비행청소년은 별도의 교육프로그램 운영이 필요하다. 비행청소년의 경우 비행성 완화 교육을 실시해서 일반시설보다 더 많은 인력이 필요해서, 소규모 시설의 경우 운영상 어려움이 많다.
비행청소년의 경우 일반청소년에 비해 개입범위가 크고, 사회복귀를 위해 인성교육, 비행예방교육, 직업교육, 교과교육 등 별도의 교육프로그램 운영이 절실하다. 아동복지시설의 경우 학교등원 후 일정시간 케어의 필요성이 줄어드는 반면에, 6호 아동보호치료시설의 경우 비행청소년에 대하여 시설 내에서 24시간 케어와 비행성 완화 교육을 실시해야 하므로 일반아동복지시설이나 청소년회 복지원시설보다 더 많은 인력이 필요한 상황이다. 2017 여성가족부 지침에 의하면 청소년회복센터의 적정 보호인원은 5-10명으로 5인 미만 보호시설에 대하여 인건비 지원을 하지 않고 있다. 따라서 소규모 시설의 경우 운영상 어려움이 많고, 일반 아동양육시설 기준을 적용하다 보니 이들 시설 운영에 있어 인력난을 이유로 경영상 어려움을 가지고 있다.