통일정부는 민주주의 의념 아래 대통령제, 의원내각제, 이원집정부제로 논의될 수 있다. 현재의 대한민국에도 적용되지 못한 의원내각제와 이중정부 상황이 발생하여 국론이 분열될 수 있는 이원집정부제보다, 체제통합단계에서는 혼란과 비용을 최소화하기 위해 한시적인 북한 부통령 선출을 전제로 한 대통령제를 유지하는 것이 통일 정책에 도움이 될 것이다. 
통일정부의 권력구조는 민주주의적 기본 질서의 확립이라는 바탕 위에 대통령제, 의원내각제, 이원집정부제로 논의될 것이다. 대통령제는 통일 직후의 혼란한 국내정세에 단호하고 강력한 정책집행이 가능한 장점이 있으므로 체제통합 단계에 현재의 대통령제를 변경하지 않고 그대로 유지하는 것이 적합하다. 의원내각제의 경우 통일한국의 다양한 이익구조를 대변하는 정당 간 대결과 연합과정을 통해 정치적 갈등을 해소하고 다양한 이익을 표출할 수 있는 장점이 있다. 그러나 남한에서도 정착되지 않았던 의원내각제를 체제통합 단계에 운영하는 것은 적절치 않으며 국가완성 단계 이후 국민적 합의에 따라 결정할 수 있는 사안이라고 할 수 있다. 이원집정부제 역시 대통령제와 의원내각제의 장점을 가지고 있으나 이중정부의 상황이 발생할 경우 국론분열의 가능성이 더 높아질 우려가 있다. 이에 따라 체제통합단계에서는 현 남한의 국가권력구조인 대통령제를 유지하는 것이 가장 적은 비용으로 일관성 있는 통일정책을 유지하는데 도움이 된다고 할 수 있다. 다만 제1대 또는 제2대 통일대통령의 선출은 한시적으로 북한지역 출신의 부통령을 선출하는 방법을 채택할 수 있다. 이는 남북통합의 초기에 정치권력을 남한지역 출신이 독점함으로써 북한지역 주민이 상대적으로 소외되고 있다는 불안감을 불식시키는 효과를 가질 수 있다.