바이오벤처의 지방 불균형이 존재한다. 수도권에서는 첨단기술 분야의 기업들이 많고 그 외 지방은 농업,식품 등 중저기술 분야의 기업들이 많다.
지역별-분야별 분포를 보면 서울, 경기, 인천은 상대적으로 레드 분야 기업이 많고(30% 이상), 대전은 4개 분야가 고르게 분포되어 있다. 나머지 지역들은 대체로 농업과 식품의 그린 분야가 다수를 차지하는데, 그 중 울산은 예외적으로 화이트 분야가 절반 이상을 차지하는 것으로 나타나 공업도시로서의 특징을 보여주었다(그림 3-10, 표 3-13). 이러한 지역별-분야별 분포에서 알 수 있는 것은 의약품, 진단 등 첨단기술 분야의 기업들이 주로 서울, 경기, 인천의 수도권에 집중되어 있고, 그 외 지방에서는 주로 농업, 식품 등의 분야에서 상대적으로 기술집약도가 낮은 중저기술 기업들이 분포되어 있다는 점이다. 같은 ‘바이오 벤처’라고 하더라도 수도권과 지방은 그 중점 분야와 기술 수준에서 차이가 있는 것이다.