이어 1926년 경성제국대학에서 수업을 개시하면서 학생들의 저항이 심해졌다. 결국 타협이 이루어졌다.
1924년 4월 15일에는 각의를 거쳐 경성제국대학 관제는 5월 2일 공포가 되었다. 이윽고 1925년 8월 14일 경성제국대학 부지에서 2개년을 목표로 교사신축공사 착수되었다. 경성제국대학 교사의 설계는 총독부 토목국 건축과의 岩槻기사가 담당하였다. 양식은 로마네스크식으로 콘크리트 조에 벽돌로 벽을 쌓고 외부는 황갈색의 타일을 붙였다. 결국 1927년 6월 27일 일본 칙령 제 197호로 조선총독부 제 학교 관제가 재정되어 경성의학전문학교와 총독부의원의 관계가 완전히 분리 독립되었다. 경성제국대학에 의학부가 새로 생기면서 임상실험장이던 총독부 의원이 경성제대부속병원으로 됨과 동시에 대부분의 교수진 그리고 장비와 참고서 약품들까지 경성제국대학 의학부로 실려가게 되었다. 이어 1926년 경성제국대학에서 수업을 개시하면서 학생들의 저항이 심해졌다. 결국 타협이 이루어졌다.