항만 셧다운과 관련해 해양수산부는 실무와 행동매뉴얼을 운영했지만, 국가차원의 표준매뉴얼은 없다. 실무매뉴얼에 따라 해양부 장차관이 대책반장이 되면 연계성에 시간이 소요된다. 표준매뉴얼이 마련되면 범정부 차원의 대응이 신속해진다.
항만 shutdown과 관련해 발생 가능한 재난에 대해 주무부처인 해양수산부는 실무 및 행동매뉴얼은 마련하여 운용하였지만, 국가차원의 표준매뉴얼은 마련하지 못했다. 여기서 표준매뉴얼과 실무 또는 행동매뉴얼의 차이는 재난사건이 발생했을 경우 누가 대책반의 반장이 되어 사건을 수습하느냐에 달렸다. 물론 실무와 행동 매뉴얼에서 사건이 발생했을 경우 해양수산부의 장 차관이 대책반장이 될 수 있으나, 타 부처와의 연계된 대책마련에 많은 시간이 소요될 수 있다는 점에서 많은 차이가 발생한다. 다시 말해 항만 shutdown의 표준 매뉴얼이 마련되면 안전행정부를 중심으로 대책반이 운영되기 때문에 범 정부차원에서의 대응 마련이 신속하게 이루어질 수 있다. 현재 항만 shutdown의 재난 발생에 대한 대응체계 마련은 표준매뉴얼이 마련된 타 분야의 위기관리 시스템보다 다소 지연될 수 있다는 한계를 가지고 있다.