국회의 하천관리사업에 관한 시정요구 지적은 지방하천관리를 담당하는 환경부와 국토해양부에 대한 감사원의 2007년도 감사를 계기로 양 부처간 하천관리 기능의 이원화문제로 확장되었다. 감사원은 국토해양부에서는 치수중심으로 하천관리사업을 추진하다가 ‘친환경 하천정비사업’으로, 환경부는 퇴적오염물 준설 등 수질개선 중심에서 ‘자연형 하천정화사업’으로 전환함으로써, 두 개 부처 모두 하도정비, 호안공 등 유사한 하천관리사업을 추진하게 되었다고 지적하였다.
이러한 양 부처의 사업에 대한 국회 시정요구 내용은, 국토해양부에서는 치수를 위하여 제방과 같은 콘크리트 구조물을 조성하고 환경부에서는 이러한 구조물 설치가 만드는 문제를 개선하는 사업을 진행하고 있어, 생태계 파괴와 복원의 악순환이 일어나고 예산환경노동의 낭비가 발생한다고 지적하면서, 양 부처의 연계성을 강화하여 하천정화사업의 일관성을 유지하도록 하라는 것이었다. 국회의 하천관리사업에 관한 시정요구 지적은 지방하천관리를 담당하는 환경부와 국토해양부에 대한 감사원의 2007년도 감사를 계기로 양 부처간 하천관리 기능의 이원화문제로 확장되었다. 감사원은 국토해양부에서는 치수중심으로 하천관리사업을 추진하다가 ‘친환경 하천정비사업’으로, 환경부는 퇴적오염물 준설 등 수질개선 중심에서 ‘자연형 하천정화사업’으로 전환함으로써, 두 개 부처 모두 하도정비, 호안공 등 유사한 하천관리사업을 추진하게 되었다고 지적하였다. 특히, 유사한 지방하천관리사업에 대한 예산편성과 집행 그리고 사업대상 선정이 이원화되어 종합적이고 효율적인 하천관리에 지장을 초래하고 있음으로 부처간 합의를 통해 사업내용을 구체적으로 구분하여 시행할 것을 요구하였다. 국회의 시정요구나 감사원의 지적은 현행 하천관리의 현실을 반영한 것으로, 현재 하천관리는 수자원 장기종합계획, 유역종합치수계획, 하천기본계획을 바탕으로 하는데, 하천관리계획간 수립범위 및 방법 등이 달라 상호 연계되지 못하고, 하천기본계획은 동일 수계에서도 행정구역별로 수립되어 통합성과 일관성 결여라는 문제를 나타내고 있다.