2013년 초 방통위와 미래부간의 업무 분담 관련 분쟁은 정부조직법 개정안이 국회에 제출된 지 52일만에 합의되어, 정부 출범 후 정부조직 개편까지 25일이 소요되는 사태를 초래했다. 
2013년 초 정부조직 개편을 둘러싼 갈등의 핵심은 방송통신위원회(방통위)와 미래창 조과학부(미래부)의 소관 업무분담, 그 중에서도 방송정책 사무의 분담이었다. 여야는 미래부와 방통위의 소관 업무 문제로 대립하다가 국회로 정부조직법 개정안이 넘어온 지 52여일만인 3월 17일에야 어렵게 합의에 도달한다. 이를 통해 방통위는 방송산업의 공공적 ‘규제’를 기치로 지상파 방송 및 종합편성 채널 등에 관한 정책 권한, 미래부는 방송산업의 ‘진흥’을 총괄한다는 목표 하에 유료방송 및 뉴미디어 정책 권한을 이관 받게 된다. 이 분쟁으로 인해 정부 출범 25일 만에 정부조직의 뼈대가 갖춰지게 되는 초 유의 사태가 초래되었다.