동남리 사지는 충남대박물관에 의해 재발굴되었는데, 금당지에서 건물지가 확인되었지만 목탑, 중문, 남문, 화랑의 흔적은 찾을 수 었었다. 이 유적지에 대해 불탑의 우무 등이 논란이 있어왔다.
동남리 사지는 1938년 이시다 모사쿠·사이토 다다시에 의해 조사됐지만, 1993·94년 충남대박물관에 의해 재발굴되었다. 충남대박물관의 재발굴에서는 금당지에서 방형적심토(한 변 160~180cm)를 초석으로 한 동서 5칸, 남북 3칸 크기의 건물지를 확인했지만 목탑이나 중문, 남문, 회랑의 흔적은 찾을 수 없었다(도6-3·4). 이 유적에 대해서는 불탑이 없는 가람인지, 그렇지 않으면 금당의 남쪽 좌우에 쌍탑이 있었는지에 대해 논란이 있었다. 최근의 재조사 결과, 금당지와 중문지 사이의 공간에서는 어떠한 건물지의 흔적도 찾을 수 없었다. 금당지의 적심토를 기단의 초석으로 사용한 사례는 부여 관북리 유적과 익산 왕궁리 유적의 소위 대형전각건물지에서 유사한 흔적이 확인되어 주목을 끌었다.