과학에서의 발견이란 자연으로부터 규칙성을 도출하여, 이를 상상하는 것이다. 관찰이 가능할 경우, 공식화가 가능하다. 과학은 서열과 다양성을 전제로 각각이 구별되는 다층위적 구조를 가진다. 이것은 타 층위와의 구별을 가져오는 발현적 특성을 지닌다. 
Bhaskar(2005)가 제시한 예를 중심으로 층화의 개념을 살펴보면 다음과 같다. 과학 발견의 논리는 자연에서 규칙성을 찾아내고 이를 설명하는 기제와 구조를 상상함으로써 이루어지게 된다. <표 5-1>은 자연 층화 및 이의 발견 논리의 예를 나타낸다. 2Na + 2HCL = 2NaCL + H2와 같은 공식으로 관찰 가능한 화학반응은 원자론의 가설과 원자가 이론 및 화학 결합 이론들에 의해 설명된다. 일단 기제Ⅰ의 실재성 즉, 실험실 바깥에서 이러한 화학결합이 일어나고 그 법칙이 지속된다는 가정이 정당화되면, 그 다음 과제는 화학결합과 원자가에 대한 기제들을 발견하는 것이 된다. 또 원자가 이론은 원자구조에 관한 전자이론에 입각하여 설명될 수 있으며, 이러한 설명에서 가정된 기제들의 정당성이 확립되면 과학은 다시 전자 양자 그리고 중성자 등의 아원자적 소우주 속에서 일어나는 기제들에 대한 발견으로 이동하게 된다. 예로 제시된 화학의 역사적 발전 과정을 보면 어떤 상층의 기제(예를 들면, <표 1>에서 층위Ⅰ)를 더 기본적인 기제(예를 들면, <표 1>에서 층위 Ⅱ, Ⅲ)에 의해 설명하기 위해서는 먼저 상층의 기제를 발견해야 한다는 것이다. 즉, 무엇을 설명해야 하는가를 파악한 후에야 설명을 할 수 있으며 하층의 기제로부터 상층의 기제를 예측할 수 없다는 것이다. <표 1>에서 기제2를 발견했다 하더라도 기제1이 단순히 예측되어 나타나거나 이를 모두 설명하는 것은 불가능하다. 이러한 사실은 과학이란 서열 지어진 영원한 다양성을 지니며 뿌리와 줄기 그리고 가지가 구별되는 ‘과학 나무’를 그릴 수 있음을 의미한다. 이러한 과학나무는 연구의 대상들 내에서 그리고 연구의 대상들 사이에서 자연적 기제들이 작동하는 층화를 나타낸다. 그리고 과학 나무의 각 층위에서 작동하는 기제들은 다른 층위와 구별되는 고유한 발현적(emergent) 특성을 갖게 된다.