어업구분과 관련해 어업경영체 등록자료와 농림어업총조사는 어법을 구분하는 기입법이나 세부분류체계 등이 서로 상이하며 작성 방법도 다르다.
둘째, 어업구분(또는 어법)과 관련해서는 어업경영체 등록자료는 연안, 근해, 정치망, 내수면 등으로 구분하여 기입하는 반면 농림어업총조사는 세부적으로 해수면 어법종류 및 부호표에 따라 기입하고 있으며, 어법종류는 농림어업총조사는 내수면과 양식어업은 별도로 수집하고 어로어업만 근해어업, 연안어업, 구획어업, 정치망, 맨손어업, 나잠어업, 기타어업으로 구분하여 어획량 순서로 3순위까지 선택기입하나, 어업경영체 등록자료는 정치망어업, 양식어업, 근해어업, 연안어업, 구획어업, 신고어업, 내수면어업으로 구분하고 각각에 대하여 세부적으로 수집하여 이들의 세부분류체계가 서로 상이하며 작성방법도 다르다.