고등교육 이원화 제도가 성공적 모델로 평가되지만, 직업교육을 받은 기업에 채용되지 못했을 때 받는 압박감, 시간적 부담, 기업에서 일자리 교육에 대한 치열한 경쟁, 엘리트 양성 등 여러 문제점도 있다.
고등교육 이원화 제도는 전반적으로 성공적인 모델로 평가를 받고 있지만, 다음과 같은 문제점도 병존하고 있다(Kruthaup, 2012). 첫째, 직업교육생들이 직업교육을 받은 기업에 채용이 되지 못하고 다른 기업에 지원하는 경우, 직업교육을 받은 기업에 채용되지 못한 원인을 제시해야 하는 압박감이 크다. 둘째, 직업교육생들이 정신적, 신체적으로 받는 부담감, 그리고 방학이 없고 시험 때는 시험 준비를 할 시간이 없어 이에 대한 부담이 크다. 셋째, 성공적인 모델로 인정받으면서 점점 더 많은 학생들이 이원화 제도에 참여를 원하고 이에 비해 참여하고 있는 기업의 수는 많지 않아 기업에서 직업교육 일자리에 대한 경쟁이 치열하다. 넷째, 학위와 직업자격을 동시 취득이 단순히 엘리트 양성으로 이어지는 것이 아닌지에 대한 우려가 있다. 이에 대한 좀 더 세부적으로 문제점을 파악해 보면 다음과 같다.