Mořské oblasti Natura 2000 nebudou pro rybolov nutně uzavřeny, ale některé rybolovné postupy a techniky zde budou moci být omezeny a regulovány, aby se dosáhlo obecného cíle zachování biologické rozmanitosti v těchto oblastech. Označení mořských lokalit v pásmu 200 mil patří mezi skutečné výzvy, vzhledem k tomu, že vědecké znalosti o rozvržení typů stanovišť a druhů na otevřeném moři jsou stále ještě jen dílčí. Proto se po členských státech požaduje, aby přijaly přístup diktovaný zásadou předběžné opatrnosti. I když se vědecké údaje mohou zdát skromné, je vhodné oblasti chránit, jinak by mohly být nenapravitelně zničeny lidskou činností a zejména některými destruktivními rybolovnými technikami.
Die Natura-2000-Meeresschutzgebiete werden nicht unbedingt für die Fischerei geschlossen. Bestimmte Vorgehensweisen und Fangtechniken können jedoch eingeschränkt und geregelt werden, um zum allgemeinen Ziel des Erhalts der Biodiversität in diesen Gebieten beizutragen. Das betrifft Lebensräume, die in der Vergangenheit noch nicht als gefährdet erkannt worden waren, wie z.B. die Sandbänke mit schwacher ständiger Überspülung durch Meerwasser und Riffe oder Ökosysteme der Tiefsee wie z.B. die Tiefseekorallen, deren Existenz man vor 15 Jahren noch nicht einmal erahnte. einer Region ihre Schutzgebiete gleichzeitig festlegen. Diese sorgfältige Prüfung und die Schwierigkeit, die zu schützenden Gebiete in einem so riesigen Gebiet zu bestimmen, erklären die Verzögerung des Prozesses, dessen Abschluss ursprünglich für 2008 vorgesehen war.