한편, 기관장은 공기업 준정부기관의 예산이 확정된 후 그 공기업준정부기관의 경영목표가 변경되거나 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 예산을 변경하고자 하는 경우에는 변경된 예산안을 작성하여 이사회에 제출하여야 한다.
한편, 기관장은 공기업  준정부기관의 예산이 확정된 후 그 공기업준정부기관의 경영목표가 변경되거나 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 예산을 변경하고자 하는 경우에는 변경된 예산안을 작성하여 이사회에 제출하여야 한다. 변경된 예산안 역시 이사회 의결 및 주무기관 장의 승인 절차를 거쳐야 한다(제40조제6항). 다만, 같은 법 제3항 각 호에 따라 정부예산이 지원되는 사업 중 국가재정법에 따라 예비타당성조사를 실시하는 사업, 남북교류협력에 관계되거나 국가 간 협약  조약에 따라 추진하는 사업, 도로 유지보수, 노후 상수도 개량 등 기존 시설의 효용 증진을 위한 단순개량 및 유지보수 사업, 재난복구 지원, 시설 안정성 확보, 보건  식품 안전 문제 등으로 시급한 추진이 필요한 사업, 법령에 따라 추진하여야 하는 사업, 지역균형발전, 긴급한 경제적사회적 상황 대응 등을 위하여 국가 정책적으로 추진이 필요한 사업 등은 예비타당성조사 대상에서 제외된다. 보통 공공기관 예산안의 편성부터 확정 및 기획재정부장관 등 보고 절차는 12월에 모두 이루어지게 되는데, 공공기관의 운영에 관한 법률 제38조에 따라 공기업준정부기관의 회계연도는 정부의 회계연도에 따르며 정부 예산안이 국회에 통과되는 12월이 되어서야 보조금, 출연금 등 정부의 예산지원 금액이 확정되기 때문이다.