융합연구 평가체계의 가장 큰 문제점은 평가하는 심사위원단의 전문성 부재였다. 심사위원단은 최소한 융합되는 각 연구영역 전문가들로 구성되고, 고른 평가를 위해 각 연구영역의 전문가 수가 균등해야한다.
현재 융합연구의 평가체계가 가지고 있는 문제점에 대한 의견을 조사한 결과 다음의 3가지로 정리될 수 있다. 가장 많은 연구자들은 융합연구를 평가하는 평가위원의 전문성 부재를 가장 큰 문제점으로 꼽았다. 융합연구는 이질적인 연구 분야가 결합되어 연구가 되는 만큼, 최소한 융합이 되는 연구영역에 관련된 전문가들이 심사위원단으로 구성이 되어야 한다. 하지만 바이오와 생물학이 융합이 된 과제 평가에 건설이나 디자인 전문가가 과제를 평가하는 경우가 있는 등 융합연구 전문가들에게 제대로 된 평가를 받기가 어렵다는 의견이 가장 많았다. 뿐만 아니라 두 가지 이상의 연구 분야가 결합되어 하는 연구이니만큼 평가위원단 구성이 한쪽으로 쏠리는 경우가 있어 융합연구에 참여하는 모든 연구 분야가 평가를 받을 수 있도록 그 구성이 균등하게 해야 한다는 의견도 있었다.