동법 제 15조에 따라서는 누구든지 마땅한 이유 없이 투기 행위가 금지된다. 또한 동법 제4조에 따라서는 법에 명시된 환경 목표에 달성하지 못할 경우, 동법 제 22조를 통해 수질오염물질의 총량을 관리할 수 있다. 이를 위해서 배출허용기준, 배출부담금 등이 실행되기도 한다. 
동 법 제15조에 따라 누구든지 정당한 사유 없이 투기 및 오염 행위가 금지된다. 제23조에 따라 환경부장관은 수계영향권별로 오염원의 종류 ․ 수질오염물질 발생량 등을 정기적으로 조사해야 하고, 환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 수계영향권별 수질 및 수생태계 보전계획을 권역별 구분에 따라 수립하여야 한다. 한편, 법 제4조에 따라 환경부장관은 동법 제10조의2 제2항 및 제3항에 따른 수질 및 수생태계의 목표기준을 달성 ․ 유지하지 못한 경우 또는 수질오염으로 주민의 건강 ․ 재산이나 수생태계에 중대한 위해를 가져올 우려가 있다고 인정되는 경우에는 동법 제22조 제2항의 규정에 따른 수계영향권별로 배출되는 수질오염물질을 총량으로 관리할 수 있다. 수질오염총량관리를 위하여 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 배출허용기준을 설정하고, 배출측정기기의 부착, 배출허용기준 초과자에 대한 개선명령 및 배출부담금의 부과(기본배출부담금/ 초과배출부담금), 배출허가 위반시 사업장 폐쇄, 수질오염물질의 측정, 폐수종말처리시설의설치 ․ 운영, 비점오염원의 설치신고, 비점오염원 관리대책 수립 등의 조치를 할 수 있기도 하다.