보조율은 국가 부담, 지자체 부담, 자부담으로 구분할 수 있는데 수산물 유통시설 지원사업 중 소비지분산물류센터의 보조는 지차체에서 부담하지 않는다.
한편, 보조율과 관련해서는 국가 부담, 지자체 부담, 자부담으로 구분된다. 수산물 유통시설 지원사업에서 보면, 소비지분산물류센터의 경우에 지자체 부담이 없다는 것이 다른 지원사업의 보조율 구성과의 차이이다. 소비지분산물류센터에서 지차제 부담이 없는 이유는 첫째, 동 정책사업의 설계에서 사업주체가 해양수산부이기 때문이다. FPC의 경우에는 사업주체가 지자체이기 때문에 지자체 부담이 포함되었다. 둘째, 소비지분산물류센터는 주로 수협중앙회가 운영주체이며 다른 지구별 업종별 수협과는 달지 지자체와의 연관성이 없다. 다시 말해 FPC를 포함한 산지 조직화 및 규모화와 같은 사업에서는 운영주체가 생산자 단체(주로 지구별 업종별 수협)이어서 지자체와 사업의 연계를 가지고 있지만, 수협중앙회와 같은 운영주체는 지자체와 연계성을 갖지 않는다. 셋째, 소비지분산물류센터의 사업에서 부지는 운영주체인 수협(중)가 직접 매입하거나 보유하고 있는 부지를 이용하고 있다.