교육개발협력 주체 기관에 따른 거버넌스 분류 중 정부주도형 거버넌스는 중앙정부가 정책을 수립한 뒤 담당 기관이 사업을 수행하는 이원화된 체계며, 미국과 일본이 이에 해당된다. 정부주도형 거버넌스의 문제점은 현장 경험을 반영하기 어렵고, 전문성이 필요한 교육 분야에서 한계가 나타나 정책 수립부터 어려움을 겪게 된다는 것이다. 
<표 Ⅲ-1>에서 알 수 있듯이, 교육개발협력의 수행 주체 기관에 따라 각국의 거버넌스를 분류할 경우, 정부주도형, 관민혼합형, 민간주도형으로 구분할 수 있다. 우선 정부주도형으로 파악할 수 있는 미국과 일본은 중앙정부 부처가 정책 수립을 하고 그에 소속된 개발협력 전담 수행 기관이 실제 사업을 수행하는 이원화된 체계로서, 예산 집행부터 사업을 실제로 수행하는 인력 운용까지 정부가 전담하고 있다. 교육개발협력 또한 여타의 개발협력 분야와 동일한 프로세스를 가지고 있다. 그러나 이러한 수행 체계 하에서 교육 개발협력을 수행할 때, 다음과 같은 문제점이 있다. 첫째, 정책 수립을 하는 기관과 사업을 수행하는 기관이 분리되어 있음에도 실제 예산 집행이나 인력 운용 등 사업 계획까지 중앙 부처에서 주도하여 결정하기 때문에, 실제 현장으로부터 비롯되는 경험을 반영하기 어렵다는 단점이 있다. 둘째, 특히 이러한 문제는 교육개발협력 사업이 다른 개발협력 분야에 비해서 교육에 대한 전문성이 각별히 요구되는 분야이기 때문에 더욱 뚜렷이 드러난다. 개발협력 분야와 동일한 프로세스 하에서는 교육개발협력에 있어서의 현장 경험을 살리기 어려울 뿐만 아니라, 교육에 대한 전문성이 부족하여 정책 수립부터 난항을 겪게 된다.