정부는 신성장동력분야를 연구하는 기업에 비교적 높은 공제율을 제공한다. 하지만 조사에 의하면 중소기업의 과반수 이상이 수혜를 받지 못하였으며, 2011년 R&D에 비해 신성장동력분야의 세액공제액이 미미하다는 사실이 드러났다.
문제는 현실에 적용하였을 때, 신성장산업분야에 대한 공제의 가능성이 적다는 것이다. 조특법에서는 연구･인력개발비에 대한 세액공제제도 중 대통령령으로 정하는 신성장동력분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비에 대해서는 중소기업의 경우 30%, 중소기업이 아닌 경우 20%의 공제율을 적용하고 있다. 신성장동력분야가 아닌 경우 중소기업의 공제율은 25%임을 감안할 때, 신성장동력분야에 대한 정부의 정책적 의지가 담겨 있다고 평가할 수 있다. 그러나 신성장동력분야 조세지원의 효과성에 대해선 부정적 평가가 우세하다. 한국산업기술진흥협회의 조사결과에 따르면 380개 조사기업 중 신성장동력분야 세액공제 혜택을 받은 중소기업은 44.1%로 절반을 넘지 못하는 것으로 나타났다(한국 산업기술진흥협회, 2016). 또한 2011년 R&D비용 세액공제액은 2.3조원이었으나, 신성장동력분야 세액공제액은 373원으로 전체 R&D비용 세액공제와 비교할 경우 신성장동력분야의 비중은 매우 작다.