해양수산부장관이 운용 ‧ 관리하는 수산발전기금으로 농수산물가격안정기금에서 지원되던 수산부문의 기금이 이관되였고 수산부문의 기금지원절 차를 간소화하기 위하여 개정이 이루어졌다.
동법률은 1999년 9월 7일에 제정된 이후 지금까지 8차례 개정이 이루어졌다. 최근에 이루어진 개정은 2004년 12월에 이루어진 개정으로, 농림부장관이 운용 ‧ 관리하는 농수산물가격안정기금에서 지원되던 수산부문의 기금을 해양수산부장관이 운용 ‧ 관리하는 수산발전기금으로 이관하여 수산부문의 기금지원절 차를 간소화하기 위하여 개정이 이루어졌다. 재원의 조성수산발전기금은 어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법제23조에 근거하여 정부출연금, 해양환경개선부담금, 폐업어선 ‧ 어구의 매각대금, 국가어항의 토지매각대금, 다른 회계 ‧ 기금으로부터의 전입금, 그리고 기금운용 수익금 등을 재원으로 조성된다. 그리고 기금의 운용은  어업협정체결에따른어업인등의지원및수산업발전특별법제25조에 근거하여 어업구조조정의 촉진, 기르는어업의 육성, 어업경영자금의 융자, 수산물유통 및 가격안정사업, 수산자원 보호를 위한 해양환경개선, 새로운 어장의 개발, 그리고 FTA체결에 따른 어업인 지원 등에 필요한 비용으로 사용된다. 주요 사업분야수산발전기금이 수행하는 사업은 크게, 해양환경개선, 수산자원관리, 기르는 어업육성, 수산물 유통 및 가공산업 육성, 어업기자재 생산촉진, 원양어업 육성, 그리고 어업경영체 지원사업으로 나누어진다. 해양환경 개선사업에는 해양환경 보호 및 해양폐기물의 자원화 처리하는 어업용페스티로폼 감용기 보급사업이 있고, 수산자원관리사업에는 불법어업 근절대책의 실효성을 제고하기 위한 어업질서확립자금 지원사업이 있다.