산학연 연구자들은 정부 R&D 체계 개선을 위해 우선 필요한 것으로 “분야별 일관성 있는 추진 체계 구축”을 꼽았다. 이는 현 정부 R&D 사업구조가 비효율적으로 운영되고 있음을 의미하며, 또한 구조와 운영 방식의 개선이 필요함을 의미한다.
산학연 연구자들을 대상으로 실시한 설문조사에서 정부 R&D 체계 개선을 위해 가장 우선적으로 필요하다고 응답된 것이 “분야별 일관성 있는 추진 체계 구축”이었으며, “중장기 전략 수립기능 강화” 그리고 “전문성 높은 연구팀 확보” 등이 그 뒤를 이었다(안두현 외, 2015). 연구자들에 의해 “분야별 일관성 있는 추진 체계 구축”의 필요성이 중요하게 제시되었다는 것은 현재 정부 R&D 사업구조가 산만하고 파편적으로 형성되어 분야별로 효율적인 국가 동원체제를 구축하지 못하고 있다는 것을 단편적으로 보여주고 있다. 즉 이는 정부 R&D 조직화의 비효율성에 대한 비판적인 시각으로 이해할 수 있다. 정부 R&D 조직화의 효율성을 어떻게 높일 수 있을까? 이를 위해서는 정부 R&D 사업의 구조와 운영 방식의 개선이 필요하다. 즉, 정부 R&D 사업을 위한 하드웨어와 소프트웨어에 대한 새로운 설계가 필요하다.