경찰 선도프로그램은 운영기관별로 프로그램이 진행된다. 학교전담경찰관은 해당자가 프로그램을 마칠때까지 참여 여부를 체크하며, 프로그램 이수 후 결과통보서를 받거나 스스로 작성한 후 KICS에 기재한다. 
경찰 선도프로그램 진행은 대상자 선정, 동의서 작성, 프로그램 운영, 수료결과 편철･통보, KICS 입력 등의 절차로 이뤄진다. 각 프로그램별 참여대상자 선정 기준에 따라 대상자가 선정된 후에는 해당 청소년･보호자의 개인정보 활용 동의서를 받아 프로그램 운영기관 및 병원에 명단이 통보되고, 각 운영기관별로 프로그램이 진행된다. 이때 학교전담경찰관은 해당 청소년이 프로그램을 수료 할 때까지 수시로 프로그램 참여 여부를 확인한다. 해당 청소년이 선도프로그램을 이수한 후, 학교전담경찰관은 결과통보서를 운영기관으로부터 회신 받거나 (자체선도프로그램의 경우)직접 작성하여 수사 서류에 편철 보관하고, 사건 송치 전에 선도프로그램 참여 여부를 형사사법시스템 (KICS)에 입력한다.