시화호 종합관리계획의 성과관리에 대해서 수행기관과 협조와 참여가 부족하여 성과지표 설정에 어려움을 겪었고, 사업의 시행과정에서 활동에 검증 부족으로 순환관리의 문제점으로 나타났다. 그로인해 성과관리체계의 운영을 위해서 수행기관의 수용성이 매우 중요하다. 
개발된 성과평가 방법론이 시화호 종합관리계획의 순환관리에 직접 활용되지 못한 데에는 여러 가지 요인이 있었다. 시화호 종합관리계획의 성과관리에 대하여 시화호 관리 위원회와 사업수행기관 간에 이해와 협조가 부족했으며, 사업수행기관들의 참여가 미흡하여 성과지표 설정에 어려움이 있었다. 사업의 예산 집행율만 성과지표의 가중치 설정 근거로 이용되어, 사업의 시행과정에서 행해지는 다양한 활동에 대한 고려가 이루어 지지 않았다. 우선 성과지표가 적절한가에 대한 검증이 부족했다. 성과관리체계 운영 시 발생가능한 문제점을 사전에 점검하기 위한 성과분석의 시험적용이 이루어지지 못했다. 성과관리체계의 원활한 운영을 위해서는 사업수행기관의 수용성이 무엇보다 중요한 요소였다. 성과평가 컨설턴트와 조정한 지표가 아니라, 이상적인 평가지표를 제시하고 각 기관과의 협의 및 합의 과정을 거쳐 성과평가 방안을 마련해야 한다는 의견이 제시되었다(2008.9.19. 제4차 시화호 실무협의회).