종자는 국내산이 대부분이지만 품종에 따라 수입산도 존재한다. 김과 굴이 수입된 인공종자 이용의 대표적 사례이며 어류 중에는 점농어 치어가 수입되고 있다. 
종자는 원산지에 따라 국내산과 수입산으로 구분되는데, 국내산이 수산종자의 대중을 이루나 품종별로 차이가 있다. 수입된 인공종자를 이용하는 대표적 품종은 김과 굴을 들 수 있다. 김의 경우 국내 양식장의 약 20%가 ‘방사무늬김’으로 불리는 일본 종자를 사용하고 있는 것으로 파악되고 있어 UPOV의 시행으로 로열티 지급 문제가 내재되어 있는 실정이다. 굴의 경우 1990년대에 발생한 종패난으로 인해 일본산 인공종자가 한때 수입·이용되었으나, 현재는 국내산이 대부분이다. 어류 중에서는 점농어 치어가 중국에서 수입되고 있다. 인공종자를 생산·공급하는 곳은 국립수산종자연구센터(해역별 연구센터), 지자체 수산자원연구소뿐만 아니라 민간 종묘생산업체, 수입업체 등으로 다양하다.