민간인 집단피해 사건에 대한 배상 소송에서 정부는 소멸시효를 근거로 책임을 회피해 왔다. 하지만 이제는 의문사위원회나 진실화해위원회가 사건에 대한 사실을 확정해 법원이 이를 인정할 수 있게 되었으며, 소멸시효 기산점을 위원회의 진상 확정 이후로 보게 되었다.
그동안 배상에 관한 소송이 제기되면 정부는 오히려 소멸시효를 주장함으로써 책임을 회피해 왔다고 할 수 있다. 그런 태도에 대하여 법원도 대체로 손을 들어주는 분위기였다. 하지만 지금에 와서는 상황이 달라진 측면이 있다. 민간인 집단피해에 대한 배상의 문제가 사법부로 갔을 때 곤혹스러운 문제 가운데 하나가 사건의 진상에 대한 확정이다. 이는 방대하고도 학술적인 조사가 필요한 데다가 정부가 조직적으로 사건을 은폐하는 일도 흔하여 대체로 법원으로서 밝혀내기 어려운 일이다. 하지만 현재에는 국가기구인 의문사위원회나 진실화해위원회가 사실을 확정해 주었기 때문에, 법원도 특별히 확실한 반증이 없는 한 그 사실을 증명된 것으로 인정할 수 있게 된 것이다. 나아가 이것은 소멸시효의 적용에도 영향을 미쳤다. 민법상 “소멸시효는 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행”(제160조 제1항)한다. 법원은 소멸시효의 기산점에 관하여 검찰의 문사위원회에서 진상을 확정지은 다음에야 권리를 행사할 수 있게 되었다고 본 것이다.