반면 보상체계를 제도 밖의 이해관계에서 찾는 과학자도 있다. 이들은 많은 연구비를 과학자가 부담한다고 주장한다. 그리고 연구비를 제공하는 기업, 정부, 정책에 의해 연구행위가 결정된다고 한다.
반면 과학제도에 비판적인 학자들은 과학의 보상체계를 과학제도 밖의 이해관계와 권력에서 찾는다. 이들은 과학연구가 점점 더 많은 자원을 요구하게 되면서 과학연구를 위한 연구비의 출처에 과학자가 봉사할 수밖에 없다고 주장한다. 최근 대학 교수나 공공부문 연구자들의 업적평가에 논문발표 실적 외에 연구비 수주나 기술이전료 수입이 중요하게 등장하는 것을 동료 과학자들에게 유용한 정보를 대가없이 제공했기 때문에 얻어지는 인정으로 설명할 수는 없다는 것이다. 일례로 2007년 미국 뉴욕대의 순로열티 수입은 약 2조원(18억 8천만 달러)이었고, 교수들은 이 중 약 7,000억 원(6억 5천만 달러)을 받았다(스테판, 2013: 99). 따라서 이들의 연구는 과학의 규범, 보상구조, 연구행위가 연구비를 제공하는 기업의 이해관계(크림스키, 2010; 클로펜버그, 2007)나 정부의 이해관계와 정책(Berman, 2012)에 의해 결정되는 모습을 강조한다.