우리나라 기술혁신제도에는 첨단제조 분야의 공공수요 부재, 고혁신기업군의 공공시장 참여대안 미흡, 인증 중심 평가로 인해 공공구매시장이 기업 기술혁신을 유도하지 못해 기업이 민간시장에서 경쟁력을 확보하지 못한다는 문제가 있다. 
우선 우리나라 기술혁신제도의 문제영역을 요약하면 첫째로 첨단제조 분야의 공공수요가 부재하다는 것이다. 이는 기술혁신형 기업의 생산제품이 가지는 특성과 공공구매시장이 가지는 특성간의 충돌로 일어나는 현상이라고 볼 수 있다. 두 번째는 고혁신기업군의 공공시장 참여대안이 미흡하는 것이다. 본 연구의 2장 실증분석 과정에서 벤처기업과 이노비즈기업의 공공구매시장 비교분석을 실시한 결과, 상대적으로 경영안정성을 확보하고 상용물자중심의 생산제품군에 해당하는 이노비즈기업의 공공구매참여가 高혁신성을 특성으로 하는 벤처기업에 비해 월등히 높은 것으로 나타났으나 벤처기업의 참여확대를 위한 대안 마련이 필요할 것으로 판단된다. 세 번째는 인증 중심의 평가로 인한 참여기업의 ‘Lock-in현상’ 발생이다. 이는 연구의 3장 실증분석에서 다룬바와 같이 공공구매시장의 진입 전까지 연구개발비 투자를 강화하다가 진입 후 연구개발비를 줄이고 이윤극대화차원의 경영행태를 보이는 현상을 지칭하는 용어로 정의하였는데, 이러한 이유로 공공구매시장이 기업의 기술혁신을 지속적으로 유도하지 못하고 오히려 공공시장에서 졸업한 후 민간시장 내에서 경쟁력을 확보하지 못하는 폐해를 발생시킬 우려가 있다고 판단된다.