สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ในปี 2553 สโมสรได้แต่งตั้ง จเด็จ มีลาภ กลับมาคุมทีมอีกครั้ง พร้อมกับย้ายสนามเหย้าจาก สนามสิรินธร ภายในโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา มาที่ สนามสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตชลบุรี โดยในฤดูกาลนี้ สโมสรจบด้วยอันดับที่ 3 ในการแข่งขัน แต่ก็ยังสามารถคว้ารางวัลชนะเลิศฟุตบอลถ้วย มูลนิธิไทยคมเอฟเอคัพ เป็นครั้งแรก ทำให้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซีคัพ ฤดูกาล 2554