대안교육기관이 실패한 원인은 아이들의 입장에서 정책을 실시한 것이 아니었기 때문이다. 이는 교육당국의 자율설만을 추구한 결과로 인한 실패라고 할 수 있다.
지난 수년간 대안교육 및 미인가 대안교육기관 (이하 ‘대안교육기관’이라 칭함)에 대한 법제화 노력이 물거품이 되었던 것은 자신들이 추구하는 가치관 및 특성화된 교육을 받고자 하는 마음 하나로 어려운 여건과 환경 속에서 인내하며 교육을 받고 있는 아이들의 입장이 아닌,  기존의 교육 체계에서 벗어나는 새로운 시도들을 열린 마음으로 해결하려고 하는 것보다는 기존 제도의 틀 내로 끌어들여 해결하고자 하는 경직된 교육정책방향,  대안교육기관의 내실화 또는 지속적인 발전 방안을 고민하기 보다는 의무적인 등록제 시행 및 등록을 하지 않았을 경우 폐쇄 처분을 내리고자 하는 등 관리･감독 기능 강화 위주의 법령을 만들고자 하였던 교육당국의 소극적 입장,  대안교육기관의 공공성 확대(기존 교육제도 뿐만 아니라 사회와 함께 가는 방안)를 고민하기 보다는 대안교육기관의 운영에 대한 자율성을 지켜내는 것에만 관심을 두었던 대안교육기관 운영 주체들의  폐쇄적인 입장들의  충돌이  빚어낸 결과가 아닌가 아쉬움이  남는다.