융합연구의 특성을 반영한 평가지표를 개선해야 한다는 의견이 다수 제기되었다. 융합연구는 새로운 분야를 연구하는 만큼 기존의 평가지표를 도입하는 데 무리가 있기 때문에 과제 기획 시 목표에 맞는 연구 성과를 미리 선정하거나, 객관성이 보장된 지표와 함께 동료평가를 실시하거나, 아예 새로운 지표가 필요하다는 의견이 있었다. 
평가지표 개선에 관한 의견으로는, 융합연구의 특성을 반영한 평가지표를 도입하는 것이 필요하다는 의견이 지배적이었다. 이를 위해서는 융합연구 과제의 기획시, 연구자가 융합연구의 목표에 맞는 연구 성과를 미리 선정할 수 있는 절차를 도입하자는 의견이 있었다. 그 이유는 새로운 분야를 창출하는 융합연구의 특성상 적절한 대상을 찾기가 어려운 만큼, 기존의 평가지표로 가장 많이 활용되는 논문이나 기술이전 등을 평가지표로 도입하기에는 무리가 있기 때문이다. 전문성을 강조할수 있는 동료평가(peer review)를 도입하되, 객관성을 담보하기 위한 다른 지표들과 균형을 맞추는 평가체계 도입이 필요하다는 의견도 있었다. 또한 융합연구 자체의 특성을 반영한 새로운 지표를 도입하는 것이 필요하다는 주장도 있었다. 예를 들어, 시도했다는 것 자체로도 학문적으로 큰 영향을 미칠 수 있기 때문에 미리 세워둔 연구목표에 따른 달성도나, 새로운 개념 정립이나 교육 효과 등도 고려할 수있다. 융합연구의 평가점수 산정에 있어서는 융합연구의 어려움을 감안하여 지표별평가의 하한선(cutline)을 조정하거나 중요하고 의미있는 연구 실적에 대해서는 가중치를 주는 것도 고려할 수 있다는 의견도 있었다.