기존의 작물재배에 이용되던 교잡육종방식은 세대를 거치며 자연적으로 발생하는 유전적, 환경적 변이를 바탕으로 이루어졌다. 반면에 유전공학기반 육종방식은 유전자 변형 및 재조합 기술을 사용하여 인위적 유전자 변이를 일으킴으로써, 종간 교배를 통한 새로운 품종의 개발이 더욱 늘어나게 되었다.
유전공학기술을 작물 재배에 적용하기 시작한 것은 1990년대 초반부터이다. 이전까지 작물재배는 주로 교잡육종에 의존했다(이범규․서석철, 2011). 즉 생산성이 높고 균일한 형질을 발현하는 우량의 작물을 생산하기 위해 선호하는 형질을 가진 작물 A와 B를 교배 육종하여 다음 세대 우량품종을 개발했다. 우량 작물을 선별․교배․육종하는 과정에서 인위적 개입이 있기는 했지만 다음 세대 품종 개발은 원칙적으로 세대간 자연적으로 일어나는 유전적․환경적 변이에 기반했다. 이에 반해 유전자변형작물, GM작물은 유전자 변형 및 재조합기술을 통해 자연적으로 발생하던 유전적 변이과정을 인위적으로 유도하여 생산된다. 기존 교잡육종방식이 자연적 변이로 인하여 원하지 않는 형질이 발현되는 것을 제어하는 데 한계가 있고 지속적 교배를 통해 우수유전자원이 고갈되는 등의 한계를 가졌다면, 유전공학기반 육종방식은 유전자변형을 통해 특정 형질을 직접적으로 발현시킬 수 있고 자연 상태에서 불가능했던 종간의 교배 또한 가능하여 개발가능 품종의 범위를 확대시켰다(이범규․서석철, 2011).