2004년도 세출예산의 집행률과 국고채무부담행위의 집행률이 다른데 이는 일반회계의 경우에도 마찬가지이다.
2004년도 국고채무부담행위의 집행률을 세출예산과 비교해보면, 세출예산의 집행률은 94.3%이나 국고채무부담행위의 집행률은 84.6%를 보이고 있음. 특히, 정부회계의 중추인 일반회계의 경우 세출예산의 집행률은 97.3%인 반면, 국고채무부담행위의 집행률은 80.9%로서 16.4%p의 차이를 보이고 있음. 단위사업별 집행부진 사례를 살펴보면, 국방부소관 경어뢰사업, 지상전술C4I체계사업 및 주한미군기지이전사업은 집행실적이 없었으며, 외교통상부소관 주러시아(대)관저신축사업 및 국방부소관 방위비분담금(시설건설: CDIP)은 각각 28%, 37.1%의 저조한 집행실적을 보임. 정부는 전년도에 이어 2004년도에도 재정관리점검단회의 등을 통해 경기진작의 수단으로서 재정의 조기집행 등 재정집행률을 높이려는 노력을 하여왔으나 2004년도 국고채무부담행위의 집행률이 이와 같이 부진한 것은 정부의 정책기조에 부합되지 못하는 것으로 보임.  외교통상부소관 재외공관국유화사업(계속사업) 및 문화관광부소관 동경문화원 신축사업(2003년도 국고채무부담행위)은 당해연도 국고채무부담행위 한도액만큼 외환은행 현지 지점에서 차입한 자금을 이용하여 공관이나 관저신축(매입)사업을 하고 있음. 동 사업들은 당초 예산서에는 국고채무부담행위로 의결이 되었으나 실제 운용은 차입금으로 운용되었는 바, 해외에서의 사업추진으로 인해 현실적으로 현금의 차입이 불가피했던 사정은 인정된다고 하겠으나 이는 국고채무부담행위의 성격에 부합되지 못하는 집행으로 보임.