다양한 생물을 온전하게 보호, 유지하는 문제는  ｢자연환경보전법｣의 주된 숙제로, 관련 규정이 1994년 개정법에서 처음 추가되어 자연환경조사, 생물다양성 관리 계약 등 여러 수단을 만들어냈다. 한편 2012년에는  ｢생물다양성법｣이 제정되면서 해당 용어가 생물다양성에서 생태계로 변경되었다. 하지만 이것이 자연환경과 생물자원의 연관성에 큰 영향을 주지는 않는다.
｢환경정책기본법｣에 따르면 환경을 자연환경과 생활환경으로 구분하고 있고 (제3조 제1항), 자연환경은 생물적인 것뿐 아니라 비생물적인 것, 자연의 상태등의 포함되는 포괄적인 개념이므로(제3조 제2항), 위의 환경부 소관 법률 중 가장 큰 개념은 ｢환경정책기본법｣의 개념을 준용한 ｢자연환경보전법｣상의 자연환경으로 볼 수 있다. 생물다양성의 보전 문제는 ｢자연환경보전법｣의 주된 과제이기도 하다. 그 결과는 동법에 두었던 생물다양성 보호에 관한 규정이다.동법은 1973년 멸종위기에 처한 야생동ㆍ식물 국제거래에 관한 협약(CITES)과 1992년 생물다양성협약의 가입에 따른 국내법 정비차원에서 생물다양성의 보전을 위한 규정을 1994년 8월 3일 개정법에서 처음으로 추가하였는데, 자연환경조사(제30조),17) 생태․자연도18)의 작성․활용(제34조), 생물다양성대책의 수립 및 국제협력(제35조), 생물다양성의 연구․기술개발(제36조), 생물다양성관리 계약(제37조) 등 다양한 수단을 마련하였다. 그러던 중 2012년 ｢생물다양성법｣이 제정되면서 관련 조항들은 생물다양성이 아닌 ‘생태계’에 관한 대책 수립, 연구․기술개발, 관리계약 등으로 개정되었다. 생물다양성에 관한 조항이 ｢생물 다양성법｣에 수용되고 해당 용어가 생태계로 변경되었다고 하더라도 자연환경과 생물자원의 연계성 자체에는 큰 변화를 주지 않는다.