연방교육연구부는 절반이 넘는 연방 R&D 예산을 사용하는 가장 큰 연구개발 수행부처이고, 장관 소속 하에 7개 부문의 Director General을 두고 있다.
연방교육연구부는 미국의 NSF나 일본의 문부과학성과 같이 연방 R&D 예산의 약 60%를 사용하는 가장 큰 연구개발 수행부처이다. 1994년에 연방과학기술부(BMFT)와 연방교육과학부(BMBW)가 통합되어 설치된 부처가 부처명의 변경을 거쳐 오늘에 이르렀다. 교육과 과학부처를 통합하여 운영하고 있다는 점은 일본과 유사한 부분이라고 할 수 있다. 연구개발을 직접적으로 수행하는 4대 연구회도 연방교육연구부가 관리하고 있다. 연구개발을 수행하는 연방교육연구부는 장관 소속 하에 7개 부문의 Director General을 두고 있는데, 전략과 정책이슈, 유럽 및 국제협력, 직업훈련 및 평생학습, 과학시스템, 핵심기술-혁신을 위한 연구, 생명과학-보건연구, 미래 준비-기초연구 및 지속가능성 연구이다. 연방교육연구부의 조직 구성은 다음과 같다.