경찰은 민주화추진위원회 사건 관련 수배자의 소재를 파악하기 위해 후배인 박종철을 연행했으며 박종철은 폭행, 전기고문 등으로 남영동분실 509호 조사실에서 사망했다.
 1987년 1월 경찰은 ‘민주화추진위원회 사건’ 관련 수배자 박종운의 소재를 파악하기 위해 그 후배인 박종철을 연행했다. 경찰은 박종철에게 폭행과 전기고문, 물고문 등을 가했고, 박종철은 1987년 1월 14일 치안본부 대공수사단 남영동분실 509호 조사실에서 사망했다. 경찰은 같은 날 박종철 사건을 발표하며 “냉수를 몇 컵 마신 후 심문을 시작해 갑자기 ‘억’ 소리를 지르면서 쓰러져서 중앙대 부속병원으로 옮겼으나 사망했다”고 발표했다. 부검의의 증언과 언론 보도 등으로 의혹이 제기되자, 사건발생 5일 만인 19일에 물고문 사실을 공식 시인했다. 
 정부는 내무부 장관과 치안본부장 해임 등으로 사태를 수습하려 했다. 1987년 5월 18일, 천주교정의구현전국사제단의 김승훈 신부가 박종철 고문 치사와 관련된 경찰의 은폐 조작을 폭로했다. 박종철 고문 치사와 은폐 조작 사건은 전두환 정권의 정당성에 큰 타격을 줬고, 1987년 6월 항쟁의 중요한 계기로 작용했다.
 야당 정치인과 일반 시민 사이에서 전두환 정부의 강압적 통치를 무너뜨리고 민주화를 요구하는 목소리가 커졌다. 국민의 가장 큰 요구 사항은 국민이 대통령을 직접 뽑는 ‘대통령 직선제’였다. 처음에 여론을 무시했던 전두환 정부는 국민의 요구가 거세지자 헌법 개정에 대해 논의하기 시작했다. 하지만 전두환 정부는 1987년 4월 14일에 ‘호헌선언’을 발표했다. 과거처럼 대통령을 간접선거로 뽑겠다는 선언이었다. 6월에 집권당인 민주정의당은 대통령 후보로 노태우를 뽑았다. 1987년 6월 10일 전국 ‘대통령 직선제’ 등을 내세운 시위는 20일간 계속됐다. 결국 노태우 민정당 대표는 1987년 6월 29일 대통령 직접선거와 국민의 기본권 보장, 구속되거나 연금된 정치 인사들의 석방 등을 내용으로 하는 6·29 민주화 선언을 발표했다.
