목표관리제와 배출권거래제도는 서로 연계가 되어 있으며, 목표관리제가 준비단계의 성격이 강하였다. 배출권거래제가 도입되고 나서는 온실가스 다량 배출업체는 목표관리제에서 제외되었다.
이와 같이 목표관리제 및 배출권거래제도는 상호간에 연계가 되어 있으며, 목표관리제는 배출권거래제를 위한 준비단계로써의 성격이 강했다. 배출권거래제가 도입되기 이전인 2014년까지는 목표관리제를 통해 상당량의 배출량을 관리하였으나, 2015년 배출권거래제 도입 이후에는 온실가스 다량 배출업체들은 모두 목표관리제에서 제외되었으며, 현재는 배출량이 상대적으로 적은 업체만이 목표관리제의 적용을 받고 있다. 목표관리제와 배출권거래제는 대상기업의 기준이 상이하기 때문에, 현재 목표관리제 대상 업체 중에서 장기적으로 배출량이 증가하지 않는 업체는 배출권거래제를 적용받을 가능성이 낮다고 할 수 있다.