Činnosti mise vycházejí z memoranda o porozumění uzavřeného mezi Evropskou komisí a vládami Ukrajiny a Moldavské republiky. Tento projekt byl motivován bezpečnostními hrozbami v podněsterském regionu a s tím spojenou předpokládanou vysokou mírou přeshraniční trestné činnosti. Prováděcím partnerem mise EUBAM je Rozvojový program OSN (UNDP). Na misi se věcně podílí 16 členských států EU vysíláním odborných pracovníků (přibližně 100 celních pracovníků a pracovníků pohraniční stráže). Mise EUBAM má provozní sídlo v Oděse (Ukrajina) a kromě toho vytvořila jednu oblastní kancelář v Kišiněvě (Moldavsko), pět oblastních kanceláří podél hranice Ukrajiny, Moldavska a Podněstří a oblastní kancelář spojenou s logistickou základnou v ukrajinských přístavech Oděsa a Iličevsk.
Die Tätigkeit der EUBAM stützt sich auf ein von der Europäischen Kommission mit den Regierungen der Ukraine und der Republik Moldau geschlossenes Abkommen. Mit ein Grund für die Errichtung dieser Mission war die von der Region Transnistrien, die als Ausgangspunkt hoher grenzüberschreitender Kriminalität gilt, ausgehende Bedrohung für die Sicherheit. Die EUBAM wird über das Entwicklungsprogramm der Vereinten Nationen (UNDP) abgewickelt. 16 EU-Mitgliedstaaten tragen durch Sachleistungen in Form der Abordnung von Fachpersonal (rund 100 Zoll- und Grenzschutzbeamte) zur Mission bei. Die EUBAM errichtete ihr operatives Hauptquartier in Odessa (Ukraine) und ein Einsatzbüro in Chisinau (Moldau), weitere fünf Einsatzbüros entlang der ukrainisch-moldauisch-transnistrischen Grenze sowie ein(e) Einsatzbüro/Logistikbasis in den Seehäfen Odessa und Illichevsk.