첫째, 평가대상 기금의 선정과 관련하여 현재는 전체 기금을 대상으로 하고 있지만 국민연금기금 등 4개 연금기금과 고용보험기금, 산업재해보상보험및예방기금 등 6개 사회보험기금은 기금존치평가에서 제외하는 것이 타당하다고 본다. 둘째, 기금존치 평가 주기와 관련하여 현 3년 주기는 다소 짧은 것으로 보인다.
존치평가 체계의 개선 2004년에 실시한 기금존치평가 체계에서 나타난 문제점을 기본으로 향후 존치평가 시 고려해야 할 요소를 제시하면 아래와 같다. 첫째, 평가대상 기금의 선정과 관련하여 현재는 전체 기금을 대상으로 하고 있지만 국민연금기금 등 4개 연금기금과 고용보험기금, 산업재해보상보험및예방기금 등 6개 사회보험기금은 기금존치평가에서 제외하는 것이 타당하다고 본다. 이들 기금의 경우 기금의 형태를 가지기에 앞서서 해당 사회보험제도를 구성하고 있는 것으로서 기금운용평가단 차원에서 존치문제를 평가하는 것이 우리나라의 공적 연금제도나 고용보험제도, 산재보험제도의 필요성 여부를 평가하는 것이 아니라면, 기금존치평가의 틀에서 이들 기금의 존치를 평가하는 것은 무의미할 것이다. 기존의 기금운용평가를 통해서도 필요한 정책적 제안의 제시는 충분히 가능하다고 본다. 둘째, 기금존치 평가 주기와 관련하여 현 3년 주기는 다소 짧은 것으로 보인다. 3년 기간 동안 기금운용 여건이 크게 변하기 어렵다는 점과 행정적 비용을 고려해서 평가주기를 5년 정도로 연장하는 방안을 검토해야 할 것으로 본다.