성과를 중심으로 평가하는 연구성과평가법은 '연구성과를 객관적으로 측정할 수 있는 지표의 존재 여부가 확실하지 않다'는 문제가 있다.
2005년 「국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률」(약칭: 연구성과평가법)이 제정되어 성과중심의 평가제도가 시작되었다(국가과학기술위원회, 2011:9). 연구성과평가법 제2조는 ‘연구성과’를 “연구개발을 통하여 창출되는 특허·논문 등 과학기술적 성과와 그 밖에 유·무형의 경제·사회·문화적 성과”라고 정의한다. 또한 ‘성과지표’는 “성과목표의 달성도를 객관적으로 측정할 수 있는 지표”, ‘성과평가’는 “성과목표의 달성도를 성과지표에 따라 평가하는 활동”으로 정의한다(국가법령정보센터). 그러나 현실 세계에서 연구성과를 객관적으로 측정할 수 있는 지표가 과연 존재하는가 여부로부터 평가 시스템 설계의 문제가 시작된다.