1990년대는 고급 과학기술인력이 급속도로 성장세를 보이는 시기였으나 정부 주도의 과학기술인력정책은 한계에 봉착했다. 경제성장률은 감소세를 보였으며 고급 과학기술 인력을 채용할 수 있는 일자리는 많지 않았다. 이공계 취업난은 계속 이어져 1990년대 말 이공계 기피현상이 생겼다. 
1990년대는 정부가 과학기술의 질적 경쟁력을 추구하면서 고급 과학기술인력이 두드러지게 성장하는 시기이다. 분야별로 주요 대학원을 선정해 집중적으로 지원하는 두뇌한국21(BK21) 등의 사업이 수행되면서 대학원이 확충되고 연구기능이 대폭 확대되었던 것이다. 1990년 당시 우리나라 대학원이 298개, 학생 수가 86,911명에 달했던 것으로 성장을 짐작할 수 있다. 이러한 현상을 김광구(2008)는 기존에 정부 주도로 수행된 공급 중심의 인력정책이 고급 과학기술인력에까지 확대된 결과라고 설명한다. 그러나 정부가 주도한 고급 과학기술인력정책 역시 한계에 직면하기 시작했다. 당시 과학기술혁신 주체인 민간기업, 공공연구소, 대학이 성장했고, 과학기술인력에 대한 수요를 형성하는데 정부의 역할은 축소되었으며, 경제성장률은 둔화되었기 때문이다. 그 결과 급증한 고급 과학기술 인력에 비해 이들을 고용할 수 있는 일자리는 부족한 문제가 등장했다. 공급 중심의 과학기술 인력정책으로 빚어진 과학기술인력의 양적‧질적 수급 불균형과 이공계 취업난과 같은 문제는 점차 심화되어 1990년대 말, 이공계 기피현상으로 드러나기 시작한다.