폐수배출시설에는 생태독성기준이 적용되지 않으며, 이는 중복비용 발생을 방지한다. 하지만 이로 인해 유입되는 오염물질의 부하 증가·유입으로 인한 오염·사고발생이 증가할 수 있다.
생태독성의 배출허용기준은 물벼룩에 대한 급성독성시험을 기준으로 하며, 폐수배출시설 중 <표 3-11>에 해당하는 폐수배출시설에만 적용한다. 또한 수질오염물질의 배출허용기준에서 페놀류 등 수질오염물질의 비고에 따르면 ｢하수도법｣ 제2조제9호에 따른 공공하수처리시설에 유입시키는 폐수배출시설에는 생태독성기준이 적용되지 않는다. 생태독성기준이 적용되지 않는 폐수배출시설 및 간접방류 대상은 폐수처리 비용 및 분석 비용 등의 중복투자를 방지할 수 있다. 하지만 이로 인해 하수처리시설로 유입되는 오염물질의 부하 증가, 페놀류, 중금속 등 다양한 오염물질의 유입으로 인한 공공수역의 오염 및 사고발생 가능성의 증가를 반증해 볼 수 있다.