부과대상품목과 폐기물부담금 기준이 모호하여 사업자가 스스로 재질을 대체하거나 재활용을 유도하지 못 하고 있다.
이 밖에도 폐기물부담금이 재활용이 어렵고 처리에 문제를 야기할 수 있는 제품 등에 경제적인 부담을 주어 사업자 스스로 재질을 대체하거나 재활용을 유도하도록 하여야 하는데 요율이 실처리비의 평균 7%에 불과하여 사업자들이 이 같은 선택을 원천적으로 할 수 없도록 하고 있고, 부과대상품목이 적어 환경상 문제를 야기할 수 있는 품목이 있음에도 불구, 부담금부과대상에 포함하지 않고 있어 환경개선효과가 떨어지고 기존 품목들의 반발을 유발하고 있다는 것이다. 또한 플라스틱부담금의 경우 일부는 중간재에, 일부는 최종제품에 부과하여 이중부과의 문제가 제기되고 있다. 또한 국내제품은 합성수지투입량을 기준으로, 수입제품은 수입가를 기준으로 부과하여 형평성의 문제도 있다.