개별사업 단위에서 지표 중심으로 관리를 하는 정책은 문제의 해결에 중심을 두는 것보다 성과를 목표로하게 만들고 연구개발 사업을 일정한 틀로 고정시키는 등의 부작용이 있어 이를 위해 이 같은 체계를에서 벗어나야 한다.
연구개발사업에 성과지표를 적용하여 관리할 경우 이러한 정량적 지표에 치우쳐 관리가 이루어질 수밖에 없으며 성과평가도 이를 중심으로 이루어질 수밖에 없다. 따라서 개별사업 수준에서 계량적 성과지표를 적용하는 것은 지양하는 것이 필요하다. 개별사업 단위에서 지표 중심 관리체계를 적용하는 것은 문제해결보다는 성과지표를 중심으로 연구활동이 이루어지도록 연구자들의 행태에 영향을 미치게 된다. 그리고 다양한 문제를 해결해야 하는 연구개발사업을 동일한 형태로 정형화시키는 부작용이 있다. 따라서 정부연구개발사업이 문제해결을 통한 성과가치 창출을 하도록 하기 위해서는 성과지표 중심의 관리체계를 벗어나는 것이 중요하다. 즉, 논문, 특허, 기술이전 건수 등의 일반적 성과의 정량적 지표의 적용을 정책차원에서 의도적으로 배제하도록 하는 것이 필요하다.