공직자윤리법은 수차례 개정에도 문제가 많다. 그중 재산등록제도의 의무자 범위, 고지거부제도가 논란이다. 의무자의 범위는 해당된 수가 많아 이에 헌법소원이 제기되기도 했고, 고지거부제도는 배우자에게 인정되지 않는 부분이 문제가 된다.
공직자윤리법은 수차례에 걸쳐 개정이 이루어져 왔지만, 문제점은 여전히 지적되고 있다. 우선 재산등록제도는 의무자의 범위, 고지거부제도 등을 둘러싼 논란이 끊이지 않고 있다. 현행 공직자윤리법에서는 4급 이상 공무원, 특정직 7급 이상의 공무원과 공직유관단체 임직원을 대상으로 하고 있지만, 해당 공무원의 수가 방대하다는 지적이 제기되어 왔다. 또한 2011년 개정에서 2급에서 4급으로 대상자가 확대되자 금융감독원 직원이 헌법소원을 제기하기도 했다. 사생활 침해를 보완하기 위해 고지거부제도를 도입했지만, 배우자에게는 고지거부를 인정하지 않고 있다거나 직계존비속 중 피부양자에 해당하지 않는 자에게만 고지거부를 인정하고 있는 점은 문제로 지적되고 있다. 재산등록사항은 일부 공개대상자를 제외하면 열람이나 복사가 금지되지만, 의정활동의 일환으로 자료제출을 요구하고 있다.