갯벌 생태 조사는 품종별 서식밀도, 개체특성, 현존량 등을 관찰하며 해양생태계 종합조사에서 조사하지 않는 항목을 조사한다. 이 조사체계와 함께 갯벌의 오염도, 환경수용력 평가 시스템과 종합적인 갯벌정보시스템을 구축한다.
갯벌에서 생산되는 자원에 대한 조사는 품종별로 서식밀도(치패, 중·성패 등), 개체특성(각장, 각고, 각폭, 전중량, 비만도, 폐사율 등), 현존량 등을 모니터링한다. 해양환경관리공단에서 국가 해양생태계 종합조사를 연 1회 실시하여 우리나라 갯벌의 퇴적환경(퇴적물 입도, 유기물, 미량금속) 및 저서생태(종수, 밀도, 생체량, 우점종, 건강도) 에 대해서 조사하고 있다. 해양생태계 종합조사에서 수행하고 있는 항목과 중복되지 않는 항목에 대해서 조사를 실시한다. 갯벌 생태 조사체계가 구축된 이후에는 갯벌의 오염도 및 환경수용력을 종합하여 평가할 수 있는 시스템을 마련한다. 또한 장기적으로 현재의 갯벌어장정보시스템의 어장관측정보, GIS정보와 통합하여 종합적인 갯벌정보시스템을 구축하여 실태조사 및 모니터링시스템의 결과를 부분적으로 정보를 제공한다.