피압수자 측의 참여권 보장과 피압수자 측에 수사 기밀 노출을 막기 위해 수사기관이 노력하게 되면서 수사의 효율성은 자연스럽게 떨어진다.
앞에서 살펴본 수사의 신속성 저하와 보안성 유지 곤란은 수사의 효율성 저하로 자연스럽게 이어진다. 즉, 피압수자 측의 참여권 보장을 위해 수사기관의 의지와는 무관하게 압수물 분석 작업이 지연되거나 그 기간이 길어질 수 있는데, 그만큼 수사의 신속성은 떨어지고 피압수자 측의 방어 기회는 늘어나게 되므로 결국 수사의 효율성은 낮아지게 된다. 또한, 수사기관으로서는 피압수자 측이 수사기관 사무실에 상주하는 기간 내내 수사 보안사항이 피압수자 측에 노출되는 일이 없도록 과도할 정도의 주의를 기울이지 않을 수 없는데, 이로 인한 수사의 효율성 저하도 심각할 것으로 예상된다.