대학창작 애니메이션 지원사업과 우수 파일럿 프로그램 제작 지원사업은 2001년과 2002년 실행됐던 사업이다. 대학창작 애니메이션 지원사업은 2003년부터 영화진흥위원회로 이관되었지만 지원학교 선정과정에서 투명성 의혹과 학교별 나눠먹기식, 교수의 권력화, 심사방식 등 비판이 있었다.
대학창작 애니메이션 지원사업과 우수 파일럿 프로그램 제작 지원사업은 2001년과 2002년 양차년도에 실행되었던 사업이고 나머지는 2002년에 새롭게 확장 시행된 사업이다. 사업의 실효성에 대해 논란이 많았던 대학창작 애니메이션 지원사업은 2003년부터 영화진흥위원회로 이관되었기에 이 부분에서 구체적인 언급은 생략한다. 다만 지금까지 이 사업이 학생들에 대한 대인지원보다 학교 지원 성격을 강하게 띰으로써 콘텐츠진흥원의 특성화 교육지원사업과의 차별성이 없다는 지적이 있었고, 지원학교 선정과정에서 투명성에 대한 의혹을 비롯해, 학교별 나눠먹기식 사업이라는 비판, 그리고 지원작품 선발과정에서 학생에 대한 교수의 강한 영향력 때문에 교수의 권력화를 부추긴다는 비판도 있었다. 사후 완성작 지원이라는 심사방식에 대해서도 문제가 지적된 바 있다. 이 사업이 영화진흥위원회로 이월된 상황에서는 영화진흥위원회 단체사업 지원과의 차이점이 규명될 필요가 있으며, 필요하다면 학교 지원 위주의 지원방식을 대폭 개정하거나, 독립 애니메이션 지원사업으로 통합하여 대인지원으로 전환하는 등 사업방식 변경의 필요성이 대두되는 사업이다. 구체적인 사업 내역 영화진흥위원회 제작지원 사업에서 다루었기 때문에 여기서는 생략하도록 한다.