국내보건의료정책 평가는 보건의료영역 전반에 걸쳐 체계적이고 포괄적으로 이루어지지 않고 있다. 이는 독립성을 확보한 주체의 보건의료정책 전반에 걸친 포괄적인 평가가 매우 부족한 것이다. 
평가 방향 설정에 관한 전문가 의견 조사에서 지적되었듯이 현재 국내보건의료정책 평가는 보건의료영역 전반에 걸쳐 체계적이고 포괄적으로 이루어지고 있지 않다고 볼 수 있다. 이러한 문제점은 평가 연구 현황 조사에서도 나타났는데, 특정 정책 영역에 대해서 평가 연구가 집중되어 있는 경향이 있고 다양한 수준의 평가가 각 정책 영역에서 고르게 나타나지않고 있다. 물론 국내 평가 연구 현황 조사의 주된 대상은 학술 연구이기 때문에 연구자의 관심이 집중된 영역에 연구 결과가 집중적으로 나타난다는 점을 감안해야 하지만, 정부가 아닌 독립성을 확보한 주체의 보건의료정책 전반에 걸친 체계적이고 포괄적인 정책 평가는 매우 부족한 것으로 볼 수 있다.