다만, 보조사업을 규정하고 있는 보조금예산 및 관리에 관한법률에 따르면 복권위원회가 보조사업의 중앙관서로서 보조사업자인 자치단체의 사업집행실적을 관리·감독할 책임이 있다.
이것은 2004년도 문화재청 복권기금 사업 총 교부액 90억 1,200만원의 57.8%에 해당하는 규모이다. 이와 같이 문화재청의 복권기금 사업 중 보조사업자의 이월이 발생한 경우, 복권기금의 결산 보고서에서는 교부된 사업비가 모두 집행된 것으로 제시되었다. 보조사업에 있어서 보조사업자의 집행실적이 소관 중앙관서의 장이 작성하는 결산 보고서 상에 나타나나지 않는 것은 정부의 결산 작성 지침에 부합되기 때문에 특별한 문제가 있는 것은 아니다. 
 다만, 보조사업을 규정하고 있는 보조금예산 및 관리에 관한법률에 따르면 복권위원회가 보조사업의 중앙관서로서 보조사업자인 자치단체의 사업집행실적을 관리·감독할 책임이 있다. 따라서, 보조사업에 있어서 현실적으로 보조사업의 관리·감독 능력을 갖지 못한 복권위원회와 실질적인 관리·감독을 수행하는 문화재청의 역할 분량을 명확히 해야 할 것이다. 
 셋째, 사업 집행부서가 아닌 복권위원회가 복권수익금 사업을 직접 수행하게 되는 형식상의 문제이다. 사업 집행부서가 아닌 국무총리 복권위원회가 기금사업을 수행함에 있어서 타 기금이나 타 부처의 일반회계로 전출하여 사업을 수행하는 것이 바람직하 다. 그러나 일반회계로의 전출은 일반회계의 특성상 구분계리나 구분관리가 곤란하기 때문에 해당부처에 적절한 기금이 없는 문화재청의 경우 복권위원회가 문화재청의 회계관계공무원을 임명하여 복권기금의 사업으로 수행하였다.