기초융합연구의 경우 연구 수행시 연구자 간 얼마나 협력했는가를 측정한다. 동료평가 위주로 평가하고 협력강도를 측정하는것이 요구되며 연구참여자의 주제 선정, 학위 취득 등도 보조 자료로 이용 가능하다. 
첫째, 추격형과 기초 단계에 해당하는 연구과제의 경우, 실제 융합연구의 협력강도 중심으로 성과를 평가한다. 이는 기초 융합연구의 경우, 협력연구 문화가 취약한 우리나라 현실을 감안해서 연구수행으로 인해 연구자 간 또는 소속 학제 간 협력이 얼마나 발전했는가를 측정하는 것이다. 3장 사례연구에서 소개한 것처럼, 최근 융합연구 강도를 측정하는 다학제성(interdisciplinarity) 측정 방법론이 개발되고 있다. 연구수행 과정에서 융합연구를 구체적으로 수행한 방식에 대해서는 동료평가위주로 정성적으로 평가하고, 서지적 분석 방법에 의해 협력강도를 측정하는 것이 필요하다. 연구에 참여한 박사과정 또는 포스트닥의 연구주제 선정, 학위취득, 경력개발 등도 보조적 평가지표로 활용할 수 있다.