생태계서비스지불제 시행을 위해 거래대상 범주를 명확히 설정하고, 특정 생태계가 거래 대상이 되었을 때 다른 생태계에 미치는 영향을 분석하여 지불 가격에 포함해야 한다.
생태계서비스지불제가 제대로 이행되기 위해서는 몇 가지 사항을 고려해야 하는데, 우선 생태계서비스가 거래대상으로 될 수 있는 것에 대한 범주 설정이 필요하다. 탄소 등은 이미 국제시장에서 탄소배출거래제를 시행하고 있으나, 생태계서비스 중 비시장적 가치나 공공 가치가 높은 종류들까지 포함 시켜야 되는지에 대한 여부는 별도의 연구가 필요하다. 두 번째는 특정 생태계서비스를 팔았을 경우 다른 생태계에 미치는 영향 등에 대한 과학적 규명이 수반되어야 한다. 이는 특정 생태계서비스 이용으로 다른 생태계서비스에 미치는 영향까지도 생태계서비스 지불가격에 포함시켜야 함을 의미한다.