출연연구기관의 미래 발전을 위해서는 국가혁신시스템에서 출연연구기관의 역할에 대한 적합성을 높이는 데에 집중해야 한다. 성과의 탁월성과 역할수행에 필요한 역량도 갖춰야 한다. 
출연연구기관의 미래 발전을 위한 핵심요소는 국가혁신시스템에서 출연연구기관의 역할에 대한 적합성(relevance)을 제고하고 역할 수행에 필요한 역량과 성과의 탁월성(excellence)을 높이는 것이다. 국가혁신시스템에서 정부연구기관의 역할은 사전적으로 정해지는 것이 아니라 시장실패 및 시스템 실패 영역에서 그 역할을 동태적으로 찾아야 한다는 점에서 우리나라 출연연구기관의 미래 발전은 국가혁신시스템의 발전을 위한 역할의 적합성을 높이는 데에 우선순위를 두어야 할 것이다. 즉, 국가혁신시스템의 발전과 성과제고를 위해 필요한 역할을 수행하는 출연연구기관으로서의 정체성을 먼저 확고히 해야 한다.