예비타당성조사는 대형 국가 R&D 사업의 타당성을 확보하기 위해 필요한 제도이며 R&D의 특성을 고려하지 않을 경우 국가 R&D 투자 방향을 왜곡시킬 우려가 있다.
 이 보고서 이후에도 국회예산정책처는 매년 정부가 국회에 제출하는 성과계획서와 성과보고서를 평가하였다. 평가한 결과를 토대로 현행 정부업무 성과관리제도의 문제점을 추출하여 개선방안을 모색하였고, 그 결과 정부의 성과보고서는 성과지표의 사업성과와 연계성이 높아지고 성과목표치 설정 등에 반영되고 있다. 성과보고서에 대한 평가는 전년도 사업에 대한 평가로 결산심 사를 지원하며 성과계획서 평가는 차년도 예산안심사를 지원하고 있다.  R&D 사업 예비타당성조사에 대한 메타평가정부는 국가재정법 에 근거하여 총사업비 500억원 이상인 신규 R&D 사업에 대해 R&D 사업 예비타당성조사를 시행하고 있다. R&D 사업 예비타당성조사는 대규모 재정이 요구되는 신규 R&D 사업에 대한 투자를 투명하고 합리적으로 결정하여 R&D 관련 재정 운용의 효율성을 높이는 것에 목적이 있다.R&D 사업은 미래를 위한 투자이기 때문에 다른 사업에 비해 많은 불확실성을 가지고 있다. 사업의 효과나 사업의 수행에 따른 비용과 편익을 구체적으로 예측하기도 어렵다. 예비타당성조사는 대형 국가 R&D 사업 추진의 타당성을 확보하기 위해 필요한 제도이지만 R&D의 특성을 고려하지 않고 운용될 경우 오히려 국가 R&D 투자 방향을 왜곡시킬 수 있다는 우려도 제기되고 있다. 따라서 국가 R&D 사업 예비타당성조사가 R&D의 특성을 반영하여 합리적인 방식으로 운용되고 있는지, R&D 사업 예산의 편성과 심의에 필요한 정보를 적절히 제공하고 있는지 점검하는 것이 필요하다.