범죄단체 조직 후 범죄를 실행한 경우 범죄단체조직죄는 목적범죄에 흡수된다는 견해가 있는 반면, 별개의 구성요건을 충족해 보호법익도 실체적 경합이라는 견해도 있다.
범죄단체를 조직한 후 나아가 목적 범죄를 실행한 경우에 범죄단체조직죄 등과 목적 범죄 사이의 죄수에 관하여, 우선 양 죄의 관계는 법조경합 중 보충 관계에 해당하여 목적 범죄만이 성립하고 범죄단체조직죄 등은 이에 흡수된다는 견해가 있다. 범죄단체조직·구성죄가 예비·음모 성격의 행위이고, 범죄단체 조직죄는 행위형법의 원칙에 위배되는 과잉 처벌규정이므로 가급적 그 적용을 자제함이 바람직하다는 것이 그 논거이다. 반면, 범죄단체조직죄 등과 목적 범죄는 완전히 별개의 구성요건을 충족하는 것이고 서로 보호법익도 달라 실체적 경합이라는 견해도 있다.