혁신도약형 R&D 사업은 평가의 객관적·구체적 세부기준 부재로 주관적 판단에 의존하며 성과 평가 기준의 모호성으로 기존 사업과 운영방식의 차별화가 어렵다.
혁신도약형 R&D사업은 실제 수행과정에서 기존 R&D사업의 운영방식을 그대로 적용하고 있어 도입 목적에 부합하는 혁신적 성과를 기대하기 어려운 실정이다. 과제의 선정평가 단계에서 도전성·창의성(50% 이상), 연구역량·윤리(20% 이상) 등을 중점 평가하도록 하고 있으나 객관적·구체적 세부기준이 부재하여 평가자의 주관적 판단에 의존할 수밖에 없고, 또 과제의 최종평가 단계에서도 과제의 ‘성공’ 여부를 판정할 수 있는 성과 평가 기준이 모호하여 대다수의 소관부처에서는(기존 R&D사업 대비) 차별화된 운영방식을 도입·운영하지 못하고 있다.