커피의 부작용 중 대표적인 것이 수면방해인데 카페인이 중추신경을 자극해서 이것이 지나치거나 카페인에 예민한 사람들에겐 수면을 방해하는 요인으로 작용한다.
 커피의 부작용 중 대표적인 것이 수면방해다. 카페인이 중추신경을 자극해서 각성 효과와 기억력 향상 등이 나타나지만 이것이 지나치거나 카페인에 예민한 사람들에겐 수면을 방해하는 요인으로 작용한다. 아주 예민한 사람들은 커피를 마시면 심하게 흥분되어 심장이 두근거리고 호흡이 가빠지거나 손이 떨리고 잠을 못 자는 등 다양한 부작용을 경험한다. 이런 현상을 카페니즘(Cafenism)이라고 한다.
 커피는 피로를 일시적으로 해소시켜 줄 수 있지만 피로를 가중시킬 수 있다. 카페인의 피로감소 효과는 각성 효과와 신진대사 증진 때문인데 이는 근본적인 피로 해소책은 아니다. 피로를 해소하려면 적절한 휴식을 취하거나 충분한 수면을 취해야 한다. 그런데 피로를 느낄 때마다 휴식을 취하지 않고 커피를 마시면 일시적으로는 피로가 없어지지만 나중엔 피로가 누적돼 결국엔 심한 피로감을 느끼게 된다.
 커피는 위장질환을 일으킬 수 있다. 빈속에 커피를 마시면 속이 쓰리다는 분들이 있는데 이는 커피가 위산분비를 촉진시키기 때문이다. 위장이 예민하거나 많은 양의 커피를 마시면 위산분비를 촉진해 위염·위궤양·역류성 식도염 등을 일으킬 수 있다.
 커피를 가장 조심해야 할 사람들은 심장이 좋지 않은 사람들이다. 커피를 마시면 일시적으로 혈압이 올라가지만 곧 정상화되고 장기적으로는 혈압을 약간 떨어뜨린다고 하므로 고혈압이나 고지혈증이 있는 분들은 크게 걱정하지 않아도 된다. 그러나 커피에 타서 마시는 설탕이나 크림이 콜레스테롤을 올릴 수 있고 체중증가로 인해 심장에 부담을 줄 수 있으므로 주의해야 한다.
