เหตุแฟนบอลสโมสรฟุตบอลนครปฐมทำร้ายผู้ตัดสิน พ.ศ. 2553
เหตุแฟนบอลสโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมทำร้ายผู้ตัดสิน พ.ศ. 2553 เป็นเหตุการณ์ที่แฟนบอลสโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมทำร้ายผู้ตัดสิน ในการแข่งขันฟุตบอลในนัดที่รับการมาเยือนของสโมสรฟุตบอลจังหวัดศรีสะเกษระหว่างการแข่งขันเพลย์ออฟขึ้นไทยพรีเมียร์ลีก ผลปรากฏว่าเสมอกัน 0-0 ประตู เมื่อวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2553 ทางสโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมถูกลงโทษปรับ 160,000 บาท และห้ามเข้าร่วมการแข่งขันของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นเวลา 2 ปี[1]
สโมสรฟุตบอลยาสูบ
และในฤดูกาล 2556 ทางสโมสรได้พยายามย้ายไปเล่นที่ จังหวัดลพบุรี และใช้ชื่อทีมว่า "พนักงานยาสูบ ลพบุรี" โดยใช้ สนามกีฬาพระราเมศวร เป็นสนามเหย้า แต่ไม่ได้ใช้สนามนี้เพราะทางไทยพรีเมียร์ลีกไม่อนุญาต จึงไปใช้ สนามกีฬาเฉลิมพระเกียรติ 72 พรรษา แทน แต่ก็ใช้ไปเพียงนัดเดียวเท่านั้น และผ่านไปเพียง 3 นัด ก็ได้แยกทางกับลพบุรี และไปใช้ สนามบุณยะจินดา เป็นสนามเหย้าแทน และใช้ชื่อทีมว่า ทีทีเอ็ม เอฟซี 
ต่อในฤดูกาล 2557 ได้ควบรวมทีมกับทาง สโมสรฟุตบอลศุลกากร ยูไนเต็ด และได้เปลื่ยนแปลงซื่อ และ ฉายาเป็น "สโมสรฟุตบอลยาสูบ ศุลกากร" แต่หลังจากนั้น จึงได้แยกทางแล้วทางสโมสรฯ ได้สิทธิ์บริหารเอง และลงแข่งขันในชื่อ "ยาสูบ เอฟซี" และใช้ สนามบุณยะจินดา เป็นสนามเหย้าแต่ เนื่องจากสนามฯ มีทีมที่ใช้สนามอยู่แล้วทั้ง สโมสรฟุตบอลเพื่อนตำรวจ และ สโมสรฟุตบอลเจ ดับบลิว โปลิศ ทำให้ต้องย้ายกลับมาใช้ สนามศุลกากร ลาดกระบัง 54แต่ผลงานของทีมกลับไม่ได้ดีอย่างที่หวังไว้ จนในที่สุดทีมต้องตกชั้นไปเล่นใน ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 โดยหลังจากตกชั้น สโมสรประกาศขอพักทีม 1 ฤดูกาล เนื่องจากติดปัญหาข้อกฎหมายของ กระทรวงการคลัง