비의료기관은 의료기관에 비해 진단 검사의 자격 기준이 낮기 때문에 무자격 인력에 대한 문제가 언급되고 있다. 
또한, 비의료기관에는 진단 검사에 대한 전문성 문제도 제기된다. 비의료기관의 경우 생명윤리법 조항에 따라 신고 시 유전자검사기관에 관리자 1인과 석사급 연구 원 1인이라는 요건만 충족하면 된다(허미나, 2014). 반면 의료기관의 경우 생명윤리 법 외에도 의료법, 의료기사법(임상병리사 면허 요구) 등 부가적인 법령 등의 제약으로 보다 높은 인력 기준을 요구받는다(허미나, 2014). 예를 들어 의료기관은 위의 법령들에 따라 유전자 검사에 사용하는 장비에 대한 의료장비 허가를 받고, 임상 병리사 자격증을 가진 인력만이 검사를 시행 가능하도록 했으나, 비의료기관의 경우 이러한 제재를 받지 않아 연구장비에 대한 병리사 자격증을 갖지 않은 인력이 검사를 시행할 수 있다.