미래창조과학부 및 전 부처 R&D 사업의 특허는 우수 특허가 부족한 것으로 나타났으며, 미국 특허 중 우수 특허 역시 일본･영국 등 비교 대상 국가보다 낮은 비중을 차지하고 있는 것으로 분석되었다.
국회 예산정책처의 자료에 의하면, 국가 R&D 사업의 미국특허등록은 2010~2014년 기간 중 총 3,607건 발생하였고, 부처별로는 미래창조과학부 2,403건, 산업통상자원부 464건, 교육부 408건 순으로 나타났다. 하지만 미래창조과학부를 포함한 전 부처 R&D 사업의 특허는 국제수준이나 민간 R&D사업에 비하여 우수 특허가 부족한  것으로 분석되었다. 즉, 2010~2014년 미국 특허 3,607건 중 상위 10% 이상의 피인용을 보이는 우수 특허는 3.5%인 127건에 불과하여, 비교 대상 한국 출원인에 의한 미국특허 5,183건 중 우수특허는 7.6%로 일본･영국･독일 등 비교대상 국가별 미국 특허 중 우수특허 보다 낮은 비중을 차지하고 있는 것으로 분석되고 있으며, 미래창조과학부의 미국특허 2,403건 중 우수 특허(상위 10% 피인용 특허)는 82건(3.4%)에 불과한 것으로 분석되었다.