참모총장이 군검찰에 대해서 일반적 지휘·감독권만 행사하도록 하고, 구체적 지휘·감독은 소속 검찰단장에게만 행사하도록 할 예정입니다. 현재 군검찰이 구속영장을 청구할 경우에는 지휘관의 승인을 받아야 하나 지휘관의 구속영장 청구 승인권을 폐지하여 수사의 독립성을 보장할 예정입니다.
이렇게 할 경우 총 96개 검찰부를 4개 검찰부로 축소 운영하게 될 것입니다. 참모총장이 군검찰에 대해서 일반적 지휘·감독권만 행사하도록 하고, 구체적 지휘·감독은 소속 검찰단장에게만 행사하도록 할 예정입니다. 현재 군검찰이 구속영장을 청구할 경우에는 지휘관의 승인을 받아야 하나 지휘관의 구속영장 청구 승인권을 폐지하여 수사의 독립성을 보장할 예정입니다. 헌병을 '수사'와 '작전' 기능으로 분리하여 지휘관이 헌병 수사에 영향을 끼치지 않도록 하고, 헌병 수사 기능의 독립성이 강화될 것으로 기대를 하고 있습니다. 군검찰과 군사법경찰관은 상호 대등한 수사기관으로서 수사와 공소유지를 위한 상호 협조의무를 명확히 할 예정입니다. 군검사는 상급자의 불법·부당한 지휘에 대해 이의를 제기할 수 있도록 지난 5월 23일부터 '군검사 의견제시제도'를 시행하고 있습니다. 헌병의 행정경찰 활동에 대한 법적 근거가 부족하다는 지적이 있어서 헌병의 행정경찰 직무권한에 대한 법적 근거를 마련할 예정입니다. 헌병 병사가 ‘군사법경찰리’로 임명되어 운용하는 것이 인권침해 우려가 있어 헌병 병사에 의한 군무이탈 첩보활동을 폐지하고, 대체방안을 마련 중에 있습니다. 다음 군인권 분야입니다. 국가인권위원회 내에 '군인권보호관' 신설을 추진 중에 있습니다. 세부적인 추진을 위해 국가인권위원회와 국가인권위원회법 개정안에 대해 협의를 진행하고 있습니다. 군 범죄 피해자나 사망자의 유가족에 대한 법률 지원을 위해 국선변호사제도를 도입할 예정입니다.