호주의 고등교육 개혁이 본격화 된 1990년대 말, 학문의 자유에 대한 논의가 호주 내 연구자들 사이에서 많아 졌다. 기초 연구를 대체하는 응용 연구의 비중 증가 등, 대학의 상업화가 학문의 자유를 침해하여 생기게 된 변화들에 대해 비판적 시각을 보였다. 
1990년대 말 호주 연방 정부의 고등교육 개혁이 본격화되고 그 성과와 부작용이 가시화되면서 호주 내 연구자들 사이에서 학문의 자유에 대한 논의도 활발해졌다. 이는 연구 환경의 변화에 대한 학자들의 자기 인식과 반성, 그리고 보다 합리적이고 자율적인 연구 환경을 확립, 혹은 회복하기 위한 능동적인 대처 방식의 일환이었다. 많은 연구자들이 학문의 자유 담론에 대학의 상업화에 따른 연구 환경 변화의 문제를 포함시켰으며, 대학의 상업화가 학문의 자유를 침해하게 될 가능성을 비판하였다(Kayrooz, Åkerlind & Tight, 2007). 구체적으로는 기초 연구를 대체하는 응용 연구의 비중 증가, 연구의 질적 향상보다 연구의 양적 증대에 중점을 두는 학계의 분위기, 혁신적 연구보다는 단기적 연구를 선호하는 경향, 개인의 지적 재산권이 점차 취약해지는 등 대학의 상업적 활동을 장려함에 따라 생기게 된 변화에 대한 지적이 이어졌다(Meak & Wood, 1998; Vidovich & Currie, 1998; McInnes, 1999; Taylor, 2001).