연구개발과제는 성과예측과 효과추적이 어렵다. 연구개발성과는 대체로 추상적이고 상업화에도 매우 긴 시간이 필요하며, 객관적 평가를 위한 성과지표 선정도 어렵기 때문이다.
특히, 연구개발과제는 성과를 예측하기 힘들고 개별 프로젝트라 하더라도 결과의 긍정적 효과와 부정적 효과를 파악하여 추적하기 힘들다. 이는 연구개발 성과가 주로 특허나 노하우, 생산방식 등과 같이 추상적인 형태가 많아 생산과정에서의 산출물처럼 구체적이지 못하며, 연구개발 성과를 구체적인 산출물로 상업화하는 과정은 대체로 매우 긴 기간을 필요로 하기 때문이다(이정원, 2001). 또한, 연구개발 계획 및 성과에 대한 성과지표의 선정을 위한 적절한 비교 대상과 기준을 세우기가 힘들어 동일 기술 분야의 연구개발과제 간의 비교평가라 하더라도 객관적인 평가가 어렵다.