자유무역지역의 특징인 관세면제는 전 세계적으로 FTA와 같은 다양한 조약이 발효되고 타결되어 더이상 기업에게 혜택으로 다가오지 않는다. FTA가 발효된 경우 수입 후 재수출한다면 관세가 환급되기 때문이다. 
자유무역지역의 주요한 특징 중 하나인 관세면제는 전 세계적인 FTA 확산 및 기술발전 등으로 점차 혜택으로 다가오지 않는 것이 사실이다. TPP 및 RCEP 등이 발효되면, 우리나라의 주요교역국 내에서의 자유무역이 실현될 수 있으므로 자유무역지역의 관세면제는 더 이상 유효한 혜택이 아닐 가능성이 높다. 또한 우리나라는 미국, EU, 아세안 및 중국 등과의 FTA가 발효 또는 타결되어 있는 상황이다. 자유무역지역이 아닌 관세영역에서 수입이 되어 추후 재수출을 하는 경우에도 관세가 환급이 되므로, 사실상 국내소비가 아닌 재수출의 경우에 기업들이 부담하는 관세는 없는 것이나 다름없다. 다만, 서류 준비 비용 및 기업 현금흐름 등의 측면에서는 관세면제가 환급보다는 기업입장에서 선호된다.