온라인수업의 목표는 교과 미이수 문제해결과 개설이 어려운 선택과목의 보장이다. 미이수 교과와 희소 선택과목은 동일한 수업방식이지만, 어떤 목적인지에 따라 다른 성격을 갖는다. 즉 학교현장에서 미이수 과목을 “보충 학습과정”으로 간주하여 졸업이수 단위에 포함하지 않는다. 이는 학생이 그 수업 참여의무도 없으며 수업 미이수로 졸업을 못하는 것은 아니기 때문으로 보인다.
온라인수업은 크게 두 가지 목표와 그에 따른 대상을 상정하고 운영해 왔다. 첫째는 학교 간 교육과정 차이로 인해 발생한 전･편입 학생의 교과 미이수 문제를 해결하는 것이고, 둘째는 교원 수급 및 교실 여건의 한계로 인해 단위학교에서 개설하기 어려운 희소 선택과목에 대한 교과선택권을 보장하는 것이다. 미이수 교과와 희소 선택과목이라는 것은 학생이 온라인수업을 신청하는 맥락에 의해 붙여진 이름의 차이일 뿐 수업 운영 방식의 측면에서는 동일하게 운영된다. 그러나 어떤 목적으로 온라인수업을 신청하였는지에 따라 온라인수업의 성격은 매우 달라진다는 점에 주목할 필요가 있다. 즉, 미이수 교과 학습의 경우 학교 현장에서는 정규 수업으로 간주하지 않고 “보충 학습 과정”으로 운영되고 있다. 부연하면, 미이수 과목을 “보충 학습 과정”으로 운영한다는 것은 학교 교육과정의 일환으로 운영된 정규 수업으로 인정하지 않음을 의미하며, 학교 교육과정 이수 및 졸업이수 단위와 과정에 포함하지 않는다는 것을 뜻 한다. 학교 현장에서 미이수 교과를 보충학습 과정으로 운영하는 이유는 한국사와 같이 필수과목을 수강하지 못한 학생이 발생할 시, 단위학교에서는 온라인수업, 거점학교 운영 등을 통해 수업을 제공해야 하지만, 학생이 그 수업에 반드시 참여할 의무도 없으며 수업을 이수하지 않았다고 해서 졸업을 하지 못하는 것도 아니기 때문인 것으로 이해된다.