He was imprisoned several times, went into exile, established both the Gulf Center for Human Rights and Bahrain Center for Human Rights, which are both now headed by his fellow activist Nabeel Rajab.
تعرض الخواجة للاعتقال عدة مرات، دُفع للجوء إلى المنفى، أسس كلاً من المركزين الخليجي والبحريني لحقوق الإنسان، المركزين الذين يرأسهما الآن زميله الناشط الحقوقي نبيل رجب.