환자 연계 자료는 익명화 보관해야 하며,  자료 등록 시점에 고유 식별자가 바로 부여되는 절차가 요구된다. 또한 축적된 식별자를 모든 자료에 추가하기 위한 연결자료가 필요하다.
자료 연계시 환자의 주민등록번호를 이용할 수도 있지만 성명, 생년월일, 성별 등을 이용하여 확률적 연계(Probabilistic linkage)를 시행할 수도 있다. 가장 좋은 개인식별자는 개인에 대한 고유한 정의가 가능하되 환자의 개인식별정보는 포함하지 않는 것이다. 자료는 익명화하여 보관하고 익명화를 풀 수 있는 정보는 별도로 안전하게 보관해야 한다. 등록자료를 운영하는 그룹에서 등록자료가 입력되는 시점에 고유식별자가 새롭게 부여되는 절차를 마련해야 하고, 자료축적 시 이 식별자를 모든 새로운 자료에 추가하는 시스템을 운영하기 위한 연결자료(Crosswalk file)가 필요하다.