아베 정부 출범 이래 북한은 일본과의 관계 개선에 나서고 있다. 특히 스톡홀름 합의에 의해 북한은 '특별조사위원회'를 설치하여 납북, 재북 일본인에 대한 조사를 시작했으며 일본은 세 가지 대북 제재 조치를 해제하기로 했다.
한편 아베 정부 출범 이후 북한은 일본과의 관계 개선을 위한 노력에 적극 나서고 있다. 이후 2013년 5월 납북자 문제를 논의하기 위해 이지마 내각 관방참여가 방북하고, 2014년 북·일 간 국장급회담이 수차례 개최되었다(2014.3., 2014.5.,2014.7.). 특히 5월 26~28일 스웨덴에서 진행된 북·일 국장급 회담(스톡홀름 합의)에서 북한 측은 ‘특별조사위원회’를 설치하여 행방불명자를 포함한 납북 일본인 전면 재조사, 재북 일본인 유골 조사를 실시하기로 합의하였다. 일본 측은 재조사 개시 시점에 민간인 왕래 규제, 송금·휴대금액 제재, 인도주의 목적 아래에서의 북한 국적 선박 일본 입항 금지 등을 해제하기로 하였다. 7월 4일에는 북한이 ‘특별조사위원회’를 구성하고 조사를 개시하였으며, 일본도 같은 날 합의한 세 가지 대북제재 조치를 해제하기로 결정하였다.