연구개발투자의 방향 설정을 위해서는 세계와 국내 과학, 경제활동을 복합적으로 고려해야 하고, 정부 투자 방향을 분석하여 설정해야 한다. 투자의 방향 설정은 예산 사용 목적의 적합성이 있어야 하고, 과학기술 발전 전략 선택 측면에서 검토될 수 있다. 
특히 정부 연구개발투자의 방향을 설정할 때 과학기술 및 경제 발전의 미래 전망, 세계적인 과학기술 활동 및 경제 활동 추세, 국내 과학기술 활동의 양상 등이 복합적으로 고려되어 이루어지지 않으면 안 된다. 따라서 정부 연구개발투자와 관련된 폭 넓은 조사･분석 내용을 체계적으로 조직화하여 투자 방향을 설정해야 한다. 정부 연구개발 투자의 전략적 방향 설정은 정부 연구개발예산 사용의 목적 적합성을 제고시키는데 기여하며 국가 목표와 연관된 과학기술의 역할 설정, 산업 발전과 연관된 과학기술 발전전략의 선택, 과학기술 발전 전략의 엔진이 될 과학기술 자원 동원 등의 측면에서 검토될 수 있다. 예산이 정책결정자가 이룩하려는 의도된 행위에 대한 가격 표시가 붙어 있는 일련의 목표와 대안을 나타낸다고 할 때 정부 연구개발예산도 사회적 가치 배분을 반영한 정부의 정책 목표와 발전 전략을 반영하지 않으면 안 된다(과학기술정책연구원, 2005: 149).