스마트워크의 장애요인 중 정보보안의 문제점에 대해서 업무에 영향을 미친다는 인식이 있었다. 조직구조 상의 장애요인은 스마트워크를 적용할 여건이 없는 부서가 있는 등의 문제가 있다. 법제도 상의 장애요인은 규정이 미비하고 기본법이 부재해 개별법을 적용하기 어려운 점이 있고, 조직문화 상의 장애요인은 조직문화 자체에서 스마트워크를 부정적으로 여기는 것으로 나타났다.
세 번째 연구문제인 스마트워크 장애요인 분석에서 첫째, 정보시스템상의 장애요인은 정보보안의 문제점에 대한 인식 강도가 가장 높게 나타났다. 시스템 접근권의 제한, 외부 공인인증시스템의 불완전성 문제, 특정 외국계 프로그램 기반 시스템 구축 및 사용 등이 제시되었다. 특히, 업무의 효율성에 영향을 미치는 요인으로 내외부망의 엄격한 분리, 원격접속, PC영상회의 등 접속의 불안정성으로 나타났다. 둘째, 조직구조 및 운영체계 상의 장애요인은 스마트워 크에 적합한 직무에 대한 분석이 이루어지 않은 상태에서 복무 및 성과관리의 현실성이 부족한 문제, 스마트워크의 유형이 다양하지 못한 점, 조직 구조가 유연성이 부족하고 대민업무가 주를 이루고 있는 부처는 스마트워크가 불가능 한 점, 스마트워크가 시행되는 부처 간의 갈등이 발생할 수 있고, 긴급하게 작성･보고해야 하는 업무가 많은 경우 스마트워크 여건은 부적절하다고 제시하고 있으며, 스마트워크센터의 특정지역 편중 문제를 제기하였다. 셋째, 법제도 상의 장애요인은 스마트워크의 구체적인 실행 가이드라인 및 관리지침 정비가 미흡한 것이 가장 큰 장애요소로 지적되었다. 구체적으로 홈오피스 이용자, 원격근무자에 대한 복무 관리, 성과평가, 인센티브 등의 규정 미비, 스마트워크의 근무시간 외 업무처리의 허용범위, 정보기술을 활용한 근태 관리 규정, 홈오피스 및 원격근무시의 보안 규정, 성과 규정에 대해 공정하고 합리적인 가이드라인이 필요하며, 스마트워크에 대한 기본법의 부재로 인해 개별법 상의 혼재가 발생하고 유연근무제와의 구별도 명확하지 못한 문제점이 발생하는 점이 제기되었다. 넷째, 조직문화 상의 장애요인은 대면 중심의 문화 및 통제적인 조직 문화가 강하게 언급되었다. 특히 일하는 시간과 개인시간 구분 모호하고, 스마트워크를 자유롭게 이용할 수 없는 조직문화가 장애요인으로 제기되었고, 스마 트워크를 활용하는 직원에 대한 부정적 인식과 관리자급에서 스마트워크 지원이 부족한 것도 장애요인으로 나타났다.