고변으로부터 보름이 지난 10월 17일 정여립이 진안의 죽도에 숨어 있다가 관군에게 발각돼 포위되자 스스로 칼자루를 땅에 꽂고 엎어져 자기 목을 찔러 죽었다는 보고가 올라왔다. 그 자리에 함께 있던 아들 정옥남은 한양으로 압송되었다.
 이렇게 해서 장장 1년 가까이 끌게 되는 기축옥사의 서막이 열렸다. 그런데 납득이 가지 않는 일이 한두 가지가 아니다. 10월 2일에 고변이 이뤄졌고 당일에 모두 잡아들이라는 선조의 엄명이 있었다.
 5일 후인 10월 7일에 정여립이 도망쳤다는 의금부 도사 유담의 보고가 올라왔다. 그리고 10월 11일 4년째 낙향해 있다가 맏아들의 장례를 치르기 위해 경기도 고양에 와 있던 돈녕부 판사 정철이 나름의 정보망을 동원해 조사한 내용을 바탕으로 선조에게 밀계를 올렸다. 실록에는 그 내용에 대해 “역적을 체포하고 한양과 지방의 경계를 더욱 철저히 해야 한다”는 것이었다고 기록하고 있다. 그러나 이 시기에 정철의 등장 또한 준비된 것으로 보인다. 서인의 《선조수정실록》은 정철의 등장에 대해서는 아무런 언급도 없다.
 먼저 황해도 쪽에서 관련 혐의자들이 속속 잡혀 들어왔다. 이들의 입에서는 정여립과의 공모 ‘사실’이 하나둘 드러났다. 물론 자백하지 않는 자들도 있었다.
 고변으로부터 보름이 지난 10월 17일 정여립이 진안의 죽도에 숨어 있다가 관군에게 발각돼 포위되자 스스로 칼자루를 땅에 꽂고 엎어져 자기 목을 찔러 죽었다는 보고가 올라왔다. 그 자리에 함께 있던 아들 정옥남은 한양으로 압송되었다. 이틀 후 선조는 창경궁 선정전에서 정옥남을 친국(親鞫)했다. 그리고 10월 27일 백관들이 차례로 서서 보는 가운데 역모 관련자들은 능치처참을 당해 저잣거리에 머리가 내걸렸다. 정여립의 시신도 한양으로 가져와 저잣거리에 내걸었다. 그러나 피바람은 아직 시작도 되지 않았다.
