농업공학 연구 사업의 3년간 투자는 현장밀착형에 비해 중장기형 R&D가 낮다. 또 기초·기반기술 고도화의 목표와 투자배분 현황은 부합하지 않으며 농식품부 관련과의 차별성도 부족하다.
다음으로, 농진청의 농업공학연구 내역사업의 투자현황을 분석하였다. 아래 농업공학 연구 사업의 최근 3년간 투자현황에서 보이듯 본 내역사업은 주로 현장밀착형 분야에 투자되고 있으나 중장기형 R&D비중은 상대적으로 낮은 편이다. ‘13년 말 현재 본 내역 사업 상위 (세부)사업인 농업기초기반연구사업의 수행단계별 성과목표는 ‘19년까지 동일하게 설정되어 있으며 ‘기초·요소기술의 기술고도화’를 추구하도록 설정되어 있다. 이러한 기초·기반기술 고도화라는 사업 성과목표와 현재의 투자배분 현황은 다소 부합하지 않는 것으로 보이며 첨단기자재 내역사업 등 농식품부 관련사업과의 차별성 측면에서도 부족한 것으로 판단된다.