지방교육재정 제도는 재원이 혼재되어 있으므로 양자를 구분하고 중앙정부에 의한 교부금을 공통경비와 인건비를 포함한 경상경비 지원에 국한 하는 등, 각각의 기능을 이행할 개선책이 필요하다.
현행 지방교육재정 제도는 지방의 자율성을 보장하는 재원과 중앙정부에서 통제하는 재원이 혼재되어 있어 명확하게 구분되지 않는 문제점이 존재한다. 이에 양자를 명확하게 구분하고 각각 주어진 기능을 충실히 할 수 있도록 개선할 필요가 있는데, 중앙정부에 의한 교부금은 전국적 공통 경비 그리고 인건비를 포함한 경상경비 지원에 국한하도록 하는 방안을 고려해야 한다. <표 4- 2013년을 기준으로 인건비 31.7조원(43.2%) 및 물건비 1.5조원을 포함한 지방교육재정의 세출 규모는 33.2조원에 달하는데, 지방교육교부금 40.8조원에 비추어 볼 때 이 중에서 7.6조원은 중앙정부의 과다 지원 근거가 될 수 있는 것이다.