연차보고서를 바탕으로 평가위원회가 서면평가를 1박2일로 진행한다. 사업별 특성에 따라 평가절차비율은 달라지는데 단계평가는 절대평가를 원칙으로 하고 정부의 산업기술정책반영, 사업비 차등지원 등은 상대평가를 병행할 수 있고 성과제고를 위해 기술평가와 사업성평가는 분리 가능하다.
연차 평가의 경우 해당 연도 수행기간의 연차보고서를 바탕으로 자체검토 면담조사 현장실태조사 평가위원회(발표 평가 및 토론 평가 포함) 서면평가 1박2일 합평가를 실시한다. 연차평가를 실시함에 있어 절대평가를 원칙으로 하되, 정부의 산업기술정책 반영, 사업비 차등 지원 등의 경우에 상대평가를 병행하거나, 두 방식을 혼합한 혼합평가를 할 수 있다. 이때, 사업별 특성을 반영하여 평가 절차 및 중단비율을 달리 정할 수 있다. 단계별 평가는 단계보고서 내용의 확인을 위해 면담조사 또는 수행기관에 대해 현장실태조사를 실시할 수 있으며 단계평가를 실시함에 있어 해당 과제의 국내 외 특허동향, 기술동향 및 표준화 디자인 동향, 사업화 가능성등을 조사하여 그 단계의 평가에 반영할 수 있다. 단계평가는 절대평가를 원칙으로하되, 정부의 산업기술정책 반영, 사업비 차등 지원 등의 경우에 상대평가를 병행할수 있다. 이때 사업별 특성을 반영하여 평가 절차 및 중단 비율을 달리 정할 수 있으며, 성과제고를 위해 기술성평가와 사업성평가를 분리하여 실시할 수 있다(산업부, 2014a).