등록제의 장점은 기관의 평가에 따라 조사물량을 할당할 수 있어 경쟁체제를 구비할 수 있다는 것과, 신규 조사기관의 자유로운 진입을 들 수 있다. 단점은 좁은 기술구분을 담당하는 다수의 기관에 의하여 선행기술조사가 수행되기 때문에 기관을 관리하는 것이 어렵고, 매년 새롭게 응모하기 때문에 기관운영에 변동성이 생겨 추후 기관의 처리물량에 대한 품질을 떨어트릴 수 있다는 것이다. 
이에 반하여 등록제의 장점으로는 첫째, 등록제에서는 매년 기술분야 및 조사건수에 대하여 품질과 가격의 요소를 주된 요소로 하는 기관의 평가에 기초하여 조사물량의 할당이 가능하므로, 복수의 조사기관 사이에 선행기술조사보고서의 품질향상 및 가격인하에 대한 경쟁 유인 효과가 기대된다는 점(경쟁체제의 구비)을 들 수 있다. 다만 이러한 효과는 어느 정도 규모가 갖추어진 기관에 대하여 현저하게 나타날 가능성이 있다고 생각된다. 둘째로, 지정제에서는 관리주체(특허청)에 의한 추가 지정이 없는 한, 조사기관의 수에 변동이 없으나, 등록제에서는 일정한 등록요건을 충족하면 신규로 선행기술조사기관으로 등록이 될 수 있으므로(신규 조사기관의 자유로운 진입), 선행기술조사 사업을 희망하는 기관의 신규진입이 가능하다는 점을 들 수 있다. 단점으로는, 우선 지정제에 비하여 상대적으로 협소한 기술구분을 담당하는 다수의 기관에 의하여 선행기술 조사가 수행되므로, 선행기술조사기관에 대한 품질관리, 물량관리 등 선행기술조사기관의 관리가 상대적으로 곤란함(관리의 곤란성)을 들 수 있고, 둘째로, 다수의 선행기술조사기관에 매년 관리주체(특허청)에서 공모되는 기술분야 및 조사건수에 대하여 응모하여야 하고, 응모하더라도 품질, 가격의 측면에서 경쟁자에 비하여 저평가 되는 경우에는 물량의 수주가 되지 않는 경우도 발생하므로, 조사기관의 인력과 예산 등의 운영의 측면에서 변동성이 증가하고(기관운영의 변동성), 이는 향후 각 기관의 처리물량 및 품질에 악영향을 미칠 수 있다는 점이 예상된다.