정부 출연연구소에 의한 기술개발협력사업에도 지원하는 산학연 공동기술개발 컨소시엄사업은 지방대학지원 중심으로의 지역협력, 연구센터사업과 차별성이 있다.
한편 산학연 공동기술개발 컨소시엄사업은 1년간 과제당 2,000만원 규모의 지원을 하는 단기 연구개발지원제도로서 9년 간의 센터지원사업인 지역협력연, 구센터사업 혹은 5년 간의 센터지원사업인 지역기술혁신센터사업과는 사업성격, 사업화, 기술개발의 경우 주로 공정기술혁신 및 애로사항 해소 등의 1년 과제로 나타나며 기술개발 난이도 등을 고려하며 기업 측 부담은 1,000만원~5,000만원 수준이다. 
원천기술의 경우에는 향후 연 매출 1,000억원 규모의 사업화가 전망되는 과제에 대한, 다년도 기술개발수요로 나타나며 기업 측 부담이 연 5,000만원 수준이다.
제 2부 부문별 분석 상의 차이가 크다. 
또한 산학연 공동기술개발 컨소시엄사업은 서울지역 산학협력에 의한 기술개발사업을 포함하며 대학뿐만 아니라 정부 출연연구소에 의한기술개발협력사업에 대하여도 지원함으로써 지방대학지원 중심으로의 지역협력, 연구센터사업 혹은 지역기술혁신센터사업과는 차별성이 있다.
그러나 이러한 각각의 차별성에도 불구하고 상기의 사업들은 지역기술혁, 신역량을 강화하여 지역산업발전을 도모한다는 측면에서는 공통점을 가진다.
이에 따라 지역의 여건 혁신역량 전략 산업 등에 근거하여 지역산업과의 연계를 고려한 종합형 패키지 사업의 세부사업으로 이들 사업을 연계하여 추진할 필요가 있다고 판단된다. 
시범연계사업의 사례를 통한 연계사업 시너지 효과 분석은 이러한 판단을 뒷받침한다.