규제비용자동산정기를 통한 비용편익분석은 요청된 자료를 기입해야 비용이 계산되는 한계가 있다. 예를 들어 행정부담의 인건비용을 계산하기 위해서는 '신고'라는 행정업무로부터 발생하는 인건비에 피규제자 수를 곱해서 직접비용을 구해야 한다.
더욱이 규제비용자동산정기를 통한 비용편익분석은 전술한 바와 같이 직접비용의 식별과 측정을 지원하기 위하여 개발되었으나, 정형화된 측정산식을 기반으로 하고 있어 자동산정기에서 요청하는 자료를 기입하여야만 비용이 계산된다는 한계가 있다. 예컨대 행정부담의 인건비용을 계산할 때 자동산정기에서 제시하는 표준화된 산식은 <연간 투입인원 × 연간 투입시간 × 시간당 근로임금 × 피규제자 수 >이다. 이를 활용하여 신고로 인한 행정부담의 인건비용을 계산하기 위해서는 ‘신고’라는 업무를 담당하는데 기업별로 투입되는 인원과 각 인원이 투입되는 시간, 그리고 해당 직원의 시간당 근로임금을 조사해서 곱하면 신고라는 행정업무로부터 발생하는 인건비를 계산할 수 있다. 이렇게 발생한 비용에 ‘신고’의 의무가 있는 피규제자 수를 곱하면 해당 법령에서 규정하고 있는 ‘신고’업무로 인한 직접비용을 구할 수 있다.