현재의 보험급여는 질병 후 급여인데, 질병이 심각해지면 의료비와 지출이 높아진다. 최선의 치료법에 대한 정보는 보험재정을 건전하게 하고 의료기술을 개선시켜 의료체계의 기초를 강화시킨다.
현재의 보험급여 체계에서는 질병이 발생한 후 또는 질병이 진행된 후에 급여가 가능한데, 이는 단기적으로 비용을 절약하는 것처럼 보이지만, 질병의 중증도가 높아지면 의료비를 증대시켜 장기적으로 비용 지출을 증가시키게 된다. 그런데 비교효과연구는 최선의 치료법에 대한 정보를 주어 이러한 치료법의 사용을 유도하는 등의 기전에 의해 보험재정을 건전화하는데 기여할 가능성이 높다. 즉 의료기술을 비교 평가하는 연구는 건강보험 재정 건전화에도 기여할 수 있을 뿐만 아니라 의료기술을 개선하거나 발전시키며, 임상진료지침 개발을 위한 근거를 제공함으로써 노령화나 만성질환 증가에 보다 적절하게 대처할 수 있는 보건의료체계의 기초를 강화해 줄 수 있을 것으로 기대된다.