리세용(1958)에서는 6자모 제정은 형태주의 원칙을 지나치게 고집해 발음 원칙을 무시했다고 비판했다. 리극로(1958)에서는 음운론적인 면에서 6자모의 문제점을 지적했다. 박상준(1958)에서는 6자모로 글이 더 어려워졌다고 했다. 리영(1958)에서는 6자모는 우리말 어음 구조에 맞지 않아 비과학적이며, 우리 문자 생활의 역사적 전통을 무시했다고 했다. 또, 6자모는 관념론적이라 발음할 수 없으며 언중들이 배우기 힘들다고 했다.
리세용(1958)에서는 형태주의 원칙에는 동의하지만, 6자모의 제정은 이를 지나치게 고집하여 발음의 원칙을 무시하였다고 비판하였다. 리극로(1958) 역시 하나하나 예를 들어가며 음운론적인 면에서 문제점을 지적하였다. 예를 들어 'ㄹ'은 그 음가가 단일함에도 불구하고 이를 셋으로 보아 그에 해당하는 문자를 새로 만든 것은 옳지 않다고 하였다. 박상준(1958)에서는 글이란 쓰기 쉽고 보기 쉬어야 하는데, 6자모를 만듦으로써 오히려 더 어려워졌다고 비판하였다.
 리영(1958)에서도 역시 음운론적인 면에서, 그리고 실용적인 면에서 문제점이 많다고 지적하였다. 여러 근거를 들어 문제점을 지적하였는데, 구체적으로 제시하면 다음과 같다. 첫째, '6자모'는 우리말의 어음 구조에 맞지 않아 비과학적이라는 것이다. 6자모를 도입하여 표기한 것들은 불규칙 현상인데, 이들은 음절말 중화와 같은 음운 현상과는 다르다고 하였다. 모음 앞에서 제 소리가 나지 않는 것들을 당연히 그 변화에 따라 적어야 하는데, 6자모는 달리 나는 발음에 대해 하나로 표기하려 한 점이 문제점이라고 했다. 둘째, '6자모'는 우리 문자 생활의 역사적 전통을 무시하였다는 것이다. 소실문자들은 이미 우리말에 존재하지 않는 음이기 때문에 이를 사용하지 않은 것인데, 이를 다시 부활하여 사용하는 것은 바람직하지 않다는 것이다. 또한 '6자모'는 관념론적으로 만들어 그것을 발음할 수 없으며 언중들이 배우기 힘들다는 문제점도 있다고 하였다. 리영(1958)에서는 이처럼 '6자모'에 대한 문제점을 종합적으로 지적한 후, '6자모' 각각에 대해 개별적으로도 다음과 같이 문제점을 지적하였다.