급성 설사 진단에 대장내시경은 진단 역할이 떨어져 권고되지 않는다. 대장내시경 검사를 통해 대장점막의 염증 상태 파악, CMV와 C. difficile 장염을 진단할 수 있다. 그 외 급성 감염성 설사에 사용되는 검사로 상부위장관내시경, 십이지장 조직검사와 십이지장 흡인이 있다. 
급성 설사의 감별진단 목적은 S-결장경 검사만으로 충분하며 대장내시경은 급성감염성 설사에 진단적인 역할이 매우 떨어져서 권고되지 않지만 대장암 등의 질환이 의심될 때는 고려할 수 있다. 가능하면 대장내시경 검사를 하더라도 강한 하제는 피하고 가급적 가벼운 관장만 하고 검사를 해야 한다. 내시경 검사를 통하여 대장점막의 염증상태를 파악하고 여러 부위에서 조직검사를 하여 다양한 형태의 장염을 감별진단 하는데 도움을 받을 수 있으며, 특히 CMV 장염 및 C. difficile 장염을 진단하는데 도움이 된다. 또한 내시경 검사를 하면서 장액을 흡인하여 검사하면 장염의 감별진단에 유용한 정보를 얻을 수 있다. 한 연구에서 내시경 중에 흡인한 장액의 세균 배양결과가 대변 배양검사와 91.2%의 일치율을 보여 원인균 진단에 도움을 준다고 보고하였다. 일반적으로 내시경 검사는 급성 설사 보다는 만성 설사를 감별 진단하는데 유용하여 Giardiasis, Celiac disease, Crohn disease, Whipple’s disease, 호산구 위장관염 등을 감별하는데 도움이 된다. 일반적으로 급성 감염성 설사는 하부 위장관 감염으로 발생하기 때문에 상부위장관내시경 검사는 권고되지 않지만 일부 환자들에게는 상부위장관내시경 검사가 도움이 된다. 십이지장 조직검사와 십이지장액 흡인으로 영양체(trophozoite)를 발견하면 Giardiasis를 진단할 수 있으며 Strongyloides, Cystoisospora 또는 Microsporidia 감염이 의심될 때 십이지장액 흡입이 도움이 된다.