비료부터 대기오염물질까지 포괄적인 범위를 가지는 비점오염물질은 확산과정을 예측할 수 없다. 또한 이들을 통한 오염은 강우유출에도 직간접적인 영향을 미친다. 대기에서는 많은 오염물질을 통해 수체에까지 영향을 미친다. 
비점오염물질에는 농지에 살포된 비료 및 농약, 토양 침식물, 축사 유출물, 도로의 오염물질, 도시지역의 먼지와 쓰레기, 동·식물의 잔여물, 대기오염물질의 강하물 등이 모두 포함된다. 주로 강우 시에 유역으로부터 다량의 비점오염부하가 수체에 유입되는 경향이 있는데, 비점오염원(nonpoint source)은 도시, 도로, 농지, 산지, 공사장 등 불특정 장소에서 불특정하게 수질오염물질을 배출한다. 비점오염원으로부터의 오염물질 배출은 강우유출 과정과 직간접적으로 연관되어 있어 정확한 배출경로를 확인하기 어렵고, 오염물질의 배출이 시공간적 으로 변동하는 특징을 갖는다. 대기를 통해서는 질소영양염, 황산 염, 칼슘을 비롯한 다양한 오염물 질이 침착되어 수체에 유입된다. 부영양화가 빈번히 발생하는 유럽의 북해 연안과 미국 체사피크만, 왓킷만 등 연안에서는 대기로부터의 질소영양염 유입이 20~40%에 이르는 것으로 알려져 있다.