정부는 국민부담의 최소화를 위해 최선을 다해야 하고 재정을 운용함에 있어 재정지출의 성과를 제고해야 한다.
특별회계는 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 계리할 필요가 있을 때에 설치할 수 있도록 하고 있으나 재정을 운용함에 있어 국민부담을 최소화하고 재정지출의 성과를 제고하도록 하는 운용원칙에 충실하여야 한다.
등기특별회계가 등기업무와 관련하여 국민의 부담으로 조성된 금액이 연례적으로 잉여금을 상존하는 것은 국가재정의 효율적 운영과 국민 부담의 최소화 적정한 규모의 징수를 위하여 적절하지 않다. 
국가재정법 제 16조 예산의 원칙 정부는 예산의 편성 및 집행에 있어서 다음 각 호의 원칙을 준수하여야 한다.
정부는 국민부담의 최소화를 위하여 최선을 다하여야 한다.
정부는 재정을 운용함에 있어 재정지출의 성과를 제고하여야 한다.
따라서 대법원은 특별회계 소요재원을 엄격하게 산정하고 관련 수입 규모를 조정하여 과도한 잉여금이 발생하여 회계운용의 비효율성이 발생하는 등의 문제를 개선하기 위하여 노력하여야 할 것이다.
특히 2007년에 처음으로 계산된 등기특별회계의 회계간 전출금은 동회계의 세계 잉여금을 효율적으로 활용하기 위하여 법률을 개정하는 등의 조치 이후 처음으로 편성된 금액으로서 향후의 등기특별회계 수입의 불확실성을 이유로 전액 불용하였다고는 하지만 2007년도 동 회계의 결산 시 잉여금으로 발생하는 등 잉여금의 효율적인 활용에 대한 대법원의 노력이 미흡한 것으로 보인다.