자유학기제를 원활히 운영하기 위해서는 핵심성취기준으로 구성된 교육과정, 교육과정 편성 및 운영에 대한 자율성 신장, 원활한 학생평가, 교사의 전문성 강화 등이 요구된다.
이러한 변화는 중학교의 ‘자유학기제’에서 가장 뚜렷하게 나타나고 있다. 자유학기제는 2013년 42개 학교에서 시작되어 2016년 현재 전국의 모든 중학교에서 실시되고 있다. 자유학기제를 원활하게 운영하기 위해서 학교는 학생 중심, 활동 중심의 교과 운영을 할 수 있도록 교육과정을 핵심성취기준 중심으로 재구성해야 하며, 다양한 교과 내용이 원활하게 운영될 수 있도록 학교 교육과정의 편성 및 운영에 대한 자율성도 신장시켜야 한다. 또 활동 중심, 수행 중심의 교과 수업 및 자유학기 활동 수업에 따라 학생 평가 방식도 개선해야 하며, 이를 주도하는 교사의 수업 전문성, 평가 전문성 역시 제고되어야 한다. 자유학기제 운영에서 이 모든 과정이 원활히 이루어질 때 학교 운영 및 교실 활동 전반에 괄목할 만한 변화를 불러일으킬 수 있다.