Der Rechnungshof rügt die Passivität der Bundesbeamten
Außerdem gibt es die von der Verwaltung geplante bundeseinheitliche Datei aller Großbetriebe bis zum heutigen Tag nicht. Auch eine geplante Datenbank für Steuerzahler mit Einkünften ab 500.000 Euro pro Jahr kam nicht zustande. Als Beleg für die schlechte Zusammenarbeit zwischen Bund und Ländern führt der Rechnungshof an, dass sich ein Bundesland heimlich über die Feststellungen des Bundeszentralamtes für Steuern hinwegsetzte. Die Bundesprüfer erfuhren nur durch Zufall davon und konnten so einen "Steuerschaden in Millionenhöhe" verhindern.
Die Betriebsprüfungen durch den Bund sind ein Beispiel für eine völlig ungenügende Umsetzung der Föderalismusreform. Bis zum Jahr 2006 waren die Prüfungen ausschließlich Sache der Länder, der Bund durfte lediglich mitwirken. Durch die Reform hat der Bund ein Initiativrecht, insbesondere für Fälle, die über Ländergrenzen hinweg reichen oder internationalen Bezug haben. Von diesem Recht macht der Bund aber in der Praxis fast keinen Gebrauch.
Für vorgeschoben hält der Rechnungshof das Argument des Bundesfinanzministeriums und des Bundeszentralamts für Steuern, das Amt sei mit zu wenig Personal ausgestattet. Im März 2011 gab es dort 180 Bundesbetriebsprüfer, die 2010 bei immerhin 608 Prüfungen der Länder mitgewirkt hatten. Deshalb sei der Wunsch nach zusätzlichen Prüfern "nicht nachvollziehbar", so der Bericht des Rechnungshofs.
Das Bundeszentralamt für Steuern habe in den Jahren 2006 bis 2011 nur dreimal die Initiative ergriffen, um eine Betriebsprüfung durchzuführen, beklagt der Bundesrechnungshof in seinem neusten Bericht. Diese drei Prüfungen beträfen sogar ein und denselben Konzern. Dies sei ein Beispiel für eine ungenügende Umsetzung der Föderalismusreform. Seit dem Jahr 2007 ist das Bundeszentralamt für Steuern für Fälle zuständig, die über Ländergrenzen hinweg reichen oder internationalen Bezug haben. Bisher gebe es jedoch weder die vorgesehene bundeseinheitliche Datei aller Großbetriebe noch die Datenbank für Steuerzahler mit Einkünften ab 500.000 Euro pro Jahr. 

An vier Dienstsitzen (Berlin, Bonn, Schwedt und Saarlouis) beschäftigt das Bundeszentralamt für Steuern rund 1.350 Mitarbeiter. Dazu gehören rund 180 Bundesbetriebsprüfer, die mit den Bundesländern zusammenarbeiten.