국가가 정책 결정을 위하여 연구에 투자한 것은 최근으로 의료 현장에 있어서 근거와 효과가 불확실함에도 의료기술은 확산되고 있다. 한국은 보건의료시스템의 효율성에 관련된 연구가 부족하며 투자가 거의 없다. 
비교효과연구의 개념은 새로운 것이 아니지만 본격적으로 국가가 정책 결정을 위해 목적을 분명히 하고 연구에 투자한 것은 최근의 일이다. 실제 의료 현장에서는 근거나 효과가 불확실한 상태로 의료기술이 확산되고 있지만 이러한 의료기술을 표준화하는데 있어 알려진 것이 부족하여 합의점을 찾기 힘들고 결국 의료기술 사용의 변이(variation)를 초래하여의료의 질이 저하되고 의료자원이 소모될 수 있다. 이에 건강보장체계 내에서 의료의 질과의료자원의 합리적 사용을 위해 비교효과연구에 대한 투자의 필요성이 대두되고 있다. 하지만 우리나라는 현재까지 보건의료시스템의 효율성 증진을 위한 정책적 판단 근거로써 비교효과연구가 부족하고 이에 대한 국가 차원의 인프라 구축과 재원 투자가 거의 없는 실정이다.