또한 문화산업기반기금은 소관부처 변경에 따른 긴밀한 업무협조가 필요하며, 폐지 기금의 적립금의 처리와 활용문제도 추후 논의될 필요가 있다.
즉 민간화기금에 대한 재정통제가 어떻게 이루어질지에 대한 구체적인 방안이 필요하며, 폐지 기금의 융자사업의 이차보전 전환에 대한 지침을 만들 필요가 있다. 또한 문화산업기반기금은 소관부처 변경에 따른 긴밀한 업무협조가 필요하며, 폐지 기금의 적립금의 처리와 활용문제도 추후 논의될 필요가 있다. 기금의 정비방안에서 폐지가 유보되었던 근로자복지진흥기금, 과학기술진흥기금, 축산발전기금은 기금 존치평가에서 지적되었던 사항들이 2006년도 기금운용계획안에서 반영된 사례가 거의 없었는데, 이 기금들은 차기 존치평가 시에도 존폐 문제가 제기될 것이므로 기금 정비방안 원칙에 따른 예산과 기금의 사업편성에 대한 검토가 필요하다. 이번 정비방안에서는 직접 다루어지지 않았지만 향후 기금정비방안을 마련함에 있어 검토되어야 할 과제를 정리하면 다음과 같다. 신용보증기금과 기술신용보증기금은 통폐합 문제가 유보되었지만, 신용보증기금의 통폐합의 찬반양론을 객관적으로 분석평가하면서 논의를 지속할 필요가 있으며 향후 통폐합 논의 시 다시 판단해야 할 것이다.