법 제 12조 제3호에 명시된 비과세 항목들에는 여러가지 문제점이 있다. 22개의 항목에 시행령까지 열거된 항목의 수가 많고 복잡한 것, 비과세의 취지에 맞지 않는 항목, 오래전에 도입된 비과세 항목이 사회 경제 환경 변화에 대한 시대 적절성을 반영하지 못하는 것 그리고 비과세 소득 규정과 근로소득으로 보지 않는 소득 규정이 비슷하여 세법체계의 일관성을 해치는 것과 같은 문제를 개선해야 할 것으로 보인다. 
법 제12조 제3호에 열거된 비과세 항목들을 자세히 살펴보면 몇 가지 중요한 문제들이 있음을 알 수 있다. 첫째, 비과세 항목이 상당히 많고 복잡하다. 법 제12조 제3호에 열거된 항목이 가목부터 어목까지 총 22개 항목이다. 그리고 개별 항목 중 일부는 시행령에 위임하여 훨씬 더 많은 항목을 비과세로 규정하고 있다. 예를 들면, 사목에 규정된 실비변상적 급여의 구체적인 내용은 시행령 제12조에서 규정하는데, 서로 다른 14개의 항목으로 구성된다. 둘째, 일부 비과세 항목은 비과세의 취지에 맞지 않는 것으로 판단된다. 예를 들면, 시행령 제12조 실비변상적 급여 규정의 제13호에는 국가 또는 지방자치단체가 지급하는 보육교사 근무환경개선비, 사립유치원 교사 인건비, 전공의 수련보조수당 등을 비과세하도록 규정하고 있는데, 이들이 실비변상적 급여에 해당하는지 의문이다. 셋째, 도입된 지 오래되어 사회 · 경제 환경의 변화를 반영하여 수정할 필요가 있는 항목들도 있다. 법 제12조 제3호에 열거된 22개 항목 중 14개 항목은 1970년대 또는 그 이전에 도입되었으며, 2000년대에 도입된 것은 4개 항목뿐이다. 1970년대에 도입된 비과세 항목들이 40여년이 지난 현 시점에도 비과세를 유지하는 것이 타당한지 검토해 볼 필요가 있다. 마지막으로 근로소득으로 보지 않는 소득 규정과 비과세 소득 규정의 정합성 문제가 있다. 법 제20조와 시행령 제38조에서 규정한 근로소득으로 보지 않는 소득과 제12조에서 규정한 비과세 소득을 비교해 보면, 근로소득으로 보지 않는 소득의 성격이 비과세 소득과 유사함에도 불구하고 별도로 규정되어 세법체계의 일관성을 저해한다는 문제가 있는 것으로 판단된다.