자유학기 연구학교들의 교과별 시수 증감현황을 분석한 결과 편제표와 실태조사지 상에서 시수가 많이 감축된 교과는 자유학기에 편성되지 않아 나타난 결과로 해석되며, 교과 감축을 통해 자율과정의 다른 영역에 시간이 더해진 경우가 가장 많은 것으로 나타났다. 
자유학기 연구학교들이 자율과정의 원활한 운영을 위해 시도한 교과별 시수의 증감현황을 편제표와 실태조사지를 근거로 분석하였다. 먼저 편제표 분석 결과로 국어는 전체 74개교 중 42개교에서 감축하였고 평균 17.1시수를 줄였다. 이어서 기술․가정은 34개교에서 감축하였고 평균 16.6시수를 줄인 것으로 나타났으며, 체육(31개교, -27.5시수), 음악(30개교, -21.2시수) 과학(29개교, -16시수)순으로 감축되었다. 실태조사지 분석 결과 국어는 48개교에서 평균 17.7시수를 감축하였고, 기술․가정은 20개교에서 평균 17.1시수를 감축하였다. 평균 시수가 가장 많이 감축된 과목은 역사(-61.4시수), 체육(-46.8시수), 한문(-43.7시수) 순이었다. 감축시수가 많은 교과의 경우 자유학기에 편성하지 않아 생긴 결과로 해석된다. 감축된 시간은 ‘자율과정의 다른 영역에 더하여 사용한 경우’(48.5%)가 가장 많은 것으로 나타났다.