특히 1988년부터 시작된 5공비리특위에서도 삼청교육대가 주요 안건으로 다루어져 많은 인권 유린사례가 공식적으로 확인되었다. 이에 노태우 대통령은 1988년 11월 26일 시국관련 특별담화 중에 삼청교육 피해자에 대하여 피해보상과 명예 회복을 약속하였으며, 국방부 장관 담화문을 발표하였다. 하지만 대법원에서는 국가배상법 제8조, 민법 제766조, 예산회계법 제96조의 소멸시효기간이 완성되었고 청구를 모두 기각하였다.
특히 1988년부터 시작된 이른바‘5공비리특위’에서도 삼청교육대가 주요 안건으로 다루어져 많은 인권 유린사례들이 공식적으로 확인되었다. 이에 노태우 대통령은 1988년 11월 26일 시국관련 특별담화 중에 삼청교육 피해자에 대하여 피해보상과 명예 회복을 약속하였으며, 12월 3일에는 보상을 위해 1988년 12월 12일부터 1989년 1월 20일까지 사망자와 부상자 신고를 받는다는 국방부 장관 담화문을 발표하였다. 1989년 1월 25일과 6월 26일에는 국방부장관이 5공비리특위 제3소위원회에서의 보고를 통해 삼청교육 피해자의 보상방안에 관하여 특별법 제정을 추진하고 이를 전제로 신고 내용을 확인 중에 있음을 밝혔다. 하지만 피해보상을 위한 특별법의 제정은 이루어지지 않았다. 1989년 11월 7일 ‘삼청교육피해자의보상등에관한특별조치법안’이 발의되었으나, 회기가 끝나도록 제정되지 못했고, 이후 1992년과 1996년에도 같은 발의가 있었지만, 결국 제정에 이르지는 못했다. 기대했던 특별법 제정이 번번히 무산되자, 기다리다 못한 피해자들은 법원에 손해배상 청구소송을 제기하였다. 법원에 제기한 민사상 손해배상청구소송에서 하급심 판결은 서로 다른 결과를 내기도 하였다. 하지만 대법원에서는 국가배상법 제8조, 민법 제766조, 예산회계법 제96조의 소멸시효기간이 완성되었고, 1988년 11월 26일의 대통령 담화나 같은 해 12월 3일의 국방부장관의 담화는 국가배상채무를 승인하거나 시효이익을 포기한 것으로 볼 수 없으며, 그러한 상황에서 행한 국가의 소멸시효 주장도 금반언이나 신의성실의 원칙에 반하는 권리남용에 해당하지 않는다고 하여, 청구를 모두 기각하였다(대법원 1996. 12. 19. 선고 94다22927[전원합의 체] 판결; 대법원 1997. 2. 11. 선고 94다23692 판결; 대법원 2001. 7. 10. 선고 98다38364 판결등).