우리나라는 산학연 연계의 중요성을 계속 말했지만 실패해왔다. 이는 자원 투입과 상관 없이 구조적 문제를 해결해야 하며 혁신체제이론에서 정부는 시스템 구축에 개입을 얘기한다. 
그동안 우리나라의 과학기술에 대한 정책 제언에서 산학연 연계의 중요성을 계속해서 이야기하고 있지만 그것이 제대로 구현되지 않은 것은 시스템 실패의 전형적 사례라고 할 수 있다. 혁신체제가 가지고 있는 구조적 문제가 해결되지 않은 상태에서는 아무리 많은 자원이 투입된다고 하더라도 소기의 성과를 얻을 수 없으며, 오히려 비효율적인 시스템을 계속해서 온존･확장시키는 결과를 낳게 된다. 혁신체제가 잘 구축되어 있으면 정부의 직접적 개입이 없어도 기술혁신이 원활하게 일어날 수 있다. 따라서 정부의 역할은 바로 적절한 시스템이 구축되도록 정책수단을 활용하여 개입하는 것이라고 혁신체제이론은 보고 있다.