기업별 복수노조 허용은 이미 기정사실로 받아들여지는 상황이지만 노조교섭력 강화에 따른 갈등 확산을 우려하는 목소리가 있고 특히 사용자들은 복수노조가 허용되면 노조 전임자 수가 증가해서 불필요한 기업의 인건비 부담을 가중시킬 것이며 노사관계의 안정을 해치게 될 것이라며 반발하고 있다.
기업별 복수노조 허용은 기정사실로 이해되었다. 노동계는 말할 것도 없고, 정부나 재계도 더 이상 사업 또는 사업장 단위 복수노조 설립 금지 조항을 존치하기 어렵다는 판단은 하고 있었던 것으로 보인다. 이미 노동 현장에서 복수노조 설립 사례가 다수 확인되었고, 복수노조 금지가 국제기준에 부합하지 않을뿐더러 ILO 등은 지속적으로 한국정부에 복수노조 금지 조항을 삭제해야 한다고 권고를 해 왔기 때문이다. 하지만 복수노조를 허용하였을 경우 야기될 노사관계 불안정을, 더 정확히 말하면 노조교섭력 강화에 따른 갈등 확산을 우려하는 목소리는 작지 않았다. 특히 재계는 전임자 임금에 사활을 걸었다. 그렇지 않아도 노조 전임자 임금을 지급하는 것에 마뜩잖아 했던 사용자들은 복수노조가 허용될 경우 노조 전임자 수가 증가되고, 이는 불필요한 기업의 인건비 부담을 가중시킬 것이라고 주장하였다. 단순히 ‘인건비 얼마’라는 액수의 문제라기보다 노동조합에게 ‘과도하게’ 힘이 실리는 것을 경계한 것으로 보인다. 또한 사용자들은 노조의 ‘난립’이 노사관계 안정 역시 저해할 것이라며 반발하였다.