피해자와 가해자 간의 형사조정이 성립하였을 경우 불기소 결정을 내리는 것이, 가해자와 피해자의 관계에만 초점을 두기 때문에 국가형벌청구권의 의미가 형해화된다고 하는 비판이 있다. 그러나 회복된 사법이념과 비형벌화를 자리잡을 수 있다는 점에서 고려할 필요가 있다.
기소 전 단계에서 피해자와 가해자 간의 형사조정이 성립하였을 경우 당사자 간의 자율적 결정권을 존중하여 기소유예 등의 불기소 결정을 내리는 방법을 고려해 볼 수 있다. 원칙적으로 친고죄나 반의사불벌죄의 경우 피해자가 고소를 취소하거나 처벌의 의사를 철회할 경우 일정한 법적 효과를 기대할 수 있지만, 친고죄나 반의사불벌죄 이외의 범죄의 경우에도 형사조정이 성립하였을 때 일정한 법적 효과를 부여할 수 있을 것인지가 문제가 된다. 이를 인정할 경우 형사사법 시스템의 작동방식이 가해자와 피해자의 관계에만 초점을 맞추게 되는 것이기 때문에 국가형벌청구권의 의미가 형해화된다고 하는 근본적 비판도 있지만, 오늘날 회복적 사법이념의 발전과 피해자 중심적으로 재정립된 형사사법제도를 고려해 볼 때 피해자와 가해자 간의 형사조정을 의미 있는 법적 효과로 받아들일 필요가 있고 나아가 이를 형사절차상의 다이버전적 비형벌화의 핵심요소로 자리 잡을 수 있는 이론적 근거로 삼을 수 있다.