어린이 보호구역은 1993년을 시작으로 1995년 1월 법제화, 9월에 ‘어린이 보호구역의 지정 및 관리에 관한 규칙’이 제정되고 2011년 1월부로 ‘어린이 노인 장애인 보호구역의 지정 및 관리에 관한 규칙’으로 일원화 되었다.
어린이 보호구역은 1993년 행정쇄신위원회의 결정으로 사업 추진이 결정되었으며, 1995년 1월 도로교통법에 의해 당 사업과 관련한 안전한 통학로 건설이 법제화 되었다. 또한, 동년 9월에 건설교통부, 행정자치부, 보건복지부 공동부령으로 ‘어린이 보호구역의 지정 및 관리에 관한 규칙’이 제정되어 어린이보호구역의 지정, 관리하는 절차 및 기준에 관한 사항이 규정되었다. 동 규칙은 2011년 1월부로 ‘어린이 노인 장애인 보호구역의 지정 및 관리에 관한 규칙’으로 일원화가 되었다. 이와 함께 보호구역의 지정권자도 경찰에서 지방자치단체로 이관되었으며, 보호구역 지정대상도 확대되었다. 2004년부터 행정자치부 소관으로 추진을 시작하여, 2016년 현재, 국민안전처 주관으로 국고보조사업으로 추진 중이고, 어린이 보호구역 지정·관리 및 개선사업은 지방자치단체에서 담당하고 있다.