재판소가 최종판결을 내리면 각료위원회는 그 판결의 이행을 감독하게 되는데, 다만 판결의 집행을 위해 취하는 조치를 결정하는 권한은 가지고 있지 않다. 각료위원회는 판결 후 취해진 조치에 대한 보고를 하도록 체약국에게 요청하고, 제출받은 보고 검토 후 결의의 형태로 결정함으로써 이행 여부를 확인한다.
재판소가 최종판결을 내리게 되면, 그 판결은 각료위원회로 송부되어야 한다. 각료위원회는 그 판결의 이행을 감독하는 임무를 수행한다. 이처럼 협약 제46조 제2항은, 협약 위반의 판결, 배상에 관한 판결 및 사건명부에서 삭제하는 판결의 집행의 감시 임무를 유럽평의회의 각료위원회에 부여하고 있다. 그러나 인권재판소의 판결이 집행력을 가지지 못하기 때문에 각료위원회도 판결의 집행을 위하여 취하는 조치를 결정하는 권한을 수권 받고 있지는 못하다.  1976년 2월, 각료위원회는 유럽인권협약 제54조(현 제46조 제2항)의 적용을 위한 규칙을 채택하고, 감시에 대한 절차를 명확하게 하였다. 그 후 이 규칙은 개정되어, 2006년 5월 10일, 각료위원회는, “판결 및 우호적 해결의 이행 감독을 위한 각료위원회규칙”(Rules of the Committee of Ministers for the supervision of the execution of judgments and of the terms of friendly settlements)(이하, ‘각료위원회규칙’)을 채택하여 시행하고 있다. 동 규칙 의하면, 이 감시는 2회에 걸쳐 행해진다. 우선, 각료위원회는 판결 후에 취해진 조치에 대한 보고를 하도록 관련 체약국에게 요청한다. 다음, 각료위원회는 국가에게 제출받은 보고를 검토하고, ‘결의’의 형태로 결정함으로써 협약의 이행 여부를 확인한다.