목조관음보살좌상은 손상된 부분이 적고 잘 보존되어 온 작품으로 외형이나 표현 등을 통해 조선초기 15세기로 제작연대를 추정할 수 있다. 조선 후기 불교의 자료로 국가지정문화재 보물로 지정할 가치가 있다.
이 목조관음보살좌상은 후보된 보관을 제외하면 비교적 손상된 부분이 없이 잘 보존되어 온 작품이다. 제작연대는 대의나 영락 표현, 보계 장식, 왼쪽 어깨와 팔꿈치에 접혀진 주름과 왼쪽 무릎에 늘어진 옷자락의 표현, 자연스럽고 사실적인 기법 등에서 조선초기 15세기의 작품으로 판단된다. 또한 전각의 주존불에 적절한 큰 규모에 당당한 자세와 균형잡힌 비례, 자연스럽고 사실적인 묘사에서 조형적으로 매우 우수한 작품임을 알 수 있다. 이외에도 조선시대 관음전과 그 주존불인 관음보살좌상이 함께 남아 있는 사례가 적은 점에서 조선후기 불교의 신앙적 측면에서 중요한 자료가 된다. 따라서 남장사 관음선원 목조관음보살좌상은 국가지정문화재인 보물로 지정하여 보호할 가치가 높은 작품이라고 판단된다.