정부의 투자로 인해 대학 R&D 연구 부문의 성과가 곧 대학의 서열을 결정짓게 되었다. 따라서 연구비의 즉각적인 지원으로 단기간에 성과를 빠르게 보여줄 수 있는 R&D가 이루어졌고, 이로 인해 규모 추산이 어렵다. 또한 복합적인 구조로 사업 상충되는 현상을 막기 위해 구조의 단순화가 제기되었지만, 구조 개편의 어려움으로 진행이 늦고 있다.
우리 과학자 집단이 60년대 국가 산업 정책의 일환으로 양성되어 왔던 것처럼 우리 대학 R&D도 80년대 이후 정부의 집중적 투자에 의해 본격화되기 시작했다. 이 과정에서 대학에 대한 정부의 연구비 지원은 교육보다는 R&D를 중심으로 확대되었고 연구 잘하는 대학이 곧 좋은 대학이라는 획일화와 서열화 체제가 공고해져 갔다. 투자의 성과가 장기간에 걸친 교육보다는 비록 논문의 형태라 하더라도 단기간에 가시적 성과가 가능한 R&D가 예산의 확대나 새로운 사업 발굴에 훨씬 유리했기 때문에 대학에 대한 연구비 지원도 체계적인 것이 아니라 각 부처별로 필요에 따라 그때그때 이루어져서 지금은 정부로부터 대학으로 지원되는 전체 R&D 규모도 파악하기 어려운 구조로까지 이르고 있다. 하나의 대학, 나아가 한 명의 교원이 세계적 수준의 연구 중심 대학을 위한 사업과 교육력 강화, 지역의 중소기업과의 협력을 위한 사업을 동시에 수행하기도 하며 대학 특성화 유도를 위한 정부의 정책이 복잡하고 다양한 사업들에 의해 서로 상충되는 일도 허다하다. 이에 따라 정부의 고등교육 재정 지원 관련 여러 연구들에서는 사업 구조의 단순화 필요성이 언급 되었으나, 부처별 R&D 사업 시행 구조의 전면적 개편이 선행되어야 함에 따라 쉽게 이루어지지 못하고 있다.