특허청은 프로그램이 수록된 컴퓨터로 읽기가능한 매체의 형태로만 기재된 청구항만 인정한다. 이는 모든 소프트웨어 특허는 SW 자체가 아닌 SW를 담은 매체로의 등록을 말한다. 그로 인해 SW특허의 독립성 논란이 특허법 개정논의로 이어졌다.
2005년 심사지침 개정 이후 특허청은 현행 컴퓨터관련 발명의 심사기준에서 프로그램이 기록된 컴퓨터로 읽을 수 있는 매체의 형태와 방법의 형태로 기재된 청구항만을 인정해 왔다. 이것은 특허법상의 물건에는 프로그램을 담은 매체만이 포함된다는 전제를 가진 결과였고, 이에 따라 모든 소프트웨어 특허는 형식상으로라도 소프트웨어 또는 프로그램 자체가 아니라 그것을 담은 매체로서 등록토록 한 바 있다. 그러나 여전히 SW특허의 독립성에 대해 논란이 작지 않았고, 이러한 이유에 대해 특허정책적 판단을 통해 특허법의 개정논의가 이루어진 것으로 볼 수 있다. 실제 특허법 개정에 대해서는 찬반론이 있는 것도 사실이다. 더욱이, 우리나라는 일본과 달리 물건에 유체물뿐만 아니라 전기 등과 같이 관리가 가능한 자연력을 포함시키고 있으므로 SW를 관리가능한 자연력의 일부로서 볼 수 있다는 주장도 가능하다.