기존의 결정구조는 사용한 기금을 대외비로 처리해서 견제와 감시기능이 무시되었다. 기금화할때 이런 관행들을 개선하기위한 장치가 예산집행하는 과정속에 있어야 하며 이것은 적극적으로 검토되어야 한다.
건보재정 전반의 정보공개 강화와 정부의 질 개선 이외에도 건강보험 재정이 재정통제 범위에 포함될 경우 기대되는 두 번째 효과는 재정에 영향을 미치는 주요 결정들(보험료율, 수가, 보장성 등)과 자금운용의 책무성 구조와 근거기반성 개선이다. 최상위 수준에서 건강보험 재정이 재정통제 영역에 편입되는 것은 재정과 관련 결정들의 근거와 책임주체를 선명히 할 것을 요구하는 시스템이 마련된다는 것을 의미한다. 기존의 건정심이나 각종 전문위원회의 회의자료들이 대부분 대외비로 처리되고, 주요 결정들의 근거나 기반을 밝히지 않을 수 있는 의사결정구조는 사실상 건강보험 운영주체로서는 사회로부터의 견제와 감시 기능을 거의 의식하지 않아도 됐던 구조라 할 수 있다. 기금화에 관해서는 이러한 관행들을 개선할 수 있는 제도적 장치를 예산과정 속에 내장하는 대안으로서의 순기능이 적극적으로 검토될 필요가 있다.