여전히 오염지시종들이 형성되어 있으며 배수갑문 인접한 지역에만 제한적으로 저서생태계가 회복되고 있다. 또한 해수교환 이후에도 오염물질 대량유입으로 빈산소층이 형성되며 무생물대 형성 현상이 계속 된다.   
1998년 해수교환이 상시적으로 이루어지면서 기수성 종들이 사라지고 해수성 종들이 유입되었으나 해수교환이 미치는 범위가 제한적이어서 시화호의 생태계 상황을 전반적으로 호전시키지는 못했다. 배수갑문과 인접한 지역에만 제한적으로 저서생태계가 회복되고 있을 뿐, 여전히 수심이 깊은 지역과 갑문과 상대적으로 먼 거리에 있는 지역에는 여전히 오염지시종들의 군집이 형성되어 있었다. 또한 해수교환이 이루어진 이후에도 여름철의 강한 밀도성층 발달과 우기 시 육상으로부터의 오염물질 대량유입으로(표층수에는 플랑크 톤의 대량발생) 저층수에는 해마다 여름철 빈산소층 혹은 무산소층이 형성되었으며, 따라서 저서동물이 여전히 제한적으로 출현하거나 혹은 전혀 출현하지 않는 무생물대 형성 등의 현상이 계속되고 있었다.