법 제정 목적 중 하나인 경쟁체제 정착에는 성과를 거두고 있으나 또 다른 목적인 출연 연의 독립성 및 연구 자율성 측면에서는 기대에 부응하지 못했다.
동 법 제정 이후 발생하고 있는 이러한 문제점들을 볼 때 동 법 제정의 목적중 하나인 경쟁체제의 정착에는 어느 정도 성과를 거두고 있는 것으로 보여지나 또 다른 목적이었던 출연 연의 독립성 및 연구 자율성 측면에서는 기대에 부응하지 못하고 있는 것으로 보여진다. 
또한 출연 연 설립의 목적인 기관 고유사업에 대한 연구가 상대적으로 소홀해지고 있는 것으로 나타나고 있는 바 향후 설립목적에 보다 충실한 방향으로 정책 및 예산지원이 전환될 필요가 있다.
출연 연 법 제정에 따른 제도변화가 긍정적인 역할을 하는 것으로 공감을 얻기 위해서는 이에 따른 생산성의 증가가 수반되어야 한다. 
본문에서는 연구 성과에 대한 분석을 통해 그 해답을 모색하고자 한다.
표[14] 에서 보는 바와 같이 과학기술계 출연 연 의 연구성과의 양적인 측면에 초점을 맞추어 살펴보면 연구회 출범 이전인 1998년도 학술논문건수가 6,721건이었으나 1999년도에는 6,267건으로 감소되었다가 2003년도에는 9,469건으로 증가되었으며 특허 출원 건수도 1998년도 2,072건에서 1999년도에는 1,958건으로 감소되었다가 2003년도 3,587건으로 증가한 것을 알 수 있다.