비교효과 연구는 보건의료비 지출에 제한적인 영향만 미칠 것이라 사료된다. 미 의회 예산처에 따르면 비교효과 연구는 임상진료와 보건의료 지출 감소에 1%이하의 미미한 영향을 미칠 것으로 예상되나, 연구 자체에 대한 영향이 아닌 PPACA 전체 법에 의한 영향이므로 확언할 수 없다.
비교효과연구가 보건의료비 지출에 어떤 영향을 미칠 지는 현재로서는 명확한 결론을 내리기는 어렵지만 지금까지 나온 여러 연구들을 보면 제한적인 영향을 주는 것으로 보인다. 2007년에 AHRQ 내에 CER 센터를 설립하자는 취지의 입법제안에 대해서 미 의회 예산처에서 분석한 바에 따르면 비교효과연구는 임상진료에 일정 정도의 영향을 미치고, 10년간 정부의 보건의료 지출을 감소시키지만 그 정도는 1 퍼센트 이하로 미미할 것으로 예상되었다(Deloitte, 2011). RAND는 PPACA에 의하여 보험 적용을 받게 되는 사람의 수와 정부의 지출 등 여러 가지 측면에서의 영향을 추정하기 위하여 COMPARE(Comprehensive Assessment of Reform Efforts) microsimulation model을 개발하였는데, 이를 5개 주(캘리포니아, 코넷티컷, 일리노이, 몬타나, 텍사스)에 적용한 결과, 2016년에는 보험 적용을 받는 사람들이 거의 97%에 육박할 것으로 나타났다. 또한 보건의료 지출은 3~10 퍼센트 정도 증가할 것으로 추정되었다(RAND, 2011). 그러나 이는 비교효과연구에 자체에 대한 영향이 아닌 PPACA 전체 법에 의한 것이기 때문에 해석에 주의가 필요하다.