종양의 임상적 NGS 분석을 위해 가장 먼저 샘플을 평가해야 한다. 하지만 고형암 검체는 괴사하지 않은 종양을 확인하기 위해 사전에 병리학 전문가의 현미경 검토가 진행되어야 한다. 각 종양의 추정치는 실험적 요인이나 관찰자에 따라 변동되는 경우가 많으므로 주의해야 한다.
종양의 임상적 NGS 분석을 위한 첫 번째 단계는 샘플을 평가하는 것으로, 혈액검체의 경우 암세포 비율은 별도의 분석으로 추론할 수 있다. 예를 들어, 말초 혈액샘플의 백혈구 수, 골수의 flow cytometry 정보 등은 핵산 추출에 사용되는 종양 세포의 fraction 확립을 위한 정보를 제공한다. 그러나 고형암 검체의 경우, NGS 테스트 전병리학 전문가의 현미경 검토가 필요하며, 이는 예상되는 종양 유형과 분석에 사용하기 위한 충분한 괴사하지 않은 종양의 존재를 확인하는 방법이다. CNA 및 mutant allelefrequency의 해석을 위한 종양 세포 비율의 추정은 중요한 정보로 사용되나, 헤마톡실린-에오신 염색을 통한 종양 % 추정은 실험적으로 많은 요인에 의해 영향을 받을 수 있으며, 관찰자에 따라 분석 변동률이 높다. 염증반응과 세포 괴사(necrosis)가 더 많이 일어날 경우, 시퀀싱 결과에 영향을 미치므로 추정치에 대한 보수적인 입장을 가져야 한다. 이러한 경우, 변이 유전형 비율을(mutant allele fraction) 통해 보다 정확한 종양의 순도 추정치를 얻을 수 있다.