민주화 과정에서 획득한 대통령 직선제에 대한 국민들의 선호와 전통, 대통령의 권한 분산과 연계한 우리나라 정치여건과의 적절성 문제, 국회의 양원제 채택 여부 등은 논란의 대상이다.
국회의 헌법 개정특별위원회에서는 대체로 지방분권, 기본권 강화 등에 대해서는 공감대를 형성하고 개정시안을 작성한 상태이다. 그러나 국회의 헌법 개정논의에서 가장 중요한 정부형태 및 국회형태는 합의를 도출하지 못하고 있으며, 향후에도 단기간에 합의에 이를 가능성은 불투명하다. 대통령의 권한을 분산하여야 한다는 원칙은 있지만, 이를 어떻게 개정하느냐는 어려운 문제이다. 즉, 대통령의 임기를 단임제로 할 것인가, 중임제로 할 것인가, 국무총리의 권한과 연계하여 이원집정부제 형태를 채택할 것인지의 문제, 이러한 이원집정부제 정부형태에서 국민이 직접 선출하는 대통령과 국회에서 선출하는 국무총리의 권한 간의 대표성과 국민의 공감대, 민주화 과정에서 획득한 대통령 직선제에 대한 국민들의 선호와 전통, 대통령의 권한 분산과 연계한 우리나라 정치여건과의 적절성 문제, 국회의 양원제 채택 여부 등은 논란의 대상이다.