경영평가제도와 감사원 감사는 정부출연(연) 선진화의 도구로써 활용되는데 경영평가제도는 2005년 연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리 법률이 제정되어 실시되었지만 평가대상기관의 성과개선과 경영의 효율화에 미흡하고 정부출연(연)의 성과관리를 통한 연구성과를 높이는 수단이 되지 못했으므로 성과관리 중심의 기관평가시스템을 개선하거나 대안을 찾아야 한다.
현재 정부출연(연)의 선진화 촉진을 위한 도구로 경영평가제도와 감사원 감사가 활용되고 있다. 경영평가제도는 1984년 도입된 이래 국가연구개발사업의 성과를 제고하기 위해 2005년 12월 연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률이 제정되면서 기관평가 시스템을 전면 개편하여 새로운 평가시스템하에서 실시해오고 있다. 기관평가가 평가대상기관의 성과개선이나 경영의 효율화를 위해 활용되기보다는 통제와 관리수단으로 활용됨으로써  대체적인 평가는 호의적이지 못하다. 실제로 현행 기관평가시스템이 정부출연(연)의 성과관리를 통한 연구성과를 극대화시키는 유효한 수단으로 기능하지 못하고 있다(송환빈, 2007:101-102). 2009년 3월 31일 발표된 ‘2008년 공공기관 고객만족도 조사결과’에 따르면 무려 17개 기관이 2년 연속 “미흡하다”는 평가를 받음으로써 경영평가가 공공기관의 혁신으로 연계되지 않고 있음을 알 수 있다. 또한 2009년 6월 기관평가 결과 발표자료에서는 ‘기관장에 대한 평가’ 결과와 ‘기관평가’ 결과가 일치하지 않음으로써 기존의 경영평가제가 제 기능을 발휘하지 못하고 있음을 확인할 수 있다. 따라서 정부연구개발예산의 약 40%를 사용하고 있는 정부출연(연)의 성과창출이 미흡한 것은 시급히 해결하기 위해서는 기존의 성과관리 중심의 기관평가시스템을 개선하거나 새로운 대안을 모색하여야 한다.