사법체계를 통한 복역은 형량 기간동안만 신체의 자유가 제한되지만, 정신건강의학과 전문의에 의한 정신의료기관으로의 입원은 그 기한이 정해져 있지 않다는 불합리성이 있기 때문에 신중하게 이루어져야 한다.
현재 우리 사회에서 합법적으로 신체의 자유를 제한할 수 있는 경우는 사법체계를 통하여 구속되어 형을 받아 복역하는 것과 정신건강의학과 전문의에 의하여 정신의료기관에 입원 치료를 받게 되는 것이 있다. 사법체계에 의한 신체의 자유 제한은 형량에 따라 미리 그 기간이 정해지고, 그 기간 동안만 신체의 자유가 제한되고, 형량 기간이 지나면 자동적으로 신체의 자유 제한이 해제된다. 그러나 정신건강의학과 전문의에 의한 정신의료기관으로의 입원은 그 입원 절차도 사법체계에 비해 간단할 뿐만 아니라, 그 신체의 자유가 언제까지 지속될지 모른다는 특성이 있다. 즉, 형량이 정해져 있는 사법체계에 비해, 정신의료기관의 입원은 입원기간이 수일에서 평생이 될 수 있다는 불합리한 면이 있다. 그러므로 정신의료기관으로의 입원은 신중하게 이루어져야 할 것이며, 주기적으로 행해지는 계속입원치료심사도 매번 신중하게 이루어져야 할 것이다. 물론, 정신보건법에 정의되지 않은 기관에 정신질환자를 입원, 입소시키는 것은 정신건강의학과 전문의의 진단서가 있더라도 불법에 해당한다.