기능별 연구개발 예산에서 가장 비율이 높은 국책연구개발사업은 추격형 R&D에서 선도형 R&D로 전환하는 것이 중요하며 기초연구 역량 강화를 위해서 대학연구지원사업의 생산성 검토가 필요하다. 또한 효과적인 연구개발과 기술활용을 도모하는 프로그램 개발이 요구된다.
기능별 연구개발 예산 배분에서는 먼저 가장 비중이 높은 국책연구개발사업을 새로이 요구되는 연구개발에 대한 정부의 역할에 비추어 추격형 R&D에서 선도형 R&D로 전환하는 것이 중요한 과제이며 이를 위한 예산배분의 우선순위를 새로운 시각에서 정립할 필요가 있다. 또한, 여전히 연구개발 예산배분에서 큰 비중을 차지하는 정부출연연구기관에 대한 지원이 원천기술의 경쟁력 강화와 사회경제적 파급 효과 증진으로 나타날 수 있도록 하는 것도 매우 중요하다. 한편, 미래지향적인 관점에서 그 동안 기초연구 역량 강화를 위해 확대해 온 대학연구지원사업이 양적 성과 확대로 그치지 않고 질적 성과 제고로 이어질 수 있도록 지원사업별로 연구지원의 생산성에 대한 관심을 기울일 필요가 있다. 그리고, 연구기반 조성과 기술서비스 지원에 대한 예산배분 비중은 낮은데, 경쟁력 있는 연구생태계 조성을 촉진시키고 전반적으로 낮은 공공연구개발 성과의 사업화를 활성화할 수 있도록 효과적인 연구개발 부문과 기술활용 부문과의 효과적인 연계를 도모할 수 있는 프로그램 개발에 적극 나설 필요가 있다.