모태펀드 문화계정은 특정 분야에만 집중하고 초기 단계에 받는 투자가 적다는 문제가 있다. 모태펀드 문화계정은 영화에 대한 투자가 집중되는데 이는 다른 산업에 대한 투자를 놓치는 것이기도 하다.
모태펀드 문화계정은 기존 벤처캐피탈 시스템을 이용하기 때문에 콘텐츠의 산업적 기반과 수요가 존재하는 영화, 공연, 게임 등의 일부 분야에 집중될 수 밖에 없고 투자위험이 큰 제작초기 단계의 투자가 미흡하다는 문제는 여전히 있다. 모태펀드 문화계정은 영화에 대한 투자비중이 건수로는 전체의 57.1%, 투자 규모로는 53.2%로 전체의 절반 이상을 차지하고 있다. 이러한 영화산업에의 투자집중현상은 모태펀드의 수익률제고 및 영화산업의 발전에 기여한 것으로 평가되고 있으나 기회비용의 측면에서 보면 다른 산업에 대한 투자가 저조해졌다는 평가도 상존한다. 특히 모태펀드 문화계정이 콘텐츠 산업에 대한 자금지원의 성격을 지니고 있다는 점을 감안한다면 상대적으로 규모의 경제의 혜택을 받지 못하는 산업초기단계의 콘텐츠 분야에 대한 투자를 강화해야 할 필요가 있다.