도시기본계획 같은 계획들은 작성 지침에 따라 수립되고 있으나 운영으로 들어가면 지자체마다 다르다. 예시로 도시기본계획에서 환경분야를 평가하지만 형식적이며 실제 다른 개입이 많다. 때문에 별도 제도를 통해서 운용해야할 것이다.
도시기본계획이나 산업입지공급계획 같은 계획은 작성 지침에 따라 개념, 미래상, 계획 목표 등에 대해 잘 지켜져 수립되고 있으나 이는 형식적인 절차일 뿐이며 계획 수립 지침에 따른 개념적인 사항이다. 게다가 하나의 지침이 제시되어 있음에도 불구하고 운영에 있어서는 지자체마다 해석하는 바가 다르다. 도시기본계획에 대한 환경평가를 실시할 때는 개념, 미래상, 계획 목표를 바탕으로 접근하고 있고 도시기본계획에 포함되어 있는 환경분야는 제 역할을 못하고 형식적이기 때문에 실제 환경적 개입이 많아지게 되면 환경적 협의와 평가 등은 말 그대로 형식으로만 남게 될 것이다. 따라서 기본계획과 (환경)관리계획 간 격차를 줄일 수 있도록 도시기본계획과 동일한 수준에서의 별도 제도를 통해 실효적으로 운용될 수 있도록 하는 방안도 필요할 정도이다. 또한 계획 수립 시 지역주민 등에 의한 개발 가용지일부 등이 계획에 영향을 미치는 경우도 있으며 계획 수립 시 필요한 각종 DATA는 비현실적인 수치가 활용되고 있다. 예를 들면, 인구 예측도 유입률 선정의 원칙이 없기 때문에 개발 지역의 주변 유입 인구 등을 근거 자료로 활용하는 등 현실 변화에 따른 인구예측을 반영하지 못하고 있다. 또한, 도시기본계획의 단계별 계획에서 용도에 대한 지정(시가화 예정용지의 용도 지정) 시 각 단계에서 시가화 예정용지미소진 시 자동적으로 추후 계획에서는 제외되지 않고 다음 단계에서 추가적으로 지정하고 있어 오류가 많이 나타나고 있다.