국지방계쟁처리위원회의 심사신청에 권고가 있을 시 행정청은 조치를 취해야 한다. 불복이 있거나 심사신청으로 90일이 경과했음에도 심사, 권고를 행하지 않는 경우 소송을 제기할 수 있다.
국지방계쟁처리위원회가 국가의 관여 또는 부작위에 관한 심사신청에 대하여 권고가 있을 때는 당해권고를 받은 행정청은 권고에 맞는 필요한 조치를 강구해야 한다. 위원회 심사결과에 불복이 있는 경우, 권고를 받은 행정청의 조치에 불복이 있는 경우, 그리고 위원회가 심사신청으로부터 90일이 경과했음에도 심사 또는 권고를 행하지 않는 경우에 고등법원에 국가 행정청을 피고로 하여 위법한 관여의 취소및 부작위 위법확인 소송을 제기할 수 있다. 이처럼 위원회의 권고는 행정청을 기속하며, 국가의 관여에 관련하여 고등재판소에 소송을 제기하려면 국지방계쟁처리위원회의 심사를 거치도록 하여 계쟁처리위원회의 실효성을 높이고 있다.