약제 허가 기구는 이득-위험 분석을 세계에서 가장 많이 사용하는 기구로, 이 중 EU의 EMEA와 미국의 FDA가 실제로 이득-위험 분석에 대해 논의를 진행하고 있다. 
전 세계적으로 이득-위험 분석을 가장 많이 사용하고 있는 기구는 약제 허가 기구라고 할 수 있다. 약제 허가 기구는 EU의 경우 EMEA(European Medicines Agency), 미국 Food and Drug Administration (FDA), 영국 MHRA (Medicines and Healthcare products Regulatory Agency), 호주 TGA (Therapeutic Goods Administration), 캐나다 Health Products and Food Branch (HPFB) of Health Canada 등이다. 이중 실제로 이득-위험 분석에 대한 논의를 진행하고 있는 대표적인 기구는 EMEA와 FDA이다.