담당부서가 MSAC의 권고에 조언을 추가하여 보건복지부 장관에게 제출하면 장관은 공적지금지출에 관련된 결정을 내리고 정부는 의료기술과 치료의 가용성에 대해서도 고려한다.
MSAC은 보건복지부 산하이며 장관에게 직접 보고한다. 담당부서는 MSAC의 권고와 부서의 정책적 조언을 추가하여 보건복지부 장관에게 제출하게 된다. 보고형태로 의료기술평가서는 검토된 근거를 문서화한 상세보고서로서 장관에게 보고할 권고내용에 기초하며, 공개요약서는 결론 및 급여 권고내용을 요약한 1-3페이지의 간략한 문서 등이 있다(최윤정 등, 2014). 권고사항은 정책에 반영하게 하고 완벽한 정보에 입각하여 보건복지부 장관이 공적기금지출에 관련된 결정을 내린다. 이외에 정부는 의료기술이나 중재에 대한 공동체 견해, 영향을 받는 환자 그룹, 치료되는 질병의 심각성이나 영향, 효율적인 대안치료의 가용성에 대해서도 고려한다.