PBS 예산지원제도에 필요한 변화는 정부의 출연 지원 예산을 인건비 지원과 문제해결에 이용하는 것이다. 안정인건비를 출연금으로 약 80% 이상 확보하고 직접비 위주의 거래, 개방시스템의 활성화 등이 필요하다.
따라서 연구활동의 핵심 동인이 인건비 확보가 아니라 문제해결을 위한 새로운 지식과 혁신가치 창출로 전환되기 위해서는 PBS 예산지원제도의 획기적인 변화가 필요하다. 즉, 정부가 출연(연)에 지원하는 예산은 출연금과 정부수탁사업 규모를 고려할 경우 정부 R&D 예산의 41.3%(미래창조과학부․한국과학기술기획평가원, 2014)에 해당한다. 이러한 예산의 규모와 전체 관리의 효율성 및 효과성을 고려할 때 인건비를 안정적으로 충분히 지원해주고 문제해결에 집중하도록 하는 것이 지금보다 훨씬 효과적일 것이다. 즉, 안정인건비를 출연금으로 80%-90% 이상 확보해주고 정부수탁사업은 인건비를 제외한 직접비 위주의 거래를 하도록 하는 것이 문제해결 성과창출에 긍정적일 것이다. 인건비의 안정적 지원에 따라 예상되는 소극적 운영과 폐쇄성의 문제는 개방시스템의 활성화를 통해 보완할 수 있다.