따라서 방송통신위원회와 미래창조과학부의 긴밀한 협력 시스템이 필요하다. 시급한 분야보다 협력이 가능한 분야를 우선 정해 상호 신뢰를 구축하고 협력으로 확대해 나가는 것이다. 또한 정책협의와 관련해 법적 구속력을 강행하는 것도 대안이라는 의견이 있고,  미래창조과학부의 권한을 방통위에 분산하는 방법도 있다. 그러나 형식적 협의에 그칠 가능성이 있다.
이런 측면에서 방송통신위원회와 미래창조과학부는 이러한 측면에서 다른 어느 부처 보다도 긴밀한 정책협력 시스템을 구축해야 한다. 정책협의체 운영방식과 관련하여 전문가들은 협력이 시급한 분야보다는 협력이 가능한 분야부터 우선순위를 정하여 추진하 고 이를 기반으로 양 부처가 상호 신뢰를 구축한 다음 그동안의 협력 성과를 바탕으로 정책협력의 이슈와 범위를 점차 확대해 나가는 것이 필요하다는 의견도 존재한다. 처음 부터 민감한 이슈를 정책협력의제로 설정할 경우 이해관계가 첨예하게 대립되어 협력을 이루기 어렵기 때문이라는 것이다. 또한 정책협의와 관련하여 법적 구속력을 담보하는 것도 하나의 대안이라는 의견도 존재한다. 이러한 의견에는 법적 구속력을 가진다면 양 부처가 어떤 상황이든 상호 협력을 하지 않을 수 없을 것이라는 기대가 깔려있다. 그러 나 정책협력 이슈는 끊임없이 변화하고 상황의 변화에 따라 정책의 방향이 달라질 수 있기 때문에 법적 구속력까지 부여하는 것은 바람직하지 않다. 오히려 형식적 협의에 그쳐 구체적이고 실질적인 협의나 성과를 얻어내지 못할 가능성도 배제하기 어렵다. 또 한 양 부처의 정책협력을 위해 미래창조과학부 정책에 대한 건의권과 의견제시권을 방 통위에 부여해야 한다는 의견도 존재한다. 이러한 절차를 마련할 경우 미래창조과학부 와 방송통신위원회가 사전조율을 통한 갈등방지 효과와 정책내용에 부족한 부분을 방송 통신위원회가 보완해 줄 수 있다는 것이다. 그러나 방송통신위원회의 의견을 미래창조 과학부가 반영하지 않을 경우 협의가 제대로 이뤄지지 못하고 있다는 지적이 나올 가능 성도 있고, 미래창조과학부가 적시에 진흥정책을 수행하는데 있어서 어려움을 겪을 수 도 있다는 단점이 있다.