인조는 계속되는 신하들의 요구에 문묘종사는 중대한 일이라 경솔히 할 수 없다고 말했다.
 승지 민성징(閔聖徵), 시독관 이민구(李敏求), 검토관 유백증(兪伯曾), 헌납 이경여(李敬輿) 등이 입을 맞춘 듯 유순익의 말을 거들었다.
 “이이를 종사하자는 소청(疏請)이 실로 공론에서 나왔음을 상께서도 필시 이미 들었을 것이며, 상의 학문이 고명하시니 그 문집도 혹시 이미 보셨으리라 생각됩니다. 보시다시피 지금 의리가 막히고 도학(道學)이 밝지 못하여 선비들의 지향이 그 방향을 정하지 못하고 있습니다. 쾌히 허락하여 일국의 선비들로 하여금 그 지향할 바를 알게 하소서.”
 인조는 신하들이 말하는 도학, 즉 주자학에 담긴 반(反)왕권주의 성향을 훤히 알고 있었다. 게다가 아버지를 추숭해 원종(元宗)으로 삼은 데서 보듯 인조는 강한 왕권을 추구한 인물이다. 계속되는 신하들의 요구에 인조는 다시 이렇게 말한다.
 “내가 불가하다고 말하는 것이 아니다. 문묘종사는 중대한 일이라 경솔히 할 수 없다는 말이다. 또 그의 문인·제자 및 서로 아는 자들의 말만 가지고 갑자기 종사하는 것도 타당치 않은 것 같다.”
 이후 이괄의 난(1624년), 정묘호란(1627년) 등으로 나라가 어지러워 문묘종사 문제는 더 이상 제기되지 않는 듯했다. 그러다 인조 13년(1635년) 5월 11일 서인 계통의 성균관 유생 송시형(宋時瑩) 등 270명이 연명으로 소를 올리면서 문묘종사가 다시 조정의 현안으로 떠오른다. 송시형은 송시열의 사촌이기도 했다. 이번에도 인조는 단호하게 거부한다.
