농신보 또한 운영하는 부분보증제도는 일정 부분만을 신용보증해 기관의 위험을 분산했다.  2000만원 이하 소액은 전액보증, 부분보증 비율은 약 71% 정도로 보증대상자에 따라 차이가 있다.
농신보도 부분보증제도를 운용하고 있어 보증규모가 많을 경우 나머지 부분에 대한 신용력이 있어야 한다. 부분보증제도란 대출금의 일정부분은 신용보증을 하지만 나머지 부분에 대해서는 신용대출이나 담보대출로 금융기관의 위험분담을 요구한 것이다. 그렇지만 2,000만 원 이하의 소액 보증에 대해서는 전액보증을 실시하고 있다. 부분보증 비율은 보증대상자에 따라 차이가 있는데 자연인인 농어업인에 대해서는85%, 영농어조합법인, 농업회사 법인에 대해서는 80%, 그 외 보증대상자에 대해서는 70%이다. 전액보증과 부분보증 비율을 보면, 71% 정도가 부분보증으로 농림수산업자가 어느 정도 신용력 담보력을 갖추어야만 필요한 자금을 차입할 수 있다.