따라서 공공수역의 수질보전과 개선된 관리정책 마련을 위해 지침 내용이 일관성있게 수정되어야 하며, 최종 방류수의 기존 수질항목과 위해물질 항목의 농도를 조사하여 물환경에 미치는 영향을 규명하고 제도를 정비해야 한다. 또한 특정 유해물질 배출 사업자에 대한 연계처리를 일정부분 허용하며 이를 위해 연계처리되는 폐수의 수질기준을 검토·신설하는 것이 타당하다.
따라서 공공수역의 수질보전과 개선된 하·폐수 관리정책 마련을 위해 먼저 세 가지 관련지침(폐수종말처리시설지침, 하수처리시설지침, 산업폐수연계처리지침)은 하·폐수 및 수질오염(중금속 등 포함)의 발생단계에서 유입, 처리 및 최종 방류 단계에 이르기까지, 시설용량기준, 허가갱신주기 등 각 세부지침 내용이 지침마다 상이하지 않고 일관성 있게 수정되어야 할 것을 제언한다. 둘째, 산업폐수 연계처리가 운영되고 있는 하수처리장을 우선적으로 연계처리 폐수 유입수와 해당 하수처리장의 방류수에 대한 수질위해물질 모니터링을 시급히 실시해야 하며, 일반 하수처리장도 중금속과 미량위해물질의 배출 현황을 확대 조사해야할 것이다. 즉 하수처리 최종 방류수량의 기존 수질항목뿐만 아니라 위해물질 항목의 각 농도와 오염부하가 하류 물환경에 미치는 영향을 정량적으로 규명하고 관련 제도를 서둘러 정비할 필요가 있다. 셋째, 현행 산업폐수 연계처리 지침에서는 특정 수질유해물질 및 중금속을 배출하는 사업자를 하수처리장 연계처리 대상에서 원천적으로 제외하고 있으나, 오히려 하수처리장 운영과 방류수 및 공공수역 수질-수생태계에 부정적 영향을 미치지 않는 범위에서 허용하는 것이 합리적 규제 혹은 현장 특성이 반영되고 순응도를 높이는 규제가 될 것이다. 넷째, 이를 위하여 연계처리되는 폐수의 수질기준을 검토·신설하는 것도 타당하다고 판단된다.