공적의료보장체계의 의사결정에서는 국가적 차원의 급여 여부나 기준, 항목에 관한 결정에 대해 고려할 수 있다. 특히 급여 여부는 신약, 신의료기술 등과 관련한 것이다. 최근 신약의 경우에는, 그동안의 부족했던 직접 비교임상연구를 보완하기 위해 간접비교연구를 사용하고자 한다. 혹 국가적 부담이 크다면 연구 설계나 수행 등을 충분히 고려한 후 조건부 급여를 인정하여 비교효과연구를 진행해야 한다.
먼저 공적의료보장체계에서의 의사결정에는 국민건강보험과 의료급여의 급여 여부에 대한 의사결정, 급여기준 마련, 기존 급여항목에 대한 재평가 및 보장성 강화의 우선순위 결정과 같은 국가적인 차원에서 영향을 주는 과정을 고려해 볼 수 있다. 이중 급여 여부에 대한 의사결정은 신의료기술의 도입과정에 대한 것으로써 신약의 급여 결정 및 의사의 행위에 대한 신의료기술의 급여 결정을 고려할 수 있다. 현재까지는 신약의 경우 효과의 개선과 이와 더불어 가격의 상승을 가져오는 경우 해당 제약사에서 경제성 평가 자료를 제출하고, 건강보험심사평가원의 약제급여전문위원회에서 이에 대한 평가를 하여 급여 여부를 결정하며 급여로 결정된 경우에는 건강보험공단에서 가격협상을 통해 가격을 결정한 후 건강보험정책심의위원회에서 최종 승인을 걸쳐 결정하는 프로세스를 갖고 있는데 많은 경우 신약과 기존의 대체 가능한 약 간의 직접 비교임상연구가 부족하므로 최근에는 간접비교연구를 통한 자료를 갖고 비교효과를 가늠하려하고 있는데 국가적 부담이 큰 경우 일정 기간 급여를 인정하면서 비교효과임상연구를 진행할 필요가 있다. 이는 위험분담제도(risk sharing scheme)하에 조건부급여를 인정하는 것도 정부가 적극적으로 고려하고 있어서 이러한 임상연구는 조건이 된다면 반드시 비교효과연구로 진행하는 것이 그 취지에 있어서 맞다. 이런 경우 연구의 설계, 비용의 분담 정책 그리고 연구의 수행 및 데이터 수집 분석의 주체에 대한 게임의 룰이 있어야 하며 이 과정에서 비교효과연구의 개념이 충분히 반영되어야 할 것이다.