정부는 기관을 지원하면서 보육료 지원을 보완한다. 기관지원은 어린이집 설립 유형에 맞춰 각각 다르다.
부모에게 지원되는 보육료 외에도 정부는 기관 지원을 통해 보육료 지원을 보완한다. 기관 지원방식은 어린이집 설립 유형에 따라 상이하다. 국공립, 사회복지법인, 법인⋅단체 등의 어린이집은 원장 및 보육교사 인건비의 30~80%가 지원되는 한편, 직장 어린이집은 원장, 보육교사 급여 중 월 80만원(중소기업은 월 120만원)이 지원된다. 반면, 가정⋅민간⋅부모협동 어린이집은 등록 아동 1인당 0세의 경우 372,000원, 1세의 경우 180,000원, 2세의 경우 118,000원의 금액을 기본보육료라는 이름으로 지원받는다. 즉, 가정⋅민간⋅부모협동 어린이집에 다니는 영유아 지원액은 총 0세는 778,000원, 1세는 537,000원, 2세는 413,000원인 것이다.