아스카문화의 원류 등에 관심을 가진 일본인들이 일제강점기에 군수리에서 백제 폐사지에 대한 근대적 발굴을 시작했고 백제와 일본 초기 사원의 밀접한 관련성을 주장했다.
백제 폐사지에 관한 근대적 발굴은 1935년 군수리 사지에서 시작된다. 당시 발굴을 주도한 이시다 모사쿠(石田茂作)는 이곳에서 오사카(大阪) 시텐노지와 동일한 일탑일금당식의 가람배치를 확인하고, 백제와 일본 초기 사원의 밀접한 관련성을 설파했다. 1939년 와카쿠사가란에 관한 발굴에도 참여한 이시다 모사쿠는 호류지 서원가람의 재건설을 실증했는데, 여기에는 그가 부여의 폐사지에 관한 경험이 크게 작용했다. 일제강점기의 일본인 고고학자들의 백제 폐사지에 관한 조사는, 아스카데라나 아스카문화의 원류, 호류지나 쇼토쿠태자에 대한 관심에서 비롯된 측면이 있다.