배출권거래제는 초과감축량의 실적을 인정하나, 전체 배출량의 3%로 이용을 제한했다. 배출권의 이월, 감축 실적의 전환 등 역시 제한적으로 가능하다.
배출권거래제 시행 이전 감축 실적 및 목표 관리제에서의 초과감축량에 대한 조기 감축 실적을 인정하나, 제1차 계획기간에 할당된 전체 배출량의 3%까지만 이용할 수 있도록 제한하였다. 배출권의 이월은 계획기간 내의 다음 이행년도로 이월은 가능하며, 다른 이행연도의 배출권에 대해서는 일부만 차입이 가능하다. 상쇄를 통한 배출권과 관련하여 할당 대상 업체 외부에서 발생한 감축 실적을 보유 또는 취득한 경우, 전부 또는 일부를 배출권으로 전환하여 배출권 시장에서의 거래하거나 배출권 감축에 활용하는 경우 할당량의 10% 이내로 제한하도록 하였다.