기축사화는 서인의 주도 아래 정여립과 관련된 동인들이 희생, 탄압 당한 사건이다. 기축사화로 인해 호남출신 사대부들이 관직에 진출할 수 없게 되었다.
그 뒤 1951년까지 정여립과 연루된 수많은 동인 인물들이 희생되는데 이를 기축옥사(己丑獄死), 기축사화(己丑士禍)라고 한다. 서인 세력은 동인 세력을 제거하고 정권을 장악하기 위해 정여립의 모반 사건을 확대하였고, 그 뒤 2년 넘게 서인인 정철(鄭澈)의 주도 아래 수많은 동인의 인물들이 탄압을 받았다.
한편, 기축옥사의 여파로 호남 출신의 관직 등용에 제한이 가해지면서 호남지역 사대부들의 벼슬길이 막히게 되었다. 때문에 오늘날의 우리 정치사회계에 존재하는 호남지방에 대한 지역차별 정책의 연원으로 지적되지까지 할 정도다. 