선조가 이이를 이조판서로 임명한 것은 붕당의 완화를 의도했던 것이라 이이는 정여립을 관직에 등용하려 애썼지만 선조는 부정적으로 봐서 정여립은 비극적인 최후를 맞았다.
 이에 대한 호조판서 이이의 언급은 실망스럽다.
 “선비는 동류(同類)끼리 상종함을 면치 못하는 것인데 가끔 식견의 차이로 서로 의심하고 저지함을 면치 못하는 자가 있기는 합니다만 어찌 사적(私的)으로 서로 붕당을 만드는 일이야 있겠습니까. 급작스레 벌을 줄 수는 없습니다.”
 이이는 선조의 눈과 귀를 가리려 하고 있었다.
 실은 머리 좋은 선조가 신하들끼리 맺고 있던 붕당의 실상을 몰랐을 리 없다. 선조가 선조 15년(1582) 1월 이이를 이조판서로 임명한 것은 동서인 양측의 신망과 불신을 동시에 받고 있는 중립적 인사를 통해 붕당의 완화를 의도했던 것이다. 하지만 이 직을 이이가 성공적으로 수행했는가는 별개의 문제다. 예를 들어 이이는 자기 문하에 있던 정여립을 높게 평가해 관직에 등용하려고 애썼지만 선조는 정여립을 부정적으로 보았다. 결국 정여립은 훗날 비극적인 최후를 맞게 된다.
 그럼에도 불구하고 이 한 해 동안 이이는 8월에 형조판서, 12월에 병조판서를 역임할 만큼 선조의 두터운 총애를 받았다. 사실 이준경(李浚慶), 노수신, 이이 등을 중용하며 이끌어온 이때까지의 정치는 선조가 높은 평가를 받을 수 있는 대목이다.
 선조 16년 6월 11일 병조판서 이이의 사소한 실수가 조정에서 큰 문제가 된다. 격무에 시달리던 이이가 이날 대궐에 들어왔다가 현기증이 생겨 선조를 알현하지 않고 병조에만 잠깐 들렀다가 집에 돌아간 것이 반대파들에게 탄핵의 실마리를 제공했다. 임금을 업신여긴다는 이유였다. 즉 무군(無君)의 죄를 범했다는 말이다. 무군은 불충(不忠) 불경(不敬) 중에서도 가장 큰 죄이니 처벌은 사형에 해당됐다. 사헌부·사간원의 탄핵이 있었고 홍문관까지 나섰다.
