국과심에는 9개의 전문위원회를 운영 중이고, 이는 산학연 외부전문가로 구성되어 관련 분야의 세부사업을 검토, 사업별 검토의견을 제시하는데 이 검토의견이 실질적인 영향력을 갖는지는 의문이다.
아울러 국과심에는 현재 9개의 전문위원회를 운영하고 있으며, 전문위원회는 산학연 외부전문가로 구성되어 관련 분야의 세부사업에 대한 예산지원의 타당성, 예산규모의 적정성, 유사･중복 등 효율성 등을 검토하여 사업별 검토의견을 제시하는데 전문 위원회의 검토의견이 기획재정부의 예산심의 및 편성과정에서 규범상 실질적인 영향력을 갖는지는 의문이다. 즉, 정부 R&D 전략기획의 주무부처인 미래부(국과심)와 예산 및 재정의 주무부처인 기획재정부가 각각의 역할에 맞게 사업을 조정하고, 경제성과 재정 효율성을 담보할 수 있는 체제를 갖추고 있는지 의문이다. 특히 우리나라의 경우, 세부사업 중심의 예산구조, 세부과제 중심의 사업구조 및 평가구조를 가지고 있어 예산구조와 사업구조 간 부정합성에 대한 문제가 지속적으로 제기되고 있다.