애니메이션 공동제작을 추진할 때 고려해야 할 요소 중 하나가 제작과정별 비용구조의 차이이다. 한국과 일본이 애니매이션 제작비용에서 차이가 나타나는 분야는 콘티와 원화 부문인데, 콘티의 경우 한국의 콘티 인력이 너무 부족한 관계로 높은 인건비가 제공된다. 원화의 경우는 높은 단가를 제공하는 미국 애니메이션 하청제작을 중심으로 형성된 가격이 국내제작에도 반영된 결과이다.
애니메이션 공동제작을 추진할 때 고려해야 할 요소 중의 하나가 제작비용 절감과 관련된 제작과정별 비용구조의 차이와 양국의 인력 양성을 포함한 인력 관리시스템 상의 차이점이다.  애니메이션 제작과정별 원가구조를 살펴보면, pre-production이 20～30%, main- production이 60%, post-production이 10～20%이다. 특히 원화와 동화 제작이 전체 원가에서 30%를 차지한다.  한국과 일본에서 차이가 나타나는 부분은 pre-production과 main- production과정 중 초반 작업부문(콘티와 레이아웃, 원화)과 후반 작업부문(촬영과 편집)이다. 한국은 우수한 시나리오 작가나 콘티 작가의 부족으로 일본에 비하여 높은 인건비를 제공한다. 예를 들어 30분 분량의 콘티를 작성하는데 일본은 17만엔(약 180만원)에서 20만엔(220만원)인데 반하여 한국은 250만원에서 400만원 정도의 비용이 들어간다. 한국의 콘티 제작비용이 더 많이 지출된다고 하여 더 나은 작품이 나오는 것은 아니다.  애니메이션 콘티를 작성할 수 있는 인력이 너무 부족한 관계로 이와 같이 왜곡된 시장가격이 형성된 것이다. 또한 원화감독에 대한 비용에 있어서도 한국의 유명한 감독들이 받는 보상은 일본의 특급 애니메이션 감독이 받는 수준과 동일하다.  이와 같이 왜곡된 시장가격이 형성된 이유는 OEM 제작구조에서 발생한 인건비 거품 현상과 관련된 노동력의 부족이다. 높은 단가를 제공하는 미국 애니메이션 하청제작 업체들 중심으로 형성되었던 가격이 국내 애니메이션 제작에도 그대로 반영된 결과이다.