기본적 인권의 제도적 보장 강화를 위해, 위원회는 성과목표를 정하고 국가 인권 정책기본계획 권고 이행 상황을 점검하고, 전문가 간담회와 토론회를 개최하였다.
기본적 인권의 최소한의 기준은 헌법 및 법률, 대한민국이 가입ㆍ비준한 국제 인권 조약, 국제 관습법에 의해 제도적으로 보장된다. 이러한 제도적 보장을 강화하기 위하여 위원회는 위 3개년 계획의 5가지 성과목표로 △자유권의 보장ㆍ강화, △사회권의 확대ㆍ증진, △국제 인권 기준의 국내 이행 강화, △법 제ㆍ개정등 인권제도 기반구축, △인권지수 개발을 정하였다. 기본적 인권의 제도적 보장강화를 위한 대표적 업무로 제2기 국가 인권 정책기본계획(NAP) 권고 이행 상황을 점검하고, 인권기본법 제정안 관련 전문가 간담회와 토론회를 개최하였다.