대기오염의 건강영향을 계산하는 것에 사용되는 반사실적 대기오염 수준은 의제에 따라 다르게 정의된다. AP-HRA을 통하거나, 완벽하지 않은 지식에 의해 선정될 때 반사실적 대기오염 수준은 불확실할 수도 있다. 
반사실적 대기오염 수준은 배경 또는 참고를 위한 노출로서 대기오염의 건강영향을 계산 하는 데 사용된다. 이는 답하고자 하는 정책적 의제가 무엇인지에 따라 각각의 AP-HRA에 서 서로 다르게 정의될 수 있다. 예를 들면, 국가대기질기준, WHO 대기질 가이드라인(AQG: Air Quality Guideline) 수준, 자연 수준(인위적 영향을 배제한 수준), 또는 역학연 구에서 관측된 최하 수준 등이 있다. 반사실적 대기오염 수준의 불확실성은 일부의 과거 정책이나 이론적 최소 오염수준 등에 대한 완벽하지 않은 지식 등에서 야기되는 것으로 볼 수 있다. 적절한 반사실적 대기오염수준을 선정하는 데 있어 나타나는 불확실성은 앞서 언급했던 불확실성의 개념과는 약간 상이하다. AP-HRA의 결과들은 이 선택에 매우 민감한 편이지만 이로 인해 그 자체적으로 불확실성을 생성하지는 않는다.