간접증거는 그 이용이 범죄와 범죄자를 밝히는 유일한 수단이 될 수 있고, 검찰과 재판 실무에서 많이 제출되는 점에서 중요한 의의를 갖는다. 간접증거의 장점은 우선 절대적인 객관성에 있고, 인위적이지 않다. 반면 단점은 조건부적이며 상대적이고, 확정하려는 사실을 직접 증명해주지는 못한다.
간접증거의 이용 문제는 증거법이론이나 실무에서 중요한 의의를 갖는다고 한다. 그 이유는 검찰과 재판 실무에서 직접증거보다 간접증거가 많이 제출되며, 간접증거의 이용이 범죄를 밝히고 범죄자를 적발함에 있어 유일한 수단이 될 수 있기 때문이라고 한다. 간접증거의 장점은 첫째, 절대적인 객관성에 있다고 한다. 그 예로서 범죄현장에 있는 발자국, 범죄혐의자에게 있는 싸운 흔적과 옷에 묻은 피, 죽은 사람의 손에 쥐여 있는 머리카락 등을 들고 있다. 둘째, 인위적이지 않다는 데에, 다시 말해 확실성에 있다고 한다. 반면 간접증거는 다음과 같은 단점이 있다고 한다. 첫째, 간접증거는 조건부적이며 상대적이기 때문에 다른 사정에 따라 의의가 변경될 수 있으며, 그렇기 때문에 간접증거의 이용에서는 어떤 사실과 다른 사실과의 연관을 바르게 확정하는 것이 중요하다고 한다. 둘째, 간접증거는 직접증거처럼 확정하려는 사실을 직접 증명해주지 못하기 때문에 간접증거를 이용할 경우 편견과 선입견을 경계하고 간접증거의 평가 및 적용에서 공정성과 과학성을 철저히 보장해야 한다고 한다.