사례분석에서 살펴보면 개별  R&D사업들의 목표가 불명확하고, 맥랑성도 낮다. 이는 모호하고 포괄적인 정책목표 중심으로 사업이 구성되어 있기 때문이다. 그 걸과 국가적 컨트롤타워가 부재하여 많은 조정비용이 발생할 수밖에 없으며, 정량적 평가에 의존할 수밖에 없다. 또한 R&D 포트폴리오 관리도 불가능하게 되어서 이는 융합적 연계구조를 체계적으로 설계하는 것에도 한계를 제공한다.
사례분석에서 논의된 당뇨와 심장병의 경우에서 살펴본 바와 같이, 개별 R&D사업들의 목표가 명확하지 않고 연구개발 추진의 분야내 일관성 즉 R&D 맥락성도 낮다. 왜냐하면 R&D사업의 구성이 당뇨와 심장병 등과 같이 문제해결 중심으로 조직화되기 보다는 바이오, 선도, 첨단융합, 글로벌, 지역특화, 만성병, 질환극복 등 다소 모호하고 포괄적인 정책목표 중심으로 조직화되어 있기 때문이다. 즉, 특정 문제 해결을 위해 R&D사업을 체계적으로 조직화하기 보다는 대부분 연구자들의 자발적 연구과제 제안에 의존한 산발적이고 무작위적으로 조직화되고 있다고 볼 수 있다. 그 결과 특정 문제해결 영역의 미시적 수준에서의 국가적 컨트롤타워가 부재한 실정인 것이다. 과정적으로 많은 조정비용이 발생할 수밖에 없으며, R&D사업의 일관성과 동질성이 낮기 때문에 정성적이고 질적인 평가보다 논문과 특허 중심의 정량적 평가에 의존할 수밖에 없다. 또한 R&D 포트폴리오 관리도 거의 불가능하게 되는데, 예를 들어 당뇨와 심장병의 사례에서 총 보건의료 R&D 대비 당뇨, 심장 투자 비중의 적정성 및 당뇨 R&D투자 대비 심장병 R&D투자 비중의 적정성 등의 관리가 어렵고 연구 중복 가능성도 높다. <표 2-8>은 이를 요약하여 나타낸 것이다. 그리고 이러한 혼란스럽고 비 일관적인 R&D 사업구조는 R&D사업들 간 융합적 연계구조를 체계적으로 설계함에 있어서도 근본적인 한계를 제공한다.