우리나라 지하수 제도 및 법령은 주로 허가·승인 제도로 운영되고, 수질보전 정책도 예방 정책은 미흡하며 특히 정책 및 개발사업에 대한 지하수 오염 예방 대책은 전무하다.
앞서 밝힌 바와 같이, 우리나라 지하수 제도 및 법령은 주로 지하수의 이용·개발에 대한 정책을 위주로 시행되고 있다. 즉, 지하수를 보전·관리하기 위한 규정이 있지만, 주로 지하수 자원을 취하기 위한 허가와 승인 제도로서 운영된다. 또한 지하수 수질보전에 관한 정책의 경우에도 오염도 조사, 오염 정화, 취약성 평가 및 비점오염원의 저감 등을 주된 정책으로 삼고 있어, 지하수 오염 및 고갈을 사전에 예방하는 정책은 미흡하게 운영하고 있다. 특히 지하수와 직접적인 관련이 없는 국가의 계획 및 정책 그리고 다양한 개발 사업이 지하수 환경에 미칠 수 있는 영향을 최소화하는 대책 등이 전무한 실정이다.