비교효과연구는 미미한 효과로 인해 회의적 의견도 존재하지만 긍정적 효과도 존재한다. 이를 통해 수준 높은 근거를 얻을 수 있어 연구에 도움이 되기 때문이다. 이와 같은 효과를 얻기 위해서는 비교효과연구를 통한 근거를 최대한 활용하여 가치를 극대화 할 수 있도록 해야한다. 
지금까지 나온 비교효과연구의 결과가 정책이나 보험급여결정, 임상진료 등 여러 가지 방면에서 어떻게 영향을 주었는지에 대해서는 아직 알려져 있지 않다. PCORI를 설립한 근거가 되는 법 조항에 따르면 PCORI는 비교효과연구를 통해 보험급여결정에 대한 제안을 하지 못하도록 하고 있다. 이에 따라 비교효과연구가 건강관련 정책이나 임상진료 패턴 등에 그리 큰 영향을 끼치지 못할 것이라는 회의적인 비판도 있지만 영국이나 캐나다 같은 외국의 사례를 비추어 보았을 때 중재법의 질이나 가치에 긍정적인 영향이 있을 것이라는 기대도 있다. 비교효과연구가 본격적으로 논의된 지 얼마 되지 않았으므로 향후에는 비교효과연구를 통해 나온 질 높은 근거들과 일련의 활동을 통해 보건의료 비용이나 정책 등 여러 방면에서 어떠한 영향을 미쳤는지에 대한 충분한 연구가 필요하다. 또한 비교효과연구가 성공적으로 안착되기 위해서는 이 연구를 통해 다양한 인구집단에서의 중재법들 간 효과를 비교하여 그 가치를 극대화하는 최상의 근거를 제시함과 동시에 여러 이해관계당사자들의 의견을 반영하여 이를 어떻게 현실에 적용하는지가 가장 중요한 관건으로 보인다.