이처럼 향후 금융기관과 보증기관간의 역할 재정립, 부분보증제도 확대, 보증요율의 단계적 적정화, 보증졸업제 등 제도개선 논의도 통폐합 논의와 더불어 계속 추진되어야 할 것이다. 한편 두 기금의 통폐합 못지않게 1998년 외환 위기 이후 급속하게 증가한 신용보증 규모를 적정화하고, 신용보증제도 운용에 있어서 금융기관 등의 도덕적 해이를 줄이고 보다 시장친화적인 운용체제를 갖추어 나가야 하는 기금 운용상의 개혁도 아주 중요한 과제이다.
 현재 2004년에 발표된 7.7 중소기업 경쟁력 강화 종합대책에 따르면 기금 업무의 중복성 해소와 전문화를 위해 기술신용보증기금은 기술창업기업을 중심으로 신용보증업무에 특화하여 기술  창업  벤처기업 위주의 보증포트폴리오를 총 보증의 80%이상이 되도록 함으로써 신용보증기금과의 차별적인 역할을 하는 것으로 되어 있다. 기술신용보증기금의 이러한 구조조정 상황을 계속적으로 모니터링할 필요가 있으며 이를 근거로 향후 통폐합 논의 시 다시 판단해야 할 것이다. 한편 두 기금의 통폐합 못지않게 1998년 외환 위기 이후 급속하게 증가한 신용보증 규모를 적정화하고, 신용보증제도 운용에 있어서 금융기관 등의 도덕적 해이를 줄이고 보다 시장친화적인 운용체제를 갖추어 나가야 하는 기금 운용상의 개혁도 아주 중요한 과제이다. 이처럼 향후 금융기관과 보증기관간의 역할 재정립, 부분보증제도 확대, 보증요율의 단계적 적정화, 보증졸업제 등 제도개선 논의도 통폐합 논의와 더불어 계속 추진되어야 할 것이다. 나. 국민건강보험기금 신설과 국민건강증진기금의 정비 문제 당초 기금존치평가 결과에서는 국민건강보험기금을 신설하고, 여기에 국민건강증진기금을 통합하는 안이 제시되었다. 그러나 정부의 최종 기금정비방안에서는 이에 대한 언급이 없다. 기본적으로 국민건강보험의 기금화는 필요하고, 국민건강증진기금은 정비되는 것이 바람직한 방향이라고 사료된다. 국민건강보험제도는 국민건강보험법에서 규정하고 있는 것처럼 국민의 질병부상에 대한 예방  진단  치료  재활과 출산  사망 및 건강증진에 대하여 보험급여를 실시하는 사회보험제도로서, 법률에 의한 가입의 의무, 소득에 비례한 보험료의 차등부담, 부담보험료에 관계없는 균등한 보험급여 등을 특성으로 한다.