목재펠릿은 가정용 사용자와 산업용 및 발전사 등 대규모 사용자에게 현대적이고 간편한 연료로 인식되기 때문에 향후 구입에 어려움이 따를 것이다. 목재 자원의 가격이 계속 상승하고 있으며 주요 원재료인 순수목재 부산물이 충분하지 않다.
목재펠릿은 가정용 사용자와 산업용 또는 발전사와 같은 대규모 사용자에게 다른 바이오매스 연료와 비교하여, 현대적이고 간편한 연료로 인식되기 때문에 향후 용이하게 구입하여 사용하는데 어려움이 닥칠 것으로 예상된다. 펠릿의 가격이 화석연료 가격보다 안정적일 것이라고 확신하는 펠릿 옹호자들의 주장이 목재 자원의 지속적인 가격 상승으로 인해서 위협받고 있다. 이는 펠릿의 경쟁력과 펠릿을 사용하고자 하는 사람들을 오히려 위축되게 하는 원인이 되고 있다. 목재펠릿은 연소기술 측면에서 거의 문제를 일으키지 않는 우수한 연료 자원이지만, 목재펠릿의 주요 원재료인 순수목재 부산물이 전 세계적인 대체 에너지원으로 공급되기에는 원료적인 면에서 충분하지 않다는 것이다. 목재펠릿을 대체할 수 있는 재료로는 농업부산물이 있으며, 이러한 부산물을 펠릿으로 활용할 경우 다음과 같은 장점이 있다.