넷째 실시협약 단계에서는 일부 사업에서는 정부가 수립 확정하여야 하는 사업계획을 민간투자 사업자로 하여금 수립 확정하여 사업을 추가하거나 고시내용과 다르게 협약을 하는 문제도 있다.
그 결과 다른 사업과의 형평성이 맞지 않고 국고보.조금 또한 많이 지원되는 비효율을 낳았다. 넷째 실시협약 단계에서는 일부 사업에서는 정부가 수립 확정하여야 하는 사업계획을 민간투자 사업자로 하여금 수립 확정하여 사업을 추가하거나 고시내용과 다르게 협약을 하는 문제도 있다. 또한 총 사업비를 확정하지 않고 협약을 체결하는.등 관계법령에 어긋나게 실시협약을 체결하였을 뿐만 아니라 수익률을 지나치게 높게 협약하는 경우도 있다. 예를 들어 인천국제공항 철도건설사업의 경우 수송수요를 처리하기 위하여 인천국제공항철도를 건설하면서도 공항 외 지역의 수송수요를주로 처리하는 것으로 열차운행계획을 수립하여 국고보조금 지원규모가 정부에서계획한 금액보다 배 이상 많게 실시협약이 체결되는 등으로 정부의 재정부담을 완화하고 공항 이용자들의 편의성을 높이려는 목적이 민간투자 사업자와의 실시협약에 제대로 반영되지 못하였다 또한 총 사업비 및 사업관리성 비용은 실시협약을 할.때 확정하여야 함에도 불구하고 승인 시 확정하는 것으로 하여 협약 시 제시된 사업비가 증가되는 부조리가 생기는 경우도 있다. 이는 총 사업비의 사후 정산으로 인한 비효율을 막기 위하여 제정된 민간투자법의 취지에도 어긋나는 것이다. 수송수요.결정에 있어서는 철저한 검토절차를 거치지 않고 낮은 수요치를 제시한 민자사업계 점검 ․평가획서를 그대로 수용하여 민간사업자 측에 유리하게 협약하는 사례가 빈번하다.