자유학기제 운영, 특히 공통과정과 자율과정의 편제에 대하여 명시된 바가 없어 단위학교에는 다소 혼란이 있다. 국가 수준의 교육과정 지침을 고려해야하기에 실질적으로 단위학교 내 교육과정의 편성, 운영 재량권은 낮은 모습을 보인다.
하지만 자유학기제 운영과 관련하여 공통과정 및 자율과정 등의 편제에 대해서는 명시된 사항이 없기 때문에 단위학교 차원에서는 다소 간의 혼란이 있다. 물론 현재의 자유학기제 교육과정의 편성․운영 안 내가 단위학교의 자율적 편성을 명시하고 있지만 모든 학교의 교육과 정이 국가 수준의 교육과정 지침을 따른다는 점에서 자유학기제 및 이에 따른 다른 학년 및 학교 급의 교육과정 변화를 고려하여 미래지 향적인 교육과정 지침이 새롭게 만들어질 필요가 있다. 현재 교육과정에서는 학교가 자율적으로 교과(군)별 수업 시수를 20% 범위 내에서 증감하여 운영할 수 있도록 하고 있지만(초․중등학교 교육과정, 2009. 12), 여타의 기준이나 정책적인 필요에 따른 지침 등을 고려하면 실질 적으로 단위학교에서 자유학기제를 위한 교육과정의 편성․운영 재량 권은 낮은 실정이다.