자유무역지역제도는 특허보세구역보다는 더 포괄적이며 물류원활화에 방점을 둔 제도로 자유무역지역 활성화 노력을 한다면 두 제도를 통폐합하거나, 각각 지속적으로 발전할 수 있도록 제도를 보완하고 개선해 나가야 할 것이다. 
따라서 양 제도를 외견상의 형태가 유사하다는 점을 이유로 하여 서로 다른 제도를 같이 취급한다면 이는 결국 문제를 유발할 수 있을 것이다. 다시 말하면, 자유무역지역제도는 외국물품이 일정기간 장치하여 있다가 종국적으로 외국으로 다시 반출되든지, 국내로 반입되든지 하는 과정을 거쳐서 결국 국제물류의 원활화와 외국인투자 유치에 방점이 있는 제도이기 때문에 특허보세구역보다는 제도의 취지가 더 포괄적이며 물류원활화에 중심을 둔 제도이다. 따라서 향후 우리나라가 외국인투자를 더 유치하고, 국내로 회귀하는 기업에도 어느 정도의 인센티브를 부여하는 등 자유무역지역 제도를 활성화하고자 노력한다면 특허보세구역제도를 자유무역지역제도로 통폐합하거나, 두 제도가 가지는 취지의 차이점을 고려하여 각각 지속적으로 발전할 수 있도록 제도를 보완하고 개선해 나가야 할 것이다.