입원 에피소드는 특정 환자의 기준 청구건이 다음 청구건과 연속되고, 동일한 의료기관에서 청구되는 경우이며, 입원 에피소드 구축은 여러 청구건을 하나의 단위로 줄이는 작업이다. 
진료비청구자료를 활용하여 입원 환자를 분석할 경우에는 입원 에피소드로 구축하는 과정이 요구된다. 일반적으로 입원 에피소드는 특정 환자의 기준 청구건이 다음 청구건과 연속되고, 동일한 의료기관에서 청구되는 경우로 정의된다. 여기서 연속은 기준 청구건의 요양급여 종료일자와 다음 청구건의 요양급여 개시일자의 차이가 0일 혹은 1일인 경우를 의미한다. 동일한 의료기관 여부는 의료기관기호를 비교하여 확인한다. 그러나, 의료기관 소재지는 변경되지 않으나, 행정상의 이유로 의료기관기호가 변경되는 경우가 있어 이를 보정하는 작업이 요구된다. 입원 에피소드 구축은 여러 청구건을 하나의 단위로 줄이는 작업이다. 만약 여러 건 청구에 기록된 주상병명이 다른 경우 기준 상병명을 정의해야 한다. 본 연구에서는 기존 연구 결과8)에 근거하여 마지막 청구건의 주상병을 입원 에피소드의 기준 상병으로 정의하였다.