국토교통부는 중앙징계위원회에 업무를 태만히 하고 지휘·감독을 소홀히 한 관련 공무원에 대해 중징계와 징계를 해 달라고 요구했다.
결국, 공정성 훼손으로 진실을 말할 수 있는 분위기를 만들어주지 못한 결과로, 박 사무장으로부터 사건의 실체적 진실을 듣는데 실패하였고, 또 그가 작성한 회사 내 최초 보고서의 존재를 모른 채 조사에 임했을 뿐만 아니라, 사건을 객관적으로 진술할 1등석 승객을 조사하지 못한 결과로서 검찰에 고발할 때까지 부사장의 폭행·협박이 있었다는 사실을 알지 못함으로써 부실조사 시비를 야기하였습니다. 마지막으로 조사를 담당하는 감독관이 대한항공에 근무한 경력이 있어 ´대한항공 봐주기´ 의혹이 제기될 수 있었던 것인 만큼, 공정성 시비가 없도록 사전 철저한 지휘·감독이 필요했음에도 조사관이 조사 과정에서 대한항공 임직원과 수차례 핸드폰 통화와 문자메시지를 주고받은 사실을 방치함으로써 결국 우리 부 조사 결과가 누설되고 신뢰를 상실하는 결과를 초래하였습니다. 이에 특별감찰반은 해당조사관에 대하여 지난 12월 23일 검찰에 수사의뢰 하였고, 12월 26일 검찰에 구속되었습니다. 끝으로 국토교통부는 이러한 감사결과를 바탕으로 이 건 조사와 관련하여 초기 대응 미흡, 조사 과정상 공정성 훼손, 미숙한 조사 등 업무를 태만히 하고, 지휘·감독을 소홀히 한 관련 공무원 8명 중 공무상 비밀누설 혐의가 있는 1명에 대해서 중징계, 3명에 대해서 징계토록 중앙징계위원회에 요구하기로 하였고, 4명에 대해서는 경고 등 문책을 하기로 하였습니다. 또한, 검찰 수사에서 추가적인 비위가 드러날 경우 엄정 조치하기로 하였습니다.