심평원 청구자료는 전산 자료의 신뢰도 문제가 있을 수 있다. 청구된 질환과 실제로 환자가 앓는 질환이 다를 수 있다. 실제 진료기록과 대조할 수 없어 진단 기준을 만족하는지 확인할 수 없다.
본 연구는 주요 지표를 심평원 청구자료를 이용하여 산출하였는데 전산 자료의 신뢰도에 대한 문제가 있을 수 있다. 즉 청구자료 상 뇌졸중 관련 상병이 있는 경우 뇌졸중으로 보았으나 해당 상병으로 청구를 하였다고 하더라도 환자가 반드시 실제로 그 질환을 가지고 있는 것을 의미하지는 않는다. 뇌졸중이 아닌데도 뇌졸중으로 청구된 경우가 있을 수 있고 또한 실제로는 뇌졸중의 후유증에 해당하는 환자라 할지라도 뇌경색, 혹은 뇌출혈로 청구했을 수도 있다. 이를 확인하기 위해서는 실제 진료기록을 비교해보아야 하는데 본 연구에서는 의무 기록과 대조가 불가능하므로 검정이 이루어지지 못하여 뇌졸중으로 청구한 상병이 실제 진단 기준을 만족하는지 확인할 수 없는 한계가 있다.