이 연구에서의 기초 연구는 목적이 연구 개발이 아닌 순수한 지식 탐구에 있으며 주로 연구 장려금의 지원을 받는 풀뿌리 방식의 연구이다. 이에 반해 목적성 연구는 계약을 통해 지원받는 응용-개발 연구를 의미한다. 이때 연구의 분류가 어려운 경우도 있지만 이 연구는 사업 구조와 연구의 성격에 따른 책임성 차이를 알기 위해 연구의 유형을 구분했다.
연구의 자율과 책임에 관한 앞선 논의에서는 공공 부문 연구를 기초 연구와 목적성 연구로 나누어 연구비 지원 방식의 차이를 살펴보았다. 강조할 것은 여기서의 기초 연구가 흔히 사용되는 연구 개발 단계상의 기초 연구와 정확히 같은 개념은 아니라는 점이 다. 앞서 논의한 바와 같이 연구의 자율과 책임에 관한 초기의 논의는 연구 개발 단계상의 기초 연구로부터 출발하였지만 선형 모델에 입각한 기초-응용-개발의 구분은 과학 기술의 발달과 연구비 지원 구조의 복잡성에 따라 더 이상 유효하지 않다. 따라서 이 연구에서의 기초 연구란 연구 개발의 목적을 가지지 않고 순수한 지식 탐구를 추구하며 주로 연구 장려금의 형태로 지원되는 풀뿌리 방식 연구를 의미한다. 반면 목적성 연구 는 이와 달리 주로 계약 방식에 의해 지원되는 응용-개발 성격의 연구를 지칭한다. 즉, 이 연구에서의 기초 연구는 연구개발단계에서는 기초에 해당하는 풀뿌리 방식의 연구를 의미한다. 이렇게 구분할 때, 사업의 특성에 따라서는 기초 연구와 목적성 연구로 뚜렷이 구별되기 어려운 연구도 충분히 존재할 수 있는데, 이 연구의 주목적이 연구의 성격과 사업의 집행 구조에 따라 책임성의 특성이 어떻게 달라지는지를 살펴보는 것이므로 기초 연구와 목적성 연구를 대비되는 개념으로 설정하고 논의하고자 한다.