세종시는 행정의 권한의 상당부분을 주민들에게 일임했다. 민간 중심 조직을 받아들인 점, 거버넌스 행정시스템을 실질적으로 운영한점 등은 긍적적으로 평가된다. 하지만 정부 부처별로 구분된 사업지침과 부서, 개별시스템로 구조적 한계가 존재한다.
세종시는 전통적으로 행정이 가지고 있던 권한의 상당부분을 주민들에게 넘겨주었다. 세종시의 행정방식 변화는 전국적으로 주목을 받고 있다. 도시재생 관련 행정을 현장중심으로 통합하여 운영한 점, 민간 중심 조직인 ‘조치원발전위원회’를 행정체계 속에 받아들인 점, 거버넌스 행정시스템인 화요회의와 나눔회의를 실질적인 협치기구로 운영한점 등은 우리나라 도시재생 행정의 새로운 지평을 열 것으로 보인다. 하지만 아직도 풀어야 할 과제가 있다. 정부 부처별로 사업지침이 따로 있고 사업추진 부서가 나누어져 있어, 여러 부처 사업을 통합적으로 일관성 있게 추진하는데 구조적 한계가 있다. 예를들어 농림부 사업은 교육회수 중심의 정량지표를 운용하는 경우가 많다. 이에 비해 행안부 사업은 주로 마을공동체를 강조한다. 더구나 각 부처는 개별시스템으로 해당 사업을 관리한다. 다른 부처사업과 연계되는 것 자체를 꺼려하는 일까지 발생한다.