체계개발 비중 위주의 거대과학 분야에 연구개발 예산배분이 집중될 경우, 타 분야 연구개발 추진에 영향을 줄 수 있으므로 주체간 협업체계 구축 및 적절한 예산배분이 필요하다.
이와 함께, 최근 증가하고 있는 국방, 우주, 원자력 등 거대과학 분야의 연구개발 예산배분이 다른 분야 연구개발 예산이 미치는 영향도 중요하게 고려할 필요가 있다. 특히, 우주 분야의 연구개발 예산은 2020년까지 달착륙 위성을 발사하는 계획을 가지고 있어서 예산 규모가 크게 증가할 전망이다. 이러한 거대과학 분야의 연구 개발은 체계개발의 비중이 높은 것이 특징인데, 자칫 체계개발 목표에만 초점을 맞추다 보면 필요한 원천기술 확보가 투자에 비해 다른 연관된 과학기술 발전에 대한술 분야와 관련 연구개발주체 간에 효과적인 협동연구개발체계를 구축하여 연구개발이 추진될 수 있는 예산배분 구조를 마련하는 것이 중요하다.