혁신도약형 R&D사업 제도 도입을 위해 국가과학기술위원회는 예년 국가 R&D사업 도전성 강화방안 마련에 이어, 2013년에는 혁신도약형 R&D사업 특례와 추진 가이드를 마련했다.
혁신도약형 R&D사업 제도의 도입을 위해 국가과학기술위원회는 2012년 국무총리실, 지식경제부, 교육과학기술부 등 주요 R&D사업 부처와 함께 국가 R&D사업의 도전성 강화방안을 마련하였는데, 동 방안에서 혁신도약형 R&D의 개념을 ‘세계 최초 또는 세계 최고 수준을 지향하여 혁신적 도약을 이끌 수 있는 연구개발’로 정의하고, 각 부처에서 수행 중인 국가 R&D사업 중 자율적으로 지정한 사업을 적용 범위로 설정하였다. 이어서 2013년에는 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한규정」 제33조의 4에 혁신도약형 R&D사업에 대한 특례를 반영(2013년 2월)하고, 혁신도약형 R&D사업 추진을 위한 가이드라인을 마련(2013년 8월)함으로써 새로운 제도의 본격 시행을 위한 사전 조치를 마무리한 바 있다.