해양수산부 관할 국가기반시설은 전국에 12개 무역항에 지정됐다. 국가기반시설의 지정을 위해서는 재난·안전관리 기본법 제25조의 2항에 기반한 여러 요건을 고려해야 하고, 교통수송분야의 지정은 인력수송·물류기능을 담당하는 체계와 교통 운송시설, 통제하는 시설을 갖춰야 한다. 
본 기본계획의 대상인 해양수산부 관할 국가기반시설은 전국 항만 중 12개 무역항으로 부산, 인천, 여수, 광양, 마산, 울산, 동해 묵호, 군산, 목포, 포항, 평택 당진, 대산항 등이 지정되었다. 안전행정부가 주무부처인 해양수산부에 ‘국가기반시설 지정지침 수립’을 요청하고, 다시 해양수산부가 안전행정부에 국가기반시설 지정 대상 선정 및 안전정책조정위원회 심의를 요청하여 전문가 및 유관기관의 의견 수렴과 안정정책조정위원회의 심의를 거쳐 주무부처인 해양수산부가 국가기반시설로 지정하여 설정되었다. 한편, 국가기반시설로 지정되기 위해서는 재난 및 안전관리 기본법 제25조의 2에 의거 다른 기반시설이나 체계 등에 미치는 연쇄효과, 둘 이상의 중앙행정기관의 공동대응 필요성, 국가 안전보장과 사회 경제에 미치는 피해규모 및 범위, 재난의 발생 가능성 또는 복구의 용이성 등을 고려해야 한다. 교통수송분야의 지정기준은 인력수송과 물류기능을 담당하는 체계와 실제 운영하는 데 필요한 교통 운송시설 및 이를 통제하는 시설로 요건을 갖추어야 한다.