월드비전 등 민간구호단체는 인도지원사업을 시행하던 중 북한의 요구에 따라 농업개발 협력 활동을 시행했다. 중앙정부나 혹은 지자체가 하기 힘든 농업 관련 활동을 했다는 점에서는 호응을 얻었으나 전문성을 기반으로 하지 않았기에 효과와 효율이 낮다는 지적을 받았으며 남북관계 경색 시 활동이 계속되기 어렵다는 지적도 있었다.
민간구호단체의 농업협력은 인도적 지원과 농업개발협력을 병행하였다. 초기에는 인도지원사업에 주력하였으나 얼마 지나지 않아 농업개발협력을 병행하였다. 월드비전을 비롯한 20여 개의 단체에서 다양한 협력사업을 추진하였다. 토론회 또는 지면을 통해 대표적인 민간구호단체들의 농업개발 협력 활동들이 소개되었다(김영훈 외[2000a; 2002b]; 김혜영[2012]; 안선 경[2011]; 이용범[2010]; 이종무[2010]; 장경호 외[2010]). 민간구호단체의 활동에 대해서도 다양한 비판이 제기되고 있다. 주된 비판은 협력의 효과성과 지속성, 투명성에 대한 것이다. 민간구호단체는 중앙정부나 지방자치단 체가 할 수 없는 다양한 종류의 농업 및 산림 협력사업을 추진하였다는 점에서 긍정적인 평가를 받고 있다. 그러나 민간구호단체는 전문성이 부족하여 상대방의 요구에 따라 지원을 함으로써 효과성과 효율성이 떨어진다는 비판이 있다. 지원재원이 부족하여 정부에 대한 의존도가 높아 남북관계가 원활하지 못할 경우 사업을 지속하기 어렵게 됨으로써 지속성이 결여되어 있다는 비판도 제기되고 있다. 이러한 문제에 대해 대북협력민간단체협의회(2005)는 대북 협력사업에 대한 자체평가를 추진한 바 있다.