연구개발 재원 확보 여건 악화에도 불구하고, 우선순위 설정으로 예산배분의 효율과 가시성을 높이고 민간 투자를 촉진하는 지렛대로 정책수단을 활용하는 등 연구개발 재원의 효율적 운영이 더욱 절실해진 상황이다.
연구개발 재원 확보를 위한 재정 여건이 어려워지는 가운데, OECD(2012a)는 정부가 활용하는 R&D 지원수단 사이의 균형, 연구개발에 대한 관리체계의 변화, 사전적 및 사후적 평가의 강화를 통해 연구개발 예산이 과거보다 더욱 효율적으로 운영되어야 함을 강조한다. 이영석(2012) 역시 재정긴축 상황에 대한 미국의 대응 사례에 대한 분석을 통해 연구개발 재정의 운영전략이 변화되고 있음을 확인하였다. 핵심 임무 달성과 관련성이 높은 프로그램의 지원 등 우선순위에 기반을 둔 예산배분이 강화되고 있는 가운데, 민간 부문의 혁신투자 촉진을 위해 지렛대(leverage)효과가 큰 정책수단의 활용 확대, 예산운용 준칙을 통한 연구개발 재원 배분의 예측가능성 제고 등이 도모되고 있는 것이다.