2003년 부담금운용평가단이 실시한 부담금 평가에 의하면, 부과요율의 인하는 곤란하다고 평가하면서, 축산물수입이익금은 농수산물수입이익금과 통합할 필요가 있으며, 대체초지조성비는 농지전용부담금으로 통합할 필요가 있다고 평가하고 있다. 통합이 이루어진다고 하여도 부담금 성격의 유사성을 고려한다면 축산발전기금의 조달수입으로 편성될 가능성이 크고, 기금 조달 규모에 차지하는 비중이 극히 작다는 것을 생각한다면 기금 조달 규모를 축소하는 것에는 한계가 있다. 결국 융자사업비를 확대하는 방법이 여유자금 운용 규모를 축소하는 유력한 방법일 것이다.
축산발전기금과 연계된 부담금은 축산물수입이익금과 대체초지조성비가 있으며 2004년 조달실적 기준으로 각각 21억 4,300만원, 7억 8,100만원으로 합계 29억 2,400만원이다. 축산발전기금 조달 규모에 차지하는 비중은 0.24%로 극히 일부분이다. 2003년 부담금운용평가단이 실시한 부담금 평가에 의하면, 부과요율의 인하는 곤란하다고 평가하면서, 축산물수입이익금은 농수산물수입이익금과 통합할 필요가 있으며, 대체초지조성비는 농지전용부담금으로 통합할 필요가 있다고 평가하고 있다. 통합이 이루어진다고 하여도 부담금 성격의 유사성을 고려한다면 축산발전기금의 조달수입으로 편성될 가능성이 크고, 기금 조달 규모에 차지하는 비중이 극히 작다는 것을 생각한다면 기금 조달 규모를 축소하는 것에는 한계가 있다. 결국 융자사업비를 확대하는 방법이 여유자금 운용 규모를 축소하는 유력한 방법일 것이다. 축산발전기금의 융자사업 중 집행률이 양호한 사업 그 중에서도 예산액의 크기가 상대적으로 작은 조사료생산기반확충사업은 예산을 확대할 필요가 있다. 최근 수입조사료가 급격하게 증가하고 있고, 외환위기 이후 조 사료 수입대금은 급증하였다.