สโมสรฟุตบอลนครปฐม ยูไนเต็ด
สโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2542 โดยเริ่มเล่นในโปรวินเชียลลีก ใน พ.ศ. 2547 สโมสรจบฤดูกาลโดยอยู่กลางตารางของลีก ในปีต่อมา สโมสรจบฤดูกาลในสามอันดับแรก และได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีก ติดต่อกันใน พ.ศ. 2548-49 โดยใน พ.ศ. 2549 สโมสรได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในลีกสูงสุดของประเทศไทย โดยเป็นทีมสำรองลำดับที่สองของสโมสรฟุตบอลการท่าเรือแห่งประเทศไทย สโมสรนครปฐมไม่ได้นำมาซึ่งเฉพาะความเป็น "ทีมภูมิภาค" ในลีกเท่านั้น แต่ยังมีกระแสแฟนบอลที่เดินทางไปเชียร์ทั้งนัดเยือนและนัดเหย้า สโมสรนครปฐมเป็นอีกทีมหนึ่งเช่นเดียวกับสโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรีและสโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรีที่แข่งขันในระดับพรีเมียร์ลีก โดยไม่ใช่ทีมจากกรุงเทพมหานคร
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง