V Radě bylo politické shody dosaženo v červnu 2005, následovalo přijetí společného postoje kvalifikovanou většinou v lednu 20006. V červnu 2006 Evropský parlament přijal návrh v druhém čtení. Reakce Rady na návrh v druhém čtení byla zveřejněna v září 2006 a otevřela tak cestu k vyjednávání z důvodu změn návrhu, které nemohly být ze strany Rady akceptovány (Pro více informací o politické diskusi, viz sdělení komise). Po vyjednáváních mezi Parlamentem a Radou, bylo shody dosaženo v říjnu 2006. Vyjednávání se zaměřovala na problematiku „žádné zhoršení kvality podzemních vod“ a na vztah mezi dceřinnou a nitrátovou směrnicí. Smír byl umožněn dosažením kompromisu, který určil jasné požadavky k předcházení a zhoršování stavu podzemních vod a stanovil standard pro dusičnany 50 mg/l jako jedno z kritérií pro dosažení dobrého chemického stavu do roku 2015. Nitrátová směrnice tak tímto nebyla nijak dotčena.
Eine politische Einigung wurde im Rat im Juni 2005 erzielt, worauf im Januar 2006 ein Gemeinsamer Standpunkt mit qualifizierter Mehrheit angenommen wurde. Die Annahme durch das Europäische Parlament in zweiter Lesung erfolgte im Juni 2006. Die Reaktion des Rates auf die zweite Lesung wurde im September 2006 angenommen und bereitete den Weg für das Vermittlungsverfahren, da der Rat einige der Änderungen nicht akzeptieren konnte (weitere Einzelheiten zu den politischen Diskussionen sind der Mitteilung und Stellungnahme der Kommission auf der Europa-Website zu entnehmen). Nach langen Verhandlungen zwischen dem Europäischen Parlament und dem Rat wurde im Oktober 2006 im Wege der Vermittlung eine Einigung erzielt. Wesentliche Punkte bei den Verhandlungen betrafen die Frage „keine Verschlechterung der Grundwasserqualität“ sowie die Klärung der Beziehung zu den EU-Rechtsvorschriften zur Wasserverschmutzung durch Nitrat. Durch die Vermittlung konnte ein Kompromiss erzielt werden, der klare Anforderungen zur Verhinderung einer Verschlechterung der Grundwasserqualität stellt und für Nitrat eine Norm von 50 mg/l als eines der Kriterien für den guten chemischen Zustand festlegt, der bis 2015 zu erreichen ist. Dieser Kompromiss führt zu keinen Änderungen bei der Nitratrichtlinie.