NCS 학습모듈 효용성 평가 실행은 평가관리위원회에서 관리를 진행하고, 학습모듈 평가는 우선순위에 따라 순차적으로 평가한다. 
NCS 학습모듈 효용성 평가의 실행은 교육부에서 평가 운영·관리 전담기관을 지정하고 전담기관에서 평가관리위원회(가칭)를 소집한 다음 평가위원 선정, 평가 준비, 모의평가와 본평가 실시, 평가결과 관리 등을 진행하는 것으로 제안하였다. 학습모듈의 평가는 전체 학습모듈을 대상으로 하되 중분류 또는 소분류 수준에서 결정된 우선순위에 따라 시차를 두고 순차적으로 평가하게 될 것이다. 학습모듈 평가는 세분류별 평가위원들이 한자리에 모여 평가를 위한 연수를 받고 의견을 공유하는 것이 중요하다. 평가지표는 ‘학습모듈의 기본 특성 진단’, ‘학습모듈의 완성도 평가’, ‘학습모듈의 체계 평가’와 ‘학습모듈의 활용도 기술’의 네 가지 영역으로 구성하였다.