일본 정부의 과학기술 전략은 5년 단위로 하는 과학기술기본계획에 기반을 두고 있다. 이는 급격하게 변화해가는 사회변화에 대응하고, 중요한 문제들을 전략적 지원분야로 설정하여 해결하는 방향으로 변화해 왔다.
일본 정부의 과학기술 전략은 향후 10년을 내다보고 5년 단위로 「과학기술기본법」에 따라 수립되는 종합계획인 과학기술기본계획에 기반을 두고 있다. 과학기술기본계획은 일본 정부의 연구개발 추진에서 기본방향이 되는 전략적 틀이라고 할 수 있으며 가장 최근에는 ’16년 1월 제5기 과학기술기본계획(2016-2020)이 수립되어 추진되고 있다. 기초과학에 대한 구제적인 방향과 전략을 수립하는 일본은 장기적인 재정의 어려움을 겪는 중에도 현재 자연과학 분야에서 노벨상 수상자 2위 국가가 되었다. 이 과학기술기본계획의 변화과정을 보면 기존의 큰 틀을 유지하면서도 이전보다 훨씬 빠르고 급격하게 변화해가는 사회변화에 대응하고, 국내외적으로 중요한 문제를 전략적 지원분야로 설정하여 해결하는 방향으로 변화해 왔다는 특징이 있다.