일본은 TPLCS를 79년부터 실시하고 있으며 기존의 COD를 5차부터는 질소와 인을 포함해 관리하고 있다. 어류 생활환경조성에 관심을 두고 저층용존산소량 지표 방안 검토 중이며 부영양화를 주로 관리한다.
일본은 수질오염총량관리(Total Pollutant Load Control System : TPLCS)를 1979년부터 현재까지 30여 년간 실시해왔으며, 5년 주기 계획을 수립하고 있다. 제4차 계획까지는 COD(화학적 산소 요구량)만을 대상으로 총량관리를 실시하였으나, 제5차 계획부터는 질소와 인에 대하여도 추가적으로 총량으로 관리하고 있다. 일본의 오염총량관리제도는 서식지의 어류가 다시 살 수 있는 환경을 만드는 데 관심으로 갖고 있어, 향후 서식환경에 있어서 중요한 저층 용존산소량을 지표로 하는 방안에 관해 검토 중이다. 총량관리는 폐쇄성해역의 최종점 수질을 관리하기 위한 것으로 부영양화를 주로 관리하며, 동경만, 세토나이해, 이세만의 3개 지역에 대하여 적용하고 있다.