2012년 출생아가 만3세가 되는 2015년부터 전산등록 자료를 이용한 전수조사 자료를 승인통계로 공표하고 있다. 조사결과 2014년(만3세까지) 전국 예방접종률은 약 88%로 나타났으며, 2017년 만3세 영유아의 전국 예방접종률의 평균 접종률은 약 96%로 대부분 지역에서 평균 접종률을 상회하였다. 
2014년 국가예방접종사업 참여의료기관은 7,265개소에서 2017년 10,340개소로 3,075개소(42.3%) 증가하였다. 2012년 민간의료기관 접종비용 확대지원으로 예방접종 전산등록률이 향상되어 2012년 출생아가 만3세가 되는 2015년부터 전산등록 자료를 이용한 전수조사 자료를 승인통계로 공표하고 있다. 승인통계 공표 전에는 연구용역을 통해 표본조사를 실시하였으며 조사결과 2014년(만3세까지) 전국 예방접종률은 88.4%로 나타났다. 승인통계로 공표하기 시작한 2015년 전국예방접종률 조사에서 만3세까지 권장되는 7종 백신에 대해 모두 접종한 완전접종률은 88.3%로 나타났고 강원 92.0%, 대전 91.6%, 울산 91.2% 순으로 높았다. 2016년(만3세까지)은 전국 89.2%이며 접종률이 가장 높은 지역은 강원 91.8%, 충남 91.5%, 충북 91.2% 순으로 나타났다. 2017년 만3세 영유아의 전국 예방접종률의 평균 접종률은 96.7%로 서울, 부산, 제주 지역을 제외한 대부분 지역에서 평균 접종률을 상회하는 것으로 나타났다. 또한 전년대비 만3세 이하 예방접종 백신 중 MMR 백신을 제외한 8종 백신은 전년대비 0.1%p∼0.7%p 정도증가하였다.