시네마테크 수익구조상의 재정적 어려움으로 상영할 영화의 다양성을 침해할 위험성이 있다. 따라서 왜곡된 수익 구조로 인한 어려움은 시네마 테크의 본질을 훼손할 위험이 있다.
전용관 확보비용, 전용관 운영비용, 그 안의 내용물인 시네마테크프로그램 사업비용, 지역순회상영비용으로 시네마테크협의회의 2002년 10개월간 총 비용은 대략 6억 3천만원에 달한다. (이는 각 단체의 프로그램 운영비용과 서울아트시네마의 운영비용을 추산한 것이다). 하지만 2002년 시네마테크에 대한 공적 지원은 총 1억 8800만원이었다. 결국 시네마테크협의회의 결성과 공적지원에도 불구하고 각 시네마테크단체들이 여전히 재정적인 곤란을 겪고 있음을 알 수 있다.   이러한 문제는 시네마테크전용관인 서울아트시네마의 수익구조에서도 여실히 나타나고 있다. 서울아트시네마의 수익구조에서 가장 큰 비중을 차지하는 것은 일반대관(대략 전체의 40-50%)이다. 이는 시네마테크 프로그램이 극장에서 차지하는 비중이 50-60%에 머물고 있지만 수익의 대부분이 이와 무관한 행사에서 조달되고 있다는 사실을 보여준다. 이러한 재정적인 왜곡은 자칫 시네마테크의 영화상영의 다양성을 심각하게 위축시킬 위험성을 내포하고 있으며 시네마테크의 본연의 역할에 대한 논란을 자아낼 수 있다.