위기 대응 매뉴얼에서 위기시 복구에 대한 대응방안이 마련되어야 하는데 항만시설의 경우 국가 사회간접자본이기도 한 시설의 복구문제는 국가와 운영주체가 일정부분씩 복구비용을 감당하여 갈등을 방지 할 수 있도록 매뉴얼화 해야 한다. 
이를 위해서는 다음과 같은 정책적 시스템이 마련되어야 할 것이다. 첫째, 각종 위기 대응 매뉴얼에서 복구를 위한 대응방안 등이 마련되어야 할 것이다. 물론 국가 중요시설물이면서 상업적 시설이기도 한 항만시설물의 복구문제는 항만시설물의 소유권자인 국가 또는 개인이 부담해야 할 것이다. 하지만 상업적 시설 이전에 국가중요시설물로서 국가 경제의 기반이 되는 항만이 국가재난(자연재해, 테러, 전쟁, 정전, 사이버테러 등)에 의해 그 기능이 마비될 경우 국가에서 일정부분 복구를 위한 비용을 부담해야 한다. 아울러 상업적 시설물의 운영을 통해 이익을 창출하고 있는 항만운영사 또는 항만공사 등도 복구 비용을 부담해야 하므로 두 기관 간 비용 부담에 대한 갈등 문제가 대두될 수 있다. 그렇기 때문에 복구 대응방안 마련 시 반드시 관련 기관 간의 역할 문제, 비용 부담 문제 등도 함께 다루어져야 할 것이다.