국가 수준에서 설치된 3개의 자유학기제 지원 센터는 현재 명확한 분업체계가 미비하다. 이들의 효율적인 역할 분담이 필요하다.
국가 수준에서 부처의 실무기능을 담당하는 조직으로서 한국교육개 발원에 자유학기제 지원센터를 두어 운영하고 있으며, 2014년 7월 한 국직업능력개발원과 한국과학창의재단에 추가적으로 자유학기제 지원 센터가 설치되어 총 3개의 센터가 있다. 우선이 세 가지 지원센터의 명확한 역할 분담이 필요하다. 한 기관이 아니라 여러 기관이 담당하면 명확한 분업체계가 이루어지 않아서 혼란이 발생한다. 한국교육개 발원은 총괄로서 학교 운영 컨설팅, 교원 연수, 성과평가 등을 담당하 고, 한국직업능력개발원은 진로탐색 지원에 초점을 두고 진로탐색 프 로그램, 콘텐츠 및 관련 연수과정 등을 담당하며, 한국과학창의재단은 교육기부 네트워크를 활용하여 단위학교에 기업 및 직업인을 연계하는 역할 등 보다 명료한 역할 분담이 우선적으로 요구된다.