소도읍개발사업의 집행실적이 부진한 것에 대해 행정자치부에서는 4년에 걸쳐 연차별로 추진되는 사업으로서 집행실적이 저조할 수 밖에 없다고 설명했다.
소도읍개발사업의 집행실적이 매우 부진한 데 대하여, 행정자치부에서는 소도읍육성사업은 4년에 걸쳐 연차별로 추진되는 계속사업으로서 사업초기에는 도시계획결정, 설계등 행정절차 이행에 시간이 소요되어 집행실적이 저조할 수 밖에 없다고 설명하고 있다. 
2004년에 지원된 36개읍 중 22개가 새로 선정되었음을 감안할 때, 집행실적 부진이 불가피한 측면도 있지만, 향후 주무부처는 사전행정절차를 조기에 수행하고, 지방자치단체의 사업추진을 독려하여 사업이 지연되지 않도록 지도해야 할 것이다.
 나. 각 사업간 특정지역에 대한 중복지원의 문제낙후지역육성사업은 정주기반 확충을 통한 주민의 삶의 질 향상이라는 동일한 목적을 추구하고 있다. 
그런데 낙후지역육성사업이 동일한 목적으로 각기  다른 법에 의하여 개별적으로 추진되다보니, 특정 낙후지역이 각 사업지역으로 중복 지정되는 경우가 발생하고 있다.
 접경지역지원사업의 경우, 1999년에 지정된 오지면 2차 지정면 중 13개 면이 2005년에 지정된 3차 면중 7개면이 중복 지정되었다.