탄소배출권거래제는 대형 선사에 비해 중소형 선사에 불리하게 적용된다. 경매방식으로 거래시 비용부담이 크고, 탄소거래 전문가 고용이 어려울 수 있다. 탄소거래가격의 변동성으로 인한 불확실성은 장래투자를 어렵게 할 것이다. 또한 형평성에 맞는 할당방식에 대한 의견 합치가 어려울 수 있다.
하지만 ETS 도입 시 100% 경매방식을 제안하였기에 배출권할당 그 자체만으로도 비용 부담이 상당히 큰 편이고, 수년간의 경험을 축적한 육상 부문과 배출권거래제를 연계 시, 해운 분야가 상대적으로 손해를 볼 수 있다. 또한 탄소거래가격의 변동성은 불확실성을 증가시켜 해운회사의 장래투자에 대한 의사결정을 어렵게 만드는 추가적인 요인이 될 수 있다. 탄소거래 전문가를 상대적으로 쉽게 고용할 수 있는 대형 선사와 달리 중소형선사들은 탄소거래를 전담할 수 있는 인력난을 겪을 수 있고, 이에 대한 결과로 탄소거래 시 대형 선사 및 육상 기업들에 비해 분리한 여건에서 운영해야 하는 부담이 있다. 또한 배출권 초기 할당 시 각 선사별로 형평성에 어긋나게 할당될 가능성이 존재하고, 탄소거래에 대한 해운업체의 부담으로 인하여 타 분야로 사업을 전환하는 등의 탄소 누출현상(Carbon leakage)도 발생할 수 있다. 배출권 거래 방식, 할당 방식, 추가 신규사업자들의 배출권 할당 등 배출권거래제의 다양하고 복잡한 방식에 대한 의견 합의 어려움 등이 존재한다.