학술 연구 현황 및 사회의 요구사항을 고려하여 과학연구비조성사업에 대한 개혁이 추진되었다. 심사시스템 개선 및 연구지원항목 체계 개선, 그리고 연구비의 유연한 사용 촉진 등이 실시방침이다.
최근 과학연구비조성사업에 대한 개혁이 단행되었다. 학술연구를 국력의 원동력으로 보고 학술 연구에 대한 현황 및 사회의 요구사항을 고려하여 개혁을 추진한 것이다. 정부는 제 5기 과학기술기본계획(2016년~2020년도)에서 과학연구비조성사업 개혁의 실시 방침을 포함하고 성과창출의 극대화를 위한 질적인 개혁과 더불어 양적인 관점에서 신규채택률 30%를 목표로 설정하였다. 2015년 9월에 수립된 과학연구비보조금사업 개혁의 실시방침의 주요 내용은 첫째, 심사시스템 개선 둘째, 연구지원항목․체계의 개선 셋째, 유연하면서 적정한 연구비 사용의 촉진이다. 그리고 2016년에는 도전적 연구에 대한 지원을 강화하는 관점에서 연구지원항목에 대한 검토를 실시하고 있다.