이 제도를 도입하려면 조사의 전 과정이 녹음·녹화돼야 하고, 변호인이 참여해야 하며, 일정한 증거가 필요하다. 그러나 피의자 등이 은전을 받을 것을 기대하고 타인에게 형사 책임을 미룰 위험이 크고, 검사가 합의 위반을 이유로 은전을 주지 않는 경우 사실 유무 심리가 매우 어렵다.  또 피의자에게 수사가 휘둘려져 목표 대상에 대한 유죄를 확보하지 못할 염려도 크다.
피의자 등이 은전을 받을 것을 기대하고 진실에 반하여 타인에게 형사 책임을 미룰 위험이 크다. 변호인의 관여를 필요적 요건으로 하더라도 그것은 피의자 등의 이익을 지키기 위해서 관여하는 것이고, 그 범죄 규명의 대상이 되는 타인의 권리보호에는 도움이 되지 않는다. 이 제도를 도입하려면 조사의 전 과정이 녹음 ・ 녹화되어야 하고, 변호인이 참여하여야 하며, 일정한 증거가 개시되어야 한다. 약식명령 ・ 즉결재판의 청구나 구형에 관한 합의를 하더라도 법원은 이에 구속되지 않기 때문에 이러한 합의가 얼마나 실효성이 있는지 의문이다.  피의자 등이 기소가 합의 위반이라면서 공소기각을 요청하거나, 검사가 피의자 등의 합의위반을 이유로 은전을 주지 않는 경우 합의위반의 사실 유무가 다투어지는데 이때 법원이 합의위반의 사실 유무를 심리하는 것은 매우 어렵다. 이 제도는 피의자 등에게 「억지 덕」을 허용하고, 또 수사가 휘둘러져 결과적으로 목표 대상에 대한 유죄를 확보하지 못할 염려가 있고, 또한 합의에 근거한 진술을 형 감경의 평가 근거로 삼을 경우 실제 진행 중인 타인의 범죄 사실에 대한 수사상황이 명백하게 될 수밖에 없어 경찰 수사에 지장을 줄 수 있다. 협력내용이 기재된 합의서면이나 합의에 의해 얻어진 진술조서 등이 공개되면 폭력단범죄에서는 피의자 등이 보복을 당할 우려가 있다. 이를 위해 증인보호프로그램도 함께 정비할 필요가 있다.