기초연구진흥협의회는 주요 기초연구 정책 심의를 주도하는 협의회이다. 주요기능으로는 기초연구진흥종합계획 사전 심의·조정, 중앙행정기관 간 기초연구의 역할 정립 및 중복투자 조정 등에 관한 조정·심의 등이다. 2016년의 경우 「대한민국 기초연구발전비전과 목표」 등 안건 등을 다루었다.
우선 기초연구 관련 상위 정책조정 주체인 기초연구진흥협의회를 살펴보면, 기초연구진흥협의회는 국가과학기술심의회 산하 위원회로서 과학기술기본법에 따라 기초연구분야의 발전 방안 및 투자 확대 등 주요 기초연구 정책 심의를 주도하는 협의회이다. 기초연구진흥협의회가 속해 있는 국가과학기술심의회는 과학기술 주요 정책·과학기술 혁신 및 산업화 관련 인력정책·지역기술혁신정책에 대한 조정, 연구개발 계획 및 사업에 대한 조정, 연구개발 예산의 운영 등에 관한 사항 심의 등의 기능을 하고 있다. 기초연구진흥협의회도 유사한 기능을 수행하는데, 주요기능으로는 기초연구진흥종합계획 사전 심의·조정, 중앙행정기관 간 기초연구의 역할 정립 및 중복투자 조정, 기초연구비 관련 정부연구개발예산 비율 산정, 기초연구 투자 분석 및 정책방향 등에 관한 조정·심의 등이다. 협의회는 위원장과 부위원장, 그리고 위원들로 구성되어 있으며 위원장과 부위원장은 미래부 장관이 지명한다. 현재 제2기 협의회로 위원수가 15명에서 27명으로 확대되었으며 구성은 기초과학 분야 12명, 공학 및 의약한 분야 11명, 정책분야 4명 등이다, 위원의 임기는 2년이다. 2016년의 경우 「대한민국 기초연구발전비전과 목표」, 「‘16년도 정부 R&D 기초연구비 비중」, 「기초연구 투자전략」, 「기초연구지원 개선」등 안건 등을 다루었다. 기초연구진흥협의회에 대한 정책지원은 한국과학기술기획평가원(KISTEP)에서 담당하고 있다. 평가원은 기초연구진흥과 관련된 정책을 총괄하기 보다는 종합 심의와 관련된 기능 수행을 지원하는 역할을 담당한다.