고려해야 할 첫 이슈는 규제형태로서 중앙집권화 정도에 대한 것이다. 다수의 당사국들이 의사결정기구가 하향식으로 규제하는 형태를 선호했으나 분권형 및 하향식 규제가 필요하다는 의견도 있었다. 다음은 메커니즘 유형으로, 대부분의 의견이 baseline-and-credit 범주에서 논의를 계속해 왔는데 이때 크레딧 발급 단위 등이 논의되고 있다. NMM의 범위로 감축활동의 단위, 유형 등을 고려하는 것, 추진 일정 등도 주요 이슈다. 
고려되어야 할 주요 이슈로서, 첫 번째는 ‘규제형태’로서, 중앙집권화(또는 분권화)의 정도(예: 의사결정기구의 역할, 메커니즘 거버넌스에 주최국 참여)에 대한 사항이다. 동사항에 대해서, 당사국 및 의견그룹의 제출문 및 의견 가운데, 다수의 당사국들이, 주최국이 감축활동에 대한 지침을 마련하고 해당 활동들을 실행하는데 상당 부분 개입할 여지를 주면서도, 의사결정기구(governing body)가 중앙집중형으로 운영(centrally run) 및 하향식(top-down) 규제 형태를 선호하였다. 반면, 의사결정기구가 지침을 제공하여 당사국들의 역할을 확대하자는 분권형(decentralized) 및 하향식(bottom-up) 규제방식을 NMM의 기본 구조로 채택하는 것이 필요하다는 일부 의견도 존재했다. 두 번째 이슈는 메커니즘의 ‘유형’으로, 이에 대해서는 대부분의 제출문 및 의견들이 baseline-and-credit 방식의 범주 내에서 논의를 지속해 왔다. 이때, 크레딧을 발급하는 단위(메커니즘을 추진하는 단위)나 감축활동 유형은 다양하게 논의되고 있다. 일부는 trading 방식을 NMM에 포함시키자고 주장하기도 한다. 세 번째 이슈는 NMM의 범위로, 감축활동의 단위(예: 프로젝트, 프로그램, 부문), 감축활동의 유형(포함/비포함 여부, 예: REDD-plus 포함, 원자력 제외), 대상 지역(예: 메커니즘에 참여하는 국가), 그리고, crediting 방식 외 NMM에 배출권 거래 기능을 포함시킬 것인지 여부이다. 네 번째 주요 이슈로는 NMM 시행을 위한 적절한 추진일정으로, 과연 2020년 이전에 시행될 수 있는지 여부에 대한 사항이다.