형사합의제도는 법에 규정되지 않아서 제대로 실현되거나 피해자의 구제가 힘들 수 있다. 또 합의과정에서 피의자의 기망 행위로 인한 위험성도 있다.
이와 같이 법률의 규정에는 없지만 관행적인 제도로 정착되어 있는 형사합의제도는 법률의 규율영역 밖에서 기능하고 있기 때문에 이 제도를 뒷받침해 줄 형사 정책적 요청을 제대로 실현할 수 있는 기반을 가지지 못하고 있으며, 또한 형사합의 여부 및 그 내용이 순수하게 당사자 간의 자율영역에 맡겨져 있기 때문에 사적인 분쟁해결과정에서 피해자가 제대로 피해구제를 받지 못하는 결론으로 귀착될 수도 있고, 또한 합의과정에서 피해자가 피의자(피고인)의 회유와 협박 또는 다른 형태의 기망 등에 의한 위험성에 의해 형사합의제도가 왜곡될 가능성도 있다.