선별된 씨앗은 60℃온도에서 10분 담근 후 찬물에 10분을 담근다. 이때 물과 씨앗의 비율을 100리터 대 10kg보다 씨앗을 더 넣으면 안쪽의 씨앗은 소독되지 않을 수 있다.
선별된 씨앗은 온탕 소독을 하는데, 60℃ 온도에서 10분간 담근 후 찬물로 바로 옮겨 30분 정도 담가둔다. 이때 물의 양 100L 기준으로 씨앗의 양은 10㎏ 정도 되도록 비율을 맞추어 소독하는 것이 효과적이다. 다만 온탕에 민감한 벼 품종은 처리 조건을 지키지 않으면 발아율이 떨어질 수 있으므로 주의가 필요하다. 소금물 가리기와 온탕 소독을 실시한 후 등록된 약제로 씨앗소독을 실시한다. 온탕기를 이용하여 소독할 때 물과 씨앗의 비율을 맞추지 않고 씨앗을 더 많이 넣으면 가장 안쪽에 위치한 씨앗 주변은 소독 되지 않고 오히려 병원균의 활동에 좋은 환경을 만들어줄 수 있으므로 주의해야 한다.