융합연구의 제한점을 변화의 삼각형을 통해 설명하면 융합된 연구의 패러다임으로 전환할 때 큰 이슈가 되는 부분은 구조적인 시행이 융합연구에 적합하지 않은 상태에서 이루어진다는 것이다. 과학자들 간의 적대감 등이 있다.
Rhoten, D(2004)는 융합연구의 한계점을 변화의 삼각형(Triangle of Change)을 적용하여 설명하였다. 이것은 R&D의 패러다임이 기존의 단일 학제를 중심으로 연구하는 것에서 융합적인 연구로 전환될 때, "변화의 삼각형"을 고려해야 한다는 것이다. 이 삼각의 변화는 외적인 변화, 내적인 동기부여, 그리고 그 사이에 위치한 구조적 실행으로 정리될 수 있다. 여기서 융합연구 패러다임으로 변할 때 가장 문제가 되는 점은 구조적인 실행이 융합연구에 부합하지 못한 상태에서 이루어지고 있다는 것이다. 구조적인 문제점으로는 융합연구를 수행하는데 필요한 예산 부족, 이미 전통적인 연구 영역에서 연구하고 있는 과학자들 간의 적대감 혹은 무관심, 융합 연구를 실행에 대한 합당한 보상 시스템 부재 등을 들어 설명하였다.