해양과학기술 연구개발은 해양경제의 진흥도 목표로 하고 있으므로 해양경제와 해양과학기술의 연계분석과 미래지향적인 해양산업 진흥 연구개발을 추진하는 방향설정도 필요하다. 
해양과학기술 연구개발이 해양경제 진흥을 위해서만 필요한 것은 아니지만, 해양경제 진흥 또한 해양과학기술 연구개발의 주요 목적 중 하나임은 분명하다. 따라서 해양경제와 해양과학기술의 연계 분석과 이에 근거한 연구개발 방향설정이 필요하다. 특히 해양산업 진흥을 위한 연구가 MT2020 계획의 핵심으로 설정되어 있는 바, 시의 적절하면서도 미래지향적인 해양산업 진흥 연구개발이 추진되어야 할 것이다. 예를 들어 현재 어려움을 겪고 있는 해운, 조선업의 5-10년 후를 예측하고, 이에 선제 대응할 수 있는 연구개발을 신속히 수행하며, 특히 연구개발 능력이 부족한 중소기업을 위한 연구개발 및 기술, 정책지원 등에 관한 신뢰할 수 있고 실효성 있는 연구개발 성과물이 국책연구소를 중심으로 도출되어야 할 것이다.