현행법은 공정위의 조사를 거부할 경우 과태료를 부과하고 있다.  제20대 국회에서는 형사처벌을 하도록 개정 법률안이 발의된 상태이다. 공정위 조사의 실효성을 확보하기 위하서라도 형사처벌을 할 필요가 있다.
앞서 살펴 본 바와 같이 현행법은 공정위의 조사를 거부하거나 방해 또는 기피하는 경우 과태료를 부과하는데 그치고 있어60) 공정위 조사의 실효성을 확보하기 어려운 측면이 있었던바, 이와 관련하여 2016년 제20대 국회에는 벌금형으로 하여 형사처벌을 하도록 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 일부 개정 법률안이 발의된 상태이다. 그 제안이유를 간단히 살펴보면 ‘현행법은 조사를 거부･방해 또는 기피하는 경우 과태료를 부과하고 있는데 2년 이하의 징역 또는 1억 5천만 원 이하의 벌금에 처하도록 하여 조사의 실효성을 확보하려는 것’이다. 일본의 공정거래법도 당사자가 공정위의 권한행사에 불응하게 되면 징역형 등의 형사처벌을 받을 수 있도록 규정하여 조사권에 실질적인 강제력을 부과하고 있는 바, 이와 비교하여 볼 때 우리나라도 공정위 조사의 실효성을 확보하기 위하여 형사처벌을 하도록 할 필요가 있다고 할 것이다.