국립수산과학원은 부산 본원 외에 전국 16개 소속 기관을 두고, 수산자원 양식•품종심사 및 관리•생명과학기술 개발 등을 연구한다. 또한 해양 환경조서 및 보전 기술에 관한 연구도 진행한다.
국립수산과학원은 부산 기장군 소재 본원 이외 전국에 16개 소속 기관을 두고, 수산자원(내수면 민물고기, 연근해 및 원양자원, 해조류 품종 육종) 양식, 품종심사 및 관리, 생명공학기술 개발, 수산생물 질병 연구 및 방역, 수산물 식품 위생안전 및 이용 등에 관한 연구를 수행하고 수산기술 지도 및 보급사업도 지원한다(국립수산과학원 2015). 또한 수산자원 관리 및 수산공학 기술 개발, 해양 환경조사(적조, 위험요소, 기후변화) 및 보전 기술에 관한 연구도 수행한다(국립수산과학원 2015).전체 약 1,000명의 직원 중에서 연구 인력 400여 명, 행정직 300여 명이며, 700-800톤 급의 11척의 선박을 유지, 관리, 운항하는 인력이 300여 명이다(국립수산과학원 2015).