연구자본주의는 연구 자원의 배분 및 활용 전반적인 결정이 시장논리를 따르는 것을 의미하며 이 체제 하에서는 연구가 투입 대비 산출을 따라 평가 및 선정된다. 이는 연구의 자율성을 훼손한다.
연구자본주의는 연구 성과의 상업적 응용이나 기술 이전, 산학 협력 등 연구의 상업 화를 넘어 연구와 관련된 자원의 배분 및 활용에 관한 전반적 의사 결정이 시장 논리에 의해 이루어짐을 의미한다. 연구 자본 주의 체제에서 연구는 투입 대비 산출이라는 시장적 평가에 의해 선정, 지원되고 사회적 기여를 목적으로 수행되며 대학과 연구 기관의 제반 제도와 규정은 연구비 수주와 연구를 통한 수입 창출을 지원하는 방향으로 설정된다. 따라서 연구의 주제와 방법론에 관한 교수들의 자율이 축소될 뿐 아니라 연구 실적에 대한 평가도 과학자 사회의 내부 동료 평가가 아니라 외부에 의한 계량적 평가가 확대되어 결과적으로 연구의 자율을 훼손하게 되었다.