참여정부의 차세대 성장동력사업의 추진에서 부처간 갈등요인으로 인해 각 부처간 역할을 놓고 관할권 경쟁을 하게 되며, 이는 추진체계의 존폐여부와 상관성이 크다.
참여정부의 차세대 성장동력사업의 추진과정에서의 부처 간 갈등 요인은 ⅰ) 과학기술정책 영역의 경계 확장성과 모호성, ⅱ) 국가전략적 중요성과 상징성, ⅲ) 기존 산업별, 분야별로 설정되어 있는 부처 간 관할권의 중첩과 조정체제의 미흡, ⅳ) 부처 이기주의, 연구개발 재원의 부족, 정치･경제적 환경, 고객 집단의 중첩 등이 지적되고 있으며, 각 부처(과학기술부, 산업자원부, 정부통신산업부)는 유사한 목표와 수단에 따라 각자의 역할을 주장하면서 관할권을 취하기 위해 경쟁하게 되고, 이는 추진체계의 존폐 여부와 상관성이 크다고 할 수 있다