공익사업선정위원회의 위원들 15인 중 12인이 시민단체의 추천 위원들이기 때문에 선정 과정의 투명성을 제고하기 위해 시민단체의 추천 위원 수를 줄여야 한다.
예측할 수 없는 예산 외의 지출 또는 예산초과지출에 충당하기 위하여 일반회계 예산총액의 1%이내의 금액을 예비비로 세입세출예산에 계상할 수 있도록 하고 있다. 
이러한 국가예산의 경우를 비추어 볼 때 비영리민간단체에 대한 지원예산 중에서 최소한의 정도로 예비 비항목을 편성할 수 있게 하여 융통성을 제고하게 하는 것도 보조금을 지원받는 비영리민간단체의 부실한 회계처리를 방지하는 하나의 대안이라고 할 수 있다.
공익사업선정위원회 위원추천 방식의 변경 필요.
현재 공익사업선정위원회의 위원들은 2004년에 선임되었고 총 15인 중 국회 추천이 3인이고 나머지 12인은 시민단체의 추천위원들이다. 
비영리민간단체 지원사업의 선정주체인 공익사업선정위원회의인 시민단체 추천위원들이 시민단체 소속의 관계 전문가이고 현재 위원구성에서 이들의 비율이 지나치게 높기 때문에 사업선정과정에서 편중된 선정이 있을 가능성이 제기되고 있다. 
선정과정의 투명성을 보다 제고하기 위해서는 현재의 위원 추천방식을 변경하여 시민단체의 추천위원수를 줄여야 할 것으로 보인다. 
현행 비영리민간단체지원법 제 7조 제 3항에 의하면 공익사업선정위원회는 국회의장 또는 당해 시․도의회의장이 추천한 3인과 등록된 비영리민간단체에서 추천한 관계전문가들로 구성한다라고 되어 있다. 
동 위원회의 공정성과 전문성을 기하기 위하여 추천인사에 대한 일정한 자격요건을 정하는 방안도 검토할 필요가 있다.