보건의료기술평가의 프로그램은 평가주제선정, 승인된 주제연구 과정, 연구팀 구성, 현존하는 근거 수집, 수집된 근거 분석, 외부로부터 검토, 주요 청중들에게 보고서 공개 전달 등 총 7단계의 과정으로 구성되었다.
CADTH의 보건의료기술평가 프로그램에서는 보건의사결정자에게 의약품, 의료기술, 의료시스템에 대한 임상 및 비용 효과, 광범위한 영향에 대해 포괄적, 객관적, 근거 기반의 정보를 제공하며, 기술의 개발, 성숙, 퇴출의 주기 전 단계에서 기술을 검사한다 (최윤정, 조수진 2012, p.29). 퀘벡주를 제외한 모든 연방, 주, 자치령정부의 공공 의약품 플랜에 급여 결정의 근거를 제공하는 CADTH의 의료기술평가는 7단계의 절차로 이루어져있다. 평가주제를 선정하는 1단계에서는 누구나 평가 주제를 제안할 수 있도록 하여, 자문위원회와 CADTH의 검토를 거쳐 신의료기술의 빠른 확산을 위해 우선순위가 높은 주제를 선정한다. 2단계는 승인된 주제의 연구문제를 구체적으로 정의하기 위한 과정이며, 3단계에서는 연구팀을 구성한다. 4단계에서는 현존하는 근거를 수집하며, 5단계에서는 수집된 근거를 합성하고 분석하여 해석한다. 6단계는 방법론자, 임상의사 및 산업체 등 내, 외부로부터 검토를 받는 단계이다. 마지막으로 7단계는 인쇄나 웹사이트 등을 통해 주요 청중들에게 보고서를 공개하는 지식전달 단계이다 (안정훈 외 2012, p.20~21).