재정경제부와 금융감독위원회가 마련한 지침과 대책을 통해 IMF와의 정책협의를 통해 결정되었다.
1차 공적자금은 예금보험공사와 자산관리공사가 1998년과 1999년에 걸쳐 64조원에 달하는 채권을 정부의 지급 보증 하에 발행하여 조성하였다. 
64조원 외에도 예금보험기금에서 직접 지원이 될 수 없는 비부보금융기관과 국책은행에 대해 국유재산, 공공관리자금, 공공차관, 차입금, 출연금 등의 형태로도 공적자금이 지원되었다. 
1차 공적자금이 부족하여 2차로 50조원을 순조성하여 사용하였으며 회수된 자금을 다시 재투입하는 방법을 취하면서 2004년 6월 말까지 총 164.7조원이 투입되었다.
초기에는 외환위기라는 전대미문의 사태를 맞이하여 초기과정에서 공적자금의 조성 규모 및 방법에 있어 법보다는 재정경제부와 금융감독위원회가 마련한 지침과 대책을 통해 정해졌다. 
공적자금의 투입 대상이 되었던 금융부문과 기업부문의 구조조정 방향도 긴급외화 유동성을 공급해준 IMF와의 정책협의를 통해 결정되었다. 
금융시장안정 및 금융산업구조조정을 위한 종합대책 1997년 11월 19일, 1997년 11월 19일 IMF와 협의한 IMF와의 정책프로그램협의에 의거함.