ব্যাকটেরিয়া অন্যান্য প্রজাতির ব্যাকটেরিয়ার সাথে প্লাজমিড আদান-প্রদান করতে পারে, যার মধ্যে কিছু আপাতদৃষ্টিতে বিভিন্ন ফাইলোজেনেটিক ডোমেনে সম্পকির্ত কিছু রয়েছে, তাদের সম্পকের্র বিশ্লেষণকে কঠিন করে তোলে এবং ব্যাকটেরিয়া প্রজাতির ধারণাকে দুবর্ল করে তোলে।