Транскриптом
Транскрипто́м (English: transcriptome) — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определённого типа.
De novo сборка транскриптома
С развитием технологий секвенирования следующего поколения, получение фрагментов (ридов) стало на порядок дешевле, но размер фрагментов стал меньше. Для сборки из коротких прочтений было предложено использовать графы де Брёйна. Вершинами графа де Брёйна являются возможные "k"-меры (строки длины "k"), выделенные из исходных прочтений. Два "k"-мера, соединяются в графе ребром, если они являются префиксом и суффиксом "k+1"-мера, также представленного в исходных прочтениях. Ребром является "k+1"-мер.