블랙리스트 법률대응모임은 헌법소원을 제기하고자 했으나 그 시기에 관해 이견이 제기되었다. 결과적으로 대통령 탄핵소추안에 블랙리스트 관련 내용이 포함되어 있지 않았기에, 담당 변호사들의 의견에 따라 충분한 검토와 증거 확보 후에 헌법소원을 진행하기로 했다.
블랙리스트 법률대응모임의 활동 중 가장 오랜 법리검토 기간을 거쳐 실행한 것이 헌법소원이었다. 블랙리스트가 문화예술인들의 기본권을 침해하는 위헌적인 것임을 헌법 재판소가 선언할 수 있도록 별도의 헌법소원을 제기할 필요가 있다는 데에는 문화예술인과 법률전문가들이 모두 공감했다. 하지만 헌법소원의 시기에 대해서는 이견이 있었는 데, 담당 변호사들은 헌법소원은 사법적 판단을 받는 의미가 있으므로 형사와 민사를 먼저 제기하고 이 과정에서 밝혀지는 증거들을 기반으로 공권력 행사를 특정할 수 있을 만큼 논리를 쌓아 승산 있는 싸움을 해야 한다는 입장이었지만, 일각에서는 문화예술인들은 대통령 탄핵소추안에 블랙리스트 사태가 들어가기 위해서는 2016년 12월 안에 헌법소원을 추진해야한다고 주장도 있었다. 하지만 헌법소원 제기여부와 무관하게 대통령 탄핵소추안에 블랙리스트 관련 사항이 들어가 있지 않아 탄핵결정문에서 블랙리스트의 위헌 여부가 다뤄질 수는 없는 상황이었다. 늘품체조나 동계영재스포츠센터 등에 예산을 지원한 것 등 최순실 관련사업에 이권이나 특혜를 줘서 평등원칙을 침해했다는 정도는 탄핵사유에 들어가 있긴 했지만, 문화예술계 블랙리스트와는 큰 연관이 없었다. 결국 담당 변호사들의 의견에 따라 헌법소원 시기를 형사와 민사 다음으로 미뤄 충분한 법리검토와 증거확보를 한 후에 진행하는 것으로 결정했다.