정부의 계약연구는 민간의 R&D 투자를 촉진하나 정부의 R&D 투자는 민간 R&D 투자를 대체하는 부정적인 영향을 줄 수 있다. 보조금연구 역시 성공가능성만을 기준으로 R&D과제를 선정 및 지원할 경우 정부 R&D가 민간의 R&D를 대체할 가능성이 커진다. 
정부의 계약연구 그리고 비영리조직에 제공되는 보조금연구는 민간의 R&D 투자를 촉진하는 보완효과(complementary effects)를 갖는다고 일반적으로 알려져 있다. 반면, 정부의 R&D 투자는 민간 R&D 투자를 대체하는 부정적인 영향을 미칠수도 있는데 이는 계약연구에서 더 자주 나타날 가능성이 있다. 그 이유로 첫째, 정부가 해당 영역의 R&D 투자를 하지 않더라도 기업이 R&D 투자를 할 가능성이 존재하는데, 이 경우 정부는 민간의 투자를 일부 또는 전체를 대체하는 결과를 낳는다. 둘째, 정부와 R&D 계약을 체결하는 기업 이외의 타 기업들의 투자를 감소시킬 가능성이 존재한다. 이들 기업들이 R&D 투자를 할 의향이 있지만 정부와 계약한 경쟁자가 유리한 위치를 선점했기 때문에 투자를 축소하거나 투자하지 않을 수 있기 때문이다. 따라서 정부의 계약연구 특히 민군 겸용기술의 경우 일종의 양날의 칼이라고 할 수 있다. 보조금연구 또한 성공가능성만을 기준으로 R&D과제를 선정하여 지원하는 경우, 이들 영역에 대해서는 민간 또한 R&D 투자를 할 가능성이 높기 때문에 정부 R&D가 민간의 R&D를 대체할 가능성이 커지게 된다(David, et al.,2000).