NIH는 연구자를 경제적, 사회적 목적에 따라 관리하는 방식이고, 연구의 자율성을 토대로 지원활동을 했던 NSF는 2000년대 이후 사회적인 책임성을 기준으로 활동하는 방식이 되었다.  
NSF와 NIH를 비교하면 흥미로운 차이점을 볼 수 있다. 당초 부시의 이념에 따라 공공재적 성격의 기초 연구 지원을 위해 탄생한 NSF와 달리 NIH는 기관의 목표에서부터 경제적, 사회적 책무가 뚜렷이 나타나 있다. 이에 따라 NIH는 수혜자의 연구 진행 과정 및 연구비 지출 과정에 대한 정기적 보고와 감시를 강화하여 연구의 진행 과정을 감시하는 방식으로 연구자들의 연구 수행의 책임을 요구하고 있다. 반면, 주로 연구자들의 자율성에 기반했던 NSF는 2000년대 이후부터는 점차 연구의 유용성과 사회적 책임성을 강조하였다. 달리 표현하면 90년대 이후 과학에 대한 사회적 기대 역할의 변화에 따라 연구의 자율과 책임에 관한 두 기관의 정책은 자율과 책임의 조화라는 방향으로 수렴하고 있다고 볼 수 있다.