자체감사는 최소 조직이 상위조직에 우선해서 업무가 배분된다는 보충성의 원칙을 통해서도 지지된다. 자체감사는 감사원의 업무부담을 줄여주며 자치권을 보장하고 감사 효율성을 높여줄 것이다.
이와 같이 자체감사형태를 개발하고 강화하는 것은 보충성의 원칙에 의하여도 요구되는 것이다. 보충성의 원칙은 최소 단위의 공동체에게 다른 단위를 해함이 없이 수행할 수 있는 모든 업무가 배분되어야 하고, 다만 그 능력을 초과하는 경우에만 차상급 단위에게 배분되어야 한다는 원칙을 말한다. 지방자치와 관련하여 이러한 보충성의 원칙은 업무배분에 있어서 지방자치단체에게 국가에 대한 우선성을 인정하는 것이다(이기우, 1996). 입법론적으로 또는 정책적으로 공공기관에 대한 감사의 경우에도 이와 같은 보충성의 원칙을 적용하는 것을 고려해볼 필요가 있다. 즉 공공기관에 대한 감사는 일차적으로 해당 공공기관 차원에서 수행하고, 이를 통하여 감사의 목적을 달성하기 어려울 때, 감사원이 보충적으로 감사권을 행사하도록 함으로써 중복감사 또는 과도한 감사의 문제를 해소할 수 있도록 해보자는 것이다. 이와같이 지방자치단체를 포함한 공공기관에 대한 감사에 보충성의 원칙이 적용된다면, 결국 감사원의 감사부담이 상당히 완화될 것이고, 지방자치권의 보장에도 충실해지며, 나아가 감사 전체의 효율성에도 기여하게 될 것이다. 물론 이 경우 자체감사의 기능이 활성화되는 것이 전제 되어야 할 것이다.