방학 중 방과후 과정은 길어지는 운영시간과 교사 수급, 급간식 문제 등이 있다. 이에 일부 시도에서는 따로 운영안을 세우기도 했지만 더 실현성 있는 운영 방안 연구가 필요할 것이다.
방과후 과정은 연중무휴로 운영됨에 따라 교육과정반의 방학 기간 중 방과후 과정반 운영에 있어 교사 수급, 급간식 문제 등과 관련하여 애로사항들이 발생하고 있다. 또한 방학 중에는 방과후 과정의 운영 시간이 길어지게 됨으로 이에 필요한 프로그램 등도 추가로 마련되어야 한다. 이에 일부 시도에서는 방학 중 운영에 관해 따로 운영 계획안을 마련하여 적용하기도 한다. 그러나 여전히 유치원에서는 방학 중에 근무할 교사 수급 및 비용 문제에 어려움이 있으며, 초등병설 유치원의 경우 초등학교 급식실의 미운영에 따른 어려움 등이 추가적으로 나타나고 있다. 따라서 실효성 있는 방과후 과정의 방학 중 운영 방안에 대한 연구가 이루어져야 할 것이다.