정부 개입의 방법으로 100% 정부 출자로 특수목적 펀드를 신설하여 설립 5년 이내의 초기 기업에만 투자하도록 민간에 위탁하는 방식과, 정부가 국가연구개발사업을 통해 지원하고 있는 벤처기업의 R&D를 확대해 연구비 지원을 늘리는 것 두 가지를 생각해볼 수 있다. 
먼저 정부가 개입하는 것에도 두 가지 길이 가능한데, 첫째는 정부가 미국의 SBIC와 같은 특수목적 펀드를 만들어서 설립 5년 이내의 초기 기업에만 투자하도록 민간에 위탁하는 방식을 생각할 수 있다. 이 방식은 이미 미국에서 효과가 입증된 것이라서 유력한 대안이 될 수 있을 것으로 보인다. 단, 이 경우 100% 정부 출자로 해야만 민간 조합원의 단기적 이해가 개입되지 않을 수 있을 것이다. 둘째는 현재 정부가 국가연구개발사업을 통해 지원하고 있는 벤처기업의 R&D를 확대하는 것이다. 3장 현황에서 살펴보았듯이, 현재 국내 바이오 벤처기업들에게 정부의 연구비는 매우 중요한 자금원이 되고 있고, 사실상 ‘지분 없는 투자’의 역할을 하고 있다. 따라서 펀드를 새로 구성하는 것보다 정부의 연구비 지원을 늘리는 것도 손쉬운 해결책이 될 수 있다. 창업 후 5년 이내의 바이오 벤처기업만을 위한 연구개발사업을 따로 만들어서 이들의 초기 자금난을 해소하는 것도 하나의 방법이 될 수 있다.