북한이탈주민대책협의회 회의 중 전체회의는 위원장이 필요에 따라 개최하며 소위원회는 안건에 따라 위원장이 관련 부처를 소집하여 운영한다.
그러나 앞서 살펴본 바와 같이 중앙부처지방자치단체민간기관 간 유사·중복 사업문제는 크게 개선되지 않은 것으로 나타났다. 통일부의 계획수립 과정 외에도 북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률 제6조는 기획재정부, 교육부 등 19개 행정기관 고위공무원단으로 구성된 북한이탈주민대책협의회에서 정책을 협의하고 조정하도록 하고 있다. 따라서 북한이탈주민대책협의회는 법률에 따라 사업의 유사·중복 문제를 협의하고 조정하였어야 한다. 그러나 2014년과 2015년 북한이탈주민대책협의회 회의안건 및 심의조정사항을 살펴본 결과 유사사업은 연계를 강화하거나 사업명칭을 개정하겠다는 수준에서 그치고 있을 뿐 실질적으로 사업을 조정한 실적은 없는 것으로 나타났다. 북한이탈주민대책협의회 회의는 전체회의, 소위원회, 실무협의회, 서면회의로 구분하여 운영된다. 전체회의는 대책협의회 위원장(통일부 차관)이 필요에 따라 개최하는 것이며, 소위원회는 위원장이 안건에 따라 관련 부처를 수시로 소집하여 운영하는 것이다. 실무협의회는 고용, 교육, 복지분야에 있어 실무적인 부분을 협의하는 회의이며, 서면회의는 단순 보고안건, 사안이 경미하거나 일정상 대면회의가 곤란한 경우 개최된다. 북한이탈주민대책협의회는 2014년도에 총 25회 회의를 개최하였고, 2015년에는 39회 회의를 개최하였다. 그동안 2015년에 보건복지부 산모도우미 파견사업과 2016년 탈북여성 쉼터 운영사업을 폐지하는 등 일부 유사중복 사업에 대한 조정이 있었다.