연구자본주의에 의한 변화는 연구비를 지원하는 방식에 있다. 대학의 재정 수입은 네 가지로 구분된다. 그중 정부 지원 방식은 총액 지원이 아닌 특정 프로젝트, 서비스의 계약으로 지급해 연구재원의 집중을 강화한다. 연구자본주의는 단기적이고 뚜렷한 연구를 더 선호하여 주요 선진국은 경쟁적 배분을 증가시켰다.
연구자본주의에 의한 변화는 다소 자의적인 기초-응용-개발의 구분이 아니라 연구비를 지원하는 방식에 있다. 일반적으로 대학의 재정 수입은 정부의 일반 교부금 (General University Fund), 정부의 계약에 의한 지원(Contract-based Funding), 대학의 내부 재원, 산학 협력 등 외부 용역을 통한 수입 등 네 가지로 구분된다(Geuna, 2001). 그 중 정부의 지원 방식을 살펴보면 일반 교부금은 대학의 연구 및 교육 활동을 지원하기 위해 특별한 용처를 지정하지 않고 주로 총액 지원(Block Grant)으로 이루어지는데 비해 계약 방식의 지원에서는 특정 프로젝트나 서비스 수행 계약을 체결하고 해당 비용을 지급한다. 경쟁적 연구비 배분은 특정 계약에 집중하므로 관리가 용이하고 선정과 평가 과정에서의 시장적 접근 방식을 통해 연구 재원의 선택과 집중을 강화할 수 있다. 연구 자본주의 체제에서는 장기, 기초 연구보다는 단기적이고 뚜렷한 목적을 지닌 연구가 더 선호되므로 주요 선진국들은 연구 자본주의 이념의 확산과 함께, 대학 연구 지원에서 경쟁적 배분 방식을 증가시켰다.