농진청과 검역본부의 정책이 서로 상충하여 방해충에 대한 예찰, 방제업무가 적절하게 실시되지 않는다는 우려가 있다.
그 결과 농진청(재해대응과)이 해당 병해충의 국내 분포 사실 자체를 인지하지 못하여 해당 병해충에 대한 국가 관리 필요성에 대한 검토가 이루어지지 아니하거나 실제로는 박멸 또는 확산방지를 위해 관리하고 있는 병해충이 ‘농작물 병해충 예찰방제보고서(연보)’ 및 ‘농작물 병해충 예찰방제 계획’ 등에 포함되지 아니하는 등의 사유로 검역본부가 해당 병해충의 국가 관리 여부를 확인할 수 없어 그대로 비검역병해충으로 분류되는 등 병해충에 대한 국경 검역정책과 예찰방제정책이 서로 상충되어 검역 및 예찰‧방제업무가 제대로 이루어지지 아니할 우려가 있다.