응용 연구로 출발한 미국의 공공연구기관들처럼 우리도 산업에 필요한 원천 기술 개발 역할로 출발했으나 현재 기초 연구가 차지하는 비중은 대학을 훨씬 능가하고 있다. 출연연은 과거 응용연구 수행으로부터 새로운 기초, 원천 연구 개발 역할로 나아가고 있으며 이로 인해 기초 연구 비중이 증가 된 것이다.
물론 출연연을 비롯한 공공 연구 기관의 자율성에 어떤 기준이 있는 것은 아니며 국가 혁신 체제내에서의 역할과 거버넌스, 역사적 배경에 따라 달라질 수밖에 없다. 특히 연구의 유형을 기초 연구와 목적성 연구로 구분하여 자율과 책임을 살펴보는 이 연구의 관점에서 볼 때, 공공 연구 기관이 수행하는 연구 분야와 유형이 국가마다 크게 차이 난다는 점을 반드시 고려해야 한다. 미국의 공공연구기관들은 부시의 선형 모델에 입각하여 주로 응용 연구를 담당하는 것으로 출발하였는데 우리나라도 KIST를 위시한 출연연들은 출범 때부터 산업에 필요한 원천 기술 개발 역할을 부여 받았다. 그러나 현재 우리 공공 연구 기관이 수행하는 연구 중 기초 연구가 차지하는 비중은 약 2조 5,300 억원으로 절대 규모로는 오히려 대학(약 2조 1,700억원)을 능가하고 있으며 공공 연구 기관 내에서도 응용 연구보다 훨씬 많은 30% 이상을 차지하고 있다. 물론 연구 개발 단계상 구분에 의한 이 기초 연구를 앞서 논의한 풀뿌리 성격의 Bottum-up 기초 연구와 동일시할 수는 없다. 그러나 대학이 과거 공공재적 성격의 장기, 기초 연구로부터 사회 경제적 성과 창출의 역할로 진화해 온 것과는 반대로 출연연은 과거 산업에 필요한 응용연구 수행으로부터 새로운 성장동력 발굴에 필요한 기초, 원천 연구 개발 역할로 진화하고 있고 이는 기초 연구 비중의 증가라는 결과로 나타나고 있다.