갑오개혁으로 조선8도제도가 23부제로 바뀌고 춘천부와 강릉부가 설치되어 2개로 분리된다. 울진군은 강릉부에 소속되었다가 고종33년 13도제 실시에 따라 부활된 강원도에 속하게 되었다.
그리고 고종 32년(1895) 5월 26일 갑오개혁의 일환으로 칙령 제 98호로 조선8도제도(朝鮮八道制度)가 23부제(府制)로 시행되면서 강원도의 명칭은 일시 중지되고 춘천을 중심으로 한 영서지역에는 춘천부(春川府)가 설치되었다. 강릉을 중심으로 한 영동지역에는 강릉부(江陵府)가 설치되어 2개의 부(府)로 분리된다. 당시 읍격을 일률적으로 모두 군으로 하였기 때문에 울진현도 울진군으로 변경되어 읍격이 높아졌다. 이때 울진군은 강릉부에 소속되었다. 그러나 고종 33년(1896) 8월 4일 칙령 제36호로 13도제(道制)가 실시됨에 따라 강릉부와 춘천부가 합쳐져 강원도로 복칭되어 울진군은 강원도에 속하게 되었다.