배출권거래제를 연계하기 위해서는 법제도를 국제적 기준에 맞게 설계하거나 수정해야 한다. 제도적 측면에서는 환경적 통합성, 시스템의 제도 구조 유사성, 경제적 측면의 효율성, 연계적 형평성등 네가지 요소를 고려해야 한다. 배출권거래제의 제약요소들이 배출권거래제도 도입에 있어 장애물이 되면 안된다. 또한 국제적 제도를 연계할때 국가별 연계 형태와 연계국의 상황을 총체적으로 고려하여 제도 연계가 특정국가의 이익이나 불이익이 되지 않게 해야 할것이다. 
배출권거래제 연계를 위해서는 제도 미도입 및 도입 국가/지역 모두 제반 법제도를 국제적 기준에 부합하도록 설계하거나 조정할 필요가 있다. 특히 기초 요건으로 MRV(Measurement, Reporting, Verification) 체계를 구축하고, 주요 제도의 정합성, 장애물을 제거하는 노력해야 한다. 구체적으로 제도적 측면에서 고려할 요소는 환경적 통합성(environmental integrity), 제도적 유사성(institutional compatibility), 경제적 효율성(economic efficiency), 형평성(equity) 등 4가지이다. 첫째, 환경적 통합성이란 연계 시스템이 연계 전보다 온실가스 감축 규모가 감소되어서는 안 된다는 원칙이다. 특정 당사국이 더 이상의 감축 노력 없이 배출권 연계를 통해 확보한 배출권을 의무이행에만 활용하는 문제는 없어야 한다. 둘째, 제도적 유사성은 연계를 고려하는 양 시스템의 제도 구조(할당방식, 대상, 레지스트리 등)가 유사해야 한다. 이는 연계로 인한 제도의 불확실성 감소, 투명성 제고, 거래비용(transaction cost) 및 행정비용이 감소 등의 제도 효익을 얻기 위한 것이다. 셋째, 경제적 효율성은 연계 시스템이 연계 전보다 경제적 측면에서 연계 후에 온실가스 감축 비용이 같거나 감소해야 한다. 마지막으로 연계 시스템 내 당사자 모두에 불이익이 없어야 한다는 원칙이다. 그동안 배출권거래제 자체의 도입에 있어 모든 국가는 자국 내 에너지 다소비 산업의 국제 경쟁력 약화라는 강한 저항에 부딪혀 왔으며, 이러한 제약요인들이 배출권거래제 연계를 위한 특정 국가의 제도 도입에 있어서의 장벽으로 작용하면 안 된다는 것이다. 나아가 국제적 제도 연계에서의 국가별 연계 형태, 연계 당사자국의 사정 등을 종합적으로 고려함으로써 제도 연계가 특정국가의 이익 또는 불이익으로 작용하지 않도록 해야 한다.