에스파냐는 강성한 군사력을 바탕으로 콘보이를 제공하여 물자 유통의 안전을 확보했으나 포르투갈은 그러한 군사력을 보유하지 못해 현지 세력과의 통교를 통한 무역 이익에 주력했다.
 초기에 가장 많은 인원이 피신한 곳은 인접한 포르투갈이었다. 이때 포르투갈로 몰려든 이베리아 반도 각지의 유대인들을 포르투갈 유대인(Portuguese Jews)이라고 한다. 그러나 포르투갈은 이들의 안식처가 될 수 없었다. 레콩키스타의 한 축이었던 포르투갈 역시 기독교 이외의 종교를 포용하지 않았고, 1497년 이교도(異敎徒) 추방령을 발한다.
 유대인들은 전통적으로 항해・지도제작・귀금속가공・무역에 종사하는 사람들이 많았다. 유대인들의 기술과 네트워크가 필요하였던 포르투갈은 에스파냐와 달리 실질적으로는 국외 이동을 허용하지 않고 강제 개종을 강요하였다. 포르투갈 유대인들은 다수가 콘베르소가 되어 포르투갈에 잔류하였으나, 이들은 실상 유대인의 정체성(正體性)을 포기하지 않은 은자 유대인이었다. 이들 중 상당수는 가톨릭으로 개종한 것을 계기로 다시 에스파냐로 복귀하기도 하였다.
 포르투갈 유대인들은 포르투갈 동방 무역을 지탱하는 중요한 인적 자원이었다. 인구 130만 정도의 소국인 포르투갈은 유대인들의 조력이 절대적으로 필요하였다.
 에스파냐와 포르투갈은 16세기에 들어 새로운 무역로를 개척하여 큰 부(富)를 획득하지만 그 방식은 전혀 달랐다. 에스파냐는 강성한 군사력을 바탕으로 신대륙을 오가는 상선에 무장 함대 콘보이(flotas)를 제공하여 물자 유통의 안전을 확보하였으나, 포르투갈은 그러한 군사력을 보유하지 못했다. 이에 따라 주요 해상교통 요지에 교두보를 확보하되, 무력(武力) 점령에 의한 영토 확장보다는 현지 세력과의 통교(通交)를 통한 무역 이익 독점에 주력하였다.
