위원회는 임신중절 관련 형법의 검토와 위험한 임신중절의 합병증 관리 서비스 제공을 요구했지만 정부는 외면했다. 보건복지부는 모자보건법 위반 중절 수술을 비도덕적으로 보고 처벌안을 입법예고 했지만, 관련 의료단체의 반발 등으로 철회했다.
위원회는 지난 2011년 최종 견해에서 서 “임신중절을 한 여성들에게 부과되는 처벌 조항들을 삭제할 목적으로 임신중절과 관련된 법, 특히 형법을 검토할 것을 고려하고, 안전하지 않은 임신중절로부터 발생할 수 있는 합병증 관리를 위해 양질의 서비스를 제공할 것”을 촉구하였으나(제34조), 정부는 이에 대하여 아무런 조치를 취하지 않았다. 특히, 2016년 9월 보건복지부는 ‘｢모자보건법｣ 제14조 제1항을 위반해 임신중절 수술을 한 경우’를 ‘비도덕적 진료행위’ 로 규정하여 적발 시 최대 1년간 의사 자격 정지가 가능하도록 하는 ‘의료관계 행정처분 규칙 일부 개정령(안)’(이하 의료법 규칙 등 개정령안)을 입법 예고하여 대한산부인과의사회 등이 임신중절 수술 전면 중단을 선언하는 등의 일련의 사태를 촉발시키기도 했다. 이에 대한 비판 여론이 거세자, 정부는 위 개정령안을 스스로 철회하였다.