동 기금의 보증은 지원근거에 따라 일반보증과 IMF 관리체제와 급격한 시장개방에 의해 어려워진 농어업인에 대하여 부채대책 등을 위한 여러 가지 특례보증으로 구분된다. 일반보증은 농림수산업자가 금융기관으로부터 대출을 받음으로써 발생하는 금전채무에 대한 대출보증과 농림수산업자가 상거래와 관련 하여 계약서상 보증 상대방에 대하여 부담하는 금전채무에 대한 상거래 채무보증이 있다.
금융기관출연금은 매월 출연기준 대출금의 월중 평균잔액에 별도로 규정된 기준요율 0.125%에 차등요율을 가감하여 산정하고 있다. 
 차등요율은 금융기관별 대위변제율에 의한 요율 0.03% 및 보증이용율 0.01%이다신용보증료는 주택신용보증을 이용하는 개인 및 기업이 수익자 입장에서 부담하는 이용수수료이다. 
 동 기금의 사업은 내부 조달자금의 주요 수입원인 신용보증료가 가격결정 변수로의 역할을 못하고 있는 불균형 시장구조 하에 있어 대위변제에 따른 비용지급을 충분히 감당할 수 없는 수지불균형의 구조적 한계에 노출되어 있다. 
 한편, 동 기금은 1998년에 IBRD로부터 차관자금 2,800억원을 차입하였으며, 2005년 말 현재 2,100억원의 잔액이 남아있다. 
라. 농림수산업자신용보증기금
(1) 보증현황농림수산업자신용보증기금의 주요 보증대상자는 농림수산업자로서 농어업인, 양축인, 축산계, 어촌계, 산림경작가, 인삼경작자 등이며 보증대상자금은 농림수산사업자금이다. 
 보증종류는 대출금 및 상거래채무이다. 
동 기금의 보증은 지원근거에 따라 일반보증과 IMF 관리체제와 급격한 시장개방에 의해 어려워진 농어업인에 대하여 부채대책 등을 위한 여러 가지 특례보증으로 구분된다. 일반보증은 농림수산업자가 금융기관으로부터 대출을 받음으로써 발생하는 금전채무에 대한 대출보증과 농림수산업자가 상거래와 관련 하여 계약서상 보증 상대방에 대하여 부담하는 금전채무에 대한 상거래 채무보증이 있다.