제주도민은 정부의 해군기지 계획에 맞서 이를 무효화했다. 그러나 2006년 다시 불거진 해군기지 논의와 영향 평가 발표로 찬반 토론회가 열리게 되었으며 국무조정실은 도민의 동의를 전제로 한 건설을 약속했다. 이후 이루어진 해군기지 건설 기초조사에 여러 지역에서 이에 대항하는 모습을 보여주었다.
1993년 처음으로 제주도에 해군기지를 만들겠다는 구상이 나온 후, 정부는 1994년 강정마을에서 서쪽으로 20km 떨어진 남제주군(현재 서귀포시) 안덕면 화순항에 해군기지 건설을 검토하였다. 그러나 이때부터 이를 반대하는 제주도민대책위원회와 안덕면 대책위원회가 구성되어 꾸준한 활동을 했던 결과, 2002년 도민여론조사를 실시하였다. 그 결과 과반수 이상인 58.2%가 안덕면 해군기지 건설에 반대하는 것으로 나타나자 해군기지 건설 계획은 무산되었다(임재영, 2002). 그리고서는 제주도 해군기지 건설에 대한 논란이 사그라진 듯 보이다가 갑자기 2006년 6월 김태환 제주도지사가 해군과 합의를 통해 제주특별자치도 해군기지 건설관련 영향분석 테스크포스팀(TFT)을 구성하며 해군기지 논의가 재개되었다. 같은 해 8월에 해군이 ‘제주해군기지 건설을 위한 영향평가’를 실시하고, 12월 영향분석조사 결과를 발표하였다. 다음해인 2007년 1월 김태환 도지사는 해군기지 찬성･반대 토론회를 개최하겠다고 발표했으며 동시에 국무조정실에서는 ‘해군기지와 평화의 섬은 양립가능하다’는 정부설명회와 함께 도민동의를 얻어 해군기지 건설 계획을 수행하겠다는 내용을 발표했다. 이후 해군은 2월에 남원읍 위미1리에 해군기지 건설 기초조사에 착수하였지만, 위미 지역에서는 반대여론이 거세게 일어났다(덕진, 2014). 이때부터 다시 범제주도 차원에서 군기지 건설에 반대하는 여론 활동이 소규모로 진행되었다.