첫째, 이 절차에서 피고인 국가는 당사자이자 결정자로서 재판소가 내린 이행여부를 심사하는 것은 공정성에 문제가 있을 것이고, 둘째, 각료위원회 절차는 주로 서먼심리 비공개로 행해지고 있어 개인을 절차에서 배제되어 개인의 권리는 고려하지 않고 진행한다.
첫째, 이 절차에서 피고인 국가는 당사자인 동시에 결정자이다. 각료위원회는 체약국의 대표로 구성되어 독립성 면에서 문제가 있다. 즉, 정부대표로 구성된 각료위원회에서 재판소가 내린 판결의 이행 여부에 대해 심사하고, 감독권을 행사하는 것은 독립성은 물론 공정성 면에서도 심각한 문제를 드러내고 있다. 특히 공정성과 관련하여, 의사결정을 위한 투표절차를 살펴보면, 각료위원회는 “동 위원회는 위원 자격을 가지는 대표자의 3분의 2의 다수결”로 결정한다. 이 의사결정방식은 다음과 같은 문제, 첫째, 유럽평의회의 회원국 가운데 유럽인권협약의 체약국도 아닌 국가도 이 분쟁해결절차에 참가하는 것을 의미하고, 둘째, 분쟁당사자인 국가 분쟁해결의 결정에 관하여 투표권을 가지는 것도 의미하는 것이다. 결국 유럽인권협약을 위반한 국가가 자신의 소송에 대하여 판단을 내리는 결과는 초래하고 있다. 이 점은 ‘무기의 평등원칙’에 비춰볼 때, 개인신청사건에서는 심각한 불평등한 결과를 초래할 가능성이 있다. 둘째, 개인은 절차에서 배제되어 있다. 각료위원회에서의 절차는 주로 서면심리로 비공개로 행해지고, 대심(對審) 절차를 채용하고 있지 않다. 개인신청인은 유럽인권재판소에서의 절차와는 달리, 각료위원회에서의 절차에서는 당사자가 아니다. 따라서 각료위원회는 개인의 권리는 고려하지 않고 진행한다. 예를 들면, 개인은 각료위원회에 출석권 및 서면에 의한 의견제출권도 행사할 수 없다. 이에 반하여, 유럽평의회 회원국인 국가는 분쟁당사자가 아니라도 모든 절차에 참가하는 권리가 있다.