배출권거래법에서 규정된 안정화의 수단과 방식이 지나치게 자율적이고 재량에 맡겨져 있고 정치적으로 중립적이지 않은 정책결정기구의 운영은 시장의 혼란을 야기할 수 있다.
그러나 전술한 바와 같이 현재 배출권거래법 상 규정된 안정화조치의 수단과 개입방식에 있어서 지나치게 재량적 개입의 여지가 높으며, 안정화조치 중 비시장적 조치가 우선적으로 행해질 수 있는 가능성이 높다. 특히, 배출권시장 정책결정기구의 독립성이 가격안정성과 온실가스 저감이라는 정책 목표 달성을 위한 주요사항으로 강조되고 있는 점을 고려시 정치적 독립성과 중립성이 낮은 정책결정기구의 운영은 재량정책의 장점이 발휘되지 못한 채 시장의 혼란을 가중시킬 가능성이 높다. 따라서 현재의 규제 방식에서 총량 준수에 대한 정책 기조 하에 배출권거래제도의 시장안정화 정책의 준칙을 마련하는 것이 필요하다.