지방대학혁신역량강화사업은 성과협약을 통해 사업 관리를 하는 과정에서 사업단의 취소와 재정을 비효율적으로 사용했고 부적절한 사업단을 선정했다는 비판을 면하기 어렵다.
 지방대학혁신역량강화사업은 전체 사업예산의 78.5%를 차지하는 핵심사업으로 2005년도 예산액은 2,400억원임. 산학연협력체제활성화지원사업은 산학협력중심대학과 학교기업 등을 지원하는 사업으로 2005년도 예산액은 450억원임. 2005년도 지방대학지원사업의 결산분석 결과, 교육인적자원부 차원의 지출액은 2,587억원으로 집행률이 84.7%이었으나, 실제 사업자 차원의 지출액은  1,038억원으로 실집행률은 34.0%에 그쳐 집행이 매우 부진했음. 지방대학혁신역량강화사업은 주세수입 부족으로 인해 사고이월이 발생함에 따라 교육인적자원부 차원의 집행률이 80.5%로 낮았고, 사업연도와 회계연도의 불일치 문제가 겹쳐 실제 집행자 차원의 집행률은 30.3%로 더욱 낮았음. 산학연협력체제활성화지원사업의 경우, 교육인적자원부 차원의 집행률은 100%이었으나, 사업연도와 회계연도의 불일치로 실제 사업자의 집행률이 23.6%에 그쳐 집행이 매우 저조하였음. 동 사업의 집행률을 높이기 위해서는 재원을 사전에 확보하여 적기에 실제 사업자에게 자금을 교부하고, 사업시작시점을 최대한 당길 필요가 있음. 지방대학혁신역량강화사업은 ‘성과협약’을 통해 사업관리를 하는 과정에서 기존 사업단의 취소, 신규사업단의 선정과정에서 재정을 비효율적으로 사용함.  2005년 중 7개 사업단의 선정을 취소하고, 11개 사업단을 신규로 선정하여 지원하였는데, 애초에 부적절한 사업단을 선정했다는 비판을 면하기 어려움.