해기사 교육과정은 통폐합 되거나 포기되어 국고 지원을 받는 대학 교육기관에서만 양성이 이뤄지고 있으며 국립해양대학교와 목포해양대학교가 대표적인 예이다.
그런데 실제로는 초중등 교육과의 연계가 현재까지 전혀 없을 뿐 아니라, 특성화 고등학교의 해기사 교육과정마저 그동안 통폐합되거나 해기사 양성 교육을 포기하는 등의 사례가 많다. 실제로 해양수산부 예산이 지원되는 국립해사고등학교(부산, 인천)에 대한 국고지원 제도가 2013년부터 대부분 삭제되어 실효성 있게 예비인력을 양성할 수 있는 체계가 와해되었다. 이에 따라 해양 분야 해기사 양성을 위한 국고지원은 대학 교육기관에 국한되고 있으며, 특히 해양수산부가 지원하여 해기사 교육에 특화하고 있는 국립해양대학교(해사대학 9개 학과)와 목포해양대학교(해사대학 8개 학과)가 대표적이다.