남북협력기금의 결산의 집행실적은 전반적으로 저조하고 이러한 집행실적 저조는 연례적으로 반복되고 있는 문제이다.
손실보전과 금융기관으로부터의 비지정 통화의 인수 그리고 기타 민족의 신뢰와 민족공동체 회복에 기여하는 남북교류협력에 필요한 자금에 대하여 융자 및 지원을 해주고 있다.
그런데 2006년도 남북협력기금의 결산을 살펴보면 북미 및 남북관계 악화로 사업추진이 지연 및 중단되어 집행실적이 전반적으로 저조하다. 
그리고 지난 5년간 2002~2006년 남북협력기금의 사업집행 결과분석에 따르면 이러한 집행실적 저조와 여유자금운용 과다는 연례적으로 반복되고 있는 문제이다.
통일부는 남북협력기금 사업비의 낮은 집행률과 과다한 여유자금 운용의 원인을 대북사업의 불예측성과 불안정성 그리고 남북관계라는 외생적 환경변수에 의한 것으로 설명하고 있지만 남북협력기금의 계획과 실제 집행 사이의 차이는 남북교류협력에 대한 우리 정부의 기대와 현실과의 차이에서 기인하고 있는 것으로 볼 수 있다.
그러므로 본 분석은 남북협력기금 규모의 적절성과 통일부 재정운용의 효율성 확보 차원에서 상기에 제기한 문제점들을 중심으로 2006년 남북협력기금의 조달과 운용 등 남북협력기금 결산의 주요 내용들을 분석하고 개선뱡향을 모색해 본다.