지수방법론은  불확실하고 복잡한 현상을 설명해낼 수 있다는 장점에도 불구하고 현황의 세부적인 고찰을 위한 정보 제공이나 지역별 특성을 반영한 정책적 제언이 어렵다는 단점이 있다.
또한 지수방법론은 정책연구에서 불확실하고 복잡한 현상을 어렴풋이 설명할 수 있다는 장점에도 불구하고 현황에 대한 세부적인 고찰을 위한 정보 제공이나 지역별 특이성을 반영한 정책적 제언이 어렵다는 단점이 있다. 예를 들어 전국적인 인프라 이용 효율에 대한 지수를 산정하기 위해 대표 지표로서 취수장, 정수장, 배수장의 가동비율을 지표로 삼고 이를 취합하여 지수를 산정했을 때, 최종지수는 전국적인 수준에서 개별 지역의 인프라 이용 효율을 평가할 수는 있지만 어떤 지역에서 어떤 시설의 이용 효율이 문제인지에 대한 정보를 제공하지 않는다. 따라서 지역 현황에 따른 맞춤형 제안을 도출하기에 적절하지 않다.