2단계 시화호 종합관리계획에서는 환경오염 개선, 생태계 보전·복원, 연안자원관리, 지역역량강화, 통합 관리, 환경조사·예측 분야 별로 목표를 다시 설정했는데, 하천의 복원과 지속가능한 이용을 위한 시스템 구축이 공동의 목표인 것으로 보인다. 
2단계 시화호 종합관리계획에서는 분야별 목표도 다시 설정되었다. 환경오염 개선분야에서는 해역수질 II등급 유지를 위한 시화호 유역의 오염부하 저감을 목표로 설정했다. 시화호의 해역수질등급은 시화호 조력발전소 가동 후 여건변화에 따라 환경용량의 평가를 통해 재설정하는 방안을 제시했다. 생태계 보전·복원 목표는 하천과 갯벌 생태계 복원 및 하구 기능 개선으로 설정했다. 연안자원관리 목표는 해역의 환경용량 범위 내에서 수산, 공간, 문화관광 등 연안자원의 지속가능한 이용으로 설정했다. 지역역량강화 목표는 시화호 유역 이해당사자의 연안관리 역량강화 및 참여확대로 설정했다. 통합관리 분야의 목표는 시화호 종합관리계획의 평가 및 개선 등 순환관리체계 구축·시행, 시화호 관리위 원회 활성화 및 이해당사자 간 갈등관리로 설정했다. 환경조사·예측 분야의 목표는 과학적 의사결정 기반 마련을 위한 통합조사·예측체제의 구축으로 설정했다.