정철은 일단 좌의정에서 물러나 돈녕부(敦寧府) 영사(領事)로 좌천당했다. 동인은 사건 처리의 과정에서 실제로 정철이 하지 않은 일, 심지어 정철이 구하려고 애썼던 인물의 죽음까지도 모두 정철 때문이라고 확고하게 믿었다.
 주지하는 바와 같이 이산해는 경연이 있기 전부터 인빈(仁嬪) 김씨의 오빠 김공량을 만나 ‘정철이 광해군을 세자로 세우고 인빈 김씨와 그 아들 신성군을 죽이려 하니 인빈 김씨로 하여금 빨리 주상께 말씀드리라’고 권유했다. 이때 인빈 김씨는 선조의 무한총애를 받고 있었다.
 선조가 인빈의 말을 듣고 처음에는 ‘그럴 리가?’ 했겠지만 경연장에서 정철이 그 말을 끄집어내는 순간, ‘이자가!’ 하며 확신을 가졌다. 이런 치밀한 모함에 누가 걸리지 않을 수 있을까?
 정철은 일단 좌의정에서 물러나 돈녕부(敦寧府) 영사(領事)로 좌천당했다. 그러나 이 정도로 끝날 동인이 아니었다. 정철은 정여립 사건 이후 동인에게는 불구대천(不俱戴天)의 원수가 되었다. 동인은 사건 처리의 과정에서 실제로 정철이 하지 않은 일, 심지어 정철이 구하려고 애썼던 인물의 죽음까지도 모두 정철 때문이라고 확고하게 믿었다. 윤 3월 14일에는 사헌부 사간원 양사의 탄핵으로 정철은 돈녕부 영사 자리마저 내놓아야 했다. 파직(罷職). 그나마 지난 2년 사이에 어느 정도 회복세를 보이던 서인 세력의 몰락을 알리는 신호탄이었다. 이틀 후 선조는 대신의 교체가 아니라 파직임을 분명히 하기 위해 파직 사실을 알리는 방을 곳곳에 붙이라고 명한다. 세자 문제를 잘못 건드린 대가가 그만큼 컸던 것이다.
 6월이 되면 정철은 진주에서 강계로, 백유함은 경흥으로, 유공진은 경원으로, 이춘영은 삼수로 유배를 간다. 모두 마천령을 넘어 함경도로 가게 됐다. 그 밖에도 세자 문제와는 전혀 상관이 없는 우찬성 윤근수, 중추부판사 홍성민, 병조판서 황정욱, 승지 황혁, 호조판서 윤두수, 황해도관찰사 이산보 등이 억울하게 파직당했다. 7월 선조는 정철을 ‘간신(奸臣)’이라고 부르고 있다.
