일본의 독립행정법인국립과학박물관이 박물관법의 적용을 받지 않는 데 반해 우리나라의 국립박물관은 박물관 및 미술관진흥법의 적용 대상이 된다. 일본은 한국과 다르게 박물관의 종류에 따라 각각의 법을 두고 구분하여 관리하고 있기 때문에 이와 같은 차이가 발생한다.
다른 한편,일본의「박물관법」은 박물관을 역사, 예술, 민속, 산업, 자연과학 등에 관한 자료를 수집․보관․육성해 전시하고 기본적으로 교육목표 하에 일반 공중이 이용할 수 있도록 제공하여 교양, 조사연구, 레크레이션 등에 이바지하기 위한사업을 실행할 수 있고 이러한 자료를 조사․연구하는 기관 중에 지방공공단체(공립박물관), 민법 제34조의 법인, 종교법인 또는 정령(내각에서 정하는 명령 또는 각령/정치상의 명령이나 법령)에서 정하는 기타의 법인(사립박물관)이 제2장의 등록규정(제10조～제17조)에 의하여 설립하는 것을 말한다. 따라서, 독립행정법인국립과 학박물관은「박물관법」의 적용을 받지 아니한다.이는 우리「박물관 및 미술관진흥법」제3조에서 국립박물관을「박물관 및 미술관 진흥법」의 적용대상으로 보는 것과 차이를 보인다. 다시 말해, 일본은 일반 박물관은「박물관법」에서,독립행정법인 형태의 박물관 및 미술관은「독립행정법인국립과학박물관법」,「독립행정법인국립문화재기구법」, 국립미술관은「독립행정법인국립미술관법」에서 각각 구분하여 규율하고 있다.