Přestože se za účinnosti NAFTA výrazně zvýšila produktivita práce, celková produktivita faktorů – což je lepší míra dlouhodobé konkurenční schopnosti – je už 25 let neměnná a občas byla záporná. Podle Santiaga Levyho z Meziamerické rozvojové banky se během let NAFTA mezi mexickými firmami dramaticky rozšířilo rozpětí produktivity. Vzrostl sice počet firem s vysokou produktivitou, leč firem s nízkou produktivitou přibylo ještě víc.
Obwohl sich die Arbeitsproduktivität unter dem NAFTA zu verbessern schien, blieb die Gesamtfaktorproduktivität – ein besserer Indikator für langfristige Wettbewerbsfähigkeit – seit 25 Jahren konstant oder manchmal sogar negativ. Laut Santiago Levy von der Interamerikanischen Entwicklungsbank hat sich die Produktivitätslücke zwischen unterschiedlichen mexikanischen Firmen während der NAFTA-Jahre dramatisch vergrößert. Zwar hat sich die Anzahl der hochproduktiven Unternehmen vergrößert, aber diejenige der wenig produktiven Firmen noch stärker.