안전행정부는 국가기반체계를 보호, 관리하기 위해 국가기반체계 보호지침을 마련하여 총 100개의 기관이 이를 관리하게 되며 해양수산부는 무역항을 관리하게 된다. 
2014년 2월 안전행정부는 어떠한 유형의 재난 발생 시에도 최소의 국가기능을 유지하기 위해 국가기반체계를 보호하고 이를 관리하기 위해 ‘국가기반체계계획’의 작성기준과 보호활동에 대한 세부사항을 규정하기 위하여 ‘국가기반체계 보호지침’을 마련하였다. 이 지침에 따라 국가기반체계 보호 기본계획을 수립해야 하는 대상은 9개 분야의 국가기반체계를 관리하는 10개 중앙행정기관과 274개 국가기반시설을 직접 관리하고 있는 90개 기관이다. 해양수산부는 교통수송 분야의 국가기반시설인 무역항을 관리하고 있어서 이에 대한 기본계획을 수립해야 했으며, 2014년 3월 ‘2014년 국가기반체계 보호 기본계획’을 수립한 바 있다.