전기영동기술로 HIV 항원을 분리하여 항체의 존재를 판정하는 방법이 가장 많이 사용되는 HIV 확진검사이다. 양성을 판정할 때는 임상증상 등도 함께 살펴보아야 하는데 비감염임에게도 항원이 반응할 때가 있기 때문이다.
HIV 검사 중 가장 널리 사용되는 확진검사이다. HIV 항원을 전기영동기술을 이용해 분리하여 그 크기(분자량)에 따라 배열한 후 피험자의 혈액을 반응시켜 각 항원에 대한 항체가 있는지 확인하는 방법이다. HIV 항원은 p24, gp41, gp120/160 등이 이용되며 미국 질병통제예방센터 기준으로는 이들 중 최소 2개 이상의 항원에 대한 반응을 보일 때 ‘양성’으로 판정한다 그러나 양성 판정 시 선별검사 결과와 임상증상 등도 함께 고려해야 한다. 실제로 비감염인의혈청임에도 한 개 이상의 항원에 대해 반응을 나타내는 경우도 있다. 웨스턴블롯은 결과에 따라 ‘양성’, ‘음성’, 그리고 양성이나 음성으로 판정하지 못하는 ʻ미결정ʼ으로 분류되는 경우가 있으며 이 경우 2주~6개월 후에 다시 검사해 보아야 한다.