자연 재해가 빈번해지면서 선박 입항이 불가능해져 물류 활동에 혼란을 주는 등 자연 재해가 항만 시설에 물리적인 피해를 주어 물류 기능이 약화될 가능성이 높아지고 있다. 
최근 기상 이변의 여파로 강력한 자연 재해 사고가 빈번하게 발생하면서 우리나라에 많은 피해를 끼치고 있으며, 그 피해액의 규모가 점차 증가하고 있는 상황이다. 예를 들어, 1984년 태풍 준으로 인한 피해액이 2,502억 원이었지만, 2003년 태풍 매미로 인한 피해액은 4조 2,225억 원으로 증가하였다(김형근 외, 2012). 자연 재해로 인한 피해는 항만 시설도 예외가 아니어서 2003년 태풍 매미로 인해 부산항의 선박 입항이 불가능해지고 컨테이너 크레인이 붕괴되는 등 항만의 기능이 일시적으로 중단되고 물류 활동에 큰 혼란이 야기된 바 있다. 또한 기후 변화, 지구 온난화 등으로 인한 해수면 및 지진 해일고의 상승이 예상됨에 따라 많은 항만 구역의 침수 가능성이 커지고 있다. 요컨대 자연 재해가 항만 시설에 물리적 피해를 야기함으로써 항만의 물류 기능이 약화될 가능성이 점차 높아진 것이다.