궁극적으로 지속가능한 에너지시스템의 발전을 저해할 때 합리성 위기가 나타난다.
우선, 정치산출시스템은 국가의 행정기능에 관련된 부분으로 본 연구에서는 원자력행정을 의미한다. 원자력행정의 합리성 위기는 다음의 경우로 나누어 볼 수 있다. 첫째, 국가가 원자력산업 육성에 필요한 전제조건을 충족시키는 데 실패할 때 원자력행정의 합리성 위기가 일어난다. 대표적인 사례가 바로 국가의 원자력육성정책이 방사성폐기물처분정책과 충돌할 때이다. 둘째, 국가의 원자력프로젝트가 공공의 이익에 부합하지 못할 때도 합리성 위기가 일어난다. 재처리 및 고속증식로 등 핵연료 사이클 개발 프로젝트의 실패 등이 두 번째 합리성 위기 유형에 해당된다. 셋째, 국가의 계획에 따른 원자력발전소 건설이 궁극적으로 지속가능한 에너지시스템의 발전을 저해할 때 합리성 위기가 나타난다.