이준용․이석희(2014, p. 3)는 현 공시지가 산정체계의 문제점이 표준지의 지역별 편중에 있다고 보는데, 해역점영료 및 사용료의 산정체계에서는 도심지역 중심의 표준지를 적용하면 개별공시지가가 낮아지는 문제가 있다. 또 공시지가는 시장가치로 보는 게 맞으나 현재는 과세부과기준으로 활용되고 있어 적정가격으로서의 의미가 퇴색되어 있다. 
이준용․이석희(2014, p. 3)은 현재 공시지가 산정체계의 문제점으로 표준지의 지역별 편중을 지적한다. 즉, 이들은 “표준지의 지역별 편중은 개별지가 산정의 어려움뿐만 아니라 필지간 지가 균형을 훼손하고 지역 내 토지들의 특성을 고루 반영하지 못해 지가의 연속성을 저해하는 요인으로 작용한다.”고 지적하였다. 이런 사항을 해역점용료·사용료 산정체계에 그대로 적용해 본다면, 대부분의 표준지는 도심지역을 중심으로 분포되어 있어 바다에 접한 토지의 가격(개별공시지가)을 산정하는데 해역이용의 특성을 반영하지 못하고 있을 뿐만 아니라 동일지목이더라도 바다에 접한 토지일수록 개별공시지가는 낮아진다. 또한 공시지가가 시장가치로서 성격인가, 아니면 과세부과기준으로 활용하기 위한 당위가격인가에 대한 모호성이다(허강무, 2012, p. 9). 원래 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따르면 공시지가는 적정가격(통상적 시장에 정상적 거래가격)으로 공시하도록 하고 있어, 시장가치로보는 것이 맞다. 그러나 현재 개별공시지가는 토지관련 국세․지방세 부과기준과 개발부담금 등 각종 부담금의 부과기준으로 활용된다. 즉 공유수면 점용료·사용료는 해역이용에 따른 수익구조를 반영한 시장가치의 적정가격으로서 의미가 반영되어 있지 않다