생산성 손실비용은 환자의 질병으로 인해 노동 능력이 손상됐거나 사망으로 인해 경제 생산성을 잃게 되는 것과 관련되어 있다. 질병으로 인한 결근과 출근했지만 질병으로 인해 일할 수 없는 경우가 포함된다. 생산성 손실비용의 추정은 이론적 배경에 따라 인적자본접근법과 마찰비용접근법 두 가지로 나눠지며 두 방법 중 무엇이 더 적절한지에 대해서는 아직 결론이 나지 않은 상태로 연구자의 선택에 따라 결정된다.
생산성 손실비용은 환자 자신의 질병 이환으로 인해 노동 능력이 손상되었거나 질병으로 인한 조기 사망으로 경제적 생산성이 상실되는 것과 관련된 비용이다. 노동 능력의 손상에는 질병으로 인한 결근(absenteeism)과 출근하였음에도 불구하고 질병으로 인해 이전의 생산성 수준으로 일할 수 없는 경우(presenteeism)를 포함한다. 생산성 손실비용의 포함여부는 비용 산출의 분석 관점에 따라 달라지며 사회적 관점을 취하는 연구에서는 포함되는 항목이나 그 외의 관점에서는 포함되지 않는다. 생산성 손실비용의 추정 방법은 이론적 배경에 따라 인적자본접근법과 마찰비용접근법으로 나눌 수 있으며 동일한 질병이더라도 접근법에 따라 비용 산출 항목과 산출방법이 달라진다. 마찰비용접근법에서는 조기사망으로 인한 생산성 손실은 고려하지 않는다. 질병이환으로 인해 상실된 시간의 양은 생산성 손실 측정도구를 사용할 수 있으며, 원하는 설문도구가 없거나 설문도구 활용이 어려울 경우 연구자가 직접 고안한 설문지를 사용할 수도 있다. 질병으로 인한 조기 사망자 수는 통계청 사망원인 또는 통계청의 마이크로데이터 서비스 시스템을 이용한다. 인적자본접근법과 마찰비용접근법 중 어떤 방식으로 추정하는 것이 합당한지에 대한 논의가 지속적으로 있어왔으나 결론이 나지 않은 상태이다. 또한 마찰비용접근법을 사용한다고 해도 사회적으로 합의된 마찰기간, 노동시간 대 노동생산성의 탄력도가 없기 때문에 추후 연구가 필요하다. 두 추정 방법은 각각 서로 다른 이론적 배경 속에서 장단점을 가지고 있기 때문에 어느 한 방법을 제안하기는 어려우며 생산성 손실비용을 추정하려는 연구자가 어떤 방법을 선택할지 판단하는 것이 적절하다.