Kromě toho by měly být lokality soustavy 2000 chráněny před novým rozvojem či velkými změnami v užívání půdy, které by mohly vážně ohrozit jejich přírodní hodnoty, s výjimkou rozvojových projektů, které sledují převažující veřejný zájem, a za něž bude realizována odpovídající kompenzace. Každý členský stát sám rozhodne o způsobu, jakým budou tyto podmínky dodržovány.Všechna ochranářská opatření musí nicméně vzít do úvahy ekonomické, sociální a kulturní, jakož i regionální a místní charakteristiky příslušné lokality. Jádrem obou směrnic o ochraně přírody je vytvoření celoevropské ekologické soustavy chráněných oblastí – známé jako soustava Natura 2000.
Außerdem sollten Natura 2000-Gebiete vor neuen Entwicklungsprojekten oder größerenVeränderungen in der Flächennutzung, die ihrem Naturwert erheblich schaden könnten, geschützt werden, es sei denn diese Entwicklungen sind von überwiegendem öentlichem Interesse und angemessene Ausgleichsmaßnehmenwerden ergrien. Wie diese Verpichtungen erfüllt werden, darüber entscheiden die Mitgliedstaaten. Nichtsdestotrotz müssen die für den Erhalt der Natur getroenen Maßnahmen die ökonomischen, sozialen und kulturellen sowie regionalen und ortstypischen Merkmale der betreenden Gebiete berücksichtigen. Der Kern beider Naturschutzrichtlinien liegt in der Sc ha u n g eines europaweiten ökologischen Netzwerkes von Naturschutzgebieten – dem so genannten Natura 2000-Netzwerk.