국제 HapMap프로젝트는 2002년에 시작된 국제 생명과학 프로젝트로, 인간 게놈의 haplotype 지도를 만들어 SNP간의 관계 및 tag SNP들을 파악하는 것이 주된 내용이다. 2005년 첫 번째 연구 결과가 발표되었으며, 2007년 두 번째 연구 결과가 공개되었다. 
국제 HapMap 프로젝트는 2002년 10월 시작된 미국, 영국, 일본 등이 참여한 국 제 생명과학 프로젝트로서 목표는 인간 게놈에서 DNA 염기서열 상의 변이 패턴을 결정하고, 이 정보를 공공에서 무상으로 이용할 수 있도록 하는 것이다. 아프리카, 아시아, 유럽 각각의 혈통을 가진 샘플들을 대상으로 염기서열의 패턴을 작성하고 각각에서 변이가 나타나는 빈도와 서로 간의 연관성 등을 살펴보았다. 일반적으로 알려져 있기를 인간 게놈은 사람마다 약 0.1%만이 다르다. 즉 1,000개의 염기 서열 중 1개 정도만이 다르고 나머지는 완전히 같은 염기서열이라는 뜻이다. 이렇게 염기 하나가 다른 것을 단일염기다형성(SNP)이라 하는데, 하나의 염색체 또는 염색체의 부분 내에 위치하여 함께 움직이는 SNP들의 세트를 단상형(haplotype)이라 한 다. 인간 게놈의 haplotype 지도를 만들어 SNP들 간의 관계 및 각 haplotype을 구 분해주는 tag SNP들을 파악하는 것이 HapMap 프로젝트의 주된 내용이다(Gibbs et al., 2003). 2005년 10월 첫 번째 연구 결과가 발표되었으며, 2007년 10월 두 번째 연구 결과가 공개되었다.