반대의견에서는 다수의견이 마치 수분양자 등의 보호를 위해 자의적으로 원시취득 시기와 구분소유권의 성립시기를 분리하여 이원적으로 파악하는 것이야말로 공연히 법률관계를 복잡하게 하는 것으로 보인다. 뿐만 아니라 이는 집합건물에 관한 거래당사자의 인식이나 일반적인 거래 관념 및 경제적인 실질과도 어긋난다.
반대의견에서는 다수의견이 마치 수분양자 등의 보호를 위해 자의적으로 구분소유권의 성립시기를 앞당기고 있는 것처럼 지적하고 있다. 그러나 1동의 건물에 대한 소유권은 사회통념상 독립한 건물로 건축된 시점에 원시취득이 된다는 데에는 이견이 없을 터인데, 굳이 구분소유권의 성립만은 구분건물의 구조상․이용상 독립성이 갖추어지더라도 성립될 수 없고, 나중에 건물이 완공되어 사용승인까지 받아서 대장등록이 이루어져야만 인정된다고 함으로써, 1동의 건물의 원시취득 시기와 구분소유권의 성립시기를 분리하여 이원적으로 파악하는 것이야말로 공연히 법률관계를 복잡하게 하는 것으로 보인다. 뿐만 아니라 이는 집합건물에 관한 거래당사자의 인식이나 일반적인 거래 관념 및 경제적인 실질과도 어긋난다. 집합건물을 분양받은 사람들로서는 각각의 구분건물을 독립된 실체로 보고 이를 양수하여 그 처분권을 취득하였다고 인식할 것인데, 반대의견에 의하면 대장등록을 거치지 않은 이상 구분소유적 공유관계와 유사한 지분권을 취득한 정도의 지위만을 가지게 될 것이어서 이는 거래당사자의 기대에도 반한다. 한편 다수의견에 의하더라도 1동의 건물 중 몇 개 층만 구분소유의 대상으로 하고 나머지 층은 구분소유자들의 공유 등으로 소유관계를 구성하는 것이 안 된다고 할 이유는 없다. 또한 구분행위의 철회나 변경 또는 구분폐지행위로서의 합병행위 등을 통하여 건물에 대한 소유관계를 조정하는 것도 물론 가능하다. 그리고 일단 건축물대장 등록과 소유권보존등기가 마쳐진 이후에 구분소유적 공유를 포함한 공유관계를 구분소유관계로 변경하고자 할 경우에는 당연히 건축물대장의 전환등록절차와 등기부의 변경등기절차를 거쳐야 하므로 그 경우에 건축물대장의 전환등록절차가 요구된다고 하여 건물의 원시취득 단계에서도 대장등록이 있어야 구분소유관계가 생성된다고 볼 것은 아니다.