주민투표는 기술위험이 있는 방폐장 부지 선정에는 최소자격만으로 선정될 수있어 부적절한바, 특히 추가 비용 및 기간연장발생·안전성 불담보·높은 부재자 투표율 등 문제점을 가진다.
주민 투표는 민주적인 절차를 확립하기 위한 것으로 보이지만, 기술위험이 따르는 방폐장 부지 선정에는 적합하지 않을 수 있다. 후보지 선 정 과정에서 부지 적합성 평가 기준이 확립되지 않아 최소한의 자격만으로 후보지가 선정 되었다. 특히 경주 지역에서 문제점이 발견되자 ‘후설계 보완’을 조건으로 후보지에 포함시키었으나, 이후 추가 비용 및 기간 연장이 발생하게 되었다. 또 짧은 기간으로 인해 최종 결정에 필요한 조사, 대화, 숙의의 긴 과정을 생략하게 되어 안전성 담보 등이 이루어지지 않았고, 지나친 유치 경쟁으로 부재자 투표율이 높게 나오는 등 공정성에서의 문제점이 많이 지적되었다.