สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ปี 2555 สโมสร ได้มีการเปลี่ยนผู้สนับสนุนอุปกรณ์กีฬาจากเอฟบีที เป็น ไนกี้[8][9] และเริ่มเปิดฤดูกาลด้วยการป้องกันตำแหน่งคว้าตำแหน่งชนะเลิศ ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ก. ไว้ได้อีกสมัย โดยการเอาชนะจุดโทษ สโมสรบุรีรัมย์ ยูไนเต็ด ไป 6 ประตูต่อ 5 ภายหลังเสมอในเวลา 90 นาที 2 ประตูต่อ 2 ส่วนในลีกนั้น ชลบุรีทำได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศ เป็นสมัยที่ 4 ส่วนจเด็จ มีลาภ ย้ายไปเป็นผู้จัดการทีมสงขลา ยูไนเต็ด