비인가 대안학교 교사들은 근무지가 미등록되어있기 때문에 기본 노동조건을 보장받기 어렵다. 교육운동 차원에서 교사의 희생이라고 볼 수 있겠지만, 여러 조건을 고려한 채 최저임금과 4대보험 제도와 같은 기본적인 노동조건을 보장해야 한다는 문제 의식이 높아지고 있다. 
4대 보험 시행 여부를 보면, 전부 시행하는 경우가 가장 많았고(64.8%), 일부만 시행하는 경우(24.1%), 전혀 시행하지 않는 경우(11.1%) 순으로 나타났다. 비인가 대안학교 교사들의 경우 근무하는 곳이 제도적으로 등록되어 있지 않기 때문에 기본 노동조건을 보장받을 수 있는 여러 제도적 장치들을 학교측에서 적극적으로 마련하지 않으면 소외될 수밖에 없는 현실 속에 있다. 물론 4대보험을 전면적으로 시행하지 않는 경우에 대해 노동권 침해나 착취의 개념에서 바라보기 보다는 교육운동적 차원에서 교사들의 자기희생적 측면으로 이해된다. 그러나 현장에서도 최근 최저임금과 관련된 사회적 논의들을 바라보면서 교사들에게 최소한의 노동권을 보장해야 한다는 문제의식들이 높아졌다. 다만, 최저임금이나 4대보험 제도의 당연한 제도마련이 교육비 상승과 학부모 부담 증대, 그리고 이로 인한 비인가 대안학교들의 운영난이나 진입장벽 상승의 어려움으로 이어진다는 측면을 함께 고려해야 할 필요가 있다.