일본의 연구개발은 계층적 구분이 명확한데, 우리나라도 결과 활용도를 위해 그럴 필요가 있다. 또한 연구사업의 예산구조를 정비해야 한다. 일본처럼 우리나라도 제도별 연구 평가 간 연계를 강화하고 평가 결과를 사업 구조에 적용해야 한다. 
일본의 연구개발에서는 정책, 시책, 사업, 과제 등의 계층적 구분이 뚜렷하게 나타난다. 우리나라 평가에서도 결과 활용도를 높이기 위해서 개별 사업의 평가범위와 목적을 명확하게 정의하는 과정이 필요하다. 동시에 부처정책과 연계성을 높이기 위한 연구사업의 예산구조 정비가 추진되어야 한다. 일본은 목표관리형 정책평가, 부처공통 사전분석표 등을 통해서 개별 연구사업의 평가 사이의 일관성을 강화하고 있다. 따라서 우리나라도 기존에 평가 유형, 제도별로 따로 추진되고 있는 연구 평가 간 연계 방안을 명문화하여 운영할 필요성이 있다. 이밖에도 일본은 평가별 목적을 명확하게 명시하여 결과 활용도를 지속적으로 높이고 있다. 우리나라의 경우, 사업단위의 평가에서 평가결과는 주로 소폭의 예산조정에 활용이 국한되고 있다. 사업단위 평가가 보다 영향력을 가지려면 추가적으로 평가결과를 사업구조 및 상위정책 개선에 활용하는 방안을 고려해야 한다.