정부의 연구개발사업은 과학기술 기반 조성 및 경제 발전과 국민의 삶의 질 향상을 위한 목적으로 시행되고 있으나, 2000년대 이후엔 특정 분야에 과하게 인력이 양성되어 관련 분야 연구자들의 노동시장이 악화될 수 있다는 지적이 있다. 
정부의 연구개발사업은 과학기술발전을 위한 기반 조성과 과학기술의 혁신, 국가경쟁력 강화를 통해 경제의 발전과 국민의 삶의 질을 높이기 위한 목적으로 시행된다. 연구개발투자는 일차적으로는 연구성과의 창출을 목표로 하지만 이를 수행하는 인력의 양성에도 기여한다. 특히 대학에서 수행하는 정부 연구개발사업은 석박사 과정 학생들의 참여를 통해 신규 인력의 양성으로 이어진다. 지금까지 정부의 연구개발사업은 연구개발성과 뿐 아니라 인력의 양성에도 긍정적인 역할을 할 것이라는 기대 하에 추진되었다. 그런데 2000년대 이후 국내외 선행 연구들은 연구개발투자가 특정 분야의 과도한 인력양성으로 관련 분야 연구자의 노동시장을 악화시킬 수 있음을 지적하고 있다. 정부는 연구개발사업의 영역별 투자 배분을 통해 연구인력의 연구주제를 변화시킨다. 박기범 외(2009)는 대학과 출연연 연구자들이 정부의 투자 전략에 따라 연구주제를 바꾸어 나가는 것을 확인한 바 있다. 특히 정부의 투자가 민간 부문의 역량이 취약한 분야에 더 집중된다는 점을 고려할 때, 정부 R&D 정책에 의한 투자가 일정 시점이 지난 후 인력정책 측면에서는 부정적 영향을 끼칠 가능성이 더 높아진다. 이는 과거 산업이 급속히 성장하고 양성된 인력의 취업을 걱정할 필요가 없었던 시기에는 나타나지 않았던 현상이다.