기초학력 보장 정책은 각 교육현장별 예산을 학생들의 학습부진도나 유형 등의 요소를 참고해서, 기존의 학력향상형 창의경영학교 정책의 전체 학생 수를 기준으로 재정을 배분하던 방식에서 학습부진 학생 수나 지역 여건 등의 세세한 요건으로 다각화시킨 "두드림 학교" 제도 등을 활용하여, 비용 대비 학습성취도 성과를 향상시키는 방식으로 지원의 정도를 달리 할 필요성이 있다.
첫째, 기초학력 보장 정책의 예산을 학교별·교과별 학습부진 양상에 따라 차등 지원한다. 현재 기초학력 보장 정책은 사실상 기존의 학력향상형 창의경영학교 정책에서 학교 내 지원을 위한 “두드림 학교” 정책과 학교 밖 지원 위한 “학습종합클리닉센터”로 전환된 상태다. “두드림 학교”로 지정된 학교에는 학습부진 학생 수, 학교 구성원의 의지, 두드림팀 구성 현황, 지역 여건 등을 고려하여 1천만 원 내외의 예산이 지원된다. 학력향상형 창의경영학교 정책이 기초학력 미달 학생 비율 기준선을 넘으면 실제 기초학력 미달 학생의 비율과는 관계없이 전체 학생 수를 기준으로 재정 배분이 이루어져 기초학력 미달 학생이 다른 수혜 학교에 비해 많더라도, 전체 학생 수가 적다면 정책 지원을 덜 받게 되기도 하던 기존의 방식을 개선하였다. 이에 더하여 정책의 실효성을 극대화하기 위해서는 재정 배분을 위한 고려사항을 보다 세밀하게 조정하여 비용 대비 성과를 최대한 상향시킬 필요가 있다. 즉 학교별로 학습부진 학생이 집중된 교과, 학습부진 학생의 가정환경과 학습지원 상황 등학교별 기초학력 미달 학생의 양상에 따라 재정을 차등 지원할 필요가 있다. 학습부진 학생 수가 일정 기준을 넘어 “두드림 학교”로 지정된 학교들에 공통적으로 기본지원금을 지급하고 학습부진 학생 수 및 학습부진 유형에 따라 일정 금액을 차등 지원하는 방식도 고려해 볼 수 있다.