구조고도화사업에 산입법의 재생사업을 흡수시켜 일원화 하는 방법은 국토 · 도시계획과 조정이 어려워 한계가 있다. 재생사업은 개발적 성격도 가지고 있어 도시재생계획과의 연계가 필요하기 때문이다.
산집법 상 구조고도화사업에 산입법의 재생사업을 흡수시켜 일원화 하는 방법은 국토 · 도시계획과 조정이 어려울 수 있다는 점에서 한계가 있다. 재생사업은 산업단지의 재개발과 유사하게 개발적인 성격도 가지며, 상당수의 노후 산업단지에 도시화가 진행되어 도시재생계획과의 연계가 필요하기 때문이다. 다만 경자법의 사례처럼 산업단지의 토지이용계획 등에서 일정 규모 이상의 변경이 있는 경우 국토교통부 심의회의 심의를 거치고 국토교통부장관과 협의하도록 규정하면 이러한 문제는 일부 해소될 수 있으며, 산입법과 산집법의 체계를 최소한으로 변경하면서 단계적으로 사업을 확대할 수 있다. 그러나 산집법으로 일원화 하는 경우에도 현재 산입법과 충돌되고 있는 지정면적 · 계획 작성절차 · 소유자 동의 · 비용부담 등 세부적인 내용에 대한 조정이 필요하다는 문제가 있다.