협업행정은 참여자들 간의 자율성과 협력 가능성이 중요하다. 전통적 관료제 행정의 수행은 기본적으로 조직 형성과 운영 원리는 같고, 차이점은 이질적인 다수의 조직이 참여함에 따라 조직의 경계나 역할분담, 권한 부여 등이 상대적으로 느슨하다고 보는 것이다.
협업행정에 대한 이론적·실무적 논의에서 크게 차이를 보이는 것 중 하나는 바로 참여자(기관, 조직 등)들 간의 자율성과 협력 가능성을 중요하게 여긴다는 것이다. 전통적인 조직이론의 관점에서 보았을 때, 전통적인 관료제 조직을 통한 행정의 수행과 협업을 통한 행정의 수행이라는 양식은 “조직은 문제해결을 위한 두 행위자 이상이 모인 결사체”라는 점에서 기본적으로 조직 형성 및 운영 원리는 동일하다고 볼 수 있을 것이다. 이러한 관점에서 전통적인 조직의 논리와 협업행정과의 차이점은 이질적인 다수의 조직이 함께 참여함에 따라 협업행정을 수행하는 조직의 경우 조직의 경계나 역할분담, 권한 부여 등이 상대적으로 느슨하다고 볼 수 있다. 협업행정에서는 이렇게 느슨하게 연결된 조직들을 얼마나 잘 연결하여 운영하는지가 중요하게 다루어지는데, 이러한 까닭에 참여자(조직)간 의사소통, 상호이익, 동기부여, 신뢰 등을 통한 자발적인 협력 가능성에 대한 내용이 주로 논의된다.