현행법을 해석하는 것만으로는 국립중앙박물관과 문화재청의 업무 중복을 조정하는 것에 한계가 있다. 이를 해결하기 위해서는 이론적·비교법적 관점에서 양 기능의 독립성 여부와 기준을 탐색한 결과를 기반으로 명확한 제도를 구축할 필요가 있다.
이상과 같은 논의를 종합하면 다음과 같다. 현행법은 국립중앙박물관과 문화재청의 기능적 독립성을 인정하고 이를 실정법으로 구현하고 있다. 그러나 구체적인 구현 내용을 살펴보면, 국립중앙박물관에서 문화재의 보존․관리업무도 수행할 수 있고, 문화재청에서도 박물관을 운영할 수 있는 근거를 마련해 놓고 있다. 따라서 현행법의 해석론만으로는 국립중앙박물관과 문화재청의 업무의 중복을 조정하는 것은 한계가 있다. 따라서 이론적인 관점과 비교법적인 관점에서 양 기능의 독립성 여부와 그 기준에 관하여 탐색하여 보았다. 이에 따라 비교법적 관점에서 양 기능은 독립성을 인정하고 세부조직은 분리하고 있으나, 한 기관에서 수행하고 있다는 결론을 도출하였고, 이론적인 관점에서 그러한 기능적 독립성의 기준은 문화재업무의 생명주기와 대상의 측면에서 서로 구별된다는 결론을 도출하였다. 따라서 이와 같은 논의결과를 바탕으로 앞으로 국립중앙박물관과 문화재청의 업무가 중복되지 않도록 하기 위해서는 이론적·비교법적 고찰의 결론에 기초하여 이를 제도화하는 것이 바람직하다. 이 보고서에서는 이러한 제도화의 한 방안으로 다음과 같은 개정안을 도출하였다.