유전자 특허의 문제는 애매한 청구와 효력의 범위이다. 예로 cDNA와 프라이머는 분리하여 청구해야하지만 genomic DNA나 RNA는 안된다. 하지만 이미 많은 특허가 있으며 정제 자체로는 청구 기준에 불충분하지만 몇몇 유전자 정제는 특허되었다. 권리범위 또한 애매한 경우가 많다. DNA서열의 유형이 기재되어있지 않으며 목표 대상도 불분명하다.
현재 유전자 특허가 갖고 있는 문제는 그것들의 특허 청구범위가 대부분 모호하고 그 효력 범위가 광범위하다는 것이다. 조성물로서의 유전자 특허와 관련해서는 다음과 같은 문제들이 제기된다. cDNA와 프라이머의 경우 분리된 상태(isolated state)로 청구하는 것이 법적인 견지에서 문제없지만, 다른 유형인 genomic DNA나 RNA의 경우 분리 상태로 청구하는 것이 부적절할 수 있다. 그럼에도 불구하고 이에 해당되는 유형을 대상으로 한 특허들이 상당수 존재한다. 게다가 비록 정제 (purification) 그 자체로는 특허를 청구하기에 불충분한 기준이지만, 몇몇 경우들 은 정제된 유전자라는 것만으로 특허 등록을 받았다. 뿐만 아니라 특허 받은 DNA 유형들이 포괄하는 특허의 권리범위가 분명하지 않은 경우도 존재한다. 이 경우에는 특정 단백질을 인코딩(암호화)하는 DNA 서열이라는 기재만 존재하지 서열의 특정 유형이 무엇인지에 대해서는 기재되어 있지 않는데, 이 특허들에서는 특허 목표 대상이 cDNA인지 프라이머(primer)인지, genomic DNA인지 RNA인지가 불분명하다. 이는 분리(isolation) 요건이 명확히 성문화되지 않은 미국의 경우 더 빈번하다. 반대로 유럽의 경우 분리 요건이 성문법으로 명시되어 있으므로, 그 결과 대부분의 특허 청구범위가 DNA의 분리 상태를 명확히 기재한다