뇌전증은 원인이 예측되는 정도에 따라 특발뇌전증, 중상뇌전증, 잠재뇌전증으로 분류되며 주로 뇌변병을 유발하는 질환이 원인으로 꼽힌다. 연령에 따라 유전이나 뇌종양, 뇌혈관질환, 감염 등도 원인 요소이다.
뇌전증은 원인에 따라 원인을 모르는 특발뇌전증(idiopathic epilepsy), 위험인자나 원인이 확인되는 중상뇌전증(symptomatic epilepsy), 위험인자나 원인이 있을 것으로 추정되는 잠재뇌전증(cryptogenic epilepsy)으로 나눈다. 뇌변병을 일으킬 수 있는 다양한 질환이 뇌전증발생의 위험인자 혹은 원인이다. 선천, 발달 및 유전질환은 대부분 소아기, 사춘기 및 초기성인기에서 주요 원인이다. 머리외상, 중추신경계감염 및 뇌종양은 모든 연령에서 뇌전증의 원인이며 40세 이상에서 더 흔하다. 뇌혈관질환은 60세 이상에서 가장 흔한 원인이다(표 1). 일부 지역에서는 낭미충증(cysticercosis), 말라리아 혹은 폐흡충증과 같은 감염이 주요 원인이 될 수 있다.