예비타당성조사는 그 과정이 복잡하고 중복되는 점이 많아 행정부담을 증대시킬 수 있고, 타당성조사 이후에도 일부 중복되는 과정이 사업을 지연하고 부처 및 연구자의 피로도를 높이는 문제가 있다.
둘째, 절차적 복잡성과 관련된 예비타당성조사 수행주체와 기획주체의 피로도 증가의 문제이다. 예비타당성조사 과정에서 기획주체는 미래부 기술성 평가를 대응하고 본 조사에서는 기획재정부 및 예비타당성조사 수행주체와 상호 간 수많은 소통을 필요로 되며 기획결과에 대한 세부적인 질의를 요청받고 이에 대하여 보완자료와 구체화된 근거 등을 제출하여야 한다. 기술성 평가와 예비타당성조사 본 조사과정에서 일부 중복되는 사항이 있어 기획부처의 행정부담이 가중될 수도 있다. 타당성조사 이후에는 미래부 예산심의와 기획재정부 예산편성 과정을 거쳐야 하는 등 첫째 애로점과 연계되어 중복적 절차 등에 따른 사업지연과 부처 및 연구자의 피로도 증가로 인한 의욕저하 이슈가 제기 될 수 있다.