Col Pontes had been in training for the flight since 1998
He will spend nine days on the International Space Station while a Russian and a US colleague accompanying him will stay for six months.
Col Pontes took with him a Brazilian flag and a football shirt - to help, he said, his team in the World Cup.
His father, 84, was at the launch with other relatives and friends.
They applauded and cheered afterwards, watching video from an onboard camera at the ex-Soviet base Russia leases in Kazakhstan.
"I am very emotional," said his wife Fatima, with tears in her eyes. "I cannot even explain how I feel right now. I am very, very happy."
The launch was broadcast live on television in Brazil.
Vyacheslav Davidenko, spokesman for Russia's Roskosmos space agency, told the AFP news agency that the new astronaut would undoubtedly become a national hero in Brazil.
"Marcos Pontes will allow his country to join the club of space powers," he said.
Space dream
Many Brazilians are hoping the trip will give a crucial morale boost to the country's own space programme, the BBC's Tom Gibb reports from Sao Paulo.
The International Space Station is not due to be completed until 2010
The explosion of the first Brazilian rocket, built to take satellites into orbit, killed 21 people at the site in the north of the country.
However, there has also been some criticism that the cost of putting a man into space could have been used better elsewhere.
Thursday's flight is the fulfilment of a childhood dream for Col Pontes, our correspondent adds.
He has been training since 1998 for such a mission, which was originally to have been on a US space shuttle.
Col Pontes is being accompanied by Pavel Vinogradov of Russia and US astronaut Jeffrey Williams.
Marcos César Pontes

 Heute um 04:30 Uhr MESZ ist der erste Brasilianer in den Weltraum gestartet. Vom Kosmodrom in Baikonur startete eine russische Trägerrakete vom Typ Sojus mit drei Mann an Bord zur Internationalen Raumstation ISS. Dabei handelt es sich um den Kosmonauten Pawel Wladimirowitsch Winogradow, den NASA-Flugingenieur Jeffrey Nels Williams und den brasilianischen Astronauten Marcos César Pontes, die mit der Mission Sojus TMA-8 unterwegs sind.

Während des Fluges hatte es leichte Probleme bei der Übertragung telemetrischer Daten gegeben. Der Kontakt zur Rakete sei aber niemals abgebrochen, betonte der russische Flugleiter gegenüber der dpa.

Während Wingradow und Williams für mehrere Monate an Bord der ISS bleiben, wird Pontes zusammen mit William McArthur und Waleri Iwanowitsch Tokarew voraussichtlich am 8. April 2006 zur Erde zurückkehren. Vinogradov und Williams werden die ISS für die Ankunft eines Spaceshuttles vorbereiten, mit dem auch der deutsche Astronaut Thomas Reiter zur ISS fliegen wird. Der Shuttleflug wird frühestens am 1. Juli 2006 stattfinden. Marcos Pontes nahm ein Trikot der brasilianischen Fußballnationalmannschaft und eine Flagge seines Heimatlandes mit auf den Flug, um die Mannschaft bei der Weltmeisterschaft zu unterstützen. Der Raketenstart wurde live im brasilianischen Fernsehen übertragen. Während die BBC von zehn Millionen US-Dollar ausgeht, sagte der stellvertretende Chef der russischen Raumfahrtbehörde Roskosmos Nikolai Moissejew im Oktober, er müsse soviel zahlen wie jeder Weltraumtourist oder ausländischer Spezialist auch. Marcos Pontes hat sich seit 1998 im Johnson Space Center und seit dem Jahr 2005 im einem Trainingszentrum bei Moskau auf die Weltraummission vorbereitet. Ursprünglich sollte er mit einem US-amerikanischen Spaceschuttle ins All fliegen. Marcos Pontes ist am 11. März 1963 in Bauru, Sao Paulo, geboren und bei der brasilianischen Luftwaffe angestellt. Der Brasilianer soll während seiner Weltraummission wissenschaftliche Experimente, unter anderem im Bereich der Nanotechnologie, durchführen. Der Arzt von Marcos Pontes bezeichnete das Ereignis vor dem Start der Rakete als historischen Moment. Es sei, wie wenn Brasilien im Finale der Fußball-WM spiele.

Vor drei Jahren gab es beim Startversuch einer brasilianischen Rakete einen Unfall, als sie auf der Startrampe explodierte. Bei dem Unglück starben 21 Menschen. In Brasilien gibt es große Hoffnungen, dass die Raumfahrt das Selbstbewusstsein des Landes steigern kann. Kritiker in Brasilien sagen, dass man das Geld besser für andere Dinge ausgeben sollte.