Přestože strukturu tohoto odvětví stále tvoří převážně malé a střední podniky, některé velké podniky se již zapojují do hlavních etap výrobního řetězce (rozmnožování a chov ryb, krmení, zpracování a prodej). Významným úkolem je zajištění toho, aby se v rámci odvětví akvakultury v EU dodržovaly přísné normy ochrany životního prostředí. Jedná se však rovněž o příležitost, kterou je třeba využít – v případě nešetrného přístupu k životnímu prostředí by evropské odvětví akvakultury ohrožovalo samo sebe. Jednak proto, že by takový přístup byl nepřijatelný pro orgány veřejné moci, a jednak proto, že občané a spotřebitelé se v tomto ohledu stali náročnějšími a obezřetnějšími. Pozornost se bude nadále soustřeďovat na ochranu kvality vod (to se týká vod využívaných pro chov i odpadních vod), ale rovněž na možné interakce mezi volně žijícími zvířaty a zvířaty z chovů (zejména ryby, které„unikly“ z chovu). Komise navíc poznamenává, že některé postupy uplatňované v odvětví akvakultury mají příznivý dopad na životní prostředí, zejména pokud jde o jejich vliv na ochranu pobřežních oblastí, mokřadů a na biologickou rozmanitost.
Zwar besteht der Sektor noch weitestgehend aus KMU, aber manche großen Unternehmen integrieren mittlerweile die wichtigsten Stufen der Wertschöpfungskette (Vermehrung und Mast der Fische, Futter, Verarbeitung und Vermarktung). Eine der großen Herausforderungen ist es, zu garantieren, dass die Aquakultur in der EU strenge Umweltschutznormen einhält. Aber es gilt hier auch eine Chance zu nutzen. Wenn die europäische Aquakultur die Umwelt nicht schützt, bringt sie sich selbst in Gefahr. Zum einen weil die Behörden dies vielleicht nicht zulassen würden, andererseits weil die Bürger und Verbraucher in dieser Hinsicht heute hohe Anforderungen haben und wachsam sind. Es wird weitere Anstrengungen für den Schutz der Wasserqualität geben (sowohl was die Gewässer betrifft, die die Aquakulturbetriebe versorgen, als auch der Abwässer dieser Betriebe), aber auch hinsichtlich der möglichen Interaktionen zwischen den wild lebenden Tieren und den Zuchttieren (namentlich„ausgebrochene“ Fische). Die Kommission stellt im Übrigen fest, dass gewisse Verfahren der Aquakultur günstige Auswirkungen auf die Umwelt haben, insbesondere durch ihren Einfluss auf den Erhalt der Küstengebiete, der Feuchtgebiete und der biologischen Vielfalt.