파직되었던 임경업이 무혐의로 복직되고 얼마 후 병자호란이 일어났는데 청의 진로를 막고 청했던 원병이 김자점의 방해로 무산되면서 청군은 임경업을 피해 한양으로 돌입했다.
 장군은 1634년 모함을 받고 파직됐다가 2년 뒤인 1636년 무혐의로 복직됐다. 그로부터 얼마 지나지 않아 병자호란이 일어났다. 백마산성에 웅거한 장군은 청군의 진로를 막고 원병을 청했으나 김자점의 방해로 뜻을 이루지 못했다. 임경업을 피한 청군은 한양으로 돌입했고 결국 인조는 남한산성에 들어갔고 청군에 포위됐다.
 그로부터의 하회(下回)는 모두 아는 바다. 인조는 청 황제에게 굴욕을 당했고 나라는 결딴났다. 제대로 싸움 한 번 못 해보고 임금이 무릎을 꿇었다는 소식을 접한 임경업은 땅을 치며 통곡했다. 병자호란 후 임경업의 삶은 격랑 속으로 빠져들어 간다. 조선을 속국으로 만든 청은 조선군을 동원해 명을 치려 했다.
 이로 인해 친명파였던 임경업은 명과 싸우기 위해 출전하면서도 이것이 자신의 본심이 아님을 명에 알리는 전략을 구사해야 했다. 1640년 안주목사로 있을 때 청나라의 명령으로 가도에 주둔한 명군을 치기 위해 출병했지만 명과 내통해 선봉장을 피하고 청 장수 심세괴를 선봉장에 서게 했다. 싸움 도중 섬세괴는 전사한다.
 이런 일이 반복되다 가도에 주둔하던 명 지휘관 홍승주가 청에 투항하면서 임경업의 내통사실이 청에 알려졌다. 임경업은 체포돼 청으로 압송될 뻔했으나 황해도 금교역(金郊驛)에서 탈출했다. 청 태종은 전국에 반청 세력 소탕령을 내린다.
 임경업은 1643년 명으로 망명을 시도했지만 청군에 붙잡혔다. 이번에도 임경업은 탈출해 승려 행색으로 명으로 건너갔다. 1643년의 일이다. 명은 임경업에게 부총병의 직위를 하사하고 청 공격에 나섰다. 그런 중 청군이 북경을 함락하고 청 태종이 산해관(山海關)에 입성하자 명군 총병 황룡은 겁을 먹고 달아났다.
