배출권 시장에서 시장지배력이 존재할 경우, 영향을 받고 이에 따라 사회 전체적인 감축비용은 높아지게 된다. 특히 시장지배력의 유무는 기업의 배출권에 영향을 준다.
배출권 시장에서 시장지배력이 존재할 경우 거래 후 최종균형은 효율적 균형과 달라져 사회 전체적인 감축비용은 높아지게 된다. 구체적으로 살펴보면만일 시장지배력을 가진 기업이 다량의 배출권을 할당받아 배출권의 독점공급자가 될 경우 경쟁적 시장에서의 감축량보다 더 적게 감축하고 다수의 소규모 기업들은 효율적인 수준에 비해 더 많은 양을 감축하게 된다. 반대로 시장지배력을 가진 기업이 적은 양의 배출권을 할당받아 수요독점 기업이 될경우 시장이 경쟁적일 때에 비해 더 많이 감축하게 되고 다수의 소규모 기업들은 효율적인 수준보다 적은 양을 감축하게 된다(Montero, 2009).