위성통신의 단점은 신호 지연인데, 지표면과 위성간의 거리 때문으로 저궤도를 주회하는 비정지위성으로 서비스를 실시하는 것이 해결책으로 제안된다. 이 외에도 지구국의 크기, 보안성 등의 단점이 있다. 통신위성에서 전송한 신호가 지구표면에 도달하면 신호 전력이 낮아져 고전력의 신호전송이 필요하고 지구국 안테나 반경이 커져 지구국 설치가 어렵다. Ku나 Ka 주파수대역 위성신호는 기후조건의 영향을 받으며 C 주파수대역 위성신호는 지상 마이크로파와 간섭현상을 일으켜 대도시지역에서 지구국 구축을 어렵게 한다.
이와는 반대로 위성통신의 단점으로는 신호 지연(time delay), 지구국의 크기, 보안성, 그리고 다른 통신시스템과의 전파 간섭이 있다. 이중 신호지연이 가장 큰 단점으로 대두되어 왔으며, 이러한 단점을 줄이기 위한 방법이로 저궤도를 주회하는 비정지위성을 이용하여 서비스를 실시하는 시스템들이 제안되고 있다. 신호지연의 원인은 지표면과 위성간의 거리에 의해 발생된다. 지표면과 정지위성 궤도간의 거리는 지구원주와 비슷한 35,800km로 통신위성에서 송신한 데이터는 약 250ms후에 지표면에 도달하게 된다. 특히 이러한 전송지연은 실시간 전송이 요구되는 음성통신에 있어 심각한 문제로 야기될 뿐만 아니라 데이터 통신에 있어선 프로토콜간 비효율성이 발생하게 된다. 이외에 지구국 규모, 보안성 및 간섭 등이 있다. 통신위성에서 전송한 신호가 지구표면에 도달하게 되면, 거리상의 문제로 인하여 수신지에서 신호를 판별하지 못할 정도로 신호 전력이 크게 낮아지게 된다. 따라서 보다 고전력의 신호전송이 필요하게 되고, 이 때문에 지구국 안테나의 반경이 커져 지구국 설치가 어렵게 된다. 또한 위성신호는 방송신호와 같이 동보성을 지니므로 타 통신기술에 비해 데이터의 보안성이 극히 떨어진다. 예를 들어 위성 커버리지(coverage : 유효범위)내 수신지는 주파수만 맞춘다면 그 위성이 전송하는 모든 신호를 수신할 수 있게 된다. 따라서 통신위성에서 암호화는 매우 중요한 문제로 대두되고 있다.Ku나 Ka 주파수대역의 위성신호는 기후 조건, 특히 비나 안개에 많은 영향을 받게 된다. 즉 지상의 기후조건은 K밴드에서 수 분내지 수 시간씩 예상 불허의 산발적인 악영향을 미치게 된다. 또한 C 주파수대역의 위성신호는 지상의 마이크로파와 간섭현상을 일으키게 된다. C 대역폭에 대한 지상 마이크로파의 간섭은 이용자들이 집중되어 있는 대도시지역에서의 지구국 구축을 어렵게 한다.  