항파두리 토성에 대한 연구의 대부분은 대몽항쟁과 관련되어 있는데, 특히 삼별초가 대몽항쟁 과정에서 토성을 만든 사실을 뒷받침해 준다. 그러나 토성 자체에 대한 연구는 부족한 실정이다. 
다음은 고려시대 성곽 유적에 대한 학술 연구 현황이다. 연구 현황을 조사한 결과 항파두리 토성에 대한 직접적인 연구는 거의 없다. 즉 토성의 축성 방법, 규모, 부속 시설 등에 대한 정밀한 연구는 충분하지 못했다. 지금까지 이루어진 연구 현황을 확인해본 결과 그 대부분이 유적이 가지고 있는 역사적 특성상 삼별초와 관련된 연구이며 그 중에서도 대몽항쟁과 관련된 것이 중심이었다. 그리고 삼별초가 제주도까지 들어오는 과정에서 강화도와 진도에서 펼쳤던 여몽연합군에 대한 항쟁과 관련된 연구도 있었다. 이러한 연구를 통해 삼별초가 강화도와 진도를 거쳐 제주도까지 내려와 항파두리 토성을 축조하고 여몽연합군에 대항하였던 일련의 과정에 대해 심도 있는 성과를 안겨주었었다고 본다. 또한 고고학적 연구 현황과 학술 연구 현황을 통해 항파두리 토성의 축성과 내성의 성격, 건물지 배치 등을 엿볼 수 있다. 다만 항파두리 토성에 대한 고고학적 연구 결과를 분석하고 그 결과를 토대로 향후 유적이 나아갈 방향에 대한 학술적 논의는 아직도 부족하다.