정부는 기업의 기초연구에 펀드 지원과 전문과 지원의 형태로 투자가 가능한데, 펀드 투자의 경우 기업에게 자율성을 부여해 투자기관의 역할만 수행해야 하고, 장기 원천기술과제는 정부의 투자 비율을 높이는 식으로 투자 비율을 달리할 수는 있다.
기초연구 투자에 있어서 정부의 역할은 크게 펀드 지원과 전문가 지원으로 나눌 수 있다. 지금과 같이 정부부처의 사업 운영 예산지원이 펀드 지원의 가장 대표적인 형태이다. 이와 같은 직접 투자는 장기적 과제 투자에 부담을 느끼는 기업들을 기초기술투자에 유인할 수 있는 실질적인 지원이다. 다만 정부는 펀딩 외 기술지시, 관리, 감독 역할은 지양하고 내부 운영은 기업 멤버들에 의하여 결정되도록 자율성을 부여해야 민간 주도적인 사업으로 거듭날 수 있다. 즉, 정부 펀딩역시 투자기관 중 하나의 역할만을 수행하는 것이다(Merzbacher and Welser, 2011). 하지만 투자 비율은 과제 종류에 따라 조금씩 달라질 수 있을 것이다. 기업들이 단기간에 성과를 볼 수 있는 과제들은 기업 투자 비율을 높이고, 10년 이상의 수행기간이 필요한 장기 원천기술과제의 경우 정부 투자 비율을 높이는 방법 등이다.