ชินเซ็งงูมิ
กลุ่มโรชิงุมิได้รับการสนับสนุนด้านเงินทุนจากรัฐบาลโทะกุงะวะ แต่อย่างไรก็ตาม เป้าหมายที่แท้จริงของคิโยะคะวะ ฮะจิโร ซึ่งถูกเปิดเผยเมื่อนำกลุ่มมาถึงนครเกียวโตก็คือ การรวบรวมโรนินเพื่อทำงานสนับสนุนองค์พระจักรพรรดิ เพื่อเป็นการตอบโต้ สมาชิกของกลุ่มโรชิงุมิจำนวน 13 คน จึงได้แยกตัวออกมาจัดตั้งกลุ่มชินเซ็งงุมิ และสมาชิกที่ภักดีต่อรัฐบาลโทะกุงะวะอีกส่วนหนึ่งก็ได้แยกตัวกลับไปที่เอะโดะและก่อตั้งกลุ่มชินโชงุมิขึ้น (新徴組) โดยอยู่ภายใต้การสนับสนุนของแคว้นโชไน[4]
ซนโนโจอิ
หลักปรัชญาซนโนโจอิจึงได้ถูกนำมาปรับใช้เป็นคำประกาศออกศึก (battle cry) ของกลุ่มกบฏแคว้นโจชูและแคว้นซะสึมะ ซึ่งทางราชสำนักที่เกียวโตก็มีท่าทีเข้าข้างขบวนการข้างต้นอย่างไม่น่าประหลาดใจนัก จักรพรรดิโคเมทรงเห็นด้วยในความรู้สึกดังกล่าวเป็นการส่วนพระองค์ และทรงทำลายธรรมเนียมปฏิบัติของราชสำนักที่มีมานานนับร้อยปีด้วยการเข้ามามีบทบาทในกิจการของรัฐอย่างเป็นรูปธรรม ทรงอาศัยโอกาสดังกล่าววิพากษ์วิจารณ์สนธิสัญญาต่างๆ อย่างรุนแรงและพยายามเข้าแทรกแซงการสืบทอดตำแหน่งโชกุน ความพยายามของพระองค์มาถึงจุดสูงสุดในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1863 ด้วยการออก "พระราชโองการขับไล่ชาวป่าเถื่อน" () ถึงแม้รัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะจะไม่มีความตั้งใจปฏิบัติตามพระราชโองการดังกล่าว แต่อย่างน้อยที่สุดก็ได้จุดประกายให้เกิดการสู้รบต่อต้านตัวรัฐบาลโชกุนเองและต่อต้านชาวต่างชาติที่อยู่ในญี่ปุ่น กรณีดังกล่าวที่มีชื่อเสียงที่สุดคือกรณีการตายของพ่อค้าชาวอังกฤษชื่อ ชาร์ล เลนน็อกซ์ ริชาร์ดสัน อันเกิดจากการถูกกล่าวหาว่าไม่แสดงความเคารพต่อไดเมียวผู้หนึ่ง เป็นเหตุให้รัฐบาลโชกุนต้องชดใช้สินไหมให้แก่รัฐบาลอังกฤษเป็นเงินถึง 100,000 ปอนด์สเตอร์ลิง นอกจากนี้ยังรวมถึงการโจมตีเรือสินค้าต่างชาติที่ชิโมะโนะเซะกิอีกด้วย ส่วนซามูไรไร้นายหรือโรนิน ก็ได้รวมตัวกันเพื่อเป้าหมายคือ การลอบสังหารชาวต่างชาติและข้าราชการของรัฐบาลโชกุน