제주도에 들어온 삼별초는 진도에서의 패배를 기억하여 방어시설 구축에 전념했다. 항전에 필요한 물자를 획득함과 동시에 적의 해상 작전을 막으려는 노력을 하였으나, 그들의 활동이 연안지방에 그쳤다는 것은 진도에 있을 때에 비해서 그만큼 세력이 위축되었음을 뜻한다.
원종 12년(1271) 5월에 진도가 고려ㆍ몽골 연합군에게 함락되자 김통정이 잔여 세력을 이끌고 제주도로 들어왔다. 이 때 남해현을 점거하고 있던 유존혁도 80여 척의 전선을 거느리고 들어와 합류했다. 이들은 항파두리를 그들의 본거지로 정하였다. 이 지역은 3면이 하천으로 둘러싸여 있고 바다가 눈앞에 보이는 천혜적인 요새였다. 제주도에 들어온 삼별초는 진도에서의 패배가 뼈저렸기 때문에 방어시설부터 서둘러 착수했다. 즉, 삼별초는 제주도에 들어온 뒤 약 1년 동안이나 방어시설의 구축에 전념하였다. 대외활동은 그 이듬해인 원종 13년(1272)부터 본격적으로 시작되었다. 연안 지방이나 도서 지역에 침입하여 지방 관리나 몽골인 병사를 살해, 납치하거나 공물 운반선과 전선을 약탈, 혹은 불태웠다. 이는 항전에 필요한 물자를 획득하는 동시에 적의 해상 작전을 봉쇄하려는 것이었다. 그러나 그들의 목표 대상이 연안지방에 그쳤음은 그만큼 그 세력이 진도에 있을 때에 비해 위축되었음을 의미한다.