정과제지원평가가 분리되어 운용되고 있지만, 최종적으로는 두 가지를 합산하여 기관 수준의 평가를 함으로써 국정과제가 애초에 의도한 과제 중심의 성과관리에서도 멀어지는 결과를 가져오는 것으로 보인다. 따라서 성과는 측정되고 보고되지만, 여전히 개별 조직 혹은 개별 정책 수준에 머물러 있으며, 이는 곧 정책집행의 한계를 더욱 공고화시키게 된다.
정책집행에서 가장 두드러지게 나타나는 문제점은 성과에 대한 측정과 결과의 처리가 여전히 단일 조직 혹은 단일 기능에 초점이 맞추어져 있다는 것이다. 최근에 보고된 140개 국정과제에 대한 정부업무평가위원회의 평가를 보면, 다부처 관련 핵심 정책을 중심으로 부처 간 협업이 얼마나 이루어졌는가가 중요한 평가항목의 하나로 포함되어 있지만, 정책집행의 초기단계에서부터 완결에 이르기까지 누가, 무엇을, 어떻게 함으로써 정책간, 부처 간 협조와 조정이 효과적으로 이뤄질 수 있을 것인가를 처방하고, 집행의 전 과정에서 이러한 활동이 원활히 수행되고 있는지를 점검하며, 그결과 애초에 의도한 정책의 효과가 구현되었는지를 일관되게 관리할 역할이 누구에게 있는지는 여전히 모호하다. 2013년도 국정과제 시행평가계획에 따르면, 국정과제의 집행 이해도를 관리하기 위해 국무조정실에 국정과제상황실을 설치하여 국정과제의 추진상황을 지속적으로 모니터링하도록 하였다. 이러한 시도는 과거 정부업무평가가 사후적 평가에 그친 한계를 극복하는 데는 기여할 수 있으나, 집행의 총괄기능이라기보다는 애초에 설정된 집행일정에 따른 진도관리의 역할에 그치고 있다고 볼 수 있다. 또한 협업과 정책 개선의 적정성 여부가 주요 평가지표로 포함되어 있으나 여전히 사후적 평가에 그치기 때문에 집행과정에서 조직 간 협업과 지속적인 학습을 촉진하는 기능은 미비하다. 더욱이 140개 과제 단위의 국정과제평가와 기관 공통의 국정과제 추진노력을 심사하는 국정과제지원평가가 분리되어 운용되고 있지만, 최종적으로는 두 가지를 합산하여 기관 수준의 평가를 함으로써 국정과제가 애초에 의도한 과제 중심의 성과관리에서도 멀어지는 결과를 가져오는 것으로 보인다. 따라서 성과는 측정되고 보고되지만, 여전히 개별 조직 혹은 개별 정책 수준에 머물러 있으며, 이는 곧 정책집행의 한계를 더욱 공고화시키게 된다.