감사담당자는 순환보직제 등에 따라 자체감사의 낮은 전문성 제기 되어 왔다. 이것을 개선을 위해 별도로 규정을 마련하여, 전문성을 갖춘사람이 장기근속하며 근무성적평정이나 임용 등에 우대 받도록하고 있다.
이미 언급한 바와 같이, 순환보직제 등에 따라 전문성이 낮은 감사담당자가 임용되고 감사담당자의 감사역량 제고를 위한 제도가 미흡하여 자체감사의 전문성이 낮은 실정이라는 점이 감사의 문제점으로 제기되어왔다. 이러한 문제를 개선하기 위하여 제2장 제3절에서는 감사담당자에 관한 규정을 별도로 마련하고 있다. 구체적으로는 자체감사 담당자는 감사업무에 대한 전문성 및 적성을 갖춘 사람을 임용하도록 하고(제16조 제1항), 감사담당자가 안정적으로 감사활동을 수행할 수 있도록 하기 위하여 행정기관의 장이 감사담당자에 대한 장기근속 방안을 마련하도록 하고 있다(제16조 제2항). 아울러 감사담당자가 감사활동에서의 불이익을 만회할 수 있도록 근무성적평정이나 임용 등에서 우대받을 수 있다는 규정도 두고 있다(제18조).