정치인 및 학자들의 PAYGO제도의 입법권한 제약에 대해 우려의 의견이 있다. PAYGO원칙의 적용에 대해 입법권제한 가능성이 있으므로 국회 내 의견은 대체로  부정적이다.
우리나라에서 논의되고 있는 재정준칙에 대한 입법권 제한의 측면에 대하여 먼저 논의할 필요가 있다. 정문종(2006)은 예산편성권한이 행정부가 있는 상황에서 국회의 예산과정에 통제가 강화되는 것은 국회의 권한을 지나치게 약화시키는 것이라고 주장하며 다수의 정치인 및 학자들도 PAYGO제도의 입법권한 제약에 대하여 우려의 논평을 내고 있다. 또한 국회의원의 입법 활동에 제동을 가한다는 점에서 야당 의원들이 과도한 입법권 침해라고 반발하는 동시에 여당 일각에서도 국회 입법권 침해 소지가 있다는 의견이 나옴에 따라 현재 입법절차가 진행되지 못하고 상임위에 계류된 상태다. 의원입법에 대한 PAYGO원칙 적용에 대한 국회 내 시각은 대체로 부정적, 회의적 논의가 적지 않다. 먼저 정부나 국회가 의무지출을 증가시키는 법안을 제출할 때, 재원조달 방안을 별도의 법안으로 제출토록 의무화한 법안(이만우 의원 안)은 재원조달 방안만 첨부하는 일반적인 PAYGO법보다 훨씬 강한 조치이다. 이에 따른 의원 입법권의 제한이 나타날 수 있다는 점에서 일각에서는 반대하는 목소리가 있다.