갯벌 관리를 위해 1단계에서는 어업인의 자율적 조절 및 국민의 갯벌 보호 동참을 유도한다. 2단계로는 정부의 지원정책 및 관리와 연계한 갯벌 관리 시스템을 운영하고 일정기간마다 정기 평가를 진행한다. 이 때 적색 등급 갯벌은 휴식년제를 우선 적용해 갯벌 어장의 회복을 돕는다. 
1단계에서는 정보 공개를 통해서 어업인이 자율적으로 입식 및 생산량을 조절하고, 국민들도 갯벌 보호에 동참할 수 있도록 유도한다. 신호등 평가체계가 안정화 단계에 접어들면, 2단계로 갯벌 관리 시스템과 연계하여 운영한다. 일정기간마다 정기 평가체계를 구축하고, 이를 바탕으로 정부의 지원정책 및 관리를 위한 조치와 연계하여 운영한다. 녹색 등급 갯벌에 대해서는 생산 증대가 가능하도록 하고, 황색 등급 갯벌에 대해서는 생산을 유지하되 일부 기간 동안 휴식년제를 적용하여 갯벌이 회복할 수 있는 기간을 주고, 적색 등급 갯벌에 대해서는 휴식년제를 우선 적용하고 생산량을 감소하도록 조치를 취하는 방법으로 갯벌 어장의 회복을 돕는다. 일정 기간마다 재평가를 통해서 어장의 회복 정도와 훼손 정도를 파악하여 등급을 재산정하여 부여한다. 단기적으로는 어업에 대한 제한으로 작용할 수 있으나, 갯벌이 회복할 수 있는 시간을 줌으로써 지속적인 어업 및 양식을 통해 어민의 소득 증대가 가능하도록 할 수 있다. 또한 녹색 등급 갯벌에 대해서는 청정 갯벌 생산 패류의 이미지를 구축하여 제품차별화를 통한 브랜드화 및 부가가치 증대에 기여할 수 있으며, 값싼 수입산 패류와의 시장 차별화를 통해서 어업이의 소득 증대에 기여할 수 있다.