내측 표층퇴적물 중금속의 오염도는 배수갑문에서  반월 및 시화산단 근처로 갈수록 높아졌다. 또 모든 지역에서 구리,아연,카드뮴 등이 NOAA의 목표수준을 초과하였다.
내측 표층퇴적물 중금속의 전체적인 오염도는 반월 및 시화산단 인근 지역에서 높고, 배수갑문으로 갈수록 감소하는 경향을 나타냈다(그림 4-21). 구리는 2003년과 2004년 반월산단 인근 정점에서 매우 높은 농도로 나타남과 동시에 증가하였으나, 변화폭을 고려할 때 변동은 크지 않다. 아연 역시 연도별로 니켈과 유사한 변화양상을 보이고 있으며, 2003년 이후 약간 증가 한 뒤 지속적으로 농도를 유지하고 있다. 카드뮴은 아연과 유사하게 1997년에서 2003년까지 증가한 뒤 이후 감소하였으나, 농도의 변화폭은 크게 나타났다. 납의 연도별 평균 농도는 2003년 증가한 뒤 현재까지 뚜렷한 증감을 보이지 않았다. 대부분 지역에서 구리, 아연 및 카드뮴은 미국 NOAA의 목표수준(ERL, Effect Range-Low)을 초과했다.