왜냐하면 5년 간격의 10% 축소분의 논리적 근거를 찾기가 애매하기 때문이다. 이로 인한 예산집행의 혼선도 우려된다.
따라서 변경된 운영수입보장비율 역시 근본적인 치유책이 되지 못할 것이 다. 왜냐하면 5년 간격의 10% 축소분의 논리적 근거를 찾기가 애매하기 때문이다. 이로 인한 예산집행의 혼선도 우려된다. 예를 들면 인천공항고속도로와 천안논산고속도로의 경우에 2003년과 2004년에 걸쳐서 운영수입보장비율의 조정으로 245억원, 120억원이 각각 불용되었다.향후에도 운영수입보전지원으로 재정의 부담이 가중되면 단편적인 보장율 축소로 예산의 불용을 야기하면 안 된다.
 따라서 단순히 최소운영수입보장율을 일률적으로 축소하기 보다는 사업별 운영환경변화, 정책적 변동, 민간사업자의 경영활동평가 등을 통하여 유연성을 가지고 조정하여야 할 것이다.
 둘째, 운영수입보전금 산출 시 기준 사용료의 조정에 있어서 건설교통부 소관의 도로, 철도, 공항 민자사업의 경우에 운영수입보전금을 산출할 때 협약상 정해진 통행료에서 일정수준 감해진 통행료 수준을 기준으로 삼아야 한다. 
 예컨대 해양수산부는 운영수입보전금을 산출하는데 협약 상 간주사용료 수입을 산정하는데 이는 협약 시 기준단가의 90%를 적용하여 산출한다. 
 사용단 가에 있어서는 협약 당시에 사용단가를 부산항을 기준으로 산정하여 컨테이너화물 단가는 약 74,000원, 일반화물단가는 약 5,400원으로 추정하였으나 실제 운영상에서는 컨테이너화물 단가는 약 30,000원, 일반화물단가는 약 1,540원으로 정해지고 있는 실정이다.