정부 연구개발사업의 목적성 달성과 효율성 제고를 위해서는 모든 분야에서 개선이 동시에 이루어져야 한다. 평가의 연계성이 부족해 평가의 효과를 낮춘다 판단되며 공공책무성의 강조와  공공기관의 현실을 감안할 때 다른 부문의 변화를 이끌 수 있기 때문이다. 
일반적으로 연구개발에 대한 평가는 개념적 범주 순으로 개인 연구자 평가, 2)연구개발 과제평가,  연구개발 사업평가, 연구기관 평가, 과학기술정책 평가 등으로 구분하여 살펴볼 수 있다(Georghiou, 1995. 황용수, 2000, p. 29에서 재인용). 서론에서 제시한 정부 연구개발사업의 목적성 달성과 효율성 제고를 위해서는 사실 이 모든 분야에 대한 개선이 동시에 이루어져야 한다. 현재 우리나라 상황을 고려하면, 위에 제시한 5개 분야에 대한 평가의 연계성이 부족하여 전체적인 평가의 효과성을 낮추고 있다고 판단된다. 그럼에도 불구하고 정부가 지원하는 사업과 과제의 평가에 대해 살펴보는 것은 평가제도의 이념적 근간인 공공책무성(public accountability)의 강조(황용수, 2000)와 더불어, 정부의 재원 지원 비중이높은 공공기관의 현실을 감안할 때 정부지원 부문의 변화가 다른 부문의 변화를 이끌 수 있기 때문이다.