행복농장은 농업을 기반으로 하여, 정신질환자의 자립을 돕는 '자연구시 프로그램'과 다양한 대상의 심리 치유와 자립을 돕는 '행복체험 프로그램'을 운영했다. 
행복농장은 2016년 한해 동안 복지관 또는 기관에 소속된 만성 정신질환자를 대상으로 농업을 기반으로 한 체험과 기술을 통해 사회 속에서 자립이 가능하게 돕는다는 취지의 프로그램을 운영했다. ‘자연구시 프로그램’이라고 이름 붙였다. 그리고 미혼모, 탈북자녀, 청소년, 노숙자, 자살유가족 등 다양한 대상의 심리적 치유와 자립을 위해 농업을 기반으로 한 프로그램과 목공, 요리 등을 운영하는 ‘행복체험 프로그램’도 운영하였다. 프로그램들을 체계화하여 한해 동안 운영한 결과, 2017년에는 ‘자연구시 프로그램’만 운영하기로 했다. 우선은 원예작물을 재배하는 농장으로서 경제적 기반을 탄탄하게 해야 한다고 판단했기 때문이다.