헌법 제3조가 그동안 북한을 반국가단체로 보는 헌법 규정이라는 견해와 관련하여 헌재는 국가보안법 제2조 제1항의 반국가단체에 북한이 포함된다고 해석하는 것이 헌법에 위반된다는 판단을 구하는 심판청구를 부정하고 이 부분에 대해 다음과 같이 각하결정을 하였다.
헌법 제3조가 그동안 북한을 반국가단체로 보는 근거로, 그리고 ‘국가보안법’의 근거가 되는 헌법 규정이라는 견해가 있어 왔다. 이와 관련하여 살펴볼 다음과 같은 헌법재판소의 결정례가 있다. 즉 '국가보안법'(1991. 5. 31. 법률 제4373호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항(이하 ‘반국가단체 조항’이라 한다)의 반국가단체에 북한이 포함된다고 해석하는 것이 헌법에 위반된다는 판단을 구하는 심판청구가 있었다. 위 ‘국가보안법’ 제2조 제1항은 반국가단체에 대한 정의를 내리고 있는 조항으로서 “이 법에서 ‘반국가단체’라 함은 정부를 참칭하거나 국가를 변란할 것을 목적으로 하는 국내외의 결사 또는 집단으로서 지휘통솔체제를 갖춘 단체를 말한다”라고 규정하고 있다. 위와 같은 청구는 “∽라고 해석하는 한(해석하는 것이) 헌법에 위반된다”라는 주문을 구하는 한정위헌청구이다. 이러한 청구가 헌법재판소법 제68조 제2항에 의한 헌법소원 심판청구로서 적법한지 여부가 문제 된 것이다. 헌재는 이를 부정하고 이 부분에 대해 다음과 같이 각하결정을 하였다.