분황사는 창건 이후 국왕의 지원을 받으며 최소한 고려중기까지 그 법등이 지속되었으나 조선시대에  숭유억불책으로 석탑이 훼손되고 경내에 민가가 들어차는 등 그 명맥만 겨우 유지하고 있었으며, 이러한 와중에 왜란이 발발하여 가람이 전소되었다.
분황사는 창건 이후 지금까지 정치·사회적 변화 등 제반 상황에 따라 많은 우여곡절을 겪었음을 알 수 있다. 창건 초기에는 자장, 원효 등 고승들을 연이어 주석토록 하는 등 국왕의 전폭적인 지원을 받으면서 호국사찰 또는 왕실원찰의 역할을 수행하였으며, 경덕왕(景德王) 14년(755)에는 대형 약사동상(藥師銅像)을 주성(鑄成)하는 등 신라 중대에 이르러서는 그 전성기를 구가하였다. 또한, 고려 명종대(1170～1197)에는 원효를 기리는 화쟁국사비(和諍國師碑)를 건립하는 등 전 왕조의 고승에 대한 예우를 갖춘 것으로 보아 최소한 고려 중기까지는 그 법등(法燈)이 지속되었음을 짐작할 수 있다. 숭유억불책(崇儒抑佛策)이 시행된 조선시대에는 어세겸(魚世謙, 1430～1500) 등의 시구에서 드러나듯이 석탑이 훼손되고 경내에 민가가 들어차는 등 그 명맥만 겨우 유지하고 있었으며, 이러한 와중에 왜란(倭亂, 1592～1597)이 발발하여 가람이 전소되는 지경에 이르기도 하였다.