톱밥발효시설은 퇴비단에 송풍시설과 침출수 배수시설을 마련해야 한다. 통풍식의 경우 퇴미더미가 진압되지 않도록 하고 발효조 송풍 관리에 유의해야 하며, 교반식의 경우 매일 발효조 교반작업을 실시해야 한다. 
통풍식 톱밥발효시설은 1차 발효조 바닥에 150L/min/㎥의 공기를 공급할 수 있는 송풍시설과 침출수 배수시설을 갖추어야 하며, 퇴비화 과정 중 작업자와 장비 등에 의해 퇴비더미가 진압되지 않도록 주의해야 한다. 또한 1차 발효가 완료된 퇴비를 퇴적장으로 운반한 후, 빈 발효조는 2일 정도 송풍을 하여 발효조 바닥의 원료 찌꺼기 및 수분을 제거하고 송풍시설의 막힘이 일어나지 않도록 관리해야 한다. 교반식 톱밥발효시설을 운영하기 위해서는 통풍식 톱밥발효시설과 마찬가지로 수분이 조절된 퇴비단에 150L/min/㎥의 공기를 공급할 수 있는 송풍시설과 침출수 배수시설을 갖추어야 한다. 발효조의 내용물을 혼합할 수 있는 시설 및 장비를 갖추어 1일 1~2회 교반작업을 실시해야 하고, 교반시설 장비의 주기적인 점검 및 보수작업이 이루어져야 한다.