한반도에 대한 일본의 식민사관은 기자조선을 부정하는 것에서 시작되었다. 기자조선에 관한 왜곡된 주장들은 이미 폐기되었으나, 일본은 여전히 학생들에게 잘못된 정보를 가르치고 있으며, 또 가야와 일본과 관련해 역사적 오류까지도 범하고 있다.
임나일본부설(任那日本府說)은 일본인 학자 스에마쓰 야스카즈의 주장으로 임나일본부는 4세기부터 6세기까지 왜국이 한반도 남부의 임나(가야)지역에 통치기구를 세워 한반도 남부 지방의 일부를 다스렸다는 식민사관을 주입시키려고 했다. 일본의 식민사관의 시작은 한반도의 기자조선이 기원전 10세기경에 있었던 것을 부정하는 것에서부터 시작한다. 일본이 식민사관의 근거로 든 것은 사마천이 쓴 <사기: 조선열전>을 인용하면서 기원전 1세기경에 조선이 망했다고 말한다. 즉 대륙과의 관계를 차단하면서 반도사관을 주입하는 근거로 활용했으며 식민사관을 강화시켰다. 그러나 이러한 주장들은 이미 양국 학계에서는 폐기되었지만 여전히 일본 교과서가 시정하지 않은 채 학생들에게 가르쳐 문제가 되고 있다. 『일본서기』에 기록된 이 내용은 가야라는 나라보다 더 늦은 시기에 나라의 국호가 생긴 일본이 그 이전에 존재한 가야를 지배했다는 역사적 논리의 모순까지 보여주고 있는 것이다.