사패산 쪽으로 노선을 확정하면 사패산뿐만 아니라 수락산, 불암산 등 서울 북부지역 명산에 터널을 뚫게 되어 자연경관과 생태계를 크게 망친다는 이유에서였다. 환경단체의 반발에도 노선을 사패산 쪽으로 확정한 것은 이를 대체할 만한 대안노선이 없어서였다고 한다. 6개 공구 중 최대 난공사 지역은 송추IC에서 의정부IC에 이르는 4공구(7.5km)였고, 시행 주관사인 GS건설이 맡았다.
 판교-퇴계원 구간에 이어 판교-일산 구간 공사가 완료된 것이 1999년 11월이었다. 이제 남은 구간은 일산-퇴계원 구간 36km였다. 이 구간은 민간자본을 유치하여 사업을 추진하기로 1996년 결정되었으나 IMF 금융위기로 업체 선정이 난항이었다. 1999년 8월 말까지도 선뜻 나서는 기업이 없었다. 다행히 얼마 후 GS건설 등이 출자한 서울고속도로(주)가 민간 사업시행자로 선정돼 2001년부터 공사가 시작됐다. 
 일산-퇴계원 구간은 총 6개 공구로 나누어 시공에 들어갔다. 6개 공구 중 최대 난공사 지역은 송추IC에서 의정부IC에 이르는 4공구(7.5km)였고, 시행 주관사인 GS건설이 맡았다. 이 공구에는 북한산국립공원 외곽부인 사패산을 통과해야 해 노선 선정 초기부터 환경단체의 반발이 있었다. 사패산 쪽으로 노선을 확정하면 사패산뿐만 아니라 수락산, 불암산 등 서울 북부지역 명산에 터널을 뚫게 되어 자연경관과 생태계를 크게 망친다는 이유에서였다. 환경단체의 반발에도 노선을 사패산 쪽으로 확정한 것은 이를 대체할 만한 대안노선이 없어서였다고 한다. 당시 노선 선정에 참여한 GS건설 관계자의 말이다. 
 “서울외곽선 계획 초기 기본설계안은 북한산 중심부를 토공 및 터널로 통과한다는 것이었어요. 이 경우 서울 도봉구와 노원 시가지를 통과해야 해 복잡했고, 북한산 인수봉을 관통해야 해 환경 훼손이 클 것으로 예상됐습니다. 그래서 나온 대안이 북한산 외곽부인 사패산을 터널로 통과하자는 것과 북한산 북부 지역을 터널로 통과하자는 것이었죠. 이 중 사패산터널이 환경, 경제, 교통 면에서 가장 효율적인 것으로 판단돼 최종 노선으로 확정된 것입니다.”
