Burning barricades were pulled down by federal police
Riot police move in
The demonstrators had been calling for the resignation of the state governor.
The 4,000 federal officers, backed by armoured trucks and helicopters, met little resistance. One man is reported to have died in the operation.
The president ordered the action after gunmen killed three people, including a US journalist, on Friday.
The federal police were met with little resistance when they entered the city from several directions.
Water cannons were used to split up small groups of protesters. Barricades made of burning tyres and old furniture were pulled down.
One man is reported to have died after being hit by a tear gas canister.
President Vicente Fox ordered the offensive on Saturday, a day after gunfire killed two Mexicans and a US cameraman working with independent news group Indymedia.
Interior Minister Carlos Abascal said it was necessary to send in troops to restore peace because of the "inability" of Governor Ulises Ruiz to handle the situation.
Political tensions
The demonstrators have been seeking to oust Gov Ruiz, whom they say has rigged elections and over-used force to try to break up the protest.
Thousands of schools have been closed since the strike began in May, leaving 1.3 million children out of school.
The teachers initially staged the walk-out, demanding higher pay and better working conditions.
However, after police attacked one of their demonstrations in June, they extended their demands to include a call for the resignation of Gov Ruiz. The teachers were joined in their protest by left-wing groups.
Some 70,000 teachers have voted to return to school on Monday - a move which may ease tensions in the city, says the BBC's Duncan Kennedy in Mexico.
However, some protesters have said they will continue to fight for the removal of Mr Ruiz.
President Fox, who leaves office on 1 December, may have succeeded in bringing the stand-off to an end, but the underlying political tensions remain, our correspondent says.
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Lage des Bundesstaates Oaxaca

 In der Nacht auf Montag kam es in Oaxaca, der Hauptstadt des gleichnamigen südlichen mexikanischen Bundesstaates, zu einem Einsatz der Bundespolizei, an dem offiziell 4.500 Polizisten beteiligt waren. Präsident Vicente Fox hatte den Einsatz der Bundespolizei am Samstag angeordnet, nachdem Paramilitärs am Freitag drei Menschen erschossen hatten, darunter einen Journalisten aus den USA. 

Eine fünfmonatige Blockade der Stadt durch eine Protestbewegung gegen den Gouverneur des Bundesstaats wurde damit im Wesentlichen beendet. Berichten verschiedener Nachrichtenagenturen zufolge setzten die Bundespolizisten Wasserwerfer und Tränengas gegen Protestierende ein. Zudem wurde ihr Einsatz durch Helikopter und gepanzerte Fahrzeuge unterstützt, die zum Räumen der Barrikaden eingesetzt wurden. Laut „news.bbc.co.uk“ leisteten die Einwohner der Stadt und die Anhänger der Protestbewegung nur geringen Widerstand gegen die Polizisten, die sich der Stadt aus verschiedenen Richtungen genähert hatten. In einem Artikel der „Basler Zeitung“, der auf Angaben der Nachrichtenagenturen „dpa“ und „sda“ beruht, heißt es dagegen, die Protestierenden hätten heftigen Widerstand geleistet. Demnach sollen von Seiten der Demonstranten Steine, Schlagstöcke und Molotowcocktails eingesetzt sowie Busse und Autos in Brand gesetzt worden sein. Zwei Menschen – anderen Angaben zufolge ein Mensch – starben bei dem Polizeieinsatz, mehrere Menschen wurden verletzt. Eine Person kam durch einen Tränengaskanister ums Leben. Es handelt sich dabei um einen 15-jährigen Jungen. Laut „dpa“ und „sda“ handelt es sich bei dem anderen Toten um einen 34-jährigen Lehrer, der durch einen Messerstich ums Leben kam.

Während Carlos Abascal, der mexikanische Innenminister, den Polizeieinsatz als Erfolg einstuft, kündigten Vertreter der Asamblea popular de los pueblos de Oaxaca (Volksversammlung von Oaxaca – APPO), die den Protest maßgeblich organisiert hat, eine Fortsetzung der Proteste an. 50 Mitglieder der APPO wurden laut dem mexikanischen Innenministerium bei der Polizeiaktion festgenommen. In einem Artikel von „Narco News“ heißt es, die Zahl der Festgenommenen könnte höher sein. Es gäbe auch illegale Suchtrupps, die nach führenden Mitgliedern der APPO suchten. Der Innenminister begründete den Einsatz damit, dass Ulises Ruiz, der Gouverneur des Bundesstaates Oaxaca, unfähig gewesen sei, mit der Situation angemessen umzugehen. Als Zeichen dafür, dass die Protestaktionen in Oaxaca noch nicht beendet sind, führen Vertreter der APPO an, dass „Radio Universidad“, ein Sender der Protestbewegung, seinen Betrieb wieder aufgenommen hat. Auch sind laut APPO neue Demonstrationen geplant. Das Innenministerium will die Präsenz der Bundespolizei in Oaxaca solange aufrecht erhalten, bis die Ordnung wieder vollständig hergestellt ist.  

Gouverneur Ulises Ruiz stand im Zentrum der Kritik der Demonstranten, die ihm unter anderem Wahlmanipulation und den Einsatz von Gewalt gegen politische Gegner vorwerfen. Ausgangspunkt des Protests war ein Lehrerstreik für ein höheres Gehalt und bessere Arbeitsbedingungen. Verschiedene Gruppen hatten sich später den streikenden Lehrern angeschlossen, von denen etwa 70.000 am Montag ihre Arbeit wieder aufgenommen haben. „Narco News“ berichtet, dass ein Flügel der Lehrergewerkschaft die Entscheidung zur Beendigung des Streiks nicht akzeptiert.