군 검찰과 군사법원은 지휘관의 의도가 반영되는 등의 독립적이지 못한 관계 및 불공정한 재판 등의 단점을 개선하기 위하여 이 두 집단의 독립 및 분리가 이루어져야 한다.
셋째, 군 검찰과 군사법원의 독립이다. 예하부대의 군 검찰관은 앞에서 언급했듯이 지휘관을 보좌하는 법무참모부의 소속이고, 법무참모는 검찰관의 직속상관으로서 검찰부장을 겸직하고 있기 때문에 수사결과, 공소제기 여부에 대해 지휘관의 결재를 득해야 한다. 즉 지휘관의 의도(의중)를 반영할 수 밖에 없다는 것이다. 군사법원 역시 군판사에 대한 인사평정권한이 법무참모나 부대 지휘관(참모장)에게 있는 이상 공정한 재판을 기대하기는 어렵다. 헌병수사기능이 작전기능과 독립되어야 하듯이 군 검찰과 군사법원의 독립은 법무참모 조직이나 지휘관의 인사평정권으로부터 독립·분리되어야 한다.