전통적으로 우리나라의 자체 감사는 재무회계, 감찰 중심으로 시행되었는데, 성과를 중시하는 자체 감사 방식으로 바꾸려는 것이 시스템 감사의 출발이다.
전통적으로 우리나라의 자체감사는 재무회계, 감찰 중심으로 시행되었다. 재무감사는 기본적으로 공공기관의 예산 및 회계, 자산과 부채 등 재무적 자원의 활용 및 관리실태를 체계적이고 종합적으로 분석하여 개선방안을 제시하는 감사이다. 그리고 ‘기관운영 감사’는 재무감사와 함께 공공기관의 조직, 인사, 예산 운영 및 주기능과 주임무를 시스템적 관점에서 종합적이고 체계적으로 분석하는 감사를 의미한다. 즉, 기관운영 감사는 민간기업에서 시행하고 있는 ‘경영 컨설팅’과 유사한 형태의 감사라고 할 수 있다. 이 감사의 주요 초점은 기관 운영에 대한 진단 또는 경영 컨설팅을 통해서 기관 운영의 투명성, 효율성 등을 제고하고자 하는데 초점이 있다. 다만 기관운영 감사는 주로 재무감사에 크게 의존한 통합적 감사라고 할 수 있다. 재무감사 위주의 감사방식을 탈피하여 보다 총체적 차원에서 성과를 중시하는 자체감사방식으로 전환하고자 한 것이 시스템 감사의 출발이다.