초조해진 낭인배들은 난폭하게 굴었다. 그들은 건청궁 내 왕의 처소인 장안당(長安堂)과 왕비의 처소 곤녕합(坤寧閤) 등을 마구 쑤시고 다녔다. 그러는 와중에 민비가 시해됐다.
 이미 날이 밝아오려 하고 있었다. 당초 계획대로라면 새벽 5시는 민비를 시해하고 철수했어야 할 시간이었다. 미국인 다이 장군, 러시아인 건축기사 사바친이 나타나 현장을 지켜보고 있었다. 이런 상황에 이르게 된 것은 상당 부분 공덕리 별장에서 지체한 대원군에게 원인이 있었다.
 초조해진 낭인배들은 난폭하게 굴었다. 그들은 건청궁 내 왕의 처소인 장안당(長安堂)과 왕비의 처소 곤녕합(坤寧閤) 등을 마구 쑤시고 다녔다. 고종의 어깨를 잡아당기고, 세자의 망건을 찢는가 하면 세자빈에게 칼을 겨누고 왕비가 있는 곳을 물었다. 오기하라 경부가 “국왕과 태자에게는 해를 가하지 말라! 대원군과의 약속이 있다!”고 외치며 낭인들을 제지했다. 용모가 아름다워 보이는 궁녀들을 보면 왕비이겠거니 싶어 칼질을 했다. 궁내부 대신 이경직(李耕稙)은 곤녕합으로 침입하는 일본인들을 가로막다가 일본인들의 칼에 두 팔이 잘린 후 쓰러졌다.
 그러는 와중에 민비가 시해됐다. 기록에는 묘시(卯時·새벽 5~7시)로 되어 있지만, 새벽 5시 45분~6시 사이였을 것으로 추정된다. 주한 러시아공사 베베르는 러시아 외무장관에게 올리는 보고서에서 이렇게 기록했다.
 민비가 시해된 곳은 건청궁 내 곤녕합. ‘곤녕’ 즉 ‘땅(왕비)이 평안하다’는 뜻을 가진 곳에서 왕비가 목숨을 잃었으니 아이러니한 일이다. 황현은 《매천야록》에서 이렇게 평했다.
 소동이 벌어지는 사이에 대원군은 경복궁 근정전 뒤 강녕전(康寧殿)에 머물고 있었다. 사건 현장에 대원군이 없는 것이, 대원군에게나 일본인들 모두에게 좋았을 것이다. 대원군은 일시 권력의 무대로 복귀했으나 오래가지 못했다. 아관파천 후 법부(법무부) 고문 C. 그레이트하우스가 을미사변 당시의 행적에 대해 소명을 요구하자 대원군은 이렇게 답했다.
