식약처는 나노 관련 사업의 대부분이 안전 관리 분야로 집중되고 있는 대표적인 부처이다. 나노물 질의 독성 평가를 위한 인프라 구축, 독성 평가기술개발 연구에 집중하여 나노물질 독성예측시험법 개발 탐색 등을 연구했다. 
식품의약품안전처(이하 ‘식약처’)는 정부 부처 중에서 나노 관련 사업의 대부분이 안전 관리 분야로 집중되고 있는 대표적인 부처이다. 2014년 식약처에서는 나노물 질의 독성 평가를 위한 인프라 구축, 독성 평가기술개발 연구에 집중하여 식품용 나노소재와 생체 내 물질 상호작용 연구, 나노물질 독성예측시험법 개발 탐색 연구 등을 시행해왔다. 식의약품 관련 나노물질 안전성 관련 국내 연구를 주도해오며 관련 지식을 축적해오고 있다. 한편, 국내 평가 기법이 국제 기준을 맞출 수 있도록 나노 안전성 국제 협력 강화에도 참여하고 있다. 즉, OECD WPMN 관련 나노물질 독성 시험 보고서 작성 및 연구를 수행하였으며 OECD 제조 나노물질 시험법의 국 제 검증 연구에도 참여하고 있다(미래부 등, 2014, pp.43-44).