경상운영비는 예산각목상의 관서운영비, 여비 등을 포괄한 개념이며 임차료는 별도로 고찰하였기 때문에 차감하였다.
인건비와 임차료를 제외한 2006년도 국가균형발전기획단의 예산은 약 28억원으로 나타나는데, 이를 정원(62명)으로 나누면 1인당 경상운영비는 약 4,500만원이다. 국가지식재산전략추진단의 정원을 37명으로 가정하였음으로 여기에 1인당 경상운영비 4,500만원을 곱하면 2006년 기준으로 16억 6,500만원의 경상운영비가 소요될 것으로 보인다. 과거 5년간의 평균소비자물가상승률에 준하여 매년 3%씩 경상운영비가 상승한다고 가정하여 향후 5년간 추진단 설립에 따른 경상운영비를 구하면 약 91억원이 될 것으로 예상된다. 2000년부터 2004년까지 평균 공무원보수인상률 6.5%를 적용하였음. 경상운영비는 예산각목상의 관서운영비, 여비, 업무추진비 등을 포괄한 개념임.  임차료는 별도로 고찰하였기 때문에 차감하였음. 임차료국가지식재산전략추진단의 사무실이 서울광화문에 위치하고, 1인당 계약면적이 7평이라고 가정한다. 추진단의 정원이 37명이므로 총 계약면적은 약 260평정도로 예상된다. 2006년 1/4분기 도심지역 빌딩의 1평당 월 환산임차료가 10만 9,900원으로 나타나고 있는데, 총 계약면적에 1평당 월 환산임차료를 곱하여 향후 5년간 추진단의 임차료를 구하면 약 18억 7,500만원이 될 것으로 예상된다.