분자마커 기술은 전통육종과정을 효과적으로 하게해준다. 그래서 최근 우리나라 육종회사에서도 많이 사용되고 있다.
생명공학기술은 최근 농업 부분에도 큰 역할을 하고 있다. 특히 육종에서 제일 어려운 선발과정을 빠르고 쉽게 도와주는 분자마커 개발은 육종 과정의 한계점을 극복하게 한다. 형질전환 등 유전자 조작과 관련된 생명공학기술에 비해 분자마커 기술은 전통 육종 과정을 보다 효율적으로 해주는 장점이 있기 때문에 다국적 종자회사뿐만 아니라 최근 우리나라 육종 회사에서도 많이 활용되고 있는 상황이다. 최근에는 병저항성 등의 질적 형질뿐만 아니라 상품의 품질에 직결되는 양적 형질(크기, 맛, 풍미, 색, 경도 등)에 대한 분자표지 개발도 이루어지고 있어 보다 폭넓은 육종 목표를 설정할 수 있게 되었다.