국내의 줄기세포 관련, '생명윤리 및 안전에 관한 법률' 에 의거, 줄기세포주 등록제를 시행한다. 즉 국내에서 이용되는 줄기세포주는 질병관리본부에 등록 및 관리를 받아야 한다. 
국내에서는 줄기세포 연구 자원관리를 위해 ‘생명윤리 및 안전에 관한 법률’을 근거로 2010년 1월 1일부터 줄기세포주 등록제가 시행되고 있다. 인간배아줄기세포주만을 대상으로 하지만, 이 등록제에 의해 국내에서 수립 또는 수입되어 이용되는 줄기세포주는 질병관리본부에 등록 신청을 하여야 하며, 줄기세포주의 과학적 특성(DNA 지문 등 개체식별 정보, 염색체 안정성 정보, 유전자 발현 정보, 미생물 오염 정도 등)과 수립 관련 정보를 제공해야 한다. 2015년 7월 기준으로 등록된 국내 수립 세포 주는 87주이며, 수입 세포 주는 22주에 이른다(국가줄기세포은행 웹페이지 2015.4.11.).