국민체육진흥공단연구사업의 일부 공모사업을 제외하고 국민체육진흥기금의 거의 모든 지원 사업은 그 지원 대상이 사전에 정해지는 방식으로 사업이 수행된다. 따라서 지원의 수혜자는 일정한 자격을 갖추고 신청에 따라 지원을 받게 되며 사업의 성격이 시혜적이며 복지적 차원의 지원으로 인식될 수 있으며, 체육 관련 단체에게 관례적으로 지원되는 경향이 있다.
국민체육진흥공단연구사업의 일부 공모사업을 제외하고 국민체육진흥기금의 거의 모든 지원 사업은 그 지원 대상이 사전에 정해지는 방식으로 사업이 수행된다. 
따라서 지원의 수혜자는 일정한 자격을 갖추고 신청에 따라 지원을 받게 되며 사업의 성격이 시혜적이며 복지적 차원의 지원으로 인식될 수 있으며, 체육 관련 단체에게 관례적으로 지원되는 경향이 있다. 
체육 관련 단체에 대한 지원 그 자체가 기금의 목적 사업 중의 하나인 것.
부문별 분석은 법적 근거를 가지고 있으나 기금을 통한 체육발전과 국민건강 증진의 목표를 달성하기위해서는 단체에 대한 관례적인 지원은 지양해야 할 것이다. 
기금의 목적사업을 수행함에 있어서 단체를 통해 사업을 추진하는 것은 공단이 소규모의 개별 사업을 직접 관리하는데 한계가 있기 때문에 각 지역이나 학교, 소규모 전문체육단체 등에 대한 지원을 관리할 수 있는 자치단체, 교육청, 주관단체 등을 활용한다는 차원에서 장점을 가지고 있다. 
그러나 지원의 효과성을 확보하기 위해서는 지원 대상 선정에 있어서 공모를 통한 경쟁체제를 도입하는 것을 적극적으로 검토할 필요가 있다. 체육 단체를 중심으로 사업이 이루어지더라도 관례적인 운영지원이 아닌 개별 사업에 기초하여 지원이 이루어지고 사업계획과 지원효과에 대한 철저한 평가를 통해 지원대상 사업을 선정해야 할 것이다.