NHS의 재원은 일반 조세를 통한 보건부 예산으로 조달한다. 최근 다양한 세부 분야로  비용이 투입되고 있다. 2021년까지 효율성 향상을 위해 재정 지원을 확대할 계획이다.
재원은 대부분 일반조세로 조달하며, 일부(2015년 약 12%)는 민간의료 보험과 사용자 부담금으로 충당한다. 영국 재무부는 매 2년 혹은 3년마다 예산검토(Spending Review)를 통해 예산을 편성하는데, 보건부문은 교육(530억 파운드)이나 국방(250억 파운드)보다 큰 비중을 차지한다. 영국보건부 예산의 약 85%를 차지하는 NHS의 예산규모는 2015년을 기준으로 약 1,010억 파운드(약150조원)이다. 보건부예산의 나머지는 보건교육과 보건부행정비용, 지방정부 지원금 등에 쓰이고 있다. NHS예산 가운데 90%는 서비스 비용이며, 10%가 관리운영비로 지출되고 있다. 최근 증가된 보건부의 정신보건 예산은 심리치료의 접근성 향상과 위기개입, 모성정신건강 등에 추가로 투입되고 있다. NHS를 통해 지출되는 보건의료비용에 대한 국가의 부담이 크기 때문에, 영국에서는 NHS의 개혁과 보건의료서비스의 효율성 향상을 위해 많은 노력을 기울이고 있다. 그러나 앞에서 살펴본 NHS의 ‘정신건강5개년계획(Five Year Forward View for Mental Health)' 추진을 위해 향후 2021/21년도까지 1,200억 파운드로 높일 계획이다.