교육부와 교육청은 교육을, 복지부와 지방자치단체는 돌봄 등 복지를 담당한다. 이런 거버넌스 분리는 교육과 돌봄의 통합적 운영을 방해하고, 학교내 돌봄과 학교밖 돌봄의 연계에도 어려움을 준다.
교육과 돌봄을 구분하는 이러한 시각이 나타나는 제도적인 배경은 교육과 돌봄에 대한 거버넌스가 분리되어 있는 우리나라의 법제도적 실정에 있다고 볼 수 있다. OECD의 다른 국가들과 달리 우리나라는 지방자치단체와 교육청이 분리되어 있다. 교육부와 교육청은 교육을 관할하고, 복지부와 지방자치단체는 돌봄을 비롯한 복지를 담당하는 거버넌스의 분리가 오랫동안 지속되어 왔기 때문에 초등돌봄교실과 같은 돌봄의 영역이 학교에서 확대되는 것에 대한 현장 교원들의 반발이 나타나는 것이다. 교육과 돌봄에 관한 이러한 거버넌스의 분리는 교육과 돌봄을 통합적으로 운영하는 것을 저해하게 되고, 학교내 돌봄과 학교밖 돌봄의 연계에도 지장을 초래할 수 있다.