수산종자 인증제도나 공급시스템이 없어 정부에서 개발한 전략적 개발품종 전체에 대한 불신을 야기했다. 체계적 유통관리 및 인증제, 홍보 등 대응이 부족한 원인이 작용했을 것이다. 
즉, 수산종자 관련 인증제도나 공급시스템이 구축되지 않은 채 전근대적 구조가 유지되고 있다. 대표적 사례로 민간업자에 의한 불량종묘가 정부에서 개발한 우량종묘로 둔갑하여 판매됨으로써 수산종자 전체에 대한 불신을 야기하는 등 국가의 전략적 개발품종 전체에 대한 불신을 야기하고 있다. 실제 우리나라에서 이용되는 수산종자의 원산지별 기관별 품질 수준에 대한 조사 결과 민간업체에서 생산된 종자와 양식업체가 자체적으로 생산한 수산종자의 품질 신뢰도가 국립종자연구센터 등 공공기관에서 생산된 종자에 비해 높은 것으로 평가되었다(부록 참조). 이는 공공부문이 생산한 수산종자의 체계적 유통관리 및 인증제, 홍보 등에 대한 대응 부족이 주요 요인으로 작용했을 것으로 풀이된다.