신의료기술평가위원회는 의료행위의 안전성을 판단하여 급여 결정을 위해 전문평가위원회와 치료재료전문평가위원의 심의를 받는다. 그러나 급여의 경제성 평가나 공개된 공식 기준은 찾아보기 어렵다.
신의료기술평가위원회가 의료행위에 대한 안전성을 부작용 및 합병증 그리고 사망지표를 중심으로 판단하고 유효성에 대해서는 진단의 경우 검사정확도, 시술인 경우 임상적 의료성과 향상 등을 기준으로 판단한 후에는 급여 의사결정을 위해 의료행위전문평가위원회 및 치료재료전문평가위원회의 심의를 거친다. 이 때 급여 및 수가가 함께 결정되는데 이를 위해 대체가능성 및 비용효과성을 중심으로 하는 경제성 및 보험급여 원리와 건강보험 재정 상태를 중심으로 하는 급여 적정성을 판단하게 된다. 그러나 의료행위 및 치료재료와 관련하여 급여의 적정성 외 경제성은 현재 관련 평가 및 자료 제출이 명문화되어 있지 않으며 이에 따라 실질적인 경제성평가는 이루어지지 않고 있다고 할 수 있다. 설혹 내부적으로 이루어지고 있다고 하더라도 공식화되거나 대내외에 공개되어 있는 기준 등은 찾기 어렵다