ECMI는 대학과 대학원 교육 분야에 많은 관심을 기울이고 있다. 이를 기반으로 석사 프로그램을 진행하였는데, 회원들의 대학에 공통으로 설치되었으며 과목에 따라 학점과 배움의 과정이 다르다. 
ECMI가 대학 및 연구기관들의 컨소시움인 만큼 ECMI에서 가장 관심을 갖는 분야는 대학 및 대학원 교육 분야다. ECMI는 설립 직후인 1987년, 교육위원회를 설치하고 유럽 대학의 수학 관련 대학원에 공동 산업수학 석사과정(ECMI Model Master)을 설치했다. 이 프로그램은 ECMI의 모든 회원 대학에 공동으로 설치되었으며, 2년간의 석사과정 동안 모델링을 중심으로 120학점을 이수하도록 하고 있고, 모든 프로그램은 영어로 제공된다. ECMI 석사 프로그램은 크게 기술수학(Techno-mathematics)와 경제수학(Econo-mathematics)로 나뉘는데, 기술수학 석사는 생명공학, 토목공학, 화학, 물리학 등 기술적 주제의 모델링을 집중하서 연구하고, 경제수학석사는 통계, 경영, 금융 등 경제 관련 주제의 모델링을 연구한다. 기술수학 및 경제수학 공히 6학점 이상의 주제 관련 전공과목을 수강하도록 되어 있으며, 9학점까지 섬머스쿨 및 산업 프로젝트, 인턴쉽을 이수하도록 했다.