부담금 부과대상에 포함되지 않은 품목들 때문에 환경개선효과가 떨어지고 있다. 또한 이중부과, 신제품 부과여부, 최종제품 부과대상 여부에 대한 모호성의 문제가 있어 법률 개정이 필요하다.
그 뿐만 아니라 부과대상품목이 적어 환경상 문제를 야기할 수 있는 품목이 있음에도 불구하고 그 품목을 부담금부과대상에 포함하지 않아 환경개선효과가 떨어질 뿐만 아니라 기존 품목들의 반발을 유발하고 있다. 이를 개선하기 위해 현실을 반영할 수 있는 발빠른 법률 개정이 요구된다. 또한 플라스틱부담금의 경우 일부는 중간재에, 일부는 최종제품에 부과하여 이중부과의 문제뿐만 아니라, 폐기물부담금제도가 원료가 아닌 최종제품에 부과하는 것이 부과대상인 최종제품 여부에 대한 모호성으로 인해 부과 공백이 발생하고 신제품 부과여부에 대한 형평성 문제를 지적하고 있다. 이를 개선하기 위해 현실을 반영할 수 있는 발빠른 개정이 요구된다.