컨설팅은 평가제외대학과 별도조치대학을 대상으로 운영되었으며, 기본 방향은 대학 교육의 질 제고를 위한 노력을 지원하는 것이었다. 진행 방식은 보고서를 제출하면 서면검토를 통해 면담컨설팅을 실시하는 식으로 운영되었다.
이외에 평가제외대학과 별도조치대학을 대상으로 컨설팅이 운영되었다. 평가제외대학 컨설팅의 대상 대학은 총 21개 교로 평가 제외 사유는 신설, 전환, 통폐합으로 인해 2015년 기준 편제완 성 후 2년이 되지 못한 경우, 대학 전체가 종교 지도자 양성 목적 학과인 경우, 재학생 정원 전체가 예체능계 계열 학과인 경우 등이다. 컨설팅 기본 방향은 대학구조개혁평가의 취지 및 내용을 공유하고 대학 교육의 질 제고를 위한 자율적 노력을 지원하는 것이다. 컨설팅 진행 방식은 1주기 평가지표에 해당하는 정량자료 및 자체평가보고서를 제출하고, 컨설팅 팀이 서면검토를 통해 컨설팅 내용을 구성하여 면담 컨설팅을 실시하는 것으로, 평가지표별로 해당 대학의 위치 등 정보를 제공하고, 면담 컨설팅을 실시한 후 컨설팅 결과를 바탕으로 자체발전계획서를 작성하여 발전 노력을 기울이도록 권고하였다.