이 사업에서 추진하는 것은 막대한 사회적, 경제적 효과가 기대될 것이나 몇가지 어려움도 따른다. 즉 정부의 지원이 배제된 기술개발은 경쟁력을 갖기 힘들것이고 결과적용을 위한 테스트가 필요할 것이며 공공재적 성격이므로 이윤을 획득하기 어렵게 한다.
본 사업에서 추진하고자 하는 항만 설계기준, 물류 자동화 등의 기술은 항만·해안 관련 방재 및 첨단물류 체계의 발전을 유도하여 최종적으로 항만·해안의 안정성을 확보하고 온실가스를 감축하는 등 막대한 사회·경제적 파급효과를 가져올 것으로 예상된다. 하지만 단일 기업체 및 연구기관 수준에서 본 사업을 추진하는 데는 크게 3가지의 애로사항이 따를 것으로 사료된다. 첫째로 국제적 동향을 볼 때 선진국이 주도하는 시장 안에서 정부의 지원이 배제된 개별업체 차원의 기술개발은 경쟁력을 가지지 못할 것으로 판단된다. 둘째로 개발결과의 실제 적용에 있어 신뢰성 확보 및 국제 표준 획득이 기반이 되어야 하며 이를 확인하기 위한 개발결과의 검증절차에서 막대한 자본을 요구하는 대규모 테스트베드가 필수불가결하다. 셋째로 최종 기술 적용점이 국가시설인 항만이며 이는 공공재적인 성격이 강하므로 기업으로의 직접적 이윤을 기대하기 어렵게 한다.