고문의 방법에는 육체적 고문과 정신적인 고문이 있는데 현대에서의 고문은 물리적․유형적인 방식 외에도 인간 심리나 지각에 대한 수단도 동원되고 있다. 이런 방법들을 사용할 때 ‘합법적 제재조치로부터 초래되거나, 그에 내재 혹은 부수되는 고통’은 고문이 아닌 것으로 고문방지협약에 명시되어 있다.
고문의 방법에는 육체적 고문만이 아니라 정신적인 고문도 포함된다. 따라서 그 종류는 구타, 전기 충격, 물고문, 잠안재우기, 마약 흡입 및 감각 마비시키기 등 다양하다. 특히 현대에서의 고문은 물리적․유형적인 힘의 행사만이 아니라, 인간의 심리나 지각에 대하여 특별한 수단을 사용하고 있다.  고문의 방법과 관련하여, 피구금자가 받는 고통이 고문일까, 즉 고문의 한계점이 어디인가가 문제이다. 위 ｢고문방지협약｣ 제1조 후단은 “다만, 합법적 제재조치로부터 초래되거나, 이에 내재하거나 이에 부수되는 고통은 고문에 포함되지 아니 한다”고 하여 ‘합법적 제재조치로부터 초래되거나, 그에 내재 혹은 부수되는 고통’은 고문에 포함시키지 않고 있다. 합법적인 제재조치의 예로서는, 이를테면, UN에서 정한 ｢피구금자 처우 최저기준규칙｣(Standard Minimum Rule's for the Treatment of Prisoners 1957)의 기준을 넘지 않을 정도는 합법적인 제재조치로 볼 수 있을 것이다. 따라서 그 제재조치로부터 초래되거나, 그에 내재 혹은 부수되는 고통은 고문의 범위에는 포함되지 않게 된다.