농신보는 정책관리부처가 금융위원회로 되어 있는데, 농업부문의 신용보증정책을 강화하기 위해서는 농업정책을 담당하는 부처가 관리해야 하므로 농업정책과 신용보증정책의 연계성이 필요하다.
농신보는 농어업발전을 위한 신용보증 역할을 담당하는 중요한 정책수단이지만 정책관리부처가 금융위원회로 되어 있다. 농신보 신용보증기관의 건전성 관리, 금융시장의 시스템 안정을 위하여 금융위원회가 총괄관리하고 있다. 농업부문의 신용보증정책을 강화하기 위하여 농신보의 관리를 농업정책을 담당하는 부처가 담당하여야 한다는 요구가 있다. 농신보의 정책결정기관인 금융위원회는 금융시스템의 안전성 측면에서는 효과적이고 전문성이 높지만 농업발전전략에 대한 전문성은 부족하다. 농업발전을 위해 필요한 신용보증의 역할이 무엇인지에 대한 정책적 인식이 낮아 제도개선에 소극적일 수 있다. 농업정책과 신용보증정책의 연계성을 강화하는 것이 필요하다.