Svou daň na biologické rozmanitosti této oblasti, a zejména právě na lesích, si vybraly i průmyslové škodliviny v ovzduší. Například vysoké emise oxidu siřičitého, oxidů dusíku nebo amoniaku jsou hlavní příčinou kyselých dešťů. S ohledem na hospodářskou i ekologickou hodnotu těchto řek sílí snahy o zavedení méně agresivních hospodářských řešení a tam, kde je to možné, také o případnou obnovu alespoň části přirozené dynamiky těchto vodních toků. Ty nejenže vedou k rozsáhlému poškozování lesní vegetace, ale také zvyšují zranitelnost porostů působením přírodních sil, jako jsou vichřice, nebo zavlečením škůdců a chorob. Odhaduje se, že v důsledku těchto vlivů je značná část lesů v Polsku a České republice částečně bez listí.
Auch die Luftverschmutzung durch die Industrie hat die biologische Vielfalt der Region und insbesondere die Wälder stark beeinträchtigt. Hohe Schwefeldioxid-, Stickoxid- und Ammoniak-Emissionen beispielsweise sind die Hauptursache des sauren Regens. Dies hat nicht nur unmittelbar zu ausgeprägtenWaldschäden geführt, sondern mittelbar auch dazu beigetragen, dass die Wälder anfälliger gegen natürliche Gefährdungen wie z. B. starkeWinde und Stürme oder gegenüber Schädlingen Wegen der wirtschaftlichen und ökologischen Bedeutung dieser Flüsse wird inzwischen versucht, sanftere Bewirtschaftungsformen einzuführen und die natürliche Dynamik der Flüsse zumindest teilweise möglichst wiederherzustellen. Dank der Wasserrahmenrichtlinie ist heute bei größeren Flüssen unabhängig von politischen oder sektorbezogenen Grenzen eine integrierte Bewirtschaftung über die gesamte Länge sowie in den jeweiligenWassereinzugsgebieten vorgeschrieben.