우리나라는 연구개발이 제조업에 편중되어 있고 연구 주체간의 협력이 미흡한 등의 문제점이 존재한다. OECD 보고서에서도 과도한 연구개발비용의 투명성 강조와 단기 목적에 치중한 우리나라의 평가시스템을 지적하고 있어 효율적인 연구개발 평가 시스템으로의 개선이 필요하다.
첫 번째로 OECD 2014 보고서에서는 연구개발의 효율성을 높이고, 분야별로 알맞은 연구개발이 이루어지기 위해서는 체계적이고 효과적인 연구개발 평가 시스템이 구축되어야 한다고 강조하고 있다. 앞에서 살펴본 것처럼 제조업에 편중된 우리나라의 연구개발, 연구 주체 간 미흡한 협력 활동, 그리고 낮은 연구개발의 효율성을 해소하기 위해서 연구개발 평가 시스템이 개선되어야 한다. OECD 보고서에서는 우리나라 평가시스템이 전반적으로 잘 발달되어 있다고 판단하면서도 몇 가지 개선해야할 부분을 지적했다. 예를 들어, 현재의 평가시스템은 연구개발비용의 투명한 사용을 너무 중요시 하는 경향이 있는데, 그 보다는 더 나은 정책을 만들고 그리고 효율적인 연구개발 시스템을 마련하는데 집중해야 한다고 분석하고 있다. 다른 한편으로는 우리나라의 평가시스템이 너무 단기 목적에만 집중되어 있다고 지적하며, 단기적인 결과에 치우쳐서 연구개발이 가져올 수 있는 장기적인 효과가 제대로 평가되지 못하고 있다고 말하고 있다.