1987-89년 사이의 격심한 노사분규는 큰 위기였는데, 공장의 여러 문제들은 노동조합과 경찰간의 충돌로 나타났다. 이 과정에서 생산현장의 권력관계가 크게 바뀌었고, 위장취업한 대학생 출신 노동자들은 전국적 연대투쟁을 벌였다. 그 결과, 수출은 14억달러로 감소했으나 고용과 입주업체는 오히려 증가했다.
그런데 1987-89년 사이의 격심한 노사분규는 중대한 위기였다. 공단 설립 이래 남성 노동자 중심 공장의 군대식 비인격적 노무관리, 생산사무직 차별, 저임금 등의 문제는 거의 시가전을 방불케 하는 노동조합과 경찰간의 충돌로 드러났다. 이 과정에서 어용노조가 민주적 노조로 변화하고, 신생 민주노조가 대거 생기면서 생산현장의 권력관계가 크게 변했다. 대표적으로 발전기를 만드는 한국중공업(현 두산중공업), 방위산업체인 통일중공업(현 S&T중공업), 엘지전자 창원공장 등이 그 사례다. 통일중공업 등에 위장취업한 서울대, 고려대, 창원대, 경남대 등 대학생 출신 노동자들은 반제 자주화, 민중민주화, 노동행방 등을 내세우며 마창지역과 경남을 넘어서 전국적 연대투쟁을 벌였다. 그 결과, ’87-89년 사이에 생산액은 줄어들지 않았지만, 수출은 사상 처음으로 16억달러에서 14억달러로 줄어들었다. 그러나 마산수출자유무역지역과 달리 고용은 줄지 않고 6만 9천명에서 8만 천여명으로 오히려 늘어났다. 그리고 입주업체도 오히려 늘어났다. 이것은 중화학산업체가 노동자본집약적 사업체로 임금 비용의 비중이 상대적으로 작은 것이 주요 요인일 것이다.