왕궁에는 남문이 있고 태자궁이 따로 있었다고 추정된다. 전체적으로 왕궁의 주요시설과 도시는 주로 남쪽을 향했고 높은 지대에 위치했을거라 추정된다.
기록을 통해 왕궁에 남문이 있고 태자궁이 따로 있다는 사실을 알 수 있다. 궁궐 남쪽에 연못을 만들고 망해정을 세웠다고 하였는데, 그 위치가 왕궁 안쪽인지 바깥쪽인지 정확히 알 수 없다. 방장선산을 만든 연못을 지금의 부여 궁남지에 비정하거나 부여 시내의 몇몇 지점으로 추정하기도 한다. 그렇다면 왕궁 바깥에 있었던 셈이다. 왕궁 남쪽의 도로는 왕궁 안쪽인지 바깥쪽인지 정확한 위치를 가늠할 수 없다. 이러한 기록들을 참조하면 전체적으로 왕궁의 주요 시설과 도시가 주로 남쪽을 향했다고 볼 수 있으며, 웅진에서와 마찬가지로 왕궁의 수해 기록이 없는 점에 주목한다면 높은 지대에 위치했다는 추정도 가능하다.