정동클럽이 모태가 된 독립협회는 표면상의 이유와는 다른 목적을 가졌다. 독립협회는 반일적 사교단체로, 정부의 후원을 받고 독립을 표방한 점이 독립신문과 비슷하다. 독립협회는 자주독립, 자유민권, 자강개혁을 주장했다.
1896년 7월 2일 서울에서 결성된 독립협회는 정동클럽이 모태가 되었다. 정동클럽은 고종과 왕후가 후원하여 서울 주재 서양외교관, 선교사들, 조정의 관리들이 친목을 표방하여 설립한 단체였지만, 실제의 성격은 일본의 조선 지배 의도에 대응하고자 궁정외교 차원에서 결성시킨 반일적 사교단체였다.
독립협회는 독립신문과 유사한 성격을 지녔다. 정부의 후원으로 등장한 것이나 똑같이 독립을 표방한 점 등이 그러하다. 독립협회는 이후 1898년 12월까지 약 30개월간 한국의 대표적인 정치사회단체로 활약하였다.
독립협회의 활동은 세 가지로 요약된다. 즉 '나라의 독립자주권을 지키자!(자주독립), 인민의 자유와 평등권을 확립하자!(자유민권), 내정을 혁신하여 부국자강한 나라를 만들자!(자강개혁)'는 것이 그것이다. 독립협회는 관민공동회 등을 통해 정부에 개혁을 건의하며 한국 역사상 최초의 의회설치운동을 펼치기도 하였다.