공공-민간협력 R&D 프로그램은 확충해야 하지만, 운영 방식은 협력 성과로 그쳐서는 안된다. 이를 위해 보다 유연하게 운용할 수 있는 장치를 만들어야 하며, 현장지원활동을 장려해야 한다.
이를 개선하기 위해 우선 공공-민간협력 R&D 프로그램들을 확충해 나갈 필요가 있다. 상호 간 협력 유인이 부족한 현실에서 정부 지원을 통해 민간기업과 공공연구기관, 대학, 병원이 상호 소통, 교류, 협력하도록 하여 접점을 확대해 나가도록 해야 한다. 하지만 협력 R&D 프로그램의 운영 방식은 변화될 필요가 있다. 협력 프로그램의 목표가 형식적인 ‘협력’ 성과로 그쳐서는 안 된다. 논문 수, 특허 수, 단기과제 성과를 체크하는 방식으로는 연구 수행주체들 간의 실질적인 협력을 도모하기 어렵다. 실제로 산업계에 파급력 있는 성과를 창출하기 위해서는 협력 프로그램에 참여하는 기업이나 연구기관이 지불해야 할 절차적 비용을 줄이고 성과는 극대화하도록 목표 중심적으로 사업을 관리해 나가야 한다. 이를 위해 연구협력을 추구하는 연구 목표 이외에 수단으로서의 연구 기간, 연구비 집행 방식, 성과 제출 및 평가 방식 등을 보다 유연하게 운용할 수 있는 여지를 만들어야 한다. 또 대학, 정부연구소, 병원 등의 연구기관도자체적으로 기관 미션을 재정립하고, 산업 현장, 의료 현장에 대한 지원 미션이 분명한 개발연구조직, 중개연구조직은 논문 이외에 현장지원활동을 보다 적극적으로 평가하고 장려할 필요가 있다.