배출권 거래제도의 원할한 시행을 위해서는 할당량 조정, 환경규제, 기업의 부담감등의 환경규제가 미칠 영향에 대해서  담당 부처 간 합의가 이루어져야 한다.
세 번째는 관련 부처 간 합의가 선제적으로 필요하다. 2015년부터 시행하기로 한 배출권 거래제도는 시행시기가 2015년 1월로 몇 개월 안 남았는데 할당계획과 가격에 대해 확정되지 못하고 의사결정이 늦어졌다. 온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률 제13조에서는 할당대상업체는 매 계획기간 시작 4개월 전까지 할당신청서를 작성해 주무기관에 제출하도록 되어있음에도 기업별로 얼마나 할당량을 조정해야 하는지를 두고 환경부와 기획재정부, 산업통상자원부 등의 의견이 서로 엇갈리고 있고 확정을 짓지 못하고 있다. 이로 인해 기업과 산업에서는 환경규제가 미칠 영향과 기업이 준비해야 할 사항에대해 예측 가능해야하는데 부처 간 합의가 이루어지지 않아 신뢰성이 떨어지는 결과를 초래하고 있다.