순국선열애국지사사업기금의 경우 기금존치평가에서 숭모사업은 일반회계 사업으로 이관하고, 묘소단장사업과 편찬사업의 전부 또는 일부는 대일청구권의 상징성을 감안하여 광복회에 출연하여 민간자금화 할 것을 권고하였다.
 따라서 이에 대한 구체적인 논의가 필요하다. 또한 본격적으로 문화예술진흥기금이 한국문화예술위원회가 운영하는 민간자금으로 이관될 경우 국가와 민간자금과의 역할분담 문제를 명확히 하여 기존사업을 국가 예산으로 이관시키는 문제도 함께 논의되어야 할 것이다. 순국선열애국지사사업기금의 경우 기금존치평가에서 숭모사업은 일반회계 사업으로 이관하고, 묘소단장사업과 편찬사업의 전부 또는 일부는 대일청구권의 상징성을 감안하여 광복회에 출연하여 민간자금화 할 것을 권고하였다. 동 기금도 출연의 방식으로 공공자금이 민간기관에 양여되는 것이므로 민간자금에 이관되더라도 공공재원을 통제할 수 있는 방안을 검토해야 할 것이다. 한편 2003년 기금관리기본법의 개정으로 민간기금화 된 중소기업공제사업기금은 실제 민간자금화 된 이후 정부출연금 등 정부내부수입이 단절되어 가입업체 확대 등을 통해 재원을 확충하기 위한 자체 노력을 하고 있다는 것도 참고할 만하다.  나. 폐지 기금 융자사업의 이차보전 전환 대책 최종 기금정비방안에서 일반회계 재원에 의존하고 사업의 신축성이 크지 않다는 원칙에서 문화산업진흥기금, 방위산업육성기금, 응급의료기금, 농어가목돈마련저축장려기금은 폐지하는 것으로 결정되었다. 이들 기금들은 사업비의 많은 부분을 융자사업의 형태로 운용하고 있으며 융자사업은 일반회계의 이차보전사업으로 전환될 필요가 있다고 기금존치평가에서 지적하고 있는데 2006년도 기금운용계획안에서는 대부분 융자사업의 형태로 그대로 운용되고 있다.