애니메이션 장르의 윈도우 다양성은 장점도 있지만 윈도우별 제작,마케팅,․배급시스템에 차별성있는 노하우와 전문성이 필요하다는 점과 극장 가격 경쟁력이 떨어진다는 점 때문에 단점이 되기도 한다. 여기에 온라인 기반 애니메이션 윈도우의 발달과 OSMU의 성공은 극장이라는 고전적 관람 방식을 무너뜨리는 요인이기도 하다.
셋째, 애니메이션 장르의 윈도우 다양성은 장점이기도 하지만 단점이 되기도 한다. 이러한 예는 만화나 애니메이션에 대해 상대적으로 호의적인 나라로 인식되고 있는 일본에서조차 연간 1편 이상의 애니메이션을 극장에서 본 관객비율이 전체 일본국민 중 14% 정도에 지나지 않는다는 것에서도 유추할 수 있다. 영화가 일차 시장인 극장 상영을 기준으로 시스템이 체계화되어 있다면 애니메이션은 극장용/방송용/OVA 등 매체별 시스템이 각각 차별화되어 있다. 애니메이션의 이러한 매체적 특성은 윈도우별 제작시스템이나 마케팅․배급시스템에 있어 상당한 노하우와 전문적 차별성을 전제할 수밖에 없다. 한편, 현재 7,000원으로 체계화되어 있는 극장 입장권 가격에서 애니메이션을 동일한 가격으로 구입하여 관람하는데 따른 관객들의 선택 흡인력이 실사 영화보다 상대적으로 약하다는 점이 지적되기도 한다. 이른바 가격 경쟁력의 취약성에 따른 이러한 상황은 <오세암>이 여름 시즌 재개봉을 준비하면서 일률적인 입장료 체계를 하향 조정하는 데에서도 알 수 있듯이 국내 애니메이션 환경의 취약성을 드러내주는 대목이다. 아울러, 웹 애니메이션으로 대표되는 온라인 기반 애니메이션 윈도우의 발달로 애니메이션이란 매체에 대한 전통적인 고정관념이 와해되고 있고, 오히려 이 분야에서 애니메이션의 특장점이라 할만한 OSMU(One Source Multi Use) 전략이 성공을 거두고 있는 사례를 발견하기가 더 쉬운 편이다. <졸라맨> 시리즈나 <마시마로>, <우비소년> 등 애니메이션 자체뿐만 아니라 캐릭터, 팬시 등에서도 성공한 몇몇 사례들은 국내 관객들에게 7,000원의 입장료를 지불하고 극장에 오라는 고전적 관람형태를 와해시키는 사례로 꼽을 만하다.