특별회계 여유자금의 기대 운용수익이 상실되는 이유는 군인연금기금에서 군인연금특별회계의 여유자금과 잉여금을 운용할 수 없는 요인에서 비롯된다.
이를 위해서는 무엇보다도 현행 군인연금특별회계와 군인연금기금으로 이원화된 군인연금 재정운영 방식을 기금으로 통합하는 방안이 마련되어야 할 것이다. 그 이유는 첫째 특별회계와 기금으로 이원화된 체제하에서는 중장기연금재정 운용전략의 부재로 인해 군인연금의 재정수지 문제를 해소할 가능성이 적다. 둘째 군인연금 제도의 지속성을 담보하기 어렵다. 셋째 회계처리의복잡성으로 인해 군인연금의 재정투명성을 저해한다. 넷째 군인연금 특별회계 여유자금 및 결산잉여금의 기대 운용수익이 상실되는 문제점이 있기 때문이다. 특별회계 여유자금 및 결산상 잉여금의 기대운용수익이 상실되는 이유는 군인연금기금에서 군인연금특별회계의 여유자금과 결산상 잉여금을 운용할 수 없는제도적 요인에서 비롯된다. 군인연금특별회계에서 군인연금기금으로 적립하여야 할 결산상 잉여금의 경우 다음 연도 국회의 결산 심의 시까지 11개월 이상 국고에 예치되어 있어 자금운용이 불가능하기 때문이다. 감사원의 2004년도 감사 결과에 의하면 2002년 군인연금특별회계의 결산상 잉여금 397억원과 여유자금의 월 평균잔액 569억원이 운용되지 못함으로써 발생한 기대운용수익의 상실분은 423억 만원 상당에 이르고 있다.