FTZ 내 입주기업에 대한 재고관리는 운영자가 재고관리기록을 하고 운영자가 세관에 보고하는 간접관리시스템을 통해 이루어진다. 활성화된 FTZ 지역 중에서는 일반적목적구역보다 Subzone이 더 활성화되어 있다. 
FTZ 내 입주기업에 대한 반출입 및 재고관리는 원칙적으로 세관이 담당하나, 운영자가 재고관리기록을 유지하고 운영자의 정보시스템을 통하여 세관에 보고하는 간접관리시스템을 구축하고 있다. FTZ 입주업체는 사전에 FTZ 위원회가 정한 회계기입방법과 양식을 활용해야 한다. 미국 FTZ 중 지정받은 지역이 모두 활성화된 것은 아니며, 2001년 말 현재 활성화된 FTZ는 일반적 목적구역 113개, Subzone 220개 지역인 것으로 나타났다. 활성화된 일반적 목적구역은 1990년 81개에 서 2001년 113개로 연평균 3.1%씩 증가한 데 비하여 Subzone은 1990년 86개에서 2001년 220개 로 연평균 8.9%씩 증가한 것으로 나타나 GP Zone보다 Subzone이 훨씬 활성화되어 있음을 알 수 있다.