아야후아스카의 특허취득에 대해 토착종족 그룹의 지도자인 Antonio Jacanamijoy는  취소할 것을 요청하였다. USPTO는 원주민의 입장을 존중하여 특허취소를 받아들였다. 이것은 미국과 에콰도르 간의 불화를 일으켜, 에콰도르 국회는 항소 여부를 밝히진 않았으나, 판결에 의해 다시 허용되었다. 
1986년 미국의 과학자 겸 기업가인 Loren Miller가 아야후아스카 덩굴(Ayahuasca vine)의 추출물(Baisteriopsis)에 관하여 미국 특허를 취득하였다. 아마존 열대 우림에 자생하는 아야후아스카는 수세기 동안 치료사와 종교 지도자에 의하여 아마존 전 지역에 사용되어 왔다. 수백년 동안 샤만들은 질병을 치료하고 신을 맞아들이고 미래를 예측하는데 아야후아스카를 사용하여 왔다. 많은 토착 아마존 종족들은 또한 그 식물을 그들 종교의 신성한 상징으로 간주하였다. 특허 취득 수년 후에 종족의 지도자들은 밀러의 특허를 알았고 그들은 한 외국인이 그들이 수백년 동안 사용해왔고 숭배해 왔던 식물에 관한 특허를 취득하였다는 것에 분노하였다. 남미의 400여 이상의 토착종족과 그룹을 대변하는 한 위원회의 지도자인 Antonio Jacanamijoy는 “우리의 조상은 이 약에 관한 지식을 배웠고 우리는 이 지식의 소유자”라고 말하였다. 1999년에 그가 속한 위원회는 그 특허에 관한 취소신청을 하였고, 미국 특허상표청(USPTO)은 신규성 상실 및 야생으로 발견되며 원주민에게 신성한 식물이 사유재산화 되어서는 안 된다는 이유로 아야후아스카 특허를 취소하였다. 그 특허에 관한 논쟁은 미국과 에콰도르 간에 상당한 적대감을 일으켜 에콰도르 국회는 미국과의 양자간 지식재산권 협약체결을 중단하였다. 로렌 밀러는 미국 특허상표청(USPTO)이 아야후아스카에 관한 특허를 취소한 직후에, 미국특허상표청(USPTO) 결정에 항소할 것인지의 여부를 밝히기를 거부하였다. 그러나 최근 이 특허가 항소심 판결에 의해 다시 허용되었다. 미국 특허제도에 따르면 최초에 해당 특허를 무효화하는데 성공한 자는 재심사에서 대항하지 못한다.