우리나라의 의사과학자 양성시스템은 기초전공의,Physician-Scientist, MD-PhD 3가지로 구분하고 있는데, 기초의학을 전공하는 의대생들이 적다는 것이 문제이다. 향후에는 거의 없을 것으로 전망된다.
전용성 외(2016)는 현재 우리나라에서 의사과학자를 양성하는 시스템을 기초전공의,Physician-Scientist, MD-PhD 3가지로 분류하고 있다. 먼저 첫 번째로, 기초전공의는 의과대학을 졸업한 학생으로서 의사면허증을 취득한 후에 MD 신분으로서 기초의학교실에서 기초의학을 전공하는 자를 말한다. 이들은 보통 일반대학원에서 박사과정 또는 석 박사 통합과정을 병행하며, 전일제 조교로 근무하는 경우가 많다. 기초의학으로 분류되는 전공 중 전문의 자격증의 대상이 되는 예방의학과 병리학은 제외된다. 문제는 기초의학을 전공하는 의대생들이 현저하게 적다는 것이다. 의료계는 기초의학 전공자가 점점 더 줄고 있으며, 향후 그 숫자가 0으로 수렴해 간다는 전망까지 내놓고 있다(양은배·안덕선(2012); 전용성 외(2016)).