변이의 좌/우측-정렬에 관한 표준화가 없는 것은 변이 위치 선정에 큰 영향을 끼치며 잘못된 변이 명명의 원인이 될 수 있기에 mRNA 전사물 등록 및 버전 정보를 이용해야 한다. 
HGVS 시스템에서는 변이 서열의 위치를 우측-정렬(변이의 시작 위치를 최대한 오른쪽으로 이동시킴)하도록 권장하고 있지만, 반대로 VCF 파일 형식에서는 좌측-정렬을 요구하고 있다. 현재의 변이 주석 프로그램들은 대부분 이 문제에 대하여 부분적으로만 해결이 가능하다. 변이의 좌/우측-정렬에 대한 표준화 부재는 변이의 위치 결정에 중대한 영향을 주며, 나아가 잘못된 변이 명명의 원인이 된다. 하나의 유전자에서 복수의 전사물(transcript)이 존재하는 경우에는, 일관된 변이 표현과 정확한 변이 해석을 위하여 정확한 mRNA 전사물 등록(accession) 및 버전 정보를 사용하는 것이 중요하다.