특성에 따라 다른 기허가 백신과 함께 사용하는 병용투여가 가능하지만, 예상하지 못한 상호작용이 발생할 수 있다. 따라서 제조업체들은 병용투여의 영향을 평가하는 연구를 해야 한다. 근거가 있다면, 병용 투여할 수 있는 기허가 백신이 있을 때 병용 투여 가능성을 고려해야 하며, 식약처와 논의해야 한다.
위에 나온 유형의 비교 연구에 등록된 백신은 특성에 따라 권장되는 다른 기허가 백신과도 함께 사용될 수 있으며, 백신을 병용투여하면 예기치 못한 상호작용이발생할 수 있다. 이런 병용 투여되는 백신이 시험 및 대조 백신의 안전성과면역원성에 영향을 줄 수 있고, 시험백신이 다른 백신에 영향을 미칠 수 있으므로, 제조업체들은 WHO 지침서에 나온 바와 같이 병용투여의 영향을 평가하는 연구를 실시해야 한다. 어떤 환경에서는 동일 질병에 대해 기허가 백신이 여러 개 있을 수 있으며, 이 백신들은 시험용 백신과 동일한 일정으로 투여된다. 병용 투여할 수 있는특정유형의 기허가 백신이 하나 이상 있다면, 임상시험에서 사용되는 특정 백신(들)을 선택할 때 권장되는 접종일정과 병용투여 가능성을 고려해야 한다. 이때, 선택에 대한 근거가 있어야 하며, 이를 식약처와 함께 논의한다. 별도로 투여한 기허가 백신(들)에 비해 새로운 혼합백신과 병용 투여했을 때 한 가지나 그 이상의 항원에 대한 면역반응이 더 낮게 나온다면, 허가 시에 사례별로 가능한 임상결과를 고려해야 할 것이다. 병용투여 시에 유해사례 발현율이 증가한다면, 혼합백신이 아무리 편리하다 하더라도, 혼합백신 허가 및 사용에 대해 고려해보아야 한다.