지하수 영향조사는 지하수 개발 시 발생 가능한 모든 문제들을 평가하지만 근본적인 환경문제인 지하수의 오염 문제를 살피지 않는다. 그래서 지하수 보전을 위한 단지 임시방편이라는 비판을 듣는다.
지하수 영향조사는 지하수 유동체계 및 수질 특성을 양수시험과 같은 현장시험 및 해석을 통해 알아내는 등 다양하고 구체적인 조사로 구성되어 있다. 이는 모든 지하수 영향에 대한 평가로서, 지하수 관정을 개발하였을 때 발생할 수 있는 문제들을 평가할 수 있게 되어 있다. 하지만 앞서 지하수의 환경문제 등은 다른 인위적 활동(개발사업)이 지하수에 영향을 미칠 때 발생한다. 나아가 지하수 영향조사는 공공 수자원으로서 지하수의 오염 및 고갈 문제를 살피지 않고, 이용자가 관정 개발할 때 용수공급의 적정성과 주변 영향만을 살피고 있다. 결론적으로 지하수 영향조사는 관정 개발을 위해 실시되며 지하수 보전·관리를 위한 임시 방편에 그치고 있다.