ประเทศอินโดนีเซีย
ประเทศอินโดนีเซียมีเกาะหลัก 5 เกาะคือ นิวกินี, ชวา, กาลีมันตัน, ซูลาเวซี และสุมาตรา เกาะที่ใหญ่ที่สุดคือเกาะสุมาตรา ส่วนเกาะชวาเป็นเกาะที่เล็กที่สุดในบรรดาเกาะหลักทั้ง 5 เกาะ แต่ประมาณร้อยละ 60 ของประชากรกว่า 200 ล้านคนอาศัยอยู่บนเกาะนี้และเป็นที่ตั้งกรุงจาการ์ตาซึ่งเป็นเมืองหลวง หมู่เกาะเหล่านี้อยู่ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ระหว่างมหาสมุทรอินเดียกับมหาสมุทรแปซิฟิก ชายฝั่งของประเทศอินโดนีเซียยาวประมาณ 2,600 กิโลเมตร และมีพรมแดนติดกับประเทศมาเลเซีย ปาปัวนิวกีนี และติมอร์-เลสเต
เอเชียตะวันออกเฉียงใต้
บริเวณแนวปะการังน้ำตื้นในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ถือได้ว่าเป็นบริเวณที่มีระบบนิเวศทางทะเลหลากหลายและสมบูรณ์ที่สุดในโลก โดยเต็มไปด้วยปะการัง, ปลา, หอย และพวกหมึก ตามที่องค์กรอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมนานาชาติได้ทำการสำรวจทะเลบริเวณราชาอัมพัตแล้วพบว่ามีความหลากหลายที่สุดในโลก และมากกว่าบริเวณอื่นอย่างสามเหลี่ยมปะการังของอินโดนีเซีย, ฟิลิปปินส์ และปาปัวนิวกินี โดยบริเวณสามเหลี่ยมปะการังนี้ถือได้ว่าเป็นหัวใจของแนวปะการังทั่วโลกเลยทีเดียว ทำให้ราชาอัมพุตเป็นบริเวณที่มีแนวปะการังมากที่สุดแห่งหนึ่งของโลก ขณะที่ปลาที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกอย่างปลาฉลามวาฬและ 6 สปีชีย์ของเต่าทะเลสามารถพบได้ในทะเลจีนใต้ และดินแดนในมหาสมุทรแปซิฟิกของฟิลิปปินส์