지역혁신협의회 위원은 단체장이 위임할 수 있도록 되어 있어 지역 사정에 밝은 전문가보다는 각종 기관의 대표들로 채워지고 있는 문제점이 발생하고 있다.
실제로 지자체에서는 이와 같은 문제점 때문에 연간 3,4차례 추경을 편성하는 일이 상례화 되어 있다. 
따라서 이와 같은 운영상의 비효율을 최소화 시킬 수 있는 예산편성 및 집행절차상의 개선이 있어야 할 것이다. 
 지역혁신협의회의 전문성과 정보공개 강화국가균형발전특별법에서는 지역단위에 지역혁신협의회를 두도록 함으로써 지역사정에 밝은 전문가들이 지역혁신발전계획을 수립하고 지역간 또는 중앙부처와의 사이에서 지역균형발전과 관련된 협의·조정에 관한 사항 등을 심의하게 하여 실질적으로 지역 발전을 이끌어가도록 하는 규정을 두고 있다(국가균형발전특별법 제28조제1항). 
 그러나 광역, 기초 지자체를 불문하고 지역혁신협의회 위원은 단체장이 위임할 수 있도록 되어 있어(국가균형발전특별법 제28조제2항) 지역사정에 밝은 전문가보다는 각종 기관의 대표들로 채워지고 있는 문제점이 발생하고 있다. 
 또한 지역혁신발전계획의 수립과정, 협의회 회의록, 지역별 재원배분 결과 등 협의회의 활동 결과들이 지역주민에게 공개되지 않고 있으며 기초 지자체 협의회와 광역지자체 협의회 간의 의사소통도 거의 이루어지고 있지 않는 문제점이 있다. 
 2005년 국가균형발전위원회에서 발간한 기초자치단체 혁신기획역량 강화를 위한 연구에 의하면 광역 협의회의 회의 결과가 기초 협의회에 통보되지 않는 경우가 64%이고, 기초 협의회 위원 52%가 광역 협의회 회의 결과를 모르고 있는 것으로 나타났다.