첫째 디지털예산회계시스템 은 일반회계 특별회계 기금 뿐만 아니라 중앙재정과 지방교육재정을 통합적으로 운용하는 시스템이다. 그러나 통합시스템에서 제공해야할 가장 기본적인 자료인 국고보조금 사업의 실집행실적은 자료의 정합성이 확보되지 않아 아직 제공되지 못하고 있는 실정이다.
시스템 운영 초기 단계에서 여러 가지 오류와 문제점이 나타날 수 있으나정부는 디지털예산회계시스템 자체의 보완 뿐만 아니라 국가 재정운용에 대 한 정부의 책임성과 이에 대한 국민의 신뢰가 갖는 중요성에 대해서 주의를 환기할 필요가 있다. 2007년부터 본격 가동 중인 디지털예산회계시스템 의 여러 가지 기능은 당초 계획대로 구현되지 못하고 있는 실정이다.첫째 디지털예산회계시스템 은 일반회계 특별회계 기금 뿐만 아니라 중앙재정과 지방교육재정을 통합적으로 운용하는 시스템이다. 그러나 통합시스템에서 제공해야할 가장 기본적인 자료인 국고보조금 사업의 실집행실적은 자료의 정합성이 확보되지 않아 아직 제공되지 못하고 있는 실정이다. 둘째 디지털예산회계시스템 은 당초 복식부기, 발생주의 회계를 기반으로 구축되었다. 그러나 2007년 국가회계법 제정 이후 국가회계기준 회계처리, 지침 등의 후속조치가 아직 완료되지 못한 실정이며 디지털예산회계시스템은 향후 이런 후속조치가 확정됨에 따라 추가적인 시스템 보완이 불가피할 것이며 이에 따른 재정 소요도 발생될 것이 예상된다. 셋째 프로그램 예산제도 하에서 해당 프로그램의 성과를 평가․관리하는데중요한 요소로서 원가 정보가 디지털예산회계시스템 에서 산출될 것으로 기대 하였다. 그러나 현재 각 프로그램 별 직접원가와 간접원가 대상 구분 간접원가인건비 운영비 등의 배분기준 원가계산준칙 등이 수립되어 있지 못하며 이와 같은 기준들이 디지털예산회계시스템 에 반영되어야 원가 정보가 산출될 수 있는 상황이다.