일본은 SOFA와 특별협정에 의해 비용을 부담하는데 이 중 미군의 비용 요구는 가급적 충족시켜준다. 또한 추가요소가 발생할 경우 '2+2 안보협의위원회’에서 최종결정하여 지원한다.
일본의 경우 SOFA에 의해서는 시설비(건설과 운영유지), 기지주변 민원해결 을 위한 시설 건설/정비, 국유지/사유지 임대료, 기지이전 비용 그리고 주일미군 에 대한 공무피해 보상비를 분담하고 있고, 특별협정에 의해서는 고용원 인건비 와 공공요금(수도, 전기, 가스비 등), 훈련장 이전비 등을 부담한다. 일본은 미군 이 요구하는 비용의 항목이 타당하다고 판단되면 가급적 충족시켜 주고자 하고, SOFA나 특별협정에 규정되어 있지 않은 추가소요가 발생할 경우에도 협의하여 융통성있게 지원하고 있다. 지원내용에 대한 최종적인 결정은 양측 국무장관(외무상)과 국방장관(방위상)이 연례적으로 만나는 ‘2+2 안보협의위원회’(Security Consultative Committee)에서 결정된다. 2013 회계연도의 주일미군 지원예산은 <표 8>과 같다.