신의료기술 평가는 시스템 상 선진국에서는 평가결과를 참고하는 수준이지만 국내에서는 필수 조건으로 명시되며 신제품의 출시를 늦추기 때문에 부정적인 비판이 속출되고 있다. 
이러한 방식의 신의료기술 평가는 여러 선진국에서도 실시하고 있지만, 국내에서는 이 평가제도에 대한 비판이 많은 상황이다. 이유는 신의료기술 평가제도가 다른 선진국들과는 달리 시판의 필수조건으로 운영되면서, 신제품의 출시를 지연시키는 원인으로 작용할 수 있다는 데 있다(국가과학기술자문회의, 2014). 국가별로 보건의료 시스템이 상이하기 때문에 단순 비교는 어렵지만, 선진국들의 경우에는 의료기관이나 의료인이 새로운 의료기술을 활용할 때 신의료기술 평가결과를 참고하는 반면, 국내에서는 이 평가를 통과하지 않으면 해당 의료기기를 판매할 수 없도록 되어 있다(국가과학기술자문회의, 2014).