자금 종류는 국회 및 기금운용평가단의 지적을 반영하여 25개에서 17개로 정비되었고 국민임대는 사업이 중요하기 때문에 별도로 존속되었다.
청약저축은 대상이 무주택 세대주, 이자율은 1개월~1년 미만 2.5%, 1년 이상~2년 미만 5.0%, 2년 이상 6.0%이다. 정부는 주택종합계획을 효율적으로 실시하기 위하여 필요한 자금을 확보하고, 이를 원활히 공급하기 위하여 국민주택기금을 설치한다. 2006년도 기금운용계획안 분석[표 1] 국민주택기금 재원의 이자율, 기간, 내용이자율 기간 내용공자기금국채금리+0.01%P(5.90~11.10%)5~10년 국채관리자금의 예탁자금재특회계차입금변동금리(3.38% 수준)20년 재정융자특별회계 융자계정 차입농특회계차입금 연 3.0% 20년 농어촌특별세관리특별 회계 차입예수금 시장금리 5년 이내각종 기금의 예탁자금복권기금전입금   복권자금으로 조성된 자금주택저당증권 시장 실세금리15년 이내주택자금 대출채권을 담보로 MBS 발행자료: 건설교통부. 다. 주요 사업분야주요 사업은 크게 임대주택자금, 분양주택자금, 수요자자금, 주택개량자금, 기타 사업으로 구성된다. 국회 및 기금운용평가단의 지적사항을 반영하여 성격과 대상이 유사한 사업이 통폐합되는 등 자금 종류가 25개에서 17개로 정비되었다. 임대주택자금이 공공임대로 통합되었고 국민임대는 사업이 중요하기 때문에 별도로 존속되었다. 분양주택자금이나 수요자자금의 경우 공공분양이나 근로자서민구입으로 통합되었다. 그리고 2004년 신규사업은 후분양주택, 전세금 반환자금, 개발이주자전세, 소년소녀 가정 및 교통사고 유자녀 전세자금이다.