바이오벤처는 연합체를 결성하는 방식으로 그 세를 불려나갔다. 그 예로 대덕커뮤니티는 대덕 연구단지에 바이오 벤처들을 유치한 바이오 벤처 연합체로, 연구, 생산, 마케팅을 공동진행하고 산학연네트워크로의 발전을 도모했으며, 바이오벤처타운은 바이오기업체들의 공동 프로젝트를 진행하였다.
벤처캐피탈 외에 이 시기 바이오 벤처는 서로 연합체를 결성하거나 혹은 대기업의 지원을 받으면서 팽창해 나갔다. 2005년 인바이오넷은 대덕 연구단지에 위치한 연건평 5천 8백여 평의 한효과학기술원을 인수하여, 이곳에 바이오 벤처들을 유치함으로써 바이오 벤처 연합체 성격의 ‘대덕커뮤니티’를 만들었다. 대덕커뮤니티는 분산되어 있는 바이오 벤처들이 연구, 생산, 마케팅까지 공동으로 진행할 수 있었고, 단지 내의 생명공학연구소나 한국과학기술원 등과 연계해 산학연 네트워크로 발전할 수도 있어, 당시 바이오 벤처의 새로운 협력 모델을 만들었다고 평가받기도 했다. 다른 예로, 신약, 신물질전문 벤처였던 바이오메드파크는 경기도 용인에 있던 진로종합연구소(건평 4,300평, 대지 7,000평)를 인수하여 바이오 벤처 타운을 만들었다. 바이오메드파크는 바이오 벤처를 한 곳에 모으는 것뿐 아니라 입주 기업체들이 공동으로 할 수 있는 프로젝트(신개념 항진균제 개발, DNA 칩을 이용한 진단키드 개발)를 진행하여 대덕커뮤니티와는 다른 모델로 주목받았다.