장기적으로 봐야할 바이오 벤처와 성격이 다른 코스닥 등록 요건은 바이오 벤처에게 불리하게 작용되어 자금난을 증가시켰고 이로인해 몇 회사는 해외시장으로 진출할 계획도 세웠다고 한다. 정부는 2004년에 요건을 완화할 정책을 발표하여 자금난을 절감시켰다. 
또한 연구개발에서 제품화 기간이 긴 바이오산업의의 특성을 고려하지 않은 코스닥 등록 요건도 바이오 벤처의 자금난을 가중시켰다. 코스닥 등록을 위해서는 경상이익 실현과 자기자본이율(ROE, Return On Equity) 5% 이상이라는 조건을 충족시켜야 했는데, 초기 투자비용에 비해 연구개발 기간이 긴 바이오 벤처에는 불리한 조항이었기 때문이었다. 창업 초기의 바이오 벤처는 장래성이 있는 원천기술을 개발했거나 보유하고 있음에도 불구하고 일정 수준 이상의 매출과 수익을 올리지 못할 경우, 코스닥에 등록하지 못하고 따라서 추가자금을 확보할 수 없게 되는 것이었다(국민일보, 2000. 10. 12; 김완주, 2003; 김영환, 양태용, 2006). 이런 상황은 몇년 동안 변하지 않고 계속 되었는데, 실제로 2004년 일부 회사들은 까다로운 코스닥 등록 요건 때문에 해외시장으로 진출할 계획을 세우기도 했다(헤럴드경제, 2004. 12. 13). 이런 어려움은 2004년 12월 24일 정부가 ‘벤처기업 활성화 대책’을 발표하여 코스닥 상장 요건을 대폭 완화하면서 어느 정도 경감되었다.