2000년대부터 산업간 융합의 중요성이 부각되었다. 산업 자체가 융합에 의해 변화되어 제4차 계획은 기술개발 과제 자체가 융합적 성격을 보인다. 단 이미 발생한 융합의 결과를 받아들인 계획이라는 한계가 있다.
이처럼 2000년대 후반에 들어서며 산업 간 융합의 중요성이 강조되었으나 제4차 계획에서는 융합의 개념이 완전히 정책에 반영되지는 못했다. 제4차 계획에서 드러난 융합과 관련된 과제는 앞서 소개한 IT 분야 지원을 들 수 있으며, 개별 산업 수준에서 는 공동연구기반 구축을 융합을 반영한 정책에 포함시킬 수 있다. 또한 산업 자체가 융합에 의해 변화하면서 2000년대 초반까지의 기술개발 과제와는 달리 제4차 계획에 서는 기술개발 과제 자체가 융합적인 성격을 띠고 있다는 차이가 있었다. 그러나 이러 한 정책은 융합이 산업에 미치는 영향을 선제적으로 분석하여 융합의 특성을 반영한 계획이라기보다는 이미 개별 산업에서 일어난 융합의 결과를 사후적으로 받아들인 계획에 가깝다는 한계를 가지고 있었다.