최근까지 농지보전부담금은 빠르게 증가하여왔으나, 2002년 이후 증가속도는 매우 더디다. 이는 공용 및 공익시설의 경우 농지보전부담금을 감면해 주고 있는 상황에서, 공용 및 공익시설로의 농지전용이 증가하였기 때문이다.
산업분야  부담금에서 차지하는 농지보전부담금의 비중은 지속적으로 증가하다가 2004년 이후 정체되어있다. 1997년 농지보전부담금의 비중은 59.1%였으나 매년 지속적으로 증가하여 2005년 그 비중은 84.7%에 달하였고, 2007년 계획에서는 80.1%를 계획하였다. 최근까지 농지보전부담금은 빠르게 증가하여왔으나, 2002년 이후 증가속도는 매우 더디다. 즉 2002년의 경우 전년에 비해 75.3%나 증가하였으나, 그 후 증가율은 감소하여 2005년의 경우 4%에 머물렀다. 이는 공용 및 공익시설의 경우 농지보전부담금을 감면해 주고 있는 상황에서, 공용 및 공익시설로의 농지전용이 증가하였기 때문이다. 농지보전부담금의 증가속도가 둔화하고 있는데, 이에 대한 대책마련이 필요하다.한편, 수입공매권은 WTO농업협정에 따라 대한민국 양허관세세율로 수입되는 농산물의 수입가격과 국내가격의 차액 범위내에서 수입이익금을 부과징수하여 기금의 재원으로 활용하는 것을 말한다. WTO/DDA농업협상에서 양허관세율은 70%감축 될 것으로 예상되는데, 그렇게 되면 수입공매권 수입은 감소할 전망이다. 부담금 수입 감소에 따른 재원조달 대책을 강구할 필요가 있다.농지법 제40조5항에는 농지보전부담금의 감면하는 경우가 규정되어있는데, 첫째 국가 또는 지방자치단체가 공용 또는 공공용의 목적으로 농지를 전용하는 경우, 둘째 대통령령이 정하는 중요산업시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우, 셋째 제37조제1항 각호의 규정에 의한 시설(농업인주택, 농업용시설, 농수산물유통  가공시설, 마을회관등 농업인의 공동생활 편익시설, 농수산관련 연구시설과 양어장  양식장등 어업용시설) 기타 대통령령이 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우이다.