학문의 자유가 필수적 가치로 인정되어 온 것은 학문의 자유의 구체적인 의미를 논하지 못하였으며, 서로 다른 층위의 자유의 개념이 상충할 수 있다는 가능성에 대해 의견 차이를 만들어 낼만한 실질적 내용이 없었기 때문이다. 
그런데 학문의 자유, 혹은 연구의 자율이 구체적으로 무엇을 의미 하는 지에 대한 논 의는 막상 별로 없었다. 학문의 자유에 대한 최근의 학술적 논의들은 개인 차원의 자유, 기관 차원의 자유, 과학자 집단 차원의 자유 등 서로 다른 층위의 자유의 개념이 서로 상충할 수도 있음을 지적하고 있다. 예를 들어 독일이 2012년에 제정한 「학술 연구 자유법(Academic Freedom Act)」은 우수 연구자에 대한 임금 제한 폐지와 함께 예산과 인력의 자율적 운영을 주요 내용으로 하는데 연구 기획과 연구비 운영에서 기관 차원의 자유를 확대하는 것은 개인 차원의 연구의 자유를 훼손할 가능성이 있다. 지금까지 학문의 자유가 반드시 추구해야 할 가치로 받아 들여진 것은 역설적으로 여기에 의견의 차이를 부를만한 실질적 내용이 없기 때문이라고 보아도 무방할 것이다.