동 기금에서 많이 발생하는 대위변제를 방지하기 위해 정부 출연금을 늘려야 하나 정부 출연금이 오히려 감소 추세에 있으므로 기본재산을 늘리는 다른 방법이 현실적으로 어렵다.
운용배수는 보증기관별로 주택신용보증기금 30배, 신용보증기금 ․ 기술신보 ․ 농신보 20배 등 법정운용배수의 차이로 기금안정성 판단기준의 혼란 초래할 수 있기 때문이다. 또한 동 기금은 IBRD 차입금 상환을 강화하여 적정수준의 운용배수를 유지하려고 하면 결과적으로 차입금 상환에 따른 보증재원 감소로 서민의 주택금융 혜택 축소해야 한다. 그 외의 다른 방법은 기본재산을 늘려야 하나 이는 현실적으로 어려운 실정이다. 왜냐하면 동 기금은 대위변제가 많이 발생하고 있어 기본재산의 감소를 피할 수가 없으므로 이를 방지하기 위해서는 정부출연금을 늘려야 하나 오히려 정부출연금은 해마다 계속 감소추세에 있기 때문이다. 결과적으로 동기금은 차입금을 기금운용 재원으로 관리함에 따라 기금관리의 불안정요인으로 작용하고 있다. 개선방안동 기금의 안전한 운용을 위해서는 기금운용의 안정성과 재무건전성을 유지하는 적정운용배수 관리 기준 마련이 필요하다. 신용보증기금의 경우, 과거 운용경험 등을 통하여 외부 경제환경 변화에 대처할 수 있는 적정운용배수를 12배 수준으로 운용중이며 KDI는 주택신용보증기금의 안정적 운용과 발전기반 구축을 위해서는 적정운용배수를 20배로 산정해야한다는 보고서를 2002.8월에 발표한바 있다. 또한 보증공급 확대와 기금의 자립기반 조성차원에서 IBRD차입금을 별도의 정부출연으로 전액 보전하여 조기상환 방안의 검토도 필요한 실정이다.