연구개발의 제3단계는 개발을 실용화하는 단계이다. 이는 일반 경상사업으로서의 전환도 가능하므로 성과의 적용 및 효과적 활용을 위해서는 2단계 후반부에 참여하여야 한다.
제3단계는 새만금 종합개발사업(1단계)이 완료되어 개발지역에서 사회경제활동이 이루어지는 시기로, 개발 완료 후 영향을 체계적으로 진단하고, 2단계에서 개발한 영향 저감․완화 기술을 현장에 적용하는 실용화 단계로 규정할 수 있다. 다만 연구개발의 성과를 확대, 적용하는 운영 및 실용화 단계의 특성을 감안하여 필요한 경우 제3단계 연구개발사업은 연구개발과 제(R&D)가 아니라 일반 경상사업으로 운영하는 것을 검토할 수 있다. 따라서 연구개발을 통해 얻은 성과를 현장에 적용하고 효과적으로 활용하기 위해서는 정부 소속 또는 산하기구가 연구개발사업 2단계 후반부에 참여할 필요가 있다.