어린 나이에 즉위한 고종 대신 나라를 통치한 흥선대원군의 정책은 상반된 평가를 받는다. 내정은 높은 평가를 받는다. 서원은 사설 교육기관으로 관학인 향교와 대비된다. 향교의 역할 약화로 인해 군역을 피하려는 사람들이 서원에 모여드는 등 폐단이 발생하자 대원군은 서원의 90%를 없앴다.
1863년, 불과 12세의 소년이 조선의 국왕으로 즉위하였다. 그가 바로 고종이다. 이후 어린 고종을 대신해서 근 10년간 정사를 맡은 인물이 흥선대원군이다. 그의 정책에 대한 평가는 내정과 외정이 극과 극을 달린다.
흥선대원군의 내정(內政)이 높이 평가되는 이유는 시대 흐름과 부합하였기 때문이다. 서원 철폐와 호포제 실시는 백성들에게서 환영을 받았고, 경복궁 중건도 백성을 고단하게 한 점은 있지만, 왕조 국가의 입장에서 보면 나름의 의미가 있었다.
서원은 향교와 더불어 조선의 중요한 지방교육기관이다. 서원이 사립학교라면 향교는 국립학교에 해당한다. 향교는 조선 전기에 중요한 관학의 기능을 했지만, 조선 후기로 가면서 서원의 역할이 두드러졌다. 서원은 공자와 맹자 등 선현의 제사를 받들면서 학생들을 교육하는 일종의 사립학교였다.
그러나 시간이 갈수록 서원은 지방민을 착취하는 소굴이 되었고, 군역을 피하려는 자들의 안식처가 되었다. 선현의 제사를 빌미로 지방민에게 물자와 인력의 징발을 강요하였다. 물품을 구해 바치지 않으면, 끌려가 봉변을 당해야 했다.
폐단을 직시한 대원군은 서원에 철퇴를 내려 전국 600여 곳 서원 중 47개를 남기고 모두 헐어버렸다.