환경부는 수질개선 및 수생태계 복원을 위한 하천생태 복원사업을 부처의 기능과 목적에 맞게 주도적으로 추진해 나갈 계획이다.
이 보고에 의하면 양 부처간 합의의 주요 내용은 하천관리사업 이원화 추진 관련 국토부 · 환경부간 합의서의 원칙을 준수하고, 2009년 5월 수립예정인 4대강 살리기 1단계 마스터플랜의 본류에 직접 유입하는 지방하천 정비사업은 현재와 같이 국토부가 중심이 되어 추진하고, 환경부는 수질 · 수생태계 보전방안을 마련하여 국토부에 제출, 마스터플랜 수립 시 반영토록 하며, 기타 지방하천 정비사업 시 사업목적(하천정비, 수질개선)이 불분명한 경우 지방하천관리위원회(필요시 별도의 지역협의체 구성)를 통하여 사업목적을 결정하고, 그에 따라 주관부처를 확정하며, 2010년 수립예정인 4대강 살리기 2단계 마스터플랜의 기타 지방하천에 대한 정비는 제항에서 제시한 원칙 하에 사업을 추진한다는 것이다. 환경부는 이러한 합의결과를 바탕으로 부처의 기능과 목적에 맞게 앞으로 수질개선 및 수생태계 복원을 위한 하천생태 복원사업을 주도적으로 추진해 나갈 계획이라고 설명하고 있다. 원래 환경부의 하천정화사업(생태하천복원사업)은 기존 치수위주의 하천정비로 인해 훼손된 지방하천 환경을 자연상태에 가깝게 복원하여 수질개선을 위한 자정기능과 동식물 서식처로서 생태적 기능을 제고하기 위한 사업이고, 국토해양부의 하천정화사업(하천재해예방사업)은 전국의 지방하천 중 수해상습하천을 조기 개수하고, 토사퇴적으로 인한 하상변화로 범람이 우려되는 하천을 준설함으로써 홍수피해를 방지하기 위한 것이다.