Koncepce„dobrého stavu životního prostředí“ zahrnuje zachování biologické rozmanitosti a širší myšlenky týkající se integrity a zdraví ekosystému. Směrnice o stanovištích se na druhé straně zabývá určitými stanovišti, která mají specifické rysy a jsou jasně vymezena v prostoru. Aby byla zajištěna ochrana citlivých prostředí a živých struktur na zemi i v moři, představuje směrnice právní základ pro vytvoření celoevropské sítě reprezentativních chráněných území. Může rovněž zohlednit environmentální příčiny, které mají dopad na populace ryb a mohou postupně vést k velkému narušení odvětví rybolovu.
Ein ökosystemorientierter Ansatz kann nur im Rahmen einer sektorübergreifenden Meerespolitik erfolgen. Wir müssen die Erforschung der Wechselbeziehungen zwischen den Fangtätigkeiten und den marinen Ökosystemen weiter vorantreiben und sicherstellen, dass diese Forschung in alle Entscheidungen einbezogen wird, die unter der GFP getroffen werden. Außerdem müssen wir sicherstellen, dass die Auswirkungen der Fischereitätigkeiten mit den Politiken im Einklang stehen, die unter den umfassenderen Instrumenten der Meeresstrategie- und der Habitat-Richtlinie eingeführt werden und diese unterstützen. Natürlich ist der Ökosystemansatz im Kern nur ein Kürzel für etwas, das wir schon immer gewusst haben und das die Fischereiwirtschaft oft instinktiv praktiziert hat.