둘째, 현재 국민주택기금의 경우 문제점으로 많이 지적되는 것은 다른 기금과 달리 여유자금(현재 약 5조 원)이 많다는 점이다. 그러나 기금의 경우 안정성이 크게 해치지 않는 범위에서 공익을 위해 설치하고 조달 운용해야 하는 당위성이 있다.
둘째, 현재 국민주택기금의 경우 문제점으로 많이 지적되는 것은 다른 기금과 달리 여유자금(현재 약 5조 원)이 많다는 점이다. 물론 외환위기 이후 주택시장이 동결되었고, 급속하게 상승하였고, 최근 다시 침체하는 가운데, 이자율도 낮아 특이한 현상이 발생할 수밖에 없는 이유도 있다. 그러나 기금의 경우 안정성이 크게 해치지 않는 범위에서 공익을 위해 설치하고 조달 운용해야 하는 당위성이 있다. 즉 운용의 원칙은 여유자금이 거의 남지 않아야 하고, 여유자금이 남아 있어 투자한다고 해도 위험을 분산시키는 의미로 포토폴리오(portfolio) 전략을 이용해야 한다. 한편, 연기금을 주식이나 부동산에 투자해야 한다는 논의가 많은데,  ‘정부와 국민의 약속’으로 맺어진 연기금의 운용은 포토폴리오 수준에서 그쳐야 할 것이다. 셋째, 기금의 설치 목적을 명확하게 설정하여 운용해야 한다. 과거에는 만성적인 주택수요 초과와 이에 따른 주택가격의 급격한 상승으로 서민 주거의 불안정이 심화되었다. 1962년부터 시작된 경제개발정책이 성장을 위한 정책에 치중하여 주택부문에 대한 투자가 미흡했다. 또한, 남북대치 상황에서 국가재원의 많은 부분이 방위산업에 투자되어 주택부문에 투자할 여력도 없었다. 정부는 1981년 주택건설촉진법에 의거 국민주택기금을 설치하였다.