정부가 지역별로 창조경제혁신센터 등을 만들었으나 이 조직들의 운영 자율성에 한계가 있고 정책 지속성은 불확실한 상태에 있어 과학기술 거버넌스 논란이 생겨났다.
당장 눈앞의 과학기술 거버넌스 논란은 4년 전 만들어진 미래창조과학부가 기대하던 역할을 수행하지 못했다는 데에서 기인한다. 창조와 경제는 사전적 의미로서는 나쁠 것이 없다. 그러나 그것이 실제 정책화되는 과정이 불분명하고 실천 수단이 핀트를 벗어났다는 것이 문제이다. 창조적 아이디어를 가시화시켜서 부가가치를 창출하겠다는 것인데 그 방식은 과거의 정부 주도 패턴에서 크게 벗어나지 못하였다. 정부가 앞장서서 지역별로 대기업의 후원 하에 창조경제혁신센터 등을 만들었지만, 이 조직들의 운영 독자성이나 자율성에 한계가 있을 수밖에 없고 지속성은 더욱 불확실한 상태에 있는 것이다.