登録（更新を含む。次号及び第四号並びに第十五条第二号及び第十号において同じ。）の申請に係る個体等の種を確認すること。
二
登録の申請に係る個体等が令第八条に規定する要件に該当することを確認すること。
三
登録の申請に係る個体等が既に登録を受けたものでないことを確認すること。
四
登録の申請に係る個体等が第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体である場合にあっては、個体識別措置が適切に講じられていること及び当該個体識別措置に係る番号（登録の更新にあっては、当該個体に係る個体識別番号）を確認すること。
２
法第二十四条第三項の環境省令で定める軽微な事項に係る変更は、法第二十三条第一項の登録を受けた者の住所（法人にあっては、その代表者の氏名又は主たる事務所の所在地）の変更とする。
３
法第二十四条第五項の個体等登録関係事務の実施に関する規程は、次の事項について定めるものとする。
一
個体等登録関係事務を行う時間及び休日に関する事項
二
個体等登録関係事務を行う事務所に関する事項
三
個体等登録関係事務の実施体制に関する事項
四
第一項第二号から第四号までの確認の方法に関する事項
五
手数料の収納に関する事項
六
個体等登録関係事務に関する秘密の保持に関する事項
七
個体等登録関係事務に関する帳簿、書類等の管理に関する事項
八
前各号に掲げるもののほか、その他個体等登録関係事務の実施に関し必要な事項
４
個体等登録機関は、法第二十四条第五項前段の認可を受けようとするときは、その旨を記載した申請書に個体等登録関係事務の実施に関する規程を添えて、これを環境大臣に提出しなければならない。
５
個体等登録機関は、法第二十四条第五項後段の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一
変更しようとする事項
二
変更しようとする年月日
三
変更の理由
（電磁的方法）
第十四条の二
法第二十四条第七項第三号の環境省令で定める方法は、当該電磁的記録に記録された事項を紙面又は出力装置の映像面に表示する方法とする。
２
法第二十四条第七項第四号の環境省令で定める電磁的方法は、次に掲げるものとする。
一
送信者の使用に係る電子計算機と受信者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織を使用する方法であって、当該電気通信回線を通じて情報が送信され、受信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報が記録されるもの
二
電磁的記録媒体をもって調製するファイルに情報を記録したものを交付する方法
３
前項各号に掲げる方法は、受信者がファイルへの記録を出力することによる書面を作成できるものでなければならない。
（帳簿）
第十五条
法第二十四条第八項の環境省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一
申請者の氏名及び住所（法人にあっては、その名称、代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）
二
登録の申請を受けた年月日
三
申請に係る個体等の種名
四
申請に係る個体等について、生きている個体、卵、剝製その他の標本、個体の器官、個体の器官の加工品又はその他の個体等の区分（個体の器官又はその加工品にあってはその区分及び名称）
五
申請に係る個体等の主な特徴
六
申請に係る個体等について、令第八条に規定する要件のうち該当するもの
七
令第八条に規定する要件に該当することを確認した書類の種類
八
申請に係る個体等が第十一条第三項各号に掲げる種の生きている個体である場合にあっては、個体識別措置及び個体識別番号
九
登録又は登録の更新の別
十
登録を行った年月日
十一
登録記号番号
（個体等登録関係事務の休廃止の許可の申請）
第十六条
個体等登録機関は、法第二十四条第九項の許可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一
休止し、又は廃止しようとする個体等登録関係事務の範囲
二
休止し、又は廃止しようとする年月日
三
休止しようとする場合にあっては、その期間
四
休止又は廃止の理由
（個体等登録関係事務の引継ぎ等）
第十七条
個体等登録機関は、環境大臣が法第二十四条第十項の規定により個体等登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行う場合、同条第九項の許可を受けて個体等登録関係事務の全部若しくは一部を廃止する場合又は環境大臣が法第二十六条第四項若しくは第五項の規定により機関登録を取り消した場合には、次に掲げる事項を行わなければならない。
一
個体等登録関係事務を環境大臣に引き継ぐこと。
二
個体等登録関係事務に関する帳簿及び書類を環境大臣に引き継ぐこと。
三
その他環境大臣が必要と認める事項
第十八条
削除
（登録等に関する手数料の納付）
第十九条
法第二十九条に規定する手数料については、国に納付する場合にあっては法第二十条第二項（法第二十条の二第二項において準用する場合を含む。）又は第十一条第七項から第十項までの申請書に、それぞれ当該手数料の額に相当する額の収入印紙を貼ることにより、個体等登録機関に納付する場合にあっては法第二十四条第五項の個体等登録関係事務の実施に関する規程で定めるところにより納付しなければならない。
２
前項の規定により納付された手数料は、これを返還しない。
第二章　生息地等の保護に関する規制
（生息地等保護区の指定又はその変更の公告）
第二十条
法第三十六条第五項の規定による公告は、次の各号に掲げる事項について、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。
一
生息地等保護区の指定又はその変更の区域
二
指定又はその変更に係る生息地等保護区の名称
三
生息地等保護区の指定又はその変更の区域の保護に関する指針の案
四
生息地等保護区の指定又はその変更の区域及び名称並びにその区域の保護に関する指針の案の縦覧場所
（公聴会）
第二十一条
環境大臣は、法第三十六条第七項（法第三十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定により公聴会を開催しようとするときは、日時、場所及び公聴会において意見を聴こうとする案件を公示するとともに、当該案件に関し意見を聴く必要があると認めた者（以下この条において「公述人」という。）にその旨を通知するものとする。
２
前項の公示は、公聴会の日の三週間前までに官報により行うものとする。
３
公聴会は、環境大臣又はその指名する者が議長として主宰する。
４
公聴会においては、議長は、まず公述人のうち異議がある旨の意見書を提出した者その他意見を聴こうとする案件に対し異議を有する者に異議の内容及び理由を陳述させなければならない。
５
公述人は、発言しようとするときは、議長の許可を受けなければならない。
６
議長は、特に必要があると認めるときは、公聴会を傍聴している者に発言を許すことができる。
７
公述人及び発言を許された者の発言は、意見を聴こうとする案件の範囲を超えてはならない。
８
公述人及び発言を許された者が前項の範囲を超えて発言し、又は不穏当な言動があったときは、議長は、その発言を禁止し、又は退場を命ずることができる。
９
議長は、公聴会の秩序を維持するため必要があると認めるときは、その秩序を妨げ、又は不穏な言動をした者を退去させることができる。
１０
議長は、公聴会の終了後遅滞なく公聴会の経過に関する重要な事項を記載した調書を作成しなければならない。
（管理地区の指定又はその変更の公告）
第二十二条
第二十条の規定は、法第三十七条第三項において準用する法第三十六条第五項の規定による公告について準用する。
この場合において、「生息地等保護区」とあるのは「管理地区」と読み替えるものとする。
（管理地区内における行為の許可の申請）
第二十三条
法第三十七条第五項の規定による許可の申請は、次の各号に掲げる事項を記載した申請書を提出して行うものとする。
一
申請者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二
行為の種類
三
行為の目的
四
行為の場所
五
行為地及びその付近の状況
六
行為の施行方法（指定に係る国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地への当該行為による影響を軽減するための方法を含む。次項において同じ。）
七
行為の着手及び完了の予定日
２
前項の申請書には、次の各号に掲げる図面を添付しなければならない。
一
行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二
行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三
行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図及び構造図
（既着手行為の届出）
第二十四条
法第三十七条第八項の環境省令で定める事項は、次の各号に掲げるものとする。
一
行為者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地、名称及び代表者の氏名）
二
行為の種類
三
行為の目的
四
行為の場所
五
行為地及びその付近の状況
六
行為の施行方法
七
行為の完了の日又は予定日
２
法第三十七条第八項の規定による届出は、前項各号に掲げる事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
３
前項の届出書には、次の各号に掲げる図面を添付しなければならない。
一
行為地の位置を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二
行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図及び天然色写真
三
行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図、断面図及び構造図
（管理地区内における許可を要しない行為）
第二十五条
法第三十七条第九項第二号の環境省令で定める行為は、次の各号に掲げるものとする。
一
工作物を新築し、改築し、又は増築することであって次に掲げるもの
イ
