현재 산업폐수 배출업소와 연계처리 방류량은 증가하고 있으며, 정부에서도 폐수 연계처리를 권장하는 것으로 보인다. 다만, 하수나 분뇨 등을 연계처리하는 경우에는 2년마다 운영의 적정성을 검토하도록 제도가 정비되어 있는 반면 산업폐수 연계처리와 관련된 제도는 미흡하여 이러한 영향이 하수처리장까지 이어지는 것으로 사료된다.
현재 공공하수처리장으로 연계처리되는 산업폐수 배출업소는 증가하고 있고 연계처리 방류량도 증가 추세에 있다. 또한 폐수종말처리시설 지침에 따라 발생하는 폐수는 공공하수처리장으로 반드시 우선 검토되어야 하고, 폐수의 전량을 주변 공공하수처리시설에 연계처리할 경우에는 배출업소 자가부담 혹은 지방비가 아닌 국고로 지원할 수 있도록 산업폐수 연계처리를 권장하고 있는 것으로 파악되었다. 또한 폐수종말처리시설로 하수나 분뇨 등을 연계처리하는 경우에는 처리시설용량 기준을 규제하고 2년마다 연계처리 운영의 적정성을 검토하도록 제도가 설계되어 있다. 그러나 정작 산업폐수를 유입·연계처리하는 공공하수처리시설에 대한 지침은 시설용량기준과 연계처리 갱신도 요구하지 않는 제도적 한계가 발견되었다. 특히 보고서 3장의 상세한 분석에서 알 수 있듯이, 전국 폐수배출업소의 약 13.5%가 중금속이 함유된 폐수를 하수처리장으로 연계처리 되는 것으로 분석되고, 비록 보다 상세한 오염물질 배출·이동 경로의 추적이 필요하지만, 하수처리장 하수슬러지에서 중금속이 지속적으로 검출됨에 따라서 최소한 산업폐수 연계처리의 간접적 영향이 하수처리장에 미치는 것으로 사료된다. 그리고 현행 하수처리장 방류수 수질기준에는 중금속 항목이 없어서 어느 정도의 중금속 부하량이 공공수역으로 배출되고 있는지 파악되고 있지 않다는 사실은 현저한 제도적 한계점으로 지적될 수 있다.