통계지리정보서비스의 한계는 첫째, 실시간 정보처리 요구에 대한 자료 현행화에 문제가 있고 둘째, 정부 3. 0시대에는 맞지 않고 신속히 대응이 어려우며 셋째, 사용자 참여 수행에 한계가 있다. 넷째, 정보 부족으로 사회과학 연구 활용에 어려움이 있다. 
본 절의 내용 역시 통계청 안재학 서기관과 토즈 종로점에서 2014년 7월 18일에 실시한 세미나 발표내용과 자료를 중심으로 작성하였다. 인구 및 주택 총조사 정보 등 다양한 통계청 센서스 정보를 통계지리정보서비스를 통하여 집계구 소지역 단위로 제공함으로써 공공 데이터의 질을 한 단계 높인 것은 사실이지만, 통계지리정보 서비스의 한계도 존재한다(표 4-6 참조). 첫째, 현 통계지리정보서비스는 통계청 자료만 사용함으로써 유동인구, 구매력, 매출 등의 정보가 결여되어 있고 실시간 정보처리 요구에 대한 자료 현행화에는 한계가 있다. 둘째, 정보의 개방, 공유, 참여를 표방한 정부 2.0시대를 뛰어넘어 맞춤형 정보제공을 표방하는 정부 3.0시대 에는 부합하지 않고 정보에 대한 대중과 타 행정부처의 다양한 요구에 신속히 대응하기 어려운 측면이 있다. 셋째, 빠르게 변화하는 사용자 요구에 대응하기 위해 사용자가 자유롭게 참여하여 새로운 정보를 창출하도록 하는 기능을 수행하는 데 한계가 있다. 넷째, 통계지리정보서비스는 다양한 인구학적 구성요소에 대한 정보를 제공하지만 다양한 사회·경제적 여건(예: 소득)에 대한 정보가 부족하여 사회과학 연구에 활용되기엔 한계가 존재한다.