DFG의 R&D 프로그램 결정방식은 EU에서도 높은 평가를 준다. 각 부처에 독립된 연구협회로부터 업무를 대행, 수행하며 세부사항은 에이전시가 결정한다.
DFG는 bottom-up 방식으로 펀딩을 결정하고 있는데, DFG의 R&D 프로그램 결정방식은 EU의 연구 프로그램 설계에도 참고되는 등, 높은 평가를 받고 있다. 프로젝트 에이전시는 독일 R&D의 특징적인 시스템 중 하나로, 각 부처에서 독립되어있는 민간비영리단체, 연구조합 등이 부처 연구협회로부터 펀딩 업무를 대행하여 수행하며, 연구 프로그램의 세부사항을 에이전시가 결정하여 실시한다. 에이전시를 통한 예산배분의 장점은 비용 절감, 인원제한을 받지 않는 점, 업무의 질 향상, 전문적 지식을 지닌 인원의 육성, 부처 간 경계를 넘은 지식의 공유 등이 제시된다(Peter Voigt, 2014).