Třetí etapa: Jakmile jsou lokality významné pro Společenství vybrány, stávají se součástí soustavy Natura 2000. Výběr lokalit na základě směrnice o ptácích je odlišný: členské státy vymezí příslušné lokality, které jsou po zhodnocení návrhů přímo začleněny do soustavy Natura 2000. Síť Natura 2000 dosud zahrnuje asi 25 tisíc lokalit. Dohromady pokrývají téměř pětinu rozlohy evropského kontinentu. Výběr lokalit, které mají být zařazeny do soustavy na základě směrnice o přírodních stanovištích, probíhá ve třech etapách.
Vogelarten und Feuchtgebiete von internationaler Bedeutung nach den Maßgaben der Vogelschutzrichtlinie1. Einige davon sind Gebiete mit besonderer Bedeutung sowohl nach der Vogelschutz- als auch der Habitatrichtlinie. Bis jetzt sind es fast 25.000 Gebiete, die das Natura 2000Netzwerk bilden. Insgesamt machen sie knapp ein Fünftel des europäischen Gemeinschaftsgebiets aus. Phase drei: Nach der Auswahl der Gebiete gemeinschaftlicher Bedeutung (GGB) unter Phase zwei werden sie in das Natura 2000Netzwerk integriert.