중소기업 기술개발사업 최종점검은 기술개발의 성실성, 기술개발성과 등으로 구분된다. 이 황목별로 세부 검토항목을 제시하고 세부검토항목별로 검토의견을 제시하게 한다. 연구과정에서는 파생된 결과물의 사업성 등을 분석한다. 그 이후 기존 장애요인 해소 등이 되었는지 여부와 이에서 도출된 결과물에 대한 지속적인 기술개발 계획의 적정성을 검토한다.
중소기업 기술개발사업 최종평가단계에서는 점검과 평가로 구분하여 운영되고 있다. 중소기업 기술개발사업 최종점검은 기술개발의 성실성, 사업비 집행의 적정성, 기술개발성과 등으로 구분된다. 각각의 항목별로 세부 검토항목을 제시하고 있으며 세부검토항목별로 검토의견을 제시하게 한다. 예를 들어 기술개발의 성실성의 경우 세부 검토 항목 중 하나인 연구노트 등 기술개발 과정에 대한 자료 및 각종 시험데이터가 체계적이고 충실한가?에 대해서는 연구노트 등 시험데이터가 체계적인가 등의 의견 명기하도록 하고 있다. 기술개발 성과 평가에서는 관련기술에 대한 지적재산권 확보 및 임치 여부에 대해 특허번호 0000호, 제목 “00000”로 00년 특허출원 등으로 정량적으로 제시하도록 하고 있다. 최종평가는 기술개발 과정 적정성, 기술개발 결과물의 성능/시험평가 적정성 및 객관성, 기술개발 결과물의 최종목표달성도 그리고 기술개발 결과물의 사업화 가능성 등을 평가하고 있다. 이들 평가항목은 각 항목별로 세부 평가 지표를 만들어 탁월, 우수, 보통, 미흡, 불량 5단계로 평가하고 있으며 각 항목별로 의견을 작성하고 최종적으로 평가결과 성공, 실패, 보류로 판정하게 되어 있다. 그리고 기술가치를 평가하기 위해 연구결과물 가치평가위원회 평가서를 작성한다. 가치평가는 연구결과의 파급효과와 후속연구 기여도로 구분하여 실시되고 있는데 전자에는 연구대상 및 방법의 독창성 (혁신적이거나 새로운 방법을 통해 연구가 수행되었는지 여부), 연구과정에서 파생된 결과물의 기술성 및 연구과정에서 파생된 결과물의 사업성 등을 분석하고 있다. 후자에는 연구과정에서 기존의 장애요인 해소 등을 하였는지 여부와 연구과정에서 도출된 결과물에 대한 후속적인기술개발 계획의 적정성 등을 검토하고 있다.