It is unclear who currently has the upper hand in Basra
Basra unrest
So far more than 40 people have died and some 225 have been injured over the two days of clashes in Basra.
Fighting is also continuing in Baghdad, and there have been casualties after rockets were fired at the Green Zone.
Prime Minister Nouri Maliki has given militants 72 hours to lay down their arms or face "severe penalties".
His campaign to "re-impose law" in the city triggered unrest elsewhere in Iraq, and many towns are under curfew.
Unrest in Basra has been stoked by a variety of militias and criminal gangs.
But the government's unspoken intent is to stop it falling under the sway of the Mehdi Army, led by the radical young cleric Moqtada Sadr, BBC Middle East analyst Roger Hardy says.
Clashes continue
After an overnight lull, the fighting resumed in Basra on Wednesday.
The AFP news agency quoted witnesses in Basra as saying the fighting was concentrated on the districts of Gazaiza, Garma, Khmasamene, Hayania and Maqal.
BASRA KEY FACTS Third largest city, population 2.6 million approx Located on the Shatt al-Arab waterway leading to the Gulf - making it a centre for commerce and oil exports Region around city has substantial oil resources 4,000 UK troops based at international airport
Medical officials say 46 people have been killed in the fighting, along with 225 hurt. A Basra city council member said there were few civilian casualties as they were staying inside their houses.
A large number of gunmen have been detained, say officials.
Reports suggest that the fighting is not on the same scale on Tuesday but, where there was no fighting, Basra's streets remained deserted even after the night curfew ended at 0600 (0300 GMT).
British forces, which patrolled Basra for nearly five years, withdrew to a base outside the city in December and have not been involved in the fighting.
In Baghdad, rockets were fired at the Green Zone, the diplomatic and government compound.
Five Iraqi civilians were killed by stray rockets, while inside the heavily fortified zone three Americans were seriously injured.
In Sadr City, a vast Shia suburb in the capital, there were overnight clashes between Mehdi Army fighters and American and Iraqi soldiers.
Twenty people died in the violence and at least 115 people have been injured, according to police.
Here and in other Shia areas of Iraq, many shops and offices are shuttered, indicating Moqtada Sadr's call for a campaign of civil disobedience is being followed.
One report also suggests hundreds of people are demonstrating in Sadr City.
More clashes also broke out in Kut, south-east of Baghdad, where two people were reported dead on Wednesday.
In a separate incident, US forces battling suspected al-Qaeda insurgents in the northern town of Tikrit say they injured or killed "several Iraqi civilians" in an airstrike.
Iraqi sources say at least five are dead, including a judge.
Ultimatum
In a statement, Mr Maliki gave militants a 72-hour deadline to lay down their arms and sign a pledge renouncing violence.
In Sadr City, shop owners inspected damage done overnight
"Otherwise, they will face the most severe penalties," he said in the statement which was broadcast by state television.
The Basra operation is being personally led by Mr Maliki, a fact hailed by Washington as "brave".
Sadrists are convinced the operation is an attempt to weaken them ahead of provincial elections due in October, but Mr Maliki has embarked on a risky strategy, says the BBC's Roger Hardy.
For one thing, it is far from clear that it will succeed.
The Sadrist movement enjoys widespread support, especially among the young and the poor, and is well entrenched in Basra and many other predominantly Shia towns and cities in the south.
For another, if the ceasefire which the Sadrists have largely followed since last year were to collapse, that would seriously undermine claims by the government - and by the Bush administration in Washington - that Iraq was moving from civil war to political reconciliation, our correspondent says.
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Localización de Basora
 Desde el miércoles las fuerzas de seguridad iraquíes (ISF) luchan contra los militantes leales al clérigo chiíta Muqtada al-Sadr en la ciudad de Basora, principal puerto marítimo de Iraq y la tercera ciudad más grande. Los informes indican que por lo menos sesenta personas han muerto y cientos han resultado heridos. Esto marcó el segundo día de intensos combates.

Los enfrentamientos se han extendido a otras ciudades del sur y a Bagdad. Agence France-Presse ha informado que dos soldados estadounidenses murieron en la capital.

El Primer Ministro Nuri Al Maliki se encuentra en Basora desde lunes para supervisar personalmente la Operación Sulat al-Fursan (Caballeros de carga), diseñada por las autoridades para reimponer la ley y el orden. El Primer Ministro dio un ultimátum a los militantes el miércoles, otorgándoles 72 horas para la entrega de armas, "De lo contrario, se enfrentarán a las penas más severas", dijo Maliki en una declaración televisada.

Los observadores en Basora ven la operación como una prueba de la capacidad del gobierno iraquí para afirmar su control sobre una región que no es administrada por las fuerzas militares extranjeras. Las fuerzas del Reino Unido patrullan Basora desde el comienzo de la invasión hasta que lo entregaron a las autoridades iraquíes, en diciembre de 2007.

El portavoz de la División General estadounidense Kevin Bergner dijo que "estas decisiones son iraquíes, de las fuerzas gubernamentales iraquíes y son los dirigentes iraquíes quienes deben dirigir su aplicación." Agregó que hace un año la ISF no habría podido llevar a cabo una operación de esta escala.

Terminal petrolera de Basora en junio de 2007.
Anthony Cordesman, un analista de seguridad del Centro de Estudios Estratégicos e Internacionales dijo a Bloomberg a través de e-mail: "La actual es una lucha de poder por el control de los chiítas en el sur y parte de Bagdad", ya que intentan establecer la autoridad del gobierno. El Consejo Supremo Islámico iraquí tiene "claramente una posición propia de lucha de poder con Sadr para cualquier decisión por venir", añadió Cordesman.

Bergner afirmó que los combates en Basora no son una batalla contra el Ejército Mahdi, ni una guerra contra Irán. Más bien se trata de "hacer frente a los delincuentes en las calles con armas", dijo. "Nosotros los EE.UU. seguimos dando muestras de moderación de acuerdo a lo que nos hemos comprometido". Un informe de Estados Unidos de 2006, afirmó que el ejército Mahdi, sin embargo, puede ser "potencialmente más peligroso que la violencia sectaria en Iraq".



Ayudantes de Muqtada al-Sadr afirmaron que el cese al fuego, declarado en agosto de 2007, todavía está en vigor. El martes pasado al-Sadr amenazó con una "revuelta civil" nacional y sus seguidores han estado protestando contra el gobierno de Maliki obligando a cerrar escuelas y comercios.

"Hay negociaciones en curso con el primer ministro. Maliki pidió a Sadr reunirse con sus funcionarios en Basora", dijo a Reuters Harith al-Ithari, jefe de al-Sadr en Basora.

Muqtada al-Sadr apoyó a Maliki para llegar al poder, pero al-Sadr se separó de Maliki en el 2005. De acuerdo con el analista político iraquí Hazem al-Nuaeimi, Sadr es una espina en el costado de los grupos chiítas que apoyan en la actualidad a Maliki. Afirmó que "hay una necesidad de reducir al mínimo la fuerza y la influencia de los Sadristas".

"Hemos estado viviendo durante las últimas horas en el infierno. Nos hemos pasado la mayor parte del tiempo escondidos bajo la escalera", dijo a Reuters Faris Hayder, de 28 años de edad, residente de Basora. "No hemos visto nada como esto desde que llegaron las tropas extranjeras en 2003."

"Nadie quiere ver un retorno a la violencia de hace un año," Dijo el miércoles Bergner a través de la televisión de Bagdad. "La situación ha sido difícil y problemática en estos días, también ha sido un período de gran esfuerzo para las fuerzas de seguridad iraquíes."