2013년부터 2017년까지 새로 생긴 75개 조세지출 항목은 매년 조세감면액 및 수혜자 규모 등을 산정·관리해야 하지만, 기획재정부는 일부 항목들을 산정·관리하지 않았으며, 관리되지 않은 채 폐지된 항목도 있다.
그리고 2013년부터 2017년 까지 신설된 75개 조세지출 항목에 대하여는 신설 이후 매년 조세감면액 등을 산정·관리하여야 하는데도 기획재정부는 [별표 3] “신설 후 미관리 조세지출 항목 명세”와 같이 이 중 ‘2013 실내 무도 아시아경기대회관련 부가가치세 면제(조특법 제106조 제2항 제18호)’ 등 7개의 조세지출 항목에 대하여는 신설된 이후 해당 항목에 대한 감면액 및 수혜자의 규모 등을 산정·관리하지 않았으며, 위 7개 조세지출 항목 중 ‘알뜰주유소에 대한 세액감면 우대제도(조특법 제7조 제2항)’ 등 3개 항목은 관리되지 않은 가운데 일몰 도래로 폐지되었고, ‘산업재산권 현물출자 시 과세특례(조특법 제16조의4)’ 등 4개 항목은 2017년 6월 말 현재까지 존속 중인데도 관리되지 않고 있다.