농림어업총조사와 어업경영체 등록자료는 어획품종, 양식방법·면적 및 양식품종, 양식방법 측면에서 차이가 있다.
셋째, 어획품종은 농림어업총조사는 어로어업의 어획품종을 전체적으로 5순위까지 작성하나, 어업경영체 등록자료는 어로어업 중 어선을 사용한 어로어업의 경우 어선별로 어획품종을 기입한다. 그리고 양식방법․면적 및 양식품종은 농림어업총조사에서는 양식품종별로 양식방법과 양식면적을 수집하는 반면에, 어업경영체 등록자료는 양식시설 소재지별로 어장면적을 산출한 후 양식어종을 별도로 파악하고 있다. 양식방법 측면에서 농림어업총조사는 가두리식, 부류식, 살포식, 수조식, 연승식, 지주식, 축제식, 투석식, 기타로 분류하나, 어업경영체 등록자료는 해상가두리, 육상수조식, 축제식, 기타로만 분류하고 있다.