R&D사업의 평가에 있어서 선정평가단계, 중간평가 단계, 최종평가 단계 등 각 단계에 공통 항목을 설정하여 평가의 일관성을 유지하는 것이 중요하며, 사업별 특성도 고려해야 한다.
또한 유형별로 유사한 R&D사업의 공통 평가항목을 제시하여 평가의 일관성과 체계성을 도모하는 것도 중요하다(조현대, 2015). 과제 특성 상 차별적으로 적용해야 할 평가항목이 있더라도 기본적으로는 공통평가 항목을 설정해서 평가의 일관성을 갖도록 하는 것이 필요하다(조현대, 2015). 예를 들어 선정평가단계에서는 연구계획 연구역량이 평가되면 중간평가 단계에서는 연구성과 연구계획을 평가함으로써 연구계획이 이어지도록 하고 최종평가 단계에서는 중간단계의 성과가 연구목표 달성 연구결과 수준 결과활용 및 파급에 반영되도록 함으로서 일관성을 갖도록 하는 것이다(조현대, 2015). 단, 사업별 특성을 반영한 가중치 조정, 특성화항목 추가 운용 등이 가능하도록 해야 한다(조현대, 2015).