대법원은 협력사업자 승인을 받지 않고 협력사업을 시행한 것은 남북교류협력에 관한 법률 위반이며, 이로 인해 취득한 물건은 형법 제48조 제1항 제2호의 몰수의 대상이 된다고 판단하는 등 해당 법률의 적용 판례는 증가하고 있다. 
남북교류협력에 관한 법률을 적용한 판례는 이 법률이 제정된 1990년 이후부터 나타났는데, 남북교류협력이 다양한 분야에서 확대되면서 지속적으로 증가하였다. 대법원은 남북교류협력법상의 협력사업자 승인을 받지 않고 협력사업을 시행한 것은 이 법률에 위반되며, 통일원장관의 반입승인을 받지 아니하고 반입하려다 미수에 그친 범죄행위로 인하여 취득한 물건은 형법 제48조 제1항 제2호의 몰수의 대상이 된다고 판단하였다. 또한, 남한주민이 북한주민 등과 접촉할 의도나 계획을 가지고 있고 그러한 접촉 가능성이 객관적으로 존재하는 경우라면 그 접촉에 앞서  통일원장관의 승인을 얻어야 하며, 단지 그러한 접촉의 상대방이 구체적으로 특정되어 있지 아니하다거나 접촉의 성사가능성이 다소 유동적인 상태에 놓여 있다는 이유만으로 사전승인을 받을 필요가 없는 것은 아니라고 하였다.