별도의 자체수입이 없는 한국철도시설공단은 철도 시설부채를 선로사용료 수입으로 상환해야 하기 때문에 철도의 시설부채와 운영부채를 모두 부담해야 한다.
제1항의 규정에 의하여 철도시설을 사용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사용료의 전부 또는 일부를 면제할 수 있다.  제2항의 규정에 의한 철도시설 사용료를 징수함에 있어 철도의 사회경제적 편익과 다른 교통수단과의 형평성 등이 고려되어야 한다. 
선로사용료 이외에는 별도의 자체수입이 없는 한국철도시설공단으로서는 철도 시설부채를 한국철도공사의 선로사용료 수입으로 상환해야 하기 때문에 결국 한국철도공사가 철도의 시설부채와 운영부채를 모두 부담하는 결과가 된다. 철도시설과 운영 분리 원칙에 따라 철도운영자가 선로망 사용에 대한 대가를 지불하는 것은 당연하다. 그러나 선로사용료가 철도요금에 직접적으로 영향을 미치고 한국철도공사의 경영수지를 결정하는 중요한 요인이라는 점에서 적정한 선로사용료의 산정은 아주 중요한 의미를 가지고 있다. 그런데 철도산업발전기본법에서는 선로사용료가 시설부채의 원리금을 상환하기 위해 한시적으로 존속하는 것으로 되어 있고, 약정한 금액과 실제 지불한 금액 차이로 인한 부채와 이자비용 증가분을 철도 운영자가 부담하는 것으로 되어 있음을 볼 때, 선로사용료가 사실상 누적된 시설부채 해소를 위해 사용되는 측면이 큼을 알 수 있다.