농림수산업자신용보증기금은 대출기관인 농협중앙회가 동 기금의 신용보증 업무를 위탁받아 관리함에 따라 상호이해 상충으로 인한 도덕적 해이의 문제가 발생할 가능성이 있음. － 따라서 인력운용의 독립성 확보와 위탁보증의 축소 및 신용평점시스템의 도입 등을 통한 보증심사 강화 등의 제도개선이 필요함.
그러나 2006년 이후 만기도래분부터는 전액상환을 유도하고, 보증책임을 최소화할 수 있는 완충장치(후순위+잉여현금)를 보다 강화할 필요가 있음. 기술신용보증기금은 2005년 8월말 현재 여유자금(유동성)이 1,450억원 불과하며 운용배수가 17.4배로 적정수준을 크게 상회하여 정상적인 보증운용이 어려운 실정임.－ 이에 동 기금은 경상경비의 절감이나 보유자산 매각 등 자구노력을 진행 중이고, 정부출연금이 6,000억원으로 증액되었으나, 이것만으로는 재정이 건전화되기엔 부족한 것으로 보임.－ 또한 동 기금은 2001년에 2조 3,234억원 규모의 PCBO보증제도를 도입하였으나, 비현실적인 주가 및 경기예측에 근거한 보증공급과 부실보증심사 그리고 사후관리 업무를 위탁받은 민간기업의 도덕적 해이 등으로 부실이 과다하게 발생하였음. 따라서 보상상시리뷰시스템의 정착과 피보증기업의 영업자금 활용실태 등에 대한 사후적 점검이 필요할 것으로 보임. 농림수산업자신용보증기금은 대출기관인 농협중앙회가 동 기금의 신용보증 업무를 위탁받아 관리함에 따라 상호이해 상충으로 인한 도덕적 해이의 문제가 발생할 가능성이 있음. － 따라서 인력운용의 독립성 확보와 위탁보증의 축소 및 신용평점시스템의 도입 등을 통한 보증심사 강화 등의 제도개선이 필요함.