사업에서 기획단계부터 필요성과 목표 타당성을 검토할 수 있는 방안이 있어야 하며 각 부처는 이를 위한 방법을 지속적으로 개발 및 보급해야한다. 물론 너무 세부적이고 정교한 규정은 부정적인 결과를 불러오며 평가에 대해서 일관적이고 체계적이어야 한다.
이러한 전주기적인 평가가 이뤄지기 위해서는 해당 사업의 필요성과 목표의 타당성을 검토하는 기획단계에서부터 합리적인 성과목표와 평가기준이 연계될 수 있는 방안이 마련되어야 할 것이다(조현대, 2015). 아울러 각 개별 부처의 관점에서는 각 부처가 자체평가 시 활용할 수 있는 사업유형별 특성에 맞는 성과분석 및 파급효과 평가기법을 꾸준히 개발하고 보급해야 한다(김종운, 2013). 그러나 지나치게 정교하고 세분화된 평가규정이나 지침은 자칫 평가의 자율성을 저해하고 평가의 부담을 초래할 수 있다(김종운 외, 2013). 따라서 사업 특성을 고려한 평가의 목적과 평가결과의 활용 관점에서 효율적인 평가가 이뤄질 수 있도록 평가의 기본 원칙과 방향 제시에 중점을 두는 것이 바람직하다. 반면에 유형별로 비슷한 R&D사업의 공통 평가항목을 제시하여 평가의 일관성과 체계성을 도모하는 것도 필요하다. 예를 들어 선정평가단계와 중간평가 단계 최종평가 단계에서는 연구역량에 대한 평가가 전 단계가 차기 단계에 반영되게 함으로서 일관성을 갖도록 하는 것도 검토할 필요가 있다