정부는 입법예고 이후 현재까지 특조위 등에서 제출한 의견을 검토하면서 당초 입안취지와 달리 해석되거나 또는 오해의 소지가 있는 부분에 대한 수정방안을 마련하고, 특조위 측과 추가 협의코자 수차례 면담을 요청한 바 있습니다. 그러나 특조위는 정부의 협의제의에 대한 구체적인 답변 대신에 기자회견이나 종교계 및 정치계 인사의 면담 등을 통해 시행령 철폐를 주장하는 등 원만한 협의를 실시하기에 어려운 상황에 처하게 되었습니다.
20여 건이 넘는 그러한 의견들을 주셨고, 특히 특조위와 유가족 분들께서는 입법예고의 마지막 날인 4월 6일에는 정부 입법예고안이 특조위 조사활동의 객관성과 독립성을 훼손한다는 이유로 입법예고안의 전면 철회를 주요 내용으로 하는 의견서를 제출하였습니다. 정부는 입법예고 이후 현재까지 특조위 등에서 제출한 의견을 검토하면서 당초 입안취지와 달리 해석되거나 또는 오해의 소지가 있는 부분에 대한 수정방안을 마련하고, 특조위 측과 추가 협의코자 수차례 면담을 요청한 바 있습니다. 그러나 특조위는 정부의 협의제의에 대한 구체적인 답변 대신에 기자회견이나 종교계 및 정치계 인사의 면담 등을 통해 시행령 철폐를 주장하는 등 원만한 협의를 실시하기에 어려운 상황에 처하게 되었습니다. 구체적으로는 정부는 지난 4월 21일에도 최고위급 협의를 제시하였으나 특조위에서는 4월 22일 협의를 거부하는 한편, 다음날인 4월 23일에 열리는 공개토론회의 참석을 정부 측에 통보하고, 정부의 불참사실을 언론 등을 통해 비판하는 등 원만한 협의가 어렵다고 판단되었습니다. 정부는 4월 27일에도 재차 특조위 측에 ´관련 쟁점에 대해서 논의하자´고 제안하였으나 특조위는 답변을 유보한 채 시행령 철폐에 대한 대통령의 결단을 촉구하면서 광화문 광장에서 연좌농성에 돌입한 바 있습니다. 이러한 상황에 대해 유감스럽게 생각하면서도 또한 이를 지켜보는 국민 여러분께 송구하게 생각합니다. 여야 합의로 어렵게 특별법을 제정하여 특별조사위원회를 설치하도록 한 것은 전문적이고 객관적인 관점에서 세월호 사고의 근본적인 원인을 규명하여 우리사회가 지금보다 더 안전한 사회로 발전할 수 있는 계기를 마련하라는 국민적인 염원을 반영한 것입니다.