A 검사는 준항고인 1의 배임 혐의로 압수수색영장을 발부받아 이 사건 저장매체를 수사하던 중, 영장에 기재된 범죄사실과 무관한 자료를 발견하여 이 사실을 B 검사에게 통보했다. B 검사는 별건 정보에 대한 압수수색영장을 발부 받아 압수수색을 진행하는 과정에서 준항고인측에 참여기회를 주지 않았고 전자정보목록을 교부하지 않았다.
A 검사는 2011. 4. 25. 준항고인 1의 배임 혐의와 관련한 압수수색영장(제1영장)을 발부받아 압수수색을 진행하였는데 이 사건 저장매체에 범죄 혐의와 관련한 정보와 그렇지 않은 정보가 혼재되어 있어 이 사건 저장매체 자체를 봉인, 수사기관의 사무실로 가져왔습니다. 준항고인 1은 2011. 4. 27. 저장매체 봉인이 해제되고 전자정보파일이 대검찰청 디지털포렌식센터의 원격디지털공조시스템에 복제되는 과정을 참관하다가 임의로 그 곳에서 퇴거했습니다. (복제 완료된 것을 제1처분) A 검사는 위 이미징한 복제본을 자신이 소지한 외장 하드 디스크에 재복제하였고 (제2처분) 2011. 5. 9.부터 2011. 5. 20.까지 위 외장 하드 디스크를 통해 범죄혐의와 관련한 정보를 탐색하였으며 그 과정에 준항고인 등은 참여하지 않았고 참여 통지를 한 바도 없습니다. A 검사는 범죄혐의와 관련한 정보를 탐색하던 중 압수수색영장에 기재된 범죄사실과 무관한 준항고인 1 등의 약사법위반, 조세범처벌법위반 관련 자료를 확인, 영장 범죄사실 증거와 함께 출력하였습니다. (제3처분) A 검사(강력부)는 같은 청 다른 부(특별수사부)에 위 사실을 통보하였습니다. B 검사(특별수사부)는 2011. 5. 26. 별건 정보를 소명자료로 제출하면서 압수수색영장을 청구하였고, 법원으로부터 압수수색영장(제2영장)을 발부받았습니다. B 검사는 위 영장을 근거로 외장 하드 디스크에서 별건 정보를 탐색, 출력하는 방법으로 압수수색을 진행하였고 그 과정에서 준항고인 측에게 참여 기회를 주지 않았으며 전자정보목록을 교부하지 않았습니다.