특정 질환에 대한 사회적 낙인과 차별으로 의료차별이 다수 발생된다. 또한 의료기관의 무관심과 경제적 유인 동기의 부족으로 의료차별이 발생되기도 한다.
의료차별이 발생하는 주요 원인으로 6가지 항목을 설정하고, 각 질환별로 6가지 항목이 의료차별에 미치는 영향을 5점 스케일을 이용하여 살펴보았다. HIV 감염 및 에이즈는 물론이고 조현병, B형 간염 및 간경화, 다운 증후군에서도 사회적 낙인과 차별이 의료차별 발생의 가장 큰 원인으로 지목되었다. 이에 비해서 신종 인플루엔자는 의료기관의 무관심이 가장 큰 원인으로 지목되었고, 대조군으로 설정하였던 고혈압은 경제적 유인 동기의 부족이 의료차별 발생의 가장 큰 원인으로 지목되었다. 즉, 사회적 낙인과 차별이 주된 원인이 되어 특정 질환에 대한 의료차별이 발생하는 것을 확인 가능하였다.