거점형 문학관의 개체 수는 공모사업 진행 전에 각급 지자체와 관내 문학관이 논의하여 설정 및 확정하는 것이 바람직하지만 운영 예산 확보의 문제가 있어 현실적으로는 중앙정부가 개체 수를 결정하게 된다.
문제는 거점형 문학관의 총수를 획정하는 일이다. 이상적으로는 중앙 정부에서 정하기보다 이해 관계자인 각급 지자체와 관내 문학관이 협의하여 설정하는 게 바람직하다. 하지만 현실적으로는 공모사업을 진행하기에 앞서 중앙정부에서 개체 수를 획정해야 한다. 공모사업 이후 실제 운영을 위해서는 예산이 수반되는데 지자체 간 협의가 쉽지 않기 때문이다. 이처럼 개체 수가 획정되지 않으면 공모사업 진행이 불가하기에, 개체 수는 공모사업 진행에 앞서 중앙정부에서 설정해야 한다. 현실적인 방안은 서울권, 인천·경기권, 중부권(대전·충남·충북), 호남권(광주·전남·전북), 대구·경북권, 부산울산경남권 등 6개로 나누는 것이다. 여기에 빠진 강원과 제주는 당분간은 불가피하게 인천·경기권, 호남권에 포함된다. 6개 (거대)권역별로 1개의 거점문학관을 지정한다면 공모사업 참여 주체는 현재 공립 문학관이 위치한 기초지자체와 사립 문학관이다.