사전환경성검토 대상 행정계획은 개발 사업에 직접적인 영향을 미치는 계획으로 환경적 대응에는 한계가 있었다. 사전환경성검토가 필요한 협의 근거가 누락된 경우가 많았으며 전략환경영향평가로 명칭이 변경되며 일부 조정되었으나 주요 상위 행정계획은 대부분 제외되었다. 이러한 문제들로 체계적 환경성 검토가 이루어지기 어려운 상황이다.
사전환경성검토 대상 행정계획은 대부분이 지구 지정, 예정지역 지정, 사업 시행계획 등 개발 사업에 직접적인 영향을 미치는 계획으로 사전환경성검토를 통한 환경적 대응에는 한계가 있었다(환경부, 2006). 초기 사전환경성검토 대상 행정계획은 환경정책기본법 상에 협의 근거가 있는 상위 행정계획은 39개(동 법에 의한 행정계획 10개, 개별 법령에 근거를 두고 있고 환경정책기본법에 의한 구비 서류 적용을 받는 행정계획 29개) 행정계획 뿐이었고 사전환경성검토가 필요한 행정계획 중 협의 근거가 누락된 경우가 많았다. 이후 검토 대상 행정계획의 범위가 2012년 환경정책기본법이 개정되기 전까지 93개로 확대되었다. 하지만 아직도 환경에 영향을 미치는 다수의 개발 사업 관련 계획이 누락되어 있는 실정이며 2012년 환경영향평가법 전부 개정 후 기존 사전환경성검토 대상계획 93개에서 5개 계획은 삭제되고 13개 계획이 추가되었다. 하지만 기존의 사전환경성검토가 전략환경영향평가로 명칭이 변경되면서 일부 평가대상 계획 및 사업이 조정되었으나 여전히 환경성검토가 필요한 정책적 계획 성격을 갖는 주요 상위 행정계획은 대부분 제외되었다. 또한 대상계획의 종류만 기준으로 평가서의 작성 여부를 결정하게 되기 때문에 현재는 대상계획에 포함되어 있지 않지만 환경영향이 중대한 사업 계획의 경우, 평가서 작성이 면제되기 때문에 추가적으로 상위 행정계획에 포함하도록 하는 것이 필요하다(환경부, 2010). 이러한 문제들로 인하여 우리나라에서는 상위 계획 수립 단계부터 개발 사업 시행 시까지 체계적인 환경성 검토가 이루어지기는 어려운 상황이었다.