기초연구정책은 상위 기초연구정책조정체계와 관련 부처의 기초연구정책체계로 구성되어 있다. 전자는 기초연구진흥협의회를 통해 진행되며, 많은 정부부처가 이를 지원하고 있다. 후자는 미래부가 주체한다.
현재 기초연구정책은 크게 두가지 트랙으로 이루어져 있다. 즉, 상위 기초연구정책조정체계와 연구현장에 직접적인 영향을 미치는 기초연구정책을 집행하고 추진하는 부처의 기초연구정책체계로 이루어져 있다. 상위 기초연구정책에 대한 조정은 국가과학기술심의회의 산하 위원회인 기초연구진흥협의회를 통해 이루어지고 있다. 현재 기초연구 지원을 기준으로 실제 기초연구를 수행하는 부처는 21개 부처에 이르고 있어 대부분의 정부부처가 기초연구를 지원하고 있다고 볼 수 있다. 그러나 기초연구 지원을 위한 직접적인 정책개발과 집행에 관련된 부처는 미래부와 교육부이며 이중에서 기초연구정책을 주도하는 부처는 미래부이다. 현재 기초연구 관련 정책체계를 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.