EU의 ECHR 가입으로 유럽인권 재판소의 관할권이 확대돼 유럽협약체제 하에서 행사하고 있던 개인대 회원국 내지는 상호간 분쟁의 해결 등에 대해 판단하게 될 것이다. 이는 유럽연합 사법재판소와의 관할권 경합 내지 충돌의 문제가 예상된다.
셋째, EU의 ECHR 가입으로 어떤 효과가 발생할까. 상기 검토한 리스본조약 부속 제8의정서 제2조는, “EU의 가입은 EU 혹은 그 기관의 권한에 영향을 미치지 않는다”는 점을 명시하고 있다. 그러나 그 가입으로 인하여 EU의 제기관 및 하부기구 또는 EU의 이익을 위하여 행동하는 개인의 행위, 조치 혹은 부작위에 대해 EU가 의무를 져야한다. 일반적으로 EU법질서의 경우, 이와 같은 행위, 조치 혹은 부작위에 대한 사법적 판단은 유럽연합 사법재판소가 담당하고 있다. 그러나 EU가 ECHR에 가입하게 되면 유럽인권재판소의 관할권이 확대될 수밖에 없다. 즉, 유럽인권재판소는 유럽협약체제 하에서 행사하고 있던 ECHR 규정의 해석이나 개인 대 회원국 내지는 회원국 상호간 분쟁의 해결은 물론, ECHR과 관련한 유럽연합 사법재판소의 결정과 EU 차원의 행위, 조치 혹은 부작위에 대해서도 판단하게 될 것이다. 따라서 EU의 ECHR 가입으로 인한 유럽인권재판소의 관할권 확대로 인하여 유럽연합 사법재판소와의 관할권 경합 내지는 충돌의 문제는 피할 수 없으리라 판단된다.