지역균형발전은 지역혁신체제의 이론에 토대를 두고 있는데 지역혁신체제는 지역 간의 격차를 해소하려 했지만 국가균형발전은 산업이 중심이 되는 입지 정책에 초점이 맞추어진 공급 중심의 정책이라는 한계 때문에 실제로는 지역 격차를 해소하지 못하고 있다.
이와 같이 지역혁신체제 또는 혁신클러스터와 관련하여 기업 또는 산업, 정부, 대학, 연구기관, 그리고 금융 및 제도적 기반들과 관계성을 강조하는 이론적 논의는 매우 활발했다. 이러한 이론에서의 핵심은 지역에서의 신뢰와 협력에 의한 사회적 자본을 바탕으로 네트워크와 학습을 통한 지식을 창출·활용함에 의해 지속적으로 기술을 혁신하는데 있다. 그동안 추진되어 온 지역균형발전은 지역혁신체제의 이론에 토대를 두고 있다. 그러나 지역 간의 격차를 해소하려던 지역혁신체제의 이론적 바탕 위에 추진되었던 국가균형발전은 실제로 지역 격차를 해소하지 못하고 있다. 지역혁신체제 또는 혁신클러스터 이론의 한계는 산업이 중심이 되는 입지 정책에 초점이 맞추어진 공급 중심의 정책에 기인한 것이다. 그동안 산업정책의 주류를 이루는 지역에서의 ‘과학기술 역량강화 및 연구 인력을 위한 대학지원’ 정책들은 기업의 수요와 부합하지 못하는 점을 개선하여야 한다. 그뿐만 아니라 제4차 산업혁명 시대의 지역혁신체제는 끊임없는 학습과 지식 창출의 기반으로서 협력에 바탕을 두는 사회적 자본이라는 인적자원의 역할에 대해 재조명될 필요가 있다.