일본의 문화재는「문화재 보호법」에 근거하여 보존하고 있고, 유네스코 주관 수중문화유산 보호협약의 발효, 수중유적조사 검토위원회를 구성하여 조사 방법과 활용에 대한 연구를 실시하고 있다. 또한 염전 풍경 등 문화적 경관을 포함하려는 견해도 있어 해양문화유산을 논할 때 일본의 문화재 보호법의 범주를 넘어서는 관점이 필요하다.
일본은 1950년에 「문화재 보호법」을 제정하여 문화재를 보존하고 활용을 도모하고 국민의 문화 인식 제고 및 세계 문화 발전에 공헌하는 것을 목적으로 삼고 있다.  동 법에서는 유형문화재, 무형문화재, 민속문화재, 매장문화재, 사적 명승천연기념물, 중요문화적 경관, 전통적 건조물군 보존지구 등으로 분류하고 있다. 해안지역의 토지를 기반으로 하는 해양문화는 모두 동 법에 적용되어 관리 운영된다. 토지를 기반으로 하는 「문화재 보호법」을 제외한 대표적인 해양문화 유산 보존에 관한 정책으로는 수중문화유산 보호협약이 있다. 일본은 수중문화재와 관련한 명시적인 규범은 없으나 유네스코 주관 수중문화유산 보호협약이 2009년에 발효됨에 따라 본 협약에 동참하며 해양문화국가 이미지를 구축하고 해양문화 유산을 보존하고 있다. 이와 더불어 일본은 수중유적조사 검토위원회를 구성하여 수중 유적에 대한 조사 및 보존 활용에 대하여 검토하고 있다. 앞서 제시한 것과 같이 일본의 문화재는「문화재 보호법」에 근거하여 보존하고 있으나 수중에 위치한 해양문화 유적의 경우 기술적으로 소재 파악에 어려움이 있어 수중유적조사 검토위원회를 구성하여 조사 방법 및 활용에 대한 연구를 실시하고 있다. 또한 최근에는 수중문화 유산 속에 전통 어촌마을과 염전 풍경 등 문화적 경관을 포함하고자 하는 견해도 등장하고 있으며, 해양문화유산을 논할 때 일본의 문화재 보호법의 범주를 넘어서는 관점이 필요하다고 주장되고 있다.