지역산업진흥사업 추진결과 수출, 고용증가 등 지역의 혁신역량 강화에 기여한 것으로 평가되고 있지만, 2005년 감사원의 지역산업진흥사업에 대한 감사결과가 시사하는 바와 같이 많은 문제점이 노정되고 있는 것 또한 사실이다.
지역산업진흥사업 추진결과 수출, 고용증가 등 지역의 혁신역량 강화에 기여한 것으로 평가되고 있지만, 2005년 감사원의 지역산업진흥사업에 대한 감사결과가 시사하는 바와 같이 많은 문제점이 노정되고 있는 것 또한 사실이다. 아래에서는 지역산업진흥사업의 2004년도 결산 내역 및 추진현황을 살펴보고 문제점에 대한 정책대안을 제시하고자 한다. [표 1]에서 보는 바와 같이 2004년도 지역산업진흥사업의 결산내역을 보면  2,343억원이 집행되었다.  9개 지역산업진흥사업의 2004년 예산 1,145억원에서 국가균형발전특별법의 공포 ․ 시행으로 국가균형발전위원회의 조직 및 인원 확대에 따라 소요되는 인건비 및 운영비 등으로 15억 2,000만원이 전용감되고 1,143억원이 전액지출 되었다. 세부적인 집행내역을 보면 지역특화사업 696억원, 지역특화기술개발사업 418억원, 지역전략산업기획단 31억원, 용역비 13억원 등이다. 4개 지역산업 2단계사업은 예산 1,200억원이 전액 지출되었으며, 세부적인 집행내역을 보면 인프라 구축사업 373억원, 연구개발사업 648억원, 인력양성사업 53억원, 기업지원서비스사업 94억원, 전략기획단 운영사업에 32억원 등이다.