FLU 적용에서 다년생 작물 재배지의 유형 분류를 먼저 결정해야 한다. IPCC 2006 GL은 그 부분을 독립유형으로 제공하고 계수값을 다르게 적용하기에 일본도 이를 따르고 있다. 선진국들도 이를 다른 지침서와 함께 선택적으로 적용하기를 규정한다. 하지만 개방도상국은 이를 권장과 선택으로 적용한다.
FLU 적용과정에서 우선적인 검토가 필요한 부분은 GPG 2003에서 계수 유형을 제시하지 않고 있는 다년생 작물 재배지에 대한 유형 분류를 결정하는 것이다. 이와 관련하여 IPCC 2006 GL에서 해당 사항을 독립된 유형으로 제시하고 계수 값을 다르게 적용하고 있는 것을 확인한 바 있으며, GPG 2003을 기초로 작성하는 일본 사례에서도 다년생 작물 재배지는 IPCC 2006 GL을 따르고 있음도 확인한 바 있다. IPCC GL 적용과 관련한 대내외 적용 수준을 간단히 살펴보면, 선진(Annex 1) 국가군들은 2014년까지는 IPCC 1996 GL을 기본지침서, GPG 2000과 GPG 2003을 보완지침서로 적용하며, 국가 상황에 맞춰, IPCC 2006 GL을 선택적(임의적)으로 적용하도록 규정하고 있다. 한편, 개발도상국(Non-Annex 1)은 NIR 제출 자체가 비의무적 사항이므로 IPCC GL 적용은 ‘권장 사용’ 혹은 ‘선택 사용’이 탄력적으로 적용되고 있다. 우리나라는 비록 Non-Annex 1 국가군으로 분류되고는 있으나 Annex 1 국가군 수준의 배출량 산정을 준비․진행하고 있어, 이들 국가군의 지침서 적용기준을 따르고 있다.