현재 지역아동 센터 대부분을 개인이 운영하면서 환경이 취약한 센터들이 있고 재정적 어려움으로 인해 청결이나 위생 등이 열악한 곳들도 많다.
다음은 시설 차원의 문제점이다. 정익중외(2011)의 연구에 의하면 현재 지역아동 센터의 시설 설치와 운영6)에 관련하여 중요한 현황과 문제점으로, 시설의 운영 주체중 개인(일반)운영이 절반 이상의 비중을 차지하고 있다는 점, 센터의 환경이 취약한 센터들이 있다는 점을 지적하고 있다. 이는 지역아동센터에 대한 엄밀한 시설설치 기준부재로 인해 입지조건과 내부 환경, 면적 등에서 취약할 수밖에 없기 때문이다. 또 시설운영주체가 개인운영이 많아 기본적인 설비 및 시설환경은 갖추어져 있으나, 시설운영의 재정적 어려움으로 인해 청결, 위생, 편의성 등에서 열악한 상태가 지속되고 있다는 점도 원인으로 지적되고 있다(정익중외, 2011).