농지임대차와 사유림 대리경영과는 달리 대리경작은 계약 체결이 행정처분이라는 제도적 차이가 있으며, 운영메커니즘에서 대리경영은 농지임대차와 달리 산림사업 연계라는 국가의 정책적 지원행위가 포함되어 있다.
농지임대차와 사유림의 대리경영, 그리고 두 제도의 중간적 성격을 갖는 농지의 대리경작에 대한 제도적 차이를 비교하면, 농지임대차와 사유림 대리경영은 소유자와 임차인(또는 대리경영인) 간의 자발적인 의사에 의해 체결되는 계약이라는 공통점이 있다. 하지만 농지대리경작은 관할 지자체의 대리경작자 지정에 의해 이루어지는 일종의 행정처분에 해당하는 것이다. 한편으로 운영메커니즘에서는 농지임대차가 거의 전적으로 토지시장의 수요‧공급 및 수익성에 따라 작동되는데 비해, 대리경작과 대리경영은 일정 부분 국가(정부)가 개입하는 형태를 취하고 있다. 다시 말해 대리경작에는 대리경작자 지정이라는 행정행위가 있고, 대리경영에는 산림사업 연계라는 정책적 지원행위가 포함되어 있다<표 3-8>.