연구자의 자율성에 관한 이상은 19세기에 부상하였다. 과학자들은 과학자 커뮤니티에서 스스로 규범을 정하고 지킬 수 있는 자치권을 가졌다고 생각했다. 
연구자의 자율성에 대한 이상은 19세기 과학의 전문화 과정에서 과학과 과학자 사회가 일반 사회로부터 일정 정도 독립되고 분리되는 과정에서 등장했다. 과학자들은 전문가들의 집합으로서 과학자 사회가 스스로 규범을 만들고 지켜나갈 수 있는 자치권(autonomy)을 가지고 있다고 믿었다. 20세기 초, 유럽과 미국의 각국 정부들이 국립 연구소 설립이나 과학자에 대한 연구비 지원의 형태로 공공 지원을 계획했을 때 과학자들 중 일부 그룹은 이런 정부 지원이 과학자들의 자치권과 연구의 자율성을 훼손할 것이라는 점에서 정부 지원에 반대 의사를 표명하기도 했다.