মুঘল সাম্রাজ্য
১৮শ শতাব্দীর মধ্যভাগ নাগাদ মারাঠারা মুঘল সেনাবাহিনীর বিপক্ষে সফলতা লাভ করে এবং দক্ষিণাত্য থেকে বাংলা পর্যন্ত বেশ কিছু মুঘল প্রদেশে বিজয়ী হয়। সাম্রাজ্যের প্রশাসনিক ও অর্থনৈতিক প্রক্রিয়ার দুর্বলতার কারণে অভ্যন্তরীণ অসন্তোষ সৃষ্টি হয় যার ফলে বিভিন্ন প্রদেশ কার্যত স্বাধীন হয়ে পড়ে। ১৭৩৯ সালে কারনালের যুদ্ধে নাদির শাহের বাহিনীর কাছে মুঘলরা পরাজিত হয়। এসময় দিল্লি লুন্ঠিত হয়। পরের শতাব্দীতে মুঘল শক্তি ক্রমান্বয়ে সীমিত হয়ে পড়ে এবং শেষ মুঘল সম্রাট দ্বিতীয় বাহাদুর শাহের কর্তৃত্ব শুধু শাহজাহানাবাদ শহরে সীমাবদ্ধ হয়ে পড়ে। সিপাহী বিদ্রোহের সমর্থনে তিনি একটি ফরমান জারি করেছিলেন। সিপাহী বিদ্রোহ ব্যর্থ হলে ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি তার বিরুদ্ধে রাজদ্রোহীতার অভিযোগ এনে কারাবন্দী করে। শেষে তিনি রেঙ্গুনে নির্বাসিত হন এবং সেখানেই মারা যান।
শহর-ই-ঘলঘোলা
কিন্তু ১২২১ সালে খরেজম সাম্রাজ্যের উত্তরাধিকারী ও সদ্য শাসক সুলতান জালালুদ্দিন মিংবুরনুকে (রাজত্বকাল ১২২০-১২৩১ খ্রিঃ) ধাওয়া করে চেঙ্গিজ খানের মোঙ্গল বাহিনী এই উপত্যকায় প্রবেশ করে। তাদের হাত থেকে বামিয়ান শহর ও উপত্যকাকে রক্ষার উদ্দেশ্যে এই অঞ্চলের প্রশাসক (এঁরও নাম জালালুদ্দিন) প্রবল প্রতিরোধ গড়ে তোলেন। শহর ঘিরে অবরোধ চলাকালীন পার্শ্ববর্তী অবরুদ্ধ দুর্গ থেকে ছোঁড়া একটি তীরে চেঙ্গিজ খানের দ্বিতীয় পুত্র চাঘতাই খানের ছেলে, অর্থাৎ চেঙ্গিজ খানের নাতি মুতুকান'এর মৃত্যু ঘটলে প্রতিশোধস্পৃহায় চেঙ্গিজ খানের নির্দেশে সমগ্র উপত্যকা জুড়ে অভূতপূর্ব এবং ধ্বংসলীলা চালানো শুরু হয়। কিন্তু জালালুদ্দিন আত্মসমর্পন করেননি। দুর্গের মধ্যে থেকে তিনি লড়াই চালিয়ে যান। কিন্তু তাঁর মেয়ে তাঁর সাথে বিশ্বাস ঘাতকতা করে। তার বিপত্নীক বাবা গজনির এক শাহজাদীকে বিয়ে করার রাগে সে গোপনে দুর্গত্যাগ করে ও দুর্গে ঢোকার গোপন রাস্তা মোঙ্গলদের জানিয়ে দেয়। তার আশা ছিল মোঙ্গলাধীপতি স্বয়ং তাকে বিবাহ করবে। কিন্তু মোঙ্গলরা তার কাছ থেকে দুর্গে ঢোকার গোপন পথ জেনে নিয়ে তাকে হত্যা করে ও দুর্গ দখল করে সেখানকার সমস্ত প্রতিরোধকারীদেরই হত্যা করে। শুধু জালালুদ্দিন পূর্ব দিকে পালিয়ে যেতে সক্ষম হন। বিজিত শহর ও উপত্যকায় যাতে একটিও মানুষ বেঁচে থাকতে না পারে, মোঙ্গলরা তা নিশ্চিত করে। ধ্বংসের তাণ্ডব থেকে এমনকী আশেপাশের অঞ্চলগুলোও রেহাই পায়নি। সমগ্র উপত্যকাতে এমনভাবে ধ্বংসকাণ্ড ও নির্বিচার হত্যালীলা চালানো হয় যে, মৃতদের স্মরণে লোকের মুখে মুখে বামিয়ান শহরের নামই হয়ে যায় নৈঃশব্দের শহর (শহর-ই-ঘলঘোলা)। এই ভয়াবহ ধ্বংসলীলার পর বেশ কিছু দশক উপত্যকায় আর কোনও জনবসতি গড়ে ওঠেনি। এমনকী এই ঘটনার চল্লিশ বছর পর যখন ঐতিহাসিক জোভাইনি তাঁর ইতিহাস লিখছেন, তখনও পর্যন্ত এই উপত্যকা ছিল জনশূন্য।