FOS 인증기준은 FAO의 에코라벨링 가이드라인을 따르며 지속가능한 어업을 위한 기준으로, FOS는 생산･가공 등의 경로관리와 인증제품 관리감독을 위한 DNA 테스트도 수행하고 있다. 
FOS의 인증기준은 FAO의 에코라벨링 가이드라인을236) 따르고 있다. 특히 FAO 가이드라인 제30조에 따라 수산자원이 남획되지 않아 지속가능한 상태인수산물에 대해서만 인증을 부여하고 있다.237) 지속가능한 어업을 위한 FOS의 어로어업 인증기준은 남획되지 않은 목표종, 부수어획물의 8% 미만 폐기, 멸종위기종의 부수어획 금지, 해저에 영향을 미치지 않도록 어획, TAC, IUU 금지등의 규제조치를 준수한 어획, 사회적 책임, 탄소배출 절감 등이다. 또한 FOS는 지속가능성이 유통 및 판매과정에서 추적될 수 있도록 생산･가공･유통경로관리를 하고 있으며, 인증 제품을 관리･감독하기 위해 DNA 테스트를 수행하고 있다.