สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลยาสูบ
ปี พ.ศ. 2506 นายเศรณี จินวาลา ได้มีแนวคิดในการก่อตั้งสโมสรฟุตบอลขึ้น เพื่อดำเนินกิจกรรมทางด้านการกีฬาของโรงงานยาสูบ และได้รับการสนับสนุนจาก"พลเอกหลวงสุทธิสารรณกร (สุทธิ สุขะวาที)" ผู้อำนวยการโรงงานยาสูบ และนายกสมาคมพนักงานยาสูบในขณะนั้น จึงได้มีการก่อตั้งสโมสรฟุตบอลของโรงงานยาสูบขึ้นในเวลาต่อมา ภายใต้ชื่อว่า สโมสรฟุตบอลพนักงานยาสูบ