이명박 정부는 정부조직 비대화로 인한 비효율성을 해소하기 위해 교육과학기술부를 출범, 정보통신부의 기능 분산, 산업기술부문을 지식경제부로 통합했다.
이명박 정부는 이전 정부조직의 비대화로 인한 비효율성을 지적하면서 첫째, 과학 기술부의 기초과학 부문 및 인력양성 기능을 흡수시키고자 교육과학기술부를 출범했다. 둘째, 정보통신부를 해체하고 그 기능을 교육과학기술부, 지식경제부, 방송통신위원회로 분산하였다. 마지막으로 산업자원부와 정보통신부의 IT 부문, 과학기술부의 산업기술부문을 지식경제부로 통합하였다. 또한 과학기술부를 통폐합하여 과학기술혁신본부를 폐지하고 R&D예산 조정･배분기능 및 성과평가 기능을 기획재정부로 이관하였다. 이와 더불어 과학기술부의 복수차관제를 교육과학기술부에 유지하여 과학기술 컨트롤 타워 축소에 대한 대안방안을 마련하고자 하였다.