고효율 이차전지에 대한 기술 투자 부처가 총 8개 부서에 달하는 등 온실가스 감축기술 R&D와 사업화에 관련하여 동일한 기술분야에 연관된 정부 소관부처가 중복될 시, 조정이 원활하게 이루어지지 않을 경우에는 중복투자의 우려가 존재하게 된다. 
또 다른 이슈는 온실가스 감축기술의 R&D와 사업화 관련 동일한 기술 분야에 연관된 정부 소관부처가 중복된다는 점이다. 고효율 이차전지에 대한 국가연구개발 투자액은 2016년 1,614억이었는데 이 기술에 투자한 부처는 산업통상자원부(59.5%), 미래창조과학부(27.6%), 중소기업청(5.9%), 교육부(3.5%), 국토교통부(1.7%) 등 총 8개 부처에 달한다. 바이오에너지 생산 요소기술 및 시스템 기술에 대한 투자는 2016년 680억원에 이른다. 본 기술에 대한 투자는 산업통상자원부(34.9%), 미래창조과학부(25.6%), 환경부(20.2%), 해양수산부(11.6%), 교욱부(3.1%) 등 총 9개 부처에 의해 이루어졌다. 물론 여러 부처에서 다양하게 투자를 하는 것이 부정적인 것은 아니다. 각 부처별로 개발하는 기술의 단계와 수준이 다르기 때문에 온실가스 감축기술 개발 이라는 로드맵에 근거하여 투자가 결정되지만, 간혹 부처간 투자에 대한 조정이 원활하게 이루어지지 않을 경우에는 중복투자의 우려가 존재한다.