R&D 지원은 수산식품개발 R&D를 활용한 한국의 고유 펫푸드 개발과 대학, 연구기관, 기업의 합동 참여가 권장되는 미개발(미이용) 수산물 원료 기반 펫푸드 개발로 구분할 수 있다. 
둘째, R&D 지원은 크게 한국 고유의 펫푸드 개발과 미개발ㆍ미이용 수산물원료 기반 펫푸드 개발로 구분된다. 전자는 우선적으로 수산식품개발 R&D를 활용하여 2018년에 수산물을 원료로 하는 한국 고유의 펫푸드 R&D 개발의 수요를 확인한다. 이후 선정과정을 거쳐서 2020년부터는 펫푸드 개발과 동시에 R&D 수요를 지속적으로 반복한다. 미개발ㆍ미이용 수산물 원료 기반 펫푸드개발은 하기(下記)의 미개발ㆍ미이용 수산자원의 원료확보 체계와 연계하여 확보된 원료의 펫푸드화를 위한 기초 R&D에서 시장화 R&D까지 대학, 연구기관, 기업의 합동 참여 속에서 진행하는 것을 권장한다. 그 과정에서 펫푸드 원료로 이용 가능한 미개발ㆍ미용 수산물 발굴을 지속적으로 추진한다.