인증 취득은  문제점을 지닌다. 매출 49억 이하 기업, 19인 이하 기업은  ‘어려운 취득절차’를  지적하고 매출 50억 이상 기업은 ‘어려운 취득절차와 높은 기준’을 지적한다.
인증 취득의 가장 주된 목적이 제품을 판매하기 위해선 무엇보다 인증 취득이 의무사항이라는 것을 고려할 때, 인증 취득의 문제점은 기업 규모별로 나누어 살펴보더라도 유사하게 나타나고 있음을 확인할 수 있다. 매출액이 49억 이하인 기업군의 경우 ‘까다로운 인증취득절차’를 가장 큰 문제점으로 지적하고 있으나, 매출액이 50억 이상인 기업군에선 ‘까다로운 인증취득절차’와 ‘높은 인증기준’을 중요한 문제점으로 지적하고 있다. 종업원 수로 기업군을 나눌 경우, 19인 이하 사업장에서는 까다로운 인증취득절차를 가장 큰 인증 취득의 문제점으로 응답하였다(중소기업중앙회․중소기업 옴부즈만, 2015: 31).