경제 전환기에는 직접재정지원과 간접재정지원의 균형이 중요하다. 직접재정지원은 연구개발 선택에 주된 영향을 미치고 간접재정지원은 단기적 응용연구 개발을 대상으로 한다. 따라서 총 지원혜택을 종합적으로 검토한 후 재정지원수단간 적절성과 효과성을 감안해 지원해야한다.
경제 전환기에 있어서는 경기 상황에 따라 혁신을 촉진할 직접재정지원 수단과 간접재정지원 수단을 효과적으로 균형을 잡아 운영하는 것이 중요하다. 연구개발에 대한 직접재정지원 수단은 정부와 연구개발/혁신 지원기관이 높은 잠재적인 사회적 수익이 개대되는 특정 프로젝트에 직접 목표를 지워 운영하는 방식으로서 정부의 재량적 의사결정이 연구개발의 선택에 주된 영향을 미친다. 연구개발에 대한 간접재정지원 수단은 연구개발 지출의 한계 비용 감소와 기업 자율의 선택에 주안점을 두게 되고 정부의 직접재정지원 수단이 보다 장기적인 연구개발을 대상으로 하는데 비해 단기적인 응용연구와 개발을 주로 지원대상으로 한다. 이러한 연구개발 재정지원 수단 운영의 정책 Mix는 국가별로 차이가 있을 수 있으나, 지원의 대상주체와 지원 분야의 포트폴리오(portfolio)에 대해 연구개발에 대한 직접재정지원 수단과 간접재정지원 수단이 제공하는 총지원 혜택을 종합적으로 검토한 바탕 위에서 지원의 대상 주체와 지원 분야의 포트폴리오에 대한 재정지원수단간의 적절성과 효과성을 감안하여 정해지는 것이 바람직하다.