종합소득세는 근로소득세에 비해 유효세율이 높은 경향이 있는데, 특별공제와 소득공제가 근로소득이 없는 종합소득세 신고자에게 적용되지 않기 때문이며 이는 사업소득자에 대한 낮은 소득파악률에 기인한다. 자영업자의 유효세율을 근로소득자 수준으로 하향조정하고 특별공제를 확대할 필요가 있다.
종합소득세와 관련하여 다음과 같은 정책개편 방향을 고려할 필요가 있다. 종합소득세는 근로소득세에 비하여 유효세율이 높은 경향이 있는데, 향후 이에 대한 조정이 필요할 것이다. 종합소득세의 실효세율이 제도상 높은 이유는 특별공제와 조특법상 소득공제가 근로소득이 없는 종합소득세 신고자에게 적용되지 않기 때문이다. 이러한 제도는 사업소득자에 대한 낮은 소득 파악률에 기인한다. 자영업자에 비하여 근로소득자가 높은 세부담을 하고 있다는 인식으로 인해 소득 파악률이 낮은 자영업자 소득에 대해서는 조세지원을 허용하지 않는 제도가 유지되어 왔다. 향후 자영업자에 대한 소득 파악률을 제고하기 위한 세무행정의 강화와 함께 자영업자의 유효세율을 근로소득자의 유효세율 수준으로 하향조정할 필요가 있다. 이는 고령층이 퇴직 후 자영업자가 되는 경우가 많으므로 이때 소득세 부담의 증가를 완화하기 위한 제도개편이 필요하기 때문이다. 따라서 자영업자 소득 파악률 변화 추이를 감안하여 특별공제를 근로소득이 없는 종합소득세 신고자에게도 확대하는 것이 바람직하다.