첨단항만물류기술개발사업의 사업총괄은 해양수산부가, 사업기획 및 관리는 한국해양과학기술 진흥원이 담당한다. 이외 주관연구기관, 협동연구기관, 위탁연구기관으로 구성되어 있다.
첨단항만물류기술개발사업의 추진주체는 총괄(주무)부처, 사업전담기관, 주관연구기관, 협동연구기관, 위탁연구기관으로 이루어져 있으며, 역할에 따라 유기적인 협력체계로 운영된다. 사업총괄을 담당하고 있는 해양수산부의 역할은 정책 및 재정지원이며, 사업의 기획 및 정책과의 연계성 등을 검토한다. 전문기관인 한국해양과학기술 진흥원은 사업을 기획하고 과제를 선정·평가·관리하며, 추적조사 및 평가를 수행한다. 주관연구기관은 연구개발과제를 수행하고 연구보고서를 작성하며, 매해 연구성과 발표회를 개최한다. 협동연구기관은 연구에 직접 참여하고 발생된 성과를 활용하며, 위탁연구기관은 위탁과제를 수행한다.