최근에는 더 심도 깊은 연구들이 수행되고 있는데, 그 예로  혁신학교를 비교분석한 교육과정 운영 특징과 그 영향력 연구, 단기종단적 비교 연구를 통한 혁신학교 중학생의 만족도 연구가 있다.
최근에는 위에서 제시한 사례 연구들을 바탕으로 보다 심도 깊은 연구들이 확산적으로 수행되고 있 다. 김은수(2013)는 경기도 소재 각각 7개의 혁신학교와 일반학교를 선정하여 교육과정을 비교한 결과, 혁신학교 교육과정의 차별화된 특징으로 교육과정 재구성과 블록타임제 운영의 두 가지 특징을 밝힘으로써 혁신학교 교육과정 운영의 특징적인 면을 제시하였다. 나아가 혁신학교가 학습자들에게 어떠한 영 향을 미치는지에 대한 연구도 진행되었다. 김민웅･임용순(2013)은 혁신학교 중학생의 정의적 요인에 관한 단기종단적 비교 연구를 통해 혁신학교 학생이 일반학교 학생보다 스트레스 감소, 자녀･부모 관계와 학교에 대한 만족도 측면에서 긍정적인 효과가 있는 것으로 밝혀졌다.