방통위와 미래부의 핵심적인 갈등은 기술적 쟁점이다. 관련 정책에 따라 큰 변화가 예상되기에 방통위와 미래부의 입장이 충돌할 가능성이 높다. 실제 방송산업발전 종합계획한 발표 후 갈등 기류가 나타났다. 방통위의 불만은 자신들의 의견이 삭제되었으며 방통위의 역할이 구체화되지 않았다는 것이다. 
방통위와 미래부의 갈등이 가장 첨예하게 드러나는 지점이 이러한 기술적 쟁점사안들 이라고 할 것이다. DCS, 8VSB, 그리고 MMS 같은 사안별로 유료방송 플랫폼, 지상파 방송사, 종편, 일반 PP 등 수많은 방송사업자들의 이해관계가 복잡하게 맞서고 있다. 이 러한 정책들을 어떻게 가져가는가에 따라 사업자들의 위상에 큰 변화가 초래될 수 있기 때문에 각 사업자들은 총력을 다해 자신의 이해관계를 지키려하고 있고 그 만큼 지상파 및 종편 정책을 담당하는 방통위와 유료방송 정책을 담당하는 미래부의 입장이 충돌을 빚을 가능성이 높다. 실제로 미래부가 주도한 방송산업발전 종합계획안이 발표된 토론 회에 방통위 대표자가 불참하는 등 부처 간 갈등 기류가 드러났다. 종합계획안에 대한 언론과 각계 관계자들의 비판적인 반응이 이어지자 이경재 방통위원장은 “3개 부처가 합의해 내놓은 것처럼 보도되고 있는데 내부적으로 논의한 적도 없다,” “동의하는 대목 이 있지만 의견 수렴 과정을 거친 것처럼 보도한 것은 유감”이라며 적극적으로 이의를 표명했다. 이 방통위원장의 발언에 미래부는 즉각적으로 “한 달 전부터 주요 사안에 대 해 방통위와 협의해왔다”며 “그렇지 않으면 어떻게 토론회를 공동 개최하고 방통위가 토론회 개최 보도 자료까지 냈겠느냐”라고 반박하였다. 방통위가 가장 큰 불만을 표출 한 사항은 예측대로, 이번 계획안의 대부분이 유료방송과 관련한 안건이며 지상파를 관할하고 있는 방통위의 의견은 거의 배제되다시피 했다는 점이다. 또한 방송정책 로드맵 에서 방통위의 역할과 책임이 충분히 구체화되지도 않았다는 것이다. 종합계획안을 둘러싼 논란은 미래부의 일방통행식 정책 추진과 방통위의 ‘수수방관’이 빚어낸 결과라며 예견된 일이라는 분석도 나오고 있다.