Ислам в СССР
Отношения советской власти и ислама пережили четыре этапа. На первом этапе (1917—1928 годы) центральная советская власть относилась к мусульманскому духовенству терпимо и пыталась его использовать для экспорта революции в страны Востока. На местах уже в это время начались притеснения мусульманского духовенства. На втором этапе (с 1929 года) советская власть вела с исламом ожесточенную борьбу (как и с другими конфессиями), в ходе которой большинство мечетей было разрушено, значительная часть служителей культа была репрессирована. Третий этап (1944—1989 годы) характеризуется прекращением уничтожения мусульманского духовенства и созданием четырёх полностью подконтрольных советским властям Духовных управлений мусульман. В этот период мусульманское духовенство (как и служители других конфессий) было вынуждено платить высокие налоги, перечислять добровольно-принудительные взносы в Фонд мира. После короткого послевоенного периода, строительство новых мечетей и открытие мусульманских образовательных учреждений было запрещено. В хрущевскую антирелигиозную кампанию власти закрыли часть ранее открытых мечетей, запретили паломничества к мусульманских святым местам, расположенным в СССР. Четвёртый этап (1989—1991 годы) — распад Духовных управлений мусульман, ослабление гнета со стороны властей, начало массового строительства мечетей.
Джума-мечеть (Шемахы)
Во времена СССР мечеть не использовалась по назначению и столкнулась с угрозой разрушения. В результате археологических раскопок 1971 года были обнаружены остатки древнего портала, представляющего собой главный вход на территорию двора мечети. В 1980 году по поручению первого секретаря ЦК Компартии Азербайджанской ССР Гейдара Алиева мечеть была отремонтирована. Согласно распоряжению Кабинета министров Азербайджанской Республики от 2 августа 2001 года шемахинская Джума-мечеть была объявлена архитектурным памятником истории и культуры национального значения.
В ноябре 2009 года президент Азербайджана Ильхам Алиев посетил мечеть и принял решение о её реставрации. В декабре этого же года Ильхамом Алиевым было подписано распоряжение о реставрации государственного историко-архитектурного памятника Джума мечеть в Шемахе. В марте 2010 года началась реконструкция мечети. Помимо этого были также отреставрированы старинные кельи, расположенные вокруг мечети. Медресе, кельи и надгробия, которые были найдены во дворе мечети в ходе археологических раскопок 70-80-х гг., были сохранены в первоначальном виде. Реставрация и реконструкция мечети проводилась с учётом традиций Ширванской архитектурной школы. Из-за расположения города в сейсмической зоне, фундамент мечети был основательно укреплен железобетонной конструкцией.