막부의 기독교 탄압 방침은 대외교역 통제로 이어지며 1623년 포르투갈인들의 출국을 명하는 한편 재입국 시 기독교도 가택의 기거를 금하였다.
 막부의 철저한 기독교 탄압 방침은 즉각 대외교역 통제로 이어졌다. 1623년 막부는 포르투갈인들의 출국을 명하는 한편, 재입국 시 기독교도 가택의 기거를 금했다. 일본인에 대해서는 마닐라 도항 주인장을 폐지하고, 기독교도의 해외 도항, 일본 선박의 포르투갈인 항해사 고용을 금지했다. 마닐라로부터 선교사 잠입이 끊이지 않는 데 충격을 받은 막부는 1624년 필리핀과 통교를 전면 금지했다. 포르투갈에는 모든 선박의 탑승자 명부를 제출토록 하고, 명부에 기재되지 않은 자는 상륙을 금지하는 등 기독교 세력과 일본인의 접촉을 원천적으로 차단하는 격리정책 제도화를 가속화했다.
 1633년에는 주인장 제도에도 손질을 가하여 주인장 외에 로주(老中) 3인이 연서(連署)한 도항면허장을 소지토록 하는 봉서선(奉書船) 제도가 시행됐다. 유력 상인이나 다이묘가 막부 고위층을 매수하여 주인장을 발급받는 기존 폐단을 방지하고 상호 감시를 강화하기 위한 조치였다. 주인선의 마닐라 도항 금지에 이어 봉서선 제도가 시행됨에 따라 1630년대 이후 일본 국내 세력에 의한 대외무역은 치명적 타격을 입었고, 포르투갈의 마카오·나가사키 무역도 쇠퇴의 길을 걷게 됐다. 
 히라야마 주인선 사건을 계기로 대일무역의 승기를 잡은 영·란이었지만, 최후의 승자로 남은 것은 VOC였다. VOC와 EIC가 대일무역에 집착한 것은 일본이 여타 지역과 달리 원료공급지를 넘어 소비시장으로서 의미가 있기 때문이었다.
