어촌공동체는 갈등이 생길경우 주민주도형 갈등협의체를 만들어 중재와 조정을 할 수 있다. 합의체가 잘 운영되려면 어촌마을의 원로와 리더의 역할이 중요하며 이들이 중재 역할을 잘 해야한다. 
어촌공동체는 오랜 기간 동안 구축해 온 사회적 자본에 기반하고 있다. 갈등문제가 어촌공동체 내부의 문제인 경우 주민주도형 갈등협의체 구성을 통해 내부적 중재와 조정이 쉽게 이루어질 수 있다. 이러한 경우 어촌공동체 전체 구성원의 민주적인 절차에 따라 내부 의사표결과 합리적 조정에 따라 갈등관리의 지속성을 기대해 볼 수 있다. 주민 주도 갈등조정협의체가 원활하게 운영되기 위해서는 어촌마을의 원로와 리더(어촌계장, 사무장 등)들의 역할이 중요하다. 어촌공동체 내부의 갈등발생 시 갈등조정협의체가 갈등문제의 이해당사자 뿐만 아니라 어촌공동체 구성원 전체를 대상으로 총회에 안건을 상정하여 갈등 해결을 위한 토론과 대안을 찾을 수 있도록 중재 역할을 해야한다.