제안제도의 보상은 직원에게 제안의 기회를 주고 유익한 제안에 대해서는 경제적 또는 사회적으로 포상함으로써 제안자의 노력에 보답하고 조직에 대한 호감과 신뢰감을 높이는 것으로 경제적 보상과 사회적 정신적인 만족감을 주는 보상방법 등이 있다. 
이러한 제안 제도는 보상을 통하여 지속성을 갖도록 운영되고 있는데, 구좌광(1995)은 제안제도의 보상은 단순하게 직원에 대하여 제안의 기회를 주는 것뿐만 아니라 유익한 제안에 대해서는 그것을 경제적 또는 사회적으로 포상함으로써 직접 제안자의 노력에 보답할 뿐만 아니라 조직에 대한 호감과 신뢰감을 높이는 것이라고 서술하였다. 일반적으로 제안에 대한 포상으로서는 일정한 금전을 지불하는 경제적 보상과 승진, 승급이나 기타의 인사행정면에 반영시키는 보상과 표창장 또는 상장의 수여 형식으로 행해지는 주로 사회적 정신적인 만족감을 주는 보상방법 등이 있다. 최근 한국의 제안 제도 보상에 관한 운영규정의 예를 보면 제출된 제안은 제안규정에 의한 심사 후 등급에 따라 건당 1만원～100만원을 지급하며, 직원 1인당 연간 제안 포상금은 3만원이고 제안의 효과가 포상시점에 미 실현된 지식제안은 사후관리를 위하여 전자시스템을 통한 공유의무를 명시하고 있는 방법으로 운영되고 있다.