국가지하수관측망을 이루는 401개의 암반지하수 관측공 중 46개소에서 9월12일 지진의 영향 때문인 것으로 여겨지는 지하수위의 변동이 관측되었는데 국내 지진으로 인한 지하수위 변화는 과거에도 보고된 바 있었다.
2016년 9월 12일 이후, 우리나라의 국가지하수관측망을 구성하는 총 401개소의 암반지하수 관측공 중 46개소(11.5%)에서 9.12 지진의 영향으로 추론되는 지하수위의 변동이 관측되었다. 이중 6개소에서는 지진 발생 이전부터 지진 전조현상으로 해석될 수 있는 지하수위의 비정상적인변동이 관측되었으며, 지진과 동시에 급변하는 양상을 보이는 관측소가 4개소이며 나머지는 지하수의 유동체계 자체가 변했음을 보였다1). 총 158개 관측소에서는 지진 이전과 이후에 지하수위의 변동이 없었으며, 나머지 197개소에서는 지하수위의 변동이 있었지만, 당시에 관측소 지역에 비가 와서 그 영향을 구분할 수 없었다. 또한 영천 지역에서는 지하수질의 변화가 인터넷 상으로 보고되기도 하였다. 국내 지진에 의한 지하수위 변화는, 경주 지진 외에도 2007년 1월의 오대산 지진(M4.9)과 2012년 5월 영덕 지진(M3.1)에 의한 영향으로도 보고된 바 있다.