감사원의 2010년도 감사운영 목표는 국책사업 점검과 민생안정 지원 및 공직기강 확립으로 자율시정을 통한 공공기관의 선진화이다. 대상 사업과 정책에 대한 객관적 검토분석으로 평가결과와 대안을 제시하여 개선을 통한 변화를 유인하도록 한다.
한편, 감사원은 2010년도 감사운영 목표를 국책사업 점검과 민생안정 지원 및 공직기강 확립에 두고 공공기관 선진화 추진실태에 대한 감사에 역점을 두고 있다(감사원, 2010). 선진화와 관련한 감사원의 공공기관 감사는 궁극적으로 자율시정을 통한 공공기관의 선진화를 유도코자 하는 것이다. 대상 사업과 정책에 대한 경제성, 능률성 및 효과성을 객관적으로 검토분석하여 평가결과와 대안을 제시하여 개선을 통한 변화를 도모토록 하는 것이다. <표 5>에서 볼 수 있는 바와 같이 2010년 이후부터는 정부출연(연)에 대한 감사원 등 외부감사는 주로 선진화 추진실태에 대한 실지감사나 현장지도에 맞추어져 있다. 이와 같이 감사원 등 외부감사기관들에 의해 이루어지고 있는 감사활동이 기관의 선진화 추진에 어떤 영향을 주는지에 대해서는 아직 분명한 사례는 발견되지 않고 있다. 다만 정부출연(연)의 구성원들 사이에는 상당히 불편한 감정을 갖고 있는 것이 현실이다.