Схизма
В 325 на I Никейском Вселенском соборе произошёл раскол: арианство было осуждено, однако позже император Константин терпимо относился к умеренному арианству, которое продолжало существовать до его повторного осуждения на Константинопольском Вселенском соборе 381 года при поддержке императора Феодосия I. В 451 учение монофизитов было осуждено Халкидонским собором. Это привело к расколу и острой религиозно-политической борьбе. «Фотиева схизма»: в августе 863 на Римском Соборе был отлучен патриарх Фотий; в сентябре 867 Собор в Константинополе отлучил Папу Николая.
Иоанн Эфесский
Поскольку у представителей конфликтующих фракций были значительные противоречия и во вне-догматической сфере, на многих современников этот спор производил впечатление сведения личных счётов. К такой точке зрения пришёл, в конце концов, и император Юстин II. Спор не утих и после смерти Асконагиса и Феодосия, его дальнейшая история включала в себя проведение двух совещаний зимой 567—568 года в помещениях Большого дворца между Иоанном и Кононом при участии в качестве посредников представителей императора, подписание и последующее отречение партией Конона от примирительного документа, обвинение Афанасием Иоанна в хищении 70 кентинариев из общественных сумм, вмешательство Арефы. Попытку поставить окончательную точку в этом споре предприняли восточные епископы во главе с Иаковом, осенью 569 года выпустившие энциклику, осуждавшую и отлучавшую Конона и Евгения, что стало победой партии Иоанна Эфесского. Однако осужденные, не смирившись, решили привлечь к разрешению спора императора, который, не оставив ещё надежду объединить нехалкидонитов, приказал патриарху Иоанну Схоластику провести расследование. Последний, в свою очередь, предложил устроить богословский диспут, участниками которого со стороны ортодоксальных миафизитов стали Иоанн и патриарх Павел. На четвёртый день враждебное отношение ортодоксов к судьям стало причиной досрочного прекращения диспута. Таким образом, эта ссора, затухшая только с началом очередных гонений на миафизитов в 571 году, существенно испортила репутацию движения в глазах как власти, так и верующих.