물류산업의 기업으로부터 재원을 확보하고, 이는 수혜자 부담원칙을 가지도록 한다. 또한 차별된 자금 지원정책과 적합한 상황에 따른 전략적 추진방법을 마련하는 것으로 기본정책방향을 제시할 수 있다. 이를 통해, 시장 주체를 통한 공정성 문제를 해결하고 물류기업을 대상으로 한다는 점에서 차별화를 가진다. 
이에 본 연구는 4가지 기본정책방향을 제안한다. 첫째, 물류산업 내 이해주체(물류기업)로부터의 자체수입(부담금) 중심으로 재원을 확보한다. 이는 신설 기금에 대한 정부의 자체수입 증대 노력과 차입 최소화 원칙에 부합하는 것이다. 둘째, 물류산업 내 자체 부담금 재원은 수혜자 부담 원칙을 견지하도록 한다. 시장 주체가 부담하여 조달하게 될 경우 분담의 공정성 문제가 야기될 수밖에 없다. 이를 회피하기 위해서는 조달된 재원의 분배(자금 지원)에 있어 부담자와 수혜자 간 가능한 한 긴밀하게 연계 내지 연동되도록 하는 것이 바람직하다. 셋째, 기존 기금과 차별되는 자금 지원정책을 마련한다. 가령 중소기업 창업 및 진흥 기금에도 물류 관련 지원 사업이 있다. 물류 현대화 사업, 각종 협동화 및 협력 사업 등이 예이다. 그러나 이들 물류 관련 사업은 화주로서의 중소기업의 자가물류부문 개선 사업들이 대부분이다. 반대로 물류 기금은 물류기업을 대상으로 한다는 점에서 제3자 물류부문 개선 사업이라 뚜렷하게 차별되므로 지원 대상 사업 결정 시 이 점을 강조할 필요가 있다. 넷째, 기금의 확보 상황과 지원 효과의 수준에 기초한 전략적 추진방안을 마련한다.