여러 기관의 자료를 연구할 때 자료의 접근권한, 개인정보, 사용기간 등 다른 기준을 고려해야 한다. 참여기관은 자료연계 원칙에 합의하고 책임 등 관련사항을 구체화한다.
여러 기관의 자료를 연계하려는 경우에는 각 자료에 따른 환자 자료나 접근 권한, 개인정보 문제, 사용가능 기간 등의 기준이 다르므로 이를 고려해야 하고, 자료활용에 대한 합의 과정 및 유지과정에 소요가능한 자원의 상태를 고려하여야 한다. 모든 참여기관이 자료연계의 원칙에 합의하여야 하며, 합의 후에는 일부 연구참여 기관이 자신의 자료에 접근 거부권을 행사하지 못하도록 연구계획을 수립하여야 한다. 2차 자료원 사용 시 자료원의 소유권을 명시하고 제공받는 등록자료의 사용권을 명백히 하며 각 기관의 역할과 법적 책임, 감독권한 등 관련사항을 구체화하여야 한다.