자율과 책임의 부조화는 자율을 부여한 감시자가 생각하는 책임과 연구자들이 생각하는 책임의 차이가 만들어낸 것이다.
자율과 책임의 부조화는, 한편으로는 연구자들에게 부여된 지나친 자율이 책임성을 소홀하게 한 것으로 볼 수도 있으나 이보다는 정부나 관리 기관 등 자율을 부여한 감시자가 생각하는 책임과 연구자들이 생각하는 책임의 차이가 만들어낸 것이라고 보아야 한다. 사실 연구 주제나 방법론의 선택, 부정하게 유용하지 않는 한도 내에서의 연구비의 자율적 사용, 연구 결과의 자유로운 발표 등 일반적으로 생각하는 연구의 자율에 대해 감시자와 연구자의 시각 차이는 크지 않다. 그러나 주어진 재량을 활용하여 만들고자 하는 목표의 차이가 책무 요구에 대한 차이를 만들고, 이러한 차이는 자율 부여에 대한 시스템을 재고하게 하는 소위 자율과 책임의 딜레마를 형성한다.