사내벤처 운영체계는 기업이 공식적인 창구를 통해 직원의 아이디어를 수시로 접수하는 아이디어 발굴 및 심사단계, 아이디어의 제안자가 프로젝트를 함께 수행할 팀원을 구성하는 벤처팀 구성 및 운영단계, 사업화를 이끌어 낸 벤처팀과 벤처지원팀 간에 협상이 이루어지는 평가 및 종료단계로 구성된다. 성공 프로젝트는 계열회사, 비계열 독립회사 등의 출구전략이 있다. 
사내벤처의 운영체계는 크게 3단계로 구성된다. 우선 (1)아이디어 발굴 및 심사단계에서는 기업은 직원의 창의적인 아이디어를 수시로 접수할 수 있는 공식적인 창구를 마련하며 창구운영을 위한 공식팀을 지정한다. 아이디어는 수시로 접수되며, 공식팀은 간략심사를 통해 통과한 아이디어에 대해 간략사업계획서 제출을 요구한다. 공식팀은 예비심사를 위한 전문기관을 섭외하고, 간략사업계획서에 대한 심사를 진행한다. 간략사업계획서가 통과한 팀은 구체적인 실행사업계획서 발표기회를 얻게 된다. 대기업의 벤처지원팀은 전문가 및 경영진으로 구성된 벤처심의위원회를 소집하여 최종 지원팀을 선발하게 된다. (2)벤처팀 구성 및 운영단계에서는 아이디어 제안자가 함께 사업화 프로젝트를 수행할 팀원을 구성한다. 벤처지원팀은 모사의 소사장 운영지침 및 인센티브 계약 등을 프로젝트팀과 합의한다. 벤처팀은 사업화 연구에 필요한 초기예산 및 기타요구사항을 협의하고, 매년 경영평가를 받게 된다. 마지막 (3)평가 및 종료단계에서는 사업화에 성공한 벤처팀과 벤처지원팀간에 협상이 진행된다. 성공 프로젝트는 크게 3가지 출구전략이 있다. 모사가 인수하여 주력 투자사업으로 성장하는 방안과 분사하되 모사가 지분을 50% 이상을 유지하면서 계열회사로 편입되는 방안, 지분율 20% 미만을 유지하면서 비계열 독립회사로 성장하는 경로가 있다. 보통 사업평가 후 사내벤처가 모기업의 전략방향에 부합하면 사내로 흡수되고, 전략에 부합하지 않으면 지분율을 20% 밑으로 내리고 분사시키는 경향이 높다.