뇌전증 치료비 부담을 줄이기 위해 MRI 검사를 건강보험에 적용하였으며 미세전극도관 시술비의 부담을 75% 감축시키는 정책이 시행되었다. 또한 G41이 희귀난치성 질환으로 분류되어 부담이 크게 줄었다.
뇌전증의 진료비와 관련하여 2000년대 중반부터 환자들의 부담을 경감해주는 정책들이 시행되었다. 2005년 1월부로는 뇌전증에 대해 MRI 검사시 건강보험을 적용하여, 환자들이 관행적으로 지불하던 비용의 상당부분이 종합병원 기준 기존 관행수가 345,116원에서 환자본인부담 약 200,201만원으로 감소되었다. 2005년 8월 1일부로는 뇌전증질병발생부위 확인을 위한 미세전극도관(카테터)에 대해 환자부담을 약 40만원에서 8만원으로 감소시키는 정책이 시행되었다. 2006년부터는 G41.이 희귀난치성 질환으로 신규등록되어 본인부담이 10%로 경감되었다. 2006년 6월부터는 뇌전증 환자가 수술 전 질병 부위 확인을 위해 PET 촬영을 한 경우 환자부담이 100만원에서 약 37만원으로 감소되었다.