한국에서 엑셀러레이터의 한계로는 투자법인의 지위 획득이 어려워 투자활동에 대한 조세감면 혜택을 못 받고 관련 사업에 참여가 어렵다. 엑셀러레이터의 운영 규모도 큰데 비용을 조합이 부담하여 비용처리가 어렵고 글로벌 진출을 위한 정책도 없다.
그러나 우리나라에서 엑셀러레이터가 본격적으로 활동하고 확산되기에는 한계가 있다. 우선, 벤처캐피탈(VC)과 유사하게 기업에 대한 투자를 수행하고 있음에도 현행법 상 VC로 인정하는 설립요건(자본금 50억 규정)을 채우지 못하여 투자법인의 지위 획득이 어렵다. 둘째, VC로 인정이 되지 않다 보니 투자활동에 대한 조세감면 혜택을 전혀 받고 있지 못하다. 셋째, 엑셀러레이터로서의 법률적 지위가 확보되고 있지 못하여 관련 사업에 참여가 어렵다. 예를 들어 ‘투자연계멘토링과제’에 참여할 수 있는 요건은 개인투자자, 엔젤클럽 소속 투자자, 개인투자조합, VC, 기술지주회사이다. 엔젤투자매칭펀드도 개인 엔젤투자자, 엔젤클럽, 적격 엔젤투자 전문회사, 대학기술지주회사, 창업기획사 만이 참여하여 지원받을 수 있다. 넷째, 엑셀러레이터는 운영비(교육, 멘토링, 데모데이 등) 규모가 VC와 비교하여 현저히 크지만 현행 제도 하에서는 관련 비용을 조합의 부담으로 하게하고 있어 비용처리가 어렵다. 다섯째, 해외 스타트업 투자를 지원한다거나, 우수 창업인재를 국내로 유치하기 위한 전략 및 정책이 없어 글로벌 진출에 어려움이 있다.