타 국가와 사법공조를 통한 수사를 하는 데는 다양한 문제점이 존재한다. 조약을 체결하지 않은 경우 뿐아니라, 조약을 체결한 경우에도 사법제도의 차이나 문화 종교적 차이 등 때문에  제한된 수사와 협조만이 가능하기 때문이다.
우리나라 수사기관이 외국 수사기관에 형사사법공조를 요청할 수 있는 근거는 형사사법공조조약, 범죄인 인도조약 등인데, 조약을 체결하지 않은 국가에는 협조를 기대하기 어렵고, 범인이 어느나라로 도주했는지 그 소재 자체를 확인할 수 없는 경우는 피요청국을 특정하기 곤란한 문제가 발생한다. 조약 등을 근거로 우리나라 수사기관이 형사사법공조절차를 이용할 수 있다 하더라도, 그 절차가 복잡하여 수사 및 검거에 장기간이 소요될 뿐만 아니라, 우리나라의 사법공조 요청에 상대방 국가에서 협조해 줄지도 미지수이다. 형사사법공조는 범죄인 인도 또는 수사 대상자의 범죄가 양 당사국에서 모두 범죄에 해당하여야 청구할 수 있는데, 국가마다 형사사법제도가 상이하며, 문화적･종교적 전통이 다르기 때문에 우리나라에서 범죄인 행위가 상대국가에서는 범죄가 아닐수도 있고, 사안에 따라서는 이해관계가 상충하는 경우도 있기 때문이다. 피요청국이 사법공조 요청에 응한다고 하더라도 제한된 영역에서, 제한된 수사방법을 통한 협조만이 가능하며, 외국 수사기관이 자국 내 범죄를 수사하는 만큼의 수사 인력, 시간과 노력을 들인다는 것은 현실적으로 기대하기 힘들다.