청년공제 지원 확장은 많은 예산이 필요한데,동사업의 일반회계와 고용보험기금의 예산 제약으로 어렵다. 재원마련은 세수 증대인데,조세저항으로 쉽지않다. 따라서 중견/중소기업 취업자에게 지급하는 임금보조금의 재원마련을 위한 세수증대가 필요하다. 일반회계보다 중소기업 취업자에게 지원하는 특별회계 또는 기금상의 사업으로 운영되야 한다.
만약 청년공제 지원규모의 확장에 대한 사회적 합의가 이루어진다면 동 사업에 투입될 것으로 예상되는 수조 원 이상의 재원의 충당방식의 설계가 중요한 관건이 되는데, 현재로서는 청년공제 지원규모 확대를 위한 사업예산 증액은 동 사업의 예산을 지출하는 일반회계와 고용보험기금에서의 예산 제약으로 인해 해당 회계영역에서 실현되기가 쉽지 않을 것으로 판단된다. 그렇다면 결국 재원 마련을 위해 세수 증대가 실행 가능한 방안으로 제기될 수밖에 없는데, 세수 증대에 따르는 조세저항을 고려하면 결코 실행이 쉽지 않은 문제가 있다. 따라서 대-중견/중소기업 간 노동시장 이중화 문제를 해소하기 위한 주요한 방안 중 하나로서 중견/중소기업 취업자에게 지급하는 임금보조금의 재원마련을 위한 세수 증대에 대한 사회적 논의 및 합의가 이루어질 필요가 있다. 이 같은 사회적 합의가 이루어질 경우 청년공제를 비롯한 중소기업 취업자 대상 개인지원 임금보조금은 일반회계보다는 중소기업 취업자에게 금전적 지원을 제공하기 위한 목적으로 신설된 특별회계 또는 기금상의 사업으로 운영되는 것이 적합하다고 여겨지며, 해당 특별회계 또는 기금의 재원은 상기 목적으로 신설된 목적세 및 일반회계로부터의 전입금으로 충당할 수 있다.