실무작업반의 자료 검토·시안 마련, 공동작업반의 조정계수·할당량 결정안 작성 후 관계부처 고공단 및 할당결정심의위원회에서 이를 심의·조정한 후 주무부처에서 통보를 수행한다.
좀 더 자세히 살펴보면 다음과 같다. 온실가스종합센터장 및 환경공단 인력으로 구성된 ‘실무작업반’은 할당신청서 및 증빙자료를 검토하고 할당량 결정시안을 마련한다. 그리고 온실가스종합정보센터장, 관계부처 및 업종별 협회에서 추천한 산업계·연구계·학계 등 민간전문가를 포함하여 29명으로 구성된 ‘공동작업반’에서 조정계수 결정 및 할당량 결정안을 작성한다. 이렇게 결정된 안에 대하여 주무관청인 환경부는 관계부처 협의하고 환경부 차관이 위원장인 관계부처 고공단 및 민간전문가 할당결정심의위원회에서 할당대상업체별 할당량의 심의·조정한다. 그리고 주무부처에서 업체에 할당량 통보를 수행한다.