ชินเซ็งงูมิ
กลุ่มโรชิงุมิได้รับการสนับสนุนด้านเงินทุนจากรัฐบาลโทะกุงะวะ แต่อย่างไรก็ตาม เป้าหมายที่แท้จริงของคิโยะคะวะ ฮะจิโร ซึ่งถูกเปิดเผยเมื่อนำกลุ่มมาถึงนครเกียวโตก็คือ การรวบรวมโรนินเพื่อทำงานสนับสนุนองค์พระจักรพรรดิ เพื่อเป็นการตอบโต้ สมาชิกของกลุ่มโรชิงุมิจำนวน 13 คน จึงได้แยกตัวออกมาจัดตั้งกลุ่มชินเซ็งงุมิ และสมาชิกที่ภักดีต่อรัฐบาลโทะกุงะวะอีกส่วนหนึ่งก็ได้แยกตัวกลับไปที่เอะโดะและก่อตั้งกลุ่มชินโชงุมิขึ้น (新徴組) โดยอยู่ภายใต้การสนับสนุนของแคว้นโชไน[4]
ยุคมูโรมาจิ
ในค.ศ. 1549 มิโยะชิ โชเก () และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ () ยกทัพเข้ายึดนครเกียวโตจากคังเรฮะรุโมะโตะ เป็นการสิ้นสุดอำนาจของตระกูลโฮะโซะกะวะเหนือรัฐบาลโชกุนที่เป็นมากว่าเจ็ดสิบปี ทั้งมิโยะชิ โชเก และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ขึ้นมามีอำนาจเหนือรัฐบาลโชกุนจนนำไปสู่ความขัดแย้งกับโชกุนโยะชิเตะรุ ในค.ศ. 1565 มะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ส่งกำลังคนไปทำการลอบสังหารโชกุนโยะชิเตะรุถึงแก่อสัญกรรม อะชิกะงะ โยะชิอะกิ () ผู้เป็นน้องชายของโชกุนโยะชิเตะรุ จึงเดินทางหลบหนีเพื่อไปขอความช่วยเหลือจาก โอะดะ โนะบุนะงะ () เพื่อทำการแก้แค้นให้แก่พี่ชาย โอะดะ โนะบุนะกะ ยกทัพเข้ายึดเมืองเกียวโตในค.ศ. 1568 และตั้งอะชิกะงะ โยะชิอะกิ ขึ้นเป็นโชกุนหุ่นเชิด แต่ทว่าต่อมาโชกุนโยะชิอะกิเกิดความขัดแย้งกับโอะดะ โนะบุนะงะ ในเรื่องการแบ่งสรรอำนาจ โอะดะ โนะบุนะงะ จึงทำการปลดโชกุนโยะชิอะกิออกจากตำแหน่งในค.ศ. 1573 โดยที่ไม่ได้ตั้งโชกุนคนใหม่ขึ้นมาอีก เป็นการสิ้นสุดรัฐบาลโชกุนของตระกูลอะชิกะงะซึ่งดำรงอยู่มาเป็นเวลาประมาณ 250 ปี และเข้าสู่ยุคอะซุชิโมะโมะยะมะ