이러한 문제의식 하에서 보다 구체적으로 지역혁신 사업의 문제점을 언급해본다면 혁신의 개념과 부처별로 추진되는 개별사업의 내용이 일치하지 않는다는 점 다부처 사업에 따른 사업간 유사․중복의 문제점 사업의 시너지 효과를 위한 연계성 확보의 필요성 등의 문제점 등을 들 수 있으며 혁신의 원동력이 되어야 하는 민간의 참여가 보다 제고되어야 할 필요성 등이 지적될 수 있다. 본고에서는 이러한 문제점들을 검토하고 민간 주도의 혁신 시스템 구축을 위한 방향을 제시하도록 한다.
대학이나 연구소의 연구 성과를 기업에서 응용기술로 발전시키고 이를 제품화하는 기존의 단선적인 혁신 체계에 대한 인식과 달리 국가균형발전특별법에 의거하는 혁신 체계는 대학과 기업 지자체 등 다양한 혁신주체들의 활동을 상호연계하거나 상호협력을 촉진하기 위한 지원체계를 표방하다는 점에서 지역 혁신의 새로운 패러다임을 개척하는 시도로 평가될 수 있다.
그러나 국가균형발전위원회․산업자원부에 따르면 지방과학기술혁신(2006)분야에서 중앙과 지자체간 명확한 업무 분담과 연계의 강화 필요성 인적자원개발과 관련되어 혁신 주체 간의 협력관계 강화 필요성, 산 ․학 ․연 연계체제 추진체계의 통합관리 필요성 등이 지적되고 있는 것이 현실이다.
이러한 문제의식 하에서 보다 구체적으로 지역혁신 사업의 문제점을 언급해본다면 혁신의 개념과 부처별로 추진되는 개별사업의 내용이 일치하지 않는다는 점 다부처 사업에 따른 사업간 유사․중복의 문제점 사업의 시너지 효과를 위한 연계성 확보의 필요성 등의 문제점 등을 들 수 있으며 혁신의 원동력이 되어야 하는 민간의 참여가 보다 제고되어야 할 필요성 등이 지적될 수 있다. 
본고에서는 이러한 문제점들을 검토하고 민간 주도의 혁신 시스템 구축을 위한 방향을 제시하도록 한다.