공공자금관리기금 예수금의 대폭 증가 원인은 3대 경협사업 및 2005년 7월의 경추위 합의사항(농업협력, 수산협력, 광공업협력, 과학기술협력 및 경공업지원) 이행과 대북 전력지원을 위한 예산 4,500억원이 반 되었기 때문이다.
가. 남북협력기금2006년도 남북협력기금에 있어 크게 증가한 항목은 정부출연금과 공공자금관리기금 예수금이다. 
정부출연금은 2005년도의 5,000억원보다 30.0% 증가한 6,500억원이며 공공자금관리기금 예수금은 2005년도 5,500억원에 비해 2배 이상 늘어난 1조 7,508억원에 이르고 있다. 
 공공자금관리기금 예수금의 대폭 증가 원인은 3대 경협사업 및 2005년 7월의 경추위 합의사항(농업협력, 수산협력, 광공업협력, 과학기술협력 및 경공업지원) 이행과 대북 전력지원을 위한 예산 4,500억원이 반 되었기 때문이다. 
 2005년도까지 공공자금관리기금 예수금은 대북 경수로사업을 목적으로 경수로계정에 속해 있었으나 대북 전력지원과 경추위 합의사항 이행을 위한 재원 조달을 공공자금관리기금 예수금에 의존함에 따라 당초 경수로건설에 사용할 예정이던 동 기금 예수금의 일부(4,500억원)를 남북협력계정으로 이관하게 되었다.2006년도 남북협력기금의 가장 큰 특징은 교류협력기반조성사업이 큰 폭으로 증가하 다는 것이다. 
 교류협력기반조성사업은 2005년도 1,781억원 수준에서 2006년도에는 6,572억원으로 약 2.7배 가량 증가되었다.