국립박물관은 독립행정법인국립문화재기구에 의한 조직, 경영형태를 가진다. 문화청의 문화재부 특히 미술학예과에서 미술관 및 역사 관련 박물관에 관한 사항과 독립행정법인국립문화재기구 조직 및 운영일반에 관한 사항을 담당하고 있다.
따라서 국립박물관은 독립행정법인국립문화재기구에 의한 조직과 경영형태를 가지고 있다. 이와 관련한 자세한 조직에 관하여 간략하게 살펴보면, 이사장을 중심으로 법인본부가 존재하고 동경국립박물관, 교토국립박물관, 나라국립박물관, 큐슈국립박물관,동경문화재연구소, 나라문화재연구소로 나누어져 있고, 각각의 조직을 구성하고 있다. 경영에 관한 사항도 별도의 예산을 가지고 각각의 관리부, 기획정보부, 무형문화재유산부 등을 두고 국립박물관을 운영하고 있는 것이다. 결국 일본의 경우는 문부과학성의 생애학습정책국에서 국립과학박물관에 관한 사항을 소관사무로 규정하고 있는 것이외에는 2007년 10월 24일부터 국립박물관에 관한 사항은 문화청에서 담당하고 있다. 즉 문화청의 문화재부 특히 미술학예과에서 문화재시설 중 미술관 및 역사에 관련된 박물관에 관한 사항을 담당하면서 독립행정법인국립문화재기구의 조직 및 운영일반에 관한 사항을 담당하고 있다.