이들의 학통을 내세우는 과정에서 송익필이란 이름을 입에 담을 수가 없었다는 점이다. 그래서 상당수는 자신의 스승을 이이로 내세우게 되고 이후에도 이이는 서인의 사상적 종주(宗主)처럼 받들어지게 된다.
 김류는 송익필의 제자로 신립을 따라 왜란 초기 탄금대에서 세상을 떠난 김여물의 아들이며 김류 자신이 잠깐 송익필에게 배웠다. 이귀는 송익필의 제자로 여러 차례 상소문을 대신해서 올릴 만큼 송익필을 받들었다. 신경진은 송익필의 제자인 김장생에게서 배웠다. 김자점은 송익필의 벗 성혼에게 배웠고 심기원은 정철의 제자인 권필에게서 배웠으며 이서와 최명길, 구굉도 김장생에게 배웠고 심명세는 심의겸의 친손자다. 즉 9명 모두가 송익필과 직간접적으로 연결된 사제(師弟)관계를 맺고 있었던 것이다.
 그리고 반정 당시 76세였던 초야의 김장생은 사실상 거사의 스승으로 추대되어 사헌부 장령(掌令)에 제수됐다. 그리고 조정에 나아가 정치하는 요체를 인조에게 가르치게 된다. 그 핵심은 대부분 송익필로부터 온 것임은 두말할 필요도 없다.
 그런데 딜레마가 있었다. 이들의 학통을 내세우는 과정에서 송익필이란 이름을 입에 담을 수가 없었다는 점이다. 그래서 상당수는 자신의 스승을 이이로 내세우게 되고 이후에도 이이는 서인의 사상적 종주(宗主)처럼 받들어지게 된다.
 그러나 서인 내부에서는 이것이 그릇된 것임을 은연중에 다 알고 있었다. 송시열이 죽으면서 직 사상을 강조한 것이 한 예라고 하겠다. 게다가 행장이나 묘갈명(墓碣銘·무덤 앞에 세우는 둥그스름한 작은 비석에 새긴 글)을 써줄 때 엄격하기로 유명했던 송시열이 직접 송익필의 묘갈명을 썼다. 거기에는 곳곳에 서인 내에서 송익필의 중요성이 얼마나 컸는지, 그러면서도 얼마나 부담스러운 존재였는지를 보여주는 구절들이 나온다. 묘갈명은 이렇게 시작한다.
