국내 바이오 벤처기업은 정부의 연구개발비 지원은 생존을 위한 자금원이라는 점에서 중요한 의미를 가진다. 농업, 식품 분야 바이오벤처들에게는 지경부 지역산업 육성 자금이, 기술력을 가진 의약품 분야 기업들에게는 범부처전주기신약개발사업 등이 그렇다.
이러한 사업별 지원 내역을 보면 국내 바이오 벤처들이 지경부의 지역산업 육성프로그램에 많이 의존하고 있음을 알 수 있다. 특히 지역의 농업, 식품 분야 바이오벤처들에게는 지경부의 지역산업 육성 자금이 결정적인 생존 기반이 될 것으로 추정된다. 이 외에 농림수산식품부의 생명산업기술개발사업이나 농림기술개발사업도 지역 바이오 벤처의 중요한 자금원이 된다. 이에 비해 지경부의 바이오의료기기산업원천기술개발사업이나 복지부의 보건의료기술연구개발사업은 주로 의약품과 진단 분야의 수도권 기업들에게 중요한 자금원 역할을 하는 것으로 보인다. 2012년 들어서는 교과부가 관리하는 범부처전주기신약개발사업도 주로 기술력이 뛰어난 의약품 분야 벤처들에게 중요한 자금원으로 부상했다. <표 3-18>에는 2012년 사업 84개 중 50개를 나열했고, <표 3-19>과 <표 3-20>에는 비교를 위해 2011년과 2010년 사업을 20위까지만 정리했다.