정부는 국제기구와 협력해 북한의 모자보건사업을 추진 중이다. 북한의 임산부, 영유아를 위한 백신기금과 식량을 지원했고 어린이 백신지원사업을 공동실시했다.
또한 2014년 3월 28일 「한반도 평화통일을 위한 구상」에 따라 국제기구와 협력하여 북한의 영유아 및 임산부를 위한 모자보건사업을 추진하고 있다. 정부는 유엔아동기금(UNICEF)를 통해 1세 미만 영유아 및 임산부 대상 주요 질병에 대한 필수백신 지원 사업에 기금을 지원하였다. 또한 영유아 및 임산부의 영양실조를 예방하기 위해 세계식량계획(WFP)을 통해 영양성분이 강화된 슈퍼씨리얼과 비스킷 등을 지원하였다. 이외에도 국제 NGO와도 협력의 범위를 확대하여 2015년에는 북한 어린이 백신 지원사업을 공동으로 실시하기도 하였다.