체계적 문헌고찰과 경제 분석을 위해 정밀한 방법을 적용했으나 여러 단점이 있다. 먼저, 레퍼런스가 국외로부터 온 것이다. 두번째는 시술병변을 구분분석하지 않았다. 세번째는 출처자료인 건강보험심사평가원의 것들은 약물방출 스텐트 시술을 받은 환자들의 질환 수준을 고려하지 않았다. 
본 연구는 체계적 문헌고찰과 경제성 분석을 시행함에 있어 보다 정확한 방법론을 적용하고자 노력하였다. 그럼에도 불구하고 여러 가지 한계점을 지닌다. 첫째, 체계적 문헌 고찰에 포함된 문헌들은 대부분이 국외에서 연구된 문헌들이다. 둘째, 경제성 분석 시 시술병변(single vessel, small vessel, long lesion, multi-vessel) 별로 구분하여 분석을 시행하지 않았다. 비용이 더 소요되는 long lesion이나 multi-vessel에서 약물방출 스텐트가 비약물 금속스텐트 보다 시행될 확률이 더 높기 때문에, 시술 병변을 고려하지 않은 경제성 분석 결과가 약물방출 스텐트에 더 불리하게 나올 가능성이 있다. 건강 보험심사평가원 자료는 시술병변이나 혈관크기 등을 포함하지 않기 때문에 의무기록 조사를 하지 않는 한 이 한계점은 극복하기 어렵다. 이 연구는 국내의 대규모 레지스트리 자료인 KAMIR와 건강보험심사평가원 자료의 연계를 통해 한국형 근거자료를 제공함이 목적이었으나, 개인정보보호법의 이유로 자료 연계가 불가능하였다. 셋째, 경제성 분석 시 사용한 건강보험심사평가원 자료들은 약물방출 스텐트를 받은 환자들의 질환의 중증도나 동반질환을 전혀 고려하지 않은 한계점이 있다. 약물방출 스텐트는 중증도가 높은 환자에게 자주 사용되는 경향이 있고, 이 환자들은 다른 동반질환을 가지고 있을 확률이 높기 때문에 건강보험심사평가원의 자료로 비용을 추계한 경우, 그 비용이 비약물 금속스텐트를 받은 환자보다 과대 추정되었을 위험이 매우 크다.