지역 자율성 극대화를 위해 포괄보조방식의 역할과 책임의 명확한 규명이 필요하다. 지방분권화 수준이 낮은 상태에서는 포괄보조방식을 강요하기보다는 인센티브를 통한 연착륙을 유도해야 한다.
셋째, 포괄보조방식이 지역 자율성과 재정 분권의 효과를 극대화하기 위한 본래의 제도 적용 목적을 달성할 수 있도록 지방정부의 사업 기획 역량은 물론 재정 책임성에 대한 감독, 사업시행 권한, 재정관리 권한 등에 대한 역할과 책임이 명확하게 규명‧제시되어야 한다. 지방분권화 수준이나 지방정부의 역량이 충분히 성숙되지 않은 상태에서 성급하게 포괄보조방식의 적용을 강요할 수 없다. 포괄보조방식의 정착 과정에서는 성과 인센티브를 통해 새로운 사업 운용 방식의 안정적 연착륙을 유인해볼 수 있다. 다만 성과 인센티브 지급을 비롯하여 포괄보조방식은 성과관리 체계와 병행하여 검토될 때, 제도 운영의 시너지를 기대할 수 있다.