지방교육재정교부금 구조를 통합 단순화하고 지방정부의 교육재정 지원 역할을 강화하는 제도 개선을 추진하고 있다. 그러나 지방교육재정 운영의 자율성 확보와 특별교부금의 자의적 집행 사항은 여전히 지방교육재정의 문제로 남아있다.
교육 분야 국가재정운용계획은 연평균 7.9%로 교육 투자를 증가하여 2004~2008년간 5년 동안 총 142조 6,658억원의 투자계획을 수립하였다. 
총액배분 자율편성 제도에 의한 연도별 교육재정 지출한도액의 산출 근거가 명확하지 않으며 성과관리제 도입에 따른 성과목표 설정이 낙관적인 수준이고, 초중등교육을 성과평가 대상에서 제외하여 교육투자의 핵심 부분에 대한 성과관리가 소홀하다.
국가재정운용계획상 고등교육 부문에 대한 사업 투자비 수준은 지식 6.9% 기반, 사회에 대비한 재원배분으로 부족한 편이며 초중등교육 부문에서는 유아교육과 특수교육 분야에 중앙정부의 역할이 더 강화되고 투자가 확대되어야 할 것이다. 
미래의 평생학습사회에 대비하여 국가재정운용계획은 평생교육에 관한 내실있는 프로그램과 투자계획의 수립이 요청된다.
2005년도 교육인적자원부 세출예산안은 전년대비 5.2% 증가한 27조 9,660억원이 계산되어 있다. 
지방교육재정교부금 구조를 통합 단순화하고 지방정부의 교육재정 지원 역할을 강화하는 제도 개선을 추진하고 있다. 
그러나 지방교육재정 운영의 자율성 확보와 특별교부금의 자의적 집행 사항은 여전히 지방교육재정의 문제로 남아있다. 
고등교육 부문 투자는 전년보다 15.5% 증가하여 지방대학 지원 경쟁력 강화 지원에 중점을 두었다. 
지방대학에 대한 지원은 사업 중심보다는 학문이나 전공 중심의 특성화를 추진하는 것이 바람직하다. 
중앙정부의 초중등교육 사업 중 사교육비 경감을 위한 투자 사업의 실효성은 검증을 거칠 필요가 있고 유아교육 지원 871억원은 전년 대비 168% 증가하였으나 절대액이 미미한 수준이어서 유아교육의 공교육화 기반 구축을 위해서는 지속적 재정확충이 필요하다.