지정재판부의 기능을 강화하기 위해서는 헌법소원이 있을 때 제한적으로 본안을 판단할 권한이주어져야 한다. 지정재판부에서 헌법소원의 인용 결정을 할 수 있게 하자는 주장도 있지만 현행 헌법에 위배된다. 따라서 지정재판부의 재판관 수를 3인에서 4인으로 늘려서 이유 없는 헌법소원심판의 청구를 기각할 수 있게 하자는 견해에 일리가 있다.
지정재판부의 기능강화는 우선 적법요건심사를 강화하여 본안판단의 부담을 경감시키는 방안을 생각해볼 수 있다. 지금까지의 법령의 해석과 판례의 입장을 재검토하여 적법요건의 판단이 실질적으로 무의미한 헌법소원을 거르는 장치로 기능하도록 하는 것이다. 그러나 적법요건 자체가 법령과 이론적 근거에 의하여 만들어진 것으로서 판례로서 이를 강화한다고 해도 한계가 있음은 분명하며 이를 통한 신속한 재판에 대한 효과 역시 제한적일 수밖에 없다. 따라서 결국 실질적인 지정재판부의 강화는 일정한 정도의 본안판단의 권한을 부여하여 사건을 처리하도록 하는 방안으로 귀결된다. 일정 사건들에 한하여 지정재판부가 헌법소원의 인용결정을 할 수 있도록 하자는 견해도 있으나, 현행헌법 제113조 제1항이 헌법소원의 인용결정을 할 때에는 재판관 6인 이상의 찬성이 있어야 함을 규정하고 있으므로 헌법 개정이 이루어지지 않는 한 지정재판부에서 인용결정을 하는 것은 불가능하다. 따라서 지정재판부의 권한강화는 일정한 경우 헌법소원에 대한 기각결정을 할 수 있는 방향으로 이루어져야 한다. 그러한 점에서 3인의 지정재판부가 기각결정을 하는 경우 나머지 6인 재판관에 의한 인용결정의 가능성을 막아버리는 문제가 있으므로, 지정재판부의 재판관 수를 4인으로 하여 헌법소원심판청구가 명백히 이유없는 사건의 경우 전원일치로 헌법소원청구를 기각할 수 있도록 하자는 견해는 눈여겨 보아야 할 것이다. 나아가 이와 같이 2개의 지정재판부를 구성하고 기각결정권을 부여한다면 이를 헌법소원심판에 한정하지 않고 위헌법률심판과 권한쟁의심판 등에도 확대하는 것도 가능할 것이다.