사축처리센터는 고정된 장소에서 동물사체과 관련된 업무를 진행하기에, 다양한 문제가 발생될 수 있다. 주민 민원문제는 시설의 추가를 해결할 수 있을 것이다. 이동형 시설은 처리과정에서 발생되는 쓰레기 문제가 있는데, 이는 1차 적환장의 개념과 비슷하기에 이를 기반으로한 해결책을 설정할 수 있다. 
사축처리센터는 기본적으로 일정 장소에 시설을 갖추고 해당장소에 동물사체 또는 1차 처리된 동물사체 잔여물을 받아 처리하는 시설이 된다. 따라서 고정된 시설이기 때문에 사체 이동에 따른 질병의 확산 위험성, 관리부실 위험성, 주변 지역주민의 님비현상 등이 상당히 문제가 될 수 있을 것이다. 최적의 위치를 찾는다 하더라도 해당 시설로의 운송문제가 중요한 이슈가 될 수 있으며 운송비도 상당한 부담이 될 수 있으므로 주민 민원문제는 이러한 사축처리시설을 기존 환경기초시설에 추가하면 해결할 수 있을 것이다. 또한 소규모 사용종료 매립지에 건설하는 방안도 고려할 수 있다. 이동형 시설의 경우 간편히 처리할 수 있는 장점이 있으나 처리 용량이 한정되어 있고 부산물의 처리가 곤란하며 처리과정에서 발생하는 오염물질에 대한 대응이 어렵다. 이러한 사축처리센터의 개념은 쓰나미와 같은 재해상황에서 발생하는 재난폐기물 처리과정에서 제기되는 1차 적환장(transfer station)의 개념과 유사하다. 산재된 재난폐기물을 수집하고 분류, 전처리 후소각, 매립과 같은 후속 연계처리를 위한 임시시설물을 설치하는 것이 논리적이며, 사축의 경우 이러한 감염사체의 발생량과 발생주기에 대한 예측에 근거하여 시설물의 용량과 기능을 설정해야 한다.