중앙과 지방간 협력이 쉽지 않은 것은, 지방자치제 실시 후 교류가 줄어들면서 지방 정부의 기능을 이해 못하는 상황이 지속되면서 서로의 갈등과 협력이 부진해졌기 때문이다.
부처 간 조직구조 및 기능차이의 특성을 이해한다면 중앙과 지방간 협력이 쉽지 않다는 것을 위의 조사결과를 통해 할 수 있다. 중앙부처가 기획을 주로 하는 부처라면 지방자치단체는 국민 생활과 밀접한 업무를 수행한다. 통상정책을 기획하는 중앙정부는 피해가 발생하는 분야와 지역에 대해 세금과 보조금 지급을 통해 문제를 해결하면 그만이지만 실제 피해지역을 담당하고 있는 자치단체에 입장에서는 단순히 보조금이나 세금문제로 해결할 수 없다. 특히 지방자치제가 실시되면서 중앙정부와 지방정부의 교류가 줄어들면서 지방정부의 기능을 이해 못하는 상황의 발생이 지속화되면서 중앙과 지방간 갈등과 협력 부진은 당연한 것이다.