Russia says the statue honours soldiers who fought Nazi Germany
Estonia was mocking the dead, said Russian Foreign Minister Sergei Lavrov. However, many Estonians saw the statue as a reminder of Soviet rule.
One person was killed early on Friday as the statue was removed from the capital, Tallinn.
In the evening police used tear gas and water cannon as they clashed with protesters throwing Molotov cocktails.
Officers had moved in to disperse the protesters from the site but correspondents say there is no sign of the crowd - more than a 1,000 strong, leaving. Protesters have set fire to posters and trees.
Secret location
The removal had provoked angry condemnation from Russian officials and lawmakers.
ESTONIA-RUSSIA TIES 1918: Estonia gained independence from Russia 1940: Forcibly incorporated into Soviet Union 1941-1944: Occupied by Nazi Germany 1944: Soviets return as Nazis retreat 1991: Gains independence as Soviet Union collapses 1994: Last Russian forces leave Estonia Now: Ethnic Russians make up quarter of Estonia's 1.3m people
History at the heart of row In pictures: Estonia clashes Have Your Say
Mr Lavrov said Russia would "take serious steps" following the removal and Russia's Federation Council (upper house) called for diplomatic relations with Estonia to be cut.
Estonia's government would not reveal where it took the six-foot (1.83m) statue, but spokesman Martin Jasko said it would ultimately be placed at the military cemetery in Tallinn.
The memorial, a bronze statue of a Soviet soldier, was erected in 1947. The remains of Soviet soldiers are thought to be buried nearby.
Estonian officials said it had to be moved to a cemetery because the site attracted both Russian and Estonian nationalists.
'Not justified'
By Thursday evening, around 1,000 demonstrators had gathered as police sealed off the site ahead of the removal.
The memorial has inspired violence between communities
There were reports of looting and vandalism, and police used tear gas and a water cannon when a group tried to break through a cordon around the monument. Several police were among the injured, reports said.
More than 300 of the mostly ethnic Russian demonstrators were arrested during the overnight clashes.
"The aim of the government move was to prevent further similar gross violations of public order, which pose a real threat to citizens' health and property," an Estonian government statement said.
Ethnic Russians, who make up more than a quarter of Estonia's 1.3 million population, say that the statue commemorates Red Army soldiers who died fighting Nazi Germany.
HAVE YOUR SAY The statue was a symbol of occupation in Estonia and should have been removed in 1991
Kaarel, Tallinn
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But on Thursday, Estonian Prime Minister Andrus Ansip said the relocation of the memorial was a matter for Estonia alone.
"We don't consider it necessary to hold deep discussions with the Russian authorities over the internal affairs of Estonia," he said.
Le mémorial

Hier soir, à la suite du démontage de la statue du soldat de bronze située dans le centre-ville de Tallinn capitale de l'Estonie, un manifestant est mort, 44 autres ont été blessé ainsi que 13 policiers et 300 personnes sur le millier que comptait la manifestation ont été interpellé.

Protection policière
Cette statue, un soldat de l'armée rouge, fut érigé en 1947 par l'URSS pour symboliser la victoire sur le fascisme durant la Seconde Guerre mondiale mais aujourd'hui, pour beaucoup d'Estoniens, elle représente aussi les cinquante années de l'occupation soviétique.
C'est pour cette raison que le gouvernement estonien a décidé de la déplacer vers un cimetière de la périphérie de Tallinn afin que les violences qui ont régulièrement lieu entre les nationalistes estoniens et les ceux russes s'arrêtent. Notons la présence de 13 corps de soldats soviétiques inhumés sous le mémorial qui doivent eux aussi être transférés dans ce même cimetière. Suite aux événements, la destination du transfert a été modifié et est tenue secrète.

Les émeutes
Ce sont donc jeudi soir un millier de manifestants, jeunes issus de la minorité russophone qui ont montré leur mécontentement vis à vis de l'initiative, mais aussi des jeunes nationalistes estoniens. La police estonienne a d'abord formé un cordon de sécurité autour du mémorial puis pour éparpiller les manifestants, elle a utilisé des gaz lacrymogène et un canon à eau. D'après les autorités, le manifestant décédé a été tué d'un coup de poignard sans en connaître l'auteur, elles notent tout de même qu'il n'y a aucun lien entre l'action de la police ce soir là avec ce meurtre.
Après l'éparpillement, les manifestants ont brûlé plusieurs voitures et pillé des magasins avant que l'ordre ne soit rétablie vers 3H00 (heure locale) ce matin (0h00 UTC).

La journée d'aujourd'hui a été quand à elle marquée par la tension entre les gouvernements russes et estoniens puisque le ministre russe des affaires étrangères Sergueï Lavrov a menacé de suspendre les relations diplomatiques entre les deux pays après avoir exprimer son profond dégoût. Le premier ministre estonien a quand à lui précisé que cette affaire concerne seulement l'Estonie et qu'il n'avait pas à informer Moscou.
Notons que l'Estonie est un état membre de l'Union Européenne et que M. Lavrov a estimé que « Cela aura certainement des conséquences très graves pour nos relations avec l'Estonie et, bien entendu, cela ne peut qu'avoir un effet sur nos relations avec l'UE. » et ceci alors que les relations entre la Russie et l'UE sont déjà très tendues à cause du dossier très brûlant de l'énergie russe (principalement du gaz russe).