정부 연구개발사업에 관한 사업단위 평가는 평가의 목적, 주체, 절차와 방법에 따라 체계적으로 구분되는데, 특정평가를 제외하고는 각 부처에서 자체평가를 한 후에 미래부에서 상위평가를 진행한다.
정부 연구개발사업에 대한 사업단위 평가체계는 평가목적, 평가주체, 평가절차와 방법 등에 따라 구분할 수 있다. 먼저 평가목적에 따라서는 크게 중간평가, 종료평가, 추적평가, 특정평가 등으로 구분된다. 평가주체 및 평가절차와 방법에 따라서는 각 부처에서 수행하는 자체평가와 미래부에서 실시하는 상위평가 또는 심층분석으로 분류된다. 특정평가를 제외한 평가절차는 각 부처에서 자체평가를 실시한후에 미래부에서 상위평가를 실시하는데, 이때 상위평가는 자체평가의 적절성 검토와 확인점검 위주로 실행된다. 중간평가는 평가 직전년도에 시행된 사업 중 평가주기가 도래한 사업을 대상으로 전반적인 사항에 대한 점검 및 성과평가를 실시한다(미래부, 2015a).