유럽 연합은 집중적인 GMO 생산 과정 중심의 규제와 까다로운 승인 절차와 의무 표시제를 실시한다. 하지만 국가 간 규제 차이와 승인 절차로 인해 유럽 주요국은 1999년부터 2004년까지 강한 GMO 표시제와 추적 방안을 요구하며 모라토리엄을 실행하였다.
사전예방의 원칙에 입각하여 유럽연합은 GMO 생산과정을 중심으로 하는 규제에 집중하고 있으며, GM작물 및 식품에 대한 엄격한 승인절차와 의무적 표시제를 채 택하고 있다. 유럽의 GMO에 대한 초기적 규제인  Directive 90/220 은 GMO에 대 한 승인절차가 규정의 형태가 아닌 결과에만 구속력을 가지는 지침의 형식으로 이 루어져 실제로 새로운 GMO의 수입 및 유통을 위해서는 복잡한 절차가 요구되었다. 따라서 집행에 대한 구체적 내용이 부재하고, 세부 사항을 개별 국가에 위임하여 일부 국가들의 경우 자체적으로 보다 엄격한 규제를 시행하는 등 유럽연합 국가들 간 규제의 차이가 발생하였다. 따라서 이러한 차이와 복잡한 승인절차로 인해, 1999년부터 2004년까지 유럽연합의 주요국에서 GMO에 대한 보다 강한 표시제 및 추적방안 마련을 요구하며 모라토리엄을 실시하였다(전영평·이곤수, 2008; 김은성, 2011a; 한국바이오안전성정보센터, 2013b).