농신보가 금융기관에 농가를 대신에 상환한 대위변제액이 높아지며 농신보기금의 자산이 줄었다. 이는 정부가 상환연기한 특례보증에서 많이 발생했다. 신용평가가 생략되고 부실화 가능성이 높았기 때문이다.
농신보가 신용보증한 대출금 중 상환불능이 되어 금융기관에 농가를 대신하여 상환한 대위변제액은 금융위기가 도래한 2008년에는 연간 5,900억 원 수준에 이르렀고, 그 결과 농신보기금의 기본자산 감소로 이어졌다. 2013년에 대위변제액은 1,354억 원으로 하락하면서 기본자산의 안정화가 이루어졌다. 2008년에 대위변제가 많이 발생하였는데 이는 정부가 농어가부채대책으로 상환연기한 특례보증에서 많이 발생하였다. 특례보증 대위변제액은 2008년에 4,217억 원에서 2013년에는 741억 원으로 감소하였다. 부채대책의 특례보증에서 대위변제가 많이 발생한 것은 신용평가 등이 생략되고, 연체상태에 이르는 농어가에 특례보증하여 부실화 가능성이 높았기 때문이다.