일본의 실시료 산정방시의 활용은 특허의 가치가 천차만별로 일반적인 평준화는 권리자의 보호에 미흡한 점이 지적된다. 일본 재판실무에서 실시료율을 침해된 특허발명이 과거에 실시허락이 있느냐, 같은 분야제품의 시장에서 실시료율 등이 배상액을 결정한다는 판결이 증가하고 있다. 일본은 1998년 특허법 개정으로 종래 통상 받을 수 있는 금액에 상당하는 액이라는 실시료율 규정에서 통상이라는 단어를 삭제, 권리자와 침해자의 사정이 더 고려될 수 있게 되었다.
⑫ 특정한 사업분야 또는 비교할 수 있는 사업분야에서 당해 발명 또는 유사한 발명의 사용에 의해 통상 생길 수 있는 이익의 부분 
⑬ 비특허요소, 제조공정, 사업위험, 또는 침해자에 의해 부가된 중요한 특징 또는 개선과 구별되는 것으로서 당해 발생에 의거해야 할 실현이익의 부분 
⑭ 자격 있는 전문가의 증언 
⑮ 실시허락권자(특허권자)와 실시권자(침해자)가 이성적이고 임의적으로 합의하였더라면 합의되었을 실시료율
(3) 일본의 경우 판매액의 3~5%를 인정하는 것이 주류를 이루며, 발명의 가치에 따라서 판매가액의 4%, 3%, 2%를 기준으로 하여 국유특허 실시계약서에 기재된 실시료 산정방식을 활용한다고 한다. 그러나 특허의 가치는 천차만별이어서 일반적인 평준화는 권리자의 보호에 미흡하다는 점을 지적하기도 한다. 일본의 경우 재판실무에서 가장 중요시 되는 것으로 다음의 3가지를 들 수 있다고 한다.
① 침해된 특허발명에 관하여 과거에 실시허락 예가 있다면, 그 실시료율 
② 동분야의 제품의 일반적인 시장에서의 실시료율 
③ 최근에는 발명의 내용 등 변론의 전취지가 참작되며 상당히 자유로이 배상액을 결정하는 판결이 증가되고 있다(고율의 실시료가 인정된 경우가 적지 않다).
그 외에 일본의 재판실무례를 ㉠ 권리자의 실시상황 및 라이센스 정책, 시장개발노력, ㉡ 특허권의 기술내용의 정도, ㉢ 당해 특허권에 관한 허락례, ㉣ 침해자가 발명의 실시로 얻은 이익, ㉤ 피고의 행위 태양, ㉥ 동종 발명에 관한 실시허락례와 같이 6가지로 나누기도 한다. 일본의 경우 종래에는 우리와 마찬가지로 '통상 받을 수 있는 금액에 상당하는 액'이라고 규정되어 있다가 1998년의 특허법 개정으로 '통상'이라는 단어가 삭제되어 소송에서 드러난 권리자와 침해자의 구체적인 사정이 더욱 잘 고려될 수 있게 되었다고 한다.