기존 지수 측정 방법론은 평가지표를 수종으로 제한해 대표성이 부족하다는 한계가 있다. 희귀종 개체수 등의 지표가 추가된다면 생물다양성 유지와 증진효과에 대한 포괄적인 평가가  가능해질 것으로 보인다.
지수 측정 방법론에서는 생물다양성 기준이 포함되어 있지만, 평가지표를 수종으로 제한하고 있어 대표성이 다소 부족하다고 판단된다. 산림청 자료에서는 상쇄사업등록 이전에 실시되는 환경적 영향 평가과정에 기 포함된 생물다양성 지표(멸종위기종 및 희귀종)는 탄소흡수원 지수 측정에서는 제외한다고 설명하였다. 그러나 환경적 영향 평가는 사전에 실시하는 평가인 반면에 탄소흡수원 지수는 등록된 산림탄소상쇄사업을 대상으로 사업효과를 평가하기 위한 방법이기 때문에 평가지표 중복을 판단하는 근거가 비논리적이다.10) 따라서 수종뿐만 아니라 사업대상지 내 희귀종(개체 수) 등의 지표가 추가된다면 생물다양성 유지 및 증진효과에 대한 포괄적인 평가가 가능해질 것으로 예상된다. 또한 기후변화 적응효과 측정을 위한 기준이 부재하다는 것도 기존 탄소흡수원 지수 측정 방법론이 지닌 한계점으로 지적이 가능하다.