부가가치세법과 소득세법은 입법취지와 대상자가 다르기때문에 두 세법간의 부조화주장은 타당하지 않다.
그리고 기획재정부는 쟁점규정의 변경으로 인해 ｢부가가치세법｣을 적용받는 간이과세자에게 예측하지 못한 세부담 등의 피해가 발생할 수 있다는 추정을 하고 있으나, 간이과세제도는 ｢부가가치세법｣에 따른 공급대가 증빙의 발급업무를 간소화 하기 위한 것이고, 경비율제도는 ｢소득세법｣에 따른 소득금액의 계산을 위해 비용산출업무를 간소화하는 것이므로 각각의 입법취지 및 적용대상이 다를 뿐만 아니라 현재의 간이과세제도와 경비율제도는 이미 적용 대상자를 판단하는 기준이 [표 39]의 내용과 같이 일치하지 않으므로 쟁점규정을 변경함에 따라 ｢부가가치세법｣과 ｢소득세법｣ 간에 부조화가 발생한다는 주장은 타당하지 않다.