판본으로는 전 8권 중에서 권1, 2, 3, 6, 7 등 5권만 소개되고 이외의 현전본이 공개될 가능성은 높지 않다.
현전하는 판본으로는 전 8권 중에서 권1, 2, 3, 6, 7 등 5권만 소개되고 있다. 권1은 서울대 규장각한국학연구원, 권2는 김영탁(金永倬), 권3은 동국대 도서관, 권6은 한독약품 의약박물관(보물 1236-1호)와 허준박물관(보물 1236-2호), 권7은 고려대학교 도서관, 영남대학교 도서관, 대구의 개인이 소장하고 있다. 일본의 미키 사카에(三木榮, 1903～1992)는 “황의돈씨가 권3,4,6,7을 소장”하였다고 기록하였으나 이들은 6.25전쟁 때 소실되었다고 황의돈 선생이 자술하였다. 그렇다면 이외의 현전본이 공개될 가능성은 크지 않아 보인다. 현전본은 모두 임진왜란 이전의 판본이기는 하나 동일한 판본은 아니다.