부가가치세는 확정신고시 매출세액이 매입세액보다 크면 그 차액 상당액의 납세의무가 확정되고, 반대로 매입세액이 매출세액보다 크면 그 차액 상당액의 환급청구권이 확정된다.
부가가치세는 신고납세방식의 조세이고 매출세액에서 매입세액을 공제하여 부가가치세액을 산정하는 전단계세액공제법을 채택하고 있으므로 확정신고시 매출세액이 매입세액보다 크면 그 차액 상당액의 납세의무가 확정되고, 반대로 매입세액이 매출세액보다 크면 그 차액 상당액의 환급청구권이 확정된다. 부가가치세법 제49조 제1항은 사업자가 각 과세기간에 대한 납부세액 또는 환급세액을 신고하여야 한다고 하여 납부세액뿐 아니라 환급세액도 확정신고에 의하여 확정됨을 규정하고 있다. 이와 같이 확정신고에 의하여 확정된 환급세액은 원칙적으로 각 과세기간별로 그 확정신고기한 경과 후 30일 내에 사업자에게 환급한다.