기관별 자체단속으로 원산지 단속업무의 비효율이 초래되고 인력부족으로 인한 단속 사각지대 발생 우려도 있다. 이를 해소하려면 기관 간 MOU 체결을 통한 협업을 장려해야한다.
방사능 안전관리 이외에 원산지 단속의 효율성 및 인력의 부족을 보완하기 위해서도 기관 간 MOU 체결을 통한 협업이 요구된다. 원산지 단속을 위한 인력은 부족한데 각 기관 자체 계획으로 단속을 실시함에 따라 단속 대상 업체의 불편까지 초래하는 비효율이 발생한다. 현재 명절 등 성수기 단속에 있어서는 지방자치단체, 해경, 수산물품질관리원 등이 합동 단속의 형태로 지방자치단체의 단속 대상에 대한 정보, 해경의 수사권, 수산물 품질관리원의 전문성을 집결하는 협업을 시도하고 있다. 그러나 인력이 부족하여 현장접근성이 열악한 곳에 대한 평상시 단속에 있어서도 사각지대가 발생하지 않도록 인력의 공동 활용에 대해 기관 간 MOU 체결을 독려할 필요가 있다.