기획재정부는 국가재정운영과의 연계 강화를 목표로 하는 5년 단위 공공기관 중기 운영계획을 참고해 중장기 운영방안을 검토할 필요가 있다.
그러나 이에 대한 실적이 부진한 상황이다. 따라서 주무부처인 기획재정부는 향후 공공기관의 수행 업무와 관련해 대해 중장기 운영방안을 검토할 필요가 있다. 이와 관련하여 공공기관 합리화정책에서 밝혔던 5년 단위의 공공기관 중기 운영계획을 참고할 수 있다. 공공기관 중기운영체계는 공공기관의 경영자율을 확대하기 위해 5년 단위의 ‘공공기관 중기 운영계획’을 수립하여 공공기관에게 중기 시계의 자율성을 보장하고, 국가재정운영과의 연계를 강화하는 것을 목표로 설정하고 있다. 이와 유사하게 중기계획뿐만 아니라 5년 이상의 장기계획을 작성하면서 상시적인 기능재점검을 통해 공공기관의 사업 ․ 조직 ․ 인력 ․ 예산을 어떤 방향으로 설정할 것인지를 검토하는 방안을 생각해 볼 수 있다. 예를 들어 한국수자원공사의 경우 2단계 공공기관 정상화대책에서 물공급이라는 핵심사업에 집중하고 개발사업 및 비핵심사업은 축소하거나 시기를 조정하는 방안이 도출되었다. 이와 같은 기능 조정 외에 향후 한국수자원공사가 기존에 수행하고 있던 4대강 개발사업과 단지사업이 종료될 경우 조직 ․ 인사 ․ 재무적 측면에서 한국수자원공사의 전신은 1967년 세워진 (구)한국수자원개발공사이다.