예타 시 사업목표를 현재 사업목표로 바꾸는 것과 관련하여 구체적인 근거가 없기 때문에 과연 목표를 변경하는 것이 적합한지 판단하기가 어렵다. 이로 인해 해당 사업의 최종적인 목표가 애매해지는 결과를 초래하였다.
또한 예타 시 제시된 사업목표를 현재 사업목표로 변경한 것에 대해 구체적인 근거가 제시되지 않아, 목표변경의 타당성을 확인하기가 어려우며, 이로 인해 본 사업의 최종 목표가 모호해지는 결과를 야기한 것으로 보인다. 예타를 통해 확정된 사업목표를 수정하기 위하여 모든 품종의 국내외 시장 현황 및 현재 매출액, 수출액, 참여기업의 역량, 국내 자급률 및 시장점유율, 향후 전망 등의 면밀한 분석을 통하여 예타 대비 목표치 하향 조정에 대한 타당한 근거를 제시 하여야 함에도 구체적인 자료를 확인 할 수 없었으며, 일부 부분적인 품목만을 확인할 수 있었다. 또한 본 사업의 취지에 걸맞은 신품종 등록 목표의 경우 예타 시 국내/해외로 구분되어 있었음에도 불구하고, 상세 기획 이후 국내(외)등록 혹은 국내등록, 품종등록으로 지표 레벨의 수정으로 인해 최종 목표의 본질이 흐려진 것으로 보인다.