책임을 지나치게 강조하면 기관의 효율적 운영에 지장이 생기는 등의 문제가 발생하므로, 모든 공공 연구 지원에는 자율과 책임이 적절히 조화되어야 한다. 
공익의 성격이 큰 기초 연구와 비교적 명확한 목표를 지닌 목적성 연구의 지원 방식이 다르고 자율과 책임에 대한 초점이 다르긴 하지만 이는 상대적인 강조의 차이일 뿐 모든 공공 연구 지원에서 자율과 책임은 함께 추구해야 할 가치다. 지나치게 주어진 자율이나 과도한 성과 목표 등 책임성을 지나치게 강조하는 것은 기관의 효율적 운영에 장애가 되며 정책적으로는 자율과 책임의 적절한 조화의 수준이 중요한 주제였다 (Raza, 2009; Fielden, 2008). 관련 연구에서 Aghion et al.(2010)은 대학별로 학생과 교직원 선발, 커리큘럼, 연구비, 대학 운영 등 요소의 자율성 정도를 측정하여 세계 대학 순위, 특허 등 성과와 비교한 결과, 적절한 수준의 자율성과 경쟁 상황에 놓인 대학의 성과가 더 뛰어나다는 흥미로운 결과를 보이기도 하였다.