공무원 공단 내부 자료에 따르면 1982년 이후 전체 주택 사업의 평균 수익률이 14.2%에 달했으며 금융자산의 평균 수익률도 10.2%인 것으로 나타났다.
특히 2005년과 같이 주식시장이 활황이었던 해는 상대적으로 주식시장에 대한 투자비중이 높은 연기금의 수익이 높을 수밖에 없기 때문이다. 그러나 공무원공단 내부자료에 따르면, 1982년 이후 채권과 주식을 포함한 금융자산의 평균수익률은 10.2%인 것으로 나타났다. 또한 전체 주택사업의 1982년 이후 평균수익률도 14.2%에 달하는 것으로 나타났다. 따라서 평균 개념의 수익성 측면에서 가장 문제가 되는 사업은 연금대부사업이라 할 수 있다.
 이는 같은 기간동안, 국민연금 등 다른 공적연금의 수익률이 10% 내외였다는 것과 비교할 때 절반에도 못 미치는 수준이었다.
 2007년도 기금운용계획안 분석 하기 때문이다. 또한 2005년 말 현재 공무원연금과 사학연금의 금융자산규모는 각각 3조 7,137억원, 4조 6,469억원으로 국민연금기금의 2.6%, 3.3%에 그치고 있어 금융자산의 운용에 있어서 규모의 경제를 활용하지 못하고 있다. 셋째, 부동산부문의 수익성이 떨어진다는 점이다.
 2005년도 결산 결과, 공무원연금은 부동산 분야에 전체 자산의 5.7%를 투자하였고, 수익률은 6.7%로 상대적으로 저조하였다. 또한 사학연금은 부동산분야에 3.0%를 투자하였고, 수익률은 0.3%로 매우 저조하였다.
  회계기준의 투명성·형평성 강화 특수직역연금이 공적연금이고, 공무원연금과 군인연금에 대해서는 국고로부터 보전금이 지급된다는 점에서 회계가 국회 및 일반국민을 대상으로 투명하게 공개되도록 회계기준의 투명성을 강화하는 제도개선이 이루어질 필요가 있다.