평가 제도와 성과주의예산제도는 어떻게 연계시키고 기능조정을 할 것인지에 대해서 별다른 계획 없이 시범사업이 실시되었고 성과관리제도 시행과정에서도 구체적인 계획이 없는 실정이다.
이러한 각종 평가 제도와 성과주의예산제도는 성과 제고를 지향한다는 점에서공통 성격을 갖고 있는 데도 어떻게 연계시키고 기능조정을 할 것인지에 대해서 별다른 계획 없이 시범사업이 실시되었다. 성과관리제도 시행과정에서도 여전히 평가 제도간 연계 및 기능조정 방안에 대해 구체적인 계획이 없는 실정이다. 이러한 각종 평가 제도는 주관부처 법적 근거 분석수준 평가시기가 다양하지만 평가라는 점에서 동일하므로 피평가부처에 상당한 업무부담으로 작용할 것이며 그로 인한 반발도 우려된다 또한 성과라는 측면에서 성과관리제도와 일정부분 중복되므로 성과관리제도 추진 과정에서 이러한 평가 기능과의 중복 상이한 평가결과 도출로 인한 신뢰성 저하 등이 제도 정착의 장애물로 작용할 가능성도 있다. 성과관리제도 시행 후 년 월 현재까지 선 시행부처 성과관리제도 담당자를 대상으로 워크숍을 단 회만 개최하였다. 년 월에 한국조세연구원의 재정분석센터에서 시행 정부혁신 지방분권위원회 행정개혁팀에서 각종 평가기능의 조정방안을 모색하고 있으나현재 명확한 조정방안이 설정되지 못하고 있다.