동사업의 초기 계획단계에서는 국가적 차원에서의 지역산업정책방향이 체계적으로 마련되지 못한 상태여서 정부는 선진국의 지역산업정책 사례와 국내 지역별 산업발전여건을 고려하여 지역의 범위, 지역전략산업의 성격 및 선정기준, 국내 지역혁신체계의 기본모형 등 지역산업정책의 기본 틀을 구성하여 실질적으로 국가균형발전과 지역경제 활성화에 공헌할 수 있도록 계획되었다. 이러한 목적을 체계적으로 실현하기 위하여 2000년에는 산업자원부와 각 지방자치단체는 중장기지역산업발전계획을 공동으로 수립하였고, 2003년 5월에는 지역산업진흥사업운영요령을 제정 고시하였다.
동사업의 초기 계획단계에서는 국가적 차원에서의 지역산업정책방향이 체계적으로 마련되지 못한 상태여서 정부는 선진국의 지역산업정책 사례와 국내 지역별 산업발전여건을 고려하여 지역의 범위, 지역전략산업의 성격 및 선정기준, 국내 지역혁신체계의 기본모형 등 지역산업정책의 기본 틀을 구성하여 실질적으로 국가균형발전과 지역경제 활성화에 공헌할 수 있도록 계획되었다. 이러한 목적을 체계적으로 실현하기 위하여 2000년에는 산업자원부와 각 지방자치단체는 중장기지역산업발전계획을 공동으로 수립하였고, 2003년 5월에는 지역산업진흥사업운영요령을 제정  고시하였다. 이어서 1단계 4개 지역산업진흥사업이 종료되는 2003년 5월에는 한국개발연구원과 산업연구원이 공동으로 1단계 4개 지역산업진흥사업의 성과평가 및 2단계 지역산업진흥사업의 타당성 조사를 실시하였고, 2003년 11월부터 12월까지 지방자치단체의 기획안을 검토 및 조정하여 2004년 1월 2단계 4개 지역진흥사업의 세부사업계획을 확정 발표하였다. 지역산업진흥사업 추진의 법적 근거는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제3조과 국가균형발전특별법 제11조이다. 지역산업진흥사업에 관한 구체적인 정의 및 추진체계는 2004년 10월 전면 개정된 지역산업진흥사업운영요 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제3조의 2(지역산업진흥계획 등)에는  시 도지사는 5년 단위로 관할구역의 산업집적의 활성화 등 지역산업의 발전을 위한 지역산업진흥계획을 수립할 수 있다.