JST는 정부의 중장기적 목표에 따라 사업을 진행하는데, 과학기술 이노베이션 창출이 목표며, 전략적창조연구추진사업에 예산을 쏟는다. 2003년에는 CRDS를 설립해 과학기술 관련 정책을 세우고 있다. 
과학기술진흥기구(JST)는 정부가 수립한 중장기 목표에 따라 중장기계획을 수립하고 사업을 추진하는 것을 목적으로 하고 있다. 기초연구에서 실용화까지 일관된 연구개발을 지원, 국제적인 과제의 해결을 위한 공동연구 추진, 지역 연구거점 형성 등을 통해 과학기술 이노베이션 창출을 추진하고 있다. 사업 예산의 약 45%가 전략적창조연구추진사업에 해당한다. 특히, 2003년 7월에 국가과학기술이노베이션 정책에 관한 조사․분석․제안을 중립적인 입장에서 수행하는 조직으로 연구개발전략센터(CRDS)를 설치하였다. 연구개발전략센터에서 제시한 전략적 제안 및 연구개발 관련 보고서 등은 JST외에도 문부과학성, 내각부 등의 관계 기관에 제공되며 정부의 다양한 과학기술정책 수립에 활용된다.