규제를 제정하는데 있어 관련 이해관계 당사자들이 해당 제도에서 정해진 역할과 활동을 하면서 들어가는 제도 관리 및 운영 비용을 간과해서는 안된다. 따라서 해당 비용의 목적과 편익이 조화를 이루도록 설계에 유념해야 한다.
본 연구가 거래비용이론에 주목한 것은 크게 두 가지 이유이다. 첫째, 규제제도를 설계·운영하는데 있어 정책적 시사점을 제시하고 있기 때문이다. 규제를 하나의 거래로 가정하면 소비자(피규제자)와 생산자(규제자) 간 정보 부족과 정보 비대칭성에 따른 거래비용이 문제점으로 작용하게 되며, 사회후생이 감소하는 문제점이 발생한다. 예를 들어 배출권거래제도의 경우 규제기관으로 하여금 사업장에 오염배출권을 할당하기 위한 관련 정보 수집 및 협의의 과정을 거치도록 함으로써 ‘사전 거래비용’을 발생시키며, 사업장의 실제 배출량을 모니터링하는데 소요되는 ‘사후 거래비용’도 발생시킨다. 게다가 기업 역시 배출권을 거래하기 위한 당사자 간 탐색비용, 거래 당사자와 협상하고 계약을 체결하기 위한 비용 등이 발생하게 되어 제도 운영 자체에 비용소모가 증가하게 된다.