하지만 장마의 변동성은 경년 변동성이 가장 크다. 엘니뇨 역시 중요한 관계를 가지는데, 장마 강수가 그 시기에 감소하기 때문이다. 하지만 이러한 관계 자체도 분석하는 기간에 따라서 다르게 나타나기도 하며, 영향을 받는 메커니즘 자체도 간섭받기 때문에 변동성이 매우 복잡하다.
하지만 장마의 변동성은 경년 변동성이 가장 크게 나타나는 특징을 보인다. 경년 변동의 관점에서 보면, 장마와 북서태평양 몬순은 음의 상관관계를 가지며, 장마와 인도몬순은 북반구 전체 원격 상관 패턴과 음의 상관관계를 가진다. 장마와 벵갈만 지역 강수는 실크로드 패턴에 의해 양의 상관관계를 가지며, 봄철 유라시아 서쪽 눈덮임이 많고 동쪽 눈덮임이 적을 경우 우리나라 여름철 강수가 증가하는 경향을 보인다. 그리고 봄철 강한 양의 북태평양 진동은 오호츠크해에 기압능을 강화시켜 장마를 강화시키는 역할을 한다. 또한 엘니뇨 역시 중요한 관계를 가지는데, 장마 강수는 중앙태평양 또는 동태평양 엘니뇨가 발달하는 시기에 감소하는 것으로 알려져 있다. 하지만 이러한 관계 자체도 수십년 주기로 변동하기 때문에 분석하는 기간에 따라서 다르게 나타나기도 한다. 또한 여러 가지 기후 현상이 동시에 발생하는 경우에는 각각의 현상으로부터 영향을 받는 메커니즘 자체가 간섭받기 때문에 한반도 장마의 변동성은 매우 복잡하게 나타난다.