이 재정지출 계획안은 2005년도의 재정지출 규모에 비해 증가한 규모로 개별사업의 예산안 편성에 따른 문제점을 논의하고자 한다.
이 재정지출 계획안은 2005년도의 재정지출 규모 3조 4,634억원에 비해 6.5%가 증가한 규모이다. 본 장에서는 2006년도 재정지출 계획안이 환경부가 수립한 부문별 투자계획의 우선순위에 따라 적정하게 배분되었는가를 분석하고, 개별사업의 예산안 편성에 따른 문제점을 논의하고자 한다. 
이를 위해 첫째, 2004년부터 2006년까지의 환경부 재정운용현황을 분석하고, 둘째, 정부가 수립한 2005~2009년 국가재정운용계획상 환경보호 분야 계획의 문제점을 설명하고. 
셋째, 환경부 재정운용구조에 대한 분석을 통해 환경개선특별회계, 분리문제, 환경재정 확충의 필요성과 교통세수 활용방안, 환경부 소관 부담금 운용의 문제점 분석을 통해 환경부 재정운용의 효율성과 투명성 제고를 위한 개선방안을 모색하고, 넷째, 환경부 소관 2006년도 세출예산안 분석을 통해 각 부문별 예산안 편성의 문제점을 검토하고자 한다. 
2. 환경부 재정운용 현황환경부는 지속적으로 증가하는 환경수요에 적극 대처하고 열악한 환경질의 개선을 위한 재정사업을 추진하기 위해 일반회계, 환경개선특별회계, 재정융자특별회계, 농어촌특별세관리특별회계, 국가균형발전특별회계의 5개 회계와 한강218   2006년도 예산안 분석 (II)수계관리기금, 낙동강수계관리기금, 금강수계관리기금, 산강 ․ 섬진강수계관리기금의 4개 기금을 포함한 9개의 회계 및 기금을 운용하고 있다.