새로운 차세대 염기서열 분석법으로 시간과 비용 절감이 가능해졌다. 부분 시퀀싱의 단점을 보완한 샷건 시퀀싱은 분석하려는 게놈을 조각으로 나누고, 겹치는 부분을 매개로 긴 염기서열을 얻는 방식이다. 반복 시퀀싱으로 이어붙이는 과정의 에러를 보완했다.  염기서열을 정하기 위한 정보처리 기술이 필요하여 IT기술의 중요성이 부각되었다.
2005년에 이르러 차세대 염기서열 분석법(Next Generation Sequencing, NGS) 이 등장하여 기존의 전통적인 시퀀싱 방법들에 비해 시간과 비용을 절감하게 되었다(이태훈 외, 2011). 부분 시퀀싱 방법은 인간 게놈 전체를 분석하기에는 한 번에 읽을 수 있는 DNA 길이가 제한되어 있다는 문제가 있었다. 이를 해결하기 위한 하 나의 방식이 샷건(shotgun) 시퀀싱인데, 분석하고자 하는 게놈을 서로 겹치는 부분이 있게끔 하여 여러 조각들로 나누고, 이를 각각 시퀀싱한 결과들을 모아서 겹치는 부분을 매개로 하나의 긴 염기서열을 얻는 방식이다(Venter et al., 1998). 이처럼 차세대 염기서열 분석법은 짧은 DNA reading이 특징인데, 게놈 전체를 해독하기 위해 짧은 길이의 정보들을 이어붙이는 작업이 필요하다. 문제는 이 과정에서 에러가 발생할 가능성이 생기는데, 이를 보완하기 위해 여러 차례 반복하여 시퀀싱을 하게 된다(Hayden, 2009). 또한 짧은 길이의 DNA 정보들을 모아 30억 개의 달하는 염기서열을 정하기 위해서는 정보처리기술의 비약적인 발달을 필요로 하여 컴퓨팅 환경 등과 같은 IT 기술들의 중요성이 더욱 커지게 되었다(이태훈 외, 2011).