농수산부는 시화지구에 담수호와 농지를 조성하려 했으나 건설부에서는 이를 공업용지 등으로 개발하려는 계획을 보고하였고, 이후 관계기관 회의에서 개발사업의 시행을 위해 1단계로는 도시개발과 농지조성을, 2단계로는 미래의 수급상황을 고려해 도시 및 공업단지를 조성한다는 방안을 세웠다. 
농수산부는 1982년부터 1984년까지 시화지구기본조사를 실시하여, 시화만에 방조제를 건설하여 농업용수로 이용하기 위한 담수호를 조성하고 간석지를 매립하여 농지를 조성하는 계획을 수립하였다. 그러나 건설부(현 국토해양부)에서는 1984년 10월에 시화지구를 공업용지 등의 복합용도로 개발하는 「국토확장사업 추진계획」을 대통령에게 보고하였다. 1984년부터 1986년까지 농수산부, 건설부 등이 포함된 관계기관 회의에서 시화지구 매립추진을 위한 논의가 진행되었다. 농수산부와 건설부 간의 협의 결과, 1986년 7월 시화지구 개발사업의 시행방안이 확정되었다. 그 내용은 시화지구 개발사업을 1단계와 2단계로 구분하여, 1단계 사업과 도시 개발은 산업기지개발공사(현 한국수자원공사)가 맡고, 농업진흥공사(현 한국농어촌공사)는 농지조성을 맡으며 방조제공사를 수탁시행하고, 농수산부가 방조제 및 담수호를 인수하여 관리하는 것이었다. 농지 및 도시 조성, 공업단지 조성 등 용지개발의 2단계 사업은 그 당시의 수도권 인구유입 억제정책 등에 따라 미확정된 상태로 장래 도시, 공장용지 등의 수급상황을 감안하여 추진하는 것으로 결정하였다(환경부 수질보전국, 1998; 한국수자원공사, 2005a).