제작지원사업에 가장 큰 쟁점은 영화진흥위원회과 콘텐츠진흥원의 중복 지원 문제였다. 현재 가장 중요한 이슈는 어떤 기관의 지원을 받느냐가 아니라 제대로 기획하여 창작한 작품 한편이 시장에서 검증받는 것이며, 이를 위해 필요하다면 유력한 특정 작품에 모든 지원을 집중하는 방법도 고려하고 있다.
제작지원사업과 관련하여 가장 쟁점이 되었던 부분은 영화진흥위원회의 장편 애니메이션(극영화 제작지원의 일부) 지원사업과 콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트 중복 지원 문제였다. 콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트와 영화진흥위원회 장편 애니메이션 지원사업은 지원 의도에서 차별적인 사업이지만 선정 결과를 놓고 볼 때 결과적으로 두 사업의 차별성이 상쇄되어 버렸다. 물론 이러한 결과적 비판의 한 측면에 국산 기획창작 애니메이션 프로젝트의 양적, 질적 다양성의 빈곤이라는 한계요소가 있다는 점을 간과해서는 안 될 것이다. 전술 하였듯이, 콘텐츠진흥원의 스타프로젝트와 중복된 영화진흥위원회의 문제제기와 달리 관련업계는 지원사업의 확실한 성공사례가 없는 상태에서 중복지원의 효율성을 따지는 것은 그다지 중요한 문제가 아니라는 입장을 표명했다. 현재 가장 절실한 것은 어떤 기관의 지원을 받느냐가 아니라 제대로 기획하여 창작한 작품 한편이 완성되어 시장에서 검증받을 수 있도록 하는 것이며, 이를 위해 필요하다면 가능성 있는 특정 작품에 모든 지원을 집중하는 것도 한 방법일 수 있다는 것이다. 최종단계의 완성품이 나와 구체적인 결과를 확인한 뒤에야 지원의 효율성, 성패를 논하고 미래를 위한 계획, 전망 수립도 가능하다는 주장이다. 장편 실사영화 지원사업의 노하우를 통해 상대적으로 전문성을 축적한 영화진흥위원회에서 전폭적으로 지원을 하면 좋겠지만 영화진흥위원회가 콘텐츠진흥원 만큼의 지원규모를 갖추지 못한 상태라면 지원기관의 레테르는 크게 중요하지 않다는 입장이다.