규제신문고에는 소명제도가 있는데, 이는  13개 분야의 전문 지식을 바탕으로 국민 입장에서 검토 및 선정하는 민간자문단을 통해 합리적인 건의를 선별해야 하는 것이다. 이후 과제는 소관부처로 전달되어 수용, 대안 또는 합리적 사유를 제시하여야 한다.
규제신문고의 가장 큰 특징은 소관부처에서 국민의 입장에서 제대로 검토하였는지를 검증하기 위해 ‘소명제도’를 도입하고 있다는 점이다. 이 제도는 각 부처에서 답변시 수용하지 않았지만 합리적 측면이 있는 건의를 선별하는 것이 핵심이다. 이 과정에서는 민간자문단의 역할이 매우 중요하다. 민간자문단은 국토·농림·산업·금융·안전·교육·복지·노동·환경·법제 등 13개 분야의 전문가들로 구성, 부처 답변의 타당성 등을 전문적 지식을 바탕으로 국민의 입장에서 검토하므로 국무조정실 규제신문고과에서 소명대상을 선정하는 데 있어 중요한 영향을 미친다. 소명대상으로 선정된 과제는 소명 필요성 등을 첨부하여 소관부처로 전달한다. 소명통보를 받은 부처는 심층적인 재검토 과정을 거쳐서 규제건의를 수용하거나 대안을 제시하여야 하며, 규제존치가 불가피한 경우에는 국민이 납득할 만한 합리적 사유를 소상하게 제시하여야 한다(규제개혁위원회, 2016, p.82).