선진국과는 달리 한국은 전통적으로 직접비 중심 연구비 체계로 운영 되며 연구 초기 인프라 구축에 효과적인 방식이긴 하나 인건비에 투자하지 않으니 중요한 인적자본이 낮게 평가 받고 효율적이지 못하다고 평가하고 있다. 
직접비 중심의 연구비 구조에 따라 선진국형 연구인력 중심의 연구비 집행의 효율성 저하를 가져왔다. 미국, EU 등 선진국들은 연구비 중 인건비 비중이 절대적으로 높은 수준이다. 인건비는 연구성과 제고에 있어 가장 중요한 인적자원에 대한 투자비용으로 연구초기단계의 연구직접비 중심 집행보다는 연구성과 제고에 주요한 비목체계이다. 그러나 한국은 인건비보다 전통적으로 직접비 중심의 연구비 체계로 운영되고 있다. 이는 초기 연구환경이 열악한 경우에는 기반 인프라 확충 측면에서 상당한 투자효과를 제고하였으나 이제는 연구인적자원에 대한 투자가 연구성과 제고에 긴요한 실정이다. 그 동안의 산학연별 정부연구개발투자 비중을 살펴보면, 출연(연)의 투자비중이 40% 이상으로 상대적으로 높은 수준이나 이러한 구조가 형성된 데에는 여러 가지 이유들(예컨대 국가 발전을 위해 정부연구개발투자 지속적으로 증대, 이 과정에서 정부의 연구개발 주무부처인 과기부(과거 미래부‧과기처)가 장기간에 걸쳐 과기처‧과기부,‧미래부 산하 기관인 출연(연)에 그들의 연구개발예산 많이 투입 등)이 있다.