한국사회적기업 진흥원 안의 협동조합 본부는 협동조합을 지원하는 조직으로 교육, 설립·경영 지원, 중간지원기관의 지원, 국제교류와 홍보를 담당한다.
다음으로 협동조합 지원을 위한 조직으로 한국사회적기업진흥원 내 협동조합 본부의 사업을 살펴보겠다. 협동조합 본부의 사업은 주로 교육, 협동조합의 설립 인가지원, 경영지원, 지역의 중간지원기관 지원, 홍보 및 국제교류로 나뉜다. 그리고 전체 관련 사업 예산은 2013년 14억 9천만원에서 2014년 22억 4천만원으로 소폭 상승하였다. 사업들을 세부적으로 살펴보면, 협동조합 설립 인사 지원 사업은 사회적협동조합의 지역거점별 통합지원 확대 운영 및 협동조합 인가지원을 하고 있었다. 교육 분야에서는 협동조합 설립희망자, 임원 및 조합원 , 관련 중간지원조직의 설립, 운영, 지원 능력 강화 등이 있었다. 2014년 말 현재 월 1회씩 개최하여 설립희망자 2,387명, 반기 1회 제공하는 협동조합 관련자들 교육은 266명이 교육을 받았다. 이외에도 홍보문야에서는 주로 뉴스레터 제작 및 배포 등이 이루어졌다.