그러나 환경부는 연기금투자풀의 불안정성을 이유로 연기금투자풀 운용을 자제하도록 하는 방향으로 자금운용정책을 펼치고 있다. 그러나 연기금투자풀을 활용하는 것이 곧 자금운용의 안정성을 떨어뜨리는 것은 아니며, 포트폴리오 구성을 어떻게 하느냐에 따라 안정성을 확보할 수 있다.
2004년도 기획예산처 기금운용평가단은 수계관리기금의 관리조직규모나 전문성으로 볼 때 적극적으로 연기금투자풀을 활용하여 여유자금을 관리할 것을 권고한 바 있다. 그러나 환경부는 연기금투자풀의 불안정성을 이유로 연기금투자풀 운용을 자제하도록 하는 방향으로 자금운용정책을 펼치고 있다. 그러나 연기금투자풀을 활용하는 것이 곧 자금운용의 안정성을 떨어뜨리는 것은 아니며, 포트폴리오 구성을 어떻게 하느냐에 따라 안정성을 확보할 수 있다. 따라서 기금에서 자금을 직접 운용하는 것과 외부위탁기관을 활용하여 운용하는 방식 사이의 비용, 편익에 대한 심층적으로 검토를 통해 자금운용의 효율성을 높이는 방향으로 자금운용방식이 개선될 필요가 있다. 제기문화 ․ 관광분야에서 현재 운용되고 있는 기금은 문화관광부 소관으로 문화예술진흥기금, 문화산업진흥기금, 관광진흥개발기금, 국민체육진흥기금, 지역신문발전기금, 신문발전기금 등 6개, 방송위원회 소관으로 방송발전기금 1개로 총 7개의 기금이 운용되고 있으며, 2006년에 설치된 신문발전기금을 제외한 총 6개의 기금이 2005년도 결산심사 대상이다. 과거 문화 ․ 관광분야의 정책 추진체계와 소관 업무의 변화로 인해서 문화 ․관광분야는 타 부처에 비해 다양한 정책 영역을 가지고 있으며, 각 영역들은 안정적 재원 확보와 신축적 재정 운용을 위해서 기금에 의한 정책 수행을 하고 있다.