비교효과 연구 주제의 우선순위를 선정하는 중요한 원칙은 우선순위 선정 과정 및 결과 전달 방법의 투명성으로 초기 과정인 연구 주제들을 제안받을 때부터 평가와 의사결정과정이 투명해야 한다. 이유는 이해당사 자들 간에 논란이 생길 수 있기 때문이다.
네 번째 비교효과연구 주제 우선순위를 선정하는 대부분의 기관에서는 무엇보다 중요하게 제시하고 있는 원칙은 우선순위 선정과정 및 결과 전달방법의 투명성이었다. 이 투명성은 모든 이해관계자가 다양한 채널로서 주제를 제안할 수 있는 방식을 취하는 초기과정의투명성을 강조하고 있었고, 패널 검토 회의록을 공표하거나 주제 선정에 관한 정보를 게재하는 등의 결과의 투명성을 강조하는 기관도 있었다. 연구결과의 영향력을 크게 하기 위해서 핵심적인 이해당사자들을 적절히 포함시키고, 의사결정자들이 평가보고서를 사용하도록사전약속이 되고, 평가가 그들의 필요를 만족시키며, 평가와 의사결정과정에 있어 투명성이보장되는 등의 제반 조건이 필요한데, 우선순위를 정할 대상으로 연구주제들을 제안 받는 과정에서부터 투명하게 공개적으로 받을 필요가 있다. 투명성 부족은 이해당사자들 간의 긴장을 촉발시키며 평가결과에 대한 이의신청으로 귀결될 수 있기 때문이다.