산업기반조성사업은 사업추진과정이나 사업종료 후 운영비지원은 제한적인데 인건비 지원과 운영비는 지원하지 않고 기업 지원 또는 공동연구를 통해 확보하는 것을 의무화하기 때문이다.
산업기술 인프라사업의 정부지원 종료 후 운영 활성화 필요산업기술기반조성사업은 세부 인프라사업별로 사업수행기간 동안은 인프라를 구축하고, 사업수행기간과 동일한 기간동안 성과활용을 하도록 규정하고 있어 사업종료 이후 매년 2월말에 성과 활용보고서를 제출받아 활용도 및 성과를 조사 ․ 분석하여 개선사항을 정책에 반 하고 있다.산업기반구축사업 중 종료사업 17개 사업을 분석한 결과 양호한 실적을 유지하고 있으나, 운영비 부족으로 어려움을 겪고 있는 센터가 대부분인 것으로 조사되었다. 현재 산업기반조성사업은 사업추진과정(기반을 구축하는 5년)이나 사업종료 후(5년) 운 영비 지원은 제한적이다. 장비운영비를 위한 전담인력의 채용 등 인건비 지원과 운영비는 지원하지 않고 동 센터가 기업지원 또는 공동연구를 통해 확보하는 것을 의무화하고 있기 때문이다. 장비가 구축되었다 하더라도 일반적으로 장비 구입가액의 5~15%가 운영비 , 유지, 보수 등에 소요됨을 감안할 때 운영비를 지원하는 방안을 검토할 필요가 있다. 성과활용기간 중 실적을 정량적(일지에 기록된 사항에 한정), 정성적(서비스를 지원받은 기업을 통한 만족도 조사) 평가를 통해 추가사업 지원으로 운영비를 차등 지원함으로써 센터의 활성화를 도모할 필요가 있으며, 공공성이 강한 센터의 경우는 신규과제 선정 시부터 정부지원센터로 구분하여 과제 종료 후에도 일정비율의 운영비를 일정기간 동안 지속적으로 지원하는 방안도 검토될 필요가 있다.