일본계 왜구와 중국계 왜구의 처지를 가른 것은 출신국의 태도로 중국인들은 돌아가면 범죄자로 처벌받았으며 일본의 다이묘들은 왜구의 이용 가치를 높이 평가하고 협력을 모색했다.
 후기 왜구는 단순한 해적 집단이 아니다. 처음부터 도적 집단인 경우도 있었지만, 많은 중국 왜구들은 그저 생계를 위해 밀무역에 종사하다가 관헌에 의해 가족이 몰살당하거나 복귀 시 처벌을 면할 수 없는 범죄자의 신분이 되자 어쩔 수 없이 상업적 거래와 무력적 약탈을 병행하는 불법 집단으로 변모해 간 것이다. 이들의 해상 본거지에는 일본인들과 류큐인들이 용병으로 고용되기도 하고 동남아인들이 합류하기도 하는 등 다국적 또는 무국적 변경인(邊境人) 집단의 성격을 띠고 있었다.
 일본계 왜구와 중국계 왜구의 처지를 가른 것은 이들에 대한 출신국의 태도였다. 중국인들은 중국에 돌아가면 모두 범죄자로 처벌받는 신세였다. 일본의 다이묘(大名)들은 왜구의 이용 가치를 높이 평가하고 협력을 모색했다.
 16세기 들어 동중국해에서 왜구들에 의한 밀무역이 성행할 수 있었던 이유 중의 하나는 일본과 명 사이의 공무역인 ‘감합(勘合)무역’이 유명무실해졌다는 것이다. 중앙 통치력이 부재한 전국시대의 혼란 속에서 생존을 건 부국강병을 추진해야 했던 규슈 지방의 다이묘들은 왜구를 비호함으로써 공무역과는 비교도 할 수 없는 경제적 이익을 올릴 수 있다는 데에 주목했다.
 포르투갈이 밀무역의 한 축으로 등장하자 왜구의 가치가 일본 다이묘들에게 더욱 큰 의미로 다가오게 된다. 기존의 생사(生絲)나 도자기 등 사치성 소비재를 넘어 조총, 화약 등 전략물자 조달 중개자로서 왜구의 전략적 중요성이 커졌기 때문이다. 
