제2차 과학기술기본계획은 6개의 중점육성기술과 1개의 중점육성후보기술을 제시하였다는 점에서 제1차 과학기술기본계획과 비교하여 기술간 융합의 개념이 보다 구체화된 것을 알 수 있다. 
특히, R&D 7대 중점분야 중 기초 ․ 기반 ․ 융합기술과 관련하여 6개의 중점육성기술(약물전달기술, 바이오 칩 ․ 센서 기술, 지능형 로봇기술, 나노기반 기능성 소재기술, 나노기반융 ․ 복합 소재기술, 미래첨단도시 건설기술)과 1개의 중점육성후보기술(나노 측정평가기술)을 제시하였다는 점에서 제1차 과학기술기본계획과 비교하여 기술간 융합의 개념이 보다 구체화된 것을 알 수 있다. 제2차 과학기술기본계획은 국가 주도 기술, 글로벌 이슈 대응 분야에서 대표성과를 창출하였으나, 개별부처 중심 효율화 작업으로 부처 정책 간 연계 시너지가 부족하고 사업 간 유사중복 문제가 지속되었다는 문제점이 지적되었다.