행정 중심인 대학조직의 성격 탓에 기업과 대학을 연결하는 기술이전조직이 부실하다. 연구관리 조직과 성과창출 조직의 비효율적인 결합은 중개조직으로서의 전문성과 효과성을 저해한다. 출연의 면에서도 어려움이 있다.
전문 지원, 중개조직의 관점에서도 대학 조직은 행정처리 중심으로 구성되어있어 기업과 대학을 연결할 기술이전조직이 활성화되지 못하다. 대학의 경우 기술이전 및 사업화를 추진하는 조직은 산학협력단-TLO 그리고 기술지주회사 등으로 구성된다. 산학협력단은 연구관리 및 기술이전 사업화에 대한 총괄 업무를 수행하도록 되어있다(산촉법, 제27조). TLO는 대학의 연구성과로서 특허 등을 관리하며, 기술지주회사는 자회사 설립 등을 통한 사업화 추진의 역할을 수행하고 있다. 그러나 연구관리 조직과 비즈니스 중심의 성과 창출 조직과의 비효율적인 결합은 대학 중 개조직의 기능 전문성 및 효과성 저하를 유도한다는 지적이 높다. 출연(연)의 경우도 ETRI가 설립한 ETRI 홀딩스와 한국원자력연구원 등 17개 출연(연) 연합 기술지주회사로서의 한국과학기술지주 등이 활동하고 있으나, 역할의 구체성 및 사업화재원 확보의 어려움 등이 존재한다.