독립행정기관은 다양한 방식으로 조직되지만 몇 가지 공통적인 특징들이 있다. 독립행정기관의 예산은 해당 규제와 관련된 행정부처의 예산 내에 포함되어 있고, 모든 독립행정기관은 합의제로 운영된다.
독립행정기관은 매우 다양한 방식으로 조직되지만 몇 가지 공통적인 특징들을 발견할 수 있다. 우선 법률에 의해 독립적이 예산을 지니는 금융시장관리기 관을 제외하고는 독립행정기관의 예산은 해당 규제와 관련된 행정부처의 예산 내에 포함되어 있다. 둘째 ‘법률수호자’나 ‘영화관련 옴부즈맨’을 제외하고 모든 독립행정기관은 합의제로 운영된다. 합의체의 구성원들은 행정부나 기타 관련 기관들에 의해 지명 또는 선거 등의 방식으로 선출되는데 이는 과도한 정치적인 영향력에서 벗어나기 위함이다. 또한 협의체의 의장은 협의체의 토론을 위해 일정을 결정하고 고유한 권한들을 행사하는 것이 일반적이다. 그러나 구성원들의 활동 기간과 조건은 기관마다 동일하지 않다.