연안역관리법은 환경청장으로 하여금 관리해역의 비점오염 관리수단 개발지침을 마련하도록 하고 있다. 이에 환경청은 농업유출수를 비롯한 다섯 가지 주요 비점오염원의 관리수단 수립지침을 제시하였으며 이는 다양한 유형에 일반적으로 적용가능한 습지, 수변구역, 식생처리 시스템 관리수단을 포함한다.
연안비점오염관리프로그램은 해양대기청과 환경청이 공동으로 집행 책임을 맡고 있으며, 각 연안주정부는 연안비점오염관리프로그램의 이행을 위한 정책과 수단을 제시해야 한다. 연안역관리법은 환경청장으로 하여금 상무부장관, 야생동식물보호국장 및 기타 연방정부 기관과 협의를 통해 관리해역의 비점오염 관리수단 개발지침(Guidance Specifying Management Measures for Sources of Nonpoint Pollution in Coastal Waters)을 마련하도록 하고 있다. 이에 따라 환경청이 개발한 지침은 농업유출수(agricultural runoff), 도시유출수(urban runoff), 임업유출수(forestry runoff), 마리나 및 여가용 선박(marinas and recreational boating), 수로건설 및 수로변경, 댐, 하천둑 및 하안선 침식 등 다섯 가지 주요 비점오염원의 관리수단 수립지침을 제시하고 있으며, 다양한 유형의 비점오염원 관리에 일반적으로 적용할 수 있는 습지, 수변구역(riparian area), 식생처리시스템에 관한 관리수단 또한 포함하고 있다.