개편안에서 미래창조과학부 소관 업무는 원안대로, SO 소관 업무 및 현행 통신용 주파수 업무는 미래부로 이관, 방송용 주파수 관리는 방통위 소관으로 하였다. ‘방송 공정성 특별 위원회’의 한시적 운영 계획도 발표되었다. 
이처럼 큰 반발로 인해 여야는 한동안 개정안 협상을 두고 진통을 겪었고, 개편안은 새 정부 출범 21일 이후인 3월 17일 에야 결국 타결되었다. 최종 타결 안은 신설된 미래 창조 과학부 소관 업무가 거의 원안대로 인정된 형태였다. 마지막까지 협상의 대상이었던 SO 소관 업무 역시 미래부로 이관 되었고, 미래부가 SO ․ 위성TV 등 뉴미디어 관련 사업 등을 허 가 ․ 재 허가하는 경우와 관련 법령의 제 ․ 개정 시 방송통신위원회의 사전 동의를 받기로 했다. 전파 ․ 주파수 업무는 역시 미래부가 총괄하며 현행 통신 용 주파수 관리는 미래 부, 방송 용 주파수 관리는 방통위 소관으로 각각 정리되었다. 다만, 방송의 공정성 ․ 중립성 확보를 위해서 임시국회에서 ‘방송 공정성 특별 위원회’를 6개월 간 한시적으로 운영한다는 계획을 발표했다.