거점 문학관의 예산문제는 쉽지 않다. 국가사업을 수행하기에 일정 중앙정부의 재원이 투입되지만, 점차 지자체의 예산 비중이 높아져야 한다. 그러나 개별문학권 지원도 어려운게 현실이므로 광역 지자체와 기초 지자체의 예산 분담이 포함되어야 한다.
두 번째는 예산 확보 가능성이다. 거점 문학관은 국립한국문학관과 연계된 사업을 수행하기에 중앙정부의 재원이 일정 정도 투입되는 것은 자연스럽다. 단기적으로는 중앙정부 재원 비중이 높겠지만 점차 지자체의 예산 비중이 높아져야 한다. 하지만 이것이 단순하지는 않다. 광역지자체별로 거점 문학관을 지정한다면 재원 투입의 주체가 분명하지만, 당분간 권역별 또는 거대 권역별로 거점 문학관을 운영한다면 재원 구조가 복잡하다. 이상적인 방법은 (거대) 권역에 속하는 지자체에서 예산 분담을 계획하는 것이다. 하지만 개별 문학관에 대한 지원도 충분하지 못한 기초 지자체에서 예산규모가 상당한 거점 문학관을 위한 예산을 마련하는 것은 현실적으로 불가능하다. 기초 지자체가 거점형 문학관 선정을 위한 사업에 지원한다면 광역 지자체와 예산 분담이 포함돼야 한다. 공모사업에서 선정되지 못한다면 당초 계획한 예산의 일부는 지자체 내 문학관 지원을 위해 사용하고, 일부는 선정된 거점형 문학관과 연계된 사업에 사용하는 게 바람직하다.