Mezi nejsložitější patří omezování dovozu geneticky upravených potravin ze strany EU, což představuje velký problém pro americké zemědělství. Další spornou otázkou je finanční regulace, kde americké banky preferují pravidla EU před přísnějším rámcem, jenž se pro ně rýsuje doma (například mnohem vyššími kapitálovými standardy pro velké banky, které nedávno navrhli američtí finanční regulátoři). Rozsáhlé dohodě stojí v cestě také několik dalších vážných neshod. Americké farmaceutické společnosti se například doma těší silnější ochraně duševního vlastnictví než v EU. Vzhledem k internetové distribuci filmů se bude stále spornějším tématem stávat zábava. A anachronický Jonesův zákon z roku 1920 vyžaduje, aby se náklad přepravovaný mezi americkými přístavy plavil pouze na amerických lodích (vzpomeňme, jaký zmatek panoval kolem možnosti, že by během ropné havárie BP v Mexickém zálivu připlula na pomoc zahraniční plavidla).
Eins der schwierigsten besteht in den Einschränkungen des Imports genetisch manipulierter Nahrungsmittel in die EU, was die US-Landwirtschaft vor große Probleme stellt. Ein weiteres ist die Finanzregulierung, da die US-Banken die EU-Regelungen gegenüber der strengeren Regeln im Heimatland bevorzugen (wie beispielsweise die viel höheren Kapitalstandards für Großbanken, wie sie kürzlich von den amerikanischen Regulierungsbehörden vorgeschlagen wurden). Einer umfassenden Einigung stehen noch viele weitere ernste Unstimmigkeiten im Weg. Beispielsweise verfügen US-Pharmaunternehmen zu Hause über einen stärkeren Urheberschutz als in der EU. Auch der Unterhaltungsbereich wird bei zunehmender Online-Verteilung von Filmen immer umstrittener. Und der anachronistische Jones Act von 1920 bestimmt, dass Güter, die zwischen US-Häfen unterwegs sind, nur von amerikanischen Schiffen befördert werden dürfen (erinnern wir uns an die Verwirrung darüber, ob ausländische Schiffe während des BP-Ölunfalls zu Hilfe kommen konnten).