구조 분석 프로그램을 사용하여 3D프린팅 의료기기 제품을 검사할 경우 더욱 정확하고 빠르게 설계를 분석할 수 있는데, 검사 담당자는 반드시 교육을 이수한 후 프로그램을 사용해야 한다.
현재 Comsol, Ansys, Fluent, Mimic 등 구조 분석 프로그램을 사용하여 3D프린팅 의료기기 제품을 검사할 경우, 복잡한 구조를 가진 해당 의료기기를 해석하는데 더욱 정확하고 빠르게 설계를 분석할 수 있다. 또한 구조 분석 프로그램의 유한요소분석을 사용한다면 제품을 직접 파괴하지 않더라도, 사용자 정의에 따라 시뮬레이션을 하여 다양한 시나리오로 검사할 수 있다. 가상 시나리오 검사이긴 하지만 다른 물리 분석과 쉽게 연결할 수 있으며, 3D프린팅 의료기기의 복잡한 동작과 성능을 현실적으로 예측하여 검사할 수 있다는 장점을 가지고 있다. 대표적인 예로 선형 및 비선형 정적해석 및 동적해석, 좌굴해석, 피로해석, 열전달, 강체운동, 파괴해석 등이 가능하며, 물체의 운동 방정식을 푸는 동역학 프로그램을 실행하여 단시간 내 정확한 해석을 진행할 수 있다. 또한 물체의 충격, 충돌, 폭발, 파괴 등을 시뮬레이션하여 이러한 상황이 발생할 경우 해석하여 활용할 수 있는 프로그램이다. 이러한 프로그램을 사용하기 전에 담당하는 인력을 반드시 교육을 이수하여 프로그램을 사용하여야 한다.