국내 축·수산물에 대해 식품의약품안전처에서 지속적으로 항생제 내성률을 검토해왔다. 안전처는 지표 세균 및 식중독 세균을 분리하고항생제 감수성 검사를 수행한다. 
유통 중인 국내 축·수산물에 대해서는 식품의약품안전처에서 2003년부터 유통 식품에 대하여 지속적으로 항생제 내성률을 모니터링하여 왔으며, 2013년 이후에는 수입 축산물에 대한 항생제 내성 실태조사도 함께 수행하고 있다. 식품의약품안전처에서는 현재 식품의약품안전평가원과 3개 지방식품의약품 안전청이 유통 축·수산물에서 지표세균 및 식중독 세균을 분리하고, 식품의약품안전평가원이 분리 균주에 대해 항생제 감수성검사를 수행하여 그 결과를 분석하고 있다(Fig 1). 유통 축·수산물 유래 세균의 항생제 감수성검사는 가축 및 도체에서 사용된 검사 방법과 통일하여 실시하고 있다.