한국생명공학연구원은 연구원 창업을 통한 바이오 벤처를 배출해왔다. 2000년 이전에는 연구원 창업을 중심으로 운영해온 반면, 2008년 이후에는 조직 기반의 창업을 주로 진행하고 있다.
한국생명공학연구원은 1992년 우리나라 바이오 벤처 1호인 (주)바이오니아를 연구원창업으로 배출한 바 있으며, 최근까지 총 21개의 바이오 벤처를 연구원 창업형식으로 배출하였다. 또한 개인 창업이 감소하고 있는 2000년대 후반에는 국내 바이오분야 기업과 공동으로 기술을 출자하여 연구소기업 3개를 설립하였으며, 최근 신기술창업 전문회사 1개도 설립하여 총 25개 기업을 설립하거나 배출하였다. 한국생명공학연구원의 연도별 바이오 벤처 창업 현황을 보면 연구원 창업은 총 21개로 그중 19개(90.4%)가 바이오 벤처 붐이 불던 1990년대 후반~2000년에 창업되었다. 2008년도 이후에는 개인 기반의 창업보다는 연구소기업/신기술창업전문회사등 조직 기반의 창업이 주를 이루고 있다.