한국과 일본에서 시행하는 선행기술 조사 전문기관 지정제의 장점은 선행기술조사기관의 관리가 용이하고, 조사기관의 인력과 예산이 안정적이라는 점이다. 단점은 조사기관 사이의 경쟁이 유발이 적고, 사업에의 신규 진입이 불가능하다는 점이다.
한국과 일본에서 시행하고 있는 이른바 선행기술조사 전문기관의 지정제와 등록제를 비교하여 검토하면, 우선 지정제의 장점으로는 첫째, 광범위한 기술구분을 담당하는 소수의 기관(현재 3개 기관)에 의하여 선행기술 조사가 수행되므로 선행기술조사기관에 대한 품질관리, 물량관리 등 선행기술조사기관의 관리가 용이하다는 점(관리의 용이성)을 들 수 있고, 둘째, 지정주체(특허청)가 추가로 지정하지 않는 이상, 매년 일정한 숫자의 기관을 대상으로 선행기술 조사 물량이 할당되므로, 조사 물량의 변동이 없는 한, 각 선행기술 조사 기관이 수행하는 물량의 변동이 상대적으로 적으므로, 조사기관의 인력과 예산 등의 측면에서 안정적인 기관 운영이 가능하다는 점(기관운영의 안정성)을 들 수 있다. 반면에 단점으로는 첫째, 일정한 숫자의 기관이 안정적인 물량확보가 가능하므로, 품질과 가격의 측면에서 조사기관 사이의 경쟁을 유발하는 요소가 적고, 이에 따라 선행기술조사기관 사이에 품질 향상 및 단가 인하를 유발하는 동기가 존재하지 약하다는 점(경쟁체제의 미비)을 들 수 있고, 둘째로, 선행기술조사 사업분야에 신규로 진출하고자 하는 업체가 있더라도, 관리주체(특허청)의 추가 지정이 없는 한 사업에의 신규진입이 불가능(신규업체의 진입 배제)하여 민원(국회 등 외부로부터 지적)의 여지가 있다는 점을 들 수 있다.