융합연구에서 추격형과 응용·개발 단계의 연구는 선진국과의 차이를 줄일 기초를 닦았는지가 중요하고 간접적인 성과평가 기준인 특허의 시장가치를 기업 소속 평가자가 포함된 평가 위원회에서 평가해야 한다. 또한 융합연구가 수요자의 요구를 충족하고 해결할 수 있는지와 연구 종료 후 실제 기술이전·확산이 일어났는지 해당 과제가 속한 사업 단위로 평가해야 한다.
셋째, 추격형과 응용·개발 단계에 해당하는 연구과제의 경우, 시장이나 산업에의 기여도를 중심으로 성과를 평가한다. 동 영역 평가에서 중요한 것은 융합연구에 의해 선진국과의 격차를 줄일 수 있는 기반을 마련했느냐는 것이다. 현재 응용·개발단계에 있는 많은 연구과제 평가 시 특허를 중요한 성과평가의 계량적 근거로 삼고있다. 특허 성과평가도 양적인 것에서 질적 지표 중심으로 전환되고 있다. 하지만 특허 자체를 직접적 성과로 간주하는 것에는 무리가 있다. 연구과제 진행 중에 특허출원과 등록까지 완료하는 것은 쉽지 않고, 특허에 대한 가치는 결국 시장에서 결정되기 때문이다. 따라서 동 분야에 대한 성과평가는 기업 소속 평가자가 반드시 포함된 평가위원회에서 연구성과의 시장·산업 기여도를 평가하도록 하는 것이 바람직하다. 앞서 선정평가에서 제시된 수요자의 니즈를 연구에 의해 얼마나 충족시켰으며, 융합연구에 의해 이를 해결할 가능성을 제시하였는가가 중요한 평가항목으로 포함되어야 한다. 물론 과제 종료 후 일정 기간이 지난 후에는 실제 기술이전 여부, 지식확산, 후속과제 추진 등을 종합적으로 평가하는 추적평가가 수행되는 것이 요구된다. 실제 기술이전 등에 의해 기업의 매출 발생과 여기에 대한 연구의 기여도 등은 측정방법론 개발과 더불어 해당과제가 속한 사업단위로 영향평가를 실시하는 것이 바람직하다.