재정투자 사업은 사업들 간의 연계나 협력을 통해 규모적 대응과 효과가 나타나지 않았다. 개별 재정사업은 순차적으로 진행되어 성과가 확산되지 못하였고 완성된 형태의 대응 체계가 수립되려면 많은 시간이 걸리기도 한다.
둘째, 대부분의 재정투자 사업이 고유한 정책 목적에 맞추어 진행되다보니 사업들간의 연계나 협력을 통해 보다 규모적 대응이나 효과 발생이 이루어지지 못하는 개별적 사업 추진이 이루어졌다. 예를 들어 균특회계 내 포함되는 사업들의 대상이나 지역은 중복되는 경우 이를 최대한 지역 안배나 균형이라는 관점에서 조정되다보니 정책 사업간 연계나 협력을 통해 그 효과나 성과가 더 높아질 수 있음에도 불구하고 이러한 성과를 도출하기에는 현실적인 문제가 있었다. 또한, 개별 단위 재정사업이 진행되다 보니 하나의 사업이 완료된후 순차적으로 사업을 진행한 결과 수요나 필요 시점이 경과하여 더 이상 사업 성과가 확산되지 못하는 결과가 나타나거나 또는 완성된 형태의 대응 체계가 수립되려면 최소 몇 년 이상 경과하는 문제가 발생되는 경우도 나타난다.