출연연이 기초연구와 원천기술연구를 통한 시너지창출 방안이 마련되야 하는데, 정부연구개발사업은 대부분 독자적으로 이뤄지고 있는 바 민간기업과 공동연구를 통해 기술이전과 확산을 높여야하며, 공공연구기관 역시 연구의 실용화제고 및 스핀오프를 위해 민간기업과 협력을 확대해야한다.
2015년 기준으로 전체 국가연구개발투자의 41.4%를 수행하고 있는 출연연이 기초연구와 원천기술연구를 통해 전반적 지식증진, 지식의 전파 및 확산의 중추적 역할을 담당하고 협력과 경쟁을 통한 시너지 창출을 도모할 수 있도록 하는 방안을 마련해야한다. 중소기업의 기술개발 애로를 해결하기 위한 단기산업연구를 현재의 기업간 공동연구뿐만 아니라 출연연의 적극적 협력을 유도하는 프로그램으로 전환할 필요가 있다. 아직도 산업개발연구의 목적이 가장 큰 상황에서 정부 연구개발사업의 많은 부분이 민간의 참여 없이 독자적으로 이루어지고 있고, 단기산업 및 중장기 산업연구 등 산업연구의 경우 출연연이 대기업을 비롯한 민간기업과의 공동연구를 통해 기술의 이전과 확산을 높일 필요가 있다. 4장의 투자 주체별 분석에서 공공연구기관의 연구개발투자가 대학, 기업의 연구개발투자와 연계성을 갖고 있는 것으로 나타난 점은 이러한 점을 뒷받침한다고 할 수 있다. 연구의 실용화 제고 및 스핀오프를 통한 연구성과 극대화를 위해서도 민간기업과의 협력을 보다 확대할 필요가 있다.