미국의 기초연구정책은 미 행정부와 입법부의 경제와 균형 속에 결정된다. 대통령은 과학기술자문위원회의 도움으로 지원안을 확정하고, 외회는 정책 방향·예산지원 설정과 업무범위·예산규모를 조정한다. 지원은 연방정부 산하의 각 부처·기관을 통해 이뤄지며, 대학 연구소, 정부부처 산하 연구소에서 연구가 수행된다. 
미국의 기초연구정책은 개별부처나 기관에서 만들어지지는 않는다. 즉, 단일부처나 기관에서 기초연구정책과 지원을 전담하는 체제가 아니기 때문에 기초연구에 대한 연방정부의 지원은 연방정부 산하의 각 부처와 기관들을 통해 이루어진다. 그러나 대통령과 과학기술정책국 등을 통해 연방정부의 기초연구정책 및 지원들에 대한 방향이 설정되고 개별 기관에 대한 지원 규모도 조정된다. 그리고 이러한 연방정부의 지원방향에 대해 입법부의 견제와 균형이 이루어지게 된다. 즉, 기초연구정책 및 지원의 규모와 형태는 미 행정부와 입법부간 서로 견제와 균형 속에서 결정된다. 먼저 대통령은 과학기술자문위원회의 자문과 과학기술정책국(OSTP), 예산국(OMB)의 지원 속에서 기초연구정책과 지원안을 확정하며, 의회에서도 정부정책을 지원 및 보완하는 정책적 방향과 예산지원을 설정하고 NSF, NIH, DOE 등 각 부처와 기관의 업무범위와 예산규모를 조정하는 역할을 맡는다. 기초연구가 수행되는 장소는 대학 연구소 그리고 정부부처 산하의 연구소 등이지만 2013년 기준 기초연구의 51%가 대학에서 진행되었을 정도로 대학이 기초연구에서 차지하는 역할이 크다고 할 수 있다.