유럽특허조약은 컴퓨터 프로그램 등을 특허 받을 수 없는 내용으로 명시하고 있다. 그러나 특허청은 컴퓨터 프로그램이 기술적 특징과 추가적인 기술적 효과를 고려하여 특허를 인정하는 추세이다. 이런 해석 차이로 인해 유럽위원회는 컴퓨터 관련  발명 특허성 지침 제안서를 유럽의회 및 이사회에 제출하였으나, 논란 끝에 부결됨으로써 결국 폐기되었다.
유럽특허조약(EPC)은 특허 받을 수 있는 발명에 대하여 명시적으로 정의하고 있지 않고, EPC 제52조에서 특허 받을 수 없는 내용을 열거하고 있다. 즉, 발견, 과학적 이론, 수학적 방법, 심미적인 창조물, 정신적 행위, 게임방법, 영업방법, 컴퓨터 프로그램 그 자체, 그리고 정보의 제공 등을 특허 받을 수 없는 것으로 명시하고 있다. 그러나 특허청 심판부는 컴퓨터 프로그램이 기술적 특징(technical character)이 있고, 추가적인 기술적 효과(further technical effect)를 발생시키면 특허의 대상으로 인정하는 추세이다. 이러한 상이한 절차와 해석의 차이는 컴퓨터프로그램 관련 발명의 보호에 대한 각국의 차이로 귀결되며, 결국 EU 단일 시장의 활성화를 저해하게 될 것이라는 문제점이 지적되어, 유럽위원회(European Commission)는 ‘컴퓨터 관련 발명의 특허성에 관한 지침(Directive on the Patentability of computer-implemented inventions,2002/0047/COD)’에 대한 제안서를 2002년 2월 유럽의회(European Parliament) 및 유럽이사회(European Council)에 제출하였다. 본 지침에 대한 찬반의 팽팽한 논란이 있었으나, 2005년 7월 유럽의회에서 본 지침을 부결함으로써 사실상 폐기되었다.