산업단지형 자유무역지역은 산업통상자원부에서 매 2년마다 임대료를 공고하고 있으며 토지와 건물 조건에 따라 임대료가 부과된다. 
산업단지형 자유무역지역은 산업통상자원부에서 매 2년마다 임대료를 공고하고 있는데, 토지와 건물에 대해 각각 임대료가 부과되고 있다. 토지 임대료의 경우 기존에는 각 자유무역지역별로 우대업종에 해당하는 경우 일반 업종에 비해 임대료를 절반 수준으로 인하하는 경우가 있었으나, 2013년 공고에서는 이를 구분하지 않고 있다. 마산자유무역지역의 토지 임대료는 매월 ㎡당 198원으로 절대적인 수치는 가장 높게 나타나고 있으나, 공시지가 대비 임대료 등 인근 지가를 감안할 경우에는 오히려 다른 자유무역지역보다 낮게 책정되고 있다. 또한 동해와 율촌 자유무역지역은 처음에는 임대료를 비교적 높게 설정하였으나, 인근에 산업 클러스터 형성 미비 등으로 입주수요가 높지 않아 임대료를 인하하였다.