또한 문부과학대신은 도도부현 교육위원회 또는 시정촌 교육위원회에 교육에 관한 일정 행위 또는 부작위 의무를 부과하는 지시를 할 수 있다. 지시권 행사를 위한 요권은 법령의 규정을 위반하는 경우나 다른 조치로써 시정을 도모하는 것이 곤란한 경우 등이 있다. 이는 국가의 교육위원회에 대한 관여를 강화한 조치이다.
또한 문부과학대신은 도도부현 교육위원회 또는 시정촌 교육위원회에 교육에 관한 일정 행위 또는 부작위 의무를 부과하는 지시를 할 수 있다(지교행법 제50조). 지시권을 행사하기 위한 요건은 ① 교육에관한 사무 관리 및 집행이 법령의 규정을 위반하는 것이 있는 경우 또는 ② 사무 관리･집행의 태만으로 아동･학생 등의 생명･신체에 피해가 발생하거나 확실히 피해가 발생할 우려가 있다고 전망되어, 피해확대 또는 발생을 방지하기 위해서 긴급한 조치가 필요할 경우로써, ③ 다른 조치로써는 시정을 도모하는 것이 곤란한 경우이다. 이 경우 문부과학대신은 해당 교육위원회에 대해 해당 위반을 시정하고 게을리 한 해당 사무관리 및 집행을 개선해야 함을 지시할 수 있다. 지시를 받은 교육위원회는 지시된 내용에 따라 시정 또는 개선 조치를 강구해야 한다. 이는 2014년 6월 지교행법 개정 시에 추가된 내용으로최근 일어난 시가현의 자살 사건과 오사카부의 교사 체벌 사건에서 지역 교육위원회가사건을 은폐하여 언론 등 여론으로부터 크게 비판을 받았다. 이후 왕따로 인한 자살 방지 등 교육상 긴급 과제에 대해 문부과학대신이 교육위원회에 대해 직접 지시할 수 있도록 함으로써 국가의 교육위원회에 대한 관여를 강화하였다.