헌법재판소는 수도가 서울인 것은 관습헌법에 해당하여 수도 이전은 헌법 개정에 의해서만 가능하다는 취지에서 신행정수도 건설 사업에 위헌 판결을 내렸습니다. 이에 순조롭게 진행되던 신행정수도 건설 사업은 전면 중단되었습니다.
하지만 순풍에 돛 단 듯 진행되던 신행정수도 건설 사업은 헌법재판소의 위헌 결정으로 좌초의 위기에 처하고 말았습니다. 2004년 7월 12일에 ‘신행정수도건설을위한 특별조치법’에 대한 위헌 확인 헌법소원이 제기되었는데 당시 청구인들은 국민투표권·재산권·청문권·공무담임권·평등원칙·직업선택 및 거주이전의 자유·행복추구권 등 헌법상 기본권이 침해당했다고 주장한 것입니다. 이에 헌법재판소는 수도가 서울인것은 관습헌법에 해당하여 수도 이전은 헌법 개정에 의해서만 가능하다는 논지로 특별법에 대해 위헌 결정을 내렸습니다. 헌법재판소의 위헌 결정에 따라 특별법 및 이전계획, 건설기본계획 등도 그 효력을 상실하게 되었고, 순조롭게 진행되던 신행정수도 건설사업 역시 전면 중단되었습니다. 때는 2004년 10월 21일, 신행정수도 입지가 연기·공주지역으로 선정된 지 3개월여 만의 일이었습니다.