대응체계를 구축하기 위해 해파리 구제작업을 추진하여 해파리에 대한 피해를 대응하고 해파리 발생정보를 제공하는 사업을 추진중이다. 
신속한 대응체계 구축을 위해서 해파리 구제작업을 추진하고, 해파리 피해대응 및 해파리 발생정보 제공 등의 사업을 추진하고 있다. 해파리 구제작업은 해파리 위기경보 발령해역을 관할하는 지자체가 주체가 되어 구제작업을 수행한다. 해파 리 방제는 선박에 해파리 제거를 위한 그물을 부착하여 제거하는 작업이며, 해파 리 방제에 참여하는 어선에 대해 임차료를 지원하고 있다. 또한 2017년부터 해파 리 무인방제선 12대를 운행하여 해파리 제거의 자동화 추진을 계획하고 있다.38 해파리로 발생한 피해에 대해서는 수산양식물 및 어업용 시설 파손에 대해서 「농 어업재해대책법」제2조에 의거하여 국가(3억 원 이상)가 또는 지방자치단체(3억 원 미만) 지원한다. 해파리 발생정보 제공과 관련하여 해파리 출현위치 정보, 출 현종, 출현량 등 해파리 관련정보를 데이터베이스화하고 인터넷으로 해파리 정보 를 수시로 제공하고 있다. 또한 ‘해파리 신고 앱’을 운영하여 해파리 발생 시 신 속하게 신고하고 정보를 공유할 수 있도록 하고 있다.39