국토안보부는 방대한 규모와 주관 업무와 관련해 많은 재량권이 주어지며, 이러한 점 때문에 의회를 비롯한 일각에서는 미국 정치 체제 운영의 기본을 이루어 온 정부 부서간의 견제와 균형이 손상될 수 있다는 우려가 제기되고 있다.
국토안보부는 그 방대한 규모와 함께 업무의 성격상 주관 업무와 관련하여서 많은 재량권이 주어지게 된다. 이러한 점 때문에 의회를 비롯한 일각에서는 미국 정치체제 운영의 기본을 이루어 온 정부 부서간의 견제와 균형이 손상될 수 있다는 우려가 제기되어지고 있다. 부시행정부의 국토안보부 설립안에 따르면 행정부는 국토안보부가 주요 인선 및 재산 처분과 관련하여서 독자권을 행사할 수 있게 되기를 바라고 있다. 한편 국토안보부의 설립과정에서 국토안보부가 국토안보부로 통합되는 부서를 거느리고 있던 정부 기구의 예산 중 5%를 취할 수 있도록 하고, 국토안보부 장관이 부서내의 예산을 전용할 때에는 의회의 승인을 받을 필요가 없도록 하는 내용도 설립안에 포함되어 있다. 국토안보부의 자산을 처분할 경우 재무부에 귀속시킬 필요 없이 자체적으로 사용할 수 있도록 하고 있다. 행정부 및 지지자들이 제시하는 이유는 국토안보부가 테러와의 전쟁을 수행하는 기구이기 때문에 운영에 유연성을 부여해 주어야 한다는 것이다. 의회 일각에서는 이와 같은 자율권을 갖는 거대 부서에 대해 의회 본연의 업무인 감시와 감독을 제대로 수행할 수 있을지에 대해 우려를 제기하고 있다.