특별교부금의 자의적 집행을 방지하기 위하여 지방교육재정교부금법상 특별교부금의 비율을 현재 내국세 총액 13%의 1/11에서 더 낮추거나 교부사유를 더욱 엄격하게 규정할 필요가 있다.
추가경정예산에 의하여 내국세의 증감이 있을 경우에는 교부금도 이를 증감하여야 한다.  내국세의 예산액과 결산액의 차액으로 인한 교부금의 차액은 이를 늦어도  다음 다음 연도의 국가예산에 계상하여 정산하여야 한다. 다음 해 추가경정예산안에 반영하여 왔기 때문이다. 이번 추경예산안에서 추가로 계상되는 지방교육재정교부금은 지방교육에 투자되어 교육여건 개선과 지역경제 활성화에 기여할 것으로 기대되고 있는 만큼 16개 시․도교육청이 추가재원으로 확보하는 지방교육재정교부금을 효율적인 교육투자로 연결될 수 있도록 세심한 집행계획을 수립하여야 한다. 내국세 정산분 추가로 지방교육재정교부금의 전체 규모는 12조 4,056억원이고, 그 중 특별교부금은 전체의 1/11인 1조 1,278억원이 된다. 특별교부금의 재원규모가 커짐에 따라 그 규모만큼 교육부의 재량적 예산집행의 여지가 있어 특별교부금 재정집행의 투명성을 확보하여야 할 것이다. 특별교부금의 엄격한 예산집행을 위 하여 교육인적자원부는 지방교육재정교부금법시행규칙을 제정하여 특별교부금의 교부기준을 마련하였으나 예산에 반영되지 않은 사업들을 교육인적자원부에서 자의적으로 특별교부금 사업으로 결정하여 집행하는 경우가 반복되고 있는 실정이다. 특별교부금의 자의적 집행을 방지하기 위하여 지방교육재정교부금법상 특별교부금의 비율을 현재 내국세 총액 13%의 1/11에서 더 낮추거나 교부사유를 더욱 엄격하게 규정할 필요가 있다.