바이오 벤처기업의 목록은 후보 기업군에서 분석 대상 모집단을 선별하는 방식으로 이루어졌는데, 한국바이오협회가 2012년에 제작한 영문 소개책자, NTIS DB, 그리고 2006, 2007년에 발간한 ｢바이오벤처 총람｣ 등, 접근 가능한 자료를 최대한 참조하여 바이오 분야의 중소기업 목록을 확보하였다. 
첫 단계인 바이오 벤처기업의 목록을 만드는 것은 기존의 여러 자료를 통해 후보 기업군을 모은 후, 몇 가지 기준으로 분석 대상 모집단을 선별하는 방식으로 이루어졌다. 먼저 대략 세 가지 경로를 이용해서 가능한 많은 바이오 분야의 중소기업 목록을 확보하였다. 첫째, 한국바이오협회가 2012년에 제작한 영문 소개책자(한국바이오협회, 2012b)를 참조했다. 여기에는 한국의 바이오 기업 862개사가 수록되어 있는데, 이 중 대기업과 외국기업 지사를 제외하고 중소기업만을 추려서 총 693개 기업명을 확보했다. 둘째, 국가과학기술지식정보서비스(NTIS, www.ntis.go.kr) DB를 참조했다. NTIS DB에서 2000~2012년까지 중소기업이 바이오 분야에서 수행한 과제를 전수 조사해서 정부 연구개발 과제를 한 번이라도 수행한 기업들을 모두 모아보았다. 넓게 정의된 바이오 영역의 총 14,860개 과제를 조사해서 그 중 바이오 분야에 속하는 것으로 보이는 1,692개의 기업명을 확보했다. 셋째, 2006년과 2007년에 한국바이오협회가 발간한 ｢바이오벤처 총람｣, 바이오코리아 2013 참가 업체 목록, 기타 기존 보고서 등 접근 가능한 자료를 최대한 참조하여 467개 업체를 추가했다. 세 가지 방식으로 모은 기업 목록 중 411개는 중첩되어서 제외하고 총 2,441개의 1차 모집단을 확보했다.