GMOs의 안전성에 대한 논쟁이 법정으로까지 이어져 2005년 캘리포니아 연방법원은 몬산토사의 유전자 변형 알파파가 주변작물에 미치는 환경영향 분석의 실패를 이유로 출시 승인을 유예했고,  2006년 미국 연방법원도 환경영향평가 재실시와 평가 완료전까지 판매중단을 판결했다. 결국 2010년 대법원이 생산금지 명령을 철회했지만, 안전성에 논란이 끊이지 않는데, 이는 GMOs가 인체와 생태계에 미칠 영향에 대한 과학적 검증이 불충분하다는 것을 보여준다.
GMOs의 안전성에 대한 과학계 논쟁은 법정 논쟁으로 이어지고 있다. 일례로 2005년 몬산토사는 유전자변형 알파파(Round Ready Alfalfa)를 최초 출시하기 전 미국 FDA의 평가와 APHIS의 승인을 받는다. 하지만 캘리포니아 연방법원은 유전자변형 알파파가 주변 작물에 미치는 환경영향을 완벽하게 분석하는데 실패하여 APHIS의 FONSI(Finding of No Significant Impact) 승인을 2년간 유예한다고 판결했다. 그리고 2006년 기존의 종자회사, 환경운동가, 소비자 그룹이 제기한 소송에서 미국 연방법원은 기존 APHIS의 환경영향평가의 증거가 불충분하므로 유전자변형 알파파의 환경영향평가를 다시 실시할 것과 APHIS의 환경영향평가가 완료되기 전까지 유전자변형 알파파의 판매를 중단하라고 판결했다(한국바이오안전성정보센터 2010). 연방법원의 지시에 따라 미국 농림부 APHIS는 유전자변형 알파파에 대한 환경영향평가를 재실시하여 2009년 초고를 완성하고 60일간의 공개의견청취 과정을 거쳐 2010년 초 기존의 FONSI 승인 결정을 재확인하는 보고서를 발표했다. 동시에 몬산토사는 미국 대법원에 연방법원의 결정을 재심사해달라고 청구하였고 2010년 대법원은 유전자변형 알파파의 생산 금지 명령을 철회한다. 그럼에도 불구하고 대법원과 APHIS 사이 유전자변형 알파파의 안전성에 대한 이견이 여전히 존재하며, APHIS는 대법원에서 권고한 “부분적 규제하에서의 허용”지침을 받아들이지 않고 있는 상황이다(농림수산식품기술기획평가원 2011:4). 이렇듯 끊이지 않고 있는 과학계 및 법조계 논쟁은 GMOs가 인체 건강 및 생태계에 미칠 영향에 관한 과학적 검증이 여전히 불충분함을 단적으로 보여준다.