노 정부는 김 정부가 과학기술처에서 격상시킨 과학기술부를 부총리급으로 격상하고 과학기술혁신본부를 설치하였으며 과학기술장관회의를 운영했다.
이러한 우리나라의 사회문제는 현재 심각한 수준인 반면, 해결방안 마련이 쉽지 않은 것으로 보여진다. 이러한 사회적 문제의 해결을 위해서는 과학기술의 역할이 무엇보다 필요할 것으로 국민들은 인식하고 있으므로 정부는 사회문제해결을 위한 R&D투자를 확대하고 국민이 체감할 수 있는 성과를 창출하여 과학기술의 사회적 ․ 공공적 역할을 높일 필요가 있다. 1990년대 이후 국가연구개발사업의 예산이 크게 증가하고 범부처적인 과학기술정책조정의 필요성이 높아짐에 따라, 김대중 정부는 과학기술처를 과학기술부로 격상하고 과학기술정책의 최고의사결정기구로서 국가과학기술위원회를 출범시켰다.이후 노무현 정부에서는 과학기술부를 부총리급으로 격상하고 차관급인 과학기술혁신본부를 설치하였으며, 과학기술장관회의를 운영했다. 이와 함께 국가연구개발예산의 조정 ․ 배분 권한을 국가과학기술위원회로 이관하고 각 부처의 중기 사업계획에서 제시된 정책우선순위와 지출한도에서 예산을 편성하도록 했다. 2005년에는 국가연구개발사업 성과평가 및 관리에 관한 법률을 제정하여 동 법률에 근거 중요사업은 특정평가를 실시하고 일반사업은 부처에서 자체평가로 실시했다. 2007년부터는 500억원 이상의 대형 연구개발사업에 대한 사전타당성조사제도가 시행되었다. 이명박 정부는 출범 초기에 교육부와 과학기술부를 통합해 교육과학기술부를 출범시키고 이전 정부에서 설치된 과학기술혁신본부를 폐지하고 국가연구개발 예산 조정 ․ 배분권한을 기획재정부로 이관했다.