NCS 학습모듈은 능력단위에 따라 각각 다른 수준이 부여되어 한 개의 직무에 포함되는 능력들을 전부 익힐 수 없는 한계가 있다.
둘째, NCS 학습모듈은 NCS에 능력단위별로 부여된 수준에 맞추어 학습모듈별로 한 개의 수준으로 개발되어 있다. NCS에 부여된 수준은  학교급별 훈련기관별 수요를 반영하기보다는 산업현장에서 해당 업무를 수행하는 재직자의 수준을 기준으로 부여되었다. 한 개의 NCS 세분류 곧 직무 안에 포함되어 있는 능력단위들에는 능력단위의 내용에 따라 각각 다른 수준이 부여되어 있다. 따라서 한 가지 직무를 초급기술자, 중급기술자, 고급기술자 등으로 수준에 맞추어 전체적으로 학습하기가 어렵다. 바꿔 말하면 한 개의 세분류에서 초급기술자에 해당하는 능력단위만을 선별해서 학습할 경우 한 개의 직무에 포함되는 능력들을 전부 익힐 수 없다는 한계가 있다.