건강도시사업은 2000년대를 기점으로 지자체 주도의 커뮤니티 단위로 추진되고 있다. 건강도시정책을 시행 여부에 따라 근린환경이나 공공 서비스와 같은 건강자원에 차이가 발생하며, 이는 지역적 건강불평등의 원인이 될 수 있다.
국내에 건강도시 개념이 처음 소개된 것은 1980년대 중반이나, 1990년 대 후반까지는 실제로 적용되지 않았으며, 시행 초기에는 보건소를 중심으로 한 건강증진프로그램이 주를 이루었다. 1996년 이후부터 중앙정부 주도의 건강도시사업이 본격적으로 진행되기 시작하였는데, 2000년대를 기점으로 대부분 건강도시사업은 지자체 주도의 커뮤니티 단위로 추진되고 있다. 2004년 세 개 지자체가 WHO 서태평양지역 건강도시연맹 정회원으로 가입하였으며, 2006년에는 국내 건강도시간 네트워크 구축을 위하여 대한민국건강도시협의회가 설립되어, 2010년 현재 약 50개 이상의 지자체가 국내·외 연맹에 정회원으로 가입되어 있다. 지자체에 건강도시협회 가입과 건강도시 계획 수립에 대한 자율 재량권이 있음에도 불구하고, 이에 대한 중앙정부의 법적 지원이나 제제가 없기 때문에 아직도 몇몇 지자체는 건강도시에 대한 개념이 생소한 상황이다. 따라서 건강도시정책을 시행하고 있는 지자체와 아닌 지자체 간 근린환경이나 공공 서비스와 같은 건강자원에 차이가 발생할 수 있으며, 이는 지역적 건강불평등의 원인이 될 수 있다.