교육전문대학원 교육과정에 대해서 부정적 의견들이 있었다. 2+4체제에 관해서는 학자 입장에서 필요한 내용과 교수자 입장에서 필요한 내용의 혼재, 석사 학위를 위한 과정으로만 오인될 수 있다는 우려, 복수 전공으로 인한 학습 효과 저하 우려 등이 주 내용이었다.
둘째, 교육전문대학원 교육과정에 대해서도 다양한 의견을 제시하였는데, 긍정적인 이견보다는 부정적인 의견이 더 많았다. 먼저 2+4체제에서 일반대학에서 교과내용학을 모두 가르치도록 되어 있는데 이것이 바람직한가에 대한 의문이 제기하였다. 이러한 의견의 배경은 교사가 학교 교과를 가르치는데 필요한 내용학 지식은 학문적인 내용학 지식과는 차별되어야 한다는 관점에 근거한 것이다. 또한 2+4체제는 예비 교사의 연구 역량 증대를 위해 6년차에 실행 연구를 통한 논문작성과정을 포함시켰는데 이것이 오히려 석사 학위를 위한 형식적인 과정에 그칠 수 있다는 우려를 제기하였다. 학위를 위한 목적 보다는 다른 방식으로 접근해야 원래 취지와 목적을 달성할 수 있을 것이라는 것이다. 마지막으로 참여 교수들 중 일부는 2+4체제가 복수 전공을 기본으로 하는데 분산 효과와 임용 과목 선택 문제 등으로 인해 둘 다 심화하여 수학하기가 어려울 것이라는 의견도 제시하였다. 자칫 두 마리 토끼를 다 놓칠 수 있다는 우려이다.