융합 사업에 대한 평가에 대한 전문가의 소견을 듣기 위해 회견을 하였다. 이에 전문가들은 사업의 수가 광활하기에 인력 투입이 어려워 자체평가로 성공의 시비를 가리기가 어렵고 융합 사업의 정확한 뜻의 명시가 없어 평가가 힘들다고 본다고 하였다.
융합 사업 평가에 대한 좀 더 구체적인 의견을 듣기 위해, 2015년 상위평가 참여자 중 평가기관 담당자, 학계·산업계 전문가 등 총 3명에 대해 인터뷰를 실시하였다. 평가기관 담당자는 사업단위 상위 평가 시 가이드라인에 따라 평가위원회를 구성하고 위원회는 다수의 분과로 다시 구성되며, 각 분과위원들이 20여개 정도의 사업을 평가하는 시스템이라고 응답하였다. 따라서 평가위원 당 검토해야 할 사업이 매우 많기 때문에 부처의 자체평가에 대한 확인 및 점검 위주로 평가가 진행될 수밖에 없다. 상위평가 시 융합 사업에 대한 담당 분과가 별도로 존재하지 않기 때문에 기술특성에 근거하여 해당 분과가 나뉘게 된다. 사업 내에서 융합연구의 진척이나 성공 여부를 판단하는 것은 원천적으로 고려되지 않는 상황이다. 특히 관리기관 입장에서는 융합 사업에 대한 정의가 현재 명확하지 않기 때문에 다른 평가기준을 적용하는 것이 매우 어렵다고 응답하였다.