국내의 의사교육 시스템은 기초의학 연구자 과정에 진입한 의사들과 임상 의사들의 졸업  후 단계가 다른데 이는 의사들이 기초연구를 기피하는 단점이다.
현재 국내의 의사교육 시스템에서 학부 때부터 기초의학 연구자 과정에 진입한 의사들의 졸업 후 단계는 임상 의사들의 단계와 다르다. 국내의 경우 기초의학 연구를 선택한의사가 임상을 전공하기 위해서는 기초연구과정을 마친 뒤 다시 임상 수련의 과정을 거쳐야 하며, 임상 수련의 과정을 거쳐야만 전문의로 인정을 받을 수 있다. 전문의가 아니면 해당 분야에서 연구에 대한 부분이 제한되는 만큼 이러한 분리적 시스템은 의사들이기초연구를 기피하는 단점으로 작용한다(양은배·안덕선, 2012). 때문에 국내에도 임상과 기초의학을 넘나드는 유연한 수련제도를 열어 융합의 관점에서 의사과학자를 양성할 필요가 있다.