성평등위원회는 민관 공동위원장 체계가 바람직하고, 양성평등정책책임관과 성별영양평가책임관은 당연직으로 포함되어야 한다.  기능면에서는 부처 내 성평등 정책의 추진체계로서 그 기능을 확대하는 것이 필요하며, 효과적인 운영을 위한 정기회의와 임시회의의 주기적인  개최와 사안에 대한 신속한 대응을 위한 분과위원회 중심체계가 정책 추진의 실질화에 기여할 수 있을 것이다.
부처 내 성평등 정책과 성희롱･성폭력 근절 대책의 실효적인 작동을 위해서는 민간위원장 1인 단독 체계를 지양하고 민관 공동위원장 체계가 바람직하다. 위원장은 부처 차관(급)과 민간위원 중 1인으로 구성하는 것이 민간위원의 의견이 정책 결정에 반영될 수 있고 이행 등을 점검하는 데 유용하다고 판단된다. 또한 내부 구성에 있어서 「양성평등기본법」상의 양성평등정책책임관과 「성별영향분석평가법」상의 성별영향평가책임관은 당연직으로 포함되어야 한다. 성평등위원회의 기능 강화를 위해서는 현재의 ‘심의･건의’를 넘어 조정과 이행 상황 점검, 제도 개선에 대한 권고 등으로 그 기능을 확대하여 부처 내 성평등 정책의 추진체계로서 그 기능을 확대하는 것이 필요하다. 성평등위원회 운영을 효과적으로 하기 위해서는 위원회 회의를 정기회의와 임시회의로 구분하고, 정기회의에 대한 최소 단위, 즉 분기별 1회 이상 정도로 설정하여, 주기적인 회의가 개최될 수 있도록 하는 것이 필요하다. 또한 위원회 전체 회의만으로는 사안에 대한 정치한 논의와 신속한 대응이 어렵기 때문에 의제별 분과위원회를 구성하여 분과위원회 중심체계로 운영하는 것이 정책 추진의 실질화에 기여할 수 있을 것이다. 분과위원회에는 성별영향평가와 성인지 예산을 주요하게 다루는 성주류화 분과와 영역별 특성을 고려한 성희롱･성폭력 대책 마련을 위한 분과위원회로 구성되어야 한다.