한국 해양과학기술 연구기관과 해외 주요 기관의 비교 분석을 실시한 이 연구는 유용한 함의를 도출해냈지만, 다음과 같은 한계도 있다. 첫째, 각 연구기관들의 연구능력을 비교하기 위해 다양한 정성지표들을 채용하긴 했지만, 전체적인 정책적 함의를 이끌어내기에는 비교지표들이 부족했다. 둘째, 표준점수를 활용해 단순 비교를 실시함으로써, 비교 분석 방법의 단순성에서 오는 한계가 있었다.
이 연구는 지금까지 수행되지 못하였던 우리나라의 해양과학기술 연구기관과 해외 주요 기관과의 비교 분석을 통해 유용한 함의를 도출하였지만, 실증자료의 부족 등 관련한 한계도 존재하며, 이 연구의 한계는 다음과 같다. 첫째는 비교 분석을 위해 채용한 비교지표들의 단순성 측면에서의 한계이다. 이 연구에서 중요하게 비교해야 하는 대상은 각 연구기관들의 ‘연구능력’이다. 이를 위하여 이 연구에서는 논문 성과의 CPP 지수, IF 등 다양한 정성지표들을 채용하였으나, 이외의 다양한 정성지표들을 채용하지 못하였다. 따라서 데이터의 단순 비교를 통해 전체적인 정책적 함의를 도출하기에는 논리적 부족이 존재한다는 의견이 있을 수 있다. 다만, 이 연구는 국제비교를 통해 우리나라의 해양과학기술 연구기관에 대한 함의를 얻기 위한 선험적 연구로서 향후 보다 다양한 지표 채용을 통한 보다 정교한 분석이 이루어질 필요가 있다. 둘째는 비교 분석 방법의 단순성에서 오는 한계이다. 이 연구는 표준점수(Z-score)를 활용한 단순 비교를 통해 비교 분석을 실시하고 함의를 얻었다. 앞서 제시한 바와 같이, 이 연구에서 단순 비교 방법을 채용한 것은 이를 통해서 보다 유효한 함의를 도출할 수 있을 것으로 판단되었기 때문이나, 비교 대상 기관수의 제한 등 한계가 있는 것도 사실이다. 따라서 향후에는 다양한 기관들을 대상으로 하는 보다 다양한 정교한 분석 모형이 채용될 필요가 있을 것으로 본다.