통감부의 대처방안은 신문에 실린 밀서를 고종이 준 일이 없다고 부인하고 배설이 대한매일신보를 통해 반일활동을 벌이지 못하도록 근본적인 대책을 세우는 것이었다.
 이에 대한 통감부의 대처방안은 두 가지였다. 당면한 문제는 신문에 실린 밀서를 고종이 준 일이 없다고 강력하게 부인하는 일이었다. 두 번째는 배설이 《대한매일신보》를 통해 반일활동을 벌이지 못하도록 근본적인 대책을 세우는 것이었다.
 첫 번째 조치로서 통감부는 대한제국 정부의 《관보》에 게재할 ‘고시문안(告示文案)’을 만들었다. ‘《대한매일신보》에 실린 밀서는 고종이 수교한 일이 없으며, 이는 한일 양국의 친교를 저해하려는 불량배들이 날조한 것’이라는 내용이었다. 통감부가 만든 이 ‘고시’는 1월21일자 《관보》에 실렸다. 통감부는 또한 한국 정부 외사국장(外事局長) 이건춘(李建春)으로 하여금 ‘《대한매일신보》에 실린 밀서 기사는 사실무근이니 정정(訂正)하라’는 공문을 배설에게 보내도록 했다.
 통감부의 이러한 조치는 부분적으로는 효과가 있었다. 한국 정부가 《관보》에 밀서는 가짜라고 공식적으로 부인했다는 사실을 몇몇 신문이 보도해주었기 때문이다. 일본 내각의 기관지 격인 《재팬 타임스》와 친일 영어신문 《재팬 메일》은 물론이고, 일본 정책에 비판적이던 《재팬 크로니클》도 한국 정부의 관보고시(官報告示) 내용을 보도했다. 영국의 권위지 《더 타임스》도 ‘한국 정부가 밀서는 진짜가 아니라고 부인했다’는 기사를 실었다.
 배설과 헐버트는 이 밀서가 진짜라는 주장을 끝까지 굽히지 않았다. 《대한매일신보》는 “밀서가 거짓이 아님을 믿을 수 있는 증거까지 가지고 있으나 그 증거를 제시하면 관련된 한국인에게 일인의 보복이 떨어질 것이므로 이를 내놓을 수는 없다”면서 외사국장 이건춘의 기사정정 요구를 거부했다.(〈스토리氏 受書〉, 《대한매일신보》, 1907. 1. 23.)
