Pochybnosti vyvstaly zejména u fází výzkumu, míry podpory a účinku pobídky podpory. Šetření nerozptýlilo pochybnosti, které obklopovaly těchto šest projektů. Naopak se objevily vážné pochybnosti v souvislosti s používáním zákona 808/85, například pokud šlo o přesné podmínky splatnosti základu půjček. Tyto podmínky by měly významný dopad na slučitelnost opatření podpory, neboť hrubý ekvivalent podpory dané půjčky je v případě, že její základ nemusí být splacen, vyšší než pokud jsou odpuštěny jen úroky. Hrubý ekvivalent podpory je zásadní pro určení míry podpory, která zase určuje, zdali opatření podpory na výzkum a vývoj splňuje podmínky rámce Společenství pro poskytování státní podpory na výzkum a vývoj (250). Komise také dospěla k závěru, že jsou vážné pochybnosti i o existenci dalších neoznámených vysokých částek udělených jednotlivých podpor.
Im Oktober 2003 hatte die Kommission die Prüfung von sechs Vorhaben eingeleitet, wobei die Zweifel insbesondere die FuE-Stufen, die Beihilfeintensitäten und den Anreizeekt der Beihilfe betrafen. Durch die Untersuchung konnten die bestehenden Bedenken im Zusammenhang mit den sechs Projekten nicht ausgeräumt werden. Vielmehr ergaben sich ernste Zweifel an der Anwendung des Gesetzes 808/85, beispielsweise hinsichtlich der Bedingungen für die Rückzahlung der Darlehen, die erhebliche Auswirkungen auf die Vereinbarkeit der Beihilfen mit dem Gemeinsamen Markt haben würden, da das Bruttosubventionsäquivalent eines Darlehens, wenn das Kapital nicht zurückgezahlt werden muss, größer ist, als wenn nur auf die Zinsen verzichtet wird. Das Bruttosubventionsäquivalent ist entscheidend für die Berechnung der Beihilfeintensitäten, die wiederum ausschlaggebend sind für die Frage, ob eine FuE-Beihilfe die Bedingungen des Gemeinschasrah-mens für staatliche Forschungs- und Entwicklungsbeihilfen erfüllt (250). Die Kommission kam auch zu dem Ergebnis, dass ernste Zweifel bestehen, ob weitere nicht angemeldete hohe Einzelbeihilfen gewährt wurden.