국립보건원의 예산은 국방부문 다음의 크기로, 연방정부의 긴축재정에도 불구하고 대규모 투자가 이루어지고 있다. 국립보건원은 예산의 대부분을 R&D 및 장비구입에, 나머지는 간접비 및 교육훈련비에 편성하였으며 의약품 새발 및 관련 사업 추진을 위해 국가고등중개연구센터 설립을 요청하였다.
NIH의 2012년 예산은 335억 달러로 전체 정부 R&D예산(1,450억 달러)의 23%에 달해 국방부문(56%) 다음의 크기이다. 국립보건원(NIH)는 예산의 97.5%를 R&D 및 장비구입에, 나머지는 간접비 및 교육훈련비에 편성하였다. 특히, 새로운 의약품 개발 및 관련 사업을 추진하기 위해 국가고등중개연구센터(NCATS, National Center for Advancing Translational Science)설립을 요청하였다. 투자 우선순위로는 2009년에 중개연구, 글로벌 Health, 건강보험 개혁, 바이오메디컬 연구 커뮤니티 등 5대 분야를 선정하였고, 오바마 정부 이후 암, 자폐증, 치매연구는 핵심 분야로 지정된 상태이다. 특히, 배아줄기세포 분야에 대한 지원여부는 아직까지 불확실한 상태이다. 연방정부의 긴축재정에도 불구하고 국립보건원(NIH)에대해서는 초당적으로 지원을 강화하고 있으며, 특히 ‘09년 경기부양법(ARRA, The American Recovery and Reinvestment Act)으로 지원된 예산을 통하여 국립보건원(NIH)에 대규모 투자가 이루어지고 있다.