수산부분의 산업연관표를 연구와 정책에 활용하는 것은 한계가 있다. 수산어획과 수산양식이 세세하게 분류되지 않았고, 세부 업종별로 산출과 투입구조를 파악할 수 없다. 경제 충격이나 수산정책의 영향을 추론하는데 어려워 단편적 분석에 머무른다.
이와 같이 수산부문에서 산업연관표를 정책 및 연구에 활용하는 데는 분명한 한계가 있다. 전통적인 수산업의 영역으로 분류될 수 있는 수산어획, 수산양식 부문만 하더라도 세부적으로 분류되지 않아 수산정책 수립이나 연구에 있어 활용도가 매우 떨어지는 것이 문제이다. 즉, 현행 산업연관표를 이용할 경우 ‘수산어획’, ‘수산양식’ 수준에서는 산업간 연관관계를 파악할 수 있으나, 근해어업, 연안어업, 원양어업, 어류양식, 해조류양식 등 세부 업종별로투입 산출구조를 파악할 수 없는 문제가 있다. 이러한 세분화되지 못한 부문 분류의 한계로 인해 수산부문에서는 대내외 경제 충격이나 각종 수산정책추진에 따른 영향을 분석하는 데 산업연관표를 이용하기 어려운 문제가 있었다. 결국 전체 국민경제 속에서 수산업을 고려하는 일반균형적 접근이 아니라 품목 중심의 부분균형모형을 통한 단편적 분석에 의존할 수밖에 없었다.