연구개발 성과 평가위원의 평가수준을 높이기 위해 사전검토제도가 꼭 필요하다. 또 연구개발 성과를 개별 사업별로 따로 떼어 평가하지 않고 상위정책과 연계하여 평가하면 정책 효과를 높이고 효율적으로 투자재원을 배분하는데 도움이 될 것이다. 상위 평가 개념을 고려한 중장기정책의 계획과 분야, 부처간 사업조정관리제도가 필요하다.
평가위원들의 질적 평가 수준을 제고하기 위하여 사전검토제도를 강화하여야 한다. 지금과 같이 평가위원들이 수많은 평가를 단기간에 집중해서 진행하는 상황에서는 연구자들도 사전검토를 할 여력과 시간이 부족하다. 이의 개선책으로 평가회의 참석 전 사전검토를 필수로 할 필요성이 있다. 우리나라의 연구개발 성과를 개별 사업단위 차원을 넘어 상위 정책이나 사업군과의 연계하여 평가한다는 구상은 정책의 효과성과 투자재원의 최적 배분 등을 추구하기 위한 중요한 진전이다(김종운, 2013). 그러나 아직까지는 개별 사업 목표나 목적을 중심으로 사업성과를 추구하며 평가하려는 경향이 있다. 이는 부분 최대화에 불과한 실적으로 전체 상위개념의 최적화는 어려울 것이다. 특히, R&D 사업은 다른 재정사업과는 달리 과학기술 환경 변화와 융복합 추세 등으로 인해 각 분야별ㆍ부처간 배타적인 구분이 곤란한 경우가 많아 통합적 접근의 필요성이 점점 증대 되고 있는 상황이다.(김종운, 2013) 상위정책 중심의 평가제도가 성공적으로 정착되기 위해서는, 중장기 정책의 계획 단계부터 상위 평가 개념을 반영하고, 분야별ㆍ부처간 사업의 조정 관리 기능을 강화할 수 있는 제도적 방안을 모색할 필요가 있다(김종운, 2013).