R&D 아키텍처 전담 TFT팀을 구성하여 정부 부처간 중복된 R&D사업 문제를 해결하고 각 부처의 역할을 재조정해야 한다. 문제해결 영역에 있는 부처가 기본적으로 관련 R&D사업을 담당하고, 이를 보완하는 역할로 종합지원부처가 관련 R&D사업을 추진하는 것이 가장 적절한 방식일 것이다. 
앞서 살펴본 바와 같이, 현재 R&D 아키텍처는 종합지원부처와 고유사업부처의 R&D사업들이 중복적으로 추진되고 있는 구조이다. 이러한 문제를 해결하기 위해 범부처가 참여하는 R&D 사업구조 재편을 위한 TFT를 구성하여 정부 R&D사업들에 대한 부처 간 역할 분담을 조정하는 것이 필요하다. 이론적으로는 1차적 수준의 R&D 아키텍처 즉 기본적인 단위의 R&D사업이 적정하게 설계되어 있다면 보다 상위 수준, 즉 부처 수준의 역할 분담 문제는 상대적으로 덜 중요하다고 볼 수 있다. 왜냐하면, 적정 범위 내의 R&D사업들이 일관성 있게 추진될 수 있다면 타 관련 R&D사업들과의 연계 문제 또는 부처 간 역할 조정 문제의 해결은 훨씬 수월할 수 있기 때문이다. 그러나 특별한 사유가 없는 한, 연관된 R&D사업들이 각 부처들에 의해 분리되어 추진될 필요는 없다. 따라서 이상적인 부처 간 역할 분담은 각각의 문제해결 영역을 담당하고 있는 부처가 1차적으로 관련 R&D사업 또는 R&D사업군(群)을 담당하고 종합지원부처는 이를 보완하기 위한 성격으로서 관련 R&D사업 및 R&D사업군(群)을 추진하는 것이 바람직하다. 그리고 이러한 역할 분담 방식은 일본을 제외한 미국과 독일 등 대부분의 국가들에서 이루어지고 있는 방식이기도 하다.