보건의료정책 연구는 민간 연구기간과 의료 현장의 경험이 반영되는 것이 중요하다. 정부도 공공과 민간의 협력을 중요하게 여기고 있어 협력관계를 이루는 것이 필요하다.
이에 비하여 실질적인 연구수행과 관련된 기능과 역할에서 과제도출, 연구수행, 자문 등은 대한의학회와 같은 학술단체, 대학, 연구기관, 의료기관(병원) 등과 같은 민간 부문에서 참여가 가능할 것이다. 특히 비교효과연구를 통한 건강보험 정책이나 진료지침 개발을 위해서는 전문가 단체의 전문성 활용과 사회적 합의가 필수적이라는 점에서 학술단체와 대학 등 민간 연구기관 및 의료서비스 현장의 경험이 반영될 수 있는 기전이 매우 중요하다. 이와 관련하여 최근 정부에서 추진하고 있는 연구중심병원사업이나 만성질환관리사업 등의 사례에서 공공과 민간의 협력관계 중요성을 알 수 있다. 즉 향후 비교효과연구가 국가적인 보건의료정책 연구개발의 한 축으로 발전하려면 공공부문의 기능과 민간부문에서의 역할이 원만하게 협력할 수 있는 관계 정립이 필수적이다.