Klaaglied om Agnes is een interessant boek om de verschillende thema’s die Marnix Gijsen in deze roman behandelt.

Het thema van dit boek is het verliezen van een geliefde. De ikpersoon verliest zijn vriendin Agnes, maar ook verliest hij zijn zusje die hij nooit gekend heeft. Deze twee Agnessen worden vergeleken met Eurydice van Orpheus uit, Glucks opera Orpheus. In het boek staan verwijzingen naar het verhaal van Orpheus. Agnes en de ikpersoon zijn dol op de muziek uit deze opera.

Een ander thema in dit boek is zuiverheid waarvoor Agnes symbool staat. Verder is de groei naar volwassenheid een motief.

Je zou dit boek enerzijds maatschappijkritisch kunnen noemen en anderzijds ook een liefdesverhaal. In het eerste geval uit de ik-figuur kritiek op het soldatenleven, de kleingeestigheid van de vrouwen en spot hij met de burgerlijke toestanden. In het tweede geval beschrijft de ik-figuur zijn gevoelens tegenover Agnes en vertelt over hun liefdestaferelen.