Pro efektivní péči o území bude nutné uskutečnit nejrůznější aktivity, např. vytvořit plány péče, obnovit přírodní stanoviště, uskutečnit aktivní ochranářská opatření jako je kosení luk, zajistit monitoring druhů a stanovišť. Tyto aktivity znamenají pro členské země náklady, které v zásadě mají být pokryty z jejich rozpočtů v souladu s principem subsidiarity. Přesto, v souladu s článkem 8 směrnice o stanovištích, bude možné tyto aktivity spolunacovat z fondů Evropské unie.
Für jede Region schlagen die Mitgliedsstaaten der Kommission eine Liste mit Gebieten vor, die mittels der in der FFH-Richtlinie enthaltenen Kritieren ausgewählt werden. Mit Unterstützung des Europäischen Themenzentrums für biologische Vielfalt, von unabhängigen Wissenschaftlern sowie von Experten aus den Mitgliedsstaaten und von Nicht-Regierungs-organisationen wertet die Kommission anschließend diese Vorschläge aus, um ein beständiges, zusammenhängendes und repräsentatives ökologisches Netz von Gebieten zu schaen. Nachdem die Kommission die Gemeinschaftslisten der Natura 2000Gebiete angenommen hat, sind die Mitgliedsstaaten (innerhalb einer gewissen Übergangszeit) dazu verpflichtet, alle notwendigen Maßnahmen zu ergreifen, um die Erhaltung ihrer Gebiete zu garantieren und ihre Zerstörung zu verhindern.