북일관계 정상화 과정에서 북일 수교는 한일, 북일 관계로 인해 여러 문제점이 발생한다. 한일 국교수립 상황을 북일 수교에도 적용하거나  남북 연대나 위안부 등 과거사 현안으로 한국까지 포함되면  한국 정부는 북일 양측 입장을 고려해야 하는 상황이다.
북일관계 정상화, 즉 북일 수교 문제는 현실적으로 한일관계 혹은 북일관계에서 여러 난관이 존재할 것으로 예상된다. 첫째는 전쟁 기간 및 전후 배상 문제이다. 일본은 기본적으로 1965년 한일 국교 수립 상황을 북일 국교 시에도 적용하려고 한다. 예를 들면 용어도 ‘배상’이라는 표현보다는 ‘경제협력자금’을 일본 정부는 선호한다. 둘째, 과거사문제에 대한 남북한 연대이다. 한일 국교정상화 이후 현재까지 한일 간에는 위안부문제 등 과거사 현안이 존재하고 있다. 북일 간협상에서도 과거사문제가 제기된다면 이는 단순히 북일 양국 간 문제가 아닌 한국도 포함하고, 더 나아가서는 과거사문제에 관한 한일 연대 이야기도 한국 내에서는 나오고 있다. 물론 일본 정부는 한일 간 연대를 극도로 경계하고 있다. 위와 같은 북일관계 정상화 과정에서 발생할 수 있는 문제점에 대해 한국 정부는 북한, 일본 양측 입장을 모두 고려해야 하는 어려운 상황에 빠질 수 있다.