각 재판부의 권한은 다음과 같다. 첫째, 단독판사제도는 심리부적격에 대한 결정을 신속하게 내리기 위해 탄생했다. 단독판사는 사건을 심리·각하하거나 제소가 심리적격이 없다고 선언하거나 사건목록에서 삭제할 수 있다. 둘째, 각 소재판부는 위원회를 설치하는데, 이들은 심리적격이 없다고 선언하거나 사건목록에서 삭제하거나 본안에 관한 최종적 판결을 내릴 수 있다. 셋째, 소재판부에는 사건 당사국 출신 판사나 그와 동등한 자격을 가진 자가 재판에 참여한다.
단독판사, 소재판부, 대재판부 및 전원재판부로 조직된 각 재판부의 권한에 대해 분설하면 다음과 같다. 첫째, 단독판사제도는 제14의정서에 의해 신설된 것으로, 이 제도를 둔 취지는 심리부적격에 대한 결정을 신속하게 내리기 위한 것이다. 단독판사는 서기국의 법률전문가(보고관)의 보조를 받아 제기된 사건에 대해 심리하고, 만일 그 신청을 수리할 수 없는 경우, 각하할 수 있다. 제 14의정서 제7조(유럽인권협약 제27조)는 단독판사의 권한에 대해 보다 상세한 규정을 두고 있다. 즉, 단독판사는 제소가 심리적격이 없다고 선언하거나 사건목록에서 삭제할 수 있다. 만일 단독판사에 의해 그러한 결정이 내려진 사건은 더 이상 심리되지 않는다. 둘째, 각 소재판부는 지정된 임기의 위원회를 설치한다. 위원회는 유럽인권협약 제34조에 의해 제출된 개인신청에 관하여 전원일치로 다음 두 가지 사항에 대해 결정할 권한을 가진다. 즉, 위원회는, 더 이상의 심사 없이 결정이 내려질 경우, 심리적격이 없다고 선언하거나 사건목록에서 삭제할 수 있고, 또한 만약 협약 또는 의정서의 해석 또는 적용에 관한 사건의 기초적 문제가 이미 확립한 재판소의 판례법의 주제인 경우, 그것을 심리적격하다고 선언하는 동시에 본안에 관한 판결을 내린다. 위원회가 내린 결정 및 판결은 최종적이다. 셋째, 소재판부에는 사건 당사국 출신 판사가 당연직으로 참여하며, 만약 해당 판사가 없거나 참여가 불가능하면 사건 당사국이 선택하는 자가 판사로 참여한다. 유럽인권협약 제26조 4항 전단. 하지만 만약 이와 같은 판사가 없거나 혹은 당해 판사가 재판을 할 수 없는 경우, 당해 당사국이 제출한 명부에서 재판소장이 선택한 자가 판사의 자격으로 재판에 참여한다.