Ochrana proti záplavám v místech, kde záplavy na jedné straně hranice mohou mít svoji příčinu na druhé straně hranice. Kromě toho mohou mít některé projekty na místní úrovni vazby na otázky národní a evropské politiky. V této souvislosti mohou být projekty, týkající se romské populace nebo sdíleného povodí Dunaje a Tisy, rozvíjeny v přeshraničních programech IPA a mohou mít vliv daleko přesahující místní, přeshraniční oblast. Je obtížné podcenit radikální povahu přeshraničního prvku IPA. Za prvé, finance pro každý program jsou přidělovány pro program, nikoli pro zemi. Tím je vyřešena jedna z velkých potíží s programy spolupráce na vnějších hranicích EU – potíže spočívající v koordinaci rozličných zdrojů financování uvnitř a vně Unie.
Ein solcher Bereich ist die Flutprävention, denn die Ursache für eine Überschwemmung auf einer Seite der Grenze kann durchaus auf der anderen Seite liegen. Des Weiteren können manche Projekte auf lokaler Ebene mit nationalen und europäischen Politikfragen zusammenhängen. In diesem Kontext könnten im Rahmen der grenzüberschreitenden IPA-Programme Projekte in Bezug auf Roma oder auf gemeinsame Flussbecken wie Donau und Tisza entwickelt werden, deren Ausstrahlung weit über das lokale Grenzgebiet hinausgeht. Der rigorose Charakter der grenzüberschreitenden Komponente des IPA ist kaum zu übersehen. Erstens werden die Mittel für jedes Programm je Programm und nicht je Land zugewiesen. Dadurch wird eines der größeren Probleme mit Kooperationsprogrammen an den Außengrenzen der EU gelöst – die Schwierigkeiten im Zusammenhang mit der Koordinierung verschiedener Finanzierungsquellen innerhalb und außerhalb der Union.