예산 통제 약화의 문제점이 크게 부각되었기 때문에 총액계상예산사업이 총액 및 세부사업 수에서 지속적으로 감소 추세를 보였다.
특히 최근 4년간 총액계상예산사업은 총액 및 세부사업 수에 있어 지속적인 감소 추세를 보이고 있다. 총액은 2003년도 4조 6,531억원에서 2006년도에 3조 2,376억원으로 감소하여 1조 4,155억원이 감소했으며 30.5%의 비교적 높은 감소율을 보였다. 해당부처 및 세부사업 수에 있어서도 2003년도 9개 부처 29개 사업에서 2006년도 7개부 ․ 청 16개 사업으로 세부사업 수 역시 13개 감소하였다. 특히 2005년도에는 총액이 2004년도에 비해 9,593억원 감소하여 22.6%의 가장 큰 감소율을 보였고, 세부사업도 9개가 감소하였다. 이러한 감소추세의 원인은 총액계상예산사업의 예산 집행의 자율성과 탄력성을 높이는 등의 장점보다는 국회의 예산 심의를 제약하는 등의 예산에 한 통제 약화의 문제점이 더욱 크게 부각되었기 때문이다. 더욱이 감소 추세는 앞으로도 계속되어 총액계상예산사업은 점점 예산 및 세부사업 수가 감소할 것으로 예상된다. 국회의 예산 심의 강화의 필요성에 비추어 판단할 때 총액계상예산사업의 지속적인 감소 추세는 매우 바람직한 현상이며, 총액계상예산사업으로 편성된 사업의 타당성을 검토하여 일반 예산으로 분리 가능한 사업은 지속적으로 총액계상예산사업에서 제외할 필요성이 있다.