중앙행정기관 및 지방자치단체는 행정기관의 대상과제 자율적 선정이라는 지침 하에 성별영향분석평가를 직접 수행하고 정책에 반영해야하지만, 정부합동평가지표에 반영되어 있어 중앙행정기관이 참여하는 과제 수가 지방자치단체에 비해 적다.
둘째, 중앙행정기관 및 지방자치단체는 법령 제․개정안, 3년 이상의 중장기 계획, 주요정책에 대한 성별영향분석평가를 직접 수행하고 그 결과를 정책에 반영하는 역할을 담당하고 있다. 각 기관에는 기관의 성별영향분석평가를 총괄 관리하는 분석평가책임관(또는 기관담당부서)이 지정 되어 있으며, 법령․계획․사업 성별영향분석평가 대상과제 업무담당자도 참여한다. 여기서 사업 분석평가는 대상과제를 각 행정기관이 직접 자율적으로 선정하도록 지침을 주고 있다. 그런데 이 과정에서 공무원의 참여 참여를 설득하는 데 여전히 어려움을 겪고 있다. 특히 중앙행정기관이 참여하는 사업 과제 수는 지방자치단체에 비해서 매우 적은데, 2012년의 경우 36개 부처가 총 144개를 추진하여 평균 4개를 하였다. 이에 비해 광역자치단체는 평균 59개 과제, 기초자치단체는 평균 22개를 하였다(여성가족부, 2013b: 33-34). 지방자치단체가 수행하는 과제 수가 많은 이유는 정부합동평가지표에 반영되어 있다는 것이 영향을 미치고 있기 때문이다. 이에 비해서 중앙행정기관은 적극적인 참여를 견인할 수 있는 장치가 마련되어 있지 못한 상황이다.