V rámci vztahů s ostatními orgány a institucemi Unie Parlament jednal o pracovních programech a o výsledcích německého a portugalského předsednictví Rady a také o přípravě a výsledcích zasedání Evropské rady v Bruselu ve dnech 21. a 22. června a 13. a 14. prosince. Parlament také jednal: o přípravě a výsledcích jarního zasedání Evropské rady (8. až 9. března), o přípravě a výsledcích neformálního zasedání Evropské rady v Lisabonu ve dnech 18. až 19. října, o výroční zprávě Evropské investiční banky za rok 2005; o výroční zprávě Evropské centrální banky za rok 2006, o výroční zprávě evropského veřejného ochránce práv v roce 2006, a to za jeho přítomnosti (pan Diamandouros), i o výroční zprávě Účetního dvora za rok 2006 předložené jeho předsedou panem Weberem. V oblasti rozpočtu Evropský parlament schválil rozpočet na rok 2008 a udělil absolutorium za rok 2005. Rozpočet na rok 2008 v podobě, ve které byl schválen, odráží politické priority přijaté Parlamentem v prvním čtení, zejména financování projektu Galileo, Evropského inovačního a technologického institutu a misí Evropské unie v Kosovu a Palestině. Je třeba poznamenat, že Parlament rozhodl udržovat pouze pět milionů eur v rezervě vyhrazené v rámci okruhu 5, který se věnuje výdajům na zaměstnance Evropské komise. Kromě toho Parlament rovněž jednal o budoucnosti vlastních zdrojů Evropské unie.
Im Rahmen seiner Beziehungen zu den übrigen Organen und Einrichtungen der Union befasste sich das Parlament mit dem Arbeitsprogramm und der Bilanz der deutschen und der portugiesischen Ratspräsidentschaft sowie mit der Vor- und Nachbereitung der Treffen des Europäischen Rates am 21. und 22. Juni sowie 13. und 14. Dezember in Brüssel. Des Weiteren standen folgende Themen auf der Tagesordnung: Vorbereitung und Ergebnisse des Frühjahrsgipfels (8. und 9. März) sowie des informellen Gipfels der Staats- und Regierungschefs am 18. und 19. Oktober in Lissabon, der Jahresbericht 2006 der Europäischen Investitionsbank, der Jahresbericht 2006 der Europäischen Zentralbank, der Jahresbericht 2006 über die Tätigkeit des Europäischen Bürgerbeauftragten, der im Beisein von Herrn Diamandouros erörtert wurde, sowie der Jahresbericht des Rechnungshofes, der von seinem Präsidenten, Herrn Weber, vorgestellt wurde. Im budgetären Bereich stellte das Europäische Parlament den Haushalt 2008 fest und erteilte die Entlastung für das Haushaltsjahr 2005. Der Haushalt 2008 spiegelt die vom Parlament in erster Lesung angenommenen politischen Prioritäten wider, namentlich Galileo, das Institut für Innovation und Technologie und die Missionen der Europäischen Union im Kosovo und in Palästina, die durch den Gemeinschaftshaushalt finanziert werden müssen. Das Parlament hat beschlossen, lediglich 5 Mio. EUR in der Reserve für Rubrik 5 (Personalausgaben der Europäischen Kommission) zu belassen. Zudem führte das Parlament eine Aussprache zur Zukunft der Eigenmittel der Europäischen Union durch.