한 개의 세포로 추철한 DNA로 시퀀싱작업을 하려면 증폭이 필요하다. 유전정보가 유사한 대상을 비교할 경우 짧은 염기서열을 읽는 것은 오류가 발생하므로 당면한 기술적 과제는 한 번에 긴 염기서열을 정확히 읽는 것이다.
앞서 본 바와 같이 한 개의 세포로부터 추출한 DNA로 시퀀싱 작업을 하기 위해 서는 우선 해당 DNA를 증폭시켜야 한다. 에러는 이 과정에서도 발생할 수 있다. 특히 인간 배아와 같이 귀한 세포 추출물을 이용하는 경우에는 적은 양의 DNA로부터 분석하는 기술이 절실하다. 이러한 현실을 감안해볼 때, 시퀀싱 분야에서의 당 면한 기술적 과제는 한 번에 보다 긴 염기서열을 정확히 읽는 것이다. 한 번에 긴 길이의 DNA를 읽는 것은 계통이 매우 비슷한 미생물들을 동정하는 데에도 매우 효과적일 것으로 기대되고 있다. 왜냐하면 거의 모든 유전정보가 유사한 대상을 비교할 경우에는 짧은 DNA reading 방식에서 발생할 수 있는 에러가 결과 해석에 장애가 될 수 있기 때문이다(Hayden, 2013). 따라서 시퀀싱장비들은 이와 같은 한계를 극복해가며 발전해 왔다.