연구개발 분야에서 대기업에 대한 조세지원이 집중되었다는 문제는  보고서에 의하면 형평성을 저해한다고 볼 수 없다. 대기업이 연구개발 분야에 대한 투자의 확대는 세계 일류기업으로 경쟁력을 갖추고 우리 경제에 순기능을 준다.
다음으로, 연구개발 조세지원의 혜택이 대기업에 집중되어 있다는 문제에 대해서는 실제로 대기업에 대한 지원 규모가 크기는 하나 대기업이 지출하는 연구개발투자와 상대적으로 비교할 때는 크게 형평성을 저해한다고 볼 수는 없다. 2012년의 경우를 보면 대기업은 전체 기업 R&D투자의 74.2%를 지출하면서 전체 연구 및 인력개발비 세액공제 지원실적의 61.6%를 지원받은 한편, 중소기업은 전체 기업 R&D투자의 25.8%를 지출하면서 전체 연구 및 연구 및 인력개발비 세액공제 실적의 38.4%를 지원받은 것이다. 그리고 대기업에 대한 조세지원의 규모가 큰 것은 꼭 부정적으로 보아야 할 사항도 아니다. 대기업이 그 만큼 연구개발투자를 많이 하고 이에 바탕을 두고 혁신성과를 창출하여 세계 일류기업으로 경쟁력을 갖추어 우리 산업과 경제의 버팀목이 되고 있기 때문이다.