 (구)｢과학기술혁신을위한특별법｣이 제정 된 후 한국의 과학기술 중기종합계획은 독자적인 계획으로 자리했으며, 모든 부처에 걸쳐 게획이 만들어지게 되었다. 
1997년 (구)｢과학기술진흥법｣과 별도로 (구)｢과학기술혁신을위한특별법｣이 제정되었다. (구)｢과학기술혁신을위한특별법｣ 제1조에서는 이 법의 목적은 ‘과학기술혁신을 위하여 특별한 지원시책을 추진함으로써 국가경제의 발전과 국민의 삶의 질 향상에 이바지’하는 것이라고 정하고 있다. 이 법 제3조에서는 이러한 목적을 달성하기 위해 과학기술처장관은 과학기술혁신5개년계획을 관계부처장과 협의하고 과학기술장관회의의 심의를 거쳐 수립하도록 정했다. 즉, 이때부터 우리나라의 과학기술 중기종합계획은 경제사회발전계획의 부속계획이 아니라 독립적인 계획으로서의 위상을 확보했으며, 과학기술처 단독이 아닌 범부처 차원에서 수립되게 되었다(과학기술부, 2008).