정부 R&D가 좋지 않은 사업구조를 가졌을 때 많은 부작용이 있다. 조정비용이 대폭 증가하거나 사업을 긍정적으로 조정하려고 해도 근본적 한계가 있으며 지원에 대한 비효율성 등을 예시로 볼 수 있다. 마지막으로 정부 R&D투자의 정당성에 대한 의문이 계속 제기된다면 제도에 대한 불신이 생길 수 있다.
정부 R&D 사업구조가 나쁜 추상에서 비롯된 혼란스러운 사업구조를 갖게 되는 경우에는 많은 부작용이 발생할 수 있다. 첫째, R&D 사업 조정 수요가 과다하게 발생하여 이에 따른 조정비용이 대폭 증가될 수 있다. 지금까지 정부는 과학기술혁신본부, 국가과학기술위원회 등의 정부기구 설치를 통해 정부 R&D 사업을 조정하려고 시도해왔으나 이들 기구의 성과에 대해 회의적인 평가가 있을 수 있으며 조정에도 근본적인 한계가 있을 수 있다. 둘째, 非맥락적 R&D의 수행으로 인해 지식의 창출과 활용의 선순환 체계 구축에 한계가 있을 수 있다. R&D 수행의 비맥락성으로 인해 기초-응용-개발의 연계, 지식의 창출과 활용의 연계, 중소기업에 대한 효과적 혁신활동 지원 등에 있어 많은 비효율성이 발생할 수 있기 때문이다. 셋째, 정부 출연(연)과 대학 등 연구주체들의 역할 정립에 혼선이 발생할 수 있다. R&D 사업구조의 근본적인 문제들을 방치한 채 연구주체들에 대한 단기적이고 대증적인 처방의 악순환이 반복될 수 있는 것이다. 이의 대표적 예들 중 하나가 PBS(Project Base System) 제도이다. 마지막으로, 앞의 문제들의 결과이기도 하지만 정부 R&D 생산성 저하로 인한 비효율성이 증대하고 결과적으로 국가의 경쟁력이 저하될 수 있다. 그리고 미래를 위한 투자로서 정부 R&D투자의 정당성에 대한 의문이 제기되고 복지 등의 사업성 정부 예산 대비 R&D 투자의 효과에 대한 불신이 점차 확대될 수 있다.