대학의 연구개발지원이 획일화된 경쟁구도에 따라 시행되고 있어, 효율성을 높이기 위해 대학의 특성에 맞춰 연구개발지원을 다르게 할 필요가 있다. 연구중심대학에는 이들 대학만이 참여할 수 있는 연구 중심 프로그램을 개설하고, 지역산업특성화 대학에는 지역산업 기반의 연구 및 개발예산을 따로 편성하여 유형 안에서 경쟁하도록 해야 한다. 한편 교육중심대학들에게는 교육에 중점을 두고 지원할 필요가 있다. 대학 분류는 5년 단위로 실시하고 권역별 대학간 경쟁으로 특성화대학에 대한 지원을 경쟁체제로 해야한다.
현재 대학에 대한 연구개발지원은 기관 및 개인 차원에서 다양하게 이루어지고 있지만 모두 경쟁으로 이루어지고 있다. 즉 지원대상에 대한 구분 없이 경쟁지원 체제를 유지하고 있으며 모든 대학과 연구자에 지원자격을 부여하고 있는 것이다. 이러한 획일적인 경쟁체제로 인해 대학교원평가의 획일화, 대학평가의 획일화, 대학교육 및 연구프로그램의 획일화 등이 이루어지고 있다. 연구중심대학의 교원임용조건과 교육중심대학의 교원임용조건이 유사해지고 교원평가기준도 유사해지고 있다. 이러한 획일화의 문제를 해결하기 위하여 대학의 분류와 연구개발 지원을 연결하여 추진할 필요가 있다. 대학의 특성에 맞는 차별화된 연구개발지원을 통해 연구개발예산의 효과성과 효율성 증진을 도모할 수 있을 것이다. 연구중심대학 1유형(전공·학과 개설지원), 2유형(개별학자 초빙 지원) 경우 이들 대학들만 참여할 수 있는 연구에 중심을 둔 프로그램을 개설하여 충분한 연구비가 중장기적으로 제공될 수 있도록 하고 위의 두 유형에 속하지 못하지만 지역산업에 기반한 특성화를 목적으로 하는 지역산업특성화 대학의 경우 이에 관련된 연구 및 개발예산을 별도로 만들어 유형 안에서 경쟁토록 하며, 위의 세 유형에 들지 못하는 교육중심대학들은 기관 차원들의 지원은 교육에 중점을 두도록 하여 지원토록 하여야 한다. 교육중심대학의 연구지원은 개인차원에서 지원토록 하여 교육중심대학에 근무하지만 탁월한 연구자들을 도울 수 있는 장치를 마련토록 하고, 대학의 분류는 5년 단위로 실시하여 각 대학 분류간 진입이 이뤄질 수 있도록 하고, 이를 지역산업 특성화대학에도 동일하게 적용할 필요가 있으며, 각 권역별 대학 간 경쟁을 통해 특성화대학에 대한 지원을 경쟁체제로 지원할 필요가 있다. 또한 교육중심대학은 개인적인 수준에서 연구개발을 지원하고 기관 차원 지원의 교육지원정책과 인력양성정책을 통해서 이루어지도록 유도하는 것이 바람직하다.