Транскриптом
Транскрипто́м (English: transcriptome) — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определённого типа.
De novo сборка транскриптома
"De novo" сборка транскриптома не требует наличия референсного генома. Учитывая, что большинство организмов на данный момент еще не отсеквенированы, "de novo" сборка транскриптома таких организмов может быть использована как первый этап в их изучении. Например, для изучения и сравнения траснкриптомов между оранизмами, а также для анализа дифференциальной экспрессии при различных воздействиях на организм. Иногда бывает полезно собирать транскриптом "de novo" даже при наличии референсного генома, так как при этом можно обнаружить транскрибируемые участки, последовательности которых отсутствуют в геномной сборке. Имея "de novo" сборку и референсный геном можно детектировать транскрипты экзогенного происхождения. Самое важное отличие "de novo" сборки в том, что при этом не требуется выравнивать последовательности и решать проблемы поиска или предсказания сайтов сплайсинга, помимо этого удается собирать транскрипты, полученные в результате транссплайсинга. Однако сборка de novo является алгоритмически сложным и вычислительно затратным процессом.Также данный подход отличается высокой чувствительностью к ошибкам.