융합연구는 학문간의 이질성으로 인해 독창성과 참신성이 부각되지만 연구목적의 불확실성이 높다. 또 연구의 수정과 변용으로 생산성이 높지만 용어와 문화 차이로 커뮤니케이션이 어렵고 연구수행에 긴시간이 걸리며, 초기단계 연구기반이 부족한 한계가 있다.
첫째, 융합연구에서는 학문간의 이질성이 상호 연관, 결합되면서 새로운 발견 및 분야 개척이 이루어진다. 따라서 연구 주제의 측면에서 독창성과 참신성이 크게 부각된다. 동시에 연구 목적의 불확실성이 높아진다. 둘째, 정립된 방법론이 없기 때문에 타분야의 연구 방법론을 수정 및 변용하거나 새로운 방법론을 고안하여 연구의 생산성을 향상이 이루어진다. 셋째, 다학제의 연구진이 구성되면서 용어, 문화장벽으로 인한 커뮤니케이션 문제가 발생한다. 더불어 타분야의 지식, 정보를 습득하기 위한 시간이 소요되기 때문에 연구 수행 및 성과 창출에 장시간이 요구된다. 이를 위해 융합 연구 과정에서 연구 교류가 적극적으로 이루어져야 한다. 넷째, 초기 단계의 연구 분야로 연구 기반이 부족하다. 개념, 용어, 방법론 등의 선행연구가 부족하고 구체적인 시장 및 수요가 미형성된 상태이다. 그리고 학제가 형성되지 아직 못하였고 소속 학회도 부재한 상태이다.