제3장의 제1절 사업 추진 전략에서는 제도개선 방향을 점검하였고, 제2절 사업추진체계에서는 관리 체계 및 평가의 실태를 점검하였다.
제3장에서는 사업 추진전략 및 추진체계를 검토하였다. 제1절 사업 추진 전략 부문에서는 연구중심병원사업 기획 당시 제시되었던 제도개선(안)과, 사업 시행 중 적용된 제도개선사항, 향후 사업의 성공을 위해 필요한 제도개선 방향을 점검하였다. 또한, 연구중심병원 구상의 핵심 아이디어인 개방형 R&D 플랫폼 개념이 현장에서 어떻게 적용되고 있으며, 어떤 방향으로 나아가야 할 지를 제시하였다. 제2절 사업추진체계 부문에서는 연구중심병원 사업의 관리 체계 및 연구중심병원 재지정평가의 실태를 점검하고 유관 사업과의 유사·중복 이슈를 검토하였다.