기금의 정책적 목표를 실현할 수 있는 사업계획이나 융자대상 업체를 선정하기 위해 관광사업체 운영자금 융자의 경우 관련 협회에서 신청자격과 담보능력 등을 심사하는 과정을 거친다.
이렇게 되면 기금의 정책적 목표를 실현할 수 있는 적절한 사업계획이나 융자대상 업체를 선정하기 어려운 측면이 있다. 이를 보완하기 위해 관광사업체 운영자금 융자의 경우, 관광협회 등 관련 협회에서 신청자격을 심사를 하고 정해진 기준에 따라 자금을 배정한 후, 신청업체와 거래하는 시중은행에서 담보능력 등을 심사하는 과정을 거치고 있다. 그러나 공공자금인 관광진흥개발기금의 융자 대상 업체와 융자 규모를 정하는 것은 투명하고 공정한 절차와 정책적 지원효과, 자금 회수의 안정성 등을 감안 하여 이루어져야 한다. 이를 위해서 융자 사업의 집행 절차와 심사 기준 등을 공식화한 관광진흥개발기금 융자사업 시행지침을 수립하여 운영해야 할 것이며, 공공자금의 융자사업의 심사에 있어서 관련 업계의 전문성이 필요한 경우 관련 협회가 직접 심사를 담당하는 것 보다는 관련 전문가가 참여한 심사위원단을 구성하고 이에 참여하는 것이 사업 운영의 공정성을 확보하는데 바람직할 것이다. 셋째, 융자사업 적용 이자율의 차등화 문제이다. 현재 융자사업의 적용이자율은 재정경제부에서 분기별로 공고하는 재정융자특별회계의 이자율보다 0.75% 낮은 우대금리를 4개 사업분야에 대해 동일하게 적용하고 있다. 융자 사업을 통한 자금 지원의 정책효과가 극대화되기 위해서는 융자사업의 성격, 정책적 우선순위, 융자 기간 등에 따라 사업 분야별로 이자율을 차등화 할 필요가 있다.