 EPA는 건강 위해성 평가의 목적을 세가지로 제시하는데, 인간의 건강과 자연 및 환경을 보호하기 위함이며, 위험에 대비한 환경정책의 의사결정을 위함이며, 위험관리의 의사결정에 과학적 근거를 제공하기 제공하기 위함이다.  
일반적으로 건강 위해성 평가는 미국 EPA에서 제시한 목적 및 절차에 기반을 두어 이루어지고 있다. EPA는 건강 위해성 평가의 목적을 다음과 같이 세 가지로 제시하고 있다. 첫째는 인간의 건강을 보호하고 생명과 연계된 공기, 물, 토지 등 자연 및 환경을 보호하기 위함이며, 둘째는 과학, 사회, 경제 요인에 의해 정책 결정자, 기술자, 이해관계자 사이의 많은 논쟁을 요구하는 환경정책(기준, 지침, 규정 등)의 의사결정을 위함이다. 마지막으로 과학적 근거를 기반에 두고 위험에 대한 여러 특성(위험의 특성과 크기, 해석, 위험 정보의 신뢰성, 위험 관리 결정의 지원 등)을 제공하기 위함이다. 이를 종합하면 건강 위해성 평가 는 위험에 대비하여 인간과 생태계의 건강 보호를 위한 환경정책, 특히 위험 관리의 의사결정에 과학적 근거를 제공하기 위한 수단으로 볼 수 있다.