특별회계는 공기업을 관리하는 기업특별회계, 자금을 별도로 관리하는 자금관리특별회계, 목적세와 부담금 등을 포함해 일반회계와 구분되는 구분계리특별회계로 구분할 수 있다.
또한 특별회계는 몇 가지의 유형으로 구분되며 각 유형별로 특징을 보유하고 있다. 특별회계는 사업을 관리하는 기업특별회계, 특별한 자금을 관리하는 자금관리특별회계, 그리고 구분계리특별회계로 구분된다. 먼저 기업특별회계는 정부부처로 운영되는 공기업을 관리하는 방식(예: 책임운영기관, 우편, 우체국예금, 양곡, 조달)이다. 자금관리특별회계는 적립성 자금 등과 같이 자금을 별도로 관리하는 것(예: 우체국보험 등)이다. 그리고 구분계리특별회계는 특정세입으로 특정세출에 충당하기 위해 일반회계와 구분하는 것으로 기금의 설치목적과 구분이 어렵다. 목적세(교통시설), 부담금(에너지 및 자원사업, 환경개선 등), 수수료(등기), 기타(교도작업, 농어촌 구조개선) 등이 있다.