공과대학을 중심으로 동경이과대학에 이노베이션 연구과 설치, 세부전공으로 기술경영전공과 지식재산전략전공이 마련되어 있다.
공과대학을 중심으로 구성된 동경이과대학에 전문대학원의 형태로 이노베이션 연구과가 설치되어 있고, 세부전공으로 기술경영전공(Management of Technology,MOT)과 지식재산전략전공(Master of Intelectual Property, MIP)이 마련되어 있다. 교과과정은 법률계 과목, 전략계 과목, 경제․경영계 과목, 기술계 과목으로 구성되어 있음. 전략계 과목의 예로는 지재전략론, 연구개발전략, 디자인전략, 브랜드전략, 지재관리 등이 있고, 경제․경영계 과목의 예로는 지재평가, 지재회계․신탁, 기술경영론 등이 있으며, 기술계 과목의 예로는 지재과학개론, 첨단기술 (IT․일렉트로닉스), 첨단기술 2(의약품제조기술), 첨단기술 3(바이오기술),첨단기술 4(나노테크․재료기술), 첨단기술 5(환경기술) 등이 있다.