2008년 6월 정부와 국회에서 투명사회 협약실천협의회에 대한 분담금 지원 중단을 통보하였는데, 이는 사실상 투명사회 협약에 대한 파기를 의미하는 것이다.
투명사회협약에 대한 국내의 지역별, 분야별 적극적인 호응과 국제사회의 호평에도 불구하고 2008년 6월 정부는 투명사회협약실천협의회에 대한 분담금 지원 중단을 통보하였을 뿐만 아니라 감사원은 정부와 국회 이외에 경제부문에서 협의회에 지원한 분담금 전체를 대상으로 감사를 진행하였다. 정부의 이런 움직임에 따라 2008년도 경제5단체 중 대한상공회의소, 무역협회, 중소기업중앙회만이 분담금을 냈다. 또한 국회 정무위원회에서 2009년도 협의회를 지원하기 위한 예산으로 국회와 정부에서 각각 3억 원을 배정하기로 하였으나 한나라당 단독으로 개최된 예산결산특별위원회에서는 전액 삭감 처리되어 의결되었다. 정부와 국회의 협의회 분담금의 전액 삭감은 사실상 투명사회 협약에 대한 파기를 의미하는 것이었다.