공동제작 영화의 관세는 외국영화 수입보다는 싸지만, 국산 영화의 해외 로케이션 필름 반입보다는 비싸기에 합작 영화도 자국영화인 것에 비하면 비싼 관세가 부당하다고 볼 수 있으며 이러한 조항에 대한 세관이나 영화인의 인지가 부족하여 한일공동제작 영화 <미션 바라바>는 완성한 프린트를 한국에 들여오는 과정에서 관세와 세금에 대한 혼선으로 세관에 묶여버리기까지 하였다. 공동제작에 관련된 각종 문제들에 대해 조언과 도움을 주는 기구나 서비스가 제공되어야 할 것이다.
공동제작 영화에 부과되는 관세를 살펴보면 아래와 같다. 아래의 표는 영화를 수입할 때 부과되는 관세에 대한 규정이다. 이 규정을 보면, 외국 영화 수입(마항. 3706.10-50)보다는 공동제작 영화 또는 합작영화(다. 3706.10-30)가 싸고 국산 영화의 해외 로케이션 필름 반입(라항. 3706.10-40)보다는 관세가 비싸다는 것을 알 수 있다. 그러나 논리적으로 공동제작 영화(합작영화)도 자국영화라고 할 수 있다면 자국영화에 비해 비싼 관세를 부과하는 것은 부당하다고 할 수 있다. 게다가 이런 관세 조항이 있다는 사실에 대한 정보를 세관이나 영화인 모두가 다 부족하게 접하고 있다. 일본이 주도하는 한일공동제작 영화인 <미션 바라바>의 경우, 일본에서 촬영해서 완성한 프린트를 한국에 들여오는 과정에서 세관과 제작사 모두가 관세와 기타 세금에 대한 혼선을 겪은 것이 한 예이다. 세관에서는 합작영화라면 한국의 자본을 일본에 투자했으니까 그 투자한 액수에 대한 부과세를 납부하라고 요구하고 있고, 한국의 제작사는 투자한 액수가 모두 한국에서 지출되었음을 이유로 (한국 배우 개런티, 한국 장면 촬영등에 소요되었고, 이때 배우 개런티와 기타 소비에는 원천징수가 이루어졌다) 이중 과세를 할 수 없다고 주장해서 결국 세관에 프린트가 묶여 있는 상태로 대립하는 촌극까지 빚어졌었다.  공동제작을 위해서는 상대국의 세금문제 등을 정확히 조사하여야 하며, 특히 한국의 경우 이러한 행정절차의 복잡성 때문에 해외투자 및 국내에 해외법인 설립 등이 매우 어려운 실정이다. 때문에 실제로 확실한 전문가와 국가간 조약이 있지 않고는 이런 복잡함을 감수하면서 공동제작을 시행하는 것이 쉽지 않다. 따라서 이러한 공동제작에 관련된 각종 문제들에 대해서 조언해주고 도움을 주는 기구나 서비스가 공동제작을 원하는 영화인들에게 제공되어야 할 것이다.