현재 기업 및 소상공인에게 발생한 비용만큼 기존 규제비용을 감축시켜야 하는 대상은 직접비용에 한정되어 있으며, 규제로 인한 직접적인 비용이 아닌 2차적인 비용인 간접비용은 제외되어 있다.
현재 규제비용관리제를 통하여 기업 및 소상공인에게 발생한 비용만큼 기존규제비용을 감축시켜야 하는 대상은 직접비용에 한정되어 있으며, 규제로 인한 직접적인 비용이 아닌 2차적인 비용인 간접비용은 제외하고 있다. 그러나 전술한 분석에서 제시하였듯이 금융분야의 규제는 직접비용만으로는 실제 피규제자인 금융기관의 규제부담을 적절하게 반영하지 못한다는 한계를 지니고 있다. 물론 이러한 점은 금융분야 규제의 특수성에 기인하고 있긴 하지만, 사실상 피규제자에게 큰 부담으로 작용하는 규제비용이 반드시 직접비용에 한정된다고 단언할 수도 없다. 또한 간접비용의 규모는 과학적 근거를 제시하기도 어려울뿐만 아니라 정확하게 측정하기도 어렵다. 따라서 규제비용관리제의 효과성 제로를 위하여 직접비용외에 간접비용도 고려해야 한다는 것은 아니다.