미디어센터와 예술영화 전용관이 불완전하게 운영되고 있다. 기존의 시설들을 적극적으로 활용할 필요가 있다. 제대로 활용하지 못했던 시설들을 어떻게 살려낼지에 대한 고민없이 신규 시설에 대한 논의만 진행하는 것은 생산적이지 못한 방식이다. 기존 시설들의 활용방안을 고려하면서 애니메이션 전용관의 운영 계획을 수립해야 한다.
물론 이 역시 간단하지는 않다. 독립영화인들과 일반시민들이 자유롭게 활용할 수 있는 영상센터가 될 것으로 기대했던 미디어센터조차 독립영화 전용관과 아카이브를 갖추지 못한 채 반 쪽 짜리 개관을 한 상태이고, 예술영화 전용관 건립도 까다로운 조건 때문에 우여곡절을 겪다가 2003년 들어서 겨우 애초 계획보다 축소된 형태로 운영을 시작할 전망이다. 예술영화 전용관에 애니메이션 상영 쿼터제가 실행되는 것도 아니기 때문에 여기서 애니메이션을 상영한다 해도 극장용 애니메이션 몇 편 정도로 지극히 제한적일 것이라 생각된다. 따라서 미디어센터와 예술영화 전용관과 함께 기존의 애니메이션 관련 기관들의 시설을 적극적으로 활용할 수 있는 방법을 다각적으로 검토할 필요가 있다. 특히 서울 애니메이션 센터의 경우 이미 상영관과 아카이브를 갖추고 있는 상태이기 때문에 이 시설들을 적극적으로 활용할 방법을 모색할 필요가 있다. 서울 애니메이션 센터 건은 애초에 애니메이션 전용관 및 미디어센터, 예술영화 전용관과의 연계방안에 대한 논의가 시작될 때부터 논란이 된 문제이다. 즉, 제대로 활용도 못하는 애니메이션 관련 시설들을 활용할 고민은 생략한 채 전혀 별도의 상영관에 관한 논의들만 진행하는 것이 생산적인가라는 문제가 제기되었기 때문이다. 기존 시설들의 활용방안을 함께 고려하면서 애니메이션 전용관의 장기 계획을 다음과 같이 나누어 볼 수 있다.