예산제도 관리 개선을 위해 연계 가화, 성과지표 개발, 사시모니터링과 관리를 제시했다. 구체적 방안으로는 부처의 단위별 전략목표의 서과목표과 프로그램과 대응관계가 되게 하고, 프로그램을 구조화하는 한편 의사결정자와 제도 간의 공감대 확산을 제시한다. 체계적 교육훈련을 시시하고, 프로그램 단위의 성과지표를 신규 개발하며, 결과를 도출할 때 서과측면과 정책적 중요서을 고려한 권고사항을 도출한다. 이 권고사항을 모니터링하여 효율성을 관리한다.
넷째, 프로그램 예산제도의 관리 측면의 개선을 위해 프로그램 예산제도와 조직관리의 연계 강화, 성과정보를 활용하는 의사결정자의 중요성, 프로그램 단위의 성과지표 개발, 프로그램 예산사업의 상시모니터링 및 관리를 제시하였다. 프로그램 예산제도와 조직관리의 연계를 강화하기 위해서는 프로그램 예산구조를 조직관리와 연계하여 부처의 실·국 단위별로 형성된 전략목표를 달성하기 위한 성과목표가 프로그램 예산체계 하에서 프로그램과 1:1 대응관계가 되도록 하는 것이 필요하다. 프로그램은 단일 관리자에 의해 총괄될 수 있도록 구조화하는 것이 바람직할 것이다. 성과정보를 활용하는 의사결정자가 무엇보다도 중요한데, 프로그램 예산제도의 도입취지와 목적, 장점 등에 대한 공감대를 확산하려는 노력이 필요할 것이다. 프로그램 예산을 활용하는 예산 편성 및 심의담당자, 프로그램의 성과평가 담당자 등을 대상으로 프로그램 예산제도와 프로그램 예산이 구현되어 있는 통합재정정보시스템에 관한 이해와 공감대 촉진, 성과정보의 생성과 활용을 촉진하는 교육훈련 프로그램을 개발하고, 체계적인 교육훈련(온라인 교육훈련 등)을 실시할 필요가 있을 것이다. 프로그램 단위의 성과지표 개발이 필요한데, 성과평가를 위한 지표는 성과목표별 성과지표와 관리과제별 성과지표가 있지만, 현재 프로그램 단위의 성과지표는 없는 실정이다. 명실상부한 프로그램 예산제도가 정착되기 위해서는 프로그램 단위의 지표를 개발할 필요가 있다. 프로그램 예산사업의 상시모니터링 및 관리가 중요한데, 재정사업에 대한 평가 결과를 도출할 때에는 사업의 성과측면과 정책적 중요성을 동시에 고려하고 권고사항을 도출할 필요가 있다. 이러한 권고사항을 재정관리정보시스템에 입력하고 주기적으로 변경사항을 입력하도록 하여 모니터링하는 체제를 마련할 필요가 있다. 재정사업의 상시 모니터링을 통한 재정사업의 효율성 관리에 대해서는 미국의 오바마 행정부가 추구한 재정사업의 상시 모니터링 및 관리체제로의 전환 사례로부터 시사점을 찾을 필요가 있다.