일본 환경 평가 제도하에서는 환경영향평가 사업자가 사업별 정해진 목표 대비 환경상태를 비교하여 평가하고 필요시 보존 대책도 직접 작성한다. 이런 경우 주로 대책을 먼저 마련하고 그에 따라 효과를 평가하므로 그 밖의 부정적 효과는 분석이 어려워 전반적 평가 결과의 신뢰가 떨어질 수 있다.  
일본 내각회의 Assessment 제도에서는 환경영향평가를 하는 사업자가 각 프로젝트마다 각 환경 요소의 ‘환경보전 목표’를 정하여 예측된 환경 상태의 변화를 목표에 비추어 평가하는 방법을 사용한다. 그리고 그 평가에 근거하여 환경보전 대책이 필요한 경우에는 사업자가 강구할 대책을 서술해야 한다. 원래, 지금까지의 일본 제도에서는 환경보전 대책과 효과를 반영한 평가를 하는 것이(여기서 말하는 대책 효과는 앞에서 말한 대로 구체적으로 나타나지 않은 결과로서 데이터만이 표면에 서술된 경우가 많다. 더욱이 미국의 NEPA에서 환경영향 완화조치(Mitigation)로 영향 회피, 영향 최소화, 영향 회복, 영향 경감 및 대체적 조치가 있다고는 하지만, 일본에서는 이 중 대체적 조치 즉, 매립한 뒤에 인공 갯벌을 조성하는 등의 방법만이 강조되어 효과를 쉽게 평가하는 경향이 있다는 비판도 있다) 허용되고 있다. 평가 결과는 예정된 사업으로 인해 환경보전 목표에 미치지 않는 영향이 발생하는 것을 먼저 서술하고 대책과 효과를 기술하는 형식이 아니라, 처음부터 대책을 반영한 결과를 서술하여 환경에 영향을 주지 않는다고 서술해 버리는 사례도 적지 않다.