거창사건에 대한 제1심은 소멸시효는 지났으나 국가의 보호의무 위반을 인정하여 일부 승소 판결 하였으나 2심은 국가배상에 관해 헌법이 명시적인 위임입법을 한 바 없고 따라서 국가의 보호의무도 발생하지 않는다고 하여 손해배상 책임을 부정하였다. 대법원 또한 국가의 구체적인 입법의무 없음을 이유로 유족들과의 관계에서 부작위에 의한 불법행위가 성립하지 않는다고 판단하였다.
제1심은 거창사건 자체에 대한 손해배상청구권은 사건의 진상이 규명된 때로부터 상당한 시간이 지나 소멸시효가 완성되었다고 하였고, 다만 국가가 유족들의 신원권과 알권리를 침해하고 국가의 보호의무를 위반하여 유족들이 계속적으로 정신적인 고통을 받고 있다는 점을 인정하여 1인당 20만원을 지급하라고 일부 승소판결을 하였다. 그러나 제 2심은 거창사건이 국가 공권력에 의해 자행된 불법행위라는 점은 인정하면서도 “국가의 배상에 관해 헌법이 명시적인 위임입법을 한 바는 없고, 앞서 본 바와 같이 거창사건의 진상규명, 명예회복, 손해배상 등에 관한 국가의 보호의무 등이 발생한다고 보기 어려워 헌법해석상 거창사건의 희생자가 유족들에 대한 특별한 배상 등을 보장하기 위한 국가의 입법의무가 발생한다고도 할 수 없으므로, 거창사건특별법에 희생자나 유족들에 대한 손해배상 규정 등을 두지 아니하였다거나 따로 배상을 명하는 입법을 하지 아니하였다고 하여 국가에게 그로 인한 손해배상책임 을 부담케 할 수 없다”고 판시하였다. 대법원은 거창사건 책임자에 대한 유죄판결이 1951. 12. 16. 선고된 시점에 피해자들이 가해자 및 가해자의 행위가 불법행위인 점을 알았으므로 소멸시효가 완성되었다고 판단하였다. 또한“거창사건 희생자들의 신원을 위하여 원고들이 주장하는 바와 같은 내용의 특별법을 제정할 것인지 여부는 입법정책적인 판단문제로서 이에 관하여 피고 국가가 구체적인 입법의무를 부담한다고 보기 어렵기 때문에, 피고 국가가 현재까지 이러한 특별법을 제정하지 아니하였다는 사정만으로는 거창사건 이후 유족들에 대한 관계에서 부작위에 의한 불법행위가 성립한다고 볼 수 없다”고 판단하였다.