우리나라 연구개발 평가시스템은 사업평가와 과제평가의 연계성이 없다는 한계가 있다. 사업성과를 구체적으로 측정·평가하려면 과제 성과평가와 연계성을 가지도록 설계해야 한다. 또한 사업평가는 추적·영향평가 위주로 측정하고 과제단위는 선정평가에 중점을 두어 연계하면 융합연구의 성과 창출에 영향을 줄 수 있다. 
우리나라 전반의 연구개발 평가시스템의 한계 중 하나는 사업평가와 과제평가가 거의 연계성이 없다는 것이다. 이는 많은 정책결정자와 관리기관 담당자의 공통된 의견이다. 물론 사업평가의 목적과 과제평가의 목적이 근본적으로 다르기 때문에 발생하는 한계이기도 하지만, 이원화된 평가체계는 평가의 실효성을 낮출 수 있다. 따라서 사업평가에서 특히 성과평가와 관련된 부분은 과제의 성과평가와 일정 정도 연계성을 갖도록 설계되어야만, 사업성과를 보다 구체적이고 다양한 형태로 측정·평가할 수 있다. 만약 사업단위 성과평가에서 사업 내 과제의 도전성과 융합연구의 성숙도를 평가지표에 포함시킨다면, 내부 연구과제의 추진과 성과에도 분명히 영향을 미칠 수 있다. 또한 사업성과의 측정을 현재의 사업 중간이나 종료 직후가 아닌 일정 기간 이후 추적·영향평가 위주로 한다면, 단기성과에 매몰되지 않은 중장기적이고 파급력이 높은 융합연구 성과 창출을 유도할 수 있을 것이다. 이는 융합연구과제에 대한 경제·사회적 파급효과 파악을 위한 적절한 평가시기가 과제 종료 후3∼5년 이후라는 응답이 가장 많은 설문조사 결과와도 일치한다. 따라서 융합연구 관련 사업단위의 평가는 가능한 추적·영향 평가위주로 전환하고, 과제단위의 평가는 선정평가에 중점을 두는 방식으로 평가체계를 연계하는 것이 융합연구의 실질적 성과창출에 보다 바람직하다. 이와 더불어 논문, 특허 등 계량적 성과지표는 참고자료로만 활용하거나 평가비중을 낮추는 것이 요구된다.