중소기업혁신연구프로그램은 기술기반 중소기업의 R&D 및 기술사업화 자금을 지원하며, 지원금 환수 없이 대규모 투자를 통해 아이디어 구체화를 돕는 구조이다. 여기 선정되면 기술 검증과 비즈니스 가설 테스트에 충분한 약 17억 원의 seed money가 3단계에 걸쳐 지원된다.
중소기업혁신연구프로그램에는 11개 연방기관41)이 참여하며 중소기업청이 주관으로 감독하여 기술기반 중소기업의 R&D 및 기술사업화 자금을 지원한다. 대외연구개발예산(Extramural R&D Budget)이 1억 달러를 초과하는 연방 기관은 R&D 예산 중 3.2%(2017년 기준)를 혁신 소기업 R&D에 지원 하도록 법률로 의무화되어 있다. 해당 지원의 특징은 대규모의 투자와 지원금 환수 없이 아이디어를 구체화할 수 있게 해주는 구조로, 프로그램에 선정되면 2년 6개월의 기간 동안 3단계에 걸쳐 17억 원 가량의 seed money를 지원된다. 2단계에 진입하면 지분이나 지원금의 환수는 면제되며 지원받은 돈으로 연구개발과정에서의 지적재산권도 스타트업에 귀속된다. 이는 레퍼런스가 없고, 투자금 회수가 오래 걸려 초기자금 확보가 어려워 민간 VC 투자를 받기 힘든 기술기반 창업자를 공공부문에서 지원하는 개념이다. 지원금의 규모가 실질적으로 스타트업이 기술을 검증하고 비즈니스 가설을 테스트하기에 충분한 금액이다(1단계에서 2억 원 가량, 2단계에서 10~20억 원 가량).