항공부문의 재정운용의 합리화를 통해 마련한 투자 재원을 장기적인 계획 하에 체계적으로 집행할 수 있는 방안도 함께 제시되어야 한다.
따라서 이러한 항공운송산업의 중요성과 부가가치 창출을 극대화하고, 기수립된 항공정책기본계획의 실질적이고, 구체적인 실현을 위해서는 무엇보다 우선적으로 항공교통 부문 재정의 건전성과 효율성 측면에 대한 검토가 필요하다. 즉, 가용한 재원의 합리적 운영을 위한 자원 배분과 관련하여 패러다임의 전환이 요구되는 시점이다. 현재 항공교통 부문 세입(영공 통과료, 항행시설 사용료, 공항 시설 사용료, 소음 부담금, 출국납부금, 과징금 등)의 활용내역을 보면, 항공교통 부문의 지속적인 발전을 위한 재투자 및 효율적인 활용이 미흡하고, 세출이 불합리하게 집행됨에 따라 이를 재검토하여 합리적인 개선방안을 수립하여야 한다. 또한 항공부문의 재정운용의 합리화를 통해 마련한 투자 재원을 장기적인 계획 하에 체계적으로 집행할 수 있는 방안도 함께 제시되어야 한다.