분과별 간사기관을 세워 유관기관의 적극적인 참여를 유도했다. 간사기관은  분과의 실무와 협의회 및 워크숍 공동 추진과 참여기관의 의견을 정리하는 기능을 담당했다. 
유관기관의 활발한 참여를 유도하기 위해 분과별 간사기관을 선정하여 분과의 실무를 담당할 수 있도록 하였다. 간사기관으로는 한국지식재산전략원(IP-R&D분과), 한국지식재산보호협회(IP-보호분과), 인텔렉추얼 디스커버리(IP-금융분과), 한국발명진흥회(IP-인력‧교육분과), 한국저작권위원회(IP-인식제고분과)가 선정되었으며, 분과별 협의회 및 워크숍 개최 시 국가지식재산위원회와 협의하여 공동 추진하고 참여기관의 의견을 수렴하는 등의 역할을 수행하였다. 참여기관 간의 협력심화 및 협력과제 발굴을 위한 분과별 협의회 및 워크숍은 분기별 1회 개최를 원칙으로 하여 탄력적으로 운영하였다.