PBS 제도 개선의 두 번째 핵심방향은 정부의 제도 개선으로 인건비 지원, 정부출연금 확대 등으로 기관고유사업비를 증대시켜 문제를 해결하는 것이다. 
PBS 제도 개선의 두 번째 핵심방향으로 정부의 연구비 비중·배분구조 개선을 통한 국가적 문제해결을 위한 본연의 안정적, 장기적 인건비 지원이 필요하다. 국가적 문제 해결과 장기대형, 원천연구 등을 묶음예산으로 지정하고 수탁이 필요한 사업 일부를 전략연구사업으로 정책 지정하여 안정적 사업으로 전환하여 편성하고 산업기술형과 같이 민간수탁의 활성화가 요구되는 부문의 경우 민간수탁과 연계하여 정부출연금 확대를 동반한 ‘성과출연금’을 도입해 중소기업과의 협력연구 활성화를 촉진하며 동시에 원천기술 확보 노력한다. 또한 과도한 수탁과제에 따른 특정분야 연구대가 육성 저하 및 연구몰입도 저해를 해소하기 위해 수탁지원기준에서 분야항목 신설하고 출연(연)별 비정규직 규모, 출연금 비율 차이, PBS에 따른 경쟁예산 수입 비중을 고려하여 인건비 총액의 상한선을 조정하며 전체적으로 PBS에 따른 연구개발지원규모는 줄이고 고유 미션에 적합한 사업을 기획하고 이에 대한 지원이 강화되어야 함. 즉, 기관고유사업비 증대가 필요하다.