동료평가 제도에는 많은 단점이 있는데, 정실의 개입으로 인한 문제와 그룹 내 약자 및 신진 연구자에게 행해지는 불이익 및 평가의 일관성 및 공정성 부족 문제 등이 있다. 그러나 마땅한 대안이 없기 때문에 대부분의 국가가 이 제도를 운영한다. 
동료평가는 해당 분야의 발전과정, 연구문제, 연구자에 대한 지식을 가진 연구자에 의한 평가로 정의될 수 있으며, 해당 연구자에 대한 평판평가의 제도적 반영이라고 볼 수 있다. 동료평가에서는 동료의 선정 및 이력 관리, 커뮤니티 형성, 평가자의 객관성 확보와 자긍심 부여, 평가 정보 관리 등이 중요하다. 한편 동료평가는 많은 단점을 가지고 있다. 예를 들어, 정실(cronyism, old boy network)의 개입으로 혁신적이고 융합적인 신기술이 배제될 수 있고, 유명 연구자의 후광효과(halo effect, Matthew effect)로 인해 그룹 내 약자나 신진 연구자가 불이익을 볼 수 있으며, 평가의 일관성과 공정성이 부족할 뿐만 아니라 평가자와 피평가자가 서로 경쟁관계에 놓을 수도 있으며, 이를 관리하기 위한 비용 즉 돈과 시간이 많이 들 수 있다. 그럼에도 불구하고 미국과 일본 등 대부분의 국가에서 동료평가 제도를 운영하고 있는데, 이는 다른 대안이 없기 때문이다.