계량적인 성과 위주의 평가를 지양해야 한다. 융합연구는 아직 초기단계로 학제, 학회, 저널 등이 구성되지 않았고 이론적 체계나 관념이 정립되어 있지 않았다 계량적 성과물을 내기가 어려운 면이 있어 연구자는 선정평가를 의식해 리스크 있는 융합연구를 기피하게 된다. 따라서 선정평가에서는 창의적이고 도전적인 연구를 장려하고 연구성과의 불확실성을 고려하여 다양한 연구 결과를 인정해야 한다.
둘째, 계량적인 성과 위주의 평가를 지양해야 한다. 기존의 융합 연구사업, 과제평가에서는 특허, 논문, 기술이전 등의 정량적 목표를 설정하고 달성을 강조하고있다, 선정평가에서는 연구 책임자 선정 시 논문, 특허 등 선행연구 실적이 큰 비중을 차지하고 있어 신진 연구자의 진입이 원천적으로 제한되고 있다. 또한 특허, 기술이전 가능성이 주요하게 평가되어 연구자가 창의적, 모험적 융합연구 목표를 설정하는데 장애요인으로 지적되고 있다. 융합연구는 초기단계의 연구분야로 학제, 학회, 저널 등이 구성되지 않았고 연구의 이론적 체계 및 관념이 정립되지 않은 상태이기 때문에 계량적 성과물을 기대하기 어렵다. 따라서 연구자는 선정평가에서 유리한 평가를 받기 위해 리스크가 큰 융합연구를 시도하지 않게 된다. 따라서 선정평가에서는 목표의 독창성과 도전성을 최우선으로 평가하고 다양한 융합 시도에 대한 평가를 장려해야 한다. 현행 융합 연구성과 평가에서는 선정평가와 마찬가지로 논문, 특허, 기술이전 등 계량 지표의 양적, 질적 우수성을 중심으로 평가가 이루어진다. 응용, 개발 연구의 경우 사업성을 추가적으로 고려하고 있으나, 융합연구의 수요 및 시장이 아직 형성되지 않았거나 기초적인 단계의 기술개발에 그치는 경우가 많아 경제적 성과를 측정하는데 한계가 있다. 따라서 연구성과의 불확실성 측면에서 다양한 연구 결과를 인정해야 한다. 성과평가에서 융합 정도, 연구 수행 과정에서 나타나는 새로운 개념 및 방법론의 정립, 연구진간의 협력강화, 새로운 학문분야나 산업의 창출, 사회적 성과 등의 정성적인 평가 비중을 늘리는 노력이 필요하다.