투자의 대상으로서 연구개발사업구조는 프로젝트와 프로그램으로 구분되며, 다양한 프로젝트가 모여 프로그램이 구성되므로 프로그램을 대상으로 사업구조를 논의하는 것이 바람직하다.
연구개발 생산성과 사업구조의 관계와 쟁점을 논의하기에 앞서 연구개발사업구조(이하 R&D 사업구조)에 대한 개념 정의와 논의 범위의 설정이 필요하다. 투자의 대상으로서 R&D 사업이 규모와 범위의 관점에서 프로그램과 프로젝트로 구분될 수 있다고 한다면, 프로그램은 다양한 프로젝트의 집합체로서의 R&D 사업이고 프로젝트는 프로그램을 구성하는 개별 단위사업으로 간주될 수 있을 것이다. 정부나 기업의 경우 다양한 프로젝트의 집합체인 프로그램들을 어떻게 구성할 것인가가 일차적 관심 대상이 될 것이므로 의사결정의 주요 대상이 되는 프로그램을 대상으로 사업구조를 중점 논의하는 것이 바람직하다고 판단된다.