2004년도 기금 결산심사 결과 시정요구 사항에서 주문한 신규 재원을 조속히 발굴해 내지 못할 경우 이에 대한 대책을 강구할 필요가 있다. 
 이로 인해 2004년도 기금결산심사결과 시정요구사항에서 지적하고 있는 바와 같이  자체 기금운용계획 변경을 통해 신규사업을 추진하게 될 경우 국회의 심의권을 침해할 소지가 있음에도 불구하고 구조적으로 이러한 현상이 발생할 수밖에 없는 실정에 있음. 따라서 국회에 제출되는 기금운용계획변경안의 사유에 신규사업을 추진하는 경우도 포함되어야 하겠음. 수입 및 여유자금 관련 정보통신진흥기금(구: 정보화촉진기금) 연구개발계정의 안정적 재원확보를 위한 다각적인 방안을 검토할 것을 지적하였으나, 2006년도 기금운용계획안에서는 신규재원에 대해 구체화된 것은 없는 것으로 보임. 또한, 동 기금의 중기(2004~2008) 기금운용계획에서도, 순조성 규모는 2003년 제 3 부  부문별분석  107 2조 255억원에서 2008년에 1조 486억원으로 축소될 전망으로 재원확대의 제한과 지출소요의 증가로 2005년을 제외하고 기금수지의 적자가 지속되어 순조성 규모는 2004년~2008년간 6,693억원이 감소될 것으로 예측하였음. 이를 볼 때 2004년도 기금결산심사결과 시정요구사항에서 주문한 신규재원을 조속히 발굴해내지 못할 경우 동 기금의 재원 불안정성에 대한 우려는 심화될 것인 바, 이에 대한 구체화된 대책을 강구할 필요가 있음. 기금운용계획안 중 수입 ․ 지출계획안에서 제시되는 여유자금운용규모는 기획예산처의 기금운용계획안 작성지침에 따르면, 기금의 연간 총수입에서 제경비를 제외한 금액으로 정의되고 있는 바, 국민연금기금의 경우 규모가 급증하고 있는 누적적립금의 규모를 제대로 파악하기 어려운 면이 있음.