정부의 건강보험급여 분류 제시안에는 의사결정 타당성이 수반되어야 하는데, 이에 의사결정기구를 통한 급여 여부, 보장수준의 정도 등을 결정할 때에는 의료기술평가기관의 보고서를 참고로 한다. 
2013년 정부는 국민들에게 과중한 의료비료 가계 부담이 큰 ‘4대 중증질환’에 대한 건강보험급여를 필수급여, 선별급여, 비급여로 분류하는 안을 제시하였다. 필수급여는 4대 중증 치료를 위해 꼭 필요한 의료서비스 범위를 확대해 건강보험 ‘필수급여’에 포함시켜 모두 급여화할 계획이다. 선별급여는 비용대비 치료효과는 낮으나 사회적 수요가 높은 최신 의료에는 선별급여를 도입하여 건강보험에서 일부 비용을 지원하고자 한다. 미용․성형 등 치료와 무관한 의료서비스는 계속 비급여로 남게된다. 이러한 정책의 안착륙을 위해서는 관련 의사결정의 타당성이 수반되어야 한다. 지금까지 급여 및 보장수준의 의사결정은 보험자, 공급자, 환자 등이 보험급여를 결정하는 기관에 요청하는 것으로부터 시작된다. 의사결정기구를 통해 급여를 할지, 보장수준은 어느 정도로 할 것인지를 결정하게 하는데, 이때 의료기술평가기관에서 작성한 보고서를 참고로 하게 되며 의료기술평가가 요양급여 결정과의 본격적인 첫단계가 된다.