벼 품종 개발 현장에서는 분자육종기술과 전통육종가술이 서로 잘 보완될 때 우량품종을 개발하게 될 것이다.
이러한 어려움은 가공·기능성 강화 및 기후변화 대응 등 새로이 부각되고 있는 육종목표를 달성하는 과정에도 지속될 것이다. 결국 우리나라와 같이 쌀의 상품성이 품질에 의해 크게 결정지어지는 여건에서 분자육종의 효율성은 정밀분자표지의 개발·활용보다 수여친(Recurrent line)의 고유한 유전적배경(Haplotype)의 신속·온전한 회복유무에 크게 지배되어 지속적인 여교잡(Backcrossing)이 요구되는 실정이다. 여교잡 후대집단에 대한 선발효율을 제고하기 위해 SNP로 구성된 고밀도유전자지도를 이용하는 방법(MAB; Marker assisted backcrossing, MAB)이 제시되고 있으나, 아직은 그 비용이 높을 뿐더러 전반적인 작물학적 특성을 동시에 고려하는 노련한 육종가의 선발효율을 상회할 수 있을지는 의문이다. 결론적으로 벼 품종개발 현장에서는 분자육종기술이 기존의 전통육종기술과 상호보완적으로 운용될 때에만 우량계통 육성의 효율성이 극대화될 수 있을 것이다.