대통령을 위원장으로 하는 국가인적자원위원회와 국가과학기술위원회가 중복된다는 쟁점은 서로 간의 협의와 대통령에게 위임하는 것으로 조정되었으며, 지역혁신협의회는 수도권까지 포함하는 지역인적자원개발협의체를 하부분과로 두는 조건으로 개정되었다.
둘째, 국가인적자원위원회가 이 보다 앞서 대통령을 위원장으로 출범한 국가과학기술위원회와 중복된다는 문제제기가 있었다. 당시 야당측의 이주호 교육위원회 위원은 국가과학기술위원회가 과학기술부와 교육인적자원부의 업무 중복을 조정하기 위해 만들어진 것인데 또 국가인적자원위원회를 만드는 것은 불필요하다는 주장을 피력했다. 이 쟁점은 두 차례의 국무조정실 주재 관계부처 1급 회의, 총리 주재 관계 장관회의 등 정부 내에서도 갈등이 있었지만 두 위원회 간의 협의와 대통령에게 위임하는 방식으로 조정되었다. 끝으로 지역인적자원개발협의회가 국가균형발전법에 근거한 지역혁신협의회와 중첩된다는 점과 평생교육법 개정에 수록된 지역평생교육･인적자원개발위원회와도 차별점이 없다는 것이 제기되었다. 이 논쟁은 당시 최재성 소위원장이 시･도시사의 자율에 맡기면 된다고 하여 협상을 마무리지었다. 이로써 개정안은 지역혁신협의회의 하부분과로 지역인적자원개발협의체를 두는 법적 근거를 마련하고, 지역혁신위원회의 지원이 제외되어 있었던 수도권까지 포함하는 내용을 담게 되었다.