국고 지원방식이 도입된것은  국민건강보험법이 개정된 이후이다. 당해년도 보험 예상 수익의 20%를 지원하는 형식이다. 일반회계의 경우 지역가입자에 대한 보조였는데 추가적으로 취약계층의 보험료 경감에도 사용된다. 건강증진기금의 65세이상 한정되어있다.
현행 국고지원 방식이 도입된 것은 국민건강보험법이 개정된 2007년이다. 2006년 말 건강보험 재정위기 극복을 위한『국민건강보험재정건전화특별법』한시법이 만료되자,『국민건강보험법』및『국민건강증진법』부칙 개정을 통해 당해연도 보험료 예상 수입액의 20%(일반회계 14%, 건강증진기금 6%)를 지원하는 현행 방식이 도입되었다. 이는 2007년에서 2011년까지 5년 한시법으로, 2000년 직역 통합 이후 행해온 지역보험료에 대한 국고지원을 중단하고 전체 재정에 대한 국고지원을 계속하되 그 지원규모를 `06년 규모에서 약간 축소시킨 것이다. 대신 정부지원액의 사용 용도를 국고 및 건강증진기금 지원목적에 부합하도록 확장하였다. 일반회계의 경우, 기존에는 지역가입자의 보험급여비 및 관리운영비에 대한 보조였는데, 추가적으로 취약계층(실업자, 휴직자, 저소득 지역가입자)의 보험료를 경감하는데 사용하기로 하였다. 건강증진기금의 경우에는 기존에는 65세 이상 노인의 보험급여비 지원에 사용을 한정했는데, 건강검진 등 건강증진사업, 흡연유발 질병에 대한 보험급여비 지원 조항을 추가하였다.