하나의 부처로 통합적인 업무처리를 하는 기능적관료제는 조직의 상시적 안정성과 일괄된 업무처리의 장점을 가지는 동시에 조직의 통제문제와 업무후 조직해산의 문제가 있다.
기능적 관료제 형태란 일반적인 중앙행정기관처럼 하나의 부처로서 설치하는 것이며, 여기에 체제통합업무와 관련된 전반적인 업무를 총괄하는 임무를 부여하는 것이다. 이같은 기능적 관료제형을 택할 때의 장점은 상시적 조직의 안정성과 함께 기능영역별로 기획단계에서부터 집행단계에 이르기까지 일관되게 처리할 수 있다는 점이다. 반면에 체제통합업무의 성질상 정부조직 전반에 걸쳐있는 통합과제들을 행정각부와 동일한 지위에 있는 기능부처로서 조정･통제의 기능을 충분히 발휘할 수 있을 것인지에 대한 문제와 통합업무의 완수 이후 조직해산의 문제를 남긴다는 점이 단점으로 고려된다.