제2차 국가정신보건계획은 1차 계획시 추진되었던 기반 위에 정신보건증진과 사회적 시각개선에 초점을 두고 비정부기관과의 연계를 탐색하였으며 우울증과 같이 흔한 질병으로 계획을 확장하였다.
1998년에서 2003년 사이에 이루어진 제2차 국가정신보건계획은 기존에 진행되고 있던 정신보건서비스 개혁 활동을 그 안으로 통합하여 추가 영역으로 확장시켰다. 이는 제1차 계획의 기반 아래 활동 자금을 지원하는 주정부 및 지방정부와 함께 정신보건 증진과 정신질환에 대한 편협한 시각을 개선시키는 것에 초점을 맞추었다. 또한 치료 및 예방 활동의 효율성을 높이기 위해서 정부와 비정부기관(민간 정신의학 의사, 주치의, 일반 의료서비스, 지역사회 지원 서비스) 사이의 협력 방안도 모색했다. 제1차 계획은 국가가 관리에 대한 책임성이 낮으며 유병률 및 심각성이 낮은 질병에 초점을 맞추었지만 제2차 계획은 1차 의료에서 치료되는 우울증, 불안장애와 같은 더 흔한 질병에 초점을 맞추어 계획을 확장시켰다.