여성부가 사업의 계획 수립과 집행 등에서 관리·감독 기능을 충실히 수행하지 못하고 자치단체의 재원 확보를 포함한 사업의 타당성 검토나 상황 점검을 못했다는 문제가 나타났다.
둘째, 여성부가 사업의 계획 수립과 집행, 정산 및 사후관리 등 일련의 과정에서 보조사업의 중앙관서로서 사업 추진에 대한 관리·감독 기능을 충실히 수행하지 못한 문제가 나타난다. 계획의 수립과 교부 결정 과정에서 자치단체의 재원 확보를 포함한 사업의 타당성을 철저히 검토하고, 각 사업의 집행과정에서 진행 상황에 대한 점검이 이루어지지 못하였다. 셋째, 2004년도의 지원은 건축비의 40%를 지원하는 정률보조방식과는 달리 결과적으로 사업 규모와는 상관없이 정액보조방식으로 지원된 것으로 볼 수 있으며, 그 지원 규모도 총 사업비의 15% 수준에 불과하여 자치단체의 재원 확보에 상당한 부담이 되고 있다. 넷째, 지역별 시설분포와 보육수요에 기초한 중장기 시설 확충계획의 수립이 필요하며, 보조사업자인 자치단체의 정책적 인식과 재원 확보, 부지 매입 등 구체적인 계획이 전제되어야만 사업의 실효를 기대할 수 있을 것이다. 
 2003년 국회는 국회법 제84조(예산안, 결산의 회부 및 심사)의 개정을 통해서 결산심사에서 나타난 문제점에 대해 국회 본회의 의결을 통해서 정부의 시정을 요구하고 그 처리 결과를 국회에 보고토록 하였다. 이것은 과거 다소 형식화되어 있던 국회의 결산 심사 기능을 강화하여 정부의 재정 운용을 보다 효과적으로 통제·감독하기 위한 국회의 발전적 제도 변화라고 볼 수 있다.