큰꽃삽주 재배는 안전방제 약제 선발을 하고 있지만 정식 등록되지 않아서 예방이 중요한데, 습할 때 발생하므로 과습침수되지 않게 좋은 흙을 선정해야 한다.
농촌진흥청에서는 큰꽃삽주 재배에서 문제가 되는 역병을 방제하고자 안전방제 약제 선발을 진행하고 있으나 역병 방제 약제는 정식으로 등록되어 있지 않다. 따라서 삽주 역병은 무엇보다 예방이 가장 중요하다. 균의 특성상 여름철 과습한 흙에서 많이 발생하므로 우기에 물이 많이 고이거나 과습·침수되지 않도록 물빼기를 확실하게 해줄 필요가 있다. 역병에 감수성이 있는 인삼, 구기자, 당귀, 오미자, 황기를 전작물로 한 흙에 후작물로 삽주를 재배할 때는 역병 발생에 주의해야 한다. 또한 습하지 않고 성질이 너무 건조하지 않으며 물빠짐이 좋은 흙을 선정하는 것이 중요하다.