직장의료보험의 부과체계는 소득에 일정액을 곱한 금액을 보험료로 산정하지만, 지역의료보험은 소득뿐만 아니라 재산 등 여러 부과요소를 혼합한다.
이 때문에 직장의료보험(이하 직장의보)과 지역의료보험(이하 지역의보)은 매우 상이한 부과체계를 갖게 되었다. 직장의보의 부과체계는 기본적으로 소득비례방식으로 소득에 일정액을 곱한 금액을 보험료로 산정하였다. 즉 실제소득을 표준소득으로 환산한 표준소득방식, 즉 보험자가 정한 표준보수월액에 조합마다 상이한 보험료율을 곱하여 산정하고, 이것을사용자와 근로자가 각각 50%씩 분담했다. 반면 지역의보는 소득뿐만 아니라 생활수준을 파악하는 다른 요소 즉, 재산, 세대 및 세대원수, 자동차 유무 등 여러 가지 부과요소를 혼합하는 방식이 되었다.