품질인증제는 수산물 및 전통식품에 품질을 인증한다.  지리적표시제는 지리적 특산품의 품질향상과 지역특화산업 육성을 목표한다. 수산물 이력제는  수산물 사고  원인 규명 및 조치를 목적, 유기수산물인증제는 친환경 사료 육성 수산물을 인증하는 제도이다.
현재 운영 중인 수산물 관련 인증‧등록제도는 품질인증제, 지리적표시제, 수산물이력제, 유기수산물인증제로 총 4가지이다. 품질인증제는 「농수산물품질관리법」과「식품산업진흥법」에 근거하여 수산물, 수산특산물과 전통식품에 대한 품질을 인증한다. 지리적표시제는 우수한 지리적 특성을 가진 수산물 및 수산가공품의 지리적표시를 등록‧보호함으로써 지리적 특산품의 품질향상과 지역특화산업으로의 육성을 목적으로 한다. 수산물이력제는 수산물의 식품사고 발생 시 원인 규명 및 신속한 조치와 투명한 생산‧유통질서 확립을 목적으로 운행되고 있다. 수산물이력제는 생산에서 판매까지 이력추적관리 가능한 수산물을 대상으로 하며 생산‧유통‧판매업자를 대상으로 운영하고 있다. 마지막으로 유기수산물인증제는 어업의 환경보전기능 증대, 어업으로 인한 환경오염 저감, 친환경어업 실천 어업인 육성, 생산자와 소비자를 함께 보호하는 것을 목적으로 무항생제, 친환경 사료 육성 수산물을 인증하는 제도이다.