비교효과연구 대상질환은 질병부담이 높은 것이 많았고, 임상시험연구는 약물을, 관찰연구는 의료기기 등, 선행비교효과 연구는 중재 간 유효성을 비교했다. 
비교효과연구의 대상질환은 국내에서 질병부담이 높다고 알려진 순환기계, 소화기계 질환, 신생물 등이 많았다. 또한 연구중재목적은 진단 및 검사, 예방보다는 치료에 초점을 맞추고 있었으며 세부적으로 치료약물간의 비교연구가 가장 높은 빈도를 차지하였다. 대상중재의 비중을 연구방법별로 살펴보면, 임상시험연구에서는 약물을 대상으로 한 연구가 많았으나 관찰연구에서는 의료기기, 수술, 처치 등의 빈도가 높게 나타나는 차이를 보였다. 마지막으로 선행 비교효과연구들에서는 대상중재간의 유효성을 비교한 연구가 대부분이었고 안정성 및 경제성을 평가한 연구의 비중은 상대적으로 낮았다.