규제비용총량제를 운영하기 위해서는 규제와 관련된 비용편익분석을 수행할 능력이 있어야 하는데 현재 정부부처는 이를 수행할 능력이 없어 ,규제비용분석을 관련 연구기관과 외부 전문가에게 맡기고 있다. 이에 정부부처는 경제분석관을 부처 내 배치하고 규제비용분석을 총괄하도록 해야 할 것이다.
규제비용총량제를 적절하게 운영하기 위해서는 정부 부처에 규제와 관련된 비용편익분석을 수행할 수 있는 역량을 갖추어야 한다. 현재 정부 부처에는 비용편익분석을 수행할 수 있는 역량을 갖추지 못하고 있다. 대부분의 부처에서 규제법무담단관실에서 규제비용총량제를 처리하고 있다. 규제를 법적인 측면에서 접근해야 하는 부분도 있으나, 규제 설계는 공공정책적 측면에서 접근해야 하고 동시에 규제비용총량제는 산업정책적 측면에서 접근해야 하므로 규제비용분석을 담당할 수 있는 역량을 갖추어야 한다. 현재 정부 부처 내에는 규제비용분석을 담당할 수 있는 인력을 확보하지 못하고 관련 연구기관과 외부 전문가에게 규제비용분석을 의뢰하여 처리하고 있다. 이는 현재 상황에서 취할 수 있는 적절한 접근이라고 할 수 있다. 그러나 정부 부처는 부처 외부에서 수행한 규제비용분석을 검토하고 조정할 수 있는 전문 인력인 경제분석관를 부처 내에 배치해야 한다. 경제분석관은 규제비용총량제 운영에 있어서 정부 부처 내외의 의견을 조율하고 협의를 주도하면서 규제비용분석을 총괄하는 역할을 담당해야 한다.