1592년 4월 13일 일본이 바다를 건너 조선을 침략했다. 조정의 실권(實權)은 동인(東人)이 쥐고 있었다. 일본군이 보름도 안 돼 한양까지 밀고 올라오자 선조는 궁성을 버리고 북쪽으로 몽진(蒙塵)에 나섰다. 이에 신하들과의 격론 끝에 이산해는 유배형에 처하고, 유성룡은 그나마 좌의정에서 내쫓는 선에서 마무리됐다. 다시 서인의 시대가 열렸다.
1592년 4월 13일 일본이 바다를 건너 조선을 침략했다. 당시 서인(西人)들은 대부분 유배를 가 있었다. 조정의 실권(實權)은 동인(東人)이 쥐고 있었다. 영의정 이산해(李山海), 좌의정 유성룡(柳成龍), 우의정 이양원(李陽元)이 3정승이었는데 동인 중에서 뒤에 북인(北人)이 되는 이산해, 남인(南人)이 되는 유성룡이 주축이었다. 이양원도 이황(李滉)의 문인이니 유성룡과 가까웠다.
 일본군이 보름도 안 돼 한양까지 밀고 올라오자 선조는 궁성을 버리고 북쪽으로 몽진(蒙塵)에 나섰다. 같은 해 5월 2일 개경에 도착했을 때 백성들이 길을 막고서 ‘정철(鄭澈)을 불러들이라’고 소리 질렀고, 신하들은 ‘이산해가 나라를 망쳤다’고 지목했다. 이에 신하들과의 격론 끝에 이산해는 유배형에 처하고, 유성룡은 그나마 좌의정에서 내쫓는 선에서 마무리됐다.
 다시 서인의 시대가 열렸다. 바로 다음 날 최홍원이 좌의정, 귀양 갔던 윤두수(尹斗壽)가 우의정에 제수되었다가, 곧바로 두 사람은 각각 영의정과 좌의정에 제수된다. 더불어 함경도 강계로 유배 갔던 정철도 불러올린다. 임진왜란이 서인의 시대를 열어준 것이다.
 이렇게 된 데는 전쟁 발발 가능성을 두고서 동인과 서인이 각기 다른 입장을 보였는데, 결과적으로 서인 황윤길의 진단이 옳았다는 것이 크게 영향을 미쳤다. 실록에는 그가 정승에 오를 수 있었던 배경에 대해 이렇게 설명하고 있다.
 “1591년에 일본이 우리나라에 명(明)나라로 가는 길을 빌려달라고 했을 때 윤두수가 가장 먼저 중국에 그것을 고할 것을 청했다. 이 때문에 임진년의 난리가 일어났을 때 중국이 끝내 우리나라를 의심하지 않았다. 상(上)이 이 일로 그를 인재로 여겨 드디어 재상의 지위에 이르렀다.”
