과거에는 어패류나 육류 등이 식중독의 주요 원인이었으나 최근에는 농산물 식자재의 부적절한 위생관리로 인한 농산물에 의한 식중독 사고가 빈번히 보고되고 있다.
국내 식중독 발생 통계자료에 따르면 우리나라에서는 매년 300여 건의 식중독 사고로 약 6~7,000여 명의 환자가 발생하고 있으며 경제적 피해도 2조 8천억 원에 이르고 있다. 과거의 식중독 사고는 주로 어패류나 육류 등이 원인인 경우가 많았지만 신선편이 농산물 수요가 증가하고 샐러드바 이용이 늘어나면서 농산물에 의한 식중독 사고가 지속적으로 보고되고 있다. 국내에서는 2012년 학교 급식에서 김치로 인한 식중독 사고로 1,642명의 환자가 발생하였고, 2013년 참치채소비빔밥으로 인한 식중독 사고로 46명의 환자가 발생하였다. 특히 작년 8월 22일에는 하루 동안 서울과 부산, 대구, 경북 9개 학교에서 병원성대장균에 의해 동시 다발적으로 727명의 식중독 환자가 발생하여 전 국민이 긴장한 하루를 보낸 날도 있었다. 이러한 대형 식중독 사고의 주요한 원인으로 농산물 등 식자재의 부적절한 위생관리를 꼽고 있다.