둘째 중기적 관점의 재정 운용은 재정 목표를 설정하고 각 분야별 재정,지출한도 를 설정하면 그 지출한도 내에서 자율적으로 각 부처(sectoral ceiling)가 예산을 편성하는 것을 원칙으로 하고 있다. 이것은 기금 제도를 운영하는 취지인 신축적인 사업 운영이 어려워져서 기금을 통한 재정 운용의 필요성이 낮아지게 되는 측면이 있다.
국민체육진흥기금은 예산당국의 국가재정운용계획과 문화관광부의 체육 분야 국고 예산과 일관성을 갖는 중기기금운용계획을수립해야 할 것이다. 둘째 중기적 관점의 재정 운용은 재정 목표를 설정하고 각 분야별 재정,지출한도 를 설정하면 그 지출한도 내에서 자율적으로 각 부처(sectoral ceiling)가 예산을 편성하는 것을 원칙으로 하고 있다. 그러나 현행 국가재정운용계획.의 수립 과정과 같이 각 분야별 개별 사업의 중기재정 소요에 근거하여 수립된국가재정운용계획은 향후 각 분야별로 재정 운용의 자율성이 확대되는 것이 아니라 오히려 계획기간 중 당초 사업별로 계획된 범위 안에서 경직적으로 운용될 가능성이 있다. 이것은 기금 제도를 운영하는 취지인 신축적인 사업 운영이 어려워져서 기금을 통한 재정 운용의 필요성이 낮아지게 되는 측면이 있다. 셋째 국민체육진흥기금의 역할과 중기기금운용계획 수립에 있어서 기금의 통 ․폐합 등의 변화를 고려해야 할 것이다. 2004년 8월 발표한 기획예산처의 기금존치평가보고서에 따르면 국민체육진흥기금은 1989년 설치 이래로 전문 체육 발전과 체육 인프라 구축 등의 생활, 학교체육 발전에 기여하였음에도 불구 하고 기금 사업의 대부분은 일반 예산으로의 편성이 가능한 사업이므로 기금의 형태를 유지해야 할 당위성은 취약하며 경륜, 경정사업 수익금을 주요 재원으로 하고 있어 기금 사업과 연계성이 낮기 때문에 기금은 폐지하고 경륜, 경정 사업 수익금을 일반회계의 세외수입화하여 기금 사업을 일반예산으로 이관하는것이 타당하다는 의견을 제시하였다.