사업대상 선정 과정은 다양한 기관들의 능력 평가로 진행된다. 우선 2배수의 지역을 선정하는 것으로 시작되는데, 이를 위해 지자체의 의지와 성공 사례 등이 필요하다. 선정된 지역에게 과제를 세부적으로 기획하게 만들며, 능력을 평가한다. 또한 선정된 사업자에게는 5년간의 사업비 지원을 통해 자유롭게 문제를 해결할 수 있도록 하는데, 지역주민이 필참하는 리빙랩 방법으로 진행되고 엄격한 평가와 확인이 시행된다. 
세부적으로 설명하면, 사업대상 선정은 지자체와 지역의 중간지원조직들의 기획능력과 성공 능력평가를 통해 선정한다. 이를 위해서는 실증 사업을 시작하기 전에 간단한 기획 제안서를 통해 2배수의 지역을 선정하는 방법을 고려할 수 있다. 이때, 2배수의 지역 선정을 위해서는 지자체의 결연한 의지, 지역의 중간지원조직들의 성공 사례 도출 유무, 관련 지자체 조직화 역량 등을 주요 기획 제안서의 평가지표로 고려해 볼 수 있다. 그리고 이들 2배수의 지역에 대해서는 소규모의 기획자금을 제하여 지역의 문제 또는 지역 발전을 위한 가장 중요한 과제를 세부적으로 기획하도록 한다. 이때, 지역의 중간지원조직이 독립적으로 기획을 하기 보다는 지역 문제를 해결하기 위해 중간지원조직들이 얼마나 주도적으로 활동하였고, 관련하여 지역내 대학 및 전문가 조직들을 얼마나 활용했고, 과학기술 연계능력의 확보 전략은 어떠한지 등을 평가항목으로 고려할 수 있다. 마지막으로 선정된 사업자에 대해서는 자신들의 문제를 해결할 수 있는 장기간의 안정적인 사업을 지원한다. 이를 위해서는 약 5년간 지역의 중간지원조직들이 혁신연계조직으로 성공할 수 있도록 사업비를 지원하여, 주도적으로 지역의 혁신 수요를 파악하고 이를 기반으로 외부 기술혁신 연계를 통해서 지역 문제를 해결하도록 지원한다. 이 과정에서 사업은 지역주 민이 반드시 참여하는 리빙랩(Living Lab) 방식으로 진행되어야 하며, 사업목적에 맞게 사업비를 사용하고 있는 지에 대해서는 엄격한 평가를 통해 확인해야 한다. 그리고 5년 중에서 3년이 지나면서는 중간평가를 한 번 받아서 문제가 없는 지 확인하는 절차도 필요할 것으로 보인다.