이런 이유로 수계관리기금 사업과정에 중앙정부 지자체 그리고 지역주민간 참여와 양방향성 대화가 결여되어 사업의 필요성과 방향에 대한 관련당사자들간의공유가 어렵고 지자체와 지역주민의 저항이 빈발하고 있으며 이러한 저항은 기금사업의 집행 부진을 유발하는 원인으로 작용하고 있다.
환경부의 집행부진 해결을 위한 대책과 별도로 유역단위에서의 수질개선,과 보전이라는 기금사업 목적을 고려할 때 보다 거시적 차원에서 4대강 수계관리기금사업을 볼 필요가 있다 앞에서 본 환경기초시설 설치사업이나 수변녹지의 조성과 이를 위한 토지매수사업은 이미 결정된 내용의 사업을 단순히 집행하는 과정이 아니라 유역의 실정에 맞는 내용의 사업이 중앙정부 지자체 그리고 지역주민들간에 형성되고 집행되는 과정이다. 문제는 중앙정부 지자체 지역주민들 사이에 수질보전과 관련하여 유역이 당면한 현안문제와 해결방안을논의하며 사업을 협력적으로 추진할 관리체계가 정비되어 있지 않다는데 있다.이런 이유로 수계관리기금 사업과정에 중앙정부 지자체 그리고 지역주민간 참여와 양방향성 대화가 결여되어 사업의 필요성과 방향에 대한 관련당사자들간의공유가 어렵고 지자체와 지역주민의 저항이 빈발하고 있으며 이러한 저항은 기금사업의 집행 부진을 유발하는 원인으로 작용하고 있다. 그러므로 향후 수계관리기금사업의 성공적 집행을 위해서 중앙정부 ․지자체 ․지역주민간 대화와 협력을 유도할 수 있는 관리체계 의 정비방안도 환경부의 수계(governance structure)관리기금 집행률 제고대책에서 고려되어야 할 것이다.