평가의 목적은 입시, 경쟁이 아니기 때문에 학생들의 전 인격적인 발달을 도모할 수 있다. 또 학생간의 협력을 도모하고 개인을 파악하기 위해 여러 방법들을 쓸 수 있다.
평가의 목적이 점수 매기기를 위한 총괄평가라기보다는 학생들의 학습 발달을 파악하고 개선하기 위한 형성평가에 두고 있으며, 평가 결과가 입시자료로 사용되지 않기 때문에 객관적인 점수 산출의 부담을 벗어날 수 있는 것이다. 따라서 자유학기제에서는 학생들로부터 인지적·정의적 특성과 발달에 대한 정보를 수집하기 위해 여러 가지 형태의 수행평가를 실시할 수 있다. 특히, 학생들을 비교하기 위한 평가가 아니라 서로 협력하여 문제를 해결해 나갈 수 있도록 하는 협력형 수행평가 또는 학생발달을 파악할 수 있도록 하는 포트폴리오 등의 수행평가 방법들이 유용할 것이다.