특정 목적의 사업 요구에 대응하는 기금은 국가 고유의 재정활동에 맞춘 예산과 차이를 지닌다. 기금은 기금관리주체가 운영계획을 수립하고 다양한 사업을 수행한다는 점에서 통제되는 예산 보다 자율성과 탄력성이 높다.
특정 목적의 사업 요구에 대응하는 기금은 “특정 자금을 운용하며 출연금‧부담금 등을 주요 재원으로 한다는 점, 특정 수입과 지출의 연계가 강하다는 점, 합목적성 차원에서 상대적으로 자율성과 탄력성이 강하다는 점”을 들어 국가 고유의 일반적 재정활동에 초점을 둔 예산(일반회계)과 차이를 지닌다. 기금은 예산에 속하는 특별회계와는 유사한 점이 있으나 특별회계의 경우 특정 사업을 운영하고 특정 자금을 운용한다는 점에서 기금과 유사하지만 특정 세입으로 충당한다는 점에서 내부 부담금을 포함하여 다양한 재원을 활용하는 기금과는 차이가 있다. 기금은 기금관리주체가 운영계획을 수립하고, 목적에 부합하는 다양한 사업을 수행한다는 점에서 합법성에 입각하여 엄격하게 통제되는 예산에 비해 자율성과 탄력성도 높다.