시화호 저층수의 방조제 완공 이후 외해수와의 교환과는 상관없이 매년 빈산소층이 형성되고 있다. 6월부터 시작하여 8월과 9월에는 일부 해역을 제외한 곳에 형성이 확대되는 실태다.
시화호 저층수에는 방조제 완공 약 1년 이후부터 빈산소층이 형성되기 시작하였으며, 이후 매년 여름철마다 빈산소층이 형성되고 있다(그림 4-37). 배수갑문을 통한 외해수와의 교환이 있기 전 약 3년 동안(1995 ~ 1997년)은 매년 여름철에 전 해역에 걸쳐 빈산소 층이 형성되었고, 외해수와의 교환 이후에도 갑문해역을 제외한 대부분의 해역 저층수에는 매년 빈산소층이 형성되었다. 강수량이 증가하는 6월부터 시화호 내측의 깊은 해역과 상류해역을 중심으로 빈산소층이 형성되기 시작하여, 8월과 9월에는 갑문 일부 해역을 제외한 해역으로 빈산소층 형성이 확대되는 경향이 현재까지 계속되고 있었다.