SDM의 단점은 합의점에 이르기까지 시간적인 불확실성과 실행가능성이 낮다는 것이다. 그러나 SDM에 대한 방식이 결정되지 않아 단정키 어렵다. 그리고, 투자 또는 지원에 대한 리스크가 높다는 점도 존재한다.
반면에 SDM의 단점은, UNFCCC 관리 하에 실행되는 메커니즘으로서 국제적인 합의를 통하여 실제적인 실행이 가능하다는 점에서 합의에 이르기까지의 시간적인 불확실성과 2020년부터의 실행가능성 여부가 불투명할 수 있다는 것이다. 또한, 사업의 등록, 실행 및 실적의 인증 등의 절차와 MRV의 엄격성 등으로 인하여 최종적인 감축실적의 확보까지 비용과 시간이 많이 소요된다. 다만, 아직 SDM에 대한 구체적인 형태와 방식이 결정되지 않았으므로 단정하기는 어려우나 이전의 CDM의 경우보다는 다소 완화될 것으로 보인다. 그리고, 해외사업의 일반적인 리스크와 마찬가지로 사업이 실행되는 현지 지역 및 국가 리스크나 재무적인 리스크 및 당초 예상과 달리 실제 감축실적의 미달 등의 리스크도 존재하며, 기업 지원을 위한 정부 재정부담 및 기업 투자 또는 지원에 대한 손실 위험도 존재한다고 할 수 있다.