과학기술기본법 발효이후 처음 실시된 TA는 논란이 있었다. 시민단체가 평가기관의 독립성에 대해 문제를 제기하고 시민의 참여확대를 주장했다. 그로 인해 TA 추진방향에 일반인 참여 수용과 TA 과정을 오픈하여 공정성을 확보하는 내용이 추가되었다.
2001년 과학기술기본법 발효이후 당시 과학기술부가 기획연구를 실시하고, 2003년 NBIT 융합기술에 대한 시범사업이 실시되었는데, 처음 실시되는 TA였던 만큼 시민사회에서도 큰 관심이 있었다. 당시 신문기사를 보면 평가보고서가 예상보다 늦어진 데 대해 참여연대 시민과학센터에서 평가기관의 독립성 논란을 제기하는 등 TA에 대한 시민단체들의 우려가 팽배해 있었다(오철우, 2004). 2004년 7월 TA 결과가 국가과학기술위원회에 보고된 이후, 시민단체들은 TA 활동에 일반 시민들의 참여확대를 주장하였으며, 이들 주장은 다음 TA에서부터 반영된 것으로 보인다(오동훈, 2005). 2005년부터 본격적으로 TA가 실시되었을 때, 국가과학기술 위원회에 보고된 내용을 살펴보면, 추진방향으로 “시민단체 등의 참여폭을 확대하고 TA 전 과정을 공개함으로써 균형 있는 시각과 투명성을 확보하는데 주안”이라고 명시할 정도로 시민참여가 주요한 내용으로 포함되었다(국가과학기술위원회, 2005, p. 2).