첨단융합기술개발사업은 사업목적이 구체적이지 않고 이로인해 사업내용의 일관성이 부족하고, 내역사업간의 성과 편차가 심한부분도 문제로 지적되고 있다.  그리고 이 사업은 산업부와 미래부의 공동사업으로 산업부는 적절한 성과목표와 지표관리 체계구축이 필요하며 미래부에서 또한 사업목표의 내용과의 연계성 부족과 환경변화에 대응한 성과의 목표관리가 필요하다고 할 수 있다.
먼저 첨단융합기술개발사업의 경우, 사업목적에서 융합을 표방하고 있으나 융합에 대한 명확한 정의와 범위가 없어 사업 목적이 구체적이지 않다는 지적이 있었다. 이에 따라 하위 내역사업의 빈번한 이관 및 신설 등으로 사업 내용의 일관성이 부족하다는 평이었다. 내역사업 중 일부는 산업부 및 환경부의 타 사업과 유사·중복성이 존재한다는 지적도 있었다. 사업성과 측면에서는 내역사업 중 미래유망융합기술파이오니어 사업은 논문, 특허 성과의 측면에서 양적·질적으로 우수하지만, 여타 내역사업 등은 상대적으로 성과가 미약하여 내역사업 간 편차가 심한 것도 문제점으로지적되었다(채우철 외, 2013). 첨단융복합콘텐츠기술개발 사업의 경우, 동 사업이 기초기술보다 응용·개발 기술 지원에 중점을 두고 있지만, 성과지표로 기술이전보다 논문에 높은 가중치를 부여한 것은 문제점이라고 지적하였다. 또한 성과의 질적수준을 판단할 수 있는 근거가 부족하며, 일부 제시된 성과는 객관성이 부족하다고 평하였다(국가과학기술위원회, 2012). 산업융합기술산업원천기술개발 사업의 경우, 산업부와 미래부의 공동사업이기 때문에 각 부처 담당 내역사업에 대해 구분하여 평가의견이 제시되었다. 산업부 부문에 대해서는 사업목표가 내용과 연계성이부족하고, 적절한 성과목표·지표 관리 체계 구축이 필요하다는 지적이 있었다. 미래부 부문에 대해서는 마찬가지로 사업목표와 내용과의 연계성 부족과 환경변화에 대응한 성과의 목표관리가 필요함을 지적하였다. 특히 논문, 특허의 질적 우수성을 제고하고 적절한 분석기법 개발을 통해 사업의 효과성 검증이 필요하다는 의견도 있었다(미래창조과학부, 2014d). 중소기업융복합기술개발 사업의 경우, 사업성과를 정량적으로 분석·제시할 필요가 있으며, 연구과제의 주요 수행주체가 중소기업인데 비해 특허성과가 미흡하다고 지적하였다(미래창조과학부, 2014d).