Levy 방식과 ETS 방식은 주체와 탄소가격의 변동성 유무라는 차이점이 존재한다. 전자는 온실가스펀드가 주체이고 모든 선박에 균일한 요율을 부과하고, 후자는 개별 선박과 선사 단위가 주체가 되며 탄소거래의 수급에 따라 가격이 달라진다. 
Levy 방식은 균일한 요율을 적용하는 방식으로 덴마크 등에서 제안한 GHG Fund가 여기에 해당하고, ETS 방식에는 영국, 프랑스, 독일 등이 제안한 배출권거래제도가 여기에 속한다. Levy 방식과 ETS 방식의 가장 큰 차이점은 탄소거래의 주체가 다르고, 탄소가격의 변동성 유무에 있다. Levy 방식은 탄소거래의 주체가 온실가스펀드 관리기구인 반면, ETS방식은 탄소거래의 주체가 개별 선박 혹은 선사 단위이다. 다시 말해, Levy 방식의 경우 CDM, JI 등과 같은 교토 메커니즘의 적용을 해운 부문을 대표하는 온실가스펀드 관리기구가 운영하는 한편, ETS방식의 경우 개별 선박 단위로 탄소거래, CDM, JI 등이 이루어진다. 또한 Levy 방식은 탄소가격이 특정 기간 모든 선박에 대하여 균일한 요율을 부과하지만, ETS 방식은 탄소가격이 탄소거래의 수급 규모에 따라 변화하는 특징이 있다.