전문가 중심의 사업기획체계는 기획 및 평가 분야에서의 자율성과 전문적 책임성에 대한 인식이 낮고, 법·제도적·정치적 환경에 민감하게 반응하는 등 문제가 있어 정비가 필요하다.
정부 R&D 사업기획의 큰 축을 담당하고 있는 출연연의 연구자의 자율성 및 책임 관련 인식조사 결과에 따르면, 연구자들은 기획 및 평가 분야에서 자율성이 낮은 것으로 응답하고 있으며, 가장 자율성이 낮다고 응답한 분야는 ‘도전적･장기적 과제의 수행가능성’ 부분과 ‘상향식(bottom-up) 중심의 과제기획’ 분야로 지적하고 있다. 아울러 책임 구조와 관련하여 법적･정치적･성과적 책무성은 강한 반면 상대적으로 전문적 책무성에 대한 인식은 낮은 것으로 나타나 다양한 책무성 가운데 법･제도적, 정치적 환경에 민감하게 반응함으로써 소관부처 중심의 사업기획에 대한 허상을 그대로 보여 주고 있고, 이는 전문가 중심의 사업기획체계에 대한 정비가 필요하다는 것을 반증하고 있다.