LAGOS, Nigeria (CNN) -- Mohammed Yusuf, the leader of a fundamentalist Islamist sect who was initially reported captured Thursday by the Nigerian military, is dead, said a spokesman for the governor of the state of Borno.
The bodies and clothes of militants lie in a street in the northern city of Maiduguri.
"I have just come from the police station and seen his body," said Usman Ciroma, chief secretary to the governor of Borno. "I believe he was killed in a shoot-out. ... I saw his body with bullet wounds."
Earlier in the day, Col. Ben Ahonotu, the commander of the Nigerian government security forces' operation in the north, said Yusuf had been captured, described him as "healthy" and said he would be turned over to police.
Yusuf's sect, known as Boko Haram, wants the government to impose Islamic law, or sharia, in the entire Muslim-dominated northern section of Nigeria. Sharia already is practiced in some northern states, but the sect wants even tougher religious laws. The sect also opposes Western education.
Southern Nigeria is predominantly Christian.
At least 400 rebels, troops and civilians have died since the fighting began Sunday, triggered by the arrest of some members of Boko Haram.
The group retaliated by attacking police, military and government institutions in Bauchi state. The violence quickly spread to three other states, prompting a major response by troops.
Nigeria's military claimed Thursday that it had raided the sect's compound and killed one of its leaders as the battles intensified.
On Wednesday, troops seized control of a Boko Haram stronghold in the city of Maiduguri in Borno and killed the deputy leader of the group, Ahonotu said.
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Karte der nigerianischen Bundesstaaten
 Bei heftigen Kämpfen zwischen der nigerianischen Armee und islamistischen Militanten sind seit dem 26. Juli mindestens 300 Personen getötet wurden. Agence France-Press gab die Zahl der Opfer mit mehr als 600 an. Unter den Getöteten soll auch der Stellvertreter der Gruppierung Boko Haram sein. Abubakar Schekau soll nach Polizeiangaben und Augenzeugenberichten unter den etwa 200 Personen sein, die bei einem nächtlichen Angriff der nigerianischen Armee in der Stadt Maiduguri erschossen wurden. Das Haus des Anführers der Gruppe, Muhammad Yussuf, wurde von der Armee ebenfalls bombardiert. Dieser soll mit 300 seiner Anhänger geflohen sein.

Nigerias Staatspräsident Umaru Yar'Adua hatte eine Niederschlagung der Angriffe befohlen. Brigadegeneral Chris Olukolade erklärte gegenüber der Presse, dass die Situation in Maiduguri, der Hauptstadt des Bundesstaates Borno, nun unter Kontrolle sei und die Militanten nur wenig Gegenwehr leisten würden. „Wir sichteten Dutzende der Mitglieder von Boko Haram auf der Flucht. Sie stoppten kurz, rasierten ihre Haare und Bärte und warfen ihre Dschellabayas weg und tauschten sie in T-Shirts und Jeans, bevor sie weitergingen“, berichtete Hamad Bulunkutu, ein Augenzeuge, gegenüber AFP.

Die Kämpfe waren am 26. Juli im nigerianischen Bundesstaat Bauchi ausgebrochen, wo mit Macheten, Messern und selbstgemachten Sprengkörpern bewaffnete Militante die Polizeistation und Regierungsangehörige in der Stadt angegriffen haben. Sie weiteten sich inzwischen auf mindestens vier Bundesstaaten aus. Die oft als nigerianische Taliban bezeichnete Gruppierung kämpft für die Einführung der Scharia im ganzen Land und verlangt die Abschaffung des säkularen Bildungssystems in Nigeria. Bislang gilt das islamische Recht nur in zwölf Bundesstaaten. Die 140 Millionen Einwohner des Landes sind fast gleichmäßig auf den überwiegend christlichen Süden und den weitgehend muslimischen Norden verteilt. 2001 waren mehr als 700 Personen bei religiösen Kämpfen in Jos getötet wurden, weitere 500 fielen 2004 Auseinandersetzungen zwischen Muslimen und Christen in Yelwa zum Opfer. 2008 sollen Polizisten und Soldaten mindestens 113 Menschen bei Unruhen zwischen Christen und Muslimen getötet haben, erklärte Human Rights Watch bei einer Anhörung. Die meisten davon seien junge, muslimische Männer gewesen.

In dem Hauptquartier von Boko Harami hatten sich etwa 1.000 Militante aufgehalten. Nach Angaben des Polizeisprechers Emmanuel Ojukwu befreiten Polizisten 187 Frauen und Kinder, die von den Islamisten in dem Lager festgehalten und von der Außenwelt abgeschirmt worden seien.

Durch die Kämpfe sind nach Angaben von Hilfsorganisationen mindestens 4.000 Menschen geflohen. Generalsekretär der Vereinten Nationen Ban Ki-moon zeigte sich besorgt über den Gewaltausbruch.