타당성평가 지원과 시범사업은 NEDO와 GEC라는 사단법인에 위탁하고 있다. 기업이 시법사업을 신청하면 30~50% 자금을 정부에서 지원하며, 기업은 배출권의 반 이상 일본 정부에 이전하는 방식으로 운영된다. 
양자간 협약은 외무성에서 체결하고 있으며, 현재는 협약국들과 시범사업 수행, 프로젝트 및 방법론 개발 단계이고 향후 거래 메커니즘을 개발할 계획에 있다. 타당성평가 지원 및 시범사업은 경제산업성과 환경성이 주도적으로 업무를 수행하며, 경제산업성은 신에너지 및 산업기술개발기구 (NEDO)라는 산하기관을 통해, 환경성은 지구환경센터(GEC)라는 사단법인을 통해 업무를 위탁하고 있다. 지원형식은 기업들이 시범사업을 신청하면, 30~50%의 사업 소요자금을 정부에서 지원하는 방식으로 운영되며, 대신 기업들은 발생하는 배출권의 절반 이상을 일본 정부에 이전해야 한다. JCM 프로젝트의 확산을 위해 환경성은 JICA 등 타기관 사업에 대한 파이낸싱과 ADB를 통한 Trust Fund 설립을 위한 자금 지원 등도 수행하였다. 특히 REDD+를 통한 배출권 확보 가능성에 주목하고 동 분야에 대한 시범사업을 다수 진행 중이다.