기업 입장에서 연구개발 조세지원제도는 연구개발투자 결정에 중요한 영향을 미친다. 설문에 따르면 70% 이상이 지원제도가 실질적 도움되고 폐지, 축소될 경우 투자 축소를 응답하였다. 지원제도 감소로 투자와 혁신 노력을 크게 위축하고 나아가 성장잠재력 저하되는 상황을 피해야 한다.
실제 기업의 입장에서 연구개발 조세지원제도는 연구개발투자에 대한 의사결정에 중요한 영향을 미치는 것으로 확인되고 있다. 기업부설연구소를 보유한 기업24,899개사를 대상으로 한 한국산업기술진흥협회(2013)의 조사 결과에 따르면 연구개발 조세지원제도가 실질적으로 도움이 된다고 응답한 기업은 전체의 76.6%로 나타났고, 연구개발 조세지원제도가 폐지되거나 축소될 경우 기업의 연구개발 활동은 크게 위축될 것으로 예측되었다. 연구·인력개발비 세액공제제도가 폐지되는 경우 기업의 72.4%는 연구개발투자를, 62.2%는 연구인력을 축소시킬 것이라 응답하였고, 연구개발 설비투자 세액공제가 폐지되는 경우 연구개발투자와 인력을 축소시키겠다고 응답한 기업은 각각 65.2% 및 50.6%로 나타났다. 특히 연구개발 조세지원제도가 폐지되거나 축소될 경우 중소기업보다는 대기업의 투자 위축이 더욱 심각해질 것으로 전망하고 있다. 물론, 이러한 조사가 기업이 그 동안 받아온 세제혜택을 잃지 않고자 하는 입장이 강하게 반영되어 있기는 하지만, 연구개발 조세지원을 갑자기 줄여 민간의 연구개발투자와 혁신 노력을 크게 위축시키고 나아가 중장기적 성장잠재력을 저하시키는 상황은 피해야 할 것이다.