기업의 장애인 고용 인원의 증가로 고용장려금 지출액이 증가하는 추세에 비추어 볼 때, 장려금 소요예산 부족에 대한 대책 마련이 필요하다.
고용장려금 추가소요 당초 고용장려금 지급을 위해 편성된 예산은 987억 8,700만원인데 이번 기금운용계획변경안에서는 당초 예산 대비 40.7% 증액된  402억 4,800만원을 추가소요예산으로 편성하였다. 당초 2004년 기금계획수립시 장려금 지출액 추계는 2003년 지출실적통계가 확보되지 않아 2002년 장려금 지출실적을 기준으로 산정하여 2004년 지급대상 연인원을 17만 3,000명으로 전망하여 총 988억원이 소요될 것으로 예상하였다. 그러나 2003년도 장려금 지급실적을 실제 집계한 결과 장애인 고용이 예상보다 크게 증가하였으므로 2004년 장려금 지급대상 연인원은 당초 17만 3,000명에서 22만 8,000명으로, 장려금 소요예산도 988억원에서 1,390억원으로 수정이 필요하게 되었다. 장애인고용장려금은 의무지출금이고, 2004년 4월말 현재 장려금 집행실적이 2003년도 동기대비 32.0%가 증가한 409억원임을 감안할 때 소요예산 부족에 따른 수정은 불가피한 것으로 보인다. 그런데  기업의 장애인 고용인원의 증가로 수입증가율은 둔화되고 고용장려금 지출액은 증가하는 현재의 추세에 비추어 볼 때, 향후에도 장려금 소요예산의 부족이 예상되는 만큼 이에 대한 대책마련이 필요하다.  본래 기금은 특정목적을 위해 특정자금을 운용함을 원칙으로 하므로 향후에는 장애인고용부담금 수입으로 조성된 재원은 장애인고용장려금이나 고용환경개선에 지출하고 공단인건비 등 사업운영비는 일반회계에서 경비를 확대지원받아 충당하는 방향으로 기금운용계획을 편성하는 것을 검토할 필요가 있다.