본인 부담금 지원 방식은 대상자의 상황을 고려할 수 있으나 관리 및 중복 방지에 위한 행정 절차가 필요하다. 반면 건강 보험 공단에서의 부담금 지급 방식은 행정 절차를 간소화 할 수 있으나 대상자의 상황을 고려하기 어렵다.
본인 부담금 지원 방식은 대상자가 지급을 요청한 경우, 대상자가 의료 기관에 본인 부담금을 납부한 후, 보장 기관에 영수증을 첨부하여 본인 부담금을 지급 청구하는 방식으로 대상자의 상황에 대한 고려 및 편리성이 높다는 장점이 있지만, 사업별로 정산 기간이 상이하여, 이를 관리하기 위한 별도의 행정 절차가 필요하고 중복 방지를 위한 관리 체계가 필요하다는 단점이 있다. 건강 보험 공단에서 지급 대상을 통보 받은 후 지급하는 경우는 매월 1회 본인 부담금 지원 대상 내역을 발췌하여, 보장 기관에 정보를 제공하고, 보장 기관은 이에 따라 대상자에게 지급 처리하는 방식으로 공단 차원에서 통합적 관리가 실시될 수 있어 관리 및 중복 방지에 효과적이라는 장점이 있는 반면, 대상자의 개별적 상환에 대한 고려가 제대로 이루어지기 어렵다는 단점이 있다.