Транскриптом
Транскрипто́м (English: transcriptome) — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определённого типа.
De novo сборка транскриптома
Оптимальное значение "k" для сборки зависит от длины прочтения, глубины секвенирования, частоты ошибок и сложности транскриптома конкретного вида. Для низкоэкспрессируемых генов с маленьким покрытием, для которых риды слабо перекрываются для улучшения качества сборки подходит уменьшенное значение "k". В то время как большие значения "k" позволяют разрешать повторы и участки с ошибками. Оптимальные значения "k" лежат в пределе от 21 до 50.