김대중,노무현 정부 시기 안보분야연구는 남북관계진전 속에 북핵문제 등 안보문제를 해결하고, 한반도 평화체제 수립문제를 중심으로 통일내지 통합에 관한 연구가 진행됐다.
첫 번째로, 2000년부터 2007년까지 김대중 정부와 노무현 정부가 햇볕정책과 대북포용정책을 통해 남북대화와 남북교류협력을 주도한 시기이다. 이 시기 한반도 주변정세는 남북관계의 진전 속에서도 북한의 핵개발로 인하여 북 미 대화와 4자회담, 그리고 6자회담 등 역내 다자협의 채널이 가동된 시기이다. 이 시기 외교 안보 분야의 연구는 2000년 남북정상회담 개최 이후 남북관계의 진전 속에 남북을 통합의 주체로 상정하되 다자간 대화를 통해 북핵문제 등 안보문제를 해결하고 한반도에서 평화체제를 수립하는 문제를 중심으로 통일내지 통합에 관한 연구가 진행되었다.