NEA 재정 위기는 클린턴 1기 행정부 선거 이후 찾아왔다. 공화당이 다수당이 되었고, NEA 폐지를 선거정책으로 했다. 이후, NEA는 폐지 대신 예산을 삭감하는 쪽으로 결정되었다. 
NEA의 재정 위기는 1994년 클린턴 1기 행정부의 중간선거 이후 찾아왔다. 40년만에 공화당이 상하원 모두 다수당이 되었고, 그들의 선거정책집에는 NEA 폐지가 포함되어 있었다. 1995년 공화당 의원들은 폐지 대신 전폭적인 NEA 예산 삭감을 결의했고, 1996년 예산은 전년 대비 40% 감소되어 1억불에 못 미쳤다. NEA는 직원의 47%을 줄여야 했고, 특히 개인 작가들에 대한 창작 지원 예산은 거의 백지화되었다. 이후 NEA 예산안이 전폭 삭감 직전인 1995년 예산인 1억6천2백만 달러 규모를 넘은 적은 현재까지 2010년 (1억6천7백만 달러)이 유일하다. 현재 미 연방행정부 총 예산에 대비하면 NEA 예산은 0.004%를 차지한다.