장애 영유아은 특수교육운영위원회의 결정에 따라 유치원, 입소 우선순위 기준에 따라 어린이집의 배치가 이루어진다. 이러한 이원화된 배치 시스템은 다면적인 문제들을 야기한다.
현재의 ‘이원화’된 배치 시스템에서는 장애정도나 유형 등을 고려한 장애 영유아 중심의 배치가 어려운 상황이다. 장애 영유아의 유치원 배치는 교육청 소속의 특수교육지원센터 주도로 장애 정도와 상황, 관내 유치원의 장애 영유아 수용 정원을 감안하여 특수교육운영위원회의 결정으로 배치된다. 이에 반해 어린이집의 경우는 부모의 신청에 따라 입소 우선순위 기준에 준하여 이루어지고 있다. 이로 인해 장애 영유아에게는 적시에 제공되어야하는 개별화된 지원이 쉽지 않고, 장애 영유아를 담당하는 어린이집의 경우 반 구성, 보육활동의 운영, 담당교사의 확보 등 다면적인 문제들이 수반되고 있다.