Het jaar 1497. In het klooster van Santa Maria delle Grazie in Milaan is de geniale kunstenaar Leonardo da Vinci bezig met zijn levenswerk: Het Laatste Avondmaal. Het nog onvoltooide schilderij brengt mensen in vervoering, maar zaait ook onrust. Een mysterieuze informant die zich de Profeet noemt stuurt regelmatig obsessieve brieven aan de hoge pauselijke instanties van Rome. Hij signaleert wandaden tegen het geloof en ketterse symboliek in Het Laatste Avondmaal. Als Leonardo niet ogenblikkelijk zijn werk stil legt, zal er een opeenstapeling van rampen volgen. Verontrust stuurt Rome inquisiteur Augustin Leyre, hoofd van een permanente onderzoekscommissie, naar Milaan om de Profeet op te sporen en om te onderzoeken of Leonardo geheime boodschappen in zijn werk verstopt die een schisma in de kerk kunnen veroorzaken. Tijdens Leyres verblijf in het klooster sterven mensen die nauw betrokken zijn bij Leonardo. Het is aan Leyre om de moordenaar te vinden, de codes van Het Laatste Avondmaal te kraken en Leonardo als Kathaar en blasfemist te ontmaskeren.
Het geheime Avondmaal is een boek van een schrijver die zijn leven lang het katholicisme heeft ingeademd. Nu ademt hij zijn bedenkingen uit. Het resultaat is een prachtig mysterieus boek waarin een nieuwe rol voor Jezus en Maria is weggelegd en waarin de angst van het 15e eeuwse pausdom voor een schisma op beklemmende wijze wordt weergegeven.
Inquisiteur Leyre is de verteller van dit verhaal, maar door zijn onaangename rol wordt hij nooit sympathiek. De ware hoofdpersoon is Leonardo, een eigenzinnig genie, strijdend voor zijn ideeën, niet bang voor een confrontatie met de kerk. De Kunst als wapen gebruikend.
Het begin van Het geheime Avondmaal is stroef, overladen met namen en historische feiten. Maar al snel krijgt het verhaal sfeer en vaart. Het ene raadsel roept een volgend raadsel op. Nieuwsgierigheid speelt dan ook een grotere rol dan spanning in dit cryptogram voor hoogbegaafden. Een briljante mengeling van fictie en werkelijkheid.