일본은 기본 형식을 따르면서도 독자적인 국가 혁신 조사를 총 3번에 걸쳐 시행하고 있으며 그 결과 통해 다른 국가와 비교하고 있다.
일본은 일본 국가 혁신 조사(Japanese National Innovation Survey)를 수행하고 있으며,4) 역시 오슬로 매뉴얼과 CIS의 기본 포맷을 준수하면서 최근의 이슈와 연구 동향을 반영하여 독자적인 설문을 구축한다. 설문 주기도 상대적으로 길어서, 2003년에 첫 라운드가 수행된 이후 2009년에 두 번째 라운드를 진행하였으며, 최근 2012년까지 총 세 번의 조사가 이루어졌다. 대신 조사 규모와 이슈의 포괄범위가 커서, 2012년 표본 규모는 25,000개사에 달하며 신성장동력, 무형자산 등 특별 이슈를 포 함하고 있다. 일본 역시 OECD 등에 그 결과를 제출하여 국제 비교에 참여하고 있다.