일본 환경영향평가제도에서는 사실적 근거를 통해 사업자가 자율적으로 결정할 수 있으며 더불어 자연환경의 중요성에 맞는 보전 목표를 정한다.
또한 ‘환경보전 목표’는 앞에서 말한 바와 같이, 가치 판단의 기초가 되는 중요한 의미를 가지고 있다. 따라서 사업자가 자의적으로 정하는 것은 신뢰성이 없어지지만 지금까지의 일본 환경영향평가제도에서는 공해방지 분야처럼 환경 기준이나 과학적 지식에 근거한 판정 기준이 있는 것은 사업자가 자의적으로 정할 수 있고, 또한 자연환경 분야에서는 조사를 통해 밝혀진 해당 자연환경의 중요성에 맞게 보전 목표를 정하게 된다. 그러나 수치로 표시할 수 있는 기준이 없는 경우에는 질적 목표로써 ‘중대한 영향을 미치지 않는다’라고 표현하는 예가 많다.