개별적인 예산 확보 및 지원으로 인한 단절적인 구조를 가진 사업단의 운영을 보완하기 위하여, 일괄적 배분이 아닌 품목 간 적절한 차별성을 두어 지원을 할 필요가 있다.
사업의 예산만 보더라도 참여 부처․청은 개별적으로 예산을 확보하고 있는 실정이며, 이에 따라 해당 부처․청 관련 품목 및 사업단에 대한 개별적 지원이 불가피한 것이다. 5개 사업단의 운영이 연계협력의 구조보다는 개별 부처나 청 단위로 사업이 추진되는 등 단절적인 구조이다. 또한 20개 품목별 평균 예산 지원 금액이 14.6억원으로, 품목당 유사한 규모로 지원되고 있다. 더하여 식량종자/종축사업단의 경우 소관 품목에 동일한 예산을 일괄적으로 배분하는 것으로 나타나 품종 별 특성 및 기존의 품종개발 진척도 등이 고려되지 않은 품목 간 지원의 차별성이 부족한 것으로 보인다.