AMED는 NIH를 벤치마킹하여 설립하였다는 해석이 일반적이지만, 사실 NIH와는 기능적으로 큰 차이가 있다.
AMED는 초기에 “건강의료전략”에서 일본판 NIH(National Institutes of Health)로 소개되었으며 그 결과 NIH를 그대로 벤치마킹하여 설립하였다는 해석이일반적이나, NIH와 달리 산하 연구소를 거느리고 있지 않다는 점이나 정부 부처 소속기관이 아니라 독립행정법인이라는 점, 그리고 bottom-up 연구를 지원하지 않고top-down 연구 과제만 지원한다는 점에서 기능적으로 큰 차이를 보인다(정안나 외,2014). 실제로 AMED 생명과학 정책 및 생명윤리 담당 히시야마 유타카는 정부가 의료 연구 지원 및 보험까지 모두 책임지는 일본과 기초 의료 연구만을 지원하고 나머지는 시장에 맡기는 미국의 보건의료체계와의 기본적인 차이를 지적하며 학계의 기초연구 성과를 바탕으로 실용화와 산업화를 이루는 것은 세계적인 추세이며 AMED는 이런 추세를 따라 고안된 것일 뿐이라고 주장한다(바이오협회, 2016).