연구과제의 계약 시점이 지연되는 이유는 입찰자가 없기 때문으로 유찰이 반복되는 과제는 포기해야 하며 2순위의 연구과제를 공개 입찰하여 다른 연구 과제를 수행할 필요가 있다.
그리고 계약을 위배하여 이월을 발생시키는 연구수행자에 대해서는 다음 입찰기회를 제한하는 등의 페널티를 부과할 필요가 있다.
둘째, 연구과제의 우선순위를 정하고 유찰이 계속되는 연구과제는 중지할 필요가 있다. 
연구과제의 계약시점이 지연되는 이유는 입찰자가 없어서 유찰이 반복되기 때문이다. 이를 개선하기 위해서는 유찰이 반복되는 연구과제는 포기할 필요가 있으며, 제 2순위의 연구과제를 공개 입찰하여 다른 연구과제를 수행할 필요가 있다.
셋째, 수의계약의 비중을 축소할 필요가 있다. 
이를 위해서는 중장기 정책연구개발 과제를 선정하여 정보를 공개할 필요가 있다. 
정책연구개발 일정을 공유함으로써 다수의 연구기관 및 연구자가 입찰 공모에 참가할 수 있도록 한다. 
넷째, 연구 과제물에 대한 평가체계를 수립할 필요가 있다. 
지금도 중간보고회 및 최종보고회를 반드시 실시하여 평가를 받고 있지만, 보다 중요한 것은 활용정도이다. 
활용도가 낮은 연구를 수행한 연구수행자는 다음 입찰에서 페널티를 부과하는 등의 체계를 마련할 필요가 있다.
국회는 운영위원회소관의 3개 부처에 대하여 세입 ․ 세출결산, 예비비지출승인, 기금결산을 합하여 9건의 시정요구, 1건의 주의요구. 1건의 제도개선 요구를 하였다.기관별로 지적사항과 조치결과를 살펴보면, 대통령실 (주의 1건, 제도개선 1건), 국가인권위원회(시정 2건), 국회(시정 7건)등이다.