자체감사기구는 경영목적을 위한 경영관리 수단이다. 이러한 목표달성을 위해 상시 모니터링을 활성화해 적극적으로 감시활동을 해야하며, 감사원은 외부감사기관으로부터 상시 모니터링이 잘 이루어지고 있는지 상시감사체제를 운영하는 것이 바람직하다. 다시말해 감사원은 자체감사기구가 검사를 제대로 수행하고 있는지 체계 구축이 필요하며, 자료 공유가 정보시스템 공유를 통해 이뤄져야하며, 또한 CATTs의 역할을 수행한다.
자체감사기구는 행정감사 규정 및 규칙과 자체 감사지침 등을 기초로 자체감사를 실시하고 있는데, 내부통제는 각 기관장이 경영상의 위험을 적절히 관리하면서 경영목적을 달성하고 있다는 확신을 제공하는 경영관리의 수단이다. 따라서 자체감사는 사후적인 활동보다는 사전 예방적인 감사활동이 강조되어야 할 필요가 있다(이재권, 2002). 그러므로 자체감사기구입장에서는 이러한 목표 달성을 위해 상시 모니터링 시스템을 활성화하여 위험 발생 전에 이를 적극적으로 예방할 수 있는 감시활동이 필요하며, 따라서 자체감사기구는 상시 모니터링을 통하여 해당 기관의 위험요소를 실시간으로 관리․감독하는 것을 주 업무로 하고, 필요한 경우 수시로 감사활동을 병행할 수 있다. 감사원은 외부감사기관으로서 이러한 상시 모니터링이 적절하게 잘 이루어지고 있는지를 실시간 또는 일정 주기로 점검할 수 있도록 상시감사체제를 운영하는 것이 바람직하다. 다시 말해 감사원은 자체감사기구가 감사를 제대로 잘 수행하고 있는지를 확인․점검할 수 있는 상시감사체제 구축이 필요하고, 자체감사기구는 내부통제 강화를 통하여 일어날 수 있는 부정이나 비리를 미리 예방하는 상시 모니터링 체계 구축을 통하여 최고감사기구와 자체감사기구와의 역할을 분담하는 것이 바람직하다. 이러한 체제하에서는 관련 자료의 공유가 정보시스템을 통해서 이루어져야 하며, 감사활동에 필요한 자료의 수집 및 분석활동 또한 전산자료를 활용해야 하므로 CAATs을 활용한 감사가 중요한 역할을 수행할 것이다(Zhao and Yen, 2004).