선박의 등록이 매우 복잡하고 세금이 부과되는 문제점으로 레저선박의 무등록이나 미등록이 발생하고 있다. 이로 인해 행정처리의 제약 등 문제가 생길 수 있다. 각 법령마다 다른  명칭으로 개념적 혼란을 야기한 제도상의 한계점도 있다.
레저선박의 등록과 관련된 주요 이슈에서 보듯이 레저선박의 등록과 관련된 가장 큰 문제점은 등록 자체를 하지 않는 무등록이나 미등록이 발생한다는 점이다. 레저선박에서 무등록과 미등록이 나타나는 원인은 선박의 등록제도 자체가 매우 복잡하다는 것과 함께 등록에 따른 세금문제 등이 주요 원인으로 작용하게 된다. 하지만 무등록이나 미등록으로 인해 레저선박에 대한 각종 행정처리의 제약과 더불어 안전사고 발생 시 대처방안, 세금부과, 범죄 등 각종 사회적 문제를 야기할 수 있다. 레저선박 등록제도가 마련되어 있음에도 불구하고 무등록/미등록이 나타나는 원인은 레저선박 소유자 개인의 문제일 수 있지만 이와 관련된 제도의 운용에도 한계점이 있다. 무엇보다도 2000년 이후 개인 소유 레저선박의 보급이 점차 확산되고 이를 수용하기 위하여 각 법령마다 각기 다른 명칭을 사용하면서 개념적 혼란이 있다.