’00년대 민간 R&D 활성화 정책은 정부와 민간의 R&D 역할이 구분되어 있다. 「과학기술기본계획」에서는 기업의 자발적 R&D 유도 방안을 구체화하기 시작했다. 민간기업 혁신 역량을 강화하기 위해 조세·투자의 지원을 늘리고 융자금리를 우대하고, 공공연구성과의 민간이전과 기업화 촉진을 도모하였으며 민간 기업에 대한 지원을 늘리는 내용도 포함하고 있다. 시장 여건을 고려한 R&D 기반조성이 강조된 것이 주요 특징이다.
’00년대 민간 R&D 활성화 정책의 특징은 정부와 구분된 민간 R&D 역할의 강조를 들 수 있다. 먼저, 「과학기술기본계획」(2002~2006)에서는 기업의 자발적인 R&D 투자를 유인하기 위한 방안을 구체화하기 시작하였다. 관련하여 구체적으로 제시된 목표는 제조업 매출액 대비 연구개발투자를 2.17%(2000년)→3.5%(2006년)으로 확대하는 것이었으며, 기업부설연구소를 2만개 이상 육성하는 것 또한 포함되었다. 구체적으로는 민간기업 혁신 역량 강화를 위해 (1) 조세·투자 지원 확대와 융자금리 우대, (2) 공공연구성과의 민간이전 및 기업화 촉진을 도모하였다. 그리고 국가 전체의 관점에서는 미래 유망기술 및 산업기술을 개발하고자 하는 민간 기업들에 대한 지원을 확대하는 내용 또한 포함하고 있다. 세부계획단위에서는 벤처투자조합 결성, 산·학·연 협력을 통한 애로기술 해결, 기술이전전문회사 및 연구개발 전문컨설팅업 육성 등이 정책에 포함되었다. 이와 같은 계획은 신정부 출범 이후「참여정부의 과학기술기본계획」(2003~2007)으로 수정되었는데 이 과정에서 “제조업의 매출액 대비 연구개발투자 3.5%로 확대” 목표는 유지되었으나 “창업·벤처기업의 자립 기반 구축”이 또 다른 주요 목표로 추가되는 변화를 겪었다. 그리고 국가연구개발 투자 관련 목표에 “GDP 대비 2.9%(2001)에서 3.0% 이상으로 제고하는 내용이 추가되었다. 세부적으로는 금융 지원 및 산·학·연 협력 외에도 기술개발 수요발굴, 기술이전·평가, 신기술제품 공공구매, 특허 시스템 등 시장 여건을 반영한 R&D 기반조성이 강조된 것을 주요 특징으로 들 수 있다.