중소기업 목록 확보와 바이오 벤처기업의 범위를 정하는 과정을 설명했는데, 이것으로 STEPI 바이오 벤처 DB는 아직까진 한계점을 지니게 되었다. 먼저, DB에서 누락된 바이오 벤처기업이 많을 것이라 예측되므로 실제 추산은 이것보다 많을 것이다. 
이상 바이오 분야 중소기업의 목록을 확보하고 그 중 바이오 벤처기업의 범위를 한정하는 과정을 설명했는데, 이 두 과정이 지닌 한계로 인해 이번에 구축한 STEPI 바이오 벤처 DB는 다음과 같은 한계를 가지고 있다. 첫째, 기업명은 있으나 정보가 부족해서 제외된 기업들이 많고(약 200여개), 기존의 자료나 NTIS DB 등에 등장하지 않은 기업들도 많을 것이므로, 실제 바이오 벤처기업은 이보다 많을 것이다. 특히 랩벤처와 같이 소규모 창업기업이 많이 누락되었을 가능성이 크다. 실제로 창업진흥원에서 매년 조사하고 있는 <교원․연구원 기술창업 실태조사> 결과에 따르면 1997~2011년까지 생명공학 분야에서 대학 교원과 연구소 연구원이 창업하여 현재까지 운영 중인 기업은 335개이고, 2012년에도 생명․식품 분야에서 83개 기업이 신규로 창업된 것으로 나타났다. 이에 비해 STEPI DB에서 배태조직이 확인된 기업 중 대학, 병원, 연구소에서 창업된 기업은 248개이고, 2012년에 창업된 전체 기업 수는 13개에 불과하다(표 3-7, 그림 3-2). 이는 배태조직 미상인 기업 361개를 고려하더라도 창업진흥원과는 좀 차이가 있는 수치이다. 이러한 차이는 랩벤처와 같이 드러나지 않은 소규모 창업기업들을 확인하지 못했기 때문에 발생한 것으로 볼 수 있다. 이와 같은 한계를 극복하기 위해 향후 STEPI는 매년 업데이트 과정을 통해 지속적으로 숨어 있는 기업들을 찾아서 바이오 벤처 DB를 보완할 계획이다.