U-기반 해운물류사업은 육해공 관련부처의 협력이 필요한데 이루어지않고 있어 사업 상 위험요소로 작용하며 물류표준화를 위한 기관  협력도 부족한 것으로 드러났다.
U-기반 해운물류 사업은 육상·해상·항공 물류를 연계·통합하는 것을 목적으로 하고 있어 수출입 물류로 이어지므로 항만공사, 관세청, 항공사 및 선사 등과의 협조 관계가 필수적임에도 물류 관련 유관 부처와의 협력체계가 갖추어져 있지 않아, 예비타당성조사 결과에서 사업 추진상의 위험 요인으로 지적되었다. 물류정보시스템 통합을 위해서는 전반적인 데이터의 표준화 및 데이터 구조·코드의 단일화가 필요함에도 여전히 부처 간 표준화를 위한 업무협의가 부재하므로, 물류표준화를 위한 관련 기관 간 사전 협력 체계 구축 노력은 미흡한 것으로 확인되었다.