냉동절제술이 기존의 고주파 절제술과의 차이점은 첫째, 부정맥 절제술의 정확성을 높일 수 있다. 둘째는 고주파 절제술보다 더 정확하게 절단할 수 있다는 장점이 있다. 셋째로는 정상 세포조직의 파괴를 막을 수 있다는 장점이 있다. 넷째는 냉심장내막에 상처가 나거나 혈전이 생기거나, 혈관 협착이 생길 확률이 낮다.
냉동절제술이 기존의 고주파절제술과 다른 점은 첫째 cryomapping 기능이다. 이는 목표 조직에 냉동절제술(-80도 정도)을 영구 실시하게 전, 대상 조직에 약한 저온(-30도 정도)을 임시로 적용하여 문제 병변 조직인지의 여부를 파악하게 함으로써 부정맥 절제술의 정확성을 높일 수 있다. 특히, AV node와 같이 치명적인 고위험 지점에 부정맥 병변으로 의심되는 경우는 이런 점이 유용하며, 저온으로 적용된 부위는 다시 정상 조직으로 복원될 수 있다. 둘째는 cryoadhesion 기능이다. 냉동 카테터 끝이 극저온화되면서 심장조직에 단단하게 부착되어 심장이 박동 중에도 절제 대상 조직의 위치를 정확하게 파악하고 영구 절제할 수 있게 하므로 고주파절제술에 비해 정확한 부위를 절제한다는 장점이 있다. 셋째로는 정상 세포조직의 파괴를 방지할 수 있다는 장점이다. 냉동절제된 조직은 신속히 재생되며 인접한 정상조직을 손상시키지 않으므로 시술 후 정상적인 심장 박동에 영향을 주지 않으며 천공의 위험이 고주파절제술 보다 낮다. 넷째는 기본의 고주파열 에너지가 아닌 냉각 에너지를 사용하므로 심장내막의 손상이나 혈전 발생, 혈관 협착 발생이 낮다는 점이다.