특허법 2001.2.3. 법률 개정은 일반적 경과조치에서 특허출원에 대한 심사, 특허등록, 특허권, 특허이의신청, 심판, 재심 및 소송은 종전의 규정에 의한다고 규정하고, 2001.7.1. 이후에 특허 출원되고 등록된 특허에 관한 손해배상 청구소송에만 적용되고, 소급적 효력의 부여에는 입법자의 의도가 반영되어야 하며 침해자에게 불측의 불이익을 빚게 하는 결과를 지적하고 있다. 
2) 2001년 개정 특허법
현행 특허법 제128조 제1항 및 제5항을 도입한 2001.2.3. 법률 제6411호의 개정은 부칙 제3호에서 '일반적 경과조치'라는 제목 아래 "이법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 제출된 특허출원에 대한 심사/특허등록/특허권/특허이의신청/심판/재심 및 소송은 종전의 규정에 의한다"라고 규정하고 단서에서 "다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다"라고 하여 예외 사항을 정하였는데 단서의 각호에는 손해배상의 산정에 관한 규정을 열거하지 아니하였다. 따라서 특허침해소송도 소송이므로 특허법 제128조 제1항 및 제5항에 대해서는 종전의 규정에 의하여야 할 것이라는 견해도 가능하기는 하다. 2001년 개정 법률 부칙 제3호의 소송은 손해배상청구소송을 포함하는 것이므로 2001년 개정 법률은 2001.7.1. 이후 제출된 특허출원에 대한 손해배상청구소송 즉 2001.7.1. 이후에 특허 출원되고 등록된 특허에 관한 손해배상 청구소송에만 적용된다는 견해도 있다. 이 견해는 소급적 효력의 부여에는 입법자의 의도가 반영되어야 하며 이를 인정함에 있어서 침해자에게 불측의 불이익을 빚게 하는 결과를 지적하고 있다. 그러나 첫째, 2001.2.3. 개정된 특허법의 부칙을 올바로 해석하기 위해서는 그것만을 볼 것이 아니라 위 1990.1.13. 전문 개정된 특허법 부칙을 비롯하여 1995.12.29.에 개정된 특허법 등 그 동안의 특허법 개정의 역사를 고려하여 균형 있는 해석을 기하는 것이 타당할 것인데, 위에서 본 바와 같이 특허법이 개정될 때마다 경과규정에서 계속하여 사용된 "소송"이라는 용어는 그 앞에서 열거한 것들(특허에 관한 심판/항고심판/재심 혹은 특허권의 제한/수용/취소 또는 실시에 관한 처분)에 관한 소송이라는 의미로 일관되게 사용되어 왔다. 