훈민정음 창제 당시 자모의 명칭이 어땠는지는 알 수 없다. '훈민정음' 다음으로는 '훈몽자회'에서 자모 명칭의 단서를 찾을 수 있다. 자모의 명칭을 제시하지는 않았지만 여기에서 설명하는 자모의 발음과 용법이 맞춤법에서 자모의 명칭으로 받아들여졌다. 강위의 '동문자모분해'에서는 한글로 발음을 표기하여 '훈몽자회'의 한자 표기에서 비롯된 한계가 보완되었다.
자모 명칭의 연원은 '훈민정음' 창제 때로 거슬러 올라가지만 당시 자모의 이름을 어떻게 했는지에 대해서는 알 수 없다. 홍기문(1946)에서는 '기, 니, 디, 리......'식으로 불렸을 가능성이 크다고 하였다.  '훈민정음' 다음으로 자모의 명칭에 대한 실마리를 볼 수 있는 자료는 '훈몽자회'이다. 여기에서도 역시 자모의 명칭을 제시하지는 않았지만, '훈몽자회'는 현행 맞춤법에서 규정한 자모 명칭의 근거가 되었다.  살펴보면 이것은 자모 명칭에 대한 설명이라기보다는 자모의 용법 및 발음에 대한 설명이라고 할 수 있다. 즉 한자를 이용해 한글 자모의 용법과 발음을 보여 주고 있는데 'ㄱ, ㄴ, ㄷ'등과 같이 초성과 종성에 모두 쓰이는 자모에 대해서는 초성과 종성의 용법을 모두 보여 주고 초성에만 쓰이는 자에 대해서는 초성의 용법만을 보여 주었다. 그런데 이 과정에서 한자의 제약으로 인해 'ㄱ기역 ㄷ지(말) ㅅ시(의)'의 경우는 '윽, 읃, 읏'으로 적을 수 없었다. 이처럼 자모의 용법과 발음을 보여 주기 위한 것이 맞춤법에서 자모 명칭에 채용됨으로서 한글 자모 명칭에 대한 논쟁의 근원이 되었다. 이후 많은 책에서 '훈몽자회'와 비슷한 형식의 자모표를 제시하였는데, 이처럼 자모표를 제시하는 것은 개화기까지 이어졌다. 강위의 '동문자모분해'(1869)에서는 한글 자모로 발음을 보여줌으로써 한자 표기로 인해 '훈몽자회'가 가졌던 한계를 극복하였다.