4기 기본 계획에는 종합과학기술회의를 과학 기술혁신전략본부로 개편 ,기존 조직에 있는 한계를 극복하려 노력했으나 5기에는 종합기술 혁신 회의로 개정했다.
4기 기본 계획에서는 종합과학기술회의를 과학 기술 혁신 전략 본부라는 형태로 개편하여 기존 조직에 있는 사령탑으로서의 한계를 극복하고자 하는 노력이 있었으나, 5기 계획 수립 시기부터는 종합 과학 기술 혁신 회의로 변경되었다. 또한 분야별로 사령탑의 역할을 수행하는 다른 추진 주체들과의 협력도 강조되고 있는데 해당 기관은 경제 재생 본부, 규제개혁회의, 국가안전보장회의, 마을･사람･일 창생본부, IT종합전략본부, 지적재산전략본부, 종합해양정책본부, 우주개발전략본부, 건강의료전략추진본부, 사이버보안전략본부, 국토강화추진본부 등이다.