고종이 대원군에게 혼란 수습을 요청하며 대원군은 재집권하게 된다. 대원군은 녹봉미 지급 약속을 시작으로 삼군부 부활 등을 명령했다. 이후 청국이 기회를 봐 파병 및 대원군 납치를 하며 재집권은 끝났다.
사태가 위급함을 느낀 고종은 대원군에게 군란의 수습을 요청하였다. 그리하여 왕명으로 다시 집권하게 된 대원군은 군일들에게 녹봉미 지급을 약속하여 반란을 진정시키는 한편, 별기군과 2영을 고쳐 5군영을 설치하고, 왕비의 국상을 반포하는 등 군란의 뒷수습에 나섰다.
대원군은 민씨 척족 인사들을 축출하고, 통리기무아문을 혁파하였으며 삼군부(三軍府)를 부활시켰다.
그 사이 청국에 머물던 김윤식과 어윤중은 국왕의 보호와 군란 진압을 위해 청국에 파병을 요청하였다. 청국은 이 기회에 전통적인 종주관계를 강화하고자, 광동 수군제독 오장경(吳長慶) 휘하 3천여 명의 군사를 조선에 파견하였다.
얼마후 청군은 대원군을 납치하여 천진으로 호송하였고, 한 달 남짓의 대원군 재집권은 막을 내렸다.