아리마 수군의 공격으로 시작된 무력 충돌이 나흘째 되던 날 페소아는 중과부적을 견디지 못하고 선원을 탈출시킨 뒤 배를 자폭시킴으로써 장렬한 최후를 맞이한다.
 하세가와와 공모한 하루노부는 이에야스에게 마카오 소요사건을 보고하고 보복 조치 허가를 청원한다. 예전 같으면 포르투갈과의 교역 단절을 염려하여 허가가 내려지기 어려웠을 것이다. 하지만 마닐라 갤리온, VOC, 주인선이라는 대체 공급 루트를 확보한지라 포르투갈에 본때를 보여줄 필요가 있다는 공감대가 형성됐다.
 이에야스의 허가를 얻어 낸 하루노부와 하세가와는 페소아의 신병을 확보하기 위해 1610년 1월 3일 나가사키의 예수회 사교관(司敎館)에 페소아의 출석을 명한다. 수상한 낌새를 눈치 챈 페소아는 사교관에 나타나는 대신 배의 출항(出航)을 서두른다. 하루노부는 30척의 함선에 분승한 1200명에 달하는 병력을 동원하여 배를 포위, 항복을 촉구한다.
 예수회가 중재에 나서 평화적 문제 해결을 시도했으나, 페소아의 신병(身柄)을 둘러싼 이견으로 교섭은 결렬된다. 그날 밤 아리마 수군(水軍)의 공격으로 시작된 무력 충돌은 꼬박 나흘간 계속되었다. 전투 내내 노싸 세뇨라 다 그라사호는 바람의 부족으로 항구를 빠져나가지 못하고 아리마 수군의 파상공격을 견뎌야 했다. 페소아를 비롯한 승조원들은 필사적으로 분전(奮戰)했으나, 불과 50명의 인원으로 끊임없이 밀려드는 아리마 수군을 당할 수 없었다. 나흘째 되던 1월 6일, 중과부적(衆寡不敵)을 견디지 못하고 배를 빼앗길 지경에 처한 페소아는 선원을 탈출시킨 뒤 화약고에 불을 질러 배를 자폭시킴으로써 장렬한 최후를 맞이한다.
