규제비용관리제의 도입으로 담당공무원들은 규제비용분석이라는 추가적인 업무가 발생하였다고 인식하고 있었다. 특히 비용편익분석은 사실상 매우 전문적인 영역으로서 일반인에게는 부담이 매우 크다.
더욱이 규제비용관리제의 도입으로 기존에 형식적으로 운영되고 있던 규제영향분석서상의 비용편익분석도 강화되어 규제비용편익을 계량화하여 제시하도록 의무화함에 따라 담당공무원의 입장에서는 규제비용관리제의 도입으로 결국 규제비용관리제와 규제영향분석에 포함되는 규제비용을 모두 표준화된 방식에 의해 측정하여야 하는 부담이 발생하는 측면이 있다. 실제로 담당 공무원들은 규제비용관리제의 도입으로 인하여 규제비용분석이라는 추가적인 업무가 발생하였다고 인식하고 있었다. 특히 비용편익분석은 사실상 매우 전문적인 영역으로서 누구나 매뉴얼을 보고 수행할 수 있는 수준의 업무가 아니라는 인식이 일반적이어서 사실상 공무원들이 느끼는 부담의 수준은 해당 전문가가 느끼는 수준의 부담과는 비교할 수 없을 정도로 크다고 볼 수 있다.