우리나라는 인도네시아의 원양 어업 등에 투자했고 원양 어업에 쏠렸던 투자는 계속 줄어들다가 2004년부터는 전혀 투자되지 않았는데, 인도네시아에서 외국어선의 조업을 막아서이다. 
우리나라의 대아세안 국가별, 업종별 투자 특징을 살펴보면 인도네시아의 경우 원양 어업, 내수면 양식 어업, 수산동물 냉동품 제조업에 주로 투자되었다. 2000년대 초반까지 원양 어업에 집중되었던 투자는 점차 감소 추세를 이어가다, 2004년부터는 원양어업 투자가 전혀 이뤄지지 않았다. 이는 인도네시아 정부가 2000년 EEZ 내 외국어선의 조업을 전면 금지함에 따라 인도네시아 EEZ에서 조업하기 위해서는 자국 현지 법인을 설립하거나 자국 기업과 합작해서 법인을 설립해야 하기 때문이다. 이후 우리나라의 인도네시아에 대한 투자는 내수면 양식어업, 수산동물 냉동품 제조업 등으로 다변화되는 특징을 나타내었다.