충분한 법적 근거가 되지 못하였고 실제 투입 시 집행절차의 혼선 등의 문제점이 노출되면서 도덕적 해이가 발생하여 효율적 공적자금의 운용이 이루어지기가 어렵다. 
충분한 법적 근거가 되지 못하였고 투입결정 과정상의 투명성과 실제 투입 시 집행절차의 혼선 등의 문제점이 노출되었다.
또한 공적자금의 관리가 금융감독위원회와 재정경제부로 이원화되어 있었으며 이를 총괄하는 조직이 없다보니 책임 소재 및 한계가 모호하여 도덕적 해이가 발생하여 근본적으로 효율적 공적자금의 운용이 이루어지기가 어려웠다.
결국 공적자금 조성 및 투입의 법적 근거 관리절차 미비 사후관리 부족등의 문제가 지적되었고 정부는 년 월 일 공적자금관리특별법을 제정하여 공적자금 투입 및 관리의 법적 근거를 마련하였다.
이에 따라 금융산업의구조개선에 관한 법률 예금자보호법 자산관리공사법 등에 산재해있던 공적자금 관련법들이 공적자금특별법으로 체계화되었고 공적자금관리위원회가 발족하여 공적자금의 조성 운용 관리 등에 대한 주요사항을 심의 조정하게 되었다. 또한 공적자금의 지원 원칙인 최소비용의 원칙, 공평한 손실부담의 원칙이 명문화되었고 공적자금투입금융기관에 대한 경영정상화이행약정 체결과 이행실적 보고도 의무화되었다.
특히 분기별 회(MOU)이상 공적자금운영에 대해 국회에 보고하고 감사원 감사 및 연 회 공적자금, 관리백서 발간을 법에 명시하였다.
정기국회는 예금보험기금채권의 차환발행동의안을 심의하면서 2001년 상반기까지 공적자금 회수와 상환에 대한 대책을 마련하도록 요구하였다.