보건복지부는 건강보험제도의 관장자로서 관련 정책을 결정하며 건강보험 업무 전반을 총괄한다. 요양급여 기준부터 비용 및 가입자의 보험료 수준 등 주요 내용을 의결하기 위한 조직을 두고 있다.
국민건강보험제도는 보건복지부를 정점으로 한 보험자․피보험자․의료서비스 제공자의 3자간의 관계에 기초한다(보건복지부, 2012). 보건복지부는 건강보험제도의 관장자로서 관련 정책을 결정하며 건강보험 업무 전반을 총괄한다. 요양급여 기준, 요양급여 비용, 가입자의 보험료 수준 등 건강보험에 관한 주요 내용을 의결하기 위한 조직으로 보건복지부 장관 소속, 건강보험심의위원회를 두고 있다. 국민건강보험공단은 건강보험의 보험자로서 보험가입자 자격관리, 보험료의 부과ㆍ징수 및 보험급여 비용 지급 등의 업무를 수행한다. 건강보험심사평가원은 요양기관으로부터 청구된 요양급여 비용을 심사하고 요양급여의 적정성을 평가한다.  이와 같이 건강보험제도를 관리․운영하는 기관 외에 건강보험 적용대상자와 의료서비스를 제공하는 요양기관이 있다. 국민건강보험법 제5조는 건강보험 적용대상자의 자격에 대해 규정하고 있으며, 적용대상자는 직장가입자와 지역가입자, 그리고 피부양자로 구분하고, 이들은 건강보험 요양급여의 대상자가 된다. 국민건강보험법 제40조는 예외적인 경우를 제외하고는 우리나라의 모든 요양기관으로 하여금 건강보험 보험급여로 정해진 의료서비스를 제공하도록 의무화하고 있다.