국가수질자동측정망과 수질오염공정시험기준으로 일반항목 측정시 방법상의 차이가 있다.
일반항목 측정 시, 국가수질자동측정망 및 수질오염공정시험기준 두 가지 방법 모두 센서를 이용하여 하천수의 각 항목을 측정하고 있다. 가장 큰 차이점은 국가수질자동측정망의 경우에는 펌프를 이용하여 하천수를 측정소 내부 저류조로 이송한 이후에 측정하지만, 수질오염공정시험기준의 경우에는 측정기를 직접 측정하고자 하는 하천에 수침한 이후에 측정한다는 점이다. 또한 데이터 취득에 있어서 수질오염공정시험기준의 경우에는 측정기기의 측정값의 안정화 이후에 측정값을 얻지만, 국가수질자동측정망의 경우에는 저류조에 항상 수침되어 있기 때문에 따로 안정화 시간 없이 일정 시간마다 측정값을 얻는다는 차이점도 존재한다.