สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ปี 2558 สโมสรฟุตบอลชลบุรี ที่ได้จเด็จ มีลาภ กลับมาคุมทีมอีกครั้ง พาทีมจบฤดูกาลในอันดับที่สี่ แต่ได้สิทธิในการเข้าร่วมรายการเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกในรอบเพลย์ออฟ รอบสองแทน สโมสรฟุตบอลสุพรรณบุรี ที่ขาดคุณสมบัติเข้าร่วมรายการนี้เนื่องจากติดปัญหาเรื่องคลับไลเซนซิ่ง[14] โดยหลังจบนัดสุดท้ายของฤดูกาลที่ชลบุรีเปิดบ้านพ่ายให้กับ สโมสรฟุตบอลสระบุรี 0-3 จเด็จ มีลาภ ได้ประกาศลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการทีมทันที[15]