국립중앙박물관 관련문제를 해결하기 위해 일본의 박물관법제와 일본의 독립행정법인제도를 참고해보면, 국립중앙박물관의 직제를 개편해 책임운영기구로 전환하는 것이 타당하다.
국립중앙박물관과 관련한 문제의 해결방안으로 선택한 제2안은 별도의 국립중앙박물관법을 제정하는 것이다. 이러한 필요성을 알아보기 위한 전제조건으로 비교법적 관점에서 일본의 박물관법제(제4장 제3절 참고)를 살펴보았고, 위에서 간략하게나마 일본의 독립행정법인제도를 검토해 보았다. 일본의 독립행정법인제도를 우리나라의 책임행정기관제도보다는 출연연구기관제도에 가깝다고 보고 있는 견해도 있으나 일본의 박물관법제와 일본의 독립행정법인제도를 유기적으로 해석해 보면, 국립중앙박물관은 그 직제를 개편한다면 책임운영기구로 전환하는 것이 타당해 보인다. 국립현대미술관의 경우는 행정형기관으로 문화관광부 소속의 책임운영기관에 속한다.