발전분야에서 경매는 2기까지 제한적이었지만 2013년부더 전면적 경매로 전환하였다. 무상당을 원칙적으로 없애고 경매를 주된 할당방식으로 설정하였고, 수출경쟁이 심한 산업에 대해서만 100% 무상으로 배출권을 할당하는 방식으로 변경되었다.
제2기까지 제한적으로 시행해왔던 경매를 발전분야에 있어서는 2013년부터 전면적 경매로 전환하였으며, 무상할당 대상을 산업부문과 열 공급부문으로 변경하고 추후 무상할당을 줄여나가는 방향으로 정책을 전환하였다. 또한, 무상할당 기준도 기존의 사업장 단위의 과거 배출량을 기준으로 하지 않고 제품 생산 단위의 특정 배출량을 기준으로하는 벤치마크(benchmark) 방식으로 전환하여 연료, 제품, 기술 등 복합요인을 고려한 기준을 적용키로 하였다. 또한, 청정개발체제와 공동이행사업 등을 제2기 활용 가능량의 잔여분으로 활용할 수 있도록 하였다. 거래대상 배출권은 이산화탄소(CO2), 아산화질소(N2O), 과불화탄소(PFCs) 등으로 확대되었다. 또한, 제1기와 제2기와 달리 무상할당은 원칙적으로 없앴으며, 경매를 주된 할당방식으로 선정하였다. 다만 2020년까지 무상할당 비중을 80%에서 30%로 줄이고, 수출경쟁이 심한 산업에 대해서만 100% 무상으로 배출권을 할당하는 방식으로 변경되었다.