일부 조기 달성 및 성실수행등의 평가지표가 연구원들을 도전적인 연구를 활성화시키기에는 한계가 있으며 평가 시스템 및 철학의 전반적인 분야에 대한 근본적인 개선이 필요하다.
이 방안들의 취지는 연구자들이 도전을 회피하여 안정적인 연구만을 지향하고, 관리 부담으로 인해 연구에 몰입이 어려우며, 논문건수를 채우느라 질 높은 연구를 하지 못한다는 문제를 해결하기 위한 것이다. 현실적인 구현가능성은 논외로 하더라도 이 방안들이 도입되면 연구자가 도전적인 연구를 선택하고 연구에 몰입하여 연구의 질 제고를 위해 최선의 노력을 투입하는 효과를 달성할 수 있을 것인가? 대부분의 평가시스템이 정해진 기간 내에 정량적인 성과지표를 산출해야 하는 현실에서 평가 철학 및 체계의 근본적인 변화 없이 조기달성, 목표수정, 성실수행 등을 인정하는 것만으로 도전적 연구가 촉진될 것인가, 그리고 선정평가에 참여했던 평가위원이 결과평가까지 참여하는 것이 평가 전문성 제고에 충분할 것인가 등에 대해서는 의문의 여지가 있다.