일본의 방역 실패의 원인을 찾는다면, 새로운 전염병에 대한 매뉴얼 미흡이다. 독일식 사회보험모델을 도입하여 인프라 수준은 높으나, 전염병에 대한 위기 대책 진행이 부족하다. 
일본이 국제기준에서 우수한 의료·방역 인프라를 갖추고 있으면서도 선제적이고 효율적인 대응에 실패한 이유를 찾는다면, 우선 새로운 전염병 발생에 대비한 매뉴얼의 부재를 지적할 수 있다. 일본은 독일식 사회보험모델을 받아들여 의료 인프라 수준은 높지만, 사스와 메르스 사태와 같이 이전에 유행한 전염병의 피해가 적었던 만큼 새로운 전염병 발생을 상정한 위기대응 체제 구축이 미흡했다. 일반 병상 수는 충분하지만, 중증환자의 집중 치료를 위한 병상 수, 진단키트 및 방역장비 역시 부족했다. 이에 일본 정부는 의료체제의 ‘붕괴’를 우려하여 ▲유전자증폭(PCR: Polymerase Chain Reaction) 검사의 대상을 중증 환자만으로 제한했고, ▲마스크 공급, PCR 검사의 기준, 사회적 거리두기 등의 대책을 상황에 따라 변칙적으로 시행하였다.