폐수배출업소는 직접방류와 간접방류 폐수배출업소로 구분된다. 간접방류는 ｢산업폐수의 공공하수처리시설 연계처리 지침｣에 따른다. 연계처리 정책은 건설 및 운영 비용 중복투자 방지 목적으로 시행됐지만, 공공하수처리시설 운영 성능 저하 등의 문제를 일으킨다.
공공하수처리장의 관리정책 현황을 살펴보기 위해서는 폐수배출시설의 방류형태를 먼저 살펴보아야 한다. 폐수배출업소는 크게 자체처리시설을 갖춰서 처리 후 공공수역으로 방류하는 직접방류 폐수배출업소와 공동방지시설에서의 처리, 면제승인 등을 거친 후 공공하수처리시설로 유입하여 처리한 후 공공수역으로 방류하는 간접방류로 구분된다. 여기서 간접방류 시 ｢산업폐수의 공공하수처리시설 연계처리 지침｣에 따라 배출허용기준 ‘나’ 기준이 일괄 적용되거나 별도의 배출허용기준을 적용하여 관리하고 있다. 연계처리 정책은 처리시설 건설 및 운영에 드는 비용의 중복투자를 방지하기 위한 목적으로 시행되었다. 하지만 연계처리 시 기준이 상대적으로 완화되어 있기 때문에 공공하수처리장으로 독성물질, 중금속 등의 오염물질의 유입으로 인해 공공하수처리시설 운영 성능 저하, 공공수역의 중금속 오염, 하수처리수 재이용수 이용 시 위해성 문제 등이 국민들 생활에 직면해 있다.