Anti-Japanese protests have been building throughout the week
The rallies follow a 10,000-strong march in the Chinese capital - the city's biggest protest since 1999.
Protesters are angry at a new Japanese history textbook which they believe plays down Japan's wartime atrocities.
Japan has protested to China after stone-throwing protesters attacked Japan's embassy in Beijing on Saturday.
Japan's foreign minister is to visit China next week to discuss "a number of bilateral and international issues", a spokesman for Japan's Foreign Ministry said.
Security measures
At least 3,000 people demonstrated at the Japanese consulate in the southern city of Guangzhou on Sunday, shouting for a boycott of Japanese goods and burning Japanese flags.
A Japanese diplomat said some windows in the consulate were broken.
Hong Kong cable television showed protesters with Chinese flags and banners reading "down with Japanese militarism".
A city hall spokesman said the "spontaneous demonstration" was peaceful and under control.
China says it has mobilised a huge police force to maintain order.
Thousands more marched in Shenzhen, also in the southern Guangdong province, and threw objects at Japanese-owned businesses.
On Saturday, Japan summoned the Chinese ambassador to demand a formal apology, after windows at its embassy in Beijing were broken during a demonstration, despite the presence of Chinese police.
The ambassador, Wang Yi, said Beijing did not condone the protests.
However, correspondents say the fact that Saturday's demonstration took place at all signals tacit acceptance, if not approval, by the authorities.
'Whitewash'
The protests were sparked by new Japanese schoolbooks, which many Chinese say whitewash Japan's occupation of much of China during the 1930s and early 1940s.
Critics are angered that one of the books refers to the killing of more than 250,000 civilians by Japanese troops in the Chinese city of Nanjing in 1937 as an "incident", rather than the "massacre" it is known as elsewhere.
China says it mobilised police to protect Japanese buildings
They also say it glosses over mass sex slavery of Asian women by Japanese troops.
Anti-Japanese sentiment has also been fuelled by Japan's campaign for a permanent seat on the UN Security Council.
Many Chinese feel Japan has not yet addressed its wartime history, and as such is not fit to take up such a position of responsibility, says the BBC's Rupert Wingfield-Hayes in Beijing.
Tokyo says private companies, not the government, were responsible for the texts, and that it is up to individual school districts to decide which books they use.
The book, approved by a local education authority, is one of many and has been taken up by a tiny proportion of schools in Japan, our correspondent says.
China
Bandera imperial nipona
 Violentas protestas se registraron este fin de semana frente a la embajada japonesa en la capital así como en varios consulados nipones en ciudades como Guangzhou (Cantón) y un ataque a un supermercado japonés en la sureña ciudad de Shenzhen. Los manifestantes gritaban "¡Boicot a Japón!" y "¡Largo, cerdo japonés!", mientras lanzaban piedras, destrozaban ventanas, quemaban banderas niponas y les gritaban a los cerca de 500 policías enviados a mantener el orden "los chinos no deben proteger a los japoneses".

A comienzos de la semana pasada, el gobierno japonés había sido criticado por aprobar un controvertido libro de texto de historia que los manifestantes, así como muchas personas en China y Corea del Sur, afirman que suaviza las atrocidades cometidas por Japón durante la Guerra chino-japonesa, en el marco de la Segunda Guerra Mundial. El embajador japonés en Pekín defendió los libros y añadió que eran producidos por compañías privadas y no por el gobierno nipón.

El ''Diario del Pueblo'' informó acerca de los eventos que llevaron a las protestas, citando las demandas de los manifestantes a "proteger las Islas Diaoyu"; a "destrozar el sueño japonés" de un asiento permanente en el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas y a boicotear los productos japoneses. Entre seis y veinte mil personas habían iniciado una protesta antijaponesa pacífica el sábado temprano, antes de los disturbios. Los manifestantes también atacaron una sucursal del Bank of Tokyo-Mitsubishi y un restaurante japonés cuyas meseras estaban vestidad con kimonos, según la agencia ''Reuters''. Miles lanzaron piedras a la casa del embajador japonés, Koreshige Anami, según la agencia ''Kyodo News''.

"Nuestra generación cree que China debe defender sus derechos y dejar de ser suave con Japón", afirmó el estudiante universitario Li Jiangchuan a ''The New York Times'', quien añadió "Japón debería dejar de mentir acerca de la historia y decir la verdad". Por su parte, Li Hongbo, de 19 años, estudiante de la Universidad de Tsingua, dijo que "Cada ciudadano chino siente ira por la manera en que Japón ignora su propia historia y trata de ocupar el territorio soberano de China". China y Japón se disputan las diminutas Islas Diaoyu (Senkaku en japonés) al este del Mar de la China, las cuales poseen reservas de gas natural.

Japón protestó de manera formal lo sucedido ante la misión diplomática china en Tokio. Los diplomáticos chinos expresaron sus disculpas por el hecho de que las protestas se salieran de control. "El que la gente tomara medidas como tirar piedras a la residencia del embajador y a la embajada no es aceptable por el gobierno chino. En representación del mismo, ofrezco mi más profunda lástima y expreso mis disculpas", dijo el Viceministro de Exteriores chino Qiao Zonghuai. 

No obstante, en las últimas horas, el primer ministro Wen Jiabao declaró en Nueva Delhi que Japón debe "encarar la historia" y afirmó que "una respuesta pública contundente" podría hacer reflexionar al país nipón acerca de su invasión al Lejano Oriente durante la Segunda Guerra Mundial. Por su parte, el primer ministro japonés, Jun'ichirō Koizumi, dijo el lunes que la culpa es de China por no proteger a los japoneses durante las protestas. "China es responsable por la seguridad de los japoneses en su país", afirmó.