Reforma obsahuje též ustanovení ke zvýšení udržitelnosti, ekologické bezpečnosti a účelnosti operačních programů. Členské státy budou mít právo pružně stanovit referenční částky a způsobilé hektary, na něž lze poskytnout podporu v rámci režimu jednotné platby, na základě reprezentativního období odpovídajícího trhu každého druhu ovoce a zeleniny a na základě vhodných a nediskriminačních kritérií. Reforma zavádí zvláštní opatření umožňující nabízet zvláštní podporu ekologickým zemědělcům a opatření ke zvýšení spotřeby ovoce a zeleniny, zejména u dětí, a podporuje bezplatnou distribuci produktů do dobročinných organizací, škol a podobných zařízení. Nový začátek Začlenění odvětví ovoce a zeleniny do režimu jednotné platby a režimu jednotné platby na plochu přispěje k výraznému zjednodušení systému. Jde také o významný krok k tomu, aby odvětví ovoce a zeleniny splnilo kritéria kategorie „green box“ WTO, což podstatně zlepšuje pozici Evropské unie při jednání s jejími celosvětovými obchodními partnery.
Dem-zufolge gibt es derzeit bei den direkten Beihilfen an Obst- und Gemüseerzeuger große Unterschiede zwischen den einzelnen Mitgliedstaaten. Der Rechnungshof hat in seinem Sonderbericht „Wachsender Erfolg? Wirksamkeit der Unterstützung der Europäischen Union für die operationellen Programme der Obst- und Gemüseerzeuger” (September 2006) empfohlen, die operationellen Programme der Erzeugerorganisationen effizienter zu machen, während die Programmziele besser fokussiert und bewertet werden müssten. Der Bericht schlägt außerdem vor, die Regeln der Betriebsprämienregelung (SPS) an diejenigen des EU-Programms für die Entwicklung des ländlichen Raumes anzugleichen. In der Reform der GMO von 2006 sind diese und weitere Empfehlungen des Rechnungshofs berücksichtigt. Die neue GMO ist flexibler bei den Kriterien für die Mitgliedschaft in Erzeugerorganisationen, um diese für die Landwirte attraktiver zu machen – vor allem in Mitgliedstaaten, in denen die Bündelung des Angebots durch Erzeugerorganisationen weiterhin gering ist. Bestimmungen zur Steigerung der Nachhaltigkeit, Umweltverträglichkeit und Effizienz der operationellen Programme wurden ebenfalls aufgenommen.