居住者の令和六年分の所得税の確定申告書の提出に係る所得税法第百二十条第一項の規定の適用については、同項中「配当控除の額」とあるのは、「配当控除の額と租税特別措置法第四十一条の三の三第一項（令和六年分における所得税額の特別控除）の規定により控除される金額との合計額」とする。
６
令和六年分の所得税について第一項の規定の適用を受ける場合における所得税法第百二十条第一項第三号に掲げる所得税の額の計算については、同号中「第三章（税額の計算）」とあるのは、「第三章（税額の計算）及び租税特別措置法第四十一条の三の三第一項（令和六年分における所得税額の特別控除）」とする。
７
第一項の規定による控除は、所得税法第二編第三章第二節の規定、第四十一条第一項の規定その他の財務省令で定める規定の適用がある場合には、これらの規定を適用した後に行うものとする。
（令和六年分の所得税に係る予定納税額の納期等の特例）
第四十一条の三の四
居住者の令和六年分の所得税に係る予定納税額（所得税法第二条第一項第三十六号に規定する予定納税額をいう。以下この条及び第四十一条の三の六において同じ。）の納期及び予定納税額の減額の承認の申請の期限については、次に定めるところによる。
一
所得税法第百四条の規定の適用については、同条第一項中「同月三十一日」とあるのは、「九月三十日」とする。
二
所得税法第百十一条の規定の適用については、同条第一項中「その年七月十五日」とあるのは「その年七月三十一日」と、同条第三項中「経過した日」とあるのは「経過した日（第一項の申請の期限に係る同日が令和六年七月三十一日以前である場合には、同日）」とする。
（令和六年分の所得税に係る予定納税に係る特別控除の額の控除）
第四十一条の三の五
居住者（所得税法第百七条第一項各号に掲げる居住者を除く。）の令和六年分の所得税に係る前条第一号の規定により読み替えて適用される同法第百四条第一項の規定により同項に規定する第一期（次条第三項第一号及び第四項第一号において「第一期」という。）において納付すべき所得税の額は、当該所得税の額に相当する金額から予定納税特別控除額を控除した金額に相当する金額とする。
２
所得税法第百七条第一項各号に掲げる居住者の令和六年分の所得税に係る同項の規定により同法第百四条第一項に規定する第二期（次条第三項第二号、第四項及び第五項において「第二期」という。）において納付すべき所得税の額は、当該所得税の額に相当する金額から予定納税特別控除額を控除した金額に相当する金額とする。
３
前二項に規定する予定納税特別控除額は、三万円とする。
４
第一項又は第二項の規定の適用がある場合における所得税法その他の所得税に関する法令の規定の適用については、第一項の規定による控除をした後の金額に相当する金額は所得税法第百四条第一項の規定により納付すべき所得税の額と、第二項の規定による控除をした後の金額に相当する金額は同法第百七条第一項の規定により納付すべき所得税の額とみなす。
（令和六年分の所得税の予定納税額の減額の承認の申請の特例）
第四十一条の三の六
居住者（第四十一条の三の三第二項に規定する令和六年分特別税額控除額の金額が三万円を超えると見込まれ、かつ、令和六年分の所得税に係るその年の合計所得金額が千八百五万円以下であると見込まれる者に限る。）の令和六年分の所得税につき予定納税額から減額の承認に係る予定納税特別控除額の控除を受けようとする場合における第四十一条の三の四第二号の規定により読み替えて適用される所得税法第百十一条第一項又は第二項の規定による申請については、同条第一項中「申告納税見積額が予定納税基準額」とあるのは「申告納税見積額から租税特別措置法第四十一条の三の六第六項（令和六年分の所得税の予定納税額の減額の承認の申請の特例）に規定する減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額が予定納税基準額から同法第四十一条の三の五第三項（令和六年分の所得税に係る予定納税に係る特別控除の額の控除）に規定する予定納税特別控除額を控除した金額」と、「第一期及び第二期」とあるのは「第一期又は第二期」と、同条第二項中「申告納税見積額が」とあるのは「申告納税見積額から租税特別措置法第四十一条の三の六第六項に規定する減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額が」と、同項第一号中「（前項」とあるのは「から租税特別措置法第四十一条の三の五第三項に規定する予定納税特別控除額を控除した金額（前項」と、「申告納税見積額」とあるのは「申告納税見積額から同法第四十一条の三の六第六項に規定する減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額」と、同項第二号中「予定納税基準額」とあるのは「予定納税基準額から租税特別措置法第四十一条の三の五第三項に規定する予定納税特別控除額を控除した金額」として、同条の規定を適用することができる。
２
前項の規定の適用がある場合における所得税法第百十三条の規定の適用については、同条第一項中「という。）」とあるのは「という。）及び減額の承認に係る予定納税特別控除額（租税特別措置法第四十一条の三の六第六項（令和六年分の所得税の予定納税額の減額の承認の申請の特例）に規定する減額の承認に係る予定納税特別控除額をいう。以下この条において同じ。）」と、「若しくは申告納税見積額」とあるのは「若しくは申告納税見積額及び減額の承認に係る予定納税特別控除額」と、同条第二項各号中「申告納税見積額が」とあるのは「申告納税見積額から減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額が」と、「予定納税基準額又は申告納税見積額」とあるのは「予定納税基準額から租税特別措置法第四十一条の三の五第三項（令和六年分の所得税に係る予定納税に係る特別控除の額の控除）に規定する予定納税特別控除額を控除した金額又は申告納税見積額から減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額」と、同条第三項中「その認めた申告納税見積額及び当該申告納税見積額」とあるのは「その認めた申告納税見積額及び減額の承認に係る予定納税特別控除額並びにこれらの金額」と、「その定めた申告納税見積額及び当該申告納税見積額」とあるのは「その定めた申告納税見積額及び減額の承認に係る予定納税特別控除額並びにこれらの金額」と、同条第四項中「申告納税見積額」とあるのは「申告納税見積額から減額の承認に係る予定納税特別控除額を控除した金額」と、「予定納税基準額を」とあるのは「予定納税基準額から租税特別措置法第四十一条の三の五第三項に規定する予定納税特別控除額を控除した金額を」とする。
３
令和六年分の所得税につき第四十一条の三の四第二号の規定により読み替えて適用される所得税法第百十一条第一項の規定による申請をした居住者が同項の承認を受けた場合における同法第百十四条第一項の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
第一期において納付すべき予定納税額は、所得税法第百十四条第一項に規定する三分の一に相当する金額から予定納税特別控除額（前条第三項に規定する予定納税特別控除額をいう。第五項において同じ。）（第一項の規定の適用がある場合には、減額の承認に係る予定納税特別控除額）を控除した金額に相当する金額（第一項に規定する合計所得金額が千八百五万円を超えると見込まれる場合には、当該三分の一に相当する金額）とする。
この場合において、当該減額の承認に係る予定納税特別控除額が当該三分の一に相当する金額を超えるときは、当該控除をする金額は、当該三分の一に相当する金額とする。
二
前号の場合において、減額の承認に係る予定納税特別控除額を同号の三分の一に相当する金額から控除してもなお控除しきれない金額（以下この号において「控除未済予定納税特別控除額」という。）があるときは、第二期において納付すべき予定納税額は、所得税法第百十四条第一項に規定する三分の一に相当する金額から当該控除未済予定納税特別控除額を控除した金額に相当する金額とする。
この場合において、当該控除未済予定納税特別控除額が当該三分の一に相当する金額を超えるときは、当該控除をする金額は、当該三分の一に相当する金額とする。
４
令和六年分の所得税につき所得税法第百十一条第二項の規定による申請をした同項第一号に掲げる居住者が同項の承認を受けた場合における同法第百十四条第二項の規定の適用については、第二期において納付すべき予定納税額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一
第一項の規定により減額の承認に係る予定納税特別控除額を第四十一条の三の四第一号の規定により読み替えて適用される所得税法第百四条第一項の規定により第一期において納付すべき所得税の額に相当する金額（以下この号において「控除前第一期予定納税額」という。）から控除してもなお控除しきれない金額その他の財務省令で定める金額（以下この号において「控除未済等予定納税特別控除額」という。）がある場合
同法第百十四条第二項の申告納税見積額から控除前第一期予定納税額を控除した金額の二分の一に相当する金額から当該控除未済等予定納税特別控除額（当該控除未済等予定納税特別控除額が当該二分の一に相当する金額を超える場合には、当該二分の一に相当する金額）を控除した金額に相当する金額
二
前号に掲げる場合以外の場合
同号の二分の一に相当する金額
５
