국립한국문학관을 설립하는데 적지 않은 혼란이 있었다. 문학관 설립을 앞두고 부지 공모사업을 하였는데, 지역의 지나친 과열 경쟁으로 공모를 취소하였다. 이후 후보부지 3군데를 추천하였고, 용산에 건립을 의결,건의하였지만 서울시에서 반대를 하였다. 그리고 문학단체에서의 공동성명발표, 이후 서울시에 건립부지확립, 설립추진위원회를 출범시켜 결국 2021년 하반기 개관을 목표로 사업을 진행한다고 밝혔다.
그런데 문학 진흥, 좁혀서 문학관 정책에서 적지 않은 혼란이 있었다. 2016년 2월 3일 제정된 <문학진흥법> 제18조에 문체부 장관은 “국가를 대표하는 문학관으로 국립한국문학관을 설립한다”고 명시했다. 8월 4일 법률 시행을 앞두고 문체부에서는 국립한국박물관 건립 부지 공모사업을 시행했다. 광역지자체에서 2개까지 후보지를 낼 수 있으며, 접수 기간은 5월 3일부터 5월 25일까지로 정했다. 이 과정에서 24개 지자체에서 공모사업을 신청했는데, 문체부는 “각 지역의 지나친 과열 경쟁 때문에 이대로 진행해서는 도저히 안 되겠다고 판단했다”면서 부지 공모를 취소한다(2016. 6. 24). 이후 문학진흥 TF는 후보 부지로 3군데(문화역 서울284, 국립극단 부지, 용산공원 내)를 추천한다(2016. 12). 그리고 문학진흥정책위원회는 서울시 용산(국립중앙박물관 내 일부 부지) 건립을 의결·건의(2017. 9)하고, 공청회(2017. 11. 8)에서 밝혔으나 서울시는 용산부지는 생태공원으로 보존해야 한다며 반대 입장을 표명한다(2017. 11. 9). 한국문인협회·한국작가회의 등 문학단체 10개는 ‘국립한국문학관 건립 방해 책동을 당장 멈춰라’라는 공동성명을 발표한다(2017. 11. 30). 그리고 문체부는 <1차 문학진흥기본계획>을 발표하면서 2018년 상반기 내에 서울시를 포함해 민관협의체를 구성하여 건립 부지를 최종 확정하여 2020년 개관한다고 밝힌다(2017. 12. 19). 그리고 ‘국립한국문학관 설립 추진위원회’(이하 설립추진위, 2018. 5. 24)를 출범시켜 2021년 하반기 개관을 목표로 사업을 진행한다고 밝힌다.