바타비아의 VOC 총독 쿤은 런던협정 체결 소식에 격노했고 EIC와의 공조체제에 부정적인 그는 EIC를 속히 축출해 VOC의 향신료 무역 독점을 추구해야 한다는 강경론자였다.
 VOC와의 공조로 한숨 돌리는 듯한 것도 잠시, EIC는 1623년 결국 히라도 상관을 폐쇄했다. 같은 해 3월 암본섬의 VOC 감독관 헤르만 반 스페울트(Herman van Speult)가 EIC 상관장 가브리엘 타워슨(Gabriel Towerson)을 포함한 10인의 상관원과 9인의 일본인 용병을 내란음모 죄목으로 처형한 이른바 ‘암보이나 학살 사건’(Amboyna Massacre)이 발생한 것이 결정타가 되었다.
 VOC 측은 EIC 상관원들이 자신들을 공격할 음모를 꾸미고 있음이 발각되어 정당하게 이루어진 사법 처벌이라고 주장했다. 반면, 학살에서 살아남은 생존자들은 VOC가 자신들을 터무니없는 혐의로 무고(誣告)한 후 가혹한 고문으로 허위 자백을 이끌어내어 자행한 부당한 학살이라고 반박했다. 그 후 런던과 암스테르담에서는 이 사건을 두고 험악한 외교·사법 공방전이 벌어졌고, 동인도 지역에서 VOC·EIC의 공조 여지도 사라졌다.
 1619년 런던협정은, 동인도 현지 실정을 무시하고 정치적 필요에 의해 체결된 것으로 당초부터 두 회사 간 치열한 경쟁관계가 한 장의 문건으로 해소될 수 있는 상황이 아니었다. 바타비아의 VOC 총독 쿤(Jan Pieterszoon Coen)은 런던협정 체결 소식을 듣고 격노했다. EIC와의 공조체제에 부정적인 그는 ‘EIC를 하루속히 축출(逐出)해 VOC의 향신료 무역 독점을 추구해야 한다’는 강경론자였다. 암보이나 사건은 쿤이 기획한 것이라는 소문이 돌 정도였다. 실제 그는 이 사건의 책임을 지고 총독직을 사임했다가 1627년 다시 총독직에 복귀했다.
