중앙아시아 정부는 각 국가 내정의 소통의 방해물로 생각하는 이슬람원리주의자들을 적극적으로 억압하고자 했다. 우즈베키스탄 카리모프대통령은 자신에 반대하며 테러리즘에 호소하는 원리주의자들을 강력히 처벌하고 극단주의적 이념을 통지하는 정책을 추진하여 인권단체로부터 많은 비난을 받았다.
중앙아시아 정부는 이슬람 원리주의자들이 자행한 테러에 강력히 대처했다. 우즈베키스탄 정부는 소통과 통합을 저해하는 이슬람 원리주의자들에 대해 어떤 정책을 추진하였을까? 중앙아시아 지도자들은 이 지역의 전통성과는 맞지 않는 이슬람 원리주의자들을 적극적으로 억압하고자 했는데, 이슬람 원리주의 운동이 매우 강력한 우즈베키스탄에서 정치적 탄압이 심했다. 즉 이슬람 원리주의 운동은 중앙아시아 각 국가의 내정의 소통을 가로막은 방해물일 뿐이라는 시각을 중앙아시아 정부는 대부분 공감하고 있다. 우즈베키스탄에서 독립 이후 나타났던 국가적 분열 현상의 가장 두드러진 부분이 종교적 갈등이었다. 카리모프 대통령에 반대하는 이슬람 원리주의자들의 활동이 격화되면서 정부지도자들과 이슬람 원리주의자들 간에 메울 수 없는 간격이 생겼다. 이들은 정치적 분야에서 자신들의 입장을 강하게 개진하였다. 일부는 비 테러적인 수단을 사용하기도 했다. 그러나 기본적으로 자신들의 목적을 달성하기 위해서 테러리즘에 호소한 원리주의자들이 많았다. 카리모프 대통령은 정치적 반대파들을 핍박하면서, 동시에 이슬람 원리주의자들을 매우 강력히 처벌하였다. 해외 인권주의자들은 카리모프 대통령을 비난하기 시작했다. 종교적 자유를 수호하는 서방의 가치와 종교 자유를 억압하는 정부의 정책 간에는 심각한 차이점이 존재한다. 카리모프 대통령은 인권단체로부터 매우 나쁜 평가를 받았다. 이슬람 원리주의 단체들은 극단주의적인 이념으로 정부에 의해 통제되었다. 원리주의 단체들의 반대 의견은 거의 모두 무시당했다.