아무튼 이 당시 조헌은 비교적 한산한 자리에 있으면서 지역의 교화에 최선을 다하고자 하였다. 그런데 자신의 스승 율곡과 성혼(成渾) 등이 무고(誣告)를 당하게 되자 율곡과 성혼이 어질다는 사실을 진언하지 않을 수 없었다.
 아무튼 이 당시 조헌은 비교적 한산한 자리에 있으면서 지역의 교화에 최선을 다하고자 하였다. 그런데 자신의 스승 율곡과 성혼(成渾) 등이 무고(誣告)를 당하게 되자 율곡과 성혼이 어질다는 사실을 진언하지 않을 수 없었다. 조헌이 보기에 당시의 조정은 아첨하는 무리들의 간사한 행위로 가득 차 있었다. 그래서 이들을 배척하는 내용과 스승을 변호하는 내용을 함께 올리게 된 것이다. 
 해가 바뀌어 1587년 5월에 조헌은 다시 상소를 올려 시사에 대해 극언(極言)하였다. 그런데 이때 조헌은 가난하여 행장을 꾸려 서울에 올라올 수가 없었다. 이러한 경우 자신이 속한 도(道)를 통해 올리는 것이 당시 관례였다. 
 조헌은 관례대로 관찰사를 통해 상소를 올리고자 하였다. 하지만 관찰사는 조헌의 상소가 너무 과격하였으며, 자신이 또한 그 상소에 연루될까 두려워하여, 상소의 형식을 문제 삼아 반려하였다. 조헌이 곧 다시 짧은 소장을 첨부하여 네 번 올렸으나 네 번 모두 받지 않았다. 이에 조헌은 관직을 사임하고 옥천(沃川)의 향리로 돌아갔다. 
 하지만 향리로 돌아온 조헌은 “일본의 도요토미 히데요시(豊臣秀吉)가 임금을 시역(弑逆)하고 아울러 여러 도주(島主)를 죽이고 사신을 보내어 우리의 형세를 엿보는데도 조정에서는 두려워 감히 이를 척결하고자 말하는 이가 없다”는 소식을 들었다. 조헌은 이를 듣고 상소를 지어 관찰사에게 올렸는데, 관찰사는 “풍신수길이 저희 임금을 죽였다는 것은 자세히 알 수도 없으며, 또 상소 중에 고위 대신을 직접 배척하는 내용이 들어 있다”는 이유로 그 소를 또다시 올리지 않았다. 
