양 부처의 갈등을 완화하는 수단으로서 합동 연구반, 협의회 또는 협의체는 운영은 협력을 위한 시도로서 의미가 있지만 실질적인 성과를 이루어내는 것이 중요하다. 따라서 협의기구의  구성 및 운영 방식을 잘 설계하고, 합의된 사항에 대한 이행을 담보하는 등의 조치가 필요하다.
이상과 같은 양 부처합동의 연구반이나 협의회 내지 협의체 운영은 전문성과 합리성 에 기초한 협의, 소통, 신뢰구축을 가능하게 한다는 점에서 갈등을 완화하는 수단으로써 그 운영의 의의가 크다고 할 것이다. 이러한 협의기구의 구성·운영은 그 자체가 성공적 인 협력 사례는 아니지만 협력을 위한 의미 있는 첫 발걸음이 되는 것이다. 문제는 이 러한 협의체 운영이 명목적으로 이루어지지 않고 실질적 성과로 이어질 수 있도록 하는 일이다. 이러한 협의 기구의 주된 역할은 전체 로드맵 마련과 동시에 세부 추진을 위한 사업자간 역할과 공조방안 마련에 있는 바, 이러한 협의 기구가 운영과정에서 파행을 빚지 않고 실효성 있는 양 부처 간의 이해관계 조정 및 합의 당성에 기여하기 위해서는 이러한 협의기구의 구성 및 운영 방식 자체를 보다 정교하게 설계하고, 이를 통해 합의 된 사항에 대한 후속적인 제도화 프로세스(법, 시행령, 고시 등)를 정립하는 등 이러한 협의체의 위상, 운영의 효율성, 구속력 내지 권한 등 실효성을 다각적으로 강화하기 위 한 조치가 필요하다고 할 것이다.