인적자원개발의 시너지 효과 및 지역발전의 극대화를 도모할 수 있도록 권역별 구성이 이루어졌는지는 하나의 권역이 지방대학의 인력양성 파급효과를 포괄할 수 있을 정도로 넓은지, 하나의 권역 내에서 서로간의 효율적인 경쟁이 이루어질 수 있을 정도로 많은 고등교육기관이 존재하는지에 대한 평가에 달려 있다.
인적자원개발의 시너지 효과 및 지역발전의 극대화를 도모할 수 있도록 권역별 구성이 이루어졌는지는 하나의 권역이 지방대학의 인력양성 파급효과를 포괄할 수 있을 정도로 넓은지, 하나의 권역 내에서 서로간의 효율적인 경쟁이 이루어질 수 있을 정도로 많은 고등교육기관이 존재하는지에 대한 평가에 달려 있다. 이러한 점에서 본다면 울산시의 경우는 4년제 대학 1개와 전문대학 2개밖에 없어 인근 부산, 경남과 통합하여 경쟁에 참여하도록 권역을 구성할 수 있었을 것이나 결국 하나의 권역으로 구분된 것은 아쉬운 일이다. 최초 선정된 사업단은 111개(대형 25개, 중형, 25개, 소형 61개)로 신청 사업단 454개의 24%가 선정되었다. 대형 사업단 선정의 경우 신청 사업단 수가 49개였고 25개 사업단이 선정되어 2:1의 경쟁률을 보였다. 그 중 4개 권역은 대형 신청 사업단이 100% 선정되어 권역 내에서 선택과 집중의 원칙에 따른  사업단 선정이 이루어졌다고 볼 수 없게 되었다. 특히 제주도의 경우는 사업 신청을 한 대형 사업단 1개, 중형 사업단 2개, 소형 사업단 2개 모두 사업단으로 선정되어 권역 구성의 적정성 문제가 사업단 선정의 객관성 문제와 결부되고 있다. 출연금으로의 전환매년 2,000억 원의 예산이 7년간 투자된 BK21 사업의 경우 교육인적자원부의 치밀한 사후 관리가 미진했던 탓에 사업 추진과정의 비효율성, 예산집행의 부진, 위법적 예산집행 등 많은 문제점을 드러내었다.