공공과학의 기준은 공공의 가치로 이는 대중이 선호하는 것이여야 하므로, 그 기준을 효과적으로 작동시키기 위해 초기단계부터 시민참여가 이뤄져야 한다.
공공과학은 공공의 가치(public value)를 추구한다. 공공가치란 정부가 서비스, 법,규제 등을 통해 창조하는 가치를 말하는데, 그 가치는 대중이 선호하는 것이어야 한다 (Wilsdon, Wynne & Stilgoe, 2005). 즉, 대중이 관심을 보이고, 필요로 하며, 도움이 되는 것이 공공가치이며, 공공과학은 이 가치를 충실히 실현해야 한다. 과학기술 연구의 주제를 정하는데 있어서 가장 중요한 기준으로 적용되어야 하며, 이 기준이 효과적으로 작동하기 위해서는 대중의 초기단계 참여(upstream)가 필수다(Wilsdon,Wynne and Stilgoe, 2005). 즉 연구의 기획단계에서부터 시민참여가 이루어져야 한다([그림 6-1] 참조).