보통교부세 인센티브제도는 지방교부세 본연의 목적인 자치단체간 재정형평화를 교란할 소지가 있는 문제점이 있다.
보통교부세 인센티브 제도는 소극적인 제도로 운영될 수 밖에 없고 그 기능은 제대로 작동될 수 없으며 단지 의미부여만 있다는 문제제기도 있다.보통교부세 인센티브제도가 가지고 있는 두 번째 문제점으로는 체계가. 지방교부세 본연의 목적인 자치단체간 재정형평화를 교란할 소지가 있다는 것이다. 앞서 살펴보았듯이 기준재정수요액과 기준재정수입액의 산정은 측정항목별 기초수요액과 기초수입액을 산정한 후 여기에 각 자치단체의 사회,경제적 특성과 격차를 반영한 보정수요와 보정수입을 더한 후에 합리적으로 산정된다. 이는 자치단체의 표준행정을 유지하는 데 필요한 적정금액이라고 할수 있다. 이에 반해 인센티브는 자치단체의 사회경제적 특성과 격차에 대한 어떠한 관계나 고려 없이 일방적으로 항목별로 인센티브 요인이 발생되는 경우에 기준재정수요액과 기준재정수입액에 가감되고 있다. 따라서 별다른 이론체계없이 가감되는 인센티브체계가 지방자치단체 사이의 재정형평화와 재원보장을 위해 정교하고 복잡한 과정을 거쳐 산정되는 보통교부세 산정체계를 교란할 소지가 있다는 것을 의미한다.