교육청의 대안교육 위탁교육기관의 운영목적은 학업중단 예방이다. 위탁교육 방식은 일반 학교에서 지도하기 어려운 학생들을 임시로 둘러맞추는 해결책의 성격을 갖는다. 또한 대상자들은 징벌이나 지병 등 다양한 사유가 있어 지도하기 어렵지만 위탁교육기관은 학업중단을 예방하고 새로운 도전을 위한 교육기회를 제공한다.
교육청의 대안교육 위탁교육기관의 운영목적, 즉,‘학교생활 부적응 학생의 학업중단 예방과 대안교육 위탁교육기관 위탁학생의 학교적응력 향상을 통한 재적학교 복귀’에 근거하여,‘공교육 내 대안교육의 최종 목표가 학업중단 예방’이라고 명시할 수 있지만, 대안교육 위탁교육기관 종사자로서 학교생활 부적응 학생의 학업중단을 최종 목표로 여기고 이 분야에 종사하는 자는 없을 것이다. ‘위탁교육 방식은 일반 학교에서 지도하기 힘든 학생들의 임시변통적 해결책의 성격을 갖는다’‘위탁형의 경우 징벌적 성격의 해소~~’등 표현도 살펴볼 필요가 있다. 위탁교육 기관 교육 대상이 징벌이나 질병 등 다양한 이유와 다양한 사연을 지니고 있어서 지도하기 매우 힘든 것은 분명하다. 서울에 국한해 볼 때, 징벌로 대안교육 위탁교육기관을 찾는 학생의 비율은 점차 줄어들고 있는 추세이며, 설령 징벌로 위탁교육기관에 의뢰된다 해도 그 학생들의 변화와 패배자가 아닌 새로운 도전을 위한 교육 기회를 제공하고 있다. 대안교육 위탁교육기관은 학업중단 예방을 위한 학생들의 피난처 이상의 역할을 하고 있고, 나름의 교육목표를 갖고 학생 교육을 담당하고 있다.