Magalhães was murdered along with fellow pro-independence supporters on 9 September 1999, as Chega , the final report of the Commission for Reception, Truth and Reconciliation, reports:
Magalhães fue asesinado con otros partidarios de la independencia el 9 de setiembre de 1999, tal como consta en Chega , el informe final de la Comisión de la Recepción, la Verdad y la Reconciliación: