산업폐수는 직접배출과 간접배출로 구분하여 각각의 허용 기준과 프로그램에 따라 배출 통제가 이뤄진다.
Clean Water Act와 방류수 가이드라인 프로그램을 통해 산업폐수 배출 통제 시 직접배출과 간접배출로 구분하여 관리한다. 산업폐수 직접배출의 경우 EPA의 허가지역 및 방류수 허용기준에 맞추고, 간접배출의 경우는 국가오염원방류저감시스템(NPDES: National Pollutant Discharge Elimination System) 허가 프로그램에 허용된 주에 한하여 방류를 허가하고 있으며, 국가 전처리 프로그램(National Pretreatment Program)을 통해 연방, 주, 지역 환경부서와 협력하여 수질보호를 수행한다.