예전 친환경 수산물 인증제는 ｢농수산물품질관리법｣을 토대로 시행되었지만  ｢친환경농어업법｣ 이 만들어진 후 유기식품 인증 및 무항제수산물 인증, 활성처리제 비사용 수산물 인증으로 바뀌었다. 
다음으로 친환경 수산물 관련 인증의 경우, ｢친환경농어업 육성 및 유기식품의 관리․지원에 관한 법률｣에 근거하여 유기식품 등의 인증과 무농약농수산물 등의 인증이 운영되고 있다. 동법에서 수산물과 관련하여 인증 대상 및 인증 기준 등은 해양수산부령에 위임하고 있다. 과거에는 ‘친환경 수산물 인증’제도가 ｢농수산물품질관리법｣ 제20조와 동법 시행규칙 제40조, 제45조에 근거하여 운영되었으나, ｢친환경농어업법｣이 제정되면서 유기식품 인증과 무항생제수산물 인증 및 활성처리제 비사용 수산물 인증으로 변경되었다. 기존에 친환경수산물의 인증 신청, 재심사 신청, 유효기간 연장 신청을 받은 것에 대해서는 경과조치에 의해 인정된다. 또한 인증의 유효기간이 끝나는 날까지 기존의 친환경수산물 표지와 무항생제수산물 등의 인증 표지를 함께 사용할 수 있다.