계약단계는 외부 연구개발 수행을 위해 사전에 명확하고 효율적인 계약서를 작성하는 중요한 단계다. 계약조건･규정, 가격협상 합의를 이뤄야 하는데, 성과의 불확실성, 협상의 불균형이 커 유연성을 두는 것이 중요하다. 
셋째, 계약단계는 외부 연구개발 프로세스 중에서 가장 중요한 단계로, 외부 연구개발 수행을 위해 사전에 명확하고 효율적인 계약서를 작성하는 단계이다. 구체적인 활동으로는 외부 R&D 요구사항 재정의를 통해 계약조건과 규정을 조정하고, 가격협상, 계약조건 합의를 이루어야 한다. 최지선 외(2011)에서 수행한 ‘연구개발서비스업 활성화를 위한 표준계약서 개발연구’에 따르면, 계약서 작성시 세부항목으로 품질관리, 인력관리, 대금지급, 비용정산, 성과관리(지식재산권 관리), 계약변경/해제/해지, 분쟁조정을 제시하고 있다. 연구개발서비스업은 다른 분야에 비해 성과의 불확실성, 협상의 불균형 등의 위험이 크기 때문에(Doctor et al., 2001) 계약서상에 유연성을 두어 향후 문제 발생 시 재협상을 통해 수정할 수 있는 여지를 남기는 것이 필요하다.