DFG의 의사결정단위 중 총회는 과학자들로 구성된 DFG의 근본적인 방침을 결정하는 최고의사결정단위이다. 평의회는 각 분야 대표과학자가 구성하고 DFG의 의사결정을 수행하고 협의회는 평의회 구성원과 연방정부, 주정부 등이 구성해 평의회에서 결정된 방침을 구체적인 프로그램 예산에 반영하는 기구다.
DFG의 의사결정단위는 총회(General Assembly), 평의회(Senate), 협의회(JointCommittee) 등이 있다. 총회는 DFG 전체의 방침, 이사장 및 평의회 등의 멤버의 선출, 연도보고서의 승인 등의 권한을 지니고 있는 최고의사결정단위이다. 대학에서 69명, 공공연구기관에서 16명, 학회(Academy of Science and Humanities)에서 8명, 타 연구협회에서 3명, 총 96명으로 구성되는데, DFG의 근본적인 방침을 결정하는 기능을 수행하는 총회의 구성원들이 과학자들이므로, DFG의 방침은 과학자에 의해 결정된다고 볼 수도 있다. 평의회는 DFG의 연구정책방침, 연도별 프로그램등의 의사결정을 수행하며, 각 분야를 대표하는 과학자가 평의회를 구성한다. 협의회는 평의회에서 결정된 방침을 구체적인 프로그램 예산에 반영하는 기구로, 평의회 구성원 및 연방정부 주정부, 독일 과학인문진흥협회(Donors’ Association for the Promotion of Sciences and Humanities in Germany)의 대표자로 구성되어 있다(DFG, 2010).