남북한의 특수 관계와 이로 파생된 민족내부거래는 국내 법률에 규정됐지만, 남북기본합의서는 사법부가 법률로 인정하지 않고, 한미 FTA는 북한경제특구제품의 원산지를 인정하지 않는 등 한계가 있다.
남북한 특수관계와 이로부터 파생되는 민족내부거래는 남북기본합의서를 비롯한 여러 남북합의서, 남북관계발전법, 남북교류협력법, 세계무역기구협정의 이행에 관한 특별법 등의 국내 법률에 규정되어 있다. 그런데 남북기본합의서는 우리 사법부에서 조약이 아닌 신사협정이라는 판단을 받았다. 헌법 제3조와 남북관계발전법, 남북교류협력법, 세계무역기구협정의 이행에 관한 특별법은 국내법이라는 한계가 있다. 한 싱가포르 FTA와 한 유럽자유무역연합(EFTA) FTA, 한 동남아국가연합(ASEAN) FTA는 개성공단 등 북한경제특구에서 생산된 제품을 원산지 물품으로 인정함으로써 남북한 특수관계를 반영하고 있으나 한미 FTA는 개성공단 제품의 원산지 물품 인정이 사실상 불가능하게 규정되어 있다.