조선시대의 분황사 관련 기록을 보면 구층탑이 임진왜란때 절반이 훼손되고 전기 문인들의 시구에서 절의 모습과 석탑의 훼손정도가 표현되어 있는것으로 보아 절의 쇠락을 짐작할수 있다.
조선시대의 분황사 관련 기록에는 사세(寺勢)가 쇠락하였거나 이미 폐사되었음을 짐작할 수 있는 내용이 있다. ‘분황사 구층탑(九層塔)은 신라삼보(新羅三寶)중 하나로서 임진왜란(壬辰倭亂)때 절반이 훼손되었고 그 후에 어리석은 중이 탑을 고치려다가 또 절반을 훼손하였다’고 한다. 그러나 신라삼보에는 분황사 석탑이 아닌 황룡사 목탑이 포함되므로 기록의 신빙성에는 의문을 갖게 한다. 한편, 조선 전기 문인들의 시구(詩句)를 통해서도 분황사에 대한 내용을 짐작할 수 있다. 서거정(徐居正, 1420～1488)의 시(詩)에서는 ‘분황사 탑이 우뚝 솟아 있고 황룡사 장육상이 남아 있으며 사찰의 절반 정도는 민가가 들어차 있음’을 나타내고 있는데, 분황사 석탑을 백탑(白塔)으로 표현하고 있다. 어세겸(魚世謙, 1430～1500)의 시에서는 ‘분황사 석탑의 앞뒷면이 이미 훼손되었음’을 짐작할 수 있는 내용이 있다.