A ministry spokesman said that Egypt has called on the International Republican Institute (IRI) to halt operations in Egypt until it has received the necessary permits.
The move came after a newspaper interview with Gina London, the Cairo head of the IRI, critical of the slow pace of reform in Egypt.
"Talking of the role of the institute in speeding up what she called 'change' is a blatant interference in Egypt's internal affairs," the ministry spokesman told reporters.
The Egyptian daily Nahdet Masr on Saturday published an interview with London in which she spoke about the institute's work on democracy and the push for reform in Egypt.
Reformists in Egypt were "unable to achieve reforms for the past 25 years", she was quoted as saying.
A lawyer for the institute played down the controversy. "It is all just a misunderstanding ... The institute has not yet started its activities, it is still in the set-up phase," said Omar Hegazi.
"We have almost finished the registration procedures and the file will be ready soon," he said.
The IRI, with offices in more than 60 countries, was founded in April 1983 and is described on its website as "a private, non-profit organization dedicated to advancing democracy worldwide".
Die ägyptische Regierung hat die US-Nichtregierungsorganisation International Republican Institute (IRI) zum Stopp ihrer Arbeit aufgefordert. Ein Regierungssprecher sagte am Montag, dass die Organisation ihre Arbeit einstellen müsse, bis sie eine Genehmigung erhalten habe. Der Regierungssprecher warf Gina London, der Vorsitzenden der Organisation für das Ägyptenprogramm vor, sich in innere Angelegenheiten des Landes  eingemischt zu haben.

Gina London hatte zuvor am Sonntag in einem Interview mit der ägyptischen Tageszeitung „Nahdet Masr“ den langsamen Reformprozess in Ägypten kritisiert. Im Interview äußerte sich Gina London über das Vorhaben des IRI, Veränderungen in Ägypten beschleunigen zu wollen. In der Zeitung wurde die Mitarbeiterin der Nichtregierungsorganisation mit den Worten zitiert, Reformer hätten in den letzten 25 Jahren keine Chance gehabt, ihre Reformvorhaben unzusetzen. Ein Anwalt der Organisation spielte die Aussage der ägyptischen Regierung herunter und sprach von einem Missverständnis. Das Institut habe nach Angaben des Anwalts noch nicht mit seiner Arbeit in Ägypten begonnen. Eine Genehmigung der Aktivitäten stehe kurz bevor. Gina London sagte, sie habe gegen kein Gesetz verstoßen, weil es ein Abkommen zwischen Ägypten und den Vereinigten Staaten gäbe, das es Organisationen, die von der United States Agency for International Development unterstützt würden, erlaube, ohne besondere Genehmigung in Ägypten tätig zu werden.   

Das IRI wurde im Jahr 1983 als eine Nichtregierungsorganisation gegründet, die nach eigenen Angaben die weltweite Ausbreitung der Demokratie fördern will. Die Organisation unterhält Büros in 60 Ländern. Vorsitzender des Instituts ist der republikanische US-Senator John McCain. Das Ägyptenprojekt des Instituts wird von der United States Agency for International Development, einer US-Regierungsorganisation für nicht-militärische Entwicklungszusammenarbeit finanziert. Auf ihrer Website stellt die Organisation die Aufgaben und Ziele ihres Projekts in Ägypten vor. So trafen sich Vertreter des IRI zwischen März und April dieses Jahres mit Vertretern ägyptischer Parteien, um sich über das ägyptische Parteiensystem zu informieren. Zudem finanzierte das Institut zwei Konferenzen, auf denen die demokratische Teilhabe von Frauen in Ägypten gefördert werden sollte. Das IRI kritisiert die politischen Veränderungen, die im Zuge eines Referendums erfolgt waren. Eine Verfassungsergänzung ersetzt das Referendum eines vom Parlament ernannten Präsidetschaftskandidaten durch Wahlen mit mehreren Kandidaten. Das IRI kritisiert, dass unabhängige Kandidaten 250 Unterschriften von Abgeordneten und anderen Politikern sammeln müssen, um an der Wahl teilnehmen zu dürfen. Dies hindere unabhängige Kandidaten an der Teilnahme an der Präsidentenwahl.

Am Montag wurde bekannt, dass neun führende Mitglieder der verbotenen islamistischen Oppositionspartei Muslimbruderschaft bei einer Polizeirazzia im Zentrum Kairos festgenommen wurden. Das ägyptische Innenministerium wirft den Festgenommenen vor, an einem konspirativen Treffen teilgenommen zu haben. Obwohl die Muslimbruderschaft in Ägypten offiziell verboten ist, stellen Anhänger und Mitglieder der Partei 20 Prozent der Parlamentsabgeordneten, die bei der Wahl als unabhängige Kandidaten angetreten waren.