국가수준 학업성취도 평가의 채점은 표집채점과 온라인 채점 2단계로 진행된다. 표집채점 후 보완한 채점 매뉴얼은 시· 도 교육청에 제공되고 온라인 채점에서 채점자 연수, 관리 등을 맡는다.
각 평가의 채점방식을 살펴보면, 우선 국가수준 학업성취도 평가의 채점은 표집채점과 온라인 채점의 2단계로 진행된다. 표집채점은 시·도 교육청의 추천을 받은 채점위원들이 2박 3일의 합숙채점을 한다. 채점 위원은학교급별해당교사가참여하고초,중,고 등학교를 합하여 약 26,443명의 학생 답안지를 채점 한다. 표집채점 후 채점 매뉴얼을 수정 보완하여 시· 도 교육청에 제공하고, 표집채점 채점위원들은 온라인 채점에서 중앙 채점위원으로 참여하여 채점자 연수, 채점자 관리 등을 담당한다. 온라인 채점은 약 1개월 간 채점관리자 연수, 채점자 온라인 연수, 1∼4차 채점, 채점 결과 확정의 순서로 이루어진다. 채점단은 책임자, 교과책임자, 채점 관리자, 채점자로 구성되며 채점자는 교과 담당 교사들로 구성된다(김미경 외, 2011).