국가연구 개발과제에서 연구개발 사업과 과제의 평가는 기초연구에 가까우므로 정성적 평가를 따른다. 하지만 중견 학자의 기득권과 후광효과로 신규 학문분야의 연구비 할당이 어려울 수 있고, 평가시간이 짧거나 평가원의 전공과 일치하지 않으면 정확한 평가가 힘들다.
연구개발 사업 또는 과제에 대한 평가는 [그림 2-2]에서와 같이 연구개발 독창성 및 복잡성 등이 높은 기초연구에 가까울수록 정성적 평가방법이 적절하며, 상품개발의 단계에 가까울수록 정량적 평가방법이 적절하다. 하지만, 국가연구개발과제는 [그림 2-3]과 같이 상용화 이전단계인 TRL 7~8단계까지 지원하고 있으므로 정성적 평가에 가까운 평가방법을 가지게 된다. 이에 따라 국가연구개발과제의 평가는 주로 정성적 평가방법인 전문가 평가에 의하여 이루어지고 있으며, 평가자의 기술적 검토 의견 또는 시장상황에 대한 검토의견 등이 연구수행자에게 피드백되어 필요에 따라 연구개발 내용 및 목표의 수정 보완이 가능하다는 장점을 가진다. 하지만, 특정 기술 분야에서의 중견 학자들의 기득권층 형성으로 인하여 신규 학문분야에 대한 연구비 지원의 어려움이 발생할 수 있는 문제가 존재하며, 평가시간이 짧거나 평가위원이 해당분야 전공과 일치하지 않을 경우 정확한 평가가 힘들다. 또한, 후광효과로 인한 특정 연구개발 수행자, 수행기관으로의 연구개발 자금의 집중될 수 있다는 단점을 가지고 있다.