연구중심병원지정사업에서 연구중심병원 지정 절차는 서류검토 및 평가, 현지 조사, 최종 지정의 3단계로 구성되어 있고, 연구중심병원의 평가항목은 기본역량과 연구역량의 질로 나누어져 있다. 지정 병원은 3년마다 지정요건의 유지 여부 및 계획대로 운영되었는지의 여부를 점검하고, 그렇지 못하면 재지정에서 탈락하게 된다.
연구중심병원지정사업의 추진절차는 다음과 같다. 지정 절차는 서류검토 및 평가, 현지 조사, 최종 지정의 3단계로 구성되며 서류검토 및 평가 단계에서는 연구중심병원 지정을 신청한 병원의 기본 역량을 서면 평가하고, 현지조사 단계에서는 현장 실사와 발표평가가 이루어지며, 최종지정평가를 통해 현장실사 및 운영계획 등을 최종 심의하여 연구중심병원을 지정하게 된다. 연구중심병원의 지정평가항목은 기본역량과 연구역량의 질로 구분되며 기본 역량에서는 연구조직(거버넌스, 회계, 연구관리조직 등), 시설·장비(생명자원은행, 임상시험센터, 연구시설·장비 등), 인력(연구전담요원, 연구참여의사, 연구전담의사 확보, 교육프로그램 마련 등), 연구실적, 의료서비스의 수준 등을 Pass/Fail 방식으로 평가한다. 연구역량의 질 항목에서는 최근 3년간 연구실적의 우수성과 운영계획의 적정성(연구관리, 연구비투자, 인력확보, 연구 목표, 네트워킹 등)을 평가하며, 2013년 지정평가에서는 연구실적(50%), 운영계획(50%)의 비중으로 평가하였고, 2016년 재지정평가에서는 운영실적(60%), 운영계획(40%)의 비중으로 평가하였다. 연구중심병원으로 지정된 병원에 대해서는 3년 주기로 지정요건의 유지 여부 및 운영계획의 이행정도를 점검하여 요건을 충족시키지 못하는 경우는 재지정에서 탈락하게 된다.