정부와 연구관리 전문기관은 Top-down 방식으로 정부 R&D의 전략에 대한 방향성을 설정하고 설정된 전략에 따라 전문가 중심의 홀데인원칙을 구현할 필요성이 있다.
예를 들어, 국가 차원의 정부 R&D 전략을 구현함에 있어 정부와 연구관리 전문기관은 시장분석 기능 강화 기반의 Top-down 방식의 의사결정을 통해 시장과 괴리된 연구를 지양하기 위한 정부 R&D의 전략에 대한 방향성을 설정하고 연구기관(대학 및 기업을 포함한다, 이하 같다) 및 연구자는 설정된 전략에 따라 전문가 중심의 연구개발사업을 기획하는 체제로 재편함으로써 홀데인원칙을 구현할 필요성이 있다고 본다. 또한 국가과학기술정책 부분과 사업기획 관련 부문을 분화시킴으로써 국가 차원의 전략기능을 보강하고, 전문가 중심의 사업기획체제를 구축하여 시너지 효과를 담보할 수 있다고 본다.