그러나 실제적으로 기획예산처는 4월 말에 국가재원배분회의를 개최하기 전에 각 부처로 하여금 신규 및 계속사업의 계획을 제출하게 하는 등 매년 1~4월의 기간 중에 5개년의 지출총액과 분야별 부처별 지출한도를 실무적으로 협의하는 절차를 거치게 된다.
그러나 실제적으로 기획예산처는 4월 말에 국가재원배분회의를 개최하기 전에 각 부처로 하여금 신규 및 계속사업의 계획을 제출하게 하는 등 매년 1~4월의 기간 중에 5개년의 지출총액과 분야별 부처별 지출한도를 실무적으로 협의하는 절차를 거치게 된다. 이러한 협의과정은 차년도 예산안뿐만 아니라 5개년의 중기재정계획수립과 밀접하게 연계되어 운용되며 실제로 전년도에 수립한 국가재정운용계획이 차년도의 부처별 지출한도를 결정하는데 중요한 근거자료로 활용된다. 국가재원배분회의 국가재원배분회의는 대통령, 국무총리 및 국무위원, 청와대의 대통령 참모 등 약 40명의 장관급이 참여하는 회의로서 기획예산처에서 작성한 재원배분결정을 위한 주요 정책과제와 국가재정운용계획에 한 시안을 토론하게 된다. 회의진행은 주요정책과제별로 기획예산처장관 또는 관련 장관이 발제를 하고 참석자들이 의견을 개진하는 절차로 이루어진다. 2005년도 세입 ․ 세출 결산 분석2005년에는 4월에 국가재원배분회의가 개최되어 활발한 토론을 거쳐 2차 국가재정운용계획(2005~2009년)과 예산한도액을 결정한 바 있다. 예산편성시스템의 재정립총액배분자율편성제도의 도입은 우리나라 예산편성시스템을 상향식편성방식에서 하향식 편성방식으로 바꾸는 것으로서 예산과정에서 중앙예산기관 및 각 부처 예산기관의 기능 및 역할을 재정립하고 행태의 변화를 초래한 획기적인 개혁으로 평가 된다.