목적기초형 사업은 단기·중기 성과를 중심으로 목표를 수립하는 등 사전에 사업목표를 구체적으로 세워야 하며, 사업목표를 달성하기 위해서는 과제 선정 시 과제의 목표가 사업목표와 밀접하게 관련되어 있어야 한다.
기존의 목적기초형 사업은 사업목표의 사전 기획이 구체적으로 수립되어야 하며, 달성을 위해 주로 Middle-Up방식의 과제공모를 통해 사업이 추진되므로, 과제 선정 시사업목표와 과제목표의 연관성이 높아야 한다(박재민, 2014). 이에 원천연구는 연구성과물의 활용을 통한 장기성과(파급효과)의 발생 여부 및 시기를 예측하기 어려우므로 추적평가 등을 통해 기초연구성과의 파급효과를 분석은 하되, 성과목표로 설정하는 것은 지양하고 단기·중기 성과를 중심으로 목표를 설정하도록 하고 있다(미래창조과학부, 2014). 측정 가능한 성과목표 설정 곤란 시, 사업 초기단계에서부터 전문가 의견수렴을 바탕으로 성과목표를 설정하되, 등급, 점수에 관한 정성적인 기준을 최대한 객관화하여 사전에 마련하도록 하고 있다(미래창조과학부, 2013).