적응계획의 수립 및 이행 과정에서 발생할 수 있는 여러 문제점을 극복하기 위해서는 국가와 지자체간 연계 및 상호협력이 필수적이다. 지자체는 큰 관점의 정책 방향성 하에서 지역 특성을 반영한 적응대책을 수립해야 하고, 국가는 지역 단위의 적응대책을 서로 연계하여 국가 차원의 목표를 제시해야 한다.
일례로 법제도적 규정 및 지침 미비, 주체별 역할과 책무에 대한 규정 미흡, 계획수립 주기 및 수립내용 간의 연계성과 일관성 부족, 국가와 지자체 적응대책간의 환류체계 미흡, 적응분야(또는 부서)별 대책 간의 연계 및 조율 기능 미흡, 관련정보 및 활용 시스템 부족, 중앙정부와 지자체 간의 거번너스 체계 미흡, 지자체의 적응인식 및 부서협조 부족, 적응교육 및 홍보 미흡, 적응대책 사업의 추진재원 부족 및 예산 확보 어려움 등 적응계획 수립·이행에 있어 다양한 애로사항과 문제점 등이 발생하고 있는 실정이다. 또한 제도 시행초기단계에서 향후 성공적인 적응대책 수립과 이행의 실효성 담보, 점진적인 제도의 안정화를 위해서는 이와 같은 다각적인 현상들을 국가와 지자체 간의 연계와 상호협력을 통하여 개선해 나가는 것이 현 시점에서 매우 중요하다고 할 수 있다. 지자체는 국가단위의 방향성과 대책의 일관성을 고려하여 지역 특성 및 현실 등에 적합한 적응대책을 수립하는 반면 국가의 경우 이러한 지역단위 적응대책을 반영 및 연계함으로써 국가차원에서의 목표를 현실화 시키는 것이 필요하다.