시민과학 활동은 지방자치단체의 주도로 수행되는 것이 바람직하다. 호주의 ACSA는 ‘커뮤니티 단위’를 시민과학 실행 단위의 기반으로 제시하고 있다. 또한 다른 사례로 나고야시의 시민과학 수행체계는 조사활동을 각 환경 관련NGO가 지원하였다.
시민과학 활동은 전국 및 전 세계를 대상으로 수행 가능하나 대개 생활반경 내에 있는 지역을 대상으로 수행하는 경우가 빈번하다. 따라서 각 지역의 관심 종 및 생태계를 대상으로 각 지방자치단체의 주도로 수행되는 것이 바람직하다고 여겨진다. 호주의 시민과학 네트워크인 ACSA(Austrailian Citizen Science Association)는 시민과학 활성화를 위한 전략계획을 수립하였으며 ‘커뮤니티 단위’를 시민과학 실행 단위의 기반으로 제시하고 있다. 또한 지방정부의 시민과학 주관 사례로 나고야 시의 사례를 살펴 볼 수 있다. 나고야시는 중앙환경청과 함께 시민참여 조사활동을 위한 관리재원을 제공하고, 나고야 생물다양성센터가 중간 관리자로서 시정부의 활동과 나고야 시 내 시민단체 조직인 민간단체 협의회 활동을 매칭하고 관리한다(그림 2-7 참조). 이와 같은 나고야시의 시민과학 수행체계는 지방정부의 생물다양성 조사활동을 각 환경 관련NGO가 지원하는 결과를 가져왔다. 또한, 지역 내 중요한 종 및 생태계를 중심으로 조사가 수행되는 결과를 도출하였다.