In 1999, Khan joined the European Organization for Nuclear Research (French for Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire or CERN), where he worked as senior scientist.
در سال ۱۹۹۹، خان به سازمان تحقیقات هسته‌ای اروپا (CERN) پیوست، جایی که به عنوان دانشمند ارشد مشغول به کار شد.