일부 농업계에서 FTA의 단기 피해보전의 지원규모가 불충분하고 중장기 투융자 지원은 과장되었다는 불만이 제기되었고 재정지원 방식을 구분하지 않아 논란을 초래했다.
그러나 일부 농업계에서는 FTA 국내보완대책의 지원규모에 대해 단기 피해보전의 지원규모가 불충분하고 중장기 투융자 재원은 기존 대책과 중복되어 지원규모가 과장되었다는 불만이 제기되었고, 재정지원 방식의 차이가 큰 보조와 융자, 이차보전을 구분하지 않고 전체 지원규모로 발표함으로써 지원 규모의 오해와 실효성 논란을 초래했다는 비판도 있었다. 반면 국회 감사원 등의 지적에 따르면 당초 농축수산분야의 FTA 피해를 과다하게 추정하여 실제 피해발생 규모와 차이에 대한 논란이 제기 되었으며32 농축수산업계에 과도한 재정지원이 편중되어있다는 지적도 있었다.