R&D 사업구조를 설계하는 방법은 시행착오를 통한 경험적 분화 발전된 구조를 통한 시장적 접근과 현실의 사건이나 현상들의 본질적 속성과 메커니즘 파악을 통해 설계하는 사회적 접근방법으로 구분된다.
안두현 외(2014)에 의하면, 적정 범위의 문제해결 중심 R&D 사업구조를 설계하는 접근 방법은 크게 시장적(실증적) 접근과 사회적(이론적) 접근 두 가지로 구분될 수 있다. 시장적 접근은 현재 시장에 형성되어 있는 경쟁 구조를 반영하도록 R&D 사업구조를 설계하는 것으로 시행착오 과정을 거쳐 형성된 경험적 분화 발전된 시장의 구조에 따라 R&D 사업구조를 설계하는 방법이다. 그리고 사회적 접근은 현실의 사건이나 현상들의 본질적 속성과 메커니즘 파악을 통해 R&D 사업구조를 설계하는 방법이다. 사회적 접근을 통해서는 기존 문제의 새로운 경향 또는 새로운 문제의 출현 등에 대한 체계적 이해를 통해 융합적이고 선도적인 혁신을 모색하는 것이 가능하게 된다.