Индуизм
Начало новой эпохи в истории индуизма положил приход и распространение по всей Индии философии Упанишад, джайнизма, и буддистской религиозно-философской мысли[60]. Махавира и Будда учили тому, что для достижения мокши или нирваны нет необходимости принимать авторитет Вед или кастовую систему. Буддизм пошёл дальше, объявив, что «Я», «душа» (как нечто, не подверженное изменениям) и бог (фигура, аналогичная творцу) просто не существуют[61]. Буддизм вобрал множество элементов образной и понятийной системы индуизма, но присвоил им другие значения. Буддизм достиг своего апогея во время правления императора Ашоки и империи Маурьев, которые смогли объединить Индийский субконтинент в одно государство в III веке до н. э. В конкуренции с буддизмом за влияние на царский престол (опора на царский престол с самого начала была характерна для буддизма, как и проведение публичных диспутов при дворе) индуизм стал более систематизирован, практика жертвоприношений животных, до Ашоки неотъемлемая часть государственной и общинной жизни индуистов, перестала играть значительную роль в Индии в целом. Ко II веку до н. э. в философии индуизма сформировались шесть основных школ: санкхья, йога, ньяя, вайшешика, миманса и веданта[62]. В VI веке до н. э. Чарвака основал школу атеистического материализма в Северной Индии[63]. В период между IV и X веком н. э. индуизм взял вверх над буддизмом и распространился по всей Индии, вытеснив буддизм за её пределы[64].
Шиваизм
Многие исследователи, среди которых Р. Н. Дандекар и Мирча Элиаде, считают артефакты из Мохенджо-Даро, Хараппа и других археологических площадок северо-западной Индии и Пакистана свидетельством ранней формы поклонения Шиве и Шакти. Эти артефакты включают лингамы и «Печать Пашупати», описанную во множестве исследований. Индская цивилизация достигла своего пика около 2500—2000 до н. э., пришла в упадок к 1800 до н. э., и исчезла к 1500 до н. э. Ряд исследователей полагают, что йога была именно доарийским наследием, связанным с культом прото-Шивы. В противовес теории доарийского возникновения шиваизма, существует Теория исхода из Индии, согласно которой миграции ариев в Индию не было, а Индская цивилизация (и, соответственно, культ прото-Шивы) была индоарийской.