남명은 숨을 거두는 순간까지도 경의의 중요함을 제자들에게 이야기했고 몸채에서 자세를 단정히 한 채 조용히 눈을 감았다.
 숨을 거두는 순간까지도 남명은 경의(敬義)의 중요함을 제자들에게 이야기했고, 경의에 관계된 옛사람들의 중요한 말을 외웠으며, 음력 2월 8일, 몸채에서 자세를 단정히 한 채 조용히 눈을 감았다. 그의 부음이 전해지자 선조는 예관을 보내 치제하였다. 그의 나이 만 70세였다.
 남명의 제자들 가운데 유명한 이로는 김효원, 동강 김우옹, 한강 정구, 정인홍, 훗날 임진왜란 때 의병장으로 활약한 곽재우 등이 있다. 남명의 제자들은 북인(北人)으로 불렸는데 훗날 광해군의 지지 세력이었다.
 하지만 광해군이 1624년 인조반정으로 물러나면서 북인은 대부분 실각했고 1624년에 일어난 이괄의 난으로 북인은 거의 숙청당하고 말았다. 이 때문인지 남명은 퇴계와 쌍벽을 이루는 대학자였음에도 불구하고 현재까지 매우 저평가된 상태로 남아 있다고 남명학파들은 말한다.
 이런 일화가 있다. 한번은 퇴계가 그에게 관직에 나갈 것을 권유하자 남명은 “자기도 여러 번 사퇴했으면서 나보고 관직에 나갈 것을 권하는 저의가 뭐냐”고 했다. 퇴계가 학문적 관심에서 성리학에 심취한 반면 남명은 실천에 집중했으며 노장(老莊)사상도 포용했다.
 이 때문에 퇴계는 남명을 향해 “오만하여 중용의 도를 기대하기 어렵고, 노장에 물든 병통이 있다”고 비판을 했고, 이에 대해 남명은 “요즘 학자들(퇴계를 지칭)은 물 뿌리고 청소하는 절차도 모르면서 입으로는 천리(天理·하늘의 진리)를 담론하며 허명을 훔친다”고 맞대응했다.
