자체감사기구를 설치하도록 규정하는 경우 별도의 중앙정부 및 시도의 감사는 없어져야 하며 감사원법은 오늘날에는 타당하지 않기 때문에 자치감사제도를 부정적으로 보는 견해가 있다. 하지만 헌법이 보장하는 지방자치단체의 자치권은 법령의 범위 내에서 인정되기 때문에 위법한 것은 아니다. 물론, 이 견해에서처럼 자치권을 가지고 있는 지방자치단체의 법적 지위를 충분히 존중해 주어야 함과 동시에 지방자치 단체의 자체 감사를 우선하며 자체 감사를 보완하는 감사가 이루어져야 함은 부정할 수 없는 것이다.
｢공감법｣에서 자체감사기구를 설치하도록 규정하고 있는 것과 관련하여, 지방자치단체의 입장에서는 자체감사기구를 설치하면서도 중앙정부와 광역지방자치단체에 의한 감사를 여전히 인정하고 있어, 이는 이른바 자치감사제도를 부정한 것이라는 주장이 있다. 이에 의하면 자체감사기구를 설치하도록 규정하는 경우에는 별도의 중앙정부 및 시도의 감사는 없어져야 한다는 것이다. 나아가 감사원은 ｢헌법｣이 아닌 법률에 의해서 지방자치단체에 대한 감사권을 가지게 되었는데, 이 ｢감사원법｣ 규정은 지방자치제 시행 이전의 것으로 오늘날에는 타당하지않다는 것이다(정세욱, 2004). 이 견해는 지방자치단체가 자치권을 가지고 있는 이상, 자율적인 자체감사를 최대한 존중해주어야 한다는 입장인 것으로 이해된다. 이러한 점에서는 기본적인 취지에는 동의할 수 있으나, ｢지방자치법｣에 의하면, 중앙정부나 시도는 지방자치단체에 대한 감독권을 가지고 있고, 감사 또한 감독권 행사의 일부분이라고 이해할 수 있으므로, 지방자치단체의 자체감사 이외에 중앙정부 등의 감사권을 인정한 것 자체는 법적으로 허용된다고 생각된다. 왜냐하면 ｢헌법｣이 보장하는 지방자치단체의 자치권은 ‘법령의 범위 내에서’ 인정되는 것이기 때문이다. 같은 맥락에서  지방자치단체에 대한 감사원의 감사권도 ｢헌법｣ 및 ｢감사원법｣에 의한 것이고 그 자체로서 자치권의 본질을 침해하는 것은 아니므로 이러한 범위 내에서 지방자치단체에 대한 감사원의 감사권을 인정하는 것이 위헌 또는 위법한 것은 아니다. 다만 자치권을 보유한 지방자치단체의 법적 지위를 존중해줄 필요는 충분하다고 생각한다. 이러한 관점에서 이 견해가 주장하는 바처럼, 지방자치단체의 자체감사를 우선으로 하고, 자체감사로서 소기의 목적을 달성하기 어려울 때, 중앙정부의 감독, 감사원 감사 순으로 자체 감사를 보완하는 의미에서의 감사가 이루어지도록 하여야 할 것이다.