LMOs의 관리체계는 관리를 담당하는 바이오안정성 위원회, 의정서를 이행하는 국가책임기관, 의정서의 실행을 위한 연락을 맡는 국가연락기관, 이행을 지원하는 바이오안정성정보센터로 구성된다. 이는 LMOs의 사용 목적에 의해 여러 부서들로 나뉜다.  또한 위해성 평가가 영향을 주는 분야에 따라 심사를 담당하는 책임자도 각각 다르다. 이러한 법이 시행됨에 따라 식품이 수입되기 위해서는 식품위생법은 물론 해당하는 환경위해성심사 또한 통과해야한다.
보다 구체적으로 LMO법에서 명시된 LMOs 관리체계를 살펴보면, 관리를 위한 범부처 심의기구로서 ‘바이오안전성 위원회(위원장: 국무총리)를 두고 국가책임기관(지식경제부)이 의정서의 이행을, 국가연락기관(외교통상부)가 의정서 이행에 관한 연락을 담당하며, 국가책임기관 산하 바이오안전성정보센터를 설치하여 이행을 지원하기 위한 정보 수집 및 관리를 하도록 했다([그림 6-2] 참조). 실제 LMOs의 관리는 LMOs의 용도에 따라 소관 부처에서 진행하도록 규정했다. 농수산․임업용 LMO는 농림수산식품부에서, 시험연구용 LMOs는 교육과학기술부에서, 환경정화용 LMO는 환경부에서, 보건의료용 LMO는 보건복지부에서, 해양용 LMO는 국토해양부에서, 산업용 LMO는 지식경제부에서 각각 관리하도록 지정하였다. 그리고 LMOs의 위해성 평가는 인체 건강에 미치는 영향에 관한 심사는 보건복지부 장관이, 자연생태계에 미치는 위해성은 환경부 장관이, 작물재배환경에 미치는 위해성은 농림부 장관이, 해양생태계에 미치는 영향은 국토해양부 장관이 각각 수행하도록 지정했다. LMO법이 시행되면서 식품으로 이용되는 LMO의 경우 식품위생법에 근거한 식품안전성심사 뿐만 아니라 필요시 해당 부처의 환경위해성심사까지 통과해야 국내 수입이 가능하게 바뀌었다. 이에 따라 LMOs 수입 승인을 위해 LMO관리를 맡은 개별 부처의 산하에 존재하는 국립종자원, 국립환경과학원 등과 같은 생물자원관리기관이 LMO 수입승인 업무기관으로 지정되고 LMOs의 잠재적 위해성에 따라 사전 수입동의절차도 밟도록 하고 있다. 또한 LMO법에서 기존 GMOs표시제에 해당하지 않는 LMOs에 대해서도 표시규정을 마련하였다.