질병부담의 기준이 모호하며, 질병부담, 근거수준의 중요성은 전문가 조사가 아닌 다른 기준을 적용해야 한다. 그러나 질병부담을 연구의 우선순위로 적용하는 방안에는 전문가 의견이 필요하다.
또한, ‘질병부담’ 항목이 각 질환의 ‘질병 부담’인지, 혹은 각 질환에 해당 개입을 하지 않았을 때의 질병부담인지가 모호하여 질병 자체의 부담이 잘 알려진 당뇨, 고혈압, 암, 금연 등이 높은 순위를 차지한 것으로 보인다. 또한 정량화할 수 있는 ‘질병부담’이나 기존에 연구되어 밝혀진 ‘근거 수준’과 같은 항목의 중요성을 전문가 조사로 평가한다는 것이 무리가 있을 수 있다. 이는 전문가 조사가 아닌 다른 평가 기준을 적용하는 것이 바람직할 수 있다. 그러나 정량화된 질병부담이나 연구된 근거 수준의 제시에 더해서 그 질병부담을 어떻게 연구의 우선순위로 적용할 것인가를 고려한다면 이러한 과정에서 전문가의 의견이 필요한 부분이라고 할 수 있다. 이에 대한 사항은 향후 우선순위 선정 연구에서 더욱 고려해야 할 사항이다.