평가위원단의 전문성을 높이기 위해 이를 융합 관련 전문가 위주로 구성하되, 분야별로 균등하게 점수를 매겨 각 분야가 골고루 평가받게 해야한다는 의견이 가장 지배적이었다. 그 방안으로 융합분과 개설을 통한 연구평가단 구성 등이 제안되었다.
우선, 평가위원단의 전문성을 높이기 위한 방안으로는 융합연구를 평가할 때 융합과 관련된 전문가들을 중심으로 구성하되, 해당 분야에 대한 점수를 균등하게 배분하여 융합연구에 참여하는 연구 분야가 골고루 평가받아야 한다는 의견이 가장 지배적이었다. 이를 위해 융합분과를 개설하여 이에 맞는 연구평가단을 구성하거나, 융합연구를 경험한 융합전문가들로 위원회를 구성하여 융합연구의 가능성을 판단하고 실질적인 피드백을 줄 수 있는 제도가 필요하다는 의견이 있었다. 평가위원단의 객관성을 높이기 위해서는 연구평가단 구성에 학연, 지연과 더불어 학술활동의 근간이 되는 학회에 대한 검증도 고려해야 한다는 제안도 있었다. 또한 피평가자가 평가자를 평가할 수 있는 역평가제를 도입하여 평가자들의 도덕적 해이를 방지하는 것도 아이디어로 제시되었다. 또한 선호하는 평가자와 피하고 싶은 평가자를 동시에 제안하여 평가결과의 왜곡을 최소화하는 것도 평가의 객관성을 높이기 위한 방안으로 추천되었다.