기술혁신형 공공구매를 진행하여야 할 경우에  중기 재정계획과의 연계가 필요하다. 즉 5년 단위의 중기 재정계획에 수요기관별 혁신형 솔루션 구매 계획을 연계함으로써 명확한 예산 확보를 유도하는 것이 필요하다.
만약 개별 수요기관의 예산을 중심으로 기술혁신형 공공구매를 진행하여야 할 경우에는 부처별 예산 확보를 위해 중기 재정계획과의 연계가 필요하다. 즉 중기 재정계획과 수요기관별 구매 계획 간 연계를 명확하게 하여 부처별 예산을 확보하는 것이다. 이는 기존 상용품 구매와 기술혁신형 공공구매가 가진 특성의 차이에서 유래한다. 기술개발 및 구매를 약정하는 기획 단계와 실제 수요기관이 구매를 시작하는 시점 간에 는 시차가 존재할 수밖에 없다. 문제는 현재 단년도 예산 체제하에서는 수요기관이 구매 예산을 원활하게 확보하는 데 한계가 있다는 점이다. 따라서 5년 단위의 중기 재정계획에 수요기관별 혁신형 솔루션 구매 계획을 연계함으로써 명확한 예산 확보를 유도하는 것이 필요하다. 이는 기업의 투자를 적극적으로 유도한다는 점에서도 중요 하다. 사업 초기 단계부터 수요기관의 명확한 구매 의사와 예산 확보가 기업의 의사 결정에 있어 중요한 변수이기 때문이다 .