지역아동센터중앙지원단은 민간기구로서 전국의 시도지원단과 함께 지역아동센터를 운영한다. 대부분의 지역아동센터는 개인 운영이 절반 이상이고 아동을 보호하기에 부적절한 장소에서 서비스가 제공되고, 지하나 5층 이상의 불안전한 장소에도 설치되어 있는 실정이다.
지역아동센터의 공공전달체계로서 ‘보건복지부-시․도-시․군․구’가 작동하고, 보건복지부의 위탁기관인 지역아동센터중앙지원단은 민간기구로서 시도의 위탁기관인 16개 시도지원단과 함께 전국의 지역아동센터의 운영지원을 담당하고 있다. 중앙 및 시도지원단은 사업운영 총괄, 지역아동센터 지원 사업 운영 및 관리, 지역아동센터 현황 데이터베이스 및 종사자 교육시스템 구축 운영을 지원하는 전문기관이다. 대부분의 지역아동센터는 민간 운영되고 있으며 공공의 행정체계와 민간의 서비스집행체계로 혼합되어있는 실정이다. 시설의 운영 주체 중 개인 운영이 절반 이상의 비중(61.6%)을 차지하고 있고, 아동을 보호하기에 부적절한 공간에서 돌봄이 제공되고 있는 실정이다. 2013년 6월 기준 실태조사 보고서에 따르면, 아동 안전을 위해 지하나 5층 이상에 시설설치를 제한하고 있는데 전체 센터의 0.7%인 27개소가 지하에 있으며, 5층 이상에는 0.9%인 33개소가 설치되어 있는 실정이다.