자료원에서 자료를 연계하는 쉬운 방법은 고유의 식별자를 통해 연결하는 것이다. 주민등록번호 식별자를 통해 자료연계한 이후 2차 자료원 이용을 고려할 수 있다. 
각각의 자료원으로부터 자료를 연계하는 가장 간단한 방법은 자료원 안에 포함된 고유의 식별자를 이용하여 서로 연결하는 방법이다. 우리나라의 경우 건강보험심사평가원과 국민건강보험공단, 통계청 등의 국내 자료원은 주민등록번호 식별자를 통해 자료연계가 가능하여 2차 자료원에 대한 이용이 많이 고려되고 있다. 실제로 근거창출임상연구국가사업단 임상연구센터 중 허혈성심질환임상연구센터, 만성기도폐쇄성질환임상연구센터, 제2형당뇨병센터, 말기신부전임상연구센터, 우울증임상연구센터 등의 환자등록자료와 2차 자료원과의 연계를 통하여 연구가 진행된 사례가 있다.