김자점은 1649년 인조가 죽고 효종이 등극하자 탄핵의 대상이 돼 1650년 영의정에서 파직당하고 강원도 홍천으로 유배됐다. 이에 앙심을 품은 김자점은 청에 밀사를 보내 “조선이 북벌을 꾀한다”고 고했다.
 하지만 임경업을 시기하던 김자점은 “임경업이 나라를 배신하고 남의 나라에 들어가 국법을 위반했다”며 형리를 시켜 그를 장살(杖殺)했다. 임경업 사후 김자점도 몰락했지만 복권은 늦어졌다. 북벌을 주장하던 송시열, 윤휴 등이 집권했지만 청의 눈치를 보느라 복권이 된 것은 숙종 때인 1697년에야 이뤄졌다.
 임경업은 천하의 간신 김자점에 의해 목숨을 잃기 전 이렇게 외쳤다고 한다. “천하의 일이 아직도 끝나지 않았는데 나를 죽이는 것은 큰일을 그르치는 것이 아니냐.” 이때 그의 나이 53세였다. 이 소식을 들은 인조는 “그대여, 나는 죽이려 하지 않았는데 어찌 갑자기 세상을 떠났느냐?”라고 탄식했으니 참으로 못난 왕이다.
 여기서 흥미로운 대목이 김자점의 죽음이다. 김자점은 1649년 인조가 죽고 효종이 등극하자 탄핵의 대상이 돼 1650년 영의정에서 파직당하고 강원도 홍천으로 유배됐다. 이에 앙심을 품은 김자점은 청에 밀사를 보내 “조선이 북벌을 꾀한다”고 고했다. 이런 사실이 드러나 김자점은 1651년 전라남도 광양으로 다시 유배됐다.
 김자점의 최후는 아들 김익의 역모가 이유였다. 김익이 수어청 군사와 수원 주둔군을 동원해 송시열・송준길을 제거하고 숭선군을 추대하려 했다는 역모가 밝혀진 것이다. 김자점은 거열형(車裂刑)이 아니라 사지를 토막 내고 마지막에 목을 자르는 능지처참에 처해졌는데 이는 그가 심기원을 죽일 때 쓴 방법이었다.
