자연순환농업 기반을 중심으로 작목별 맞춤형 고품질 퇴・액비 생산・유통・관리체계의 구축과 자원화시설 확충을 목표로 삼는 등 범정부 합동으로 가축분뇨 자원화 관련 중장기대책을 수립하였다. 
지속가능한 친환경 축산업 구현을 위한 대책을 적기에 추진하고, 축산업의 근본적 체질개선을 위해 범정부 합동으로 가축분뇨 자원화 관련 중장기대책(2013년)을 수립하였다. 동 대책은, 지속가능한 친환경 축산업을 구현하기 위해 자연순환농업 기반 구축을 중심으로, 가축분뇨의 해양배출 금지(2012년)와 환경규제 강화 등에 따라 작목별 맞춤형 고품질 퇴・액비 생산・유통・관리체계의 구축과 자원화시설 확충을 목표로 삼고 있다. 또한, 현장 중심의 효율적인 가축분뇨 처리 지원체계를 구축하기 위해 민간 중심의 자율 관리체계 구축 및 이행실태 사후관리를 강화하고, 일선 현장에 부합하도록 관련 법령 등의 제도를 개선하고 사업지침을 보완하도록 하고 있다.