국고보조 사업의 집행률을 제고하기 위해서는 필요한 예산만을 편성하고 편성된 예산의 배정 시 문화체육관광부가 관련 절차의 선행 여부를 점검한 후 국고를 교부해야 한다.
이는 시설비로만 지원되는 동 사업의 취지를 제대로 살리지 못하고 있는것으로 볼 수 있다.
시설비로만 지원을 실시한다는 것은 부지매입을 제외한 건 설비 및 시설부대비로만 지원되어야 한다는 것으로 해석되는데 지방자치단체의 부지매입협의나 부지매입이 완료되지 못한 상황에서 시설비를 지원하는 것은 예산의 효율적인 활용을 저해하는 측면이 있다고 생각된다.
국고보조 사업의 집행률을 제고하기 위해서는 지방자치단체의 집행실적 평가 및 집행과정에 대한 점검을 통해 예산 편성 시 꼭 필요한 예산만을 편성하고 편성된 예산의 배정 시 문화체육관광부가 관련 절차의 선행여부를 점검한 후 국고를 교부하는 방식으로 운영될 필요가 있다.
동 사업이 국가균형발전특별회계를 통해 수행하는 사업이라는 점에서 문화체육관광부가 구체적인 지방자치단체의 현황을 점검하지 않고 일단 예산을 교부하는 측면도 발생하고 있으므로 예산 교부 방식의 변경 등을 위한 관리체계의 마련도 필요하다.
어촌어항관광개발사업은 어촌관광 수요에 대비하여 어업 외 소득증대의 일환으로 시행되는 사업으로 최근 집행률은 4 45.1%로 저조하다.