각 부처별로 세입·세출 결산에 대한 지적사항을 정리하면 다음과 같다. 국무총리비서실에 대해서는 관서운영비의 자산취득비 용도사용 특수활동비의 목적외 사용 관서운영비로 비정규직 임금의 편법 지급, 자산취득비 연말편중집행 특정업무경비의 예산목적외 사용, 시민사회발전위원회 국제협력사업의 정당성 부족 등이 문제로 지적되었다.
각 부처별로 세입·세출 결산에 대한 지적사항을 정리하면 다음과 같다. 국무총리비서실에 대해서는 관서운영비의 자산취득비 용도사용 특수활동비의 목적외 사용 관서운영비로 비정규직 임금의 편법 지급, 자산취득비 연말편중집행 특정업무경비의 예산목적외 사용, 시민사회발전위원회 국제협력사업의 정당성 부족 등이 문제로 지적되었다. 특히 연도 말 특수활동비 관서운영비 자산취득비 과다사용 및 연말 편중 집행에 대한 시정요구가 2004년, 2005년에 반복해서 지적되었던 바 국무총리실은 이에 대해 2006년 4/4분기 집행액은 분기 평균 집행액 약 5,400만원에 미치지 못하고 12월 집행액 또한 월평균 집행액 약 1,800만원 보다 오히려 적은 금액이 집행되었고 향후 연말 예산편중 집행이 되지 않도록 하겠다고 하였다. 국무조정실은 국무조정실의 정책조정기능강화를 통한 행정부 내 위기관리시스템 구축, 국책연구원의 중립성 유지, 연구용역과제의 수의계약비중, 과다인건비부문의 법정부담금을 경상운영비로 계상, 구조조정사업의 실효성 및 퇴직충당금적립률제고, 감사원 감사처분사항 등에 대한 사후관리 미흡, 익산시 왕궁지역축산폐수새만금사업, 환경문제관련 공공처리시설 보강 등의 문제가 지적되었다.