국가 수준의 R&D 조정 체계가 효과적으로 움직이기 위해서는 개별 정부부처의 영향으로부터 자유로울 수 있도록 해야하고 전략을 위한 중장기 로드맵을 세우고 관리하는 기능과 역할을 해내야 하며 대통령 역점 추진사업 예산을 따로 설정하여 관리해야한다.
국가 수준의 R&D 조정 체계가 효과적으로 작동하기 위해서는 우선, 국가과학기술심의회의 위상을 대통령 직속 상설 조정기구(가칭, 국가과학기술전략회의)로 격상시켜 개별 정부부처의 영향으로부터 보다 자유로울 수 있도록 하는 것이 필요하다. 미국, 독일, 영국 등도 국가수반이 주관하는 최상위 조정기구를 설치하여 운영하고 있으며, 오스트리아의 경우에는 총리가 직접 혁신을 위한 조정기구를 주재하고 있다(안두현 외, 2015). 이와 같이 설치된 (가칭)국가과학기술전략회의는 우선, 정권 차원의 시계를 뛰어넘어 국가 R&D 전략을 위한 중장기 로드맵을 수립하고 관리하는 기능과 역할을 수행하여야 하며, 정권 차원에서는 해당 정부의 정부 R&D 투자 정책 및 투자 사업을 수행하기 위한 대통령 역점 추진사업(PI: Presidential Initiatives) 예산을 별도로 설정하여 관리하는 것이 필요하다. 그래야 정권에 따라 국가 R&D 정책 및 투자의 우선순위의 기본적 틀이 변화되는 것을 최소화시킬 수 있다.