규제 목적 관점에서 신의료기술 평가제도는 혁신 활동의 촉진이나 기술친화적 접근으로 보기 부족한 수준이다. 이에 개선요구를 수렴하여 개선노력이 이어지고 있다.
전반적으로 규제의 목적 관점에서 신의료기술 평가제도는 혁신 활동을 촉진하거나 기술친화적인 접근으로 보기 어려운 부분이 존재한다. 신의료기술 평가제도가 시장출시를 위해 반드시 통과해야 하는 절차로 의무화된 이후 의약품이나 의료기기업체들의 기술개발 활동이 위축되는 등 부작용이 야기되었다. 신의료기술 평가제도가 수립될 당시 국민의 건강과 안전을 위해 새로운 조직을 설립하고 신의료기술 평가를 의무화하는 방식이외의 해결방안에 대한 고려가 미흡했던 것으로 보인다. 현재 신의료기술 평가제도는 수차례의 개선요구에 따라 개선노력이 이루어지고 있다.