개념계획서 평가를 통과하면 사업계획서를 제출, 평가지표를 바탕으로 평가의견을 작성한다. 평가위원회 의견에 대해 수행기관은 답변서를 제출한다. 최종적으로 선정평가과정 서류와 PD 권고안을 통해 지원여부를 정한다.
개념계획서 평가에서 통과된 과제에 한하여 사업계획서를 제출하며, 평가위원의 사전검토 및 평가위원회 개최를 통하여 각 사업계획서에 대하여 <표 4-12>의 평가지표를 바탕으로 평가의견을 작성하게 된다. 평가위원회 의견은 모든 사업계획서 접수자에 전달되고 이에 대해 수행기관은 답변서를 제출할 수 있는데 이 과정을 통해 접수자는 해명의 기회를 가지고, 평가자는 정확한 결정을 내릴 수 있다. 최종적으로 미국 에너지 첨단연구과제사무국의 과제선정책임자(selection official, ARPA-EDirector)는 선정평가과정을 통해 축적된 서류 및 정보와 PD의 권고안을 참조하여 과제의 지원여부를 결정한다. 즉, PD는 프로그램 전체과정을 관장하지만 최종 과제의 선정은 과제선정책임자가 결정하게 된다.