이공계인력양성사업이라는 특성으로 대다수가 4년제 대학 혹은 대학원으로 집중되어 할당되나, 그 중 1/2는 대학지원사업 나머지는 연구개발 사업의 특성을 가지는 형태로 운영된다. 이런 사업형태가 각 부처별로 세부화되어 기획되고 진행될 경우 상호 강조하는 핵심이 차이가 남으로 사업구조 및 진행을 복잡하게 만든다. 이는 사업을 실행하는 대학(원)의 관점에서 볼 때 각 사업 대응과 관리의 힘듬을 증대시킨다.
첫째, 이공계인력양성사업이라는 특징에 따라 대부분이 4년제 대학 내지 대학원으로 집중되어 지원되나, 그 중 절반은 대학지원사업, 절반은 연구개발사업의 성격을 가지는 유형으로 분산되어 있다. 이러한 사업유형이 또 각 부처별로 세부화되어 기획되고 추진될 경우 서로 강조하는 초점이 달라지므로 사업구조를 더욱 복잡하게 만들게 된다. 이는 사업을 수행하는 대학(원)의 입장에서 볼 때, 개별 사업 대응과 관리의 어려움을 가중시키고 앞에서 살펴본 바와 같이 개별 연구개발사업 인건비 등에 대한 의존도를 높이는 주요한 원인 가운데 하나일 것이다. 이공계인력사업을 세부사업 단위로 볼 때에는 사업수가 33개에 불과하지만, 2장의 대학 연구개발현황 분석에서도 잠시 언급한 바와 같이 이를 구체적인 과제 수준에서 나누면 거의 2만 개에 육박하는 과제가 대학(원)에 의해 수행되고 있는 것이다. 이로 인해 정책 방향이 제시된다고 해도 사업 간의 유기적인 연계가 이루어지기 힘들고, 유사목적 혹은 상호시너지가 필요한 사업들이 연계되지 않고 개별사업으로서만 지원되고 있다. 예를 들어 지역혁신창의인력양성사업(교육부, 지역·현장 맞춤형 석박사연구인력 양성 및 기업 기술개발 지원 목적), 이공분야 대학중점연구소지원(교육부, 2014년 지역산업과 연계하여 특성화·전문화가 가능한 지방대학 부설연구소 선정), 지역연고산업육성사업(산자부)은 모두 지역산업과 지역대학 인력양성의 매칭을 목적으로 한다. 지원대상도 연구소, 기업-교수로 구성된 사업단, 연구센터 단위를 지원하나 상호 별개로 운영되고 있다. 이러한 결과로 대학과 지역이 주도적으로 노력할 수 있는 여지가 적고 개인 단위에서만 최적화를 추구하도록 하고 있고, 이로 인해 대학 자체적으로도 특성화 등을 추진하기 어려워지는 측면이 강하다.