기등재약 급여목록 정비사업이 목표를 이루지 못하고 마감된 것은 건강보험 급여권에서 시간적, 경제적, 사회적 비용이 더욱 큰 영향을 끼쳐 중도 변경하였다. 
기등재약 급여목록 정비사업이 당초의 원칙을 끝까지 견지하지 못하고 약가 인하 중심으로 정리된 것은, 건강보험 급여권에서 기존 기술(의약품)의 재평가 사업의 중도 변경으로 평가할 수 있다. 이러한 의사결정에는 비용효과성이라는 새로운 기준을 적용하여 급여 적정 여부를 평가한다는 원칙보다, 사업에 소요되는 시간적, 경제적, 사회적 비용 문제가 더 큰 영향을 미친 것으로 볼 수 있다. 특히 이 사업이 기존 기술의 재평가제도로서 전격 추진되었다는 점에서 큰 의의가 있는데, 당초 제도의 취지와 내용을 유지하지 못한 점은 국내 의료기술의 재평가 제도의 발전 측면에서 아쉬운 점이 있다.