과학철학에서는 이론의 형성에 있어 합리적 추상과 혼란스런 개념화를 분명히 구분하고 있는데, 합리적 추상은 곧 바람직한 R&D 사업구조를 설계하기 위한 방법론을 의미한다. 바람직한 R&D 사업구조를 형성하기 위해서는 가능한 한 대상들에 대한 ‘내적(necessary) 관계’ 를 중심으로 유형화되어야 한다는 것이다. 
그러면 어떻게 R&D 맥락성이라는 요건이 충족될 수 있을까? 이러한 문제의 실마리는 과학철학의 이론형성에 대한 논의에서 발견될 수 있다. 과학철학에서는 이론의 형성에 있어 합리적 추상과 혼란스런 개념화를 분명히 구분하고 있는데, 여기에서 합리적 추상은 곧 바람직한 R&D 사업구조를 설계하기 위한 방법론을 의미한다. “합리적 추상은 구조 등과 같이 어떤 통일성과 자율적인 힘을 갖는 세계의 중요한 요소를 분리시켜 내는 추상이고, 나쁜 추상은 분리 불가능한 것을 자의적으로 분리하거나 무관하고 비핵심적인 것들을 한 덩어리로 다루는 추상” 이기 때문이다. [그림 1]은 합리적 추상과 나쁜 추상 개념의 차이를 예시한 Sayer(1999)의 그림을 적정 R&D 사업구조와 혼란스러운 R&D 사업구조의 차이에 응용한 것이다. 그림에서 적정 R&D 사업구조는 대상들에 대한 내적관계를 중심으로 유형화되어 있는 반면, 혼란스러운 R&D 사업구조는 분리 불가능한 것을 분리하거나 무관한 것들이 함께 묶여 유형화되어 있다. 즉, 바람직한 R&D 사업구조 즉 R&D 맥락성을 형성하기 위해서는 가능한 한 대상들에 대한 ‘내적(necessary) 관계’ 를 중심으로 유형화되어야 한다는 것이다.