행정중심복합도시건설청 청사의 입지 후보지로는 제반 사정을 종합적으로 고려하여 6곳을 선정하였습니다. 이중 한국토지공사의 신축 가건물을 임차 활용할 수 있는 이점을 높이 사 최종적으로 충청남도 산림환경연구소 부지가 선정되었습니다.
2005년 4월, 행정중심복합도시건설청 청사의 입지 후보로 충남 연기군, 공주시, 청주시, 대전시 등이 물망에 올랐습니다. 후보지 가운데 행정중심복합도시 건설의 상징성, 외부와의 인접성, 업무수행의 적합성, 행정서비스 이용의 편의성, 경제성 등 입지 선정의 기준에 의거 종합적으로 검토하여 가장 높은 평가를 받은 최적지를 선정하기로 했습니다. 그리하여 청사 부지의 후보지로 여섯 곳이 꼽혔습니다. 충청남도 산림환경연구소, 공주시 송선초등학교 폐교시설, 연기군 월산공단 내 연기군 군유지, 연기군 석교리 금석초등학교 폐교시설, 연기군 건설기술자 기술훈련시설, 공주시 삼우빌딩으로 모두 행정중심복합도시건설 사업예정지역을 중심으로 연기군 및 공주시에 위치한 곳입니다. 이 가운데 행정중심복합도시 건설의 상징성을 가진 곳, 인접 지역의 업무 지원 시설이 용이한 곳, 생활 편익이 크고 주거 시설 이용이 양호한 곳, 국도 1호선과 인접하여 주민 접근 편리한 곳, 대중교통수단이 양호한 곳이 우선적으로 고려되었습니다. 특히 당시 한국토지공사(현 한국토지주택공사)에서 신축하는 가건물을 임차하여 활용하는 방안이 가능한 점을 높이 평가하여 충청남도 산림환경연구소가 최종 부지로 선정되었습니다.