เอดส์
ปัจจุบันการรักษาผู้ป่วยเอดส์และผู้ติดเชื้อเอชไอวีสามารถชะลอการดำเนินโรคได้ แต่ยังไม่มีหนทางรักษาให้หายขาด ไม่มีวัคซีนป้องกัน ยาต้านไวรัสสามารถลดอัตราการตายและภาวะทุพพลภาพได้ดี แต่ยาเหล่านี้ยังมีราคาแพง
โรคปอดอักเสบจากเชื้อนิวโมซิสติส จิโรเวซิไอ
มีการศึกษาพบความสัมพันธ์ระหว่าง PCP กับเอดส์มาตั้งแต่ช่วงแรกของการระบาดของเอดส์ ด้วยความที่ PCP มักพบในผู้ที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่องเท่านั้น จึงเป็นข้อสงสัยสำคัญที่จะนำไปสู่การให้การวินิจฉัยโรคเอดส์ในผู้ป่วย ซึ่งไม่มีเหตุอื่นที่จะทำให้มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง (เช่น ใช้ยากดภูมิคุ้มกัน เนื่องจากรับการปลูกถ่ายอวัยวะ) ช่วงต้นคริสต์ทศวรรษ 1980 มีการเก็บข้อมูลพบว่ามีจำนวนผู้ป่วย PCP ในเขตอเมริกาเหนือเพิ่มสูงขึ้นอย่างผิดปกติ ซึ่งทราบได้จากการที่มีการสั่งยาเพนตาไมดีนซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะที่ไม่ค่อยมีที่ใช้อื่นมากขึ้น ข้อมูลนี้เป็นสัญญาณแรกของการระบาดของเอดส์ในช่วงเวลาดังกล่าว