국방부 검찰단은 조사본부로부터 사건 기록과 증거를 송치받아 수사하고 있으며 국방부 장관은 부실 수사와 관련해 조사본부장을 경고하고 수사단장을 사건에서 직무 배제했다.
본 사건에 대한 초동수사 부실에 대하여는 국방부 검찰단이 6월 30일 수요일 조사본부로부터 사건 기록 및 증거를 송치받아 계속 수사를 진행하고 있으며, 제기된 의혹과 관련하여서는 명확한 진상규명을 위해 성역 없이 수사하고 있습니다. 아울러, 국방부 장관은 국방부 조사본부의 부실 수사 의혹과 관련하여 수사에 대한 경각심과 상황의 엄중함을 인식시키고자 조사본부장을 엄중 경고하고, 실무책임자인 수사단장을 이번 사건에서 직무 배제하는 조치를 취하였습니다. 다음은 군검찰 부실 수사의 관련 보고입니다. 국선변호인 K 중위는 3월 9일 화요일 성추행 피해자의 국선변호인으로 선정되었으나, 이후 5월 6일 목요일까지 약 두 달간 법률 지원을 실시하지 않는 등 부실 변론에 의한 직무유기로 유가족에 의해 고소되었고, 국선변호인으로서의 직무를 유기한 혐의로 수사심의위원회에 기소 의견으로 보고하였으나 7월 7일 수요일 국선변호인의 대리인이 수사심의위의 소집을 요청하였는바, 수사심의부의위원회를 통하여 부의 여부를 결정할 예정입니다. 가 비행단 법무실 군검사 L 중위는 군사경찰로부터 4월 7일 수요일 사건을 송치받은 이후 군검사로서 직무를 유기한 혐의로 수사 중에 있습니다. 국방부 검찰단에서 피해자 상관인 A 준위와 B 상사의 사무실, 집 등은 압수수색을 하면서 부실 수사를 한 공군 검찰은 제외하였다가 수사 이관 후 8일 만에 압수수색하는 등 제 식구 감싸기 의혹이 제기되었습니다.