보조사업자의 책임성을 강화하기 위해서 관리체계를 구축하고 사업에 부합하는 기준과 지침을 마련해야한다.
물론 자치단체 보조사업의 경우 보조사업자의 재량성을 확대할 필요성도인정될 수 있지만 보조사업자의 책임성을 강화하기 위해서는 보조금 지원기준 및 운용지침 마련 등 합리적인 보조금 관리체계를 구축할 필요가 있고 특히 보조사업의 특성상 사후관리체제를 보다 강화해야 할 것으로 본다. 
 이와 함께 지자체보조사업과 민간보조사업의 특성이 다소 상이한 바 사업의 특성 등을 면밀히 검토하여 각 사업에 부합하는 기준과 지침을 마련해야 한다. 이를 통해 보조금 지급 결정이전에 신청사업들의 타당성을 신중히 검토하여 교부결정이이루어지고 합리적인 보조금 집행이 이루어질 수 있어야 할 것이다. 
사업대상 선정기준의 개선 및 지방이양사업 등의 재검토 필요. 
보조사업들 중 사업특성상 국가가 직접 수행할 필요성이 있음에도 지자체보조사업으로 추진되는 경우가 적지 않다. 그러나 국가가 직접 수행해야 하는 사업과 지자체보조사업을 통해 수행할 수 있는 사업에 대한 명시적인 기준은마련되어 있지 않다. 
 다만 보조금관리법 제 조는 보조금 신청이 없는 경우에도 국가시책 수행상 부득이한 경우 필요한 보조금을 예산에 계상할 수 있도록규정하고 있을 뿐이다.