그 결과 지금까지 상하수도 부문을 제외한 여타 부문의 지자체 자본보조사업에 대한 성과관리가 제대로 이루어지지 못했다. 2004년도에 이르러 정부 재정개혁의 일환으로 상하수도 부문 이외의 전 부문의 사업에 대해서도 성과지표를 개발하였고, 2005년도 예산사업부터 성과관리가 본격적으로 이루어 질 전망이다.
그 결과 지금까지 상하수도 부문을 제외한 여타 부문의 지자체 자본보조사업에 대한 성과관리가 제대로 이루어지지 못했다. 2004년도에 이르러 정부 재정개혁의 일환으로 상하수도 부문 이외의 전 부문의 사업에 대해서도 성과지표를 개발하였고, 2005년도 예산사업부터 성과관리가 본격적으로 이루어 질 전망이다. 따라서 환경부는 지자체 자본보조사업에 대한 철저한 성과관리를 통해 이 사업에 대한 예산운용의 비효율성을 시정하고, 연례적으로 과다 이월되는 사업에 대한 계속적인 예산편성 문제를 시정해 나가야 할 것이다. 문제 제기 하수 및 폐수, 폐기물 등의 처리를 위한 환경기초시설의 설치는 오염관리를 통하여 환경자원의 보전을 도모하는 것으로 근래 도시화와 산업발전에 따른 오염부하의 증가는 환경기초시설에 대한 수요를 지속적으로 증대시키고 있다. 더욱이 환경기초시설 설치는 지속가능한 사회를 만들고 유지하는 필수조건이라 할 수 있는 바, 적정 시설 설치를 위한 재원의 배분과 함께 사업집행의 효율성이 강조된다.환경기초시설 설치사업은 주로 환경부 환경개선특별회계의 국고보조금 사업으로 실시되고 있는데 사업수행주체인 지방자치단체의 집행실적 부진으로 당초 예산의 배분에 비하여 시설의 확충실적이 부진하며, 시설규모의 과다산정으로 건립 후 유휴시설이 존재하는 등 예산지출의 비효율성을 나타내고 있다.