보건의료안전자문위원회 관련 기관으로는 의료기관평가인증원, 한국의료분쟁조정중재원, 한국의약품안전관리원, 그리고 한국보건의료연구원이 있다. 따라서  관련 전문가를 비롯하여 의료 기관의 평가와 의료 사고, 진료 환경, 안전 이슈를 담당한 기관이 더불어 참여하는 구조가 되었다.
관련되는 기관으로는 의료기관평가인증원, 한국의료분쟁조정중재원 및 한국의약품안전 관리원이 포함되었다. 의료기관평가인증원은 ‘의료기관 인증제도 및 의료기관을 대상으로 실시하는 각종 평가업무를 통합․수행하여 의료의 질과 환자안전 수준을 제고함’을 목적으로 설립된 기관이고, 한국의료분쟁조정중재원은 ‘의료사고 피해자의 신속․공정한 구제와 의료인의 안정적인 진료환경 조성’을 목적으로 하는 기관이다. 한국의약품안전관리원은 ‘의약품안전과 관련한 각종 정보의 수집․관리․분석․평가․제공 업무’를 수행하는 기관이다. 또한 한국보건의료연구원은 의료기술의 안전성․유효성 및 경제성에 관한 평가 그리고 이와 관련한 연구를 수행하는 기관이다. 따라서 보건의료안전자문위원회는 관련 전문가 외에도 의료기관 및 환자와 관련한 안전이슈를 담당하고 있는 기관이 참여하는 구조가 되었다. 첫 회의에서 유관기관 간 의료 안전관리 협력체계 구축방안 수립계획(안)이 제안되고 논의된 것은 이러한 구성을 반영한 것이라고 할 수 있다(한국보건의료연구원, 2013).