2006년 12월 7일 정원을 늘리고 일부 직원들의 직급을 조정하는 국회예산정책처 직제 개정안이 통과되며 국회예산정책처직제상 정원은 96인이 되었다.
2006년 12월 7일, 증가하고 있는 법안비용추계 업무 및 세제분석 업무를 원활히 처리하기 위해 정원 4인을 늘리고, 일부 직원들의 직급을 상향 조정하는 국회예산정책처 직제 개정안이 통과되었다. 
이로써 국회예산정책처직제상 정원은 96인이 되었다. 
2008년 1월 18일, 국회 경내에 국회의정관이 완공됨에 따라 3~5층으로 청사를 이전하여 오늘날까지 사용하고 있다.
2008년 9월 1일, 공모를 거쳐 국회예산결산특별위원회 수석전문위원, 국회예산정책처 초대 예산분석실장 등을 역임한 제 3대 신해룡 처장이 임명되었다. 
2009년 4월 27일, 제 18대 국회 들어 급증하는 비용추계 업무를 원활히 처리하여 의정활동을 더욱 효율적으로 지원하기 위해 3팀을 증설하는 국회예산정책처 직제 개정안이 통과되었다. 
주요 내용으로는 법안비용추계팀을 1팀과 2팀으로, 세입세제분석팀을 세제분석팀과 세수추계팀으로, 사회행정사업평가팀을 사회사업평가팀과 행정사업평가팀으로 각각 확대 개편하였다. 
한편 정보자료팀은 그 기능을 기획협력팀으로 흡수하면서 폐지되었다. 
이로써 국회예산정책처는 2실 1국 1관 1심의관 17팀의 조직을 갖추고 직제상 정원은 105인이 되었다.
2010년 1월 1일에는 국세기본법을 개정하여 국회예산정책처가 의장의 허가를 얻어 국세청장에게 국세통계자료를 요구할 수 있는 권한을 획득하였다.
이로써 세법의 제정 및 개정에 따른 세수추계 및 세입예산안 분석에서 정밀도를 높이게 되었다.