세종학당재단은 세종학당 지정뿐 아니라 유관 기관과의 연계 사업을 확대하고 있다. 특히 협업형 세종학당을 운영하고 있으며, 국립국악원, 국기원, 아리랑 TV 등 국내 기관과 연계사업을 하여 한국문화 교류의 상승효과를 기대하고 있다. 
한편, 세종학당재단은 국외 한국문화원, 재외공관과 협조 체계를 갖추어 세종학당 지정 및 운영을 확대해 나가고 있을 뿐만 아니라, 정책 수요, 시대적 요구에 따라 유관 기관의 유기적인 협력을 통해 탄력적으로 연계 사업을 확대해 가고 있다. 공공기관 간 협업 추진 사례로서 한국산업인력공단과의 ‘특수형 세종학당’을 비롯하여 ’13년부터는 한국관광공사 한국정보화진흥원과의 ‘협업형 세종학당’을 전략적으로 지정 운영하였으며, ‘구글 코리아’와의 한국어교육 효율화를 위한 업무 협약(’12. 10. 24.)을 시작으로, 한국문화예술교육진흥원, 국립국악원, 한국문화 정보센터, 국기원, 한국방송공사(KBS), 아리랑 티브이(TV) 등 국내 기관과의 연계 사업을 확대해 가고 있다. 이와 같은 유관 기관과의 업무 연계를 통해 국내 문화 자원의 해외 진출 기반을 마련하고 세종학당이 한국어와 한국문화 교류의 중심으로 자리매김하는 상승효과를 거둘 것으로 기대된다.