연구개발 부문에서 정부는 시장·시스템 실패 영역의 담당하는데, 국가 혁신 시스템의 변화·발전 방향으로 전략 설정, 제도 개선, 구조 변화를 꾀해야 한다. 
전통적으로 연구개발 부문에서의 정부의 역할은 민간이 수행하지 않는 시장 실패 영역 그리고 시스템 실패가 나타나는 부분에서 역할을 담당한다. 그러나 혁신시스템의 발전 측면에서는 이러한 실패 영역을 담당하는 소극적인 역할에서 벗어나 혁신시스템의 변화 발전을 지원하고 촉진하기 위한 전략적 접근도 이루어지고 있다. 특히 대내외적인 혁신 환경 변화에 능동적으로 대응하는 국가혁신시스템의 변화 발전을 위해서는 정부의 적극적인 역할과 사업 추진이 중요하다. 즉, 정부는 국가 혁신 시스템의 변화 발전 방향으로 정부 연구개발전략을 설정하고 제도를 개선하며 구조를 변화시켜야 한다.