기금의 회계는 재산의 증감 및 변동을 발생 사실에 따라 계리하도록 규정하고 있고 규정이 정하는 바에 따라 결산서를 작성하게 하고 있다.
우리나라의 기금은 예산회계법 제7조에 의하여 특정한 목적을 위하여 특정한 자금을 운용할 필요가 있을 때에 한하여 법률로써 특별한 기금을 설치할 수 있고, 이러한 기금의 설치  관리  운용에 관한 기본적인 사항을 기금관리기본법에 따로 규정함으로써 기금운용의 공공성과 재정의 효율성 증진을 도모하고 있다. 기금의 회계는 사업의 경영성과와 재정상태를 명백히 할 수 있도록 재산의 증감 및 변동을 그 발생의 사실에 따라 계리하도록 규정하고 있고, 기금관리기본법 제9조의 규정이 정하는 바에 따라 결산서를 작성하도록 하고 있다. 아울러 2005년 기금관리기본법 시행령의 개정으로 소관중앙관서의 장이 직접 관리하지 아니하는 기금으로서 자산총액이 3,000억 원 이상인 기금의 경우 공인회계사법에 의한 회계법인의 감사보고서를 2004 회계연도부터 결산보고서에 첨부하도록 하고 있다. 2005 회계연도의 결산대상 기금은 2004 회계연도의 결산 대상 기금 총 57개에서 지역신문발전기금, 농작물재해재보험기금, 학자금대출신용보증기금이 신설되어 총 60개이다. 한편 정보화촉진기금은 2005년 중에 정보통신진흥기금으로 명칭이 변경되었다.