침입외래종이 없는 생태계는 불가능하다. 기후변화는 이미 자생종들 간 관계를 변화시키고 있으므로 생태계가 바뀌는 단계에서 침입외래종이 생태계의 한 종의 역할을 할 수 있도록 관리해야 한다. 이미 선별적으로 사용되고 있는 이 방법은 효과가 있으므로 침입외래종 관리 전략에 사용중이다.
침입외래종이 없는 생태계를 유지하는 것은 현실적으로 불가능하다. 일정 기간 동안 침입외래종이 없는 상태로 유지할 수 있으나, 지속적으로 유지한다는 것은 현실적으로 불가능하다. 고유 생태계에서 침입외래종의 개체군과 수가 이미 일 정 수준에 도달한 경우에는 침입외래종을 박멸하는 것보다는 생태계의 기본 체계가 유지되는 상태에서 특정한 침입외래종이 생태계에서 우점화를 방지하는 것이 침입외래종의 관리 정책이다. 기후변화는 이미 기존의 자생종들 간 관계를 변화시키고 있으며, 일부 자생종은 다른 자생종의 생태에 영향을 미치고 있다. 이 과정에 침입외래종이 생태계에 도입되고 정착될 경우, 침입외래종을 박멸하기보다는 생태계가 천이되는 단계에서 침입외래종이 생태계의 한 종으로 역할을 할 수 있도록 생태계를 관리하는 방법을 만들어가는 정책 접근이 현실적일 수 있다(Hobbs et al., 2006; Stromberg et al., 2009). 이 방법은 기후변화와 관계없이 이미 선별적으로 사용되고 있으며, 침입외래종의 서식처 및 자생종에 따라 상당한 효과를 나타내고 있다(Schweiger et al., 2010). 이를 기후변화에 따른 침입외래종을 관리하는 전략으로 적용하는 것이다.