2차 생명공학육성기본계획의 성과로 인과모형을 구성하는 데 있어, 추진체계와 산업화는 기본계획 4대 추진전략 중 일부였고, 산업화와 특허 성과는 기본계획 목표 달성도 분석의 주요 지표였기에 선택되었다. 이 세 모형 모두 맥락은 동일하나 정책결과가 달라 블랙박스 안 작동 메커니즘은 다르게 설계했다.
앞서 살펴본 데로, 2차 생명공학육성기본계획의 성과는 다양하게 나타날 수 있기 때문에, 그 중 일부만을 중심으로 인과모형을 구성하였다. 구체적으로는 추진체계, 산업화, 특허 성과의 관점에서 특정 결과가 있게 된 원인들을 논리적으로 접근하고 자 하였다. 추진체계와 산업화는 기본계획의 4대 추진전략 중 일부였고, 산업화와 특허 성과는 기본계획의 목표 달성도를 분석할 때 주로 인용되는 지표들이기에 선택 하였다. 여기에서는 기본계획의 4대 추진전략이었던 “국가 생명공학 육성 추진체계혁신” 과 “바이오 산업의 발전가속화 및 글로벌화” 관점에서 기대하였던 정책결과가 도출되지 않았다고 가정하고, 그에 영향을 미친 요인들을 중심으로 메커니즘을 구성하였으며, 기본계획 시행기간(2007~2016) 동안 외부적 환경요인들을 도출하였다. 또한 특허 성과의 경우에는 목표가 13위이었으나, 실제로는 9위를 달성하여 성공적인 결과가 나올 수 있었던 원인들을 살펴보고자 하였다. 세 모형 모두 외부적 환경요인인 맥락은 동일하지만 정책결과가 다르기 때문에 블랙박스 안의 작동 메커니즘은 상이하게 설계하였다.