ERC는 과학위원회와 집행기관으로 구성된다. 과학위원회는 의사결정기구로 과학적 지원전략을 정하고 집행기관은 이를 실행하며 자금을 관리한다. 
유럽연합의 기초연구를 위한 지원은 ERC(The European Research Council, ERC)에 의해서 관리된다. ERC는 독일 EU 집행위원회가 주최하고 독일 연구재단(DFG)과 유럽 연합위원회(European Commission)가 공동 주최한 베를린의 첫 회의에서 공식 출범하였다. ERC는 과학위원회와 집행 기관으로 구성되고 과학위원회(Scientific Council)는 ERC의 의사결정기구이며 과학적 지원 전략을 설정한다. ERC 집행기관(ERCEA)은 과학위원회가 정한 ERC 전략을 실행하며, 지원금 관리를 담당한다.