양심적 병역거부자들이 공익 관련 업무에 종사한다면, 교도소에 수용하고 있는 것보다는 넓은 의미의 안보와 공익실현에 더 유익한 효과를 거둘 수 있다. 따라서 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 아니한 병역종류조항은 양심적 병역거부자의 양심의 자유를 침해한다.
따라서 대체복무제라는 대안이 있음에도 불구하고 군사훈련을 수반하는 병역의 무만을 규정한 병역 종류조항은, 침해의 최소성 원칙에 어긋난다. 병역종류조항이 추구하는 ‘국가안보’ 및 ‘병역의무의 공평한 부담’이라는 공익은 대단히 중요하나, 앞서 보았듯이 병역종류조항에 대체복무제를 도입한다고 하더라도 위와 같은 공익은 충분히 달성할 수 있다고 판단된다. 반면, 병역종류조항이 대체복무제를 규정하지 아니함으로 인하여 양심적 병역거부자들은 최소 1년 6월 이상의 징역형과 그에 따른 막대한 유·무형의 불이익을 감수하여야 한다. 양심적 병역거부자들에게 공익 관련 업무에 종사하도록 한다면, 이들을 처벌하여 교도소에 수용하고 있는 것보다는 넓은 의미의 안보와 공익실현에 더 유익한 효과를 거둘 수 있을 것이다. 따라서 병역종류조항은 법익의 균형성 요건을 충족하지 못하였다. 그렇다면 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 아니한 병역종류조항은 과잉금지원칙에 위배하여 양심적 병역거부자의 양심의 자유를 침해한다.”