용도별 맞춤형 종자 생산체제를 만들거나 생산단계별로 생산업체를 육성하여는 등 전문화와 분업화를 통해 수산종자산업의 경쟁력을 향상시킬 수 있다.
대표적으로 양식용과 방류용 종자라는 용도별 맞춤형 종자 생산체제 구축을 생각해 볼 수 있다. 양식용 종자는 몇 세대에 걸쳐 양식에 적합한 성질을 지닌 품종으로 특화되고, 방류용 종묘는 어미를 정기적으로 교체하면서 사육환경도 자연상태와 유사한 상태로 유지하여 자연적 특성을 보유할 수 있을 것이다. 또한 생산단계별 접근도 가능하다. 수정 부화-초기종자-중간육성 등 종자생산 사이클을 세분화하여 각 단계에 맞는 생산업체의 육성은 수산종자산업의 효율성 향상에도 기여할 것으로 기대된다. 수산종자 생산의 전문화와 분업화는 종자산업의 경쟁력 제고를 유도할 것으로 예상된다.