기기분석을 위한 정제과정으로 크로마토그래피법을 사용하는데 분리 효율은 높으나 검체 주입량이 작다는 단점이 있어 주로 최종 정제단계에서 사용한다. 흡착, 분배, 겔 침투 및 이온교환의 원리로 실제적 분리가 이루어지고 분석 대상성분 및 간섭물질의 특성에 따라 흡착크로마토그래피법, 분배크로마토그래피법, 겔 투과 크로마토그래피법, 이온교환 크로마토그래피법 등의 분리양식을 선택한다. 분리체계의 사용형태로 분류하기도 하는데 원리는 동일하다.
기기분석을 위한 최종 정제과정으로 가장 많이 사용되는 크로마토그래피법은 고정상과 이동상으로 이루어진 분리 체계에서 화합물들의 고정상/이동상간 서로 상이한 분포특성을 이용하여 이동속도의 차이로 화합물들을 분리하는 방법으로 분리 효율은 높으나 검체 주입량이 비교적 작은 (수 mg∼수백 mg) 단점이 있어, 주로 액-액분배 후 최종 정제 단계에서 사용된다. 크로마토그래피법에서의 실제적 분리 원리는 흡착 (adsorption), 분배 (partition), 겔 침투 (gel permeation) 및 이온교환 (ionexchange) 이고, 분석 대상성분 및 간섭물질의 특성에 따라 적절한 분리 양식의 선택이 가능하다. 흡착크로마토그래피법은 고체 고정상 표면에 대한 물질 간 흡착 정도의 차이를 이용한 분리법이고, 분배크로마토그래피법은 이동상과 액체 고정상에 대한 물질 간 분배 정도의 차이를 이용한 분리법이다. 겔 투과 (gel permeation) 크로마토그래피는 분자의 크기 (분자량) 차이를 이용한 분리법이고, 이온교환 크로마토그래피는 이온성 화합물들의 정제과정에 주로 사용된다. 크로마토그래피법은 이러한 분리 원리에 따른 분류 뿐 만 아니라 관행적으로 분리체계의 사용 형태를 기준으로 분류한다. 즉 관 형태인 경우는 column chromatography, sorbent를 얇은 두께로 입힌 판의 형태이면 박층 크로마토그래피 (thin layer chromatography, TLC), 최근에 상용화된 소형 column의 카트리지 형태인 경우는 고상추출법 (SPE) 이라고 편의상 구분하는데, 형태나 과정은 다소 상이하나 분리에 이용되는 원리는 동일하다.