펫푸드의 원료는 곡물, 채소, 뿌리식물, 허브, 과일, 육류로 다양하다. 이중 어류는 흰살 어류, 기름기가 많은 어류 외에도 게, 새우, 랍스터가 있는데, 이들은 육류 단백질에 비해 고급 단백질로 알려져 선호되는 재료이다.
펫푸드에 사용되는 원료는 곡물(쌀, 귀리, 기장, 밀, 보리, 콩, 흑미), 뿌리식물(감자, 고구마, 카사바), 채소(단호박, 당근, 브로콜리, 시금치, 양배추, 치커리, 케일, 완두콩), 과일(딸기, 바나나, 블루베리), 허브(로즈마리, 해초, 스피룰리나), 육류(닭고기, 소고기, 오리고기, 수산물) 등 다양하다. 이 중에서 펫푸드에 쓰이는 어류는 크게 두 종류로 나누어 볼 수 있는데, 흰살어류(대구, 넙치, 가자미 등)와 기름기가 많은 어류(청어, 고등어, 정어리, 참치, 연어, 송어 등)이다. 어류에는 요오드, 칼슘, 인 성분이 풍부하며, 기름기가 많은 어류는 비타민 A, 비타민 D, 오메가 3 등 풍부한 영양소를 제공한다. 어류 외에도 펫푸드에 쓰이는 수산물로는 게, 새우, 랍스터 등이 있다. 이러한 수산물 단백질은 육류 단백질에 비해 고급의 단백질이라는 인식이 있어 펫푸드에서 선호하는 재료 중 하나이다. 예를 들어, 미국의 전체 펫푸드 중 약 10~20%는 연어를 주요 원료로 하였으며, 반려견보다는 반려묘 펫푸드에서 수산물을 더 많이 활용하고 있다.