2000년대 이후에 학문자본주의 및 연구자본주의가 화두가 되는 이유는 공공재로서의 지식을 생산하는 기능이 축소되고 있으며 시장경제 논리가 대학의 기능 및 이념을 훼손한다는 우려이다. 
그렇다면 왜 2000년대 이후 학문자본주의, 그리고 연구자본주의가 새로운 화두가 되고 있는가? 그것은 첫째, 정량적으로는 상업화 논리로 인해 공공재로서의 지식 생산 기능이 지나치게 축소되고 있다는점과 둘째, 정성적으로 시장경제 논리가 대학의 사회적 기능과 이념을 심각하게 훼손하고 있다는 우려에서라 할 수 있다. 80년대 이전에도 많은 대학들이 산업계와 활발한 협력을 하였으며 정부의 R&D 지원이가장 풍부한 생명공학 분야에서 연구의 상업화가 주도적으로 진행되었다는 점을 고려하면, 학문(연구)자본주의 시대는 단순히 대학의 재정 수입 확대 차원이 아니라 자본주의 시장경제의 힘과 논리가 학문(연구)의 영역도 지배하기 시작하였음을 의미한다.