약학대학의 학제 개편은 일시적인 졸업생과 약사 배출의 제한 및 약학인력 수급의 불균형을 야기하므로 편입조치 및 유동적인 선발 인원의 병행을 필요로 한다.
약학대학 학제개편 적용 단계에서 일정기간 졸업생 배출이 제한됨에 따라 한시적 편입조치가 필요하다. 2022년 학부 신입생 선발 시 2026~2027년 졸업생 미배출, 한시적(2022년~2023년)으로 편입학 실시하여 약학인력 수급 균형 확보가 필요하다. 2021학년도까지 신입학하는 학생들의 경우, 약학대학에서 1학년을 선발하지 않으므로 2+4년제 약학대학 진학(3학년 선발)이 가능하도록 현행 2+4체제를 2023학년도까지 유지할 필요가 있다. 특정 시점에 학제 개편을 실시할 경우 교육과정연한이 4년에서 6년으로 늘어나고 이는 약사 배출 시점을 기준으로 보면 2년간 공백 발생이 우려되므로, 학제 전환을 실시한 후 2년 동안은 6년제 1학년 및 2+4년제 3학년의 선발 병행이 필요하다. 이렇게 할 때 약학대학 입학정원이 2년간 2배가 증가하므로, 고등교육법 시행령 제28조제3항에 따라 보건복지부와 협의가 필요하다.