IMA 이사회는 저명한 수리과학자로 구성되며 주요 의사결정기구다. 참여기관위원회는 운영에 조언을 제공하며 산업자문 위원회는 연구 결과를 산업체에 전달한다. 
IMA 이사회(Board of Governors)는 학계, 산업, 국가연구소의 저명한 15명의 수리과학자들로 구성되어 있으며 IMA의 가장 중요한 의사결정기구로, 연구소 관리, 개발 및 여러 협력기관들과의 관계에 대한 감독과 조언을 제공한다. 이사회 외에 참여기관위원회는 각 참여 대학의 대표자들로 구성된 모임으로 IMA의 운영 및 목적에 강력한 조언을 제공하며 산업자문위원회는 참여기관위원회의 산업체 대응 모임으로 각각의 IMA 참여 사단법인과 비학회 참여기관들의 대표자들로 구성되는데, IMA의 연구결과가 산업체에 전달되기 위하여 필요한 역할을 담당한다.