지역사회정신건강증진체계에 따라복합질환 대상자로 선별되면 병원, 센터 등과 연계해 통합 프로그램을 제공받을 수 있지만 정신건강 대응 체계가 각 부처별로 구축되어 협렵체계 구성이어려워 환자가 스스로 의료기간과 정신건강 증진체계를 찾아야 한다.
만성질환 관리체계와 유사하게, 복합정신질환에 대응하는 체계 또한 구축되어 있지 않다. 지역사회 정신건강증진체계에 따라 복합질환대상자가 스크리닝 되는 경우, 신체질환을 치료 및 관리하기 위한 병원, 중독을 치료 및 관리하기 위한 센터 등과 연계하여 통합적인 프로그램을 제공하는 경우도 있지만, 이는 정신건강증진체계 내 인력들이 복합질환의 중요성 및 통합적 사례관리 및 체계 간 연계에 대한 필요성을 얼마나 인지하느냐에 따라 다르다. 또한 정신건강 대응 체계의 경우, 앞서 잠시 언급한 바와 같이, 보건복지부, 교육부, 여성가족부 등 각 부처별로 대응 체계들이 구축되어 있어, 협력체계를 구성하기가 어렵다. 통합적 사례관리 및 부처 간 연계가 잘 이루어지지 않음에 따라, 복합정신질환이나 다른 만성질환을 가지고 있는 정신질환자 역시 위의 예처럼 여러 의료기관 및 정신건강 증진체계를 스스로 찾아다녀야 한다는 문제점이 있다.