과학기술정책연구원은 정부 연구개발재원의 배분 구조 개성방안의 분석을 수행했다. 아울러 R&D 예산시스템의 제고방안도 살펴보았다. 이러한 분석으로 인해 기술혁신 인프라 보강 등등을 주오 정책대안으로 제시했다.
과학기술정책연구원(2005)은 정부연구개발예산의 효율적 배분과 사용에 대한 요구 증대, 정부의 역할 변화와 연계한 연구개발 재원 배분의 우선순위 재정립 필요성 등이 부각되면서 정부 연구개발재원의 배분 구조 개선방안에 대한 분석을 수행하였다. 이때 분석의 초점은 기초원천지식 창출, 산업응용기술개발, 연구개발성과의 실용화, 삶의 질 향상, 그리고 차세대 성장동력의 육성을 위한 재원배분이 어떻게 추진되는 것이 바람직한가에 대해 맞추었다. 이와 아울러 R&D 예산시스템의 효율성 제고방안에 대해서도 살펴보았다. 이러한 분석을 통해 미래기술혁신의 기반인 원천지식 증진을 위한 기초연구와 핵심인력 양성에 대한 투자 증대, 미래성장동력 확충을 위한 연구개발에 있어서는 IT 분야에 대한 지나친 편중 지양, 산업기술개발을 위한 연구개발에서는 중소기업의 역할 보완, 민간의 중장기 기초기반기술 연구 지원, 기술혁신 인프라 보강 등을 주요 정책대안으로 제시하였다.