칠보사 목조석가불좌상은 원래 경기도 광주의 법륜사 비로자나불 삼존상 중 한 구로 봉안되어 있었으나 절이 폐사되며 칠보사로 이안되었는데, 이운 시점에 대해서는 구체적인 전승관계 확인이 어렵다. 
칠보사연혁(七寶寺沿革)에 의하면 서울 칠보사 목조석가불좌상은 경기도 광주에 있던 봉은사 말사인 법륜사에 비로자나불 삼존상 중의 한 구로서 봉안되어 있었으나 절이 폐사되면서 비로자나불좌상은 서울 지장암, 석가불좌상은 칠보사로 각각 이안되었다고 한다. 그 이운 시점은 1900년대 전반인데, 지장암의 경우는 1924년으로 되어 있으며, 칠보사는 사적에 지장암과 함께 기록되어있는 것으로 보아 이 시기 즈음으로 생각되지만, 칠보사 창건이 1930년대로 되어 있어서 선후관계가 맞지 않기 때문에 그 전승관계를 구체적으로 확인하기는 어렵다. 어쩌면 다른 불상은 기록이 없고 오로지 지장암과의 관련성만 기록되어 있는 것으로 보아 일단 1924년에 지장암으로 이운되었다가 1930년대 칠보사가 창건되면서 석가불상만 재차 이운된 것일 가능성도 있을 것 같다.