한국의 경제자유구역은 심각한 문제점을 가지고 있는데 기획단의 경우 한시적으로 파견받은 인력구조로 전문적 대응이나 주도적 역할 수행이 어렵다. 이런 방식은 주변국과 대비되는데 싱가포르 등은 전,현직 기업체 종사자나 외국인을 영입해 전문성을 높이고 산업별 기업들이 필요로 하는 새제혜택 등의 서비스를 제공한다.
경제자유구역 입지여건의 불리함을 극복할 방안으로 우선 우수한 전문인력 확보 및 이를 통한 경제자유구역정책의 입안 및 집행을 들 수 있다. 그러나 이 점에서 한국의 경제자유구역은 심각한 문제점을 안고 있다. 경제자유구역 평가 및 실무적 지원기구인 경제자유구역기획단의 경우 다수 인력이 책임부처인 산업자원통상부 외의 관련 부처에서 한시적으로 파견받은 인력구조를 갖고 있어 주요 이슈에 대해 전문적으로 대응하거나 주도적인 역할을 수행하기가 어려운 구조이다. 경제자유구역청의 경우에도 대다수의 구역청 실무자들이 지자체의 5년 이하 단기 파견된 공무원으로 적극적 사업추진의 동기가 적으며, 지역개발 등의 사업에 대한 전문성이 결여되어 있다는 점이 지적되고 있다. 이런 한국의 인력운영 방식은 주변국과 크게 대비된다. 싱가포르 경제개발청(Economic Development Board: EDB)이나홍콩 투자청 등은 전·현직 기업체 종사자나 외국인을 영입해 전문성을 높이고 있다. 싱가포르 EDB의 경우 MIT, 하버드, UC버클리 등 세계 최고 수준의 대학 출신 및 전·현직 기업체 종사자 등으로 구성된 산업별 전문가를 양성하여, 이들이 각 산업별 기업들이 필요로 하는 세제 혜택,인프라 및 정주여건 등을 파악하고 이에 맞추어 투자안내서비스를 제공하고 있다.