심의겸 문제는 선조의 조정에서 암 덩어리로 자라고 있었을지도 모르는 것으로 선조 14년 7월 사헌부 장령 정인홍의 강력 주장에 심의겸은 마침내 파직된다.
 한편 선조로서는 대비의 친동생이 조정에 있다는 것은 여간 부담스러운 존재가 아닐 수 없었다. 자신이 방계승통이라 정통성을 갖춘 명종의 왕비던 대비의 존재감이 클 수밖에 없기 때문이었다. 심의겸은 벼슬은 참판이나 관찰사 정도였지만 서인의 당파를 사실상 이끌면서 조정에서도 큰 영향력을 발휘했다. 그러다 결국 선조 14년(1581년) 7월 사헌부 장령 정인홍(鄭仁弘·1536~1623년)이 강력 주장해 심의겸은 마침내 파직된다. 당시 대사헌은 이이였지만 부하인 장령 정인홍의 요구를 물리치기 어려울 만큼 심의겸 문제는 선조의 조정에서 암 덩어리로 자라고 있었는지 모른다. 당시 정인홍이 올린 글의 일부다.
 “심의겸은 폐부(肺腑) 같은 척속(戚屬)으로 세업(世業)을 빙자하여 조정의 권력을 농락하면서 기세를 크게 불려 6~7년 이래로 조정의 여론을 분열시켰으니 그 나라를 어지럽히고 조정을 잘못 이끈 죄[迷國誤朝之罪]가 큽니다. 바라건대 호오(好惡)를 분명히 보이시어 인심을 진정시키소서.”
 이때 선조가 심의겸을 파직하면서 답한 말 속에 파직의 사유가 고스란히 들어 있다.
 “그대들도 또한 스스로 자신의 일을 살펴서 신하가 붕당을 지으면 종말에는 반드시 주멸(誅滅)된다는 것을 경계하라.”
 일단 심의겸의 기세가 꺾이자 이때부터 이듬해까지 1년 가까이 이이·심의겸·성혼·정철 등이 붕당을 이루고 영의정 박순(朴淳)이 후견인 역할을 한 정황에 대한 폭로가 계속 이어졌다. 박순이 왜 하필이면 서인의 후견인 역할을 하게 됐는지에 대해서는 《당의통략》에서 실마리를 던지고 있다.
