결국 중종은 당파를 형성하려 했다는 이유를 들어 조광조 일파를 잡아들인다. 처음에는 국문도 않고 죽이려 했으나 여의치 않자 일단 조광조·김정·김구·김식·윤자임 등을 옥에 가두었다.
 결국 중종은 당파를 형성하려 했다는 이유를 들어 조광조 일파를 잡아들인다. 처음에는 국문도 않고 죽이려 했으나 여의치 않자 일단 조광조·김정·김구·김식·윤자임 등을 옥에 가두었다. 그후 조광조와 김정·김구·김식 등은 사형시키기로 했으나 영의정 정광필이 눈물로 호소하여 일단 능주로 유배되는 선에서 마무리되는 듯했다. 그러나 훈구파의 김전·남곤·이유청이 각각 영의정·좌의정·우의정에 올라 유배 가 있던 조광조 일파에게 사약(賜藥)을 내리도록 중종을 설득했다. 결국 한 달 후인 12월 20일 조광조에게 사약이 내려왔다. 기묘사화(己卯士禍)의 시작이었다.
 논란 끝에 성균관 대사성에 올랐던 김식은 선산에 유배되었다가 다음해 사약이 내려온다는 소식을 듣고 거창으로 숨어 들어갔다가 목을 매 자살했다. 훗날 영의정에 오르게 되는 김육이 그의 증손자다. 담양부사 박상과 함께 폐비 신씨 복위 논쟁을 유발했다가 고초를 겪은 후 조광조의 집권 후 관직에 나와 형조판서에까지 오른 37세의 김정은 제주도로 안치되었다가 1521년 사약을 받았다. 아산으로 귀양을 갔던 기준은 김정과 같은 무렵 사약을 받고 29세의 젊은 나이에 생을 마감했다. 그의 조카가 선조 때의 대표적인 성리학자인 기대승이고 아들은 기대항이었다.
 이때 일어난 기묘사화의 피바람으로 조선의 사림은 다시 깨어나기 힘든 깊은 잠에 빠져들어야 했다. 그리고 마침내 이 휴화산(休火山)은 오랜 세월이 흘러 선조 8년에 다시 지표(地表)를 뚫고 화염을 뿜어내게 된다.
