연구 진행은 두 단계로 나누어 진행되었는데, '연구 진행1'에서는 사건 관련 연구를 분석하고 외국에서 사용되는 증례검토지를 취합하여 두 단계로 이루어진 증례검토지를 개발했다. '연구 진행2'에서는 개발된 증례검토지를 실제로 사용해보며 수행가능성을 평가하며 위해 사건에 대한 최종 프로토콜을 확립했다. 
연구의  사전  준비  단계를  거친  후  연구  진행은  크게 ‘연구  진행 1, 2’로  진행되었다. 우선 ‘연구  진행 1’에서는  기존의  위해  사건  관련  연구를  검토하고, 외국에서  개발한  위해 사건  탐지를  위한  증례검토지를  취합하여 1차  검토지와 2차  심화  검토지로  구성된  증례검 토지를  개발하였다. ‘연구  진행 2’에서는 ‘연구  진행 1’에서  개발한  증례검토지를  이용하여 입원  환자  의무기록을  조사해보고, 그  결과를  분석하여  증례검토지의  수행가능성을  평가하였다.  이로써  최종적으로  위해  사건의  탐지가  가능한  프로토콜을  완성하였고,  향후  위해 사건과  관련한  대규모  현황  조사를  수행할  경우에  유의해야  할  점  등을  보고서에  제언하였다. 더불어  우리  연구에서  확인한  위해  사건의  인과성  및  예방가능성  합의와  일본  보고서 에서  밝힌  위해  사건의  인과성  및  예방가능성  점수에  대한  환산을  위하여  임상  전문가  회 의를  별도로  진행하였다. 전체적인  연구의  흐름은  그림 1과  같다.