질적 연구성과관리는 목표를 기본으로 질을 판단하도록 절차와 과정이 요구된다. 이때 서로 다른 질을 목표로 하면 비교방식에 대한 문제가 생기므로 이에 논의가 요구된다.
질적인 연구성과관리를 위해서는 어떤 것이 연구의 성과인지, 무엇이 연구의 질을 결정하는지, 어떻게 측정할 것인지에 대한 합의와 논의가 필요하다. 어떤 사업은 인프라구축에 초점을 맞춘 반면, 어떤 사업은 기초연구에서의 성과를 목표로 할 수 있다. 각 사업의 중점 목표를 바탕으로 그 사업의 질을 결정할 수 있도록 하는 절차와 과정이 필요할 것이다. 이때 서로 다른 질을 목표로 할 경우, 이들을 어떻게 비교할 수 있는지에 대한 문제가 제기되므로 이에 대한 논의가 필요하다. 이 경우 분야별 전문가들의 토론과 합의를 통해 조직별, 사업별 평가지표 설정 가능하다.