시설운영과 관련된 애로사항으로는 노숙인들 대부분이 공동생활에 대한 어려움을 갖고 있고,  입소하는 여성 노숙인의 상당수가 정신질환 병력이 있어 재활 서비스를 병행하지만 운영비는 지원지되지 않는점, 시설평가시 평가대상에서 자활프로그램은 제외되며 자립 대상자에 대한 양적평가를 중요하게 여기는 점도 탈노숙 운영의 한계이다.
이 외에도 시설운영과 관련하여 크게 두 가지 애로사항이 파악되었다. 첫째는 공동생 활에 대한 문제로 노숙인의 자활시설 입소거부의 상당부분을 차지하고 있는 것으로 파악 된다. 이는 노숙생활의 만성화를 유발할 수 있으므로 ‘선 입주 후 서비스 지원’을 위해서 는 ‘1인 1실의 지원주택 활성화’가 필요하다는 의견이 논의 되었다. 둘째는 시설의 정체 성에 관한 문제로 자활시설에 입소하는 대다수의 여성 노숙인의 경우 어느 정도 정신질환 병력을 가지고 있어 자활시설이지만 재활 서비스도 병행해야 하나 관련 운영비는 지 원되지 않아 탈노숙을 위한 적극적인 개입에 한계가 있다는 의견이었다. 또한 이와 관련 하여 시설평가 시 자활프로그램은 평가대상에서 제외되며 단순히 자립한 대상자에 대한 양적 평가가 중요시 되는 점도 문제점으로 지적되었다. 그 밖에 효과적인 탈노숙 지원을 위해 담당자가 정신보건 사회복지사 2급 자격증을 취득하는 등 전문성을 향상시키는 노력이 자체적으로 진행되고 있음에도 불구하고 해당 시설이 정신보건 시설이 아니라는 사 유로 경력이 인정이 안 되어 2급 자격 취득 후 5년이 경과해도 정신보건사회복지사 1급 자격취득을 위한 시험에 응시조차 할 수 없다는 점도 불합리하다는 의견이 있었다.