시스템 혁신은 의사결정과 이해관계의 조정을 위해 거버너스를 필요로 한다. 이러한 거버넌스는 기술혁신 관련 거버넌스의 변화를 조정하기 위해 메타 거버넌스가 요구된다. 
한편 시스템 혁신은 새로운 궤적의 기술변화 뿐만 아니라 기술혁신 관련 거버넌스(제도와 문화)의 변화를 가져온다. 이는 매우 복잡하고 이해관계의 조정을 가져오기 때문에 의사결정을 위한 또 다른 거버넌스를 필요로 한다. 기술혁신 관련 거버넌스의 변화를 다루기 위한 거버넌스(메타 거버넌스)가 요구되는 것이다. 이 메타거버넌스는 기술변화 뿐만 아니라 사회변화를 종합적으로 다루기 때문에 매우 복잡한 숙의 과정을 거치게 된다. 이런 메타 거버넌스는 시스템 혁신정책에서 새롭게 요구되는 거버넌스 구조라고 할 수 있다(Kuhlmann and Rip, 2014).