정부는 재원마련과 규모를 기획하려는 노력이 요구되고 주요변수들의 영향에 대한 예측 능력을 향상해야 한다.
그러므로 정부는 남북 및 북미관계 그리고 북측의 의지에 대한 좀 더 정확한 예측을 근거로 현실성 높은 남북협력기금의 재원마련과 규모를 기획하는 노력이 요구된다.따라서 북미 및 남북관계의 파동에 관한 예측 능력 향상, 수년간의 사업비 집행실적 그리고 여유자금 규모 등을 고려하여 차기년도 남북협력기금의 정부출연금 및 공공자금관리기금 예수금을 통한 재원조달의 적정 규모와 남북협력지원 사업비의 적정 규모를 추정하려는 적극적이고 현실적인 접근이 필요하다. 특히 남북협력기금의 효율적 운용과 적정 사업비의 편성이라는 측면에서 남북협력기금의 경상사업 중 교역경협 손실보조 및 금융기관지원 등 시행 이후 집행실적이 전혀 없는 사업이나 인적왕래지원 등 집행실적이 상당히 저조한 사업들을 더 큰 사업 내에 통합하여 관리하거나 예비적 사업에 해당하는 다른 이름으로 유지하도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다. 그리고 북미 및 남북관계 등 남북교류협력사업 주요변수들의 영향에 대한 예측 능력을 향상하여 실현 가능성과 효과성이 높은 사업에 사업비를 전략적으로 집중하는 전략적이고도 합리적인 남북협력기금 계획을 수립하려는 노력이 요구된다.