기술규제영향평가 절차는 먼저 특정 부처가 신규 규제 법력안을 입안하면서 규제영향분석서를 입법예고안을 국무조정실에 우송한다. 국무조정실은 기술규제조정과에 기술규제영향평가를 위탁하고 이것이 규제 대상으로 변별되면 합당한 대처 방안을 찾기 위해 전문가의 의견을 모은다.
2014년 현재 기술규제영향평가 절차를 살펴보면 다음과 같다. 먼저 특정 부처가 정책 목적 달성을 위해 새로운 규제 법령안을 입안하면서 이와 관련된 규제영향분석서를 작성하여 입법예고시 국무조정실에 입법예고안과 규제영향분석서를 함께 송부한다. 이후 국무조정실은 기표원 기술규제조정과로 기술규제영향평가를 의뢰한다. 기술규제조정과는 받은 규제영향분석서를 검토하여 해당 규제가 기술규제의 해당 여부에 포함되는지, 포함된다면 어떤 기술규제 유형인지, 그리고 숨은 기술 규제가 존재하는지를 판단한다. 그리고 기술규제영향평가의 대상으로 판단되면, 규제의 파급력과 그에 대한 다양한 입장을 파악하고, 나아가 합리적 대안을 모색하기 위해 전문가 그룹(표준전문가, 시험/검사/인증 전문가, 시험/인증기관)의 의견을 수렴한다. 여기서 전문가(자문단 등) 구성은 산학연 그룹으로 운영되며, 화학, 환경, 에너지, 기계, 전기, 정보통신, 의약, 의료기기 등의 분야별 그룹으로 이루어진다(국무조정실, 2013).