한국 수산자원관리의 가장 큰 문제는 수산자원 감소로 인한 어획량 감소다. 어업인들이 소득을 위해 경쟁하면서 어업비용 증가와 수산자원 감소의 악순환이 이어지고 있다.
우리나라 수산자원관리의 가장 큰 현상적 문제점은 정부의 수많은 규제와 조성정책에도 불구하고 수산자원이 감소하고 이로 인해 어업인 소득의 원천인 어획량이 감소하고 있다는 것이다. 이로 인해 어업인은 감소된 소득을 보전하기 위해서 더 많은 어획노력량을 투입하면서 경쟁적 조업을 벌이게 되면 어업비용 증가에 따른 경영수지 악화로 이어지게 된다. 그리고 더 많은 어획노력량의 투입으로 어획강도가 높아지게 되면서 남획 및 불법조업 등의 유인이 높아지게 되어 재차 수산자원이 감소하게 되고, 어업의 악순환이 고착화되는 폐단으로 이어지게 되는 문제점을 안고 있다.