붉은곰팡이병은 우리나라에 주로 분포하는 병원균 유전자형이 NIV형이기 때문에 피해가 더욱 우려되고 있고, 붉은 곰팡이병이 발생했을 때는 적절히 방제를 해 사료로 활용해야 하며, 지난해 병이 발생했던 토양에는 퇴비를 충분히 주어 미생물에 의한 병원균의 밀도를 낮출 수 있다.
2005년 익산 지역에서 채취한 병원균 108 균주를 대상으로 유전자형을 분석한 결과 NIV(니발레놀)형 병원균이 84개, DON(디옥시니발레놀)형 병원균이 5개로 나타났으며, 보리와 밀에서 분리한 병원균의 경우에는 총 347개의 균주 중에서 DON(디옥시니발레놀)균주가 없었다. 이와 같이 우리나라에 주로 분포하고 있는 병원균의 유전자형이 DON(디옥시니발레놀)형에 비해 독성이 강한 NIV(니발레놀)형이기 때문에 더욱 피해가 우려된다. 따라서 붉은 곰팡이병이 발생하였을 때는 적절히 방제를 하여 사료로 활용하여야 한다. 맥류 붉은 곰팡이병은 병에 걸린 식물체 찌꺼기나 토양에서 월동을 하므로 지난해에 병이 발생했던 토양에는 퇴비를 충분히 주면 미생물에 의해 병원균의 밀도를 낮출 수 있다. 그러나 일단 발병이 되었을 때는 방제를 해야 하는데 현재 보리 붉은 곰팡이병 방제약제로 등록이 되어 있는 캡탄, 디페노코나졸·프로피코나졸유제 외에도 플루디옥소닐 액상수화제와 메트코나졸 등을 처리하여 방제를 하면 효과를 볼 수 있다. 연구결과에 의하면 무처리구의 발병률이 익산과 김제에서 각각 33.7%와 45%일 때 약제처리구의 발병률이 0.3~2.2%로 시험에 사용한 약제 모두 95% 이상의 방제 효과를 나타냈다.