해파리가 발생하면 국립수산과학원은 단계별로 조치사항을 시행한다. 다량 출현이 발견되면 위기 경보, 어업피해가 우려되면 주의 경보, 어구 파손 등이 발생하면 경계 경보, 피해 지역이 확대되면 심각 경보를 발령한다. 
해파리가 발생하면 관심, 주의, 경계, 심각 4단계로 분류하여 단계별로 조치사 항을 시행한다. 먼저, 해파리의 부착유생이 대량으로 서식하거나, 유체 및 부유 유생이 대량으로 출현하는 경우 국립수산과학원은 관심단계의 위기경보를 발령 하여 징후활동을 감시하는 활동을 수행한다. 다음으로 해파리의 성체가 국지적으 로 대량 출현하여 어업피해가 우려될 경우 국립수산과학원은 주의 단계의 경보를 발령하며, 협조체계를 가동하고 대비태세를 점검하며, 선제적 대응조치를 수행한 다. 해파리의 성체가 광역해역에서 대량 출현하여 전국적 확산이 우려되거나 어 선에서 해파리가 다량 혼입되어 출어포기, 어구 파손 등의 피해가 발생하는 경우 에는 경계경보를 발령하여 즉각적으로 대응한다. 해파리가 더욱 확산되어 전 연 안에 해파리가 대량 출현하여 어업피해가 속출하고 피해지역이 확대되는 경우에 는 심각 단계의 경보를 발령하여 대응조치를 강화한다.