비교효과연구 주제의 우선순위를 정할 때는 모든 과정에서 다양한 이해관계자의 참여를 위한 방법을 모색하고 주제별로 여러 전문가의 의견을 들어야 하며 원칙적으로 우선순위 선정의 전 과정 및 결과를 공개해야 한다. 
결론적으로 비교효과연구 주제 우선순위 선정은 변화하는 질병 역학, 중재, 대중의 관심을 지속적으로 파악하는 과정이 필요하다. 이에 우선순위 선정 과정에서 보건의료서비스 제공자와 소비자, 환자 등을 포함한 다양한 이해관계자의 참여는 반드시 필요하므로 전 과정에서의 이해관계자 참여를 고려하고 촉진시키는 방안을 강구해야 할 것이다. 또한, 비교효과연구 주제는 관련된 배경지식, 현재 임상의 실제, 관련 연구 현황을 고려하여 개발하여야 한다. 이를 위해서는 NICE의 사례와 같이 각 주제마다 적어도 2인 또는 3인의 전문가의 자문을 고려하는 절차를 마련하는 등 주제 선별 및 우선순위 과정에서의 치우침 없는 전문가 견해를 청취하는 노력을 기울여야 할 것이다. 또한, 정책 활용도 제고를 위해 반드시 우선순위 선정 과정과 결과는 보고서 발간 및 관련자료 홈페이지 게재를 통해 투명하게 공개되는 것을 원칙으로 해야 할 것이다.