실사한 숭실본 요한복음과 공회본 요한복음을 살펴본 결과 이 둘은 서로 다른 책이며 숭실본이 나중에 출판된 것으로 파악된다.
실사한 두 권의 ‘요한복음’을 대조해보면, ‘숭실본’과 ‘공회본’은 표지 자체가 다르다. 숭실본의 표지는 2년 후에 나온 마태복음(말코복음)과 동일한 유형이나 이름 부분이 회손되어 확인할 수 없으나, 공회본은 앞에서 언급된 마가복음과 동일한 형태의 표지이다. 이 두 책은 페이지 표기와 번역 내용에 차이가 있다. 예를 들면, 숭실본의 12쪽이 공회본의 9쪽과 유사하며, 5:25절의 번역에서 숭실본에서는 “들은자ᄂᆞᆫ 사나니라”이나 공회본에서는 “들은자ᄂᆞᆫ 반다시 사나니라”로 “반다시”라는 말이 포함되어 있다. 또한 숭실본에는 고유명사를 표시한 옆줄도 없다. 따라서 숭실본과 공회본과 서로 다른 책으로, 숭실본이 나중에 출판된 것으로 사료된다.