국가 단위의 지원이 없음에도 지자체 중간지원조직들이 부족함과 어려움 속에서 지역문제 해결을 위해 힘쓰고 있다. 그 방법은 외부자금, 사업 혁신연계와 같은 것들이 있으나 결과적으로 현실적 문제에 부딪히고 있다.
국가 및 광역 단위에서의 중간지원조직들의 기술혁신 연계 및 지원에 대한 구체적인 지원이 없는 상황에서 지자체의 중간지원조직들은 자체 기술혁신 연계 능력의 부족 어려움 속에서 개별적으로 지역문제 해결을 위해 노력하고 있었다. 유형별로 보면, 외부 주도형 혁신연계 중간지원조직은 내적으로 기술혁신 활동이 없는 상황에서 외부 자금이나 사업에 의해 혁신연계를 시도하고 있었다. 이러한 접근들은 정부사업의 제한적 기간에 따라서 중간지원조직의 자립 어려움이 존재하였다. 여기에 사업의 짧은 시간으로 사전 기획 시간이 부족하며, 이로 인해 자체 맞춤형 프로그램개발 및 불명확한 목표에 따른 효과적 혁신연계 등의 어려움이 있는 것으로 나타났다. 결과적으로 기획능력, 지역주민의 조직화 등 내적 역량 강화의 어려움으로 연결되고 있었다.