미국과 독일의 경우를 참고하여, 정부 R&D 사업이 출연(연)을 중심으로 한 연구사업단 체제로 바꾸어 국가적 문제해결부터 중소기업 지원에 이르는 일관적 추진 체제를 마련해야 한다. 이를 통해 현재 출연(연)은 연구사업단의 집합체로서, 시장 요구를 반영하는 단장 선정 및  R&D 예산 배분 방식 등에 영역별 특성을  반영할 수 있다.
정부연구기관을 연구사업단 체제로 운영하고 있는 대표적 사례가 미국 NIH와 독일의 막스플랑크 및 프라운호퍼 연구기관이다(안두현 외, 2015). 미국 NIH의 경우 약 60개 연구사업단을 그리고 독일 프라운호퍼는 80개 연구소 240개 연구사업단을 운영하고 있다. 국내 출연(연)도 적정 범위의 문제해결 중심 연구사업체제로 개편하는 것이 필요하다. 이를 통해 현재의 출연(연)은 이들 연구사업단의 집합체로서 독립적인 위상을 유지할 수 있으며, 자체로 문제해결형 연구사업단을 공통적으로 지원하기 위한 기반기술 사업단을 운영하는 것이 가능하다. 연구사업단의 단장은 시장 요구 반영을 위해 정부 또는 연구회가 공모하여 선정을 하되 가능한 한 해당 문제해결 영역의 전체 가치사슬을 이해할 수 있는 이른바 CEO형 리더십을 갖춘 전문가이어야 한다. 연구사업단의 R&D 예산 배분은 정부 부처 또는 연구회를 통해 이루어지게 되며 연구사업단별 R&D 예산의 규모 및 배분 방식은 해당 영역의 특성에 따라 차별화될 수 있다. 정부 R&D사업이 출연(연) 등을 중심으로 한 연구사업단 체제로 전환되는 경우 국가적 문제해결 영역에서 기초, 응용개발 및 사업화 또는 중소기업 지원에 이르는 전주기에 걸친 일관적 추진 체제 구축 즉, 분야별 ‘혁신의 장’ 형성이 가능하게 된다.