효과성 분석은 경제적 영향 등에 대한 분석을 하고 타당성 분석은 정책목적 및 수단등이 잘 부합하는지 등에 대한 분석을 한다. 결과 분석 후 제도 개선방안등에 대해 의견을 개진한다.
효과성 분석에서는 경제적 효과, 목표달성도, 소득재분배 효과 및 재정에 미치는 영향 등에 대한 분석을 수행하고, 타당성 분석에서는 정책목적․대상․수단의 적절성, 제도 간 유사중복 여부 등에 대한 분석을 실시한다. 또한 조세특례의 성과를 저해하는 원인과 이에 대한 개선방안이 존재할 경우 이를 제시한다. 정책의 목적달성을 위해 정책수단의 적정성 검토가 필요한 경우 재정지출과 조세특례 간 효과성 비교 등 재정지출도 분석대상에 포함할 수 있다. 마지막으로 효과성, 타당성, 제도개선방안 등에 대한 분석 결과를 토대로 일몰 연장 또는 폐지의 여부, 제도개선방안에 대한 종합적인 의견을 제시하고 정책적 제언을 제시한다.