의료기관에서 HIV 감염인들의 차별과 인권침해가 가장 흔한데, 이는 예비의료인들을 대상으로 한 HIV/AIDS 관련 교육 과정이 체계화 되어있지 않아서 지속성이 짧기 때문이이다. 
이와 같은 교육 과정의 부재는 HIV 감염인의 의료차별에도 큰 영향을 미치고 있는 것으로 예상된다. 지난 2005년도 국가인권위원회의 HIV 감염인 인권상황 실태조사 결과에 의하면, HIV 감염인들은 삶의 전 영역에 걸쳐 다양한 양상의 차별과 인권침해를 겪고 있음이 객관적 지표로 나타났다. 그 중 의료기관에서의 불편 및 인권침해가 가장 흔한 유형이었다. 이러한 사실에 기초하여 국가인권위원회에서는 보건복지부와 관련학회가 협력하여 의료인을 대상으로 한 HIV/AIDS 교육활동을 강화하도록 촉구한 바 있다. 이에 질병관리본부에서는 2010년도부터 2013년도까지 의료인과 예비의료인을 대상으로 한 HIV/AIDS 관련 교육사업을 진행한 바 있으나, 이마저도 2014년도부터 사실상 중단된 상태이다.