元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十五条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出する義務がある者に限る。）が一部施行日以後に終了する課税期間に係る元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項に規定する不足額の計算の基礎となる金額に附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等、前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等、附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等又は前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、第一項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えるときは、当該事業者に対する元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定の適用については、同項中「同項の不足額、当該不足額に七十八分の二十二を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第十一条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ハに掲げる金額から同項第二号ハに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して控除しきれなかつた金額」とする。
４
元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十五条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出する義務がある者に限る。）が一部施行日以後に終了する課税期間に係る消費税法第四十五条第一項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項第五号に規定する不足額の計算の基礎となる金額に附則第四条第二項に規定する経過措置対象課税資産の譲渡等、前条第二項に規定する元年経過措置対象課税資産の譲渡等、附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等又は前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれ、かつ、第一項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額を超えないときは、当該事業者を元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者とみなして、同項の規定を適用する。
この場合において、同項中「当該消費税額、これを課税標準として算定した譲渡割額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第十一条第一項第一号イに掲げる金額から同項第二号イに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号ロに掲げる金額から同項第二号ロに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）及び同項第一号ハに掲げる金額から同項第二号ハに掲げる金額を控除した残額（控除しきれなかつた金額がある場合においては、当該控除しきれなかつた金額）、同項第一号に掲げる金額から同項第二号に掲げる金額を控除して得た譲渡割額」とする。
５
元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者（消費税法第四十六条第一項の規定により消費税に係る申告書を提出しようとする者に限る。）が一部施行日以後に終了する課税期間に係る元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定による申告書を提出する場合において、当該課税期間に係る同項に規定する不足額の計算の基礎となる金額に附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等又は前条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等に係る消費税額が含まれているときは、当該事業者に対する元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定の適用については、同項中「同項の不足額、当該不足額に七十八分の二十二を乗じて得た金額」とあるのは、「社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための地方税法及び地方交付税法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第六十九号）附則第十一条第一項第二号イに掲げる金額、同号ロに掲げる金額及び同号ハに掲げる金額、同号に掲げる金額」とする。
６
第一項又は第二項の場合において、元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項に規定する事業者が、適用対象期間における課税仕入れ等の税額の計算について平成二十八年所得税法等改正法附則第三十九条第一項の規定の適用を受けるときは、当該事業者に対しては、第一項又は第二項の規定にかかわらず、元年新地方税法附則第九条の五後段及び第九条の六第一項後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第一項の規定を適用する。
７
第三項から第五項までの場合において、元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項に規定する事業者が、適用対象期間における課税仕入れ等の税額の計算について平成二十八年所得税法等改正法附則第三十九条第一項の規定の適用を受けるときは、当該事業者に対しては、第三項から第五項までの規定にかかわらず、元年新地方税法附則第九条の五後段の規定により読み替えられた元年新地方税法第七十二条の八十八第二項の規定を適用する。
８
前各項に定めるもののほか、これらの規定の適用がある場合における元年新地方税法第二章第三節及び附則第九条の四から第九条の十六までの規定の適用に関し必要な技術的読替えその他必要な事項は、政令で定める。
第十二条
元年新地方税法附則第九条の十五の規定により読み替えて適用される元年新地方税法第七十二条の百十四から第七十二条の百十六までの規定は、一部施行日以後に行われる地方消費税の清算又は交付について適用する。
