DNA 염기서열 분석은 시퀀서로 PCR 프라이머를 붙이는 시퀀싱 과정을 거쳐 크로마토그램을 얻은 후, 분석프로그램으로 피크와 노이즈를 읽어내어 염기서열을 결정하는 방식이다.
DNA 염기서열 분석은 ABI 3730 DNA Sequencer (Thermo Fisher Scientific)를 기본으로 사용하여 진행하며 PCR primer 서열에 포함되어 있는 universal primer M13F (-20), M13R (-20)를 이용하여 분석한다(표 1 참조). 염기서열 분석 장치가 없는 경우 염기서열 분석 대행업체(㈜마크로젠, ㈜바이오니아 등)에 의뢰하여 분석한다. 분석 결과로 얻어지는 AB1 파일을 BioEdit (또는 Chromas와 같은 분석 프로그램)을 사용하여 크로마토그램의 base peak 및 분석 오류 등을 확인하고 염기서열을 결정한다.