보건의료정보화를 구축하기 위해 재정을 지원하는 방법은 인프라 도입 이전의 재정지원과 도입 이후의 인센티브 지급으로 나눈다. 1차 의료기관의 경우는 도입 시에 직접적인 재정을 지원하고 2차, 3차 의료기관의 경우는 도입 이후 인센티브 프로그램을 통해 재정 지원이 가능할 것이다.  
국내에서 보건의료정보화를 구축하기 위해 재정을 지원한다면 방법은 인프라 도입 이전의 재정지원과 도입 이후의 인센티브 지급으로 나뉠 수 있다. 재정 상황이 열악한 1차 의료기관의 경우는 도입 시에 직접적인 재정을 지원하고 투자 여력이 있는 2차와 3차 의료기관의 경우는 미국과 같이 도입 이후 인센티브 프로그램을 통해 재정 지원이 가능할 것으로 판단된다. 지원 방법을 미국과 같이 모두 도입 이후로 단일화하지 않는 이유는 1차 의료기관의 재정 열악성과 중요성 때문이다. 현재 1차 의료기관의 경우 EMR 시스템을 사용하고 있기는 하지만 사용의 주된 이유는 심평원에 수가를 신속하게 청구하기 위해서인데, 대부분의 1차 의료기관은 월 단위로 EMR 시스템에 대한 사용료를 지불하고 있다. 보건복지부와 한국보건산업진흥원에서 2015년에 수행한 보건의료 정보화 설문조사 결과에 따르면 1차 의료기관(의원급)에서 정보화 추진 및 관리를 위해 국가 지원이 가장 필요한 항목으로 ‘정보관리 비용 등을 수가에 반영’(69.8%)과 ‘시스템 환경 구축을 위한 재정 지원’(52.4%), ‘필요한 S/W 지원’(45.2%) 등을 주로 선택하였다.