연구의 자율성에 대한 요구와 조화의 수준에 관해서는 정책적, 학문적 관심이 거의 없었으므로, 이 상황에서 연구 자율성을 높이자는 주장은 책임성보다는 개인적인 학문의 자유를 확대하자는 요구와 동일시될 수도 있다. 
자율과 이에 기반한 책임이 창의성 발현의 핵심적인 요소임은 분명하나 한국적 맥락에서 어떤 수준의 자율성이 요구되는지, 기관 차원의 자율성과 개인 차원의 자율성 의 적절한 조화의 수준은 어느 정도 인지에 대해서는 정책적 관심은 물론 학문적 관심도 거의 없었다. 출연연 뿐 아니라 우리 대학 R&D의 경우에도 그동안 지나치게 개인 단위의 지원에 편중해 왔음이 여러 선행 연구에서 지적되었으며 우수연구중심대학을 중심으로 기관 차원의 조직적 연구에 대한 관심이 높아지고 있는 상황이다. 이러한 상황에서 연구의 자율성을 높이자는 주장은 자칫 연구의 책임성보다는 개인 차원의 학문의 자유를 확대하자는 요구와 동일시 될 위험도 있다. 사실 연구의 자율 뿐 아니라 연구의 책임성에 대해서도 국내에서는 우수한 연구 결과의 생산, 연구 집행 과정에서 정해진 규정의 준수 정도로 받아들이는 수준이며 체계적인 논의는 거의 없었다.