세관의 수장은 세관장이다. 재무장관이 세관장을 임명하고 각종 권한을 위임한다. 세관장은 워싱턴에 상주하고 세관을 관리하는 기획감찰실, 수하물 등 검사하는 국경업무실, 통상업무실, 자문관실 등 4개의 주요부서와 다수의 참모진의 보좌를 받는다.
현재 세관의 수장은 재무장관에 의하여 임명되고 상원의 승인을 받는 세관장(Commissioner of the Customs)이다. 재무장관은 세관장에게 수입 관세를 징수하고 관세법을 집행할 권한을 위임하고 있다.세관장은 워싱턴에 상주하며 4개의 주요부서로 나누어지는 다수의 본부 참모진의 보 좌를 받고 있다. 4개의 주요부서는 세관의 자금과 자원의 회계검사 및 직원들의 연방법규정 준수에 대한 책무를 수행하는 기획감찰실(Office of Management Integrity), 국외로부터 들어오는 수하물과 승객에 대한 검사를 비롯하여 미국 국경에서의 집행업무를 수행하는 국경업무실(Office of Border Operations), 관세 산정과 관세에 관한 규칙의 공포 등 국제무역 관련  업무를  수행하는  통상업무실(Office  of  Commercial  Operations), 그리고 세관의 법률적 문제를 다루는 자문관실(Office of the Chief Counsel) 등이다.