훈민정음'의 자모 배열은 제작 원리와 관련이 깊다. 이 순서는 '훈몽자회'에서 달라지는데, 최현배(1942)에서는 '훈몽자회'가 '훈민정음'의 배열을 지키면서 글자 운용상의 차이로 이대분했다고 했다. 이숭녕(1948)에서는 '훈몽자회'의 모음 배열이 모음도상의 순위일 가능성을 말했다. 남광우(1956)에서는 '훈몽자회'의 자음 배열이 '훈민정음'과 달라진 이유를 분석했다. '훈몽자회'의 자모 배열은 현행 맞춤법과 유사하다. 
1.2.1.1. 자모의 차례
 자모 차례, 즉 배열에 대해 사적으로 살펴보자. 먼저 '훈민정음'의 자모 배열은 초성자, 중성자 순으로 되었는데, 이는 문자 훈민정음의 제작 원리와 깊은 관련을 가진다. 초성자는 다시 당시의 음성 분류에 따라 아음, 설음, 순음, 치음, 후음, 반설음, 반치음 등의 순으로 조음 위치가 배열에 고려되었다. 중성자는 제자 원리에 따를 삼재에 의해 시작되어 합용에 의해 만들어졌다. 이 배열 순서는 최세진의 '훈몽자회'에 와서 상당히 달라진다.
 최현배(1942)에서는 '훈민정음'은 닿소리를 아설순치후의 오음으로 분류 배열하였음에 비해 '훈몽자회'는 오음적 배열의 순서를 어느 정도 지키면서 그 글자의 운용상의 차이로써 이대분하였다고 하였다. 홀소리의 배열은 대체로 개구음에서 폐구음 순으로 하되 중모음은 그것의 본 단모음 뒤에 배열하였다.
 이숭녕(1948)에서는 '훈몽자회'에서 모음의 배열이 'ㅏ ㅑ ㅓ ㅕ ㅗ ㅛ ㅜ ㅠ ㅡ ㅣ'와 같이 된 이유는 개구도를 중심으로 한 모음도상의 순위일 가능성이 있다고 하였다.
 남광우(1956)에서는 '훈몽자회'의 자음 배열이 '훈민정음'과 달라진 이유가 단순히 초성, 종성에 통용되는 글자를 먼저 보이고 초성에만 오는 글자를 그 다음에 오게 하려고 한 데 있는 것은 아니라고 했다. 
 이러한 '훈몽자회'의 자모 배열은 현행 맞춤법 자모 배열과 유사하다. 다만 자음의 배열에서 'ㅈ, ㅊ'이 'ㅋ, ㅌ, ㅍ' 뒤로 배열된 것이 다르다. 현대 국어와 같이 'ㅈ, ㅊ'의 위치가 'ㅋ, ㅌ, ㅍ, ㅎ'의 앞에 배열된 것은 홍계희의 '삼운성휘'(1751)에 처음 나타난다.