El mapa revela que los mexicanos comparten 64% de haplotipos con los africanos, 74% con los asiáticos y 80% con poblaciones del norte de Europa. (Foto: http://diversity.inmegen.gob.mx)
El mapa del genoma de los mexicanos, del que en los últimos días se ha hablado mucho como un gran paso en la investigación genómica del país, está al alcance de todos.
El Instituto Nacional de Medicina Genómica (Inmegen) abrió la base de datos con los resultados de su investigación por medio de un mapa interactivo publicado en el sitio http://diversity.inmegen.gob.mx, disponible para todo público.
En él puede verse que los mestizos mexicanos y las poblaciones indígenas son sustancialmente diferentes de los otros tres subgrupos genéticos conocidos (Yoruba de África, caucásicos descendientes de europeos, y chinos y japoneses de Asia).
Los resultados contribuyen al desarrollo de la farmacogenómica con el fin de producir medicinas diseñadas para personas de un grupo genético específico. También sienta las bases para la generación de medicamentos más seguros y menos tóxicos.
Este mapa permitirá a los médicos analizar un menor número de marcadores genéticos cuando diagnostiquen el riesgo que tiene un paciente para desarrollar una enfermedad que depende de factores complejos según afirmó el doctor Julio Frenk, decano de la Escuela de Salud Pública, en Harvard.
Se descubrió que las diferencias genéticas entre mestizos de diferentes regiones de México se deben principalmente a diferencias en contribuciones ancestrales de europeo y amerindio (en el caso de los zapotecas).
En la mayoría de los análisis, las muestras de las regiones centrales del norte se comportaron cercanas a los europeos, correlacionando con la densidad poblacional amerindia actual y prehispánica en esas regiones.
Se sabe, a partir de este mapa, que los mexicanos comparten el 64% de los haplotipos -combinación de variaciones en el genoma humano que se encuentran tan cercanas unas de otras en el mismo cromosoma que se heredan juntas- comunes (presentes en más del 5% de la muestra) con los africanos, 74% con la población de Asia y el 80% con poblaciones del norte de Europa.
Dichos resultados también indican que existe un porcentaje de la variabilidad que se deriva del componente amerindio de la población mestiza.
Los resultados de la comparación entre poblaciones mestizas señalan que un mapa de haplotipos específicos para la población mestiza mexicana permitirá una mejor selección y reducirá el número de marcadores genéticos necesarios para estudios de asociación a enfermedades complejas, haciendo estos estudios más eficientes y baratos.
Los resultados iniciales demostraron la factibilidad e importancia estratégica para México de contar con una base de datos pública con la información inicial sobre la estructura genómica de los mexicanos y un catálogo de sus variaciones más comunes.
Se construye una importante fuente de información para el diseño de los estudios genómicos dirigidos a encontrar genes asociados a enfermedades comunes, no sólo en México sino en América Latina.
También se podrán iniciar nuevas líneas de investigación para identificar variaciones genéticas asociadas a la predisposición de enfermedades comunes y a la respuesta a medicamentos.
El proyecto
El proyecto Diversidad Genómica de la Población Mexicana se inició en junio de 2005 con el liderazgo del investigador titular del Instituto Nacional de Medicina Genómica (Inmegen), Gerardo Jiménez Sánchez.
Dicho proyecto fue financiado con recursos públicos del Instituto y aportaciones otorgadas por la Fundación Mexicana para la Salud y la Fundación Gonzalo Río Arronte.
La selección de los estados de la República participantes en el proyecto se hizo con base en su historia demográfica, ubicación y voluntad para participar.
Los estados elegidos fueron Yucatán, Zacatecas, Sonora, Guanajuato, Veracruz, Guerrero, Oaxaca, Campeche, Tamaulipas y Durango.
En todos los estados se realizó un proceso de consulta comunitaria y consentimiento individual. Se contó con la participación de las autoridades estatales, secretarías de salud, universidades locales y miembros de la comunidad.
Se recibieron de cerca de 3,000 participantes de los 10 estados de la república: 1,500 hombres y 1,500 mujeres. La muestra incluyó cuatro grupos indígenas: Tepehuanos de Durango, Mixtecos, Zapotecos de Oaxaca y Mayas de Campeche.
Los voluntarios fueron mestizos de los estados de Yucatán. Sonora, Guerrero, Veracruz, Zacatecas, Guanajuato y un grupo de indígenas zapotecas de Oaxaca.
Primero, se distribuyó un folleto informativo sobre el proyecto y se exhibió un póster que reproduce el formato del consentimiento informado, mismo que fue colocado en lugares públicos.
Se hicieron sesiones públicas informativas y conferencias de prensa con diversos medios de comunicación y finalmente se solicitó el consentimiento informado de cada participante en presencia de testigos.
En el caso de los participantes zapotecas las fases y consentimiento se tradujeron a su lengua nativa. Se procedió a tomar muestras de sangre.
Se llevó a cabo la toma de las muestras y una vez "purificado" el DNA de los glóbulos blancos de la sangre, éste fue procesado para su análisis con una plataforma de microarreglos (chips) marca Afymetrix, que permite determinar más de 100,000 variantes genéticas en cada muestra.
Se obtuvo la información de más de 33 millones de variantes genéticas (genotipos) denominados polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés), y que corresponden a cambios de una sola letra a lo largo del genoma.
Con esta información, un grupo de expertos en bioinformática analizó los resultados y ensambló el mapa en un portal electrónico interactivo para compararlo con las poblaciones europea, africana y asiática.
La primera fase incluyó voluntarios de seis estados y al grupo zapoteca, en este grupo se analizaron 100 mil SNP. Se analizó la composición genética de 330 muestras la mitad de hombres y la mitad de mujeres de cada estado.
Además de en internet, los resultados también fueron publicados en el artículo "Analysis of genomic diversity in Mexican Mestizo populations to develop genomic medicine in México" en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences.
Con información del Inmegen
DNA molecule, which stores genetic information in chromosomes, which in turn make up an organism's genome. This image presents only 12 base pairs, while the human genome consists of over 3 billion base pairs.
National Institute of Genomic Medicine of Mexico (Inmegen) Director Gerardo Jiménez Sánchez presented in Los Pinos the genome map of Mexicans, a stepping-stone for Latin American genomic medicine.

Previous endeavours of this kind had so far only covered some of the most ancient races on the planet, native from Africa, Europe and Asia, leaving out the recently admixed races of Latin America.

During the ceremony Jiménez, who led the project, symbolically presented President Felipe Calderón with a hard copy of the results. Calderón then uploaded the map to the Internet making it publicly available for researchers around the world. The President commented on the research being a step towards population-specific predictive medicine and medications, and particularly useful for Latin America for being genetically closer to the Mestizo peoples of those countries than genome maps published so far.

Among other results, the five year-long work found that, while sharing the 99.9% of the genome common to all humans, in the remaining portion the Mexican population has significant genetic variation from the world's other known genetic subgroups. This makes importing genome maps from other groups unfeasible, and hence justifies the study.

Also, by comparing with data sets from the HapMap Project (a map of the human genome's haplotypes, which are clusters of the possible genetic variations a human individual can present), it was found that Mexicans share 64% of their haplotypes with West Africans, 74% with East Asians and 81% with Northern Europeans.


Genetic analyses aimed at common disorders in Mexico like diabetes, obesity and breast cancer are yet to be performed. "With a drop of saliva we would be able to tell whether to prescribe a medication or not", forecast Jiménez about the applications of the genome map in the long run.

"Studies such as this are helping us define the future of the genome era", commented U.S. Translational Genomics Research Institute President Jeffrey Trent. "Gaining a clearer understanding of how genetic variation plays a role in disease, including the risk to some infections, will help tip the scales in our favour in terms of understanding and treating disease at the individual level", he added.

"It is not possible today to say genetic variation is responsible for the unique H1N1 Influenza A mortality rate in Mexico. However, knowledge of genomic variability in the Mexican population can allow the identification of genetic variations that confer susceptibility to common diseases, including infections such as the flu", said Jiménez when talking about the current swine flu outbreak.

Recently, however, Inmegen's Multifactorial Diseases Genomic Research Laboratory head Lorena Orozco revealed that one fifth of the Mexican population have genes in their immune system that can trigger an immune overreaction in presence of some diseases. According to Orozco one of these genes is responsible for symptoms similar to the ones A/H1N1 victims presented, which makes it a strong candidate for explaining these deaths.

Although blood samples were collected from 10 different states and 4 Amerindian populations, the published results are based on data from only 6 states and 1 Amerindian population. The presentation ceremony and the online publication of the research paper in the PNAS journal came just days after the Mexican Government came under criticism for its low investment in science and the resulting dependency on other countries in the beginning of the current sanitary crisis.