갈등영향분석은 시행과정에서 오해의 소지가 많다. 국립서울병원 사례처럼 갈등해결방안을 제시하기도 하고, 당진 송전선로갈등 사례에서처럼 효과에 대한 인식이 달라 문제가 발생한다. 
‘갈등영향분석’을 ‘갈등진단’으로 이름을 바꾸는 문제이다. 현재 사용되고 있는 갈등영향분석이라는 이름은 갈등영향분석의 본래적인 개념과 목적을 정확하게 드러내지 못 해 갈등영향분석 시행과정에서 발주처 및 이해당사자 간, 발주처 및 수행기관 간, 발주처(본사)와 시행처(본부 또는 업무부서)간 오해를 불러일으키는 경우가 많다. 그로인해 국립서울병원 재건축갈등사례에서처럼 수행기관이 갈등해결방안을 제시하기고 하고, 당진 송전선로갈등 사례에서처럼 갈등영향분석 시행처의 목적과 수행기관과의 목적이 달라져 갈등영향분석 효과에 대한 인식이 불일치하게 나타난 점 등의 문제가 발생하는 것으로 볼 수 있다.