공해 분쟁 처리법은 행정 기관의 위원회나 지역 공해 심사회에서 처리하고 있다. 판결이 아닌 이상 분쟁 당사자들의 합의를 통해 해결하게 되며 프로젝트 전에도 분쟁 처리는 가능 하다.
이것 외에 공해 방지를 둘러싼 분쟁의 처리를 위한 공해 분쟁 처리법(1970년 법률 108호)은 행정 기관인 국가의 공해 등 조정 위원회나 도･도･부･현의 공해 심사회에 의한 분쟁 처리 절차(주선, 조정, 중재나 판결 절차)를 행할 수 있도록 하고 있다. 이 절차 중 판결 외에는 분쟁 당사자들의 합의에 의한 해결을 돕는 것이다. 이 법은 손해 배상 청구와 같이 손해가 발생한 다음에 분쟁을 처리하는 것에 제한하지 않고 프로젝트를 시작하기 전에 계획 변경이나 취소를 포함한 당사자들 간의 이해 조정에 의한 분쟁 처리도 할 수 있는 제도이다. 그리고 실제로도 공해 분쟁 처리법에 의한 절차로 도로 건설 계획 중에 설계를 변경하는 등의 협의가 이루어지는 사례가 있다.