内国法人の第一項の規定の適用を受けた事業年度（当該内国法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。以下この項において「適用事業年度」という。）後の各事業年度（以下この項において「調整事業年度」という。）終了の時において、他の通算法人（当該内国法人の当該適用事業年度終了の日（以下この項において「基準日」という。）において当該内国法人との間に通算完全支配関係がある他の内国法人をいう。以下この項において同じ。）のいずれかの基準日に終了する事業年度（以下この項において「他の適用事業年度」という。）において生じた法人税法第六十四条の五第一項に規定する通算前欠損金額（同法第六十四条の六の規定によりないものとされたものを除く。以下この項及び次項において「通算前欠損金額」という。）が当該他の通算法人の当該他の適用事業年度の確定申告書等に添付された書類に通算前欠損金額として記載された金額を超える場合（その超える部分の金額（以下この項において「通算不足欠損金額」という。）のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合に限る。以下この項において「過大申告の場合」という。）又は他の通算法人のいずれかの他の適用事業年度の確定申告書等（期限後申告書に限る。）に添付された書類に通算前欠損金額として記載された金額（以下この項において「期限後欠損金額」という。）がある場合（以下この項において「期限後欠損金額の場合」という。）において、当該適用事業年度において第一項の規定により損金の額に算入した金額に係る当該調整事業年度終了の日における特別勘定の金額のうち、第一号に掲げる金額に第二号に掲げる割合を乗じて計算した金額から調整前通算所得基準不足額（当該損金の額に算入した金額が当該適用事業年度の第十三項に規定する調整前通算所得基準額に満たない場合におけるその満たない部分の金額をいう。）を控除した金額（当該控除した金額につき当該調整事業年度前の各事業年度においてこの項の規定により益金の額に算入された金額がある場合には、その算入された金額の合計額を控除した金額）に達するまでの金額（以下この項において「要加算調整額」という。）があるときは、当該要加算調整額は、当該調整事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一
他の通算法人（過大申告の場合又は期限後欠損金額の場合に係るものに限る。次号において「事由該当通算法人」という。）に係る通算不足欠損金額又は期限後欠損金額の合計額
二
事由該当通算法人につき法人税法第六十四条の五第五項の規定を適用しないものとした場合の当該内国法人の当該適用事業年度の同項の規定を適用した同条第二項に規定する割合
１６
前項の内国法人の同項に規定する調整事業年度の同項の規定の適用において、同項第一号に規定する事由該当通算法人の同項に規定する他の適用事業年度において生じた通算前欠損金額が既確定通算前欠損金額（当該調整事業年度終了の日以前に提出された当該他の適用事業年度の確定申告書等若しくは修正申告書に添付された書類又は同日以前にされた国税通則法第二十四条若しくは第二十六条の規定による更正に係る同法第二十八条第二項に規定する更正通知書に添付された書類のうち、最も新しいものに通算前欠損金額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なる場合には、当該既確定通算前欠損金額を当該他の適用事業年度において生じた通算前欠損金額とみなす。
１７
第十三項の通算法人の対象事業年度において、法人税法第六十四条の五第八項の規定の適用がある場合には、第十四項の規定は、当該対象事業年度については、適用しない。
この場合において、当該対象事業年度を第十五項に規定する適用事業年度とする同項の内国法人の同項に規定する調整事業年度については、前二項の規定は、適用がないものとする。
１８
第一項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
１９
第一項の規定は、第五十五条第一項又は第五十六条第一項の規定の適用を受けた特定株式については、適用しない。
２０
第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額（増資特定株式に係る部分の金額に限る。）は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第五項から第八項まで、第十一項又は第十五項の規定により益金の額に算入された金額（増資特定株式に係る部分の金額に限る。）は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
２１
前三項に定めるもののほか、第一項、第五項から第九項まで、第十一項又は第十五項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他第一項から第十七項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（社会保険診療報酬の所得の計算の特例）
第六十七条
医療法人が、各事業年度（法人税法第六十四条の四第三項の規定の適用を受けた法人の同項に規定する救急医療等確保事業に係る業務を実施する事業年度として政令で定める事業年度を除く。）において第二十六条第一項に規定する社会保険診療につき支払を受けるべき金額を有する場合において、当該各事業年度の当該支払を受けるべき金額が五千万円以下であり、かつ、当該各事業年度の総収入金額（当該医療法人の営む医業又は歯科医業に係るものとして政令で定める金額に限る。）が七千万円以下であるときは、当該各事業年度の所得の金額の計算上、当該社会保険診療に係る経費として損金の額に算入する金額は、当該支払を受けるべき金額を次の表の上欄に掲げる金額に区分してそれぞれの金額に同表の下欄に掲げる率を乗じて計算した金額の合計額とする。
二千五百万円以下の金額
百分の七十二
二千五百万円を超え三千万円以下の金額
百分の七十
三千万円を超え四千万円以下の金額
百分の六十二
四千万円を超え五千万円以下の金額
百分の五十七
２
前項の医療法人が法人税法第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合における前項の規定の適用については、同項中「五千万円」とあるのは「二千五百万円」と、「七千万円」とあるのは「三千五百万円」と、「二千五百万円」とあるのは「千二百五十万円」と、「三千万円」とあるのは「千五百万円」と、「四千万円」とあるのは「二千万円」とする。
３
第一項の規定は、確定申告書等に同項に規定する経費の損金算入に関する申告の記載がない場合には、適用しない。
４
税務署長は、前項の記載がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
（特定の医療法人の法人税率の特例）
第六十七条の二
財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないもの（清算中のものを除く。）のうち、その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されていることにつき政令で定める要件を満たすものとして、政令で定めるところにより国税庁長官の承認を受けたもの（医療法第四十二条の二第一項に規定する社会医療法人を除く。）の当該承認を受けた後に終了した各事業年度の所得については、法人税法第六十六条第一項、第二項及び第六項の規定にかかわらず、百分の十九の税率により、法人税を課する。
２
国税庁長官は、前項の承認を受けた医療法人について同項に規定する政令で定める要件を満たさないこととなつたと認められる場合には、その満たさないこととなつたと認められる時まで遡つてその承認を取り消すものとする。
この場合においては、その満たさないこととなつたと認められる時以後に終了した当該医療法人の各事業年度の所得については、同項の規定は、適用しない。
３
国税庁長官は、第一項の承認をしたとき、若しくは当該承認をしないことを決定したとき、又は当該承認を取り消したときは、その旨を当該承認を申請した医療法人又は当該承認を受けていた医療法人に通知しなければならない。
４
第一項の規定の適用がある場合において、法人税法第六十九条第一項の規定の適用については、同項中「第六十六条第一項から第三項まで（各事業年度の所得に対する法人税の税率）」とあるのは「租税特別措置法第六十七条の二第一項（特定の医療法人の法人税率の特例）」と、同条第十四項の規定の適用については、同項中「第六十六条第一項、第三項及び第六項」とあるのは「租税特別措置法第六十七条の二第一項」と、「同条第一項」とあるのは「第六十六条第一項」と、同条第十九項（同条第二十三項又は第二十四項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同条第十九項中「第六十六条第一項から第三項まで及び第六項」とあるのは「租税特別措置法第六十七条の二第一項」と、「これら」とあるのは「同項」と、同法第七十二条第一項又は第七十四条第一項の規定の適用については、同法第七十二条第一項第二号又は第七十四条第一項第二号中「前節（税額の計算）」とあるのは「租税特別措置法第六十七条の二第一項（特定の医療法人の法人税率の特例）及び前節第二款（税額控除）」とする。
５
第二項及び第三項に定めるもののほか、第一項の承認を受けた法人が、当該承認を受けた後に終了した各事業年度の所得について、同項の規定の適用を受けることをやめようとする場合の手続その他同項及び前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
