SNP의 종류나 위험도에 대한 계산방식 차이로 인해, 동일인임에도 업체마다 다른 분석을 내놓는 현상이 나타났고 특히 만성질환일수록 분석의 정확성은 떨어졌다. 과학적 지식 뿐만 아니라 업계의 분석 표준화가 필요하다.
분석적 정확성의 경우, 여러 업체에 의뢰한 동일인의 분석 결과가 일치하지 않는 문제가 여러 차례 지적되어 왔다. 이러한 현상은 유전적 소인의 영향이 크지 않은 만성질환일수록 심하게 나타났다. 이는 현재의 소비자 직접 판매 방식(Direct to Customer, DTC) 유전자 분석 서비스들이 모두 단일염기다형성(SNP) 분석에 기반해서 질병의 위험도를 예측하고 있는데, 회사마다 특정 질환의 발병 가능성과 관련 된 SNP의 종류와 수를 모두 다르게 선정해서 분석하고 있기 때문이다. 또한 표준적 질병 위험도에 대한 정의나 계산 방식도 다르다. 이러한 문제들은 질환과 유전적 변이와의 상관관계에 대한 과학적 지식이 더 축적될수록 줄어들 것으로 예상되지만, 어느 시점에 가서는 업계의 적극적인 표준화 노력도 필요해 보인다.