자연재난 대부분 국민안전처가 대처하고 있으며 적조나 조수 같은 해양 관련 재난은 해양수산부와 소득복지과 등이 함께 대처하고 있다. 
자연재난 중 적조 이외에 조수, 풍수해, 지진·해일 등에 따른 양식산업 피해도 예상되지만 풍부해, 지진은 주관부처가 국민안전처이며, 해양수산부는 유관기관 으로서 역할을 수행한다. 유관기관으로 역할을 하더라도 해수부 내에서 조수는 해양영토과, 풍수해는 연안계획과, 어촌어항과, 항만개발과, 어업재해보험 및 재 해대책은 소득복지과에서 담당하고 있다. 홍수와 가뭄은 내륙에서 발생해 해양수 산부가 관여하지 않는다. 그러나 강에서의 오염, 홍수와 가뭄에 따른 내륙의 내수 면 양식장 피해가 크다. 사회재난 중 해양오염원과 선박사고도 양식산업에 심각한 영향을 미친다. 허베이스피리트호의 기름유출 사고는 서해안 양식산업에 막대 한 영향을 미친 바 있다.