통계지리정보서비스는 2005년 통계지리정보과가 창설, 1년 뒤 본격적으로 서비스를 시작했으며 시범으로 대전광영시를 지정했다.  이후 점차 범위를 넓혀 2008년에는 전국적으로 서비스를 운영했으며 인구 및 주택 총조사, 기준사업체 통계 등의 자료를 확보했다.
통계지리정보서비스의 역사는 2005년으로 거슬러 올라가는데 2005년에 통계지리정보과를 창설하여 서비스 준비를 시작하였고, 2006년에 본격적으로 통계지리정보서비스 사업을 추진하기 시작하여 대전광역시를 대상으로 공간 데이터베이스를 구축하고 통계내비게이터 서비스를 시범적으로 실행하였다. 2007년에는 지리정보시스템을 기반으로 한 소지역 통계구역 획정에 관한 연구를 수행하였고, 2008년에는 표준통계구역 설정에 관한 연구를 수행하였다. 상기 연구들을  바탕으로 2007년에 특별시 및 광역시를 대상으로, 2008년에는 전국 대상으로 통계지리정보서비스를 시범운영했으며, 2009년에는 전국을 대상으로 통계지리정보서비스를 본격적으로 시작하였다. 2010년에는 2000~2003년 사업체조사결과를 수록하였고, 2008년 사업체통계와 2005년 농립어립센서스를 확충하였다. 2011년에는 2005년과 함께 2000년 정보도 제공함으로써 시계열 콘텐츠와 함께 모바일 콘텐츠도 확충하였다. 2013년에는 2010년 인구 및 주택 총조사 정보와 2011년 기준 사업체 통계를 확충하였다(안재학, 2014; 표 4-3 참조). 이러한 노력의 결과 통계내비게이터를 이용하면 3개 년도(2000년, 2005년, 2010년)의 다양한 센서스 정보를 일정한 공간단위(집계구 소지역)를 대상으로 추출할 수 있게 되었다.