대학에서 제출한 연구 계획서를 평가하여 연구비를 지원하고, 연구비에 알맞은 R&D 규모를 조정하여 지원금을 차등적으로 나누어준다. 또한 불필요한 경쟁을 줄이기 위해 연구의 목표 설정을 대학의 자율에 맡긴다. 
두번째 추진방안으로는 대학 사업별 심의하여 지원하는 방법으로 일정 수준의 연구여건과 역량을 확보한 대학에 자체적 특성화 발전을 위한 중장기지향의 연구사업계획서 재출시 이를 평가하여 대학 기본연구비 펀딩을 지원한다. 대학 R&D 지원 규모 중 적정 기본연구비 비율을 설정한 후 이에 비례하여 타 대학 R&D 사업규모를 조정하여 초기 재원을 마련하고 이공계 전임교원 수와 전일제 박사과정학생 수를 기본 지표로 시작하고 3년 주기의 질적, 양적 연구성과 평가를 통해 지원금을 차등 배분한다. 대학의 자율적 연구사업 운영을 통해 정부 bottom-up 사업의 소모적 경쟁을 줄이고 핵심역량에 집중하도록 유도하며 다양한 발전유형별로 특성화 전략 및 자율적 성과목표를 설정토록 유도한다. 예를 들어 연구중심대학은 세계적 수준의 논문, 특허, 기술 이전 실적과 연구인력 배출 규모, 산학형 대학은 산업현장 지원을 위한 공동 R&D 실적 등을 목표로 설정 가능하며 또한 중위권 대학간 적절한 경쟁을 통해 성과에 따라 연구중심대학과 교육중심대학으로의 자연스러운 분화를 유도하며 이공계 전임교원 및 전일제 박사과정 학생 수 기준 대학별 배분하되 연구성과 평가시 질적지표의 비중을 양적지표보다는 1.2배 정도의 가중치 부여하여 질적성장을 유도한다.