연구소는 국립문화재연구소기록물관리및기록관운영규정을 바탕으로 운영중이다. 규정에는 처리부서의 장이 따라야 할 매뉴얼, 기록물의 기본작성 서식, 저작권의 권리 관계 및 기록물에 대한 정보 기입과 관련해 필요한 사항이 정리되어 있다.
연구소는 2012년 7월부터 국립문화재연구소기록물관리및기록관운영규정을 제정하여 운영중이다. 동 규정은 공공기록물관리에관한법률 제13조 및 동법 시행령 제10조의 규정에 따라 국립문화재연구소 및 그 소속기관의 기록물관리와 기록관 설치·운영에 관하여 필요한 사항을 정하고 있다. 10 동 규정에 따르면, 처리부서의 장은 해당 부서가 수행하는 모든 업무수행 과정 및 결과가 기록물로 생산·등록되도록 관리하여야 하며, 기록물의 생산에 관한 저작권 관련 사항은 국립문화재연구소저작권관련처리업무매뉴얼을 따르도록 하고 있다. 처리부서 기록물의 기본목록 작성서식은 아래의 표와 같다. 이중 특히 저작권의 권리관계에 관한 사항은 27~31 항목이다. 27항목에는 해당 기록물에 포함된 사진, 도면 등 해당 자료의 저작권자·단체 등의 정보를 기입하며, 29항목에는 해당 기록물에 관한 저작권과 저작권 이용허락 동의를 받은 연월일이나 해당 기록물을 기증·위탁 받은 연월일을 기입한다. 30항목에는 해당 기록물의 저작권과 저작권 이용 가능범위를 모두 기입하며, 31항목에는 해당 기록물과 관련하여 처리부서 또는 담당자 입장에서 특별히 관리해야 할 정보를 기입하되, 기타정보의 항목은 추가할 수 있다.