전략환경평가 시행 시 단시일 내에 해결하기 어려운 문제들이 있는데, 의견을 수련해 친환경적인 대안이 제시되어도 이는 선택지 중 하나일 뿐 실제로는 현실적 대안이 더 선호된다. 더불어 국내 환경평가 전문가들은 종합적이고 체계적인 평가 수행 경험이 부족하다. 
전략환경평가 시행에 있어서 평가를 위해 필요한 기초자료(경기예측과 수요전망, 현재 수준, 환경수용력 등), 국가 및 지방자치단체 공무원의 환경 분야 전문성 및 제도 운용 의지, 전략환경평가 수행을 위한 계획가의 능력 등 단시일 내에 해결하기 어려운 요인들이 존재하고 있다. 계획가와 환경전문가들의 평가, 주민 의견수렴 등의 과정을 거쳐 친환경적인 대안이 제시된다 하더라도 이는 의사결정권자가 고려할 수 있는 선택 중 하나일 뿐 실제 의사결정은 정치적, 경제적인 이유로 인하여 친환경적인 대안보다는 현실적 대안이 선호되는 경우가 많다(환경부, 2007b; 환경부, 2008b). 개별 사업 단계에 비해 정책, 계획, 프로그램에 대한 제안은 광범위한 지역에 걸쳐 상대적으로 더 많은 잠재적인 영향이 있기 때문에 이러한 영향에 대한 종합적인 조사와 분석‧평가가 요구되지만 국내 환경평가 전문가들은 종합적이고 체계적인 분석을 통한 환경평가를 수행한 경험이 부족하다(노부호, 2010).