[그림 Ⅵ-2-3]의 지원 체제에서 시·도 교육청이 중요하다. 실질적·실천적인 지원이 이루어질 수 있기 때문이다.  '중학교 자유학기제 시범운영계획(안)'에도 시·도 교육청에 '자유학기제 장학지원단', '진로교육 지원센터'를 운영할 것을 제시하고 있다. 지원 체제를 고려해 시·도 교육청에 '(가칭)자유학기제 운영 지원 센터'을 두고 그 안에 '(가칭)자유학기제 추진단'과 '(가칭)체험단 운영 코디네이터'를 둘 필요가 있다. 
[그림 Ⅵ-2-3]과 같은 지원 체제에서 볼 때 이 정책의 성공적·안정적 시행에 가장 중요한 역할·기능을 하는 곳이 시·도 교육청인 것으로 파악된다. 왜냐하면 시·교육청은 국가 수준 및 시·도 지방자치단체의 지원의 취지 및 계획이 학교 현장에 구현되고 단위 학교 및 지역이 처한 현실을 기반으로 실질적이고 실천적인 지원이 이루어질 수 있는 곳이기 때문이다. 따라서 단위 학교의 자유학기제의 실천에 보다 체계적으로 지원되기 위해서는 시·도 교육청에 ‘(가칭)자유학기제 운영 지원 센터’를 두어 국가 및 시·도 지방자치단체의 지원 취지 및 계획, 지원이 단위 학교에 구현될 수 있도록 함과 함께 지역 자원에 기반을 둔 자유학기활동이 전개될 수 있도록 적극적으로 지원해야 할 것이다. ‘중학교 자유학기제 시범운영계획(안)’에서도 시·도 교육청에 ‘자유학기제 장학지원단’과 ‘진로교육 지원센터’를 두어 자유학기제 운영을 지원하도록 제시하고 있다(교육부, 2013a: 23). 그렇지만 자유학기제가 전면 실시되고 [그림 Ⅵ-2-3]과 같은 지원 체제를 고려할 때 역할·기능이 보다 확대된 조직이 요구되는 것으로 생각된다. ‘(가칭)자유학기제 운영 지원 센터’에는 ‘(가칭)자유학기제 추진단’과 ‘(가칭)체험장 운영 코디네이터’를 둘 필요가 있다. 이 둘의 업무를 통합하여 생각할 수 있지만 특히 지역 자원을 학교에 연결해 주는 기능이 대단히 중요하기 때문에 이 역할·기능을 독립적으로 구안할 필요가 있다. ‘(가칭)체험장 운영 코디네이터’는 지역에 존재하는 체험장을 확보하여 체계적으로 관리하여 관할 중학교에 연결시켜는 역할을 담당하게 되는데, 2016년 자유학기 전면 실시 이후 이 기능을 반드시 필요할 것으로 본다. 시·도 교육청과 학교 자체 노력을 통해 학생들에게 보다 실질적인 의미를 갖는 체험장을 확보할 수 있을 것으로 본다.