정부는 지역산업정책 기본 틀을 구성해 국가균형발전과 지역경제 활성화에 공헌할 수 있도록 계획되었고 목적을 실현하기 위해 지역산업진흥사업운영요령을 제정 고시했다.
동사업의 초기 계획단계에서는 국가적 차원에서의 지역산업정책방향이 체계적으로 마련되지 못한 상태여서 정부는 선진국의 지역산업정책 사례와 국내 지역별 산업발전여건을 고려하여 지역의 범위, 지역전략산업의 성격 및 선정기준, 국내 지역혁신체계의 기본모형 등 지역산업정책의 기본 틀을 구성하여 실질적으로 국가균형발전과 지역경제 활성화에 공헌할 수 있도록 계획되었다. 이러한 목적을 체계적으로 실현하기 위하여 2000년에는 산업자원부와 각 지방자치단체는 중장기지역산업발전계획을 공동으로 수립하였고, 2003년 5월에는 지역산업진흥사업운영요령을 제정  고시하였다. 이어서 1단계 4개 지역산업진흥사업이 종료되는 2003년 5월에는 한국개발연구원과 산업연구원이 공동으로 1단계 4개 지역산업진흥사업의 성과평가 및 2단계 지역산업진흥사업의 타당성 조사를 실시하였고, 2003년 11월부터 12월까지 지방자치단체의 기획안을 검토 및 조정하여 2004년 1월 2단계 4개 지역진흥사업의 세부사업계획을 확정 발표하였다. 지역산업진흥사업 추진의 법적 근거는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제3조과 국가균형발전특별법 제11조이다. 지역산업진흥사업에 관한 구체적인 정의 및 추진체계는 2004년 10월 전면 개정된 지역산업진흥사업운영요 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제3조의 2(지역산업진흥계획 등)에는  시 도지사는 5년 단위로 관할구역의 산업집적의 활성화 등 지역산업의 발전을 위한 지역산업진흥계획을 수립할 수 있다.