지하수 관련 법제도의 문제는 과 같이 지하수를 이용하려는 목적에 따라 분산되어 있다는 점이다. 실제 업무적으로 분산되어 있어서  지하수 관리가 어렵다.
지하수 관련 법제도의 문제 중 하나는 과 같이 지하수를 이용하려는 목적에 따라 다양하게 분산되어 있다는 점이다. 이러한 제도에 따라 실제적인 업무를 살펴보면 양적 관리는 국토교통부가, 질적관리는 환경부가 담당하는 등 여러 부처로 분산되어 있다. 따라서 법령과 정책이 분산되어 체계적이고 효율적인 지하수 관리가 어려운 실정이다. 예를 들어 ｢먹는물 관리법｣과 ｢온천법｣에서 다루는 온천과 먹는 물은 모두 지하수에 해당하며, 해당 법령에서도 동일한 성질을 지닌 지하수로 다루지만, 마치 서로 다른 것처럼 정의하여 혼란이 발생할 수 있다.