2차 적응대책과 2020 로드맵 간에는 불일치가 존재한다. 두 대책의 기존 부문 연계 시도는 부문-정책방향 내 정책들의 연계인 것이다. 따라서 그에 앞서 부문 간 1차 매칭을 시도하였다.
두 대책의 이행방안을 연계하기 위해서는 정책수단들을 포괄하는 부문 간 매칭이 필요하였다. 2차 적응대책에서는 과학적 위험 관리 등 정책목표에 따른 부문 분류체계로 바뀌었다. 2020 로드맵이 발전, 산업 등 분야별 부문으로 구성되어 있는 것을 감안할 때 두 대책의 부문 체계 간에는 불일치가 존재한다. 즉, 2차 적응대책과 2020 로드맵의 기존 부문으로 연계를 시도한다면, 부문-정책방향 내 정책들의 연계인 것이다. 이러한 분류체계 간 불일치는 향후실제 감축-적응 연계정책을 설계할 때 주관부처 간 불일치 등 여러 문제를 야기할 수 있기 때문에, 두 정책의 이행방안들을 연계하기에 앞서 부문 간 1차 매칭을 시도하였다.