국가연구개발을 담당하는 출연(연)에 대하여 정부는 위임한 연구가 적절하게 수행되고 있는지를 출연(연)의 특성에 맞게 평가해야한다.
출연(연)은 국가연구개발을 위한 전문조직으로 일반적인 공공기관에 비해 조직적으로 유연하고, 서비스를 담당하는데 있어 전문성도 갖추고 있기 때문에 출연(연)에 연구를 위임하는 것이 사회서비스를 제공하는 측면에서 효과적이다. 그러나 이 과정에서 출연(연)은 정부의 지원을 계속받기 위해 보여주기식 연구결과물을 양산하기도 한다. 정부와 출연(연)이 주인-대리인 이론에서 설명하는 관점과 유사한 관계라고 본다면, 성과관리에 있어서도 이러한 관계가 반영되는 것은 당연한 일이다. 즉, 정부는 위탁한 업무인 국가연구개발사업이 적절하게 수행되었는지를 이를 수행한 출연(연)의 특성을 반영하여 평가해야한다는 것이다.