이명박 정부는 국가연구개발 평가에서 자체평가의 자율성, 합리성을 강화하고 외부전문가의 평가를 통해 공유와 협력을 강화하였다. 창조경제에 기반한 박근혜 정부는 자율적이고 창의적인 연구촉진이 필요하다는 인식 하에 연구자 중심의 평가체계 구축, 우수성과를 이끌어 내기 위한 성과평가 역할 재정립, 질적 평가를 강조한 과제평가 표준지침을 제시하고 있다.
이명박 정부에서는 국가연구개발 평가가 3년 주기로 전환 되었으며 자체평가의 자율성, 합리성 강화와 함께 개방형 평가 등의 평가과정에서 외부전문가 참여의 폭이 넓혀지고 공유와 협력을 강화하는 노력이 진행 되었다. 박근혜 정부는 창조경제를 기조로 하면서 질적 평가를 강조하는 방향으로 평가체계를 운영하고 있다. 정부는 3차 국가연구개발 성과평가 기본계획(2015.3)을 수립하여 연구자 중심의 평가체계 구축, 우수성과 견인을 위한 성과평가 역할 재정립 등을 제시하고 있다. 이는 혁신도약형 R&D의 낮은 비중과 도전적 연구문화 미성숙, 과제 및 기술위주의 기획, 평가로 창의적 연구제약이 존재함에 따라 관리, 효율성 중심의 평가에서 연구자중심의 평가전환을 통하여 자율적이고 창의적인 연구촉진이 필요하다는 인식에서 출발하였다. 이중에서 질 중심의 평가강화를 위하여 질 중심의 성과지표 설정을 유도하고, 사업화 관련 지표의 설정과 평가실시 등 사업화관련 비중을 강화하며 각 부처중심의 자체평가확대로 자율성을 강화하여 자율적 컨설팅을 강화하고 있다. 또한 2015년 과제평가 표준지침을 통하여 SCI 논문 수 등 양적지표를 지양하고 연구개발의 성격에 따라 양적 지표와 질적 지표, 평가 유형에 따라 정성평가와 정량평가에 대한 정의를 제시하며 질적 지표 활용 및 정성평가 확대 등을 정부의 정책방향으로 제시하고 있다.