1998년 교육부는 대안 교육에 '특성화 교과' 개념을 포함, 특성화고등학교는 최대 60% 개설 가능했으나 단지 편성·운영 관행으로서 자율학교 교과 형태로 유지되고 있다. 이는 자율학교도 대안교과 개설이 가능함을 의미해 대안교육의 정체성은 퇴색됐다.
그러나 개교 당시 이들 학교가 실제로 어떤 내용과 방식의 교육을 해야 할지에 관해서는 아무것도 정해진 게 없었다. 교육부는 그 대책으로 1998년 2월에 장관 명의의 특성화고등학교 운영 지침을 시달하고 그 속에 대안교육을 위한 교과목으로 ‘특성화 교과’라는 개념을 담았다. 이 지침에 따르면 특성화고등학교들은 최대 60% 가까이 특성화교과를 개설할 수 있었다(204 단위 중 보통 교과가 82단위 이상). 그러나 아쉽게도 이 지침은 이후 국가 교육과정이나 훈령 등으로 성안되지 못하고 단지 특성화고등학교들의 교육과정 편성·운영 관행으로만 남았다. 현재 이것은 자율학교 제도에 편입되어 자율교과 형태로 명맥이 유지되고 있다. 뒤집어 이야기하면 현재는 대안교육특성화학교가 아니더라도 자율학교로 지정되기만 하면 자율교과라는 틀로서 대안교과들을 개설할 수 있다는 의미다. 즉, 대안적 교육을 구현해내기 위한 정체성은 제도적으로 가치가 퇴색되었다.