환경기초 설치·운영 비용에 대한 정부의 과도한 지원으로 인해 제한된 투자예산 내의 효율적 운영에 대한 유인이 줄어 비효율성이 극대화되었다. 또 기존 시설의 유지·관리비, 재투자비 및 운영비 등의 지속적 지원 요구로 하수 배출과 관리가 악화되어 오염을 더 쉽게 발생시키는 결과를 낳았다.
물이용부담금은 상수원 지역의 주민지원사업과 수질개선사업의 촉진을 위해 ｢상수원수질 개선 및 주민지원 등에 관한 법률｣에 따라 물 사용자가 부담하고 있다. 환경기초시설 설치와 운영에 지원을 함으로써 운영효율화, 투자합리화 및 합리적인 비용부담을 이루고자 하였다. 그러나 이 과정에서 상수원의 수질보호를 위해 필요한 환경기초시설 설치·운영비용에 대한 적절한 국고지원율이 약 4%임에도 불구하고 정부의 지원이 과도하게 이루어졌고, 결국 사용자가 부담하는 요금과 기금지원을 합하면 100%를 초과하는 지역이 발생하였다. 이는 제한된 투자예산 내에서 효율적인 운영을 위해 노력하고자 하는 유인을 감소시킴으로써 비효율성을 극대화하였다. 또한 기존 시설에 대한 유지·관리비, 재투자비 및 운영비 등을 지속적으로 지원해 달라고 요구함으로써 하수 배출 및 관리는 악화되었다. 결국 중앙정부가 기금을 통해 필요한 예산보다 과도하게 지원함으로 인해 지자체의 재정건전성 제고를 위한 유인을 불필요하게 함과 동시에 오염을 더 쉽게 발생시킬 수 있게 하는 요인으로 작용하고 있다.