발효의 어려움 때문에 맛있는 통곡 식빵을 찾는 것은 의외로 쉽지 않은데 이러한 단점을 보완하기 위해 쓰이는 기술이 바로 자연발효종이다.
 제분공정을 거친 밀가루에서 밀눈이나 겨의 입자를 골라내는 데 손이 많이 갔으므로, 산업화 이전까지만 해도 흰 밀가루로 만든 부드러운 빵은 주로 귀족이나 상류계층의 전유물이었다. 건강상의 이유로 최근 통밀은 물론, 주로 북유럽이나 독일에서 주식으로 삼는 호밀을 포함한 잡곡빵이 대세인 점을 감안한다면 실로 격세지감(隔世之感)이라고 할 수 있다.
 식감이 거칠기는 해도 구수한 맛이며 섬유질을 포함한 곡식의 영양분을 손실 없이 섭취할 수 있기 때문에 전세가 역전되었지만, 기술적인 어려움 때문에 맛있는 통곡식빵을 찾기란 의외로 쉽지 않다.
 가장 큰 이유는 발효의 어려움 때문이다. 밀눈이며 겨에 포함된 효소(酵素)가 효모를 공격, 발효를 방해하므로 통곡식빵은 잘 부풀지 않는다. 통밀을 많이 섞을수록 빵이 딱딱해지는 것도 바로 이 때문이다. 한편 걸러내지 않은 눈과 겨가 빠른 산패(酸敗)의 원인이 되므로 통밀가루 자체의 저장 및 보관이 어려운 것 또한 간과할 수 없다.
 이러한 통곡식 제빵의 단점을 보완하기 위해 쓰이는 기술이 바로 자연발효종이다. 우연히 포착한 미생물의 활동을 통해 발효의 존재를 깨달은 인류이니만큼 자연발효종의 사용이 자연으로의 회귀를 의미할 수도 있겠지만 사정이 조금 다르다. 과정의 지난함 때문이다. 공기 중이나 과일 껍질 등에 상존하는 효모를 채취하는 데만도 며칠이 걸리고, 이후 냉장 보관하는 동시에 주기적으로 물과 밀가루를 먹여 최적의 조건에서 배양해야 한다.
