일부 대형 R&D 사업의 추진체계는 일반적인 정부와 차이가 있다. 글로벌프론티어 연구사업을 보면 자체적인 연구와 산학연을 지원하는 외부연구를 운영하며, 과제선정과 기술이전까지의 전과정을 관리하는 책임운영체제이다. 하지만 국가 거점연구기관의 기능과 역할은 하지 않고, 해당영역의 기슬 개발에 집중하는 부분적 역할만 수행한다.
이민형 외(2013)에 따르면, 국내에서 일부 대형 R&D사업단들의 추진체제는 일반적인 정부 R&D사업의 추진체제와 차이가 있다. 이의 대표적인 예가 글로벌프론티어연구사업이다. [그림 2-9]는 글로벌프론티어연구개발사업의 추진체제를 나타낸 것인데, 미국 NIH 질환군별 연구소들의 추진체제와 매우 유사하다. 즉, 사업단 자체적으로 내부연구를 수행하고 있을 뿐만 아니라 산학연에 대한 해당 분야 R&D사업을 지원하는 외부연구사업을 운영하고 있다. 연구사업단장에게 세부과제 선정과 R&D부터 기술이전에 이르기까지 전주기적 관리를 위임하는 책임운영제로 운영되고 있다. 그러나 이들 연구사업단들이 미국 NIH의 사업단들과 같은 해당 분야 국가 거점연구기관으로서의 역할과 기능을 부여받고 있지는 못하다. 대부분 글로벌프론티어연구사업단들이 특정 범위의 문제해결 영역에서 국가적 거점연구기관의 역할을 수행하기 보다는 해당 영역에서의 기초원천기술 또는 산업기반기술 개발 등과 같은 부분적 역할을 수행하고 있기 때문이다. [그림 2-8]의 미국 NIH의 예와 비교하면 하부거점으로서 기능하는 R&D프로그램의 모습에 더 가깝다고 할 수 있다. 이는 현재 운영되고 있는 국내의 대부분 대형 R&D 프로그램들에 대해 설정된 R&D범위가 국가적 거점 연구기관의 기능을 수행할 수 있도록 ‘적정’한 범위로 올바르게 설계되어 있지 않음을 의미한다.