감사원은 동 사업에서 전자감사관리시스템 기능개선과 전자의사진행 전용망 구축 사업을 OASYS 추가기능개발 사업으로 보고 있음. 또한, 자산취득비는 감사자료분석시스템 인프라 구축을 위해 5억 8,200만원이 편성되어 있으나, 전자의사진행 전용망 및 맞춤형 감사자료 연계시스템 구축 사업을 추진하면서 관련 사업예산이 함께 집행되어 자산취득비가 예산 편성취지에 부합하게 집행되었는지 확인하기 어렵다.
감사원은 동 사업에서 전자감사관리시스템 기능개선과 전자의사진행 전용망 구축 사업을 OASYS 추가기능개발 사업으로 보고 있음.
동 사업비는 감리 및 부대비가 포함된 금액임.
예산현액 4,478백만원은 예산액 4,318백만원에 전용액 160백만원(일반연구비)이 더해진 금액임.
이에 대해 감사원은 효율적 사업관리를 위해 통합발주를 실시했다고 설명하고 있다. 그러나 예산이 별도로 편성된 사업을 통합발주하는 것은 예산의 투명성 및 효율성 측면에서 원칙적으로 바람직하지 않다.
우선, 각 사업에 편성된 예산이 어떻게 집행되었는지에 대해 파악하기 어려워 예산의 투명성을 저해하게 된다. 
가령, OASYS 추가기능개발을 위해 편성된 예산은 일반연구비 3억 6,800만원이나, 예산집행과정에서 감사자료분석시스템(3단계) 구축 사업과 함께 집행되어 사업별 결산내역을 파악하기 어렵다.
또한, 자산취득비는 감사자료분석시스템 인프라 구축을 위해 5억 8,200만원이 편성되어 있으나, 전자의사진행 전용망 및 맞춤형 감사자료 연계시스템 구축 사업을 추진하면서 관련 사업예산이 함께 집행되어 자산취득비가 예산 편성취지에 부합하게 집행되었는지 확인하기 어렵다.