Sanger 방법은 현 기술에 비해 시간과 비용은 더 소모되나 정확성은 높다. 이 방법은 DNA가 주형가닥에 dNTP를 붙여 복제하는 과정에서 dNTP가 치환된 형태인 ddNTP를 이용해 DNA 중지시키는 방법에 의해 4개의 시험관 각각의 전기영동 이미지를 분석해 DNA 염기서열을 결정한다. 
그럼에도 Sanger 방법은 제한된 길이의 DNA 염기서열을 결정하는 가장 오래된 방식으로써 현재의 시퀀싱 기술들에 비해 시간과 비용이 많이 소모되지만, 비교적 정확한 방법으로 알려져 있다(Bentley et al., 2008). 일반적으로 세포의 핵 내에서 DNA가 복제되는 원리는 주형이 되는 DNA 가닥에 DNA 중합효소가 달라붙어 DNA의 기본적인 단위가 되는 dNTP(deoxynucleotide triphosphates)를 붙여나가는 방식으로 이루어진다. 이 때 DNA 조각 하나하나가 기존의 긴 사슬에 이어 붙을 수 있는 것은, 기존 사슬 말단에 위치하는 dNTP의 3번 탄소위치에 있는 OH(수산화기)와 새로 추가되는 dNTP의 5번째 탄소위치에 있는 PO3(인산기)가 결합하기 때문이 다. Sanger 방법은 dNTP의 3번 탄소위치에 있는 수산화기를 수소원자로 치환한 ddNTP(dideoxynucleotide triphosphates)를 이용하여 DNA 중합을 중지시키는 방법을 이용한다. 4개의 시험관에 각 시험관마다 4가지 종류의 dNTP 및 특정 ddNTP를 준비하고, 분석하고자 하는 샘플을 가지고 중합반응을 진행한다. 그렇게 되면, 4개의 시험관마다 각기 다른 길이의 DNA 조각들이 합성될 것이고 이를 한데 모아 전기영동을 하게 되면 길이가 짧은 조각부터 긴 조각까지 차례대로 분리되는 것을 볼 수 있다. 이 정보를 바탕으로 4개의 시험관에 해당하는 전기영동 이미지를 분석하면 DNA 염기서열을 결정할 수 있다(Nelson and Cox, 2008).