압수·수색은 자유권 침해를 예방하기 위해 형사소송법 상 특별한 규정이 있을 때만 가능하고 법원의 영장이 요구된다. 따라서 유인 자동차에 적용하던 기존의 압수·수색 규정을 피처분자가 부재하는 무인 자동차에 그대로 적용하기는 현실적으로 불가능 할 수 있다.
유인 자동차에 비해 범죄에 악용될 가능성이 높다는 이유 만으로 운행 중인 무인 자동차를 무턱대고 세워 놓고 뒤질 수는 없다. 압수·수색과 같은 강제처분은 시민의 자유를 침해할 소지가 크기 때문에 형사소송법에 특별한 규정이 있는 경우에만 이루어질 수 있고, 법원의 영장을 필요로 하는 것이 원칙이다. 문제는 종래의 형사소송법상 압수· 수색 규정이 무인 자동차에 대해서도 그대로 적용될 수 있는가이다. 현행법상 압수·수색 영장은 반드시 사전에 제시될 것이 요구되는데, 무인 자동차의 경우에는 피처분자의 부재로 인해 영장을 제시하는 것이 현실적으로 불가능 할 수 있다. 물론 이 경우 대법원 판례는 영장의 제시 없이도 압수·수색이 가능하다는 입장을 취하고 있으나, 피처분자로 하여금 영장의 내용과 범위를 미리 인지할 수 있도록 하는 영장 제시 제도의 취지를 구현할 수 있도록 그 방법을 다시금 고민해볼 필요가 있다. 한편 기동성을 특징으로 하는 자동차에 대해서는 영장을 발부받을 시간적 여유가 없다는 이유로 영장주의의 예외가 인정될 가능성이 크다는 점도 문제로 지적된다.