지방자치단체들이 직접 학교로 전출하는 교육경비보조금은 재원의 규모보다는 사용 내역을 모니터할 장치가 없다는 것이 문제로 지적된다. 또 재량적 이전수입의 지역간 편차도 문제가 될 수 있다.
그 밖에 2014년도 결산기준 자료에 따르면 지방자치단체들이 직접 학교회계로 전출하는 ‘교육경비보조금’은 시지역과 도지역이 각각 5,116억원, 8,017억원에 해당하여 지방자치단체 전체로 볼 때 약 1조 3,313억원에 달하였다. 재원의 규모 자체만 보면 자치단체가 교육청을 통해서 지원하는 사업보다 크지만 전체적인 교육재정 세출 규모 대비 ‘교육경비보조금’ 비중은 2014년 기준 약 2% 정도에 불과하였다. 따라서 교육경비보조금의 경우, 재원규모의 증가세보다는 전체 회계상에서 사업규모나 내용이 드러나지 않는 구조, 즉 모니터할 장치가 부재하다는 점이 문제점으로 파악된다. 그 밖에도 교육경비보조금과 관련하여 문제점으로 지적되고 있는 것은 의무조항이 아닌 ‘재량적 이전수입(비법정 이전수입)’의 지역 간 편차에 대한 우려 등이 있다.