원천연구의 성과 측정은 기술적 성과 중심으로 개편되어야 한다. 원천연구개발의 성과는 재무적인 결과 도출이 어렵고 단기적인 성과를 측정하는 데에 한계가 있기 때문에, 결과론적 성과지표인 특허처럼 기술적 성과를 토대로 성과 달성을 판단해야 한다.
원천연구유형은 다양한 사업으로 분류되어 운영되고 있으나 공통된 성과측정치로 기술적 성과중심으로 전환되어야 한다. 이는 미래성장전략형의 경우 경제적 성과 달성을 우선시하고 있으나 경제적 성과 달성은 장기적, 복합적 요인에 의거 창출되기 때문에 원천연구에서의 결과가 사업화로 바로 연결되는 것을 측정하는 데는 한계가 있다. 기업의 매출액 증가와 영업이익 증가는 재무적으로 측정 가능한 수치이나 연구개발의 성과가 기업의 영업이익으로 귀속된다고 보기에는 무리가 따른다. 왜냐하면 이 과정에서 다른 요인들이 복합적으로 작용할 수 있기 때문이다. 즉 연구개발은 기업가치에 있어 중장기적으로 긍정적 요인으로 작용하고 있으나 단기적인 매출액이나 영업이익 등 기업가치의 증가는 재무비용 중 광고선전비보다 효과기 낮다고 지적하고 있다. 원천연구개발을 통한 기술사업화는 단기에서 측정하기에는 한계가 있을 수밖에 없으며 이에 결과론적 성과지표인 특허에 집중하는 것이 타당하다.