비선호시설의 입지 갈등 이론은 경제학적 관점에서는 형평성의 문제로 간주되고, 제도적 관점 연구는 폐쇄형/개방형 입지 선정절차로 구분되며, 인지적 관점의 연구는 정부의 쌍방형 위험 소통을 제안한다. 
비선호시설의 입지 갈등에 대한 이론은 여러 가지 측면에서 다각적으로 이루어져왔다. 첫째, 경제학적 관점에서 형평성의 문제이다. 형평성 문제는 공간적 불평등성(주민간 비용/편익의 격차), 시간적 불평등성(현세대와 다음 세대간 비용의 격차), 집단적 불평등성(지역간 비용/혜택의 격차)로 나뉠 수 있다. 제도적 관점에서의 연구는 폐쇄형/개방형 입지 선정절차로 나뉠수 잇으며, 폐쇄형은 일방적, 정부 위주의 사업인데 비해 개방형은 초기 단계부터 주민을 참여시키며, 거부권을 부여한다. 인지적 관점에서의 연구는 주민의 위험 인식도가 미치는 영향에 대해 분석하며, 이에 대한 해결책으로 정부의 쌍방형 위험 소통(Risk Communication)을 제안한다. 외부 환경적 관점은 제3자 개임으로 갈등이 어떻게 증폭되었는지를 연구 한다.