시화호 관리위원회는 해양수산부 차관을 위원장으로 하고, 관계부처 국장급 및 지방자치단체, 지역사회 이해당사자 대표 등으로 구성되었으며, 시화호 유역관리를 위한 의사결정, 정책시행 및 평가의 주체이다. 
시화호 관리위원회는 해양수산부 차관(현 국토해양부 제2차관)을 위원장으로 하고, 관계부처 국장급 및 지방자치단체, 지역사회 이해당사자 대표 등으로 구성되었다. 시화호 관리위원회에는 국무조정실(현 국무총리실), 농림부(현 농림수산식품부), 산업자원부(현 지식경제부), 환경부, 건설교통부(현 국토해양부), 해양수산부(현 국토해양부), 기획예산처(현 기획재정부), 문화재청 경기도, 안산시, 시흥시, 화성시 등 정부 부처가 참여하고 있다. 또한 개발자인 한국수자원공사, 농업기반공사(현 한국농어촌공사), 기업을 대표하는 한국산업단지공단 및 환경연합단체 NGO 대표 3인이 참여하고 있다. 이는 시화호에 대한 의사결정을 통합하고 일관되게 정책을 수행하기 위함이다. 시화호 관리위원회는 시화호 유역관리를 위한 의사결정, 정책시행 및 평가의 주체라고 할 수 있다.