진복창은 명종3년 2월 3일에 대사간에 올랐으며 실록의 사관은 진복창이 선한 사람을 공격했는데 언론의 최고책임자로 두니 국사가 한심스럽다고 평했다.
 이후에도 홍문관 응교와 부제학을 거친 진복창은 명종3년 2월 3일 마침내 사간원의 최고위직인 대사간(大司諫)에 오른다. 당시 실록의 사관은 “진복창은 권간(權奸) 이기(李芑)의 심복이 되어 그들의 지시에 따라 선한 사람을 마구 공격했는데 그를 언론의 최고책임자로 두었으니 국사(國事)가 한심스럽다”고 평하고 있다. 이기는 윤원형의 최측근이다. 그해 4월 19일 대사헌(大司憲) 구수담(具壽聃)이 당대의 실력자인 좌의정 이기의 부정부패를 정면으로 탄핵하고 나섰다. 구수담은 사림으로 내외의 신망이 두터운 인물이었고 진복창도 구수담에게 학문을 배운 바 있다. 이때 대사간인 진복창도 구수담을 거들고 나섰다. 한때는 이기에게 빌붙어 영화를 누렸지만 이기가 윤원형의 견제를 받기 시작하자 미련 없이 배반한 것이다. 명종4년 5월 진복창은 홍문관 부제학을 거쳐 마침내 대사헌에 오른다. 사람을 죽이고 살리는 자리를 맡은 것이다. 진복창은 대사간 때도 그랬지만 대사헌이 되어서도 적시(適時)에 여러 차례 사의를 표명하며 강직함을 가장했다.
 문정왕후는 말할 것도 없고 명종도 여차하면 미련 없이 사직서를 내던지는 진복창의 이런 제스처에 감복하지 않을 수 없었다. 사심(私心)이 없는 신하라고 오판(誤判)했던 것이다.
 진복창의 권력욕은 그칠 줄을 몰랐다. 당시 병조판서 이준경(李浚慶)은 윤원형도 함부로 못할 만큼 내외의 큰 신망을 얻는 인물이었다. 마침 사는 집도 가까워 진복창은 이준경과 친해지려고 무진 애를 썼다. 
