정부는 비영리법인과 관련해 단체의 자율에 맡겨진 부분에 대하여는 최대한 책임성을 보장해야 하며  앞으로 ‘비영리법인 활동을 어떻게 지원할 것인가’에 대한 기관 나름의 기준 설정을 해야한다.
그동안 정부는 국민의 사회·경제활동의 자율과 창의성, 경쟁력을 높이기 위하여 불필요하거나 과도한 규제를 지속적으로 개선하여 왔으며, 이러한 일련의 방침에 따라 비영리법인에 대한 주무관청의 감독도 완화하여 왔다. 따라서 민간단체의 활동과 관련된 비영리법인 업무를 취급함에 있어서도 법령의 규정에 따라 감독관청이 해야 할 일은 성실하고 분명하게 처리하되, 단체의 자율에 맡겨진 부분에 대하여는 최대한 간섭하지 않음으로써 단체의 자율성·책임성을 보장해 주어야 한다.   특히 이러한 정책적 흐름은 앞으로도 계속될 것이므로 ‘비영리법인의 활동을 어떻게 지원하고 감독해 나갈 것인가’에 대한 기관 나름대로의 기준을 정립하고 실천해 나가는 노력이 필요하다.