문경학살사건 소가 제기된 사실은 기록상 명백하므로 희생자들의 손해배상청구권은 문경학살사건이 발생한 때로부터 5년이 경과하여 소멸하였다. 이에 국가가 소멸시효를 주장하는 것은 권리남용에 해당한다고 원고들은 주장한다. 그러나 권리남용으로서 허용될 수 없고 채무자가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 반한다. 채무자의 소멸시효에 기한 항변권의 행사도 우리 민법의 대원칙인 신의성실의 원칙과 권리남용금지의 원칙의 지배를 받는다.
문경학살사건은 1949. 12. 24.경 발생한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 희생자들 의 손해배상청구권은 문경학살사건이 발생한 때로부터 5년이 경과한 1954. 12. 24.경 시 효로 인하여 소멸하였다고 할 것인데(1961. 12. 19. 법률 제849호로 폐지되기 전의 재정법 제58조), 이 사건 소가 2008. 7. 10.에 제기된 사실은 기록상 명백하므로, 피고의 시효소멸 주장은 이유 있다(나아가 뒤에서 보는 바와 같이 원고들이 적어도 문경학살사건으로 인한 손해와 가해자를 안 날이라고 할 수 있는 위 헌법소원 청구 일인 2000. 3. 18.부터 3년이 경과하여 이 사건 소를 제기하였으므로 이 점에서도 피고를 상대로 한 위 손해배상청구권 은 시효소멸하였다고 할 것이다). 이에 대하여 원고들은 민간인 학살의 가해자인 국가가 소멸시효를 주장하는 것은 권리남용에 해당하여 허용되어서는 아니된다고 주장한다. 채무자의 소멸시효에 기한 항변권의 행사도 우리 민법의 대원칙인 신의성실의 원칙 과 권리남용금지의 원칙의 지배를 받는 것이어서, 채무자가 시효완성 전에 채권자의 권리행사나 시효중단을 불가능 또는 현저히 곤란하게 하였거나, 그러한 조치가 불필요하다고 믿게 하는 행동을 하였거나, 객관적으로 채권자가 권리를 행사할 수 없는 장애사유가 있었거나, 또는 일단 시효완성 후에 채무자가 시효를 원용하지 아니할 것 같은 태도를 보여 권리자로 하여금 그와 같이 신뢰하게 하였거나, 채권자 보호의 필요성이 크고, 같은 조건의 다른 채권자가 채무의 변제를 수령하는 등의 사정이 있어 채무이행의 거절을 인정함이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 채무자가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다.