대학구조개혁평가는 학자금 대출 한도 제한 대학에 뿌리를 누고 있다. 대학의 재정건전성을 평가하여 학자금 대출제한을 하는 정책으로 교육의 질 제고를 위해 만들어졌다. 이는 정량지표들로만 평가되어, 정성적인노력이나 교육의 질적수준을 평가하지 못하였고, 이에 대학구조개혁평가로 확대되었다.
대학의 교육과정 운영이나 학습지원, 상담지원, 취․창업 지원 등에 정부가 보다 적극적으로 관여하기 시작한 것은 2015년에 시작된 ‘대학구조개혁평가’부터라고 할 수 있다. 이 정책은 사실 2010년에 시작된 ‘2011학년도 1학기 신입생 대상 학자금 대출 한도 제한 대학’ 평가에 뿌리를 두고 있는데, 당시 정부는 전체 4년제 및 전문대학을 대상으로 교육의 질 제고 노력(취업률, 재학생충원율, 전임교원확보율, 학사관리), 저소득층 학생 지원(장학금 지급률, 1인당 교육비), 대학의 재정 건전성(학자금대출 상환율, 등록금 인상수준) 등을 평가하였으며, 상대적으로 평가결과가 낮은 30개 학교(4년제 15개교, 전문대 15개교)를 신입생 대상 학자금 대출 제한 대학으로 선정하였다(교육과학기술부, 2010.9.7.). 2012학년도부터는 평가 결과의 적용 범위를 ‘신입생 학자금 대출 제한’에서 대학에 대한 모든 ‘정부 재정지원 사업’으로 확대하였다(교육과학기술부, 2011.8.16.). 그러나 박근혜정부는 기존 ‘정부 재정지원 제한 대학 평가’가 정량지표들만을 대상으로 실시되고 있어 대학의 정성적인 노력이나 교육의 질적 수준을 평가하지 못하는 한계가 있음을 지적하고, 2015년에 학사관리나 학생지원, 교육과정 등에 대한 정성지표를 대폭 확대한 3년 주기의 ‘대학구조개혁평가’를 새롭게 도입하였다.