เอเชียตะวันออกเฉียงใต้
ในทางภูมิศาสตร์ หมู่เกาะมลายูเป็นหนึ่งในบริเวณที่มีภูเขาไฟมีพลังมากที่สุดในโลก ผืนดินที่ยกตัวขึ้นในบริเวณนี้ทำให้เกิดภูเขาที่สวยงามอย่างยอดเขาปุนจักจายาที่จังหวัดปาปัวในอินโดนีเซีย ความสูงถึง 5,030 เมตร (16,024ฟุต) บนเกาะนิวกินี อีกทั้งยังเป็นสถานที่เดียวที่สามารถพบธารน้ำแข็งได้ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ขณะที่บริเวณที่สูงเป็นอันดับสองอย่างยอดเขากีนาบาลูในรัฐซาบะฮ์ของมาเลเซียบนเกาะบอร์เนียว ซึ่งมีความสูง 4,095 เมตร (13,435ฟุต) ภูเขาที่สูงที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้คือยอดเขาคากาโบราซี โดยมีความสูงถึง 5,967 เมตร ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของพม่า และเป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาหิมาลัย ขณะเดียวกันอินโดนีเซียนั้นถูกจัดว่าเป็นหมู่เกาะขนาดใหญ่ที่สุดในโลก (จัดโดย CIA World Factbook)
ขบวนการปาปัวเสรี
ระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 หมู่เกาะอินดีสตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ (ปัจจุบันคืออินโดนีเซีย) อยู่ภายใต้การยึดครองของญี่ปุ่น และมีการเรียกร้องเอกราชภายในอาณานิคมในช่วง พ.ศ. 2488 – 2493 ในขณะที่นิวกินีของเนเธอร์แลนด์ (ปัจจุบันคือนิวกินีตะวันตก) ถูกยึดครองโดยญี่ปุ่นเป็นบางส่วน เฉพาะทางชายฝั่งตอนเหนือ และไม่อยู่ในข้อตกลงดัตช์ – อินโดนีเซียเกี่ยวกับเอกราชของอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 เนเธอร์แลนด์ยังคงปกครองนิวกินีตะวันตกในฐานะอาณานิคมต่อไปและจัดให้มีการเลือกตั้งในนิวกินีเมื่อ พ.ศ. 2504 ในปีเดียวกันสหรัฐได้ออกมาสนับสนุนให้อินโดนีเซียเข้าครอบครองนิวกินีตะวันตก และมีการลงนามในข้อตกลงระหว่างสหรัฐ อินโดนีเซียและเนเธอร์แลนด์ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2505 แม้ว่าเนเธอร์แลนด์ต้องการให้นิวกินีตะวันตกอยู่ภายใต้การอารักขาของสหประชาชาติและจัดให้มีการลงประชามติเกี่ยวกับอนาคตของตน แต่ข้อตกลงที่ทำขึ้นทำให้สหประชาชาติไม่มีบทบาท การโอนย้ายอำนาจการปกครองในทางกฎหมายไม่ได้รับการยอมรับจากชาวปาปัวและการลงประชามติต้องล่าช้าออกไป เริ่มมีการใช้ธงชาติปาปัวในวันที่ 1 ธันวาคมของทุกปี ซึ่งการกระทำเช่นนี้ถือว่าผิดกฎหมายของอินโดนีเซีย และมีโทษจำคุก 7 -20 ปีถ้าถูกจับได้ 
การลงประชามติมีขึ้นเมื่อ 14 กรกฎาคม – 2 สิงหาคม พ.ศ. 2512 โดยผู้แทนสหประชาชาติมาถึงเมื่อ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2511 เพื่อดูแลการลงประชามติ ผลของการลงมติทำให้ปาปัวกลายเป็นส่วนหนึ่งของอินโดนีเซีย แต่ชาวปาปัวส่วนใหญ่กล่าวว่าการลงประชามตินี้อยู่ภายใต้อิทธิพลของรัฐบาลอินโดนีเซีย