일본의 사법경찰직원의 수사는 사실적 색채가 강하고, 검찰관의 수사는 법률적 색채가 짙다. 이러한 양자의 분업적, 상호보완적 협력 관계를 유지함으로써 수사전체가 효율적이고 합리적으로 이루어지도록 하고 있다. 
검찰관의 수사는 보충수사, 보정수사, 독자수사로 나눌 수 있다. 보충수사는 기소와 불기소를 적정하게 행사하기 위하여 사법경찰직원의 수사내용을 보충하는 수사이고, 보정수사는 경찰의 수사에 불비나 결함이 발견되면 이를 보정하는 수사이다. 독자수사는 주로 민법과 상법이 교착하는 사건, 뇌물사건, 조세사건 등 법적 지식이 요구되는 사건에 관하여 진상규명을 위하여 사법경찰직원보다 스스로 수사를 개시하는 것이 적절하다고 판단하여 수사를 진행하는 것이다. 이러한 것을 2차적 수사권이라고 한다. 일본의 수사권은 사법경찰직원의 수사는 사실적 색채가 강하고, 검찰관의 수사는 법률적 색채가 짙다고 보여진다. 양자가 이러한 독특한 특성을 잘 발휘하면서 분업적, 상호보완적 협력 관계를 유지함으로써 수사전체가 효율적이고 합리적으로 이루어지도록 하고 있다.