비인가 대안교육기관은 불법성으로 인해 소송을 여러 차례 진행당했고 초·중등교육법 제65조 위반으로 유괴 판결을 받기도 했다. 이런 고발과 소송이 늘어나고 있다는 것은 심각한 위기로 받아들여진다.
그런데 비인가 대안교육기관의 불법성에 대한 당국의 제재와 이를 둘러싼 소송은 이미 여러 차례 진행된 바 있다. 「초·중등교육법」 제65조 위반으로 재판을 받아 유죄 판결을 받은 대안교육기관 관계자들도 있다. 이들 학교에 대한 재판 결과는 이후 국내 대안교육의 흐름, 나아가서는 우리나라 교육의 풍향에 큰 영향을 줄 수도 있다는 점에서 대안교육 관계자들은 비상한 관심으로 지켜보고 있다. 특히, 비인가 대안학교들의 급증에 따른 당연한 결과일 수도 있지만, 최근 「초·중등교육법」 제65조 위반을 이유로 한 고발과 소송이 늘어나고 있다는 사실은 비인가 대안학교들에게 심각한 위기로 받아들여지고 있다. 이하에서는 이러한 소송 사례들을 몇 가지 유형으로 나누어 살펴보기로 한다.