돼지 분뇨 내 인돌동 농도를 낮추기 위해서는 돼지우리를 주기적으로 청소하여 청결을 유지해야 한다.
돼지가 사료에서 섭취한 질소(단백질의 구성성분) 중에서 30% 정도는 체내에 축적되고 70% 정도는 분뇨로 배설된다. 이때 13% 정도의 질소는 돼지우리에서 날아가며 57% 정도는 돼지우리 저장조에 저장된 분뇨에 존재한다(Aarnink, 1997). 배설된 분뇨가 돼지우리 저장조에 저장되면 분뇨 내 미생물에 의해 발효되어 냄새물질이 생성된다. 분뇨가 돼지우리 내부에 많이 묻어 있거나 돼지우리 저장조에 오래 저장되면 냄새물질의 생성이 증가하게 된다. 그래서 돼지우리 내부를 주기적으로 청소하여 청결히 관리하고 분뇨를 돼지우리 밖으로 빨리 배출하면 냄새를 줄일 수 있다. 돼지우리 저장조 내 분뇨 저장기간을 6주에서 2주로 단축하였을 때 분뇨 내 인돌류 농도가 45% 감소되었다(국립축산과학원, 2012).