문화재보호법 제16조에서는 국가지정문화재의 관리가 곤란하다면 소유자나 관리자 대신 이를 관리할 법인과 단체를 지정할 수 있다고 본다. 하지만 이러한 관리자 지정 행위는 박물관 자료 관리자 지정 행위와 중복되며, 국립중앙박물관장의 역할이 그 과정에서 배제되므로 「박물관 및 미술관 진흥법」과 충돌하고 박물관자료의 체계적 보존과 관리에 반하는 결과가 나올 수 있다. 그러므로 문화재보호법과 「박물관 및 미술관 진흥법」이 포괄하는 자료의 범위를 확정해야 한다. 
즉, 문화재보호법 제16조에서는 문화재청장이 국가지정문화재의 소유자가 분명하지 않거나 그 소유자 또는 관리자에 의한 관리가 곤란 또는 적당하지 않다고 인정되는 경우에는 그 문화재를 관리하기에 적당한 법인이나 단체를 지정할 수 있는 것으로 규정하고 있다. 그러나 여기서 문제가 되는 것은,문화재와 박물관자료가 완전히 별개의 개념이 아니라면, 문화재의 보존․관리를 위하여 행하는 위와 같은 문화재의 관리자를 지정하는 행위는 박물관자료의 보존․관리를 위하여 행하는 박물관 자료의 관리자를 지정하는 행위와도 중복되는 면이 있다고 할 것이고, 그렇다고 한다면 문화재 관리자의 지정행위에 있어서「박물관 및 미술관 진흥법」에서 이야기하는 박물관자료의 보존․관리와 관련한 행정작용을 행하는 국립중앙박물관장의 역할과 권한이 완전히 배제되어서는 안된다고 할 것인데, 동법의 규정에 의하면, 이와 같은 국립중앙박물관장의 역할이 배제되어 있다는 점에서 문화재보호법과「박물관 및 미술관 진흥법」상호간의 충돌이 발생한다고 할 것이다.그리고 이러한 결론은「박물관 및 미술관 진흥법」제10조에서도 규정하는 바와 같이, 국립중앙박물관에서는 국내외 문화재의 보존․관리 이외에도 국내외 박물관자료의 체계적인 보존․ 관리를 그 사업내용으로 규정하고 있다는 점에서, 문화재청에서 전적으로 모든 국가지정 문화재에 대한 관리자의 지정행위를 할 수 있는 것으로 한 것은「박물관 및 미술관 진흥법」에서 규정하는 국내외 박물관자료의 체계적인 보존․관리에 반하는 결과를 초래할 수 있기 때문이다. 따라서 적어도 법률 상호간의 이러한 충돌을 방지하고, 양 기관의 협동과 조정을 꾀한다면,문화재보호법에서 규정하는 문화재의 개념과「박물관 및 미술관 진흥법」에서 포섭하는 박물관자료의 범위획정이 필요하다. 이러한 범위확정과 관련하여 문화재청에서는 유형의 문화재 중 부동산을 보존․관리하고 국립중앙박물관에서는 부동산 이외의 동산에 대한 보존․관리행위를 할 수 있는 것으로 기준을 설정하는 것이 대안이 될 수 있을 것이다.