출연연의 차별화된 정체성 확립과 산학연 협력 및 융합 연구가 강조되고 있다. 예를 들어 양 연구회를 국가과학기술연구회로 통합했고, 중소 기업 육성을 위한 출연연의 역할과 투자 비중도 확대되었다.  최근 해결 전략 미흡, 연구 윤리 정립 등 출연연 내부 혁신이 새로운 과제로 떠오르고 있다.
2014년 박근혜 정부는 융합 협력 확대를 통한 탈추격형 연구, 선도형 연구, 미래 도전 적 연구를 강화하고 국가 사회 문제 및 이슈의 과학 기술적 해결을 위해 양 연구회를 국가과학기술연구회롤 통합하였으며 연구회를 통한 융합 사업이 확대되었다. 융합을 위한 기관별 차별화 요구도 강화되면서 기관별 임무형 연구 및 전략적 연구, 국가 사회문제 해결을 위한 공공적 연구도 확대되었다. 또한 중소 기업 육성 필요성에 따라 중소기업 지원을 위한 출연연의 역할과 투자 비중도 대폭 확대되고 있다. 전체적으로 대학 및 기업과 차별화되는 출연연의 정체성 확립과 이를 바탕으로 한 산학연 협력 및 출연연 융합 연구가 강조되고 있으며 과제 관리형 연구 개발에서 보다 전략적이고 창의적인 연구를 위한 자율과 책임성 확대라는 이슈가 제기되기 시작하였고 양적 성장에 따른 불필요한 논문, 특허의 양산, 실질적인 융합협력사업 및 지원시스템의 미흡, 인력의 유출, 전략적인 산학연 협력의 부족, 국가 사회적 난제의 해결 및 대응 시스템 취약, 연구 윤리의 정립을 위한 출연연 내부 혁신도 중요한 과제로 등장하였다.