이번 조사의 방법은 문헌자료연구, 설문조사, 심층면접이다. 기존 관련 자료및 미군규정을 분석하고 연구원들이 18개 군부대를 직접 방문, 설문조사 후 심층면접을 진행했다.
이번 조사에서 활용했던 조사방법은 크게 세 가지로 문헌자료 연구와 설문조사, 그리고 심층면접의 방법을 사용하였다. 문헌자료 연구는 기존에 발표된 군대 내 인권상황 관련 문헌자료와 미군 규정을 분석하는데 적용하였으며, 설문조사와 심층면접은 전국 각지에 산재하고 있는 18개 군부대를 방문하여 장교․부사관․병사들을 대상으로 자료를 수집하는데 적용하였다. 설문조사와 심층면접에 사용된 질문 문항은 2017년 국가인권위원회에서 발행했던『군 인권 결정례집』등에 수록된 과거 피해사례를 참고하여 구성하였으며, 연구원들이 직접 군부대를 방문하여 현장에서 설문조사를 먼저 실시하고 이어서 심층면접을 진행하는 방법을 적용하였다.