행위별수가제는 과잉 진료 유발, 제공자들의 의료서비스 강도 높임, 보험 청구 문제와 같은 단점들이 존재한다. 짧은 진료 시간을 진행하고 재방문을 유도한다던가, 제왕절개를 요구하여 보험 비적용 서비스로 대체하도록 하는 등 부당한 문제가 존재한다. 
한국의 행위별수가제는 몇 가지 단점이 존재한다. 첫째, 이 제도는 제공자들이 이윤추구의 목적으로 불필요한 치료를 받도록 유인함으로써 과잉 진료를 유발한다. 예를 들면 의사들은 경미한 질병으로 병원을 찾은 환자에게 3분 정도의 진찰을 시행하고 질병의 경과를 확인하기 위해 3일 정도 뒤에 재방문을 하도록 권고하는 경우가 있다. 둘째, 제공자들은 의료서비스의 강도를 높이고 싶어 한다. 단적인 예로 1985년 6%였던 제왕절개 비율이 2008년 36%로 증가하였는데 한국의 제왕절개 비율은 세계에서 가장 높은 수준이며 세계보건기구 WHO의 권고수준보다 10% 높다. 셋째, 이러한 제도는 의사들이 보험적용 서비스를 수가의 규제를 받지 않는 보험 비적용 서비스로 대체하도록 유인하며 마지막으로는 청구오류 및 부당청구 역시 문제가 된다(OECD 대한민국 정책센터, 2010). 한국보건사회연구원에서 건강보험 부적정 지출 규모를 추계한 결과에 따르면 부적정 지출로 인한 총 재정 누수 규모는 2014년에는 2.3조에서 4.0조였으며, 2020년에는 3.8조 에서 6.6조원(급여비의 6.34%~8.42%)으로 증가할 것으로 추계되었다. 적발된 부적정 지출 환수결정 금액이 차지하는 2.15%를 제외하면 급여비의 약 1% 내외가 여전히 부당한 의도로 지출되고 있다는 지적이다(신영석 외, 2015).