테러 사건을 위한 국토안보부를 반대하는 것은 쉽지 않은 일이라, 부시가 제안한 국토안보부가 승인받을 것이지만, 계획이나 추진 절차에 대한 우려는 계속 제기되고 있다.
9.11 테러 사건의 여파가 아직 완전히 가시지 않은 상태에서 또다른 테러 사건을 맞기 위한 노력의 일환으로 이루어지는 국토안보부 창설에 대해 반대 의사를 표한다는 것은 정치인들에게 쉽지 않은 행동이 될 것이다. 이러한 이유로 현재로는 부시 대통령이 제안한 국토안보부가 결국 의회의 승인을 받아 창설 운영되게 될 것으로 보는 시각이 우세하다. 그러나 국토안보부의 필요성 자체는 인정하지만 부시 대통령의 계획이나 추진 절차 등에 대해 우려의 목소리를 제기하는 사람들은 많이 있다. 부시 대통령의 국토안보부에 대해 제기되고 있는 비판 중 대표적인 것들을 정리하면 다음과 같다.