생태계서비스지불계약은 구매자와 공급자가 각자 조건을 고려한 후 협상을 통해 거래가 이루어지는데, 구매자와 공급자가 다양한 경우 생태계서비스의 총 가치를 어떻게 평가할 것인지를 고려해야 하므로 계약 체결이 복잡해진다.
잠재적 구매자는 특정 생태계서비스를 살 경우 여러 조건을 점검하게 되는데, 생태계서비스가 손실될 경우 발생할 수 있는 손해나 손실, 해당 서비스의 대체비용, 생태계의 내재적 가치 등을 고려한다. 공급자는 생태계서비스의 혜택손실과 감가상각, 생태계서비스 유지비용, 세금 등을 고려한다. 이러한 조건을 고려한 후 구매자와 공급자는 서로 협상을 통해 거래를 성사시킬 수 있다. 이러한 생태계서비스지불계약이 구매자와 공급자가 소수인 경우는 비교적 쉽게 체결할 수 있으나, 만일 구매자와 공급자가 다양한 경우 생태계서비스의 총 가치를 어떻게 평가해 낼 것인가가 중요한 사안으로 등장할 수밖에 없다. 그럼에도 불구하고 생태계서비스지불제의 목적은 외부효과의 내부화로, 공급자에게는 보조금으로, 구매자에게는 이용료로도 부과할 수 있다.