이는 특별회계 국세수입이 반드시 필요한 특정 사업의 재원 확보를 목적으로 함에도 불구하고 사업 집행을 위한 안정적인 예산이 확보되고 있지 못함을 의미한다. 따라서 세수 감소가 특별회계 관련 사업의 집행에 차질을 가져온다면 안정적인 예산 확보를 위한 정책 수단을 강구해야 한다.
또한 2000년을 제외하고 최근 4년 동안 예산과 실적의 차이인 세수 오차는 계속 부(－)의 값을 기록하고 있으며 징수 실적 부진으로 인해 특별회계 국세수입의 비중이 감소되고 있다. 이는 특별회계 국세수입이 반드시 필요한 특정 사업의 재원 확보를 목적으로 함에도 불구하고 사업 집행을 위한 안정적인 예산이 확보되고 있지 못함을 의미한다. 따라서 세수 감소가 특별회계 관련 사업의 집행에 차질을 가져온다면 안정적인 예산 확보를 위한 정책 수단을 강구해야 한다. 반대로 예산 대비 징수 실적의 현저한 감소가 특별회계 사업의 효율적 집행과 관련이 없다면 특별회계 관련 국세수입을 폐지하는 것이 조세체계의 간편화를 위해 타당할 것이다. 교통세는 도로 및 도시철도 등 교통시설의 확충에 소요되는 재원 확보, 교육세는 교육의 질적 향상을 도모하기 위하여 필요한 교육재정의 확충에 소요되는 재원 확보, 농어촌특별세는 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역개발사업에 필요한 재원 확보 등을 목적으로 한다. 2005년부터 지방양여금관리특별회계가 폐지됨에 따라 주세는 국가균형발전특별회계의 재원으로 사용된다. 따라서 주세가 국가균형발전특별회계의 재원으로 타당한 지에 대한 의문은 여전히 남는다.