우리나라 출연연 정년제도는 설립 당시의 상황 때문에 정년제도 수립의 근거가 없어 외국의 정년제도를 도입해 65세로 정했다. 이는 연금제도의 부재와 정년제도의 타당성에 대한 연구, 사회적 합의가 전혀 없어 문제가 있다.
이러한 관점에서 보면 우리나라 출연연구기관의 정년제도는 여러 가지 문제점을 안고 있다. 1960-70년대 출연연 설립 당시 우리의 상황은 현대적 연구개발 시스템의 도입 단계에 있었기 때문에 정년제도 수립에 필요한 분석적 근거를 마련하는 것 자체가 불가능하였을 것이다. 따라서 당시 선진 외국 혹은 국내 대학의 정년 제도를 그대로 도입, 65세로 정하였다. 그러나 정년제도에 반드시 수반되어야 할 연금제도도 없었고, 그 후에도 정년제도의 개선과 발전을 위한 사회적인 적합성, 경제적 타당성에 대한 연구와 고민이 전혀 없었다. 다시 말해서, 출연(연) 연구원의 연령과 생산성 간의 관계에 대한 분석도 없었을 뿐 아니라 현행의 정년 제도와 연금제도의 적합성에 대한 검토도 없었다. 또한 정년제도에 대한 사회적 합의 과정도 없었다.