들깨 재배 시 발아율을 높이는 것이 중요하며, 파종 깊이에 유의한다. 9월에 녹병이 발생하므로 약제방제를 하는 것이 중요하다. 나방 유충과 북쪽애긴노린재 방제도 실시한다.
들깨 재배 시 초기 입모 확보를 위해 파종 전후 토양의 수분을 충분하게 유지시켜 발아율을 높이는 것이 중요하며, 소립종자이므로 파종 깊이가 너무 깊지 않도록 유의한다. 또한 토양 속 해충이 어린잎을 가해하여 피해를 입지 않도록 방제해야 한다. 들깨에 적용된 제초제는 화본과 선택성 제초제인 플루아지포프-피-뷰틸유제가 유일하므로, 잡초방제에 어려움이 있다. 재배 기간 중 8월 하순에서 9월 상순 경 녹병이 많이 발생하여 수량 저하를 유발하므로 예방 차원에서 약제방제를 하는 것이 중요하다. 생육 중기에 많이 발생하는 나방 유충과 성숙기에 많이 발생하는 북쪽애긴노린재 방제도 실시한다.