신용보증기관이 대출기관과 공존할 경우, 신용보증의 위험성에 대응하는 것이 미흡할 수 있다. 따라서 대출기관과 신용보증기관은 분리하여 역할을 분담해야 한다. 
이러한 신용보증기관과 대출기관이 함께 공존하는 농신보의 위탁관리체제는 문제가 있다. 공존체제는 농신보가 독립적이기보다는 금융기관의 대출 안전성에 중심을 두고 사업관리를 하는 문제가 있다. 대출의 안전성이 취급금융기관의 이익을 가장 잘 반영한 것이기 때문이다. 그만큼 금융기관과 신용보증기관이 공존하는 체제는 신용보증의 이론적으로도 문제가 있다. 신용보증기관이 수요자의 하나인 대출기관과 공존하게 되면 신용보증의 위험을 보다 적극적으로 고려하여 대응하는 역할이 부족하다. 대출기관과 신용보증기관이 서로 분리되어 역할분담을 하고 신용위험을 분산할 수 있어야 한다.