약용작물 GAP 인증 면적이 늘지 않는 큰 이유 중 하나는 농가에서 사용가능한 작목별 GAP적용 약제가 매우 부족하기 때문이다. 약용작물에서 발생하는 병원균과 해충이 걸림돌로 작용하고 있다.
현재 국내에서 재배 중인 농림축산식품부의 통계자료(특용작물 생산실적)에 수록된 약용 작물은 당귀를 비롯해 모두 60여 작목으로 재배 면적이 1만 4,847㏊에 이른다. 하지만 약용작물 GAP 인증 면적은 1,112㏊로 전체 재배 면적의 7.4%에 불과하다(2014). 이렇게 GAP에 따른 재배 면적이 늘어나지 않는 큰 이유 중 하나는 농가에서 사용가능한 작목별 GAP 적용 약제가 매우 부족하기 때문이다. 실제로 약용 작물에서 발생하는 병해충과 잡초를 방제하기 위한 약제가 한 품목이라도 등록되어 있는 작목은 23작목에 불과하다. 이마저도 오래전 약효시험을 거쳐 등록된 약제가 많아 실제 농가 포장에서 사용할 때 내성 병원균과 해충의 출현으로 약효를 보지 못하는 경우가 종종 발생하고 있다. 이러한 문제들이 약용 작물 GAP 확대에 걸림돌로 작용하고 있다.