기존의 통일 관련 연구는 정부의 통일 정책에 변화에 따른 주제의 빈번한 교체, 실제 정책 효과 검증작업의 미약, 특정 주제연구로의 편중으로 인한 지식 생태계의 불균형과 퇴행,  실질적 대북 통일정책 수행에 필요한 정책시뮬레이션 및 매뉴얼 연구의 미약이라는 한계를 가진다.
이상을 종합하면, 기존의 통일 관련 연구는 다음과 같은 문제점을 지니고 있다. 첫째, 정부정책에 따라 특정 주제 중심으로 연구가 진행되었다. 각 정부의 대북 통일정책에 따라 특정 주제로 연구가 집중되다 정부가 바뀌면 관련 논의가 중단되고 이후 정책논의와는 단절되는 현상이 나타났다. 둘째, 많은 통일연구들이 통일모델, 통일정책목표, 과제, 방향, 로드맵 등을 제시하고 있으나 실제 정책 효과에 대한 검증작업은 미약했다. 이런 검증의 부재로 인해 무책임하거나 비현실적인 연구가 양산되거나 정책 실패나 성공의 교훈을 찾지 못하는 일이 반복되고 있는 측면이 있었다. 셋째, 다양한 연구보고서, 논문, 단행본 등이 제출되고 있으나 정책담당자 및 연구자들 사이에 공유되고 발전적으로 축적되지 못하는 부분이 있다. 유사 연구의 반복재생산, 특정 주제영역으로의 함몰 등 통일연구의 지식생태계가 전반적으로 불균형적이고 퇴행적인 모습을 보여주고 있는 측면이 강했다. 넷째, 대북 통일정책 수행에 실질적으로 필요한 정책시뮬레이션이나 정책매뉴얼에 대한 연구가 미약하다. 대부분의 통일연구는 정책목표, 과제, 추진방향, 로드맵 등 정태적인 정책 구상을 제시할 뿐 정책수행 중에 발생하는 상황변수에 대한 실제적인 대응에 대해서는 연구가 미약했다.