Die Bundesregierung wurde angeblich schon frühzeitig vor einem starken Ansteigen der Flüchtlingszahlen gewarnt. Der Chef der EU-Grenzschutzagentur Frontex, Fabrice Leggeri, habe schon im März mit einer neuen Rekordzahl von Flüchtlingen in Europa gerechnet. Das berichtet die "Welt am Sonntag". "Unsere Quellen berichten uns, dass zwischen 500.000 und einer Million Migranten bereit sind, Libyen zu verlassen", sagte Leggeri demnach im Frühjahr.
Der Frontex-Chef habe in einer internen Sitzung des Bundestags erklärt, "dass die irregulären Grenzübertritte von der Türkei nach Griechenland im Vergleich zum Vorjahr um 550 Prozent gestiegen sind". Die Zahl sei dem Innenministerium und dem Kanzleramt übermittelt worden.
Die deutsche Vertretung im Kosovo hatte dem Bericht zufolge bereits im Februar in einer Depesche ans Auswärtige Amt gewarnt, dass "täglich 800-1000 (plus Dunkelziffer) Kosovaren" über Serbien und Ungarn nach Deutschland unterwegs seien. Bis Ende des Jahres könnten es "300.000 Personen, d.h. ein Sechstel der Gesamtbevölkerung" sein, zitiert das Blatt aus dem Schreiben.
Aus den Bundesländern habe es außerdem schon seit dem Vorjahr regelmäßig die Forderung an das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge (Bamf) gegeben, die Flüchtlingsprognosen zu erhöhen. Hessens Sozialministerium wies demnach die Nürnberger Behörde Mitte 2014 darauf hin, dass die Länder deutlich mehr Asylsuchende als das Bamf zählen. Im Februar 2015 rechnete das Innenministerium von Schleswig-Holstein in einem internen Schreiben an die Behörde vor, dass man von rund 590.000 Asylsuchenden im Bund in diesem Jahr ausgeht.
Interne E-Mails von Innenministerium und Bamf, die der Zeitung vorliegen, zeigten zudem, dass die Regierung den Ländern in diesem Sommer eine erhöhte Flüchtlingsprognose zunächst vorenthalten habe. Demnach hatte die Regierung bereits am 5. August ein Schreiben der Nürnberger Behörde vorliegen, in dem sie von "geschätzten 600.000 in EASY registrierten Personen für das Jahr 2015" ausgeht. Das Innenministerium habe jedoch zwei Wochen gewartet, bis Innenminister Thomas de Maizière (CDU) am 19. August die Schätzung offiziell auf 800.000 erhöht habe.
Die 16 Länder-Innenminister hatten Anfang August wegen stark steigender Flüchtlingszahlen vom Bund eine schnelle Erhöhung der Prognose gefordert, um entsprechende Unterbringungskapazitäten vorzubereiten. Ein Sprecher des Innenministeriums erklärte dazu, zunächst hätte geklärt werden müssen, ob das Ministerium einer Umstellung bei der Prognosebasis durch das Bamf folgen sollte. Dafür sei eine "sorgfältige Prüfung und Abstimmung" notwendig gewesen.
Logo der EU-Grenzschutzagentur Frontex
 Die EU-Grenzschutzagentur Frontex hat gemeldet, dass sie die deutsche Bundesregierung bereits im Frühjahr 2015 über die hohen Flüchtlingszahlen informiert habe. Der Leiter von Frontex, Fabrice Leggeri bestätigte, dass er die Bundesregierung im März über eine Zahl von ca. 500.000 bis 1 Millionen Flüchtlinge informiert habe. Bereits zu diesem Zeitpunkt war klar, dass es keinen EU-Verteilungsschlüssel gibt.

Trotzdem behauptete die Regierung-Merkel bis Mai, man rechne mit etwa 250.000 Flüchtlingen. Später wurde die Prognose auf 500.000 erhöhtund hielt an dieser bis August fest. Dem Innenministerium wird darüberhinaus vorgeworfen , die Zahlen von Frontex nicht an die Bundesländer weitergegeben zu haben, weshalb diese sich nicht darauf vorbereiten konnten.

Die Regierung Merkel behauptete, man hätte nicht mit einer so hohen Anzahlt an Flüchtlingen rechnen können, und sei deshalb nicht in der Lage gewesen sich darauf vorzubereiten. Dies wurde als Rechtfertigung für die teils chaotischen Zustände an der deutsch-österreichischen EU-Binnengrenze, sowie die zusätzlichen Grenzkontrollen und Einschränkungen im Bahnverkehr nach Österreich benutzt.