경제사회적 측면의 연구개발 체제 개선은 R&D 기획 관리를 해낼 수 있는 PM 풀을 만들어 인력자원 확보에는 긍정적이었으나 실질적인 체제개선 미흡, 후속연구 부족, 부처별 연구를 담당, 연구 쏠림 현상 발생이라는 점에서 문제점이 있다.
정책적·제도적 지원 측면에서도 여러 가지 미흡한 점이 발견된다. 일례로 직․간접적인 성과와 같은 계량적 측면 이외에 기타 경제사회적 성과 중 하나로 ‘연구개발 체제 개선 성과’를 들고 있는데 사업단 운영체제로 통해 국가 대형 R&D 기획 관리를 전문적으로 수행할 수 있는 PM 풀을 형성하게 되었다는 것을 주요 내용으로 제시하고 있는데(교육과학기술부․연구개발성과지원센터, 2012) 이것은 국가연구개발 기획인력자원 확보 측면에서 의미가 있으나 실질적인 체제개선이 이루어졌다고 보기는 어렵다. 또한 사업 종료 이후에 우수한 평가를 받았고 추가적인 연구가 필요한 분야임에도 불구하고 사업 종료 이후에 후속연구가 부족하고, 또한 진행되고 있는 연구도 부처별로 별도로 진행 및 관리되고 있다는 문제점이 제기되었다. 더불어 특정 연구 쏠림 현상으로 균형적 연구가 부족하다는 의견도 제기된 바 있다.