과기정통부 R&D 사업의 일반 스타트업 지원사업과의 괴리 등의 문제로, 혁신기술 기반 스타트업들이 전문 주무부처에서 연속 활용 가능한 사업체계가 부재하다.
과기정통부 R&D 사업은 과학기술 분야의 원천기술 연구개발에 집중되어 있고, 사업화 지원이 취약한 상황이다. 때문에, R&D 사업과 일반 스타트업 지원사업이 괴리되어 있고, 스타트업들이 주로 초기기업에게 집중된 스타트업 대상 지원사업에 참여한 후 대규모 자금이 필요한 죽음의 계곡이나 사업 확대 시기에 활용 가능한 내용의 지원사업이 미비하다는 구조적 문제가 발생한다. 과기 위주의 원천기술 R&D－업종별로 분산된 K-Global 스타트업 지원사업－취약한 판로개척/마케팅 등 사업확대 지원으로 구성되어, 혁신기술 기반 스타트업들이 전문성을 가진 주무부처에서 연속적으로 활용할 수 있는 사업체계가 부재한 것이다.