대사헌 이이가 당쟁을 야기시킨 책임을 물어 심의겸을 탄핵해 파직시킨 것에 대해 선조는 신하가 붕당을 지으면 반드시 주멸된다는 것을 경계하라고 했다.
 하지만 불길의 속성이 무엇인가? 잡티만 한 불씨라도 휘발성 강한 물질에 튀는 순간 집채까지 거뜬히 삼킨다. 이미 당쟁의 불길은 두 사람의 손을 떠나 무섭게 번져가고 있었다.
 김효원과 심의겸의 충돌로 생겨난 동서 분당의 파문은 서서히 지방에까지 파급되기 시작했다. 5년 후인 선조 13년 윤 4월 20일 현재의 충청북도 음성 부근의 음죽에 사는 한 진사가 선조에게 글을 올렸다. 전욱이라는 이름의 이 진사는 조정이 불협화음을 내고 있다는 사실을 지적하면서 “조정 신하들이 사혐(私嫌)을 품고 무고한 사람을 탄핵하며 근거 없는 말을 선동하여 시골로 추방하는 등 위로는 성상의 총명을 속이고 아래로는 말 못 할 울분을 끼치고 있다”고 개탄했다. 이에 대해 선조는 일단 “신하로서 붕당을 조직해 서로 대립하는 것은 그 죄가 이미 크다”면서 “게다가 사혐을 품고서 군주를 속이기까지 한다면 그것은 놀랄 일”이라며 진상조사를 명했다.
 대략 이 무렵부터 선조는 이이를 중용하기 시작했다. 선조 14년(1581) 6월 선조는 이이를 대사헌으로 임명했다. 그해 7월 대사헌 이이, 장령 정인홍은 심의겸을 탄핵해 파직시켰다. 지난 6~7년간 조정을 어지럽게 한 당쟁을 야기시킨 책임을 물은 것이다. 이에 대해 선조는 “그대들도 또한 스스로 자신의 일을 살펴서 신하가 붕당을 지으면 종말에는 반드시 주멸(誅滅)된다는 것을 경계하라”고 단호한 태도를 보였다.
 같은 해 10월 천재(天災)가 이어지자 정승·판서와 대사헌 등을 들라고 한 후 대책을 논의하다가 또다시 붕당의 문제가 제기됐다. 선조는 “요즘 조정이 불화하다고 말하는 자들이 많다. 조정이 불화하면 어찌 천재를 부르지 않겠느냐”고 호통을 친다. 특히 영의정 박순을 쳐다보면서 “이는 대신의 책임이다. 신하가 감히 붕당을 짓는다면 멀리 귀양을 보내도 괜찮다. 누가 감히 붕당을 만든다는 말인가?” 한다.
