2차 조사는 상대 측정을 목적으로 의사결정 계층을 설정하였고 1차 조사 결과를 기반으로 계층화하였으며 주요 내용은 조사 참여자들의 의견을 반영하였다. 국지적 우선순위와 각 계층의 우선순위를 종합한 복합적 우선순위를 설정, 우선순위의 일관성을 확인하여 각 요소의 중요도를 파악하고 일관성 지수를 통해 응답의 신뢰성을 확인하였다.
2차 조사에서는 상대 측정을 목적으로 각각의 의견을 상호 관련이 있는 의사결정 사항들의 계층으로 분류하여 의사결정 계층(decision hierarchy)을 설정하였다. 이 단계에서 1차 조사 결과를 기반으로 영역, 정책 과제, 세부과제, 주요 내용(1차 의견조사 결과)으로 계층화하고 주요 내용은 조사 참여자들이 수정, 보완 의견을 제시하도록 하여 이를 반영하고자 하였다. 이에 각 영역별 정책 과제 및 세부과제별로 정책 추진의 당위성과 시급성을 기준으로 상대적인 중요도를 파악하였으며, 각 계층과 요소별 쌍대 비교를 위하여 9점 척도로 중요도를 부여하도록 조사표를 구성하고 작성지침을 포함하였다(조근태, 조용곤, 강현수, 2003, pp.7~19). 즉, 같은 계층에 포함되어 있는 요소들 간의 우선순위인 국지적 우선순위(local priorities, L)와 각 계층의 우선순위를 종합한 복합적 우선순위(global priorities, G)를 설정하고 우선순위의 일관성을 확인하는 방식으로 각 요소의 상대적인 중요도를 파악하고 일관성 지수(Consistency Index, C.I.)를 통해 응답의 신뢰성을 확인하였다. 즉,‘L’은 해당 계층에서 각 요소의 우선순위 벡터이며‘G’는 상위계층의 우선순위 벡터와 해당 요소의 값을 곱한 우선순위 벡터로 합계가 높은 경우 상대적 중요도가 높고, 일치성 지수의 값이 0.1미만일 경우 조사 참여자가 일관성을 유지하며 쌍대 비교를 수행한 것을 의미한다.