비인가 대안학교는 교육적 욕구 충족을 위해 설립되는 것 외에도 장애아 교육과 같은 특수교육을 위해 설립되기도 한다. 이미 우리나라에는 특수교육 전문 교육기관이 존재하며, 교육정책 및 행정체계도 갖추어져 있다. 하지만 양과 질 모두 그 수요에 부응하지 못하고 있으며 국가의 지원이 여전히 부족하다.
그런데, 모든 비인가 대안학교들이 이처럼 기존 공교육에서 충족되지 않는 교육적 욕구 때문에 존재하는, 일부에서 비판적인 시각으로 보는 ‘배부른 자들의 선택’인 것만은 아니다. 오히려 기존 공교육 시스템에서 받아줄 역량이 없기 때문에 생존을 위해서 선택하지 않으면 안 되는 곳도 있다. 표적집단면담에서 확인한 장애아들을 위한 대안학교가 대표적이다. 우리나라에는 특수교육 전문 교육기관들이 전국에 산재해 있고 이들을 위한 교육정책과 행정체제도 비교적 잘 갖추어져 있기는 하다. 하지만, 그런 시설들은 양적으로나 질적으로 수요에 부응하지 못하고 있다. 한 자폐아 부모가 그 아이를 맡기려고 29기관의 문을 두드렸으나 29곳 모두에서 거절을 당했다는 이야기는 듣는 이들까지도 눈물과 한숨을 감추기 어려웠다. 우리 사회의 복지제도나 서비스가 2000년 대 이후에 괄목할 만한 진전을 이루기는 했지만, 아직도 사회 구석구석에 손길이 닿지 못하는 곳이 적지 않음을 확인할 수 있었다. 문제는 국가를 대신하여 그런 굳은 일을 맡아 하는데도 그런 기관이나 관계자들에게 국가가 지원은커녕 아무런 관심 조차 기울이지 않는다는 사실이다. 지원을 요구하는 학부모나 대안학교 관계자들에게 담당 공무원들이 ‘왜 이런 일을 해서 우리까지 고생시키느냐’고 했다는 말은 그저 사실이 아니기를 바랄 뿐이다.