평가지표는 5개 부문으로 나뉜다. ‘자원’은 인적자원, 조직, 지식자원으로, ‘활동’은 연구개발투자와 연구활동의 활성화 정도, 창업활동으로, ‘네트워크’는 산학연 협력, 기업 간 협력과 국제협력의 활성화 정도로, ‘환경’은 지원제도와 문화, 물적 인프라로, ‘성과’ 지식창출과 경제적 성과로 구성된다.
평가지표는 과학기술 관련 자원･활동･네트워크･환경･성과 5개 부문으로 구분되는데, ‘자원’ 지표는 과학기술활동을 위해 활용할 수 있는 기초 자원이 얼마나 되는가를 나타내고, 인적자원, 조직, 지식자원으로 구성되어 있다. ‘활동’ 지표는 새로운 지식을 창출하고 활용하는 활동이 얼마나 활발하게 수행되고 있으며, 그 의지가 얼마나 높은가를 파악하고자 하는 지표로, 연구개발투자와 연구활동의 활성화 정도, 창출된 지식을 활용하는 창업활동으로 구성된다. ‘네트워크’ 지표는 시스템 내에서 네트워크가 얼마나 활발하며, 이를 통한 지식 흐름, 기술 확산 등의 협력이 얼마나 효과적으로 이루어지는가를 나타내는 지표로, 국내의 주요 연구개발주체인 산･학･연 협력, 기업 간 협력과 국제협력의 활성화 정도로 구성되었으며, ‘환경’ 지표는 과학기술 관련 활동이 효과적으로 이루어질 수 있 는 여건이 충분히 구축되어 있는가를 나타내는 지표로, 지원제도와 문화, 물적 인프라로 구성되어 있다. ‘성과’ 지표는 투입되는 자원과 주어진 환경, 활동 주체간의 네트워크를 통한 과학기술 활동으로 인해 구체적인 성과가 얼마나 나타나고 있는가를 나타내는 지표로, 지식창출과 경제적 성과로 구성된다(한국과학기술기획평가원, 2014).