모든 권한을 주최국에게 전담하도록 하여, 거버넌스 체계 및 규정에 있어서 CDM과 JCM에 비해 각 국의 자유도가 높다.
배출권거래제 연계에 있어 배출권의 유상 또는 무상할당 여부는 큰 영향을 미치지 않으며, 대부분의 국가 또는 지역에서 무상할당과 경매방식의 혼합방식을 채택하고 있다. 다만, 연계 시스템 일방 또는 모두가 100% 경매시스템을 채택하는 경우 경매방식이 배출권 가격에 직접적인 결정 요인이 되므로 나아가 제도의 운영에도 영향을 미치게 되므로 경매방식에 대한 조화가 필요하다. 총량거래제 내에서 그랜드파더링(grandfathering)방식인지 벤치마크(benchmark) 방식인지 여부는 연계에 직접적인 영향을 주지는 않지만, 연계 후 할당 정도의 비교에 있어서는 어려움이 있을 수 있다.