합작기업은 대형 화학회사들이 가장 선호하는 방식으로 양사 50%씩 지분 투자를 통해 ‘바이오화학’이라는 신사업의 리스크 경감의 효율적 협력 방식으로 인식되고 있다. 
넷째, 양사의 50%씩 지분투자를 통한 합작기업(joint venture)이다. 이는 대형 화학회사들이 가장 선호하고 있는 방식으로서, 서로 지분을 양분함에 따라 ‘바이오화학’이라는 신사업에 수반되는 리스크를 경감할 수 있는 효율적인 협력 방식으로 인식되고 있다. 특히 기존사업이 석유화학 기반을 중심으로 이루어졌기 때문에, 바이오화학산업을 활성화하기 위해 독립적이고 본 사업에서 분리된 형태의 자체적인 의사결정 시스템이 필요하다. 현재 대표적인 합작투자 기업의 예로서, BP와 DuPont 합작의 Butamax의 탄생, BASF와 Purac, Dow와 Mitsui 등을 꼽을 수 있다.