ตรรกศาสตร์คลุมเครือ
ตรรกศาสตร์คลุมเครือ ถึงแม้ว่าจะได้รับการยอมรับค่อนข้างกว้างขวาง แต่ก็ยังถูกโต้แย้งจากบางกลุ่ม เช่น จากวิศวกรระบบควบคุม ในเรื่องของการอธิบายพฤติกรรมต่างๆ และ จากนักสถิติบางกลุ่ม ซึ่งถือมั่นว่าทฤษฎีความน่าจะเป็น เป็นวิธีทางคณิตศาสตร์ที่เคร่งครัดเพียงวิธีเดียว ในการจำลองความไม่แน่นอน (en:uncertainty) นอกจากนั้นแล้ว ก็ยังมีการวิเคราะห์วิจารณ์ว่า เซตวิภัชนัย นั้นไม่ได้เป็นซุปเปอร์เซตของ ทฤษฎีเซตสามัญ เนื่องจาก ฟังก์ชันภาวะสมาชิก นั้นกำหนดในรูปของ เซตแบบดั้งเดิม
การบําบัดทางความคิดและพฤติกรรม
แต่ว่าวิธีการที่ใช้ในงานวิจัย CBT ไม่ใช่เรื่องเดียวที่ถูกคัดค้าน
นักวิชาการท่านอื่นตั้งข้อสงสัยทั้งในทฤษฎีและการบำบัดของ CBT
ยกตัวอย่างเช่น นักเขียนท่านหนึ่งกล่าวว่า CBT ไม่ได้ให้โครงสร้างของการคิดแบบที่ชัดเจนและถูกต้อง
คือ เขากล่าวว่า มันแปลกมากที่นักทฤษฎีเกี่ยวกับ CBT จะได้พัฒนาโครงสร้างเพื่อกำหนดความคิดที่บิดเบือน โดยไม่พัฒนาโครงสร้างของความคิดที่ชัดเจน หรืออะไรที่เป็นความคิดที่ถูกสุขภาพและปกติ
นอกจากนั้นแล้ว ยังกล่าวว่า การคิดที่ไม่สมเหตุผล (irrational) ไม่อาจจะเป็นแหล่งให้เกิดทุกข์ทางใจหรือทางอารมณ์ เมื่อไม่มีหลักฐานว่าความคิดที่สมเหตุผลเป็นเหตุให้มีสุขภาพทางใจที่ดี
และข้อมูลจากจิตวิทยาสังคมก็ได้แสดงแล้วด้วยว่า ความคิดปกติของบุคคลทั่วไปบางครั้งไม่สมเหตุผล แม้บุคคลที่จัดว่ามีสุขภาพจิตดี
นักเขียนยังกล่าวอีกด้วยว่า ทฤษฎี CBT ไม่เข้ากับหลักพื้นฐานและผลงานวิจัยเกี่ยวกับความสมเหตุสมผล (rationality) และแม้แต่ไม่สนใจกฎหลายอย่างทางตรรกศาสตร์
เขาอ้างว่า CBT ได้ทำเรื่องความคิดให้กลายเป็นเรื่องใหญ่และจริงเกินกว่าความคิดจริง ๆ เป็น
คำค้านอื่น ๆ ของเขารวมทั้ง การดำรงสถานะเดิม (status quo) ตามที่โปรโหมตโดย CBT, การสนับสนุนคนไข้ให้หลอกลวงตัวเอง, วิธีการวิจัยที่ไม่ดี และหลักการบางอย่างของ CBT รวมทั้ง "หลักอย่างหนึ่งของการบำบัดความคิดก็คือ ยกเว้นวิธีการที่คนไข้คิด ทุกอย่างดีหมด"