환경부는 ｢폐수종말처리시설 설치 및 운영관리 업무처리요령｣을 제정해 고농도 오, 폐수 적정 처리를 통한 공공수역 수질보전 등의 세 가지 목적을 제시했다. 또 시설을 공단 폐수종말처리시설과 농공단지 폐수종말처리시설, 기타 폐수종말처리시설로 구분했다.
환경부에서는 1996년 ｢폐수종말처리시설 설치 및 운영관리 업무처리요령｣을 제정하여 다음의 목적을 제시하였다. 첫째로 산업단지 등에서 발생하는 고농도의 오·폐수를 적정 처리하여 공공수역의 수질보전을 위한 목적을 두었고, 둘째로 공장 밀집지역에서 발생하는 오·폐수의 경제적, 효율적 처리를 위한 설치 및 운영, 셋째로 ｢사회간접시설에 대한 민간투자법｣(법률 제14718)에 의한 민간에서의 폐수종말처리시설 설치·운영 참여를 유도하도록 하였다. 폐수종말처리시설의 구분은 ｢수질환경보전법 시행령｣ 제32조에 따라 공단 폐수종말처리시설, 농공단지 폐수종말처리시설, 기타 폐수종말처리시설로 구분하였다. 주요 검토 및 고려사항에 따라 특별한 경우를 제외하고 하수도정비기본계획의 처리구역과 폐수종말처리시설 공동처리구역의 중복 지정을 하지 않도록 고려하였다. 또한 기본계획 수립의 타당성에 따라 산업단지, 농공단지 공동처리구역지정에서 오·폐수 처리계획 시 주변 지역에 하수종말처리시설이 있는 경우 연계처리하는 방안을 우선적으로 검토할 것을 제시하였다.