공공연구지원에서 연구의 자유에 대한 논의는 자유와 책임을 대립되는 개념으로 한다. 기초→응용→개발은 자연에 대한 이해가 인류의 상황을 물질적으로 개선시킬 것이라는 믿음에서 시작한다.
공공연구지원에서 연구의 자유에 대한 초기의 논의는 기초 연구와 목적성 연구를 구분하여 자유와 책임을 대립 되는 개념으로 다루고 있다. 바네바 부시의 「Science, the Endless Frontier」(1945)의 토대인 기초→응용→개발이라는 이른바 선형 모델은 기초 연구를 통한 자연에 대한 이해가 향후 인류의 상황을 물질적으로 개선시킬 것이라는 믿음에 기반하며 정부의 기초 연구 지원의 근거도 거기에 있다. 부시는 기초 연구에 어떤식으로든 제한을 가하는 것은 방해하는 것이고 정부의 통제가 없을 때 가장 풍성한 성과를 낳을 것으로 보았다(NSB, 1998; Calvert & Martin, 2001에서 재인용).