Chovatel měkkýšů, který nemůže měkkýše sbírat kvůli kontaminaci svého chovu toxickým planktonem, tak například může získat vyrovnávací platbu, na níž se může za určitých podmínek spolupodílet Evropský rybářský fond. Opatření týkající se zdraví zvířat Evropský rybářský fond může přispívat na financování boje proti některým chorobám v akvakultuře.V případě nakažlivých onemocnění může příslušný orgán rozhodnout o izolaci infikovaných oblastí nebo farem a přistoupit k vymýcení choroby, což může vést až k likvidaci nemocných zvířat a vyčištění vod, kde se nemoc rozvinula. Chovatelé, jichž se takový postup dotkne, mohou obdržet vyrovnávací platbu, na níž se podílí Evropský rybářský fond, a to za podmínek stanovených příslušným orgánem v plánu na vymýcení chorob, podle platných předpisů Společenství (směrnice 2006/88/ES, rozhodnutí 90/424/EHS).
So kann ein Muschelzüchter, der seine Muscheln infolge eines Befalls seiner Zucht mit toxischem Plankton nicht mehr ernten kann, unter bestimmten Voraussetzungen vom EFF kofinanzierte Entschädigungen erhalten. Veterinärmaßnahmen Der EFF kann zur Finanzierung der Tilgung bestimmter, in der Aquakultur vorkommender Krankheiten beitragen. Bei Tierseuchen kann die zuständige Behörde beschließen, die infizierten Gebiete oder Farmen von der Außenwelt abzusperren, um die Seuche auszurotten, was bis zurTötung der krankenTiere und der Reinigung der Gewässer, in denen sich die Krankheit entwickelt hat, gehen kann. Die Aquakulturbetreiber, denen ein solches Missgeschick widerfährt, können gemäß den von der zuständigen Behörde in ihremTilgungsplan festgelegten Modalitäten mit einer Beteiligung des EFF unter Anwendung der geltenden Gemeinschaftsregelungen (Richtlinie 2006/88/EG, Entscheidung 90/424/EWG) entschädigt werden.