만국사기는 자립국가 유지를 위한 국사와 세계사 교육을 목적으로 발간되었다. 그러나 주체적인 역사 기술이 아니라 중국과 일본의 책을 간추렸다는 점에서 비판을 받았다.
『만국사기』는 국가존립의 위기에서 자립국가를 유지하기 위해서는 국사와 세계사를 알아야 한다는 교육적인 측면에서 발행되었다. 국한문 혼용이기는 하나 그때까지 내국인이 알지 못했던 세계의 역사를 국내에 두루 알렸다는 점에서 큰가치를 가진다고 하겠다. 그러나 현채는 내국인들이 식견이 고루하고 자각이 없음을 한탄하면서도 역사를 기술하는데 있어서 한계를 보였다. 곧 그는 주체적으로 세계의 역사를 기술한 것이 아니라 중국어와 일본어로 발행된 세계사를 바탕으로 간추렸기 때문에 일제의 식민사관까지 그대로 수용해버린 것이다. 그래서 후일 박은식 등에게 비판을 받게 된다.