출연연구기관은 연구역량과 개발 활성화를 하지 못해 국가가 요구하는 기술에 대응하지 못하고 있다. 더불어 뛰어난 연구경쟁력도 확보하지 못해 정부연구개발사업에서 지도력을 키우지 못하고 있다.
이처럼 지난 50여년 동안 출연연구기관은 구조적 개편과 제도 변화를 통해 혁신환경 변화에 대응해 왔으나 대학과 기업 등의 연구역량의 개선과 연구개발 활동의 활성화에 대응해 역동적으로 역할과 성과를 창출해 나가지 못하므로써 출연연구기관의 역할이 모호해지고 혁신 성과도 기대에 미치지 못하고 있다. 즉, 급변하는 시장환경 및 기술변화에 대응해 국가가 필요로 하는 기술적 수요에 적절히 대응하지 못하고 있으며 타 연구주체들의 역량 제고에 대응해 정부연구기관으로서의 적절한 역할을 수행하지 못하고 있다. 또한 글로벌 수준의 연구경쟁력을 확보하지 못하므로써 산학연이 참여하는 정부연구개발사업 추진에 서의 리더십도 강화해 가지 못하고 있다.