알렉산드로스는 페르시아의 수도 페르세폴리스까지 점령하며 완벽하게 페르시아를 정복했다.
 기원전 332년 알렉산드로스는 티로스섬에 있는 난공불락의 성곽을 어렵게 점령한 후, 페르시아 중심부로 쳐들어가지 않고 이집트로 향했다. 당시 페르시아의 지배를 받고 있던 이집트는 이소스 전투를 소문으로 접하고 알렉산드로스의 이름만 듣고도 겁에 질려 항복했으며, 그는 그곳에 자신의 이름을 딴 ‘알렉산드리아’라는 도시를 건설했다.
 이렇게 알렉산드로스는 페르시아의 지배를 받고 있던 나라와 지중해 연안의 요새들을 점령한 후, 드디어 다리우스 3세의 군대가 주둔하고 있는 가우가멜라로 향했다. 알렉산드로스는 유프라테스강과 티그리스강을 건너 현재 이라크의 모술 근처인 가우가멜라 평원에서 페르시아 주력군과 일대 결전을 벌였다. 이 전투도 이소스 전투 때와 마찬가지로 페르시아군은 10만명 병력, 마케도니아군은 4만명 정도였다. 더구나 페르시아 군대는 200대에 달하는 전차(戰車)를 갖고 있었는데, 네 바퀴에 날이 선 칼과 창을 장착해 보병은 물론 기병들도 겁내는 가공할 위력을 자랑했다.
 그러나 알렉산드로스는 겁을 먹지 않았다. 다리우스 3세가 전차를 앞세워 공격을 해오자, 알렉산드로스는 순간적으로 군사를 양쪽으로 갈라지게 하여 전차를 피했으며, 저돌적 공격으로 10만명의 페르시아 군대를 박살 냈다. 그러자 다리우스 3세는 자신이 지휘하던 박트리아 기병대와 그리스 용병대를 이끌고 메디아로 피신했다.
 알렉산드로스는 손쉽게 바빌론에 입성하였으며, 곧이어 페르시아의 수도 페르세폴리스까지 점령했다. 결국 다리우스 3세는 마케도니아의 군사들에게 쫓겨 다니다 박트리아 기병대를 이끄는 휘하 장수에게 살해당했다. 이로써 알렉산드로스는 페르시아를 완벽하게 정복했다.
