예비타당성 조사를 거친 후 결정한 목표는 각 목표치를 하향 변경하는 것으로 나타났다. 그러나 그 명확성은 떨어지는 것으로 파악된다. 
본 사업이 예비타당성 조사를 거침에 따라 예타결과 확정된 사업목표는 품목당 Golden Seed 1개씩, 총 20개 이상을 개발하여 종자 수출 2억 달러를 달성이었으나, 예비타당성 조사 이후 상세기획 단계에서 품목별 수출액 및 국내 자급률 목표치의 하향조정, 신품종등록 목표치 변경 및 Golden Seed 1개 이상 성공 목표 설정 등 당초 설정된 목표를 변경추진하고 있는 것으로 나타났다. 그러나 예타 시 확정된 품목별 달성 목표를 변경·추진함에 따른 타당한 근거를 제시하지 않았으며, 목표 변경으로 인하여 품목별 목표 및 사업의 최종 목표제시의 명확성이 다소 떨어지는 것으로 파악되었다.