시행령 제16조는 북한인권 개선  활동을 제한하고 국가인권위원회 업무의 독립성을 약화시킬 수 있어 폐기되어야 한다.
시행령은, 국가기관, 지방자치단체 및 공공기관의 장은 북한이탈주민을 대상으로 북한주민의 인권상황과 인권증진을 위한 정보를 수집 기록하려는  경우 미리 통일부장관과 협의하여야 한다고  규정하고 있다(제16조). 이 조항에 의하면 국가 인권위원회가 그 본연의 업무로서  탈북민들을 상대로 북한인권실태를 조사하는 경우에도 통일부와 협의해야 한다는 것이 된다. 그러나 이  규정은 모법인 북한인 권법의 위임의  범위를  벗어나는 것일  뿐 아니라 국가기관, 지방자치단체, 공공기관 등의 북한인권 개선  활동을 제한하는 것이고, 국가인권위원회 업무의  독립성과 북한인권 개선  활동을  약화시킬 우려도 있다. 따라서 폐기되어야 마땅하다.