청년공제의 성과에 대한 논란 중 가장 큰 쟁점은 집행실적이다. 2017년 낮은 예산집행률로 시작해 대폭적 지원 확장이 발표된 이후 타당성 문제가 이슈가 되었다.
2016년 도입 이후 시간이 경과하면서 청년공제의 성과에 대한 논란이 점점 활발히 일어나고 있는데, 현재까지 진행된 청년공제의 성과와 관련된 논란 중 가장 크게 이슈화된 것은 바로 집행실적이다. 구체적으로는 2017년도 청년공제에서의 낮은 예산집행률에 관한 것인데, 해당 이슈는 2017년 하반기부터 이슈화되기 시작하였으며, 추경예산을 통해 대폭적인 지원규모 및 지원수준에서의 확장이 발표된 2018년 3월 이후 정치권 및 언론에 의해 사업 확장의 타당성에 대한 문제제기가 이루어지면서 청년공제의 성과와 관련하여 가장 큰 쟁점이 되었다.