Illumina에서는 복제한 샘플 DNA를 형광 염료를 사용하여 표시한다. 이를 카메라로 촬영하고, 분석기를 통해 서열을 결정한다. 이의 제품 중에서도 HiSeq X는 빠르게 많은 양의 DNA를 분석할 수 있다. 
Illumina의 경우 기본적으로 샘플 DNA를 수억에서 수천억 개로 복제한 후, 여기에 형광 염료를 이용하여 표지한다. 이를 카메라를 이용하여 촬영하면 이미지를 얻을 수 있고, 분석기는 이미지 상의 정보를 이용하여 서열을 결정한다. Illumina의 제품군 내에서도 기술력의 향상은 이어지고 있는데, HiSeq 2500과 비교하여 HiSeq X는 나노크기의 구멍을 이용하여 DNA 절편들을 보다 조밀하게 위치시켜 한 번의 분석에서 보다 많은 양의 DNA 정보를 시퀀싱 할 수 있게 되었다. 또한 동일한 DNA 절편들을 모으는 기술을 추가하여 분석의 속도를 높였고, 이외에도 카메라의 촬영 속도, DNA 증폭을 담당하는 중합효소(DNA polymerase)의 속도 등을 향상시켰다 (Hayden, 2014. 1. 15).