6년제 약학 교육의 시행 목적을 교육부에선 국제 수준 학제 마련, 전문 인력 양성 등에, 보건복지부는 역량 있는 전문 연구 인력과 약사 배출을 통한 국민건강 증진에 두고 있다.
정부가 제시한 6년제 약학교육의 시행 목적을 관계집단별로 살펴보면 다음과 같다. 먼저 교육부는 국제적 기준에 걸맞는 국제 수준의 학제 마련, 약사 직무수행에 요구되는 실무실습기간의 확보, 약대 6년제의 세계적 추세, 의약분업에 따른 약사직무의 변화 대처, 국민보건증진에 기여할 수 있는 약사양성 교육체제 구축, 폭넓은 교양과 전문지식을 겸비한 전문인력 양성, 고교입시 과열 해소에 목적을 두었다. 보건복지부는 제약 산업을 우리나라의 미래 성장 동력의 하나로 육성하게 됨에 따라 이 분야에서 활약할 전문 연구인력을 대학에서 양성․배출, 이론과 실무를 두루 갖춘 역량있는 약사를 배출하여 국민건강 증진을 도모하고자 하였다.