시화호 내부는 어느정도 개선되었으나, 인체 유해물질이 들어오고 있으며, 이것이 축적되고 있다. 이것은 먹이연쇄를 통해 상위단계로 가면서, 체내에 오염물질이 쌓인다. 이것은 인간에게 해를 끼칠 우려가 있다. 
시화호 내부의 수질은 어느 정도 개선되었으나, 여전히 산업단지를 통하여 비점오염의 형태로 중금속 및 유기오염물질 등 인체에 유해한 물질들이 유입되고 있다. 유해물질은 저층 퇴적물에 높은 농도로 축적된다. 이러한 유해물질은 먹이연쇄를 통해 상위 영양단계로 갈수록 체내 오염물질의 축적도가 증가한다. 특히 숭어, 망둑어와 같은 저서성 어류는 오염된 퇴적물 내 먹이 또는 유기물을 직접 섭취하는 특성이 있고, 연안생태계 먹이연쇄에서 최상위에 위치하고 있어 오염의 가능성이 매우 높다. 우리나라는 일본과 더불어 세계적으로 1인당 수산물 소비량이 많은 국가이다. 그 중 총 단백질 식품의 약 30%, 동물성 단백질의 80% 정도를 수산물로 섭취한다고 알려져 있어 수산물이 유해 중금속의 주요한 공급원이 될 가능성이 높다. 중금속은 해수 중에는 미량으로 존재하나 단·장기간에 걸쳐 생물축적 및 먹이연쇄를 통해 생물 농축된다. 중금속은 체내에 과량으로 축적되어 독성을 나타낼 뿐만 아니라 인간에게도 위해를 가하는 유해물질이다. 이러한 이유로 시화호 주변해역 서식하는 유용한 수산자원에 대한 중금속 함량의 실태를 파악하고, 식품위생학적 안정성 및 위해성 평가를 실시하고 있다(그림 4-44).