공운법이 시행되면서 공기업의 자회사 신설에 대한 통제 등이 제도화되며 기타공공기관으로 지정되는 공기업준정부기관의 자회사에 대해서 경영공시 등이 부과되었다.
공공기관 출자회사 관리제도 공공기관 출자회사 설립 과정: 출자회사 신설 사전협의제과거 공공기관 출자회사에 대한 관리감독은 명확한 법적 근거가 없었으며, ‘공기업 민영화 계획’ 등에 기반하여 추진되었다. 그러나 2007년 공운법이 시행되면서 공기업의 자회사 신설에 대한 통제와 기존 자회사 운영의 적정 여부에 대한 점검 등이 제도화되었다. 예를 들어 기타공공기관으로 지정되는 공기업준정부기관의 자회사에 대해서는 경영공시, 고객만족도조사, 기능점검, 경영혁신 등이 부과되었다.특히 공운법이 제정된 후 동 법률에 근거하여 마련된 공기업준정부기관 경영 및 혁신에 관한 지침제18조(자회사 등 신설 협의)를 통해 공기업준정부기관이 자회사를 신설하고자 할 경우에는 주무기관의 장 및 (구)기획예산처장관에게 자회사 신설의 타당성 여부를 사전에 심사받도록 하는 등 자회사 신설 사전협의제도가 시행되었다. 그리고 2009년에 기획재정부는 동 지침을 개정하여 기존 사전 협의대상 외에 자회사 설립 시 공기업‧준정부기관이 최대 주주가 되는 기관, 자회사의 이사회에서 실질적으로 지배력을 갖는 재출자회사의 설립을 의결하는 경우에도 주무기관의 장 및 기획재정부장관의 사전 협의를 받도록 하는 등 공기업․준정부기관의 출자회사 신설시 사전협의 대상을 확대하였다. 또한 기타공공기관에 대해서도 ‘기타공공기관의 혁신에 관한 지침’을 개정하여 공공기관이 지배력있는 출자회사를 설립하는 경우 주무부처와 협의하도록 규정하였다.