Neméně nejasná je také otázka, proč se stal terčem útoku právě Chodorkovskij - oligarcha, který při modernizaci a zprůhledňování svého podnikání dospěl ze vsech nejdále. Během Putinova prvního funkčního období se ,,mocenským strukturám`` Kremlu (v nichž dnes mají hlavní slovo někdejsí Putinovi petrohradstí kamarádi z bývalé KGB) nepodařilo ovládnout klíčové finanční a hospodářské instituce v zemi. Žádná část skutečného bohatství Ruska nesla jejich směrem. To ovsem nevysvětluje, proč tito lidé zaútočili na Chodorkovského, a ne na některého jiného byznysmena s temnou minulostí. Jeden z klíčů k jejich tažení proti nejbohatsímu muži Ruska představuje fakt, že Chodorkovskij je prvním oligarchou, který pomáhá ruským liberálním stranám, a nikoliv straně vládnoucí; který podporuje nezávislé sdělovací prostředky a financuje právníky a právní asistenty. Kromě toho se mocenské struktury obávají, že se Chodorkovskij připravuje na vstup do politiky. On sám již začal podporovat nápad, aby se Rusko stalo republikou s parlamentním, a nikoliv prezidentským systémem, a v předvečer letosních voleb do Státní dumy si postupně získává vliv. Taková aktivita překračuje linii vytýčenou prezidentem Putinem.
Ebenso unklar ist, warum ausgerechnet Chodorkowskij, dem es am meisten um Modernität und Transparenz in seinen Geschäften ging, zur Zielscheibe dieser Attacke wurde. Während Putins erster Amtszeit gelang es den ,,Machtstrukturen`` im Kreml (die heute von Putins früheren KGB-Gefährten aus St. Petersburg dominiert werden) nicht, die Kontrolle über die wichtichsten Finanz- und Geschäftsinstitutionen des Landes zu erringen. Nichts vom wirklichen Reichtum Russlands wurde ihnen zuteil. Das kann allerdings auch nicht erklären, warum sie jetzt auf Chodorkowskij und nicht auf einen anderen Geschäftsmann mit zwielichtiger Vergangenheit losgehen. Ein möglicher Grund, warum sie den reichsten Mann Russlands zur Zielscheibe auserkoren haben ist, dass Chodorkowskij als erster Oligarch nicht die herrschende Partei, sondern liberale Parteien und unabhängige Massenmedien unterstützt und Geld für Rechtsbeistände und Anwälte zur Verfügung stellt. Außerdem fürchteten sie, dass Chodorkowskij in die Politik gehen könnte. Er spielte mit dem Gedanken, dass Russland dem präsidentiellen System abschwören und eine parlamentarische Republik werden könnte. Überdies gewann er im Vorfeld der diesjährigen Duma-Wahlen an politischem Einfluss. Derartige Aktivitäten überschritten die von Putin gezogene Grenze.