정부의 비식별 가이드라인 조치에도 불구하고 개인정보가 '재식별'될 가능성이 있다는 점이 비식별 가이드라인의 한계점으로 드러났다. 또한 비식별 가이드라인은 법률적인 명백하고 확실한 성질이 아니라는 점에서 비난받고 있다.
이러한 해석상의 논란과 함께 또 다른 논란을 야기했던 것이 바로 비식별 가이드라인이다. 비식별 가이드라인은 개인정보를 적정하게 비식별조치하여 활용하려는 사업자가 준수하여야 할 기준을 설정하면서, 구체적인 비식별 조치 단계를 4단계로 나누어 각 단계별 조치사항과 유의사항을 상세히 안내하였다. 정부는 비식별 가이드라인 발간자료를 통해 “산업계의 빅데이터 활용이 활성화될 것으로 보이며, 빅데이터 이용에 따른 개인정보 침해 우려도 불식될 것으로 기대”한 것으로 보아 개인정보의 보호와 활용의 조화를 위한 노력의 일환으로 추진한 것으로 보인다. 이러한정부의 취지에도 불구하고, 비식별 가이드라인이 제정된 이후에 오히려개인정보의 개념 정의나 범위에 더욱 혼란을 가져왔다는 비판도 적지 않다. 즉, “비식별 가이드라인에 의하여 비식별화 처리를 한 개인정보는 개인정보가 아닌 것으로 '추정'한다는 것이다. … 문제는 비식별화 처리를해도, 다른 개인정보 데이터베이스와의 결합을 통해 '재식별'될 위험이 존재한다는 것이다. 이와 같은 재식별의 위험성은 정부도 인정하는 바”라고 하여 비식별 가이드라인의 한계와 문제점을 지적하기도 한다. 나아가 최근 참여연대는 비식별 가이드라인을 따른 삼성화재, 현대차, 통신3사 등 20여 개 기업과 한국인터넷진흥원(KISA), 한국정보화진흥원 등 4개공공기관을 개인정보보호법 및 정보통신망법 위반 혐의로 고발하기에 이르렀다. 한편, 맞춤형 광고의 효용성을 높이기 위해서는 보다 정교한개인정보 분석과 처리가 불가피한데, 현행 비식별 가이드라인은 사업자가 안심하고 처리할 수 있는 충분한 기준을 제공하지 못한다는 지적도 있다. 개인정보의 보호를 주장하는 쪽이든 개인정보의 활용을 주장하는쪽이든 현행 비식별 가이드라인은 법적인 명확성을 주지 못하고 있다는 비판이 가해지고 있는 것이다.