아세안 수산협력센터의 주된 업무는 첫째, 아세안 국가 수산 환경 조사지원 사업으로, 조사 시스템을 마련하고 현재의 국가 정보 및 수산분야 투자 정보를 국가별, 지역별, 업종별 수산환경 조사・분석 사업으로 발전시키는 것을 고려해야 한다. 둘째, 아세안 국가의 수산정책 모니터링 강화를 위해 한-아세안 국가 간 수산분야 정책대화를 진행하고 통상규제 완화, 한-아세안 수산 무역과 투자증진을 위한 협력 사업을 구체적으로 논의할 수 있다.
(가칭) 아세안 수산협력센터의 주요 업무는 다음과 같다. 첫째, 아세안 국가 수산 환경 조사지원 사업이다. 아세안 국가의 수산 환경을 체계적으로 조사할 수 있는 시스템을 마련함으로써 아세안 진출을 희망하는 국내 어업인 및 기업인에게 지속적으로 정보를 제공하고, 맞춤형 컨설팅을 위한 기초 자료로 활용할 수 있다. 현재 대한무역투자공사(KOTRA)와 aT 한국농수산식품유통공사에서 아세안 국가에 대한 일반적인 정보를 제공하고 있지만 수산분야에 대한 구체적이면서 수요자 니즈에 맞는 맞춤형 정보를 제공하는 데에는 한계가 있을 수 있다. 현재 원양산업협회의 해외수산협력원이 제공하고 있는 국가 정보와 수산분야 투자 정보가 있는데, 이를 국가별, 지역별, 업종별로 세분화한 수산환경 조사・분석 사업으로 발전시키는 것을 고려해 볼 수 있다. 둘째, 아세안 국가의 수산정책 모니터링을 강화하기 위해 한-아세안 국가 간 수산분야 정책대화(policy dialogue) 개최를 추진한다. 우리나라와 수산물 교역이 많은 베트남, 미얀마, 인도네시아, 태국과 정책대화를 우선 추진하고 점차적으로 대상 국가를 확대하는 방안을 고려할 수 있다. 그리고 한국 정부와 아세안사무국의 아세안경제공동체부(ASEAN Economic Community Department) 식품농림국(Food, Agriculture & Forestry Division)과 정례적 정책대화 개최도 고려할 수 있다. 이를 통한 아세안사무국 중심의 정책 논의 동향과 변화를 분석하고 각 회원국 수산분야 정책입안자간 대화 창구를 마련함으로써, 한-아세안 수산식품 기업인협의체에서 논의된 비관세 장벽 등 통상규제 완화, 한-아세안 수산 무역과 투자증진을 위한 협력 사업의 구체적 추진 방안 등을 논의할 수 있다.