해양수산부장관은 해양생태계에 미치는 영향이 현저하거나 해양생물다양성의 감소를 초래하는 개발사업을 하는 자에 대하여 해양생태계보전협력금을 부과·징수하여 해양생태계의 보전, 관리 사업에 사용하도록 규정한다. 
해양은 현재와 장래의 세대가 동등한 기회를 가지고 이용하여야 하는 공동의 자원이므로 해양의 개발·이용으로 인한 훼손에 대하여는 보전·복원이 균형 있게 이루어져야 하고, 이에 소요되는 비용은 원인자 부담의 원칙에 따라 개발행위를 하는 사업자로 하여금 부담하게 하는 것이 합리적일 것이다. 따라서 해양수산부장관은 해양생태계에 미치는 영향이 현저하거나 해양생물다양성의 감소를 초래하는 개발사업을 하는 자에 대하여 최고 20억원의 범위 안에서 해양생태계 훼손면적에 따라 산정된 해양생태계보전협력금을 부과·징수하여 해양생태계의 보전 및 관리를 위한 사업에 사용할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 따라 해양생태계보전협력금을 재원으로 한 해양생태계의 보전 및 관리를 위한 사업이 원활하게 추진되어 해양생물다양성을 보전하고, 현재와 장래의 세대 모두를 위한 해양생태계의 지속가능한 이용에 크게 기여할 수 있을 것으로 기대된다.