안전행정부는 일부 안전 기능의 외청 설치에 관해 외청화로 인한 재난 대응역량의 하락과 타 기관에 미치는 영향력의 축소와 같은 한계점들을 지적했다.
안전 관련 일부 기능의 외청화와 관련하여 각 대안의 장단점에 대하여 여러 가지 주장이 제기되었다. 안전행정부는 지난 8월 28일 여당과의 당정협의 과정에서 야당의 정부조직법 개정안의 문제를 지적하였다. 소방청과 해양안전청 등의 외청 설치는 독립적 운영으로 직접적 지휘가 어려워 대형재난 발생 시 적절한 대응이 어렵다는 것이다. 뿐만 아니라 여러 재난안전 분야와의 연계가 어려워 재난대응역량이 떨어지고 청이라는 지위로 인해 다른 부처와 지자체에 대한 영향력이 약화된다는 것이다. 청조직은 예산 사전심의, 징계요구, 기관경고 등의 권한을 갖기에 한계가 있다고 보았다. 이하에서는 이러한 논의를 보다 구체적으로 살펴본다.