미국 FDA의 운영은 수입이 전체 FDA예산의 40%에 육박함으로 상당부분 자체수익으로 보전되는 상황이며, 우리나라 식품의약품안전처의 경우 자체수익이 전체 예산의 3. 4%에 불과한 실정이다.
미국 FDA는 처방약뿐만 아니라 의료기기(Medical Device User Fee), 복제약(Generic Drug User Fee), 바이오시밀러, 동물의약품(Animal Drug User Fee), 동물복제약(Animal Generic Drug User Fee)에 대해서도 각각 독립적인 법을 바탕으로 신청자 비용부담제도를 운영하고 있으며, 각종 증명서 발급비용 등 다양한 수수료(user fee)들로부터 획득하는 수입을 모두 합하게 되면 전체 FDA 예산의 40%에 육박하기 때문에, FDA 운영이 상당부분자체 수익으로 보전되는 상황이다. 그에 반해 우리나라 식품의약품안전처의 경우에는 자체 수익이 전체 예산의 3.4% 정도에 불과하다.