퇴계태실은 종택의 역사적 가치와 종택을 이루는 특징을 잘 따르고 있지만 본채가 증․개축되는 등 많은 변화가 있는 것으로 추정되어 국가민속문화재로의 승격, 지정에 대해서는 논의가 필요하다.
본채, 별당, 가묘 등의 건축물들을 통해 소위 종택에 내재되어 있는 유교적 질서체계를 살펴볼 수 있고 또한 종택을 이루고 있는 각 영역(안채, 사랑채 등)들의 공간구성 및 배치형식 등이 경북 안동지역 일대의 상류 주택에서 보이는 보편적 특징(건축적 규범) 등을 비교적 잘 따르고 있다고 할 수 있다. 특히, 퇴계태실은 종택의 역사적 가치를 더 한다고 할 수 있겠다. 다만, 1985년 온혜파종택(당시 퇴계태실)의 시․도지정 문화재(경상북도 민속자료) 지정 당시 조사의견서에서도 언급된 바와 같이 종택의 본채(안채, 사랑채, 태실)가 증․개축되는 과정에서 많은 변화가 있었던 것으로 추정되므로 국가민속문화재로의 승격, 지정이 타당한 지에 대해서는 논의가 필요할 것으로 판단된다.