산업기술혁신사업에서 표준양식을 기준으로 선정과 성과평가를 한다. 사업 내 과제는 원천기술형과 혁신제품형으로 구분되는 데 원천기술형 선정은 기술성, 연구역량 , 사업화와 경제성으로 측정한다. 혁신제품형은 기술성 배점이 줄고 사업화와 경제성 배점이 늘어난 것이 원천기술형과 차이인데 큰 차별성을 갖는 것은 아니다. 선정 평가에서 중요한 점은 특허를 낼 수 있는지와 연구책임자의 연구실적과 기술이전이 가능한 지이다.
산업부는 대형사업에는 표준적인 선정 및 성과 기준을 만들어 활용하고 있으며, 단위사업이나 내역사업에서 이를 일부 수정한 형태로 적용시키고 있다. 산업부 산업융합원천기술개발사업의 모사업인 산업기술혁신사업에서도 표준양식을 준용하여 선정평가와 성과평가에 활용하고 있다(산업통상자원부, 2014,2015). 사업 내 세부 과제는 다시 과제의 성격에 따라 원천기술형과 혁신제품형으로 구분된다. 신규과제 선정을 위한 기준을 살펴보면, 원천기술형의 경우 기술성(60점), 연구역량(20점), 사업화 및 경제성(20점) 등으로 크게 구분하여 평가한다. 기술성 부분에서는 목표의 구체성과 정량성, 기술개발 수준, 특허등록 가능성 등을 목표의 도전성 및 창의성을 평가하는 기준으로 활용한다. 연구방법 및 추진전략의 창의성 및 적합성도 기술성에서 다루어지는데, 기술성 전체 60점 중에 15점으로 상대적으로 비중이 낮은 편이다. 연구역량 부분에서는 총괄책임자 등 연구조직 역량을 평가하는데, 연구책임자의 연구실적 등이 가장 큰 비중을 차지하고 있다. 사업화 및 경제성 부분에서는 사업화를 위한 구체적 계획 수립 여부와 향후 기술개발 성공 시 기술이전 등파급효과 부분이 중요하게 평가되고 있다. 혁신제품형의 경우, 평가항목과 세부 항목의 구성은 원천기술형과 동일하다. 차이점은 기술성 부분의 배점이 50점으로 줄어든 반면, 사업화 및 경제성 부분이 30점으로 늘어난 점이다. 특히 사업화 계획의적합성과 경제성 부분의 배점이 늘어난다. 종합해 보면, 기술개발 단계가 기초·원천에 가까운 과제와 응용·개발에 가까운 과제 모두 선정 기준에 있어서 큰 차별성을 갖고 있다고 보긴 힘들다. 물론 세부 항목에서 일부 배점이 차이가 있지만, 결국 과제 선정에서 중요시되는 사항은 특허생산 가능성, 연구책임자의 연구실적, 기술이전 가능성 등이다.