국가 교육과정과 관련하여 자유학기제 운영 계획에 중심으로 담아야 할 것은, 국가 교육과정에 담아야 하는 교과와 자유학기 활동 등의 기본적 사항과 더불어 법적 구속성이 있는 국가 교육과정에 제시하기 곤란한 활동시간 같은 사항들이다. 
국가 교육과정과 관련시켜 볼 때 ‘자유학기제 운영 계획’은 국가 교육과정에 담아야 할 기본적 사항과 국가 교육과정에 제시하기 곤란한 문제를 중심으로 담아야 한다. 예컨대 국가 교육과정에 담아야 할 기본적 사항으로 자유학기 교육과정 영역 및 자유학기 활동 영역 등을 들 수 있다. 자유학기 교육과정 영역을 ‘운영 계획(안)’과 같이 ‘공통 교과(기본 교과)’와 ‘자율과정’으로 구분하게 되면 이 용어는 국가 교육과정상 충돌되는 문제가 있기 때문에, 예컨대 본 연구에서 제안한 ‘교과’와 ‘자유학기 활동’ 과 같은 대안적 용어로 대체할 필요가 있다. 여기서 ‘자유학기 활동’은 진로 탐색 활동, 동아리 활동, 교과 연계 창의활동, 체육·예술 활동 등으로 한다고 규정해 볼 수 있다. ‘자유학기제 운영 계획’의 이러한 작업을 바탕으로 국가 교육과정에서는 자유학기 교육과정에 대한 편성·운영 안내 지침을 마련하게 되는 것이다. 한편 국가 교육과정에 제시하기 곤란한 문제가 있을 수 있다. 예컨대 자유학기 활동시간을 국가 교육과정에 제시할 수 있지만 이에 대해서는 견해의 차이가 있을 수 있다. 국가교육과정 문서에 자유학기 활동 시간을 제시하게 되면 전국의 모든 중학교가 이 시간 기준을 따라야 한다. 학교 규모 및 지역 특성 등에 따라 시간 운영이 다양할 수밖에 없다는 점을 감안해 볼 때 법적 구속성을 지니고 있는 국가 교육과정 문서에 제시하는 데는 상당한 부담이 될 수 있다. 따라서 이러한 문제는 ‘자유학기제 운영 계획’에 안내하는 것이 적절하다고 할 수 있다.