헌법은 대통령과 국무총리가 행정 각 부를 통할하되 ‘소관 사무’ 자율성은 인정한다. 국정운영지원조직들의 역할은 제한되며 정부조직법은 헌법과 차이가 있다.
이러한 헌법규정은 헌법은 대통령, 국무총리, 그리고 행정각부의 장으로 행정권을 구성하고 있다. 대통령과 국무총리가 행정각부의 직접적인 통할권을 가지되, 행정각부를 중심으로 행정권을 행사하고 이를 위해 행정각부의 ‘소관사무’에 대한 자율성을 인정하고 있다. 즉 국정운영지원조직으로서 대통령비서실이나 국무조정실의 역할은 제한적으로 수행되어야 하고, 대통령과 국무총리가 행정각부를 통하여 행정권을 행사하는 것이 헌법규정이다. 이러한 점에서 헌법상 규정하고 있지 않은 부총리제도 등을 정부조직법에 규정하는 것은 현행 헌법 규정과는 차이가 있다.