해양수산부의 생산단계 수산물 안정성 조사 추진계획은 양식수산물과 어획수산물의 조사건수를 구분하지 않는 문제가 있다. 또한 일부 주요 양식품목은 전년 조사실적보다 적은 조사목표를 부여하는 등 목표설정도 문제이다.
그런데 해양수산부는 매년 ‘생산단계 수산물 안전성조사 추진계획’을 수립하면서 양식수산물과 어획수산물의 목표 조사건수를 구분하지 않은 채 국립수산물품질관리원 각 지원과 시․도별로 전년도 목표 조사건수 대비 5%(2017년 기준) 증가된 전체 조사목표만을 부여하고 있다. 그리고 양식수산물의 경우 다소비 품목 일부(2017년 기준 11개 품목)에 대하여만 조사목표를 부여하면서 전년도 조사건수는 고려하지 않은 채 양식장 수 대비 5～35% 비율의 조사목표를 부여하고 있어 [표 22]와 같이 위 11개 품목에 대하여 2016년 실적건수에 비해 2017년도 조사목표를 33% 줄여서 부여하는 등 주요 양식 품목에 대해 전년도 실제 조사실적보다도 크게 적은 조사목표를 부여하고 있어 일부 양식 품목에 대한 목표 설정도 무의미한 실정이다.