교황청이 루 씨에게서 이단 혐의를 발견하여 모든 저작을 불사르도록 명령하고 주장을 철회하지 않으면 종교재판에 회부되어 화형에 처해질 것이라고 경고했다.
루터는 처음부터 교황청과 척을 질 생각은 아니었다. 초기에는 교회 내의 부조리에 대해 온건하게 문제 제기를 한다는 입장을 취했다. 하지만 교황청은 루터에게서 '이단'의 혐의를 발견했다. 교황은 수차례 루터를 로마로 소환했지만, 루터는 이에 불응했다. 오히려 루터는 교황을 '적그리스도'라고 규탄했다.
교황은 1520년 6월 교서를 내려 루터의 모든 저작을 불사르도록 명령하는 한편, 루터가 자신의 주장을 철회하지 않으면 종교재판에 회부되어 화형에 처해질 것이라고 경고했다. 이에 대해 루터는 그해 10월 지지자들을 이끌고 비텐베르크 성문 앞에서 교황의 교서를 공개적으로 불태워 버렸다.
이듬해 1월 교황 레오 10세는 루터를 파문하는 한편, 신성로마제국 황제 카를 5세에게 루터를 처단하라고 압력을 가했다. 하지만 이미 제후와 백성들 가운데 루터 지지자가 적지 않음을 카를 5세는 알고 있었다. 루터를 잘못 다루었다가는 반란에 직면하게 될 것을 우려한 그는 보름스에서 열리는 제국의회 청문회에 루터를 소환했다.
1521년 4월 16일부터 열린 보름스 국회에서 루터는 이렇게 말했다.
"아무것도 취소할 수 없고 철회할 수 없다. 주여, 저를 도우소서."
"여기 제가 서 있습니다. 저는 달리 어떻게 할 도리가 없습니다."
독일 국민들은 이 장면을 독일 역사에서 가장 위대한 장면 중 하나로 기억하고 있다.
루터는 4월 26일 보름스 출발, 비텐베르크로 향했지만, 도중에 괴한들에게 납치당했다. 루터를 지지하는 작센 선제후 프리드리히가 그를 보호하기 위해 꾸민 납치극이었다. 이후 1년 동안 루터는 융커 외르크라는 이름으로 바르트부르크성에 은신했다.
