제조관리자는 각종 기준에 따라 결핵 백신 제조에 사용된 오염 의심 물품들을 제조소 안에서 소각해야 한다. 하지만 소독의 방법과 폐기물처리업자에게 위탁하여 폐기하는 방법도 있다.
「생물학적 제제 등의 제조ㆍ판매관리 규칙」과 「의약품 등의 안전에 관한 규칙」 생물학적 제제 등 제조 및 품질관리기준에 따라 제조관리자는 결핵 백신의 제조 또는 시험에 사용한 물품 중 병원미생물에 오염되었거나 오염되었을 것으로 의심되는 물품과 제조 또는 시험 과정에서 발생한 동물의 사체는 해당 결핵 백신 제조소 안에서 소각하거나 폐기하여야 한다. 다만, 소독 등의 방법으로 보건위생상 위해가 없도록 조치한 물품은 소각하거나 폐기하지 않을 수 있고, 해당 결핵 백신 제조소 안에서 소각하거나 폐기하기 어려운 물품 또는 동물의 사체는 「폐기물관리법」에 따라 허가를 받은 폐기물처리업자에게 위탁하여 해당 제조소 외의 다른 장소에서 소각하거나 폐기할 수 있다.