To jistě neznamená, že společná rybářská politika se může nadále soustředit jen na zachování populací ryb a ponechat prostředí, v němž žijí, jiným politikám a subjektům. Naopak, integrace faktorů týkajících se ekosystému do pravidel společné rybářské politiky jako součást sílícího holistického přístupu k námořnímu odvětví a mořskému prostředí již začala a bude v nadcházejících letech stále důležitější. Musíme posílit výzkum vzájemného působení mezi rybolovem a mořskými ekosystémy a zahrnout jej do všech rozhodnutí učiněných v rámci společné rybářské politiky. A musíme zajistit, aby dopady rybolovu byly v souladu s politikami uplatňovanými v rámci širších nástrojů směrnice o námořní strategii a stanovištích a aby je podporovaly. Nyní je úkolem Komise pracovat s rybáři a se všemi zúčastněnými námořními subjekty a vytvořit nejen politiku, ale kulturu integrovaného řízení oceánů založenou na hlubokém porozumění potenciálu a omezení našeho přírodního prostředí. Kulturu, v níž jsou respektovány ekologické hranice a síla moří pracuje pro nás, nikoli proti nám, k většímu prospěchu stávající generace i generací budoucích.
Im Mittelpunkt des integrierten Ökosystemansatzes stehen zwei wichtige Instrumente: die im Dezember 2007 verabschiedete Meeresstrategie-Richtlinie und die Habitat-Richtlinie von 1992. Die Meeresstrategie-Richtlinie ist die offizielle Umweltschutzsäule der EU-Meerespolitik. Sie beschäftigt sich mit Ökosystemen auf bioregionaler Ebene und wendet sich an alle Mitgliedstaaten, die sich ein Küsten- und Meeresgebiet teilen, um gemeinsame Standards für einen „guten Umweltzustand“ auszuarbeiten und einen Fahrplan aufzustellen, wie sie diese Ziele erreichen wollen. Die Habitat-Richtlinie behandelt ihrerseits spezielle Lebensräume mit eigenen spezifischen Eigenschaften und einer deutlichen räumlichen Begrenzung. Die Richtlinie gibt die rechtliche Grundlage für die Einrichtung eines europaweiten Netzwerks repräsentativer Schutzgebiete, mit denen der Schutz empfindlicher Umwelten und Lebensstrukturen an Land und im Wasser gewährleistet werden soll. Die GFP wurde in den vergangenen Jahren oft eingesetzt, um Ökosystemen, für die unter der Habitat-Richtlinie nach einem umfassenderen Schutz gesucht wird, sofortigen Schutz vor destruktiven Fangmethoden zu gewähren, ohne auf den Abschluss dieses langwierigen Verfahrens zu warten. Solche Maßnahmen können auch unabhängig vom Natura-2000-Prozess ergriffen werden, wie es z. B. bei den Schutzmaßnahmen für die Darwin Mounds im Norden Schottlands oder für die Korallenriffe rund um die Azoren, Kanaren und Madeira der Fall war.