2005~2007년간 전문화 등을 종합 검토해 혁신성과가 미흡할 경우 기금을 통합 추진하는 것으로 유보됐으며 정비방안을 추진하던 중 여성발전기금은 존치하기로 했다.
2005~2007년간 전문화, 제도개선 및 구조조정 추진상황 등을 종합 검토하여 혁신성과가 미흡할 경우 양 기금을 통합 추진하는 것으로 유보되었음. 최근의 추진 상황 및 시사점 정부의 기금 정비방안이 관계부처 장관회의를 거쳐 확정된 이후 정비방안을 추진하던 중 여성발전기금은 존치하는 것으로 결정되었다. 구체적으로 살펴보면 여성발전기금의 상징성, 기금폐지로 인한 지방여성발전기금에 미치는 파급효과에 대한 우려, 여성정책을 선도적으로 추진할 필요성 등을 이유로 국무회의를 거쳐 존치된 것이다. 그런데 여성발전기금은 조성재원과 사업과의 연계성 부족, 사업의 신축적 운용 불필요성, 일반회계와 기금간의 분담기준 미약 등의 관점에서 폐지가 바람직하다는 것이 의견이 많다. 여러 보고서에서도 기존의 기금사업을 예산 사업으로도 충분히 진행할 수 있으며, 기금 사업으로 추진해야 할 뚜렷한 당위성을 찾기 어렵기 때문에 예산 사업화 할 것을 계속 지적하고 있다. 이 외에도 농어가목돈마련저축장려기금의 경우 정부도 기금의 문제점을 인식 하고 기금의 폐지를 위해 농어가목돈마련저축에관한법률 개정안을 2004년 6월 국회에 제출한 이후 계류 중에 있으며 저축제도의 문제점을 보완하여 제도를 한시적으로 연장하는 입법(김효석 의원 대표발의)도 발의된 상황이다. 개정 법률안에서는 폐지 법률이 공포된 날로부터 신규 저축가입을 금지하게 되어 있어 기존 가입자에 대해서는 계속 법정장려금을 지급하여야 하므로 공포일로부터 6년 정도가 경과한 후에야 청산할 수 있는 구조이다.