제2단계 및 3단계에선 컴퓨터 및 산업 설비 분야를 중심으로 유치할 계획이며 중장기적으로 동북아 지역의 분업체제 형성을 추진해 나갈 계획이다.
제 2단계 및 3단계에서는 컴퓨터, 정 화학, 중화학 공업 및 산업설비 분야를 중심으로 유치할 계획이며 중장기적으로 수도권과 연계된 새로운 성장동력을 창출하고 동북아지역의 분업체제 형성을 추진해 나갈 계획이다. 
즉, 서울의 금융 ․ 시장, 인천의 물류 등과 협력체제를 구축하여 개성공단을 수도권과 연계된 산업단지로 개발하고 동북아지역 진출을 희망하는 다국적기업을 유치하여 동북아 경제거점으로 육성하는 방안을 강구하고 있다. 
개성공단 단계별 추진계획, 추진단계, 공단면적(만평) 업체 수, 사업기간, 추진방향. 
제 1단계 2002~2006년 노동집약적 수출업종, 경공업 유치. 
제 2단계 2006~2009년기계, 금속 등 중공업 및 첨단산업 기반 형성.
제 3단계 2008~2012년복합 공업단지 구축, 동북아 경제거점주. 
1. 단계별 사업규모 및 방향은 북한당국과 협의과정에서 조정 가능. 
2. 배후도시는 포함되지 않았음.
개성공단개발사업의 추진체계를 살펴보면, 남측사업자인 한국토지공사와 현대아산이 공동으로 사업을 추진하고 있는데 정부는 개성공단사업 지원을 위하여 2004년 10월 통일부, 산업자원부, 건설교통부, 재정경제부 등 총 8개 정부부처 공무원으로 구성된 ‘개성공단지원단’을 출범하였다. 
동 지원단은 개성공단. 
2005년도 기금 결산 분석개발사업의 주요계획 수립 및 조정, 입주기업 지원, 전략물자 반출관리 등의 업무를 수행하고 있다.