수확은 수분함량 30% 이하일 때 하되 건조한 날 실시하며, 병 발생이 심한 알곡은 따로 통풍이 잘되는 곳에 보관하여야 하고, 결론적으로 붉은곰팡이병 발생과 오염을 효과적으로 막기 위한 맞춤형 예방법이 적용되어야 한다.
수확은 알곡을 손으로 으깨도 즙이 나오지 않을 정도로 여물고 수분함량이 30% 이하일 때 하되, 비가 오거나 습기가 많은 날은 피하여 맑고 건조한 날에 실시한다. 병 발생이 심한 포장과 건전한 포장의 알곡은 따로 수확해서 따로 관리한다. 대개 병든 알곡은 가볍기 때문에 콤바인 수확 과정에서 송풍기 회전수를 조절하여 최대한 제거하면 저장 중오 염원을 최소화할 수 있다. 아울러 수확한 후에는 알곡에 습기가 없도록 수분함량을 15% 이하로 신속하게 건조해서 보관한다. 충분히 건조 되지 않은 알곡은 저장 중이라도 곰팡이가 발생할 수 있는 습한 환경이 조성되면 언제든 곰팡이 독소에 오염될 수 있다. 건조된 알곡을 저장할 때는 통풍이 잘되는 곳에 보관한다. 결론적으로, 생산부터 수확 후 저장까지 붉은곰팡이병 발생과 독소 오염을 효과적으로 막기 위해서는 단계별로 실시되는 맞춤형 예방법이 종합적으로 적용되어야 한다.