중장기산업기술개발 사업들은 목표 설정을 명확히 하여 성과목표체제가 제시된다. 단기성과목표, 중기성과목표, 장기성과목표의 설정시 철저한 기획을 통해 판단하여 설정한다.
중장기산업기술개발 유형에 속하는 사업들은 Top-down 방식의 과제공모 및 시스템적인 연구 사업이 대부분이며, 사전에 철저한 기획을 통해 성과목표체계가 제시되므로, 비교적 목표 설정이 명확하다11). 따라서 단기 중기 성과목표는 기획보고서에 명확히 제시되어 있는 세부과제별 달성도를 중심으로 설정할 수 있으며 구체적인 지수로는 연구 투자로 인한 논문, 특허 등 연구성과의 질적 수준을 통해 측정 가능하다. 중기성과목표는 사업 기획당시 확보하려고 의도한 목표 원천기술의 확보여부를 중심으로 판단하게 된다. 여기서 목표 기술의 확보여부는 기획당시 목표로 제시된 정량적, 정성적 수준을 전문가 검토 등을 통해 판단하도록 하고 있다. 장기성과목표는 계속사업의 비중이 높은 점을 감안 시장점유율, 해당 분야의 기술수준 등 과학기술적, 경제사회적 성과 위주로 설정할 수 있다.