시화호는 물막이 공사 완료 후 해수의 유입이 없었으나 식물플랑크톤 증가로 인한 수질악화로 지속적인 해수유입에 의한 호소수의 희석방류를 실시했다. 
시화호는 1994년 1월 물막이 공사 완료 후 1996년까지는 해수의 유입이 거의 없었다. 그러나 호소의 급격한 수질악화로 1997년 7월부터 지속적인 해수유입에 의한 호소수의 희석방류를 실시했다. 물막이 공사가 완료된 1994년 1월 이후 시화호 내측의 식물플랑크톤 현존량이 증가하기 시작하여, 1993년 1.2 x 102 cells/mℓ, 1994년 6.0 x 103 cells/mℓ, 1995년 및 1996년에 3.0 x 10 cells/mℓ로 매우 큰 폭으로 증가하였고 또한 1997년에는 1993년에 비해 1,961배 증가한 것으로 나타났다.