기존 정신요양원는 본래 치료가 주 목적이지만, 주로 정신질환자들의 격리수용으로 이용되어 왔다. 이를 위해 새로운 정신요양병원을 만들고, 강제입원이 가능한 정신요양병원과 그렇지 않는 사회복귀시설으로 구분하였다. 이와 같은 변화에 대한 국회의 대립이 있었다. 
먼저 입원시설과 관련해서는 기존에 정신질환자를 입원시키던 정신의료기관에 더하여 만성 정신질환자를 대상으로 한 정신요양병원을 신설하였다. 그리고 기존에 정신 질환자들이 수용되어 오던 정신질환자 요양시설(정신요양원, 주로 사회복지법인이 운영함)을 강제입원이 가능한 정신의료기관인 정신요양병원과 강제입소가 허용되지 않는 사회복귀시설을 두어 7년 이내에 정신요양병원이나 사회복귀시설로 전환하도록 하였다. 그 목적은 기존의 정신요양원이 치료나 사회복귀가 아닌 정신질환자 격리수용 목적의 시설로 활용되어 왔다는 점에 대한 반성적 고려에 의한 것이었고, 7년이라는 다소 장기간의 유예를 둔 것은 정신요양원의 정신요양병원이나 사회복귀시설로의 전환에 시간적 여유를 주어 연착륙을 바라는 의도였다. 정신요양원의 위와 같은 전환에 대해서는 국회 논의과정에서 정신요양원 폐지와 유예를 둘러싼 첨예한 대립이 있었다(정부의 정신보건법 제정안은 2년 이내에 전환하는 것이었으나, 국회 입법과정에서 7년의 유예기간이 설정되었다).