국민건강보험공단 빅데이터 운영실은 전 국민 건강 정보 등의 빅데이터를 토대로 서비스와 정보를 제공하고 있다. 빅데이터 운영실은 각 유형별 건강정보를 구축할 수 있도록 하여 맞춤형 서비스를 제공한다. 
국민건강보험공단 빅데이터 운영실은 2013년 9월 9일 건강보험 빅데이터 운영센터를 개소하여 전 국민 건강정보와 다양한 비정형 데이터를 융합한 빅데이터를 바탕으로 개인별 평생 맞춤형 건강 서비스를 제공하고 관련 정보를 공개·개방을 하고 있다. 국민건강보험공단은 전 국민 5천만 명의 출생에서부터 사망까지 자격 및 보험료 자료, 병의원 이용내역과 건강검진 결과, 가입자의 희귀난치성 질환 및 암등록 정보 등 10년 동안 축적된 1조 3,034억 건의 빅데이터를 보유하고 있다. 건강보험공단의 빅데이터 운영실에서는 대용량의 정형·비정형 데이터를 처리할 수 있도록 지역별, 질환별, 연령군별, 사업장별 다량의 건강정보를 가공 구축할 수 있도록 하였으며, 개인별, 인구집단별, 다양한 맞춤형 건강관리 서비스를 제공하고 있다.