해파리 출현 모니터링은 해파리의 출현을 파악하고 경로를 예측해 피해를 최소화화기 위해 실시되며 중앙정부, 지자체, 어업인이 모두 참여한다. 근해지역은 국립수산과학원이 노무라입긴해파리에 대해 정기해양조사·목시조사를 하며, 연안 조사는 보름달물해파리 우심해역에 대해 해파리 정기조사와 지자체 모니터링·민간 모니터링 요원도 운영한다. 유생조사 및 제거 활동도 실시한다. 
사전예방 강화를 위해 수행하고 있는 해파리 출현 모니터링은 해파리 출현상황 을 신속하게 파악하고 해파리의 이동‧확산 경로를 예측하여 해파리로 인한 피해 를 최소화하기 위해 실시된다.35 해파리 출현 모니터링은 근해조사와 연안조사와 같이 해역별로 모니터링이 체계적으로 수행되고 있다. 먼저 근해지역에 대한 해 파리 모니터링은 국립수산과학원이 정기적(5월부터 10월까지 월 1회)으로 수행하 는 정기해양조사가 있다. 정기해양조사는 노무라입깃해파리의 유입 및 이동을 파 악하기 위해 수행된다. 정기해양조사를 보완하기 위해 근해역을 운항하는 여객선 을 활용하여 목시조사를 실시하는 여객선 조사를 수행하고 있다. 다음으로 연안 조사는 보름달물해파리 우심해역에 대해서 국립수산과학원이 5월부터 10월까지 월간 모니터링을 수행하는 해파리 정기조사와, 각 지자체에서 정기예찰 계획을 수립하여 수행하는 지자체 모니터링이 있다. 보완적으로 어업인을 중심으로 민간 모니터링 요원도 운영하여 해파리 발생동향에 대한 정보를 공유한다.36 해파리 모니터링 체계 운영에 중앙정부, 지자체뿐만 아니라 어업인이 직접 참여한다는 점에서 민관협동체계가 비교적 잘 구축되어 있다고 할 수 있다. 또한 우리나라에 서 자생하는 보름달물해파리의 대량 발생을 유생단계에서 사전에 차단하기 위해 서 해파리 유생조사 및 제거 활동도 체계적으로 실시하고 있다.37