前項に規定する土地改良事業に係る次に掲げる負担金のうち国の消費税等相当額に応ずる負担金の部分の支払方法については、それぞれ、第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第五十二条の二第一項若しくは第三項、第五十三条第一項又は第五十三条の四第一項の規定にかかわらず、農林水産大臣が別に定める。
一
法第九十条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金
二
法第九十条第二項の規定により都道府県が徴収する負担金
三
法第九十条第五項の規定により市町村に負担させる負担金
７
第一項の規定により国が行う土地改良事業に係る次に掲げる負担金であって平成四年四月一日以後に負担させるもの（前項に規定する国の消費税等相当額に応ずる負担金の部分を除く。）の支払方法については、それぞれ、第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第五十二条の二第一項若しくは第三項又は第五十三条の四第一項の規定にかかわらず、農林水産大臣が別に定める。
一
法第九十条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金
二
法第九十条第五項又は第九項の規定により市町村に負担させる負担金
８
第一項の規定により国が行う土地改良事業のうち土地改良法施行令及び沖縄の復帰に伴う農林水産省関係法令の適用の特別措置等に関する政令の一部を改正する政令（平成五年政令第三百三十八号。以下「平成五年改正令」という。）の施行の際現に国が行っているもの（農業用用排水施設の新設若しくは変更を内容とし、又は内容の一部に含むものに限る。）につき法第九十条第二項の規定により当該土地改良事業の施行に係る地域内にある土地につき法第三条に規定する資格を有する者から徴収する次の各号に掲げる負担金に係る元利均等年賦支払の支払期間は、第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第五十三条第二項の規定にかかわらず、当該各号に定める年度から起算するものとする。
一
旧令第五十条の三第五項の特定工事（農業用用排水施設の新設又は変更に係るものに限る。）が完了する以前において、イに掲げる第一種特定工事及びロに掲げる第二種特定工事のうちハに掲げる指定工程を除く工事（以下「第一種特定工事等」という。）が完了し、かつ、同項の特定受益地につき法第三条に規定する資格を有する者から旧令第五十二条第五項の特定事業費額に係る当該負担金（当該第一種特定工事等に係る事業の部分に要する費用の額（次条第十項第一号において「第一種特定工事等事業費額」という。）に係る負担金に限る。）を徴収することが適当であると都道府県が認める場合
当該第一種特定工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該負担金の徴収を受けるべき者の三分の二以上の同意を得て指定する年度
イ
第一種特定工事（当該特定工事のうちロに掲げる第二種特定工事以外の工事をいう。）
ロ
第二種特定工事（当該特定工事のうち、ハに掲げる指定工程を含む工事をいう。）
ハ
指定工程（土地改良事業計画に定める農業用用排水施設の機能が当該農業用用排水施設の新設又は変更に係る工事による地盤又は地下水位の状況の変化に起因して低下することを防止するため必要なものとして農林水産大臣が指定する工程をいう。以下同じ。）
二
第一項の規定により国が行う土地改良事業のうち平成五年改正令の施行の際現に国が行っているもの（農業用用排水施設の新設若しくは変更を内容とし、又は内容の一部に含むものに限る。）が完了する以前において、イに掲げる第一種工事及びロに掲げる第二種工事のうち指定工程を除く工事（以下この号において「第一種工事等」という。）が完了し、かつ、当該土地改良事業の施行に係る地域内にある土地につき法第三条に規定する資格を有する者から当該第一種工事等に係る事業の部分に要する費用の額に係る当該負担金を徴収することが適当であると都道府県が認める場合
当該第一種工事等が完了した年度の翌年度以後の年度で都道府県が当該負担金の徴収を受けるべき者の三分の二以上の同意を得て指定する年度
イ
第一種工事（当該土地改良事業の工事（旧令第五十条の三第五項の特定工事を除く。ロにおいて同じ。）のうちロに掲げる第二種工事以外の工事をいう。）
ロ
第二種工事（当該土地改良事業の工事のうち、指定工程を含む工事をいう。）
第三条
次に掲げる規定は、この政令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に法第八十五条第一項、第八十五条の二第一項若しくは第八十五条の三第一項若しくは第六項の規定による申請又は法第八十七条の二第一項の規定による土地改良事業計画の作成（以下この項において「申請等」という。）が行われた国営土地改良事業（前条第一項に規定するものを除く。）について適用し、施行日前に申請等が行われた国営土地改良事業（以下この条において「平成元年経過措置対象事業」という。）については、なお従前の例による。
一
新令第五十二条第一項及び第二項、第五十二条の二第一項、第三項及び第七項、第五十三条第一項及び第二項並びに第五十三条の四第一項及び第二項並びに新令附則第五項、第六項、第二十項及び第二十二項
２
平成三年度及び平成四年度においては、平成元年経過措置対象事業に要する費用に対する前項の規定により従前の例によるものとされる都道府県の負担に係る金額の算定については、当該平成元年経過措置対象事業に要する費用に係る同項の規定により従前の例によるものとされる都道府県の負担の割合（その上限又は下限を含む。）であって次の表の上欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄に掲げる割合とする。
百分の十
百分の二十
百分の十一
百分の二十一
百分の十五
百分の二十五
百分の十六
百分の二十六
百分の二十
百分の三十
百分の二十一
百分の三十一
百分の二十五
三分の一
百分の二十六
百分の三十四
百分の三十
百分の三十五
百分の三十一
百分の三十六
百分の三十五
百分の四十
百分の四十
百分の四十五
百分の四十二
百分の四十七
百分の四十五
百分の五十
３
平成五年度以降の年度においては、平成元年経過措置対象事業に要する費用に対する第一項の規定により従前の例によるものとされる都道府県の負担に係る金額の算定については、当該平成元年経過措置対象事業に要する費用に係る同項の規定により従前の例によるものとされる都道府県の負担の割合（その上限又は下限を含む。）であって次の表の上欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄に掲げる割合とする。
百分の十
百分の十五
百分の十五
百分の二十
百分の二十
百分の二十五（農林水産大臣が指定する事業にあっては、三分の一）
百分の二十五
百分の三十
百分の二十六
百分の三十
百分の三十
百分の三十五（農林水産大臣が指定する事業にあっては、百分の三十又は百分の二十五）
百分の三十一
百分の三十
百分の三十五
百分の四十（農林水産大臣が指定する事業にあっては、三分の一）
百分の三十七
三分の一
百分の四十
百分の五十五（農林水産大臣が指定する事業にあっては、三分の一）
百分の四十二
三分の一
百分の四十五
百分の六十（農林水産大臣が指定する事業にあっては、百分の五十五又は百分の五十）
百分の五十
百分の四十五
４
平成元年経過措置対象事業のうちその要する費用の額に国の消費税等相当額が含まれるものにつき法第九十条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金の額は、前三項の規定にかかわらず、次に掲げる額を合計して得た額とする。
一
国の消費税等相当額
二
当該事業に要する費用の額から国の消費税等相当額を控除して得た額を当該事業に要する費用の額とみなして、前三項の規定により算定される負担金の額
５
前項に規定する土地改良事業に係る前条第六項に掲げる負担金のうち国の消費税等相当額に応ずる負担金の部分の支払方法については、第一項の規定にかかわらず、農林水産大臣が別に定める。
６
平成元年経過措置対象事業に係る前条第七項に掲げる負担金であって平成四年四月一日以後に負担させるもの（前項に規定する国の消費税等相当額に応ずる負担金の部分を除く。）の支払方法については、第一項の規定にかかわらず、農林水産大臣が別に定める。
７
平成元年経過措置対象事業のうち土地改良法施行令の一部を改正する政令（平成二年政令第二百三十九号）の施行の日以後に土地改良事業計画の変更が行われたもの（小規模の農業用の用水施設の新設、廃止又は変更の工事で農林水産大臣の指定するもの（以下「指定小規模用水工事」という。）の追加に係るものに限る。以下「特定事業」という。）につき法第九十条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金の額は、第一項の規定にかかわらず、次に掲げる額を合計して得た額とする。
一
当該指定小規模用水工事に係る費用の額の百分の五十に相当する額に、その額に対応する借入金についての当該特定事業の施行期間中に係る利息の額を加えて得た額
二
当該特定事業に要する費用の額から当該指定小規模用水工事に係る費用の額を控除して得た額を当該特定事業に要する費用の額とみなして、第一項の規定による従前の例により算定される負担金の額
８
北海道の区域内において行う特定事業についての前項第一号の規定の適用については、平成四年度までの間、同号中「百分の五十」とあるのは「百分の四十五」と、「百分の五十二」とあるのは「百分の四十七」とする。
９
前項の規定の平成二年度から平成四年度までの各年度における適用については、同項中「百分の四十五」とあり、及び「百分の四十七」とあるのは、「百分の五十」とする。
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