그러나 헌재는 결정문에서 “주도적·적극적으로 살인·방화 등에 가담하여 자유민주적 기본질서의 본질을 훼손한 자들을 희생자로 결정하여서는 아니 될 것”이라고 밝혔다. 예비역 장성 모임인 성우회 등은 헌법재판소에 ‘제주4·3사건 특별법’ 위헌(違憲)제청을 했지만, 헌재는 2001년 9월 27일 ‘각하(却下)’ 결정을 내렸다.
2000년 1월 12일 제주4·3사건진상규명 및 희생자명예회복에 관한 특별법이 제정됐다. 이후 2011년 1월 26일까지 제주4·3진상규명 및 희생자명예회복위원회(이하 4·3특위)에 의해 희생자로 최종 결정된 사람은 총1만4032명(사망자 1만144명, 행방불명자 3518명, 후유장애자 156명, 수형자 214명)에 달한다.
 예비역 장성 모임인 성우회 등은 헌법재판소에 ‘제주4·3사건 특별법’ 위헌(違憲)제청을 했지만, 헌재는 2001년 9월 27일 ‘각하(却下)’ 결정을 내렸다. 그러나 헌재는 결정문에서 “주도적·적극적으로 살인·방화 등에 가담하여 자유민주적 기본질서의 본질을 훼손한 자들을 희생자로 결정하여서는 아니 될 것”이라고 밝혔다. 헌재는 4·3사건 희생자 심의에서 제외되어야 할 대상으로 ①수괴급 공산무장병력 지휘관 또는 중간 간부 ②4·3사건 발발의 책임이 있는 남로당 제주도당의 핵심 간부 ③무장 유격대와 협력하여 진압군경 및 동인들의 가족, 제헌선거 관여자 등을 살해한 자 ④경찰 등의 가옥과 경찰관서 등 공공시설에 대한 방화 등 폭동행위에 적극 가담한 자 등을 명시했다.
 하지만 4·3특위는 2002년 3월 14일 헌재 결정에 반하는 희생자 선정 기준안을 확정했다. 4·3특위는 헌재가 ‘희생자’ 심의 대상에서 제외되어야 할 대상으로 결정한 내용 중에서 ①수괴급 공산무장병력 지휘관 또는 중간 간부에서 ‘공산 무장병력 간부’(수괴급만 제외하고 간부는 희생자에 포함시킴)와 ③무장유격대와 협력하여 진압군경 및 동인들의 가족, 제헌선거 관여자 등을 살해한 자 ④경찰 등의 가옥과 경찰관서 등 공공시설에 대한 방화 등에 적극적으로 주도한 자까지를 ‘희생자’로 포함시켰다.
