2001년 미국이 국토안보를 위해 지출한 예산은 170억 달러 2002년에는 290억 달러에 달한다. 2003년 국토안보를 위해 지출될 예산으로는 380억 달러가 책정되었는데 이 중 240억 달러는 지출 감소로 140억 달러는 민간 부분에 대한 투자 감소로 충당될 예정이다.
2001년 한해 동안 미국이 국토안보를 위해 지출한 예산은 170억 달러에 달했고, 2002 회계연도에는 290억 달러를 지출했다. 2003 회계연도에 국토안보를 위해 지출될 예산으로 부시 대통령은 380억 달러를 책정해 놓고 있다. 경제전문가들은 이중 240억 달러는 지출 감소로, 나머지 140억 달러는 민간부분에 대한 투자 감소로 충당될 것으로 예측하고 있다. 380억 달러의 예산의 주요 편성 내용은 다음과 같다. 주 및 지역 단위의 훈련 및 장비 구입, 요원 훈련 지원 - 35억 달러, 세균 테러 방지 활동 및 대응 능력 강화 - 59억 달러, 국경 경비 강화 - 110억 달러, 정보통신 기술을 이용한 연방 부서간, 그리고 각급 정부 간의 의사 소통 개선 - 7억 2천 2백만 달러. 이외에도 신설되는 국토안보부의 운영 및 건물을 신축하는 것이나 FBI의 분석 능력을 강화하는 것, 수입 화물이 미국에 도착하기 전에 검색할 수 있는 능력의 배양과 통과 화물을 추적하는 기술을 개발, 핵 및 생화학 무기의 적발 및 백신과 해독제의 연구 개발, 미 해안 경비대의 능력 배양 등을 위해 사용될 계획이다.