의료기술평가기구는 주로 단일기구, 이원화로 운영되는데 영국의 NICE는 의료기술 구분없이 평가하는 기관으로 의료기술평가 결과를 검토해 의사결정을 하는 기구이며 단일 기구가 제시된 미국의 AHRQ도 이와 같다.
의료기술평가기구는 대체로 단일기구로 운영되는 경우와, 의료행위 담당과 의약품 및 기타 담당기구로 이원화 혹은 세분화되는 경향이 나타났다. 단일기구로 운영되는 경우는 캐나다의 CADTH, 프랑스의 HAS, 네덜란드의 ZINL을 들 수 있다. 태국의 HITAP도 구분없이 의료기술평가를 담당하는 경우라고 할 수 있다. 영국은 NICE가 의료기술을 구분없이 평가하고 권고를 결정하는 대표적인 기관이기는 하나 평가를 직접 수행한다기 보다는 NETSCC를 통해 수행된 의료기술평가 결과를 검토하여 의사결정을 하는 기구로서의 특성이 강하다. 이는 단일 기구가 제시된 미국의 AHRQ도 마찬가지다. AHRQ는 상대적으로 연구와 기획의 성격이 강하며 연구 분야를 기획하고 연구비를 배정하는 역할적 특성이 강하다.