남북협력기금의 규모가 상대적으로 축소되었던 2004년도를 제외하면 2003년도에 비하여 2005년도에 지원성 사업에 대한 지출은 1.3배로, 투자성 사업에 대한 지출은 1.8배로 늘어나 남북경제협력에 대한 지출이 빠르게 증가하는 것을 알 수 있다.
남북협력기금의 규모가 상대적으로 축소되었던 2004년도를 제외하면 2003년도에 비하여 2005년도에 지원성 사업에 대한 지출은 1.3배로, 투자성 사업에 대한 지출은 1.8배로 늘어나 남북경제협력에 대한 지출이 빠르게 증가하는 것을 알 수 있다. 따라서 투자성 사업의 적합성, 수익성 및 향후 남북관계의 발전 가능성에 대한 종합적인 검토와 함께 전반적인 운용 방안에 대한 재검토 및 중장기적 정책수립이 요구되는 시점이라고 할 수 있다. 결국, 남북 모두에게 윈 ․ 윈 전략이 될 수 있고 향후 통일에 대비한 북한의 인프라 구축 및 경제 재건을 위해서는 투자성 사업에 보다 큰 비중을 둘 필요가 있을 것으로 보인다. 2005년 8월 북한은 세계식량프로그램(WFP) 평양사무소에 분배 
 감시활동을 11월말까지 종결하고 철수할 것을 요구하였으며 일반 민간구호단체에 대해서도 연말까지 철수를 요구하였다. 북한당국은 이에 대하여 인도적 지원은 끝날 때가 되었고 개발지원을 시작해야 할 때라는 입장을 표방하고 있다. 즉, 국제 민간기구 감시요원들이 북한 내부에서 상주하며 활동영역을 확대함에 따라 내부 사정이 노출되고 주민통제에도 부정적 영향을 끼칠 것을 우려한 측면이 있으나 북한의 이러한 행동은 식량문제가 어느 정도 해결되어 이제 관심이 경제협력문제로 전환되었다는 것을 의미한다.