여성가족부의 학교 밖 청소년 지원센터의 운영은 아직 초기단계라 학교 밖 청소년 지원의 중심역할을 감당하고 있지 못하는데, 이로 인해 학교 밖 청소년 지원이 각 부처에 따라 분절되는 양상을 보인다. 따라서 정부 부처 및 부서간 상호협조 체제 마련과 부서 간 정보공유 등을 통해 공조체제가 마련되어야 한다.
현재 여성가족부에서는 학교 밖 청소년 지원센터의 운영을 통해 학교 밖 청소년 지원의 중심역할을 담당하려는 노력 중에 있으나 센터의 운영이 아직 초기단계인 만큼 그 역할을 충분히 감당하지 못하고 있다. 이에 학교 밖 청소년에 대한 지원은 하나의 체계 안에서 통합되어 유기적으로 진행되지 못하고 각 부처에 따라 각자의 전달체계 내에서 수행됨으로써 지원정책의 분절화 양상을 보인다. 그 결과 각 정책들이 수혜자인 학교 밖 청소년들에게 효율적으로 전달되지 못하는 상황이 발생하게 된다. 이러한 상황에서 학교 밖 청소년 지원 정책의 효율적 전달 및 시행을 위해서는 정부 부처 및 부서 간 공조체제를 마련할 필요가 있다. 유관 부처 및 부서들의 공조체제를 확립하기 위해서는 우선적으로 협의체를 구성하고 이를 정례화함으로써 업무 공조가 일회성 행사로 그치지 않고 지속적으로 진행되도록 해야 한다. 부처 간 공조의 예로는 2015년 5월, 여성가족부를 비롯하여 교육부, 고용노동부, 법무부 등 관계부처들이 합동으로 학교 밖 청소년 지원대책을 마련한 것을 들 수 있다. 그러나 중앙 부처에서 상호협조 체제를 마련하였다 하더라도 이러한 사항이 일선 현장에까지 충분히 전달되지 않은 상황들이 빈번히 발생하고 있는 것이 현실이다. 따라서 일선 현장에 부처 간 공조방침을 보다 명확히 알리고 협조를 요청할 필요가 있다. 또한 부서 간 공조체제가 활성화되기 위해서는 부서 간 정보공유는 물론 유관 업무 담당자 간 파견을 통한 교류 및 인사이동을 통해 상호 업무에 대한 이해를 증진시키는 것도 하나의 방안으로 고려해 볼 필요가 있다.