이이는 자신의 책 《동호문답(東湖問答)》에서 “조광조가 성리학(性理學)으로 군주의 각별한 사랑과 예우를 받았다”고 말하고 있다. 바로 이 말은 이이 스스로 자신의 정치 지향을 밝힌 대목이기도 하다.
 여기서 주목해야 할 점은 이이가 정몽주와 이황을 같은 이유로, 즉 자신의 학문으로서 도학(道學)은 제시하지 못했기 때문에 도통에 포함시켜서는 안 된다고 말하고 있다는 점이다. 반면에 “도학(道學)은 정암 조광조로부터 비로소 일어난 것”이라고 단호하게 말하고 있다. 이이는 자신의 책 《동호문답(東湖問答)》에서 “조광조가 성리학(性理學)으로 군주의 각별한 사랑과 예우를 받았다”고 말하고 있다.
 이 말은 조심스러운 분석이 필요하다. 여기서 성리학이란 곧 주자학인데 반(反)왕권 이론으로 성격을 분명히 한 성리학을 전면에 내세우면서도 군주의 사랑을 이끌어냈기에 이처럼 높이 평가하고 있는 것이다. 바로 이 말은 이이 스스로 자신의 정치 지향을 밝힌 대목이기도 하다. 이 점은 그가 조광조의 문제점을 이야기하는 데서 더욱 분명히 드러난다.
 “그러나 애석하게도 조광조는 출세가 너무 일러 치용(致用)의 학문이 미처 대성하지 못한 상태였고 같이 일하는 사람들 중에 충성스럽고 뛰어난 이들이 많았던 만큼이나 유명세만을 좋아하는 자도 많았지요. 게다가 그의 주장이 너무 과격한데다가 점진적이지 못하여 격군(格君)을 기본으로 삼기보다는 헛되이 형식만을 앞세우는 면이 있었소. 그것 때문에 간사한 무리들이 이를 갈며 기회만 엿보고 있었는데도 이를 미처 모르다가 한밤중에 신무문(神武門·경복궁의 북문)이 열리자 현인들이 한꺼번에 그물 하나에 모두 걸려들었소.”
 방향은 옳았으나 실행 면에서 문제를 드러냈고 또한 격군(格君), 즉 신하가 임금을 바로잡는다는 의미에서의 정군(正君)을 급진적으로 행하려는 바람에 일망타진(一網打盡)됐다는 비판이다. 여기서도 이이 그 자신의 정치 지향이 드러난다.
