여과방법은 모래, 섬유사 등 여러 물질로 이루어진 여층에 빠른 속도로 물을 통과시켜 부유물을 제거하거나 MDF를 설치하여 여과하는 시설이 있으며 현재 여과시설은 강화된 방류수 수질 기준을 맞출 수 없으므로 약품을 투입하여 기준점에 맞추고 있다. 
여과시설은 이차침전지 이후에 설치되는 3차 처리시설로 고도처리이후 처리수의 Pin-floc제거 및 안정적인 방류수질을 확보하기 위하여 설치한다. 여과방법에는 모래, 모래와 안트라사이트, 섬유사, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌 등의 여재로 이루어진 여층에 비교적 빠른 속도로 유입수를 통과시켜 부유물을 제거하는 방법이 있으며 역곡하수처리시설 여과시설은 마이크로디스크 필터(MDF)로 설치되어 있다. 현재 여과시설로는 강화된 방류수 수질기준을 준수하지 못하는 실정으로 생물반응조 후단에 총인약품을 투입하여 방류수 수질기준을 준수하고 있다. 1단계의 여과기 인 마이크로 디스크필터 2기가 설치되어 있으며, 마이크로 디스크필터 본체, 디스크필터, 단위 여과막, 여과막세척펌프, 현장제어반 등으로 구성된다. 디스크 필터(여과막)의 공극은 운전조건, 처리수질에 따라 10～200㎛까지 다양하게 선택할 수 있으며, 하수에서는 일반적으로 10～20㎛ 정도를 사용한다. 1단계의 소독시설은 자외선(UV) 살균방식으로 2006년도 8월 25일에 준공된 시설이며, 여과시설인 디스크필터(MDF) 처리수를 거친 처리수에 대하여 소독을 실시한 후 최종방류하고 있다.