กองทัพเรือไทย
พ.ศ. 2394 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว กิจการทหารเรือเริ่มแบ่งออกมาชัดเจน และแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ ทหารเรือวังหลวง (ทหารมะรีนสำหรับเรือรบ) ขึ้นตรงกับสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) สมุหพระกลาโหม และ ทหารเรือวังหน้า ขึ้นตรงกับพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยทหารเรือวังหน้ามีหน่วยขึ้นในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสาจาม และกองทะเล (บางทีเรียกว่ากองกะลาสี) ส่วนกรมอรสุมพลมีหน่วยขึ้นในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสามอญ และกรมอาสาจาม ซึ่งทหารทั้งสองหน่วยนี้เป็นอิสระจากกัน
สงครามโบชิน
รัฐบาลโชกุนดำเนินก้าวสำคัญสู่การสร้างกองทัพสมัยใหม่ที่ทรงอำนาจ คือ กองทัพเรือโดยมีแกนกลางเป็นเรือรบไอน้ำแปดลำที่มีการสร้างโดยใช้เวลาหลายปีและเป็นกองทัพเรือที่เข้มแข็งที่สุดในทวีปเอเชียแล้ว ใน ค.ศ. 1865 มีการก่อสร้างโรงงานสรรพาวุธกองทัพเรือสมัยใหม่แห่งแรกของประเทศญี่ปุ่นในโยะโกะซุกะโดย Léonce Verny วิศวกรชาวฝรั่งเศส ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1867 คณะผู้แทนทหารฝรั่งเศสมาถึงเพื่อจัดระเบียบกองทัพรัฐบาลโชกุนใหม่และสร้างกำลังหัวกะทิเด็นชูตะอิ และมีคำสั่งซื้อเรือรบซีเอสเอส สโตนวอลล์ เรือรบหุ้มเกราะเหล็ก (ironclad) ที่ฝรั่งเศสสร้าง จากสหรัฐ ซึ่งเป็นสิ่งตกทอดจากสงครามกลางเมืองอเมริกา เนื่องจากชาติตะวันตกประกาศเป็นกลาง อเมริกาจึงปฏิเสธไม่ขายเรือ แต่เมื่อยกเลิกความเป็นกลางแล้ว กลุ่มแยกจักรพรรดิได้เรือและใช้ในยุทธนาการในฮาโกดาเตะโดยใช้ชื่อว่า โคเตะสึ ("เรือหุ้มเกราะเหล็ก")