융합연구에는 정립된 방법론이 없어 타분야의 방법론을 변용하여 탄생한 다양한 새 방법론이 연구에 활용된다. 이 때문에 융합연구 방법론은 기존 연구보다 가변성이 커지게 된다.
둘째, 융합연구 방법론(methodology)은 기존연구에 비해 가변적인 것으로 나타났다. 기존 R&D에서 사용하는 통상적인 연구방법과 비교할 때 연구방법론이 가변적이다는 의견이 76%로, 정형화되어 있다(10%)는 의견보다 크게 우세하였다. 융합연구의 경우, 정립된 융합연구 체계 및 방법론이 부재하기 때문에 타분야의 방법론을 적용하려는 시도가 이루어진다. 이처럼 연구자들이 종전에 사용하지 않던 방법론을 습득, 변용하면서 새로운 방법론을 제시하고 연구의 생산성 향상을 시도한다. 융합되는 분야에 따라서 다양한 방법론 적용 시도가 이루어지면서 연구방법의 가변성이 커지게 된다.