과학기술진흥기금은 기술개발복권 수입에 의존하는데 최근 수입이 줄어 기금의 사용 용도를 축소 운영하는 것이 실효성이 있다. 다른 연구개발기금은 강화된 모니터링으로 운영이 비탄력적이다.
우선, 과학기술진흥기금의 확충 방안을 고려해 볼 수 있으나, 「협동연구개발촉진법」에 근거하여 기술개발복권 수입에 의존하는 이 기금의 경우 최근 해당 수입이 줄어들어 기금의 조성 규모가 작고 운영 능력도 줄어들고 있는 실정이다. 이 기금은 특정 목적의 재원 수입의 연계가 불투명해 이를 확대하기보다 기금의 사용 용도를 축소하여 운영하는 것이 그나마 실효성을 높이는 방안이라고 판단된다. 과학기술진흥기금 외 다른 연구개발기금의 경우 특정 목적의 수입과 지출이 연계되어 존속에는 문제가 없으나 재원운영의 효율성 제고를 위해 예산 운영에 같은 모니터링 체제가 강화되고 있어 재원 운영의 탄력성은 줄어들고 있는 상황이다.