모든 아동의 건강권의 완전한 실현을 위해 당사국은 차별의 결과로 아동건강이 나빠지지 않도록 보장하는 비차별의 원칙을 지켜야 할 의무가 있다.
모든 아동의 건강권을 완전히 실현하기 위해, 당사국은 차별의 결과로인해 아동건강이 나빠지지 않도록 보장할 의무가 있다. 차별은 취약성을조장하는 중요한 요소이다. 아동과 부모 또는 법정 후견인의 인종, 피부색,성별, 언어, 종교, 정치적 또는 여타의 의견, 민족적, 인종적, 사회적 출신,재산, 장애, 출생 또는 여타의 신분, 성적 지향, 젠더 정체성, 건강상태(HIV 상태, 정신건강) 등 다양한 요인에 의한 차별금지는 아동 건강권 보장을 위해 기본적으로 존중되어야 할 원칙이다. 이러한 ‘비차별의 원칙’은어떠한 경우에라도 지켜져야 할 원칙이다. 예를 들어 미등록 신분인 부모에게서 태어난 아동에 대한 의료서비스 제공 차별 예외를 요청한 사례는아동권리위원회에서 기각된 바 있다.