2014년 대부분의 학교들이 자유학기 동안 자유학기제 운영 모형을 토대로 학교 자율적으로 운영하고 있는데 이것은 곧 자유학기제의 일부 방법 개선과 다양한 체험활동 제공이 이루어진다면 자유학기제 운영 모형은 타 학기에서도 유연하게 운영될 수 있음을 나타낸다.
2014년 현재 80개의 연구학교와 732개의 자원한 희망학교가 운영되고 있는데, 거의 모든 학교들은 자유학기 동안 이 운영 모형을 토대로 하되 학교 자율적으로 운영하고 있다. 이 모형에서 기준으로 한 교과의 시수조정 폭은 현 교육과정 운영규정상 교과별 20% 이내에서 학교 자율로 유연한 운영이 허용되고 있다는 점을 고려하였다. 즉, 중학교의 주당 수업시간이 창의적 체험활동(이하 창체활동) 3시간을 포함해 총 33시간이므로, 창체활동을 제외한 교과 30시간의 20%인 6시간만 정부에서 추진하는 ‘핵심성취기준’을 활용해 교과 간 조정이 이루어지면 오전 교과시간, 오후 자율과정(체험활동)이라는 이 운영 모형을 운영할 수 있다. 또한 일부 학교에서 하듯이, 음, 미, 체 교과를 오후의 예술․체육활동 형태로 운영할 경우에는 교과시간 중 3시간 정도만 조정해도 운영이 가능하다. 이는 자유학기제를 통해 수업방법과 평가방법의 개선만 성공적으로 이루어지고 다양한 체험활동이 제공될 수 있다면, 자유학기제 운영모형은 타 학기에서도 유연하게 운영될 수 있음을 의미한다.