대학이 재단법인화 될 시 대학의 법적 주체는 재단법인이 된다. 대학의 물적 재산권의 주체는 재단이 되며 대학 구성원의 법적 지위도 달라지고, 행정에 있어 국가의 간섭을 받지 않는다. 
또한 독일에서는 대학이 재단법인화되고 있는 추세이다. 재단법인으로서의 대학의 등장은 곧 대학의 법적 주체가 국가에서 재단법인으로 전환됨을 의미하는 획기적인 변화이다. 따라서 대학에 대한 물적 재산권의 주체도 국가에서 재단으로 바뀌게 된다. 또한 대학의 구성원들의 법적 지위도 이전과는 다르게 평가되며, 대학 행정도 국가의 직접적 행정 형태에서 간접적 형태 내지는 국가의 간섭을 배제하는 형태로 변경되는 여러 가지 법적 성질의 변화들을 겪게 될것이다. 이런 변화 사항들 중에서 특히 국가의 행정적 관여가 전혀 배제될 수 있는 것인지의 문제와 기존 공무원인 대학 종사자들의 승계 내지는 신분 보장문제 그리고 대학 구성원들의 대학 운영에의 참여문제들이 법인으로 설립, 전환된 대학에서 어떻게 처리 될 수 있는지가 논란이 될 수 있을 것이다(ADL,2007: 148).