공익법인의 회계연도는 다음 해에 실시할 사업계획 및 예산을 제출하고, 회계연도가 마무리된 이후에는 사업실적과 결산을 보고해야 한다. 이때 예산은 추정근거를 명확히 하며, 회계는 기업회계의 원칙에 따라 처리한다.
공익법인의 회계연도는 정부의 회계연도에 따르며 매 회계연도가 시작되기 전에 다음해에 실시할 사업계획 및 예산을 제출하고 매 회계연도가 끝난 후에 사업실적과 결산을 보고하여야 한다(공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제12조). 이 때 사업계획 및 예산서는 추정대차대조표, 추정손익계산서와 부속명세서를 첨부하여 회계연도 개시 1월전까지 제출하고, 사업실적 및 결산서는 대차대조표, 손익계산서 및 부속명세서를 첨부하여 회계연도 종료 후 3개월 이내에 제출한다.  예산은 회계와 계정과목별로 구분하여 추정대차대조표와 추정손익계산서 및 그 부속명세서로 작성하되 추정근거를 명백히 하여야 한다. 법인의 회계는 기업회계의 원칙에 따라 처리하되 ‘목적사업회계’와 ‘수익사업회계’로 구분하며, 회계조직은 재무제표규칙을 준용하고, 재산평가는 재평가를 실시한 경우를 제외하고 취득당시의 시가에 의한다.