손원익은 연구개발 지원체계에서 조세지원은 세무 당국의 지원을 확인하기 어렵고, 총액기준과 증가분 조세지원 방식이 병존하는 이유를 설명하였다.  조세지원은 업종제한이 없는데 관련요건을 명시하여 실질적인 제한이 있다고 비판했다.
손원익(2013)은 국내 연구개발 정부지원 정책에 초점을 두어 정리하였다. 손원익에 따르면 현재 한국의 연구개발 지원체계는 보조금과 같은 직접 지원은 각 부처에서 결정을 내리지만, 조세지원과 같은 간접지원은 당해년도 결산 이후 소득세/법인세 납부 시점에서 세무 당국이 결정하는 등 중복 여부를 확인하기 쉽지 않은 시스템이다. 그리고 한국이 총액기준 조세지원 방식과 증가분 조세지원 방식을 병존시키는 이유로서, 기업의 추가 연구개발 유인을 제거할 수 있는 총액기준 방식의 단점을 일정 기간 평균 연구개발지출을 초과할 때 공제를 해주는 증가분 조세지원 방식으로 보완하기 위함이라고 설명한다. 그리고 선진국과 한국 모두 연구개발 조세지원을 받을 수 있는 업종제한이 없음에도 불구하고, 한국에서는 관련요건에 과학기술분야를 명시하여 실질적인 제한이 있다고 비판한다.