예타를 준비하는 과정에서 계획이 변경되고 예산도 깎이면서 기존에 계획한 것과 실제 예타의 시행에 차이가 있었으며 이로 인해 예타가 장기적으로 진행되어 현장에서 불만이 있었다. 
일종의 가장 중요한 것은 R&D 예타의... R&D의 특성이 그대로 반영됐다고 보시면 됩니다. 지금까지는 경제성이 한 40%가 상당히 중요한 요소였기 때문에요. 기초연구나 어떤 프로그램, 지금은 도전적이고 그다음에 연구결과에 대한 불확실한 게 상당히 많이 있지 않습니까? 그래서 그 분야가 경제성으로 평가하기가 굉장히 어려웠기 때문에 상당히 예타라는 사업을 통과되기가 쉽지 않았었던 게 사실입니다.  그리고 많은 사업들이 일몰을 하고 있는 것 중에서 그런 기초사업 성격들이 좀 있습니다. 원천적이고 기초적인, 도전적이고 창의적인 그런 사업들이 실은 예측할 수 있는, 결과를 예측하기가 쉽지 않거든요.  그런 사업들은 저희가 이번에 특성을 반영을 하고 있기 때문에 경제성 파트가 좀 축소됨으로 인해서 상당히 예타에 우리가 기술성이나 과학성을 좀 더 강조할 수 있는 그런 특징을 갖고 있고요.  두 번째로는 가장 큰 특징이 지난번 예타는... 저도 실질적으로 제가 예타를 해보지를 않아서 모르지만, 가장 현장에서의 불만은 굉장히 장기적으로 예타가 진행되고 있었다는 겁니다. 그래서 한 번 제출하면 보통 2년, 3년... 뭐 2년, 길게는 2년 정도가.  그래서 굉장히 예타를 준비하는 과정에서 계획도 변경되고 그다음에 예산도 깎이고 그래서 결국은 시작할 때 저희가 생각한 것하고, 계획한 것하고 실제로 예타가 시행할 때 상당한 차이가 있었던 걸로 알고 있습니다.