고춧가루와 건고추는 온도와 습도에 따라 곰팡이 발생이 증가할 수 있다. 통상적으로 사용하는 온도와는 달리 고춧가루는 10℃, 건고추는 0℃에서 곰팡이 발생량이 가장 적었고 습도의 경우 93%에 모두 곰팡이 발생이 크게 증가했다.
고춧가루와 건고추는 온도와 습도에 따라 곰팡이 발생이 증가할 수 있으므로 적정 환경에서 저장해야 한다. 다양한 온도(-20℃, 0℃, 4℃, 10℃, 25℃, 30℃)와 습도(51%, 69%, 93%)에서 10개월 이상 실험한 결과 고춧가루는 10℃, 건고추는 0℃에서 저장했을 때 곰팡이 발생량이 가장 적었다. 이는 우리가 통상적으로 사용하는 저온 저장(냉동, 냉장) 방법이 항상 안전하지는 않음을 보여준다. 상온(25℃)과 고온(30℃)의 경우에는 저장 기간이 길어짐에 따라 수분 함량과 수분 활성도가 감소하고 색상이 변해 품질 면에서 장기 저장에 적합하지 않았다. 습도의 경우 93%에 저장했을 때만 고춧가루와 건고추 모두 곰팡이 발생이 크게 증가했다. 따라서 고춧가루와 건고추를 수개월 이상 저장하는 경우 고춧가루는 10℃ 및 69% 이하 습도에서, 건고추는 0℃ 및 69% 이하 습도에서 보관해야 곰팡이 발생을 최소화할 수 있다.