누리과정 소요액을 교육부가 시도교육청에 교부했냐는 것도 쟁점이 된다. 시도교육감들은 누리과정 예산 마련을 위해서는 유,초,중,고등학교 운영비에서 삭감해야 하며, 교부금은 늘었으나 인건비는 그것보다 훨씬 늘어 감당하기 어렵다고 한다. 특히 보육서비스는 국고보조사업으로 추진되어 지방자치단체의 재정 부담이 가중되고 있다.
또 다른 쟁점은 누리과정 소요액을 교육부가 시도교육청에 교부했냐는 것이다. 교육부는 지난해 10월 누리과정 소요액 전액을 예정 교부했다고 주장하는 반면 시도교육감들은 교부금을 교부한 것일 뿐 누리과정 소요액을 별도로 편성한 것이 아니기 때문에 누리과정 예산 4조원을 마련하기 위해서는 그만큼을 유ㆍ초ㆍ중ㆍ고등학교 운영비에서 삭감해야 한다고 설명했다. 더욱이 시도교육감들은 교부금은 2012년 37조8000억 원에서 2016년 40조5000억 원으로 2조7000억 원 늘었지만, 같은 기간 인건비는 5조원 이상 증가해 인건비를 감당하기도 어려운 실정이라고 주장한다. 그리고 사회보장기본법은 국가와 지방자치단체가 사회보장에 관한 책임과 역할을 합리적으로 분담하도록 규정하고 있다. 그럼에도 실제로는 국가가 일방적으로 지방자치단체에 그 부담을 전가할 수 있는 구조로 인하여 지방자치단체의 의무지출이 증가하고 있다. 특히 보육 누리과정 등 보육서비스는 그 수혜범위가 전국에 걸쳐있는서비스임에도 국고보조사업으로 추진함으로써 지방자치단체의 의무지출이 증가하게 되어 재정 부담이 가중되고 있다. 박근혜정부는 2013년 1월 23일 영유아보육법을 개정하여 무상보육에 대한 근거규정을 마련하고 그에 근거하여 시행령을 개정하였다.