일본의 고용시스템에서 기업별노조는 정년과 근속연수에 따른 지위 및 임금 상승이 보장되는 정규직노동자들의 이해를 대변하며 여성과 비정규 노동자는 배제했었다. 고용시스템이 붕괴되면서 여성과 비정규노동자의 처우는 매우 악화되었으나 기업별노조는 이들의 처우악화에 효과적으로 대응하지 못했다.
일본의 고용시스템은 종신고용, 연공임금체계, 그리고 현장교육을 통한 교육훈련과 인재육성 시스템에 의해 유지되어 왔다고 할 수 있다. 이러한 고용시스템 하에서 정규직노동자들은 정년까지 고용이 보장되었고, 근속연수가 길어짐에 따라 지위와 임금이 올라갔으며, 재직기간중에 받은 현장교육과 배치전환을 통해 자신들의 경력을 쌓아 갈 수 있었다. 일본의 기업별노조는 지금까지 이러한 정규직노동자들의 이해를 대변해 오면서, 일본식 고용시스템의 발전에 일조해 왔다고 볼 수 있다. 이러한 일본식 고용시스템에서 대부분 남성·정규직노동자가 유리한 처우를 받을 수 있었고 여성과 비정규 노동자는 배제되어 왔다. 1990년대 이후, 버블 경제가 붕괴되고, 장기적인 경기침체가 지속되어 오면서, 일본식 고용시스템은 서서히 붕괴되기 시작했으며, 남성·정규직노동자를 포함한 전체 노동자의 노동조건은 악화되어 갔다. 그 중에서도 여성과 비정규직노동자의 처우가 집중적으로 악화되어 왔는데, 기존의 기업별노조가 이들의 처우악화에 효과적으로 대응해 오지 못했다는 것이 일반적인 평가이다.