국내에서 수족구병은 감염병 관리를 위해 감시체계를 마련하여 소아과 진료과목이 있는 의원 및 상급 종합병원 등을 감시기관으로 지정, 환자나 의사인 환자를 신고하도록 되어있다.
수족구병은 매년 전 세계적으로 개별사례나 유행사례가 발생하고 있고, 중국은 2016년 약 210만명의 수족구병이 발생하였고, 204명의 사망자가 있었으며, 베트남은 2017년 1명의 수족구병으로 인한 사망자가 있음을 보고하였다. 국내에서 수족구병은 지역사회에서 일차 진료를 담당하고 있는 소아과 개원 의사를 중심으로 2008년 5월부터 소아감염병표본감시체계를 운영하였고, 2009년 6월 19일 법정감염병 중 지정감염병으로 지정하여 표본감시하고 있다. 수족구병은 소아과 진료과목이 있는 1차 의료기관, 공공의료기관을 표본감시기관으로 지정하고 있으며, 환자 및 의사환자를 신고하도록 되어 있다. 합병증을 동반한 수족구병은 상급종합병원, 300병상 이상 병원급 의료기관, 공공의료기관을 표본감시기관으로 지정하고 있으며, 환자 및 의사환자를 신고하도록 되어있다.