지방자치단체의 우선순위에 따라 재원배분이 이루어지면서 국가 재정운용의 효율성이 제고되나 상대적으로 낮은 보조율을 적용받는 분야는 사업 추진이 어렵다.
현행 보조사업의 추진체계 하에서 문화관광분야 지방보조사업의 집행부진을 고려해 볼 때 향후 국가균형발전특별회계로 이관되는 지 방보조사업의 성과를 위해서 기획예산처와 중앙관서의 역할분담과 책임한계를명확히 해야 할 것이다.
둘째 국가적 차원의 정책조정 문제이다 국가균형발전특별회계의 사업은 지방자치단체의 예산 요구에 따라 지출한도 내에서 자율 편성되기 때문에 지방자치단체의 수요가 적은 사업은 예산이 삭감되거나 사업 자체가 폐지될 수 도있다.
이것은 지역발전을 위해서 지방자치단체의 우선순위에 따라 재원배분이 이루어져 국가 재정운용의 효율성이 제고된다고 볼 수 있다.
그러나 이런 과정에서 지방자치단체는 보조율이 높은 사업에 대한 요구가 많아지게 되고 그 결과 상대적으로 낮은 보조율을 적용받는 분야는 사업추진에 어려움이 예상된다.
현재 보조율 설정의 기준에 사업의 외부효과나 국가 정책적 우선순위가 반영되어있지 않기 때문에 지역의 요구와 국가 정책을 일치시키는 장치가 존재하지않는다.
향후 지역의 균형발전과 국가 정책의 일관성을 확보할 수 있도록 국가균형발전특별회계의 사업 선정과 보조율의 조정에 대해 지속적인 보완이 필요하다.
셋째 적정 보조율의 문제이다.