7월 29일에는 민의원(하원)과 참의원(상원) 의원 선거가 실시되어 민주당이 압승했다. 정권을 잡은 민주당은 곧 신파와 구파로 갈라져 정쟁을 벌였다. 이승만 시절 억눌렸던 정치적 욕구가 곳곳에서 분출했다.
 1960년 6월 12일 야당의 숙원이었던 내각책임제 개헌안이 국회를 통과했다. 7월 29일에는 민의원(하원)과 참의원(상원) 의원 선거가 실시되어 민주당이 압승했다. 대통령으로는 민주당 구파의 윤보선이, 국무총리로는 신파의 장면이 선출됐다. 정권을 잡은 민주당은 곧 신파와 구파로 갈라져 정쟁을 벌였다.
 이승만 시절 억눌렸던 정치적 욕구가 곳곳에서 분출했다. 일부 대학생과 혁신계는 ‘가자 북으로, 오라 남으로’를 외치며 섣부른 통일논의를 전개했다.
 군부는 이러한 상황을 불안한 눈으로 바라보고 있었다. 6·25전쟁을 거치면서 급팽창한 군부는 당시로서는 가장 선진적인 집단이었다. 매년 1000명 이상의 장교와 부사관들이 미국에 파견되어 교육을 받고 돌아왔다. 지식인층에서 인기 높던 잡지 《사상계》는 이집트·파키스탄 등 제3세계에서 빈발하던 군부 주도의 근대화혁명을 소개하면서 이들을 자극했다.
 4·19 이후 육사 8기생들을 중심으로 한 소장파 장교들은 부패한 정치장성들의 퇴진을 요구하는 정군(整軍)운동에 나섰다. 이들이 리더로 추대한 인물이 청렴 강직함으로 인망을 얻고 있던 박정희 소장이었다.
 1961년 5월 16일 해병 1여단, 제1공수단 병력을 주축으로 한 3600여 명이 쿠데타를 일으켰다. 장면 총리는 수녀원으로 피신했다. 대통령 윤보선은 ‘내전을 막는다’는 이유로 쿠데타군에게 유리한 조치들을 취했다. 5월 19일 장면 총리가 나와 내각 총사퇴를 선언했다. 군인들로 구성된 국가재건최고회의가 3권을 장악했다. 7월에는 쿠데타 주역인 박정희 소장이 명목상의 지도자이던 장도영 육군참모총장을 밀어내고 최고회의 의장에 취임했다.
