 해양산업 관련 업무의 정부추진 체계는 부처와 지자체로 나뉘어져 있는데 국토해양부와 지식경제부, 교육과학기술부, 중소기업청, 농림수산식품부 등이 주요 업무를 수행하고 있다. 
한편 정책추진 체계를 보면 해양산업 관련 업무는 정부의 여러 부처와 지방자치단체에 분산되어 있는데, 그 중에서 국토해양부와 지식경제부, 교육과학기술부, 중소기업청, 농림수산식품부 등이 주요 업무를 수행하고 있다. 국토해양부는 주로 연구개발과 해역이용제도, 해양관리 업무, 항만 등의 물리적 기반시설 조성 등을 통하여 해양 신산업 발전에 영향을 미칠 수 있다. 지식경제부는 산업기술 및 연구개발, 에너지 및 지하자원 관련 업무, 그리고 상업․무역․공업 등과 관련한 업무를 통해, 교육과학기술부는 인력양성과 기초연구 지원을 통해, 중소기업청은 중소기업 지원과 관련된 업무를 통해, 그리고 농림수산식품부는 연구개발, 어업허가 및 면허제도 등을 통해 수산 및 해양바이오 분야에서 해양 신산업 발전에 영향을 줄 수 있다.