GCF는 24명의 이사로 이루어져 재정메커니즘의 운영주체로서 당사국총회의지침에 따라 기능을 수행하고 책임을 진다. 재정상설위원회는 그 지원기관으로 재정메커니즘과 관련한 다양한 일을 한다.
GCF는 협약 제11조 재정메커니즘의 운영주체로서 지정되어 당사국총회에 책임을 지고, 당사국총회의 지침에 따라 기능을 수행하도록 하였다. GCF 운영을 담당하는 이사회는 선진국 12명과 개도국 12명의 총 24명으로 구성하고, 동수의 대리이사가 참여한다. 수탁기관은 재무 건전성과 행정능력을 갖춘 기관을 선정하되, 세계은행을 초기 3년간의 임시수탁기관으로 지정하였다. 한편 재정상설위원회(Standing Committeeon Finance)는 재정메커니즘과 관련하여 당사국총회를 지원하기 위해 설립되었다. 재정상설위원회의 주요 의제는 협약 재정메커니즘의 합리화, 다양한 채널의 기후재원 간 일관성 및 조정 제고, 선진국 지원의 MRV 강화 등이다.