진료기록 유출시 고용차별 등 문제가 될 수 있어 연구용 진료정보 활용시 공익적 연구와 개인의 보호 간 윤리 문제가 제기된다. 전문가들은 '정직한 중간자'가 연구윤리위원회에서 연구 내용과 보안 규정, 이행 여부를 점검하게끔 제안하고, 자료관리 기관은 독립적 연구기관(42%)을 가장 추천한다.
또한, 집단 진료기록이 누출되는 경우 제3자에 정보가 공개되어 고용, 보험에서의 차별 등 개인에게 심각한 위해를 가할 수 있기 때문에 진료정보 주체의 신원과 기록은 기밀로 남겨져야 한다. 즉, 대규모 연구용 집단진료정보 활용에서는 공공의 이익을 위한 연구 촉진과 개인의 사생활 보호 간의 균형을 어떻게 이루어낼 것인지 윤리적인 문제가 반드시 제기된다. 이에, 전문가들은 연구에 직접 관련이 없고 자료에 대해 책임을 갖는 ‘정직한 중간자(honest broker)’를 두어 연구윤리위원회(IRB)와 함께 연구계획을 심의하고, 필요한 정보의 내용, 개인식별 가능성, 기록연결(record linkage)의 필요성과 내용, 접근 권한자, 구체적인 기밀유지장치 등을 점검하고 연구자가 기밀유지와 사생활 보호의 의무를 이행하는지를 점검해야 한다고 한다. 한편, 상기 설문조사에서 전문가들은 자료연계의 관리와 운영을 담당할 기관을 어디로 할 것인지에 관해서는 독립적 연구기관(41.6%)이 가장 많았고 다음이 정부 행정기관(29.2%), 자료 보유기관(24.8%)의 순으로 나타났다.