국가주도의 연구개발은 연구자 보상구조를 결정하여 학술과학이 상업화되는 과정에서 나타낸다.  한국 정부의 대학 연구비 지원은 기초연구를 응용연구로 변환시키고 있다. 대학연구가 정부의 획일화, 동형화 되는 모습이다. 국가의 연구비 지원이 연구 활동의 자율성을 약화하고 연구생태계의 다양성이 저조되는 모습이다.
국가주도의 연구개발은 필연적으로 연구자에 대한 보상구조를 결정하는데도 국가의 역할을 늘리는데 이는 학술과학이 상업화되는 과정에서도 잘 나타난다. 즉 서구의 대학에서 과학의 상업화는 공공부문 과학연구에 대한 국가의 지원 약화를 산학연계 강화를 통해 보완하는 과정에서 진전되었다면 한국의 경우 국가지원의 지속적인 확대와 국가의 지도가 맞물리는 형태로 공공부문 과학의 상업화를 견인하고 있는 것이다(박희제, 2006b, 2013, 배태섭, 2011, Bak, 2014). 경험적 연구들은 국가의 대학연구 지원정책이 한국대학을 어떻게 변화시키고 있는지를 살펴봄으로써 간접적으로 국가에 의한 과학자사회 보상구조의 변화를 시사하고 있다. 일례로 박희제(2006b)는 최근까지 한국정부의 대학에 대한 연구비 지원 증가가 한국 대학의 연구를 기초연구에서 응용연구로 변환시키고 있음을 보여주며, 황혜란·윤정로(2003)와 한경희(2006)는 정부의 대형 연구비지원 제도로 인해 대학의 정부지원에 대한 의존도가 커지면서 한국 대학연구가 정부의 정책지향에 따라 획일화, 동형화되는 모습을 보이고 있다고 주장한다. 각 대학이 자신의 특장점을 살리는 방향으로 다양하게 발전하지 못하고 정부의 대형연구비지원정책에 맞추다보니 모든 대학이 비슷한 시기에 유사한 연구조직과 보상체계를 갖추고 비슷한 방식으로 연구를 수행하게 된다는 것이다. 결국 국가의 연구비 지원이라는 외부의 보상이 커짐에 따라 연구 활동의 자율성이 약화되고 연구생태계가 다양한 모습으로 발전하지 못하고 있는 것이다.