DQR 시범분류사업 시행 중 여러가지 문제점이 발생하였다. DQR 정의가 애매모호하고, 각각의 자료들이 성과를 토대로 분류되지 않았다. 그렇기 때문에 DQR 역량 중심의 사회성 부분을 폭 넓게 적용할 수 있도록 분류하고 각각의 용어 해설도 체계적으로 보충해야 한다.
이러한 성과가 발견되었지만, 다른 한편으로는 DQR 시범분류사업을 하면서 다양한 문제점이 발견되었는데, DQR-Buero(2010)는 이를 다음과 같이 지적하고 있다. 먼저, DQR 수준 정의가 너무 추상적이라는 점이다. 그리고 자격 분류를 위한 자료로 법규, 규정, 학업규정, 검정규정, 각 주의 교안 등을 이용하였는데, 이러한 자료들이 성과 중심으로 되어 있지 않아 자격을 DQR 수준체계의 4개 기술어(지식, 기술, 사회성, 자립성)에 따라 분류하기가 어려웠다는 것이다. 게다가 수준체계의 정의가 대학교육과 직업교육에서 서로 달라 자격을 분류하는 데 어려움이 있었고, 일반 교육제도에서 중요하게 여기고 있는 개인적인 특성과 규범적이고 윤리적인 부분이 DQR 수준 정의에 포함되어 있지 않은 것도 문제로 지적하였다. 그리고 DQR의 높은 수준(예: 6～8수준)은 수행능력과 학문적인 지식 중심으로만 강하게 제시되어 있어 직업자격이 직업적인 역량만으로는 실제 DQR의 높은 수준에 맞추어 분류되기 어렵다는 지적이다. 따라서 DQR 역량 중심의 사회성 부분을 좀 더 확대하고, 각 역량을 나타내는 용어에 대한 해설도 좀 더 보완해야 한다는 비판이 제기되었다.