정인홍이 이언적과 이황의 문묘종사는 부당하다고 극론하는 소를 올리며 이황이나 이언적 모두 명종 때 높은 벼슬을 한 것을 문제 삼았으나 여론은 정인홍에게 불리하게 돌아갔다.
 그런데 이듬해인 광해군 3년 3월 26일 정권 실세인 정인홍(鄭仁弘)이 ‘이언적과 이황의 문묘종사는 부당하다’고 극론하는 소를 올렸다. 이것은 대체로 이황을 겨냥했는데, 이황이 자신의 스승 조식(曺植)에 대해 “신이 일찍이 고 찬성 이황이 조식을 비방하는 것을 보았는데, 하나는 상대에게 오만하고 세상을 경멸한다는 것이고, 또 하나는 높고 뻣뻣한 선비는 중도(中道)를 요구하기가 어렵다는 것이고, 또 하나는 노장(老莊)을 숭상한다”라고 비방했기 때문이다. 특히 정인홍은 이황이나 이언적 모두 도리가 없는 세상이라 할 수 있는 명종 때 높은 벼슬을 한 것을 문제 삼았다.
 “두 사람은 모두 유학하는 사람이라는 칭호를 지니고서 소인이 득세하여 군자를 해칠 때에 구하지 못하고 같이 행동을 한 수치가 있으니, 신하가 도로써 임금을 섬기다가 불가하면 그만두는 의리와 돌처럼 단단한 절개로 속히 떠나는 의리와는 또한 너무도 다르지 않습니까.”
 보기에 따라 일리가 없는 것은 아니다. 그러나 여론은 정인홍에게 불리하게 돌아갔다. 당시 사관은 정인홍이 소를 올린 의도를 이렇게 풀어내고 있다.
 “이 시기에 임금이 덕을 닦지 않아 조정의 기강이 날로 문란해지고 어진 이와 사악한 자가 뒤섞이어 외척들이 용사(用事)를 하고 있으니, 군자로서 벼슬하지 못할 이유가 얼마나 많은데 그에 대해서는 한마디의 언급도 없이 유독 이 문제를 가지고 거취를 결정한단 말인가. 더구나 세상이 두 선비를 존숭한 지가 오래되었고 배향을 청한 것이 몇 해째인데 어찌하여 전에는 묵묵히 있다가 지금에 와서 운운하는 것인가. 그의 마음을 헤아려보건대 임금을 협박한 죄를 면하기 어려울 것이다. 대개 인홍의 사람됨이 편협하고 사나우며 식견이 밝지 못한데 방자하게 함부로 지어내어 다시금 돌아보고 거리끼는 것이 없었으므로 세상에서 이르는 현인 군자치고 그의 비방을 입지 않은 사람이 없다.”
