공동관리규정은 행정입법으로 다른 부처의 법률과 상충 시 상위법 우선 원칙에 따라 구속력을 갖기 어려워 효력이 부정되거나 조정하기가 어렵다. 하여 국가연구개발사업 진행의 총괄 법제인 공동관리규정의 운영이 전체적으로 비효율적이고 제기능을 하지 못하는 문제점을 가지고 있다.
문제는 공동관리규정 이 국회에서 제정한 법률의 형태가 아닌 행정입법인 대통령령에 해당한다는 점이다. 공동관리규정 은 법 형식상 다른 소관부처의 법률과 상충하는 경우 상위법 우선 원칙에 따라 법적 구속력을 갖기 어렵다. 이 때문에 많은 연구가 공동관리규정 의 내용이 국가연구개발사업 추진의 근거가 되는 타 부처 법률의 내용과 배치되는 경우 동규정의 효력이 부정되고, 국가연구개발사업의 관리, 운영에 관한 각 부처의 훈령, 고시 등 행정규칙이동규정과 일치하지 않더라도 별다른 조정수단이 없다는 점을 지적하고 있다. 즉, 과학기술기본법 이 소관부처 중심의 사업체계를 통합, 조정하는 구속력 있는 역할을 수행하지 못하고, 국가연구개발사업 집행의 총괄 법제인 공동관리규정 이 과학기술기본법 과 여러 소관 부처의 법령체계를 연결시켜 줄 수 있는 규율로서 기능하고 있지 못한 결과, 관련 법령 상호가 유기적으로 결부되지못해 전체 운영 체계에 심각한 비효율을 유발한다는 점이 현재 국가연구개발사업 법제의 가장 근본적인 문제라 할 수 있다.