숙종이 즉위하기 직전인 1674년 갑인예송 논쟁에 남인이 승리하며 숙종 즉위 초반기는 남인 정권이었기 때문에 종사 논의가 있을 수 없었다.
 숙종이 즉위하기 직전인 1674년(현종 15년) 갑인예송 논쟁에서 남인이 승리했기에 숙종 즉위 초반기는 남인 정권이었다. 당연히 종사 논의가 있을 수 없었다. 그러나 숙종 6년(1680년) 경신환국으로 남인이 축출되고 서인이 집권하자 다시 이이·성혼의 문묘종사가 거론되기 시작한다.
 역설적이지만 정국의 주도권을 확실하게 장악한 숙종은 이제 성혼·이이의 문묘종사 문제를 승리한 당파에 대한 일종의 선물로 여겼다. 서인에서는 이이와 성혼을 이현(二賢)이라고 불렀다. 원래는 파주 삼현(三賢)이라고 해서 송익필까지 포함됐었지만 송익필은 잊힌 인물이 됐다.
 경신환국이 있고 나서 서인이 집권하자 서인 계통의 관리들과 유생들은 전방위로 숙종을 압박했다. 게다가 대신 김수항·김수흥·정지화·민정중·이상진 등이 하나같이 나서 “종사하는 것이 합당하다”고 아뢰자 숙종은 마침내 이듬해(숙종 7년) 9월 “이현의 문묘종사 요청을 윤허하노라”고 말한다.
 인조반정 이후 무려 4대 58년에 걸친 논란 끝에 문묘종사가 이뤄지는 순간이었다. 사실 그 전까지는 주로 서인정권이라 하더라도 일부 남인이 늘 조정에 참여하고 있었기 때문에 반대의견을 격렬하게 개진할 수 있었지만, 경신환국 직후에는 남인 세력이 거의 박멸당하다시피 했기 때문에 이이와 성혼의 문묘종사는 일사천리로 진행될 수 있었다. 게다가 특정 정파에 힘을 전폭적으로 몰아주는 숙종의 정국 운영 스타일도 이이와 성혼의 문묘종사가 가능할 수 있었던 결정적 요인 중 하나였다.
