외무성과 문부과학성은 과학기술정책과 외교를 연계하여 과학기술외교를 담당할 재외 공간 기능 강화, 외국과의 정책 대화 확충 등을 중점적으로 추진하고 있다.
외무성은 문부과학성과 함께 일부 국제협력 업무를 담당하며 과학기술정책과 외교의 상승효과를 연계하여 일본의 중요 외교과제를 실현하고자 한다. 과학기술국제협력 담당 조직으로는 외무성내 국제협력국으로 일본국제협력국(JICA)와 함께 글로벌 이슈 차원의 과학기술을 협력한다. 또한 과학기술외교 기반의 강화를 위하여 외국과의 정책 대화 확충 및 강화, 과학기술외교를 담당할 재외 공관의 기능강화, 국제회의 및 국제기구에서의 일본의 리더십 발휘 강화, 정부 내 연계 및 정부와 주일대사관의 연계강화, 재외 공간과 해외 사무소의 네트워크 강화, 일본 과학기술 정보의 확충 및 제공을 중점시책으로 추진한다.