환경오염의 처리는 처리용 제제와 처리시설로나뉘는데, 새롭게 등장한 생분해·생물복원 개념은 적은비용과 높은 효과에 비해 처리시간이 오래걸리며, 환경처리용 제제는 화학약품과 생물학적 제제로 나뉘는데 후자가 더 우수한 방법으로 꼽힌다.
환경오염의 처리는 크게 처리용 제제와 처리시설으로 나눌 수 있다. 과거 환경오염의 처리는 고정화, 매립, 열처리, 용매처리 등의 물리, 화학적 처리에 국한된 반면 현재에는 생명공학의 발달과 함께 생분해를 통한 오염물질의 제거 또는 생물복원(Bioremediation)의 개념까지 등장하였다. 이는 물리, 화학적 처리에 비해 비용이 적게 들고 낮은 농도도 효과적으로 처리할 수 있다는 장점이 있지만 처리 시간이 오래 걸린다는 단점이 있다. 토착 미생물 군집, 생물증대, 유전자조작 미생물의 첨가, 식물을 이용한 정화 등이 대표적이다. 환경처리용 제제는 화학약품과 생물학적 제제로 구분할 수 있는데 수질이나 토양오염을 처리하는 데 쓰인다. 미생물을 이용한 생물학적 제제는 오염원의 처리속도가 빠르고 효율이 높으며 생산원가가 낮아 화학약품에 비해 더 우수한 방법으로 꼽히고 있다.