최근 보건복지부 재정운용에서 기초생활보장 등 의무지출예산은 약 89%의 높은 수준임. 이러한 재정지출 구조로 인하여, 저출산 ․ 고령사회에서 새롭게 대두되는 복지수요 등 재량지출사업 예산이 매우 축소되고 있음.
최근 보건복지부 재정운용에서 기초생활보장 등 의무지출예산은 약 89%의 높은 수준임. 이러한 재정지출 구조로 인하여, 저출산 ․ 고령사회에서 새롭게 대두되는 복지수요 등 재량지출사업 예산이 매우 축소되고 있음. 의료급여 및 건강보험 예산이 5조 9,000억원 규모로 일반회계 주요사업비의 63%에 이르고 있음. 의료보장 재정부담과 관련하여 심도 있는 정책적 접근과 재정지출 구조조정이 필요함. 2006년 5조 3,700억원 규모의 기초생활보장 예산은 생계급여 162만명, 의료급여 180만명을 대상으로 함. 그러나 ‘차상위계층조사’에서 기존수급자의 1.9배인 263만명이 우선적으로 지원되어야 할 빈곤층으로 나타남. 따라서 2006년도 예산안에서는 비수급 빈곤층의 문제가 상당부분 미완의 과제로 남겨지고 있음.  2001~2005년간 실적에 의하면 기초생활급여비 지출은 당초 예산액보다 평균 7% 정도 초과함. 2006년에는 매년 법정급여비 부족액을 예비비 지출과 추경 등으로 충당해 온 문제를 시정하여 예측력 있는 예산운용이 되도록 해야 할 것임. 2006년도 보건복지부 재정에서는 국민건강보험 지원과 의료급여를 위하여, 예산 5조 8,771억원, 건강증진기금 1조 1,491억원의 총 7조 262억원이 지출됨. 이에 따라 의료보장 지원재정 규모, 연 18% 수준의 빠른 증가속도, 담배부담금 지원의 부적정성 등이 문제시됨.  저출산 ․ 고령사회 정책본부가 설치된 보건복지부의 저출산 대응 및 아동 ․노인복지 관련 재정은 2006년 4,889억원 규모에 불과함.