3단계는 순비용을 측정하는 단계이다. 규제로 인해 발생하는 기업 부담증가분을 계산하여 분석하며, 분석 기간은 규제가 계속되는 기간으로 하되 기본값을 10년으로 잡는다. 이를 연간균등기업순비용으로 환산하여 규제비용총량제에 적용한다. 폐지나 완화규제에 대해서도 동일하게 비용 분석을 하여 규제 총량을 일정하게 유지한다.
3단계에서 도출된 직접비용 및 직접편익 항목을 토대로 구체적인 데이터를 이용하여 순비용을 측정하는 단계로서, 우선 규제시행 이전상태(baseline)를 설정하는 것이 중요하다. 신규규제의 경우, 규제도입 이전 상태의 순비용을 ‘0’으로 설정하고, 규제도입에 의해 추가적으로 순비용이 발생하는 부분에 대해서만 계산하여 측정한다. 예를 들어, 발전소의 신재생에너지 의무공급량을 1.2GW에서 1.5GW로 상향조정하는 규제를 가정할 경우, 의무공급량 확대에 의한 추가적인 기업 부담증가분은 0.3GW(1.5GW-1.2GW)이므로, 규제도입으로 인해 추가적으로 발생하는 0.3GW를 이행하기 위한 부담증가분에 대해서만 분석한다. 분석 시 분석대상 기간은 원칙적으로 당해 규제안의 존속 기한으로 하되, 기간이 특정되지 않았을 시에는 기본값을 10년으로 설정하고 현재가치 환산을 위한 사회적 할인율 5.5%를 적용하여 분석한다. 이렇게 도출된 현재가치는 규제비용총량제 적용을 위해 연간균등기업순비용(equivalent annual net cost to business)6)으로 환산하고, 이에 상응하는 폐지·완화규제에 대해서도 동일한 비용분석을 실시하여 규제의 총량을 일정하게 유지한다.