행복청은 2006년 출범, 2007년 통신망 인프라 구축 및 지구단위계획 수립 등 증원하였다. 2008년 새 정부 출범에 따른 정부 조직개편으로 직제를 개정, 일부기능을 통폐합하고 2011년 사무직렬 기능직공무원을 일반직공무원으로 채용 전환하였다. 
행복청은 2006년 1월 1일 147명의 정원으로 4본부 15팀 1단 1사무소로 출범하였다가 2006년 11월 1일 직제를 개정하여 정원 증감 없이 4본부 17팀 1단 1사무소로 기구를 개편하였고, 2007년 5월 2일 통신망 인프라 구축 및 지구단위계획 수립 등을 위해 6명을 증원(정원 153명)하였다. 2008년에는 새 정부 출범에 따른 정부 조직개편으로 2008년 2월 29일 직제를 개정하여 그동안의 본부장-팀제를 대국 대과 체제로 전환하는 한편, 일부 기능을 통폐합하여 2국 1관(12과 1담당관 1단 1사무소)체제로 개편하면서 1국 4과 및 정원 5명을 감축하였다. 2011년에는 공공청사 및 공공시설 적기 건립을 위하여 한시조직으로 공공건축추진 단을 신설하고 6명을 증원하였다. 사무직렬 기능직공무원을 일반직공무원으로 특별채용할 수 있도록 하는 「공무원임용령」이 개정(2009. 9. 8)됨에 따라 기능직공무원 6명을 일반직공무원으로 전환하였다.