국세청도 내국법인이 ’11년 12월 31일 이전 발생 사업연도에 공제받지 못하고 석, 박사 연구개발비 세액공제액은 다음날 이후 최초 사업연도부터 최저한세 대상에 해당된다고 했다.
이에 따라, 국세청도 2013. 1. 24. 중소기업이 아닌 내국법인이 2011. 12. 31. 이전에 개시하는 사업연도에 발생하였으나 해당 사업연도에 공제받지 못하고 구 조특법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제144조 제1항에 따라 이월된 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’의 경우 2011. 12. 31. 개정된 구 조특법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제132조 제1항 제3호의 규정에 따라 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터는 최저한세 적용 대상에 해당된다는 내용으로 질의 회신(법인세과-52)한 바 있다.