시화호 수질오염이 환경문제로 대두하자 1996년 환경부는 대통령 지시에 따라 수질개선 종합대책을 수립하고 7월 5일 「시화호 수질개선종합대책」을 발표하였다. 
시화호 수질오염이 사회적인 환경문제로 대두되자, 1996년 4월 29일에 환경부 주관으로 수질개선 종합대책을 수립하라는 대통령의 지시가 있었다. 이에 따라 환경부 주관으로 건설교통부(현 국토해양부), 농림부(현 농림수산식품부), 한국수자원공사, 농어촌진흥공사 (현 한국농어촌공사)와 시흥시, 안산시, 화성군(현 화성시) 등으로 구성된 관계기관 대책회의를 진행했다. 그 결과 환경부는 1996년 7월 5일에 2001년까지 총 4,493억원을 투입하는 「시화호 수질개선종합대책」을 발표하였다. 여기에는 시화호 인근 하수처리장 3개소, 차 집관로 및 배수로 건설 등의 계획이 포함되었다. 환경부는 같은 해 10월에 「시화호 수질개 선대책 세부추진계획」을 발표하였다(한국수자원공사, 2005a).