국회는 시정요구사항으로 대학재정지원사업을 설계함에 있어 사전 컨설팅 기능을 강화하고 장학금 등의 비중이 과다하지 않도록 상한선을 정하여 추진할 것을 요구했다.
지방대학혁신역량강화사업(이하 ‘NURI사업’)은 지역발전과 연계된 지방대학의 특성화 분야를 집중 육성하는 것 등을 목적으로 한다. 회계연도를 기준으로 한 사업기간은 2004~2008년이고, 총사업비는 5년간 1조 1,957억원이다. 그런데 사업기간은 2004년 7월 1일부터 2009년 5월 31일까지 진행되어 회계연도와 사업연도가 일치하지 않는다.동 사업에 대해 2007년도 국회 결산심사결과에서 각 사업단이 집행한 예산의 비목별 구성을 살펴보면, 장학금이나 학생교육 및 실습활동 지원비의 비교육과학기술  143중이 교육과정 개선비나 산학협력비에 비해 과다하여 ‘지역산업 발전을 위한 우수인력 양성’이라는 사업목적을 달성하는 데 한계가 있다는 지적이 있었다. 이에 대해 국회는 다음과 같은 시정요구사항을 하였다. 첫째, 향후 대학재정지원사업을 설계함에 있어 예산편성의 자율권은 인정하되 사전 컨설팅 기능을 강화하는 것을 요구했다. 둘째, 장학금 등의 비중이 과다하지 않도록 상한선을 정 하여 추진할 것을 요구했다. 이에 대하여 교육과학기술부가 조치한 결과는 2009년 이후 NURI사업, 수도권대학특성화 사업 등이 통합되어 추진되는 우수인력 양성대학 교육역량 강화 사업 계획에 다음과 같이 반영했다는 것이다. 첫째, 대학의 자체 발전계획에 따른 교육역량 제고를 위해 대학에 포괄적 재정집행을 보장하여 예산 운용의 자율성과 효율성을 제고하였다.