현행 법제도에 따르면 누리과정의 재정부담 근거는 지방교육재정교부금으로 하기 때문에, 어린이집을 교육기관으로 볼 것인지에 대한 것은 중요한 쟁점이다. 교육부에서는 어린이집도 교부금으로 지원이 가능하다고 주장하나, 시도교육감드은 어린이집은 보육기관이기 때문에 교부금 지원은 불법이라고 설명한다.
문제는 현행 법제도가 유아교육법, 영유아교육법, 지방교육재정교부금법 등에 의해 누리과정의 재정부담 근거는 지방교육재정교부금으로 한다고 영유아보육법시행령 제23조에 명백히 규정돼 있고, 무상교육 실시비용은 법 제34조제3항에 따라 제22조 제1항 제1호의 영유아무상보육 실시에 드는 비용은 예산의 범위에서 부담하되, 지방교육재정교부금에 따른 보통 교부금으로 부담하라고 규정되어 있다. 다만 이것이 과연 현행 규정처럼 지방에 분권하는 것이 정당한가의 문제라고 볼 수 있다. 교육부와 시도교육청이 가장 첨예하게 부딪히는 쟁점은 보육기관인 어린이집을 교육기관으로 볼 수 있냐는 것이다. 교부금법에 따르면 교부금은 교육기관 및 교육행정기관에 사용하도록 돼 있기 때문에 어린이집을 교육기관으로 볼 것인가에 대한 것은 매우 중요하다. 교육부는 "교부금법에는 교육기관의 정의 규정이 없기 때문에 실질적으로 교육을 담당하느냐에 따라 교육기관 여부를 판단해야 한다."며 "영유아보육법에서도 보육의 개념에는 교육을 포함시키고 있고, 유아교육법에도 유아교육 및 보육에 관한 기본계획, 유치원과 어린이집간의 연계 규정 등에 관한 사항을 규정하고 있다"고 설명한다. "누리과정을 운영하는 어린이집 역시 지방교육재정교부금법상 교육기관으로서의 지위를 가진다고 볼 수 있어 교부금으로 지원이 가능하다"고 강조한다. 반면 시도교육감들은 "영유아에 대한 교육은 유아교육법으로, 보육은 영유아보육법으로 각각 법령상 엄격하게 구분하고 있고 설립과 지도감독 권한도 서로 다르다"며 "어린이집은 교육기관 또는 교육행정기관이 아닌 보육기관으로 분류하기 때문에 교육청이 교부금을 어린이집 누리과정에 지원하는 것은 불법"이라고 설명한다.