전공의의 80시간 근무 규정은 과목별로 준수 난이도가 다르다. 외과와 같은 곳들은 연차별로 근무 시간을 재분배 해도 준수하기 어려울 것이며 연차 갈등이 일어날 가능성이 높다.
두 번째 제기된 문제점은 80시간 규정의 준수 가능성이 과목별로 다르다는 점이다. 예컨대 관찰자들은 영상의학과나 병리학과, 진단검사의학과 등은 상대적으로 80시간 준수에 대한 부담이 크지 않다고 말했다. 또한 외과는 전공의 증원이나 환자 수 제한 등의 추가적인 규정이 없는 이상 업무를 연차별로 재분배하더라도 80시간을 준수하기는 어려울 것이라고 보았다. 80시간의 업무시간 기준을 맞추기 위해서 1 ~ 2년차 업무의 상당량을 3 ~ 4년차로 부담시켜야 하는 내과, 소아청소년과 등의 경우에는 연차 간의 갈등이 생기거나 윗년차 전공의들이 심리적으로 저항할 가능성이 높다고 보았다.