배출권거래제도는 할당대상업체간에 배출권거래를 통해서 감축의무를 이룰 수 있다는 것인데 이 제도가 성공적으로 유지되기 위해서는 거래시장이 활발해지는 것이 중요하다.
배출권거래제가 목표관리제와 다른 가장 큰 부분은 할당대상업체간에 배출권거래를 통하여 감축의무를 달성할 수 있다는 것이다. 따라서 배출권거래제도가 성공적으로 유지되기 위해서는 거래시장의 활성화가 무엇보다도 중요하다고 할 수 있다. 배출권의 거래는 한국거래소(KRX)가 운영하는 거래시장을 통한 거래(이하 장내거래) 뿐만 아니라 거래소 거래시장 외에서 매도자와 매수자간에 직접 매매계약을 체결하는 장외거래도 가능하다. KRX를 통한 거래의 경우 거래량 및 거래가격 등의 정보가 매일 홈페이지를 통해 공시가 되고 있으나, 장외거래의 경우에는 매매자들이 해당 계약 내용을 온실가스종합정보센터에 개별적으로 보고하는 것으로 끝나기 때문에 거래량 및 거래가격이 공개되어 있지 않다.