창의와 도전의 R&D 개념을 포괄하는 혁신도약형 R&D사업 규정에 따라, 사업 수행과정에도 도전과 창의 R&D 평가요소가 혼재되고 있고, 이 개념 모호성은 과제 평가기준 및 성과 차별화·구체화를 어렵게 한다.
이처럼 창의적 R&D와 도전적 R&D의 개념을 모두 포괄하는 광의의 개념으로 혁신도약형 R&D사업이 규정됨에 따라 사업 수행과정(선정평가 → 중간평가 → 최종평가)에서도 도전적 R&D와 창의적 R&D의 평가요소가 혼재되어 적용되고 있다. 구체적으로 살펴보면, 과제의 선정평가 단계에서는 ‘도전적 R&D(연구목표 도전성)’와 ‘창의적 R&D(연구내용 창의성)’의 평가요소를 동시에 적용하고 있고, 중간평가 단계에서는 평가를 실시하지 않는다는 점에서 ‘창의적 R&D’의 평가요소를 적용하고 있고, 최종평가 단계에서는 연구목표 달성도를 중점적으로 평가한다는 점에서 ‘도전적 R&D’의 평가요소를 적용하고 있다. 이같은 혁신 도약형 R&D사업의 개념 모호성은(기존 R&D사업대비) 과제 평가기준 및 성과의 차별화·구체화를 어렵게 하는 요인으로 작용하고 있는 실정이다.