네거티브 규제체계는 자율성을 최대한 보장하지만 모든 법령의 형식을 구현할 수는 없다. 따라서 신산업과 관련된 많은 규제요소들 중 소수의 사례만을 해결할 수 있다는 점이 이 제도의 근본적 한계점이다.
우리나라에서는 규제완화의 수단으로서 네거티브 규제체계를 활용하고 있지만, 사실상 우리나라이외에 네거티브 규제체계를 규제완화의 수단으로 활용하고 있는 국가는 없는 실정이다. 그 이유는 네거티브 규제체계가 포지티브 방식에 비해 시장의 자율성을 최대한 보장할 수 있다는 점은 인정하지만, 모든 법령의 형식을 네거티브 방식으로 구현할 수는 없기 때문이다. 실제로 신산업과 관련하여 상당히 많은 규제적 요소를 지적하고 있으나, 이러한 규제요소가 모두 네거티브 방식을 적용함으로써 해결될 수 있는 성질의 것이 아니며, 사실상 제4차 산업혁명의 발전을 저해하는 다수의 규제요소를 나열하였을 때 매우 소수의 사례만이 네거티브 방식을 적용함으로써 해결할 수 있다는 점은 네거티브 규제개혁이 갖는 근본적인 한계점이다.