Později do něj byla začleněna další odvětví, např. středomořské produkty a cukr. Tato historická reforma z roku 2003 zahájila novou éru SZP tím, že změnila povahu podpory EU pro zemědělství a hospodářství venkova. Režimy jednotné platby nahradily většinu prémií (přímých plateb podpory zemědělcům). Nový systém již není vázán na to, co zemědělec produkuje (oddělení podpory od produkce). Hlavním důvodem pro zavedení RJP bylo umožnit zemědělcům více se orientovat na trh, uvolnit svůj podnikatelský potenciál, přiblížit zemědělství trhu a umožnit zemědělcům produkovat to, co chce spotřebitel, a nerozhodovat se podle úrovně subvencí.
Weitere Sektoren wurden später einbezogen, einschließlich Mittelmeererzeugnisse und Zucker. Diese Grundsatzreform von 2003 leitete eine neue Epoche in der GAP ein, indem sie die Natur der EU-Beihilfen für den Landwirtschaftssektor und die ländliche Wirtschaft änderte. Betriebsprämienregelungen traten an die Stelle der meisten Prämien (direkte Beihilfen für die Landwirte). Das neue System bezieht sich nicht mehr auf das, was ein Landwirt erzeugt (es ist entkoppelt). Ein Hauptgrund für die Einführung der Betriebsprämienregelung war es, den Landwirten eine stärkere Marktorientierung zu ermöglichen, ihr unternehmerisches Potenzial freizusetzen, die Landwirtschaft näher an den Markt heranzuführen und den Landwirten die Möglichkeit zu geben, eher das zu produzieren, was der Verbraucher wünscht, als Entscheidungen an der Höhe der Subventionen zu orientieren.