전속고발제가 폐지되면, 공정위가 자진신고자에 대한 행정책임을 면제해준 후에도 검찰에서 다시 형사처벌 할 가능성이 있는 등 자진신고자는 불안정한 지위에 놓이게 되어 자진신고가 위축될 우려가 있습니다. 이에 자진신고자에 대한 형벌을 감면해주는 근거를 법률에 명확하게 규정하여 형벌감면 여부에 관한 예측가능성을 높이기로 하였습니다.
그런데 전속고발제가 폐지되면 공정위 조사와 검찰 수사가 중복적으로 진행되어 정상적인 기업활동이 위축될 우려가 있습니다. 이에 검찰 우선 수사대상 사건으로 국민경제에 심대한 피해를 초래하거나 국민적 관심, 사회적 비난 가능성이 큰 사건에 한하여 검찰에서 우선 수사하고, 그 외 사건은 공정거래위원회가 우선 조사하기로 하였습니다. 이때 공정위는 원칙적으로 13개월 내에 조사를 마치고 관련 자료를 검찰에 송부하게 됩니다. 둘째, 전속고발제 폐지로 인하여 위축될 수 있는 자진신고 감면제도의 활성화 방안에 관하여 합의하였습니다. 전속고발제가 폐지되면, 공정위가 자진신고자에 대한 행정책임을 면제해준 후에도 검찰에서 다시 형사처벌 할 가능성이 있는 등 자진신고자는 불안정한 지위에 놓이게 되어 자진신고가 위축될 우려가 있습니다. 이에 자진신고자에 대한 형벌을 감면해주는 근거를 법률에 명확하게 규정하여 형벌감면 여부에 관한 예측가능성을 높이기로 하였습니다. 1순위 자진신고자는 형을 면제하고, 2순위 자진신고자는 형을 임의적으로 감경할 수 있도록 하고, 사업자뿐만 아니라, 임직원 등 개인도 책임을, 개인책임도... 개인도 면책하는 것을 법률에 명확히 규정하는 것입니다. 또한, 양 기관 간 긴밀한 협력과 정보공유를 통해 감면제도를 안정적으로 원활히 운영하기로 하였습니다. 공정위는 공정위 자료와 공정위 의견을 검찰에 송부하고, 검찰은 공정위의 의견을 최대한 존중하여 형사면책 여부를 판단하기로 하였습니다.