「전공의 수련 규칙 표준안」에 수련병원 전공의의 휴식시간에 대한 기준이 서술되어 있지만, 실제 휴식시간의 준수 여부는 그 기준의 모호성으로 인해 측정이 어려워 연구에 한계가 있었다.
「전공의 수련 규칙 표준안」에 따라 수련병원은 전공의에게 수련 종료와 시작 사이에 최소 10시간의 휴식시간을 준다. 그러나 실제로 전공의들이 수련 종료나 정규 당직 근무, 비정규 당직 근무에 대한 개념이 부족하여 정당하게 주어지는 휴식시간의 준수 여부를 정확하게 측정하기 어려웠다. 그러나 전날 전공의들의 초과 근무가 길어지면서 콜 오프 상태에서 당직실로 수면을 취하러 가는 경우가 있어 이러한 휴식을 온전한 휴식으로 보아야 하는지 그 구분이 모호하였고, 전공의들로부터 받는 자율보고로는 이를 상세히 기록하지 못하였다. 이번 연구에서는 이를 휴식으로 구분하였으나 수면이 보장된 충분한 휴식으로는 여기지 않았다. 그리고 외과계의 경우 당직과 응급수술이 잦았으나 주간(晝間) 업무를 관찰한 1일 참여관찰 일지에서는 이를 상세히 기록하기 어려웠고 자율보고가 누락되는 등 연구의 한계가 있었다.