과기특성화대학의 공동기술지주회사의가 성공적으로 역할을 수행하려면 기술이전 전담조직과 정확한 업무분장과 협업이 뒤따라야 한다. 사업화 기대가 높은 기술을 찾는 것이 기술사업의 중점인데, 그를 위해 대학의 기술이전 조직과 기술지주회사의 확실한 관계정립이 필요하다.
대학이 보유하고 있는 기술을 사업성 중심의 검증 절차를 통해 성공 가능성이 높은 자회사를 설립하고 지원하는 것이 공동기술지주회사의 주요 역할이다. 또한 기술지주회사 및 자회사 설립을 위해 사업화가 가능한 유망기술을 효과적으로 발굴하는 것이 바로 기술사업화의 핵심이다. 이와 같은 과기특성화대학 공동기술지주회사의 성공적인 운영을 위해서는 개별 대학 차원의 기술이전 전담조직체계의 정비 및 밀착된 협력이 동반되어야 한다. 자회사 설립을 위한 사업화 유망기술의 발굴은 일차적으로 각 대학의 기술이전 전담조직 실무자의 역할이 큰 비중을 차지하게 때문이다. 즉 바람직한 기술 발굴 시스템이 구축되어야만 공동기술지주회사의 성공적 정착을 담보할 수 있다. 이와 유사한 관점에서 이달곤(2006)의 연구는 기술지주회사를 둘러싼 지배구조의 확립이 중요한 문제라는 점을 강조하였다. 이는 기술이전 전담조직과 기술지주회사 간 기술에 대한 객관적 검증을 위한 협업체계가 원활히 이루어질 때, 가장 효과적인 기술사업화가 이루어질 수 있다는 것을 의미한다. 즉 기술지주회사를 설립하게 될 경우, 기존 기술이전 전담조직과 기술지주회사 간 관계가 명확히 설정될 필요가 있다는 것이다. 만약 두 조직 간 업무가 명확히 구분되지 않을 경우 기존 기술이전 관련 업무에 대하여 혼선이 발생할 가능성이 존재하게된다. 따라서 공동기술지주회사와 기술이전 전담조직 간 주요 업무의 구분과 협업체계 구축은 무엇보다 중요하다.