연구개발활동에 대한 조세지원제도는 대기업에 비해 중소기업에 더 나은 혜택을 제공하고 있으므로, 대기업만을 위한 제도라 비난할 수 없다. 대기업의 조세지출 수혜가 큰 것은 법에서 정한 요건을 많이 충족한 경우에 세액 공제율이 낮아도 혜택의 절대규모가 커지는 것에 기인한다.
다만 일부에서 주장하는 바와 같이, 연구개발활동에 대한 조세지원제도가 대기업만을 위한 제도라고 볼 수는 없다는 점이 강조될 필요가 있다. 현재 시행되고 있는 연구개발활동에 대한 조세지원제도는 중소기업에 높은 세액공제율을 허용하고 있고 대기업에는 매우 낮은 세액공제율을 허용하고 있다. 따라서 연구개발활동에 대한 조세지출 수혜 규모가 크다는 이유로 대기업을 위한 제도라고 비난할 수 없다. 대기업의 조세지출 수혜 규모가 큰 것은 연구개발활동 규모가 크고 내야할 법인세가 많기 때문이다. 아래의 표에서 볼 수 있듯이, 대기업의 연구개발활동이 전체 민간 기업의 연구개발활동에서 차지하는 비중은 77% 수준이나 대기업이 혜택을 받는 수혜규모는 전체조세지출 규모의 66% 수준 밖에 되지 않는다. 이처럼 특정한 경제행위를 충족했을때 받을 수 있는 조세지출의 혜택의 절대적 크기는 원인행위, 즉 법에서 정하고 있는 수혜요건을 보다 많이 충족한 경우에 세액공제율이 낮아도 혜택의 절대규모는 커질 수 있다는 점에 유념해야 한다.