  Tingkat kompleksitas dari program simulasi dinamika molekular membutuhkan
mesin pemroses dengan kemampuan yang sangat besar. Mesin-mesin paralel terbukti
memiliki potensi untuk menjawab tantangan komputasi ini. Untuk memanfaatkan
potensi ini secara maksimal, diperlukan suatu program paralel dengan tingkat
efisiensi, efektifitas, skalabilitas, dan ekstensibilitas yang maksimal pula.
Program NAMD yang dibahas pada penulisan ini dianggap mampu untuk memenuhi
semua kriteria yang diinginkan. Program ini dirancang dengan
mengimplementasikan pustaka Charm++ untuk pembagian tugas perhitungan secara
paralel. NAMD memiliki sistem automatic load balancing secara periodik yang
cerdas, sehingga dapat memaksimalkan penggunaan kemampuan mesin yang tersedia.
Program ini juga dirancang secara modular, sehingga dapat dimodifikasi dan
ditambah dengan sangat mudah. NAMD menggunakan banyak kombinasi algoritma
perhitungan dan tehnik-tehnik numerik lainnya dalam melakukan tugasnya. NAMD
2.5 mengimplementasikan semua tehnik dan persamaan perhitungan yang digunakan
dalam dunia simulasi dinamika molekular saat ini. NAMD dapat berjalan diatas
berbagai mesin paralel termasuk arsitektur cluster, dengan hasil speedup yang
mengejutkan. Tulisan ini akan menjelaskan dan membuktikan kemampuan NAMD secara
paralel diatas lima buah mesin cluster. Penulisan ini juga akan memaparkan
kinerja NAMD pada beberapa.
