타 기관 고위공무원의 세무조사에 대한 부당한 영향력 행사 금지 법제화, 세무조사의 절차 준수와 적법성 관리 강화, 홈택스를 통한 세무조사 진행 사항 확인 가능 등을 권고한다.
또한 세무조사에 대한 외압 가능성을 원천 차단하기 위해서 타 기관 고위공무원 등의 세무조사에 대한 부당한 영향력 행사 금지를 법제화할 것을 권고합니다. 아울러 과거 세무조사 점검 결과 조사권 남용 수단으로 지적된 교차세무조사제도의 경우 자체 제도개선 방안을 마련·시행할 것을 권고하며, 감사원의 국세청에 대한 감사 시 문제가 된 조사 건을 포함하여 교차세무조사의 운영실태 및 개선방안에 대해 추가 검증해줄 것을 요청합니다. 둘째, 세무조사의 절차 준수 및 적법성 관리 강화를 권고합니다. 이를 위해 우선 조사현장에서 조사팀이 실적을 의식하여 무리하게 과세를 하지 못하도록 추징세액 등 계량평가 항목을 대폭 축소하는 방향으로 조사 분야 성과평가체계를 개편할 것을 권고하며, 세무조사 문화와 관행을 국민의 눈높이에 맞게 개선하기 위하여 조사항목, 과세근거 등 조사내용을 상세히 기록하고, 관련서류 등을 철저히 보존하도록 하는 등 체계적 기록관리 방안을 마련할 것을 권고합니다. 셋째, 세무조사 운영의 투명성 확보 및 부담완화를 위해 홈택스 서비스를 통해 납세자가 조사착수, 기간연장, 처리결과 등 세무조사 진행을 한눈에 파악할 수 있도록 하고, 세무조사 종결 전에 조사내용을 납세자에게 상세히 설명하고 우선적으로 수정신고 할 수 있음을 안내할 것을 권고합니다. 넷째, 외부위원 중심의 납세자보호위원회의 기능과 역할을 강화하여 위법·부당한 세무조사에 대한 납세자보호위원회의 실질적 견제·감독기능을 강화하는 한편, 모든 위원을 외부위원으로 구성하는 경우에도 위원회 심의의 공정성과 신뢰성을 담보할 수 있도록 균형된 시각과 전문성을 갖춘 역량 있는 외부위원을 위촉할 것을 권고합니다.