교육과학기술부는 무이자, 저리 대출의 경우 대상자 선정을 위해 일 20 이상 시간이 더 소요되어서 현금 동원이 어려운 저소득 학생에게 상당한 부담으로 작용할 수 있다.
건강보험료 부과금액을 이용하여 가구소득을 환산하고 가구소득이 적은 순서로 저,소득층을 선정한다. 교육과학기술 이러한 문제는 국민건강보험공단에서 가져온 소득자료의 오류에서 발생했지만 사업의 주체가 소득분위산정기준으로 사용되는 자료의 적정여부를 확인하지 않은 것은 학자금대출의 관리체계의 강화가 필요하다는 점을 시사한다.한편 교육과학기술부는 국민건강보험공단의 건강보험료 부과자료에 의존하여 소득분위를 산정하므로 무이자, 저리대출의 경우 대상자 선정을 위해 일 20이상 시간이 더 소요된다고 한다. 따라서 비록 일정기간 후 차액을 환급받기는 하지만 동 기간 동안 저소득학생들은 일반대출에 따른 이자를 부담해야 한다. 이러한 지연은 현금 동원이 어려운 저소득 학생에게 상당한 부담으로 작용할 수 있다. 그러므로 교육과학기술부는 무이자 ․저리대출로 학자금을 대출받을저소득층 학생의 부담을 완화시키기 위해 대학등록 이전에 선정이 끝나도록 선정일정을 앞당기거나 학생의 소득 등에 대한 신속한 검증체계를 구축하는 개선조치를 취해야 할 것으로 보인다.