잔류동물용의약품 분석은 기본적으로 높은 감도의 분석 방법만이 적용될 수 있고 시료 상태에 따라 여러 선택성 있는 방법으로 선택된다. 특히 최고의 분석 방법으로 인정받은 GC와 HPLC가 주로 사용되었지만 신뢰도의 문제로 인하여 GC-MS,LC-MS의 사용이 증진되었다.
식품 중 잔류동물용의약품 분석은 미량 분석에 해당 되므로, 기본적으로 높은 감도의 분석 방법만이 적용될 수 있다. 이 외에도 복잡한 시료 상태를 고려하여 선택성이 있는 방법이 선호 되고, 법적, 행정적 이용과 관련되어 재현성 및 실용성 (유지관리) 이 해당 방법에 요구된다. 따라서, 이상의 특성을 종합해 봤을 때, 시료 분리능력이 우수하고, 다양한 고감도의 선택적 검출기의 적용이 가능한 GC와 HPLC가 식품 중 잔류동물용의약품 분석을 위한 최적의 기기 분석 방법으로 인정 받고 있다. 그러나, 머무름 시간에 기반한 정성 분석의 신뢰도에 의문이 제기됨에 따라, 최근에 와서는 GC와 HPLC의 검출기로 분자량 및 화학 구조에 관한 정보도 획득이 가능한 질량 분석기를 적용시키는 GC-MS(/MS), LC-MS(/MS)의 사용도 확대 되고 있다. GC-MS(/MS) 또는 LC-MS(/MS)에 기반한 방법은 신뢰도 높은 정성 분석 능력으로 인해, 검체 중 검출된 성분의 재확인법으로 널리 이용되고 있는 관계로, 이들에 기반한 분석 방법의 경우, 추가적인 재확인 과정이 필요 없다는 장점도 가지고 있다.