현 정부에서 국가 수준의 R&D 조정은 국무총리가 최고 책임자이다. 이러한 체제에서는 부처 간 이해관계 조정의 한계가 생길 수 있으며, 예산 조정에서의 역할 중복으로 인한 불필요한 행정 부담이 발생할 수 있다. 
현 정부에서 국가 수준의 R&D 조정 기구의 위상이 대통령에서 국무총리로 변화되었고, R&D 예산 조정은 역할의 상대적 비중에서 차이가 있을 수 있지만 예산당국과 국가과학기술위원회 또는 국가과학기술심의회 등의 조정기구 및 사무국이 공동으로 담당하고 있는 체제가 지속되고 있다고 볼 수 있다. 국가 수준의 R&D 조정에서 최고책임자가 대통령이 아니라 국무총리인 경우 정부 부처들 간 이해관계를 조정하는 것에 한계가 있을 수 있으며, R&D 예산 조정에 있어서도 예산당국과 조정기구 및 이의 사무국이 역할을 분담하는 체제는 역할 중복에 따른 불필요한 행정비용 발생을 가져올 수 있다. 이러한 R&D 예산 조정 체제는 관련 R&D사업을 추진하는 개별 정부 부처 및 연구자들에게 중복적이고 불필요한 행정 부담을 지울 수 있다.