미국원자력발전협회 조직은 기술본부, 산업계 정부와 관계 조정 본부, 사무관리로 구성되어 있다. 이사회는 간부급 회원과, 교육자, 과학자 등 회원사 이외의 전문가로 이루어진다.
미국원자력발전협회 조직은 3개의 기술본부 하부에 8개 부문, 산업계 정부와의 관계 조정 본부 산하에 있는 2개 부문, 그리고 사무관리 2개 부문 등총 12개 부문으로 구성되어 있다. 협회의 운영과 활동을 감독하고 있는 이사회는 가맹 기업이 선출하는 간부급의 회원으로 구성되고, 자문위원회는 협회 활동에 관계되는 지역으로부터 선출된 저명한 교육자, 과학자, 실업가, 보건전문가 등 가맹 회원사 이외의 전문가로 구성된다. 가맹 회원사 전문가 의견은 기술부문에 설치되어 있는 분석 검토 이사회(Analysis Review Board)와 회원사 연락회의(Industry Communications Council)에서 수행 반영되고 있다.