국민의 정부는 전자정부특별위원회를 구성하였다. 전자정부특별위원회는 전자정부 사업을 점검하고 미래의 청사진을 제시하는 역할을 했다.
당시 국민의 정부는 전자정부 추진과 관련하여 부처 간 이견을 조정하고 점검, 평가하기 위해 민간 전문가와 관련 부처 차관들이 참여하는 전자정부특별위원회를 구성하였다. 전자정부특별위원회는 전자정부 추진 원칙이 현재와 미래의 전자정부 사업에 반영될 수 있도록 지속적으로 점검하는 한편 2002년까지 완성해야 할 핵심 전략과제의 향후 청사진을 제시하는 역할을 담당하였다. 전자정부특별위원회는 2001년 1월 30일 형식상으로는 정부 혁신추진위원회의 특별위원회로 출범하였다. 그러나 운영 면에서는 독립성과 자율성을 가졌다. 전자정부특별위원회는 최고 심의기구인 본위원회와 실무지원단, 실무작업반, 그리고 수 개의 특정 과업 수행팀으로 구성·운영되었다.