높은 경험과 전문성이 요구되는 기술사업화 업무지만 현재 단순하고 일률적인 순환보직제가 적용되어 비연속적인 실정이다. 또한 기술사업화 전담조직과 타부사의 인건비 기준이 동일하고 성과급제도가 없어 전문가를 선별하기 어렵다.
다음으로는 기술사업화의 특성을 고려한 인사관리체계가 부재하다는 것을 문제점으로 들 수 있다. 기술사업화 업무는 다년간의 경험과 관련 분야의 전문지식이 요구되기 때문에 체계적인 보직관리가 필요하나, 현재 일률적인 순환보직제가 적용되고 있다. KAIST, DGIST 등은 일률적인 순환보직제를 적용하여 약 2~3년 이내에 타 업무부서로 이동함에 따라 근무연속성을 담보하기 어렵다. 또한 GIST 외의 4개 대학은 기술사업화 전담조직 인력과 타 부서 인력의 인건비 지급 기준을 적용하고 있다. 즉 기술사업화 전담조직 인력과 타부서 인력의 인건비 지급 기준이 동일하여 전문가 영입에 한계가 존재하고 있다. 이와 더불어 인센티브 제도의 경우 미국스탠포드 대학의 경우 연구자보상 30%, TLO운영비 15%, 일본 동경대학은 발명자40%, 대학과 TLO 60%의 배분 기준을 준용한다는 점과 비교할 때 과기특성화대학기술이전 전담조직의 경우 성과중심의 인센티브제도가 부재한 상태라고 평가할 수있다.