공공부문보다 민간 부문의 과학기술 연구개발 투자가 훨씬 커진 시기에도 정부는 주도권을 놓지 않았다. 과학기술 R&D의 인적, 재정적 규모가 커진 현재에 전문성을 가지지 못한 각 부처는 별도로 R&D를 관리하는 전문 기관을 두게 되었다.
과학기술 불모지에서 최초의 시동은 정부가 걸었으나, 민간 부문이 상당한 역량을 갖추게 된 시점에도 정부는 기존의 자세를 버리지 않고 유지해 왔다. 과학기술이 나아갈 바를 판단, 제시하는 것은 정부이고 공공 R&D는 물론이고 민간 부분의 연구 개발도 제시된 가이드라인에 따라야 한다는 인식이 유지되어 온 것이다. 즉, 1990년대 이래 공공부문보다 민간 부문의 과학기술 연구개발 투자가 훨씬 커진 시기에, 민간이 R&D 등에서 앞서 나가고 정부는 이를 뒷받침한다고 하면서도 정부는 주도권을 놓지 않았던 것이다. 과학기술 R&D의 인적, 재정적 규모가 엄청나게 커진 현재는 여러 부처가 각자 R&D를 주관하게 되면서 이를 감당하는 일 자체가 어렵게 되었다. 이 상황에서 실제로 R&D를 수행하는 조직이나 개인을 관리하는 일에 전문성을 가지지 못한 각 부처는 별도로 R&D를 관리하는 전문 기관을 두게 되었고 이것은 현재 12개 부처의 18개에 이른다.