2016년 현재 기존에 구축됐던 공공기관 경영평가정보시스템은 운영되지 않고 있으며, 이에 따라 공공기관의 경영실적자료와 경영평가단의 평가조서 및 평가결과 등이 관리되지 못하고 있는 실정이다.
또한 160여명에 이르는 대규모 평가단 운영에 대해 규모의 적정성 논란이 지속되고 있으므로 평가단 규모를 축소하는 방안을 검토할 필요가 있다. 따라서 주무부처인 기획재정부는 평가단 규모를 결정할 수 있는 합리적 기준을 마련 하고 평가단 규모를 조정하면서 경영평가단과 공공기관연구센터와의 역할 재정립 방안에 대해 검토할 필요가 있다. 기획재정부는 기존에 개발하였던 공공기관경영평가정보스시템을 활용하여 평가정보를 체계적으로 관리 축적하고, 동 시스템을 통해 수검기관의 평가 부담을 줄여줄 수 있는 방안에 대해 검토할 필요가 있다. 기획재정부와 국가경쟁력강화위원회가 2008년 12월에 발표한 공공기관 운영체계 개편방안에 따르면 정부는 경영평가과정을 체계적으로 관리․지원하는 시스템이 부재하여 평가자료․정보 및 노하우 축적이 어렵고, 유사한 자료의 반복적 요구․제출에 따른 불필요한 비용이 발생하기 때문에, 평가정보를 DB화하는 경영평가 정보시스템을 구축했다. 그러나 2016년 현재 기존에 구축됐던 공공기관 경영평가정보시스템은 운영되지 않고 있으며, 이에 따라 공공기관의 경영실적자료와 경영평가단의 평가조서 및 평가결과 등이 관리되지 못하고 있는 실정이다. 또한 공공기관 경영평가정보시스템은 경영평가 과정에서 표준양식대로 시스템에 접속하여 직접 입력하는 방식을 취하고 있기 때문에 피평가기관의 수검부담을 줄일 수 있음에도 구축된 시스템이 운영되지 않고 있기 때문에 평가준비에 투입되는 인력시간비용의 절감을 가져오지 못하고 있다.