ECJ가 공동체법질서에 있어 기본권을 보장해야 한다고 밝힌 것은 Internationale Handelsgesselschaft 사건 판결부터이다. 다만, ECJ는 예탁금제도가 기본권을 침해하는지 여부에 대해 판단해야 했다. 그 후의 판례를 보면, ECJ는 점차 공동체법의 영역 내에서 행동하는 회원국에 대해 기본권이 구속력을 가질 수 있다는 것을 확인하고 있다.
ECJ가 공동체법질서에 있어 기본권을 보장해야 한다고 입장을 본격적으로 밝힌 것은 Internationale Handelsgesselschaft 사건 판결부터이다. 이 사건에서 원고는 독일의 수출입회사였다. 원고는, 만약 일정 기한 내 상품이 수출되지 않으면 예탁금을 몰수할 수 있다고 정하고 있는 공동체 규칙은 독일헌법원칙에 위배된다고 주장하였다. 이 주장에 대해 ECJ는 공동체의 조치가 회원국의 국내헌법원칙에 비추어 판단되어야 한다는 점에 대해서는 강하게 부정했다. ECJ는 기본권의 존중은 “ECJ에 의해 보호되는 공동체법의 일반원칙의 완전한 부분”(an integral part of the general principles of Community law protected by the ECJ)을 형성한다고 간주했다. 다만, ECJ는 공동체규칙이 정하고 있는 예탁금제도(the deposit system)가 기본권을 침해하고 있는가 여부에 대해 판단해야 했다. 이후의 일련의 판결에서 이에 대해 판단하면서 ECJ는 회원국의 헌법적 전통과 국제인권조약, 그리고 ECHR에 의거하여 그 논거를 이끌어내고 있다. 초기의 ECJ 판례법은 공동체규범의 기본권과의 양립성 여부와 주로 관련을 맺고 있다. 그러나 그 후의 판례를 보면, ECJ는 점차 공동체법의 영역 내에서 행동하는 회원국에 대해 기본권이 구속력을 가질 수 있다는 것을 확인하고 있다. 그러나 ECJ는 EC법과 실제적인 관련이 없는 경우에는 기본권 침해를 이유로 회원국을 대상으로 한 제소는 여전히 인정하고 있지는 않다.