기념관의 소장 문화재로 임진장초, 난중일기, 서간첩 등이 있다. 임진장초는 임진왜란 초기 이순신이 조정에 올린 공문을 모은 것이다. 난중일기는 이순신이 임진왜란 발발 후 작성한 일기를 묶은 것이고, 서간첩은 이순신이 친척들에게 보낸 편지를 모은 것이다. 이를 통해 이순신의 애국심을 알 수 있다.
기념관에서 소장 전시하고 있는 대표적인 문화재는 국보 제76호로 지정된 『임진장초』·『난중일기』·『서간첩』이다. 『임진장초』는 전라좌도 수군절도사가 1592년 4월부터 1594년 1월까지 조정에 올린 장계 즉 공문을 모아 놓은 자료이다. 이순신은 1592년 1월 1일부터 1598년 11월 17일까지 임진왜란 7년 동안 매년 1권씩 일기를 썼는데, 임진·계사 등 간지를 써서 연도를 구분했다. 정조 때 『충무공전서』를 편찬하며 일기를 하나로 묶어 간행할 때 『난중일기』라는 제목을 붙이면서 지금까지 『난중일기』로 불리고 있다. 『임진장초』와 『난중일기』는 임진왜란 시기 이순신의 활약상을 구체적으로 알 수 있는 자료인데, 전자가 공식적인 기록이라고 한다면 후자는 이순신의 개인적 기록이라고 할 수 있다. 『서간첩』은 이순신이 친척들에게 보낸 편지 여섯 편을 모은 것이다. 이 편지 속에는 자신이 지키고 있는 호남 지역이 국가를 지키는 보루라고 여기고 한산도에 진을 쳤다는 내용이 있다. 이를 통해 우리는 충무공이 위기에 빠진 나라를 구해야 한다는 확고한 사명감을 갖고 있었음을 알 수 있다.