국가 혁신 및 정책의 변화가 요구되므로 고유기능을 맡아왔던 부처들이 연구개발 이용의 비중을 키우고 복합적 정책을 추진하는 경우가 많아질 것이다. 이는 연구개발정책의 수평화 체제로 발전할 것이기에 기반 부처는 국가 차원의 전략 개발을 수립할 필요가 있다. 이를 위해 국가혁신시스템을 진단하고, 연구개발정책의 사업을 평가하며, 관리시스템을 만드는 등의 역할을 수행해야 한다. 
글로벌 혁신환경의 변화, 사회적 환경 변화 등에 대응하기 위한 국가 혁신 및 정책변화가 필요함에 따라 혁신정책이 국가발전을 위한 핵심적인 부분으로 등장하게 되면 국가차원의 혁신가치 제고를 위해 기존의 정책 부분들과의 융합도 크게 확대될 것이다. 즉, 새로운 혁신적 가치 창출을 위해 전통적인 정부의 기능적 역할 수행을 위한 정책들과 연구개발정책의 융합이 크게 활성화될 것이다. 이것은 전통적인 고유기능 영역을 담당하고 있는 부처들이 효과적인 역할 수행을 위해 연구개발을 활용하는 비중을 높이고 기존 정책들과의 융합적 추진도 확대하게 됨을 나타낸다. 이러한 변화는 국가사회적 문제 및 정책을 다루는 부처에서 연구개발을 보다 적극적으로 추진하게 함으로써 연구개발정책이 종래의 과학기술 기반 부처 중심에서 여러 부처로 확산된 수평화된 체제로 전개될 것으로 예상된다. 즉, 국방, 보건의료, 환경, 안전, 에너지 등 주요 사회문제를 다루는 부처들이 연구개발정책에서 차지하는 위상과 역할이 더욱 커질 것으로 예상된다. 이렇게 부처간의 역할 변화가 예상됨에 따라 기반 부처 및 예산배분관리부처의 역할과 기능도 변화가 필요하다. 즉, 기반 부처는 전 부처를 아우르는 국가 차원의 혁신 방향과 전략 개발에 집중해야 한다. 국가혁신시스템의 진단과 개선방향의 도출, 정부연구개발시스템의 전략 기획과 평가, 연구개발정책과 사업의 평가, 기반정책기획과 평가, 사회문제해결 연구개발체계와 관리시스템 구축 등의 역할이 필요하다. 이것은 기반 부처의 역할이 연구개발기반 정책 및 사업추진을 일부 수행하지만 국가 차원의 혁신체계와 정책을 아우르는 역할에 집중되어야 하며 특히, 국가 차원의 혁신 전략과 기획 추진이 중요한 부분을 차지하게 됨을 나타낸다.