제5차 시화호 실무협의회에서 중간 성과가 양호한 시화 4간선수로 수질개선 사업이 성과평가대상사업으로 결정되었다. 사업 수행기관이 가지고 있는 자료 분석, 관련자 면담 등을 통해 다양한 평가 요소를 감안하여 개괄적인 성과를 평가하였으나 광범위한 자료에 대한 검토 시간, 전문성 부족 등으로 전체 세부사업 항목 평가를 수행하지 못했다. 
이와 같은 절차를 통해, 안산·시화 하수처리장 운영, 인공습지 조성 및 운영·관리, 시화 4간선수로 수질개선 사업을 성과평가대상사업으로 선정했다. 이후 제5차 시화호 실무협의회(2009.4.15)를 통해 최종 확정했다. 산단 내 간선수로 수질개선사업은 여전히 진행 중인 사업이었지만, 4간선수로에 대한 집중관리로 수질이 대폭 개선(2003년 COD(화학적 산소요구량) 104.1mg/L → 2005년 8월 COD 12mg/L)되었기 때문에 시화 4 간선수로 수질개선 사업을 성과평가 대상사업으로 선정했다. 사업평가를 위해 사업추진 과정에서 행해진 다양한 활동이나 특별한 사건을 고려하여, 가능한 수준에서 활동과 성과 사이의 인과관계를 분석했다. 시범적용 대상 사업의 수행기관이 보유하고 있는 성과 평가에 필요한 자료(모니터링 자료, 대상 사업 관련 보고서 및 행정기록 등)를 바탕으로 관련 자료들의 내용분석 및 사업 참여자들에 대한 면담, 모니터링 자료 분석을 통해 성과 평가가 실시되었다. 이러한 사업평가 방식은 방대한 자료수집과 분석 때문에 전체 세부시행사업에 대한 평가를 실시하기에는 비효율적이었다. 사업평가에 필요한 모니터링 자료가 충분치 못할 경우 분석이 어렵고, 전문가가 직접 심층적인 평가를 실시해야 했기 때문이었다.