정부와 국가과학기술연구회는 국가연구개발사업의 성과평가체계라는 관점에서 질적 중심의 개인평가로 개선해 왔다. 하지만 고유의 특성을 가진 출연(연)의 성과를 양적 지표화하기 어려운 한계가 있다.
정부와 국가과학기술연구회는 출연(연)의 개인평가 제도를 전체 국가연구개발사업의 성과평가체계라는 거시적인 관점에서 개별 출연(연)의 연구특성에 맞는 질적 중심의 개인평가로 개선하기 위한 노력을 지속해 왔다. 출연(연)은 주인-대리인 이론의 관점에서 정부의 국가연구개발사업을 위임받아 수행하는 출연(연) 고유의 특성이 있으며, 연구라는 특성상 정량적 평가가 어려운 과제를 수행하고 있다. 이에 따라 출연(연)의 ‘성과를 어떻게 측정할 것인가’의 문제는 단순히 양적 지표화하기 어려운 구조적인 한계를 가지고 있다. 특히 양적 지표 중심의 평가체계는 현재 우리의 과학기술 수준과 창의적이고 혁신적인 연구를 지향하는 추세와 맞지 않는 문제점이 있다.