가출 청소년은 신체적·정신적으로 건강하지 못할 확률이 높다. Centrepoint는 정신적인 문제가 있는 청소년이 노숙자 쉼터를 이용할 확률이 8배 이상 높고, 거주지 없이 생활할 확률이 11배가 높다고 하며 정신건강 지원 프로그램을 운영한다. 
가출 청소년은 신체적으로나 정신적으로 건강한 상태에 있지 못할 확률이 높다. Centrepoint의 자체 연구에 따르면 정신적으로 건강상의 문제가 있는 청소년의 경우는 노숙자 쉼터를 이용할 확률이 8배 이상 높으며, 쉼터도 아니고 일정한 거주지가 없이 아무 곳이나 떠돌며 생활할 확률은 일반 청소년에 비해 11배가 높다고 하였다. 이러한 심각성에 대한 인식을 바탕으로  Centrepoint는 입소하는 청소년에게 신체적 건강 외에도 정신건강에 대한 지원 프로그램을 운영한다. 즉 스트레스 지수가 높거나, 우울, 불안, 자살충동, 무기력증이 발견되는 경우는 중장기 상담치료 프로그램을 제공하며 이외에도 운동치료가 병행된다. 약물중독을 치료할 수 있는 워크숍을 운영하고, 건강한 식생활을 배울 수 있는 수업도 병행된다. 성교육과 인간관계에 관한 훈련프로그램도 제공되고 있으며 정서적 지원을 위한 멘토링이 운영되기도 한다.