합의회의의 문제점은 시민 패널로  이들은  자신만의 이해관계와 주제에 관심이 있어 참여한다. 하지만 이 제안이 일반인을 대변하는 것이므로  주민참여의 문제로 보면 안 되고 이를 활용하려면 대표성 문제를 해결해야 한다.
하지만 합의회의에 대해 회의적인 시각도 존재한다. 합의회의의 가장 큰 문제점으로 지적 되는 것은 시민 패널의 대표성이다. 시민 패널을 수락하는 사람들은 보통 일반인과는 다른 자신만의 이해관계가 있기 때문에 시민 패널에 참여할 가능성이 있다는 것이다(Scheufele, 2011). 이 문제는 주민참여에서 지속적으로 제기되어 온 사항으로서, 주제에 대해 관심이 있는 사람들이 보다 적극적으로 참여한다는 사실은 새로울 것이 없는 정보이다. 하지만 문제는 합의회의를 통해 시민 패널이 제안하는 권고사항은 일반인을 대변하여 정부에게 행동을 요구하는 것이기 때문에 대표성의 문제는 단순히 주민참여에서 발생하는 문제로 치부하면 안 된다. 따라서 합의회의를 하나의 주민참여 수단으로 활용하고자 하면 대표성 문제를 해결할 수 있는 방안이 요구된다.