부처간 연계를 통하여 정책기조에서 비롯된 일관성을 확보하며 안건 상정에 있어 도움이 될 수 있도록 부처 끼리 실무 협업을 강화해야 한다. 
구체적인 부처간 연계를 위해, 먼저 경제관계장관회의와 같이 이미 운영 중인 장관급 협의체를 활용하여 부처 간 내실 있는 협의･조정을 추진하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 이를 통해 고등교육의 큰 정책기조의 일관성을 확보하고 주요 관계부처 및 민간 전문가도 함께 필요시 장관급 협의체에 안건을 상정할 수 있도록 부처 간 실무 협업을 강화해야 할 것이다. 실무협업을 통해 상된된 안건은 장관급 회의에서 최종 안을 협의･결정 방식으로 추진될 수 있다. 경제관계장관회의에서는 부총리 겸 기재부장관을 의장으로 하고 필요하면 경제관계장관회의 규정(대통령령)의 제정도 고려할 수 있다. 교육부 소관 부서를 중심으로 주요 관계부처 담당자 및 전문가가 참여하여 재정지원사업의 중･장기 계획, 사업간 연계･조정, 수혜자격 결정 평가 항목 조정, 재정지원 제안관련 협의･조정 등을 실시해야 할 것이다. 대학 재정지원 사업의 평가항목을 정비하는 방법으로 부처간 연계를 강화할 수 있다. 현재 소관 부처별로 이루어지는 재정지원 과정에서 수혜자격을 결정하는 평가체계를 정비한 후, 공통평가항목 및 사업별 선택평가항목을 구분하여, 최소한 공통평가항목에 대한 검증을 거친 후 재정지원사업에 지원할 수 있도록 가이드라인을 마련하는 것도 방법이라 할 수 있다.