대법원은 차세대 전자소송시스템 구축 사업과 대국민 사법정보시스템 구축 사업을 일반회계와 기금으로 분리 편성하여 통합적 사업 관리가 실질적으로 이루어질 수 있도록 할 필요가 있다.
그러나, 재원이 분리된 사업의 통합발주가 형식적으로 가능하다고 하더라도, 사업의 재원을 일반회계와 기금으로 분리 편성하여 독립적인 재원과 예산편성체계 하에서 추진할 경우 원칙적으로 사업추진의 절차나 공정관리, 재원의 운영, 사업성과에 대한 평가가 독립적으로 이루어져야 할 것이므로 실질적으로는 추진과정에서 전체 정보시스템 간 유기적 관계를 고려한 시스템 구축 및 유지보수 등 체계적 과제 수행이나 성과관리, 재원의 조정 및 배분을 통한 효율적인 사업비 관리 등 통합적 사업 관리에 어려움이 있을 것으로 예상된다. 
 따라서, 대법원은 차세대 전자소송시스템 구축 사업과 대국민 사법정보시스템 구축 사업을 일반회계와 기금으로 재원을 분리 편성하여 추진함에 있어서 통합적  사업 관리가 실질적으로 이루어질 수 있도록 보완 방안을 강구할 필요가 있다.
 미래등기시스템 구축 사업의 안정적 추진을 위한 재원 운용 문제 가. 현 황대법원에 따르면, 미래등기시스템 구축 사업의 2020년도 예산안을 포함한 시스템 구축기간의 연차별 예산 투입계획은 다음과 같다. 
미래등기시스템 구축 사업에 투입할 계획인 등기특별회계 재원 규모는 구축기간인 2020년부터 2024년까지 1,090억원 수준으로 연평균 218억원 정도가 될 것으로 예상되며, 시스템 구축 이후 5년간의 유지보수비는 2,252억원1) 수준으로 예상된다.