모든 권한을 주최국에게 전담하도록 하여, 거버넌스 체계 및 규정에 있어서 CDM과 JCM에 비해 각 국의 자유도가 높다.
연계에 따른 다른 문제점으로는 연계가 국내 배출권거래제도의 설계와 영향에 대한 국가의 통제력을 감소시킬 수 있다는 점이다. 일단 시스템들이 연계되고 나면 배출권 가격과 배출량의 결과는 연계상대국의 발전에 영향을 받게 되는데 연계 시스템들 간의 상대적 크기에 따라 영향을 받는다는 점이다. 즉 연계 이후의 배출권 가격은 두 시스템의 연계 이전 배출권 가격들 사이에서 결정되지만, 보다 큰 시장의 연계 이전 가격에 보다 가깝게 결정되는 경향이 있다. EU ETS와 EEA로 연계한 노르웨이의 경우, EU ETS와 연계가 형성되자 노르웨이 정부의 결정이 자국 시스템의 배출권 가격에 미치는 영향은 제한적이게 되었다.