유연근무제도 이용이 여성에게 치중되면 여성 경력 및 고용에 부정적 영향을 미칠 수 있으므로 남성도 이를 적극적으로 이용하게 해야 한다. 이에 시간선택제 일자리 확대는 여성고용을 늘릴 수 있으나 저임금 문제를 더 악화시킬 수 있다.
그러나 다른 한편으로 정책 효과 측면에서 젠더 불평등에 대한 주의를 요한다. 즉 휴직제도와 마찬가지로 유연근무제도의 이용이 여성에게 치중될 경우는 여성들의 경력에 불이익이 초래될 수 있고, 나아가 여성고용 전반에도 부정적인 영향을 미칠 수 있다고 우려된다. 따라서 휴직제도와 마찬가지로 남성의 적극적인 제도 이용을 유도하여 남녀 모두 활발한 제도 이용이 이루어지는 사회 환경을 조성할 필요가 있다. 이런 측면에서 최근 정부가 주력하는 ‘시간선택제 일자리’의 확대는 신중을 요한다. 남성에 비해 낮은 여성 임금 수준과 양육부담이 여성에게 치중된 여건 하에서 시간제 일자리에 대한 선택은 여성이 불가피한 상황을 초래할 수 있으며, 이는 여성고용율을 높일 수는 있으나 성별화된 임금구조 하에서 여성의 저임금을 고착화하여 양성펑등적 돌봄 문화의 형성에는 근본적으로 저해되기 때문이다.