학문의 자유는 연구 기관의 자율적 운영, 학문의 자유에 대한 법적 보장, 대학 의사 결정 기구의 구성, 교수직의 영구 보장 등으로 이루어져 있다. 연구의 자유는 연구 주제와 수행 방법론의 자유로운 선정, 연구 결과 발표의 자유로 구성되어 있다.
먼저, 제2장에서는 학문과 연구의 자유, 그리고 공공 연구의 제도적 책임성 (Accountability)과 자율적 책임성(Responsibility)의 개념을 살펴볼 것이다. 전통적인 학문의 자유 개념은 연구 기관의 자율적 운영, 학문의 자유에 대한 법적 보장, 대학 의사 결정 기구의 구성, 영년제 교수직(tenure) 보장 등으로 이루어져 있으며 연구의 자유는 연구 주제와 수행 방법론의 자유로운 선정, 연구 결과 발표의 자유로 구성되었다. 역사적으로 학자의 자유로부터 출발한 학문의 자유는 대학 등 학술 기관의 자율적 운영을 포함한 개념으로 확장되었고, 그 가운데 연구의 자율의 개념도 정립되었다. 자율은 무조건적인 자유가 아니라 전문가적 기준이라는 내부적 규범에 합당하여야 함을 강조한다. 대학은 새로운 지식을 탐구하고 이를 학생과 사회에 전파하는 것이 기본적인 임무인데 학문의 자유는 그 자체가 목적이 아니라 대학의 임무를 효과적으로 달성하기 위해서 반드시 필요한 수단이기 때문이다.