의대생들이 의사과학자의 진로를 선택하지 않는 근본적인 원인은 체계적 교육과정의 부재이다. 우리나라의 경우 대부분 임상 전문의 양성에 더 치중하고 있으며, 의학전문대학원 시스템의 실패와 의과대학으로의 회귀에서 극명하게 드러난다.
이처럼 의대생들이 의사과학자의 진로를 선택하지 않는 이유는 개인적인 문제부터 사회 체계적인 문제까지 다양한데 그 근본적인 원인은 의사과학자 양성에 대한 체계적 교육과정의 부재로 설명할 수 있다. 우리나라의 경우 대부분 의과대학의 교육과정이 의사과학자 양성보다는 임상 전문의 양성에 더 치중하고 있는 것이 사실이다. 실제로 양은배·안덕선(2012)은 기초의학 교육의 활성화 전략에서 기초의학 교육이 의과대학에서 임상과 상당히 유리됨에 따라 홀대받고 있으며, 기초의학 교육이 제대로 이루어지고 있는 대학(UCLA, Mayo 의대)에 비해 외형적인 개편에만 머물고 있다고 비판하였다. 또한 실질적인 유인책이 없는 의과학자 양성시스템의 한 형태인 의학전문대학원 과정은 오히려 의사들의 수련기간만 늘려 기초연구자 양성을 저해하였으며, 이러한 현상은 의학전문대학원 시스템의 실패와 의과대학으로의 회귀에서 더욱 극명하게 드러난다.