국민임대주택 건설사업은 참여정부의 핵심정책 사업 중 하나로 기금 출자로 전환할 경우 정책사업의 이미지가 퇴색할 수 있다는 등의 우려로 반대한다.
반대하는 의견으로는 다음과 같다. 
첫째, 국민임대주택 건설사업은 참여정부의 핵심 정책 사업 중의 하나로서 기금 출자로 전환할 경우 정책사업의 이미지가 퇴색할 우려가 있다. 
둘째, 소형 임대주택으로 건설하므로 사업추진 과정에서 발생하는 건설 반대의 민원 등에 대한 대처가 어려워져 사업추진에 애로가 가중될 수 있다. 
셋째, 기금 출자로 전환하면 현행 방식보다 업무 처리가 복잡하고, 기금운용의 규모가 인위적으로 확대될 가능성이 많다.
반면, 찬성하는 논리는 국민임대 등을 비롯한 장기임대주택 공급정책의 일관성을 유지하기 위해서는 동일한 재원에서 관리하는 것이 바람직하다는 것이다. 
즉, 일반회계 및 국민주택기금에서 각각 관리하는 것이 아니라 국민주택기금에서 일괄적으로 관리하는 것이 합당하다는 논리이다. 
국민임대주택 건설사업은 주택 부문의 사회안전망의 일환이므로, 기금 출자에 대한 찬성과 반대의 양론을 심도 있게 논의할 필요가 있다.
현실에서 시장가격기구가 자원의 효율적인 배분을 달성하지 못하는 경우를 시장실패(market failure)라고 부른다. 
수요독점(monopsony), 외부효과(externalities), 공공재(public good), 비용체감산업, 정보의 불완전성(imperfect information) 등이 존재하는 경우 시장실패를 초래한다.