방과 후 돌봄서비스의 바람직한 운영을 위해서는 지역 내 자원 조사와 수요있는 곳에 적절한 강사와 프로그램 제공을 수행하여야 하고 기관과의 상호이해와 연계를 위해 상호방문의 날 등 소개와 설명으로 기관의 사업을 이해시킬 필요가 있다. 돌봄서비스의 인식을 완화시켜 연계를 통한 중복 업무와 복지의 사각지대를 인식하여 기관 간 공감과 신뢰형성으로 대상아동을 위한 높은 서비스 제공이 이루어져야 한다. 
또한 지역사회 내 방과후 돌봄서비스지원센터를 통해 지역 내 자원을 조사하고, 수요가 있는 곳에 강사와 프로그램을 제공해 줄 수 있는 기능을 수행할 수 있다는 것이 전제되어야 한다. 이러한 경우 한 강사는 특정한 방과후 서비스기관에 속해 있다기보다는 해당 지역사회 내 방과후돌봄 네트워크에서 활동하는 것이라고 볼 수 있다. 기관 간 상호이해를 위해서는 상호방문의 날, 간담회 등을 통해 방과후 돌봄서비스를 담당하고 있는 기관의 소개 및 설명 등의 작업이 진행될 필요가 있다. 예컨대, 지역아동센터에 대해 잘 모르는 교장, 교사나 돌봄교실 강사에게 지역아동센터에 대해 소개하여 어떤 사업을 하고 있는지를 이해시킬 필요가 있으며, 역으로 단위 학교에서는 외부의 방과후 돌봄서비스 담당자들을 대상으로 학교를 이해할 수 있는 기회를 제공해야 할 것이다. 이렇듯 방과후 돌봄서비스의 연계가 제대로 이루어지기 위해서는 적어도 방과후 돌봄서비스 기관 간 서로의 기능 및 역할에 대한 상호 이해가 전제되어야 할 것이다. 또한 서비스 연계가 담당자에게 번거롭고 별도의 업무로 여겨지며, 연계 없이도 방과후 돌봄서비스를 제공하는 데 어려움이 없다는 인식에서 벗어나, 연계를 통해 사례의 중복 또는 사각지대가 있는지를 발견하는 것이 중요하다는 인식이 전제되어야 하며, 이를 위해 기관 간 신뢰구축을 통한 공감대가 형성되어야 할 것이다. 공감대 마련은 방과후 돌봄서비스 제공 당사자의 사기와 자신감으로 이어지며, 나아가 대상아동에게 그 수혜가 돌아갈 것이다.