사전검토 없이 진행되는 마을공동사업은 대부분 사업 성과가 기대치를 충족하지 못할 뿐 아니라, 갈등이 심화되는 경우도 많다. 이러한 문제를 예방하기 위해 마을공동사업 관련 사업시행지침의 변경을 제안한다. 
해양수산사업 시행지침 상 마을공동사업은 사전검토 단계 없이 사업신청단계 이후 사업자 선정이 이루어지고, 이후 사업완료 후 사업성과 관리를 실시하고 있다. 하지만 갈등문제로 어려움을 겪고 있는 많은 어촌공동체는 선행적으로 갈등문제를 해소하지 못하고 다양한 갈등사업이 추진되는 경우가 많다. 이들의 경우 대부분 사업성과에 기대에 미치지 못하며, 마을공동사업으로 인해 더 갈등이 심화되는 양상을 나타내는 경우가 빈번히 나타난다. 이러한 문제점을 보완하기 위한 방안으로 사업신청 단계 이후 어촌공동체의 갈등관리 예비평가를 통해 사업자 선정에 신중을 기할 필요가 있다. 갈등관리 예비평가에서 사업자인 어촌공동체가 갈등문제를 가지고 있다면 갈등을 선행적으로 해결할 수 있도록 마을공동사업과 관련된 사업시행지침을 변경할 것을 제안하고자 한다.