사업 조사로 생기는 준비 비용과 타당성 검사로 생기는 심사비용이 있으며 제3자의 인증 위한 검증인증비용 있다. 또한, 사업 크기에 바뀌는 모니터링 비용과 발행 배출 권에 따른 사업등록비용이 있으며 CO2연평균 감축량15,000톤 이상에서만 생기는 등록 비용과 다른 부분으로 CDM사업수익에 따른 CER 발행 비용이 있다.
준비비용은 사업 발굴 및 사업타당성 조사 등으로 인해 발생되는 비용으로 사업의 규모나 복잡성, 요구되는 전문성 및 기술에 따라 차이가 있다. 사업타당성 확인 심사비용은 타당성확인 심사를 위해, 검증․인증비용은 제3자의 검증 및 인증심사를 위해 DOE에 지불하는 비용이다. 모니터링비용은 사업규모 및 표본크기, 모니터링 방법 및 강도에 따라 비용에 차이가 있다. 사업등록비용은 발행되는 배출권의 규모에 따라 차등 징수되며 등록비의 상한은 미화 35만 달러이다. 사업 활동 기간 중 예상되는 연간 평균 감축량이 15,000톤(CO2 환산량) 미만인 사업에 대해서는 등록비용이 발생되지 않는다. 등록비용은 사무경비충당용 수익분담금(SOP-Admin) 으로부터 공제되는 것으로 최초의 감축량에 대해서 부과되는 사무경비충당용 수익분담금의 선불의 성격을 가지고 있으며, 사업이 등록되지 않을 경우에는 미화 3만 달러를 초과하는 부분의 등록비는 환불된다. CER 발행비용은 CDM 사업에 따른 수익에 대하여 CDM 사업 관리를 위한 비용을 징수하는 것이며, 개발도상국 적응 지원 수익분담금은 CDM 사업에 따른 수익의 일부분을 개도국의 온실가스 감축사업을 위해 비축하는 부분이다.