고종이 헤이트 특사 파견을 이유로 퇴위당하며 한국군은 분노에 휩싸였다. 대대장의 자결 이후 일본군과 한국군의 전투가 벌어졌지만, 무기와 병력이 부족했다. 병사들은 하경하여 각 지방의 의병부대와 힘을 합쳐 활동을 시작했다.
1907년 7월, 일제는 헤이그 밀사를 파견했다는 구실을 들어 고종 황제를 강제 퇴위시키고 한국군을 해산하였다. 이에 박승환 시위대 제1연대 제1대대장이 분개하여 "군인이 능히 나라를 지키지 못하고 신하가 능히 충성을 다하지 못하면 만 번 죽어도 아깝지 않다."라는 유서를 쓰고 "대한제국 만세"를 외친 다음 권총으로 자결하였다.
이에 분노한 휘하 장병들이 탄약고를 부수었고, 이웃 부대가 합세하여 남대문과 서소문 일대에서 일본군과 치열한 시가전을 펼쳤다. 일본군 수십 명, 해산 군인들 백 수십 명의 사상자가 발생하였다. 서울의 시민들이 나서서 부상한 해산 군인들을 간호하였다.
그러나 무기와 병력이 부족했던 시위대 병사들이 이후 지방으로 흩어져 의병부대에 합류하면서 지방의 군인들도 봉기하였다. 원주 진위대는 경기도와 충청북도 일대에서 의병활동을 하였고, 강화 분견대도 경기도와 황해도 일대에서 활동하였다. 해산군인 출신 의병들은 종래의 의병보다 우수한 화력을 소지하고 있었으며 기동력과 유격전에 능하였다.