뇌전증 증후군 환자에게 약물치료가 효과가 없을 경우 수술치료를 고려한다. 단 약물성 난치라는 근거하에 수술치료를 고려하지만 판단까지는 여러 가지 근거가 필요하다. 약물치료는 지침이 부족하고 개인적 의견 반영이 많이 되고 있다.
일반적으로 수술로 치료할 수 있는 뇌전증 증후군 환자에서는 처음 2가지 약물의 체계적인 사용에도 불구하고 발작의 재발이 지속된다면 약물난치성이라는 진단 하에 수술치료를 고려한다. 반면 수술로 치료할 수 있는 뇌전증 증후군이 아닌 경우는 다양한 약제를 체계적으로 시도한 후에 약물난치성이라는 진단을 내려야 하며 통상 4~5가지 약물의 체계적 사용 후에 수술치료를 고려하거나 또는 케톤생성식이요법(ketogenic diet), 미주신경자극술(vagus nerve stimulation), 뇌심부자극술(deep brain stimulation) 등의 치료법을 적용한다(그림). 수술치료의 대상이 되는 뇌전증 환자들은 약물난치성이라는 판단에 근거하여 선정되지만, 이때 많은 쟁점이 있을 수 있어 이를 충분히 고려한 뒤 최종적으로 결정해야 한다. 약물난치성은 항뇌전증약 치료에 실패하였다는 의사와 환자 본인의 판단에 근거한다. 이러한 판단에는 의사가 환자에게 일정 기간 동안 적절한 항뇌전증약을 선택하여 높은 혈중농도를 유지하면서 약물을 투여하였다는 믿음을 바탕으로 하고 있다. 그러나 지금까지는 약물투여(약물의 선택, 용량, 투여기간, 약물농도검사, 치료약물의 교환 등)에 대한 확실한 지침이 부족하며 뇌전증에 대한 약물치료는 여전히 개인적인 소견이 많은 영향을 미친다.