지상파 관련 정책은 유료방송 시장에 영향을 미쳐 미래부의 소관 사무 및 정책과 중첩되고 충돌을 일으킨다. 이 같은 갈등에 대비한 방통위와 미래부의 정책협력 양해각서(MOU) 체결, 공동 연구반 운영 등의 협업 시도에도 불구하고 양 기관 간의 마찰이 끊이지 않는다. 
하지만 이러한 방통위와 미래부의 방송 정책 소관사무 구분은 갈등의 끝이 아니라 새 로운 갈등의 시발점이 되었다. 정책 차원에서 떼려야 뗄 수 없는 지상파와 유료방송 정 책의 구분, 동전의 양면 같은 ‘규제’와 ‘진흥’의 분리, 정부부처 간에 존재하는 뿌리 깊 은 영역 주의 내지 부처이기주의에 비추어 양부처간 업무의 중복, 유사성, 내지 충돌이 예견된 바 있다. 예컨대 국내 방송시장에서 지상파는 플랫폼사업자인 동시에 방송채널 사용사업자로써 유료방송과 직접적 경쟁관계에 있다. 따라서 지상파 관련 정책은 필연 적으로 유료방송 시장에 영향을 미쳐 미래부의 소관 사무 및 정책과 중첩되고 많은 경우 충돌을 야기한다. 이는 방송정책 영역에서 발생하는 수많은 갈등 사례 중 하나에 불 과하다. 2013년 말 현재 방송시장에 대한 규제, 인허가, 새로운 서비스의 도입, 차세대 방송 인프라 구축 등 핵심적인 방송정책 사안을 둘러싸고 방통위와 미래부 간에 갈등이 빚어지고 있다. 이 같은 갈등에 대비한 방통위와 미래부의 정책협력 양해각서(MOU) 체 결, 공동 연구반 운영 등의 협업 시도에도 불구하고 양 기관 간의 마찰이 끊이지 않고있다.