대장 중심 관리체계는 데이터 불일치를 일으키고 정합성을 확보할 수 없다. 또 정기적인 정비가 필요하고 공동 이용 시 불필요한 정보까지 타 기관에 제공되어 개인정보보호의 문제점이 있다.
이러한 대장 중심의 관리체계에서 만들어낸 현재의 정보들은 비단 주민등록원장에만 해당하는 것이 아니라, 행정기관이 보유하고 있는 대부분의 대장정보에서 발생하는 공통사항이다. 현재 각 행정기관마다 발생하는 이러한 데이터 정합성 저하를 수정하기 위해서는 자치단체 단독 또는 중앙부처 등에서 지속적으로 예산이 투입되어야 하는 실정이다. 정비 이후에도 이러한 대장 중심의 관리체계가 유지되는 경우 데이터의 불일치는 계속 발생되므로 정합성을 담보할 수 없어 주기적으로 정비해야 한다. 다른 한편, 현행 대장 중심의 관리체계는 공동이용 시 불필요한 정보까지도 타 기관에게 제공되므로 개인정보보호 등에 많은 허점을 갖고 있다.