사법절차를 통한 개인의 피해구제는 학살사건의 규모 및 피해자의 과다로 인한 소송의 혼란이 야기되는 점과 피해자들이 국가의 불법행위를 입증하는 과정에서 시간과 비용의 피해를 감수해야한다는 점에서 한계가 있다.
앞서 언급한 바와 같이 정부와 국회가 피해자들의 구제를 외면한 상황에서 사법절차를 통한 개인의 피해구제는 대단히 중요하다. 그러나 이 방법은 다음과 같은 한계를 가진다. 첫 번째 학살사건의 규모가 크고 피해자의 숫자가 많아서 이들이 손해배상청구소송을 비슷한 시기에 제기한다면 그 자체가 엄청난 일이 될 것이다. 개별 사건마다 유족들이 피해사실을 어느 정도 알고 있었는지, 진상규명을 위해 어떠한 노력을 했는지, 정부는 어떠한 후 속조치를 취했는지, 진실화해위원회의 진상규명 내용은 무엇인지 그 내용이 다를 것이고, 서로 다른 재판부에서 서로 다른 사실관계에 대해 시효의 기산점에 대한 판단, 소멸시효 중 단의 신의칙 위반여부 등을 판단하다 보면, 울산보도연맹 사건과 문경학살 사건에서 보듯이 유사한 사건에서 정반대의 판결이 선고될 수도 있다. 배상금액도 마찬가지로 재판부마다 달라질 수 있어서 피해자들의 불신과 혼란이 있을 수 있다.   두 번째 불법행위로 인해 고초를 겪은 피해자들이 다시 시간과 돈을 들여 소송을 하고, 국가의 불법행위를 입증하는 수고를 하여야 한다는 점이다. 경제적으로 형편이 어려운 사람들 일수록 소송을 통해 구제를 받는데 어려움을 겪을 것이다. 입법적인 해결방법에 비해 경제적으로도 비효율적인 방법이다.