CIO 산하에 CISO가 있는 경우 가시성 확보나 전사 통제 업무가 어려울 수 있으며 더욱이 정보보호 조직과 IT 운영조직의 임무 성격이 상충하여 부딪힐 수 있다.
하지만 일부 회사에서 CIO는 권한이 많은 조직이 아니다. CIO 산하에 CISO가 있는 경우 CISO의 전사 보안 위험에 대한 가시성의 확보나 CISO의 전사 통제 업무에 어려움이 있을 수 있다. 더욱이 정보보호 조직과 IT 운영조직이 업무에서 종종 부딪힐 때도 있다. IT 운영조직의 임무가 영업, 개발 등 전사 조직이 효율적이고 편리하게 IT 인프라를 이용할 수 있도록 지원하는 것이라고 한다면, 정보보호 조직은 효율과 편리를 조금은 희생한다고 하더라도 보안 위험을 최소화하기 위해 전사 조직을 지원하면서 통제하기도 해야 하는 조직이기 때문이다. 근본적으로 임무의 성격이 상충하는 측면이 있다.