1990년대 말까지 정치 분야 통일연구가 산발적으로 이뤄진 점, 연구 시기가 통일 이전과 통일 과정에 치우졌다는 점 등에서 2000년대 이전 연구 동향의 한계를 볼 수 있다.
2000년대 이전 연구동향은 두 가지 관점에서 그 한계를 지니고 있다. 첫째, 정치 분야 통일연구는 과거 국책연구기관에서 발간된 자료와 연구결과물들이 2000년대 연구에도 기초자료로 재인용되거나 연구의 이론적 방법론적 준거 틀로서 적용되고 있으며, 연구결과물도 유사하게 재생산되는 양태를 보였다. 둘째, 1990년대 말까지 정치 분야 통일연구의 주제는 국가형태(연방제와 국가연합)와 정부형태(대통령제-의원내각제)가 연구의 중심에 놓여 있었다. 그러나 국가형태, 정부형태, 의회제도, 선거와 정당제도, 정치통합을 위한 시민의식과 참여방안 등 산발적이고 분절적으로 연구가 진행되어 이를 체계적으로 통합하고 연계하는 종합연구와 정책대안을 제시하는 데 한계에 직면해 있었다. 셋째, 시기를 통일 이전, 통일 과정, 통일 이후로 구분할 경우 1990년대 말까지의 정치 분야 통일연구는 통일 이후 보다는 통일 이전과 통일 과정에서 남북관계 차원의 연구가 많았다.