우리나라의 토종 종자는 근대화 이후 많이 사라졌다. 하지만 여전히 일부 지역에서는 중요 식량 작물을 보전하고 있다.
사실 우리나라의 토종 종자는 근대화가 시작된 이후로 많이 사라진 상황이며, 이는 세계 공통의 문제이다. 그럼에도 불구하고 우리나라에는 이천 자채방아마을의 자채미(紫采米), 김포 안동권씨 지사공파의 자광미, 남원 청보리, 순창 땅개보리, 성주 왜동보리, 함안·흑산·제천 찰보리, 소맥재래밀, 충남 재래밀 등의 중요 식량 작물을 보전하고 있다. 이외에도 모래조, 호조, 청미실, 강돌립, 국분, 사위속임 등의 재미있는 이름을 가진 조와 벼룩기장, 황기장, 흰기장, 찰옥수수, 쥐이빨 옥수수, 청태, 좀콩, 납작콩, 한아가리콩, 호랑이콩, 수박태, 아주까리 콩 등 헤아릴 수 없이 많은 토종 작물이 자라고 있다.