선행 연구 등을 종합하면 비교효과연구 주제 우선순위 설정을 위한 다섯가지 원칙을 꼽을 수 있다. 첫째, 조직의 전략적 방향 내에서 우선순위를 찾아내야 한다. 둘째, 일관성 있는 기준을 세워 우선 순위를 결정해야 한다. 셋째, 신뢰성 확보를 위해 모든 과정에 걸쳐 이해당사자를 참여시켜야 한다.  넷째, 이해당사자들이 결정에 사용된 근거를 볼 수 있었야 하고, 다섯째,  우선순위 설정 방법들을 지속적으로 개선해 나가야 한다.
지금까지 살펴본 기존의 비교효과연구 주제 우선순위 선정을 수행하는 국외 기관들의 사례를 살펴본 결과들은 Whitlock(2009) 등이 제안한 높은 우선순위의 주제들을 선택하기 위한 다섯 가지 원칙으로 요약하여 설명할 수 있겠다. 구체적으로 살펴보면, 첫째, 해당 조직의 설립 취지와 전체적인 전략적 방향 내에서 우선순위 도출이 이루어져야 한다는 것이다. 둘째, 우선순위 결정과정에 명료하며 일관성 있는 우선순위 선정 기준을 적용해야한다는 것이다. 셋째는 주제의 인식과 우선순위를 정하는 전 과정에 이해당사자(stakeholder)를 참여시킬 필요가 있다는 것이다. 이해 당사자를 정보제공자로 참여시키는 것은 신뢰성을 줄 수 있고 실제 현장에 필요한 연구를 수행할 수 있다는 장점이 있다. 그리고 IOM(Institute of Medicine)에 따르면 대상자에 따라 연구 수요가 다를 수 있으므로 주제 인식(또는 주제 제안) 과정에서 이해당사자의 참여가 필요하다고 설명하고 있다. 예를 들어 보험자는 치료법들의 비교 효과에 관심을 갖게 되고 식품의약품안전청과 같은 규제기관의 경우는 해당의료기술의 안전성과 효과성에 관심이 많고 임상의사와 환자들은연구결과가 그들의 특정 상태에 적용될 수 있는지 여부가 관심사이므로 주된 대상자에 따라 연구 수요가 달라질 수 있다. 넷째는 투명성의 원칙이다. 특정 주제가 선정되는 과정과 기준에 따른 우선순위 설정이 합리적이어야 하며, 결정에 사용된 근거가 포함된 기록은 명시적이고 이해당사자들이 모두 볼 수 있어야 한다. 다섯째는 우선순위 설정 방법들의 지속적 평가와 개선이다. 현존하는 우선순위 설정 과정에서 고려되는 기준들은 다소 이상적이고주관적이므로 다양한 측면에서의 평가와 지속적인 개선이 필수적이다.