기획예산처는 기금운용계획 수립 당시에는 예측할 수 없었으나 시급하게 추진할 필요가 있는 사업에 대해 기금운용계획을 변경해서 추진할 수 있도록 해야 한다.
이처럼 자체 기금운용계획 변경범위를 축소한 것은 기금변경에 대한 국회의 심의대상을 확대하여 기금에 대한 재정통제가 커져 바람직하다고 하겠으나 기금에 대한 실질적인 통제를 강화하기 위해서는 지출항목비율보다 항목금액으로 국회심의 대상으로 하거나 항간의 통합 또는 분할을 통해 금액편차를 축소하는 방안을 강구해야 할 것이다.한편 자체 기금운용계획 변경을 통하여 신규사업을 추진함으로써 국회의 심의권을 침해하는 사례가 있는데 감사원 감사결과에 따르면 기획예산처는 2003년부터 2005년까지 문화관광부가 관광진흥개발기금의 계획변경을 통하여 31개의 신규사업 사업비 계 295억 4,000만원을 추진할 수 있도록 협의해 준 것으로 나타났다.
이처럼 자체 기금운용계획 변경을 통하여 신규사업을 추진하는 것은 국회의 기금에 대한 통제를 사실상 유명무실하게 하는 것이므로 기획예산처는 이에 대한 관리를 강화해야 할 것이다. 
즉 기금운용계획 변경을 통한 신규사업의 추진은 기금운용계획 수립 당시에는 예측할 수 없었으나 시급하게 추진할 필요가 있는 사업에 한하여 극히 제한적으로 추진할 수 있도록 해야 할 것이다.
2004년도 예비비결산 심의 시 지적된 사항은 일반예비비의 선집행 및 신대통령의 승인을 얻은 후 국회에 제출하여야 한다. 
다만 주요항목지출금액이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기금운용계획변경안을 국회에 제출하지 아니하고 대통령령이 정하는 바에 따라 변경할 수 있다.