종자소독은 볍씨발아기로 수온 60도 10분-냉수 10분-수온 30도에서 약제소독 후 세척한다. 약제소독은 10분 이하여야 하며 사용한 물은 정화 후 버려야 한다.
일반적으로 종자소독의 효과를 높이기 위해 균일한 온도 유지가 가능한 볍씨발아기를 이용하여 온탕침법과 약제혼용침지소독 등을 실시한다. 물 온도 60℃에서 10분간 담근 후 바로 10분간 냉수처리하고, 물 온도 30℃에서 24시간 약제침지소독 후 맑은 물로 2~3회 세척하여 싹틔우기를 실시하면 된다. 담근 시간이 10분이 넘어가면 종자가 손상되어 발아 불량이 생길 수 있으므로 주의한다. 종자소독에 사용한 소독물은 하수구나 하천에 바로 버리면 하천의 오염원이 되므로 반드시 석회, 볏짚재, 흙 등을 넣어 정화한 후 유휴지나 퇴비사에 버려야 한다.