‘연구 경쟁력 혁신’의 혁신방안 전략은 국가·사회적 이슈 해결에 대한 위원회를 운영하고 코디네이터를 선정하는 등 신속한 성과도출과 확산을 위한 해결형 프로젝트가 운영한다.  그리고 ‘프론티어 연구기획 책임자 제도’를 도입하여 과제구성·연구비배분·인력확보 등의 전문성과 운영 전반의 자율권을 위임한다. 
두 번째 혁신방안 전략은 ‘연구 경쟁력 혁신’이다. 국가·사회적 현안이슈 해결에 대한 국민적 요구가 증대되는 가운데 사회문제 해결을 위한 ‘R&SD 기획위원회’를 가동한다. 출연(연) 혁신위원회를 중심으로 기획위원회를 운영하고, 실질적 연구기획을 위해 출연(연)별 코디네이터를 선정케 했다. 신속한 성과도출과 확산을 위해 단·중기적 2~5년의 문제 해결형 프로젝트 중심으로 운영된다. 출연(연)별 대표 솔루션 연구를 선정하고 협업·융합이 필요한 분야는 코디네이터 중심의 공동연구 체제를 구축해서 공동연구 사업일 경우 참여 출연(연)의 주요사업비 분담을 통해 재원을 마련하도록 하였다. 그리고 ‘프론티어 연구기획 책임자 제도’도 도입하도록 하였다. 출연(연) 별 고유임무와 미션에 맞는 프론티어 연구주제 선정을 위한 기획 책임자를 구성하는데, 책임자는 임기제 방식으로 선발·운영되며 프론티어 연구기획 단계부터 전면 위임되도록 하였다. 연구기획 책임자는 인력과 연구비 집행에 자율성을 보장하기 위해 장기(5~10년) 프로젝트로 운영되며, 과제구성·연구비배분·인력확보 등 운영 전반에 대한 자율권을 보장할 계획이다.