Taxonomia
Les seqüències d'ADN s'utilitzen cada cop més en les anàlisis filogenètiques a causa del fet que uns pocs centenars de bases, amb la seva enorme quantitat de combinacions potencials, són suficients per fer anàlisis d'identificació i parentesc. Per això, alguns autors proposen un paper central de l'ADN en la definició de les espècies, de manera que una mostra d'ADN i la lectura de la seva seqüència de bases hauria de ser un dels caràcters de l'espècimen tipus, i un tipus de marca pel tàxon al qual pertany l'espècimen. S'ha proposat que la seqüència d'ADN serveixi com a caràcters clau, d'ús similar a com s'utilitzaria el codi de barres als supermercats. Aquesta taxonomia basada en l'ADN encara patiria molts dels problemes que tenen la resta d'enfocaments, com per exemple el problema dels límits de la circumscripció dels tàxons. Els canvis de noms que més molesten i avorreixen els biòlegs són els que no es produeixen per deficiències en l'anterior circumscripció dels tàxons, sinó perquè canvien els conceptes utilitzats per definir-los. Un altre problema és que cal decidir quina seqüència utilitzar, car algunes seqüències no donen una informació que diferenciï el tàxon dels altres. Això pot ser perquè un mateix gen pot romandre inalterat durant milions de generacions després de l'especiació, o a causa del fenomen de la introgressió (que fa que un gen que s'havia diferenciat torni al seu estat anterior per atzar). Per tant, de la mateixa manera en què no és convenient confiar en un únic caràcter morfològic per identificar una espècie, tampoc no és convenient confiar en una sola seqüència d'ADD. Encara que la taxonomia basada en l'ADN fos finançada, cal preguntar-se si és necessari afegir un requisit addicional al procés ja lent de descripció de nous tàxons, especialment tenint en compte que es calcula que només el 10% de les espècies del planeta han estat descrites. A causa d'això, probablement la majoria de biòlegs veurien les seqüències d'ADN com un complement, i no com un substitut, de la informació morfològica.
Per a què s'ha proposat que serveixi la seqüència d'ADN?
com a caràcters clau