สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ผลการแข่งขันในรอบแบ่งกลุ่ม ปรากฏว่า สโมสรสามารถคว้าอันดับที่หนึ่งของกลุ่ม H ด้วยผลงาน ชนะ 4 เสมอ 1 และแพ้ 1 มี 13 คะแนน ได้สิทธิเข้ารอบ 16 ทีมสุดท้ายและได้สิทธิเล่นเป็นเจ้าบ้านพบกับ ศรีวิจาย่า จากอินโดนีเซีย[7] และสามารถเอาชนะเข้าสู่รอบ 8 ทีมสุดท้ายได้ โดยเข้าไปพบกับทีม นาซาฟ จากอุซเบกิสถาน โดยชลบุรีเป็นฝ่ายแพ้การดวลจุดโทษนาซาฟหลังประตูรวมสองนัดเท่ากัน 1 ประตู ต่อ 1 ตกรอบไปในที่สุด