개별심사, 합의회의, 패널회의에서 프로젝트의 평가는 1. 타당성과 진보성 등을 포함한 과학기술적 탁월성, 2. 프로젝트 관리의 효율성, 3. 결과의 영향력이라는 3개 기준에 의한다. 각 항목은 0~5단계 점수로 평가하며 최소요구수준은 항목별 3점, 종합점수 10점으로 정한다.
개별심사, 합의회의, 패널회의에서 아래와 같은 3개의 기준으로 평가를 실시한다. 첫째는 과학기술적 탁월성(scientific and/or technological quality)으로, 세부평가사항으로는 연구주제의 타당성과 연구목표의 질, 최신기술(state-of-the-art)을 넘어선 진보성, 과학기술적 방법론 및 작업계획의 질 효과성 등이 있다. 두 번째 평가항목은 프로젝트 실시 관리의 질과 효율성(implementation)으로, 관리구조와절차, 개별 참여자 차원에서 연구참여자의 질 및 전문성, 컨소시움의 정합성, 균형등 품질, 예산, 스태프, 장비 등에 대한 자원배분의 적합성과 정당성 등이 고려된다. 마지막 평가항목은 프로젝트 결과의 영향력(impact)으로, 유럽 국제적인 기여와 관련주제에 대해 예상되는 효과, 프로젝트 결과의 확산 이용방법 및 지적재산관리의 적절성 등을 평가한다. 각 평가항목은 0~5단계의 점수로 평가되고, 최소요구수준(threshold)가 각각 항목별로 3점, 종합점수로 10점으로 설정된다(European Commission, 2014).