EU ETS의 배출권 할당은 EU 가이드라인과 교토의정서를 따라야 한다. 새 진입자를 위한 안내, 조기 감축 수용, 최신 기술 등이 포함되어야 한다. 국가별 할당계획은 총할당량 대비 CERs와 ERUs의 중량비로 기재한다.
EU ETS의 배출권 할당은 국가별 할당계획(NAP, National Allocation Plan)을 의미하며 유럽공동체의 가이드라인(EC Directive 2003/87/EC)을 준수해야 한다. 유럽연합 회원국의 국가별로 할당되는 배출권총량은 교토의정서에 명시된 각 국가의 배출제한 의무에 부합되어야 하며, 그 계획에는 신규 진입자들이 참여할 수 있는 방법에 대한 정보를 포함해야 한다. 또한, 조기 감축 활동을 수용할 수도 있으며, 이를 고려한 방법에 대한 정보를 포함해야 하고, 이용 가능한 최선의 기술들을 고려하여 국가별 할당계획을 작성하는 회원국들에게 이용될 수 있다. 국가별 할당계획에는 이용 가능한 CERs와 ERUs의 총량을 총할당량의 비율로서 명시해야 하며, 그 비율은 교토의정서에 의한 의무나 UNFCCC 혹은 교토의정서에 의한 결정을 따른다.