교육부나 시･도교육청의 획일적인 정책 실행은 부작용을 야기할 수 있다. 정책의 성공적 실행을 위해서는 개별 시･도교육청의 특성을 고려해 자율적으로 교육정책을 선택할 수 있는 체제로 전환 할 필요가 있다.
개별 학교가 처한 다양한 특성과 조건을 고려하지 않은 획일적 정책 실행은 단위 학교에서의 형식적 실행에 의한 비효율 그리고 정책 목표의 낮은 성취도뿐만 아니라도 교육정책 전반에 대한 거부감 등 다양한 부작용을 야기할 수 있다. 따라서 교육부나 시･도교육청이 일방적으로 각종 교육정책 사업을 실행하도록 학교에 강요하는 구조에서 탈피하여 여러 정책 중 단위 학교가 자신의 특성에 부합하는 정책 사업들을 자율적으로 선택하여 시행할 수 있도록 전환할 때 교육정책의 성공적 실행 정도가 제고될 것이다. 따라서 정책의 성공적 시행과 실행의 효율성 제고를 목적으로 학교 혹은 시･도교육청이 처한 특성을 고려하여 개별 시･도교육청 혹인 개별학교가 다양한 교육정책 중 어떤 것을 어떻게 어느 정도 실천할 것인지를 자율적으로 선택할 수 있도록 교육정책 실행체제를 전환하도록 할 필요가 있다.