경제난에 따른 재원부족으로 수의방역체계는 정상적으로 작동할 수 없었다. 그러나 북한은 수의방역 책임도 주민에게 전가하였다. 따라서 이 시기의 수의방역사업은 제대로 된 역할을 하지 못했다.
이전 시기에 비하여 목장 규모의 확대, 사육가축수의 증가, 가축 이동의 빈도 증가 등에 따라 전염병 유행 시 그 피해 규모도 함께 커지는 특성을 보이고 있다. 그러나 경제난에 따른 재원부족의 여파로 수의방역체계는 정상적인 작동을 기대할 수 없는 상황이었다. 사료부족으로 인한 가축의 면역력 저하는 전염병에 취약성을 들어냈고, 북한 당국의 수의방역정책도 상당히 위축되었다. 더욱이 재정부족에 시달리던 북한 당국은 수의방역 책임도 ‘자력갱생’을 내세워 주민에게 전가하였다. 이 시기에 수의방역사업은 형태만 존재할 뿐, 실제 가축질병의 예방과 치료 활동은 매우 부진하였으며, 이전 시기에 비해서도 퇴보하는 모습을 보이고 있다. 결국, 이 시기의 수의방역체계는 재정난에 따른 ‘공공부문에서 위축’과 계획⋅관리되지 않는 ‘사적부문에 방임’으로 특징지울 수 있다.