KLIPS는 매년 전국 5,000가구 13,000여명을 추적 조사하는 대규모 패널조사로 조사 과정에서 많은 어려움이 있다. 조사설계 중도 변경이 어려우므로 사전 준비에 많은 노력과 비용을 들어가고 매년 동일한 대상(표본)의 유지관리도 쉽지 않다. 설문 내용이 방대하고 민감해 실사 과정에서 면접관들이 어려움을 겪으며, 결과물을 매년 데이터베이스화하고 가공하여 관리하는 것에도 많은 비용과 시간이 들어간다.
KLIPS는 다른 일회성 조사들과는 달리 전국의 5,000가구와 그 가구에 속한 13,000여 명의 개인을 매년 추적 조사하는 대규모 패널조사이기 때문에 조사 과정과 자료 생산과정에 많은 어려움을 겪는다. 우선, 표본 추출, 설문지의 구성 등과 같은 조사설계(survey design)가 결정되면 조사가 진행되는 한 이를 변경하기 어렵다. 따라서 표본 추출, 설문 설계 등과 같은 사전 준비에 많은 노력과 비용이 투입되어야 하며, 본 조사 이전에 철저한 예비조사(pilot survey)를 하는 것이 일반적이다. 둘째, 조사 대상인 표본이 결정되면 패널 조사가 진행되는 한 동일한 표본이 계속 유지되어야 한다. 즉 매년 동일한 가구 및 개인을 대상으로 조사하기 때문에 이들이 응답 거부하지 않도록 설득하고, 이사 또는 분가 등의 이유로 표본에서 탈락하지 않도록 하는 표본 유지 및 관리에 많은 노력과 비용이 소요된다. 셋째, 설문 내용이 방대하며 내용 또한 개인의 소득, 고용상태 등 민감한 사안들로 구성되어 있기 때문에 실사 과정에서 면접원들이 조사하는 데 어려움을 겪는다. 넷째, 매년 방대한 양의 데이터가 지속적으로 축적되기 때문에 자료를 데이터베이스화하고 관리하는 데에도 상당한 시간과 비용이 소요된다. 특히 조사된 자료는 클리닝(cleaning) 과정과 가공 과정을 거쳐서 제공되기 때문에 KLIPS 1개년도 자료를 생산하기 위해서는 이후 1년 이상의 기간이 소요된다. 한편, 이러한 과정을 거쳐 생산된 KLIPS 자료의 학문적 연구 및 정책 수립을 위한 기초 자료로서의 유용성을 보다 높이기 위해, 매년 정기적인 학술대회를 개최하고 있다.