인적자원정책국은 2004년에 3개 국으로 확대됐다. 인적자원총괄국은 학술진흥과 산학협력이 분리되어 인적자원개발국으로 이관됐다. 이는 그 총괄･조정 기능을 약화시켜, 교육인적자원부의 논의 기구로 전락했다는 비판을 받았다.
2003년 하반기의 인적자원정책국은 정책총괄과, 정책조정과, 학술산학협력과, 정책분석과 등 4개 과에 36명의 인원을 보유하였다. 이러한 조직이 2004년엔 인적자원총괄국, 인적자원개발국, 인적자원관리국 등 3개 국으로 확대되었다. 인적자원총괄국에 인력수급정책과와 평가지원과가 생기고 학술진흥과 산학협력은 분리되어 인적자원개발국으로 이관되었다. 인적자원정책국의 기능 변화는 국 설치의 근본 이유인 총괄･조정의 기능이 약화되는 경향을 보였다. 인적자원정책국이 처음 설치된 2001년부터 2002년까지 정책 기획･입안 업무의 비중이 52.2%를 차지하였으나 점차 집행 업무 비중이 증가하였고, 이로 인해 범정부적 인적자원정책 의제 발굴과 조정, 평가 기능이 약화되어 인적자원개발회의가 교육인적자원부 의제 중심으로 논의하는 기구로 전락했다는 비판을 불러왔다.