Univerzity udělují doktorský titul pouze na základě samostatného výzkumu. Větší univerzity stanovily rovněž minimální požadavky na teoretické kurzy. Tyto volitelné kurzy probíhají paralelně s přípravou doktorské disertace. Reforma doktorských programů v rámci Boloňského procesu nebyla dosud zahájena, měla by však být dokončena v roce 2007/08. Hlavní změna bude spočívat ve větší pozornosti věnované metodice výzkumu, filozofii vědy apod., které už nejsou součástí magisterských programů. Struktura se dvěma cykly je aplikována ve většině oborů s výjimkou medicíny, farmacie, stomatologie, veterinárního lékařství, architektury, stavebního inženýrství a přípravy učitelů.
Die Universitäten verleihen Doktorgrade ausschließlich auf der Grundlage einer eigenständigen Forschungsarbeit. Die größeren Universitäten haben außerdem Mindestanforderungen für das Angebot an theoretischen Lehrveranstaltungen festgelegt. Diese Kurse werden auf freiwilliger Basis angeboten und können von den Doktoranden parallel zu der Arbeit an ihrer Dissertation besucht werden. Mit der Reform der Doktorandenausbildung im Rahmen des Bologna-Prozesses wurde bisher noch nicht begonnen, sie soll jedoch bis zum Studienjahr 2007/08 abgeschlossen sein. Die wichtigsten Veränderungen werden darin bestehen, dass in den neuen Doktorandenprogrammen ein stärkerer Akzent auf die Aspekte Forschungsmethodik, Wissenschaftsphilosophie usw. gelegt wird, die aus den Master-Studiengängen ausgegliedert wurden. Die meisten Studiengänge sind nach dem zweistufigen Modell gegliedert, mit Ausnahme der Studiengänge in den Studienrichtungen Medizin, Pharmazie, Zahnmedizin, Tiermedizin, Architektur, Tiefbau und Lehrerausbildung.