2000년에 대통사지를 찾기 위한 본격적인 노력이 시작되었으나 당시에는 자취가 드러나지 않았고 2013년 '대통지사'라고 양각된 고려시대 기와가 발견되었다. 대통사의 명맥은 고려시대까지 이어진 것이다.
사실상 본격적으로 대통사지를 찾기 위한 노력은 2000년 공주대학교 박물관에서 당간지주 부근을 조사하면서부터라 할 수 있다. 이때 백제시대 수막새, 문자와, 연목와, 망새기와 등이 주변에서 수습된 유물을 정리하여 백제시대 대통사지의 존재를 확인하였다. 통일신라시대 유구와 유물을 발견한 것이다. 하지만 우리가 관심을 갖은 백제시대 유물과 유구는 민가와 시가지 조성으로 교란되어 확인할 수 없었다. 백제시대 절터는 여전히 그 자취를 드러내지 않은 것이다. 이후 2013년 반죽동 일대의 구제발굴조사 과정에서 ‘대통지사’라고 양각된 고려시대 기와가 발견되었다. 당초 대통사의 명맥은 통일신라시대까지 이어졌다 폐사된 것으로 생각되었지만 고려시대까지 이어졌던 것을 확인해 준 것이다.