규제비용관리제 적용대상여부는 국무조정실 규제심사관리관에서 개별 공무원이 수행한다. 행정규제의 수가 많고 적용제외되는 유형이 많아 합의제 판정을 하기에 시간과 인적 자원이 부족하다.
국무조정실에서 규제비용관리제 적용대상여부를 판정하는 조직은 규제조정실내 규제심사관리관에서 이루어지는데, 이를 담당하는 공무원은 다수이지만실제로 적용여부 판정은 개별 공무원이 수행하는 것이 일반적이다. 이는 우리나라의 경우 행정규제의 수가 많을 뿐만 아니라 해당 규제 중에서 규제비용관리제의 적용제외 유형이 많아 사실상 합의제를 통한 판정을 하기에 시간적 및 인적 자원이 부족하기 때문이라고 추측할 수 있다. 외국의 경우 원칙적으로 모든 규제에 대한 비용분석이 이루어지는 원칙 하에서 매우 예외적으로 규제비용관리제의 적용제외를 규정하는 것과는 달리 우리나라는 적용제외되는 유형이 많아 사실상 적용대상 판정에 많은 자원이 소요된다.