바이오 벤처기업의 경우 기초연구 및 임상개발 기간이 길어 초기 단계의 자금 문제를 지원해 줄 벤처캐피탈이나 특화된 공공 펀드가 매우 빈약하다는 불리함을 가지고 있다.
첫째, 초기 단계 벤처기업의 자금 공백을 메워줄 투자 주체가 없다. 이는 오랜 기초연구 및 임상개발 기간으로 인해 IT에 비해 더 오랜 마이너스 현금 흐름 기간이 요구되는 바이오 벤처기업에게는 더 치명적인 환경이다. 제도권의 벤처캐피탈들이 성과가 가시화되거나 IPO에 임박한 후기 단계 기업에 주로 투자하는 것은 미국이나 한국이나 공통적인 현상이다. 그러나 미국의 경우는 전체 벤처캐피탈의 투자 규모에 육박하는 엔젤 투자와 정부의 지원 하에 초기 창업기업에 투자하는 SBIC가 있어서 상대적으로 초기 자금 문제가 심각하지 않다. 이에 비해 우리나라는 엔젤 층이 매우 빈약하고 초기 벤처기업에 특화된 특수 목적의 공공 펀드도 없다. 이 때문에 대부분의 바이오 벤처들이 초기 자금 문제로 어려움을 겪고 있다. 다음은 초기 바이오 벤처의 전형적인 자금 유치 과정에 대한 전문가의 인터뷰 내용이다.