일본은 임오군란을 들어 군을 파견하고 위협했다. 결국 주권 침탈적 내용이 담긴 제물포 조약과 2개조의 수호조규 속약이 강제로 체결되었다. 대원군은 청국에 잡히고, 왕비는 복귀했다.
한편 임오군란이 일어나자 일본은 조선의 사과와 배상을 받아내려는 명목으로 군함과 1개 대대 병력을 파견하였다. 제물포항에 도착한 일본 공사는 그들의 요구조건을 위협적으로 강요하였다. 그 결과 이른바 제물포 조약과 2개조의 수호조규 속약이 체결되기에 이르렀다.
그 내용은 일방적인 주권 침탈로, 조선은 5년 동안 50만 원을 일본에 배상하고, 공사관 호위를 명목으로 일본 경비병을 주둔시키며, 공식 사과를 위해 수신사를 파견할 것, 군란의 주모자를 처벌할 것 등이었다.
대원군은 8월 16일 보정부(保定府)로 옮겨 4년간 유폐생활을 할 수밖에 없었다. 충주로 피난 갔던 왕비는 8월 1일 서울로 돌아왔다.