AP-HRA 실시에 필요한 입력자료는 입력자료나 특성 관련 예측값과 판단 결과를 토대로 수행되는데, 일반적으로 HRA의 결과들은 정량화가 가능한 건강양향만을 다루고 불확실하므로 근사치로 특성화되어야 한다. 
AP-HRA 실시에 필요한 입력자료(대기오염, 초기건강통계, 대기오염물질의 농도반응함 수 등)들은 항상 존재하는 것이 아니다. 많은 건강 위해성 평가들은 일부 입력자료 또는 특성에 대한 예측값이나 판단 결과 등을 토대로 수행된다. 이에 HRA 결과들은 일반적으로 불확실성을 지니게 되며, 이러한 불확실성들은 최대한 근사치로 특성화되어야 한다. 또한 AP-HRA는 일반적으로 다양한 건강영향들 중에서도 정량화가 가능한 부분만을 포함하며, 농도반응함수가 존재하지 않는 다른 건강영향들은 다루지 않는다는 점을 명시해야 한다. 공공보건을 보호하는 데 있어 가장 이상적인 방법은 AP-HRA에 가능한 한 많은 영향요인을 포함시키는 것이지만, 대부분의 HRA 결과들은 실제 위해성보다 낮은 수치로 나타난다.