제2단계는 새만금 종합개발사업 진행과정 상의 영향을 평가하고 완화를 위한 운영체제를 구축하면서도 계획의 변경 가능성을 고려해 예측모델의 수정도 병행하면서 종합 대책을 수립해야 한다. 
제2단계는 개발한 예측모델을 토대로 새만금 종합개발사업 진행과정에서 발생하는 영향을 평가하고, 완화․저감을 위한 대책마련에 활용될 수 있는 운영체제를 구축해야 한다. 그러나 새만금 종합개발사업 진행과정에서 내부개발계획을 변경하거나, 새만금 내부수역의 관리방식을 수정할  가능성도 있어 개발계획의 변경 및 내부수역 관리방식의 변경 시 예측모델의 수정도 함께 이루어질 필요가 있다. 이와 함께 영향을 저감, 완화할 수 있는 기술 개발을 병행하여 최적의 기술적 대안과 투자계획을 마련하고, 새만금 연안의 체계적 관리를 위한 종합대책을 수립해야 한다. 이 시기는 새만금 종합개발사업 추진 과정에서 도서지역의 관광시설 조성, 어항 및 항만개발에 생태적 디자인 기술을 적용하는 단계이기도 하다.