2005년 고시에 따른 연장기간이 적용된다 하더라도 2000년 고시의 연장기간과 아무 차이가 없을 것으로 보이는데, 그 이유는 의약품에 대한 임상시험은 이미 특허발명 등록일 당시 진행 중이었고, 임상시험이 종료된 것도 사건 허가 신청이 접수된 뒤이므로, 연장기간 제외 여부와 관련해 차이를 보이는 기간 자체가 존재하지 않기 때문이다.
나아가 설령 이 사건 연장등록에 대하여 2005년 고시가 적용된다고 보는 경우라도 그 연장기간은 2000년 고시의 그것과 아무런 차이가 없을 것으로 보이기도 한다. 즉, 앞서 이 사건 의약품에 대한 임상시험 및 이 사건 허가 절차의 진행 경과 부분에서 살펴 본 바와 같이, 이 사건 의약품에 대한 임상시험은 이 사건 특허발명의 등록일 당시에 이미 진행 중이었고, 그 임상시험이 종료된 것도 이 사건 허가 신청이 접수된 뒤이므로, 2000년 및 2005년 고시에서 국내 임상이 있는 경우 그 연장기간 제외 여부와 관련하여 차이를 보이는 기간인 ① 임상시험계획 승인일부터 임상시험 개시일까지의 기간 및 ② 임상시험 종료일부터 허가서류 접수일까지의 기간 자체가 존재하지 않는다. 또한 뒤에서 자세히 보는 바와 같이 원고가 연장기간 산정에서 제외되어야 함을 주장하는 ‘특허권자의 책임 있는 사유로 소요된 기간’ 역시 인정되지 않는 바이다. 따라서 이 사건에서는 2005년 고시에 따른 연장기간, 즉 특허권 설정등록일 이후로서 임상시험기간과 식약처의 서류검토 기간은 2000년 고시에 따른 연장기간과 같은 이 사건 특허발명의 등록일인 2006. 7. 24.부터 이 사건 허가일인 2007. 9. 21.까지가 될 것이기 때문이다.