장병사기진작 사업을 위한 재원은 복지시설 총 매출액 중에서 경상비를 제외한 수입금의 50%(육군의 경우) 범위 내에서 확보된다고 기금 측에서는 설명하고 있다. 그러나 군인복지기금이 장병사기진작의 중요성을 강조하고 있음에도 불구 하고 위 사업을 위해 배정하고 있는 재원규모가 매우 부족할 뿐만 아니라 전체 군인복지기금사업에서 차지하는 비중이 해를 거듭할수록 감소하고 있다.
3. 군인복지기금 사업 운영상의 문제점 
가. 장병사기진작사업의 비중 감소와 비효율성군인복지기금에서는 '장병사기진작은 국방과 관련하여 가장 기본적이고 중요한 사업으로 군인복지기금이 설치된 가장 큰 이유이다.' 라고 밝히고 있다. 
또한 장병사기진작사업의 적정성과 관련하여 '군인복지기금은 장병복지를 위한 사업추진을 기금의 제 1차적인 사업목표로 한다.'고 강조함으로써 장병사기진작 사업의 중요성을 설명하고 있다. 
군인복지기금은 장병사기진작 사업의 일환으로 부대장병격려 사업, 성과격려비 사업 및 기타 격려비의 3대 사업을 운영하고 있다. 
부대장병격려 사업의 내용은 중추절, 연말연시, 훈련시, 기타 부대장병 격려사업 등이고, 성과격려비 사업은 매년 전·후반기 부대 또는 개인 근무유공에 대해 격려금을 지급하는 사업이며, 기타 격려비는 전방부대 위문, 30년 근속자 격려, 장병 체육행사, 모범장병 초청 및 사병 사망위로금 지급 등으로 구성되어 있다.
 장병사기진작 사업을 위한 재원은 복지시설 총 매출액 중에서 경상비를 제외한 수입금의 50%(육군의 경우) 범위 내에서 확보된다고 기금 측에서는 설명하고 있다. 그러나 군인복지기금이 장병사기진작의 중요성을 강조하고 있음에도 불구 하고 위 사업을 위해 배정하고 있는 재원규모가 매우 부족할 뿐만 아니라 전체 군인복지기금사업에서 차지하는 비중이 해를 거듭할수록 감소하고 있다.