디지털 증거가 저장된 정보저장매체는 전통적 증거에 비해 집행과정에서 기본권 침해 발생 확률이 높다. 현행 실무에서는 사후에 압수수색의 적절성을 판단하고 있어 탐색범위가 무제한 확대되는 역효과가 있는데 이는 디지털 증거의 특성상 심각한 기본권 침해이다.
디지털 증거가 저장된 ‘정보저장매체’는 다수의 민감한 정보를 대량으로 포함하고 있는 특성과 전문적 혹은 비전문적인 방법을 통해 열람하기 전에는 내용을 확인할 수 없는 비가시적인 특성을 가지고 있어, 국가에 의한 사법 집행과정에서 법원의 허가 의도를 벗어난 기본권 침해가 발생할 확률이 전통적인 증거물에 비하여 높다. 따라서 기본권 보호를 위해 상대적으로 정교한 보호 장치가 필요하지만 현행 실무에서는 그 ‘압수ㆍ수색 대상’의 적절성을 사전에 판단하지 않고 사후에 이르러 ‘압수ㆍ수색의 적절성’을 판단하여 그 증거능력을 다투고 있다. 그러나 이와 같은 현행 방식은 오히려 압수ㆍ수색 집행단계에서 요증사실과의 관련성 확인을 명목으로 탐색 범위를 무제한적으로 확대하는 ‘탐색적 압수ㆍ수색’을 부추기는 역효과를 일으킨다. 이와 같은 부작용은 디지털 증거가 가지고 있는 대량적이고 비가시적인 특성에 비추어 볼 때 심각한 기본권 침해 위협이라 할 수 있다.