대학TLO와 대학기술지주회사의 자립화방안에 대해 기술료 배분이 대두된다. 대학과 공공연의 기술료 수입의 증가는 기술이전, 사업화에 재투자될 필요가 있고, 현행 규정에서 발명자에게 절반 이상의 보상이 이루어지고 있다. 담당자 인터뷰 결과 의사결정권자가 발명자인 경우가 많아 발명자 보상 비율 대비 재투자 비율이 낮다는 지적이 있었다. 재투자 비율을 높이기 위해서는 조직 역량 강화도 필요하다.
대학TLO와 대학기술지주회사의 자립화방안과 관련하여 기술료 배분이 중요한 주제로 대두되고 있다. 앞 절에서 살펴본 바와 같이 대학과 공공(연)의 기술료 수입은 지속적으로 증가하고 있는데, 이들 수익이 실제로 기술이전·사업화에 재투자될 필요가 있다. 현행 규정에 따르면 비영리법인의 경우 징수한 기술료 중 정부출연금 지분의 50% 이상은 연 구자(발명자)에게, 10% 이상은 이전·사업화 비용으로 사용하도록 하고 있다. 발명자에 대한 보상비중이 지나치게 높다는 지적도 있지만, 실제로는 이보다 더 많은 발명자 보상 이 이루어지는 것이 현실이다. 한 조사에 따르면, 대학의 기술료수입 중 발명자 보상비율 은 59.2%로 나타났다(교육부·한국연구재단, 2016: 56). 대상사업 평가를 위해 인터뷰한 대학 TLO 담당자들도 공통적으로 대학에서 의사결정권자가 발명자(연구자)인 경우가 많 아 기술료 수입 중 발명자 보상 비율이 지나치게 높아 기관차원에서 기술이전·사업화에 재투자할 비율이 낮다는 점을 지적하고 있다. 다만 대학TLO운영지원 등 기술이전·사업화에 대한 기술료 재투자 비율을 높이기 위해서는 이들 조직의 역량 강화도 필요하다. 대상사업 평가를 위해 만난 C대학 TLO 담당자는 “연구자(발명자)가 기술이전 대상자까지 물색하여  대학TLO에  기술이전을  위한  행정적  절차를  의뢰하는  경우,  TLO의  기여도가 낮다는 점을 들어 발명자 보상을 많이 가져간다”는 점을 지적하기도 하였다.