국내 수산물 인증,등록 제도는 소비자의 인식부족 과 생산자 입장에서 비용처리, 복합한 유통구조 등을 이유로 생산,유통업자의 참여가 잘 되지 않고 있어 이를 위한 행정 및 재정적 지원을 도모해야 한다.
이미 국내 수산물 인증‧등록 제도를 운영하고 있지만 적용 대상 품목이 제한적이고 생산‧유통업자의 참여 미진으로 활성화되지 못하고 있다. 생산‧유통업자의 참여가 부진한 주요 이유는 소비자의 수산물 인증‧등록 제도에 대한 인식이 부족하고, 수산물 인증을 받는다 하여 소비자의 구매의사가 실제로 증진 되는지 알 수 없기 때문이다. 또한 생산자에 추가 비용이 발생하고, 다품종 소량생산 위주이며 복잡한 유통구조를 가진 갯벌 생산 수산물 특성상 시행에 한계가 있는 것으로 나타났다. 이러한 한계점을 극복하기 위해 생산자에 수산물 인증‧등록 절차편의 제공하고, 신청 수수료 일부 지원 등 건강하고 안전한 수산물 생산유통 질서를 확립하기 위한 정부의 행정적‧재정적 지원이 필요하다. 또한 수산물 인증의 필요성과 중요성에 대한 소비자 교육 및 홍보로 수산물 인증 확산을 도모해야 한다.