배아줄기세포는 난자를 파괴시킬 수 있는 윤리적 문제가 있다.  황우석 전 교수의 연구는 면역거부반응이 없지만, 연구를 위해 사람의 난자가 필요하다는 문제가 있다.
배아줄기세포의 경우 줄기세포를 획득하는 과정에서 배아가 희생된다는 생명윤리 이슈이외에도 인간의 난자를 파괴할 수 있다는 점에서 또 다른 윤리적 이슈가 제기된다. 정상적인 배아에서 획득한 줄기세포를 이식할 경우, 환자와 배아의 DNA차이로 인해 면역거부반응이 일어날 수 있는데, 황우석 전 교수가 시도했던 것처럼 환자의 체세포 핵을 다른 사람의 난자에 이식해서 만드는 체세포복제 배아는 면역거부문제를 해결할 수 있기 때문에 더 큰 기대를 모았다(류화신, 2013). 하지만 이 연구를 위해서는 누군가의 난자가 필요하게 되므로, 윤리적 측면의 논란이 존재한다.