하향식 제도와 상향식 제도를 활용한 혼합적 지출한도 설정과 함께 고려할 요소는 중복을 최소화할 수 있는 핵심으로서 부문별 한도를 조정할 수 있는가이다.
하향식 제도와 상향식 제도를 활용한 혼합적 지출한도 설정과 함께 고려하여야 할 요소는 바로 중복을 최소화할 수 있는 핵심으로서 부문별 한도를 국가과학기술심의회의 심의 결과를 바탕으로 조정할 수 있는가에 있다. 앞서 지적한 바와 같이 실제 부처별 사업에 대한 국가과학기술심의회의 조정은 일정 부분 실효성을 가지는 것으로 평가되나, 유사하다고 평가받는 부처 간 프로그램을 하나의 프로그램으로 통합하는 기능의 경우 한계가 있다. 이러한 원인 중 하나는 국가의 재정은 단순히 일반회계로 구성되는 것이 아니라 부처별로 소관하는 특별회계와 기금을 통해서 구성되기 때문이다.