건강보험 재정위기의 해결이 중요한 국가적 과제일지라도 사전예방에 역점을 두는 국민건강증진법의 취지에 역행하는 진료비 지원에 건강증진 사업 비의 21배나 되는 재원이 지출되었음은 국민건강증진기금의 설치 목적을 지나치게 훼손시킨 것이라 하겠다.
2003년도 기금 운용실적에서는 기금 설치 목적인 국민건강증진을 위한 사업비의 21배를 환자 진료를 위한 건강보험급여비 지원에 지출한 것으로 나타났다. 
그렇다면 동 특별법의 규정은 비록 한시적일지라도 국민건강증진기금의 설치 목적을 실현시키기 위한 것과는 상반되는 재원의 운용이라고 할 수 있다. 
더욱이 2002년도 운용 실적과 비교해 보면 2003년에는 총 운용액에 대한 건강증진 사업비 비율이 3.9%로 전년보다 0.8%포인트 감소한 반면 건강보험에 대한 지원은 2003년 83.1%로 전년보다 0.9%포인트 증가하였다. 
동 특별법의 적용을 받는 같은 여건에서도 2003년에는 건강증진사업의 수행 비중이 더욱 낮아져 기금의 운용에서 본연의 건강증진사업이 점점 더 취약하게 되었음을 알 수 있다. 이 법이 제정되면서 국민건강증진법 역시 개정되어 담배에 대한 국민건강증진부담금이 2갑당 150원에서 447원으로 대폭 인상되었다.
제 3부 기금별 분석 건강보험 재정위기의 해결이 중요한 국가적 과제일지라도 사전예방에 역점을 두는 국민건강증진법의 취지에 역행하는 진료비 지원에 건강증진 사업 비의 21배나 되는 재원이 지출되었음은 국민건강증진기금의 설치 목적을 지나치게 훼손시킨 것이라 하겠다.