최종 평가는 최종목표의 달성 정도와 사업화 가능성을 판단한다. 최종보고서 내용 확인을 면담조사, 현장실태조사를 실시할 수 있다. 진도점검을 실시한 과제는 진도점검 결과를 현장실태조사로 대체한다. 또는 기술분야별 평가위원회를 열어 평가할 수 있다. 
최종 평가는 최종보고서의 내용을 검토하여 당초 계획대비 최종목표의 달성 여부 및 사업화 가능성 등을 확인한다. 제출된 최종보고서 내용의 확인을 위해 면담조사 또는 수행기관에 대해 현장실태조사를 실시할 수 있다. 이때, 진도점검을 실시한과제의 경우 진도점검 결과를 최종평가를 위한 현장실태조사로 갈음할 수 있다. 현장실태조사 또는 기술분야별 평가위원회를 개최하여 평가할 수 있다. 이때, 평가대상 과제수를 고려하여 기술분야를 통합하여 평가위원회를 운영할 수 있으며, 사업별 특성을 반영하여 평가 절차를 달리 정할 수 있고, 필요 시 성과제고를 위해 기술성평가와 사업화평가 등 평가단계를 분리하여 실시할 수 있다. 최종평가 결과 90점 이상인 과제는 “혁신성과”, 90점 미만 70점 이상은 “보통”, 70점 미만 60점 이상은 “성실수행”으로 구분하고, 60점 미만의 과제는 “불성실 수행”으로 구분한다(산업부, 2014a).