국내 재정건전성 악화는 연구 개발 재정 운영에 큰 영향을 미칠 것이다. 전반적으로 정부의 재정 총량 중 연구 개발 재정 비중이 감소하고, 관련 세제 혜택이 축소될 여지가 크다. 정부의 재정건전성 확보와 재량 지출 부분의 예산 삭감으로 연구개발 재정 운영과 예산 지출이 큰 타격을 받으며, 세수 확보를 위해 국세감면액의 상위를 차지하는 R&D 분야에 대한 세제지원 혜택이 대폭 축소될 가능성이 있다.
최근 우리나라의 재정 상황은 그 동안 확대일변도의 연구개발 재정 운영에 있어서 몇 가지 경각심을 가지도록 한다. 첫째로는, 재정의 지출이 수입을 초과하고 국가채무가 증가하는(GDP 대비 국가채무가 2008년 30.1%에서 2014년 35.1%로 확대) 재정수지 악화가 빠르게 진행되고 있어 중장기적으로 재정건전성 확보를 위한 재정위축이 이루어질 경우 연구개발과 혁신을 위시한 중장기 성장잠재력 확보를 위한 적극적인 재정 운영을 어렵게 할 우려가 있다. 둘째로는, 재정건전성 악화에 따라 부족한 세수 확보를 위해 국세감면액의 큰 부분을 차지하는(국세감면액 중 연구개발 조세감면액이 2014년에 8.7%를 차지) 연구개발에 대한 세제지원 혜택의 축소 가능성이 재정당국에게 제기되고 있고 조만간 이러한 조치가 현실화될 수도 있다. 셋째로는, 정부재정 중 복지지출을 중심으로 한 의무지출의 비중이 증가하는 추세를 거역할 수 없는 상황 속에서 재량지출로 할애할 수 있는 재정운영의 여지가 줄어들어 전형적인 재량지출 예산이라 할 수 있는 연구개발 예산의 확대에 부정적 영향을 미칠 전망이다. 넷째로는 정부재정의 총지출 대비 R&D 분야의 예산배분 증가율이 지금까지는 총지출 증가율보다 높게 유지되어 왔으나 앞으로는 총지출 증가율보다 낮아지고(2014년부터 2018년 기간의 중기재정계획 기간 중 R&D 분야 예산의 연평균 증가율이 정부재정의 연평균 증가율 4.5%보다 낮은 수준인 3.5%로 계획) 총지출 중 차지하는 비중도 증가되기 어렵고 중기적으로 낮아지게(2014년 4.9% 수준에서 2018년 4.8% 수준으로 하락) 된다는 것이다. 물론, 재정악화 상황에 비해서는 국정과제인 창조경제의 구현을 위한 과학기술의 역할을 강조하여 여전히 R&D 분야의 예산배분이 다른 분야에 비해 상대적으로 중시되고 있는 것은 다행이지만 계속적으로 낙관할 수 있는 상황은 아니라고 하겠다.