주요 연방기관별 기초연구 지원 예산은 NIH가 가장 컸고 NSF와 DOE 순으로 이어졌다. NSF와 DOE의 규모 차이는 68200만 달러에서 13000만 달러로 줄었다. NIH와 NSF는 상향식, DOD, DOE 등은 하향식 기초연구를 수행한다.
주요 연방기관별로 2010년부터 기초연구에 지원한 예산을 비교해보면, NIH에서 지원하는 기초연구 예산이 가장 크며, 그 다음은 NSF와 DOE 순으로 예산규모가 많다. 두 번째로 많은 기초연구 지원 예산이 투입되는 부처는 NSF인데, NSF 못지않게 DOE도 많은 예산을 기초연구에 지원하고 있다. NSF와 DOE의 기초연구 예산 규모의 차이는 2010년에 6억 8천 2백만 달러에서, 2017년에는 1억3천만 달러로 좁혀지고 있는 상황이다. 기초연구의 수행 형태로 비교하면, NIH와 NSF는 상향식(bottom-up) 기초연구를 수행하며, 그밖에 DOD, DOE 등의 부처들에서는 미 정부 및 의회에서 기획한 기초연구사업을 하향식(top-down)으로 진행한다. 더불어 NIST(표준연구), NASA(우주항공연구), NOAA(해양 대기연구) 등의 연구사업과 같이 특정 분야에서 목적을 달성하기 위한 기초연구사업들이 수행되고 있다.