기능분석 다음은 상호작용 분석인데, 이는 복잡한 기술시스템의 기능분석을 위해 필요하며, 의도하지 않은 유해작용에 의한 문제를 꼼꼼히 파악하기 위해 필요하다.
기능분석의 다음 단계는 상호작용 분석이다. 상호작용 분석은 분석한 구성요소들 간에 주고받을 수 있는 가능한 모든 상호작용을 분석하는 단계로서 매트릭스 등을 활용하기도 한다. 상호작용 분석은 구성요소가 많은 복잡한 기술시스템의 기능분석을 위하여 필요한 도구로서 엔지니어의 경험과 직관으로만 기능분석을 수행할 경우 대부분 설계의도에 따른 유익한 기능만을 보게 되는 심리적 관성을 극복하기 어렵다. 결국 문제는 의도하지 않은 유해작용에 의해 발생하는 경우가 많기 때문에 이러한 중요한 기능정보를 누락하지 않기 위해서는 상호작용 분석을 수행할 것을 권장한다.