공지 물질의 새로운 용도부터 최종적으로 인간을 치료하는 방법 발명까지 각 단계별로 특허를 어디까지 허용할 것인지는 자국의 산업 발달 정도와 국민의 보건에 미치는 영향을 고려하여 정책적으로 판단하여야 한다.
공지 물질의 새로운 용도에 대해서만 특허를 허용할 것인지, 제2 용도발명까지 특허를 허용할 것인지, 새로운 투여 용법･용량까지 특허를 허용할 것인지, 이에 더 나아가 인간을 치료하는 방법 발명에 대해서까지 특허를 허용할 것인지는 자국의 산업 발달 정도와 국민의 보건에 미치는 영향을 고려하여 정책적으로 판단할 문제이다. 미국은 일찍이 특허법을 개정하여 인간을 치료하는 방법 발명에 대해서도 특허 적격성을 인정한 바 있고, 치료방법 발명의 특허성에 대해 전통적으로 부정적 입장을 취하던 유럽은 개정 유럽 특허 조약(EPC 2000)에서 특정의 투여용량･용법을 포함한 제2 의약용도 발명도 특허로 보호받을 수 있다는 점을 명확히 한 바 있다. 일본 또한 자국의 경쟁력 강화를 위해 첨단 의료기술을 특허로 보호해야 한다는 인식하에 투여 용량･용법에 특징이 있는 의약 발명을 적극적으로 보호하기 시작하였다.