JSPS의 방향 제시 등의 역할을 강조하는 상향식 방식의 연구지원과, JST의 전략적 목표를 제시하고 기술적 측면을 전문가가 책임있게 추진하는 하향식 방식이 있다. 
첫째, 일본의 기초연구사업은 성격에 따라 이원화하여 관리되고 있다. JSPS가 관리하는 상향식(Bottom-up) 방식의 자유공모형식에 의한 연구지원과 JST가 관리하는 하향식(Top-down)방식에 의한 연구지원으로 이루어져 있다. 상향식 연구방식에서는 과학적 진보, 인류의 행복과 번영을 지원하는 지식창출, 사회가 직면하고 있는 문제해결을 위한 방향 제시 등의 역할을 강조하고 있다. 이에 반해 하향식 연구방식에서는 중요한 경제사회문제 해결을 전략적 목표로 제시하고 이를 해결할 수 있는 기술적 측면을 전문가 중심으로 책임있게 추진하도록 하고 있다.