공사가 주택연금 계정을 설치한 이후 가입자가 보증신청을 하면 공사는 가입자와 예비 채권자에게 해당 사실을 전한다. 공사는 채무자를 가입자로, 저당권자를 공사로, 담보순위를 1순위로 바꾸는 등의 절차를 거쳐 저당권 등기를 하고 소유권에 제한을 거는 내용의 부기등기를 한다.
위 제도의 구조를 구체적으로 보면, 공사는 주택연금을 통한 노후생활자금을 원활하게 공급하기 위하여 기금에 주택연금 계정을 설치합니다(공사법 제59조의2). 그리고 가입자는 주택연금 가입을 위하여 공사에 보증신청을 하고, 공사는 주택연금을 하기로 결정한 때에는 그 뜻을 가입자와 그 채권자가 될 자에게 각각 통지합니다(공사법 제43조의2 제1항 및 제3항). 이때 공사는 가입자에 대한 구상채권을 담보하기 위하여 가입자의 담보주택3에 채무자를 가입자로, 저당권자를 공사로, 담보순위를 1순위로, 근저당권설정 채권최고액을 보증금액의 120%로 하는 저당권 등기를 하고(공사법 제43조의2 제2항, 주택담보노후연금보증규정 제37조), 이와 동시에 위 담보주택의 소유권등기에 “이 주택은 한국주택금융공사법에 따른 한국주택금융공사의 동의를 얻지 아니하고는 제한물권을 설정하거나 압류, 가압류, 가처분 및 임대차 등 소유권에 제한을 가하는 일체의 행위를 할 수 없음”이라는 내용의 부기등기를 하여야 합니다(공사법 제43조의7 제2항, 공사법 시행령 제28조의6).