청소년쉼터를 대상으로 다양한  청소년인권교육을 진행하고 있다. 이런 인권교육이 일회성이 아닌 다양한 인권개념과  쉼터에서의 적용에 대한 심도 있는 교육의 확대가 필요하다.
주요 청소년보호시설인 청소년쉼터의 경우 입소 시 흉기반입 방지를 위한 소지품 검사로 인한 사생활침해 논란에서부터 공동생활을 위한 규칙․규제의 문제, 그리고 청소년임신과 쉼터 내 폭력과 같은 민감한 인권이슈들에 직면에 있다. 이를 반영하여 한국쉼터협의회에서도 2010년 실무자들을 대상으로 청소년인권교육을 진행하는 등 청소년쉼터 현장에서도 관심을 가지고 있다(여성가족부, 2010). 그러나 일회성이거나 단기간의 집체교육에 그칠 것이 아니라 청소년의 생존과 발달권, 자치활동에의 적극적인 참여, 자기결정과 같은 다양한 인권개념과 쉼터에서의 적용에 대한 심도 있는 교육이 더욱 확대될 필요가 있다. 특히 청소년 단기쉼터는 청소년상담복지센터에서 위탁․운영하는 경우가 많은데 청소년상담시설과 연계하여 청소년가출과 같이 복잡한 문제들이 얽혀있는 인권이슈에 대한 권리기반접근 방법을 새롭게 모색할 필요가 있다.