JST 산하에는 연구개발전략센터가 있으며 과학기술혁신 정책 조사, 정부 R&D 투자와 시스템 개발 방향 설계를 제안한다. 조직은 국가 중점 연구 분야와 구성이 대개 일치한다.
JST 산하에는 ’03년도에 연구조사기관으로 연구개발전략센터(CRDS)를 설치하여 운영하고 있으며 과학기술혁신(STI)정책 관련 조사 및 분석업무를 수행한다. 연구 개발전략센터는 부문별로 중요한 연구주제들을 발굴하며, 사회적 수요를 고려하고, 국외 R&D 현황을 참고하여 정부가 R&D 투자와 시스템 개발 방향을 설계하는 데 전략적인 제안을 하는 역할을 수행하고 있다. 조직은 관리부서 외에 환경･에너지, 시스템 정보 과학기술, 나노기술･재료, 생명과학 및 임상연구, 과학기술혁신정책, 국외 연구 부문으로 구성되어 있어 국가 중점 연구분야와 대체로 조직구성이 일치함을 볼 수 있다.