건강보험 기금화에 동력이 부여되지 않은 이유는 국회의 파행적인 운영으로 건강보험 운영이 어려워질 것이라는 우려다. 즉, 건강보험이 기금화될 경우의 부작용인 정치쟁점화 이다.
그런데 이러한 논리가 지극히 당연해 보임에도 불구하고 건강보험 기금화에 관해서는 뚜렷한 동력이 부여되지 않아 왔다. 그 이유로는 우선 파행적인 운영이 드물지 않게 발생하는 국회 때문에 건강보험 운영이 어려워질 것이라는 우려를 들 수 있다. 이는 원칙적으로 건강보험이 재정의 일부라는 점에 반대가 강했다기보다는 비정상적인 여러 관행이 존재하는 상황에서 건강보험이 기금화될 경우 발생할 수 있는 부작용에 대한 염려라 할 수 있다. 예를 들어, 2004년 감사원 지적의 수용여부에 대해 보건복지부는 반대 입장을 명확히 했는데, 건강보험 운영 상의 주요사항이 정치쟁점화될 수 있다는 이유였다.