여전히 평가전문기관에서는 질적 활용도를 제고하기 위한 노력이 부족하므로 정부가 과제를 평가할 때 정성평가 강화, 평가방식 다양화 등 질적 지표를 활용할 것을 추진하고 있다. 
현장의 의견 수렴결과 기존 전체사업 중 50% 미만만이 질적 지표를 사용하고 있고 아직도 평가 시 평가전문기관에서는 공정성 위주의 평가위원을 선호하는 등 질적 활용도 제고를 위한 노력이 부족한 것이 현실이기에 정부에서는 과제평가 시 질적 지표 활용도 제고를 위한 개선방안을 추진 중에 있다, 즉 질적 지표 중심의 정성평가 강화, 평가방식의 다양화, 상피제 폐지 및 개방형 평가 확대를 통한 평가 전문성 제고, 연차평가 폐지를 통한 평가자 부담 완화, 성실수행 인정대상 사업 확대, 경쟁형 R&D 활성화, 연구역량, 리더십 등 연구자 개인에 대한 질적 평가 확대 등 을 추진 중 에 있다.