조건부 가치층정법은 수요함수를 직접 추정하지 않아도 힉스적 보상잉여를 알 수 있지만, 인식에 기초한 경제적 가치평가 방법론의 한계가 있다. 때문에 응답자의 반응에 따라 결과가 달라진다. 
앞에서 소개한 다른 추정기법과 비교하여 조건부 가치측정법의 장단점을 요약하면 <표 2-12>와 같다. 조건부 가치측정법의 장점은 수요함수를 직접 추정하지 않아도 힉스적 보상잉여를 알 수 있다는 점이다. 단점은 생태계서비스지불제에서 언급된 바와 같이, 사람들의 인식에 기초한 경제적 가치평가 방법론들이 가지는 한계가 존재한다는 것이다. 즉, 연구자의 방법론에 대한 이해도와 설계능력, 해당 시점의 사회경제적 여건 또는 사회에 속한 응답자의 반응에 따라 그 결과가 달라질 수 있다. 조건부 가치측정법의 경우, 응답자에게 제시될 특정 환경재 수준에 대한 가상 시나리오의 설계와 지불의사 유도 질문을 고안하는데 있어 세심한 노력을 기울여야 한다.