교류협력의 비약적 발전에도 평화라는 근본문제의 결여로 북한의 핵 개발은 진행되어 불안정성은 늘어만 갔고, 이는 남북관계의 피로감이 되어 이후 보수성향 정권 탄생의 배경으로 작용했다.
통일과 평화라는 근본문제에 대한 논의가 결여됨으로써 교류협력의 비약적 발전에도 불구하고 안보와 불균형이라는 문제가 상존한 시기였다. 아울러 많은 성과에도 불구하고 남북관계의 잘못된 관행이 초래되었다는 점에서 한계를 보였다. ‘북한이 갑이 되는 일방적 관계’, ‘북한의 잘못된 행동에도 불구하고 이루어지는 보상’이 바로 그것이다. 서해 교전이 발생하면서 동해의 유람선이 금강산으로 출항하고, 개성공단 일일출근 시대가 열린 상황에서 북한의 핵개발이 진행됨으로써 남북관계의 불안정성은 해소되지 못했다. 이는 남북관계의 피로감으로 연결되었으며, 결국 이후 보수성향의 이명박･박근혜 정권 탄생의 한 배경으로 작용했다.