저작권법의 제한규정과 특허권의 충돌이 걱정되는 부분은 교육목적의 이용인데, 교육기관에서 프로그램을 복제․제공하는 것은 ‘업으로서’의 실시로 보아 특허 침해 성립이 가능할 수 있다.
다만, 저작권법의 제한규정과 특허권의 충돌이 우려되는 부분은 교육목적의 이용에 한정될 수 있을 것이다. 즉, 사적복제 등이 제한규정은 특허권을 업으로 실시하는 경우에 해당하지 않을 것이라는 점이다. 저작권법 효력의 예외규정은 대부분 비상업적 이용으로, 특허법상 ‘업으로서’의 실시가 아니므로 특허법상 침해도 성립하지 않는다. 다만, 교육기관에서 교육 목적으로 프로그램을 복제․제공하는 것은 ‘업으로서’의 실시로 보아 특허 침해 성립 가능성이 존재한다. 그러나 교육목적이더라도 비상업의 범위를 크게 벗어나는 경우, 저작권법에서도 침해로 인정되는 것은 물론이다. 즉, 저작권법에서도 프로그램의 종류․용도, 복제의 부수 등에 비추어 프로그램의 저작재산권자의 이익을 부당하게 해치는 경우 복제․배포가 제한된다.