매트릭스 조직은 기능별 직능 조직과 프로젝트 조직을 결합한 형태로, 관련된 편집부서와 경리부문 등이 프로젝트 조직에 참가하는 것이다. 매트릭스 조직의 장점은 최종결과에 집중할 수 있으며, 기획이나 제작과 이익책임을 결합할 수 있다는 점이다. 반면에 단점은 조직권한간의 갈등이 유발될 수 있고, 명령의 일원화가 지켜지지 않을 가능성이 있다.
매트릭스 조직은 기능별 직능 조직과 프로젝트 조직을 결합한 형태로 애니메이션 작품의 완성이나 캐릭터 상품화 사업의 기획 프로젝트의 성공적인 수행이 기업의 수익 증가에 많은 영향을 미치게 됨에 따라서 각각의 관련된 편집부서와 경리부문 등이 프로젝트 조직에 참가하는 것이다. 프로젝트 조직과 달리 평상시에는 기존 부서의 소속 인력으로 존재하고, 프로젝트를 진행하면서도 기존 부서와의 업무 협조를 위해 계속 그 프로젝트를 사후적으로 관리하는 부서(애니메이션 기획실이나 캐릭터 기획실)와의 관계를 유지한다. 그래서 매트조직 형태에 소속되어 업무를 보는 구성원은 기존 부서의 책임자와 프로젝트 책임자 두 명의 지시를 받는다.  매트릭스 조직의 장점은 최종결과(프로젝트별 수익)에 관심을 집중할 수 있으며, 전문분야별 동일성을 유지할 수 있고, 기획이나 제작과 이익책임을 결합할 수 있다는 점이다. 반면에 단점은 조직권한간의 갈등(편집부 책임자와 프로젝트 관리담당 부서인 캐릭터 기획실이나 애니메이션 기획실의 책임자 두 명이 프로젝트에 참여하는 해당 직원의 인사권을 갖고 있기 때문에 서로 그 직원에 대한 인사권이나 업무감독권을 주장할 경우 발생하는 갈등)이 유발될 수 있고, 명령의 일원화가 지켜지지 않을 가능성이 있다. 이러한 문제점을 축소하기 위해서는 인간관계에서 각 부서의 관리자의 효과적인 대처 및 이해가 필요하다.