종합지원부처와 고유사업부처는 대부분 산하에 전문관기관을 운영하여 문제해결에 영역에 대한 R&D 사업을 지원한다. 하지만 그 기능과 역할이 서로 중복되고 있어 구조적 문제 파악이 필요하다. 
우선 구조적인 문제를 파악하는 것이 필요한데, 각 전문분야별 컨트롤 타워로서 전문관리기관의 기능과 역할은 상부 조직인 각 부처의 역할 분담 문제와 분리시켜 파악될 수 없다. 이미 전술한 바와 같이 국내 정부 R&D 재정사업 구조는 크게 종합지원부처와 고유사업부처로 구분되는데 이들 각각의 부처들이 대부분 산하에 전문관리기관을 운영하고 있다. 즉, 종합지원부처 산하의 전문관리기관들은 거의 모든 문제해결 영역을 대상으로 한 R&D사업을 지원하고 있고 고유사업부처 산하의 전문관리기관들은 각각의 문제해결 영역에 대한 R&D사업을 지원하고 있는 구조이다. 따라서 종합지원부처 산하의 전문관리기관들과 고유사업부처 산하의 전문관리기관들의 기능과 역할이 중복될 수밖에 없는 구조를 갖고 있다.