연구중심병원 지정사업을 통한 병원의 자발적 투자 확대와 시스템 전환을 위해, 연구개발 성과의 실용화와 그에 따른 수익의 재투자 방식으로의 제도적 개선과 개선이 이루어진 과제의 연구 현장 적용 등의 정책적, 제도적 개선이 필요하다.
연구중심병원 지정사업을 통해 병원의 자발적인 투자 확대와 시스템 전환을 유도하기 위해서는 연구중심병원에 대한 복지부 차원의 정책적･제도적 지원 노력을 강화하여 지정 병원으로서의 메리트를 부여할 필요가 있다. 특히 연구중심병원 재지정평가 자료에 따르면 2015년 기준 10개 연구중심병원의 평균의료수익은 6,274억원, 평균연구개발비는 636.5억원(평균 자체연구비는 73.9억원)에 달하고 있어, 연구중심병원의 의료수익 및 연구개발 규모를 감안할 때, 육성사업의 예산을 지정사업에 대한 반대급부로 제시하기에는 부족함이 있다. 따라서 연구개발 성과의 실용화와 그에 따른 수익을 재투자하는 방식으로 연구중심 병원의 자립화를 촉진하기 위해 연구중심병원의 연구기관 지정, 병원 산하 산학 협력단설립 허용, 연구 성과물로 인한 수익의 병원 유입 허용 등 다양한 제도적 개선이 필요하다. 또한, 연구비의 인건비 활용(2012년), 제한적 의료기술제도 확대(2016년) 등 개선이 이루어진 과제에 대해서는 연구 현장에 적용이 가능하도록 홍보가 필요하다.