이익단체들 간에 만년제의 위치, 규모에 대한 논란이 계속되자 경기도와 화성시에서 효율적 복원정비를 위한 대책을 마련했고 이후 새롭게 드러난 부분에 대한 발굴조사도 실시되었다. 
문화재로 지정된 후에도 각 이익단체들 간의 만년제의 위치와 규모에 대한 논란이 계속됨에 따라, 경기도와 화성시는 2007년과 2012년 두 차례에 걸쳐 학술발굴과 조사연구를 바탕으로 효율적인 복원정비가 이루어질 수 있도록 종합적인 대책마련에 나섰다. 그 결과 제방은 물론 괴성과 하수문지의 존재가 밝혀지면서 사료 기록으로만 남아있던 만년제의 실체가 드러나기 시작하였고, 2013년 수원시 관내(분천～송산간) 국도대체우회도로구간 내 시ㆍ발굴조사를 통해 하수문지가 전면적으로 조사되었다. 이에 미발굴된 제방의 범위와 은구, 상수문지에 관한 실증적인 기초자료를 확보하고자 3～5차 시․발굴조사를 실시하였다.