장기간동안 수산우량종체계의 건설과 우량종지원과 관련하여 재정적인 보조에 어려움이 있고  관리법규체계는 불완전하며 제도는 건전하지 못하여 우량종시장의 체계는 아직 세워지지 않았다.
장기간 동안 수산우량종체계의 건설과 우량종 지원과 관련해서 농업, 축산업과 같은 각 급의 재정특별프로그램이 없어, 우량종번식특별보조자금 조달과 종자배양장의 재정적인 보조에 어려움이 있다. 동시에, 수산종자관리법률법규체계는 불완전하고, 우량종생산허가, 품질감독, 시장 진입과 진출을 허가하는 등의 제도가 건전하지 못하다. 우량종의 생산 규범화와 법에 의거한 관리가 이루어져지지 않는 등 우량종 시장의 체계는 아직 세워지지 않았다. 그 외에 국내 수산우량종 선별배양과 관련한 과학연구 분야에 종사하는 과학자가 적고, 과학기술 자원은 상대적으로 분산되어 있어, 효과적으로 종자산업발전 기술의 수요가 형성되지 못했고, 과학연구와 생산결합의 긴밀성도 아직 부족하다.