미래 학교에서 학습자 맞춤형 교육체제를 적용하기 위해서는 학년을 구분하지 않는 것이 아동 발달에 더 좋다는 뇌과학 기반 교육이론에 따라 초,중,고등학교의 통합이 필요하다.
미래 학교에서 학습자 맞춤형 교육체제를 실현하기 위해서는 교육과정의 연계･통합 운영, 학사 유연화를 통해 학교급간 실질적인 통합이 이루어지도록 할 필요가 있다. 뇌 과학 기반 교육이론에 의하면, 나이로 학년을 구분하여 수업하는 것은 뇌 과학적 근거가 없으며, 오히려 나이가 섞여 있는 것이 아동 발달에는 더 좋다고 할 수 있다(제2차 전문가협의회). 이에 따라 미래 학교체제는 현재와 같이 초등학교, 중학교, 고등학교가 각기 분리된 학교 뿐 아니라, 의무 교육단계인 초등학교와 중학교의 통합학교, 중등학교인 중학교와 고등학교의 통합학교, 초, 중, 고등학교 통합학교 등 다양한 유형의 교육과정 통합학교를 상정해볼 수 있다.