사업장 지도점검은 정기 점검과 특별 점검으로 나누어 실시하며 전자는 국민건강보험공단 지사별로 사업장을 선정하고, 후자는 공단 본부에서 선정한다. 건강보험공단은 2013~2014년 사업장 가입자 허위취득자를 대상으로 특별 점검을 실시해 1500여명을 적발해 보험료를 징수한 바 있다.
이러한 사업장 지도점검은 정기 지도점검과 특별 지도점검으로 나누어 실시하며, 전자는 국민건강보험공단 지사별로 연중 계획에 의거하여 사업장을 선정하며, 후자는 공단 본부에서 선정하여 통보한다. 국민건강보험공단은 최근 2013년과 2014년에 걸쳐 특별 지도점검을 실시한 바 있다. 2013년의 특별 지도점검은 고소득․고액재산을 보유한 지역가입자를 대상으로 이들이 지역보험료 부담을 회피하기 위해 위장취업 등의 방법으로 사업장 가입자로 허위취득하는 사례가 증가함에 따라 허위취득자 확인을 위하여 실시하였다. 2013년 6월 30일 기준 2,923명을 대상으로 점검한 결과 허위취득자 1,456명을 적발하여 보험료 3,776,785천 원을 징수하였다고 밝히고 있다. 또한 2013년과 2014년 6월에 걸쳐 고소득 전문 직종을 대상으로 특별 지도점검을 실시한 결과, 16,237곳에 이르는 고소득 전문 직종 운영 기관을 점검하였으며, 이 가운데 7,552곳에서 근무하는 전문직 종사자 34,885명이 소득 등을 축소 신고하거나 누락해 건강보험료를 과소 납부한 사실을 적발했다.