대기업과 중소기업의 일률적인 조세감면은 문제점이 있다. 대다수 중소기업의 연구 개발 생산성이 대기업 보다 우수하다는 점에서, 중소기업을 중점적으로 조세감면제도로 개편할 필요성이 있음을 강조하였다.
하준경·김홍대(2012)의 경우 내생적 성장모형을 이용한 시뮬레이션을 통해 조세감면이 실제 연구개발투자와 경제성장에 미치는 영향을 분석하였다. 분석 결과, 조세감면제도는 기업의 연구개발투자를 증가시키는데 긍정적인 효과가 존재하였다. 조세감면 비율을 1%p 낮출 경우 GDP 대비 R&D투자와 장기균형 성장률이 모두 낮아지는 것으로 나타났다. 이들의 연구에서 주목할 점은 일률적인 조세감면의 위험성을 지적하고 있다는 것이다. 대기업과 중소기업 간에 연구개발 생산성에는 큰 차이가 발견되지 않았으나, 다수의 산업 분야에서 중소기업의 생산성이 대기업보다 우월하다는 점에서 중소기업 중심의 조세감면제도로 개편할 필요성이 있음을 시사하였다. 즉 수익성이 낮은 중소기업은 연구개발에 상대적으로 소홀하게 됨으로 이에 따라 조세감면을 받을 수 있는 가능성 역시 낮아지는 바, 중소기업 맞춤형 조세지원이 필요함을 강조한 것이다.