국민건강보험료 등 사용자부담금에 대한 비과세 조세지출 항목의 경우 기획재정부가 국민건강보험료, 장기요양보험료 기초자료만 수집해 실제 실적 1조 773억 원을 8,154억 원으로 집계했다.
그런데 이번 감사원 감사기간(2017. 6. 26.～7. 21.) 중 ｢2017년도 조세지출예산서｣에 포함된 2015년 조세지출 실적5) 집계의 적정 여부를 점검한 결과, ‘국민건강보험료 등 사용자부담금에대한 비과세(｢소득세법｣ 제12조 제3호 너목)’ 조세지출 항목의 경우 사용자가 부담하는 국민건강보험료, 장기요양보험료, 고용보험료를 근로자의 비과세소득으로 보아 과세하지 않는 것이므로 위 3개 항목에 대한 징수 현황 등의 기초자료를 수집하여 조세지출 실적을 집계하여야 하는데도 기획재정부는 [표 2]와 같이 국민건강보험공단으로부터 사용자가 부담하는 국민건강보험료 및 장기요양보험료에 대한 기초자료만 수집하여 위 조세지출 항목의 2015년 실제 실적인 1조 773억 원보다 2,619억 원이 적은 8,154억 원으로 실적을 집계하였다.