국가배상법은 원칙적으로 민법의 시효규정이 적용된다. 일반 채권의 경우 10년인(민법 제162조 제1항) 데 비해, 불법행위로 말미암은 손해인 경우 그 배상청구권은 3년의 단기소멸시효를 두고 있다. 그런데 국가의 손해 배상은 예산회계법의 적용도 받게 된다. 예산회계법상의 규정으로 국가에 대한 손해배상청구권은 3년과 5년의 소멸시효가 적용된다고 할 수 있다.
국가배상법은 국가의 배상 책임에 관하여 원칙적으로 민법의 규정이 적용되도록 하고 있어, 민법의 시효규정이 적용된다. 기간은 일반 채권의 경우 10년인(민법 제162조 제1항) 데 비해, 불법행위로 말미암은 손해인 경우 그 배상청구권은 다음과 같이 3년의 단기소멸시효를 두고 있다. 민법 제766조 제1항에서“손해 및 가해자를 안 날”을 기산점으로 하는 탓에 기간이 한없이 길어질 가능성도 있다. 제2항의 규정은 이를 제한하기 위한 것인데, 10년이라 한 것은 이 규정에 영향을 준 독일(30년)이나 일본(20년)의 경우에 비추어 지나치게 짧은 느낌이다. 이 성격에 관하여 판례는 소멸시효라 본다. 따라서 실질적으로는 제1항, 제2항 가운데 하나만 충족되면 소멸시효는 완성하게 된다. 그런데 국가의 손해 배상은 예산회계법의 적용도 받게 된다. 예산회계법 제96조 제1항의‘다른 법률의 규정’에 대하여, 판례는 5년보다 짧은 기간의 소멸시효 규정이 있는 경우를 가리키는 것이라 보고 있다. 따라서 3년의 단기 소멸시효를 규정 한 민법 제766조 제1항은 이에 해당하지만, 10년의 소멸시효를 규정한 제2항은 해당하지 않는다. 결과적으로 예산회계법상의 규정으로 국가에 대한 손해배상청구권은 3년과 5년의 소멸시효가 적용된다고 할 수 있다. 예산회계법 제96조 제1항의‘다른 법률의 규정’에 대하여, 판례는 5년보다 짧은 기간의 소멸시효 규정이 있는 경우를 가리키는 것이라 보고 있다. 따라서 3년의 단기소멸시효를 규정한 민법 제766조 제1항은 이에 해당하지만, 10년의 소멸시효를 규정한 제2항은 해당하지 않는다. 결과적으로 예산회계법상의 규정으로 국가에 대한 손해배상청구권은 3년과 5년의 소멸시효가 적용된다고 할 수 있다.