각 전문기관은 고급인력을 통해 적은 예산으로 높은 안전 방안을 제시한다. 이는 순기능으로 작용하며 개선효과도 있다. 반면, 각종 민원이 발생하며 사업장이 평가에만 의지하기도 하고, 비전문기관 재하청의 문제도 있다.
각 전문기관은 기관이 보유한 고급인력으로 양질의 보고서를 생산할 수 있으며, 장외영향 평가의 경우 안전성 확보방안을 마련하는 것이 매우 중요한 사항인데 전문기관은 예산을 적게 투자하여 안전성을 높이는 방안을 제시한다는 것이다. 이와 같이 전문기관으로 인해 기술적인 향상이 이루어지고 있다는 것이 순기능으로 작용하고 있으며, 실제로 개선효과도 확실히 있는 것으로 나타났다. 반면, 작성전문기관으로 인해 각종 민원이 끊임없이 발생하고 있다. 또한 사업장이 전문기관에 전적으로 의지하여 제대로 된 시설개선 및 안전확보를 위한 것이 아닌 장외영향평가 적합통보를 받는 것만을 목적으로 하는 경우가 존재한다. 뿐만 아니라 전문기관은 비전문기관에 재하청하기도 하며 전문기관의 선정에 있어서 선정기준이 모호하다는 점 등이 역기능으로 작용하고 있다.