다른 사업과 연계 업무를 많이 했던 기관 중 방과후돌봄서비스 중복 가능성이 높은 3개 사업을 총괄 조정하고 관리할 전담 실행기관으로 지정하여 민간 협의회에서 수립된 비전과 목표를 달성하기 위한 전달체계의 실행을 할 수 있게 한다. 민간위탁 방식이지만 지방자치단체 등과 거버넌스 성격을 지향하고 전담공무원 1명, 코디네이터 1명을 두되 아동규모에 따라 코디네이터를 추가 배치할 수 있다.
방과후돌봄서비스 중에서 중복의 가능성이 높은 3개 사업(초등돌봄, 지역아동센터, 방과후 아카데미)의 이용자 중복, 서비스의 질(제공인력, 프로그램 내용 등) 등을 총괄하여 조정하고 관리할 전담 실행기관이 필요하다. ‘방과후돌봄서비스지원센터(가칭)’는 민관 협의회에서 수립된 비전과 목표를 달성하기 위한 전달체계의 실행 역할을 담당한다. 결국 이러한 전달체계를 실제 구축하고 작동시키는 체계는 교육지원청과 지자체가 함께 만든 의사결정구조로서 ‘방과후돌봄 협의회’와 실행기관으로서 ‘방과후돌봄서비스지원센터’가 되는 것이다. 방과후돌봄서비스를 조정할 수 있는 실행 주관기관으로 기존의 다른 사업과의 연계 업무를 많이 담당해왔던 기관을 선정하여 진행하는 것이 효율성과 경제성의 측면에서 좋을 것이라 판단된다. 방과후돌봄서비스지원센터(이하 지원센터)는 지역 여건에 따라 드림스타트센터(복지부)나 방과후학교지원센터(교육부)의 방과후돌봄서비스팀으로 존재하거나 독자적인 센터를 구축할 수 있다. 또한 지원센터는 기본적으로 민간위탁 운영방식을 채택하되, 지방자치단체 및 지역교육지원청이 적극적으로 협력하는 거버넌스 성격을 지향한다. 지원센터 내에 사무국을 설치하고 사무국에는 지방자치단체와 교육지원청, 그리고 사업유관 지역기관과의 연계와 협력 등 사업구성에 따른 방과후돌봄서비스 전담공무원 1명, 방과후 돌봄서비스 코디네이터 1명을 기본적으로 임용하고, 시군구 아동규모에 따라 코디네이터를 추가 배치할 수 있다.