부정설에 따르면 헌법재판소는 헌법불합치결정을 할 수 없다. 이에 대법원은 헌법재판소가 위헌 여부만 심판할 수 있다고 했다. 본질이 위헌결정이니 소급해야 한다는 것이다.
한편, 부정설은 헌법재판소법에서 헌법불합치결정에 대한 명시적 근거를 두고 있지 않으므로 헌법재판소는 헌법불합치결정을 할 수 없고, 이를 근거로 대법원은 ‘헌법불합치결정이 헌법과 헌법재판소법이 규정하고 있지 않은 변형된 형태이지만 법률조항에 대한 위헌결정에 해당’하고, 헌법 제111조 제1호와 헌법재판소법 제45조 본문에서 헌법재판소는 법률조항의 위헌 여부만을 심판 결정할 수 있다고 규정하고 있으므로 헌법재판소가 그 주문과 이유에서 적용중지든, 계속적용이든 헌법불합치결정을 하더라도 그 본질은 위헌결정에 해당하므로 소급효를 인정하지 않을 수 없다고 판시하였다.