의료기술평가의 도입으로 인해 자연과학과 사회과학, 사기업과 공공건강보장제도의 갈등구조와 맞춤의료의 비용효과성 산출의 어려움, 이로 인한 재정부담을 지게 되는 보험자의 입장, 기존 기술 재평가와 급여 삭제 제도 등의 논의가 필요하다.
양봉민(2013)은 앞으로 의료기술평가가 정책 도구로 사용되고 제도적으로 도입됨에 따라 제기되고 있는 이슈를 다음과 같이 말하고 있다. 우선 이해당사자간 갈등구조로서 자연과학과 사회과학이 접목된 학문적 특성, 이윤을 추구하는 사적 기업과 공익을 추구하는 건강보장제도가 희소자원 사용 관점에서 충돌하는 등을 고려할 때 정책 수단으로서의 의료기술평가의 복잡성을 들 수 있다. 다음으로 진단과 의약품이 함께 고려되는 맞춤의료 등과 같이 비용효과성 산출이 학문적 어렵다거나 이로 인해 발생하게 되는 재정부담에 대한 보험자 입장의 다기성 또한 지적된다. 그리고 새로운 기술 중심으로 하는 급여의사결정을 위한 의료기술평가 외에도 기존 기술 재평가나 급여 삭제(disinvestment) 제도 마련 필요성도 제기되고 있다. 또한 의료기술평가 기관의 질적 수준 유지를 위한 전문성 확보와 더불어 유사한 의료기술평가에 있어 국가 간 자료 이전(transfer)에 관한 문제도 가능성과 방법이 논의되어야 하는 것으로 지적하고 있다.