대학은 경영·인재 시스템 강화를 위해 개혁을 하고있다. 탁월연구원제도로 연구자를 육성·활용하고, 인사시스템 개혁, 경영 투명화, 경영 인재 육성·확보, 민간기업 공동연구와 연구수탁을 꾀하고 있다.
과학기술을 통한 이노베이션 창출에 중요한 역할을 하고 있는 대학은 경영, 인재 시스템 기반을 강화 하기 위해 개혁을 추진하고 있다. 대학내 인재, 지식, 자금을 보다 효율적으로 추진하기 위해 젊은 연구자의 육성 및 활용을 촉진하기 위한 “탁월연구원제도(卓越研究員制度)”를 추진하고 있다. 국립대학 법인의 경우 각 지역 국립대학의 자립 강화와 특색을 최대한 살리기 위한 기능강화와 대응을 추진하고 있다. 이를 위해 인사종합시스템 개혁, 대학경영의 투명화, 경영과 관련된 인재의 육성 및 확보, 민간기업과 공동연구 및 수탁연구의 확대에 의한 재정기반 강화를 추진하고 있다. 또한 ‘지정국립대학법인’을 창설하고 ‘탁월한 교육연구활동추진’을 지원한다(문부과학성).