Když jeho soudní proces započal, žalobce se pokusil Hamdana vyloučit ze síně na dobu výpovědi svědka proti němu. Vláda chtěla chránit své zdroje. Avšak tento neobvyklý postup, povolený ve vojenských komisích, se dostává do střetu s uznávanými zásadami federálního, ústavního i mezinárodního práva. Obhajoba se okamžitě u federálního soudu domáhala příkazu znemožňujícího pokračování procesu. Federální soud prohlásil, že podle Ženevských konvencí má Hamdan coby válečný zajatec nárok na soudní jednání, které se řídí týmiž postupy jako jednání, při němž by byli souzeni vojáci země, která jej zajala, tedy americký válečný soud. Nejvyšší soud se ovšem vyhnul otázce, zda je Hamdan válečný zajatec, a namísto toho prohlásil, že konflikt spadá pod článek III všech Ženevských konvencí, který se uplatňuje na ozbrojené konflikty „jiného než mezinárodního charakteru“. V takových případech existuje povinnost zaručit, že všechny rozsudky budou vyneseny „soudem, který je zřízen obvyklým způsobem a poskytuje všechny justiční záruky, jež civilizované národy považují za nezbytné.“ Bylo shledáno, že Bushovy vojenské komise na splnění této normy nedostačují.
Zu Beginn des Prozesses versuchte die Anklage, Hamdan während der Aussage eines Zeugen der Gegenseite, aus dem Verhandlungssaal entfernen zu lassen. Die Regierung wollte ihre Quellen schützen. Diese ungewöhnliche Vorgangsweise, die vor Militärkommissionen gestattet ist, widerspricht allerdings sämtlichen Grundsätzen amerikanischer Bundesgesetze, des Verfassungsrechts und des Völkerrechts. Die Verteidigung versuchte daraufhin, eine richterliche Verfügung eines Bundesgerichtes zu erwirken, um das Verfahren zu stoppen. Das Bundesgericht entschied, dass Hamdan als Kriegsgefangener nach den Genfer Konventionen das Recht auf eine gerichtliche Anhörung hat, die den gleichen Regeln folgt wie in Verfahren gegen Soldaten der gefangennehmenden Partei, also vor einem amerikanischen Militärgericht zu erfolgen hat. Der Oberste Gerichtshof wich der Frage, ob Hamdan als Kriegsgefangener zu betrachten sei, allerdings aus. Man argumentierte vielmehr, dass dieser Konflikt unter die Bestimmungen des gemeinsamen Artikels III der Genfer Konventionen falle, der bewaffnete Konflikte „die keinen internationalen Charakter aufweisen“, regelt. In derartigen Fällen besteht die Pflicht zu garantieren, dass alle Strafen „durch ein ordnungsgemäß bestelltes Gericht, das die von den zivilisierten Völkern als unerlässlich anerkannten Rechtsgarantien bietet“ ausgesprochen werden. Man befand, dass Bushs Militärkommissionen diesem Standard nicht entsprechen.