PBS제도가 본래의 취지에 맞도록 개편해야한다. 지식환경 조성시 안정적인 인건비를 확보가 필요하다. 인건비 수준을 높여서 연구활동의 목적이 인건비 확보가 아닌 문제해결이되어야 한다. 사업수주를 통해 인건비를 확보하여 적극적인 연구개발과 고객의 니즈파악에 활용되어야 한다.
이를 위해서 지식환경 조성 시 고려해야 할 핵심요소들이 있다. 첫째, 적정 수준의 안정성 확보이다. 특히 안정적 인건비의 충분한 확보가 이루어져야 한다. 정부가 지속적으로 안정적 인건비 수준을 높이고 있지만 평균 비중이 53% 수준에 머물고 있다(국가과학기술연구회, 2014a). 평균 80% 수준 이상으로 획기적으로 안정적 인건비 수준을 높여서 인건비 확보를 위한 연구활동이 아니라 문제해결을 위한 연구활동이 이루어지도록 해야 한다. 이를 위해서는 PBS제도의 획기적인 개선이 필요하다. 안정적 인건비 문제는 안정적이고 창의적인 연구활동 수행을 확보되어야 할 가장 기본적인 조건이다. 안정적 인건비가 충분히 확보되지 않는다면 인건비 확보를 중심으로 하는 운영체제에서 결코 벗어날 수 없다. 따라서 이를 획기적으로 개선하기 위해서는 현재의 PBS제도의 전면적 개편이 필요하다. PBS제도의 본래 취지가 부족한 인건비를 사업수주를 통해 확보하도록 해 적극적으로 연구개발시장에 참여하도록 하고 고객의 니드를 파악해서 수요지향적인 연구를 하도록 하는 것이다(이민형 외, 2012). 그러나 이러한 장점의 긍정적 효과보다는 부족한 인건비 확보를 위한 경쟁체제의 부작용이 심각하게 부상되고 있는 상황이다(이민형 외, 2012).