기타공공기관들의 지정 사유를 기관의 주요 유형별로 살펴보는데 유형 구분은 동일 기간에 대해 복수로 적용될 수 있다.
기타공공기관들의 지정 사유를 기관의 주요 유형별로 살펴보면 다음과 같다.
이러한 유형 구분은 동일 기관에 대하여 복수로 적용될 수 있다. 
예를 들어 출연연구기관은 다른 법률에 의하여 이사회 중심체제가 구축되어 있는 기관인 동시에 기관 운영의 자율성이 요구되는 기관이다.
다음의 유형은 정해방(2012)의 현행 공공기관운영법상 공공기관지정제도의 개선방안에 대한 연구와 과거 정부산하기관 관리기본법 제 3조 제 2항의 적용 제외 대상 기관을 기초로 분류한 것이다.
첫째, 다른 법률에 의하여 책임경영체제가 구축되어 있는 기관이다. 
출연연구기관은 정부출연기관 등의 설립 ․ 운영 및 육성에 관한 법률, 과학기술분야 정부출연기관 등의 설립 ․ 운영 및 육성에 관한 법률에 따라 경제인문사회연구회, 기초기술연구회, 산업기술연구회에 설치된 이사회를 통하여 원장 임명 등 주요 사안을 의결 ․ 운영하고 있는 기관으로, 연구의 공정성과 객관성 확보를 위한 현행 연구회 체제 유지 필요성이 인정되어 기타공공기관으로 지정되어 있다.