IT를 통해 전산화된 전자자원관리시스템 재고관리를 통해 회계감시를 받고 재고를 관리한다. 그러나 입주기업의 반출입 기록 보존 조항과 관세행정상 재고조사 필요 조항이 시대와 맞지 않아 불필요한 비용과 시간이 소비된다. 
IT비즈니스 기반 확대, IT산업 활성화 등으로 최근 우리나라 기업들은 전산화 기반이 강화되었으며, 자유무역지역에 입주한 기업들의 경우 ERP System(전자자원관리시스템)을 통해 재고관리를 하고 있다. 또한 이 시스템을 통해 회계감사를 받고 있는 상황으로 충분히 전산데이터를 통해 재고관리가 가능하다. 그러나 현재 우리나라 자유무역지역 입주기업은 반출·입 물품 등(반입, 반출, 사용·소비·생산한 물품) 재고관리에 필요한 사항을 기록·관리하고, 기록 자료를 5년간 보존해야 한다는 조항(법 제38조)과 자유무역지역은 관세유보지역으로 향후 정당한 관세 면제 또는 부과를 위하여 관세행정상 재고관리상황 조사가 필요하다는 조항(법 제39조)이 시대흐름과 맞지 않고 입주기업들에게 추가적인 비용과 시간을 소비하고 있는 상황이다.