연구개발사업의 성과지표는 성과목표의 달성을 측정할 수 있게 성과목표의 핵심내용을 고려하여 설정한다. 따라서 사업평가는 사업의 분석, 사업유형의 결정, 성과목표 설정과 성과지표 설정으로 1~2단계로 구분하여 순서대로 진행된다.
연구개발사업의 기본원칙은 사업단위로 목표를 설정하고 계속사업도 중장기목표를 설정하도록 하고 있으며 성과목표의 구체성을 위하여 사업유형, 목표기한, 재원규모, 역량 등을 종합하여 도전적, 창의적, 현실적으로 설정하도록 하고 있다. 성과목표 설정 후 사업 전주기에 걸친 책임성과 평가결과에 대한 환류를 강화함으로 정성적, 정량적 성과지표를 설정하도록 하고 있다. 성과지표는 성과목표 달성도를 구체적으로 측정할 수 있도록 사업별로 성과목표에 해당하는 핵심내용을 고려하여 설정하도록 하고 있다. 즉 사업평가는 사업분석, 사업유형 결정, 성과목표 설정, 성과지표 설정 순으로 진행된다. 정부부처별 평가 대상 사업수는 103여개로 평가종료는 진행사업인 경우 중간 및 특정평가, 종료사업인 경우 종료 및 추적평가를 실시하며 부처별 사업평가는 1단계 방식과 2단계 방식으로 구분하여 운영되고 있다.