국가연구개발 과제평가관리 규정에 따르면 평가위원회에는 관련 기술 분야 전문가 외에 다양한 분야의 전문가가 함께 참여해야 하며  평가지표는 대상에 따라 적절하게 조정해 사용해야 한다.
국가연구개발 과제평가관리 표준지침에서는 평가위원회의 위원 구성 시 관련 기술 분야의 전문가 뿐 아니라 다양한 분야의 전문가를 활용할 것을 제시하고 있다. 특히 산업기술과제 등 사업화 중심 과제의 경우에는 산업계 위원 또는 사업화 전문가 참여를 원칙으로 하고15), 대형 연구과제 또는 국제 공동연구과제의 경우에는 국외 전문가 참여를 권고하고 있다. 일반적으로 연구과제를 평가함에 있어 연구 목표의 도전성과 같은 동일한 평가지표를 사용할 수는 있으나 서로 다른 평가대상에 대해 평가자들은 각 상황에 맞게 적합한 형태로 조정하여야 한다. 특히 정성적인 평가항목의 경우 이러한 주관성은 더욱 강하게 나타날 수밖에 없다.