농림어업총조사와 농업경영체의 차이점은 자료수집단위 개념에 있다. 농립어업총조사는 가구를 기준으로 엄격하게 진행되는 한편, 농업경영체는 경영주를 기준으로 등록 자료가 모호하다는 점 등에 차이점이 있다.
자료수집단위 개념의 차이점은 우선 자료수집단위가 농림어업총조사는 가구인 반면에 농업경영체 등록자료는 경영주라는 점, 조사기준시점이 농림어업총조사는 엄격하고 농업경영체 등록자료는 모호하다는 점, 농업의 범위에 농림어업총조사는 작물재배업과 축산업만 포함하는 반면 농업경영체 등록자료는 농작물재배업, 축산업 외에 임업까지 포함한다는 점, 자료수집단위 개념에서 농림어업총조사는 논이나 밭을 1,000m2(10a) 이상 직접 경작하는 가구와 지난 1년간 직접 생산한 농축산물 판매금액이 120만원 이상인 가구 외에 조사기준 시점 현재 사육하는 가축의 평가액이 120만원 이상인 가구가 추가되어 있는 반면에, 농업경영체 등록자료는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람이 추가되어 있다.