그러나 아직도 4대강 수계간, 수계의 상 · 하류간 수질편차가 크고, 내륙 농촌 지역과 연안지역의 하수도 보급률이 크게 저조한 실정임을 감안할 때 수질부문의 예산이 감소한 것은 문제가 아닐 수 없다.
따라서 2006년도 환경부 세출예산안을 편성함에 있어 이들 부문에 대한 투자가 대폭 확대된 것은 그동안 제기되어왔던 투자의 필요성과 시급성을 반 하여 재원을 적절히 배분한 것으로 평가된다. 환경부가 상하수도 · 수질부문에 대해서는 현행 수준의 예산안을 편성한 이유는 수질개선을 위해 재정투자를 집중한 결과 4대강 수질이 2급수 수준으로 개선되었고, 상수도 보급율이 90%로 높아졌고, 4대강 수계환경기초시설의 확충으로 하수처리능력이 향상된 재정성과에 기초한 것으로 분석된다. 그러나 아직도 4대강 수계간, 수계의 상 · 하류간 수질편차가 크고, 내륙 농촌 지역과 연안지역의 하수도 보급률이 크게 저조한 실정임을 감안할 때 수질부문의 예산이 감소한 것은 문제가 아닐 수 없다. 뿐만 아니라 폐기물관리 부문의 경우도 2002년에 수립한 제2차 국가폐기물관리 종합계획을 추진하기 위해 지속적인 투자가 이루어져야 함에도 불구하고 2005년까지 투자계획 대비 집행실적이 43.8%에 불과한 실정을 감안할 때 폐기물 부문의 예산이 0.4% 감소한 것도 문제점으로 지적된다.