1555년 노스트라다무스는 세계의 종말까지를 담은 예언서 중 첫 번째 파트를 마무리 지었는데 사건이 일어나기 전까지 아무도 알아채지 못하게 혼란스럽게 기술하는 방법을 썼다.
 짧은 행복을 중단시킨 것은 페스트였다. 유럽을 휩쓸던 페스트가 아겐으로 번졌고 당시로선 불치였던 페스트는 그에게서 아내와 두 아이를 앗아갔다. 화불단행(禍不單行)이라고, 존경했던 스캘리거와의 우정도 깨졌으며 재혼도 결혼지참금 문제 때문에 고소로 번졌는데 그것은 불행의 예고편에 불과했다.
 1538년, 그는 이교도로 몰렸다. 동상을 만드는 한 조각가를 노스트라다무스가 “악마를 만들었다”고 한 게 문제가 된 것이다. 노스트라다무스는 “단지 조각의 미적인 요소가 부족하다는 것을 지적하려 했을 뿐”이라고 변명했지만 권위주의적인 교회의 힘이 강대했던 시기에 그가 할 일은 교회의 권위에 복종하는 것뿐이었다.
 아이러니컬하게도 이 시기 노스트라다무스는 여러 곳을 여행했는데 이때부터 그의 예언능력이 빛을 발하기 시작했다. 노스트라다무스는 1554년 이후부터 예언을 했는데 그것이 적중했던 것이다. 그는 예언을 할 때면 살롱 드 프로방스에 있는 집의 다락방에 올라가 책을 붙들고 공부했는데 그 책이 바로 《이집트의 신비》였다.
 1555년, 노스트라다무스는 그 당시부터 세계의 종말까지를 담은 그의 예언서 중 첫 번째 파트를 마무리지었다. 흔히 우리는 그가 사용한 세기(世紀)라는 단어를 100년이라고 오해하지만 그가 쓴 책에는 모두 1000여 편의 4행시가 담겨 있어 그렇게 불린 것일 뿐이다.
 그의 시구들은 이해하기 어려운 데다 프랑스어, 프로방스 방언, 이탈리아어, 그리스어, 라틴어를 섞어 써 더욱 난해해 보였다. 그는 예언을 할 때 교회가 기피하는 마법사로 오해받는 것을 피하려 사건이 일어나는 시기를 혼란스럽게 기술해 그 사건이 진짜 일어나기 전까지 아무도 알아채지 못하게 하는 방법을 썼다.
