Je rovněž třeba zmínit dva dokumenty, jejichž projednávání spolu souvisí: první se týká změn klimatu způsobených fluorovanými skleníkovými plyny a druhý znečištění ovzduší z klimatizačních systémů motorových vozidel. Interinstitucionální spolupráce se v tomto roce dále prohloubila díky dokončení jednání o přezkumu společného prohlášení o praktickém provádění postupu spolurozhodování z roku 1999. Díky kladným výsledkům tohoto jednání bylo možné kodifikovat určitý počet postupů, vnést do uzavírání dohod v prvním a druhém čtení více transparentnosti a efektivity a posílit loajální spolupráci všech třech institucí během celého spolurozhodování.
Schließlich sind noch zwei weitere, eng miteinander zusammenhängende Dossiers zu nennen, über die im Vermittlungsverfahren verhandelt wurde: In dem einen Fall ging es um die klimatischen Veränderungen infolge fluorierter Treibhausgase und im anderen Fall um die Luftverschmutzung durch Emissionen aus in Kraftfahrzeugen eingebauten Klimaanlagen. Die interinstitutionelle Zusammenarbeit wurde 2006 durch den Abschluss der Verhandlungen über die Revision der Gemeinsamen Erklärung von 1999 zu den praktischen Modalitäten des neuen Mitentscheidungsverfahrens weiter gestärkt. Dadurch war es möglich, bestimmte Praktiken zu kodifizieren, mehr Transparenz und Effizienz in die Debatten zur Erarbeitung eines Konsenses in erster und zweiter Lesung zu bringen und die loyale Zusammenarbeit zwischen den drei Institutionen im Verlauf des Verfahrens noch enger zu gestalten.