2003년도 결산 심사과정에서 국고와 기금이 중복 지원, 국고 지원이 타당한 사업에 대한 기금 지원과 기금 목적 사업에 대한 국고 지원 등 재정 운용의 원칙이 지켜지지 못하는 문제에 대해 제도적인 개선을 시정 요구하였다.
타 분야에 비해 일반회계, 특별회계, 기금 등의 복잡한 재정 구조를 가지고 있는 문화분야는 각 부문에 대한 재정 운용에 있어서 국고와 기금간의 명확한 역할분담이 요구된다. 그럼에도 불구하고, 국회의 결산 심사와 예산안 심의 과정에서 지속적으로 지적되는 중복지원의 문제는 국회예산정책처 2003년도 세입세출 결산 분석의 문화 ․ 관광분야 재정운용의 구조적 문제와 개선방향에서 분석된 바 있다. 2003년도 결산 심사과정에서 국고와 기금이 중복 지원, 국고 지원이 타당한 사업에 대한 기금 지원과 기금 목적 사업에 대한 국고 지원 등 재정 운용의 원칙이 지켜지지 못하는 문제에 대해 제도적인 개선을 시정 요구하였다. 시정 요구 사항에 대한 조치 결과 2004년말 국회는 2003년도 세입세출 결산 및 예비비 지출 승의에 관한 건에 대한 의결을 통해 2003년도 결산 시정 요구사항을 확정하였으며, 이에 대해 정부는 2005년 2월에 조치결과를 국회에 보고하였다. 문화관광부의 조치 결과를 요약하면 다음과 같다. 첫째, 연구 용역비 등의 목적외 사용에 대해서 향후 목적외 사용 및 전용 등이 최소화할 수 있도록 당초 예산 편성의 목적에 맞는 예산 집행에 만전을 기할 것이다. 둘째, 국고 보조사업에 대해서는 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 근거하여 중앙정부의 관리 감독을 철저히 하고 실질적인 지원이 될 수 있도록 적정 보조율 적용에 대해 예산당국과 지속적으로 협의토록 한다.