과학적 연구 대상들에 대한 경계 설정 논의를 위해서는 먼저 기제란 무엇인가에 관한 이해가 필요하다. 과학철학에서 자연은 사건들과 현상들의 집합체이며 이것의 원인이 바로 기제이다. 기제는 복합적으로 작용하며 층위 구조를 갖는다.
과학적 연구 대상들에 대한 경계를 어떻게 형성해야 할 것인가에 대한 논의를 위해서는 자연과 사회 현상들의 층화(stratification) 및 발현(emergence)에 대한 이해가 전제될 필요가 있다. 과학철학에서 자연은 개방체계로서 여러 가지 다수 기제들의 복합적인 작용의 결과로서 나타난 사건들과 현상들의 집합체로 인식된다. 발생된 사건들과 현상들의 원인이 되는 다수의 기제들은 자연의 층(layers)들이며 함께 섞여 있을 뿐만 아니라 서열지어 있는 층위(strata)의 구조를 갖는다. 이때 유념해야 할 것은 층화되는 것은 사물들이나 사건들이 아니라 기제라는 것이다. Bhaskar(2005)에 따르면 "자연적, 사회적, 인간적, 물리적, 화학적, 공기역학적, 생물학적, 경제적 등의 술어는 상이한 종류의 사건들을 구분하는 것이 아니라 상이한 종류의 기제들을 구분하는 것으로 여겨야 한다"는 것이다.