서원의 기본적인 공부 목표는 법성현이지만 시간이 갈수록 벼슬아치를 배출하게 되었다.
 서원은 두 가지 기능을 가졌다. 1차적으로는 공부하는 곳이다. 서원의 구조를 보면 정문 격인 누각(樓閣)이 있고, 그 뒤 중심에 전체 스승과 제자들이 모여 강론하는 강당(講堂)이 있다. 누각과 강당 사이에는 좌우로 동재(東齋)와 서재(西齋)가 있다. 동재와 서재는 낮에는 공부, 밤에는 학생들의 숙소로 보통 사용됐다.
 그렇다면 무슨 공부를 한 것인가. 서원은 주자학의 융성과 깊은 관계가 있어 기본적인 공부 목표는 법성현(法聖賢), 즉 공자·맹자·주자 같은 인물의 저술을 익히고 그들의 행동을 따라 하는 것이었다. 하지만 시간이 갈수록 양리(養吏), 즉 벼슬아치를 배출하게 되었다. 지금의 고시(高試) 합격자를 내는 것과 비슷하다.
 서원의 2차 기능은 선현(先賢)을 모시는 것이다. 배향(配享)이란, 어떤 임금이 살아 있는 시절에 총애하던 신하나 공로 있는 신하를 종묘(宗廟)에 부제(祔祭)하거나 학덕이 있는 이를 문묘(文廟)나 서원에 부제하는 것을 말한다. 서원도 문묘처럼 자신들이 학문적으로 추앙하는 현인을 중심에 놓고 그 핵심 후계자들을 곁에 모셨다.
 백운동서원이 생긴 지 9년 뒤인 1550년(명종 5년)에는 퇴계 이황이 풍기군수로 부임해 서원의 격을 높이려 임금에게 송(宋)대의 예를 언급하며 서원을 합법적으로 인정하고 정책적으로 지원해줄 것을 요청했다. 이에 명종은 친필로 ‘소수서원(紹修書院)’이라는 편액(扁額)과 많은 책, 노비를 하사했다.
