검체는 전처리하여 잔류분석용 검체를 만든다. 대부분 분석 때까지 검체를 보관하는 경우가 빈번하므로 검체 보관 시 최소 -20℃ 이하의 냉동조건이 필요하며, 보관용기는 분석이 가능하다고 확인된 재료의 용기를 쓸 수 있다. 
실험실에 도착한 검체는 원칙적으로 즉시 전처리하여 잔류분석용 검체를 조제한다. 식용으로 사용되는 가식부를 위주로 하나 분석 부위와 반드시 일치하는 것은 아니라는 점을 유의한다. 전처리한 분석용 검체에 대하여 즉시 잔류분석과정을 수행하는 것이 가장 바람직하지만 대부분 현실적으로 가능하지 않기 때문에 분석 시까지 검체를 보관하는 경우가 많다. 검체를 보관하는 경우에는 보관기간 중 분석성분의 분해를 방지하기 위하여 최소한 -20℃ 이하의 냉동조건을 유지하여야 하며, 특히 동물체내 효소에 의한 분해를 방지하기 위해서는 -70℃ 이하의 초저온 보관도 필요하다. 보관용기는 500∼1,000 mL정도의 유리용기가 바람직하나 파손의 우려가 있을 경우 분석에 방해가 되지 않는다고 확인된 재료의 다른 용기 (polyethylene bag 등)도 사용 가능하다.