마을공동사업은 참여자들의 의견을 취합하는 과정이 미흡하고 조율하는 기술이 부족해 갈등이 반드시 나타나며, 이는 어촌공동체 마을공동사업에서도 마찬가지이다. 
개인이나 집단에서 사업의 목표와 인식에 대한 문제가 중요한 갈등요인임은 많은 연구에서 언급되었다. 마을공동사업의 이해와 갈등관리 저자 김용근 교수에 따르면, 많은 사람이 참여하는 마을공동사업의 경우에는 참여자들 각각의 사업목표나 운영방식이 다르고, 서로 다른 의견을 공동의 의견으로 취합하는 과정이 미흡하거나, 또는 서로 다른 의견을 조율하는 기술이 부족하기 때문에 필연적으로 나타난다고 기술하고 있다. 어촌공동체 마을공동사업에서도 사업목표에 있어 생각의 차이, 사업추진과 운영·관리에서 인식의 차이가 갈등을 발생시키는 원인이 될 수 있다.