비교효과연구 컨소시엄은 질환별로 구성되는 TF 형식으로 조직이 구성되고, TF 참여조건을 충족하는 연구자와 모임들이 자발적으로 참여하는 방식이다. TF와 관련 DB를 구축한 정부기관간의 연계를 통해 활용 가능한 자료원의 범위를 최대화할 수 있도록 설계되어야 하고, 컨소시엄을 통해 TF간 시너지 효과를 높이고, 다양한 전문가들로 구성되어 균형이 이루어져야 한다.
비교효과연구 컨소시엄은 질환별로 구성되는 Task Force(TF) 형식으로 조직이 구성되며, TF에 참여조건을 충족하는 연구자들과 연구모임들이 자발적으로 참여할 수 있도록 한다. 예컨대 참여조건은 관련 질환에 대해 특정조사 항목을 포함한 DB를 구축한 연구자로 할 경우, 이는 자연스럽게 연구자 네트워크에서 자료원 네트워크 형성으로 이어지게 되며 컨소시엄 구성을 통해 자료의 접근성 향상과 자료연계 가능성까지 높일 수 있는 기대효과를 가지게 된다. 단 TF가 구성된 이후에도 자료를 가지고 있는 개별 연구자를 추가할 수 있어 TF의 폐쇄성을 최소화해야 한다. 또한 해당 컨소시엄에는 개별 연구자 및 연구모임 이외에 관련 DB를 구축하고 있는 정부기관(예, 질병관리본부, 국립보건연구원, 국립암센터, 국민건강보험공단, 건강보험심사평가원, 식품의약품안전청, 한국보건산업진흥원 등)이 참여하여 TF와 정부기관간의 연계를 통해 활용 가능한 자료원의 범위를 최대화할 수 있도록 설계되어야 한다. 더 나아가 컨소시엄을 통해 TF간의 시너지 효과가 나타날 수 있도록 인프라 구조를 공유해야 하며, 이는 기획/관리 및 비교효과연구의 주제 개발/선정을 담당하게 되는 컨소시엄 사무국이 TF간의 연계가 잘 이루어지도록 조율을 해 나가야 한다. 또한, 해당 사무국 정부 담당자, 방법론 전문가, 임상전문가, 소비자, 기타 영역의 대표자들로 구성되어 균형 잡힌 결정이 이루어지도록 해야 한다.