정부추진사업을 수행하는 개량기관으로는 농협중앙회, 한국종축개량협회, 한돈·양돈협회 등 축종별 생산자단체(협회), 축산물품질평가원 등이 있다.
농협중앙회, 한국종축개량협회, 축종별 생산자단체(협회), 축산물품질평가원 등이 개량기관으로서 정부추진 사업에 각자의 역할을 담당하고 있다. 이들 개량기관은 기관별 특징에 따라 종축등록, 검정사업을 추진하고 있는데 농협중앙회는 종축검정기관으로서 한우와 젖소에 대한 당대 및 후대검정사업을 주도하고 있다. 한국종축개량협회는 종축등록 및 검정기관으로서 한우, 젖소, 돼지의 혈통관리 및 심사, 돼지 농가검정, 유우군 능력검정 사업을 담당하고 있다. 한돈협회와 양계협회는 돼지와 닭의 검정소 검정을 담당하고 있다. 축산물품질평가원은 개량사업 가축에 대한 도축 후 도체 및 육질 정보를 제공하고 있다.