Byla však zavedena i nová významná opatření, jejichž cílem je reagovat na nové problémy, s nimiž se odvětví rybolovu potýká, a uspokojit potřeby, jež přinesla reforma SRP. Fond tak financuje některé typy podpory, jež existovaly již v rámci FNOR, jako jsou doprovodná opatření k plánům na obnovu zdrojů, podpora pro selektivnější metody rybolovu, pobídky k diverzifikaci a konverzi rybářských oblastí, které postihly změny v odvětví, podpora metodám akvakultury, jež mají pozitivní dopad na životní prostředí, a vnitrostátní rybolov. Pokud jde o podporu pro rybářské loďstvo, zachovává Evropský rybářský fond duch změny, který fungoval již 1. ledna 2005 v nařízení FNOR.
Jedoch wurden sehr umfangreiche innovative Maßnahmen eingeführt, um den neuen Schwierigkeiten des Fischereisektors und den Erfordernissen aufgrund der GFP-Reform zu begegnen. So finanziert der EFF bestimmte Beihilfearten, die es unter dem FIAF nicht gab, wie z.B. begleitende Maßnahmen für Wiederauffüllungspläne, die Förderung von selektiveren Fangmethoden, Anreize für die Diversifizierung und die Umstellung in Fischwirtschaftsgebieten, die von den Veränderungen des Sektors betroffen sind, Unterstützung für Aquakulturverfahren, die sich positiv auf die Umwelt auswirken, sowie die Binnenfischerei. Im Hinblick auf die Flottenbeihilfen behält der EFF den Änderungskurs bei, der bereits seit dem 1. Januar 2005 mit der FIAF-Verordnung eingeschlagen wurde.