단기기술개발 과제 주관기관에서는 연차보고서와 차년도 사업계획서를 제출해야 하는데, 연차평가위원회에서는 제출된 것을 바탕으로 평가를 실시한다. 중간평가에서는 목표달성도와 차년도 연구개발계획의 타당성을 정성적으로 평가하며 점수부여 없이 계속, 2가지 중단, 3가지 조기종료 중 하나로 판정하는데, 이때 개발방법의 적정성 등에 많은 가점을 둘 수 있게 정성평가체계를 강화한다.
단기기술개발 과제의 주관기관에서는 연차별로 수행된 내용과 결과에 대하여 해당연차의 연구개발 기간 종료 1개월 전까지 연차보고서와 차년도 사업계획서를 제출하여야 한다. 연차평가위원회에서는 제출된 연차보고서와 차년도 사업계획서를 바탕으로 연구개발과제의 해당년도 목표달성도와 차년도 계획의 적절성 등에 대하여 평가를 실시하게 된다. 중간평가에서는 계획 대비 목표의 정량적 달성도, 기술이전 및 매출 발생실적 등의 양적 수준뿐만 아니라, 특허, 표준, 개발기술 등에 대한 질적 수준을 종합하여 해당연도의 연구개발 목표 달성도에 대하여 정성적 평가를 실시하게 된다. 또한, 국내외 기술·산업 환경 변화에 따라 개발 목표의 도전성 및 창의성 유지 여부, 연구방법 및 추진 전략의 적정성, 연구역량, 사업화 전략, 가치창출 등의 검토를 통하여 차년도 연구개발 계획의 타당성을 정성적으로 평가한다. 보통의 경우 중간평가에서는 연구개발과제에 대한 평가항목에 대한 점수를 부여하지 않고, 연구개발 과제의 평가결과를 계속, 중단(성실), 중단(불성실), 조기종료(혁신성과), 조기종료(보통), 조기종료(성실수행) 중 하나로 판정하게 된다(미래창조과학부, 2014). 중간평가표 작성 시 달성도보다도 개발방법의 적정성 등에 많은 가점을 두어 해당년도 목표달성 정도를 측정하고 차년도 계획 중 창의성부분과 도전성 관련 새로운 방법이나 추진전략을 검토하여 제시할 경우 기존 경우보다 많은 가점을 부여할 수 있도록 정성평가체계를 강화한다.