1999년 채택된 암스테르담 조약은 EU 원칙의 하나로 기본권 보호를 명시하고, 기본권 침해에 대한 구체적 조치를 도입하였다. 2001년 니스조약에서 도입된 TEU 제7조에 의하면 기본권이 어느 회원국에 의해 심각한 위반이 발생할 위험이 있다는 것을 확인할 수 있을 때 다수결에 의해 이사회는 회원국에게 적절한 권고를 행할 수 있다. 이 권고는 정치적 책임 부과 근거가 된다.
그리고 1999년 채택된 암스테르담조약은 기본권 보호를 EU의 원칙의 하나로 명시하고 있고, 기본권 침해에 대한 구체적인 조치를 도입하였다. 즉, TEU 제6조 2항은 기존의 TEU 제F조 2항과 동일한 내용을 담고 있다. 하지만 특히 주목해야 할 조항은 TEU 제7조이다. 동조는 EU의 설립 기본원칙인 ‘자유․민주주의․인권과 기본적 자유의 존중 및 법의 지배’에 대한 위반이 어느 회원국에 의해 심각하게 또 지속적으로(serious and persistent breach) 행해지는 경우(1항), 가중다수결(a qualified majority)로 행동하는 이사회는 당해 회원국 정부의 대표의 투표권을 포함하는 권리의 정지를 결정할 수 있다(2항). 2001년 채택된 니스조약은 기본권 침해에 대한 예방조치에 관한 내용을 새롭게 도입하였다. 즉, TEU 제7조 1항에 의하면, 동조약 제6조에 규정된 기본권이 어느 회원국에 의해 ‘심각한 위반이 발생할 명백한 위험이 있다는 것을 확인할 수 있을 때’(... peut constqter qu'il existe un risque clair de violation grave par un Etat membre ...) 그 위원의 5분의 4의 다수결로 행동하는 이사회는 당해 회원국에게 ‘적절한 권고’를 행할 수 있다(... le Conseil peut ... lui adresser des recommendations appropriées). 비록 동조에 의거하여 이사회가 취하는 조치는 ‘권고’에 불과하지만, 회원국에 의한 기본권 침해에 대하여 EU 차원에서 일정한 조치를 취할 수 있는 절차가 도입되었다는 데 중요한 의미가 있다. 그만큼 EU에게 기본조약에 의한 정치적 책임을 부과할 수 있는 법적 근거가 확보된 것이다.