국가배상법  제2조 국가의 손해배상 책임에서 소멸시효 문제가 발생할 수 있다. 이에 대해 사법부는 ‘문경학살 사건’에서는 소멸시효가 완성되었다고 판결한 반면,  ‘울산 보도연맹 사건'에서는 국가의 소멸시효 항변을 배척하였다.
국가배상법 규정에 의하여 공무원의 직무행위가 위법하고, 타인에게 손해를 발생시킨 경우 국가는 손해배상 책임을 진다. (국가배상법 제2조) 그런데 과거청산과 관련한 진실화해위원회의 진실규명 결정, 군 의문사 위원회의 진실규명 결정 등에 근거하여 유가족 등이 국가를 상대로 손해 배상 청구 소송을 제기 하는 경우 1차적으로 부딪히는 법률적 문제가 소멸시효 문제라 할 수 있다. 최근의 잇따른 두 개의 판결은 사법부가 이 문제에 대하여 어떠한 견해를 갖고 있는지를 적나라하게 보여준 대칭적 사례라고 할 수 있다. 즉 속칭 ‘문경학살 사건’(서울중앙지방법원 2008가합66691)에서는 소멸시효가 완성되었다고 판결한 반면에, 속칭 ‘울산 보도연맹 사건’(서울중앙지방법원 2008가합57659)에서는 국가의 소멸시효 항변을 배척하고 일부 승소 판결을 하였다.