오이는 유전적 다형성이 낮아 유전자 지도 제작 시 다형성 마커가 많이 필요하기 때문에 중국과 미국 품종의 염기서열 중 변이가 심한 구간을 선별해 마커를 개발했다.
오이는 다른 식물들에 비해 상대적으로 유전적 다형성이 낮다. 따라서 그만큼 다형성 마커 개발도 어렵다. 하지만 유전자 지도를 만들기 위해서는 효율적인 다형성 마커들이 많이 필요하기 때문에, 본 연구에서는 이런 어려움을 해결하기 위해 공개되어 있는 염기서열 데이터를 이용하여 변이가 심한 구간을 우선적으로 선별해 마커 개발을 수행하였다. 중국의 Long4 품종의 전체적인 염기서열과 미국의 GY14 품종의 전체적인 염기서열을 데이터베이스 검색을 통하여 얻고, 이를 비교 분석하여 특히, 변이가 많은 구간에서 SNP marker 60개를 만들었다(표 3-3).