의문사 사건에 대해 법원이 국가 배상책임을 인정한 사례가 있다. 향후 유사한 판결이 날 가능성이 높아졌고 앞으로 더 많은 사건들이 사법부에 의해서 심판을 받게 될 것으로 예상된다.
이른바 수지킴 사건이나 최종길 교수 의문사사건에서 법원은 이미 이런 논리로써 국가 배상책임을 인정하였다. 나아가 인혁당재건위 사건처럼 판결이 있었던 경우에는 의문사위 결정이 있었어도 재심이 확정되었을 때에야 소멸시효가 진행한다는 판시까지 있었다. 이들은 모두 하급심에서 확정된 것이긴 하지만, 진실화해위원회에서 결정된 사건들에 대해서도 유사한 판결이 날 가능성이 높아졌다. 현재 많은 유족회에서 소송을 준비하고 있다고 하며, 최근에는 울산 보도연맹 사건과 문경 양민학살 사건에 관해서는 판결이 내려졌다. 이제까지 규명된 것 만으로도 4,000건에 이르는 사건들이 배상을 위해 사법부로 밀려들게 된 상황이다.