지표로 명시되어 있는 평가만으로는 성공의 여부를 알 수도 없고 단순히 부분적 평가로 인해 융합 연구개발이 후퇴 할 수도 있기 때문이다. 그렇기에 융합연구를 위한 단독 평가위원의 편성이 필요하고 한 분야의 전문가가 아닌 다채로운 전문가와 유연한 평가가 이뤄져야 할것이다. 그와 함께 평가자의 평가구조가 필요하다.
셋째, 정성적인 평가지표의 비중이 늘어남에 따라서 평가자의 전문성이 강조된다. 현행 사업평가에서는 상위평가 시 융합 사업 전담 조직이 없어 융합의 진척과 성공을 고려할 수 없고 기술단위의 단편적인 평가가 이루어지고 있다. 융합연구 평가에서는 평가위원의 전문성을 제고하기 위해 과제 특성을 고려하여 평가위원 수와 인적구성을 탄력적으로 운영하고, 융합연구 과제를 전담하는 평가위원 pool 구성이 필요하다. 평가자 구성시 특정 분야에 편중되지 않은 다양한 분야의 전문가를 확보하고 최종 사용자를 비롯한 이해관계자를 평가에 참여시킴으로써 융합연구의 다면적인 평가가 이루어지도록 유도해야 한다. 융합 연구평가과정에서 평가자 간의 심도있는 논의와 종합적인 의견 제시가 이루어지며, 피평가자와 상호 의견교환이 가능해야 한다. 동시에 평가자의 전문성을 지속적으로 측정하기 위한 제도적 장치가 마련되어야 한다. 또한 종합적, 다면적인 융합연구 평가를 위해서 각 부처 PD들이 주도하는 기획체계가 구축되어야 한다. PD는 주관적인 판단을 바탕으로 외부전문가를 선정하여 동료평가를 수행한다. 하지만 현재 대부분의 PD가 교수 겸직으로 전문가 선정 과정에서 이해상충 관계가 영향을 미치고 균형있는 평가자 구성을 방해한다. 따라서 PD의 독립성을 확보하는 노력이 필요하다.