남영신(1998)은 맞춤법에서 한자어에서 첫음절의 홀소리가 겹홀소리인 경우와 'ㅣ'인 경우만을 규정했을 뿐, 우리말의 두음법칙에 존재하는 문제들을 한꺼번에 해결하려는 시도는 없었다고 비판했다. 두음법칙은 'ㄹ'과 'ㄴ'소리가 단어의 첫머리에 올 때 일어나는 현상인데, 맞춤법에서 한자어에 대해서만 두음법칙을 규정하고, 고유어의 경우 '녀석, 년, 니나노' 같은 말은 두음법칙의 적용을 받지 않는 등의 문제가 있게 됐다.
남영신(1998)에서는 우리말에는 어떤 소리를 두음으로 쓰지 않으려는 두음법칙 현상이 있는데, 맞춤법에서는 이러한 여러 두음법칙 현상 가운데 한자어에서 첫음절의 홀소리가 겹홀소리인 경우와 'ㅣ'인 경우만을 규정하였다. 이는 첫음절의 홀소리가 겹홀소리나 'ㅣ'로 나는 경우 두음법칙의 예외가 있기 때문에 먼저 두음법칙을 적용한다고 규정하고 그 예외를 규정하기 위한 편법일 뿐, 우리말의 두음법칙에 존재하는 많은 문제를 한꺼번에 해결하려는 시도는 없었다고 비판하였다.
 두음법칙은 원래 특정한 경우에만 일어나는 것이 아니라 'ㄹ'과 'ㄴ'소리가 단어의 첫머리에 올 때 광범위하게 일어나는 현상이다. 고유어의 경우 '러울'은 '너울'로, '라귀'는 '나귀'로 '니르다'는 '이르다'로 이미 두음법칙에 따른 음운 현상이 진행되어 그대로 표기를 하고 있다. 이렇게 이미 정착되어있는 것들을 맞춤법에서 새삼스럽게 두음법칙을 적용하여 그렇게 적으라는 규정을 할 필요가 없어 맞춤법에서는 한자어에 대해서만 규정하였는데, 이렇게 함으로써 고유어의 경우 해결되지 않은 문제가 있다고 하였다. 
고유어의 경우 '녀석, 년, 니나노' 같은 말은 아직 살아 있어서 두음법칙의 적용을 받지 않고 있다. 그리고 '이(치)'와 '이(슬)'는 모두 '니'가 두음법칙에 의해 변한 것이다. '이빨, 잇몸'의 '이'는 다 그 예인데, 이것은 다시 단어의 뒤에 들어가면 '어금니, 송곳니'처럼 본래의 소리대로 적게 된다. 이것은 맞춤법 제10항의 규정과 같은 원리이다. 그런데 문제는 단어에 따라서 이런 원칙을 따르지 않는다는 것이다. 예를 들어 '잎'은 '닢'이 두음법칙에 따라 달라진 말이지만, 단어의 뒤에 붙더라도 계속 '잎'으로 적고 있다는 것이다.