공공부문의 자율성과 그에 따른 평가 및 책임은 점점 변화하고 있다. 처음 연구 장려금 지원 방식은 평가에 대한 결과로 지원을 하는 것이 아니기에 억압되지 않고 자유가 있었지만 80년대 이후 성과에 대한 압박이 생기면서 점차 책임성이 증가되었다. 
제3장에서는 전통적인 학문의 자유 개념이 고등교육의 양적 증가와 지식 기반 사회에서 대학에 대한 사회적 요구 확대, 그리고 이를 달성하기 위한 공공 지원의 확대에 따라 변화하는 과정을 살펴볼 것이다. 정부 등 공공의 연구비 지원은 최종 결과에 대한 별도의 평가 없이 연구자에게 보조금의 형태로 지원하는 연구 장려금(Grant) 방식과 주로 최종 성과의 유용성을 중요하게 평가하며 계약(Contract)에 의해 지원되는 방식으로 구분된다. 연구 장려금 지원 방식에서는 정부가 연구자의 연구 수행에 개입하지 않고 자금만을 지원하므로 연구자의 자율을 중시한다. 그러나 80년대 이후 연구의 상업화와 학문 자본주의의 확산, 신자유주의와 글로벌 경쟁 심화에 따라 공공 자금이 투자된 과학 연구의 성과를 중시하게 되었고 경제성장이나 국가 경쟁력에 기여할 것을 과학자의 책임(Responsibility)으로 점차 강조하고 있다. 따라서 비록 사전적으로는 자율은 반드시 책임을 수반하고 자율과 책임이 서로 상반되는 개념은 아니지만 연구자와 연구비 지원 기관이 어떤 측면을 더 강조하고 여러 대안 중에서 어떤 기준에 따라 선택하는지는 뚜렷이 구별된다. 제3장에서는 미국 NSF와 NIH의 대표적인 연구비 지원 방식을 자율과 책임이라는 기준으로 구분하여 비교하고 기초 연구와 목적성 연구에 서로 다른 기준이 적용되고 있음을 살펴볼 것이다.