최근에 이루어진 개정은 2004년 12월에 이루어진 개정으로, 농림부장관이 운용 ‧ 관리하는 농수산물가격안정기금에서 지원되던 수산부문의 기금을 해양수산부장관이 운용 ‧ 관리하는 수산발전기금으로 이관하여 수산부문의 기금지원절 차를 간소화하기 위하여 개정이 이루어졌다.
동법률은 1999년 9월 7일에 제정된 이후 지금까지 8차례 개정이 이루어졌다. 최근에 이루어진 개정은 2004년 12월에 이루어진 개정으로, 농림부장관이 운용 ‧ 관리하는 농수산물가격안정기금에서 지원되던 수산부문의 기금을 해양수산부장관이 운용 ‧ 관리하는 수산발전기금으로 이관하여 수산부문의 기금지원절 차를 간소화하기 위하여 개정이 이루어졌다. 재원의 조성수산발전기금은 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법제23조에 근거하여 정부출연금, 해양환경개선부담금, 폐업어선 ‧ 어구의 매각대금, 국가어항의 토지매각대금, 다른 회계 ‧ 기금으로부터의 전입금, 그리고 기금운용 수익금 등을 재원으로 조성된다. 그리고 기금의 운용은  어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법제25조에 근거하여 어업구조조정의 촉진, 기르는어업의 육성, 어업경영자금의 융자, 수산물유통 및 가격안정사업, 수산자원 보호를 위한 해양환경개선, 새로운 어장의 개발, 그리고 FTA체결에 따른 어업인 지원 등에 필요한 비용으로 사용된다. 주요 사업분야수산발전기금이 수행하는 사업은 크게, 해양환경개선, 수산자원관리, 기르는 어업육성, 수산물 유통 및 가공산업 육성, 어업기자재 생산촉진, 원양어업 육성, 그리고 어업경영체 지원사업으로 나누어진다. 해양환경 개선사업에는 해양환경 보호 및 해양폐기물의 자원화 처리하는 어업용페스티로폼 감용기 보급사업이 있고, 수산자원관리사업에는 불법어업 근절대책의 실효성을 제고하기 위한 어업질서확립자금 지원사업이 있다.