경성의학전문학교 부속병원은 우리나라 모더니즘 건물의 초기모습을 보여주고 모더니즘의 특성을 간직한 근대미술품이라는 가치가 있다. 허나 창호의 변경, 입면 변화로 인해 보존만으로는 초기 모더니즘의 가치를 보여주기 어렵다. 이에 드라이비트를 벗기고 창호를 원래 상태로 복원하는 등의 작업이 요구되고 공간과 볼륨이 중요한 모더니즘의 특성을 살리는 방향의 복원작업이 필요하다. 이에 건물의 초기 모더니즘건축 특성과 미술관의 기능을 살려내는 건축가의 창조적 상상력이 요구된다.
구 국군기무사령부 즉 경성의학전문학교 부속병원은 우리나라 모더니즘 건물의 초기모습을 그대로 보여주고 있다. 건축적, 역사적으로도 모더니즘의 특징을 잘 간직한 근대미술품으로서의 가치도 지니고 있다. 이와 함께 보안사령부 국군기무사령부 등 한국현대사와도 밀접한 관련을 지니고 있다. 현관 홀 디자인, 원형 계단실, 병원 설비 시스템, 커튼월 초기 모습의 창호 디자인, 전체적인 매스의 3차원적인 조화, 벽돌 재료에 입각하여 통합적으로 정리된 디자인 원칙 등은 기무사 건물이 지니고 있는 중요 요소이다. 그러나 이미 창호가 변경되었고 벽돌에 드라이비트를 입혀서 입면이 변화하였고 굴뚝 또한 절단이 되었다. 따라서 이 건물이 지니고 있던 우리나라 초기 모더니즘적 가치를 보여주기 위해서는 단순히 보존으로서는 한계를 지니고 있다. 도면이 그대로 남아 있다는 점을 생각하면 드라이비트를 벗겨내고, 창호를 원래 상태로 회복하는 등의 작업이 필요하다. 또 보존의 방법에 있어서도 장식적 요소 중심의 고전 양식적 건물과는 달리 공간과 볼륨이 중요한 모더니즘의 특성을 살려내는 것이 필요하다. 등록문화재 제 375호인 구 기무사령부 본관이 미술관으로 잘 활용하기 위해서는 복원작업이 필요하여 신고를 거쳐야 하기 때문에 미술관의 보존과 활용의 전체적인 관점에서 접근할 필요가 있다. 다음과 같은 3개의 대안은 실제 설계에서는 보다 구체적인 각 주요요소에 대한 해석이 필요하다. 따라서 반드시 보존에 필요한 중요 요소를 근간으로 하여 이 건물이 지니고 있는 초기 모더니즘건축의 특성을 잘 살리면서도 미술관의 기능을 잘 살려낼 수 있는 건축가의 창조적 상상력이 필요하다. 물론 각 중요요소에 대한 평가도 각 요소들간의 관계에 따라, 건축가들의 해석에 따라 달라진다고 하겠다.