이 연구들은 중간대리자를 효능의 인덱스로 사용하는데, 추적 기간이 부족하고, 시장에 진입하였으나 임상의사나 정책 결정자들이 요구하는 근거에 대한 정보가 부족한 점 등의 문제점을 안고 있다. 이런 까닭에 비교효과연구는 그 필요성이 점차 커지고 있을 뿐만 아니라 연구 실행 가능성을 촉구하는 중요한  요소가 되고 있다.
그 배경으로는 규제적 성격의 허가임상연구의 제한점을 들 수 있다. 이러한 연구들은 최종 건강결과(end health outcome)를 효능의 측정 지표로 사용하기보다 중간대리자(surrogate marker)를 사용하며, 그 추적 기간도 짧고, 실제 그 의료기술이 사용될 임상현장을 반영하지 못하여, 시장에 들어왔지만 임상의사나 정책결정자들이 필요로 하는 근거에 대한 정보의 부재가 여전히 있어 왔다. 특히 기존의 최선의 대안과 비교하여 연구가 진행되기보다는 위약이나 보존적 치료와 비교하는 경우가 많고, 해당 신의료기술의 효능을 순수하게 확인하고자 프로토콜을 엄격히 준수하여 허용되지 않은 병용을 제한함으로써 실제 임상에서 병용이 예견되는 경우에도 단일 적용의 결과만 보게 되는 등 효능 입증 임상연구의 한계점으로 인한 추가적 정보 생성의 제한이 있게 되었다. 또한 의학이 발전함에 따라 기존에 사용되어 온 의료기술이 축적되고 있고, 기존에 보편적으로 사용되는 의료기술도 20~30% 가량이 근거가 부족하다는 연구결과들을 비롯하여 약제를 제외한 치료적 의료기술의 반 정도가 권고등급 C 이하로 의료시장 진입 당시 근거의 불확실성이 잔존한다는 측면에서 비교효과연구는 그 필요성이 대두되고 있으며 연구 실행의 가능성을 재촉하는 요인이 되고 있다.