교육개발협력 연구에 있어서 유관 기관들의 협업체계를 구축할 필요가 있지만, 기관별 특성 등으로 협업의 지속이 어려운 상태이다. 각 연결망에서 중심기관들 간의 협업이 중요하므로 안정적인 예산확보 및 지원방안이 필요하다.
셋째, 교육개발협력 연구･사업 예산의 대부분을 외부 재원에 의존하기 때문에, 연구･사업의 안정적인 추진이 어렵고, 기관간의 협업을 지속하기에도 한계가 있다. 각 기관이 수행하는 교육개발협력 연구･사업 예산의 출처가 상이하고, 발주기관의 요청에 따라 진행되거나 공모에 참여해야 하기 때문에, 타 기관과의 안정적인 협업이 어려운 실정이다. 또한 기관별로 행재정시스템도 다르고, 특히 교육 관련 기관들은 국제업무를 추진하기 위한 예산 집행에 어려움을 겪고 있다. 따라서 협업이라는 큰 틀 속에서 교육개발협력 연구･사업 예산을 안정적으로 확보하고, 기관간의 협업을 중장기적으로 추진할 수 있는 지원 방안 모색이 필요하다. 아울러 기관 차원에서도 협업을 통한 교육개발협력 연구･사업의 추진을 위한 행재정시스템의 개선 방안을 모색할 필요가 있다.