สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลลูกอีสาน
สโมสรการบินไทย ส่งทีมฟุตบอลเข้าร่วมการแข่งขันของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ครั้งแรก ในปี 2545 โดย ได้รับตำแหน่งชนะเลิศ ถ้วยพระราชทาน ง ในปี 2546 และเลื่อนชั้นมาแข่งขัน ถ้วยพระราชทาน ค 
ต่อมาในปี 2547 ก็ได้เลื่อนชั้นมาทำการแข่งขันใน ถ้วยพระราชทาน ค และเลื่อนชั้นอีกครั้ง ในปี 2548/49 ถ้วยพระราชทาน ข ในการแข่งขันประจำปี 2548/2549 และได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นมาทำการแข่งขันใน ดิวิชั่น 1 2550
ในปี พ.ศ. 2552 ทางสโมสรการบินไทย ได้ร่วมมือกับทาง อำเภอบ้านบึง ในการส่งทีมเข้าร่วมแข่งขันใน ฤดูกาล 2552 พร้อมกับเปลื่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอลการบินไทย-บ้านบึง โดยตัวผู้เล่น ได้เสริมจาก ชลบุรี เอฟซี, ศรีราชา เอฟซี และ เยาวชนจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี อีกด้วย และแต่งตั้ง จเด็จ มีลาภ ซึ่งเป็นผู้ฝึกสอนที่พา ชลบุรี เอฟซี คว้าตำแหน่งชนะเลิศ ไทยลีก 2550 รับตำแหน่งผู้ฝึกสอน และ ให้ อรรณพ สิงห์โตทอง เป็นผู้จัดการทีม