대학 교원들의 연구수행을 조사하기 위해 대학을 지명도, 학생수, 연구성과 등에 따라 6개의 그룹으로 구분하였다.  우수 연구 중심 대학, 수도권 대형 사립대학, 지역의 거점 국립대학, 수도권 중소형 사립대학, 지역의 중소형 국립대학, 지역의 중소형 사립대학 순이다. 전공은 자연 대학과 공과 대학, 의약학 계열 등 3개 유형으로 나누었으며 각 대학 누리집에서 조사 교원 명단을 선정했다.
대학 교원의 연구 수행과 관련된 조사에서 대학의 유형별 구분은 매우 중요하다. 우리 대학은 수도권과 지방 대학, 국공립대학과 사립대학, 그리고 대학의 규모에 따라 교원이 수행하는 연구의 분야와 성격, 그리고 연구비 규모가 크게 차이 나며 대학의 서열화가 매우 심하기 때문이다. 이에 이 조사에서는 선행 연구(박기범 외, 2010; 박기 범 외, 2011)의 분석 틀에 따라 대학을 다음과 같이 6개 군으로 구분하였다. 먼저 서울 대학교와 포항 공과 대학, 과학기술특성화대학은 연구 여건과 학생, 연구비 규모, 국제적 지명도 등 국내 타 대학과 매우 큰 차이를 보이므로 ‘우수 연구 중심 대학(1그룹)’으로 구분하였다. 다음으로 수도권 대형 사립대학과 지역의 거점 국립대학을 각각 2그룹과 3그룹으로, 수도권 중소형 사립대학과 지역의 중소형 국립대학, 지역의 중소형 사립대 학을 각각 4~6그룹으로 구분하였다. 대형과 중소형의 구분은 재적 학생 수를 기준으로 하였는데, 중소형 대학 중에서도 대학 재정 지원 사업 분석 결과를 토대로 비교적 연구가 활발한 대학을 선정하였다. 그 이유는 공공 연구의 자율과 책임성에 대한 인식이 의미를 가지기 위해서는 연간 정부 지원 R&D 수행 규모가 일정 수준이 되어야 할 것으로 판단하였기 때문이다. 전공은 자연 대학과 공과 대학, 의약학 계열 등 3개 유형으로 나누었으며 최종적으로 조사 대상 교원의 명단은 6개 대학 유형과 3개 전공 유형이 고르게 분포할 수 있도록 각 대학 홈페이지를 통해 추출하였다.