고용안정사업 재정지출의 회계·기금 간 비중 측면에서 일반회계 고용안정사업 예산액의 감액 편성이 문제점으로 지적된다.
고용보험기금의 고용안정사업 계획액이 큰 폭으로 증가한 것은 신규사업이 대폭 도입되었음에 기인한다. 
 일자리창출 등 고용안정은 현재 우리사회의 가장 큰 현안 문제이므로 2006년도 노동부 고용안정사업의 총 예산액이 증가한 것은 타당성이 있다고 보여 진다. 그러나 고용안정사업 재정지출의 회계·기금간 비중측면에서 볼 때 다음과 같은 문제점이 지적된다.
 먼저, 일반회계 고용안정사업 예산액의 감액편성이다. 
노동부 일반회계 고용안정사업이 감액편성된 것은 2005년도에  일반회계사업으로 수행하던 고용안정사업의 세부사업이 2006년도에는 고용보험기금사업으로 이관된 것에 기인하는 바가 크다. 
 2006년도에 일반회계에서 고용보험기금으로 전환된 고용안정사업의 세부내역을 살펴보면 직업정보제공및직업지도, 고령자취업지원, 고용안정전산망관리 등  3개 사업으로 2005년도에는 일반회계에 106억 6,500만원이 편성되었으나 2006년도에는 2005년 대비 64.9% 증가한 175억 8,400만원이 고용보험기금의 고용안정사업으로 계획되어 있다.