공공기관 정원관리 경우에는 재정당국인 기획재정부의 승인을 받는 방식으로 결정되고 있었는데 공공기관의 조직과 정원에 관한 지침을 제정해 공공기관에 대해 공통적으로 적용하고 있다.
그러나 실제로는 이러한 규정에도 불구하고 기획재정부가 공기업준정부기관 예산편성지침에 따라 총인건비 인상률 한도를 정해놓고 이에 대해 엄격하게 규제하는 방식을 통해 공공기관 정원을 관리함으로써, 결과적으로는 정원 증가가 필요할 기획재정부는 공기업준정부기관 예산편성지침에서 정한 총인건비인상률을 지키지 않는 기관에 대해서는 공공기관 경영실적평가시 총인건비인상률 지표(3~4점 배점)에서 0점 처리하는 등의 방식을 통해 총인건비에 대해서는 엄격하게 관리하고 있다. 기타공공기관의 경우에도 공기업준정부기관 예산편성지침을 준용할 수 있도록 하고 있어 공공기관 정원관리 방식경우에는 공공기관이 소관부처와 협의 후 재정당국인 기획재정부의 승인을 받는 방식으로 정원이 결정되고 있다.  최근 개정된 공공기관 정원관리 방식최근에는 공공기관의 정원과 관련하여 기존에 공공기관 유형에 따라 공기업준정부기관 경영 및 혁신에 관한 지침과 기타공공기관 혁신에 관한 지침에 각각 따로 규율되어 있던 것을 기획재정부 고시인 공공기관의 조직과 정원에 관한 지침(2014. 6. 27. 제정)을 제정해 모든 공공기관에 대해 공통적으로 적용하고 있다. 동 지침에서는 공공기관의 조직과 정원관리를 위한 여러 규정을 두고 있는데, 기존 지침과 가장 큰 차이점은 정부 재정지원을 받지 않는 기타공공기관을 제외한 모든 공공기관에 대해 인력증원시 주무기관의 장을 거쳐 기획재정부장관과 협의하도록 하는 등 전반적으로 인력증원에 대한 기획재정부의 관여와 통제가 강화되었다는 것이다.