‘이명박정부 과학기술기본계획’의 목표들 중 달성 과정에 문제도 있었다. 예컨대, 기초‧원천연구비중 확대 목표 달성이 가능하도록 정부가 원천연구비중 산출 방안 마련, 목표 수립 이후 3년간 관련 비중의 미산정 등이다.
‘이명박정부의 과학기술기본계획’에서 제시한 목표들 중에는 결과적으로는 달성되었지만 달성 과정에 문제가 있는 경우도 있었다. 예컨대, 2008년 기준 기초연구비중 25.6%를 2012년까지 35%로 확대하고, 2012년까지 기초‧원천연구비중을 50%까지 확대하겠다는 목표가 있었는데, 당시 원천연구의 개념과 범위에 대한 합의가 이루어지지않아 기초‧원천연구비중 현황을 알 수 없는 상태였다. 이에 따라 정부는 목표를 달성할 수 있는 방향으로 원천연구비중 산출 방안을 마련했다8). 또한 2008년의 목표 수립 이후에도 약 3년간 기초‧원천연구비중은 산정되지 않았다. 즉, 2011년 들어 국가과학기술위원회는 2010년 작성된 ‘기초 및 원천연구비 비중산정 매뉴얼’에 따라 기초연구비중과 기초‧원천연구비중을 산정했다(권성훈, 2013).