전문상담사는 북한이탈주민지원재단 소속이기에 실제 업무수행에 있어 지휘통솔이 적절히 이루어지지 못하는 경우가 발생할 수 있다.
이러한 업무분장 때문에 일부 지역적응센터에서는 업무수행과정에서 전문상담 사와 일반직원간에 혼선이 발생하고 있다. 매뉴얼과 지침에서는 전문상담사가 상담 외에 다양한 업무를 할 수 있도록 규정되어 있지만 전문상담사는 자신의 고유 업무인 상담을 위주로 업무를 수행하려고 하기 때문이다. 특히 전문상담사는 북한이탈주민지원재단에서 채용하여 지역적응센터 소속이 아닌 북한이탈주민지원재단 소속이기 때문에 실제 업무수행에 있어 지휘통솔이 적절하게 이루어지지 못하는 경우도 발생할 수 있다. 앞서 살펴본 바와 같이 전문상담사제도는 채용과정에서 전문성이 담보되지 않는 점이 있고 배치도 본인의 희망을 기준으로 하고 있어 업무량에 편차가 많으며, 역할 및 실적도 전문상담이라는 취지에 부합하지 않고 지휘통솔 면에서도 적절하지 않은 점이 있다. 따라서 통일부는 전문상담사 운용과 관련된 문제점을 확인하고 개선하는 노력을 기울일 필요가 있다. 특히 고용노동부 산하 전국 56개 고용센터에 지정된 북한이탈주민 취업보호담당관과 212개 지역사회 정신건강증진센터를 적극적으로 활용하는 방안을 검토할 필요가 있다. 지역사회의 고용센터와 정신건강증진센터를 활용하면 지리적 접근성도 높아지고 보다 전문적인 취업 및 심리상담을 받을 수 있기 때문이다.