한반도 신뢰프로세스 개념화 및 이론화 작업에서 문제가 되는 이슈는 보수진영과 진보진영 모두에서 일어난 '신뢰'에 대한 개념에 대한 논쟁이다.
한반도 신뢰프로세스의 개념화 및 이론화 작업 및 향후 정책 추진 과정에서 예상되는 가장 문제가 되는 이슈는 ‘신뢰’를 어떻게 정의하고 이해하느냐를 둘러싼 논쟁이다. 현 정부의 대북정책인 ‘신뢰프로세스’가 알려지기 시작하면서 대체로 보수진영과 진보진영 모두로부터 개념을 둘러싼 문제제기가 있었다. 우선 상대적인 보수세력으로 부터는 북한을 상대로 신뢰를 쌓는 일이 가능한가에 대한 문제제기가 있었고, 상대적인 진보세력으로부터는 이명박 정부처럼 북한의 변화와 비핵화를 전면에 내세우지는 않지만 안보와 교류협력 사이의 균형을 유지하겠다는 얘기는 결과적으로 북한 변화를 남북관계 발전의 전제조건으로 제시한 것이 아닌가라는 문제 제기가 있었다.