식품의약품안전처, 농림수산식품부, 해양수산부에서 총 37종의 식품 인증·표시 제도를 운용하고 있다.
현재 3개 부처가 운용하고 있는 식품인증·표시 제도의 현황을 살펴보면 총 37종의 제도가 운용중인데 인증이 27종, 표시가 10종이다. 부처별로 살펴보면 식품의약품안전처는 총 14종의 제도를 운용하고 있고(식품인증 7종, 식품표시 7종), 농림축산식품부는 총 16종(식품인증 14종, 식품표시 2종), 그리고 해양수산부는 총 7총(식품인증 6종, 식품표시 1종)을 운용하고 있다. 제도의 운용방식을 보면 8종이 의무규정, 29종이 임의규정으로 운용되고 있는데 의무규정으로 운용되고 있는 8종의 제도는 원산지 표시 4종, HACCP 인증 1종, 건강기능식품 인증 3종으로 나타났다.