신청자의 발표로 이루어지는 평가로 인해 발표 능력이 더 중요하다는 의견과 평가위원회 내 강하게 주장하는 위원에 의해 결정이 좌우될 수 있다는 지적도 있다.
또한, 평가의 대부분이 신청자의 발표와 질의응답에 근거하기 때문에 평가대상 과제의 실제 질적 우수성보다는 신청자의 발표능력에 따라 결과가 달라질 수 있다는 한계도 존재하며, 평가위원회 개최를 통해서만 과제 선정과 평가가 이루어지므로 일부 자기 목소리가 강한 평가위원이 있다면 다른 위원들의 결정에 지나치게 많은 영향을 미칠 수도 있다. 즉, 충분한 전문가인력 풀 확보와 충분한 사전검토기간이 없는 상태에서는 다수의 과제를 단시간 내에 평가하기 위해서 평가위원회 운영은 평가위원들이 다수결에 따라 우선순위를 결정하는 방식에 의존할 수밖에 없다.