우리나라는 해외 유사사례와 달리 적용제외대상을 결정을 개별 공무원의 판단에 의존함으로 형평성을 확보하기 어렵고 안전을 빌미로 규제비용관리제의 적용에서 제외될 가능성이 높다.
이러한 해외 유사사례와는 달리 우리나라의 경우 적용제외대상을 결정하는 시스템은 해당 법안의 규제심사를 담당하는 개별 공무원의 판단에 의존함에 따라 사실상 규제비용관리제의 적용기준의 형평성을 확보하기 어려울 뿐만 아니라 기업 및 소상공인에게 상당한 비용을 유발하는 규제임에도 안전을 빌미로 규제비용관리제의 적용에서 제외될 가능성이 높다. 실제로 시범사업기간의 결과를 통해 우리나라 규제비용관리제의 적용을 받을 것으로 예측되는 규제는 체 규제의 30-40%에 불과한 것으로 나타났다. 반면 영국의 적용비율은 2013년 48.7%, 2014년 52%에 이어 2015년 상반기 88%에 이르고 있다.