TRIPs의 지리적표시에 대해 많은 이견이 있었는데 보호 품목의 범위확대, 지리적표시의 다자등록여부, 원산지국가에서 다른 생산자들에 의한 명칭 사용방지 등이다.
TRIPs의 지리적표시에 관한 규정의 채택과정에서 제기되었던 많은 검토와 지적 들은 아직도 미완결의 상태로 남아 있다고 보아야 한다. 특히 회원국들 간에 보여주었던 입장 또는 견해의 차이는 3가지로 요약할 수 있을 것 같다. 첫째 현행 TRIPs가 와인 및 증류주에 주고 있는 높은 수준의 보호를 다른 상품에까지 확대 할 것인지의 문제, 둘째 와인의 지리적표시에 대하여 다자등록 및 통지시스템을 구축할 것인지의 문제, 셋째 유럽공동체에 의하여 제안된 것으로서 원산지국가에 서 진정한 권리자가 아닌 다른 농산물생산자들에 의한 명칭의 사용을 막기 위하여 명칭목록을 작성할지의 문제이다.