셋째 성과지표가 부적절하게 설정되는 문제가 있는바 먼저 도전적인 지표설정이 이뤄지지 못하고 보수적으로 설정하는 경향이 반복되고 있다. 많은 기관에서 목표치를 정할 때 최근 3년간 평균치를 기준으로 하고 있는데 이 경우 전년도 실적보다도 낮은 목표치가 설정되어 성과달성정도가 과다 측정될 수 있다.
둘째 단계 평가의 장점은 살리지 못하고 업무과중 등의 단점만 부각되고, 2있다 현재와 같은 자체평가 상위평가의 단계 체계는 자체평가를 통해서는 기관운영에 대한 세부사항 및 개선방안을 도출하도록 하고 상위평가를 통해서 자체평가의 적실성 및 제도운영 전반의 사항을 평가토록 하는 취지를 가진다. 그러나 살펴본 바와 같이 자체평가는 극단적인 관대화 경향을 보이고 있어서 이를 통해 세밀한 문제점 파악 및 개선방안 도출이 사실상 어렵다 이러한 현실로 인해 책임운영기관 운영 및 평가지침 에서도 명시적으로 운영위원회‘ 의 평가결과를 우선하여 반영하여야 한다라고 규정하고 있다. 그러나 객관적인 자체평가를 바탕으로 한 기관의 자율적인 개선 도모가 가장 바람직한 방향이라고 본다면 향후 자체평가의 획기적인 개선 및 활용을 지향해야 할 것이다. 이처럼 단계 체계의 장점은 퇴색되는 반면 업무과중 등의 단점은 부각되2 ,고 있다 각 기관은 매년 초 자체평가를 실시한 후 바로 상위평가를 위한 자료 제출 등의 업무를 수행해야 하므로 평가의 실효성이 확보되지 않는 한 업무과중이라는 비판은 불가피한 면이 있다. 또한 단계 평가는 각 단계 평가결과2의 함의가 상이할 경우 신뢰성 문제를 야기할 수도 있다. 셋째 성과지표가 부적절하게 설정되는 문제가 있는바 먼저 도전적인 지표설정이 이뤄지지 못하고 보수적으로 설정하는 경향이 반복되고 있다. 많은 기관에서 목표치를 정할 때 최근 3년간 평균치를 기준으로 하고 있는데 이 경우 전년도 실적보다도 낮은 목표치가 설정되어 성과달성정도가 과다 측정될 수 있다.