국조실에 부처간 협업을 관리할 수 있는 조직을 통해 예산 pool제를 활용할 수 있는 방안은 국무조정실에 사업별로 예산을 배분하여 부처 간 협업에 대한 예산사용을 총리가 책임지는 구조로 제안할 수 있다.
국조실의 협업팀이 현재는 해체된 상황으로 협업과제와 협업평가 등이 축소된 상황이다. 그러나 부처 간 협업을 위해 예산 pool제를 활용할 수 있는 방안은 국무조정실에 협업과제 예산 pool을 마련해서 사업별로(project-based) 예산을 배분하여 부처 간 협업에 대한 예산사용부분을 총리가 책임지는 구조로 제안할 수 있다. 이러한 예산 제도를 운영하려면 국조실에 협업팀과 같이 범부처 차원에서 부처간 협업을 관리할 수 있는 조직이 필요하다고 판단된다. 이 조직을 통해 제대로 된 범부처 차원의 협업과제를 선정하고 국조실이 조정하고 개별부처가 참여하는 방식으로 사업을 추진하되 이에 대한 예산을 pool 내에 서 제공하고 이에 대한 책임을 국조실에서 책임지는 형태로 운영하는 것이다.