삼운성휘'의 자음 배열은 'ㅌ'와 'ㅋ'의 순서가 바뀐 것 외에는 현대의 배열과 일치한다. 이 배열은 개화기 이전 자료들에 이어졌고, 개화기에 와서도 대부분 그대로 이어졌다. 단, 자음은 문헌에 따라 순서가 약간 다르다. 이처럼 자모 배열은 '훈몽자회'로부터 이어지는 전통성이 있어 큰 논란은 없었다.
삼운성휘'의 자음 배열은 'ㅌ'와 'ㅋ'의 순서가 바뀐 것을 제외하고는 현대의 자모 배열과 일치한다. 여기서 'ㅌ'과 'ㅋ'의 순서가 바뀐 것은 오각으로 보인다. '삼운성휘'에서 'ㅈ, ㅊ'을 'ㅋ, ㅌ, ㅍ' 앞으로 보낸 이유는 불분명하지만, 이러한 '삼운성휘'의 자모 배열은 개화기 이전의 자료인, '훈음종편'(18세기 후기), '언음첩고'(1846), '언문변증설'(19세 전기), '일용작법'(1869) 등에 그대로 이어졌다.
 이러한 자모 배열 순서는 개화기에 와서도 대부분 그대로 이어졌다. 자음의 경우는 문헌에 따라 배열의 순서가 약간 다른데, 리봉운의 '국문졍리'(1897), 지석영의 '선정국문'(1908), 유길준의 '대한문전'(1909) 등을 포함해 조선총독부의 '보통학교용 언문철자법'(1912)에서는 모두 '삼운성휘'와 같은 순서로 배열되었다. 그러나 국문연구소의 '국문연구의정안'에서는 'ㅇ'을 맨 앞에 배열하였다.
 이처럼 자모 배열은 '훈몽자회'로부터 이어지는 전통성이 있어 그 배열 순서에 대해 큰 논란이 있지는 않았다. 그러나 아래에 제시한 바와 같이 사전의 자모 배열은 그렇지 못하다.