1단계 계획의 평가는 구성을 보강한 시화호 전문위원회를 통해 개선방안을 제시하는 수준의 정성적 평가가 실시됐다. 개별 사업 평가와 총괄 평가를 실시하며, 분과장 회의에서 세부 평가방안을 협의했다.
1단계 계획의 평가는 시화호 관리위원회 산하 자문기구인 시화호 전문위원회를 통하여 실시되었다. 1단계에는 성과목표와 평가지표가 설정되어 있지 않았기 때문에 정량적인 평가가 불가능했다. 따라서 추진 상 문제점을 식별하고 개선방안을 제시하는 수준에서 정성적 평가가 실시되었다. 평가방법은 시행계획 상의 4개 분야 34개 사업에 대해 개별 사업평가를 실시하고 이를 종합하여 총괄평가를 실시했다. 평가의 객관성을 높이고 전 문성을 제고하기 위해 시화호 전문위원회의 구성을 3개 분야 16명에서 4개 분야 20명으로 보강했으며, 시화호 전문위원회 회의를 통해 평가방법이 결정되었다. 시화호 전문위 원회 분과장 회의에서 세부적인 평가방안과 평가 양식을 협의했다.