전환효율이 좋지 않고, 생물자원을 활용할 경우 곡물가격에 영향을 미치게 되어서 해결해야한 문제가 존재한다.
바이오에너지는 햇빛을 화학에너지로 저장하고 있는 동·식물을 포함한 바이오매스를 생화학적 처리작업을 통해 바이오에너지를 생산해낼 수 있는 에너지원이다. 바이오에너지의 원재료인 바이오매스는 조건만 맞는다면 어디에서든지 확보할 수 있고, 음식쓰레기와 같은 유기성 폐기물을 재활용해서 에너지를 만들 수 있다는 장점이 있다. 바이오에너지는 수송용 액상연료, 고체연료, 기체연료로 구분된다. 그 중에서 가장 많이 사용되고 있는 바이오에탄올과 바이오디젤이 수송용 액상연료의 대표적인 예이다. 차세대 연료로 바이오연료가 주목을 받았지만, 전환효율이 좋지 않고, 생물자원을 활용할 경우 곡물가격에 영향을 미치게 되어서 해결해야한 문제가 존재한다.