6월 20일 선조는 대신들에게 다음과 같은 글을 내렸다. 우선 사소한 일을 확대해서 문제 삼는 양사(사헌부·사간원)와 옥당(玉堂·홍문관)을 비판하면서 정말 이이가 임금을 업신여긴 대죄(大罪)를 지었다면 파직 정도의 처벌을 제시한 양사나 옥당도 잘못이라고 거꾸로 몰아세웠다.
 이에 대한 선조의 반박은 논리정연했다. 6월 20일 선조는 대신들에게 다음과 같은 글을 내렸다. 우선 사소한 일을 확대해서 문제 삼는 양사(사헌부·사간원)와 옥당(玉堂·홍문관)을 비판하면서 정말 이이가 임금을 업신여긴 대죄(大罪)를 지었다면 파직 정도의 처벌을 제시한 양사나 옥당도 잘못이라고 거꾸로 몰아세웠다. 그것은 결국 당파적 이유에서 이이를 내쫓으려는 시도 아니냐는 다그침이었다. 그리고 이렇게 말한다.
 “경들이 만약 이이를 일러 나라를 그르친 소인(小人)이라고 한다면 마땅히 죄를 분명히 밝혀 그를 물리쳐야 할 것이다. 그렇게 하지 못하면 그를 공격하는 자가 소인이다. 임금이 소인을 등용하고서 나라가 잘 다스려지는 이치가 어디에 있는가. 오늘이야말로 숙특(淑慝)을 가려낼 수 있는 때가 아니겠는가. 경들로서는 확실히 가려내지 않고 어물어물해서는 안 된다. 조정이 각기 유파끼리 분당되어 나랏일이 날로 글러가고 있는데도 대신들이 그것을 밝혀내지 못한다면 나랏일이 장차 어떻게 되겠는가.”
 이날 당장 홍문관 관리 전원이 자신들이 붕당으로 몰렸다며 사직을 청했으나 선조는 이를 반려했다. 정승들도 이이에게 문제가 없지만 병조판서의 자리가 너무 중하니 일단 병조판서를 교체할 것을 청했다. 선조도 결국 이들의 청을 받아들인다.
 여기서 보듯 당쟁에 대한 선조의 대응은 미온적이고 수세적이다. 대안(代案)이 없었기 때문이다. 고민은 깊어가고 있었다. 하지만 이이의 사퇴는 조정에 더 심각한 당파싸움이 일어나게 된다는 것을 예고하고 있었고 선조도 그 의미를 정확하게 파악하고 있었다.
