핀테크 서비스 관련 보안은 추가 모듈 설치 없는 사용자 인증과 암호화나 무결성에 대한 지원과 이상금융거래탐지 시스템 연구가 포함된다. 또 암호화된 데이터에 복호화 없이 검색할 수 있는 체계 연구와 신용 정보의 안전한 보안에 대한 연구도 진행 중이다.
정준호 외(2015)는 국내 외 핀테크 서비스에 대한 주요 사례들을 보안관련 이슈 관점에서 살펴보았다. 핀테크 서비스를 위한 보안은 Active X와 같은 추가 모듈 설치 없이 사용자 인증과 사전에 입력한 카드 및 계좌정보에 대한 암호화 및 무결성에 대한 지원으로 정의하였다. 특히 사용자 인증은 지문인식기법, SMS를 이용한 인증 뿐 아니라 사용자의 거래행위에 관한 정보를 수집하여 일반적이지 않은 행위에 대해 탐지하는 이상금융거래탐지시스템에 관한 연구가 진행 중이다. 또한, 결제나 송금 시 항상 공인인증서를 이용하여 결제를 진행하는 가장 큰 이유는 부인방지 때문인데, 이를 해결하기 위한 방안으로 암호화된 데이터에 대해 복호화 없이 검색이 가능한 시스템에 관한 다양한 연구가 진행되고 있으며, 데이터소유입증과 같이 저장된 데이터의 무결성을 검증하는 다양한 기법에 대한 연구 진행으로 사전에 저장되는 카드 및 계좌정보에 대한 안전 보안에 관한 연구가 활발히 진행되고 있음을 살펴보았다.