특별회계 법인세는 2.4%감소하나 예산보다는 8.2%증가할 것으로 전망되며 정부는 법인세수가 하락하는 이유로 법인세율 인하 및 법인실적 감소를 들고 있다.
특별회계 법인세는 29조 832억원으로 2005년 실적 29조 8,055억원보다는 2.4% 감소하나, 2005년 예산 26조 8,831억원보다는 8.2% 증가할 것으로 전망되었다. 정부는 법인세수가 전년보다 하락하는 이유로 법인세율 인하 및 법인실적 감소를 들고 있다. 특별소비세는 4조 9,883억원으로 2005년 실적 4조 3,995억원 대비 13.4%, 2006년 예산 4조 4,341억원 대비 12.5% 증가할 것으로 전망되었다. 특별소비세수의 증가는 LNG 소비량 증가와 LNG세율 인상(40원/㎏ → 60원/㎏) 및 승용차 특별소비세 탄력세율 환원에 의한 것으로 분석된다. 관세는 6조 7,011억원으로 2005년 실적 6조 3,177억원 대비 6.1%, 2006년 예산 6조 5,026억원 대비 3.1% 증가할 것으로 전망되었다. 환율하락 및 FTA 체결에 따라 관세 실효세율이 2005년 2.34%에서 2006년 2.30%로 하락할 것으로 전망됨에도 불구하고 관세 세수가 증가할 것으로 전망되는 것은 수입액의 증가 때문이다. 정부는 2006년 통관기준 수입액이 2005년 대비 16.8% 증가할 것으로 전망하고 있다.종합부동산세는 1조 1,539억원으로 2005년 실적 4,413억원 대비 161.5%, 2005년 예산 10조 200억원 대비 13.1% 증가할 것으로 전망되었다. 정부는 종합부동산세의 증가는 8.31부동산대책에 따른 보유세 강화에 따른 것이라고 설명하고 있다.