예술위는 출범 후 위원장 호선제 폐지, '공공기관 운영법'에 따른 '비상임 이사'규정 등 제도 변화로 인해 조직이 약화된다. ‘공공기관 운영법’은 2005년에 상향식 민주주의 합의 제도를 만든 예술위를 다시 하향식 구조로 돌아가게 했다. 이후 정권이 ‘문체부장관에 의한 위촉 제도’를 악용하여 예술위의 독립성과 전문성이 훼손됐다.
그러나 출범 후 얼마 지나지 않아 예술위는 조직적 약화의 길로 접어든다. 첫 번째 약화는 노무현 정부 당시인 2007년, ‘공공기관 운영법’이 새로 제정되고 예술위가 이 법의 적용 대상이 되면서 일어났다. 위원장 호선제가 무너지고, 위원장 공모를 통해 추천위원회가 추천한 3배수 추천인사 중 문화관광부 장관이 위원장을 선택, 위촉하는 제도로 바뀐 것이다. 1대 김병익 위원장이 중도사퇴한 후 2대 위원장을 뽑을 때부터는 ‘공공기관 운영법’에 의거해 위원장이 임명되었다. 또 ‘공공기관 운영법’에는 위원회, 위원 등의 지위가 없으므로 예술위 위원들의 법적 지위가 ‘비상임 이사’로 바뀌었다. 3년 임기로 위원장과 진퇴를 같이했던 위원들의 임기도 ‘공공기관 운영법’의 ‘비상임 이사’ 규정에 맞춰 2년으로 내려앉았다. 이런 제도적 변화는 예술위에게는 큰 후퇴였다. ‘공공기관 운영법’은 공모제도를 갖추고 있지 않던 다른 공공기관에게는 투명함을 마련하는 제도였을지 모르나 그 직전인 2005년에 획기적인 상향식 민주주의 합의 제도를 마련했던 예술위에게는 다시 하향식 구조를 강요하는 제도였다. 특히 이후 ‘문체부장관에 의한 위촉 제도’를 낙하산 인사의 도구로 악용하는 정권 하에서 예술위의 독립성과 전문성은 심대하게 훼손된다.