중앙방역조직으로 국립수의과학검역원, 국립식물검역원, 국립수산물품질검사원을 통합한 농림수산 검역검사본부를 설립하고 조직과 인력을 확충합니다. 5개 권역별로 가축질병관리센터를 설치하여 지방방역기관과의 연계를 강화할 것입니다.
넷째, 축산관리자의 책임분담원칙을 성립하겠습니다. 매몰 보상금에 대해서는 상황별, 발생시기별, 그리고 농장규모별로 적정한 보상기준을 마련하고, 가격변동에 따라 보상금이 불합리하게 지급되는 것을 방지하기 위해서 보상금의 지급 폭을 설정하겠습니다. 대규모 축산농가는 백신접종 비용을 일부 부담한다는 원칙을 정하고, 구체적인 내용은 생산자 단체와 협의를 거쳐서 시행해 나가겠습니다. 실질적인 방역주체인 지방자치단체도 매몰 보상금의 일부를 분담하도록 하겠습니다. 지방자치단체의 방역활동과 연계하여 특별교부금 등 지원도 차등화 할 것입니다. 축산업과 관련된 정부의 정책자금도 농가의 방역의무 부담과 연계하여 지원할 것입니다. 다섯째, 매몰지는 친환경적 처리방안을 적극 강구하여 추진하겠습니다. 백신접종을 하게 되면 대규모 매몰 가능성은 줄어듭니다만, 매몰 이후에 소각, 렌더링, 화학처리 등의 방법도 적극 추진해 나가겠습니다. 많은 국민들이 걱정하고 계시는 매몰지 문제에 대해서도 앞으로 3년간 계속 모니터링하고, 환경역량분석을 강화할 것입니다. 여섯째, 중앙·지방의 방역조직을 확충하고 연계를 강화하겠습니다. 중앙방역조직으로 국립수의과학검역원, 국립식물검역원, 국립수산물품질검사원을 통합한 농림수산 검역검사본부를 설립하고 조직과 인력을 확충합니다. 5개 권역별로 가축질병관리센터를 설치하여 지방방역기관과의 연계를 강화할 것입니다. 지방방역기관도 인력과 기능을 확충하고, 주요가축질병 발생시에는 중앙방역기관의 지휘를 받도록 제도화하여 일사불란한 대응체계를 구축하겠습니다.