국가연구개발사업 예산 배분 방향은 국가 전략분야, 범부처 협업체계를 강화, R&D 시스템 정비, 기초연구 확대, 경제혁신 선도, 재난재해 안전, 기후변화 대응 강화 등을 중심이 됐다.
이러한 정부 연구개발투자 방향 및 기준에 의거하여 2017년도 국가연구개발사업 예산 배분･조정의 방향은 다음과 같이 설정되었다. 중장기 투자전략, ’17년 투자방향, 국제동향 등을 종합적으로 검토하여 국가 전략분야를 도출하고 핵심사업 선별 투자, 융합연구 활성화 및 연구성과 제고를 위해 범부처 협업체계를 강화하고 산학연 역할 분담 추진 등 R&D 시스템 정비 등이 주요 방향으로 설정되었다. 그리고 기초연구 확대, 경제혁신 선도와 관련하여 제4차 산업혁명 대응, 미래성장동력, 바이오신산업, 중소･중견기업 지원 확대 등, 국민행복 실현을 위한 재난재해･안전, 기후변화 대응 강화 등이 중점투자 방향으로 설정되었다.