09년도에는 사업평가 방식을 세부 시행사업에 시범 적용했는데, 충분한 모니터링 자료 수집과 전문가의 평가가 필요하다. 10년도엔 연안환경평가방법, 실적평가, 비교분석 방법을 시도했다.
2009년에는 개별 사업의 성공요인과 실패요인을 객관적으로 파악하여 사업운영체계 개선에 반영할 수 있는 사업평가 방식을 4개 세부 시행사업에 시범 적용했다. 이러한 사업평가 방식은 방대한 자료수집과 분석에 너무 많은 시간과 노력이 소요되기 때문에 전체 세부 시행사업에 대한 평가를 실시하기에는 한계가 있었다. 사업평가에 필요한 모니터링 자료가 충분치 못할 경우 성과 분석이 어렵고, 전문가가 직접 심층적인 평가를 실시해야 하는 문제가 있었다. 2010년에는 미국 환경청(EPA)이 사용하는 연안환경평가방법, 투자계획 대비 실적 평가, 시화호 수질을 전국 연안 수질과 비교하는 방법 등 3가지 방법도 시도되었다.