NCS 학습모듈을 교재로 활용할 때에는 다양한 문제가 발생한다. 학습모듈에 무엇을 가르칠 내용을 제시할 수는 있지만 내용 선정과 교육방법에 대해서는 교수자의 자율에 맡길 필요가 있다.
전문대학에서는 NCS 기반 교육과정이 정착하는 과정 중이고 NCS의 내용을 구체화하는 데에 학습모듈이 도움이 되었지만 학습모듈을 교재로 활용할 때에는 여러 가지 문제가 발생하는 것으로 파악된다. 예를 들면, 한 학기 동안의 수업에서 다루어져야 할 내용이 학습모듈에는 학습목표 한 개와 3쪽의 설명으로 제시된 사례가 있다. 실습에 앞서 기초지식이 필요하지만 학습모듈에는 기초지식이 매우 간략하게 서술되어 있다. 또한 실습 내용이 대기업의 사례에 치중되어 있다. 단지 몇 주의 수업을 위해 구입하기에는 부담스러운 기자재가 실습에 포함되어 있는 경우도 있다. 또한 수행준거가 평가준거로는 적합하지 않은 경우도 발견할 수 있다. 학습모듈이 보급되는 초기에는 전문대학에 주교재로 활용하도록 강제하였으나 교원들의 반발로 인해 현재는 참고자료나 교수학습자료로 활용되고 있다. NCS 기반 교과목을 운영한 경험이 있는 교원들을 대상으로 조사한 결과 NCS 기반 교육과정의 도입 성과에 대한 평가는 각양각색인 것으로 드러났다(김덕영, 2017). 학습모듈에 무엇을 가르칠 것인가 내용을 제시해줄 수는 있지만 내용을 선택하고 그것을 어떻게 가르칠 것인가는 교수자의 자율에 맡길 필요가 있고 실제로 학교에서 이와 같이 실행되고 있다.