환경영향평가제도는 지하수 정책의 단점을 보완할 수 있지만 이를 검토하면 평가가 미흡하다. 원인은 지하수계 가중치를 낮게 부여하거나 형식적으로 인용하고 안전한 상태라고 오해하기 때문이다.
환경영향평가제도는 현재의 지하수 정책의 단점을 보완할 수 있는 중요한 도구이다. 하지만 실제로 환경영향평가서를 검토하면 지하수 문제를 발생시킬 수 있는 사업일지라도, 지하수 영향에 대한 계획사업의 적정성 및 예측의 평가가 미흡한 실정이다. 이러한 실정의 원인은 일차적으로 평가자 및 사업자가 지하수계를 충분히 이해하지 못하여 지하수 항목의 가중치를 낮게 부여하기 때문이다. 또한 사업에 지하수 개발이 포함되어 지하수 항목의 중요성을 인지하는 경우에도, 평가자가 형식적으로 지하수영향조사의 결과를 인용하기 때문이다. 나아가 사업에서 지하수영향조사를 통한 지하수 관정 개발을 허가 받은 경우, 지하수가 사업으로부터 안전한 상태라는 것으로 오해하는 사례가 발생하고 있다.