칼파인은 시스테인- 단백질 분해효소이며 단백질을 분해할 수 있는 모티브가 잘 보존되어 있다.
칼파인은 칼슘 의존성 시스테인-단백질 분해효소로서, 단백질 분해효소의 활성을 가진 단위체1과 칼파인의 3차-접힘 구조에 관여하는 단위체2로 구성되어 있다. 한우의 칼파인은 사람과 98.2%의 서열 유사성을 가지고 있으며, 특히 단백질 분해기능을 담당하는 활성자리는 기능 모티프가 매우 잘 보존되어 있다. 또한 세포 내 칼슘이온들도 단위체1에 주로 결합을 하여 칼파인을 활성화 한다. 칼파스타틴은 칼파인의 활성구조(칼슘이 결합된 구조)만을 인지하여 억제한다. 한우 염색체 7번에 위치하는 칼파스타틴는 각각의 도메인마다 칼파인의 억제활성이 다르다(칼파인 억제활성도 높은 순서는 도메인1 > 도메인4 > 도메인3 >도메인2이다.)