주무관청은 법인설립신청서의 허가여부를 결정하고, 신청인에게 결과를 통지해야 한다. 허가시에는 법인설립허가증을 발급하고, 불허가시에는 신청인에게 구체적인 사유를 알려야 한다.
법인설립신청서를 접수한 주무관청은 신청서를 받은 날로부터 20일 이내에 허가여부를 결정하고, 그 결과를 신청인에게 통지해야 하며, 법인설립을 허가한 때에는 여성가족부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 <별지 제2호서식>에 의한 법인설립허가증을 발급한다.  이 때 법인등기에 활용할 수 있도록 허가권자의 직인으로 간인한 정관과 임원명부를 함께 교부하는데 임원명부에는 임원의 직위와 성명, 생년월일, 주소 등을 기재한다. 다만, 행정절차 간소화의 경향에 따라 정관에 직인으로 간인하는 것을 생략하는 것이 요즈음의 추세이다. 불허가의 경우에는 불허가사유를 구체적으로 신청인에게 알려주어야 한다