코스닥 시장은 벤처기업과 벤처캐피탈 업계의 활성화에 영향을 줬다. 정부의 주식 상장요건으로 인해 진입이 어려웠던 벤처기업과 캐피탈은 코스닥 시장이 생기자 투자신탁회사들의 투자가 쏟아져 수익을 만들어냈다. 이러한 과정이 과열돼 투자업체가 상장되자마자 지분을 처분해 수익을 얻는 사건도 발생해 매도제한제도입이 언급될 정도였다.
코스닥 시장은 벤처기업뿐 아니라, 투자자금을 조속히 회수할 수 없어 어려움을 겪던 벤처캐피탈 업계의 활성화에도 기여했다. 1990년대 초반 정부는 주식시장의 상장요건을 강화하고 투자대상기업을 창업단계의 기업을 국한시켰으며 투자의무비율을 과도하게 설정하는 등, 벤처캐피탈 업계에 대한 규제를 강화했다. 이 때문에 벤처캐피탈 업계는 중소기업에게 주식시장 상장 기회를 제공하거나 장외시장 활성화, 혹은 투자기업에 대한 투자를 자율적으로 할 수 있도록 규제 완화를 요구해 왔다. 벤처 창업의 부진 이유에 대해 주식시장이 발달하지 않아 투자자금 회수기간이 너무 길다는 진단도, 벤처캐피탈의 요구와 일맥상통하는 것이었다(연합뉴스, 1995.7. 27; 1998. 3. 13). 이런 상황에서 코스닥 시장이 만들어지자 투자신탁회사들은 코스닥 시장 진입을 준비 중이거나 자금 부족으로 어려움을 겪는 벤처업체에 투자해 높은 수익을 거두기 시작했다. 대한투신은 코스닥 등록 이전의 이지바이오시스템에 7억 5천만 원을 투자했다가 코스닥 등록 이후 4.5배에 달하는 이익을 창출했고, 한국투신은 핸드소프트와 넥스텔에 투자해 100억 원대의 차익을 내기도 했다. 삼성물산의 경우 4개의 벤처기업에 약 23억 원의 투자를 결정하면서 투자자금 회수를 위해 이들 중 일부를 코스닥에 상장시키는 계획을 추진하기도 했다. 코스닥 시장을 통한 수익창출 열풍이 과열되어 부작용을 낳을 정도였는데, 투자업체가 코스닥시장에 상장되자마자 벤처캐피탈 업체가 그 지분을 처분하여 수익을 얻는 부도덕한 사건들도 발생하여 2000년에는 일정기간 매도제한제 도입을 검토할 정도였다.