8세기 무렵부터 일본 세토내해에서 바다를 생업으로 삼던 연안 주민들이 해적질을 하며 악당으로 불리던 것이 기원인 왜구는 인근 호족들을 위한 수군으로 활약했다.
 ‘왜구’라는 이름은 5세기 초 광개토왕비문에 처음으로 등장한다. 비문에는 ‘영락 14년(1404년, 永樂은 광개토왕 연호), 대방(帶方)에 침입한 왜구를 크게 궤멸했다…’라는 한 구절이 새겨져 있다. 이때의 ‘왜구’는 왜인의 침입 정도의 뜻이었을 것이다. 
 1223년 ‘왜(倭), 구(寇)금주(金州·김해)’라는 《고려사》의 기록을 시작으로 역사에 재등장한 왜구는 고려 말에서 조선 전기에 걸쳐 한반도와 중국연안 지역을 집요하게 침구했다. 이때부터 왜구는 ‘한반도와 중국연안의 해상에서 또는 연안 지역에 상륙하여 약탈과 납치, 살인과 방화를 자행했던 일본인 해적단’이라는 의미의 역사적 용어로 고착되었다.
 원래 왜구는 8세기 무렵부터 일본 세토내해(瀬户内海)에서 바다를 생업으로 삼던 연안 주민들이 생존을 위한 자구책으로 해적질을 하며 ‘악당(惡黨·아쿠토)’으로 불린 것이 기원을 이룬다. 이들은 인근 호족들을 위한 수군으로 활약했다. 해양술이 발달하면서 13세기부터는 인접국으로 약탈영역을 확대했다. ‘왜구’로 불리기 시작한 것도 이때부터다.
 일본의 남북조 내란 시기 왜구는 일본 호족들의 휘하에서 대규모 군사집단으로 성장했다. 1350년 이후 1392년 고려가 멸망할 때까지 왜구는 극성을 부리다가 1419년 세종의 대마도 정벌로 근절되었다. 이것이 고려 말, 조선 초의 왜구였던 전기왜구(前期倭寇)다. 
 이후 왜구는 명나라의 엄격한 해금정책에 반발하는 중국의 상인들과 결탁하여 중국연안에서 대규모 밀무역과 약탈에 종사했다. 이것이 후기왜구(後期倭寇), 즉 가정왜구(嘉靖倭寇·가정은 명나라 세종의 연호로 1522~1566년에 해당)다. 이후 왜구는 일본 전국을 통일한 도요토미 히데요시의 금구(禁寇)정책으로 종식되었고 임진왜란 시기 왜군으로 편성되었다.
