조세지원의 방식은 총액 기준, 증가분 기준, 혼합형, 선택형의 네가지로 구분되는데 이중 가장 일반적으로 사용되는 방식은 총액 기준, 증가분 기준이다. 특히 총액 기준은 조세원조가 R&D지출을 총액에 따라 결정되는 방식인데 OECD는 여러 국가에 적용이 용이한 총액 기준 방식을 채택하고 있다.
연구개발 관련 조세지원의 방식은 지원의 기준에 따라 총액 기준(volumebased), 증가분 기준(incremental based), 혼합형(hybrid), 선택형(election) 등으로 구분된다. 이 중 가장 많이 사용되고 있는 방식은 총액 기준과 증가분 기준이다. 총액 기준은 조세지원이 R&D지출의 총액에 적용되는 방식이고 증가분 기분은 적용대상의 R&D지출이 특정 수준을 초과하는 부분에 한해 조세지원이 적용되는 방식이다. OECD(2013)에 따르면 대다수의 OECD 국가들은 적용이 쉬운 총액 기준 방식을 채택하고 있는 것으로 나타났다. OECD는 국내의 R&D투자 규모 확대를 위해서는 총액 기준을, 그리고 이미 높은 수준의 R&D투자가 이루어진 기업들에 대한 투자유인을 위해서는 증가분 기준을 적용하는 것이 적절하다는 권고하고 있다. 한편 당기분 방식과 증가율 방식을 혼합하여 운영하는 우리나라의 운영하는 연구개발 세액공제제도의 적용지침은 다음 <표 4-18>과 같다. 우리나라의 경우 당기분 방식과 증가율 방식을 적용하는데 있어서 대기업, 중견기업, 중소기업 간에 차이를 두고 있는데, 이러한 차이가 연구개발투자 유인효과와 과세형평성 관점에서 적절한지가 중요한 정책적 관심사가 될 수 있다.