매년  삼성 내 전사 차원에서 SGTO 시작이 공지되고 참여 조직들이 기술 테마를 공유한다. 이후, 실현가능성과 운영 방안을 따져본 뒤, 자금이 투입되고 사업화 가능성이 높은 것이 제품이 된다.
기본적으로 삼성종합기술원의 SGTO 프로젝트는 IBM의 GTO 프로젝트와 유사한 절차를 가지고 있다. 매년 2, 3월에 삼성 그룹 내 전사 차원으로 프로젝트의 시작이 공지되면, 6월 경 SGTO를 주관하는 기획지원실과 각 연구소 또는 참여 조직별로 탐색한 미래 기술 테마를 공유하는 자리를 갖는다. 이 자리에서 각자 찾았던 기술 테마의 유효성과 실현가능성에 대해 논의하고 중복된 분야에 대한 조정 작업을 거친다. 이후 10월까지 논의된 주요 기술 테마에 대해 기술 개발 및 자원 조달 등사업화 과제로서의 운영 방안을 마련하고, 최종적으로 연구소장 협의회에서 사업화과제로 결정되면 사업화 자금이 투입된다. 이를 통해 사업화 가능성이 높은 것으로 나타나면 제품 출시 결정으로 이어지게 된다.