신의료기술 평가제도에 대한 논란은 새로운 의약품이나 의료기기가 판매되기 위해서는 식약처에서 제품의 안정성, 유효성 심사를 통과하더라도 NECA에서 그 제품을 동반한 의료행위에 대한  안정성, 유효성 심사를 다시 거쳐야 하는 데 기인한다.
신의료기술 평가제도는 체계적 문헌고찰을 통한 과학적 근거를 기반으로 안전하고 유효한 의료기술들만을 현장에 적용하여 국민의 건강과 안전을 도모한다는 목적에서 도입되었지만, 이 제도의 필요성에서부터 평가결과의 활용 등 논란은 여전히 뜨거운 상태다. 새로운 의약품이나 의료기기의 판매가 이루어지기 위해서는 식약처에서 제품에 대한 안전성․유효성 심사를 통과하더라도, NECA에서 신제품을 동반한 의료행위의 안전성․유효성 심사를 다시 거쳐야 하기 때문이다. 의료기기의 경우를 예로 들면, [그림 4-2]과 같이 식약처에서 품목허가(80일), NECA의 신의료기술 평가(365일), 심평원의 건강보험등재심사(150일)을 거친 이후에만 판매될 수 있다. 심평원에서 해당기술의 보험 적용 여부가 결정되기 때문에, 비보험으로 판매하려는 경우에도 식약처, NECA, 심평원의 평가를 모두 거쳐야 한다. 신의료기술 평가제도에 대한 주요쟁점과 현재까지의 대응을 살펴보면 다음과 같다.