클로스트리디움 디피실은 장내 상재하는 기회감염 병원균으로, 신생아에게 높게 관찰된다. 설사 및 대장염을 치료하려고 항생제를 지속 복용하면 위 병원균이 증가해 분비하는 독소로 중증 설사가 지속된다. 이를 클로스트리디움 디피실 감염이라 하며, 항생제를 중단하면 2주 내 증세가 완화된다. 이를 치료하기 위해 건강한 사람의 대변을 이식하여 미생물을 안정화시키는 개념이 1958년 미국서 소개되고, 네덜란드서 진행된 임상은 증상이 빨리 회복돼 조기종료되었다. 이후, 영국에서 가이드라인을 발표했다.
클로스트리디움 디피실(Clostridium difficile)은 장내 상재하는 기회감염 병원균이지만, 장 면역력이 강한 사람에서는 아무런 증상을 유발하지 않으며, 생후 1개월 이내 신생아 장내에서 높은 비율로 관찰된다. 설사나 위막성 대장염(Pseudo membranous colitis; 재발성 대장염)을 치료하려고 항생제를 계속 복용하게 되면, 현재 항생제 내성을 나타내고 있는 클로스트리디움 디피실 숫자는 장내에서 급격하게 증가하게 되고 이들 세균이 분비하는 독소 때문에 심각한 중증 설사가 지속된다. 이를 클로스트리디움 디피실 감염(Clostridium Difficile Infection, CDI)이라 한다. 항생제를 중단하고 1~2주 지나면 설사 증세는 완화된다. 위장관 수술 후 또는 수술 전 쇠약한 상태의 환자에서 항생제 투여로 발생하는 CDI는 미국에서는 가장 흔한 병원 감염질환으로 2011년50만 명 발생, 2만 9천 명이 사망했으며, 치료비용이 10억 달러를 넘어선다. 항생제 사용 대신 재발성 대장염을 치료하기 위해 건강한 사람의 대변을 활용하는, 대변이식(Faecal Microbiota Transplatation, FMT) 개념은 1958년 소개되었다. 건강한 사람에서 채취한 대변의 건강한 미생물 집단을 환자의 대장에 이식해 병원균을 몰아내 장내 미생물을 안정화시킨다는 것이다. 2013년 재발성 대장염 환자 43명을 대상으로 코를 통해 소장 상부로 인간의 대변을 전달하는 임상시험이 네덜란드에서 진행되었다. 대변을 투입한 환자들은 바로 증상이 회복되었으므로 예정보다 조속히 임상시험은 종료되었다. 영국 NHS는 2008년 12월 Updated guideline on the management and treatment of Clostridium difficile infection 가이드라인을 발표했다.