요즘 세계적으로 주목받는 비교효과 등의 평가는 기존 기술과 신의료기술만이 아닌 기존 기술 간의 효과성에 중점을 두는데, 한국 의료기술평가는 기존 기술에 대한 체계적인 방식이 없다는 단점이 있다.
무엇보다 한국 의료기술평가는 기존 기술에 대하여 체계적인 제도나 절차를 가지지 못하고 있는 단점이 있다. 신의료기술평가나 신의료기술에 관한 급여 결정에 많은 정책적 노력이 집중되어 왔으며 의료비 증가에 대한 대책은 약제 중심적으로 또 약가 인하를 중심으로 이루어져 왔다. 최근 전 세계적으로 대두되고 있는 비교효과 등의 평가는 기존 기술과 신의료기술 간의 비교만이 아니라 기존 기술 간의 효과성 및 비용효과성을 중심으로 이루어지고 있다. 국민의료비 증가를 주도하고 있다고 많은 학자들로부터 지적되고 있는 의료기술의 변화, 즉 의료기술의 도입과 확산에 대하여 그 경향과 비교효과분석과 이의 정책 반영이 아직은 제도로서 관심과 투자가 지극히 초기단계에 있다고 할 수 있다.