본 사업은 달성 가능한 성과에 초점을 둔 탓에 문제정의와 구체화가 부족하며, 기존 사업과 차별화되지도 못했다. 또 문제의 범위가 분절적이며, 사회적으로 이슈가 되는 일부 분야에만 집중한다.
이렇게 달성 가능한 기술개발 성과에 초점을 두다 보니 본 사업은 다양한 채널을 통해 해결해야 할 문제가 도출되었음에도 RFP와 사업단이 작성하는 연구 개발계획서 상에 문제정의와 구체화가 부족하며 기존 기술개발 사업과의 차별성을 나타내지 못하고 있다. 또한 국민 생활에 밀접한 문제해결을 목적으로 하여 수요조사가 이루어지고 사업이 진행되다 보니 문제의 범위가 분절적인 측면이 있다. 언론을 통해본 사업을 포함한 정부 차원에서 추진되고 있는 이러한 문제해결 관련 사업들이 사회적으로 이슈가 되는 일부 분야에 집중되고 있다는 점이 문제점으로 제시되기도 하였다. 현재 본 사업은 환경 및 질병 분야에 집중적인 지원이 이루어지고 있다.