초기에는 “긴급구조통제단”이 지휘권을 행사하고, 테러 개연성이 높아지면 “테러사건대책본부”가 만들어지진다. 이후에는 테러사건대책 및 현장지휘본부가 지휘통제권을 행사한다.
첫 번째, 사건초기에 사고의 원인이, 즉 재난인지 아님 테러인지 신속하게 판단하기가 쉽지 않다는 것이다. 특히 테러방지법이 적용되려면 시행령 제21조 상의 합동대테러조사팀이 출동하여 테러사건을 분석하여 테러방지법상의 “테러”임을 판단해야 하는데, 이러한 과정에서 보통은 시간차가 발생하기 때문이다. 그렇다고 한다면 통상적으로 생각하면, 초기에는 먼저 재난안전법상의 “긴급구조통제단”이 만들어져 소방이 지휘권을 행사다가 일정 시점에서 테러에 대한 개연성이 높아지면(또는 테러사건이라는 판단이 이루어지면) 이때부터 경찰의 “테러사건대책본부”가 만들어지고, 이후에는 경찰의 테러사건대책본부 및 현장지휘본부가 대테러 대응 지휘통제권을 행사하게 되는 구조이다.