동 기금은 기금 자산 운용에서 여유자금의 운용 비중이 너무 높다는 지적이 지속되고 있다.
그런데 동 기금은 공정한 기금의 관리를 위한 운용 전담 기관의 독립성 문제가 지속적으로 제기되고 있으며, 기금 자산 운용에서 여유자금의 운용 비중이 너무 높다는 지적이 지속되고 있다. 한편으로 기금 수입의 상당 부분을 차지하고 있는 부담금의 요율 인하에 따른 기금 운용 규모 증가세가 크게 둔화되고 있음에도 불구하고 신재생에너지관련 예산의 증가세는 높음에 따라 장기적인 기금 운용 방향을 포함한 자산 운용 전략의 수립이 필요한 상황으로 판단되며 집행률이 저조한 신재생에너지,발전차액지원사업의 집행률 제고를 위한 적극적 대책 마련의 필요성이 제기되고 있다. 이하에서는 전력산업기반기금이 가지고 있는 이러한 문제점들을 지적하고 동 기금의 효율적 운용을 위한 방향을 제시하고자 한다. 2006전력산업의 구조개편 이후 시장실패를 방지하고 전력산업의 공익적 기능을 지속하기 위해 기존의 한국전력공사가 수행하던 공익적 사업을 정부로 이관하기로 결정하고 이에 소요되는 재원확보를 위해 전기사업법 제48조에 의해 2001년부터 전력산업기반기금이 운용되고 있다. 전력산업기반기금의 주요 재원으로는 전기사업법 제50조에 따른 법정 부담금과 가산금 기금운영에 따른 수익금과 기술료 수입이 있다.