규제비용편익 자동산정시스템은  경제적규정과 사회적규제 중심으로 만들어진 공식 때문에 기술규제의 특성을 반영하고 있지 못하다는 지적이 있으며 현재 기술규제 관련 항목은 주관식으로 실제 비용을 입력하도록 되어 있다.
국무조정실은 한국개발연구원 및 한국행정연구원과 함께 규제비용편익 자동산정시스템을 2015년 구축하였다. 규제비용편익 자동산정시스템은 규제영향분석 중 비용편익분석이 다소 부실하게 진행되고 있다는 문제의식 하에 규제비용산정을 위한 자동계산기능을 제공하고, 규제영향분석서에 자동 반영되도록 만들어진 시스템이다. 자동산정시스템이 가진 가장 큰 특징은 항목설명, 작성사례, 산출공식 등 상세한 길잡이를 제공하여 항목별 수치를 입력하면 규제비용의 전체값과 환산치가 자동적으로 계산되도록 만들어졌다는 것이다. 문제는 규제비용의 산출공식이 경제적 규제와 사회적 규제를 중심으로 만들어져 있어 기술규제의 특성을 반영하지 못하고 있다는 것이다. 이로 인해 현재 기술규제 관련 항목의 경우 주관식으로 실제 규제비용을 입력하도록 설계되어 있다.