환경마크제도는 환경부의 총괄하에 KEITI와 업무를 분담하여 운영된다. 환경부는 제도를 법적, 기술적, 행정적으로 지원하며, KEITI는 사후관리를 담당한다. 
환경마크제도의 운영체계를 살펴보면 총괄기관인 환경부와 환경부가 법률에 따라 지정․인정한 시험검사기관으로 실질적으로 제도를 운영하는 기관인 한국환경산업기술원(KEITI)이 업무를 분담해서 운영하고 있다. 구체적으로 업무 분장을 살펴보면, 환경부는 관련 법규의 제․개정 업무 및 환경마크제도를 총괄 관리하며, 환경표지 대상제품 및 인증기준을 고시하고 기타 환경마크 제도와 관련한 기술적․행정적 지원을 제공한다.119) KEITI는 환경마크 대상제품 선정 및 대상제품의 인증기준의 제․개정 업무, 환경마크 인증업무 및 인증 제품에 대한 사후관리 업무 등을 담당하고 있다.