소나무재선충은 매개가 되는 곤충의 체내에서 다른 건강한 나무로 이동해 나무를 감염시키며, 매개충은 감염된 나무를 산란처로 삼는다. 재선충은 감염목 속 매개충의 유충에 붙는다. 감염목은 잎이 쳐지며 점차 시들게 되는데 지역과 기후에 따라 진행 속도가 다르게 나타난다.
소나무재선충은 스스로 기주간 이동을 할 수 있는 능력이 없기 때문에 솔수염하늘소나 북방수염하늘소와 같은 매개충의 체내에 분포하고 있다가 건강한 나무를 감염시켜 고사시키고 다시 고사된 감염목은 매개충에 산란처를 제공함으로써 공생관계를 유지하고 있다. 감염목 내 용실에서 겨울을 보낸 매개충 유충이 용화되면서 감염목내 존재하고 있던 소나무 재선충이 매개충 체내로 모여들기 시작한다. 소나무재선충을 체내에 지닌 매개충이 5~7월 사이 감염된 고사목으로부터 우화하여, 건전한 소나무의 신초를 갉아먹을 때 생기는 물리적인 상처를 통해 소나무재선충이 기주식물로 침투하여 감염시킨다. 기주에 침입한 소나무재선충은 급격히 증식하여 이에 따른 결과로서 기주는 수주 내에 잎의 증산량이 감소되고 전형적인 수분 스트레스에 의한 증상으로 묵은 잎이 아래로 쳐지며 시들기 시작한다. 감염된 소나무의 대부분은 당년도에 고사되고, 일부 소나무는 이듬해 봄에 고사하는데, 이는 지역적인 특성 및 기후조건에 따라 병징의 진행속도가 지연되거나 늦게 우화한 매개충에 의해 감염된 소나무에서 소나무재선충 증식속도가 느리기 때문으로 해석된다.