본고는 프로그램 프로그램 예산제도의 장점을 활용하고 적용의 효율성을 높이기 위해 사업 구성관리, 프로그램 내 사업관리와 평가를 위한 제도인 포트폴리오 관리제도의 도입을 제안한다.  이 제도는 프로그램 예산 평가와 성과관리 모두에 활용된다.
따라서 본고에서는 프로그램 예산제도의 장점을 살리고 적용상의 효율성 제고를 위해 프로그램 관리를 위한 사업 포트폴리오 관리제도의 도입을 제안한다. 이것은 프로그램의 구성과 프로그램 사업 구성관리, 프로그램 내 사업관리와 평가를 위한 제도이다. 이것은 프로그램 예산평가와 프로그램 성과관리에 모두 적용되는 제도이다. 우선 프로그램 예산평가에서는 사업예산평가시 다음과 같은 변화가 나타난다. 즉, 기존의 세부사업예산 평가에서는 개별 세부사업 추진의 타당성이 중요하게 작용하지만 프로그램 예산제도에서는 프로그램 포트폴리오에서의 필요성, 적절성이 개별사업 평가의 중요한 평가기준이 된다. 또한 프로그램 성과평가는 분야별 프로그램 구조, 프로그램 내 사업구조 등 분야별 프로그램 포트폴리오 구성과 프로그램별 사업 포트폴리오 구성 등 포트폴리오 구성 적정성과 역할 및 기능의 시너지 달성효과, 프로그램 목표를 지향하는 개별사업관리 등 사업 포트폴리오 관리에 중점을 둔 평가제도이다.