민간투자사업의 시행단계에서, 기획재정부는 이해관계를 조율할 때까지 공공지출에 대한 강력한 통제권을 행사한다.
민간투자사업에 정부와 민간 부문이 모두 관여한다는 점과 사업부처들이 최초의 접점이라는 점 때문에 일부 사안들에 대해서는 각 당사자의 이해관계에 바탕을 둔이견이 제기된다. 기획재정부에는 이런 견해들을 조율해야 하는 과제가 있는데, 관련당사자들 사이에서 합의를 도출하는 데에는 종종 시간이 걸린다. 그런 까닭에 기획재정부는 시행단계에서 공공지출에 대해 강력한 통제권을 행사한다. 부처들은 예산집행계획에 정해진 한도 내에서 지출할 것을 요구받는다. 필요하다고 판단될 경우 기획재정부는 민간투자사업에 대한 정부 지출을 연기하거나 중단할 수 있다.