가축분뇨 관리를 위해 첫째, 여러 방법을 이용하여 가축분뇨처리시설 확충, 둘째는 퇴・액비 생산, 비료생산업 등록 단계적 의무화이며 셋째, 민간관리기구 설립이다. 마지막으로 가축분뇨 자원화 확대를 위한 제도 개선이 있다.
첫째, 가축분뇨처리시설 확충을 위해 공동 자원화 및 에너지화 시설을 확충하여 개별농가 처리를 감축하며, 지역별 적정 처리시설의 확충 및 개보수 등 관리를 강화하고, 가축분뇨법 개정에 따라 개별농가 정화처리 시설을 조기에 보완하도록 하였다. 둘째, 고품질 퇴・액비 생산체계 구축을 위해 퇴・액비 생산 주체별 비료생산업을 등록할 수 있도록 단계적으로 의무화하고, 모든 농가에 대한 액비수요처 확대 및 시비처방 제도화 예정이다. 셋째, 사후관리 체계개선을 위해 효율적으로 가축분뇨를 관리하는 민간관리기구를 설립하고, 전국단위 통합관리시스템 구축, 가축분뇨 컨설턴트를 육성하도록 하였다. 넷째, R&D 확대, 평가・포상, 제도개선 등을 위해 가축분뇨 자원화 확대를 위한 제도를 개선하여 현장에서 필요한 기술개발 확대, 홍보 등을 지원하도록 하였다.