국가연구개발사업 성과평가는 중간평가와 특정평가로 구분된다. 전자는 정량적 특성으로 사업간 비교분석이 쉽고 성과관리의 대표성을 확보한다 . 반면, 후자는 정성적 특성으로 인해 정량적, 직관적 비교분석이 어렵다.
국가연구개발사업 성과평가제도 내에서 현재 추진 중인 사업에 대한 평가는 크게 중간평가 및 특정평가로 구분될 수 있다. 중간평가의 경우 평가점수 및 등급 부여에 따른 평가결과가 도출되는 반면, 특정평가는 심층분석 기반의 평가결과 도출을 통해 개선 권고사항을 제시하게 된다. 즉, 국가연구개발사업 중간평가는 자체평가 지침을 토대로 동일한 평가관점에 따라 평가결과가 정량적으로 제시되므로 사업간 비교분석이 상대적으로 용이한 동시에 정부가 지원하는 주요 R&D사업의 대부분이 3년 주기로 평가대상이 되므로 성과관리의 대표성을 일정 수준이상 확보하고 있다고 볼 수 있다. 이와 달리 특정평가의 경우에는 정성적 평가결과가 도출됨에 따라 정량적 비교분석이 다소 난해하고 복잡한 심층분석 경로로 인하여 직관적인 비교분석의 어려움이 뒤따른다.