어촌공동체의 마을공동사업은 갈등문제로 성공하지 못하는 경우가 많아 갈등관리 전문지원기관이 필요하다. 갈등발생을 사전 예방하고,  시스템 구심 역할을 맡을 조직이 시급히 필요하다. 
어촌공동체의 마을공동사업은 추진목표, 리더의 역량과 투명성, 민주적 합의절차 등 이해관계자 간 구조적 대립관계로 지속적인 정부재정 투입에도 불구하고 갈등문제로 성공하지 못하는 경우가 빈번히 발생하고 있다. 어촌공동체 생산성의 지속적인 향상과 마을의 화합․결속력을 제고시키기 위해 어촌공동체의 갈등을 종합적․체계적으로 관리할 수 있는 전담기구로서 갈등관리 전문지원기관이 필요하다. 이를 통해 어촌공동체의 갈등발생을 사전적으로 예방하고, 갈등이 발생하여 외부로 표출된 경우 적절한 갈등관리 프로세스를 통해 과학적․합리적으로 문제를 해결해 나감으로써 갈등관리시스템의 구심점 역할을 맡는 중간조직이 시급히 필요하다.