쇠고기 이력추적제는 소의 출생부터 도축, 가공, 판매에 이르기까지 정보를 기록하고 관리하여 위생이나 안전에 문제가 발생할 경우 이력을 추적할 수 있는 시스템이다. 이를 위하여 개체식별용 유전체 정보가 필요하다.
유전체정보를 현장에서 활용하는 일은 일반적으로 알고 있는 동일성 검사(개체식별), 원산지 판별용 마커, 형질 검출용 마커 정보가대표적이다. 쇠고기 이력추적제는 소의 출생부터 도축, 가공, 판매에 이르기까지 정보를 기록하고 관리하여 위생이나 안전에 문제가 발생할 경우 이력을 추적할 수 있는 시스템이다. 이를 위하여 개체식별용 유전체 정보가 필요하며, 주로 초위성체 마커 (짧은 반복서열 ) 또는 단일염기서열변이 정보를 활용해 개체식별에 사용된다. 뿐만 아니라 한우 판별 역시 동일한 원리로 한우와 비한우(수입육, 육우, 젖소)를 구별할 수 있는데, 원산지 및 부정축산물 관리를 유전자 검사로 실시하여 소비자의 신뢰를 받고 있다. 특히, 초위성체 마커 이용법은 시중 유통 또는 판매되는 쇠고기의 시료로부터 DNA추출 등의 절차를 거쳐 한우 판별 DNA 마커를 사용해 한우와 비한우(국내산 육우 및 젖소, 수입산)를 판별하는 방법이다.