특히 개성공단 시설 건설이 순조롭게 추진된다면 과학기술부와 정보통신부의 동 사업들은 남북협력기금의 경제협력 사업들과 유기적으로 연계될 필요가 있다. 
 또한, 문화관광부의 남북관광활성화, 남북관광교류타운 조성 및 체육교류, 보건복지부의 대북 말라리아 방역지원 등 각 부처에서 별도로 편성하는 남북교류협력 관련 예산은 남북협력기금 내에서 충분히 지원이 가능하다는 점에서 부처간 유사 ․ 중복의 가능성이 있 다. 과학기술부의 남북과학기술교류협력사업도 아직까지 대부분 연구용역 중심이나 향후 정보통신부의 남북 IT교류협력 등과 함께 남북한 경제협력의 차원에서 다루어야 할 것이다. 특히 개성공단시설건설이 순조롭게 추진된다면 현재의 노동집약적 중소기업 위주의 공단조성에서 3단계 조성사업이 마무리되는 2012년까지는 중화학공업과 첨단산업설비 분야의 복합공업단지로 발전할 것이므로 과학기술부와 정보통신부의 동 사업들은 남북협력기금의 경제협력사업들과 유기적으로 연계될 필요가 있을 것이다. 기금 재원의 조달에 있어서 남북협력기금의 설치 이후 동 기금의 재원 대부분을 정부출연금과 공공자금관리기금 예수금에 의존하고 있으나, 정부출연금은 일반회계예산으로부터의 전입금으로서 지속적으로 증가시키기에는 한계가 있으며 공공자금관리기금 예수금은 국채발행을 통하여 조달되므로 중장기적으로 국가채무를 증가시키는 부작용이 있다. 따라서 기금 수요에 대비하여 새로운 재원을 발굴하는 것이 무엇보다도 시급한 과제라고 할 수 있으나, 또 다른 문제는 남북협력이 일방적인 ‘시혜성’ 사업으로 흐르는 것을 지양하고 중장기적으로 남북 모두에게 득이 되는 사업이어야 한다는 것이며, 이를 위하여 남측으로부터의 일방적 지원이 아닌 남북 양측에 모두 이익을 발생시킬 수 있는 적절한 수익모델의 개발이 필요할 것이다.