새만금에서는 상시모니터링 체계에 더해 표층류 모니터링도 이루어지고 있으며 SOON이라는 실시간 해양환경 예측시스템을 사용하여 해수 상태를 예측하고 있다. 또한 Linkage 모듈을 활용한 수질 예측시스템은 새만금 외해와 호소의 염분, 질소 등 특정 성분을 측정한다.
상시모니터링 체계는 관측타워 및 관측부이를 중심으로 구축되었으며, 추가로 신시도와 가력도, 변산반도 연안의 4곳에 위치한 시험 원격관측소에서 고주파 레이더에 의한 표층류 모니터링을 실시하고 있다. 또한 상시 측정망에 수질센서(YSI6600)를 활용하고 있으며, 해상 거품 영상추적 기술을 개발하였다. 새만금 실시간 해양환경 예측시스템인 SOON은 파랑모델 SWAN과 결합된 운용해양모델 ROMS를 이용한 체계로 기상 예측모델인 WRF의 72시간 바람장, 열속, 강수량 등 자료를 활용하여 새만금 해역의 72 시간 조위, 조류, 수온, 염분 등을 예측한다. 예측 자료는 Web-GIS 기반의 새만금 해양환경정보시스템을 통해 서비스 된다. 해양모델 ROMS와 파랑모델 SWAN은 준설 부유사 확산 및 해저 지형변화를 예측하는 데도 사용된다. 또한 ROMS와 수질모델인 CE-QUAL-ICM을 결합한 Linkage 모듈로 새만금 해양수질 예측시스템을 개발하여 새만금 외해와 호소의 일별 염분, 총질소, 총인, 용존산소, 클로로필, COD 등에 대한 시공간 수질분포를 산정하기도 하였다.