연구기관의 각 부처들은 서로 다른 관리방식, 관리기준, 내부 규정으로 운영되기 때문에 장비 처분에 관해서는 부처의 재량으로 처리하도록 해야한다.
이러한 이유가 발생하게 된 것은 개별 연구기관은 개별 부처로부터 각종 사업을 통해서 연구 장비를 구축하게 되는 구조로 각 부처별로 상이한 관리방식, 각 장비유형 특성별 관리기준 차이, 연구기관 내부 규정, 조달처 자산등록에 따른 내구연한(5년, 10년) 기준 등이 동일한 연구기관에 이중 삼중의 규제를 동시에 받을 수밖에 없는 구조로 되어 있는 점이다. 따라서 연구기관 내 개별적으로 구축된 장비를 장비심의위원회에서 동일한 판단기준 및 관리지침을 적용할 경우 다른 부처의 규정에 위배되는 현상이 발생할 수도 있어서, 현장에서는 연구 장비 처분에 대해서는 특별한 조치를 취하지 않는 것이 문제를 발생하지 않는다고 인식하고 있다.