개인건강정보가 2차 활용될 경우 프라이버시가 손상될 수 있으므로 2차 활용을 활성화하기 전에 먼저 환자의 프라이버시를 보호할 수 있는 방법을 찾아야 한다.
의료기관에서 생성된 개인 건강정보는 의료기관 내부에서도 사용되지만 외부의 다른 의료기관이나 연구기관, 국가나 지방자치단체의 의료행정 담당기관 등에 제공․유출될 수 있다. 1차적인 의료기관이 아니라 다른 기관으로 개인의 의료정보가 전달되고 사용되어지는 것은 또 다른 접근이 필요하다. 개인건강정보의 2차 활용으로 국민건강 향상을 가져오는 것은 유익한 일이지만 부주의하게 개인의 건강정보를 이용하는 경우 개인의 프라이버시가 손상될 수 있다. 따라서 개인건강정보의 2차 활용을 활성화하기 이전에 환자 개인의 프라이버시를 보호할 수 있는 방안을 강구해야 할 것이다.