AHRQ가 받는 예산 중 기술평가를 위한 예산은 극히 일부분이다. AHQR가 지원받는 예산마저도 정치적 상황에 의해 달라지기 때문에 AHRQ와 연방에서 지원하는 의료기술평가의 발전은 이에 영향을 받을 수밖에 없다.
AHRQ의 기술평가는 지속적으로 정치적 압력을 받아왔고, 그로 인해 AHRQ가 프로그램을 수행하기 위한 예산이 달라졌다. Medicare Modernization Act에 따라 DEcIDE 프로그램이 만들어졌고, 의약품, 장비, 서비스에 대한 적절성, 임상적 비교 효과성 등에 대한 연구를 수행하게 되었다. 그러나 Medicare Modernization Act는 AHRQ에 연간 5천만 달러의 예산을 허가하였고, AHRQ가 기술 평가를 위해 연간 사용한 예산은 1천5백만 달러였다. 또한 의약품 사용을 중단하거나 제한하기 위한 DEcIDE 프로그램의 평가결과를 CMS가 사용하지 못하도록 하기도 하였다. AHRQ의 3억5천만 달러의 총 예산 중 아주 일부분이 의료기술평가에 사용되고 있다. AHRQ와 연방에서 지원하는 의료기술평가의 미래는 미국 의회가 이 분야에 얼마나 예산을 지원하는가에 따라 크게 달라질 수 있다 (Sullivan et al. 2009).