농지법 및 농업기반공사및농지관리기금법에 대한 명문 규정을 입법화하는 방안을 시급히 검토해야 하며 농지관리계정의 결손 문제 역시 해결되어야 한다.
따라서 농지조성사업 이외의 영농규모화사업에 지원하는 것은 예산의 목적 외 사용으로 부담금의 징수 목적에 위배된다. 즉 계정간의 자금 대여 거래는 결국 농지조성비 등으로 조달한 자금을 목적이 다른 사업에 사용하는 것이다. 그러나 농지관리계정의 경우 차입금에 의존하고 있는 상황에서 차입금으로 차입금을 상환하는 악순환이 반복되는 것은 심각한 문제이므로 당면 문제를 해결할 필요성이 있다. 농업기반공사및농지관리기금법의 규정에 의한 농지관리계정과 농지조성 계정의 구분 계리 문제를 해결하기 위해서는 법적 근거를 명확히 할 필요가 있다. 이를 위해서는 농지조성비 납입금에 관하여 규정하고 있는 농지법 및 농업기반공사및농지관리기금법 등의 관련 법을 개정할 필요가 있다. 농지법 및 농업기반공사및농지관리기금법에 농지조성비 사용목적의 범위를 명시하고 계정간 전출입을 가능하게 하는 명문 규정을 입법화하는 방안을 시급히 검토할 필요가 있다. 장기적으로는 계정 간 통합으로 농지관리계정의 결손 문제를 해결할 필요가 있다. 농지를 전용할 때 지불하는 농지조성비 납입금은 농지를 조성하는데 사용되어야 하나, 쌀 생산과잉으로 쌀생산조정제를 실시하고 있는 가운데 간척사업 등을 통한 농지를 조성할 필요가 별로 없다. 이러한 상황을 고려할 때 농지.관리계정과 농지조성계정의 통합을 장기 과제로 검토하는 것이 필요하다. 기금운용평가단은 장기적으로는 농지정책과 환경의 변화추이를 반영하여 농지관리계정을 폐지하고 영농규모화사업을 농어촌구조개선특별회계의 생산기반조성사업으로 통합하는 방안을 지속적으로 검토할 필요가 있다고 지적하고 있다.