지문등록시스템을 위한 개인정보 생명주기에 따른 수집과정에서 오류와 해킹으로 인한 개인정보 유출의 가능성은 열려있다. 이와 관련해 공익근무요원이 출퇴근용 카드발급시스템을 이용하더라도 예방이 가능하다.
그럼에도 불구하고, 개인정보 생명주기에 따라 수집과정에서 명확한 인식과 설명(개인정보 열람･정정･삭제 청구권) 없는 수집의 위험성, 저장관리 과정에서 해킹에 의한 유출 및 삭제, 이용 및 제공과정에서 다른 개인정보 데이터베이스와의 결합에 따른 오･남용(특성, 습관, 행동, 감정추론) 사례가 발생할 가능성이 존재하며, 원데이터의 복원이나 당사자 역추적 등도 가능하므로 개인정보 유출 가능성을 배제할 수는 없다. 본 진정사건과 관련하여 공익근무요원들에 대한 복무(근태)관리는 담당자가 지속적인점검을 통하여 이를 감독할 수가 있으며, 부득이하게 출퇴근용 카드발급시스템을 사용한다 하더라도 충분히 예방할 수 있으므로 지문등록시스템 도입은 침해의 최소성에 맞지 않다고 판단된다.