Kromě přímých účinků na přeměnu a využívání krajiny způsobují lidské aktivity, jako je zemědělství, průmysl, produkce odpadů a doprava i nepřímé a kumulativní dopady na biologickou rozmanitost – zejména prostřednictvím znečištění ovzduší, půdy a vody. Široká Fosfor ve sladkovodních systémech pochází zejména ze splachů ze zemědělství a vypouštění z městských čistíren odpadních vod. Došlo k významnému poklesu koncentrací fosforu v řekách a jezerech, zejména v důsledku progresivního zavádění směrnice o čištění městské odpadní vody (41) od počátku 90. let minulého století. Současné koncentrace však často překračují minimální úroveň pro eutrofizaci. U některých vodních těles jsou koncentrace takové, že za účelem dosažení dobrého stavu podle rámcové směrnice o vodě bude potřeba provést značná zlepšení.
Die Landwirtschaft ist durch Emissionen von überschüssigem Stickstoff und Phosphor, die beide als Nährstoffe eingesetzt werden, auch eine wichtige Quelle der Eutrophierung. Für viele EU-Länder hat sich die landwirtschaftliche Nährstoffbilanz in den letzten Jahren verbessert. Bei einem Flächenanteil von mehr als 40% der sensiblen terrestrischen und Süßwasserökosysteme liegen die atmosphärischen Stickstoffeinträge jedoch immer noch über den kritischen Belastungsgrenzen. Die landwirtschaftliche Stickstoffbelastung wird voraussichtlich hoch bleiben, da man annimmt, dass die Verwendung von Stickstoffdünger in der EU bis 2020 um rund 4% steigenwird(40). Phosphor in Süßwassersystemen stammt hauptsächlich aus der Landwirtschaft und aus kommunalen Kläranlagen. Die Phosphatkonzentrationen in den Flüssen