영유아보육법시행령에 따르면 어린이집의 공통과정에 대한 비용은 보통교부금으로 부담하도록 규정하는데, 이는 지방교육재정교부금법이 교육기관의 설치운영에 필요한 재원을 부담하는 취지에 부합하지 않는다는 문제가 있다. 지방자치단체의 이해관계가 걸린 사항을 법률로 직접규정하지 않고 포괄적으로 시행령에 위입하는 것은 포괄위임금지의 원칙에도 반한다.
영유아보육법은 국가와 지방자치단체가 영유아에 대한 보육을 무상으로 하되 무상보육의 내용 및 범위, 비용은 대통령령에 따르도록 하고 그 비용은 국가나 지방자치단체가 부담하거나 보조하도록 하여 국가 또는 지방자치단체의 의무지출로 규정하고 있다. 영유아보육법시행령은 특히 3세 이상 5세 이하의 영유아에 대한 어린이집의 공통과정(누리과정)에 관한 비용을 지방교육재정교부금법에 따른 보통교부금으로 부담하도록 규정하고 있다. 그동안 누리과정에 대한 예산부족분 1조 2천억 규모의 비용부담에 대하여 해당 지방자치단체가 지방채를 발행하기로 하되 그 이자를 국가가 부담하기로 하여 일단 해결한 바 있으나 영유아보육법시행령에서 영유아 보육비용을 지방교육재정교부금법에 의한 보통교부금으로 부담하도록 규정한 것은 지방교육재정교부금법이 교육기관의 설치운영에 필요한 재원을 부담하는 취지에 부합하지 않는다는 점에서 문제가 있다. 만 6세 미만인 영유아에 대한 보육기관인 어린이집을 교육기관으로 분류할 수 없기 때문이다. 뿐만 아니라 영유아보육법이 제34조에서 무상보육의 내용 및 범위, 비용을 대통령령에 따르도록 하면서 그 비용을 국가나 지방자치단체가 부담하거나 보조하도록 규정함으로써 지방자치단체의 이해관계가 걸려있는 중대한 사항을 법률로 직접규정하지 않고 포괄적으로 시행령에 위임하고 있는 것은 포괄위임금지의 원칙에도 반할 수 있다.