상시기동감사는 전산시스템의 비효율적 활용이나 감사요원 비전문성과 같은 이유로 감사 실효성을 감소시킬 우려가 있다. 이러한 문제점을 개선하기 위해서는 지적사항 반영 여부 검출이 가능한 자료검색시스템을 적용하고 '온나라시스템을 감사정보수단으로 활용해 감사 효율성을 높여야 한다.
끝으로 상시기동감사의 경우 감사정보의 획득수단인 전산시스템 활용이 비효율적이거나 감사요원의 전문성이 떨어지면 상시기동감사의 취지에 반해 감사의 실효성이 떨어질 우려가 높다. 감사성과를 달성하기 위해서는 많은 비용과 시간이 투자되어야 한다. 이를 개선하기 위한 방안으로 과거의 감사지적사항에 대한 자료의 부호화뿐 아니라 계획과정, 다시 말해서 새로운 계획과 실행절차에 관한 내용까지도 데이터베이스화하여 지적사항의 반영 여부를 검출할 수 있는 자료검색시스템이 적용되어야 한다. 과거 감사자료에 대한 체계적 분석을 통하여 이전까지 발견되지 않았던 감사위험에 노출될 수 있는 새로운 추세를 발견하여야 한다. 현재 감사관실에서 운영하고 있는 전산시스템인 ‘e-감사시스템’ 활성화를 위해 단순히 전산상에 나열된 데이터만으로는 문제를 정확히 인식하기란 어렵다. 이에 대한 보완책으로 <그림 15>와 같이, 국방획득사업을 추진하는 과정에서의 사업실행부서의 업무보고 등 중요한 의사결정과정에서 산출된 ‘온나라시스템’ 문서를 감사정보수단으로 활용한다면 감사의 효율성은 높아질 것이다.