2013년 7월 2일 자유형집행정지 업무처리지침이 다방면으로 또 다시 개정된다. 개정 내용에는 임검시 확인사항 점검표 작성 의무화, 형집행정지 심의위원회 개최 의무화, 장기 형집행정지자에 대한 주기적인 점검 의무화, 피해자의 이의제기 내용 반영 등이 포함되어 있다.
이러한 관행이 유지된 결과 이른바 ‘사모님 사건’이 발생하였고, 동 사건을 계기로 2013년 7월 2일 자유형집행정지 업무처리지침이 또 다시 개정된다. 대검찰청에서는 형집행정지 신청자의 증상 및 건강상태에 대한 오판 위험을 감소시키기 위하여 임검시 확인사항 점검표 작성을 의무화하였고, 임검의 실질화를 위하여 의료자문위원 등의 자문을 강화하도록 하였다. 또한 형집행정지 건의, 연장, 취소 등과 관련된 모든 신청에 대하여 형집행정지 심의위원회의 개최를 의무화하였고, 위원회에 참석하는 외부위원의 경우 의사자격을 갖춘 위원을 2인 이상으로 지정하도록 하였다. 그리고 사후관리의 강화방안으로써 1년 이상 장기 형집행정지자에 대한 위원회의 연 1회 주기적인 점검, 검사의 월 1회 이상의 불시점검 의무화 및 재범여부 확인을 하도록 하였다. 끝으로 형집행정지 대상자의 범죄로 인한 피해자에게 형집행정지 사실 등을 통지하고, 피해자의 이의제기 내용을 형집행정지 결정과 연장 심사에 반영하도록 하였다.