기존 EU ETS에서 사용된 CERs의 유형은 CDM사업에 편중되어 지역편중문제까지 제기되고 공급 증가로 가격이 하락하였다. 이에 거래 규제와 제도를 변경하되 2015년 3월까지는 이월된 거래도 가능하다.
EU ETS에서 사용된 CERs의 유형은 대부분 HFCs, N2O와 같은 산업가스를 감축하는 CDM 사업에서 발행된 CERs가 약 90%를 차지하였으며, CERs가 발행된 국가도 중국, 인도, 한국의 비중이 높아 특정 지역편중 문제가 제기되어 왔으며, CERs 공급의 증가로 인해 가격이 [그림 3-16]과 같이 하락하였다. 이에 따라 EU ETS 제3기가 시작되면서 2013년 5월부터 HFC23과 아디핀산(adipic acid) N2O 감축으로 발행된 CERs에 대해 거래가 규제되었다. 또한, 2013년부터 최빈개도국 내 발생되는 CDM 사업만을 인정하도록 제도를 변경하고, 제2기 기간에 발행하여 이월된 CERs에 대하여 2015년 3월말까지만 EU ETS 내에서 거래가 가능하도록 규제하였다.