방통위의 행정 사무를 비롯한 모든 권리를 미래부에 넘기고 제한된 권한만 방통위에 두는 정부조직법 개정안 제출에 반대해 야당은 방송과 관련한 규제 전반을 합의제 위원회인 방통위에 맡기는 개정안을 발의하며 정면충돌 하였다. 이러한 여야의 정면충돌은 정부 조직개편안 처리의 가장 큰 걸림돌이 되었다.
2013년 1월 30일 대통령직 인수위원회의 안을 받아 새누리당은 방통위의 법적 지위가 중앙행정기관에서 독립위원회로 바뀌며 관련 법률안 시행령 제·개정 권한이 삭제되는 등, 방통위의 위상과 기능이 약화되는 정부조직법 개정안을 제출하였다. 방통위의 행정 사무를 미래부와의 사전 협의를 거치도록 하고, 통신과 유료방송에 대한 인허가권, 법률 제·개정 권한, 방송통신발전기금 징수 운용 등과 관련한 모든 권한을 미래부에 넘기며, 공영방송의 임원 인사, 지상파 방송사업자·공동체 라디오 방송사업자의 허가 추천, 금지 행위에 대한 조사 제제 등으로 제한된 권한만 방통위에 남기는 안이었다. 이러한 개정 안에 대해 강하게 반발하면서, 민주당은 2월 4일 방통위의 지위와 역할을 이명박 정부 와 사실상 유지하는 내용 즉 방송과 관련한 진흥과 규제 전반을 합의제 위원회인 방통위에 맡기는 정부조직법 개정안을 발의하며 정면충돌 하였다. 그 안인즉, 방통위를 전과 같이 중앙행정기관으로 유지하며, 법령 제·개정권, 예산 기금 관리 편성권을 갖도록 하 는 것이었다. 방송발전기금과 한국방송광고진흥공사도 방통위의 관할이 되며, 종편보도 채널뿐 아니라 유료방송 전체와 IPTV 등 뉴미디어 융합서비스 등과 관련한 모든 방송 정책 역시 방통위의 소관이었다. 또한 방통위 의사결정의 합의제적 성격 및 정치적 독 립성 강화차원에서 특별의결정족수제 도입이 포함되었다. 이처럼 방통위의 역할을 둘러 싼 여야의 정면충돌은 정부 조직개편안 처리를 가로막은 가장 중요한 이유가 되었다.