일본에 머물다가 퇴거한 후 재입국을 시도하던 주니카 신부는 나가사키 일대의 기독교도 색출과 탄압으로 악명 높은 하세가와를 만난 적이 있었다. 
 EIC 측은 나포 후 선상 신문(訊問)에서 이들이 아우구스티노회의 페드로 데 주니카 신부와 도미니코회의 루이스 플로레스 신부임을 자백받은 상태였다. 그 증거로 아우구스티노회 마닐라교구장 명의의 서한도 확보했다.
 그러나 이들이 상륙 후 자신들은 상인이라고 진술을 번복함에 따라 영·란의 입장이 난처해졌다. 설상가상으로 막부 직속 나가사키 부교(奉行) 하세가와 곤로쿠(長谷川權六)가 스에쓰구를 편들어 “명백한 증거를 제시하지 못하면 영·란 측이 사태의 책임을 져야 한다”고 압박하고 나섬으로써 영·란 측이 오히려 궁지에 몰렸다.
 사실 주니카 신부는 일본에 머물다가 퇴거한 후 재입국을 시도하던 인물이었다. 하세가와는 예전에 나가사키에서 주니카 신부를 만난 적이 있고 얼굴도 기억하고 있었다. 하세가와는 막부의 금령에 따라 나가사키 일대의 기독교도 색출과 탄압에 철저를 기한 것으로 악명 높은 인물이었다. 그럼에도 이들의 신분을 모르는 척 시치미를 떼고 ‘증거를 대라’고 다그친 이유는, 그 역시 스에쓰구와 결탁하여 나가사키 남만무역 이권에 연루되어 있기 때문이었다.
 선교사 입증을 둘러싸고 지루한 진흙탕 싸움이 계속되자 다급해진 콕스는 주니카·플로레스 신부에게 무자비한 고문을 가해 재차 자백을 받아냈다. 이를 계기로 1622년 8월 막부의 명에 의해 두 신부는 화형(火刑)에 처해졌다. 히라야마와 일본인 선원 12명도 기독교도 밀입국 협조의 죄를 물어 함께 참수되었다. 이로써 히라야마 주인선 사건은 영·란 측의 승리로 종결되었다.
