농업, 환경, 에너지 정책의 상호 연계를 통해, 가축분뇨 기반의 자원순환형 농업시스템을 구축해야 한다. 한국의 농업 관련 정책는 각 부처별 정책의 상호 연계성이 부족하고, 자원순환 및 가축분뇨처리에 대한 이해도 다르다는 점에서 개선이 필요하다. 
가축분뇨 기반의 자원순환형 농업시스템 구축을 위해서는 우선 가축분뇨 관련 정책의 범부처 합동추진을 위한 농업정책・환경정책・에너지정책의 종합적 정책연계가 필요하다. 일본의 경우「바이오매스 일본 종합정책」을 추진하면서 농림수산성, 환경성, 경제산업성 등이 연계하여 정책을 추진해 오고 있다. 이해 반해 우리나라의 경우 부문별로 단절된 정책 추진으로 상호 연계성이 매우 부족하다. 가령, 농업정책의 경우 수요량은 고려하지 않은 가축분뇨의 퇴・액비화(자원화)를, 환경정책의 경우 가축분뇨를 오염원으로 인식하여 자원으로 순환하는 것이 아닌 정화 처리를, 에너지정책의 경우 신재생에너지 확대 등만을 배타적으로 강조하는 경향이 강하다. 또한, 부처별로 자원순환의 개념에 대한 이해가 다르다. 농림축산식품부는 자원으로 활용하기 위해 가축분뇨를 ‘이용’ 하는 방향을, 환경부는 가축분뇨를 오염원으로 보고 가축분뇨를 ‘처리’하는 방향을 강조하고 있다. 따라서 범부처적으로 자원순환, 가축분뇨처리 등에 대한 공통의 이해가 필요하며, 정책의 방향성과 일관성을 유지하는 정책 추진체계가 필요한 상황이다.