운용배수는 신용보증기금법 제25조제1항과 기술신용보증기금법 제31조제1항에서 20배까지로 되어 있으나 관행적으로 10~12배 정도의 범위 내에서 운용되었다. 운용배수가 높으면 사고에 의한 대위변제금액이 크게 늘어나 지급능력에 부담이 될 뿐 아니라 보증의 신뢰도에 대해서도 손상이 발생할 수 있다.
적정 운용배수 측면현재 42조원(신보 31조 + 기보 11조) 수준의 보증공급 규모에서 적정 운용배수(12~13배)를 유지하기 위해서는 3,000억원의 추가출연이 필요하다. 운용배수는 신용보증기금법 제25조제1항과 기술신용보증기금법 제31조제1항에서 20배까지로 되어 있으나 관행적으로 10~12배 정도의 범위 내에서 운용되었다.운용배수가 높으면 사고에 의한 대위변제금액이 크게 늘어나 지급능력에 부담이 될 뿐 아니라 보증의 신뢰도에 대해서도 손상이 발생할 수 있다. 그러나 일반적인 기업과는 달리 신용보증기관은 파산의 문제가 없다고 볼 수 있다. 또한 은행 등의 금융기관의 경우, 예금채무 등에 대하여 고객들의 요구 시 반드시 지급해야 하지만, 보증채무는 사고가 날 경우에만 지급하는 우발적 채무에 해당하기 때문에 운용배수가 크게 문제되지는 않는다. 다른 조건이 일정할 때 정부출연이 늘어나면 운용배수는 낮아지게 되지만 대규모의 재정부담을 수반하게 된다. 그러나 기금의 기본재산 증가 이상의 추가적인 경제적 유발효과를 기대하기는 어려워 보인다. 즉, 추가 출연금만큼 정부가 다른 부문에 재정지출을 할 수 없게 되는 것이다. 신용보증의 산업연관효과 분석 결과 건설업 등 노동집약적인 산업에 생산파급효과가 크게 나타났으며, 취업유발효과, 부가가치유발효과, 조세수입 증대효과도 비교적 높게 나타났다. 이는 보증규모의 확대 시 기대할 수 있는 효과로서 기금의 기본재산 확충과는 직접적인 상관관계가 없다.