보건복지부는 진료정보교류의 기반 구축을 위해 인센티브 제도를 고려하고 있는데 이는 두 가지로 나뉜다. 첫 번째는 거점 중심 의뢰-회송 진료 정보교류에 대한 수가로 참여기관에 각각 수가를 지급하는 것인데, 의료기관에 집중된다는 단점이 있다. 두 번째는 수가를 2단계로 구분해 지급하는 것인데, 이로써 전체 환자의 진료정보요약지를 생산할 수 있게 된다. 
현재 보건복지부에서는 진료정보교류의 기반 구축을 위한 인센티브 제도를 고려하고 있다. 현재의 수준은 의료 서비스의 질을 반영하여 수가체계를 개선하는 단계는 아니지만 우선은 진료정보교류의 참여를 촉진하고 모든 환자에 대한 전자의료정보를 생성하는 것에 의의를 두고자 하는 것으로 판단된다. 고려 중인 인센티브 제도(안)은 두 가지로 나뉜다. 첫 번째는 인센티브 지급 요건을 충족시키는 거점 중심 의뢰-회송 진료 정보교류에 대한 수가를 지급하는 방안이다. 표준 기반의 거점(상급종합병원)과 병의원을 연결하여 진료정보교류 시스템을 구축하고 인센티브제 성과 기준을 충족시키는 참여기관(의뢰기관과 진료기관)에 각각 수가를 지급하는 것이다. 이러한 방안은 진료정보 교류가 많은 의료기관에 인센티브가 집중될 수 있다는 문제점이 있다. 두 번째 방안은 수가를 2단계로 구분하여 지급하는 것이다. 1단계는 의료기관에서 발생하는 모든 진료에 대해 진료정보교류가 가능한 표준 기반의 진료정보요약지를 생성할 경우 모든 환자에 대해 기본진료료의 금액을 가산하여 지급한다(EHR 수가). 2단계는 인센티브 지급요건을 충족시키는 의뢰-회송 진료정보교류에 대하여 수가를 지급(HIE 수가)하는 것이다. 이 방법은 단계적으로 확장이 가능하며 전체 환자에 대한 진료정보 요약지를 생성할 수 있다는 장점을 가진다(박하영, 2016.11.4.).