바실러스 세레우스는 자연환경의 상재세균으로 완전 차단은 불가하다. 열로 사멸되지 않아 식중독 위험이 높으므로 대량의 균 섭취 예방과 발아 억제 및 영양세포 증식을 방지해야 한다.
바실러스 세레우스는 원료에서 대부분 오염되기 때문에 자연환경의 상재세균 중의 하나인 이 균을 완전히 차단시킬 수는 없다. 그러므로 이 균의 식품오염을 근본적으로 방지한다는 것은 현실적으로 불가능하다. 가열, 조리 등의 처리로 일반 세균은 사멸되어도 내열성 포자는 사멸되지 않고 잔존하므로 포자 발아를 위한 적당한 조건이 유지되면 발아되어 영양세포로 분열, 증식하여 부패, 변패를 일으킬 뿐만 아니라 식중독을 유발할 수 있는 충분한 균수로 증가하여 식중독이 발생한다. 이 경우 다른 식중독과 마찬가지로 대량으로 균을 섭취하지 않도록 하며, 발아를 막고 영양세포의 증식을 방지하는 것이 기본적인 식중독 예방방법이다.