현재 국제교류기금에서 지출되는 재외동포재단 지원예산은 재외동포사회의 역량강화 및 자조능력 신장, 재외동포의 민족자산화와 모국기여 활동 강화, 그리고 이들의 민족정체성 유지 함양 및 한민족공동체를 구현하기 위한 것으로 설명되고 있다.
또한, 외교통상부 산하의 재외동포재단은 예산을 외교통상부 출연금과 국제교류기금의 지원에 의존하고 있는 상황이다. 따라서 동 기관이 외교통상부산 하의 단순 실무집행기구 기능을 벗어나 정책수립과 집행에 있어 창의성과 자율성을 발휘할 수 있도록 도울 필요가 있을 것이다. 현재 국제교류기금에서 지출되는 재외동포재단 지원예산은 재외동포사회의 역량강화 및 자조능력 신장, 재외동포의 민족자산화와 모국기여 활동 강화, 그리고 이들의 민족정체성 유지 함양 및 한민족공동체를 구현하기 위한 것으로 설명되고 있다. 
 재외동포에 한 지원사업이 추가되더라도 국제교류기금의 주 수입원인 국제교류기여금 수입이 계속 확보됨에 따라 이자수입의 정체 예상에도 불구하고 중기적으로 국제교류사업의 이행을 위한 재정기반 확보에는 큰 문제가 없을 것으로 보인다. 
 그러나 한국국제교류재단의 중기수지 전망에 따르면 재외동포재단에 한 지원으로 인해 2006년도부터 지출규모가 자체수입규모를 초과하여 국제교류기금의 적립금 잠식이 불가피할 것으로 나타나고 있다. 
 정부가 재외동포재단 출연금의 일부를 일반회계에서 국제교류기금으로 이관한 사유는 재외동포지원을 국제교류사업의 일부로 간주하고 이 부문의 일반회계 예산을 절약하여 다른 사업으로 전환하기 위한 것으로 보인다. 
 그러나 재외동포재단은 해외동포를 상으로 한 문화사업, 홍보사업, 한민족 공동체 구현 등의 교류사업, 모국어 보급 및 민족교육지원 등 교육사업, 그리고 한상 네트워크 운영 등 경제사업을 수행함으로써 해외동포를 지원하고 한민족간의 유 를 강화함을 주 목적으로 한다.