Pokud jde o Středozemní moře, tak jsou výlučné hospodářské oblasti nebo jiná námořní vymezení jako určená ekologicky chráněná území omezena jen na některé členské státy, vzhledem k tomu, že většina mořských oblastí spadá do mezinárodních vod. Většina oblastí Natura 2000 bude tedy ležet v pásu 12 mil. Existují však i právní předpisy umožňující označit jako chráněnou oblast i místo za teritoriálními vodami. Tato síť Natura 2000 je určena k ochraně mořských druhů a stanovišť, vyjmenovaných v přílohách ke směrnici Z 25 000 oblastí Natura 2000 se jich jen asi 1 800 nachází na moři: leží v teritoriálních vodách (obecně do 12 námořních mil od pobřeží) a jsou často pobřežním prodloužením pozemní oblasti. Aby Evropská unie přispěla k zabránění snížení biologické rozmanitosti v Evropě do roku 2010, požaduje po svých členských státech, aby na celém svém území, na které se vztahuje Smlouva, vymezily chráněné mořské oblasti.
Was das Mittelmeer betrifft, sind die ausschließlichen Wirtschaftszonen oder andere maritime Abgrenzungen, wie z.B. die erklärten ökologischen Schutzzonen, auf einige Mitgliedstaaten beschränkt, da die meisten Meeresgebiete internationale Gewässer sind. Daher werden sich die meisten Natura-2000-Schutzgebiete in dem 12-Seemeilen-breiten Streifen vor der Küste befinden. Es gibt jedoch Rechtsvorschriften, die die Bestimmung von Schutzzonen auch über die Hoheitsgewässer hinaus ermöglichen. Dieses Natura-2000-Netzwerk soll die marinen Arten und Lebensräume schützen, die in den Anhängen der Flora-Fauna- Von den 25 000 Natura-2000-Gebieten befinden sich nur rund 1 800 im Meer. Sie befinden sich in den Hoheitsgewässern (im Allgemeinen am Rand des 12-Seemeilen-breiten Streifens vor der Küste) und sind oftmals Ausläufer eines Schutzgebiets an Land. Die Europäische Union will dazu beitragen, den Rückgang der Biodiversität in Europa bis 2010 aufzuhalten, und hat ihre Mitgliedstaaten aufgefordert, in allen Hoheitsgewässern der Mitgliedstaaten, die unter den Vertrag fallen, zu schützende Meeresgebiete zu bestimmen.