향후 우리금융지주, 서울보증보험 등의 지분매각이 중요한 이슈가 될 것으로 예상됨. 지분매각 계획은 매각 조건 등을 심도 있게 논의한 후 금융시장 환경에 맞춰 이루어지는 것이 바람직하기 때문에 매각시기 및 매각대금 등을 기금운용계획에 구체적으로 반영하기 어려운 문제점이 있음.
향후 우리금융지주, 서울보증보험 등의 지분매각이 중요한 이슈가 될 것으로 예상됨. 대한생명의 경우 한화그룹 등에 매각한 주식과 관련하여  국제중재 조정 중에 있어 향후 공적자금 회수과정에 적지 않은 영향을 미칠 것으로 예상됨. 지분매각 계획은 매각 조건 등을 심도 있게 논의한 후 금융시장 환경에 맞춰 이루어지는 것이 바람직하기 때문에 매각시기 및 매각대금 등을 기금운용계획에 구체적으로 반영하기 어려운 문제점이 있음. 그러나 정부는 금융 산업의 경쟁력을 높일 수 있도록 금융기관의 구조조정을 마무리하고, 적정한 가액으로 매각할 수 있도록 지속적인 노력을 할 필요 있음.  매각대금 회수 이외에도 금융기관으로부터 예금 잔액의 0.1%를 수령하기로 한 특별기여금 수입의 실현이 중요한 과제가 됨.  2002년 공적자금상환대책 마련 시 특별기여금 회수예상액 20조는 25년 동안 예금이 연 9.5%  증가할 것이라는 가정 하에 산출하였지만, 실제 예금증가율이 2~3%대 밖에 못 미치고 있어 특별기여금의 회수실적이 예상에 못 미치고 있음.  2008년 공적자금 재계산시 특별기여금의 산정근거 ․ 요율, 부족분 차이 발생시 부담주체 등에 대한 논의가 필요함.