일반적으로 정부 부처는 물론이고 진실화해를 위한 과거사정리위원회 등 여타 독립 위원회도 조직의 효율적인 운영을 위해 업무를 종합 조정하는 총괄 부서를 둔 바 있습니다. 또한, 특조위가 정부에 제출한 시행령안에서도 위원회 및 사무처 업무의 종합 조정을 담당하는 기획행정담당관을 두고 있습니다.
하지만 특조위 각 부서의 업무는 상호 유기적으로 연계되어 있어 총괄기능이 필요한 것은 사실입니다. 일반적으로 정부 부처는 물론이고 진실화해를 위한 과거사정리위원회 등 여타 독립 위원회도 조직의 효율적인 운영을 위해 업무를 종합 조정하는 총괄 부서를 둔 바 있습니다. 또한, 특조위가 정부에 제출한 시행령안에서도 위원회 및 사무처 업무의 종합 조정을 담당하는 기획행정담당관을 두고 있습니다. 파견공무원은 특조위의 일원으로서 다양한 지휘·감독과 통제를 받게 되므로 기획조정실장이나 기획총괄담당관이 위원회 업무의 전반을 통제할 수 있다는 것은 과도한 우려라고 생각합니다. 그럼에도 불구하고 기획조정실장 등이 업무 전반을 통제할 것이라는 문제가 계속 제기되어 불필요한 오해를 불식시키기 위해 담당 업무와 기능, 직위, 명칭 등을 수정하였습니다. 기획조정실장은 ´행정지원실장´으로, 기획총괄담당관은 ´기획행정담당관´으로 변경하고, 행정지원실장과 기획행정담당관이 담당하는 업무의 내용을 ‘기획조정’에서 ´협의조정´으로 수정하였습니다. 또한, 행정지원실장과 기획행정담당관은 모두 해수부 파견공무원이 아니라 특조위가 기획재정부 또는 국무조정실 공무원 중 파견공무원을 선택할 수 있도록 하였습니다. 당초 행정자치부에서도 가능성을 열어두었으나 행정자치부가 중대본을 담당했던 연유 등을 고려하여 행정자치부는 최종 배제하는 것으로 하였습니다. 마지막으로, 피해자지원점검과의 업무 내용 관련입니다.