시화호 종합관리계획을 원활히 시행하고자 시화호 관리위원회를 설치했으며, 그 산하에 실무협의회와 전문위원회 및 사무국을 설치해 통합 해양환경관리의 토대를 마련했다. 
시화호 종합관리계획의 원활한 시행을 위하여 국무총리훈령에 근거한 ‘시화호 관리위원회’가 설치되었다. 시화호 관리위원회 산하에는 본 위원회에 상정되는 안건을 사전에 협의하기 위해 실무담당자들로 구성된 ‘실무협의회’와 안건의 전문적 검토와 자문을 위한 ‘전문위원회’가 설치되었다. 관리위원회와 산하 위원회를 상시적으로 지원하기 위한 ‘사무국’도 설치되었다. 중앙부처, 지방자치단체, 관계기관, 민간단체, 전문가 등으로 구성된 시화호 관리위원회는 관련기관 간의 역할을 조정하고 민·관·산·학이 협동하여 계획을 수립·시행하도록 함으로써 시화호 통합 해양환경관리를 위한 토대를 제공하는 데 크게 기여했다.