단계별 평가는 투자 효율성의 문제와도 직접적으로 연계되는데, 단계별 목표를 제시하고 이를 달성하지 못하는 연구개발 기관은 탈락시켜 최종적으로 가장 성공 가능성이 높은 연구개발 기관에 집중적으로 투자하는 것이다.
단계별 평가는 투자 효율성의 문제와도 직접적으로 연계된다. 전략적 차원에서 단계별 목표를 제시하고 이러한 목표를 달성하지 못하는 연구개발 기관은 탈락시킴으로써 최종적으로 가장 연구개발의 성공 가능성이 높은 연구개발 기관에 집중적으로 투자하는 것이다. 예를 들어 PCP 사업을 위한 컨소시엄 결성 후, 다수의 연구개발 기관과 계약을 맺어 소규모의 예산을 투자하여 가능성을 탐색한다(1차 평가). 이후 2차 평가, 3차 평가 등을 통해 성공 가능성이 높은 기관에 예산을 집중 투자하는 형태로 사업을 진행한다.각 단계별 평가에서 요구되는 목표를 제시하고 이 목표를 달성하지 못하는 기관의 경우 탈락시키게 된다. EU의 경우 최종 단계에 최소한 2개 이상의 연구개발 기관이 남아 있어야 함을 규정화하고 있으며, 최소한 최초 계약 시 8개 이상의 연구개발 기관과 계약을 추진하여야 경쟁의 효과를 제고할 수 있다고 정책적으로 판단하고 있다.