공공기관 헬스케어 데이터는 국가 기관인 보건복지부의 관할 하에 있는 것으로, 통합적 관리를 위한 인프라가 구축되어야 한다. 이에 비효율적인 운영을 예방할 수 있을 것으로 기대된다. 
현재는 데이터 공유나 개방은 법적으로 제한되어 있기 때문에 공공기관 간의 데이터 협력이 쉽지 않은 상황이며 또한 각 기관에서는 능동적으로 데이터 협력을 위해 노력해야 할 별다른 유인이 존재하지 않는다. 따라서 대부분의 헬스케어 데이터가 속해 있는 공공기관이 보건복지부 산하에 있으므로 우선적으로는 복지부 내에서 데이터를 통합적으로 전담하여 관리할 수 있는 체계가 만들어져야 한다. 데이터 통합 시스템에서는 현재 국가의 공공기관이 보유 및 수집하고 있는 데이터 종류, 데이터 사용 방법, 데이터 사용 신청방식, 승인조건, 데이터 보안 요건, 현재 데이터 사용이 승인되어 진행 중인 연구프로젝트의 세부사항 등이 제공되어 데이터 이용자가 쉽게 사용 규정을 파악할 수 있어야 한다(OECD, 2015a). 현재는 각 기관에서 보유하고 있는 데이터를 사용하려면 기관마다 다른 규정과 세부지침을 이용자 스스로 찾아내서 숙지해야 하므로 복지부 내 전담기관 혹은 체계를 통해 통합시스템이 운영된다면 이와 같은 비효율을 방지할 수 있을 것으로 판단된다.