배출권거래제는 목표관리제 관리업체 중 최근 온실가스 배출량이 기준치 이상인 사업장을 대상으로 한다. 이는 지정기준을 법률에서 규정한다는 특징이 있다. 이렇게 지정기준이 강화되면서, 온실가스 배출량이 지속적으로 증가하지 않은 업체는 배출권거래제로 편입되지 못한다.
배출권거래제의 할당대상업체는 목표관리제 관리업체 중 최근 3년간 온실가스 배출량이 연평균 125,000 tCO2eq/yr 이상인 업체이거나, 25,000 tCO2eq/yr 이상인 사업장을 대상으로 한다. 이는 목표관리제 관리업체 기준 중 2011.12.31.까지의 기준과 동일한 수준이며, 목표관리제 관리업체 지정기준을 시행령에서 규정하고 있는 것과 달리 배출권거래제 할당대상업체의 지정기준은 법률에서 규정하고 있는 것이 특징이다. 이러한 사유로 인하여, 2012년 이후 지정기준 강화로 인하여 목표관리제의 관리업체로 추가로 지정된 업체 중, 온실가스 배출량이 지속적으로 증가하지 않은 업체는 배출권거래제로 편입되지 못하고 계속해서 목표관리제에 남아있게 된다. 2015년 11월 기준, 할당대상업체는 총 525개 업체·사업장이며, 2016년부터는 목표관리제 관리업체 중 44개 업체·사업장이 신규로 배출권거래제 할당대상업체로 지정되어 총 569개 업체로 확대될 예정이다.