신재생에너지로 생산된 전기가 수송 부분에서 활용되는데, 그 중 경 중량 자동차에 이용되는 액체, 기체 형태의 바이오 연료가 대부분을 차지한다. 이러한 바이오 연료 사용은 산림 훼손 및 빈곤 지역의 확산, 그리고 생태계 파괴로 인한 탄소 배출량 증가 등의 부작용을 낳을 수 있다.
최근 신재생에너지로 생산된 전기가 수송 부분에서도 활용된다. 주로 경 중량 자동차에 이용되는 액체, 기체 형태의 바이오 연료(바이오 에탄올, 바이오 디젤)가 대부분을 차지하며, 이외에도 전차, 경레일, 트램, 그리고 2륜 혹은 4륜 전기차(EVs)에 이용된다. 바이오 연료는 전체 도로 수송 연료 수요(액체 및 기체)의 3%를 공급하고, 최종 액상 연료 수요의 2.3%를 공급한다. 지역별로는 EU(4.2%), 브라질(20.1%), 미국(4.4%)에서 운송 부문의 바이오 연료 사용이 높은 비중을 나타냈다. 바이오 연료 생산은 일시적으로 둔화되었으나, 2013년 다시 증가하는 양상을 보이면서 성장세가 혼조를 보이고 있다. 한편 바이오 연료 사용에 따른 부작용이 우려된다. 바이오 연료용 작물에 대한 수요가 급증할 경우 재배 농지 확대로 인해 산림이 훼손될 수 있으며 토지, 식품 및 농산품 가격을 상승시켜 빈곤 지역을 확산시킬 수 있다. 또한 대기 중의 탄소를 흡수하는 생태계가 파괴됨에 따라 탄소 배출량이 오히려 증가할 수 있다는 점도 고려해야 할 문제이다.