Франц Фердинанд
Семья Франца Фердинанда проживала в австрийском замке Гогенберг и в замке Конопиште, в Чехии. У Франца Фердинанда и Софии была одна дочь — София и два сына — Максимилиан и Эрнст. Они носили фамилию Эсте и титул князей Гогенбергов. В 1938 году Максимилиан и Эрнст Гогенберги, как родственники Австрийского дома и противники аншлюсса Австрии, были посажены по приказу Гитлера в концлагерь Дахау. Максимилиан был освобождён через 6 месяцев, а Эрнст переведён в другой лагерь и освобожден в 1943 году. Они оба пережили войну, и ныне существуют их потомки.
Фердинанд (принц Астурийский)
После Фердинанда у супругов родилось ещё четверо детей: Карлос Лоренцо в 1573 году, Диего в 1575 году, Филипп в 1578 году и Мария в 1580 году, рождение которой привело к смерти Анны от сердечной недостаточности. Из-за обязательств своих родителей перед государством и обычаев той эпохи дети жили и росли отдельно от родителей. Кроме того такое положение дел могло создать своего рода безразличие к их детям у Филиппа и Анны, учитывая очень высокую младенческую смертность того времени. Возможно, они боялись близко привязаться к своим детям, а потом остаться безутешными после того, как они умрут.