다 자체감사에서 더 잘 수행할 수 있는 영역이다. 왜냐하면 자체감사는 자치단체의 내부통제시스템과 업무 흐름 등 내부적인 요소에 대한 이해도가 높기 때문이다. 이러한 측면에서 지방자치단체의 자체감사기구가 비리 예방 및 부정적발 업무에 더 초점을 맞추어 감사업무를 수행하는 것이 바람직하다. 따라서 외부감사기관으로서 감사원은 중앙부처 중심으로 부정적발 감사의 대상을 선정하는 것이 바람직하나, 지자체, 공공기관 등의 비리가 여전하고 이를 감시하고 적발해야 하는 자체감사기구가 아직까지 실효성 있는 감사를 충분히 수행하지 못하고 있는 상황에서 자체감사기구에 전적으로 역할을 맡기기에는 시기적으로 이른 감이 있다. 그러므로 자체감사기구가 부정적발에 대한 감사를 주도적으로 이끌어나가고, 이에 대한 적절성 여부를 계속 점검하고 평가해서 그 결과를 바탕으로 자체감사기구의 역량이 개선될 수 있도록 지원해야 한다.