연안침식의 원인을 제공함과 동시에 개발의 결과로 나타나는 침식 문제 해결도 맡고 있는 셈이다.
정부 조직의 기능적 측면에서뿐만 아니라 해양수산부가 연안침식 문제를 다루는 데 또 다른 어려움이 있다. 침식의 인위적 원인인 해안가에서의 개발행위에는 위에서 언급한 육지부의 개발만이 아니라 항만 및 어항 건설과 같은 해상에서의 개발도 많이 추진되고 있으며, 이와 같은 해면부에서의 개발행위가 오히려 연안침식에 더 큰 영향을 일으키고 있다. 그런데, 항만 및 어항개발은 해양수산부가 주관 부처로서 역할을 하고 있다. 즉, 해양수산부는 항만과 어항을 개발함으로써 연안침식의 원인을 제공함과 동시에 개발의 결과로 나타나는 침식 문제 해결도 맡고 있는 셈이다.