히데요시가 바텐레 추방령을 내리고 기독교 탄압 움직임을 보이고 있어 발리냐노는 고아에 머무르다 재회한 견구 소년사절단을 동반해 재차 도일한다.
 일본을 떠나 고아에 머무르던 발리냐노는 그곳에서 재회한 견구(遣歐) 소년사절단을 동반하여 1590년 재차 도일(渡日)한다. 1590년의 일본 방문은 긴장감 속에서 이루어진 것이었다. 3년 전인 1587년, 도요토미 히데요시(豊臣秀吉)가 돌연 ‘바텐레 추방령’(기독교 사제 추방령)을 내리고 기독교 탄압 움직임을 보이고 있었기 때문이다. 발리냐노는 단순한 예수회 사제가 아닌 인도 부왕(副王·총독) 사절의 자격을 얻어 도요토미 히데요시를 직접 알현하고, 그의 의중을 살펴 포교 재개에 우호적인 분위기를 조성코자 하였다. 
 이때 발리냐노의 통역사로 로드리게즈가 발탁된다. 그 전까지는 자타 공인 최고의 일본 전문가 프로이스가 통역을 맡았으나, 노쇠한 프로이스를 대신하여 로드리게즈가 중책을 부여받은 것이다. 발리냐노가 1년을 기다려 성사된 히데요시와의 만남에서 통역을 맡은 로드리게즈는 일본인 뺨치는 유려한 일본어로 히데요시를 매료시킨다. 로드리게즈의 유창한 일본어에 감탄한 히데요시가 로드리게즈를 따로 불러 단독 면담을 가질 정도였다. 이때 시작된 히데요시와 로드리게즈의 인연은 히데요시가 숨을 거두는 순간까지 이어진다.
 히데요시의 기독교 탄압 움직임에 숨을 죽이며 수면하에서 활동해야 했던 예수회는 어떻게 해서든지 상황을 타개하고자 했다. 인도 부왕 사절 자격으로 히데요시의 일본 통일 위업을 경하(慶賀)하고 성대한 선물을 봉정(奉呈)하며 히데요시의 환심을 사는 한편, 포르투갈 무역 이권을 협상 레버리지(지렛대)로 삼아 추방령을 철회하고 운신의 폭을 넓히려 했다. 그러한 일련의 교섭 활동에 로드리게즈가 깊숙이 개입하게 된 것이다.
