이처럼 협력체계가 원활하게 작동하고 있지 않은 것은 업무 하달 방식과 수직적 관계 유지, 제도운영의 분절 때문이다. 체계의 동일한 구성원이라는 자각이 없는 것이다. 따라서 서로의 상황을 이해하고 특성에 맞게 운영하며, 평가모델도 정립해야 한다.
위와 같이 중앙-지역 간 협력체계가 원활하게 작동하고 있지 않은 것은 중앙의 업무 하달 방식과 담당자들에게 내면화된 중앙-광역-기초 지방자치 단체의 수직적 관계가 유지되고 있고, 실질적인 제도운영 과정이 각 기관별로 이루어지고 있기 때문으로 보인다. 협력체계라는 형식으로 운영되고 있지만 국가사무를 대리해서 운영하고 있는 지방정부의 경험과 예산상의 제약이 이들을 스스로 협력체계의 동일한 구성원임을 자각하지 못하게 하는 것으로 보인다. 따라서 이러한 수직적 관계를 타파하고 협력적인 관계를 모색하기 위하여 먼저 중앙과 광역, 기초 단위의 성별영향분석평가 실무자, 컨설턴트 등이 서로의 상황에 대한 이해를 통해 실질적인 협력의 관계를 모색해야 할 것이다. 지역별, 상황별 이해를 바탕으로 기관의 특성에 맞는 운영과 지역별 특성에 맞는 분석평가 수행 모델을 정립하여 환류를 통한 제도적 확대가 필요한 것으로 보인다.