공공구매 제도는 조달청을 중심으로 중소기업청, 산업통상자원부 등 분야에 따라 관계부처가 직접 관리한다.
국내 기술혁신 관련 공공구매 제도의 운영 현황을 살펴보면, 관련 주무부처가 상당히 분산되어 있음을 확인할 수 있다. 공공구매 제도의 근간은 조달청을 중심으로 작동한다. 공공기관의 수요 물자·서비스·시설물 등의 구매·공급은 기본적으로 조달청의 관리하에 작동하게 된다. 그러나 중소기업의 보호 및 중소기업 기술개발 제품의 판로 지원은 중소기업청의 영역이다. 중소기업 제품 의무 구매 및 기술개발 제품 의무 구매, 한국의 가장 대표적인 기술혁신형 공공구매 사업이라고 평가할 수 있는 구매조건부 신제품개발사업 등은 중소기업청을 중심으로 작동한다. 이와 더불어 한국 공공구매의 근간인 인증제도는 상당 부분 산업통상자원부가 관할하며, 분야에 따라 관계부처가 직접 관리하고 있다.