장기프로젝트에 등록된 도전과제들은 다른 주체들과의 협력관계를 통해 필요성과 과학적 목표에 맞게 조직이 구성된다. 원자핵, 과학적 자료의 대형자산, 나노, 에너지 변천 등 다양한 도전과제들이 진행중이다.
도전과제들은 장기 프로젝트(5년)에 등록되며 연구기관, 산업 주체, 대학, 지역공동체 등과 같은 다른 주체들과 협력 관계를 맺을 수 있다. 도전과제 조직은 그 필요성과 과학적 목표에 따라 정해진다. MI는 시행중인 활동에 대해 정기적인 검증을 하고 있다. 2013년 4월 현재 진행 중인 도전과제는 (1) 원자핵, 에너지, 환경, 폐기물, 사회 (2) 과학적 자료의 대형자산 (3) 예측의 불충분성과 개별적 보완 (4) 나노 (5) 성(性)(성(性)과 관련된 연구 및 다학제적인 방식으로 특별히 비 인문과학 분야 속에서의 성(性)의 차이점을 발전시키는 목적이 있음) (6) 에너지의 변천: 자원, 사회, 환경 (7) 정신적 질병을 위한 치료법의 혁신 (8) 한계 계측법 등이 있다.