국가 수준의 R&D 조정 체계는 기능과 예산 업무과 관련하여 국민의 정부 이래 참여정부, MB정부 및 현 정부에 이르기까지 지속적으로 다양한 변화를 가져오고 있다.
[그림 2-10]은 최근 정부의 국가 수준의 R&D 조정 체계 변화를 나타내고 있다(안두현 외, 2015). 국민의 정부에서는 대통령을 위원장으로 하는 국가과학기술위원회를 두고 당시 과학기술부가 사무국 기능을 담당하였으며, R&D 예산 조정은 당시 예산처가 담당하였다. 참여정부에서는 과학기술부가 부총리 체제로 승격되면서 과학기술혁신본부를 설치하여 R&D 예산 조정이 예산처와 과학기술혁신본부로 이원화되었다. 그리고 MB정부에서는 국가과학기술위원회를 독립행정위원회로 전환시켜 사무국 기능을 함께 담당하도록 하였다. 현 정부에서는 국가과학기술위원회를 국무총리가 위원장인 국가과학기술심의회로 변경하였으며, R&D 예산 조정은 기획재정부와 국가과학기술심의회 및 이의 사무국 기능을 수행하고 있는 미래창조과학부와 기재부가 담당하고 있다(안두현 외, 2015).