Схизма
В 325 на I Никейском Вселенском соборе произошёл раскол: арианство было осуждено, однако позже император Константин терпимо относился к умеренному арианству, которое продолжало существовать до его повторного осуждения на Константинопольском Вселенском соборе 381 года при поддержке императора Феодосия I. В 451 учение монофизитов было осуждено Халкидонским собором. Это привело к расколу и острой религиозно-политической борьбе. «Фотиева схизма»: в августе 863 на Римском Соборе был отлучен патриарх Фотий; в сентябре 867 Собор в Константинополе отлучил Папу Николая.
Антитринитаризм
В 449 году император Феодосий II созвал Эфесский собор, осудивший новые ереси, касавшиеся тонких вопросов тринитарного учения: обладал ли Иисус божественной природой от рождения или только после сошествия Святого Духа, сохранил ли он человеческую природу после сошествия и другие. Решения Эфесского собора были смягчены и уточнены два года спустя на Халкидонском соборе, который принял «Определение веры». Это Определение содержало также разъяснение проблемы сочетания в Иисусе божественного и человеческого: во Христе Бог соединился с человеческой природой «неслитно, нераздельно, неразлучно, неизменно». Это определение легло в основу тринитарной христологии. Не принявшие эти решения течения несториан и монофизитов вызвали первый крупный церковный раскол в после-арианский период. Несториане преобладали в соседней Персии до мусульманского завоевания, а монофизиты укрепились в Армении, Египте, Сирии и Эфиопии.