농업 분야 BRC는 국제식량기구에서 채택한 식량 농업 실물 유전 자원 구제조약(ITPGRFA)의 다자 간 협약에 근거를 둔 식량자원 공유 메커니즘이 이미 발효되고 있다. ITPGRFA에서는 세계적으로 식량안보적 가치가 큰 작물은 정액 이용료를 신탁기금에 넣은 후 회원국과의 개별 협약 없이 이용하고 있다.
특히 농업 분야 BRC는 기존에 국제 식량기구(FAO)에서 채택된 식량 농업 실물 유전 자원 국제조약(이하 ITPGRFA) 아래 다자 간 협약(multi-lateral agreements)에 기반한 식량자원 공유 메커니즘이 이미 존재한다(FAO 2009). ITPGRFA에서는 글로벌 차원에서 식량안보적 가치가 높은 작물에 대해 정액 이용료를 신탁기금(FAO Trust Fund)에 적립한 후 회원국 간 개별 협약(bilateral agreements) 없이 자유롭게 이용할 수 있도록 하고 있다(FAO 2009). 따라서 물질이전협정 또한 표준화된 양식(Standard Material Transfer Agreements)을 활용하고 있다(FAO 2009). 하지만 양자간 협약을 골간으로 하는 나고야 의정서는 이러한 기존의 다자간 협약 기반 거래 방식과 상충될 여지가 존재한다. 또한 인간의 적극적 개입을 통해 선별되고 개량된 농업자원에 대해 원산지가 단순하고 분명한야생자원과 마찬가지로 취급하면서 다중의 원산지(origin)를 모두 추적하여 자원 제공국과 협상을 추진토록 하는 일 자체가 합리적이지 않다는 의견도 존재한다.