Hustota chovů v klecích nebo v rybnících bude mnohem menší než u„normálního“ chovu. Ekologická akvakultura také znamená přirozený způsob reprodukce bez použití hormonální indukce. Vyžaduje, aby potrava, kterou zvířata dostávají, byla buď vyrobena podle ekologických norem, nebo na základě volně žijících, udržitelně využívaných populací. V Evropě v současnosti existuje 123 akvakulturních jednotek s ekologickým certifikátem, které zajišťují přibližně polovinu světové biologické výroby. Nejrozšířenějším takto produkovaným druhem je losos.
Die Populationsdichte in den Käfigen oder Teichen ist sehr viel geringer als in„normalen“ Zuchtbetrieben. Die biologische Aquakultur setzt des Weiteren eine natürliche Reproduktion voraus, ohne den Einsatz von Hormonen. Sie verlangt auch, dass das Mastfutter gemäß biologischen Normen oder auf der Basis wilder, auf nachhaltige Weise befischter Bestände produziert wird. Derzeit gibt es in Europa 123 zertifizierte biologische Aquakulturbetriebe, auf die ungefähr die Hälfte der weltweiten biologischen Produktion entfällt. Die am meisten erzeugte Art ist der Lachs.