노태우, 김영삼, 김대중 정부가 통일국가의 과도기 형태로 남북연합의 설정을 고려했던 것처럼, 남북연합 혹은 연방제 등의 정부형태로의 남북한 통일 방안을 생각해볼 수 있다. 
남북한 통일의 세 번째 방안으로는 남과 북이 ‘남북연합’ 또는 ‘연방제’ 등 과도기 정부형태에 합의하는 방식을 들 수 있다. 비록 남북연합 또는 연방제가 한반도 통일의 최종 형태는 아니지만 그동안 남과 북이 통일국가의 과도기 형태로서 각각 제시해 왔다. 대한민국은 노태우 정부 시 ‘한민족 공동체 통일방안’을 통일방안으로 상정한 바 있는데, 그 핵심 내용은 남북연합이었다. 이후 김영삼 정부 ‘민족공동체 통일방안’에서도 통일국가로 나아가기 위한 과도기적 단계로 ‘남북연합’을 설정하였다. 김대중 정부 역시 ‘3단계통일방안’ 등에서 완전한 통일국가(1국가 1체제)의 이전 단계로 남북연합을 설정하자고 북한에 제안하였다.