일본은 어촌공동체 내에서의 작은 갈등은 갈등관리 민간전문가에게 맡기고 있다. 그러나 어촌공동체들의 갈등이나 어촌공동체와 공공기관의 갈등은 정부가 해결에 나선다.
일본 어촌공동체 갈등관리 방안은 어촌공동체 내부에서 발생하는 대인관계에 의한 갈등 등과 같이 규모가 작은 갈등은 갈등관리 민간전문가에 의해 갈등을 해결하도록 하고 있다. 일본은 갈등관리에 있어서 전통적인 관습이나 문화, 존경받는 어업인의 조언 등을 통하여 합의점을 찾아 갈등을 해결하고 관리한다. 반면, 어촌공동체 간 또는 어촌공동체와 공공기관과의 갈등은 정부가 직접 개입하여 조정․타협 등을 통해 합의점을 찾아 해결해 나가고 있다. 일본의 이원화된 갈등관리는 어촌의 사회적·문화적 가치를 존중함으로써 어촌공동체 내 분쟁을 최소화하도록 유도하고 있다.