각 자유무역지역의 성과를 보기 위해서는 분양 또는 임대가 확정된 입주업체가 아닌 가동업체를 비교해야 하는데 가동업체 1곳당 수출액은 마산과 군산, 대불 지역이 우리나라 산업단지 평균수준보다 3배 정도 높으며 동해나 율촌 지역은 아직 성과가 높지 않다. 
먼저 각 자유무역지역의 성과를 보기 위해서는 입주업체가 아닌 가동업체를 비교해야 한다. 입주업체는 분양 또는 임대가 확정된 경우이므로, 실제 운영과는 거리가 있기 때문이다. 마산 자유무역지역에서는 별도로 가동업체를 제공하고 있지 않으나, 마산 자유무역지역의 경우 운영이 본 궤도에 올라 있으므로 대부분의 입주업체가 가동 중임을 짐작할 수 있어, 가동업체 수를 입주업체 수로 대체하여도 큰 무리는 없을 것으로 보인다. 가동업체 1곳당 수출액은 2000년의 경우 마산 자유무역지역이 약 6,000만 달러로 우리나라 산업단지의 일반적인 수준인 522만 달러보다 11배 정도 많았으며, 2013년에는 격차가 많이 줄어 3배 정도 수준을 나타내고 있다. 군산 및 대불 자유무역지역 또한 업체당 수출액은 우리나라 산업단지의 평균 수준보다 2~3배 정도 높은 것으로 나타나고 있으며, 운영이 시작된 지 3년 정도 된 동해와 율촌자유무역지역은 아직 성과가 높지 않은 것으로 드러난다.