자유학기제의 성공적 정착을 위해서는 일반학기에 적용 가능한 연계모형이 필요하다. 자유학기만큼은 아니더라도 일정 과목의 교육과정 시수를 조정하고 창체활동과 연계할 수 있어야 한다. 자유학기제의 자율과정은 규칙적이면서 체계적 피드백이 이루어지고 있다.
셋째, 자유학기제가 성공적으로 정착하고 타 학기로까지 확산되기 위해서는 자유학기 이후의 일반학기에 적용될 수 있는 연계모형이 제시되어야 할 것이다. 예를 들면, 우선 자유학기제 직후 학기의 경우 오후의 자율과정을 일주일에 2~3일정도 운영할 수 있도록 하는 자유학기와 일반학기의 중간 수준의 모형을 생각해 볼 수 있다. 즉, 자유학기만큼은 아니더라도 일정 과목의 교육과정 시수를 조정하고 기존의 창의적 체험활동 시간과 연계할 수 있도록 하는 방안이다. 지필고사도 한 학기에 1회 정도로 줄이고 나머지는 수행평가로 대체할 수 있다. 기존의 창체활동을 자유학기의 자율과정처럼 운영할 경우 내실화를 기할  수 있다는 장점이 있다. 기존의 창체활동과 자유학기제 자율과정의 중요한 차이는 기존의 창체가 불규칙하게 운영되고 체계적인 실행과 평가가 이루어지지 않았다는 점이다. 반면에 자유학기제의 자율과정은 일정한 사이클을 가지면서 규칙성 있게 운영되고 계획, 실행 평가, 실행의 발표, 평가 반성을 통한 체계적 피드백이 이루어지고 있다. 이 경우 어느 과목의 시수를 조정할 것인가 하는 것은 학교에서 판단할 수 있도록 자율성을 부여할 필요가 있다.