과학기술진흥기금은 연구개발단계의 자금 지원체제를 구축하기 위한 방안의 일환으로 설치되었으며 이후 정부의 기금통합정책에따라 한국과학재단기금과 과학기술문화기금이 흡수되었다.
과학기술진흥기금은 과학기술의 진흥과 과학기술문화의 창달을 효율적으로 지원할 목적으로 과학기술기본법 제22조에 근거하여 설치된 기금이다. 기금의 운용관리 주체는 과학기술부 장관이며, 기금의 운용 ․ 관리에 관한 심의를 위하여 과학기술부 차관이 위원장이 되고, 총 15인 이내로 구성되는 과학기술진흥기금운용심의회를 두었으나, 과학기술진흥기금의 운용관련 행정비용을 절감하고, 과학기술진흥기금의 운용계획의 수립 등에 대한 심의의 중복을 방지하기 위하여 2004년 6월 19일에 개정된 과학기술기본법시행령에서 과학기술진흥기금운용심의회는 폐지되었다. 당초 과학기술진흥기금은 국내 산업구조의 고도화와 국제경쟁력 제고에 필요한 핵심기술에 대한 기업의 기술개발투자 활성화를 유도하고, 투자의 장기회임성 및 위험부담으로 기업이 과감하게 추진하지 못하고 있는 연구개발단계의 자금 지원체제를 구축하기 위한 방안의 일환으로 1992년에 과학기술진흥법에 의하여 설치되었다. 이후 정부의 기금통합정책에 따라 2000년 7월에 기타 기금이었던 한국과학재단기금과 과학기술문화기금이 과학기술진흥기금으로 흡수․통합되어 확대되었다. 통합 후 계정별로 위탁관리기관이 이원화되어 운영되었으나, 2001년 1월 과학기술혁신을위한특별법 및 과학기술진흥법이 폐지되고, 이를 대신하여 제정된 과학기술기본법과 동법 시행령에 의하여 기금의 운용 ․ 관리에 관한 업무를 한국과학재단에 위탁하고 있다.