시장, 군수, 구청장은 종자업자가 종자산업 시행규칙의 개별기준 위반 행위를 하는 경우에 종자업 등록 취소나 영업 정지를 할 수 있으며 등록 취소자는 2년 후에나 다시 등록할 수 있다.
시장⋅군수⋅구청장은 종자업자가 아래「종자산업법 시행규칙 [별표 4] 종자업자 및 육묘업자에 대한 행정처분의 세부 기준」의 개별기준 위반 행위 어느 하나에 해당하는 경우에는 종자업 등록을 취소(단, 취소 최종 결정은 청문을 거쳐 결정)하거나 6개월 이내의 기간을 정하여 영업의 전부 또는 일부의 정지를 명할 수 있다. 다만, 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 종자업 등록을 한 경우에는 그 등록을 취소하여야 하며 종자업자가 영업정지명령을 위반하여 정지 기간 중 계속 영업을 할 때에는 그 영업의 등록을 취소할 수 있다. 이때, 종자업 등록이 취소된 자는 취소된 날부터 2년이 지나지 아니하면 종자업을 다시 등록할 수 없다.