연구재단이 지정한 전담평가위원은 제공된 자료로 사전검토하고 연구계획서 검토후 과제별 토론을 하는 토론평가를 실시해 상호협의하에 점수를 부여하는데, 이후 추가평가를 하는 경우 1차의 결과는 2차 대상과제를 선정하는 용도로만 활용한다.
패널평가에 앞서 사전검토를 실시하게 되는데, 연구재단은 평가전 각 과제별로 2인 내외의 전담평가위원을 지정하여 전담과제에 대해 사전에 검토할 수 있도록 각종 평가자료 등 제공하고, 전담평가위원은 제공된 자료 및 연구계획서에 대하여 사전검토를 실시하며 토론평가는 연구계획서 검토 후 과제별 토론을 실시하고, 평가위원은 패널 내의 모든 평가대상과제에 대해 점수를 부여한다. 과제별 전담평가위원이 상호 협의하여 패널의 의견을 종합적으로 반영한 과제별 1건의 평가의견서를 작성하며 평가점수는 평가위원 전원의 평가점수를 산술평균한 점수로 하되, 평가점수 중 최고값 및 최저값을 제외한 평균점수로 하며, 평균점수는 소수 셋째자리에서 반올림한다. 토론평가 이후 추가적인 평가를 시행하는 경우 토론평가(1차)의 결과는 발표평가(2차) 대상과제를 선정하는 용도로만 활용하며, 최종결과에는 반영하지 않는다.