사전환경성검토제도가 환경영향평가제도와 같은 사전협의제도로 판단되어 시행취지의 반감을 일으켰고 그 방안으로 전략환경평가제도의 도입이 제기되었다. 이로 인해 전략환경평가제도 관련 연구 진행이 이루어졌으며, 환경영향평가제도가 전체적으로 변경되었다. 정책적 계획 성격을 띤 주요 상위 행정계획은 조정을 면했으며, 이는 선진국의 환경평가분야의 흐름을 역행하는 것으로 장기적으로 우리나라도 양대 체계로 운용해야 한다.
이러한 문제점은 사전환경성검토제도가 환경영향평가제도와 동일한 사전협의제도로 인식되어 시행취지가 반감되었고 이를 극복하기 위해 사전환경성검토제도를 전략환경평가체제로 확대‧발전시켜 각종 계획의 상위단계부터 환경성을 검토하는 전략환경평가제도의 도입을 필요로 하였다. 이에 전략환경평가제도 도입, 효율적 운영 기법 마련 등 전략환경평가제도와 관련된 다양한 연구가 진행되어 왔고 2012년 7월 「환경평가법」이 개정되면서 환경영향평가제도가 전면 개편되었다. 기존의 사전환경성검토가 전략환경영향평가로 명칭이 변경되면서 일부 평가대상 계획 및 사업이 조정되었으나 정책적 계획 성격을 갖는 주요한 상위 행정계획은 대부분 제외되었다. 이는 주요 선진국이 상위 행정계획에 대한 전략환경평가를 주축으로 하는 환경평가분야의 흐름과 역행하는 것으로서 장기적으로는 우리나라의 환경평가 체계도 전략환경평가를 중심으로 하는 정책계획의 평가와 개발 사업을 중심으로 하는 환경영향평가로 구분하는 양대 체계로 운용하는 것이 바람직하다. 한편,국토교통부(구 국토해양부)는 그동안 훈령에 의거해 전략환경평가를 자체적으로 실시하였으며 최근 국토계획평가 제도를 도입하여 전략환경평가의 일환으로 운용하고 있다. 이 과정에서 국토교통부는 선제적인 제도의 마련 및 운용으로 환경부의 전략환경평가제도와 상충되는 등 상호간에 전략환경평가의 주도권을 가지고 견제하는 입장을 표명하고 있다. 그 결과 현재의 국토교통부 및 환경부가 독자적으로 운용하는 전략환경평가제도는 그 취지를 살리지 못하고 있어 실효성 측면에서 비판의 목소리가 높은 실정이다.