시나리오 핵심 정책 이슈를 도출하여 각각의 상이한 시나리오의 특성이  정책적 함의와 상반되는 시사점으로 귀결되었다. 특히 EU 산하기관 기능이 시사점을 도출하기 어려웠는데, 시나리오 2에 의해 시나리오 3은 전혀 다른 방향의 정책점 함의를 도출하게 되었다. 
시나리오의 정책 활용 가능성을 높이려는 시도는 시나리오 수정 작업에 이어 백캐스팅 기법을 이용한 핵심 정책 이슈 도출로 이어졌다. 20여 명의 미래 연구자, 혁신 전문가, 국제기구 및 정부의 정책 결정자 등이 참여한 워크숍을 통해 각 시나리오 별 핵심 정책 이슈를 도출하였다. 도출된 핵심 정책 이슈는 거버넌스 관련 이슈, 프레임워크 컨디션 관련 이슈, 기타 이슈로 구분 가능하며 각 시나리오의 특성이 상이한 만큼 중첩되는 정책적 함의들뿐만 아니라 서로 상반되는 시사점으로 귀결되는 경우도 찾아볼 수 있다. 특히 유럽적 통합의 관점에서 혁신 관련 EU 산하기관의 기능에 대해서는 공통적인 시사점을 도출하기 어려웠던 것을 확인할 수 있다. 예를 들어 개별 국가가 해결하기 어려운 사회적 과제들을 EU 및 산하기관의 조정하에 풀어나갈 것이라는 시나리오 2를 위한 EU 체제 강화 방안과 혁신의 지역성을강조하고 EU 기능의 한계를 전제한 시나리오 3에 적합한 EU 체제 발전 방안은 전혀 다른 방향의 정책적 함의들을 도출하게 되는 것이다.