융합연구의 경우엔 다른 연구과제와 달리 사회 정제적 파급효과가 나타나는 시간이 상대적으로 오래 걸리므로 이를 고려하여 평가시기가 설정되어야 한다.
연구과제는 종료 후 사회 다방면에 적용되면서 사회 경제적인 파급효과를 나타낸다. 하지만 융합연구의 경우 기존에 학술적 체계가 미흡하고 시장, 기술의 미성숙등의 한계 때문에 파급효과가 확산되는 시간이 상대적으로 오래 걸린다. 더불어 이종 분야 간의 결합으로 커뮤니케이션 및 지식 습득에 시간이 소요되기 때문에 이를 고려하여 평가시기가 설정되어야 한다. 설문 결과 응답자의 53%는 3-5년 후, 20%는 1-2년 후, 18%는 5-10년 후 파급효과를 측정하는 것이 적절하다고 응답하여 각 과제의 특성에 따라서 평가시기를 조율해야 할 것으로 보인다. 다만 종료직후의 파급 효과 평가(3%)는 시기상조로 보여지고, 3년 이상의 충분한 시간적 간격을 두고 평가가 이루어져야 함을 알 수 있다.