의료기술평가의 도입과 수행이 각 나라별로 차이가 있지만 제도적 특성에 대한 요구는 커지고 있다. 이 특성은 사업구도와 평가방법, 평가과정의 특성을 포함한다. 또 의사결정에 적용되는 것이 시의적절해야하고 연계과정도 투명해야한다.
의료기술평가라는 용어나 적용 방법이 동일하다고 하더라도 의료기술의 도입 및 확산은 각 나라의 사회․경제 수준, 의료체계 및 지불보상제도 등과 경험의 차이로 인해 역할과 전문성 등에 차이가 있다. 의료기술평가 수행 또한 각 나라의 의료보장제도 및 보건의료 자원과 재정 관련 정책에 따라 차이가 있을 수 있다. 그럼에도 불구하고 의료기술평가에 대한 각국의 관심이 커지고 의료기술평가가 제도로서 확산됨에 따라 제도적 특성에 대한 요구 또한 함께 커지고 있다. Drummond(2008)에 따르면 제도로서 의료기술평가가 가져야 하는 특성은 사업의 구체성과 비편향․투명성을 견지, 연관된 기술에 대한포괄성을 고려함과 동시에 평가의 우선순위 체계를 갖추어야 하는 등 사업구조에 관한 특성과, 타당성과 근거 및 성과의 포괄성, 사회적 관점 견지, 불확실성 명시와 더불어 일반화나 적용성을 고려하여야 하는 평가방법의 특성, 관련 이해당사자 참여와 가능한 모든 자료 검토 그리고 결과 모니터링 등 평가 과정의 특성을 포함한다. 아울러 의료기술평가가 의사결정에 적용되는 것은 시의적절해야 하고 정책적 용어로 소통이 가능해야 하며 제도로서 영향력을 가지는 만큼 의사결정 연계과정이 투명해야 하는 등의 특성이 필요하다.