비교효과연구를 위해서는 환자 단위의 자료연계가 필요하고 개인정보보호 노력도 필수이다. 자료의 개선과 교류 증대를 위해 데이터 소유자에게 참여 독려 및 인센티브를 제공한다.
첫째, 비교효과연구를 위해서는 환자 단위에서 자료연계가 필요하다. 자료원간의 연계를 위해서는 표준화된 정의로 기본으로 전자적으로 호환․양립이 가능해야 한다. 비교효과연구는 개인정보보호를 위해 최선의 노력을 다해야 한다. HIPAA Privacy Rule에 따르면, 개인정보보호를 위해 정보를 사용할 때마다 연구자는 연구참여동의서를 받아야 한다. “식별이 불가능한”환자 자료를 사용하는 특정한 상황의 경우에는 환자의 동의 없이 사용 가능하기도 하다. 둘째, 자료의 질적 개선과 자료간 교류를 증대시키기 위해 데이터 소유자를 대상으로 비교효과연구의 참여를 독려시키고 인센티브를 제공한다.