항만형 자유무역직역은 3개의 곳에서 비용을 부담하고 있다. 그 중에서도 중앙정부의 부담비중이 가장 높다. 부산항과 광양항 그리고 평택항의 경우에도 정부의 부담 비율이 크다. 
항만형 자유무역지역은 중앙정부, 항만공사 및 지방정부에서 개발비용을 부담하고 있는데, 중앙정부의 재정투입 비율이 50% 이상을 차지한다. 먼저, 부산항 신항 자유무역지역 중 북ʻ컨ʼ 배후단지의 경우는 해양수산부와 부산항만공사가 50%씩 분담하였으며, 웅동 배후단지의 경우 각각 구획을 구분하여 해양수산부와 부산항만공사가 개발하고 있는데 여기서도 50% 수준에서 분담되고 있다. 광양항 자유무역지역은 해양수산부와 광양시가 개발 비용을 분담하였는데, 동측배후단지는 해양수산부의 분담비율이 약 87% 정도이며 광양시의 비율은 약 13% 정도이다. 평택당진항 자유무역지역의 경우, 조성 당시에 해양수산부와 경기도가 각각 50%씩 개발비를 분담하였다.