등기협력의무와 등기절차이행의무를 단순히 같은 것으로 보는 것은 전자가 가지고 있는 실질적, 규범적 가치를 간과하는 것이기에  다르게 봐야한다는 주장이 있다. 하지만 둘은 민사상 이행되는 내용에 있어 다를 것이 없다.
등기협력의무의 내용을 보더라도 이는 ‘등기에 필요한 서류를 가지고 등기소에 출석하거나 그 서류를 매수인에게 교부하는 것’이어서 민사상 등기절차이행과 전혀 다르지 않다.  이에 대하여는 등기협력의무를 단순한 등기절차이행의무로 보는 것은 등기협력의무가 내포하고 있는 실질적․규범적 가치를 간과한 것으로서 찬성하기 어렵다고 하면서, 등기협력의무는 계약의 해제가 불가능한 단계에서 발생하는 의무로서, 그 의무에 위반하는 경우 매수인이 권리를 취득하기 불가능한 정도를 넘어서 다른 방법으로 손해의 보전을 받는 것이 무의미하거나 매수인에게 막대한 피해를 야기하고, 의무위반을 방치하여서는 사회 전체적으로도 경제적 손실이 크다는 점에 대한 사회적 합의가 형성되어 있다는 것을 그 내용으로 한다는 견해가 있다. 그러나 위 견해가 말하는 등기협력의무가 계약의 해제가 불가능한 단계에서의 등기절차이행의무와 비교하여 무엇이 다른지 의문이다. 위에서 본 바와 같이 중도금 지급 후 매수인의 거래완성에 대한 신뢰가 커지게 됨은 당연하나, 계약체결 당시 발생한 소유권이전등기의무와 별개인 등기협력의무가 발생할 여지가 전혀 없다. 계약관계에 있어 일방의 의무불이행으로 상대방이 계약의 목적을 달성할 수 없는 경우가 부동산이중매매에서만 발생하는 것도 아닌바, 부동산이중매매만 특별히 보호해야 할 합리적 근거도 없다.