구제역은 피코나바이러스, 아프토바이러스 속에 있으며 총 7개의 혈청형을 가지고 있다. 이들은 염기서열 유사도에 따라 분류되는데, 대부분 지역성을 가지고 있어 지역형으로 불리운다. 2000년 국내 발생 바이러스는 다양한 지역형으로 나타났다. 
구제역의 병인체는 피코나바이러스과 아프토바이러스속에 속하는 바이러스이며 7개의혈청형(A, O, C, Asia 1, SAT 1, SAT 2 및 SAT 3)이 있다. 현재는 바이러스의 VP1단백질에 해당되는 유전자(약639bps) 부위의 염기서열 유사도가 상호간에 대략 85%이상인 경우 하나의 분류를 형성하는데 이러한 분류는 지역성을 나타내는 경우가 대부분이어서 지역형(topotype)으로 불리고 있다. 혈청형이 다른 바이러스 간에는 혈청학적으로중화가 되지 않고 백신에 의한 방어가 되지 않을 만큼 유전적 또는 항원적으로 큰 차이를보인다. 2000년 및 2002년 국내에서 발생한 구제역바이러스는 혈청형 O형의 ME-SA지역형이었고, 2010년 1월에는 A형의 Asia지역형, 4월 및 11월에는 O형의 SEA지역형, 2014년 7월 및 12월에는 O형의 SEA지역형이 국내에 유입되었다. 혈청형 O형의 경우약 8개 내외 지역형이 보고되고 있으며, 기타 혈청형 내에서도 유전적으로 다양한지역형이 있다.