백신항원에는 면역원성평가를 위해 기능적 분석법을 권장한다. 그러나 일부 무세포 백일해 백신에 들어있는 일부 상용 항원에 대해서는 확인된 기능적 분석법이 아직 없다.
임상 프로그램을 개발할 때는 백신 성분에 의해 유발된 항체의 기능적 활성(functional assay)을 측정하는 것이 중요하다. 백신항원의 경우에는 면역원성평가를 위해 권장하는 방식이 기능적 분석법이다(표2). 다른 경우에는 비기능적분석법(nonfunctional assay)이 1차 평가로 용인 되어 왔다. 하지만 이 경우에는가능하다면 기능적 분석법을 사용하여 비기능적 분석을 통해 면역반응을 의미 있게 평가할 수 있는지를 확인해야 한다. 여기서 염두에 둘 점은 일부 무세포 백일해 백신에 들어있는 일부 상용 항원에 대해서는 확인된 기능적 분석법이 아직 없다는 것이다.