국가 성 평등 지수의 주된 목적은 국가의 개발 정도와 환경 의존적인 자원 대비 남녀의 참여 정도를 보는 것이 아니라 남녀의 성 비율을 근간으로 산정하여 정책 목적이나 달성 기준에 중점을 둔 지표 수준의 향상보다 여성 지위 향상과 성별 격차를 없애는데 있다.  
둘째, 국가 성 평등 지수는 남녀 격차를 측정하는 지수이다. 지표의 수준을 측정하면 자원과 기회에 대한 남녀의 수준을 파악할 수 있고 직감적으로 이해하기 쉬운 장점이 있다. 하지만 한 국가의 개발 수준과 환경에 크게 의존하는 단점으로 인해, 분야별 성 평등 수준이 성취 수준에 지나치게 의존하는 문제가 있다. 이에 국가 성 평등 지수는 강력 범죄 피해자 지표를 제외한 나머지 지표를 남녀의 성 비로 산정하고 있다. 국가 성 평등 지수가 성별 격차로 산정된다는 것은 지수의 정책적 방향이 지표의 수준 향상보다 성 평등에 더 큰 목적을 두고 있다는 것을 의미한다. 일반적으로 성 평등 지수는 개발 단계에서 여성의 수준 상승과 성 평등 개선 중 어느 쪽에 더 정책적 비중을 두느냐에 따라 산정 방법이 달라지게 된다. 만약 성 평등 개선에 더 큰 지향점을 갖는다면, 지수는 남녀의 격차가 얼마나 좁혀지고 있는가에 더 큰 관심을 두게 된다. 반면 여성 수준 상승을 목적으로 산정되는 지수는 남녀의 격차와 상관없이 낮은 수준의 지표에 더 관심을 두게 된다. 국가 성 평등 지수는 원칙적으로 두 목적을 모두 고려하고 있지만, 성별 격차의 해소에 더 큰 목적을 둔 지수라 할 수 있다.