또한 건강보험 지원방식이 보험료 예상수입액의 6%를 지원하도록 개정될 예정이고, 2007년도 건강보험 지원액은 건강보험료를 약 3% 인상하는 것을 전제로 산정되었다.
이처럼 기금사업비의 60% 이상을 환자의 진료비에 지원하는 것은 담배부담금을 재원으로 건강증진기금을 설치한 당초 목적에 부합하지 않는 측면이 있고, 또한 수익자 부담원칙의 차원에서 볼 때 흡연자와 비흡연자들간의 형평성에도 문제가 될 수 있다. 이처럼 기금을 통한 건강보험 지원이 기금설치목적에 부합하지 않는다는 논란을 피하기 위해 정부는 2007년도부터 지역과 직장가입자를 구분하지 않고 ‘가입자 및 피부양자의 흡연으로 인한 질병에 대한 보험급여’, ‘가입자 및 피부양자 중 65세 이상 노인에 대한 보험급여’에 사용하도록 국민건강보험법의 개정을 추진하고 있다. 그러나 실제 건강보험 적용대상자에 따라 차별적으로 급여비가 지원되는 것은 아니며, 더욱이 ‘흡연으로 인한 질병’의 범위가 매우 모호하기 때문에, 법 개정에도 불구하고 기금을 통한 건강보험지원은 기금설치목적에 부합하지 않는 사용이라는 논란을 피하기 어려우며, 오히려 법 개정이 이러한 논란을 비켜가기 위한 전략으로 비춰질 수도 있다고 본다. 또한 건강보험 지원방식이 보험료 예상수입액의 6%를 지원하도록 개정될 예정이고, 2007년도 건강보험 지원액은 건강보험료를 약 3% 인상하는 것을 전제로 산정되었다.