현행 항만법만으로 항만재개발사업을 추진하는 것에 한계가 있다. 항만 사업은 대규모 개발사업이지만 추진 절차와 규정이 항만법에 담겨 있어서 혼선이 일어날 가능성이 높다. 특히 토지개량 사업 등의 사업비 규정이 없어 심각한 혼선이 일어나고 있다.
첫째, 현행 항만법만으로는 항만재개발사업을 원활하게 추진하기 어렵다. 항만의 역사가 100여 년이 넘어가면서 경제발전에 따라 항만재개발사업은 항만과 도시 간 공생발전을 통해 국가 경제에 기여하고 지역 경제를 활성화할 수 있는 중요성을 지닌 대규모 개발사업이라고 할 수 있다. 그러나 사업 추진 관련 절차와 적용 규정이  ｢항만법」내에 포함되어 있기 때문에 사업 추진을 위해 필요한 세부적인 규정을 세세히 규정할 수 없는 한계가 있고 이에 따라 항만재개발사업을 추진하는 과정에서 많은 혼선이 야기되고 있다. 특히, 매립 또는 토지개량 사업을 통해 투입된 총 사업비만큼 토지를 확보하는 재개발사업의 경우 가장 중요한 총 사업비 규정이 없어 사업자에게 많은 혼선을 초래하고 있다. 물론 항만재개발사업 추진을 위한 협상 일반 지침에는 총 사업비 항목이 규정되어 있으나 이는 내부 방침으로서 법률에서 규정하는 것과 차이가 크다.