유전체 기반의 SNP 마커세트를 이용하면 빠른 여교배 육종이 가능하다. 이 방법은 식량작물 뿐 아니라 채소작물에서도 활발히 시도 중이다. 이러한 마커세트 및 기술들은 현재 농업기술실용화재단에 이전되어 서비스가 이루어지고 있다.
국립원예특작과학원에서는 유전체 분석을 통해 주요 채소에 대한 고효율 SNP 마커세트를 개발했다. 연구에 따르면 유전 체 기반 SNP 마커세트를 이용하면 빠른 여교배 육종(Marker Assisted Backcrossing, MAB)이 가능한 것으로 밝혀졌다. 이러한 방법은 벼, 밀 등 식량작물에서 성공한 바 있으며 다국적 기업을 중심으로 채소작물에서도 활발히 시도 중인 첨단기술이다. 2016년에는 해독된 배추 게놈 염기서열 데이터를 기반으로 배추 핵심 육종 자원 20개의 전사체를 해독해 전체 배추 염색체에서 우수한 SNP를 골라 마커세트로 개발했다. 우수친과 가장 유사한 배추를 선발하기 위해 대량 SNP 마커세트를 이용하면 유묘 단계에서 개체를 빠르게 선발할 수 있다. 배추 에 이어 무와 오이에 대해서도 전체 해독유전체 정보를 활용해 고효율 SNP 마커세트를 개발했고 육종회사의 필요에 따라 순도검정용 마커세트 또한 추가 개발했다. 이 마커세트 및 기술들은 현재 농업기술실용화재단(종자산업진흥센터)에 기술 이전되어 서비스가 이루어지고 있다.