정부 연구개발사업 예산구조는 부처에서 세부과제로 이르는 다계층 구조로 이루어져 있다. 하지만 예산편성은 부처단위로, 예산평가는 세부사업 단위로 이뤄져 의미없는 계층이 생기는데 단순하게 효율화하는 것이 필요하다.
현재 정부 연구개발사업 예산편성구조는 다계층구조로 되어 있다. 즉, 부처-분야-부분-프로그램-단위사업-세부사업-대/중과제-세부과제로 이루어져 있다. 사업 예산평가를 위한 구조는 세부사업을 중심으로 이루어지고 있다. 이러한 예산편성 구조 하에서 핵심적인 단계는 부처와 세부사업이다. 즉 예산의 편성이 기본적으로 부처 단위로 이루어지고 사업 예산에 대한 평가는 세부사업을 중심으로 이루어지고 있다. 따라서 현재 구조 하에서 중요한 예산정보는 부처 단위의 예산정보와 부처 내 세부사업 예산 정보이다. 이것은 분야-부분-프로그램-단위사업 부분은 실질적으로 중요한 예산편성 단계로서 역할을 하지 못하고 있다. 따라서 중요한 의미를 갖지 못하는 이러한 부분을 효율화하여 예산편성구조를 단순화하는 것이 필요하다.