검사나 사법경찰관은 통신사실확인자료를 제공받았다면, 사실확인등  필요사항을 적은 대장과 제공요청서등 자료를 소속기관에 비치하고 보존해야 한다. 전기통신사업자는 제공한 사실을 자료로 보존하고 미래창조과학부 장관에게 연2회 보고해야 하며 7년간 보존헤애 한다.
한편 검사 또는 사법경찰관은 통신사실확인자료 제공을 받은 때에는 당해 통신사실확인자료 제공요청사실 등 필요한 사항을 기재한 대장과 통신사실확인자료 제공요청서 등 관련자료를 소속기관에 비치하여야 하고(통신비밀보호법 제13조 제5항), 지방법원 또는 지원은 통신사실확인자료 제공 요청허가청구를 받은 현황, 이를 허가한 현황 및 관련된 자료를 보존하여야 한다(통신비밀보호법 제13조 제6항). 그리고 전기통신사업자는 검사, 사법경찰관 또는 정보수사 기관의 장에게 통신사실확인자료를 제공한 때에는 자료제공현황 등을 연 2회 미래창조과학부장관에게 보고하고, 당해 통신사실확인자료 제공사실 등 필요한 사항을 기재한 대장과 통신사실확인자료 제공요청서 등 관련자료를 통신사실 확인자료를 제공한 날부터 7년간 비치하여야 하는데(통신비밀보호법 제13조 제7항), 미래창조과학부장관은 전기통신사업자가 보고한 내용의 사실여부 및 비치하여야 하는 대장 등 관련자료의 관리실태를 점검할 수 있다(통신비밀보호법 제13조 제8항). 그 밖에 범죄수사를 위한 통신사실확인자료 제공과 관련된 사항에 관하여는 제6조(동조 제7항을 제외한다)의 규정을 준용한다.