지역개발계정의 기타사업은 종래의 국가보조금의 성격을 가지며, 지방자치단체의 의지 여하와 관계없이 국가에 의해 예산이 편성된다. 기타계정은 자율편성이나 균형발전의 성격이 두드러지지지 않으며 일반 국고보조금 사업 절차에 따라 예산이 편성된다.
그러나, 이처럼 서로 다른 균형발전과 자율성 강화라는 두 가지 목적을 추구하는 과정에서 만들어진 균특회계는 일부 계정에서는 자율성 강화와 무관한 방식으로 예산배분이 이루어지는 사업들이 포함되었고, 일부 계정에서는 균형발전과 무관한 사업들이 포함되었다. 예컨대 지역개발계정의 기타사업은 국가정책목표의 달성을 위해서 필요한 사업들을 모아 놓은 잔여적 개념의 사업군으로 2008년도 기준으로 약 1.3조원이 신청되었다. 이는 종래의 국고보조금의 성격을 그대로 유지하고 있는 부문으로 각 부처가 지방자치단체의 의지 여하와 관계없이 국가의 필요에 의하여 사업단위로 구체적인 내역을 정하여 예산을 편성하는 방식을 채택하고 있었다. 기타계정은 국가균형 발전특별회계 설치 당시 5조원의 규모를 만들기 위하여 균형발전에 관련된 각종 국고보조금 사업들을 모을 때 이 회계에 포함된 사업들로, 재해예방이나 그린벨트 관련 사업들이 포함되어 있으며, 자율편성이나 균형발전의 성격이 두드러지지 않는 국고보조금 사업들이라고 할 수 있으며 일반 국고보조금사업의 절차에 따라 예산이 편성되고 집행되었다.