방통위가 신정부의 방송정책 등을 총괄하는 중추기구로 출범하게 되었으나 문광부 문화콘텐츠 산업실도 미디어 정책 분야 권한을 유지하려 하여 협의가 의무화된 부분에서 기능중복으로 인한 갈등의 소지가 존재했고, ICT정책 기능이 4개 부처로 분산되어 IT 순위가 하락하는 일이 일어나기도 했다. 
이렇듯 최상위 조직인 상임위원회가 정치적으로 구성되었지만 실무진들은 방송통신 정책 및 규제와 관련된 정보수집, 정책개발, 정책집행 및 평가업무를 실질적으로 수행하 는 전문관료들로 구성되었다. (舊)방송위 실무진과 정통부 실무진을 통합하였고, 미디어 정책 관련 핵심기능은 방송정책국, 통신정책국, 방송통신융합정책실 등 3개 부서로 분할 되어 있었다. 이를 통해 방통위는 신정부의 방송정책, 통신정책, 방송통신융합정책을 총 괄하는 중추기구로 출범하게 되었다. 그러나 문광부 문화콘텐츠 산업실 또한 미디어 관련 분과들을 배치함으로써 미디어 정책 분야의 권한을 놓지 않으려는 태도를 보였다. 특히 방송영상정책과 관련된 사항의 경우 방통위와 문화체육관광부 간 협의가 의무화되 어 양부처간 기능중복에 따른 갈등의 소지가 존재했다. 또한 이전 정통부 시절 통합되 어 있던 ICT 정책 기능이 지식경제부, 행정안전부, 방송통신위원회, 문화관광부의 4개 부처로 분산됨으로써 2007년 3위였던 세계 IT 경쟁력 순위가 2012년에는 19위로 곤두박 질치는 일이 발생하기도 하였다.