부처의 업무특성에 따라 예산구조에 차이가 있겠지만, 보건복지부의 주요사업비가 예산의 96%인 것과 비교하면, 식약청 업무에서 자체 인력의 업무수행 비중이 얼마나 큰지를 가늠할 수 있다.
2006년도 식약청 소관사업에서 전년보다 예산이 감소된 사업을 보면, ‘식품감시 및 사후관리’ 예산이 7억원으로 전년대비 1억 6,400억원 감소되었고, ‘노후장비 현대화 사업’ 예산이 40억원으로 전년대비 5억원 감소 등이 지적된다. 
 2005년 한 해 동안에도 불량만두, 중국산 김치사건 등 크고 작은 식품위해사건들이 발생하여 국민들이 불안하고 그 때마다 정부는 식품안전을 위한 강력한 정책의지를 표명하지만, 이러한 노력이 정작 재정계획을 통하여 뚜렷하게 개선되어 나가는 성과를 찾기는 어렵다. 
오히려 2006년도 예산안에서 식품안전관리와 직결되는 ‘식품감시 및 사후관리’와 ‘노후장비 현대화 사업’ 등의 예산이 감소하는 것은 정책방향에 역행하는 예산편성이라는 문제가 제기된다. 
 부처의 업무특성에 따라 예산구조에 차이가 있겠지만, 보건복지부의 주요사업비가 예산의 96%인 것과 비교하면, 식약청 업무에서 자체 인력의 업무수행 비중이 얼마나 큰지를 가늠할 수 있다. 이러한 관점에서 제기되는 문제는 2004~2005년간 주요사업비의 약 60%를 차지하는 식약청의 중점사업인 연구개발(R&D) 사업비의 경우 외부용역비율이 예산액의 62~68%에 달하고 있다는 사실이다.