사우까지 합치면 1000개가 넘는 조선시대 서원은 흥선대원군에 의해 47곳만 남기고 모조리 훼절됐다.
 《증보문헌비고(增補文獻備考)》에 따르면 조선시대 건립된 서원 수는 모두 378곳이었다. 이것은 조정에서 파악한 수일 뿐 사우(祠宇)까지 합치면 1000개가 넘었다. 그러던 서원이 1871년 흥선대원군에 의해 47곳만 남기고 모조리 훼절됐다. 대원군의 서원 철폐가 선비들의 강력한 저항에도 불구하고 백성들의 지지를 받은 이유가 있다.
 일례로 충북 괴산에 있는 화양서원은 우암 송시열을 모시는 곳인데 훗날 그 횡포가 극에 달했다. 화양서원은 자의로 ‘화양묵패’라는 것을 만들었다. 남의 재산을 평가하고 세금 고지서를 묵패와 함께 보내면 양반이고 상민이고 간에 논밭을 팔아 돈을 바쳐야 할 정도였다. 불응하면 서원으로 붙잡혀 가 형을 당하기도 했다. 경남 밀양에는 김종직의 생가 터와 김종직을 기리는 예림서원이 있다. 그런데 예림서원은 왜 이번 유네스코에 제출한 9개 서원에 포함되지 않았을까. 그가 성리학의 중시조이며 동방5현 혹은 동국 18현에 포함된 많은 이름난 선비들의 스승인데 빠진 이유는 무엇일까. 이한우 전 《조선일보》 기자(전 단국대 인문아카데미 교수)의 말이다. “그는 벼슬을 오래한데다 이렇다 할 행적을 생전에 남기지 못했다. 그래서 퇴계가 동방5현을 선정할 때도 제외됐다.”
 또 다른 이들은 이런 설명을 한다. “그의 사후 저작이나 문서가 다 사라져 그의 공적을 기릴 수 없게 됐다.”
 그렇지만 다른 해석도 가능하다. 이 교수가 쓴 《왕의 하루: 실록과 사관이 미처 쓰지 못한 비밀의 역사》에는 이런 대목이 나온다.
