식품 생산, 신소재 및 제조 등 많은 분야에 적용 가능한 합성생물학은, 생물 다양성 보존에도 영향을 미칠 거라는 의견이 2013년 야생생물보존학회 회의에서 나왔다. 합성생물학은 컴퓨터생물 생태계에서 생물/물질을 만들어, 생물 다양성을 위한 임무를 수행한다.
우리 인간 생활에 합성생물학을 적용할 수 있는 범위는 식품 생산, 신소재 및 제조, 폐기물 처리 및 정수, 생태 복원 및 보건 등 아주 넓다[영국의회, 2013]. 그리고 합성생물학과 생물다양성 보전의 관계에 대한 문제는 2013년 4월 야생생물보존학회(Wildlife Conservation Society, 2013년)가 주최한 회의에서도 합성생물학은 시장과 인간의 소비 및 생물권 변화를 촉진하고, 거의 모든 인간 생활과 산업부문에 영향을 미칠 수 있으므로 당연히 생물다양성보존에도 영향을 미치게 될 것이라고 밝히고 있다. 합성생물학의 태생은 생물다양성에서 발현되는 유전자원과 전통지식에서 잉태되는 것이 아니라 엔지니어링과 디자인이 만나서 새로운 컴퓨터생물 생태계에서 생물과 물질을 만들고 이는 다시 생물다양성 보전에 부족한 부분과 위기 대처 이용이라는 임무를 수행하는 선순환의 구조를 연출하게 됨으로써 합성생물학과 생물다양성 보전의 관계는 밀접하지만 생태계가 다르다.