2004년도에 실시된 친환경농업 육성정책에 관련된 사업은 친환경농업직접지불사업을 포함하여 13개 사업이 실시되었으며, 농림부예산에 차지하는 비중은 2.3%임. 친환경농업 육성정책에 대한 결산분석 결과 보조사업인 축산분뇨처리시설의 집행률이 상대적으로 저조함.
친환경농업 육성정책 결산분석 농림부는 2001년 1월에 친환경농업육성 5개년 계획을 수립하였으며, 2010년까지 친환경인증농산물 생산을 10%수준까지 확대하고, 화학비료와 농약사용을 2013년까지 40% 절감하는 것을 목표로 하고 있음.  2004년도에 실시된 친환경농업 육성정책에 관련된 사업은 친환경농업직접지불사업을 포함하여 13개 사업이 실시되었으며, 농림부예산에 차지하는 비중은 2.3%임. 친환경농업 육성정책에 대한 결산분석 결과 보조사업인 축산분뇨처리시설의 집행률이 상대적으로 저조함. 그리고 친환경농산물의 인증체계가 복잡하고 전문인증기관인 국립농산물품질관리원의 업무가 과중한 것으로 보임. 이러한 문제를 해결하기 위하여 축산분뇨처리시설을 설치한 축산농가 및 사업자에게 경제적인 인센티브가 필요하고, 민간인증기관의 지정을 확대할 필요가 있음. 한편 화학비료와 축산분뇨로 인한 토양면적의 질소밸런스가 ha당 238kg으로 OECD국가 중 가장 높은 수준이며, 지역적으로도 양분이 초과되어 토양 ‧ 수질오염문제가 대두되고 있음. 이러한 상황 밑에서 친환경농업을 육성하는 것요  약  57만으로 환경오염문제를 해결하기에는 한계가 있으며, 화학비료와 축산분뇨로 인한 오염을 줄이는 대책이 강화되어야 함. 앞으로 농림수산업은 물질 순환속에서 소비자의 이해와 지원이 이루어지면서 환경보전을 중시하는 농림수산업으로 이행할 필요가 있으며, 이 분야에 재원배분을 확대하는 방안을 중장기적으로 검토할 필요가 있음.