국가차원의 R&D 전략의 중요해지면서 R&D 추진체계가 개편되었으나 전략과 시스템, 역할 등의 미흡함 등으로 비효율성이 심화되고 있고 책임 또한 연구 기관에 묻고 있다.
정부 R&D 규모는 2016년 기준 19.1조 원 규모로, 미국의 1/10, 일본의 1/3 수준에 불과하여 재원의 효율적 활용을 위한 선택과 집중이 필요한 바, 국가차원의 R&D 전략의 중요성이 커지고 있다. 2013년 「정부조직법」 및 「과학기술기본법」 등 관계법령의 개정에 따라 정부 R&D 추진체계가 개편되었으나6) 국가차원의 R&D 전략 부재, 예산확보를 위한 부처 간 또는 R&D 수행주체 간 경쟁의 심화에 따른 중복문제의 발생, 국가과학기술심의회의 Planning-tower로서의 역할 미흡, 재정투입 및 산출 중심의 평가, 부처 간‧부처 내 정책의 연계조정 시스템의 미작동으로 인하여 비효율성이 심화되고 있고, 이에 대한 책임은 연구관리 전문기관과 연구기관에 설명책임(accountability)을 묻는 구조로 변질되고 있다.