일본의 환경영향평가는 사업 계획의 인･허가에 영향을 주기 때문에 평가의 객관성과 합리성이 담보 되어야 한다. 그래서 수치화된 목표를 사용하기 때문에 경험이 쌓인 부분에 집중되어 있다. 자연보호 분야에서의 환경영향평가는 공해 방지나 희소 생물 종의 측면에서 평가하는 구조인데 종합적으로 보기 어려운 문제점이 있다.
(1) 일본에서는 환경영향평가를 할 때 대상 사업이 정해진 ‘환경 보전 목표’에 적절한지를 ‘평가’하도록 되어 있다. 말하자면 사업 계획의 인･허가 여부를 결정하는 것과 직접적으로 연결되는 형태로 ‘평가’가 이루어지고 있다. 이것은 필연적으로 ‘평가’ 기준의 객관성과 합리성이 요구된다. 그래서 ‘평가’의 기준이 되는 ‘환경 목표’로 수치화 된 지표가 바람직하다는 경향으로 흘러 왔다. 게다가 이 지표는 더욱이 법률상 또는 제도상 ‘기준’, ‘지침’으로 인정된 것이 더욱 바람직할 것이다. 그래서 환경영향평가에서 사용되는 ‘환경 목표’는 지금까지 충분한 검토와 경험이 쌓여 있는 ‘환경오염이나 공해’ 분야에 집중하게 하는 결과를 발생시켰다. 그리고 자연보호 분야에서도 연구가 어느 정도 축적된 희소 생물의 종류에 관심이 집중되는 경향이 있었다. 결국, 자연보호 분야에서의 환경영향평가는 학문적 수준이 아주 높은 논의를 요구하는 한편, 흔하게 접하는 주변의 자연이나 종의 다양성, 생태계의 구조 등의 분야에는 미치지 않는 다는 것이다. 오늘날 공해 방지나 천연 기념물 급의 생물 종을 우선으로 하는 환경영향평가 구조가 완성 되었다고 평가 할 수 있을 것이다. 그런데 수치 기준은 판단하기 쉬운 반면, 그 수치가 나타내는 문제의 범위나 수치가 의미하는 것을 정확하게 이해하지 않고 이용한(그리고 그 결과인 숫자만 별도의 현상을 일으킨다) 경우에는 시책을 잘못 수행할 위험이 따른다(왜냐하면, 환경을 그 구성 요소로 분해하여 분석 검토한 결과를 더한 것이 환경 총체를 나타낸다는 것은 환경 구조가 너무 복잡하며 아직 환경 총체를 파악하는 지식이나 기술 방법을 가지고 있지 않기 때문이다).