벤조다이아제핀 계열 약물의 부작용은 지질친화성, 임신 여부, 반감기가 긴 약물의 누적 효과 등에 따라 나타날 수 있다.
벤조다이아제핀계 약물의 경구흡수율은 지질친화성의 영향을 받는다. 지질용해도는 진정수면제가 중추신경계로 흡수되는 비율을 결정하는데 중요하므로 지질용해도가 큰 triazolm은 매우 빠르게 흡수된다. 또한 모든 진정수면제는 임신 중 태반장벽을 통과하므로 임신 중 투여시 신생아에서 생명기능 억제를 초래할 수 있다. 벤조다이아제핀계 약물간 대사를 통해 배설된다. Diazepam 등의 원약물은 불활성화 상태에서 약리활성을 갖는 대사물로 전환되며, 또 다른 활성물질인 oxazepam으로 생체 내 변환이 된다. 약물에 따라 대사형으로 전환되기까지 많은 단계를 거치면서 활성형으로 오래 머물수록 약물의 작용 지속시간(반감기)이 길어지는 경향을 보인다. 반감기가 긴 약물의 경우 누적효과로 인하여 부작용이 나타날 수 있다.