지하수와 관련된 문제들은 다양한 원인과 요인으로 인해서  발생한다.  따라서 분류가 어려울 뿐 아니라, 많은 논란을 불러일으킨다. 잠실 부근 도로 함몰과 석촌호수 물빠짐 현상 당시 문제 규명에 어려움이 있었던 것이 그 예이다.
지하수와 관련된 문제들은 수없이 많은 오염원과 원인으로, 의도적인 행위(by design)나 예기치 않은 사고(by accident) 또는 무관심(by deglect)으로 발생한다. 뿐만 아니라 관련된 많은 환경요인들 때문에 간단히 분류하기도 어렵다. 대수층의 수리지질 요인만을 고려해도 같은 오염 현상이 석회암 지대(카르스트 대수층)와 결정질암 대수층에서 극명하게 달라질 수 있다. 이처럼 다양한 원인과 요인들이 결합하여 문제를 야기하기 때문에 지하수 환경 문제는 원인을 규명하고 해결하는 것이 매우 복잡하다. 따라서 문제가 발생하였을 때 많은 논란을 야기할 수 있다. 예를 들어 송파구 잠실 부근의 도로 함몰과 석촌호수의 물빠짐 현상이 발생했을 당시 원인 및 지하수 유출과의 관련성을 추정하는 데 많은 어려움이 있었고, 여전히 지하수 수위강하에 따른 지반안정성에 대한 사회적 논란이 있다.