청소년 교육 프로그램은 청소년의 가능성을 모색하기 위한 시도가 많다. 이에 자유학기제는 학생 주도의 활동을 정규 수업 안에서 실천하고 있다. 청소년기의 맞춤형 멘토링은 자유학기제의 동아리 활동과 연계해 활용될 수 있다.
최근 청소년을 위한 교육은 개개인의 꿈과 끼를 살려주고, 창의성과 인성을 길러 주며, 적성과 소질에 맞는 진로탐색 기회를 제공하기 위하여 다양한 프로그램과 제도가 시도되고 있다. 이에 대하여 자유학기제는 학생이 주도적으로 참여하여 진로탐색 활동, 주제선택 활동, 동아리활동, 예술·체육 활동 등을 통해 학교의 정규 수업 안에서 교육을 실천하고 있다. 청소년 기업가프로그램은 중학교 학생 대상 기업가정신 교육 프로그램을 일선학교에서 활용할 수 있으며 다양한 진로 탐색을 위한 프로그램과 연계하여 활용할 수 있다. 특히 맞춤형 멘토링을 통해 학생들의 기업가정신을 토대로 창업 아이디어를 제작 혹은 향상 시킬 수 있는 방향을 진행할 수 있다. 또한 자유학기제의 동아리 활동 과정을 통하여 자유학기제 운영대상 학교 수업에 적극 활용될 수 있다.