선별검사의 효능은 검사가 질병 초기를 잡아내는 정확성에 따른 것으로 타당도(민감도, 특이도, 예측도)와 신뢰도로 판단된다. 각 요인의 정도가 부족할 때 민감도는 질환 발견 난해, 특이도는 추가 검사 필요, 예측도는 결과 해석의 혼동, 신뢰도는 해석과 계획 수립에 혼란을 줄 수 있는 문제가 있다.
김영식 등(2003)은 선별검사의 효과를 평가할 때 질병을 초기에 정확하게 발견하느냐와 조기 발견했을 때 나중에 발견했을 때보다 임상결과가 더 좋은 지가 중요한 지표라고 하였다. ‘선별검사의 효능’이란 검사가 실제로 질병의 초기 단계에서 충분한 정확성을 가질 수 있느냐 하는 것을 말한다. 이것은 주로 타당도와 신뢰도를 기준으로 파악된다. 이 중 타당도는 주로 민감도, 특이도, 양성 및 음성 예측도 4가지로 평가된다. 민감도가 낮은 검사는 해당 질환의 발견이 어려우므로 조기진단의 기회를 놓치는 결과를 초래하게 되며, 특이도가 낮은 검사는 수검자에게 불필요한 걱정을 끼치며 힘들고 돈이 많이 드는 다음 단계의 검사를 유도하게 된다. 또 예측도가 낮은 검사는 검사 결과의 해석에 혼동을 초래하므로 선별검사로 채택되는 검사는 높은 민감도와 특이도 및 높은 예측도를 가져야만 한다. 어떤검사의 신뢰도는 그 검사를 다시 시행하였을 때 얼마나 근접한 결과치를 보이느냐 하는 것인데 측정자가 바뀌었을 경우에 생길 수 있는 오차(interobserver variation)와 같은 측 정자가 측정하였을 경우에도 생길 수 있는 오차(intraobserver variation), 실제적으로 측정 대상자의 상태가 변하였을 경우(biological variation) 등이 있을 수 있다. 신뢰도가 떨어지는 검사는 결과의 해석과 향후의 계획 수립에 혼란을 초래하므로 선별검사로서는 추천되지 않는다.