기술 내용으로 하는 서면평가, 발표 후 신청자, 평가자 간 질의토론 결과로 하는 발표평가, 발표 후 평가자 질의토론 결과로 하는 토론평가, 현장 확인을 통한 현장평가, 그리고 온라인평가가 있다.
서면평가는 평가자가 평가를 위해 마련된 별도 공간에서 모여 인쇄된 자료에 기술된 내용을 바탕으로 평가서를 작성하며, 발표평가는 연구과제 책임자의 일정시간발표 후, 연구과제 신청자와 평가자 간 질의토론 결과를 바탕으로 평가서를 작성한다. 토론평가의 경우 연구과제별 전담 평가위원의 과제 검토결과 발표 후, 과제별 평가위원 간 질의토론 결과를 바탕으로 평가서를 작성하며 현장평가의 경우 산학연 전문가로 현장점검단을 구성하여 연구현장에서 확인이 필요한 사항 등을 점검한 결과를 바탕으로 평가서를 작성한다. 온라인평가는 평가자가 원격으로 온라인시스템을 활용하여 평가서 또는 검토의견서를 작성한다. 원천기술개발사업의 세부사업별 선정평가 방법을 정리하면 <표 3-15>와 같다.