제한된 문헌 검색은 주제별 하위그룹 분석의 심각한 편차, 회색문헌과 비영어 출판 연구의 미포함, 개별연구의 누락 가능성의 문제들을 갖는다. 임상전문과 방법론 전문가와 논의가 필요하다.
그러나 주제별로 하위그룹 분석을 시행하였을 때 편차가 심하였으며, 보완대체 의학분야(complementary medicine)와 같이 주요 전자데이터베이스에서 뿐만아니라 회색문헌까지 검색하고 비영어 출판 연구도 반드시 포함해야 하는 주제가 있었다. 또한, 심장학과, 산과, 부인과와 같이 주요 데이터베이스의 영어 연구만 포함해도 효과추정치가 크게 달라지지 않는 주제라 하더라도, 제한된 문헌 검색으로 인하여 효과추정치에 영향을 미칠만한 개별연구가 누락될 가능성은 항상 존재한다. 따라서, 제한된 문헌 검색을 한 경우 근거의 질과 연구 결과에 미치는 영향에 대하여 임상전문과 및 방법론 전문가와의 논의가 반드시 필요하다는 것이 Egger 등의 연구의 최종 결론이다.