시화호의 수질개선을 위해 시화호를 해수호로 유지하기로 결정하였다. 따라서 해수유통을 확대하는 방안으로 시화방조제에 조력발전소를 건설하기로 계획하여 추진하기로 확정했다. 
시화호 수질개선을 위해, 2000년에 건설교통부, 농림부, 해양수산부(현 국토해양부) 등 관계기관 협의 결과에 따라 시화호를 담수호가 아닌 해수호로 유지하기로 결정하였다(환경부, 2000). 2001년 당시 해양수산부와 관계기관, 전문가들은 시화호 수질개선을 위한 가장 효율적인 방법으로 시화호 유역 산업단지에 대한 침수피해를 유발하지 않으면서 해수유통을 확대하는 방안을 모색하였다. 이에 따라서 2001년 8월에 해양수산부가 관계기관 합동으로 수립한 「시화호 종합관리계획」에서 수질개선을 위한 해수유통량 확대 방안으로 시화방조제에 조력발전소를 건설하기로 계획하였다. 같은 해 12월에 해양수 산부, 건설교통부 등은 시화호 조력발전 관계기관 회의를 개최하여 한국수자원공사에서 조력발전소 건설 타당성조사를 시행하도록 결정하였다. 이후 2002년 12월에 「시화호 종 합관리계획 세부시행계획」에서 조력발전소 건설사업 추진을 확정하였다.