자유학기는 국가의 교육과정의 틀 안에서 단위학교의 학교교육과정에서 운영되며, 문서에 근거규정을 명시해야 한다. '부가적접근'과  '통합적 접근'의 형태에서 선택, 절충하여 운영할 수 있다.
자유학기는 국가 교육과정의 틀 안에서 단위학교의 학교교육과정과 긴밀하게 연계되어 통합적으로 운영되어야 하며, 이를 위해 국가 교육과정 문서에 근거 규정을명시하여야 한다. 예를 들어, “자유학기 기간 중에는 해당 학기에 배당된 교과교육 시간의 전부 또는 일부를 교과별 핵심성취기준의 학습을 저해하지 않는 범위 안에서 해당 교과와 연계하여 자유학기제의 취지에 부합하는 다양한 탐구 및 체험활동을 위해 활용할 수 있다.”는 규정을 고려 할 수 있다. 단위학교의 학교교육과정 편성·운영에 있어서는 자유학기 프로그램을 교과교육과 독립적으로 운영하는 ‘부가적 접근’과 이를 교과교육과 통합적으로 운영하는‘통합적 접근’을 단위학교별로 선택, 또는 절충하여 운영할 수 있도록 한다.