인증 고객은 평가진행 과정을 결정한 후  준비단계에서는 평가를 위한 내용에 대해 공지한다. 현장 방문 및 채점이 이뤄지고 이후 평가단계에서 인증 여부 결정이 이뤄진다. 
우선 인증의 고객인 어업인 단체 등은 평가의 진행과 관련하여 사전평가를 거칠 것인지 아니면 본 평가로 바로 들어갈 것인지에 대한 결정을 한다. 이후 준비단계에서는 평가를 위한 평가내용, 평가팀, 평가체계, 현장 방문, 전문가 리스트 등에 대해 공지한다. 다음의 채점단계는 현장 방문 및 채점이 이뤄지는 단계이다. 이후 평가단계에서는 전문가 검토 의뢰, 고객 검토, 전문가 검토, 리포트 작성, 이의제기, 인증 여부 결정이 이뤄진다. 그리고 마지막으로 인증이 이뤄진 이후에는 매년 재평가를 통해서 해당 어업이 인증 기준에서 이탈하였는가를 재검토하여 인증의 유지 여부를 결정한다.