최근 연구개발 조세지원도 축소해야 한다는 주장이 높다. 공청회에서는 당기분 방식 공제율 적용과 증가율 방식 공제에 연구개발투자 효과가 큰 방향으로 운영하고 위탁훈련비의 공제 대상을 연구전담요원으로 한정할 것이 제안되었다.
최근 정부의 재정지출 수요 증대에 따라 이를 뒷받침할 세수 확보가 중요해지는 상황에서 2014년 기준으로 국세감면액에서 8.4%나 차지11)하는 연구개발 조세지원도 축소해야 한다는 주장이 정부 내에서 높아 왔다. 하지만 분위기는 금년도의 세법 개정 방안 검토를 위한 공청회에서는 연구개발 조세지원이 가지는 연구개발투자 증가 효과를 고려해서 그렇게 강하게 주장되지는 않았다(전병목, 2014). 이 공청회에서는 대기업 집중된 지원을 줄이고 공제방식 간 공제율 균형을 잡기 위해 대기업의 경우 연구개발 비용 증가율이 7〜10% 이상일 경우 증가분 방식이 유리하다는 점에서 당기분 방식 공제율 적용과 증가율 방식 공제에 있어서 연구개발투자 증가 효과가 큰 방향으로 제도를 운영하고, 인력개발비 중 위탁훈련비의 공제 대상을 연구전담요원으로 한정할 것이 제안되었다.