프로젝트 약정은 2005년 내용과 문안에 대한 협의를 진행하였고, 2007년 SFR의 3개 프로젝트, 2008년엔 VHTR의 2개 프로젝트, 2009년에는 4개 프로젝트 약정이 서명 발효되었다.
시스템 약정 하부의 프로젝트 약정은 시스템별로 개별 프로젝트로 체결하게 되며, 시스템을 구성하는 단위 프로젝트 수행을 위한 참여 기관 간 계약적인 성격이 포함되어 있는 협력 약정이다. 2005년 말 협정 관련 협의에 착수하여 프로젝트 약정 내용과 문안에 대한 협의를 진행하였으며, 2007년에 SFR 시스템의 3개 프로젝트 약정이 발효되었다. 2008년에는 VHTR 시스템의 2개 프로젝트 약정이 발효되었으며 2009년에는 SFR의 안전 및 운전(Safety&Operation : SO), VHTR의 재료(Material : MAT), SCWR의 열수력 및 안전(Thermal-Hydraulics & Safe : TH&S), GFR의 기기 설계 및 안전(Component Design & Safety CD&S)의 4개 프로젝트 약정이 서명･발효되었다.