벤치마킹 방법을 이용한 할당방법이 효율적 사업장에게 인센티브 제공도 가능하고 , 평균자료를 사용함으로써 배출권거래제 참가자별 할당량 비교 평가하는데 용이한 면이 장점이며  세밀한 자료를 요구하고 공통적으로 평균자료 사용을 위한 자료 생산을 위해 상당한 비용이 소요되는 단점이 있으나 제도적 효율성이 높아 채택되었다.
할당방식은 앞서 언급한 바와 같이 제1기와 제2기에서는 무상으로 할당하면서 할당량 측정을 위해 그랜드파더링 방법을 이용하였으나 신규 진입자에 한정적으로 벤치마킹 방법이 사용되었다. 그러나 제3기에서는 무상할당이 아닌 경매비중을 확대하는 방향 즉, 유상할당으로 전환하게 되면서 일부 무상할당의 경우 벤치마킹 방법의 비중을 확대하는 방향으로 변화되었다. 또한, 범EU 차원에서 통일된 할당방식(벤치마킹 방법)을 이용하도록 하였다. 이러한 정책변화의 원인은 제1기와 제2기를 통해 그랜드파더링 방법을 이용한 무상할당의 문제점이 지적되어 왔고, 벤치마킹 방식을 이용한 할당방법이 효율적 사업장에게 인센티브 제공도 가능하고, 모든 사업장에 동일하게 적용될 수 있는 평균 자료를 사용함으로써 배출권거래제 참가자별 할당량을 비교하거나 평가하는데 있어서 용이하다는 측면에서 많은 장점이 있기 때문이다. 물론 벤치마킹 방법이 그랜드파더링에 비해 보다 세밀한 자료를 요구하며, 모든 사업장에 공통적으로 적용 가능한 자료를 생산하려면, 필요한 비용이 상당히 소요되는 단점은 있으나 단점에 비해 제도적 효율성이 높다고 판단되어 채택되었다. 특히 전력부문의 경우 동질성이 강하고 그룹을 형성하는데 상대적으로 용이하기 때문에 벤치마킹 방법이 매우 적합한 부문이다.