정부부처 개편 후 연구개발 협력을 담당하는 부서가 다양화 되어 조직적 협업이 제도 성패여부의 중요한 요소가 되었다. EU FP7에서 한국 연구주체의 참여율은 저조하다.
정부부처의 개편 이후 연구개발 협력을 담당하는 부서가 다양화됨에 따라 조직적 협업 (Organizational Cooperation)이 제도 성패여부의 중요한 요소 중 하나가 되었다. 한국과 EU 간 과학기술협력은 한ㆍEU 과학기술협력협정 이후 분야 전문가 파견, 2006년에 순차적으로 맺은 한ㆍEU 갈릴레오 협력협정, 과학기술과 핵융합 협력협정 등을 통해 EU로의 국제과학기술 협력의 다변화를 꾀하는 듯 보였다. 2007년 이후로 EU FP7에서 한국 연구주체의 참여율은 저조하며, 과제 선정 건수 역시 미국, 호주, 캐나다, 이스라엘과 비교 시 매우 적다.