전략환경평가와 환경영향평가와 검토·협의 체계가 통합된 것이 거부요인으로 꼽힌다. 그러나 관련부처가 양보해 평가 틀을 전략환경평가, 전략환경영향평가, 환경영향평가로 분리해야 한다. 또한 지표를 새로 선정해 계획의 친환경성을 평가해야 한다.
전략환경평가의 실효성 제고를 위해 다음의 방안을 제시하였다. 전략환경평가의 가장 큰 문제점은 검토 및 협의 체계가 환경영향평가와 동일하게 유지되고 있다는 점이다. 이는 계획 수립권자가 타 부처의 검토 과정을 통해 계획 내용이 사후에 조정된다는 것에 대한 큰 거부감이 있기 때문이다. 따라서 관련 부처는 각각의 입장에서 현재의 틀을 깨고 양보하는 자세가 필요하다. 즉 기존의 전략환경영향평가와 환경영향평가로 이루어진 협의의 틀을 전략환경평가, 전략환경영향평가, 환경영향평가 3개의 틀로 전환하는 것이 필요하다. 또한, 전략환경평가의 효과적인 운용을 위해서는 평가대상 정책계획에 따라 경제적, 환경적인 변화를 균일한 기준에 의한 평가가 가능하도록 하는 통합적 방법론이 요구되는데 우선 환경적 영향을 잘 해석해줄 수 있는 지표를 선정하여 지표의 현재 수준을 평가하고 계획의 친환경성을 평가하도록 한다.