사업반대측은 행정기관에 대해 ‘내재산 지킴이’의 명확한 지침 부재, 정보공개 미흡, 구청과 시청의 일 미루기, 조합의 위법 행위에 대한 미흡한 조치 등을 강하게 비판하였다. 
또한 사업반대측은 행정기관에 대해서도 강도 높은 비판을 계속하는 상황이었음을 알 수가 있다. 즉 ‘내재산 지킴이’는 도정법 75조에 의거해서 행정관청이 결단을 내려서 정확한 지침을 내려주는 것이 필요하고, 부평구청은 오류투성이의 자료들을 기초로 하여 정비계획변경 인가 등 각종 인가를 내주고 있고, 정보공개를 제대로 하지 않는다고 불신하고 있으며, 구청에서 전 조합원을 상대로 정비계획 변경을 하는 경우의 부개4구역의 실제 수익성에 대해서 알려주어야 할 의무가 있는데 하지 않고 있음을 비판하고 있다. 또한 사업반대측은 구청과 시청이 서로 미루는 것도 문제이고, 주민들에게 설명을 해주지 않고 있고, 조합 운영상의 위법한 점들에 대해 행정조치를 충실히 하지 않고 있다고 주장하고 있는 상황이다.