국가 문화예산의 확대로 애니메이션 관련 지원액도 증가했으나 대부분 문화산업 육성에 집중되었다. 그러나 민간자본 유입의 미흡으로 안정적인 기반을 다지지 못하였다. 애니메이션 재원은 국고와 기금 등으로 구성되는데, 국고는 주로 인력양성, 수출 상품개발, 물적기반 구축에 투여되었고 제작지원분야 지원은 확대되고 있다. 기금 등은 주로 제작 지원에 집중되어 있다.
1998년 이후 전반적인 국가 문화예산의 확대 속에 애니메이션 관련 지원 재원 역시 증가해 왔다. 문광부 자료에 의하면 국고, 기금을 포함한 애니메이션 관련 예산은 1999년 88억 원 규모에서 2002년도에는 200여억 원으로 127% 증가했고 이 예산의 절대다수는 문화산업 육성에 집중되었다. 그러나 정부 차원의 지속적인 자금조달 정책에도 불구하고 정작 산업계의 윤활유 역할을 할 민간자본의 유입을 충분히 이끌어 내지 못함으로써 안정적인 산업적 기반을 확보하는데 미진했다는 평가를 받는다. 애니메이션 분야의 지원 재원은 주로 국고, 문화산업진흥기금, 영화진흥금고 및 정보화 촉진 기금 등으로 구성된다. 문화산업진흥정책 발표 이후 1998년부터 2002년까지, 애니메이션 분야에 지원된 국고 배분 현황은 위의 표와 같다. 물적 창작 기반 마련에 압도적으로 많은 자원을 배분했던 과거(2000년의 경우 최고 84% 점유)에 비해, 2002년에는 인력양성분야와 수출상품제작을 위한 지원사업 분야에 집중적으로 재원을 투자했다. 위의 표에서 확인할 수 있듯이 국고(9,250백만 원) 지원은 주로 창작관련 인력양성분야, 수출용 상품개발 지원 및 물적 기반 구축에 투여되었고, 그동안 미미했던 제작지원 분야에의 지원 비율이 강화되는 추세다. 반면, 문화산업진흥기금, 영화진흥금고 및 정보화촉진기금 등은 주로 제작 지원 분야에 집중되어 있고, 총 11,120백만 원의 재원이 투여될 예정이다.