1896년 서재필은 배재학당에서 회의법에 대한 강의를 하였다. 이는 학생들에게 새로운 사상을 심어주었다. 또 일상적 문제에 대한 토론회도 지도했는데 이는 학생들에게 개화정신과 독립정신을 심어주었다. 이 지도에서 주목할 만한 것은 '만군 회의 통상 규칙'이다.
1890년대 후반. 독립협회와 만민공동회로 이어지는 역사적 소용돌이의 한 중심은 배재학당이었다. 1896년 1월 서재필은 미국에서 귀국하자 곧 배재학당에서 강의를 맡았고, 1896년 2월 중순 이래 매주 토요일 강연회를 가졌다. 강연과 교과목으로 강의하는 회의법에 대한 그의 수업은 학생들에게 새로운 사상을 심어주는 구실을 하였다. 학생 단체인 협성회는 이와 같은 기초 작업 위에 태동하였다. 배재학당에서 그는 역사, 지리, 경제, 정치, 종교 등을 강의하였는데 학생들은 크게 감화를 받았다. 
 한편, 그는 일상적인 문제를 다루는 토론회를 지도하였다. 아펜젤러(H. G. Appenzeller) 학당장 초청으로 일주일에 2시간 강의하였으며 학생들에게 개화 정신과 독립 정신을 배양해 주었다. 서재필의 학생 지도 가운데 특기할 자료는 ‘만군 회의 통상 규칙’이다. 그리고 우리나라에 장차 국회를 두어 헌법을 공포해 입헌 정치를 하려는 포부와 기대를 가지고 있었다.