Схизма
В 325 на I Никейском Вселенском соборе произошёл раскол: арианство было осуждено, однако позже император Константин терпимо относился к умеренному арианству, которое продолжало существовать до его повторного осуждения на Константинопольском Вселенском соборе 381 года при поддержке императора Феодосия I. В 451 учение монофизитов было осуждено Халкидонским собором. Это привело к расколу и острой религиозно-политической борьбе. «Фотиева схизма»: в августе 863 на Римском Соборе был отлучен патриарх Фотий; в сентябре 867 Собор в Константинополе отлучил Папу Николая.
Греко-болгарская схизма
В период после 1878 года центром греко-болгарского противостояния стала Македония: Болгарский экзархат добивался от Порты официального назначения болгарских епископов в Македонию (Скопие и Охрид) и Фракию (Адрианополь), что встречало решительное противодействие со стороны Патриархии и вообще греков, составлявших часть населения в данных местностях; на стороне греков теперь выступало также правительство Сербского княжества. Несмотря на неоднократные протесты Патриарха Дионисия V, бывшего родом из Адрианополя, 26 июля 1890 года были выданы бераты епископам в Скопие (Ускюбская митрополия) и Охриде (ираде султана от 5 (17) июля 1890 года). Вследствие такого решения Порты, а также иных спорных (между Фанаром и Портой) вопросов, касавшихся судебной юрисдикции Патриархии и митрополитов трона по гражданским делам, 3 октября 1890 года Синод и Патриарх подписали протест ко всем автокефальным церквам и объявили интердикт, то есть прекращение богослужений во всех храмах за исключением неотложных треб. Хотя султаном была учреждена специальная комиссия для разрешения создавшегося кризиса, вызывавшего волнения среди греческих подданных, Порта отказалась идти на уступки в вопросе о болгарских епископах, пойдя на удовлетворение требований Церкви в вопросе о прономиях и привилегиях в канун Рождества того же года. Выдача бератов болгарским архиереям была по преимуществу заслугой австро-венгерской дипломатии, ввиду чего 27 июля экзарх Иосиф посетил с благодарностью за содействие австро-венгерского посланника Каличе. Попытки российского правительства предотвратить удовлетворение требований незаконного, по мнению Петербурга, правительства Стамболова провалились.