검사의 수사권은 종료되고 수사권이 사법경찰관에게만 주어졌을 경우, 검사의 재수사 요청이 묵살되거나 방치될 수 있다고 검찰은 우려를 나타낸다. 게다가 소속이 달라서 견제장치조차 제대로 실행되지 않을 것이라고 문제점을 지적한다.
검사의 재수사 요청에 대하여 사법경찰관이 응하지 않을 경우 사건을 검사에게 송치하도록 하거나 기타 제재를 가할 수 있는 근거가 전혀 존재하지 아니한다. 또한 재수사 요청을 받은 사법경찰관이 이미 내린 결론에 대하여 다시금 충실하게 재수사를 할 것이라는 점도 전혀 담보되어 있지 않다. 검사는 재수사의 요청만을 할 수 있을 뿐, 직접적으로 재수사를 할 수는 없다. 이에 의하면 이미 사법경찰관이 내린 불송치처분을 검사가 재수사를 요청한다고 하여 최선을 다하여 다시 재수사하는 것을 기대하기는 어렵다. 사법경찰관은 재수사 요청에 따라 재수사를 하고 사건을 기소의견으로 검찰에 송치하거나 재차 불송치처분을 할 수도 있다. 즉 사건을 기소하지 않고 종결할 권한이 여전히 사법경찰관에게 유보되어 있다. 만약 사법경찰관이 재차 불송치처분을 할 경우에도 검사가 재차 재수사를 요청하는 것 이외의 견제장치는 존재하지 아니한다. 물론 사법경찰관이 정당한 이유 없이 그에 따르지 않을 경우에는 징계권자에게 징계를 요구할 수도 있겠지만, 정당한 이유에 대한 판단이 추상적이라는 점, 그에 대한 판단의 주체가 기본적으로 경찰청 소속이라는 점, 경찰의 징계요구만이 가능하고 이에 응하지 않을 경우의 제재수단이 전무하다는 점 등의 문제점이 지적된다. 더욱이 현행 검찰청법 제54조에서는 징계요구권 보다 완화된 교체임용요구권이 있음에도 불구하고 해당 조문이 적용된 사례가 거의 없다는 점을 참고할 필요가 있다.