생물안보금지협약준수 여부를 검증할 국제적 검증체제 및 기구가 부재하기에 협약준수 여부가 공식적으로 인정되고 있지 않다. 2001년 11월 개최된 제5차 평가회의에서 검증 의정서 초안이 제시되었지만 생물무기 비밀개발을 밝혀내기 어려워 국가안보에 대한 위협을 가중시킬 수 있고, 제약 특허와 관련한 상업적 이익에 저해될 수 있다며 반대했던 미국에 의해 거부되었다.
또한 이 협약은 협약준수 여부를 검증할 수 있는 국제적 검증체제 및 기구가 부재하다. 앞서 언급한 바와 같이, 소련은 이러한 점을 악용하여 대규모 생물무기를 개발·생산한 바 있어 본 협약의 신뢰성이 위협받은 바있다. 실제로 생물안보금지협약의 준수(compliance) 여부, 특히 공격용 생물무기 프로그램과 비축에 대해서는 그 어떤 당사국도 공식적으로 인정하고 있지 않다. 또한 실제로 생물테러 혹은 생물전을 수행한 행위자들 역시 그 사실을 인정하지 않고 있다. 이런 이유로 본 협약의 검증 메커니즘 개발의 필요성을 절감하게 되었으나 별다른 성과를 얻지 못했다. 특히 지난 2001년 11월 개최된 제 5차 평가회의에서 특별그룹(Ad hoc group)이 제시한 검증 의정서(verification protocol) 초안이 미국에 의해 거부된 바 있다. 본 검증 의정서는 당사국들이 협약과 관련된 국내 시설 및 활동에대해 국제기구에 신고하고 동시에 국제기구 차원에서 주기적으로 현장실사를 나감으로써 본 협약의 검증기능을 강화한다는 내용을 담고 있었다. 국제사회는 미국이 당시 9.11 테러와 탄저균 테러를 받았기 때문에 생물무기금지협약의 검증기능 강화를 목표로 한 검증 의정서 초안에 긍정적일수도 있다고 예측하였다. 그러나 미국은 오히려 이와 같은 검증 방식은 생물무기 비밀개발을 밝혀내기 어려워 오히려 미국의 국가안보에 대한 위협을 가중시킬 수 있다. 또한 앞서 언급한 바와 같이 제약 특허와 관련한 미국의 상업적 이익에 저해될 수 있다며 미국은 반대의 뜻을 내비쳤다.