검강검진사업의 효과평가는 일개 질환 중심으로 비용효과분석을 실시하여 평가하였는데, 당뇨병은 비용 감소, 자궁경부암은 예방효과 그리고, 사망 발생및 심뇌혈관 발생의 예방 가능성에 대한 연구 결과가 있었다.
건강검진사업 효과평가에 대한 이전에 수행한 연구들은 대부분 당뇨병 및 특정암 등 일개 질환 중심으로 비용효과분석을 실시하였고 추적 연구 자료의 부족으로 검진유무에 따라 특정질환의 의료비용을 추정하는 방식으로 평가가 이루어졌다. 이애경 등(2006)은 당뇨병 건강검진을 받은 군과 받지 않은 군에 대한 가상코호트를 설정하여 비용-효과분석을 한 결과 건강검진을 받은 군이 받지 않은 군에 비해서 비용이 절감되는 것으로 나타났다. 이상일 등(2003)은 우리나라 20세 여성을 대상으로 가상적인 코호트로 설정하여 자궁경부암 건강검진에 대한 비용-효과 분석을 실시하였다. 자궁경부 세포진검사를 통하여 생존기간이 연장되는 것으로 나타났다. 윤영덕 등(2010)은 국민건강보험공단 자료를 바탕으로 국가 일반건강검진 수검여부와 사망 및 심뇌혈관계 합병증 발생, 진료비 지출과의 관련성을 분석한 결과 일반건강검진 수검이 사망 발생 및 심뇌혈관 발생의 예방 가능성이 있음을 보여주었다.