서류상 단순 기재오류나 세관 공무원의 자의적 해석, 증빙 불충분 등 항구 통관이 지연되거나 거부되는 사례가 빈번하다.
그리고 항구에서 다양한 이유로 통관이 1~2개월 이상 지연되는 사례가 빈번히 발생한다. 서류상 단순 기재오류 등 작은 실수가 있는 경우에도 통관이 보류되며, 세관 공무원의 자의적 해석 등으로 행정절차가 항상 불투명하다. 예를 들어 Invoice 상의 가격과소평가(Under Value)를 문제 삼아 직권으로 상품가치를 정하고 높은 관세를 매긴다거나, 관세 혜택이 주어지는 상품의 경우증빙이 충분치 않다는 이유로 통관을 거부하는 사례 등이 발생하고 있다. 그밖에도 투자기업의 국내 모기업 제품 조달과 관련해서 이전가격의 조정을 이용한법인세 과소 납부를 방지하기 위해 이전가격과 관련된 각종 증빙을 수시 및임의적으로 세관에서 요구하는 등 통관에 많은 애로사항이 있다.