สโมสรฟุตบอลนครปฐม ยูไนเต็ด
สโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2542 โดยเริ่มเล่นในโปรวินเชียลลีก ใน พ.ศ. 2547 สโมสรจบฤดูกาลโดยอยู่กลางตารางของลีก ในปีต่อมา สโมสรจบฤดูกาลในสามอันดับแรก และได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีก ติดต่อกันใน พ.ศ. 2548-49 โดยใน พ.ศ. 2549 สโมสรได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในลีกสูงสุดของประเทศไทย โดยเป็นทีมสำรองลำดับที่สองของสโมสรฟุตบอลการท่าเรือแห่งประเทศไทย สโมสรนครปฐมไม่ได้นำมาซึ่งเฉพาะความเป็น "ทีมภูมิภาค" ในลีกเท่านั้น แต่ยังมีกระแสแฟนบอลที่เดินทางไปเชียร์ทั้งนัดเยือนและนัดเหย้า สโมสรนครปฐมเป็นอีกทีมหนึ่งเช่นเดียวกับสโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรีและสโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรีที่แข่งขันในระดับพรีเมียร์ลีก โดยไม่ใช่ทีมจากกรุงเทพมหานคร
สโมสรฟุตบอลปราจีนบุรี
สโมสรฟุตบอลจังหวัดปราจีนบุรี ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2542 โดยส่งแข่งขันในนาม สมาคมศิษย์เก่าโรงเรียนปราจิณราษฎรอำรุง โดยลงทำการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. ในปี พ.ศ. 2543 ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 สโมสรสามารถเลื่อนชั้นลงทำการแข่งขันใน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค. และเลื่อนชั้นมาลงแข่งขันใน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปี 2547 ต่อมาได้เปลื่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอลศิษย์เก่าฯ-เทศบาลเมืองปราจิณ โดยทางสมาคมฯ ได้มอบสิทธิ์การบริหารสโมสรให้กับ บุญเกื้อ พากเพียรศิลป์ และได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน ดิวิชั่น 2 2549 โดยในปีแรกที่เข้าแข่งขัน สโมสรทำผลงานได้ไม่ดีนัก โดยจบอันดับที่ 10 มี 19 คะแนนจาก 20 นัด ห่างจาก สโมสรธนาคารอาคารสงเคราะห์ ทีมอันดับที่ตกชั้นเพียงคะแนนเดียว 