어촌공동체의 투명성, 불합리한 의사결정으로 인한 갈등이 많은데 이는 의사소통의 부재, 리더의 자질 부족이 원인이다. 어촌공동체의 구성이 혈연, 지연 등으로 이루어져 있어 의사소통이 힘들다.
먼저, 어촌공동체에서 가장 많이 나타나는 갈등 원인으로 투명성 및 불합리한 의사결정이 있다. 이것은 어촌공동체 구성원 간 원활한 의사소통의 기회가 없거나 부족할 경우, 어촌공동체의 리더가 지도자로서 자질과 능력이 부족할 경우 나타나고 있다. 어촌공동체는 혈연․지연 등의 관계를 중심으로 맺어져 있어 특성 상 구성원 간에 자유롭게 의견을 말하고 수렴하기가 쉽지 않고, 토론이나 회의 등을 통한 의사소통이 힘든 구조인데 기인한다. 또한 이러한 갈등은 마을리더가 마을공동사업의 추진에 있어 사업에 대한 이해도가 부족하여 독단적으로 사업을 이끌 경우 또는 개인적 이익추구를 위해 도덕적인 문제를 일으킨 경우에 자주 발생하는 것으로 나타났다.