기술인증제도는 두 가지 문제점을 갖고 있다. 일단 인증이 급격하게 늘어나 기술개발보다 인증이 중요한 구조가 됐다. 또 인증비용 역시 늘어 영세업체에 부담으로 작용하고 있다.
김중배(2014. 4. 1)는 크게 두 가지 문제점을 제기하였다. 첫째, 관련 기술인증제도가 급격한 증가를 지적하였다. 인증의 취득이 제품구매의 조건 또는 수의계약을 할 수 있는 기반이 되어버렸기 때문에, 자체 기술개발보다 인증 취득이 업체들에게 더 중요하게 되어버렸기 때문이다. 즉 제품이 우수하더라도 자금이 부족하여 인증을 취득하지 못할 경우, 인증을 요구하는 구매처나 해당 시장에 진입 자체 불가능한 구조로 변화하였다는 것이 현재의 문제점인 것이다. 둘째, 인증비용의 급격한 증가를 지적하였다. 다품종 소량생산인 조명업계의 특성으로 인해 인증을 받아야 하는 제품의 수가 급격히 늘게 되며, 이와 연동되어 인증비용 역시 급격히 늘게 된다. 만약 영세한 업체의 경우 급격히 늘어나는 인증비용은 매우 큰 부담으로 작용할 수 밖에 없다. 이와 유사한 지적은 기업체 및 관련 전문가 인터뷰에서도 확인할 수 있다.