또 수정란 유래 배아줄기세포는 이식받는 사람 자신의 세포가 아니므로 면역 문제를 야기할 수도 있다. 배아줄기세포는 실험실에서 무한 증식이 가능하고 신체의 모든 세포로 분화할 수 있으나, 이식 시 기형종과 같은 종양이 발생할 수 있다는 위험을 안고 있다.
 줄기세포는 몇 가지 종류로 나눌 수 있는데, 크게 배아줄기세포(embryonic stem cells), 성체줄기세포(adult stem cells), 역분화 줄기세포(유도 만능줄기세포, induced pluripotent stem cells)가 있다.
 배아줄기세포와 성체줄기세포는 자연적으로 만들어지는 세포인 데 반해 역분화 줄기세포는 체세포에 어떠한 조작을 가해 인위적으로 만들어내는 줄기세포다. 
 먼저 배아줄기세포는 보통 수정란의 발생 초기 단계인 배반포에서 내세포괴(inner cell mass)를 분리해 세포 주를 확립하는데 불임부부가 임신 목적으로 체외수정한 후 남은 잔여 배아를 이용하게 된다. 이러한 수정란 배아줄기세포 외에 확립 방법에 따라 체세포 복제 배아줄기세포, 단성생식 배아줄기세포, 단일 할구 배아줄기세포 등이 있다. 
 배아줄기세포는 실험실에서 무한 증식이 가능하고 신체의 모든 세포로 분화할 수 있으나, 이식 시 기형종과 같은 종양이 발생할 수 있다는 위험을 안고 있다. 
 또 수정란 유래 배아줄기세포는 이식받는 사람 자신의 세포가 아니므로 면역 문제를 야기할 수도 있다. 이 경우 배아줄기세포 은행을 만들어서 여러 종류의 배아줄기세포를 확보하고 있다가 치료 시 조직 적합성 검사 후 거부 반응이 없는 줄기세포를 이식한다면 면역문제는 어느 정도 극복이 가능하다. 아울러 신경계에서는 면역적으로 큰 문제가 되지 않을 수도 있다고 한다. 
