대학 기본역량 진단 결과를 재정배분방식에 연결시키는 시도가 대학으로의 책임을 전가시키고 있는 비판이 있다.  고등교육재원 교부금법 설치를 통하여 국가의 안정적인 고등교육재원 지원의지가 필요하다. 대학의 자율성은 더 보장 되어야 한다.
고등교육 분야입니다. 반값등록금, 대학등록금 동결 등으로 시작된 고등 교육분야 재정의 열악함은 교육의 질을 낮추고 대학의 생존까지 위협하는 요인이 된지 오래 되었습니다. 그간 수많은 사업 기반으로 이루어진 고등교육재정 배분방식은 실제 대학의 운영에는 도움이 되지 않는 문제가 끊임없이 제기 되고 있고 정치적 의도에 따라서 사업규모와 운영방식이 달라지는 점도 지속적으로 대학가의 갈등을 유발시키는 요인입니다. 최근 수행 된 대학 기본역량 진단 결과와 재정배분 방식을 연결시키는 시도는 그동안 국가가 책임지지 못 했던 고등교육 지원을 대학의 책임으로 전가시키는 것이라는 비판도 제기되고 있습니다만 예산 당국의 입장은 변함이 없어 보입니다. 고등교육재원 교부금법 설치를 통해서 국가의 안정적인 고등교육재원 지원의지가 필요하고 또 초중등 분야에 비해 고등교육 대학의 자율성은 훨씬 더 보장되어야 한다는 점에 비추어 볼 때 결국 국가교육위원회 속에 만약에 고등교육 분과위원회가 설치 된다면 이 고등교육 재정확보와 배분에 있어서 어디까지 그 기능을 담당할 것인지에 대한 문제가 나타날 것이고 대학가의 관심도 높아질 것입니다(영남권역 시민경청회, 교수)