貨物軌道事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第七条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業についての軌道法第十五条、第十六条第一項（軌道の譲渡に係る部分に限る。）若しくは第二十二条ノ二の許可又は同法第二十二条若しくは同法第二十六条において準用する鉄道事業法第二十七条第一項の認可を受けなければならないものについては、これらの規定により許可又は認可を受けたものとみなす。
（自動車ターミナル法の特例）
第十七条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第六条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第三条若しくは第十一条第一項の許可を受け、又は同法第十条若しくは第十一条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
トラックターミナル事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第七条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第十一条第一項の許可若しくは同法第十二条第一項若しくは第二項の認可を受け、又は同法第十条、第十一条第三項、第十二条第五項若しくは第十三条の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
（倉庫業法の特例）
第十八条
総合効率化事業者がその総合効率化計画について第六条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、倉庫業についての倉庫業法第三条の登録若しくは同法第七条第一項の変更登録を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により登録若しくは変更登録を受け、又は届出をしたものとみなす。
２
倉庫業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第七条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、倉庫業についての倉庫業法第七条第一項の変更登録若しくは同法第十八条第一項の認可を受け、又は同法第七条第三項、第十七条第三項、第十九条第一項若しくは第二十条第一項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により変更登録若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３
認定総合効率化事業者が組合等である場合にあっては、当該認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画に従って行う倉庫業であって利用者を認定総合効率化事業者たる組合等の構成員に限定して行うものについては、倉庫業法第八条第一項及び第九条の規定は、適用しない。
（港湾法の特例）
第十九条
港湾法第三十八条の二第一項の規定は、認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画（第六条第三項各号に掲げる事項が記載されたものに限る。第二十四条において「特定認定総合効率化計画」という。）に従って同法第三十八条の二第一項の規定による届出を要する行為をする場合については、適用しない。
（中小企業信用保険法の特例）
第二十条
中小企業信用保険法（昭和二十五年法律第二百六十四号）第三条第一項に規定する普通保険（以下「普通保険」という。）、同法第三条の二第一項に規定する無担保保険（以下「無担保保険」という。）又は同法第三条の三第一項に規定する特別小口保険（以下「特別小口保険」という。）の保険関係であって、流通業務総合効率化関連保証（同法第三条第一項、第三条の二第一項又は第三条の三第一項に規定する債務の保証であって、認定総合効率化計画に記載された事業（以下「認定総合効率化事業」という。）に必要な資金に係るものをいう。以下同じ。）を受けた中小企業者に係るものについての次の表の上欄に掲げる同法の規定の適用については、これらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第三条第一項
保険価額の合計額が
物資の流通の効率化に関する法律（平成十七年法律第八十五号）第二十条第一項に規定する流通業務総合効率化関連保証（以下「流通業務総合効率化関連保証」という。）に係る保険関係の保険価額の合計額とその他の保険関係の保険価額の合計額とがそれぞれ
第三条の二第一項及び第三条の三第一項
保険価額の合計額が
流通業務総合効率化関連保証に係る保険関係の保険価額の合計額とその他の保険関係の保険価額の合計額とがそれぞれ
第三条の二第三項及び第三条の三第二項
当該借入金の額のうち
流通業務総合効率化関連保証及びその他の保証ごとに、それぞれ当該借入金の額のうち
当該債務者
流通業務総合効率化関連保証及びその他の保証ごとに、当該債務者
２
普通保険の保険関係であって、流通業務総合効率化関連保証に係るものについての中小企業信用保険法第三条第二項及び第五条の規定の適用については、同法第三条第二項中「百分の七十」とあり、及び同法第五条中「百分の七十（無担保保険、特別小口保険、流動資産担保保険、公害防止保険、エネルギー対策保険、海外投資関係保険、新事業開拓保険、事業再生保険及び特定社債保険にあつては、百分の八十）」とあるのは、「百分の八十」とする。
３
普通保険、無担保保険又は特別小口保険の保険関係であって、流通業務総合効率化関連保証に係るものについての保険料の額は、中小企業信用保険法第四条の規定にかかわらず、保険金額に年百分の二以内において政令で定める率を乗じて得た額とする。
（中小企業投資育成株式会社法の特例）
第二十一条
中小企業投資育成株式会社は、中小企業投資育成株式会社法（昭和三十八年法律第百一号）第五条第一項各号に掲げる事業のほか、次に掲げる事業を行うことができる。
一
中小企業者が認定総合効率化事業を実施するために資本金の額が三億円を超える株式会社を設立する際に発行する株式の引受け及び当該引受けに係る株式の保有
二
中小企業者のうち資本金の額が三億円を超える株式会社が認定総合効率化事業を実施するために必要とする資金の調達を図るために発行する株式、新株予約権（新株予約権付社債に付されたものを除く。）又は新株予約権付社債等（中小企業投資育成株式会社法第五条第一項第二号に規定する新株予約権付社債等をいう。以下この条において同じ。）の引受け及び当該引受けに係る株式、新株予約権（その行使により発行され、又は移転された株式を含む。）又は新株予約権付社債等（新株予約権付社債等に付された新株予約権の行使により発行され、又は移転された株式を含む。）の保有
２
前項第一号の規定による株式の引受け及び当該引受けに係る株式の保有並びに同項第二号の規定による株式、新株予約権（新株予約権付社債に付されたものを除く。）又は新株予約権付社債等の引受け及び当該引受けに係る株式、新株予約権（その行使により発行され、又は移転された株式を含む。）又は新株予約権付社債等（新株予約権付社債等に付された新株予約権の行使により発行され、又は移転された株式を含む。）の保有は、中小企業投資育成株式会社法の適用については、それぞれ同法第五条第一項第一号及び第二号の事業とみなす。
（食品等の流通の合理化及び取引の適正化に関する法律の特例）
第二十二条
食品等の流通の合理化及び取引の適正化に関する法律第十六条第一項の規定により指定された食品等流通合理化促進機構は、同法第十七条各号に掲げる業務のほか、次に掲げる業務を行うことができる。
一
食品等生産業者等が実施する認定総合効率化事業に必要な資金の借入れに係る債務の保証
二
食品等生産業者等が実施する認定総合効率化事業に必要な資金のあっせん
三
前二号に掲げる業務に附帯する業務
２
前項の規定により食品等流通合理化促進機構の業務が行われる場合には、次の表の上欄に掲げる食品等の流通の合理化及び取引の適正化に関する法律の規定の適用については、これらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
第十八条第一項
前条第一号に掲げる業務
前条第一号に掲げる業務及び物資の流通の効率化に関する法律（平成十七年法律第八十五号。以下「物資流通効率化法」という。）第二十二条第一項第一号に掲げる業務
第十九条第一項
第十七条第一号に掲げる業務
第十七条第一号に掲げる業務及び物資流通効率化法第二十二条第一項第一号に掲げる業務
第二十三条第一項、第二十四条及び第二十五条第一項第一号
第十七条各号に掲げる業務
第十七条各号に掲げる業務又は物資流通効率化法第二十二条第一項各号に掲げる業務
第二十五条第一項第三号
この節
この節若しくは物資流通効率化法
第三十二条第二号
第二十三条第一項
物資流通効率化法第二十二条第二項の規定により読み替えて適用する第二十三条第一項
第三十二条第三号
第二十四条
物資流通効率化法第二十二条第二項の規定により読み替えて適用する第二十四条
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構による流通業務総合効率化事業の推進）
第二十三条
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（以下「機構」という。）は、流通業務総合効率化事業を推進するため、次の業務を行う。
一
認定総合効率化事業の実施に必要な資金の出資及び貸付けを行うこと。
二
前号に掲げる業務に関連して必要な調査を行うこと。
２
機構は、前項第一号に掲げる業務を行う場合には、国土交通大臣の認可を受けて定める基準に従わなければならない。
３
国土交通大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、財務大臣、農林水産大臣及び経済産業大臣に協議しなければならない。
（都市計画法等による処分についての配慮）
第二十四条
