기금 조성재원과 목적사업 간의 연계성이 낮을 뿐 아니라 신축적 사업추진의 필요성 도 낮다고 평가한 바 있다. 그리고 기획예산처 기금운영평가단은 2004년 8월 기금존치평가보고서를 통하여 응급의료기금의 폐지를 제안하였다.
기금 조성재원과 목적사업 간의 연계성이 낮을 뿐 아니라 신축적 사업추진의 필요성 도 낮다고 평가한 바 있다.
그리고 기획예산처 기금운영평가단은 2004년 8월 기금존치평가보고서를 통하여 응급의료기금의 폐지를 제안하였다. 
따라서 응급의료사업은 매년 적정규모의 국고 지원만 확실하게 이루어진다면 별도의 기금 설치 없이 일반회계사업으로 수행하는 것이 바람직한 방향이라고 생각할 수 있다.
요약하면 2004년 10월 현재 일반회계 특별회계 및 기금의 80개 칸막이로 나누어져 있는 우리나라의 재정구조에 대하여 OECD는 자원의 효율적인 감사원 회계연도 기금 국유재산 물품 및 채권 검사보고 동 평가는 감사원, 기획예산처, 재정경제부, 기금소관부처 및 기금운용평가단의 의견을 취합한 것으로 응급의료기금의 운영주체인 보건복지부 역시 응급의료기금이 기금 조성재원과 목적사업 간의 연계성이 낮은 것으로 평가하였다.
제 4부 부문별 분석 분과 장기적인 재정지출 압력을 고려할 때 재정지출 관리 시스템의 개혁이 필요하다고 지적하고 실행방안의 하나로 특별회계 및 기금의 수와 규모를 줄이고 기금을 예산에 통합하도록 권고한 바 있다.