1610년대 이후 쇼군가의 관심은 정권 안정화에 집중되었으며 막부의 권한 강화와 다이묘 세력 약체화가 제도화 대상이 되었고 기독교 포교 문제 등은 제도화의 핵심을 이루고 있었다.
 당시 일본의 대외무역은 주인선 무역을 경영하는 일본 국내 세력, 구(舊)유럽세인 포르투갈·스페인, 신(新)유럽세인 영·란의 3파전 양상이었다. 오랜 기득권을 구축해온 전자(前者)의 두 세력에 비해 후발주자인 영·란은 고전을 면치 못할 구도였다.
 1610년대 이후 쇼군가의 관심은 정권 안정화에 집중됐다. 막부의 권한 강화와 다이묘(大名·영주) 세력 약체화가 동전의 양면으로 제도화 대상이 되었다. 대외무역과 기독교 포교 문제는 그러한 제도화의 핵심을 이루고 있었다. 1609년 쇼군 측근 중에 기독교도가 다수 잠복해 있음이 발각된 ‘오카모토 다이하치(岡本大八) 사건’ 이래 기독교 포교는 막부에 대한 충성심을 내부로부터 해체하는 최대의 위협으로 간주되었다.
 1612년 막부는 직할령에 대해 공식적으로 금교령을 발포(發布)했다. 다이묘들에 대해서는 가이에키(改易·봉토를 박탈함), 감봉(減封·봉토를 축소함), 전봉(轉封·봉토를 변경함) 등의 처분으로 위협하며 기교(棄敎·기독교를 포기함)를 압박했다. 이듬해에는 전국으로 금교령을 확대했다. 1614년에는 선교사 추방령에 따라 다카야마 우콘(高山右近)을 비롯한 기리시탄(기독교 신자) 다이묘와 선교사들의 국외 추방을 강행했다. 
 이러한 기독교 탄압 노선은 교역정책에도 영향을 미쳤다. 포르투갈·스페인의 경우 무역과 선교가 분리되기 어려운 2인3각 관계였기 때문이다. 선교사 추방령에도 불구하고 포르투갈·스페인 선교사들의 밀입국 시도가 끊이지 않았다.
