시화호의 수질오염과 대기오염을 염려하여 시화지구 장기종합계획에 주민과 시민단체들은 반대하였다. 그리고 시민단체의 요구로 민관협의체인 시화지구 지속가능발전협의회를 구성하여 시화지구 개발계획에 대한 논의가 시작되고 운영규정이 제정되어 제도화되었다.  
당시 지역 주민과 시민단체는 시화호의 수질오염과 악취 발생 등 지역의 대기오염을 우려하여 반월·시화산업단지 전면에 위치한 시화1단계 확장단지인 시화MTV 개발계획과 시화호 남측 간석지 개발계획인 ‘시화지구 장기종합계획(안)’에 대해 반대하고 있었다. 환경을 고려한 개발을 주장하던 지역의 주민과 시민단체의 요구로, 2004년 1월에 건설교통부가 민관협의체인 ‘시화지구 지속가능발전협의회’를 구성하였다. 이로써 시화지구 개발계획에 대한 논의가 진전 될 수 있었다. 시화지구 지속가능발전협의회는 1반월 특수지역 중 시화지구 개발에 관한 사항, 2시화호 수질 및 시화지구 대기질 등 환경개선에 관한 사항, 3협의회에서 합의된 사항들의 이행에 관한 사항 등을 협의 조정하는 기구로 한국수자원공사가 간사 역할을 맡고 있다. 시화지구 지속가능발전협의회는 구성 당시에는 임의기구였으나 2008년 4월에 ‘시화지구 지속가능발전협의회 운영규정(국토해양부 훈령 제2008-43호)’가 제정되면서 제도화되었다.