줄기마름병을 방지하려면 나무를 건강히 하고 가뭄 시 물대기로 피해를 막아야 한다.  병으로 말라죽은 가지를 일찍 제거하고 등록약제를 살포하는 것도 중요하다.
줄기마름병은 과다결실, 조기낙엽, 가뭄 피해, 질소과다, 강한 전정 등에 의해 나무 세력이 약해지거나 영양상태가 불량한 상태에서 겨울철 추위 등으로 가지가 피해를 받을 경우 발병이 심하다. 따라서 잘 부식된 유기물을 시용하여 나무의 수세를 건전하게 유지하고, 가뭄 시에는 물대기를 잘하여 가뭄 피해를 받지 않도록 한다. 또한 결실관리와 양분관리를 철저히 해 수세를 건전하게 유지시키는 것이 무엇보다 중요하다. 병에 감염되어 말라 죽은 가지는 일찍 제거하여 소각하고, 등록된 약제를 살포한다. 특히 겨울철 동계 약제인 석회유황합제를 철저히 살포한다.