외규장각 의궤 문제해결을 위한 정부부처 간의 협력체계 부재로 인해 협상 이행이 지연되고 있다. 외교부는 상호교환 전시목적 시한부 대여를, 문체부는 영구임대방식을 주장하며 의견차를 보이고 있다.
정부의 외규장각 의궤 문제해결을 위한 이해관계자 간 문제공유 노력을 살펴보면, 첫째, 정부부처 간 협력체계 부재를 들 수 있다. 일례로 외무부와 문화체육부 등 관계부처 사이의 책임전가를 들 수 있는데 이는 협상이행을 더 지연시키는 요인으로 작용했다. 1993년 12월 외교부는 ‘상호교환 전시목적 시한부 대여’라는 프랑스 입장을 문체부에 검토요청 하였으나 문체부는 최소한 영구임대방식은 되어야 한다는 견해를 제시하는 데 무려 4개월을 소요했고, 그로 인해 외무부도 아직 교섭조차 착수하지 못하고 있는 상황이 발생했다. 나아가 외교부는 국제법 검토결과, 소유권 반환요구가 불가능하다는 결론을 내리고, 문화체육부의 방침을 변경해 줄 것을 요청하였지만, 명확한 원칙이 합의되지 않은 채 문체부의 의견대립과 시간끌기로 결국 8개월이 지나도록 진전을 보지 못했다(한겨레, 1994).