각각의 부처에서 진행되고 있는 융합 사업에 관련한 구체적 대안을 제시해야 한다. 2×2 matrix를 이용하여 사업을 유형화 했으며, 사업 내 연구개발 단계는 기초와 응용 및 개발 단계로 나누었다. 그 다음으로 목표의 수준별로 추격형과 선도형으로 분리 하고, 선정평가와 성과평가에 평가요소를 적용한 후 평가체계 개선방법을 제안할 수 있다. 
앞서 제시한 정책대안들은 융합연구 평가체계 개선을 위한 총론적 방향이었다. 그렇다면 현재 각 부처에서 다양한 형태로 추진되고 있는 융합 사업들에 대해 각사업들의 특성을 유형화하여 현실적인 대안을 제시할 필요가 있다. 특히 사업 내에서 과제 선정과 과제 성과평가 시 보다 중점적으로 평가해야 할 요소들은 과제의 연구개발 단계와 성격에 따라 달라질 수 있기 때문이다. 따라서 여기서는 실제 적용가능성을 고려하여 개념적으로 2×2 matrix를 활용하여 사업들을 유형화하였다. 먼저 사업 내 과제의 연구개발 단계를 크게 기초와 응용·개발 단계로 나눌 수 있다. 다음으로 융합연구 과제가 도달하려는 목표의 수준에 따라 추격형과 선도형으로 나눌 수 있다. 추격형은 선진국 수준을 달성하려 하는 것이고, 선도형은 선진국과 함께 세계 최고 수준 달성을 위해 경쟁하는 수준을 의미한다. 연구개발 단계에 따라 평가기준이 달라져야 함은 지금까지 평가체계에 어느 정도 반영되어 있다. 본 연구에서는 추격형과 선도형이라는 또 다른 기준을 제시한 것은 연구개발도 글로벌 경쟁체제 내에 있음을 고려한 것이다. 현재 연구개발 시스템을 추격형에서 선도형으로 전환해야 한다는 주장은 많지만, 아직도 많은 분야에서 선진국 대비 기술격차가 존재하는 것이 현실이다. 많은 연구개발 과제의 목표가 세계최고 수준을 지향하고있지만 기초가 부실한 상태에서는 시도만 반복될 가능성이 크다. 이는 융합연구에서도 마찬가지이다. 따라서 융합연구 과제의 목표수준을 냉정하게 검토하여 추격형과 선도형으로 나누고 이에 대한 평가방식을 달리하는 것이 보다 현실적인 대안이될 수 있다. 선정평가와 성과평가 각각에 대해 차별화된 평가요소를 적용하여 다음과 같이 평가체계 개선방안을 제시할 수 있다.