과학기술계 및 출연연은 공공기간의 운영에 관한 법률에 2008년 기타 공공기관에 포함된 출연연이 자율성 확보를 위해 공공기관에서 제외를 요구하고 있지만 법개정에 소속 국회의원들이 반대 의견을 표명하고 있다.
국내 정부출연 연구기관과 관련된 주요 이슈로 공공기관 지정 해제 여부가 있다.지난 연말 국회 미래창조과학방송통신위원회 소속 국회위원들이 '공공기관의 운영에 관한 법률(공운법)'개정안에 반대 의견을 표명한 바 있다.공운법 개정안은 지난 11월 발의된 것으로,‘공공기관지정 예외조항’(4조 2항)을 삭제하는 내용을 담고 있다.정부는 지난 2007년 공공기관의 방만 경영을 막기 위해‘공공기관의 운영에 관한 법률’을 제정한 바 있으며,2008년부터 출연연은 ‘기타 공공기관’범주에 포함돼 법 적용을 받고 있다. 출연연이 연구기관의 자율성 확보를 위해 공공기관에서 제외되어야 한다는 과학기술계 및 출연연의 요구가 실현될 수 있을지 주목된다.또한,2015년은 한국표준과학연구원 설립 40주년,한국생명공학연구원 설립 30주년,그리고 국가핵융합연구소의 국가 핵융합 연구개발 기본계획 확정과 사업 시행 20주년이다. 많은 제약조건 및 불확실성과 싸워왔던 그간의 발자취를 돌아보면서 변화하는 과학기술 연구개발 환경에 맞게 진취적으로 국가과학기술의 미래를 창조해나가는 정부 출연 연구 기관이 되길 바란다.