본 기금은 법정부담금이 안정적인 수입기반이며 자체수입 중 비중은 98%로 적당하다. 기금의 외부재원은 전액 공자기금예수금으로 외부재원의존도는 9%로 적정하다. 기금 본연의 목표사업에서 벗어난 개별사업은 축소 및 정리하여 수입재원을 확보하고 부채상환의 재원으로 사용하며 기금의 목표사업과 다른 일반회계 사업은 피하는 게 좋다.
본 기금은 법정부담금(건강증진부담금)을 안정적인 수입기반으로 확보하고 있으며, 자체수입 중 법정부담금 비중은 98.35%이다. 필수지출 대비 자체수입 비중은 90.96%로 적정하다. 2015년 담배 값 인상에 따라 법정부담금수입이 확대되었으나, 수입규모 증가에 따라 일반회계 일부사업이 기금사업으로 이관됨에 따라 경상사업비 역시 증가되어 자체수입으로 필수지출을 충당하기 어려운 구조다. 기금의 외부재원은 전액 공자기금예수금이며 외부재원의존도는 9.03%로 적정하다. 자체수입으로 부족한 필수지출을 충당하기 위해 공자기금예수금을 지속적으로 사용한 결과, 2017년 말 기준 공자기금예수금이 1,841,600백만 원이고 자본잠식 상태다. 2015년 이후 증가된 법정부담금 수입을 재원으로 공자기금예수금 상환에 만전을 기해야 했으나, 일반회계 사업이 기금 사업으로 지속적으로 이관됨으로써 경상사업비 역시 증가되어 공자기금예수금 상환에 제약이 된다. 중기가용자산은 17,853백만 원으로 적정규모보다 과소하다. 기금 본연의 목표사업과 일관되지 않는 개별사업을 적극적으로 축소 및 정리하여 잉여 수입재원을 확보하고 부채상환의 재원으로 사용되어야 한다. 또한 기금의 목표사업과 이질적인 일반회계 사업이 기금사업으로 이관되는 것을 지양해야 한다.