학교스포츠클럽 지도상의 문제점으로 과다한 수용인원, 시설 및 용기구의 부족, 지도자 섭외와 인건비 문제, 지도비와 운영비 활용의 어려움을 들고 있다.  인기종목과 비인기종목의 상황을 고려하지 않는 교육청의 보편적 지원으로 인하여 시설, 용기구, 인건비 문제들이 함께 나타나고 있는 것이다.
조사에서 나타났듯이 학교스포츠클럽 지도상의 문제점으로 과다한 수용인원과 시설 및 용기구의 부족을 들고 있다. 또한 지도자 섭외와 인건비 문제도 대두되고 있다. 또한 지도비와 운영비의 활용에 어려움을 겪고 있는 것으로 나타났다. 이러한 현상에 대해 학교스포츠 클럽의 다양한 종목들을 비교해보는 자료가 있다면 논의가 쉽겠지만 현장경험을 중심으로 판단해 보면 인기종목인 축구, 농구, 야구와 비인기 종목인 탁구, 배구, 킨볼 등의 운영에는 상당한 차이를 보인다. 학교에 따라 조금은 차이가 있을 수 있지만 학교스포츠클럽 빅3인 축구, 농구, 야구는 방과 후 활동과 연계되어 충분히 수익자 부담으로 학교스포츠클럽이 운영될 수 있음에도 불구하고 교육청에서는 지원금을 풍부하게 지원하는 경향이 있다, 이에 반해 배구, 탁구, 킨볼, 여학생 스포츠클럽 등의 일부는 방과 후 활동으로 운영되기도 하지만 대부분 교육청의 지원금으로 지도비와 운영비로 사용하는 경우가 대부분이다. 이러한 스포츠 클럽의 상황을 고려하지 않는 보편적 지원으로 인해 시설, 용기구, 인건비 문제들이 함께 나타나고 있는 것이다.