단위 학교가 자유학기를 의미 있게 운영하기 위해서는 정부의 지원이 필수적이다. 2016년부터 자유학기제가 모든 중학교에 실시될 경우 연구학교와 희망학교는 지원을 받기 어려울 것으로 보인다. 그러므로 국가와 지방자치단체는 자유학기 활동 운영에 대한 지원 시스템을 구축할 필요가 있다.
단위 학교가 자유학기를 지역 및 학교 자원을 활용하여 창의적이고 특색 있게 운영함으로써 학생들에게 유의미한 경험을 제공하기 위해서는 특히 자유학기 활동의 편성·운영에 대한 정책적 지원이 필수불가결하다. 자유학기제의 시범학교인 연구학교의 경우 학교당 3,000만원, 희망학교의 경우도 학교당 2,000∼3,000만원이 지원되고 있다. 이들 시범학교들은 이 지원예산을 활용하여 [그림 Ⅵ-2-3]에 제시되어 있는 항목들에 투입하여 다양한 활동을 전개하고 있다. 그렇지만 2016년부터 자유학기제가 모든 중학교에 전면 실시되었을 때 연구학교와 희망학교와 같은 형태로 정부가 지원하는 것은 어려울 것으로 예상된다. 따라서 국가와 시·도 지방자치단체가 연계된 체제(two track)를 구축하여 단위 학교의 자유학기 활동 운영 지원을 고려해 볼 필요가 있다. 시·도 지방자치단체의 자유학기제 지원 근거는 자유학기 활동이 지역 인사는 물론 학생들이 지역에 나가 지역의 시설·설비를 활용하기 때문에 학교만의 문제가 아니라 지역의 문제이기도 하기 때문이다.