국민 건강의료보험 체제에서 전산의무기록 자료는 보건정책 활용도를 위한 좋은 자료이다. 보건 의료 자료들은 보건정책을 위해 필요하다. 그러나 각 기관별로 개별 판단에의 해 자료가 제공되어 제대로 된 정보 연계가 이루어지지 못하고 있는 실정이다.
우리나라의 경우 전 국민 건강보험체제에서, 환자의 진료비 청구 자료는 전 국민을 대상으로 한 전산의무기록 자료로, 근거중심의 성과연구와 보건의료 정책 결정에 그 활용도가 매우 높다. 또한 국가에서 많은 예산을 들여 조사하고 있는 통계자료 역시 근거중심의 보건정책을 위하여 소중한 자료이다. 그런데 보건복지부 또는 산하 기관에서 생성한 보건의료 관련 자료원들은 각 개별기관의 고유목적에만 맞춰 운영되고 있어, 타 기관 자료와의 호환성 및 연계 분석 등의 체계가 부재한 상황이고, 국가에서 조사한 자료 역시 실시된 조사 목적 이외에 확대 적용되는 부분에서 많은 어려움을 가지고 있다. 이는 개인정보 보호라는 사회적 요청에 따라, 자료 활용 측면보다는 관리 측면에 운영을 치중하고 있기 때문이다. 이러한 상황에서 정부예산으로 구축된 자료들은 정보수요 측면의 고려보다는 각 기관 개별판단에 따라 자료 제공 여부가 결정되고 있다. 결국 개인정보 보호도 제대로 되지 못할 수 있고, 정책결정자들에게 필요한 정보가 적시에 제공되지 못하는 상황이 발생할 수 있다. 따라서 보건 정책의 근거 개발이 적시에 이루어지기 위해서는 각 기관별로 관리 중인 개별 자료를 연계할 필요가 있다.