장내 혐기성 세균으로 인해 배양이 어려워 대변이나 인공대변을 사용하였다. 기증 대변 중심으로 운영하는 미국 최초 대변은행에서는 대변을 분쇄, 살균, 여과하여 냉동 보관하고 질병 관련 109개 항목에 대해 검사하며 기증자 등록이 필수이다. 대변시료는 고농도, 저농도 캡슐의 세 가지 형태로 분양되고 비용이 청구된다.
장내세균에는 혐기성 세균도 포함되어 있기 때문에, 실험실에서 배양하여 적절한 세균 집단을 얻기 어렵다. 따라서 대변 또는 인공 대변을 사용하게 되었다. 미국 최초 대변은행은 기증받은 대변을 중심으로 운영하는 2012년 보스턴에 설립된 비영리기관OpenBiome이며, 현재 세계 최대 규모다. 2015년 10월까지 미국 49개 주와 7개 국가에 6천 건 공급했다. 기증받은 대변은 분쇄, 살균, 여과를 거친 다음, 냉동 처리되어 장기 보관된다. 대신에 기증자에게 매일 40달러를 지불한다. 질환이 전파되는 것을 관리하기 위해 기증된 대변을 대상으로 대사증후군자가면역질환-소화기질환 등 만성질환이나 감염증 등 109개 항목에 대해 검사하며, 안전규정에 따라 운영하고 있는 대변은행은 기증자의 등록을 의무화해 부작용을 추적해야 한다. 대변 시료는 고농도 형태의 FMP 30, 저농도 FMP 250, 캡슐 제품 등 세 가지 형태로 분양된다. 이때 테스트 비용으로 지불해야 하고, 또한 대변 분양비용은 시료 당 250달러, 캡슐 제품은 385달러이다. 두 번째 대변은행은 AdvancingBio로 2015년 3월 캘리포니아 사크라멘토에 비영리기관으로 설립되었다.