분황사는 이미 3차례 중건했다는 기록이 남아 있지만, 석탑에 대한 훼손과 보수 관련 내용, 보광전 상량문에서 확인된 내용 등을 토대로 그 내용을 정확하게 확인할 수는 없지만 분명히 건물의 평면 규모를 유지하는 선에서 시행된 해체보수 등의 중건이 더 있었을 것으로 추정된다.
고금을 불문하고 법등이 지속되는 한 갑작스러운 소실이나 자연적인 노후화에 따르는 중건 또는 보수는 필수적인 불사이다. 따라서 1,400여년의 역사를 지닌 분황사의 경우, 목조 건물의 특성에 따른 자연적인 노후화만 감안하더라도 이미 밝혀진 3차례보다는 더 많은 중건이 있었을 것이다. 그러나 기초를 비롯한 평면 규모에 별다른 변화를 주지 않는 범위 내에서 시행되는 해체 복원 등은 별도의 보수 기록이 남아있지 않는 한, 유구상으로는 그 내용을 정확하게 확인할 수 없는 것이 사실이다. 8세기 중엽에 건립된 이후 13세기 전반 몽고의 침입으로 소실될 때까지 500년 가까이 존속했을 가능성이 높은 1차 중건 금당지도 기단부에 가해진 변화를 제외하고는 그 위치와 평면 형식에서는 시종 원형을 그대로 유지하고 있었던 것으로 밝혀진 바 있다. 실제로 1998년에 보수한 보광전 상량문(上樑文)에서 확인된 바로는, 정유재란 이후에 중건된 보광전이 70여년 만에 불상이 비에 젖을 정도로 노후화되어 또다시 중건했음을 밝히고 있다. 또한, 석탑에 대한 훼손과 보수에 관한 내용을 짐작할 수 있는 기록도 일부 보이고 있으며1), 1915년에 최종적으로 보수한 현재의 석탑은 창건 당시의 원형에서 최소 4개층 이상 축소되고 3층만 복원된 모습이다. 이처럼 분황사 가람은 유구상으로 확인된 대대적인 변천 이외에도 건물의 평면(平面) 규모를 그대로 유지하는 선에서 시행되는 해체보수 등 여러 차례의 중건이 더 있었을 것으로 추정된다.