連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第二号の上欄に規定する認定を受けたもの（沖縄振興特別措置法一部改正法附則第四条第三項の規定により新沖縄振興特別措置法第四十四条第一項の認定を受けたものとみなされるものに限り、租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十七条第三項の規定により同欄に掲げる連結法人とみなされたもの（以下この項において「旧認定法人」という。）を含む。）は、これらの連結親法人又はその連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度において、新表の第二号の上欄に掲げる連結法人とみなす。
この場合において、旧認定法人に係る新租税特別措置法第六十八条の六十三の規定の適用については、同条第一項中「事業（当該地区以外の地域において行われる当該事業に関連する事業として政令で定める事業を含む。）に係る」とあるのは「事業に係る」と、「百分の四十」とあるのは「百分の三十五」とする。
５
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、施行日前に旧表の第三号の上欄に規定する認定を受けたものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同号中「沖縄振興特別措置法」とあるのは、「沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第七号）による改正前の沖縄振興特別措置法」とする。
６
旧表の第一号の中欄に掲げる地区は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第二十八条第五項の規定による同条第一項に規定する情報通信産業振興計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第一号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
７
旧表の第二号の中欄に掲げる地区（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十六号）附則第三十七条第六項の規定により同欄に掲げる地区とみなされた地域を含む。）は、施行日から施行日以後六月を経過する日（その日までに、新沖縄振興特別措置法第四十一条第五項の規定による同条第一項に規定する国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、新表の第二号の中欄に掲げる地区とみなして、新租税特別措置法第六十八条の六十三（同号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
８
新租税特別措置法第六十八条の六十三（第二項に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項に規定する連結法人に該当するものの施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用する。
（連結法人が農用地等を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
第百十八条
新租税特別措置法第六十八条の六十五の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行われる現物分配により移転を受ける同条第一項に規定する農用地等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行われた現物分配により移転を受けた旧租税特別措置法第六十八条の六十五第一項に規定する農用地等については、なお従前の例による。
（連結法人の交際費等の損金不算入に関する経過措置）
第百十九条
新租税特別措置法第六十八条の六十六の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（連結法人が使途秘匿金の支出をした場合の課税の特例に関する経過措置）
第百二十条
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十八条の六十七第五項の規定の適用については、同項第二号中「及び第六十八条の十三」とあるのは「、第六十八条の十三及び第六十八条の十五」と、「第六十八条の十三第一項、第六十八条の十四第二項」とあるのは「第六十八条の十三第一項」とする。
（連結法人の土地の譲渡等がある場合の特別税率に関する経過措置）
第百二十一条
国家戦略特別区域法附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日が施行日後である場合には、施行日から同号に掲げる規定の施行の日の前日までの間における新租税特別措置法第六十八条の六十八第十一項の規定の適用については、同項第二号中「及び第六十八条の十三」とあるのは「、第六十八条の十三及び第六十八条の十五」と、「第六十八条の十三第一項、第六十八条の十四第二項」とあるのは「第六十八条の十三第一項」とする。
（連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置）
第百二十二条
新租税特別措置法第六十八条の七十四（新租税特別措置法第六十五条の三第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十四第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
２
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十号に定める日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
３
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十二号の二に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十九号に定める日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。
４
新租税特別措置法第六十八条の七十五（新租税特別措置法第六十五条の四第一項第二十五号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第十八号に定める日以後に行う新租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十五第一項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
５
新租税特別措置法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第一号から第四号まで、第七号、第八号又は第十号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に同表の第一号から第四号まで、第七号、第八号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、施行日以後にこれらの号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新租税特別措置法第六十八条の七十九第一項又は第三項の特別勘定又は期中特別勘定について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第一号から第三号まで、第五号、第七号、第八号又は第十号の上欄に掲げる資産の譲渡をした場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産又は施行日以後に取得をするこれらの号の下欄に掲げる資産及びこれらの資産に係る旧租税特別措置法第六十八条の七十九第一項又は第三項の特別勘定又は期中特別勘定並びに連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後にこれらの号の上欄に掲げる資産の譲渡をする場合における施行日前に取得をしたこれらの号の下欄に掲げる資産については、第八項に規定する場合を除き、なお従前の例による。
６
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
７
新租税特別措置法第六十八条の七十八から第六十八条の八十まで（新租税特別措置法第六十八条の七十八第一項の表の第五号に係る部分に限る。）の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第一条第二十号に定める日以後に同表の第五号の上欄に掲げる資産の譲渡をして、同日以後に同号の下欄に掲げる資産の取得をする場合の当該資産及び当該資産に係る新租税特別措置法第六十八条の七十九第一項又は第三項の特別勘定又は期中特別勘定について適用する。
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