지금의 선정 평가의 문제점은 특성을 반영하지 못하고 연구 업적 위주의 구성이며, 평가 사람의 전문성이 부족한 것을 적극 반영한 융합 연구 특성이 고려된 평가 지표가 필요하다. 하지만 현재 선정 평가에는 기존에 학문에 한쪽으로 치우치는 사람이 참여하고 있어 문제된다. 또한 평가자의 공정성과 결과 피드백 및 평가 시간의 결여 등 여러 문제점이 지적되고 있다.
현재 융합연구 선정평가 기준의 문제요소를 구체적으로 살펴보면 융합특성을 반영하지 못한 평가지표 구성(26%), 연구업적 위주의 평가지표 구성(22%), 평가자의전문성 부족(20%) 순으로 나타났다. 먼저 혁신원천의 다양성과 연구방법의 가변성과 같은 융합연구의 특성을 고려한 평가지표 구성을 필요로 함을 알 수 있다. 예를 들어, 기존 과제 선정평가에서는 연구 과정, 방법론의 참신성, 구 구성원의 다양성 등에 대한 평가가 제외되어 융합연구의 특성을 반영할 수 없다. 다음으로 연구자의 연구업적 위주의 평가지표 구성을 지양해야 한다는 의견이 많았다. 연구업적 위주의 평가지표 구성은 신규 연구자의 진입을 어렵게 하거나 특정 분야의 연구자에게 유리하게 적용될 수 있기 때문인 것으로 해석된다. 그 다음은 융합연구의 가치를판단할 수 있는 전문화된 평가자 구성이 중요하다는 의견이 많았다. 융합 과제의경우 특정 분야 전문가로 일원화된 평가자 구성 및 평가는 부적합하므로, 융합되는관련 분야의 전문가 및 이해관계자로 평가진을 구성하고 심층적인 논의를 할 수 있도록 평가 시스템을 구축하는 노력이 필요함을 알 수 있다. 하지만 현재 선정평가에서는 기존 학문분류 체계에 근간한 편중된 분야의 평가자가 참여하는 문제점이 지적되고 있다. 그밖에 평가자의 공정성 결여(10%), 평가결과 피드백 부족(8%), 평가시간의 부족(7%), 연구아이디어의 도용 가능성(7%)도 현행 융합연구 선정평가의 문제점으로 지적되었다.