De goden van Gotham speelt zich af in 1845 in New York, als de stad voor het eerst, en zeer tegen de zin van de bewoners, een politiemacht krijgt. Timothy Wilde, de verteller van het verhaal, is een barkeeper die al zijn spaarcenten in rook ziet opgaan na een grote brand. Hem rest enkel nog het aanbod van zijn broer Valentine om zich aan te sluiten bij de politie. Beide broers hebben een haat-liefde verhouding; reden te meer voor Timothy om niet zo opgetogen te zijn over zijn nieuwe betrekking. Zijn ervaring als barkeeper waardoor hij mensenkennis heeft opgedaan, komt hem nu wel goed van pas. Amper begonnen als politieagent loopt Timothy letterlijk een klein meisje tegen het lijf dat onder het bloed zit. Ze blijkt gevlucht te zijn en weet hem te vertellen over een plaats waar vermoorde kinderen begraven liggen. Ondanks alle tegenwerking die hij krijgt, zet Timothy alles op alles om dit mysterie op te lossen.
Lindsay Faye heeft een lange aanloop nodig vooraleer de actie begint. De eerste honderd paginas gebruikt ze vooral om de situatie in New York in 1845 te schetsen. New York wordt overspoeld door immigranten. Alle haat is gericht op de katholieke Ieren, die als uitschot worden behandeld vanwege hun geloof en hun bereidheid om de smerigste arbeid te verrichten. Een boek als De goden van Gotham laat zien dat vreemdelingenhaat van alle tijden is. Als je het vergelijkt met wat er vandaag de dag in het nieuws staat, dan realiseer je je dat de mensheid op sommige terreinen geen steek veranderd is.
De keuze om het boek in de eerste persoonsvorm te schrijven is niet zo geslaagd. Lindsay Faye moet zich af en toe in bochten wringen om Timothy op een natuurlijke manier zaken uit 1845 uit te laten leggen aan de moderne mens. Ook hanteert Timothy een taalgebruik dat veel beter past bij Lindsay Faye, die Engelse letterkunde studeerde, dan bij de ongeschoolde barkeeper die hij zelf is, bijvoorbeeld in een zin als: Mijn broer werd opgeslokt door een kolkende massa roodhemden die elkaar bevelen toeriepen en pluimen water uit slangen spoten die dwars door de luie rookkrullen in de lucht sneden.
Lindsay Faye houdt de kring van personages beperkt en binnen die kring weet ze de plot aardig goed rond te krijgen. Een paar personages meer om wat toeval uit te sluiten, zoals bijvoorbeeld de auteur van het feuilleton waar Timothy en zijn hospita zo gek op zijn, hadden, mits wat meer uitdieping, het verhaal ten goede gekomen.