과목에 따라 업무시간을 80시간 내로 준수하지 못할 수 있다. 특히 외과 등은 업무 인력이 부족하여 80시간을 초과하는 일이 빈번하다. 
두 번째 제기된 문제점은 80시간 규정의 준수 가능성이 과목별로 다르다는 점이다. 예컨대 관찰자들은 영상의학과나 병리학과, 진단검사의학과 등은 상대적으로 80시간 준수에 대한 부담이 크지 않다고 말했다. 또한 외과는 전공의 증원이나 환자 수 제 한 등의 추가적인 규정이 없는 이상 업무를 연차별로 재분배하더라도 80시간을 준수하기는 어려울 것이라고 보았다. 그런데 80시간의 업무시간 기준을 맞추기 위해서 1 ~ 2년차 업무의 상당량을 3 ~ 4년차가 분담해야 하는 내과, 소아청소년과 등의 경우에는 연차간 갈등이 발생하거나 윗년차 전공의들의 심리적 저항에 부딪힐 가능성이 높다고 보았다.