단백질 섭취기준으로 6개월 이상은 평균필요량과 권장섭취량을 설정했다. 성인은 질소균형 실험 결과에 단백질 소화율을 보정하여 체중당 일일필요량을 정하고 성별과 연령구간별 평균체중을 곱했다. 임산부는 모체와 태아에 필요한 체단백질 축적을, 수유부와 5개월 이하 영아는 모유량 등을 고려해 산정했다. 2010년보다 단백질 필요량 기준이 상향되어 대부분 연령에서 섭취기준이 상향 조정했으며, 단백질 에너지 섭취비율은 상향조정에 대한 근거가 부족하여 기존대로 유지하였다.
단백질의 섭취기준으로 6개월 이상 연령층에서는 평균필요량과 권장섭취량을 설정하였고 영아 전반기에는 충분섭취량을 설정하였다. 단백질의 평균필요량은 국제적으로 통용되는 질소균형 실험 결과를 근거로하되 소화율을 반영하여 추정하였다. 성인의 경우, 성별에 상관없이 질소균형 실험 결과 로부터 얻은 0.66 g/kg/일(Rand 등, 2003)에 단백질의 소화율을 보정한 0.73 g/kg/일을 질소평형 유지를 위한 체중 당 일일 필요량으로 정하고, 성별 및 연령구간별 평균체중을 곱하여 산출하였다. 권장섭취량은 인구의 97-98%에 해당하는 사람들의 필요량을 충족시킬 수 있도록 평균필요량에 변이계수(12.5%)를 적용하여 산출하였다. 임신부의 단백질 부가량은 모체의 체중 증가와 태아와 모체의 체단백질 축적을 위해 필요한 양으로 산정하였고, 추가량이 요구되지 않는 초기를 제외하고 임신 중기와 후기로 나누어 제시하였다. 수유부의 단백질 부가량은 모유 분비량과 모유 내 단백질 함량을 이용하여 산정하였다. 0-5개월 영아의 단백질 섭취기준은 평균 모유섭취량과 모유 내 평균 단백질 함량을 바탕으로 충분섭취량으로 제시하였다. 영아 후기부터 18세까지의 평균필요량은 질소평형 유지뿐 아니라, 성장에 필요한 단백질량을 고려하여 산정하였다. 2010년에 비해 질소평형 유지를 위한 단백질 필요량 기준이 상향되고 체위 기준인 평균 체중이 증가하면서 유아와 임신 및 수유기를 제외한 거의 모든 연령에서 단백질 섭취기준이 상향 조정되었다. 단백질 에너지 섭취비율의 경우, 현재 단백질 섭취 실태를 고려할 때 상향조정이 필요할 수 있으나, 이를 뒷받침할만한 과학적 근거가 부족하여 기존의 7-20%를 유지하였다. 단백질의 상한섭취량은 설정에 필요한 과학적 근거가 부족하여 제시하지 않았다.