재건축·재개발 공사가 완료되면 사업시행자는 종전 토지의 말소등기를 신청해야 한다. 이 과정에서 근저당권설정등기 말소 후 공사 명의의 근저당권설정등기 이전에 근저당권이 설정되거나 실행될 수 없다.
재건축·재개발에 의한 공사가 완료되면 사업시행자는 준공인가 후 이전고시를 위하여 종전 토지에 관한 등기의 말소등기를 신청하여야 합니다(도시 및 주거환경정비 등기처리규칙 제5조 제1항52 ). 따라서 토지 또는 대지지분권에 설정된 근저당권 설정등기 역시 일시적으로 말소됩니다. 다만, 이 경우 등기관은 종전 토지의 등기부 중 표제부에 정비사업시행으로 인하여 말소한 취지를 기록하고 부동산의 표시를 말소하는 기호를 기록하고 그 등기부를 폐쇄하며(도시 및 주거환경정비 등기처리규칙 제9조), 시행자는 위 말소등기와 함께 정비사업시행으로 축조된 건축시설과 조성된 대지에 관한 소유권보존등기, 담보권 등에 관한 권리의 등기로서 분양받은 건축시설과 대지에 존속하게 되는 등기 역시 신청하여야 합니다(도시 및주거환경정비 등기처리규칙 제5조 제1항). 따라서 종전 토지 또는 대지지분권에 설정된 근저당권설정등기 말소 후, 신축건물 및 대지에 공사 명의의 근저당권 설정등기 이전에 근저당권이 새로이 설정되거나 실행되는 경우는 상정하기 어렵습니다.