중앙의 프로그램 가이드라인을 구체화할 때 두 개의 중앙부처가 지자체 산하 공공기관 네트워크형 전달체계를 운영하고자 한다면 각 기관 간 협조체계가 선행되어야 한다. 
따라서 중앙에서 제공한 프로그램 가이드라인을 구체화하는 과정에서 지방자치단체의 조직특성이나 현실 운영상의 한계를 어떻게 극복할 것인가를 고민하여야 한다. 특히, 하나의 중앙부처가 지방자치단체와 지방사무소를 겸비하지 못하여 두 개 이상의 중앙부처가 공동으로 이러한 지방자치단체-산하 공공기관 네트워크형 전달체계를 운영하고자 하는 경우에는, 지방자치단체에 대한 지배력을 갖는 중앙부처와 지방사무소를 장악한 중앙부처간에 서로 다른 집행예산의 처리를 둘러싸고 상당히 복잡한 업무관계가 형성될 수 있다. 그만큼 중앙과 중앙 간, 중앙과 지방간의 견고한 인식공유와 협조체계가 선행되어야 할 것이다.