기축옥사 이후 동인과 서인의 관계는 악화된다. 호남사림이 학문보다 문학에 관심을 기울이자 기호사림이 주도권을 잡게 된다. 이후 다시 동인이 집권하지만 서인에 대한 입장차로 분열한다. 인조반정으로 서인이 집권하며 기축옥사는 반역 사건으로 남게 되었다.
또한 기축옥사는 조선시대에 당쟁을 확대시키는 중요한 계기가 되었으며, 동인과 서인의 갈등은 점차 심화된다. 이후 정철의 비호를 받고 있었던 호남사림의 대부분은 학문분야 보다는 문학 분야에 관심이 많아 면앙정가단과 성산가단을 중심으로 시가 문학 활동을 활발히 벌인다. 이러한 결과, 성리학의 본령인 철학과 예학 등에서 기호사림에 주도권을 넘겨주게 된다. 뿐만 아니라 바로 3년 후 닥쳐오는 임진왜란은 이러한 상황에서 일어나게 된다. 그리고 동인이 다시 정국을 주도하게 되면서 서인에 대한 처리를 둘러싸고 온건파와 강경파로 나뉘었고, 이는 이황(李滉) 계열의 남인(南人)과 조식(曺植) 계열의 북인(北人)으로 동인이 다시 분화되는 계기가 되었다. 광해군 때에 북인인 정인홍(鄭仁弘)이 정국을 주도하면서 기축옥사 당시 희생된 사람들에 대한 복권을 추진하였으나, 인조반정으로 서인이 다시 집권하면서 기축옥사는 모반 사건으로 계속해서 남게 되었다.