STEPI 2012 보고서에서 제시하는 한국 혁신 시스템의 개선점은 혁신 주체들의 균형적인 혁신 역량 발전과 활발한 연계 활동의 필요성이며, 그리고 성장동력 발굴을 위한 과학기술혁신 기반 벤처 창업 활성화와 정부 역할 재조명이다. 
STEPI의 2012 보고서에서 제시하고 있는 한국 혁신 시스템의 개선해야할 부분들은 OECD 2014의 것과 크게 다르지 않다. 따라서 여기서는 STEPI 2012 보고서에서 언급된 사항들을 간략하게 짚고만 넘어 가겠다. 첫째로, 혁신 주체 간에 혁신 역량이 균형적으로 발전해야 한다고 조언하고 있다. 특히, 대기업과 중소기업, 수도권대학과 지방 대학, 그리고 민간 연구소와 정부 연구소 등이 고르게 혁신 역량을 가져야 한다고 말하고 있다. 혁신 주체들 간의 활발한 연계 활동도 강조하였는데, 특히, 한국 혁신 시스템의 동태적 역량을 제고하기 위해 중소기업과 공공연구기관 (출연(연)과 대학) 사이의 연계 활동을 증가 시키는 것이 무엇보다 중요하다고 강조하고 있다. 둘째로 새로운 성장동력 발굴의 중요성을 강조하면서, 새로운 성장동력을 찾기 위해서는 과학기술혁신을 기반으로 하는 벤처 창업을 활성화해야 한다고 조언했다. 마지막으로 정부의 역할에 대한 재조명이 필요하다고 언급하였다. 관행적인 시장 개입과 정부의 일방적인 정책 추진은 지양되어야 하며 시장의 목소리에 귀를 기울어야 한다고 분석하였으며, 복잡해진 한국경제의 특징과 혁신 환경에 대한 면밀한 분석과 평가가 필요하다고 적고있다.