넷째, 부처별로 다양하게 진행중인 국가연구개발 사업과 과제에 어떤 정성(질적)평가방식을 할 것인가 하는 것이다. 사업별로 다른 특성들이 반영된 질적 평가지표들을  마련하여야하고 연계해야 한다. 본 연구는 평가지침들을 분석하여 질적평가 방안을 제시하고 연계방법을 찾아볼 것이다.
네 번째 핵심질문은 사업수준에서의 정성(질적)평가 방식과 과제수준에서의 정성(질적)평가방식을 어떻게 할 것인가 하는 것이다. 현재 국가연구개발사업의 경우 33개 부처에 걸쳐 그 수가 780여개이며, 과제의 경우는 53,500여개(2014년도 기준) 이상이 진행되고 있는 상황이다. 부처별 사업별로 특성이 다르기 때문에 이러한 특성들이 반영된 질적 평가지표들이 사업수준과 과제수준에서 마련되어야 하며 또한 사업 수준의 질적 평가지표와 과제수준의 정성(질적) 평가지표 차별화뿐만 아니라 연계를 시켜야 할 필요가 있다. 이를 위해 정부는 사업평가와 과제평가 각각의 지침을 수립하여 정성(질적)평가를 유도하고 있으나 그 내용 및 적용 면에서는 아직 미흡한 점들이 있다. 따라서  본 연구에서는 이와 같은 부분들에 대한 개선을 위해 현재의 사업, 과제 평가에 대한 지침들의 분석을 통해 사업평가, 과제평가에 대한 차별적 정성(질적)평가 방안의 제시와 더불어 정성(질적)평가 관점에서 사업평가와 과제평가의 연계방안을 고민하고 있다.