바지락은 환경 의존도가 높고 질병과 온도에 민감해 주력품종화가 어렵다. 또한 작업 속도가 낮고 계획적인 생산, 출하가 어렵다. 생산의 안정화를 위해선 안정적인 종패 공급을 위한 대책 마련이 요구된다.
바지락은 서식공간이 갯벌이어서 기상과 해황 등의 환경 의존도가 높으며, 질병, 고온, 저온에 상대적으로 민감한 것은 주력품종화 하는 데 약점(Weakness)으로 작용한다. 봄철 기상 급변, 여름철 폭염, 가을철 주야 환경 급변으로 인한 폐사가능성이 있다. 지역 간 종패 이식이 빈번하게 일어나고 있지만 종자의 건강성 과 질병 등에 대한 사전검증 제도 및 이를 위한 매뉴얼이 부재하여, 질병의 확산 및 폐사, 어장 황폐화의 우려가 있다. 또한 갯벌에서 인력을 활용하여 직접 채취하는 방식으로 작업 효율성이 낮고 간조시에 일정시간만 작업이 가능하여 계획적으로 생산하고 출하하는 데 한계가 있다. 생산의 안정화를 위해서는 안정적인 종패 공급을 위한 대책 마련이 필요하다.