고충상담원이 조사의 과정을 거쳐 결과를 보고하면 학교장은 성희롱 심의위원회나 성희롱 고충심의위원회에 회부하거나 징계 절차로 들어갈수도 있어 결정적인 역할을 한다.
고충상담원은 상담을 통하여 조사 필요성에 대하여 판단하게 된다. 조사가 불필요하면 사건은 종결된다. 조사는 사건 접수 후 20일 이내에 완료하는 것을 원칙으로 하고, 필요 시 10일의 범위 내에서 연장할 수 있다. 조사가 종료되면 조사결과 보고서를 조사기록에 첨부하고 학교장에게 그 결과를 보고한다. 공정한 사건 처리를 위하여 필요한 경우 학교장은 성희롱 심의위원회 또는 성희롱 고충심의위원회에 회부하여 처리하게 할 수 있다. 학교장이 이를 불필요하다고 판단하면 조사는 종결되고 징계 절차로 들어가므로 성희롱에 대한 학교장의 판단이 결정적인 역할을 하게 된다.