제3의 분석기관의 증거분석에는 비효율성과 비신뢰성의 문제가 발생할 수 있다. 또한 증거분석 시 발생할 수 있는 손상이나 훼손에 대한 책임 여부도 고려해야 할 문제이다.  
이것은 정보저장매체의 무결성의 확보문제와 증거분석의 신뢰성 확보 문제라고 할 것이다. 제3의 분석기관이 이를 분석하였다면 무결성 입증을 위하여 수사기관은 처음부터 분석기관이 무결하게 분석하였다는 것을 인식하고 있어야 하는데, 그렇게 하려면 분석기관이 작성한 분석보고서를 기초로 다시 검증해야 하는 현상이 발생한다. 특히 분석을 의뢰한 수사기관이 검찰이라면 더욱 그러하다. 검사가 공소유지를 위하여 제3의 기관이 어떻게 분석을 하였는지, 그 분석과정을 알고 있어야 공판과정에서 전자정보의 무결성을 입증할 수 있기 때문이다. 그런데 증거분석을 제3의 기관이 실시하였다면 공소를 유지해야 하는 검사가 이 과정을 알고 있지 못하여 효율적으로 공소유지를 하기가 어려워질 수가 있다. 검사가 제3의 기관이 분석한 증거분석보고서를 확인하고 검증하는 과정에서 오히려 무결성이 오염되고 훼손될 수가 있는 것이다. 이뿐만이 아니다. 만일, 제3의 분석기관의 고의 또는 과실로 정보저장매체나 전자정보, 출력물이나 복제물에 손상이나 훼손이 생겨 분석이 불가능하게 되었다면 그 법적 책임을 져야하는지의 문제도 발생할 위험성도 상존하게 된다.