현재 논문과 특허는 성과지표의 기준이나, 모두 파악하기 힘들기 때문에 새로운 성과지표 개발이 필요하다.
의약바이오 분야 유관 사업과 비교하면 의약바이오 지원액 10억당 논문 건수는 2.31편이었고, 10억당 특허 출원/등록 건수는 1.70건/1.11건으로 논문에서는 산업부 사업 평균 대비 높은 성과를 나타냈으나 특허에서는 유사한 성과를 나타냈다. 타 부처 사업 평균과의 비교 시 논문 성과는 부족하나 특허 성과는 높은 성과를 나타내 제품중심이라는 본 사업의 취지에 부합하는 결과를 보이는 것으로 볼 수 있다. 그러나 의료기기나 다른 바이오 분야에 비해 개발기간이 매우 긴 의약바이오의 특성상 논문과 특허는 성과지표로서의 한계가 있다. 다음 절에서 언급될 부분이나 초기 단계에서 특허와 더불어 각 세부과제의 단계에 따른 개별화된 성과지표 개발 필요성이 높은 이유이다.