창건 이후 전성기의 위상을 잃은 황룡사와 달리 분황사는 유적의 중요성의 가치를 계속된 발굴을 통해 이어가고 있다. 그러나 이미 발굴이 되었음에도 정비가 전혀 이루어지지 않아 최대한 서둘러 국가 사적으로 지정해서 발굴된 것들을 중심으로 보호하는 것이 필요하다.
지금은 전성기였던 1차 중건 금당(172평)의 7.5% 밖에 되지 않을 정도의 보잘것없는 규모로 축소된 보광전(13평)과 거듭된 붕괴·보수 이후에 삼층만 복원된 모전석탑이 상징하듯이 그 사세가 매우 쇠락한 상태이다. 이처럼 창건 이후 1,400여년의 세월이 지나는 동안 성쇠를 거듭하는 과정에서 전성기의 위상은 사라졌지만 폐허 상태로 방치된 인근 황룡사지와는 달리 분황사는 지금도 그 법등을 이어가고 있는 것이다. 분황사는 황룡사, 흥륜사 등과 함께 신라의 삼국통일 이전 왕경에 조성되었던 칠처가람의 하나로 유적의 사적(史的) 중요성은 부언의 여지가 없다 해도 무방할 것이다. 더구나 장기간에 걸친 계획적이고 체계적 발굴을 통해 가람의 배치 양상과 그 변화상까지 파악하였고 경역의 대부분을 구명하게 되었다. 사료에 의거한 칠처가람 중 전면 발굴조사가 이루어져 사역과 가람배치의 변화가 규명된 곳은 황룡사와 분황사 두 사찰뿐이다. 그 중 황룡사는 이미 오래전 사적 제6호 로 지정되어 정비 보존되고 있는데 반해 분황사는 이미 발굴이 완료된 지 5년의 시간이 흘렀음에도 불구하고 유적 정비가 전혀 이루어지지 않은 실정이므로 지금이라도 국가 사적으로 지정하여 구명된 유구를 중심으로 정비, 보호하는 것이 반드시 필요한 상황이다.