국가청소년위원회는 청소년방과후 아카데미사업을 집행하는 과정에서 시행주체라고 할 수 있는 지방자치단체와 보조사업자들의 인식부족을 가장 큰 원인으로 지적하고 있는 바 해결방안으로서 아카데미관리운영 매뉴얼제작보급과 사업지출의 투명성을 위한 보조금사업비카드제 등과 같은 것을 제시하고 있다.
국가청소년위원회는 청소년방과후 아카데미사업을 집행하는 과정에서 시행주체라고 할 수 있는 지방자치단체와 보조사업자들의 인식부족을 가장 큰 원인으로 지적하고 있는 바 해결방안으로서 아카데미관리운영 매뉴얼제작보급과 사업지출의 투명성을 위한 보조금사업비카드제 등과 같은 것을 제시하고 있다.
그럼에도 불구하고 사업주체들의 인식부족 이외에 청소년방과.후 아카데미 사업 자체의 운영지원과 관리 ․감독시스템에 있어서 본질적인 문제점이 발견되고 있다.
이는 첫째 청소년방과후 아카데미 사업과 유사한 타 부처 사업과의 중복과 혼란이 발생할 소지가 있을 뿐더러 이들 사업과의 연계성이 부족하며 둘째 지역사회 청소년관련 기관단체 등과의 연계체계가 부족하고 셋째 보조사업자에 대한 적절한 관리감독이 미흡하다는 문제점을 지적할수 있다. 국가청소년위원회는 이러한 근본적인 문제점에 대해서 시정해 나가야 할 것이며 다음은 이러한 문제점들을 살펴보고 개선방안을 제시해 보기로 한다.
청소년방과후 아카데미사업은 국가청소년위원회에서  아카데미운영관련 지자체와 공동지도 감독 아카데미 운영 평가 및 컨설팅 운영, 모델개발 인센티브 부여 등을 수행하며 지방자치단체의 주민생활국 가정복지과 등에서 지자체별 방과후아카데미 운영 주체 선정 지자체 관내 아카데미 운영 시설 선정 예산교부 지도 감독 등을 수행하며 청소년방과후아카데미 운영지원단에서 청소년 방과후 아카데미 사업의 지속적 관리 청소년방과후아카데미 사업의 전문성을 높이며 효율적으로 운영되어 질 수 있도록 컨설팅 및 평가 자문단 교육 등을 수행한다.