영농조합 새벽은 기존에는 독립조직으로 운영되었지만 통합적 인센티브가 부족했다. 이를 해결하기 위해 독립운영체제를 협력하여 사회적 협동조합으로 묶어서 상호간 이익을 창출하며 시너지를 만들고 있다.
조직적인 부분에서도 변화가 있었다. 기존에는 영농조합 새벽과 관련된 시스템은 3가지 독립적인 조직으로 존재했다. 즉, 영농조합 새벽은 새로운 사업을 도입하면서 독립조직으로 운영해 왔었다. 대표적인 사례로 양돈분야의 “초우반돈”이 있다. 이러한 개별적 시스템은 각 분야별로 최선을 다할지 모르나 통합적인 인센티브가 약한 면이 있었다. 즉, 남은 음식물을 수거하여 사료화하는 부분에서는 양돈사업과 독립 체산제를 하고 있어 열심히 일할 수 있는 인센티브가 약하였다. 이러한 문제를 해결하기 위해서 2015년도에는 각각의 개별 독립운영체제를 하나로 만들어 사회적 협동조합으로 묶었다. 이러한 조직 변화는 주인의식과 함께 상호간 이익 창출 지원 및 공유의 시너지 효과를 내고 있다.