1987년 기존 증권 거래소와 별개의 장외 시장이 개설되었고 중소, 벤처기업의 주식 매매가 가능하도록 하였다. 1991년에는 주식 장외거래 중개실의 설치 및 전산화가 이루어졌고, 1996년 7월 증권업협회에 의해 경쟁매매 방식의 코스닥 시장이 개설되었다. 
1996년 7월 증권업협회가 개설한 코스닥은 바이오 벤처를 비롯한 벤처기업들의 창업과 활성화에 중요한 계기가 되었다. 코스닥의 역사는 10여 년 전으로 거슬러 올라가는데, 1987년 한국 증권업 협회는 전해 정부가 발표한 바 있는 “중소기업 등의 주식 거래 활성화를 위한 시장 조직화 방안”에 따라, 기존 증권 거래소와는 별개의 장외 시장을 개설했다. 그리고 그동안 증권 거래소에서 주식을 매매할 수 없었던 중소, 벤처기업으로 하여금 증권업 협회에 등록하도록 했고, 그 주식을 장외 시장의 증권 회사 창구에서 매매할 수 있도록 허용했다. 그리고 1991년 거래 주식의 호가 및 거래 상황을 실시간으로 모든 증권 회사에 제공할 수 있는 주식 장외거래 중개실을 설치하고 이듬해 이를 전산화한 데 이어, 1996년 경쟁매매 방식(매매를 위한 건물이나 플로어 등이 없이 컴퓨터와 통신만을 이용하여 불특정 다수자가 주식을 매매하는 방식)을 도입하면서 코스닥 시장이 설립되었다.