비교방식으로 전체 지정면적과 임대 가능면적 중 어느 것을 선택하든 산업단지와 자유무역지역의 성과가 다르게 나타나는 문제가 발생하여, 단위면적당 수출액 비교는 사실상 불가능하다. 
단위면적당 수출액을 비교해 볼 필요가 있으나, 산업단지와 자유무역지역의 특징이 크게 달라 사실상 비교하기가 어렵다. 자유무역지역은 주로 정부 재정으로 개발되므로 지정면적의 대부분이 실제로 조성되지만, 산업단지는 민간투자 등이 가능하므로 경제여건 및 기업 수요 등에 의해 지정면적 대비 실제 조성면적이 매우 작게 나타날 가능성이 있다. 또한 전체 지정면적에서 도로 및 공원 등 공공부지의 비율이 시기별, 지역별로 다르게 나타나게 되므로, 이를 극복하기 위해서는 분양 또는 임대가능 면적으로 비교할 필요가 있다. 그런데, 산업단지의 경우 일반적으로 ‘토지’를 분양하기 때문에 분양 가능면적이 전체 지정면적에 비해 크지 않다. 그러나 자유무역지역에서는 토지 뿐 아니라 건물을 같이 임대하기 때문에 건물의 층별 임대가능 면적이 더해지므로 전체 지정면적 대비 임대가능면적이 크게 나타난다. 따라서 분양 또는 임대 가능면적으로 비교하게 되면 자유무역지역의 실적이 낮게 나오게 될 가능성이 높다. 즉, 전체 지정면적으로 비교하면 산업단지의 성과가 낮게 나타나고, 분양 또는 임대 가능면적으로 비교하면 자유무역지역의 성과가 낮게 나타나는 문제가 발생하여, 사실상 비교가 불가능하다.