평가위원회 구성은 7명 내외로 구성하되 필요 시 추가 구성이 가능하다. 특히 산업부 평가위원을 선정하여 평가에 지속적인 참여를 유도해 일관성을 유지한다.
평가위원회 구성은 평가 대상과제의 기술 중분류와 50% 이상 일치하도록 7명 내외로 구성함을 원칙으로 하되 과제별 또는 사업별 특성에 따라 평가위원을 추가로구성 가능하고, 필요시 경제 시장전문가 1명 이상, 연차 단계 최종평가의 경우 해당과제의 과거 평가위원(신규, 연차 및 단계) 중 2명 이상으로 구성된 책임평가위원 그리고 평가위원회는 산업체 관련 전문가(기업, 업종별단체 및 민간협회 등 포함)가 1/3 이상 참여한다. 특이한 점은 산업부는 과제별 책임평가위원(3명)을 선정하여 평가에 계속 참여하도록 함으로써 평가 위원의 과제 이해도 및 평가 일관성을 제고하고 있다. 3명의 책임평가위원 중 기술전문가(2명)는 기술개발 방향에 대해 컨설팅하고, 사업성 전문가(1명)는 사업화 코디네이터 역할을 수행하고 있다(산업부, 2014a).