다부처가 협력해 '장기투자'하고 예산을 구분해 적합한 의사결정구조로 전략성·책임성을 제고하자는 의견이 있다. R&D예산 절반은 유지에, 나머지는 협력을 위해 편성하자는 의견도 있다. 
응답자들이 자유롭게 기술한 답변에서는 다부처가 협력하여 종합적인 시각으로 ‘장기투자’를 할 필요가 있으며, 예산배분과 관련하여 최상위기구의 예산 심의사항과 부처단위, 관리기관 단위의 예산을 구분하여 각각의 레벨에 적합한 의사결정구조를 갖출 것을 요구하는 의견이 제시되었다. 이러한 예산배분에 대한 수준별 의사결정 구조는 해당 부처 및 기관의 전략성과 책임성을 제고하는 효과를 거둘 수 있다. 또 효율적인 예산배분을 위해 현재 각 부처가 추진하고 있는 R&D예산에서 50%는 부처의 특성을 유지하는 데 편성하고, 나머지 50%는 타 부처와의 협력 R&D를 추진하는 데에 예산을 편성해야 한다고 주장하는 의견도 제기되었다.