SBIR 제도는 3단계로 구성되며, 1-2단계는 기업의 연구 및 기술개발을 유도 및 지원하고, 3단계에서는 개발기술 완성본의 사업화가 가능하도록 자금 조달을 돕는다.
SBIR은 전체 3단계로 구성되어 있고, 공개 경쟁방식으로 지원자 가운데 가장 적합한 기술을 선정한다. 본 제도는 연구개발지원제도의 일환으로 볼 수 있으나 최종적으로 산출되는 결과물에 대한 사업화 연계측면에서 공공구매제도의 성격을 포함하고 있다. Stage 1-2 단계는 기획 및 연구개발 단계로서 기술개발의 타당성 조사 및 연구개발을 통한 상업화잠재력 제고에 R&D예산을 지원하고, Stage 3. 사업화 단계에서 참여기업의 공공구매를 보장해주는 형식은 아니며, 참여기업이 민간 혹은 SBIR에 참여하지 않은 타 연방정부로부터 자금 조달이 가능하도록 도와준다.