교과교실제는 교과마다 특성화된 교실에서 수업을 받는 것으로 교과 흥미 유발과 수업의 질 향상을 위해 도입된 정책이다. 학생들이 수업 시간마다 교과교실로 이동하며 수업을 듣는 학교운영 방식으로 학생들의 이동에 따른 지각의 정당한 사유 발생으로 인해 시스템에 의한 비교육적인 문제가 제기되고 있다.
교과교실제는 교실 수업을 교과 특성에 맞게 함으로써 학생들의 교과 흥미를 유도하고 수업의 질을 높이기 위해 추진되고 있는 정책이다. 교과교실제를 도입할 때 학생들에게 한 학기에 제공되는 교과목 수를 줄이고 교과 특성에 맞는 교실 환경을 갖추고 기자재 사용을 용이하게 함으로써 수업의 질을 높이고 수업 방식의 다양화를 위해 블록타임제를 적용하는 시도를 하였다. 가가중학교에서는 전 교과에 대한 교과교실제를 실시하고 있다. 교과교실제 시행이 가가중학교 학생들의 학업생활에 영향을 주는 측면을 학생의 입장에서 보면 다음과 같다. 첫째, 학생의 입장에서는 우선 45분마다 이동해야 하는 게 번거롭고 힘들다. 학생들 중에는 “돌아다니는 것이 힘들다(이희연)”면서 어려움을 토로하기도 한다. 1학년 때는 학생들이 적응하는 데 더 힘들어했다. 수업 시작종이 울려도 교실에 와서 앉아있지 않은 학생도 꽤 된다. 짧은 10분의 쉬는 시간에 홈베이스에 가서 사물함을 열고교과서를 챙겨서 화장실에 들른 후 다음 시간 교실로 이동하게 되면 지각할 가능성도 충분히 있다. 이렇게 지각이 납득되는 상황이 되니 교사들은 학생들이 수업시간에 맞추지 못하는 것에 대해서 제재하기 어렵다. 그런데 이러한 상황 자체가 비교육적이라는 걱정이 있다. 시스템의 잘못으로 시간에 대해서 그릇된 개념이 생길 수 있다는 것이다.