일반회계로부터 전입받은 특별회계는 필요한 경우에 특별회계의 세출로 사용할 수 있다고 규정했는데 이는 특별회계에서 예비비 지출 필요가 있는 경우 일반회계에서 전입받게 한 것이다.
한편, 예산회계법 제39조제4항에서는 ‘일반회계로부터 전입 받은 특별회계는 필요한 경우에 일반회계 예비비를 전입 받아 이를 세입으로 하여 그 특별회계의 세출로 사용할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 이는 별도의 예비비를 편성할 수 없는 특별회계에서 예비비를 지출할 필요성이 있는 경우에는 일반회계로부터 전입 받아 사용할 수 있도록 한 것이다. 별도의 예비비를 편성하여 운용하는 특별회계의 집행율이 현저히 낮은 점을 감안할 때, 향후에는 특별회계 예비비를 따로 편성할 필요 없이 특별회계에서 예비비가 필요한 부분이 발생할 경우에는 일반회계 예비비를 전입 받아 사용하도록 하는 방안을 강구해 볼 필요가 있을 것이다. 총액계상예산(Lump Sum Budgeting)이란 예산편성단계에서 세부적으로 우선순위를 정하기 어려운 경우, 예산을 편성할 때에는 예산의 내역을 구체적으로 한정하지 않고 지출의 용도를 포괄적으로 설정하여 총액만을 정하고, 예산을 집행할 때에 실수요를 바탕으로 내역을 정하도록 하는 제도이다. 총액계상예산사업은 예산 집행에 있어서 자율성과 탄력성을 높여주는 장점이 있으나 이와 반대로 현재 법률 근거가 불확실하며 예산 심의 시 사업 내역이 구체화되지 않아 국회의 예산 심의를 제약하는 등의 문제점이 존재한다. 이러한 국회의 예산 심의 제약의 문제점을 극복하기 위해서는 상대적으로 결산 심사를 엄격히 수행할 필요가 있다.