가공식품은 건강을 위한 목적만으로 보기 힘든 점이 건강기능식품과의 차이점이다. 그리고 발효식품을 별도 분류하는 것은 가공식품보다 기술의 수준이 높고 기술이 품질차이를  나타내기 때문이다.
건강기능식품, 발효식품, 식품첨가물 외의 기타 식품류는 식품일반으로 분류한다. 일반적으로 가공식품은 식품 원료의 특성을 잘 살리면서도 섭취가 용이하도록 변형시키거나 저장성을 높인 식품으로 정의되며, 건강기능식품과의 차이점이 있다면 해당 식품의 섭취가 건강증진을 목적으로 한다고 보기는 어렵다는 점이다. 가공기술적인 측면에서 분류를 하면 건조가공식품, 설탕절임 가공식품, 훈연가공식품, 냉동가공식품, 레토르트 가공식품, 인스턴트식품 등으로 나눌 수 있다. 발효식품을 별도로 구분한 것은 발효과정에 쓰이는 기술의 수준이 단순가공식품의 그것과 비교했을 때 높고, 발효식품의 경우 기술력의 차이가 식품의 품질 차이를 결정짓는다는 점에서 차이가 나기 때문이다.