2006회계연도 결산 분석동 보고서는 2006년도 예산에서 나타난 국회의 재정의지 실현과 국회가 정한 재정적 한계의 준수 여부를 분석하고, 예산집행 결과에 대한 문제점과 대안을 제시함으로써 국회의 세입 세출 및 기금결산 심사를 지원하는 것을 목적으로 발간되었다.
더불어 그동안 축적된 사업평가 역량을 정형화하기 위해 사업평가방법론 연구 를 발간하였다. 한편 규제는 보이지 않는 조세로 국민 생활에 많은 제약을 가하게 되는데, 실제 그 제약에 비해 국민에게 미치는 편익이 얼마나 큰지에 대해 국회에서 전문적으로 평가한 적이 없다. 
 국회예산정책처는 이 점을 감안하여 정부의 규제 영향분석에 대한 실태평가 를 통해 정부 규제에 대해 심층평가하였다. 이후 규제는 개별 사업평가를 수행함에 있어서 주요 사안으로 다루어지고 있다. 
 2006회계연도 결산 분석동 보고서는 2006년도 예산에서 나타난 국회의 재정의지 실현과 국회가 정한 재정적 한계의 준수 여부를 분석하고, 예산집행 결과에 대한 문제점과 대안을 제시함으로써 국회의 세입 세출 및 기금결산 심사를 지원하는 것을 목적으로 발간되었다. 
 특히 계획 미비 등으로 인한 집행률 저조사업, 과소 추정으로 인한 예비비 사용 및 전용사업, 사업의 유사 중복으로 인한 예산낭비 우려사업 등을 중점적으로 분석하였다.