아주심기는 끝 서리가 내린 후 실시하고 식물체의 50% 이상이 피해를 입거나 고사 단계면 재배를 포기한다. 쓰러지는 걸 막기 위해 버팀목을 꽂아 유인끈으로 묶어주고 잡초 발생시 제초제를 사용해 방제한다. 
아주심기는 마지막 서리가 내린 후 반드시 맑은 날을 택해 실시하고 못자리에서 심겼던 부위까지만 흙에 심도록 한다. 이랑 사이를 넓게 하고 포기 사이를 좁게 하면 통풍이나 수확에 유리하다. 아주심기가 늦어질 경우에는 물주기를 제한해 모종의 생육을 조절한다. 아주심기 이후 식물체의 50% 이상이 피해를 입거나 고사 단계까지 간다면 재배를 포기해야 한다. 회복이 가능한 단계라면 요소나 칼슘 등을 살포해 생육을 촉진시키는 것이 필요하다. 비나 바람에 쓰러지는 걸 막기 위해 길이 120~150cm의 버팀대(각목 또는 쇠파이프)를 고추 5포기 정도 간격으로 꽂고 유인끈을 고추 키의 2/3 정도에 묶어준다. 잡초가 발생했을 때는 검정 비닐을 이랑에 덮고 작목에 고시된 제초제를 적당히 사용해 방제한다.