호불호가 분명하고 직설적인 정철은 동인들의 집중 공격 대상이 되어 스스로를 유배 보내는 것이나 다를 바 없는 두 번째 낙향을 선택한다.
 명종 집안과의 악연 때문인지 명종 시대에 그의 벼슬길은 순탄치 못했다. 오히려 선조가 즉위하고서야 제대로 된 기회가 열리기 시작했다. 33세 때인 선조 1년(1568) 요직이라는 이조좌랑을 지냈지만, 선조 3년 부친상을 당하여 2년간 시묘살이를 했다. 이후 이조정랑, 사간원과 사헌부, 홍문관 등의 요직을 두루 거치며 승승장구하던 정철은 선조 8년 동서 분당이 본격화되자 환멸과 염증을 느껴 낙향(樂鄕)을 선택한다. 정철이 조정으로 돌아온 것은 선조 11년 승정원 동부승지가 되어서다.
 호불호(好不好)가 분명하고 직설적인 성격 탓에 정철은 늘 동인들의 집중공격 대상이었다. 결국 다음 해 정철은 두 번째 낙향을 선택한다. 자신을 스스로 유배 보내는 것이나 다를 바 없었다. 선조 14년 다시 성균관 대사성이 되어 관직에 복귀했지만 또다시 동인들의 탄핵을 받자 세 번째 낙향을 결행한다.
 당시 선조는 이이 못지않게 정철의 재주를 높이 평가해 늘 가까이에 두려고 했다. 선조 15년 조정으로 돌아와 도승지로 임명되고 바로 다음 해 3월 예조판서에 오른다. 48세 때였다. 종종 호주(好酒)가 문제가 되었지만 선조는 한사코 정철을 지켜주었다. 송응개 등을 유배 보낼 때 정철은 형조판서였다. 동인의 공세가 그치지 않자 선조는 일단 예조판서로 자리를 바꿔 예봉을 피할 수 있도록 배려해준다. 어쩌면 이조판서 이이, 예조판서 정철이 양대 산맥을 형성했던 선조 16년 후반기가 서인의 첫 번째 절정기였는지 모른다.
