전용실시권이 설정되어 있는 이유로 특허권자의 손해배상청구가 배척되어서는 안 될 것인데, 전용실시권자의 제조, 판매액에 상응한 실시료를 지급하는 경우에는 침해자에게 손해배상청구가 가능하다고 하고, 특허법 제128조 제2항의 적용에 있어 침해행위에 의해 침해자가 받은 이익액이 특허권자가 받은 손해액으로 되는 추정이 깨어지고, 특허침해가 일어난 경우에 특허권자가 침해자로부터 배상받을 수 있는 손해액은 것의 없을 것으로 보인다.
2) 전용실시권이 설정되었으나 특허권자가 손해배상청구권을 가지는 경우
그러나 한편, 전용실시권 설정에 따른 실시료를 특허제품의 판매량에 비례하여 받는 경우에는 이와 달리 전용실시권이 설정되어 있다는 이유만으로 특허권자의 손해배상청구가 배척되어서는 안 될 것이다. 왜냐하면 특허침해로 인하여 전용실시권자의 매출이 줄어들면 특허권자의 실시료 수입도 줄어들기 때문이다. 따라서 이러한 경우에는 특허권자도 전용실시권자가 청구할 수 없는 부분에 한하여 침해자에 대하여 손해배상을 청구할 수 있다. 전용실시권이 설정되어 있는 경우에 있어서도 실시료의 지급이 일정금액이 아니라 전용실시권자의 제조/판매액에 상응한 실시료를 지급하는 경우에는 침해자에게 손해배상청구가 가능하다고 하는 견해도 같은 취지로 보인다. 문제는 이 경우에 특허권자는 오로지 특허법 제128조 제3항의 적용만을 주장할 수 있는 것이고 특허법 제128조 제1항이나 제2항의 적용을 주장할 수는 없는 것인지 여부이다. 앞에서 보았듯이 특허권자가 특허발명을 실시하는 것은 특허법 제128조 제1항이나 제2항의 적용에 있어서 그 요건은 아니다. 따라서 특허권자는 특허법 제128조 제3항뿐 아니라 제1항이나 제2항의 적용을 주장할 수도 있다고 하여야 할 것이다. 그러나 이미 전용실시권자가 존재한다면, 특허법 제128조 제1항의 적용에 있어서, 특허권자는 생산능력을 갖추지 않은 경우가 많을 것이고, 설령 생산능력을 갖추고 있는 경우라도, 극히 예외적인 경우가 아니라면, '특허권자가 침해행위 외의 사유로 판매할 수 없었던 사정이 있는 때'에 해당하게 될 것이며, 제2항의 적용에 있어서는 '침해행위에 의하여 침해자가 받은 이익의 액'이 특허권자가 받은 손해의 액으로 되는 추정이 깨어지게 될 것이다. 따라서 특허권자가 전용실시권자로부터 판매량에 비례하여 실시료를 받는데 특허침해가 일어난 경우에 실제로 특허권자가 특허법 제128조 제1항이나 제2항을 적용하여 침해자로부터 배상받을 수 있는 손해액은 것의 없을 것으로 보인다.