고건 국무총리가 노무현 대통령에게 교육행정정보시스템 문제의 심각성에 대해 보고했으며 6월 4일 국가현안정책조정회의에서 교육행정정보시스템 문제를 안건으로 올렸다.
당시 뜨거운 사회적 이슈로 떠오른 교육행정정보시스템 문제에 대해 대통령이 분명한 메시지를 밝힌 것이다. 이 무렵 교육행정정보시스템 반대운동이 최고조에 달하고 국가인권위원회가 전국교직원노동조합의 손을 들어주는 결정을 한 시점이었다. 그날 국무회의를 마친 후 청와대 회의실을 나와 걷던 고건 당시 국무총리가 노무현 대통령에게 교육행정정보시스템 문제의 심각성에 대해 보고했고, 노무현 대통령은 고건 총리에게 직접 챙길 것을 지시했다. 이에 고건 총리는 그해 6월 4일 국가현안정책조정회의에서 교육행정정보시스템 문제를 안건으로 올리며 이 문제를 직접 챙기기 시작했다.