성과 평가 시 자율지표를 통해 사업의 차별적인 특성을 기준으로 평가하는 것이 필요하다. 핵심성과가 창출․축적되는 기간을 고려하여 대상사업을 선정하고 적정 기간 경과 후 평가해야 한다. 기본적으로 3년 이상 경과된 사업으로 선정하고 주기는 유동적으로 운영한다. 
성과 평가 시 모든 성과 전체를 보지 않고 대표성과 중심을 보여주는 자율지표를 통해 사업의 차별적인 특성을 기준으로 평가를 실시하는 것이 필요하다. 모든 성과를 평가하면 대부분이 유사한 평가지표를 갖게 되어 사업의 특징적인 면이 나타나지 않을 수 있기 때문이다. 아울러 모든 성과를 평가하게 되면 대표성과가 부각되지 않을 수 있다. 핵심성과가 창출․축적되는 기간을 고려하여 대상사업을 선정하고 적정 기간이 경과한 후의 성과를 중심으로 평가하는 것이 바람직하다(유승준, 2011). 기본적으로 실질적인 사업특성 및 성과창출 기간을 고려하여 3년 이상 경과된 사업으로 선정하되, 필요시 평가대상 주기는 탄력적으로 운영한다. 기초·원천 R&D 사업의 경우 ‘Creative Period’를 도입하여, 성과창출 시기별로 평가주기를 구분하고 그 구체적 기준을 마련(예: 단기, 중기, 장기로 분류하고 평가 주기도 3년, 5년, 평가면제 등으로 구분)한다(유승준, 2011).