자유학기제 교육과정 설계방안은 공통과정과 자율과로 나뉜다.  핵심 성취기준인 공통과정은 기말고사 없이 시행되어 실천의 여건이 갖춰져 있다.
자유학기제를 위한 교육과정의 설계 방안을 좀 더 구체적으로 말해 보면, 그것은 크게 두 가지 영역으로 구분된다. ‘공통과정’과 ‘자율과’이 그것이다. ‘공통과정’은 소위 말해 기존에 학교에서 주로 가르쳐 오던 국어, 영어, 수학, 사회, 과학 등의 교과들로 구성된 영역이다. 다만, 기존의 교과들을 가르치되 반드시 알아야 할 핵심 성취기준을 선정하고, 이를 중심으로 수업이 이루어지기를 권한다. 이것은 교사들이 교과서의 처음부터 끝까지 하나도 빠짐없이 모두 다루어야 한다는 강박관념에서 벗어나 각 교과를 통해서 기르고자 하는 역량에 비추어 볼 때 이것만은 가르쳐야겠다는 핵심 내용을 교육과정을 통해 선별하여 가르칠 수 있다는 의미이다. 특히 자유학기제 동안은 중간, 기말고사가 시행되지 않는다는 점에서 실제로 이것을 실천할 수 있는 여건이 갖추어져 있는 셈이다.