2차 안전관리계획에서 LMOs 교육과학기술부의 시험 연구용 관리는 미래창조과학부로 이전하였다. 해양수산부에는 수산기능이 이전했고 환경방출실험 승인 부분이 제외되었다. 식품의약품안전처엔 식품의료기기 기능이 부여됐다.
우선 󰡔제 1차 LMOs 안전관리계획󰡕에서 교육과학기술부가 수행하던 ‘시험·연구 용 LMO’ 와 관련된 관리역할은 제 2차에서는 미래창조과학부로 이관되었으며, 농 림수산식품의 ‘농수산· 임업용 LMO’는 주관부처가 농림축산식품부로 변화하면서 수산 기능은 해양수산부로 이관되었으며, 축산에 관한 부분이 추가되었다. 󰡔제 2차 LMOs 안전관리계획󰡕에서는 기존의 보건복지부의 해당 기능에 시험·연구 및 인체 위해성에 관한 기능이 추가되었다. 그리고 환경부와 해양수산부에는 기존의 환경방 출실험 승인에 대한 부분이 제외되었다. 마지막으로, 󰡔제 2차 LMOs 안전관리계획󰡕 에는 식품의약품안전처의 ‘식품·의료기기용 LMO’에 관한 기능이 새롭게 부여되었다(교육과학기술부 외, 2008; 미래창조과학부 외, 2013).