항만재개발 사업은 민간 투자자가 평면배치를 하는 반면, 정부는 공공시설을 확대하고자 하는 의도가 있어 갈등이 있다.
현행법체계 내에서 항만지역 선진화를 위한 관련 사업을 추진할 경우 지구 및 지역 등을 도입할 필요가 있다. 현재 항만법은 항만재개발과 관련하여 항만재개발지구만 지정할 수 있도록 하고 있다. 그래서 실제 사업 추진 단계에서 당해 사업 지구에 무엇을 넣을 것인지, 어떤 용도로 할 것인지 갈등이 발생하고 있다. 이러한 갈등의 원인은 현재의 항만재개발이 사업시행자를 잠정적으로 정부가 아닌 민간투자자로 설정하면서 정부의 재정 지원은 최소화하다 보니 민간투자자는 수익성을 최대화하기 위해 평면배치를 하는 반면, 지역주민이나 정부, 공공기관은 가급적 공공시설을 확대하고자 하는 의도가 있다.