전략환경평가의 경우에도 전술한 내용과 다름없이 적용되는데  가장 문제가 되는 점은 검토 및 협의 체계가 환경영향평가와 같이 유지되고 있다는 점이다.
전략환경평가에 관해서도 위에서 언급한 내용이 동일하게 적용되는데 이와 더불어 전략환경평가의 가장 큰 문제점은 검토 및 협의 체계가 환경영향평가와 동일하게 유지되고 있다는 점이라고 할 수 있을 것이다. 이는 계획수립권자가 타 부처의 검토 과정을 통하여 계획내용이 사후에 조정된다는 것에 큰 거부감을 갖고 있기 때문이다. 계획이 수립된 후, 그 내용에 대한 전략환경평가 시행은 평가 후 수정 과정을 거칠 수 있다는 부담이 제도에 대한 반대로 이어지는 결과를 초래한다. 따라서 전략환경평가가 실효성을 갖기 위해서 관련 부처는 각자의 입장에서 현재의 틀을 깨고 양보하는 자세가 필요하다.