또한 중장기 자산의 운용도 마찬가지로 너무 보수적으로 운용되고 있으므로 과학적인 방법을 적용할 필요가 있다. 단기 및 중장기 자산의 바람직한 운용을 위해 대개 외부 전문가에 위탁하는 방법을 이용하고 있는데, 이러한 외부위탁을 관리하고 통제하기 위해 건설교통부 등 내부에 반드시 전문가를 육성할 필요가 있다.
넷째, 저소득영세민전세, 근로자 서민 구입, 근로자 서민 전세, 매입임대, 개발이주자 전세, 전세반환자금, 주거환경개선의 경우 성과지표가 예산집행률, 지원수혜 가구수이었는데 저소득 영세민 주거비 부담률 완화정도, 근로자․서민의 내집마련 소요기간, 미분양주택 감소 비율, 주거환경개선사업 착공율 등의 지표로 전환하고 본 사업에 대한 홍보를 강화할 필요가 있다. 다섯째, 농어촌주택개량의 경우 융자금리의 단계적 인하 및 동당 융자한도의 단계적 확대 계획을 조기에 시행하고, 농어촌 주민이 본 기금사업에 충족하고 있으므로 사업을 확대하여 정주의욕을 고취하고 농어촌 균형발전을 꾀할 필요가 있다. 여섯째, 대지조성의 경우 주택보급률이라는 성과지표보다 보다 효과성을 나타낼 수 있는 성과지표를 개발할 필요가 있고, 본 사업은 신규사업이므로 현장점검에 의한 모니터링 체계를 갖추고 수혜자 만족도 조사를 실시하는 등 사전평가체계를 구축할 필요가 있다.자산운용 부문에서는 기금 내부 담당자의 경험에 너무 의존한 결과 자금 규모가 실적치보다 약 1조 9천억원 과대 추정되었으므로, 기금 당국은 불확실성을 나타내는 자료 및 변수를 수집하여 예측 가능한 시스템을 구축할 필요가 있다. 또한 중장기 자산의 운용도 마찬가지로 너무 보수적으로 운용되고 있으므로 과학적인 방법을 적용할 필요가 있다. 단기 및 중장기 자산의 바람직한 운용을 위해 대개 외부 전문가에 위탁하는 방법을 이용하고 있는데, 이러한 외부위탁을 관리하고 통제하기 위해 건설교통부 등 내부에 반드시 전문가를 육성할 필요가 있다.