2009다103950 판결이 실질적으로 의미를 갖는 부분은 변론종결 전 받은 형사보상금을 어떻게 공제할 것인가에 있으며, 이를 원본에서 공제할 것인지, 변제충당에 의해 공제할 것인지의 문제에 있어 대법원은  2011다38325 판결에 비추어 볼 때, 변제충당설을 채택한 것으로 보인다. 이에 따라 기산일을 사실심 변론종결일로 본다면 지연손해금 자체가 존재하지 않으므로 위자료 원본에서 형사보상금을 공제하면 되고 아무런 문제가 없다.
위 2009다103950 판결이 실질적으로 의미를 가지는 부분은 위자료 원본의 산정이나 지연손해금의 기산일 자체가 아니다. 바로 변론종결 전 받은 형사보상금을 어떻게 공제할 것인가의 문제에 있다. 형사보상금에는 일반 손해배상에서의 적극적, 소극적 손해는 물론 위자료까지 포함되어 있어 위자료만 청구한 위 판결의 사안에서 원고가 받은 형사보상금 중 위자료에 해당하는 부분을 가려낼 수 있느냐가 첫 번째 문제이다. 불가능할 것이다. 그렇다고 해도 일실수입 등의 손해가 미미하다고 볼 수 있으므로, 형사보상금 전액을 위자료에서 공제하더라도 대세에 지장은 없어 수긍할 수 있다. 그 다음에는 형사보상금을 원본에서 공제할 것인지, 변제충당에 의해 공제할 것인지의 문제가 남게 된다. 이론상 변제충당에 의해 공제함이 옳을 것이다(일본의 경우 원본공제설도 주장되고 있다고 하나, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다38325 판결에 비추어 볼 때 대법원은 변제충당설을 채택한 것으로 보인다). 그렇게 하면 불법행위일로부터 지연손해금을 붙인 환송 전 항소심의 경우, 원고1이 받은 형사보상금 4억 7,360만 원은 전부 지연손해금의 일부에 충당되어 실제로 원고1이 받게 될 위자료와 그에 대한 지연손해금은 엄청난 차이를 보이게 된다. 2010. 3. 22. 기준으로 계산하면 그 차이가 아래에서 보듯이 893,343,817원에 이른다. 지연손해금의 기산일을 사실심 변론종결일로 본다면 형사보상금으로 충당할 위자료에 대한 지연손해금 자체가 존재하지 않으므로 위자료 원본에서 형사보상금을 공제하면 되고 아무런 문제가 없다(위자료 청구 외 일실수입 등의 청구가 있더라도 그 청구금액이 미미할 것이므로, 통상의 변제충당방법에 의해 형사보상금을 일실수입 등에서 공제하더라도 큰 문제가 없다. 이 점에 관해서는 앞서 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다38325 판결을 든 바 있다).