황색포도상구균은 주변 환경을 위생적으로 처리하여 감염원을 제거하고 병원내 2차 감염의 대책도 필요하다. 장독소에 의한 식중독은 장관독소가 내열성을 갖고 있기 때문에 보통의 조리에 의해서는 제거할 수 없으므로 세삼한 주의가 필요하다.
황색포도상구균은 건강한 사람의 피부 등에도 상재하며 공기, 토양 등의 자연계에 광범위하게 분포하고 있어 완전한 예방대책이 어려우며 주변 환경을 위생적으로 처리하여 감염원을 제거하고 병원내 2차 감염의 대책이 필요하며 모든 외과적 처치와 기구는 무균적으로 이루어져야 한다. 또한 장독소에 의한 식중독은 가열조리 후 바로 먹은 식품이나 살균 우유 등으로도 식중독이 발생되는데 이는 장관독소가 100℃에서 30분간의 가열로도 파괴되지 않는 내열성을 갖고 있기 때문이다. 따라서 218~248℃에서 30분간의 가열로 파괴되기 때문에 보통의 조리에 의해서는 제거할 수 없다. 특히 가능한 한 원료의 오염방지와 함께 충분한 열처리 및 신속한 섭취가 중요하며 식품을 보존할 경우는 10℃이하의 저온에서 보관하고, 화농창 등의 피부질병에 걸린 사람이 식품조리 시에는 세심한 주의가 필요하다.