수산물 수출지원사업은 유의미하나, 수산물 생산과 소비가 늘 것으로 예측되는 지역에 대한 고려가 부족하며 국내 생산 수산물 수출에만 한정되어 있다는 한계도 있다. 
국내 내수시장의 성장 한계에 직면하고 수산업 성장 기반이 점차 약화되고 있는 상황에서 수산업의 위기 극복을 위한 성장 전략으로써 수산물 수출지원사업은 의미가 있다고 할 수 있다. 그러나 지원 사업이 일본, 중국, 미국 등 선진 수산물 소비시장에 편중됨에 따라 아세안과 같이 잠재적으로 수산물 생산 및 소비 증대가 예상되는 지역에 대한 고려가 미흡하다. 그리고 수산물 수출 지원사업은 국내에서 생산된 수산물의 수출에만 한정하고 있고, 해외 생산기지 또는 거점화를 통한 시장 진출 및 해외 수산자원을 활용한 현지 수출이 고려되지 않은 한계점을 가지고 있다.