독립협회는 러시아의 힘이 대한제국의 군과 경제에 미치는 것을 경계했다. 독립문 낙성식은 정초식 1년 후에 이뤄졌다. 벽돌을 쌓아 구축된 독립문의 현판석에는 독립문 글씨와 태극기 문양이 새겨졌다.
독립협회는 1897년 후반 토론회와 독립신문을 통해 러시아인 재정고문 고용 문제와 관련, 정부의 정책을 비판하는 등, 대한제국의 군사와 재정 등이 러시아에 예속될 것을 우려하고 규탄하였다.
독립문 정초식은 1896년 11월 21일 서대문밖 영은문 터에서 5천명 내외의 관민과 학생이 운집한 가운데 성대히 행해졌다. 독립문 낙성식은 이듬해 11월에 이뤄졌다. 꼭 1년 만에 건립된 것이다. 화강암 벽돌 1,850개를 쌓아 올린 것은 파리의 개선문을 연상케 한다.
중앙에는 홍예문을 두고 내부에 옥상으로 통하는 돌층계가 있다. 홍예문의 중앙 이맛돌에는 대한제국을 상징하는 이화(오얏꽃) 문양을 새기고, 이맛돌 상단 앞뒤 현판석에는 각기 한글과 한자로 '독립문' 글씨와 그 좌우에 태극기 문양을 새겼다.