뇌졸중으로 병원입원치료를 받을 때 상병명, 진료내역, 환자상태 등을 참고하여 건강보험심사평가원의 자문을 받아 입원료와 의학관리료를 조정하고 있다. 이 내역 없는 장기 입원시 이가 삭감될 수 있어 퇴원이나 타 병원으로 이송되는 경우가 있을 수 있다. 상급병원에서의 입원의 경우, 국민건강보험공단에 급여제한여부조회를 신청하면 입원지속에 따른 국민건강보험 적용 여부를 심사받을 수 있다.
뇌졸중으로 인해 병원입원치료를 받을 경우, 장기 입원에 관한 고시나 기준으로 정해진 것은 없다. 다만 ‘국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙’ 중 일반기준 제5조(입원진료의 범위)에 ‘입원은 진료상 필요하다고 인정되는 경우에 적절한 기간에 한하며, 단순한 통원불편, 간병인력부재 등의 사유로 입원지시를 하여서는 아니된다’라는 기본 정의에 의거, 상병명, 진료내역 및 환자상태 등을 참고하여 개별 진료 사례에 대해 입원료 및 의학관리료에 대해 건강보험심사평가원의 전문 심사의원의 자문 등을 통해 심사 조정하고 있다. 여기에서 참고하는 것은 의사의 진료경과기록지상 환자상태변화에 대한 경과 기록이나 특별한 처치 내역 등이다. 따라서 이에 대한 내역이 없이 장기 입원하게 되면 삭감이 될 수 있어 퇴원을 하거나 타 병원에 이송을 하게 하는 경우가 있을 수 있다. 상급종합병원에서 입원을 지속할 경우 병의 호전상태에 따라 급여비용이 삭감되는 경우가 있을 때 국민건강보험공단에 급여제한여부조회를 신청하여 입원지속에 따른 국민건강보험 적용 여부에 대한 심사를 받을 수 있다. 의료급여의 경우에는 뇌졸중 및 재활치료를 포함한 대부분의 질환에 대해서 요양급여일수의 상한이 있는데, 인체면역결핍증바이러스 질환(상한일수 제한없음), 희귀난치성질환과 정신 및 행동장애(각 질환별로 연간 365일)를 제외하고 모든 질환의 의료급여 일수를 합하여 연간 365일을 넘을 수 없다(의료급여법 시행규칙 제8조의 3).