집단발생의경우 의심되는 음식이나 물건은 버리지말고 따로 보관하고 바로 해당기관에 신고 하여 전파를 막는게 중요하다. 식중독 발생시는 같은증상의 환자를 찿아 원인을 밝히고, 식품의 선택,조리, 보관과정의 적절한관리, 취급자의 개인위생 철저와 매개곤충과 동물의 관리, 조리기구나 행주의 살균 소독등이 예방의 필수조건이다.
집단발생의 경우 의심되는 음식이나 물질을 버리지 말고 따로 보관하여야 하며 지체없이 관할 보건소나 보건지소 혹은 병·의원에 알려 더 이상의 전파를 막도록 하는 것이 중요하다. 식중독의 경우 환자가 먹은 음식물의 종류를 나열하는 것보다, 같은 증상을 보이는 다른 환자를 찾는 것이 원인을 밝히는데 더 효율적일 때가 많다. 식중독의 예방에서 가장 중요한 점은 식품의 선택과정, 조리과정, 그리고 보관과정에 대한 적절한 관리이다. 세균은 4~60℃에서 증식하기 때문에 4℃이하에서 저장해야 하고 가열할 때는 60℃이상이어야 한다. 또한 식품취급자의 개인위생이 문제가 되며, 식품취급자의 피부나 손에 화농병소가 있으면 식품취급을 금해야 하며, 국내에서는 파리, 바퀴벌레, 쥐 등도 문제가 되기 때문에 이런 매개곤충 및 동물의 관리도 식중독 예방에 중요하다. 식중독 예방을 위해선 음식을 잘 익혀서 섭취해야 하고 조리한 식품을 4~5시간 이상 보관할 경우에는 반드시 60℃ 이상이나 10℃ 이하에서 저장해야 한다. 또한 음식을 조리하는 기구나 행주에도 세균이 많이 증식할 수 있으므로 살균·소독을 철저히 하는 것도 식중독이나 이와 관련된 질병들을 예방할 수 있는 방법이다.