업무에 의한 서열을 중시하는 기존의 학교 풍토 속에서 수석 교사들은 이방인 취급을 받는다. 이에 몇몇 수석교사는 수석교사가 임기 중에 교장 등의 자격을 취득할 수 없도록 제한하는 조항 등에 대해 헌법 소원을 냈다. 그러나 헌법재판소는 수석교사제도가 수업 전문성이 뛰어난 교사들이 교단에서 지속적으로 근무할 수 있도록 하는 취지에서 도입되었다며 이를 각하했다.
그래서 업무에 의한 서열을 중시하는 기존의 학교 풍토 속에서 수석 교사들은 이방인 취급을 받습니다. “수석교사의 학교 내 역할 갈등과 정체성 형성에 관한 연구(2014)”에 의하면 수석 교사들은 자신의 처지를 관리자도 아니고 일반 교사도 아닌 중간에 낀 존재라는 점에서‘외로운 수업부장’, 지위나 역할에 상응하는 권한과 대우는 없으면서 수업 시수가 적고 담임을 맡지 않았다는 이유로‘수업시수 적은 전담 교사’, 자신들의 역할이 관리자가 수행하는 업무에 비해 비형식적인 일로 눈에 띄거나 실적을 내세울 만한 성격의 것은 아니지만, 역할 수행의 과정에서 교사들로부터 신뢰와 지지를 받기도 한다는 점에서‘눈에 띄지도 않고 실적도 없지만 보람 있는 지원자’등으로 표현하기도 합니다. 그리고 수석교사 중 일부는 수석교사의 임기 중에 교장 등의 자격을 취득할 수 없도록 제한하는 현행 법령 등 몇몇 조항에 대해서 직업 선택의 자유, 평등권, 행복 추구권 등을 침해한다면서 헌법 소원을 내기도 했습니다. 그러나 헌법재판소는 수석교사제도가 현행의 일원적 승진제도의 모순을 바로 잡고 수업 전문성이 뛰어난 교사들이 관리직으로 승진하지 않고도 일정한 대우를 받으면서 교단에서 지속적으로 자긍심을 지니고 근무할 수 있도록 하는 취지에서 도입된 제도임을 분명히 하면서 심판 청구를 모두 각하하였습니다(헌재2015. 6. 25. 2012헌마494, 결정문 참조).