법합치성과 관련한 별도법률을 제정할 때 국민 권리의무의 본질적 부분을 제한하는 것은 헌법 37조 제2항에따라 내용과 한계를 명확히해야 하는데, 타부처의 실시법과 충돌되지 않도록한다. 표준지침은 대외적 구속력을 가질수도 있으나 일반적인 것은 아니다.
우선 법합치성(제4장)과 관련하여서는 별도 법률을 제정하는 것은 「국가 연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」제20조 1항 단서 조항의 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 민간의 사적 소유물이라는 점에서 사적 자산인 연구시설·장비에 대해 정부가 효율적인 관리방안을 제시하고 이를 따르도록 하는 데 있어 국민의 권리의무의 본질적 부분을 제한하는 것이 되어 헌법 37조 제2항에 따라 법률로서 그 내용과 한계를 명확하게 하는 것이 바람직하다는 점, 그리고 이 경우 현재의 법체계상 법률의 수직적 체계 정합성에는 큰 문제가 없고 수평적 체계 정합성에 있어서는 별도 법률 제정시 타 부처 관련 실시법과 충돌되지 않게 조문을 구성하면 된다는 점이 더욱 중요하게 고려되었다. 표준지침의 경우 행정규칙으로 판례상 예외적으로 상위 규범과 결합하여 대외적 구속력을 가지는 경우가 있으나 이를 일반화하여 그 구속력을 주장할 수는 없다는 한계가 크다.