특수 상황지역개발 사업의 각 지자체별 예산 배정은 전년도 사업 집행실적과 성과에 대한 평가를 토대로 이루어진다.
특수상황지역개발 사업의 예산안편성은 기획재정부가 전년도 집행실적과 인구 · 면적 등을 고려하여 지자체별 지출한도(이른바 실링)를 당해연도 4월에 통보하고(지자체별 지출한도 통보) 이를 토대로 6월에 각 지자체가 지출한도의 범위내에서 포괄보조금을 신청하며(지출한도내  예산요구),  기획재정부가 다시 집행실적과 지역위원회의 평가를 토대로 예산요구의 적정성을 검토하여 정부예산안을 확정하고 국회에 제출하는 방식으로 추진된다. 따라서 특수 상황지역개발 사업의 각 지자체별 사업예산의 배정은 전년도 사업집행실적 과 성과에 대한 평가를 토대로 이루어진다고 볼 수 있다.