국내에서는 축산분야 항생제 내성 모니터링 사업으로 농림축산식품부에서 "축산 항생제 내성균 감시체계 구축" 사업을 추진하고 있다. 이 사업의 목적은 항생제 판매량 조사와 항생제 내성 현황 파악에 있다. 
국내 축산분야 항생제 내성 모니터링은 농림축산검역본부(구 국립 수의과학 검역원)에서 2003년부터“축산용 항생제 관리 시스템 구축”사업으로 추진하였으며 전국으로 확대하기 위해 2008년부터는 농림축산식품부가 주관하는“축산 항생제 내성균 감시체계 구축”사업으로 추진하게 되었다. 농식품부 사업에서는 농림축산검역본부뿐만 아니라 16개 시·도 동물위생시험소가 참여하고 있다. 본 사업 목적은 1) 축산 및 수산용 항생제 판매량을 조사하고, 2) 가축 및 축산물에서 분리한 세균에 대해 항생제 내성 현황을 파악하는 것이다. 이러한 항생제 사용 및 내성 모니터링 결과는 가축에서 사용하는 항생제가 공중보건에 미치는 영향을 평가하고, 축산 항생제 관리 정책 결정, 항생제 내성 연구 방향 설정 등의 기초자료로 활용될 수 있다.