베를린 필하모니는 베를린 주정부, 복권기금, 독일은행의 지원을 통해 재단법인으로 전환하였다. 재단법인 이사회의 4명의 이사진으로 구성되어 있으며, 이들이 오케스트라 사업을 운영하고 있다.
베를린 필하모니의 재단법인화는 더 이상 베를린 주 정부의 산하기관이 아닌 만큼 보호와 지원을 받지 못하게 되는 우려가 있었다. 그러나 기본조성금의 일정액을 베를린 주정부에서 충당하고 복권기금의 보조와 독일은행의 장기적인 후원이 확보되면서 재단법인으로 전환이 가능해진다. 재단법인 이사회는 4명의 이사진으로 구성되어 있는데, 단장은 마틴 호프만(Martin Hoffmann), 예술 감독 겸 상임지휘자 사이먼 래틀, 그리고 두 명의 이사는 오케스트라 내부에서 선출하여 오케스트라 대표인 페터 리겔바우어(Peter Riegelbauer)와 스탠리 도즈(Stanley Dodds)가 각각 임명된다. 이들은 오케스트라 사업을 운영하는데 연주회 프로그램, 예술적 방향, 연주회장 배분 등을 결정한다. 현재 베를린 필하모니는 연간 최소한 120회 정도의 연주회를 소화하고 있으며 민간의 후원으로 지원되는 “영재 예술 교육기관(Orchester-Akademie)”과 일반 학생들을 대상으로 교육프로그램을 운영하고 있다.