재일상공인의 대북투자는 남북교역과 비슷하지만 사업관련 협의를 진행해 성공한 북한 사람이 직접 사업수행의 주체가 되는 점이 다르다. 교포지도총국이나 해외동포원호위원회를 통해 재일동포 투자자의 신원조회를 거친 후 회사가 세워지면 이를 추진한 북한 파트너가 사장이 되는 것이다. 모든 것이 통전부의 통제와 승인 아래서 진행되고 재일투자자는 회사 설립 후 운영에 참여하지 못하는 결과로 이어졌다.
이에 반해 재일상공인의 대북투자는 통전부가 통제하는 해외동포원호위원회나 교포사업총국이 직접 사업에 참여하지 않고 창구기능만 수행한다는 점에서는 남북교역과 같다. 그러나 실제 사업은 이들 기관과 관계없는 부서의 일꾼이나 사업능력이 있는 개인이 재일동포 투자자와 사업관련 협의를 진행하고 이 과정에서 투자유치에 성공할 경우 사장으로서 직접 사업수행의 주체가 된다는 점에서 차이를 갖는다. 해외동포원호위원회나 교포사업총국 소속 교포지도원은 기본적으로 재일동포에 대한 신상을 파악하고 투자를 유도하는 역할을 한다. 그러나 이들을 직접 투자로 이끄는 역할은 북한의 무역일꾼이든 그렇지 않든 재일동포와 관계를 맺고 해당 정보를 갖고 있는 사업능력이 있는 사람이 진행하였다. 재일동포의 투자를 유치하려는 사람은 재일동포의 신상정보를 교포지도총국이나 해외동포원호위원회를 통해 조총련의 신원조회를 거친 후 투자와 관련된 문건을 작성해 교포지도총국의 승인을 거친 후 진행하였다. 최종 사업승인이 결정되고 합영회사 설립이 논의되면 승인을 획득한 북한 파트너가 해당 회사의 사장이 되는 구조였다(B1, B3). 결국 재일동포 투자자는 자신이 북한의 해당 기업인과 투자와 관련된 논의 및 사업을 진행했다고 생각하지만, 실제로는 통전부의 통제와 승인 하에서 모든 사업이 진행되었던 것이다. 또한, 합영회사 설립의 경우 자신도 모르는 사이에 이미 북한에서 사장이 결정되어 합영회사 설립계약 체결 후 회사운영에 참여하지 못하는 결과로 이어지게 되었다.