농업직불금 제도가 10개 있으나 중복수혜 불가 제도를 제외하면 최대 3개 직불금만 수령 가능한데 이는 혜택 수준이 미흡해 만족도, 이해도가 낮을 수 밖에 없다.
구조 측면에서는 제도적으로 직불금 간 연계수급할 수 없도록 설계한 상호배타적 수급 구조이고 규모 측면에서는 농가소득 문제해결책으로 충분한 역할을 하지 못하고 있다. 10개의 농업직불금 제도가 있으나 중복수혜 불가한 제도를 제외하면 최대 3개만 수령할 수 있다. 즉, 3개의 직불금(경관, 쌀고정, 친환경)이고 이것 또한 수혜기간에 연한이 있어서 최장 3년까지 가능하다. 예를 들면 3년간 농가당 최소 178만원~최대 348만원 수령 가능(월 최소 14.8만원~최대 29만원)하다. 그리고 하한선을 명시함으로서 영세소농에게 돌아가는 혜택은 매우 미미하게 된다. 다수의 농업직불금 제도가 존재하는 관계로 시행체계도 복잡하고 한정된 예산에서 다수의 제도를 시행하기 때문에 개별 직불금 규모가 작을 수 밖에 없는 것이다. 결국 이것은 정책대상자들에게 돌아가는 혜택 수준이 미흡하여 만족도, 이해도가 낮을 수 밖에 없는 구조이다.