융합연구의 활성화와 수준제고를 주목적으로 한 사업이 없는 상황에서 형식적인 융합 관련 연구가 반복될 가능성이 있다. 따라서 연구자들에게 융합연구를 수행할 여지를 부여해야 하는데, 이를 위해 기존 사업의 일부를 활용해 과제를 선정하고, 구체성과 협력적 융합연구 실현가능성을 중심으로 한 별도의 평가체계를 허용하는 방안도 고려할 수 있다. 
융합연구의 목적과 범주를 명확하게 설정한 사업체계의 구성이 필요하다. 현재융합 관련 정부 연구개발사업의 규모는 2조가 넘지만, 대부분의 부처별 사업들은첨단 융합기술 개발이나 융합제품 및 융합서비스 개발을 목적으로 하고 있다. 즉, 융합연구 활성화나 수준 제고를 주요 목적으로 하는 사업은 거의 없는 실정이다. 분업화에 익숙해진 국내 연구풍토를 감안할 때, 협력연구의 방법론으로서의 융합연구가 활성화되지 않은 상황에서의 ‘무늬만 융합’인 연구가 반복될 가능성이 크다. 모든 연구를 융합연구로 할 필요는 없지만 적어도 연구자들에게 융합연구를 제대로 수행할 수 있는 여지를 일정 정도 부여하는 것이 필요하다. 가장 바람직한 것은 융합연구 활성화를 주요 목적으로 하는 신규사업의 추진이지만, 기존 대형 사업내부에 일부를 모험적·도전적 융합연구를 위한 기회로 활용하는 것을 고려할 수 있다. 즉, 내역사업 또는 세부사업 수준에서 연구방법론에 초점을 맞춘 융합연구 과제를 선정하고, 이들에 대한 별도의 평가체계를 허용하는 것이 필요하다. 전체 사업과의 연계성을 고려하되, 기존 평가체계에서 요구하는 선행연구 실적이나 계량적 성과 대신 연구방법의 구체성과 협력적 융합연구의 실현가능성(feasibility)만을 주요평가기준으로 활용하는 것이다. 시행 초기에는 일부 혼선이 발생할 수 있으나, 융합연구의 연구방법론 개발과 활용이 확산된다면, 전체 사업의 목적 달성에 더욱 효과가 있을 것으로 기대된다.