본 연구는 대학에서 근무하는 연구자를 대상으로 하지만, 공공 부문 과학 연구의 주체인 출연연 또한 논의에서 배제할 수 없다. 특히 대학과 비교했을때 조직과 연구팀 중심의 연구 진행, 교육 의무의 유무 등 유의미한 차이가 연구의 자율 및 책임성에 어떤 영향을 줄지 흥미롭다.  
앞서 논의한 바와 같이, 학문의 자유에 대한 지금 까지의 학술적 논의들은 기관 차원의 자율을 기관장 선임이나 의사 결정 기구의 구성, 예산과 인력 운영 권한 등을 중심으로 하고 있다. 대다수 국가에서 대학에게는 운영 자율성을 최대한 인정하고 보장하고 있으며, 특히 사학이 절대 다수를 차지하고 있는 우리나라의 경우, 각종 사업에서의 평가를 통한 예산 배분 이외에 대학 운영에 대한 정부의 개입은 최소한에 그친다. 이 연구에서의 분석도 학문의 자유에 대한 역사적 배경으로부터 출발하여 주로 대학에 근무하는 연구자를 대상으로 하지만, 연구의 자율과 책임에 관한 논의에서 공공 부문 과학 연구의 핵심적 주체인 출연연은 논의에서 빼놓을 수 없을 것이다. 특히 대학과 비교할 때, 호기심 기반 연구보다는 사회적 응용을 염두에 둔 연구, 개인 연구실 기반 체제가 아니라 조직과 연구팀 중심의 연구 수행, 영년직과 승진 등 고용제도의 차이, 교육 의무의 유무 등 의미 있는 차이들이 연구의 자율과 책임성에 어떤 영향을 줄지는 매우 흥미로운 주제이다.