지출기준·자산기준·소득기준 등으로 조세지원 방식 구분이 가능한데, 지출기준은 경우적격 연구개발 지출비용 기준으로, 자산기준은 사용하는 자산가치 특정비율로, 소득기준은 적격소득의 특정 비율로 세제혜택을 계산한다.
또한 지출 기준(spending based), 자산 기준(asset based), 소득 기준(incomebased) 등으로도 조세지원 방식을 구분할 수도 있다(PwC, 2011). 지출 기준의 경우적격(qualified) 연구개발 지출비용을 기준으로 세제 혜택을 계산하는 것을 의미한 다. 예를 들어 프랑스의 경우 적격 연구개발 지출비용 1억 유로까지는 비용의 30%까지 세액공제 혜택을 준다. 자산 기준의 경우 연구개발을 위해 사용하는 자산가치의 특정 비율에 따라 세제혜택을 계산한다. 이 때 자산은 연구개발을 위해 사용되는 유·무형 자산을 모두 포함하며 기본적으로는 건물, 설비, 특허 등이 대상이 된다. 소득 기준은 적격 소득의 특정 비율에 따라 세제혜택을 계산한다. 벨기에는 특허소득공제제도를 활용하는데 로열티 수익을 통해 계산되는 적격 특허소득의 총액 기준으로 세액공제를 결정한다.