2008년 국가정책조정회의에서 해군기지를 건설하기로 했는데, 강정지역의 해군기지를 건설한다는 정부의 입장을 확고히 하고, 크루즈선박이 기항하는 기지로 건설하는 내용을 담고 있다.
그 후 2008년 9월 11일 국가정책조정회의에서 국책사업으로 민･군복합형 해 군기지를 건설하기로 최종 결정했다. 즉 강정지역 해군기지를 차질 없이 건설한 다는 정부의 입장을 재확인하고 제주해군기지를 크루즈(cruise)선박이 기항하는 민･군복합형 형태로 건설하며 지역발전대책에 대해 정부 차원에서 적극 검토한다는 결정이 바로 그것이다. 그 후 2010년 1월 항만공사 계약이 체결된 이후 일부 반대주민이 제기한 입지 재선정 절차 요구도 수용하였고, 2010년 8월 사업 부지의 토지소유권 이전등기를 완료하고 12월에는 보상까지 마쳤으며, 2011 년 4월에는 지역발전사업 추진 근거인 제주특별법 개정안도 임시국회에서 통과 되었다. 또한 토지보상･절대보전지역 변경･공유수면매립 승인 등 사업추진 과정에서도 관련 법적･행정적 절차를 준수하였으며, 관련 소송에서도 적법하다는 판결이 있었다.