부가가치세 환급세액 지급청구권은 공법상의 법률관계에 관한 소송으로서 당사자소송에 의하여야 한다. 반대의견은 공법적인 요소가 있다는 이유로 당사자소송의 대상으로 삼아야 할 필연적 당위성이 존재한다고는 볼 수 없다.
위 견해에 따르더라도 당사자소송과 민사소송을 소송물의 전제가 되는 법률관계를 기준으로 구별하는 견해에 따른다면, 부가가치세 환급세액 지급청구권은 근거 법규가 공법인 부가가치세법이므로 청구권 이행을 구하는 소송은 공법상의 법률관계에 관한 소송으로서 당사자소송에 의하여야 한다고 볼 수 있다. 그러나 당사자소송과 민사소송의 구별 기준을 소송물로 보는 견해에 따른다면, 그 소송은 민사소송에 의하여야 한다. 대상 판결의 반대의견은 행정소송법 제3조 제2호가 당사자소송의 정의를 추상적으로 규정하여 구체적인 소송의 형식과 재판관할의 분배를 법원의 해석에 맡기고 있으므로 그 권리의 법적 성질에 공법적인 요소가 있다는 이유만으로 당사자소송의 대상으로 삼아야 할 논리필연적 당위성이 존재한다고는 볼 수 없다고 한다.