‘한ㆍEU S&T 협정 평가’에 의하면 한국은 부처 간 분리성으로 인해 다양한 관련 기관과 협력하는 데에 한계점이 있다. Allison의 정책결정모형에 따르면 조직이 다양하게 나뉠수록 이해상충이 발생하기 때문에 국제과학기술협력제도의 연구 성과가 미비한 것이다.
이러한 저조한 연구협력은 한국정부가 시행하는 제도개편에 따른 부서 다원화와 부서간의 원활하지 않은 조직적 협업 현황을 통해 살펴볼 수 있다. 이는 최근 2013년 발행된 ‘한ㆍEU S&T 협정 평가’에서 잘 드러난다. EC(European Commission)의 협정 평가에 따르면, 한국 주무부처가 분절화되어 있고 커뮤니케이션이 원활하지 못해 한국 연구기관들과의 접촉은 물론 EU 컨소시엄 관련 네트워크 형성에 많은 어려움이 있음을 지적했다. 조직의 분절화 및 다원화가 진행될수록 조직 협업이 어려운 이유는 Allison이 제시한 정책결정모형에서도 찾아볼 수 있다. 모형의 핵심적 주장은 정책결정모형 중 하위조직의 목표를 우선시하는 사실에 있다. 행위자-이해관계에서 정부부처는 각 부처의 예산확충과 영향력 증대를 위해 부처간 이해상충을 보일 수 있다. 즉 국내 정부 내 하위 조직의 분절화와 이해상충에 따라 국제과학기술협력제도의 실효성과 일관성은 떨어질 수밖에 없다.