정부 연구개발사업구조는 한정된 자원이 적합하게 사업에 나눠질 수 있게 구조를 만드는 것이 중요하며 사업들의 구성은 적합한 맥락적 관계 하에 형성되어야 한다. 
이와 같이 정부 연구개발사업구조는 제한된 자원의 투자 효율성과 투자된 자원의 연구개발 생산성이라는 두 가지 목표를 동시에 달성해야 한다. 즉, 상위 구조에서는 제한된 자원이 목적 적합하게 합리적으로 사업들에 배분될 수 있도록 구조를 형성하는 것이 중요하며, 하위 구조에서는 사업들의 구성이 맥락적 적합성을 토대로 적정 영역에서 적정 구성이 이루어져야 한다. 이처럼 정부 연구개발사업구조는 일차적으로 자원의 제한성 즉, 한정된 예산 규모의 목적 적합한 배분 구조에 의해서 기본적인 사업구조가 형성되며, 세부사업 및 과제들 간의 맥락적 관계 구조에 의해서 세부사업구조가 형성된다. 그래서 전자는 투자의 효율성을 후자는 연구개발 생산성을 지향한다.