동 기금은 적정유동성이 확보된 가운데 수익성을 제고하기 위하여 외부 전문연구기관과의 공동연구를 통해 자산운용체계에 대한 보완과 전략적 자산배분방안 등을 수립하여 단기자산의 비중을 최소화하고 있으며 국·공채 및 금융기관 예치 등의 운용자산이외에 금융채에 대한 투자를 확대하는 한편 추가로 연기금투 자풀 가입 확대를 검토하고 있다.
또한, 금융기관 예치시 자체 신용도 평가를 통해 예치대상 금융기관 풀을 구성하여 위험관리를 하고 있으며, 금융기관별·상품별 수익성 평가를 통해 예치함으로써 수익성을 제고하는 노력을 기울이고 있는 것으로 보인다. 
주택금융신용보증기금주택금융신용보증기금은 여유자금 운용목적을 대위변제자금의 적시 공급을 위한 유동성확보와 여유자금의 안정적 운용에 두고 주로 국 ․ 공채 및 금융기관 예치 등 안정성과 유동성이 확보된 자산 위주로 여유자금을 운용하고 있다. 
 동 기금은 적정유동성이 확보된 가운데 수익성을 제고하기 위하여 외부 전문연구기관과의 공동연구를 통해 자산운용체계에 대한 보완과 전략적 자산배분방안 등을 수립하여 단기자산의 비중을 최소화하고 있으며 국·공채 및 금융기관 예치 등의 운용자산이외에 금융채에 대한 투자를 확대하는 한편 추가로 연기금투 자풀 가입 확대를 검토하고 있다. 
 이와 같이 동 기금의 자산운용은 과거 신용보증기금의 기금운용부에 의해 운용되어 신용보증기금의 자산운용 방침과 정책을 그대로 따랐던 것과는 달리 2004년 3월 이후 주택금융공사로 관리기관이 변경됨에 따라 자산운용 방식이 단순한 안정성위주의 운용에서 탈피하여 운용대상자산 확대와 중장기자산 확대 등 자산운용의 안정성이 훼손 되지 않는 범위 안에서 수익성 제고를 위하여 다각적으로 노력하고 있다.
 농림수산업자신용보증기금농림수산업자신용보증기금의 자산운용 역시 타 기금과 마찬가지로 자금운용에 있어서 수익성보다는 안전성에 치중하고 있다.