2005년부터 2007년은 HIV 감염인의 자율성 존중과 환자 치료 내실화 지향의 시기로, 국제적인 동향과 국내 환자들의 요구를 반영하여 에이즈 사업을 본격적으로 시도해보기 시작한 때이다. 또한 에이즈에 대한 사회적 인식 및 인권침해 문제가 사회적으로 이슈화되어 인권실태조사 진행 및 정책 개선 권고도 있었으나, 이 시기 에이즈 환자들의 인권 향상을 위한 가지적 조치들은 아직 활성화되지 못하고 있었다.
HIV 감염인의 자율성 존중과 에이즈 환자 치료 내실화 지향의 시기: 2005년부터 2007년도까지 기간이 이에 해당한다. 질병관리본부 내에 신설된 에이즈결핵관리과가 주도하여 국제적인 동향과 국내 환자들의 요구를 반영한 에이즈 사업을 본격적으로 시도해보기 시작한 시기이다. 외국에서 환자 치료 내실화와 인권보장은 그 자체로서도 존중되어야 할 가치이지만 에이즈 예방의 가장 효과적인 전략으로서도 크게 강조하던 시기이기도 하다. 이러한 동향을 토대로 우리나라 국가 에이즈 정책의 기본 틀을 새로 구축하였으며, 이전 시기와 구분되는 여러 가지 사업들이 시작되었다. 동성애자 및 일반 감염취약집단 대상 에이즈 검사상담센터, 의료기관 감염인 상담사업이 국제적인 동향에 부합하는 대표적인 보건사업의 예이다. 또한 에이즈 환자 호스피스 센터와 국가 에이즈 사업 모니터단 운영의 경우 국내 에이즈 환자의 특수성과 감염인들의 요구도를 고려하여 도입한 의미있는 사업들이다. 그리고 민간단체를 통한 콘돔사용 교육홍보 및 배포 활동은 대폭 축소하는 대신 ‘차별과 편견’ 해소를 핵심메시지로 하는 에이즈 공익광고가 송출하기 시작하였다. 에이즈에 대한 사회적 인식 자체에는 아직 뚜렷한 변화가 없음에도 불구하고 에이즈 환자들이 겪고 있는 인권침해 문제는 사회적으로 이슈화되었다. 이에 따라 국가인권위원회에서는 에이즈 환자 인권실태조사를 진행하였고, 그 결과를 토대로 국가인권위원회의 정책 개선 권고도 있었다. 이러한 환경변화와 사회적 분위기의 성숙에 힘입어 인권이라는 보편적 가치에 입각한 국가 에이즈 정책의 타당성 검토가 이어졌으며, 후천성면역결핍증 예방법의 근본적인 개정작업도 착수되었다. 그러나 이 시기 에이즈 환자들의 인권 향상을 위한 가시적인 조치들은 여전히 활성화되지는 못하고 있었다.