대학이나 연구소 연구 성과를 기업에서 응용기술로 발전시키는 등 지역 혁신의 새로운 패러다임을 개척하는 시도로 평가 될 수 있는데 시스템 구축 방향을 제시하도록 한다.
대학이나 연구소의 연구 성과를 기업에서 응용기술로 발전시키고 이를 제품화하는 기존의 단선적인 혁신 체계에 대한 인식과 달리 국가균형발전특별법에 의거하는 혁신 체계는 대학과 기업 지자체 등 다양한 혁신주체들의 활동을 상호연계하거나 상호협력을 촉진하기 위한 지원체계를 표방하다는 점에서 지역 혁신의 새로운 패러다임을 개척하는 시도로 평가될 수 있다.
그러나 국가균형발전위원회․산업자원부에 따르면 지방과학기술혁신(2006)분야에서 중앙과 지자체간 명확한 업무 분담과 연계의 강화 필요성 인적자원개발과 관련되어 혁신 주체 간의 협력관계 강화 필요성, 산 ․학 ․연 연계체제 추진체계의 통합관리 필요성 등이 지적되고 있는 것이 현실이다.
이러한 문제의식 하에서 보다 구체적으로 지역혁신 사업의 문제점을 언급해본다면 혁신의 개념과 부처별로 추진되는 개별사업의 내용이 일치하지 않는다는 점 다부처 사업에 따른 사업간 유사․중복의 문제점 사업의 시너지 효과를 위한 연계성 확보의 필요성 등의 문제점 등을 들 수 있으며 혁신의 원동력이 되어야 하는 민간의 참여가 보다 제고되어야 할 필요성 등이 지적될 수 있다. 
본고에서는 이러한 문제점들을 검토하고 민간 주도의 혁신 시스템 구축을 위한 방향을 제시하도록 한다.