헌법재판소는 북한에 대한 대법원의 입장을 대체로 유지하고 있으며, 북한을 반국가단체, 불법단체로서 인정하는 동시에 대화의 일방 당사자로서의 이중적 지위를 인정하고 있다. 
헌법재판소는 현행헌법에 의하여 헌법기관으로 구성되었는데, 북한의 법적 지위에 대하여 남북한의 유엔(UN)에의 동시가입, 남북기본합의서의 체결에도 불구하고 북한의 반국가단체성이나 국가보안법의 필요성에 관하여는 아무런 상황변화가 없다고 판단하여 대체로 대법원의 입장을 그대로 유지하고 있다. 또한, 헌법 제3조의 규범력을 그대로 인정하는 것을 전제로 북한을 반국가단체 또는 불법단체로서 인정하면서도 대화와 협력의 일방 당사자로 인정할 수밖에 없다는 인식에 기초하여 북한의 이중적 지위를 인정하였다. 헌법재판소의 입장은 대법원의 입장과 비교할 때 다음 두 가지 점에서 특징을 보이고 있다.