11년 정부업무평가시행계획 상 재정사업 평가는 주요 정책으로 통합돼야 하지만 기획재정부에서는 이뤄지지 않고 있어 이중으로 수행되고 정책 관리에 혼란을 야기한다. 
이 밖에도 주요 정책 부문 평가와 재정사업 평가 등 유사 내용의 평가가 중복되어 이루어지는 것은 평가의 효율성을 낮출 수 있다. 2011년 정부업무평가시행계획에 따르면 재정사업 평가는 주요 정책 부문 평가로 통합되어야 한다. 그러나 기획재정부에서는 「국가재정법」에 근거하여 재정사업 자율평가를 지속하고 있다. 그 결과 일반 정책 활동에 대한 성과관리시행계획 외에도 재정 사업에 대한 성과관리계획을 추가로 수립, 성과계획이 이중적으로 수립되고 있으며, 이는 정책의 관리와 평가에도 혼란을 가져오고 있다(공동성 등, 2011, p.107).