미인가 교육시설의 방과 후 보충수업 형태로 보충적 프로그램을 운영하는 경우는 종교시설 방역수칙을 적용해 행정명령을 발동하고 일체의 활동 자체가 금지된다.
현재 기숙형 학교의 경우에는 기숙사 입소 이틀 이내에 PCR 검사를 받아서 음성확인서를 제출해야 되고, 외출과 숙박이 금지되고 불가피하게 이것을 할 때도 다시 진단검사를 받도록 방역수칙이 의무화되어 있고, 또한 시설 내에서 학습이 일어날 경우에도 거리두기나 개인방역관리에 대한 방역수칙들이 함께 의무화되어 있습니다.  앞으로는 이러한 방역수칙들을 행정명령으로 의무화시켜서 발동시키는 작업들을 지자체들이 하고 있고, 이를 준수하는지는 점검하게 될 것입니다.  또한, 또 다른 형태로 마찬가지로 수련회 등에서 운영하고 있는 미인가 교육시설의 형태에서는 이렇게 기숙형 학원처럼 대안학교적 성격으로 운영되고 있는 게 아니라 기존에 학교를 다니고 있던 학생들을 대상으로 방과 후 보충수업 형태의 보충적 프로그램으로 운영하는 경우들도 있습니다.  이 경우에 한해서는 오히려 이런 부분들은 현재 교회나 기도원 등에서 하고 있는 방과 후 보충 프로그램과 유사 성격으로 간주해서 종교시설 방역수칙을 적용해서 행정명령을 발동하고 있고, 그에 따라서 모든 소모임과 교습 등이 금지되는 종교시설 방역수칙에 따라 이러한 일체의 활동 자체가 앞으로 금지되게 됩니다.  마지막으로 이러한 시설들에 대해서 당부를 드리는데, 지금 미인가 교육시설의 형태를 띠고 있지만 실제적인 운영 속성에 있어서는 감염이 주로 발생되는 양태들은 교육과정 중의 행동 특성보다는 다 같이 모여서 찬송을 한다든지 다 같이 통성기도를 하는 등의 종교적 활동이 같이 반복되면서 이런 밀폐 공간에서의 감염이 커졌다, 라고 지금 보고 있는 중입니다.