R&D 수행주체들 중 출연연의 역량 평가가 대학에 비해 심각한 수준으로 평가된다. 이것은 출연연의 산업 지원효과가 미흡하다는 것을 뜻하는 것으로 출연연의 미션이 재정립되어야만 해결될 수 있을 것이다.
설문조사에 나타난 R&D 수행주체들의 경쟁력에 대한 전문가들의 평가는 대체로그리 나쁘지 않았으나 그중에서 출연연의 역량은 다소 미흡한 것으로 나타났다. 그뿐만 아니라 세계 최고의 연구 성과 미흡 문제와 산업이나 의료 현장에서 필요로 하는 연구 성과의 미흡 문제에서도 출연연이 대학이나 병원보다 심각한수준이라고 평가되었다. 물론 대학이 산업이나 의료 현장과 동떨어진 연구를 수행한다는 비판도 많았으나, 대학의 고유 미션은 산업이나 현장을 지원하는 것이 아니기 때문에 산업이나 의료 현장에서 필요로 하는 연구 성과 미흡 문제의 경우대학보다 출연연의 문제가 더 심각한 것으로 평가된 듯하다. 사실 바이오헬스 분야뿐만 아니라 여러 분야에서 출연연의 문제는 자주 제기되는 정책이슈이다. 출연연이 학문적인 성과와 산업 지원 효과가 미흡하다는 설문조사 결과는 출연연의 미션과 결부되는 문제인데, 출연연 미션이 재정립되지 않는 한 해결이 어려울 것으로 보인다.