유전체 분석정보로 개체의 능력을 추정하려면 각 유전적 표지인자별 값을 알아야 한다. 능력도 측정하고 유전체 분석도 해야 한다면 유전체 분석이 필요한가 의문이 들겠지만 어릴 때에 조기 선발을 할 수 있다면 유전체 분석비용을 지출할 충분한 가치가 있다.
우선 유전체 분석정보로 개체의 능력을 추정하려면 각 유전적 표지인자별 값을 알아야 한다. 5만개의 마커를 가지고 돼지의 체중을 예측한다면, 우선 5만개의 마커 하나하나가 돼지체중에 얼마나 기여하는지를 알아야 한다. 그러려면 돼지의 체중과 해당 돼지의 마커정보를 알아야 한다. 이렇게 수 천~수 만 마리의 체중과 마커정보를 수집한 후 통계분석을 통해 각 마커가 체중에 기여하는 값을 계산한다. 이런 다음에야 어떤 개체의 마커 정보를 가지고 해당 개체의 능력을 추정할 수 있게 된다. 또한 개량이 진행되면서 마커가 기여하는 값이 변화할 수 있기 때문에 기존에 수행해 왔던 능력측정 업무는 계속 수행하면서 마커의 값도 계속 추정하여야 한다. 문득, 능력도 측정하고 유전체 분석도 해야 한다면 굳이 유전체 분석을 할 필요가 있는지 의문이 들 수도 있겠다. 그러나 가축을 어릴 때에 조기 선발을 할 수 있다면 유전체 분석비용을 지출할 충분한 가치가 있다.