항만건설기술 고도화는 항만·해안 구조물 안전 확보 기술개발을 목표로 추진 중이며, 해운물류기술개발은 유비쿼터스 기술을 활용, 기반기술을 개발하고 국가 물류비 절감 및 국제물류허브 구축에 기여하며 스마트-그린 컨테이너터미널 시스템 기술개발을 목적으로 한다. 
본 사업은 항만건설기술 고도화 및 해운물류기술개발의 2개 분야로 구분하여 각 분야별 기술목표를 설정하여 추진 중이다. 항만건설기술 고도화 분야는 기후변화에 따른 해수면 상승 및 해일피해 등에 대비한 항만·해안 구조물 안전 확보 기술개발을 목표로 추진 중으로 구체적으로는 항만건설기술의 고도화, 기후변화에 대응한 안전한 항만 구축, Green Port 실현 등을 통해 항만건설 기술경쟁력 확보와 재해예방, 선박의 초대형화에 따른 하역시간 단축 등의 서비스 개선, 운영비 절감을 통한 항만의 국가 경쟁력 강화 등을 목표로 하고 있다. 해운물류기술개발 분야는 유비쿼터스 기술을 활용하여 국내외 해운물류 네트워크 체계구축을 위한 기반기술을 개발하고 해운물류 정보 통합, 연동, 운용서비스 개발을 통해 국가 물류비 절감 및 국제물류허브 구축에 기여하며, 해운물류의 원활한 흐름을 위한 스마트-그린(무인자동화, 고생산성, CO2 Free) 컨테이너터미널 시스템 기술개발을 목적으로 한다.