키다리병이 걸린 채 본논에 두면 꽃이 필 때 벼 씨앗을 감염 시킬 위험성이 크므로 병든 벼를 제거하고, 등록약제를 뿌리는 등 관리를 해야 수량이 줄지 않는다.
이후 병원균 생육에 좋은 환경이 만들어지면 병에 걸린 벼 줄기에 흰색이나 연한 분홍색 병원균 홀씨가 무수히 많이 형성된다. 이렇게 형성된 병원균은 꽃이 필 무렵 다시 벼알을 감염시켜 병에 걸린 씨앗을 만들게 된다. 따라서 본논에 키다리병이 걸린 채 방치하면 병원균의 밀도가 높아져 꽃이 필 무렵 벼 씨앗을 감염 시킬 위험성이 크므로 본 논에서 병에 걸린 벼를 제거하고, 등록약제(아족시스트로빈·페림존, 헥사코나졸·티아디닐 액상수화제)를 뿌리는 등 관리를 해주어야 한다. 다른 병과 마찬가지로 벼 키다리병이 심하면 수량이 줄어드는데, 품종에 따라 차이가 있지만 병이 10% 발생하면 약 4.4%, 50% 발생하면 약 21.9% 줄어드는 것으로 나타났다.