구성별 적용가능한 구조방정식의 적합도 검증을 위한 공분산기반의 구조계산식은 모형의 적합성에 초점을 맞춘 적합도 지수를 산출해 낸다. 그러나 내생변수로만 표현한 적합도는 없어, 내생변수들의 특정변수의 조정 값으로 금번 모형을 평가해 보면 외부 및 내부  연구 개발과 재무성과 수준은 다소 낮았고 혁신성과는 중간 정도의 적합도를 보였다. 
우선 본 연구에서는 컴포넌트 기반 구조방정식인 부분 최소자승법에 대한 적합도를 검증하였다. 일반적으로 공분산기반의 구조방정식(Covariance-based SEM)은 모델의 적합성을 중요시하므로 다양한 적합도 지수가 개발되어 있다(Mulaik et al. 1989. Silvia 1988. Tenenhaus 2008. 김계수, 2013 재인용). 그러나 PLS의 경우 내생변수(endogenous variables)의 설명분산(explained variance)를 극대화하는 것을 목표로 하고 있으며, 이와 관련한 적합도는 거의 개발되어 있지 않으나,  R², Redundancy, GoF(Goodness of Fit) 등으로 평가할 수 있다(배병렬, 2011; 김계수, 2013). 내생변수들의 R² 값으로도 적합도를 평가할 수 있는데, R²값이 0.26 이상이면 ‘상’으로, 0.13-0.26 미만이면 ‘중’으로, 0.02-0.13 미만이면 ‘하’로 분류한다(Cohen, 1988; 김가령, 2014에서 재인용). 본 구조모형의 분석결과, 외부 연구 개발 정도(0.094), 내부 연구개발 정도(0.007), 재무성과(0.047)는 다소 낮았고, 혁신성과(0.234)는 ‘보통’의 적합도를 보이는 것으로 나타났다.