비교효과연구의 근황을 알기 위해서는 임상시험, 관찰연구, 체계적 문헌고찰, 경제성 평가 등 활용할 수 있다. 이 중 임상시험의 경우 비교효과연구에서 가장 선호하는 방법이지만, 실제효과를 확인하기에 한계가 있는것이 사실이다.
첫째 국내에서 이루어진 연구들 중 비교효과연구의 현황을 살펴보기 위해 KoreaMed와 PubMed를 이용하여 비교효과연구의 주된 방법론이 되는 임상시험(Clinical trial), 관찰연구(Observational study), 체계적 문헌고찰(Systematic review), 경제성 평가(Economic evaluation)를 검색하였다. 검색결과 8,862편이 검색되었고, 1,2차 선택배제과정을 통해 이들 중 연구목적이 비교효과연구에 해당하는 문헌 2,250편을 선정하였으며, 이는 전체 검색된 연구의 약 25%를 차지하였다. 비교효과연구의 주된 방법론 중 체계적 문헌고찰과 경제성 평가의 비중은 매우 낮았다. 비교효과연구에 해당하는 문헌은 임상시험이 전체의 57%, 관찰연구는 36%의 비중을 차지하였다. 하지만 RCT는 비교효과연구에서 강조하는 실제 임상에서 효과를 측정하기 위한 연구설계로 볼 수 없고, 효능을 확인하는 과거의 임상시험방법을 적용하고 있는 한계가 있다.