주자는 성리학을 집대성하는 과정에서 논의를 말끔하게 마무리하지 못한 부분이 많고 경우에 따라서 말을 바꾸는 일이 많았기 때문에 속뜻을 알아차리기 어려웠다.
 주자는 주돈이, 정호, 정이, 장재, 소옹, 나경언, 이연평과 같은 학자들이 주장한 바를 이리저리 엮어서 성리학을 집대성하는 과정에 논의를 말끔하게 마무리하지 못한 부분이 많았다. 그는 시기에 따라서 또는 경우에 따라서 말을 바꾸는 일이 많았기 때문에 속뜻을 알아차리기 어려웠다. 이로 말미암아 주자가 살아 있을 때부터 학자들 사이에 여러 가지로 개념에 대한 논란이 일어났다. 이러한 논란 가운데 대표적인 것으로는 이(理)와 기(氣)에 있어서 선(先)과 후(後), 동(同)과 이(異)에 대한 논란, 성(性)에 있어서 물성(物性)과 인성(人性), 본연지성(本然之性)과 기질지성(氣質之性)에 대한 논란, 심(心)에 있어서 인심(人心)과 도심(道心), 천리(天理)와 인욕(人欲)에 대한 논란을 꼽을 수 있다.
 조선시대에 선비들이 처음으로 주자학을 배우기 시작하는 단계에서는 주자학의 바탕을 이해하는 것조차 버거웠기 때문에 이, 기, 성, 심과 같은 개념에 대한 논란은 일어나지 않았다. 그런데 시간이 지나면서 주자학에 대한 이해가 넓어지고 깊어지는 가운데, 선비들이 주자학을 본격적으로 연구하는 단계에 이르자, 자연히 중요한 개념에 대한 논란이 일어나게 됐다.
 퇴계는 한국말을 가지고 주자학을 깊이 파고들고 풀어내는 과정에 여러 가지로 논란의 씨앗을 만들었다. 퇴계로 말미암아 《대학》에 나오는 격물(格物)의 방법, 《태극도설》에 나오는 태극(太極)과 무극(無極)의 관계, 《중용》에 나오는 솔성(率性)의 성격, 사단(四端)과 칠정(七情)에 따른 이발(理發)과 기발(氣發)의 갈래와 같은 논의가 생겨나게 됐다.
