처리공법은 유입수질을 기준으로 정해진 기준의 수질 이내로 처리할 수 있도록 타당성과 처리 효율을 비교, 검토하여 선정해야 한다. 선정에는 과반수 이상의 외부전문가 참여와 구체적 평가 기준이 필요하다.
처리공법선정은 유입수질을 기준으로 방류수수질기준 또는 환경영향평가 협의수질 기준 이내로 처리가 가능하도록 후속 처리공정을 포함하여 본 처리장 설계용량을 기준으로 LCC(Life Cycle Cost)기법에 의하여 공법선정의 타당성을 검토하되, 처리효율, 시설설치비, 유지관리비 및 운영관리의 용이성 등을 처리효율이 동등한 일반화된 공법(2개 이상)과 종합적으로 비교․검토하여 선정하여야 한다. 아울러, 처리공법 선정 시 평가의 공정성이 확보되며 합리적인 공법이 선정될 수 있도록 과반수 이상 외부전문가가 참여하는 심사위원회를 구성·운영하고, 구체적인 평가기준에 의거하여 선정하여야 한다. 단, 증설하는 경우 운영관리 효율을 위해 공법 심의 없이 기존 공법을 적용할 수 있다.