식물플랑크톤 증가와 함께 우점종 조성도 변화했다. 물막이 공사 이전과 달리 공사 후 2년, 담수화와 폐쇄성이 반영돼 담수성종과 폐쇄성 내만에서 주로 출연하는 생물들이 출현했다.
식물플랑크톤의 현존량 및 생물량 증가와 더불어 우점종 조성에도 변화가 발생했다. 물막이 공 사 이전에는 경기만에서 주로 출현하는 Palalia sulcata와 Skeletonema costatum 등 규조류가 우점하여 출현했다. 그러나 물막이 공사 이후 2년이 경과된 시점에서는 수질이 매우 악화된 시기로, Cyclotella와 Euglena 등의 담수성종과 폐쇄성 내 만에서 주로 적조종으로 출현하는 와편모조류인 Prorocentrum minimum 및 미소형 편모조류가 지속적으로 우점하여 출현했다(신재기 등, 2000). 이는 방조제 축조에 의한 호소의 담수화와 폐쇄성이 반영된 결과이다.