2014-2017년도 유네스코 교육 관련 예산은 크게 줄었다. 유네스코가 팔레스타인을 회원국으로 받아들여서 미국이 8,000만 달러의 지원금을 안냈기 때문이다. 이때문에 IBE의 예산 또한 지속적 감소세를 보이기에, IBE는 제 역할을 하기 어려운 상황이다. 
최근 예산을 살펴보면, 2014-2017년도 유네스코 교육 분야 승인 예산은 1억 1,796 만 4,600달러로 2012-2013년도의 1억 1,542만 1,300달러에 비해 1년 단위 예산이 크게 감소했다. 이는 유네스코가 팔레스타인을 정식 회원국으로 인정하자 유네스코 전체 예산의 22퍼센트에 달하는 8,000만 달러의 지원금을 미국이 중단했기 때문이다. 이스라엘도 역시 분담금을 중단한 실정이다. 이의 영향으로 IBE의 예산은 그 사업의 중요성에도 불구하고 점차 축소되고 있는 실정이다. 2010년-2011년도 총 예산은 10,307,629달러로 본부로부터 4,800,000달러, 기부국가로부터 1,960,747달러, 그 외 예산 밖의 수입이 3,546,882달러로 이루어져 있으나 2010년도부터 이 기관에 대한 분담금이 감소하는 추세이며, 2013년도에는 본부에서 31퍼센트 예산삭감을 통보받아 각종 통계수집 및 분석과 국가별 수요 분석 및 정책 수립의 본래 기능의 수행에 있어 큰 어려움에 봉착해 있다.