산업안전공단의 현재 업무처리 방식이 비용절감에 대한 평가 중심이라서 제대로 된 치료를 할려는 의사나 병원에게 불이익을 주고 있는 것이 문제점으로 지적되고 있다.
현재 산업안전공단의 업무처리 방식은 피해자의 치료에 중심이 있는 것이 아니고 비용절감에 대한 평가 중심이어서 근로자들에게 제대로 된 치료를 해 주는 것을 우선시 하지 않고 되도록 빨리 치료를 종결하도록 유도하고 있다. 예컨대, 최초 입원시 의사에게 치료계획서를 작성하여 공단에 제출하도록 하고 있으나 이는 장래 발생할 수 있는 휴유 치료를 반영하지 못하는 문제가 있고, 제대로 된 치료를 위하여 치료계획서에 기술한 이상의 치료를 하는 의사 혹은 병원에게 환자유치를 제한다든가 하는 실제적인 불이익을 주고 있는 것이 문제점으로 지적되고 있다.