해당 판결에서는 문경학살 사건이 발생한 날로부터 5년 뒤인 1954년 손해배상 청구권이 이미 소멸하였고, 헌법소원을 제기한 2000년에도 가해자와 피해자를 알 수 없었기에 이 시점을 기산일로 보더라도 청구권이 시효소멸했다고 판단하였다.
이 판결에서는 “문경학살 사건이 발생한 날로부터 5년이 경과한 1954. 12. 24.손해배상 청구권이 소멸하였고, 적어도 헌법소원을 제기한 2000. 3. 18.에는 가해자와 피해자를 알 수 있었으므로 이 시점을 기산일로 보더라도 역시 손해배상 청구권은 시효소멸하였다”고 판단하였다. 나아가 “문경학살 사건 이후에 국회 차원의 조사가 이루어지기도 했고, 원고들도 사건의 진상을 밝히기 위한 노력을 하는 등 손해배상청구권을 행사하는데 장애사유가 없었고, (이 점에서 의문사 사건 등에서 국가가 정보기관 등을 통하여 장기간에 걸쳐 사건의 진실을 철저히 은폐∙왜곡하여 온 사례와는 다르다고 할 것임). 유족들 자신이 사건의 진상을 알고 있었다고 봄이 상당하고, 원고들이 헌법소원을 제기한 2000. 3. 18.로부터 3년이 경과한 때 이 사건 소를 제기한 점을 종합하여 볼 때 피고의 시효소멸 주장이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 경우로서 권리남용에 해당한다고 보기 어렵다”고 판단하였다.