보안처분 정당성 인정 이론은 법사상 변천에 의한 국가관 변화, 보안처분의 인간 격하에 의한 기본권 침해 가능성에 대한 보안처분 정당성, 보안처분제도에 ㄷ한 법치국가적 제약원리를 통한 기본권 보장의 3가지가 있다. 
현재 보안처분의 정당성을 인정하는 일반이론에서는 첫째, 법사상의 변천에 의한 국가관의 변화를 들 수 있다. 오늘날 법치국가에 있어서 개인의 기본권을 실질적으로 보장하기 위하여 국가가 적극적으로 범죄인의 재사회화를 도모하여야 한다는 것이다. 우리나라 헌법 제12조 제1항은 “모든 국민은 … 법률에 의하지 아니하고는 … 보안처분을 받지 아니한다.”라고 하여 보안처분의 실정법적 근거를 두고 있다. 둘째, 보안처분이 인간을 격하시킴으로서 기본권을 침해할 가능성이 있다는 비판에 대하여 보안처분대상자의 내적 자유의 결함이나 기본권의 사회적 제약성 내지 기본권의 내재적 한계 등에서 보안처분의 정당성을 찾고 있다. 셋째, 현대의 보안처분제도에 있어서는 그 남용을 방지하기 위해 여러 가지 법치국가적 제약 원리들을 부가하고 있으며, 이러한 제약원리를 통해 국민의 기본권은 보장될 수 있다.