동법 제1조에 목적을 명시하고 제3조에서 인간의 존엄성 및 프라이버시를 보호하여야 함을 국가의 책무로 규정하고 있다. 기본권 침해에 대한 입법목적의 비례성 또는 정당성 인정 여부가 논의의 출발점이다.
헌법상의 기본권은 무제한적인 권리가 아니기 때문에 입법목적의 정당성이 인정되는 법률에 의한 제한이 가능하다는 점에서, 이러한 기본권 침해 또는 제약은 동법의 입법목적에 비추어 보아 동법이 헌법의 보호영역 내에 존재하는가 여부 및 비례성의 원칙에 위반되지 아니하는가의 문제로 귀결된다. 반면 법상의 입법목적에비추어 보아 개인의 기본권제한이 개인에게 수인의무로 부과됨이 타당하다면, 이를 기본권침해적 입법으로 볼 수 없게 된다. 동법은 제1조에서 디엔에이신원확인을 위한 정보의 수집과 이용을 통하여 ‘범죄수사 및 범죄예방에 이바지하여 국민의 권익을 보호함’을 목적으로 함을 명시하고 있으며, 제3조에서 디엔에이 데이터베이스를 구축함에 있어서 인간의 존엄성 및 프라이버시권을 보호하여야 함을 국가의 책무로 규정하고 있다. 그렇다면 기본권침해에 대한 국민의 수인의무와 범죄수사와 범죄 예 방이라는 입법목적 간에 비례성 또는 정당성이 인정될 수 있는가 여부가 논의의 출발점이 되어야 할 것이다. 다만, 무죄추정의 원칙이나 영장주의, 인간의 존엄성 등과 같은 기본권들에 관하여는 기존의 적지 않은 문헌들에서 그 문제점을 제시하고 있으므로, 이하에서는 동일한 문제점을 언급하지 않고 프라이버시권 내지 개인정보 자기결정권의 범주에 한정하여 논의하고자 한다.