중간·기말 고사를 실시하지 않는 자유학기제에서는 ‘과정’과 ‘종료’ 시점에 평가가 이루어진다. 평가의 유형은 형성·과정 평가와 종합 평가로 구분하며 교과 활동의 경우 형성 평가의 주 대상은 교과 학습 성취수준을 비롯, 수행과 포트폴리오 등이 있다. 관찰과 척도, 체크리스트 등과 교과 특성에 따라 간단한 쪽지테스트를 평가 방법으로 사용한다. 
자유학기제에 따른 단위 학교의 평가에 대한 오해 및 혼동을 최소화하기 위해 [그림 Ⅴ-1-4]와 같이 평가 관련 국면을 평가 단계와 평가 기능 및 유형, 평가 대상, 평가 방법 및 도구, 보고 및 기록 방식, 평가 결과 활용 측면으로 구분한다. 자유학기제에서는 중간·기말 고사를 실시하지 않지만 평가가 이루어지는 시점을 고려해 보면 ‘과정’과 ‘종료’ 시점의 두 단계로 구분된다. 교과 활동에서 보면 단위 수업 및 주, 월 등과 같은 시점의 수업 과정에서 이루어지는 평가와 학기 말에 이루어지는 수업 종료 시점을 가리킨다. 또한 평가의 기능상 평가의 유형은 형성 평가와 총괄 평가로 구분될 수 있지만, 자유학기제에서 중간·기말고사를 실시하지 않고 다양한 방법을 통한 학생들의 성취수준 확인이 강조되고 있다는 점을 주목할 때, 형성·과정 평가(formative assessment)와 종합 평가(summative assessment)로 구분하는 것이 적절할 것으로 본다. 교과 활동의 경우 형성 평가의 주 대상은 교과 학습 성취수준을 비롯하여 주로 수행평가에서 이루어지는 수행과 포트폴리오 평가에서 이루어지는 포트폴리오 등을 들 수 있다. 이를 평가하기 위한 평가 방법 및 도구는 관찰 및 척도, 체크리스트 등이 주로 권장 사항이지만 교과 및 단원 특성에 따라 간단한 쪽지 테스트 등의 방법도 원용될 수 있을 것이다.