정부 산하의 독립행정법인들은 2003년부터 대학 교수중심의 계약직 형태로 PO 제도를 운영하였으나, 내부직원의 능력 함양을 통해 대학교수와 내부직원 두 그룹의 PO체계를 갖추었다. 
정부 방침에 따라 문무과학성 산하의 독립행정법인인 JST와 JSPS는 2003년도에 PO 제도를 도입·시행하였다. 2003년 JST에 PO제도가 도입될 당시에는 PO는 대학 교수 위주의 비상근 시스템으로 운영되었다. 이후 2006년부터 PO양성 프로그램(JST-Program Officer Fostering Program)을 통해서 부처 내부의 직원의 역량 향상을 통해 PO로 성장시키기 위한 노력을 시작하였다. 이때 JST는 2가지 형태의 PO제도 운영하였으며 각각은 Academia-PO(대학교수)와 JST-PO(내부직원)로 구분될 수 있다(최연수, 2014. 이태근 외, 2014 p.152에서 재인용).