자율과정의 운영은 학교의 선택에 따라 다르게 편제할 수 있다. 예로 든 4가지 모형은 창체활동을 내실화 한 것이다. 반면 학생선택프로그램은 자유학기제에서 도입된 것이다. 현 교육체제는 교과 운영을 위해서는 교과서가 집필되어야하고 교사 양성이 이루어져야 하므로, 학생들의 관심을 반영하여 자율과정으로 선택 외부전문가나 관련자료를 활용하는 것이다.
자율과정의 운영은 학교의 선택에 따라 각 영역별 비중을 다르게 편제할 수 있으며, 필요에 따라 네 가지 영역을 모두 포함하는 방향으로 구성할 수 있다. 예로 든 4가지 모형 중 진로탐색, 동아리 활동, 예술․체육은 창의적 체험활동에서 유래한 개념으로 창체활동을 내실화 한 것으로 이해할 수 있다. 반면에 학생 선택프로그램은 자유학기제에서 새로 도입된 것으로 제한되나마 교육과정 속에서 학생들의 선택을 존중하고자 하는 자유학기제의 취지를 살리고자 한 것이다. 현 교육과정 체제에서는 교과 운영을 위해서는 교육과정이 편성되고 교과서가 집필되어야 하며 담당 교사 양성이 이루어져야하기 때문에 요즘처럼 변화가 빠른 시대에 학생들의 관심을 정규 교육과정에 반영하기가 쉽지 않다. 따라서 학생들이 관심과 흥미를 가지고 적극 참여할 수 있는 프로그램들을 학생 수요조사에 기반해 정한 뒤 교사 또는 외부 전문가가 한국교육개발원 자유학기제지원센터 또는 시․도교육청 등에서 개발한 자료나 관련 기관에서 개발한 자료를 활용해 제공할 수 있도록 한 것이다. 이는 학교 차원에서 교과 연계 또는 진로․동아리 활동 연계 등 다양한 형태로 제공되고 있으며, 학생들이 가장 선호하는 활동으로 정착되고 있다. 이는 현재의 교과중심 교육과정의 유연화 방향과 관련해 많은 시사점을 준다고 할 수 있다.