감사원 연구에 따르면, 중앙행정기관의 자체감사기구의 상당수가 기관장이나 부기관장 직속으로 되어 있어 조직의 독립성 확보에 문제가 있는 것으로 나타났고, 지방자치단체의 경우에는 자체감사를 전담하는 기구의 설치 자체가 안되어 있는 기관이 대부분으로 이다. 이와 더불어 감사 책임자의 겸직 문제와 인사권 문제, 짧은 근무기간 등 중앙부처와 지방자치단체의 자체감사시스템의 문제가 심각하다.
감사원의 연구보고자료에 의하면, 중앙행정기관의 경우 상당수의 자체감사기구가 기관장이나 부기관장 직속으로 되어 있어 조직의 독립성 확보에 상당한 한계가 있는 것으로 나타났다. 그런데 지방자치단체의 경우에는 자체감사를 전담하는 기구가 설치되어 있는 경우가 230개 기초자치단체 가운데 21.3%인 49곳, 53개 광역지방자치단체 가운데 30.2%인 16곳에 불과하여 자체감사기구의 독립성 여부 또는 기관장 등의 직속기구 여부를 논의하는 것 자체가 무의하다는 점에서 중앙행정기관보다 더 심각한 실정이다. 아울러 감사부서가 대부분 기획감사실 등에 소속되어 있고, 감사 책임자도 다른 업무와 겸직하고 있는 경우가 많다는 점도 문제이다. 게다가 우리나라 자체감사기구의 감사책임자의 인사권을 거의 대부분이 기관장이 행사하도록 되어 있어 감사의 독립성에 큰 제약요인이 되고 있다. 구체적으로 광역자치단체의 81.3%, 기초자치단체의 97.4%가 내부 인사발령을 통하여 감사책임자를 임명하였다. 나아가 자체감사 책임자가 감사기구 근무경력이 있는 경우는 46.7%에 불과하여 자체감사기구 책임자의 전문성이 미흡한 것으로 나타났다. 감사담당자들도 자체감사기구 평균 근무기간이 불과 2년 정도밖에 안 되는 것으로 조사되었고, 감사기구에 감사 관련 전문자격증을 가진 감사직원이 있는 경우는 중앙의 6개 기관과 4개 지방자치단체에 불과한 것으로 나타났다(허명순․차경엽, 2010). 자체감사의 문제점을 종합적으로 요약하면 아래 표와 같다.