부실자산이 증가하게 되면 채권발행 및 정부의 재정부담을 가중시키므로 기금 및 재정의 건전성 악화를 가져온다.
이처럼 부실자산이 증가하게 되면 그만큼 회수해야 할 융자원금이 감소하게 되고 나아가 채권발행 및 정부의 재정부담을 가중시키는 결과를 가져오게 되므로 기금 및 재정의 건전성 악화를 가져온다. 그러므로 중소기업청 또는 중소기업진흥공단은 직접대출에 따르는 정책자금의 부실화 가능성을 인식하고 업체를 관리하고 정기적인 실사작업 등을 거쳐 부실화 정도를 측정 · 평가해야 할 것이다. 현재 중소기업진흥및산업기반기금의 직접대출 확대에 대한 많은 우려가 제기되고 있는 상황이다. 혹자는 기술신용보증기금이 PCBO를 통해 벤처기업에 제공한 약 2조원이 결국 부실을 초래하여 기술신용보증기금이 유동성 위기에 처한 것처럼 기금의 직접대출 확대도 결국 제2의 PCBO 사태까지 발생할 수 있다고까지 말하기도 한다. 중소기업청 및 관계기관은 직접대출 확대정책에 대한 현재 상황을 충분히 인식하고, 중소기업진흥및산업기반기금의 직접대출을 확대함에 따라 기금의 건전성 및 안정성을 확보할 수 있는 조직과 체계를 조속히 마련하여 운영해야 할 것이다.