송아지의 설사에서 로타바이러스가 확인됐다. 어미 소는 항체를 갖고 있지만, 모유 수유를 해도 송아지는 면역력을 갖진 못했다. 코미팜 접종 후에도 폐사율은 그대로였다. 백신 효과가 없어 농장에서 송아지가 대량 폐사했다고 말할 수 없다.
폐사하지 아니한 송아지의 설사분변에서 로타바이러스 감염증이 확인되었고 대장균 감염증만이 원인이 되었다고 보기에는 폐사율이 지나치게 높기 때문에, 폐사한 송아지들이 대장균 이외에 로타바이러스에도 감염되었을 가능성이 높다고 할 수 있지만, 폐사한 송아지의 어미 소 체내에 로타바이러스 항체가 존재하는 것으로 확인되었고, 어미 소에 백신을 접종한 후 모유를 수유하였다 하여 반드시 송아지에게 충분한 면역력을 갖는 수준의 항체가 형성되는 것은 아니며, 어미 소의 수유 시기나 과정에 문제가 있을 수도 있고, 이 사건 백신 대신 코미팜 제품을 접종시킨 후로도 2009년 동절기가 도래할 때까지 상당기간 폐사율이 종전 수준을 유지하였으며, 달리 이 사건 백신의 효능에 의문을 제기할 만한 공식적인 보고가 없었던 점에 비추어 볼 때, 원고 주장과 같이 이 사건 백신이 효능이 없어서 원고 농장에서 송아지들이 집단으로 폐사하였다고 단정하기는 어렵다.