1980년대 이후 정부 부처들이 자체 R&D사업의 주체로 변화했다. 정부 R&D사업에서 미래창조과학부 등 종합부처들이 중심이되고 보건복지부 등 특정 문제 담당 부처가 보완적역할을 맡아 영역별로 역할을 집중하지 않고 미래,원천 등 모호한 정책 목표들로 차별화를 시도해서 부처별로 중복적, 분산적으로 추진해서 비효율성의 원인이 되고 있다.
정부 R&D사업의 형성 및 발전 과정을 살펴보면, 1980년대 이전에는 국공립(연)과 출연(연)을 포함하는 공공연구기관 중심으로 정부 R&D사업이 추진되었으나, 1980년대 이후에는 공공연구기관이 아닌 정부 부처들의 자체 R&D사업 중심으로 변화되어왔음을 알 수 있다. 정부 자체 R&D사업에서 미래창조과학부와 산업통상자원부 그리고 중소기업청 등 이른바 종합지원부처들이 중심적 역할을 담당하고 보건복지부와 환경부 등 특정 문제해결 영역을 담당하고 있는 고유사업부처가 보완적역할을 담당하는 구조를 갖고 있다. 이러한 모습의 정부 R&D사업 구조가 중복적이고 경쟁적으로 R&D사업을 추진하는 정부 부처들의 비효율적 행태에 근본적 원인을 제공하고 있는 것으로 판단된다. 즉 국가 문제해결 영역별로 부처들이 각각의 역할을 차별화하여 집중하기 보다는 미래, 원천, 첨단, 융합 등 다소 모호한 정책 목표들로 차별화를 시도하고 특정 문제해결을 위한 R&D사업들이 부처별로 중복적이고 분산적으로 추진되고 있는 것이다. 이러한 정부 R&D사업 구조 문제는 다음 절에서 논의될 상위 거버넌스 체계의 합리적 설계에 의해서는 해결되기 어려운 근본적 문제이기 때문에 국가적으로 상당한 조정 비용을 투입한다 하더라도 효과적인 성과를 만들어내기가 거의 불가능하다.