과학기술행정체제에 대한 논의는 대부분 효율적인 조직을 운영하기 위한 조직 개편에 관한 것이었기에 민간과의 협조 등은 미흡하게 이루어졌다. 
그러나 실천적인 측면에서 과학기술행정체제에 대한 논의는 이와는 다른 방식으로 진행되었다. 이들 논의는 주로 정권말기에 이루어졌으며 차기 정부의 과학기술행정조직을 어떻게 개편할 것인가가 주를 이뤘다. 여러 조직들이 제시한 다양한 논의에서는 신공공관리론에 기반을 두고 행정체제 개편의 원칙으로서 행정의 능률성·효율성을 강조하였다. 그리고 과학기술 행정체제의 설계도 과학기술주무부처 중심의 조직 구성 및 기능 개편, 관련 기관 통폐합 개편 논의와 동일시했다. 때문에 행정체제에 대한 거버넌스 접근이 전제하는 이해당사자의 자율성과 정부·민간의 연계·협력 논의는 미흡하게 다뤄져 왔다.