일본의 거액결제시스템에는 BOJ-NET과 이의 일부로서 운영되는 외국환엔결제시스템이 있다. BOJ-NET는 ’88년부터 일본은행이 구축/운영하고 있는 전자방식 거액결제시스템으로 당좌예금시스템, 외국환엔결제시스템, 단기국채환매시스템과 국채시스템으로 구성되는데 국채시스템은 증권/대금동시결제방식으로 결제 가능하다.
일본의 거액결제시스템에는 일본은행이 운영하는 BOJ-NET와 당초에는 동경은행협회가 운영하였으나 일본은행에 위임되어 BOJ-NET의 일부로서 운영되고 있는 외국환엔결제시스템(FEYCS)이 있다. BOJ-NET는 금융기관 간 또는 금융기관과 일본은행간 자금이체를 온라인으로 처리하기 위해 ’88년부터 일본은행이 구축/운영하고 있는 전자방식 거액결제시스템으로 2000년 3월말 현재 511개 금융기관이 이용하고 있다. 동 시스템은 당좌예금시스템, 외국환엔결제시스템, 단기국채환매시스템, 국채시스템의 4개 시스템으로 구성된다. 당좌예금시스템은 단기금융시장, 채권시장 등에서의 거래에 따른 금융기관 간 자금이체, 어음교환 등 차액결제시스템의 은행 간 결제 및 일반 고객의 수취인지정자금이체를 처리하고, 외국환엔결제시스템은 금융기관 간의 외국환매매와 유로엔거래 등에 따른 엔자금 결제를 처리한다. 또한 국채시스템은 국채의 등록, 양수도, 입찰 및 국채거래에 따른 자금결제 등을 처리하는데 ’94년부터 증권/대금동시결제방식(DVP ; Delivery-Versus-Payment)으로도 결제가 가능하다. 일본은행은 그동안 BOJ-NET의 자금결제방식으로 총액결제방식과 지정 시점 차액결제방식 두 가지를 병행해 왔으나 결제리스크를 감축하기 위하여 2001년 1월부터 자금이체시스템을 통한 참가기관 간 자금결제방식을 실시각총액결제방식으로 전환하였다. 시스템 가동시간도 9시부터 17시까지였으나 19시까지 2시간 연장하였다. 또한 총액결제에 따른 참가기관의 일중유동성 부족을 해소하기 위하여 담보부 일중대월을 허용하기 시작하였다.