개인정보 감독기구의 조직 구성을 두고 충돌이 일었고 처음에는 국가인권위원회에 의해 별도조직 구성안이 의결되었으나 2008년 '정부조직법' 개정으로 행정안전부가 그 기능을 수행하게 되었다.
법안 제출 후 개인정보 감독기구의 조직구성을 놓고 국가인권위원회 소속의 특별위원회로 하자는 정부 여당안과 독립된 별도의 조직으로 구성해야 한다는 시민단체의 주장이 충돌하기도 하였다. 이 과정에서 국가인권위원회는 2005년 4월 11일 개인정보 감독기구를 별도조직으로 구성해야 한다는 의견을 공식적으로 의결하였다. 이로 인해 열린우리당에서 제안된 2건의 기본법안이 모두 철회되었고, 이후 2005년 7월 11일 개인정보 감독기구를 국무총리 소속 하에 두는 내용의 이은영 의원안을 제출하였다. 그러나 17대 국회 때 추진되었던 「개인정보 보호법(안)」들은 행정자치위원회에 상정되었으나 법안소위원회에서 논의되지 못한 채 국회 임기만료로 모두 폐기되었다. 2008년 「정부조직법」이 개정되면서 행정안전부가 공공ㆍ민간 부문의 개인정보 보호 총괄 기능을 수행할 수 있게 되었다. 2008년 2월에는 해킹에 의해 옥션에 가입한 회원정보 1,863만 건이 유출되었고, 4월에는 하나로텔레콤의 600만 명 고객정보가 텔레마케팅업체에 제공되는 사건이 발생하여 개인정보 보호에 대한 관심이 고조되던 시기였다.