애니메이션 분야 지원을 위해 투입된 문화산업진흥기금 재원은 주로 투․융자 형태의 제작비 조달에 사용되지만, 정작 이러한 융자방식은 자본부족으로 창작에 애로를 겪는 중소업체들의 활로를 열어주기보다 메이저급(기존의 하청업체) 회사들에게 이중혜택을 주는 방식으로 애초 지원 취지가 심각하게 훼손되고 있다.
애니메이션 분야 지원을 위해 투입된 문화산업진흥기금 재원은 주로 투․융자 형태의 제작비 조달에 사용되는 것으로 알려져 있다. 융자의 경우 물권담보 원칙에 의해 연 이율 3.5% 대개 2년 거치 2년 분할상환(극장용의 경우 1년 거치 2년 분할상환)의 조건으로 지원된다. 문제는 물권을 담보로 한 융자사업의 운영방식상 정작 융자를 필요로 하는 영세한 중소업체들에게 혜택이 돌아가지 못해 융자기금 활용실적이 저조하다는 점이다. 아래 표가 예시하듯이 ‘99년도부터 2002년 상반기까지 애니메이션 제작을 위한 융자분야에 배당된 금액은 총 248.5억 원(융자 결정액 기준)이지만 정작 2002년에 융자가 결정된 금액은 총 8편 72억 원에 불과하다. 융자활용 실적이 저조한 이유는 보통 방송사와 업체가 50대 50의 비율로 투자계약이 성사되는 방송용 애니메이션에서 일부 메이저 회사를 제외하면 총 제작 단가의 50%에 해당하는 자본 보유능력을 보유한 기획창작 업체가 없다는 것이다. 물권 담보능력이 없는 업체들에게 이러한 융자방식은 그림의 떡이 되기 마련이다. 결국 이러한 융자방식은 창작의욕이 넘치지만 자본부족으로 창작 애니메이션 제작에 애로를 겪는 중소업체들의 활로를 열어주기보다는 메이저급(기존의 하청업체) 회사들에게 이중혜택을 주는 방식으로 작용한다. 창작 애니메이션의 활성화라는 애초 지원 취지가 심각하게 훼손되는 것이다. 이러한 문제는 문화산업진흥기금 뿐 아니라 물권을  담보로 하는 모든 융자 지원에 공통적인 현상으로 개선을 요하는 부분이다.