สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
ฟุตบอลในประเทศไทย
จากนั้นสมาคมฯ เข้าร่วมเป็นสมาชิกของสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย (เอเอฟซี) เมื่อปี พ.ศ. 2500[1] และเข้าร่วมเป็นสมาชิกก่อตั้งของสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย (เอเอฟเอฟ) เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2527[2] ทั้งนี้ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2504 สมาคมฯ จัดระบบการแข่งขันฟุตบอลเสียใหม่เป็นระดับชั้น (Division) โดยตั้งวัตถุประสงค์เพื่อความเป็นเลิศ ตามรูปแบบของสมาคมฟุตบอลอังกฤษในขณะนั้น คือจัดเป็นฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ก, ข, ค และ ง ตลอดจนไทยเอฟเอคัพ (เริ่มจัดครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2513) รวมถึงฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานคิงส์คัพ (เริ่มจัดครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2511) และควีนสคัพ (เริ่มจัดครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2513) เป็นต้น นอกจากนี้ ยังจัดการแข่งขันในระดับอื่นเช่น ฟุตบอลนักเรียน, ฟุตบอลอาชีวศึกษา, ฟุตบอลเยาวชนและอนุชน, ฟุตบอลเตรียมอุดมศึกษา, ฟุตบอลอุดมศึกษา รวมทั้งกำกับดูแลในการส่งทีมฟุตบอลต่างๆ เพื่อเข้าร่วมการแข่งขันระหว่างประเทศอีกด้วย[1]