코펜하겐 정신은 니시나 요시오가 덴마크의 수평적 연구실을 경험하면서 생겼다. 노벨상을 수상한 도모나가 신이치로가 수평적인 토론을 강조하며 코펜하겐 정신에 활력을 불어 넣었다.
코펜하겐 정신은 일본 과학계를 세계적 수준으로 끌어올리는데 큰 역할을 한 니시나 요시오에 의해 도입되었다. 그는 1920년대 유럽에 유학을 가서 양자역학의 대가인 닐스 보어의 연구실에서 생활한다. 당시 덴마크 국적의 보어가 연구하던 곳이 코펜하겐. 보어의 연구실에서는 출신과 인종, 나이 등등을 따지지 않고 모두가 수평적 상태에서 토론하며 연구의 줄기를 찾아갔다. 니시나가 일본으로 돌아오며 도입한 것이 바로 이 정신이었다. 때문에 니시나의 연구실은 교수나 학생의 구분 없이 자유로운 토론이 가능했다. 나중에 노벨상을 수상하게 된 도모나가 신이치로는 이런 코펜하겐 정신이 연구에 활력을 불어 넣었고, 노벨상을 타는데도 큰 도움이 됐다고 회상한다. 그가 있던 연구소가 올해로 100년을 맞는 이화학연구소(리켄)이고, 이 연구소는 ‘과학자의 (자유로운) 천국’이란 최고의 별칭을 갖고 있다.