국가 R&D 투자는 범부처적 목표에 따른 조정, 배분이 요구된다. 사회적 필요 반영 여부 점검과 과거 관련 주도 연구주체들의 새 환경에서의 과거 역할, 기능 담당 여부 점검이 필요하다.
국가의 장기적 필요를 반영한 범부처적 목표와의 부합성 측면에서는 국가 R&D 투자는 부처 단위의 목표가 아닌 범부처적인 목표에 따라 조정 및 배분되는 것이 요구된다. 국가 R&D 투자 방향이 기존 관행이 아닌 현재의 사회적 필요를 반영하고 있는가를 점검하는 것이 요구되며 특히, 부처의 예산 관행이나 연구주체의 경로의존성을 벗어나 장기적인 목적에 따라 국가 R&D 투자를 수행하는 것이 요구 된다(농림수산식품과학기술위원회, 2011). 과거에 예산 배분 관행에 의해 국가 R&D를 주도하던 연구주체들이 새로운 환경에서도 과거의 역할과 기능을 담당하고 있지 않은지 점검하는 것이 필요하다(농림수산식품과학기술위원회, 2011).