일본은 코로나19 발생 초기에 전혀 조치를 취하지 않고 WHO의 긴급사태 선언 후에야 헤베이성 관련 입국조치를 취하나 이미 우한 출신 관광들이 일본에 유입된 뒤였다. 
일본 정부는 코로나19 발생 초기 단계부터 적극적인 검사, 격리 등의 선제조치를 취하지 않고, 상황에 따라 방역 조치의 수위를 조절하는 접근법을 택하였다. 국내 첫 감염자 발생 당시 일본 정부는 강력한 입국 제한조치를 취하지 않았다. 중국으로부터의 입국 제한을 요구하는 목소리가 있었지만, 아베 총리는 1월 21일 관계각료회의에서 기존 방역태세의 철저한 시행을 지시했을 뿐이다. 세계보건기구(WHO)의 긴급사태선언 다음날인 1월 31일, 일본 정부는 허베이성(河北省)에 체재한 외국인과 허베이성에서 발행된 중국 여권 소지자의 입국 거부 조치를 결정하였다. 2월 13일 일본에서 첫 사망자가 나오자 일본 정부는 방역체계 강화에 나섰지만, 이미 우한 출신의 중국인 관광객이 도쿄, 오키나와 등 일본 각지를 방문한 뒤였다.