법원은 항고 절차에 준해 재정신청사건을 다루는데 서면심리가 허용되며 장소가 꼭 법정일 필요도 없고 재정신청인, 피의자 참여여부도 법원의 재량이다. 이는 남발을 방지하고 재정신청을 민사사건에 악용하는 것을 방지하기 위함이다.
법원은 항고의 절차에 준하여 재정신청사건을 심리하여 결정한다(법 262조 2항). 따라서 재정신청사건을 심리하는 경우에는 서면심리가 허용되며 구두변론에 의함을 요하지 아니하고(법 37조 2항), 또 공판심리절차가 아니므로 법정에서 심리함을 요하지도 않으며, 그 심리에 재정신청인이나 피의자를 참여시킬 것인가 여부는 법원의 재량에 속한다(규칙 24조 2항). 재정신청 사건의 심리는 특별한 사정이 없는 한 공개하지 않는다(법 262조 3항). 이는 재정신청의 남발을 방지하고, 특히 민사사건의 형사사건화 및 재정신청을 민사사건에 악용하는 것을 방지하기 위하여 신설된 규정이다. 법원은 필요한 때 증거조사를 할 수 있으므로(법 262조 2항) 참고인조사, 증인신문, 검증, 감정 등이 허용되며, 피의자신문도 증거를 조사하는 경우에 해당하므로 허용된다고 해석된다.