'발명'된 것인지 '발견'된 것인지, 자연법칙을 이용한 것인지 자연 그 자체인지에 대한 논란으로, 유전자특허의 경우 ‘자연 그 자체’로 본다면 특허대상인지 논란의 여지가 있다.  
또한 다른 생명공학 특허들과 마찬가지로 이것이 발명(created)된 것인지 아니면 발견(discovered)된 것인지에 대한 논란과 자연법칙을 이용한 것인지 아니면 자연 그 자체(nature itself)인지에 대한 논란도 존재한다. 특허법에서는 발명 (invention)을 “자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것”(특허법 제 2조)으로 정의하고 있기 때문에 발견된 것이거나 자연 그 자체인 경우는 특허 받을 수 없다. 하지만, 유전자특허의 경우 ‘자연법칙을 이용한 것’이 아니라 ‘자연 그 자체’로 본다면 ‘발명’이 아닌 ‘발견’으로 해석될 수 있어 특허대상인지에 대해 논란의 여지가 있다.