연구개발비 회계검사제도는 1983년 도입된 이래 검사방법이나 절차에 있어 크게 변화되지 않고 기계적으로 수행되고 있다.
현재까지의 연구개발비 회계검사는 이와 같은 일련의 절차에 따라 기계적으로 수행하여 왔다. 연구개발비 회계검사제도는 구(舊) 과학기술처의 특정연구개발사업 시행과정에서 연구개발비 사용실적 보고제도를 1983년에 도입하면서 처음 탄생하였다. 1983년 탄생한 이래 회계검사방법이나 절차는 크게 변화되지 않았다. 연구개발비 회계검사는 일종의 감사적 성격이 있어서 회계검사를 수행하는 자와 회계검사에 응하는 자의 태도도 상반된다. 즉 회계검사를 수행하는 자는 가능하면 더 많이 문제점을 지적하려고 하고, 반대로 회계검사에 응하는 자는 가능하면 문제점을 숨기고 방어하려 한다.