사업 계획 단계가 갈등영향분석을 수행하기 가장 적합한 시기로 평가되지만 실제 이시기 이루어지는 경우는 드물다. 실제로 관련한 내부 규정 및 사업별 세부 규정이 미비하고, 현실적으로 예방 및 관리 목적보다는 사후적 갈등관리방식으로 사용되고 있는 것이다.
설문조사를 통해 나타난 문제점들을 보면 갈등영향분석 초기 실시 기준으로 사업 계획 단계에서 갈등 발생이 예견된 경우를 갈등영향분석을 수행할 가장 적합한 선정 기준으로 설문 응답자들이 평가 하고 있으나 실제 갈등영향분석이 사전에 이루어지는 경우는 미비한 것이 가장 큰 문제로 나타나고 있다. 더욱이 정부 부처별 갈등영향분석에 대한 내부 규정이 없는 경우가 많고 이로 인해 각 사업별 세부 규정이 결여되어 있다. 갈등영향분석 실시 시기도 사업 계획단계에서 가장 실효적일 것이라는 응답이 많으나 실제 사업 계획단계에서 이루어지는 경우는 적게 나타났다. 이러한 결과는 사례 분석에서 비슷하게 지적되었는데 4개 사례 모두 갈등영향분석 실행 시기가 공공기관이 정책을 결정하고 실행하는 과정에서 발생한 갈등 상황에서 진행 되었다. 즉, 갈등영향분석의 궁극적 목적인 사전적 갈등 예방 및 관리와는 거리가 먼 사후적 갈등관리 방식으로 사용 되고 있음을 알 수 있었다.