조특법 개정으로 중소기업 및 석/박사 관련 연구개발비 세액공제액이 최저한세 적용대상에서 제외되었으며 이후 석, 박사 관련 연구개발비 세액공제액은 다시 적용대상이 되었다.
그리고 조특법 제132조 제1항의 개정 연혁을 살펴보면, [표]와 같이 2003. 12. 30. 구 조특법(법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 제1항 제3호의 규정이 개정됨에 따라 종전의 구 조특법(법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제132조 제1항 제3호에 포함되어 최저한세 적용대상이었던 조특법 제10조의 연구·인력개발비 세액공제액 중 ‘중소기업의 연구·인력개발비 세액공제액’과 ‘중소기업이 아닌 자의 연구·인력개발비 세액공제액 중 석사 및 박사의 인건비의 비율에 해당되는 연구·인력개발비 세액공제액’(이하 “석·박사 관련 연구개발비 세액공제액”이라 한다)은 2004. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터는 최저한세 적용대상에서 제외되었다가 2011. 12. 31. 구 조특법(법률 제11133호로 개정된 것) 제132조 제1항 제3호의 규정이 다시 개정됨에 따라 앞서 2003. 12. 30. 구 조특법(법률 제7003호로 개정된 것) 개정 시 최저한세 적용대상에서 제외되었던 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 다시 최저한세 적용대상이 되었다.