장애인인권센터는 판단기관인 국가인권위원회와 소통, 협력하면서도 그 자체의 역동성과 헌신성, 창의성을 적극 활용해 옹호자의 기능을 극대화 해야한다.
국가인권위원회는 장애인 인권에 대한 특별한 감수성 및 장애인 차별행위에 대한 전문성을 가지고, 장애인차별금지 및 권리구제 등에 관한 법률(이하‘장애인차별금지법’)상 장애인에 대한 차별사건을 조사하여 시정 권고할 수 있는 권한 행사로 많은 차별시정에 기여해 나가야 하며, 장애인인권센터는 당사자의 실질적인 권리구제를 당사자와 소통하며 창의적으로 만들어나갈 수 있는 것이 장애인인권센터가 가지는 가장 큰 장점이다. 즉, 판단기관은 국가인권위원회라면 장애인인권센터는 옹호 기관으로서 장점을 살려 장애인인권센터가 설립된다면 국가인권위원회와 소통 협력체계를 구축하면서도, 장애인인권센터가 특히 더 가질 수 있는 역동성과 헌신성, 창의성을 적극 활용하여 판단자가 아닌 옹호자의 기능을 극대화하는 방향으로 나가야 할 것이다.