시화호 종합관리계획 예산은 수질 및 퇴적물의 환경관리 분야가 많았다. 해양수산부가 추진한 사업 계획은 예산 확보를 위한 조치에서 미흡함을 나타냈다. 생태계와 생물자원을 관리하고 연안의 이용과 공간관리 등의 사업엔 여러 시행착오가 있었다. 
시화호 종합관리계획의 예산은 주로 수질과 퇴적물 환경관리 분야에 집중되었다. 수질 및 저질 환경관리의 우선순위가 높기 때문이기도 하지만, 세부 시행계획이 관계 부처나 지자체에서 이미 시행하고 있었거나, 시행할 예정이었던 사업들을 취합하여 만들어졌기 때문이었다. 세부 시행계획의 각 사업들이 분야별 목표를 달성하기 위하여 하향식으로 설계된 것이 아니라, 이미 관계부처와 지자체가 시행하고 있던 사업들이 분야별로 취합 정리되었기 때문이다. 각 사업주체들은 세부 시행계획을 수립할 때, 이미 사업이 시작되어 예산이 집행되어 있거나 예산이 확정된 사업들만을 계획에 반영할 수밖에 없었다. 해양수산부는 환경관리해역 제도와 연안통합관리 제도를 도입하고 의욕적으로 시화호의 관리를 이관받았으나, 해양수산부가 추진하려고 했던 사업들은 예산 확보를 위한 후속 조치가 미흡한 경우가 많았다. 연안통합관리계획으로 확대하기 위하여 새로 추가된 많은 시행사업들은 필요성은 있으나 예산 확보가 어려웠다. 이러한 이유로 생태계 관리나 생물자원 관리, 연안이용 및 공간관리, 관리체계 및 역량강화를 위한 사업의 시행에 많은 어려움이 있었다.