국가적 보건의료사업에서의 의사결정과정이나 치매관리 사업에서 특정 의료기술 사용이나 서비스 제공에 대해 비교 대안의 이득과 위해 비교효과연구를 바탕으로 사업을 도입하는 체계의 정비가 필요하다.
공적의료보장 체계에서의 비교효과연구의 수요 외에도 국가적 보건의료사업에서의 의사결정과정에도 이러한 연구가 필요하다. 예를 들어 국가검진사업의 의사결정이나 국가치매관리 사업에서 치매검진 방법 도입, 응급의학 분야에서 제도 개선 등 많은 분야에서 특정 의료기술의 사용이나 의료서비스 제공에 대해 비교대안과의 기대 이득과 위해를 평가하여 그 근거 하에 사업을 도입하는 체계의 정비도 필요하다. 또한 보훈처 의료보장체계에서의 의사 결정과정에 있어서도 기존의 급여되지 않는 항목들도 보훈대상자의 의료서비스 제공 측면에서 보장의 강화가 필요할 수 있는데 이 경우도 이러한 연구를 수행하여 그 결과를 토대로 의사결정을 할 수 있다. 실제로 미국의 보훈처에서는 비교효과연구를 진행하여 의사결정에 사용한 바가 있는데(Concato, 2010) 무작위임상연구로 진행된 좌주관상동맥질환으로 인한 협심증에서 외과적 수술과 약물요법의 비교효과연구나 양성전립선증식증에서 수술요법과 주의 깊은 추적관찰의 전략의 비교효과연구 같은 예를 들 수 있겠다.