2001년 동독과 서독은 주거보조금 시스템을 통합하고 대상선정 및 산정기준 재정비와 지역별 임대료 등급 기준 통합, 급여시스템 개편을 내용으로 하는 제도 개혁을 단행하였다. 2005년에는 구직자 기초보장제도를 도입하고 사회부조법을 재편하여 주거비 지원과 적극적 노동시장정책을 연계하였다. 이후 수급자는 저소득층에 한정되었고 주거보조금 지출은 감소되었다.
계속되던 논의 끝에 정부는 2001년에야 동독과 서독의 주거보조금 시스템을 완전히 통합하였고, 또한 동시에 전체 독일의 첫 번째 주거보조금 제도 개혁을 단행하였다. 2001년 1월 1일부터 발효된 새로운 주거보조금 제도 개혁에서는 지난 10년간의 임대료와 소득변화를 분석하여 보조금 지급 대상선정 및 급여산정에 활용되는 전반적인 기준 을 재정비하였다. 또한 동서독의 주거보조금 시스템을 통합한 후 시행한 첫 개정인 만큼 주거보조금 산정에 활용되는 전체 독일의 지역별 임대료 등급 기준을 합리적으로 통합 하고 보다 가족 친화적으로 급여 시스템을 개편하였다(Statistisches Bundesamt, 2004, p.8). 2005년에는 구직자 기초보장제도(사회법전 2권)를 도입하고 사회부조법(사회법 전12권)을 재편하면서 관련 수급권자는 해당 제도 안에서 주거보조금을 받게 되었다. 이 변화는 큰 틀에서는 노동시장 개혁 차원에서 이루어진 것으로 주거비 지원과 적극적 노동시장정책을 연계했다고 볼 수 있다. 따라서 2005년 개정 이후로 주거보조금법 수급자는 위의 구직자 기초보장제도 및 사회부조법에 따른 수급을 받지 않는 저소득층에 한정 되었다. 그 결과 2004년 약 350만 가구에 이르던 주거보조금 수급가구가 2006년 69만천 가구로, 주거보조금 지출은 5,190억 유로에서 1,160억 유로로 감소하였다.