벤처기업 확인제도 개편으로 자본 잠식상태에 있거나 자기 자본이 5억원 이하인 기업들이 증가한 것으로 확인되었다. 자기 자본 5억원 이상인 기업이 감소 및 정체 상태인 것과 상반된 양상이다.
특히 2006년 벤처기업 확인제도 개편으로 기술평가 보증 및 대출 유형의 벤처기업에 대한 확인이 급증하면서 자본잠식 상태에 있는 벤처기업의 비중이 2006년 최고치인 75% 수준을 기록했음을 확인할 수 있다. 이후 자본잠식 상태에 있는 벤처기업의 비중은 급감하는 추세에 있지만 2014년 말 현재 여전히 20% 수준을 웃돌고 있다. 또한 자본잠식 상태는 아니지만 자기 자본이 5억원 이하인 벤처기업군은 2006년 이래로 꾸준히 증가하고 있다. 반면 벤처기업 확인 제도 초기 가장 비중이 높았던 자기 자본 10억원 초과 50억원 이하 벤처기업군을 포함하여 자기 자본 5억원 이상을 보유한 벤처기업군의 비중은 2005년까지 감소 추세를 보이다가 2006년 이래 정체 양상을 나타내고 있다.