박 정부가 국가과학기술심의회를 과학기술정책 심의기구로 발족한 후 과학기술혁신본부는 과학기술 정책을 조정하는 역할을 했다.
그러나 2011년에 국가과학기술위원회가 상설기구로 출범하면서 국가연구개발 예산 조정·배분과 성과평가 기능을 기획재정부로부터 다시 이관하였다.
박*혜 정부는 교육과학기술부, 지식경제부, 방송통신위원회 등의 과학기술분야를 통합한 미래창조과학부를 출범시키고, 국가과학기술위원회를 폐지하는 대신 과학기술정책 심의기구로 국무총리 소속의 국가과학기술심의회를 발족했다. 
이후 과학기술혁신본부는 국가과학기술위원회의 간사 역할을 수행하면서 과학기술 정책을 조정하는 역할을 수행했다. 2015년 국가연구개발의 종합조정 기능을 강화하기 위해 미래창조과학부 산하에 과학기술전략본부를 새롭게 설치하고, 대통령 소속의 관계부처 회의기구인 과학기술전략회의도 별도로 신설하였다. 문*인 정부는 미래창조과학부를 폐지하고 과학기술정보통신부를 새롭게 출범시키고, 과학기술전략본부 대신 과거 노무현 정부 당시와 같은 과학기술혁신본부를 새롭게 설치하였다. 과학기술정책 종합조정기구인 국가과학기술심의회와 과학기술전략회의를 국가과학기술자문회의로 통합하였고, 노*현 정부에서 운영되었던 과학기술관계장관회의를 부활시켰다.