한국 기업 혁신 조사는 경영진의 의지와 연구진의 전문성에 크게 의지하고 있기 때문에 안정적이라 보기 힘들며 예산도 매해 연구비의 배분 과정을 통해 결정되므로 규모와 품질에 부침이 있다.
현재 한국 기업 혁신 조사 는 정책연구기관의 독립적인 연구 과제로 수행되고 있으며, 통계청 승인 외에는 법적 강제성이나 예산 체계를 따로 마련하고 있지 못하다. 따라서 이 조사의 안정성과 품질은 주관 기관 경영진의 의지와 연구진의 전문성에 크게 의존하고 있어 제도적으로 안정적인 상황이라 보기 어렵다. 예산 또한 원칙적으로 매해 연구비의 배분 과정을 통해 책정되므로 조사 규모와 품질에도 부침이 있을 수밖에 없다. 실제로 연구 책임자나 실사 기관이 바뀌면서 지표의 시계열적 안정 성에 의문이 제기된 바가 있고, 조사의 주기와 규모도 형편에 따라 조정되어 그 연혁에 비해 데이터 의 축적이 안정적으로 이루어졌다고 보기 어렵다.