형사공공변호인제도 도입의 가장 큰 논란거리 중 하나는 제도의 취지와 기능만을 볼 때 현행 국선변호제도와 차이를 발견하기 어렵다는 점이다. 형사공공변호인 제도는 수사단계의 모든 피의자로 적용대상의 범위가 확대되고 독립기구로 변경된다는 차이점이 있다. 그러나 변호인 선임권을 행정부가 행사할 경우 피의자에 대한 변호를 행정부가 담당하여 형사사법시스템을 근본적으로 흔드는 꼴이 될 수 있다는 점이 문제점으로 지적된다.
문재인 정부의 국정과제이기도 한 형사공공변호인제도 도입 논의가 법무부 등을 중심으로 심도 깊게 진행되어 왔습니다. 그런데, 형사공공변호인제도 도입논의의 큰 논란거리 중 하나는 현행 국선변호제도와 어떤 차이가 있는가의 문제입니다. 국선변호인은 원칙적으로 피의자나 피고인이 스스로 변호인을 선임할 수 없을 때 보충적으로 선정되는 것이고, 그 사유는 대부분 사회적 또는 경제적 약자에 해당하는 경우인바, 국선변호제도의 취지는 형사절차에서 자칫 소홀해지기 쉬운 사회적 경제적 약자의 방어권 행사를 보충함으로써 변호인의 조력을 받을 권리를 실질적으로 보장하기 위한 것입니다. 그렇다면 제도의 취지와 기능만을 놓고 볼 때 양자의 차이를 발견하기 어렵습니다. 차이점이 있다면, 국선변호제도가 피고인 중심으로 운영되고 예외적으로 피의자에게도 적용된 반면, 형사공공변호인 제도는 수사단계의 모든 피의자로 적용대상의 범위가 확대된다는 것입니다. 또한, 운영 관리 주체 면에서도 지금의 법원에서 행정부(법무부)나 다른 독립기구로 변경된다는 것이 차이점이라고 할 수 있습니다. 그러나 일각에서 보도된 바와 것과 같이 형사공공변호인 제도를 별도의 정부기구로 관리 운영할 경우 다음과 같은 문제점이 지적됩니다. 즉, 검찰과 경찰이 수사권과 기소권을 행사하고, 피의자 및 피고인은 스스로 또는 변호인을 통해 방어권을 행사하며, 법원은 심판자로서 재판권을 행사하도록 하는 것이 우리 형사사법시스템의 기본골격이고, 형사재판의 경우 검찰과 피고인이 상호 대석구조로 운영되고 있는데 여기서 변호인 선임권을 행정부가 행사한다면 피의자에 대한 형사소추와 변호를 행정부가 담당하는 꼴이 되어 형사사법시스템을 근본적으로 흔들 수 있다는 점입니다.