페이고제도와 총지출제도에 관해, 우리나라 정치구조와의 부정합 가능성, 재정의사결정권한 일부 국회 이전과 그에 따른 권한배분의 급격한 변화 방지, 페이고제도 변용으로 임기시작시 재조정 후 임기 내 적용, 총지출제한제도 하 법안의 항구성에 따른 예산당국의 지나친 통제, 페이고제도 하 재량지출의 배분과 대통령의 행정권한행사, 부분별 지출 문제, 대통령제에 따른 경직적인 준칙으로 인한 적극적 재정정책 수행 불가능 등을 고려해야 한다.
두 번째 이슈로 페이고제도와 총지출제도가 우리나라의 혼합적인 정치구조에서 각각 내각책임제적 요소와 대통령제 요소와 부정합 할 가능성에 대한 검토도 필요하다. 미국의 경우 예산편성과 입법권을 모두 의회가 가지고 있는 상황에서 입법권의 일부 제약이 수용 가능한 반면, 우리나라의 경우 페이고제도를 도입하여 국회가 입법권을 행사할 범위가 축소되면 예산에 관한 권한이 적은 상황에서 전체적으로 재정의사결정권한이 상당히 축소된다고 할 수 있다. 이를 보완하여 재정의사결정권한 중 일부를 국회에 이전하는 방안을 고려할 필요가 있다. 총지출제한의 수준과 부문별 지출제한의 수준의 결정권한을 이양하거나 지출제한 하에서 증액심사를 가능하게 하는 등 일부의 권한을 이전함으로써 행정부와 의회사이의 권한배분의 급격한 변화는 일어나지 않도록 하는 것이 필요하다. 페이고제도를 일부 변용하여 의무지출프로그램을 대통령 임기 또는 국회 임기시작 시 재조정할 수 있는 권한을 국회에 부여하고 임기 내에서는 페이고제도를 적용하는 방식으로 의회의 입법권한행사를 허용하는 유연한 접근도 가능할 것으로 생각된다. 총지출제한제도의 경우 내각책임제와 같이 예산기관이 광범위한 권한을 행사하고 법안의 수정이 용이한 경우 제도화하는 것이 적절한데 우리나라는 입법권의 분리와 임기의 보장에 따라 법안의 항구성이 있으므로 예산당국에 지나친 통제가 될 가능성이 있다. 페이고제도 하에서도 기존 의무지출프로그램에 의한 의무지출의 지속적인 증가경향에서 재량지출의 배분이 줄어들고 대통령의 적극적 행정권한행사가 어려워지고 부분별로 바람직한 지출이 이루어지지 못할 우려가 생긴다. 대통령제는 임기가 보장되어 정치적 환경 변화에 새로운 정부가 구성되지 못하게 되므로 지나치게 경직적인 준칙을 적용할 시 금융위기 등 적극적 재정정책을 수행하지 못하게 되는 문제도 존재한다.