국립중앙박물관과 문화재청의 소속에 대해서는 관점에 따라 차이가 있다. 문화재청의 경우 형식상 단일기관이나 실질적으로 타 기관과 함께 움직여 독립된 기관이라 보기 어렵다. 이런 측면에서 박물관과 문화재관리업무를 함께 수행하되 세부조직을 분리하는 방안을 고려해보아야 한다.
국립중앙박물관과 문화재청이 문화관광부라는 하나의 기관에 속하고 있다고 평가하는 것이 타당한 것인지, 국립중앙박물관은 문화관광부에,문화재청은 외청이므로 다른 기관에 속하고 있다고 평가하는 것이 타당한지는 관점에 따라 다르게 결론지을 수 있다. 외청이라는 것은 국가의 행정조직에 있어서, 원(院)ㆍ부(部)ㆍ처(處)등에 설치되나, 그 내국(內局)의 계통 밖에 있고,양적ㆍ질적으로 특수성을 가지는 사무를 처리하는 기관이다. 따라서 문화재청은 정부조직법 제35조에 따라 문화관광부 소속하에 있으므로 형식적으로는 하나의 기관에 속한다고 할 수 있지만, 실질적으로는 다른 기관과 같이 움직이므로 하나의 기관으로 보기에는 난점이 있다. 이렇게 보았을 때,우리도 박물관과 문화재관리업무를 함께 수행하는 것을 조심스럽게 탐색하여야 한다고 생각한다. 한편 박물관과 문화재관리업무를 하나의 부처에서 담당하더라도 세부조직은 분리되는 것이 일반적이며, 프랑스·영국·일본도 마찬가지의 경우이다. 따라서 박물관업무와 문화재관리업무를 한 기관에 부여하더라도 세부조직은 분리하는 것이 타당하다.