건강기능식품은 건강 증진 또는 보건 용도에 알맞게 기능 성분을 가공한 식품이다. 식품의약품안전처장이 정한 품목으로 치료나 예방 목적 의약품과는 구분되며, 자연식품이나 목적과 관계없는 식품은 식품 일반으로 구별된다.
건강기능식품은 식품의약품안전처장이 정한 품목으로서 인체의 건강증진 또는 보건용도에 알맞은 영양소나 기능성분을 이용하여 정제, 캡슐, 분말, 과립, 액상, 환 등의 형태로 제조, 가공한 식품이다. 세부적으로는 인체에 유해한 성분을 제거한 식품, 영양성분의 양을 증가시킨 제품, 건강에 유익한 식품을 첨가한 제품, 더 나은 성분으로 대체한 식품 등으로 나뉜다. 영아용 조제식, 영유아식, 환자용 식품 등은 특수영양식품으로 분류되어 이 역시 건강기능식품에 포함한다. 한편 자연 상태 그대로의 식품이나 건강증진의 목적과는 관계없는 가공식품은 식품 일반으로 분류하여 건강기능식품과는 구별한다. 건강기능식품의 기능성은 의약품에서의 치료나 예방 목적의 기능성과는 달리 인체의 정상적인 기능 유지 및 생리기능 활성화를 통한 건강의 유지와 개선에 초점을 맞추고 있다.