등기업무 관련자의 편익을 도모하기 위해 운용되는 등기특별회계는 기 구축된 전자정부시스템과 등기시스템과의 연계 강화를 통해 사업추진 효과를 제고해야 한다.
따라서 이는 동 회계 설치법의 목적에 근거한 예비비의 적정한 편성으로보기 어려우며 회계의 초과수입 발생을 단순이 세출을 확대하여 균형을 유지하고자 하는 것으로 회계의 적정한 운용 방식으로 적합하지 않은 것으로 판단된다. 또한 초과 수입에 의존한 편의적인 회계 운용은 결국 예산의 낭비 요인의발생으로 이어질 우려가 있고 국민의 부담으로 조성된 수입금이 특별회계 설치 목적에 맞게 운용되어 비용 부담자의 편의로 환원되지 못하고 있는 것으로 판단할 수 있다. 개선 과제가 등기전산화의 공유 확대와 등기소의 재조정 필요. 2004년 이후 대법원의 등기전산화사업의 추진으로 인하여 전산화 이전 등 기소 방문과 등기업무 처리를 위한 사회적 비용이 현저히 감소되었다 이러.한 사회적 비용의 감소 요인은 인터넷 등기소를 이용하여 최소한의 대기시간만으로 서비스를 제공받을 수 있게 되었으며 인터넷을 이용할 수 없는 경우라고 지역에 관계없이 가까운 등기소나 일부 지방자치단체 민원실을 방문하여도 등기업무가 가능하게 되었기 때문이다. 그러나 정부 및 지방자치단체에서 운용하고 있는 무인 민원발급기기와 대법원에서 운용중인 기기가 상호 연계성이 부족하여 대법원은 지방자치단체 등기업무전산화에 따른 제반 효과 인터넷등기소 구축사업 백서 대법원, ,법제사법 65원실에 지방자치단체는 법원시설내에 무인 민원발급기기를 설치하고 있는 비효율이 발생하고 있다.등기특별회계는 등기업무 이용자의 비용 부담으로 등기업무 관련자의 편익을 도모하기 위하여 운용되고 있으나 국가 재정운용상의 편익를 증진하기 위하여 기 구축된 전자정부시스템과 등기시스템과의 연계 강화를 통하여 사업추진의 효과를 제고할 수 있도록 하는 연구가 요구된다.