목질계 바이오매스의 상업화는 글로벌 에너지 수요 시대에서 주 경제로 전환을 담당할 것으로 보이나, 계절적 성격, 연간변동성, 이동 및 전처리에 수반되는 비용과 정책적 지원 문제가 걸림돌이다.
식량공급의 안정성 요구와 글로벌 에너지 수요 증가의 압력이 커져간다. 그에 따라 목질계 바이오매스가 저탄소 경제로의 전환에 주된 역할을 담당할 것으로 예상된다. 그러나 목질계섬유소 원료로 만든 고급 바이오연료의 상업화 과정은 초기의 예상보다 더뎠다. 공급의 주요 걸림돌은 높은 투자요건(총원가의35~50%)에 맞물린 여러 가지 운영 및 정치·정책적 불확실성이다. 원료의 생산·공급·물류의 난제가 여전히 남아 있다. 바이오매스의 계절적 성격과 연간변동성, 공간적 이동 그리고 전처리, 저장, 운송에 수반되는 비용 등이다. 현 단계에서 높은 생산원가(휘발유 기준 약 0.8달러/L 이상)에 지원 정책의 결여가 맞물려 2세대 바이오연료의 시장 진입과 경쟁력의 발목을 잡고 있다.