공공구매 제도의 가장 큰 문제점은 기술혁신을 위한 노력이 미흡하다는 것이다.  공공시장 중 하나인 우수제품 시장에 등록된 물품이 상용물자 중심이고 건설 환경과 사무기기가 전체 공급 실적의 절반에 해당하며 첨단 제조에 속하는 제품은 비중이 매우 낮다.
공공구매 제도를 통한 중소기업의 성장이라는 성과에도 불구하고, 다른 차원의 문제점 역시 지적되고 있다. 그 중 가장 큰 문제점은 기술혁신과의 연계성 확보를 위한 노력이 미흡하다는 것이다. 조달청(2015. 2. 25)은 특정 기업들이 기술혁신을 위한 노력보다 확보된 공공시장에 머무르려는 경향이 있음을 지적하고 있다. 이는 적격성 평가 기준에 부합하기 위해 다양한 인증을 취득한 후 시장을 확보하면,기술력 향상 노력을 지속하지 않는다는 것을 의미한다. 이 문제점은 최종화 외(2014)의 연구에서도 다뤄지고 있다. 주된 문제점으로 지적되는 것은 공공시장 중 하나인 우수제품 시장에 등록된 물품이 상용물자 중심으로 구성되어 있다는 점이다. 건설 환경과 사무기기가 전체 공급 실적의 절반에 해당하며, 첨단 제조에 속하는 제품의 경우 그 비중이 매우 낮다는 점에서 혁신지향적 제품군의 판로 지원에 한계가 있음을 알 수 있다(최종화 외, 2014).