채권 및 주식 등 자본시장 육성이 중요한 과제인데 이를 위한 정책 내용이 통합 거래소 추진계획에 나타나지 않고 있다.
이를 위한 정책과제로는 금융제도의 선진화 금융시장의 발전 및 금융산업의 경쟁력 강화, 시장환경의 개선 등이다. 이 중에서 금융시장의 발전을 위한 채권 및 주식 등 자본시장의 육성이 중요한 과제이다. 이를 위한 실질적인 정책 내용은 통합거래소 추진계획에 나타나지 않고 있다. 일반적으로도 통합은 위험이 따르기 마련이다 독점적 형태의 통합거래소는 개별적인 거래소 시장의 시장 지위를 낮추는 결과를 낳을 수도 있다. 자본시장의 글로벌 진입장벽이 무너지면서 투자자들은 수익률이 높고 편익이 많은 거래소 시장으로 옮겨갈 수도 있기 때문이다. 또한 통합을 통한 잉여 자원에 대한 구조조정 전략과 실행계획이 없으면 효율성을 높일 수는 없다. 노조의 반발도 합리적으로 해결하여야 하겠지만 궁극적으로는 투자자의 편익을 높일 수 있는 효율성을 무시할 수는 없으므로 자원에 대한 구조조정이 중요한데 통합방안에는 이러한 요소를 고려하지 않고 통합거래소 설립을 추진하고 있다. 통합 거래소의 기능 개편 상 가장 핵심이 되는 이슈는 청산․결제기능에 관한 것이다.