국내 의사과학자 양성 교육과정은 2009년도 의학전문대학원 내 MD-PhD 과정이 신설되면서 시작되었다. 그런데 서울대와 연세대 등이 다시 의과대학 제도로 회귀를 선언하면서 유명무실한 제도가 되었다.
국내 의사과학자 양성 교육과정이 공식적으로 시작된 것은 2009년도에 의학전문대학원과 한국연구재단이 의학전문대학원 내 MD-PhD 과정을 신설하면서 부터이다. 출범당시 연세대학교 의학전문대학원에 5명의 학생이 MD-PhD 과정에 지원하였고, 여타 다른 의학전문대학원 또한 학생을 모집하기 시작하였다. 당시 한국연구재단은 이 과정에 국비지원을 약속하였고 실제로 2011년 기준으로 연 4억 원의 재정을 투입하였다. 그런데 문제는 2010년 서울대와 연세대 등이 의학전문대학원 제도에서 다시 의과대학 제도로의 회귀를 선언함에 따라 한국연구재단이 관련 지원금을 중단해버리는 사태가 발생하였다(전용성 외, 2016). 이로 인하여 MD-PhD 과정은 유명무실한 제도가 되었다.