JobRotation 프로젝트의 비용이 참여주체들 간에 ‘공정하게’ 분배되기 위해서는  사업주인 기업의 참여가 필요하다. 우선, 중소기업은 지원한도를 폐지하고 유급휴가훈련자에게 후원액을 전액 지원하도록 해야한다. 또한, 대기업을 향한 지원을 최소화하여 재정 부담을 줄이는 방안을 살펴야 한다.
JobRotation이 활성화되기 위해서는 사용자의 참여 의지가 무엇보다 중요하므로, 가급적 사용자의 비용 부담을 최소화하는 것은 불가피하다. 다만 사중손실효과를 최소화하려면, JobRotation 프로젝트의 비용이 참여주체들 간에 ‘공정하게’ 분배되는 것이 중요하며, 이런 점에서 기업측의 일정 정도 비용 분담이 필요하다. 그러나 고용보험 가입 사업장을 대상으로 할 경우 사중손실 문제에 대해서 크게 염려할 상황은 아닐것이다. 문제는 사업주가 지원받을 수 있는 직업능력개발 훈련비용의 연간총액을 납부 보험료의 2.4배(우선 지원 대상기업의 경우)로 한정하고 있는데, 이를 그대로 유지할 것인가 하는 점이다. 중소기업의 참여 활성화를 위해서는 지원 한도를 폐지하고 유급휴가훈련자의 인건비와 훈련비를 전액 지원하는 문제에 대한 적극적 검토가 필요하다. 또한 대기업에 대해서는 지원을 최소화하거나 지원을 하지 않음으로써 재원 부담 문제를 완화하는 방안에대한 검토도 가능하다. 관련해서 대기업의 직업능력개발사업 고용보험요율을 낮추는 대신, 대기업의 직업능력개발 사업에 대해서는 지원하지 않는 방안에 대한 논의가 필요하다. 즉, 고용보험의 큰 틀에서의 개편이 중요하다. 또한 JobRotation이 통상적인  재직자 및 실업자 훈련보다 훨씬 효과적인 훈련이기 때문에, 통상적인 재직자 및 실업자훈련을 점차 줄여나감으로써 JobRotation의 확대에 따른 재원 문제에 대응할 수도 있을 것이다.