2018년 감사원은 특정 컨테이너가 검역장소로 반입된 경우 인증원 관리가 잘 운영되는지 확인하기 위해 감사를 실시하였다. 그 결과 약 3% 정도 인증원 관리가 누락된 것으로 밝혀졌다.
실제로 이번 감사원 감사기간(2018. 8. 30. ∼ 9. 19.) 중 재식용 식물 컨테이너가 검역장소로 반입된 경우 인증원의 관리가 제대로 이루어지는지 확인하기 위해 검역본부 중부지역본부를 대상으로 2017년 중 검역신청 건수가 많은 상위 2개의 달(月)을 선정하여 총 337건에 대하여 인증원의 관리 누락 여부를 점검한 결과, [별표 14] “중부지역본부의 관리 누락 현황”과 같이 주식회사 △△ 보세창고의 경우 ▷▷농원이 수입하여 검역신청(검역신청번호: ㄱ)한 산세베리아 묘목 123,509개(재식용 식물 컨테이너 번호: ㄴ)에 대하여 인증원의 검사 없이 재식용 식물 컨테이너를 개봉 및 하역하는 등 총 337건 중 13건에 대하여 인증원의 관리가 누락된 것으로 확인되었다.