Jednou z hlavních hrozeb pro Baltské moře je eutrofizace – přílišné množství živin ze zemědělství a nečištěných odpadních vod vlévající se do moře způsobuje bujení řas, které připravují vodu o kyslík a zabíjejí živočišné druhy v oblasti. Světový fond na ochranu přírody (WWF) věří, že jednotný přístup ke spravování moře a jeho využívání člověkem je jediným možným přístupem do budoucna. Problém eutrofizace leží na stolech ministrů pro životní prostředí, jeho kořeny jsou ale hlavně v zemědělství, což je právě jedním z příkladů toho, jak je zapotřebí, aby ministerstva a vládní úrovně spolupracovaly. WWF vítá důraz, který strategie pro Baltské moře i integrovaná námořní politika kladou na to, aby přiměly jednotlivá odvětví ke spolupráci. WWF vidí velkou řadu odvětví, která chtějí využívat moře k různým účelům, od podmořských kabelů až k cestovnímu ruchu. Každé z nich je kontrolováno na jiné úrovni – národní, regionální, úrovni EU nebo celosvětové.
Folgende Hindernisse, die die Entwicklung der Region aufhalten, müssen beseitigt werden: Neun Anrainerstaaten der Ostsee verwenden acht verschiedene Währungen; bürokratische Zwänge, etwa die Anforderungen für Genehmigungen, behindern die Freizügigkeit von Arbeitnehmern und die Bereitstellung von Dienstleistungen; Universitäten und Forschungsorganisationen der ganzen Region könnten von einer engeren Zusammenarbeit profitieren. Die Dienstleistungsrichtlinie, mit der versucht wird, gleiche Wettbewerbsbedingungen für grenzüberschreitend tätige Unternehmen zu schaffen, sollte bis Ende 2009 EU-weit in Kraft sein. Der EWSA ist der Ansicht, dass ihre umfassende Umsetzung für den Wohlstand der Region entscheidend ist. Der Ausschuss begrüßt die durch die Strategie vorgesehene Unterstützung beim Bürokratieabbau sowie ihren Schwerpunkt auf einer engeren Verzahnung von Forschungseinrichtungen. Für die Prioritäten des Ostseeraums stehen umfangreiche Regionalmittel bereit; diese müssen jedoch anteilig durch Finanzierungen der nationalen Regierungen bereitgestellt werden. Der Ausschuss fürchtet, dass die Länder mit dem größten Bedarf an EU-Investitionen für ihren Anteil nicht aufkommen können. Eine der größten Bedrohungen des Ostseeraums ist die Eutrophierung – ein Übermaß an Nährstoffen durch die Landwirtschaft und ungereinigte Abwässer, die ins Grundwasser gelangen, verursachen Algenblüten, die dem Wasser Sauerstoff entziehen und die Arten in diesem Gebiet töten.