어라연의 생태계는 매우 다양하다. 천연기념물뿐만 아니라 깨끗한 환경에서만 살아가는 야생동물도 서식하고 있다.
어라연은 태고의 신비로움을 갖춘 만큼 동식물의 생태계도 매우 다양하다. 정상에서부터 어라연의 삼선암까지 끊임없이 이어진 소나무는 사시사철 어라연과 함께하는 벗이다. 그 외에도 갯버들, 왕버들, 키버들, 회양목 등의 나무들이 군락을 이루고, 날이 따뜻해지면 엉겅퀴와 패랭이, 쇠별꽃, 홑왕원추리, 덩굴딸기 등이 소담스럽고 싱그러운 빛깔을 낸다. 강바닥에서는 달뿌리풀이 자란다. 냇가에서 흔히 볼 수 있는 달뿌리풀은 위쪽이 자주색을 띠며, 8~9월 꽃을 피운다. 그뿐만 아니라 천연기념물 제259호로 지정된 어름치는 물론, 깨끗한 환경에서만 생존할 수 있는 수달, 황조롱이, 원앙 등의 야생동물도 서식하고 있다.