농업유전 자원센터는 국내외 기관들과 협력하며 수장고에 중복 보존을 해놓고 있다. 국내 국립식량과학원 및 네팔, 몽골 등 수장고에 중복보존되어 있다.
셋째, 농업유전 자원센터는 국내외 농업자원관리기관들과 연계협력하면서 유사시 대비 중복보존에 참여하고 있다(농촌진흥청 내부 보고자료, 2015.10.13.). 국내외 농업유전 자원을 농업유전 자원센터 수장고에 중복보존 해놓고 있다. 국내 국립식량과학원, 서울대 농업생명과학대학 자원 및 해외 네팔, 몽골, 미얀마, 베트남, 태국, 세계 채소 연구소(AVRDC) 자원이 농업유전 자원센터 수장고에 중복보존되어 있다. 한편 농업유전 자원센터가 보유한 국내 자원을 국외 스발바르 국제 종자 보존소에 중복보존(30작물 1만 3,185자원), 유사시 손실에 대비하고 있다.