지방보조사업은 대부분이 중앙정부의 사업 계획으로 이루어지는 구조이기 때문에 지방자치단체의 정책 우선순위가 반영되기 어렵다.
따라서 지방 자치단체의 예산 확보시기가 늦어지면 동절기와 우기를 제외한 공사기간을 확보하지 못하여 사업비가 이월되는 상황이 많이 발생된다. 
지역의 선호와 우선순위가 반영되지 못한 사업계획의 수립.
현재 지방보조사업은 대부분이 중앙정부가 사업을 계획하고 그에 대한 지방자치단체의 신청을 통해 이루어지기 때문에 지방자치단체의 정책 우선순위가 반영되기 어려운 구조이다. 
또한 지역 주민의 의견을 충분히 수렴하고 구체적인 재원 조달 계획을 수립하지 않고 사업에 착수한 경우 주민의 반대나 재원확보의 어려움으로 사업집행이 어렵게 된다. 문화기반시설의 경우 지역 주민의 선호와 시설 건립 후 운용계획 등에 대한 충분한 검토가 없이 지방자치단체장의 정치적 의사결정에 의해 대규모의 시설이 건립된 후에 이용률이 현저히 낮거나 다른 용도로 사용되는 사례가 발생한다. 
또한 사업계획의 타당성에 대한 치한 검토가 없이 추진된 관광지 개발사업의 경우 민자유치가 이루어지지 못해서 중도에 사업을 포기하기도 한다.
예컨대 총 사업비 2조 2,666억원 중 민간자본 유치 목표액을 1조 2,561억원으로 계획한 유교문화권 관광개발 사업의 경우 사업개시 이후 3년이 지난 2003년 12월 말 현재 유치실적이 1,470억원에 불과하다.