그때부터 선조가 세상을 뜬 1608년까지 김상헌은 이런저런 중하급 관직을 거쳤다. 김상헌에게 광해군의 치세는 대체로 침체와 불행의 세월이었다. 이 기간에도 그는 의정부 사인·교리·사간·응교·직제학·동부승지 같은 비중 있는 관직을 지냈지만, 빛보다는 그늘이 더 짙었다.
 그가 겪은 첫 번째 큰 전란인 임진왜란은 아직 출사하기 전인 22세 때 발발했다. 그는 부모를 모시고 강원도로 피란했다가 겨울에 충청남도 서산(瑞山)으로 갔다. 이때 아들 종경이 3세로 요절하는 슬픔을 겪었다. 전란의 와중인 1596년(선조 29) 가을에 김상헌은 과거에 급제해(19명 중 13등) 승문원 부정자로 출사했다.
 그때부터 선조가 세상을 뜬 1608년까지 김상헌은 이런저런 중하급 관직을 거쳤다. 김상헌에게 광해군의 치세는 대체로 침체와 불행의 세월이었다. 이 기간에도 그는 의정부 사인·교리·사간·응교·직제학·동부승지 같은 비중 있는 관직을 지냈지만, 빛보다는 그늘이 더 짙었다.
 첫 시련은 1611년(광해군 3)에 파직된 것이었다. 원인은 〈회퇴변척소(晦退辨斥疏)〉라 불리는 우찬성 정인홍(鄭仁弘·1535~1623)의 상소였다. 제목 그대로 그 글은 회재(晦齋) 이언적(李彦迪)과 퇴계 이황을 변론해 배척하고 자기 스승 조식(曺植)을 옹호하는 내용을 담고 있었다.
 김상헌은 이때 정인홍을 비판했다. 곧 복직되기는 했지만 김상헌은 2년 뒤인 1613년(광해군 5)에도 아들 김광찬이 역모로 몰려 옥사한 김제남(金悌男)의 손녀사위라는 이유로 다시 파직됐다.
 광해군과 북인이 반정으로 축출되고 인조와 서인이 집권하면서 김상헌은 서인을 대표하는 인물로 떠올랐다. 병자호란이 일어났을 때 그는 경북 안동에 있는 석실(石室)에 있었다. 66세의 이 노대신은 남한산성으로 몽진한 조정을 뒤따라 들어갔고 위기 속에서도 척화와 항전을 주장했다.
