과학적 불확실성은 과학 지식의 한계와 연결되며, 그 결과로 발생하는 원치 않는 효과와 기술 위험의 발생률은 측량하기 쉽지 않다. 인과 사슬 모델의 제작 과정과 관련된 복잡도를 적절히 줄이지 못하면 불확실성이 발생하며, 이러한 불확실성은 기술 위험 평가에서 반드시 발생한다.
둘째, 과학적 불확실성이란 정보나 데이터와 같은 과학 지식의 결여 혹은 한계와 관계하는데 이 불확실성으로 인해 원하지 않는 효과, 기술 위험이 발생할 확률을 정확히 측정하기가 어렵다. 인과 사슬 모델을 만드는 과정에 관계되는 복잡도를 완 전히 혹은 적절하게 줄이지 못하기 때문에 이런 불확실성이 발생하게 된다. 위험 측정에서 인간의 지식이란 불완전하고 선택적이며 불확실한 가정, 주장과 예측에 근거할 수 밖에 없기 때문에 기술 위험 평가에서 과학적 불확실성은 필연적으로 발 생할 수 밖에 없다. 불확실성을 구성하는 요소들에는 위험에 대한 개별적인 반응의 다양함, 모델링 과정에서의 오류들, 비선형 연관들에 대한 이해 부족에서 유래하는 비결정성, 제한적인 모델, 제한적인 변수에 초점을 맞출 수 밖에 없는 데서 오는 불확실성, 위험 발생 확률에 관한 지식의 결여 등이 있다. 현재의 지식을 개선함으 로써 줄일 수 있는 불확실성이 있기도 하지만 완전히 제거할 수 없는 불확실성도 존재한다. 고도의 불확실한 위험에는 지진과 같은 자연 재난, 테러공격, 유전자 조작 종들이 자연 환경에 미칠 장기적인 영향 등이 있다.