새만금 외해역의 수질은 2004년부터 2011년까지 매년 해역수질평가지수 2등급 이내의 양호한 상태를 유지하고 있다. 
새만금 외해역의 수질은 환경정책기본법 시행령 개정으로 시행하고 있는 해역수질평가지수(WQI: Water Quality Index)를 적용하더라도 II등급 이내 의 양호한 상태를 유지하고 있다. 해역수질평가지수는 저층 용존산소(DO), 투명도, 식물플랑크톤 농도, 용존무기질소 농도, 용존무기인 농도를 종합평가하는 틀로서 생태계 기반 해양환경관리 실현을 목적으로 한다. <그림 2-8>을 보면, 새만금 외해역인 전주포 연안의 수질평가지수는 2004년부터 2011년까지 매년 I등급(매우 좋음) 또는 II등급(좋음) 수준을 유지하고 있다. 이는 금강하구보다 양호하며, 외부압력이 작은 고창연안과 비슷한 수준이다.