Пий XII
Папа Пий XI скончался 10 февраля 1939 года. Некоторые историки интерпретировали конклав по избранию его преемника, как стоящий перед выбором между дипломатическим или духовным кандидатом. Кардиналы-выборщики посчитали дипломатический опыт Пачелли, особенно в отношениях с Германией, решающим фактором. Эудженио Мария Джузеппе Джованни Пачелли был избран Папой Римским 2 марта 1939 года, в 63-й день своего рождения, после одного дня обсуждения и проведения трёх туров голосования[78][79]. По слухам, Пачелли просил провести ещё один тур голосования, чтобы гарантировать справедливость избрания.
Пий XII
Папа был хорошо информирован о сотрудничестве католического духовенства с режимом усташей, имея даже список священнослужителей, которые «присоединялись к убийствам», но решил не осуждать режим и не принимать меры против духовенства, опасаясь, что это приведет к расколу в хорватской церкви или подорвёт формирование будущего хорватского государства[179]. И даже Архиепископ Загреба и примас Хорватии Алоизие Степинац, осуждаемый за сотрудничество с усташами, был произведён в кардиналы[180]. Майкл Файер считает, что случай с Степинацеем был «демонстрационным процессом», но утверждает, что «обвинение, по которому он [Пий XII] поддерживал режим усташей, было конечно правдой, которую все знали»[181], и что «если бы Степинац отвечал на обвинения против него, его защита неизбежно была бы разбита, и разоблачена поддержка Ватиканом геноцида Павелича»[182]. В 1941 году Пий XII интерпретировал энциклику Папы Пия XI «Divini Redemptoris», которая запрещала католикам помогать коммунистам, и предписывала не оказывать военную помощью Советскому Союзу. Эта интерпретация успокоила американских католиков, которые ранее выступали против соглашений по Ленд-лизу с Советским Союзом[183].