FRA는 임무를 수행하면서 보호해야 하는 기본권이 광범위하지만 한계가 있다. 첫째, FRA는 법인격을 가지고 독립하여 임무를 수행하고 기본권 보호를 위한 전문기구로서의 법적 지위를 확보하고 있다. 둘째, FRA는 개인의 인권침해에 대한 조사나 구제조치를 취할 수 있는 권한이 없다.
이처럼 FRA가 그 임무를 수행하면서 보호해야 하는 기본권의 범위는 광범위하다. 그러나 FRA는 그 권한을 행사함에 있어 다음과 같은 상당한 한계를 안고 있다. 첫째, EU의 다른 통상의 기구와 달리, FRA는 법인격을 가지고, 독립하여 임무를 수행하고 있는 등 기본권 보호를 위한 전문기구로서의 법적 지위를 확보하고 있다. 이 점은 특기할만한 사항이나 그 설립 목적에서 보듯이, FRA는 EU의 제기관과 부속기구 및 회원국이 기본권에 관한 조치와 행동을 채택할 때 기본권이 충분하게 보장될 수 있도록 ‘그에 관한 지원과 전문지식을 제공’하는 데 중점을 두고 있다. 둘째, 통상의 ‘국가인권기구’(예: 우리나라의 ‘국가인권위원회’)의 경우, 인권침해를 당한 개인은 당해 기구에 진정할 수 있다. 또한 당해 기구는 인권침해 및 차별행위에 대해 조사하고, 구제조치를 취할 수 있는 권한이 있다. 이에 반해 FRA의 경우, 개인의 진정 절차를 두지 않고 있으며, 그에 따라 인권침해에 대한 조사는 물론 구제조치를 취할 수 있는 권한이 없다. 물론 이는 ECJ와 ECtHR 등 별도의 사법절차를 통한 제소권을 인정하는 등 기본권 보장제도를 포함한 EU법의 고유한 법체계에서 기인하고 있다. 하지만 이러한 측면을 인정한다고 할지라도 FRA가 기본권 또는 인권의 감시자 혹은 수호자로 자리매김하기에는 좀 더 많은 시간과 논의가 필요하다고 본다.