관광분야 국고보조사업의 문제 사업으로는 형평성에 어긋한 국고보조율, 유사중복에 따른 통합운영 등이 지적됐다. 따라서 엄격한 평가를 시행하고, 집행부진 사업도 관리할 수 있도록 메뉴얼을 마련하고 제도를 강화해야 한다.
실제 기획재정부 국가보조사업 운영평가(2012~2014년)를 보면, 관광분야 국고보조사업의 문제 사업으로 형평성에 어긋한 국고보조율(3대문화권생태관광기반조성사업, 국고 70: 지방비 30), 유사중복에 따른 통합운영(도시관광활성화사업, 한국형생태녹색관광사업 등), 사업내용방식 변경 및 지방비 부담 강화(관광특구활성화지원) 등을 지적하고 있다. 이에 지자체 및 사업자 보조 사업에 대한 사전, 사후 평가를 엄격히 시행하고, 집행부진 사업에 대해서는 사업축소 및 폐지, 보조율 조정 등이 가능하도록 관광재정투자 사업의 평가 기준, 관광사업과 관련 민간투자 검증 메뉴얼을 마련하고 관련 제도를 강화할 필요가 있다. 나아가 관광재정투자 평가 및 컨설팅에 관한 법적 근거 마련, 관광개발 관련 기획 평가 컨설팅 기능을 강화하고 체계적으로 추진해야 할 것이다.