สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ
สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ก่อตั้ง เมื่อปี พ.ศ. 2542 เพื่อทำการแข่งขันรายการ ไทยแลนด์โปรวินเชียล ลีก ซึ่งก่อตั้งโดยการกีฬาแห่งประเทศ ไทย ร่วมมือกันสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยจัดเป็นโครงการนำร่อง 5 ปี โดยครั้งนั้นมี บุญชง วีสมหมาย เป็นประธานสโมสร และแค่ปีแรกที่ก่อตั้ง ก็ได้รางวัลชนะเลิศการแข่งขันไทยแลนด์โปรวินเชียล ลีกทันที