새만금 개발과정에 있어 체계적 투자를 통해 환경복원을 위한 기술을 같이 개발할 필요가 있다. 또한 해양환경의 수용력을 감안하여 계획을 유연하게 조정 및 변경 할 수 있게 정보를 제공해야 할 것이다.  
이 연구개발사업은 새만금 외해역의 해양환경보전을 체계적으로 실현하는 데 필요한 과학적 기반을 제공하는 특성이 있다. 따라서 연구개발사업은 새만금 유역 및 연안의 개발사업을 추진하는 과정에서 발생할 불가피한 환경영향을 저감하고 필요한 경우 체계적인 투자를 통해 환경복원을 추진할 수 있는 기술을 함께 병행하여 개발하는 것이 필요하다. 또한 새만금 개발과정에서 환경변화 및 투자여건 변화로 개발사업의 조정, 변경이 이루어질 경우 해양환경의 수용력을 고려하여 개발계획을 합리적으로 조정, 변경할 수 있는 지식과 정보를 제공해야 한다. 특히 방조제 내부수의 외해 배출이 이루어지는 갑문의 조작방식에 따라 외해 수질 및 생태계의 영향정도가 달라질 수 있는바, 필요한 경우 외해 환경관리목표를 달성할 수 있도록 배출수 수질 관리를 위한 과학적 근거를 확보하는 데 기여해야 한다.