특별관리해역에서 ｢해양 환경 관리법｣ 제15조제3항 및 제4항에 의해 시행 가능한 오염 총량규제는 육상 오염원 관리에 제일 효과적인 정책으로 인정받고 있다. 다만 전국 해안의 육상 오염원을 감독하기에는 한계가 있다.
특히 특별관리해역에서 ｢해양환경관리법｣ 제15조제3항 및 제4항에 따라 실시할 수 있는 오염총량규제는 육상오염원 관리에 가장 실효적인 정책으로 평가받고 있다. 오염총량관리를 실시하는 해역은 목표수질을 달성 ․ 유지하기 위하여 사업장별로 오염부하량 할당과 배출량을 지정할 수 있고,시행령 제14조에 따라 광역시장 ․ 시장 ․ 군수는 시행계획에 대한 전년도의 이행사항을 국토해양부장관이 고시하는 바에 따라 평가해야 하고, 평가 보고서는 국토해양부장관이 검토한 후 오염물질 총량규제의 목적달성을 위하여 필요하다고 인정되면 광역시장 ․ 시장 ․ 군수에게 육상오염원관리에 관한 필요한 조치나 대책을 수립 ․ 시행하도록 요구할 수 있다. 다만 오염총량규제가 특별관리해역에서만 추진될 수 있기 때문에 전국연안의 육상오염원 관리에는 한계가 있다.