한국전쟁 중 진해에서 창설된 해병대 사령부 교회가 서울로 옮겨오며 현재의 건물을 지었다. 1973년 해병대 사령부가 해체되며 방치되었다가 2003년 교회 기능을 회복했다.
한국전쟁 중에 진해에서 창설된 해병대 사령부 교회가 부산에서 임시로 지어 사용하던 장막교회, 퀀셋교회를 거쳐, 사령부가 서울로 옮겨 오게 됨에 따라 현재의 건물을 건설하여 오늘에 이른다. 다만 1973년 10월에 해병대 사령부가 해체되면서 교회의 기능마저 끊겨 오랫동안 방치되어 있던 것을 2001년 4월에 교회역사를 조사하던 한국기독해병 선교회에서 원위치에 옛 모습대로 남아 있는 것을 확인하고 여러 철차를 밟아 2003년 중수공사 후 교회로서 기능을 회복하였다. 2010년에는 건물의 안전도를 검사를 통하여 원형을 보존한 채 중수보강하여 그해 11월 9일에 중수헌당예배를 올렸다.