두 부처 간 자체적 합의가 최고지만 불가능한 경우 국무조정실에서 조정할 수 있다. 이를 위해 다른 잡음이 없도록 중재 기구를 조직하고 그 위치를 명확히 해야 한다.
다섯째, 조정 협력 사안을 총괄하는 중재자의 기능을 약화시키지 않는 방향으로 운영 되어야 한다. 가장 중요한 것은 두 부처간의 조율로 합의된 의사결정을 중재자가 수용 하는 것이다. 그러나 부처 책임자(위원장, 장관) 간에 이견이 좁혀지지 않아 중재기구를 이용하거나 정부조직법 절차에 따라 국무조정실에서 조정하는 방법도 고려하여야 한다. 그러므로 사전에 합리적이고 중도적인 인사들로 중재기구를 구성함은 물론이고 중재기 구의 위상, 중재결정에 대한 각 부처의 수용여부 등을 둘러싸고 또 다른 논란을 일으키지 않도록 중재기구의 위상정립이 선행되어야 한다.