인사평가는 수립된 제도 및 절차에 따라 적절하게 운용되어야 한다. 평가제도가 잘 정비되어 있더라도 제도에 위반하여 평가를 할 경우 불공정한 인사평가가 된다. 기간제 근로자를 전환하는 평가에 있어서 인사평가를 근거로 갱신거절을 한 것은 무효로 판단한 판례에서도 인사평가의 공정성을 부인하여 근무성적 평정표의 재작성을 요구하였다.
또한, 인사평가는 수립된 제도 및 절차에 따라 적정하게 운용되어야 한다. 이에 따라 인사평가제도가 정비되어 있다고 하더라도 실제의 인사평가가 제도에 위반˙일탈하여 행해지면 불공정한 인사평가가 될 수 있다. 평가자의 평가가 객관적 기준을 무시한 자의적˙감정적 평가인 경우, 평가항목˙평가기준의 적용을 잘못하거나, 사실을 잘못 파악하여 부당하게 인사평가를 낮게 한 경우, 평가절차가 실제로 준수되지 않고 형해화한 경우 등 다양한 경우가 있을 수 있고, 이는 인사평가 실시의 공정성이 문제되는 전형적인 사례라고 할 수 있다. 기간제 근로자를 정규직으로 전환하는 근무평가를 함에 있어 평가기준에 따른 평가 및 평가절차 위반이 있었고, 이와 같은 인사평가를 이유로 근로계약 갱신거절을 한 것은 무효로 판단한 사건으로는 대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두18868 판결이 있다. 또한, 앞서 살펴보았던 역량평가의 방식과 관련하여 강제할당방식이 취해졌던 대법원 2006. 2. 24. 선고 2002다62432 판결에서도 은행이 근무성적 평정표 제출 후 일부 지점장들에게 재작성을 요구하고, 이에 따라 일부 지점장들이 평정자와 확인자를 달리하도록 한 근무성적평정요령에 어긋나게 혼자서 근무성적평정표를 다시 작성한 것이 인사평가의 공정성을 부인하는 논거 중 하나로 채택된 바 있다.