부실채권정리기금은 인수한 부실채권을 정리하고 차환 발행한 채권 및 이자를 상환하는 업무를 수행하고 있다.
2005년도 기금 결산 분석그리고 부칙 개정을 통한 해결 방법 이외에 차라리 부실채권정리기금을 폐지하는 방안도 고려해 볼 필요가 있다. 
 부실채권정리기금은 청산기금으로 현재 부실채권을 새로 인수하는 업무는 하지 않고, 인수한 부실채권을 정리하고 차환 발행한 채권 및 이자를 상환하는 업무를 수행하고 있는데 이러한 업무를 수행하는데 있어 굳이 기금을 독립적으로 존속시킬 필요가 없을 수도 있다. 
 물론 한국자산관리공사에서는 공적자금의 회수를 극대화하기 위해서는 현행 보유자산의 정리기간 만큼 기금의 운용기한을 연장(기금존치기한 포함)할 필요가 있다고 주장한다. 
 그러나 비용 효율성 등의 측면에서 보면 공적자금상환기금에서 국채를 발행하여 차환 발행된 부실채권정리기금채권을 인수하여 상환하고 동 기금은 폐지하는 것이 더 나을 수도 있다. 
 또한 부실채권정리기금이 수행하던 부실채권 정리를 통한 공적자금 회수 업무는 한국자산관리공사에서도 충분히 수행할 수 있는 것으로 보이며, 부실채권 정리 관련 업무는 특성상 정부보다는 민간이 수행해야 할 업무이므로 외환위기가 극복된 현재 시점에서는 동 기금을 폐지하는 것도 고려해 볼 수 있을 것이다.