수생태계에 있어서 pH농도의 갑작스러운 변화는 물고기들의 폐사를 일으킨다. 또한 pH농도가 적정하지 않을 때는 물고기의 호흡과 삼투압 조절에 악영향, 생물학적 여과기능 장애와 암모니아 독성유발, 산란을 방해, 오염에 의한 수질변화를 일으키는 등 매우 중요한 영향을 미친다.
하천이나 호소의 수질 상태를 파악함에 있어 산성, 알칼리성 물질의 유입에 의한 오염을 나타내는 지표이다. pH 변화에 의해 수생태계에 영향을 미치는데, 첫째로 pH의 갑작스런 변화는 물고기에게 많은 스트레스를 주어 죽게 할 수 있다. 예를 들어 pH 5와 pH 6인 수질을 비교하면 pH는 1 단위 차이이지만, pH 5인 용액이 pH 6인 용액보다 10배로 강한 산성을 나타낸다. 그러므로 pH에 작은 변화가 생겨도 환경에는 커다란 영향을 끼친다. 둘째로 지나치게 낮거나 높은 pH는 물고기에 심각한 영향을 끼친다. pH값이 높거나 낮을 경우 물고기의 호흡과 삼투압 조절을 방해하며 pH 6 이하일 때는 생물학적 여과기능이 억제되며 pH값이 높아질수록 암모니아 독성이 증가된다. 셋째로 pH는 물고기가 산란을 하거나 환경이 다른 곳에서 자라온 물고기를 기를 때 중요하다. 넷째로 pH 값은 오염에 의한 수질변화를 빠르게 발견할 수 있는 하나의 수단이 된다. 예를 들면, 조류에 의해 발생되는 탄산가스로 인해 pH값이 높아지므로 조류의 번식을 판단할 수 있다.