일본은 조선을 지배하고자 했지만 청국과 러시아가 각자 자신의 목표를 위해 일본을 견제했다. 그러자 일본은 전쟁을 염두에 두고 정보를 수집했고, 여기서부터 일본이 날조한 임나일본부설이 등장하게 되었다. 동학농민봉기는 일본에게 청일 전쟁을 벌일 기회가 되었다.
일본은 메이지 유신 이래 조선의 지배를 대외 침략 정책의 제1 목표로 삼고 있었다. 서양의 세력이 동양으로 뻗치는 위기 속에서 자국의 활로를 모색하자는 것이었다.
이런 일본의 정책에 결정적 걸림돌이 된 것은 청국과 러시아였다. 북경의 안전을 우선시한 청국과, 시베리아 횡단철도 완공을 위해 만주의 안정과 한반도의 영토 보전이 필요했던 러시아가, 조선 침략을 목표로 삼은 일본을 견제하였던 것이다.
반면 일본은 조선을 확보하기 위해 청국은 물론, 러시아와도 전쟁을 불사해야 한다고 판단했다. 이에 일본은 군비확충에 매진하면서 조선과 만주에 밀정을 파견하여 정보수집에 열중했다. 이미 1880년대 초 일본의 육군참모본부 소속 초급장교가 만주에서 광개토 왕릉 비문의 탁본을 입수해 가기도 하였다. 거기서 날조된 것이 잘 알려진 '임나일본부설'이다.
이러한 일본에게 1894년 조선의 동학농민봉기는 청일 전쟁을 일으킬 절호의 기회로 포착되었다. 조선 내정 혼란이 외세를 부른 격이었다.