미국의 MD-PhD 과정은 학생들에게 임상교육 일부 수료 후 PhD를 시작할 수 있는 자율권을 주고 실습에 시간적 여유를 제공해 임상과인 MD와 기초연구인 PhD 과정이 연계될 수 있게 만든다.
미국의 MD-PhD 과정의 경우 학생들이 임상과 기초연구를 같이 할 수 있는 융합 방안 또한 마련하고 있다. Johns Hopkins의 MD-PhD 학생들은 PhD 과정을 시작하는 시점을 다양하게 선택할 수 있다. 예를 들어 임상연구에 보다 관심이 많은 학생들의 경우에는 2학년이 끝난 후 임상교육을 일부 수료한 후에 PhD 과정을 시작하는 등의 자율권을 가진다. 또한 이들에게 주요 임상 교과목 내에서 임상실습만을 필수로 수료하도록 하여 남는 시간 동안 연구 활동 및 세미나, 컨퍼런스 등에 참여할 수 있도록 시간적인 여유를 제공하고 있으며, 이를 통해 임상인 MD와 기초연구인 PhD 과정이 서로 연계가 될 수 있도록 배려하고 있다(임인경, 2008).