해외 사례와는 달리 한국은 펫푸드 원료가 되는 수산물이나 농산물에 대해 MSC 등의 인증을 받은 기업이 없다. 하지만 뒤늦게 한국이 인증을 도입하더라도 해외 기업이 민원을 제기하거나 해외 기업 상품에 비해 국산품의 경쟁력이 떨어질 수 있으며, 인증제의 대상이 되는 원료의 범위에 대해서도 명확하게 드러난 바가 없다.
이미 유수의 글로벌 펫푸드 기업들은 수산물을 이용한 펫푸드 원료인 어분, 통조림(게살, 연어, 다랑어, 흰살 생선 등)에서는 MSC(Marine Stewardship Council) 혹은 ASC(Aquaculture Stewardship Council) 등과 같은 국제적인 인증을 받은 원료를 사용하고 있다. 그러나 한국의 수산물 원료를 공급하는 기업들 중에서 원어 기준으로 MSC나 ASC 등의 인증을 받은 기업은 없다. 이뿐만 아니라 농산물을 원료로 사용하는 경우에 글로벌 펫푸드 기업들은 이미 유기농 인증 등을 받은 원료를 사용하고 있다. 만약 국내 기업에 맞는 인증제 도입을 도모한다면, 첫째, 비관세 조치에 의해 해외 기업으로부터의 민원의 여지가 있으며, 둘째, 어떠한 인증제를 도입한다고 해도 해외기업의 인증제 범위 내가 될 가능성이 높아 인증제를 통한 국내외 기업의 차별성을 확보하는 것은 쉽지 않을 것으로 판단된다. 인증제는 오히려 해외기업에 보다 유리한 시장 입지를 주게 될 가능성도 배제할 수 없다. 또한 농림축산식품부에서는 국산 펫푸드원료 공급의 확대를 추진하는 데 있어 수산물 등 농림축산식품부 관할 외의 원료에 대해서는 어떠한 정책을 도입할지에 대해서는 여전히 의문을 가질 수밖에 없다.