종자산업법은 국민기초생활보장법에 따라 조건에 해당한다면 수수료를 면제 받을 수 있다. 조건에 해당되는 자는 서류를 준비해야하며 대리인을 통한다면 추가 서류를 제출하면 된다.
『종자산업법』제52조에 따라 국가, 지방자치단체,「국민기초생활 보장법」제12조의 3에 따른 의료급여 수급권자 및 농림축산식품부령에서 정하는 자에 대하여는 법 제51조에도 불구하고 상기 수수료를 면제한다. 수수료를 면제받으려는 자는 “가) 수수료 면제신청서”, “나) 신청인 제출 서류” [농림축산식품부령으로 정하는 자 중에 ②호∼⑥호 중 어느 하나에 해당함을 증명하는 서류, 대리권을 증명하는 서류(대리인을 통하여 제출하는 경우만 해당)] “다) 담당공무원 확인 사항”을 위해 “라) 행정정보 공동이용 동의서(「전자정부법」제36조제1항에 따라 행정정보 공동이용 동의서를 미제출하는 경우 ①호와 ⑦호 및 의료급여 수급권자에 해당함을 증명하는 서류를 신청인이 직접 제출해야 함.)를 신청 기관에 제출해야 한다.