정부 출연연구소는 우리 경제·산업의 빠른 성장에 필요한 산업기술의 수요를 채우는 데에 훌륭히 이바지해왔는데, 이공계 대학의 연구능력이 좋아지고 대기업 기업 연구소가 경쟁력을 가지면서 정부 출연연구소의 자리가 모호해졌다.
정부출연연구소는 우리 경제·산업의 급속한 발전에 필요한 산업기술의 수요를 충족하는데 훌륭히 기여해 왔다. 또한 연구기반이 없던 대학과 기업에 연구역량을 갖춘 우수한 인재를 공급하여 연구대학으로서의 면모를 갖출 수 있도록 도왔고 글로벌 경쟁력을 가진 기업으로 우뚝 설 수 있게 하였다. 물론 이는 출연연구소 뿐만 아니라 정부의 과학기술정책의 성공이라고 말할 수 있다. 하지만 이공계대학의 연구역량이 높아지고 대기업을 중심으로 한 기업연구소가 경쟁력을 갖추면서 정부출연연구소의 위치가 애매해지기 시작하였다. 이와 함께 기업이 못하는 첨단기술개발, 중소기업 지원, 대형시스템 및 공공섹터 연구라는 명분도 점점 힘을 잃기 시작했다. 이러한 문제를 해결하기 위해 출연연구소의 거버넌스도 여러 차례 바꾸어 보았지만 그 역할과 기능에 대한 논란은 끊이지 않고 있다.