탑다운 방식으로 시화호 세부시행계획 로드맵이 마련됐고, 전문가 테스크포스를 통해 세부 사업이 도출됐다. 2단계 종합관리계획 세부시행계획 로드맵은 시화호 전문위원회를 통해 검토·보완됐고, 실무협의회의 검토를 받았다. 
2단계 시화호 종합관리계획(안)의 원활한 목표달성을 위하여 필요한 세부시행사업들이 탑다운 방식으로 도출되었으며, 이를 바탕으로 세부시행계획 로드맵(안)이 마련되었다. 2단계 로드맵(안)은 1단계 시화호 종합관리계획 세부시행계획을 기초로, 1시화호 전문 위원회의 1단계 시화호 종합관리계획 추진실적 평가 결과, 2해양수산부의 ‘시화호 해양 환경개선사업 연구용역’을 통해 2003년부터 2006년까지 이루어진 모니터링 결과, 31단계 계획에 대한 정책평가 등을 바탕으로, 전문가 테스크포스(T/F)를 통해 세부 사업이 도출되었다. 2단계 종합관리계획 세부시행계획 로드맵(안)은 시화호 전문위원회를 통해 검토·보완되었으며, 실무협의회의 검토를 받았다. 각 기관이 참여하는 실무협의회에서 세부사업에 대한 검토를 받는 과정 중 각 부처 및 기관의 입장을 반영하여 수정·보완 되었으며, 일부 분야를 2단계 종합관리계획에 포함시킬 것인지에 대하여 논의했다.