농림수산성은 '농지 물 환경의 보전향상대책'에서 자연 순환 기능의 증진을 목표로 삼고 포괄적 직접지불제를 도입했다. 이는 기존의 중산간지역 대책에 비해 지역적인 조직까지 포함된 자원/환경 보전 및 지역진흥 대책이다.
2005년 10월 농림수산성은 ‘농지 물 환경의 보전향상대책’을 발표하였다. 이 대책은 농업의 지속적 발전과 다면적 기능의 발휘를 위해 그 기반인 농지 물 환경의 보전과 질적 향상을 꾀하고 농업이 본래 가지고 있는 자연 순환 기능을 유지 증진하는 것을 목적으로 한다. 또한, 동 대책에서는 자원 보전, 환경보전형 농업 추진을 위해 포괄적인 직접지불제도 도입하였다. 이미 2000년부터 식료 기본법에 근거하여 실시되고 있었던 중산간지역 직접지불제와 비교하면, 농지 자원 환경의 보전 및 증진이라는 측면에서 더욱 발전된 제도이다. 중산간지역 대책은 농업 생산활동을 계속함으로써 농지 등을 보전하고 다면적 기능을 유지하는 것이 목적이었다. 반면 ‘농지 물 환경의 보전향상대책’은 식량 공급과 다면적 기능의 발휘를 위해 농지 물 등의 자원과 환경을 보전 및 증진하기 위한 대책이고, 영농활동과 함께 지역적인 조직까지 확대한 지역진흥 대책이다(吉田俊幸 2006: 61).