절대적인 확신을 위해서는 철저하게 검증된 지식이 있어야 하며 이를 위해 자신이 아는 모든 지식을 잠정적으로 의심하는 것을 '방법적 회의'라고 한다. 이러한 의심을 통해 감각에서 해방된 정신은 '명확하고 판명한 인식'이라고 불렀다.
이 책을 통해 그가 궁극적으로 의도했던 목표는 절대적으로 확실한 지식과 그 기반을 확보하는 것이었다. 절대적으로 확실하려면 어떠한 의심에도 꺾이지 않는 이미 철저하게 검증된 지식이 되어야 하고, 이를 위해 그는 그가 아는 모든 지식들이 실제로는 의심스럽지 않지만 가상적으로라도 일부러 모든 지식들을 의심하고 있다. 이렇게 궁극적 확실성을 위해 잠정적으로 의심하는 것을 ‘방법적 회의’라고 부른다. 의심은 우리를 모든 선입견으로부터 벗어나게 해주고 정신적 게으름과 타성, 관습 등의 영향에서 벗어나 감각의 불확실성으로부터 해방시켜 확실한 지식을 얻도록 해주는 역할을 한다. 이렇게 의심을 통해 오류에서 해방된 우리의 정신은 확실한 진리에 다가갈 수 있는 것이다. 이렇게 의심을 통해 감각에서 해방된 정신은 건전한 이성(ratio recta), 좋은 이성(bona mens), 양식(bon sens)이 된다. 그는 이렇게 확실한 정신이 인식한 것을 명확하고 판명한(clear and distinct) 인식이라고 불렀다. 여기서 ‘명확하다’는 말은 모호하지 않아 분명하게 알 수 있다는 말이고, ‘판명하다’는 말은 다른 것과 혼동되지 않는다는 말이다. 애매가 모호의 부분집합이듯이, 판명한 것은 분명한 것에 속한다고 볼 수 있다.