대조군 샘플은 오류의 원인을 감지하고 잠재적으로 환자 피해를 방지할 수 있으며 모니터링 과정에 사용해야 한다. 증폭 단계에서 주변의 well에서 carryover가 없는지 확인하기 위해 모든 run에 NTC를 포함하는 것도 좋은 방법이며 특성에 맞는 대조군을 사용해야 한다. 
대조군 샘플은 오류의 원인을 쉽게 감지하고 잠재적으로 환자에게 갈 수 있는 피해를 방지하는데 사용할 수 있다. 이는 검증 데이터가 불충분한 경우 잠재적 오류가 발생할 위험이 매우 낮음을 확인하기 위해 모니터링 과정에 사용해야 한다. 물론 검사과정의 각 단계에서 대조군을 디자인할 수도 있지만, 여러 단계에서 한 개의 대조군을 사용한 모니터링도 가능하다. 증폭 단계에서 주변의 well에서 carryover가 없는지 확인을 위해 모든 run에비주형 대조물질(Non Template Control, NTC)를 포함하는 것도 좋은 방법이다. 위 과정은 증폭 산물에 대한 품질검사로 충분하며, 시퀀싱 내내 NTC를 포함할 필요는 없다. 임상검사실 전문가는 일반적으로 시험의 임상적 사용 목적과 관련하여 사용된 방법의 특성에 맞는 대조군을 사용해야 한다. 표적형 NGS의 경우, 시약의 오염이 없는지 확인하기 위해 주형(template)이 없는 대조군을 라이브러리 준비과정에 포함하기를 권장한다. 검출한계 부근에서 변이를 검출하기 위해, 필요한 경우 민감도 대조군을 포함해야 한다. 세포주 혼합물(다른 변이와 VAF를 갖는)은 동일한 샘플에 대한 양성 대조군 및 민감도 대조군으로 편리하게 사용할 수 있다.