위원회는 전원위원회 이외에 상임위원회와 침해구제제1위원회 등의 소위원회를 설치하여 운영하며 이를 통해 운영에 관한 전반적인 사항을 합의제로 처리하고 있다.
위원회는 주요 업무의 수행 및 의사결정을 위하여 인권위원 전원으로 구성된 전원위원회 이외에 상임위원회와 소위원회로서 침해구제제1위원회(검·경·군·국정원·입법부·사법부 분야), 침해구제제2위원회[구금·보호시설(장애인·정신건강증진시설 제외), 기타 인권침해 분야], 차별시정위원회(차별시정 분야), 장애인차별시정위원회(장애차별, 장애인·정신건강증진시설 분야), 아동권리위원회[만19세 미만 아동(장애 제외)]를 설치하여 운영하고 있으며, 이를 통해 정책, 조사등의 주요 업무 및 위원회 운영에 관한 전반적인 사항을 합의제 형식으로 처리해나가고 있다.