통일준비위원회는 민간이 주도하고 있지만 사실 한계가 있기 때문에 정부기관이 참여할 필요가 있는지에 관해 논의가 필요하다. 분과 사이 벽을 없애 보다 긴밀한 협업 체제를 만들어야 하고, 과학 등 추가적인 분과가 필요한가에 대해서도 검토가 필요하다.
통일준비위원회는 정부와 민간의 협력기구로서 유기적 연계시스템을 구축하여야 한다. 통일준비위원회는 기본적으로 민간이 주도하고 정부가 협력하는 방식으로 운영되었다. 그러나 통일문제는 시민단체나 개인 차원에서 추진할 수 있는 문제도 있지만 정부 차원에서 진행해야 하는 문제도 많다. 따라서 통일준비위원회에서 정부부처의 역할을 더욱 활성화할 필요는 없는지, 더욱 다양한 부처 및 기관의 참여가 필요하지는 않는 지에 대한 검토가 필요하다. 민간과 정부가 더욱 치열한 토론을 함께할 수 있는 환경 조성이 필요하며, 민간 위원 간에도 쟁점 중심의 보다 밀도 있는 내부 토론을 할 수 있도록 구조화하여야 한다. 분과 간 벽을 낮춰 보다 유연한 분과 간 협업 체제 구축이 필요함은 물론 과학 분야 등 추가적인 분과의 설치 가능성도 검토할 필요가 있다. 무엇 보다도 남북관계 등 상황적 요인에 관계없이 위원장 주재 회의가 보다 정례화되고 효율 적으로 운영되어야 한다.