표준 지침 체계의 법정합성 검토 결과, 지금의 표준 지침은 법체계성에 한계가 있었다. 표준 지침은 행정규칙이므로 원칙적으로는 대외적 강제력·구속력이 없다. 판례에 근거에 예외적으로 대외적 구속력을 주장해본다고 해도, 현행 표준 지침은 상위법령이과 결합하여 그 내용을 보충한다는 구속력 주장의 요건을 만족한다고 보기는 어렵다.
이 장에서는 입법영향평가의 한 한 구성요소인 법합치성 분석을 수행하였다. 본 연구에서 법합치성 분석이란 입법체계의 정합성·정당성을 분석하는 것으로, 동일 법제 내에서의 수직적 체계와 관련 법제들 간 수평적 체계의 분석에서 법제의 형식·내용 간 모순·충돌이 있는지를 분석하는 것으로 정의하였다. 우선 표준 지침 체계의 법정합성을 검토한 결과 현재의 표준 지침은 법체계적으로 한계를 지니고 있는 것으로 나타났다. 현행 표준 지침은 대통령령의 지위를 가지고 있는 「국가 연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」제25조 제9항에 의거하여 만들어진 행정규칙이다. 행정규칙은 행정조직 내부 또는 특별한 공법상의 법률관계 내부에서 그 조직과 활동을 규율하는 일반·추상적인 명령으로 법규적 성질을 갖지 않는 것을 의미하므로, 표준 지침은 원칙적으로 대외적 강제력·구속력이 없다. 예외적으로 우리 판례는 행정규칙의 형식이더라도 그 상위법령과 결합하여 그 내용을 보충하는 기능을 갖는 경우 행정규칙의 대외적 구속력을 인정하고 있으므로(예: 2012. 3. 29. 선고 2011다 104253 판결) 표준 지침 역시 그 대외적 구속력을 주장해볼 여지는 있으나, 현행 표준 지침이 「국가 연구개발 사업의 관리 등에 관한 규정」 제25조 제9항과 결합하여 그 내용을 보충하는 기능을 갖는다고 단언하기는 어렵다.