일부 학생에 대해 대안교육이 필요하다는 판단으로 대안교육기관 위탁방식을 첫 적용하여, 현재는 모든 교육청이 추진중이다. 위탁된 학생은 본래 학적을 유지한 채 최소한의 교과학습과 체험·상담활동을 수행한다.
공교육 안에서 대안교육 방식의 적용을 적극적으로 검토하게 된 첫 번째 계기는 일부 학생들이 학교 안에서 기존의 규칙이나 지도 방식으로는 감당할 수 없다고 판단한 것이었다. 그 대안으로 모색된 방법이 이들을 학교 밖의 다른 대안교육기관에 위탁하는 것이었다. 2001년 서울시교육청이 처음으로 시도한 이 사업은 이후 다른 시도교육청으로 퍼져나가 지금은 모든 시도교육청들에 의해 추진되고 있다. 일부 시도교육청은 다음에 언급하는 각종학교로 정식 인가를 받은 대안학교를 설립하여 위탁교육을 실시하기도 하다. 위탁되는 학생들은 본래의 학적을 유지한 채 짧게는 수개월, 길게는 졸업 시까지 ‘위탁 대안교육 기관’에 머물며, 최소한의 교과학습 외에는 대부분의 시간을 체험활동이나 상담활동 등으로 보낸다.