과거사정리법의 목적과 취지에 맞춰 만들어진 조사보고서가 증거재판의 원리와 증명책임의 원칙을 후퇴시킬 수 있을만큼 증명력을 지닌다고는 할 수 없다. '그렇다면 조사보고서에 사실상의 추정에 준하는 고도의 증명령을 부여하자'는 논리도 민사소송에서는 타당성이 결여되어 있다. 따라서 국회와 정부는 배상･보상 특별법 제정을 통해 과거사정리법의 입법 취지를 완수하도록 서둘러야할 것이다.
조사보고서는 법원이 통상의 민사소송절차에서 행하는 사실인정의 방식과는 달리 과거사정리법의 목적과 취지에 충실하게 만들어진 것에 불과하므로 그 조사보고서에 대하여 법원이 입증의 부담을 완화․경감시키는 것은 몰라도 이를 넘어서서 지금까지 확립되어 온 민사소송에 있어서의 증거재판의 원리와 증명책임의 원칙을 후퇴시켜 가면서까지 사실상의 추정에 준하는 정도로 고도의 증명력을 부따라서 만약 조사보고서의 판단근거가 된 원시자료만으로는 희생자로 판정하기에 현저히 부족한 경우까지 조사보고서가 존재한다는 사정만으로 법원이 그에 기속되는 판단을 하여야 한다고 주장한다면, 이는 민사소송의 일반원칙에 부합한다고 볼 수 없다. 결국 정리위원회의 조사보고서에 대하여 사실상의 추정에 준하는 정도로 고도의 증명력을 부여하는 등의 특별한 대우를 해야 한다는 취지의 반대의견의 논리는 특별법이 제정되었을 경우 배․보상의 영역 또는 그에 뒤따를 수 있는 행정소송의 영역에서는 타당하다고 할 것이지만, 이 사건과 같은 민사소송의 영역에서까지 타당성을 가진다고 보기는 어렵다. 이 사건과 같은 한국전쟁 전후 희생사건에 관한 국가의 피해배상 등 후속 절차는 국민 전체의 여론과 국가재정 등 제반 사정을 종합하여 국민통합이라는 관점에서 입법 정책적 판단에 근거하여 통일적 기준을 가지고 이루어져야 마땅하다. 국회와 정부는 지금이라도 정리위원회가 건의한 바와 같이 배․보상 특별법의 제정에 적극적으로 나섬으로써 더 이상의 소모적인 논쟁을 종식시키고, 과거와의 화해를 통해 미래로 나아가기 위한 국민통합에 기여함을 목적으로 한다는 과거사정리법의 입법 취지가 완성될 수 있도록 서두를 일이다. 이상으로 다수의견에 대한 보충의견을 밝혀 둔다.