TA에 대한 비판이 꾸준히 나오는 이유는 미미한 인지도와 낮은 활용 때문이다. TA 시행 후 10년 이상 흘렀지만 과학기술정책에서 핵심 기능을 수행하지 못하고 있다.
국내에서 TA가 조금씩 정착되고 있는 반면, 일각에서는 TA가 왜 필요한지에 대한 비판도 끊임없이 제기되고 있다. 이것은 TA의 목적에 대한 상이한 입장에서 비롯되기도 하고, 운영방식의 잦은 변화로 인한 혼란 때문이기도 하지만, 보다 근본적으로는 TA 활동에 대한 미미한 인지도와 저조한 활용에 기인하는 것으로 보인다. 최초의 TA 사업이후 10년 이상이 지났음에도 불구하고 국내에서 TA는 여전히 생소한 영역으로 남아있고, 과학기술정책 영역에서도 핵심적인 기능을 하지 못하고 있다고 평가되고 있다(권성훈, 2014; 서지영 외, 2014; 한민규 외, 2011).