융합연구에 대한  평가를 하기 위해서는 융합연구의 특성을 반영한 평가체계 구축 및 평가지표 구성이 필요하다.  융합연구의 가치를 발굴하고 연구의 실현가능성을 평가하기 위해, 비이공계 전문가 및  개발의 수요자까지 평가자 풀에 포함이 필요하며, 혁신원천의 다원성을 반영하는 새로운 평가지표로 개념 정립이나 용어 통합 등과 같은 분류도 중요하다. 그리고 평가도 연구방법에 보다 무게중심이 실려야 한다. 융합연구의 방법론에 대한 수준평가를 구분하여 평가하고, 이에 대한 평가비중을 늘리는 것이 필요하다. 
융합연구에 대한 제대로 된 평가를 하기 위해서는 무엇보다도 융합연구의 특성을 반영한 평가체계 구축 및 평가지표 구성이 필요하다. 본 연구 조사결과 현장연구자들이 가장 요구하는 것이 바로 융합연구를 제대로 평가할 체계와 기준이 필요하다는 것이다. 이를 앞서 규명한 융합연구의 특성들과 연계하여 구체적 대안을 제시하면 다음과 같다. 첫 번째, 혁신원천 다원성의 반영이다. 이를 위해선 무엇보다도 융합연구 평가자 풀을 확대해야 한다. 다양한 측면에서 융합연구의 가치를 발굴하고 연구의 실현가능성을 평가하기 위해, 이공계 전문가 이외에 인문·사회·예술 등 비이공계 전문가 및 필요에 따라서는 실제 연구개발 성과의 수요자까지 평가자 풀에 포함시키는 것이 필요하다. 또한 제안된 과제의 1차적 스크리닝이 끝난 후에는 평가자와 피평가자 간에 평가지표 구성에 관한 사전협의를 시도하는 것도 고려할 수 있다. 일률적인 평가지표 적용은 관리적 측면에선 용이하지만, 실제 전문가 사이에서는 더욱 중요한 요소가 있을 수 있기 때문이다. 혁신원천의 다원성을 반영하는 새로운 평가지표로 개념 정립이나 용어 통합 등과 같은 분류학적(taxonomic) 성과를 인정하는 것도 중요하다. 새로운 개념 정립은 후속연구 발전에 있어서 매우 중요한 토대가 되고, 융합연구 참여자 간 학술적 공통분모를 형성시킬 수 있기 때문이다. 두 번째, 연구방법 비정형성의 반영이다. 융합연구가 기존연구와 차별적 특성을 가장 강하게 갖는 것이 바로 연구방법적 측면이다. 따라서 융합연구가 기존연구의 틀에서 벗어나 모험적·도전적인 모습을 갖추려면 평가도 연구방법에 보다 무게중심이 실려야 한다. 현행 평가체계에서는 과제 선정이나 성과평가 시 이 부분에대한 고려가 거의 없는 상황이다. 따라서 융합연구의 방법론에 대한 수준평가를 아래 <표 4-1>과 같이 구분하여 평가하고, 이에 대한 평가비중을 늘리는 것이 필요하다.