Major Reinado was detained in July
Major Alfredo Reinado, blamed for some of the country's recent violence, was one of more than 50 prisoners reported to have escaped from the jail.
Maj Reinado is a former military officer who led a rebel faction of the security forces during unrest in May.
More than 20 people were killed in the street clashes which were sparked by a decision to sack 600 soldiers.
The violence led to the resignation of Prime Minister Mari Alkatiri and his replacement by the then Foreign Minister, Jose Ramos Horta.
Prison walls
Australian police liaising with personnel in Dili confirmed the escape.
"It is understood 56 prisoners are currently unaccounted for, one of those being Mr Alfredo Reinado," an Australian federal police spokesman said.
A prison warden at the Becora Penitentiary told the Associated Press news agency that prisoners had escaped by breaking down walls in a wing of the prison.
Maj Reinado was arrested last month for possessing illegal weapons.
The escape came a day after Malaysian troops officially withdrew from the international force in East Timor.
Four hundred soldiers from Malaysia have been in East Timor since the unrest erupted, along with personnel from Australia, New Zealand and Portugal, to help restore order.
There have been sporadic incidents of violence in recent weeks, but the situation has remained for the most part calm.
Australia and New Zealand are also moving to reduce their deployments as the UN prepares to send a new peacekeeping mission of 1,500 police to East Timor.
El ex primer ministro de Timor Oriental, Mari Alkatiri, quien fuera forzado a renunciar debido a los desórdenes públicos desatados en meses pasados en este nuevo país, ha acusado a elementos extranjeros de haber contactado militares timoreses para organizar un golpe de estado contra él. Los individuos, cuya nacionalidad no se ha aclarado, eran probablemente australianos o estadounidenses.

Mari Alkatiri también acusó al primer ministro australiano, John Howard, de presionarlo para que renunciara. Según Alkatiri, a él lo querían sacar porque el era muy “independiente” y eso amenazaba los intereses que Australia tiene por los yacimientos de gas del Mar de Timor.

Para completar de enturbiar la misión australiana, el miércoles (30), el mayor del ejército timorés Alfredo Reinado, quien se encontraba en la cárcel por ser el organizador de los desórdenes y las protestas que causaron decenas de muertes y llevaron a la renuncia de Alkatiri, escapó de la prisión con mas de 50 prisioneros y huyó con estos hacia la región montañosa y selvática de la isla.

Después del incidente de la fuga, el actual primer ministro José Ramos Horta declaró que el cuidado de los prisioneros estaba a cargo de las fuerzas australianas, descargando indirectamente la responsabilidad de la fuga sobre este contingente.

Por otro lado, Australia se ha visto envuelta en una disputa con las Naciones Unidas sobre el comando de la misión de ese organismo internacional en esta antigua colonia portuguesa.

Brasil, Portugal y Timor Oriental quieren que Australia retire sus tropas del país y que dé campo para que una misión de Cascos Azules se despliegue y asuma el control de la seguridad de la isla. Pero Japón y Estados Unidos prefieren que Australia esté al frente de la misión.