2006년도 기금운용계획안에서 북측과의 설계 등이 거의 완료되었는데 2005년도 집행실적이 부진함에 따라 사업계획 수립 시 예산이 과다 편성되지 않도록 하는 노력이 필요하다.
개성공단개발사업에 있어서의 문제점은 여러 가지가 있지만 우선 첫째는 개성공단 기반시설 건설의 집행부진 및 이에 따른 사업지연이다. 
2006년도 기금운용계획안에서 통일부는 북측과의 합의 및 설계 등이 거의 완료되어 공사가 추진되고 있는 만큼 2005년말까지 기금집행에는 큰 문제가 없을 것으로 설명한 바 있었으나, 동 사업의 2005년도 집행실적은 2004년도에 이어 여전히 부진하였다. 
 따라서 사업계획 수립 시 사업진행 상황을 보다 면 히 검토하여 예산이 과다 편성되지 않도록 하는 노력이 필요할 것이다. 둘째, 원산지 판정문제이다. 
 개성공단에서는 원재료를 남한 또는 제3국에서 들여와 제품을 가공·제조하므로 2국 이상에 걸친 생산형태로 볼 수 있고 2국 이상에 걸친 생산제품의 원산지 판정기준은 일반적으로 실질적 변형기준이나 주요 공정기준 등을 따르기 때문에 국제사회에서 일반적으로 인정하는 원산지 판정기준과 국별 판정기준으로 볼 때, 개성공단 입주기업들의 생산제품은 대부분 북한산으로 판정될 가능성이 높다. 
 따라서 북한산으로 판정된 개성공단 생산제품의 가장 큰 애로 사항 중 하나는 해외수출 시 경쟁국보다 높은 관세를 물어야 하는 불이익을 감수해야 한다는 것이다.
 셋째, 미국을 비롯한 일부 국가는 전략물자 및 관련 기술들이 소위 ‘불량국가’나 테러단체에 공급되는 것을 차단하기 위해 다자간 수출통제체제를 형성·운영하고 있는데, 북한은 다자간 수출통제의 적용 대상 국가이기 때문에 전략물자의 반·출입을 제한받음으로써 개성공단 입주기업들의 기업 활동에 실제적인 장애물로 작용하고 있다.