행정자치부는 지방공기업을 효율적으로 관리하기 위하여 지방공기업경영평가 제도를 운영한다.  현재 평가 대상은 안전행정부 주관 59개 지방공기업이다. 평가체계는 일괄 경영평가 심사이나 사업유형별 세부지표에는 차이가 있고 배점이 다를 수 있으며, 배점 비중은 해마다 위계적인 지표체계 아래 수정하고 있다. 이 평가는 매년 진행하기 때문에 전년도 대비 성과를 측정할 수 있는 것이 장점이다.
행정자치부는 지방공기업의 효율적 관리를 위하여 매년 지방공기업 결산 및 경영분석을 발표하는데, 지방공기업 결산자료를 바탕으로 재무구조(자산, 부채, 자본) 및 경영성과(당기순손익) 등을 분석하고 그 결과에 따른 대책을 수립하기 위하여 지방공기업경영평가 제도를 운영하고 있다. 본 제도의 시초는 한국은행이 1960년부터 우리나라 법인 기업의 경영성과 재무상태를 조사·분석하여 이를 기업경영분석이라는 책자로 매년 발간하는 점에 착안하여 지방공기업에 대해서도 경영평가를 수행하고자 행정안전부 주관으로 2003년부터 매년 공기업 결산 및 경영분석 결과를 발표하고 있다. 하지만 본질적으로 공기업의 특성상 현행 지방공기업경영평가에서 경영분석지표가 크게 활용되고 있지 않았으나 2009년 상수도 지방공기업 경영평가에서 부채비율, 직원 1인당 영업수익 등 객관적 지표의 등장과 더불어 행정운영상의 경영 개선의 흐름에 따라 경영분석지표의 필요성은 더욱 증가할 것으로 전망되고 있다. 따라서 현재는 2003년부터 매년 모든 국가 산하의 지방 공기업을 대상으로 평가하여 그 결과를 지방공기업 경영정보 포털에 게시하고 있다. 평가 대상 지방공기업은 안전행정부 주관 59개 지방공기업이며, 평가체계는 일괄 경영평가 심사이지만 사업유형별로 세부지표는 차이가 있고 배점이 다를 수 있다. 평가체계는 위계적인 지표체계 아래 배점 비중을 해마다 고려하여 수정하고 있으며, 매년 평가하기 때문에 전년도 대비 성과를 측정할 수 있다는 장점이 있다.