สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
สโมสร ได้มีการปรับเปลื่ยนนโยบายการพัฒนาสโมสร โดยเน้นใช้ผู้เล่นเยาวชนของสโมสรมากขึ้น โดยได้เริ่มต้นตั้งแต่ฤดูกาล 2556 โดยส่ง สโมสรพานทอง เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลในระดับ ดิวิชัน 2 โดยนำนักฟุตบอลเยาวชนเข้าร่วม และพัฒนา ต่อยอดสู่สโมสรในอนาคต ต่อมาใน ฤดูกาล 2559 ได้แต่งตั้ง เทิดศักดิ์ ใจมั่น ขึ้นเป็นผู้จัดการทีมคนใหม่ของสโมสร[16] และพร้อมกับดันนักฟุตบอลเยาวชนของสโมสรขึ้นสู่ ทีมชุดใหญ่ โดยผลงานในสองฤดูกาลที่เทิดศักดิ์เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน จบอันดับที่ 5 ในฤดูกาล 2559 และอันดับที่ 7 ในฤดูกาล 2560 ทำให้ เทิดศักดิ์ ใจมั่น ประกาศลาออกจากตำแหน่งหลังสิ้นสุดฤดูกาล[17]