국가균형발전특별회계는 과거 지방 보조사업이 가지고 있는 문제점을 보완하고 지방의 자율을 확대하여 지역 특성에 맞는 사업의 선정과 효율적인 보조금의 배분과 사용을 목적으로 도입된 제도이다. 따라서 사업의 선정과 재원의 배분에 있어서 지자체의 선호를 우선적으로 반영하고 보조금의 사용에 있어서도 많은 특례를 두어 지자체의 자율권을 확대하였다.
국가균형발전특별회계는 과거 지방 보조사업이 가지고 있는 문제점을 보완하고 지방의 자율을 확대하여 지역 특성에 맞는 사업의 선정과 효율적인 보조금의 배분과 사용을 목적으로 도입된 제도이다. 
따라서 사업의 선정과 재원의 배분에 있어서 지자체의 선호를 우선적으로 반영하고 보조금의 사용에 있어서도 많은 특례를 두어 지자체의 자율권을 확대하였다. 
이런 취지에서 처음 제 4부 부문별 분석 운용되는 국가균형발전특별회계는 예산의 편성과 사업의 집행 관리 사후 평가 등의 과정에서 특별회계의 관리 운용주체인 기획예산처와 국가균형발전 정책을 수립하는 국가균형발전위원회 그리고 사업 집행을 관리 ․감독하는 사업의 소관부처의 각각의 역할과 책임 한계가 불명확한 문제를 가지고 있다.
문화관광분야의 사업이 포함되어 있는 지역개발계정의 경우 지역의 특성과 우선순위를 반영하기 위해서 시 ․도별 지출한도 내에서 자율 편성하게 된다.
예산편성단계에서 중앙관서는 지방자치단체의 예산 요구에 대해서 별다른 통제가 없이 필요한 경우 부대의견만을 첨부하게 된다. 
이와 같은 구조 하에서 지방보조사업의 계획 수립과 예산의 요구 사업의 집행과 성과에 대한 책임이 모,두 지방자치단체의 자율에 맡겨진다 따라서 중앙관서는 보조사업에 있어서 실.질적인 통제나 역할은 상당부분 축소된다. 현행 국집행부진을 고려해 볼때 향후 중앙관서인 문화관광부와 문화재청이 사업 수행에 있어서 어떤 역할을 수행할 것이며 사업성과에 대한 책임 한계는 어디까지인지를 명확히 해야 할 것이다