Q: Advertencia en sentencia condicional Tengo una variable save para almacenar el directorio que indica dónde guardar una grafica o, en caso contrario y por defecto, tiene el valor False.
Después, la siguiente sentencia:
if save != False:
    plt.savefig(save + "/" + title + ".png")

De modo que si save tiene un directorio, se cumple la condición y se guarda la imagen en el lugar indicado y si no, no se guarda la imagen y la ejecución del programa sigue su curso.
Pero me aparece advertencia (uso Spider): 

comparison to False should be 'if cond is not False' or 'if cond:'

¿Hay alguna forma mejor de de resolver el problema?

A: Vamos por partes. Lo que recibes es una advertencia, que te la da Spyder, seguramente por que verifica automáticamente tu código contra la PEP 8 -- Style Guide for Python Code que es el documento oficial de estilos de codificación la cual comenta:

Comparisons to singletons like None should always be done with is or
  is not, never the equality operators. Also, beware of writing if x
  when you really mean if x is not None -- e.g. when testing whether a
  variable or argument that defaults to None was set to some other
  value. The other value might have a type (such as a container) that
  could be false in a boolean context!

Traducción libre:

Las comparaciones entre singletons como "None" se debe hacer siempre con
  "is" o "is not", nunca con los operadores de igualdad. También, tenga
  cuidado al escribir "if x" cuando realmente quiere decir "if not x" --
  por ejemplo, cuando pruebe si una variable o argumento que por defecto
  es "None" tiene otro valor. El otro valor podría tener un tipo (por
  ejemplo, un contenedor) que podría ser falso en un contexto booleano!

Tu construcción if save != False: es válida sintácticamente pero no es el estilo "pythonico", la forma recomendada de escribir esta sentencia sería: if not save:.
El otro problema que tienes es que está reutilizando una misma variable (save) para guardar en un caso un str, el directorio que mencionas y caso contrario  un bool, el valor False si no tienes dicho directorio. No es recomendable hacerlo así, sin embargo si este fuera el caso, lo más sencillo es verificar si el tipo de datos de save es una cadena, en cuyo caso tenemos seguridad que la variable tiene el directorio, por ejemplo:
if isinstance(save, str):
   print("save tiene el directorio")

Pero hay una forma mucho más elegante de resolverlo: en primer lugar, deberemos inicializar la variable save como None, y además deberemos no modificar el valor en caso de no tener una carpeta como lo estás haciendo ahora:
save = None
save = "Carpeta" # Proba comentar esta linea

if save is not None:
    plt.savefig(save + "/" + title + ".png")

Nota: Otra forma es inicializar save con una cadena en blanco y preguntar por if save != ""
