자유학기제 연구학교는 교과 지식의 암기식과 주입식 위주의 수업에서 학생이 수업의 주체가 되는 교수·학습법을 시도한다. 핵심 성취 기준을 정하여 융합형·통합형 수업으로 변화하고자 한다.
첫째, 자유학기제 연구학교에서는 교과 지식의 암기를 강조하는 주입식 수업 방법에서 학생이 수업의 주체가 될 수 있도록 교수·학습 방법의 다양한 변화를 시도하고 있었다. 즉, 교 과서의 모든 부분을 정해진 시수에 따라 가르치는 ‘컨베이어 벨트’식 수업에서 벗어나, 핵심 성취 기준을 선정하여 교과의 내용을 취사선택하고 양을 재조정하는 ‘융합형·통합형’ 수업 으로 변화하고자 노력하고 있었다. 내용 면에서는 교과 간의 융합을 시도하고 있으며, 핵심 성취기준을 중심으로 교과서를 재구성하고 있다. 또한 방법 면에서는 프로젝트 수업, 토론· 토의식 수업 등 학생의 참여와 활동중심의 수업을 통해 학생을 능동적인 학습자로 변화시키고 있다.