유익한 미생물은 식품발효(포도주, 식초, 빵, 치즈, 요구르트), 의약 소재(페니실린), 산업공정에 이용된다. 반면 인간 전염병(흑사병), 가축 전염병(구제역, 조류 독감), 식물병 등은 해로운  미생물로 유발되는 것이다. 이같이 미생물은 양면성을 가지고 있고 인류는 이런 요인들을 잘 조절해 미생물이 주는 각종 혜택을 누려왔다.
미생물의 범주에는 일반적으로 진균(Fungi), 세균(Bacteria), 바이러스(Virus), 원생동물(Protozoa), 조류(Algae) 등을 포함한 20만 여종이 존재하는 것으로 알려져 있으며, 우리가 인지하지 못하는 약 1,000만 여종의 미생물이 존재하는 것으로 추정된다. 유익한 미생물은 식품발효, 의약 소재, 산업공정에 이용하고 있다. 포도주와 식초는 기원전 1만 년, 빵은 4천 년 경에 만들어진 발효식품으로 추정되며, 치즈와 요구르트는 기원전 3천 년 경에 중앙아시아 지역에서 우연히 발견된 발효식품이다. 또한 고대 바빌로니아, 이집트, 그리스 등에서는 술, 식초, 곰팡이 핀 빵 등을 의약 소재로 사용하였으며, 플레밍(1929년)은 푸른곰팡이에서 항생제(페니실린)를 분리하여 질병 치료에 획기적인 전기를 마련하기도 했다. 미생물의 해로운 영향은 인간 전염병, 가축 전염병, 식물병 등을 유발한다는 것이다. 인간 전염병인 흑사병은 인류 역사상 최악의 전염병으로 1347~1351년에 유럽 인구의 30%에 달하는 2,500만 명이 희생되었으며, 최근에는 구제역, 조류 독감 등으로 수백만 마리의 가축이 몰살하는 가축 전염병이 빈번하게 발생하고 있다. 이같이 미생물은 양면성을 가지고 있으며 인류는 이런 요인들을 잘 조절해 미생물이 주는 각종 혜택을 누려왔다.