바이오헬스 혁신시스템 심층 설문조사 결과, 정책 거버넌스에서는 부처별 역할 조정 등이, R&D 수행주체에서는 연구성과의 연계 부족이, 지원기제에서는 인력과 인프라의 부족이, 보건의료 제도에서는 전문성 미흡 등이 문제로 지적되었다.
2016년 바이오헬스 분야에 대한 혁신시스템을 진단한 이명화 외(2016)도 정책거버넌스, R&D 수행주체, 지원기제, 보건의료제도(규제 및 보험)를 중심으로 결과를 다음 표와 같이 정리하였다. 2차 기본계획이 완료되는 2016년에 실시된 바이오헬스 혁신시스템에 대한 전문가 104명의 심층 설문조사 결과에 따르면, 정책 거버넌스 차원에서는 여전히 부처별 역할 조정이나 컨트롤타워 기능의 부재, 정책결정의 전문성 결여 등이 문제로 지적되고 있음을 알 수 있다. R&D 수행주체 측면에서는 대학, 출연연, 병원, 기업의 역량 강화에도 불구하고 연구성과의 연계가 아직부족한 상황이며, 지원기제 측면에서 기업이 필요로 하는 인력, 인프라는 부족한 것으로 나타났다. 또한 보건의료 제도는 기술혁신의 속도를 따라가지 못하고 있으며, 규제 당국의 전문성 미흡이나 사회적 합의 부족이 문제로 지적되었다.