추출물 내 방해물질을 제거하는 것은 잔류물질 분석에서 필수적이며 많은 시간과 노력이 소요된다. 정제 과정은 대상 물질과 간섭 물질의 분리 과정이 주를 이루는데 액-액 분배법과 고상추출법이 포함된 크로마토그래피법을 가장 흔하게 사용한다. 정제의 정도는 간섭물질의 종류 등에 의해 결정된다. 검체 정제법은 검체 종류에 따라 정제법이 다른 경우가 많은데 면밀한 검토를 바탕으로 적절한 검체 정제법을 조합하는 것이 핵심이다. 분석대상인 검체의 특성을 파악하고 그 검체를 정제하는 방법들을 숙지한 후 과정에 따라 정제 정도를 평가해야 한다.
일반적으로 추출물(액)에는 대상 물질의 다운스트림 분석을 방해하는 분석 방해물질이 공존한다. 따라서, 이러한 방해물질의 제거는 잔류 물질 분석에 있어서 필수적이며, 가장 많은 시간과 노력이 요구되어지는 과정이다. 정제 과정은 대상 물질과 간섭 물질 간의 물리 화학적 특성 차에 기인한 분리 과정이 주가 되고, 가장 보편적으로 이용되는 방법은 액-액 분배법 (LLE) 과 고상추출법 (SPE)를 포함하는 크로마토그래피법이다. 정제의 정도는 검체로부터 추출되는 간섭물질의 양과 종류 그리고 분석기기의 선택성에 의해서 좌우되며 보통 1개의 단계 이상 (보통 2 단계) 을 연속 조합하여 수행한다. 2 단계 이상의 정제 과정을 조합할 경우에는 서로 다른 분리 원리를 적용하여야 정제효과가 높다. 일반적으로 검체로부터 함께 추출되는 간섭물질은 유지 등 일부 성분을 제외하고는 미지의 화합물이므로 분석성분과의 물리화학적 특성 차이를 정확히 알 수 없어 맞춤형 분리 원리를 적용하기 힘들다. 또한 문제가 되는 물질은 대상성분과 유사한 특성을 가진 화합물들이므로 하나의 정제원리를 반복 적용한다 하더라도 분석성분과 간섭물질 간 분리능은 향상되지 않는다. 따라서 서로 다른 분리 원리를 적용 (예: 추출액의 LLE 후 SPE 적용) 하여야만 분석성분과 간섭물질 간에 분리가 일어날 확률이 상대적으로 높다. 검체 정제법은 검체에서 함께 추출되는 간섭성분의 종류와 양에 의하여 결정되기 때문에 동일한 분석성분이라 하더라도 검체의 종류에 따라 정제법이 상이한 경우가 많다. 즉 하나의 정제법으로 간섭성분의 종류와 양이 서로 다른 모든 검체 종류를 정제하기는 거의 불가능하다. 따라서 다양한 문헌을 검색함과 동시에 면밀한 내용 검토를 통하여 적절한 검체 정제법을 조합, 확립하는 것이 중요하다. 분석하고자 하는 검체가 어떤 검체군에 포함되는 가를 판단하고 이러한 검체군을 정제하는 보편적 또는 선택적 방법들을 숙지한 후 과정별로 정제 정도를 평가하여 효율적 정제법을 확립하는 것이 바람직하다.