투자 효율 부문은 국가 재원 활용 방안과 연관있는 정책으로 역대정부 모두 투자 효율화 시책을 수립, 추진했으나 효과가 미흡했다. 이는 정부 부처의 잦은 변동으로 목표 달성이 어려웠기에 중장기 투자전략 수립이 제기되고 있다.
투자 효율화 부문은 국가 재원 활용 방안과도 밀접한 연관을 맺는 정책 분야로 역대정부 모두 연구개발 사전기획 및 연계･조정 체계 구축, 연구개발 성과 평가 시스템구축, 연구개발 성과 관리 체제 개선 등 다양한 투자 효율화 시책을 수립, 추진하였으나 정책 효과가 점차 미흡해지는 양상을 보였다. 이는 사업 간 연계성을 파악하고 투자 중복에 대응하기 위한 범부처적 협력 체계 구축에 초점을 맞추어 추진되었으나 정부 부처의 잦은 변동으로 인해 관련 정책 목표 달성에 어려움을 겪었던 것으로 보인다. 이를 극복하기 위해 최근 정책평가에서는 정부 부처 변동에 대응하는 중장기 투자전략의 수립 필요성이 제기되고 있다(과학기술부, 2008, pp.329-414; 교육과학기술부, 2013, pp.43-45; 미래창조과학부, 2017, pp.136-149).