결국 피평가기관의 입장에서는 경영실적보고서의 준비에 많은 자원과 역량을 투입할 수밖에 없는 실정이다. 공공기관은 연말에 경영평가지침이 제시되면 그에 따라 경영평가실적보고서를 준비 하게 되는데, 비계량지표의 경우 경영실적보고서를 어떻게 작성하느냐에 따라 평가점수가 달라질 가능성이 높다.
공공기관 경영평가 지원시스템 활용을 통해 평가부담 완화 필요공공기관은 연말에 경영평가지침이 제시되면 그에 따라 경영평가실적보고서를 준비 하게 되는데, 비계량지표의 경우 경영실적보고서를 어떻게 작성하느냐에 따라 평가점수가 달라질 가능성이 높다. 결국 피평가기관의 입장에서는 경영실적보고서의 준비에 많은 자원과 역량을 투입할 수밖에 없는 실정이다. 특히 이러한 현상은 그나마 상대적으로 평가전담부서 및 평가담당 인력을 배치할 수 있는 여지가 많은 대규모 기관에 유리하게 작용하므로 평가방법의 공정성을 저해할 수 있다는 지적이 있다. 공공기관 경영평가 담당자들에 대한 심층 면접 결과 경영평가를 준비하는 기간은 기간별로 조금씩 상이하지만 평균적으로 4개월 정도(전년도 12월 ~ 금년 3월)인데, 대부분의 기관이 평가전담팀의 유무와 관계없이 경영평가 수검을 힘들어 하는 것으로 나타났으며, 평가 준비기간 동안 업무량의 증가로 ‘평가가 본연의 업무인 평가전담팀’이나 ‘평가를 전담으로 하지 않는 실무팀’ 모두의 스트레스 지수가 상당히 높은 것을 확인할 수 있었다. 면접대상 13개 기관 중 8개 기관에서 평가준비가 부담스럽다고 답변하였으며 일부 기관의 경우 업무과중으로 기존 업무가 마비될 정도라고 하면서 조직갈등의 원인이 되기도 한다고 밝히고 있으며, 연초에 경영평가 수검준비로 연간 업무계획이 늦춰지기도 하는 등 본연의 업무에도 큰 지장을 받는다고 답변하였다.