소규모 합병에 관한 특례 규정에 의하면 합병이 존속회사 구조에 영향을 거의 미치지 않는 경우에 한해 주주총회의 결의 생략이 가능하다. 그러므로 회사 영업에 중대 영향을 미치는 합병을 의사회 결의로만 결정하는 것은 균형을 잃은 입법이라는 비판이 있다. 
합병에서 주주총회의 결의가 필요한 이유는 회사의 예기치못한 구조변동에 대해 주주에게 의사결정 기회를 주기 위함인데, 대규모 회사가 소규모 회사를 흡수합병 하는 경우에는 존속회사의 구조에 별다른 영향을 미치지 않기에 주주총회의 결의나 반대주주의 주식매수청구권을 인정할필요가 없기 때문에 소규모 합병에 관한 특례 규정이 신설된 것이다. 이 규정에 따르면 그러나존속회사가 발행하는 신주의 수는 소멸회사의 규모가 아니라 순자산을 기준으로 하는 것이 보통이므로 자본잠식이 심한 대규모의 부실회사를 흡수합병하는 경우에도 소규모합병제도가 적용되어 주주 총회의 결의가 생략될수 있다.77) 그렇기 때문에 다른 회사의 영업양수가 회사의 영업에 중대한 영향을 미치는 경우에는 그 규모에 불구하고 주주총회의 특별결의를 거 치는 점을 감안한다면(상법 제374조 1항 3호), 영업양수에 비해 훨씬중대한 사안인 합병에 대해서 이사회의 결의로만 합병을 가능하게 하는 것은 균형을 잃은 입법이라 는 비판이 있다.