네덜란드와 영국이 동아시아에 진출했고 마닐라 갤리온 무역이 포르투갈의 독점적 지위를 침식하는 등 구조적인 변화가 동아시아에서 포르투갈의 입지를 좁혔다.
 이보다 더 거시적이고 구조적인 변화가 동아시아에서 포르투갈의 입지를 좁히고 있었다. 유럽의 정세 변동으로 네덜란드와 영국이 포르투갈의 동인도 항로 독점을 깨고 동아시아에 진출하기 시작했고, ‘마닐라 갤리온 무역’(필리핀-멕시코를 연결하는 스페인 식민지 간 교역)이 포르투갈의 독점적 지위를 침식(侵蝕)하고 있었다. 1600년 리프데호의 표착을 계기로 일본에 정착한 윌리엄 애덤스와 얀 요스텐 등 스페인·포르투갈 세력의 대척점에 서 있던 영국·네덜란드 출신 이국인들은 최고 권력자 이에야스가 이러한 세계 정세 변화를 꿰뚫어 볼 수 있는 눈과 귀가 되어 주었다. 당시 마카오에 거점을 두고 있던 포르투갈은 일본보다도 이러한 정세 판단에 어두웠다. 유일한 유럽 세력이자 주요 물자 공급처로서의 우월적 지위에서 일본을 대하던 고압적 태도에 변화가 필요한 시점이었으나 그러한 시대 변화를 인식하지 못했다. 이러한 급변하는 정세와 포르투갈의 몰락을 상징적으로 보여주는 사건이 ‘노싸 세뇨라 다 그라사(Nossa Senhora da Graa)호 폭침 사건’이다.
 1610년 1월 포르투갈의 동아시아 무역선 ‘노싸 세뇨라 다 그라사’호[‘마드레 데 데우스’(Madre de Deus)호라고도 부른다]가 나가사키 앞바다에서 폭침(爆沈)되는 사건이 발생한다. 선장인 안드레 페소아(Andr Pessoa)가 자신의 배가 기리시탄 다이묘 아리마 하루노부(有馬晴信) 군대의 공격을 받아 탈취당할 상황에 처하자 스스로 화약고에 불을 질러 800톤급 대형 갤리온선을 자침(自沈)시켜 버린 사건이다. 1571년 이래 40년 동안 나가사키를 중심으로 우호적 교역관계를 맺어 온 일본과 포르투갈 간에 벌어진 이때의 격렬한 무력(武力) 충돌은 양국 관계가 새로운 국면에 접어들었음을 알리는 신호탄이었다. 
