허가-특허 연계 제도 시행 이후 해결해야 할 다양한 문제가 있다. 특허가 무효로 판명될 경우 시장 진입 방해 문제, 특허가 인정된 경우 복제약의 배상 책임 등의 문제를 해결하기 위해 시간이 필요할 것이다.
2015년 3월 15일 우리나라에서 허가-특허 연계 제도가 본격적으로 시행된 이후 관련 소송이 증가하고 있다고 한다. 제도 시행 후 2년의 시간이 지났지만 앞으로 해결해야 할 다양한 문제들이 남아 있다. 예컨대 특허권자가 판매금지 조치를 한 후 특허가 무효 또는 비침해로 판명될 경우, 특허권자의 시장 진입 방해 책임을 어떤 식으로 물을 수 있을 것인지(후발의약품 진입 지연에 대한 책임), 반대로 특허심판원에서 승소 심결을 받은 후 특허 법원 또는 대법원에서 이와 반대되는 판결이 나오는 경우 특허심판원의 심결을 근거로 시장에 진입한 제네릭의 손해배상책임(오리지널의 약가 인하 또는 시장 잠식으로 인한 손해배상책임)을 물을 수 있을 것인지에 대한 의문에 답하기 위해서는 앞으로도 많은 시간이 필요할 것으로 생각된다.