기후기술 국제협력을 추진해나가는 데 있어 우리나라는 몇 가지 문제점을 가지고 있다. 그 중 가장 큰 문제는 정책의 일관성과 집중적 관리가 부족한 것이고, 협력 대상국에 대한 분석이 제대로 이루어지지 않은 점, 지원체계나 수주 경험이 부족하고 기후 금융도 별로로 조성되어 있지 않다는 점 등도 지적되고 있다.
그러나 이러한 국별 맞춤형 전략을 통한 기후기술 국제협력을 추진해나가는 데 있어 우리나라는 아직 몇 가지 어려움을 안고 있다. 가장 큰 문제는 기후기술 관련 국제협력 사업을 추진 혹은 수행하고 있는 주체가 다양하고 장기적 비전이 미비하여 정책의 일관성과 집중적 관리가 부족하다는 점이다. 또한 우리나라의 공적개발원조는 중점협력국으로 선정된 국가를 대상으로 이루어지고 있으나 기후기술 협력의 경우는 온실가스 감축을 위한 대형 프로젝트 가능국이나 국내 기술역량에 부합하는 국가 등 별도의 기준을 설정하여 협력 대상국을 선정할 필요가 있음에도 불구하고 이에 대한 분석은 제대로 이루어지지 않은 상황이다. 국가 온실가스 감축목표 이행을 위해 기후분야에 대한 재정이 늘어날 것으로 예상되나 증가하는 기후변화 대응 관련 사업에 비해 프로젝트 수주를 위한 지원체계나 수주 경험이 부족하고, 해외 기후 프로젝트 투자를 위한 기후 금융도 별도로 조성되어 있지 않다는 점도 문제로 지적되고 있다. 그 외에도, 해외 국제협력 프로젝트 수주를 위한 보다 세부적인 정보 제공이 요구되며, 기후기술 분야 국제협력 정책 및 전략과 산업계와의 연계 부족 등 공공부문과 민간부문 간의 소통 부족을 해결하기 위한 유기적 협력체계 구축이 시급하다.