CALPUFF는 크게 CALMET, CALPUFF, CALPOST 세 가지 모듈로 구성되어 있다. CALMET이 오염원 지역의 풍향, 온도 등을 시간별로 모사하면 이를 통해 CALPUFF에서 대기확산을 분석한다 그리고 이는 CALPOST를 통해 GUI 방식으로 표출되는 것이다.
CALPUFF는 CALMET, CALPUFF, CALPOST 등 크게 세 가지 모듈로 구성되어 있으며, CALMET은 MM5에서 분석된 바람장 예측 결과를 주된 입력 자료로 사용하여 3차원 격자 모델링 영역 내에서 대상 오염원 지역의 시간별 풍향과 풍속, 온도 등을 모사하는 기상 모형이다. 특히 산악지형이 많은 국내의 경우 기상관측 지점의 분포가 균일하지 않기 때문에 MM5와 같은 예측모형을 사용하는 것이 적합하다. CALPUFF는 대기확산 분석을 위한 메인 모듈로서 CALMET에서 분석된 지형 및 기상조건과 오염원의 대기오염물질 배출량을 입력 자료로 사용하며, CALPUFF에서 분석된 결과는 CALPOST를 통하여 GUI 방식으로 표출된다. 대기확산 분석 시 대기오염물질의 배출량은 오염원 유형에 따라 입력 단위의 변환이 필요한데, 기본적으로 설정된 오염원별 배출량 단위는 AERMOD와 동일하다. 또한 CALPUFF는 O3, CO, NOX, SO2, PM10 등의 대기오염물질과 악취에 대한 대기중 확산 분석이 가능하다.