2003년 말 발생한 군납비리사건에 정부는 대규모제도개선을 추진, 방위사업청을 출범시켰다. “방위산업에 관한 특별조치법”대신 “방위사업법”을 시행했으며 방위사업청은 이차보전사업을 도입, 방위산업에 대한 지원을 대폭 축소하였다. 
한국 정부는 전시작전권 문제를 계속 거론하면서 안보위기 조성의 수준을 지속적으로 유지하는 동시에, 방위산업에 대해 대대적인 경제적 위기도 조성하였다. 이러한 변화의 직접적인 동기는 2003년 말 발생한 군납비리였다. 일부 방위산업체들은 계약 과정에서 부정한 방법을 동원함은 물론, 기존에 존재하는 원가 제도를 악용하여 부당한 이익을 추구하기도 하였다. 이에 따라 정부는 대규모제도개선을 추진하였으며, 2006년에는 여러 조직에 혼재되어 있던 획득업무를 통합한 방위사업청을 출범시켰다. 또한 그간 방위산업 육성의 근간이었던 “방위산업에 관한 특별조치법”이 폐지되고 “방위사업법”으로 대체되었다. 방위사업청은 시장 중심의 방위산업 활성화를 추진하고, 방위산업육성기금을 폐지하였으며, 대신 이차보전사업을 도입함으로써, 방위산업에 대한 국가의 지원을 대폭 축소하였다.