국가어항의 개발방식을 개별 어항 대상으로 지속하는 것은 막대한 정부 재정이 소요되며 시설 효용성 측면에서도 바람직하지 않다.
현재 국가어항 개발방식은 각 어항별로 어항기본사업, 어항정비사업, 어항환경개선사업을 수립해 추진되고 있다. 
 2013년이 되면 현재 진행 중인 104개 국가어항개발사업이 마무리되고 그 이후에는 완공된 국가어항의 유지ㆍ보수 업무와 새로이 지정된 신규국가어항에 대한 개발사업을 추진하게 된다. 
 또한 2013년이 되면 13개 다기능어항 사업도 완료될 예정이다.
 이 같은 상황에서 국가어항의 개발방식을 과거와 같이 개별 어항을 대상으로 사업을 지속하는 것은 바람직스럽지 않다. 
 특히 다기능어항 사업을 추진하면서 각 어항마다 수산물가공공장, 수산물도매시장, 수산체험관, 마리나시설, 인공해수욕장, 축양장 건설 등 다양한 수익제고 사업과 체험관광 사업이 추진되고 있는 상황에서 막대한 예산이 소요되는 이 같은 사업을 각 국가어항마다 추진하는 것은 비효율적일 뿐만 아니라 중복투자가 되어 예산낭비를 초래할 수 있다. 
 특히 다기능어항의 시설투자의 경우에는 정부의 재정투자 이외에 민간투자가 추가되어 있다. 
 재정투자가 기본시설과 친수공간 그리고 조경시설에 대해 투자가 이루어지는 반면 민간투자는 수익사업을 위한 기능시설과 어항편익시설로서 수산물저장ㆍ판매시설, 음식점 및 숙박시설, 레저시설 등이 포함된다. 
 이 같은 사업들을 개별 어항마다 추진하는 것은 막대한 정부재정이 소요될 뿐만 아니라 시설의 효용성 측면에서도 바람직스럽지 않다.