중장기 원천연구의 경우에는 논문의 질과 특허의 질이 검토대상이다. 우수한 논문이 산출되었다고 해도 원천기술이 없다면 우수한 성과를 낸것이 아니다.
중장기 원천연구의 경우에는 논문의 질과 특허의 질(궁극적 목표 달성에 필요한 논문과 특허의 질적 우수성)이 검토대상이다. 중장기 원천연구 경우 논문이나 특허가 아닌 원천기술의 확보가 궁극적 목표이다. 즉 질적으로 우수한 논문이 산출되었다고 하더라도 원천기술을 확보하지 못하였다면 질적으로 우수한 성과를 산출한 것이 아니다. 특허의 경우에도 현재 사용 중인 특허의 질 관련 스마트 지표가 원천연구에 있어 특허의 질적 지표로 활용 가능하다. 목표달성의 우수성을 질적으로 평가 가능한 모델을 개발하여 중장기 대형 과제의 논리 모형을 제시‧도출하고 그 논리모형에 따라서 단계별로 산출되어야 할 궁극적 목표 성과들이 질적 평가지표가 되어야 한다