황화 및 고사되는 식물체에서 분리된 시들음병균은 흙속에 남은 이병식물체 속 병원균에 의하여 발생되므로 돌려짓기와 저항성 품종 선택 재배, 태양열소독 등을 실시해야 한다. 
황화 및 고사되는 식물체에 대하여 병원균을 분리 동정한 결과(국립농업과학원, 2015.10.22) Fusarium oxysporum(시들음병균)이 분리되었다. 토마토의 시들음병은 뿌리나 줄기의 밑부분 상처를 통하여 침입하여 도관이 부분적으로 갈변을 나타내고 아래 잎부터 누렇게 변하여 점차적으로 상위 잎으로 진전되는데 줄기를 잘라보면 윗부분까지 갈변되어 있는 것을 볼 수 있다. 이 병원균은 흙속에 남아있는 이병식물체에 있는 병원균에 의하여 발생되는 토양전염병이므로 이어짓기를 하면 병원균 밀도가 높아져 발병이 심하므로 돌려짓기를 하거나, 저항성 품종을 선택하여 재배하고, 태양열소독, 다조메입제를 이용한 토양소독을 실시해야 한다.