투자방향과 세부사업 단위 평가의 중간단위에 대한 검토 단계가 없다. 따라서 중점 추진분야에 예산 배분의 검토 단계를 도입해야 한다. 
그리고 실질적인 예산 투자배분 및 조정의 결정은 매년도 작성되는 투자방향을 기반으로 하여 세부사업 단위 예산평가에서 이루어진다. 그런데 매년도 투자방향 하에서 곧바로 세부사업 단위 예산평가가 이루어지고 있어 투자방향과 세부사업 단위 평가를 연결해 주는 중간단위에서의 검토 단계가 누락되어 있다. 즉, 투자방향에서 제시한 중점 추진분야의 전략적 예산 배분과 조정에 대한 검토 단계 도입이 필요하다. 이것은 현재 정부 연구개발 예산 제도에서 제시하고 있는 프로그램 단위에서의 사전적 전략적 예산 배분에 대한 검토가 필요함을 의미한다. 즉, 프로그램 수준에서의 예산 배분 및 조정의 활성화가 필요하다.