국내 TA 제도의 문제점은 TA 목적의 모호성이다. 기술영향평가가 기술의 잠재적 위험이나 부정적 파급효과를 막기 위한 제도 마련보다는 경제·산업적 효과를 부각하여 새로운  R&D 사업기획에 활용하면서 목적에 대한 혼란이 계속되고 있다.
기존 문헌 혹은 전문가들로부터 제기된 문제점을 중심으로 국내 TA 제도의 구조적 한계를 정리해 보면 다음과 같다. 첫째, TA 목적의 모호성이다. 국내에서 TA를 실시하는 목적이 명확하게 정립되어 있지 않다는 것이다. 과학기술의 발전으로 인한 잠재적 위험에 대한 관심이 증대하면서 기술영향평가가 도입되긴 했지만, 평가 대상인 기술의 잠재적 위험에 대한 다양한 논의들을 촉발하거나 부정적 파급효과들을 사전에 예방할 수 있는 제도 마련을 위한 근거를 생성하기 보다는 신기술로 예상되는 경제·산업적 효과들을 부각하여 새로운 R&D 사업기획에 활용되는 방식으로 수행되면서 TA의 목적에 대한 혼란이 지속되고 있다. TA에 참여하는 평가자들 사이에서도 TA가 어떤 목적으로 수행되어야 하는지 합의를 이루지 못하고 다양한 목적들을 모두 충족시키려고 하다 보니 어느 하나의 목적도 충분히 만족시키지 못하는 상황이다.