비교효과연구는 가장 효율적 치료법을 규명할 수 있기에 상대적으로 효과적인 기술 범위와 보장수준 근거를 제공할 수 있어  합리적 건강보험 재정의 활용에 도움을준다.
단적으로 비교효과연구는 여러 대안의 치료법 중 가장 효과적이고 효율적인 치료법이 무엇인지 규명하는데 유용한 수단이 될 수 있으며, 이러한 점에서 급여 우선순위 결정이나 보장성을 높이기 위해 상대적으로 효과적인 기술의 범위와 그 보장수준의 근거를 제공할 수 있다. 예를 들어, 임상적 비교효과연구를 통해 조기 위암에서 수술적 요법과 ESD의 효과에 대한 비교 근거를 가지고 급여 여부를 결정한다거나, 관상동맥 조영술과 관상동맥 CT 촬영술의 비교를 통해 급여 기준을 설정한다면 합의에 도달하는데 불필요한 사회적 논쟁을 줄이고 합리적 건강보험 재정의 활용을 가능하게 할 것이다.