시간선택제채용공무원의 향후 공무원연금 적용 여부가 결정될 예정이며 겸직 필요성과 가능성이 높아 기관장 허가 시 겸직이 가능해 논란이 예상되고 은퇴인력 활용 시 공무원 정년과의 문제가 존재한다.
현재 시간선택제채용공무원은 공무원연금이 아닌 국민연금 가입대상인데, 정부는 향후 연구 및 당사자 의견 수렴을 거친 후 공무원연금 적용 여부를 결정할 예정이다. 또한, 시간선택제채용공무원은 시간적 여유가 있고, 월보수가 적어 가족의 기본적인 생활의 수요를 충족하기 위한 겸직의 필요성과 가능성이 전일제 공무원에 비해 높다. 현재 시간선택제채용공무원도 원칙적으로 전일제공무원과 동일하게 영리업무 겸직은 금지되나 기관장이 개별․구체적으로 판단하여 겸직 허가 시 겸직이 가능하도록 하고 있어 향후 제도를 적용하는 과정에서 논란이 있을 것으로 예상된다. 또한, 시간선택제채용공무원에 은퇴인력을 활용하는 경우 공무원 정년과의 문제도 함께 고려해야 할 것이다.