김치 분야 연구운영지원비는 식품(연)과 그 부설기관인 김치(연)에 투입되었다. 3년 간의 투입 내역과 연구 외 기획, 추진한 주요사업 분야가 비슷하다는 점을 들어 두 기관의 연구 지원비 사용 내역을 분석하였는데, 결과적으로는 사업 추진 내용 대부분에 차별성이 있다고 판단하였다.
김치분야 R&D 대표사업 중 1,2위로 투입이 이루어지며, 출연(연)의 연구운영비지원성격으로 지원되는 사업은 김치(연)과 식품(연)의 연구운영비지원사업뿐이며, 김치(연)이 식품(연)의 부설기관이므로, 두 기관 간 투입 차별성이 있는지 검토할 필요가 있다. 2013~2015년 누적 투입현황을 기준으로 분석해 보면, 김치(연)과 식품(연)의 집중 투자영역, 사업내 비중 등이 대체로 유사한데, 연구개발단계와 관계없이 식품 및 소재개발 분야의 바이오신소재기술, 식품가공분야의 발효핵심기술, 인프라 분야의 산업지원, 기업지원 부분에 대하여 양 기관에서 모두 주요사업으로 기획·추진한 것을 알 수 있다. 다만, 시계열적인 투입차이가 있는지, 세부내용에의 연계성 또는 차별성이 있는지를 면밀히 검토하기 위하여 연차별로 세부과제 내용을 분석한 결과, 식품 및 소재개발분야(바이오신소재), 인프라(산업지원, 기업지원)영역 만이 동 기간 내에 투입이 이루어져, 대체로 기관 간 추진 내용에 차별화가 진행되고 있는 것으로 판단된다. 산업지원 및 기업지원 영역이 중복적으로 투입되었으나, 해당산업 전반을 견인함과 동시에 지원하는 것은 출연(연)에 부여된 중요한 임무이므로, 양 기관 모두 활성화 할 필요가 있다. 단, 향후 김치(연)의 전문화와 김치산업 내에서의 역할과 입지 강화를 위하여 김치(연)에서 주도하는 양상의 기관 간 협력체계를 이루어야 할 것이다.