조약과 신사협정의 명확한 구분 기준의 부재로 인해 문제가 일어날 수 있다. 설사 남북기본합의서를 법적 구속력을 지닌 조약으로 간주할지라도 조약 전문의 법적 효력에 대한 이견이 있을 수 있는데 이는 전문에서 남북한 특수관계를 규정하고 있기 때문이다. 조약의 전문의 법적효력에 대한 논란도 있으며 설사 효력이 있다 해도 남북기본합의서는 제3국이나 유엔에 대한 효력은 갖지 않는다.
조약과 신사협정을 구분하는 명확한 기준은 존재하지 않는다. 이로 인해 어느 특정한 남북합의서가 남한에서는 조약으로 인정받을 수 있는 반면 북한에서는 신사협정으로 인정될 수 있는 문제가 생길 수 있으며, 그 반대의 문제도 발생할 수 있다. 다시 말해 우리 사법부가 남북기본합의서의 법적 성격을 신사협정이라고 판시했다고 해서 남북기본합의서가 북한지역에서도 신사협정에 불과한 지위를 갖는다고 단정 짓는 것은 유의할 필요가 있다. 그런데 설령 남북기본합의서를 법적 구속력을 가지는 국제법상의 조약의 일종이라고 본다 하더라도 조약 전문(前文)의 법적 효력에 대해서는 논란이 제기될 수 있다. 왜냐하면 남북한 특수관계는 남북기본합의서 前文에 규정되어 있기 때문이다. 일반적으로 조약 전문(前文)은 강제력을 갖지 않고 조약해석상의 요소가 된다고 간주된다. 이와는 달리 조약 前文도 법적 효력을 가진다는 반론도 있다. 그러나 일부 견해와 같이 조약 전문이 법적 효력을 갖는다고 하더라도, 다시 말해 남북한 특수관계가 규정되어 있는 남북기본합의서가 법적 효력을 갖는다고 하더라도 조약법상의 기본원칙 가운데 하나인 조약 상대성의 원칙에 따라 남북기본합의서는 당사자인 남한과 북한에 대해서만 효력이 발생하고 제3국에 대해서는 효력이 미치지 않는다. 또한 남북기본합의서를 조약으로 보더라도 유엔 사무국에 등록하지 않았기 때문에 유엔 기관에 대하여 남북기본합의서를 원용할 수 없다(유엔 헌장 제102조 제2항).