농어촌특별세의 경우 운용‧관리는 농림부가 하지만, 세출예산의 편성은 기획예산처에서 담당하고 8개 부처에서 분산 집행하고 있기 때문에 종합적인 관리에 애로가 있는 것이 사실이다.
문제점과 개선방안농어촌특별세의 경우 운용‧관리는 농림부가 하지만, 세출예산의 편성은 기획예산처에서 담당하고 8개 부처에서 분산 집행하고 있기 때문에 종합적인 관리에 애로가 있는 것이 사실이다. 
 한편 정부혁신위원회가 후원한 특별회계 및 기금 정비방안에 관한 공청회에서 발표된 ‘특별회계 정비방안’에 의하면, 농어촌특별세관리특별회계는 농어촌특별세를 농어촌구조개선특별회계로 전달하는 통로역할이 주된 기능이므로 농어촌특별세관리특별회계를 농어촌구조개선특별회계에 통합하되, 별도의 계정을 두어 운영할 필요가 있다고 지적하고 있다.
 농어촌특별세의 종합적인 관리를 위해서는 농림어업인삶의질향상특별법의 제정으로 국무총리 소속하에 설치된 ‘농림어업인 삶의 질 향상 및 농산어촌지역개발위원회’에 농어촌특별세사업에 대한 전반적인 조정‧평가기능을 부여 8개부처는 행정자치부, 교육인적자원부, 문화관광부, 보건복지부, 환경부, 노동부, 건설교통부, 소방방재청이다. 
 다음으로 농어촌구조개선특별회계와의 통합방안에 대해서는 농어촌구조개선특별회계안에 농어촌특별세전입금사업계정을 대체하는 농특세계정을 설치한 후, 농어촌특별세관리특별회계를 이관하는 방안을 검토할 필요가 있다.