농촌지역에서 식품 지원사업은  운영 및 관리비가 높으며, 협력업체선정 및 관리, 전문인력의 확보등 난관이 많다.
식품 지원사업 운영을 위해서는 사업 관련 전문 지식을 갖춘(예, 영양전공자) 전담 공무원과 관련 전문 인력이 필요하며. 특히 농촌지역에서 식품 지원사업은 식품이라는 특성때문에 다른 사업과 다르게 운영 및 관리비가 상대적으로 높으며, 운영에 대한 어려움이 많음을 강조하였다. 한 예로서 식품 유통 및 운송, 음식 조리 등의 업체 선정 시 경쟁 입찰 시스템으로 인해 농촌지역은 지역 특성상 지원 업체가 거의 없는 것으로 나타나 현재 임산부 및 영유아 영양플러스 사업의 경우에도 식품운송업체 및 식품 제공 업체 선정 및 관리가 매우 어려운 실정인 것으로 보고하였다.