독립성 확보를 위한 임기보장의 현실적 필요성이 강하게 제기되었으나, 독임제 기관장인 정무직공무원에 대해 임기보장을 하는 입법례가 없는 점 등 부정적인 의견도 많이 제기되어 결론을 내리지 못하고 이 문제는 국회운영위원회의 결정에 따르기로 하였다. 법안심사소위원회(2003. 6. 18)와 국회운영위 전체회의(2003. 6. 20)에서는 이 문제에 대해 격론을 벌였으나 최종적으로는 임기보장 규정을 두지 않는 것으로 결론지었다.
독립성 확보를 위한 임기보장의 현실적 필요성이 강하게 제기되었으나, 독임제 기관장인 정무직공무원에 대해 임기보장을 하는 입법례가 없는 점 등 부정적인 의견도 많이 제기되어 결론을 내리지 못하고 이 문제는 국회운영위원회의 결정에 따르기로 하였다. 법안심사소위원회(2003. 6. 18)와 국회운영위 전체회의(2003. 6. 20)에서는 이 문제에 대해 격론을 벌였으나 최종적으로는 임기보장 규정을 두지 않는 것으로 결론지었다. 이렇게 하여 당초 제출된 한국의정연구원법안은 폐기되고 최종 수정된 국회예산정책처법안 이 국회운영위원회안으로 채택되어 본회의를 통과하였다(2003. 7. 1). 이로써 의회 재정전문기관 설립에 있어 가장 중요하고도 힘든 제1단계 작업이 의장님의 의정연구원 설립 의사 천명 후 1년 만에 그 결실을 보게 되었다. 청사 마련 국회 내의 사무실 부족으로 직제상의 정원인 92인과 사무보조원 21인 등이 근무할 수 있는 공간을 국회 내에 확보하는 것이 현실적으로 불가능하였다. 당시 국회 경내에는 2007년 말 완공을 목표로 국회부속청사, 즉 현재 국회의정관 공 사가 진행되고 있었는데, 완공 이후 국회 내로 청사를 이전 입주하기로 하였다.