혁신의 저해 요인에 대해 중소기업은 자금, 인력, 정보의 부족을, 대기업은 외부적인 요소라고 답했다. 비수행 대기업에서는 수행 대기업에 비해 저해 요인이 크지 않다는 결과가 나타났다.
제품혁신 공정혁신 수행여부의 관계없 성공적인 실현을 저해했던 요인을 살펴보면([그림 3-14] 참조), 중소기업의 경우 주로 자금, 인력, 정보의 부족을 주요 저해 요인으로 꼽았고 대기업의 경우 수요의 불확실성과 협력파트너의 부재, 독과점 시장지배를 원인으로 꼽았다. 비수행 중소기업에서도 역시 자금, 인력, 정보 부족이 주요 저해요인으로 나타나(<부표 1-18B> 참조) 이러한 요인들은 외부 연구개발 수행 여부에 상관없이 중소기업의 혁신을 저해하는 요인으로 작용할 수 있는 것으로 보인다. 비수행 대기업에서는 시장수요 불확실성 뿐 아니라 내부자금 부족, 인력 부족에 대한 응답이 높은 편에 속했으나(약 16%) 수행 대기업들에서 응답하는 만큼 높은 비중으로 나타나지는 않았다.