1577년(1576년이라는 기록도 있다) 로드리게즈 신부가 일본에 건너왔을 때 그는 17세에 불과한 소년이었다. 포르투갈의 바이라(Beira) 지방 출신인 그가 어떠한 경로로 어린 나이에 일본에 오게 되었는지는 기록이 없다
 1577년(1576년이라는 기록도 있다) 로드리게즈 신부가 일본에 건너왔을 때 그는 17세에 불과한 소년이었다. 포르투갈의 바이라(Beira) 지방 출신인 그가 어떠한 경로로 어린 나이에 일본에 오게 되었는지는 기록이 없다. 당시 15세 전후의 나이에 뱃사람이 되어 무역선을 타는 것이 드문 일은 아니었기에, 그 역시 돈벌이를 위해 동방 무역선의 선원이 되었을 것으로 추정된다. 
 예수회 측의 기록에 따르면 로드리게즈는 1574년 포르투갈을 떠나 인도 고아, 마카오를 거쳐 규슈의 분고(豊後, 지금의 오이타·大分현)에 도착하여 일본 생활을 시작하였다고 한다. 분고의 영주인 오토모 소린(大友宗麟)은 개종(改宗)에 반대하는 아내와 이혼을 불사하면서까지 크리스천으로 개종한 대표적 ‘기리시탄 다이묘’였다. 당시 분고 일대에는 오토모의 후원하에 예수회가 포교 기반 확대를 위해 콜레지오(고등신학교), 노비시아테(예비 수련원) 등의 신학교들을 속속 설립하고 있었다. 
 로드리게즈는 20세가 되던 1580년, 예수회의 일원이 되어 이들 신학교에서 교육을 이수하게 된다.
 당시 일본에 설치된 신학교는 발리냐노의 발안(發案)으로 ‘적응주의’ 교육방침을 채택하고 있었다. 적응주의란 비(非)기독교 지역 포교 시 현지의 언어・문화・습관을 철저히 익힌 후, 그 바탕 위에 현지인들이 수용 가능한 방식으로 선교에 나선다는 발상이다. 그를 위해서는 현지에서 사제를 양성하기 위한 교육기관이 긴요하였고, 이들 교육기관에서는 신학·철학·자연과학· 라틴어 등의 기본 과목에 대한 교수(敎授) 외에 현지의 언어·역사·문화 습득을 통한 현지화 교육이 집중적으로 이루어졌다. 분고 일대의 신학교에서는 발리냐노가 스스로 교편을 잡으며 사제들의 현지화를 독려하였고, 기독교로 개종한 일본의 유식자(有識者)들이 일본의 언어·역사·문화의 길라잡이기 되어 주었다. 
