농신보의 위탁관리체제로 인한 문제점은 의사결정구조의 독립성 부족이다. 농신보가 농협중항회의 한 사업부이기에 다른 사업의 의사결정을 먼저하고, 업무개선은 한도 내의 효율화, 관리능력 제고 이상의 효율화에 소극적이다. 
농신보의 위탁관리체제로 인한 문제점으로 먼저 지적할 수 있는 것은 의사결정구조에서 독립성이 부족하다는 것이다. 농신보 역할강화를 위한 의사 결정이 잘 이루어지지 않을 수 있기 때문이다. 농신보가 신용보증 수요자인 대출기관의 하나인 농협중앙회의 한 사업부서로 위탁관리되고 있어 농신보 발전만을 고려한 의사결정이 이루어지지 않는다. 다른 사업의 의사결정이 먼저이고 농신보 업무개선은 주어진 한도 내에서 관리를 효율화하는 것에 집중하게 된다. 독립적인 의사결정구조가 낮아 단순한 관리능력의 제고 이상의 업무혁신 새로운 상품의 개발 새로운 사업영역의 확장 등에 대해 보다 소극적일 수밖에 없다. 농림수산업의 여건변화에 따라 산업발전을 위해 새롭게 요구되고 있는 기술보증의 도입, 상거래보험의 개발 등 다양한 신용 보증업무의 확대가 이루어지지 않고 있는 것도 의사결정의 독립성이 부족하 기 때문이다. 사업혁신에 따른 위험에 대한 대응여력이 낮기 때문이다.