시화호 관리위원회가 통합의사결정기구로서의 기능을 위해서는 예산 통제기능을 갖추고 육역과 해역관리의 통합, 관리주체 간의 통합 등을 시행할 수 있는 통합관리주체가 되어야 한다.
관리체계와 제도개선 부문에서 시화호 종합관리계획은 큰 성과를 거둔 것으로 평가되나, 선진 외국의 성공사례 지역에 비하여 시화호 관리위원회와 실무협의회는 여전히 유역통합관리를 시행하기에 활동이 미흡했던 것이 사실이다. 시화호 관리위원회가 연안유역통합관리의 중심으로서, 통합의사결정기구로서의 기능을 수행하기 위해서는 유역에 대한 보전과 개발행위를 총괄 조정할 수 있는 예산 통제기능을 갖춘 통합관리주체로 거듭날 필요가 있다. 시화호 관리위원회는 육역과 해역관리의 통합, 관리주체 간의 통합, 시행 사업 간의 통합, 모니터링과 성과평가의 통합 등을 주관하여 시행할 수 있는 위상을 갖추어야만 할 것이다.