서학 관련 사건으로 노론 벽파가 남인 세력에 대한 공격을 계속하자 정조는 정약용을 종6품으로 좌천시켰으나 정약용에게 사기영선을 교정하도록 명령했고 좌부승지로 승진시켰다.
 정조 15년(1791년)의 진산사건과 정조 19년(1795년) 주문모(周文謨) 신부의 변복잠입사건 등 서학 관련 사건으로 노론 벽파가 채제공계 남인 세력에 대한 공격을 계속하자, 정조는 반대파의 공격을 완화시키기 위해 1795년 7월 정약용을 종6품 금정 찰방으로 좌천시켰다.
 그러나 정조는 이듬해 10월 정약용에게 이만수(李晩秀), 박제가(朴齊家) 등과 《사기영선(史記英選)》을 교정하도록 명령했고, 12월에는 병조참지(參知)를 거쳐 좌부승지로 승진시켰다. 정조 21년(1797년) 봄에는 《춘추경전(春秋經傳)》 《두시(杜詩)》 《육시(陸詩)》 등을 교정하게 했다. 같은 해 6월 다시 승정원 동부승지에 제수하자 정약용은 극심해지는 반대파의 비난에서 벗어나기 위해 사직상소를 올렸다. 비방이 계속되자 정조는 이를 피하기 위해 정약용을 황해도 곡산부사로 나가게 했다. 
 정조 23년(1799년) 4월 정조는 곡산부사로 있던 정약용을 다시 병조참의로 조정에 불러들이고 이어 형조참의에 제수하자 다산에 대한 반대파의 시기와 공격은 더욱 거세졌다. 결국 정약용은 39세인 1800년 봄 벼슬을 버리고 고향 마재로 돌아가게 된다. 그러자 정조는 다시 정약용을 불러들여 규영부에서 교정하는 일에 종사하게 했다. 그러나 같은 해 6월 정조의 갑작스러운 서거로 이는 정약용에 대한 정조의 마지막 부름이 됐다. 이것으로 정약용의 정치적 역정도 끝을 맺게 됐다. 결국 서학 문제로 인해 순조 1년(1801년) 신유사옥(辛酉邪獄)으로 18년간의 유배기를 보내게 된다.
