환자등록자료는 실제 현장에서 중재연구의 중요한 자료원이지만, 특정 중재방법에 대한 연구 수행 시 비교효과연구를 위한 모든 자료를 수집하는데 한계가 있다. 
환자등록자료는 실제 현장에서의 중재연구의 중요한 자료원이 될 수 있다. 이 자료는 미리 설정된 연구목적(임상적 또는 정책적)에 따라 구축된 연구 설계를 통해 얻을 수 있다. 특정 질환, 조건, 노출상태에 있는 군을 대상으로 관련된 특정 결과를 평가하기 위해 표준화된 임상 및 기타 자료를 수집하는 방법으로 관찰연구를 수행한다. 이러한 자료원은 이미 존재하고 있는 전자 자료원으로부터 획득할 수 있기도 하고, 임상 관련자로부터 제공 받을 수도 있다. 하지만 환자등록자료는 특정한 중재방법에 대한 연구를 수행하면서 비교효과연구를 위한 모든 자료를 수집하는 데는 한계점이 존재한다.