พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมขุนสุพรรณภาควดี
พระองค์มีพระขนิษฐาที่ประสูติร่วมพระมารดาอีก 2 พระองค์ ซึ่งมีพระนามที่คล้องจองกัน ได้แก่ ศรีวิไลยลักษณ์ สุวพักตร์วิไลยพรรณ และบัณฑรวรรณวโรภาส
พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงทิพยรัตนกิริฏกุลินี
ในฐานะที่เป็นพระน้องนางร่วมพระชนนีกับ "เสด็จพระนาง" (สมเด็จพระปิตุจฉาเจ้าสุขุมาลมารศรี พระอัครราชเทวี ขณะนั้นทรงดำรงพระอิสริยยศเป็น พระนางเจ้าสุขุมาลมารศรี พระราชเทวี) พระองค์เจ้าหญิงนภาพรประภาจึงประทับอยู่ในตำหนักเดียวกัน พร้อมกับพระมารดาคือเจ้าคุณจอมมารดาสำลีในรัชกาลที่ 4 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าสุทธาทิพยรัตน์ กรมหลวงศรีรัตนโกสินทร และสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าบริพัตรสุขุมพันธุ์ กรมพระนครสวรรค์วรพินิต นอกจากนี้ยังทรงสนิทสนมกับสมเด็จพระศรีสวรินทิราบรมราชเทวี พระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า และสมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถอีกด้วยในฐานะที่ทรงเป็น "พระเจ้าลูกเธอชั้นเล็ก" เช่นกัน โดยเฉพาะกับสมเด็จพระศรีพัชรินทราฯ นั้นนอกจากจะทรงวิสาสะกันในฐานะเจ้าพี่เจ้าน้องแล้ว ยังทรงรับผิดชอบบริหารงานราชการฝ่ายในร่วมกัน และได้ทรงเลี้ยงดูพระราชโอรสพระองค์หนึ่งในสมเด็จพระศรีพัชรินทรา (ซึ่งก็นับว่าเป็นพระราชภาติยะของพระองค์ทั้งสองฝ่าย) คือ สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าอัษฎางค์เดชาวุธ กรมหลวงนครราชสีมา ถึงขนาด "ทูลกระหม่อมเอียด" รับสั่งว่า ""หากไม่ติดเกรงพระทัยทูลกระหม่อมชาย อยากจะทูลเชิญเสด็จน้ามาประทับอยู่ด้วยกัน""