정부의 보육비 지원에도 불구하고 보육기관 이용시 소요되는 추가비용으로 인해 부모 부담이 크다. 즉 유아가 정부 미지원 시설을 이용할 경우 수납 한도액이 정해져 있어 정부 지원금을 제외한 차액을 부모가 부담해야하는 것이다.
그러나 이러한 정부의 지원에도 불구하고, 보육기관 이용 시 소요되는 특별활동비, 입학금, 행사비, 현장학습비, 기타 비용 등에 관한 추가비용이 통제되고 있지 않아 보육비에 대한 부모의 부담이 크게 줄지 않고 있다는 지적도 있다(백선희, 2012; 이혜원, 2013). 특히 만 3세~5세의 유아가 정부 미지원 시설을 이용할 경우 수납 한도액이 정해져 있어서, 정부 지원금 220,000원을 제외하고 차액을 부모가 부담하고 있다. 예를 들어, 서울시의 경우 민간, 가정어린이집의 보육료 수납 한도액은 만 3세 292,000원, 만 4세 278,000원, 만 5세 278,000원으로 각각 72,000원, 58,000원, 58,000원을 부모가 추가로 부담하고 있다. 이러한 차액은 어린이집 유형별, 연령별 차이를 보이며 시·도의 기준에 따라 30,000원~76,000원 정도의 차이가 난다. 즉, 이 금액에 기타 보육료까지 합치면 부모의 부담이 적지 않다는 것이다(이혜원, 2013).