모든 권한을 주최국에게 전담하도록 하여, 거버넌스 체계 및 규정에 있어서 CDM과 JCM에 비해 각 국의 자유도가 높다.
배출권거래제의 적용을 받는 할당대상 부문 및 업종은 매 계획기간별 할당계획 수립시 국가 온실가스 배출에 대한 기여도, 배출량 측정가능성 및 제도 집행가능성을 고려하여 선정된다. 할당대상 부문 및 업종 내 할당대상업체는 ‘최근 3년간 온실가스 배출량이 연평균 125,000톤CO2eq 이상인 업체 또는 25,000톤CO2eq 이상인 사업장’을 대상으로 지정하며 배출량 기준에 관계없이 자발적 참여를 신청하는 업체를 포함할 수 있다. 2015년부터 시행된 배출권거래제 제1차 계획기간의 할당대상에는 5대 부문 23개 업종이 선정되었으며, 각 부문 및 업종에 해당하는 약 500여 개 이상의 경제주체가 할당대상업체로 지정되어 배출권거래제에 참여하고 있다.