군인복지기금 당국은 각 군별로 상당한 차이가 드러난 비효율적인 자산운용체계를 개선하기 위해 2005년 자산운용지침을 작성했으나 지침의 내용이 각 군별로 상이하다.
또한 자산운용 방식에 있어서도 각 군별로 상당한 차이가 드러나고 있다. 즉, 국방부는 수익증권, 양도성예금, 신탁저축, 정기예금, 저축공제, MMF(Money Market Fund), 환매체를 그리고 육군은 자유적금, 정기예금, 정기적금, MMDA(Money Market Deposit Accounts), 환매체 등 비교적 다양한 운용방식을 선택하고 있는 반면 해군은 자유적금과 정기예금 및 정기적금, 공군은 정기예금과 환매체에 자산운용을 국한시키고 있다. 군인복지기금 당국은 이와 같은 비효율적인 자산운용체계를 개선하기 위해 2005년 1월 자산운용지침을 작성하였으나 군인복지기금의 관리방식이 기본적으로 국방부 및 각군 부대별 독립채산제인 만큼 지침의 내용이 각 군별로 상이하다.우선 육군의 경우 기금 여유자금의 금융기관 예탁은 가급적 분산 예탁하고  1개 금융기관의 총 예탁 규모는 300억 원을 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 또한 거래 금융기관은 중소기업 자금 전담 및 농업자금 지원 금융기관 등 정부 정책방향과 기금 목적사업 기여도, 군인 생활안정 자금 융자 협약 등을 고려하여 기업, 국민, 주택, 조흥, 우리은행 및 농협중앙회 등으로 정한다고 규정 하고 있다. 해군은 여유자금을 통화 ․ 비통화 금융기관으로 구분 예치하고, 주식 ․ 채권 등에 직접 투자하지 않고 가급적 1년 이내의 금융상품에 투자하며 1개 금융기관의 총 예탁규모는 50억원과 총 예탁잔고의 50% 중 작은 금액을 초과할 수 없다고 규정하고 있다.