국가농업유산은 여러 기준을 통해 선정되는데 선정된 지역은 3년간 국가예산 15억을 지원 받는다. 
국가농업유산은 100년 이상의 전통, 국제적·국가적 대표성, 보존관리와 활용 가능성을 기준을 평가하여 선정된다. 국가농업유산으로 지정된 지역은 농림수산식품부의 2013년도 ‘농어촌 다원적자원 활용사업’의 사업대상으로 3년간 15억의 국가예산이 지원된다. 사업내용은 농업유산의 정비개발(기획설계, 자료조사, 자원정비, 부지구입), 환경개선(환경정비, 자원보호, 가치향상), 가치제고(부대시설, 가치창조, 연계소득)를 포함한다. 2012년 말까지 신청 접수된 전국 시·군의 64건을 평가하여 2013년 1월 청산도 구들장논과 제주도 돌담밭이 최종 지정되었다.