선도형과 응용·개발 단계의 연구과제는 여러관점과 주체가 평가한다. 선도형 융합연구 과제는 다면적 평가를 해야한다. 기획부터 동료평가를 거치고, 이는 관련 전문가가 주도해야한다. 평가항목도 다양한 융합연구의 특성, 연구방법 등을 포함한다. 동료평가 역시 많은 의견을 수렴해야한다.
넷째, 선도형과 응용·개발 단계에 해당하는 연구과제는 다양한 관점에 의해 여러주체가 평가한다. 제안과제의 최종 목표가 기초연구 성과보다는 보다 실질적이고 구체적인 연구성과를 지향하고 세계 최고수준 달성인 경우가 여기에 해당한다. 선도형 융합연구 과제의 경우, 지금까지 언급되었던 다양한 평가방식을 최대한 활용하여 다면적으로 평가하는 것이 필요하다. 주로 중장기·대형 연구사업40)이 여기에 해당한다. 동 사업 유형은 기획단계부터 철저한 동료평가를 거치도록 해야하고, 기획은 전문 TFT나 관련 분야 PD가 주도하는 것이 바람직하다. 평가항목도 지금까지 거론되었던 다양한 융합연구의 특성과 연구방법도 포함시키고, 기술 이외의 법적·제도적 대응방안 까지 포함시킨다. 동료평가에 있어서도 연구범위에 포함되는 다양한 분야 전문가에게 복수로 받아, 최대한 많은 의견을 수렴하는 것이 필요하다. 대표적인 사례로는 의약·바이오·나노 등의 융합연구를 통해 최종 개발목표가 제품 프로토타입 개발 또는 서비스 개발 등의 성격을 가진 중장기·대형 사업을 들 수 있다.