연계하려는 상대 국가간 배출감소목표가 다를 경우 배출가격의 차이로 이어져 연계협상에 어려움이 있을 수 있다. 이론상으로는 연계시 배출권의 교환비율을 설정하면 되므로 상이한 저감목표가 크게 문제가 되지 않는다고 하나 실제로는 연계에 심각한 걸림돌이 된다.
배출감소목표에 있어서 연계하려는 상대 국가간 가진 목표가 서로 상이한 경우 연계협상에 어려움을 겪을 수 있다(Burtraw, Palmer, Munnings, Weber& Woerman, 2013). 저감목표의 차이는 배출가격의 차이로 이어지게 되는데, 이런 상태에서 연계를 하게 되면 많은 부의 이전이 이루어지게 된다. 이론적으로 상이한 저감목표는 연계에 있어서 심각한 걸림돌이 되지 않는다고 하는데, 연계시 배출권의 교환비율을 설정하면 되기 때문이다(Burtraw 외, 2013). 예를 들어 A시장에서 자국내 의무를 이행하기 위해서는 해외배출권을 사용할 경우 1.2의 해외배출권을 요구하는 방식이다. 그러나 실제적으로 상이한 배출저감 목표와 가격은 연계의 심각한 걸림돌이 된다. 예를 들어 캘리포니아는 EU ETS와의 연계를 하지 않는 이유로 심각한 EUA가격의 붕괴를 들었다(ClimateWire, 2013a). Burtraw 외(2013)의 경우 RGGI와 캘리포니아간의 연계가 이루어지지 않는 이유로 RGGI 가격의 취약성을 들고 있다.