갑오개혁 추진은 청일 전쟁과 병행되었기에 초기에는 군국기무처가 중심을 잡았다. 갑오개혁은 국가 운영/중앙 정부를 다룬 1차 개혁, 지방제도를 다룬 2차 개혁, 일본의 간섭이 커진 3차 개혁으로 나뉜다.
갑오개혁은 일본의 강요로 시작되었으나, 당시 일본은 청일전쟁 중이었기 때문에 조선 개혁과정에 적극 간섭할 상황이 못되었다. 그래서 실제 개혁은 군국기무처가 중심이 되어 자주적으로 폭넓게 펼쳐졌다.
대체로 1894년 7월 27일에서 12월 17일까지를 1차 개혁, 1895년 7월 7일까지를 2차 개혁, 1895년 8월에서 1896년 2월 초순까지를 3차 개혁이라 한다. 1차 개혁의 골자는 청국과의 단절을 명기한 것과 왕실사무와 국정을 분리한 점, 중앙의 제도와 사회개혁을 추진한 것이며, 2차 개혁은 지방제도를 중심으로 개혁한 것이다.
1차 개혁은 국가 운영상의 큰 골격을 다듬은 것이고, 2차 개혁은 가지를 정리한 셈이다. 3차 개혁은 일본의 간섭이 커지는 상황에서 개혁이 추진되었다.