방초정은 이정복에 의해 건설되어 병란에 소실을 겪은 다음, 다시 재건되었다. 하지만 무신년과 병진년에 화재와 홍수를 겪었다. 그 다음 이의조를 통해 지금 모습으로 중건되었다. 
방초정은 연안이씨 11세손 방초(芳草) 이정복(李廷馥, 1575∼1637)에 의해 최초로 건립되었다고 전해지나 정확한 연대는 알 수 없으나, 정자가 건립된 후 병란으로 소실된 것을 기사(己巳)년인 1689(숙종 15)년에 사촌들과 재물을 모아 다시 시냇가(溪邊)에 네칸(四間)의 정자를 세웠다. 이 건물은 영조 4년 무신(戊申1728)년에 병화로 정자의 일부 재목이 불탔고 그나마 일부 남아있던 집이 영조 12년 병진(丙辰1736)년에 홍수로 감천이 범람하면서 흔적없이 사라지게 되었다. 그 후 이정복의 5세손 이의조(李宜朝, 1727∼1805)가 현 위치에 현재의 모습으로 중건하였다.