구매조건부 신제품 개발 사업이 기술혁신형 공공 구매가 아닌 수입대체와 원가절감으로 본질적 성격이 변화해, 단순한 공공구매 제도로 보고 있다는 문제가 생긴다. 기술혁신형 공공구매는 실질적 구매로 이어지는 양산형 제품을 개발하고 수요기관의 환경에 맞춰 실증해야 실질적 판로 개척이 가능하다.
물론 정책 집행의 불확실성이라는 측면에서는 분명 정책의 가외성(redundancy)이 필요하다. 그러나 구매조건부 신제품 개발 사업이 이른바 해외의 기술혁신형 공공 구매적 요소를 지니고 있다고 하나, 이는 국내 공공구매시장과 직접적 연계가 없으며, 중소기업청 차원에서 소규모의 사업으로 추진되고 있는 것이 현실이다. 특히 구매조건부 사업의 본질적 정책 목표를 살펴보면, 수요처가 필요로 하는 기술 및 제품을 중소기업이 대신 개발함으로써 수입대체효과 및 원가절감을 도모하고 대·중소기업 간 동반성장을 주요한 목표로 내세우고 있다. 즉 운영을 담당하는 부처의 성격에 따라 제도의 본질적 성격이 변화하였음을 확인할 수 있다. 뿐만 아니라 기술혁신형 공공구매를 단순히 공공구매 제도의 하나로 보는 것 역시 여러 가지 문제점이 존재한다. 이는 일반 시장을 대상으로 하는 표준화된 제품의 구매가 아니기 때문이다. ‘기술혁신형’ 공공구매란 기본적으로 불확실성을 동반한다. 실질적 구매로 이어지기 위해선 시제품 수준을 넘어 수요처에 바로 적용 가능한 양산형의 제품이어야 한다. 즉 제작된 양산용 제품의 신뢰성·안정성 등을 수요기관의 시험 환경에 맞춰 실증할 수 있는 여건이 마련 될 수 있어야 한다. 이것이 실현되어야 실질적인 판로 개척으로 이어질 수 있다.