어류 부재는 질병의 유입, 물리적 요소, 오염물질의 유입이 심각할 경우 등으로 인해 발생할 수 있는데 이 같은 어류의 부재는 어류 서식에 매우 부정적인 면을 일으킬수 있는 교란요인에 의해 생기며 어류 훼손의 지표로서 쓸 수 있다.
어류 부재는 어류의 개체수의 급격한 감소에 의해 발생할 수 있으며, 어류 폐사로 인한 부재가 동시에 발생할 수 있다. 어류의 부재는 소규모 지역에서의 폐사사건 직후에 발생할 수 있으며, 광범위한 지역에서의 공사, 가뭄등에 의해 발생할 수 있다. 어류의 부재는 생물유입시 발생할 수 있는 질병의 유입으로 인해 발생할 수 있으며, 홍수, 가뭄, 상류저수, 하천공사, 수변토지피복변경의 증가로 인해 발생하는 물리적요소에 의해 큰 영향을 받을 수 있다. 또한 비점오염원, 점오염원, 훼손된 지천의 합류 증가시 발생할 수 있는 오염물질의 유입이 심각하게 발생했을 경우 어류의 부재가 발생할 수 있다. 다양한 중간 변수로 인해 질병의 증가, 수온의 변화증가, 하상교란의 증가, 유량의 감소, 간헐적 건천화의 증가, DO의 감소, BOD의 증가, 독성물질의 증가가 발생할 수 있다. 질병의 증가의 경우 일시적인 개체수의 급감이 발생할 수 있다. 특히 간헐적 건천화가 발생하는 동해수계의 하천의 경우 건천 후 일시적인 강우로 인해 하천이 다시 형성되는 경우 어류의 부재로 나타날 수 있다. 이와 같은 어류의 부재는 어류 서식에 매우 부정적으로 작용할 수 있는 교란요인에 의해 발생하며, 어류 훼손의 지표로서 사용 할 수 있다.