양식재난을 대응할 때 현장 대응 인력과 원인 규명을 위한 전담조직과 지자체의 인력 등이 부족하다는 문제점이 제시되었다. 이를 대처하기 위하여 대응조치를 수행하기 위한 매뉴얼을 마련하여야 할 것이다. 
양식재난의 대응 단계에서는 조직역량 및 인력, 거버넌스, 대응 매뉴얼 측면에 서 문제점이 제기 되었다. 먼저 조직역량 및 인력 측면에서는 양식재난의 현장 대응 인력 및 재난 원인 규명을 위한 전담조직 및 지자체의 인력과 예산이 부족 하다는 의견이 있었다. 수산양식관리사제도를 도입하여 양식재난 현장 대응능력 의 강화 및 재난 원인 규명 기관의 인력 충원이 필요하다. 거버넌스 측면에서는 중앙정부와 지자체의 정보 사이에 시차가 존재하여 유기적인 대응이 힘들다는 점 이 지적되었으며, 이를 개선하기 이해서는 유관기관과의 협조체제 구축 및 적시 에 정보제공을 위한 네트워크 구축이 필요하다. 또한 재해 대응의 하나의 주체로 서 어업인의 역할이 미흡하므로 어업인의 주체적인 역할 강화를 위해 재난 대응 교육의 실시가 필요하며, 재해 대응 시 적극적으로 참여한 어업인에 대한 포상 강화 등으로 어업인의 참여를 강화해야 한다. 양식재난 발생 시 적절한 대응조치를 수행하기 위해서는 양식재난의 유형 및 양식품종별, 양성단계별 대응조치에 대한 상세한 매뉴얼 마련이 필요하다. 어업인의 대응 매뉴얼 준수에 대한 의무화 및 미준수시 페널티 강화를 통해 매뉴얼에 따른 대응조치가 적시에 이루어질수 있도록 해야 한다.