팡테옹은 생제네비에브 성당으로 명명되어 종교적 의식 장소로 사용됐으나 나폴레옹에 의해 카톨릭 종교 예배당이 되었다. 이후 3공화국 때 종교 의식이 폐지되고 다시 지위를 되찾아 묘지의 역할을 수행중이다.
프랑스 제 1공화국 시기, 팡테옹은 1806년 2월 20일 칙령에 따라 ‘생제네비에브 성당’으로 명명되고 위인의 매장이 이루어지는 동시에 예배와 같은 종교적 의식을 하는 장소로 사용되게 되었다. 그러나 1851년 12월 6일 나폴레옹 보나파르트의 칙령에 따라 팡테옹은 카톨릭 종교 예배당이 되었고 돔 위에 십자가를 다시 설치하게 되었다. 그러다 제 3공화국 시기가 되어 생 제네비에브 성당의 종교 의식 기능을 규정했던 여러 조항을 폐지하고 1881년 7월 9일 법령의 영향으로 생 제네비에브 성당은 “팡테옹”으로서의 지위를 되찾게 되었다. 이후 1885년 빅토르 위고의 죽음과 팡테옹에서의 장례를 계기로 팡테옹은 종교에서 완전히 분리되었고 그 이후 세속기관으로서 영예로운 묘지의 역할을 수행하고 있으며, 현재까지 위인들의 새로운 안치 및 이장 하나하나에 관련된 법령과 세레모니 시행에 대한 법령이 발표되고 있다.