총지출제한제도는 장점에 대비해 경직적인 구조때문에 효율성 측면에서의 단점도 명확하다. 이를 극복하기 위해 어느 정도의 상한 유연성이 확보될 필요가 있다.
한편, 총지출제한제도는 위에서 언급한 장점에 대비되는 단점 역시 가지고 있다. 기본적으로 경직적인 지출상한제도는 지출제한을 받는 부처로 하여금 삭감에 더 방어적으로 행동하게 만드는 동시에, 실제로 더 많은 지원을 받아야 마땅한 부처와 사업들의 경우, 추가적 자원을 끌어오기가 더더욱 어렵게 만드는 측면이 존재한다. 즉, 총지출제한제도의 경직성의 강화는 재정의 지속가능성을 향상시킬 수는 있으나 제도의 효율성과 정치적 실현가능성이 상당히 떨어질 수 있다. 따라서 지출제한을 설정하더라도 경기변동이나 급박한 상황 발생에 대한 경험적 예측을 바탕으로 어느 정도 상한의 유연성(flexibility)을 확보할 필요가 있다.