농림어업총조사의 자료수집은 방문면접조사에 의한 강제조사이고,농업경영체등록자료는 융자보조금 받으려는 자의 등록의무이다. 두 자료의 차이는 융자보조금 등의 지원정도에 있다고 할 수 있다.
농림어업총조사의 자료수집단위 구축방법은 통계법에 의해 강제되어 조사기준에 맞는 모든 자료수집단위를 자료수집단위별로 빠짐없이 방문면접으로 조사표를 통한 현장 조사를 실시하여 구축하고 있다. 반면에 농업경영체 등록자료는 농어업․농어촌에 관련된 융자․보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체가 농어업경영정보를 등록함으로써 자료 수집단위를 구축하고 있다. 따라서 자료수집단위 구축방법상의 차이점은 농림어업총조사는 자료수집단위를 누락없이 강제조사하는 것이고, 농업경영체등록자료는 융자․보조금 등을 지원받으려는 자에게 등록의무를 부과하는 것이며, 그 결과 두 자료의 차이는 융자․보조금 등의 지원 정도에 달려 있다고 할 수 있다.