기존의 R&D보조금은 무상 지원으로 수혜 기업이 환영하지만, 정부 주도에 순응하고 간섭과 행정 절차의 복잡함, 기술료 부담 등, 소수의 기업만 지원받고 금액이 축적되지 않는 문제가 있었다. 이를 시장 메커니즘 중시 정책 수단으로 대체하면 부작용을 줄일 수 있으나, 기업에게 있어 지분과 융자라는 부담이 생긴다. 기업이 주도하기 위한 책임으로, 기업의 책무성 이행이 보장된다면 자율성을 더 보장받는 상환조건부 기업 R&D 지원 등의 방식을 고려할 수 있다.
기존의 주된 지원 수단인 R&D 보조금(정부 연구개발사업 참여를 통한 R&D 출연금수혜)은 무상 지원이므로 수혜 기업이 환영하는 방식이지만, 그 대가로 연구개발의 방향과 전략에 있어서 정부 주도에 순응해야 한다는 점, 산하 전문기관의 세세한 간섭과 복잡한 행정 절차라는 부담, 상당한 금액의 정부납부 기술료 부담 등의 부작용이 있었다. 무상 지원이므로 상대적으로 소수의 기업만 지원을 받을 수 있었고, 지원 금액이 축적되는 구조도 아니다. 이를 투자, 융자, R&D 바우처 등 시장 메커니즘을 중시하는 정책 수단으로 대체하면 정부의 불필요한 간섭과 복잡한 행정 절차 등 부작용을 줄일수 있다. 대신 이들 정책 수단들은 기업 입장에서 더 이상 ‘공짜 돈’이 아니다. 투자는 지분을 내어줘야 하고, 융자는 갚아야 한다. R&D 바우처는 기업이 쌈짓돈처럼 쓸 수 있는 돈이 아니고, 그것으로부터 대학이나 출연연구기관의 R&D 서비스를 구매하는데 사용해야 한다. 자율성은 책무성과 동전의 양면이다. 정부 주도가 아니라 시장과 기업이 주도하고, 자율성을 확보하려면 그만큼 책임져야 한다. 시장과 기업이 책무성을 충실히 이행할 경우, 같은 예산으로 더 많은 기업이 자율성을 보장받는 방식으로 지원받을 수 있다. 예컨대, 무이자, 무담보, 무연대보증의 3무를 특징으로 하는 ‘상환조건부 기업 R&D 지원’(융자 방식의 일환) 방식을 생각해 보자. 무이자, 무담보, 무연대보증조건은 모든 기업으로부터 환영받을 만한 조건이다. 그러면서도 무상 지원이 아니고기업이 갚아야 할 돈이기 때문에, 지원 자금이 축적될 수 있다. 리스크 관리(사고율 관리)를 어떻게 하느냐에 따라 다르지만, 사고율을 5% 내외로 적절히 관리만 할 수 있다면 10~15배 레버리지 효과를 기대할 수 있다. 다시 말해, 예산 1조원이면 10~15조원 규모로 기업을 지원할 수 있는 것이다.