조합설립인가에 필요한 실체적, 절차적 요건을 모두 갖추고 조합설립변경인가처분을 받은 경우에는 새로운 조합설립인가처분으로 효력이 있다.
다만 변경인가처분이 새로운 조합설립인가처분으로서의 요건을 모두 갖춘 것이라면, 종전 처분과 변경 처분이 병존하는 것이 아니라 새로운 조합설립인가처분으로 볼 수 있다. 즉 형식상 변경인가처분이지만 실질적으로 새로운 조합설립인가처분이라면, 변경인가처분에 의하여 종전 조합설립인가처분은 직권취소된 것으로 볼 수 있다. 행정처분의 취소는 그 처분을 직접 취소하는 방법 외에 양립할 수 없는 다른 처분을 함으로써 묵시적으로 이를 취소할 수도 있기 때문이다. 판례는 조합설립인가에 필요한 실체적․절차적 요건을 모두 갖추고 조합설립변경인가처분을 받은 경우에는 새로운 조합설립인가처분으로 효력이 있다고 한다.