현재 성과평가 결과는 삭감이 추진에 사용되며, 과제 선정평가는 상대평가 방식이다. 성과평가단계에서는 정량적 목표로 평가하는 성질이 있어 질적인 성과가 부족하다.
현행 성과평가 결과의 활용은 사업단위 예산 삭감이 과제의 추진 여부 등에 사용되고 있으며 과제 선정평가는 상대평가 방식으로 비교적 높은 경쟁률을 의거해 역량 및 적정성을 기반으로 정량지표와 전문가 정성지표를 통해 성과지표의 설정 및 설정 달성을 위한 방법론 등을 기반으로 선정 적용하고 있으나 성과평가단계에서는 최종적으로 정량적 목표 중심으로 평가하는 경향이 있어 이를 중심으로 연구자 또한 연구목표를 설정하고 이를 달성하는 경향을 갖고 있다. 그 결과 종료평가단계에서 성공률은 93%에 달하는 수치를 보이고 있으며 질적인 성과는 나타나지 않게 된다.