GMO는 미래창조과학부, 농림축산식품부, 산업통상자원부, 보건복지부, 환경부, 해양수산부, 식품의약품안전처 등의 중앙행정기관들이 각 담당업무와 유관된 부문들의 관리를 맡고 있다.
GMO의 관리를 책임지고 있는 관계 중앙행정기관으로는 미래창조과학부, 농림 축산식품부, 산업통상자원부, 보건복지부, 환경부, 해양수산부, 식품의약품안전처 등이 있다. 즉, 시험․연구용으로 사용되는 GMO는 미래창조과학부, 농업, 임업, 축산업 또는 동물용 의약품에 사용되는 GMO는 농림축산식품부, 섬유․기계․화 학․전자․에너지․자원 등의 산업분야에 사용되는 GMO는 산업통상자원부, 국민 보건상 국가관리가 필요한 GMO는 보건복지부, 환경오염물질을 감소․제거하거나 환경을 복원하기 위하여 사용되는 GMO는 환경부, 해양산업, 수산업 또는 동물용 의약품에 사용되는 GMO는 해양수산부, 식품 또는 의료기기 분야에 사용되는 GMO 는 식품의약품안전처에서 그 관리를 책임지고 있다.