또한, 신품종들은 소수의 기존품종을 양친으로 사용한 경우가 많아서 유전적으로 매우 밀접하게 연관되어 있어 잎이나 과실 등의 형태적 형질만으로는 품종 구분이 어렵습니다. 개화 이후 과실 특성에 따라 품종 판별이 가능하나, 환경에 영향을 받고, 시간이 많이 소요된다는 단점이 있습니다.
또한, 신품종들은 소수의 기존품종을 양친으로 사용한 경우가 많아서 유전적으로 매우 밀접하게 연관되어 있어 잎이나 과실 등의 형태적 형질만으로는 품종 구분이 어렵습니다. 개화 이후 과실 특성에 따라 품종 판별이 가능하나, 환경에 영향을 받고, 시간이 많이 소요된다는 단점이 있습니다. 이에 과수 묘목 생산 및 유통현장에서 다른 품종이 섞여 생산자와 농업인 간에 분쟁이 많이 발생하고 있어서 이에 대한 대책이 절실히 요구되고 있는 실정입니다. 우리 청에서는 잎이나 과실과 같은 형태적 형질의 조사 없이 소량의 잎 조직만으로도 쉽고 정확하게 품종을 구분할 수 있는 분자마커 82종을 개발하였는데, 이 기술은 잎에서 추출한 DNA와 개발된 프라이머를 이용하여 특정 DNA 부위를 증폭시킨 후 각각의 과종별 품종에 DNA 증폭 유무와 크기에 따라 품종을 판별하는 방법입니다. 과종별 개발된 분자마커 조합에 의해 현재 재배되고 있는 대부분의 주요 사과, 배, 포도, 복숭아 등 5과종에 총 178품종의 판별이 가능할 정도입니다. 이 기술의 장점은 잎이 없는 겨울철에는 가지조직에서 DNA를 추출하여 분석하기 때문에 시기에 제약을 받지 않을 뿐 아니라, 간단한 실험기기만 갖춘 실험실이라면 누구나 쉽고 빠르게 분석이 가능합니다. 이 기술을 이용해서 사과, 배, 포도 등 11건의 품종확인을 지원하여 품종혼입에 따른 농업현장 애로기술을 해결해 주기도 하였습니다. 앞으로 과수 품종혼입을 막기 위해 묘목 생산자에게 품종보증 의무가 요구되는 추세이며, 품종인증 대상은 연간 묘목 생산량의 60%인 약 258만 주로 예상되고 있습니다.