1999년 국내의 여러 상황으로 바이오 벤처의 창업 붐이 일어났으나, 3년 이후 부터는 활성화되지 못했다. 이후 정부의 새 정책으로 바이오 벤처 시장의 새로운 질서가 정립되었다.
정부의 적극적인 지원정책, 코스닥 시장의 형성과 벤처캐피탈의 투자, 그리고 바이오니아와 인바이오넷 같은 선구적 기업들의 약진 아래 1999년 이후 바이오 벤처 붐이 일었다. 1998년까지 100여 개의 바이오 벤처가 창업한 반면, 이후 3년 동안에만 500개가 넘는 바이오 벤처가 새롭게 창업한 것이다. 그러나 창업 붐은 오래 지속되지 못했고, 2002년부터 바이오 벤처의 창업이 급감하여 2002년에는 고작 20개의 바이오 벤처가 새로 창업했을 뿐이었다.9) 이후 ‘벤처기업 활성화 대책’(2004), ‘제2차 생명공학육성기본계획’(2006) 등 정부의 새로운 지원정책이 마련되고 코스닥 시장 환경이 변하는 등 바이오 벤처의 새로운 생태계가 만들어지고 있다.