시화호의 수질환경을 점검한 결과 2003년, 2006년, 2009년 연평균 수질은 해역환경기준 II등급에 못 미쳤다. 수질지수를 사용하여 점검했을때도 전부 수질지수가 1인 불량으로 드러났다. 
시화호의 수질환경을 국내의 법적 해역환경기준에 근거하여 평가한 경우, 연평균 수질이 2003년, 2006년, 2009년 모두 환경오염개선분야의 목표인 해역환경기준 II등급에 도달하지 못했다. 2003년에는 COD 농도 기준으로 등급 외, TN(총질소), TP(총인) 농도 기준으로는 III등급 수질이었으며, 2006년에는 3개 항목에서 모두 III등급 수질이었고, 2009년에는 COD 농도 기준으로 등급 외, TN 농도 기준으로 II등급, TP 농도 기준으로 는 III등급 수질이었다. 배수갑문을 통한 해수 유통의 영향을 적게 받는 시화호 상류지역 조사정점은 정점평균보다 수질등급이 낮았다. 수질지수를 이용하여 평가한 결과는 2004 년, 2006년, 2009년 모두 수질지수가 1인 ‘불량’으로 나타나 수질이 개선되지 않은 것으로 나타났다.