때문에 청 단위 조직으로서의 중소기업청이 중소기업 연구개발 인력정책을 효과적으로 수행할 수 있을지에 대해 우려가 지적된 바 있다.
마지막으로 연구개발을 통해 인력양성과 활용을 추진하는 부처가 다수 존재함에도 불구하고 이들을 통합‧관리하는 부처는 없다는 문제가 있다. 연구개발을 통해 산업인력양성과 취업지원을 하는 사업은 6개 부처의 10여 개에 이르는데, 특히 중소기업의 인력 활용과 관련해서는 지난 2008년 ｢중소기업인력지원특별법｣이 개정되면서 (구)중소기업청이 총괄 부처로서의 역할을 수행해 오고 있다. 그런데 연구개발 인력정책은 여러 부처에서 수행되고, 중소기업청의 연구개발 인력정책은 매우 적은 부분을 차지하고 있었기 때문에 청 단위 조직으로서의 중소기업청이 중소기업 연구개발 인력정책을 효과적으로 수행할 수 있을지에 대해 우려가 지적된 바 있다.