인수위의 1차 심사는 분과별 인사위로 넘겼고, 2차는 각 외부인사가 참여했고, 3차는 각 장들이 정밀 심사를 했고, 4차는 3차를 통과한 장관 후보자 5차는 당선자와 총리 내정자의 협의로 마무리했다.
이들에 대해 인수위는 5단계 인선과정을 거쳤다. 1차는 추천한 장관 후보자를 정리해 중복자나 기준에 미달하는 추천인은 제외하고 분과별 인사위원회로 넘겼다. 당시 인수위는 각 분과별로 인사추천위원회를 구성했다. 2차 심사는 각 분과별 인사추천위원회에서 했는데, 이 자리에는 언론, 학계, 시민단체, 각 분과위원 등 4명의 외부인사가 참여했다. 3차 심사는 인수위원장, 인수위 부위원장, 각 분과 간사, 청와대 비서실장 내정자, 정무수석 내정자, 민정수석 내정자, 당선인 인사특보, 인사보좌관 내정자가 정밀 심사를 했다. 4차 심사는 3차 심사를 통과한 장관 후보자에 대한 도덕성 등 정밀검증 작업을 했다. 5차는 당선자와 총리 내정자가 협의해 최종 인선을 매듭지었다.