한국문화콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트와 영화진흥위원회 파일롯 지원사업은 유사한 사업을  시행하고 있지만 지원내용 면에서 차이가 있어 혼란이 있을 수 있다. 주무부인 문화관광부가 적극적으로 조정한다면 효율적이 지원이 될 것이며, 이는 모두의 과제일 것이다.
하지만 서로 유사한 성격의 사업지원인 만큼 이러한 지원이 궁극적으로 효율성을 갖추기 위해서는 한국문화콘텐츠진흥원의 스타 프로젝트와 영화진흥위원회 파일롯 지원사업 간에 상호 조율이 필요할 것이다. 2002년 총 25억의 예산을 스타 프로젝트에 책정한 콘텐츠진흥원은 지원대상을 장르 불문, 기획단계, 제작단계, 마케팅 등 제작 전 공정에 대해 지원하겠다고 공표했고 이미 상품화된 프로젝트와 기획단계 프로젝트 모두 지원 가능하게 했다. 이러한 지원 시스템은 애니메이션 장르의 윈도우 융합의 가능성과 전망을 충분히 보장하는 것으로서 그 자체 결함을 내포하고 있다고 보기는 어렵지만, 콘텐츠진흥원과 영화진흥위원회가 유사한 사업을 시행하고 있음에도 불구하고 지원내용 면에서 차이가 존재함으로 인해 발생할 수 있는 혼란을 조정할 필요성은 제기될 수 있을 것이고, 그 역할을 주무부인 문화관광부에서 적극적으로 수행해 준다면 한결 효율적인 지원이 될 것이다. 경우에 따라서 입장차이는 있을 수도 있겠지만 문제는 이러한 현실 속에서도 효율적인 지원방안을 모색해야 하며, 이는 문화관광부나 영화진흥위원회, 콘텐츠진흥원 모두에게 던져진 과제일 수밖에 없다.