구들장논은 여러 동식물과 인과동식물의 종다양성을 만들어 낸다. 구들장논을 비롯해 청산도 지역에 서식하는 식물은 총 93종이 있으며, 논 주변이나 중산간지역에는 5종의 대표적인 포유류와 15종의 양서·파충류가 서식한다. 청산도에서 관찰되는 조류는 51종 1,665개체이며, 이 중 법정보호종은 3종이다.
구들장논은 상부지역에 생육하는 동식물과 하부지역 마을부에 생육하는 인과동식물의 종다양성을 만들어 낸다. 구들장논을 비롯해 청산도 지역에 서식하는 식물은 장딸기, 좀가지풀, 바랭이, 까마중, 방가지똥, 큰방가지똥, 쥐꼬리망초, 큰망초, 깨풀, 수염가래꽃, 애기도라지, 멀구슬나무 등 총 93종이 있다. 논 주변이나 중산간지역에는 작은 땃쥐, 시궁쥐, 등줄쥐, 수달, 멧돼지 등 총 5종의 대표적인 포유류가 서식하고 있다. 또한 양서·파충류로는 긴꼬리투구새우, 도롱뇽, 참개구리, 청개구리, 누룩뱀, 능구렁이, 도마뱀, 대륙유혈목이, 유혈목이, 실뱀, 구렁이, 살모사, 쇠살모사, 까치살모사, 먹대가리바다뱀, 얼룩무늬 바다뱀 등 15종이 서식하고 있다. 청산도에서 관찰되는 조류는 51종 1,665개체이다. 최우점종은 제비로 496개체(29.7%)가 관찰되었으며 다음으로 참새 369개체(22.1%), 검은머리방울새 90개체(5.4%), 흰뺨검둥오리 78개체(4.6%), 방울새 72개체(4.3%), 노랑턱멧새 61개체(3.6%) 및 멧비둘기 54개체(3.2%) 순으로 나타난다. 법정보호종은 멸종위기Ⅱ급인 말똥가리, 조롱이 등 3종이 관찰되고 있다.