통일 거버넌스 연구는 2006년 실시된 ‘협동연구’를 통하여 정부 정책과 연계되어 종합적인 추진체계를 갖춰 진행되었다. 이 '협동연구'는 3개년에 걸쳐 진행될 예정이었으나 정부 교체를 이유로 2차년 연도에 종료되었다.
거버넌스 개념이 생소하던 한국적 상황에서 통일 거버넌스 연구가 정부의 정책과 연계되어 종합적인 추진체계를 갖춰 연구가 진행된 것은 통일연구원이 주관하고 대학 및 다른 연구기관이 참여한 2006년 ‘협동연구’(『한반도 평화 번영 거버넌스의 실태조사(상 중 하)』)에서부터였다. 이 연구는 최초에는 3개년에 걸쳐 기획되었는데, 1차 연도에는 총 10개의 주제를 가지고 통일연구원과 4개의 대학 및 연구소가 참여하였다. 2차 연도에 걸쳐 이루어진 협동연구 수행 동안 이루어진 주제(분야)는 ‘통일(대북)정책 거버넌스 구축을 위한 이론적 틀,’ ‘외교 안보정책 거버넌스,’ ‘한반도 평화체제 거버넌스,’ ‘동북아 다자안보대화 거버넌스,’ ‘대북정책 거버넌스,’ ‘남북경협 거버넌스,’ ‘남북한 사회 문화 협력 거버넌스,’ ‘법 제도 거버넌스,’ ‘북한이탈주민 거버넌스,’ ‘한반도 평화교육 거버넌스’ 등으로 대북 및 통일 문제의 다양한 분야를 포괄하였다. 하지만 정부 교체로 인해 2차년 연도에 연구가 마감됨으로써 다양한 영역과 분야를 포괄하지 못하였다.