지방교육지치제도를 효율적으로 실행하기 위해서는 각 시·도교육청이 협의 하에 각 지방에 맞는 기준을 설정하여 적합한 교육정책을 실시해야 한다.
지방교육지치제도의 근본 취지 중 한 가지는 각 지방의 실정에 적합한 교육정책을 실시함으로써 교육의 자주성, 전문성, 정치적 중립성을 확보하는 것이다. 제도의 취지에 비추어 볼 때 시·도교육청이 각 지역의 실정에 맞게 규제의 내용과 범위를 달리 설정하는 것은 타당하다고 보아야 할 것이다. 그러나 각 시·도교육청마다 규제의 기준이 달리 설정되는 것은 형평성 문제를 야기한다는 점에서 주의를 기울일 필요가 있다. 이를 해소하기 위해서는 타 시·도교육청과 다른 기준을 설정하는 것에 대한 타당한 설명과 근거가 제시되어야 한다. 또한, 규제 도입 전 각 시·도교육청별 협의를 통해 그 차이를 확인하고 조율하는 과정도 필요하다.