Nestrukturované studijní programy, probíhající paralelně, jsou buď ty, kterým dosud nevypršela akreditace, nebo jsou to programy v určitých oborech, např. medicína, veterinární vědy, farmacie aj., které schválila Akreditační komise. Do doktorského programu není možné vstupovat po absolvování bakalářského programu. Podle zákona o vysokých školách jsou od roku 2002 všechny studijní programy reakreditovány. Od roku 2000 vypisuje MŠMT rozvojové programy, které mají podpořit zavádění bakalářských programů a transformaci tradičních programů na dvoustupňovou strukturu (bakalář/magistr) ve smyslu Boloňského procesu. ‘Dlouhý’ doktorský program v délce 5 roků, který by začínal po bakalářském programu, se neplánuje. Novela zákona o vysokých školách z roku 2001 zavedla striktně třístupňovou strukturu. Vnitřní hodnocení se považuje za předpoklad a východisko dlouhodobého záměru vysoké školy v oblasti vzdělávání a výzkumu a vývoje. Problémy však vznikají, jde-li o přenos kreditů mezi rozdílnými typy institucí, fakult nebo studijních programů.
Bei den einphasigen Master-Studiengängen handelt es sich entweder um Studiengänge, die nach dem alten System aufgebaut sind und deren Akkreditierung noch nicht abgelaufen ist, oder um ausgewählte Studiengänge in bestimmten Studienrichtungen wie z. B. Medizin, Tiermedizin, Pharmazie und andere, für die laut Entscheidung des Akkreditierungsausschusses, die einphasige Struktur beibehalten werden soll. Inhaber eines Bachelor-Abschlusses können nicht unmittelbar zur Doktorandenausbildung zugelassen werden. Wie im Hochschulgesetz vorgesehen, wurden alle Studiengänge seit 2002 einer neuen Akkreditierung unterzogen. Seit dem Jahr 2000 wurde das Transformations- und Entwicklungsprogramm umgesetzt, um die Umsetzung der Aktionslinien von Bologna – insbesondere die Einführung von Bachelor-Studiengängen und die Umstrukturierung der traditionell einphasigen Studiengänge in gestufte Studiengänge (Bachelor und Master) zu unter- Die Anwendung des ECTS wird in dem Hochschulgesetz zwar nicht verbindlich vorgeschrieben, aber alle öffentlichen Hochschulen verwen- Es wird erwartet, dass die Akkreditierungskommission sich erneut auf Peer Reviews, vergleichende Evaluierungen und damit zusammenhängende Tätigkeiten in Verbindung mit externen Evaluierungsverfahren konzentrieren wird. Der Transfer von Leistungspunkten, die im Rahmen von Auslandsstudienzeiten erworben wurden, genießt eine relativ breite Akzeptanz.