지역혁신계정의 재원은 균특회계 전체규모의 1/4정도에 지나지 않은데도 선택과 집중뿐만 아니라 지역안배도 고려하고 있어 투자의 효율성이 떨어지는 문제가 있다. 다만 현실적인 측면에서 단기간의 조정보다는 사업의 효과성 검증 등을 고려하면서 중장기적으로 재조정하는 것이 바람직할 것으로 생각된다.
지역혁신계정의 재원은 균특회계 전체규모의 1/4정도에 지나지 않은데도 선택과 집중뿐만 아니라 지역안배도 고려하고 있어 투자의 효율성이 떨어지는 문제가 있다. 따라서 균특회계가 국가균형발전이라는 소기의 정책목적을 달성하기 위해서는 새로운 재원의 발굴, 일반회계나 특별회계 전입금 등 안정적 재원의 확  등 추가적인 재원확보방안이 강구되어야 할 것이며, 포괄보조금 성격을 가지는 균특회계의 효율적 집행이나 사업의 사후평가를 용이하게 하기 위해서는 유사 중복성이 높은 사업들을 가능한 한 통폐합해야 할 것이다.또한 근본적으로는 균특회계사업을 지역개발계정과 지역혁신계정으로 구분․ 운영할 필요성이 있는지를 재검토해야 할 것이며, 현재의 균특회계 상사업 가운데 균특회계의 목적 및 취지에 맞지 않는 사업은 국고보조사업으로 이관하는 등 상사업을 재조정하여야 할 것이다. 다만 현실적인 측면에서 단기간의 조정보다는 사업의 효과성 검증 등을 고려하면서 중장기적으로 재조정하는 것이 바람직할 것으로 생각된다. 균특회계 예산편성 측면균특회계의 예산편성과정을 구체적으로 보면 다음과 같다. 지역개발사업 계정의 경우 기획예산처가 시 ․ 도별 예산신청한도를 4월 중에 부여하고 시 ․ 도는 그 범위 내에서 스스로 사업을 선택하여 각 부처로 4월말까지 예산을 해당부처 및 국가균형발전위원회로 신청한다. 이때 각 부처는 시 ․ 도의 예산신청금액을 조정하지 않고 기획예산처에 5월까지 예산요구를 하고 기획예산처는 국가균형발전위원회의 검토의견을 6월말까지 송부 받아 이를 참고하여 예산을 편성하여 국회에 제출한다.