주무부서인 외교부를 비롯해 정부내 비확산 정책과 이행의 일관성을 유지하고 효율성을 제고하기 위한 총괄조정체제가 미비하고 비확산 취지에 대한 명확한 인식이 부재한 채로 최소한의 기술적 집행에 그치고 있는 문제를 해결하고 국제협정에 걸맞는 법적인 체제의 보완이 필요한 상황이다.
비확산 주무부서인 외교부에서는 비확산 업무가 폭증하는 데 비해 일개과가 이를 전담하고 있어 다른 선진국에 비해 조직과 지원도 크게 뒤떨어진다. 또한, 다수 비확산 관련 국제규범을 준수하기 위해 산업통상자원부 (수출통제), 미래창조과학부(원자력국제협력), 원자력안전위원회(안전조치, 핵안보, 원자력수출통제), 세관(국경통제), 경찰청(대량파괴무기 불법거래), 국정원(대량파괴무기 정보교류), 보건복지부/농림축산식품부(생화학무기),국방부(무기 수출통제, 군축), 기재부(금융제재), 통일부(안보리 대북제재결의 이행, 대북 수출통제) 등 많은 정부기관이 참여하고 있다. 그런데 정부 내 비확산 정책과 이행의 일관성을 유지하고 효율성을 제고하기 위한 총괄조정체제가 미비하고, 비확산 취지에 대한 명확한 인식 없이 해당 조항을 최소한 기술적으로 집행하는 수준에 그치는 경향이 있다. 따라서 한국이 지향하는 세계평화와 비확산 기여가 충분히 행동으로 나타나지 않고 슬로건에 그치기도 한다. 또한, 비확산 협정과 국제약속에 따른 국내 집행시 이에 동반되는 압류와 처분을 위한 법적 근거, 비용, 보상 등의 문제에 대한 법체제가 미비하여, 보완이 필요하다.