진보교육연구소는 신자유주의적 교육개혁을 반대하고 전인교육, 민주적 재구조화, 공동체적 재구조화를 제안한다. 이를 기반으로 공통교육과정 중심의 국가 단위 교육과정 방향과 예체능 강화, 인문사회교과 확대, 내용의 공공성강화, 이수교과수 축소, 기초 심화 구분, 공통교과화, 평가의 선발기능제거 등 교과편성 방향을 제시하고 있다.
신자유주의적 교육개혁을 반대하고 새로운 사회로의 도약을 위하여 진보적인 교육 운동의 이론적, 실천적 토대를 만들어 나가려는 연구모임인 진보교육연구소는, 학교 개혁의 기본 방향으로 전인교육 지향(인간의 총체적 성장), 민주적 재구조화, 공동체적 재구조화를 제안한다. 이에 기초하여 교육과정 구성단위를 국가수준 교육과정과 학교재량 교육과정으로 나누고, 공식적 학교교육활동의 범위를 교과활동영역, 관심/특기 활동 영역, 자치 활동영역으로 나누고 있으며, 중등교육의 교육목표에 입각하여 공통교육과정 중심으로 운영할 수 있도록 국가 단위 교육과정 편성 방향을 제안한다. 또한 교과 편성의 방향으로 예체능 강화, 중등심화과정에서 인문사회교과 비중확대와 내용의 공공성 강화, 현행 교과체제를 지속교과와 학기 당 이수교과로 구분하여 학기당 이수교과수 축소, 학제 개편이 이루어질 경우 통합중등단계는 교과내용 수준 및 분화 정도에 의해 기초/심화로 구분하여 교육과정 운영, 중등심화단계의 경우 현재의 계열별 심화과목 중 일부는 폐지하고 일부는 난이도를 조정하여 공통교과화 (계열분화와 심화교과는 대학단계로 이동), 평가의 선발기능 제거 (일정기준 도달을 목적으로 하는 절대기준평가 도입)를 제시한다. 수업시수는 주당 수업시수로 초등단계 22-24시간, 중등기초단계 28시간, 중등심화단계 32시간 정도(학교재량교과시간포함, 5일제 수업 기준), 국가 수준에서는 각 교과당 이수 상․하한선만 규정하여 공통교과 최소단위의 합이 총수업의 일정비율을 넘지 않도록, 총수업일수, 총수업시수에 대한 학교 재량 확대를 제시한다.