기독교 포교에 관용적인 태도를 보였던 노부나가의 승계자였던 히데요시는 교역의 실리는 취하고자 했으나 기독교 포교에 대해서는 부정적이었다.
 히데요시는 노부나가의 승계자로서 기존의 방침을 대부분 계승했으나 기독교에 대해서는 뜻을 달리했다. 노부나가는 부국강병의 관점에서 유럽 세력과의 교역에 도움이 된다면 기독교 포교에 관용적인 태도를 보였다. 히데요시는 교역의 실리는 취하고자 했으나 기독교 포교에 대해서는 부정적이었다.
 히데요시는 1587년 소위 ‘바테렌 추방령’[伴天連追放令 - ‘伴天連(바테렌)’은 신부(神父)를 의미하는 포르투갈어 padre의 음차어이다]을 내려 선교사들의 추방을 명한다. 신국(神國)인 일본에서 사법(邪法)의 신봉자들이 신사불각(神社佛閣)을 파괴하는 행위를 더 이상 용납하지 않겠다는 것이다. 히데요시는 20일 이내에 모든 선교사의 일본 퇴거를 명하였으나 실제 선교사를 강제로 추방하지는 않았다.
 이때의 추방령은 개종(改宗) 강요, 노예무역 묵인, 불상 파괴 등 기독교의 만행에 대한 히데요시의 개인적 분노가 반영된 즉흥적・선언적 엄포로 보는 시각도 있다. 그러나 교역 활동과 기독교 포교를 분리하는 한편, 기독교의 기존 정치질서 파괴적 성격을 인식하고 경계의 대상으로 규정함으로써 훗날 도쿠가와 막부의 강력한 기독교 금교(禁敎) 및 쇄국정책의 출발점이 되었다는 점에서 그 의미는 작지 않다.
 바테렌 추방령에 의해 포교가 위축되기는 하였으나, 수면하에서의 은밀한 포교는 묵인되었다. 추방령 자체가 사제 추방과 기독교 포교 금지를 규정할 뿐, 기독교 신앙 자체를 금지하지는 않았다.
