농촌진흥청은 비관세 장벽을 피하기 위해 농약안전사용지침을 준수하도록 하고 안정성 교육 강화 및 위반 작물에 대한 현장 컨설팅을 진행한다. 또한 GAP를 적용한 고품질 상품들로 잔류 농약 검출로 인한 통관 과정에서의 문제를 해결하고 있다.
자유무역협정을 통해 세계시장의 문턱이 낮아진 것도 사실이지만 많은 나라들이 자국의 소비자를 보호하기 위해 식품안전관리제도를 강화하고 있는 것이 현실이다. 2013년에는 일본 및 대만에 수출하는 농식품 중 잔류 농약 기준치 초과 검출 사례가 2013년에는 8회에서 2015년에는 47회로 6배 가까이 늘어 많은 경제적 손실을 보기도 했다. 이 같은 비관세 장벽을 피하기 위해 농촌진흥청은 수출 대상국 별 작물에 따른 맞춤 농약안전사용지침을 총11개국 28작물에 설정해 수출 농가에서 안전 규정을 준수하도록 돕고 있다. 뿐만 아니라 안전성 교육을 강화하고 주요 위반 작물에 대해서는 현장 컨설팅을 진행해 수출 확대를 지원하고 있다. 해외의 변화하는 정세에 맞춰 우리나라의 수출 농업도 새로운 경향을 보이고 있는 추세다. 통관 과정에서의 잔류 농약 검출로 인한 문제를 해결하기 위해 GAP를 적용한 재배로 생산한 고품질의 상품들로 수출 시장을 개척해 나가고 있다.