정부 연구개발사업 구조 중 상위부문은 정부 예산구조에 의한 거시적 틀로 구성되어 예산 배분의 구조적 효율성을 중심으로 접근하고, 하위부문은 사업 개별 전략에 의한 질적 구조로 구성되므로 질적 적합성 차원의 접근이 강조되어야 한다. 
현재 정부 연구개발사업의 구조적 틀은 우선 사업 예산의 배분 구조에 의해서 일차적인 틀이 형성된다. 그리고 사업의 성과목표 창출을 위한 사업 추진 단계에서의 사업의 구성을 통해 사업의 성격, 범위 등 질적인 사업의 틀이 형성된다. 다시 말해 정부 연구개발사업구조는 상위 부문에서는 정부 연구개발 전략과 예산 배분을 중심으로 한 예산 구조에 의해 거시적 틀이 결정되며, 하위 부문에서는 사업들의 특성과 개별 사업전략에 의해서 사업구조의 질적 구조가 결정된다. 즉, 상위 구조에서는 예산 배분의 효율성 측면이 강조되며 하위 구조에서는 정부 연구개발사업의 목표와 범위, 그리고 구성이 적절히 이루어지기 위한 사업구조의 질적 속성이 강조된다. 따라서 전자는 예산 배분의 구조적 효율성이 강조되는 접근이 필요하며, 후자는 사업의 연구개발 생산성 제고를 위한 사업구조의 질적 적합성이 강조되는 접근이 필요하다.