สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตซอลชลบุรีบลูเวฟ
ในปี พ.ศ. 2556 ชลบุรีบลูเวฟกลายเป็นสโมสรแรกในประเทศไทยที่สามารถคว้าแชมป์รายการฟุตซอลชิงแชมป์สโมสรเอเชียได้สำเร็จ หลังดวลจุดโทษชนะ กิติ ปาซาน แชมป์เก่าเมื่อปี พ.ศ. 2555 จากอิหร่านไปได้ 5-2 หลังเสมอในเวลาปกติ 1-1