시화호 환경모니터링은 시화호의 환경을 파악하고 정책을 수립하는 것이다. 시화호는 폐쇄적인 환경으로 수환경 변화가 크며, 부유생태계가 시화호 수질과 밀접한 관련이 있다. 
시화호 환경모니터링의 목적은 시화호 및 시화호 유역에서의 생태계 변화에 대한 정기적인 조사를 통해 시화호 환경현황 및 변화 추세를 파악하고, 과학적 근거에 기반한 시화호 연안통합관리 정책을 수립 및 시행하는데 있다. 시화호는 배수갑문을 통한 주기적인 외해수와 시화호수의 교환을 실시하고 있으나, 폐쇄적인 환경으로 인해 배수갑문의 운영상황에 따라 시화호의 수환경 변화가 크게 발생한다. 또한 부유생물 군집은 이들이 서식하는 수환경에 영향을 받고 있지만, 이에 따른 부유생물의 대량 증식과 먹이망 구조의 불균형은 과도한 유기물 생성을 초래한다. 결국 부유생물 군집은 수괴의 빈산소 현상 등 수환경에 다시 영향을 미치게 된다. 따라서 부유생태계 변화는 시화호 수질 변화와 밀접한 관련이 있다고 할 수 있다.