Komise musí zkontrolovat, zda návrh členského státu odpovídá postupu rovnoměrného rozdělení mezi udržitelnou ochranu zdrojů a nutnost ochrany stanovišť. Irský příklad dobře ilustruje postoj Evropské komise, která hodlá během procesu uznávání mořských oblastí Natura 2000 upřednostňovat dohody mezi jednotlivými zúčastněnými stranami. Vytvářením oblastí Natura 2000 ve výlučných hospodářských oblastech chce Komise zřídit síť oblastí, ve které musí být ochráněna ekologická rovnováha. Nejde o vytváření posvátných míst, ale o zřízení přizpůsobených plánů na řízení rybolovu s cílem co nejlepší ochrany mořských druhů a stanovišť v těchto oblastech. Jeden stát tím nesmí poškodit jiný stát. Proto Komise doporučuje vymezovat námořní oblasti na základě nadnárodních kritérií. Bylo by proto vhodné, aby se spojilo více států a společně vytvořily mořské oblasti, které by mohly kopírovat jednotlivé výlučné hospodářské oblasti. Cílem je uplatnit na podobné druhy a stanoviště stejná ochranná opatření. A konečně je nutno dodržovat poslední zásadu: budoucí lokality Natura 2000 by měly být dostatečné velké na to, aby je bylo možné snadno kontrolovat.
Ziel wäre es, die weitere Zerstörung der Lebensräume und die daraus entstehenden Belastungen für die Arten zu verhindern, da diese negative Folgen für die Erhaltung der Biodiversität und des Naturschutzes haben könnten. Irland hat 2006 einen formellen Antrag gestellt. Damit erhält die Kommission zum ersten Mal einen Antrag in Bezug auf Maßnahmen der Fischereibewirtschaftung in Natura-2000-Meeresschutzgebieten. In der Tat hat die irische Regierung die Kommission gebeten, zum Schutz der Tiefseekorallen vier Gebiete zu Natura-2000-Meeresschutzgebieten zu erklären. Nachdem sie von diesem Antrag Kenntnis genommen hatte, hat die Kommission die Regionalen Beiräte für die nordwestlichen Gewässer und die Fischerei auf kleine pelagische Arten um Gespräche gebeten und den wissenschaftlichen Rat des ICES und des STECF eingeholt. Je nach den Zielsetzungen für den Erhalt der Meeresschutzgebiete kann der Mitgliedstaat auch in Erwägung ziehen bestimmte Fangbeschränkungen einzuführen. Diese Maßnahmen sind ausschließlich der gemeinsamen Fischereipolitik unterstellt. Daher muss jeder Mitgliedstaat einen formellen Antrag an die Europäische Kommission stellen, die diese Anträge sorgfältig prüft. Zur Vervollständigung dieser Elemente kann sich die Kommission auch an den wissenschaftlichtechnischen und wirtschaftlichen Fischereiausschuss (STECF) wenden.