법사위의 체계･자구심사는 법안의 정책적 내용 심의가 어렵다고 보며, 상임위원회 중심주의를 통한 국회 전문성 강화를 꾀하는 행동 등이 각 정당별 정치적 목적을 달성하기 위하여 정치적으로 기능화를 시키는 수준으로 변질되어 버렸다는 비판이 있다. 이러한 비판을 해결하기 위하여 법사위의 체계･자구심사 기능을 소관 상임위원회로 부여하는 등의 방안이 논의되고 있다.
반면, 법사위의 체계･자구심사는 법률의 체계 및 형식과 자구의 심사에 제한되며, 법안의 정책적 내용까지는 심의할 수 없다는 의견이 일반적인 견해이다. 상임위원회 중심주의를 통한 국회 전문성 강화는 국회 대표성을 침해하지 않는 범위내에서 추구되어야 하며(석인석, 2008), 소관 업무에 관한 배타적 관할권을 보장하는 상임위원회의 입법권을 침해하지 않아야 한다는 입장이다. 이러한 입장에서 법사위의 체계･자구심사권은 여야 정당 간 첨예한 경쟁 속에서 쟁점법안의 처리를 지연시키는 비토권(veto point)으로 기능하거나(전진영, 2017), 자신들의 정치적 목적을 달성하기 위해 법제사법위원회의 체계･자구심사를 이용해 법안의 내용을 수정하는 법사위의 체계･자구심사의 정치적 기능화(박근후,1994)로 변질되고 있다는 비판을 제기된다. 법사위 위원장을 제1야당이 맡게 되면서 실제 상임위원회에서 의결한 법안을 법사위에서 의결안의 내용을 변경하거나 입법지연의 수단으로 이용되는 사례가 다수 발생하고 있다. 이에 따라 법사위의 체계･자구 심사 기능을 폐지하고 대신에 소관 상임위원회에 그 기능을 부여하는 방안, 상임위원회로서 사법위원회와 상설특별위원회로서의 법제업무를 담당하는 법제특별위원회로 분리하는 방안(박찬욱, 2004), 국회의장 직속의 체계･자구 심사 지원기구를 신설하는 방안 등이 제안되고 있다.