새 6자모의 제정은 큰 논란이었다. 형태주의 원칙의 '조선어신철자법'에서는 불규칙 용언들의 불규칙 활용을 다른 음운 현상과 같다고 보고, 교체되는 음운을 고정하고자 새 문자를 창안했다. 이는 '훈민정음' 창제법에 의거해 만들거나 이미 소실된 문자를 복원한 것이었다. 이로써 규칙 현상과 불규칙 용언까지 다른 음운 교체 현상과 똑같이 처리하고자 했다.
자모의 체계에 대해 이러한 비판이 있긴 했지만, 이는 근본적으로 전체 자모의 수에 변화를 가져온 것은 아니기 때문에 큰 문제가 되지는 않았다. 이보다 오히려 새로운 6자모의 제정이 큰 논란이 되었다.
 형태주의 원칙에 대해 철저히 따르는 것을 원칙으로 하는 '조선어신철자법'은 불규칙 용언들을 위해 새로 6자모를 세웠다. 불규칙 용언들은 한 형태부 내에서 음운이 교체하므로 현행 음운 규칙으로는 설명하기 힘들다. 그런데 '조선어 신철자법'에서는 이들 불규칙 활용을 다른 음운 현상과 같은 것으로 인정하고 교체되는 음운을 새로운 자모로 고정시키고자 하였다. 이에 새 문자들이 창안되었다. 이 문자들은 '훈민정음' 창제법에 의거하여 새로 만든 것이거나 이미 소실된 문자를 복원한 것이다. 조선어문연구회(1950,2-2)에서는 이들의 음가 및 이름, 제정의 필요성에 대해 다음과 같이 기술하였다.
 이상의 설명을 통해 볼 때, 결국 이들 문자는 불규칙 용언의 교체를 고정시키기 위해 고안된 것임을 알 수 있다. ㄹ 탈락(갈고-가니), 러 불규칙(푸르다-푸르러), ㄷ 불규칙(듣다-들어), ㅅ 불규칙(긋고-그어) 등을 규칙적으로 고정시켜 처리하기 위한 것이다. 결국 새로운 6자모는 규칙 현상뿐만 아니라 불규칙 용언까지 다른 음운 교체 현상과 똑같이 처리하고자 한 것이라 할 수 있다.