시화호 환경개선을 위한 양해각서의 체결에 따라서 해양수산부는 시화호 연안환경관리사업을 위하여 사업조정위원회 및 사업사무소를 설립해 지원하기로 하였다. 
해양수산부와 GEF/UNDP/IMO PEMSEA 간 시화호 환경개선을 위한 양해각서에는 시화호 ICM 비교해역의 개발 및 이행을 위한 해양수산부, 경기도, 안산시, 시흥시, 화성군, IMO의 협력 및 지원에 관한 사항이 구체적으로 명시되어 있다. 양해각서 체결에 따라, 해양수산부는 시화호 연안환경관리사업(SCEMP, Shihwa Coastal Environmental Management Project)을 위한 사업조정위원회(PCC, Project Coordinating Committee)와 사업사무소(PMO, Project Management Office)를 설립하고, 재정 및 행정적 지원을 담당하기로 했다. 해양수산부는 SCEMP 이행에 관한 활동계획과 예산을 관리·감독하기로 했다. 경기도를 포함한 관련 지자체는 해양수산부의 PCC 설립·운영을 지원하며, 인력파견과 재정적, 행정적, 기술적 지원을 담당하기로 했다. IMO는 동아시아 지역프로그램을 통해 SCEMP의 개발, 이행, 지속적 운영에 관한 기술적 자문을 제공하는 역할을 맡게 되었다. 이 양해각서에 따라 해양수산부는 예산을 확보하여 2003년 부터 ‘시화호 해양환경개선사업’을 시작하게 되었으며, ‘시화호 관리위원회’와 ‘시화호 사무국’을 만들었다. 또한, 해양수산부는 시화호 종합관리계획의 시행과정에서 PEMSEA 와 긴밀한 협력관계를 통해 연안통합관리체계를 구축하기 위한 기술과 노하우를 전수 받게 되었다.