NIH산하의 6개의(정보기술,보완대체의학,중개연구,국제,과학검토)센터가있으며 매년 의회승인을 통해 예산지원을 받는다. 신체질환군들에 전문화 되어있는 15개의 연구소와 기초의학영역의 4개 연구소가 있으며 소수건강과 간호영역의 2개연구소가 있다.
자체 연구와 외부 연구 지원 비중은 대략 20:80이다. NIH는 많은 종류의 보조금, 계약 및 심지어 연구원에 대한 대출 상환 프로그램도 지원한다. NIH는 하부 조직으로 21개의 연구소(institutes)와 6개의 센터(centers) 총 27개의 기관으로 구성되어 있으며, 이들은 개별 법안에 따라 설치되었기 때문에 매년 의회의 승인을 통해 예산을 지원 받는다. 21개의 연구소 중 15개 연구소는 병원의 진료과목 구분처럼 신체의 질환군(群)들에 전문화되어 있고, 4개의 연구소는 전체 질환의 연구개발에 활용될 수 있고, 특정 질환을 목표로 하지 않은 기초의학연구 그리고 의료도서 정보 관리 등과 같은 기반영역에 전문화되어 있으며, 나머지 2개 연구소는 소수자의 건강과 간호영역을 다루고 있다. NIH 산하의 6개의 센터에는 정보기술센터(CIT), 보완 및 대체의학연구센터(NCCAM), 연구병원(CC), 중개연구센터(NCATS), 국제센터(FIC), 과학검토센터(CSR) 등이 해당된다.