육아휴업 후 근로자의 원직 복귀는 배려를 지침으로 할 뿐 법으로 규정하지 않았다. 또, 육아휴업을 하는 근로자는 직업능력 개발 및 향상 등에 필요한 조치와 1세부터 취학 전 자녀를 양육하는 근로자에 대한 조치의 적용을 선택 가능하며  사업주는 근로자에게 근무시간단축 등을 이유로 해고나 불이익취급을 하면 안 된다. 지침상 금지된 불이익 취급이 발생하면 행정지도와 민법상 시정과 손해배상청구가 가능하다. 
또한 육아휴업을 한 근로자 뿐만 아니라 그의 근로자의 배치 및 고용관리에 대한 필요한 조치는 상시 30인을 초과하는 근로자를 고용하는 사업장에서 상시 30인 이하의 근로자를 고용하는 사업장으로 보직변경해서는 안되고, 휴업후에는 원직 또는 원직상당직에 복귀시키는 것으로 배려할 것을 지침으로 하고 있다(지침3). 
이와 같이 휴업후의 ‘원직복귀’도 명문화의 요망이 강한 사항이었지만 이것도 법으로 명문되지 않았다. 
그리고 육아휴업을 하는 근로자의 직업능력 개발 및 향상 등에 필요한 조치와 1세부터 초등학교 취학전 자녀를 양육하는 근로자에 대한 조치(법 제11조)에 대해서도 그 적용을 근로자의 선택사항으로 하고 근로자의 상황에 적합한 것으로 하도록 하고 있고(지침4, 6) ,근무시간단축 등의 조치를 신청하였거나 받아들인 것을 이유로 근로자를 해고 또는 기타 불이익취급을 해서는 안된다고 하고 있다(지침5).
지침상으로 금지된 불이익 취급이 있는 경우 여성소년실장의 조언, 지도, 권고의 대상이 되어 행정지도를 받게 되고 재판소에서도 육아휴업법 위반에 대한 구제는 받지 못하더라도 민법상의 일반법리(신의칙, 권리남용, 공서약속, 권리침해=위법성)에 의거하여 그시정과 손해배상청구가 인용될 가능성이 높다.
이와 같이 육아휴업중의 대우, 육아휴업 종료 후의 임금, 배치, 직장복귀 등에 대해서 법적으로 보장하지 않고 사업주에게 그 원칙을 정하거나 필요한 조치를 강구하도록 하고 있어 육아휴업으로 인한 불이익금지 및 고용보장 측면이 약하다고 할 수 있다.