더구나 취득세와 등록세는 부동산 취득이라는 동일한 과세베이스에 대해 각각 높은 세율로 중복 과세되기 때문에 거래비용을 높임으로써 부동산 거래를 위축시키고 시장의 거래를 왜곡하는 비효율적 결과를 초래할 수 있음.
따라서 강화되는 부동산 보유세제의 정착과 그로 인한 부동산 경기의 하락을 방지하기 위해 부동산 거래세의 세율을 몇 년 동안 일시적으로 완화시켜 정책적 검증을 거친 후에 거래세 세율을 본격적으로 인하시키는 것도 하나의 방안이 될 수 있음.   취득과세의 세율인하는 지방세수 감소를 초래하지만 거래활성화 및 보유과세의 세율 인상으로 상당 부분 보전될 수 있음. 부동산 거래세제 개편 방향 고율의 취득세와 등록세는 실거래가 과세 적용에 장애가 되며 실수요자의 시장거래를 저해하고 등기의 회피를 유인하는 부작용을 초래하므로 취득과세를 완화하여 부동산의 이용을 효율화하고 실수요 거래를 촉진시키고 보유 지방세법과세 강화에 따른 조세부담을 경감 조정하는 것이 필요함.  더구나 취득세와 등록세는 부동산 취득이라는 동일한 과세베이스에 대해 각각 높은 세율로 중복 과세되기 때문에 거래비용을 높임으로써 부동산 거래를 위축시키고 시장의 거래를 왜곡하는 비효율적 결과를 초래할 수 있음. 취득과세의 정비 및 과세 완화는 단기적으로 보유과세 강화에 맞추어 단계적으로 세율을 인하하여 부동산의 실수요 거래를 활성화시켜야 하며 중장기적으로는 등록세가 일종의 수수료 성격을 가진다는 점을 감안하여 취득세 및 등록세를 하나의 세목으로 통합하는 것이 필요함. 한편 등록세는 본질적으로 인지세와 중복적이므로 등록세를 폐지하여 영국처럼 인지세는 국세로, 취득세는 지방세로 부과하는 방식의 세제개편도 고려할 수 있음.