관련법들에 지원근거를 마련해야 비교효과연구사업이 국가적 정책근거 지원사업으로 자리 잡을 수 있다. ARRA 등의 제정으로 법적 근거를 마련한 미국처럼 우리나라의 보건의료체계의 개선과 발전을 위해서도 새로운 법을 제정하거나 관련법 체계 검토가 필요하다. 비교효과연구의 활성화 취지를 비롯, 연구를 위한 재원조달 방안 등이 법적으로 규정될 때 정책 연계성을 극대화한 연구개발사업으로 발전할 수 있기 때문이다.
이러한 법적 근거는 향후 비교효과연구를 정책적으로 활용하기 위해 우선 고려하여야 할 사항들이다. 기존의 법 체계 하에서도 비교효과연구를 수행할 수는 있지만, 이러한 연구사업이 국가적 정책근거 지원사업으로 자리잡기 위한 동력을 얻기 위해서는 의료법이나 보건의료기술진흥법 등 관련 법들에 행정적, 재정적인 지원근거를 마련하는 것이 바람직하다. 미국의 경우 급변하는 보건의료 정책환경에 대응하고자 의료개혁을 적극 추진하는 가운데 ARRA 등의 제정을 통하여 비교효과연구를 효휼적으로 지원하기 위한 법적 근거를 마련한 바 있다. 이러한 국제적인 동향을 참고하여, 우리나라의 보건의료체계의 개선과 발전을 위하여 새로운 법을 제정하거나 기존의 의료법, 보건의료기술진흥법, 국민건강보험법 등 관련법 체계의 미비점을 검토할 필요가 있다. 예를 들어 비교효과연구의 정의와 보건의료 정책근거 마련을 위한 지원의 당위성 등 활성화 취지를 비롯해 이러한 연구의 주관기관, 연구수행체계 및 연구결과의 정책화를 위한 절차, 연구를 위한 재원조달 방안 등이 규정될 때 명확한 법적 기반 위에서 보건의료 분야의 정책 연계성을 극대화한 연구개발사업으로 발전할 수 있을 것이다. 즉 건강보험, 의료기술평가 등 보건의료 분야의 많은 유관 제도와 기관들 간의 역할 분담 등 관계 설정을 위해 법규 체계에 대한 검토와 정비는 필수적이다. 이 점에 대해서는 행정적, 재정적 지원은 물론 연구자료 활용과 연계 등 연구수행의 기본적인 여건을 획기적으로 마련하는 등 비교효과연구를 지원하는 방안에 대한 구체적인 검토 차원에서 별도의 정책기획 연구를 통해 전문가 의견수렴과 사회적 합의 과정을 거쳐야 할 것이다.