JANIS는 일본 후생성의 하위 기관으로, 국립감염증연구소 산하에 사무국을 두어 운영하고 있으며, 자료는 IT회사와 사무국이 유지관리한다. 병원감영과 항생제 내성균 감시체계는 의사들의 자발적 참여로 유지된다. NIID는 후생성 산하의 독립적 연구기관으로 전문가 그릅과 참여병원 간의 친말한 관계로 감시체계를 운영하고 있다.
JANIS는 일본 후생성이 상위 집행기관이며, 국립감염증연구소(national institute of infectious diseases, NIID) 산하 “Department of Bacteriology II”내에 JANIS 사무국을 두어 운영하고 있다. JANIS 자료는 IT 회사와 사무국에서 유지 관리한다. 후생성의 지원을 받는 연구 팀이 주기적으로 검토하고 지침을 개정하며, 적절한 운영을 위해 병원감염에 전문가인 교수, 보건정책 담당자, 후생성 관계자로 구성된 병원감염감시운영위원회(Hospital Infection Surveillance Committee)를 년 1-2회 개최한다. 일본의 병원감염과 항생제 내성균 감시체계는 의사들의 자발적 참여로 이루어지고 있고, 감시체계를 운영하는 NIID는 후생성 산하이지만 독립적 연구기관으로 안정적이고 고품질의 자료 수집을 위해 전문가 그룹이 정책을 결정하고 참여병원과 점진적 접근과 친밀한 관계 유지로 감시체계가 유지되고 있다. 중소병원이 참여하는 전체입원환자 부문의 항균제 내성균 감시와 임상검사실 감시는 후생성 산하 NIID에서 관장하고 있고, 대형병원들이 참여하는 중환자실이나 수술부위감염 부문은 후생성에서 자금을 지원하고 대학병원에 소속된 전문가 그룹이 직접 운영하고 있다.