정부의 중장기 계획들은 미래부와 기획재정부가 매년 3월 이전에 결정한다. R&D 예산요구서는 분야별 전문위원회와 기획재정부의 심의 과정을 거친 후 최종 결정되는데 이때 차년도 투자방향설정과 세부사업 검토 후 사업을 배분하는 과정에 세부사업 검토에 치중해 있어 여러 절차면에서 중복되고 있다는 비판이 계속 제기되고 있다.
[그림 2-6]은 정부 R&D 재정의 조정 흐름을 나타낸 것인데, 크는 중기계획의 설정과 연도별 예산 배분 조정 과정으로 구성되어 있음을 알 수 있다. 우선 중기계획은 각 부처가 미래부의 중점 투자 방향에 맞추어 분야별 중장기 계획들을 토대로 준비한 중기사업계획서가 미래부와 기획재정부의 검토 및 심의 과정을 통해 매년 3월 이전에 결정된다. 이와 같이 결정된 중기계획에 따라 기획재정부는 차년도 R&D 재정에 대한 부처별 한도를 설정하여 통보하고 각 부처는 이를 고려하여 차년도 정부 R&D 예산요구서를 제출하게 된다. 제출된 부처별 R&D 예산요구서는 국가과학기술심의회(국과심) 분야별 전문위원회의 검토 및 배분·조정과 함께 기획재정부의 예산편성 심의 과정을 거친 후 국회의 심의 의결 과정을 통해 차년도 정부 R&D 예산이 최종적으로 결정된다. 이때 실질적으로 중요한 과정은 차년도 투자 방향 설정과 국과심 전문위원회의 세부사업 검토 및 배분·조정 그리고 기획재정부의 예산 편성 심의 과정이라고 볼 수 있다. 그러나 분야별 전문위원회에서 이루어지는 세부사업 수준의 검토 및 배분·조정 과정이 만연되어 있는 부처별 R&D사업 중복추진 문제를 해결할 수 있는 수단이 되지 못하고 있을 뿐만 아니라 기획재정부의 예산 편성 심의 과정과 기능적으로 중복되고 있다는 비판이 지속적으로 제기되고 있다.