시화호 관리위원회는 민·관·산학이 협의하여 계획 수립, 시행, 이해당사자들의 조율을 목적으로 설립되었다. 시화호 관리위원회의 구성 및 운영에 관한 규정을 마련하였으나 해양 오염방지법의 설치 근거가 없는 문제가 있었다.
시화호 관리위원회는 유역관리를 위한 관련기관 간의 역할을 조정하고, 민·관·산· 학이 협동하여 계획을 수립, 시행하는 체제를 구축하며, 시화호 이용을 둘러싼 이해당사자 간 이해상충을 조정할 목적으로 설치되었다. 시화호 관리위원회의 설치를 위하여 2002년 11월 29일 총리훈령으로 「시화호 관리위원회의 구성 및 운영에 관한 규정」(총리 훈령 제434호, 2002.11.29)이 마련되었다. 시화호 관리위원회의 설치 근거를 총리훈령으로 만들게 된 것은 현실적으로 해양오염방지법에 설치 근거를 만들기 어려웠기 때문이었다. 시화호 관리위원회는 환경부가 4대강 특별법(수질개선 및 주민지원에 관한 법률) 에 근거하여 설치한 수계관리위원회와 동일한 위상을 갖는 의사결정기구임에도 불구하고, 해양오염방지법에 설치 근거가 없다는 것은 가장 큰 문제였다.