회원국의 국내 헌법과 같은 포괄적인 기본권 목록의 작성 필요성이 제기된 이후, 1990년대에 접어들면서 유럽위원회에서는 기본권헌장 제정을 위한 구체적인 검토 작업을 시작하였다. 1999년에는 '기본권에 관한 전문가단'을 설치하고, 인권에 관한 연례보고서 발간을 시작하였다.
기본조약에서 기본적 인권에 관한 명문의 조항을 두고 있었지만 회원국의 국내 헌법과 같은 포괄적 기본권 목록의 작성 필요성은 EEC 발족 이후 지속적으로 제기되어 왔다. 또한 EU가 기본권 문제에 대해 보다 적극적으로 개입하게 되면서부터 독립적인 기본권헌장을 제정할 필요성이 증대되었다. 그리하여 1990년대에 접어들면서 본격적으로 기본권헌장을 제정하기 위한 작업에 돌입하였다.  EU의 기관 가운데 가장 먼저 구체적인 검토 작업에 착수한 것은 유럽위원회였다. 유럽위원회는 1996년 “현자위원회”(Comité des Sages)를 구성하여 기본권 문제에 관해 토론하였다. 1999년에는 ‘기본권에 관한 전문가단’(the Expert Group on Fundamental Rights)을 설치하고, EU 기본권헌장의 제정 필요성에 대해 검토하게 하였다. 그리고 같은 해부터 인권에 관한 최초의 연례보고서(Annumal Report on Human Rights 1998-1999)를 작성․발간하기 시작함으로써 EU가 인권정책에 본격적으로 개입할 것임을 분명히 밝혔다.