공익 목적으로 건강정보를 활용한다 하더라도 개인을 식별할 수 있는 수준의 개인 건강정보는 보호되어야 한다. 특히 주민등록번호 등은 프라이버시 침해의 요소가 있으므로 활용에 있어 보안 및 보호 작업이 우선 이루어져야 한다. 
모든 건강정보가 보호대상은 아니다. 보호되어져야 할 건강정보는 개인이 식별될 수 있어 정보 유출 시 개인에게 피해를 줄 수 있는 개인 건강정보이다. 이런 개인 건강정보를 활용하여 공익적 목적의 연구를 수행하여 보건의료의 질을 향상시키는 점도 중요하나 개인정보유출로 인한 피해를 간과할 수는 없다. 또한 주민등록번호는 개인 고유 식별번호로 별도의 장비없이 번호 자체만으로도 몇몇 개인정보를 알 수 있고 다른 개인정보를 알 수 있는 중요한 역할을 하며, 영구적으로 변하지 않기 때문에 한번 노출되면 지속적으로 프라이버시를 침해당할 가능성이 크다. 이에 개인 건강정보를 활용하기 전에 보안 및 관리를 통한 보호가 우선 이루어져야 하며, 또한 효율적인 활용을 위해서는 여러 기관에 산재해 있는 정보들을 연계할 수 있는 방안을 정책적으로 마련해야 할 필요가 있다.