ISP 트래픽 관리와 새로운 인터넷 거래질서 확립에 있어 망 중립성 논쟁이 이어지고 있다. 망 중립성은 진흥 기능 업무이자 규제 기능 업무이며, 이러한 성격에도 불구하고 방통위와 협력이 불분명하다. 현안별 합의를 하더라도, 협력 대상이 불분명해 실효성이 의심된다. 
현재 망 중립성 논쟁은 크게 ISP의 트래픽 관리와 새로운 인터넷 거래질서 확립이라 는 두 가지 축에서 이루어지고 있다(나성현, 2011). 이는 네트워크 계층의 사업자들의 망 고도화의 투자 유인을 보호하면서 망 중립성을 통해 콘텐츠 계층의 사업자들의 사업 혁신과 효율성을 보호한다는 측면에서는 진흥 기능에 속하는 업무이지만, 네트워크 사 업자의 자의적 트래픽 관리에 대한 우려가 아직 높은 상황에서 트래픽 관리에 관련된 사후규제체계를 명확히 할 필요가 있다는 측면에서는 규제 기능에 속하는 업무이다. 그러나 이러한 업무의 성격에도 불구하고 망 중립성 정책은 미래창조과학부의 주도 하에 추진되고 있으며, 방송통신위원회와의 협력이 제대로 이루어지고 있는지는 미지수이다. 현안 별로 방송통신위원회와 미래창조과학부의 정책 협력이 이루어진다는 전제에 관해 서는 합의가 이루어지더라도 정책 협력 대상을 정하는 분명한 원칙과 기준이 정해지지 않은 경우 효과적이고 시의적인 협력이 이루어지기 어렵다.