학문의 자유 중 기관 차원의 자율은 주로 대학 운영에 있어 논의되었는데, 국가 연구개발 투자의 최대 비중을 차지하는 출연연은 연구에 더 집중된 기관으로서 연구 자율과 책임 차원에서 중요하게 다루어져야 한다. 
역사적으로 학문의 자유가 주로 대학의 학자의 자유로부터 출발해왔기 때문에 학문의 자유 중 ‘기관 차원의 자율(institutional autonomy)’도 주로 대학 운영에서의 자율을 다루어 왔다. 주요국에서 정부가 연구 기관을 설립하여 운영해 온 것은 대부분 20세기 이후의 일이고 우리나라의 경우 첫 번째 정부 출연 연구 기관(출연연)인 한국과학기술연구원은 1966년에야 설립되었다. 그러나 현재 우리 출연연은 국가 연구 개발 사업 연구비 중 42.6%로 가장 많은 투자가 이루어지고 있는 주체이다. 또한 학문의 자유는 연구의 자유와 교육의 자유를 함께 포함하는데 출연연은 교육보다는 연구에 훨씬 더 집중된 기관이므로 이 연구의 초점인 연구의 자율과 책임 측면에서도 중요하게 다루어져야 할 주체라 할 수 있다.