Manuel Bonilla puede referirse a varias personas:

Manuel Bonilla Chirinos, expresidente y político hondureño.
Manuel Bonilla Elhart, niño héroe peruano de la guerra del Pacífico.
Manuel Casimiro Bonilla, militar e historiador peruano.
Manuel Bonilla Valle, maestro y político mexicano.
Manuel Bonilla Atencio, futbolista panameño.