초기 분자마커는 이용방법이 복잡, 시간이 오래 걸렸으나 이후 중합연쇄반응 기술을 응용한 분자마커들로 쉽고 빠른 개체선발이 가능해 졌다. 최근 유전체에서 쉽게 발견되고 개발이 용이한 단일염기 다형성 마커가 개발되었다.
1980년대 등장한 RFLP(restriction fragment length polymorphism) 등 초기 분자 마커는 이용 방법이 복잡하고 시간이 많이 드는 단점이 있었으나 그 후 개발된 PCR(중합연쇄반응) 기술을 응용한 분자마커들은 더욱 쉽고 빠른 개체 선발을 가능케 했다. 최근 유전체에서 쉽게 발견되고 마커로써의 개발이 쉬운 SNP(단일 염기 다형성) 마커가 개발되면서 마커를 개발하는 시간이 훨씬 단축되었다. 마커를 이용해 형질을 분석하는 방법도 자동화가 이루어져 기존에는 하나의 마커를 하나의 샘플에 대해서만 분석이 가능했다면 이제는 100여 개 마커를 100여 개의 샘플에 대해서 분석할 수 있는 기술이 개발되었다. 대표적인 사례로 택만(TaqMan)이나 일루미나(Illumina) 유전자형 분석 시스템이 있다.