수산업 지속가능성 평가는 지속가능성을 전제로 하므로, 이를 반영한 MSC프로그램은 인센티브 시스템으로 설계, 가공업자,공급업자,소매업자,소비자로 하여금 MSC인증어업의 수산물에 우선순위를 두도록 한다.
여기서 수산업의 지속 가능성을 평가한다는 것은 현재 어획 수준이 어족 자원량을 보전하고 해당 어족자원이 현재와 미래에도 건강하고 생산적으로 존속하는 생태계를 유지할 수 있는 수준이라야 함을 말한다. 이와 같은 ‘지속 가능성’ 평가를 전제로 하는 MSC 프로그램은 지속 가능한 어업 관행을 보상하도록 시장 인센티브를 만들어낼 수 있게 설계되어 있다. 예컨대 어느 수산물 구매자가 MSC 인증 수산물을 구매하기로 결정한다는 것은 인증받은 어업이 그들의 지속 가능한 관행 덕택에 시장 선호를 통해서 보상을 받는다는 것이다. MSC와 그 파트너들은 가공업자, 공급 업자, 소매업자 그리고 소비자들로 하여금 MSC 인증 어업으로부터 구매한 수산물에 대해 우선순위를 두도록 북돋게 되어있다.