평가는 신청된 약제의 진료상 필수 여부에 맟추어 판단한다. 또 비교 약제대비 치료효과 개선, 안정성, 편의성등이 만족되면 비용최소화 분석이 이루어진다.
평가과정에서는 우선 임상적 유용성이 신청된 약제의 진료 상 필수 여부에 맞추어 평가된다. 진료 상 필수 여부란 대체약이 없고, 대상질환이 생명을 위협하는 심각한 질환이고 희귀질환에 사용되는 희귀의약품 여부 및 전체 생존률 개선이 있는 지 여부에 해당됨을 말한다. 그리고 신청된 약제의 치료효과 개선이 효과(effectiveness), 안전성 및 편의성(convenience) 등이 비교약제 혹은 비교치료법과 비교분석을 통해 입증되어야 한다. 이때 효과가 상대적으로 우수(superior)한 경우 비용효과성 분석을 하게 되며 비열등(non-inferior)인 경우에는 비교 가능한 대체약제들과 가중평균가를 고려하는 비용최소화분석(cost-minimization analysis)이 이루어진다.