R&D 투자를 위해서 H/W와 S/W의 조직화를 통해 맥락이 만들어져야 한다. 이들은 아키텍쳐와 거버넌스를 뜻하며, 전자는 주로 문제해결의 구조를 설계하고 후자는 분야내와 분야간 문제를 다룬다.
[그림 2-1]은 R&D 조직화를 위한 논리 모형을 나타낸다. R&D 투자의 생산성 향상을 위해서는 R&D 투자의 H/W와 S/W가 올바르게 설계되어 문제해결 중심의 역동적 조직화, 즉 연구개발의 맥락성(context)이 형성되어야 한다. 앞에서 언급한 바와 같이 H/W는 R&D 아키텍처, S/W는 R&D 거버넌스를 의미한다. R&D 아키텍처는 1차 단계에서 ‘적정’하게 정의된 문제해결 중심의 사업구조를 설계하는 문제 그리고 2차 단계에서 정의된 문제들간 연계를 위한 융합적 사업구조를 설계하는 문제를 포함한다. 그리고 R&D 거버넌스는 1차적인 “분야내”에서의 일관성 확보 문제와 2차적인 “분야간” 거시적 수준에서의 조정 문제를 포함한다.