고용허가제는 직종별 도입 체계가 아닌 업종별 도입체계로 되어 있기 때문에  동일 업종 내에 직종별 인력 부족이 반영되지 못함으로써 직종(직무)별 미스매치 문제가 발생할 가능성이 있다.
고용허가제는 전문 인력과 달리 업종별 도입 체계로 되어 있으며 미숙련 인력이 도입 대상이나 어느 직종까지인지가 분명하지 않다. 여기에서 문제가 되는 것은 고용허가제의 도입분야이다. 고용허가제는 단순노무직 혹은 미숙련직을 기반으로 하고 있으나 직종별 도입 체계가 아니기 때문에 해당 업종 내 어떤 직무 특성을 갖고 있는 인력을 도입할 것인지에 대한 고려가 없다. 해당 업종 내 직종별로 다양한 인력 부족이 발생하지만 업종을 기준으로 할 경우 생산 관련 직종 중에서 어떤 직종을 중심으로 판단할 것인가의 문제가 있다. 이에 따라 동일 업종 내에 직종별 인력 부족이 반영되지 못함으로써 직종(직무)별 미스매치 문제가 발생할 가능성이 있다.