After being jailed, fined and threatened for his activities during the Brazilian dictatorship, Mendes was shot to death in the chest outside his home on the evening of December 22, 1988 - one week after his 44th birthday - by Darcy Alves de Silva, son of a rancher named Darly Alves de Silva, who had been logging an area planned to become a reserve.
Después que lo encarcelaron, multaron y amenzaron por sus actividades durante la dictadura brasileña, Mendes fue abatido a tiros en el pecho fuera de su casa la noche del 22 de diciembre de 1988 - una semana después de haber cumplido 44 años- por Darcy Alves de Silva, hijo de un ranchero llamado Darly Alves de Silva, que había estado talando en un área planeada para convertirse en una reserva.