5년 간의 질적 조사는 패널 유지의 어려움과 적은 연구 예산으로 조사 규모와 성과면에서 미흡했다. 또한 한국 사회에서 적응을 잘 못하고 있는 탈북청소년들은 면담 참여를 잘 하지 않는 문제도 있었다.
전체적으로 5년 간의 질적 조사 과정에서 양적 조사 패널과 같은 문제를 겪으면서 패널 유지가 매우 어려웠던 것으로 보인다. 5년 간의 연구를 종합 정리한 5차 조사 연구(강구섭 외, 2015)에서는 5년 간 동일한 면접원이 지속적으로 이 연구에 참여하였으나 패널 유지의 어려움으로 격년 조사 계획이 실현되지 않았으며 연구 예산의 제한으로 조사 규모를 지속적으로 줄일 수밖에 없었던 한계를 지적하고 있다. 더불어 한국 사회에서 잘 적응하고 있는 탈북청소년은 면담에 응하게 되는 반면, 그렇지 않은 경우에는 참여하지 않게 되는 경우가 많아 애초 설계에 따른 연구가 지속되기 어려웠고 최종적으로 남은 패널 성격의 다양성이 확보되지 못했던 문제를 함께 제기하고 있다.