5개의 사업단이 품목에 따라 나뉘어 있는 것을 빼면 거의 유사한 업무를 수행하기에 예산과 업무 중복의 우려가 있다. 사업단은 필요하거나 공통적인 사항은 다른 사업단, 센터와 공유해 업무를 중복처리 하는 일을 피해야한다.
사업단별 조직도를 살펴본 결과 공통적으로 과제기획․선정․평가․관리․협약, 연구 운영지원, 성과관리, 예산 및 운영비 관리, 홍보 관련 업무 수행 중이다. 품목에 따라 5개 사업단이 나누어져 있는 것을 제외하고 거의 동일한 업무를 수행함에 따라 굳이 5개 사업단을 별개로 운영하는 것은 사업단 예산뿐만 아니라 업무 중복 등에 대한 우려가 있으며, 이는 예타 결과 확정된 목표지향적인 2개 사업단에서 5개 사업단으로 늘린 것에 대한 타당한 사유가 필요할 것으로 판단된다. 사업단은 각 과제 관리 및 기업 관리나 면밀하게 해서 최종 목표 달성을 경주하는 데 노력을 기울일 필요가 있으며, 과제 추진에 있어 필요사항이나 공통적으로 필요한 건 사업단 간 및 센터와 공유하여 사업단마다 개별적으로 유사한 내용을 추진하는 일은 지양될 필요가 있다.