전문가들은 IPO 조건 완화와 코스닥상장 제도 활성화를 주장한다. 그러나 금융 당국은 투자자 보호 측면에서 무작정 완화할 수 없는 없다. 그에 따라 상충되는 두 개념인 IPO 활성화와 투자자 보호가 달성되기 위한 방안을 생각해보아야 한다.
앞서 보았듯이 우리나라에서는 IPO가 가장 중요한 회수 경로이기 때문에 코스닥상장 제도는 바이오 벤처의 투자 환경을 결정하는 중요한 제도적 요소이다. 벤처캐피탈리스트를 비롯한 산업 전문가들 대부분은, 투자 회수를 위한 M&A가 활성화되지 못하고 오직 IPO에만 의존해야 하는 우리나라의 상황을 고려했을 때 IPO 조건을 더 완화하고 코스닥에 더 많은 기업을 상장시켜야 한다는 의견을 피력한다. 그러나 금융 당국의 입장에서는 투자자를 보호하고 기업들의 도덕적 해이를 방지해야 하는 측면도 있기 때문에 무한정 코스닥 상장 제도를 완화할 수는 없다. 따라서 IPO 활성화와 투자자 보호라는 두 가지 상충되어 보이는 목표를 달성하기 위해 코스닥 상장제도 및 그것의 운영과 관련해서 면밀한 검토와 개선을 위한 지혜가 필요한 시점이다. 이를 위해 여기서는 나스닥과 코스닥의 비교를 통해 우리 코스닥 상장 제도의 변화 방향을 모색해보고자 한다.