첫째, 일반회계로의 전출 예산액이 등기특별회계 예산 상 수입과 지출 간 수지 차에 해당하는 결산상 잉여금 예정액으로 계상되는 예산 편성 상의 구조적인 문제가 있다.
일반회계 세입은 등기특별회계로부터의 전입액을 수입으로 계상 하고 있어 등기특별회계의 일반회계로의 전출액이 예산액에 미치지 못할 경우 일반회계 세입에 과부족을 초래하는 영향을 미치게 되는데, 등기특별회계의 일반회계로의 전출 집행 실적이 부진하게 나타나는 것은 다음과 같은 문제에 기인하는 것으로 분석된다. 첫째, 일반회계로의 전출 예산액이 등기특별회계 예산 상 수입과 지출 간 수지 차에 해당하는 결산상 잉여금 예정액으로 계상되는 예산 편성 상의 구조적인 문제가 있다.  2007년도부터 2013년도까지 집행실적의 경우 150억원의 전출이 이루어진 2008년도를 제외하고 실제 전출이 이루어지지 아니하여 전액 불용되어 왔다. 대법원에 따르면, 등기특별회계의 일반회계로의 전출 집행액은 해당연도의 전반적인 재정운용 실적을 가늠할 수 있는 시기에 수입과 지출 간 수지차에 해당하는 결산상 잉여금에서 사업비 이월액을 차감한 세계잉여금을 산출하고 여기에서 다음연도의 세입으로 이입할 필요가 있는 부분을 제외한 금액으로 결정되는데, 다음연도의 세입으로 이입할 금액은 다음연도의 수수료 및 면허료 수입 추세, 신규사업을 비롯한 사업지출 규모 등을 종합적으로 고려하여 결정한다고 밝히고 있다.