남북 경제협력의 주체는 민간이 되어야 하며 정부 및 공공부분은 기업의 보호,  제도 개선 및 북한의 역량 강화 등에 한정되어야 한다.
이런 점에서 어찌되었든 정부간 접촉과 협상의 경험이 있는 남북한의 경우 이러한 토대를 활용할 필요는 있을 것이다. 다만, 민간과 정부 및 공공부문의 역할은 명확하게 구분되어야 하며, 이 때 결코 간과되어서는 안 될 점은 경제협력의 주체가 민간이어야 한다는 점이다. 정부는 북한과 경제협력을 추진하는 민간기업의 이익을 보호하고, 경제협력의 활성화를 위한 제도를 구축하고, 북한의 역량을 강화하는 역할을 담당하며, 직접적인 주체로서 나서는 것은 제한을 신중할 필요가 있다. 특히, 향후 남북경협의 핵심이 될 경제특구의 공동개발에 있어서도 정부와 민간사업자간의 적절한 역할분담이 필요하다.