Všechny země, jimiž tato řeka protéká, v roce 1991 podepsaly mezinárodní úmluvu o ochraně a správě Dunaje a v roce 1994 ministři životního prostředí přijali příslušný strategický akční plán. Zároveň byla k realizaci tohoto akčního plánu zřízena mezinárodní komise pro ochranu řeky Dunaje. Později byla tato komise rovněž jmenována orgánem, který má koordinovat vypracování plánu správy Podunajské nížiny podle směrnice pro vodní hospodářství. Rovněž řeky, záplavová území a další mokřady kontinentální oblasti utrpěly značné škody v důsledku vysokých úrovní průmyslového a zemědělského znečištění. Mnoho vodních toků je proto zcela bez života.
1994 wurde von allen Anrainerstaaten der Donau ein internationales Übereinkommen über die Zusammenarbeit zum Schutz und zur nachhaltigen Nutzung der Donau (Donauschutzübereinkommen) unterzeichnet, und im gleichen Jahr wurde von den Umweltministern ein Gemeinsames Aktionsprogramm verabschiedet. Gleichzeitig wurde eine internationale Kommission zum Schutz der Donau eingerichtet, die dieses Aktionsprogramm begleiten sollte. Diese Kommission wurde inzwischen auch als zuständige Stelle für die Koordinierung der Entwicklung des Programms zur Nutzung des Donaubeckens gemäß der Wasserrahmenrichtlinie benannt. Die Flüsse sowie die Auen und sonstigen Feuchtgebiete der Region wurden durch die intensive Verschmutzung aus Landwirtschaft und Industrie ebenfalls in Mitleidenschaft gezogen. Viele Fließgewässer sind durch Verschmutzungen zu sterilen Wasserrinnen geworden.