현재의 융합연구 평가체계는 기존의 전통적인 연구영역에 머물러 있을 뿐만 아니라, 융합연구를 평가하는 평가위원단이 마땅한 전문성이나 객관성을 갖추지 못했다는 문제점을 갖고 있다. 따라서 융합연구 전문가를 확보하고 위원단의 객관성을 유지할 수 있는 제도를 마련하여 융합연구에 적합한 지표를 적용할 수 있어야 한다.
이 밖에도 인터뷰 대상자인 현장연구자들은 융합연구 평가체계 개선과 관련하여 다음과 같은 시사점을 제시하였다. 현재 융합연구의 평가체계가 당면하고 있는 문제점은, 연구는 융합연구를 수행하고 있지만 융합연구를 평가하는 평가체계는 기존의 전통적인 연구영역에 머물러 있다는 점이다. 이 중에서 가장 큰 문제점으로 지적되고 있는 점은 융합연구를 평가하는 평가위원단의 전문성 부재를 꼽을 수 있는데, 이를 극복하기 위해서는 융합연구의 전문가들을 중심으로 한 위원회를 도입하여 실질적인 피드백을 줄 수 있는 제도 도입이 시급하다. 두 번째는 평가위원단의 객관성을 높이는 것으로 이를 위해서는 전문성을 담보하는 동료평가의 강화와 객관성을 담보할 수 있는 제도도입이 필요하다. 이를 위해서는 선호/비선호 평가위원단을 제안하는 절차를 도입하거나 역평가제를 실시하여 평가위원단의 도덕적 해이를 최소화 시킬 수 있는 제도 마련을 고려해볼 수 있다. 마지막으로 융합연구에 맞는 지표도입이 적용되어야 하는데 연구자들이 과제 제안 시 융합연구 목표에 맞는 연구지표를 제안하는 절차나, 융합연구에 필요로 하는 새로운 지표인 개념정립·연구 달성도·교육 효과 등을 고려해볼 수 있다.