다수의 온천에서 양수에 의한 수위강하가 심각하다. 과도한 양수로 대수층은 차가운 지하수로 채워지고 다시 지하수는 심부 온천수로 유입돼 수질을 저하시켜 인근 주민의 지하수 이용에 문제가 발생하는데 이런 경우 부적절한 환경영향평가로 분쟁이 발생 할 수 있다.
실제 국내 다수의 온천에서 양수에 의한 수위강하가 예측한 결과보다 극심한 실정이다. 예를 들어, 온양온천의 경우 과거에는 자연용출 하였지만 현재는 과도한 양수로 38개의 온천공 수위가 100~140m 낮아진 상태이다. 이로 인하여 온천수가 용출되는 대수층 상부는 주변의 차가운 지하수로 채워지고 있으며, 이 지하수는 다시 심부 온천수 층으로 유입되어 온천수의 수질을 저하시키고 있는 상황이다. 이는 과도한 심부 지하수 개발이 심부 지하수의 수질을 저하시키는 직접적인 사례라고 할 수 있다. 더욱이 다양한 사업의 지하수 개발로 인근 주민의 지하수 이용에 장애가 발생할 경우에도 부적절한 환경영향평가에 의해 문제가 발생할 수 있다. 이 경우 인근 주민은 소유권에 근거하여 민사법상 방해의 제거나 예방을 청구할 수 있지만 지하수법상 지하수 개발이 위법이 되지는 않는다. 따라서 민법상은 위법인데 지하수법에서는 위법하지 않은 모순된 상황이 발생할 수도 있다.