본 출원발명은 두 개의 폴리뉴클레오티드의 진보성 판단이 그 구성 및 효과를 대비할 수 없으며 염기서열 간에 차이가 있어도 그로인한 효과가 발생하였음을 입증하지 않고 구성의 진보성을 인정받을 수 없다.
"이 사건 출원발명은 두 개의 폴리뉴클레오티드가 선택적으로 기재된 발명으로, 진보성 판단을 할 때 상기 두 개의 폴리뉴클레오티드 모두를 발현하는 경우만을 상정하여 그 구성 및 효과를 대비할 수 없다. 또한 이 사건 출원발명과 비교대상발명에 기재된 염기서열 간에 차이가 있어도 상기 서열의 차이에 의해 예측할 수 없는 현저한 효과가 발생하였음을 입증하지 않고 단순히 서열의 차이에 의해 구성이 상이하다는 것만으로 진보성을 인정받을 수 없다."는 취지의 특허법원 판례는 심사실무에서 이미 적용되고 있는 것으로, 서열 심사시 단순히 서열 상동성의 높고 낮음만을 보고 신규성 및 진보성을 판단하는 것이 아니라, 그로인해 발생하는 효과를 함께 고려해야한다는 것을 잘 보여주는 것이라 하겠다.