정부와 금융기관 출연금, 자산운용수익 등으로 조성된 기본자산은 농신보 신용보증의 기반으로 농어촌부채대책 시행과 함께 2000년대 초까지 증가 일로였다가 금융 위기 때 감소하였는데 최근 신규보증의 감소와 금융기관 출연의 확대로 기금이 증가해 그 안정성이 강화되었다.
농신보 신용보증의 근거가 되는 기본자산은 정부출연금, 금융기관출연금, 보증료 수입, 그리고 자산의 운용수익 등으로 조성되고 있다.  금융기관은 농신보의 신용보증 이용실적에 비례하여 0.38%를 출연한다. 농림수산 업자는 신용보증 대가로 보증료를 지불한다. 이와 같이 조성한 농신보의 기본자산은 신용보증의 기반이 된다. 농신보 기본자산은 체제의 출범에 따른 농업발전대책의 추진을 위한 수단으로 증가하기 시작한 이후 농어가부채대책이 많이 시행되었던 2000년대 초까지는 증가하였다. 이후 금융 위기에 따른 급격한 대위변제의 확대로 인하여 기본자산이 감소하였다. 최근에는 신규보증이 감소하고 금융기관 출연이 확대되면서 2008년 이후 크게 증가하고 2013년 말에는 2조 4,630억 원에 이르는 기본자산이 형성되어 기금의 안정성이 강화되고 있다. 금융기관은 신용보증대출의 잔액에 대해 연간 0.38%를 출연하고 있는데 이는 신용보증기금(신보) 및 기술신용 보증기금(기보)과 동일한 비율이다.