신정부에서 이두황으로 하여금 병정을 거느려 삼남 대토벌을 행하게 했다.
 그래서 이 신정부에서는 동학당과 강화를 하느니 토벌을 하느니 하다가 밖 으로는 옆에 있는 나라의 떠받침과 안으로는 자기의 이해를 생각한 결과 역 시 토벌키로 되어 이두황(李斗璜)으로 하여금 병정 삼천여명을 거느려 삼남 대토벌(三南大討伐)을 행하였다. 전주일대를 평정한 동학군은 다시 대군을 몰아 북으로 호서를 점령하고 이 어서 서울로 육박하여 중앙정부를 전복하는 동시에 혁신의 대업을 완성하기 로 하고 동년 구월에 십만의 대군을 전주 삼례(參禮) 평야에 집합하여 일절 의 준비를 하고, 전봉준이 스스로 도원수가 되어 북진할 때 서호(西湖)의 경 계선인 금강을 건느면서 제일착으로 여산영장(礪山營將) 김갑동군과 공주유 장(公州留將) 이유상 군을 격파하여 그를 생포하고 강경평야를 통과하여 대 군영(大軍營)을 논산에 머물러서 진을 치게 하고 세갈래 길로 나누어서 호 서의 수부인 공주를 향하여 쳐들어갈 때 깃발이 하늘을 뒤덮고 병갑(兵甲) 이 햇빛에 비쳐서 그 위풍이 당당하여 실로 사람의 간담을 서늘하게 하였 다. 혁명군이 이와 같이 공주성을 향하고 똑바로 쳐들어갈 때 충청 관찰사 박 제순의 휘하에서 관군을 통솔한 이규태 성하영 홍운섭등 제장이 일본군과 힘을 같이하여 이인 효포 봉황산등지에 진을 치고 혁명군의 전진을 막으므 로 혁명군은 이에 방향을 변경하여 시월 이십오일에 봉황산의 후면으로 웅 진(熊津)을 몰래 건너서 공주성을 직박(直迫)하니 이에 비로소 관군과의 접 전이 생겨서 남월촌 추병 지추 금반산 등지에서 육탄혈우(肉彈血雨)의 처절 한 격전을 결행하여 당일 어슴프레 하게 해가 지며 어둑할 때 효포(孝浦)를 점령하고 이어서 대교 우금시 웅진 금시 등지에서 약 칠일 간의 혈전을 계속 하여 양군의 사상이 수만에 달하던 중 그야말로 혈해시산(血海屍山)의 일대 참극을 연출하고 결국 스즈기(鈴木) 모리오(森尾)등의 훈련이 잘되어있는 일본군대와 합친 관군에게 패하여 논산으로 퇴진하니 혁명군의 치명상은 실 로 여기에 있었다.
