สมอง
สมองมีหน้าที่ควบคุมและสั่งการการเคลื่อนไหว, พฤติกรรม และภาวะธำรงดุล (homeostasis) เช่น การเต้นของหัวใจ, ความดันโลหิต, สมดุลของเหลวในร่างกาย และอุณหภูมิ เป็นต้น หน้าที่ของสมองยังมีเกี่ยวข้องกับการรู้ (cognition) อารมณ์ ความจำ การเรียนรู้การเคลื่อนไหว (motor learning) และความสามารถอื่น ๆ ที่เกี่ยวกับการเรียนรู้
ประสาทสัมพันธ์แห่งการรับรู้อารมณ์
ความตื่นตัวระดับสูงมีความสัมพันธ์กับการรับรู้อารมณ์แต่ละอย่าง ไม่ว่าจะเป็นการเห็น การได้ยิน การทรงจำ การวางแผน หรือการจินตนาการเรื่องใดเรื่องหนึ่ง. ระดับต่าง ๆ ของสภาพการรับรู้ ก็มีความสัมพันธ์กับการรับรู้อารมณ์ประเภทต่าง ๆ สภาพการรับรู้<i data-parsoid='{"dsr":[7128,7140,2,2]}'>เวลาตื่น</i>แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิงจาก<i data-parsoid='{"dsr":[7166,7177,2,2]}'>เวลาฝัน (ตัวอย่างเช่น เวลาฝันไม่มีการตรวจสอบตนเอง [self reflection]) และจาก<i data-parsoid='{"dsr":[7249,7265,2,2]}'>เวลาหลับสนิท. ในสภาพการรับรู้ทั้ง 3 กลไกชีวภาพพื้นฐาน (basic physiology) ของสมองได้รับผลกระทบ และแม้ในสภาพการรับรู้อารมณ์อันผันแปร (altered states of consciousness) กลไกชีวภาพพื้นฐานของสมองก็ได้รับผลเช่นกัน เช่นหลังจากบริโภคยาหรือในระหว่างการเจริญสมถะวิปัสสนา (meditation) ซึ่งเป็นเวลาที่การรับรู้อารมณ์และความเข้าใจในอารมณ์นั้น อาจจะมีสมรรถภาพเพิ่มขึ้นเมื่อเทียบกับเวลาอื่นที่ตื่นอยู่โดยปกติ.