나고야 의정서의 목적은 생물다양성 보전으로, 적용 가능성 검토를 통해 적정한 유전자원의 이용과 이익 공유가 이루어지는 방향으로 생명산업계의 의식이 변화되어야 한다.
나고야 의정서의 궁극적인 목적은 유전자원의 이용으로 발생하는 이익을 공정하고 공평하게 공유함으로써 생물다양성을 보전하고 구성요소의 지속가능한 이용을 위한 국가적 노력을 위한 것이다. 특정 생명시스템 구축을 위해 이용된 전통지식과 유전자원의 출처, DSI를 포함한 유전자원 정보 및 비교분석 기술 그리고 합성기술 등의 정보를 객관적으로 평가하여 정보의 협약과 생물다양성협약 및 나고야 의정서상 적용 가능성에 관한 검토를 통해, 적정한 유전자원의 이용과 이에 따른 이익 공유가 이루어지고 생물다양성을 보전할 수 있는 방향으로 생명산업계의 의식이 변화되어야 한다.