2000년 단일 건강보험 조합이 생겨났으나 국고지원에 대한 구체적 제시안이 없었고, 의약분업으로 인한 과도한 수가인상 등 보험지출이 크게 증가하여 재정 위기를 맞았다. 이를 회복하고자 2007년까지 한시적으로 국민건강보험재정건전화특별법을 시행하여 일반회계 및 국민건강증진기금으로부터 국고지원을 넓혀 받을 수 있도록 하였다.
2002년부터 2007년까지는 한시적으로 재정건전화특별법이 시행되면서 국고지원이 확대된 시기이다. 2000년 7월, 139개의 직장의료보험이 지역의료보험과 통합되면서 단일 건강보험 조합이 탄생하였다. 2000년 7월 시행된『국민건강보험법』제67조 3항에서 “국가는 대통령령이 정하는 바에 의하여 예산의 범위 안에서 지역가입자가 부담할 보험료의 일부를 부담할 수 있다”고 규정하였으나, 국고지원 규모 및 지원방식이 구체적으로 제시되지 않아 국고지원에 대한 논란이 계속되었다. 또한 같은 시기에 의약분업을 실시하면서 무리한 수가인상 등으로 인해 보험지출이 크게 증가하여 건강보험 재정이 위기를 맞게 되었다. 따라서 건강보험 재정건전성을 회복하고자 2002년 1월, 『국민건강보험재정건전화특별법』을 제정하였는데, 동 법에 따르면 건강보험에 대한 국고지원을 일반회계에서 뿐만 아니라 담배부담금으로 조성된 국민건강증진기금으로부터 지원을 받을 수 있도록 국고지원을 확대하였다. 또한 동 법 제15조에서 국가지원 규모 및 방식을 명시하였는데 국고지원 규모는 지역보험 재정의 50%이고 이 중 40%p는 일반회계에서, 10%p는 건강증진기금에서 지원(2005년 지원율을 35%p, 15%p로 조정)하도록 규정하였다.