Snadným vysvětlením tohoto zákazu by byla morální averze k eugenice – pavědě, která se snaží zlepšovat genetickou výbavu obyvatelstva a která si na Západě získala popularitu v první polovině dvacátého století, než ji zdiskreditovali nacisté. Na rozdíl od eugeniků doufají zastánci pozměňování mitochondriální DNA pouze a jednoduše v to, že osvobodí budoucí generace od smrtelných nemocí. Kritikové se však obávají, že je to balancování na šikmé ploše. Prolomení etické a právní bariéry trvalých genetických úprav by koneckonců mohlo ztížit zablokování jejich využití i k léčbě neusmrcujících nemocí, nebo dokonce ke zlepšování některých vlastností typu kognitivních funkcí či atletické zdatnosti.
Die einfachste Erklärung für diese Prohibition wäre eine moralische Abneigung gegen Eugenik, die Pseudowissenschaft von der Verbesserung der genetischen Struktur der Bevölkerung, die im Westen in der ersten Hälfte des 20.Jahrhunderts beliebt war, bevor sie durch die Anwendung der Nazis diskreditiert wurde. Im Gegensatz zu Eugenikern hoffen Fürsprecher der Veränderung von Mitochondrien-DNA lediglich, zukünftige Generationen von tödlichen Krankheiten zu befreien. Trotzdem fürchten sich die Kritiker vor einem Abhang, auf dem man ins Rutschen kommt. Immerhin könnte das Durchbrechen der ethischen und legalen Barriere hin zur dauerhaften genetischen Veränderung es schwieriger machen, ihre Anwendung für die Behandlung nicht tödlicher Krankheiten oder gar zur Steigerung von Qualitäten wie kognitiver Fähigkeit oder athletischen Könnens zu verhindern.