Схизма
В 325 на I Никейском Вселенском соборе произошёл раскол: арианство было осуждено, однако позже император Константин терпимо относился к умеренному арианству, которое продолжало существовать до его повторного осуждения на Константинопольском Вселенском соборе 381 года при поддержке императора Феодосия I. В 451 учение монофизитов было осуждено Халкидонским собором. Это привело к расколу и острой религиозно-политической борьбе. «Фотиева схизма»: в августе 863 на Римском Соборе был отлучен патриарх Фотий; в сентябре 867 Собор в Константинополе отлучил Папу Николая.
Монашество в византийском Египте
Историю пахомианского монашества разделяют на три периода: до смерти Пахомия в 346 году, затем при его преемниках Феодоре Освященном (ум. 368) и Орсисии (после 387 года) и прекращение пахомианского движения в царствование императора Юстиниана I (527—565). Пахомий не сразу пришёл к своей модели монашества. Один из первых кризисов в общине, когда из неё было изгнано несколько монахов, произошёл уже в 324 году. Постепенно уровень организованности повышался, и Пахомий пришёл к иерархической системе управления. Монахи жили совместно в нескольких домах, каждый из которых управлялся своим управляющим и его помощниками. Каждый монах имел своё занятие, а руководители сменялись каждые три недели; время для каждого вида занятий было чётко определено. Основной характеристикой второго периода истории движения, как считает Дж. Гёринг, стали сложности с передачей власти от основателя к ближайшим преемникам. По мнению историка, они хорошо описываются теорией «рутинизации харизмы» Макса Вебера. После внезапной смерти Пахомия от чумы в 346 году возник непродолжительный кризис передачи власти в основанном им объединении монастырей. За два года до этого Пахомий был серьёзно болен, и на случай своей смерти назначил своим преемником Феодора, пришедшего в общину в 328 году и пользовавшегося авторитетом среди монахов. Однако выздоровев, Пахомий наложил на Феодора епитимью, так как ему показался чрезмерным энтузиазм монашеских старейшин принять Феодора в качестве его преемника. Хотя, по всей видимости, отношение Пахомия к Феодору смягчилось к 346 году, перед смертью он назвал преемником некоего Петрония, незадолго до этого принятого в общину богатого землевладельца. Петроний скончался два с половиной месяца спустя от той же эпидемии, что и Пахомий, назвав своим преемником Орсисия из монастыря Хенобоския, также недавно присоединившегося. Согласно «Житию Пахомия», Орсисий сам не хотел занимать этот пост. В любом случае, он смог удержать власть около года, и, после того, как монахи активно выразили своё неприятие нового настоятеля, передал управление Феодору и удалился в Хеновосскую киновию. В результате угрожавший существованию движения кризис был преодолён, и власть вернулась к старшему поколению монахов. С целью предотвращения подобных волнений в будущем Феодор ввёл практику смены настоятелей в монастырях дважды в год. Институциональную проблему передачи верховной власти в движении он не решил, предполагая, видимо, назначить себе преемника сам. Вместо этого он стремился укрепить свою власть, заручившись поддержкой церковных иерархов из партии сторонников Афанасия Великого. Это отличалось от образа действий Пахомия, который избегал контактов с Афанасием. Важной характеристикой второго периода в истории пахомианского монашества Дж. Гёринг считает сближение идеалов движения с церковной ортодоксией. Это не значит, что при Пахомии монахи были склонны к ереси, но догматическим и терминологическим вопросам стали уделять больше внимания. С вопросом о возможной приверженности ереси пахомианских монахов связан один из подходов к решению проблемы происхождения гностических текстов из библиотеки Наг-Хаммади.