한국교육개발원은 교육개발협력 연구 전담조직을 설치하고 있고, 평가원과 학술정보원, 평생교육진흥원은 관련부서를 설치하고 있다. 직업능력개발원은 국제교류협력 총괄부서가 있지만, 개별 연구자들이 각자 참여한다. 이렇듯 각 기관마다 전문인력의 부족으로 인해 차이가 나타난다.
<표 VI-1>에서 제시한 교육 관련 정출연의 교육개발협력 연구･사업 추진 조직을 살펴보면, 한국교육개발원은 유일하게 국제교육개발협력연구실이라는 교육개발협력 연구 전담 조직을 설치하고 있다. 그리고 한국교육과정평가원, 한국교육학술정보원, 국가평생교육진흥원의 세 기관은 국제협력 관련 부서를 설치하여, 국제교류협력 업무와 교육개발협력 연구･사업을 함께 담당하고 있다. 한국직업능력개발원의 경우에도 글로벌협력센터라는 국제교류협력 업무 총괄 부서를 설치하고 있지만, 교육개발협력 관련 연구･사업을 직접 담당하지는 않고, 개별 연구자들이 자신의 전문 분야에 따라서, 관련 연구･사업에 참여하는 형태로 수행한다는 특징이 있다. 그리고 한국청소년정책연구원은 별도의 국제업무 담당 조직이 없고, 교육개발협력 연구･사업도 개별 연구자가 참여하는 형태로 진행하고 있다. 또한 국내에서 아직 교육개발협력 분야에 대한 전문인력이 부족하기 때문에, 각 기관마다 전담 인력의 전문성이나 경험에도 차이가 나타난다.