제3기에서는 부문별로 배출 집약도가 높은 사업장을 골라 벤치마크 값을 정하고 이를 적용하여 무상할당량을 결정하는 벤치마킹 방법을 사용한다.
제3기에서 무상으로 할당되는 배출권 규모의 산정방법은 제1기와 제2기에서 사용해온 그랜드파더링 방법이 아닌 벤치마킹 방법이다. 벤치마킹 방법은 부문별로 배출집약도가 높은 사업장을 선정하여 벤치마크 값을 결정하고 이를 해당부문의 모든 사업장에 적용하여 무상할당량을 결정하는 방법이다. 구체적으로 벤치마크 값은 배출집약도 상위 10% 사업장의 평균으로 결정되고, 이 사업장들은 대체로 벤치마크 값을 충족시키므로 각 사업장들이 필요한 배출량을 할당받게 된다. 그러나 배출집약도 상위 10%에 속하지 못하는 사업장들은 배출집약도가 벤치마크 값보다 크므로, 산정된 할당량이 벤치마크 값으로 결정되기 때문에 필요한 배출량보다 적은 무상할당량을 받을 수밖에 없게 된다. 이들 업체들이 배출권시장의 구매자 역할을 하게 되는 것이다.