국가연구청 주관 프로젝트 선정 절차는 다음과 같다. 1, 접수된 프로젝트 대상 적합한 것 우선 선별  2, 후보자 이행 능력 심사  3, 전문가위원단이 전문성 여부 검토 4, 최종 평가 후 등급을 매겨 홈페이지에 공개 발표한다.
다음은 국가연구청이 주관하여 프로젝트를 선정하는 절차를 나타낸 것이다. 국가연구청 홈페이지를 통해 접수된 프로젝트를 대상으로 미래투자 프로그램 이행에 적합한 프로젝트를 우선적으로 선별하고, 국가연구청이 조직한 심사위원단에서 프로젝트를 낸 후보자가 프로젝트를 이행할만한 능력이 있는지 심사한다. 그 다음, 과학, 기술, 경제 관련 분야 전문가들로 구성된 전문가위원단이 프로젝트의 전문성 여부를 검토하여 심사위원단에게 넘기면, 심사위원단은 최종 평가를 내리고 프로젝트의 등급을 매긴다. 국가연구청은 이 결과를 홈페이지에 공개 발표한다. 미래투자 프로그램 운영위원회와 고등교육연구부 및 투자감독청은 나온 결과를 바탕으로 프로젝트 선정에 대한 제언 및 자금 조달 방식 등을 담은 보고서를 작성한다. 투자감독청은 최종 선별된 프로젝트 명단과 자금 공급을 법령으로 허가한다.