수석 교사는 수업도 하고 다른 교사들을 지원해야 하므로 불완전합니다. 또한 보직 교사가 아니라 법령상 별도 직위를 갖지만 직급에 대해서는 언급이 없어 이로 인해 법제화 후에도 수석교사의 지위와 역할의 모호성 문제가 해결되지 않은 채 남아 있습니다.
물론 현재 도입된 수석 교사 제도는 제도의 측면에서 다소 불완전한 요소를 지니고 있습니다. 〈초·중등교육법〉과〈유아교육법〉상의 수석교사의 임무는“교사의 교수연구 활동을 지원하며, 학생을 교육한다.”고 되어 있습니다. 수업과 함께 다른 교사들의 교육과 연구 활동을 지원하는 멘토 교사의 역할도 수행해야 하는 것입니다. 한편 수석교사는 교사, 교감, 교장과 구분되는 별도의 교원으로 법규상에 명시되어 있습니다. 학교 내의 업무 분장과 수행을 위한 보직 교사가 아니라 법령상의 별도 직위를 갖게 된 것입니다. 그러나 현행 법령은 수석교사에 별도의 직위를 부여하면서 직급에 대해서는 아무런 언급도 하지 않고 있습니다. 국가공무원법상 ‘직급(職級)’이란 “직무의 종류ㆍ곤란성과 책임도가 상당히 유사한 직위의 군”으로 정의되어 있습니다. 쉽게 말하면 수석교사라는 새로운 직위를 만들면서 이 새로운 직위가 교감급에 해당하는지 혹은 교장급에 해당하는지에 대한 규정을 두지 않은 것입니다. 이로 인해서 시범 실시 때부터 계속되었던 수석교사의 지위와 역할의 모호성 문제가 법제화 후에도 충분히 해결되지 않은 상태로 남게 되었습니다.