타부처를 제어할 수 있는 TA 수행주체로 기획재정부가 적합하다는 주장이 있으나, 기재부에서는 TA가 업무 우선순위에서 밀려 유명무실 해질 위험성이 존재, 예산 삭감용으로 오용할 우려도 제기된다.
이런 문제의식에서 타부처를 제어할 수 있는 수단을 지닌 부처가 TA를 수행해야 한다는 주장이 제기된다. 일각에서는 예산을 통해 전체 부처에 영향을 미칠 수 있는 기획재정부(이하, 기재부)가 TA 수행주체로 적합하다는 주장이 있다(전문가 C 서면인터뷰, 2015. 10. 23). 하지만, 기재부에서는 TA가 매우 부수적인 업무로 취급되어 업무의 우선순위에서 밀릴 가능성이 높기 때문에 TA 자체가 유명무실해질 수 있는 위험성도 존재한다(전문가 C 서면인터뷰, 2015. 10. 23; 전문가 D 서면인터뷰, 2015. 10. 21). 또한 기재부의 경우 TA를 주로 예산 삭감용으로 오용할 우려도 제기된다(전문가 D 서면인터뷰, 2015. 10. 21).