부적격 판단은 유죄를 전제로 하는 것이 아니므로 적격성 심사를 통해 야기되는 불이익은 무죄추정의 원칙상의 불이익과는 다르며 적격성 심사 제도는 무죄추정 원칙을 적용하지 않는다. 그러나 부적격은 유죄보다 넓은 의미를 내포하므로 요건을 엄격하게 정해야 하며, 부적격판단에 따른 불이익의 정도가 목적에 적절하도록 정해져야 한다.
헌법재판소는 무죄추정이 금지하는 불이익의 개념에 대해 “여기서 불이익이란 유죄를 근거로 그에 대하여 사회적 비난 내지 기타 응보적 의미의 차별 취급을 가하는 유죄 인정의 효과로서의 불이익을 뜻한다고 할 것이다.”라고 판시한 바 있다. 그런데 부적격 판단은 대상자가 유죄라는 전제에서 내리는 것이 아니며, 오히려 부적격은 유죄보다 외연이 넓은 개념이라고 할 것이다. 즉, 대상자가 체제불법 등으로 유죄의 판결을 받은 경우에는 당연히 임용결격사유 당연퇴직사유에 해당될 것이지만, 범죄를 구성하지 않는 도덕성 능력 부족의 경우에도 임용에 부적격하다는 판단이 내려질 수 있는 것이다. 따라서 적격성 심사를 통해 부여되는 불이익은 무죄추정의 원칙상의 불이익과는 다른 층위의 것으로 적격성 심사 제도는 무죄추정의 원칙의 적용 대상이 아니다. 다만 공소제기가 되었다고 하여도 유죄추정에 근거한 불이익처분을 하기 위해서는 기본권 제한의 필요 최소성이라는 비례의 원칙이 지켜져야 한다고 한 판례의 취지는 준사법기관의 공소제기마저 없는 상황에서 행정청의 결정으로 임용거부처분 또는 해임처분을 내리게 되는 적격성 심사 제도의 경우에도 유효할 것이다. 즉, 부적격의 요건을 엄격하게 규정해야 하고 처분을 내리기 위한 기관 구성, 절차 및 처분에 따른 불이익의 정도도 목적과 비례적인 수준에서 정해져야 한다.