국방부 검찰단은 압수수색을 진행하였고 피해자 사망의 원인에 대하여 모든 가능성을 열어두고 수사 중에 있으며 공군본부 군사경찰단은 관계자들이 허위 보고한 사실을 확인하였다.
국방부 검찰단은 6월 1일 화요일 사건 개시 후 6월 9일 수요일 공군본부 법무실 소속의 고등검찰부와 인권나래센터를, 6월 18일 금요일에는 법무실장실 등 검찰 관계자들에 대한 압수수색을 각각 진행하였습니다. 압수수색은 사건 진행 정도, 혐의 사실의 특정 등 수사절차에 따라서 이루어진 것이며, 특정 부서를 압수수색 대상에서 제외한 것은 아닙니다. 사망 사건 관련 초동수사 자료 일체를 나 비행단에서 압수하였으나, 변사사건 수사는 하지 않고 결론을 정해놓고 수사한다는 의혹도 있습니다. 국방부 검찰단은 6월 4일 금요일 공군본부 군사경찰단과 나 비행단 군사경찰대대로부터 초동수사 자료를 압수하였고, 변사자의 고등학교 생활기록, 부검감정서 등 일부 기초조사 기록에 대한 보완 후 6월 23일 수요일 부로 기록을 송부받아 피해자 사망의 원인에 대하여 모든 가능성을 열어두고 수사 중에 있습니다. 다음으로 허위 및 지연 보고에 관한 사항입니다. 공군본부 군사경찰단은 5월 22일 토요일 피해자 사망 사건 발생 후 공군참모총장에게는 정상 보고하였으나, 국방부 조사본부에는 강제추행 사실을 누락시키고 단순 변사사건으로 허위 보고한 사실을 확인하였습니다. 공군본부 군사경찰단장 M 대령, 중앙수사대장 N 대령, 수사지도과장 O 중령, 수사상황실장 P 소령 등 관련자 4명 중 중요 사항 누락을 지시한 주체가 누구이며, 이유가 무엇이었는지 쟁점이 되었고, 군사경찰단장 M 대령은 강제추행과 사망 사이의 인과관계가 불분명하고 성추행 피해 사실을 포함할 경우 사망 동기를 예단할 수 있으며, 사건 내용이 외부로 유출될 것을 우려하였다는 취지로 상기 관련자 중 1명이 진술하고 있습니다.