개별 정부부처별로 산발적인 공공재정 지원이 이뤄지면서 상호 연계성이 매우 낮고, 중복 지원·투자되는 경우도 있다. 동시에 특정 사업지구·구역에 공공재정 지원 편중 현상도 발생하고 있다.
개별 정부부처별로 산발적인 공공재정 지원이 이루어지면서 도시재생과 관련된 사업을 추진하고 있으나 상호 연계성은 매우 낮다. 동일 정부부처 내에서도 실국별로 상호 연계가 이루어지지 못하고 개별적으로 추진하는 것이 대부분이다. 자치단체 또한 자체적인 정비계획에 따라 중앙정부나 광역지자체의 공공재원지원 사업과는 별도의 사업을 추진하고 있다. 부처별, 부처 내 부서, 지자체별 지원시기와 방법이 서로 달라 사업간 연계 및 단계적 추진이 어려운 경우가 많으며, 특정사업에 대한 중복 지원·투자로 예산을 낭비하는 것도 허다하다. 공모형식으로 공공재원 지원이 이루어지면서 체계적으로 준비한 지자체나 특정 사업지구·구역에 공공재정 지원이 편중되는 현상도 발생하고 있다.