투입요소로서 고려되는 변수들은 시간적 정합성을 충분히 반영치 못한다는 한계였지만 자료부족 등으로 생긴 것이라 볼 수 있다. 특히 고민였던 것 중 하나는 고가의료장비의 한계점이다.
투입요소로서 고려되는 변수들은 비록 의료자원의 범주가 매우 다양한 현실과 의료기술 발전 등의 시간적 정합성을 충분히 반영하지는 못한다는 한계점이 존재하고 있기는 하지만, 이는 구득할 수 있는 자료가 부족한 것과 기술적 효율성 분석을 하는 것이 타당한 지 판단하는 모형의 적합 측면을 동시에 고려하였기 때문에 빚어진 것으로 해석할 수 있다. 특히 본 연구를 수행하면서 지속 고민하였던 부분 중 하나는 의료자원 중 기술진보를 대리할 수 있는 변수로서의 고가의료장비는 시도별 집계자료를 2012년부터 구득할 수 있어 시계열 길이가 다른 변수에 비해 짧다는 한계점이 있다는 점이 었으며,이에 고가의료장비 변수는 모형 투입에서 제외되었다.