2004년도 기금 결산 분석시에도 자금의 수혜 대상자들이 이미 정부지침에 선정되어 있어 신용조사제도 결과에 상관없이 비정상적으로 보증을 이용하는 사례가 발생되고 있다. 따라서 보증 이용 상의 도덕적 해이가 발생되지 않도록 신용조사 방법의 강화, 보증대상자 자격 및 지원기준의 정비, 중앙본부 전산시스템을 이용하여 중앙본부의 보증승인기준에 의해 보증여부가 자동으로 결정될 수 있는 신용인준시스템(credit scoring system)제도 도입 등 도덕적 해이에 적극 대처할 수 있는 보다 체계적인 안전장치를 강구할 필요가 있다.
또한 신용보증 업무 측면에서의 도덕적 대처방안인 신용조사제도를 강화할 수 있는 방안도 적극 강구해야 한다. 
 현행 신용조사제도는 대상자가 농어업인의 취약계층임을 감안하여 조사방법 및 운용방법을 다소 완화하여 운용 하고 있는 경향이 있으며, 또한 정부의 부채 대책으로 인한 정책자금의 집행.
 2004년도 기금 결산 분석시에도 자금의 수혜 대상자들이 이미 정부지침에 선정되어 있어 신용조사제도 결과에 상관없이 비정상적으로 보증을 이용하는 사례가 발생되고 있다. 
 따라서 보증 이용 상의 도덕적 해이가 발생되지 않도록 신용조사 방법의 강화, 보증대상자 자격 및 지원기준의 정비, 중앙본부 전산시스템을 이용하여 중앙본부의 보증승인기준에 의해 보증여부가 자동으로 결정될 수 있는 신용인준시스템(credit scoring system)제도 도입 등 도덕적 해이에 적극 대처할 수 있는 보다 체계적인 안전장치를 강구할 필요가 있다. 
 라. 위탁보증제도의 개선 및 구상채권 회수 제고 방안 강구2004회계연도 동 기금의 구상권 회수율(9.91%)이 신용보증기금(26.6%), 기술신용보증기금(26.7%) 및 주택신용보증기금(16.2%) 등 타 기금보다 낮은 것으로 나타났다. 
이는 IMF 이후, 농수산물 수입개방 확대에 따른 농수산물가격의 지속적인 하락으로 농어가 소득의 감소로 부채 상환자원이 고갈되었고, 또한 이에 따른 생산 원천인 농지 등의 담보물가치 하락 등에 기인한 것이다.