원격의료 논란의 주된 이유는 의료사고의 위험과 사고의 책임소재이다. 기존 진료와는 달리 사고가 발생할 가능성이 있으며 이때 환자의 보호와 사고의 책임소재 문제가 남게 되며 원격자문의 경우 의사-환자 관계에서는 원격지의사에게 책임이 부여될 수 있다.
의료인-환자 간 원격의료가 오랫동안 논란이 된 주된 이유 중 하나는 원격진료를 하게 될 경우에 발생할지도 모르는 의료사고의 위험과 사고발생시 복잡해지는 책임소재 때문이다. 사실 원격의료를 시행해보지 않은 상황이기 때문에 어떤 사고들이 발생하게 될지 정확한 예측은 어렵지만, 원격진료에서는 기존 대면진료와는 전혀 다른 형태의 의료사고가 발생할 여지가 있다. 이러한 경우 환자를 어떻게 보호할 것인가라는 부분과 의료사고가 발생할 경우 누구에게 책임을 물어야 하는가에 대한 문제가 남게 된다. 예를 들면, 동네 의원에서 상급병원으로부터 지원을 요청하는 원격자문의 경우, 현행 법률에서는 원격지의사의 과실을 인정할 만한 근거가 명백하지 않은 이상, 현지의사에게 책임이 있다고 분명히 규정하고 있다. 그런데 의사와 의사의 관계가 아니라 의사-환자의 관계에서는 현지에 의사가 없는 상태이므로 원격지의사에게 과중한 책임이 부여될 수 있는 여지가 있다.