강화도 조약에는 조선이 자주국임을 명시해두었는데, 이는 청의 간섭을 막으려는 일본의 의도였다. 항구 개항, 해안 측량 허용, 자유무역 등 모든 조항이 일본에 유리하게 쓰여졌다. 이어 체결된 조일수호조규 부록과 통상장정으로 조선의 관세 자주권이 침범되었다.
강화도 조약의 제1관은 '조선이 자주국으로 일본과 평등한 권리를 보유한다.'고 되어 있다. 조선이 청국으로부터 자주국임을 선언한 것처럼 보이지만, 일본으로서는 조선과 일본의 외교문제에 청국이 개입하는 것을 차단하려는 의도를 담고 있다.
부산 이외에 2개 항구를 개항하도록 한 것(4관), 일본에게 해안 측량을 허가한 것(7관) 등은 일본에게 군사적 목적의 활동을 가능하게 한 것이었다.
자유무역을 규정한 것(9관)은 조선의 영세한 산업과 상인에 대한 보호를 하지 못하게 만든 규정이었다.
조선 영토에서 발생한 일본인의 범죄를 일본 관원이 재판하게 한 것(10관)은 치외법권에 해당한다.
이후 강화도 조약에 의거, 1876년 7월 6일 체결한 조일수호조규 부록과 통상장정에서는 일본화폐의 유통과 항세, 즉 관세와 수출입세의 포기, 쌀의 무제한 수출 허용 등이 규정되어 있었다. 이것은 관세 자주권의 침해였다. 조선 측의 관세에 대한 무지를 이용해 일본 측이 행한 일종의 사기극이었다.