2차 기본계획 목표 달성도는 저조한데 실제 논문의 경우 건수 자체는 크게 증가했고 바이오 분야의 R&D 역량이 성장하고 있다는 반론도 있다.
한편, 2차 기본계획 목표 달성도는 특허기술 경쟁력을 제외하고 저조한 것으로 나타났다. 아래 그림에서처럼, 논문의 경우 2016년 7위를 목표로 하였으나, 11위수준이었으며, 바이오산업은 2016년 23조원 목표 대비 실제는 8.5조원 수준, 의약품 시장의 경우 2016년 26조 원 목표 대비 19.2조 원 수준이었다. 이에 대해 논문의 경우 국가별 순위는 경쟁국들의 논문 건수가 동반 증가하면서 향상되지 않았으나, 2006년 4,539건에서 2015년 9,697건으로 건수 자체는 크게 증가하였으며, 최근 글로벌 기술이전 성과들이 증가하는 등 바이오 분야 R&D 역량이 성장하고 있다는 반론도 존재한다.