사업별로 정부 농업 정책과의 부합성에 문제가 있었다. 첨단기자재 사업은 정책취지에 맞지 않는 면이 있었고, 농업공학연구 사업은 성과목표와의 부합성, 농식품부와의 차별성이 부족했다.
사업별로 정책수단·대상에 따른 투자현황 분석 결과, 정부 농업 정책과의 부합성에 일부 문제점이 나타났다. 첨단기자재(농식품부)사업의 경우 문제해결형·현장밀착형 기술개발 비중이 비슷하며, 기업 등 민간에 대한 지원비중이 낮은 편으로 나타났다. 동 사업은 기술사업화를 목적으로 하는 지정공모 과제를 다수 추진하고 있으나 실제 주관 기관은 기업보다는 대학·연구소비중이 높아 정책취지와 맞지 않는 측면이 발견된다. 농업공학연구(농진청)사업은 주로 현장밀착형 분야에 투자되고 있으나 중장기형 R&D 비중은 낮은 편으로 기초·기반기술 고도화라는 사업 성과목표와의 부합성 및 농식품부와 차별성 측면에서 다소 부족한 것으로 나타났다.