우수계통에 특정 형질을 도입할 경우 우수계통의 형질을 회복하기 위해 여교배방법을 많이 활용한다. 유전체에서 일정한 간격으로 SNP를 선발하여 분자마커를 이용하면 빠른 여교배 육종이 가능하다.
우수 계통에 특정 형질을 도입할 경우 목표한 유전자 외에 다른 유전자들이 같이 도입되기 때문에 우수계통의 형질을 회복하기 위해 여교배(back cross) 방법을 많이 활용한다. 여교배는 우수 형질을 고정시키는데 효율적인 방법이지만 최소 5~6세대 이상은 거쳐야 하는 등 육종에서 가장 많은 시간을 들여야 하는 과정이기도 하다. 최근 연구에 따르면 유전체 전체에서 일정한 간격으로 SNP(단일 염기 다형성)를 선발하여 분자마커를 개발하면 이를 이용해 빠른 여교배 육종(Marker assisted backcrossing, MAB)이 가능한 것으로 밝혀졌다. 이러한 방법은 벼, 밀 등의 작물에서 성공한 바 있으며 채소작물에서도 활발히 시도 중이다.