현재 의학전문대학원의 MD-PhD 과정은 학부까지 도합 11년제라 기피하는 경향이 많으므로, 미국와 싱가포르처럼 탄력적으로 프로그램을 운영하고 코스 선택, 연구 환경, 개별화 교육 진행에서도 융통성을 확보해야 한다.
먼저 현재 의학전문대학원의 MD-PhD 과정은 7년(의학전문대학원과정 4년 + 박사과정 3년)이 걸리는 과정이다. 학부 과정까지 합산한다면 11년(학부과정 4년 + 의학전문대학원과정 4년 + 박사과정 3년)의 과정이기 때문에 기피하는 경향이 많다. 따라서 미국처럼 MD-PhD 과정 학생들의 특수성을 고려하여 시작 시점에 융통성을 부여하고, 싱가포르처럼 우수한 학생에게 조기졸업의 길을 열어주는 등의 탄력적인 체계로 프로그램을 운영할 필요가 있다. 또한 코스의 선택, 학제 간 연구 환경, 개별화 교육 진행에서도 융통성 및 유연성이 확보되어야 한다. 미국의 경우 타 대학 및 타 전공의 코스도MD-PhD 학생에게 개방하며, 연구 활동 및 세미나에 참여할 수 있는 시간적인 여유를 제공하는 등 MD와 PhD의 연계성을 높이고 있다.