건강영향평가는 환경부에서 제시한 방법을 적용하여 여러가지 요인을 중심으로 평가한다. 평가는 환경영향평가와 유사한절차를 따른다. 영향예측 단계에서는 정성적․정량적으로 평가되는데 정성적 평가는 요인별 영향을 종합 분석 하고 정량적 평가는 예측값과 허용위해도 수준을 비교한다.
건강영향평가는 환경부 예규 제474호와 건강영향 항목의 평가매뉴얼(환경부, 2013)에서 제시하고 있는 방법을 적용하여 대기질, 수질, 소음․진동의 물리적 요인을 중심으로 평가하고 있다. 평가는 환경영향평가의 다른 항목과 유사하게 현황조사, 건강영향 예측, 저감방안수립, 사후환경영향조사 계획 수립의 절차를 따른다. 영향예측 단계에서는 평가의 항목, 내용, 방법 등을 검토하는 스코핑과 사업시행으로 인한 영향을 정성적․정량적으로 평가하게 된다. 정성적 평가는 해당 계획으로 인한 잠재적 건강영향과 건강결정요인별로 취약집단에 미치는 영향의 종류, 정도, 가능성 등을 종합적으로 분석하는 것이다. 정량적 평가는 각 항목별로 예측된 값과 허용위해도의 수준을 비교하게 되는데, 예를 들면 대기오염물질의 발생량(소음의 경우는 예측 소음도)과 영향 예상지역에서의 농도를 예측하여 건강기준과 비교하는 것이다. 특히 대기오염물질의 정량적 건강영향평가는 비발암성 및 발암성 물질로 구분하여 위해도 지수 및 발암위해도를 산출하여 평가한다.