1종 의료급여 수급자는 입원 본인부담금이 없고, 외래이용은 최대 2500원을 부담하고, 특수장비촬영은 총액의 5%이다. 2종은 입원비용의 10%를 부담한다. 본인부담금은 한달간 일정 비용(1종은 2만원, 2종은 20만원)이 초과하면 초과금의 50%를, 본인부담상한금을 초과하면 전액을 상환받는다.
1종 의료급여 수급권자는 입원 시에는 본인 부담이 전혀 없으며, 외래이용에 대한 본인부담금도 1,000원에서 최대 2,500원으로 작고, MRI 나 CT 등 특수장비촬영에 대한 본인부담금도 총액의 5%로 부담이 작은 편이다. 75세 이상 노인의 경우 노인틀니에 대한 의료비는 20%만 부담하면 된다. 1종 수급자 중 18세 미만, 임산부, 중고등학교 재학자, 노숙인, 중증 및 희귀난치성 질환자는 외래 이용에 대해서도 본인부담금이 없다. 2종 의료급여는 입원 시에 비용 총액의 10%가 자기부담금이고, 외래진료에 대하여서도 1종 의료급여보다는 상급 의료기관을 이용함에 따른 자기 부담액이 크다. 그러나 본인부담금에는 본인부담보상제와 상한제가 적용되기 때문에 일정기간 동안 비용이 많이 발생하는 경우는 초과금액의 일부나 전액을 상환받을 수 있다. 1종 대상자의 경우 한 달 동안 2만원이 초과되면 본인부담보상제에 의해 초과금액의 50%를 상환받을 수 있고, 한 달 동안 5만원이 본인부담상한액이므로 이를 초과하는 경우 초과금액 전액을 상환받는다. 2종 대상자의 경우는 한 달간 20만원 초과금액에 대하여 50%를 보상받고, 6개월간 60만원을 초과하면 초과금액 전액을 상환받을 수 있다.