항소심에서는 정무수석실의 블랙리스트 범행주도 인정과 박준우 전 수석의 진술번복이 있었다. 재판부는 실수비 회의결과 문건과 정무비서관실의 '비서실장 지시사항 이행 및 대책' 문건 등을 근거로 조 전 장관이 박준우 전 수석으로부터 업무를 인수인계받았다고 판결했다.
박준우 전 수석이 진술을 번복한 것은 2017년 8월 청와대 정무수석실 캐비닛에서 새로운 증거들이 쏟아져 나옴에 따라 더 이상 조윤선 전 수석의 혐의를 부인하기가 어려웠기 때문으로 보인다. 항소심에서는 심지어 정무수석실이 블랙리스트 범행을 ‘주도’한 사실이 새롭게 인정됐는데 그 주요한 근거는 청와대 정무수석실 캐비닛에서 발견된 수석비서관 회의 문건 254건이었다. 재판부에 따르면 2015년 3월 25일자 실수비 회의 결과 문건에는 김기춘 전 비서실장이 ‘민정수석, 정무수석, 교문 수석’을 지목해 좌파에 대한 정부 보조금 지원 현황을 확인하라고 지시한 내용이 담겨있다. 정무비서관실에서 발견된 ｢비서실장 지시사항 이행 및 대책｣이란 제목의 문건에는 ‘종북세력 척결’ ‘보조금 지원 배제 업무’ 등 내용이 적혀있었다. 재판부는 이 같은 문건을 근거로 조 전 장관이 전임자인 박준우 전 수석으로부터 업무를 인수인계받았고 신동철 소통비서관에게 꾸준히 업무 보고를 받았다고 판결했다.