현장 연구자의 의견 반영을 위한 효과적인 방법은 기관장의 선출 및 평가법일 것이다. 직선제도 좋은 방안이나 부작용이 있는 것을 고려할 때 현장 연구자의 의견을 반영할 수 있는 간접적인 제도를 도입하는 것이 좋다.
현장 연구자의 의견 수렴 및 반영을 위한 제도의 확립에서 백미는 아무래도 기관장의 선출과 평가와 관련된 제도일 것이다. 한때 국립대학의 총장을 직선제로 선출하기도 했다. 지자체의 장을 직접 선거로 선출하는 것처럼 연구기관의 장을 현장 연구자의 직접 선거로 선출하는 것이 어찌 보면 당연한 것으로도 생각된다. 그러나 대학총장의 직선제에서 나타난 여러 가지 문제점을 보완하는 방법으로 현재 시행되고 있는 기관장 추천 위원회를 구성하는 것도 좋은 현실적인 방안이 될 것이다. 현재의 공모제에 대한 문제점도 이미 많이 거론되고 있는 실정이니, 현장 연구자 중심의 기관장 추천 위원회를 구성하여 2인 혹은 3인을 정부에 추천하여 선정토록 하는 것도 현장 연구자의 중요한 의견을 반영하는 좋은 제도가 될 것이다. 또한 기관장의 평가에도 현장 연구자의 점수가 적어도 30% 이상의 상당히 중요한 비중을 차지하도록 바꾸어야 할 것이다. 이것이 기관장에게 소통과 대화를 강제하는 굉장히 좋은 수단이 된다고 생각한다.