학교 내 대안교실이 다른 공교육 내 대안교육과 구별되는 의의와 가치를 두 가지로 정리할 수 있다. 하나는 학교 부적응 학생들을 학교가 치유를 할 수 있는 기회를 가진다는 것이다.
학교 내 대안교실이 다른 유형의 공교육 내 대안교육 형태와 구별되는 의의와 가치를 두 가지로 정리할 수 있다고 생각한다. 하나는 학교 부적응 혹은 학업중단 위험군 학생들을 학교 스스로 끌어안고 예방 혹은 치유의 노력을 할 수 있는 장과 기회를 가진다는 것이다. 그동안 이들 학생들을 교육하는 어려움을 대중적인 별도 프로그램을 통해서 해결하거나 학교 밖 대안교육기관에 맡기는 위탁에서 벗어나 학교 스스로의 프로그램과 노력으로 극복하고자 하는 방향성은 상당한 의미를 갖는다고 평가할 수 있다. 교육의 효과나 성공 여부를 떠나서 학교 내에서 해결해보고자 고민하고 시도하는 것 자체가 큰 의미를 부여받을 수 있다고 본다.