대법원 2011다46128, 2013다69057 판결에서 조합설립변경인가처분은 조합설립인가처분이 법적 분쟁에 의해 무효될 경우 원칙적으로 그 효력이 사라지며 조합설립인가처분 후 여러 차례 조합설립변경인가처분으로 행해진 선행 조합설립변경인가처분이 무효라면 후행도 적용된다. 다만 선행이 무효라도 후행이 선행에 의해 새로운 조합설립변경인가처분 요건을 가진다면 효과가 인정될 수 있다 라고 판시했다.
조합설립변경인가처분은 당초 조합설립인가처분에서 이미 인가받은 사항의 일부를 수정 또는 취소 ․ 철회하거나 새로운 사항을 추가하는 것으로서 유효한 당초 조합설립인가처분에 근거하여 설권적 효력의 내용이나 범위를 변경하는 성질을 가지므로, 당초 조합설립인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우에는 이에 터 잡아 이루어진 조합설립변경인가처분도 원칙적으로 그 효력을 상실하거나 무효이다. 이러한 법리는 당초 조합설립인가처분 이후 여러 차례 조합설립변경인가처분이 있었다가 중간에 행하여진 선행 조합설립변경인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우에 후행 조합설립변경인가처분의 효력에 대해서도 마찬가지로 적용된다고 새겨야 한다. 다만, 조합설립변경인가처분도 조합에 정비사업을 시행할 수 있는 권한을 설정해 주는 처분인 점에서는 당초 조합설립인가처분과 다르지 아니하므로, 선행 조합설립변경인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우라도 후행 조합설립변경인가처분이 선행 조합설립변경인가처분에 의해 변경된 사항을 포함하여 새로운 조합설립변경인가처분의 요건을 갖추고 있는 경우에는 그에 따른 효과가 인정될 수 있다. 이러한 경우에 조합은 당초 조합설립인가처분과 새로운 조합설립변경인가처분의 요건을 갖춘 후행 조합설립변경인가처분의 효력에 의하여 정비사업을 계속 진행할 수 있으므로, 그 후행 조합설립변경인가처분을 무효라고 할 수는 없다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2011다46128, 2013다69057 판결).