한정애안과 양창영안은 등록제를 제안하고, 장하나안과 유럽연합은 허가제·면허제를 도입하지만, 정부는 등록제를 채택한다.
현실적으로 생태계의 복합적이고 역동적인 특성상 이들 생태계접근원칙을 실제 외래종 관리정책의 이행단계에서 적용하고, 그 효율성을 제시하는 것은 쉽지 않다. 생태계기반관리의 개념을 현실에 적용하기 위한 생태계 체계 전반에 대한 과학적이며 사회적인 지식이 부족하기 때문이다. 또한 현재 적용할 수 있는 생태계기반관리의 효율성을 제시하기 위해서는 이와 유사한 사례의 결과와 비교·분석이 이루어져야 하나, 현재로서는 생태계기반관리의 효과를 비교할 수 있는 유사한 비교 대상을 찾을 수 없기 때문이다. 그리고 실제 생태계의 보전과 지속가능한 이용 단계에서 생물다양성협약에서 제기된 모든 생태계접근원칙과 이행지침을 따르기는 어렵기 때문에 실제 생태계기반관리 개념과 원칙의 현장 적용단계에서는 생태계기반관리의 이행 성공요소를 우선 고려하는 것이 필요하다.