소나무재선충은 세균을 갖고 있는데 무균 상태로 한 것은 병이 나타나지 않고 세균을 동반하였을 때만 병이 나타났다. 또 세균 중 일부는 독소를 만들고 이의 영향으로 가지가 시들었다. 결과적으로 나무의 고사는 소나무재선충과 공생하는 세균이 독소를 배출하기 때문으로 나타났다.
Zhao등(2000)은 소나무재선충의 외표피에 붙어있는(attached) 세균들을 주사형전자현미경으로 관찰하였으며(그림 1), Guo 등(2002)은 소나무재선충 1마리당 약 290마리의 세균을 동반(carried)하고 있다고 발표하였다(그림 2). Han등(2003)은 소나무재선충으로부터 Pseudomonas 속 2종 세균을 분리하고 무균 소나무재선충을 접종한 소나무 callus와 곰솔 묘목에서는 병이 발생하지 않은 반면에 무균 소나무재선충과 세균을 접종한 소나무 묘목에서는 심한 병징이 발생하였으며, 세균 배양액을 곰솔 묘목과 callus 에 접종하였을 때에는 갈변 현상이 발생하였다고 보고하였다(표 1). Zhao 등(2003)은 병꽂이 한 곰솔 가지를 세균배양(28℃, 48시간) 추출물에 담가 12일 내에 가지가 시들면 생산된 독소에 의한 결과라는 기준으로 bioassay를 수행하였으며, 소나무재선충으로부터 분리한 24종 세균 중 17종이 독소를 생산하였으며, 그 중 11종이 Pseudomonas속에 속한다고 발표하였다(표 2, 3). 이상의 결과들은 소나무재선충병의 병징 발현에는 세균이 관여하고 있으며, 소나무재선충에 감염된 나무의 고사는 소나무재선충이 운반(carried)하는 공생 세균이 분비한 독소에 기인한다는 것을 뒷밭침하고 있다.