출연연의 자율성은 거버넌스 문제에 집중되었고 연구 기관의 특성을 고려한 논의는 없었다. 고영주는 출연연의 자율성을 정의하고 구성 요소를 비교하여 선진국은 연구 기관 전반에 과학자 중심 문화가 자리매김한 반면 우리는 그렇지 않다고 판단했다. 
그동안 출연연의 자율성은 공공연구기관으로서의 운영 자율성과 거버넌스, 예산의 문제에 주로 초점이 맞추어져 왔다. 출연연은 ｢공공 기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 정부 조직이므로 행정적이고 제도적인 책임성을 지니고 또한 연구 기관이므로 연구와 관련된 자율과 책임성도 지니게 된다. 공공 기관으로서 가지는 자율성과 성과에 대한 연구는 일부 있었지만(Verhoest, 2005; Yamamoto, 2006), 연구 기관으로서의 특성 을 고려하여 자율과 책임의 관계를 다룬 논의는 거의 없었다. 고영주(2015, p10)는 출연연의 자율성을 “기관 차원의 기관장 선임 및 거버넌스, 연구 전략 및 목표 관리, 예 산, 인력, 평가 측면의 의사 결정에 있어서 자주성 및 상위 관리․감독기관으로부터의 독립성”으로 정의하고 구성 요소를 해외 주요 기관과의 비교하여, 선진국의 경우 연구 기관의 연구 및 경영 전반에 과학자 중심의 문화가 자율성 원칙에 기반하여 자리잡고 있는 반면, 우리 출연연은 예산과 평가 및 의사 결정 과정에 외부 주체의 개입이 많아 자율성이 상대적으로 낮은 것으로 진단하였다.