비교효과 연구를 위해 필수적 재정을 정부재정과 산업체로부터 조달하는 방안이 고려된다.  연구의 정책적 활용을 위해 인프라 확충 및 연구관리 부분에 투자가 이루어져야 한다. 비교효과 연구는 공적인 의사결정에 도움을 주는 특성이 있다. 관련 공적 부분에서 재정지원과 동기 유발이 필요하다.
한편 비교효과연구를 위해 필수적인 소요재정과 관련하여 정부재정(일반재정, 건강증진기금 등) 뿐만 아니라 건강보험, 민간보험, 자동차보험, 산재보험과 제약회사 등 산업체로부터 조달하는 방안도 고려해 볼 수 있다. 연구의 정책적 활용도를 중장기적으로 지속해 나가기 위해서는 연구수행 뿐만 아니라 인프라 확충이나 연구관리 및 정책화 부문에 대한 투자도 고려하여야 한다. 사업 부문별로 투자 규모를 조정할 필요가 있는데, 사업의 초기에는 인프라 확충을 위한 재정 소요 비중이 상대적으로 크겠지만, 연구 기반이 정착됨에 따라 정책화를 위한 투자 비중을 증대시켜 나갈 필요가 있다. 비교효과연구는 두 가지 이상의 대안이 있는 의료기술간의 효과의 비교이며 그 목적이 보다 공적인 의사결정에 도움을 주는데 있다는 특성을 볼 때 민간주도투자나 의학계에서 선도적으로 투자하여 연구를 수행하는 것이 현실적으로 어렵다. 따라서 공적 부문에서 이러한 연구에 대한 재정지원을 함으로써 연구수행의 동기를 유발하고, 연구 결과에 따른 후속 의사결정과정에 도움을 주어야할 것이다.