바이오 에너지를 포함한 여섯 영역을 중심으로 합성생물학 기술 적용의 긍정적, 부정적 영향 관련 논의가 진행되고 있다. 바이오안전성 관련 논의는 생태계에 주는 영향, 유전자 흐름에 주는 영향, 예측 불가한 형질의 출현을 중심으로 이뤄지고 있다. 합성생물학으로 인해 생태계나 서식지 파괴, 생물다양성 변화 및 유전적 오염 위험, 예측 불가한 새 형질을 지닌 생명체가 출현할 수 있다.
생물다양성 보전과 지속가능한 이용에 있어 합성생물학은 긍정적인 측면과 부정적인 측면 모두를 갖습니다. 바이오 에너지, 환경, 농업, 야생동식물의 개체 수 변화, 자연물질의 대체, 화학적 생산이라는 여섯개 영역을 중심으로 합성생물학 기술이 적용될 경우 나타날 수 있는 긍정적인 영향과 부정적인 영향에 대한 논의가 진행되고 있습니다. 합성생물학 기술에 의해 탄생한 유기체 등이 고의적으로 또는 비고의적으로 방출될 경우, 바이오안전성이 우려됩니다. 바이오안전성 관련 논의는 생태계에 미치는 영향, 유전자 흐름에 미치는 영향, 그리고 예측할 수 없는 형질의 출현을 중심으로 이루어지고 있습니다. 합성생물학 기술로 탄생한 유기체는 적합성에서 우위를 점하고 있기 때문에 기존의 종을 몰아낼 수 있으며, 합성생물학 기술로 탄생한 유기체가 장기간 지속하는 경우 새로운 종류의 오염원이 될 수 있거나 생태계나 서식지가 파괴될 수 있습니다. 대부분의 합성생물학 연구는 미생물을 숙주로 사용하는데, 그 과정에서 미생물의 급격한 진화, 미생물의 돌연변이로 인한 생태계 파괴가 우려됩니다. 또한 합성생물학은 유전자 흐름에도 영향을 미칩니다. 합성생물학 기술로 탄생한 유기체는 그와 관련 없는 종으로 변형된 DNA가 이동하는 것을 가능케하는 수평적 유전자 흐름 및 전이를 가능하게 합니다. 이러한 수평적 이동은 유전자 수준에서 생물다양성에 변화를 야기할 수 있고, 바람직하지 않은 형질을 전파시킬 수 있기 때문에 “유전적 오염”의 위험이 있습니다. 또한 합성생물학은 “예측할 수 없는 새로운 형질”을 가진 전혀 다른 생명체를 출현시킬 가능성이 있습니다.