식약처의 심사를 받는 의료기기와 달리 의료기기로 발생되는 의료행위의 안전성과 유효성은 NECA에서 실시하는데 기존 문헌을 분석해 해당 의료행위의 안전성과 충분히 검증됐는지 본다.
의료기기의 안전성·유효성은 식약처의 품목허가 과정에서 심사를 받게 되지만, 대부분의 신의료기기들은 새로운 의료행위를 동반하기 때문에 이 의료행위의 안전성·유효성에 대한 심사를 NECA에서 실시하고 있다. 예를 들어, 뇌혈관에 삽입하여 혈전을 제거하는 수술기구를 발명하였을 때, 이 수술기구의 안전성·유효성은 식약처에서 평가하고, 이 기구를 활용해서 혈전을 제거하는 행위에 대한 안전성· 유효성은 NECA에서 평가하는 방식이다. 식약처에서 서류심사를 활용하는 것과는 달리, NECA에서는 체계적 문헌고찰이라고 하는 방식으로 기존의 문헌들을 분석해서 해당 의료행위의 안전성·유효성이 충분히 검증되었는지를 평가한다.