고등교육 시장은 노동시장과 체계적인 연계가 배제되어 직업영역에서 졸업자의 부담이 증가했다. 또한 수도권의 정원 통제 정책 및 연구 자금의 배분방식 등으로 지방 대학은 위상이 떨어지고 서울 소재 주요 사립대학에 대한 선호 현상이 심해졌다.
노동시장에 대한 고려와 사회 파트너와의 협력 없이 고등교육시장의 수요와 공급 기제에 고등교육의 대부분을 맡김으로써, 기존 대학들의 경쟁적 학생 수 늘리기와 기존 및 신설 사립 학교법인들의 대학 설립으로 인하여 고등교육 시장은 노동시장과 체계적이고 긴밀한 연계 없이 작동하였고 고등교육과 노동시장의 연계는 대부분의 직업영역에서 졸업자 개인의 몫이 되었다. 또한 고등교육 접근 기회의 확대에 따라 지방의 대학과 정원이 확대되었음에도 불구하고 수도권의 경우 정원 확대를 통제하여, 인구가 집중되던 수도권 대학들의 위치상 유리함으로 인해 “in Seoul” 중심의 서열화와 대입경쟁은 더욱 강화되었다. 또한 평가에 기초한 연구 및 교육 사업자금의 경쟁을 통한 배분 방식은 나름 경쟁력을 가졌던 지방에 소재하는 대학들의 위상을 약화시키고 서울 소재 주요 사립대학의 경쟁력과 선호를 더욱 강화하는 결과를 초래했다.