조세특례의 경제성 분석은 비용과 편익을 토대로 하는 경제적 효과를 분석하는 것이 일반적이나 예외적으로 비용편익분석이 맞지 않는 경우에는 편익보다는 효과를 분석하여 효율성을 분석하는 비용효과분석을 실시한다.
효율성 분석은 본 제도의 일몰 조항이 연장되는 경우를 가정하여 세액감면 규모를 예측하고, 이와 같은 감면으로 인한 경제적 파급효과를 살펴본다. 조세특례 예비타당성평가 운용지침(기획재정부, 2017)에 따르면 조세특례의 경제성 분석은 비용과 편익을 기반으로 하는 경제적 효과를 분석하는 것이 일반적이다. 그러나 예외조건으로 비용편익분석(Cost Benefit Analysis)이 적합하지 않는 경우에는 비용효과분석(Cost Effectiveness Analysis)을 실시할 수 있도록 정하고 있다. 편익은 제도 도입의 목적과 연계되어 있는데, 본 제도 도입의 목적은 소형 임대 주택의 등록 건수 제고와 임대 가격 안정이라는 점에서 편익에 대한 정의가 명확하지 않다. 그러므로 편익보다는 효과를 분석하여 효율성을 분석하고자 한다.