연구 및 인력개발비에 대한 세액공제율은 기업 규모에 따라 차이가 크지만, 설비투자에 대한 세액공제율은 동일하여 중소기업은 전체 규모의 약 4% 수준이다.
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제, 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한세액공제 등의 적격 연구개발비 항목에선 대기업과 중소기업 간 차이는 존재하지 않는다. 연구 및 인력개발비 세액공제율은 기업 규모에 따라 차이가 크기 때문에(당기분: 대기업 3~4%, 중소기업 25%, 증가분: 대기업 40%, 중소기업 50%) 중소기업의 연구개발비가 전체의 25.8%임에도 불구하고 세액공제는 전체의 38.4%를 차지하고 있다. 다만, 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제는 2012년까지 세액공제율이 10%로 동일하여 중소기업은 전체 세액공제 규모의 4.2% 수준에 불과한 수준이다.