기후변화로 인해 해양환경과 어장환경이 변하고 있다. 이상기후와 대규모 간척사업과 매립으로 인해 갯벌 생태계 및 서식지가 변화하고 갯벌 패류의 폐사도 발생하고 있다.
세계적으로 나타나고 있는 기후변화 현상으로 인해 해양환경을 비롯한 연안, 갯벌 등 어장 환경이 변화하고 있다. 해수면 온도 상승, 여름철 폭염 및 집중 강우, 이른 봄 한파 등 이상기후로 인해 갯벌 생태계 및 서식지가 변화하고 있으며 갯벌 패류의 폐사도 지속적으로 발생하고 있다. 2013년부터 2016년 사이 서해안 갯벌에서 폐사율 40% 이상의 바지락 폐사가 17회 발생했다. 또한 새만금 등 대규모 간척사업과 매립에 의한 인위적인 지형 변화, 허베이스피리트호의 유류오염 사고 등 인위적인 요소로 인해 2000년대 초반을 중심으로 갯벌패류 양식 생산량은 서서히 감소하고 있는 추세이다. 이처럼 갯벌 양식 환경이 변화함에 따라 패류양식 적지도 변하고 있으며 지역별 서식 가능한 품종과 양식 적합 품종에도 변화가 나타나고 있다.