R&D 사업 기획은 '혁신의 장'을 설계하는 것으로 이를 'R&D 아키텍처'로 정의한다. 아키텍처의 1차적 목표는 '혁신의 장'을 올바르게 정의함으로써 생산성의 차이를 가져오는 것이다. 이것이 잘못 이루어지면 여러가지 부작용을 가져올 수 있다.
R&D 사업 기획의 가장 중요한 목표는 국가 주요 경제사회 문제 해결을 위한 지식창출 및 확산의 장 즉, ‘혁신의 장(場)’을 설계하는 것에 있다고 할 수 있으며 여기에서는 이를 ‘R&D 아키텍처’로 정의한 바 있다. [그림 6]에서 나타나는 바와 같이 바람직한 ‘혁신의 장’ 모습은 기초-응용-개발 연구 그리고 지식의 창출과 확산이 공유된 맥락 속에서 선순환되는 구조를 갖는다. 따라서 R&D 아키텍처의 1차적 목표는 이러한 ‘혁신의 장’을 올바르게 정의하는 것에 있다고 할 수 있으며, 이러한 정의를 어떻게 하는가에 따라 가장 결정적인 R&D 생산성의 차이를 가져올 수 있다. ‘혁신의 장’에 대한 정의가 잘못 이루어질 경우 즉, 혼란스러운 R&D 사업 구조를 갖게 되는 경우 앞에서 살펴본 바와 같이 불필요한 조정 비용의 발생, 非맥락적 R&D에 의한 지식 창출과 활용의 선순환 구축에 한계, 연구주체들간 역할 정립의 혼선 등의 부작용을 가져올 수 있다.