울산 보도연맹 사건에서는 소멸시효의 기산점으로“손해 및 가해자를 안 날”을 “손해의 발생, 가해행위와 손해의 발생 사이에 상당인과관계가 있다는 사실에 대해 인식하였을 때”를 의미한다는 거창사건의 대법원 판결을 인용하면서, 울산 보도연맹 사건에서는 유족들이 구체적인 사건의 진상을 진실화해위원회의 결정을 통해 알았다고 판단했다.
문경 민간인 학살 사건과 울산보도연맹 사건의 가장 큰 차이점은 문경학살 사건에서는 원고들이 2000. 3. 18.에 헌법소원을 제기하였던 반면, 울산보도연맹 사건에서는 진상규명을 위해 사법적인 절차를 밟은 적이 없다는 점이다. 사법적인 절차에 의해 피해구제를 받으려고 한 시점을 민법 제766조 제1항의‘손해 및 가해자를 안 날’로 보기 때문에 이와 같은 판단을 하게 된 것으로 보인다. 또 하나의 차이점은 문경 민간인 학살사건에서 1960. 4. 19. 이후 국회 차원의 진상조사가 이루어졌다는 점이다. 그러나 문경학살 사건은 거창 양민학살 사건과 같이 책임자를 밝혀내어 처벌을 한 것도 아니기 때문에, 울산 보도연맹 사건과 질적인 차이가 있다고 할 수는 없다. 울산 보도연맹 사건에서는 소멸시효의 기산점으로“손해 및 가해자를 안 날”을 “손해의 발생, 위법한 가해행위의 존재, 가해행위와 손해의 발생 사이에 상당인과관계가 있다는 사실에 대해 현실적이고도 구체적으로 인식하였을 때”를 의미한다는 거창사건의 대법원 판결을 인용하면서, 울산 보도연맹 사건에서는 유족들이 사망자 명단과 사망 경위 등 구체적인 사건의 진상을 진실화해위원회의 결정을 통해 2007. 11. 27. 알았다고 판단했다.