하천관리산업은 진단을 토대로 하천 복원이나 관리를 준비한다. 따라서 수생태계 훼손하천 진단은 하천의 조사 및 설계, 시공 과 점검 과정을 연결하기 위한 필수과정이다.  
생태하천복원사업과 같은 하천관리사업은 대상하천과 주변 환경에 대한 조사와 평가를 선행하고 실질적인 계획수립, 설계, 시공 및 사후 모니터링의 과정으로 진행된다. 이 때 진단은 <그림 1-4>와 같이 조사 및 평가의 마지막 단계임과 동시에 실질적인 복원 또는 관리 사업의 실질적인 시작 단계이다. 즉, 진단은 조사와 평가의 마지막 단계에서 그 결과를 분석하여 이에 필요한 조치사항을 제시하며, 이를 토대로 하천 복원 또는 관리를 계획하고 설계를 시작한다. 따라서 수생태계 훼손하천 진단은 하천의 조사와 평가 과정과 실질적인 계획, 설계, 시공 및 사후 모니터링 단계를 유기적으로 연결하기 위하여 반드시 필요하다.