과학연구비조성사업은 연구 단계와 규모에 따라 다르게 항목을 설정하고 있으며 핵심적인 항목은 기반연구」이며 4단계로 구분한다. 연구는 「특별추진연구」, 「젊은 연구자 연구」, 「신학술영역연구」, 「도전적씨앗연구」등이 있다.
과학연구비조성사업은 연구의 단계 및 규모에 따라 응모․심사를 효율적으로 진행하기 위해 연구항목을 설정하고 있다. 과학연구비조성사업의 가장 핵심적인 연구지원항목은 「기반연구」로 연구기간 및 연구비 규모에 따라 S, A, B, C의 4가지로 구분하고 있다. 그리고 국제적으로 높은 평가를 받은 연구를 대상으로 하는 「특별추진연구」와 젊은 연구자들의 자립을 지원하기 위해 39세 이하의 연구자를 대상으로 하는 「젊은 연구자 연구」 등을 마련하고 있다. 「젊은 연구자 연구」의 지원은 총 2회까지 가능하며, 이후에 과학연구비조성에 의한 연구를 추진하고자 할 때는 「기반연구」 등으로 지원해야 한다. 한편, 학문의 새로운 영역의 형성 및 도전적 연구를 지원하기 위해 「신학술영역연구」와 「도전적씨앗연구」라는 두 가지의 연구지원항목을 두고 있다. 「신학술영역연구」는 공동연구 및 인력 육성 등을 추진하여 새로운 영역을 형성하고 발전시키기 위한 것으로 2008년도에 마련되었다. 「도전적씨앗연구」는 독창적인 발상에 따라 도전적이며 높은 목표가 설정된 연구에 대해 지원하는 것으로 다른 연구지원항목과는 심사 방법이 다르다.