해당 기술을 사용하면 전립선 적출술로 인해 발생할 수 있는 부작용을 줄일 수 있다. 장기적으로 HIFU 실시 후 추가적으로 경요도 시술이 필요할 수 있다. 
해당 기술의 사용에 있어서 전립선 적출술 전후로 발생할 수 있는 심혈관계, 뇌혈관계, 심부정맥 혈전증, 수혈 등의 부작용이 훨씬 적게 나타난다. 또한, 전립선 적출술로 인하여 발생할 수 있는 morbidity를 줄일 수 있다는 장점이 있으며, 요실금 및 발기 부전의 빈도가 더 낮게 보고되어 있다. 종양학적인 측면에서 기존 전립선 적출술과 직접 비교한 연구는 없지만, 기존 연구를 통하여 알려진 바에 의하면 성적이 다소 낮게 보고되고 있다. 장기적으로 HIFU 실시 후, 요로폐색이 흔한 합병증으로 보고되어 있으며 추가적으로 경요도 시술이 필요할 수 있다.