상위 행정계획에서 실시한 사전환경성검토가 하위계획에 활용될 제도적 근거가 없어 2006년에 전략환경평가 대상을 환경에 영향을 미치는 모든 행정계획으로 확대하였다. 이로써 상위계획 하위계획 개발사업으로 진행되는 체계를 구축하였다. 하지만 상위 행정계획에도 시민의 의견수렴 절차가 포함되어 이에 대한 실효성이 제기되었다. 그래서 2012년도에 법을 개정하여 행정계획을 정책계획과 개발기본계획으로 구분하였다. 하지만 대상의 단계적 평가 체계는 규정되지 않아 중간 단계의 평가는 미흡하다.
환경정책기본법에 사전환경성검토 대상으로 행정계획과 개발 사업이 혼재되어 협의 시 구비서류 또한 유사하였다. 그 외에 상위 행정계획에 대해 사전환경성검토 실시 후, 그 검토 결과를 하위 실시계획(사업)의 환경영향평가 시 활용할 수 있는 제도적 장치가 미흡하여 두 제도 간의 연계성이 부족하였다. 이러한 문제점 보완을 위해 2006년 6월부터 본격적으로 전략환경평가 대상을 환경에 영향을 미치는 모든 행정계획으로 확대하여 행정계획부터 개별 개발 사업에 이르기까지 환경적인 영향을 체계적, 단계적으로 평가하는 체계를 구축하게 되었다. 상위의 행정계획은 각 부처의 정책적 성격이 강하기 때문에 검토항목의 선정, 의견수렴 방법 등 사전환경성검토 절차 중 일부는 자율적으로 고시할 수 있도록 하되, 하위 행정 계획은 환경정책기본법 시행령이 정하는 바에 따라 환경성을 검토하도록 하였다(환경부, 2007b). 이와 같이 상위계획-하위계획(행정계획)-개발사업의 단계적인 평가 체계를 구축함으로써 국가, 민간에서 시행되는 각종 개발 관련 정책 사업의 환경성을 평가하여 지속가능한 발전에 이바지할 수 있을 것이라고 기대하였다. 하지만 상‧하위 행정계획의 성격에 따른 구분 없이 동일한 협의 절차를 이행함에 따라 장기적인 정책방향을 설정하는 상위 행정계획에 대하여도 주민 의견수렴 절차를 규정함에 따라 상위 행정계획의 경우, 의견수렴을 위한 대상 주민의 범위 설정이 곤란하고 의견수렴 절차를 거칠 실익이 적음이 문제되었다. 이에 2012년도 법 개정에 따라 행정계획 성격을 고려하여 정책계획과 개발기본계획으로 구분하고 상위 행정계획 단계부터 개발시행 단계까지 일련의 절차에 따라 전략환경영향평가를 실시하도록 하였다. 하지만 환경성 검토 대상 행정계획의 단계적 평가 체계가 미구축되어 중간 단계에서의 평가를 위한 체계는 여전히 부족한 현실이다.