공공투자관리센터가 어업권 보상비를 산정하며 일관성 없이 보상비 반영 여부와 반영기준을 사업 주무관청의 의견마다 다르게 정하고 있었다. 
그리고 공공투자관리센터(PIMAC)가 타당성 재조사를 수행하면서 어업권 보상비를 산정한 방식을 보면 [표 Ⅲ-1-12]와 같이 “신지~고금 도로 건설사업”은 어업권 보상이 필요 없다는 사업 주무관청의 의견을 반영해 보상비용을 반영하지 않았고, 어업권 보상비를 반영한 위 “보령~태안 도로 건설사업” 등 3개 사업의 경우에도 일관성 있는 기준 없이 사업 주무관청이 제출한 사업 기본계획상 금액, 기본설계상 금액, 실시설계상 금액 등을 기준으로 산정하는 등 보상비 반영 여부 및 반영기준 등이 사업 주무관청의 의견에 따라 다르게 정해지고 있었다.