국내 대기업과의 제휴를 확대하는데는 한계가 있다. 국내 바이오 분야 기업 중에서 벤처기업과 손을 잡을 수 있는 대기업은 많지 않으며 투자와 기술 이전, 인수에 사용할 수 있는 자금 규모는 수백억 원 정도이다.
그러나 국내 대기업과의 제휴 확대는 여전히 한계를 지니고 있다. 우선 국내 바이오 분야의 기업 중 벤처기업과 제휴를 할 수 있는 대기업의 숫자가 매우 제한되어 있다. 제약회사의 경우 1위 기업인 동아쏘시오홀딩스가 2012년에 1조원 매출을 돌파했지만, 매출 10위권 기업이 3천억 원 수준에 머물고 있으며, 매출 1천억 원을 넘는 기업이 30개 정도에 불과하다. 또한 이들도 재원이 많지 않아서 거래 규모가 미국과 비교할 때 매우 작다. 미국의 바이오 벤처의 경우 2상이나 3상 단계의 우수신약 후보물질을 다수 가지고 있으면 수십억 달러 규모의 M&A 거래가 이루어지는 경우도 많지만, 국내 대기업들이 벤처기업들에 대한 투자, 기술이전, 인수에 할애 할 수 있는 자금 규모는 많아야 수백억 원에 불과하다.