สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ปี 2556 สโมสรฟตบอลชลบุรีเปิดตัววรวุฒิ ศรีมะฆะ เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอนคนใหม่ พร้อมกันนี้ได้แต่งตั้งเทิดศักดิ์ ใจมั่น ขึ้นโค้ชและผู้เล่นอีกตำแหน่งหนึ่ง ในปีนี้จบฤดูกาลด้วยดันดับสามในลีกแต่ได้สิทธิในการเข้าร่วมรายการเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกในรอบคัดเลือกรอบสอง ขณะเดียวกัน วิทยา เลาหกุล ได้ประกาศลาออกจากการคุมทีมและขึ้นไปดำรงตำแหน่งประธานพัฒนาเทคนิคตามเดิม โดยแต่งตั้ง มะซะฮิโระ วะดะ จากวิสเซล โคเบะ เข้ามาทำหน้าที่แทน[13]