국민체육진흥공단은 사업을 추진할 때 30억 원의 지원액을 단연도에 지원하지 않고 집행실적에 따라 3~4년에 걸쳐 지원하고 있다.
2002년부터 2005년 9월까지의 국민체육센터 건립 현황을 살펴보면, 총 46개소에 대한 건립 지원이 이루어지고 있으며, 이 중 2002년부터 지원이 이루어진 4개소만 공사가 완료되었으며, 20개소는 공사중이며, 4개소는 설계중이고, 18개소는 아직 준비단계에 있다. 사업을 추진하는 국민체육진흥공단에서는 이 사업이 3년에서 4년 정도 소요되는 사업으로서 개소당 지원액 30억원을 모두 단년도에 지원하는 것이 아니며, 연차별로 집행실적에 따라 5%, 25%, 30%, 40%를 3~4년에 걸쳐 지원하고 있다. 그럼에도 불구하고 매년 집행실적이 이와 같이 부진한 것은 사업 계획 수립과 기금운용계획 수립이 사전에 철저하게 준비되지 못하고 있는 것으로 볼 수 있다. 둘째, 기금을 통한 자치단체 자본보조사업에 있어서 기금의 관리 ․ 운용 주체인 국민체육진흥공단의 역할에 관한 문제이다. 보조금 사업을 규정하고 있는 보조금의예산및관리에관한법률에서 중앙관서는 보조사업자에 대해 사업의 진행과정을 관리 ․ 감독하고 사업 종료 시와 회계연도 말에 보조금에 대한 정산을 통해 사업의 성과를 관리하는 역할을 수행하도록 규정하고 있다.