내각부는 각각 성에서의 분산된 의료 R&D를 통합하여 실용화까지 추진하는 일본 의료 연구 개발기구를 운영하며 과학기술 혁신 창조 추진비의 일부를 예산으로 쓴다.
그 외에 내각부는 의료 관련 종합 컨트롤 타워로 국립 연구 개발법인 일본 의료 연구 개발 기구(이하 AMED)를 설치하여 운영 중이다. AMED는 이전까지 문부과학성, 후생노동성, 그리고 경제산업성으로 분산되던 의료분야 R&D를 통합하여 기초부터 실용화까지 추진하는 기관이다. 내각부에 건강･의료전략실을 ’13년 설치한 이래 ’15년 설치되기까지 2년여가 소요되었으며, 내각부의 과학 기술 혁신 창조 추진비 500억 엔 중 약 35%인 1,265억엔(원화기준 약 1조 3,842억 원, ’16년 기준)을 연 예산으로 사용하고 있는 기구이다.