행정자치부의 부동산 공부 관리 전산시스템들은 상호 연계가 어렵다.
한편 행정자치부는 정보통신부 산하기관인 한국전산원의 업무지원을 받아 사업을 추진하는 것이 불편하고 업무지원이 충분하지 못하다는 이유로 행정자,치부 산하에 전자정부진흥원을 설치하려고 하였으나 감사원의 기능중복 및 예산낭비 지적으로 인해 현재 당초 계획을 폐지하였다. 대신 정보통신부․한국전산원과 협의하여 한국전산원 이사회에 행정자치부 전자정부본부장이 참여하기로 하고 한국전산원 운영비를 행정자치부와 정보통신부가 공동 출연하는 방안을 추진 중이다. 이러한 제도적 개선 노력은 국회의 시정요구사항에 부합하는 것이라고 할 수 있다. 다만 추진체계의 문제에 있어서 정보통신부․한국전산원과 행정자치부 간관계는 제도적으로 정비가 되고 있으나 실제 사업을 추진하는 소관부처들 간 협의가 제대로 진행되지 않음으로써 사업 성과를 반감시키는 사례들이 발견되고 있다. 예컨대 행정자치부의 토지대장 건설교통부의 건축물대장 법원행정처의 등기부등본 등 부동산공부 관리 전산시스템들은 부처 간 협의 부족 등으로 인해 상호 연계가 어려운 실정이다. 따라서 정보시스템 구축 등 전자정부사업 추진 시 관련 부처 간 협의를 활성화하여 시스템의 상호 연계 불능 내지 중복 시스템 간 통합 곤란 등을 방지할 필요가 있다.