일본은 지속해서 의견이 엇갈렸던 ABS에 대한 처리에 외교적 부담을 지니고 있었고 확실한 처리를 하지 않은 채 합의안을 결정해 통과시켰다. 이로써 나고야 의정서의 모호함으로 인해 나라별로 해석차이가 나고 당사국강의 진행에 많은 갈등이 예상된다. 이런 일본도 비준을 앞서 할 시 받을 불이익을 대비해서 정보를 탐색하고 있다.
1993년 생물다양성 협약이 발효되고 제6차 당사국회의에서 유전자원 이용과 이익 공유(ABS)를 확보하기 위한 가이드라인 (본 가이드라인) 이 채택되기도 하였으나, ABS에 대해서는 선진국과 개도국의 첨예한 의견차이로 사실상 효력이 없었던 상태였다. 일본은 생물다양성 협약 제 10차 당사국총회의 의장국으로서 오랜 시간 의견 대립이 있었던 ABS에 대한 처리를 놓고 외교적 부담을 안고 있었다. 일본은 회의 마지막 날까지 합의점을 찾지 못하자 외교 역량과물적 수단을 동원하여 다수의 쟁점들을 삭제, 또는 모호하게 처리한 후 합의안을 만들어 통과시켰다 (이민호, 2012). 이 때문에 나고야 의정서는 “창의적 모호함 속의 걸작품” 이라는 평가를 받고 있는데, 이런 의정서 내용의 모호함으로 인해 나라별로 해석차이가 크고 이로 인해 당사국강의 이행에 향후 적지 않은 갈등이 예상되고 있다 (오선영, 2012). 그러나 나고야 의정서 체결 당시 의장국이었던 일본마저도 EU 등 다른 선진국들보다 비준을 너무 일찍 할 경우 받게 될 국가적 불이익에 대비하여, 각계 전문가가 참여하는 회의를 개최하며 꾸준히 의견을 교환하는 동시에 다른 선진국들의 동향을 예의주시하고 있는 실정이다.