특검팀은 문화계 블랙리스트 작성에 최순실과 박근혜 대통령을 시작으로 청와대, 국정원, 문체부가 조직적으로 연관됐다고 파악하고 국정원의 불법 사찰 의혹도 제기했다.
이와 관련해 특검팀은 '문화계 블랙리스트' 작성 과정의 정점에 '비선 실세' 최순실과 박근혜 대통령, 그리고 김 전 비서실장이 있다고 보고 있으며, 김 전 실장이 총괄하는 대통령비서실 산하 정무수석실 외에 국가정보원도 리스트 작성에 동원된 의혹을 수사 중이라는 보도도 확인된다. 그에 따르면, "특검이 파악한 문화예술계 블랙리스트 작성의 메커니즘은 '최 씨→박 대통령→김 전 비서실장→정무수석비서관실'로 요약된다. 최 씨가 박 대통령에게 블랙리스트의 필요성을 주장하며 사실상 작업을 주도했고, 박 대통령은 김 전 비서실장에게 해당 구상을 실현하라고 지시해 정무수석실이 작성했다는 것이다. 이후 리스트는 교육문화수석실을 거쳐 문체부 실무자 등에게 전달됐다"고 했다.16) 즉, 문화예술계 블랙리스트는 대통령, 비서실, 국정원, 문체부 등이 조직적으로 연루되어 있고, 대통령 이하 수직적인 전달체계를 따라 자행된 범죄로 인식되었고, 이와 관련해 국정원의 민간단체 불법사찰 의혹까지 제기되었다.