프로그램관리자 (PM)은 프로그램 수행의 중심 주체이며, 아이디어의 방향 설정, 결집, 연구개발을 수행한다. PM 제도는 정보통신기술, 나노기술 분야에 시범운영을 통해 늘릴  계획이다.
국방고등기술원의 '융·복합 연구센터'와 PM 제도가 이런 DARPA의 장점을 국내 여건에 맞게 취한 것이다. 프로그램 관리자, 즉 PM은 한마디로 연구개발 프로그램을 수행하는 중심 주체로서, 연구개발하고자 하는 아이디어와 방향을 설정해서 산·학·연의 역량과 도전적 아이디어를 결집하고, 혁신적인 연구개발을 수행한다. 연구개발 프로세스도 기존 제도와 차별화를 위해 개편 중에 있다. 새로운 프로젝트로 기획된 과제 전반에 대한 독자적 권한과 자율성을 가지게 된다는 점이 특징이다. 이 PM 제도는 우선적으로 정보통신기술(ICT), 나노기술(NT) 분야에 대해 시범운영을 통해서, 본 궤도에 올라가면 PM을 모집할 분야나 과제 수는 더 늘어날 것으로 기대하고 있다.