칠보사 목조석가여래좌상은 당시 불교의 위상을 높이기 위해 자수사와 인수사에 봉안될 목적으로 조성되었으며 당시 왕실과 불교의 동향을 파악할 수 있다는 점에서 역사적 가치가 크다고 볼 수 있다. 
이 칠보사 목조석가여래좌상은 장열왕비가 왕실의 내원당인 자수사와 인수사에 봉안할 목적으로 조성 발원된 불상 중 한 구로, 당시 불교계가 총력을 다 해 제작한 불상임이 틀림없다. 제작에는 광해군과 인연이 깊었던 벽암각성이 선두에서 불사를 이끌었고, 현진, 수연, 응원, 인균, 청허, 법령 등 각 유파의 대표하는 조각승들이 대거 참여하였을 만큼 심혈을 기우렸던 불사였다. 왕실은 이 불사를 통해 불교계의 민심을 공고히 할 수 있었고, 불교계는 위축되었던 불교의 위상과 존재감을 한층 더 높일 수 있는 기회였을 것이다. 따라서 이 불상을 통해 당시 왕실과 불교계의 동향을 엿볼 수 있다는 점에서 역사적 의미가 크다고 하겠다. 또한 칠보사 목조석가여래좌상과 동대문 지장암 비로자나불좌상은 당당한 품격과 기백 넘치는 조형미를 충만하였는데, 이는 왕실이 추구한 미의식과 불교계의 위상을 공히 담아내었다고 볼 수 있다.