한국 바이오 벤처 생태계는 기술을 매입해줄 대기업이 부족하다는 한계가 있어 신약개발 벤처들은 좋은 평가를 받지 못하고 있는데, 기술 자체에는 긍정적 평가가 있으나 성과와 투자면에서는 저평가를 받고 있으나 기능성식품·화장품소재 분야는 기술력에 좋은 실적을 더해 좋은 유망하다고 꼽히는 바, 비의약 창업이 많은 것은 근원적 한계이다.
이렇게 한국 바이오 벤처 생태계는 벤처기업의 기술을 받아서 사줄 대기업이 부족하다는 근본적인 한계가 있는데, 이는 쉽게 해결될 사안이 아니며, 정부가 해줄 수 있는 부분도 한계가 있다. 이 때문에 많은 국내 벤처캐피탈리스트들에게 신약개발 벤처들은 좋은 평가를 받지 못하고 있다. 벤처캐피탈리스트들과의 인터뷰에서 신약 개발 벤처에 대한 가장 긍정적인 평가는 우수한 핵심 기술을 가진 기업들이 다수 있고, 그들 중 일부는 글로벌 제약사와 큰 규모의 기술이전 거래를 성사시킬만한 단계에 와 있다는 평가였다. 그 외에는 지난 10여 년 동안 신약 개발 벤처들은 성과를 보여주지 못했고, 투자자 입장에서는 별로 매력적이지 못하다는 평가가 주류를 이루고 있었다. 이러한 평가는 저분자의약품, 바이오의약품, 신개념치료제(유전자치료제, 세포치료제 등) 모두에 해당되는 평가이다. 이와 달리 벤처캐피탈들이 유망하다고 꼽는 분야는 진단이나 기능성 식품․화장품 소재 분야가 주류를 이루었는데, 실제 이 분야에서는 씨젠이나 제닉과 같이 기술력을 가지고 좋은 실적을 내는 기업들이 등장하고 있기 때문이다. 또한 이러한 한국 바이오 벤처 생태계가 지닌 근원적 한계는 한국의 바이오 벤처기업들이 미국과 달리 의약보다는 비의약 분야에서 더 많이 창업되고 있는 것과도 관련이 있는 것으로 추정된다.