인센티브 재원을 따로 떼어놓으면 기존의 보통교부세로 교부되던 재원의 규모가 작아지게 되어 지방자치단체의 반발이 있을 수 있지만 이미 현 제도 하에서 인센티브가 보통교부세로 반영되고 있으며 교부세 불교부단체에 대해서도 인센티브를 적용할 수 있는 장점이 있다.
식 (i)은 현재의 배분방식으로서 보정수요와 보정수입은 0으로 가정하기로 한다. “자체노력a”는 세출효율화노력이고 “자체노력b”는 세입확충노력이다. 식 (i)에 의하면 “자체노력a-자체노력b”의 값이 +이면 인센티브로 작용하지만 -이면 페널티가 된다. 식 (ii)의 경우는 우선 인센티브 총규모를 결정한 후(예를 들어, (기초수요액- 기초수입액) 95%와 인센티브 5%) 인센티브 각 항목의 표준화점수를 계산한 후 각 항목별 가중치를 감안한 자치단체별 (가중)합계 점수에 대해 구간을 나누어 각 구간에 속한 자치단체에 대해 인센티브를 배분하는데 최소는 0이 되게 하는 것으로 제도 상 페널티는 없다. 이렇게 되면 규모면에서 인센티브로서의 역할을 확실하게 할 수 있을 것으로 판단된다. 여기서 논란의 여지가 있을 수 있는 것은 인센티브 재원을 따로 떼어놓으면 기존의 보통교부세로 교부되던 재원의 규모가 작아지게 되어 지방자치단체의 반발이 있을 수 있다는 점인데 실상은 그렇지 않다. 이미 현 제도 하에서 인센티브가 보통교부세로 반영되고 있으며 단지 반영방식을 수정하는 것이다. 또한 인센티브로서의 역할을 제대로 할 수 있도록 페널티는 부여하지 않지만 실제로 인센티브를 지급받지 못하는 자치단체 입장에서는 인센티브를 받는 자치단체와 비교할 때 상대적으로 페널티를 받는 것으로 인식할 수 있을 것이다. 이 방식이 갖는 또 다른 장점은 보통교부세 불교부단체에 대해서도 인센티브를 적용할 수 있다는 것이다.