디지털 증거의 경우 저장매체의 방대한 정보의 압수시 개인정보 침해가 발생할 수 있고, 관련성 있는 정보에 한정시키면 압수자체가 불가능해지는 특이성이 존재하게 된다.
지금까지 살펴본 바와 같이 디지털 증거의 압수수색에 있어서는 그 증거 자체의 특이성으로 인하여 다른 압수수색과는 다른 요건들이 요구되어 왔다. 특히 컴퓨터 저장치에는 방대한 정보가 수록될 수 있어 무분별한 압수수색을 인정한다면, 개인정보 및 프라이버시의 심각한 피해를 야기할 수 있다. 따라서, 위와 같은 기본권을 제한하지 않을 수는 없으나, 사실상 디지털증거의 경우 검색을 해보기 전까지는 어떤 압수물이 들어있는지를 알 수가 없어 관련성이 있는 경우만 압수색을 허용하는 경우 거의 모든 디지털증거에 대한 압수수색이 불가능해 질 수 있다는 점에서 어려움이 있다.