공공연구조직이 개인창업을 지원하는 데는 한계가 있다. 교원이 본업에서 완전히 분리되기 어렵고 기관에서도 휴직기간을 무한으로 줄 수 없다. 또한 특정분야의 경우는 자리잡기까지 5년 이상이 걸리므로 이후 원직복귀가 어렵다.
그러나 대학, 연구소, 병원 등의 공공 연구조직이 개인기반의 창업을 지원하는데는 일정한 한계가 있다. 교원이나 연구원이 담당할 본연의 임무가 있고 이것과 창업 활동을 병행하는 것 사이에 근본적 긴장 관계가 있기 때문이다. 예를 들어 휴․겸직을 통한 창업은 휴․겸직 기간 동안 교수 본연의 연구와 교육 업무에 지장을 줄 수밖에 없다. 대학 간 경쟁이 치열한 지금의 상황에서 이렇게 교수 업무와 창업을 병행하는 교원이 많아지기는 어렵고, 무한정 휴직 기간을 늘려줄 수도 없다. 또한 바이오 분야의 경우, 앞서 보았듯이 벤처기업들이 창업 후 영업이익이 나기까지 평균 4년이 걸리고 IPO까지는 평균 8.3년이 걸리기 때문에 현재의 휴․겸직 허용 기간(5~6년)으로는 벤처기업을 충분히 성장시키고 원직으로 복귀하기가 어렵다는 문제도 있다.