인도네시아의 의료기술평가 관련 규정은 침술 등의 대체치료를 급여에서 제외하며 의료기술평가와 임상자문을 제공할 책임을 보건부에 둔다. 효율적인 의료기술 활용을 위해 평가는 의료서비스제공자, 전문가협회 등의 요청에 의해 수행된다.
인도네시아의 사회보험기관인 BPJS (Badan Penyelenggara Jaminan Sosial)의 연구진은 인도네시아 의료기술평가 관련 현황에 대해 발표하였다. 인도네시아의 의료 기술평가 관련 규정 중 2013년 제정된 대통령령 제 111항은 의료기술평가에 의해 효과가 입증되지 않은 침술 및 척추지압 등 대체치료는 급여에 포함되지 않음을 명시하고 있다. 또한 의료기술의 품질 및 비용관리를 위해 보건부는 의료기술평가와 임상자문을 제공할 책임이 있다. 보건부 규정에 의하면 의료기술평가는 의료서비스의 질을 향상시키고 비용을 억제하여 인도네시아 국민건강보장제도인 JKN (Jaminan Kesehatan Nasional) 내 의료기술의 효율적 활용을 도모하는데 그 목적이 있다. 따라서 의료기술평가는 의료서비스제공자, 전문가협회, BPJS Health의 요청에 의해 수행된다.