글로벌인재양성형, 미래기반 창의인재양성화, 특화전문인력양성형을 도입한 BK21플러스 사업은 선정평가의 지표와 점수 배분에 있어서 교육과 연구역량의 배점을 높이고 세부 항목에서 지표 변화를 추진했다. 이런 지표의 다양화는, 교육역량강화사업을 수주한 대학이 LINC사업을 추가적으로 수주할 확률이 일반적 수주 보다 훨씬 높은 것처럼, 한 사업에서 좋은 평가를 받으면 다른 사업에서도 좋은 평가를 받을 가능성이 높게 만든다. 
더 나아가 글로벌인재양성형, 미래기반 창의인재양성화과 더불어 새롭게 특화전문인력양성형을 도입한 3단계 사업인 BK21플러스 사업은 이제 실무형 전문인력 양성을 목표로 하는 사업까지 포괄하게 되었다. 이에 따라 선정평가의 지표와 점수 배분에 있어서도 세부 사업별로 차이를 두고 있으며, 2단계도 있던 과학기술분야의 경우 크게 교육역량과 연구역량, 대학(원)제도개선 및 지원 항목을 기준으로 선정평가를 하는 구분은 유사하지만, 교육과 연구역량의 배점을 높이고 세부 항목에서 국제화 기준을 강화하는 등의 지표 변화를 추진한 바 있다. 이런 지표의 다양화는 결국 사업간 평가기준의 차별화를 저해하여 한 사업에서 좋은 평가를 받으면 다른 사업에서도 좋은 평가를 받을 가능성이 높게 만들게 된다. 예를 들어 교육역량강화사업을 수주한 대학이 LINC사업을 추가적으로 수주할 확률은 30%(0.3)로 나타나, 일반적으로 수주할 확률(0.119)보다 훨씬 높은 것으로 분석된다(이상엽 외, 2014). 실제 사업수행기관 선발과정에서 나타난 대표적인 예로 산학협력 중심의 중위권 대학들이 원래는 우수연구개발인력양성에 초점을 맞춘 BK21플러스 사업을 새롭게 수주하는 사례가 다수 있다. 더 나아가 전략산업 중심의 투자 설계가 R&D사업과 인력사업에서 동시에 나타남에 따라 대학연구자의 중복적 수혜 가능성이 높아진다. 특히 지역대학은 산학협력, 기초지원, 대학단위 지원사업에서 전국사업뿐만 아니라 별도로 지역에 배분된 사업들을 낮은 경쟁률로 수주할 수 있음에 따라 수도권 중위권 대학 전체와 비슷한 수준의 국가연구비를 수주하고 있다. 또한 액수에 차이가 있을 뿐 대학유형과 관계없이 다양한 인력양성 및 연구개발사업을 수주하는 양태가 나타나, 과제의 복잡성을 증가시키는 요인도 되고 있다.