안전성, 유효성이 보장 안 된 신약이나 새로운 치료법에 장벽을 둠으로써 통제가 됐지만 선별급여로 쉽게 진입이 가능해지면 건강보험재정은 물론 환자 건강에도 해가 될 것이다. 또한 선별급여 기준도 모호하고 기준을 마련할 인프라도 없이 선별급여를 하는 것은 오히려 민원을 초래하고 혼란을 줄 수 있다.
하지만 당장 제도를 도입해야 하는 상황에서 전문가들의 의견에 기초한 평가가 가능할 수 있지만, 이는 과거의 요양급여결정과 유사한 형태로 전 세계적으로 의료기술평가제도를 통한 정책결정의 경향에는 맞지 않은 형태이다. 또한 선별급여제도는 지금까지 법정비급여, 임의비급여로 분류되는 의료행위의 상당부분이 이에 속하는 것으로 지금까지 제도권 밖의 의료를 끌어들이게 될 경우 선별급여제도가 기대하는 효과 이상으로 부작용 또한 속출할 가능성이 있다. 임상적 유용성에 대한 근거가 부족하다는 이유로 인정하지 않았던 법정비급여항목을 선별급여라는 새로운 범주로 제도권으로 끌어들이는 것의 우려이다. 적어도 안전성, 유효성이 확실치 않은 신약이나 새로운 치료법에 대한 장벽을 둠으로써 통제가 가능하였으나 앞으로 선별급여를 통해 쉽게 진입이 가능해지면 건강보험재정은 물론 환자의 건강에도 해가 될 수 있다는 것이다. 이러한 문제는 선별급여 기준의 모호성으로 인해 더욱 가중될 수도 있을 것이다. 객관적인 기준을 마련할 인프라도 없는 상태에서 선별급여를 허용하는 것은 모든 환자가 급여혜택을 원하는 것에 비해 오히려 환자의 민원을 초래하고 혼란을 줄 수 있다.