‘EU 기본권청’의 공식명칭은 ‘European Union Agency for Fundamental Rights’이지만 ‘FRA’라고 칭한다. 초기에 ‘인권청’(HRA) 이란 명칭이 쓰였으나 공식 발족 후 FRA가 공식 명칭이 되었다.
‘EU 기본권청’의 공식명칭은 ‘European Union Agency for Fundamental Rights’이지만 통상 ‘Fundamental Rights Agency’으로 쓰고, ‘FRA’라고 약칭하여 부른다.  초기 논의 과정에서 ‘인권청’(Human Rights Agency: HRA)이란 용어가 사용되기도 하였다. 이를테면, 유럽이사회는 2003년 12월 13일 브뤼셀 유럽이사회 의장 성명서와 2004년 12월 4일-5일 유럽이사회 의장 성명서에 부속된 ‘자유, 안전 및 사법의 강화에 관한 헤이그 프로그램’(Hague Programme on the strengthening of Freedom, Security and Justice)에서 ‘HRA’를 언급한 바 있다. 그러나 이는 모두 FRA가 공식 발족하기 이전이고, 발족 이후에는 FRA가 공식 명칭으로 사용되고 있다.