소피아 시는 Rila 국립공원과 Vitosha 국립공원 두곳이 있는데 이 곳은 각종 보호구역으로 지정되어 있다. 또한 식물학적 다양성이 풍부하며 조류, 이끼류, 유관속식물 등의 생태계를 이루고 있다. 
소피아  시는  Rila  국립공원(면적  107,924ha)과  Vitosha  국립공원(면적 26,607ha)의 두 개 산림보호구역에서 발원한 수자원을 음용수자원으로 이용하 고 있다. 이외에도  Bistrishko Branishte 생물권보호구역(면적  1,062ha)과 다수 의 엄정자연보존지역, 생물권보호구역, 음용수보호구역 등이 지정되어 수질보 호를 위해 관리되고 있다. 보호구역의 저지대에는 주로 독일가문비나무(Picea abies) 등의 침엽수림과 너도밤나무(Fagus sylvatica) 등의 활엽수림이 분포하고 있으며, 고산지역에는 곱향나무(Juniperus sibirica) 등의 관목림과 초지가 분포 한다.  식물학적인 다양성도 매우 풍부해서 조류(藻類) 400종,  이끼류  360종, 균류(菌類) 500종, 유관속식물  450종 이상이 서식하고 있는 것으로 조사되었다. 또한 보호구역은 여러 희귀 및 멸종위기 야생동물의 서식지이기도 하다. 자연보호구역이  설정되기  이전까지는  산림경영의  주목적이  임목벌채였으나, 보호구역 지정 후에는 수질보전 및 자연보호가 최우선 목표로 관리되고 있다.