벤처기업과 이노비즈기업의 지정요건 차이가 원인이다. 등록에 있어 벤처기업은 업력을 고려하지 않으나 이노비즈기업은 창업 후 3년이 지나야 한다. 또한 이노비즈기업은 판로지원정책을 마련하여 공공구매 참여에 유리한 제도를 제공한다.
이러한 이유는 벤처기업과 이노비즈기업의 개념차이에서 시작한 지정요건의 차이에서 원인을 찾을 수 있다. 개념적으로 보면 두 가지 인증제도는 비슷한 기업을 대상으로 하고 있으나, 벤처기업은 기술성평가를 통해 인정된 경우 업력을 고려하지 않고 등록이 가능한 반면 이노비즈기업은 실제적으로 경영과정에서 혁신성과를 달성해야 한다는 개념적 특성으로 인해 창업 후 3년이 경과하여야 하는 등의 차이를 가지고 있다. 경영상태의 안정성 등을 복합적으로 고려하는 공공구매의 특성으로 인해 이노비즈기업의 공공구매참여가 더 활성화된 이유로 볼 수 있다. 또 한 가지는 벤처기업과는 다르게 이노비즈기업의 경우 판로지원정책을 별도로 마련하고 있어 조달청 물품구매 적격심사 시 신인도부문 가점, 중소기업자간 경쟁제도 계약이행 능력심사 시 신인도부문 가점, 조달청 우수제품 선정 시 우대점수 부여 등의 공공구매 참여에 유리한 제도적 장치들을 제공하고 있다는 측면이다.