형집행정지의 기간과 횟수에 대한 규정이 없어, 질병 사유 형집행정지의 겨우 장기간으로 되는 경우가 많다. 자유형집행정지 업무처리지침은 최소한의 기간과 3개월 내로 제한, 암환자도 6개월 내로 제한하며, 2회 이상 연장을 불허하고 예상 입원치료기간이 경과하면 원칙적으로 연장을 불허한다. 그러나 실제로는 쉽게 연장된다.
형사소송법이나 자유형 등에 관한 검찰집행사무규칙에 의하면 형집행정지의 기간 및 횟수에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 이에 따라 질병으로 인한 형집행정지의 경우 장기간의 형집행이 정지되는 경우가 종종 발생하고 있다. 다만 자유형집행정지 업무처리지침 제4조 제2항 제4호에 의하면 ‘형집행정지 기간은 필요 최소한의 기간으로 하되 3개월을 넘지 않도록 하고, 여명기간이 많지 않은 암환자 등의 경우에도 6개월을 넘지 않도록 한다.’, 동 지침 제7조 제2항에 의하면 ‘형집행정지 연장 여부를 결정함에 있어서는 형집행정지연장결정이 잔형집행면탈에 악용되는 것을 방지하기 위해 가급적 2회 이상의 연장은 허가하지 않도록 하고, 최초 형집행정지 결정시 예상하였던 입원치료기간이 경과한 이후에는 원칙적으로 연장을 허가하지 않도록 한다.’라고 규정하고 있다. 하지만 이러한 예규에도 불구하고 동 조항의 성격을 실무에서는 훈시적 또는 권고적 성격으로 파악하고 있는 결과 수차례에 걸친 형집행정지가 허용되고 있는 실정이다. 또한 형집행정지를 연장하는 경우에 있어서도 형집행정지를 최초 결정하는 과정과 동일한 절차에 따르도록 하고 있어 비교적 손쉽게 연장이 이루어지는 문제점이 지적되고 있다.