융합연구 평가체제의 개선 시 연구평가단을 개설하고, 역평가를 실시하거나 동료평가 과정에서 연구자가 선호/비선호 평가위원단을 제안하게 하여 전문성을 높여야 한다. 네트워크 개방성을 위해 최종 수요자를 평가에 참여시키는 것도 필요하다.
앞으로 융합연구 평가체계는 기존 평가체계를 개선하여 차별화되게 운영해야 한다. 평가자 측면에서는 전문적이고 다면적인 평가자를 구성하여 객관적인 평가가 이루어져야 한다. Research Council 구성 및 융합분과 및 연구평가단 개설하여 평가자를 일정 수 이상 확보하고 역평가제 도입이 필요하다. 전문성을 강조하기 위해 Peer review제도를 도입하고 Peer review 과정에서 연구자들이 선호/비 선호 평가위원단을 제안할 수 있도록 시스템 구축이 이루어져야 한다. 더불어 융합연구의 네트워크 개방성을 고려하여 최종 수요자 및 이해관계자를 평가에 참여하는 방안을 고려해야 한다. 평가지표의 측면에서는 과제 제안시 달성하고자 하는 성과지표를 선정할 수 있도록 절차를 도입이 요구된다. 또한 연구성과의 불확실성을 감안하여 연구목표 달성도, 개념정리, 교육 효과 등의 새로운 지표를 제안 및 적용하여야 한다.