산업자원부와 정보통신부의 연구개발 사업을 과학기술부총리가 조정, 총괄하게 되었고 국가과학기술 혁신본부를 설치하여 국가과학기술위원회의 사무국 기능을 겸하도록 하였다.
과학기술정책과 관련한 부처 간 중복기능을 최소화하고 핵심역량에 집중하기 위해 과학기술부 장관을 부총리로 격상시켰다. 즉 과학기술부총리 체제를 통해 국가연구개발 사업을 종합조정하고, 과학기술 중장기 계획을 통일적으로 수립하는 토대를 형성하고자 하였다. 따라서 국가연구개발사업에서 큰 역할을 하고 있던 산업자원부와 정보통신부의 연구개발 사업을 과학기술부총리가 조정, 총괄하게 되었다. 또한 과학기술부가 범국가적 차원의 종합, 기획, 조정, 평가 업무를 수행하게 하기 위해 국가과학기술 혁신본부를 설치하여 국가과학기술위원회의 사무국 기능을 겸하도록 하였다.