기술의 영향력이 다양하고 광범위하기 때문에 연구개발의 성과를 계량적으로 평가하기 어렵다. 또한 장기간 누진적 투입 자원과 경험의 축적도 평가를 어렵게 만든다. 사적 연구개발 보다 정부연구개발이 성공적으로 평가 받지만 계량적인 평가가 아니다. 결국 무형 가치의 계량 평가방법이 부재한 상황에서 연구개발의 진정한 평가가 어렵다.
또 관련 기술의 파급효과도 다양하고 광범위하게 나타남으로 민간기업의 연구개발 보다 그 성과를 구체적으로 정량적으로 파악하는 것이 어렵다. 또 연구개발의 성과는 당해 연도의 기술개발투자와 연구인력의 투입으로 나타나는 것이 아니라 장기간의 누적적인 자원투입과 기술개발 경험이 종합적으로 작용한다는 사실에도 주의하여야 한다. 이와 같이 연구개발성과의 무형성, 파급효과의 광범위성, 투자기간의 장기성 등으로 인하여 정부연구개발 분야에 대한 투자가 창출하는 사회적 수익률은 동일한 규모의 민간기업 투자가 창출하는 사적 수익률보다 높은 것으로 평가되고 있다. 그러나 이러한 국가연구개발의 특징에 따라 성과를 인식하는 것은 한층 어려운 과제로 대두되고 있다. 연구개발의 성과는 질적인 부문과 양적인 부문이 포함된 총량적 성과의 개념으로 근본적인 성과는 연구개발 활동의 무형적 특징에 의거 정량적 성과측정은 부재한 것이 현실이다. 그러나 정부의 예산이 투입되는 연구개발사업의 성격상 평가는 필연적이고 이러한 측면에서 연구개발의 특징을 무시하고 정량적 측면에서의 성과방법론이 적용될 수밖에 없기에 이는 연구개발의 질적 속성 및 특징을 감안 시 진정한 성과측정이 개념으로는 문제점이 상존한다고 할 수 있다.