대부분의 지방자치단체에서는 특정기관 위주의 수의계약을 맺는 빈도가 80%를 상회하고 있어 특정인과의 유착 가능성이 있다.
둘째, 연구용역과제 선정의 사전검증 기능 미흡입니다. 과제의 중복․유사성에 대한 사전검증이 형식적이고 미흡한 실정이며, 이는 결국 짜깁기, 표절로 이어질 가능성이 높습니다. 또한, 지방자치단체장의 공약사항 및 선심성 사업들을 추진하면서 타당성 검토 명분으로 용역이 남발될 가능성도 있습니다. 계획성 없는 용역으로 얻게 된 타당성 결과는 실효성이 떨어지고 결국 예산낭비는 물론, 사업의 부실화로 이어질 수 있습니다. 셋째, 수의계약 집중과다 및 과도한 재하도급 실태입니다. 대부분의 지방자치단체에서는 학술연구용역에 대해 특정기관 위주의 수의계약을 맺는 빈도가 매년 80%를 상회하고 있습니다. 연구과제가 특정 연구기관이나 연구자에게 지나치고 편중되어 무자격자와 무리한 수의계약을 통해 특정인과의 유착 가능성도 있습니다. 특히, 지자체 일부 출연기관의 경우 실제 발주 받아 수행하는 용역보다 외주하청 비중이 65% 이상으로 수행과제가 왜곡될 가능성이 매우 높습니다. 하도급 과정에서 계약금액이 편취되고 로비수단으로 악용되어서 부패유발과 예산낭비가 우려되고 있습니다. 넷째, 용역결과 공개 및 평가미흡으로 사후관리에 한계를 보이고 있습니다. 각 지자체별 용역결과 공개가 매우 미흡한 실정이고, 일부 공개하는 곳도 소관 시스템에 한정해서 실명공개 없이 소극적으로 운영하고 있습니다. 용역결과물에 대한 평가기준이 없어서 담당자의 과제수행에 대한 책임성이 결여되는 실정입니다.