보건의료관련 연구 사업을 진행하려면 의료기술평가로부터 도출된 최대 편익을 고려하여 여러 근거를 바탕으로 우선순위를 설정해야 한다.
의료기술 비교효과연구를 비롯하여 보건의료관련 연구 사업에 있어 근거에 기반을 둔 우선순위 설정의 필요성은 지속적으로 강조되고 있다. 그 사회에 우선적으로 필요한 연구를 수행할 수 있게 하고 연구결과의 영향력 증대와 투명성 확보 차원에서도 필요한 과정이다. 또한 제한된 자원의 효율적인 사용을 위해 필요하고, 다양한 수요에 대한 인적․재정적 필요자원을 도출하도록 해주며, 연구, 정책, 실행 간에 연계를 강화시켜준다. 따라서 보건정책및 실행이 과학적인 근거를 기반으로 정착하도록 해준다고 할 수 있다(정영호, 2007).Henshall 등은 한정된 보건의료 자원의 합리적인 사용을 위한 우선순위 도출에 의료기술에 대한 평가가 필요하며, 의료기술평가의 자원 역시 한정되어 있으므로 의료기술평가로부터 얻어지는 편익의 최대화를 위해 우선순위 결정이 필요하다고 주장하였다.