กองทัพเรือไทย
พ.ศ. 2394 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว กิจการทหารเรือเริ่มแบ่งออกมาชัดเจน และแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ ทหารเรือวังหลวง (ทหารมะรีนสำหรับเรือรบ) ขึ้นตรงกับสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) สมุหพระกลาโหม และ ทหารเรือวังหน้า ขึ้นตรงกับพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยทหารเรือวังหน้ามีหน่วยขึ้นในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสาจาม และกองทะเล (บางทีเรียกว่ากองกะลาสี) ส่วนกรมอรสุมพลมีหน่วยขึ้นในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสามอญ และกรมอาสาจาม ซึ่งทหารทั้งสองหน่วยนี้เป็นอิสระจากกัน
กองทัพเรือไทย
1 เมษายน พ.ศ. 2433 ได้มีการยกเลิกประกาศจัดการทหาร พ.ศ. 2430 และได้มีการตราพระราชบัญญัติจัดการกรมยุทธนาธิการขึ้นแทน โดยให้เรียกกรมยุทธนาธิการใหม่ว่ากระทรวงยุทธนาธิการ (Ministry of War and Marine) แบ่งออกเป็น 2 กรม คือ กรมทหารบกและกรมทหารเรือ โดยทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้นายพลโทพระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าขจรจรัสวงศ์ กรมหมื่นปราบปรปักษ์ เป็นผู้บัญชาการทหารเรือ (Chief Staff of the Navy) และแบ่งส่วนราชการออกเป็นกรมกลาง กองบัญชีเงิน กรมคลังพัสดุทหารเรือ กองเร่งชำระ กรมคุกทหารเรือ กรมอู่ กรมช่างกล โรงพยาบาลทหารเรือ ทหารนาวิกโยธิน เรือรบหลวงและเรือพระที่นั่งประจำการ