물류단지는 공공녹지 조성의무를 지닌다. 그런데 물류단지 내의 개별 시설의 경우 건축법과 물류시설법에 의해 공공녹지 조성의무와 조경의무가 이중으로 부과되는 문제점이 있다.
물류시설법에 기초한 ‘물류시설 개발 및 관리 지침’에 의거하여 물류단지는 공공녹지 조성 의무가 있다. 이와 같은 공공녹지 조성의무는 건축법상의 규제가 개별 시설을 대상으로 하고 있는 것과는 달리, 물류단지라는 개별 시설의 집단화 단지를 대상으로 하고 있다는 점에서 차이가 있으나, 물류단지 내의 개별 시설 입장에서는 건축법과 물류시설법에 의해 공공녹지 조성의무와 조경의무가 이중으로 부과되는 문제를 안고 있다. 특히, 산업단지 내 공장은 건축법 시행령 제27조 제1항 4호에 의해 조경의무가 면제되고 있음에도 유사한 시설인 물류시설은 규제를 받고 있다는 점에서 차별적 규제라 판단할 수 있다. 또한 공공녹지의 조성에 대해서도, ‘기업활동 규제완화에 관한 특별조치법’ 제21조(산업단지의 공공녹지 확보기준의 완화) 제2항, 제3항에 의해 녹지 조성을 유예하거나, 보전산지 인근에서는 완충녹지대 조성의무가 면제됨에도 불구하고, 물류단지에 대해서는 이를 적용하지 않아 역시 차별적 규제라 할 수 있다.