평가 시스템을 바꾸는 것은 다양한 작용과 반작용을 서로 검토해야한다. 1차 효과만 기대하지 말고 2차 ,3차 효과도 생각해야 한다.
예산 규모가 조직의 권한을 상징하는 패러다임 하에서 예산 확보라는 목적 함수는 변하지 않았는데 예산을 남기는 것에 대해서만 페널티를 부과한다면 예산 낭비를 막는 것이 아니라 오히려 부추기게 된다. 이처럼 평가 지표를 잘못 도입하면 개악이 될 수도 있다. 평가 시스템을 바꿀 때는 그것이 초래할 다양한 작용과 반작용을 모두 검토하여 신중해야 한다. 국가연구개발 정책의 1차 효과만을 기대하고 2차, 3차 효과를 간과할 경우 전체 연구개발 생태계는 정부의 의도와는 전혀 다른 방향으로 움직여가기 쉽다. 그런 관점에서 평가 시스템 등 정부 정책을 설계함에 있어서 주인-대리인 이론에 관한 연구가 중요하고 향후 더욱 활발해져야 한다. 향후 연구되어야 할 과제를 제안하면 다음과 같다.