국회운영위원회 법안심사소위원회는 제3회의장에서 국회예산결산지원기구의 설립방안에 관한 공청회를 개최하였고 이 기점으로 한국의정연구원법안은 국회예산정책처법안으로 방향을 전환하였다.
즉 연구원이 정부의 전 정책분야에 걸쳐 연구분석을 수행할 수 있도록 기능과 업무 범위를 규정하고 있는 것은 소수의 연구인력이 감당하기에는 너무나 광범위하므로 예 결산 심사활동의 지원에 한정하자는 의견이 다수 제기되었다. 이러한 문제 제기에 따라 국회사무처는 연구원 기능과 관련하여 수정 의견을 제시하였지만 소위원회 심사에 참여한 위원들은 소위원회 주최로 공청회 등을 개최하여, 관련 분야 전문가들로부터 의정연구원을 포함한 의정지원기구의 설립방안에 대한 폭넓은 의견을 청취할 필요가 있다는 의견을 제시하였다. 2003년 6월 12일, 국회운영위원회 법안심사소위원회는 동 법안의 심도 있는 심사를 위해 제3회의장에서 국회예산결산지원기구의 설립방안에 관한 공청회를 개최하였다. 이날 공청회에는 박세일(서울대학교 국제대학원) 교수, 오연천(서울대학교 행정대학원장) 교수, 윤건영(연세대학교 경제학과) 교수, 최광(한국외국어대학교 경제학과) 교수, 함성득(고려대학교 행정학과) 교수 등 다섯 명의 진술인이 참석하였다. 공청회에서는 지원기구의 설립 형태와 관련하여 연구원으로 해야한다는 의견과 국가기관으로 해야한다는 의견이 대립하였으나, 예 결산 지원 분야의 국가기관 형태로 설립하되 연구원의 성격을 가미하는 것이 바람직하다는 절충안에 의견이 모아졌다. 이 공청회를 기점으로 한국의정연구원법안 은 국회예산정책처법안으로 방향을 전환하였다.