특별회계의 설치를 통해 자치경찰과 관련된 지방재정의 부담분을 확실하게 확보케 해 이에 따른 국가의 부담을 줄인다는 면에선 국가 전체적으로 순기능이 더 클 것이다.
이들 재원이 효과적으로 자치경찰의 재원으로 쓰일 수 있도록 하기 위해서는 지방재정에 자치경찰특별회계를 설치하는 방안도 검토해 볼 수 있을 것이다. 이는 특별회계의 설치를 통해 지방재정의 구조를 현재보다 복잡하게 만든다는 단점도 있을 수 있으나, 자치경찰과 관련된 지방재정의 부담분을 확실하게 확보케 함으로써 이에 따른 국가의 부담을 줄인 다는 측면에서 국가 전체적으로는 순기능이 더 클 것으로 본다. 2006년도 예산안 현황정부가 공공질서 및 안전 분야 재정투자의 중점사항으로 수사의 과학화를 표방하고 있는바 이를 위해 과학수사관련 예산안이 이를 적정하게 반 하는지를 검토할 필요가 있다. 우선 과학수사관련 감식 및 감정 예산이 검찰청과 국립과학수사연구소에 동시에 편성되고 있는바 유전자감식 등의 예산이 적정하게 배분되었는지 여부 및 행정자치부 소관으로 편성되고 있는 국립과학수사연구소 예산의 소관선정의 적절성 여부에 대해 검토하기로 한다. 2006년도 수사의 과학화 관련 예산 현황을 살펴보면, [표 17]에서 보는 바와 같이 법무부와 경찰청, 국립과학수사연구소, 해양경찰청에 모두 316억 900만 원의 예산이 편성되었다. 이는 2005년도 대비 8.7%인 25억 2,500만 원이 증가한 것으로 국립과학수사연구소의 예산이 7.4% 감소한 것을 제외하고는 전 부처에서 대폭적으로 증액되었다.