주택은행은과 국민주택기금은 주택 규모에 따라 역할 구분을 했지만 주택부문의 위기 극복을 위해 국민주택기금의 역할이 강화되었다.
주택은행은 상대적으로 큰 주택에 관한 금융을 담당하는 반면 국민주택기금은 저소득층 위주의 국민주택 규모 주택에 대한 금융을 담당하여 양자간 역할이 구분되고 있었다. 그러나 전반적으로 주택금융에 대한 금리수준 및 민간은행 참여에 대한 제약이 존재함에 따라 시장은 주택자금에 대하여 만성적인 초과수요 상태를 보이고 있었다. 주택금융제도는 1990년대 중반이후 커다란 변화를 겪게 되었다. 금융자율화의 일환으로 추진된 금리자유화계획에 따라 1994년 여수신금리가 자유화되면서 주택금융분야에서 경쟁체제를 위한 여건이 마련되었다. 또한 1996년 말 은행 장기주택금융 공급 허용과 1997년 주택할부금융제도의 도입은 민간금융으로서 경쟁에 의한 자금조성과 운영을 위한 시도였다. 그리고 1997년 금융개혁의 본격적 추진과 주택은행의 민영화 시행 등으로 주택부문에서 금융기관 간 대출경쟁이 본격화되었다. 그러나 외환위기를 맞이하면서 주택금융기관들의 신규자금 조성이 부진하였으며 기존 대출채권의 부실화로 금융기관의 부실화를 초래하였다. 이에 대하여 주택부문의 위기극복을 위하여 국민주택기금의 역할이 강화되고 정부의 개입이 확대되었다. 한편 1998년 한국은행 여신관리규정이 폐지되고 부동산에 대한 금융기관의 여신제한 및 주택대출 대상규모의 제한이 해제되었다. 또한 1998년에는 자산유동화 및 주택저당채권유동화제도가 도입되어 부동산금융 유동화에 대한 새로운 장이 열렸으며, 1999년에는 이를 담당할 전문기관으로 한국주택채권저당유동화회사(KoMoCo)가 설립되었다.