블랙리스트 진상조사 종합보고서의 기관별, 분야별 진상조사 결과 보고서는 조사 담당 전문위원에 의해 관련 문서와 피해자, 참고인의 진술을 종합하여 작성하고 위원회의 의결을 거쳐 완성되었다.
2권 블랙리스트 진상조사 종합 보고서의 부록으로 기관별, 분야별 진상조사 결과 보고서 전문이 총 6권으로 편집되었다. 부록 1권은 기관별, 부록 2권과 3권은 공연 분야, 부록 4권은 문학･출판 분야, 부록 5권은 영화 분야, 부록 6권은 시각예술 및 기타 분야 진상조사 결과 보고서이다. 직접 조사를 담당했던 전문위원(조사관)들이 방대한 양의 관련 문서들과 수많은 피해자 및 참고인들의 진술을 종합하여 보고서를 작성했고 전원 위원회의 의결을 거쳤다. 신청 사건들은 주로 위원회에 접수된 피해자들의 조사 신청에 의해 다루어졌고, 직권 사건들은 조사 과정에서 개별 사건들의 범주화 또는 기관별 조사가 필요하다고 판단되는 경우에 위원회가 직권으로 사건명을 설정하였다.