수산 종자의 체계적인 관리 및 육성을 위해서는 국립 수산 종사원 산하 조직을 재구성하고 조직 간 역할을 명확히 정립하여 종자 개발부터 수급관리에 이르는 종자산업 전반에 대한 통합적인 관리를 해야 한다.
즉, 일부 품목 중심의 종자개발에서 벗어나 다양한 종자개발을 추진할 필요가 있으며 이를 위해 국립수산종자원 산하에 지역별 종자지원(예로 동서남해안 수산종자지원)을 두고 여기서 해당지역의 특성을 고려한 종자개발에서부터 육종, 중간육성, 품질관리 등 관련 연구 및 지원을 담당하고, 수산종자원에서는 종자와 관련된 종 보전, 모패 관리, 기술개발, 중간육성, 초기 먹이 개발, 연구인력 양성 및 교육, 종자 수급관리 등 종자산업 전반에 대한 종합적인 관리를 할 필요가 있다. 더불어 안정적인 종자의 보급 및 수급 관리와 수출 대상 종자의 육성 및 활성화와 더불어 업계에서 요구가 큰 수산종자 품질인증제 도입 관리를 위한 가칭 “수산종자 보급센터”로 하부조직으로 구성할 필요가 있다.