개인기반의 창업에 비해 조직기반의 창업이 유리한 점은 첫째, 창업 시 개인이 떠안아야 할 위험을 없애줘서 안정적인 사업화 및 손해 부담  없이 수익 배분이 가능하다. 둘째, 모기관과 자회사간에 지식의 통합과 학습이 용이하다. 셋째, 경험이 모기관에 남는다. 넷째, 조직기반의 창업은 자금 유치에 더 유리하다.
개인기반의 창업에 비해 조직기반의 창업이 좋은 점은 여러 가지이다. 첫째, 창업 시 개인이 떠안아야 할 위험 부담을 없애주기 때문에 기관에서 유망 기술이 발명되었을 경우 발명자 개인에게 위험을 전가하지 않고, 또 발명자의 의사와 상관없이 안정적인 사업화가 가능하다. 조직기반 창업에서는 기관에 귀속된 지식재산권이 자회사에 기술 출자의 형태로 이전되기 때문에 발명자는 자회사가 실패할 경우 아무 손해가 없고, 성공할 경우는 기술이전 수익을 배분받을 수 있다. 둘째, 기술을 개발한 모기관과 그것을 사업화하는 자회사 간에 지분에 근거한 긴밀한 장기 협력관계가 유지되기 때문에 양 기관 사이에 지식의 통합과 학습이 보다 용이하다. 단, 자회사인 벤처기업이 사업화 도중 거대 제약회사 등에 기술이전을 했을 경우는 여전히 조직 간 통합과 학습의 연계 문제가 남으며, 이는 개인기반의 창업에서와 마찬가지이다. 셋째, 개인기반의 창업에서는 벤처기업이 성공하거나 실패했을 경우 그 경험이 모기관에 남지 않지만, 조직기반의 창업에서는 그 경험이 모기관에 남아서 향후 다른 자회사를 설립할 때 중요한 노하우를 제공할 수 있다. 넷째, 조직기반의 창업은 자금 유치에 더 유리하다. 개인기반의 창업에 비해 조직기반의 창업은 모기관의 명성을 자금 유치 전략에 활용할 수 있기 때문이다. 실제로 큐리언트가 설립초기에 성공적인 자금 유치에 성공한 것은 파스퇴르연구소라는 모기관의 name value가 중요한 역할을 했다. 초기 단계의 바이오기술은 불확실성이 많기 때문에 벤처캐피탈리스트가 기술만을 근거로 투자 결정을 하기에는 일정한 한계가 있다.