농촌진흥청은 향후 5년간 미생물제 개발을 목표로 미생물 자원관리 등을 시행하고 있다. 이를 위해 산하 기관들이 협업해 미생물 산업화를 위한 연구를 진행하고 있다.
농촌진흥청은 세계적인 수준의 농업 미생물 자원 보존 및 관리, 고품질 안전농산물 생산을 위한 미생물제 개발(30종)을 향후 5년간의 목표로 설정하고 연구개발을 추진할 계획이다. 이를 통하여 23,000점이나 되는 농업 미생물의 다양성을 확보하는 미생물 자원관리, 10종 작물의 생육을 활성화 시키는 미생물제, 12종 작물의 병해충을 방제하는 미생물제, 8종의 농축산 환경을 개선하는 미생물제 등의 개발을 지속해서 진행하고 있다. 특히 국립농업과학원, 농업기술원, 농업기술센터가 협업해 미생물 산업화를 위한 기초 연구와 현장 활용평가, 현장 적응 연구를 진행하고 있다.