아프가니스탄의 탈레반 집권으로 중앙아시아 안보위험이 높아져 공동연대하에 집단안보조약이 체결됐다. 우즈베키스탄의 독립적인 정책이 끝난 후 지역협력이 재활성화되어 이슬람 근본주의자의 위협에 대처하는 상하이 협력기구가 출범했고, 러시아는 뉴욕의 무역센터 공격과 중앙아시아내 탈레반과 파키스탄내 근본주의자에 의한 안보적 위협에 여러 성명을 발표했다. 러시아는 국제사회가 테러에 공동대처해야 한다고 강조하며  9. 11 테러 발생시 미국을 즉각 지원, 중앙아시아의 정치지형도를 바꾸었다.
아프가니스탄에서 탈레반이 집권하면서 중앙아시아 안보에 대한 우려가 크게 일어나 각 국이 참여하는 집단안보조약(CSTO)이 1992년 타시켄트에서 체결되었다. 안보적 위협에서 벗어나 중앙아시아 국가들이 공동으로 연대하고자 함이었다. 그러나 우즈베키스탄은 미국 등 서방과도 정치적, 경제적 관계를 확대하는 정책을 1990년대 초기에 가동시켰다. 우즈베키스탄은 한때 친 서방 다자기구인 GUUAM에 가입하기도 했다. 그러나 우즈베키스탄은 GUUAM에서 탈퇴하고 친 러시아 정책을 추진하기 시작했다. 우즈베키스탄이 시도한 독립적 정책은 종식되었다. 지역협력은 이후에 재활성화 되었다. 상하이 협력기구가 출범했다. 이 기구는 다분히 아프가니스탄 등 이슬람 근본주의자의 위협으로부터 대처하는 성격이 매우 강했다. 러시아는 특히 2001년 9월 이전에 이미 알카에다가 벌인 뉴욕의 무역센터에 대한 공격과 중앙아시아 내 탈레반의 활동과 더불어 이들을 지지하는 파키스탄 내 근본주의자 집단들에 의해 야기되는 안보적 위협에 대해 여러 성명을 통해 밝혔다. 예를 들면, 2001년 8월에 러시아 외무부는 빈 라덴을 아프가니스탄의 실제적인 외무장관이라는 성명서를 발표하였다. 특히 러시아 전문가들은 탈레반의 위협에 맞설 수 있는 유일한 국가는 러시아라고 주장하였으며, 이러한 차원에서 친 러시아 인물들을 중앙아시아에 많이 포진시켜야 한다는 입장을 자주 표명했다. 러시아가 이러한 정책을 펼친다면, 중앙아시아에서 미국의 영향력이 현저히 감소시킬 수 있다는 것이다. 9.11 테러가 발생하자 러시아는 미국을 즉각적으로 지원했으며, 이 사건은 중앙아시아의 정치 지형도를 바꾸었다는 평가를 받았다. 푸틴 러시아 대통령은 “이러한 비인간적인 행위는 응당 응분의 대가를 받아야 할 것이다”라는 입장을 표명하였고, 국제사회가 테러에 공동으로 대처해야 한다고 강조했다.