LCC 항공사는 저렴한 요금이라는 측면에서는 분명 강점을 가지고 있지만, FSC에 비해 서비스의 질이 다소 떨어지고 보유항공기 대수가 적어 기상악화 상황에서 발이 묶이는 단점이 있다.
전 세계 LCC들이 수익 창출 및 영업이익 증대를 위해 더 많은 부문의 서비스를 유료화 하고 제한된 항공기내에 더 많은 승객들을 탑승시키기 위해 입석좌석 도입을 추진하는 등 노력하고 있기 때문에 LCC 항공여행이 불편해질 가능성이 크다. 그래도 저렴한 항공요금을 위해 단시간 불편한 쯤은 감수할 수 있다고 생각하는 여행객들에게 LCC는 분명 매력적인 항공사일 것이다. 제대로 된 서비스를 받아야겠다고 생각하는 여행객들은 그만큼 더 높은 비용을 지불하고 FSC 항공사를 이용하면 될 일이다. 그리고 폭설이나 위드시어 및 마이크로 버스트 등 기상악화로 인해 항공기가 결항되었을 때에도 탑승하고자 했던 항공사 LCC였다면 기상 조건 개선 후 다시 탑승을 하는데 어려움이 있을 수 있다. 대부분의 LCC들은 보유항공기 대수가 많지 않으므로 다른 정기 노선을 운행해야하기 때문이다. 이 때에도 FSC항공사들은 여분의 항공기를 투입하여 공항에 발이 묶여 있는 여객들은 신속하게 수송할 수 있는 강점이 있다.