기본권헌장 제정은 콜론 유럽이사회에서 결정되었다. 유럽이사회는 유럽연합의 기본권은 "하나의 헌장에서 구체화되어야 한다" 면서 특별회의의 결정이 수행되기 위한 전제조건을 정할 것을 요청하고 이에 의장성명서의 부속서에서 '기본권헌장 기초작업반'을 구성하여 세부적인 방안을 설정하고 초안을 작성하여 유럽이사회 제출 및 승인되었다. ‘EU 기본권헌장’ 은 관련 기관 장에 의해 서명 후 발표되었다.
하지만 기본권헌장 제정을 위한 최종적인 결정은 1999년 6월 3일∼4일 열린 콜론 유럽이사회에서 내려졌다. 의장성명서(Conclusions of the Presidency)에서 유럽이사회는 “EU의 현 발전 단계에서 연합 수준에서 적용가능한 기본권은 ‘하나의 헌장에서’(in a Charter) 구체화되어야 한다”고 하면서, “1999년 10월 15일∼16일 열리는 탐페레 유럽이사회(Tampere European Council)의 특별회의에서 이 결정이 이행되기 위한 제조건을 정할 것”을 요청하였다. 이 결정에 의하여, 탐페레 유럽이사회는 의장성명서의 부속서(Annex)에서 ‘기본권헌장 기초 작업반’(the Body to Elaborate a Draft EU Charter of Fundamental Rights)(이하 ‘기초 작업반’)을 구성하고, 그 작업을 위한 구체적인 방식을 정하였다([참고자료] 부록 1). 기초작업반은 각계각층의 다양한 의견을 수렴하여 EU 기본권헌장 초안을 작성하여 2000년 10월 13일∼14일 양일간 열린 비아리츠 유럽이사회(Biarritz European Council)에 제출하였고, 전원일치로 법적 구속력은 가지지 않는 문서로 승인되었다. 그리고 같은 해 12월 7일, ‘EU 기본권헌장’(the Charter of Fundamental Rights of the European Union)은 니스에서 유럽의회 의장, 유럽이사회 의장 및 유럽위원회 위원장에 의해 서명, 선언되었다.