성별영향분석평가법에 따라 기관은 대상선정, 분석평가, 검토 및 의견반영의 과정을 거쳐 분석평가결과를 보고하고, 여성가족부는 국무회의에 종합분석 결과보고서를 보고한 뒤 국회에 제출한다.
성별영향분석평가법에 따른 추진체계를 살펴보면, 제도 운영의 세부 절차는 크게 다섯 단계로 이루어진다.  ① 각 기관의 분석평가 대상 선정 및 분석평가서 작성· 제출(중앙행정기관은 여성가족부에, 지방자치단체는 해당기관의 분석평가책임관에게), ② 분석평가서 검토 및 검토의견서 통보(중앙행정기관은 여성가족부, 지방자치단체 해당기관의 분석평가책임관)  ③ 검토의견서에서 ‘개선의견’을 받은 각 기관(또는 부서)은 검토의견 반영 결과 제출,  ④ 각 기관의 기관담당부서는 분석평가결과를 종합한 종합결과를 여성가족부에 보고,  ⑤ 여성가족부는 종합분석 결과보고서를 작성하여 국무회의에 보고한 후 정기 국회 전에 국회에 제출한다.