융합연구의 특성은 기존의 평가체계와 마찰을 일으킨다. 평가자의 전문성 부족과 융합 분야에 대한 비판적 평가가 지적된다. 또한, 융합연구의 특성이 반영 안 된 평가지표로 평가되고 있어 새로운 지표 도입이 요구된다.
이러한 융합연구의 특성으로 인하여 기존 평가체계와의 충돌이 일어난다. 첫 번째, 평가자 전문성의 부족이 지적된다. 혁신원천의 다원성과 연구방법의 비정형성으로 융합연구의 평가는 다면적으로 이루어져야 한다. 하지만 평가자가 특정 분야에 편향되게 구성되거나 융합 경험의 부족으로 연구에 대한 이해가 어려운 경우가 많아 다차원적이고 심도 있는 평가가 이루어지지 못하고 있다. 또한 전통연구 영역의 집단 이기주의로 인하여 새로운 융합분야를 배척하거나 불리한 평가를 받기도 한다. 두 번째, 평가지표가 융합연구의 연구성과의 불확실성을 고려하지 않은 평가가 이루어지고 있다. 현행 평가지표는 연구 영역별 특징을 고려하지 않고 논문, 특허, 기술이전 등의 계량지표 중심으로 구성되어 있어 융합연구의 특성을 반영한 지표의 도입이 필요하다.