현재 온실 축사 등 시설물은 농림수산식품부가 아닌 소방방재청에서 운영하고 있으나 양식시설에 대한 보험은 없는 상태이다. 그런데 2008년 도입 예정인 양식수산물재해보험에서 향후 양식시설까지 대상을 확대할 계획을 가지고 있는바 이 경우 부처 간 형평성 문제가 야기될 수 있다.
그러나 무상복구비가 충분한 수준이 아니므로 그 금액을 초과하는 부분에 대한 추가보험을 어떻게 운영할 것인지가 문제이다. 즉 예를 들어 축사의 경우 무상복구비 지원금액까지는 차적으로 현재와 같이 소방방재청이 관할하고 그 금액을 넘는 부분에 대해서는 1차적으로 역시 소방방재청이 운영할지 아니면 관할 부처인 농림수산식품부가 운영할지가 문제 될 수 있다. 둘째 시설물과 시설물이 아닌 목적물가축 작물 수산물 등 에 대한 보험을 구분함에 대한 합의가 있어야 할 것이다. 현재 온실 축사 등 시설물은 농림수산식품부가 아닌 소방방재청에서 운영하고 있으나 양식시설에 대한 보험은 없는 상태이다. 그런데 2008년 도입 예정인 양식수산물재해보험에서 향후 양식시설까지 대상을 확대할 계획을 가지고 있는바 이 경우 부처 간 형평성 문제가 야기될 수 있다. 또한 시설물과 시설물이 아닌 목적물이 통합적으로 운영됨이 수요자 입장에서 일괄적이므로 바람직한 반면 시설물에 대한 보험풍수해보험이 이제 시범사업을 마친 단계라서 일방적으로 이관하기에도 어려움은 있을 것으로 보인다. 위와 같은 논의 외에도 현재 각 보험 별로 별도 법이 제정 ‧운영되고 있는바 관련 법들을 통합할 수 있는 가칭 자연재해보험기본법 의 제정이 논의될 수도 있을 것이며 이와 관련하여 자연재해보험의 운영 및 관리를 총괄하는 전담기구의 설치도 장기적으로 검토될 필요가 있다.