교육부 장관은 학교운동부 운영에 나타난 폭력과 성폭력 등 반인권적 행태를 근절하고 인권친화적 운영 및 관리를 위하여 지침을 마련했다.
세 번째는 학교운동부 운영 및 관리에 대한 권고입니다. 교육부 장관은 기존 학교운동부 운영에 나타난 폭력, 성폭력, 장시간 훈련, 합숙소 운영 등의 반인권적 행태를 근절하고, 인권친화적 학교운동부 운영 및 관리를 위하여 지침을 마련하고 준수하도록 다음과 같이 권고합니다. 훈련은 반드시 정규수업 후에 실시하며, 주중훈련 시간 및 휴식시간에 대한 규정을 마련한다. 주말 대회 참여 시 참여일수만큼 학생선수와 지도자의 휴식을 보장한다. 학생선수의 신체적·정서적 건강을 위하여 대학체육회 및 회원종목단체의 혹서기, 혹한기 대회 개최 및 훈련을 최소화하고 선수보호 규정을 마련한다. 학교 밖 변칙적 합숙소를 포함하여 모든 합숙소는 전면 폐지하고 원거리 학생을 대상으로 한 기숙사 운영만 제한적으로 허용한다. 학교운동부 운영 및 대회 참여와 관련하여 학부모의 비공식적 비용 갹출 및 지원은 엄격히 금지하고, 이를 위반 시 관련자를 엄중히 징계하고, 조직적 비리가 밝혀지면 문화체육관광부를 통해 학교운동부의 대회 참여를 제한하거나 금지토록 한다. 학교운동부 지도자는 각종 불법 찬조금을 일절 받지 않는다. 학교운동부 지도자는 학생선수의 진학과 관련된 절차에 어떠한 부당한 개입도 할 수 없다. 이를 위반할 시 문화체육관광부를 통하여 지도자 자격 박탈, 영구제명 등 엄중한 처벌을 가한다. 학교운동부 운영 및 집행의 투명성을 확보하기 위해 각종 대회 참가 및 전지훈련 비용 공개를 의무화한다.