책임운영기관은 책임기관의 장에게 행정 및 재정상의 자율성을 부여하고 운영성과에 대한 책임을 지도록 하는 행정기관이다.
현재의 경제자유구역청은 조직 인력 등 여러 측면에서 독립성을 갖추었다고 보기 힘들다. 책임운영기관은 경쟁원리에 따라 운영하는 것이 바람직한 사무에 대해 설치하며 책임기관의 장에게 행정 및 재정상의 자율성을 부여하고 그 운영성과,에 대한 책임을 지도록 하는 행정기관이다. 이는 현재 경제자유구역청의 가장 큰 문제점으로 지적되고 있는 독립성과 자율성을 제공할 수 있는 조직형태라고볼 수 있다.따라서 경제자유구역청의 경우 기관장의 임용이 개방형으로 임용된다는 점과 다른 운영상의 특수성을 감안하면 이러한 취지에 잘 부합되는 조직이다. 즉 구역청장에게 조직 ․ 인사 ․ 업무상의 자율성을 부여하고 운영성과에 대해 책임을 지도록 하여 책임행정기관화하는 것이 유용한 대안이라고 판단된다. 이러한 책임행정기관화의 장점은 첫째 부여받은 사업목표를 달성하는 데 있어서 자율성이 부여되므로 시 ․ 도 시의회의 간섭에서 어느 정도 자유로워질 수 있다는 점 둘째 기본운영규정의 정하는 바에 따라 업무를 추진하게 되므로 소관업무소속공무원 인사 등에 대해 시 ․ 도로부터 독립성을 가진다는 점이다. 그리고 통제를 위해서 지방자치단체의 장이 계약주체가 아니라 이해관계자로 구성되는 이사회가 계약의 주체가 되게 할 수도 있다.현재의 경제자유구역청의 조직상 문제점을 해소하기 위하여 책임운영기관적 요소를 반영하여 자율성을 강화하는 방안이 입법예고 중이다.