한편 군인복지기금의 운영상에 있어서도 동 기금이 각급 제대별 독립채산제로 운영됨에 따라 복지사업별 가용재원의 합리적인 배분 및 집행기준 없이 각급부대 지휘관의 재량에 따라 운영되고 있다는 점도 문제점으로 지적될 수있다.
한편 군인복지기금의 운영상에 있어서도 동 기금이 각급 제대별 독립채산제로 운영됨에 따라 복지사업별 가용재원의 합리적인 배분 및 집행기준 없이 각급부대 지휘관의 재량에 따라 운영되고 있다는 점도 문제점으로 지적될 수있다. 실제로 장병사기진작비의 경우 각군 및 부대별 집행기준 및 범위가 상이하여 간부 위주로 사용되거나 부대운영비의 보완개념으로 운용되고 있어 실질적으로 장병 사기진작에 얼마나 기여하는지 의문시 된다는 지적이 그것이다.이러한 사실은 년도 군인복지기금의 장병사기진작사업 결산상 향후 추진방향 및 추진계획을 통해서도 부분적으로 확인되고 있다. 즉 향후 추진방향으로 전장병의 다수가 수혜를 받을 수 있도록 지속적 노력을 세부추진계획으  로는 기금수입이 없는 부대를 발굴하여 장병격려비 지급으로 불균형 해소를 제시하고 있기 때문이다. 따라서 향후 장병사기진작사업을 비롯한 군인복지기금 사업 전반의 성과제고를 위해서는 우선 군인복지기금법령에 복지사업에 대한 명시적인 우선순위,예산편성 및 집행기준을 설정하는 동시에 국방부가 명실상부한 기금운영주체가 될 수 있도록 현행 군인복지기금의 각급 제대별 독립채산제 운영방식을 국방부통합관리 방식으로 전환하는 제도개선이 필요한 것으로 보인다.