미곡종합처리장 증설·운 사업은 9184억원이 소요되는 미곡종합처리장 운 자금 지원사업, 경 개선 지원사업, 증설 지원사업으로 구성된다.
이러한 상황을 감안한다면 친환경농업을 육성할 필요가 있으며, 농업환경개선과 친환경농업육성을 위해 시 ‧ 군 수계단위로 경종농업과 축산을 연계하여 관행농업을 친환경농업으로 전환시키는 것을 사업내용으로 하고 있는 광역친환경농업단지조성사업은 예산을 증액시킬 필요가 있다.
 미곡종합처리장 증설 ‧ 운 사업의 경우 미곡종합처리장 운 자금 지원사업, 미곡종합처리장 경 개선 지원사업, 미곡종합처리장 증설지원사업으로 구성된다. 
그 중에서 미곡종합처리장 운 자금 지원사업의 경우 재원조달은 농어촌구조개선특별회계 1,676억원, 농협자금 7,508억원 합계 9,184억원이 소요되는 사업이다. 
2006년에는 농어촌구조개선특별회계 소요 1,676억원 중 이미 확보된 재원을 제외한 600억원의 예산을 요구하고 있다. 
 한편 미곡종합처리장에 대한 경 평가 결과, A부터 F까지 6등급으로 구분 하여 보면 농협소유의 미곡종합처리장의 경 평가가 민간 미곡종합처리장의 경평가보다 상대적으로 떨어지는 것으로 나타났다. 상기의 재원조달에서 농협자금이 전체 재원조달의 약 82%를 차지한다는 것을 생각하면 운 자금 지원사업의 경우 농협소유의 미곡종합처리장에 집중될 우려가 있다. 이것은 형평성 면에서 문제이며, 효율성 면에서도 문제가 될 가능성이 있다. 이러한 점을 고려할 때, 미곡종합처리장 증설 ‧ 운 사업의 경우 정부가 예산사업으로 지원하는 것은 신중하게 재검토할 필요가 있다. 2004년 4월에 발표된 미곡종합처리장 경 평가 결과 D등급 판정을 받은 미곡종합처리장은 82개소이고 이중 약 61%가 농협소유 미곡종합처리장이었다.