인권침해 사건의 판단은 단순하지 않기 때문에 지자체와 국가인권위원회 사이에 다른 결정이 나오지 않도록 협의를 통해 판단 기준을 맞춰나가야 한다. 그리고 체계를 정비하여 업무가 중복되거나 부딪히지 않게 해야 한다.
또한 유사한 인권침해 사건에 대해 지자체의 결정과 국가인권위원회의 결정이 상충될 경우, 인권침해나 차별행위에 대한 판단은 상당히 복잡하고 전문성을 요하는 사안이므로 관점에 따라 다른 결정이 내려질 수 있다. 현재까지는 이러한 문제가 발생하지 않았지만, 향후 충분히 일어날 수 있는 문제이므로 이에 대한 국가인권위원회와 지자체 인권구제기구 간의 협의를 통해 관련 법령을 정비하고, 인권침해나 차별행위 등에 대한 판단기준의 통일성ㆍ체계성을 구축해야 할 것이다. 또한 국가인권위원회가 축척해 온인권구제 경험을 지자체 인권옴부즈맨이 활용할 수 있도록 하여 전문성을 제고해야 할 것이다. 특히, 지자체와 국가인권위원회는 조사ㆍ구제권한의 범위 및 한계를 설정하여, 업무 간 중복ㆍ상충되지 않도록 명확한 역할분담과 조정을 통해 행정력의 낭비를 막아야 할 것이다.