중요성을 인식하고 다양한 시책이 마련된 국내의 BRC에 대해서 효과성에 대한 의문을 포함해 운영 미숙, 이질적 관리 시스템, 자원과 정보의 영세성, 인프라 활용도가 낮다는 등의 문제점 지적이 다양하게 이어지고 있다.
국내에서 BRC의 중요성을 인식하고 다양한 시책들이 마련되었음에도 불구하고 관련 정책의 효율성, 효과성에 대한 의문이 여전히 자리하고 있다(최홍근 외 2007, 민현준·이천무 2012, 이상혁 외 2010). 일부는 BRC 구축 이후 효과적 운영을 위한 전문 인력 배치나 운영자금 지원이 부족하다고 지적한다(최홍근 외 2007, 이상혁 외 2010). 복수의 부처, 기관에서 운영하는 이질적 관리 시스템으로 인프라 관리 기관 간 연계협력이 어렵고 이용자들도 복잡다단한 절차들을 감수해야 한다는 지적도 상당하다(최홍근 외 2007, 민현준·이천무 2012, NFEC 2012a, NFEC 2012b). 국내 BRC의 영세성으로 양질의 자원과 정보 확보를 해외기관과의 협력, 공조가 필수적이나 유기적 공조체계가 구축되지 않은 것도 문제점으로 지적된다(민현준 이천무 2012, 이상혁 외 2010). BRC의 효과적 운영을 위한 분류학적 전문지식, 과학적 특성검정기술 등이 부족하고 이용자 친화적인 정보 개방 노력이 미흡하여 인프라 활용도가 낮다는 지적도 이어지고 있다(이상혁 외 2010, 이상혁 외 2011, 김동욱 외 2012).