사고를 사전에 준비해도 대응하지 못한 응급상황이 발생할 수도 있기 때문에 짧은 시간 내에 사고 수습 및 손실을 줄일 수 있는 구조가 필요하다. 구조적 체계 외에도 의사 결정 시 우선순위를 정한다면 더 효과적일 것이다.
이전 단계에서 오랜 시간 동안 대응 체계를 준비했다고 하더라도 사고 시에는 미처 준비하거나 대비하지 못한 응급 상황이 발생 할 수 있다. 이러한 짧은 시간 동안 사고를 수습하고 2차적 손실을 최소한으로 줄이고자 하는 대응 단계의 목적을 달성하기 위해서는 사고 발생 시 연구실, 과제 수행 그룹, 학과, 기관 차원에서 투입되는 금전적인 면까지 고려하여 즉각적인 결정을 내릴 수 있는 구조가 필요하다. 구조적인 체계 외에도 의사 결정 시 적용할 수 있는 우선순위가 사고 이전에 확립되어 있다면 응급한 상황에서 더욱 효과적으로 의사 결정이 이루어질 수 있다. 무엇이 우선이 될 것인지는 각 연구실 별로 다를 수밖에 없다. 미국연구재단(NRC, National Research Council)이 출간한 Prudent Practices in Laboratory-Updated Vestion (2011)에서는 실험실 사고 시 고려해야 하는 우선 순위의 예시를 다음에 제시하였다.