정부출연연구기관의 현실에 비춰볼 때 기초기술자체 확보와 그 사업화 전망은 어둡다. 이는 대학과 파트너쉽 통한 기초기술확보와 중소기업과 연계한 사업화 전략이 필요하다.  기관고유사업비 축소는 응용연구의 역량집중 및 수탁사업개발능력으로 보완가능하다.
현재 정부출연연구기관의 안정적 연구를 지원하기 위해 기관고유사업비 지원을 늘리고 있지만 이를 통한 연구가 정부출연연구기관 내부에 갇혀서는 그 성과를 기대하기 어렵다고 판단된다. 현재의 국책연구 요구에 비해 우수연구인력의 확충이 지체되고 있는 정부출연연구기관의 현실에서 임무와 관련된 기초기술을 자체적으로 모두 확보하기는 어렵고 연구성과가 사업화될 수 있기까지 개발 완성도를 높이기는 어렵다. 따라서, 기초기술의 확보는 대학과의 외주연구를 통해 파트너십을 구축하고, 사업화를 위한 후속연구는 중소기업과의 외주연구를 통해 파트너십을 구축하는 전략으로 나갈 필요가 있다. 이렇게 할 경우 출연연구기관이 안정적 연구와 인건비 유지를 위해 확보한 기관고유사업비가 줄어드는 효과에 대해 우려할 수 있으나, 이는 기관의 임무지향적 원천기술연구와 응용연구에 대한 자체 연구역량의집중과 이를 바탕으로 한 수탁연구사업 개발능력 강화를 통해 충분히 보완할 수 있을 것으로 판단된다.