건설교통부는 열 세 개의 기관으로 구성된 「시화지구정책협의회」를 감사원 결과에 따라 정책협의회는 여섯개의 정부연구기관에서 진행, 그 중 한 곳이 용역 관리 하기로 결정했지만 시민단체의 반발로 다시 검토 결정을 내렸다. 
감사원 감사 결과에 따라, 2000년 9월에 건설교통부는 시화지구 종합계획 수립을 위해 건설교통부, 환경부, 농림부(현 농림수산식품부) 등 13개 기관으로 구성된 「시화지구정책협의회」를 구성하였다. 2001년 3월에 시화지구 정책협의회에서는 시화지구 종합계획을 국토연구원에서 총괄하되, 환경정책평가연구원, 농촌경제연구원, 해양연구원, 해양수산개발원, 경기개발연구원 등 6개 정부출연연구기관에서 공동으로 수행하고, 한국수자원공사가 용역을 관리하는 것으로 결정하였다. 국토연구원과 6개 연구기관은 2001년 7월에 용역에 착수하여 2003년 12월에 시화지구 장기종합계획(안)에 대한 공청회를 개최하였다. 그러나 시민사회단체의 반대에 부딪혔다. 시화지구 지속가능발전협의회’를 구성하고 남측 간석지 개발계획을 원점에서 다시 검토하기로 하였다(시화지역 지속가능발전협의회, 2007).