Q: ¿Cómo configurar los colores de un gráfico y cambiar de letra en los ejes (Vegan)? Esty haciendo analisis de distinción taxonómica y este es mi codigo:
library (vegan)
data(plataforma)
data(plataforma.taxon)
# Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
taxdis <- taxa2dist(plataforma.taxon, varstep=TRUE)
plot(hclust(taxdis), hang = -1)
# Indices
mod <- taxondive(plataforma, taxdis)
mod
summary(mod)
plot(mod)

Puede parecer muy básico pero mi pregunta es la siguiente: Cómo puedo cambiar el color de las lineas que da el gráfico y modificar la letra y el tamaño a los ejes por ejemplo ponerla en Times New Roman 9; ademas poner la etiqueta a cada punto que sale en el gráfico. Es esto posible?
Además me debería salir un gráfico para cada inidce
Species     Number of species for each site.
D, Dstar, Dplus, SDplus, Lambda     Delta, Delta^*, Delta^+, sDelta^+ and Lambda^+ for each site.
sd.Dplus    Standard deviation of Delta^+.
ED, EDstar, EDplus  Expected values of corresponding statistics.

Pero solo me sale un solo gráfico, como modificar para que me salga el gráfico de cada índice
Gracias de antemano
Me gustó la personalización del gráfico, pero aún me sigue quedando una duda; Yo necesito un gráfico para cada índice (Dstar, Dplus, SDplus, Lambda), este es el código de vegan:                   
## Preliminary: needs better data and some support functions
data(dune)
data(dune.taxon)
# Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
taxdis <- taxa2dist(dune.taxon, varstep=TRUE)
plot(hclust(taxdis), hang = -1)
# Indices
mod <- taxondive(dune, taxdis)
mod
summary(mod)
plot(mod)                                                                                                       

El problema es que no veo en estas líneas como modificarla para que me salgan graficados los otros índices!!!

A: Asiel, 
no sé si con esto respondo la pregunta (que no me termina de quedar claro), pero al menos te va a dar una base para personalizar el gráfico. Personalmente me siento más cómodo trabajando con ggplot2 que con los gráficos base de R, los encuentro más fáciles de personalizar. Entonces la respuesta se limita a reconstruir el gráfico del ejemplo de vegan::taxondive() que se obtiene con example(taxondive). 

Si estás usando otros datos ayudaría mucho que pusieras un enlace para descarga o poner un ejemplo de tus datos con dput(head(tus_datos)). Así como está el código que presentas no es posible reproducirlo. 

El gráfico
En https://github.com/vegandevs/vegan/blob/master/R/plot.taxondive.R encontré el código para el método plot del gráfico que te interesa. Revisándolo encuentro que gráfica los puntos de Species y Dplus. La línea es el valor esperado de Delta+ y las curvas son un intervalo de confianza calculado a partir de sd.Dplus (+-2).  No soy bioestadístico y no tengo la menor idea de qué significa cada cosa...
El código
library(tidyverse)
library(vegan)
library(ggrepel)

example("taxondive") # Produce un objeto de la clase taxondive llamado mod

mod_df <- data.frame(mod[c(1:7, 10)]) #Paso a data.frame los datos de mod, que están como lista. Porque ggplot lo requiere.

mod_df %>% 
  mutate(piso  = mod$EDplus-2*sd.Dplus, 
         techo = mod$EDplus+2*sd.Dplus) %>%  #Calculo piso y techo del intervalo de confianza. Para geom_ribbon
  ggplot() +      
  geom_point(aes(x = Species, y= Dplus)) +   #Grafico lo puntos. Si alguna variable categórica los corta se podrían colorear
  geom_label_repel (aes(x= Species, y = Dplus, label = Species)) +
  geom_hline(yintercept = mod$EDplus, color = "green") + 
  geom_ribbon(aes(x = Species, ymin = piso, ymax = techo), alpha = 0.2) +
  theme_minimal()

Resultado

Ya incluye el etiquetado, aunque en este caso no es muy informativo. Se pueden agregar líneas y personalizar la tipografía con los procedimientos usuales de ggplot. 

A: Usando el ejemplo del mismo paquete vegan, el gráfico por defecto sería:
library (vegan)
data(dune)
data(dune.taxon)
taxdis <- taxa2dist(dune.taxon, varstep=TRUE)
mod <- taxondive(dune, taxdis)
plot(mod)


Los cambios que deseas:


*

*Modificar el color de las curvas.

*El tipo y tamaño de letra de las leyendas en los ejes.

*Agregar una etiqueta para cada punto.


Ejemplo:
op <- par(family = "Times New Roman")
plot(mod, 
     col = "blue",
     cex.axis = 0.8)

x <- mod$Species
y <- mod$Dplus

text(x+.2, y, labels=format(round(y, 2), nsmall = 2), cex = 0.7)
par(op)

Detalle:


*

*Con op <- par(family = "Times New Roman") establecemos el tipo de letra, para cualquier salida gráfica, conviene al finalizar dejar los valores iniciales con: par(op). Nota: esto es válido para Windows, en Linux sería family = "Times"

*El color de la líneas lo establecemos con el parámetro col

*No puedes indicar un tamaño en puntos, ya que el mismo es dinámico, dependerá del tamaño final del gráfico, lo que si puedes es ajustar un porcentaje de aumento/disminución del tamaño por defecto de las etiquetas de los ejes, mediante cex.axis, un valor .8 será un 80% menoor del tamaño por defecto

*Para dibujar los valores de cada punto, usamos text(), hay que calcular los puntos x e  y que en este ejemplo, son los valores Species y Dplus. 



