국가위기관리체계가 제대로 작동하려면 국가와 지방자치단체 조직 간 상하·수평적 연계와 협조가 필수적이지만 복잡한 조직구조로 부작용이 적지 않다.
 국가위기 관리체계가 제대로 작동하려면, 국가와 지방자치단체 조직 간 상하·수평적 연계와 협조가 필수적이다. 그럼에도 불구하고, 현재는 복잡한 조직구조로 인해 부작용이 적지 않다. 먼저, 국가 차원에서 위기관리사령탑(control tower)이 보이지 않는다. 
 국가안전보장회의(NSC), 안보관계장관회의, 외교안보정책조정회의, 국가위기관리실, 외교안보수석실 등 기구는 많다. 하지만 위기관리의 핵심주체가 누구인지 매우 헷갈리는 구조다. 더구나 국가위기상황실 근무요원의 전문성마저 떨어진다. 현 국가위기관리실은 그간 수차례에 걸쳐 조직편제가 확대·변화됐으나, 1~2년 단위의 파견근무라는 시스템은 변하지 않았다. 전문성과 경험을 갖추지 못한 참모가 위기상황에서 대통령의 의사결정을 제대로 보좌한다는 것은 쉽지 않다.
 지난해 천안함과 연평도 사태 당시, 국민들에게 대통령 참모들은 보이지 않고, 대통령 혼자 북 치고 장구 치는 모습이 부각된 것은 우연이 아니다. 
 게다가 재난·민방위 업무가 행정안전부와 소방방재청으로 이원화돼 ‘한 지붕 두 가족’ 형태다. 지자체는 담당부서도 각양각색(各樣各色)이어서 업무수행에 어려움이 적지 않다. 
 민방위협의회, 안전관리위원회, 재난안전대책본부, 통합방위협의회 등과 같은 각종 회의체(기구)가 너무 많아 그 실효성도 의문시되고 있다. 유사하고 중복되는 기능을 가진 여러 개의 회의체를 중앙정부-시·도-시·군·구 단위로 운영하는 것은 비효율적일 뿐만 아니라, 기관장 1인이 모든 회의체 의장의 역할을 하는 것도 불가능하다. 
