출연연이 PBS 제도로 인해 고유 역할을 수행하지 못하고 있으며 기반연구 역량을 강화하지 못했다는 지적이 다수 제기되었다.
R&D 수행주체별 미션에 대한 추가 의견도 있었는데 특히 출연연의 고유 역할에대한 의견이 다수 제기되었다. 출연연이 고유의 역할을 수행하지 못하고 있다는 지적과 함께 그 원인이 출연연의 PBS 제도 때문이라는 의견이 많았다( 참조). 출연연들이 인건비를 확보하기 위해 중요한 연구보다는 생계형 연구개발에 치중하고 있으며, 정권의 변화에 따라 지나치게 영향을 많이 받는다는 문제가 제기되었다( 참조). PBS 도입 이래 출연연이 외부사업 수익에 치중하면서 기관 고유 미션을 소홀히 하게 되어 정작 중요한 기반연구 역량을 강화하지 못했다는 지적이다.다(이민형 외, 2015).