배출권 거래제도는 오염감축을 경제적 유인방식과 접목시켜 피규제자에게 직접 규제하는 방식보다 유연하고 효율적인 제도지만 사전거래비용을 발생시키며 더불어 사후 거래 비용도 상당히 커 제도 운영자체에 수반되는 거래비용이 크다.
제도운영 자체에 수반되는 거래비용이 큰 예로 배출권거래제도가 존재한다. 배출권거래제도는 자연자원에 대한 배타적인 사적소유권 설정시 수반되는 대규모의 거래비용을 줄이고자 피규제자로 하여금 적정 오염 목표량을 선택하도록 하고, 오염배출권을 자유롭게 거래할 수 있도록 설계된 제도이다. 오염 감축을 경제적 유인 방식과 접목시켰기 때문에 강제적으로 통제·명령하는 직접 규제 방식보다 훨씬 더 유연하고 효율적이다(나태준, 2007, Tientenberg, 2006; 권태형, 2011: 169). 하지만 배출권거래제도는 규제기관으로 하여금 사업장에 오염배출권을 할당하기 위한 관련 정보 수집 및 협의의 과정을 거치도록 함으로써 ‘사전 거래비용’을 발생시킨다. 그 뿐 아니라 사업장의 실제 배출량을 모니터링하는데 소요되는 사후 거래비용도 상당히 크다. 사업장 자체에서도 배출권을 할당받기까지 기존의 배출량 및 활동 등을 신고하고, 이를 할당받기 위해 협의, 조정하는 비용이 발생하며, 할당 이후에는 배출권을 거래하기 위한 당사자를 탐색하기 위한 비용, 거래 당사자와 협상하고 계약을 체결하기 위한 비용 등이 발생한다(권태형, 2011).