깊은샘은 소설가 박태원의 친족과 저작물 출판권 계약을 맺었으나 갑오농민전쟁 제1부가 공동체에서 발간되어 저작권자가 출판･판매중지를 요청하였다. 협의 시도와 재차 요청 후에도 공동체는 후속편을 계속 제작하였고 이에 저작권자 박현숙은 저작권 무단출판․판매행위에 대해 형사 고소하였다.
깊은샘은 1988년 8월 소설가 박태원의 차남 박재영과 박태원 저작물 일체에 대한 출판권 계약을 맺었다. ‘박태원전집’의 일환으로 깊은샘에서 준비 중에 있던 갑오농민전쟁 제1부가 1988년 12월 25일 공동체(대표 김도연)에서 발간되어 저작권자인 박재영과 발행인 박현숙이 공동체측에 출판･판매중지를 요청하였다. 법적인 조치보다는 대화로 문제를 해결하기 위해 박재영과 박현숙은 몇 번의 시도 끝에 1989년 2월 16일 깊은샘 사무실에서 공동체 측과 접촉, 갑오농민전쟁 제1부의 판매 제작 행위의 중지를 재차 요청하였다. 그러나 공동체는 차일피일 합의기한을 늦추며 갑오농민전쟁의 후속편을 계속 제작하였다. 이에 박현숙은 “남한에 있는 작가 박태원의 유일한 혈육인 박재영과 저작물 일체에 대한 출판권 계약을 체결하여 이미 전집의 일부가 출판되는 등 계약이 이행 중에 있는터에 도서출판 공동체가 무단으로 출판하는 바람에 큰 손해를 입었다”는 생각에 박재영과 함께 1989년 2월 23일 서울지방법원에 저작권 무단출판․판매행위에 대해 형사 고소하였다.