동료평가의 한계는 사람의 판단에 의존하여 본질적으로 인간의 심리에 의해 좌우될 가능성이 있는 것이다. 특히 해당 분야의 범주가 작을 경우 이익충돌의 문제를 마주할 수 있다. 하지만 이는 다른 보완적 평가방법들의 통합 적용으로 극복가능한 한계이다.
그러나 동료평가의 가장 큰 한계는 사람에 의한 판단에 의존하기 때문에 본질적으로 인간의 이기심(self-interests), 동정주의(favorism of friendship), 적대감에 의한 편견(prejudice of antagonism) 등에 크게 좌우될 가능성이 있다(김종운, 2013). 특히 해당 분야의 전문가 풀(pool)이 작을 경우 이익충돌(conflict of interests)의 문제를 회피하기 어렵다(이재승, 2007). 그러나 다른 보완적 평가방법들을 통합적으로 적용함으로써 어느 정도 이러한 동료평가의 한계를 극복할 수 있다(이재승, 2007). 예컨대 도입 초기단계에서는 정성적 평가항목에서 다수의 연구자들의 집단적 의사나 다양한 의견 등을 수렴하는 채널로 활용하는 등, 평가대상이나 평가영역 및 평가항목을 사전에 정하여 제한적으로 운영하는 방안을 검토할 필요가 있다(김종운 외, 2013).