이번 암살 사건은 북한과 우호적 관계에 있는 동남아시아 국가들과의 외교적 관계에 직간접적으로 부정적 영향을 가져왔다. 특히 표적 암살 장소로 이용된 말레이시아는 전반적 외교 관계를 재검토할 가능성이 높아지고 있다.
둘째, 비교적 북한에 온정적인 태도를 갖고 있는 동남아시아 국가들과의 외교적 관계도 훼손하는 결과를 가져왔다. 말레이시아는 1973년 북한과의 외교관계 수립 이후 상호 무비자 입국을 허용할 만큼 우호적 관계를 유지해왔다. 특히, 쿠알라룸푸르는 오바마 행정부의 전략적 인내 정책에도 불구하고 미･북간 비공식 회담 장소로 자주 사용된 곳이기도 하다. 그러나 말레이시아 당국은 말레이시아 경찰과 의료진의 전문성･신뢰성을 무시한 북한 강철 대사의 외교적 결례와 조선중앙통신을 통한 북한 당국의 거짓 주장을 겪으면서 이전과 달리 북한에 원칙적이고 강경한 입장을 취하고 있다. 쿠알라룸푸르가 북한 당국에 의해 표적 암살 장소로 이용된 것과 관련해, 말레이시아 정부 각료들은 북한과의 무비자 입국 지속 여부에 대한 회의적 입장을 드러내고 있고, 북한과 말레이시아 간의 교역량도 크지 않은데 상주 공관을 둘 필요가 있는 에 대한 재고 필요성 등이 거론되면서, 전반적으로 외교 관계를 재검토할 가능성이 높아지고 있다. 더욱이 이번 암살에 베트남･인도네시아 국적의 여성이 고용되고, 김정남과 그의 가족 신변 안전 보장 문제가 제기됨으로써 말레이시아를 비롯해 베트남, 인도네시아, 중국 등 북한과 우호적 관계에 있는 국가들과의 관계에 직간접적인 부정적 영향을 초래했다고 볼 수 있다.