수산부문 분류는 동질성을 고려하지않고, 서로 상이한 생산 유통 방식, 형태, 생산 기술, 유통 체계, 투입 및 배분 구조가 상이해도 하나의 품목으로 분류되는 문제가 있다.
수산부문 분류와 관련하여 또 다른 문제점은 산출물의 동질성에 대한 고려가 없고, 서로 상이한 생산 유통 방식임에도 불구하고 하나의 품목으로 분류되어 있다는 것이다. 앞서 살펴본 바와 같이 산업의 분류와 통합에서 대체성이 매우 중요한 기준이 된다. ‘수산양식’을 예로 들면, 어류양식과 패류양식, 해조류양식은 생산물의 형태도 다르지만, 생산기술 구조나 유통체계가 매우 이질적이다. ‘수산어획’도 마찬가지이다. 원양어업과 연근해어업, 내수면어로어업은 ‘어획’이라는 행위만을 고려하여 하나의 산업으로 분류하고 있을 뿐 생산해역, 생산기술, 투입 및 배분구조에서 큰 차이가 있다.