바이오 리파이너리 시스템은 바이오매스의 역할로, 석유 의존도를 낮추고 온실가스 배출 등의 환경오염을 감축시킬 수 있는 지속성장 가능한 순환시스템이다. 
바이오 리파이너리는 정유공장의 오일 리파이너리(oil-refinery)를 대체하기 위한 새로운 개념으로, 기존의 석유화학산업에서 “원유를 정제한다.”는 의미의 리파이너리(refinery)라는 용어에 기원을 두고 탄생하였다. 즉, 기존 산업시스템에서 석유로부터 생산하던 에너지, 연료, 부가가치 화학제품 등을 재생 가능한 바이오매스로부터 생산하는 총체적인 시스템을 말한다. 바이오 리파이너리 시스템에서는 바이오매스가 기존 석유의 역할을 대신하기 때문에, 석유 의존도를 낮추고 온실가스 배출 등의 환경오염을 감축시킬 수 있다. 또, 오일 리파이너리가 폐쇄시스템이라면 바이오 리파이너리는 순환시스템인 지속성장이 가능한 기술이다.