한국정부와 KEDO 간의 차관공여협정이 분할 상환 방삭으로 환수되는 등의 내용을 담아 체결되면서부터 한국의 재원분담이 본격화되었다.
KEDO을 통한 한국수출입은행의 대출금 형식으로 지출하였다.
경수로 사업 종료로 우리 정부에게 남겨진 문제는 경수로 사업 및 계정을 청산하는 것인데 첫째, 경수로 공사계약 불이행 및 파기가 초래하는 KEDO클레임 비용처리와 둘째 우리 정부의 KEDO에 대한 채권, 채무 청산 그리고 남북협력기금 경수로계정 청산으로 집약된다.
본 분석은 우리 정부의 경수로 사업청산과 경수로계정에 관련된 주요 현안들을 중심으로 2006년도 경수로계정 결산에 관한 분석 의견을 제시하고자 한다.
한국의 재원분담이 본격화된 것은 1999년 7월 2일 한국 정부와 KEDO 간에 차관공여협정이 체결되면서부터이다. 
한국이 KEDO에 제공하는 원리금은 경수로 완공 후 3년 거치 17년 분할 상환 방식으로 환수되며 차관 상환의 경우 한국 정부가 현물 상환에 동의하지 않는 한 현금으로 돌려받기로 차관공여협정에 명시하였다.
정부는 재원조달방안이 확정되기 전까지는 경수로사업 자금을 국채관리기금에서 차입하여 조달하기로 1999년 5월 고위당정협의를 통해 합의하고 1999년 12월 남북협력기금의 남북협력계정과 구분하여 별도의 경수로계정 계리로 북한 신포 경수로 건설사업이 사실상 완전 종료되었고 KEDO는 2006년 6월 1일 대북 경수로 지원사업 중단을 공식 선언했음.