투자수익 회수 방법도 바이오 벤처 투자에 중요하다. 시장 안팎에서 지분을 팔아 회수하는데 대량매각으로 소유권이 변하는 것을 M&A라고 하며 벤처캐피탈의 M&A는 보통 IPO 전에 한다.
투자의 중요한 목적은 투자 수익 창출에 있고, 이는 그 대상이 바이오 벤처기업일 경우에도 예외일 수가 없다. 따라서 투자자들이 투자수익을 회수하는 방법 또한 바이오 벤처의 투자 환경을 좌우하는 중요한 요소이다. 투자 회수가 용이할수록 투자도 더 적극적으로 이루어질 수 있기 때문이다. 투자자의 입장에서 자본 회수 방법은 크게 IPO를 통한 공개시장에서의 지분 매각과 장외에서의 지분 매각으로 나눌 수 있다. 그리고 지분 매각이 대량으로 이루어져서 기업 소유권이 변하는 것을 인수․합병(M&A)이라고 하는데, M&A는 IPO 전과 후 모두 가능하지만 벤처캐피탈이 자금을 회수하는 맥락에서는 보통 IPO 전에 이루어지는 것을 상정한다.