융합연구의 평가는 먼저 목적의 규명이 있어야 하고 수행양식과 과정, 과제나 사업단위의 활성화와 달성 가능성, 공정성과 객관성뿐만 아니라 평가 결과의 환류성과 활용성 측면에서도 평가되어야 한다.
둘째, 융합연구를 어떤 관점과 방법으로 평가할 것인가에 대한 것이다. 이는 융합연구가 지향하는 목적이 무엇인지를 먼저 규명해야, 어떻게 평가할 것인지를 나중에 논할 수 있다. 또한 융합연구 자체가 활성화되어야 좋은 성과가 나올 수 있다면, 연구 방법론적인 측면에서 융합연구 수행 방식과 과정도 평가체계 설계에서 고려되어야함을 의미한다. 현재 매우 복잡하게 설계되어 있는 사업 및 과제 단위의 평가체계가 융합연구의 활성화와 목적 달성에 과연 도움이 되는 것인가를 생각해봐야 한다. 평가에 있어서 중요하게 생각되는 공정성과 객관성 이외에도 평가결과의 환류성과 활용성 등 다양한 측면에서 융합연구의 평가체계 재구성이 필요한지에 대한 검토가 필요하다.