그런데 예산편성 과정에서 부처별 지출 한도가 그대로 지켜지지 않을 경우 정부의 총 지출규모에서 부처별 지출한도를 배분하고 그 설정 한도 내에서 부처가 자율적으로 예산안을 편성한다는 예산 총액배분자율편성 제도의 기본 골격이 유지될 수 없게 된다.
배분 자율편성 제도를 시행하고 있는 스웨덴과 뉴질랜드는 각료회의의 토론을 거쳐 각 부처의 예산배분을 결정한다. 그런데 예산편성 과정에서 부처별 지출 한도가 그대로 지켜지지 않을 경우 정부의 총 지출규모에서 부처별 지출한도를 배분하고 그 설정 한도 내에서 부처가 자율적으로 예산안을 편성한다는 예산 총액배분자율편성 제도의 기본 골격이 유지될 수 없게 된다. 또한 국회의 예산심의 과정에서 총지출규모나 부처별 지출한도를 수정할 경우에도 예산 총액배분 자율편성 제도 자체의 존립이 문제시된다. 그래서 예산 총액배분 자율편성 제도가 제대로 기능할 수 있기 위하여 부처별 지출한도 유지의 강제성이 부과될 필요성이 있다. 이를 위해 예산안을 국회에 제출하기 전에 총지출규모와 부처별 지출한도에 대하여 국회와 협의를 거쳐 그 결과를 공개하고 정부와 각 부처는 그에 근거하여 예산안을 편성하도록 재정운영시스템을 보완할 필요가 있다. 정부는 국가재정운용계획을 수립하면서 새로운 재정운영 시스템으로 예산총액배분 자율편성 방식과 함께 성과관리제를 도입하였다 성과관리제는 재정사업으로 달성하고자 하는 목표와 이를 측정할 수 있는 지표를 사전에 설정하고 재정집행 결과 지표의 목표치와 실적치를 비교 평가하여 그 결과를 재정운용에 환류함으로써 재정의 효과성과 투명성을 강조하고 있다.