조세지원제도가 민간 기업 연구개발 투자에 미치는 영향은 조세지원이 더 큰 효과를 보인다. 따라서 정부는 세엑공제제도 확대를 통한 조세지원 변화가 필요하다.
김학수(2007)는 2002년부터 2004년까지 3,465개의 기업패널자료를 이용하여 조세지원제도가 민간 기업의 연구개발투자에 미치는 영향을 분석하였다. 조세지원 제도에 의해 낮아지게 되는 세후 연구개발투자의 단위당 비용인 사용자 비용을 추정하고, 기업들이 사용자 비용에 어떻게 반응하는지를 실증적으로 분석하였다. 조세지원 확대를 통한 사용자 비용의 1% 감소는 기업이 부담하는 연구개발투자를 0.5~1.1% 증가시켜, 기업의 직접투자를 0.06~0.07% 증가시키는 직접지원에 비해 조세지원이 더욱 큰 효과를 보이고 있다고 밝혔다. 이를 통해 정부의 직접보조금의 일정 부분을 세액공제제도의 확대를 통한 조세지원의 형태로 변화시키는 것이 필요하다고 주장하였다.