IPO제도의 설계와 운용에는 벤처기업과 투자자의 이해관계의 차이때문에 어려움이 존재한다. IPO 기준을 완하하면 벤처기업의 상장은 용이해지지만 투자자 손실 우려가 커지기 때문이다. 나스닥처럼 우리나라도 기술집약적 기업의 상장과 상장유지요건은 유연하게 하면서도 기업공개를 투명하게 하여 투자자들의 선택을 돕고 감독 기능을 강화하여 제도를 설계해야 한다.
그러나 IPO 제도를 설계하고 운용하는 문제는 벤처기업의 지원과 투자자 보호라는 두 가지 목표가 충돌하기 때문에 쉽고 명확한 해결책이 있는 것은 아니다. 즉 IPO의 기준을 완화하면 더 많은 벤처기업들이 상장될 수 있겠지만, 이 과정에서 부적격 기업들의 상장이 늘어날 경우 투자자들이 큰 손실을 입을 수 있다. 따라서 상장 요건 및 상장 유지 요건을 바이오 기업 등 기술집약적 기업들에 유리하도록 개선하는 동시에 투자자 보호를 위한 부수적 조치를 강화하는 제도 및 운영상의 개선이 필요하다. 미국 나스닥의 경우를 보면 상장 유지 요건으로 매출이나 영업이익 등의 재무 실적을 요구하지 않고 시가총액이 일정액 이상만 유지되면 상장이 유지되는 것으로 규정하고 있다. 이는 결과적으로 기업의 잠재성과 가치에 대한 시장의 평가를 신뢰한다는 의미이고, 시장의 자율성을 최대한 존중하는 제도이다. 물론 여기에는 기업 공개의 투명성을 높여서 투자자들 스스로 옥석을 가리도록 유도하고, 투자자 스스로 자신의 선택에 책임지는 문화가 전제되어 있다. 미국의 이러한 관행을 참고할 때 우리나라도 상장 요건 및 상장 유지 요건은 보다 유연하게 제도를 설계하되, 투자자들이 적절한 판단을 하고 그에 따른 책임을 스스로 질 수 있도록 기업공개의 투명성 제고와 감독 기능의 강화 등 제도적 보완이 필요하다.