우리나라 과학기술 ODA는 콘트롤 타워의 부재로 여러 인프라·사업·체계를 협력하지 못하고 지식이전의 효과성도 발휘되지 못하고 있다. 
우리나라의 과학기술 ODA는 콘트롤 타워가 없이 진행됨에 따라 EDCF의 대형과학기술 인프라, KOICA의 연구원 설립 등 연구체계 정립, 미래부의 공동연구개발 사업 등이 서로 연계되지 못함에 따라 지식이전의 효과성을 제대로 발휘하지 못하고 있다. 과학기술계가 국제개발협력에 대한 이해 없이 사업을 국제공동연구의 관점에서만 접근하면서 개발협력에 기여하는데 한계를 가지고 있는 반면 개발협력계는 과학기술 분야별 특성에 대한 이해와 연계 없이 사업이 진행되면서 과학기술과 지식이전이 전문적으로 이루어지지 못하는 한계를 가지고 있다. (이우성 외, 2015, p. 300)