1999년에는 단일 이사회를 갖는 3개의 연구회를 국무총리실 산하 기관으로 설립하여 지원 하였다. 자율성을 확대하는 것이 목적이었으나 부정적 여론이 확산되었다. 관련 부처는 직접 관리하는 연구 개발 사업단을 확대하기 시작해 경쟁에 일조하였다.
1999년에는 당시 행정 개혁 위원회가 중심이 되어 독일과 영국의 연구회 체제를 벤치마킹하여 출연연을 기초 기술 연구, 공공 기술 연구, 산업 기술 연구 분야로 나누고 각각 분야별로 단일 이사회를 갖는 3개의 연구회를 국무총리실 산하 기관으로 설립하여 출연연의 관리와 지원을 하도록 하였다. 이는 부처의 과도한 간섭과 관료주의를 완화하고 출연연의 자율성 및 범부처적 활용을 확대하는 것이 목적이었으나 기획재정부가 연구회의 자율적 예산 배정권을 삭제하고 조직 규모를 대폭 축소함으로써 자율적 지원 기능은 약화되고 관리 기능만 남게 되면서 연구회가 또 하나의 관리 기구로 위치한다는 부정적 여론이 확산되었다. 한편, 관련 부처는 연구회가 국무총리실 산하로 되면서 부처의 정부 연구 개발 사업 집행 관할권이 약화되자 경쟁적으로 부처가 직접 관리하는 연구 개발 사업단을 확대하기 시작하였고 이는 대학과 출연연의 경쟁, 출연연 간의 경쟁을 확대하는 데 일조하였다.