일본 에니메이션 사업도 인력난을 겪고 있다. 하지만 한국에 비하여 현실적인 대안이 구축되어 있어 인력난을 해소하고 고급입력을 배출하고 있다. 한국의 실제 업계 현황은 좋은 환경과 인력 양성에 힘쓰고 있지만, 제작현장에 들어온 인재들은 부적응을 겪어 힘들어하는 경우가 심심치 않게 발생하고 있다. 이러한 부분에서 제작현장과 비슷한 구조로 교육을 실시하는 일본과 우리나라는 교육시스템의 차이를 나타낸다.
일본 애니메이션 업계도 인력부족 현상에 시달리고 있다. 동화인력의 부족이 애니메이터 양성 대상인력의 부족으로 전이되고 있다. 도쿄 TV의 이와다PD의 말에 의하면 실력이 검증되지 않은 애니메이터라도 2～3편, 실력이 검증된 애니메이터의 경우 한 사람 당 5～-6편의 작품에 관여하는 상황에 이르렀다고 한다.  일본 애니메이션 업계는 인력부족 현상을 겪고 있지만, 한국보다 현실적인 인력개발 시스템이 구축되어 있어 지속적으로 애니메이션 제작과 관련된 고급인력을 배출하고 있다. 한국의 애니메이터 양성 교육기관들 중 일부는 실제 업계의 현황보다 더 좋은 설비와 환경을 바탕으로 인력을 양성하고 있어, 실제 이들이 졸업하여 제작현장에 들어오게 되면 적응하지 못 하거나, 지나친 기대로 실제 애니메이션 제작현장에 들어오는 것을 회피하는 경우가 많다. 일본은 요요기 학원이나 가타야나기 학원 같은 전문학원이나 전문학교, 도에이 애니메이션 연구소나 피에로 애니메이션 스쿨 같은 제작회사 자체 인력양성기관 등에서 인력을 양성한다. 4년제 대학과 특수목적고, 전문대학 등 제작현장과는 일정하게 괴리된 환경에서 애니메이션 교육이 주로 이루어지는 우리나라와 제작현장과 유사한 시설과 작업환경을 제공하는 일본의 교육시스템 사이에는 많은 차이가 있다.  일본의 애니메이션 제작과 관련된 실용적인 기능을 습득하는 것은 요요기 학원에서 이루어지는 반면에, 실제 인력의 양성은 대부분 도에이 애니메이션이나 피에로 애니메이션 스쿨과 같은 제작회사 내에 있는 인력양성기관에서 이루어진다.