출연연구기관은 전자통신분야를 비롯, 공공 거대기술분야에서 기술개발 및 산업 기반을 다지는데 많이 기여하였음에도 불구하고 비판적 의견이 지속적으로 제기되고 있다.
출연연구기관은 지난 50여년간 역사적 발전과정을 통해 국가 경제발전을 위한 기술개발 임무와 역할을 수행해 왔으며 산업 기반을 확고히 하는데 많은 기여를 해 왔다. 특히 TDX개발, DRAM 개발, CDMA 개발 등 전자통신분야의 혁신적 성과를 비롯해 한국형 고속철 개발, 한국형 원자로 개발 등 공공 거대기술분야에서의 성과는 세계적인 기술적 성과로 손꼽히고 있다. 그러나 이러한 성과에도 불구하고 국가혁신시스템에서 출연연구기관의 역할 부족, 연구생산성 부족, 산업계 수요에의 대응 능력 부족 등 비판적 의견들이 지속적으로 제기되고 있다.