2015년 상위평가지침 개정을 통해 평가 측면의 보완책을 마련했으나 여타 R&D사업과 동일하며 위험에 상응하지 않아 도약형 R&D 사업의 적극적 추진의지와 혁신적 성과 유인수단으로는 미흡하다.
이에 미래창조과학부는 2015년 상위평가지침 개정을 통해 도전적 목표치 설정에 따른 평가 불이익을 상쇄할 수 있도록 평가 측면의 보완책(인센티브)을 마련하였지만, 혁신도약형 R&D사업 소관부처의 적극적인 추진의지와 이를 통해 혁신적 성과를 이끌어 낼 수 있는 유인수단으로는 여전히 미흡한 실정이다. 기존의 운영방식대로 성과를 안정적으로 창출하는, 즉 실패하지 않은 위험회피형(Risk-Averter) R&D에서 위험추구형(Risk-Taker) R&D로 전환시키기 위해서는 위험(도전적 성과목표치)에 상응하는 획기적 수준으로 예산 측면의 인센티브를 제공할 필요성이 있으나, 상위평가 결과에 따른(우수등급 사업에 대한) 예산 인센티브는 여타 R&D사업과 동일하게 부여되고 있다.