비급여 비용을 추정하는 방법은 주로 공단의 진료비 실태조사를 이용한다. 이는 3개월간 실적이 있고 전산 프로그램을 사용하는 요양기관을 지역, 종별, 병상규모별로 나누어 급여·비급여 진료비를 파악해 보고한다.
비급여 비용을 추정하는 방법으로 의료기관 비용 자료를 활용하거나 공단의 건강보험환자 진료비 실태조사를 이용하는 방법이 있다. 그러나 실제로 의료기관 자료에 대한 연구자들의 접근성이 높지 않기 때문에 대부분은 건보공단의 본인부담 실태조사 보고서에서 제공하는 비급여 본인부담률을 사용하고 있다. 건보공단의 진료비 실태조사 연구는 최근 3개월동안 진료 실적이 있고 전산 프로그램을 이용하는 요양기관들을 종별, 지역별, 병상규모별 등으로 층화계통추출하여 급여 진료비 내역과 비급여 진료비 내역을 조사하여 매년 보고되고 있다. 단, 건강진단, 성형수술, 보철 중 일부, 첩약 등에 대해서도 조사가 이루어졌지만 건강보험 보장률 파악이라는 연구 목적으로 분석 대상에서 제외되었다. 또한 약국에서의 일반 의약품 구매 내역도 제외되어 있다.