예산분배단위는 연구개발사업의 범위를 지정하는 중요한 단위로 정부는 프로그램예산체계를 도입해 운영하고 있다. 그러나 국회에서 제대로 심의하지 못하고 현행 관리제도가 제대로 기능하지 못해 개별 단위산업의 평가가 어려워 제대로 운영되지 못하고 있다.
이처럼 연구개발사업의 범위를 규정하는 중요한 단위가 예산배분단위이다. 현재 정부는 프로그램예산체계가 도입되어 운영되고 있다고 하나 실제적으로 프로그램예산체계가 작동되지는 못하고 있다. 한 자료에 의하면, 프로그램예산제도가 도입된 이후 2013년 기준으로 770개 프로그램이 이 구조로 관리되고 있으나 실질적으로 국회에서는 프로그램별 심의를 하지 않고 이전의 품목별 심의 수준에 그치고 있다. 그리고 현행 관리제도가 성과목표와 성과지표 관리체계를 중심으로 구성되어 있는데 성과목표가 프로그램과 일치하지 않으며 프로그램 단위의 성과지표가 부재하다. 현재의 체계에서는 프로그램이 성과평가의 단위로서 기능하지 못하고 있으며 프로그램 예산과 성과목표 체계 간의 불일치로 인해 개별 단위사업의 목적을 반영한 평가가 어려운 문제점이 있다는 점(최순영 외, 2013) 등을 지적하고 있어 실질적인 프로그램예산제도가 운영되지 못함을 알 수 있다.