정원감축에 대한 재정의 차별 지원은 비효율적이다. 학생 충원율이 낮은 대학은 대학재정에 영향은 받지 않으면서 재정지원은 챙긴다. 반면 학생 충원율이 높은 대학은 정원감축으로 대학재정이 감소해 학생의 기회도 줄고, 교육투자의 축소로 재학생의 교육서비스 질도 낮아진다.
현재 정부가 추진하고 있는 정원감축에 대한 재정의 차별적 지원은 더 많은 비효율을 낳을 수 있고 역설적으로 구조조정을 오히려 지연시킬 가능성이 높다. 등록금 외의 수입에 대한 의존도가 높은 한국의 대학들은 재정적 여유가 크지 않아 정부재정의존도가 높을 수밖에 없다. 학생 충원율이 낮아 정원감축의 여력이 있는 대학은 정원감축으로 대학재정에 별다른 영향을 받지 않지만, 정부가 원하는 정원감축기준의 만족으로 재정지원은 챙길 수 있게 된다. 이는 결국 학생들의 선택을 받지 못하여 퇴출되어야 할 대학을 재정지원을 통해 연명해 주는 것이 된다. 반면, 학생 충원율이 높아 정원 감축여력이 없는 대학은 정원감축으로 대학재정이 감소하게 된다. 입학 경쟁률이 높은 대학의 정원감축은 두 가지 경로를 통하여 비효율을 낳게 된다. 첫째, 정원감축으로 학생들의 기회가 줄어든다. 둘째, 정원감축으로 대학재정이 감소하고, 이것이 교육투자의 축소로 연결되면 재학생이 받을 수 있는 교육서비스의 질을 낮추게 된다.