충렬왕이 일본 원정에 적극 협력한 것은 고려에 파견되어 있던 원나라 세력 홍다구 등을 축출하고 자신의 측근 세력을 육성해 왕권을 강화하려는 의도 때문이었다. 또 왜구 침략을 근절시키려는 뜻도 있었다.
 전쟁을 준비하는 한편 원나라는 일본에 두 차례나 사신을 보내 국서(國書)를 전했으나 사신들이 모두 살해되고 말았다. 이에 분노한 원나라는 남송을 멸망시킨 후인 1281년(충렬왕 7년) 2차 일본 정벌을 단행했다. 그간 일본 원정에 소극적이던 고려는 이때부터는 적극적으로 원정 계획에 참여했다.
 충렬왕이 일본 원정에 적극 협력한 것은 고려에 파견되어 있던 원나라 세력 홍다구 등을 축출하고 자신의 측근 세력을 육성해 왕권을 강화하려는 의도 때문이었다. 또 왜구 침략을 근절시키려는 뜻도 있었다. 2차 여몽연합군은 모두 4만명(원 3만·고려 1만명)으로 함선 900척이 동원됐다.
 몽골은 또한 중국 양자강 이남 강남(江南)에서 차출한 강남군을 추가했는데 그 총 병력이 10만에 함선이 3500척이나 됐다. 이 2차 정벌 때 김방경의 직책이 관령고려국도원수(管領高麗國都元帥)에 도원수(都元帥)였다. 김방경은 다시 합포를 출발해 이키를 거쳐 하카타로 향했다.
 묘하게도 여몽연합군은 이번에도 전투에선 승리했지만 태풍과 전염병으로 큰 손해를 입고 철수할 수밖에 없었다. 여몽연합군과 일본 가마쿠라 막부의 2차례 전쟁은 삼국에 모두 영향을 끼쳤다. 가마쿠라 막부는 국력을 낭비해 쇠퇴하고 결국 일본에서는 남북조 시대가 열리게 된 것이다.
 고려 역시 두 차례 전비(戰費)를 지출하느라 국고가 텅텅 비게 돼 몽골의 7차례에 걸친 침략에도 버틸 수 있었던 체력이 고갈되고 말았다. 더욱이 일본 정벌을 위해 설치됐던 정동행성은 전쟁이 끝난 뒤에도 남아 고려의 정치에 간섭하는 기관이 되고 말았다.
