연구개발 사업의 성과평가시 동료평가과정이 있으나, 미국은 사업특성에 따라 이를 생략하고 Program Manager들의 판단에 따른다. 우리나라도 평가과정을 차별화하고 평가전문기관에서 평가를 전담하는 PM의 역할을 강화해야 한다.
보통의 연구개발사업은 대내외 전문가들의 동료평가(Peer Review)를 통해 심사하고 성과평가를 수행한다(장용석, 2006). 그러나 미국 DARPA의 경우는 신속하고 혁신적인 기술적 아이디어의 수급을 위해 이러한 동료평가의 과정을 생략하고 전적으로 영입된 Program Manager 들의 판단에 따라 프로젝트를 수행하고 있다(이재승, 2007). 이는 사업의 특성에 따라 평가과정이 다름을 의미한다. 국내에서도 사업특성을 반영하여 PM의 역할을 강화하는 방안 등 평가과정을 차별화하는 것을 검토할 필요가 있다. 미국 NSF의 프로그램관리자의 경우처럼 평가를 전담하여 지원하는 역할을 부여하도록 한다. 평가전문기관에서 평가업무를 담당할 프로그램관리자는 기본적으로 수행중인 과제의 평가뿐만 아니라, 과제수행기관의 사업비 적정성 검토 및 정산 업무, 종료된 과제의 관리를 담당하도록 하여야 한다.