지방자치단체는 자치단체장이 지역주민들과의 소통을 중요하게 여겨서 지역 주민의 참여나 모니터링의 활성화에 관심을 가지고 있다. 반면 중앙행정기관장은 임명직이므로 공무원들의 민관협력에 대한 관심이 상대적으로 약해서 중앙행정기관의젠더 거버넌스에 기초한 성별 영향분석 평가제도 활성화는 어려움이 있다.
둘째, 지방자치단체는 자치단체장이 행정을 수행하면서 지역주민들과의 소통을 중요하게 여기는 분위기가 있어 민관협력에 기초한 지역 주민의 참여, 모니터링의 활성화에 단체장이 관심을 갖고 있기 때문이다. 실제로 서울시는 시장 직속으로 성평등위원회를 설치하였고, 분과위원회로 성 주류화 위원회, 성별영향분석평가위원회 등을 운영하고 있다. 또한 일부 지방 자치단체에서는 자치구의 여성정책을 평가하는 항목에 성별영향분석평가 컨설팅을 포함시켜 공무원이 성인지 전문가의 자문을 받고 소통하면서 분석평가서를 작성하도록 유도하고 있다. 반면에 중앙행정기관은 기관장이 임명직이므로, 민관협력을 해야 하는 동기가 강하지 않기 때문에 공무원들의 민관협력에 대한 관심이 상대적으로 약하다. 따라서 중앙행정기관이 젠더 거버넌스에 기초해서 성별영향분석평가제도를 활성화시키는 데 현실적인 어려움이 있다. 여성가족부는 중앙성별영향분석평가위원회를 구성하면서 성인지 전문가, 여성단체 활동가를 위원으로 위촉하여 민관협력에 기초해서 위원회를 운영하고 있다. 그러나 아직까지 다른 중앙행정기관에서는 민관협력에 기초한 활동이 나타나지 않고 있다.