2007년과 2008년 시화호 종합관리계획 관련 성과평가 방법의 설정을 시도하였으나 사업수행기관들의 참여가 부족하여 지표를 설정하는데 곤란함이 있었으며 성과목표 달성 여부를 제대로 판단하기 어려웠다. 
2007년에는 2단계 시화호 종합관리계획의 6개 분야, 25개 부문, 61개 세부사업에 대하여 성과목표와 성과지표, 성과측정방안이 도출되었다. 2008년에는 사업별 전략지도 (Strategy map), 핵심성과지표(KPI) 지도, 스코어카드(Scorecard)를 설계하고 수행기관별 스코어카드를 만드는 방식의 성과평가 방법을 시도했다. 그러나 시화호 종합관리 계획의 성과관리에 대한 이해가 부족하여 사업수행기관들의 참여가 미흡했기 때문에 성과지표 설정에 어려움이 많았다. 또한 이러한 성과 측정방법은 분야별, 세부사업별, 기관별 정량적 성과를 비교하는데 있어서 여러 가지 문제점이 있었다. 대부분의 사업은 사업비의 집행률이나 공정률을 성과지표로 이용할 수밖에 없어 성과목표 달성 여부를 정확하게 판단할 수 없었다.