법무부, 검찰청, 경찰청, 해양경찰청과 일반 행정 분야로 분류되던 대법원, 헌법재판소가 통합되었다.
즉, 기존의 사회안정 분야로 분류되던 법무부, 검찰청, 경찰청, 해양경찰청과 일반행정 분야로 분류되던 대법원, 헌법재판소가 통합되어 공공질서 및 안전 분야로 새롭게 개편되었다. 이에 따라 법무부, 검찰청, 경찰청, 해양경찰청, 대법원, 헌법재판소와 2005년도 신설된 소방방재청 소관 예산이 공공질서 및 안전이라는 국가재정계획의 하나의 분야를 구성하고 있다.이러한 변화를 바탕으로 본 보고서에서는 2005~2009년 국가재정운용계획의 전체적인 개요를 살펴보고, 2004~2008년 국가재정운용계획과의 차이점 및 재정투자 비중의 적정성 등을 검토하는 재정분석을 하기로 한다. 
또한, 2006년도 예산안과 관련하여 2006년도 예산안의 현황을 살펴보고 국가재정운용계획과 연계성을 검토하고자 한다.
2006년도 예산안의 쟁점사항으로는 현재 활발하게 진행되고 있는 사법제도개혁의 내용들이 예산에도 충실히 반 되었는지와 관련하여 고등법원 상고부 설치문제, 사법시험선발인원의 증가 및 향후 법학전문대학원의 도입과 관련 하여 사법연수원생의 신분과 보수지급의 적절성 여부, 자치경찰제 시범시행과 관련된 재원조달의 문제, 수사의 과학화 예산 관련 전체적인 정책우선순위 및 예산의 적정한 배분의 문제, 최근 각 부처가 도입을 확대하려하고 있는 신고포상금과 관련된 예산안을 분석하고자 한다.