국토안보부의 창설의 비용을 어떻게 충당할 것인가 하는 점이 중요하다. 미국 정부가 막대한 재능 적자를 기록하고 있기에 창설보다는 운영비 조달에 더 신경써야 한다.
일부에서는 국토안보부의 창설이 기정사실화되어 있는 지금, 어떻게 만들 것인가 보다는 비용을 어떻게 충당할 것인가 하는 점에 더 관심을 가져야 한다고 주장한다. 특히 미국 정부가 올해부터 막대한 규모의 재정 적자를 기록하고 있고, 많은 주와 시 정부도 예산 부족으로 고통 받고 있다는 점에서 국토안보부의 창설보다는 운영비 조달 문제에 더 관심을 가져야 한다는 주장은 설득력을 갖는다이에 대해 백악관은 미국의 공적 영역과 사적 영역이 이미 안보를 위해 연 1000억 달러 정도를 지출해 왔으며, 새로운 국토안보부안은 1년 동안 380억 달러의 예산을 계획하고 있다고 옹호하고 있다. 하지만 현재 상태로라면 국토안보 계획은 많은 주와 시에서 단기간에 중단되게 될 수도 있다는 지적이 제기되고 있다. 국토안보부 관계자들도 이 문제에 대해서 국토안보부 계획은 아직 완전한 것이 아니며, 앞으로 보다 구체적인 계획이 마련되어야 할 것이라는 자세를 보이고 있다.