선조수정실록에는 서인이 호남 소탕을 염두에 두고 있었음을 알 수 있는 내용의 글이 나온다. 
 양천회와 정암수의 소를 통해 서인들이 노리는 사건 진행 방향은 어느 정도 알 수 있다. 동인 소탕이다. 그러나 서인이 기록한 《선조수정실록》 선조 22년(1589년) 10월 기록에는 이미 저들이 이발 형제가 이끄는 동인의 근거지가 되고 있던 호남 소탕을 염두에 두고 있었음을 알 수 있는 내용의 글이 나온다. 서인 계통 사관의 평이라는 점에서 이런 의심은 더욱 개연성을 가질 수 있다.
 〈호남의 풍속이 진취(進取)하기를 좋아하고 거취(去就·벼슬에 나아가고 물러남)를 가볍게 여기므로 사자(士子·선비)가 더러움에 오염되어 풍습이 크게 훼손되었다. 대개 명종 말엽으로부터 유학(儒學)이 성대히 일어나서, 부형의 가르침이나 사우(師友)의 모임에는 대부분 예법(禮法)을 강구하고 도의(道義)를 담론하는 것으로 일삼으니, 세상 사람들은 자못 좋아하지 않았다. 당론(黨論)이 나누어지고 스승이 모함당한 뒤로부터 선비의 습속이 방달(放達)을 숭상하여 학문을 강론하는 자가 적어졌다. 여립의 옥사가 일어나게 되어서는 학사(學士)와 대부들이 억울하게 화를 받았을 뿐만 아니라, 후진의 제생(諸生)도 유학으로 이름 삼기를 부끄럽게 여겨 기폄(譏貶)을 피하였다. 그리하여 풍속이 크게 무너졌으니 이는 모두 정여립이 역적질한 빌미였던 것이다.〉
 즉 호남이어서가 아니라 호남이 동인과 이발의 땅이었기 때문이다. 정철은 소수파였고 그래서 어쩌면 그 설득력을 높이기 위해 양천회와 정암수를 동원한 것인지도 모른다. 이건창이 이 일을 정여립의 난이 아니라 ‘기축국옥(己丑鞫獄)’이라고 이름 붙인 것은 더욱 실상에 접근해 들어가는 것이다. 좀 더 중립적 입장에서 이 사건을 바라보기 위해 《한국민족문화대백과사전》에 실린 이 사건에 대한 학계의 몇 가지 시각을 소개한다.
