기금은 PCBO보증 제도를 도입하였으나 비현실적인 주가 및 기술평가 없는 부실 보증심사 등의 문제로 부실이 과다 발생하고 있다.
한편, 동 기금은 지난 2001년에 2조 3,234억원 규모의 PCBO보증 제도를 도입하였으나, 비현실적인 주가 및 경기예측에 근거한 보증공급과 기술평가 없는 부실 보증심사 그리고 사후관리 업무를 위탁받은 민간기업의 도덕적 해이 등으로 부실이 과다하게 발생하고 있다. 동 제도를 통해 자금지원을 받은 850개 기업 중 716개 기업이 기술평가를 거치지 않았고, 2005년 8월말 현재 374개 기업이 이미 도산하여 2005년 8월말 현재 7,441억원을 대위변제하였다. 더욱이 보증기업들에 대한 사후관리 부실로 향후 예상 손실액은 1조원을 넘어설 것으로 추정된다. 2005년도 감사원의 감사결과 48개 기업은 지원자금을 지원목적과는 달리 부동산 구입, 골프회원권 매입, 해외유출, 주식매입 등에 지출한 것으로 나타났으며, 31개 기업은 부도시점에 기업주가 소유재산을 매각하고 해외로 도피하는 등 도덕적 해이가 심각하여 조속히 보증상시리뷰시스템의 정착과 피보증기업의 영업 ․ 자금 활용실태 등에 대한 사후적 점검이 절실한 것으로 보인다.