고교 직업교육기관에서 NCS 기반 직업교육과정을 개발하는 단계별 체제가 마련되어야 한다. 운영의 핵심은 단위학교의 교육 기획력으로 방향성이 명확해야 한다. 자율성 강조 또한 그러한 구현의 토대다. 또 운영 전반을 관리하는 체제도 마련해야 한다. 
첫째, 고교 직업교육기관에서 NCS 기반 직업교육과정을 효과적으로 개발ᆞ운영하기 위해서는 기획-개발-운영 단계별로 체계적인 지원 체제가 마련되어야 한다. 특히 NCS 기반 직업교육과정 운영의 핵심은 단위학교의 교육기획력이라 할 수 있으며, 이 를 위해서는 지역 산업계와의 안정적인 산학협력 체계를 토대로 단위 학교에서 어떠한 인력을 양성해야 하는지의 방향성을 명확 하게 설정하고 있어야 한다. NCS 기반 직업교육과정 운영을 위한 '자율성'을 강조하는 것도 교육기획력을 구현하기 위한 기반이 라고 할 수 있다. 따라서 NCS 기반 직업교육과정 도입 초기에는 각 학교들이 단위학교의 교육기획력을 갖출 수 있도록 현재 교육 부의 학교 교육과정 개편 지원 컨설팅 사업 계획 등과 같은 지원체제가 운영되어야 할 것이다. 그리고 NCS 기반 과정평가(이수)형 자격 또는 일-교육-자격 연계 체제에 따라서 NCS 기반 교육과정 운영 전반을 관리ᆞ평가ᆞ인증하는 체제도 마련되어야 한다.