중앙정부는 하수시설 관련 지방비 분담분의 일정 비율을 수계기금을 통해 지원하는데, 최근 들어서 국고보조 교부대상 환경기초시설의 설치 수요가 둔화되고 있다. 이 현상은 국고 보조금의 재원 부족이 원인일 수 있어 수계 상류지역의 환경기초시설 인프라가 성숙단계에 진입했다고 보기는 어려워, 상수원 수질개선을 위해서는 지속적인 노력이 필요하다.
중앙정부에 의해 국고보조 대상 하수시설이 정해지면 지방비 분담분의 일정 비율을 수계기금을 통해 지원하고 있으며, 한강수계의 경우 환경기초시설의 설치 재원 중 수계기금과 국고의 구성비는 2000년부터 2008년까지는 증가와 감소를 반복하는 패턴이었으나 2008년부터 2010년까지는 감소 후 2010년 이후 일정 수준을 유지하고 있는 것으로 나타났으며, 기금 분담비율 20% 수준을 유지하면서 환경기초시설의 설치 확대에 중요한 역할을 해 온 것으로 평가된다. 최근 들어서는 국고보조 교부대상 환경기초시설의 설치 수요가 둔화되는 추세로서 2008년 이후 환경기초시설 설치사업 관련 수계기금의 분담규모도 감소추세를 나타내고 있다. 그러나 이와 같은 국보보조 교부대상 시설의 설치 둔화 현상은 국고 보조금의 재원 부족 등에 따른 대상시설의 제한에 따른 것일 수 있는 바, 수계 상류지역의 환경기초시설 인프라가 성숙단계에 진입하여 투자수요의 실질적 감소가 나타나고 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다. 수계관리기금의 조성과 운용의 최종 목적인 상수원 수질개선이라는 목표를 효과적으로 달성하기 위해서는 수질개선의 효과가 직접적이고 가시적인 환경기초시설 인프라의 확충 및 고도화를 위한 추가적인 노력이 지속적으로 필요하다는 것이다.