현재 국내 지하수 시스템은 구별이 잘 되지 않고 있어 지하수 보존구역을 선정하고 암반 지하수를 보전하는 정책을 시행해야 한다.
궁극적으로, 지하수는 관정의 용도로 관리되기 어렵다. 지하수 시스템은 대수층과 지하수 유역을 공유하며 상류에서 하류로 흐른다. 즉, 현행 제도를 따르면 공업용 지하수로 관리되는 지하수는 바로 인근에서 음용수로 관리될 수 있다. 따라서 관정의 용도에 따라 관리하는 것이 아니라, 지하수원(대수층)을 구분하고 이에 따른 수질기준 및 관리방안을 적용해야 한다. 하지만 국내 지하수계는 수리지질 및 대수층 별로 구분되지 않으며, 구분이 어려운 측면이 있다. 따라서 최소한 지역별로 지하수 보전구역 등을 선정하거나 샘물로 정의되는 많은 지역의 암반지하수를 보전하는 정책을 이용하는 것이 바람직하다.