สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
สโมสร ได้สิทธิร่วมแข่งขันในรายการ เอเอฟซี คัพ ในฐานะรองชนะเลิศของลีก โดยจับฉลากแบ่งสายรอบแรก ชลบุรีได้อยู่ในสาย G โซนตะวันออก โดยอยู่ร่วมสายเดียวกับทีม ฮานอย เอซีบี (เวียดนาม) อีสเทิร์น แอธเลติก (ฮ่องกง) และ เคดาห์ (มาเลเซีย) [5]