공동이용기관 박물관들은 독자적 연구를 통해 각 대학과 교류하고 있다. 이 박물관들은 현재 상황 즉각 대응을 위한 연구형 박물관들이다.
이들 공동이용기관들은 국립대학의 학술연구의 발전에 기여하기 위한 목적으로 세워진 것으로 독자적인 연구를 통해 각 대학과 교류를 행하고 있다. 이제까지의 박물관이 교육형이었다면, 공동이용기관으로서의 박물관은 현재의 상황에 즉각적인 대응을 위한 연구형 박물관이다. 국립민족학박물관과 국립역사민속학박물관이 인문과학계열의 박물관이고, 국립민족학박물관은 세계의 민족에 관한 자료를 중심으로 이루어진 박물관이다. 또한 국립역사민속학박물관은 일본의 역사·민속에 관한 자료를 취급하고 있다. 이외에 대학 부속박물과도 있어 일반적으로 연구와 결부한 특징적인 자료를 보존하고 있다.