공적의료보장체계에서 의사결정은 의료급여에 대한 부분으로 국가에서 영향을 주는 절차를 생각할 수 있으며 신약개발과 관련하여는 반드시 비교효과임상연구를 진행할 필요가 있다. 
먼저 공적의료보장체계에서의 의사결정에는 국민건강보험과 의료급여에 대한 급여여부에 대한 의사결정, 급여기준 마련, 기존 급여항목에 대한 재평가 및 보장성 강화의 우선순위 결정과 같은 국가적인 차원에서 영향을 주는 과정을 고려해 볼 수 있다. 신약 개발과 관련 하여서는 신약과 기존의 대체 가능한 약과의 직접 비교임상연구가 부족하므로 최근에는 간접비교연구를 통한 자료를 갖고 비교효과를 가늠하려하고 있는데 국가적 부담이 큰 경우 일정 기간 급여를 인정하면서 비교효과임상연구를 진행할 필요가 있다. 위험분담제도(risk sharing scheme)하에 조건부급여를 인정하는 것도 정부가 적극적으로 고려할 수 있고 조건이 된다면 이러한 임상연구는 반드시 비교효과연구로 진행하는 것이 그 취지에 있어서 맞다.