MD-PhD 교육과정을 시행하고 있는 대부분의 의과대학에서는 코스의 선택, 학제 간 연구 환경 제공, 개별화 교육 진행, 다른 부서의 박사과정 개방 등과 같이 유연하게 교육과정을 운영하고 있다.
MD-PhD 교육과정을 시행하고 있는 대부분의 의과대학에서는 MD-PhD 과정에 있는 학생들의 특수성을 고려하여 코스의 선택, 학제 간 연구 환경 제공, 개별화 교육 진행등과 같이 교육과정 내에서 유연성을 확보해주고 있다. 특히 Harvard의 경우 학생들이MD과정에서 선택할 수 있는 PhD코스를 다양하게 제시해 준다. 예를 들어 의과대학의Division of Medical Sciences와 Cambridge의 다른 학과 그리고 MIT의 theSchool of Science and Engineering을 포함하여 Harvard의 Arts and Sciences 대학원 수업 중에서 학생이 원하는 것을 선택하여 들을 수 있도록 제공하는 것 등이다(노연희·조성일·김상윤·이경영, 2005). 또 다른 예로 Johns Hopkins는 공중보건 학교와 같은 다른 부서의 박사과정(생명윤리, 국제보건 등)을 MD-PhD 학생에게 개방하는 등의 유연한 교육과정을 운영하고 있다(임인경, 2008).