สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค
ต่อมาใน ฤดูกาล 2561 สโมสรได้มีการปรับปรุงตราสัญลักษณ์ของสโมสรใหม่ โดยเป็นตราสัญลักษณ์แบบที่ห้า นับตั้งแต่ก่อตั้งสโมสรอย่างเป็นทางการ พร้อมกันนี้ สโมสรได้ทำการเปิดตัว สถาบันฝึกฟุตบอลของสโมสรอย่างเป็นทางการ โดยในปัจจุบัน สโมสรเข้าร่วมแข่งขัน ไทยลีก 3 ในฤดูกาล 2561