배아줄기세포연구는 배아의 이용에 대해 생명윤리 차원의 이슈가 제기되며 배아의 도덕적, 법적 지위에 관한 논란이 지속되고 있다. 또한 종교단체의 해당 연구에 대한 우려의 목소리도 높다.
배아줄기세포연구의 경우 착상 전 배아를 이용하여 줄기세포주를 수립하기 때문에 인간의 배아를 희생시킨다는 점에서 생명윤리 차원의 이슈를 제기해왔다. 배아는 단순한 세포덩어리이기 때문에 연구에 활용해도 무방하다는 입장과 배아는 생명의 출발점이기 때문에 존엄성을 지닌 존재로 보호되어야 한다는 입장이 충돌하면서 배아의 도덕적․법적 지위에 대한 논란은 여전히 지속되고 있다(김환석, 2004; 류화신, 2013). 배아를 둘러싼 논쟁은 근본적으로 생명의 시작이 어디서부터인지에 대한 근원적인 물음과도 연결된다. 특히 생명의 시작을 난자와 정자가 수정되는 순간부터라고 해석하는 천주교나 기독교 등 종교단체의 입장에서는 배아줄기세포연구에 대한 우려의 목소리가 높다.