재정운영은 5개년 중기계획이 기반이지만 1년 단위의 단위사업들로 운영, 평가되어 장기적 관점에서 제약이 있다. 법무부와 경찰청은 특정 단위사업의 예산 증가로 전체 예산을 유지하는 경향이 보이는데 사업성 예산보다는 주를 이루는 경직성 경비의 효율성을 높이는 것이 적절하다. 전체적으로 국가의 방향과 부처 계획 간 연계가 향상되고 있으나 성과지표와 평가에 대해서는 재검토가 필요하다.
먼저, 사업계획의 수립방향과 관련된 것을 살펴보면 다음과 같다. 성과중심의 재정운용이 5년 단위의 중기계획을 기반으로 운영되지만, 단위사업들은 1년 단위로 시행되고 그 평가결과 역시 1년 단위로 환류되는 형식을 취하고 있기 때문에 장기적인 안목에서의 재정 배분은 여전히 상당한 제약을 받는 것으로 보인다(라휘문 외, 2015). 또한 정책의 기조에 따라서 특정 단위사업에 대한 급격한 예산 증가를 지속적으로 유지하는 방식으로 예산이 편성되어 전체 예산의 규모를 유지하려는 경향이 나타난다. 정책의 변화에 따른 특정 단위사업의 일시적인 예산 증가를 유지하려는 경향은 단지 법무부나 경찰청만의 문제는 아닐 것으로 추정된다. 그러나 법무부와 경찰청과 같이 업무의 성격상 인건비 위주의 경직성 경비가 주를 이루는 예산구조를 가지고 있는 부처에서는 예산의 배분과 운용에 있어서 사업성 예산에만 초점을 둘 것이 아니라 경직성 경비의 효율성 극대화를 위한 노력이 무엇보다 절실하다고 평가된다. 경직성 경비의 증액을 최소화 하면서 업무의 효율성을 극대화할 수 있는 장기적인 방안을 단기사업들과 연결하려는 노력이 있어야 할 것이다. 전체적인 구성으로 볼 때 국가의 재정운용 방향과 부처의 중기계획과 전략, 성과계획들 간의 연계정도가 향상되고 있는 것으로 평가된다. 다만, 성과의 평가와 성과목표 설정에 사용되는 성과지표들이 적절하게 설정되었는지에 대한 전반적인 재검토가 요청된다.