해양산업 발전에 관해 지방자치단체와 중앙정부의 공조가 확실하지 않는다는 점이다. 앞서 말했듯, 해양산업을 전략적으로 사업화하고 있음에, 비슷한 내용의 사업이 추진되고 있다. 이것은 비효율적이다. 
넷째는 해양산업 발전에 관한 지방자치단체와 중앙 정부 간 협력 및 조정 기능이 확립되어 있지 않다는 점이다. 앞에서 기술했듯이 현재 각 연안 지방자치단체들이 해양산업을 지역의 전략산업으로 선정하고 관련 사업을 추진하는 경우가 많이 나타나고 있다. 이에 따라 비슷한 내용의 사업들이 각 지방자치단체에 의해 중복적으로 추진되는 경우가 나타나고 있다. 예를 들자면 해양바이오산업에 대한 클러스터 조성은 부산시, 경상남도, 전라남도, 경상북도, 강원도 등 5개 지방자치단체에 의해 추진되고 있다. 해양산업 발전과 관련하여 조정 과정을 거치지 않고 지방자치단체들에 의해 경쟁적으로 추진되는 이러한 사업들은 자칫 중복 혹은 과잉투자로 인한 비효율과 예산 낭비를 초래할 수 있다.