환경영향평가제도는 내각회의 평가절차나 개별법에 근거한다. 항만법은  항만관리자가 수립하는 항만 개발, 항만 환경 정비 전반에 관한 사항, 기본 방침 등을 세우는데 사전 환경영향평가를 실시해야 한다. 단 항만 계획의 환경영향평가제도는 주민 공고와 공람의 절차가 없고 개입도 환경청 장관이 참여하는 지방항만심의회를 통해 이루어진다. 
지금까지 국가차원에서의 환경영향평가제도는 주로 내각회의 Assessment 절차에 따랐으나, 그 외 개별법에 근거하여 실시한 환경영향평가제도가 있었다. 앞서 말한 1972년에 내각회의의 승인을 받은 후, 항만법(1950년 법률 218호)이 일부 개정되어 항만 관리자가 세우는 항만 계획은 ‘항만 개발과 이용, 보전, 개발 보전 항로 개발에 관한 기본 방침’(동법 3조의 2) 및 ‘항만의 환경 정비나 보전에 관한 사항 등의 기본적인 사항에 관해 운수성(運輸省）령으로 정한 기준’(계획 기준)에 적합해야 한다(동법 3조의 3, 2항). 그리고 ‘기본 방침’ 및 ‘계획 기준’은 항만 계획을 세우는데 있어서 사전에 환경영향평가를 실시하도록 해왔다. 다만, 항만 계획의 환경영향평가제도는 주민에게 공고하고 공람하도록 하는 절차가 없으며, 지방공공단체의 관여도 지방항만심의회를 통해 이루어지는 정도이다. 또한 항만 관리자가 중요한 항만에 관해 세운 항만 계획은 운수대신에게 보내진다. 운수대신은 항만심의회의 의견을 듣고 앞서 말한 방침과 기준에 적합하지 않은 계획은 항만 관리자에게 변경을 요구할 수 있다. 항만심의회에는 환경청 장관이 회원으로 참가하며, 현재도 환경영향평가에 근거하여 계획을 검토하도록 요구되는 사례가 있다.