보건의료정책의 우선순위 설정은 투명한 원칙에 의거해야 하고 공공의 이익을 위하며 원하는 결과를 얻기 위한 충분한 평가, 개선의 과정 등이 동반되어야 한다.
보건의료정책의 우선순위 설정과 관련된 의사결정 과정은 매우 복잡하고 다양한 사회적인 조율 과정들을 포함하고 있다. 따라서 우선순위 설정 과정은, 여러 이해관계들의 충돌로 인해 발생할 수 있는 갈등들을 충분히 고려할 수 있는 투명한 원칙들에 의해 제시되어야 한다. 특히, 우선순위 결정은 우선순위 결정을 통해 제한된 자원들이 배분되기 때문에, 이를 두고 경쟁을 하는 많은 프로그램들과 연구 인원들은 정치적인 논란에 휩싸일 수 있다. 좋은 우선순위 설정 과정은 사회적 시스템 내에서 공정하고 공공의 이익을 위한다고받아들여질 수 있어야 하며, 원했던 결과를 얻기 위해 충분한 공적 피드백, 평가, 개선이이루어지는 과정이 수반되어야 한다는 것이다.