남사고는 그가 남긴 예언으로 명종의 사망과 선조의 즉위뿐만 아니라 임진왜란을 적중시켜서 유명해졌다.
 남사고가 유명해진 것은 그가 남긴 예언이 적중했기 때문이다. 그 첫 번째가 조선시대 최대의 사건이라 할 만한 선비들의 ‘동서 분당(分黨)’에 대한 것인데 이 이야기는 유몽인이 지은 《어우야담(於于野談)》이라는 책에 기록이 남아 있다. 1575년 남사고가 이산해를 만났다.
 남사고는 한양의 서쪽 안산(鞍山)과 동쪽 낙산(駱山)을 가리킨 뒤 말했다. “조정에서 분당이 있을 것이오. 낙(駱)이란 각(各) 마(馬)로 끝에 가서 헤어지며 안(鞍)은 혁(革) 안(安)이라 개혁 후 편안해지지요.” 말대로 서인은 조선 말기까지 정권의 주류를 이뤘으며 동인은 훗날 대북·소북으로 찢어졌다.
 남사고는 명종의 사망과 선조의 즉위도 예언했다고 한다. 그는 남산에 올라 “왕기가 흩어져 사라지는구나. 사직동으로 옮겨지리라”라고 되뇌었다. 그의 예언처럼 명종은 후손 없이 사망하고 16세 된 하성군 균(鈞)이 보위를 이어받았는데 그의 집이 사직동에 있었다.
 이수광이 지은 《지봉유설》과 이긍익의 《연려실기술》에는 남사고가 임진왜란을 예고해 적중시켰다는 이야기가 실려 전해진다. “임진년에 백마를 탄 사람이 남쪽에서 조선을 침범하리라!” 과연 그의 말대로 왜군의 선봉이었던 가토 기요마사(加藤淸正)는 백마를 타고 있었다.
 격암 남사고가 말한 십승지 으뜸은 경상북도 풍기 금계촌이다. 이 마을 입구에는 ‘정감록마을’이라는 돌비석이 서 있다. 풍기는 제주도처럼 돌·바람·여자가 많은 ‘삼다(三多)의 고장’인데 놀라운 것은 거란·몽골의 외침과 임진왜란, 6·25 때도 피해를 안 봤다는 사실이다.
