기초보장의 사각지대가 발생하는 원인은 크게 실재적 빈곤선과 정책적 빈곤선간의 괴리, 부양의무자 기준에 의한 제도적 배제, 행정에서 자의적 판단 혹은 자발적 배제 등으로 나뉠 수 있으며 상호 복합적이다.
기초보장의 사각지대가 발생하는 원인은 다양하며 상호 복합적인데, 일반적으로 다음과 같은 네 가지 원인을 꼽을 수 있다(한국보건사회연구원, 2005: 2-4). 첫째, 정책적 빈곤선과 욕구 간의 괴리에 따른 배제로 실재적 학술적 빈곤선과 정책적 빈곤선(소득 인정액) 간의 괴리에 의해 발생하는 사각지대를 들 수 있다. 둘째, 제도적 배제로 예산 제한, 도덕적 해이(moral hazard) 방지, 정책적 가치 등에 따라 수급권을 제한하기 위한 제도적 장치에 의한 배제로, 주로 부양의무자 기준으로 인한 사각지대를 일컫는다. 셋째, 일선 행정에서의 자의적 판단에 의한 배제이며, 마지막은 자발적 배제로서 자신의 의지로 공적 보호체계로 진입하지 않아서 발생하는 배제 등으로 정리된다.