농장 운영은 관리비, 노동 생산성 등의 문제로 운영이 어렵다. 행복농장의 경우 오로지 이 사업에만 시간을 할애해야 소득을 얻을 수 있다. 더불어 가족 뿐만이 아니라 다른 인력도 필요한데 이에 자연구시 서비스와 연계할 수 있다는 방법이 있다. 하지만 이들의 노동 속도, 돌봄 인력, 비용 문제 등이 존재한다. 
첫째, 농장을 운영하는 것 자체가 경제적인 측면에서 어려운 일이다. 행복농장을 예로 들어보자. 비닐하우스 다섯 동이 전부인 이 농장의 규모로 볼 때, 최적의 노동력 투입 규모는 2명이다. 재배기술이나 마케팅 등 여러조건이 평균 이상 수준에 도달했다고 가정한다면, 비닐하우스 다섯 동에서 원예작물 재배는 부부가 가족노동으로 꾸려갈 수 있는 최대 규모다. 남편과 부인이 일년 내내 하루종일 비닐하우스에서 일해야 대략 4,000만~5,000만 원쯤의 농업 소득을 얻을 수 있는 규모다. 즉, 이곳에서 부지런히 쉬지 않고 농작업만 해야 한 가족이 먹고살 만한 소득을 얻을 수 있다. 그런데 자연구시 프로그램을 운영하면 당연히 농업 노동 생산성이 떨어지게 마련이다. 프로그램 참가자 2명에 농장 직원 1명이 곁붙어 보살펴야 한다. 인턴 등으로 고용한 이들의 농작업 속도나 양은 평균적인 농민 수준에 이르지못한다. 행복농장의 연간 농업소득은 약 2,000만 원 정도에 불과하다. 아직은 판로가 안정되지 못한 탓도 있지만, 돌봄에 많은 시간과 인적 자원을 할애한 탓이 크다. 그 같은 돌봄 서비스에 대한 대가를 충분하게 받는 것도 아니다. 가령, 만성 정신질환자들을 수용하는 장기요양시설은 국가로부터 이러저러한 급여를 받게 되는데 대략 1인당 한달에 150만 원 정도다. 행복농장의 자연구시 프로그램은 그 같은 요양급여 제도의 직접 대상이 아니다. 오히려, 공식적으로는, 충남정신건강센터가 조직한 프로그램에 참여하는 파트너일 뿐이다. 이 프로그램은 홍성군 사회복지공동모금회의 재원을 토대로 운영되는데, 행복농장에는 ‘강사비’ 항목으로 금전적 대가가 돌아온다. 참가자 수에 관계없이 1일 3만 원 정도다.