혁신활동성과는 기업의 규모와 균등하지 않고 대기업에 집중된다. 그런데 기업혁신 조사에서 대기업의 70%가 조사에 참여하지 않아, 국제 비교에서 한국은 투자에 비해서 유난히 낮은 혁신 성과를 내는 것으로 나온다.
혁신활동과 성과는 기업 규모별로 균등하게 일어나지 않고 대기업에 집중되는 경향이 있으며 대기업 수가 상대적으로 적기 때문에 한국 기업 혁신 조사는 대기업 층을 전수조사 층으로 삼고 있다. 따라서 이 층에서는 표본대체가 불가능한데 회수율은 30% 내외에 머무른다. 즉, 대기업의 70%는 혁신 조사로부터 제외되며 결과적으로 한국 기업 혁신 조사 의 표본구성은 중소기업이 모집단에 비해 많 이 조사되는 구조가 된다. 물론 모수추정 과정에서는 이를 반영하여 가중치를 조정하지만, 대기업과 중소기업의 격차가 워낙 크고 대기업 중에서도 혁신 활동의 분산이 커서 가중치 조정만으로 누락 정 보를 보완하는 데에는 한계가 있다. 국제 비교 결과에서도 한국이 투자에 비해 혁신 성과가 유난히 낮은 것으로 나오는데, 여기에는 이러한 조사의 한계도 일부 기여하고 있는 것으로 추론된다.