또한 동 제도에 있어서 사업평가를 하는 각 부처의 담당공무원이 평가에 관한 비전문가라서 평가의 신뢰도에 의문이 제기될 수 있다는 점 등은 문제점으로 지적될 수 있다. 따라서 향후 문제점에 대한 대책을 강구함으로써 재정 사업 자율평가제도가 재정효율성 향상에 기여할 수 있도록 하도록 할 필요가 있다.
2005년도 실시된 재정사업 자율평가제도 결과를 보면, 평가결과가 ‘효과’나 ‘다소효과’인 경우에는 대부분 다음연도 예산편성 시 예산이 증액되어 편성된 반면, ‘비효과’로 판정된 사업의 경우 예산이 축소 편성되어 재정사업 자율평가제도 도입 초기임에도 2006년도 예산편성 과정에 평가결과 반 되었다는 점에서 동 제도의 취지에 부합한다 하겠다. 다만, 재정사업 자율평가제도를 적용하는데 있어서 평가결과가 낮게 나오면 사업을 축소, 또는 폐지여부를 검토하여야 하나 부처의 특성상 꼭 필요한 사업인 경우에는 이를 적용하기 싶지 않다는 점, 초기 사업의 경우 사업을 평 가할 수 있는 결과치가 조기에 나타나지 않을 수 있다는 점, 그리고 총액자율편성제도의 지출한도에 묶여 다음연도 예산에 반 되지 않는 경우 등의 문제가 발생하 을 때 이를 어떻게 동 제도에 적용할 것인가는 향후 보완되어야 할 과제이다. 또한 동 제도에 있어서 사업평가를 하는 각 부처의 담당공무원이 평가에 관한 비전문가라서 평가의 신뢰도에 의문이 제기될 수 있다는 점 등은 문제점으로 지적될 수 있다. 따라서 향후 문제점에 대한 대책을 강구함으로써 재정 사업 자율평가제도가 재정효율성 향상에 기여할 수 있도록 하도록 할 필요가 있다.