남조류 중 몇 가지는 냄새를 나게 하는 지오스민과 2-MIB를 뿜어내며, 간 독소 또는 신경 독소를 하천생태계가 파괴되어 어민의 피해가 예측되며, 불쾌한 조경과 냄새로 국민의 삶의 질이 떨어질 것이다. 
조류는 먹이사슬의 1차 생산자로서 동물 플랑크톤의 먹이가 되고, 수중생태계 유지를 위한 산소 공급을 하는 등 중요한 역할을 한다. 조류는 크게 규조류, 녹조류, 남조류로 구분되며, 특정 조류가 수화현상(algal bloom)1)에 의해 이상 증식 하여 우점종이 되면서 물 색깔이 갈색, 옅은 녹색, 진한 녹색 등으로 변하게 된다. 특히, 남조류 중 마이크로시스티스(Microcystis), 아나베나(Anabaena), 오실라토리아(Oscillatoria), 아파니조메논(Aphanizomenon)은 냄새물질인 지오스민(Giosmin)과 2-MIB를 배출하며, 간 독소(마이크로시스틴) 또는 신경 독소(아나토신) 물질을 미량 배출한다. 지오스민과 2-MIB는 인체에 직접적인 영향을 일으키진 않지만 물에서 곰팡이 냄새, 흙냄새, 비린내 등 악취를 유발하여 하천수의 수질 문제를 일으키는 직접적인 원인이다. 그 결과 하천생태계의 훼손으로 어업활동을 하는 어민들의 피해가 우려되고 있으며, 시각적인 불쾌감 및 악취 때문에 수변 레크리에이션 활동에 제약을 받는 등 국민들의 삶의 질 저하가 초래된다.