해수유통 이후 저층 환경이 개선될 때 저서동물의 종수가 증가했다가, 여름철에는 빈산소층의 형성으로 저서동물이 사라져버리는 경향이 지속되고 있었다. 
공사 이전 옛 군자만에서는 평균 40여 종의 저서동물이 보고되었다(KORDI, 1981). 방조제가 완공되면서 출현종수는 급격하게 감소하였으며, 담수화가 시작된 1995년부터 1997년 여름철까지는 저서동물이 매우 제한적으로 출현했다(그림 4-38). 특히 빈산소층이 형성되었던 시기에는 시화호 대부분의 해역이 무생물대로 변했다. 갑문을 통한 해수의 상시 유통이 진행되면서 시화호의 저서동물은 큰 폭의 증가와 감소를 반복하는 양상으로 바뀌었다. 즉, 해수유통 이후 저층 환경이 개선되는 시기에는 저서동물의 종수가 증가했다가, 여름철에는 빈산소층의 형성으로 저서동물이 사라져버리는 경향이 계속되고 있었다(그림 4-38). 그러나 갑문해역에서 해수 상시유통 이후 종수의 급격한 증가가 나타났으며, 여름철에도 지속적으로 저서동물이 군집을 유지했다.