종합과학기술회의는 문부과학성과 경제산업성을 총괄하는 범부처 기구로 국가 전체의 과학기술종합전략 수립, 기본계획 확정, 인력과 예산 배분평가를 맡고 있으며 원칙적으로 한 달에 한 번 개최된다. 또한 국가적, 사회적 과제를 알맞은 때에 적절하게 대응하기 위한 과학기술의 종합전략을 입안한다.
종합과학기술회의는 2001년 1월 중앙부처 재편에 수반하여 내각부설치법에 의거하여 ‘중요 정책에 관한 회의’의 하나로서 내각부에 설치된 4개의 주요 심의회 중 하나로 내각부 내에 이를 뒷받침할 수 있는 과학기술 정책 대신과 과학기술혁신 설치·운영됨으로써 국가 전체의 과학기술종합전략 수립, 기본계획 확정, 인력과 예산 배분평가를 담당한다. 종합과학기술회의는 문부과학성과 경제산업성을 총괄하는 범부처 기구로서 한국의 과학기술위원회와 유사한 기능을 담당한다. 현재 원칙적으로 한 달에 한 번 개최되며 의장인 내각총리대신을 비롯해 관계 각료와 전문가 등 14인이 출석한다. 회의의 내용으로는 과학기술에 대한 기본 정책 및 조사 심의, 과학기술예산 및 인재의 자원배분 등에 관한 조사 심의, 국가적으로 중요한 연구개발의 평가 등을 진행한다. 종합과학기술회의에는 국가적·사회적 과제에 적시 적절하게 대응하기 위한 과학기술의 종합전략을 입안한다. 과학기술외교 중점시책으로는 외국과의 정책 대화 확충 및 강화, 정부 내 연계 및 정부와 주일대사관의 연계강화, 재외 공관과 해외사무소의 네트워크 강화, 개방형 데이터베이스(Open Access Database)의 개발, 일본 과학기술 정보의 확충 및 제공을 추진한다. (성지은, 2011)