일본의 환경영향평가제도는 전형적인 공해 만을 다루어 학술상의 중요성이나 희소성이 없는 주변생물은 외면받아 다양성이 확보되지 못하고, 공간적, 시간적으로 누적된 영향도 충분히 측정하지 못하였다. 또 전세계적 환경 문제에 대한 대처가 미비하여 여러 면에서 공해 대책의 한계를 지적받고 있다.
또한, 지금까지의 일본 환경영향평가제도는 전형적인 7가지 공해를 기본으로 하는 공해 대책의 체계를 근거로 하고 있다. 그렇기 때문에 예를 들어 화학 물질 오염과 같이 대기, 물, 토양의 환경 모체(미디어) 사이를 이동하는 것(크로스 미디어 오염물질)을 다루는 것이나 수질 오염 항목 이외의 수질 환경 변화와 생물의 관계를 다루는 것(특히, 수량이나 염분 농도의 변화에 따른 물에 사는 생물에 주는 영향) 등의 문제가 지적되고 있다. 그 외에도 ① 자연환경에 관한 항목은 ‘학술상의 중요성과 희소성이 중시되는 경향’이 너무 강해서 주변생물에 대한 관심이 적다. 또한 개별 종에 대한 영향뿐만 아니라 생태계 전체를 보는 시점이나 종의 다양성을 확보하는 시점에서 환경영향평가가 이루어지고 있지 않다. 게다가 ② 개발 프로젝트가 순차적으로 이루어지는 경우에 공간적, 시간적으로 환경에 미치는 영향이 누적된다고 생각할 수 있다. 이렇게 누적되어 미치는 영향에 대한 평가도 지금까지의 일본 환경영향평가제도에서는 불충분하게 다루어졌다. ③ 폐기물의 감량이나 온난화 방지를 위한 시책 등 지구적 규모로 환경에 주는 부담을 줄이는 것에 대한 대처가 어렵다고도 지적되었다.