총괄조정 기관을 무리하게 설립하거나 지정하는 것보다 ‘생명자원 조사·발굴·보전·관리’, ‘생명자원 이용·활용’ 및 ‘생명자원 해외 협력’ 등 주요 기능별 부문별로 총괄조직을 운영하는 방안이 현실적으로 나아 보인다.
미국, 일본, 영국 등 한국과 입장이 같은 대표적 자원이용국들의 경우를 참조하면 이들은 생물다양성과 관련된 전체 총괄조직은 없는 것으로 보는 것이 타당하다. 이러한 점을 고려할 때 우리나라 역시 무리한 총괄조정 기관의 설립혹은 지정은 불필요한 것으로 판단된다. 따라서 주요 기능별 총괄조직의 운영방안을 고려할 수 있는데, 즉, ‘생명자원 조사·발굴·보전·관리’, ‘생명자원 이용·활용’ 및 ‘생명자원 해외 협력’ 등 주요 기능별로 부문별 총괄조직 운영을 운영하는 일본의 사례를 들 수 있다. 일본의 경우, 생명자원 이용·활용·관리는 경제산업성이, 생명자원 조사·발굴·보전은 환경성이, 생명자원 해외 협력은 외무성이 담당하는 구조이다. 나고야의정서에서 요구하는 총괄기관의 경우에도 연락기관외에 다른 총괄기관을 통합할 필요는 없다는 점을 고려하면 관리단계별 혹은 관련 업무별 총괄기관 지정이 현실적인 것으로 보인다.