동물용의약품 잔류검사 시 검사 대상에 따라 여러가지 시료가 있다. 정확한 검사 결과를 위해 시료의 선정이 매우 중요하므로 관리대상품목의 의미와 검사대상 물질과의 관계를 고려하여 합리적으로 시료를 선정하여야 한다.
동물용의약품 잔류검사는 육류를 대상으로 하는 경우, 크게 도축 전 검사와 도축 후 식육에서의 잔류검사로 나누며, 도축 전 검사는 주로 뇨, 도축 후 검사는 식육, 지방, 신장 간 및 망막 등 표적장기가 주 검사시료이다. 예를 들어, 도축 전 검사의 경우, 소, 돼지, 양은 주로 뇨 5 mL 또는 혈액(혈청으로서) 1 mL 이상을 대상으로 하고, 도축 후 검사를 위해서는 일반적으로 근육의 경우, 100～500 g, 지방의 경우, 10 g 이상, 신장 및 간의 경우 50 g 이상(가금의 경우 신장 또는 간 전체)을 채취한다. 그 외 알류는 난백, 난황, 전란을, 꿀은 꿀, 벌집(소비)도 검사 대상 시료가 되며, 최근 모발도 모니터링차원의 조사 시료로 활용하고 있다. 아울러 드문 경우이지만 혈액을 시료로 선정할 경우, 혈청(serum) 만을 선택하여 조사하는 것은 잔류농도의 정확한 추정에 적합하지 않을 수 있으므로 반드시 전혈을 시료대상으로 선정하는 것을 고려해야 한다. 수산용 동물 약품 잔류 검사는 어류와 어패류를 주 대상으로 한다. 최근 경제 동물, 식용동물의 생산에 대한 관심의 증가로 사료의 중요성도 높아지므로, 동물용의약품 첨가사료 뿐만 아니라, 조사료에 잔류하는 동물용의약품에 대한 조사도 매우 중요할 것으로 판단된다. 따라서 검사시료의 선정은 관리대상품목의 의미와 검사대상 물질과의 관계를 고려한 합리성에 바탕을 두어야 한다. 한편, CODEX의 시료 종류와 분석 부위에 따른 시료 채취 방법 및 최소 채취량 지침은 표 2-1과 같다.