TA 방법론 개발 및 적용을 위해, 부처나 국회와 같은 TA에 영향을 줄 수 있는 주체들로부터 적정거리를 유지할 수 있도록 TA 조직의 독립성 확보가 필요하다. 
여섯째, 다양한 TA 방법론 개발 및 적용을 위해서는 TA 조직의 독립성 확보도 요구된다. 수 년 전 국내에서 TA 방법론으로 최초로 시도되었던 시나리오 분석방법이 최종적으로 TA 보고서에 포함되지 못했던 이유는 TA를 수행하는 KISTEP의 독립성 미흡이 주요 원인으로 알려져 있다(전문가 C 인터뷰, 2015. 6. 23; 전문가회의 中 발언내용, 2015. 10. 19.). 이처럼 새로운 TA 방법론이 개발되더라도 이를 실제로 적용하고 결과를 발표하기 위해서는 부처나 국회로부터 TA 수행기관의 독립성이 확보되어야 한다. 네덜란드 라테나우 연구소처럼 재정의 주요원천은 정부부처인 교육문화과학부이더라도 상당한 자율성과 독립성을 확보하는 사례는 참고할 필요가 있다. 라테나우 담당자의 언급처럼 TA 기관이 제 기능을 수행하기 위해서는 의회, 부처, 학계 등 TA에 영향을 미칠 수 있는 주체들이 너무 가깝지도 않고, 너무 멀지도 않은 적정 거리(arm’s length)를 유지할 수 있어야 할 것이다(Rine van Est와 인터뷰, 2015. 6. 9.).