풍수해저감종합계획의 수립을 위해 국민안전처에서는 계획의 세부기준을 마련하여 지방자치단체에 전달하고 지자체는 이를 바탕으로 계획안을 완성한다. 최종 승인을 위해 5개 그룹의 검토회의를 구성해 심의를 거쳐 계획안의 승인을 신청한다.
풍수해저감종합계획의 수립절차에는 시·도 및 시·군·구의 지방자치단체와 국민안전처의 두 기관이 참여한다. 이를 위해 국민안전처에서는 풍수해저감종합계획 세부수립기준을 작성하여 하달하며, 시·도 및 시·군·구는 하달된 세부수립기준을 통해 풍수해저감종합계획안을 작성한다. 이 후 관련기관 및 주민, 지방의회의 의견을 수렴하고 관계부처 및 시·도시자의 협의과정을 통해 계획안을 수정·보안하여 계획안의 승인을 신청하게 된다. 국민안전처는 풍수해저감종합계획을 최종 승인하기에 앞서 5개 그룹(해안분야는 별도 3개 그룹)으로 구성된 검토회의를 개최함으로써 계획의 적성성, 타당성, 충실성 및 활용성을 전면적으로 검토하여 승인여부를 결정하게 된다. 만약 검토회 의 결과 재심의가 필요하다고 결정되면 지방자치단체는 풍수해저감종합계획안을 추가수정·보완하여 승인을 재신청해야 하는 과정을 거친다.