청소년 참여예산제 프로그램은 이원화 운영을 바탕으로 한다. 실제 예산 집행, 사업 운영을 담당하는 청소년 사업운영팀과 정책개발 활동을 하는 청소년 참여예산학교의 신규 참여 청소년들로, 두 조직의 유기적 연계를 통해 정책 제안부터 사업 운영 및 집행까지 통합 경험을 제공한다.
이 모델을 조금 더 구체적으로 살펴보면, 청소년 사업 운영팀(안)은 실질적으로 예산을 집행하고 사업을 운영하는 한편 청소년 참여예산학교 신규 참여 청소년들은 기존의 참여예산학교에서 진행하는 기초교육 및 일련의 정책개발 활동에 참여하게 된다. 사업운영팀 청소년들은 지난 해 확보한 지자체 예산을 가지고 사업을 진행한다. 다만, 청소년 참여예산학교 신규 참여자들과 사업운영팀 청소년은 유기적인 연계체제를 구축할 필요가 있다. 이를 통해 사업운영팀 소속 청소년은 신규 참여 청소년들에게 정책개발 활동과 관련된 멘토의 역할을 동시에 수행하게 된다. 멘티로서의 신규 참여자들은 청소년 사업 운영을 지원하는 동시에 자신들이 차년도에 직접 운영할 수 있는 사업·정책을 제안하고 자체 사업 운영을 위한 예산을 확보하는 활동을 이어간다. 이와 같은 청소년 참여예산제 프로그램 이원화 운영은 청소년들의 지속적인 (재)참여를 유인하는 동시에 참여 청소년에게 정책 제안부터 사업 운영 및 집행까지 연결되는 통합적인 경험을 제공할 수 있을 것이다.