GMO에 대한 유럽의 인식은 부정적이라 환경단체와  NGO의 강한 반대로 생명공학기술산업의 기능이 기초적 연구 등으로 제한되고 미국쪽으로 진출한다. EU의 GMO 문제에  NGO의 영향력이 컸는데 생물학적 다양성 감소 등과 생명공학에 대한 윤리적 문제를 상기시켜 EU는 인체 및 환경안전성 평가제도, 수입·유통 승인제, GM식품표시제 등의 규제를 하게 되었다.
유럽연합에 속한 대부분의 국가들은 서비스와 제조업 중심의 산업구조를 가지고 있어 GM 작물의 재배율이 낮은 편이다. 유럽의 경우, 1990년대부터 생명공학기술 이 본격적으로 발전하기 시작하였으며, 이에 대한 인식은 긍정적인 편이다. 반면에, GMO 대해서는 부정적인 인식이 강한데, 특히 GMO에 있어 완전히 새로운 종류의 실체로 인식하여, 사람의 건강 및 환경 측면에서 안전성이 낮다는 인식이 지배적이다(김동광, 2009; 한국바이오안전성정보센터, 2013a)14). 단적인 예로, 1996년 GM 상품의 유입에 대해 환경단체 및 NGO의 강한 반대가 나타났으며, 이로 인해 기존 에 존재하던 생명공학기술 산업체의 기능이 기초적 연구 및 제한적인 제품 개발 위 주로 한정되었으며, 유럽이 아닌 미국 쪽으로 활동반경을 변경하게 되는 결과를 가 져왔다(한국바이오안전성센터, 2013b). 이렇듯 EU의 GMO 이슈에 있어 다양한 NGO 들이 많은 영향력을 행사하였는데, 이들은 생물학적 다양성의 감소, 슈퍼 버그의 출현 등 GM 식품의 위험성과 생명공학에 대한 윤리적·종교적 이슈를 지속적으로 제기하며 GM식품에 대한 부정적 의견을 피력하였다15). 결국, 이러한 운동에 의해 EU에서는 인체 및 환경안전성 평가제도, 수입·유통 승인제, GM식품표시제 등 의 엄격한 규제정책을 시행하게 되었다(김은성, 2011a).