LMO의 사회경제적 영향에 대한 정의와 평가에 대한 논란이 이어지고 있다. 선진국들은 이 영향을 실증가능한 최소한에 그쳐야 한다는 입장이며 개도국은 잠재적 사회경제적 영향까지 고려할 것을 주장하고 있다. 이 논쟁은 마무리되지 못하고 여저히 협의안건으로 남아있다.
GMO에 관한 사회경제적 고려요인은 바이오안전성 의정서 이행 과정에서도 핵심 쟁점으로 부상했다. 유전자변형 생물체가 국가간 이동할 경우 사전 승인절차와 함께 위해성평가를 하도록 권고하고 있는데 위해성 평가시 인체 건강 및 환경에 미치는 영향 뿐만 아니라 사회경제적 영향까지 고려해야 한다는 원칙적 합의 이후로 LMOs의 사회경제적 영향을 어떻게 정의하고 평가할 것인지에 관한 논란이 계속되고 있는 것이다. LMO 개발 기업이 주로 위치한 선진국에서는 사회경제적 영향이 증거기반주의에 의거하여 실증할 수 있는 최소한의 범주에 국한되어야 한다는 입장인 반면 LMO 개발 자원의 주요 공급원이자 개발된 LMO 상품의 소비자인 개발도상국에서는 LMO로 인한 잠재적 사회경제적 영향까지 고려해야 한다는 입장이다. LMO의 사회경제적 영향에 관한 논쟁은 2014년 평창에서 열린 바이오안전성 의정서 당사국총회에서도 마무리되지 못하고 향후의 협의안건으로 남아 있다(UN CBD, 2014).