다문화가정과 탈북학생들 그리고 복합적인 원인으로 학습 어려움을 겪는 학생들을 위해  학습종합클리닉센터를 운영해 학생의 성장을 지원하고 있다.
다문화가정과 탈북학생 등이 증가하고, 인지적 원인(낮은 지능, 기초학습 능력 부재, 학습결손 누적 등), 정서적 원인(우울, 불안, 낮은 자존감, 낮은 학습동기 등), 행동적 원인(ADHD, 주의산만, 중독, 품행문제 등), 신경생리학적 원인(학습장애, 난독증 등), 환경적 원인(가정환경, 돌봄부족,또래관계 문제 등) 등 다양하고 복합적인 원인으로 학습에어려움을 겪는 학생들을 위해 전국 1,300여 개의 두드림학교와 126개의 학습종합클리닉센터를 운영하며, 학습종합 클리닉센터와 연계한 교내외 다각적 지원과 맞춤형 지도를 통해 기초학력 부진 학생의 성장을 지원해나가고 있다.