개별공시지가는 표준지공시지가에 토지가격비준표가 적용되어 가격의 배율이 적용되어 결정된다. 이러한 각 공시지가의 상호연계성을 전반적으로 고려하지 않으면, 정확한 공시지가의 도출이 어렵다.
둘째는 공유수면법 에서 제시한 ‘토지의 가격’인 개별공시지가가 가지고 있는 근본적 한계이다. 우리나라에서는 개별공시지가의 산정은 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 에서 정하고 있다. 개별공시지가는 표준지공시지가를 기준으로 토지가격비준표를 적용하여 토지특성의 비교를 통해 가격배율을 적용하여 산정한다. 즉 그 토지의 가격은 개별 토지특성 조사를 한후 비교표준지를 선정하고, 비교표준지와 개별토지의 특성차이에 따른 토지 가격비준표 상의 가격배율을 산출하여, 산출된 총 가격배율을 비교표준지의 가격에 곱하여 산정하도록 하였다. 즉, 개별토지지가는 표준지공시지가 산정과 상호 밀접하게 연관됨에 따라, 어느 한 부문이라도 상호 연계성을 고려하지 않으면 전반적인 문제로 확대될 위험성을 내포하고 있다.