국가연구개발사업은 연구주체에 따른 책임성 논의가 다르다. 정부 주도 사업과 방위사업청의 사업, 다부처 공동 기획 사업, 개인 연구 사업 등 동일한 책임성 적용은 논의가 필요하다.
국가연구개발사업의 경우 매우 다양한 유형으로 추진되므로 책임성에 대한 논의도 이러한 특성을 고려하여야 한다. 앞서 살펴본 바와 같이 기초 연구와 목적성 연구의 자율과 책임의 개념이 다르듯이, 연구의 주체에 따라서도 책임성에 대한 논의는 달라진다. 농촌진흥청, 기상청, 소방방재청 등 공무원이 직접 연구를 수행하는 정부 주도 사업과 대부분의 연구 개발을 외주 계약을 통해 수행하고 이를 통합한 체계의 개발을 주로 담당하는 방위사업청의 사업, 다부처 공동 기획 사업, 그리고 출연연의 기관 고유 사업이나 대학교수들을 대상으로 하는 풀뿌리 지원 성격의 개인 연구 사업 등에 동일한 개념의 책임성을 적용하기는 어려울 것이다.