귀양의 명을 받고 역에 정배(定配)된 사람은 반드시 사사로이 역관(驛館)과 통하여 모두가 그 노비에게 노역을 대신하게 하는 것이 오래된 관례였다. 하지만 조헌은 “조정에서는 바로 이렇게 노역을 시키는 것으로써 죄를 다스리고자 하는데 이것을 모면할 것을 구한다면 이것은 임금의 명을 어기는 것”이라며 묵묵히 자신의 노역을 스스로 수행하였다.
 조헌은 귀양 생활 또한 조금도 어김이 없었다. 귀양의 명을 받고 역에 정배(定配)된 사람은 반드시 사사로이 역관(驛館)과 통하여 모두가 그 노비에게 노역을 대신하게 하는 것이 오래된 관례였다. 하지만 조헌은 “조정에서는 바로 이렇게 노역을 시키는 것으로써 죄를 다스리고자 하는데 이것을 모면할 것을 구한다면 이것은 임금의 명을 어기는 것”이라며 묵묵히 자신의 노역을 스스로 수행하였다. 하지만 조헌의 귀양살이는 오래가지 않았다. 이해 정여립(鄭汝立)의 모반사건으로 동인(東人)이 실각하자 조헌은 귀양에서 풀려났다.
 1591년 3월에 조헌은 왜국의 사신이 왔다는 말을 듣고 옥천(沃川)에서 백의(白衣)로 걸어와서 상소를 또다시 올렸다. ‘자신의 말이 수용되지 않으면 말하지 않는 것이 선비의 당연한 태도’이지만 워낙 위급한 시기라는 생각에 조헌은 그런저런 것을 따질 여유가 없었다. 조헌은 말했다. 
 “일본에 갔던 사신(使臣)이 돌아오자 적선(賊船)이 해변에 와 있다고 합니다. 이들이 우리나라를 함몰시키고 중국을 침범할 경우에는 중국에 대해 변명할 길이 없고 이들이 기회를 포착하여 갑자기 쳐들어올 경우에는 해변의 방어가 너무도 허술합니다. … 오늘날의 사세를 헤아려 보건대, 국가의 안위와 성패가 매우 긴박한 상태에 있으니 참으로 불안한 시기라고 할 수 있습니다. 속히 왜사(倭使)의 목을 베고 중국에 주문(奏聞)한 다음 그의 사지를 유구(琉球) 등 제국(諸國)에 나누어 보내어 온 천하로 하여금 다 함께 분노하게 하여 이 왜적을 대비하도록 하는 한 가지 일만 있을 뿐입니다. … 만리 길을 가려고 하는 사람이 없다면 신에게 절월(節鉞)을 빌려주어 사행(使行)의 말단에 충당시켜 주소서.”
