본 연구에서는 총투입에서 부가가치를 차감하여 중간투입을 결정하였다. 이렇게 부가가치를 계산하면 수산어획의 부가가치계와 집계 과정에서 오차가 발생하므로 세분화 이전과 이후의 값을 일치시켰다. 
본 연구에서는 이러한 방식과 반대로 부가가치를 추계하고 총투입에서 부가가치를 차감함으로써 중간투입을 결정하였다. 이를 위해 먼저 세분화 대상 업종별로 관련 경영조사 통계를 이용, 2010년의 실제 부가가치율을 계산하였다(표 3-16 참조). 그리고 이러한 부가가치율을 부문별 총투입액에 곱하여 부문별 부가가치를 도출하였다. 그러나 이와 같이 부가가치를 계산하면 세분화이전의 부문, 즉 수산어획(또는 수산양식)의 부가가치계와 집계 과정에서 오차(error)가 발생한다. 이 문제를 해결하기 위해 오차 값에 다시 총산출액 배분 비율을 적용하여 부문별로 분해하고, 각 부문별 부가가치계에서 분해된 값만큼을 차감함으로써 세분화 이전과 이후의 값을 일치시켰다.