지역별 미래산업분야 특화 기준은 창조경제혁신센터, 지역전략산업, 미래신산업 분야이다. 정부가 지역별로 미래산업 특화분야를 선정할 때 그 특성상 불확실성이 존재하므로 동일 분야에 대해 3개 지역까지 중복을 허용한다. 
지역별 미래산업 분야 특화의 기준은 세 가지로, 첫째가 창조경제혁신센터의 특화 분야, 둘째가 지역전략산업, 세 번째가 혁신센터의 공동운영 주체인 대기업이 진출하고 있거나 진출하고자하는 미래 신산업 분야이다. 다음 표에 가장 최근에 규제프리존 관련하여 선정된 지역전략산업과 창조경제혁신센터의 지역별 특화분야 등이 제시되어 있다. 우선 정부(미래창조과학부)가 ‘과학기술 신직업’ 등을 바탕으로 미래산업 후보군을 선정하고 이의 범위 안에서 지역별로 미래산업 특화분야를 1개씩 선정한다. 정부는 지역(지자체)별로 선정된 특화분야에 대하여 미래산업 분야 필요 인력수요 전망과 지역별 중복 등을 감안하여 지역별 특화분야를 최종 선정한다. 미래산업이라는 특성상 불확실성이 존재하므로 인력에 대한 수요가 일정 수준 이상인 7~8개 분야(최대 10개 분야)가 적당할 것으로 판단되는 바, 동일분야에 대하여 최대 3개 지역을 선정하는 것을 기준으로 한다. 다시 말해, 3개 지역까지의 분야 중복을 허용하도록 한다.