지역아동센터는 지자체 별도 지원과 후원금으로 기본지원금을 보완한다. 자구 노력과 함께, 지자체 별도 지원은 종사자를 위한 것이어서 인건비 등 비용에 대해 단가 조정이 필요하다.
지역아동센터는 소재 지역 지자체의 별도 지원이나 자체적인 후원금 개발 노력 등을 통하여 기본지원금의 부족한 부분을 보완하고 있다. 지역아동센터는 원칙적으로 민간기관이기 때문에, 후원금 개발 등 자구 노력을 유도하는 것은 바람직하다. 지자체의 지원도 이용 아동의 복리 증진을 위하여 활용되는 것이 바람직하지만, 현실적으로는 [표 22]와 같이 지자체 별도지원금의 40.1%가 종사자처우개선을 목적으로 지원되고 있다.따라서 기본적으로 기관을 유지하기 위한 인건비나, 토요운영, 야간돌봄운영 등 지속적으로 발생하는 비용에 대해서는 각 센터의 실정을 반영하여 단가를 조정함으로써 실질적 형평성을 도모할 필요가 있다.