소나무재선충이 동반한 세균의 종류는 지역마다 다르며, 소나무재선충이 동반한 세균들 모두가 독소를 생산할 수 있는 병원성 세균들이라는 점이 중요하다. 소나무재선충이 운반하는 세균 종류가 지역마다 다른 이유는 해당 지역에 많이 퍼진 세균들과 함께 살아 자연히 일어난 것이라고 설명한다.
소나무재선충이 동반하고 있는 세균의 종류는 지역에 따라 다르며, 일본에서는 Bacillus속, 중국에서는 Pseudomonas속, 우리나라에서는 Burkholderia속과 Serratia속이 주로 분리되고 있으며, 중요한 것은 소나무재선충이 동반하고 있는 세균들 모두 공통적으로 독소를 생산할 수 있는 병원성 세균들이라는 점이다(표 9). 소나무재선충이 보유(운반)하고 있는 세균의 종류가 지역에 따라 다른 이유에 대하여 현재까지 정확하게 밝혀진 것은 없으나 해당 지역에 많이 분포하는 세균들과의 공생이 자연스럽게 일어나는 것이라고 설명하고 있다(개인 연락). 흥미로운 것은 소나무재선충을 무균화하기 위하여 사용한 항생제의 종류가 연구자 및 지역에 따라 다르며, Han 등(2003)과 김성환(2009)은 penicillin-G, Strptomycin, fungicidin을 사용하였고, 김진철(2009)은 chlrolopenicol, kamamycin, naricidic acid를 사용하였다. 앞으로 지역에 따른 세균의 종류와의 관계에 대하여도 심도있는 연구가 필요할 것이다.