과수원 내 감염된 나무가 많을 때는 궤양병원균의 전파를 막기 위해 감염된 나무를 확실히 소각시키고 외부인이 출입하지 못하도록 해야 한다.
궤양병이 감염된 것을 과수원에서 발견하면 세균유출액이 나오는 가지는 과감하게 제거하고 톱신페스트를 발라주며 심하게 감염된 나무는 잘라내도 그루터기에서 세균유출액이 토양으로 스며들고 농작업이나 관수에 의하여 이웃 건전한 나무를 감염시키므로 확실히 제거하여 소각시키는 게 좋다. 전정도구에 의한 감염을 줄이기 위해 건전한 나무, 감염된 가지 순으로 전정을 하며 과수원 내 병원균의 확산을 막기 위해 전정 후 전정도구에 알콜을 뿌린 후 라이터로 불을 붙여 멸균하여 사용한다. 참다래 궤양병 방제에 등록된 약제인 아그리마이신이나 방범대를 3월 하순 새순이 나온 후 10일 간격으로 2∼3회 교대로 살포하여 준다. 과수원 내 감염된 나무가 많을 때는 궤양병원균의 전파를 막기 위하여 외부인이 출입하지 못하도록 하는 게 좋다.