배출권에 대해수입 국경세조정이 가능하기 위해서는 배출권이 ‘조세’ 아래 ‘간접세’이어야 하지만, 배출권은 조세라 보기에도 간접세라고 보기에도 어렵다. 수입업자의 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정으로 수입 국경세조정으로 인정될 수 없다.
제Ⅲ항에서는 제Ⅱ항에서 검토하였던 WTO협정 국경세조정 규정에 관한 일반적인 논의를 바탕으로, 배출권 거래제 하에서 부과된 배출권에 대해 수입 국경세조정이 가능한지를 검토한다. 수입 국경세조정의 적용대상은 내국간접세로 한정된다. 따라서 배출권에 대해수입 국경세조정이 가능하기 위해서는 배출권이 ‘조세’이어야 하고, 보다 구체적으로 상품에 대해 적용된 ‘간접세’이어야 한다. 그러나 배출권은 조세라 보기 어렵고, 배출권 거래제에서는 배출책임이 탄소배출을 야기한 행위주체 또는 탄소배출행위를 기준으로 부과되므로 배출권을 상품에 대하여 또는 상품에 관련성을 가지고 적용된 간접세라 보기 어렵다. 따라서 수입업자에게 부과되는 배출권 매입 제출 요건은 WTO협정상 수입 국경세조정으로 인정될 수 없으며, 상품의 수입에 대해 부과된 수입제한조치로서 GATT 제XI조 1항에 불합치할 가능성이 있다.