청소년 방과후 아카데미의 경우 강사의 임금이 낮아 지방에서 강사를 구하는데 어려움을 겪는 등 운영 인력에 대한 열악한 처우가 문제 된다.
따라서 일선에서 학생들이 부끄러움이나 위화감을 느끼지 않도록 하는 적절한 방안이 지속적으로 강구되어야 할 것으로 본다.
다섯째, 청소년 방과후 아카데미의 경우 운영 인력에 대한 열악한 처우의 문제가 제기된다. 
강사의 낮은 임금으로 인하여 지방에서는 강사를 구하기가 힘든 실정이며 이는 향후 강사수준의 저하로 이어질 우려도 있다. 
따라서 강사의 처우개선에 대한 다양한 대책을 강구할 필요가 있다. 
더불어 지방 아카데미 강사 부족을 해소하기 위하여 방과후 학교 등 타 사업과의 연계를 통하여 인력풀을 구성하여 운영하는 방법도 고려할 필요가 있다.
청소년 방과후 아카데미의 사업유형은 '일반형', '지원형', '혼합형'으로 구성된다.
일반형은 수익자 부담이며 지원형은 전액 무료로서 기초생활수급 대상자 등 가정형편이 어려운 청소년을 대상으로 하며 혼합형은 유료와 무료 참가자 수를 약 50%가량 혼합하여 수행하는 형태이다. 
2007년도 총 151개 아카데미 중 일반형은 3.3%인 5개소, 지원형은 94.0%인 142개소, 혼합형은 2.7%인 4개소로서 저소득층을 위한 지원형이 대부분을 차지하고 있다. 한국청소년개발원에 따르면 동 아카데미에 참여하는 학생들의 인터뷰에서 자존심이 상한다는 응답이 발견되고 있으며 일부 아카데미 교사들 역시 대대적인 홍보보다 공문을 통한 추천 등으로 학생을 모집하는 사례가 있다.