우리나라에서 비교효과연구를 성공적으로 수행하려면  선진국의 틀과 동향을 참고해 우선순위 주제 선정의 기틀을 마련하고 목록을 만들어 지속적으로 파악하는 것이 필요하다. 또 연구 기관과 단체가 개별 수행하기보다는 법체계 보완, 유관기관의 참여를 통해 개발과 정책 활용 역량을 키워야 한다. 이를 위해서는 공공-민간 관련 부문이 역량을 모으기 위한 파트너십을 구축하는 것이 중요한데, 연구사업 기본계획 수립 및 총괄, 연구 관리와 지원 등 정책화를 체계화해 각 기관이 원만한 협력관계를 가져야 한다.
우리나라에서 비교효과연구를 국가적인 연구사업으로 발전시켜 성공적으로 수행하려 한다면 미국이나 유럽에서의 전략적 틀과 동향을 참고하여 우선순위 주제 선정 기틀을 마련하고, 이에 대한 목록을 만들어 앞으로 수행, 지원해야 할 연구가 무엇인지에 지속적으로 파악하는 것이 필요하다. 뿐만 아니라 이러한 연구사업을 보건의료 정책근거 산출 기전으로 활용하기 위해서는 기존의 보건의료 연구 관련 기관이나 학술단체들이 개별적으로 수행하는 것보다는 관련 법체계를 보완하고 유관기관들의 참여 방안을 마련하여 연구개발 및 정책 활용 역량을 최적화하여야 할 것이다. 이를 위한 핵심적인 개념은 공공과 민간의 관련 기관이나 전문가 단체 등 비교효과연구에 참여 가능한 주체들의 역량을 모으기 위한 파트너십을 구축하는 것인데, 이는 유관기관들의 기능과 역할을 고려한 역량을 최대한 활용하기 위한 것이다. 공공 부문이 갖고 있는 강점과 민간 부문의 강점을 적절한 역할 분담과 협력 체계로 연결하여 비교효과연구라는 정책근거 연구사업의 수행체계로 발전시킬 수 있다. 또한 이러한 민간-공공 파트너십이 효율적으로 작동할 수 있도록 하기 위하여 연구사업의 기본계획을 수립하고 총괄하는 역할을 비롯하여 과제공모, 선정, 평가 등 연구관리 및 지원, 연구수행, 연구결과 확산 및 정책화를 위한 일련의 과정을 체계화할 필요가 있다. 이를 위 해 기존의 보건의료 연구개발사업 경험을 갖고 있는 기관들과 재원조달 및 연구자료 등 인프라 연계 지원 역할을 담당할 수 있는 기관들은 물론 실질적인 연구수행과 관련된 기능과 역할들인 과제도출, 연구수행, 자문 등을 위한 민간 전문기관과 단체들이 원만한 협력 관계로 연계되어야 한다. 민간-공공파트너십의 구축과 이러한 연구참여 주체들의 기능과 역할을 통합하고 조정하기 위해 (가칭)‘근거기반CER위원회’과 같은 기구의 설립·운영을 고려해볼 만하다.