สโมสรฟุตบอลนครปฐม ยูไนเต็ด
สโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2542 โดยเริ่มเล่นในโปรวินเชียลลีก ใน พ.ศ. 2547 สโมสรจบฤดูกาลโดยอยู่กลางตารางของลีก ในปีต่อมา สโมสรจบฤดูกาลในสามอันดับแรก และได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีก ติดต่อกันใน พ.ศ. 2548-49 โดยใน พ.ศ. 2549 สโมสรได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในลีกสูงสุดของประเทศไทย โดยเป็นทีมสำรองลำดับที่สองของสโมสรฟุตบอลการท่าเรือแห่งประเทศไทย สโมสรนครปฐมไม่ได้นำมาซึ่งเฉพาะความเป็น "ทีมภูมิภาค" ในลีกเท่านั้น แต่ยังมีกระแสแฟนบอลที่เดินทางไปเชียร์ทั้งนัดเยือนและนัดเหย้า สโมสรนครปฐมเป็นอีกทีมหนึ่งเช่นเดียวกับสโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรีและสโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรีที่แข่งขันในระดับพรีเมียร์ลีก โดยไม่ใช่ทีมจากกรุงเทพมหานคร
สโมสรฟุตบอลธนาคารกสิกรไทย
ในปี พ.ศ. 2539 สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ได้ก่อตั้งลีกอาชีพขึ้น ในชื่อ “จอห์นนีวอล์กเกอร์ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก 2539” หรือไทยลีกครั้งที่ 1 ปีนั้นธนาคารกสิกรไทยนับเป็นสโมสรที่มีการพัฒนาแฟนคลับอย่างเป็นเรื่องเป็นราวและพยายามพัฒนาสู่การเป็นสโมสรฟุตบอลอาชีพ โดยใช้หลักการทำธุรกิจกีฬาควบคู่กับการดำเนินงานของธนาคาร ในฤดูกาลนี้ธนาคารกสิกรไทยจบฤดูกาลลีกด้วยอันดับที่ 1 แต่ในปีนั้นมีการเอาสี่อันดับแรกในตาราง มาเพลย์ออฟหาแชมป์ ซึ่งผลสุดท้ายธนาคารกสิกรไทยพลาดตกรอบในรอบเพลย์ออฟ แต่พวกเขายังสามารถคว้าแชมป์ควีนส์คัพได้เป็นสมัยที่สามติดต่อกัน 
อย่างไรก็ดี แม้ทีมเองจะทำผลงานได้ดี แต่เพราะ วิกฤตการณ์การเงินในปี 2540 ทำให้ประสบปัญหาหนักด้านการเงิน โดย ทางทีมเองได้ปรึกษาหาหรือกัน จนมีข่าวที่ว่าจะมีการยุบสโมสร แต่ถึงอย่างนั้นก็ตาม ผลงานของทีมก็อยู่ในขั้นที่ว่าไม่แย่จนเกินไปนัก จนกระทั่งปี พ.ศ. 2543 ธนาคารกสิกรไทยประกาศยุบทีมด้วยสาเหตุมาจากวิกฤตการณ์การเงินในปี 2540 ซึ่งทำให้ต้องยุบสโมสรกีฬาทั้งหมดของทางธนาคารกสิกรไทยนั่นเอง