특히 대기 및 수질배출금의 경우는 환경개선을 위한 경제적 유인과 환경오염행위에 대한 벌칙금이라는 이중적 구조로 부과되어 행정비용, 증가와 징수율 저조문제를 야기하고 있다.
환경분야 부담금과 환경개선특별회계 관련 문제점 및 대책, 환경부의 환경개선특별회계와 대강 수계관리기금으로 귀속되는 환경관련 부담금 운용상에 내재된 문제점은 첫째 대부분의 부담금이 부과대상과 부과율이 부적절하게 설정되어 환경개선이라는 부담금 설립취지를 반영하고 있지 못하다는 점이다. 
특히 대기 및 수질배출금의 경우는 환경개선을 위한 경제적 유인과 환경오염행위에 대한 벌칙금이라는 이중적 구조로 부과되어 행정비용, 증가와 징수율 저조문제를 야기하고 있다.
둘째 대기 및 수질 시설물 환경개선 부담금과 대기 및 수질 배출부과금 같은 상당수 부담금은 부과매체와 부과대상에서 중복부과의 문제가 지적된다. 
경유차 환경개선부담금은 경유자동차 사용자가 아닌 소유자에게 부과하며 실제 운행거리가 아닌 보유연수에 따라 부과된다. 
또한 수질배출부과금은 부과대상을 오염물질 총량이 아닌 오염농도를 기준으로 하여 오염원인자부담원칙에 반한다.
셋째 대부분의 환경관련 부담금은 징수율 저조라는 공통된 문제를 띠고 있는데 특히 수질배출초과부과금의 경우는 징수율이 13.3%로 극히 저조하다.
넷째 부담금 부과의 타당성은 각 부담금이 의도하는 특정 공익사업과의 연계성에 있는데 환경개선특별회계 귀속 부담금은 수입과 지출 간의 연계성이동 특별회계의 재정적 불안정으로 인하여 극히 미약하다.