2차 과학기술기본계획은 민간 R&D 정책 확대와 다양한 정책 진화를 했다. 사회·경제분야 정책 추가와 제조업, 서비스업 동반 성장으로 수요 시장 기반 사업 추진을 구체화하고 투자 비중을 GDP 대비 약 3%로 설정했다. 세부 과제로는 소재 자립화, 기술 지원, 제도 확립, 역량 강화, 시스템 선진화 등이 추진됐다. 또 미래 성장 중점과학기술 분야에 민관 역할분담을 구체화했다.
이후 제시된 「제2차 과학기술기본계획(2008~2012)」에서는 민간 R&D 정책의 범위가 확대되었고 규제나 수요 측면 등 다양한 분야를 포괄하는 방향으로 정책의 진화가 이루어졌음을 확인할 수 있다. 혁신정책의 범위를 확대하여 전통적인 과학기술 관련 지원 외에도 기술금융, 조세, 통상, 표준, 규제 등 사회·경제분야 정책이 추가되었고, 산업면에서는 제조업 중심에서 “제조업과 서비스업 동반 성장 추구”로 변화되었다. 특히, 수요 시장을 기반으로 하는 사업 추진이 구체화되고 강조되기 시작하였는데, 투입 목표로는 “GDP 대비 총 R&D 투자(정부+민간) 비중 3.5%”가 설정되었다. 민간의 기술혁신을 지원하는 세부적인 과제들로는 (1) 핵심 부품 소재의 자립화 촉진, (2) 주력 산업의 핵심 기반기술 개발 지원, (3) 수요자 중심의 기술개발지원제도 확립, (4) 중소 중견기업의 기술혁신역량 강화, (5) 기술금융 시스템의 선진화, (6) 기술이전 사업화 지원 확대 및 추진체제 정비 등이 추진되었다. 또한, 정부와 민간의 R&D 역할을 구분하여 기술 성숙분야에 대한 민간의 투자책임을 강조하고 정부는 기초 원천, 미래선도, 공공복지, 거대과학에 집중하는 등의 역할분담이 구체화 되었다. 이는 미래 성장을 위한 중점과학기술 분야에도 적용되었는데, 산업부문에서는 중소기업 위주로 지원하고 정부는 성장잠재력 확충을 위한 기초․응용연구 지원을 강화하는 방향으로 전환되었다.