기존 농도규제에 폐수량을 고려한 오염부하량관리는 1차 기간엔 BOD만, 2차 기간엔 낙동강, 영산강, 섬진강은 총인, 금강은 대청류 상류지역의 총인을 더해서 두가지를 대상으로 하였다. 모두 오염총량관리대상 오염물질이다.
하천 또는 호수에 발생하는 오염원의 지속적인 증가로 농도규제 방식의 한계점을 개선하고 오염부하의 양적 증가를 통제하기 위해 기존 농도규제에서 폐수량을 고려한 오염부하량관리가 시행되고 있다. 오염총량 관리대상 오염물질로는 1차 총량관리계획기간(’04~’10년)에는 생물화학적 산소요구량(BOD)을 관리하였고, 2차 총량관리계획기간(’11~’15년)에는 낙동강, 영산강, 섬진강은 생물화학적 산소요구량(BOD), 총인(T-P)을 대상 항목으로 지정하였고, 금강은 생물화학적 산소요구량(BOD)과 일부 대청호 상류지역에 한하여 총인(T-P)을 관리대상 항목으로 지정하였다. ｢한강수계법｣ 제8조제3항제2호 및 ｢3대강수계법｣ 제9 조3항제2호에 따른 오염총량관리대상 오염물질의 종류는 생물화학적 산소요구량(BOD) 및 총인(T-P)으로 지정되어 있다.