그러나 P노조가 설립, 교섭대표노조가 되고 노조활동 사항을 합의하며 K지부가 이에 연서명함으로써 P노조는 교섭대표노조의 지위를 확보하기 시작했다. 그러나 사용자와 P노조가 연구직에게만 해당하는 연구활동비를 인상하기로 합의했는데 K지부는 이를 알려 주지 않았다며 협약을 거부하고 투쟁을 시작했다. 이후 갈등이 오랫동안 이어졌지만, 연구직뿐 아니라 그 외 직종에도 재원을 사용하는 식으로 해결됐다.
그러나 2014년 10월 P노조가 설립되고 과반수노조로서 교섭대표노조가 되자 사용자와 P노조는 2014년 12월에 기존의 단체협약 이외에 보충교섭을 진행하며 P노조의 노조활동 사항을 합의하였고, K지부는 이에 연서명함으로써 P노조는 교섭대표노조의 지위를 확보하기 시작하였다. 이후 진행된 단체교섭에서도 P노조가 교섭대표노조로서 교섭을 진행하고 K노조의 의견을 들어 단체협약을 갱신해 나가는 방식이었다. 그러나 2017년 5월 사용자와 P노조는 2016년분 임금협약을 진행하며 연구직에게만 해당하는 연구활동비를 인상하기로 합의하였다. K지부의 주장에 따르면 사측과 P노조는 노동위원회에서 임금 조정을 진행하면서 K지부에 알리지 않았고 조정 마지막 날 P노조와의 합의 내용을 전달하며 양보를 요구했다는 것이다. 결과적으로 이러한 내용은 5월 25일 사측과 P노조의 합의로 협약이 체결되었고, P지부는 2017년 임금협약 사항을 아직 교섭대표지위가 결정되지 않은 상황에서 권한 없는 P노조가 협약을 체결했다는 점, P노조가 공정대표의무를 위반했다는 점, 그리고 전 직원에게 나누어야 할 임금 재원을 연구 직종에게만 유리하게 정해 직원 간 갈등을 유발했다는 점을 들어 협약을 거부하고 투쟁을 시작하였다. 이후 약 7개월간 사측-P노조-K지부의 갈등이 지속되었지만 2017년 12월 18일 2017년 임금협약 체결 시에는 기존에 맺었던 임금협약의 내용을 일부 수정하여 연구직의 연구활동비 인상에 일부 재원을 사용하고, 그 외 직종에도 일부 재원을 사용하여 갈등을 봉합하였다. 또한, 일련의 사태에 대한 해결책으로 향후 임단협 체결 시에는 사측-P노조-K지부 세 주체가 합의한다는 약속을 구두로 하게 되었다.