독일의 연구소 박사과정은 연구소가 속해있는 대학에서 학위를 받으며 연구하며 졸업장에 연구이력이 기록되는 시스템이다. 
특히 독일의 이공계 교육에 있어서 특징적인 것으로 연구소 박사과정이 있다. 자연과학이나 공학의 경우 특별히 연구소에서 연구를 하면서 학위는 그 연구소가 속해있는 대학에서 학위를 받을 수 있는 것이다. 이 경우 연구이력이 졸업장에 독일의 ○○연구소와 공동으로 연구를 했다는 것으로 기입되는 시스템이다(독일연방교육연구부 웹페이지, 2015.10.28). 주요한 연구소 박사과정 운영기관으로는 독일연구재단(자연과학과 인문과학중심), 막스플랑크연구소(기초과학연구), 프라운호퍼(응용과학), 헬름홀츠 자연과학(16개의 비대학 연구소 연합) 등이 있다.