대학구조개혁 평가에 참여한 9개 대학에 대해 컨설팅은 대학별 평가 결과에 대한 사전검토 후 맞춤형 정보를 제공하는 등 대학의 자율적 구조개혁 노력을 지원하였다.
별도조치대학은 평가 제외에 준하는 사유가 있다고 인정된 대학이지만, 2015년 대학구조개혁 평가에 참여한 대학은 총 9개교이다. 컨설팅 기본 방향은 대학구조개혁평가의 취지 및 내용을 공유하고 대학 교육의 질 제고를 위한 자율적 노력을 지원하는 것이다. 컨설팅은 대학의 특수성을 고려한 컨설팅을 통해 부족한 영역에 대한 자율적 구조개혁 노력을 지원할 수 있도록 대학별 평가 결과에 대한 사전검토 후 맞춤형 정보를 제공하고, 면담 컨설팅 실시 후 컨설팅 결과를 바탕으로 한 과제추진계획서를 작성하여 대학이 자율적 발전 노력을 기울이도록 권고하였다.