세종학당의 운영 평가와 관리 체계 정비는 세종학당재단의 역할이다. 재단은 2013, 2014년에 운영 지침을 개정하여 학당 운영 위탁 계약 기간을 늘리고 정산 위탁 교육을 실시하였다. 2015년부터는 교육 시설 표준 모형에 대해 연구하고 우수 학당의 시설을 개선하고 있다.
세종학당의 운영 평가 및 관리 체계 정비는 총괄 지원 기구인 세종학당재단이 세종학당의 전문화, 내실화를 기하기 위해 상시적으로 수행해야 하는 중요한 기능이다. 재단은 세종학당 운영 지원을 효율적으로 관리하기 위해 2013년, 2014년에 ‘세종학당 운영 지침서’를 개정하여 세종학당 교육과 일반 운영, 예산 집행 및 정산 등의 세부 사항을 제공하고 있다. 재단은 세종학당 운영의 위탁 계약 기간을 1년에서 3년으로 연장하고, 정산 위탁 교육을 통해 세종학당 지원금을 효율적으로 관리하고 운영한 것으로 평가받고 있다. 또한 2015년부터 세종학당의 시설 개선을 지원하기 위해 세종학당 교육 시설 표준 모형 개발 설계를 위한 연구를 추진하고, 학당 운영 실적이 우수하며 지역적 파급 효과가 큰 학당을 선정하여 교육 환경 시설의 개선 지원을 추진하고 있다. 특히 연도별 세종학당 지원 사업의 신청, 검토, 교부, 월별 운영보고 업무 프로세스를 전산화함으로써 시대적 환경에 부합하는 관리 체계를 정비한 것으로 평가받고 있다.