실제로 개발이 되는 경우에만 지하수 영향 예측을 한다. 이는 환경영향평가보다 앞서므로 문제가 된다. 예측 시 모델링 조건을 이상적 값을 쓰기 때문에 수리상수 관련 정확도가 떨어지므로 산적 결과의 불확실성이 큰데 평가에서 이를 인용하기 때문이다.
현재 지하수 영향을 예측하는 경우는 실재 관정 개발이 수행되는 경우의 사업에만 국한되어 시행되고 있다. 이 경우 앞서 언급한 대로 지하수 영향조사가 환경영향평가에 우선되어 수행된다. 따라서 이에 따른 문제(지하수 영향조사 보고서만을 인용하고 주변 지하수에 대한 사업의 영향을 부실하게 예측)가 발생할 수 있다. 또한 본 보고서에서 분석되지 않았지만 지하수 모델링에 문제점이 있다. 즉, 모델링 격자 및 조건 구성 시 수리지질 특성 및 함양 및 경계조건을 이상적인 조건으로 입력하고 수리상수 또한 불확실성이 있기 때문에 예측 결과의 현실성이 떨어지는 경우가 있다. 또한 양수시험을 통한 수리상수, 적정 양수량, 영향 반경을 산정하는 경우에도 지하수 흐름을 정상류로 가정하는 등 다양한 조건의 가정 때문에 산적 결과의 불확실성이 큰 실정이다. 따라서 지하수 영향조사의 결과를 정확히 인용하더라도 불확실성이 존재한다.