일본에서 실시되고 있는 환경영향평가는 실시 시기, 구조에서 문제점이 있다. 이른 시기에서의 실시는 수정이 불가하고, 계획을 정당화 해버릴 수 있다는 가능성이 있기 때문이다. 이를 해결하기 위해 초기 단계에서의 실시와 계획 제도의 추가 등이 제시되고있다. 
일본의 환경영향평가제도가 사업실시 계획단계를 비롯하여 환경영향평가가 실시되는 구조(사업 Assessment)에 (다만, 도시 계획 Assessment 절차는 계획 단계에서 이루어진다고 할 수 있다. 그러나 실제로는 도시계획 사업으로 도시시설 건설 사업 실시가 예정되어 사업 내용이 대체로 결정되어있더라도 도시계획 결정이 난 후가 아니면 실제 사업을 하는 주체가 결정되지 못하는 것도 있다. 그렇기 때문에 도시계획 결정자가 환경영향평가를 하는 것에 지나지 않아 현실과는 큰 차이가 있다) 비판이 많다. 사업 단계에서 환경영향평가가 이루어지는 이유는 앞에서 설명했지만 이것에 대한 것도 사업을 실시하는 계획이 굳혀진 단계에서의 환경영향평가는 ‘다시 돌아가는 것’(큰 폭으로 내용을 수정하거나 재검토로 연결되는 것)이 사실상 불가능하다. 결국 실시하는 계획을 정당화하는 환경영향평가에 머물러 환경보전 목표를 달성할 수 있는 자료를 열거하는데 지나지 않는 ‘수치상 조작’이 되어 버리는 등의 날카로운 의견을 들을 수 있다. 또한 초기 단계에서의 환경영향평가의 실시와 ‘계획 Assessment’ 제도의 도입 필요성이 자주 지적되고 있으며, 대안의 제시(이 중에는 ‘제로 옵션’(즉, 아무것도 하지 않는 대안도 포함해야 하는 것도 있다))가 환경영향평가 절차에 꼭 있어야 한다는 것도 지적이 되고 있다.