일본은 보장복수노조와 복수 교섭 동시 허용하지만, 사용자가 도전적인 노조에 차별을 가하는 등 부당노동행위도 발견된다. 이는 노조 활동과 노사관계에서의 복잡성을 가중시킨다.
일본에서는 헌법 28조에 보장된 노동기본권의 정신에 따라 복수노조와 복수 교섭을 동시에 허용하고 있다. 복수노조가 병존할 경우 단결권은 물론 단체교섭권에서도 노동조합들 사이의 등등한 권리를 보장하고 있는 것이다. 하지만, 사용자가 복수노조 상황을 이용하여 사용자에 협조적인 노조를 선호하고 사용자에 도전적인 노조에 차별을 가하는 부당노동행위를 자행함으로써 모든 노동자에게 결사의 자유와 단체교섭권을 보장한다는 헌법적 취지를 무력화시키는 사례도 발견되고 있다. 이러한 사례들은 기업별노조 체계에서의 복수노조 ‘병존’ 상황과 맞물리면서 노조 활동과 노사관계에서의 복잡성을 가중시키는 것으로 보인다.