벤처기업들은 자금 조달에 난관을 겪고 있었다. 정부의 지원금은 적었고 지원기간도 짧아 버티기가 어려웠다. 그런데 코스닥이 설치되면서 상장을 위한 예비적 단계였던 장외시장이 독립적인 지위를 얻었고 중소기업들이 자금을 조달하는 통로가 만들어졌다.
당시 바이오 벤처를 포함한 대다수의 벤처기업들은 창업을 위한 자금 조달에 어려움을 겪고 있었다. 정부 차원에서 중소기업 창업지원금을 지원하고는 있었지만, 그 자금량이 부족했을 뿐 아니라 지원기간도 짧았다. 이런 상황에서 벤처기업은 자신들의 신기술이 이익을 창출할 때까지는 버티는 것이 쉽지 않았다. 게다가 주변의 지인이나 엔젤캐피탈 외에 벤처기업이 시장에서 자금을 조달할 제도적 가능성도 높지 않았다(송병식, 1997). 미국의 경우 당시 컴퓨터 시장을 주도했던 마이크로소프트사와 인텔사 모두 미국의 장외시장인 나스닥(NASDAQ)에서 자금을 조달, 세계적 기업으로 부상할 수 있었던 반면, 국내 벤처기업들은 자금이 모자라 고전을 면치못하고 있었던 것이다. 이런 상황에서 코스닥이 개설되면서, 그동안 증권거래소 상장을 위한 예비적 단계에 머물렀던 장외시장이 이제 자금 조달 및 투자시장으로서 독립적인 지위를 얻게 되었고, 현실적으로 증권거래소를 이용하기 어려운 중소기업들은 코스닥을 통해 자금을 조달할 수 있는 통로가 열렸다.