관음보살로 조성된 상주 남장사 관음선원 목조관음보살좌상은 조선 초기 제작된 불상으로 추정되는데, 조선 초기의 유존 불상이 거의 없어 불교조각사 연구에 중요한 자료이다. 
상주 남장사 관음선원 목조관음보살좌상은 초창기록은 아니지만 중수기록을 통해 관음보살로 조성되어 신앙되어 왔음을 파악할 수 있고, 또렷한 이목구비의 표현, 둥글게 뒤로 말린 보계, 왼쪽 팔꿈치에 표현된 약화된 Ω형 주름과 내의의 띠 매듭, 세 가닥으로 늘어진 목걸이와 불신에 표현된 영락 장식, 구멍을 크게 뚫은 귓불 등을 통해 고려 후기 불상양식을 계승하여 조선 초기(15세기)에 제작된 불상으로 생각된다. 현재까지 조선 초기에 제작된 불상의 유존 사례가 극히 드물기 때문에, 남장사 관음선원 관음보살상은 조전 초기 불교조각사 연구에 있어서 소중한 자료로 삼을 수 있을 것이다.