성격차지수는 남녀격차만을 의미하며 우리나라 현 상황이 제대로 반영되지 못하는 지표 측정 방식으로 점수와 순위가 낮게 나타나고 있다. 따라서 여성가족부는 통계지표산정의 문제점 개선 요청과 관계부처 간 협의를 추진하고 있다.
성격차지수는 성불평등지수와 달리 해당 국가의 수준(level)은 고려하지 않고 남녀격차(gap)만을 의미하므로 선진국가가 낮은 순위로 평가되는 경우가 적지 않다. 또한 고등교육 취학률, 유사업종 남녀 임금격차 등 일부 지표의 측정 방식이 우리나라의 현 상황을 정확히 반영하지 못하는 점도 성격차지수의 점수와 순위가 낮게 나타나는 요인으로 작용하고 있다. 고등교육 취학률의 경우 군 복무로 인한 휴학생이 재적학생에 포함되어 남학생 수가 여학생 수에 비해 과다 계산됨에 따라 성별 격차가 왜곡되는 경향이 있다. 유사업종 남녀 임금격차는 경영자 설문조사(1개 문항)로 측정하는데 이와 같은 주관적 측정 방식으로는 우리나라의 실정을 제대로 파악하기 어렵다. 이에 여성가족부는 2013년 9월 세계경제포럼에 이러한 통계지표 산정의 문제점 개선을 요청하고 관계부처 간의 협의를 추진하고 있다.