클로로필-a의 측정 시 수질오염공정시험기준과 국가수질자동측정망 측정에 차이가 있으므로, 자동측정기기를 통한 측정이 클로로필-a를 측정하고 있는지 판단이 요구된다.
클로로필-a의 측정 시에 수질오염공정시험기준은 시료 중의 조류를 여과지를 이용해 걸러낸 후, 아세톤을 이용하여 클로로필-a를 추출, 추출액의 흡광도를 측정하여 클로로필-a의 양을 결정한다. 하지만 국가수질자동측정망 측정기기의 경우, 시료에 직접 일정 파장의 빛을 조사한 뒤 발생하는 형광파장을 측정, 측정결과를 통해 클로로필-a의 양을 산출한다. 측정 분석방법을 살펴보면, 측정하는 파장을 포함하여 측정하는 대상이 수질오염공정시험방법과 차이가 있다. 즉, 자동측정기기를 통한 측정이 클로로필-a를 측정하고 있는 지에 대한 정확한 판단이 필요하다.