제2층위는 형식적으로 수평적 거버넌스 구조이지만 예산과 정책의 조정측면에서는 실질적으로 그렇지 않으며 기능도 이원화되어 있다.
현재 제 2 층위는 형식적으로 수평적 거버넌스 구조로 설계되어 운영되고 있지만 예산과 정책의 조정측면에서는 실질적으로 수평적 거버넌스 조직체계로 운영되고 있지 못하다. 이를 극명하게 보여주는 사례는 국가 과학 기술심의회의 형해화와 2016년 Ad-hoc 조직인 과학 기술 전략 회의의 설치이다. 또한 제2층위에서는 예산편성과 정책 조정의 기능이 이원화되어 있다. 주요 R&D에 대한 예산배분･조정의 권한은 국가 과학 기술 심의회의 사무국 기능을 담당하는 미래 창조 과학부(과학기술전략본부)에 속해 있고, 예산편성권은 기획재정부에 속해 있다.