FRA가 수행하는 주요 임무 중 하나는 기본권 보호에 관한 다양한 주제를 연구, 조사하는 것이다. 소수자에 대한 차별금지 주제가 가장 많고, 최근에는 동성애자 및 양성애자, 성전환자의 평등에 대한 조사도 하고 있으며, 특정 주제에 대해 설문 조사 및 결과 보고서를 작성하여 공표하는 일을 한다.
위 임무를 유형별로 정리하면, 기본권 보호에 관한 연구․조사, 관련 자료 및 정보의 수집․분석 및 보급, 현안 주제 연구, 연례보고서 발간 및 시민사회와의 대화․협력의 다섯 가지로 정리할 수 있다. 실제 FRA가 수행했거나 혹은 수행 중인 이 다섯 가지 주요 임무를 중심으로 FRA의 활동 내용을 살펴보면 다음과 같다. 첫째, FRA는 기본권 보호에 관한 다양한 주제에 대해 연구․조사하는 임무를 수행한다. FRA가 특정 주제에 대한 연구 프로젝트를 수행와 관련하여 살펴보면, 2012년 10월 현재, 연구 프로젝트가 진행 중인 과제(Ongoing)는 9개이고, 16개의 과제(Findings available)는 이미 수행되었다. 그 과제의 목록을 살펴보면, 소수자들에 대한 차별금지에 관한 주제가 가장 많고, 최근에는 레즈비언, 게이, 양성애자 및 성전환자(LGBT)의 평등에 대한 조사를 비롯하여, 기본권지표(Fundamental rights indicators: FRI)에 관한 연구 프로젝트도 시행하고 있다. 그리고 FRA는 특정 주제에 대한 설문 조사를 하고, 그 결과에 대한 보고서를 작성․공표하고 있다. 2008년 EU의 소수자 및 차별에 관한 설문 조사를 시작으로 5건의 조사 보고서가 제출되었다.