정부가 직접보조금을 지원했을 때 대기업은 연구개발투자를 늘리고 중소기업은 줄인다는 연구결과가 있다. 따라서 정부는 직접지원과 간접지원 중 효율적인 지원정책을 채택 해야한다.
손원익(2002)은 정부의 직접지원과 조세지원은 민간의 투자에 있어 대체관계가 있다는 결론을 내린 바 있으며, 송종국(2007) 역시 정부의 직접보조금 지원은 대기업의 경우 연구개발투자를 늘리는 유인효과를 보이지만 중소기업에 대해서는 연구개발투자를 줄이는 이른바 ‘구축효과(crowding-out effect)를 보인다고 분석하였다. 이러한 문제점은 Minniti & Venturini(2014)의 연구결과를 통해서도 확인할 수 있다. 즉 정부가 기업의 연구개발투자를 유인하기 위해서 직접지원과 간접지원 중 어떠한 정책수단을 선택하는가가 더 현명한 선택인가에 대한 문제가 제기되는 것이다.