2013-2016년까지의 자율평가대상으로 지정받은 조세지출 항목에 대해 자율평가점수를 매겨본 결과, 한국조세재정연구원보다 각 소관부처가 더 높은 점수를 가했다.
이러한 사례 등을 종합할 경우 [표 5]와 같이 각 소관부처는 2013년부터 2016년까지의 기간 동안 자율평가 대상으로 지정받은 조세지출 항목에 대하여 자율평가점수를 최저 40점, 최고 100점으로 평가하여 연평균 점수 기준으로 볼 때 85.3점에서 92.4점(4년 평균 87.4점)으로 평가한 반면, 한국조세재정연구원은 이를 확인, 점검하면서 개별 조세지출 항목별로는 최저 0점, 최고 87점, 연평균 점수 기준으로는 39.6점에서 47.3점(4년 평균 41.6점)으로 평가함에 따라 각 소관부처의 자율평가점수(87.4점)보다 45.8점이 낮은 41.6점으로 낮게 평가하였다.