자율적 연구는 개인 연구 중심으로 선정된 연구자에게 일정기간 원하는 주제의 연구를 수행할 수 있는 지원을 연구수행의 간섭없이 행하는 것을 말한다. 우리나라는 연구 수행과정의 개입은 줄이는 노력을 하고 있지만, 아직 연구자 역량 평가만으로 지원하지는 않고 있다. 미국 HHMI는 최고 과학자로 구성된 패널과 연구자 면접을 통한 정성적 평가로 연구자를 선정하고 있다.
먼저 연구자의 자율적 연구를 지원하기 위해 연구자 역량 중심의 선정평가가 강화되어야 할 것이다. 과제계획서를 통해 무엇을 연구할 것인지를 평가하기보다 연구자의 연구역량과 발전가능성을 평가하고 선정된 연구자에 대해서는 일정기간 동안 원하는 주제를 마음껏 연구할 수 있는 기회를 제공하는 것이다. 특히 개인연구를 중심으로 연구수행의 자율성을 보장할 수 있는 연구장려금(Grants) 형태의 지원을 강화해야 한다. 연구장려금(Grants)이란 정부가 연구자의 연구수행과정에 개입하지 않고 자금, 연구장비, 서비스 등을 지원하는 방식이다. 우리 정부도 개인연구지원사업을 중심으로 연구자 선정 시 연구자 역량부문의 비중을 높이고 연차점검, 최종평가 등을 축소하는 등 연구수행과정에의 개입을 줄여나가고 있다. 그러나 아직 연구자의 역량만을 평가하여 연구자를 지원하는 방식은 시행하지 않고 있다. 일부에서는 연구자 역량 평가방식의 공정성 문제에 대한 우려를 표명하기도 한다. 이 문제에 대해서는 앞서 언급한 미국 하워드휴즈의학연구소(HHMI)의 사례를 참고하면 좋을 듯하다. HHMI에서는 세계 최고 저명인사로 구성된 패널과 연구자 간의 인터뷰 과정을 통해 정성적으로 연구자를 평가하여 선정한다. 연구자의 창의적 연구역량은 객관적인 정량적 데이터로는 평가할 수 없으며 최고 과학자가 최고 연구자를 판별할 수 있다는 철학을 기반으로 하는 것이다.