용매 등으로 녹이는 추출 과정의 원칙은 대상성분을 추출하되 간섭 물질은 최소화한다. 대상 검체의 종류와 분석성분에 따라 사용되는 방법은 기계적 진탕법, Soxhlet 추출법 등이 있다.
추출은 검체 중의 분석 대상 성분을 다운스트림의 분석 방법에 용이하게 적용시키기 위해 용매 등으로 녹여내는 과정이다. 따라서, 추출 과정의 원칙은 대상성분을 효율적로 추출하되 분석에 간섭하는 물질은 최소화하는 것이다. 분석용 검체로부터 잔류동물용의약품을 추출하기 위해서는 대상 검체의 종류 및 분석성분에 따라 다양한 방법이 사용된다. 일반적으로 잔류동물용의약품의 추출에 사용되는 방법은 기계적 진탕법 (shaking, blending, homogenization 등), Soxhlet 추출법, 초음파 추출법(ultrasonication), 가속 용매 추출법 (accelerated solvent extraction, ASE), column추출법, 초임계유체 추출법 (supercritical fluid extraction), 고상추출법 (solid-phase extraction, SPE) 등이 있다.