Každá země vybere lokality, které jsou důležité pro ochranu druhů a přírodních stanovišť uvedených ve směrnici o stanovištích a které se přirozeně vyskytují na jejím území. V této fázi musí být výběr proveden čistě z ekologického hlediska.
Für Arten und Lebensräume der Habitat-Richtlinie gilt:• 1. SCHRITT: Jeder Mitgliedstaat schlägt selbständig Gebiete vor, die für die Erhaltung der in der Habitat-Richtlinie aufgeführten und in seinem Hoheitsgebiet natürlich vorkommenden Arten und Lebensräume wichtig sind. Die Auswahl hat zu diesem Zeitpunkt aus rein ökologischen Erwägungen zu erfolgen.• 2. SCHRITT: Die Mitgliedstaaten schicken ihre nationalen Natura 2000-Listen an die Europäische Kommission.