R&D제도 중 정부 환수 기술료제도는 여러 취지가 있음에도 징수 및 활용도에 대해 의문이 많다. 기업이 R&D 투자를 정부지원을 받아 운영하면 성과를 내야하며 이 성과가 기여로 치부되냐,기술료 징수를 해야 하는냐로 의견이 갈리며 영리,비영리 기관에 차이를 둔 기술료징수도 논의대상이다.
한국이 갖는 R&D 제도상의 특징으로서 정부 환수 기술료제도는 R&D재투자 및 기술개발 장려·촉진 등의 기본 취지에도 불구하고 징수와 활용에 대한 여러 쟁점이 논의되고 있다. 무엇보다 기술료의 징수요율에 대한 기업부담이다. 물론 이에 대한 논란의 여지는 있다. 우선 자체 R&D를 위해 투자해야하는 비용을 세금 기반 정부 예산에 의한 투자로 충당하는 것이므로, 그에 상응하는 기여가 있어야 한다는 관점이다. 이에 대응하는 주장은 R&D를 통해 궁극적으로 산업·경제 성장에 기여하였으며, 국가 R&D사업이 정부 재원을 투자해서 자율적 기능에 의해 이행이 어려운 R&D 추진을 지원한다는 관점에서 보면, 실시권에 대한 기술료를 별도로 징수하는 것의 적합성에 대한 것이다. 특히 비영리기관을 제외한 영리기관에 국한하여 기술료 징수를 규정한 것에 대한 당위성 논란은 지속되고 있다. 비영리기관의 경우 기술료를 연구자 보상 등에 투입할 수 있는데 반해 기업의 경우 연구자 보상 등이 상당히 제한적이라는 것을 연계해보면, 이러한 논란의 일정 부분은 보다 심도 있는 논의가 필요하다.