Poté v roce 2003 většina univerzit vstoupila do Asociace vysokých škol v Litvě, která začala organizovat a koordinovat přijímací řízení pro všechny své členy. Podle zákona o vysokém školství z roku 2000 by se mělo institucionální hodnocení uskutečňovat na nově založených soukromých nebo veřejných vysokých školách po čtyřech letech. Hodnocení se provádí spíše pro ověření kvality, než pro účely akreditace. Konečné rozhodnutí o akreditaci činí Ministerstvo školství a vědy. Ministr může přijmout, odmítnout nebo pozastavit rozhodnutí Rady a doporučení Centra. Všechny návrhy Odborné rady (1999) ministr schválil.
Im Jahr 2003 sind die meisten Universitäten dann der Vereinigung der litauischen Hochschulen beigetreten, welche damit begonnen hat, die Zulassungsverfahren für all ihre Mitglieder zu organisieren und zu koordinieren. Gemäß dem Gesetz zur Hochschulbildung von 2000 sollen neu eingerichtete private und öffentliche Hochschulen 4 Jahre nach ihrer Zulassung einer solchen Evaluierung der Einrichtung als solche unterzogen werden. Die Evaluierung ist in erster Linie als Instrument der Qualitätsprüfung angelegt und weniger auf Akkreditierungszwecke ausgerichtet. Die endgültige Akkreditierungsentscheidung trifft das Ministerium für Bildung und Wissenschaften. Der Minister kann frei entscheiden, ob er sich den Entscheidungen des Rates und den Empfehlungen des Zentrums anschließt, diese ablehnt oder aufhebt. Alle Empfehlungen des Sachverständigenrates (1999) wurden vom Minister angenommen.