Als in 1995 op het archeologisch gebied Matillo, waar de Leidse nieuwbouwwijk Roomburg gebouwd gaat worden, een gouden masker opgegraven wordt -hetgeen waar gebeurd is- vindt archeoloog Thomas Konijnenberg tevens een kistje die, in dit debuut van Jeroen Windmeijer, toegeschreven wordt aan de apostel Petrus. Dit is de start van een verhaal á la Dan Brown’s Da Vinci Code.
Peter de Haan en Judith Cherev worden met een telefoontje betrokken bij deze vondst en daarmee hoofdpersonen van het verhaal en aanjagers van het onderzoek naar de inhoud van het kistje; brieven van de apostel Petrus aan Judas en omgekeerd, waar zij na enige verwikkelingen achter komen. Deze ontdekking zet de vertellingen in de bijbel omtrent leven en dood van Jezus op losse schroeven. Door de briefwisseling komt de bijbel in een nieuw daglicht te staan en vormt zich een beeld van Jezus als mens in plaats van Messias.
Deze ontdekking is echter in bepaalde kringen niet gewenst. Dat onze nieuwe onderzoekers in dit boek gevolgd en gedwarsboomd, zelfs aangevallen worden zal de lezer, indachtig vergelijkbare boeken over soortgelijke verdraaiing van de geschiedenis en omvergeblazen theorieën, niet verbazen. Confrontaties met moord en bedreiging. Poging tot ontvoering, gevangenschap, martelpraktijken. Het komt allemaal voorbij. Wie is nog te vertrouwen? Is de kring van vermeende vriendschappen en goede collega's dat wat zij denken dat het is?

Ook in vergelijking met boeken in hetzelfde genre blijkt De Bekentenissen Van Paulus een boeiend verhaal vol ontwikkelingen en een boek die de lezer aan het denken zet over in de bijbel beschreven gebeurtenissen vanuit de verrassende onthullingen in de brieven uit het graf van Petrus. Windmeijer zuigt historische feiten zeker niet uit zijn duim. De grote literatuurlijst die hij in de bronvermelding noemt laat duidelijk zien dat veel geraadpleegde literatuur gerelateerd is aan dit onderwerp. De twijfel en een andere uitleg van vertellingen uit overlevering kan dus zonder meer de basis zijn voor een prima boek die een andere draai geeft aan bekende, maar net zo min bewezen gebeurtenissen. Dit is de kracht van dit genre en zal daarom nier snel vervelen.
Vanuit het perspectief van Judith geeft hij ook de complexiteit van het jodendom in relatie tot het christendom een plek in het verhaal en probeert hij via Peter de intermenselijke strijd over “het geloven” aan bod te laten komen.
Voor de lezer die de stad Leiden kent heeft het verhaal een extra dimensie. De historie en viering van 3 oktober zijn onderdeel van het verhaal. Samen met de beschreven plekken en straten positioneert Windmeijer het verhaal in de geschiedenis en plattegrond van deze stad. Ingenieus verweeft hij dit met het heden van dit verhaal en de vermeende complottheorie. Windmeijer weet knap deze aspecten te gebruiken, zonder de stad en zijn rijke geschiedenis geweld aan te doen.