보고서에 따르면 외환위기 당시 출연연은 정부의 정년단축에 조직적으로 대항하지 못했으며 이 때문에 사기 저하와 인재 유출이 발생했다는 지적 하에 정년연장이 논의되고 있다. 
외환위기 당시 정부는 출연(연)뿐만 아니라 교원의 정년도 단축했다. 당시 정년단축의 가장 중요한 명분은 연장자 1명 대신 젊은 교사·연구원 2명을 쓸 수 있다는 것이었다. 그러나 이 보고서에 따르면 교원들의 경우 조직적 반대로 인해 타협이 이루어졌지만, 출연(연)은 전체 인원이 적고 조직적인 발언을 하지 못해 결국 1999년 이후 정년이 61세로 단축되었다. 이후 정년연장 문제는 출연(연)의 첨예한 쟁점 중 하나가 되고 있다. 이로 인해 출연(연)의 사기도 떨어지고 우수한 연구원들은 기회만 있으면 대학으로 자리를 옮기는 악순환이 반복되는 원인 중 하나로 작용하고 있다고 지적되었다.