성과정보와 예산배분의 불일치가 크면 업무평가제도가 효력을 상실한다. 어느 조직이든 자기 예산을 극대화 하려 하는데 이것이 성과를 높이기 위한 동기로 작용할 수 있으나 성과평가와 관계없이 예산배분이 감소하면 조직 구성원들의 저항 가능성이 있기 때문이다.
성과목표 달성 수준에 따른 예산 배분은 합리적인 성과정보 활용과 정당성 확보 측면에서 의의를 지닌다. 성과정보와 예산배분 간의 불일치가 커지면 정부업무평가제도의 실효성을 낮추는 기제로 작동할 가능성이 높다. Niskanen(1971, pp. 228-230)에 의하면, 관료제의 특성상, 어떤 조직에서든 각 부서의 예산을 극대화시키려는 경향을 보인다. 이러한 맥락에서, 부서의 예산 확보는 부서 성과를 높이기 위한 동기 요인으로 작용할 수 있다. 따라서 성과평가 결과를 근거로 부서의 예산이 증감할 경우, 성과정보의 예산 환류에 대한 구성원들의 수용성을 확보하 수 있으나, 성과평가 결과와 무관하게 부서의 예산이 감소하게 되면, 조직 구성원들의 사기가 저하되거나 저항할 가능성도 제기된다. 성과평가 결과를 기계적으로 예산 배분 과정에 반영할 수는 없으나, 최소한의 수준에서 성과정보를 기준으로 사업 예산배분의 타당성을 검토할 수 있는 절차가 필요한 이유이다.