연구중심병원육성사업의 신규 예산 확보시 수월성 중심 평가를 통해 우수한 병원에 지원하는 것이 바람직하다. 또한, 장기적으로 연구중심병원 육성사업에서 연구비 재원 확보를 하는 방안을 검토할 필요가 있다.
향후 연구중심병원육성사업의 신규 예산 확보시 예비타당성조사 제언의 취지를 살려 미수혜 병원에 우선 지원하기보다는 수월성 중심의 평가를 통해 우수한 병원에 지원하는 것이 바람직하다. 또한, 그간 예비타당성조사를 비롯한 예산 심의과정에서 유사·중복이 지적되어 온 선도형특성화연구사업과의 통합을 통해 장기적으로 연구중심병원 육성사업에서 활용가능한 연구비 재원 확보를 하는 방안을 검토해볼 필요가 있다. 선도형특성화연구 사업은 2017년 기준 4개 병원에 25~30억원 규모로 지원중으로 연구중심병원육성사업의 유닛 규모와 유사한 수준이며, 2017년 1개, 2019년 2개, 2021년 1개 사업단 종료 예정으로, 사업 통합시 종료 예산을 연구중심병원 육성사업의 신규 연구유닛으로 활용할 수 있다.