또한 대학별 전임교원 확보가 매우 부족한 상황에서 대학교육의 질적 향상을 위해 시간강사 법적지위 안정화 및 처우개선에 교육역량강화. 이에 대해 교육과학기술부는 다음과 같은 의견을 제시했다.
특히 교육역량강화사업의 경우 재정지원에 대한 선정조건과 지원액이 취업률에 의존하고 있다는 점은, 정부 재정지원이 대학간 사회적 수요에 부응하는 교육 품질 제고를 위한 경쟁을 촉발하지 못할 가능성도 존재한다. 이와 관련하여 교육역량강화사업의 국고보조로 장학금을 지급할 수 있게  하는 것은, 대학의 교육역량강화보다는 학생에 대한 장학금 등 직접지원을 통해 우수학생을 유치하려는 경쟁을 강화하는 부작용을 나을 수도 있다. 또한 신입생 충원률은 동 사업 재정지원의 한 조건이므로 대학들의 장학금 지급 등 학생에 대한 직접 지원의 유인이 더욱 강화될 것으로 보인다. 따라서 교육역량강화사업의 장학금 용도 및 졸업생의 취업촉진 프로그램 지출의 하한은 폐지하는 것이 바람직하고, 국회가 2007년 국회결산심사를 통해 시정요구한 것처럼  장학금 등의 비중이 과다하지 않도록 상한선을 정하는 것이 바람직하다고 본다. 또한 대학별 전임교원 확보가 매우 부족한 상황에서 대학교육의 질적 향상을 위해 시간강사 법적지위 안정화 및 처우개선에 교육역량강화. 이에 대해 교육과학기술부는 다음과 같은 의견을 제시했다. 취업 촉진 프로그램 15% 이상 지출 조건은 유례없는 경제 위기 등을 고려한 한시적 성격이 강하다. 한편, 대학별 취업촉진 프로그램 시행 요구는 많은 대학이 연구중심 대학을 지향하면서 학생의 취업 및 진로 지도 등을 외면하고 있는 현실을 고려시 학생의 생애설계 지원과 취업 정보 제공 등에 대한 대학의 관심 유발 등에 기여한 측면이 있다.