꽃가루 발아율은 현미경 50배율의 한 화면에 10개 이상 올라온 꽃가루 총수에 대한 발아된 꽃가루 비율을 말한다. 세 번 이상 반복 조사한 평균값을 구해 정확도를 높인다.
꽃가루의 발아 정도는 항온기에서 3시간 배양 후에 꺼내 조사하며 화분의 발아 여부는 화분관의 성장 정도로 판단할 수 있다. 발아된 꽃가루는 꽃가루관이 입자의 직경보다 크게 생장한 것으로, 현미경으로 조사하기 전에 커튼블루 시약으로 염색해 꽃가루와 꽃가루관만 염색하면 발아 상태를 쉽게 관찰할 수 있다. 꽃가루 발아율은 현미경 50배율의 한 화면에 10개 이상 올라온 꽃가루의 총수에 대해 발아된 꽃가루 비율을 계산하는데 정확한 조사를 위해서는 세 번 이상 반복 조사해 평균값을 구한다. 한 화면에 옮겨 심은 꽃가루가 너무 많아 조사가 어렵거나 10개 미만의 꽃가루가 옮겨 심어진 경우는 신뢰성이 낮기 때문에 재검정이 필요하다.