중소기업청의 연구개발사업은 2007년 예산안이 대폭 증가하였으며, 향후 타 부처에 비해 열악한 지원과 혁신형 중소기업 육성 등으로 인해 사업 수요가 증가할 것으로 기대되는 바, 중소기업청은 예산이 보다 효율적으로 집행될 수 있도록 연구개발 사업 집행 및 평가체계를 강화할 필요가 있다.
따라서 동 사업이 성공적으로 수행되기 위해서는 성공률 기준의 변경을 통해 연구개발 성과에 대하여 시장이 민감하게 반응할 수 있도록 하여 연구개발 성과의 실질적 상업화 및 사업화를 견인할 수 있도록 할 필요가 있다. 중소기업청은 구매가능성을 고려하여 개발기술과 직접 관련된 부가가치 발생 정도를 성공 판정기준으로 적용할 필요가 있으며, 감사 기준도 변경된 성공률 기준에 입각하여 탄력적으로 적용함으로써 집행기관의 효과적인 사업 수행을 뒷받침해야 한다. 
 기술개발이 성공으로 판정되었다 하더라도 제품의 안정성 테스트 등 제품화에 필요한 과정이 남아 있다. 집행 및 평가체계 강화 필요 중소기업청의 연구개발사업은 2007년 예산안이 대폭 증가하였으며, 향후 타 부처에 비해 열악한 지원과 혁신형 중소기업 육성 등으로 인해 사업 수요가 증가할 것으로 기대되는 바, 중소기업청은 예산이 보다 효율적으로 집행될 수 있도록 연구개발 사업 집행 및 평가체계를 강화할 필요가 있다.먼저, 집행과 관련하여서는 산업자원부 등에서 시범실시하고 있는 ‘실시간연구비 관리시스템’을 도입할 필요가 있으며, 미국의 SBIR(Small Business Innovation Research) 프로그램의 경우처럼 기획 → R&D → 사업화 단계로 연계되는 기술개발의 단계별 맞춤형 지원체제를 도입할 필요가 있다.