환해장성은 보존을 위한 정비나 고고학조사도 없었고, 일부는 원형이 멸실된 곳도 있다. 이는 문화재 지정이 되지 않고 지역별로 부분적 문화재로 지정됨으로 제도적 보호를 받지 못했기 때문이다. 고려시대 축조되어 조선시대 개보수되면서 제주도 해안전체를 방어하던 성곽으로 일부만 문화재로 지정했다는 것은 이해가 힘들다.
동 시기 성곽 유적인 환해장성의 경우에는 보존을 위한 정비가 거의 이루어지지 않고 있다. 고고학조사는 물론 제대로 된 성곽 복원이 이루어지지 않은 상태에서 일부 환해장성들은 인위적 요인에 의해 그 원형이 멸실된 곳도 있다. 이는 환해장성 전체에 대해 문화재 지정이 이루어지지 않았고 지역별로 위치한 10개소에 대해서만 부분적으로 문화재 지정을 한 까닭에 지정되지 않은 곳은 제도적 보호를 받지 못하고 있기 때문이다. 사실 앞서 언급했지만 환해장성은 고려시대에 처음 축조되었으나 조선시대까지 수차례 개보수를 하며 해안을 방어하였던 성곽으로, 제주도 해안 전체를 둘러쌓았던 성곽인데 성벽이 남아 있는 일부 지역에 한해서만 문화재로 지정을 하였다는 것은 이해하기가 힘들다. 남아 있는 성벽을 포함하여고고학조사 및 문헌 기록 등을 참고하여 전체적으로 지정을 하였다면 지금과 같이 멸실되거나 훼손되는 사례는 방지할 수 있었을 것이다. 지정된 환해장성 역시 성벽 복원 등이 이루어지다가 지금은 거의 중단되어 있는 상태이다. 복원 과정에서 성벽 축조 재료 및 축성 방법 등이 환해장성의 원형을 변질시키고 있다는 지적을 해결하지 못하자 복원사업이 중단되고 말았다.